RNA干渉において使用するための修飾ポリヌクレオチド
血清含有培地での使用および生体内(in vivo)適用(例えば、治療上の適用)に適した多種多様な安定化siRNAを含むRNA干渉を実施するための方法および組成物を提供。遺伝子サイレンシングで被った的はずれの効果を減少する他に類のない修飾が施されたsiRNAが開発された。このような修飾として、最初の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドのリン酸化、第1および第1または第1、第2、もしくは第3の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの2’炭素修飾、ならびに任意に第1および第1または第1、第2、もしくは第3の5’末端センス・ヌクレオチドの2’炭素修飾が挙げられる。制御およびエクサエクオ(exaequo)分子も提供。特異的安定性修飾を持つ関連の制御、トラックアビリティ、およびエクサエクオ剤を開発した。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
RNA干渉を実施する方法であって、siRNAを標的核酸にさらすことを含み、前記siRNAはセンス鎖とアンチセンス鎖とから構成され、さらに前記センス鎖は実質的に非機能的である、RNA干渉実施方法。
【請求項2】
前記センス鎖が少なくとも1つの2’−O−アルキル修飾を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記センス鎖が少なくとも1つのシトシン含有ヌクレオチド塩基またはウラシル含有ヌクレオチド塩基を含み、前記少なくとも1つのシトシン含有ヌクレオチド塩基またはウラシル含有ヌクレオチド塩基が2’−O−メチル修飾を有する、請求項2に記載の方法。
【請求項4】
前記2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチル修飾である、請求項2に記載の方法。
【請求項5】
前記少なくとも1つの2’−O−メチル修飾が、第1、第2、第18、および/または第19のヌクレオチド塩基上にある、請求項4に記載の方法。
【請求項6】
前記センス鎖が、さらに5’コンジュゲートを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項7】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項6に記載の方法。
【請求項8】
前記センス鎖が3’末端にキャップを有する、請求項1に記載の方法。
【請求項9】
前記キャップが、逆位のデオキシチミジンまたは2つの連続した2’−O−メチル修飾ヌクレオチドである、請求項8に記載の方法。
【請求項10】
前記アンチセンス鎖が少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項11】
前記少なくとも1つの修飾ヌクレオチドが2’−ハロゲン修飾ヌクレオチドである、請求項10に記載の方法。
【請求項12】
前記2’−ハロゲン修飾ヌクレオチドが2’−フッ素修飾ヌクレオチドである、請求項11に記載の方法。
【請求項13】
前記センス鎖が1つ以上のシトシン含有ヌクレオチド塩基および/またはウラシル含有ヌクレオチド塩基を含み、前記1つ以上のシトシン含有ヌクレオチド塩基および/またはウラシル含有ヌクレオチド塩基の各々が、2’−フッ素修飾されている、請求項1に記載の方法。
【請求項14】
RNA干渉を実施する方法であって、siRNAを標的核酸にさらすことを含み、前記siRNAは、
(a)コンジュゲートと、
(b)少なくとも1つの2’−O−アルキル修飾を含み、実質的に非機能的であるセンス鎖と、
(c)少なくとも1つの2’−フッ素修飾を含むアンチセンス鎖と、
を含み、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が18〜30塩基対の二重鎖を形成する、RNA干渉実施方法。
【請求項15】
前記少なくとも1つの2’−O−アルキル修飾が、第1、第2、第18、および/または第19のヌクレオチド塩基上にある、請求項14に記載の方法。
【請求項16】
前記コンジュゲートが5’コンジュゲートである、請求項14に記載の方法。
【請求項17】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項14に記載の方法。
【請求項18】
前記センス鎖が、さらに3’末端にキャップを有する、請求項14に記載の方法。
【請求項19】
前記キャップが、逆位のデオキシチミジンまたは2つの連続した2’−O−メチル修飾ヌクレオチドである、請求項18に記載の方法。
【請求項20】
RNA干渉を実施する方法であって、siRNAを標的核酸にさらすことを含み、前記siRNAはセンス鎖とアンチセンス鎖とから構成され、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つのオルトエステル修飾ヌクレオチドを含む、RNA干渉実施方法。
【請求項21】
前記少なくとも1つのオルトエステル修飾ヌクレオチドが、前記センス鎖上に位置している、請求項20に記載の方法。
【請求項22】
前記アンチセンス鎖が、2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも1つのヌクレオチドを含む、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
前記アンチセンス鎖が、少なくとも1つの2’ハロゲン修飾ヌクレオチドを含み、前記ハロゲンがフッ素である、請求項22に記載の方法。
【請求項24】
前記siRNAが、さらにコンジュゲートを含む、請求項21に記載の方法。
【請求項25】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭化水素、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項24に記載の方法。
【請求項26】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項24に記載の方法。
【請求項27】
前記コンジュゲートがポリエチレングリコールである、請求項24に記載の方法。
【請求項28】
前記siRNAが18〜30ヌクレオチド塩基対を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項29】
前記siRNAが19ヌクレオチド塩基対を含む、請求鋼28に記載の方法。
【請求項30】
前記siRNAが、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なく1つ上に、少なくとも1つのヌクレオチド・ユニットのオーバーハングを有する、請求項20に記載の方法。
【請求項31】
siRNAの少なくとも1本の鎖が、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項32】
前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート結合とホスホロジチオエート結合とからなる群から選択される、請求項31に記載の方法。
【請求項33】
前記siRNAの少なくとも一方の鎖が、ポリリボヌクレオチドである、請求項20に記載の方法。
【請求項34】
RNA干渉を実施する方法であって、siRNAを標的核酸にさらすことを含み、前記siRNAが、
(a)センス鎖と、
(b)アンチセンス鎖と、
(c)コンジュゲートと、
から構成され、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、
2’修飾ヌクレオチドを含む、RNA干渉実施方法。
【請求項35】
siRNAであって、
(a)少なくとも1つのオルトエステル修飾ヌクレオチドから構成されるポリヌクレオチドを含むセンス鎖と、
(b)少なくとも1つの2’修飾ヌクレオチドから構成されるポリヌクレオチドを含むアンチセンス鎖と、
を含む、siRNA。
【請求項36】
前記アンチセンス鎖が、2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも1つのヌクレオチドを含む、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項37】
前記2’修飾ヌクレオチドが2’ハロゲン修飾ヌクレオチドであり、前記ハロゲンがフッ素である、請求項36に記載のsiRNA。
【請求項38】
さらにコンジュゲートを含む、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項39】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項38に記載のsiRNA。
【請求項40】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項38に記載のsiRNA。
【請求項41】
前記コンジュゲートがポリエチレングリコールである、請求項38に記載のsiRNA。
【請求項42】
前記siRNAが18〜30ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項43】
前記siRNAが19ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項42に記載のsiRNA。
【請求項44】
さらに、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つの上に、少なくとも1つのヌクレオチド・ユニットのオーバーハングを有する、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項45】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項46】
前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート結合とホスホロジチオエート結合とからなる群から選択される、請求項45に記載のsiRNA。
【請求項47】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、ポリリボヌクレオチドである、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項48】
siRNAであって、
(a)少なくとも1つのオルトエステル修飾ヌクレオチドから構成されるポリヌクレオチドを含むセンス鎖と、
(b)少なくとも1つの2’修飾ヌクレオチドから構成されるポリヌクレオチドを含むアンチセンス鎖と、
(c)コンジュゲートと、
を含む、siRNA。
【請求項49】
前記コンジュゲートが前記センス鎖上に位置している、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項50】
前記コンジュゲートが前記アンチセンス鎖上に位置している、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項51】
前記アンチセンス鎖が、2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも1つのヌクレオチドを含む、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項52】
前記センス鎖が2’ハロゲン修飾ヌクレオチドから構成され、前記ハロゲンがフッ素である、請求項51に記載のsiRNA。
【請求項53】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項54】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項55】
前記コンジュゲートがポリエチレングリコールである、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項56】
前記siRNAが18〜30ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項57】
前記siRNAが19ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項56に記載のsiRNA。
【請求項58】
さらに、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つ上に、少なくとも1つのヌクレオチド・ユニットのオーバーハングを有する、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項59】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項60】
