クラバム抗生物質の産生を強化する方法
【課題】遺伝子挿入により分裂したストレプトマイセス・クラブリゲラスから由来のｌａｔ遺伝子を含有する組換えプラスミドの提供。
【解決手段】遺伝子挿入により分裂したストレプトマイセス・クラブリゲラスから由来のｌａｔ遺伝子を含有する組換えプラスミド。ならびに、分裂したｌａｔ遺伝子を有するｐＣＦ００２と称される組換えプラスミド；および分裂したｌａｔ遺伝子を有するｐ４８６ｌａｔａｐと称される組換えプラスミド；より選択される、プラスミド。
【解決手段】遺伝子挿入により分裂したストレプトマイセス・クラブリゲラスから由来のｌａｔ遺伝子を含有する組換えプラスミド。ならびに、分裂したｌａｔ遺伝子を有するｐＣＦ００２と称される組換えプラスミド；および分裂したｌａｔ遺伝子を有するｐ４８６ｌａｔａｐと称される組換えプラスミド；より選択される、プラスミド。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、強いβ−ラクタマーゼ阻害活性を有する化合物を含め、増殖性生物からのクラブラン酸および他のクラバムの産生を強化する方法に関する。本発明はまた、多量のこれらのクラバムを産生する能力を有する新規な生物を提供するものである。
【背景技術】
【０００２】
微生物、特にストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）種は、クラブラン酸および他のクラバム（ｃｌａｖａｍ）、セファロスポリン、セファマイシン、ツニカマイシン、ホロマイシンおよびペニシリンを含め、多くの抗生物質を産生する。これら抗生物質の絶対的および相対的産生量の操作にはかなりの興味がもたれており、そのためこれらの経路の代謝および遺伝的機構を調査することに多大な研究がなされてきた［Ｄｏｍａｉｎ，Ａ．Ｌ．（１９９０）「β−ラクタム抗生物質の生合成および調整」：５０年間のペニシリン使用、歴史および傾向］（非特許文献１）。代謝経路の種々の工程に関与する酵素の多くおよびこれら酵素をコードする遺伝子が知られている。
【０００３】
例えば、ストレプトマイセス・クラブリゲラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｖｌａｖｕｌｉｇｅｒｕｓ）のセファロスポリン代謝経路において、３種の重要な抗生物質、すなわち、ペニシリン、Ｎ，Ｏ−カルバモイルデアセチルセファロスポリンＣおよびセファロマイシンＣを産生できる。これらの抗生物質はトリペプチド先駆体ｄ−（Ｌ−ａ−アミノアジピル）−Ｌ−システイニル−Ｄ−バリン（ＡＣＶ）より合成される［Ｊ．Ｆ．Ｍａｒｔｉｎら（１９９０），「ペニシリンおよびセファロスポリン生合成に関与する遺伝子の菌株群」：５０年間のペニシリン使用、歴史および傾向］（非特許文献２）。
【０００４】
ストレプトマイセス・クラブリゲラスのペニシリンおよびセファロスポリンの両方の生合成において認識されている第１工程には、酵素、リジン−ε−アミノトランスフェラーゼ（ＬＡＴ）が関与する。ストレプトマイセス・クラブリゲルスｌａｔ遺伝子のヌクレオチド配列および誘導アミノ酸配列が知られている［Ｔｏｂｉｎ，Ｍ．Ｂ．ら、（１９９１）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，１７３，６２２３−６２２９］（非特許文献３）。
【０００５】
米国特許第５４７４９１２号（１９９５年１２月１２日公開）（特許文献１）は、一またはそれ以上のＬＡＴ遺伝子のコピーを生物の染色体に挿入することでストレプトマイセス・クラブリゲラスにて多量のセファロスポリンを生産する方法を記載する。β−ラクタム抗生物質に対する作用が特許請求されているが、ストレプトマイセス・クラブリゲラスにおけるセファロスポリン経路の産物についての効果が開示されているにすぎず、クラバム産生についての効果は何も測定または記載されていない。
【０００６】
クラブラン酸および他のクラバムは、３炭素化合物［Ｔｏｗｎｓｅｎｄ，Ｃ．Ａ．およびＨｏ，Ｍ．Ｆ．（１９８５）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０７（４），１０６６−１０６８（非特許文献４）ならびにＥｌｓｏｎ，Ｓ．Ｗ．およびＯｌｉｖｅｒ，Ｒ．Ｓ．（１９７８）Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ＸＸＸＩ Ｎｏ．６，５６８（非特許文献５）］およびアルギニン［Ｖａｌｅｎｔｉｎｅ，Ｂ．Ｐ．ら（１９９３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１５，１２１０−１２１１］（非特許文献６）より誘導される。
【０００７】
セファロスポリンおよびクラブラン酸の生合成を決定する遺伝子菌株群は、ストレプトマイセス・クラブリゲラス染色体上で相互に隣接しているが［Ｗａｒｄ，Ｊ．Ｍ．およびＨｏｄｇｓｏｎ，Ｊ．Ｅ．（１９９３）ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｌｅｔｔ．１１０，２３９−２４２］（非特許文献７）、共通する生合成構造遺伝子を共有しない。したがって、その経路の間に明らかな生合成の関係はない。
【特許文献１】米国特許第５４７４９１２号（１９９５年１２月１２日公開）
