非小細胞肺癌の予後を決定するための診断方法
本開示は、外科的切除後の肺癌の再発に好ましくない予後を有する可能性がある早期非小細胞肺癌(NSCLC)患者を同定するための方法を提供する。本方法は、予後の分類のために用いることができる染色体のコピー数異常の発見に一部で基づいている。好ましくは、本方法は、患者サンプルにハイブリダイズする、蛍光で標識された核酸プローブによる蛍光インサイチューハイブリダイゼーションを用いて、これらの遺伝子座の染色体のコピー数を定量化する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願への相互参照
本出願は、2009年10月26日出願の米国特許仮出願第61/254,968号からの優先権を主張し、その開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0002】
発明の分野
本開示は、患者の予後を決定するための肺癌患者から得られた組織サンプルのインビトロ診断検査に関し、特に、病期Iまたは病期II非小細胞肺癌と診断された患者など、早期患者の予後を決定するためのインビトロアッセイに関する。
【背景技術】
【0003】
肺癌は、2005年に米国の癌死亡者のほぼ3分の1を占め、大まかに2つのタイプ、すなわち非小細胞肺癌および小細胞肺癌に分類される。非小細胞肺癌(NSCLC)は、米国における肺癌症例の80−85%を含む。NSCLCは、主な3つのタイプ、すなわち、(i)魚の鱗のように見える薄く平らな細胞である扁平上皮細胞中で開始する有棘細胞癌。有棘細胞癌は、類表皮癌とも呼ばれる。;(ii)大型肺細胞のいくつかのタイプで開始する大細胞癌;(iii)肺の肺胞の内側を覆い、粘液などの物質を作る細胞中で開始する腺癌、を含む。NSCLCの一般的ではない他のタイプには、多形癌、カルチノイド腫瘍および未分類癌が含まれる。
【0004】
NSCLCの診断は、生検サンプルなど、疑わしい組織の病理学者の検査により行われる。NSCLC診断後、患者の疾患は、患者の全体的な健康および年齢、咳嗽および呼吸困難などの症状の重症度、NSCLCの個々のタイプおよび癌の病期分類を用いて予後(回復の変化)が割り当てられる。病期分類は、腫瘍のサイズおよび腫瘍が肺だけに存在するのか身体の他の位置に拡散しているのかを考慮に入れる。次いで、NSCLC患者に対する個々の治療オプションは、こうした考慮に基づいて選択され、癌の病期分類は、治療選択のための重要な構成要素である。早期NSCLCの患者は、腫瘍を除去するために外科的切除により潜在的に治癒させることができるが、現在の治療様式は、患者が手術後に再発することを予測することができない。癌は、しばしば治癒率が低い致命的な疾患であり、そのため、治療の大部分は、生活の質および寿命を改善することに向けられる。癌細胞が、比較的少数の遺伝子異常またはタンパク質突然変異の蓄積によってのみしばしば区別されるヒトの細胞であるため、癌細胞を死滅させるのに有用である薬物療法は、多くの正常なヒト細胞にやはり一般的に有害であり、治療される患者において通常重大な毒性を引き起こす。さらに、癌がしばしば局所的に再発するまたはこれらの原発組織から離れた組織および臓器に転移するため、早期癌の患者が、これらの原発腫瘍の外科的除去後に薬物治療を必要とすることを知ることは重大な意味を持つ。これは、腫瘍が早期に検出され外科的に除去された早期NSCLCの患者、具体的には、病期IおよびIIa疾患の患者において特に重大な問題である。これらの患者を抗癌薬で治療すると、再発性または転移性疾患を発症する患者が許容できないほど高い率になり、最終的に、罹患率および死亡率の増加をもたらす。この母集団を治療し終わると、薬物療法を必要とせず、投与された薬物からの毒性副作用を経験する患者数が許容できないほど高まる。
【0005】
National Comprehensive Cancer Networkインターネットウェブサイトは、以下の通りNSCLC病期分類を記載している。「非小細胞肺癌(NSCLC)の増殖および拡散を記載するために米国の診療で最もよく用いられる系は、TNM病期分類系であり、American Joint Committee on Cancer(AJCC)系としても知られている。TNM病期分類では、腫瘍(T)、近隣のリンパ節への任意の拡散(N)および任意の離れた臓器転移(M)に関する情報は組み合わされ、病期は、特定のTNMグループ化に割り当てられる。グループ化された病期は、番号0およびローマ数字IからIVを用いて記載される。
【0006】
「Tカテゴリーは、肺癌のサイズ、肺内のその拡散および位置、ならびに近隣の組織への拡散に基づいている。Tisカテゴリーにおいて、癌は、通気道の内側を覆う細胞の層においてのみ見出される。これは、他の肺組織に拡散していない。このカテゴリーはまた、上皮内癌としても知られている。
【0007】
「T1カテゴリーにおいて、癌は、3センチメートルより大きくなく(わずかに1から1 1/4インチをわずかに下回る)、肺胸膜(肺を取り囲む膜)に拡散しておらず、気管支の主枝に影響を与えない。
【0008】
「T2カテゴリーにおいて、癌は、以下の特徴の1つ以上を有する。すなわち、(i)3cmよりも大きい;(ii)これは、肺の主枝を含むが、気管(喉笛)が左側および右側の主な気管支に分かれる点に2cm(約3 1/4から4インチ)よりも近くない;または(iii)肺胸膜に拡散している。癌は、気道を部分的に遮断し得るが、これは、肺全体に虚脱させていないまたは肺炎を発症させていない。
【0009】
「T3カテゴリーにおいて、癌は、以下の特徴の1つ以上を有する。すなわち、(i)癌は、胸壁、横隔膜(胸部を腹部から区別する呼吸筋(breathing muscle))、縦隔胸膜(2つの肺の間の空間を取り囲む膜)、または壁側心膜(心臓を取り囲む嚢の膜)に拡散している;(ii)癌は、肺の主な気管支を含み、気管(または喉笛)が左側および右側の主な気管支に枝分かれするが、この領域を含まない点に2cmより近い;または(iii)1つの肺を完全に虚脱させるまたは肺全体の肺炎を引き起こすのに十分なほど気道に増殖している。
【0010】
「T4カテゴリーにおいて、癌は、以下の特徴の1つ以上を有する:(i)癌は、縦隔(胸骨の後方のおよび心臓の前側の空間)、心臓、気管(喉笛)、食道(咽頭を胃に連結する管)、背骨、または気管が左側および右側の主な気管支に枝分かれする点に拡散している;(ii)2つ以上に分かれる腫瘍小結節は、同じ葉中に存在する;または(iii)肺を取り囲む空間中で癌細胞を含む液体の存在である、悪性胸水が存在する。
【0011】
「Nカテゴリーは、肺の近くのリンパ節のいずれが癌によって影響されるかに依存する。N0カテゴリーにおいて、癌は、いかなるリンパ節にも拡散されていない。N1カテゴリーにおいて、癌は、肺内または肺門リンパ節(気管支が肺に入る領域の周りに位置するもの)中のリンパ節に拡散されている。N1カテゴリーにおいて、冒されたリンパ節は、癌性の肺と同じ側のみにある。N2カテゴリーにおいて、癌は、気管分岐部のリンパ節(気管が左側および右側の気管支に枝分かれする点の周りにあるもの)または縦隔(胸骨の後方のおよび心臓の前側の空間)中のリンパ節に拡散している。N2カテゴリーにおいて、冒されたリンパ節は、癌性の肺の同じ側にある。N3カテゴリーにおいて、癌は、片側の鎖骨の近くのリンパ節および/または癌性の肺の反対側の肺門もしくは縦隔のリンパ節に拡散している。
【0012】
「Mカテゴリーは、癌が任意の遠隔組織および臓器に転移し拡散しているか否かに依存している。M0カテゴリーにおいて、遠隔の癌の拡散がない。M1カテゴリーにおいて、癌は、1カ所または複数の遠隔部位に拡散している。遠隔とみなされる部位には、癌のNカテゴリーおよび肝臓、骨もしくは脳などの他の臓器または組織を決定するために用いるものより遠い肺の他の葉、リンパ節が含まれる。
【0013】
T、NおよびMカテゴリーが、個々のNSCLCについて割り当てられた後、この情報は組み合わされて(病期グループ化)、0、I、II、III、またはIVの全病期を割り当てられる(表1を参照のこと)。TおよびNカテゴリーの様々な組み合わせは病期に組み合わされる。これらの病期は、類似の予後を有し、類似のやり方で治療される腫瘍タイプを同定する。表1に示される通り、遠隔の拡散を有する腫瘍(すなわち、M1カテゴリー癌)は、リンパ節の関与の腫瘍サイズに関わらず、病期IVとみなされる。」NCCNインターネットウェブサイトからの以下の表は、合わせたカテゴリーおよびNSCLCについての病期分類を示す。
【0014】
【表1】
【0015】
病期番号の低いNSCLC患者は、一般により良好な予後および生存の見通しを有し、これらの患者は、腫瘍の外科的切除によって治療される。しかし、病期1B、病期IIAもしくはIIBのNSCLCを有する患者など、早期患者の場合であっても、これらの患者の有意な百分率で、外科的切除後再発し、より攻撃的な疾患を発症して死亡する。現在の臨床の診断方法は、再発する可能性が高い患者に対して、より積極的な治療を方向づける十分な精度を有する早期NSCLC予後を同定することができない。より優れたインビトロ診断方法は、ネオアジュバントもしくはアジュバント化学療法を受け取るべきであるまたは一般に治療所見を再評価されるべきであるより高いリスクの早期NSCLC患者を同定することが必要である。
【0016】
染色体異常を同定するために蛍光で標識されたDNAハイブリダイゼーションプローブを用いた蛍光インサイチューハイブリダイゼーション(FISH)に基づいた分子のインビトロ診断検査は、NSCLC患者用の化学療法の選択における使用を開示している(PCT/US2005/018879、「Methods for prediction of clinical outcome to epidermal growth factor inhibitors by cancer patients(癌患者による上皮増殖因子阻害薬への臨床成績を予測するための方法)」、M.Garciaら)。FISHアッセイは、NSCLCについての初期の診断検査として、2006年3月23日に公開された米国特許出願第20060063194号、「Methods and probes for the detection of cancer(癌の検出のための方法およびプローブ)」(以下、「Morrison‘194」と称される。)、L.Morrisonらにおいて記載されており、この開示はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。Morrison‘194出願は、スクリーニングおよびNSCLCの診断に有用な複数のFISHプローブセットを記載しており、Morrison‘194に記載されている1つのプローブセットは、臨床診断検査を示すために臨床検査室により使用するためにASR(分析物特異的試薬(Analyte Specific Reagent))標識化に基づいて、Abbott Molecular、Inc.(Des Plaines、Illinois、U.S.A.)からLAVysion(商標)プローブセットとして市販されている。米国食品医薬品局ASR標識化必要条件に基づいて、ASR標識化は、ASRの医学的な有用性に関していかなる請求をも含まれてはならない。LAVysion ASRプローブセットは、4つのFISHプローブを含む。すなわち、SpectrumGreen緑色フルオロフォアで標識された染色体5p15座特異的プローブ、SpectrumGold黄色フルオロフォアで標識された染色体8q24座特異的プローブ、SpectrumAqua青色フルオロフォアで標識された第6染色体計数プローブ(enumeration probe)およびSpectrumRed赤色フルオロフォアで標識された染色体7p12座特異的プローブである。LAVysionプローブセットを用いて行われた研究は、記載されており、例えば、K.Hallingら、「Fluorescence in situ hybridization in diagnostic cytology(細胞診における蛍光インサイチューハイブリダイゼーション)」、Hum.Path.(2007年)38巻:1137−1144頁にその総説がある。
【0017】
サイクリンEの過剰発現は、以前は肺癌における転帰不良に関連している(Singhalら、Clin.Cancer Res.、2005年、11巻、3974−3986頁にその総説がある。)。しかし、サイクリンE座におけるコピー数の変動は、予測マーカーとして確立していない。さらに、NSCLCのためのFISHアッセイに関する以前の報告は、早期NSCLCの予後、具体的には、病期IBまたは病期IIとして分類されるものの予後をより正確に同定するためにFISHプローブの使用を開示している。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0018】
【特許文献1】PCT/US2005/018879
【特許文献2】米国特許出願公開第20060063194号
【非特許文献】
【0019】
【非特許文献1】K.Hallingら、「Fluorescence in situ hybridization in diagnostic cytology(細胞診における蛍光インサイチューハイブリダイゼーション)」、Hum.Path.(2007年)38巻:1137−1144頁
【非特許文献2】Singhalら、Clin.Cancer Res.、2005年、11巻、3974−3986頁
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0020】
一態様では、本開示は、a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;
b)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を決定するステップ;c)2つのベースラインコピー数に対する試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を比較し、それによって、試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ;およびd)試験サンプル中の癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化を有さない患者における疾患転帰のベースライン測度と比較したとき、疾患転帰不良のリスクの増加を有するものとして患者を同定するステップを含み、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化の存在は、疾患転帰不良を予測するものである、肺癌の治療対象となる患者における疾患転帰を予測する方法を提供する。一実施形態では、疾患転帰不良は、例えば、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比較したとき、全生存期間の減少および癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者についての再発までの時間と比較したとき、再発までの期間短縮の少なくとも1つである。
【0021】
他の態様では、本開示は、a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;b)試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ(癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、コピー数の変化が、疾患転帰不良に関連する。);およびc)癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、患者が、癌転帰マーカーについてのコピー数増加を有さない患者の全生存期間と比較したとき、全生存期間の減少または再発までの期間短縮のリスクがより高いか否かを決定するステップを含み、肺癌の治療対象となる患者における治療転帰を予測する方法を提供する。
【0022】
方法のいずれかにおいても、癌転帰マーカーが、例えば染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、コピー数増加が、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーには、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択されたいずれかが含まれる。癌転帰マーカーがChr19、34.7Mb−35.6Mbである方法において、マーカーは、C19orf12;C19orf12;サイクリンE1;PLEKHF1;POP4;およびZNF536をコードするヌクレオチド配列を含む。癌転帰マーカーが、Chr19、38.9−40.7Mbである方法において、マーカーは、ATP4A ATPase;CHST8、DMKN FAR1、2、3;FXYD1、3、5、7;GAPDHS;GPI;GPR42;GRAMD1A;HAMP;HPN;KCTD15 KIAA0355;KRTDAP;LGI4;LSM14A;LSR;MAG;PDCD2L;SAE2 SUMO1;SBSN;SCN1B;TMEM147、162;USF2;WTIP;およびZNF181、30、302、599、792をコードするヌクレオチド配列を含む。癌転帰マーカーが、Chr17、69.2−71.3Mbである方法において、マーカーは、ARMC7(アルマジロリピート含有7);ATP5H ATPシンターゼ(H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットd);CASKIN2(CASK相互作用タンパク質2);CD300A(CD300a分子);CD300C(CD300c分子);CD300E(CD300e分子);CD300LB(CD300分子様ファミリーメンバーb);CD300LF(CD300分子様ファミリーメンバーf);CDR2L(小脳変性症関連タンパク質2様);DNAI2(ダイニン、軸索、中間鎖2);(FADS6脂肪酸不飽和化酵素ドメインファミリー、メンバー6);FDXR(フェレドキシン還元酵素);GALK1(ガラクトキナーゼ1);GGA3(ゴルジ関連、γアダプチンear含有、ARF結合タンパク質):GPR142(Gタンパク質共役受容体142);GPRC5C(Gタンパク質共役受容体、ファミリーC、グループ5、メンバーC);GRB2(増殖因子受容体−結合タンパク質2);GRIN2C(グルタミン酸受容体、イオンチャネル型、N−メチル−D−アスパラギン酸2C);H3F3B(H3ヒストン、ファミリー3B(H3.3B));HN1(血液学的および神経学的な発現された1 ICT1未熟結腸癌転写物1);ITGB4(インテグリン、β4);KCTD2(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有2);KIAA0195;KIF19(キネシンファミリーメンバー19);LLGL2(致死性巨大幼生相同体2(ドロソフィラ(Drosophila));LOC388419(ガレクチン−3−結合タンパク質様);MIF4GD(MIF4Gドメイン含有);MRPS7(ミトコンドリアリボソームタンパク質S7);NAT9(N−アセチルトランスフェラーゼ9);NT5C(5’,3’−ヌクレオチダーゼ、サイトゾル);NUP85(ヌクレオポリン85kDa);OTOP2(オトペトリン2);OTOP3(オトペトリン3);RAB37(RAB37、メンバーRAS癌遺伝子ファミリー);RECQL5(RecQタンパク質様5);RPL38リボソームタンパク質L38;SAP30BP(SAP30結合タンパク質);SLC16A5(溶質輸送体ファミリー16、メンバー5(モノカルボン酸輸送体6));SLC25A19(溶質輸送体ファミリー25(ミトコンドリアチアミンピロリン酸キャリア)、メンバー19);SLC9A3R1(溶質輸送体ファミリー9(ナトリウム/水素交換輸送体)、メンバー3制御因子1);SUMO2(SMT3 suppressor of mif two 3 homolog 2(S.セレビシエ(S.cerevisiae));TMEM104(膜貫通型タンパク質104);TTYH2(トゥイーティー相同体2(ドロソフィラ));UNK(unkempt相同体(ドロソフィラ));およびUSH1G(アッシャー症候群1G(常染色体劣性)をコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー3]。癌転帰マーカーがChr6、70.8−71.1Mbである方法において、マーカーは、COL19A1(コラーゲン、タイプXIX、α1)およびCOL9A1(コラーゲン、タイプIX、α1)をコード化するヌクレオチド配列を含む。[マーカー4]。癌転帰マーカーが、Chr12、93.7kb−1.9Mbである方法において、マーカーは、ADIPOR2(アディポネクチン受容体2);B4GALNT3(β−1,4−N−アセチル−ガラクトサミニルトランスフェラーゼ3);CACNA2D4(電位依存性カルシウムチャネル、α2/δサブユニット4);CCDC77(コイルドコイルドメイン含有77);ERC1(ELKS/RAB6−相互作用/CASTファミリーメンバー1);FBXL14(F−ボックスおよびロイシンリッチリピートタンパク質14);HSN2(遺伝性感覚性ニューロパチー、タイプII);IQSEC3(IQモチーフおよびSec7ドメイン3);JARID1A(十文字、ATリッチ相互作用ドメイン1A);LRTM2(ロイシン−リッチリピートおよび膜貫通型ドメイン2);NINJ2(ニンジュリン2);RAD52(RAD52相同体(S.セレビシエ));SLC6A12(溶質輸送体ファミリー6(神経伝達物質輸送体、ベタイン/GABA)、メンバー12);SLC6A13(溶質輸送体ファミリー6(神経伝達物質輸送体、GABA)、メンバー13);WNK1(WNKリシン欠損プロテインキナーゼ1);およびWNT5B(無羽タイプMMTV組込み部位ファミリー、メンバー5B)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー5]。癌転帰マーカーが、Chr11、64.3−64.8Mbである方法において、マーカーは、ARL2(ADP−リボシル化因子様2);ATG2A ATG2(自己貪食関連2相同体A(S.セレビシエ));BATF2(塩基性ロイシンジッパー転写因子、ATF様2;CAPN1カルパイン1、(mu/I)大型サブユニット);CDC42BPG(CDC42結合プロテインキナーゼγ(DMPK様));CDCA5(細胞分裂周期関連5);EHD1(EH−ドメイン含有1);FAU(Finkel−Biskis−Reillyネズミ肉腫ウイルス(FBR−MuSV)遍在性に発現した);GPHA2(糖タンパク質ホルモンα2);MAP4K2マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ2;MEN1多発性内分泌腺腫症I;MRPL49ミトコンドリアリボソームタンパク質L49;NAALADL1 N−アセチル化α−連鎖酸性ジペプチダーゼ様1;POLA2ポリメラーゼ(DNA指向性)、α2(70kDサブユニット);PPP2R5Bタンパク質ホスファターゼ2、調節サブユニットB’、βアイソフォーム;SAC3D1 SAC3ドメイン含有1;SLC22A20溶質輸送体ファミリー22、メンバー20;SNX15ソーティングネキシン15;SPDYC speedy相同体C(ドロソフィラ);SYVN1滑膜アポトーシスインヒビター1、シノビオリン;TM7SF2膜貫通型7スーパーファミリーメンバー2;ZFPL1亜鉛フィンガータンパク質様1;ZNHIT2亜鉛フィンガー、HITタイプ2;hsa−mir−192;およびhsa−mir−194−2をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー6]。癌転帰マーカーが、Chr19、57.0−62.2Mbである方法において、マーカーは、BIRC8(バキュロウイルスIAPリピート含有8);BRSK1(BRセリン/トレオニンキナーゼ1);CACNG6、7、8電位依存性カルシウムチャネル、γサブユニット6、7、8;CCDC106コイルドコイルドメイン含有106;CDC42EP5 CDC42エフェクタータンパク質(Rho GTPase結合)5;CNOT3 CCR4−NOT転写複合体、サブユニット3;COX6B2チトクロムc酸化酵素サブユニットVIbポリペプチド2(精巣);DPRX分岐対関連ホメオボックス;EPN1エプシン1;EPS8L1 EPS8様1;FCAR IgAのFc断片、受容体;FIZ1 FLT3相互作用亜鉛フィンガー1;GALPガラニン様ペプチド;GP6糖タンパク質VI(血小板));HSPBP1 hsp70相互作用タンパク質;IL11インターロイキン11;ISOC2イソコリスマターゼドメイン含有2;KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DS4 KIR3DL1、KIR3DL3、KIR3DX1キラー細胞免疫グロブリン様受容体;LAIR1、2白血球関連免疫グロブリン様受容体1、2;LENG1、4、8、9白血球受容体クラスター(LRC)メンバー1、4、8、9;LILRA2、3、4白血球免疫グロブリン様受容体、サブファミリーA(TMドメインを有する)、メンバー2、3、4;LILRB1、2、3、4、5白血球免疫グロブリン様受容体、サブファミリーB(TMおよびITIMドメインを有する)、メンバー1、2、3、4、5;MYADMミエロイド関連分化マーカー;NAT14 N−アセチルトランスフェラーゼ14;NCR1細胞傷害誘発受容体1;NDUFA3 NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1αサブコンプレックス、3,9kDa;NLRP2、4、5、7、8、9、11、12、13 NLRファミリー、ピリンドメイン含有2、4、5、7、8、9、11、12、13;OSCAR破骨細胞関連免疫グロブリン様受容体;PEG3父系性に発現した3;PPP1R12Cタンパク質ホスファターゼ1、調節(インヒビター)サブユニット12C;PPP2R1Aタンパク質ホスファターゼ2(以前には2A)、調節サブユニットA、αアイソフォーム;PRKCGプロテインキナーゼC、γ;PRPF31 PRP31 mRNA前駆体プロセシング因子31相同体(S.セレビシエ);PTPRHプロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、H;RDH13レチノールデヒドロゲナーゼ13(全トランス/9−シス);RPL28リボソームタンパク質L28;RPS9リボソームタンパク質S9;SAPS1 SAPSドメインファミリー、メンバー1;SUV420H2斑入り4−20相同体2のサプレッサー(ドロソフィラ);SYT5シナプトタグミンV;TFPT(小児白血病における)TCF3(E2A)融解パートナー;TMC4膜貫通型チャネル様4;TMEM190膜貫通型タンパク質190;TMEM86B膜貫通型タンパク質86B;TNNI3(トロポニンIタイプ3(心臓));TNNT1トロポニンTタイプ1(骨格、緩徐);TSEN34 tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ34相同体(S.セレビシエ);TTYH1トゥイーティー相同体1(ドロソフィラ);U2AF2 U2核内低分子RNA補助因子2;UBE2Sユビキチン結合酵素E2S;VN1R2 鋤鼻受容体1受容体2;VN1R4 鋤鼻受容体1受容体4;VSTM1 V−セットおよび膜貫通型ドメイン含有1;ZNF28、160、320、321、331、347、350、
415、432、444、468、470亜鉛フィンガータンパク質28、160、320、321、331、347、350、415、432、444、468、470;およびhsa−mir−643、hsa−mir−512−1、hsa−mir−512−2、hsa−mir−498、hsa−mir−520e、hsa−mir−515−1、hsa−mir−519e、hsa−mir−520f、hsa−mir−515−2、hsa−mir−519c、hsa−mir−520a、hsa−mir−526b、hsa−mir−519b、hsa−mir−525、hsa−mir−523、hsa−mir−518f、hsa−mir−520b、hsa−mir−518b、hsa−mir−526a−1、hsa−mir−520c、hsa−mir−518c、hsa−mir−524、hsa−mir−517a、hsa−mir−519d、hsa−mir−521−2、hsa−mir−520d、hsa−mir−517b、hsa−mir−520g、hsa−mir−516−3、hsa−mir−526a−2、hsa−mir−518e、hsa−mir−518a−1、hsa−mir−518d、hsa−mir−516−4、hsa−mir−518a−2、hsa−mir−517c、hsa−mir−520h、hsa−mir−521−1、hsa−mir−522、hsa−mir−519a−1、hsa−mir−527、hsa−mir−516−1、hsa−mir−516−2、hsa−mir−519a−2、hsa−mir−371、hsa−mir−372、hsa−mir−373、hsa−mir−516a−1、hsa−mir−516a−2、hsa−mir−516b−1、hsa−mir−516b−2、hsa−mir−517a−1、hsa−mir−517a−2、hsa−mir−520c−1、およびhsa−mir−520c−2を含めたmiRNAをコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー7]。癌転帰マーカーが、Chr6、39.1−39.9Mbである方法において、マーカーは、C6orf64(第6染色体オープンリーディングフレーム64);DNAH8ダイニン、軸索、重鎖8;GLP1Rグルカゴン様ペプチド1受容体;KCNK16カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー16;KCNK17カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー17;KCNK5カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー5;およびKIF6キネシンファミリーメンバー6をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー8]。癌転帰マーカーが、Chr11、64.8−65.7Mbである方法において、マーカーは、BANF1(自動組み込み因子1に対する障壁);CATSPER1カチオンチャネル、精子関連1 CCDC85Bコイルドコイルドメイン含有85B;CDC42EP2CDC42エフェクタータンパク質(Rho GTPase結合)2;CFL1コフィリン1(非筋肉);CST6シスタチンE/M;CTSWカテプシンW;DPF2 D4、亜鉛およびダブルPHDフィンガーファミリー2;DRAP1 DR1関連タンパク質1(負の補因子2α);EFEMP2 EGF含有フィビュリン様細胞外基質タンパク質2;EHBP1L1 EHドメイン結合タンパク質1様1;FAM89B配列類似性89を有するファミリー、メンバーB;FIBP線維芽細胞増殖因子(酸性の)細胞内結合タンパク質;FOSL1 FOS様抗原1;FRMD8 FERMドメイン含有8;GAL3ST3ガラクトース−3−O−スルホトランスフェラーゼ3;HTATIP HIV−1Tat相互作用タンパク質、60kDa、KCNK7カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー7;LTBP3潜在型トランスフォーミング増殖因子β結合タンパク質3;MAP3K11マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ11;MGC11102仮定上のタンパク質MGC11102;MUS81 MUS81エンドヌクレアーゼ相同体(S.セレビシエ);OVOL1 ovo様1(ドロソフィラ);PACS1ホスホフリン酸性クラスターソーティングタンパク質1;PCNXL3 pecanex様3(ドロソフィラ);POLA2ポリメラーゼ(DNA指向性)、α2(70kDサブユニット);RELA v−rel細網内皮症ウイルス癌遺伝子相同体A、B−細胞3、p65(トリ)中のκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子;RNASEH2CリボヌクレアーゼH2、サブユニットC;SART1 T細胞によって認識された有棘細胞癌抗原;SCYL1 SCY1様1(S.セレビシエ);SF3B2スプライシング因子3b、サブユニット2、145kDa;SIPA1シグナル−誘導増殖関連遺伝子1;SLC25A45溶質輸送体ファミリー25、メンバー45;SSSCA1シェーグレン症候群/強皮症自己抗原1;TIGD3 tigger転移因子由来の3;およびTSGA10IP精巣特異的な、10相互作用タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー9]。癌転帰マーカーが、Chr11、61.4−64.3Mbである方法において、マーカーは、AHNAK(AHNAK核タンパク質);ASRGL1アスパラギナーゼ様1;B3GAT3 β−1,3−グルクロニルトランスフェラーゼ3(グルクロノシルトランスフェラーゼI);BAD細胞死のBCL2−アンタゴニスト;BEST1ベストロフィン1;BSCL2 Bernardinelli−Seip先天性脂肪異栄養症2(seipin);CCDC88Bコイルドコイルドメイン含有88B;CHRM1コリン作動性受容体、ムスカリン性1;COX8Aチトクロムc酸化酵素サブユニット8A(ユビキタスな);DKFZP564J0863 DKFZP564J0863タンパク質;DKFZP566E164 DKFZP566E164タンパク質;DNAJC4 DnaJ(Hsp40)相同体、サブファミリーC、メンバー4;EEF1G真核細胞の翻訳伸長因子1γ;EML3棘皮動物微小管結合タンパク質様3;ESRRAエストロゲン関連受容体α;FADS2、3脂肪酸不飽和化酵素2、3;FKBP2 FK506結合タンパク質2、13kDa;FLRT1フィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通型タンパク質1;FTH1フェリチン、重鎖ポリペプチド1;GANABグルコシダーゼ、α;中性AB;GNG3グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ3;GPR137 Gタンパク質共役受容体137;HRASLS2、3、5 HRAS様サプレッサー2、3、5;INCENPインナーセントロメアタンパク質抗原135/155kDa;INTS5インテグレーター複合体サブユニット5;KCNK4カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー4;LGALS12レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、12(ガレクチン12);MACROD1 MACROドメイン含有1;MARK2 MAP/微小管親和性調節キナーゼ2;MGC3196仮定上のタンパク質MGC3196;MTA2転移関連1ファミリー、メンバー2;NAT11 N−アセチルトランスフェラーゼ11;NRXN2ニューレキシン2;NUDT22 nudix(ヌクレオシド二リン酸連結部分X)タイプモチーフ22;NXF1核RNAエクスポート因子1;OTUB1 OTUドメイン、ユビキチンアルデヒド結合1;PLCB3ホスホリパーゼC、β3(ホスファチジルイノシトール特異的);POLR2Gポリメラーゼ(RNA)II(DNA指向性)ポリペプチドG;PPP1R14Bタンパク質ホスファターゼ1、調節(インヒビター)サブユニット14B;PRDX5ペルオキシレドキシン5;PYGMホスホリラーゼ、グリコーゲン;筋肉(McArdle症候群、糖原病タイプV);RAB3IL1 RAB3A相互作用タンパク質(rabin3)様1;RARRES3レチノイン酸受容体レスポンダー(タザロテン誘導)3;RASGRP2 RASグアニル放出タンパク質2(カルシウムおよびDAG調節された);RCOR2 RESTコリプレッサー2;ROM1網膜外節膜タンパク質1;RPS6KA4リボソームタンパク質S6キナーゼ、90kDa、ポリペプチド4;RTN3レチキュロン3;SCGB1A1、1D1、1D2、1D4、2A1、2A1セクレトグロビン、ファミリー;SF1スプライシング因子1;SLC22A10、11、12、6、8、9溶質輸送体ファミリー22(有機陰イオン/陽イオン輸送体)SLC3A2溶質輸送体ファミリー3(二塩基性および中性アミノ酸輸送のアクチベーター)、メンバー2;STIP1ストレス誘発性リンタンパク質1(Hsp70/Hsp90構築タンパク質);STX5シンタキシン5;TAF6L TAF6様RNAポリメラーゼII、p300/CBP関連因子(PCAF)関連因子、65kDa;TRPT1 tRNAホスホトランスフェラーゼ1;TTC9Cテトラトリコペプチドリピートドメイン9C;TUT1末端ウリジリルトランスフェラーゼ1、U6 snRNA−特異的RP2UNC−112関連タンパク質2;UST6推定上のUST1様有機陰イオン輸送体;VEGFB血管内皮増殖因子B;WDR74 WDリピートドメイン74;およびZBTB3亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有3をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー10]。癌転帰マーカーが、Chr17、51.5−53.2Mbである方法において、マーカーは、AKAP1(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質1);ANKFN1(アンキリン−リピートおよびフィブロネクチンタイプIIIドメイン含有1);C17orf67第17染色体オープンリーディングフレーム67;COILコイリン;DGKEジアシルグリセロールキナーゼ、ε64kDa;MSI2 musashi相同体2(ドロソフィラ);NOGノギン;SCPEP1セリンカルボキシペプチダーゼ1;およびTRIM25 tripartiteモチーフ含有25をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー11]。癌転帰マーカーが、Chr17、43.5−44.9Mbである方法において、マーカーは、hsa−mir−10a;hsa−mir−196a−1;ABI3(ABI遺伝子ファミリー、メンバー3);ATP5G1(ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットC1(サブユニット9));B4GALNT2 β−1,4−N−アセチル−ガラクトサミニルトランスフェラーゼ2;CALCOCO2カルシウム結合およびコイルドコイルドメイン2;CBX1クロモボックス相同体1(HP1β相同体 ドロソフィラ);GIP胃抑制ポリペプチド;GNGT2グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ形質導入活性ポリペプチド2;HOXB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13ホメオボックスB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13;IGF2BP1インスリン様成長因子2mRNA結合タンパク質1;NFE2L1核因子(赤血球由来2)様1;NGFR神経成長因子受容体(TNFRスーパーファミリー、メンバー16);PHBプロヒビチンPHOSPHO1ホスファターゼ、オーファン1;PRAC核内低分子タンパク質PRAC;SKAP1 srcキナーゼ関連リンタンパク質1;SNF8 SNF8、ESCRT−II複合体サブユニット、相同体(S.セレビシエ);SNX11ソーティングネキシン11;TTLL6チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー6;UBE2Z(ユビキチン結合酵素E2Z);およびZNF652(亜鉛フィンガータンパク質652)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー12]。癌転帰マーカーが、Chr2、147.6−151.1Mbである方法において、マーカーは、ACVR2AアクチビンA受容体、タイプIIA;C2orf25第2染色体オープンリーディングフレーム25;EPC2ポリコーム相同体2のエンハンサー(ドロソフィラ);KIF5Cキネシンファミリーメンバー5C;LOC130576仮定上のタンパク質LOC130576
;LYPD6 LY6/PLAURドメイン含有6;MBD5メチル−CpG結合ドメインタンパク質5;ORC4L複製開始点認識複合体、サブユニット4様(酵母);およびRND3 RhoファミリーGTPase3をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー13]。癌転帰マーカーが、Chr6、123.7−135.6Mbである方法において、マーカーは、hsa−mir−588;AKAP7(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質7);ALDH8A1アルデヒドデヒドロゲナーゼ8ファミリー、メンバーA1;ARG1アルギナーゼ、肝臓;ARHGAP18 Rho GTPase活性化タンパク質18;CTGF結合組織増殖因子;ECHDC1エノイルコエンザイムAヒドラターゼドメイン含有1;ENPP1、3エクトヌクレオチドピロホスファターゼ/ホスホジエステラーゼ1、3;EPB41L2赤血球膜タンパク質バンド4.1様2;EYA4 eyes absent相同体4(ドロソフィラ);HDDC2 HDドメイン含有2;HEY2 YRPWモチーフ2に関連するhairy/enhancer−of−split;HINT3ヒスチジントライアドヌクレオチド結合タンパク質3;KIAA1913 KIAA1913;LAMA2ラミニン、α2(メロシン、先天性筋ジストロフィー);MED23メディエーター複合体サブユニット23;MOXD1モノオキシゲナーゼ、DBH様1;MYB v−myb骨髄芽球症ウイルス癌遺伝子相同体(トリ);NCOA7核内受容体コアクチベーター7;NKAIN2 Na+/K+輸送ATPase相互作用2;OR2A4嗅覚受容体、ファミリー2、サブファミリーA、メンバー4;PTPRKプロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、K;RNF146リングフィンガータンパク質146;RNF217リングフィンガータンパク質217;RPS12リボソームタンパク質S12;SAMD3無菌のαモチーフドメイン含有3;SGK血清/糖質コルチコイド調節キナーゼ;SLC2A12溶質輸送体ファミリー2(促進性グルコース輸送体)、メンバー12;STX7シンタキシン7;TAAR1、2、5、6、8、9痕跡アミン関連受容体1、2、5、6、8、9;TBPL1 TBP様1;TCF21転写因子21;TPD52L1腫瘍タンパク質D52様1;TRDNトリアディン;TRMT11 tRNAメチルトランスフェラーゼ11相同体(S.セレビシエ));およびVNN1、2、3(バニン1、2、3)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー14]。癌転帰マーカーが、Chr8、6.9−8.8Mbである方法において、マーカーは、CLDN23クローディン23;DEFA5デフェンシン、α5、パネート細胞特異的;DEFB103Bデフェンシン、β103B;DEFB104Aデフェンシン、β104A;DEFB104Bデフェンシン、β104B;DEFB105Bデフェンシン、β105B;DEFB106Aデフェンシン、β106A;DEFB106Bデフェンシン、β106B;DEFB107Aデフェンシン、β107A;DEFB107Bデフェンシン、β107B;DEFB4デフェンシン、β4;MFHAS1悪性線維性組織球腫によって増幅された配列1;PRAGMIN homolog of rat pragma of Rnd2;SPAG11A精子関連抗原11A;およびSPAG11B精子関連抗原11Bをコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー15]。癌転帰マーカーが、Chr2、159.9−161.4Mbである方法において、マーカーは、BAZ2B亜鉛フィンガードメイン隣接ブロモドメイン、2B;CD302 CD302分子;ITGB6インテグリン、β6;LY75リンパ球抗原75;MARCH7(膜関連リングフィンガー(C3HC4)7);PLA2R1(ホスホリパーゼA2受容体1、180kDa);およびRBMS1(RNA結合モチーフ、一本鎖相互作用タンパク質1)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー16]。癌転帰マーカーが、Chr2、200.9−204.2Mbである方法において、マーカーは、ABI2 abl相互作用物質2;ALS2筋萎縮性側索硬化症2(若年性);ALS2CR2、4、7、8、11、12、13筋萎縮性側索硬化症2(若年性)染色体領域、候補2、4、7、8、11、12、13;AOX1アルデヒドオキシダーゼ1;BMPR2骨形成タンパク質受容体、タイプII(セリン/トレオニンキナーゼ);BZW1塩基性ロイシンジッパーおよびW2ドメイン1;CASP10カスパーゼ10、アポトーシス関連システインペプチダーゼ;CASP8カスパーゼ8、アポトーシス関連システインペプチダーゼ;CFLAR CASP8およびFADD様アポトーシス制御因子;CLK1 CDC様キナーゼ1;CYP20A1チトクロムP450、ファミリー20、サブファミリーA、ポリペプチド1;FAM126B配列類似性126を有するファミリー、メンバーB;FZD7 frizzled相同体7(ドロソフィラ)ICA1L島細胞自己抗原1、69kDa様;KCTD18カリウムチャネル四量体化ドメイン含有18;LOC26010ウイルスDNAポリメラーゼ−トランス活性化タンパク質6;MPP4膜タンパク質、パルミトイル化4(MAGUK p55サブファミリーメンバー4)、NBEAL1ニューロビーチン様1;NDUFB3(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1βサブコンプレックス、3、12kDa;NIF3L1 NIF3 NGG1相互作用因子3様1(S.pombe);NOP5/NOP58核小体タンパク質NOP5/NOP58;ORC2L複製開始点認識複合体、サブユニット2様(酵母);PPIL3ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様3;RAPH1 Ras関連(RalGDS/AF−6)およびプレクストリン相同ドメイン1;SGOL2 shugoshin様2(S.pombe);SUMO1 SMT3 suppressor of mif two 3 homolog1(S.セレビシエ);TRAK2輸送タンパク質、キネシン結合2;およびWDR12(WDリピートドメイン12)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー17]。癌転帰マーカーが、Chr6、36.3−36.7Mbである方法において、マーカーは、BRPF3(ブロモドメインおよびPHDフィンガー含有、3);DKFZp779B1540仮定上のタンパク質DKFZp779B1540;ETV7 ets変種遺伝子7(TEL2癌遺伝子);KCTD20カリウムチャネル四量体化ドメイン含有20;PNPLA1パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有1;PXT1ペルオキシソーム、精巣特異的1;SFRS3スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ3;およびSTK38(セリン/トレオニンキナーゼ38)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー18]。癌転帰マーカーが、Chr2、205.9−208.1Mbである方法において、マーカーは、ADAM23(ADAMメタロペプチダーゼドメイン23);CPOカルボキシペプチダーゼO;DYTNジストロテリン;EEF1B2真核細胞翻訳伸長因子1β2;FASTKD2 FASTキナーゼドメイン2;FLJ20309仮定上のタンパク質FLJ20309;GPR1 Gタンパク質共役受容体1;KLF7 Kruppel様因子7(ユビキタスな);MDH1Bリンゴ酸デヒドロゲナーゼ1B、NAD(可溶性);NDUFS1 NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質1、75kDa(NADH−コエンザイムQ還元酵素);NRP2ニューロピリン2;PARD3B par−3分配欠損3相同体B(C.エレガンス(C.elegans));ZDBF2(亜鉛フィンガー、DBFタイプ含有2);およびhCG_1657980 hCG1657980をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー19]。癌転帰マーカーが、Chr1、109.5−111.1Mbである方法において、マーカーは、hsa−mir−197;AHCYL1 S−アデノシルホモシステイン加水分解酵素様1);ALX3アリスタレス様ホメオボックス3;AMIGO1 Ig様ドメイン1を有する接着分子;AMPD2アデノシン一リン酸デアミナーゼ2(アイソフォームL);ATXN7L2アタキシン7様2;CELSR2カドヘリン、EGF LAG7回貫通G−タイプ受容体2(フラミンゴ相同体、ドロソフィラ);CSF1コロニー刺激因子1(マクロファージ);CYB561D1チトクロムb−561ドメイン含有1;EPS8L3 EPS8様3;FAM40A配列類似性40を有するファミリー、メンバーA;GNAI3グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α阻害活性ポリペプチド3;GNAT2グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α形質導入活性ポリペプチド2;GPR61 Gタンパク質共役受容体61;GSTM1、M2、M3、M4、M5グルタチオンS−トランスフェラーゼM1、M2(筋肉)、M3(脳)、M4、M5;HBXIP B型肝炎ウイルスx相互作用タンパク質;KCNA2、3、4、10カリウム電位開口型チャネル、shaker関連サブファミリー、メンバー2、3、4、10;KIAA1324 KIAA1324;MYBPHLミオシン結合タンパク質H様;PROK1プロキネチシン1;PSMA5プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、5;PSRC1プロリン/セリン−リッチコイルドコイル1;RBM15 RNA結合モチーフタンパク質15;SARSセリル−tRNA合成酵素;SLC16A4溶質輸送体ファミリー16、メンバー4(モノカルボン酸輸送体5);SLC6A17溶質輸送体ファミリー6、メンバー17;SORT1ソルチリン1;SYPL2(シナプトフィシン様2);およびUBL4B(ユビキチン様4B)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー20]。
【0023】
あるいは、これらの方法のいずれかにおいても、癌転帰マーカーは、例えば、染色体DNAの一領域であり、その欠失は癌転帰マーカーのコピー数損失を生じ、コピー数損失は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーは、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択することができる。癌転帰マーカーが、Chr5、62.9−67.8Mbである方法において、マーカーは、ADAMTS6トロンボスポンジンタイプ1モチーフを有するADAMメタロペプチダーゼ、6;CD180 CD180分子;CENPKセントロメアタンパク質K;ERBB2IP erbb2相互作用タンパク質;FLJ13611仮定上のタンパク質FLJ13611;HTR1A 5−ヒドロキシトリプタミン(セロトニン)受容体1A;MAST4微小管関連セリン/トレオニンキナーゼファミリーメンバー4;NLN神経溶解素(メタロペプチダーゼM3ファミリー);P18SRP P18SRPタンパク質;PIK3R1ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α);PPWD1ペプチジルプロリルイソメラーゼドメインおよびWDリピート含有1;RGS7BP G−タンパク質シグナル伝達7結合タンパク質の制御因子;RNF180リングフィンガータンパク質180;SDCCAG10血清学的に定義された結腸癌抗原10;SFRS12スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ12;SGTB低分子量グルタミンリッチテトラトリコペプチドリピート(TPR)含有、β0;およびTRIM23 tripartiteモチーフ含有23をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー1]。癌転帰マーカーが、Chr5、53.3−53.8Mbである方法において、マーカーは、ARL15(ADP−リボシル化因子様15);HSPB3(熱ショック27kDaタンパク質3)およびhsa−miR−581をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー2]。癌転帰マーカーが、Chr4、105.8−107.2Mbである方法において、マーカーは、FLJ20184(仮定上のタンパク質FLJ20184);GSTCD(グルタチオンS−トランスフェラーゼ、C末端ドメイン含有);INTS12インテグレーター複合体サブユニット12;KIAA1546 KIAA1546;MGC16169仮定上のタンパク質MGC16169;NPNT(ネフロネクチン);およびPPA2ピロホスファターゼ(無機)2をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー3]。癌転帰マーカーが、Chr16、45.8−46.3Mbである方法において、マーカーは、ITFG1(インテグリンαFG−GAPリピート含有1)およびPHKB(ホスホリラーゼキナーゼ、β)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー4]。癌転帰マーカーが、Chr5、50.7−52.0Mbである方法において、マーカーは、ISL1(ISL LIMホメオボックス)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー5]。癌転帰マーカーが、Chr5、94.2−96.1Mbである方法において、マーカーは、ARSK(アリールスルファターゼファミリー、メンバーK);CAST(カルパスタチン);ELL2(伸長因子、RNAポリメラーゼII、2);FAM81B配列類似性81を有するファミリー、メンバーB;GLRXグルタレドキシン(チオールトランスフェラーゼ);GPR150 Gタンパク質共役受容体150;KIAA0372 KIAA0372;MCTP1マルチプルC2ドメイン、膜貫通型1;PCSK1プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシンタイプ1;RFESD(Rieske(Fe−S)ドメイン含有);RHOBTB3 Rho関連BTBドメイン含有3;SPATA9(精子形成関連9);およびhsa−miR−583をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー6]。癌転帰マーカーが、Chr9、36.1−37.0Mbである方法において、マーカーは、C9orf19第9染色体オープンリーディングフレーム19;CCINカリシン;CLTAクラスリン、軽鎖(Lca);GNEグルコサミン(UDP−N−アセチル)−2−エピメラーゼ/N−アセチルマンノサミンキナーゼ;MELK母系胚性ロイシンジッパーキナーゼ;PAX5ペアードボックス5;RECKカザールモチーフを有する復帰突然変異誘導システインリッチタンパク質;およびRNF38リングフィンガータンパク質38をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー7]。癌転帰マーカーが、Chr5、94.2−96.1Mbである方法において、マーカーは、ARSKアリールスルファターゼファミリー、メンバーK;CASTカルパスタチン;ELL2伸長因子、RNAポリメラーゼII、2;FAM81B配列類似性81を有するファミリー、メンバーB;GLRXグルタレドキシン(チオールトランスフェラーゼ);GPR150 Gタンパク質共役受容体150;KIAA0372 KIAA0372;MCTP1マルチプルC2ドメイン、膜貫通型1;PCSK1プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシンタイプ1;RFESD Rieske(Fe−S)ドメイン含有;RHOBTB3 Rho関連BTBドメイン含有3;SPATA9精子形成関連9をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー8]。癌転帰マーカーが、Chr14、51.1−52.8Mbである方法において、マーカーは、C14orf166第14染色体オープンリーディングフレーム166;DDHD1 DDHDドメイン含有1;ERO1L ERO1様(S.セレビシエ);FRMD6 FERMドメイン含有6;GNG2グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ2;GNPNAT1グルコサミン−リン酸N−アセチルトランスフェラーゼ1;GPR137C Gタンパク質共役受容体137C;NID2ニドジェン2(オステオニドジェン);PLEKHC1プレクストリン相同ドメイン含有、ファミリーC(FERMドメインを有する)メンバー1;PSMC6プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)26Sサブユニット、ATPase、6;PTGDRプロスタグランジンD2受容体(DP);PTGER2プロスタグランジンE受容体2(サブタイプEP2)、53kDa;STYXセリン/トレオニン/チロシン相互作用タンパク質;TXNDC16チオレドキシンドメイン含有16をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー9]。癌転帰マーカーが、Chr14、61.5−68.6Mbである方法において、マーカーは、ACTN1アクチニン、α1;AKAP5 Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質5;ARG2アルギナーゼ、タイプII;ATP6V1DATPase、H+輸送、リソソーム34kDa、V1サブユニットD;C14orf50第14染色体オープンリーディングフレーム50;C14orf54第14染色体オープンリーディングフレーム54;C14orf83第14染色体オープンリーディングフレーム83;CHURC1チャーチルドメイン含有1;EIF2S1真核細胞翻訳開始因子2、サブユニット1α、35kDa;ESR2エストロゲン受容体2(ERβ);FLJ39779 FLJ39779タンパク質;FNTBファルネシルトランスフェラーゼ、CAAXボックス、β;FUT8フコシル基転移酵素8(α(1,6)フコシル基転移酵素);GPHB5糖タンパク質ホルモンβ5;GPHNジェフィリン;GPX2グルタチオンペルオキシダーゼ2(胃腸);HSPA2熱ショック70kDaタンパク質2;KCNH5カリウム電位開口型チャネル、サブファミリーH(eag関連)、メンバー5;MAX MYC関連因子X;MPP5、膜タンパク質パルミトイル化5(MAGUK p55サブファミリーメンバー5);MTHFD1メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ(NADP+依存性)1、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸合成酵素;PIGHホスファチジルイノシトールグリカンアンカー生合成、クラスH;PLEK2プレクストリン2;PLEKHG3プレクストリン相同ドメイン含有、(RhoGefドメインを有する)ファミリーGメンバー3;PLEKHH1プレクストリン相同ドメイン含有、(MyTH4ドメインを有する)ファミリーHメンバー1;PPP2R5Eタンパク質ホスファターゼ2、調節サブユニットB’、εアイソフォーム;RAB15 RAB15、メンバーRAS癌遺伝子ファミリー;RAD51L1 RAD51様1(S.セレビシエ);RDH11レチノールデヒドロゲナーゼ11(全トランス/9−シス/11−シス);RDH12レチノールデヒドロゲナーゼ12(全トランス/9−シス/11−シス);RHOJ ras相同体遺伝子ファミリー、メンバーJ;SGPP1スフィンゴシン−1−リン酸ホスファターゼ1;SPTBスペクトリン、β、(球状赤血球症、臨床タイプIを含む)赤血球;SYNE2スペクトリンリピート含有、核包膜2;SYT16シナプトタグミンXVI;VTI1B t−SNAREs相同体1B(酵母)との相互作用によるベシクル輸送;WDR22 WDリピートドメイン22;WDR89 WDリピートドメイン89;ZBTB1亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有1;ZBTB25亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有25;ZFP36L1亜鉛フィンガータンパク質36、C3Hタイプ様1;ZFYVE26亜鉛フィンガー、FYVEドメイン含有26およびhsa−miR−625をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー10]。癌転帰マーカーが、Chr9、28.1Mbである方法において、マーカーは、LINGO2(ロイシンリッチリピートおよびIgドメイン含有2)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー11]。癌転帰マーカーが、Chr4、43.7−44.2Mbである方法において、マーカーは、KCTD8(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有8)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー12]。癌転帰マーカーが、Chr5、60.8−62.9Mbである方法において、マーカーは、DIMT1L DIM1ジメチルアデノシントランスフェラーゼ1様(S.セレビシエ);FLJ37543仮定上のタンパク質FLJ37543;IPO11インポーチン11;ISCA1L鉄−硫黄クラスターアセンブリー1相同体(S.セレビシエ)様;およびKIF2Aキネシン重鎖メンバー2Aをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー13]。癌転帰マーカーが、Chr3、120.0−121.1Mbである方法において、マーカーは、ADPRH ADP−リボシルアルギニン加水分解酵素;B4GALT4 UDP−Gal:βGlcNAc β 1,4−ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド4;C3orf1第3染色体オープンリーディングフレーム1;C3orf15第3染色体オープンリーディングフレーム15;C3o
