SEC系分泌によって改良された発現系
Sec系分泌シグナルペプチドを用いる、組換えタンパク質を生産するための改良された方法および原核生物の発現系を記載し、シュードモナス・フルオレッセンスのSec分泌系が用いられる。組換えタンパク質およびペプチドの改良された分泌のための融合タンパク質およびコード配列のような、具体的で新規なSec系分泌シグナルペプチドを記載する。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
リン酸結合タンパク質(pbp)分泌シグナル、外膜ポーリンE(OprE)分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択されるシュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)のSec系分泌ペプチドについての分泌シグナルのコード配列か、またはそのコード配列と実質的に相同な配列を含む、単離された核酸配列。
【請求項2】
配列が、リン酸結合タンパク質(pbp)分泌シグナル、またはそのpbpシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項3】
配列が、配列番号:2と少なくとも80%または少なくとも85%同一である、請求項2の核酸。
【請求項4】
配列が、配列番号:2と少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項2の核酸。
【請求項5】
配列が、pbp分泌シグナルをコードする配列、配列番号:2の配列、配列番号:2と少なくとも80%同一な配列、配列番号:2と少なくとも85%同一な配列、配列番号:2と少なくとも90%同一な配列および配列番号:2と少なくとも95%同一な配列から選択される核酸配列にハイブリダイズする、請求項1の核酸。
【請求項6】
核酸配列を発現させるために選択される宿主生物のコドンプレファレンスを反映させるために適応させた配列番号:2の配列を含む、請求項1の核酸。
【請求項7】
配列が、外膜ポーリンE(OprE)分泌シグナル、またはそのOprEシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項8】
配列が、配列番号:4と少なくとも80%同一であるか、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項7の核酸。
【請求項9】
配列が、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項10】
配列が、配列番号:6と少なくとも80%同一であるか、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項9の核酸。
【請求項11】
配列が、アズリン分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項12】
配列が、配列番号:8と少なくとも80%同一であるか、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項11の核酸。
【請求項13】
配列が、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項14】
配列が、配列番号:10と少なくとも80%同一であるか、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項13の核酸。
【請求項15】
配列が、リポタンパク質B分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項16】
配列が、配列番号:12と少なくとも80%同一であるか、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項15の核酸。
【請求項17】
配列が、配列番号:4と少なくとも80%同一な配列、配列番号:6と少なくとも80%同一な配列、配列番号:8と少なくとも80%同一な配列、配列番号:10と少なくとも80%同一な配列および配列番号:12と少なくとも80%同一な配列からなる群より選択される核酸配列にハイブリダイズする、請求項1の核酸。
【請求項18】
核酸配列を発現させるために選択される宿主生物のコドンプレファレンスを反映させるために適応させた核酸配列であって、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10および配列番号:12からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項1の核酸。
【請求項19】
ハイブリダイゼーションがストリンジェントな条件下である、請求項5または17の核酸。
【請求項20】
ハイブリダイゼーションが68℃である、請求項19の核酸。
【請求項21】
pbp分泌シグナル、OprE分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択される、シュードモナス・フルオレッセンスのSec系分泌ペプチドをコードする核酸の分泌シグナル配列;その分泌シグナル配列と実質的に相同な配列;またはその分泌シグナル配列にハイブリダイズする配列を含む、組換えベクター。
【請求項22】
分泌シグナル配列が、配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12および配列番号:12からなる群より選択されるか、またはその分泌シグナル配列と実質的に相同な配列である、請求項21のベクター。
【請求項23】
分泌シグナル配列が、リン酸結合タンパク質(pbp)分泌シグナル、またはそのpbpシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項21のベクター。
【請求項24】
分泌シグナル配列が、配列番号:2と少なくとも80%または少なくとも85%同一である、請求項23のベクター。
【請求項25】
分泌シグナル配列が、配列番号:2と少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項23のベクター。
【請求項26】
核酸配列を発現させるために選択される宿主生物のコドンプレファレンスを反映させるために適応させた配列番号:2の分泌シグナル配列を含む、請求項23のベクター。
【請求項27】