【非特許文献１】Ｄｏｍａｉｎ，Ａ．Ｌ．（１９９０）「β−ラクタム抗生物質の生合成および調整」：５０年間のペニシリン使用、歴史および傾向
【非特許文献２】Ｊ．Ｆ．Ｍａｒｔｉｎら（１９９０），「ペニシリンおよびセファロスポリン生合成に関与する遺伝子の菌株群」：５０年間のペニシリン使用、歴史および傾向
【非特許文献３】Ｔｏｂｉｎ，Ｍ．Ｂ．ら、（１９９１）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，１７３，６２２３−６２２９
【非特許文献４】Ｔｏｗｎｓｅｎｄ，Ｃ．Ａ．およびＨｏ，Ｍ．Ｆ．（１９８５）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０７（４），１０６６−１０６８
【非特許文献５】Ｅｌｓｏｎ，Ｓ．Ｗ．およびＯｌｉｖｅｒ，Ｒ．Ｓ．（１９７８）Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ＸＸＸＩ Ｎｏ．６，５６８
【非特許文献６】Ｖａｌｅｎｔｉｎｅ，Ｂ．Ｐ．ら（１９９３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１５，１２１０−１２１１
【非特許文献７】Ｗａｒｄ，Ｊ．Ｍ．およびＨｏｄｇｓｏｎ，Ｊ．Ｅ．（１９９３）ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｌｅｔｔ．１１０，２３９−２４２
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
本発明者らは、意外にも、生物のセファロスポリン経路の少なくとも一工程が妨げられると、生物により産生される量のクラバムが増加することを見いだした。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
したがって、本発明は、セファロスポリン経路においてＬ−リジンのＬ−α−アミノアジピン酸への変換を妨げることにより、クラバム経路またはその一部とセファロスポリン経路またはその一部の両方の経路を有する生物により産生されるクラバムの量を増加させる方法を提供するものである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１０】
クラバムはβ−ラクタマーゼ阻害活性を有することが好ましく、該クラバムはクラブラン酸であることがさらに好ましい。
【００１１】
本発明の好ましい態様において、Ｌ−リジンのＬ−α−アミノアジピン酸に変換する方法は、ＬＡＴ酵素またはｌａｔ遺伝子の機能を変えることにより妨げられる。例えば、酵素を（例えば、非代謝性基質またはアナログを用いることにより）阻害さもなければ遮断することができる。
【００１２】
適当には、ＬＡＴ遺伝子は、公開されている配列に基づき、従来のクローニング方法（ＰＣＲなど）により得ることができる。該遺伝子の機能は、遺伝子分裂［Ａｉｄｏｏ，Ｋ．Ａ．ら（１９９４）、Ｇｅｎｅ，１４７，４１−４６］、任意突然変異誘発、部位定方向性突然変異およびアンチセンスＲＮＡなどの技術により妨げ、または排除／削除することができる。
【００１３】
Ｍａｈｒｏ，Ｂ．およびＤｅｍａｉｎ，Ａ．（１９８７）、Ａｐｐｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．２７，２７２−２７５は、セファロスポリンを産生せず、ｌａｔ、ａｃｖｓおよびｉｐｎｓ酵素活性を欠いていると証明されたストレプトマイセス・クラブリゲラスの自発性突然変異株を記載した。Ｈ．Ｙｕら（１９９４）［Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，１４０，３３６７−３３７７］はこれら３種の酵素の活性が突然変異体を完全なＬＡＴ遺伝子（ｌａｔ）および上半分のａｃｖｓ遺伝子（ｐｃｂＡＢ）をコードするＤＮＡのフラグメントで形質転換することにより回収できることを明らかにした。しかし、クラブラン酸または他のクラバムの産生に関するこの突然変異体の作用について何の教示もない。本発明のさらなる態様において、ｌａｔ遺伝子、好ましくは以下に記載のプラスミドｐＣＦ００２およびｐ４８７ｌａｔａｐを含有するプラスミドが提供される。適当には、該プラスミドを用いてストレプトマイセス・クラブリゲラス・ｅｇ株ＡＴＣＣ２７０６４（ストレプトマイセス・クラブリゲラスＮＲＲＬ３５８５の同等物）などの生物を形質転換する。
【００１４】
本発明のさらなる態様において、欠陥ｌａｔ遺伝子を含有する生物が提供される。
【００１５】
実施例中の方法はすべて、特記しない限り、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．、Ｆｒｉｔｓｃｈ，Ｅ．Ｆ．およびＭａｎｉａｔｉｓ、Ｔ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（第２版）にあるとおりである。
【実施例１】
【００１６】
分裂したｌａｔ遺伝子のアセンブリー化