前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート結合とホスホロジチオエート結合とからなる群から選択される、請求項59に記載のsiRNA。
【請求項61】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、ポリリボヌクレオチドである、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項62】
siRNAであって、
(a)少なくとも1つのオルトエステル修飾ヌクレオチドから構成されるセンス鎖と、
(b)アンチセンス鎖と、
(c)コンジュゲートと、
を含む、siRNA。
【請求項63】
前記コンジュゲートが前記センス鎖上に位置している、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項64】
前記 が前記アンチセンス鎖上に位置している、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項65】
前記アンチセンス鎖が、2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも1つのヌクレオチドを含む、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項66】
前記アンチセンス鎖が、2’ハロゲン修飾ヌクレオチドから構成され、前記ハロゲンがフッ素である、請求項65に記載のsiRNA。
【請求項67】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項68】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項69】
前記コンジュゲートがポリエチレングリコールである、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項70】
前記siRNAが18〜30ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項71】
前記siRNAが19ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項70に記載のsiRNA。
【請求項72】
さらに、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なく1つ上に、少なくとも1つのヌクレオチド・ユニットのオーバーハングを有する、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項73】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項74】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、ポリリボヌクレオチドである、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項75】
siRNAであって、
(a)センス鎖と、
(b)アンチセンス鎖と、
(c)コンジュゲートと、
を含み、前記センス鎖および/またはアンチセンス鎖が少なくとも1つの2’修飾ヌクレオチドを含む、siRNA。
【請求項76】
前記2’修飾ヌクレオチドが、2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項77】
前記2’修飾ヌクレオチドが2’ハロゲン修飾ヌクレオチドであり、前記ハロゲンがフッ素である、請求項76に記載のsiRNA。
【請求項78】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項79】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項80】
前記コンジュゲートがポリエチレングリコールである、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項81】
前記siRNAが18〜30ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項82】
前記siRNAが19ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項83】
さらに、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なく1つ上に、少なくとも1つのヌクレオチド・ユニットのオーバーハングを有する、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項84】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項85】
前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート結合とホスホロジチオエート結合とからなる群から選択される、請求項84に記載のsiRNA。
【請求項86】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、ポリリボヌクレオチドである、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項87】
siRNAであって、
(a)少なくとも1つの2’オルトエステル修飾ヌクレオチドから構成されるセンス鎖と、
(b)2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも1つの2’修飾ヌクレオチドから構成されるアンチセンス鎖と、
(c)アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるコンジュゲートと、
を含み、前記ポリヌクレオチドが18個と30個との間のヌクレオチド塩基対を含む、siRNA。
【請求項88】
組成物であって、
【化1】
を含み、
B1とB2の各々は、窒素含有塩基、複素環、または炭素環式化合物であり、
Xは、O、S、C、およびNからなる群から選択され、
Wは、OH、リン酸塩、リン酸エステル、リン酸ジエステル、リン酸トリエステル、修飾ヌクレオチド間連結、コンジュゲート、ヌクレオチド、およびポリヌクレオチドからなる群から選択され、
R1は、オルトエステルであり、
R2は、2’−O−アルキル基、アルキル基、およびアミン、さらにハロゲンからなる群から選択され、ならびに
Yは、ヌクレオチドまたはポリヌクレオチドである、組成物。
【請求項89】
siRNAであって、
(a)センス鎖であって、
(i)第1の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第2の5’末端センス・ヌクレオチド、ならびに
(ii)前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドとも前記第2の5’末端センス・ヌクレオチドとも異なるヌクレオチドである少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチド、
から構成されるセンス鎖と、
(b)アンチセンス鎖であって、
(i)少なくとも1つの2’ハロゲン修飾ピリミジン・ヌクレオチド、ならびに
(ii)5’炭素位がリン酸化された第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチド、
から構成されるアンチセンス鎖と、
から構成され、
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、18塩基対と30塩基対との間の二重鎖を形成することができる、siRNA。
【請求項90】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、19塩基対と25塩基対との間の二重鎖を形成することができる、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項91】
さらに標識を含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項92】
前記標識が、前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドに付着している、請求項91に記載のsiRNA。
【請求項93】
前記標識が蛍光色素である、請求項92に記載のsiRNA。
【請求項94】
前記センス鎖上の全てのピリミジンが、2’−O−アルキル修飾を含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項95】
前記アンチセンス鎖上の全てのピリミジンが、2’−フッ素修飾を含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項96】
前記第1の2’−O−アルキル・センス修飾、前記第2の2’−O−アルキル・センス修飾、および前記少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチドの各々が2’−O−メチルを含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項97】
前記ハロゲンがフッ素である、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項98】
前記第1の2’−O−アルキル・センス修飾が2’−O−メチルであり、前記第2の2’−O−アルキル・センス修飾が2’−O−メチルであり、前記少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチドが2’−O−メチルを含み、前記ハロゲンがフッ素であり、ならびに前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドがさらに蛍光色素を含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項99】
さらに、少なくとも1つのホスホロチオエートを含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項100】
さらに、少なくとも1つのメチルホスホネートを含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項101】
siRNAであって、
(a)センス鎖であって、
(i)第1の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第2の5’末端センス・ヌクレオチド、ならびに
(ii)前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドとも前記第2の5’末端センス・ヌクレオチドとも異なるヌクレオチドである少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチド、
から構成されるセンス鎖と、
(b)アンチセンス鎖であって、
(i)第1の2’−O−アルキル・アンチセンス修飾を含む第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドおよび第2の2’−O−アルキル・アンチセンス修飾を含む第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチド、ならびに
(ii)前記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとも前記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとも異なるヌクレオチドである少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾アンチセンス・ヌクレオチド、
から構成されるアンチセンス鎖と、
から構成され、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、16塩基対と28塩基対との間の二重鎖を形成することができる、siRNA。
【請求項102】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、19〜28塩基対の二重鎖を形成することができる、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項103】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、19〜25塩基対の二重鎖を形成することができる、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項104】
