説明

ヒトにおける薬物トランスポーターのmRNAの測定方法、そのためのプローブ及びキット

【課題】ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAを分別して定量する新しい測定技術及びそのためのプライマー対及びプローブを提供。
【解決手段】
上記ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの測定に用いられるプローブであって、遺伝子の特定領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ;該プローブ、及び遺伝子の特定領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーとリバースプライマーとのプライマー対の組合せから選ばれる、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの測定キット;並びに該測定キットを用いる、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの測定方法である。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの測定方法及びそのためのプローブ及びキットに関する。
【背景技術】
【0002】
生体には、正常な生理機能、細胞活動などを損なうおそれのある異物、薬物などが侵入した際、これを速やかに体外に排除するための高度な生体防御システムが備わっている。生体(細胞)では、異物、薬物などを認識し、これらおよびその代謝物を排泄するための膜輸送担体としての異物、薬物トランスポーター群が存在、発現している。これらのトランスポーターに関しては、非特許文献1〜5において詳細な記述がなされている。
【0003】
ところで、新薬を開発する上で、該新薬を投与した際のヒトにおける薬物トランスポーターの働き(発現量の増減)を把握することは重要である。何故なら、ヒトにおける薬物トランスポーターの変動が判らないと、該新薬と併用される併用薬剤の効力や副作用の増減或いは併用薬剤や他の摂取物による新薬の効力や副作用の起こる機構が予測できず、該新薬の安全性を確認することができないからである。
【0004】
そこで、上記新薬開発等の分野においては、かかるヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAに関する情報、特にこれら各ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAを区別して測定できる測定技術の開発が、要望されている。かかる技術が開発できれば、例えば、新薬の他剤との相互作用や特殊病態時における影響の機構解明が容易にでき、該新薬の副作用に関する有用な情報を得ることができ、かくして新薬の安全性を確保することができる。
【0005】
一方、ポリメラーゼチェインリアクション(PCR)は、核酸の増幅法として広く知られており、例えばRT−PCR(Reverse Transcription-PCR)、コンペティティブRT−PCR等が微量のmRNAの検出、定量に威力を発揮している。
【0006】
近年、PCRを利用したリアルタイム定量検出法が確立された(Taq Man PCR (Genome Res., 6(10), 986 (1996)), ABI PRISMTM Sequence Detection System (Applied Biosystems社))。これは、特定の蛍光標識プローブ(TaqMan probe)を用いて核酸を測定する方法である。より詳しくは、例えば5’末端にリポーター色素及び3’末端にクエンチャー色素を付加して蛍光標識したプローブをターゲットDNAにアニールさせた状態で、通常のPCR反応を行なわせると、伸長反応の進行に伴って、DNAポリメラーゼの有する5′−3′エキソヌクレアーゼ活性により、上記プローブが5’末端から加水分解される。その結果、5’末端のリポーター色素が3’末端のクエンチャー色素から離れ、これにより、当初一定の空間的距離を保っていたことによるFRET(Fluoresence Resonance Energy Transfer, 両蛍光色素の共鳴によるリポーター色素のエネルギー順位の低下に基づく蛍光強度の低下現象)効果がなくなり、クエンチャー色素により制御されていたリポーター色素の蛍光強度が増加し、かくして、該蛍光強度の増加を測定することによって、ターゲット核酸をリアルタイムに選択的に定量検出できるのである。この方法によれば、PCR反応後に増幅物を例えばアガロースゲル電気泳動して、泳動パターンを解析する等の複雑な工程が不要となり、短時間でかつ同時に多種のサンプルを定量できる利点がある。