該方法を開始するのに、ｐＡ２／１１９（Ａ．Ｋ．Ｐｅｔｒｉｃｈの論文（１９９３）；ストレプトマイセス・クラブリゲラスのイソペニシリン Ｎ シンセターゼ遺伝子の転写分析；アルバータ大学）をＫｐｎＩで消化し、その０．６８８ｋｂ挿入体を遊離させた。消化物をアガロースゲル電気泳動により分画し、０．６８８ｋｂのフラグメントを溶出させてクレノー処理に付した。ついで、その平滑末端フラグメントをＨｉｎｃＩＩ消化ｐＵＣ１１９にライゲーションし、それを用いてイー・コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＭＶ１１９３をアンピシリン耐性に形質転換させた。以下、ｐＥＬＫ０４４と称される組換えプラスミドを含有する形質転換体を単離し、その同一性を制限分析により確認した。ｐＥＬＫ００４をＢａｍＨＩおよびＫｐｎＩで消化し、ＢａｍＨＩ−ＫｐｎＩ ａｐｒｒ−フラグメントにライゲーションした。そのライゲーション混合物を用いてイー・コリＭＶ１１９３をアプラマイシン耐性に形質転換させた。得られた形質転換体をスクリーニングに付し、０．６８８ｋｂの３’−ｌａｔフラグメントの上流で、逆方向に挿入された、ａｐｒｒ−フラグメントを含有する組換えプラスミドｐＣＦ００１Ａを単離し、制限分析により確認した。
【００１７】
次の工程においては、ｐＡ２／１１９をＰＣＲ反応にて鋳型として用い、ｌａｔ遺伝子の上流領域をｐＵＣ１１９にサブクローンさせた。ＤＮＡプライマーは、Ｍ１３逆スクリーニングプライマーおよびＤＮＡ配列５’ＣＡＴＧＣＧＧＡＴＣＣＣＧＴＣＧＡＣＧＡＧＣＡＴＡＴＧＣ−３’を有するプライマーであり、標準条件［ＤＮＡ増幅についてのＰＣＲ技術の原理および適用、Ｈ Ａ Ｅｈｒｌｉｃｈ編（１９８９）］および９２℃で３０秒、５５℃で３０秒および７２℃で６０秒のサイクルの下で使用した。ＰＣＲ産物を１．２５％アガロースゲルのゲル電気泳動で単離した。増幅したＤＮＡフラグメントをゲル精製し、制限エンドヌクレアーゼＥｃｏＲ１およびＢａｍＨ１で消化し、同様に消化したｐＵＣ１１９にライゲーションした。その後、イー・コリＭＶ１１９３形質転換体を制限エンドヌクレアーゼ処理により分析し、つづいてゲル電気泳動およびＤＮＡ配列分析に付し、正しいフラグメントがクローンされ、意図しない突然変異がＰＣＲ増幅の間に導入されていないことを確認した。ｌａｔの上流にＤＮＡ領域を有するｐＵＣ１１９構築物をｐＬ／１１９と命名した。
【００１８】
次の工程では、ｐＬ１／１１９をＥｃｏＲ１およびＫｐｎ１で消化し、その１．０８ｋｂフラグメントを遊離させた。消化物をアガロースゲル電気泳動で分画し、その１．０８ｋｂフラグメントを溶出し、ＥｃｏＲ１およびＫｐｎ１−消化ｐＣＦ０１１Ａにライゲーションした。そのライゲーション混合物を用い、ＭＶ１１９３をアパラマイシン耐性に形質転換させた。得られた形質転換体をスクリーニングに付し、共に同方向であるが、逆に配向されたａｐｒｒフラグメントで相互に分けられている、３’−ｌａｔフラグメントの上流に１．０８ｋｂの５’−ｌａｔフラグメントを有する組換えプラスミドｐＣＦ００２［図１（ａ）］を含有するクローンを単離した。ｐＣＦ００２の同定は制限分析により確認した；その結果より、ａｐｒｒフラグメントが、開始コドンから８５２ｂｐおよび停止コドンから５２１ｂｐにあるｌａｔ遺伝子の中の、Ｋｐｎ１部位で挿入されたことがわかった。
【実施例２】
【００１９】
分裂したｌａｔ遺伝子のストレプトマイセス・クラブリゲラスへの導入
ｐＣＦ００２をＥｃｏＲ１およびＨｉｎｄＩＩＩで消化することで分裂したｌａｔ遺伝子をサブクローンし（分裂したｌａｔ遺伝子を有するＤＮＡフラグメントを遊離させる）、その消化物を同様に消化したｐＩＪ４８６にライゲーションし、ｐ４８６ｌａｔａｐ［図１（ｂ）］を形成させた。そのライゲーション混合物を用い、エス・リビダンス（Ｓ．ｌｉｖｉｄａｎｓ）プロトプラストをアプラマイシン耐性に形質転換させた（ストレプトマイセスの遺伝的操作；Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｍａｎｕａｌ（１９８５）Ｄ．Ａ．Ｈｏｐｗｏｏｄら）。組換えプラスミドｐ４８６ｌａｔａｐを含有するクローンを選択し；ついで制限分析を用い、ｐ４８６ｌａｔａｐ中に分裂したｌａｔ遺伝子があることを確認した。
【００２０】
ｐ４８６ｌａｔａｐを用いて野生型ストレプトマイセス・クラブリゲラス（ＮＲＲＬ３５８５）のプロトプラストをアプラマイシン耐性に形質転換させた［Ｂａｉｌｅｙ，Ｃ．Ｒ．およびＷｉｎｓｔａｎｌｅｙ，Ｄ．Ｊ．，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９８６）１３２，２９４５−２９４７］。チオストレプトンおよびアパラマイシンを補足したＭＹＭ［Ｐａｒａｄｋａｒ，Ａ．Ｓ．およびＪｅｎｓｅｎ，Ｓ．Ｅ．（１９９４），Ｊ．Ｂａｃｔ．，１７７，１３０７−１３１４］上でサブクローンした場合に増殖が良好である形質転換体を１種だけ得た。その形質転換体をＩＰＳ培地＃３寒天（補足体なし）［ＰａｒａｄｋａｒおよびＪｅｎｓｅｎ、同書］に培養し、２８℃で胞子形成させた。胞子を収穫し、ついで単コロニーをＩＳＰ培地＃３寒天およびＭＹＭ寒天（共に補足体なし）上に平板培養させた。これらを胞子形成させ、ついで逐次、チオスレプトンを補足したＭＹＭ、アラマイシンを補足したＭＹＭおよびＭＹＭ（補足体なし）上にレプリカ平板培養させた。２８℃で３日経過した後、アラマイシン補足および補足していない平板上にコロニーが出現したが、チオストレプトン平板ではコロニーは増殖しなかった。アラマイシン耐性で、チオストレプトン感受性の４つのコロニー（ｌａｔ＃２、ｌａｔ＃５、ｌａｔ＃７およびｌａｔ＃１１）をさらなる研究のために選択した。これらの単離体はａｐｒｒ、ｔｉｏｓであるため、二重乗換事象がｐ４８６ｌａｔａｐとストレプトマイセス・クラブリゲラス染色体の間に生じたと仮定した。この仮定はサザン・ハイブリダイゼーション分析により確認された。