前記センス鎖上の全てのピリミジンが2’−O−アルキル修飾を含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項105】
前記アンチセンス鎖上の全てのピリミジンが2’−O−アルキル修飾を含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項106】
前記第1の2’−O−アルキル・センス修飾、前記第2の2’−O−アルキル・センス修飾、前記第1の2’−O−アルキル・アンチセンス修飾、前記第2の2’−O−アルキル・アンチセンス修飾、前記少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチド、および前記少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾アンチセンス・ヌクレオチドの各々が、2’−O−メチルを含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項107】
さらに標識を含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項108】
前記標識が、前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドに付着している、請求項107に記載のsiRNA。
【請求項109】
前記標識が蛍光色素である、請求項107に記載のsiRNA。
【請求項110】
さらに、少なくとも1つのホスホロチオエートを含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項111】
さらに、少なくとも1つのメチルホスホネートを含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項112】
遺伝子サイレンシングの方法であって、標的遺伝子を発現している、または該標的遺伝子を発現することができる細胞内へ、請求項89のsiRNAを導入することを含む、遺伝子サイレンシング方法。
【請求項113】
コントロール試薬を用いることを含む遺伝子サイレンシングを実施する方法であって、
請求項101のsiRNAであるコントロール試薬を用いるステップと、
標的遺伝子を発現している、または該標的遺伝子を発現することができる細胞内へ、前記コントロール試薬を導入するステップと、
を含む、遺伝子サイレンシング実施方法。
【請求項114】
siRNAであって、
(a)第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、該第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位がリン酸化されたアンチセンス鎖と、
(b)第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成されるセンス鎖と、
を含む、siRNA。
【請求項115】
前記第1の2’炭素センス修飾および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾である、請求項114に記載のsiRNA。
【請求項116】
さらに、第3の5’末端センス・ヌクレオチドを含み、前記第3の5’末端センス・ヌクレオチドが2’−O−アルキル修飾を含む、請求項115に記載のsiRNA。
【請求項117】
前記2’−O−アルキル修飾の少なくとも1つが、2’−O−メチル修飾である、請求項115に記載のsiRNA。
【請求項118】
前記2’−O−アルキル修飾の各々が、2’−O−メチル修飾である、請求項115に記載のsiRNA。
【請求項119】
前記siRNAが18と30との間の塩基対から構成される、請求項115に記載のsiRNA。
【請求項120】
前記siRNAが19と25との間の塩基対から構成される、請求項119に記載のsiRNA。
【請求項121】
前記アンチセンス鎖および前記センス鎖が実質的に相補的であり、オーバーハングを含まない二重鎖を形成する、請求項119に記載のsiRNA。
【請求項122】
RNAi中のオフ・ターゲット効果を減少させる方法であって、siRNAを標的核酸にさらすことを含み、前記siRNAがアンチセンス鎖およびセンス鎖を含み、
(a)前記センス鎖が、第1の2’炭素修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドと第2の2’炭素修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドとから構成され、ならびに
(b)前記アンチセンス鎖が、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、該第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位がリン酸化されている、オフ・ターゲット効果減少方法。
【請求項123】
前記第1の2’炭素センス修飾および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾である、請求項122に記載の方法。
【請求項124】
さらに、2’−O−アルキル修飾を有する第3の5’末端センス・ヌクレオチドを含む、請求項123に記載の方法。
【請求項125】
前記2’−O−アルキル修飾の少なくとも1つが、2’−O−メチル修飾である、請求項123に記載の方法。
【請求項126】
前記2’−O−アルキル修飾の各々が、2’−O−メチル修飾である、請求項123に記載の方法。
【請求項127】
前記siRNAが18と30との間の塩基対から構成される、請求項122に記載の方法。
【請求項128】
前記siRNAが19と25との間の塩基対から構成される、請求項127に記載のsiRNA。
【請求項129】
前記アンチセンス鎖および前記センス鎖が実質的に相補的であり、オーバーハングを含まない二重鎖を形成する、請求項127に記載の方法。
【請求項130】
ヘアピンを形成することができる単分子のsiRNAであって、
(a)5’炭素位でリン酸化された第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成されるアンチセンス領域と、
(b)第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成されるセンス領域と、
(c)前記センス領域と前記アンチセンス領域との間に位置したループ領域と、
を含む、siRNA。
【請求項131】
前記第1の2’炭素センス修飾および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾である、請求項130のsiRNA。
【請求項132】
さらに、2’−O−アルキル修飾を含む第3の5’末端センス・ヌクレオチドを含む、請求項130に記載のsiRNA。
【請求項133】
前記2’−O−アルキル修飾の少なくとも1つが、2’−O−メチル修飾である、請求項131に記載のsiRNA。
【請求項134】
前記2’−O−アルキル修飾の各々が、2’−O−メチル修飾である、請求項131に記載のsiRNA。
【請求項135】
前記siRNAが、18と30との間の塩基対から構成される、請求項130に記載のsiRNA。
【請求項136】
前記siRNAが、19と25との間の塩基対から構成される、請求項135に記載のsiRNA。
【請求項137】
RNAi中のオフ・ターゲット効果を減少させる方法であって、
標的核酸に対して、ヘアピンを形成することができる単分子のsiRNAをさらすことを含み、前記単分子のsiRNAは、アンチセンス領域とセンス領域とを含み、
(a)前記センス領域は、第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドと第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドとから構成され、
(b)前記アンチセンス領域は、5’炭素位がリン酸化された第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、さらに、
(c)前記センス領域と前記アンチセンス領域との間に位置したループ領域を含む、オフ・ターゲット効果減少方法。
【請求項138】
前記第1の2’炭素センス修飾および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾である、請求項137に記載の方法。
【請求項139】
さらに、2’−O−アルキル修飾を有する第3の5’末端センス・ヌクレオチドを含む、請求項138に記載の方法。
【請求項140】
前記2’−O−アルキル修飾の少なくとも1つが2’−O−メチル修飾である、請求項138に記載の方法。
【請求項141】
前記2’−O−アルキル修飾の各々が2’−O−メチル修飾である、請求項138に記載の方法。
【請求項142】
前記siRNAが18と30との間の塩基対から構成される、請求項137に記載の方法。
【請求項143】
さらに、第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドを含み、前記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがさらに第1の2’炭素末端アンチセンス修飾を含み、前記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドは第2の2’炭素末端アンチセンス修飾を含む、請求項114に記載のsiRNA。
【請求項144】
さらに、第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドを含み、前記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがさらに第1の2’炭素末端アンチセンス修飾を含み、前記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドは第2の2’炭素末端アンチセンス修飾を含む、請求項130に記載の単分子のsiRNA。
【請求項145】
RNAi中に誘導されたオフ・ターゲット効果を減少させる方法であって、請求項114または143のいずれか1項の前記siRNAを細胞に導入することを含む、オフ・ターゲット効果減少方法。
【請求項146】
RNAi中のオフ・ターゲット効果を減少させる方法であって、請求項144のsiRNAを細胞に導入することを含む、オフ・ターゲット効果減少方法。
【請求項147】
siRNAであって、
(a)第1の2’炭素アンチセンス修飾を有する第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドと第2の2’炭素アンチセンス修飾を有する第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとから構成されるアンチセンス鎖と、
(b)第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドと第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドとから構成されるセンス鎖と、
を含む、siRNA。
【請求項148】
前記センス鎖と前記アンチセンス鎖とが16〜28塩基対の二重鎖を形成する、請求項147に記載のsiRNA。
【請求項149】
前記センス鎖と前記アンチセンス鎖とが18〜25塩基対の二重鎖を形成する、請求項148に記載のsiRNA。
【請求項150】
前記第1の2’炭素アンチセンス修飾、前記第2の2’炭素アンチセンス修飾、前記第1の2’炭素センス修飾、および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾を含む、請求項148に記載のsiRNA。
【請求項151】
前記2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチルである、請求項150に記載のsiRNA。
【請求項152】
さらに標識を含む、請求項150に記載のsiRNA。
【請求項153】
ヘアピンを形成することができる単分子のsiRNAであって、
(a)第1の2’炭素アンチセンス修飾を有する第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドと第2の2’炭素アンチセンス修飾を有する第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとから構成されるアンチセンス領域と、
(b)第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドと第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドとから構成されるセンス領域と、