分泌シグナル配列が、外膜ポーリンE(OprE)分泌シグナルをコードするか、または配列がそのシグナル配列と実質的に相同である、請求項21のベクター。
【請求項28】
分泌シグナル配列が、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項21のベクター。
【請求項29】
分泌シグナル配列が、アズリン分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項21のベクター。
【請求項30】
分泌シグナル配列が、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項21のベクター。
【請求項31】
分泌シグナル配列が、リポタンパク質B分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項21のベクター。
【請求項32】
分泌シグナル配列が、配列番号:4と少なくとも80%同一な配列、配列番号:6と少なくとも80%同一な配列、配列番号:8と少なくとも80%同一な配列、配列番号:10と少なくとも80%同一な配列および配列番号:12と少なくとも80%同一な配列からなる群より選択される核酸配列にハイブリダイズする、請求項21のベクター。
【請求項33】
分泌シグナル配列が、核酸配列を発現させるために選択される宿主生物のコドンプレファレンスを反映させるために適応させた配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10および配列番号:12からなる群より選択される、請求項21のベクター。
【請求項34】
分泌シグナル配列にハイブリダイズする配列を含む、請求項21のベクター。
【請求項35】
ハイブリダイゼーションがストリンジェントな条件下である、請求項34のベクター。
【請求項36】
ハイブリダイゼーションが68℃である、請求項35のベクター。
【請求項37】
分泌シグナル配列が機能できるように、関心対象の組換えタンパク質またはペプチドについてコードする配列に結合している、請求項21のベクター。
【請求項38】
組換えタンパク質またはペプチドが宿主を起源とする、請求項37のベクター。
【請求項39】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナス・フルオレッセンスを起源とする、請求項38のベクター。
【請求項40】
組換えタンパク質またはペプチドが、宿主生物を起源としないタンパク質またはペプチドに由来する、請求項37のベクター。
【請求項41】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナス(Pseudomonad)ではない生物に由来する、請求項37のベクター。
【請求項42】
組換えタンパク質またはペプチドが真核生物に由来する、請求項37のベクター。
【請求項43】
組換えタンパク質またはペプチドが哺乳動物に由来する、請求項37のベクター。
【請求項44】
シグナルペプチド配列と、組換えタンパク質またはペプチド配列との間に連結配列をさらに含む、請求項37のベクター。
【請求項45】
連結配列がシグナルペプチダーゼによって切断される、請求項44のベクター。
【請求項46】
組換えタンパク質またはペプチド配列が機能できるように、第二のシグナル配列に結合している、請求項37のベクター。
【請求項47】
第二のシグナル配列が、外膜分泌シグナルを対象とする配列を含む、請求項46のベクター。
【請求項48】
ベクターがプロモーターをさらに含む、請求項21のベクター。
【請求項49】
プロモーターが細菌の宿主細胞を起源とする、請求項48のベクター。
【請求項50】
プロモーターが細菌の宿主細胞を起源としない、請求項48のベクター。
【請求項51】
プロモーターがエシェリキア・コリ(E.coli)を起源とする、請求項48のベクター。
【請求項52】
プロモーターが誘導性プロモーターである、請求項48のベクター。
【請求項53】
プロモーターがlacプロモーターまたはlacプロモーターの誘導体である、請求項48のベクター。
【請求項54】
pbp分泌シグナル、OprE分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択されるシュードモナス・フルオレッセンスのSec系分泌ペプチドをコードする核酸分泌シグナル配列;その分泌シグナル配列と実質的に相同な配列;もしくは分泌シグナル配列にハイブリダイズする配列、またはそのコード配列と実質的に相同な配列を含む、組換え細胞。
【請求項55】
分泌シグナル配列が発現ベクター内に存在する、請求項54の組換え細胞。
【請求項56】
分泌シグナル配列がpbp配列である、請求項54の組換え細胞。
【請求項57】
分泌シグナル配列がOprE配列である、請求項54の組換え細胞。
【請求項58】
分泌シグナル配列が機能できるように、関心対象の組換えタンパク質またはペプチドに結合している、請求項54の組換え細胞。
【請求項59】
細胞が、その核酸によってコードされる分泌シグナルペプチドに機能できるように結合している関心対象のタンパク質またはペプチドを発現する、請求項54の組換え細胞。
【請求項60】
タンパク質またはペプチドがその細胞のペリプラスム領域内で発現する、請求項59の細胞。
【請求項61】
細胞内の酵素が関心対象のタンパク質またはペプチドからシグナルペプチドを切断する、請求項54の細胞。
【請求項62】
細胞が細菌の宿主に由来する、請求項54の細胞。
【請求項63】
宿主がシュードモナスである、請求項62の細胞。
【請求項64】
宿主がシュードモナス・フルオレッセンスである、請求項63の細胞。
【請求項65】
宿主がエシェリキア・コリである、請求項62の細胞。
【請求項66】
pbp分泌シグナル、OprE分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択されるシュードモナス・フルオレッセンスのSec系分泌ペプチドをコードするアミノ酸配列か、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、単離されたペプチド。
【請求項67】
分泌ペプチドが、リン酸結合タンパク質(pbp)分泌シグナルを含むか、またはそのpbpシグナル配列と実質的に相同な配列である、請求項66のペプチド。
【請求項68】
アミノ酸配列が、配列番号:1のアミノ酸2−24と少なくとも90%同一である、請求項66のペプチド。
【請求項69】