rf30第3染色体オープンリーディングフレーム30;CD80 CD80分子;CDGAP Cdc42 GTPase−活性化タンパク質;COX17 COX17チトクロムc酸化酵素アセンブリー相同体(S.セレビシエ);GSK3Bグリコーゲン合成酵素キナーゼ3β;IGSF11免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー11;KTELC1 KTEL(Lys−Tyr−Glu−Leu)含有1;NR1I2核内受容体サブファミリー1、グループI、メンバー2;PLA1AホスホリパーゼA1メンバーA;POPDC2ポパイドメイン含有2;TMEM39A膜貫通型タンパク質39A;およびUPK1Bウロプラキン1Bをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー14]。癌転帰マーカーが、Chr4、46.2−48.0Mbである方法において、マーカーは、ATP10D ATPase、クラスV、タイプ10D;CNGA1環状ヌクレオチド依存性チャネルα1;COMMD8 COMMドメイン含有8;CORINコリン、セリンペプチダーゼ;COX7B2チトクロムc酸化酵素サブユニットVIIb2;GABRA4 γアミノ酪酸(GABA)A受容体、α4;GABRB1 γアミノ酪酸(GABA)A受容体、β1;NFXL1核転写因子、X−ボックス結合様1;NPAL1 NIPA様ドメイン含有1;TEC tecタンパク質チロシンキナーゼ;およびTXK TXKチロシンキナーゼをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー15]。癌転帰マーカーが、Chr14、38.9−40.0Mbである方法において、マーカーは、FBXO33(F−ボックスタンパク質33)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー16]。癌転帰マーカーが、Chr4、44.2−44.6Mbである方法において、マーカーは、GNPDA2(グルコサミン−6−リン酸デアミナーゼ2);GUF1(GUF1 GTPase相同体(S.セレビシエ));およびYIPF7(Yip1ドメインファミリー、メンバー7)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー17]。癌転帰マーカーが、Chr2、213.7−214.3Mbである方法において、マーカーは、IKZF2 IKAROSファミリー亜鉛フィンガー2(Helios);およびSPAG16精子関連抗原16をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー18]。癌転帰マーカーが、Chr14、43.9−46.6Mbである方法において、マーカーは、C14orf106第14染色体オープンリーディングフレーム106;C14orf155第14染色体オープンリーディングフレーム155;C14orf28第14染色体オープンリーディングフレーム28;FANCMファンコニー貧血、相補グループM;FKBP3 FK506結合タンパク質3、25kDa;KIAA0423 KIAA0423;KLHL28 kelch様28(ドロソフィラ);MDGA2 MAMドメイン含有グリコシルホスファチジルイノシトールアンカー2;PRPF39 PRP39mRNA前駆体プロセシング因子39相同体(S.セレビシエ);およびRPL10Lリボソームタンパク質L10様をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー19]。癌転帰マーカーが、Chr14、27.6−28.6Mbである方法において、マーカーは、FOXG1(フォークヘッドボックスG1)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー20]。癌転帰マーカーが、Chr3、98.0−98.3Mbである方法において、マーカーは、EPHA6(EPH受容体A6)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー21]。癌転帰マーカーが、Chr14、55.2−60.0Mbである方法において、マーカーは、ACTR10アクチン関連タンパク質10相同体(S.セレビシエ);ARID4A ATリッチ相互作用ドメイン4A(RBP1様);C14orf100第14染色体オープンリーディングフレーム100;C14orf101第14染色体オープンリーディングフレーム101;C14orf105第14染色体オープンリーディングフレーム105;C14orf108第14染色体オープンリーディングフレーム108;C14orf135第14染色体オープンリーディングフレーム135;C14orf149第14染色体オープンリーディングフレーム149;C14orf37第14染色体オープンリーディングフレーム37;C14orf39第14染色体オープンリーディングフレーム39;DAAM1 dishevelled associated activator of morphogenesis 1;DACT1ダッパー、β−カテニンのアンタゴニスト、相同体1(ゼノパス・ラエビス(Xenopus laevis);DHRS7デヒドロゲナーゼ/還元酵素(SDRファミリー)メンバー7;EXOC5エクソシスト複合体成分5;GPR135 Gタンパク質共役受容体135;KIAA0586 KIAA0586;NAT12 N−アセチルトランスフェラーゼ12;OTX2オルソデンティクルホメオボックス2;PELI2ペリノ相同体2(ドロソフィラ);PPM1Aタンパク質ホスファターゼ1A(以前には2C)、マグネシウム依存性、αアイソフォーム;PSMA3プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、3;RTN1レチキュロン1;SLC35F4溶質輸送体ファミリー35、メンバーF4;TIMM9ミトコンドリア内膜9相同体のトランスロカーゼ(酵母);およびUNQ9438 TIMMをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー22]。癌転帰マーカーが、Chr14、48.7−51.1Mbである方法において、マーカーは、ABHD12Bアブヒドロラーゼドメイン含有12B;ARF6 ADP−リボシル化因子6;ATP5S ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットs(因子B);C14orf104第14染色体オープンリーディングフレーム104;C14orf138第14染色体オープンリーディングフレーム138;CDKL1サイクリン依存性キナーゼ様1(CDC2関連キナーゼ);FRMD6 FERMドメイン含有6;KLHDC1 kelchドメイン含有1;KLHDC2 kelchドメイン含有2;L2HGDH L−2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ;LOC196913仮定上のタンパク質LOC196913;LOC283551仮定上のタンパク質LOC283551;MAP4K5マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ5;MGAT2マンノシル(α−1,6−)−糖タンパク質β−1,2−N−アセチルグルコサミン転移酵素;NINニネイン(GSK3B相互作用タンパク質);POLE2ポリメラーゼ(DNA指向性)、ε2(p59サブユニット);PPIL5ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様5PYGL(ホスホリラーゼ、グリコーゲン;肝臓(ハース病、糖原病タイプVI));RPL36ALリボソームタンパク質L36a様;およびRPS29リボソームタンパク質S29をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー23]。癌転帰マーカーが、Chr4、81.4−83.2Mbである方法において、マーカーは、BMP3骨形成タンパク質3(骨原性);C4orf22第4染色体オープンリーディングフレーム22;FGF5線維芽細胞増殖因子5;PRKG2プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプII;およびRASGEF1B RasGEFドメインファミリー、メンバー1Bをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー24]。癌転帰マーカーが、Chr10、51.9−54.2Mbである方法において、マーカーは、ACF apobec−1相補性因子;ASAH2B N−アシルスフィンゴシンアミドヒドロラーゼ(非リソソームセラミダーゼ)2B;CSTF2T開裂刺激因子、3’RNA前駆体、サブユニット2、64kDa、tau変異体;DKK1 dickkopf相同体1(ゼノパス・ラエビス);MBL2マンノース結合レクチン(タンパク質C)2、可溶性(オプソニン欠損);PRKG1プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプI;SGMS1スフィンゴミエリンシンターゼ1;およびhsa−miR−605をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー25]。癌転帰マーカーが、Chr5、55.2−58.6Mbである方法において、マーカーは、ANKRD55アンキリンリピートドメイン55;C5orf29第5染色体オープンリーディングフレーム29;C5orf35第5染色体オープンリーディングフレーム35;DKFZp686D0972 RIKEN cDNA 4732495G21遺伝子に類似;GPBP1 GC−リッチプロモーター結合タンパク質1;IL31RA(インターロイキン31受容体A);IL6STインターロイキン6シグナルトランスデューサー(gp130、オンコスタチンM受容体);MAP3K1マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ1;MIER3中胚葉誘導初期応答1、ファミリーメンバー3;PDE4Dホスホジエステラーゼ4D、cAMP特異的(ホスホジエステラーゼE3dunce相同体、ドロソフィラ);PLK2ポロ様キナーゼ2(ドロソフィラ);およびRAB3C RAB3CメンバーRAS癌遺伝子ファミリーをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー26]。癌転帰マーカーが、Chr5、67.8−68.5Mbである方法において、マーカーは、CCNB1(サイクリンB1)およびSLC30A5(溶質輸送体ファミリー30(亜鉛輸送体)、メンバー5)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー27]。
【0024】
方法のいずれかにおいても、試験サンプルは、例えば、血液サンプル、腫瘍組織または疑わしい腫瘍組織などの腫瘍細胞、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋組織サンプルまたは前述のいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルを含むことができる組織サンプルとなり得る。模範的な実施形態では、組織サンプルは、肺組織サンプルまたは循環腫瘍細胞を含む末梢血サンプルである。これらの方法のいずれかにおいても、決定するステップ(b)は、インサイチューハイブリダイゼーションによって行うことができる。インサイチューハイブリダイゼーションは、少なくとも2つの核酸プローブで、蛍光で標識されている核酸プローブ、またはペプチド核酸プローブで行うことができる。決定するステップ(b)は、ポリメラーゼ連鎖反応、核酸配列決定アッセイ、または核酸マイクロアレイアッセイによって行うことができる。模範的な実施形態では、肺癌は、非小細胞肺癌であり、これは、例えば、有棘細胞癌、大細胞癌または腺癌となり得る。これらの方法のいずれかにおいても、患者は、化学療法、放射線、手術またはそのいずれかの組み合わせで治療を受けることができる。
【0025】
他の態様では、本開示は、肺癌に罹患した患者のための治療を選択する方法を提供し、方法は、a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップであって、化学療法薬剤を有する治療が患者のために少なくとも1種の治療オプションであるステップ;b)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を決定するステップ;c)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を2つのベースラインコピー数と比較し、それによって、試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ;およびd)ステップc)における比較に基づいた化学療法治療レジメンを決定するステップのステップを含む。ステップc)における比較に基づいた治療レジメンを決定するステップには、例えば、化学療法薬剤を選択するステップおよびコピー数の変化が癌転帰マーカーについて存在するとき化学療法治療の頻度を決定するステップが含まれる。
【0026】
他の態様では、本開示は、a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;b)癌転帰マーカーについてのコピー数を決定するステップ;c)患者において癌転帰マーカーのコピー数の変化の有無を決定するために、癌転帰マーカーについての2つのベースラインコピー数に対して試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数を比較するステップ;およびd)癌転帰マーカーのコピー数の変化の存在に基づいて治療に抵抗性である肺癌を有するものとして患者を分類するステップを含む、治療に抵抗性である肺癌を有するものとして患者を分類する方法を提供する。
【0027】
他の態様では、本開示は、a)癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬;およびb)試験を行うための説明書を含む、キットを提供する。癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬は、例えば、癌転帰マーカーの少なくとも一部にハイブリダイズする検出可能な程度に標識されたポリヌクレオチドを含むことができる。癌転帰マーカーは、染色体DNAの一領域となり得、その増幅は、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、コピー数増加は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーは、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択することができる。癌転帰マーカーは、染色体DNAの一領域となり得、その欠失は、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーは、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択することができる。
【0028】
本特許または出願ファイルは、カラーで作成された少なくとも1つの図面を含む。カラー図面を有する本特許または出願公開のコピーは、必要な手数料の要求および支払い後に官庁によって提供される。
【図面の簡単な説明】
【0029】
【図1】Chr19、34.7Mb−35.6Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー1]
【図2】Chr19、38.9−40.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー2]
【図3】Chr17、69.2−71.3Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー3]
【図4】Chr6、70.8−71.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIb期−IIb期を有する71名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー4]
【図5】Chr6、70.8−71.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー4]
【図6】Chr12、93.7kb−1.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー5]
【図7】Chr11、64.3−64.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー6]
【図8】Chr11、64.3−64.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー6]
【図9】Chr19、57.0−62.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー7]
【図10】Chr6、39.1−39.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー8]
【図11】Chr11、64.8−65.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー9]
【図12】Chr11、64.8−65.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー9]
【図13】Chr11、61.4−64.3Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー10]
【図14】Chr17、51.5−53.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー11]
【図15】Chr17、43.5−44.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー12]
【図16】Chr17、43.5−44.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー12]
【図17】Chr2、147.6−151.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー13]
【図18】Chr2、147.6−151.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー13]
【図19】Chr6、123.7−135.6Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー14]
【図20】Chr8、6.9−8.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー15]
【図21】Chr2、159.9−161.4Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー16]
【図22】Chr2、159.9−161.4Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー16]
【図23】Chr2、200.9−204.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー17]
【図24】Chr6、36.3−36.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー18]
【図25】Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]
【図26】Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIb期−IIb期を有する66名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]
【図27】Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]
【図28】Chr1、109.5−111.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIb期−IIb期を有する71名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー20]
【図29】Chr5、62.9−67.8Mbにおけるコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー1]
【図30】Chr5、53.3−53.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー2]
【図31】Chr4、105.8−107.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー3]
【図32】Chr16、45.8−46.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー4]
【図33】Chr5、50.7−52.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー5]
【図34】Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー6]
【図35】Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー6]
【図36】Chr9、36.1−37.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー7]
【図37】Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー8]
【図38】Chr14、51.1−52.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー9]
【図39】Chr14、61.5−68.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー10]
【図40】Chr9、28.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー11]
【図41】Chr4、43.7−44.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー12]
【図42】Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]
【図43】Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]
【図44】Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]
【図45】Chr3、120.0−121.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー14]
【図46】Chr4、46.2−48.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー15]
【図47】Chr14、38.9−40.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー16]
【図48】Chr4、44.2−44.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー17]
【図49】Chr2、213.7−214.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー18]
【図50】Chr14、43.9−46.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー19]
【図51】Chr14、27.6−28.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー20]
【図52】Chr14、27.6−28.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー20]
【図53】Chr3、98.0−98.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー21]
【図54】Chr3、98.0−98.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー21]
【図55】Chr14、55.2−60.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー22]
【図56】Chr14、48.7−51.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー23]
【図57】Chr4、81.4−83.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー24]
【図58】Chr10、51.9−54.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー25]
【図59】Chr5、55.2−58.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー26]
【図60】Chr5、67.8−68.5Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー27]
【図61】トレーニング(100Kアレイ)データセットおよび妥当性を確認する(SNP6.0アレイ)データセットを用いて得られた平均コピー数パターンを比較する、平均コピー数を示すプロットである。
【図62】ARSKにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図63】ARSKにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図64】C5orf27におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図65】C5orf27におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図66】CASTにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図67】CASTにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図68】ELL2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図69】FAM81Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図70】FAM81Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図71】GLRXにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図72】GLRXにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図73】GPR150におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図74】GPR150におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図75】MCTP1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図76】MCTP1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図77】PCSK1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図78】PCSK1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図79】RFESDにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図80】RFESDにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図81】RHOBTB3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図82】RHOBTB3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図83】SPATA9におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図84】SPATA9におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図85】TTC37におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図86】TTC37におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図87】CCNB1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図88】SLC30A5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図89】MYO15Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図90】SLC16A5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図91】DKFZp761E198におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図92】DKFZp761E198におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図93】EHBP1L1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図94】EHBP1L1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図95】FAM89Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図96】FAM89Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図97】KAT5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図98】KAT5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図99】KCNK7におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図100】KCNK7におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図101】LTBP3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図102】LTBP3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図103】MALAT1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図104】MALAT1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図105】MAP3K11におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図106】MAP3K11におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図107】PACS1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図108】PACS1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図109】PCNXL3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図110】PCNXL3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図111】RELAにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図112】RELAにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図113】RNASEH2Cにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図114】RNASEH2Cにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図115】SCYL1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図116】SCYL1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図117】SIPA1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図118】SIPA1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図119】SSSCA1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図120】SSSCA1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図121】BADにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図122】C11orf20におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図123】BADにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図124】C11orf20におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図125】DNAJC4におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図126】DNAJC4におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図127】ESRRAにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図128】ESRRAにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図129】FADS2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図130】FADS3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図131】FKBP2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図132】FKBP2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図133】FLRT1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図134】GPR137におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図135】HSPC152におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図136】HSPC152におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図137】KCNK4におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図138】KCNK4におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図139】NUDT22におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図140】NUDT22におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図141】PLCB3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図142】PLCB3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図143】PPP1R14Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図144】PPP1R14Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図145】PRDX5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図146】PRDX5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図147】RAB3IL1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図148】TRPT1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図149】TRPT1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図150】vは、VEGFBにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図151】VEGFBにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図152】AKAP1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図153】ANKFN1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図154】C17orf67におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図155】COILにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図156】DGKEにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図157】MSI2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図158】MTVR2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図159】NOGにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図160】RNF126P1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図161】SCPEP1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図162】TRIM25におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【発明を実施するための形態】
【0030】
先に記述されている癌における転帰不良の、発現に基づくマーカーは、十分に確立された臨床診断手段である、FISHで測定することができない。現在まで、遺伝子増幅/欠失は、疾患転帰を予測できるものが同定されていない。本発明者らは、ある特定の癌患者におけるいくつかの染色体配列のコピー数の変化を発見している。さらに、本発明者らは、コピー数の変化が、NSCLCのI期−II期におけるより短い全生存または再発までの期間の縮小と統計的に有意に関連することを決定している。
【0031】
したがって、本開示は、47個のマーカーのいずれか1つにおいて染色体DNAのコピー数を評価することにより、ヒトにおける早期非小細胞肺癌(NSCLC)の予後を決定する方法を提供する。これらのマーカーのそれぞれについて、コピー数の変化は、癌におけるより不良な予後に関連する。コピー数の変化は、1つ以上のコピー数増加またはコピー数損失であった。より不良な予後は、2つのコピーの正常なベースライン補体と比較したとき、コピー数増加またはコピー数損失を有する患者において評価された。より不良な予後は、全生存および再発までの期間の測度を用いて決定した。本開示は、早期NSCLC患者についての改善された予後の情報を示すために特に有益であり、癌再発のリスクがより高いこうした早期NSCLC患者のための治療選択の改善を可能にする。
【0032】
本開示には、早期癌として分類されたNSCLC患者、具体的には、広く用いられるTNM病期分類系を用いてIA期、IB期、IIA期またはIIB期(IIA期およびIIB期は、集合的にII期と称される。)として分類されるものの予後を決定するための方法が含まれる。他の診断上の分類に基づいた代替のNSCLC病期分類系を、組織サンプルが本明細書に開示される方法によってアッセイすることができる患者を同定するために用いることができる。本明細書では、早期NSCLCは、2つ以上のリンパ節に拡散しておらず、他のいかなる臓器にも転移していないNSCLC腫瘍を意味する。早期NSCLC患者は、完全な腫瘍除去を求める外科的切除によってほとんど常に治療されるが、腫瘍が完全に切除されると考えられる場合でも、再発の有意なリスクは、これらの早期患者に存在する。現在の診断様式では、これらの早期癌が、再発のリスクが高く、したがって、アジュバント化学療法で切除後に治療するべきであるまたはネオアジュバント化学療法を用いて切除前に治療するべきであるという正確な予測が可能でない。本開示は、患者サンプルにおける遺伝子コピー数を決定することにより、リスクがより高いこうした早期患者の予後の同定を提供する。
【0033】
したがって、一態様では、本方法は、肺癌の治療対象となる患者において疾患転帰を予測する方法を包含する。患者から得られた生物サンプルである試験サンプルが、提供され、試験サンプル中の選択された癌転帰マーカーについてのコピー数が決定される。試験サンプルから得られたコピー数は、2つのベースラインコピー数に対して比較され、それによって、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定する。試験サンプル中の癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、患者は、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者における疾患転帰のベースライン測度と比較したとき、疾患転帰不良のリスクの増加を有するものとして同定される。癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の存在、すなわち、増幅による2を超えるコピー数、または欠失による2未満のコピー数は、疾患転帰不良を予測するものである。疾患転帰不良は、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比較したときの全生存期間の減少および癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化を有さない患者の再発までの期間と比較したときの再発までの期間短縮の少なくとも1つである。本方法はまた、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化の有無に基づいて、肺癌の治療対象となる患者における疾患転帰を予測する方法を包含し、癌転帰マーカーのコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比較したとき、患者が全生存期間の減少または再発までの期間短縮のリスクがより高いか否かについて決定がなされる。
【0034】
方法のいずれかにおいても、癌転帰マーカーは、染色体DNAの一領域となり得、その増幅は、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、コピー数増加は疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーには、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbが含まれる。あるいは、癌転帰マーカーは、染色体DNAの一領域となり得、その欠失は、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーには、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbが含まれる。
【0035】
本方法は、肺癌に罹患した患者のための治療を選択する問題に適用することもできる。例えば、本方法は、患者から得られたサンプル中の癌転帰マーカーのコピー数の変化の有無に基づいた化学療法治療レジメンを決定することを含むことができる。ステップc)における比較に基づいた治療レジメンを決定するステップには、コピー数の変化が癌転帰マーカーに存在するとき、例えば、化学療法薬剤を選択するステップおよび化学療法治療の頻度を決定するステップが含まれる。例えば、本明細書に記載した通りマーカーに応じてコピー数増加または喪失となり得る、個別の患者における癌転帰マーカーの好ましくないコピー数の変化は、治療に抵抗する肺癌を示す。このような場合、治療提供者は、より強力な化学療法薬剤またはより頻繁な化学療法治療、またはその両方の使用を含めた、通常の化学療法治療レジメンよりもより積極的な治療を希望し得る。
【0036】
したがって、本方法は、治療に抵抗する肺癌を有するものとして患者を分類するために用いることもできる。例えば、コピーの変化が患者から得られたサンプル中に存在することが決定されると仮定すると、患者は、さらなる治療に抵抗する肺癌を有するものとして分類される。患者は、現在、化学療法、放射線、手術またはそのいずれかの組み合わせで治療を受けることができる、または現在、化学療法、放射線、手術治療またはそのいずれかの組み合わせのいずれか1つについて考慮されている。
【0037】
決定するステップ(b)は、例えば、インサイチューハイブリダイゼーションを用いて、より好ましくは、蛍光で標識された核酸プローブまたは核酸類似体を含む蛍光で標識されたプローブによる蛍光インサイチューハイブリダイゼーション(FISH)を用いて行うことができる。好ましくは、少なくとも2つの核酸プローブが用いられる。ペプチド核酸プローブは用いることができる。決定するステップ(b)は、当技術分野で公知の通りポリメラーゼ連鎖反応、核酸配列決定アッセイ、または核酸マイクロアレイアッセイによって行うこともできる。
【0038】
早期NSCLCの試験は、患者から得られた適当な生物サンプルで、インサイチューハイブリダイゼーションによって好ましくは行われる。一般に、インサイチューハイブリダイゼーションには、生物サンプルを固定化するステップ;、1種または複数の染色体プローブを固定サンプル内に含まれた標的DNAとハイブリダイズするステップ;、洗浄して非特異的に結合したプローブを除去するステップ;、ハイブリダイズしたプローブを検出するステップが含まれる。インサイチューハイブリダイゼーションはまた、液体懸濁液中の生物サンプルから得られた検体細胞で行うこともでき、その後、フローサイトメトリーにより検出する。本方法は、好ましくは、マーカー領域に特異的なプローブを含む2つのプローブセットによるFISHアッセイを用いて、患者から得られた生物サンプル中の染色体コピー数異常を評価する。本開示に従って用いるための好ましいFISHプローブは、癌転帰マーカーヌクレオチド配列に特異的な1対のプローブを含み、ヌクレオチド配列の任意の部分を含むことができる。
【0039】
NSCLC予後の同定は、マーカー領域でコード化されることが公知の適当なタンパク質の患者サンプル中での発現を評価することなど、他の予後のインビトロ診断検査と併用することもできる。サンプルが好ましくない転帰(予後不良)に関連する異常な染色体コピー数パターンと併せて、かかるタンパク質の発現が見出される患者は、化学療法などのより積極的な手術後の治療に適格となり得る。
【0040】
通常、肺癌患者の場合、生物サンプルは、循環腫瘍細胞、または肺腫瘍組織生検もしくは切除を含む末梢血サンプルなどの組織サンプルである。他の適当な組織サンプルには、例えば、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋組織サンプルまたは末梢血サンプルのいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルが含まれる。好ましくは、サンプルは、例えば、一般的に認められた病期分類慣行に従って、例えば、病理学的な段階を用いて、IA期、IB期、IIA期またはIIB期のいずれかなど、早期癌として分類されている。
【0041】
本明細書に記載される癌転帰マーカーのポリヌクレオチド配列に従って構成されるプローブは、分析の様々なタイプを提供するために様々なアッセイ方法で用いることができる。例えば、かかるプローブは、コピー数プロファイリングを含めて、染色体分析を行うために蛍光インサイチューハイブリダイゼーション(FISH)技術で用いることができ、癌転帰マーカーにおける癌特異的コピー数の変化を同定するために用いることができる。プローブはまた、ラジオアイソトープ、直接もしくは間接的に検出可能なハプテン、または蛍光分子で標識することができ、組織検体もしくは細胞中で癌転帰マーカーのコピー数を評価するためにインサイチューハイブリダイゼーション研究に利用することができる。
【0042】
プローブは、標的ポリヌクレオチド配列に選択的に結合し、これは本明細書に記載した通り癌転帰マーカーの配列の少なくとも一部分、すなわち、ある特定の個体において増幅される染色体領域である。本明細書で提供される癌転帰マーカーのヌクレオチド配列、またはその任意の部分は、試験サンプル中のコピー数プロファイリングのための様々なアッセイに用いることができるプローブを生成するために用いることができる。プローブは、目的とする癌転帰マーカーの保存されたヌクレオチド領域から設計されてもよく、目的とする癌転帰マーカーの保存されないヌクレオチド領域、またはその中に含まれる遺伝子およびそれらの部分を含めたそれらの任意の部分から設計されてもよい。アッセイにおける最適化のためのかかるプローブの設計は、当業者の技術の範囲内である。一般に、核酸プローブは、最大の特異性が望まれるとき、保存されないまたは独特の領域から発生され、例えば、多重遺伝子ファミリーの異なるメンバーにまたはマウスおよびヒトのような近縁種中で密接に関連するヌクレオチド領域についてアッセイするとき、核酸プローブは、保存される領域から発生される。
【0043】
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、核酸またはその混合物中に含まれる所望の核酸配列(標的)を増幅するための技法である。PCRでは、1対のプライマーは、標的核酸の相補的なストランドにハイブリダイズするために過剰に用いられる。プライマーは、鋳型として標的核酸を用いたポリメラーゼによってそれぞれ拡張される。拡張生成物は、標的配列自体になり、その後、元の標的ストランドから解離する。次いで、新規なプライマーは、ハイブリダイズされ、ポリメラーゼによって拡張され、周期は、標的配列分子の数を幾何学的に増加するために繰り返される。PCRは、米国特許第4,683,195号および米国特許第4,683,202号に開示され、これらは参照により本明細書に組み込まれる。
【0044】
リガーゼ連鎖反応(LCR)は、核酸増幅のための代替方法である。LCRでは、プローブ対は、2つの一次(第1および第2)プローブおよび2つの二次(第3および第4)プローブを含むものが用いられ、そのすべては、標的に送るためにモル過剰で用いられる。第1のプローブは標的ストランドの第1のセグメントにハイブリダイズし、第2のプローブは、標的ストランドの第2のセグメントにハイブリダイズし、第1および第2のセグメントは、一次プローブが5’リン酸−3’ヒドロキシ関係で互いに隣接するように、およびリガーゼが2つのプローブを縮合した生成物に共有結合的に縮合することも結合することもできるように近接する。さらに、第3の(二次)プローブは、第1のプローブの一部にハイブリダイズすることができ、第4の(二次)プローブは、類似の結合のやり方で第2のプローブの一部にハイブリダイズすることができる。もちろん、標的が最初に二重鎖である場合、第2のプローブはまた、最初の事例において標的補体にハイブリダイズする。一次プローブの結合したストランドが標的ストランドから分離されてから、それは、相補的な、二次結合生成物を形成するために結合することができる第3および第4のプローブでハイブリダイズする。結合生成物が標的またはその補体に機能的に相当することを実現することが重要である。ハイブリダイゼーションおよび連結反応の繰り返し周期によって、標的配列の増幅は達成される。この技法は、1989年6月16日に公開されたK.BackmanのEP−A−320 308および1991年7月31日に公開されたK.BackmanらのEP−A−439 182に、より完全に記載されており、その両方は参照により本明細書に組み込まれる。
【0045】
mRNAの増幅について、これは、mRNAをcDNAに逆転写し、その後ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)を行うこと;または、参照により本明細書に組み込む米国特許第5,322,770号に記載される通り両方のステップのために単一の酵素を用いること;またはmRNAをcDNAに逆転写し、その後、やはり参照により本明細書に組み込まれるR.L.Marshallら、PCR Methods and Applications 4:80−84頁(1994年)によって記載される通り、非対称性ギャップリガーゼ連鎖反応(RT−AGLCR)を行うことは本開示の範囲内である。
【0046】
染色体プローブ。インサイチューハイブリダイゼーション技法のための適当なプローブは、3つの広範な群、すなわち、染色体領域にハイブリダイズし、染色体の有無を示す染色体計数プローブ;染色体領域にハイブリダイズし、染色体の腕の有無を示す染色体腕プローブ;および染色体上の特異的な座にハイブリダイズし、特異的な座の有無を検出する座特異的プローブに属する。染色体プローブおよびそれらの組み合わせは、本方法に用いられるとき、感受性および/または特異性について選択される。プローブセットには、任意の数のプローブ、例えば、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、15または20個のプローブを含むことができる。個別のプローブおよびプローブセットの選択は、例えば、US20060063194に記載される通り、通常の当技術分野に従って行うことができ、その全体の開示は、参照により本明細書に組み込まれる。かかる選択方法は、識別および/または組み合わせ分析を利用して、癌転帰マーカーのコピー数プロファイリングのために有用であるプローブおよびプローブセットを選択する。
【0047】
異常なコピー数パターン(異数体性(aneusomy)または多染色体性)の検出のために本開示に従ってインサイチューハイブリダイゼーション方法において使用するための適当なプローブは、染色体計数プローブおよびマーカー配列の一部にハイブリダイズ可能な染色体座特異的プローブの、他と区別できるように標識された各プローブとの組み合わせである。当技術分野で周知の通り、染色体計数プローブは、セントロメアの近くに位置するもしくはそれから除去された反復配列にハイブリダイズすることができる、または、染色体上の任意の位置に位置づけられた独特の配列にハイブリダイズすることができる。例えば、染色体計数プローブは、染色体のセントロメアに関連する反復DNAでハイブリダイズすることができる。霊長類染色体のセントロメアは、α−サテライトDNAと称される約171塩基対のモノマー反復長からなるDNAの長タンデム反復の複合体ファミリーを含む。特異的な染色体計数プローブの限定しない例としては、SpectrumGreen(商標)CEP(登録商標)10プローブ(Abbott Molecular、Inc.、Des Plaines、Illinois)である。例えば、第19番染色体計数プローブを、Chr19、34.7Mb−35.6Mbにおけるコピー数異常を検出するために座特異的プローブと共に用いて、例えば、その中に含まれる座の欠失および/または多染色体性の状態を決定する。座特異的プローブは、染色体上で特異的な、非反復座にハイブリダイズする。適当なプローブは、例えば、任意の遺伝子の少なくとも一部を含み、そのためマーカー配列は、遺伝子をコードするヌクレオチド配列を含む。座特異的プローブは、例えば、Vysis CEP(登録商標)10 SpectrumGreenプローブと混合したプローブセットとして、Abbott Molecular Inc.から市販されている。
【0048】
動原体DNAでハイブリダイズするプローブは、Abbott Molecular Inc.(Des Plaines、IL)およびMolecular Probes、Inc.(Eugene、OR)から市販されている。あるいは、プローブは、周知の技法を用いて非商業的に作製することができる。DNAプローブを構成するのに用いるためのDNAの供給源には、ゲノムDNA、バクテリア人工染色体(BAC)などのクローン化DNA配列、宿主の正常な染色体補体と共にヒトの染色体の1本または一部を含む体細胞ハイブリッドおよびフローサイトメトリーまたは顕微解剖によって精製した染色体が含まれる。目的とする領域は、クローン化によってまたはポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を介した部位特異的な増幅によって単離することができる。例えば、Nathら、Biotechnic Histochem、1998年、73巻(1号):6−22頁;Wheelessら、Cytometry、1994年、17巻:319−327頁;および米国特許第5,491,224号を参照のこと。有用な座特異的プローブを製造するために用いられる出発ヒトDNAは、University of California Santa Cruzによって維持されたものなどのヒトゲノムデータベースから座についての核酸配列を取得することにより、次いで、有用なBACクローンを同定するためにRoswell Park Cancer CenterまたはInvitrogenによって維持されたものなどBACヒトDNAライブラリを、コンピュータでスクリーニングするために配列決定するものを用いることにより得ることができる。合成されたオリゴマーDNAプローブまたはペプチド核酸(PNA)プローブなどの核酸類似体から作成されたプローブは用いることもできる。