(c)前記センス領域と前記アンチセンス領域との間に位置するループ領域と、
を含む、siRNA。
【請求項154】
前記センス領域および前記アンチセンス領域が、16〜28塩基対の二重鎖を形成する、請求項153に記載のsiRNA。
【請求項155】
前記センス領域および前記アンチセンス領域が、18〜25塩基対の二重鎖を形成する、請求項154に記載のsiRNA。
【請求項156】
前記第1の2’炭素アンチセンス修飾、前記第2の2’炭素アンチセンス修飾、前記第1の2’炭素センス修飾、および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾を含む、請求項154に記載のsiRNA。
【請求項157】
前記2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチルである、請求項156に記載のsiRNA。
【請求項158】
さらに標識を含む、請求項156に記載のsiRNA。
【請求項159】
siRNAであって、センス鎖とアンチセンス鎖とを含み、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の各々が少なくとも1つのオルトエステル修飾を2’位に有する、siRNA。
【請求項160】
siRNAであって、センス鎖とアンチセンス鎖とを含み、前記アンチセンス鎖が少なくとも1つのオルトエステル修飾ならびに/または2’−ハロゲン修飾、2’−アルキル修飾、2’−O−アルキル修飾、2’−アミン修飾、および2’−デオキシ修飾からなる群から選択される少なくとも1つの修飾を有する、siRNA。
【請求項161】
siRNAであって、センス鎖とアンチセンス鎖とを含み、前記センス鎖および/または前記アンチセンス鎖が少なくとも1つのオルトエステル修飾を含み、そして前記センス鎖および/または前記アンチセンス鎖が2’−ハロゲン修飾、2’−アルキル修飾、2’−O−アルキル修飾、2’−アミン修飾、および2’−デオキシ修飾からなる群から選択される少なくとも1つの2’修飾を含む、siRNA。
【請求項162】
siRNAであって、
(a)第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドと第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドとから構成されるセンス鎖と、
(b)第1の2’炭素アンチセンス修飾を有する第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドと第2の2’炭素アンチセンス修飾を有する第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとから構成されるアンチセンス鎖と、
を含む、siRNA。
【請求項163】
siRNAであって、センス鎖とアンチセンス鎖とを含み、前記アンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−オルトエステル修飾を有し、前記アンチセンス鎖がさらに、2‘−オルトエステル修飾、2’−アルキル修飾、2’−ハロゲン修飾、2’−O−アルキル修飾、2’−アミン修飾、および2’−デオキシ修飾からなる群から選択される1つ以上の修飾によって修飾され、前記2’−アルキル修飾、前記2’−O−メチル修飾、および前記2’−ハロゲン修飾が前記アンチセンス鎖の1つ以上のピリミジンにおいてであり、前記siRNAがさらに3’キャップを含む、siRNA。
【請求項164】
前記2’炭素修飾が2’−O−アルキル修飾である、請求項162に記載のsiRNA。
【請求項165】
前記2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチル修飾である、請求項164に記載のsiRNA。
【請求項166】
前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび/または前記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがさらに、5’ブロック基によって修飾されている、請求項162に記載のsiRNA。
【請求項167】
前記5’ブロック基が、5’−メチル修飾、5’−O−メチル修飾、および5’−アジド修飾からなる群から選択される、請求項166に記載のsiRNA。
【請求項168】
前記5’末端センス・ヌクレオチドならびに/または前記5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの前記第1および第2の2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチル修飾であり、そして前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび/または第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがさらに5’ブロック基を含む、請求項101〜111のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項169】
前記5’ブロック基が、5’−メチル修飾、5’−O−メチル修飾、または5’アジド修飾からなる群から選択される、請求項168に記載のsiRNA。
【請求項170】
さらに3’キャップを含む、請求項35〜111、114〜121、130〜136、143〜144、および147〜162のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項171】
前記3’キャップが逆位のデオキシチミジンである、請求項170のsiRNA。
【請求項172】
さらに、2’−デオキシ修飾および/またはメチルホスホネート・ヌクレオチド間連結の少なくとも1つを含む、請求項35〜111、114〜121、130〜136、143〜144、および147〜161のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項173】
さらに、2’−アルキル修飾、2’−O−アルキル修飾、および2’−ハロゲン修飾からなる群から選択される修飾を、1つ以上のピリミジンにおいて含む、請求項35〜111、114〜121、130〜136、143〜144、および147〜161のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項174】
前記2’−アルキル修飾が2’−メチル修飾である、請求項175に記載のsiRNA。
【請求項175】
前記2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチル修飾である、請求項175に記載のsiRNA。
【請求項176】
前記2’−ハロゲン修飾が2’−フッ素修飾である、請求項175に記載のsiRNA。
【請求項177】
さらに、コンジュゲートを含む、請求項87〜111、114〜121、130〜136、143〜144、および147〜178のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項178】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項179に記載のsiRNA。
【請求項179】
前記コンジュゲートがコレステロールまたはPEGを含む、請求項179に記載のsiRNA。
【請求項180】
前記コンジュゲートがさらに標識を含む、請求項179に記載のsiRNA。
【請求項181】
前記標識が蛍光標識である、請求項182に記載のsiRNA。
【請求項182】
前記蛍光標識が、TAMRA、BODIPY、Cy3、Cy5、フルオロセイン、およびDabsylからなる群から選択される、請求項183に記載のsiRNA。
【請求項183】
前記コンジュゲートがさらに標識を含む、請求項38〜41および48〜86のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項184】
前記標識が蛍光標識である、請求項185に記載のsiRNA。
【請求項185】
前記蛍光標識が、TAMRA、BODIPY、Cy3、Cy5、フルオロセイン、およびDabsylからなる群から選択される、請求項186に記載のsiRNA。
【請求項186】
前記2’−アルキル修飾ヌクレオチドが2’−メチル修飾ヌクレオチドである、請求項36、51、65、76、87、および88のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項187】
前記2’−O−アルキル修飾ヌクレオチドが2’−O−メチル修飾ヌクレオチドである、請求項36、51、65、76、87、および88のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項188】
前記2’−アミン修飾ヌクレオチドが2’−NH2修飾ヌクレオチドである、請求項36、51、65、76、87、および88のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項189】
前記2’−ハロゲン修飾ヌクレオチドが2’−フッ素修飾ヌクレオチドである、請求項87および88のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項190】
前記修飾ヌクレオチド間連結がメチルホスホネートである、請求項45、59、73、84、および88のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項191】
さらに、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項192】
前記少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、メチルホスホネート結合、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項193に記載のsiRNA。
【請求項193】
さらに、少なくとも1つの2’−オルトエステル修飾を含む、88〜111、114〜121、130〜136、147〜158、および162のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項194】
前記2’−オルトエステル修飾が2’−ビス(ヒドロキエチル)オルトエステル修飾である、請求項195に記載のsiRNA。
【請求項195】
前記2’オルトエステル修飾が2’−ビス(ヒドロキシエチル)オルトエステルである、請求項35〜74、87〜88、159〜161、および163のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項196】
RNA干渉を実施する方法であって、請求項35〜74、87〜88、159〜161、および163〜194のいずれか一項のsiRNAを細胞に投与することを含む、RNA干渉実施方法。
【請求項197】
前記オルトエステル修飾が2’−ビス(ヒドロキシエチル)オルトエステルである、請求項198に記載の方法。
【請求項198】
RNA干渉を実施する方法であって、請求項195〜199のいずれか一項のsiRNAを細胞に投与することを含む、RNA干渉実施方法。
【請求項199】
siRNAであって、
(a)アンチセンス鎖と、
(b)センス鎖と、
を含み、
前記センス鎖が第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を有し、そして前記第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を有する、siRNA。
【請求項200】
siRNAであって、
(a)第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を有し、そして前記第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を有するセンス鎖と、
(b)第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、前記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが5’リン酸化修飾を有し、そして前記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが2’炭素アンチセンス修飾を有するアンチセンス鎖と、
を含む、siRNA。
【請求項1】
RNA干渉を実施する方法であって、siRNAを標的核酸にさらすことを含み、前記siRNAはセンス鎖とアンチセンス鎖とから構成され、さらに前記センス鎖は実質的に非機能的である、RNA干渉実施方法。