【0007】
しかして、一般に、臨床検査センター等で臨床検査を行う場合には、非常に多数の検体について限られた時間内に検査をする必要があり、検査を効率良く行い得る手法の開発が要望されており、上記リアルタイム検出法は、この要望に合致するものとして期待できる。
【0008】
本発明者らは、上記PCRによるリアルタイム検出法に着目し、これがヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの検出に利用できれば、同じ装置を用いて同時に同一のPCR条件で上記各mRNAを区別して測定、検出できるとの着想から、鋭意研究を重ねた。
【0009】
しかるに、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAは、それぞれのmRNAの配列は知られているものの、これらをターゲット遺伝子として、同一PCR条件で充分に増幅し得、更に、該ターゲット遺伝子の特定位置にハイブリダイズし得る各プライマー対としてのオリゴヌクレオチドの検索自体困難であると考えられた。また、かかるプライマー対に挟まれた特定領域に、同一PCR条件下にこれらのプライマーよりも早くハイブリダイズし得、しかもヒトにおける各薬物トランスポーターに対して特異的なプローブの構築もまた、同様に困難であると考えられた。特に、ヌクレオチド配列が既知の2つの核酸のハイブリダイズのし易さは、融点(Tm)の計算によりある程度推定することはできるものの、この推定によって選択したプライマーとプローブとの組合せが、必ずしもDNA測定において好結果をもたらすわけではないことが知られていることより、現在知られている全てのヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAについて、これらを同時に区別して測定可能な、上記PCRによるリアルタイム検出用の各プライマー対とプローブとの組合せの選択には、熟練者の試行錯誤による多大な実験等が必要となると予想された。
【非特許文献1】石川智久、他、「蛋白質 核酸 酵素」、共立出版、第49巻、p.2024−2034、2004年発行。
【非特許文献2】杉山雄一、他、「日本薬理学雑誌」、日本薬理学会、第125巻、p.178−184、2005年発行。
【非特許文献3】小林 綾、他、「日本薬理学雑誌」、日本薬理学会、第125巻、p.185−193、2005年発行。
【非特許文献4】野沢 敬、他、「日本薬理学雑誌」、日本薬理学会、第125巻、p.194−199、2005年発行。
【非特許文献5】水野尚美、他、「日本薬理学雑誌」、日本薬理学会、第125巻、p.200−206、2005年発行。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【0010】
本発明の目的は、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAのPCRによる測定法、特にリアルタイム検出法の確立と、そのためのプローブ及びプライマー対を提供することにある。
【0011】
本発明者らは、上記目的よりヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAについて、更に、多大な実験、研究を繰返し行った結果、117種類の各ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAに対する目的のプライマー対及びプローブの組合せを提供することに成功し、ここに下記要旨の本発明を完成するに至った。
【課題を解決するための手段】
【0012】
本発明によれば、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの測定に用いられるプローブであって、下記(1)から(117)の各領域のそれぞれにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドから選ばれることを特徴とするプローブ;特にリポーター色素とクエンチャー色素とが結合している該プローブ;塩基配列の長さが20〜45である該プローブ;配列番号1から配列番号117に示される配列のいずれかを含む該プローブ;並びに配列番号1から配列番号117に示される配列のいずれかである該プローブが提供される。
(1)ABCA5遺伝子の4484-4511の領域
(2)ABCA6遺伝子の4099-4121の領域
(3)ABCA9遺伝子の3159-3185の領域
(4)ABCA10遺伝子の2846-2870の領域
(5)ABCA12遺伝子の4263-4293の領域
(6)ABCB5遺伝子の2256-2281の領域
(7)ABCB9遺伝子の922-946の領域