【0049】
本開示によるプローブによって検出された染色体領域のサイズは、例えば、短い200塩基対プローブ配列から900,000塩基の大型セグメントまで、サイズで変わり得る。直接標識されている座−特異的なプローブは、複雑さにおいて好ましくは少なくとも100,000塩基であり、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第5,756,696号に開示される通り、非標識の遮断核酸を用いて、プローブの非特異的な結合を避ける。遮断核酸としてのペプチド核酸などの非標識の、合成オリゴマー核酸または非標識の核酸類似体を用いることも可能である。
【0050】
染色体プローブは、染色体にハイブリダイズしたとき、プローブの検出を容易にする任意の検出部分を含むことができる。有効な検出部分には、本明細書に記載した通り直接および間接標識が含まれる。検出可能な標識の例には、フルオロフォア(すなわち、光を吸収してから蛍光を発する有機分子)、放射活性同位体(例えば、32Pおよび3H)ならびに発色団(例えば、視覚的に検出可能なマーカーを生成する酵素マーカー)が含まれる。フルオロフォアが好ましく、これは、ニックトランスレーション、ランダムプライミングおよびPCR標識化などの標準の技法で、標識されたヌクレオチドをプローブに取り込むことによりヌクレオチドへの共有結合後に直接標識することができる。あるいは、プローブ内のデオキシシチジンヌクレオチドは、リンカーでアミノ基転移することができる。次いで、フルオロフォアは、アミノ基転移したデオキシシチジンヌクレオチドに共有結合することができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれるBittnerらについての米国特許第5,491,224号を参照のこと。有用なプローブ標識化技法は、参照により本明細書に組み込まれるMolecular Cytogenetics:Protocols and Applications、Y.−S.Fan、Ed.、Chap.2、「Labeling Fluorescence In Situ Hybridization Probes for Genomic Targets」、L.Morrisonら、21−40頁、Humana Press、(C)2002年に記載されている。
【0051】
本明細書に記載した方法において用いることができるフルオロフォアの例は、7−アミノ−4−メチルクマリン−3−酢酸(AMCA)、Texas Red(商標)(Molecular Probes、Inc.、Eugene、OR);5−(および−6)−カルボキシ−X−ローダミン、リサミンロダミンB、5−(および−6)−カルボキシフルオレセイン;フルオレセイン−5−イソチオシアナート(FITC);7−ジエチルアミノクマリン−3−カルボン酸、テトラメチルローダミン−5−(および−6)−イソチオシアナート;5−(および−6)−カルボキシテトラメチルローダミン;7−ヒドロキシクマリン−3−カルボン酸;6−[フルオレセイン5−(および−6)−カルボキシアミド]ヘキサン酸;N−(4,4−ジフルオロ−5,7−ジメチル−4−ボラ−3a,4aジアザ−3−インダセンプロピオン酸(indacenepropionic acid);エオシン−5−イソチオシアナート;エリスロシン−5−イソチオシアナート;5−(および−6)−カルボキシローダミン6G;およびCascade(商標)青色アセチルアジド(Molecular Probes、Inc.、Eugene、OR)である。好ましいプローブセットでは、異なる色のフルオロフォアが、セット中の各染色体プローブが明瞭に視覚化することができるように用いられる。
【0052】
ハイブリダイゼーション後、プローブは、蛍光顕微鏡および各フルオロフォアのための適当なフィルターで、または複数のフルオロフォアを観察するために二重もしくは三重バンドパスフィルターセットを用いることにより見ることができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれるBittnerらの米国特許第5,776,688号を参照のこと。任意の適当な顕微鏡の画像処理方法は、MetaSystemsまたはApplied Imagingから入手可能なものなど、自動化されたデジタル画像処理系を含めて、ハイブリダイズしたプローブを可視化するために用いることができる。あるいは、フローサイトメトリーなどの技法が、染色体プローブのハイブリダイゼーションパターンを試験するために用いることができる。
【0053】
プローブはまた、例えば、当技術分野で周知の手段によってビオチンまたはジゴキシゲニンで間接的に標識することもできる。しかし、次いで、二次検出分子またはさらなるプロセシングは、標識されたプローブを可視化するために必要とされる。例えば、ビオチンで標識されたプローブは、検出可能なマーカー、例えば、フルオロフォアに結合したアビジン(例えば、ストレプトアビジン)によって検出することができる。さらに、アビジンは、アルカリホスファターゼまたは西洋ワサビペルオキシダーゼなどの酵素マーカーに結合することができる。かかる酵素マーカーは、酵素のための基質を用いた標準の比色反応で検出することができる。アルカリホスファターゼのための基質には、5−ブロモ−4−クロロ−3−インドリルフォスファートおよびニトロ青色テトラゾリウムが含まれる。ジアミノベンジジンは、西洋ワサビペルオキシダーゼのための基質として用いることができる。
【0054】
本方法で有用なプローブおよびプローブセットは、本明細書に記載した方法を実施するのに用いられるキットに他の試薬と共に包装することができる。
【0055】
好ましいプローブセット。模範的なプローブ組成物は、直接標識されたDNA FISHプローブの混合物を含む。例えば、このようなプローブセットには、Vysis SpectrumOrangeプローブおよびVysis SpectrumGreenプローブが含まれた。適当なプローブセットは、適当なハイブリダイゼーション緩衝液中で予め混合されたものを市販している。
【0056】
サンプルの調製。生物サンプルは、患者サンプルから得られた細胞含有抽出物を含めて、細胞もしくは細胞の材料を含むサンプルである。例えば、肺サンプルは、通常、肺実質、細気管支、気管支の、気管支および気管を含むがそれだけには限らない細胞もしくは肺の構造に由来する細胞の材料である。肺癌の検出のために有用な生物サンプルの限定しない例には、気管支検体、切除された肺組織、肺生検および喀痰サンプルが含まれる。気管支検体の例には、気管支の分泌物、洗液、洗浄、吸引およびブラッシングが含まれる。肺生検は、手術、気管支鏡検査、穿刺吸引(FNA)および経胸針生検を含めた方法によって得ることができる。一例では、タッチ調製物(touch preparation)は、肺生検から作製することができる。本発明のアッセイは、早期NSCLC患者から得られた血液サンプルに由来する循環腫瘍細胞サンプルで行うこともできる。循環腫瘍細胞サンプルは、Immuniconから入手可能な免疫磁気分離技術を用いて調製することができる。
【0057】
組織は、ホルムアルデヒドなどの固定液で固定し、次いで、パラフィンに包埋することができる。次いで、切片は、ミクロトームを用いて切断され、顕微鏡スライドに適用される。細胞診断検体は、FNAに由来する細胞懸濁液、気管支洗液、気管支洗浄、または喀痰、または播種状組織細胞から調製することができる。細胞診断検体は、細胞遠心分離(cytocentrifugation)、薄層沈着方法(例えば、ThinPrep、Cytyc Corp.)、スメア、または顕微鏡スライド上でのピペッティングと合わせてエタノールもしくはメタノール:酢酸中の細胞の固定によって調製することができる。さらに、生物サンプルは、滲出液、例えば、胸水、心嚢貯留液、または腹水を含むことができる。
【0058】
ハイブリダイゼーション方法。任意の適当なインサイチューハイブリダイゼーション方法は用いることができる。インサイチューハイブリダイゼーション前に、それぞれ細胞内に含まれる染色体プローブおよび染色体DNAは変性される。染色体プローブが一本鎖の核酸として調製される場合、プローブの変性は必要とされない。変性は、通常、高いpH、熱(例えば、約70℃から約95℃までの温度)の存在下で、ホルムアミドおよびテトラアルキルアンモニウムハロゲン化物などの有機溶媒、またはそれらの組み合わせをインキュベートすることにより行われる。例えば、染色体DNAは、70℃を超える温度(例えば、約73℃)および70%ホルムアミドおよび2X SSC(0.3M塩化ナトリウムおよび0.03Mクエン酸ナトリウム)を含む変性緩衝液の組み合わせにより変性させることができる。変性条件は、通常、細胞形態が保存されるように確立される。例えば、染色体プローブは、熱によって、例えば、約5分間約73℃までプローブを加熱することにより変性させることができる。
【0059】
変性する化学薬品または条件を取り除いてから、プローブは、ハイブリダイズ条件下で染色体DNAとアニーリングされる。「ハイブリダイズ条件」は、プローブと標的染色体DNAとの間のアニーリングを容易にする条件である。ハイブリダイゼーション条件は、濃度、塩基組成物、複雑性およびプローブの長さ、ならびに塩濃度、温度およびインキュベーションの長さに応じて変わる。例えば、インサイチューハイブリダイゼーションは、1−2.X.SSC、50−55%ホルムアミド、ハイブリダイゼーションアクセレラタント(acceleratant)(例えば、10%硫酸デキストラン)および非特異的なハイブリダイゼーションを抑制するための非標識の遮断DNAを含むハイブリダイゼーション緩衝液中で通常行われる。一般に、前述した通り、ハイブリダイゼーション条件は、約25℃から約55℃の温度および約0.5時間から約96時間のインキュベーションの長さが含まれる。より具体的には、ハイブリダイゼーションは、約32℃から約45℃で約2時間から約16時間行うことができる。
【0060】
染色体プローブの標的領域の外側のDNAへの非特異的な結合は、塩溶液による一連の洗浄により除去することができる。それぞれの洗浄における温度および塩の濃度は、所望の厳密さに依存する。例えば、厳密性が高い条件の場合、洗浄は、0.2.Xから約2.X.SSCおよびNonidet P−40(NP40)などの非イオン性界面活性剤の約0.1%から約1%を用いて約65℃から約80℃で行うことができる。厳密性は、洗浄の温度を下げることによりまたは洗浄中の塩の濃度を高めることにより低下させることができる。
【0061】
プローブの組織サンプルへのハイブリダイゼーションは、手動で、またはThermoBriteハイブリダイゼーションオーブン、VP 2000プロセッサ、またはXMatrix(商標)プロセシング器具(すべてAbbott Molecular、Inc.から市販されている)などの器具の補助で行うことができる。
【0062】
細胞の予選択。細胞サンプルは、様々な方法によりおよび様々な基準を用いて予備的に評価することができる。本明細書に記載したプローブおよび方法は、ある特定のスクリーニング方法論による使用に制限されない。一例としては、例えば、DAPIフィルターで見るなど、観察者が細胞学的な異常について数百から数千の細胞を走査する「走査法」である。評価した細胞数は、検体の細胞充実性に依存し、これは患者によって変わる。形成異常のおよび腫瘍性細胞に一般的であるが一定でなく関連した細胞学的な異常は、核増大、不規則な核および異常なDAPI染色(しばしばまだらであり色が薄い。)が含まれる。走査ステップでは、観察者は、(FISHによって実証される通り)細胞学的な異常をも示すこれらの細胞の染色体異常についての細胞の評価を好ましくは焦点に絞る。さらに、明らかな細胞学的な異常を有さない細胞の割合は、染色体異常がまた、細胞学的な異常がない場合に起こるため評価することができる。この走査法は、参照により本明細書に組み込まれるHallingらの米国特許第6,174,681号にさらに詳細に記載されている。肺癌細胞は、参照により本明細書に組み込まれるMorrisonによる米国特許公報第2003/0087248 A1号に記載されている方法を用いて評価のために選択することができる。
【0063】
検体の領域は、ヘマトキシリンおよびエオシンを含む染色など、従来の染色を用いて評価のために選択することもできる。例えば、病理学者は、パラフィン包埋検体の切片をヘマトキシリン/エオシン染色で染色し、組織形態および染色パターンにより恐らく癌性として領域を同定し、フェルトインクペンまたはガラススクライバーでその領域の輪郭を描くことができる。次いで、印の付いた領域は、ガラススクライバーでパラフィン包埋検体の連続切片上の対応する位置に移され、FISHは、そのスライド上で行われる。次いで、印を付けた領域内の細胞は、FISHシグナルについて評価される。
【0064】
染色体異常の分類パターンの検出。異常細胞は、染色体のコピー数異常の1つ以上のパターンの存在を特徴とする。患者サンプルにおける細胞中のコピー数異常パターンの存在は、細胞中の染色体プローブ(例えば、各プローブのシグナルの数)のハイブリダイゼーションパターンを試験し、シグナルの数を記録することにより評価される。異数体性は、通常、全染色体または染色体上の座のいずれかの異常コピー数を意味するものである。異常なコピー数には、欠失とも称され、2コピーを超える、常染色体の一染色体性(1コピー)および零染色体性(nullsomy)(0コピー)が含まれ、これは、ある特定の染色体の座の場合、時折、遺伝子増幅と称される(あるいは、増幅は、遺伝子コピー数が、それが含まれる染色体のコピー数を超える状態に確保されている。)。しかし、パラフィン包埋検体(通常4−6μm)の切片化は、一部の細胞についての細胞当たりのFISHシグナルの数が、無傷の核の中の実際のコピーの数よりもいくぶん少なくなるように細胞核のトランケーションをもたらすことができる。本明細書に記載した方法において、各プローブ用の特定のFISHプローブハイブリダイゼーションシグナルの絶対数は、決定され、次いで、様々な比率の比較に用いられる。
【0065】
試験サンプルは、臨床診断に十分である任意の数の細胞を含むことができ、好ましいパラフィン包埋組織サンプルにおいて、ハイブリダイゼーションパターンは、通常、約20細胞から約200細胞中で評価される。サンプル当たり約40細胞から約120細胞中のハイブリダイゼーションパターンを評価することが好ましい。
【0066】
したがって、本開示は、早期疾患の患者が疾患の再発または転移のリスクが最も高いことおよび長期生存の機会を最大限にするために薬物(もしくは放射線などの代替)治療で決定的に治療されるべきである患者を決定する方法を提供することにより、認識される治療ジレンマを解決することができる新たな知見(癌転帰マーカーのDNAコピー数の変化)を記載している。また、本開示は、癌転帰マーカーの数のいずれか1つにおける染色体のコピー数の変化を検出する特異的なDNA試験を可能にする知見を記載している。その結果、コピー数の変化についての試験が陰性である、または正常なコピー数が存在するとき、これは、初期の腫瘍の切除後フォローアップ治療を必要としない疾患の再発または転移のリスクが低いまたはリスクがない患者を同定する。この試験戦略は、早期NSCLCの患者における罹患率および死亡率の両方にかなり影響を与え得る。本明細書に用いられる方法はまた、疾患進行までの期間および/または全生存と有意に関連する癌転帰マーカーのDNAコピー数増加を同様に検出するための他の癌への適用を示唆している。そのようなものとして、本明細書に記載した方法は、早期NSCLC患者が、手術後の薬物療法を受けるべきであるという問題を解決する潜在能力を有し、癌治療決定および患者転帰に広く影響を与えることができる。
【0067】
キット。他の態様では、本開示は、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬を含むキットを提供する。キットには、試験を行う試薬を用いるための説明書が含まれる。癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬は、例えば、癌転帰マーカーの少なくとも一部にハイブリダイズする検出可能な程度に標識されたポリヌクレオチドを含むことができる。ポリヌクレオチド(プローブ)は、例えば、癌転帰マーカーの任意の部分にハイブリダイズする配列のために選択することができる。癌転帰マーカーは、染色体DNAの一領域となり得、その増幅は、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、コピー数増加は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーは、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択することができる。癌転帰マーカーは、代わりに染色体DNAの一領域となり得、その欠失は、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーは、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択することができる。したがって、プローブは、例えば、本明細書の他で記載した通りその中にコードされた遺伝子のいずれかの任意の部分を含めて、上に挙げたマーカーのいずれかの任意の部分にハイブリダイズする配列のために選択することができる。
【0068】
本開示の詳細は、以下の例にさらに記載されており、これは、特許請求された本発明の範囲を制限するものではない。当業者は、本発明の変形形態および修正形態が、本発明の明細書を再検討した後明らかになり得ることを認識している。したがって、本発明の範囲または精神から逸脱することなく、本明細書に記載した実施形態のかかる修正形態および変形形態を提供することが目的である。
【実施例】
【0069】
実施例1:NSCLC患者サンプルの分析
実験方法:検体。合計178個のNSCLC臨床的注解サンプルを、高密度SNP遺伝子型判定マイクロアレイ(Affymetrixによる100Kアレイセット)を用いてコピー数変更についてプロファイルした。すべてのサンプルを注意深く解剖して腫瘍/正常組織比を最大限にし、病理組織学的なタイプおよび段階を検証した。I期およびII期サンプルを有する患者から得られたサンプルのみを分析した。これらのすべては、いかなるフォローアップまたはネオアジュバント化学療法もなく外科的切除で治療した患者からのものである。各患者について収集した臨床情報には、人種、年齢、生年月日、性別、臨床病期、病理学的段階、位置、外科的処置(SP)日、組織像、分化、診断日、結節陽性、喫煙状況、化学療法状態、放射線状態、再発状態、再発日、再発位置、再発までの期間、最後のフォローアップ日、最後のフォローアップ時の状態、生/死、全生存および死亡原因が含まれた。再発までの期間(TTR)および全生存(OS)を、転帰のパラメータとして選択した。他の臨床パラメータ(結節状態、病期など)を、交絡変数とみなした。肺癌の再発までの期間および全生存期間を、患者カルテから得た。
【0070】
表2および3は、研究された患者コホートについて、それぞれ全生存および再発までの全期間の図を提供する。
【0071】
【表2】
【0072】
【表3】
【0073】
コピー数プロファイリング。各腫瘍から得られたおよそ30mgの組織を用いて、製造業者による説明書に従い、Qiagen DNAeasyキット(Qiagen、Valencia、CA)を用いて高分子量、ゲノムDNAを抽出した。DNAの品質を、アガロースゲル電気泳動によって点検した。DNA250ナノグラムを、23.6kbの平均のマーカー間の距離を有するヒトゲノムにおいて、116,204個の一塩基多型(SNP)座を覆う、Genechip Human Mapping 100Kセット(Matsuzaki H、Dong S、Loi Hら、Genotyping over 100,000 SNPs on a pair of oligonucleotide arrays. Nat Methods 2004年;1巻:109−11頁)−アレイ(Affymetrix、Inc.、Santa Clara、CA)を含む、2つのマイクロアレイのそれぞれへのハイブリダイゼーションのために処理した。マイクロアレイを、製造業者の推奨(www.affymetrix.com)に従って処理した。コピー数を、48個の正常な女性サンプルの平均値とチップシグナルを比較することにより算出した。正常組織の汚染を有するサンプルを、QCによって除去した。
【0074】
統計的方法。一変量分析を用いて、潜在的交絡因子としての以下のパラメータ、すなわち、病理学的段階、臨床病期、喫煙状況、年齢、性別、結節状態、組織像(腺癌対有棘細胞癌)を試験した。有意な効果を検出しなかった。生存時間解析において、臨床病期およびマーカー領域の相互作用を試験した。コピー数異常は、病期との有意な相互作用を有さなかった(FDRp値<0.05)。
【0075】
結果:I期−II期の疾患の患者のみを分析した。図1−28は、示された通り選択されたマーカーの増幅(すなわち、少なくとも1個のコピー数増加)を有するおよび有さない患者間のOSまたはTTRにおける差を示すそれぞれのカプラン−マイヤープロットである。図29−60は、示された通り選択されたマーカーの欠失(すなわち、少なくとも1個のコピー数の喪失)を有するおよび有さない患者間のOSまたはTTRにおける差を示すそれぞれのカプラン−マイヤープロットである。すべての図1−60において、x−軸は、日単位の時間を示し、y−軸は、患者生存の確率(OSの場合)、または、患者の疾患再発がない(TTRの場合)確率を示す。関連するイベントが起こった場合(OSの場合死亡、またはTTRの場合疾患再発)、曲線は下降する。すべての図1−60において、上側の線は、常に、2つの正常なベースライン補体を有する患者から得られたデータを示す。図1−28において、マーカーのコピー数増加を有する患者についてのデータを、赤色で示し、2つの正常なベースライン補体を有する患者についてのデータを緑色で示す。図29−60において、2つの正常なベースライン補体を有する患者についてのデータを、緑色で示したいくつかの図(図29、30、35、37−40、43、44、47、50、55−57および60)中で、および赤色で示した他の図(図31−34、36、41、42、45、46、48、49、51−54、58および59)中で常に上側の線で示し、マーカーのコピー数損失を有する患者についてのデータを、青色のいくつかの図(図29、30、35、37−40、43、44、47、50、55−57および60)で示し、緑色の他の図(図31−34、36、41、42、45、46、48、49、51−54、58および59)で示す。より具体的には、これらの図は、以下の通りの結果を示す。
【0076】
図1は、Chr19、34.7Mb−35.6Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー1]。FDR補正済みp値=0.0299。17サンプル:3コピー、3サンプル:4コピー、7サンプル:5以上のコピー。
【0077】
図2は、Chr19;38.9−40.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー2]。FDRp値=0.0085。17サンプル:3コピー;3サンプル:4コピー;4サンプル:5以上のコピー。
【0078】
図3は、Chr17;69.2−71.3Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー3]。FDRp値=0.0304。16サンプル:3コピー;5サンプル:4コピー。
【0079】
図4は、Chr6、70.8−71.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIb期−IIb期を有する71名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー4]。FDRp値=0.0116。15サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー、1サンプル:5以上のコピー。
【0080】
図5は、Chr6、70.8−71.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー4]。FDRp値=0.0110。15サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー、1サンプル:5以上のコピー。
【0081】
図6は、Chr12、93.7kb−1.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー5]。FDRp値=0.0493。5サンプル:3コピー、5サンプル:4コピー、1サンプル:5以上のコピー。
【0082】
図7は、Chr11、64.3−64.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー6]。FDRp値=0.0413。9サンプル:3コピー、2サンプル:5以上のコピー。
【0083】
図8は、Chr11、64.3−64.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー6]。FDRp値=0.0040。9サンプル:3コピー、2サンプル:5以上のコピー。
【0084】
図9は、Chr19、57.0−62.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー7]。FDRp値=0.0091。10サンプル:3コピー、3サンプル:4コピー。
【0085】
図10は、Chr6、39.1−39.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー8]。FDRp値=0.0356。13サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー。
【0086】
図11は、Chr11、64.8−65.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー9]。FDRp値=0.0484。5サンプル:3コピー、2サンプル:5以上のコピー。
【0087】
図12は、Chr11、64.8−65.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー9]。FDRp値=0.0004。5サンプル:3コピー、2サンプル:5以上のコピー。
【0088】
図13は、Chr11、61.4−64.3Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー10]。FDRp値=0.0004。8サンプル;3コピー、1サンプル:4コピー。
【0089】
図14は、Chr17、51.5−53.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー11]。FDRp値=0.0054。8サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー。
【0090】
図15は、Chr17、43.5−44.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー12]。FDRp値=0.0269。4サンプル:3コピー、2サンプル:4コピー。
【0091】
図16は、Chr17、43.5−44.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー12]。FDRp値=0.0040。5サンプル:3コピー、2サンプル:4コピー。
【0092】
図17は、Chr2、147.6−151.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー13]。FDRp値=0.0210。7サンプル:3コピー。
【0093】
図18は、Chr2、147.6−151.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー13]。FDRp値=0.0233。7サンプル:3コピー。
【0094】
図19は、Chr6、123.7−135.6Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIb期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー14]。FDRp値=0.0377。7サンプル:3コピー。
【0095】
図20は、Chr8、6.9−8.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー15]。FDRp値=0.0166。7サンプル:3コピー。
【0096】
図21は、Chr2、159.9−161.4Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー16]。FDRp値=0.0013。4サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー。
【0097】
図22は、Chr2、159.9−161.4Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー16]。FDRp値=0.0001。4サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー。
【0098】
図23は、Chr2、200.9−204.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー17]。FDRp値=0.0398。6サンプル:3コピー。
【0099】
図24は、Chr6、36.3−36.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー18]。FDRp値=0.0347。6サンプル:3コピー。
【0100】
図25は、Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]。FDRp値=0.04。5サンプル:3コピー。
【0101】
図26は、Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIb期−IIb期を有する66名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]。FDRp値=0.0351。6サンプル:3コピー。
【0102】
図27は、Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]。FDRp値=0.0075。5サンプル:3コピー。
【0103】
図28は、Chr1、109.5−111.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIb期−IIb期を有する71名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー20]。FDRp値=0.0224。5サンプル:3コピー。
【0104】
図29は、Chr5、62.9−67.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー1]。FDRp値=0.0282。10サンプルにおいて欠失。
【0105】
図30は、Chr5、53.3−53.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー2]。FDRp値=0.0409。12サンプルにおいて欠失。
【0106】
図31は、Chr4、105.8−107.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー3]。FDRp値=0.0469。21サンプルにおいて欠失。
【0107】
図32は、Chr16、45.8−46.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー4]。FDRp値=0.0039。11サンプルにおいて欠失。
【0108】
図33は、Chr5、50.7−52.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー5]。FDRp値=0.0000。10サンプルにおいて欠失。
【0109】
図34は、Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー6]。FDRp値=0.0202。7サンプルにおいて欠失。
【0110】
図35は、Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー6]。FDRp値=0.0282。10サンプルにおいて欠失。
【0111】
図36は、Chr9、36.1−37.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー7]。FDRp値=0.0468。24サンプルにおいて欠失。
【0112】
図37は、Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー8]。FDRp値=0.0282。10サンプルにおいて欠失。
【0113】
図38は、Chr14、51.1−52.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー9]。FDRp値=0.0008。9サンプルにおいて欠失。
【0114】
図39は、Chr14、61.5−68.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー10]。FDRp値=0.0034。9サンプルにおいて欠失。
【0115】
図40は、Chr9、28.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー11]。FDRp値=0.0270。9サンプルにおいて欠失。
【0116】
図41は、Chr4、43.7−44.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー12]。FDRp値=0.0053。8サンプルにおいて欠失。
【0117】
図42は、Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]。FDRp値=0.0121。7サンプルにおいて欠失。
【0118】
図43は、Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]。FDRp値=0.0425。8サンプルにおいて欠失。
【0119】
図44は、Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]。FDRp値=0.0320。8サンプルにおいて欠失。
【0120】
図45は、Chr3、120.0−121.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー14]。FDRp値=0.0228。8サンプルにおいて欠失。
【0121】
図46は、Chr4、46.2−48.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー15]。FDRp値=0.0341。8サンプルにおいて欠失。
【0122】
図47は、Chr14、38.9−640.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー16]。FDRp値=0.0451。8サンプルにおいて欠失。
【0123】
図48は、Chr4、44.2−44.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー17]。FDRp値=0.0053。7サンプルにおいて欠失。
【0124】
図49は、Chr2、213.7−214.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー18]。FDRp値=0.0286。7サンプルにおいて欠失。
【0125】
図50は、Chr14、43.9−46.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー19]。FDRp値=0.0009。6サンプルにおいて欠失。
【0126】
図51は、Chr14、27.6−28.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー20]。FDRp値=0.0021。6サンプルにおいて欠失。
【0127】
図52は、Chr14、27.6−28.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー20]。FDRp値=0.0101。5サンプルにおいて欠失。
【0128】
図53は、Chr3、98.0−98.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー21]。FDRp値=0.0316。6サンプルにおいて欠失。
【0129】
図54は、Chr3、98.0−98.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー21]。FDRp値=0.0416。5サンプルにおいて欠失。
【0130】
図55は、Chr14、55.2−60.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー22]。FDRp値=0.0345。6サンプルにおいて欠失。
【0131】
図56は、Chr14、48.7−51.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー23]。FDRp値=0.0006。5サンプルにおいて欠失。
【0132】
図57は、Chr4、81.4−83.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー24]。FDRp値=0.0047。5サンプルにおいて欠失。
【0133】
図58は、Chr10、51.9−54.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー25]。FDRp値=0.0067。5サンプルにおいて欠失。
【0134】
図59は、Chr5、55.2−58.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー26]。FDRp値=0.0130。5サンプルにおいて欠失。
【0135】
図60は、Chr5、67.8−68.5Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー27]。FDRp値=0.0475。5サンプルにおいて欠失。
【0136】
図1−60においてカプラン−マイヤープロットから見てわかるように、指定されたマーカーのコピー数変更は、NSCLCのI期−II期の患者において短いOSおよび/またはより短いTTRに関連する。表4は、いくつかのマーカーについての全生存データを挙げる(データが赤色で示されるマーカーを、異なる臨床病期で共有する。)。
【0137】
【表4】
【0138】
表5は、各癌転帰マーカー配列内のヌクレオチド配列によってコードされる遺伝子およびmiRNAを挙げる。これらの方法のいずれかにおいても、癌転帰マーカーは、表5に挙げたもののうちから選択することができる。「M1」から「M20」まで指定されたこれらのマーカーは、染色体DNAのそれぞれの領域であり、その増幅は、癌転帰マーカー中のコピー数増加をもたらし、コピー数増加は、疾患転帰不良に関連する。「DM1」から「DM27」まで指定されたこれらのマーカーは、染色体DNAのそれぞれの領域であり、その欠失は、癌転帰マーカー中のコピー数損失をもたらし、コピー数損失は、疾患転帰不良に関連する。
【0139】
【表5】
【0140】
表6は、表5に挙げた同様の参照数値を用いて各癌転帰マーカーについての座標を列挙する。すべての座標は、ヒトゲノムアセンブリhg18(NCBI Build 36)に基づいている。
【0141】
【表6】
【0142】
前もって同定された予測指標(発現サイン)とは違って、本明細書に記載した生物マーカーは、DNA増加および喪失(FISHによって測定可能な安定したイベント)を表す。FISHプローブは、マーカーのバリデーション/使用ができるようになるように用いることができ、マーカーは、臨床試験において層別化生物マーカーとして用いるための強力な候補である。これらは、例えば、異なる転帰を有する疾患の分子サブグループを定義するために用いることができる。そのようなものとして、これらは、薬物応答と相関する可能性がある。
【0143】
これらのデータは、FISHによって測定され、適当な分類指標を使用する遺伝マーカーのゲノムコピー数評価の使用が、早期NSCLCにおいて予後的に重要であることを示す。分類指標は、好ましいおよび好ましくない再発カテゴリー中でネオアジュバントまたはフォローアップ化学療法がない手術で治療されていた患者の統計的に有意な分類をもたらすことができた。本臨床インビトロ診断検査は、この能力を提供しない。したがって、早期NSCLC生検検体または切除された腫瘍で行われた、列挙したマーカーに対するFISHアッセイは、アジュバント治療に関係する決定に役立つと思われる。
【0144】
実施例2:韓国のサンプルセットを用いた予後マーカーのバリデーション
低い病期のNSCLC患者の臨床成績と相関した46(46)の生物マーカーの妥当性を検証するため、低い病期のNSCLC腫瘍組織の追加のセットを、関連した臨床成績情報と共に、韓国のSamsung Cancer Centerから収集した。
【0145】
すべてのサンプルを注意深く解剖して腫瘍/正常組織比を最大限にし、病理組織学的なタイプおよび段階を検証した。I期およびII期サンプルを有する患者から得られたサンプルのみを分析した。これらのすべては、いかなるフォローアップまたはネオアジュバント化学療法もなく外科的切除で治療した患者からのものであった。各患者について収集した臨床情報には、年齢、性別、臨床病期、病理学的段階、位置、組織像、分化、喫煙状況、化学療法状態、放射線状態、再発状態、再発日、再発位置、脳転移状態、再発までの期間、最後のフォローアップ日、最後のフォローアップ時の状態、生/死、全生存および死亡原因が含まれた。再発までの期間(TTR)および全生存(OS)を、転帰のパラメータとして選択した。他の臨床パラメータ(結節状態、病期など)を、交絡変数とみなした。肺癌の再発までの期間および全生存期間を、患者カルテから得た。表7および8は、研究された患者コホートについて、それぞれ全生存および再発までの全期間についての図を提供する。
【0146】
【表7】
【0147】
【表8】
【0148】
サンプルを処理し、DNAを、すべての1,800万個のSNPの中間のマーカー間の距離によるコピー数変異および700未満の塩基を合わせたコピー数マーカーの検出のために、抽出し、増幅し、906,600個を超える一塩基多型(SNP)および946,000を超えるプローブを含むAffymetrix SNP 6.0アレイ(Affymetrix、Inc.、Santa Clara、CA)にハイブリダイズした。マイクロアレイを、製造業者(Affymetrix)の推奨に従って処理した。これらの腫瘍のコピー数を、270個の正常な対照のHapMapセットと比較することにより算出した。コピー数を、Partek software 6.09.0310を用いて分割した。
【0149】
バリデーションセットの平均コピー数は、図61に示される通り、以前のトレーニングデータセットに類似であるが、より高い密度のパターンを示した。図61は、トレーニングおよび妥当性を確認するデータセットとの間の平均コピー数パターンを比較する。各マーカーの対数で変換されたコピー数を、トレーニング(上部)および試験(下部)セットにおいてすべてのサンプルを通して平均し、0は、正常な2つのコピーを表し、赤色および青色は、それぞれ平均コピー数の増加または喪失を表す。各ドットは、アレイ上の1つのマーカーを表し、x−軸は、染色体1から22までランクされた遺伝子位置を表す。
【0150】
この実施例において示されるバリデーションデータは、生成し診断マーカーを同定するために使用した100Kマイクロアレイデータに比べて、18(18)倍大きいSNPおよびCNVマーカーの被覆度に基づき、したがってイベントを変化させるより小規模なコピー数は同定することができた。したがって、各生物マーカーのコピー数を算出する代わりに、これらの生物マーカー内の各遺伝子のコピー数を、算出し、次いで、患者の全生存または再発までの期間に相関した。
【0151】
6つ(6)の異なるマーカー中、全体で61(61)個の遺伝子を、0.05を下回るログランク検定によるp値の基準で妥当性を検証した。遺伝子を、表9において灰色の陰影で強調された有意なp値で列挙する。図62−162は、各プロットで指定された通りある特定の遺伝子におけるコピー数増加の有無によって分類された、73名の患者コホートについて日数における全生存(OS)または再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。図1−60のカプラン−マイヤープロットに関して、x−軸は、日単位の時間を示し、y−軸は、患者生存の確率(OSの場合)、または、患者が疾患再発がないがない確率(TTRの場合)を示す。関連するイベントが起こった場合は常に(OSの場合死亡、またはTTRの場合疾患再発)、曲線は下降する。患者が、関連するイベントが起こらずにフォローアップまでに亡くなったとき、横線中のマークを作成し、最後の無再発期間を示す。p値を、患者母集団の減少を生物マーカー有りでおよび無しと比較することにより得た。
【0152】
記載された通り最終的に妥当性を確認されたマーカーの数は、比較的小さく、2つの患者母集団が異なる人種集団からであるという事実に一部で寄与し得る。以前の大型サンプリングを、Chicago、Illinois、USAで収集し、アジア人、コーカサス人、アフリカ人およびラテンアメリカ系患者の混合が含まれ、バリデーションサンプルを均質にアジア人母集団から韓国において収集した。さらに、2つのサンプルセットを、異なる場所、すなわち第1のサンプルセットの場合、Abbott Parkおよび第2のサンプルセットの場合Samsung Cancer Centerで処理した。両方の位置におけるサンプルプロセシングが同じ示唆されたプロトコールに従ったが、潜在的な系バイアスは、すべてが除外することができるわけではない。また、2つのサンプルセットは、Affymetrix SNPアレイの異なるバージョンを用いてアッセイし、この間で密度が18(18)の因子によって異なった。新たなアレイに含まれた追加のプローブは、SNPアレイのより古いバージョンを用いて観察可能ではなかったより詳細なコピー数変異イベントを明らかにすることができる。
【0153】
【表9】
【0154】
前述の説明が、例示するものであり、本発明の範囲を制限するものではないことを理解されるべきである。本発明の他の態様、利点および修正形態は、以下に記載する特許請求の範囲内である。
【技術分野】
【0001】
関連出願への相互参照
本出願は、2009年10月26日出願の米国特許仮出願第61/254,968号からの優先権を主張し、その開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0002】
発明の分野
本開示は、患者の予後を決定するための肺癌患者から得られた組織サンプルのインビトロ診断検査に関し、特に、病期Iまたは病期II非小細胞肺癌と診断された患者など、早期患者の予後を決定するためのインビトロアッセイに関する。
【背景技術】
【0003】
肺癌は、2005年に米国の癌死亡者のほぼ3分の1を占め、大まかに2つのタイプ、すなわち非小細胞肺癌および小細胞肺癌に分類される。非小細胞肺癌(NSCLC)は、米国における肺癌症例の80−85%を含む。NSCLCは、主な3つのタイプ、すなわち、(i)魚の鱗のように見える薄く平らな細胞である扁平上皮細胞中で開始する有棘細胞癌。有棘細胞癌は、類表皮癌とも呼ばれる。;(ii)大型肺細胞のいくつかのタイプで開始する大細胞癌;(iii)肺の肺胞の内側を覆い、粘液などの物質を作る細胞中で開始する腺癌、を含む。NSCLCの一般的ではない他のタイプには、多形癌、カルチノイド腫瘍および未分類癌が含まれる。
【0004】
NSCLCの診断は、生検サンプルなど、疑わしい組織の病理学者の検査により行われる。NSCLC診断後、患者の疾患は、患者の全体的な健康および年齢、咳嗽および呼吸困難などの症状の重症度、NSCLCの個々のタイプおよび癌の病期分類を用いて予後(回復の変化)が割り当てられる。病期分類は、腫瘍のサイズおよび腫瘍が肺だけに存在するのか身体の他の位置に拡散しているのかを考慮に入れる。次いで、NSCLC患者に対する個々の治療オプションは、こうした考慮に基づいて選択され、癌の病期分類は、治療選択のための重要な構成要素である。早期NSCLCの患者は、腫瘍を除去するために外科的切除により潜在的に治癒させることができるが、現在の治療様式は、患者が手術後に再発することを予測することができない。癌は、しばしば治癒率が低い致命的な疾患であり、そのため、治療の大部分は、生活の質および寿命を改善することに向けられる。癌細胞が、比較的少数の遺伝子異常またはタンパク質突然変異の蓄積によってのみしばしば区別されるヒトの細胞であるため、癌細胞を死滅させるのに有用である薬物療法は、多くの正常なヒト細胞にやはり一般的に有害であり、治療される患者において通常重大な毒性を引き起こす。さらに、癌がしばしば局所的に再発するまたはこれらの原発組織から離れた組織および臓器に転移するため、早期癌の患者が、これらの原発腫瘍の外科的除去後に薬物治療を必要とすることを知ることは重大な意味を持つ。これは、腫瘍が早期に検出され外科的に除去された早期NSCLCの患者、具体的には、病期IおよびIIa疾患の患者において特に重大な問題である。これらの患者を抗癌薬で治療すると、再発性または転移性疾患を発症する患者が許容できないほど高い率になり、最終的に、罹患率および死亡率の増加をもたらす。この母集団を治療し終わると、薬物療法を必要とせず、投与された薬物からの毒性副作用を経験する患者数が許容できないほど高まる。
【0005】
National Comprehensive Cancer Networkインターネットウェブサイトは、以下の通りNSCLC病期分類を記載している。「非小細胞肺癌(NSCLC)の増殖および拡散を記載するために米国の診療で最もよく用いられる系は、TNM病期分類系であり、American Joint Committee on Cancer(AJCC)系としても知られている。TNM病期分類では、腫瘍(T)、近隣のリンパ節への任意の拡散(N)および任意の離れた臓器転移(M)に関する情報は組み合わされ、病期は、特定のTNMグループ化に割り当てられる。グループ化された病期は、番号0およびローマ数字IからIVを用いて記載される。
【0006】
「Tカテゴリーは、肺癌のサイズ、肺内のその拡散および位置、ならびに近隣の組織への拡散に基づいている。Tisカテゴリーにおいて、癌は、通気道の内側を覆う細胞の層においてのみ見出される。これは、他の肺組織に拡散していない。このカテゴリーはまた、上皮内癌としても知られている。
【0007】
「T1カテゴリーにおいて、癌は、3センチメートルより大きくなく(わずかに1から1 1/4インチをわずかに下回る)、肺胸膜(肺を取り囲む膜)に拡散しておらず、気管支の主枝に影響を与えない。
【0008】
「T2カテゴリーにおいて、癌は、以下の特徴の1つ以上を有する。すなわち、(i)3cmよりも大きい;(ii)これは、肺の主枝を含むが、気管(喉笛)が左側および右側の主な気管支に分かれる点に2cm(約3 1/4から4インチ)よりも近くない;または(iii)肺胸膜に拡散している。癌は、気道を部分的に遮断し得るが、これは、肺全体に虚脱させていないまたは肺炎を発症させていない。
【0009】
「T3カテゴリーにおいて、癌は、以下の特徴の1つ以上を有する。すなわち、(i)癌は、胸壁、横隔膜(胸部を腹部から区別する呼吸筋(breathing muscle))、縦隔胸膜(2つの肺の間の空間を取り囲む膜)、または壁側心膜(心臓を取り囲む嚢の膜)に拡散している;(ii)癌は、肺の主な気管支を含み、気管(または喉笛)が左側および右側の主な気管支に枝分かれするが、この領域を含まない点に2cmより近い;または(iii)1つの肺を完全に虚脱させるまたは肺全体の肺炎を引き起こすのに十分なほど気道に増殖している。
【0010】
「T4カテゴリーにおいて、癌は、以下の特徴の1つ以上を有する:(i)癌は、縦隔(胸骨の後方のおよび心臓の前側の空間)、心臓、気管(喉笛)、食道(咽頭を胃に連結する管)、背骨、または気管が左側および右側の主な気管支に枝分かれする点に拡散している;(ii)2つ以上に分かれる腫瘍小結節は、同じ葉中に存在する;または(iii)肺を取り囲む空間中で癌細胞を含む液体の存在である、悪性胸水が存在する。
【0011】
「Nカテゴリーは、肺の近くのリンパ節のいずれが癌によって影響されるかに依存する。N0カテゴリーにおいて、癌は、いかなるリンパ節にも拡散されていない。N1カテゴリーにおいて、癌は、肺内または肺門リンパ節(気管支が肺に入る領域の周りに位置するもの)中のリンパ節に拡散されている。N1カテゴリーにおいて、冒されたリンパ節は、癌性の肺と同じ側のみにある。N2カテゴリーにおいて、癌は、気管分岐部のリンパ節(気管が左側および右側の気管支に枝分かれする点の周りにあるもの)または縦隔(胸骨の後方のおよび心臓の前側の空間)中のリンパ節に拡散している。N2カテゴリーにおいて、冒されたリンパ節は、癌性の肺の同じ側にある。N3カテゴリーにおいて、癌は、片側の鎖骨の近くのリンパ節および/または癌性の肺の反対側の肺門もしくは縦隔のリンパ節に拡散している。
【0012】
「Mカテゴリーは、癌が任意の遠隔組織および臓器に転移し拡散しているか否かに依存している。M0カテゴリーにおいて、遠隔の癌の拡散がない。M1カテゴリーにおいて、癌は、1カ所または複数の遠隔部位に拡散している。遠隔とみなされる部位には、癌のNカテゴリーおよび肝臓、骨もしくは脳などの他の臓器または組織を決定するために用いるものより遠い肺の他の葉、リンパ節が含まれる。
【0013】
T、NおよびMカテゴリーが、個々のNSCLCについて割り当てられた後、この情報は組み合わされて(病期グループ化)、0、I、II、III、またはIVの全病期を割り当てられる(表1を参照のこと)。TおよびNカテゴリーの様々な組み合わせは病期に組み合わされる。これらの病期は、類似の予後を有し、類似のやり方で治療される腫瘍タイプを同定する。表1に示される通り、遠隔の拡散を有する腫瘍(すなわち、M1カテゴリー癌)は、リンパ節の関与の腫瘍サイズに関わらず、病期IVとみなされる。」NCCNインターネットウェブサイトからの以下の表は、合わせたカテゴリーおよびNSCLCについての病期分類を示す。
【0014】
【表1】
【0015】
病期番号の低いNSCLC患者は、一般により良好な予後および生存の見通しを有し、これらの患者は、腫瘍の外科的切除によって治療される。しかし、病期1B、病期IIAもしくはIIBのNSCLCを有する患者など、早期患者の場合であっても、これらの患者の有意な百分率で、外科的切除後再発し、より攻撃的な疾患を発症して死亡する。現在の臨床の診断方法は、再発する可能性が高い患者に対して、より積極的な治療を方向づける十分な精度を有する早期NSCLC予後を同定することができない。より優れたインビトロ診断方法は、ネオアジュバントもしくはアジュバント化学療法を受け取るべきであるまたは一般に治療所見を再評価されるべきであるより高いリスクの早期NSCLC患者を同定することが必要である。
【0016】
染色体異常を同定するために蛍光で標識されたDNAハイブリダイゼーションプローブを用いた蛍光インサイチューハイブリダイゼーション(FISH)に基づいた分子のインビトロ診断検査は、NSCLC患者用の化学療法の選択における使用を開示している(PCT/US2005/018879、「Methods for prediction of clinical outcome to epidermal growth factor inhibitors by cancer patients(癌患者による上皮増殖因子阻害薬への臨床成績を予測するための方法)」、M.Garciaら)。FISHアッセイは、NSCLCについての初期の診断検査として、2006年3月23日に公開された米国特許出願第20060063194号、「Methods and probes for the detection of cancer(癌の検出のための方法およびプローブ)」(以下、「Morrison‘194」と称される。)、L.Morrisonらにおいて記載されており、この開示はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。Morrison‘194出願は、スクリーニングおよびNSCLCの診断に有用な複数のFISHプローブセットを記載しており、Morrison‘194に記載されている1つのプローブセットは、臨床診断検査を示すために臨床検査室により使用するためにASR(分析物特異的試薬(Analyte Specific Reagent))標識化に基づいて、Abbott Molecular、Inc.(Des Plaines、Illinois、U.S.A.)からLAVysion(商標)プローブセットとして市販されている。米国食品医薬品局ASR標識化必要条件に基づいて、ASR標識化は、ASRの医学的な有用性に関していかなる請求をも含まれてはならない。LAVysion ASRプローブセットは、4つのFISHプローブを含む。すなわち、SpectrumGreen緑色フルオロフォアで標識された染色体5p15座特異的プローブ、SpectrumGold黄色フルオロフォアで標識された染色体8q24座特異的プローブ、SpectrumAqua青色フルオロフォアで標識された第6染色体計数プローブ(enumeration probe)およびSpectrumRed赤色フルオロフォアで標識された染色体7p12座特異的プローブである。LAVysionプローブセットを用いて行われた研究は、記載されており、例えば、K.Hallingら、「Fluorescence in situ hybridization in diagnostic cytology(細胞診における蛍光インサイチューハイブリダイゼーション)」、Hum.Path.(2007年)38巻:1137−1144頁にその総説がある。
【0017】
サイクリンEの過剰発現は、以前は肺癌における転帰不良に関連している(Singhalら、Clin.Cancer Res.、2005年、11巻、3974−3986頁にその総説がある。)。しかし、サイクリンE座におけるコピー数の変動は、予測マーカーとして確立していない。さらに、NSCLCのためのFISHアッセイに関する以前の報告は、早期NSCLCの予後、具体的には、病期IBまたは病期IIとして分類されるものの予後をより正確に同定するためにFISHプローブの使用を開示している。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0018】
【特許文献1】PCT/US2005/018879
【特許文献2】米国特許出願公開第20060063194号
【非特許文献】
【0019】
【非特許文献1】K.Hallingら、「Fluorescence in situ hybridization in diagnostic cytology(細胞診における蛍光インサイチューハイブリダイゼーション)」、Hum.Path.(2007年)38巻:1137−1144頁
【非特許文献2】Singhalら、Clin.Cancer Res.、2005年、11巻、3974−3986頁
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0020】
一態様では、本開示は、a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;
b)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を決定するステップ;c)2つのベースラインコピー数に対する試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を比較し、それによって、試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ;およびd)試験サンプル中の癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化を有さない患者における疾患転帰のベースライン測度と比較したとき、疾患転帰不良のリスクの増加を有するものとして患者を同定するステップを含み、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化の存在は、疾患転帰不良を予測するものである、肺癌の治療対象となる患者における疾患転帰を予測する方法を提供する。一実施形態では、疾患転帰不良は、例えば、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比較したとき、全生存期間の減少および癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者についての再発までの時間と比較したとき、再発までの期間短縮の少なくとも1つである。
【0021】
他の態様では、本開示は、a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;b)試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ(癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、コピー数の変化が、疾患転帰不良に関連する。);およびc)癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、患者が、癌転帰マーカーについてのコピー数増加を有さない患者の全生存期間と比較したとき、全生存期間の減少または再発までの期間短縮のリスクがより高いか否かを決定するステップを含み、肺癌の治療対象となる患者における治療転帰を予測する方法を提供する。