アミノ酸配列が、配列番号:1のアミノ酸2−24と少なくとも95%同一である、請求項66のペプチド。
【請求項70】
アミノ酸配列が、配列番号:1のアミノ酸2−24と少なくとも98%同一である、請求項66のペプチド。
【請求項71】
分泌ペプチドが、外膜ポーリンE(OprE)分泌シグナルか、またはそのOprEシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、請求項66のペプチド。
【請求項72】
アミノ酸配列が、配列番号:3のアミノ酸2−21と少なくとも90%同一である、請求項66のペプチド。
【請求項73】
分泌ペプチドが、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナルか、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、請求項66のペプチド。
【請求項74】
分泌ペプチドが、アズリン分泌シグナルか、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、請求項66のペプチド。
【請求項75】
分泌ペプチドが、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルか、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、請求項66のペプチド。
【請求項76】
分泌ペプチドが、リポタンパク質B分泌シグナルか、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、請求項66のペプチド。
【請求項77】
関心対象の組換えタンパク質またはペプチドに機能できるように結合している、請求項66のペプチド。
【請求項78】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナス・フルオレッセンス生物ではない生物に由来する、請求項77のペプチド。
【請求項79】
組換えタンパク質またはペプチドを発現させるための発現系であって:
a.宿主細胞;ならびに
b. pbp分泌シグナル、OprE分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択されるシュードモナス・フルオレッセンスのSec系分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列に、機能できるように結合している組換えタンパク質またはペプチドを含むベクター
を含む発現系。
【請求項80】
分泌シグナル配列がpbp配列である、請求項79の系。
【請求項81】
分泌シグナル配列がOprE配列である、請求項79の系。
【請求項82】
分泌シグナル配列がLys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナルである、請求項79の系。
【請求項83】
分泌シグナル配列がアズリン分泌シグナルである、請求項79の系。
【請求項84】
分泌シグナル配列が鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルである、請求項79の系。
【請求項85】
分泌シグナル配列がリポタンパク質B分泌シグナルである、請求項79の系。
【請求項86】
分泌シグナル配列が機能できるように、関心対象の組換えタンパク質またはペプチドに結合している、請求項79の系。
【請求項87】
細胞が、その核酸によってコードされる分泌シグナルペプチドに機能できるように結合している関心対象のタンパク質またはペプチドを発現する、請求項79の系。
【請求項88】
タンパク質またはペプチドがその細胞のペリプラスム領域内で発現する、請求項87の系。
【請求項89】
細胞内の酵素が関心対象のタンパク質またはペプチドからシグナルペプチドを切断する、請求項87の系。
【請求項90】
細胞が細菌の宿主に由来する、請求項79の系。
【請求項91】
宿主がシュードモナスである、請求項90の系。
【請求項92】
宿主がシュードモナス・フルオレッセンスである、請求項91の系。
【請求項93】
宿主がエシェリキア・コリである、請求項90の系。
【請求項94】
発酵培地をさらに含む、請求項79の系。
【請求項95】
発酵培地がケミカルインデューサーを含む、請求項94の系。
【請求項96】
pbp分泌シグナル、OprE分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択されるシュードモナス・フルオレッセンスのSec系分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列に、機能できるように結合している組換えタンパク質またはペプチドをコードするベクターを含む細胞を提供する工程、ならびにその組換えタンパク質またはペプチドの発現を実現する条件下でその細胞を培養する工程を含む、宿主細胞内で組換えタンパク質またはペプチドを発現させるための方法。
【請求項97】
分泌シグナルがpbp分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項98】
分泌シグナルがOprE分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項99】
分泌シグナルがLys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項100】
分泌シグナルがアズリン分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項101】
分泌シグナルが鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項102】
分泌シグナルがリポタンパク質B分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項103】
細胞を無機塩培地で培養する、請求項96の方法。
【請求項104】
細胞を高い細胞密度で培養する、請求項96の方法。
【請求項105】
細胞を少なくとも20g/Lの細胞密度で培養する、請求項104の方法。
【請求項106】
組換えタンパク質を精製する工程をさらに含む、請求項96の方法。
【請求項107】
アフィニティークロマトグラフィーによって組換えタンパク質を精製する、請求項96の方法。
【請求項108】
