ＳＡＲＳウイルスおよび他の感染因子を検出するための方法および組成物
本発明は、一般に、ウイルス検出の分野に関する。特に本発明は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列を増幅および検出するためのチップ、プローブ、プライマー、キットおよび方法を提供する。本発明のチップ、プローブ、プライマー、キットおよび方法の臨床的使用および他の使用もまた企図される。患者の症状のみに基づくＳＡＲＳの診断には問題がある。本発明の目的の１つは、ＳＡＲＳウイルスおよびＳＡＲＳ様症状を引き起こす他の病原体の同時検出のためのバイオチップを提供することである。本発明の他の目的は、ＳＡＲＳウイルスおよびＳＡＲＳの症状を悪化させる他の病原体を同時に検出するための核酸マイクロアレイを提供することである。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
２００２年１１月以来、世界の２２ヵ国において、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）と呼ばれる疾病が報告されている。２００３年５月２日時点で、６，０５４件のＳＡＲＳ累積症例および感染者中、４１７名の死亡が、ＷＨＯにより報告されている。同じ期間中、中国では３，７８８件のＳＡＲＳ累積症例および感染者中、１８１名の死亡が報告されている。
【０００２】
ＳＡＲＳ患者の主な症状としては、発熱（３８℃を超える）、頭痛、体痛が挙げられる。罹病２〜７日後、患者は、呼吸困難を伴うことのある乾性の非増殖性の咳を発症し得る。
【０００３】
香港、カナダおよび米国の発見に基づき、以前認識されなかったコロナウイルスがＳＡＲＳの原因であることが確認された。ＳＡＲＳコロナウイルスは、ＤＮＡ介在ステップなしで複製し、標準的なコドンを用いる正鎖ＲＮＡウイルスであることが、研究者により見出されている（Ｍａｒｒａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００３年５月１日；（印刷前の電子出版）およびＲｏｔａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００３年５月１日、（印刷前の電子出版））。
【０００４】
ＳＡＲＳコロナウイルスは、これまでにヒトおよび哺乳動物で検出されていなかった、新たに発見されたウイルスである。ＳＡＲＳコロナウイルスのゲノム構造は、他のコロナウイルスと極めて類似している。ＳＡＲＳコロナウイルスのゲノムは、長さが３０Ｋ塩基対であり、このゲノムは、ウイルスとしては極めて大型であると考えられる。ＳＡＲＳコロナウイルスのゲノムはＲＮＡポリメラーゼ（ポリメラーゼ１ａおよび１ｂ）、Ｓタンパク質（スパイクタンパク質）、Ｍタンパク質（膜タンパク質）およびＮタンパク質（ヌクレオカプシドタンパク質）などをコードする。
【０００５】
現在、ＳＡＲＳコロナウイルスの検出法には、３つのタイプがある。すなわち、免疫学的方法（例えば、ＥＬＩＳＡ）、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）試験および細胞培養法である
上記の３つの検出法には大きな欠点がある。例えばＥＬＩＳＡは、ＳＡＲＳ患者血清からの抗体を高い信頼性で検出することができるが、それらの抗体が検出できるのは、症状発現の２１日後になってからである。細胞培養法は比較的長期の検出周期を有しており、限定された条件に対してのみ適用できる。また、細胞培養法によって検出できるのは生存ウイルスの存在のみである。
【０００６】
ＳＡＲＳコロナウイルスの伝播を防ぐ重要な段階は、早期診断ならびに早期隔離および早期治療である。ＲＴ−ＰＣＲはＳＡＲＳコロナウイルスの核酸検出を可能にする既存の唯一の方法である。しかし、ＲＴ−ＰＣＲは、ＳＡＲＳウイルス発現前の感染患者を除去できず、また、ＲＴ−ＰＣＲの検出率は低い。この検出法には、高価なリアルタイムＰＣＲ装置が必要である。したがって、ＲＴ−ＰＣＲは、早期臨床スクリーニングと早期診断の必要性を満足させることができない。重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）の迅速、高感度および正確な診断に対する必要性が当該分野に存在している。本発明は、当該分野におけるこの必要性および他の関連した必要性に取り組んでいる。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
現在の臨床的診断法は、主に、発熱、患者の肺における影、乾性咳および患者の腕や脚の脱力感などの症状に基づいている。しかし、これらの症状は、ＳＡＲＳに特異的なものではなく、他の病原体が同一の、または類似の症状を引き起こし得る。例えば、クラミジア肺炎病原体および肺炎マイコプラスマによって生じる通常の肺炎も患者の肺に影を生じさせ；発熱や咳はインフルエンザにも伴い；また、同様な症状は、ヒトコロナウイルス２２９ＥおよびＯＣ４３によって生じる上気道感染にも伴う。したがって、患者の症状のみに基づくＳＡＲＳの診断には問題がある。
【０００８】
ＳＡＲＳを疑われた症例の多くが、実際には、ＳＡＲＳウイルスによる感染を有さず、他の病原体による感染を有したことを、現在の臨床データは示している。したがって、ＳＡＲＳ病原体およびＳＡＲＳと同様な症状を生じさせる他の病原体を同時に検出するための方法を開発する必要性が存在している。このような方法は、診断を誤る可能性を減少させ、時宜を得た適切な治療を可能にし、また、不必要なパニックおよび医療上の無駄を避けるために、疑わしい症例の迅速なスクリーニングを提供する。ＳＡＲＳウイルスに感染した患者は、ＳＡＲＳウイルスによって生じる免疫低下により、他の病原体に、より感受性となる。ＳＡＲＳの患者は、ＳＡＲＳと同様な症状を生じる他の病原体にも感染している可能性がある。例えば、患者が、ＳＡＲＳと肺炎マイコプラスマの双方に感染しているならば、ＳＡＲＳのみに対する薬剤による治療では、症状はすぐに消失しない。この状況では、双方の病原体による感染を同時に検出することにより、双方の病原体に関する患者の即時的で効果的な治療が可能になる。バイオチップに基づく診断は、複数サンプルのハイスループット同時スクリーニングのための迅速で低コストの方法である。したがって、本発明の目的の１つは、ＳＡＲＳウイルスおよびＳＡＲＳ様症状を引き起こす他の病原体の同時検出のためのバイオチップを提供することである。
【０００９】
他の病源体（免疫に重度に干渉し、それを妨害するＢ型肝炎およびＨＩＶなどの病原体）に感染したＳＡＲＳ患者は、症状を悪化させ、他を感染させる可能性が高い（これらの患者は「スーパースプレダー」と呼ばれる）ことも、臨床データにより示されている。このような患者の適切な検出により、適切な治療および時宜を得た患者の隔離が可能になる。したがって、本発明の他の目的は、ＳＡＲＳウイルスおよびＳＡＲＳの症状を悪化させる他の病原体を同時に検出するための核酸マイクロアレイを提供することである。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
（発明の要旨）
一態様において、本発明は、重症急性呼吸器症候群を引き起こすコロナウイルス（ＳＡＲＳ−ＣｏＶ）および非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物をアッセイするためのチップに関し、該チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも１０個のヌクレオチドを含むヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、および以下のオリゴヌクレオチドプローブ（１つまたは複数）：ａ）ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブ；ｂ）感染宿主の免疫系を損傷している非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブ；またはｃ）非ＳＡＲＳ−Ｃｏｖコロナウイルス科ウイルスのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブを支持体上に固定化させた核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な該支持体を含んでなる。
【００１１】
幾つかの実施形態において、本発明のチップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを支持体上に固定化させた、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な該支持体を含んでなり、上記２つの異なるヌクレオチド配列の各々は、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む。
【００１２】
幾つかの実施形態において、ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物は、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３，ヒト腸内コロナウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、ＲＳウイルス、ヒトメタニューモウイルス、麻疹ウイルス、風疹ウイルスからなる群より選択される。
【００１３】
幾つかの実施形態において、感染宿主の免疫系に損傷を与える非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物は、肝炎ウイルス、輸血媒介ウイルス（ＴＴＶ）、ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ）、パルボウイルス、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ）、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）および梅毒トレポネーマからなる群より選択される。
【００１４】
別の態様において、本発明は、サンプル中のＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物に対するアッセイを行う方法に関し、上記方法は：ａ）上記のチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物のヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；およびｃ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物の上記ヌクレオチド配列と上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムのヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブまたは上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物ゲノムのヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブとの間に形成されたハイブリッドを評価することを含んでなり、これにより、上記ハイブリッドの一方または両方の検出が、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物存在を示す。
【００１５】
幾つかの実施形態において、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを：ａ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを支持体上に固定化させた、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な該支持体を含んでなるチップであって、上記２つの異なるヌクレオチド配列の各々が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含むチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；およびｃ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの上記ヌクレオチド配列とＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な上記少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブそれぞれとの間に形成されたハイブリッドを評価して、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無、または量を決定することにより、アッセイし、これにより、上記ハイブリッドの一方または両方の検出が、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在を示す。
【００１６】
複数のハイブリダイゼーション標的の同時変異の機会は、単一のハイブリダイゼーション標的における変異の機会よりはるかに少ないため、当該方法は、複数のハイブリダイゼーションプローブを用いることにより、単一のハイブリダイゼーションプローブに基づく試験に比べて、誤った陰性結果の発生を減少させる。他の好ましい実施形態、例えば、該チップ上に、ネガティブコントロールプローブおよびブランクスポットが用いられる場合、陽性結果の機会もまた減少させることができる。より好ましい実施形態、例えば、該チップ上に、固定化コントロールプローブおよびポジティブコントロールプローブを含めることによって、アッセイ結果のさらなる確証を提供することができる。好ましいサンプル調製法、ＲＮＡ抽出法、および増幅法を用いることにより、当該方法の感度を、さらに高めることができる。
【００１７】
さらに別の態様において、本発明はＡ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，ヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーに関し、上記オリゴヌクレオチドプライマーは：ａ）Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，ヒトコロナウイルスＯＣ４３の、表１〜６に記載される標的ヌクレオチド配列、またはその相補鎖と、高ストリンジェンシー下でハイブリダイズする；またはｂ）Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３の表１〜表６に記載されるヌクレオチド配列、またはその相補鎖を含む標的ヌクレオチド配列に、少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる。
【００１８】
（表１．例示的なＡ型インフルエンザウイルスプライマー）
【００１９】
【表１】
（表２．例示的なＢ型インフルエンザウイルスプライマー）
【００２０】
【表２−１】
【００２１】
【表２−２】
（表３．例示的なヒトメタニューモウイルスプライマー）
【００２２】
【表３】
（表４．例示的なヒトアデノウイルスプライマー）
【００２３】
【表４−１】
【００２４】
【表４−２】
【００２５】
【表４−３】
（表５．例示的なＨＣｏＶ−ＯＣ２２９Ｅプライマー）
【００２６】
【表５】
（表６．例示的なＨＣｏＶ−ＯＣ４３プライマー）
【００２７】
【表６】
。
【００２８】
さらに別の態様において、本発明は、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，またはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅するキットに関し、上記キットは、ａ）上記のプライマー；およびｂ）上記プライマーを用いて、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニュウモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，ヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅できる核酸ポリメラーゼを含んでなる。
【００２９】
別の態様において、本発明は、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、またはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブに関し、上記オリゴヌクレオチドプローブは：ａ）Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，またはヒトコロナウイルスＯＣ４３の、表７〜１２に記載された標的ヌクレオチド配列、またはその相補鎖と、高ストリンジェンシー下でハイブリダイズする；またはｂ）Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，ヒトコロナウイルスＯＣ４３の、表７〜１２に記載された標的ヌクレオチド配列、またはその相補鎖に、少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる。
【００３０】
（表７．例示的なＡ型インフルエンザウイルスプローブ）
【００３１】
【表７−１】
【００３２】
【表７−２】
（表８．例示的なＢ型インフルエンザウイルスプローブ）
【００３３】
【表８】
（表９．例示的なヒトメタニューモウイルスプローブ）
【００３４】
【表９−１】
【００３５】
【表９−２】
（表１０．例示的なヒトアデノウイルスプローブ）
【００３６】
【表１０−１】
【００３７】
【表１０−２】
（表１１．例示的なＨＣｏＶ−ＯＣ２２９Ｅプローブ）
【００３８】
【表１１】
（表１２．例示的なＨＣｏＶ−ＯＣ４３プローブ）
【００３９】
【表１２】
。
【００４０】
さらに別の態様において、本発明は、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、またはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列のハイブリダイゼーション分析のためのキットに関し、上記キットは：ａ）上記プローブ；およびｂ）Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、またはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列と上記キットとの間に形成されたハイブリッドを評価する手段を含んでなる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００４１】
（発明の詳細な説明）
限定する目的ではなく、開示を明快にするために、本発明の詳細な説明は、以下の小節に分けられる。
【００４２】
（Ａ． 定義）
別に定義されない限り、本明細書に用いられる全ての専門用語および科学用語は、本発明が属する分野の当業者により一般に解釈される意味と同様の意味を有する。本明細書に引用された全ての特許、特許出願、出願公開および他の刊行物は、参照として、それらの全体が参考として援用される。本節に記載された定義が、参考として本明細書に援用されている特許、特許出願、出願公開および他の刊行物に記載された定義に反するか、または矛盾する場合は、本節に記載された定義が、参考として本明細書に援用されている定義に優先する。
【００４３】
本明細書に用いられる「１つ」（「ａ」または「ａｎ」）は、「少なくとも１つ（「ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ」）」または「１つ以上（ｏｎｅ ｏｒ ｍｏｒｅ）」を意味する。
【００４４】
本明細書に用いられる「コロナウイルス科」は、呼吸器疾患の原因となる一本鎖ＲＮＡウイルスの科をいう。ウイルスの外側のエンベロープは、外方に伸びるこん棒形の突起物を有し、染色陰性のビリオンに特徴的な冠状の外観を与えている。
【００４５】
本明細書に用いられる「ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）」は、ＤＮＡインビトロ増幅のためのシステムをいう。過剰のデオキシヌクレオチド類および熱安定性ＤＮＡポリメラーゼ、例えば、ＴａｑＤＮＡポリメラーゼの存在下、増幅される標的ＤＮＡ（各鎖に対し１つ）の２つの領域に相補的な２つの合成オリゴヌクレオチドプライマーが、標的ＤＮＡ（純粋でなくてもよい）に加えられる。一連の、例えば３０回の温度サイクルにおいて、標的ＤＮＡを、（例えば、９０℃付近で）繰り返して変性させ、プライマーに（例えば、５０℃〜６０℃で）アニールさせ、娘鎖を（例えば、７２℃で）上記プライマーから伸長させる。娘鎖自体が、引き続くサイクルのテンプレートとして働くため、双方のプライマーに対応するＤＮＡ断片は、線形的ではなく、指数関数的に増幅される。したがって、もとのＤＮＡは、純粋である必要もなく、大量である必要もないため、ＰＣＲ反応は、研究のみならず、臨床診断および法科学において、幅広く用いられるようになった。
【００４６】
本明細書に用いられる「ネステッド（ｎｅｓｔｅｄ）ＰＣＲ」は、プライマーの２つのセットを連続して用いることにより、特異性が改善されるＰＣＲをいう。最初のＰＣＲを、「外側」のプライマー対により実施し、次いで、少量のアリコートを、「内側」のプライマー対による２回目のＰＣＲのテンプレートとして用いる。
【００４７】
本明細書に用いられる「逆転写ＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ」は、出発テンプレートがＲＮＡであるＰＣＲをいい、ＤＮＡテンプレートを作成するために、最初に逆転写ステップが必要であることを含意している。いくつかの熱安定性ポリメラーゼは、かなり大きな逆転写活性を有しているが、明示的な逆転写を実施し、逆転写酵素を不活性化するか、または生成物を精製して、別個の従来のＰＣＲに進めることがより一般的である。
【００４８】
本明細書に用いられる「プライマー」は、典型的には、増幅工程において核酸をプライムするために、標的配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドをいう。
【００４９】
本明細書に用いられる「プローブ」は、典型的には、標的配列の検出を容易にするために、標的配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドをいう。用語の「標的配列」は、プローブが特異的に結合する核酸配列をいう。増幅工程において、標的核酸をプライムするために用いられるプライマーとは違って、ポリメラーゼ酵素を用いて標的核酸を増幅させるためにプローブを伸長させる必要はない。しかし、多くの場合、プローブとプライマーは、構造的に類似しているか、または同一であることは、当業者に明白であろう。
【００５０】
本明細書に用いられる「５’および３’特異的プライマーそれぞれの濃度に等しいか、またはそれより高い５’および３’ユニバーサルプライマーの濃度」とは、５’特異的プライマーの濃度に等しいかまたはそれより高い５’ユニバーサルプライマーの濃度、および３’特異的プライマーの濃度に等しいかまたはそれより高い３’ユニバーサルプライマーの濃度を意味する。
【００５１】
本明細書に用いられる「ヘアピン構造」は、二本鎖ステムセグメントと一本鎖ループセグメントを含有し、この二本鎖ステムセグメントを形成している２つのポリヌクレオチドまたは核酸の鎖が、ループセグメントを形成している１つのポリヌクレオチドまたは核酸の鎖により結合および分離される、ポリヌクレオチドまたは核酸をいう。上記「ヘアピン構造」は、二本鎖ステムセグメントから伸長している３’および／または５’一本鎖領域（１つまたは複数）をさらに含むことができる。
【００５２】
本明細書に用いられる「核酸（１つまたは複数）」は、特に、一本鎖、二重鎖、三重鎖、線状、および環状形態を含む任意の形態におけるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）および／またはリボ核酸（ＲＮＡ）をいう。それはまた、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、核酸のキメラおよびそれらのアナログも含む。本明細書に記載される核酸は、塩基のアデノシン、シトシン、グアニン、チミジン、およびウリジンからなるか、または、これらの塩基のアナログまたは誘導体から構成され得る周知のデオキシリボヌクレオチド類およびリボヌクレオチド類から構成され得る。また、ホスホトリエステル、ポリヌクレオチドペプチド（ＰＮＡ）、メチルホスホネート、ホスホロチオエート、ポリヌクレオチドプライマー、ロックド核酸（ＬＮＡ）などの非従来的なホスホジエステル骨格を有する種々の他のオリゴヌクレオチド誘導体もまた本明細書に含まれる。
【００５３】
本明細書に用いられる「相補的な、またはマッチした」とは、２つの核酸配列が、少なくとも５０％の配列同一性を有することを意味する。２つの核酸配列は、少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有することが好ましい。また、「相補的な、またはマッチした」は、２つの核酸配列が、低く、中程度に、および／または高くストリンジェントな条件下でハイブリダイズできることも意味する。
【００５４】
本明細書に用いられる「実質的に相補的な、または実質的にマッチした」とは、２つの核酸配列が、少なくとも９０％の配列同一性を有することを意味する。２つの核酸配列は、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有することが好ましい。あるいは、「実質的に相補的な、または実質的にマッチした」とは、２つの核酸配列が、高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズできることを意味する。
【００５５】
本明細書に用いられる「２つの完全にマッチしたヌクレオチド配列」は、ワトソンークリック塩基対原理、すなわち、ＤＮＡ：ＤＮＡ二重鎖におけるＡ−Ｔ対およびＣ−Ｇ対ならびに、ＤＮＡ−ＲＮＡ二重鎖またはＲＮＡ−ＲＮＡ二重鎖におけるＡ−Ｕ対およびＣ−Ｇ対によって、２つのヌクレオチド鎖がマッチし、二本の鎖の各々に、欠失も付加もない核酸二重鎖をいう。
【００５６】
本明細書に用いられる「ミスマッチのパーセンテージ決定における「ハイブリダイゼーションのストリンジェンシー」は、以下のとおりである：
１）高ストリンジェンシー：０．１×ＳＳＰＥ（または０．１×ＳＳＣ）、０．１％ＳＤＳ、６５℃；
２）中程度（ｍｅｄｉｕｍ）ストリンジェンシー：０．２×ＳＳＰＥ（または１．０×ＳＳＣ）、０．１％ＳＤＳ、５０℃（中（ｍｏｄｅｒａｔｅ）ストリンジェンシーともいう）；および
３）低ストリンジェンシー：１．０×ＳＳＰＥ（または５．０×ＳＳＣ）、０．１％ＳＤＳ、５０℃。
【００５７】
代替的な緩衝液、塩類および温度を用いて、等しいストリンジェンシーを達成し得ることが、理解される。
【００５８】
本明細書に用いられる「遺伝子」は、染色体上に特定の座を占め、その存在が、種々の対立形態の発生により確認することのできる遺伝の単位をいう。分断化遺伝子の発生を考慮し、遺伝子はまた、単一のポリペプチドを生成させるために必要とされるＤＮＡ配列のセット（エキソン）も包含する。
【００５９】
本明細書に用いられる「融解温度」（「Ｔｍ」）は、核酸二重鎖、すなわち、ＤＮＡ：ＤＮＡ、ＤＮＡ：ＲＮＡ、ＲＮＡ：ＲＮＡ、ＰＮＡ：ＤＮＡ、ＬＮＡ：ＲＮＡおよびＬＮＡ：ＤＮＡなどが変性される温度範囲の中心点をいう。
【００６０】
本明細書に用いられる「サンプル」は、本発明のチップ、プライマー、プローブ、キットおよび方法によりアッセイ、または増幅される標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有し得る任意のものをいう。サンプルは、生物学的流体または生物学的組織などの生物学的サンプルでありうる。生物学的流体の例としては、尿、血液、血漿、血清、唾液、精液、糞便、痰、脳脊髄液、涙液、粘液、羊水などが挙げられる。生物学的組織は、通常、ヒト、動物、植物、細菌、真菌またはウイルス構造の構造材料の１つを形成するそれらの細胞間物質と一緒になった特定の種類の細胞凝集体である（結合組織、上皮組織、筋肉組織および神経組織などを含む）。また、生物学的組織の例としては、器官、腫瘍、リンパ節、動脈および個々の細胞（１つまたは複数）が挙げられる。生物学的組織は、細胞懸濁サンプルを得るために処理できる。また、サンプルは、インビトロで調製された細胞の混合物であり得る。また、サンプルは、培養細胞懸濁液であり得る。生物学的サンプルの場合、サンプルは、粗製サンプルであってもよいし、また、元のサンプルを種々に処理、または調製した後に得られる処理サンプルでもよい。例えば、血液などの体液サンプルから標的細胞を分離、または濃縮するために、種々の細胞分離法（例えば、磁気作動式細胞選別（ｍａｇｎｅｔｉｃａｌｌｙ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ））が適用できる。本発明に用いられるサンプルには、そのような標的細胞濃縮化細胞調製法が含まれる。
【００６１】
本明細書に用いられる「液体（流体）サンプル」は、液体または流体、例えば、生物学的液体として天然に存在するサンプルをいう。また、「液体サンプル」は、非液体状態、例えば、固体、または気体として天然に存在するが、その固体、または気体サンプル物質を含有する液体、流体、溶液または懸濁液として調製されるサンプルもいう。例えば、液体サンプルは、生物学的組織を含有する液体、流体、溶液または懸濁液を包含することができる。
【００６２】
本明細書に用いられる「ＰＣＲ産物の評価」は、ＰＣＲ産物、ならびにＰＣＲ産物のレベルを示す指数、比率、パーセンテージ、視覚的または他の値を獲得する、定量的および／または定性的決定をいう。評価は、直接的でも間接的でもよく、実際に検出される化学種は、当然、ＰＣＲ産物それ自体である必要はなく、例えば、その誘導体、またはさらに他の物質であってもよい。
【００６３】
（Ｂ．ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のアッセイ用チップ）
一態様において、本発明は、重症急性呼吸器症候群を引き起こすコロナウイルス（ＳＡＲＳ−ＣｏＶ）および非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物をアッセイするためのチップに関し、該チップは、その上にＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも１０個のヌクレオチドを含むヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、および以下のオリゴヌクレオチドプローブ（１つまたは複数）：ａ）ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブ；ｂ）感染宿主の免疫系を損傷している非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブ；または，ｃ）非ＳＡＲＳ−Ｃｏｖコロナウイルス科ウイルスのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブを支持体上に固定化させた核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な該支持体を含んでなる。
【００６４】
いくつかの実施形態において、該チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブをその上に固定化させた、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な支持体を含んでなり、上記２つの異なるヌクレオチド配列の各々は、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む。
【００６５】
上記少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列は、任意の適切な組み合わせであり得る。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列、およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み得る。他の例において、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列、およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み得る。
【００６６】
所望の場合、本チップは、他のタイプのプローブまたは他の特徴を含み得る。例えば、該チップは、：ａ）以下の３つのオリゴヌクレオチドプローブのうちの少なくとも１つ：ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物を含有するか、含有する疑いのあるサンプルを該チップに接触させる場合に、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない標識化された固定化コントロールプローブ、いずれのＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の配列にも相補的ではないが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物中には見られないサンプル中に含まれた配列に相補的であるポジティブコントロールプローブ、およびサンプル中に含まれたいずれのヌクレオチド配列にも相補的でないネガティブコントロールプローブ；ならびに、ｂ）ブランクスポット、をさらに含み得る。
【００６７】
特定の一実施形態において、本チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置するか、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置する、または、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置する、各々少なくとも１０個のヌクレオチドの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを含み得る。
【００６８】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの任意の保存領域を、アッセイ標的として用いることができる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａ、１Ｂ遺伝子またはヌクレオカプシド（Ｎ）遺伝子内に位置する領域であり得る。
【００６９】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの任意の可変領域を、アッセイ標的として用いることができる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのスパイク糖タンパク質（Ｓ）遺伝子内に位置する領域であり得る。
【００７０】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの任意の構造タンパク質コード遺伝子を、アッセイ標的として用いることができる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）、小型エンベロープタンパク質（Ｅ）またはヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）をコードする遺伝子であり得る。
【００７１】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの任意の非構造タンパク質コード遺伝子を、アッセイ標的として用いることができる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子は、レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂをコードする遺伝子であり得る。
【００７２】
別の特定の実施形態において、本チップは、以下の４つのオリゴヌクレオチドプローブのうちの少なくとも２つを含み得る：ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、およびＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ。
【００７３】
好ましくは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する異なるヌクレオチド配列の一方または双方は：ａ）表１３に記載されるレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂヌクレオチド配列、またはその相補鎖と、高ストリンジェンシー下でハイブリダイズする；またはｂ）表１３に記載されるヌクレオチド配列を含んでなるレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂヌクレオチド配列、またはその相補鎖に、少なくとも９０％同一性を有するヌクレオチド配列を含み得る。
【００７４】
（表１３．例示的なＳＡＲＳ−ＣｏＶプローブ）
【００７５】
【表１３−１】
【００７６】
【表１３−２】
。
【００７７】
また、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列は：ａ）高ストリンジェンシー下で、表１３に記載されるＮヌクレオチド配列、またはその相補鎖とハイブリダイズする；またはｂ）表１３に記載されるＮヌクレオチド配列、またはその相補鎖を含むＮヌクレオチド配列に少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み得ることが好ましい。より好ましくは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列は表１３に記載されるヌクレオチド配列を含む。
【００７８】
また、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列は：ａ）高ストリンジェンシー下で、表１３に記載されるＳヌクレオチド配列、またはその相補鎖とハイブリダイズする；またはｂ）表１３に記載されるヌクレオチド配列、またはその相補鎖を含むＳヌクレオチド配列に少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み得ることが好ましい。より好ましくは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列は表１３に記載されるヌクレオチド配列を含む。
【００７９】
任意の適切な標識、例えば、化学的、酵素的、免疫原性、放射性、蛍光、発光またはＦＲＥＴ標識を、固定化コントロールプローブに使用できる。
【００８０】
任意の適切な非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列を使用することができる。例えば、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列は、アッセイすべきサンプルの内在成分であり得る。あるいは、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列は、アッセイすべきサンプル内にスパイクされる。別の例において、スパイクされた非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ起原の配列であり得る。
【００８１】
さらに別の特定の実施形態において、本チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物を含有するか、含有する疑いのあるサンプルを本チップに接触させても、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない標識化された固定化コントロールプローブ、いずれのＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列にも相補的でないが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物においては見られないサンプル内に含有されたいずれかの配列に相補的なポジティブコントロールプローブ、およびサンプル内に含有されたいずれのヌクレオチド配列にも相補的でないネガティブコントロールプローブを含み得る。
【００８２】
本チップは、記載されたプローブの複数のスポット、例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、固定化コントロールプローブ、ポジティブコントロールプローブおよびネガティブコントロールプローブの複数のスポットを含んでなることが好ましい。
【００８３】
本チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶに関連しないコロナウイルスのヌクレオチドド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブをさらに含み得る。例えば、ＳＡＲＳに関連しないコロナウイルスは、Ｉ群、ＩＩ群またはＩＩＩ群コロナウイルスであり得るか、または鳥類種に感染するコロナウイルス、例えば、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、ウマ種に感染するコロナウイルス、例えば、ウマコロナウイルス、イヌ種に感染するコロナウイルス、例えば、イヌコロナウイルス、ネコ種に感染するコロナウイルス、例えば、ネココロナウイルスおよびネコ感染性腹膜炎ウイルス、ブタ種に感染するコロナウイルス、例えば、ブタ流行性下痢ウイルス、ブタ伝染性胃腸炎ウイルスおよびブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、子ウシ種に感染するコロナウイルス、例えば、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ウシ種に感染するコロナウイルス、例えば、ウシコロナウイルス、マウス種に感染するコロナウイルス、例えば、マウス肝炎ウイルス、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）種に感染するコロナウイルス、例えば、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）ウイルス、ラット種に感染するコロナウイルス、例えば、ラットコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルス、シチメンチョウ種に感染するコロナウイルス、例えば、シチメンチョウコロナウイルス、またはヒト種に感染するコロナウイルス、例えば、ヒト腸内コロナウイルスである。本チップは、他のタイプのウイルスまたは病原体のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブをさらに含み得る。本チップを用いてアッセイできるウイルスまたは病原体の代表的なリストは表１４に記載してある。
【００８４】
（表１４．例示的なウイルスおよび病原体）
【００８５】
【表１４】
。
【００８６】
種々のプローブ、例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、固定化コントロールプローブ、またはネガティブコントロールプローブ、ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、感染宿主の免疫系を損傷する非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、および非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科ウイルスのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブは、その５’端に、支持体に対するその固定化を増強させるポリｄＴ領域を含み得る。
【００８７】
特定の一実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブの少なくとも１つは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの高発現ヌクレオチド配列に相補的である。このようなチップは、早期ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染の検出に特に有用である。
【００８８】
いくつかの実施形態において、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物は、ＳＡＲＳ様症状を引き起こす感染性生物である。このような生物としては、限定はしないが、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３、ヒト腸内コロナウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｎｃｙｔｉｃａｌ ｖｉｒｕｓ)、ヒトメタニューモウイルス、ライノウイルス、アデノウイルス、肺炎マイコプラスマ、肺炎クラミジア病原体、麻疹ウイルスおよび風疹ウイルスが挙げられる。インフルエンザウイルスは、Ａ型インフルエンザウイルスまたはＢ型インフルエンザウイルスであり得る。パラインフルエンザウイルスは、パラインフルエンザウイルス１、パラインフルエンザウイルス２、パラインフルエンザウイルス３、またはパラインフルエンザウイルス４であり得る。これらの生物に対する例示的プローブは、表１５に記載される。
【００８９】
（表１５． ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する例示的プローブ）
【００９０】
【表１５−１】
【００９１】
【表１５−２】
【００９２】
【表１５−３】
【００９３】
【表１５−４】
【００９４】
【表１５−５】
【００９５】
【表１５−６】
