抗体、ポリペプチドおよび有機分子を含む組成物、キット、ならびに、例えば共鳴エネルギー移動（ＲＥＴ）を用いて、分子相互作用（例えば、脱ユビキネーション、ユビキネーションおよびキナーゼ活性）を探索する方法が提供される。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の段階を含む、化合物が翻訳後修飾のモジュレータであるか否かを判定する方法：
ａ）化合物と少なくとも１つの融合タンパク質を発現している細胞とを接触させて被験試料を生成させる段階であって、融合タンパク質が第１の標識および翻訳後修飾のための基質を含む段階；
ｂ）翻訳後修飾のための適切な条件下で被験試料をインキュベートする段階；
ｃ）（ｂ）の前、間、または後に、翻訳後修飾の有無に基づいて、被験試料を少なくとも１つの融合タンパク質への弁別結合を示す結合パートナーと接触させる段階であって、結合パートナーが第２の標識を含み、第１および第２の標識が共鳴エネルギー移動（ＲＥＴ）ペアである段階；および
ｄ）被験試料を少なくとも１つの波長の光に曝露する段階；ならびに
ｅ）被験試料からの蛍光発光を測定する段階。
【請求項２】
以下の段階を含む、少なくとも１つの化合物のキナーゼ活性を測定する方法：
ａ）少なくとも１つの化合物と少なくとも１つの融合タンパク質とを接触させて被験試料を生成させる段階であって、融合タンパク質が蛍光ポリペプチドおよびキナーゼ基質ポリペプチドを含む段階；
ｂ）キナーゼ活性のための適切な条件下で被験試料をインキュベートする段階；
ｃ）（ｂ）の前、間、または後に、被験試料を標識を含む結合分子と接触させる段階であって、結合分子が非リン酸化基質またはリン酸化基質のいずれかを含有する少なくとも１つの融合タンパク質に特異的に結合し、かつ蛍光ポリペプチドおよび標識がＲＥＴペアである段階；
ｄ）被験試料を少なくとも１つの波長の光に曝露する段階；ならびに
ｅ）被験試料からの蛍光発光を測定する段階。
【請求項３】
以下の段階を含む、少なくとも１つの化合物の脱ユビキネーション活性を測定する方法：
ａ）化合物と少なくとも１つの融合タンパク質とを接触させて被験試料を生成させる段階であって、
少なくとも１つの融合タンパク質が以下を含み：
ｉ）蛍光ポリペプチド；
ｉｉ）脱ユビキネーション酵素ポリペプチド基質；および
ｉｉｉ）標識、
蛍光ポリペプチドおよび標識がＲＥＴペアであり、脱ユビキネーション酵素ポリペプチド基質の切断により（ｉ）および（ｉｉｉ）の間の共鳴エネルギー移動が減少する段階；
ｂ）被験試料を少なくとも１つの波長の光に曝露する段階；ならびに
ｃ）被験試料からの蛍光発光を測定する段階。
【請求項４】
以下の段階を含む、少なくとも１つの化合物がキナーゼ活性を調節するか否かを判定する方法：
ａ）少なくとも１つの化合物、少なくとも１つのキナーゼ、および少なくとも１つの融合タンパク質を接触させて被験試料を生成させる段階であって、融合タンパク質が蛍光ポリペプチドおよびキナーゼ基質ポリペプチドを含む段階；
ｂ）キナーゼ活性に適切な条件下で被験試料をインキュベートする段階；
ｃ）（ｂ）の前、間、または後に、被験試料を標識を含む結合分子と接触させる段階であって、結合分子が非リン酸化基質またはリン酸化基質のいずれかを含有する少なくとも１つの融合タンパク質と特異的に結合し、かつ蛍光ポリペプチドおよび標識がＲＥＴペアである段階；
ｄ）被験試料を少なくとも１つの波長の光に曝露する段階；ならびに
ｅ）被験試料からの蛍光発光を測定する段階。
【請求項５】
以下の段階を含む、少なくとも１つの化合物が脱ユビキネーション活性を調節するか否かを判定する方法：
ａ）少なくとも１つの化合物、少なくとも１つの脱ユビキネーション酵素および少なくとも１つの融合タンパク質を接触させて被験試料を生成させる段階であって、
融合タンパク質が、以下を含み：
ｉ）蛍光ポリペプチド；