組換えタンパク質と分泌シグナルとの機能的な連結が、宿主細胞を起源とする酵素によって切断され得る、請求項96の方法。
【請求項109】
発現の間に組換えタンパク質から分泌シグナルが切断される、請求項109の方法。
【請求項110】
組換えタンパク質またはペプチドが宿主生物を起源とするタンパク質またはペプチドに由来する、請求項96の方法。
【請求項111】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナス・フルオレッセンス生物を起源とするタンパク質またはペプチドに由来する、請求項96の方法。
【請求項112】
組換えタンパク質またはペプチドが宿主生物を起源としないタンパク質またはペプチドに由来する、請求項96の方法。
【請求項113】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナスではない生物に由来する、請求項96の方法。
【請求項114】
組換えタンパク質またはペプチドが真核生物に由来する、請求項96の方法。
【請求項115】
組換えタンパク質が少なくとも二つのシステイン残基を含む配列を含む、請求項96の方法。
【請求項116】
細胞内の組換えタンパク質において少なくとも一つのジスルフィド結合が形成される、請求項96の方法。
【請求項117】
シグナルペプチド配列と、組換えタンパク質配列またはペプチド配列との間に連結配列をさらに含む、請求項96の方法。
【請求項118】
少なくとも50%の組換えタンパク質が天然のアミノ末端を含む、請求項96の方法。
【請求項119】
少なくとも80%の組換えタンパク質が天然のアミノ末端を含む、請求項96の方法。
【請求項120】
少なくとも90%の組換えタンパク質が天然のアミノ末端を含む、請求項96の方法。
【請求項121】
少なくとも50%の組換えタンパク質が活性である、請求項96の方法。
【請求項122】
少なくとも80%の組換えタンパク質が活性である、請求項96の方法。
【請求項123】
少なくとも50%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項96の方法。
【請求項124】
少なくとも75%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項96の方法。
【請求項125】
少なくとも90%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項96の方法。
【請求項126】
細胞がシュードモナス細胞である、請求項96の方法。
【請求項127】
細胞がシュードモナス・フルオレッセンス細胞である、請求項126の方法。
【請求項128】
細胞がエシェリキア・コリ細胞である、請求項96の方法。
【請求項129】
組換えSec系分泌シグナル配列に機能できるように結合している組換えタンパク質またはペプチドをコードするベクターを含むシュードモナス・フルオレッセンス細胞を提供する工程、ならびにそのタンパク質またはペプチドの発現を実現する条件下でその細胞を培養する工程を含む、シュードモナス・フルオレッセンス宿主細胞内での組換えタンパク質の改良された発現のための方法。
【請求項130】
シグナル配列がシュードモナス・フルオレッセンスのゲノムに由来する、請求項129の方法。
【請求項131】
シグナル配列がシュードモナス・フルオレッセンスのゲノムに由来しない、請求項129の方法。
【請求項132】
シグナル配列がエシェリキア・コリのゲノムに由来する、請求項129の方法。
【請求項133】
細胞を無機塩培地で培養する、請求項129の方法。
【請求項134】
細胞を高い細胞密度で培養する、請求項129の方法。
【請求項135】
細胞を少なくとも20g/Lの細胞密度で培養する、請求項134の方法。
【請求項136】
組換えタンパク質を精製する工程をさらに含む、請求項129の方法。
【請求項137】
アフィニティークロマトグラフィーによって組換えタンパク質を精製する、請求項136の方法。
【請求項138】
組換えタンパク質と分泌シグナルとの機能的な連結が、宿主細胞を起源とする酵素によって切断され得る、請求項129の方法。
【請求項139】
発現の間に組換えタンパク質から分泌シグナルが切断される、請求項138の方法。
【請求項140】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナス生物に由来する、請求項129の方法。
【請求項141】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナスではない生物に由来する、請求項129の方法。
【請求項142】
組換えタンパク質またはペプチドが真核生物に由来する、請求項129の方法。
【請求項143】
組換えタンパク質が、少なくとも二つのシステイン残基を含む配列を含む、請求項129の方法。
【請求項144】
細胞内の組換えタンパク質において少なくとも一つのジスルフィド結合が形成される、請求項129の方法。
【請求項145】
シグナルペプチド配列と、組換えタンパク質配列またはペプチド配列との間に連結配列をさらに含む、請求項129の方法。
【請求項146】
少なくとも50%の組換えタンパク質が天然のアミノ末端を含む、請求項129の方法。
【請求項147】
少なくとも80%の組換えタンパク質が活性である、請求項129の方法。
【請求項148】
少なくとも90%の組換えタンパク質が活性である、請求項129の方法。
【請求項149】
少なくとも50%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項129の方法。
【請求項150】
少なくとも75%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項129の方法。
【請求項151】
少なくとも90%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項129の方法。
【請求項1】
リン酸結合タンパク質(pbp)分泌シグナル、外膜ポーリンE(OprE)分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択されるシュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)のSec系分泌ペプチドについての分泌シグナルのコード配列か、またはそのコード配列と実質的に相同な配列を含む、単離された核酸配列。