【実施例３】
【００２１】
ｌａｔ−分裂突然変異体によるセファマイシンおよびクラブラン酸生成
抗生物質の産生における推定されるｌａｔ分裂変異の効果を測定するために、４つのすべての株（分裂体）を澱粉−アスパラギン（ＳＡ）液体培地（Ｐａｒａｄｋａｒ，Ａ．Ｓ．およびＪｅｓｅｎ，Ｓ．Ｅ．（１９９５）、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，１７７，１３０７−１３１４）に２８℃で６６時間培養した。上澄を調整して、種々の増殖速度を説明し、イー・コリＥＳＳ（ＰａｒａｄｋａｒおよびＪｅｎｓｅｎ、同書）に対してバイオアッセイに付し、野生型ストレプトマイセス・クラブリゲラスの培養物由来の同様に調整した上澄と比較した。ｌａｔ−分裂体はすべて、約０．０４５μｇ／ｍｌ／セファロスポリンに相当する非常に小さな領域の阻害を生じ；同様の条件下で、野生型株は３．１８μｇ／ｍｌ／セファロスポリンをもたらした。
【００２２】
同じ上澄のサンプルをクレブシエラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対するクラブラン酸産生についてバイオアッセイに付した（Ｂａｉｌｅｙ，Ｃ．Ｒ．ら、（１９８４）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２（９）８０８−８１１）。バイオアッセイにより判断した場合、４つのすべての分裂体は、野生型との比較で、２ないし３倍量のクラブラン酸を産生したのが明らかであった。４つのすべてのｌａｔ分裂体はクラブラン酸産生に関して同様の表現型を示すと考えられ、そのすべてが一つの一次形質転換体より誘導されているため、さらに研究するために、ｌａｔ＃２を選択した。ｌａｔ＃２の混和培養を３回反復試験に付し、その野生型ストレプトマイセス・クラブリゲラスをＳＡ培地中、２８℃で培養し、接種の４８時間、７２時間および９９時間後にサンプリングする経時的実験を行った。クレブシエラ・ニューモニエに対するバイオアッセイでは、４８時間で、ｌａｔ＃２が野生型に比べて略４倍量のクラブラン酸を産生することが明らかにされた。しかし、９９時間では、ｌａｔ＃２培養体は野生型と比べて２倍よりもほんの少し多いだけのクラブラン酸を産生した。イー・コリＥＳＳに対する同じ期間の同じ培養体の同時バイオアッセイは、ｌａｔ＃２が検出可能な抗生物質活性を生成しないことを明らかにした。野生型培養体は容易に検出可能量であるが、中程度の量のセファロスポリン（最大力価６．５μｇ／ｍｌ）を産生した。
【００２３】
概要
ｌａｔ分裂変異体を製造した。実験により該変異体がわずかな量のβ−ラクタム抗生物質（クラブラン酸を除く）を産生することがわかった。クラブラン酸については、該変異体は、澱粉−アスパラギン培地中、振とうフラスコ条件下で増殖させた野生型ストレプトマイセス・クラブリゲラスにより産生されるクラブラン酸の少なくとも２ないし３倍の量を産生した。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
【図１ａ】図１（ａ）は、分裂したｌａｔ遺伝子を有する、ｐＣＦ００２と称される組換えプラスミドの制限部位の配置を示す。
【図１ｂ】図１（ｂ）は、分裂したｌａｔ遺伝子を有する、ｐ４８６ｌａｔａｐと称される組換えプラスミドの制限部位の配置を示す。
【技術分野】
【０００１】
本発明は、強いβ−ラクタマーゼ阻害活性を有する化合物を含め、増殖性生物からのクラブラン酸および他のクラバムの産生を強化する方法に関する。本発明はまた、多量のこれらのクラバムを産生する能力を有する新規な生物を提供するものである。
【背景技術】
【０００２】
微生物、特にストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）種は、クラブラン酸および他のクラバム（ｃｌａｖａｍ）、セファロスポリン、セファマイシン、ツニカマイシン、ホロマイシンおよびペニシリンを含め、多くの抗生物質を産生する。これら抗生物質の絶対的および相対的産生量の操作にはかなりの興味がもたれており、そのためこれらの経路の代謝および遺伝的機構を調査することに多大な研究がなされてきた［Ｄｏｍａｉｎ，Ａ．Ｌ．（１９９０）「β−ラクタム抗生物質の生合成および調整」：５０年間のペニシリン使用、歴史および傾向］（非特許文献１）。代謝経路の種々の工程に関与する酵素の多くおよびこれら酵素をコードする遺伝子が知られている。
【０００３】