【００９６】
【表１５−７】
【００９７】
【表１５−８】
【００９８】
【表１５−９】
【００９９】
【表１５−１０】
【０１００】
【表１５−１１】
。
【０１０１】
いくつかの実施形態において、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物は、感染宿主の免疫系を損傷する感染性生物である。このような生物としては、限定はしないが、肝炎ウイルス、輸血媒介ウイルス（ｔｒａｎｓｆｕｓｉｏｎ ｔｒａｎｓｍｉｔｔｉｎｇ ｖｉｒｕｓ）（ＴＴＶ），ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、パルボウイルス、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ），エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）および梅毒トレポネーマが挙げられる。肝炎ウイルスは、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス（ＨＤＶ）、Ｅ型肝炎ウイルス（ＨＥＶ）、Ｇ型肝炎ウイルス（ＨＧＶ）であり得る。ＨＩＶは、ＨＩＶ Ｉであり得る。パルボウイルスは、パルボウイルスＢ１９であり得る。例示的プローブは、表１６に記載される。
【０１０２】
（表１６．宿主の免疫系を損傷する非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する例示的プローブ）
【０１０３】
【表１６−１】
【０１０４】
【表１６−２】
【０１０５】
【表１６−３】
【０１０６】
【表１６−４】
【０１０７】
【表１６−５】
。
【０１０８】
いくつかの実施形態において、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物は、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスである。このようなウイルスとしては、限定はしないが、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、マウス肝炎ウイルス、ウマコロナウイルス、イヌコロナウイルス、ネココロナウイルス、ブタ流行性下痢ウイルス、ブタ伝染性胃腸炎ウイルス、ウシコロナウイルス、ネコ感染性腹膜炎ウイルス、ラットコロナウイルス、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）ウイルス、シチメンチョウコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルスが挙げられる。これらのウイルスに対する例示的プローブは、表１７に記載される。
【０１０９】
（表１７．非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスに対する例示的プローブ）
【０１１０】
【表１７】
。
【０１１１】
上記オリゴヌクレオチドプローブおよび標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶならびに任意の非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列は、任意の適切な長さであり得る。該オリゴヌクレオチドプローブおよび標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶならびに任意の非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列は、少なくとも、７、１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、９０、１００個のヌクレオチドまたは１００ヌクレオチドをこえる長さを有することが好ましい。
【０１１２】
上記オリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーは、任意の適切な方法、例えば、化学的合成、組み換え法、および／または双方により調製できる（一般的に、Ａｕｓｕｂｅｌら（編集者）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ Ｉｎｃ．（２０００）を参照）。
【０１１３】
本チップには、任意の適切な支持体が使用できる。例えば、該支持体は、シリコン、プラスチック、ガラス、セラミック、ゴム、およびポリマー表面からなる群より選択される表面を含み得る。
【０１１４】
（Ｃ．ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に関するアッセイ法）
別の態様において、本発明は、サンプル内のＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に関するアッセイ法に関し、上記方法は：ａ）上記のチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；および、ｃ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の上記ヌクレオチド配列と上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムのヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブまたは上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物ゲノムのヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブとの間に形成されたハイブリッドを評価することを含んでなり、これにより、上記ハイブリッドの一方または両方の検出が、上記サンプル内の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の存在を示す。
【０１１５】
いくつかの実施形態において：ａ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを支持体上に固定化させた、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な該支持体であって、上記２つの異なるヌクレオチド配列の各々が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む支持体を含んでなるチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；およびｃ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列とＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な上記少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブそれぞれとの間に形成されたハイブリッドを評価して、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無、または、量を決定することにより、ＳＡＲＳ−ＣｏＶをアッセイし、これにより、上記ハイブリッドの一方または両方の検出が、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在を示す。
【０１１６】
特定の一実施形態において、当該方法はａ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列、またはＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列を含んでなるチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；およびｃ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列と、ｉ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブそれぞれ；またはｉｉ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブとの間に形成されたハイブリッドを評価して、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無、または、量を決定し、これにより、上記ハイブリッドの一方または両方の検出が上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在を示す。
【０１１７】
別の特定の実施形態において、当該方法は：ａ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内のクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、以下の３つのオリゴヌクレオチドプローブ：ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルを該チップに接触させる時、いずれのハイブリダイゼーション反応に関与しない標識された固定化コントロールプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのいずれの配列にも相補的ではないが、サンプル中に含まれた非ＳＡＱＲＳ−ＣｏＶ配列に相補的であるポジティブコントロールプローブ、およびサンプル中に含まれたいずれのヌクレオチド配列にも相補的でないネガティブコントロールプローブおよびブランクスポットのうちの少なくとも１つを含んでなるチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；およびｃ）（ｉ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列と、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内のヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブそれぞれとの間に形成されたハイブリッド；（ｉｉ）固定化コントロールプローブに含まれる標識、またはポジティブコントロールプローブおよび／またはネガティブコントロールプローブを含むハイブリッド（１つまたは複数）；および（ｉｉｉ）上記ブランクスポットにおけるシグナルを評価して、サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無、または、量を決定することを含んでなる。
【０１１８】
当該チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、固定化コントロールプローブ、ポジティブコントロールプローブおよびネガティブコントロールプローブを含んでなることが好ましく、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在は：ａ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列の少なくとも１つ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出される；ｂ）固定化コントロールプローブから陽性シグナルが検出される；ｃ）ポジティブコントロールプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出される；ｄ）ネガティブコントロールプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されない；およびｅ）ブランクスポットにおいて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されない場合に、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在が決定される。
【０１１９】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの可変領域における標的配列を含むことで、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの可能な変異の評価ができる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列の少なくとも１つ、またはＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されるが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されなければ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの変異が示される。
【０１２０】
本方法は、任意の適切な予後判定および診断の目的に用いることができる。一例において、本方法は、ＳＡＲＳ様症状、例えば、発熱または高熱、非増殖性咳、筋痛、呼吸困難、高乳酸デヒドロゲナーゼ、低カルシウム血症、およびリンパ球減少症（Ｂｏｏｔｈら、ＪＡＭＡ、２００３年５月６日；［印刷前の電子出版］）を有する患者の集団からＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染患者を同定するために用いられる。本発明のチップ、方法およびキットは、高乳酸デヒドロゲナーゼ、低カルシウム血症、およびリンパ球減少症などについてのアッセイをさらに含み得る。
【０１２１】
別の例において、ＳＡＲＳ−ＣｏＶに関連しないコロナウイルスのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオイドプローブをさらに含んでなるチップが用いられ、ＳＡＲＳに関連しないコロナウイルス：例えば、鳥類種を感染させるコロナウイルス、例えば、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、ウマ種を感染させるコロナウイルス、例えば、ウマコロナウイルス、イヌ種を感染させるコロナウイルス、例えば、イヌコロナウイルス、ネコ種を感染させるコロナウイルス、例えば、ネココロナウイルスおよびネコ感染性腹膜炎ウイルス、ブタ種を感染させるコロナウイルス、例えば、ブタ流行性下痢ウイルス、ブタ伝染性胃腸炎ウイルスおよびブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、子ウシ種を感染させるコロナウイルス、例えば、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ウシ種を感染させるコロナウイルス、例えば、ウシコロナウイルス、マウス種を感染させるコロナウイルス、例えば、マウス肝炎ウイルス、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）種を感染させるコロナウイルス、例えば、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）ウイルス、ラット種を感染させるコロナウイルス、例えば、ラットコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルス、シチメンチョウ種を感染させるコロナウイルス、例えば、シチメンチョウコロナウイルス、またはヒト種を感染させるコロナウイルス、例えば、ヒト腸内コロナウイルス、に感染している患者からＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染患者を陽性に同定するために、該方法が用いられる。
【０１２２】
さらに別の例において、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの高発現ヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオイドプローブを含んでなるチップが用いられ、早期ＳＡＲＳ患者（例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶに感染して約１日未満から約３日たっているＳＡＲＳ患者）を診断するために、この方法が用いられる。
【０１２３】
さらに別の例において、ＳＡＲＳの治療、例えば、インターフェロンまたは種々のＲＮＡウイルスの複製を阻害するリバビリンなどの薬剤による治療をモニターするために本方法が用いられる。また本方法は、薬物スクリーニングアッセイにおいて、可能性のある抗ＳＡＲＳ−ＣｏＶ剤を評価するためにも用いることができる。
【０１２４】
本発明の方法は、被験体が、ＳＡＲＳ様症状を引き起こすＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に感染しているかどうかを決定するために用いることができる。ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物としては、限定はしないが、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３、ヒト腸内コロナウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｎｃｙｇｔｉｃａｌ ｖｉｒｕｓ）、ヒトメタニューモウイルス、ライノウイルス、アデノウイルス、肺炎マイコプラスマ、肺炎クラミジア病原体、麻疹ウイルスおよび風疹ウイルスが挙げられる。インフルエンザウイルスは、Ａ型インフルエンザウイルスまたはＢ型インフルエンザウイルスであり得る。パラインフルエンザウイルスは、パラインフルエンザウイルス１、パラインフルエンザウイルス２、パラインフルエンザウイルス３、またはパラインフルエンザウイルス４であり得る。
【０１２５】
また、本発明の方法は、被験体が、被験体の免疫系を損傷するＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に感染しているかどうかを決定するために用いることができる。被験体の免疫系を損傷する非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物としては、限定はしないが、肝炎ウイルス、輸血媒介ウイルス（ＴＴＶ），ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、パルボウイルス、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ），エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）および梅毒トレポネーマが挙げられる。肝炎ウイルスは、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス（ＨＤＶ）、Ｅ型肝炎ウイルス（ＨＥＶ）、またはＧ型肝炎ウイルス（ＨＧＶ）であり得る。ＨＩＶは、ＨＩＶ Ｉであり得る。パルボウイルスは、パルボウイルスＢ１９であり得る。
【０１２６】
また、本発明の方法は、被験体が、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスに感染しているかどうかを決定するために用いることができる。非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスとしては、限定はしないが、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、マウス肝炎ウイルス、ウマコロナウイルス、イヌコロナウイルス、ネココロナウイルス、ブタ流行性下痢ウイルス、ブタ伝染性胃腸炎ウイルス、ウシコロナウイルス、ネコ感染性腹膜炎ウイルス、ラットコロナウイルス、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）ウイルス、シチメンチョウコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルスが挙げられる。
【０１２７】
任意の適切なＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列をアッセイすることができる。例えば、アッセイすべきＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列、または抽出されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列から増幅されたＤＮＡ配列であり得る。
【０１２８】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、任意の適切な方法により調製できる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に感染した細胞または他の材料から、ＱＩＡａｍｐ ウイルスＲＮＡキット、Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ−Ｓａｃｃｈｉ法またはＴＲＩｚｏｌを用いて抽出できる。（ＤｅＰａｕｌａら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ、９８（２）：１１９−２５頁（２００１））。ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に感染した細胞または他の材料から、ＱＩＡａｍｐ ウイルスＲＮＡキットを用いて抽出されることが好ましい。ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、任意の適切な供給源から抽出できる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、痰または唾液のサンプルから抽出できる。別の例において、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、血液サンプルのリンパ球から抽出できる。
【０１２９】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、任意の適切な方法、例えば、ＰＣＲにより増幅できる。ＰＣＲの間、標識を増幅ＤＮＡ配列に組み込むことが好ましい。任意の適切なＰＣＲ、例えば、従来のＰＣＲ、マルチプレックスＰＣＲ，ネステッドＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲが使用できる。一例において、ＰＣＲは、第一のステップがＲＴ−ＰＣＲであり、第二のステップが従来のＰＣＲである２ステップネステッドＰＣＲを含み得る。別の例において、ＰＣＲは、複数の５’および３’特異的プライマーを用いる１ステップマルチプレックスＲＴ−ＰＣＲを含んでなることができ、上記特異的プライマーの各々は、増幅すべき標的配列に相補的な特異的配列、および共通配列、ならびに５’および３’ユニバーサルプライマーを含んでなり、上記５’ユニバーサルプライマーは、５’特異的プライマーの共通配列に相補的であり、上記３’ユニバーサルプライマーは、３’特異的プライマーの共通配列に相補的であり、上記ＰＣＲにおいて、５’および３’ユニバーサルプライマーの濃度は、各々、５’および３’特異的プライマーの濃度に等しいか、またはそれより高い。３’ユニバーサルプライマーおよび／または５’ユニバーサルプライマーは、標識化、例えば、蛍光標識化されることが好ましい。さらに別の例において、上記ＰＣＲは、複数ステップのネステッドＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲを含んでなる。さらに別の例において、上記ＰＣＲは、表１８に記載されたＳＡＲＳ−ＣｏＶに対する以下のプライマー対の少なくとも１つを用いて行われる。
【０１３０】
（表１８．例示的なＳＡＲＳ−ＣｏＶプライマー）
【０１３１】
【表１８−１】
【０１３２】
【表１８−２】
【０１３３】
【表１８−３】
【０１３４】
【表１８−４】
【０１３５】
【表１８−５】
。
【０１３６】
さらに別の例において、上記ＰＣＲは、表１９に記載されたＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する以下のプライマー対の少なくとも１つを用いて行われる。
【０１３７】
（表１９．ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する例示的プライマー）
【０１３８】
【表１９−１】
【０１３９】
【表１９−２】
【０１４０】
【表１９−３】
【０１４１】
【表１９−４】
【０１４２】
【表１９−５】
【０１４３】
【表１９−６】
【０１４４】
【表１９−７】
【０１４５】
【表１９−８】
。
【０１４６】
さらに別の例において、上記ＰＣＲは、表２０に記載された被験体の免疫系を損傷する非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する以下のプライマー対の少なくとも１つを用いて行われる。
【０１４７】
（表２０．被験体の免疫系を損傷する非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する例示的プライマー）
【０１４８】
【表２０−１】
【０１４９】
【表２０−２】
【０１５０】
【表２０−３】
【０１５１】
【表２０−４】
【０１５２】
【表２０−５】
【０１５３】
【表２０−６】
。
【０１５４】
さらに別の例において、上記ＰＣＲは、表２１に記載された非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスに対する以下のプライマー対の少なくとも１つを用いて行われる。
【０１５５】
（表２１．非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスに対する例示的プライマー）
【０１５６】
【表２１−１】
【０１５７】
【表２１−２】
【０１５８】
【表２１−３】
。
【０１５９】
（Ｄ． ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のプライマー、プローブ、キットならびにそれらの使用）
さらに別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーに関し、上記オリゴヌクレオチドプライマーは：ａ）表１８または表１９〜表２１に記載される、標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列またはその相補鎖と、高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするか；またはｂ）表１８または表１９〜表２１に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなる標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に、少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる。
【０１６０】
本発明のプライマーは、任意の適切なタイプの核酸、例えば、ＤＮＡ，ＲＮＡ，ＰＮＡまたはそれらの誘導体を含み得る。該プライマーは、表１８または表１９〜表２１に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなることが好ましい。
【０１６１】
特定の一実施形態において、本発明は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列を増幅するためのキットに関し、上記キットは：ａ）上記のプライマー；およびｂ）プローブを用いて、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオトチド配列を増幅できる核酸ポリメラーゼを含んでなる。該核酸ポリメラーゼは、逆転写酵素であることが好ましい。
【０１６２】
さらに別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオトチド配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブに関し、上記オリゴヌクレオチドプローブは：ａ）表１３または表１５〜表１７に記載される標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列またはその相補鎖と、高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするか；またはｂ）表１３または表１５〜表１７に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなる標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に、少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる。
【０１６３】
本発明のプローブは、任意の適切なタイプの核酸、例えば、ＤＮＡ，ＲＮＡ，ＰＮＡまたはそれらの誘導体を含み得る。該プローブは、表１３または表１５〜表１７に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなることが好ましい。また、該プローブは、標識（例えば、化学標識、酵素標識、免疫標識、放射性標識、蛍光標識、発光標識およびＦＲＥＴ標識）されることが好ましい。
【０１６４】
特定の一実施形態において、本発明は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列をハイブリダイゼーション分析するためのキットに関し、上記キットは：ａ）上記プローブ；およびｂ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列と上記プローブとの間に形成されたハイブリッドを評価する手段を含んでなる。
【０１６５】
該オリゴヌクレオチドプライマーおよびプローブは、任意の適切な方法により作製できる。例えば、該プローブは、化学合成され得る（一般的には、Ａｕｓｕｂｅｌ（編）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、２．１１．Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．（２０００）を参照）か、天然の供給源から分離できるか、組み換え法により作製できるか、またはそれらの組み合わせにより作製できる。また、合成オリゴヌクレオチドは、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、３：３１８５−３１９１頁（１９８１）のトリエステル法を用いて調製することもできる。あるいは、例えば、ホスホラミダイト化学を用いる、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ＤＮＡ合成機での自動合成が好ましい。該プローブおよび該プライマーは、化学合成されることが好ましい。
【０１６６】
本発明のオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーの調製に適切な塩基は、アデニン、シトシン、グアニン、ウラシル、およびチミンなどの天然に存在するヌクレオチド塩基から選択できる。また、８−オキソ−グアニン、６−メルカプトグアニン、４−アセチルシチジン、５−（カルボキシヒドロキシエチル）ウリジン、２’−Ｏ−メチルシチジン、５−カルボキシメチルアミノ−メチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウリジン、ジヒドロウリジン、２’−Ｏ−メチルプソイドウリジン、ベータ−Ｄ−ガラクトシルクエオシン、２’−Ｏメチルグアノシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデノシン、１−メチルアデノシン、１−メチルプソイドウリジン、１−メチルグアノシン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアノシン、２−メチルアデノシン、２−メチルグアノシン、３−メチルシチジン、５−メチルシチジン、Ｎ６−メチルアデノシン、７−メチルグアノシン、５−メチルアミノメチルウリジン、５−メトキシアミノメチル−２−チオウリジン、ベータ−Ｄ−マンノシルクエオシン、５−メトキシカルボニルメチルウリジン、５−メトキシウリジン、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデノシン、Ｎ−（（９−ベータ−Ｄ−リボフラノシル−２−メチルチオプリン−６−イル）カルバモイル）トレオニン、Ｎ−（（９−ベータ−Ｄ−リボフラノシルプリン−６−イル）Ｎ−メチルカルバモイル）トレオニン、ウリジン−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウリジン−５−オキシ酢酸、ウィブトキソシン、プソイドウリジン、クエオシン、２−チオシチジン、５−メチル−２−チオウリジン、２−チオウリジン、２−チオウリジン、５−メチルウリジン、Ｎ−（（９−ベータ−Ｄ−リボフラノシルプリン−６−イル）カルバモイル）トレオニン、２’−Ｏ−メチル−５−メチルウリジン、２’−Ｏ−メチルウリジン、ウィブトシン、および３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）ウリジンなどの非天然または「合成」ヌクレオチド塩基からも選択できる。
【０１６７】
同様に、オリゴヌクレオチドの化学的アナログ（例えば、ホスホジエステル結合が、たとえば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、またはホスホラミデートに改変されているオリゴヌクレオチド）もまた使用できる。分解からの保護は、オリゴヌクレオチドの３’端におけるホスホジエステル結合の代わりに、耐ヌクレアーゼ結合が置換される「３’端キャップ」法により達成される（Ｓｈａｗら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、１９：７４７頁（１９９１））。ホスホルアミデート類、ホスホロチオエート類、およびメチルホスホネート結合の全ては、この様式で適切に機能する。ホスホジエステル骨格の修飾を拡大することにより、安定性が付与されることが示されており、親和性の増強およびオリゴヌクレオチド類の細胞透過性の増大を考慮に入れることができる（Ｍｉｌｌｉｇａｎら、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．、３６：１９２３頁（１９９３））。多くの異なる化学的方法が、全ホスホジエステル骨格を新規な結合と置き換えるために使用されている。骨格アナログとしては、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、ボラノホスフェート、ホスホトリエステル、ホルムアセタール、３’−チオホルムアセタール、５’−チオホルムアセタール、５’−チオエーテル、カーボネート、５’−Ｎ−カルバメート、サルフェート、スルホネート、スルファメート、スルホンアミド、スルホン、スルフィット、スルホキシド、スルフィド、ヒドロキシルアミン、メチレン（メチルイミノ）（ＭＭＩ）またはメチレンオキシ（メチルイミノ）（ＭＯＭＩ）結合が挙げられる。ホスホロチオエートおよびメチルホスホネート−修飾オリゴヌクレオチド類は、自動化オリゴヌクレオチド合成を介するそれらの利用可能性のため、特に好ましい。該オリゴヌクレオチドは、（Ｍｉｌｌｉｇａｎら、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．、３６：１９２３頁（１９９３））により記載されるような「ペプチド核酸」であり得る。この唯一必要なことは、オリゴヌクレオチドプローブが、その配列の一部に標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列の一部に結合できる配列を有する必要があることである。
【０１６８】
ハイブリダイゼーションプローブまたは増幅プライマーは、任意の適切な長さであり得る。該プローブが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的核酸にハイブリダイズし、プローブまたはプライマーとして有効に機能する（例えば、検出または増幅を促進する）限り、プローブまたはプライマーの長さに下限または上限はない。本発明の該プローブまたはプライマーは、５０、４０、３０、２０、１５、または１０個の短さのヌクレオチド、またはそれ以下で短さであり得る。同様に、該プローブまたはプライマーは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的配列の完全長に対して２０、４０、５０、６０、７５、１００または２００個の長さのヌクレオチド、またはそれ以上の長さであり得る。一般に、プローブは、相補的標的核酸鎖の少なくとも１４個のヌクレオチド、好ましくは、少なくとも１８個のヌクレオチド、より好ましくは、少なくとも２０個から３０個までのいずれかのヌクレオチドを有し、ヘアピン第二次構造は含有しない。特定の実施形態において、該プローブは、少なくとも３０個のヌクレオチド、または少なくとも５０個のヌクレオチドの長さを有することができる。完全な相補性がある場合、すなわち、該鎖が、プローブの鎖と等しい配列を含有する場合、この二重鎖は、ストリンジェンシー下でも比較的安定であり、該プローブは短くてもよく、すなわち約１０〜３０の塩基対の範囲内でもよい。ある程度のミスマッチが、プローブ内で予想される場合、すなわち、該プローブが、可変領域、または特定の属内の全ての種などの配列群にハイブリダイズする疑いがある場合、該プローブは、ミスマッチ（１つまたは複数）の作用を相殺するためにより大きな長さ（すなわち、１５〜４０の塩基）であり得る。
【０１６９】
該プローブは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的遺伝子に及ぶ必要はない。ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的または対立遺伝子を、具体的に同定する可能性を有する標的領域の任意のサブセットを使用することができる。その結果、核酸プローブは、標的領域の８個と少ないヌクレオチド類にハイブリダイズできる。さらに、プローブの断片が、分類されるＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的遺伝子に十分に特徴的である限り使用できる。
【０１７０】
該プローブまたはプライマーは、長さが少なくとも８個のヌクレオチドであるＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的ヌクレオチド配列と低ストリンジェンシー下でハイブリダイズできるはずである。該プローブまたはプライマーは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的ヌクレオチド配列と中程度または高ストリンジェンシー下でハイブリダイズすることが好ましい。
【０１７１】
さらに別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的遺伝子を分類するために、支持体上に固定化されたオリゴヌクレオチドのアレイ関するものであり、このアレイは、核酸のハイブリダイゼーションの使用に適切な支持体を含んでなり、複数のオリゴヌクレオチドプローブが支持体上に固定化されており、上記プローブの少なくとも１つは：ａ）高ストリンジェンシー下、表１３または表１５〜１７に記載される、標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列、またはその相補鎖とハイブリダイズするか；またはｂ）表１３または表１５〜１７に記載される、ヌクレオチド配列、またはその相補鎖を含んでなる標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の同一性を有する、ヌクレオチド配列を含んでなる。
【０１７２】
複数のプローブが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡまたはそれらの誘導体を含むことができる。該プローブの少なくとも１つまたは幾つかは、表１３または表１５〜１７に記載される、ヌクレオチド配列、またはその相補鎖を含むことができる。プローブアレイは、表１３または表１５〜１７に記載される、全てのヌクレオチド配列、またはそれらの相補鎖を含んでなることが好ましい。該プローブの少なくとも１つ、幾つかまたは全てを標識することができる。代表的標識としては、化学標識、酵素標識、免疫標識、放射性標識、蛍光標識、発光標識およびＦＲＥＴ標識が挙げられる。任意の適切な支持体、例えば、シリコン、プラスチック、ガラス、セラミック、ゴム、およびポリマー表面を使用することができる。
【０１７３】
（Ｅ． アッセイ様式）
（プローブの固定化）
本法、プローブおよびプローブアレイは溶液中で使用できる。それは、例えば、固体支持体上に固定化されたプローブ（１つまたは複数）を用いることにより、チップ様式で実施するのが好ましい。
【０１７４】
プローブは、任意の適切な表面、好ましくは、シリコン、プラスチック、ガラス、セラミック、ゴム、およびポリマー表面などの固体支持体上に固定化できる。プローブはまた、３次元多孔性ゲル基材、例えば、Ｐａｃｋａｒｄ ＨｙｄｒｏＧｅｌチップに固定化できる（Ｂｒｏｕｄｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、２９（１９）：Ｅ９２頁（２００１））。
【０１７５】
アレイベースアッセイについては、プローブは、「バイオチップ」などの固体支持体に固定化することが好ましい。この固体支持体は、粒子、繊維、沈殿物、ゲル、シート、チューブ、球体、容器、キャピラリ、パッド、スライス、フィルム、プレート、スライドとして存在する、生物学的、非生物学的、有機、無機、またはこれらの任意の組み合わせであり得る。
【０１７６】
プローブのライブラリーを含有するマイクロアレイバイオチップは、例えば、米国特許第５，１４３，８５４号、米国特許第５，３８４，２６１号または米国特許第５，５６１，０７１号に記載されるＶＬＳＩＰＳ（商標）；米国特許第５，５４１，０６１号に記載されるようなビーズベース法；および米国特許第５，２８８，５１４号に詳述されているようなピンベース法などの光有向法を含む多くの周知のアプローチにより調製できる。ＶＬＳＩＰＳ（商標）を用いてマイクロアレイとして異なる二重鎖プローブのライブラリー調製を詳述する米国特許第５，５５６，７５２号もまた、マイクロアレイにおけるヘアピンプローブのライブラリー調製に適している。
【０１７７】
米国特許第５，６７７，１９５号および米国特許第５，３８４，２６１号に記載されるようなフローチャネル法は、種々の異なるプローブを有するマイクロアレイバイオチップを調製するために使用できる。この場合、プローブが、フローチャネルから支持体へ送達されると、基材のある一定の活性化領域が機械的に分離される。フローチャネル法の詳細な記載は、指定されたフローパスを通って液体の有向チャネリングを増強するための保護コーティング湿潤促進剤の使用を含めて、米国特許第５，５５６，７５２号に見ることができる。
【０１７８】
種々のプローブをその上に固定化させたマイクロアレイバイオチップを調製するためにスポッティング法を使用することもできる。この場合、反応物は、支持体の選択された領域に比較的少量を直接付着させることにより送達される。もちろん幾つかのステップにおいて、支持体表面全体を、特定の溶液によりスプレーあるいはコーティングできる。特定の様式において、ディスペンサーを領域ごとに移動させて、各停止箇所において必要なだけのプローブまたは他の試薬を付着させる。溶液または他の流体を含有するプローブを支持体に送達するための、典型的なディスペンサーとしては、マイクロピペット、ナノピペット、インクジェット型カートリッジおよびピンが挙げられ、任意に、支持体に関してこれらの送達装置の位置をコントロールするためのロボットシステムが挙げられる。他の様式において、種々の試薬が、反応領域に同時に送達できるようなディスペンサーとしては、一連のチューブまたは複数ウェルトレー、分岐管、および送達装置のアレイが挙げられる。スポッティング法は、当該分野で周知であり、例えば、米国特許第５，２８８，５１４号、米国特許第５，３１２，２３３号および米国特許第６，０２４，１３８号に記載されたものが挙げられる。幾つかの場合において、固定化プローブを有するマイクロアレイバイオチップを調製するために、支持体の予め規定された領域上のフローチャネルおよび「スポッティング」の組合せもまた使用できる。
【０１７９】
プローブを固定化するための固体支持体は、平坦であることが好ましいが、代わりの表面形状をとってもよい。例えば、固体支持体は、プローブ合成が行われるか、またはプローブが結合する隆起領域または窪み領域を含有してもよい。幾つかの実施形態において、固体支持体は、適切な光吸収特性を提供するために選択できる。例えば、該支持体は、重合化ラングミュア・ブロジェット膜、ガラスまたは機能化ガラス、Ｓｉ、Ｇｅ、ＧａＡｓ、ＧａＰ、ＳｉＯ２、ＳｉＮ４、修飾シリコン、または種々のゲル、あるいは（ポリ）テトラフルオロエチレン、（ポリ）ビニリデンジフルオリド、ポリスチレン、ポリカーボネートなどのポリマーのうちいずれか１種、またはそれらの組合せであってもよい。他の適切な個体支持体材料は、当業者にとって容易に明らかであろう。
【０１８０】
固体支持体の表面は、反応性基を含有することができ、それらとしては、オリゴヌクレオチドまたは核酸と結合した反応性基に共役するのに適切なカルボキシル、アミノ、ヒドロキシル、チオールなどが挙げられる。該表面は、好ましくは、光学的に透明であり、シリカ表面に見られるものなど、Ｓｉ−ＯＨ官能化表面を有する。
【０１８１】
該プローブは、当該分野で周知のイオン力、共有力または他の力によるなど化学的または物理的手段により、支持体に結合できる。核酸およびオリゴヌクレオチド類の固定化は、当該分野で周知の任意の手段により達成できる（例えば、Ｄａｔｔａｇｕｐｔａら、Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、１７７：８５−８９頁（１９８９）；Ｓａｉｋｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８６：６２３０−６２３４（１９８９）；およびＧｒａｖｉｔｔら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏ．、３６：３０２０−３０２７頁（１９９８）を参照）。