【請求項2】
配列が、リン酸結合タンパク質(pbp)分泌シグナル、またはそのpbpシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項3】
配列が、配列番号:2と少なくとも80%または少なくとも85%同一である、請求項2の核酸。
【請求項4】
配列が、配列番号:2と少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項2の核酸。
【請求項5】
配列が、pbp分泌シグナルをコードする配列、配列番号:2の配列、配列番号:2と少なくとも80%同一な配列、配列番号:2と少なくとも85%同一な配列、配列番号:2と少なくとも90%同一な配列および配列番号:2と少なくとも95%同一な配列から選択される核酸配列にハイブリダイズする、請求項1の核酸。
【請求項6】
核酸配列を発現させるために選択される宿主生物のコドンプレファレンスを反映させるために適応させた配列番号:2の配列を含む、請求項1の核酸。
【請求項7】
配列が、外膜ポーリンE(OprE)分泌シグナル、またはそのOprEシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項8】
配列が、配列番号:4と少なくとも80%同一であるか、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項7の核酸。
【請求項9】
配列が、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項10】
配列が、配列番号:6と少なくとも80%同一であるか、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項9の核酸。
【請求項11】
配列が、アズリン分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項12】
配列が、配列番号:8と少なくとも80%同一であるか、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項11の核酸。
【請求項13】
配列が、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項14】
配列が、配列番号:10と少なくとも80%同一であるか、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項13の核酸。
【請求項15】
配列が、リポタンパク質B分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項1の核酸。
【請求項16】
配列が、配列番号:12と少なくとも80%同一であるか、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項15の核酸。
【請求項17】
配列が、配列番号:4と少なくとも80%同一な配列、配列番号:6と少なくとも80%同一な配列、配列番号:8と少なくとも80%同一な配列、配列番号:10と少なくとも80%同一な配列および配列番号:12と少なくとも80%同一な配列からなる群より選択される核酸配列にハイブリダイズする、請求項1の核酸。
【請求項18】
核酸配列を発現させるために選択される宿主生物のコドンプレファレンスを反映させるために適応させた核酸配列であって、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10および配列番号:12からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項1の核酸。
【請求項19】
ハイブリダイゼーションがストリンジェントな条件下である、請求項5または17の核酸。
【請求項20】
ハイブリダイゼーションが68℃である、請求項19の核酸。
【請求項21】
pbp分泌シグナル、OprE分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択される、シュードモナス・フルオレッセンスのSec系分泌ペプチドをコードする核酸の分泌シグナル配列;その分泌シグナル配列と実質的に相同な配列;またはその分泌シグナル配列にハイブリダイズする配列を含む、組換えベクター。
【請求項22】
分泌シグナル配列が、配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12および配列番号:12からなる群より選択されるか、またはその分泌シグナル配列と実質的に相同な配列である、請求項21のベクター。
【請求項23】
分泌シグナル配列が、リン酸結合タンパク質(pbp)分泌シグナル、またはそのpbpシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項21のベクター。
【請求項24】
分泌シグナル配列が、配列番号:2と少なくとも80%または少なくとも85%同一である、請求項23のベクター。
【請求項25】
分泌シグナル配列が、配列番号:2と少なくとも90%または少なくとも95%同一である、請求項23のベクター。
【請求項26】
核酸配列を発現させるために選択される宿主生物のコドンプレファレンスを反映させるために適応させた配列番号:2の分泌シグナル配列を含む、請求項23のベクター。
【請求項27】
分泌シグナル配列が、外膜ポーリンE(OprE)分泌シグナルをコードするか、または配列がそのシグナル配列と実質的に相同である、請求項21のベクター。
【請求項28】
分泌シグナル配列が、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項21のベクター。
【請求項29】
分泌シグナル配列が、アズリン分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項21のベクター。
【請求項30】
分泌シグナル配列が、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項21のベクター。
【請求項31】
分泌シグナル配列が、リポタンパク質B分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同である配列をコードする、請求項21のベクター。
【請求項32】