【0022】
方法のいずれかにおいても、癌転帰マーカーが、例えば染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、コピー数増加が、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーには、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択されたいずれかが含まれる。癌転帰マーカーがChr19、34.7Mb−35.6Mbである方法において、マーカーは、C19orf12;C19orf12;サイクリンE1;PLEKHF1;POP4;およびZNF536をコードするヌクレオチド配列を含む。癌転帰マーカーが、Chr19、38.9−40.7Mbである方法において、マーカーは、ATP4A ATPase;CHST8、DMKN FAR1、2、3;FXYD1、3、5、7;GAPDHS;GPI;GPR42;GRAMD1A;HAMP;HPN;KCTD15 KIAA0355;KRTDAP;LGI4;LSM14A;LSR;MAG;PDCD2L;SAE2 SUMO1;SBSN;SCN1B;TMEM147、162;USF2;WTIP;およびZNF181、30、302、599、792をコードするヌクレオチド配列を含む。癌転帰マーカーが、Chr17、69.2−71.3Mbである方法において、マーカーは、ARMC7(アルマジロリピート含有7);ATP5H ATPシンターゼ(H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットd);CASKIN2(CASK相互作用タンパク質2);CD300A(CD300a分子);CD300C(CD300c分子);CD300E(CD300e分子);CD300LB(CD300分子様ファミリーメンバーb);CD300LF(CD300分子様ファミリーメンバーf);CDR2L(小脳変性症関連タンパク質2様);DNAI2(ダイニン、軸索、中間鎖2);(FADS6脂肪酸不飽和化酵素ドメインファミリー、メンバー6);FDXR(フェレドキシン還元酵素);GALK1(ガラクトキナーゼ1);GGA3(ゴルジ関連、γアダプチンear含有、ARF結合タンパク質):GPR142(Gタンパク質共役受容体142);GPRC5C(Gタンパク質共役受容体、ファミリーC、グループ5、メンバーC);GRB2(増殖因子受容体−結合タンパク質2);GRIN2C(グルタミン酸受容体、イオンチャネル型、N−メチル−D−アスパラギン酸2C);H3F3B(H3ヒストン、ファミリー3B(H3.3B));HN1(血液学的および神経学的な発現された1 ICT1未熟結腸癌転写物1);ITGB4(インテグリン、β4);KCTD2(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有2);KIAA0195;KIF19(キネシンファミリーメンバー19);LLGL2(致死性巨大幼生相同体2(ドロソフィラ(Drosophila));LOC388419(ガレクチン−3−結合タンパク質様);MIF4GD(MIF4Gドメイン含有);MRPS7(ミトコンドリアリボソームタンパク質S7);NAT9(N−アセチルトランスフェラーゼ9);NT5C(5’,3’−ヌクレオチダーゼ、サイトゾル);NUP85(ヌクレオポリン85kDa);OTOP2(オトペトリン2);OTOP3(オトペトリン3);RAB37(RAB37、メンバーRAS癌遺伝子ファミリー);RECQL5(RecQタンパク質様5);RPL38リボソームタンパク質L38;SAP30BP(SAP30結合タンパク質);SLC16A5(溶質輸送体ファミリー16、メンバー5(モノカルボン酸輸送体6));SLC25A19(溶質輸送体ファミリー25(ミトコンドリアチアミンピロリン酸キャリア)、メンバー19);SLC9A3R1(溶質輸送体ファミリー9(ナトリウム/水素交換輸送体)、メンバー3制御因子1);SUMO2(SMT3 suppressor of mif two 3 homolog 2(S.セレビシエ(S.cerevisiae));TMEM104(膜貫通型タンパク質104);TTYH2(トゥイーティー相同体2(ドロソフィラ));UNK(unkempt相同体(ドロソフィラ));およびUSH1G(アッシャー症候群1G(常染色体劣性)をコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー3]。癌転帰マーカーがChr6、70.8−71.1Mbである方法において、マーカーは、COL19A1(コラーゲン、タイプXIX、α1)およびCOL9A1(コラーゲン、タイプIX、α1)をコード化するヌクレオチド配列を含む。[マーカー4]。癌転帰マーカーが、Chr12、93.7kb−1.9Mbである方法において、マーカーは、ADIPOR2(アディポネクチン受容体2);B4GALNT3(β−1,4−N−アセチル−ガラクトサミニルトランスフェラーゼ3);CACNA2D4(電位依存性カルシウムチャネル、α2/δサブユニット4);CCDC77(コイルドコイルドメイン含有77);ERC1(ELKS/RAB6−相互作用/CASTファミリーメンバー1);FBXL14(F−ボックスおよびロイシンリッチリピートタンパク質14);HSN2(遺伝性感覚性ニューロパチー、タイプII);IQSEC3(IQモチーフおよびSec7ドメイン3);JARID1A(十文字、ATリッチ相互作用ドメイン1A);LRTM2(ロイシン−リッチリピートおよび膜貫通型ドメイン2);NINJ2(ニンジュリン2);RAD52(RAD52相同体(S.セレビシエ));SLC6A12(溶質輸送体ファミリー6(神経伝達物質輸送体、ベタイン/GABA)、メンバー12);SLC6A13(溶質輸送体ファミリー6(神経伝達物質輸送体、GABA)、メンバー13);WNK1(WNKリシン欠損プロテインキナーゼ1);およびWNT5B(無羽タイプMMTV組込み部位ファミリー、メンバー5B)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー5]。癌転帰マーカーが、Chr11、64.3−64.8Mbである方法において、マーカーは、ARL2(ADP−リボシル化因子様2);ATG2A ATG2(自己貪食関連2相同体A(S.セレビシエ));BATF2(塩基性ロイシンジッパー転写因子、ATF様2;CAPN1カルパイン1、(mu/I)大型サブユニット);CDC42BPG(CDC42結合プロテインキナーゼγ(DMPK様));CDCA5(細胞分裂周期関連5);EHD1(EH−ドメイン含有1);FAU(Finkel−Biskis−Reillyネズミ肉腫ウイルス(FBR−MuSV)遍在性に発現した);GPHA2(糖タンパク質ホルモンα2);MAP4K2マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ2;MEN1多発性内分泌腺腫症I;MRPL49ミトコンドリアリボソームタンパク質L49;NAALADL1 N−アセチル化α−連鎖酸性ジペプチダーゼ様1;POLA2ポリメラーゼ(DNA指向性)、α2(70kDサブユニット);PPP2R5Bタンパク質ホスファターゼ2、調節サブユニットB’、βアイソフォーム;SAC3D1 SAC3ドメイン含有1;SLC22A20溶質輸送体ファミリー22、メンバー20;SNX15ソーティングネキシン15;SPDYC speedy相同体C(ドロソフィラ);SYVN1滑膜アポトーシスインヒビター1、シノビオリン;TM7SF2膜貫通型7スーパーファミリーメンバー2;ZFPL1亜鉛フィンガータンパク質様1;ZNHIT2亜鉛フィンガー、HITタイプ2;hsa−mir−192;およびhsa−mir−194−2をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー6]。癌転帰マーカーが、Chr19、57.0−62.2Mbである方法において、マーカーは、BIRC8(バキュロウイルスIAPリピート含有8);BRSK1(BRセリン/トレオニンキナーゼ1);CACNG6、7、8電位依存性カルシウムチャネル、γサブユニット6、7、8;CCDC106コイルドコイルドメイン含有106;CDC42EP5 CDC42エフェクタータンパク質(Rho GTPase結合)5;CNOT3 CCR4−NOT転写複合体、サブユニット3;COX6B2チトクロムc酸化酵素サブユニットVIbポリペプチド2(精巣);DPRX分岐対関連ホメオボックス;EPN1エプシン1;EPS8L1 EPS8様1;FCAR IgAのFc断片、受容体;FIZ1 FLT3相互作用亜鉛フィンガー1;GALPガラニン様ペプチド;GP6糖タンパク質VI(血小板));HSPBP1 hsp70相互作用タンパク質;IL11インターロイキン11;ISOC2イソコリスマターゼドメイン含有2;KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DS4 KIR3DL1、KIR3DL3、KIR3DX1キラー細胞免疫グロブリン様受容体;LAIR1、2白血球関連免疫グロブリン様受容体1、2;LENG1、4、8、9白血球受容体クラスター(LRC)メンバー1、4、8、9;LILRA2、3、4白血球免疫グロブリン様受容体、サブファミリーA(TMドメインを有する)、メンバー2、3、4;LILRB1、2、3、4、5白血球免疫グロブリン様受容体、サブファミリーB(TMおよびITIMドメインを有する)、メンバー1、2、3、4、5;MYADMミエロイド関連分化マーカー;NAT14 N−アセチルトランスフェラーゼ14;NCR1細胞傷害誘発受容体1;NDUFA3 NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1αサブコンプレックス、3,9kDa;NLRP2、4、5、7、8、9、11、12、13 NLRファミリー、ピリンドメイン含有2、4、5、7、8、9、11、12、13;OSCAR破骨細胞関連免疫グロブリン様受容体;PEG3父系性に発現した3;PPP1R12Cタンパク質ホスファターゼ1、調節(インヒビター)サブユニット12C;PPP2R1Aタンパク質ホスファターゼ2(以前には2A)、調節サブユニットA、αアイソフォーム;PRKCGプロテインキナーゼC、γ;PRPF31 PRP31 mRNA前駆体プロセシング因子31相同体(S.セレビシエ);PTPRHプロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、H;RDH13レチノールデヒドロゲナーゼ13(全トランス/9−シス);RPL28リボソームタンパク質L28;RPS9リボソームタンパク質S9;SAPS1 SAPSドメインファミリー、メンバー1;SUV420H2斑入り4−20相同体2のサプレッサー(ドロソフィラ);SYT5シナプトタグミンV;TFPT(小児白血病における)TCF3(E2A)融解パートナー;TMC4膜貫通型チャネル様4;TMEM190膜貫通型タンパク質190;TMEM86B膜貫通型タンパク質86B;TNNI3(トロポニンIタイプ3(心臓));TNNT1トロポニンTタイプ1(骨格、緩徐);TSEN34 tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ34相同体(S.セレビシエ);TTYH1トゥイーティー相同体1(ドロソフィラ);U2AF2 U2核内低分子RNA補助因子2;UBE2Sユビキチン結合酵素E2S;VN1R2 鋤鼻受容体1受容体2;VN1R4 鋤鼻受容体1受容体4;VSTM1 V−セットおよび膜貫通型ドメイン含有1;ZNF28、160、320、321、331、347、350、
415、432、444、468、470亜鉛フィンガータンパク質28、160、320、321、331、347、350、415、432、444、468、470;およびhsa−mir−643、hsa−mir−512−1、hsa−mir−512−2、hsa−mir−498、hsa−mir−520e、hsa−mir−515−1、hsa−mir−519e、hsa−mir−520f、hsa−mir−515−2、hsa−mir−519c、hsa−mir−520a、hsa−mir−526b、hsa−mir−519b、hsa−mir−525、hsa−mir−523、hsa−mir−518f、hsa−mir−520b、hsa−mir−518b、hsa−mir−526a−1、hsa−mir−520c、hsa−mir−518c、hsa−mir−524、hsa−mir−517a、hsa−mir−519d、hsa−mir−521−2、hsa−mir−520d、hsa−mir−517b、hsa−mir−520g、hsa−mir−516−3、hsa−mir−526a−2、hsa−mir−518e、hsa−mir−518a−1、hsa−mir−518d、hsa−mir−516−4、hsa−mir−518a−2、hsa−mir−517c、hsa−mir−520h、hsa−mir−521−1、hsa−mir−522、hsa−mir−519a−1、hsa−mir−527、hsa−mir−516−1、hsa−mir−516−2、hsa−mir−519a−2、hsa−mir−371、hsa−mir−372、hsa−mir−373、hsa−mir−516a−1、hsa−mir−516a−2、hsa−mir−516b−1、hsa−mir−516b−2、hsa−mir−517a−1、hsa−mir−517a−2、hsa−mir−520c−1、およびhsa−mir−520c−2を含めたmiRNAをコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー7]。癌転帰マーカーが、Chr6、39.1−39.9Mbである方法において、マーカーは、C6orf64(第6染色体オープンリーディングフレーム64);DNAH8ダイニン、軸索、重鎖8;GLP1Rグルカゴン様ペプチド1受容体;KCNK16カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー16;KCNK17カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー17;KCNK5カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー5;およびKIF6キネシンファミリーメンバー6をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー8]。癌転帰マーカーが、Chr11、64.8−65.7Mbである方法において、マーカーは、BANF1(自動組み込み因子1に対する障壁);CATSPER1カチオンチャネル、精子関連1 CCDC85Bコイルドコイルドメイン含有85B;CDC42EP2CDC42エフェクタータンパク質(Rho GTPase結合)2;CFL1コフィリン1(非筋肉);CST6シスタチンE/M;CTSWカテプシンW;DPF2 D4、亜鉛およびダブルPHDフィンガーファミリー2;DRAP1 DR1関連タンパク質1(負の補因子2α);EFEMP2 EGF含有フィビュリン様細胞外基質タンパク質2;EHBP1L1 EHドメイン結合タンパク質1様1;FAM89B配列類似性89を有するファミリー、メンバーB;FIBP線維芽細胞増殖因子(酸性の)細胞内結合タンパク質;FOSL1 FOS様抗原1;FRMD8 FERMドメイン含有8;GAL3ST3ガラクトース−3−O−スルホトランスフェラーゼ3;HTATIP HIV−1Tat相互作用タンパク質、60kDa、KCNK7カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー7;LTBP3潜在型トランスフォーミング増殖因子β結合タンパク質3;MAP3K11マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ11;MGC11102仮定上のタンパク質MGC11102;MUS81 MUS81エンドヌクレアーゼ相同体(S.セレビシエ);OVOL1 ovo様1(ドロソフィラ);PACS1ホスホフリン酸性クラスターソーティングタンパク質1;PCNXL3 pecanex様3(ドロソフィラ);POLA2ポリメラーゼ(DNA指向性)、α2(70kDサブユニット);RELA v−rel細網内皮症ウイルス癌遺伝子相同体A、B−細胞3、p65(トリ)中のκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子;RNASEH2CリボヌクレアーゼH2、サブユニットC;SART1 T細胞によって認識された有棘細胞癌抗原;SCYL1 SCY1様1(S.セレビシエ);SF3B2スプライシング因子3b、サブユニット2、145kDa;SIPA1シグナル−誘導増殖関連遺伝子1;SLC25A45溶質輸送体ファミリー25、メンバー45;SSSCA1シェーグレン症候群/強皮症自己抗原1;TIGD3 tigger転移因子由来の3;およびTSGA10IP精巣特異的な、10相互作用タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー9]。癌転帰マーカーが、Chr11、61.4−64.3Mbである方法において、マーカーは、AHNAK(AHNAK核タンパク質);ASRGL1アスパラギナーゼ様1;B3GAT3 β−1,3−グルクロニルトランスフェラーゼ3(グルクロノシルトランスフェラーゼI);BAD細胞死のBCL2−アンタゴニスト;BEST1ベストロフィン1;BSCL2 Bernardinelli−Seip先天性脂肪異栄養症2(seipin);CCDC88Bコイルドコイルドメイン含有88B;CHRM1コリン作動性受容体、ムスカリン性1;COX8Aチトクロムc酸化酵素サブユニット8A(ユビキタスな);DKFZP564J0863 DKFZP564J0863タンパク質;DKFZP566E164 DKFZP566E164タンパク質;DNAJC4 DnaJ(Hsp40)相同体、サブファミリーC、メンバー4;EEF1G真核細胞の翻訳伸長因子1γ;EML3棘皮動物微小管結合タンパク質様3;ESRRAエストロゲン関連受容体α;FADS2、3脂肪酸不飽和化酵素2、3;FKBP2 FK506結合タンパク質2、13kDa;FLRT1フィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通型タンパク質1;FTH1フェリチン、重鎖ポリペプチド1;GANABグルコシダーゼ、α;中性AB;GNG3グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ3;GPR137 Gタンパク質共役受容体137;HRASLS2、3、5 HRAS様サプレッサー2、3、5;INCENPインナーセントロメアタンパク質抗原135/155kDa;INTS5インテグレーター複合体サブユニット5;KCNK4カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー4;LGALS12レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、12(ガレクチン12);MACROD1 MACROドメイン含有1;MARK2 MAP/微小管親和性調節キナーゼ2;MGC3196仮定上のタンパク質MGC3196;MTA2転移関連1ファミリー、メンバー2;NAT11 N−アセチルトランスフェラーゼ11;NRXN2ニューレキシン2;NUDT22 nudix(ヌクレオシド二リン酸連結部分X)タイプモチーフ22;NXF1核RNAエクスポート因子1;OTUB1 OTUドメイン、ユビキチンアルデヒド結合1;PLCB3ホスホリパーゼC、β3(ホスファチジルイノシトール特異的);POLR2Gポリメラーゼ(RNA)II(DNA指向性)ポリペプチドG;PPP1R14Bタンパク質ホスファターゼ1、調節(インヒビター)サブユニット14B;PRDX5ペルオキシレドキシン5;PYGMホスホリラーゼ、グリコーゲン;筋肉(McArdle症候群、糖原病タイプV);RAB3IL1 RAB3A相互作用タンパク質(rabin3)様1;RARRES3レチノイン酸受容体レスポンダー(タザロテン誘導)3;RASGRP2 RASグアニル放出タンパク質2(カルシウムおよびDAG調節された);RCOR2 RESTコリプレッサー2;ROM1網膜外節膜タンパク質1;RPS6KA4リボソームタンパク質S6キナーゼ、90kDa、ポリペプチド4;RTN3レチキュロン3;SCGB1A1、1D1、1D2、1D4、2A1、2A1セクレトグロビン、ファミリー;SF1スプライシング因子1;SLC22A10、11、12、6、8、9溶質輸送体ファミリー22(有機陰イオン/陽イオン輸送体)SLC3A2溶質輸送体ファミリー3(二塩基性および中性アミノ酸輸送のアクチベーター)、メンバー2;STIP1ストレス誘発性リンタンパク質1(Hsp70/Hsp90構築タンパク質);STX5シンタキシン5;TAF6L TAF6様RNAポリメラーゼII、p300/CBP関連因子(PCAF)関連因子、65kDa;TRPT1 tRNAホスホトランスフェラーゼ1;TTC9Cテトラトリコペプチドリピートドメイン9C;TUT1末端ウリジリルトランスフェラーゼ1、U6 snRNA−特異的RP2UNC−112関連タンパク質2;UST6推定上のUST1様有機陰イオン輸送体;VEGFB血管内皮増殖因子B;WDR74 WDリピートドメイン74;およびZBTB3亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有3をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー10]。癌転帰マーカーが、Chr17、51.5−53.2Mbである方法において、マーカーは、AKAP1(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質1);ANKFN1(アンキリン−リピートおよびフィブロネクチンタイプIIIドメイン含有1);C17orf67第17染色体オープンリーディングフレーム67;COILコイリン;DGKEジアシルグリセロールキナーゼ、ε64kDa;MSI2 musashi相同体2(ドロソフィラ);NOGノギン;SCPEP1セリンカルボキシペプチダーゼ1;およびTRIM25 tripartiteモチーフ含有25をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー11]。癌転帰マーカーが、Chr17、43.5−44.9Mbである方法において、マーカーは、hsa−mir−10a;hsa−mir−196a−1;ABI3(ABI遺伝子ファミリー、メンバー3);ATP5G1(ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットC1(サブユニット9));B4GALNT2 β−1,4−N−アセチル−ガラクトサミニルトランスフェラーゼ2;CALCOCO2カルシウム結合およびコイルドコイルドメイン2;CBX1クロモボックス相同体1(HP1β相同体 ドロソフィラ);GIP胃抑制ポリペプチド;GNGT2グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ形質導入活性ポリペプチド2;HOXB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13ホメオボックスB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13;IGF2BP1インスリン様成長因子2mRNA結合タンパク質1;NFE2L1核因子(赤血球由来2)様1;NGFR神経成長因子受容体(TNFRスーパーファミリー、メンバー16);PHBプロヒビチンPHOSPHO1ホスファターゼ、オーファン1;PRAC核内低分子タンパク質PRAC;SKAP1 srcキナーゼ関連リンタンパク質1;SNF8 SNF8、ESCRT−II複合体サブユニット、相同体(S.セレビシエ);SNX11ソーティングネキシン11;TTLL6チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー6;UBE2Z(ユビキチン結合酵素E2Z);およびZNF652(亜鉛フィンガータンパク質652)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー12]。癌転帰マーカーが、Chr2、147.6−151.1Mbである方法において、マーカーは、ACVR2AアクチビンA受容体、タイプIIA;C2orf25第2染色体オープンリーディングフレーム25;EPC2ポリコーム相同体2のエンハンサー(ドロソフィラ);KIF5Cキネシンファミリーメンバー5C;LOC130576仮定上のタンパク質LOC130576
;LYPD6 LY6/PLAURドメイン含有6;MBD5メチル−CpG結合ドメインタンパク質5;ORC4L複製開始点認識複合体、サブユニット4様(酵母);およびRND3 RhoファミリーGTPase3をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー13]。癌転帰マーカーが、Chr6、123.7−135.6Mbである方法において、マーカーは、hsa−mir−588;AKAP7(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質7);ALDH8A1アルデヒドデヒドロゲナーゼ8ファミリー、メンバーA1;ARG1アルギナーゼ、肝臓;ARHGAP18 Rho GTPase活性化タンパク質18;CTGF結合組織増殖因子;ECHDC1エノイルコエンザイムAヒドラターゼドメイン含有1;ENPP1、3エクトヌクレオチドピロホスファターゼ/ホスホジエステラーゼ1、3;EPB41L2赤血球膜タンパク質バンド4.1様2;EYA4 eyes absent相同体4(ドロソフィラ);HDDC2 HDドメイン含有2;HEY2 YRPWモチーフ2に関連するhairy/enhancer−of−split;HINT3ヒスチジントライアドヌクレオチド結合タンパク質3;KIAA1913 KIAA1913;LAMA2ラミニン、α2(メロシン、先天性筋ジストロフィー);MED23メディエーター複合体サブユニット23;MOXD1モノオキシゲナーゼ、DBH様1;MYB v−myb骨髄芽球症ウイルス癌遺伝子相同体(トリ);NCOA7核内受容体コアクチベーター7;NKAIN2 Na+/K+輸送ATPase相互作用2;OR2A4嗅覚受容体、ファミリー2、サブファミリーA、メンバー4;PTPRKプロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、K;RNF146リングフィンガータンパク質146;RNF217リングフィンガータンパク質217;RPS12リボソームタンパク質S12;SAMD3無菌のαモチーフドメイン含有3;SGK血清/糖質コルチコイド調節キナーゼ;SLC2A12溶質輸送体ファミリー2(促進性グルコース輸送体)、メンバー12;STX7シンタキシン7;TAAR1、2、5、6、8、9痕跡アミン関連受容体1、2、5、6、8、9;TBPL1 TBP様1;TCF21転写因子21;TPD52L1腫瘍タンパク質D52様1;TRDNトリアディン;TRMT11 tRNAメチルトランスフェラーゼ11相同体(S.セレビシエ));およびVNN1、2、3(バニン1、2、3)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー14]。癌転帰マーカーが、Chr8、6.9−8.8Mbである方法において、マーカーは、CLDN23クローディン23;DEFA5デフェンシン、α5、パネート細胞特異的;DEFB103Bデフェンシン、β103B;DEFB104Aデフェンシン、β104A;DEFB104Bデフェンシン、β104B;DEFB105Bデフェンシン、β105B;DEFB106Aデフェンシン、β106A;DEFB106Bデフェンシン、β106B;DEFB107Aデフェンシン、β107A;DEFB107Bデフェンシン、β107B;DEFB4デフェンシン、β4;MFHAS1悪性線維性組織球腫によって増幅された配列1;PRAGMIN homolog of rat pragma of Rnd2;SPAG11A精子関連抗原11A;およびSPAG11B精子関連抗原11Bをコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー15]。癌転帰マーカーが、Chr2、159.9−161.4Mbである方法において、マーカーは、BAZ2B亜鉛フィンガードメイン隣接ブロモドメイン、2B;CD302 CD302分子;ITGB6インテグリン、β6;LY75リンパ球抗原75;MARCH7(膜関連リングフィンガー(C3HC4)7);PLA2R1(ホスホリパーゼA2受容体1、180kDa);およびRBMS1(RNA結合モチーフ、一本鎖相互作用タンパク質1)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー16]。癌転帰マーカーが、Chr2、200.9−204.2Mbである方法において、マーカーは、ABI2 abl相互作用物質2;ALS2筋萎縮性側索硬化症2(若年性);ALS2CR2、4、7、8、11、12、13筋萎縮性側索硬化症2(若年性)染色体領域、候補2、4、7、8、11、12、13;AOX1アルデヒドオキシダーゼ1;BMPR2骨形成タンパク質受容体、タイプII(セリン/トレオニンキナーゼ);BZW1塩基性ロイシンジッパーおよびW2ドメイン1;CASP10カスパーゼ10、アポトーシス関連システインペプチダーゼ;CASP8カスパーゼ8、アポトーシス関連システインペプチダーゼ;CFLAR CASP8およびFADD様アポトーシス制御因子;CLK1 CDC様キナーゼ1;CYP20A1チトクロムP450、ファミリー20、サブファミリーA、ポリペプチド1;FAM126B配列類似性126を有するファミリー、メンバーB;FZD7 frizzled相同体7(ドロソフィラ)ICA1L島細胞自己抗原1、69kDa様;KCTD18カリウムチャネル四量体化ドメイン含有18;LOC26010ウイルスDNAポリメラーゼ−トランス活性化タンパク質6;MPP4膜タンパク質、パルミトイル化4(MAGUK p55サブファミリーメンバー4)、NBEAL1ニューロビーチン様1;NDUFB3(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1βサブコンプレックス、3、12kDa;NIF3L1 NIF3 NGG1相互作用因子3様1(S.pombe);NOP5/NOP58核小体タンパク質NOP5/NOP58;ORC2L複製開始点認識複合体、サブユニット2様(酵母);PPIL3ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様3;RAPH1 Ras関連(RalGDS/AF−6)およびプレクストリン相同ドメイン1;SGOL2 shugoshin様2(S.pombe);SUMO1 SMT3 suppressor of mif two 3 homolog1(S.セレビシエ);TRAK2輸送タンパク質、キネシン結合2;およびWDR12(WDリピートドメイン12)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー17]。癌転帰マーカーが、Chr6、36.3−36.7Mbである方法において、マーカーは、BRPF3(ブロモドメインおよびPHDフィンガー含有、3);DKFZp779B1540仮定上のタンパク質DKFZp779B1540;ETV7 ets変種遺伝子7(TEL2癌遺伝子);KCTD20カリウムチャネル四量体化ドメイン含有20;PNPLA1パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有1;PXT1ペルオキシソーム、精巣特異的1;SFRS3スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ3;およびSTK38(セリン/トレオニンキナーゼ38)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー18]。癌転帰マーカーが、Chr2、205.9−208.1Mbである方法において、マーカーは、ADAM23(ADAMメタロペプチダーゼドメイン23);CPOカルボキシペプチダーゼO;DYTNジストロテリン;EEF1B2真核細胞翻訳伸長因子1β2;FASTKD2 FASTキナーゼドメイン2;FLJ20309仮定上のタンパク質FLJ20309;GPR1 Gタンパク質共役受容体1;KLF7 Kruppel様因子7(ユビキタスな);MDH1Bリンゴ酸デヒドロゲナーゼ1B、NAD(可溶性);NDUFS1 NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質1、75kDa(NADH−コエンザイムQ還元酵素);NRP2ニューロピリン2;PARD3B par−3分配欠損3相同体B(C.エレガンス(C.elegans));ZDBF2(亜鉛フィンガー、DBFタイプ含有2);およびhCG_1657980 hCG1657980をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー19]。癌転帰マーカーが、Chr1、109.5−111.1Mbである方法において、マーカーは、hsa−mir−197;AHCYL1 S−アデノシルホモシステイン加水分解酵素様1);ALX3アリスタレス様ホメオボックス3;AMIGO1 Ig様ドメイン1を有する接着分子;AMPD2アデノシン一リン酸デアミナーゼ2(アイソフォームL);ATXN7L2アタキシン7様2;CELSR2カドヘリン、EGF LAG7回貫通G−タイプ受容体2(フラミンゴ相同体、ドロソフィラ);CSF1コロニー刺激因子1(マクロファージ);CYB561D1チトクロムb−561ドメイン含有1;EPS8L3 EPS8様3;FAM40A配列類似性40を有するファミリー、メンバーA;GNAI3グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α阻害活性ポリペプチド3;GNAT2グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α形質導入活性ポリペプチド2;GPR61 Gタンパク質共役受容体61;GSTM1、M2、M3、M4、M5グルタチオンS−トランスフェラーゼM1、M2(筋肉)、M3(脳)、M4、M5;HBXIP B型肝炎ウイルスx相互作用タンパク質;KCNA2、3、4、10カリウム電位開口型チャネル、shaker関連サブファミリー、メンバー2、3、4、10;KIAA1324 KIAA1324;MYBPHLミオシン結合タンパク質H様;PROK1プロキネチシン1;PSMA5プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、5;PSRC1プロリン/セリン−リッチコイルドコイル1;RBM15 RNA結合モチーフタンパク質15;SARSセリル−tRNA合成酵素;SLC16A4溶質輸送体ファミリー16、メンバー4(モノカルボン酸輸送体5);SLC6A17溶質輸送体ファミリー6、メンバー17;SORT1ソルチリン1;SYPL2(シナプトフィシン様2);およびUBL4B(ユビキチン様4B)をコードするヌクレオチド配列を含む。[マーカー20]。
【0023】
あるいは、これらの方法のいずれかにおいても、癌転帰マーカーは、例えば、染色体DNAの一領域であり、その欠失は癌転帰マーカーのコピー数損失を生じ、コピー数損失は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーは、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択することができる。癌転帰マーカーが、Chr5、62.9−67.8Mbである方法において、マーカーは、ADAMTS6トロンボスポンジンタイプ1モチーフを有するADAMメタロペプチダーゼ、6;CD180 CD180分子;CENPKセントロメアタンパク質K;ERBB2IP erbb2相互作用タンパク質;FLJ13611仮定上のタンパク質FLJ13611;HTR1A 5−ヒドロキシトリプタミン(セロトニン)受容体1A;MAST4微小管関連セリン/トレオニンキナーゼファミリーメンバー4;NLN神経溶解素(メタロペプチダーゼM3ファミリー);P18SRP P18SRPタンパク質;PIK3R1ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α);PPWD1ペプチジルプロリルイソメラーゼドメインおよびWDリピート含有1;RGS7BP G−タンパク質シグナル伝達7結合タンパク質の制御因子;RNF180リングフィンガータンパク質180;SDCCAG10血清学的に定義された結腸癌抗原10;SFRS12スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ12;SGTB低分子量グルタミンリッチテトラトリコペプチドリピート(TPR)含有、β0;およびTRIM23 tripartiteモチーフ含有23をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー1]。癌転帰マーカーが、Chr5、53.3−53.8Mbである方法において、マーカーは、ARL15(ADP−リボシル化因子様15);HSPB3(熱ショック27kDaタンパク質3)およびhsa−miR−581をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー2]。癌転帰マーカーが、Chr4、105.8−107.2Mbである方法において、マーカーは、FLJ20184(仮定上のタンパク質FLJ20184);GSTCD(グルタチオンS−トランスフェラーゼ、C末端ドメイン含有);INTS12インテグレーター複合体サブユニット12;KIAA1546 KIAA1546;MGC16169仮定上のタンパク質MGC16169;NPNT(ネフロネクチン);およびPPA2ピロホスファターゼ(無機)2をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー3]。癌転帰マーカーが、Chr16、45.8−46.3Mbである方法において、マーカーは、ITFG1(インテグリンαFG−GAPリピート含有1)およびPHKB(ホスホリラーゼキナーゼ、β)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー4]。癌転帰マーカーが、Chr5、50.7−52.0Mbである方法において、マーカーは、ISL1(ISL LIMホメオボックス)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー5]。癌転帰マーカーが、Chr5、94.2−96.1Mbである方法において、マーカーは、ARSK(アリールスルファターゼファミリー、メンバーK);CAST(カルパスタチン);ELL2(伸長因子、RNAポリメラーゼII、2);FAM81B配列類似性81を有するファミリー、メンバーB;GLRXグルタレドキシン(チオールトランスフェラーゼ);GPR150 Gタンパク質共役受容体150;KIAA0372 KIAA0372;MCTP1マルチプルC2ドメイン、膜貫通型1;PCSK1プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシンタイプ1;RFESD(Rieske(Fe−S)ドメイン含有);RHOBTB3 Rho関連BTBドメイン含有3;SPATA9(精子形成関連9);およびhsa−miR−583をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー6]。癌転帰マーカーが、Chr9、36.1−37.0Mbである方法において、マーカーは、C9orf19第9染色体オープンリーディングフレーム19;CCINカリシン;CLTAクラスリン、軽鎖(Lca);GNEグルコサミン(UDP−N−アセチル)−2−エピメラーゼ/N−アセチルマンノサミンキナーゼ;MELK母系胚性ロイシンジッパーキナーゼ;PAX5ペアードボックス5;RECKカザールモチーフを有する復帰突然変異誘導システインリッチタンパク質;およびRNF38リングフィンガータンパク質38をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー7]。癌転帰マーカーが、Chr5、94.2−96.1Mbである方法において、マーカーは、ARSKアリールスルファターゼファミリー、メンバーK;CASTカルパスタチン;ELL2伸長因子、RNAポリメラーゼII、2;FAM81B配列類似性81を有するファミリー、メンバーB;GLRXグルタレドキシン(チオールトランスフェラーゼ);GPR150 Gタンパク質共役受容体150;KIAA0372 KIAA0372;MCTP1マルチプルC2ドメイン、膜貫通型1;PCSK1プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシンタイプ1;RFESD Rieske(Fe−S)ドメイン含有;RHOBTB3 Rho関連BTBドメイン含有3;SPATA9精子形成関連9をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー8]。癌転帰マーカーが、Chr14、51.1−52.8Mbである方法において、マーカーは、C14orf166第14染色体オープンリーディングフレーム166;DDHD1 DDHDドメイン含有1;ERO1L ERO1様(S.セレビシエ);FRMD6 FERMドメイン含有6;GNG2グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ2;GNPNAT1グルコサミン−リン酸N−アセチルトランスフェラーゼ1;GPR137C Gタンパク質共役受容体137C;NID2ニドジェン2(オステオニドジェン);PLEKHC1プレクストリン相同ドメイン含有、ファミリーC(FERMドメインを有する)メンバー1;PSMC6プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)26Sサブユニット、ATPase、6;PTGDRプロスタグランジンD2受容体(DP);PTGER2プロスタグランジンE受容体2(サブタイプEP2)、53kDa;STYXセリン/トレオニン/チロシン相互作用タンパク質;TXNDC16チオレドキシンドメイン含有16をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー9]。癌転帰マーカーが、Chr14、61.5−68.6Mbである方法において、マーカーは、ACTN1アクチニン、α1;AKAP5 Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質5;ARG2アルギナーゼ、タイプII;ATP6V1DATPase、H+輸送、リソソーム34kDa、V1サブユニットD;C14orf50第14染色体オープンリーディングフレーム50;C14orf54第14染色体オープンリーディングフレーム54;C14orf83第14染色体オープンリーディングフレーム83;CHURC1チャーチルドメイン含有1;EIF2S1真核細胞翻訳開始因子2、サブユニット1α、35kDa;ESR2エストロゲン受容体2(ERβ);FLJ39779 FLJ39779タンパク質;FNTBファルネシルトランスフェラーゼ、CAAXボックス、β;FUT8フコシル基転移酵素8(α(1,6)フコシル基転移酵素);GPHB5糖タンパク質ホルモンβ5;GPHNジェフィリン;GPX2グルタチオンペルオキシダーゼ2(胃腸);HSPA2熱ショック70kDaタンパク質2;KCNH5カリウム電位開口型チャネル、サブファミリーH(eag関連)、メンバー5;MAX MYC関連因子X;MPP5、膜タンパク質パルミトイル化5(MAGUK p55サブファミリーメンバー5);MTHFD1メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ(NADP+依存性)1、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸合成酵素;PIGHホスファチジルイノシトールグリカンアンカー生合成、クラスH;PLEK2プレクストリン2;PLEKHG3プレクストリン相同ドメイン含有、(RhoGefドメインを有する)ファミリーGメンバー3;PLEKHH1プレクストリン相同ドメイン含有、(MyTH4ドメインを有する)ファミリーHメンバー1;PPP2R5Eタンパク質ホスファターゼ2、調節サブユニットB’、εアイソフォーム;RAB15 RAB15、メンバーRAS癌遺伝子ファミリー;RAD51L1 RAD51様1(S.セレビシエ);RDH11レチノールデヒドロゲナーゼ11(全トランス/9−シス/11−シス);RDH12レチノールデヒドロゲナーゼ12(全トランス/9−シス/11−シス);RHOJ ras相同体遺伝子ファミリー、メンバーJ;SGPP1スフィンゴシン−1−リン酸ホスファターゼ1;SPTBスペクトリン、β、(球状赤血球症、臨床タイプIを含む)赤血球;SYNE2スペクトリンリピート含有、核包膜2;SYT16シナプトタグミンXVI;VTI1B t−SNAREs相同体1B(酵母)との相互作用によるベシクル輸送;WDR22 WDリピートドメイン22;WDR89 WDリピートドメイン89;ZBTB1亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有1;ZBTB25亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有25;ZFP36L1亜鉛フィンガータンパク質36、C3Hタイプ様1;ZFYVE26亜鉛フィンガー、FYVEドメイン含有26およびhsa−miR−625をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー10]。癌転帰マーカーが、Chr9、28.1Mbである方法において、マーカーは、LINGO2(ロイシンリッチリピートおよびIgドメイン含有2)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー11]。癌転帰マーカーが、Chr4、43.7−44.2Mbである方法において、マーカーは、KCTD8(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有8)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー12]。癌転帰マーカーが、Chr5、60.8−62.9Mbである方法において、マーカーは、DIMT1L DIM1ジメチルアデノシントランスフェラーゼ1様(S.セレビシエ);FLJ37543仮定上のタンパク質FLJ37543;IPO11インポーチン11;ISCA1L鉄−硫黄クラスターアセンブリー1相同体(S.セレビシエ)様;およびKIF2Aキネシン重鎖メンバー2Aをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー13]。癌転帰マーカーが、Chr3、120.0−121.1Mbである方法において、マーカーは、ADPRH ADP−リボシルアルギニン加水分解酵素;B4GALT4 UDP−Gal:βGlcNAc β 1,4−ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド4;C3orf1第3染色体オープンリーディングフレーム1;C3orf15第3染色体オープンリーディングフレーム15;C3o
rf30第3染色体オープンリーディングフレーム30;CD80 CD80分子;CDGAP Cdc42 GTPase−活性化タンパク質;COX17 COX17チトクロムc酸化酵素アセンブリー相同体(S.セレビシエ);GSK3Bグリコーゲン合成酵素キナーゼ3β;IGSF11免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー11;KTELC1 KTEL(Lys−Tyr−Glu−Leu)含有1;NR1I2核内受容体サブファミリー1、グループI、メンバー2;PLA1AホスホリパーゼA1メンバーA;POPDC2ポパイドメイン含有2;TMEM39A膜貫通型タンパク質39A;およびUPK1Bウロプラキン1Bをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー14]。癌転帰マーカーが、Chr4、46.2−48.0Mbである方法において、マーカーは、ATP10D ATPase、クラスV、タイプ10D;CNGA1環状ヌクレオチド依存性チャネルα1;COMMD8 COMMドメイン含有8;CORINコリン、セリンペプチダーゼ;COX7B2チトクロムc酸化酵素サブユニットVIIb2;GABRA4 γアミノ酪酸(GABA)A受容体、α4;GABRB1 γアミノ酪酸(GABA)A受容体、β1;NFXL1核転写因子、X−ボックス結合様1;NPAL1 NIPA様ドメイン含有1;TEC tecタンパク質チロシンキナーゼ;およびTXK TXKチロシンキナーゼをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー15]。癌転帰マーカーが、Chr14、38.9−40.0Mbである方法において、マーカーは、FBXO33(F−ボックスタンパク質33)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー16]。癌転帰マーカーが、Chr4、44.2−44.6Mbである方法において、マーカーは、GNPDA2(グルコサミン−6−リン酸デアミナーゼ2);GUF1(GUF1 GTPase相同体(S.セレビシエ));およびYIPF7(Yip1ドメインファミリー、メンバー7)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー17]。癌転帰マーカーが、Chr2、213.7−214.3Mbである方法において、マーカーは、IKZF2 IKAROSファミリー亜鉛フィンガー2(Helios);およびSPAG16精子関連抗原16をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー18]。癌転帰マーカーが、Chr14、43.9−46.6Mbである方法において、マーカーは、C14orf106第14染色体オープンリーディングフレーム106;C14orf155第14染色体オープンリーディングフレーム155;C14orf28第14染色体オープンリーディングフレーム28;FANCMファンコニー貧血、相補グループM;FKBP3 FK506結合タンパク質3、25kDa;KIAA0423 KIAA0423;KLHL28 kelch様28(ドロソフィラ);MDGA2 MAMドメイン含有グリコシルホスファチジルイノシトールアンカー2;PRPF39 PRP39mRNA前駆体プロセシング因子39相同体(S.セレビシエ);およびRPL10Lリボソームタンパク質L10様をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー19]。癌転帰マーカーが、Chr14、27.6−28.6Mbである方法において、マーカーは、FOXG1(フォークヘッドボックスG1)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー20]。癌転帰マーカーが、Chr3、98.0−98.3Mbである方法において、マーカーは、EPHA6(EPH受容体A6)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー21]。癌転帰マーカーが、Chr14、55.2−60.0Mbである方法において、マーカーは、ACTR10アクチン関連タンパク質10相同体(S.セレビシエ);ARID4A ATリッチ相互作用ドメイン4A(RBP1様);C14orf100第14染色体オープンリーディングフレーム100;C14orf101第14染色体オープンリーディングフレーム101;C14orf105第14染色体オープンリーディングフレーム105;C14orf108第14染色体オープンリーディングフレーム108;C14orf135第14染色体オープンリーディングフレーム135;C14orf149第14染色体オープンリーディングフレーム149;C14orf37第14染色体オープンリーディングフレーム37;C14orf39第14染色体オープンリーディングフレーム39;DAAM1 dishevelled associated activator of morphogenesis 1;DACT1ダッパー、β−カテニンのアンタゴニスト、相同体1(ゼノパス・ラエビス(Xenopus laevis);DHRS7デヒドロゲナーゼ/還元酵素(SDRファミリー)メンバー7;EXOC5エクソシスト複合体成分5;GPR135 Gタンパク質共役受容体135;KIAA0586 KIAA0586;NAT12 N−アセチルトランスフェラーゼ12;OTX2オルソデンティクルホメオボックス2;PELI2ペリノ相同体2(ドロソフィラ);PPM1Aタンパク質ホスファターゼ1A(以前には2C)、マグネシウム依存性、αアイソフォーム;PSMA3プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、3;RTN1レチキュロン1;SLC35F4溶質輸送体ファミリー35、メンバーF4;TIMM9ミトコンドリア内膜9相同体のトランスロカーゼ(酵母);およびUNQ9438 TIMMをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー22]。癌転帰マーカーが、Chr14、48.7−51.1Mbである方法において、マーカーは、ABHD12Bアブヒドロラーゼドメイン含有12B;ARF6 ADP−リボシル化因子6;ATP5S ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットs(因子B);C14orf104第14染色体オープンリーディングフレーム104;C14orf138第14染色体オープンリーディングフレーム138;CDKL1サイクリン依存性キナーゼ様1(CDC2関連キナーゼ);FRMD6 FERMドメイン含有6;KLHDC1 kelchドメイン含有1;KLHDC2 kelchドメイン含有2;L2HGDH L−2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ;LOC196913仮定上のタンパク質LOC196913;LOC283551仮定上のタンパク質LOC283551;MAP4K5マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ5;MGAT2マンノシル(α−1,6−)−糖タンパク質β−1,2−N−アセチルグルコサミン転移酵素;NINニネイン(GSK3B相互作用タンパク質);POLE2ポリメラーゼ(DNA指向性)、ε2(p59サブユニット);PPIL5ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様5PYGL(ホスホリラーゼ、グリコーゲン;肝臓(ハース病、糖原病タイプVI));RPL36ALリボソームタンパク質L36a様;およびRPS29リボソームタンパク質S29をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー23]。癌転帰マーカーが、Chr4、81.4−83.2Mbである方法において、マーカーは、BMP3骨形成タンパク質3(骨原性);C4orf22第4染色体オープンリーディングフレーム22;FGF5線維芽細胞増殖因子5;PRKG2プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプII;およびRASGEF1B RasGEFドメインファミリー、メンバー1Bをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー24]。癌転帰マーカーが、Chr10、51.9−54.2Mbである方法において、マーカーは、ACF apobec−1相補性因子;ASAH2B N−アシルスフィンゴシンアミドヒドロラーゼ(非リソソームセラミダーゼ)2B;CSTF2T開裂刺激因子、3’RNA前駆体、サブユニット2、64kDa、tau変異体;DKK1 dickkopf相同体1(ゼノパス・ラエビス);MBL2マンノース結合レクチン(タンパク質C)2、可溶性(オプソニン欠損);PRKG1プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプI;SGMS1スフィンゴミエリンシンターゼ1;およびhsa−miR−605をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー25]。癌転帰マーカーが、Chr5、55.2−58.6Mbである方法において、マーカーは、ANKRD55アンキリンリピートドメイン55;C5orf29第5染色体オープンリーディングフレーム29;C5orf35第5染色体オープンリーディングフレーム35;DKFZp686D0972 RIKEN cDNA 4732495G21遺伝子に類似;GPBP1 GC−リッチプロモーター結合タンパク質1;IL31RA(インターロイキン31受容体A);IL6STインターロイキン6シグナルトランスデューサー(gp130、オンコスタチンM受容体);MAP3K1マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ1;MIER3中胚葉誘導初期応答1、ファミリーメンバー3;PDE4Dホスホジエステラーゼ4D、cAMP特異的(ホスホジエステラーゼE3dunce相同体、ドロソフィラ);PLK2ポロ様キナーゼ2(ドロソフィラ);およびRAB3C RAB3CメンバーRAS癌遺伝子ファミリーをコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー26]。癌転帰マーカーが、Chr5、67.8−68.5Mbである方法において、マーカーは、CCNB1(サイクリンB1)およびSLC30A5(溶質輸送体ファミリー30(亜鉛輸送体)、メンバー5)をコードするヌクレオチド配列を含む。[欠失マーカー27]。
【0024】
方法のいずれかにおいても、試験サンプルは、例えば、血液サンプル、腫瘍組織または疑わしい腫瘍組織などの腫瘍細胞、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋組織サンプルまたは前述のいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルを含むことができる組織サンプルとなり得る。模範的な実施形態では、組織サンプルは、肺組織サンプルまたは循環腫瘍細胞を含む末梢血サンプルである。これらの方法のいずれかにおいても、決定するステップ(b)は、インサイチューハイブリダイゼーションによって行うことができる。インサイチューハイブリダイゼーションは、少なくとも2つの核酸プローブで、蛍光で標識されている核酸プローブ、またはペプチド核酸プローブで行うことができる。決定するステップ(b)は、ポリメラーゼ連鎖反応、核酸配列決定アッセイ、または核酸マイクロアレイアッセイによって行うことができる。模範的な実施形態では、肺癌は、非小細胞肺癌であり、これは、例えば、有棘細胞癌、大細胞癌または腺癌となり得る。これらの方法のいずれかにおいても、患者は、化学療法、放射線、手術またはそのいずれかの組み合わせで治療を受けることができる。
【0025】
他の態様では、本開示は、肺癌に罹患した患者のための治療を選択する方法を提供し、方法は、a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップであって、化学療法薬剤を有する治療が患者のために少なくとも1種の治療オプションであるステップ;b)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を決定するステップ;c)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を2つのベースラインコピー数と比較し、それによって、試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ;およびd)ステップc)における比較に基づいた化学療法治療レジメンを決定するステップのステップを含む。ステップc)における比較に基づいた治療レジメンを決定するステップには、例えば、化学療法薬剤を選択するステップおよびコピー数の変化が癌転帰マーカーについて存在するとき化学療法治療の頻度を決定するステップが含まれる。
【0026】
他の態様では、本開示は、a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;b)癌転帰マーカーについてのコピー数を決定するステップ;c)患者において癌転帰マーカーのコピー数の変化の有無を決定するために、癌転帰マーカーについての2つのベースラインコピー数に対して試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数を比較するステップ;およびd)癌転帰マーカーのコピー数の変化の存在に基づいて治療に抵抗性である肺癌を有するものとして患者を分類するステップを含む、治療に抵抗性である肺癌を有するものとして患者を分類する方法を提供する。
【0027】