【０１８２】
該プローブは、Ｌｏｃｋｈａｒｔらに対する米国特許第５，５５６，７５２号に記載されるとおり、ハイブリダイゼーションアッセイに役立ち得るプローブの二重鎖部分間のスペースを提供できるスペーサー分子により支持体に結合できる。スペーサー分子は、典型的に長さが６個から５０個の間の原子を含んでなり、支持体に結合する表面結合部分を含む。支持体に対する結合は、例えば、（ポリ）トリフルオロクロロエチレン表面を用いて炭素−炭素結合により、または好ましくないシロキサン結合（例えば、固体支持体としてガラスまたは酸化シリコンを用いて）により達成できる。シロキサン結合は、支持体をスペーサーのトリクロロシリル基またはトリアルコキシシリル基と反応させることにより形成できる。アミノアルキルシラン類およびヒドロキシアルキルシラン類、ビス（２−ヒドロキシエチル）−アミノプロピルトリエトキシシラン、２−ヒドロキシエチルアミノプロピルトリエトキシシラン、アミノプロピルトリエトキシシランまたはヒドロキシプロピルトリエトキシシランは、表面結合基で有用である。
【０１８３】
該スペーサーはまた、プローブの表面結合部分に結合している拡張部分または長鎖部分を含むことができる。例えば、アミン類、ヒドロキシル、チオール、およびカルボキシル基は、スペーサーの拡張部分を表面結合部分に結合させるのに適切である。スペーサーの拡張部分は、ポリマー合成のためのその後の条件に対しても不活性である任意の種々の分子であり得る。これらの長鎖部分は、典型的にはアリールアセチレン、２〜１４のモノマー単位を有するエチレングリコールオリゴマー類、ジアミン類、ジ酸類、アミノ酸類、ペプチド類、またはそれらの組合せである。
【０１８４】
幾つかの実施形態において、スペーサーの拡張部分は、ポリヌクレオチドであるか、またはスペーサー全体が、ポリヌクレオチドであり得る。スペーサーの拡張部分はまた、ポリエチレングリコール類、ポリヌクレオチド類、アルキレン、ポリアルコール、ポリエステル、ポリアミン、ポリホスホジエステルおよびそれらの組合せから構築できる。さらに、プローブ合成に使用するため、スペーサーは、スペーサーの遠位端または末端（固体支持体の反対側）に官能基（例えば、ヒドロキシル、アミノ酸またはカルボン酸）に結合した保護基を有することができる。脱保護とカップリング後、上記遠位端は、オリゴマーまたはプローブに共有結合できる。
【０１８５】
本法は、一度に単一プローブにより単一サンプルを分析するために使用できる。本法は、ハイスループット様式で実施されることが好ましい。例えば、複数のサンプルを、単一プローブにより同時に分析できるか、または単一サンプルを、複数のプローブを用いて同時に分析できる。複数のサンプルを、複数のプローブを用いて同時に分析できることがより好ましい。
【０１８６】
（ハイブリダイゼーション条件）
ハイブリダイゼーションは、当該分野で公知の任意の適切な方法のもとで実施できる。ハイブリダイゼーション条件は、ハイブリダイゼーションの程度、ハイブリダイゼーションの特異性のレベル、および非特異的結合のバックグラウンドレベルを増加させるか、または減少させるために変えることができること（すなわち、ハイブリダイゼーションまたは洗浄塩の濃度または温度を変えることによって）は当業者にとって明らかであろう。プローブと標的ヌクレオチド配列との間のハイブリダイゼーションは、高、中程度または低ストリンジェンシーを含めて、任意の適切な緊縮下で実施できる。典型的には、ハイブリダイゼーションは、高ストリンジェンシー条件下で実施される。
【０１８７】
プローブと標的核酸との間のハイブリダイゼーションは、同種、例えば分子ビーコン（Ｔｙａｇｉ Ｓ．ら、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１４：３０３−３０８頁（１９９６）；および米国特許第６，１５０，０９７号）およびハイブリダイゼーション保護アッセイ（Ｇｅｎ−Ｐｒｏｂｅ社）（米国特許第６，００４，７４５号）に用いられている典型的な条件、または異種（異なるタイプのニトロセルロースベースのハイブリダイゼーションに用いられている典型的な条件および磁気ビーズベースのハイブリダイゼーションに用いられているもの）であり得る。
【０１８８】
標的ポリヌクレオチド配列は、高ストリンジェンシーから低ストリンジェンシーのハイブリダイゼーションおよび洗浄条件下で標的配列の配列と安定なハイブリッドを形成するオリゴヌクレオチドプローブによるハイブリダイゼーションによって検出できる。ハイブリダイゼーションによる検出の利点は、使用されるプローブに依って、さらなる特異性が可能なことである。プローブが、標的配列に対して完全に相補的（すなわち、約９９％以上）であることが予想される場合、高ストリンジェントな条件が用いられる。幾つかの誤対合が予想される場合、例えば、プローブが、完全相補的ではない結果、変株が予想される場合、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを低下させることができる。しかしながら、非特異的なハイブリダイゼーションを最少にするか、または排除する条件が選択される。
【０１８９】
ハイブリダイゼーションに影響を与える条件、および非特異的ハイブリダイゼーションに対して選択する条件は、当該分野で公知である（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｎｕａｌ、第２版、Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ、Ｅ．Ｆｒｉｔｓｃｈ、Ｔ．Ｍａｎｉａｔｉｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、１９８９年）。一般に、低塩濃度および高温で、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを増加させる。例えば、一般にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件としては、凡そ０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳを含有する溶液中、約６５℃の温置／洗浄温度での温置が挙げられる。中程度ストリンジェントな条件は、凡そ１〜２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳを含有する溶液中、約５０℃〜６５℃の温置／洗浄温度での温置である。低ストリンジェントな条件は、約３０℃〜５０℃で２×ＳＳＣである。
【０１９０】
ハイブリダイゼーションおよび洗浄の代替法は、先ず低緊縮ハイブリダイゼーション（５×ＳＳＰＥ、０．５％ＳＤＳ）の実施に次いで、３Ｍ塩化テトラメチルアンモニウム（ＴＭＡＣ）の存在下、高ストリンジェントな洗浄を実施することである。ＴＭＡＣの効果は、所与の温度でのハイブリダイゼーションの効率が、ポリヌクレオチドの長さに、より密接に対応するように、Ａ−ＴおよびＧ−Ｃ塩基対の相対的結合を均一にすることである。ＴＭＡＣを用いて、所望のストリンジェントなレベルを達成するために、洗浄温度を変えることは可能である（Ｗｏｏｄら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８２：１５８５−１５８８頁（１９８５））。
【０１９１】
ハイブリダイゼーション溶液は、２５％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、５×Ｄｅｎｈａｒｄｔ溶液、１００μｇ／ｍｌの一本鎖ＤＮＡ、５％硫酸デキストラン、またはプローブハイブリダイゼーションに有用な公知の他の試薬を含有し得る。
【０１９２】
（ハイブリッドの検出）
プローブと標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶ核酸との間のハイブリダイゼーションの検出は、当該分野で公知の任意の方法、例えば、プローブの標識、第２のプローブ、標的核酸またはそれらの組合せにより実施でき、本発明の目的に適切である。あるいは、ハイブリッドは、検出可能な標識の不在下、質量分析法により検出できる（米国特許第６，３００，０７６号）。
【０１９３】
検出可能な標識は、ハイブリダイゼーション後、直接または間接のいずれかで検出できる部分である。言い換えれば、検出可能な標識は、測定可能な物性（例えば、蛍光または吸収）を有するか、酵素反応に関与する。直接標識を用いて、標的ヌクレオチド配列またはプローブを標識し、ハイブリッド中の標識を検出することによりハイブリッド形成を評価する。間接標識を用いて、第２のプローブを標識し、第２のプローブと元のハイブリッドとの間で形成された第２のハイブリッドの検出によりハイブリッド形成を評価する。
【０１９４】
プローブまたは核酸を標識する方法は、当該分野で周知である。適切な標識としては、蛍光体、発色団、発光団、放射性同位元素、高電子密度試薬、ＦＲＥＴ（蛍光共鳴エネルギー移動）、特異的結合パートナーを有する酵素およびリガンドが挙げられる。特に有用な標識は、酵素などの酵素的活性基（Ｗｉｓｄｏｍ、ＣＬＩＮ．ＣＨＥＭ．、２２：１２４３（１９７６））；酵素基質（英国特許第１，５４８，７４１号）；補酵素（米国特許第４，２３０，７９７号および米国特許第４，２３８，５６５号）および酵素阻害剤（米国特許第４，１３４，７９２号）；蛍光剤（ＳｏｉｎｉおよびＨｅｍｍｉｌａ、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．、２５：３５３頁（１９７９）および同文献、１５３１頁）；特異的結合の可能なリガンド類、すなわち、タンパク質結合リガンド類；抗原；および３Ｈ、３５Ｓ、３２Ｐ、１２５Ｉおよび１４Ｃなどの放射性同位元素を含んでなる残基である。このような標識は、それら自体の物性（例えば、蛍光剤、発色団および放射性同位元素）またはそれらの反応性または結合性（例えば、抗体、酵素、基質、補酵素および阻害剤）に基づいて検出される。リガンド標識はまた、オリゴヌクレオチドプローブの固相捕捉（すなわち、捕捉プローブ）に有用である。代表的な標識としては、ビオチン（標識されたアビジンまたはストレプトアビジンに結合することにより検出可能）および西洋わさびペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼなどの酵素（着色反応生成物を生成する酵素基質の添加により検出可能）が挙げられる。
【０１９５】
例えば、放射性同位元素で標識したプローブまたは標的核酸は、オートラジオグラフィにより検出できる。あるいは、蛍光部分により標識されたプローブまたは標的核酸は、当該分野で公知の蛍光測定法により検出できる。ハプテンまたはリガンド（例えば、ビオチン）標識核酸は、標識リガンド（例えば、アビジン）を結合するハプテンまたはタンパク質に、抗体または抗体色素を添加することにより検出できる。
【０１９６】
さらなる代替として、プローブまたは核酸は、ハイブリダイゼーションを検出するためにさらなる試薬を必要とする部分によって標識できる。この標識が酵素である場合、標識された核酸、例えば、ＤＮＡを最終的に適切な媒体に入れて触媒作用の範囲を決定する。例えば、補因子標識核酸は、標識が、酵素に関する補因子および基質である酵素を添加することにより検出できる。したがって、酵素がホスファターゼである場合、媒体は、リン酸ニトロフェニルを含有でき、色を観察することにより発生したニトロフェノール量をモニタリングすることができる。酵素が、ベータ−ガラクトシダーゼである場合、媒体は、ニトロフェノールも遊離するｏ−ニトロ−フェニル−Ｄ−ガラクト−ピラノシドを含有することができる。後者の代表例としては、限定はしないが、ベータ−ガラクトシダーゼ、アルカリホスファターゼ、パパインおよびペルオキシダーゼが挙げられる。インサイチュハイブリダイゼーション試験に関して、基質の最終生成物は、水不溶性であることが好ましい。他の標識、例えば、色素は、通常の当業者にとって明らかであろう。
【０１９７】
該標識は、共有結合を伴うなどの直接的化学結合によるか、またはマイクロカプセルまたはリポソームへの標識の組み込み、次いで結合リガンドへの結合によるなどの間接的結合により、ＤＮＡ結合リガンド、例えば、アクリジン染料、フェナントリジン類、フェナジン類、フロクマリン類、フェノチアジン類およびキノリン類に直接結合できる。標識を、インターカレーター化合物などのＤＮＡ結合リガンドに結合する方法は、当該分野で周知であり、任意の便利な方法を使用できる。代表的なインターカレーティング剤としては、モノ−またはビス−アジドアミノアルキルメチジウムまたはエチジウム化合物、エチジウムモノアジドエチジウムジアジド、エチジウムダイマーアジド（Ｍｉｔｃｈｅｌｌら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１０４：４２６５頁（１９８２）））、４−アジド−７−クロロキノリン、２−アジドフルオレン、４’−アミノメチル−４，５’−ジメチルアンゲリシン、４’−アミノメチル−トリオキサレン（４’アミノメチル−４，５’，８−トリメチル−プソラレン）、３−カルボキシ−５−または−８−アミノ−または−ヒドロキシ−プソラレンが挙げられる。特異的核酸結合アジド化合物は、Ｆｏｒｓｔｅｒら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．、１３：７４５頁（１９８５）により記載される。他の有用な光反応性インターカレーターは、ピリミジン残基と（２＋２）環付加物を形成するフロクマリン類である。アルキル化剤もまた、ＤＮＡ結合リガンドとして用いることができ、例えば、ビス−クロロエチルアミン類およびエポキシド類またはアジリジン類、例えば、アフラトキシン類、多環式炭化水素エポキシド類、マイトマイシンおよびノルフィリンＡが挙げられる。特に有用な光反応性形態のインターカレーティング剤は、アジドインターカレーター類である。それらの反応性ニトレン類は、長波長紫外線または可視光線で容易に生成し、アリールアジドのニトレン類が、それらの転移生成物よりも挿入反応に好ましい（Ｗｈｉｔｅら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．、４６：６４４頁（１９７７））。
【０１９８】
プローブはまた、逆ドットブロットのための１０〜１００Ｔ残基の付加またはウシ血清アルブミンへの共役あるいは磁気ビーズ上への固定化など特異的様式における使用のために修飾し得る。
【０１９９】
間接的検出法によるハイブリダイゼーションを検出する際、検出可能に標識された第２のプローブ（１つまたは複数）を、プローブと標的との間の最初のハイブリダイゼーション後、またはプローブと標的のハイブリダイゼーション時に添加できる。第２のプローブの添加後、任意に、ハイブリダイゼーション条件を変更できる。ハイブリダイゼーション後、例えば、最初のプローブが、固体支持体上に固定化されている場合、ハイブリダイズされなかった第２のプローブは、洗浄することにより最初のプローブから分離することができる。固体支持体の場合、支持体上の位置に結合した標識の検出により、サンプル中の標的ヌクレオチド配列がプローブへハイブリダイゼーションしたことを示している。
【０２００】
検出可能に標識されたプローブは、特異的プローブであり得る。あるいは、検出可能に標識されたプローブは、変性プローブ、例えば、米国特許第５，３４８，８５５号に本質的に記載される、ゲノムＤＮＡ全体などの配列の混合物であり得る。後者の場合の標識は、第２のプローブが二重鎖ＤＮＡを含有する場合、インターカレーティング染色により達成できる。好ましいＤＮＡ結合リガンドは、上記のものなど、インターカレーター化合物である。
【０２０１】
第２のプローブはまた、無作為ヌクレオチドプローブ配列のライブラリーであり得る。第２のプローブの長さは、第２のプローブにより検出すべき固体支持体上の第１のプローブまたは標的ヌクレオチド配列の長さおよび組成を考慮して決定すべきである。このようなプローブライブラリーは、光活性可能な試薬で標識された３’または５’末端および蛍光体、酵素、色素、発光体、または他の検出可能な公知の部分などの検出試薬を担持した他の末端により提供されることが好ましい。
【０２０２】
標識核酸の作製に用いられる特定の配列は、変えることができる。したがって、例えば、アミノ置換プソラレンは、先ず、標識に結合できるペンダントアミノ基を有する生成物の核酸と光化学的に結合できる。すなわち、標識は、ＤＮＡ結合リガンドを試験サンプル中の核酸と光化学的に反応させることにより実施される。あるいは、プソラレンを、最初に酵素のような標識と結合させ、次いで核酸と結合できる。
【０２０３】
有利な点は、ＤＮＡ結合リガンドを、最初に標識と化学的に結合させ、その後、核酸プローブと結合させることである。例えば、ビオチンは、カルボキシル基を有しているので、フロクマリンの光化学活性またはビオチン生物学的活性を妨害することなく、アミドまたはエステル形成によりフロクマリンと結合できる。アミノメチルアンゲリシン、プソラレンおよびフェナントリジウム誘導体は、同様に塩化アミノプロピルメチジウムなどのハロゲン化フェナントリジウムおよびその誘導体の標識に結合できる（Ｈｅｒｔｚｂｅｒｇら、Ｊ．Ａｍｅｒ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１０４：３１３頁（１９８２））。あるいは、ジチオビススクシンイミジルプロピオネートまたは１，４−ブタンジオールジグリシジルエーテルなどの二官能試薬は、溶媒、比率および反応条件に関してやはり公知の様式で、反応物がアルキルアミノ残基を有する標識にＤＮＡ結合リガンドを直接結合させるために用いることができる。ある二官能試薬、可能性としてグルタルアルデヒドは、適切とはいえないであろう。というのは、それらは、結合する時に核酸を修飾し、したがってアッセイを妨害する可能性があるからである。このような問題点を防ぐために、慣例的な注意を払うことができる。
【０２０４】
また有利な点は、ＤＮＡ結合リガンドは、限定はしないが、炭素、酸素、窒素および硫黄など、約４０個までの原子、好ましくは約２個から２０個までの原子の鎖を含むスペーサーにより標識に結合できることである。このようなスペーサーは、限定はしないが、ペプチド、炭化水素、ポリアルコール、ポリエーテル、ポリアミン、ポリイミンおよび炭水化物、例えば、−グリシル−グリシル−グリシル−または他のオリゴペプチド、カルボニルジペプチド類、およびオメガ−アミノ−アルカン−カルボニル基などを含むメンバーの多官能基であり得る。糖、ポリエチレンオキシド基、グリセリル、ペンタエリトリトールなどの基は、スペーサーとして寄与できる。スペーサーは、核酸結合リガンドおよび／または標識に直接結合させることができるか、またはこの結合が、ジチオビススクシンイミジルプロピオネート、１，４−ブタンジオールジグリシジルエーテル、ジイソシアネート、カルボジイミド、グリオキサール、グルタルアルデヒドなどのカップラーの二価の基を含むことができる。
【０２０５】
ハイブリダイゼーションの間接的検出用の第２のプローブは、ＴｙａｇｉおよびＫｒａｍｅｒ、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．、１４：３０３−３０９頁（１９９６）またはＬｉｚａｒｄｉらに対する米国特許第５，１１９，８０１号および米国特許第５，３１２，７２８号により記載された「ビーコンプローブ」法のようなエネルギー移動によっても検出できる。当該分野で公知の任意のＦＲＥＴ検出システムを、本法に用いることができる。例えば、６８０ｎｍでのレーザー光による照射の際、ドナービーズにおける光増感剤は、周囲の酸素を一重項状態の酸素に変換する。励起一重項状態の酸素分子は、凡そ２５０ｎｍ（１個のビーズ径）を拡散してから、急速に減衰する。受容体ビーズが、ドナービーズに密に近接している場合、生物学的相互作用の理由で、一重項状態の酸素分子は、受容体ビーズにおける化学発光基と反応し、エネルギーを直ちに同じビーズの蛍光受容体に移動させる。これらの蛍光受容体は、発光波長を５２０〜６２０ｎｍにシフトさせる。反応全体は、０．３秒の減衰半減期を有することから、測定は、時間分解モードで行うことができる。他の代表的なＦＲＥＴドナー／受容体ペアとしては、５５Åの有効距離を有するフルオレセイン（ドナー）およびテトラメチルローダミン（受容体）；４４Åの有効距離を有するＩＡＥＤＡＮＳ（ドナー）とフルオレセイン（受容体）；および６１Åの有効距離を有するフルオレセイン（ドナー）とＱＳＹ−７色素（受容体）（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ）が挙げられる。
【０２０６】
また、核酸検出に関する定量アッセイを本発明により実施できる。マイクロアレイスポットに結合された第２のプローブ量は、測定でき、サンプル中の核酸量に関連づけることができる。サンプルの希釈は、既知量の標的核酸を含有するコントロールと共に使用することができる。これらのステップを実施するための正確な条件は、当業者に明らかであろう。マイクロアレイ分析において、検出可能な標識は、プローブが結合している部位を確認するために、Ｘ線フィルムまたはホスホ画像に隣接してプローブアレイを置くことにより視覚化または評価できる。蛍光は、電荷結合デバイス（ＣＣＤ）またはレーザー走査により検出できる。
【０２０７】
（試験サンプル）
ヒト、動物、または環境（例えば、土壌または水）起源のサンプルを含む任意の適切なサンプルが、本法を用いて分析できる。試験サンプルとしては、尿、血液、精液、髄液、膿、羊水、涙液などの体液または半固体または液体排泄物、例えば、痰、唾液、肺吸引液、膣または尿道排泄物、便または生検または絨毛膜絨毛標本などの固体組織サンプルを挙げることができる。試験サンプルはまた、皮膚、性器、または喉からのかき出しにより採取されたサンプルを含む。
【０２０８】
試験サンプルは、当該分野で周知の種々の手段により、核酸を単離するために処理できる（一般に、Ａｕｓｕｂｅｌ（編集者）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、２．Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＤＮＡ ａｎｄ ４．Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＲＮＡ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ社（２０００）を参照）。標的の核酸が、直接サンプルまたは精製核酸またはアンプリコンの形態であってもよいＲＮＡまたはＤＮＡであり得ることは、当業者にとって明らであろう。
【０２０９】
精製核酸は、前述のサンプルから精製でき、分光学的にまたは純度に関する他の装置により測定できる。核酸増幅分野の当業者において、アンプリコンは、ＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応法、米国特許第４，６８３，１９５号、米国特許第４，６８３，２０２号、米国特許第４，８００，１５９号および米国特許第４，９６５，１８８号）ＮＡＳＢＡ（核酸配列ベースの増幅、米国特許第５，１３０，２３８号）、ＴＭＡ（転写媒介増幅）（Ｋｗｏｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．、ＵＳＡ、８６：１１７３−１１７７頁（１９８９））、ＳＤＡ（Ｗａｌｋｅｒら、米国特許第５，２７０，１８４号に記載された鎖置換増幅）、ｔＳＤＡ（高温性鎖置換増幅（米国特許第５，６４８，２１１号および欧州特許出願公開第０ ６８４３１５号）、ＳＳＳＲ（自己保持配列複製）（米国特許第６，１５６，５０８号）などの種々の増幅法により、最終生成物として得られる。
【０２１０】
特定の実施形態において、ヒト起源のサンプルがアッセイされる。さらに他の特定の実施形態において、痰、尿、血液、組織切片、食物、土壌または水サンプルがアッセイされる。
【０２１１】
（キット）
当該プローブは、標的遺伝子を検出するためにキット様式で、好ましくは、プローブ使用に関する取り扱い説明書と共に包装することができる。キットの構成要素は、典型的には本明細書に開示されている方法の選択された特定の実施形態を実施するための取り扱い説明書を含めて、通常の容器内に共に包装される。本明細書に記載される検出法に関する構成要素、例えば、第２のプローブ、および／または試薬および標識検出を実施するための手段（例えば、放射性標識、酵素基質、抗体など）をキットの中に任意に含んでもよい。
【実施例】
【０２１２】
（Ｆ．実施例）
（実施例１． プローブ設計）
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの種々のゲノム配列は入手できる（例えば、表２２を参照）。
【０２１３】
（表２２： 現在（２００３年５月２日時点）得られているＳＡＲＳコロナウイルスのゲノム配列）
【０２１４】
【表２２】
表２２に示された９つのゲノムサイズは、極めて類似している。中国により提供された５つのゲノムは、未確認のヌクレオチド（Ｎ）の種々の濃度を含む。
【０２１５】
以下の表２３は、ＳＡＲＳコロナウイルスの９つのゲノム間の類似性または相同性を示す。
【０２１６】
（表２３． ＳＡＲＳコロナウイルスの９つのゲノム間の類似性の比較）
【０２１７】
【表２３】
ＳＡＲＳコロナウイルスの９つのゲノム間の類似性を比較した。表２３に示されたメンバーは、２つのゲノム間の類似性のパーセンテージを表している。表２３における各数値は、比較された全塩基数（約３０，０００の塩基）で割り、次いで１００倍した２つのゲノムにおける同一塩基の数に等しい。
【０２１８】
種々のＳＡＲＳコロナウイルスが、ＢＪ０４を除いて互いに高い類似性があることを表２３は示している。９９％よりも低い類似性は、ヌクレオチド配列におけるＮの存在により生じる。ＢＪ０１〜ＢＪ０４およびＧＺ０１のヌクレオチド配列における全てのＮ数が、他のゲノムと同じと考えられる場合（この仮定は、ゲノムの他の部分の比較に基づいて妥当である）、９つのゲノムは、互いに９９％類似している。
【０２１９】
ＳＡＲＳコロナウイルスは、表２２および表２３に示されるように保存的であるので、核酸ベースの検出法が合理的である。図１Ｂは、ＳＡＲＳコロナウイルスゲノムの異なる部分の同時検出が、該検出法の感度と特異性を有意に増大することを示している。
【０２２０】
本発明者らは、２つの全体的な設計を有する。１つの設計では、ＳＡＲＳコロナウイルスゲノムの異なる部分に関してマルチプレックスＰＣＲを実施し、検出用プローブとしてＰＣＲ産物を使用する。第２の設計では、ＳＡＲＳコロナウイルスゲノムの異なる部分に関してマルチプレックスＰＣＲを実施し、検出用プローブとして７０マーのオリゴヌクレオチドを使用する。
【０２２１】
（標的遺伝子の選択）
ＳＡＲＳコロナウイルスゲノムの分析に基づいて、我々は、標的遺伝子として３つの遺伝子を選択した。これら３つの遺伝子は、ｏｒｆ１Ａおよび１Ｂのポリメラーゼタンパク質、スパイクタンパク質、およびヌクレオカプシドタンパク質である。我々は、ＲＮＡ単離用ポジティブコントロールとしてヒトハウスキーピング遺伝子ＧＡＰＤ（グリセルアルデヒド３−ホスフェートデヒドロゲナーゼ）（ＧｅｎＢａｎｋ番号：ＮＭ＿００２０４６）を選択した。我々は、組み入れるポジティブコントロールとして、ヒトおよび共通の病原体のヌクレオチド配列に対して相同性を有さない遺伝子（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）（ＧｅｎＢａｎｋ番号：ＧｅｎＢａｎｋ番号：ＡＪ４４１２５２）を選択した。
【０２２２】
（プライマーおよびプローブの設計）
ＳＡＲＳコロナウイルスの３つのタンパク質を分析し、それらの保存配列を比較した。マルチプレックスＰＣＲの要件に従って、同様のＴｍ値を有し、距離が１．５ｋＢあり、２００ＢＰから９００ＢＰの間の増幅産物を有する複数のプライマー対を、種々のゲノム間で保存配列に基づいて設計した。さらに、複数の非重なりオリゴヌクレオチド（７０マー）を、プライマー各対の増幅産物に基づいて設計した。ＢＬＡＳＴＮを用いてこれらのプライマーおよびプローブを最新のＮＣＢＩ核酸非重複ヌクレオチドデータベースと比較し、プローブとプライマーの特異性を確認した。
【０２２３】
（実施例２． 血液サンプルの前処理法）
血液サンプルの前処理は、比較的複雑な過程を含む。しかしながら、血清中、ＳＡＲＳウイルスは比較的低濃度であることが報告されていることを考慮すると、本明細書に記載された前処理は、検出機会を増加させるために、約２ｍｌの全血から効果的にリンパ球の濃度を高めることができる。
【０２２４】
（１． サンプル採取と移動）
１） 病室の患者から採取されたサンプルを、第１の移動窓に入れる。次いで
該窓のドアを閉めてロックする。
２） 次にサンプルを、第２の移動窓に移す。サンプルをノートに記録し、３つのバーコード標識を印刷する。サンプルを通常の検出のために試験し、前処理移動窓に移す。
【０２２５】
（２． バイオセーフキャビネットの使用）
１） 前処理過程を実施する病院従業員は、前処理室に入り、ドアを閉める。次いでバイオセーフキャビネットを開ける。キャビネットファンおよびライトは自動的につく。
２） 電源スイッチ、風速スイッチ、および作業ライトスイッチに関する表示ライトを、標準的操作でチェックする。風速選択スイッチの表示ライトがオフ状態であることをチェックする。異常または異例の操作は記録する。
３） アラームスイッチの表示ライトは、自動試験後のバイオセーフキャビネットの標準状態示すアラーム音を立てる。１５分後、アラームスイッチの表示ライトからのアラーム音が停止し、バイオセーフキャビネットにおける処理を開始できる。
４） アラーム音が続く場合、キャビネットの処理を開始できないか、または処理中にアラーム音があれば、この処理を中止しなければならない。事故を直ちに記録しなければならない。
５） バイオセーフキャビネットが正常に操作したら、サンプルを、第２の移動窓からとり、キャビネットに入れる。移動窓の上部を、７５％アルコールで拭き、０．５％過酢酸でスプレーすることにより清浄にする。次いで移動窓のドアを閉めてロックする、
６） 次に、サンプル前処理の完全処理をバイオセーフキャビネット内で実施する。
【０２２６】
（３． 血清の単離）
１） 抗凝血剤と共に血液（１．８ｍｌ）を、３，５００ｒｐｍで１０分間遠心分離する。上層をマーカーペンでマークする。
２） 次に上層血清（約１．０ｍｌ）を採取し、１．５ｍｌの滅菌エッペンドルフ遠心管に入れる。
３） エッペンドルフ遠心管に、バーコード（「Ｐ」としてマーク）を標識し、配列番号を標識する。
４） 次にサンプルを、ノートに記録する。
５） 血清サンプルを含む遠心管を、専用サンプルボックスに入れて−８０℃で保存する。サンプルボックスの外側に、ＳＡＲＳ、血清およびサンプル番号の範囲を標識する。
【０２２７】
（４． 血液細胞の単離）
１） リンパ球の単離溶液（３．６ｍｌ）を、１０ｍｌの遠心管に加える。
２） 滅菌生理食塩水（上記の遠心管に取られた血清に等しい容量）を、血液細胞を含む遠心管に加える。血液細胞を、パスツールピペットを用いて生理食塩水に再懸濁する。
３） 再懸濁された血液細胞を、リンパ球単離溶液の上部に徐々に載せ、１，５００ｒｐｍで２０分間遠心分離する。
４） 層間に位置する細胞を採取し、１．５ｍｌの滅菌エッペンドルフ遠心管に入れてから、細胞を遠心沈殿させるために１０，０００で５分間遠心分離する。上澄み液を取り出す。
５） 次いで細胞ペレットを含有する管に、バーコード（「Ｃ」とマーク）を標識し、配列番号で標識する。
６） サンプルをノートに記録する。
７） 血液細胞サンプルを含む遠心管を、専用サンプルボックスに入れて−８０℃で保存する。細胞ボックスの外側に、ＳＡＲＳ、血清およびサンプル番号の範囲を標識する。
８） 次にバイオセーフキャビネットのガラス面プレートを開ける。次いでバイオセーフキャビネットにおけるベンチ面および他の表面を、７０％アルコールで拭き、０．５％過酢酸でスプレーすることにより滅菌する。
９） 清浄後、ガラス面プレートを閉じる。紫外光をキャビネット内に当て１５分間つける。
１０） バイオセーフキャビネットの電源スイッチを切ってから、サンプル前処理室を離れる。
【０２２８】
（５． 注意を必要とする事項）
１） リンパ球単離溶液を、冷蔵庫から取り出した直後に使用してはいけない。該溶液は、その温度が室温に到達し、溶液がよく混合されてから使用すべきである。
２） 単離処理全体を、１８〜２８℃で実施する必要がある。高すぎたりまたは低すぎたりする温度は、単離処理の性質に影響を与え得る。
３） ピペットチップ、エッペンドルフ遠心管、手袋、および処理済み試薬または液体は、廃液タンク（０．５％過酢酸を含有）中に廃棄すべきである。廃棄タンク中の全てのものを、実験後、高圧で処理してから廃棄すべきである。
４） ０．５％過酢酸は、、３２ｍｌの１６％過酢酸をＨ２Ｏ中に希釈し、１，０００ｍｌの最終容量を作製することにより調製する。
【０２２９】
（実施例３． ＡａｍｐウイルスＲＮＡキットを用いてＲＮＡを抽出する方法）
以下の方法を、ＲＮＡ調製に用いる：
１． Ｃａｒｒｉｅｒ ＲＮＡを含有する調製された緩衝液ＡＶＬの５６０μｌをピペットにより１．５ｍｌ遠心管に入れる。サンプル容量が１４０μｌ以上である場合、緩衝液ＡＶＬ／Ｃａｒｒｉｅｒ ＲＮＡの量を比例して増加させる（例えば、２８０μｌのサンプルは、１１２０μｌの緩衝液ＡＶＬ／Ｃａｒｒｉｅｒ ＲＮＡを必要とする）。
２． １４０μｌの血漿、血清、尿、細胞培養上澄み液、または細胞無しの体液を、マイクロ遠心管の緩衝液ＡＶＬ／Ｃａｒｒｉｅｒ ＲＮＡに加える。パルスボルテックシングにより１５秒間混合する。効率的な溶解を保証するために、サンプルを、緩衝液ＡＶＬにより完全に混合して均一溶液を生成することが必要である。一度だけ解凍した凍結サンプルもまた使用できる。
３． 室温（１５〜２５℃）で１０分間温置する。ウイルス粒子溶解は、室温で１０分間溶解後完全である。より長い時間温置しても、精製ＲＮＡの収量または性質に影響を与えない。潜在的病原菌およびＲＮアーゼは、緩衝液ＡＶＬ中で不活化される。
４． １．５ｍｌのマイクロ遠心管を、蓋の内側からの滴を除くために簡単に遠心分離する。
５． ５６０μｌのエタノール（９６〜１００％）をサンプルに加え、パルスボルテクシングにより１５秒間混合する。混合後、１．５ｍｌのマイクロ遠心管を手短に遠心分離して、蓋の内側の滴を除く。他のアルコールは、ＲＮＡの収量および純度の減少をもたらすため、エタノールのみが好ましい。サンプルの容量が１４０μｌ超である場合は、比例して、エタノールの量を増やす（例えば、２８０μｌのサンプルは、１１２０μｌのエタノールを必要とする）。効率的な結合を保証するためには、サンプルをエタノールと完全に混合して、均一な溶液を得ることが必要である。
６． ステップ５の溶液６３０μｌを、縁を濡らさないように注意して、ＱＩＡａｍｐスピンカラム（２ｍｌの採集管中）に入れる。キャップを閉め、６０００×ｇ（８０００ｒｐｍ）で１分間、遠心分離する。ＱＩＡａｍｐスピンカラムを清浄な２ｍｌの採集管に入れ、ろ液を含有する上記管を引き抜く。遠心分離時のクロス汚染を避けるために、各スピンカラムを閉じる。マイクロ遠心分離ノイズを制限するために、６，０００×ｇ（８０００ｒｐｍ）で遠心分離を行う。フルスピードで遠心分離しても、ウイルスＲＮＡの収量または純度に影響しない。上記溶液が、上記膜を完全に通過しなかった場合は、全ての溶液が通過するまで、より高スピードで、再度遠心分離する。
７． ＱＩＡａｍｐスピンカラムを注意して開き、ステップ６を繰り返す。サンプル容量が１４０μｌ超の場合は、全てのライセートがスピンカラム上に装入されるまで、このステップを繰り返す。
８． ＱＩＡａｍｐスピンカラムを注意して開き、５００ｍｌの緩衝液ＡＷ１を加える。キャップを閉じ、６，０００×ｇ（８０００ｒｐｍ）で１分間、遠心分離する。ＱＩＡａｍｐスピンカラムを２ｍｌの採集管（備え付けの）に入れ、ろ液を含有する上記管を引き抜く。元のサンプル容量が１４０μｌ超であっても、緩衝液ＡＷ１の容量を増加させる必要はない。
９． ＱＩＡａｍｐスピンカラムを注意して開き、５００ｍｌの緩衝液ＡＷ２を加える。キャップを閉じ、フルスピード（２０，０００×ｇ；１４，０００ｒｐｍ）で３分間遠心分離する。すぐステップ１０に続けるか、または緩衝液ＡＷ２のキャリーオーバー可能性の機会を排除するために、ステップ９ａを実施してから、ステップ１０に続ける。注意：溶出液中の残留緩衝液ＡＷ２は、下流の適用において問題を起こし得る。いくつかの遠心分離ローターは、減速時に振動して、流動を生じ、緩衝液ＡＷ２を含有して、ＱＩＡａｍｐスピンカラムに接触し得る。
上記ローターからのＱＩＡａｍｐスピンカラムおよび採集管の除去によってもまた流動が生じて、ＱＩＡａｍｐスピンカラムに接触し得る。これらの場合は、任意のステップ９ａを実施すべきである。
９ａ． （任意）：ＱＩＡａｍｐスピンカラムを新たな２ｍｌの採集管（備え付けでない）に入れ、ろ液を有する古いほうの採集管を引き抜く。フルスピードで１分間、遠心分離する。
１０． ＱＩＡａｍｐスピンカラムを清浄な１．５ｍｌのマイクロ遠心管（備え付けでない）に入れ、ろ液を含有する古いほうの採集管を引き抜く。ＱＩＡａｍｐスピンカラムを２ｍｌの採集管（備え付けの）に入れ、ろ液を含有する上記管を引き抜く。ＱＩＡａｍｐスピンカラムを注意して開き、室温に平衡化した６０μｌの緩衝液ＡＶＥを加える。キャップを閉じ、室温で１分間温置する。６，０００×ｇ（８０００ｒｐｍ）で１分間遠心分離する。ＱＩＡａｍｐスピンカラムから少なくとも９０％のウイルスＲＮＡを溶出させる上で、６０μｌの緩衝液ＡＶＥによる１回の溶出で十分である。２×４０μｌの緩衝液ＡＶＥを用いて２回の溶出を実施すれば、収率の１０％増加までが生じる。３０μｌ未満の容量での溶出は収率の減少をもたらし、溶出液中のＲＮＡ最終濃度を増加させない。ウイルスＲＮＡは、−２０℃または−７０℃で保存した場合、１年まで安定である。
【０２３０】
以下は、上記手順に関するさらなる情報である：
・ サンプルを室温（１５℃〜２５℃）に平衡化する。
・ ステップ１０の溶出では、緩衝液ＡＶＥを室温に平衡化する。
・ 緩衝液ＡＷ１、緩衝液ＡＷ２、およびキャリアＲＮＡが、１４〜１５頁の指示にしたがって調製されたかどうかをチェックする。
・ 必要ならば、緩衝液ＡＶＬ／キャリアＲＮＡにおける沈殿物を、加熱によって再溶解し、使用前に室温まで冷却する。
・ 遠心分離ステップは全て、室温で実施する。
【０２３１】
（実施例４．ＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの例示的なアレイ形式）
図５はＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの例示的なアレイ形式を示している。
【０２３２】
固定化コントロールは、その末端が蛍光色素ＨＥＸにより標識化されているオリゴプローブであり、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルをチップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない。
【０２３３】
ポジティブコントロール（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ（モデル生物の一種）によってデザインされたオリゴプローブであり、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、または含有する疑いのあるサンプルをチップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない。ハイブリダイゼーション反応の間、このポジティブコントロールに完全にハイブリダイズできる標的プローブを、ハイブリダイゼーション溶液に加える。ハイブリダイゼーション反応をモニターするために、ポジティブコントロールのシグナルを適用することができる。
【０２３４】
ネガティブコントロールは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルをチップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しないオリゴプローブである。
【０２３５】
ブランクコントロールは、ＤＭＳＯ溶液のスポットである。これは、アレイの品質のモニタリング用に用いられる。
【０２３６】
ＳＡＲＳプローブは、０１１、０２４、０４０および０４４プローブである。
【０２３７】
（実施例５．ＳＡＲＳ患者血液サンプル（サンプル番号３）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出）
図６Ａおよび図６Ｂは、ＳＡＲＳ患者血液サンプル（サンプル番号３）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。３＃ＳＡＲＳ患者血液サンプルからリンパ球を単離した。リンパ球からのＲＮＡをＱＩＡａｍｐキットを用いて抽出した。テンプレートとして、上記抽出されたＲＮＡを用いて、ＲＴ−ネステッドＰＣＲを実施した。０４４のＲＴ−ネステッドＰＣＲ結果は良好であり、ハイブリダイゼーション結果も良好であった。０４０のＲＴ−ネステッドＰＣＲ結果は不良であったが、ハイブリダイゼーション結果は良好であった。これは、このチップハイブリダイゼーション法が高感度で特異的であることを示している。
【０２３８】
（実施例６．ＳＡＲＳ患者血液サンプル（サンプル番号４）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出）
図７Ａおよび図７Ｂは、ＳＡＲＳ患者血液サンプル（サンプル番号４）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。４＃ＳＡＲＳ患者血液サンプルからリンパ球を単離した。リンパ球からのＲＮＡをＱＩＡａｍｐキットを用いて抽出した。テンプレートとして、上記抽出されたＲＮＡを用いて、ＲＴ−ネステッドＰＣＲを実施した。０２４、０４０および０４４のＲＴ−ネステッドＰＣＲ結果は良好であり、ハイブリダイゼーション結果も良好であった。
【０２３９】
（実施例７．ＳＡＲＳ患者痰サンプル（サンプル番号５）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出）
図８は、ＳＡＲＳ患者痰サンプル（サンプル番号５）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。ＱＩＡａｍｐキットにより、５＃ＳＡＲＳ患者痰サンプルからＲＮＡを抽出した。テンプレートとして、上記抽出されたＲＮＡを用いて、ＲＴ−ネステッドＰＣＲを実施した。０４０のＲＴ−ネステッドＰＣＲ結果は良好であり、ハイブリダイゼーション結果も良好であった。
【０２４０】
（実施例８．ＳＡＲＳ患者痰サンプル（サンプル番号６）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出）
図９は、ＳＡＲＳ患者痰サンプル（サンプル番号６）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。ＱＩＡａｍｐキットにより、６＃ＳＡＲＳ患者痰サンプルからＲＮＡを抽出した。テンプレートとして、上記抽出されたＲＮＡを用いて、ＲＴ−ネステッドＰＣＲを実施した。全プローブのＲＴ−ネステッドＰＣＲ結果は良好であり、ハイブリダイゼーション結果も良好であった。
【０２４１】
（実施例９．ＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの他の例示的アレイ形式）
図１０はＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの別の例示的なアレイ形式を示している。
【０２４２】
固定化コントロールは、その末端が蛍光色素ＨＥＸにより標識化されているオリゴプローブであり、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルをチップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない。
【０２４３】
ポジティブコントロール（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ（モデル生物の一種）によってデザインされたオリゴプローブであり、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルをチップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない。ハイブリダイゼーション反応の間、このポジティブコントロールに完全にハイブリダイズできる標的プローブを、ハイブリダイゼーション溶液に加える。ハイブリダイゼーション反応をモニターするために、ポジティブコントロールのシグナルを適用することができる。
【０２４４】
ネガティブコントロールは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルを該チップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しないオリゴプローブである。
【０２４５】
ブランクコントロールは、ＤＭＳＯ溶液のスポットである。これは、アレイの品質のモニタリング用に用いられる。
【０２４６】
ＳＡＲＳプローブは、０１１、０２４、０４０および０４４プローブである。
【０２４７】
（実施例１０．図１０に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの可能性のある陽性結果）
図１１は、図１０に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの、可能性のある陽性結果の全てを示す。
【０２４８】
ＳＡＲＳウイルスを検出するためのチップ上には、４セットのプローブ：プローブ０１１、プローブ０２４、プローブ０４０およびプローブ０４４が存在する。
【０２４９】
第一のラインは、４セット全てのプローブ：０１１＋０２４＋０４０＋０４４上に現れるシグナルによる、陽性結果（１つ）を示している。
【０２５０】
第二のラインは、３セットのプローブ：０１１＋０２４＋０４４、０２４＋０４０＋０４４、０１１＋０４０＋０４４、０１１＋０２４＋０４０上に現れるシグナルによる、可能性のある全ての陽性結果（４つ）を示している。
【０２５１】