分泌シグナル配列が、配列番号:4と少なくとも80%同一な配列、配列番号:6と少なくとも80%同一な配列、配列番号:8と少なくとも80%同一な配列、配列番号:10と少なくとも80%同一な配列および配列番号:12と少なくとも80%同一な配列からなる群より選択される核酸配列にハイブリダイズする、請求項21のベクター。
【請求項33】
分泌シグナル配列が、核酸配列を発現させるために選択される宿主生物のコドンプレファレンスを反映させるために適応させた配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10および配列番号:12からなる群より選択される、請求項21のベクター。
【請求項34】
分泌シグナル配列にハイブリダイズする配列を含む、請求項21のベクター。
【請求項35】
ハイブリダイゼーションがストリンジェントな条件下である、請求項34のベクター。
【請求項36】
ハイブリダイゼーションが68℃である、請求項35のベクター。
【請求項37】
分泌シグナル配列が機能できるように、関心対象の組換えタンパク質またはペプチドについてコードする配列に結合している、請求項21のベクター。
【請求項38】
組換えタンパク質またはペプチドが宿主を起源とする、請求項37のベクター。
【請求項39】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナス・フルオレッセンスを起源とする、請求項38のベクター。
【請求項40】
組換えタンパク質またはペプチドが、宿主生物を起源としないタンパク質またはペプチドに由来する、請求項37のベクター。
【請求項41】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナス(Pseudomonad)ではない生物に由来する、請求項37のベクター。
【請求項42】
組換えタンパク質またはペプチドが真核生物に由来する、請求項37のベクター。
【請求項43】
組換えタンパク質またはペプチドが哺乳動物に由来する、請求項37のベクター。
【請求項44】
シグナルペプチド配列と、組換えタンパク質またはペプチド配列との間に連結配列をさらに含む、請求項37のベクター。
【請求項45】
連結配列がシグナルペプチダーゼによって切断される、請求項44のベクター。
【請求項46】
組換えタンパク質またはペプチド配列が機能できるように、第二のシグナル配列に結合している、請求項37のベクター。
【請求項47】
第二のシグナル配列が、外膜分泌シグナルを対象とする配列を含む、請求項46のベクター。
【請求項48】
ベクターがプロモーターをさらに含む、請求項21のベクター。
【請求項49】
プロモーターが細菌の宿主細胞を起源とする、請求項48のベクター。
【請求項50】
プロモーターが細菌の宿主細胞を起源としない、請求項48のベクター。
【請求項51】
プロモーターがエシェリキア・コリ(E.coli)を起源とする、請求項48のベクター。
【請求項52】
プロモーターが誘導性プロモーターである、請求項48のベクター。
【請求項53】
プロモーターがlacプロモーターまたはlacプロモーターの誘導体である、請求項48のベクター。
【請求項54】
pbp分泌シグナル、OprE分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択されるシュードモナス・フルオレッセンスのSec系分泌ペプチドをコードする核酸分泌シグナル配列;その分泌シグナル配列と実質的に相同な配列;もしくは分泌シグナル配列にハイブリダイズする配列、またはそのコード配列と実質的に相同な配列を含む、組換え細胞。
【請求項55】
分泌シグナル配列が発現ベクター内に存在する、請求項54の組換え細胞。
【請求項56】
分泌シグナル配列がpbp配列である、請求項54の組換え細胞。
【請求項57】
分泌シグナル配列がOprE配列である、請求項54の組換え細胞。
【請求項58】
分泌シグナル配列が機能できるように、関心対象の組換えタンパク質またはペプチドに結合している、請求項54の組換え細胞。
【請求項59】
細胞が、その核酸によってコードされる分泌シグナルペプチドに機能できるように結合している関心対象のタンパク質またはペプチドを発現する、請求項54の組換え細胞。
【請求項60】
タンパク質またはペプチドがその細胞のペリプラスム領域内で発現する、請求項59の細胞。
【請求項61】
細胞内の酵素が関心対象のタンパク質またはペプチドからシグナルペプチドを切断する、請求項54の細胞。
【請求項62】
細胞が細菌の宿主に由来する、請求項54の細胞。
【請求項63】
宿主がシュードモナスである、請求項62の細胞。
【請求項64】
宿主がシュードモナス・フルオレッセンスである、請求項63の細胞。
【請求項65】
宿主がエシェリキア・コリである、請求項62の細胞。
【請求項66】
pbp分泌シグナル、OprE分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択されるシュードモナス・フルオレッセンスのSec系分泌ペプチドをコードするアミノ酸配列か、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、単離されたペプチド。
【請求項67】
分泌ペプチドが、リン酸結合タンパク質(pbp)分泌シグナルを含むか、またはそのpbpシグナル配列と実質的に相同な配列である、請求項66のペプチド。
【請求項68】
アミノ酸配列が、配列番号:1のアミノ酸2−24と少なくとも90%同一である、請求項66のペプチド。
【請求項69】
アミノ酸配列が、配列番号:1のアミノ酸2−24と少なくとも95%同一である、請求項66のペプチド。
【請求項70】
アミノ酸配列が、配列番号:1のアミノ酸2−24と少なくとも98%同一である、請求項66のペプチド。
【請求項71】
分泌ペプチドが、外膜ポーリンE(OprE)分泌シグナルか、またはそのOprEシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、請求項66のペプチド。
【請求項72】
アミノ酸配列が、配列番号:3のアミノ酸2−21と少なくとも90%同一である、請求項66のペプチド。
【請求項73】
分泌ペプチドが、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナルか、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、請求項66のペプチド。
【請求項74】