【請求項2】
前記センス鎖が少なくとも1つの2’−O−アルキル修飾を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記センス鎖が少なくとも1つのシトシン含有ヌクレオチド塩基またはウラシル含有ヌクレオチド塩基を含み、前記少なくとも1つのシトシン含有ヌクレオチド塩基またはウラシル含有ヌクレオチド塩基が2’−O−メチル修飾を有する、請求項2に記載の方法。
【請求項4】
前記2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチル修飾である、請求項2に記載の方法。
【請求項5】
前記少なくとも1つの2’−O−メチル修飾が、第1、第2、第18、および/または第19のヌクレオチド塩基上にある、請求項4に記載の方法。
【請求項6】
前記センス鎖が、さらに5’コンジュゲートを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項7】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項6に記載の方法。
【請求項8】
前記センス鎖が3’末端にキャップを有する、請求項1に記載の方法。
【請求項9】
前記キャップが、逆位のデオキシチミジンまたは2つの連続した2’−O−メチル修飾ヌクレオチドである、請求項8に記載の方法。
【請求項10】
前記アンチセンス鎖が少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項11】
前記少なくとも1つの修飾ヌクレオチドが2’−ハロゲン修飾ヌクレオチドである、請求項10に記載の方法。
【請求項12】
前記2’−ハロゲン修飾ヌクレオチドが2’−フッ素修飾ヌクレオチドである、請求項11に記載の方法。
【請求項13】
前記センス鎖が1つ以上のシトシン含有ヌクレオチド塩基および/またはウラシル含有ヌクレオチド塩基を含み、前記1つ以上のシトシン含有ヌクレオチド塩基および/またはウラシル含有ヌクレオチド塩基の各々が、2’−フッ素修飾されている、請求項1に記載の方法。
【請求項14】
RNA干渉を実施する方法であって、siRNAを標的核酸にさらすことを含み、前記siRNAは、
(a)コンジュゲートと、
(b)少なくとも1つの2’−O−アルキル修飾を含み、実質的に非機能的であるセンス鎖と、
(c)少なくとも1つの2’−フッ素修飾を含むアンチセンス鎖と、
を含み、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が18〜30塩基対の二重鎖を形成する、RNA干渉実施方法。
【請求項15】
前記少なくとも1つの2’−O−アルキル修飾が、第1、第2、第18、および/または第19のヌクレオチド塩基上にある、請求項14に記載の方法。
【請求項16】
前記コンジュゲートが5’コンジュゲートである、請求項14に記載の方法。
【請求項17】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項14に記載の方法。
【請求項18】
前記センス鎖が、さらに3’末端にキャップを有する、請求項14に記載の方法。
【請求項19】
前記キャップが、逆位のデオキシチミジンまたは2つの連続した2’−O−メチル修飾ヌクレオチドである、請求項18に記載の方法。
【請求項20】
RNA干渉を実施する方法であって、siRNAを標的核酸にさらすことを含み、前記siRNAはセンス鎖とアンチセンス鎖とから構成され、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つのオルトエステル修飾ヌクレオチドを含む、RNA干渉実施方法。
【請求項21】
前記少なくとも1つのオルトエステル修飾ヌクレオチドが、前記センス鎖上に位置している、請求項20に記載の方法。
【請求項22】
前記アンチセンス鎖が、2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも1つのヌクレオチドを含む、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
前記アンチセンス鎖が、少なくとも1つの2’ハロゲン修飾ヌクレオチドを含み、前記ハロゲンがフッ素である、請求項22に記載の方法。
【請求項24】
前記siRNAが、さらにコンジュゲートを含む、請求項21に記載の方法。
【請求項25】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭化水素、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項24に記載の方法。
【請求項26】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項24に記載の方法。
【請求項27】
前記コンジュゲートがポリエチレングリコールである、請求項24に記載の方法。
【請求項28】
前記siRNAが18〜30ヌクレオチド塩基対を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項29】
前記siRNAが19ヌクレオチド塩基対を含む、請求鋼28に記載の方法。
【請求項30】
前記siRNAが、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なく1つ上に、少なくとも1つのヌクレオチド・ユニットのオーバーハングを有する、請求項20に記載の方法。
【請求項31】
siRNAの少なくとも1本の鎖が、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項32】
前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート結合とホスホロジチオエート結合とからなる群から選択される、請求項31に記載の方法。
【請求項33】
前記siRNAの少なくとも一方の鎖が、ポリリボヌクレオチドである、請求項20に記載の方法。
【請求項34】
RNA干渉を実施する方法であって、siRNAを標的核酸にさらすことを含み、前記siRNAが、
(a)センス鎖と、
(b)アンチセンス鎖と、
(c)コンジュゲートと、
から構成され、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、
2’修飾ヌクレオチドを含む、RNA干渉実施方法。
【請求項35】
siRNAであって、
(a)少なくとも1つのオルトエステル修飾ヌクレオチドから構成されるポリヌクレオチドを含むセンス鎖と、
(b)少なくとも1つの2’修飾ヌクレオチドから構成されるポリヌクレオチドを含むアンチセンス鎖と、
を含む、siRNA。
【請求項36】
前記アンチセンス鎖が、2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも1つのヌクレオチドを含む、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項37】
前記2’修飾ヌクレオチドが2’ハロゲン修飾ヌクレオチドであり、前記ハロゲンがフッ素である、請求項36に記載のsiRNA。
【請求項38】
さらにコンジュゲートを含む、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項39】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項38に記載のsiRNA。
【請求項40】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項38に記載のsiRNA。
【請求項41】
前記コンジュゲートがポリエチレングリコールである、請求項38に記載のsiRNA。
【請求項42】
前記siRNAが18〜30ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項43】
前記siRNAが19ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項42に記載のsiRNA。
【請求項44】
さらに、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つの上に、少なくとも1つのヌクレオチド・ユニットのオーバーハングを有する、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項45】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項46】
前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート結合とホスホロジチオエート結合とからなる群から選択される、請求項45に記載のsiRNA。
【請求項47】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、ポリリボヌクレオチドである、請求項35に記載のsiRNA。
【請求項48】
siRNAであって、
(a)少なくとも1つのオルトエステル修飾ヌクレオチドから構成されるポリヌクレオチドを含むセンス鎖と、
(b)少なくとも1つの2’修飾ヌクレオチドから構成されるポリヌクレオチドを含むアンチセンス鎖と、
(c)コンジュゲートと、
を含む、siRNA。
【請求項49】
前記コンジュゲートが前記センス鎖上に位置している、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項50】
前記コンジュゲートが前記アンチセンス鎖上に位置している、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項51】
前記アンチセンス鎖が、2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも1つのヌクレオチドを含む、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項52】
前記センス鎖が2’ハロゲン修飾ヌクレオチドから構成され、前記ハロゲンがフッ素である、請求項51に記載のsiRNA。
【請求項53】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項54】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項55】
前記コンジュゲートがポリエチレングリコールである、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項56】
前記siRNAが18〜30ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項57】
前記siRNAが19ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項56に記載のsiRNA。
【請求項58】
さらに、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つ上に、少なくとも1つのヌクレオチド・ユニットのオーバーハングを有する、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項59】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項60】
前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート結合とホスホロジチオエート結合とからなる群から選択される、請求項59に記載のsiRNA。
【請求項61】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、ポリリボヌクレオチドである、請求項48に記載のsiRNA。
【請求項62】
siRNAであって、
(a)少なくとも1つのオルトエステル修飾ヌクレオチドから構成されるセンス鎖と、
(b)アンチセンス鎖と、
(c)コンジュゲートと、
を含む、siRNA。
【請求項63】
前記コンジュゲートが前記センス鎖上に位置している、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項64】
前記 が前記アンチセンス鎖上に位置している、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項65】
前記アンチセンス鎖が、2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも1つのヌクレオチドを含む、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項66】