(8)ABCC10遺伝子の2522-2549の領域
(9)ABCC11遺伝子の2396-2425の領域
(10)ABCC12遺伝子の1274-1304の領域
(11)ABCD2遺伝子の398-425の領域
(12)ABCG4遺伝子の1355-1387の領域
(13)ABCG5遺伝子の850-876の領域
(14)ABCG8遺伝子の1421-1453の領域
(15)SLC1A1遺伝子の1064-1089の領域
(16)SLC1A2遺伝子の714-743の領域
(17)SLC1A3遺伝子の990-1019の領域
(18)SLC1A4遺伝子の603-630の領域
(19)SLC1A5遺伝子の563-594の領域
(20)SLC2A1遺伝子の273-296の領域
(21)SLC2A2遺伝子の1011-1038の領域
(22)SLC2A3/SLC2A14遺伝子の883-911の領域
(23)SLC2A4遺伝子の1189-1211の領域
(24)SLC2A5遺伝子の1348-1381の領域
(25)SLC2A7遺伝子の242-267の領域
(26)SLC2A8遺伝子の1371-1405の領域
(27)SLC2A9遺伝子の1289-1312の領域
(28)SLC2A10遺伝子の1355-1377の領域
(29)SLC2A11遺伝子の1367-1396の領域
(30)SLC2A12遺伝子の1051-1076の領域
(31)SLC2A13遺伝子の744-771の領域
(32)SLC3A1遺伝子の1036-1061の領域
(33)SLC3A2遺伝子の1018-1043の領域
(34)SLC4A1遺伝子の2448-2476の領域
(35)SLC4A2遺伝子の880-906の領域
(36)SLC4A3遺伝子の1398-1422の領域
(37)SLC4A4遺伝子の2124-2157の領域
(38)SLC4A7遺伝子の1315-1346の領域
(39)SLC4A8遺伝子の1713-1741の領域
(40)SLC4A9遺伝子の1131-1160の領域
(41)SLC4A10遺伝子の1716-1752の領域
(42)SLC4A11遺伝子の1410-1435の領域
(43)SLC5A1遺伝子の334-361の領域
(44)SLC5A2遺伝子の120-145の領域
(45)SLC5A3遺伝子の1465-1488の領域
(46)SLC5A4遺伝子の1070-1098の領域
(47)SLC5A5遺伝子の549-578の領域
(48)SLC5A6遺伝子の1480-1503の領域
(49)SLC5A7遺伝子の1093-1122の領域
(50)SLC5A8遺伝子の1134-1166の領域
(51)SLC5A10遺伝子の1602-1625の領域
(52)SLC5A11遺伝子の1817-1841の領域
(53)SLC5A12遺伝子の135-159の領域
(54)SLC6A2遺伝子の1403-1428の領域
(55)SLC6A3遺伝子の1385-1409の領域
(56)SLC6A4遺伝子の1178-1203の領域
(57)SLC6A5遺伝子の1551-1580の領域
(58)SLC6A6遺伝子の361-386の領域
(59)SLC6A7遺伝子の1197-1226の領域
(60)SLC6A9遺伝子の437-460の領域
(61)SLC7A1遺伝子の1242-1267の領域
(62)SLC7A2遺伝子の1260-1290の領域
(63)SLC7A3遺伝子の1159-1187の領域
(64)SLC7A4遺伝子の1618-1644の領域
(65)SLC7A5遺伝子の349-376の領域
(66)SLC7A6遺伝子の600-624の領域
(67)SLC7A7遺伝子の1261-1286の領域
(68)SLC7A8遺伝子の987-1017の領域
(69)SLC7A9遺伝子の126-153の領域
(70)SLC7A10遺伝子の1270-1294の領域
(71)SLC7A11遺伝子の506-535の領域
(72)SLC7A13遺伝子の251-278の領域
(73)SLC10A1遺伝子の667-694の領域
(74)SLC10A2遺伝子の811-838の領域
(75)SLC10A3遺伝子の575-605の領域
(76)SLC10A4遺伝子の847-876の領域
(77)SLC10A5遺伝子の1163-1190の領域
(78)SLC15A1遺伝子の1018-1045の領域
(79)SLC15A2遺伝子の309-336の領域
(80)SLC15A3遺伝子の1187-1212の領域
(81)SLC15A4遺伝子の698-724の領域
(82)SLC21A3遺伝子の739-770の領域
(83)SLC21A6遺伝子の1084-1115の領域
(84)SLC21A9遺伝子の1481-1504の領域
(85)SLC21A11遺伝子の693-723の領域
(86)SLC21A12遺伝子の2074-2101の領域