分泌ペプチドが、アズリン分泌シグナルか、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、請求項66のペプチド。
【請求項75】
分泌ペプチドが、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルか、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、請求項66のペプチド。
【請求項76】
分泌ペプチドが、リポタンパク質B分泌シグナルか、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列を含む、請求項66のペプチド。
【請求項77】
関心対象の組換えタンパク質またはペプチドに機能できるように結合している、請求項66のペプチド。
【請求項78】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナス・フルオレッセンス生物ではない生物に由来する、請求項77のペプチド。
【請求項79】
組換えタンパク質またはペプチドを発現させるための発現系であって:
a.宿主細胞;ならびに
b. pbp分泌シグナル、OprE分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択されるシュードモナス・フルオレッセンスのSec系分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列に、機能できるように結合している組換えタンパク質またはペプチドを含むベクター
を含む発現系。
【請求項80】
分泌シグナル配列がpbp配列である、請求項79の系。
【請求項81】
分泌シグナル配列がOprE配列である、請求項79の系。
【請求項82】
分泌シグナル配列がLys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナルである、請求項79の系。
【請求項83】
分泌シグナル配列がアズリン分泌シグナルである、請求項79の系。
【請求項84】
分泌シグナル配列が鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルである、請求項79の系。
【請求項85】
分泌シグナル配列がリポタンパク質B分泌シグナルである、請求項79の系。
【請求項86】
分泌シグナル配列が機能できるように、関心対象の組換えタンパク質またはペプチドに結合している、請求項79の系。
【請求項87】
細胞が、その核酸によってコードされる分泌シグナルペプチドに機能できるように結合している関心対象のタンパク質またはペプチドを発現する、請求項79の系。
【請求項88】
タンパク質またはペプチドがその細胞のペリプラスム領域内で発現する、請求項87の系。
【請求項89】
細胞内の酵素が関心対象のタンパク質またはペプチドからシグナルペプチドを切断する、請求項87の系。
【請求項90】
細胞が細菌の宿主に由来する、請求項79の系。
【請求項91】
宿主がシュードモナスである、請求項90の系。
【請求項92】
宿主がシュードモナス・フルオレッセンスである、請求項91の系。
【請求項93】
宿主がエシェリキア・コリである、請求項90の系。
【請求項94】
発酵培地をさらに含む、請求項79の系。
【請求項95】
発酵培地がケミカルインデューサーを含む、請求項94の系。
【請求項96】
pbp分泌シグナル、OprE分泌シグナル、Lys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナル、アズリン分泌シグナル、鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルおよびリポタンパク質B分泌シグナルからなる群より選択されるシュードモナス・フルオレッセンスのSec系分泌シグナル、またはそのシグナル配列と実質的に相同な配列に、機能できるように結合している組換えタンパク質またはペプチドをコードするベクターを含む細胞を提供する工程、ならびにその組換えタンパク質またはペプチドの発現を実現する条件下でその細胞を培養する工程を含む、宿主細胞内で組換えタンパク質またはペプチドを発現させるための方法。
【請求項97】
分泌シグナルがpbp分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項98】
分泌シグナルがOprE分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項99】
分泌シグナルがLys−Arg−Orn結合タンパク質分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項100】
分泌シグナルがアズリン分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項101】
分泌シグナルが鉄(III)結合タンパク質分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項102】
分泌シグナルがリポタンパク質B分泌シグナルである、請求項96の方法。
【請求項103】
細胞を無機塩培地で培養する、請求項96の方法。
【請求項104】
細胞を高い細胞密度で培養する、請求項96の方法。
【請求項105】
細胞を少なくとも20g/Lの細胞密度で培養する、請求項104の方法。
【請求項106】
組換えタンパク質を精製する工程をさらに含む、請求項96の方法。
【請求項107】
アフィニティークロマトグラフィーによって組換えタンパク質を精製する、請求項96の方法。
【請求項108】
組換えタンパク質と分泌シグナルとの機能的な連結が、宿主細胞を起源とする酵素によって切断され得る、請求項96の方法。
【請求項109】
発現の間に組換えタンパク質から分泌シグナルが切断される、請求項109の方法。
【請求項110】
組換えタンパク質またはペプチドが宿主生物を起源とするタンパク質またはペプチドに由来する、請求項96の方法。
【請求項111】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナス・フルオレッセンス生物を起源とするタンパク質またはペプチドに由来する、請求項96の方法。
【請求項112】
組換えタンパク質またはペプチドが宿主生物を起源としないタンパク質またはペプチドに由来する、請求項96の方法。
【請求項113】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナスではない生物に由来する、請求項96の方法。