他の態様では、本開示は、a)癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬;およびb)試験を行うための説明書を含む、キットを提供する。癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬は、例えば、癌転帰マーカーの少なくとも一部にハイブリダイズする検出可能な程度に標識されたポリヌクレオチドを含むことができる。癌転帰マーカーは、染色体DNAの一領域となり得、その増幅は、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、コピー数増加は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーは、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択することができる。癌転帰マーカーは、染色体DNAの一領域となり得、その欠失は、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーは、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択することができる。
【0028】
本特許または出願ファイルは、カラーで作成された少なくとも1つの図面を含む。カラー図面を有する本特許または出願公開のコピーは、必要な手数料の要求および支払い後に官庁によって提供される。
【図面の簡単な説明】
【0029】
【図1】Chr19、34.7Mb−35.6Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー1]
【図2】Chr19、38.9−40.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー2]
【図3】Chr17、69.2−71.3Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー3]
【図4】Chr6、70.8−71.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIb期−IIb期を有する71名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー4]
【図5】Chr6、70.8−71.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー4]
【図6】Chr12、93.7kb−1.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー5]
【図7】Chr11、64.3−64.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー6]
【図8】Chr11、64.3−64.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー6]
【図9】Chr19、57.0−62.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー7]
【図10】Chr6、39.1−39.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー8]
【図11】Chr11、64.8−65.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー9]
【図12】Chr11、64.8−65.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー9]
【図13】Chr11、61.4−64.3Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー10]
【図14】Chr17、51.5−53.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー11]
【図15】Chr17、43.5−44.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー12]
【図16】Chr17、43.5−44.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー12]
【図17】Chr2、147.6−151.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー13]
【図18】Chr2、147.6−151.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー13]
【図19】Chr6、123.7−135.6Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー14]
【図20】Chr8、6.9−8.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー15]
【図21】Chr2、159.9−161.4Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー16]
【図22】Chr2、159.9−161.4Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー16]
【図23】Chr2、200.9−204.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー17]
【図24】Chr6、36.3−36.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー18]
【図25】Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]
【図26】Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIb期−IIb期を有する66名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]
【図27】Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]
【図28】Chr1、109.5−111.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIb期−IIb期を有する71名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー20]
【図29】Chr5、62.9−67.8Mbにおけるコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー1]
【図30】Chr5、53.3−53.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー2]
【図31】Chr4、105.8−107.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー3]
【図32】Chr16、45.8−46.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー4]
【図33】Chr5、50.7−52.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー5]
【図34】Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー6]
【図35】Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー6]
【図36】Chr9、36.1−37.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー7]
【図37】Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー8]
【図38】Chr14、51.1−52.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー9]
【図39】Chr14、61.5−68.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー10]
【図40】Chr9、28.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー11]
【図41】Chr4、43.7−44.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー12]
【図42】Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]
【図43】Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]
【図44】Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]
【図45】Chr3、120.0−121.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー14]
【図46】Chr4、46.2−48.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー15]
【図47】Chr14、38.9−40.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー16]
【図48】Chr4、44.2−44.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー17]
【図49】Chr2、213.7−214.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー18]
【図50】Chr14、43.9−46.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー19]
【図51】Chr14、27.6−28.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー20]
【図52】Chr14、27.6−28.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー20]
【図53】Chr3、98.0−98.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー21]
【図54】Chr3、98.0−98.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー21]
【図55】Chr14、55.2−60.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー22]
【図56】Chr14、48.7−51.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー23]
【図57】Chr4、81.4−83.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー24]
【図58】Chr10、51.9−54.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー25]
【図59】Chr5、55.2−58.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー26]
【図60】Chr5、67.8−68.5Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー27]
【図61】トレーニング(100Kアレイ)データセットおよび妥当性を確認する(SNP6.0アレイ)データセットを用いて得られた平均コピー数パターンを比較する、平均コピー数を示すプロットである。
【図62】ARSKにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図63】ARSKにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図64】C5orf27におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図65】C5orf27におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図66】CASTにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図67】CASTにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図68】ELL2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図69】FAM81Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図70】FAM81Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図71】GLRXにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図72】GLRXにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図73】GPR150におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図74】GPR150におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図75】MCTP1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図76】MCTP1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図77】PCSK1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図78】PCSK1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図79】RFESDにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図80】RFESDにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図81】RHOBTB3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図82】RHOBTB3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図83】SPATA9におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図84】SPATA9におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図85】TTC37におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図86】TTC37におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図87】CCNB1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図88】SLC30A5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図89】MYO15Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図90】SLC16A5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図91】DKFZp761E198におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図92】DKFZp761E198におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図93】EHBP1L1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図94】EHBP1L1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図95】FAM89Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図96】FAM89Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図97】KAT5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図98】KAT5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図99】KCNK7におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図100】KCNK7におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図101】LTBP3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図102】LTBP3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図103】MALAT1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図104】MALAT1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図105】MAP3K11におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図106】MAP3K11におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図107】PACS1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図108】PACS1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図109】PCNXL3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図110】PCNXL3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図111】RELAにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図112】RELAにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図113】RNASEH2Cにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図114】RNASEH2Cにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図115】SCYL1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図116】SCYL1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図117】SIPA1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図118】SIPA1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図119】SSSCA1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図120】SSSCA1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図121】BADにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図122】C11orf20におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図123】BADにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図124】C11orf20におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図125】DNAJC4におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図126】DNAJC4におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図127】ESRRAにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図128】ESRRAにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図129】FADS2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図130】FADS3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図131】FKBP2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図132】FKBP2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図133】FLRT1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図134】GPR137におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図135】HSPC152におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図136】HSPC152におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図137】KCNK4におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図138】KCNK4におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図139】NUDT22におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図140】NUDT22におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図141】PLCB3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図142】PLCB3におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図143】PPP1R14Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図144】PPP1R14Bにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図145】PRDX5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図146】PRDX5におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図147】RAB3IL1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図148】TRPT1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図149】TRPT1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図150】vは、VEGFBにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図151】VEGFBにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図152】AKAP1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図153】ANKFN1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図154】C17orf67におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図155】COILにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図156】DGKEにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図157】MSI2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図158】MTVR2におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図159】NOGにおけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図160】RNF126P1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図161】SCPEP1におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【図162】TRIM25におけるコピー数増加の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。
【発明を実施するための形態】
【0030】
先に記述されている癌における転帰不良の、発現に基づくマーカーは、十分に確立された臨床診断手段である、FISHで測定することができない。現在まで、遺伝子増幅/欠失は、疾患転帰を予測できるものが同定されていない。本発明者らは、ある特定の癌患者におけるいくつかの染色体配列のコピー数の変化を発見している。さらに、本発明者らは、コピー数の変化が、NSCLCのI期−II期におけるより短い全生存または再発までの期間の縮小と統計的に有意に関連することを決定している。
【0031】
したがって、本開示は、47個のマーカーのいずれか1つにおいて染色体DNAのコピー数を評価することにより、ヒトにおける早期非小細胞肺癌(NSCLC)の予後を決定する方法を提供する。これらのマーカーのそれぞれについて、コピー数の変化は、癌におけるより不良な予後に関連する。コピー数の変化は、1つ以上のコピー数増加またはコピー数損失であった。より不良な予後は、2つのコピーの正常なベースライン補体と比較したとき、コピー数増加またはコピー数損失を有する患者において評価された。より不良な予後は、全生存および再発までの期間の測度を用いて決定した。本開示は、早期NSCLC患者についての改善された予後の情報を示すために特に有益であり、癌再発のリスクがより高いこうした早期NSCLC患者のための治療選択の改善を可能にする。
【0032】
本開示には、早期癌として分類されたNSCLC患者、具体的には、広く用いられるTNM病期分類系を用いてIA期、IB期、IIA期またはIIB期(IIA期およびIIB期は、集合的にII期と称される。)として分類されるものの予後を決定するための方法が含まれる。他の診断上の分類に基づいた代替のNSCLC病期分類系を、組織サンプルが本明細書に開示される方法によってアッセイすることができる患者を同定するために用いることができる。本明細書では、早期NSCLCは、2つ以上のリンパ節に拡散しておらず、他のいかなる臓器にも転移していないNSCLC腫瘍を意味する。早期NSCLC患者は、完全な腫瘍除去を求める外科的切除によってほとんど常に治療されるが、腫瘍が完全に切除されると考えられる場合でも、再発の有意なリスクは、これらの早期患者に存在する。現在の診断様式では、これらの早期癌が、再発のリスクが高く、したがって、アジュバント化学療法で切除後に治療するべきであるまたはネオアジュバント化学療法を用いて切除前に治療するべきであるという正確な予測が可能でない。本開示は、患者サンプルにおける遺伝子コピー数を決定することにより、リスクがより高いこうした早期患者の予後の同定を提供する。
【0033】
したがって、一態様では、本方法は、肺癌の治療対象となる患者において疾患転帰を予測する方法を包含する。患者から得られた生物サンプルである試験サンプルが、提供され、試験サンプル中の選択された癌転帰マーカーについてのコピー数が決定される。試験サンプルから得られたコピー数は、2つのベースラインコピー数に対して比較され、それによって、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定する。試験サンプル中の癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、患者は、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者における疾患転帰のベースライン測度と比較したとき、疾患転帰不良のリスクの増加を有するものとして同定される。癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の存在、すなわち、増幅による2を超えるコピー数、または欠失による2未満のコピー数は、疾患転帰不良を予測するものである。疾患転帰不良は、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比較したときの全生存期間の減少および癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化を有さない患者の再発までの期間と比較したときの再発までの期間短縮の少なくとも1つである。本方法はまた、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化の有無に基づいて、肺癌の治療対象となる患者における疾患転帰を予測する方法を包含し、癌転帰マーカーのコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比較したとき、患者が全生存期間の減少または再発までの期間短縮のリスクがより高いか否かについて決定がなされる。
【0034】
方法のいずれかにおいても、癌転帰マーカーは、染色体DNAの一領域となり得、その増幅は、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、コピー数増加は疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーには、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbが含まれる。あるいは、癌転帰マーカーは、染色体DNAの一領域となり得、その欠失は、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーには、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbが含まれる。
【0035】
本方法は、肺癌に罹患した患者のための治療を選択する問題に適用することもできる。例えば、本方法は、患者から得られたサンプル中の癌転帰マーカーのコピー数の変化の有無に基づいた化学療法治療レジメンを決定することを含むことができる。ステップc)における比較に基づいた治療レジメンを決定するステップには、コピー数の変化が癌転帰マーカーに存在するとき、例えば、化学療法薬剤を選択するステップおよび化学療法治療の頻度を決定するステップが含まれる。例えば、本明細書に記載した通りマーカーに応じてコピー数増加または喪失となり得る、個別の患者における癌転帰マーカーの好ましくないコピー数の変化は、治療に抵抗する肺癌を示す。このような場合、治療提供者は、より強力な化学療法薬剤またはより頻繁な化学療法治療、またはその両方の使用を含めた、通常の化学療法治療レジメンよりもより積極的な治療を希望し得る。
【0036】
したがって、本方法は、治療に抵抗する肺癌を有するものとして患者を分類するために用いることもできる。例えば、コピーの変化が患者から得られたサンプル中に存在することが決定されると仮定すると、患者は、さらなる治療に抵抗する肺癌を有するものとして分類される。患者は、現在、化学療法、放射線、手術またはそのいずれかの組み合わせで治療を受けることができる、または現在、化学療法、放射線、手術治療またはそのいずれかの組み合わせのいずれか1つについて考慮されている。
【0037】
決定するステップ(b)は、例えば、インサイチューハイブリダイゼーションを用いて、より好ましくは、蛍光で標識された核酸プローブまたは核酸類似体を含む蛍光で標識されたプローブによる蛍光インサイチューハイブリダイゼーション(FISH)を用いて行うことができる。好ましくは、少なくとも2つの核酸プローブが用いられる。ペプチド核酸プローブは用いることができる。決定するステップ(b)は、当技術分野で公知の通りポリメラーゼ連鎖反応、核酸配列決定アッセイ、または核酸マイクロアレイアッセイによって行うこともできる。
【0038】
早期NSCLCの試験は、患者から得られた適当な生物サンプルで、インサイチューハイブリダイゼーションによって好ましくは行われる。一般に、インサイチューハイブリダイゼーションには、生物サンプルを固定化するステップ;、1種または複数の染色体プローブを固定サンプル内に含まれた標的DNAとハイブリダイズするステップ;、洗浄して非特異的に結合したプローブを除去するステップ;、ハイブリダイズしたプローブを検出するステップが含まれる。インサイチューハイブリダイゼーションはまた、液体懸濁液中の生物サンプルから得られた検体細胞で行うこともでき、その後、フローサイトメトリーにより検出する。本方法は、好ましくは、マーカー領域に特異的なプローブを含む2つのプローブセットによるFISHアッセイを用いて、患者から得られた生物サンプル中の染色体コピー数異常を評価する。本開示に従って用いるための好ましいFISHプローブは、癌転帰マーカーヌクレオチド配列に特異的な1対のプローブを含み、ヌクレオチド配列の任意の部分を含むことができる。
【0039】
NSCLC予後の同定は、マーカー領域でコード化されることが公知の適当なタンパク質の患者サンプル中での発現を評価することなど、他の予後のインビトロ診断検査と併用することもできる。サンプルが好ましくない転帰(予後不良)に関連する異常な染色体コピー数パターンと併せて、かかるタンパク質の発現が見出される患者は、化学療法などのより積極的な手術後の治療に適格となり得る。
【0040】
通常、肺癌患者の場合、生物サンプルは、循環腫瘍細胞、または肺腫瘍組織生検もしくは切除を含む末梢血サンプルなどの組織サンプルである。他の適当な組織サンプルには、例えば、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋組織サンプルまたは末梢血サンプルのいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルが含まれる。好ましくは、サンプルは、例えば、一般的に認められた病期分類慣行に従って、例えば、病理学的な段階を用いて、IA期、IB期、IIA期またはIIB期のいずれかなど、早期癌として分類されている。
【0041】
本明細書に記載される癌転帰マーカーのポリヌクレオチド配列に従って構成されるプローブは、分析の様々なタイプを提供するために様々なアッセイ方法で用いることができる。例えば、かかるプローブは、コピー数プロファイリングを含めて、染色体分析を行うために蛍光インサイチューハイブリダイゼーション(FISH)技術で用いることができ、癌転帰マーカーにおける癌特異的コピー数の変化を同定するために用いることができる。プローブはまた、ラジオアイソトープ、直接もしくは間接的に検出可能なハプテン、または蛍光分子で標識することができ、組織検体もしくは細胞中で癌転帰マーカーのコピー数を評価するためにインサイチューハイブリダイゼーション研究に利用することができる。
【0042】
プローブは、標的ポリヌクレオチド配列に選択的に結合し、これは本明細書に記載した通り癌転帰マーカーの配列の少なくとも一部分、すなわち、ある特定の個体において増幅される染色体領域である。本明細書で提供される癌転帰マーカーのヌクレオチド配列、またはその任意の部分は、試験サンプル中のコピー数プロファイリングのための様々なアッセイに用いることができるプローブを生成するために用いることができる。プローブは、目的とする癌転帰マーカーの保存されたヌクレオチド領域から設計されてもよく、目的とする癌転帰マーカーの保存されないヌクレオチド領域、またはその中に含まれる遺伝子およびそれらの部分を含めたそれらの任意の部分から設計されてもよい。アッセイにおける最適化のためのかかるプローブの設計は、当業者の技術の範囲内である。一般に、核酸プローブは、最大の特異性が望まれるとき、保存されないまたは独特の領域から発生され、例えば、多重遺伝子ファミリーの異なるメンバーにまたはマウスおよびヒトのような近縁種中で密接に関連するヌクレオチド領域についてアッセイするとき、核酸プローブは、保存される領域から発生される。
【0043】
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、核酸またはその混合物中に含まれる所望の核酸配列(標的)を増幅するための技法である。PCRでは、1対のプライマーは、標的核酸の相補的なストランドにハイブリダイズするために過剰に用いられる。プライマーは、鋳型として標的核酸を用いたポリメラーゼによってそれぞれ拡張される。拡張生成物は、標的配列自体になり、その後、元の標的ストランドから解離する。次いで、新規なプライマーは、ハイブリダイズされ、ポリメラーゼによって拡張され、周期は、標的配列分子の数を幾何学的に増加するために繰り返される。PCRは、米国特許第4,683,195号および米国特許第4,683,202号に開示され、これらは参照により本明細書に組み込まれる。
【0044】
リガーゼ連鎖反応(LCR)は、核酸増幅のための代替方法である。LCRでは、プローブ対は、2つの一次(第1および第2)プローブおよび2つの二次(第3および第4)プローブを含むものが用いられ、そのすべては、標的に送るためにモル過剰で用いられる。第1のプローブは標的ストランドの第1のセグメントにハイブリダイズし、第2のプローブは、標的ストランドの第2のセグメントにハイブリダイズし、第1および第2のセグメントは、一次プローブが5’リン酸−3’ヒドロキシ関係で互いに隣接するように、およびリガーゼが2つのプローブを縮合した生成物に共有結合的に縮合することも結合することもできるように近接する。さらに、第3の(二次)プローブは、第1のプローブの一部にハイブリダイズすることができ、第4の(二次)プローブは、類似の結合のやり方で第2のプローブの一部にハイブリダイズすることができる。もちろん、標的が最初に二重鎖である場合、第2のプローブはまた、最初の事例において標的補体にハイブリダイズする。一次プローブの結合したストランドが標的ストランドから分離されてから、それは、相補的な、二次結合生成物を形成するために結合することができる第3および第4のプローブでハイブリダイズする。結合生成物が標的またはその補体に機能的に相当することを実現することが重要である。ハイブリダイゼーションおよび連結反応の繰り返し周期によって、標的配列の増幅は達成される。この技法は、1989年6月16日に公開されたK.BackmanのEP−A−320 308および1991年7月31日に公開されたK.BackmanらのEP−A−439 182に、より完全に記載されており、その両方は参照により本明細書に組み込まれる。
【0045】
mRNAの増幅について、これは、mRNAをcDNAに逆転写し、その後ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)を行うこと;または、参照により本明細書に組み込む米国特許第5,322,770号に記載される通り両方のステップのために単一の酵素を用いること;またはmRNAをcDNAに逆転写し、その後、やはり参照により本明細書に組み込まれるR.L.Marshallら、PCR Methods and Applications 4:80−84頁(1994年)によって記載される通り、非対称性ギャップリガーゼ連鎖反応(RT−AGLCR)を行うことは本開示の範囲内である。
【0046】
染色体プローブ。インサイチューハイブリダイゼーション技法のための適当なプローブは、3つの広範な群、すなわち、染色体領域にハイブリダイズし、染色体の有無を示す染色体計数プローブ;染色体領域にハイブリダイズし、染色体の腕の有無を示す染色体腕プローブ;および染色体上の特異的な座にハイブリダイズし、特異的な座の有無を検出する座特異的プローブに属する。染色体プローブおよびそれらの組み合わせは、本方法に用いられるとき、感受性および/または特異性について選択される。プローブセットには、任意の数のプローブ、例えば、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、15または20個のプローブを含むことができる。個別のプローブおよびプローブセットの選択は、例えば、US20060063194に記載される通り、通常の当技術分野に従って行うことができ、その全体の開示は、参照により本明細書に組み込まれる。かかる選択方法は、識別および/または組み合わせ分析を利用して、癌転帰マーカーのコピー数プロファイリングのために有用であるプローブおよびプローブセットを選択する。
【0047】
異常なコピー数パターン(異数体性(aneusomy)または多染色体性)の検出のために本開示に従ってインサイチューハイブリダイゼーション方法において使用するための適当なプローブは、染色体計数プローブおよびマーカー配列の一部にハイブリダイズ可能な染色体座特異的プローブの、他と区別できるように標識された各プローブとの組み合わせである。当技術分野で周知の通り、染色体計数プローブは、セントロメアの近くに位置するもしくはそれから除去された反復配列にハイブリダイズすることができる、または、染色体上の任意の位置に位置づけられた独特の配列にハイブリダイズすることができる。例えば、染色体計数プローブは、染色体のセントロメアに関連する反復DNAでハイブリダイズすることができる。霊長類染色体のセントロメアは、α−サテライトDNAと称される約171塩基対のモノマー反復長からなるDNAの長タンデム反復の複合体ファミリーを含む。特異的な染色体計数プローブの限定しない例としては、SpectrumGreen(商標)CEP(登録商標)10プローブ(Abbott Molecular、Inc.、Des Plaines、Illinois)である。例えば、第19番染色体計数プローブを、Chr19、34.7Mb−35.6Mbにおけるコピー数異常を検出するために座特異的プローブと共に用いて、例えば、その中に含まれる座の欠失および/または多染色体性の状態を決定する。座特異的プローブは、染色体上で特異的な、非反復座にハイブリダイズする。適当なプローブは、例えば、任意の遺伝子の少なくとも一部を含み、そのためマーカー配列は、遺伝子をコードするヌクレオチド配列を含む。座特異的プローブは、例えば、Vysis CEP(登録商標)10 SpectrumGreenプローブと混合したプローブセットとして、Abbott Molecular Inc.から市販されている。
【0048】
動原体DNAでハイブリダイズするプローブは、Abbott Molecular Inc.(Des Plaines、IL)およびMolecular Probes、Inc.(Eugene、OR)から市販されている。あるいは、プローブは、周知の技法を用いて非商業的に作製することができる。DNAプローブを構成するのに用いるためのDNAの供給源には、ゲノムDNA、バクテリア人工染色体(BAC)などのクローン化DNA配列、宿主の正常な染色体補体と共にヒトの染色体の1本または一部を含む体細胞ハイブリッドおよびフローサイトメトリーまたは顕微解剖によって精製した染色体が含まれる。目的とする領域は、クローン化によってまたはポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を介した部位特異的な増幅によって単離することができる。例えば、Nathら、Biotechnic Histochem、1998年、73巻(1号):6−22頁;Wheelessら、Cytometry、1994年、17巻:319−327頁;および米国特許第5,491,224号を参照のこと。有用な座特異的プローブを製造するために用いられる出発ヒトDNAは、University of California Santa Cruzによって維持されたものなどのヒトゲノムデータベースから座についての核酸配列を取得することにより、次いで、有用なBACクローンを同定するためにRoswell Park Cancer CenterまたはInvitrogenによって維持されたものなどBACヒトDNAライブラリを、コンピュータでスクリーニングするために配列決定するものを用いることにより得ることができる。合成されたオリゴマーDNAプローブまたはペプチド核酸(PNA)プローブなどの核酸類似体から作成されたプローブは用いることもできる。
【0049】
本開示によるプローブによって検出された染色体領域のサイズは、例えば、短い200塩基対プローブ配列から900,000塩基の大型セグメントまで、サイズで変わり得る。直接標識されている座−特異的なプローブは、複雑さにおいて好ましくは少なくとも100,000塩基であり、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第5,756,696号に開示される通り、非標識の遮断核酸を用いて、プローブの非特異的な結合を避ける。遮断核酸としてのペプチド核酸などの非標識の、合成オリゴマー核酸または非標識の核酸類似体を用いることも可能である。
【0050】
染色体プローブは、染色体にハイブリダイズしたとき、プローブの検出を容易にする任意の検出部分を含むことができる。有効な検出部分には、本明細書に記載した通り直接および間接標識が含まれる。検出可能な標識の例には、フルオロフォア(すなわち、光を吸収してから蛍光を発する有機分子)、放射活性同位体(例えば、32Pおよび3H)ならびに発色団(例えば、視覚的に検出可能なマーカーを生成する酵素マーカー)が含まれる。フルオロフォアが好ましく、これは、ニックトランスレーション、ランダムプライミングおよびPCR標識化などの標準の技法で、標識されたヌクレオチドをプローブに取り込むことによりヌクレオチドへの共有結合後に直接標識することができる。あるいは、プローブ内のデオキシシチジンヌクレオチドは、リンカーでアミノ基転移することができる。次いで、フルオロフォアは、アミノ基転移したデオキシシチジンヌクレオチドに共有結合することができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれるBittnerらについての米国特許第5,491,224号を参照のこと。有用なプローブ標識化技法は、参照により本明細書に組み込まれるMolecular Cytogenetics:Protocols and Applications、Y.−S.Fan、Ed.、Chap.2、「Labeling Fluorescence In Situ Hybridization Probes for Genomic Targets」、L.Morrisonら、21−40頁、Humana Press、(C)2002年に記載されている。
【0051】
本明細書に記載した方法において用いることができるフルオロフォアの例は、7−アミノ−4−メチルクマリン−3−酢酸(AMCA)、Texas Red(商標)(Molecular Probes、Inc.、Eugene、OR);5−(および−6)−カルボキシ−X−ローダミン、リサミンロダミンB、5−(および−6)−カルボキシフルオレセイン;フルオレセイン−5−イソチオシアナート(FITC);7−ジエチルアミノクマリン−3−カルボン酸、テトラメチルローダミン−5−(および−6)−イソチオシアナート;5−(および−6)−カルボキシテトラメチルローダミン;7−ヒドロキシクマリン−3−カルボン酸;6−[フルオレセイン5−(および−6)−カルボキシアミド]ヘキサン酸;N−(4,4−ジフルオロ−5,7−ジメチル−4−ボラ−3a,4aジアザ−3−インダセンプロピオン酸(indacenepropionic acid);エオシン−5−イソチオシアナート;エリスロシン−5−イソチオシアナート;5−(および−6)−カルボキシローダミン6G;およびCascade(商標)青色アセチルアジド(Molecular Probes、Inc.、Eugene、OR)である。好ましいプローブセットでは、異なる色のフルオロフォアが、セット中の各染色体プローブが明瞭に視覚化することができるように用いられる。
【0052】
ハイブリダイゼーション後、プローブは、蛍光顕微鏡および各フルオロフォアのための適当なフィルターで、または複数のフルオロフォアを観察するために二重もしくは三重バンドパスフィルターセットを用いることにより見ることができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれるBittnerらの米国特許第5,776,688号を参照のこと。任意の適当な顕微鏡の画像処理方法は、MetaSystemsまたはApplied Imagingから入手可能なものなど、自動化されたデジタル画像処理系を含めて、ハイブリダイズしたプローブを可視化するために用いることができる。あるいは、フローサイトメトリーなどの技法が、染色体プローブのハイブリダイゼーションパターンを試験するために用いることができる。
【0053】
プローブはまた、例えば、当技術分野で周知の手段によってビオチンまたはジゴキシゲニンで間接的に標識することもできる。しかし、次いで、二次検出分子またはさらなるプロセシングは、標識されたプローブを可視化するために必要とされる。例えば、ビオチンで標識されたプローブは、検出可能なマーカー、例えば、フルオロフォアに結合したアビジン(例えば、ストレプトアビジン)によって検出することができる。さらに、アビジンは、アルカリホスファターゼまたは西洋ワサビペルオキシダーゼなどの酵素マーカーに結合することができる。かかる酵素マーカーは、酵素のための基質を用いた標準の比色反応で検出することができる。アルカリホスファターゼのための基質には、5−ブロモ−4−クロロ−3−インドリルフォスファートおよびニトロ青色テトラゾリウムが含まれる。ジアミノベンジジンは、西洋ワサビペルオキシダーゼのための基質として用いることができる。
【0054】
本方法で有用なプローブおよびプローブセットは、本明細書に記載した方法を実施するのに用いられるキットに他の試薬と共に包装することができる。
【0055】
好ましいプローブセット。模範的なプローブ組成物は、直接標識されたDNA FISHプローブの混合物を含む。例えば、このようなプローブセットには、Vysis SpectrumOrangeプローブおよびVysis SpectrumGreenプローブが含まれた。適当なプローブセットは、適当なハイブリダイゼーション緩衝液中で予め混合されたものを市販している。
【0056】
サンプルの調製。生物サンプルは、患者サンプルから得られた細胞含有抽出物を含めて、細胞もしくは細胞の材料を含むサンプルである。例えば、肺サンプルは、通常、肺実質、細気管支、気管支の、気管支および気管を含むがそれだけには限らない細胞もしくは肺の構造に由来する細胞の材料である。肺癌の検出のために有用な生物サンプルの限定しない例には、気管支検体、切除された肺組織、肺生検および喀痰サンプルが含まれる。気管支検体の例には、気管支の分泌物、洗液、洗浄、吸引およびブラッシングが含まれる。肺生検は、手術、気管支鏡検査、穿刺吸引(FNA)および経胸針生検を含めた方法によって得ることができる。一例では、タッチ調製物(touch preparation)は、肺生検から作製することができる。本発明のアッセイは、早期NSCLC患者から得られた血液サンプルに由来する循環腫瘍細胞サンプルで行うこともできる。循環腫瘍細胞サンプルは、Immuniconから入手可能な免疫磁気分離技術を用いて調製することができる。
【0057】
組織は、ホルムアルデヒドなどの固定液で固定し、次いで、パラフィンに包埋することができる。次いで、切片は、ミクロトームを用いて切断され、顕微鏡スライドに適用される。細胞診断検体は、FNAに由来する細胞懸濁液、気管支洗液、気管支洗浄、または喀痰、または播種状組織細胞から調製することができる。細胞診断検体は、細胞遠心分離(cytocentrifugation)、薄層沈着方法(例えば、ThinPrep、Cytyc Corp.)、スメア、または顕微鏡スライド上でのピペッティングと合わせてエタノールもしくはメタノール:酢酸中の細胞の固定によって調製することができる。さらに、生物サンプルは、滲出液、例えば、胸水、心嚢貯留液、または腹水を含むことができる。
【0058】
ハイブリダイゼーション方法。任意の適当なインサイチューハイブリダイゼーション方法は用いることができる。インサイチューハイブリダイゼーション前に、それぞれ細胞内に含まれる染色体プローブおよび染色体DNAは変性される。染色体プローブが一本鎖の核酸として調製される場合、プローブの変性は必要とされない。変性は、通常、高いpH、熱(例えば、約70℃から約95℃までの温度)の存在下で、ホルムアミドおよびテトラアルキルアンモニウムハロゲン化物などの有機溶媒、またはそれらの組み合わせをインキュベートすることにより行われる。例えば、染色体DNAは、70℃を超える温度(例えば、約73℃)および70%ホルムアミドおよび2X SSC(0.3M塩化ナトリウムおよび0.03Mクエン酸ナトリウム)を含む変性緩衝液の組み合わせにより変性させることができる。変性条件は、通常、細胞形態が保存されるように確立される。例えば、染色体プローブは、熱によって、例えば、約5分間約73℃までプローブを加熱することにより変性させることができる。
【0059】
変性する化学薬品または条件を取り除いてから、プローブは、ハイブリダイズ条件下で染色体DNAとアニーリングされる。「ハイブリダイズ条件」は、プローブと標的染色体DNAとの間のアニーリングを容易にする条件である。ハイブリダイゼーション条件は、濃度、塩基組成物、複雑性およびプローブの長さ、ならびに塩濃度、温度およびインキュベーションの長さに応じて変わる。例えば、インサイチューハイブリダイゼーションは、1−2.X.SSC、50−55%ホルムアミド、ハイブリダイゼーションアクセレラタント(acceleratant)(例えば、10%硫酸デキストラン)および非特異的なハイブリダイゼーションを抑制するための非標識の遮断DNAを含むハイブリダイゼーション緩衝液中で通常行われる。一般に、前述した通り、ハイブリダイゼーション条件は、約25℃から約55℃の温度および約0.5時間から約96時間のインキュベーションの長さが含まれる。より具体的には、ハイブリダイゼーションは、約32℃から約45℃で約2時間から約16時間行うことができる。
【0060】
染色体プローブの標的領域の外側のDNAへの非特異的な結合は、塩溶液による一連の洗浄により除去することができる。それぞれの洗浄における温度および塩の濃度は、所望の厳密さに依存する。例えば、厳密性が高い条件の場合、洗浄は、0.2.Xから約2.X.SSCおよびNonidet P−40(NP40)などの非イオン性界面活性剤の約0.1%から約1%を用いて約65℃から約80℃で行うことができる。厳密性は、洗浄の温度を下げることによりまたは洗浄中の塩の濃度を高めることにより低下させることができる。
【0061】
プローブの組織サンプルへのハイブリダイゼーションは、手動で、またはThermoBriteハイブリダイゼーションオーブン、VP 2000プロセッサ、またはXMatrix(商標)プロセシング器具(すべてAbbott Molecular、Inc.から市販されている)などの器具の補助で行うことができる。
【0062】
細胞の予選択。細胞サンプルは、様々な方法によりおよび様々な基準を用いて予備的に評価することができる。本明細書に記載したプローブおよび方法は、ある特定のスクリーニング方法論による使用に制限されない。一例としては、例えば、DAPIフィルターで見るなど、観察者が細胞学的な異常について数百から数千の細胞を走査する「走査法」である。評価した細胞数は、検体の細胞充実性に依存し、これは患者によって変わる。形成異常のおよび腫瘍性細胞に一般的であるが一定でなく関連した細胞学的な異常は、核増大、不規則な核および異常なDAPI染色(しばしばまだらであり色が薄い。)が含まれる。走査ステップでは、観察者は、(FISHによって実証される通り)細胞学的な異常をも示すこれらの細胞の染色体異常についての細胞の評価を好ましくは焦点に絞る。さらに、明らかな細胞学的な異常を有さない細胞の割合は、染色体異常がまた、細胞学的な異常がない場合に起こるため評価することができる。この走査法は、参照により本明細書に組み込まれるHallingらの米国特許第6,174,681号にさらに詳細に記載されている。肺癌細胞は、参照により本明細書に組み込まれるMorrisonによる米国特許公報第2003/0087248 A1号に記載されている方法を用いて評価のために選択することができる。
【0063】
検体の領域は、ヘマトキシリンおよびエオシンを含む染色など、従来の染色を用いて評価のために選択することもできる。例えば、病理学者は、パラフィン包埋検体の切片をヘマトキシリン/エオシン染色で染色し、組織形態および染色パターンにより恐らく癌性として領域を同定し、フェルトインクペンまたはガラススクライバーでその領域の輪郭を描くことができる。次いで、印の付いた領域は、ガラススクライバーでパラフィン包埋検体の連続切片上の対応する位置に移され、FISHは、そのスライド上で行われる。次いで、印を付けた領域内の細胞は、FISHシグナルについて評価される。
【0064】
染色体異常の分類パターンの検出。異常細胞は、染色体のコピー数異常の1つ以上のパターンの存在を特徴とする。患者サンプルにおける細胞中のコピー数異常パターンの存在は、細胞中の染色体プローブ(例えば、各プローブのシグナルの数)のハイブリダイゼーションパターンを試験し、シグナルの数を記録することにより評価される。異数体性は、通常、全染色体または染色体上の座のいずれかの異常コピー数を意味するものである。異常なコピー数には、欠失とも称され、2コピーを超える、常染色体の一染色体性(1コピー)および零染色体性(nullsomy)(0コピー)が含まれ、これは、ある特定の染色体の座の場合、時折、遺伝子増幅と称される(あるいは、増幅は、遺伝子コピー数が、それが含まれる染色体のコピー数を超える状態に確保されている。)。しかし、パラフィン包埋検体(通常4−6μm)の切片化は、一部の細胞についての細胞当たりのFISHシグナルの数が、無傷の核の中の実際のコピーの数よりもいくぶん少なくなるように細胞核のトランケーションをもたらすことができる。本明細書に記載した方法において、各プローブ用の特定のFISHプローブハイブリダイゼーションシグナルの絶対数は、決定され、次いで、様々な比率の比較に用いられる。
【0065】
試験サンプルは、臨床診断に十分である任意の数の細胞を含むことができ、好ましいパラフィン包埋組織サンプルにおいて、ハイブリダイゼーションパターンは、通常、約20細胞から約200細胞中で評価される。サンプル当たり約40細胞から約120細胞中のハイブリダイゼーションパターンを評価することが好ましい。
【0066】
したがって、本開示は、早期疾患の患者が疾患の再発または転移のリスクが最も高いことおよび長期生存の機会を最大限にするために薬物(もしくは放射線などの代替)治療で決定的に治療されるべきである患者を決定する方法を提供することにより、認識される治療ジレンマを解決することができる新たな知見(癌転帰マーカーのDNAコピー数の変化)を記載している。また、本開示は、癌転帰マーカーの数のいずれか1つにおける染色体のコピー数の変化を検出する特異的なDNA試験を可能にする知見を記載している。その結果、コピー数の変化についての試験が陰性である、または正常なコピー数が存在するとき、これは、初期の腫瘍の切除後フォローアップ治療を必要としない疾患の再発または転移のリスクが低いまたはリスクがない患者を同定する。この試験戦略は、早期NSCLCの患者における罹患率および死亡率の両方にかなり影響を与え得る。本明細書に用いられる方法はまた、疾患進行までの期間および/または全生存と有意に関連する癌転帰マーカーのDNAコピー数増加を同様に検出するための他の癌への適用を示唆している。そのようなものとして、本明細書に記載した方法は、早期NSCLC患者が、手術後の薬物療法を受けるべきであるという問題を解決する潜在能力を有し、癌治療決定および患者転帰に広く影響を与えることができる。
【0067】