例えば、ストレプトマイセス・クラブリゲラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｖｌａｖｕｌｉｇｅｒｕｓ）のセファロスポリン代謝経路において、３種の重要な抗生物質、すなわち、ペニシリン、Ｎ，Ｏ−カルバモイルデアセチルセファロスポリンＣおよびセファロマイシンＣを産生できる。これらの抗生物質はトリペプチド先駆体ｄ−（Ｌ−ａ−アミノアジピル）−Ｌ−システイニル−Ｄ−バリン（ＡＣＶ）より合成される［Ｊ．Ｆ．Ｍａｒｔｉｎら（１９９０），「ペニシリンおよびセファロスポリン生合成に関与する遺伝子の菌株群」：５０年間のペニシリン使用、歴史および傾向］（非特許文献２）。
【０００４】
ストレプトマイセス・クラブリゲラスのペニシリンおよびセファロスポリンの両方の生合成において認識されている第１工程には、酵素、リジン−ε−アミノトランスフェラーゼ（ＬＡＴ）が関与する。ストレプトマイセス・クラブリゲルスｌａｔ遺伝子のヌクレオチド配列および誘導アミノ酸配列が知られている［Ｔｏｂｉｎ，Ｍ．Ｂ．ら、（１９９１）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，１７３，６２２３−６２２９］（非特許文献３）。
【０００５】
米国特許第５４７４９１２号（１９９５年１２月１２日公開）（特許文献１）は、一またはそれ以上のＬＡＴ遺伝子のコピーを生物の染色体に挿入することでストレプトマイセス・クラブリゲラスにて多量のセファロスポリンを生産する方法を記載する。β−ラクタム抗生物質に対する作用が特許請求されているが、ストレプトマイセス・クラブリゲラスにおけるセファロスポリン経路の産物についての効果が開示されているにすぎず、クラバム産生についての効果は何も測定または記載されていない。
【０００６】
クラブラン酸および他のクラバムは、３炭素化合物［Ｔｏｗｎｓｅｎｄ，Ｃ．Ａ．およびＨｏ，Ｍ．Ｆ．（１９８５）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０７（４），１０６６−１０６８（非特許文献４）ならびにＥｌｓｏｎ，Ｓ．Ｗ．およびＯｌｉｖｅｒ，Ｒ．Ｓ．（１９７８）Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ＸＸＸＩ Ｎｏ．６，５６８（非特許文献５）］およびアルギニン［Ｖａｌｅｎｔｉｎｅ，Ｂ．Ｐ．ら（１９９３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１５，１２１０−１２１１］（非特許文献６）より誘導される。
【０００７】
セファロスポリンおよびクラブラン酸の生合成を決定する遺伝子菌株群は、ストレプトマイセス・クラブリゲラス染色体上で相互に隣接しているが［Ｗａｒｄ，Ｊ．Ｍ．およびＨｏｄｇｓｏｎ，Ｊ．Ｅ．（１９９３）ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｌｅｔｔ．１１０，２３９−２４２］（非特許文献７）、共通する生合成構造遺伝子を共有しない。したがって、その経路の間に明らかな生合成の関係はない。
【特許文献１】米国特許第５４７４９１２号（１９９５年１２月１２日公開）
【非特許文献１】Ｄｏｍａｉｎ，Ａ．Ｌ．（１９９０）「β−ラクタム抗生物質の生合成および調整」：５０年間のペニシリン使用、歴史および傾向
【非特許文献２】Ｊ．Ｆ．Ｍａｒｔｉｎら（１９９０），「ペニシリンおよびセファロスポリン生合成に関与する遺伝子の菌株群」：５０年間のペニシリン使用、歴史および傾向
【非特許文献３】Ｔｏｂｉｎ，Ｍ．Ｂ．ら、（１９９１）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，１７３，６２２３−６２２９
【非特許文献４】Ｔｏｗｎｓｅｎｄ，Ｃ．Ａ．およびＨｏ，Ｍ．Ｆ．（１９８５）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０７（４），１０６６−１０６８
【非特許文献５】Ｅｌｓｏｎ，Ｓ．Ｗ．およびＯｌｉｖｅｒ，Ｒ．Ｓ．（１９７８）Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ＸＸＸＩ Ｎｏ．６，５６８
【非特許文献６】Ｖａｌｅｎｔｉｎｅ，Ｂ．Ｐ．ら（１９９３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１５，１２１０−１２１１
【非特許文献７】Ｗａｒｄ，Ｊ．Ｍ．およびＨｏｄｇｓｏｎ，Ｊ．Ｅ．（１９９３）ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｌｅｔｔ．１１０，２３９−２４２
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
本発明者らは、意外にも、生物のセファロスポリン経路の少なくとも一工程が妨げられると、生物により産生される量のクラバムが増加することを見いだした。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
したがって、本発明は、セファロスポリン経路においてＬ−リジンのＬ−α−アミノアジピン酸への変換を妨げることにより、クラバム経路またはその一部とセファロスポリン経路またはその一部の両方の経路を有する生物により産生されるクラバムの量を増加させる方法を提供するものである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１０】