前記アンチセンス鎖が、2’ハロゲン修飾ヌクレオチドから構成され、前記ハロゲンがフッ素である、請求項65に記載のsiRNA。
【請求項67】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項68】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項69】
前記コンジュゲートがポリエチレングリコールである、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項70】
前記siRNAが18〜30ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項71】
前記siRNAが19ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項70に記載のsiRNA。
【請求項72】
さらに、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なく1つ上に、少なくとも1つのヌクレオチド・ユニットのオーバーハングを有する、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項73】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項74】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、ポリリボヌクレオチドである、請求項62に記載のsiRNA。
【請求項75】
siRNAであって、
(a)センス鎖と、
(b)アンチセンス鎖と、
(c)コンジュゲートと、
を含み、前記センス鎖および/またはアンチセンス鎖が少なくとも1つの2’修飾ヌクレオチドを含む、siRNA。
【請求項76】
前記2’修飾ヌクレオチドが、2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項77】
前記2’修飾ヌクレオチドが2’ハロゲン修飾ヌクレオチドであり、前記ハロゲンがフッ素である、請求項76に記載のsiRNA。
【請求項78】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項79】
前記コンジュゲートがコレステロールである、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項80】
前記コンジュゲートがポリエチレングリコールである、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項81】
前記siRNAが18〜30ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項82】
前記siRNAが19ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項83】
さらに、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なく1つ上に、少なくとも1つのヌクレオチド・ユニットのオーバーハングを有する、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項84】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項85】
前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート結合とホスホロジチオエート結合とからなる群から選択される、請求項84に記載のsiRNA。
【請求項86】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、ポリリボヌクレオチドである、請求項75に記載のsiRNA。
【請求項87】
siRNAであって、
(a)少なくとも1つの2’オルトエステル修飾ヌクレオチドから構成されるセンス鎖と、
(b)2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも1つの2’修飾ヌクレオチドから構成されるアンチセンス鎖と、
(c)アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるコンジュゲートと、
を含み、前記ポリヌクレオチドが18個と30個との間のヌクレオチド塩基対を含む、siRNA。
【請求項88】
組成物であって、
【化1】
を含み、
B1とB2の各々は、窒素含有塩基、複素環、または炭素環式化合物であり、
Xは、O、S、C、およびNからなる群から選択され、
Wは、OH、リン酸塩、リン酸エステル、リン酸ジエステル、リン酸トリエステル、修飾ヌクレオチド間連結、コンジュゲート、ヌクレオチド、およびポリヌクレオチドからなる群から選択され、
R1は、オルトエステルであり、
R2は、2’−O−アルキル基、アルキル基、およびアミン、さらにハロゲンからなる群から選択され、ならびに
Yは、ヌクレオチドまたはポリヌクレオチドである、組成物。
【請求項89】
siRNAであって、
(a)センス鎖であって、
(i)第1の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第2の5’末端センス・ヌクレオチド、ならびに
(ii)前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドとも前記第2の5’末端センス・ヌクレオチドとも異なるヌクレオチドである少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチド、
から構成されるセンス鎖と、
(b)アンチセンス鎖であって、
(i)少なくとも1つの2’ハロゲン修飾ピリミジン・ヌクレオチド、ならびに
(ii)5’炭素位がリン酸化された第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチド、
から構成されるアンチセンス鎖と、
から構成され、
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、18塩基対と30塩基対との間の二重鎖を形成することができる、siRNA。
【請求項90】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、19塩基対と25塩基対との間の二重鎖を形成することができる、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項91】
さらに標識を含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項92】
前記標識が、前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドに付着している、請求項91に記載のsiRNA。
【請求項93】
前記標識が蛍光色素である、請求項92に記載のsiRNA。
【請求項94】
前記センス鎖上の全てのピリミジンが、2’−O−アルキル修飾を含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項95】
前記アンチセンス鎖上の全てのピリミジンが、2’−フッ素修飾を含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項96】
前記第1の2’−O−アルキル・センス修飾、前記第2の2’−O−アルキル・センス修飾、および前記少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチドの各々が2’−O−メチルを含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項97】
前記ハロゲンがフッ素である、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項98】
前記第1の2’−O−アルキル・センス修飾が2’−O−メチルであり、前記第2の2’−O−アルキル・センス修飾が2’−O−メチルであり、前記少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチドが2’−O−メチルを含み、前記ハロゲンがフッ素であり、ならびに前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドがさらに蛍光色素を含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項99】
さらに、少なくとも1つのホスホロチオエートを含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項100】
さらに、少なくとも1つのメチルホスホネートを含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項101】
siRNAであって、
(a)センス鎖であって、
(i)第1の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第2の5’末端センス・ヌクレオチド、ならびに
(ii)前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドとも前記第2の5’末端センス・ヌクレオチドとも異なるヌクレオチドである少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチド、
から構成されるセンス鎖と、
(b)アンチセンス鎖であって、
(i)第1の2’−O−アルキル・アンチセンス修飾を含む第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドおよび第2の2’−O−アルキル・アンチセンス修飾を含む第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチド、ならびに
(ii)前記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとも前記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとも異なるヌクレオチドである少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾アンチセンス・ヌクレオチド、
から構成されるアンチセンス鎖と、
から構成され、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、16塩基対と28塩基対との間の二重鎖を形成することができる、siRNA。
【請求項102】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、19〜28塩基対の二重鎖を形成することができる、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項103】
前記センス鎖および前記アンチセンス鎖が、19〜25塩基対の二重鎖を形成することができる、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項104】
前記センス鎖上の全てのピリミジンが2’−O−アルキル修飾を含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項105】
前記アンチセンス鎖上の全てのピリミジンが2’−O−アルキル修飾を含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項106】
前記第1の2’−O−アルキル・センス修飾、前記第2の2’−O−アルキル・センス修飾、前記第1の2’−O−アルキル・アンチセンス修飾、前記第2の2’−O−アルキル・アンチセンス修飾、前記少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチド、および前記少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾アンチセンス・ヌクレオチドの各々が、2’−O−メチルを含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項107】
さらに標識を含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項108】
前記標識が、前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドに付着している、請求項107に記載のsiRNA。
【請求項109】
前記標識が蛍光色素である、請求項107に記載のsiRNA。
【請求項110】
さらに、少なくとも1つのホスホロチオエートを含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項111】
