【課題】従来技術の問題点を解決するオリゴマーの末端部分を配列決定するための方法の提供。
【解決手段】以下の工程を包含する、オリゴマーの末端部分を配列決定するための方法：（ａ）オリゴマーの末端に標識を共有結合させそして標識されたオリゴマーを形成するように、該オリゴマーを標識部分と接触させる工程であって、該標識部分は、１７から７７までの原子番号を有している少なくとも１つの元素を含有しており、ただし該元素はイオウまたはリン以外である、工程（ｂ）標識されたオリゴマーフラグメントを生じるように、酵素的、化学分解、または質量分析フラグメンテーション法を使用して、該標識されたオリゴマーをフラグメンテーションする工程；および（ｃ）少なくとも２つの末端残基の配列を決定するために、質量分析フラグメンテーション方法を使用して、該標識されたオリゴマーフラグメントを分析する工程。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプル中の標識された分子または標識された分子のフラグメントの質量と標識されていない分子または標識されていない分子のフラグメントの質量を識別するための方法であって、ここで、該標識された分子または標識された分子のフラグメントの質量と該標識されていない分子または標識されていない分子のフラグメントの質量は、１原子質量単位（ａｍｕ）未満の違いがあり、該方法は、以下の工程：
（ａ）質量分析計を使用することにより、該標識された分子または標識された分子のフラグメントの質量および該標識されていない分子または標識されていない分子のフラグメントの質量の質量スペクトルを蓄積する工程であって、ここで、該該標識された分子または標識された分子のフラグメントが、標識部分で標識されており、ここで、該標識部分は、１７〜７７の原子番号を有している少なくとも１つの質量欠損元素を含んでいる、工程；ならびに
（ｂ）該標識部分の核結合エネルギーに基づいて、該標識された分子または標識された分子のフラグメントの質量と該標識されていない分子または標識されていない分子のフラグメントの質量を識別する工程
を包含する、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記標識部分が、原子番号３５〜６３の少なくとも１つの質量欠損元素を含む、方法。
【請求項３】
請求項２に記載の方法であって、前記標識部分が、原子番号３９〜５８の少なくとも１つの質量欠損元素を含む、方法。
【請求項４】
請求項２に記載の方法であって、前記標識部分が、臭素、ヨウ素、ユーロピウム、およびイットリウムからなる群より選択される少なくとも１つの質量欠損元素を含む、方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、前記質量欠損元素が、ユーロピウムである、方法。
【請求項６】
請求項４に記載の方法であって、前記質量欠損元素が、イットリウムである、方法。
【請求項７】
請求項４に記載の方法であって、前記質量欠損元素が、臭素である、方法。
【請求項８】
請求項４に記載の方法であって、前記質量欠損元素が、ヨウ素である、方法。
【請求項９】
請求項１に記載の方法であって、前記標識分子および前記標識分子フラグメントが、標識オリゴマーフラグメントである、方法。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法であって、ここで、前記標識オリゴマーが、標識タンパク質、標識オリゴヌクレオチド、標識オリゴサッカリド、標識脂質および合成物の標識ポリマーからなる群より選択される標識オリゴマーフラグメントが、標識タンパク質フラグメント、標識オリゴヌクレオチドフラグメント、標識オリゴサッカリドフラグメント、標識脂質フラグメント、および合成物フラグメントの標識ポリマーからなる群より選択される、方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法であって、前記合成物の標識ポリマーは、標識アクリレート、標識メタクリエート、標識ナイロン、標識ポリエステル、標識ピリミジン、標識ニトリルゴム、および標識ポリオレフィン、標識アクリレートフラグメント、標識メタクリエートフラグメント、標識ナイロンフラグメント、標識ポリエステルフラグメント、標識ポリイミドフラグメント、標識ニトリルゴムフラグメント、および標識ポリオレフィンフラグメントからなる群より選択される、方法。
【請求項１２】
請求項９に記載の方法であって、前記標識オリゴマーは、標識オリゴヌクレオチドであり、該標識オリゴマーフラグメントが、標識オリゴヌクレオチドフラグメントである、方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法であって、各々の異なる番号の質量欠損元素で標識されてた数個の標識分子が前記質量スペクトルの蓄積の前に混合される、方法。
【請求項１４】
請求項９に記載の方法であって、前記標識オリゴマーフラグメントが、酵素的方法、化学分解法、または質量分析断片化法を使用して生成される、方法。
【請求項１５】
請求項１４に記載の方法であって、前記質量分析計の断片化法が、インソース衝突勇気解離、および衝突セル衝突誘起解離から選択される、方法。
【請求項１６】
請求項１に記載の方法であって、数個の標識分子において、異なる番号の安定同位体が、前記質量スペクトルの蓄積の前に、混合される、方法。
【請求項１７】
請求項１６に記載の方法であって、ここで、前記安定同位体が、独立して、Ｈ、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｃｌ、ＢｒおよびＳの同位体からなる群より選択される、方法。
【請求項１８】
請求項１６に記載の方法であって、前記安定同位体が、^７９Ｂｒおよび^８１Ｂｒから独立して選択される、方法。
【請求項１９】
請求項１に記載の方法であって、前記サンプルが、コンビナトリアルライブラリーとして生成された分子の複合混合物を含む、方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８−１】

【図８−２】

【図８−３】

【図９】

【図１０】

【図１１−１】

【図１１−２】

【図１１−３】

【図１２−１】

【図１２−２】

【図１２−３】

【図１３−１】

【図１３−２】

【図１４−１】

【図１４−２】

【図１５−１】

【図１５−２】

【図１６】

【図１７】

【図１８Ａ】

【図１８Ｂ】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【公開番号】特開２００７−１７８４４３（Ｐ２００７−１７８４４３Ａ）
【公開日】平成１９年７月１２日（２００７．７．１２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５０８６５（Ｐ２００７−５０８６５）
【出願日】平成１９年２月２８日（２００７．２．２８）
【分割の表示】特願２００２−５６６６２７（Ｐ２００２−５６６６２７）の分割
【原出願日】平成１３年１０月１９日（２００１．１０．１９）
【出願人】（５０１４０７５８４）ターゲット　ディスカバリー，　インコーポレイテッド (2)
【Ｆターム（参考）】