クラバムはβ−ラクタマーゼ阻害活性を有することが好ましく、該クラバムはクラブラン酸であることがさらに好ましい。
【００１１】
本発明の好ましい態様において、Ｌ−リジンのＬ−α−アミノアジピン酸に変換する方法は、ＬＡＴ酵素またはｌａｔ遺伝子の機能を変えることにより妨げられる。例えば、酵素を（例えば、非代謝性基質またはアナログを用いることにより）阻害さもなければ遮断することができる。
【００１２】
適当には、ＬＡＴ遺伝子は、公開されている配列に基づき、従来のクローニング方法（ＰＣＲなど）により得ることができる。該遺伝子の機能は、遺伝子分裂［Ａｉｄｏｏ，Ｋ．Ａ．ら（１９９４）、Ｇｅｎｅ，１４７，４１−４６］、任意突然変異誘発、部位定方向性突然変異およびアンチセンスＲＮＡなどの技術により妨げ、または排除／削除することができる。
【００１３】
Ｍａｈｒｏ，Ｂ．およびＤｅｍａｉｎ，Ａ．（１９８７）、Ａｐｐｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．２７，２７２−２７５は、セファロスポリンを産生せず、ｌａｔ、ａｃｖｓおよびｉｐｎｓ酵素活性を欠いていると証明されたストレプトマイセス・クラブリゲラスの自発性突然変異株を記載した。Ｈ．Ｙｕら（１９９４）［Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，１４０，３３６７−３３７７］はこれら３種の酵素の活性が突然変異体を完全なＬＡＴ遺伝子（ｌａｔ）および上半分のａｃｖｓ遺伝子（ｐｃｂＡＢ）をコードするＤＮＡのフラグメントで形質転換することにより回収できることを明らかにした。しかし、クラブラン酸または他のクラバムの産生に関するこの突然変異体の作用について何の教示もない。本発明のさらなる態様において、ｌａｔ遺伝子、好ましくは以下に記載のプラスミドｐＣＦ００２およびｐ４８７ｌａｔａｐを含有するプラスミドが提供される。適当には、該プラスミドを用いてストレプトマイセス・クラブリゲラス・ｅｇ株ＡＴＣＣ２７０６４（ストレプトマイセス・クラブリゲラスＮＲＲＬ３５８５の同等物）などの生物を形質転換する。
【００１４】
本発明のさらなる態様において、欠陥ｌａｔ遺伝子を含有する生物が提供される。
【００１５】
実施例中の方法はすべて、特記しない限り、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．、Ｆｒｉｔｓｃｈ，Ｅ．Ｆ．およびＭａｎｉａｔｉｓ、Ｔ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（第２版）にあるとおりである。
【実施例１】
【００１６】
分裂したｌａｔ遺伝子のアセンブリー化
該方法を開始するのに、ｐＡ２／１１９（Ａ．Ｋ．Ｐｅｔｒｉｃｈの論文（１９９３）；ストレプトマイセス・クラブリゲラスのイソペニシリン Ｎ シンセターゼ遺伝子の転写分析；アルバータ大学）をＫｐｎＩで消化し、その０．６８８ｋｂ挿入体を遊離させた。消化物をアガロースゲル電気泳動により分画し、０．６８８ｋｂのフラグメントを溶出させてクレノー処理に付した。ついで、その平滑末端フラグメントをＨｉｎｃＩＩ消化ｐＵＣ１１９にライゲーションし、それを用いてイー・コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＭＶ１１９３をアンピシリン耐性に形質転換させた。以下、ｐＥＬＫ０４４と称される組換えプラスミドを含有する形質転換体を単離し、その同一性を制限分析により確認した。ｐＥＬＫ００４をＢａｍＨＩおよびＫｐｎＩで消化し、ＢａｍＨＩ−ＫｐｎＩ ａｐｒｒ−フラグメントにライゲーションした。そのライゲーション混合物を用いてイー・コリＭＶ１１９３をアプラマイシン耐性に形質転換させた。得られた形質転換体をスクリーニングに付し、０．６８８ｋｂの３’−ｌａｔフラグメントの上流で、逆方向に挿入された、ａｐｒｒ−フラグメントを含有する組換えプラスミドｐＣＦ００１Ａを単離し、制限分析により確認した。
【００１７】
次の工程においては、ｐＡ２／１１９をＰＣＲ反応にて鋳型として用い、ｌａｔ遺伝子の上流領域をｐＵＣ１１９にサブクローンさせた。ＤＮＡプライマーは、Ｍ１３逆スクリーニングプライマーおよびＤＮＡ配列５’ＣＡＴＧＣＧＧＡＴＣＣＣＧＴＣＧＡＣＧＡＧＣＡＴＡＴＧＣ−３’を有するプライマーであり、標準条件［ＤＮＡ増幅についてのＰＣＲ技術の原理および適用、Ｈ Ａ Ｅｈｒｌｉｃｈ編（１９８９）］および９２℃で３０秒、５５℃で３０秒および７２℃で６０秒のサイクルの下で使用した。ＰＣＲ産物を１．２５％アガロースゲルのゲル電気泳動で単離した。増幅したＤＮＡフラグメントをゲル精製し、制限エンドヌクレアーゼＥｃｏＲ１およびＢａｍＨ１で消化し、同様に消化したｐＵＣ１１９にライゲーションした。その後、イー・コリＭＶ１１９３形質転換体を制限エンドヌクレアーゼ処理により分析し、つづいてゲル電気泳動およびＤＮＡ配列分析に付し、正しいフラグメントがクローンされ、意図しない突然変異がＰＣＲ増幅の間に導入されていないことを確認した。ｌａｔの上流にＤＮＡ領域を有するｐＵＣ１１９構築物をｐＬ／１１９と命名した。
【００１８】