【請求項114】
組換えタンパク質またはペプチドが真核生物に由来する、請求項96の方法。
【請求項115】
組換えタンパク質が少なくとも二つのシステイン残基を含む配列を含む、請求項96の方法。
【請求項116】
細胞内の組換えタンパク質において少なくとも一つのジスルフィド結合が形成される、請求項96の方法。
【請求項117】
シグナルペプチド配列と、組換えタンパク質配列またはペプチド配列との間に連結配列をさらに含む、請求項96の方法。
【請求項118】
少なくとも50%の組換えタンパク質が天然のアミノ末端を含む、請求項96の方法。
【請求項119】
少なくとも80%の組換えタンパク質が天然のアミノ末端を含む、請求項96の方法。
【請求項120】
少なくとも90%の組換えタンパク質が天然のアミノ末端を含む、請求項96の方法。
【請求項121】
少なくとも50%の組換えタンパク質が活性である、請求項96の方法。
【請求項122】
少なくとも80%の組換えタンパク質が活性である、請求項96の方法。
【請求項123】
少なくとも50%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項96の方法。
【請求項124】
少なくとも75%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項96の方法。
【請求項125】
少なくとも90%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項96の方法。
【請求項126】
細胞がシュードモナス細胞である、請求項96の方法。
【請求項127】
細胞がシュードモナス・フルオレッセンス細胞である、請求項126の方法。
【請求項128】
細胞がエシェリキア・コリ細胞である、請求項96の方法。
【請求項129】
組換えSec系分泌シグナル配列に機能できるように結合している組換えタンパク質またはペプチドをコードするベクターを含むシュードモナス・フルオレッセンス細胞を提供する工程、ならびにそのタンパク質またはペプチドの発現を実現する条件下でその細胞を培養する工程を含む、シュードモナス・フルオレッセンス宿主細胞内での組換えタンパク質の改良された発現のための方法。
【請求項130】
シグナル配列がシュードモナス・フルオレッセンスのゲノムに由来する、請求項129の方法。
【請求項131】
シグナル配列がシュードモナス・フルオレッセンスのゲノムに由来しない、請求項129の方法。
【請求項132】
シグナル配列がエシェリキア・コリのゲノムに由来する、請求項129の方法。
【請求項133】
細胞を無機塩培地で培養する、請求項129の方法。
【請求項134】
細胞を高い細胞密度で培養する、請求項129の方法。
【請求項135】
細胞を少なくとも20g/Lの細胞密度で培養する、請求項134の方法。
【請求項136】
組換えタンパク質を精製する工程をさらに含む、請求項129の方法。
【請求項137】
アフィニティークロマトグラフィーによって組換えタンパク質を精製する、請求項136の方法。
【請求項138】
組換えタンパク質と分泌シグナルとの機能的な連結が、宿主細胞を起源とする酵素によって切断され得る、請求項129の方法。
【請求項139】
発現の間に組換えタンパク質から分泌シグナルが切断される、請求項138の方法。
【請求項140】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナス生物に由来する、請求項129の方法。
【請求項141】
組換えタンパク質またはペプチドがシュードモナスではない生物に由来する、請求項129の方法。
【請求項142】
組換えタンパク質またはペプチドが真核生物に由来する、請求項129の方法。
【請求項143】
組換えタンパク質が、少なくとも二つのシステイン残基を含む配列を含む、請求項129の方法。
【請求項144】
細胞内の組換えタンパク質において少なくとも一つのジスルフィド結合が形成される、請求項129の方法。
【請求項145】
シグナルペプチド配列と、組換えタンパク質配列またはペプチド配列との間に連結配列をさらに含む、請求項129の方法。
【請求項146】
少なくとも50%の組換えタンパク質が天然のアミノ末端を含む、請求項129の方法。
【請求項147】
少なくとも80%の組換えタンパク質が活性である、請求項129の方法。
【請求項148】
少なくとも90%の組換えタンパク質が活性である、請求項129の方法。
【請求項149】
少なくとも50%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項129の方法。
【請求項150】
少なくとも75%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項129の方法。
【請求項151】
少なくとも90%の組換えタンパク質がペリプラスム領域内で発現する、請求項129の方法。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【公表番号】特表2007−512028(P2007−512028A)
【公表日】平成19年5月17日(2007.5.17)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2006−541651(P2006−541651)
【出願日】平成16年11月22日(2004.11.22)
【国際出願番号】PCT/US2004/039316
【国際公開番号】WO2005/089093
【国際公開日】平成17年9月29日(2005.9.29)
【出願人】(502141050)ダウ グローバル テクノロジーズ インコーポレイティド (1,383)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成19年5月17日(2007.5.17)
【国際特許分類】
【出願日】平成16年11月22日(2004.11.22)
【国際出願番号】PCT/US2004/039316
【国際公開番号】WO2005/089093
【国際公開日】平成17年9月29日(2005.9.29)
【出願人】(502141050)ダウ グローバル テクノロジーズ インコーポレイティド (1,383)
【Fターム(参考)】
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