さらに、少なくとも1つのメチルホスホネートを含む、請求項101に記載のsiRNA。
【請求項112】
遺伝子サイレンシングの方法であって、標的遺伝子を発現している、または該標的遺伝子を発現することができる細胞内へ、請求項89のsiRNAを導入することを含む、遺伝子サイレンシング方法。
【請求項113】
コントロール試薬を用いることを含む遺伝子サイレンシングを実施する方法であって、
請求項101のsiRNAであるコントロール試薬を用いるステップと、
標的遺伝子を発現している、または該標的遺伝子を発現することができる細胞内へ、前記コントロール試薬を導入するステップと、
を含む、遺伝子サイレンシング実施方法。
【請求項114】
siRNAであって、
(a)第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、該第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位がリン酸化されたアンチセンス鎖と、
(b)第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成されるセンス鎖と、
を含む、siRNA。
【請求項115】
前記第1の2’炭素センス修飾および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾である、請求項114に記載のsiRNA。
【請求項116】
さらに、第3の5’末端センス・ヌクレオチドを含み、前記第3の5’末端センス・ヌクレオチドが2’−O−アルキル修飾を含む、請求項115に記載のsiRNA。
【請求項117】
前記2’−O−アルキル修飾の少なくとも1つが、2’−O−メチル修飾である、請求項115に記載のsiRNA。
【請求項118】
前記2’−O−アルキル修飾の各々が、2’−O−メチル修飾である、請求項115に記載のsiRNA。
【請求項119】
前記siRNAが18と30との間の塩基対から構成される、請求項115に記載のsiRNA。
【請求項120】
前記siRNAが19と25との間の塩基対から構成される、請求項119に記載のsiRNA。
【請求項121】
前記アンチセンス鎖および前記センス鎖が実質的に相補的であり、オーバーハングを含まない二重鎖を形成する、請求項119に記載のsiRNA。
【請求項122】
RNAi中のオフ・ターゲット効果を減少させる方法であって、siRNAを標的核酸にさらすことを含み、前記siRNAがアンチセンス鎖およびセンス鎖を含み、
(a)前記センス鎖が、第1の2’炭素修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドと第2の2’炭素修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドとから構成され、ならびに
(b)前記アンチセンス鎖が、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、該第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位がリン酸化されている、オフ・ターゲット効果減少方法。
【請求項123】
前記第1の2’炭素センス修飾および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾である、請求項122に記載の方法。
【請求項124】
さらに、2’−O−アルキル修飾を有する第3の5’末端センス・ヌクレオチドを含む、請求項123に記載の方法。
【請求項125】
前記2’−O−アルキル修飾の少なくとも1つが、2’−O−メチル修飾である、請求項123に記載の方法。
【請求項126】
前記2’−O−アルキル修飾の各々が、2’−O−メチル修飾である、請求項123に記載の方法。
【請求項127】
前記siRNAが18と30との間の塩基対から構成される、請求項122に記載の方法。
【請求項128】
前記siRNAが19と25との間の塩基対から構成される、請求項127に記載のsiRNA。
【請求項129】
前記アンチセンス鎖および前記センス鎖が実質的に相補的であり、オーバーハングを含まない二重鎖を形成する、請求項127に記載の方法。
【請求項130】
ヘアピンを形成することができる単分子のsiRNAであって、
(a)5’炭素位でリン酸化された第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成されるアンチセンス領域と、
(b)第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成されるセンス領域と、
(c)前記センス領域と前記アンチセンス領域との間に位置したループ領域と、
を含む、siRNA。
【請求項131】
前記第1の2’炭素センス修飾および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾である、請求項130のsiRNA。
【請求項132】
さらに、2’−O−アルキル修飾を含む第3の5’末端センス・ヌクレオチドを含む、請求項130に記載のsiRNA。
【請求項133】
前記2’−O−アルキル修飾の少なくとも1つが、2’−O−メチル修飾である、請求項131に記載のsiRNA。
【請求項134】
前記2’−O−アルキル修飾の各々が、2’−O−メチル修飾である、請求項131に記載のsiRNA。
【請求項135】
前記siRNAが、18と30との間の塩基対から構成される、請求項130に記載のsiRNA。
【請求項136】
前記siRNAが、19と25との間の塩基対から構成される、請求項135に記載のsiRNA。
【請求項137】
RNAi中のオフ・ターゲット効果を減少させる方法であって、
標的核酸に対して、ヘアピンを形成することができる単分子のsiRNAをさらすことを含み、前記単分子のsiRNAは、アンチセンス領域とセンス領域とを含み、
(a)前記センス領域は、第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドと第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドとから構成され、
(b)前記アンチセンス領域は、5’炭素位がリン酸化された第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、さらに、
(c)前記センス領域と前記アンチセンス領域との間に位置したループ領域を含む、オフ・ターゲット効果減少方法。
【請求項138】
前記第1の2’炭素センス修飾および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾である、請求項137に記載の方法。
【請求項139】
さらに、2’−O−アルキル修飾を有する第3の5’末端センス・ヌクレオチドを含む、請求項138に記載の方法。
【請求項140】
前記2’−O−アルキル修飾の少なくとも1つが2’−O−メチル修飾である、請求項138に記載の方法。
【請求項141】
前記2’−O−アルキル修飾の各々が2’−O−メチル修飾である、請求項138に記載の方法。
【請求項142】
前記siRNAが18と30との間の塩基対から構成される、請求項137に記載の方法。
【請求項143】
さらに、第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドを含み、前記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがさらに第1の2’炭素末端アンチセンス修飾を含み、前記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドは第2の2’炭素末端アンチセンス修飾を含む、請求項114に記載のsiRNA。
【請求項144】
さらに、第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドを含み、前記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがさらに第1の2’炭素末端アンチセンス修飾を含み、前記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドは第2の2’炭素末端アンチセンス修飾を含む、請求項130に記載の単分子のsiRNA。
【請求項145】
RNAi中に誘導されたオフ・ターゲット効果を減少させる方法であって、請求項114または143のいずれか1項の前記siRNAを細胞に導入することを含む、オフ・ターゲット効果減少方法。
【請求項146】
RNAi中のオフ・ターゲット効果を減少させる方法であって、請求項144のsiRNAを細胞に導入することを含む、オフ・ターゲット効果減少方法。
【請求項147】
siRNAであって、
(a)第1の2’炭素アンチセンス修飾を有する第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドと第2の2’炭素アンチセンス修飾を有する第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとから構成されるアンチセンス鎖と、
(b)第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドと第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドとから構成されるセンス鎖と、
を含む、siRNA。
【請求項148】
前記センス鎖と前記アンチセンス鎖とが16〜28塩基対の二重鎖を形成する、請求項147に記載のsiRNA。
【請求項149】
前記センス鎖と前記アンチセンス鎖とが18〜25塩基対の二重鎖を形成する、請求項148に記載のsiRNA。
【請求項150】
前記第1の2’炭素アンチセンス修飾、前記第2の2’炭素アンチセンス修飾、前記第1の2’炭素センス修飾、および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾を含む、請求項148に記載のsiRNA。
【請求項151】
前記2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチルである、請求項150に記載のsiRNA。
【請求項152】
さらに標識を含む、請求項150に記載のsiRNA。
【請求項153】
ヘアピンを形成することができる単分子のsiRNAであって、
(a)第1の2’炭素アンチセンス修飾を有する第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドと第2の2’炭素アンチセンス修飾を有する第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとから構成されるアンチセンス領域と、
(b)第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドと第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドとから構成されるセンス領域と、
(c)前記センス領域と前記アンチセンス領域との間に位置するループ領域と、
を含む、siRNA。
【請求項154】
前記センス領域および前記アンチセンス領域が、16〜28塩基対の二重鎖を形成する、請求項153に記載のsiRNA。
【請求項155】
前記センス領域および前記アンチセンス領域が、18〜25塩基対の二重鎖を形成する、請求項154に記載のsiRNA。
【請求項156】
前記第1の2’炭素アンチセンス修飾、前記第2の2’炭素アンチセンス修飾、前記第1の2’炭素センス修飾、および前記第2の2’炭素センス修飾の各々が、2’−O−アルキル修飾を含む、請求項154に記載のsiRNA。
【請求項157】
前記2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチルである、請求項156に記載のsiRNA。
【請求項158】
さらに標識を含む、請求項156に記載のsiRNA。
【請求項159】
siRNAであって、センス鎖とアンチセンス鎖とを含み、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の各々が少なくとも1つのオルトエステル修飾を2’位に有する、siRNA。
【請求項160】
siRNAであって、センス鎖とアンチセンス鎖とを含み、前記アンチセンス鎖が少なくとも1つのオルトエステル修飾ならびに/または2’−ハロゲン修飾、2’−アルキル修飾、2’−O−アルキル修飾、2’−アミン修飾、および2’−デオキシ修飾からなる群から選択される少なくとも1つの修飾を有する、siRNA。
【請求項161】