ｉｉ）脱ユビキネーション酵素ポリペプチド基質；および
ｉｉｉ）標識、
蛍光ポリペプチドおよび標識がＲＥＴペアであり、脱ユビキネーション酵素ポリペプチド基質の切断により（ｉ）および（ｉｉｉ）の間の共鳴エネルギー移動が減少する段階；
ｂ）被験試料を少なくとも１つの波長の光に曝露する段階；ならびに
ｃ）被験試料からの蛍光発光を測定する段階。
【請求項６】
ａ）パッケージ材料；
ｂ）蛍光ポリペプチドおよびキナーゼ基質ポリペプチドを含む少なくとも１つの融合タンパク質；ならびに
ｃ）標識を含む少なくとも１つの結合分子
を含む、製品であって、
蛍光ポリペプチドおよび標識がＲＥＴペアである、製品。
【請求項７】
ａ）パッケージ材料；ならびに
ｂ）ｉ）蛍光ポリペプチド；
ｉｉ）脱ユビキネーション酵素ポリペプチド基質；および
ｉｉｉ）標識を含む少なくとも１つの融合タンパク質
を含む、製品であって、
蛍光ポリペプチドおよび標識がＲＥＴペアであり、脱ユビキネーション酵素ポリペプチド基質の切断により（ｉ）および（ｉｉｉ）の間の共鳴エネルギー移動が減少する、製品。
【請求項８】
ｉ）蛍光ポリペプチド；
ｉｉ）脱ユビキネーション酵素ポリペプチド基質；および
ｉｉｉ）標識
を含む、融合タンパク質であって、
蛍光ポリペプチドおよび標識がＲＥＴペアであり、脱ユビキネーション酵素ポリペプチド基質の切断により（ｉ）および（ｉｉｉ）の間の共鳴エネルギー移動が減少する融合タンパク質。
【請求項９】
以下の段階を含む、少なくとも１つの化合物のユビキチン化活性を測定する方法：
ａ）少なくとも１つの化合物を、少なくとも１つのタンパク質および少なくとも２集団のユビキトンを接触させて被験試料を生成させる段階であって、１集団のユビキトンがＲＥＴペアのためのアクセプター部分を含み、もう１つの集団がＲＥＴペアのためのドナー部分で標識されている段階；
ｂ）被験試料を少なくとも１つの波長の光に曝露する段階；および
ｃ）被験試料からの蛍光発光を測定する段階。
【請求項１０】
以下の段階を含む、少なくとも１つの化合物がユビキチン化活性を調節するか否かを判定する方法：
ａ）少なくとも１つの化合物、少なくとも１つのタンパク質および少なくとも２集団のユビキトンを接触させて被験試料を生成させる段階であって、１集団のユビキトンがＲＥＴペアのためのアクセプター部分を含み、もう１つの集団がＲＥＴペアのためのドナー部分で標識されている段階；
ｂ）被験試料を少なくとも１つの波長の光に曝露する段階；ならびに
ｃ）被験試料からの蛍光発光を測定する段階。
【請求項１１】
ａ）パッケージ材料；および
ｂ）少なくとも２集団のユビキチン
を含む、製品であって、
１集団のユビキチンがＲＥＴペアのためのアクセプター部分を含み、もう１つの集団がＲＥＴペアのためのドナー部分で標識されている、製品。
【請求項１２】
以下の段階を含む、少なくとも１つの化合物のユビキチン化活性を測定する方法：
ａ）ｉ）少なくとも１つの化合物を、
ｉｉ）ユビキチン、および
ｉｉｉ）タンパク質
と接触させて被験試料を生成させる段階であって、タンパク質がユビキチン化基質とＲＥＴペアの第１の部分とを含む段階；
ｂ）ユビキチン化のための適切な条件下で被験試料をインキュベートする段階；
ｃ）（ｂ）の前、間、または後のいずれかに、被験試料をユビキチンと結合する結合分子と接触させる段階であって、結合分子がＦＲＥＴペアの第２の部分で標識されている段階；
ｄ）被験試料を少なくとも１つの波長の光に曝露する段階；ならびに
ｅ）被験試料からの蛍光発光を測定する段階。
【請求項１３】
以下の段階を含む、少なくとも１つの化合物がユビキネーション活性のモジュレータであるか否かを判定する方法：
ａ）ｉ）少なくとも１つの化合物を、
ｉｉ）ユビキチン、
ｉｉｉ）タンパク質、および
ｉｖ）ユビキチン化酵素
と接触させて被験試料を生成させる段階であって、タンパク質がユビキチン化基質とＲＥＴペアの第１の部分とを含む段階；