第三のラインは、２セットのプローブ：０１１＋０４０、０２４＋０４４、０１１＋０４４、０４０＋０４４、０１１＋０２４、０２４＋０４０上に現れるシグナルによる、可能性のある全ての陽性結果（６つ）を示している
第四のラインは、ただ１セットのプローブ：０１１，０２４，０４０，０４４上に現れるシグナルによる、可能性のある全ての陽性結果（４つ）を示している
（実施例１１．図１２に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの可能性のある陽性結果）
図１３は、図１２に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの可能性のある全ての陽性結果を示す。
【０２５２】
ＳＡＲＳウイルスを検出するためのチップ上には、４セットのプローブ：プローブ０１１、プローブ０２４、プローブ０４０およびプローブ０４４が存在する。
【０２５３】
可能性のある陽性結果および陰性結果は、図１４にも示されている。陽性結果の組み合わせとしては、以下が挙げられる：
・ ０１１＋１２７；
・ ０４０＋１２７；
・ ０１１＋１２７＋０２４；
・ ０１１＋１２７＋０４４；
・ ０２４＋１２７＋０４４；
・ ０１１＋１２７＋０２４＋０４０；
・ ０２４＋１２７；
・ ０４４＋１２７；
・ ０１１＋１２７＋０４０；
・ ０２４＋１２７＋０４０；
・ ０４４＋１２７＋０４０；
・ ０１１＋１２７＋０４４；
・ ０１１＋１２７＋０２４＋０４４；
・ ０１１＋１２７＋０２４＋０４０＋０４４；および
・ １２７＋０２４＋０４０＋０４４。
【０２５４】
１２７のみ観察される場合は、陰性結果が示される。
【０２５５】
有効なアッセイ結果であるためには、陽性または陰性、固定化コントロールのシグナル（ＨＥＸ）は、常に観察されるべきである。
【０２５６】
上記実施例は、例示のみを目的として挙げられており、本発明の範囲を限定することを意図しない。上記に対して、多くの変更が可能である。上記実施例に対する改変および変更は当業者に明らかであるので、本発明が添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることが、意図される。
【図面の簡単な説明】
【０２５７】
【図１Ａ】図１Ａおよび１Ｂは、例示的なＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノム構造を示す（Ｍａｒｒａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００３年５月１日の図２を参照；［印刷前の電子出版］；およびＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＮＣ＿００４７１８）。
【図１Ｂ】図１Ａおよび１Ｂは、代表的なＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノム構造を示す（Ｍａｒｒａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００３年５月１日の図２を参照；［印刷前の電子出版］；およびＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＮＣ＿００４７１８）。
【図２】図２は、例示的なサンプル調製手順を示す。
【図３】図３は、ＰＣＲに用いられる例示的なプローブ標識を示す。ユニバーサルプライマーの配列は、特異的プライマーの共通配列に相補的である。ユニバーサルプライマーおよび特異的プライマーは、増幅が行われる前にＰＣＲマスターミックスに添加される。増幅の特異性は、特異的プライマーの特異的部分によって確保される。１回または２，３回の熱サイクル後、ユニバーサルプライマーをアンプリコンに効率的に組み込むことができる。次に、特異的プライマーの共通配列の相補的配列に、ユニバーサルプライマーがアニールできる。このＰＣＲは、ユニバーサルプライマー内に組み込まれた蛍光色素とともにさらに進行する。１および６は、蛍光色素を示し、２は、上流ユニバーサルプライマーを示し、３は、共通配列を有する上流特異的プライマーを示し、４は、テンプレートを示し、５は、共通配列を有する下流特異的プライマーを示し、７は、下流ユニバーサルプライマーを示す。
【図４】図４は、アミノ基で修飾した、例えば、ポリ−Ｌ−リジン処理したガラススライド表面上のプローブ固定化を示す。アミン結合化学：アミン基質は、ガラス表面（長方形）に共有結合した第一級アミン基（ＮＨ３＋）を含有する。アミンは、中性ＰＨにおいて、正電荷を保持し、負に荷電したリン酸骨格とのイオン結合形成を介して、負に荷電したＤＮＡ（二重らせん）の結合を可能にする（中央枠）。静電結合は、紫外光または熱による処理により補足され、第一級アミンとチミンとの間の共有結合を介して上記表面に対するＤＮＡの共有結合を誘導する（右パネル）。静電結合と共有結合との組み合わせにより、ＤＮＡは、極めて安定な様式で、基質と結合する。
【図５】図５は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの例示的なアレイ形式を示す。
【図６】図６Ａおよび６Ｂは、ＳＡＲＳ患者の血液サンプル（サンプル番号３）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。
【図７】図７Ａおよび７Ｂは、ＳＡＲＳ患者の血液サンプル（サンプル番号４）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。
【図８】図８Ａおよび８Ｂは、ＳＡＲＳ患者の血液サンプル（サンプル番号５）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。
【図９】図９Ａおよび９Ｂは、ＳＡＲＳ患者の血液サンプル（サンプル番号６）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。
【図１０】図１０は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの別の例示的なアレイ形式を示す。
【図１１】図１１は、図１０に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップについての可能性のある全ての陽性結果を示す。
【図１２】図１２は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの別の例示的なアレイ形式を示す。
【図１３】図１３は、図１２に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップについての可能性のある全ての陽性結果を示す。
【図１４】図１４は、図１２に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップについての可能性のある全ての陽性結果および陰性結果を示す。
【背景技術】
【０００１】
２００２年１１月以来、世界の２２ヵ国において、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）と呼ばれる疾病が報告されている。２００３年５月２日時点で、６，０５４件のＳＡＲＳ累積症例および感染者中、４１７名の死亡が、ＷＨＯにより報告されている。同じ期間中、中国では３，７８８件のＳＡＲＳ累積症例および感染者中、１８１名の死亡が報告されている。
【０００２】
ＳＡＲＳ患者の主な症状としては、発熱（３８℃を超える）、頭痛、体痛が挙げられる。罹病２〜７日後、患者は、呼吸困難を伴うことのある乾性の非増殖性の咳を発症し得る。
【０００３】
香港、カナダおよび米国の発見に基づき、以前認識されなかったコロナウイルスがＳＡＲＳの原因であることが確認された。ＳＡＲＳコロナウイルスは、ＤＮＡ介在ステップなしで複製し、標準的なコドンを用いる正鎖ＲＮＡウイルスであることが、研究者により見出されている（Ｍａｒｒａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００３年５月１日；（印刷前の電子出版）およびＲｏｔａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００３年５月１日、（印刷前の電子出版））。
【０００４】
ＳＡＲＳコロナウイルスは、これまでにヒトおよび哺乳動物で検出されていなかった、新たに発見されたウイルスである。ＳＡＲＳコロナウイルスのゲノム構造は、他のコロナウイルスと極めて類似している。ＳＡＲＳコロナウイルスのゲノムは、長さが３０Ｋ塩基対であり、このゲノムは、ウイルスとしては極めて大型であると考えられる。ＳＡＲＳコロナウイルスのゲノムはＲＮＡポリメラーゼ（ポリメラーゼ１ａおよび１ｂ）、Ｓタンパク質（スパイクタンパク質）、Ｍタンパク質（膜タンパク質）およびＮタンパク質（ヌクレオカプシドタンパク質）などをコードする。
【０００５】
現在、ＳＡＲＳコロナウイルスの検出法には、３つのタイプがある。すなわち、免疫学的方法（例えば、ＥＬＩＳＡ）、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）試験および細胞培養法である
上記の３つの検出法には大きな欠点がある。例えばＥＬＩＳＡは、ＳＡＲＳ患者血清からの抗体を高い信頼性で検出することができるが、それらの抗体が検出できるのは、症状発現の２１日後になってからである。細胞培養法は比較的長期の検出周期を有しており、限定された条件に対してのみ適用できる。また、細胞培養法によって検出できるのは生存ウイルスの存在のみである。
【０００６】
ＳＡＲＳコロナウイルスの伝播を防ぐ重要な段階は、早期診断ならびに早期隔離および早期治療である。ＲＴ−ＰＣＲはＳＡＲＳコロナウイルスの核酸検出を可能にする既存の唯一の方法である。しかし、ＲＴ−ＰＣＲは、ＳＡＲＳウイルス発現前の感染患者を除去できず、また、ＲＴ−ＰＣＲの検出率は低い。この検出法には、高価なリアルタイムＰＣＲ装置が必要である。したがって、ＲＴ−ＰＣＲは、早期臨床スクリーニングと早期診断の必要性を満足させることができない。重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）の迅速、高感度および正確な診断に対する必要性が当該分野に存在している。本発明は、当該分野におけるこの必要性および他の関連した必要性に取り組んでいる。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
現在の臨床的診断法は、主に、発熱、患者の肺における影、乾性咳および患者の腕や脚の脱力感などの症状に基づいている。しかし、これらの症状は、ＳＡＲＳに特異的なものではなく、他の病原体が同一の、または類似の症状を引き起こし得る。例えば、クラミジア肺炎病原体および肺炎マイコプラスマによって生じる通常の肺炎も患者の肺に影を生じさせ；発熱や咳はインフルエンザにも伴い；また、同様な症状は、ヒトコロナウイルス２２９ＥおよびＯＣ４３によって生じる上気道感染にも伴う。したがって、患者の症状のみに基づくＳＡＲＳの診断には問題がある。
【０００８】
ＳＡＲＳを疑われた症例の多くが、実際には、ＳＡＲＳウイルスによる感染を有さず、他の病原体による感染を有したことを、現在の臨床データは示している。したがって、ＳＡＲＳ病原体およびＳＡＲＳと同様な症状を生じさせる他の病原体を同時に検出するための方法を開発する必要性が存在している。このような方法は、診断を誤る可能性を減少させ、時宜を得た適切な治療を可能にし、また、不必要なパニックおよび医療上の無駄を避けるために、疑わしい症例の迅速なスクリーニングを提供する。ＳＡＲＳウイルスに感染した患者は、ＳＡＲＳウイルスによって生じる免疫低下により、他の病原体に、より感受性となる。ＳＡＲＳの患者は、ＳＡＲＳと同様な症状を生じる他の病原体にも感染している可能性がある。例えば、患者が、ＳＡＲＳと肺炎マイコプラスマの双方に感染しているならば、ＳＡＲＳのみに対する薬剤による治療では、症状はすぐに消失しない。この状況では、双方の病原体による感染を同時に検出することにより、双方の病原体に関する患者の即時的で効果的な治療が可能になる。バイオチップに基づく診断は、複数サンプルのハイスループット同時スクリーニングのための迅速で低コストの方法である。したがって、本発明の目的の１つは、ＳＡＲＳウイルスおよびＳＡＲＳ様症状を引き起こす他の病原体の同時検出のためのバイオチップを提供することである。
【０００９】
他の病源体（免疫に重度に干渉し、それを妨害するＢ型肝炎およびＨＩＶなどの病原体）に感染したＳＡＲＳ患者は、症状を悪化させ、他を感染させる可能性が高い（これらの患者は「スーパースプレダー」と呼ばれる）ことも、臨床データにより示されている。このような患者の適切な検出により、適切な治療および時宜を得た患者の隔離が可能になる。したがって、本発明の他の目的は、ＳＡＲＳウイルスおよびＳＡＲＳの症状を悪化させる他の病原体を同時に検出するための核酸マイクロアレイを提供することである。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
（発明の要旨）
一態様において、本発明は、重症急性呼吸器症候群を引き起こすコロナウイルス（ＳＡＲＳ−ＣｏＶ）および非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物をアッセイするためのチップに関し、該チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも１０個のヌクレオチドを含むヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、および以下のオリゴヌクレオチドプローブ（１つまたは複数）：ａ）ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブ；ｂ）感染宿主の免疫系を損傷している非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブ；またはｃ）非ＳＡＲＳ−Ｃｏｖコロナウイルス科ウイルスのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブを支持体上に固定化させた核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な該支持体を含んでなる。
【００１１】
幾つかの実施形態において、本発明のチップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを支持体上に固定化させた、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な該支持体を含んでなり、上記２つの異なるヌクレオチド配列の各々は、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む。
【００１２】
幾つかの実施形態において、ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物は、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３，ヒト腸内コロナウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、ＲＳウイルス、ヒトメタニューモウイルス、麻疹ウイルス、風疹ウイルスからなる群より選択される。
【００１３】
幾つかの実施形態において、感染宿主の免疫系に損傷を与える非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物は、肝炎ウイルス、輸血媒介ウイルス（ＴＴＶ）、ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ）、パルボウイルス、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ）、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）および梅毒トレポネーマからなる群より選択される。
【００１４】
別の態様において、本発明は、サンプル中のＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物に対するアッセイを行う方法に関し、上記方法は：ａ）上記のチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物のヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；およびｃ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物の上記ヌクレオチド配列と上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムのヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブまたは上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物ゲノムのヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブとの間に形成されたハイブリッドを評価することを含んでなり、これにより、上記ハイブリッドの一方または両方の検出が、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物存在を示す。
【００１５】
幾つかの実施形態において、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを：ａ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを支持体上に固定化させた、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な該支持体を含んでなるチップであって、上記２つの異なるヌクレオチド配列の各々が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含むチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；およびｃ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの上記ヌクレオチド配列とＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な上記少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブそれぞれとの間に形成されたハイブリッドを評価して、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無、または量を決定することにより、アッセイし、これにより、上記ハイブリッドの一方または両方の検出が、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在を示す。
【００１６】
複数のハイブリダイゼーション標的の同時変異の機会は、単一のハイブリダイゼーション標的における変異の機会よりはるかに少ないため、当該方法は、複数のハイブリダイゼーションプローブを用いることにより、単一のハイブリダイゼーションプローブに基づく試験に比べて、誤った陰性結果の発生を減少させる。他の好ましい実施形態、例えば、該チップ上に、ネガティブコントロールプローブおよびブランクスポットが用いられる場合、陽性結果の機会もまた減少させることができる。より好ましい実施形態、例えば、該チップ上に、固定化コントロールプローブおよびポジティブコントロールプローブを含めることによって、アッセイ結果のさらなる確証を提供することができる。好ましいサンプル調製法、ＲＮＡ抽出法、および増幅法を用いることにより、当該方法の感度を、さらに高めることができる。
【００１７】
さらに別の態様において、本発明はＡ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，ヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーに関し、上記オリゴヌクレオチドプライマーは：ａ）Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，ヒトコロナウイルスＯＣ４３の、表１〜６に記載される標的ヌクレオチド配列、またはその相補鎖と、高ストリンジェンシー下でハイブリダイズする；またはｂ）Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３の表１〜表６に記載されるヌクレオチド配列、またはその相補鎖を含む標的ヌクレオチド配列に、少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる。
【００１８】
（表１．例示的なＡ型インフルエンザウイルスプライマー）
【００１９】
【表１】
（表２．例示的なＢ型インフルエンザウイルスプライマー）
【００２０】
【表２−１】
【００２１】
【表２−２】
（表３．例示的なヒトメタニューモウイルスプライマー）
【００２２】
【表３】
（表４．例示的なヒトアデノウイルスプライマー）
【００２３】
【表４−１】
【００２４】
【表４−２】
【００２５】
【表４−３】
（表５．例示的なＨＣｏＶ−ＯＣ２２９Ｅプライマー）
【００２６】
【表５】
（表６．例示的なＨＣｏＶ−ＯＣ４３プライマー）
【００２７】
【表６】
。
【００２８】
さらに別の態様において、本発明は、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，またはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅するキットに関し、上記キットは、ａ）上記のプライマー；およびｂ）上記プライマーを用いて、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニュウモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，ヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅できる核酸ポリメラーゼを含んでなる。
【００２９】
別の態様において、本発明は、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、またはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブに関し、上記オリゴヌクレオチドプローブは：ａ）Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，またはヒトコロナウイルスＯＣ４３の、表７〜１２に記載された標的ヌクレオチド配列、またはその相補鎖と、高ストリンジェンシー下でハイブリダイズする；またはｂ）Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ，ヒトコロナウイルスＯＣ４３の、表７〜１２に記載された標的ヌクレオチド配列、またはその相補鎖に、少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる。
【００３０】
（表７．例示的なＡ型インフルエンザウイルスプローブ）
【００３１】
【表７−１】
【００３２】
【表７−２】
（表８．例示的なＢ型インフルエンザウイルスプローブ）
【００３３】
【表８】
（表９．例示的なヒトメタニューモウイルスプローブ）
【００３４】
【表９−１】
【００３５】
【表９−２】
（表１０．例示的なヒトアデノウイルスプローブ）
【００３６】
【表１０−１】
【００３７】
【表１０−２】
（表１１．例示的なＨＣｏＶ−ＯＣ２２９Ｅプローブ）
【００３８】
【表１１】
（表１２．例示的なＨＣｏＶ−ＯＣ４３プローブ）
【００３９】
【表１２】
。
【００４０】
さらに別の態様において、本発明は、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、またはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列のハイブリダイゼーション分析のためのキットに関し、上記キットは：ａ）上記プローブ；およびｂ）Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、またはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列と上記キットとの間に形成されたハイブリッドを評価する手段を含んでなる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００４１】
（発明の詳細な説明）
限定する目的ではなく、開示を明快にするために、本発明の詳細な説明は、以下の小節に分けられる。
【００４２】
（Ａ． 定義）
別に定義されない限り、本明細書に用いられる全ての専門用語および科学用語は、本発明が属する分野の当業者により一般に解釈される意味と同様の意味を有する。本明細書に引用された全ての特許、特許出願、出願公開および他の刊行物は、参照として、それらの全体が参考として援用される。本節に記載された定義が、参考として本明細書に援用されている特許、特許出願、出願公開および他の刊行物に記載された定義に反するか、または矛盾する場合は、本節に記載された定義が、参考として本明細書に援用されている定義に優先する。
【００４３】
本明細書に用いられる「１つ」（「ａ」または「ａｎ」）は、「少なくとも１つ（「ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ」）」または「１つ以上（ｏｎｅ ｏｒ ｍｏｒｅ）」を意味する。
【００４４】
本明細書に用いられる「コロナウイルス科」は、呼吸器疾患の原因となる一本鎖ＲＮＡウイルスの科をいう。ウイルスの外側のエンベロープは、外方に伸びるこん棒形の突起物を有し、染色陰性のビリオンに特徴的な冠状の外観を与えている。
【００４５】
本明細書に用いられる「ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）」は、ＤＮＡインビトロ増幅のためのシステムをいう。過剰のデオキシヌクレオチド類および熱安定性ＤＮＡポリメラーゼ、例えば、ＴａｑＤＮＡポリメラーゼの存在下、増幅される標的ＤＮＡ（各鎖に対し１つ）の２つの領域に相補的な２つの合成オリゴヌクレオチドプライマーが、標的ＤＮＡ（純粋でなくてもよい）に加えられる。一連の、例えば３０回の温度サイクルにおいて、標的ＤＮＡを、（例えば、９０℃付近で）繰り返して変性させ、プライマーに（例えば、５０℃〜６０℃で）アニールさせ、娘鎖を（例えば、７２℃で）上記プライマーから伸長させる。娘鎖自体が、引き続くサイクルのテンプレートとして働くため、双方のプライマーに対応するＤＮＡ断片は、線形的ではなく、指数関数的に増幅される。したがって、もとのＤＮＡは、純粋である必要もなく、大量である必要もないため、ＰＣＲ反応は、研究のみならず、臨床診断および法科学において、幅広く用いられるようになった。
【００４６】
本明細書に用いられる「ネステッド（ｎｅｓｔｅｄ）ＰＣＲ」は、プライマーの２つのセットを連続して用いることにより、特異性が改善されるＰＣＲをいう。最初のＰＣＲを、「外側」のプライマー対により実施し、次いで、少量のアリコートを、「内側」のプライマー対による２回目のＰＣＲのテンプレートとして用いる。
【００４７】
本明細書に用いられる「逆転写ＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ」は、出発テンプレートがＲＮＡであるＰＣＲをいい、ＤＮＡテンプレートを作成するために、最初に逆転写ステップが必要であることを含意している。いくつかの熱安定性ポリメラーゼは、かなり大きな逆転写活性を有しているが、明示的な逆転写を実施し、逆転写酵素を不活性化するか、または生成物を精製して、別個の従来のＰＣＲに進めることがより一般的である。
【００４８】
本明細書に用いられる「プライマー」は、典型的には、増幅工程において核酸をプライムするために、標的配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドをいう。
【００４９】
本明細書に用いられる「プローブ」は、典型的には、標的配列の検出を容易にするために、標的配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドをいう。用語の「標的配列」は、プローブが特異的に結合する核酸配列をいう。増幅工程において、標的核酸をプライムするために用いられるプライマーとは違って、ポリメラーゼ酵素を用いて標的核酸を増幅させるためにプローブを伸長させる必要はない。しかし、多くの場合、プローブとプライマーは、構造的に類似しているか、または同一であることは、当業者に明白であろう。
【００５０】
本明細書に用いられる「５’および３’特異的プライマーそれぞれの濃度に等しいか、またはそれより高い５’および３’ユニバーサルプライマーの濃度」とは、５’特異的プライマーの濃度に等しいかまたはそれより高い５’ユニバーサルプライマーの濃度、および３’特異的プライマーの濃度に等しいかまたはそれより高い３’ユニバーサルプライマーの濃度を意味する。
【００５１】
本明細書に用いられる「ヘアピン構造」は、二本鎖ステムセグメントと一本鎖ループセグメントを含有し、この二本鎖ステムセグメントを形成している２つのポリヌクレオチドまたは核酸の鎖が、ループセグメントを形成している１つのポリヌクレオチドまたは核酸の鎖により結合および分離される、ポリヌクレオチドまたは核酸をいう。上記「ヘアピン構造」は、二本鎖ステムセグメントから伸長している３’および／または５’一本鎖領域（１つまたは複数）をさらに含むことができる。
【００５２】
本明細書に用いられる「核酸（１つまたは複数）」は、特に、一本鎖、二重鎖、三重鎖、線状、および環状形態を含む任意の形態におけるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）および／またはリボ核酸（ＲＮＡ）をいう。それはまた、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、核酸のキメラおよびそれらのアナログも含む。本明細書に記載される核酸は、塩基のアデノシン、シトシン、グアニン、チミジン、およびウリジンからなるか、または、これらの塩基のアナログまたは誘導体から構成され得る周知のデオキシリボヌクレオチド類およびリボヌクレオチド類から構成され得る。また、ホスホトリエステル、ポリヌクレオチドペプチド（ＰＮＡ）、メチルホスホネート、ホスホロチオエート、ポリヌクレオチドプライマー、ロックド核酸（ＬＮＡ）などの非従来的なホスホジエステル骨格を有する種々の他のオリゴヌクレオチド誘導体もまた本明細書に含まれる。
【００５３】
本明細書に用いられる「相補的な、またはマッチした」とは、２つの核酸配列が、少なくとも５０％の配列同一性を有することを意味する。２つの核酸配列は、少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有することが好ましい。また、「相補的な、またはマッチした」は、２つの核酸配列が、低く、中程度に、および／または高くストリンジェントな条件下でハイブリダイズできることも意味する。
【００５４】
本明細書に用いられる「実質的に相補的な、または実質的にマッチした」とは、２つの核酸配列が、少なくとも９０％の配列同一性を有することを意味する。２つの核酸配列は、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有することが好ましい。あるいは、「実質的に相補的な、または実質的にマッチした」とは、２つの核酸配列が、高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズできることを意味する。
【００５５】
本明細書に用いられる「２つの完全にマッチしたヌクレオチド配列」は、ワトソンークリック塩基対原理、すなわち、ＤＮＡ：ＤＮＡ二重鎖におけるＡ−Ｔ対およびＣ−Ｇ対ならびに、ＤＮＡ−ＲＮＡ二重鎖またはＲＮＡ−ＲＮＡ二重鎖におけるＡ−Ｕ対およびＣ−Ｇ対によって、２つのヌクレオチド鎖がマッチし、二本の鎖の各々に、欠失も付加もない核酸二重鎖をいう。
【００５６】
本明細書に用いられる「ミスマッチのパーセンテージ決定における「ハイブリダイゼーションのストリンジェンシー」は、以下のとおりである：
１）高ストリンジェンシー：０．１×ＳＳＰＥ（または０．１×ＳＳＣ）、０．１％ＳＤＳ、６５℃；
２）中程度（ｍｅｄｉｕｍ）ストリンジェンシー：０．２×ＳＳＰＥ（または１．０×ＳＳＣ）、０．１％ＳＤＳ、５０℃（中（ｍｏｄｅｒａｔｅ）ストリンジェンシーともいう）；および
３）低ストリンジェンシー：１．０×ＳＳＰＥ（または５．０×ＳＳＣ）、０．１％ＳＤＳ、５０℃。
【００５７】
代替的な緩衝液、塩類および温度を用いて、等しいストリンジェンシーを達成し得ることが、理解される。
【００５８】
本明細書に用いられる「遺伝子」は、染色体上に特定の座を占め、その存在が、種々の対立形態の発生により確認することのできる遺伝の単位をいう。分断化遺伝子の発生を考慮し、遺伝子はまた、単一のポリペプチドを生成させるために必要とされるＤＮＡ配列のセット（エキソン）も包含する。
【００５９】
本明細書に用いられる「融解温度」（「Ｔｍ」）は、核酸二重鎖、すなわち、ＤＮＡ：ＤＮＡ、ＤＮＡ：ＲＮＡ、ＲＮＡ：ＲＮＡ、ＰＮＡ：ＤＮＡ、ＬＮＡ：ＲＮＡおよびＬＮＡ：ＤＮＡなどが変性される温度範囲の中心点をいう。
【００６０】
本明細書に用いられる「サンプル」は、本発明のチップ、プライマー、プローブ、キットおよび方法によりアッセイ、または増幅される標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有し得る任意のものをいう。サンプルは、生物学的流体または生物学的組織などの生物学的サンプルでありうる。生物学的流体の例としては、尿、血液、血漿、血清、唾液、精液、糞便、痰、脳脊髄液、涙液、粘液、羊水などが挙げられる。生物学的組織は、通常、ヒト、動物、植物、細菌、真菌またはウイルス構造の構造材料の１つを形成するそれらの細胞間物質と一緒になった特定の種類の細胞凝集体である（結合組織、上皮組織、筋肉組織および神経組織などを含む）。また、生物学的組織の例としては、器官、腫瘍、リンパ節、動脈および個々の細胞（１つまたは複数）が挙げられる。生物学的組織は、細胞懸濁サンプルを得るために処理できる。また、サンプルは、インビトロで調製された細胞の混合物であり得る。また、サンプルは、培養細胞懸濁液であり得る。生物学的サンプルの場合、サンプルは、粗製サンプルであってもよいし、また、元のサンプルを種々に処理、または調製した後に得られる処理サンプルでもよい。例えば、血液などの体液サンプルから標的細胞を分離、または濃縮するために、種々の細胞分離法（例えば、磁気作動式細胞選別（ｍａｇｎｅｔｉｃａｌｌｙ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ））が適用できる。本発明に用いられるサンプルには、そのような標的細胞濃縮化細胞調製法が含まれる。
【００６１】
本明細書に用いられる「液体（流体）サンプル」は、液体または流体、例えば、生物学的液体として天然に存在するサンプルをいう。また、「液体サンプル」は、非液体状態、例えば、固体、または気体として天然に存在するが、その固体、または気体サンプル物質を含有する液体、流体、溶液または懸濁液として調製されるサンプルもいう。例えば、液体サンプルは、生物学的組織を含有する液体、流体、溶液または懸濁液を包含することができる。
【００６２】
本明細書に用いられる「ＰＣＲ産物の評価」は、ＰＣＲ産物、ならびにＰＣＲ産物のレベルを示す指数、比率、パーセンテージ、視覚的または他の値を獲得する、定量的および／または定性的決定をいう。評価は、直接的でも間接的でもよく、実際に検出される化学種は、当然、ＰＣＲ産物それ自体である必要はなく、例えば、その誘導体、またはさらに他の物質であってもよい。
【００６３】
（Ｂ．ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のアッセイ用チップ）
一態様において、本発明は、重症急性呼吸器症候群を引き起こすコロナウイルス（ＳＡＲＳ−ＣｏＶ）および非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物をアッセイするためのチップに関し、該チップは、その上にＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも１０個のヌクレオチドを含むヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、および以下のオリゴヌクレオチドプローブ（１つまたは複数）：ａ）ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブ；ｂ）感染宿主の免疫系を損傷している非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブ；または，ｃ）非ＳＡＲＳ−Ｃｏｖコロナウイルス科ウイルスのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、上記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプローブを支持体上に固定化させた核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な該支持体を含んでなる。
【００６４】
いくつかの実施形態において、該チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブをその上に固定化させた、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な支持体を含んでなり、上記２つの異なるヌクレオチド配列の各々は、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む。
【００６５】
上記少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列は、任意の適切な組み合わせであり得る。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列、およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み得る。他の例において、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列、およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み得る。
【００６６】
所望の場合、本チップは、他のタイプのプローブまたは他の特徴を含み得る。例えば、該チップは、：ａ）以下の３つのオリゴヌクレオチドプローブのうちの少なくとも１つ：ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物を含有するか、含有する疑いのあるサンプルを該チップに接触させる場合に、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない標識化された固定化コントロールプローブ、いずれのＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の配列にも相補的ではないが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物中には見られないサンプル中に含まれた配列に相補的であるポジティブコントロールプローブ、およびサンプル中に含まれたいずれのヌクレオチド配列にも相補的でないネガティブコントロールプローブ；ならびに、ｂ）ブランクスポット、をさらに含み得る。
【００６７】
特定の一実施形態において、本チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置するか、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置する、または、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置する、各々少なくとも１０個のヌクレオチドの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを含み得る。
【００６８】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの任意の保存領域を、アッセイ標的として用いることができる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａ、１Ｂ遺伝子またはヌクレオカプシド（Ｎ）遺伝子内に位置する領域であり得る。
【００６９】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの任意の可変領域を、アッセイ標的として用いることができる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのスパイク糖タンパク質（Ｓ）遺伝子内に位置する領域であり得る。
【００７０】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの任意の構造タンパク質コード遺伝子を、アッセイ標的として用いることができる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）、小型エンベロープタンパク質（Ｅ）またはヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）をコードする遺伝子であり得る。
【００７１】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの任意の非構造タンパク質コード遺伝子を、アッセイ標的として用いることができる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子は、レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂをコードする遺伝子であり得る。
【００７２】
別の特定の実施形態において、本チップは、以下の４つのオリゴヌクレオチドプローブのうちの少なくとも２つを含み得る：ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、およびＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ。
【００７３】
好ましくは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する異なるヌクレオチド配列の一方または双方は：ａ）表１３に記載されるレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂヌクレオチド配列、またはその相補鎖と、高ストリンジェンシー下でハイブリダイズする；またはｂ）表１３に記載されるヌクレオチド配列を含んでなるレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂヌクレオチド配列、またはその相補鎖に、少なくとも９０％同一性を有するヌクレオチド配列を含み得る。
【００７４】
（表１３．例示的なＳＡＲＳ−ＣｏＶプローブ）
【００７５】
【表１３−１】
【００７６】
【表１３−２】
。
【００７７】
また、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列は：ａ）高ストリンジェンシー下で、表１３に記載されるＮヌクレオチド配列、またはその相補鎖とハイブリダイズする；またはｂ）表１３に記載されるＮヌクレオチド配列、またはその相補鎖を含むＮヌクレオチド配列に少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み得ることが好ましい。より好ましくは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列は表１３に記載されるヌクレオチド配列を含む。
【００７８】
また、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列は：ａ）高ストリンジェンシー下で、表１３に記載されるＳヌクレオチド配列、またはその相補鎖とハイブリダイズする；またはｂ）表１３に記載されるヌクレオチド配列、またはその相補鎖を含むＳヌクレオチド配列に少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み得ることが好ましい。より好ましくは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列は表１３に記載されるヌクレオチド配列を含む。
【００７９】
任意の適切な標識、例えば、化学的、酵素的、免疫原性、放射性、蛍光、発光またはＦＲＥＴ標識を、固定化コントロールプローブに使用できる。
【００８０】
任意の適切な非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列を使用することができる。例えば、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列は、アッセイすべきサンプルの内在成分であり得る。あるいは、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列は、アッセイすべきサンプル内にスパイクされる。別の例において、スパイクされた非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ起原の配列であり得る。
【００８１】