キット。他の態様では、本開示は、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬を含むキットを提供する。キットには、試験を行う試薬を用いるための説明書が含まれる。癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬は、例えば、癌転帰マーカーの少なくとも一部にハイブリダイズする検出可能な程度に標識されたポリヌクレオチドを含むことができる。ポリヌクレオチド(プローブ)は、例えば、癌転帰マーカーの任意の部分にハイブリダイズする配列のために選択することができる。癌転帰マーカーは、染色体DNAの一領域となり得、その増幅は、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、コピー数増加は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーは、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択することができる。癌転帰マーカーは、代わりに染色体DNAの一領域となり得、その欠失は、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失は、疾患転帰不良に関連する。かかる癌転帰マーカーは、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択することができる。したがって、プローブは、例えば、本明細書の他で記載した通りその中にコードされた遺伝子のいずれかの任意の部分を含めて、上に挙げたマーカーのいずれかの任意の部分にハイブリダイズする配列のために選択することができる。
【0068】
本開示の詳細は、以下の例にさらに記載されており、これは、特許請求された本発明の範囲を制限するものではない。当業者は、本発明の変形形態および修正形態が、本発明の明細書を再検討した後明らかになり得ることを認識している。したがって、本発明の範囲または精神から逸脱することなく、本明細書に記載した実施形態のかかる修正形態および変形形態を提供することが目的である。
【実施例】
【0069】
実施例1:NSCLC患者サンプルの分析
実験方法:検体。合計178個のNSCLC臨床的注解サンプルを、高密度SNP遺伝子型判定マイクロアレイ(Affymetrixによる100Kアレイセット)を用いてコピー数変更についてプロファイルした。すべてのサンプルを注意深く解剖して腫瘍/正常組織比を最大限にし、病理組織学的なタイプおよび段階を検証した。I期およびII期サンプルを有する患者から得られたサンプルのみを分析した。これらのすべては、いかなるフォローアップまたはネオアジュバント化学療法もなく外科的切除で治療した患者からのものである。各患者について収集した臨床情報には、人種、年齢、生年月日、性別、臨床病期、病理学的段階、位置、外科的処置(SP)日、組織像、分化、診断日、結節陽性、喫煙状況、化学療法状態、放射線状態、再発状態、再発日、再発位置、再発までの期間、最後のフォローアップ日、最後のフォローアップ時の状態、生/死、全生存および死亡原因が含まれた。再発までの期間(TTR)および全生存(OS)を、転帰のパラメータとして選択した。他の臨床パラメータ(結節状態、病期など)を、交絡変数とみなした。肺癌の再発までの期間および全生存期間を、患者カルテから得た。
【0070】
表2および3は、研究された患者コホートについて、それぞれ全生存および再発までの全期間の図を提供する。
【0071】
【表2】
【0072】
【表3】
【0073】
コピー数プロファイリング。各腫瘍から得られたおよそ30mgの組織を用いて、製造業者による説明書に従い、Qiagen DNAeasyキット(Qiagen、Valencia、CA)を用いて高分子量、ゲノムDNAを抽出した。DNAの品質を、アガロースゲル電気泳動によって点検した。DNA250ナノグラムを、23.6kbの平均のマーカー間の距離を有するヒトゲノムにおいて、116,204個の一塩基多型(SNP)座を覆う、Genechip Human Mapping 100Kセット(Matsuzaki H、Dong S、Loi Hら、Genotyping over 100,000 SNPs on a pair of oligonucleotide arrays. Nat Methods 2004年;1巻:109−11頁)−アレイ(Affymetrix、Inc.、Santa Clara、CA)を含む、2つのマイクロアレイのそれぞれへのハイブリダイゼーションのために処理した。マイクロアレイを、製造業者の推奨(www.affymetrix.com)に従って処理した。コピー数を、48個の正常な女性サンプルの平均値とチップシグナルを比較することにより算出した。正常組織の汚染を有するサンプルを、QCによって除去した。
【0074】
統計的方法。一変量分析を用いて、潜在的交絡因子としての以下のパラメータ、すなわち、病理学的段階、臨床病期、喫煙状況、年齢、性別、結節状態、組織像(腺癌対有棘細胞癌)を試験した。有意な効果を検出しなかった。生存時間解析において、臨床病期およびマーカー領域の相互作用を試験した。コピー数異常は、病期との有意な相互作用を有さなかった(FDRp値<0.05)。
【0075】
結果:I期−II期の疾患の患者のみを分析した。図1−28は、示された通り選択されたマーカーの増幅(すなわち、少なくとも1個のコピー数増加)を有するおよび有さない患者間のOSまたはTTRにおける差を示すそれぞれのカプラン−マイヤープロットである。図29−60は、示された通り選択されたマーカーの欠失(すなわち、少なくとも1個のコピー数の喪失)を有するおよび有さない患者間のOSまたはTTRにおける差を示すそれぞれのカプラン−マイヤープロットである。すべての図1−60において、x−軸は、日単位の時間を示し、y−軸は、患者生存の確率(OSの場合)、または、患者の疾患再発がない(TTRの場合)確率を示す。関連するイベントが起こった場合(OSの場合死亡、またはTTRの場合疾患再発)、曲線は下降する。すべての図1−60において、上側の線は、常に、2つの正常なベースライン補体を有する患者から得られたデータを示す。図1−28において、マーカーのコピー数増加を有する患者についてのデータを、赤色で示し、2つの正常なベースライン補体を有する患者についてのデータを緑色で示す。図29−60において、2つの正常なベースライン補体を有する患者についてのデータを、緑色で示したいくつかの図(図29、30、35、37−40、43、44、47、50、55−57および60)中で、および赤色で示した他の図(図31−34、36、41、42、45、46、48、49、51−54、58および59)中で常に上側の線で示し、マーカーのコピー数損失を有する患者についてのデータを、青色のいくつかの図(図29、30、35、37−40、43、44、47、50、55−57および60)で示し、緑色の他の図(図31−34、36、41、42、45、46、48、49、51−54、58および59)で示す。より具体的には、これらの図は、以下の通りの結果を示す。
【0076】
図1は、Chr19、34.7Mb−35.6Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー1]。FDR補正済みp値=0.0299。17サンプル:3コピー、3サンプル:4コピー、7サンプル:5以上のコピー。
【0077】
図2は、Chr19;38.9−40.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー2]。FDRp値=0.0085。17サンプル:3コピー;3サンプル:4コピー;4サンプル:5以上のコピー。
【0078】
図3は、Chr17;69.2−71.3Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー3]。FDRp値=0.0304。16サンプル:3コピー;5サンプル:4コピー。
【0079】
図4は、Chr6、70.8−71.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIb期−IIb期を有する71名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー4]。FDRp値=0.0116。15サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー、1サンプル:5以上のコピー。
【0080】
図5は、Chr6、70.8−71.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー4]。FDRp値=0.0110。15サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー、1サンプル:5以上のコピー。
【0081】
図6は、Chr12、93.7kb−1.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー5]。FDRp値=0.0493。5サンプル:3コピー、5サンプル:4コピー、1サンプル:5以上のコピー。
【0082】
図7は、Chr11、64.3−64.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー6]。FDRp値=0.0413。9サンプル:3コピー、2サンプル:5以上のコピー。
【0083】
図8は、Chr11、64.3−64.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー6]。FDRp値=0.0040。9サンプル:3コピー、2サンプル:5以上のコピー。
【0084】
図9は、Chr19、57.0−62.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー7]。FDRp値=0.0091。10サンプル:3コピー、3サンプル:4コピー。
【0085】
図10は、Chr6、39.1−39.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー8]。FDRp値=0.0356。13サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー。
【0086】
図11は、Chr11、64.8−65.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー9]。FDRp値=0.0484。5サンプル:3コピー、2サンプル:5以上のコピー。
【0087】
図12は、Chr11、64.8−65.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー9]。FDRp値=0.0004。5サンプル:3コピー、2サンプル:5以上のコピー。
【0088】
図13は、Chr11、61.4−64.3Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー10]。FDRp値=0.0004。8サンプル;3コピー、1サンプル:4コピー。
【0089】
図14は、Chr17、51.5−53.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー11]。FDRp値=0.0054。8サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー。
【0090】
図15は、Chr17、43.5−44.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー12]。FDRp値=0.0269。4サンプル:3コピー、2サンプル:4コピー。
【0091】
図16は、Chr17、43.5−44.9Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー12]。FDRp値=0.0040。5サンプル:3コピー、2サンプル:4コピー。
【0092】
図17は、Chr2、147.6−151.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー13]。FDRp値=0.0210。7サンプル:3コピー。
【0093】
図18は、Chr2、147.6−151.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー13]。FDRp値=0.0233。7サンプル:3コピー。
【0094】
図19は、Chr6、123.7−135.6Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIb期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー14]。FDRp値=0.0377。7サンプル:3コピー。
【0095】
図20は、Chr8、6.9−8.8Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー15]。FDRp値=0.0166。7サンプル:3コピー。
【0096】
図21は、Chr2、159.9−161.4Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー16]。FDRp値=0.0013。4サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー。
【0097】
図22は、Chr2、159.9−161.4Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー16]。FDRp値=0.0001。4サンプル:3コピー、1サンプル:4コピー。
【0098】
図23は、Chr2、200.9−204.2Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー17]。FDRp値=0.0398。6サンプル:3コピー。
【0099】
図24は、Chr6、36.3−36.7Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー18]。FDRp値=0.0347。6サンプル:3コピー。
【0100】
図25は、Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]。FDRp値=0.04。5サンプル:3コピー。
【0101】
図26は、Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIb期−IIb期を有する66名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]。FDRp値=0.0351。6サンプル:3コピー。
【0102】
図27は、Chr2、205.9−208.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー19]。FDRp値=0.0075。5サンプル:3コピー。
【0103】
図28は、Chr1、109.5−111.1Mbにおけるコピー数増加の有無によって分類されたNSCLCのIb期−IIb期を有する71名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[マーカー20]。FDRp値=0.0224。5サンプル:3コピー。
【0104】
図29は、Chr5、62.9−67.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー1]。FDRp値=0.0282。10サンプルにおいて欠失。
【0105】
図30は、Chr5、53.3−53.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー2]。FDRp値=0.0409。12サンプルにおいて欠失。
【0106】
図31は、Chr4、105.8−107.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー3]。FDRp値=0.0469。21サンプルにおいて欠失。
【0107】
図32は、Chr16、45.8−46.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー4]。FDRp値=0.0039。11サンプルにおいて欠失。
【0108】
図33は、Chr5、50.7−52.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー5]。FDRp値=0.0000。10サンプルにおいて欠失。
【0109】
図34は、Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー6]。FDRp値=0.0202。7サンプルにおいて欠失。
【0110】
図35は、Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー6]。FDRp値=0.0282。10サンプルにおいて欠失。
【0111】
図36は、Chr9、36.1−37.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー7]。FDRp値=0.0468。24サンプルにおいて欠失。
【0112】
図37は、Chr5、94.2−96.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー8]。FDRp値=0.0282。10サンプルにおいて欠失。
【0113】
図38は、Chr14、51.1−52.8Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー9]。FDRp値=0.0008。9サンプルにおいて欠失。
【0114】
図39は、Chr14、61.5−68.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー10]。FDRp値=0.0034。9サンプルにおいて欠失。
【0115】
図40は、Chr9、28.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー11]。FDRp値=0.0270。9サンプルにおいて欠失。
【0116】
図41は、Chr4、43.7−44.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー12]。FDRp値=0.0053。8サンプルにおいて欠失。
【0117】
図42は、Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]。FDRp値=0.0121。7サンプルにおいて欠失。
【0118】
図43は、Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]。FDRp値=0.0425。8サンプルにおいて欠失。
【0119】
図44は、Chr5、60.8−62.9Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー13]。FDRp値=0.0320。8サンプルにおいて欠失。
【0120】
図45は、Chr3、120.0−121.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー14]。FDRp値=0.0228。8サンプルにおいて欠失。
【0121】
図46は、Chr4、46.2−48.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー15]。FDRp値=0.0341。8サンプルにおいて欠失。
【0122】
図47は、Chr14、38.9−640.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー16]。FDRp値=0.0451。8サンプルにおいて欠失。
【0123】
図48は、Chr4、44.2−44.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー17]。FDRp値=0.0053。7サンプルにおいて欠失。
【0124】
図49は、Chr2、213.7−214.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー18]。FDRp値=0.0286。7サンプルにおいて欠失。
【0125】
図50は、Chr14、43.9−46.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー19]。FDRp値=0.0009。6サンプルにおいて欠失。
【0126】
図51は、Chr14、27.6−28.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー20]。FDRp値=0.0021。6サンプルにおいて欠失。
【0127】
図52は、Chr14、27.6−28.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー20]。FDRp値=0.0101。5サンプルにおいて欠失。
【0128】
図53は、Chr3、98.0−98.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー21]。FDRp値=0.0316。6サンプルにおいて欠失。
【0129】
図54は、Chr3、98.0−98.3Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する74名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー21]。FDRp値=0.0416。5サンプルにおいて欠失。
【0130】
図55は、Chr14、55.2−60.0Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー22]。FDRp値=0.0345。6サンプルにおいて欠失。
【0131】
図56は、Chr14、48.7−51.1Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー23]。FDRp値=0.0006。5サンプルにおいて欠失。
【0132】
図57は、Chr4、81.4−83.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する97名の患者コホートについて日数における再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー24]。FDRp値=0.0047。5サンプルにおいて欠失。
【0133】
図58は、Chr10、51.9−54.2Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー25]。FDRp値=0.0067。5サンプルにおいて欠失。
【0134】
図59は、Chr5、55.2−58.6Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIa期を有する78名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー26]。FDRp値=0.0130。5サンプルにおいて欠失。
【0135】
図60は、Chr5、67.8−68.5Mbのコピー数損失(欠失)の有無によって分類された、NSCLCのIa期−IIb期を有する102名の患者コホートについて日数における全生存(OS)を示すカプラン−マイヤープロットである。[欠失マーカー27]。FDRp値=0.0475。5サンプルにおいて欠失。
【0136】
図1−60においてカプラン−マイヤープロットから見てわかるように、指定されたマーカーのコピー数変更は、NSCLCのI期−II期の患者において短いOSおよび/またはより短いTTRに関連する。表4は、いくつかのマーカーについての全生存データを挙げる(データが赤色で示されるマーカーを、異なる臨床病期で共有する。)。
【0137】
【表4】
【0138】
表5は、各癌転帰マーカー配列内のヌクレオチド配列によってコードされる遺伝子およびmiRNAを挙げる。これらの方法のいずれかにおいても、癌転帰マーカーは、表5に挙げたもののうちから選択することができる。「M1」から「M20」まで指定されたこれらのマーカーは、染色体DNAのそれぞれの領域であり、その増幅は、癌転帰マーカー中のコピー数増加をもたらし、コピー数増加は、疾患転帰不良に関連する。「DM1」から「DM27」まで指定されたこれらのマーカーは、染色体DNAのそれぞれの領域であり、その欠失は、癌転帰マーカー中のコピー数損失をもたらし、コピー数損失は、疾患転帰不良に関連する。
【0139】
【表5】
【0140】
表6は、表5に挙げた同様の参照数値を用いて各癌転帰マーカーについての座標を列挙する。すべての座標は、ヒトゲノムアセンブリhg18(NCBI Build 36)に基づいている。
【0141】
【表6】
【0142】
前もって同定された予測指標(発現サイン)とは違って、本明細書に記載した生物マーカーは、DNA増加および喪失(FISHによって測定可能な安定したイベント)を表す。FISHプローブは、マーカーのバリデーション/使用ができるようになるように用いることができ、マーカーは、臨床試験において層別化生物マーカーとして用いるための強力な候補である。これらは、例えば、異なる転帰を有する疾患の分子サブグループを定義するために用いることができる。そのようなものとして、これらは、薬物応答と相関する可能性がある。
【0143】
これらのデータは、FISHによって測定され、適当な分類指標を使用する遺伝マーカーのゲノムコピー数評価の使用が、早期NSCLCにおいて予後的に重要であることを示す。分類指標は、好ましいおよび好ましくない再発カテゴリー中でネオアジュバントまたはフォローアップ化学療法がない手術で治療されていた患者の統計的に有意な分類をもたらすことができた。本臨床インビトロ診断検査は、この能力を提供しない。したがって、早期NSCLC生検検体または切除された腫瘍で行われた、列挙したマーカーに対するFISHアッセイは、アジュバント治療に関係する決定に役立つと思われる。
【0144】
実施例2:韓国のサンプルセットを用いた予後マーカーのバリデーション
低い病期のNSCLC患者の臨床成績と相関した46(46)の生物マーカーの妥当性を検証するため、低い病期のNSCLC腫瘍組織の追加のセットを、関連した臨床成績情報と共に、韓国のSamsung Cancer Centerから収集した。
【0145】
すべてのサンプルを注意深く解剖して腫瘍/正常組織比を最大限にし、病理組織学的なタイプおよび段階を検証した。I期およびII期サンプルを有する患者から得られたサンプルのみを分析した。これらのすべては、いかなるフォローアップまたはネオアジュバント化学療法もなく外科的切除で治療した患者からのものであった。各患者について収集した臨床情報には、年齢、性別、臨床病期、病理学的段階、位置、組織像、分化、喫煙状況、化学療法状態、放射線状態、再発状態、再発日、再発位置、脳転移状態、再発までの期間、最後のフォローアップ日、最後のフォローアップ時の状態、生/死、全生存および死亡原因が含まれた。再発までの期間(TTR)および全生存(OS)を、転帰のパラメータとして選択した。他の臨床パラメータ(結節状態、病期など)を、交絡変数とみなした。肺癌の再発までの期間および全生存期間を、患者カルテから得た。表7および8は、研究された患者コホートについて、それぞれ全生存および再発までの全期間についての図を提供する。
【0146】
【表7】
【0147】
【表8】
【0148】
サンプルを処理し、DNAを、すべての1,800万個のSNPの中間のマーカー間の距離によるコピー数変異および700未満の塩基を合わせたコピー数マーカーの検出のために、抽出し、増幅し、906,600個を超える一塩基多型(SNP)および946,000を超えるプローブを含むAffymetrix SNP 6.0アレイ(Affymetrix、Inc.、Santa Clara、CA)にハイブリダイズした。マイクロアレイを、製造業者(Affymetrix)の推奨に従って処理した。これらの腫瘍のコピー数を、270個の正常な対照のHapMapセットと比較することにより算出した。コピー数を、Partek software 6.09.0310を用いて分割した。
【0149】
バリデーションセットの平均コピー数は、図61に示される通り、以前のトレーニングデータセットに類似であるが、より高い密度のパターンを示した。図61は、トレーニングおよび妥当性を確認するデータセットとの間の平均コピー数パターンを比較する。各マーカーの対数で変換されたコピー数を、トレーニング(上部)および試験(下部)セットにおいてすべてのサンプルを通して平均し、0は、正常な2つのコピーを表し、赤色および青色は、それぞれ平均コピー数の増加または喪失を表す。各ドットは、アレイ上の1つのマーカーを表し、x−軸は、染色体1から22までランクされた遺伝子位置を表す。
【0150】
この実施例において示されるバリデーションデータは、生成し診断マーカーを同定するために使用した100Kマイクロアレイデータに比べて、18(18)倍大きいSNPおよびCNVマーカーの被覆度に基づき、したがってイベントを変化させるより小規模なコピー数は同定することができた。したがって、各生物マーカーのコピー数を算出する代わりに、これらの生物マーカー内の各遺伝子のコピー数を、算出し、次いで、患者の全生存または再発までの期間に相関した。
【0151】
6つ(6)の異なるマーカー中、全体で61(61)個の遺伝子を、0.05を下回るログランク検定によるp値の基準で妥当性を検証した。遺伝子を、表9において灰色の陰影で強調された有意なp値で列挙する。図62−162は、各プロットで指定された通りある特定の遺伝子におけるコピー数増加の有無によって分類された、73名の患者コホートについて日数における全生存(OS)または再発までの期間(TTR)を示すカプラン−マイヤープロットである。図1−60のカプラン−マイヤープロットに関して、x−軸は、日単位の時間を示し、y−軸は、患者生存の確率(OSの場合)、または、患者が疾患再発がないがない確率(TTRの場合)を示す。関連するイベントが起こった場合は常に(OSの場合死亡、またはTTRの場合疾患再発)、曲線は下降する。患者が、関連するイベントが起こらずにフォローアップまでに亡くなったとき、横線中のマークを作成し、最後の無再発期間を示す。p値を、患者母集団の減少を生物マーカー有りでおよび無しと比較することにより得た。
【0152】
記載された通り最終的に妥当性を確認されたマーカーの数は、比較的小さく、2つの患者母集団が異なる人種集団からであるという事実に一部で寄与し得る。以前の大型サンプリングを、Chicago、Illinois、USAで収集し、アジア人、コーカサス人、アフリカ人およびラテンアメリカ系患者の混合が含まれ、バリデーションサンプルを均質にアジア人母集団から韓国において収集した。さらに、2つのサンプルセットを、異なる場所、すなわち第1のサンプルセットの場合、Abbott Parkおよび第2のサンプルセットの場合Samsung Cancer Centerで処理した。両方の位置におけるサンプルプロセシングが同じ示唆されたプロトコールに従ったが、潜在的な系バイアスは、すべてが除外することができるわけではない。また、2つのサンプルセットは、Affymetrix SNPアレイの異なるバージョンを用いてアッセイし、この間で密度が18(18)の因子によって異なった。新たなアレイに含まれた追加のプローブは、SNPアレイのより古いバージョンを用いて観察可能ではなかったより詳細なコピー数変異イベントを明らかにすることができる。
【0153】
【表9】
【0154】
前述の説明が、例示するものであり、本発明の範囲を制限するものではないことを理解されるべきである。本発明の他の態様、利点および修正形態は、以下に記載する特許請求の範囲内である。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
肺癌の治療を受けている患者における疾患転帰を予測する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;
b)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を決定するステップ;
c)2つのベースラインコピー数に対する試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を比較し、それによって、試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ;および
d)試験サンプル中の癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化を有さない患者において疾患転帰のベースライン測度と比較したとき、疾患転帰不良のリスクの増加を有するものとして患者を同定するステップであって前記癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化の存在は、疾患転帰不良を予測するものであるステップ
を含む、方法。
【請求項2】
疾患転帰不良が、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比べたときの全生存期間の減少および癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比較したときの再発までの期間短縮の少なくとも1つである、請求項1の方法。
【請求項3】
肺癌の治療を受けている患者における治療転帰を予測する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;
b)試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップであって、前記癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、前記コピー数の変化が、疾患転帰不良に関連するステップ;および
c)癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、患者が、癌転帰マーカーについてのコピー数増加を有さない患者の全生存期間と比較したとき、全生存期間の減少または再発までの期間短縮のリスクがより高いか否かを決定するステップ
を含む、方法。
【請求項4】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が、疾患転帰不良に関連する、請求項1から3のいずれかの方法。
【請求項5】
癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項4の方法。
【請求項6】
癌転帰マーカーが、Chr19、34.7Mb−35.6Mbであり、ならびにC19orf12;C19orf12;サイクリンE1;PLEKHF1;POP4;およびZNF536をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー1]
【請求項7】
癌転帰マーカーが、Chr19、38.9−40.7Mbであり、ならびにATP4A ATPase;CHST8、DMKN FAR1,2,3;FXYD1,3,5,7;GAPDHS;GPI;GPR42;GRAMD1A;HAMP;HPN;KCTD15 KIAA0355;KRTDAP;LGI4;LSM14A;LSR;MAG;PDCD2L;SAE2 SUMO1;SBSN;SCN1B;TMEM147,162;USF2;WTIP;およびZNF181,30,302,599,792をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー2]
【請求項8】
癌転帰マーカーが、Chr17、69.2−71.3Mbであり、ならびにARMC7(アルマジロリピート含有7);ATP5H ATPシンターゼ(H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットd);CASKIN2(CASK相互作用タンパク質2);CD300A(CD300a分子);CD300C(CD300c分子);CD300E(CD300e分子);CD300LB(CD300分子様ファミリーメンバーb);CD300LF(CD300分子様ファミリーメンバーf);CDR2L(小脳変性症関連タンパク質2様);DNAI2(ダイニン、軸索、中間鎖2);(FADS6脂肪酸不飽和化酵素ドメインファミリー、メンバー6);FDXR(フェレドキシン還元酵素);GALK1(ガラクトキナーゼ1);GGA3(ゴルジ関連、γアダプチンear含有、ARF結合タンパク質):GPR142(Gタンパク質共役受容体142);GPRC5C(Gタンパク質共役受容体、ファミリーC、グループ5、メンバーC);GRB2(増殖因子受容体−結合タンパク質2);GRIN2C(グルタミン酸受容体、イオンチャネル型、N−メチル−D−アスパラギン酸2C);H3F3B(H3ヒストン、ファミリー3B(H3.3B));HN1(血液学的および神経学的な発現された1 ICT1未熟結腸癌転写物1);ITGB4(インテグリン、β4);KCTD2(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有2);KIAA0195;KIF19(キネシンファミリーメンバー19);LLGL2(致死性巨大幼生相同体2(ドロソフィラ(Drosophila));LOC388419(ガレクチン−3−結合タンパク質様);MIF4GD(MIF4Gドメイン含有);MRPS7(ミトコンドリアリボソームタンパク質S7);NAT9(N−アセチルトランスフェラーゼ9);NT5C(5’,3’−ヌクレオチダーゼ、サイトゾル);NUP85(ヌクレオポリン85kDa);OTOP2(オトペトリン2);OTOP3(オトペトリン3);RAB37(RAB37、メンバーRAS癌遺伝子ファミリー);RECQL5(RecQタンパク質様5);RPL38リボソームタンパク質L38;SAP30BP(SAP30結合タンパク質);SLC16A5(溶質輸送体ファミリー16、メンバー5(モノカルボン酸輸送体6));SLC25A19(溶質輸送体ファミリー25(ミトコンドリアチアミンピロリン酸キャリア)、メンバー19);SLC9A3R1(溶質輸送体ファミリー9(ナトリウム/水素交換輸送体)、メンバー3制御因子1);SUMO2(SMT3 suppressor of mif two 3 homolog 2(S.セレビシエ(S.cerevisiae));TMEM104(膜貫通型タンパク質104);TTYH2(トゥイーティー相同体2(ドロソフィラ));UNK(unkempt相同体(ドロソフィラ));およびUSH1G(アッシャー症候群1G(常染色体劣性)をコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー3]、請求項4の方法。
【請求項9】
癌転帰マーカーが、Chr6、70.8−71.1Mbであり、ならびにCOL19A1(コラーゲン、タイプXIX、α1)およびCOL9A1(コラーゲン、タイプIX、α1)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー4]。
【請求項10】
癌転帰マーカーが、Chr12、93.7kb−1.9Mbであり、ならびにADIPOR2(アディポネクチン受容体2);B4GALNT3(β−1,4−N−アセチル−ガラクトサミニルトランスフェラーゼ3);CACNA2D4(カルシウムチャネル、電位依存性、α2/δサブユニット4);CCDC77(コイルドコイルドメイン含有77);ERC1(ELKS/RAB6−相互作用/CASTファミリーメンバー1);FBXL14(F−ボックスおよびロイシンリッチリピートタンパク質14);HSN2(遺伝性感覚性ニューロパチー、タイプII);IQSEC3(IQモチーフおよびSec7ドメイン3);JARID1A(十文字、ATリッチ相互作用ドメイン1A);LRTM2(ロイシン−リッチリピートおよび膜貫通型ドメイン2);NINJ2(ニンジュリン2);RAD52(RAD52相同体(S.セレビシエ));SLC6A12(溶質輸送体ファミリー6(神経伝達物質輸送体、ベタイン/GABA)、メンバー12);SLC6A13(溶質輸送体ファミリー6(神経伝達物質輸送体、GABA)、メンバー13);WNK1(WNKリシン欠損プロテインキナーゼ1);およびWNT5B(無羽タイプMMTV組込み部位ファミリー、メンバー5B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー5]。
【請求項11】
癌転帰マーカーが、Chr11、64.3−64.8Mbであり、ならびにARL2(ADP−リボシル化因子様2);ATG2A ATG2(自己貪食関連2相同体A(S.セレビシエ));BATF2(塩基性ロイシンジッパー転写因子、ATF様2;CAPN1カルパイン1、(mu/I)大型サブユニット);CDC42BPG(CDC42結合プロテインキナーゼγ(DMPK様));CDCA5(細胞分裂周期関連5);EHD1(EH−ドメイン含有1);FAU(Finkel−Biskis−Reillyネズミ肉腫ウイルス(FBR−MuSV)遍在性に発現した);GPHA2(糖タンパク質ホルモンα2);MAP4K2(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ2);MEN1(多発性内分泌腺腫症I);MRPL49(ミトコンドリアリボソームタンパク質L49);NAALADL1(N−アセチル化α−連鎖酸性ジペプチダーゼ様1);POLA2(ポリメラーゼ(DNA指向性)、α2(70kDサブユニット));PPP2R5B(タンパク質ホスファターゼ2、調節サブユニットB’、βアイソフォーム);SAC3D1 SAC3(ドメイン含有1);SLC22A20(溶質輸送体ファミリー22、メンバー20);SNX15(ソーティングネキシン15);SPDYC(speedy相同体C(ドロソフィラ));SYVN1(滑膜アポトーシスインヒビター1、シノビオリン);TM7SF2(膜貫通型7スーパーファミリーメンバー2);ZFPL1(亜鉛フィンガータンパク質様1);ZNHIT2(亜鉛フィンガー、HITタイプ2);(hsa−mir−192);および(hsa−mir−194−2)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー6]。
【請求項12】
癌転帰マーカーが、Chr19、57.0−62.2Mbであり、ならびにBIRC8(バキュロウイルスIAPリピート含有8);BRSK1(BRセリン/トレオニンキナーゼ1);CACNG6、7、8(カルシウムチャネル、電位依存性、γサブユニット6、7、8);CCDC106(コイルドコイルドメイン含有106);CDC42EP5 CDC42(エフェクタータンパク質(RhoGTPase結合)5);CNOT3 CCR4−NOT(転写複合体、サブユニット3);COX6B2(チトクロムc酸化酵素サブユニットVIbポリペプチド2(精巣));DPRX(分岐対関連ホメオボックス);EPN1(エプシン1);EPS8L1(EPS8様1);FCAR(IgAのFc断片、受容体);FIZ1(FLT3相互作用亜鉛フィンガー1);GALP(ガラニン様ペプチドGP6糖タンパク質VI(血小板));HSPBP1(hsp70相互作用タンパク質);IL11(インターロイキン11);ISOC2(イソコリスマターゼドメイン含有2);KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DS4 KIR3DL1、KIR3DL3、KIR3DX1(キラー細胞免疫グロブリン様受容体);LAIR1、2(白血球関連免疫グロブリン様受容体1、2);LENG1、4、8、9(白血球受容体クラスター(LRC)メンバー1、4、8、9);LILRA2、3、4(白血球免疫グロブリン様受容体、サブファミリーA(TMドメインを有する)、メンバー2、3、4);LILRB1、2、3、4、5(白血球免疫グロブリン様受容体、サブファミリーB(TMおよびITIMドメインを有する)、メンバー1、2、3、4、5);MYADM(ミエロイド関連分化マーカー);NAT14(N−アセチルトランスフェラーゼ14);NCR1(細胞傷害誘発受容体1);NDUFA3(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1αサブコンプレックス、3,9kDa);NLRP2、4、5、7、8、9、11、12、13(NLRファミリー、ピリンドメイン含有2、4、5、7、8、9、11、12、13.);OSCAR(破骨細胞関連免疫グロブリン様受容体);PEG3(父系性に発現した3);PPP1R12C(タンパク質ホスファターゼ1、調節(インヒビター)サブユニット12C);PPP2R1A(タンパク質ホスファターゼ2(以前には2A)、調節サブユニットA、αアイソフォーム);PRKCG(プロテインキナーゼC、γ);PRPF31(PRP31 mRNA前駆体プロセシング因子31相同体(S.セレビシエ));PTPRH(プロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、H);RDH13(レチノールデヒドロゲナーゼ13(全トランス/9−シス));RPL28(リボソームタンパク質L28);RPS9(リボソームタンパク質S9);SAPS1(SAPSドメインファミリー、メンバー1);SUV420H2(斑入り4−20相同体2のサプレッサー(ドロソフィラ));SYT5(シナプトタグミンV);TFPT((小児白血病における)TCF3(E2A)融解パートナー);TMC4(膜貫通型チャネル様4);TMEM190(膜貫通型タンパク質190 TMEM86B膜貫通型タンパク質86B);TNNI3(トロポニンIタイプ3(心臓));TNNT1(トロポニンTタイプ1(骨格、緩徐));TSEN34(tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ34相同体(S.セレビシエ));TTYH1(トゥイーティー相同体1(ドロソフィラ));U2AF2(U2核内低分子RNA補助因子2);UBE2S(ユビキチン結合酵素E2S);VN1R2(鋤鼻受容体1受容体2);VN1R4(鋤鼻受容体1受容体4);VSTM1(V−セットおよび膜貫通型ドメイン含有1);ZNF28、160、320、321、331、347、350、415、432、444、468、470(亜鉛フィンガータンパク質28、160、320、321、331、347、350、415、432、444、468、470);およびhsa−mir−643、hsa−mir−512−1、hsa−mir−512−2、hsa−mir−498、hsa−mir−520e、hsa−mir−515−1、hsa−mir−519e、hsa−mir−520f、hsa−mir−515−2、hsa−mir−519c、hsa−mir−520a、hsa−mir−526b、hsa−mir−519b、hsa−mir−525、hsa−mir−523、hsa−mir−518f、hsa−mir−520b、hsa−mir−518b、hsa−mir−526a−1、hsa−mir−520c、hsa−mir−518c、hsa−mir−524、hsa−mir−517a、hsa−mir−519d、hsa−mir−521−2、hsa−mir−520d、hsa−mir−517b、hsa−mir−520g、hsa−mir−516−3、hsa−mir−526a−2、hsa−mir−518e、hsa−mir−518a−1、hsa−mir−518d、hsa−mir−516−4、hsa−mir−518a−2、hsa−mir−517c、hsa−mir−520h、hsa−mir−521−1、hsa−mir−522、hsa−mir−519a−1、hsa−mir−527、hsa−mir−516−1、hsa−mir−516−2、hsa−mir−519a−2、hsa−mir−371、hsa−mir−372、hsa−mir−373、hsa−mir−516a−1、hsa−mir−516a−2、hsa−mir−516b−1、hsa−mir−516b−2、hsa−mir−517a−1、hsa−mir−517a−2、hsa−mir−520c−1、hsa−mir−520c−2を含めたmiRNAをコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー7]、請求項4の方法。
【請求項13】
癌転帰マーカーが、Chr6、39.1−39.9Mbであり、ならびにC6orf64(第6染色体オープンリーディングフレーム64);DNAH8(ダイニン、軸索、重鎖8);GLP1R(グルカゴン様ペプチド1受容体);KCNK16(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー16);KCNK17(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー17);KCNK5(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー5);KIF6(キネシンファミリーメンバー6)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー8]。
【請求項14】
癌転帰マーカーが、Chr11、64.8−65.7Mbであり、ならびにBANF1(自動組み込み因子1に対する障壁);CATSPER1(カチオンチャネル、精子関連1);CCDC85B(コイルドコイルドメイン含有85B);CDC42EP2CDC42(エフェクタータンパク質(Rho GTPase結合)2);CFL1(コフィリン1(非筋肉));CST6(シスタチンE/M);CTSW(カテプシンW);DPF2 D4、(亜鉛およびダブルPHDフィンガーファミリー2);DRAP1(DR1関連タンパク質1(負の補因子2α));EFEMP2(EGF含有フィビュリン様細胞外基質タンパク質2);EHBP1L1(EHドメイン結合タンパク質1様1);FAM89B(配列類似性89を有するファミリー、メンバーB);FIBP(線維芽細胞増殖因子(酸性の)細胞内結合タンパク質);FOSL1(FOS様抗原1);FRMD8(FERMドメイン含有8);GAL3ST3(ガラクトース−3−O−スルホトランスフェラーゼ3);HTATIP(HIV−1Tat相互作用タンパク質、60kDa);KCNK7(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー7);LTBP3(潜在型トランスフォーミング増殖因子β結合タンパク質3);MAP3K11(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ11);MGC11102(仮定上のタンパク質MGC11102);MUS81 MUS81(エンドヌクレアーゼ相同体(S.セレビシエ));OVOL1(ovo様1(ドロソフィラ));PACS1 (ホスホフリン酸性クラスターソーティングタンパク質1);PCNXL3(pecanex様3(ドロソフィラ));POLA2(ポリメラーゼ(DNA指向性)、α2(70kDサブユニット));RELA(v−rel細網内皮症ウイルス癌遺伝子相同体A、B−細胞3、p65(トリ)中のκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子);RNASEH2C(リボヌクレアーゼH2、サブユニットC);SART1(T細胞によって認識された有棘細胞癌抗原);SCYL1(SCY1様1(S.セレビシエ));SF3B2(スプライシング因子3b、サブユニット2、145kDa);SIPA1(シグナル−誘導増殖関連遺伝子1);SLC25A45(溶質輸送体ファミリー25、メンバー45);SSSCA1(シェーグレン症候群/強皮症自己抗原1);TIGD3(tigger転移因子由来3);TSGA10IP(精巣特異的な、10相互作用タンパク質)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー9]。
【請求項15】
癌転帰マーカーが、Chr11、61.4−64.3Mbであり、ならびにAHNAK(AHNAK核タンパク質);ASRGL1(アスパラギナーゼ様1);B3GAT3(β−1,3−グルクロニルトランスフェラーゼ3(グルクロノシルトランスフェラーゼI));BAD(細胞死のBCL2−アンタゴニスト);BEST1(ベストロフィン1);BSCL2(Bernardinelli−Seip先天性脂肪異栄養症2(seipin));CCDC88B(コイルドコイルドメイン含有88B);CHRM1(コリン作動性受容体、ムスカリン性1);COX8A(チトクロムc酸化酵素サブユニット8A(ユビキタスな));DKFZP564J0863(DKFZP564J0863タンパク質);DKFZP566E164(DKFZP566E164タンパク質);DNAJC4(DnaJ(Hsp40)相同体、サブファミリーC、メンバー4);EEF1G(真核細胞の翻訳伸長因子1γ);EML3(棘皮動物微小管結合タンパク質様3);ESRRA(エストロゲン関連受容体α);FADS2、3(脂肪酸不飽和化酵素2、3);FKBP2(FK506結合タンパク質2、13kDa);FLRT1(フィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通型タンパク質1);FTH1(フェリチン、重鎖ポリペプチド1);GANAB(グルコシダーゼ、α;中性AB);GNG3(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ3);GPR137(Gタンパク質共役受容体137);HRASLS2、3、5(HRAS様サプレッサー2、3、5);INCENP(インナーセントロメアタンパク質抗原135/155kDa);INTS5(インテグレーター複合体サブユニット5);KCNK4(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー4);LGALS12(レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、12(ガレクチン12));MACROD1(MACROドメイン含有1);MARK2(MAP/微小管親和性調節キナーゼ2);MGC3196(仮定上のタンパク質MGC3196);MTA2(転移関連1ファミリー、メンバー2);NAT11(N−アセチルトランスフェラーゼ11);NRXN2(ニューレキシン2);NUDT22(nudix(ヌクレオシド二リン酸連結部分X)タイプモチーフ22);NXF1(核RNAエクスポート因子1);OTUB1(OTUドメイン、ユビキチンアルデヒド結合1);PLCB3(ホスホリパーゼC、β3(ホスファチジルイノシトール特異的));POLR2G(ポリメラーゼ(RNA)II(DNA指向性)ポリペプチドG);PPP1R14B(タンパク質ホスファターゼ1、調節(インヒビター)サブユニット14B);PRDX5(ペルオキシレドキシン5);PYGM(ホスホリラーゼ、グリコーゲン;筋肉(McArdle症候群、糖原病タイプV));RAB3IL1(RAB3A相互作用タンパク質(rabin3)様1);RARRES3(レチノイン酸受容体レスポンダー(タザロテン誘導)3);RASGRP2(RASグアニル放出タンパク質2(カルシウムおよびDAG調節された));RCOR2 REST(コリプレッサー2);ROM1(網膜外節膜タンパク質1);RPS6KA4(リボソームタンパク質S6キナーゼ、90kDa、ポリペプチド4 RTN3レチキュロン3);SCGB1A1、1D1、1D2、1D4、2A1、2A1(セクレトグロビン、ファミリーSF1スプライシング因子1);SLC22A10、11、12、6、8、9(溶質輸送体ファミリー22(有機陰イオン/陽イオン輸送体)SLC3A2溶質輸送体ファミリー3(二塩基性および中性アミノ酸輸送のアクチベーター)、メンバー2);STIP1(ストレス誘発性リンタンパク質1(Hsp70/Hsp90構築タンパク質));STX5(シンタキシン5);TAF6L(TAF6様RNAポリメラーゼII、p300/CBP関連因子(PCAF)関連因子、65kDa);TRPT1(tRNAホスホトランスフェラーゼ1);TTC9C(テトラトリコペプチドリピートドメイン9C);TUT1(末端ウリジリルトランスフェラーゼ1、U6 snRNA−特異的URP2UNC−112関連タンパク質2);UST6(推定上のUST1様有機陰イオン輸送体VEGFB血管内皮増殖因子B);WDR74(WDリピートドメイン74);およびZBTB3(亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有3)をコード化するヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー10]。
【請求項16】
癌転帰マーカーが、Chr17、51.5−53.2Mbであり、ならびにAKAP1(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質1);ANKFN1(アンキリン−リピートおよびフィブロネクチンタイプIIIドメイン含有1);C17orf67(第17染色体オープンリーディングフレーム67);COIL(コイリン);DGKE(ジアシルグリセロールキナーゼ、ε64kDa MSI2 musashi相同体2(ドロソフィラ));NOG(ノギン);SCPEP1(セリンカルボキシペプチダーゼ1);およびTRIM25(tripartiteモチーフ含有25)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー11]。
【請求項17】
癌転帰マーカーが、Chr17、43.5−44.9Mbであり、ならびにhsa−mir−10a;hsa−mir−196a−1;ABI3(ABI遺伝子ファミリー、メンバー3);ATP5G1(ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットC1(サブユニット9));B4GALNT2(β−1,4−N−アセチル−ガラクトサミニルトランスフェラーゼ2);CALCOCO2(カルシウム結合およびコイルドコイルドメイン2);CBX1(クロモボックス相同体1(HP1β相同体 ドロソフィラ));GIP(胃抑制ポリペプチド);GNGT2(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ形質導入活性ポリペプチド2);HOXB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13(ホメオボックスB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13);IGF2BP1(インスリン様成長因子2mRNA結合タンパク質1);NFE2L1(核因子(赤血球由来2)様1);NGFR(神経成長因子受容体(TNFRスーパーファミリー、メンバー16));PHB(プロヒビチンPHOSPHO1ホスファターゼ、オーファン1);PRAC(核内低分子タンパク質PRAC);SKAP1(srcキナーゼ関連リンタンパク質1);SNF8(SNF8、ESCRT−II複合体サブユニット、相同体(S.セレビシエ));SNX11(ソーティングネキシン11);TTLL6(チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー6);UBE2Z(ユビキチン結合酵素E2Z);およびZNF652(亜鉛フィンガータンパク質652)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー12]。
【請求項18】
癌転帰マーカーが、Chr2、147.6−151.1Mbであり、ならびにACVR2A(アクチビンA受容体、タイプIIA);C2orf25(第2染色体オープンリーディングフレーム25);EPC2(ポリコーム相同体2のエンハンサー(ドロソフィラ));KIF5C(キネシンファミリーメンバー5C);LOC130576(仮定上のタンパク質LOC130576);LYPD6(LY6/PLAURドメイン含有6);MBD5(メチル−CpG結合ドメインタンパク質5);ORC4L(複製開始点認識複合体、サブユニット4様(酵母));RND3(RhoファミリーGTPase3)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー13]。
【請求項19】
癌転帰マーカーが、Chr6、123.7−135.6Mbであり、ならびにhsa−mir−588;AKAP7(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質7);ALDH8A1(アルデヒドデヒドロゲナーゼ8ファミリー、メンバーA1);ARG1(アルギナーゼ、肝臓);ARHGAP18(Rho GTPase活性化タンパク質18);CTGF(結合組織増殖因子ECHDC1エノイルコエンザイムAヒドラターゼドメイン含有1);ENPP1、3(エクトヌクレオチドピロホスファターゼ/ホスホジエステラーゼ1、3);EPB41L2(赤血球膜タンパク質バンド4.1様2);EYA4(eyes absent相同体4(ドロソフィラ));HDDC2(HDドメイン含有2);HEY2(YRPWモチーフ2に関連するhairy/enhancer−of−split);HINT3(ヒスチジントライアドヌクレオチド結合タンパク質3);KIAA1913 KIAA1913 LAMA2(ラミニン、α2(メロシン、先天性筋ジストロフィー));MED23(メディエーター複合体サブユニット23);MOXD1(モノオキシゲナーゼ、DBH様1 MYB v−myb骨髄芽球症ウイルス癌遺伝子相同体(トリ));NCOA7(核内受容体コアクチベーター7);NKAIN2(Na+/K+輸送ATPase相互作用2);OR2A4(嗅覚受容体、ファミリー2、サブファミリーA、メンバー4);PTPRK(プロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、K.RNF146 リングフィンガータンパク質146);RNF217(リングフィンガータンパク質217);RPS12(リボソームタンパク質S12);SAMD3(無菌のαモチーフドメイン含有3);SGK(血清/糖質コルチコイド調節キナーゼ);SLC2A12(溶質輸送体ファミリー2(促進性グルコース輸送体)、メンバー12 STX7シンタキシン7);TAAR1、2、5、6、8、9(痕跡アミン関連受容体1、2、5、6、8、9);TBPL1(TBP様1);TCF21(転写因子21);TPD52L1(腫瘍タンパク質D52様1);TRDN(トリアディンTRMT11 tRNAメチルトランスフェラーゼ11相同体(S.セレビシエ));およびVNN1、2、3(バニン1、2、3)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー14]。