次の工程では、ｐＬ１／１１９をＥｃｏＲ１およびＫｐｎ１で消化し、その１．０８ｋｂフラグメントを遊離させた。消化物をアガロースゲル電気泳動で分画し、その１．０８ｋｂフラグメントを溶出し、ＥｃｏＲ１およびＫｐｎ１−消化ｐＣＦ０１１Ａにライゲーションした。そのライゲーション混合物を用い、ＭＶ１１９３をアパラマイシン耐性に形質転換させた。得られた形質転換体をスクリーニングに付し、共に同方向であるが、逆に配向されたａｐｒｒフラグメントで相互に分けられている、３’−ｌａｔフラグメントの上流に１．０８ｋｂの５’−ｌａｔフラグメントを有する組換えプラスミドｐＣＦ００２［図１（ａ）］を含有するクローンを単離した。ｐＣＦ００２の同定は制限分析により確認した；その結果より、ａｐｒｒフラグメントが、開始コドンから８５２ｂｐおよび停止コドンから５２１ｂｐにあるｌａｔ遺伝子の中の、Ｋｐｎ１部位で挿入されたことがわかった。
【実施例２】
【００１９】
分裂したｌａｔ遺伝子のストレプトマイセス・クラブリゲラスへの導入
ｐＣＦ００２をＥｃｏＲ１およびＨｉｎｄＩＩＩで消化することで分裂したｌａｔ遺伝子をサブクローンし（分裂したｌａｔ遺伝子を有するＤＮＡフラグメントを遊離させる）、その消化物を同様に消化したｐＩＪ４８６にライゲーションし、ｐ４８６ｌａｔａｐ［図１（ｂ）］を形成させた。そのライゲーション混合物を用い、エス・リビダンス（Ｓ．ｌｉｖｉｄａｎｓ）プロトプラストをアプラマイシン耐性に形質転換させた（ストレプトマイセスの遺伝的操作；Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｍａｎｕａｌ（１９８５）Ｄ．Ａ．Ｈｏｐｗｏｏｄら）。組換えプラスミドｐ４８６ｌａｔａｐを含有するクローンを選択し；ついで制限分析を用い、ｐ４８６ｌａｔａｐ中に分裂したｌａｔ遺伝子があることを確認した。
【００２０】
ｐ４８６ｌａｔａｐを用いて野生型ストレプトマイセス・クラブリゲラス（ＮＲＲＬ３５８５）のプロトプラストをアプラマイシン耐性に形質転換させた［Ｂａｉｌｅｙ，Ｃ．Ｒ．およびＷｉｎｓｔａｎｌｅｙ，Ｄ．Ｊ．，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９８６）１３２，２９４５−２９４７］。チオストレプトンおよびアパラマイシンを補足したＭＹＭ［Ｐａｒａｄｋａｒ，Ａ．Ｓ．およびＪｅｎｓｅｎ，Ｓ．Ｅ．（１９９４），Ｊ．Ｂａｃｔ．，１７７，１３０７−１３１４］上でサブクローンした場合に増殖が良好である形質転換体を１種だけ得た。その形質転換体をＩＰＳ培地＃３寒天（補足体なし）［ＰａｒａｄｋａｒおよびＪｅｎｓｅｎ、同書］に培養し、２８℃で胞子形成させた。胞子を収穫し、ついで単コロニーをＩＳＰ培地＃３寒天およびＭＹＭ寒天（共に補足体なし）上に平板培養させた。これらを胞子形成させ、ついで逐次、チオスレプトンを補足したＭＹＭ、アラマイシンを補足したＭＹＭおよびＭＹＭ（補足体なし）上にレプリカ平板培養させた。２８℃で３日経過した後、アラマイシン補足および補足していない平板上にコロニーが出現したが、チオストレプトン平板ではコロニーは増殖しなかった。アラマイシン耐性で、チオストレプトン感受性の４つのコロニー（ｌａｔ＃２、ｌａｔ＃５、ｌａｔ＃７およびｌａｔ＃１１）をさらなる研究のために選択した。これらの単離体はａｐｒｒ、ｔｉｏｓであるため、二重乗換事象がｐ４８６ｌａｔａｐとストレプトマイセス・クラブリゲラス染色体の間に生じたと仮定した。この仮定はサザン・ハイブリダイゼーション分析により確認された。
【実施例３】
【００２１】
ｌａｔ−分裂突然変異体によるセファマイシンおよびクラブラン酸生成
抗生物質の産生における推定されるｌａｔ分裂変異の効果を測定するために、４つのすべての株（分裂体）を澱粉−アスパラギン（ＳＡ）液体培地（Ｐａｒａｄｋａｒ，Ａ．Ｓ．およびＪｅｓｅｎ，Ｓ．Ｅ．（１９９５）、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，１７７，１３０７−１３１４）に２８℃で６６時間培養した。上澄を調整して、種々の増殖速度を説明し、イー・コリＥＳＳ（ＰａｒａｄｋａｒおよびＪｅｎｓｅｎ、同書）に対してバイオアッセイに付し、野生型ストレプトマイセス・クラブリゲラスの培養物由来の同様に調整した上澄と比較した。ｌａｔ−分裂体はすべて、約０．０４５μｇ／ｍｌ／セファロスポリンに相当する非常に小さな領域の阻害を生じ；同様の条件下で、野生型株は３．１８μｇ／ｍｌ／セファロスポリンをもたらした。
【００２２】
同じ上澄のサンプルをクレブシエラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対するクラブラン酸産生についてバイオアッセイに付した（Ｂａｉｌｅｙ，Ｃ．Ｒ．ら、（１９８４）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２（９）８０８−８１１）。バイオアッセイにより判断した場合、４つのすべての分裂体は、野生型との比較で、２ないし３倍量のクラブラン酸を産生したのが明らかであった。４つのすべてのｌａｔ分裂体はクラブラン酸産生に関して同様の表現型を示すと考えられ、そのすべてが一つの一次形質転換体より誘導されているため、さらに研究するために、ｌａｔ＃２を選択した。ｌａｔ＃２の混和培養を３回反復試験に付し、その野生型ストレプトマイセス・クラブリゲラスをＳＡ培地中、２８℃で培養し、接種の４８時間、７２時間および９９時間後にサンプリングする経時的実験を行った。クレブシエラ・ニューモニエに対するバイオアッセイでは、４８時間で、ｌａｔ＃２が野生型に比べて略４倍量のクラブラン酸を産生することが明らかにされた。しかし、９９時間では、ｌａｔ＃２培養体は野生型と比べて２倍よりもほんの少し多いだけのクラブラン酸を産生した。イー・コリＥＳＳに対する同じ期間の同じ培養体の同時バイオアッセイは、ｌａｔ＃２が検出可能な抗生物質活性を生成しないことを明らかにした。野生型培養体は容易に検出可能量であるが、中程度の量のセファロスポリン（最大力価６．５μｇ／ｍｌ）を産生した。