さらに別の特定の実施形態において、本チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物を含有するか、含有する疑いのあるサンプルを本チップに接触させても、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない標識化された固定化コントロールプローブ、いずれのＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列にも相補的でないが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物においては見られないサンプル内に含有されたいずれかの配列に相補的なポジティブコントロールプローブ、およびサンプル内に含有されたいずれのヌクレオチド配列にも相補的でないネガティブコントロールプローブを含み得る。
【００８２】
本チップは、記載されたプローブの複数のスポット、例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、固定化コントロールプローブ、ポジティブコントロールプローブおよびネガティブコントロールプローブの複数のスポットを含んでなることが好ましい。
【００８３】
本チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶに関連しないコロナウイルスのヌクレオチドド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブをさらに含み得る。例えば、ＳＡＲＳに関連しないコロナウイルスは、Ｉ群、ＩＩ群またはＩＩＩ群コロナウイルスであり得るか、または鳥類種に感染するコロナウイルス、例えば、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、ウマ種に感染するコロナウイルス、例えば、ウマコロナウイルス、イヌ種に感染するコロナウイルス、例えば、イヌコロナウイルス、ネコ種に感染するコロナウイルス、例えば、ネココロナウイルスおよびネコ感染性腹膜炎ウイルス、ブタ種に感染するコロナウイルス、例えば、ブタ流行性下痢ウイルス、ブタ伝染性胃腸炎ウイルスおよびブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、子ウシ種に感染するコロナウイルス、例えば、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ウシ種に感染するコロナウイルス、例えば、ウシコロナウイルス、マウス種に感染するコロナウイルス、例えば、マウス肝炎ウイルス、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）種に感染するコロナウイルス、例えば、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）ウイルス、ラット種に感染するコロナウイルス、例えば、ラットコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルス、シチメンチョウ種に感染するコロナウイルス、例えば、シチメンチョウコロナウイルス、またはヒト種に感染するコロナウイルス、例えば、ヒト腸内コロナウイルスである。本チップは、他のタイプのウイルスまたは病原体のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブをさらに含み得る。本チップを用いてアッセイできるウイルスまたは病原体の代表的なリストは表１４に記載してある。
【００８４】
（表１４．例示的なウイルスおよび病原体）
【００８５】
【表１４】
。
【００８６】
種々のプローブ、例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、固定化コントロールプローブ、またはネガティブコントロールプローブ、ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、感染宿主の免疫系を損傷する非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、および非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科ウイルスのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブは、その５’端に、支持体に対するその固定化を増強させるポリｄＴ領域を含み得る。
【００８７】
特定の一実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブの少なくとも１つは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの高発現ヌクレオチド配列に相補的である。このようなチップは、早期ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染の検出に特に有用である。
【００８８】
いくつかの実施形態において、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物は、ＳＡＲＳ様症状を引き起こす感染性生物である。このような生物としては、限定はしないが、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３、ヒト腸内コロナウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｎｃｙｔｉｃａｌ ｖｉｒｕｓ)、ヒトメタニューモウイルス、ライノウイルス、アデノウイルス、肺炎マイコプラスマ、肺炎クラミジア病原体、麻疹ウイルスおよび風疹ウイルスが挙げられる。インフルエンザウイルスは、Ａ型インフルエンザウイルスまたはＢ型インフルエンザウイルスであり得る。パラインフルエンザウイルスは、パラインフルエンザウイルス１、パラインフルエンザウイルス２、パラインフルエンザウイルス３、またはパラインフルエンザウイルス４であり得る。これらの生物に対する例示的プローブは、表１５に記載される。
【００８９】
（表１５． ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する例示的プローブ）
【００９０】
【表１５−１】
【００９１】
【表１５−２】
【００９２】
【表１５−３】
【００９３】
【表１５−４】
【００９４】
【表１５−５】
【００９５】
【表１５−６】
【００９６】
【表１５−７】
【００９７】
【表１５−８】
【００９８】
【表１５−９】
【００９９】
【表１５−１０】
【０１００】
【表１５−１１】
。
【０１０１】
いくつかの実施形態において、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物は、感染宿主の免疫系を損傷する感染性生物である。このような生物としては、限定はしないが、肝炎ウイルス、輸血媒介ウイルス（ｔｒａｎｓｆｕｓｉｏｎ ｔｒａｎｓｍｉｔｔｉｎｇ ｖｉｒｕｓ）（ＴＴＶ），ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、パルボウイルス、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ），エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）および梅毒トレポネーマが挙げられる。肝炎ウイルスは、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス（ＨＤＶ）、Ｅ型肝炎ウイルス（ＨＥＶ）、Ｇ型肝炎ウイルス（ＨＧＶ）であり得る。ＨＩＶは、ＨＩＶ Ｉであり得る。パルボウイルスは、パルボウイルスＢ１９であり得る。例示的プローブは、表１６に記載される。
【０１０２】
（表１６．宿主の免疫系を損傷する非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する例示的プローブ）
【０１０３】
【表１６−１】
【０１０４】
【表１６−２】
【０１０５】
【表１６−３】
【０１０６】
【表１６−４】
【０１０７】
【表１６−５】
。
【０１０８】
いくつかの実施形態において、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物は、非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスである。このようなウイルスとしては、限定はしないが、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、マウス肝炎ウイルス、ウマコロナウイルス、イヌコロナウイルス、ネココロナウイルス、ブタ流行性下痢ウイルス、ブタ伝染性胃腸炎ウイルス、ウシコロナウイルス、ネコ感染性腹膜炎ウイルス、ラットコロナウイルス、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）ウイルス、シチメンチョウコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルスが挙げられる。これらのウイルスに対する例示的プローブは、表１７に記載される。
【０１０９】
（表１７．非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスに対する例示的プローブ）
【０１１０】
【表１７】
。
【０１１１】
上記オリゴヌクレオチドプローブおよび標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶならびに任意の非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列は、任意の適切な長さであり得る。該オリゴヌクレオチドプローブおよび標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶならびに任意の非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列は、少なくとも、７、１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、９０、１００個のヌクレオチドまたは１００ヌクレオチドをこえる長さを有することが好ましい。
【０１１２】
上記オリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーは、任意の適切な方法、例えば、化学的合成、組み換え法、および／または双方により調製できる（一般的に、Ａｕｓｕｂｅｌら（編集者）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ Ｉｎｃ．（２０００）を参照）。
【０１１３】
本チップには、任意の適切な支持体が使用できる。例えば、該支持体は、シリコン、プラスチック、ガラス、セラミック、ゴム、およびポリマー表面からなる群より選択される表面を含み得る。
【０１１４】
（Ｃ．ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に関するアッセイ法）
別の態様において、本発明は、サンプル内のＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に関するアッセイ法に関し、上記方法は：ａ）上記のチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；および、ｃ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の上記ヌクレオチド配列と上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムのヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブまたは上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物ゲノムのヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブとの間に形成されたハイブリッドを評価することを含んでなり、これにより、上記ハイブリッドの一方または両方の検出が、上記サンプル内の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または上記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の存在を示す。
【０１１５】
いくつかの実施形態において：ａ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを支持体上に固定化させた、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切な該支持体であって、上記２つの異なるヌクレオチド配列の各々が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む支持体を含んでなるチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；およびｃ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列とＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な上記少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブそれぞれとの間に形成されたハイブリッドを評価して、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無、または、量を決定することにより、ＳＡＲＳ−ＣｏＶをアッセイし、これにより、上記ハイブリッドの一方または両方の検出が、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在を示す。
【０１１６】
特定の一実施形態において、当該方法はａ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列、またはＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列を含んでなるチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；およびｃ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列と、ｉ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブそれぞれ；またはｉｉ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブとの間に形成されたハイブリッドを評価して、上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無、または、量を決定し、これにより、上記ハイブリッドの一方または両方の検出が上記サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在を示す。
【０１１７】
別の特定の実施形態において、当該方法は：ａ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内のクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、以下の３つのオリゴヌクレオチドプローブ：ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルを該チップに接触させる時、いずれのハイブリダイゼーション反応に関与しない標識された固定化コントロールプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのいずれの配列にも相補的ではないが、サンプル中に含まれた非ＳＡＱＲＳ−ＣｏＶ配列に相補的であるポジティブコントロールプローブ、およびサンプル中に含まれたいずれのヌクレオチド配列にも相補的でないネガティブコントロールプローブおよびブランクスポットのうちの少なくとも１つを含んでなるチップを提供すること；ｂ）核酸ハイブリダイゼーションに適切な条件下で、上記チップを、ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列を含有するか、含有する疑いのあるサンプルと接触させること；およびｃ）（ｉ）上記サンプルに存在する場合、上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列と、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内のヌクレオチド配列に相補的な上記オリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブそれぞれとの間に形成されたハイブリッド；（ｉｉ）固定化コントロールプローブに含まれる標識、またはポジティブコントロールプローブおよび／またはネガティブコントロールプローブを含むハイブリッド（１つまたは複数）；および（ｉｉｉ）上記ブランクスポットにおけるシグナルを評価して、サンプル中の上記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無、または、量を決定することを含んでなる。
【０１１８】
当該チップは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、固定化コントロールプローブ、ポジティブコントロールプローブおよびネガティブコントロールプローブを含んでなることが好ましく、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在は：ａ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列の少なくとも１つ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出される；ｂ）固定化コントロールプローブから陽性シグナルが検出される；ｃ）ポジティブコントロールプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出される；ｄ）ネガティブコントロールプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されない；およびｅ）ブランクスポットにおいて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されない場合に、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在が決定される。
【０１１９】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの可変領域における標的配列を含むことで、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの可能な変異の評価ができる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列の少なくとも１つ、またはＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されるが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されなければ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの変異が示される。
【０１２０】
本方法は、任意の適切な予後判定および診断の目的に用いることができる。一例において、本方法は、ＳＡＲＳ様症状、例えば、発熱または高熱、非増殖性咳、筋痛、呼吸困難、高乳酸デヒドロゲナーゼ、低カルシウム血症、およびリンパ球減少症（Ｂｏｏｔｈら、ＪＡＭＡ、２００３年５月６日；［印刷前の電子出版］）を有する患者の集団からＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染患者を同定するために用いられる。本発明のチップ、方法およびキットは、高乳酸デヒドロゲナーゼ、低カルシウム血症、およびリンパ球減少症などについてのアッセイをさらに含み得る。
【０１２１】
別の例において、ＳＡＲＳ−ＣｏＶに関連しないコロナウイルスのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオイドプローブをさらに含んでなるチップが用いられ、ＳＡＲＳに関連しないコロナウイルス：例えば、鳥類種を感染させるコロナウイルス、例えば、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、ウマ種を感染させるコロナウイルス、例えば、ウマコロナウイルス、イヌ種を感染させるコロナウイルス、例えば、イヌコロナウイルス、ネコ種を感染させるコロナウイルス、例えば、ネココロナウイルスおよびネコ感染性腹膜炎ウイルス、ブタ種を感染させるコロナウイルス、例えば、ブタ流行性下痢ウイルス、ブタ伝染性胃腸炎ウイルスおよびブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、子ウシ種を感染させるコロナウイルス、例えば、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ウシ種を感染させるコロナウイルス、例えば、ウシコロナウイルス、マウス種を感染させるコロナウイルス、例えば、マウス肝炎ウイルス、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）種を感染させるコロナウイルス、例えば、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）ウイルス、ラット種を感染させるコロナウイルス、例えば、ラットコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルス、シチメンチョウ種を感染させるコロナウイルス、例えば、シチメンチョウコロナウイルス、またはヒト種を感染させるコロナウイルス、例えば、ヒト腸内コロナウイルス、に感染している患者からＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染患者を陽性に同定するために、該方法が用いられる。
【０１２２】
さらに別の例において、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの高発現ヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオイドプローブを含んでなるチップが用いられ、早期ＳＡＲＳ患者（例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶに感染して約１日未満から約３日たっているＳＡＲＳ患者）を診断するために、この方法が用いられる。
【０１２３】
さらに別の例において、ＳＡＲＳの治療、例えば、インターフェロンまたは種々のＲＮＡウイルスの複製を阻害するリバビリンなどの薬剤による治療をモニターするために本方法が用いられる。また本方法は、薬物スクリーニングアッセイにおいて、可能性のある抗ＳＡＲＳ−ＣｏＶ剤を評価するためにも用いることができる。
【０１２４】
本発明の方法は、被験体が、ＳＡＲＳ様症状を引き起こすＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に感染しているかどうかを決定するために用いることができる。ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物としては、限定はしないが、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３、ヒト腸内コロナウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、ＲＳウイルス（ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｎｃｙｇｔｉｃａｌ ｖｉｒｕｓ）、ヒトメタニューモウイルス、ライノウイルス、アデノウイルス、肺炎マイコプラスマ、肺炎クラミジア病原体、麻疹ウイルスおよび風疹ウイルスが挙げられる。インフルエンザウイルスは、Ａ型インフルエンザウイルスまたはＢ型インフルエンザウイルスであり得る。パラインフルエンザウイルスは、パラインフルエンザウイルス１、パラインフルエンザウイルス２、パラインフルエンザウイルス３、またはパラインフルエンザウイルス４であり得る。
【０１２５】
また、本発明の方法は、被験体が、被験体の免疫系を損傷するＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に感染しているかどうかを決定するために用いることができる。被験体の免疫系を損傷する非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物としては、限定はしないが、肝炎ウイルス、輸血媒介ウイルス（ＴＴＶ），ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、パルボウイルス、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ），エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）および梅毒トレポネーマが挙げられる。肝炎ウイルスは、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス（ＨＤＶ）、Ｅ型肝炎ウイルス（ＨＥＶ）、またはＧ型肝炎ウイルス（ＨＧＶ）であり得る。ＨＩＶは、ＨＩＶ Ｉであり得る。パルボウイルスは、パルボウイルスＢ１９であり得る。
【０１２６】
また、本発明の方法は、被験体が、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスに感染しているかどうかを決定するために用いることができる。非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスとしては、限定はしないが、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、マウス肝炎ウイルス、ウマコロナウイルス、イヌコロナウイルス、ネココロナウイルス、ブタ流行性下痢ウイルス、ブタ伝染性胃腸炎ウイルス、ウシコロナウイルス、ネコ感染性腹膜炎ウイルス、ラットコロナウイルス、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、パフィノシス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ）ウイルス、シチメンチョウコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルスが挙げられる。
【０１２７】
任意の適切なＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列をアッセイすることができる。例えば、アッセイすべきＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列、または抽出されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列から増幅されたＤＮＡ配列であり得る。
【０１２８】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、任意の適切な方法により調製できる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に感染した細胞または他の材料から、ＱＩＡａｍｐ ウイルスＲＮＡキット、Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ−Ｓａｃｃｈｉ法またはＴＲＩｚｏｌを用いて抽出できる。（ＤｅＰａｕｌａら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ、９８（２）：１１９−２５頁（２００１））。ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に感染した細胞または他の材料から、ＱＩＡａｍｐ ウイルスＲＮＡキットを用いて抽出されることが好ましい。ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、任意の適切な供給源から抽出できる。例えば、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、痰または唾液のサンプルから抽出できる。別の例において、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、血液サンプルのリンパ球から抽出できる。
【０１２９】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列は、任意の適切な方法、例えば、ＰＣＲにより増幅できる。ＰＣＲの間、標識を増幅ＤＮＡ配列に組み込むことが好ましい。任意の適切なＰＣＲ、例えば、従来のＰＣＲ、マルチプレックスＰＣＲ，ネステッドＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲが使用できる。一例において、ＰＣＲは、第一のステップがＲＴ−ＰＣＲであり、第二のステップが従来のＰＣＲである２ステップネステッドＰＣＲを含み得る。別の例において、ＰＣＲは、複数の５’および３’特異的プライマーを用いる１ステップマルチプレックスＲＴ−ＰＣＲを含んでなることができ、上記特異的プライマーの各々は、増幅すべき標的配列に相補的な特異的配列、および共通配列、ならびに５’および３’ユニバーサルプライマーを含んでなり、上記５’ユニバーサルプライマーは、５’特異的プライマーの共通配列に相補的であり、上記３’ユニバーサルプライマーは、３’特異的プライマーの共通配列に相補的であり、上記ＰＣＲにおいて、５’および３’ユニバーサルプライマーの濃度は、各々、５’および３’特異的プライマーの濃度に等しいか、またはそれより高い。３’ユニバーサルプライマーおよび／または５’ユニバーサルプライマーは、標識化、例えば、蛍光標識化されることが好ましい。さらに別の例において、上記ＰＣＲは、複数ステップのネステッドＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲを含んでなる。さらに別の例において、上記ＰＣＲは、表１８に記載されたＳＡＲＳ−ＣｏＶに対する以下のプライマー対の少なくとも１つを用いて行われる。
【０１３０】
（表１８．例示的なＳＡＲＳ−ＣｏＶプライマー）
【０１３１】
【表１８−１】
【０１３２】
【表１８−２】
【０１３３】
【表１８−３】
【０１３４】
【表１８−４】
【０１３５】
【表１８−５】
。
【０１３６】
さらに別の例において、上記ＰＣＲは、表１９に記載されたＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する以下のプライマー対の少なくとも１つを用いて行われる。
【０１３７】
（表１９．ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する例示的プライマー）
【０１３８】
【表１９−１】
【０１３９】
【表１９−２】
【０１４０】
【表１９−３】
【０１４１】
【表１９−４】
【０１４２】
【表１９−５】
【０１４３】
【表１９−６】
【０１４４】
【表１９−７】
【０１４５】
【表１９−８】
。
【０１４６】
さらに別の例において、上記ＰＣＲは、表２０に記載された被験体の免疫系を損傷する非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する以下のプライマー対の少なくとも１つを用いて行われる。
【０１４７】
（表２０．被験体の免疫系を損傷する非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に対する例示的プライマー）
【０１４８】
【表２０−１】
【０１４９】
【表２０−２】
【０１５０】
【表２０−３】
【０１５１】
【表２０−４】
【０１５２】
【表２０−５】
【０１５３】
【表２０−６】
。
【０１５４】
さらに別の例において、上記ＰＣＲは、表２１に記載された非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスに対する以下のプライマー対の少なくとも１つを用いて行われる。
【０１５５】
（表２１．非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスに対する例示的プライマー）
【０１５６】
【表２１−１】
【０１５７】
【表２１−２】
【０１５８】
【表２１−３】
。
【０１５９】
（Ｄ． ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のプライマー、プローブ、キットならびにそれらの使用）
さらに別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーに関し、上記オリゴヌクレオチドプライマーは：ａ）表１８または表１９〜表２１に記載される、標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列またはその相補鎖と、高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするか；またはｂ）表１８または表１９〜表２１に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなる標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に、少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる。
【０１６０】
本発明のプライマーは、任意の適切なタイプの核酸、例えば、ＤＮＡ，ＲＮＡ，ＰＮＡまたはそれらの誘導体を含み得る。該プライマーは、表１８または表１９〜表２１に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなることが好ましい。
【０１６１】
特定の一実施形態において、本発明は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列を増幅するためのキットに関し、上記キットは：ａ）上記のプライマー；およびｂ）プローブを用いて、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオトチド配列を増幅できる核酸ポリメラーゼを含んでなる。該核酸ポリメラーゼは、逆転写酵素であることが好ましい。
【０１６２】
さらに別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオトチド配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブに関し、上記オリゴヌクレオチドプローブは：ａ）表１３または表１５〜表１７に記載される標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列またはその相補鎖と、高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするか；またはｂ）表１３または表１５〜表１７に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなる標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に、少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる。
【０１６３】
本発明のプローブは、任意の適切なタイプの核酸、例えば、ＤＮＡ，ＲＮＡ，ＰＮＡまたはそれらの誘導体を含み得る。該プローブは、表１３または表１５〜表１７に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなることが好ましい。また、該プローブは、標識（例えば、化学標識、酵素標識、免疫標識、放射性標識、蛍光標識、発光標識およびＦＲＥＴ標識）されることが好ましい。
【０１６４】
特定の一実施形態において、本発明は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列をハイブリダイゼーション分析するためのキットに関し、上記キットは：ａ）上記プローブ；およびｂ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列と上記プローブとの間に形成されたハイブリッドを評価する手段を含んでなる。
【０１６５】
該オリゴヌクレオチドプライマーおよびプローブは、任意の適切な方法により作製できる。例えば、該プローブは、化学合成され得る（一般的には、Ａｕｓｕｂｅｌ（編）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、２．１１．Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．（２０００）を参照）か、天然の供給源から分離できるか、組み換え法により作製できるか、またはそれらの組み合わせにより作製できる。また、合成オリゴヌクレオチドは、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、３：３１８５−３１９１頁（１９８１）のトリエステル法を用いて調製することもできる。あるいは、例えば、ホスホラミダイト化学を用いる、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ＤＮＡ合成機での自動合成が好ましい。該プローブおよび該プライマーは、化学合成されることが好ましい。
【０１６６】
本発明のオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーの調製に適切な塩基は、アデニン、シトシン、グアニン、ウラシル、およびチミンなどの天然に存在するヌクレオチド塩基から選択できる。また、８−オキソ−グアニン、６−メルカプトグアニン、４−アセチルシチジン、５−（カルボキシヒドロキシエチル）ウリジン、２’−Ｏ−メチルシチジン、５−カルボキシメチルアミノ−メチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウリジン、ジヒドロウリジン、２’−Ｏ−メチルプソイドウリジン、ベータ−Ｄ−ガラクトシルクエオシン、２’−Ｏメチルグアノシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデノシン、１−メチルアデノシン、１−メチルプソイドウリジン、１−メチルグアノシン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアノシン、２−メチルアデノシン、２−メチルグアノシン、３−メチルシチジン、５−メチルシチジン、Ｎ６−メチルアデノシン、７−メチルグアノシン、５−メチルアミノメチルウリジン、５−メトキシアミノメチル−２−チオウリジン、ベータ−Ｄ−マンノシルクエオシン、５−メトキシカルボニルメチルウリジン、５−メトキシウリジン、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデノシン、Ｎ−（（９−ベータ−Ｄ−リボフラノシル−２−メチルチオプリン−６−イル）カルバモイル）トレオニン、Ｎ−（（９−ベータ−Ｄ−リボフラノシルプリン−６−イル）Ｎ−メチルカルバモイル）トレオニン、ウリジン−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウリジン−５−オキシ酢酸、ウィブトキソシン、プソイドウリジン、クエオシン、２−チオシチジン、５−メチル−２−チオウリジン、２−チオウリジン、２−チオウリジン、５−メチルウリジン、Ｎ−（（９−ベータ−Ｄ−リボフラノシルプリン−６−イル）カルバモイル）トレオニン、２’−Ｏ−メチル−５−メチルウリジン、２’−Ｏ−メチルウリジン、ウィブトシン、および３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）ウリジンなどの非天然または「合成」ヌクレオチド塩基からも選択できる。
【０１６７】
同様に、オリゴヌクレオチドの化学的アナログ（例えば、ホスホジエステル結合が、たとえば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、またはホスホラミデートに改変されているオリゴヌクレオチド）もまた使用できる。分解からの保護は、オリゴヌクレオチドの３’端におけるホスホジエステル結合の代わりに、耐ヌクレアーゼ結合が置換される「３’端キャップ」法により達成される（Ｓｈａｗら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、１９：７４７頁（１９９１））。ホスホルアミデート類、ホスホロチオエート類、およびメチルホスホネート結合の全ては、この様式で適切に機能する。ホスホジエステル骨格の修飾を拡大することにより、安定性が付与されることが示されており、親和性の増強およびオリゴヌクレオチド類の細胞透過性の増大を考慮に入れることができる（Ｍｉｌｌｉｇａｎら、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．、３６：１９２３頁（１９９３））。多くの異なる化学的方法が、全ホスホジエステル骨格を新規な結合と置き換えるために使用されている。骨格アナログとしては、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、ボラノホスフェート、ホスホトリエステル、ホルムアセタール、３’−チオホルムアセタール、５’−チオホルムアセタール、５’−チオエーテル、カーボネート、５’−Ｎ−カルバメート、サルフェート、スルホネート、スルファメート、スルホンアミド、スルホン、スルフィット、スルホキシド、スルフィド、ヒドロキシルアミン、メチレン（メチルイミノ）（ＭＭＩ）またはメチレンオキシ（メチルイミノ）（ＭＯＭＩ）結合が挙げられる。ホスホロチオエートおよびメチルホスホネート−修飾オリゴヌクレオチド類は、自動化オリゴヌクレオチド合成を介するそれらの利用可能性のため、特に好ましい。該オリゴヌクレオチドは、（Ｍｉｌｌｉｇａｎら、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．、３６：１９２３頁（１９９３））により記載されるような「ペプチド核酸」であり得る。この唯一必要なことは、オリゴヌクレオチドプローブが、その配列の一部に標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列の一部に結合できる配列を有する必要があることである。
【０１６８】
ハイブリダイゼーションプローブまたは増幅プライマーは、任意の適切な長さであり得る。該プローブが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的核酸にハイブリダイズし、プローブまたはプライマーとして有効に機能する（例えば、検出または増幅を促進する）限り、プローブまたはプライマーの長さに下限または上限はない。本発明の該プローブまたはプライマーは、５０、４０、３０、２０、１５、または１０個の短さのヌクレオチド、またはそれ以下で短さであり得る。同様に、該プローブまたはプライマーは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的配列の完全長に対して２０、４０、５０、６０、７５、１００または２００個の長さのヌクレオチド、またはそれ以上の長さであり得る。一般に、プローブは、相補的標的核酸鎖の少なくとも１４個のヌクレオチド、好ましくは、少なくとも１８個のヌクレオチド、より好ましくは、少なくとも２０個から３０個までのいずれかのヌクレオチドを有し、ヘアピン第二次構造は含有しない。特定の実施形態において、該プローブは、少なくとも３０個のヌクレオチド、または少なくとも５０個のヌクレオチドの長さを有することができる。完全な相補性がある場合、すなわち、該鎖が、プローブの鎖と等しい配列を含有する場合、この二重鎖は、ストリンジェンシー下でも比較的安定であり、該プローブは短くてもよく、すなわち約１０〜３０の塩基対の範囲内でもよい。ある程度のミスマッチが、プローブ内で予想される場合、すなわち、該プローブが、可変領域、または特定の属内の全ての種などの配列群にハイブリダイズする疑いがある場合、該プローブは、ミスマッチ（１つまたは複数）の作用を相殺するためにより大きな長さ（すなわち、１５〜４０の塩基）であり得る。
【０１６９】
該プローブは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的遺伝子に及ぶ必要はない。ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的または対立遺伝子を、具体的に同定する可能性を有する標的領域の任意のサブセットを使用することができる。その結果、核酸プローブは、標的領域の８個と少ないヌクレオチド類にハイブリダイズできる。さらに、プローブの断片が、分類されるＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的遺伝子に十分に特徴的である限り使用できる。
【０１７０】
該プローブまたはプライマーは、長さが少なくとも８個のヌクレオチドであるＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的ヌクレオチド配列と低ストリンジェンシー下でハイブリダイズできるはずである。該プローブまたはプライマーは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的ヌクレオチド配列と中程度または高ストリンジェンシー下でハイブリダイズすることが好ましい。
【０１７１】