【請求項20】
癌転帰マーカーが、Chr8、6.9−8.8Mbであり、ならびにCLDN23(クローディン23);DEFA5(デフェンシン、α5、パネート細胞特異的);DEFB103B(デフェンシン、β103B);DEFB104A(デフェンシン、β104A);DEFB104B(デフェンシン、β104B);DEFB105B(デフェンシン、β105B);DEFB106A(デフェンシン、β106A);DEFB106B(デフェンシン、β106B);DEFB107A(デフェンシン、β107A);DEFB107B(デフェンシン、β107B);DEFB4(デフェンシン、β4);MFHAS1(悪性線維性組織球腫によって増幅された配列1);PRAGMIN(homolog of rat pragma of Rnd2);SPAG11A(精子関連抗原11A);およびSPAG11B(精子関連抗原11B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー15]。
【請求項21】
癌転帰マーカーが、Chr2、159.9−161.4Mbであり、ならびにBAZ2B(亜鉛フィンガードメイン隣接ブロモドメイン、2B);CD302(CD302分子);ITGB6(インテグリン、β6);LY75(リンパ球抗原75);MARCH7(膜関連リングフィンガー(C3HC4)7);PLA2R1(ホスホリパーゼA2受容体1、180kDa);およびRBMS1(RNA結合モチーフ、一本鎖相互作用タンパク質1)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー16]。
【請求項22】
癌転帰マーカーが、Chr2、200.9−204.2Mbであり、ならびにABI2(abl相互作用物質2);ALS2(筋萎縮性側索硬化症2(若年性));ALS2CR2、4、7、8、11、12、13(筋萎縮性側索硬化症2(若年性)染色体領域、候補2、4、7、8、11、12、13);AOX1(アルデヒドオキシダーゼ1);BMPR2(骨形成タンパク質受容体、タイプII(セリン/トレオニンキナーゼ));BZW1(塩基性ロイシンジッパーおよびW2ドメイン1);CASP10(カスパーゼ10、アポトーシス関連システインペプチダーゼ);CASP8(カスパーゼ8、アポトーシス関連システインペプチダーゼ);CFLAR(CASP8およびFADD様アポトーシス制御因子);CLK1(CDC様キナーゼ1);CYP20A1(チトクロムP450、ファミリー20、サブファミリーA、ポリペプチド1);FAM126B(配列類似性126を有するファミリー、メンバーB);FZD7(frizzled相同体7(ドロソフィラ)ICA1L島細胞自己抗原1,69kDa様);KCTD18(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有18);LOC26010(ウイルスDNAポリメラーゼ−トランス活性化タンパク質6);MPP4(膜タンパク質、パルミトイル化4(MAGUK p55サブファミリーメンバー4);NBEAL1(ニューロビーチン様1);NDUFB3(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1βサブコンプレックス、3、12kDa);NIF3L1(NIF3 NGG1相互作用因子3様1(S.pombe));NOP5/NOP58(核小体タンパク質NOP5/NOP58);ORC2L(複製開始点認識複合体、サブユニット2様(酵母));PPIL3(ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様3);RAPH1(Ras関連(RalGDS/AF−6)およびプレクストリン相同ドメイン1);SGOL2(shugoshin様2(S.pombe));SUMO1(SMT3 suppressor of mif two 3 homolog1(S.セレビシエ));TRAK2(輸送タンパク質、キネシン結合2);およびWDR12(WDリピートドメイン12)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー17]。
【請求項23】
癌転帰マーカーが、Chr6、36.3−36.7Mbであり、ならびにBRPF3(ブロモドメインおよびPHDフィンガー含有、3);DKFZp779B1540(仮定上のタンパク質DKFZp779B1540);ETV7(ets変種遺伝子7(TEL2癌遺伝子));KCTD20(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有20PNPLA1パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有1);PXT1(ペルオキシソーム、精巣特異的1SFRS3スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ3);およびSTK38(セリン/トレオニンキナーゼ38)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー18]。
【請求項24】
癌転帰マーカーが、Chr2、205.9−208.1Mbであり、ならびにADAM23(ADAMメタロペプチダーゼドメイン23);CPO(カルボキシペプチダーゼO);DYTN(ジストロテリン);EEF1B2(真核細胞翻訳伸長因子1β2);FASTKD2(FASTキナーゼドメイン2);FLJ20309(仮定上のタンパク質FLJ20309);GPR1(Gタンパク質共役受容体1);KLF7(Kruppel様因子7(ユビキタス));MDH1B(リンゴ酸デヒドロゲナーゼ1B、NAD(可溶性));NDUFS1(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質1、75kDa(NADH−コエンザイムQ還元酵素);NRP2ニューロピリン2);PARD3B(par−3分配欠損3相同体B(C.エレガンス(C.elegans));ZDBF2(亜鉛フィンガー、DBFタイプ含有2);およびhCG_1657980(hCG1657980)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー19]。
【請求項25】
癌転帰マーカーが、Chr1、109.5−111.1Mbであり、ならびにhsa−mir−197;AHCYL1(S−アデノシルホモシステイン加水分解酵素様1);ALX3(アリスタレス様ホメオボックス3);AMIGO1(Ig様ドメイン1を有する接着分子);AMPD2(アデノシン一リン酸デアミナーゼ2(アイソフォームL));ATXN7L2(アタキシン7様2);CELSR2(カドヘリン、EGF LAG7回貫通G−タイプ受容体2(フラミンゴ相同体、ドロソフィラ));CSF1(コロニー刺激因子1(マクロファージ));CYB561D1(チトクロムb−561ドメイン含有1);EPS8L3(EPS8様3);FAM40A(配列類似性40を有するファミリー、メンバーA);GNAI3(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α阻害活性ポリペプチド3);GNAT2(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α形質導入活性ポリペプチド2);GPR61(Gタンパク質共役受容体61);GSTM1、M2、M3、M4、M5(グルタチオンS−トランスフェラーゼM1、M2(筋肉)、M3(脳)、M4、M5);HBXIP(B型肝炎ウイルスx相互作用タンパク質);KCNA2、3、4、10(カリウム電位開口型チャネル、shaker関連サブファミリー、メンバー2、3、4、10);KIAA1324(KIAA1324);MYBPHL(ミオシン結合タンパク質H様);PROK1(プロキネチシン1);PSMA5(プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、5);PSRC1(プロリン/セリン−リッチコイルドコイル1);RBM15(RNA結合モチーフタンパク質15);SARS(セリル−tRNA合成酵素);SLC16A4(溶質輸送体ファミリー16、メンバー4(モノカルボン酸輸送体5));SLC6A17(溶質輸送体ファミリー6、メンバー17);SORT1(ソルチリン1);SYPL2(シナプトフィシン様2);UBL4B(ユビキチン様4B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー20]。
【請求項26】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、前記コピー数損失が疾患転帰不良に関連する、請求項1から3のいずれかの方法。
【請求項27】
癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項26の方法。
【請求項28】
癌転帰マーカーが、Chr5、62.9−67.8Mbであり、ならびにADAMTS6(トロンボスポンジンタイプ1モチーフを有するADAMメタロペプチダーゼ、6);CD180(CD180分子);CENPK(セントロメアタンパク質K);ERBB2IP(erbb2相互作用タンパク質);FLJ13611(仮定上のタンパク質FLJ13611);HTR1A(5−ヒドロキシトリプタミン(セロトニン)受容体1A);MAST4(微小管関連セリン/トレオニンキナーゼファミリーメンバー4);NLN(神経溶解素(メタロペプチダーゼM3ファミリー));P18SRP(P18SRPタンパク質);PIK3R1(ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α));PPWD1(ペプチジルプロリルイソメラーゼドメインおよびWDリピート含有1);RGS7BP(G−タンパク質シグナル伝達7結合タンパク質の制御因子);RNF180(リングフィンガータンパク質180);SDCCAG10(血清学的に定義された結腸癌抗原10);SFRS12(スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ12);SGTB(低分子量グルタミンリッチテトラトリコペプチドリピート(TPR)含有、β0);およびTRIM23(tripartiteモチーフ含有23)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー1]。
【請求項29】
癌転帰マーカーが、Chr5、53.3−53.8Mbであり、ならびにARL15(ADP−リボシル化因子様15);HSPB3(熱ショック27kDaタンパク質3)およびhsa−miR−581をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー2]。
【請求項30】
癌転帰マーカーが、Chr4、105.8−107.2Mbであり、ならびにFLJ20184(仮定上のタンパク質FLJ20184);GSTCD(グルタチオンS−トランスフェラーゼ、C末端ドメイン含有);INTS12(インテグレーター複合体サブユニット12);KIAA1546(KIAA1546);MGC16169(仮定上のタンパク質MGC16169);NPNT(ネフロネクチン);およびPPA2(ピロホスファターゼ(無機)2)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー3]。
【請求項31】
癌転帰マーカーが、Chr16、45.8−46.3Mbであり、ならびにITFG1(インテグリンαFG−GAPリピート含有1)およびPHKB(ホスホリラーゼキナーゼ、β)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー4]。
【請求項32】
癌転帰マーカーが、Chr5、50.7−52.0Mbであり、ならびにISL1(ISLLIMホメオボックス)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー5]。
【請求項33】
癌転帰マーカーが、Chr5、94.2−96.1Mbであり、ならびにARSK(アリールスルファターゼファミリー、メンバーK);CAST(カルパスタチン);ELL2(伸長因子、RNAポリメラーゼII、2);FAM81B(配列類似性81を有するファミリー、メンバーB);GLRX (グルタレドキシン(チオールトランスフェラーゼ));GPR150(Gタンパク質共役受容体150);KIAA0372(KIAA0372);MCTP1(マルチプルC2ドメイン、膜貫通型1);PCSK1(プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシンタイプ1);RFESD(Rieske(Fe−S)ドメイン含有);RHOBTB3(Rho関連BTBドメイン含有3);SPATA9(精子形成関連9);およびhsa−miR−583をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー6]。
【請求項34】
癌転帰マーカーが、Chr9、36.1−37.0Mbであり、ならびにC9orf19(第9染色体オープンリーディングフレーム19);CCIN(カリシン);CLTA(クラスリン、軽鎖(Lca));GNE(グルコサミン(UDP−N−アセチル)−2−エピメラーゼ/N−アセチルマンノサミンキナーゼ);MELK(母系胚性ロイシンジッパーキナーゼ);PAX5(ペアードボックス5);RECK(カザールモチーフを有する復帰突然変異誘導システインリッチタンパク質);RNF38(リングフィンガータンパク質38)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー7]。
【請求項35】
癌転帰マーカーが、Chr5、94.2−96.1Mbであり、ならびにARSK(アリールスルファターゼファミリー、メンバーK);CAST(カルパスタチン);ELL2(伸長因子、RNAポリメラーゼII、2);FAM81B(配列類似性81を有するファミリー、メンバーB);GLRX(グルタレドキシン(チオールトランスフェラーゼ));GPR150(Gタンパク質共役受容体150);KIAA0372(KIAA0372);MCTP1(マルチプルC2ドメイン、膜貫通型1);PCSK1(プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシンタイプ1);RFESD(Rieske(Fe−S)ドメイン含有);RHOBTB3(Rho関連BTBドメイン含有3);SPATA9(精子形成関連9)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー8]。
【請求項36】
癌転帰マーカーが、Chr14、51.1−52.8Mbであり、ならびにC14orf166(第14染色体オープンリーディングフレーム166);DDHD1(DDHDドメイン含有1);ERO1L(ERO1様(S.セレビシエ));FRMD6(FERMドメイン含有6);GNG2(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ2);GNPNAT1(グルコサミン−リン酸N−アセチルトランスフェラーゼ1);GPR137C(Gタンパク質共役受容体137C);NID2(ニドジェン2(オステオニドジェン));PLEKHC1(プレクストリン相同ドメイン含有、ファミリーC(FERMドメインを有する)メンバー1);PSMC6(プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)26Sサブユニット、ATPase、6);PTGDR(プロスタグランジンD2受容体(DP));PTGER2(プロスタグランジンE受容体2(サブタイプEP2)、53kDa);STYX(セリン/トレオニン/チロシン相互作用タンパク質);TXNDC16(チオレドキシンドメイン含有16)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー9]。
【請求項37】
癌転帰マーカーが、Chr14、61.5−68.6Mbであり、ならびにACTN1(アクチニン、α1);AKAP5(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質5);ARG2(アルギナーゼ、タイプII);ATP6V1D(ATPase、H+輸送、リソソーム34kDa、V1サブユニットD);C14orf50(第14染色体オープンリーディングフレーム50);C14orf54(第14染色体オープンリーディングフレーム54);C14orf83(第14染色体オープンリーディングフレーム83);CHURC1(チャーチルドメイン含有1);EIF2S1(真核細胞翻訳開始因子2、サブユニット1α、35kDa);ESR2(エストロゲン受容体2(ERβ));FLJ39779(FLJ39779タンパク質);FNTB(ファルネシルトランスフェラーゼ、CAAXボックス、β);FUT8(フコシル基転移酵素8(α(1,6)フコシル基転移酵素));GPHB5(糖タンパク質ホルモンβ5);GPHN(ジェフィリン);GPX2(グルタチオンペルオキシダーゼ2(胃腸));HSPA2(熱ショック70kDaタンパク質2);KCNH5(カリウム電位開口型チャネル、サブファミリーH(eag関連)、メンバー5);MAX MYC(関連因子X);MPP5(膜タンパク質、パルミトイル化5(MAGUK p55サブファミリーメンバー5));MTHFD1(メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ(NADP+依存性)1、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸合成酵素);PIGH(ホスファチジルイノシトールグリカンアンカー生合成、クラスH);PLEK2(プレクストリン2);PLEKHG3(プレクストリン相同ドメイン含有、(RhoGefドメインを有する)ファミリーGメンバー3);PLEKHH1(プレクストリン相同ドメイン含有、(MyTH4ドメインを有する)ファミリーHメンバー1);PPP2R5E(タンパク質ホスファターゼ2、調節サブユニットB’、εアイソフォーム);RAB15(RAB15、メンバーRAS癌遺伝子ファミリー);RAD51L1(RAD51様1(S.セレビシエ));RDH11(レチノールデヒドロゲナーゼ11(全トランス/9−シス/11−シス));RDH12(レチノールデヒドロゲナーゼ12(全トランス/9−シス/11−シス));RHOJ(ras相同体遺伝子ファミリー、メンバーJ);SGPP1(スフィンゴシン−1−リン酸ホスファターゼ1);SPTB(スペクトリン、β、(球状赤血球症、臨床タイプIを含む)赤血球);SYNE2(スペクトリンリピート含有、核包膜2);SYT16(シナプトタグミンXVI);VTI1B(t−SNAREs相同体1B(酵母)との相互作用によるベシクル輸送);WDR22(WDリピートドメイン22);WDR89(WDリピートドメイン89);ZBTB1(亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有1);ZBTB25(亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有25);ZFP36L1(亜鉛フィンガータンパク質36、C3Hタイプ様1);ZFYVE26(亜鉛フィンガー、FYVEドメイン含有26);およびhsa−miR−625をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー10]
【請求項38】
癌転帰マーカーが、Chr9、28.1Mbであり、ならびにLINGO2(ロイシンリッチリピートおよびIgドメイン含有2)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー11]
【請求項39】
癌転帰マーカーが、Chr4、43.7−44.2Mbであり、ならびにKCTD8(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有8)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー12]
【請求項40】
癌転帰マーカーが、Chr5、60.8−62.9Mbであり、ならびにDIMT1L DIM1(ジメチルアデノシントランスフェラーゼ1様(S.セレビシエ));FLJ37543(仮定上のタンパク質FLJ37543);IPO11(インポーチン11);ISCA1L(鉄−硫黄クラスターアセンブリー1相同体(S.セレビシエ)様);KIF2A(キネシン重鎖メンバー2A)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー13]
【請求項41】
癌転帰マーカーが、Chr3、120.0−121.1Mbであり、ならびにADPRH(ADP−リボシルアルギニン加水分解酵素);B4GALT4(UDP−Gal:βGlcNAc β 1,4−ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド4);C3orf1(第3染色体オープンリーディングフレーム1);C3orf15(第3染色体オープンリーディングフレーム15);C3orf30(第3染色体オープンリーディングフレーム30);CD80(CD80分子);CDGAP(Cdc42 GTPase−活性化タンパク質);COX17(COX17チトクロムc酸化酵素アセンブリー相同体(S.セレビシエ));GSK3B(グリコーゲン合成酵素キナーゼ3β);IGSF11(免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー110);KTELC1(KTEL(Lys−Tyr−Glu−Leu)含有1);NR1I2(核内受容体サブファミリー1、グループI、メンバー2);PLA1A(ホスホリパーゼA1メンバーA);POPDC2(ポパイドメイン含有2);TMEM39A(膜貫通型タンパク質39A);およびUPK1B(ウロプラキン1B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー14]
【請求項42】
癌転帰マーカーが、Chr4、46.2−48.0Mbであり、ならびにATP10D(ATPase、クラスV、タイプ10D);CNGA1(環状ヌクレオチド依存性チャネルα1);COMMD8(COMMドメイン含有8);CORIN(コリン、セリンペプチダーゼ);COX7B2(チトクロムc酸化酵素サブユニットVIIb2);GABRA4(γアミノ酪酸(GABA)A受容体、α4);GABRB1(γアミノ酪酸(GABA)A受容体、β1);NFXL1(核転写因子、X−ボックス結合様1);NPAL1(NIPA様ドメイン含有1);TEC(tecタンパク質チロシンキナーゼ);およびTXK(TXKチロシンキナーゼ)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー15]
【請求項43】
癌転帰マーカーが、Chr14、38.9−40.0Mbであり、ならびにFBXO33(F−ボックスタンパク質33)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー16]
【請求項44】
癌転帰マーカーが、Chr4、44.2−44.6Mbであり、ならびにGNPDA2(グルコサミン−6−リン酸デアミナーゼ2);GUF1(GUF1 GTPase相同体(S.セレビシエ));およびYIPF7(Yip1ドメインファミリー、メンバー7)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー17]
【請求項45】
癌転帰マーカーが、Chr2、213.7−214.3Mbであり、ならびにIKZF2(IKAROSファミリー亜鉛フィンガー2(Helios));SPAG16(精子関連抗原16)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー18]
【請求項46】
癌転帰マーカーが、Chr14、43.9−46.6Mbであり、ならびにC14orf106(第14染色体オープンリーディングフレーム106);C14orf155(第14染色体オープンリーディングフレーム155);C14orf28(第14染色体オープンリーディングフレーム28);FANCM(ファンコニー貧血、相補グループM);FKBP3(FK506結合タンパク質3、25kDa);KIAA0423(KIAA0423);KLHL28(kelch様28(ドロソフィラ));MDGA2(MAMドメイン含有グリコシルホスファチジルイノシトールアンカー2);PRPF39(PRP39mRNA前駆体プロセシング因子39相同体(S.セレビシエ));RPL10L(リボソームタンパク質L10様)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー19]
【請求項47】
癌転帰マーカーが、Chr14、27.6−28.6Mbであり、ならびにFOXG1(フォークヘッドボックスG1)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー20]
【請求項48】
癌転帰マーカーが、Chr3、98.0−98.3Mbであり、ならびにEPHA6(EPH受容体A6)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー21]
【請求項49】
癌転帰マーカーが、Chr14、55.2−60.0Mbであり、ならびにACTR10(アクチン関連タンパク質10相同体(S.セレビシエ));ARID4A(ATリッチ相互作用ドメイン4A(RBP1様));C14orf100(第14染色体オープンリーディングフレーム100);C14orf101(第14染色体オープンリーディングフレーム101);C14orf105(第14染色体オープンリーディングフレーム105);C14orf108(第14染色体オープンリーディングフレーム108);C14orf135(第14染色体オープンリーディングフレーム135);C14orf149(第14染色体オープンリーディングフレーム149);C14orf37(第14染色体オープンリーディングフレーム37);C14orf39(第14染色体オープンリーディングフレーム39);DAAM1(dishevelled associated activator of morphogenesis 1);DACT1(ダッパー、β−カテニンのアンタゴニスト、相同体1(ゼノパス・ラエビス(Xenopus laevis));DHRS7(デヒドロゲナーゼ/還元酵素(SDRファミリー)メンバー7);EXOC5(エクソシスト複合体成分5);GPR135(Gタンパク質共役受容体135);KIAA0586(KIAA0586);NAT12(N−アセチルトランスフェラーゼ12);OTX2(オルソデンティクルホメオボックス2);PELI2(ペリノ相同体2 (ドロソフィラ));PPM1A(タンパク質ホスファターゼ1A(以前には2C)、マグネシウム依存性、αアイソフォーム);PSMA3(プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、3);RTN1(レチキュロン1);SLC35F4(溶質輸送体ファミリー35、メンバーF4);TIMM9(ミトコンドリア内膜9相同体のトランスロカーゼ(酵母));UNQ9438(TIMM)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー22]
【請求項50】
癌転帰マーカーが、Chr14、48.7−51.1Mbであり、ならびにABHD12B(アブヒドロラーゼドメイン含有12B);ARF6(ADP−リボシル化因子6);ATP5S(ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットs(因子B));C14orf104(第14染色体オープンリーディングフレーム104);C14orf138(第14染色体オープンリーディングフレーム138);CDKL1(サイクリン依存性キナーゼ様1(CDC2関連キナーゼ));FRMD6(FERMドメイン含有6);KLHDC1(kelchドメイン含有1);KLHDC2(kelchドメイン含有2);L2HGDH(L−2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ);LOC196913(仮定上のタンパク質LOC196913);LOC283551(仮定上のタンパク質LOC283551);MAP4K5(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ5);MGAT2(マンノシル(α−1,6−)−糖タンパク質β−1,2−N−アセチルグルコサミン転移酵素);NIN(ニネイン(GSK3B相互作用タンパク質));POLE2(ポリメラーゼ(DNA指向性)、ε2(p59サブユニット));PPIL5(ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様5);PYGL(ホスホリラーゼ、グリコーゲン;肝臓(ハース病、糖原病タイプVI));RPL36AL(リボソームタンパク質L36a様);RPS29(リボソームタンパク質S29)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー23]
【請求項51】
癌転帰マーカーが、Chr4、81.4−83.2Mbであり、ならびにBMP3(骨形成タンパク質3(骨原性));C4orf22(第4染色体オープンリーディングフレーム22);FGF5(線維芽細胞増殖因子5);PRKG2(プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプII);RASGEF1B(RasGEFドメインファミリー、メンバー1B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー24]
【請求項52】
癌転帰マーカーが、Chr10、51.9−54.2Mbであり、ならびにACF(apobec−1相補性因子);ASAH2B(N−アシルスフィンゴシンアミドヒドラーゼ(非リソソームセラミダーゼ)2B);CSTF2T(開裂刺激因子、3’RNA前駆体、サブユニット2、64kDa、tau変異体);DKK1(dickkopf相同体1(ゼノパス・ラエビス));MBL2(マンノース結合レクチン(タンパク質C)2、可溶性(オプソニン欠損));PRKG1(プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプI);SGMS1(スフィンゴミエリンシンターゼ1);hsa−miR−605をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー25]
【請求項53】
癌転帰マーカーが、Chr5、55.2−58.6Mbであり、ならびにANKRD55(アンキリンリピートドメイン55);C5orf29(第5染色体オープンリーディングフレーム29);C5orf35(第5染色体オープンリーディングフレーム35);DKFZp686D0972(RIKEN cDNA 4732495G21遺伝子に類似);GPBP1(GC−リッチプロモーター結合タンパク質10;IL31RA(インターロイキン31受容体A);IL6ST(インターロイキン6シグナルトランスデューサー(gp130、オンコスタチンM受容体));MAP3K1(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ1);MIER3(中胚葉誘導初期応答1、ファミリーメンバー3);PDE4D(ホスホジエステラーゼ4D、cAMP特異的(ホスホジエステラーゼE3dunce相同体、ドロソフィラ));PLK2(ポロ様キナーゼ2(ドロソフィラ));RAB3C RAB3C(メンバーRAS癌遺伝子ファミリー)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー26]
【請求項54】
癌転帰マーカーが、Chr5、67.8−68.5Mbであり、ならびにCCNB1(サイクリンB1)およびSLC30A5(溶質輸送体ファミリー30(亜鉛輸送体)、メンバー5)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー27]
【請求項55】
試験サンプルが、組織サンプルを含む、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項56】
組織サンプルが、血液サンプル、腫瘍組織もしくは疑わしい腫瘍組織、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋組織サンプルまたはそのいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルを含む、請求項55の方法。
【請求項57】
組織サンプルが、肺組織サンプルまたは循環腫瘍細胞を含む末梢血サンプルを含む、請求項55の方法。
【請求項58】
決定するステップ(b)が、インサイチューハイブリダイゼーションによって行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項59】
インサイチューハイブリダイゼーションが、蛍光で標識されている核酸プローブで行われる、請求項58の方法。
【請求項60】
インサイチューハイブリダイゼーションが、少なくとも2つの核酸プローブで行われる、請求項58の方法。
【請求項61】
インサイチューハイブリダイゼーションが、ペプチド核酸プローブで行われる、請求項58の方法。
【請求項62】
決定するステップ(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応で行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項63】
決定するステップ(b)が、核酸配列決定アッセイによって行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項64】
決定するステップ(b)が、核酸マイクロアレイアッセイによって行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項65】
肺癌が、非小細胞肺癌である、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項66】
癌が、有棘細胞癌、大細胞癌および腺癌からなる群から選択される、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項67】
患者が、化学療法、放射線、手術またはそのいずれかの組み合わせによる治療を受けている、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項68】
肺癌に罹患した患者のための治療を選択する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップであって、化学療法薬剤を有する治療が患者のために少なくとも1種の治療オプションであるステップ;
b)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を決定するステップ;
c)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を2つのベースラインコピー数と比較し、それによって、試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ;および
d)ステップc)における比較に基づいた化学療法治療レジメンを決定するステップ
を含む、方法。
【請求項69】
ステップc)における比較に基づいた治療レジメンを決定することが、コピー数の変化が癌転帰マーカーのために存在するとき、化学療法薬剤を選択するステップおよび化学療法治療の頻度を決定するステップを含む、請求項68の方法。
【請求項70】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が疾患転帰不良に関連する、請求項68の方法。
【請求項71】
癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項70の方法。
【請求項72】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失が、疾患転帰不良に関連する、請求項68の方法。
【請求項73】
癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項72の方法。
【請求項74】
試験サンプルが、組織サンプルを含む、請求項68の方法。
【請求項75】
組織サンプルが、血液サンプル、腫瘍組織もしくは疑わしい腫瘍組織、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋組織サンプルまたはそのいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルを含む、請求項74の方法。
【請求項76】
組織サンプルが、肺組織サンプルまたは循環腫瘍細胞を含む末梢血サンプルを含む、請求項74の方法。
【請求項77】
決定するステップ(b)が、インサイチューハイブリダイゼーションによって行われる、請求項68の方法。
【請求項78】
インサイチューハイブリダイゼーションが、蛍光で標識されている核酸プローブで行われる、請求項77の方法。
【請求項79】
インサイチューハイブリダイゼーションが、少なくとも2つの核酸プローブで行われる、請求項77の方法。
【請求項80】
インサイチューハイブリダイゼーションが、ペプチド核酸プローブで行われる、請求項77の方法。
【請求項81】
決定するステップ(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応で行われる、請求項68の方法。
【請求項82】
決定するステップ(b)が、核酸配列決定アッセイによって行われる、請求項68のいずれかの方法。
【請求項83】
決定するステップ(b)が、核酸マイクロアレイアッセイによって行われる、請求項68の方法。
【請求項84】
肺癌が、非小細胞肺癌である、請求項68の方法。
【請求項85】
癌が、有棘細胞癌、大細胞癌および腺癌からなる群から選択される、請求項68の方法。
【請求項86】
患者が、放射線、または手術またはその組み合わせによる治療も受けている、請求項68の方法。
【請求項87】
治療に抵抗性である肺癌を有するものとして患者を分類する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;
b)癌転帰マーカーについてのコピー数を決定するステップ;
c)患者において癌転帰マーカーのコピー数の変化の有無を決定するために、癌転帰マーカーについての2つのベースラインコピー数に対して試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数を比較するステップ;および
d)癌転帰マーカーのコピー数の変化の存在に基づいて治療に抵抗性である肺癌を有するものとして患者を分類するステップ
を含む、方法。
【請求項88】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が疾患転帰不良に関連する、請求項87の方法。
【請求項89】
癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項88の方法。
【請求項90】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失が、疾患転帰不良に関連する、請求項87の方法。
【請求項91】
癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項90の方法。
【請求項92】
試験サンプルが、組織サンプルを含む、請求項87の方法。
【請求項93】
組織サンプルが、血液サンプル、腫瘍組織もしくは疑わしい腫瘍組織、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋した組織サンプルまたは末梢血サンプルのいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルを含む、請求項92の方法。
【請求項94】
組織サンプルが、肺組織サンプルまたは循環腫瘍細胞を含む末梢血サンプルを含む、請求項92の方法。
【請求項95】
決定するステップ(b)が、インサイチューハイブリダイゼーションによって行われる、請求項86の方法。
【請求項96】
インサイチューハイブリダイゼーションが、蛍光で標識されている核酸プローブで行われる、請求項94の方法。
【請求項97】
インサイチューハイブリダイゼーションが、少なくとも2つの核酸プローブで行われる、請求項94の方法。
【請求項98】
インサイチューハイブリダイゼーションが、ペプチド核酸プローブで行われる、請求項94の方法。
【請求項99】
決定するステップ(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応で行われる、請求項87の方法。
【請求項100】
決定するステップ(b)が、核酸配列決定アッセイによって行われる、請求項87の方法。
【請求項101】
決定するステップ(b)が、核酸マイクロアレイアッセイによって行われる、請求項87の方法。
【請求項102】
肺癌が、非小細胞肺癌である、請求項87の方法。
【請求項103】
癌が、有棘細胞癌、大細胞癌および腺癌からなる群から選択される、請求項87の方法。
【請求項104】
患者が、化学療法、放射線、手術またはそのいずれかの組み合わせによる治療を受けている、請求項87の方法。
【請求項105】
a)癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬;および
b)試験を行うための説明書
を含む、キット。
【請求項106】
癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬が、癌転帰マーカーの少なくとも一部にハイブリダイズする検出可能な程度に標識されたポリヌクレオチドを含む、請求項104のキット。
【請求項107】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が疾患転帰不良に関連する、請求項105のキット。
【請求項108】
癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項106のキット。
【請求項109】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失が、疾患転帰不良に関連する、請求項105のキット。
【請求項110】
癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4 83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項108のキット。
【請求項1】
肺癌の治療を受けている患者における疾患転帰を予測する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;
b)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を決定するステップ;
c)2つのベースラインコピー数に対する試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を比較し、それによって、試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ;および
d)試験サンプル中の癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化を有さない患者において疾患転帰のベースライン測度と比較したとき、疾患転帰不良のリスクの増加を有するものとして患者を同定するステップであって前記癌転帰マーカーにおけるコピー数の変化の存在は、疾患転帰不良を予測するものであるステップ
を含む、方法。
【請求項2】
疾患転帰不良が、癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比べたときの全生存期間の減少および癌転帰マーカーについてのコピー数の変化を有さない患者の全生存期間と比較したときの再発までの期間短縮の少なくとも1つである、請求項1の方法。
【請求項3】
肺癌の治療を受けている患者における治療転帰を予測する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;
b)試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップであって、前記癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、前記コピー数の変化が、疾患転帰不良に関連するステップ;および
c)癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無に基づいて、患者が、癌転帰マーカーについてのコピー数増加を有さない患者の全生存期間と比較したとき、全生存期間の減少または再発までの期間短縮のリスクがより高いか否かを決定するステップ
を含む、方法。
【請求項4】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が、疾患転帰不良に関連する、請求項1から3のいずれかの方法。
【請求項5】
癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項4の方法。
【請求項6】
癌転帰マーカーが、Chr19、34.7Mb−35.6Mbであり、ならびにC19orf12;C19orf12;サイクリンE1;PLEKHF1;POP4;およびZNF536をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー1]
【請求項7】
癌転帰マーカーが、Chr19、38.9−40.7Mbであり、ならびにATP4A ATPase;CHST8、DMKN FAR1,2,3;FXYD1,3,5,7;GAPDHS;GPI;GPR42;GRAMD1A;HAMP;HPN;KCTD15 KIAA0355;KRTDAP;LGI4;LSM14A;LSR;MAG;PDCD2L;SAE2 SUMO1;SBSN;SCN1B;TMEM147,162;USF2;WTIP;およびZNF181,30,302,599,792をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー2]
【請求項8】
癌転帰マーカーが、Chr17、69.2−71.3Mbであり、ならびにARMC7(アルマジロリピート含有7);ATP5H ATPシンターゼ(H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットd);CASKIN2(CASK相互作用タンパク質2);CD300A(CD300a分子);CD300C(CD300c分子);CD300E(CD300e分子);CD300LB(CD300分子様ファミリーメンバーb);CD300LF(CD300分子様ファミリーメンバーf);CDR2L(小脳変性症関連タンパク質2様);DNAI2(ダイニン、軸索、中間鎖2);(FADS6脂肪酸不飽和化酵素ドメインファミリー、メンバー6);FDXR(フェレドキシン還元酵素);GALK1(ガラクトキナーゼ1);GGA3(ゴルジ関連、γアダプチンear含有、ARF結合タンパク質):GPR142(Gタンパク質共役受容体142);GPRC5C(Gタンパク質共役受容体、ファミリーC、グループ5、メンバーC);GRB2(増殖因子受容体−結合タンパク質2);GRIN2C(グルタミン酸受容体、イオンチャネル型、N−メチル−D−アスパラギン酸2C);H3F3B(H3ヒストン、ファミリー3B(H3.3B));HN1(血液学的および神経学的な発現された1 ICT1未熟結腸癌転写物1);ITGB4(インテグリン、β4);KCTD2(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有2);KIAA0195;KIF19(キネシンファミリーメンバー19);LLGL2(致死性巨大幼生相同体2(ドロソフィラ(Drosophila));LOC388419(ガレクチン−3−結合タンパク質様);MIF4GD(MIF4Gドメイン含有);MRPS7(ミトコンドリアリボソームタンパク質S7);NAT9(N−アセチルトランスフェラーゼ9);NT5C(5’,3’−ヌクレオチダーゼ、サイトゾル);NUP85(ヌクレオポリン85kDa);OTOP2(オトペトリン2);OTOP3(オトペトリン3);RAB37(RAB37、メンバーRAS癌遺伝子ファミリー);RECQL5(RecQタンパク質様5);RPL38リボソームタンパク質L38;SAP30BP(SAP30結合タンパク質);SLC16A5(溶質輸送体ファミリー16、メンバー5(モノカルボン酸輸送体6));SLC25A19(溶質輸送体ファミリー25(ミトコンドリアチアミンピロリン酸キャリア)、メンバー19);SLC9A3R1(溶質輸送体ファミリー9(ナトリウム/水素交換輸送体)、メンバー3制御因子1);SUMO2(SMT3 suppressor of mif two 3 homolog 2(S.セレビシエ(S.cerevisiae));TMEM104(膜貫通型タンパク質104);TTYH2(トゥイーティー相同体2(ドロソフィラ));UNK(unkempt相同体(ドロソフィラ));およびUSH1G(アッシャー症候群1G(常染色体劣性)をコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー3]、請求項4の方法。
【請求項9】
癌転帰マーカーが、Chr6、70.8−71.1Mbであり、ならびにCOL19A1(コラーゲン、タイプXIX、α1)およびCOL9A1(コラーゲン、タイプIX、α1)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー4]。
【請求項10】
癌転帰マーカーが、Chr12、93.7kb−1.9Mbであり、ならびにADIPOR2(アディポネクチン受容体2);B4GALNT3(β−1,4−N−アセチル−ガラクトサミニルトランスフェラーゼ3);CACNA2D4(カルシウムチャネル、電位依存性、α2/δサブユニット4);CCDC77(コイルドコイルドメイン含有77);ERC1(ELKS/RAB6−相互作用/CASTファミリーメンバー1);FBXL14(F−ボックスおよびロイシンリッチリピートタンパク質14);HSN2(遺伝性感覚性ニューロパチー、タイプII);IQSEC3(IQモチーフおよびSec7ドメイン3);JARID1A(十文字、ATリッチ相互作用ドメイン1A);LRTM2(ロイシン−リッチリピートおよび膜貫通型ドメイン2);NINJ2(ニンジュリン2);RAD52(RAD52相同体(S.セレビシエ));SLC6A12(溶質輸送体ファミリー6(神経伝達物質輸送体、ベタイン/GABA)、メンバー12);SLC6A13(溶質輸送体ファミリー6(神経伝達物質輸送体、GABA)、メンバー13);WNK1(WNKリシン欠損プロテインキナーゼ1);およびWNT5B(無羽タイプMMTV組込み部位ファミリー、メンバー5B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー5]。
【請求項11】
癌転帰マーカーが、Chr11、64.3−64.8Mbであり、ならびにARL2(ADP−リボシル化因子様2);ATG2A ATG2(自己貪食関連2相同体A(S.セレビシエ));BATF2(塩基性ロイシンジッパー転写因子、ATF様2;CAPN1カルパイン1、(mu/I)大型サブユニット);CDC42BPG(CDC42結合プロテインキナーゼγ(DMPK様));CDCA5(細胞分裂周期関連5);EHD1(EH−ドメイン含有1);FAU(Finkel−Biskis−Reillyネズミ肉腫ウイルス(FBR−MuSV)遍在性に発現した);GPHA2(糖タンパク質ホルモンα2);MAP4K2(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ2);MEN1(多発性内分泌腺腫症I);MRPL49(ミトコンドリアリボソームタンパク質L49);NAALADL1(N−アセチル化α−連鎖酸性ジペプチダーゼ様1);POLA2(ポリメラーゼ(DNA指向性)、α2(70kDサブユニット));PPP2R5B(タンパク質ホスファターゼ2、調節サブユニットB’、βアイソフォーム);SAC3D1 SAC3(ドメイン含有1);SLC22A20(溶質輸送体ファミリー22、メンバー20);SNX15(ソーティングネキシン15);SPDYC(speedy相同体C(ドロソフィラ));SYVN1(滑膜アポトーシスインヒビター1、シノビオリン);TM7SF2(膜貫通型7スーパーファミリーメンバー2);ZFPL1(亜鉛フィンガータンパク質様1);ZNHIT2(亜鉛フィンガー、HITタイプ2);(hsa−mir−192);および(hsa−mir−194−2)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー6]。
【請求項12】
癌転帰マーカーが、Chr19、57.0−62.2Mbであり、ならびにBIRC8(バキュロウイルスIAPリピート含有8);BRSK1(BRセリン/トレオニンキナーゼ1);CACNG6、7、8(カルシウムチャネル、電位依存性、γサブユニット6、7、8);CCDC106(コイルドコイルドメイン含有106);CDC42EP5 CDC42(エフェクタータンパク質(RhoGTPase結合)5);CNOT3 CCR4−NOT(転写複合体、サブユニット3);COX6B2(チトクロムc酸化酵素サブユニットVIbポリペプチド2(精巣));DPRX(分岐対関連ホメオボックス);EPN1(エプシン1);EPS8L1(EPS8様1);FCAR(IgAのFc断片、受容体);FIZ1(FLT3相互作用亜鉛フィンガー1);GALP(ガラニン様ペプチドGP6糖タンパク質VI(血小板));HSPBP1(hsp70相互作用タンパク質);IL11(インターロイキン11);ISOC2(イソコリスマターゼドメイン含有2);KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DS4 KIR3DL1、KIR3DL3、KIR3DX1(キラー細胞免疫グロブリン様受容体);LAIR1、2(白血球関連免疫グロブリン様受容体1、2);LENG1、4、8、9(白血球受容体クラスター(LRC)メンバー1、4、8、9);LILRA2、3、4(白血球免疫グロブリン様受容体、サブファミリーA(TMドメインを有する)、メンバー2、3、4);LILRB1、2、3、4、5(白血球免疫グロブリン様受容体、サブファミリーB(TMおよびITIMドメインを有する)、メンバー1、2、3、4、5);MYADM(ミエロイド関連分化マーカー);NAT14(N−アセチルトランスフェラーゼ14);NCR1(細胞傷害誘発受容体1);NDUFA3(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1αサブコンプレックス、3,9kDa);NLRP2、4、5、7、8、9、11、12、13(NLRファミリー、ピリンドメイン含有2、4、5、7、8、9、11、12、13.);OSCAR(破骨細胞関連免疫グロブリン様受容体);PEG3(父系性に発現した3);PPP1R12C(タンパク質ホスファターゼ1、調節(インヒビター)サブユニット12C);PPP2R1A(タンパク質ホスファターゼ2(以前には2A)、調節サブユニットA、αアイソフォーム);PRKCG(プロテインキナーゼC、γ);PRPF31(PRP31 mRNA前駆体プロセシング因子31相同体(S.セレビシエ));PTPRH(プロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、H);RDH13(レチノールデヒドロゲナーゼ13(全トランス/9−シス));RPL28(リボソームタンパク質L28);RPS9(リボソームタンパク質S9);SAPS1(SAPSドメインファミリー、メンバー1);SUV420H2(斑入り4−20相同体2のサプレッサー(ドロソフィラ));SYT5(シナプトタグミンV);TFPT((小児白血病における)TCF3(E2A)融解パートナー);TMC4(膜貫通型チャネル様4);TMEM190(膜貫通型タンパク質190 TMEM86B膜貫通型タンパク質86B);TNNI3(トロポニンIタイプ3(心臓));TNNT1(トロポニンTタイプ1(骨格、緩徐));TSEN34(tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ34相同体(S.セレビシエ));TTYH1(トゥイーティー相同体1(ドロソフィラ));U2AF2(U2核内低分子RNA補助因子2);UBE2S(ユビキチン結合酵素E2S);VN1R2(鋤鼻受容体1受容体2);VN1R4(鋤鼻受容体1受容体4);VSTM1(V−セットおよび膜貫通型ドメイン含有1);ZNF28、160、320、321、331、347、350、415、432、444、468、470(亜鉛フィンガータンパク質28、160、320、321、331、347、350、415、432、444、468、470);およびhsa−mir−643、hsa−mir−512−1、hsa−mir−512−2、hsa−mir−498、hsa−mir−520e、hsa−mir−515−1、hsa−mir−519e、hsa−mir−520f、hsa−mir−515−2、hsa−mir−519c、hsa−mir−520a、hsa−mir−526b、hsa−mir−519b、hsa−mir−525、hsa−mir−523、hsa−mir−518f、hsa−mir−520b、hsa−mir−518b、hsa−mir−526a−1、hsa−mir−520c、hsa−mir−518c、hsa−mir−524、hsa−mir−517a、hsa−mir−519d、hsa−mir−521−2、hsa−mir−520d、hsa−mir−517b、hsa−mir−520g、hsa−mir−516−3、hsa−mir−526a−2、hsa−mir−518e、hsa−mir−518a−1、hsa−mir−518d、hsa−mir−516−4、hsa−mir−518a−2、hsa−mir−517c、hsa−mir−520h、hsa−mir−521−1、hsa−mir−522、hsa−mir−519a−1、hsa−mir−527、hsa−mir−516−1、hsa−mir−516−2、hsa−mir−519a−2、hsa−mir−371、hsa−mir−372、hsa−mir−373、hsa−mir−516a−1、hsa−mir−516a−2、hsa−mir−516b−1、hsa−mir−516b−2、hsa−mir−517a−1、hsa−mir−517a−2、hsa−mir−520c−1、hsa−mir−520c−2を含めたmiRNAをコードするヌクレオチド配列を含む[マーカー7]、請求項4の方法。
【請求項13】
癌転帰マーカーが、Chr6、39.1−39.9Mbであり、ならびにC6orf64(第6染色体オープンリーディングフレーム64);DNAH8(ダイニン、軸索、重鎖8);GLP1R(グルカゴン様ペプチド1受容体);KCNK16(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー16);KCNK17(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー17);KCNK5(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー5);KIF6(キネシンファミリーメンバー6)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー8]。
【請求項14】