【００２３】
概要
ｌａｔ分裂変異体を製造した。実験により該変異体がわずかな量のβ−ラクタム抗生物質（クラブラン酸を除く）を産生することがわかった。クラブラン酸については、該変異体は、澱粉−アスパラギン培地中、振とうフラスコ条件下で増殖させた野生型ストレプトマイセス・クラブリゲラスにより産生されるクラブラン酸の少なくとも２ないし３倍の量を産生した。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
【図１ａ】図１（ａ）は、分裂したｌａｔ遺伝子を有する、ｐＣＦ００２と称される組換えプラスミドの制限部位の配置を示す。
【図１ｂ】図１（ｂ）は、分裂したｌａｔ遺伝子を有する、ｐ４８６ｌａｔａｐと称される組換えプラスミドの制限部位の配置を示す。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝子挿入により分裂したストレプトマイセス・クラブリゲラスから由来のｌａｔ遺伝子を含有する組換えプラスミド。
【請求項２】
分裂したｌａｔ遺伝子を有し、図１（ａ）に示される制限部位の配置のｐＣＦ００２と称される組換えプラスミド；および
分裂したｌａｔ遺伝子を有し、図１（ｂ）に示される制限部位の配置のｐ４８６ｌａｔａｐと称される組換えプラスミド；
より選択される、請求項１記載のプラスミド。
【請求項３】
セファロスポリン経路においてＬ−リジンのＬ−α−アミノアジピン酸への変換を妨げることにより、クラバム経路またはその一部およびセファロスポリン経路またはその一部の両方の経路を有する微生物において増量のクラバムを産生して単離するクラバムの生成方法であって、請求項１または２記載の組換えプラスミドを用いてｌａｔ遺伝子を分裂することでｌａｔ遺伝子の機能を除去することにより上記変換工程を妨げる、方法。
【請求項１】
遺伝子挿入により分裂したストレプトマイセス・クラブリゲラスから由来のｌａｔ遺伝子を含有する組換えプラスミド。
【請求項２】
分裂したｌａｔ遺伝子を有し、図１（ａ）に示される制限部位の配置のｐＣＦ００２と称される組換えプラスミド；および
分裂したｌａｔ遺伝子を有し、図１（ｂ）に示される制限部位の配置のｐ４８６ｌａｔａｐと称される組換えプラスミド；
より選択される、請求項１記載のプラスミド。
【請求項３】
セファロスポリン経路においてＬ−リジンのＬ−α−アミノアジピン酸への変換を妨げることにより、クラバム経路またはその一部およびセファロスポリン経路またはその一部の両方の経路を有する微生物において増量のクラバムを産生して単離するクラバムの生成方法であって、請求項１または２記載の組換えプラスミドを用いてｌａｔ遺伝子を分裂することでｌａｔ遺伝子の機能を除去することにより上記変換工程を妨げる、方法。
【図１ａ】
【図１ｂ】
【図１ｂ】
【公開番号】特開２００７−２８９１９３（Ｐ２００７−２８９１９３Ａ）
【公開日】平成１９年１１月８日（２００７．１１．８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−１４０１２５（Ｐ２００７−１４０１２５）
【出願日】平成１９年５月２８日（２００７．５．２８）
【分割の表示】特願平９−５０２６０７の分割
【原出願日】平成８年６月６日（１９９６．６．６）
【出願人】（５９５０４７１９０）スミスクライン ビーチャム ピー エル シー (34)
【出願人】（３９９０５０９７６）ザ・ガバナーズ・オブ・ザ・ユニバーシティ・オブ・アルバータ (5)
【氏名又は名称原語表記】Ｔｈｅ Ｇｏｖｅｒｎｏｒｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ａｌｂｅｒｔａ
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成１９年１１月８日（２００７．１１．８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年５月２８日（２００７．５．２８）
【分割の表示】特願平９−５０２６０７の分割
【原出願日】平成８年６月６日（１９９６．６．６）
【出願人】（５９５０４７１９０）スミスクライン ビーチャム ピー エル シー (34)
【出願人】（３９９０５０９７６）ザ・ガバナーズ・オブ・ザ・ユニバーシティ・オブ・アルバータ (5)
【氏名又は名称原語表記】Ｔｈｅ Ｇｏｖｅｒｎｏｒｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ａｌｂｅｒｔａ
【Ｆターム（参考）】
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