さらに別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の標的遺伝子を分類するために、支持体上に固定化されたオリゴヌクレオチドのアレイ関するものであり、このアレイは、核酸のハイブリダイゼーションの使用に適切な支持体を含んでなり、複数のオリゴヌクレオチドプローブが支持体上に固定化されており、上記プローブの少なくとも１つは：ａ）高ストリンジェンシー下、表１３または表１５〜１７に記載される、標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列、またはその相補鎖とハイブリダイズするか；またはｂ）表１３または表１５〜１７に記載される、ヌクレオチド配列、またはその相補鎖を含んでなる標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の同一性を有する、ヌクレオチド配列を含んでなる。
【０１７２】
複数のプローブが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡまたはそれらの誘導体を含むことができる。該プローブの少なくとも１つまたは幾つかは、表１３または表１５〜１７に記載される、ヌクレオチド配列、またはその相補鎖を含むことができる。プローブアレイは、表１３または表１５〜１７に記載される、全てのヌクレオチド配列、またはそれらの相補鎖を含んでなることが好ましい。該プローブの少なくとも１つ、幾つかまたは全てを標識することができる。代表的標識としては、化学標識、酵素標識、免疫標識、放射性標識、蛍光標識、発光標識およびＦＲＥＴ標識が挙げられる。任意の適切な支持体、例えば、シリコン、プラスチック、ガラス、セラミック、ゴム、およびポリマー表面を使用することができる。
【０１７３】
（Ｅ． アッセイ様式）
（プローブの固定化）
本法、プローブおよびプローブアレイは溶液中で使用できる。それは、例えば、固体支持体上に固定化されたプローブ（１つまたは複数）を用いることにより、チップ様式で実施するのが好ましい。
【０１７４】
プローブは、任意の適切な表面、好ましくは、シリコン、プラスチック、ガラス、セラミック、ゴム、およびポリマー表面などの固体支持体上に固定化できる。プローブはまた、３次元多孔性ゲル基材、例えば、Ｐａｃｋａｒｄ ＨｙｄｒｏＧｅｌチップに固定化できる（Ｂｒｏｕｄｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、２９（１９）：Ｅ９２頁（２００１））。
【０１７５】
アレイベースアッセイについては、プローブは、「バイオチップ」などの固体支持体に固定化することが好ましい。この固体支持体は、粒子、繊維、沈殿物、ゲル、シート、チューブ、球体、容器、キャピラリ、パッド、スライス、フィルム、プレート、スライドとして存在する、生物学的、非生物学的、有機、無機、またはこれらの任意の組み合わせであり得る。
【０１７６】
プローブのライブラリーを含有するマイクロアレイバイオチップは、例えば、米国特許第５，１４３，８５４号、米国特許第５，３８４，２６１号または米国特許第５，５６１，０７１号に記載されるＶＬＳＩＰＳ（商標）；米国特許第５，５４１，０６１号に記載されるようなビーズベース法；および米国特許第５，２８８，５１４号に詳述されているようなピンベース法などの光有向法を含む多くの周知のアプローチにより調製できる。ＶＬＳＩＰＳ（商標）を用いてマイクロアレイとして異なる二重鎖プローブのライブラリー調製を詳述する米国特許第５，５５６，７５２号もまた、マイクロアレイにおけるヘアピンプローブのライブラリー調製に適している。
【０１７７】
米国特許第５，６７７，１９５号および米国特許第５，３８４，２６１号に記載されるようなフローチャネル法は、種々の異なるプローブを有するマイクロアレイバイオチップを調製するために使用できる。この場合、プローブが、フローチャネルから支持体へ送達されると、基材のある一定の活性化領域が機械的に分離される。フローチャネル法の詳細な記載は、指定されたフローパスを通って液体の有向チャネリングを増強するための保護コーティング湿潤促進剤の使用を含めて、米国特許第５，５５６，７５２号に見ることができる。
【０１７８】
種々のプローブをその上に固定化させたマイクロアレイバイオチップを調製するためにスポッティング法を使用することもできる。この場合、反応物は、支持体の選択された領域に比較的少量を直接付着させることにより送達される。もちろん幾つかのステップにおいて、支持体表面全体を、特定の溶液によりスプレーあるいはコーティングできる。特定の様式において、ディスペンサーを領域ごとに移動させて、各停止箇所において必要なだけのプローブまたは他の試薬を付着させる。溶液または他の流体を含有するプローブを支持体に送達するための、典型的なディスペンサーとしては、マイクロピペット、ナノピペット、インクジェット型カートリッジおよびピンが挙げられ、任意に、支持体に関してこれらの送達装置の位置をコントロールするためのロボットシステムが挙げられる。他の様式において、種々の試薬が、反応領域に同時に送達できるようなディスペンサーとしては、一連のチューブまたは複数ウェルトレー、分岐管、および送達装置のアレイが挙げられる。スポッティング法は、当該分野で周知であり、例えば、米国特許第５，２８８，５１４号、米国特許第５，３１２，２３３号および米国特許第６，０２４，１３８号に記載されたものが挙げられる。幾つかの場合において、固定化プローブを有するマイクロアレイバイオチップを調製するために、支持体の予め規定された領域上のフローチャネルおよび「スポッティング」の組合せもまた使用できる。
【０１７９】
プローブを固定化するための固体支持体は、平坦であることが好ましいが、代わりの表面形状をとってもよい。例えば、固体支持体は、プローブ合成が行われるか、またはプローブが結合する隆起領域または窪み領域を含有してもよい。幾つかの実施形態において、固体支持体は、適切な光吸収特性を提供するために選択できる。例えば、該支持体は、重合化ラングミュア・ブロジェット膜、ガラスまたは機能化ガラス、Ｓｉ、Ｇｅ、ＧａＡｓ、ＧａＰ、ＳｉＯ２、ＳｉＮ４、修飾シリコン、または種々のゲル、あるいは（ポリ）テトラフルオロエチレン、（ポリ）ビニリデンジフルオリド、ポリスチレン、ポリカーボネートなどのポリマーのうちいずれか１種、またはそれらの組合せであってもよい。他の適切な個体支持体材料は、当業者にとって容易に明らかであろう。
【０１８０】
固体支持体の表面は、反応性基を含有することができ、それらとしては、オリゴヌクレオチドまたは核酸と結合した反応性基に共役するのに適切なカルボキシル、アミノ、ヒドロキシル、チオールなどが挙げられる。該表面は、好ましくは、光学的に透明であり、シリカ表面に見られるものなど、Ｓｉ−ＯＨ官能化表面を有する。
【０１８１】
該プローブは、当該分野で周知のイオン力、共有力または他の力によるなど化学的または物理的手段により、支持体に結合できる。核酸およびオリゴヌクレオチド類の固定化は、当該分野で周知の任意の手段により達成できる（例えば、Ｄａｔｔａｇｕｐｔａら、Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、１７７：８５−８９頁（１９８９）；Ｓａｉｋｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８６：６２３０−６２３４（１９８９）；およびＧｒａｖｉｔｔら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏ．、３６：３０２０−３０２７頁（１９９８）を参照）。
【０１８２】
該プローブは、Ｌｏｃｋｈａｒｔらに対する米国特許第５，５５６，７５２号に記載されるとおり、ハイブリダイゼーションアッセイに役立ち得るプローブの二重鎖部分間のスペースを提供できるスペーサー分子により支持体に結合できる。スペーサー分子は、典型的に長さが６個から５０個の間の原子を含んでなり、支持体に結合する表面結合部分を含む。支持体に対する結合は、例えば、（ポリ）トリフルオロクロロエチレン表面を用いて炭素−炭素結合により、または好ましくないシロキサン結合（例えば、固体支持体としてガラスまたは酸化シリコンを用いて）により達成できる。シロキサン結合は、支持体をスペーサーのトリクロロシリル基またはトリアルコキシシリル基と反応させることにより形成できる。アミノアルキルシラン類およびヒドロキシアルキルシラン類、ビス（２−ヒドロキシエチル）−アミノプロピルトリエトキシシラン、２−ヒドロキシエチルアミノプロピルトリエトキシシラン、アミノプロピルトリエトキシシランまたはヒドロキシプロピルトリエトキシシランは、表面結合基で有用である。
【０１８３】
該スペーサーはまた、プローブの表面結合部分に結合している拡張部分または長鎖部分を含むことができる。例えば、アミン類、ヒドロキシル、チオール、およびカルボキシル基は、スペーサーの拡張部分を表面結合部分に結合させるのに適切である。スペーサーの拡張部分は、ポリマー合成のためのその後の条件に対しても不活性である任意の種々の分子であり得る。これらの長鎖部分は、典型的にはアリールアセチレン、２〜１４のモノマー単位を有するエチレングリコールオリゴマー類、ジアミン類、ジ酸類、アミノ酸類、ペプチド類、またはそれらの組合せである。
【０１８４】
幾つかの実施形態において、スペーサーの拡張部分は、ポリヌクレオチドであるか、またはスペーサー全体が、ポリヌクレオチドであり得る。スペーサーの拡張部分はまた、ポリエチレングリコール類、ポリヌクレオチド類、アルキレン、ポリアルコール、ポリエステル、ポリアミン、ポリホスホジエステルおよびそれらの組合せから構築できる。さらに、プローブ合成に使用するため、スペーサーは、スペーサーの遠位端または末端（固体支持体の反対側）に官能基（例えば、ヒドロキシル、アミノ酸またはカルボン酸）に結合した保護基を有することができる。脱保護とカップリング後、上記遠位端は、オリゴマーまたはプローブに共有結合できる。
【０１８５】
本法は、一度に単一プローブにより単一サンプルを分析するために使用できる。本法は、ハイスループット様式で実施されることが好ましい。例えば、複数のサンプルを、単一プローブにより同時に分析できるか、または単一サンプルを、複数のプローブを用いて同時に分析できる。複数のサンプルを、複数のプローブを用いて同時に分析できることがより好ましい。
【０１８６】
（ハイブリダイゼーション条件）
ハイブリダイゼーションは、当該分野で公知の任意の適切な方法のもとで実施できる。ハイブリダイゼーション条件は、ハイブリダイゼーションの程度、ハイブリダイゼーションの特異性のレベル、および非特異的結合のバックグラウンドレベルを増加させるか、または減少させるために変えることができること（すなわち、ハイブリダイゼーションまたは洗浄塩の濃度または温度を変えることによって）は当業者にとって明らかであろう。プローブと標的ヌクレオチド配列との間のハイブリダイゼーションは、高、中程度または低ストリンジェンシーを含めて、任意の適切な緊縮下で実施できる。典型的には、ハイブリダイゼーションは、高ストリンジェンシー条件下で実施される。
【０１８７】
プローブと標的核酸との間のハイブリダイゼーションは、同種、例えば分子ビーコン（Ｔｙａｇｉ Ｓ．ら、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１４：３０３−３０８頁（１９９６）；および米国特許第６，１５０，０９７号）およびハイブリダイゼーション保護アッセイ（Ｇｅｎ−Ｐｒｏｂｅ社）（米国特許第６，００４，７４５号）に用いられている典型的な条件、または異種（異なるタイプのニトロセルロースベースのハイブリダイゼーションに用いられている典型的な条件および磁気ビーズベースのハイブリダイゼーションに用いられているもの）であり得る。
【０１８８】
標的ポリヌクレオチド配列は、高ストリンジェンシーから低ストリンジェンシーのハイブリダイゼーションおよび洗浄条件下で標的配列の配列と安定なハイブリッドを形成するオリゴヌクレオチドプローブによるハイブリダイゼーションによって検出できる。ハイブリダイゼーションによる検出の利点は、使用されるプローブに依って、さらなる特異性が可能なことである。プローブが、標的配列に対して完全に相補的（すなわち、約９９％以上）であることが予想される場合、高ストリンジェントな条件が用いられる。幾つかの誤対合が予想される場合、例えば、プローブが、完全相補的ではない結果、変株が予想される場合、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを低下させることができる。しかしながら、非特異的なハイブリダイゼーションを最少にするか、または排除する条件が選択される。
【０１８９】
ハイブリダイゼーションに影響を与える条件、および非特異的ハイブリダイゼーションに対して選択する条件は、当該分野で公知である（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｎｕａｌ、第２版、Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ、Ｅ．Ｆｒｉｔｓｃｈ、Ｔ．Ｍａｎｉａｔｉｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、１９８９年）。一般に、低塩濃度および高温で、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを増加させる。例えば、一般にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件としては、凡そ０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳを含有する溶液中、約６５℃の温置／洗浄温度での温置が挙げられる。中程度ストリンジェントな条件は、凡そ１〜２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳを含有する溶液中、約５０℃〜６５℃の温置／洗浄温度での温置である。低ストリンジェントな条件は、約３０℃〜５０℃で２×ＳＳＣである。
【０１９０】
ハイブリダイゼーションおよび洗浄の代替法は、先ず低緊縮ハイブリダイゼーション（５×ＳＳＰＥ、０．５％ＳＤＳ）の実施に次いで、３Ｍ塩化テトラメチルアンモニウム（ＴＭＡＣ）の存在下、高ストリンジェントな洗浄を実施することである。ＴＭＡＣの効果は、所与の温度でのハイブリダイゼーションの効率が、ポリヌクレオチドの長さに、より密接に対応するように、Ａ−ＴおよびＧ−Ｃ塩基対の相対的結合を均一にすることである。ＴＭＡＣを用いて、所望のストリンジェントなレベルを達成するために、洗浄温度を変えることは可能である（Ｗｏｏｄら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８２：１５８５−１５８８頁（１９８５））。
【０１９１】
ハイブリダイゼーション溶液は、２５％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、５×Ｄｅｎｈａｒｄｔ溶液、１００μｇ／ｍｌの一本鎖ＤＮＡ、５％硫酸デキストラン、またはプローブハイブリダイゼーションに有用な公知の他の試薬を含有し得る。
【０１９２】
（ハイブリッドの検出）
プローブと標的ＳＡＲＳ−ＣｏＶ核酸との間のハイブリダイゼーションの検出は、当該分野で公知の任意の方法、例えば、プローブの標識、第２のプローブ、標的核酸またはそれらの組合せにより実施でき、本発明の目的に適切である。あるいは、ハイブリッドは、検出可能な標識の不在下、質量分析法により検出できる（米国特許第６，３００，０７６号）。
【０１９３】
検出可能な標識は、ハイブリダイゼーション後、直接または間接のいずれかで検出できる部分である。言い換えれば、検出可能な標識は、測定可能な物性（例えば、蛍光または吸収）を有するか、酵素反応に関与する。直接標識を用いて、標的ヌクレオチド配列またはプローブを標識し、ハイブリッド中の標識を検出することによりハイブリッド形成を評価する。間接標識を用いて、第２のプローブを標識し、第２のプローブと元のハイブリッドとの間で形成された第２のハイブリッドの検出によりハイブリッド形成を評価する。
【０１９４】
プローブまたは核酸を標識する方法は、当該分野で周知である。適切な標識としては、蛍光体、発色団、発光団、放射性同位元素、高電子密度試薬、ＦＲＥＴ（蛍光共鳴エネルギー移動）、特異的結合パートナーを有する酵素およびリガンドが挙げられる。特に有用な標識は、酵素などの酵素的活性基（Ｗｉｓｄｏｍ、ＣＬＩＮ．ＣＨＥＭ．、２２：１２４３（１９７６））；酵素基質（英国特許第１，５４８，７４１号）；補酵素（米国特許第４，２３０，７９７号および米国特許第４，２３８，５６５号）および酵素阻害剤（米国特許第４，１３４，７９２号）；蛍光剤（ＳｏｉｎｉおよびＨｅｍｍｉｌａ、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．、２５：３５３頁（１９７９）および同文献、１５３１頁）；特異的結合の可能なリガンド類、すなわち、タンパク質結合リガンド類；抗原；および３Ｈ、３５Ｓ、３２Ｐ、１２５Ｉおよび１４Ｃなどの放射性同位元素を含んでなる残基である。このような標識は、それら自体の物性（例えば、蛍光剤、発色団および放射性同位元素）またはそれらの反応性または結合性（例えば、抗体、酵素、基質、補酵素および阻害剤）に基づいて検出される。リガンド標識はまた、オリゴヌクレオチドプローブの固相捕捉（すなわち、捕捉プローブ）に有用である。代表的な標識としては、ビオチン（標識されたアビジンまたはストレプトアビジンに結合することにより検出可能）および西洋わさびペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼなどの酵素（着色反応生成物を生成する酵素基質の添加により検出可能）が挙げられる。
【０１９５】
例えば、放射性同位元素で標識したプローブまたは標的核酸は、オートラジオグラフィにより検出できる。あるいは、蛍光部分により標識されたプローブまたは標的核酸は、当該分野で公知の蛍光測定法により検出できる。ハプテンまたはリガンド（例えば、ビオチン）標識核酸は、標識リガンド（例えば、アビジン）を結合するハプテンまたはタンパク質に、抗体または抗体色素を添加することにより検出できる。
【０１９６】
さらなる代替として、プローブまたは核酸は、ハイブリダイゼーションを検出するためにさらなる試薬を必要とする部分によって標識できる。この標識が酵素である場合、標識された核酸、例えば、ＤＮＡを最終的に適切な媒体に入れて触媒作用の範囲を決定する。例えば、補因子標識核酸は、標識が、酵素に関する補因子および基質である酵素を添加することにより検出できる。したがって、酵素がホスファターゼである場合、媒体は、リン酸ニトロフェニルを含有でき、色を観察することにより発生したニトロフェノール量をモニタリングすることができる。酵素が、ベータ−ガラクトシダーゼである場合、媒体は、ニトロフェノールも遊離するｏ−ニトロ−フェニル−Ｄ−ガラクト−ピラノシドを含有することができる。後者の代表例としては、限定はしないが、ベータ−ガラクトシダーゼ、アルカリホスファターゼ、パパインおよびペルオキシダーゼが挙げられる。インサイチュハイブリダイゼーション試験に関して、基質の最終生成物は、水不溶性であることが好ましい。他の標識、例えば、色素は、通常の当業者にとって明らかであろう。
【０１９７】
該標識は、共有結合を伴うなどの直接的化学結合によるか、またはマイクロカプセルまたはリポソームへの標識の組み込み、次いで結合リガンドへの結合によるなどの間接的結合により、ＤＮＡ結合リガンド、例えば、アクリジン染料、フェナントリジン類、フェナジン類、フロクマリン類、フェノチアジン類およびキノリン類に直接結合できる。標識を、インターカレーター化合物などのＤＮＡ結合リガンドに結合する方法は、当該分野で周知であり、任意の便利な方法を使用できる。代表的なインターカレーティング剤としては、モノ−またはビス−アジドアミノアルキルメチジウムまたはエチジウム化合物、エチジウムモノアジドエチジウムジアジド、エチジウムダイマーアジド（Ｍｉｔｃｈｅｌｌら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１０４：４２６５頁（１９８２）））、４−アジド−７−クロロキノリン、２−アジドフルオレン、４’−アミノメチル−４，５’−ジメチルアンゲリシン、４’−アミノメチル−トリオキサレン（４’アミノメチル−４，５’，８−トリメチル−プソラレン）、３−カルボキシ−５−または−８−アミノ−または−ヒドロキシ−プソラレンが挙げられる。特異的核酸結合アジド化合物は、Ｆｏｒｓｔｅｒら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．、１３：７４５頁（１９８５）により記載される。他の有用な光反応性インターカレーターは、ピリミジン残基と（２＋２）環付加物を形成するフロクマリン類である。アルキル化剤もまた、ＤＮＡ結合リガンドとして用いることができ、例えば、ビス−クロロエチルアミン類およびエポキシド類またはアジリジン類、例えば、アフラトキシン類、多環式炭化水素エポキシド類、マイトマイシンおよびノルフィリンＡが挙げられる。特に有用な光反応性形態のインターカレーティング剤は、アジドインターカレーター類である。それらの反応性ニトレン類は、長波長紫外線または可視光線で容易に生成し、アリールアジドのニトレン類が、それらの転移生成物よりも挿入反応に好ましい（Ｗｈｉｔｅら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．、４６：６４４頁（１９７７））。
【０１９８】
プローブはまた、逆ドットブロットのための１０〜１００Ｔ残基の付加またはウシ血清アルブミンへの共役あるいは磁気ビーズ上への固定化など特異的様式における使用のために修飾し得る。
【０１９９】
間接的検出法によるハイブリダイゼーションを検出する際、検出可能に標識された第２のプローブ（１つまたは複数）を、プローブと標的との間の最初のハイブリダイゼーション後、またはプローブと標的のハイブリダイゼーション時に添加できる。第２のプローブの添加後、任意に、ハイブリダイゼーション条件を変更できる。ハイブリダイゼーション後、例えば、最初のプローブが、固体支持体上に固定化されている場合、ハイブリダイズされなかった第２のプローブは、洗浄することにより最初のプローブから分離することができる。固体支持体の場合、支持体上の位置に結合した標識の検出により、サンプル中の標的ヌクレオチド配列がプローブへハイブリダイゼーションしたことを示している。
【０２００】
検出可能に標識されたプローブは、特異的プローブであり得る。あるいは、検出可能に標識されたプローブは、変性プローブ、例えば、米国特許第５，３４８，８５５号に本質的に記載される、ゲノムＤＮＡ全体などの配列の混合物であり得る。後者の場合の標識は、第２のプローブが二重鎖ＤＮＡを含有する場合、インターカレーティング染色により達成できる。好ましいＤＮＡ結合リガンドは、上記のものなど、インターカレーター化合物である。
【０２０１】
第２のプローブはまた、無作為ヌクレオチドプローブ配列のライブラリーであり得る。第２のプローブの長さは、第２のプローブにより検出すべき固体支持体上の第１のプローブまたは標的ヌクレオチド配列の長さおよび組成を考慮して決定すべきである。このようなプローブライブラリーは、光活性可能な試薬で標識された３’または５’末端および蛍光体、酵素、色素、発光体、または他の検出可能な公知の部分などの検出試薬を担持した他の末端により提供されることが好ましい。
【０２０２】
標識核酸の作製に用いられる特定の配列は、変えることができる。したがって、例えば、アミノ置換プソラレンは、先ず、標識に結合できるペンダントアミノ基を有する生成物の核酸と光化学的に結合できる。すなわち、標識は、ＤＮＡ結合リガンドを試験サンプル中の核酸と光化学的に反応させることにより実施される。あるいは、プソラレンを、最初に酵素のような標識と結合させ、次いで核酸と結合できる。
【０２０３】
有利な点は、ＤＮＡ結合リガンドを、最初に標識と化学的に結合させ、その後、核酸プローブと結合させることである。例えば、ビオチンは、カルボキシル基を有しているので、フロクマリンの光化学活性またはビオチン生物学的活性を妨害することなく、アミドまたはエステル形成によりフロクマリンと結合できる。アミノメチルアンゲリシン、プソラレンおよびフェナントリジウム誘導体は、同様に塩化アミノプロピルメチジウムなどのハロゲン化フェナントリジウムおよびその誘導体の標識に結合できる（Ｈｅｒｔｚｂｅｒｇら、Ｊ．Ａｍｅｒ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１０４：３１３頁（１９８２））。あるいは、ジチオビススクシンイミジルプロピオネートまたは１，４−ブタンジオールジグリシジルエーテルなどの二官能試薬は、溶媒、比率および反応条件に関してやはり公知の様式で、反応物がアルキルアミノ残基を有する標識にＤＮＡ結合リガンドを直接結合させるために用いることができる。ある二官能試薬、可能性としてグルタルアルデヒドは、適切とはいえないであろう。というのは、それらは、結合する時に核酸を修飾し、したがってアッセイを妨害する可能性があるからである。このような問題点を防ぐために、慣例的な注意を払うことができる。
【０２０４】
また有利な点は、ＤＮＡ結合リガンドは、限定はしないが、炭素、酸素、窒素および硫黄など、約４０個までの原子、好ましくは約２個から２０個までの原子の鎖を含むスペーサーにより標識に結合できることである。このようなスペーサーは、限定はしないが、ペプチド、炭化水素、ポリアルコール、ポリエーテル、ポリアミン、ポリイミンおよび炭水化物、例えば、−グリシル−グリシル−グリシル−または他のオリゴペプチド、カルボニルジペプチド類、およびオメガ−アミノ−アルカン−カルボニル基などを含むメンバーの多官能基であり得る。糖、ポリエチレンオキシド基、グリセリル、ペンタエリトリトールなどの基は、スペーサーとして寄与できる。スペーサーは、核酸結合リガンドおよび／または標識に直接結合させることができるか、またはこの結合が、ジチオビススクシンイミジルプロピオネート、１，４−ブタンジオールジグリシジルエーテル、ジイソシアネート、カルボジイミド、グリオキサール、グルタルアルデヒドなどのカップラーの二価の基を含むことができる。
【０２０５】
ハイブリダイゼーションの間接的検出用の第２のプローブは、ＴｙａｇｉおよびＫｒａｍｅｒ、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．、１４：３０３−３０９頁（１９９６）またはＬｉｚａｒｄｉらに対する米国特許第５，１１９，８０１号および米国特許第５，３１２，７２８号により記載された「ビーコンプローブ」法のようなエネルギー移動によっても検出できる。当該分野で公知の任意のＦＲＥＴ検出システムを、本法に用いることができる。例えば、６８０ｎｍでのレーザー光による照射の際、ドナービーズにおける光増感剤は、周囲の酸素を一重項状態の酸素に変換する。励起一重項状態の酸素分子は、凡そ２５０ｎｍ（１個のビーズ径）を拡散してから、急速に減衰する。受容体ビーズが、ドナービーズに密に近接している場合、生物学的相互作用の理由で、一重項状態の酸素分子は、受容体ビーズにおける化学発光基と反応し、エネルギーを直ちに同じビーズの蛍光受容体に移動させる。これらの蛍光受容体は、発光波長を５２０〜６２０ｎｍにシフトさせる。反応全体は、０．３秒の減衰半減期を有することから、測定は、時間分解モードで行うことができる。他の代表的なＦＲＥＴドナー／受容体ペアとしては、５５Åの有効距離を有するフルオレセイン（ドナー）およびテトラメチルローダミン（受容体）；４４Åの有効距離を有するＩＡＥＤＡＮＳ（ドナー）とフルオレセイン（受容体）；および６１Åの有効距離を有するフルオレセイン（ドナー）とＱＳＹ−７色素（受容体）（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ）が挙げられる。
【０２０６】
また、核酸検出に関する定量アッセイを本発明により実施できる。マイクロアレイスポットに結合された第２のプローブ量は、測定でき、サンプル中の核酸量に関連づけることができる。サンプルの希釈は、既知量の標的核酸を含有するコントロールと共に使用することができる。これらのステップを実施するための正確な条件は、当業者に明らかであろう。マイクロアレイ分析において、検出可能な標識は、プローブが結合している部位を確認するために、Ｘ線フィルムまたはホスホ画像に隣接してプローブアレイを置くことにより視覚化または評価できる。蛍光は、電荷結合デバイス（ＣＣＤ）またはレーザー走査により検出できる。
【０２０７】
（試験サンプル）
ヒト、動物、または環境（例えば、土壌または水）起源のサンプルを含む任意の適切なサンプルが、本法を用いて分析できる。試験サンプルとしては、尿、血液、精液、髄液、膿、羊水、涙液などの体液または半固体または液体排泄物、例えば、痰、唾液、肺吸引液、膣または尿道排泄物、便または生検または絨毛膜絨毛標本などの固体組織サンプルを挙げることができる。試験サンプルはまた、皮膚、性器、または喉からのかき出しにより採取されたサンプルを含む。
【０２０８】
試験サンプルは、当該分野で周知の種々の手段により、核酸を単離するために処理できる（一般に、Ａｕｓｕｂｅｌ（編集者）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、２．Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＤＮＡ ａｎｄ ４．Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＲＮＡ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ社（２０００）を参照）。標的の核酸が、直接サンプルまたは精製核酸またはアンプリコンの形態であってもよいＲＮＡまたはＤＮＡであり得ることは、当業者にとって明らであろう。
【０２０９】
精製核酸は、前述のサンプルから精製でき、分光学的にまたは純度に関する他の装置により測定できる。核酸増幅分野の当業者において、アンプリコンは、ＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応法、米国特許第４，６８３，１９５号、米国特許第４，６８３，２０２号、米国特許第４，８００，１５９号および米国特許第４，９６５，１８８号）ＮＡＳＢＡ（核酸配列ベースの増幅、米国特許第５，１３０，２３８号）、ＴＭＡ（転写媒介増幅）（Ｋｗｏｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．、ＵＳＡ、８６：１１７３−１１７７頁（１９８９））、ＳＤＡ（Ｗａｌｋｅｒら、米国特許第５，２７０，１８４号に記載された鎖置換増幅）、ｔＳＤＡ（高温性鎖置換増幅（米国特許第５，６４８，２１１号および欧州特許出願公開第０ ６８４３１５号）、ＳＳＳＲ（自己保持配列複製）（米国特許第６，１５６，５０８号）などの種々の増幅法により、最終生成物として得られる。
【０２１０】
特定の実施形態において、ヒト起源のサンプルがアッセイされる。さらに他の特定の実施形態において、痰、尿、血液、組織切片、食物、土壌または水サンプルがアッセイされる。
【０２１１】
（キット）
当該プローブは、標的遺伝子を検出するためにキット様式で、好ましくは、プローブ使用に関する取り扱い説明書と共に包装することができる。キットの構成要素は、典型的には本明細書に開示されている方法の選択された特定の実施形態を実施するための取り扱い説明書を含めて、通常の容器内に共に包装される。本明細書に記載される検出法に関する構成要素、例えば、第２のプローブ、および／または試薬および標識検出を実施するための手段（例えば、放射性標識、酵素基質、抗体など）をキットの中に任意に含んでもよい。
【実施例】
【０２１２】
（Ｆ．実施例）
（実施例１． プローブ設計）
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの種々のゲノム配列は入手できる（例えば、表２２を参照）。
【０２１３】
（表２２： 現在（２００３年５月２日時点）得られているＳＡＲＳコロナウイルスのゲノム配列）
【０２１４】
【表２２】
表２２に示された９つのゲノムサイズは、極めて類似している。中国により提供された５つのゲノムは、未確認のヌクレオチド（Ｎ）の種々の濃度を含む。
【０２１５】
以下の表２３は、ＳＡＲＳコロナウイルスの９つのゲノム間の類似性または相同性を示す。
【０２１６】
（表２３． ＳＡＲＳコロナウイルスの９つのゲノム間の類似性の比較）
【０２１７】
【表２３】
ＳＡＲＳコロナウイルスの９つのゲノム間の類似性を比較した。表２３に示されたメンバーは、２つのゲノム間の類似性のパーセンテージを表している。表２３における各数値は、比較された全塩基数（約３０，０００の塩基）で割り、次いで１００倍した２つのゲノムにおける同一塩基の数に等しい。
【０２１８】
種々のＳＡＲＳコロナウイルスが、ＢＪ０４を除いて互いに高い類似性があることを表２３は示している。９９％よりも低い類似性は、ヌクレオチド配列におけるＮの存在により生じる。ＢＪ０１〜ＢＪ０４およびＧＺ０１のヌクレオチド配列における全てのＮ数が、他のゲノムと同じと考えられる場合（この仮定は、ゲノムの他の部分の比較に基づいて妥当である）、９つのゲノムは、互いに９９％類似している。
【０２１９】
ＳＡＲＳコロナウイルスは、表２２および表２３に示されるように保存的であるので、核酸ベースの検出法が合理的である。図１Ｂは、ＳＡＲＳコロナウイルスゲノムの異なる部分の同時検出が、該検出法の感度と特異性を有意に増大することを示している。
【０２２０】
本発明者らは、２つの全体的な設計を有する。１つの設計では、ＳＡＲＳコロナウイルスゲノムの異なる部分に関してマルチプレックスＰＣＲを実施し、検出用プローブとしてＰＣＲ産物を使用する。第２の設計では、ＳＡＲＳコロナウイルスゲノムの異なる部分に関してマルチプレックスＰＣＲを実施し、検出用プローブとして７０マーのオリゴヌクレオチドを使用する。
【０２２１】
（標的遺伝子の選択）
ＳＡＲＳコロナウイルスゲノムの分析に基づいて、我々は、標的遺伝子として３つの遺伝子を選択した。これら３つの遺伝子は、ｏｒｆ１Ａおよび１Ｂのポリメラーゼタンパク質、スパイクタンパク質、およびヌクレオカプシドタンパク質である。我々は、ＲＮＡ単離用ポジティブコントロールとしてヒトハウスキーピング遺伝子ＧＡＰＤ（グリセルアルデヒド３−ホスフェートデヒドロゲナーゼ）（ＧｅｎＢａｎｋ番号：ＮＭ＿００２０４６）を選択した。我々は、組み入れるポジティブコントロールとして、ヒトおよび共通の病原体のヌクレオチド配列に対して相同性を有さない遺伝子（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）（ＧｅｎＢａｎｋ番号：ＧｅｎＢａｎｋ番号：ＡＪ４４１２５２）を選択した。
【０２２２】
（プライマーおよびプローブの設計）
ＳＡＲＳコロナウイルスの３つのタンパク質を分析し、それらの保存配列を比較した。マルチプレックスＰＣＲの要件に従って、同様のＴｍ値を有し、距離が１．５ｋＢあり、２００ＢＰから９００ＢＰの間の増幅産物を有する複数のプライマー対を、種々のゲノム間で保存配列に基づいて設計した。さらに、複数の非重なりオリゴヌクレオチド（７０マー）を、プライマー各対の増幅産物に基づいて設計した。ＢＬＡＳＴＮを用いてこれらのプライマーおよびプローブを最新のＮＣＢＩ核酸非重複ヌクレオチドデータベースと比較し、プローブとプライマーの特異性を確認した。
【０２２３】
（実施例２． 血液サンプルの前処理法）
血液サンプルの前処理は、比較的複雑な過程を含む。しかしながら、血清中、ＳＡＲＳウイルスは比較的低濃度であることが報告されていることを考慮すると、本明細書に記載された前処理は、検出機会を増加させるために、約２ｍｌの全血から効果的にリンパ球の濃度を高めることができる。
【０２２４】
（１． サンプル採取と移動）
１） 病室の患者から採取されたサンプルを、第１の移動窓に入れる。次いで
該窓のドアを閉めてロックする。
２） 次にサンプルを、第２の移動窓に移す。サンプルをノートに記録し、３つのバーコード標識を印刷する。サンプルを通常の検出のために試験し、前処理移動窓に移す。
【０２２５】
（２． バイオセーフキャビネットの使用）
１） 前処理過程を実施する病院従業員は、前処理室に入り、ドアを閉める。次いでバイオセーフキャビネットを開ける。キャビネットファンおよびライトは自動的につく。
２） 電源スイッチ、風速スイッチ、および作業ライトスイッチに関する表示ライトを、標準的操作でチェックする。風速選択スイッチの表示ライトがオフ状態であることをチェックする。異常または異例の操作は記録する。
３） アラームスイッチの表示ライトは、自動試験後のバイオセーフキャビネットの標準状態示すアラーム音を立てる。１５分後、アラームスイッチの表示ライトからのアラーム音が停止し、バイオセーフキャビネットにおける処理を開始できる。
４） アラーム音が続く場合、キャビネットの処理を開始できないか、または処理中にアラーム音があれば、この処理を中止しなければならない。事故を直ちに記録しなければならない。
５） バイオセーフキャビネットが正常に操作したら、サンプルを、第２の移動窓からとり、キャビネットに入れる。移動窓の上部を、７５％アルコールで拭き、０．５％過酢酸でスプレーすることにより清浄にする。次いで移動窓のドアを閉めてロックする、
６） 次に、サンプル前処理の完全処理をバイオセーフキャビネット内で実施する。
【０２２６】
（３． 血清の単離）
１） 抗凝血剤と共に血液（１．８ｍｌ）を、３，５００ｒｐｍで１０分間遠心分離する。上層をマーカーペンでマークする。
２） 次に上層血清（約１．０ｍｌ）を採取し、１．５ｍｌの滅菌エッペンドルフ遠心管に入れる。
３） エッペンドルフ遠心管に、バーコード（「Ｐ」としてマーク）を標識し、配列番号を標識する。
４） 次にサンプルを、ノートに記録する。
５） 血清サンプルを含む遠心管を、専用サンプルボックスに入れて−８０℃で保存する。サンプルボックスの外側に、ＳＡＲＳ、血清およびサンプル番号の範囲を標識する。
【０２２７】
（４． 血液細胞の単離）
１） リンパ球の単離溶液（３．６ｍｌ）を、１０ｍｌの遠心管に加える。
２） 滅菌生理食塩水（上記の遠心管に取られた血清に等しい容量）を、血液細胞を含む遠心管に加える。血液細胞を、パスツールピペットを用いて生理食塩水に再懸濁する。
３） 再懸濁された血液細胞を、リンパ球単離溶液の上部に徐々に載せ、１，５００ｒｐｍで２０分間遠心分離する。
４） 層間に位置する細胞を採取し、１．５ｍｌの滅菌エッペンドルフ遠心管に入れてから、細胞を遠心沈殿させるために１０，０００で５分間遠心分離する。上澄み液を取り出す。
５） 次いで細胞ペレットを含有する管に、バーコード（「Ｃ」とマーク）を標識し、配列番号で標識する。
６） サンプルをノートに記録する。
７） 血液細胞サンプルを含む遠心管を、専用サンプルボックスに入れて−８０℃で保存する。細胞ボックスの外側に、ＳＡＲＳ、血清およびサンプル番号の範囲を標識する。
８） 次にバイオセーフキャビネットのガラス面プレートを開ける。次いでバイオセーフキャビネットにおけるベンチ面および他の表面を、７０％アルコールで拭き、０．５％過酢酸でスプレーすることにより滅菌する。
９） 清浄後、ガラス面プレートを閉じる。紫外光をキャビネット内に当て１５分間つける。
１０） バイオセーフキャビネットの電源スイッチを切ってから、サンプル前処理室を離れる。
【０２２８】
（５． 注意を必要とする事項）
１） リンパ球単離溶液を、冷蔵庫から取り出した直後に使用してはいけない。該溶液は、その温度が室温に到達し、溶液がよく混合されてから使用すべきである。
２） 単離処理全体を、１８〜２８℃で実施する必要がある。高すぎたりまたは低すぎたりする温度は、単離処理の性質に影響を与え得る。
３） ピペットチップ、エッペンドルフ遠心管、手袋、および処理済み試薬または液体は、廃液タンク（０．５％過酢酸を含有）中に廃棄すべきである。廃棄タンク中の全てのものを、実験後、高圧で処理してから廃棄すべきである。
４） ０．５％過酢酸は、、３２ｍｌの１６％過酢酸をＨ２Ｏ中に希釈し、１，０００ｍｌの最終容量を作製することにより調製する。
【０２２９】
（実施例３． ＡａｍｐウイルスＲＮＡキットを用いてＲＮＡを抽出する方法）
以下の方法を、ＲＮＡ調製に用いる：
１． Ｃａｒｒｉｅｒ ＲＮＡを含有する調製された緩衝液ＡＶＬの５６０μｌをピペットにより１．５ｍｌ遠心管に入れる。サンプル容量が１４０μｌ以上である場合、緩衝液ＡＶＬ／Ｃａｒｒｉｅｒ ＲＮＡの量を比例して増加させる（例えば、２８０μｌのサンプルは、１１２０μｌの緩衝液ＡＶＬ／Ｃａｒｒｉｅｒ ＲＮＡを必要とする）。
２． １４０μｌの血漿、血清、尿、細胞培養上澄み液、または細胞無しの体液を、マイクロ遠心管の緩衝液ＡＶＬ／Ｃａｒｒｉｅｒ ＲＮＡに加える。パルスボルテックシングにより１５秒間混合する。効率的な溶解を保証するために、サンプルを、緩衝液ＡＶＬにより完全に混合して均一溶液を生成することが必要である。一度だけ解凍した凍結サンプルもまた使用できる。
３． 室温（１５〜２５℃）で１０分間温置する。ウイルス粒子溶解は、室温で１０分間溶解後完全である。より長い時間温置しても、精製ＲＮＡの収量または性質に影響を与えない。潜在的病原菌およびＲＮアーゼは、緩衝液ＡＶＬ中で不活化される。
４． １．５ｍｌのマイクロ遠心管を、蓋の内側からの滴を除くために簡単に遠心分離する。
５． ５６０μｌのエタノール（９６〜１００％）をサンプルに加え、パルスボルテクシングにより１５秒間混合する。混合後、１．５ｍｌのマイクロ遠心管を手短に遠心分離して、蓋の内側の滴を除く。他のアルコールは、ＲＮＡの収量および純度の減少をもたらすため、エタノールのみが好ましい。サンプルの容量が１４０μｌ超である場合は、比例して、エタノールの量を増やす（例えば、２８０μｌのサンプルは、１１２０μｌのエタノールを必要とする）。効率的な結合を保証するためには、サンプルをエタノールと完全に混合して、均一な溶液を得ることが必要である。
６． ステップ５の溶液６３０μｌを、縁を濡らさないように注意して、ＱＩＡａｍｐスピンカラム（２ｍｌの採集管中）に入れる。キャップを閉め、６０００×ｇ（８０００ｒｐｍ）で１分間、遠心分離する。ＱＩＡａｍｐスピンカラムを清浄な２ｍｌの採集管に入れ、ろ液を含有する上記管を引き抜く。遠心分離時のクロス汚染を避けるために、各スピンカラムを閉じる。マイクロ遠心分離ノイズを制限するために、６，０００×ｇ（８０００ｒｐｍ）で遠心分離を行う。フルスピードで遠心分離しても、ウイルスＲＮＡの収量または純度に影響しない。上記溶液が、上記膜を完全に通過しなかった場合は、全ての溶液が通過するまで、より高スピードで、再度遠心分離する。
７． ＱＩＡａｍｐスピンカラムを注意して開き、ステップ６を繰り返す。サンプル容量が１４０μｌ超の場合は、全てのライセートがスピンカラム上に装入されるまで、このステップを繰り返す。
８． ＱＩＡａｍｐスピンカラムを注意して開き、５００ｍｌの緩衝液ＡＷ１を加える。キャップを閉じ、６，０００×ｇ（８０００ｒｐｍ）で１分間、遠心分離する。ＱＩＡａｍｐスピンカラムを２ｍｌの採集管（備え付けの）に入れ、ろ液を含有する上記管を引き抜く。元のサンプル容量が１４０μｌ超であっても、緩衝液ＡＷ１の容量を増加させる必要はない。
９． ＱＩＡａｍｐスピンカラムを注意して開き、５００ｍｌの緩衝液ＡＷ２を加える。キャップを閉じ、フルスピード（２０，０００×ｇ；１４，０００ｒｐｍ）で３分間遠心分離する。すぐステップ１０に続けるか、または緩衝液ＡＷ２のキャリーオーバー可能性の機会を排除するために、ステップ９ａを実施してから、ステップ１０に続ける。注意：溶出液中の残留緩衝液ＡＷ２は、下流の適用において問題を起こし得る。いくつかの遠心分離ローターは、減速時に振動して、流動を生じ、緩衝液ＡＷ２を含有して、ＱＩＡａｍｐスピンカラムに接触し得る。
上記ローターからのＱＩＡａｍｐスピンカラムおよび採集管の除去によってもまた流動が生じて、ＱＩＡａｍｐスピンカラムに接触し得る。これらの場合は、任意のステップ９ａを実施すべきである。
９ａ． （任意）：ＱＩＡａｍｐスピンカラムを新たな２ｍｌの採集管（備え付けでない）に入れ、ろ液を有する古いほうの採集管を引き抜く。フルスピードで１分間、遠心分離する。
１０． ＱＩＡａｍｐスピンカラムを清浄な１．５ｍｌのマイクロ遠心管（備え付けでない）に入れ、ろ液を含有する古いほうの採集管を引き抜く。ＱＩＡａｍｐスピンカラムを２ｍｌの採集管（備え付けの）に入れ、ろ液を含有する上記管を引き抜く。ＱＩＡａｍｐスピンカラムを注意して開き、室温に平衡化した６０μｌの緩衝液ＡＶＥを加える。キャップを閉じ、室温で１分間温置する。６，０００×ｇ（８０００ｒｐｍ）で１分間遠心分離する。ＱＩＡａｍｐスピンカラムから少なくとも９０％のウイルスＲＮＡを溶出させる上で、６０μｌの緩衝液ＡＶＥによる１回の溶出で十分である。２×４０μｌの緩衝液ＡＶＥを用いて２回の溶出を実施すれば、収率の１０％増加までが生じる。３０μｌ未満の容量での溶出は収率の減少をもたらし、溶出液中のＲＮＡ最終濃度を増加させない。ウイルスＲＮＡは、−２０℃または−７０℃で保存した場合、１年まで安定である。
【０２３０】
以下は、上記手順に関するさらなる情報である：
・ サンプルを室温（１５℃〜２５℃）に平衡化する。
・ ステップ１０の溶出では、緩衝液ＡＶＥを室温に平衡化する。
・ 緩衝液ＡＷ１、緩衝液ＡＷ２、およびキャリアＲＮＡが、１４〜１５頁の指示にしたがって調製されたかどうかをチェックする。
・ 必要ならば、緩衝液ＡＶＬ／キャリアＲＮＡにおける沈殿物を、加熱によって再溶解し、使用前に室温まで冷却する。
・ 遠心分離ステップは全て、室温で実施する。
【０２３１】
（実施例４．ＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの例示的なアレイ形式）
図５はＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの例示的なアレイ形式を示している。
【０２３２】
固定化コントロールは、その末端が蛍光色素ＨＥＸにより標識化されているオリゴプローブであり、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルをチップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない。
【０２３３】
ポジティブコントロール（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ（モデル生物の一種）によってデザインされたオリゴプローブであり、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、または含有する疑いのあるサンプルをチップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない。ハイブリダイゼーション反応の間、このポジティブコントロールに完全にハイブリダイズできる標的プローブを、ハイブリダイゼーション溶液に加える。ハイブリダイゼーション反応をモニターするために、ポジティブコントロールのシグナルを適用することができる。