癌転帰マーカーが、Chr11、64.8−65.7Mbであり、ならびにBANF1(自動組み込み因子1に対する障壁);CATSPER1(カチオンチャネル、精子関連1);CCDC85B(コイルドコイルドメイン含有85B);CDC42EP2CDC42(エフェクタータンパク質(Rho GTPase結合)2);CFL1(コフィリン1(非筋肉));CST6(シスタチンE/M);CTSW(カテプシンW);DPF2 D4、(亜鉛およびダブルPHDフィンガーファミリー2);DRAP1(DR1関連タンパク質1(負の補因子2α));EFEMP2(EGF含有フィビュリン様細胞外基質タンパク質2);EHBP1L1(EHドメイン結合タンパク質1様1);FAM89B(配列類似性89を有するファミリー、メンバーB);FIBP(線維芽細胞増殖因子(酸性の)細胞内結合タンパク質);FOSL1(FOS様抗原1);FRMD8(FERMドメイン含有8);GAL3ST3(ガラクトース−3−O−スルホトランスフェラーゼ3);HTATIP(HIV−1Tat相互作用タンパク質、60kDa);KCNK7(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー7);LTBP3(潜在型トランスフォーミング増殖因子β結合タンパク質3);MAP3K11(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ11);MGC11102(仮定上のタンパク質MGC11102);MUS81 MUS81(エンドヌクレアーゼ相同体(S.セレビシエ));OVOL1(ovo様1(ドロソフィラ));PACS1 (ホスホフリン酸性クラスターソーティングタンパク質1);PCNXL3(pecanex様3(ドロソフィラ));POLA2(ポリメラーゼ(DNA指向性)、α2(70kDサブユニット));RELA(v−rel細網内皮症ウイルス癌遺伝子相同体A、B−細胞3、p65(トリ)中のκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子);RNASEH2C(リボヌクレアーゼH2、サブユニットC);SART1(T細胞によって認識された有棘細胞癌抗原);SCYL1(SCY1様1(S.セレビシエ));SF3B2(スプライシング因子3b、サブユニット2、145kDa);SIPA1(シグナル−誘導増殖関連遺伝子1);SLC25A45(溶質輸送体ファミリー25、メンバー45);SSSCA1(シェーグレン症候群/強皮症自己抗原1);TIGD3(tigger転移因子由来3);TSGA10IP(精巣特異的な、10相互作用タンパク質)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー9]。
【請求項15】
癌転帰マーカーが、Chr11、61.4−64.3Mbであり、ならびにAHNAK(AHNAK核タンパク質);ASRGL1(アスパラギナーゼ様1);B3GAT3(β−1,3−グルクロニルトランスフェラーゼ3(グルクロノシルトランスフェラーゼI));BAD(細胞死のBCL2−アンタゴニスト);BEST1(ベストロフィン1);BSCL2(Bernardinelli−Seip先天性脂肪異栄養症2(seipin));CCDC88B(コイルドコイルドメイン含有88B);CHRM1(コリン作動性受容体、ムスカリン性1);COX8A(チトクロムc酸化酵素サブユニット8A(ユビキタスな));DKFZP564J0863(DKFZP564J0863タンパク質);DKFZP566E164(DKFZP566E164タンパク質);DNAJC4(DnaJ(Hsp40)相同体、サブファミリーC、メンバー4);EEF1G(真核細胞の翻訳伸長因子1γ);EML3(棘皮動物微小管結合タンパク質様3);ESRRA(エストロゲン関連受容体α);FADS2、3(脂肪酸不飽和化酵素2、3);FKBP2(FK506結合タンパク質2、13kDa);FLRT1(フィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通型タンパク質1);FTH1(フェリチン、重鎖ポリペプチド1);GANAB(グルコシダーゼ、α;中性AB);GNG3(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ3);GPR137(Gタンパク質共役受容体137);HRASLS2、3、5(HRAS様サプレッサー2、3、5);INCENP(インナーセントロメアタンパク質抗原135/155kDa);INTS5(インテグレーター複合体サブユニット5);KCNK4(カリウムチャネル、サブファミリーK、メンバー4);LGALS12(レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、12(ガレクチン12));MACROD1(MACROドメイン含有1);MARK2(MAP/微小管親和性調節キナーゼ2);MGC3196(仮定上のタンパク質MGC3196);MTA2(転移関連1ファミリー、メンバー2);NAT11(N−アセチルトランスフェラーゼ11);NRXN2(ニューレキシン2);NUDT22(nudix(ヌクレオシド二リン酸連結部分X)タイプモチーフ22);NXF1(核RNAエクスポート因子1);OTUB1(OTUドメイン、ユビキチンアルデヒド結合1);PLCB3(ホスホリパーゼC、β3(ホスファチジルイノシトール特異的));POLR2G(ポリメラーゼ(RNA)II(DNA指向性)ポリペプチドG);PPP1R14B(タンパク質ホスファターゼ1、調節(インヒビター)サブユニット14B);PRDX5(ペルオキシレドキシン5);PYGM(ホスホリラーゼ、グリコーゲン;筋肉(McArdle症候群、糖原病タイプV));RAB3IL1(RAB3A相互作用タンパク質(rabin3)様1);RARRES3(レチノイン酸受容体レスポンダー(タザロテン誘導)3);RASGRP2(RASグアニル放出タンパク質2(カルシウムおよびDAG調節された));RCOR2 REST(コリプレッサー2);ROM1(網膜外節膜タンパク質1);RPS6KA4(リボソームタンパク質S6キナーゼ、90kDa、ポリペプチド4 RTN3レチキュロン3);SCGB1A1、1D1、1D2、1D4、2A1、2A1(セクレトグロビン、ファミリーSF1スプライシング因子1);SLC22A10、11、12、6、8、9(溶質輸送体ファミリー22(有機陰イオン/陽イオン輸送体)SLC3A2溶質輸送体ファミリー3(二塩基性および中性アミノ酸輸送のアクチベーター)、メンバー2);STIP1(ストレス誘発性リンタンパク質1(Hsp70/Hsp90構築タンパク質));STX5(シンタキシン5);TAF6L(TAF6様RNAポリメラーゼII、p300/CBP関連因子(PCAF)関連因子、65kDa);TRPT1(tRNAホスホトランスフェラーゼ1);TTC9C(テトラトリコペプチドリピートドメイン9C);TUT1(末端ウリジリルトランスフェラーゼ1、U6 snRNA−特異的URP2UNC−112関連タンパク質2);UST6(推定上のUST1様有機陰イオン輸送体VEGFB血管内皮増殖因子B);WDR74(WDリピートドメイン74);およびZBTB3(亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有3)をコード化するヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー10]。
【請求項16】
癌転帰マーカーが、Chr17、51.5−53.2Mbであり、ならびにAKAP1(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質1);ANKFN1(アンキリン−リピートおよびフィブロネクチンタイプIIIドメイン含有1);C17orf67(第17染色体オープンリーディングフレーム67);COIL(コイリン);DGKE(ジアシルグリセロールキナーゼ、ε64kDa MSI2 musashi相同体2(ドロソフィラ));NOG(ノギン);SCPEP1(セリンカルボキシペプチダーゼ1);およびTRIM25(tripartiteモチーフ含有25)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー11]。
【請求項17】
癌転帰マーカーが、Chr17、43.5−44.9Mbであり、ならびにhsa−mir−10a;hsa−mir−196a−1;ABI3(ABI遺伝子ファミリー、メンバー3);ATP5G1(ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットC1(サブユニット9));B4GALNT2(β−1,4−N−アセチル−ガラクトサミニルトランスフェラーゼ2);CALCOCO2(カルシウム結合およびコイルドコイルドメイン2);CBX1(クロモボックス相同体1(HP1β相同体 ドロソフィラ));GIP(胃抑制ポリペプチド);GNGT2(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ形質導入活性ポリペプチド2);HOXB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13(ホメオボックスB1、2、3、4、5、6、7、8、9、13);IGF2BP1(インスリン様成長因子2mRNA結合タンパク質1);NFE2L1(核因子(赤血球由来2)様1);NGFR(神経成長因子受容体(TNFRスーパーファミリー、メンバー16));PHB(プロヒビチンPHOSPHO1ホスファターゼ、オーファン1);PRAC(核内低分子タンパク質PRAC);SKAP1(srcキナーゼ関連リンタンパク質1);SNF8(SNF8、ESCRT−II複合体サブユニット、相同体(S.セレビシエ));SNX11(ソーティングネキシン11);TTLL6(チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー6);UBE2Z(ユビキチン結合酵素E2Z);およびZNF652(亜鉛フィンガータンパク質652)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー12]。
【請求項18】
癌転帰マーカーが、Chr2、147.6−151.1Mbであり、ならびにACVR2A(アクチビンA受容体、タイプIIA);C2orf25(第2染色体オープンリーディングフレーム25);EPC2(ポリコーム相同体2のエンハンサー(ドロソフィラ));KIF5C(キネシンファミリーメンバー5C);LOC130576(仮定上のタンパク質LOC130576);LYPD6(LY6/PLAURドメイン含有6);MBD5(メチル−CpG結合ドメインタンパク質5);ORC4L(複製開始点認識複合体、サブユニット4様(酵母));RND3(RhoファミリーGTPase3)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー13]。
【請求項19】
癌転帰マーカーが、Chr6、123.7−135.6Mbであり、ならびにhsa−mir−588;AKAP7(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質7);ALDH8A1(アルデヒドデヒドロゲナーゼ8ファミリー、メンバーA1);ARG1(アルギナーゼ、肝臓);ARHGAP18(Rho GTPase活性化タンパク質18);CTGF(結合組織増殖因子ECHDC1エノイルコエンザイムAヒドラターゼドメイン含有1);ENPP1、3(エクトヌクレオチドピロホスファターゼ/ホスホジエステラーゼ1、3);EPB41L2(赤血球膜タンパク質バンド4.1様2);EYA4(eyes absent相同体4(ドロソフィラ));HDDC2(HDドメイン含有2);HEY2(YRPWモチーフ2に関連するhairy/enhancer−of−split);HINT3(ヒスチジントライアドヌクレオチド結合タンパク質3);KIAA1913 KIAA1913 LAMA2(ラミニン、α2(メロシン、先天性筋ジストロフィー));MED23(メディエーター複合体サブユニット23);MOXD1(モノオキシゲナーゼ、DBH様1 MYB v−myb骨髄芽球症ウイルス癌遺伝子相同体(トリ));NCOA7(核内受容体コアクチベーター7);NKAIN2(Na+/K+輸送ATPase相互作用2);OR2A4(嗅覚受容体、ファミリー2、サブファミリーA、メンバー4);PTPRK(プロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、K.RNF146 リングフィンガータンパク質146);RNF217(リングフィンガータンパク質217);RPS12(リボソームタンパク質S12);SAMD3(無菌のαモチーフドメイン含有3);SGK(血清/糖質コルチコイド調節キナーゼ);SLC2A12(溶質輸送体ファミリー2(促進性グルコース輸送体)、メンバー12 STX7シンタキシン7);TAAR1、2、5、6、8、9(痕跡アミン関連受容体1、2、5、6、8、9);TBPL1(TBP様1);TCF21(転写因子21);TPD52L1(腫瘍タンパク質D52様1);TRDN(トリアディンTRMT11 tRNAメチルトランスフェラーゼ11相同体(S.セレビシエ));およびVNN1、2、3(バニン1、2、3)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー14]。
【請求項20】
癌転帰マーカーが、Chr8、6.9−8.8Mbであり、ならびにCLDN23(クローディン23);DEFA5(デフェンシン、α5、パネート細胞特異的);DEFB103B(デフェンシン、β103B);DEFB104A(デフェンシン、β104A);DEFB104B(デフェンシン、β104B);DEFB105B(デフェンシン、β105B);DEFB106A(デフェンシン、β106A);DEFB106B(デフェンシン、β106B);DEFB107A(デフェンシン、β107A);DEFB107B(デフェンシン、β107B);DEFB4(デフェンシン、β4);MFHAS1(悪性線維性組織球腫によって増幅された配列1);PRAGMIN(homolog of rat pragma of Rnd2);SPAG11A(精子関連抗原11A);およびSPAG11B(精子関連抗原11B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー15]。
【請求項21】
癌転帰マーカーが、Chr2、159.9−161.4Mbであり、ならびにBAZ2B(亜鉛フィンガードメイン隣接ブロモドメイン、2B);CD302(CD302分子);ITGB6(インテグリン、β6);LY75(リンパ球抗原75);MARCH7(膜関連リングフィンガー(C3HC4)7);PLA2R1(ホスホリパーゼA2受容体1、180kDa);およびRBMS1(RNA結合モチーフ、一本鎖相互作用タンパク質1)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー16]。
【請求項22】
癌転帰マーカーが、Chr2、200.9−204.2Mbであり、ならびにABI2(abl相互作用物質2);ALS2(筋萎縮性側索硬化症2(若年性));ALS2CR2、4、7、8、11、12、13(筋萎縮性側索硬化症2(若年性)染色体領域、候補2、4、7、8、11、12、13);AOX1(アルデヒドオキシダーゼ1);BMPR2(骨形成タンパク質受容体、タイプII(セリン/トレオニンキナーゼ));BZW1(塩基性ロイシンジッパーおよびW2ドメイン1);CASP10(カスパーゼ10、アポトーシス関連システインペプチダーゼ);CASP8(カスパーゼ8、アポトーシス関連システインペプチダーゼ);CFLAR(CASP8およびFADD様アポトーシス制御因子);CLK1(CDC様キナーゼ1);CYP20A1(チトクロムP450、ファミリー20、サブファミリーA、ポリペプチド1);FAM126B(配列類似性126を有するファミリー、メンバーB);FZD7(frizzled相同体7(ドロソフィラ)ICA1L島細胞自己抗原1,69kDa様);KCTD18(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有18);LOC26010(ウイルスDNAポリメラーゼ−トランス活性化タンパク質6);MPP4(膜タンパク質、パルミトイル化4(MAGUK p55サブファミリーメンバー4);NBEAL1(ニューロビーチン様1);NDUFB3(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1βサブコンプレックス、3、12kDa);NIF3L1(NIF3 NGG1相互作用因子3様1(S.pombe));NOP5/NOP58(核小体タンパク質NOP5/NOP58);ORC2L(複製開始点認識複合体、サブユニット2様(酵母));PPIL3(ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様3);RAPH1(Ras関連(RalGDS/AF−6)およびプレクストリン相同ドメイン1);SGOL2(shugoshin様2(S.pombe));SUMO1(SMT3 suppressor of mif two 3 homolog1(S.セレビシエ));TRAK2(輸送タンパク質、キネシン結合2);およびWDR12(WDリピートドメイン12)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー17]。
【請求項23】
癌転帰マーカーが、Chr6、36.3−36.7Mbであり、ならびにBRPF3(ブロモドメインおよびPHDフィンガー含有、3);DKFZp779B1540(仮定上のタンパク質DKFZp779B1540);ETV7(ets変種遺伝子7(TEL2癌遺伝子));KCTD20(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有20PNPLA1パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有1);PXT1(ペルオキシソーム、精巣特異的1SFRS3スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ3);およびSTK38(セリン/トレオニンキナーゼ38)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー18]。
【請求項24】
癌転帰マーカーが、Chr2、205.9−208.1Mbであり、ならびにADAM23(ADAMメタロペプチダーゼドメイン23);CPO(カルボキシペプチダーゼO);DYTN(ジストロテリン);EEF1B2(真核細胞翻訳伸長因子1β2);FASTKD2(FASTキナーゼドメイン2);FLJ20309(仮定上のタンパク質FLJ20309);GPR1(Gタンパク質共役受容体1);KLF7(Kruppel様因子7(ユビキタス));MDH1B(リンゴ酸デヒドロゲナーゼ1B、NAD(可溶性));NDUFS1(NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質1、75kDa(NADH−コエンザイムQ還元酵素);NRP2ニューロピリン2);PARD3B(par−3分配欠損3相同体B(C.エレガンス(C.elegans));ZDBF2(亜鉛フィンガー、DBFタイプ含有2);およびhCG_1657980(hCG1657980)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー19]。
【請求項25】
癌転帰マーカーが、Chr1、109.5−111.1Mbであり、ならびにhsa−mir−197;AHCYL1(S−アデノシルホモシステイン加水分解酵素様1);ALX3(アリスタレス様ホメオボックス3);AMIGO1(Ig様ドメイン1を有する接着分子);AMPD2(アデノシン一リン酸デアミナーゼ2(アイソフォームL));ATXN7L2(アタキシン7様2);CELSR2(カドヘリン、EGF LAG7回貫通G−タイプ受容体2(フラミンゴ相同体、ドロソフィラ));CSF1(コロニー刺激因子1(マクロファージ));CYB561D1(チトクロムb−561ドメイン含有1);EPS8L3(EPS8様3);FAM40A(配列類似性40を有するファミリー、メンバーA);GNAI3(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α阻害活性ポリペプチド3);GNAT2(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、α形質導入活性ポリペプチド2);GPR61(Gタンパク質共役受容体61);GSTM1、M2、M3、M4、M5(グルタチオンS−トランスフェラーゼM1、M2(筋肉)、M3(脳)、M4、M5);HBXIP(B型肝炎ウイルスx相互作用タンパク質);KCNA2、3、4、10(カリウム電位開口型チャネル、shaker関連サブファミリー、メンバー2、3、4、10);KIAA1324(KIAA1324);MYBPHL(ミオシン結合タンパク質H様);PROK1(プロキネチシン1);PSMA5(プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、5);PSRC1(プロリン/セリン−リッチコイルドコイル1);RBM15(RNA結合モチーフタンパク質15);SARS(セリル−tRNA合成酵素);SLC16A4(溶質輸送体ファミリー16、メンバー4(モノカルボン酸輸送体5));SLC6A17(溶質輸送体ファミリー6、メンバー17);SORT1(ソルチリン1);SYPL2(シナプトフィシン様2);UBL4B(ユビキチン様4B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項4の方法。[マーカー20]。
【請求項26】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、前記コピー数損失が疾患転帰不良に関連する、請求項1から3のいずれかの方法。
【請求項27】
癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項26の方法。
【請求項28】
癌転帰マーカーが、Chr5、62.9−67.8Mbであり、ならびにADAMTS6(トロンボスポンジンタイプ1モチーフを有するADAMメタロペプチダーゼ、6);CD180(CD180分子);CENPK(セントロメアタンパク質K);ERBB2IP(erbb2相互作用タンパク質);FLJ13611(仮定上のタンパク質FLJ13611);HTR1A(5−ヒドロキシトリプタミン(セロトニン)受容体1A);MAST4(微小管関連セリン/トレオニンキナーゼファミリーメンバー4);NLN(神経溶解素(メタロペプチダーゼM3ファミリー));P18SRP(P18SRPタンパク質);PIK3R1(ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α));PPWD1(ペプチジルプロリルイソメラーゼドメインおよびWDリピート含有1);RGS7BP(G−タンパク質シグナル伝達7結合タンパク質の制御因子);RNF180(リングフィンガータンパク質180);SDCCAG10(血清学的に定義された結腸癌抗原10);SFRS12(スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ12);SGTB(低分子量グルタミンリッチテトラトリコペプチドリピート(TPR)含有、β0);およびTRIM23(tripartiteモチーフ含有23)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー1]。
【請求項29】
癌転帰マーカーが、Chr5、53.3−53.8Mbであり、ならびにARL15(ADP−リボシル化因子様15);HSPB3(熱ショック27kDaタンパク質3)およびhsa−miR−581をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー2]。
【請求項30】
癌転帰マーカーが、Chr4、105.8−107.2Mbであり、ならびにFLJ20184(仮定上のタンパク質FLJ20184);GSTCD(グルタチオンS−トランスフェラーゼ、C末端ドメイン含有);INTS12(インテグレーター複合体サブユニット12);KIAA1546(KIAA1546);MGC16169(仮定上のタンパク質MGC16169);NPNT(ネフロネクチン);およびPPA2(ピロホスファターゼ(無機)2)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー3]。
【請求項31】
癌転帰マーカーが、Chr16、45.8−46.3Mbであり、ならびにITFG1(インテグリンαFG−GAPリピート含有1)およびPHKB(ホスホリラーゼキナーゼ、β)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー4]。
【請求項32】
癌転帰マーカーが、Chr5、50.7−52.0Mbであり、ならびにISL1(ISLLIMホメオボックス)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー5]。
【請求項33】
癌転帰マーカーが、Chr5、94.2−96.1Mbであり、ならびにARSK(アリールスルファターゼファミリー、メンバーK);CAST(カルパスタチン);ELL2(伸長因子、RNAポリメラーゼII、2);FAM81B(配列類似性81を有するファミリー、メンバーB);GLRX (グルタレドキシン(チオールトランスフェラーゼ));GPR150(Gタンパク質共役受容体150);KIAA0372(KIAA0372);MCTP1(マルチプルC2ドメイン、膜貫通型1);PCSK1(プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシンタイプ1);RFESD(Rieske(Fe−S)ドメイン含有);RHOBTB3(Rho関連BTBドメイン含有3);SPATA9(精子形成関連9);およびhsa−miR−583をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー6]。
【請求項34】
癌転帰マーカーが、Chr9、36.1−37.0Mbであり、ならびにC9orf19(第9染色体オープンリーディングフレーム19);CCIN(カリシン);CLTA(クラスリン、軽鎖(Lca));GNE(グルコサミン(UDP−N−アセチル)−2−エピメラーゼ/N−アセチルマンノサミンキナーゼ);MELK(母系胚性ロイシンジッパーキナーゼ);PAX5(ペアードボックス5);RECK(カザールモチーフを有する復帰突然変異誘導システインリッチタンパク質);RNF38(リングフィンガータンパク質38)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー7]。
【請求項35】
癌転帰マーカーが、Chr5、94.2−96.1Mbであり、ならびにARSK(アリールスルファターゼファミリー、メンバーK);CAST(カルパスタチン);ELL2(伸長因子、RNAポリメラーゼII、2);FAM81B(配列類似性81を有するファミリー、メンバーB);GLRX(グルタレドキシン(チオールトランスフェラーゼ));GPR150(Gタンパク質共役受容体150);KIAA0372(KIAA0372);MCTP1(マルチプルC2ドメイン、膜貫通型1);PCSK1(プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシンタイプ1);RFESD(Rieske(Fe−S)ドメイン含有);RHOBTB3(Rho関連BTBドメイン含有3);SPATA9(精子形成関連9)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー8]。
【請求項36】
癌転帰マーカーが、Chr14、51.1−52.8Mbであり、ならびにC14orf166(第14染色体オープンリーディングフレーム166);DDHD1(DDHDドメイン含有1);ERO1L(ERO1様(S.セレビシエ));FRMD6(FERMドメイン含有6);GNG2(グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質)、γ2);GNPNAT1(グルコサミン−リン酸N−アセチルトランスフェラーゼ1);GPR137C(Gタンパク質共役受容体137C);NID2(ニドジェン2(オステオニドジェン));PLEKHC1(プレクストリン相同ドメイン含有、ファミリーC(FERMドメインを有する)メンバー1);PSMC6(プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)26Sサブユニット、ATPase、6);PTGDR(プロスタグランジンD2受容体(DP));PTGER2(プロスタグランジンE受容体2(サブタイプEP2)、53kDa);STYX(セリン/トレオニン/チロシン相互作用タンパク質);TXNDC16(チオレドキシンドメイン含有16)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー9]。
【請求項37】
癌転帰マーカーが、Chr14、61.5−68.6Mbであり、ならびにACTN1(アクチニン、α1);AKAP5(Aキナーゼ(PRKA)アンカータンパク質5);ARG2(アルギナーゼ、タイプII);ATP6V1D(ATPase、H+輸送、リソソーム34kDa、V1サブユニットD);C14orf50(第14染色体オープンリーディングフレーム50);C14orf54(第14染色体オープンリーディングフレーム54);C14orf83(第14染色体オープンリーディングフレーム83);CHURC1(チャーチルドメイン含有1);EIF2S1(真核細胞翻訳開始因子2、サブユニット1α、35kDa);ESR2(エストロゲン受容体2(ERβ));FLJ39779(FLJ39779タンパク質);FNTB(ファルネシルトランスフェラーゼ、CAAXボックス、β);FUT8(フコシル基転移酵素8(α(1,6)フコシル基転移酵素));GPHB5(糖タンパク質ホルモンβ5);GPHN(ジェフィリン);GPX2(グルタチオンペルオキシダーゼ2(胃腸));HSPA2(熱ショック70kDaタンパク質2);KCNH5(カリウム電位開口型チャネル、サブファミリーH(eag関連)、メンバー5);MAX MYC(関連因子X);MPP5(膜タンパク質、パルミトイル化5(MAGUK p55サブファミリーメンバー5));MTHFD1(メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ(NADP+依存性)1、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸合成酵素);PIGH(ホスファチジルイノシトールグリカンアンカー生合成、クラスH);PLEK2(プレクストリン2);PLEKHG3(プレクストリン相同ドメイン含有、(RhoGefドメインを有する)ファミリーGメンバー3);PLEKHH1(プレクストリン相同ドメイン含有、(MyTH4ドメインを有する)ファミリーHメンバー1);PPP2R5E(タンパク質ホスファターゼ2、調節サブユニットB’、εアイソフォーム);RAB15(RAB15、メンバーRAS癌遺伝子ファミリー);RAD51L1(RAD51様1(S.セレビシエ));RDH11(レチノールデヒドロゲナーゼ11(全トランス/9−シス/11−シス));RDH12(レチノールデヒドロゲナーゼ12(全トランス/9−シス/11−シス));RHOJ(ras相同体遺伝子ファミリー、メンバーJ);SGPP1(スフィンゴシン−1−リン酸ホスファターゼ1);SPTB(スペクトリン、β、(球状赤血球症、臨床タイプIを含む)赤血球);SYNE2(スペクトリンリピート含有、核包膜2);SYT16(シナプトタグミンXVI);VTI1B(t−SNAREs相同体1B(酵母)との相互作用によるベシクル輸送);WDR22(WDリピートドメイン22);WDR89(WDリピートドメイン89);ZBTB1(亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有1);ZBTB25(亜鉛フィンガーおよびBTBドメイン含有25);ZFP36L1(亜鉛フィンガータンパク質36、C3Hタイプ様1);ZFYVE26(亜鉛フィンガー、FYVEドメイン含有26);およびhsa−miR−625をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー10]
【請求項38】
癌転帰マーカーが、Chr9、28.1Mbであり、ならびにLINGO2(ロイシンリッチリピートおよびIgドメイン含有2)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー11]
【請求項39】
癌転帰マーカーが、Chr4、43.7−44.2Mbであり、ならびにKCTD8(カリウムチャネル四量体化ドメイン含有8)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー12]
【請求項40】
癌転帰マーカーが、Chr5、60.8−62.9Mbであり、ならびにDIMT1L DIM1(ジメチルアデノシントランスフェラーゼ1様(S.セレビシエ));FLJ37543(仮定上のタンパク質FLJ37543);IPO11(インポーチン11);ISCA1L(鉄−硫黄クラスターアセンブリー1相同体(S.セレビシエ)様);KIF2A(キネシン重鎖メンバー2A)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー13]
【請求項41】
癌転帰マーカーが、Chr3、120.0−121.1Mbであり、ならびにADPRH(ADP−リボシルアルギニン加水分解酵素);B4GALT4(UDP−Gal:βGlcNAc β 1,4−ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド4);C3orf1(第3染色体オープンリーディングフレーム1);C3orf15(第3染色体オープンリーディングフレーム15);C3orf30(第3染色体オープンリーディングフレーム30);CD80(CD80分子);CDGAP(Cdc42 GTPase−活性化タンパク質);COX17(COX17チトクロムc酸化酵素アセンブリー相同体(S.セレビシエ));GSK3B(グリコーゲン合成酵素キナーゼ3β);IGSF11(免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー110);KTELC1(KTEL(Lys−Tyr−Glu−Leu)含有1);NR1I2(核内受容体サブファミリー1、グループI、メンバー2);PLA1A(ホスホリパーゼA1メンバーA);POPDC2(ポパイドメイン含有2);TMEM39A(膜貫通型タンパク質39A);およびUPK1B(ウロプラキン1B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー14]
【請求項42】
癌転帰マーカーが、Chr4、46.2−48.0Mbであり、ならびにATP10D(ATPase、クラスV、タイプ10D);CNGA1(環状ヌクレオチド依存性チャネルα1);COMMD8(COMMドメイン含有8);CORIN(コリン、セリンペプチダーゼ);COX7B2(チトクロムc酸化酵素サブユニットVIIb2);GABRA4(γアミノ酪酸(GABA)A受容体、α4);GABRB1(γアミノ酪酸(GABA)A受容体、β1);NFXL1(核転写因子、X−ボックス結合様1);NPAL1(NIPA様ドメイン含有1);TEC(tecタンパク質チロシンキナーゼ);およびTXK(TXKチロシンキナーゼ)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー15]
【請求項43】
癌転帰マーカーが、Chr14、38.9−40.0Mbであり、ならびにFBXO33(F−ボックスタンパク質33)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー16]
【請求項44】
癌転帰マーカーが、Chr4、44.2−44.6Mbであり、ならびにGNPDA2(グルコサミン−6−リン酸デアミナーゼ2);GUF1(GUF1 GTPase相同体(S.セレビシエ));およびYIPF7(Yip1ドメインファミリー、メンバー7)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー17]
【請求項45】
癌転帰マーカーが、Chr2、213.7−214.3Mbであり、ならびにIKZF2(IKAROSファミリー亜鉛フィンガー2(Helios));SPAG16(精子関連抗原16)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー18]
【請求項46】
癌転帰マーカーが、Chr14、43.9−46.6Mbであり、ならびにC14orf106(第14染色体オープンリーディングフレーム106);C14orf155(第14染色体オープンリーディングフレーム155);C14orf28(第14染色体オープンリーディングフレーム28);FANCM(ファンコニー貧血、相補グループM);FKBP3(FK506結合タンパク質3、25kDa);KIAA0423(KIAA0423);KLHL28(kelch様28(ドロソフィラ));MDGA2(MAMドメイン含有グリコシルホスファチジルイノシトールアンカー2);PRPF39(PRP39mRNA前駆体プロセシング因子39相同体(S.セレビシエ));RPL10L(リボソームタンパク質L10様)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー19]
【請求項47】
癌転帰マーカーが、Chr14、27.6−28.6Mbであり、ならびにFOXG1(フォークヘッドボックスG1)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー20]
【請求項48】
癌転帰マーカーが、Chr3、98.0−98.3Mbであり、ならびにEPHA6(EPH受容体A6)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー21]
【請求項49】
癌転帰マーカーが、Chr14、55.2−60.0Mbであり、ならびにACTR10(アクチン関連タンパク質10相同体(S.セレビシエ));ARID4A(ATリッチ相互作用ドメイン4A(RBP1様));C14orf100(第14染色体オープンリーディングフレーム100);C14orf101(第14染色体オープンリーディングフレーム101);C14orf105(第14染色体オープンリーディングフレーム105);C14orf108(第14染色体オープンリーディングフレーム108);C14orf135(第14染色体オープンリーディングフレーム135);C14orf149(第14染色体オープンリーディングフレーム149);C14orf37(第14染色体オープンリーディングフレーム37);C14orf39(第14染色体オープンリーディングフレーム39);DAAM1(dishevelled associated activator of morphogenesis 1);DACT1(ダッパー、β−カテニンのアンタゴニスト、相同体1(ゼノパス・ラエビス(Xenopus laevis));DHRS7(デヒドロゲナーゼ/還元酵素(SDRファミリー)メンバー7);EXOC5(エクソシスト複合体成分5);GPR135(Gタンパク質共役受容体135);KIAA0586(KIAA0586);NAT12(N−アセチルトランスフェラーゼ12);OTX2(オルソデンティクルホメオボックス2);PELI2(ペリノ相同体2 (ドロソフィラ));PPM1A(タンパク質ホスファターゼ1A(以前には2C)、マグネシウム依存性、αアイソフォーム);PSMA3(プロテアソーム(プロソーム、マクロパイン)サブユニット、αタイプ、3);RTN1(レチキュロン1);SLC35F4(溶質輸送体ファミリー35、メンバーF4);TIMM9(ミトコンドリア内膜9相同体のトランスロカーゼ(酵母));UNQ9438(TIMM)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー22]
【請求項50】
癌転帰マーカーが、Chr14、48.7−51.1Mbであり、ならびにABHD12B(アブヒドロラーゼドメイン含有12B);ARF6(ADP−リボシル化因子6);ATP5S(ATPシンターゼ、H+輸送、ミトコンドリアF0複合体、サブユニットs(因子B));C14orf104(第14染色体オープンリーディングフレーム104);C14orf138(第14染色体オープンリーディングフレーム138);CDKL1(サイクリン依存性キナーゼ様1(CDC2関連キナーゼ));FRMD6(FERMドメイン含有6);KLHDC1(kelchドメイン含有1);KLHDC2(kelchドメイン含有2);L2HGDH(L−2−ヒドロキシグルタル酸デヒドロゲナーゼ);LOC196913(仮定上のタンパク質LOC196913);LOC283551(仮定上のタンパク質LOC283551);MAP4K5(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ5);MGAT2(マンノシル(α−1,6−)−糖タンパク質β−1,2−N−アセチルグルコサミン転移酵素);NIN(ニネイン(GSK3B相互作用タンパク質));POLE2(ポリメラーゼ(DNA指向性)、ε2(p59サブユニット));PPIL5(ペプチジルプロリルイソメラーゼ(シクロフィリン)様5);PYGL(ホスホリラーゼ、グリコーゲン;肝臓(ハース病、糖原病タイプVI));RPL36AL(リボソームタンパク質L36a様);RPS29(リボソームタンパク質S29)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー23]
【請求項51】
癌転帰マーカーが、Chr4、81.4−83.2Mbであり、ならびにBMP3(骨形成タンパク質3(骨原性));C4orf22(第4染色体オープンリーディングフレーム22);FGF5(線維芽細胞増殖因子5);PRKG2(プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプII);RASGEF1B(RasGEFドメインファミリー、メンバー1B)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー24]
【請求項52】
癌転帰マーカーが、Chr10、51.9−54.2Mbであり、ならびにACF(apobec−1相補性因子);ASAH2B(N−アシルスフィンゴシンアミドヒドラーゼ(非リソソームセラミダーゼ)2B);CSTF2T(開裂刺激因子、3’RNA前駆体、サブユニット2、64kDa、tau変異体);DKK1(dickkopf相同体1(ゼノパス・ラエビス));MBL2(マンノース結合レクチン(タンパク質C)2、可溶性(オプソニン欠損));PRKG1(プロテインキナーゼ、cGMP依存性、タイプI);SGMS1(スフィンゴミエリンシンターゼ1);hsa−miR−605をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー25]
【請求項53】
癌転帰マーカーが、Chr5、55.2−58.6Mbであり、ならびにANKRD55(アンキリンリピートドメイン55);C5orf29(第5染色体オープンリーディングフレーム29);C5orf35(第5染色体オープンリーディングフレーム35);DKFZp686D0972(RIKEN cDNA 4732495G21遺伝子に類似);GPBP1(GC−リッチプロモーター結合タンパク質10;IL31RA(インターロイキン31受容体A);IL6ST(インターロイキン6シグナルトランスデューサー(gp130、オンコスタチンM受容体));MAP3K1(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ1);MIER3(中胚葉誘導初期応答1、ファミリーメンバー3);PDE4D(ホスホジエステラーゼ4D、cAMP特異的(ホスホジエステラーゼE3dunce相同体、ドロソフィラ));PLK2(ポロ様キナーゼ2(ドロソフィラ));RAB3C RAB3C(メンバーRAS癌遺伝子ファミリー)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー26]
【請求項54】
癌転帰マーカーが、Chr5、67.8−68.5Mbであり、ならびにCCNB1(サイクリンB1)およびSLC30A5(溶質輸送体ファミリー30(亜鉛輸送体)、メンバー5)をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項26の方法。[欠失マーカー27]
【請求項55】
試験サンプルが、組織サンプルを含む、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項56】
組織サンプルが、血液サンプル、腫瘍組織もしくは疑わしい腫瘍組織、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋組織サンプルまたはそのいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルを含む、請求項55の方法。
【請求項57】
組織サンプルが、肺組織サンプルまたは循環腫瘍細胞を含む末梢血サンプルを含む、請求項55の方法。
【請求項58】
決定するステップ(b)が、インサイチューハイブリダイゼーションによって行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項59】
インサイチューハイブリダイゼーションが、蛍光で標識されている核酸プローブで行われる、請求項58の方法。
【請求項60】
インサイチューハイブリダイゼーションが、少なくとも2つの核酸プローブで行われる、請求項58の方法。
【請求項61】
インサイチューハイブリダイゼーションが、ペプチド核酸プローブで行われる、請求項58の方法。
【請求項62】
決定するステップ(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応で行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項63】
決定するステップ(b)が、核酸配列決定アッセイによって行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項64】
決定するステップ(b)が、核酸マイクロアレイアッセイによって行われる、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項65】
肺癌が、非小細胞肺癌である、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項66】
癌が、有棘細胞癌、大細胞癌および腺癌からなる群から選択される、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項67】
患者が、化学療法、放射線、手術またはそのいずれかの組み合わせによる治療を受けている、請求項1から4および26のいずれかの方法。
【請求項68】
肺癌に罹患した患者のための治療を選択する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップであって、化学療法薬剤を有する治療が患者のために少なくとも1種の治療オプションであるステップ;
b)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を決定するステップ;
c)試験サンプル中の癌転帰マーカーのコピー数を2つのベースラインコピー数と比較し、それによって、試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するステップ;および
d)ステップc)における比較に基づいた化学療法治療レジメンを決定するステップ
を含む、方法。
【請求項69】
ステップc)における比較に基づいた治療レジメンを決定することが、コピー数の変化が癌転帰マーカーのために存在するとき、化学療法薬剤を選択するステップおよび化学療法治療の頻度を決定するステップを含む、請求項68の方法。
【請求項70】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が疾患転帰不良に関連する、請求項68の方法。
【請求項71】
癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項70の方法。
【請求項72】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失が、疾患転帰不良に関連する、請求項68の方法。
【請求項73】
癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項72の方法。
【請求項74】
試験サンプルが、組織サンプルを含む、請求項68の方法。
【請求項75】
組織サンプルが、血液サンプル、腫瘍組織もしくは疑わしい腫瘍組織、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋組織サンプルまたはそのいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルを含む、請求項74の方法。
【請求項76】
組織サンプルが、肺組織サンプルまたは循環腫瘍細胞を含む末梢血サンプルを含む、請求項74の方法。
【請求項77】
決定するステップ(b)が、インサイチューハイブリダイゼーションによって行われる、請求項68の方法。
【請求項78】
インサイチューハイブリダイゼーションが、蛍光で標識されている核酸プローブで行われる、請求項77の方法。
【請求項79】
インサイチューハイブリダイゼーションが、少なくとも2つの核酸プローブで行われる、請求項77の方法。
【請求項80】
インサイチューハイブリダイゼーションが、ペプチド核酸プローブで行われる、請求項77の方法。
【請求項81】
決定するステップ(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応で行われる、請求項68の方法。
【請求項82】
決定するステップ(b)が、核酸配列決定アッセイによって行われる、請求項68のいずれかの方法。
【請求項83】
決定するステップ(b)が、核酸マイクロアレイアッセイによって行われる、請求項68の方法。
【請求項84】
肺癌が、非小細胞肺癌である、請求項68の方法。
【請求項85】
癌が、有棘細胞癌、大細胞癌および腺癌からなる群から選択される、請求項68の方法。
【請求項86】
患者が、放射線、または手術またはその組み合わせによる治療も受けている、請求項68の方法。
【請求項87】
治療に抵抗性である肺癌を有するものとして患者を分類する方法であって、
a)患者から得られた試験サンプルを提供するステップ;
b)癌転帰マーカーについてのコピー数を決定するステップ;
c)患者において癌転帰マーカーのコピー数の変化の有無を決定するために、癌転帰マーカーについての2つのベースラインコピー数に対して試験サンプルにおける癌転帰マーカーについてのコピー数を比較するステップ;および
d)癌転帰マーカーのコピー数の変化の存在に基づいて治療に抵抗性である肺癌を有するものとして患者を分類するステップ
を含む、方法。
【請求項88】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が疾患転帰不良に関連する、請求項87の方法。
【請求項89】
癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項88の方法。
【請求項90】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失が、疾患転帰不良に関連する、請求項87の方法。
【請求項91】
癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4−83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項90の方法。
【請求項92】
試験サンプルが、組織サンプルを含む、請求項87の方法。
【請求項93】
組織サンプルが、血液サンプル、腫瘍組織もしくは疑わしい腫瘍組織、薄層細胞学的なサンプル、細針吸引サンプル、肺洗浄サンプル、胸水サンプル、新鮮凍結組織サンプル、パラフィン包埋した組織サンプルまたは末梢血サンプルのいずれかから生成した抽出物もしくは処理済みのサンプルを含む、請求項92の方法。
【請求項94】
組織サンプルが、肺組織サンプルまたは循環腫瘍細胞を含む末梢血サンプルを含む、請求項92の方法。
【請求項95】
決定するステップ(b)が、インサイチューハイブリダイゼーションによって行われる、請求項86の方法。
【請求項96】
インサイチューハイブリダイゼーションが、蛍光で標識されている核酸プローブで行われる、請求項94の方法。
【請求項97】
インサイチューハイブリダイゼーションが、少なくとも2つの核酸プローブで行われる、請求項94の方法。
【請求項98】
インサイチューハイブリダイゼーションが、ペプチド核酸プローブで行われる、請求項94の方法。
【請求項99】
決定するステップ(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応で行われる、請求項87の方法。
【請求項100】
決定するステップ(b)が、核酸配列決定アッセイによって行われる、請求項87の方法。
【請求項101】
決定するステップ(b)が、核酸マイクロアレイアッセイによって行われる、請求項87の方法。
【請求項102】
肺癌が、非小細胞肺癌である、請求項87の方法。
【請求項103】
癌が、有棘細胞癌、大細胞癌および腺癌からなる群から選択される、請求項87の方法。
【請求項104】
患者が、化学療法、放射線、手術またはそのいずれかの組み合わせによる治療を受けている、請求項87の方法。
【請求項105】
a)癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬;および
b)試験を行うための説明書
を含む、キット。
【請求項106】
癌転帰マーカーについてのコピー数の変化の有無を決定するための試薬が、癌転帰マーカーの少なくとも一部にハイブリダイズする検出可能な程度に標識されたポリヌクレオチドを含む、請求項104のキット。
【請求項107】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その増幅が、癌転帰マーカーのコピー数増加をもたらし、前記コピー数増加が疾患転帰不良に関連する、請求項105のキット。
【請求項108】
癌転帰マーカーが、Chr 19、34.7Mb−35.6Mb;Chr 19、38.9−40.7Mb;Chr 17、69.2−71.3Mb;Chr 6、70.8−71.1Mb;Chr 12、93.7kb−1.9Mb;Chr 11、64.3−64.8Mb;Chr 19、57.0−62.2Mb;Chr 6、39.1−39.9Mb;Chr 11、64.8−65.7Mb;Chr 11、61.4−64.3Mb;Chr 17、51.5−53.2Mb;Chr 17、43.5−44.9Mb;Chr 2、147.6−151.1Mb;Chr 6、123.7−135.6Mb;Chr 8、6.9−8.8Mb;Chr 2、159.9−161.4Mb;Chr 2、200.9−204.2Mb;Chr 6、36.3−36.7Mb;Chr 2、205.9−208.1Mb;およびChr 1、109.5−111.1Mbからなる群から選択される、請求項106のキット。
【請求項109】
癌転帰マーカーが、染色体DNAの一領域であり、その欠失が、癌転帰マーカーのコピー数損失をもたらし、コピー数損失が、疾患転帰不良に関連する、請求項105のキット。
【請求項110】
癌転帰マーカーが、Chr 5、62.9−67.8Mb;Chr 5、53.3−53.8Mb;Chr 4、105.8−107.2Mb;Chr 16、45.8−46.3Mb;Chr 5、50.7−52.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr 9、36.1−37.0Mb;Chr 5、94.2−96.1Mb;Chr14、51.1−52.8Mb;Chr 14、61.5−68.6Mb;Chr 9、28.1Mb;Chr 4、43.7−44.2Mb;Chr 5、60.8−62.9Mb;Chr 3、120.0−121.1Mb;Chr 4、46.2−48.0Mb;Chr 14、38.9−40.0Mb;Chr 4、44.2−44.6Mb;Chr 2、213.7−214.3Mb;Chr14、43.9−46.6Mb;Chr 14、27.6−28.6Mb;Chr 3、98.0−98.3Mb;Chr14、55.2−60.0Mb;Chr14、48.7−51.1Mb;Chr 4、81.4 83.2Mb;Chr 10、51.9−54.2Mb;Chr 5、55.2−58.6Mb;およびChr 5、67.8−68.5Mbからなる群から選択される、請求項108のキット。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33】
【図34】
【図35】
【図36】
【図37】
【図38】
【図39】
【図40】
【図41】
【図42】
【図43】
【図44】
【図45】
【図46】
【図47】
【図48】
【図49】
【図50】
【図51】
【図52】
【図53】
【図54】
【図55】
【図56】
【図57】
【図58】
【図59】
【図60】
【図61】
【図62】
【図63】
【図64】
【図65】
【図66】
【図67】
【図68】
【図69】
【図70】
【図71】
【図72】
【図73】
【図74】
【図75】
【図76】
【図77】
【図78】
【図79】
【図80】
【図81】
【図82】
【図83】
【図84】
【図85】
【図86】
【図87】
【図88】
【図89】
【図90】
【図91】
【図92】
【図93】
【図94】
【図95】
【図96】
【図97】
【図98】
【図99】
【図100】
【図101】
【図102】
【図103】
【図104】
【図105】
【図106】
【図107】
【図108】
【図109】
【図110】
【図111】
【図112】
【図113】
【図114】
【図115】
【図116】
【図117】
【図118】
【図119】
【図120】
【図121】
【図122】
【図123】
【図124】
【図125】
【図126】
【図127】
【図128】
【図129】
【図130】
【図131】
【図132】
【図133】
【図134】
【図135】
【図136】
【図137】
【図138】
【図139】
【図140】
【図141】
【図142】
【図143】
【図144】
【図145】
【図146】
【図147】
【図148】
【図149】
【図150】
【図151】
【図152】
【図153】
【図154】
【図155】
【図156】
【図157】
【図158】
【図159】
【図160】
【図161】
【図162】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33】
【図34】
【図35】
【図36】
【図37】
【図38】
【図39】
【図40】
【図41】
【図42】
【図43】
【図44】
【図45】
【図46】
【図47】
【図48】
【図49】
【図50】
【図51】
【図52】
【図53】
【図54】
【図55】
【図56】
【図57】
【図58】
【図59】
【図60】
【図61】
【図62】
【図63】
【図64】
【図65】
【図66】
【図67】
【図68】
【図69】
【図70】
【図71】
【図72】
【図73】
【図74】
【図75】
【図76】
【図77】
【図78】
【図79】
【図80】
【図81】
【図82】
【図83】
【図84】
【図85】
【図86】
【図87】
【図88】
【図89】
【図90】
【図91】
【図92】
【図93】
【図94】
【図95】
【図96】
【図97】
【図98】
【図99】
【図100】
【図101】
【図102】
【図103】
【図104】
【図105】
【図106】
【図107】
【図108】
【図109】
【図110】
【図111】
【図112】
【図113】
【図114】
【図115】
【図116】
【図117】
【図118】
【図119】
【図120】
【図121】
【図122】
【図123】
【図124】
【図125】
【図126】
【図127】
【図128】
【図129】
【図130】
【図131】
【図132】
【図133】
【図134】
【図135】
【図136】
【図137】
【図138】
【図139】
【図140】
【図141】
【図142】
【図143】
【図144】
【図145】
【図146】
【図147】
【図148】
【図149】
【図150】
【図151】
【図152】
【図153】
【図154】
【図155】
【図156】
【図157】
【図158】
【図159】
【図160】
【図161】
【図162】
【公表番号】特表2013−507987(P2013−507987A)
【公表日】平成25年3月7日(2013.3.7)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2012−536914(P2012−536914)
【出願日】平成22年10月25日(2010.10.25)
【国際出願番号】PCT/US2010/053893
【国際公開番号】WO2011/056489
【国際公開日】平成23年5月12日(2011.5.12)
【出願人】(391008788)アボット・ラボラトリーズ (650)
【氏名又は名称原語表記】ABBOTT LABORATORIES
【Fターム(参考)】
【公表日】平成25年3月7日(2013.3.7)
【国際特許分類】
【出願日】平成22年10月25日(2010.10.25)
【国際出願番号】PCT/US2010/053893
【国際公開番号】WO2011/056489
【国際公開日】平成23年5月12日(2011.5.12)
【出願人】(391008788)アボット・ラボラトリーズ (650)
【氏名又は名称原語表記】ABBOTT LABORATORIES
【Fターム(参考)】
[ Back to top ]