ｂ）ユビキチン化のための適切な条件下で被験試料をインキュベートする段階；
ｃ）（ｂ）の前、間、または後のいずれかに、被験試料をユビキチンと結合する結合分子と接触させる段階であって、結合分子がＦＲＥＴペアの第２の部分で標識されている段階；
ｄ）被験試料を少なくとも１つの波長の光に曝露する段階；
ｅ）被験試料からの蛍光発光を測定する段階、ならびに
ｆ）蛍光発光を対照試料と比較する段階。
【請求項１４】
以下の段階を含む、少なくとも１つのユビキチン化酵素またはユビキチン化様の酵素のための少なくとも１つの基質を検出する方法：
ａ）ｉ）少なくとも１つのユビキチン化酵素またはユビキチン化様の酵素を、
ｉｉ）基体上に固定されたポリペプチド、および
ｉｉｉ）検出可能部分を含む、少なくとも１つのユビキチンまたはユビキチン様のタンパク質
と接触させる段階；
ｂ）ユビキチン活性またはユビキチン化様の活性を可能にする条件下で（ａ）をインキュベートする段階；
ｃ）基体上の任意のポリペプチドに結合する検出可能部分を検出する段階。
【請求項１５】
以下の段階を含む、試料の脱ユビキチン化活性を同定する方法：
ａ）ｉ）試料を、ｉｉ）基体上に固定された少なくとも１つまたは複数のポリペプチドと接触させる段階であって、少なくとも１つまたは複数のポリペプチドが検出可能部分に結合したユビキチンまたはユビキチン様のタンパク質を含み、脱ユビキチン化活性が基体からの検出可能部分の解離を生じさせる、段階；
ｂ）脱ユビキチン化活性に適切な条件下で（ａ）をインキュベートする段階；
ｃ）基体上の任意のポリペプチドに結合する検出可能部分を検出する段階。
【請求項１６】
以下の段階を含む、ホスホジエステラーゼ活性を検出する方法：
ａ）ｉ）試料を、
ｉｉ）ホスホジエステラーゼの基質
と接触させて被験試料を生成させる段階であって、基質がＲＥＴペアの第１のメンバーを含む段階；
ｂ）ホスホジエステラーゼ活性に適切な条件下で（ａ）をインキュベートする段階；
ｃ）（ｂ）の前、間、または後のいずれかに、被験試料を、ホスホジエステラーゼの切断生成物の特異性を有する結合分子と接触させる段階であって、結合分子がＲＥＴペアの第２のメンバーを含み、切断生成物がＲＥＴペアの第１のメンバーを含む段階；
ｄ）被験試料を少なくとも１つの波長の光に曝露する段階；ならびに
ｅ）被験試料からの蛍光発光を測定する段階。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２Ａ】

【図１２Ｂ】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【図３１Ａ】

【図３１Ｂ】

【図３２Ａ】

【図３２Ｂ−１】

【図３２Ｂ−２】

【図３３】

【図３４Ａ】

【図３４Ｂ】

【図３５】

【図３６Ａ】

【図３６Ｂ】

【図３６Ｃ】

【図３７】

【図３８】

【図３９】

【図４０】

【図４１Ａ】

【図４１Ｂ】

【図４１Ｃ】

【図４２Ａ】

【図４２Ｂ】

【図４２Ｃ】

【図４２Ｄ】

【図４２Ｅ】

【図４２Ｆ】

【公表番号】特表２００９−５１３６８１（Ｐ２００９−５１３６８１Ａ）
【公表日】平成２１年４月２日（２００９．４．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５３８２１２（Ｐ２００８−５３８２１２）
【出願日】平成１８年１０月３０日（２００６．１０．３０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０６０３７３
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０５１２０７
【国際公開日】平成１９年５月３日（２００７．５．３）
【出願人】（５０２２２１２８２）インヴィトロジェン　コーポレーション (113)
【Ｆターム（参考）】