【０２３４】
ネガティブコントロールは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルをチップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しないオリゴプローブである。
【０２３５】
ブランクコントロールは、ＤＭＳＯ溶液のスポットである。これは、アレイの品質のモニタリング用に用いられる。
【０２３６】
ＳＡＲＳプローブは、０１１、０２４、０４０および０４４プローブである。
【０２３７】
（実施例５．ＳＡＲＳ患者血液サンプル（サンプル番号３）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出）
図６Ａおよび図６Ｂは、ＳＡＲＳ患者血液サンプル（サンプル番号３）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。３＃ＳＡＲＳ患者血液サンプルからリンパ球を単離した。リンパ球からのＲＮＡをＱＩＡａｍｐキットを用いて抽出した。テンプレートとして、上記抽出されたＲＮＡを用いて、ＲＴ−ネステッドＰＣＲを実施した。０４４のＲＴ−ネステッドＰＣＲ結果は良好であり、ハイブリダイゼーション結果も良好であった。０４０のＲＴ−ネステッドＰＣＲ結果は不良であったが、ハイブリダイゼーション結果は良好であった。これは、このチップハイブリダイゼーション法が高感度で特異的であることを示している。
【０２３８】
（実施例６．ＳＡＲＳ患者血液サンプル（サンプル番号４）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出）
図７Ａおよび図７Ｂは、ＳＡＲＳ患者血液サンプル（サンプル番号４）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。４＃ＳＡＲＳ患者血液サンプルからリンパ球を単離した。リンパ球からのＲＮＡをＱＩＡａｍｐキットを用いて抽出した。テンプレートとして、上記抽出されたＲＮＡを用いて、ＲＴ−ネステッドＰＣＲを実施した。０２４、０４０および０４４のＲＴ−ネステッドＰＣＲ結果は良好であり、ハイブリダイゼーション結果も良好であった。
【０２３９】
（実施例７．ＳＡＲＳ患者痰サンプル（サンプル番号５）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出）
図８は、ＳＡＲＳ患者痰サンプル（サンプル番号５）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。ＱＩＡａｍｐキットにより、５＃ＳＡＲＳ患者痰サンプルからＲＮＡを抽出した。テンプレートとして、上記抽出されたＲＮＡを用いて、ＲＴ−ネステッドＰＣＲを実施した。０４０のＲＴ−ネステッドＰＣＲ結果は良好であり、ハイブリダイゼーション結果も良好であった。
【０２４０】
（実施例８．ＳＡＲＳ患者痰サンプル（サンプル番号６）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出）
図９は、ＳＡＲＳ患者痰サンプル（サンプル番号６）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。ＱＩＡａｍｐキットにより、６＃ＳＡＲＳ患者痰サンプルからＲＮＡを抽出した。テンプレートとして、上記抽出されたＲＮＡを用いて、ＲＴ−ネステッドＰＣＲを実施した。全プローブのＲＴ−ネステッドＰＣＲ結果は良好であり、ハイブリダイゼーション結果も良好であった。
【０２４１】
（実施例９．ＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの他の例示的アレイ形式）
図１０はＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの別の例示的なアレイ形式を示している。
【０２４２】
固定化コントロールは、その末端が蛍光色素ＨＥＸにより標識化されているオリゴプローブであり、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルをチップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない。
【０２４３】
ポジティブコントロール（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ（モデル生物の一種）によってデザインされたオリゴプローブであり、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルをチップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない。ハイブリダイゼーション反応の間、このポジティブコントロールに完全にハイブリダイズできる標的プローブを、ハイブリダイゼーション溶液に加える。ハイブリダイゼーション反応をモニターするために、ポジティブコントロールのシグナルを適用することができる。
【０２４４】
ネガティブコントロールは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶを含有するか、含有する疑いのあるサンプルを該チップに接触させた場合、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しないオリゴプローブである。
【０２４５】
ブランクコントロールは、ＤＭＳＯ溶液のスポットである。これは、アレイの品質のモニタリング用に用いられる。
【０２４６】
ＳＡＲＳプローブは、０１１、０２４、０４０および０４４プローブである。
【０２４７】
（実施例１０．図１０に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの可能性のある陽性結果）
図１１は、図１０に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの、可能性のある陽性結果の全てを示す。
【０２４８】
ＳＡＲＳウイルスを検出するためのチップ上には、４セットのプローブ：プローブ０１１、プローブ０２４、プローブ０４０およびプローブ０４４が存在する。
【０２４９】
第一のラインは、４セット全てのプローブ：０１１＋０２４＋０４０＋０４４上に現れるシグナルによる、陽性結果（１つ）を示している。
【０２５０】
第二のラインは、３セットのプローブ：０１１＋０２４＋０４４、０２４＋０４０＋０４４、０１１＋０４０＋０４４、０１１＋０２４＋０４０上に現れるシグナルによる、可能性のある全ての陽性結果（４つ）を示している。
【０２５１】
第三のラインは、２セットのプローブ：０１１＋０４０、０２４＋０４４、０１１＋０４４、０４０＋０４４、０１１＋０２４、０２４＋０４０上に現れるシグナルによる、可能性のある全ての陽性結果（６つ）を示している
第四のラインは、ただ１セットのプローブ：０１１，０２４，０４０，０４４上に現れるシグナルによる、可能性のある全ての陽性結果（４つ）を示している
（実施例１１．図１２に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの可能性のある陽性結果）
図１３は、図１２に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの可能性のある全ての陽性結果を示す。
【０２５２】
ＳＡＲＳウイルスを検出するためのチップ上には、４セットのプローブ：プローブ０１１、プローブ０２４、プローブ０４０およびプローブ０４４が存在する。
【０２５３】
可能性のある陽性結果および陰性結果は、図１４にも示されている。陽性結果の組み合わせとしては、以下が挙げられる：
・ ０１１＋１２７；
・ ０４０＋１２７；
・ ０１１＋１２７＋０２４；
・ ０１１＋１２７＋０４４；
・ ０２４＋１２７＋０４４；
・ ０１１＋１２７＋０２４＋０４０；
・ ０２４＋１２７；
・ ０４４＋１２７；
・ ０１１＋１２７＋０４０；
・ ０２４＋１２７＋０４０；
・ ０４４＋１２７＋０４０；
・ ０１１＋１２７＋０４４；
・ ０１１＋１２７＋０２４＋０４４；
・ ０１１＋１２７＋０２４＋０４０＋０４４；および
・ １２７＋０２４＋０４０＋０４４。
【０２５４】
１２７のみ観察される場合は、陰性結果が示される。
【０２５５】
有効なアッセイ結果であるためには、陽性または陰性、固定化コントロールのシグナル（ＨＥＸ）は、常に観察されるべきである。
【０２５６】
上記実施例は、例示のみを目的として挙げられており、本発明の範囲を限定することを意図しない。上記に対して、多くの変更が可能である。上記実施例に対する改変および変更は当業者に明らかであるので、本発明が添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることが、意図される。
【図面の簡単な説明】
【０２５７】
【図１Ａ】図１Ａおよび１Ｂは、例示的なＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノム構造を示す（Ｍａｒｒａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００３年５月１日の図２を参照；［印刷前の電子出版］；およびＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＮＣ＿００４７１８）。
【図１Ｂ】図１Ａおよび１Ｂは、代表的なＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノム構造を示す（Ｍａｒｒａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００３年５月１日の図２を参照；［印刷前の電子出版］；およびＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＮＣ＿００４７１８）。
【図２】図２は、例示的なサンプル調製手順を示す。
【図３】図３は、ＰＣＲに用いられる例示的なプローブ標識を示す。ユニバーサルプライマーの配列は、特異的プライマーの共通配列に相補的である。ユニバーサルプライマーおよび特異的プライマーは、増幅が行われる前にＰＣＲマスターミックスに添加される。増幅の特異性は、特異的プライマーの特異的部分によって確保される。１回または２，３回の熱サイクル後、ユニバーサルプライマーをアンプリコンに効率的に組み込むことができる。次に、特異的プライマーの共通配列の相補的配列に、ユニバーサルプライマーがアニールできる。このＰＣＲは、ユニバーサルプライマー内に組み込まれた蛍光色素とともにさらに進行する。１および６は、蛍光色素を示し、２は、上流ユニバーサルプライマーを示し、３は、共通配列を有する上流特異的プライマーを示し、４は、テンプレートを示し、５は、共通配列を有する下流特異的プライマーを示し、７は、下流ユニバーサルプライマーを示す。
【図４】図４は、アミノ基で修飾した、例えば、ポリ−Ｌ−リジン処理したガラススライド表面上のプローブ固定化を示す。アミン結合化学：アミン基質は、ガラス表面（長方形）に共有結合した第一級アミン基（ＮＨ３＋）を含有する。アミンは、中性ＰＨにおいて、正電荷を保持し、負に荷電したリン酸骨格とのイオン結合形成を介して、負に荷電したＤＮＡ（二重らせん）の結合を可能にする（中央枠）。静電結合は、紫外光または熱による処理により補足され、第一級アミンとチミンとの間の共有結合を介して上記表面に対するＤＮＡの共有結合を誘導する（右パネル）。静電結合と共有結合との組み合わせにより、ＤＮＡは、極めて安定な様式で、基質と結合する。
【図５】図５は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの例示的なアレイ形式を示す。
【図６】図６Ａおよび６Ｂは、ＳＡＲＳ患者の血液サンプル（サンプル番号３）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。
【図７】図７Ａおよび７Ｂは、ＳＡＲＳ患者の血液サンプル（サンプル番号４）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。
【図８】図８Ａおよび８Ｂは、ＳＡＲＳ患者の血液サンプル（サンプル番号５）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。
【図９】図９Ａおよび９Ｂは、ＳＡＲＳ患者の血液サンプル（サンプル番号６）からのＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出を示す。
【図１０】図１０は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの別の例示的なアレイ形式を示す。
【図１１】図１１は、図１０に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップについての可能性のある全ての陽性結果を示す。
【図１２】図１２は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップの別の例示的なアレイ形式を示す。
【図１３】図１３は、図１２に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップについての可能性のある全ての陽性結果を示す。
【図１４】図１４は、図１２に示されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ検出チップについての可能性のある全ての陽性結果および陰性結果を示す。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
重症急性呼吸器症候群を引き起こすコロナウイルス（ＳＡＲＳ−ＣｏＶ）および非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物をアッセイするためのチップであって、前記チップは、支持体を備え、該支持体は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも１０個のヌクレオチドを含むヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブと、以下のオリゴヌクレオチドプローブ：
ａ） ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、前記ヌクレオチド配列が少なくとも１０個のヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチドプローブ；
ｂ） 感染宿主の免疫系に損傷を与える非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、前記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチドプローブ；または、
ｃ） 非ＳＡＲＳ−Ｃｏｖコロナウイルス科ウイルスのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、前記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチドプローブ、
の１つ以上とが該支持体に固定化され、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切である、チップ。
【請求項２】
前記チップは、支持体を備え、該支持体は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを支持体に固定化され、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切であり、前記２つの異なるヌクレオチド配列の各々が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含んでなる、請求項１に記載のチップ。
【請求項３】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの前記少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列が、以下：
ａ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列；または
ｂ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列、
を含んでなる、請求項２に記載のチップ。
【請求項４】
請求項２に記載のチップであって、以下：
ａ）以下の３つのオリゴヌクレオチドプローブのうちの少なくとも１つ：固定化コントロールプローブ、ポジティブコントロールプローブおよびネガティブコントロールプローブであって、該固定化コントロールプローブは、標識され、そしてＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物を含有するか、または含有することが疑われるサンプルがチップに接触されるとき、いかなるハイブリダイゼーション反応にも関与せず、該ポジティブコントロールプローブは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のいずれの配列にも相補的でないが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に見出されない、サンプルに含まれる配列に相補的であり、該ネガティブコントロールプローブは、サンプルに含まれるいずれのヌクレオチド配列にも相補的でない；および
ｂ） ブランクスポット、
をさらに含んでなる、チップ。
【請求項５】
請求項２に記載のチップであって、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを備え、該プローブは、それぞれ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置するか、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置するか、またはＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的である、チップ。
【請求項６】
請求項２に記載のチップであって、
ａ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの前記保存領域が、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子あるいはヌクレオカプシド（Ｎ）遺伝子内に位置する領域であるか；
ｂ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの前記構造タンパク質コード遺伝子が、スパイク糖タンパク質（Ｓ）、小型エンベロープタンパク質（Ｅ）またはヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）をコードする遺伝子であるか；あるいは
ｃ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの前記非構造タンパク質コード遺伝子が、レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂをコードする遺伝子である、
請求項２に記載のチップ。
【請求項７】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの前記可変領域が、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのスパイク糖タンパク質（Ｓ）遺伝子内に位置する領域である、請求項２に記載のチップ。
【請求項８】
以下の４つのオリゴヌクレオチドプローブのうちの少なくとも２つを含んでなる、請求項２に記載のチップ：ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的な１つのオリゴヌクレオチドプローブ、およびＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的な１つのオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項９】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する前記２つの異なるヌクレオチド配列のうちの１つが、
ａ） 表１３に記載される、レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂヌクレオチド配列、あるいはその相補鎖と高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするか；あるいは
ｂ） 表１３に記載される、ヌクレオチド配列またはその相補鎖を含むレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の同一性を有する、
ヌクレオチド配列を含んでなる、請求項８に記載のチップ。
【請求項１０】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する前記２つの異なるヌクレオチド配列のうちの１つが、表１３に記載されるヌクレオチド配列を含んでなる、請求項９に記載のチップ。
【請求項１１】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置する前記ヌクレオチド配列が、
ａ） 表１３に記載されるＮヌクレオチド配列またはその相補鎖と高緊縮下でハイブリダイズするか；または
ｂ） 表１３に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなるＮヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の同一性を有する、
ヌクレオチド配列を含んでなる、請求項８に記載のチップ。
【請求項１２】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置する前記ヌクレオチド配列が、表１３に記載されるヌクレオチド配列を含んでなる、請求項１１に記載のチップ。
【請求項１３】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置する前記ヌクレオチド配列が、
ａ） 表１３に記載されるＳヌクレオチド配列またはその相補鎖と高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするか；あるいは
ｂ） 表１３に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなるＳヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の同一性を有する、
ヌクレオチド配列を含んでなる、請求項８に記載のチップ。
【請求項１４】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置する前記ヌクレオチド配列が、表１３に記載されるヌクレオチド配列を含んでなる、請求項１３に記載のチップ。
【請求項１５】
前記固定化コントロールプローブの標識が、化学標識、酵素標識、免疫標識、放射性標識、蛍光標識、発光標識およびＦＲＥＴ標識からなる群より選択される、請求項４に記載のチップ。
【請求項１６】
前記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列が、アッセイすべきサンプル内にスパイクされる、請求項４に記載のチップ。
【請求項１７】
前記スパイクされた非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列が、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ起源の配列である、請求項１６に記載のチップ。
【請求項１８】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に対して相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に対して相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に対して相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物を含有するかまたは含有することが疑われるサンプルをチップと接触させても、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない標識される固定化コントロールプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のいずれの配列にも相補的でないが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に見出されず前記サンプルに含有される配列に相補的であるポジティブコントロールプローブ、および前記サンプルに含有されるいずれのヌクレオチド配列にも相補的でないネガティブコントロールプローブ、を含んでなる、請求項８に記載のチップ。
【請求項１９】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記レプリカーゼ１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に対して相補的な前記２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置する前記ヌクレオチド配列に対して相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に対して相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブ、前記固定化コントロールプローブ、前記ポジティブコントロールプローブおよび前記ネガティブコントロールプローブのマルチプレックススポットを含んでなる、請求項１８に記載のチップ。
【請求項２０】
前記オリゴヌクレオチドプローブの少なくとも１つが、その５’末端に、前記支持体上におけるその固定化を増強するポリｄＴ領域を含んでなる、請求項４に記載のチップ。
【請求項２１】
前記オリゴヌクレオチドプローブの少なくとも１つが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの高発現ヌクレオチド配列に対して相補的である、請求項２に記載のチップ。
【請求項２２】
ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物が、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３、ヒト腸内コロナウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、ＲＳ（ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｎｃｙｔｉｃａｌ）ウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ライノウイルス、アデノウイルス、肺炎マイコプラスマ、肺炎クラミジア、麻疹ウイルスおよび風疹ウイルスからなる群より選択される、請求項１に記載のチップ。
【請求項２３】
前記インフルエンザウイルスが、Ａ型インフルエンザウイルスまたはＢ型インフルエンザウイルスである、請求項２２に記載のチップ。
【請求項２４】
前記パラインフルエンザウイルスが、パラインフルエンザウイルス１、パラインフルエンザウイルス２、パラインフルエンザウイルス３およびパラインフルエンザウイルス４からなる群より選択される、請求項２２に記載のチップ。
【請求項２５】
感染宿主の免疫系に損傷を与える前記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物が、肝炎ウイルス、輸血媒介ウイルス（ＴＴＶ）、ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ）、パルボウイルス、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ）、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）および梅毒トレポネーマからなる群より選択される、請求項１に記載のチップ。
【請求項２６】
前記肝炎ウイルスが、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス（ＨＤＶ）、Ｅ型肝炎ウイルス（ＨＥＶ）およびＧ型肝炎ウイルス（ＨＧＶ）からなる群より選択される、請求項２５に記載のチップ。
【請求項２７】
ＨＩＶがＨＩＶ Ｉである、請求項２５に記載のチップ。
【請求項２８】
パルボウイルスが、パルボウイルスＢ１９である、請求項２５に記載のチップ。
【請求項２９】
非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスが、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、マウス肝炎ウイルス、ウマコロナウイルス、イヌコロナウイルス、ネココロナウイルス、ブタ流行性下痢ウイルス、ブタ伝染性胃腸炎ウイルス、ウシコロナウイルス、ネコ感染性腹膜炎ウイルス、ラットコロナウイルス、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、ミズナギドリ病ウイルス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ ｖｉｒｕｓ）、シチメンチョウコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルスからなる群より選択される、請求項１に記載のチップ。
【請求項３０】
前記支持体が、シリコン、プラスチック、ガラス、セラミック、ゴムおよびポリマー表面からなる群より選択される、請求項１に記載のチップ。
【請求項３１】
サンプル中のＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物をアッセイする方法であって、前記方法は、
ａ） 請求項１に記載のチップを提供すること；
ｂ） 前記チップを、核酸のハイブリダイゼーションに適切な条件下で、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列を含有するかまたは含有する疑いのあるサンプルと接触させること；ならびに
ｃ） 前記サンプルに存在する場合、前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは前記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の前記ヌクレオチド配列と、前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムノヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブまたは前記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物ゲノムのヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブとの間に形成されるハイブリッドを評価することを含んでなり、
これにより、前記ハイブリッドの一方または両方の検出が、前記サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または前記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の存在を示す、方法。
【請求項３２】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶが、
ａ） 請求項２に記載のチップを提供すること；
ｂ） 前記チップを、核酸のハイブリダイゼーションに適切な条件下で、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのヌクレオチド配列を含有するかまたは含有する疑いのあるサンプルと接触させること；
ｃ） 前記サンプルに存在する場合、前記サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無または量を決定するために、前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列と、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な前記少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれとの間で形成されたハイブリッドを評価すること、
によりアッセイされ、
これにより、前記ハイブリッドの一方または両方の検出が、前記サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在を示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶが、
ａ） 請求項３に記載のチップを提供すること；
ｂ） 前記チップを、核酸のハイブリダイゼーションに適切な条件下で、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのヌクレオチド配列を含有するかまたは含有する疑いのあるサンプルと接触させること；および
ｃ） 前記サンプルに存在する場合、前記サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無または量を決定するために、前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶのヌクレオチド配列と、
ｉ） それぞれ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ；または
ｉｉ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ
との間で形成されたハイブリッドを評価すること、
によりアッセイされ、
これにより、前記ハイブリッドの一方または両方の検出が、前記サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在を示す請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶが、
ａ） 請求項４に記載のチップを提供すること；
ｂ） 前記チップを、核酸のハイブリダイゼーションに適切な条件下で、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのヌクレオチド配列を含有するかまたは含有する疑いのあるサンプルと接触させること；
ｃ） サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無または量を決定するために、
（ｉ）前記サンプルに存在する場合、前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列と、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの保存領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれの間に形成されたハイブリッド；
（ｉｉ）前記固定化コントロールプローブに含まれる標識、またはポジティブコントロールプローブおよび／またはネガティブコントロールプローブを含むハイブリッド（１つまたは複数）；および
（ｉｉｉ） 前記ブランクスポットにおけるシグナル、
を評価することによりアッセイされる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
前記チップが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、固定化コントロールプローブ、ポジティブコントロールプローブ、およびネガティブコントロールプローブを含んでなり、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在が、
ａ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な前記２つのオリゴヌクレオチドプローブの少なくとも１つ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブ、および／またはＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出される場合、
ｂ） 前記固定化コントロールプローブから、ポジティブシグナルが検出される場合、
ｃ） 前記ポジティブコントロールプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出される場合、
ｄ） 前記ネガティブコントロールプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されない場合、
ｅ） 前記ブランクスポットにおいて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されない場合
に、決定される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な前記２つのオリゴヌクレオチドプローブの少なくとも１つ、またはＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブを用いて陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出される一方で、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブを用いて陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されなければ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの変異が示される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
初期段階のＳＡＲＳ患者を診断するために、請求項２１に記載のチップを用い、前記方法を用いる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３８】
前記初期段階のＳＡＲＳ患者とは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶに感染して約１日未満から約３日までである、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
被験体が、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／またはＳＡＲＳ様症状を引き起す非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物により感染しているかどうかを決定するために用いられる、請求項３１に記載の方法。
【請求項４０】
ＳＡＲＳ様症状が、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３、ヒト腸内コロナウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、ＲＳウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ライノウイルス、アデノウイルス、肺炎マイコプラスマ、肺炎クラミジア、麻疹ウイルスおよび風疹ウイルスからなる群より選択される非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物により引き起される、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記インフルエンザウイルスが、Ａ型インフルエンザウイルスまたはＢ型インフルエンザウイルスである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記パラインフルエンザウイルスが、パラインフルエンザウイルス１、パラインフルエンザウイルス２、パラインフルエンザウイルス３およびパラインフルエンザウイルス４からなる群より選択される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
被験体が、被験体の免疫系に損傷を与えるＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に感染しているかどうかを決定するために用いられる、請求項３１に記載の方法。
【請求項４４】
被験体の免疫系に損傷を与える非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物が、肝炎ウイルス、輸血媒介ウイルス（ＴＴＶ），ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ）、パルボウイルス、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ），エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）および梅毒トレポネーマからなる群より選択される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記肝炎ウイルスが、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス（ＨＤＶ）、Ｅ型肝炎ウイルス（ＨＥＶ）およびＧ型肝炎ウイルス（ＨＧＶ）からなる群より選択される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
ＨＩＶがＨＩＶ Ｉである、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
パルボウイルスが、パルボウイルスＢ１９である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４８】
被験体が、ＳＡＲＶ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＶ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスに感染しているかどうかを決定するために用いられる、請求項３１に記載の方法。
【請求項４９】
非ＳＡＲＶ−ＣｏＶコロナウイルス科ウイルスが、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、マウス肝炎ウイルス、ウマコロナウイルス、イヌコロナウイルス、ネココロナウイルス、ブタ流行性下痢、ブタ伝染性胃腸炎ウイルス、ウシコロナウイルス、ネコ感染性腹膜炎ウイルス、ラットコロナウイルス、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、ミズナギドリ病ウイルス、シチメンチョウコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルスからなる群より選択される、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の前記ヌクレオチド配列が、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列、または抽出されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡゲノム配列あるいは抽出された非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列から増幅されたＤＮＡ配列である、請求項３１に記載の方法。
【請求項５１】
前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡゲノム配列が、ＱＩＡａｍｐウイルスＲＮＡキット、Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ−Ｓａｃｃｈｉ法またはＴＲＩｚｏｌを用いてＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染細胞から抽出される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡゲノム配列が、ＱＩＡａｍｐウイルスＲＮＡキットを用いてＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染細胞から抽出される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列が、痰または唾液サンプル、血液サンプルのリンパ球から抽出される、請求項３１に記載の方法。
【請求項５４】
前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列が、ヒト、マウス、イヌ、ラット、ネコ、ウマ、鳥類の鼻咽頭、口咽頭、気管、気管支洗浄液、胸膜液、尿、便、結膜、組織、土壌、水、空気から抽出される、請求項３１に記載の方法。
【請求項５５】
前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列が、ＰＣＲにより増幅される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５６】
標識が、ＰＣＲ中に増幅されたＤＮＡ配列に組み込まれる、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