siRNAであって、センス鎖とアンチセンス鎖とを含み、前記センス鎖および/または前記アンチセンス鎖が少なくとも1つのオルトエステル修飾を含み、そして前記センス鎖および/または前記アンチセンス鎖が2’−ハロゲン修飾、2’−アルキル修飾、2’−O−アルキル修飾、2’−アミン修飾、および2’−デオキシ修飾からなる群から選択される少なくとも1つの2’修飾を含む、siRNA。
【請求項162】
siRNAであって、
(a)第1の2’炭素センス修飾を有する第1の5’末端センス・ヌクレオチドと第2の2’炭素センス修飾を有する第2の5’末端センス・ヌクレオチドとから構成されるセンス鎖と、
(b)第1の2’炭素アンチセンス修飾を有する第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドと第2の2’炭素アンチセンス修飾を有する第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとから構成されるアンチセンス鎖と、
を含む、siRNA。
【請求項163】
siRNAであって、センス鎖とアンチセンス鎖とを含み、前記アンチセンス鎖は、少なくとも1つの2’−オルトエステル修飾を有し、前記アンチセンス鎖がさらに、2‘−オルトエステル修飾、2’−アルキル修飾、2’−ハロゲン修飾、2’−O−アルキル修飾、2’−アミン修飾、および2’−デオキシ修飾からなる群から選択される1つ以上の修飾によって修飾され、前記2’−アルキル修飾、前記2’−O−メチル修飾、および前記2’−ハロゲン修飾が前記アンチセンス鎖の1つ以上のピリミジンにおいてであり、前記siRNAがさらに3’キャップを含む、siRNA。
【請求項164】
前記2’炭素修飾が2’−O−アルキル修飾である、請求項162に記載のsiRNA。
【請求項165】
前記2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチル修飾である、請求項164に記載のsiRNA。
【請求項166】
前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび/または前記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがさらに、5’ブロック基によって修飾されている、請求項162に記載のsiRNA。
【請求項167】
前記5’ブロック基が、5’−メチル修飾、5’−O−メチル修飾、および5’−アジド修飾からなる群から選択される、請求項166に記載のsiRNA。
【請求項168】
前記5’末端センス・ヌクレオチドならびに/または前記5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの前記第1および第2の2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチル修飾であり、そして前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび/または第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがさらに5’ブロック基を含む、請求項101〜111のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項169】
前記5’ブロック基が、5’−メチル修飾、5’−O−メチル修飾、または5’アジド修飾からなる群から選択される、請求項168に記載のsiRNA。
【請求項170】
さらに3’キャップを含む、請求項35〜111、114〜121、130〜136、143〜144、および147〜162のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項171】
前記3’キャップが逆位のデオキシチミジンである、請求項170のsiRNA。
【請求項172】
さらに、2’−デオキシ修飾および/またはメチルホスホネート・ヌクレオチド間連結の少なくとも1つを含む、請求項35〜111、114〜121、130〜136、143〜144、および147〜161のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項173】
さらに、2’−アルキル修飾、2’−O−アルキル修飾、および2’−ハロゲン修飾からなる群から選択される修飾を、1つ以上のピリミジンにおいて含む、請求項35〜111、114〜121、130〜136、143〜144、および147〜161のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項174】
前記2’−アルキル修飾が2’−メチル修飾である、請求項175に記載のsiRNA。
【請求項175】
前記2’−O−アルキル修飾が2’−O−メチル修飾である、請求項175に記載のsiRNA。
【請求項176】
前記2’−ハロゲン修飾が2’−フッ素修飾である、請求項175に記載のsiRNA。
【請求項177】
さらに、コンジュゲートを含む、請求項87〜111、114〜121、130〜136、143〜144、および147〜178のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項178】
前記コンジュゲートが、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖、炭水化物、脂質、ポリマー、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項179に記載のsiRNA。
【請求項179】
前記コンジュゲートがコレステロールまたはPEGを含む、請求項179に記載のsiRNA。
【請求項180】
前記コンジュゲートがさらに標識を含む、請求項179に記載のsiRNA。
【請求項181】
前記標識が蛍光標識である、請求項182に記載のsiRNA。
【請求項182】
前記蛍光標識が、TAMRA、BODIPY、Cy3、Cy5、フルオロセイン、およびDabsylからなる群から選択される、請求項183に記載のsiRNA。
【請求項183】
前記コンジュゲートがさらに標識を含む、請求項38〜41および48〜86のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項184】
前記標識が蛍光標識である、請求項185に記載のsiRNA。
【請求項185】
前記蛍光標識が、TAMRA、BODIPY、Cy3、Cy5、フルオロセイン、およびDabsylからなる群から選択される、請求項186に記載のsiRNA。
【請求項186】
前記2’−アルキル修飾ヌクレオチドが2’−メチル修飾ヌクレオチドである、請求項36、51、65、76、87、および88のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項187】
前記2’−O−アルキル修飾ヌクレオチドが2’−O−メチル修飾ヌクレオチドである、請求項36、51、65、76、87、および88のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項188】
前記2’−アミン修飾ヌクレオチドが2’−NH2修飾ヌクレオチドである、請求項36、51、65、76、87、および88のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項189】
前記2’−ハロゲン修飾ヌクレオチドが2’−フッ素修飾ヌクレオチドである、請求項87および88のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項190】
前記修飾ヌクレオチド間連結がメチルホスホネートである、請求項45、59、73、84、および88のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項191】
さらに、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項89に記載のsiRNA。
【請求項192】
前記少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、メチルホスホネート結合、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項193に記載のsiRNA。
【請求項193】
さらに、少なくとも1つの2’−オルトエステル修飾を含む、88〜111、114〜121、130〜136、147〜158、および162のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項194】
前記2’−オルトエステル修飾が2’−ビス(ヒドロキエチル)オルトエステル修飾である、請求項195に記載のsiRNA。
【請求項195】
前記2’オルトエステル修飾が2’−ビス(ヒドロキシエチル)オルトエステルである、請求項35〜74、87〜88、159〜161、および163のいずれか一項に記載のsiRNA。
【請求項196】
RNA干渉を実施する方法であって、請求項35〜74、87〜88、159〜161、および163〜194のいずれか一項のsiRNAを細胞に投与することを含む、RNA干渉実施方法。
【請求項197】
前記オルトエステル修飾が2’−ビス(ヒドロキシエチル)オルトエステルである、請求項198に記載の方法。
【請求項198】
RNA干渉を実施する方法であって、請求項195〜199のいずれか一項のsiRNAを細胞に投与することを含む、RNA干渉実施方法。
【請求項199】
siRNAであって、
(a)アンチセンス鎖と、
(b)センス鎖と、
を含み、
前記センス鎖が第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を有し、そして前記第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を有する、siRNA。
【請求項200】
siRNAであって、
(a)第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を有し、そして前記第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を有するセンス鎖と、
(b)第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、前記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが5’リン酸化修飾を有し、そして前記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが2’炭素アンチセンス修飾を有するアンチセンス鎖と、
を含む、siRNA。
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33】
【図34】
【図35】
【図36】
【図37】
【図38】
【図39】
【図40】
【図41】
【図42】
【図43】
【図44】
【図45】
【図47】
【図49】
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【図19】
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【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33】
【図34】
【図35】
【図36】
【図37】
【図38】
【図39】
【図40】
【図41】
【図42】
【図43】
【図44】
【図45】
【図47】
【図49】
【公表番号】特表2007−525169(P2007−525169A)
【公表日】平成19年9月6日(2007.9.6)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2006−509678(P2006−509678)
【出願日】平成16年4月1日(2004.4.1)
【国際出願番号】PCT/US2004/010343
【国際公開番号】WO2004/090105
【国際公開日】平成16年10月21日(2004.10.21)
【出願人】(505175825)ダーマコン, インコーポレイテッド (10)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成19年9月6日(2007.9.6)
【国際特許分類】
【出願日】平成16年4月1日(2004.4.1)
【国際出願番号】PCT/US2004/010343
【国際公開番号】WO2004/090105
【国際公開日】平成16年10月21日(2004.10.21)
【出願人】(505175825)ダーマコン, インコーポレイテッド (10)
【Fターム(参考)】
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