ＰＣＲが、従来のＰＣＲ，マルチプレックスＰＣＲ、ネステッドＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲを含んでなる、請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
ＰＣＲが、２ステップ式のネステッドＰＣＲを含んでなり、第１のステップが、ＲＴ−ＰＣＲであり、第２のステップが、従来のＰＣＲである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５９】
ＰＣＲが、複数の５’および３’特異的プライマーを用いる１ステップマルチプレックスＲＴ−ＰＣＲを含んでなり、前記特異的プライマーの各々が、増幅すべき標的配列に相補的な特異的配列および共通配列、および５’および３’ユニバーサルプライマーを含んでなり、５’ユニバーサルプライマーが、５’特異的プライマーの共通配列に相補的であり、３’ユニバーサルプライマーが、３’特異的プライマーの共通配列に相補的であり、前記ＰＣＲにおいて、５’および３’ユニバーサルプライマーの濃度が、それぞれ、５’および３’特異的プライマーの濃度に等しいか、またはそれよりも高い、請求項５５に記載の方法。
【請求項６０】
前記３’ユニバーサルプライマーおよび／または前記５’ユニバーサルプライマーが、標識される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記標識が、蛍光標識である、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記ＰＣＲが、マルチプレックスネステッドＰＣＲを含んでなる、請求項５５に記載の方法。
【請求項６３】
前記ＰＣＲが、表１８または表１９〜表２１に記載されるプライマー対のうち、少なくとも１対を用いて行われる、請求項５５に記載の方法。
【請求項６４】
Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅させるためのオリゴヌクレオチドプライマーであって、前記オリゴヌクレオチドプライマーが：
ａ） 高ストリンジェンシー下、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３の表１〜６に記載される標的ヌクレオチド配列またはそれらの相補鎖とハイブリダイズするか；あるいは
ｂ） 表１〜６に記載されるヌクレオチド配列またはそれらの相補鎖を含んでなるＡ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３の、標的ヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の同一性を有する、
ヌクレオチド配列を含んでなるオリゴヌクレオチドプライマー。
【請求項６５】
ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡまたはそれらの誘導体を含んでなる、請求項６４に記載のプライマー。
【請求項６６】
表１〜表６に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなる、請求項６４に記載のプライマー。
【請求項６７】
Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅させるためのキットであって：
ａ） 請求項６４に記載のプライマー；および
ｂ） 請求項６４に記載の前記プライマーを用いて、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅できる核酸ポリメラーゼ、
を含んでなるキット。
【請求項６８】
前記核酸ポリメラーゼが、逆転写酵素である、請求項６７に記載のキット。
【請求項６９】
Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列にハイブリダイズするためのオリゴヌクレオチドプローブであって、前記オリゴヌクレオチドプローブが、：
ａ） 高ストリンジェンシー下、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３の、表７〜表１２に記載される標的ヌクレオチド配列またはそれらの相補鎖とハイブリダイズするか；あるいは
ｂ） Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３の、表７〜表１２に記載される標的ヌクレオチド配列またはそれらの相補鎖に対して少なくとも９０％の同一性を有する、
ヌクレオチド配列を含んでなるオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項７０】
ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡまたはそれらの誘導体を含んでなる、請求項６９に記載のプローブ。
【請求項７１】
表７〜表１２に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなる、請求項６９に記載のプローブ。
【請求項７２】
標識されている、請求項６９に記載のプローブ。
【請求項７３】
前記標識が、化学標識、酵素標識、免疫標識、放射性標識、蛍光標識、発光標識およびＦＲＥＴ標識からなる群より選択される、請求項７２に記載のプローブ。
【請求項７４】
Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列のハイブリダイゼーション分析用キットであって：
ａ） 請求項６９に記載のプライマー；および
ｂ） Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列と前記プローブとの間に形成されたハイブリッドを評価するための手段、
を含んでなる、キット。
【請求項１】
重症急性呼吸器症候群を引き起こすコロナウイルス（ＳＡＲＳ−ＣｏＶ）および非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物をアッセイするためのチップであって、前記チップは、支持体を備え、該支持体は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも１０個のヌクレオチドを含むヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブと、以下のオリゴヌクレオチドプローブ：
ａ） ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、前記ヌクレオチド配列が少なくとも１０個のヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチドプローブ；
ｂ） 感染宿主の免疫系に損傷を与える非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、前記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチドプローブ；または、
ｃ） 非ＳＡＲＳ−Ｃｏｖコロナウイルス科ウイルスのヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブであって、前記ヌクレオチド配列が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチドプローブ、
の１つ以上とが該支持体に固定化され、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切である、チップ。
【請求項２】
前記チップは、支持体を備え、該支持体は、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを支持体に固定化され、核酸ハイブリダイゼーションにおける使用に適切であり、前記２つの異なるヌクレオチド配列の各々が、少なくとも１０個のヌクレオチドを含んでなる、請求項１に記載のチップ。
【請求項３】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの前記少なくとも２つの異なるヌクレオチド配列が、以下：
ａ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列；または
ｂ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列およびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列、
を含んでなる、請求項２に記載のチップ。
【請求項４】
請求項２に記載のチップであって、以下：
ａ）以下の３つのオリゴヌクレオチドプローブのうちの少なくとも１つ：固定化コントロールプローブ、ポジティブコントロールプローブおよびネガティブコントロールプローブであって、該固定化コントロールプローブは、標識され、そしてＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物を含有するか、または含有することが疑われるサンプルがチップに接触されるとき、いかなるハイブリダイゼーション反応にも関与せず、該ポジティブコントロールプローブは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のいずれの配列にも相補的でないが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に見出されない、サンプルに含まれる配列に相補的であり、該ネガティブコントロールプローブは、サンプルに含まれるいずれのヌクレオチド配列にも相補的でない；および
ｂ） ブランクスポット、
をさらに含んでなる、チップ。
【請求項５】
請求項２に記載のチップであって、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブを備え、該プローブは、それぞれ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置するか、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置するか、またはＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的である、チップ。
【請求項６】
請求項２に記載のチップであって、
ａ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの前記保存領域が、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子あるいはヌクレオカプシド（Ｎ）遺伝子内に位置する領域であるか；
ｂ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの前記構造タンパク質コード遺伝子が、スパイク糖タンパク質（Ｓ）、小型エンベロープタンパク質（Ｅ）またはヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）をコードする遺伝子であるか；あるいは
ｃ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの前記非構造タンパク質コード遺伝子が、レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂをコードする遺伝子である、
請求項２に記載のチップ。
【請求項７】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの前記可変領域が、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのスパイク糖タンパク質（Ｓ）遺伝子内に位置する領域である、請求項２に記載のチップ。
【請求項８】
以下の４つのオリゴヌクレオチドプローブのうちの少なくとも２つを含んでなる、請求項２に記載のチップ：ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのＮ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的な１つのオリゴヌクレオチドプローブ、およびＳＡＲＳ−ＣｏＶのＳ遺伝子内に位置する少なくとも１０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的な１つのオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項９】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する前記２つの異なるヌクレオチド配列のうちの１つが、
ａ） 表１３に記載される、レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂヌクレオチド配列、あるいはその相補鎖と高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするか；あるいは
ｂ） 表１３に記載される、ヌクレオチド配列またはその相補鎖を含むレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の同一性を有する、
ヌクレオチド配列を含んでなる、請求項８に記載のチップ。
【請求項１０】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する前記２つの異なるヌクレオチド配列のうちの１つが、表１３に記載されるヌクレオチド配列を含んでなる、請求項９に記載のチップ。
【請求項１１】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置する前記ヌクレオチド配列が、
ａ） 表１３に記載されるＮヌクレオチド配列またはその相補鎖と高緊縮下でハイブリダイズするか；または
ｂ） 表１３に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなるＮヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の同一性を有する、
ヌクレオチド配列を含んでなる、請求項８に記載のチップ。
【請求項１２】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置する前記ヌクレオチド配列が、表１３に記載されるヌクレオチド配列を含んでなる、請求項１１に記載のチップ。
【請求項１３】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置する前記ヌクレオチド配列が、
ａ） 表１３に記載されるＳヌクレオチド配列またはその相補鎖と高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするか；あるいは
ｂ） 表１３に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなるＳヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の同一性を有する、
ヌクレオチド配列を含んでなる、請求項８に記載のチップ。
【請求項１４】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置する前記ヌクレオチド配列が、表１３に記載されるヌクレオチド配列を含んでなる、請求項１３に記載のチップ。
【請求項１５】
前記固定化コントロールプローブの標識が、化学標識、酵素標識、免疫標識、放射性標識、蛍光標識、発光標識およびＦＲＥＴ標識からなる群より選択される、請求項４に記載のチップ。
【請求項１６】
前記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列が、アッセイすべきサンプル内にスパイクされる、請求項４に記載のチップ。
【請求項１７】
前記スパイクされた非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ配列が、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ起源の配列である、請求項１６に記載のチップ。
【請求項１８】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶのレプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に対して相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に対して相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に対して相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物を含有するかまたは含有することが疑われるサンプルをチップと接触させても、いずれのハイブリダイゼーション反応にも関与しない標識される固定化コントロールプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のいずれの配列にも相補的でないが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に見出されず前記サンプルに含有される配列に相補的であるポジティブコントロールプローブ、および前記サンプルに含有されるいずれのヌクレオチド配列にも相補的でないネガティブコントロールプローブ、を含んでなる、請求項８に記載のチップ。
【請求項１９】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記レプリカーゼ１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に対して相補的な前記２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置する前記ヌクレオチド配列に対して相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に対して相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブ、前記固定化コントロールプローブ、前記ポジティブコントロールプローブおよび前記ネガティブコントロールプローブのマルチプレックススポットを含んでなる、請求項１８に記載のチップ。
【請求項２０】
前記オリゴヌクレオチドプローブの少なくとも１つが、その５’末端に、前記支持体上におけるその固定化を増強するポリｄＴ領域を含んでなる、請求項４に記載のチップ。
【請求項２１】
前記オリゴヌクレオチドプローブの少なくとも１つが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの高発現ヌクレオチド配列に対して相補的である、請求項２に記載のチップ。
【請求項２２】
ＳＡＲＳ様症状を引き起こす非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物が、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３、ヒト腸内コロナウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、ＲＳ（ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｎｃｙｔｉｃａｌ）ウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ライノウイルス、アデノウイルス、肺炎マイコプラスマ、肺炎クラミジア、麻疹ウイルスおよび風疹ウイルスからなる群より選択される、請求項１に記載のチップ。
【請求項２３】
前記インフルエンザウイルスが、Ａ型インフルエンザウイルスまたはＢ型インフルエンザウイルスである、請求項２２に記載のチップ。
【請求項２４】
前記パラインフルエンザウイルスが、パラインフルエンザウイルス１、パラインフルエンザウイルス２、パラインフルエンザウイルス３およびパラインフルエンザウイルス４からなる群より選択される、請求項２２に記載のチップ。
【請求項２５】
感染宿主の免疫系に損傷を与える前記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物が、肝炎ウイルス、輸血媒介ウイルス（ＴＴＶ）、ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ）、パルボウイルス、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ）、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）および梅毒トレポネーマからなる群より選択される、請求項１に記載のチップ。
【請求項２６】
前記肝炎ウイルスが、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス（ＨＤＶ）、Ｅ型肝炎ウイルス（ＨＥＶ）およびＧ型肝炎ウイルス（ＨＧＶ）からなる群より選択される、請求項２５に記載のチップ。
【請求項２７】
ＨＩＶがＨＩＶ Ｉである、請求項２５に記載のチップ。
【請求項２８】
パルボウイルスが、パルボウイルスＢ１９である、請求項２５に記載のチップ。
【請求項２９】
非ＳＡＲＳ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスが、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、マウス肝炎ウイルス、ウマコロナウイルス、イヌコロナウイルス、ネココロナウイルス、ブタ流行性下痢ウイルス、ブタ伝染性胃腸炎ウイルス、ウシコロナウイルス、ネコ感染性腹膜炎ウイルス、ラットコロナウイルス、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、ミズナギドリ病ウイルス（ｐｕｆｆｉｎｏｓｉｓ ｖｉｒｕｓ）、シチメンチョウコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルスからなる群より選択される、請求項１に記載のチップ。
【請求項３０】
前記支持体が、シリコン、プラスチック、ガラス、セラミック、ゴムおよびポリマー表面からなる群より選択される、請求項１に記載のチップ。
【請求項３１】
サンプル中のＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物をアッセイする方法であって、前記方法は、
ａ） 請求項１に記載のチップを提供すること；
ｂ） 前記チップを、核酸のハイブリダイゼーションに適切な条件下で、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のヌクレオチド配列を含有するかまたは含有する疑いのあるサンプルと接触させること；ならびに
ｃ） 前記サンプルに存在する場合、前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは前記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の前記ヌクレオチド配列と、前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムノヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブまたは前記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物ゲノムのヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブとの間に形成されるハイブリッドを評価することを含んでなり、
これにより、前記ハイブリッドの一方または両方の検出が、前記サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または前記非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の存在を示す、方法。
【請求項３２】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶが、
ａ） 請求項２に記載のチップを提供すること；
ｂ） 前記チップを、核酸のハイブリダイゼーションに適切な条件下で、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのヌクレオチド配列を含有するかまたは含有する疑いのあるサンプルと接触させること；
ｃ） 前記サンプルに存在する場合、前記サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無または量を決定するために、前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列と、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な前記少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれとの間で形成されたハイブリッドを評価すること、
によりアッセイされ、
これにより、前記ハイブリッドの一方または両方の検出が、前記サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在を示す、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶが、
ａ） 請求項３に記載のチップを提供すること；
ｂ） 前記チップを、核酸のハイブリダイゼーションに適切な条件下で、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのヌクレオチド配列を含有するかまたは含有する疑いのあるサンプルと接触させること；および
ｃ） 前記サンプルに存在する場合、前記サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無または量を決定するために、前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶのヌクレオチド配列と、
ｉ） それぞれ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの保存領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ；または
ｉｉ）ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの構造タンパク質コード遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムの非構造タンパク質コード遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ
との間で形成されたハイブリッドを評価すること、
によりアッセイされ、
これにより、前記ハイブリッドの一方または両方の検出が、前記サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在を示す請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶが、
ａ） 請求項４に記載のチップを提供すること；
ｂ） 前記チップを、核酸のハイブリダイゼーションに適切な条件下で、ＳＡＲＳ−ＣｏＶのヌクレオチド配列を含有するかまたは含有する疑いのあるサンプルと接触させること；
ｃ） サンプル中の前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶの有無または量を決定するために、
（ｉ）前記サンプルに存在する場合、前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶヌクレオチド配列と、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの保存領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブおよびＳＡＲＳ−ＣｏＶの可変領域内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれの間に形成されたハイブリッド；
（ｉｉ）前記固定化コントロールプローブに含まれる標識、またはポジティブコントロールプローブおよび／またはネガティブコントロールプローブを含むハイブリッド（１つまたは複数）；および
（ｉｉｉ） 前記ブランクスポットにおけるシグナル、
を評価することによりアッセイされる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
前記チップが、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な２つのオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ、固定化コントロールプローブ、ポジティブコントロールプローブ、およびネガティブコントロールプローブを含んでなり、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの存在が、
ａ） ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な前記２つのオリゴヌクレオチドプローブの少なくとも１つ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブ、および／またはＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出される場合、
ｂ） 前記固定化コントロールプローブから、ポジティブシグナルが検出される場合、
ｃ） 前記ポジティブコントロールプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出される場合、
ｄ） 前記ネガティブコントロールプローブを用いて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されない場合、
ｅ） 前記ブランクスポットにおいて、陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されない場合
に、決定される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記レプリカーゼ１Ａまたは１Ｂ遺伝子内に位置する２つの異なるヌクレオチド配列に相補的な前記２つのオリゴヌクレオチドプローブの少なくとも１つ、またはＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｎ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブを用いて陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出される一方で、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの前記Ｓ遺伝子内に位置するヌクレオチド配列に相補的な前記オリゴヌクレオチドプローブを用いて陽性ハイブリダイゼーションシグナルが検出されなければ、ＳＡＲＳ−ＣｏＶの変異が示される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
初期段階のＳＡＲＳ患者を診断するために、請求項２１に記載のチップを用い、前記方法を用いる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３８】
前記初期段階のＳＡＲＳ患者とは、ＳＡＲＳ−ＣｏＶに感染して約１日未満から約３日までである、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
被験体が、ＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／またはＳＡＲＳ様症状を引き起す非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物により感染しているかどうかを決定するために用いられる、請求項３１に記載の方法。
【請求項４０】
ＳＡＲＳ様症状が、ヒトコロナウイルス２２９Ｅ、ヒトコロナウイルスＯＣ４３、ヒト腸内コロナウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、ＲＳウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ライノウイルス、アデノウイルス、肺炎マイコプラスマ、肺炎クラミジア、麻疹ウイルスおよび風疹ウイルスからなる群より選択される非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物により引き起される、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記インフルエンザウイルスが、Ａ型インフルエンザウイルスまたはＢ型インフルエンザウイルスである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記パラインフルエンザウイルスが、パラインフルエンザウイルス１、パラインフルエンザウイルス２、パラインフルエンザウイルス３およびパラインフルエンザウイルス４からなる群より選択される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
被験体が、被験体の免疫系に損傷を与えるＳＡＲＳ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物に感染しているかどうかを決定するために用いられる、請求項３１に記載の方法。
【請求項４４】
被験体の免疫系に損傷を与える非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物が、肝炎ウイルス、輸血媒介ウイルス（ＴＴＶ），ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ）、パルボウイルス、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ），エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）および梅毒トレポネーマからなる群より選択される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記肝炎ウイルスが、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｄ型肝炎ウイルス（ＨＤＶ）、Ｅ型肝炎ウイルス（ＨＥＶ）およびＧ型肝炎ウイルス（ＨＧＶ）からなる群より選択される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
ＨＩＶがＨＩＶ Ｉである、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
パルボウイルスが、パルボウイルスＢ１９である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４８】
被験体が、ＳＡＲＶ−ＣｏＶおよび／または非ＳＡＲＶ−ＣｏＶコロナウイルス科のウイルスに感染しているかどうかを決定するために用いられる、請求項３１に記載の方法。
【請求項４９】
非ＳＡＲＶ−ＣｏＶコロナウイルス科ウイルスが、鳥伝染性気管支炎ウイルス、鳥伝染性喉頭気管炎ウイルス、マウス肝炎ウイルス、ウマコロナウイルス、イヌコロナウイルス、ネココロナウイルス、ブタ流行性下痢、ブタ伝染性胃腸炎ウイルス、ウシコロナウイルス、ネコ感染性腹膜炎ウイルス、ラットコロナウイルス、新生子ウシ下痢コロナウイルス、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、ミズナギドリ病ウイルス、シチメンチョウコロナウイルスおよびラットの唾液腺炎ウイルスからなる群より選択される、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物の前記ヌクレオチド配列が、ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列、または抽出されたＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡゲノム配列あるいは抽出された非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列から増幅されたＤＮＡ配列である、請求項３１に記載の方法。
【請求項５１】
前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡゲノム配列が、ＱＩＡａｍｐウイルスＲＮＡキット、Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ−Ｓａｃｃｈｉ法またはＴＲＩｚｏｌを用いてＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染細胞から抽出される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶ ＲＮＡゲノム配列が、ＱＩＡａｍｐウイルスＲＮＡキットを用いてＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染細胞から抽出される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列が、痰または唾液サンプル、血液サンプルのリンパ球から抽出される、請求項３１に記載の方法。
【請求項５４】
前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列が、ヒト、マウス、イヌ、ラット、ネコ、ウマ、鳥類の鼻咽頭、口咽頭、気管、気管支洗浄液、胸膜液、尿、便、結膜、組織、土壌、水、空気から抽出される、請求項３１に記載の方法。
【請求項５５】
前記ＳＡＲＳ−ＣｏＶまたは非ＳＡＲＳ−ＣｏＶ感染性生物のゲノム配列が、ＰＣＲにより増幅される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５６】
標識が、ＰＣＲ中に増幅されたＤＮＡ配列に組み込まれる、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
ＰＣＲが、従来のＰＣＲ，マルチプレックスＰＣＲ、ネステッドＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲを含んでなる、請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
ＰＣＲが、２ステップ式のネステッドＰＣＲを含んでなり、第１のステップが、ＲＴ−ＰＣＲであり、第２のステップが、従来のＰＣＲである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５９】
ＰＣＲが、複数の５’および３’特異的プライマーを用いる１ステップマルチプレックスＲＴ−ＰＣＲを含んでなり、前記特異的プライマーの各々が、増幅すべき標的配列に相補的な特異的配列および共通配列、および５’および３’ユニバーサルプライマーを含んでなり、５’ユニバーサルプライマーが、５’特異的プライマーの共通配列に相補的であり、３’ユニバーサルプライマーが、３’特異的プライマーの共通配列に相補的であり、前記ＰＣＲにおいて、５’および３’ユニバーサルプライマーの濃度が、それぞれ、５’および３’特異的プライマーの濃度に等しいか、またはそれよりも高い、請求項５５に記載の方法。
【請求項６０】
前記３’ユニバーサルプライマーおよび／または前記５’ユニバーサルプライマーが、標識される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記標識が、蛍光標識である、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記ＰＣＲが、マルチプレックスネステッドＰＣＲを含んでなる、請求項５５に記載の方法。
【請求項６３】
前記ＰＣＲが、表１８または表１９〜表２１に記載されるプライマー対のうち、少なくとも１対を用いて行われる、請求項５５に記載の方法。
【請求項６４】
Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅させるためのオリゴヌクレオチドプライマーであって、前記オリゴヌクレオチドプライマーが：
ａ） 高ストリンジェンシー下、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３の表１〜６に記載される標的ヌクレオチド配列またはそれらの相補鎖とハイブリダイズするか；あるいは
ｂ） 表１〜６に記載されるヌクレオチド配列またはそれらの相補鎖を含んでなるＡ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３の、標的ヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の同一性を有する、
ヌクレオチド配列を含んでなるオリゴヌクレオチドプライマー。
【請求項６５】
ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡまたはそれらの誘導体を含んでなる、請求項６４に記載のプライマー。
【請求項６６】
表１〜表６に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなる、請求項６４に記載のプライマー。
【請求項６７】
Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅させるためのキットであって：
ａ） 請求項６４に記載のプライマー；および
ｂ） 請求項６４に記載の前記プライマーを用いて、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列を増幅できる核酸ポリメラーゼ、
を含んでなるキット。
【請求項６８】
前記核酸ポリメラーゼが、逆転写酵素である、請求項６７に記載のキット。
【請求項６９】
Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列にハイブリダイズするためのオリゴヌクレオチドプローブであって、前記オリゴヌクレオチドプローブが、：
ａ） 高ストリンジェンシー下、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３の、表７〜表１２に記載される標的ヌクレオチド配列またはそれらの相補鎖とハイブリダイズするか；あるいは
ｂ） Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３の、表７〜表１２に記載される標的ヌクレオチド配列またはそれらの相補鎖に対して少なくとも９０％の同一性を有する、
ヌクレオチド配列を含んでなるオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項７０】
ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡまたはそれらの誘導体を含んでなる、請求項６９に記載のプローブ。
【請求項７１】
表７〜表１２に記載されるヌクレオチド配列またはその相補鎖を含んでなる、請求項６９に記載のプローブ。
【請求項７２】
標識されている、請求項６９に記載のプローブ。
【請求項７３】
前記標識が、化学標識、酵素標識、免疫標識、放射性標識、蛍光標識、発光標識およびＦＲＥＴ標識からなる群より選択される、請求項７２に記載のプローブ。
【請求項７４】
Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列のハイブリダイゼーション分析用キットであって：
ａ） 請求項６９に記載のプライマー；および
ｂ） Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトコロナウイルス２２９ＥまたはヒトコロナウイルスＯＣ４３のヌクレオチド配列と前記プローブとの間に形成されたハイブリッドを評価するための手段、
を含んでなる、キット。
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図３】
【図４】
【図５】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【公表番号】特表２００７−５２３５９４（Ｐ２００７−５２３５９４Ａ）
【公表日】平成１９年８月２３日（２００７．８．２３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００５−５０３７９１（Ｐ２００５−５０３７９１）
【出願日】平成１５年７月１４日（２００３．７．１４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＣＮ２００３／０００５６１
【国際公開番号】ＷＯ２００５／００５６５８
【国際公開日】平成１７年１月２０日（２００５．１．２０）
【出願人】（５０４２７８２６０）キャピタルバイオ コーポレーション (10)
【出願人】（５０３０１２２０３）ツィンフア ユニバーシティ (10)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年８月２３日（２００７．８．２３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年７月１４日（２００３．７．１４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＣＮ２００３／０００５６１
【国際公開番号】ＷＯ２００５／００５６５８
【国際公開日】平成１７年１月２０日（２００５．１．２０）
【出願人】（５０４２７８２６０）キャピタルバイオ コーポレーション (10)
【出願人】（５０３０１２２０３）ツィンフア ユニバーシティ (10)
【Ｆターム（参考）】
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