(87)SLC21A14遺伝子の1128-1160の領域
(88)SLC21A15遺伝子の2136-2161の領域
(89)SLC22A4遺伝子の649-681の領域
(90)SLC22A7遺伝子の592-615の領域
(91)SLC22A8遺伝子の322-352の領域
(92)SLC22A9遺伝子の1310-1336の領域
(93)SLC22A11遺伝子の864-894の領域
(94)SLC22A12遺伝子の543-566の領域
(95)SLC22A13遺伝子の322-351の領域
(96)SLC22A14遺伝子の1129-1156の領域
(97)SLC22A15遺伝子の1426-1454の領域
(98)SLC22A16遺伝子の427-453の領域
(99)SLC22A17遺伝子の925-953の領域
(100)SLC22A18遺伝子の1057-1082の領域
(101)SLC28A1遺伝子の887-910の領域
(102)SLC28A2遺伝子の555-581の領域
(103)SLC28A3遺伝子の1710-1733の領域
(104)SLC29A1遺伝子の652-679の領域
(105)SLC29A2遺伝子の606-633の領域
(106)SLC29A3遺伝子の789-813の領域
(107)SLC29A4遺伝子の418-445の領域
(108)SLC36A1遺伝子の526-555の領域
(109)SLC36A2遺伝子の921-946の領域
(110)SLC36A3遺伝子の188-211の領域
(111)SLC36A4遺伝子の1239-1266の領域
(112)SLC38A1遺伝子の1214-1246の領域
(113)SLC38A2遺伝子の439-468の領域
(114)SLC38A3遺伝子の1398-1421の領域
(115)SLC38A4遺伝子の1321-1349の領域
(116)SLC38A5遺伝子の738-764の領域
(117)SLC38A6遺伝子の553-582の領域
【0013】
また、本発明によれば、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードする遺伝子の下記各領域にそれぞれハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーとリバースプライマーとのプライマー対およびプローブのセットの少なくとも1つを含むヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの検出および定量キットであって、上記両プライマー対およびプローブが(1)から(117)に示される遺伝子の各領域にそれぞれハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドであるキット。
(1)プライマー対;ABCA5遺伝子の4452-4472領域及び4534-4514領域、プローブ;4484-4511領域
(2)プライマー対;ABCA6遺伝子の4075-4093領域及び4142-4124領域、プローブ;4099-4121領域
(3)プライマー対;ABCA9遺伝子の3122-3142領域及び3236-3214領域、プローブ;3159-3185領域
(4)プライマー対;ABCA10遺伝子の2823-2844領域及び2915-2893領域、プローブ;2846-2870領域
(5)プライマー対;ABCA12遺伝子の4231-4252領域及び4378-4357領域、プローブ;4263-4293領域
(6)プライマー対;ABCB5遺伝子の2232-2252領域及び2324-2304領域、プローブ;2256-2281領域
(7)プライマー対;ABCB9遺伝子の896-916領域及び997-978領域、プローブ;922-946領域
(8)プライマー対;ABCC10遺伝子の2487-2507領域及び2607-2587領域、プローブ;2522-2549領域
(9)プライマー対;ABCC11遺伝子の2372-2393領域及び2449-2431領域、プローブ;2396-2425領域
(10)プライマー対;ABCC12遺伝子の1252-1272領域及び1328-1309領域、プローブ;1274-1304領域
(11)プライマー対;ABCD2遺伝子の374-394領域及び475-455領域、プローブ;398-425領域
(12)プライマー対;ABCG4遺伝子の1328-1348領域及び1415-1395領域、プローブ;1355-1387領域
(13)プライマー対;ABCG5遺伝子の829-847領域及び933-913領域、プローブ;850-876領域
(14)プライマー対;ABCG8遺伝子の1391-1415領域及び1477-1455領域、プローブ;1421-1453領域
(15)プライマー対;SLC1A1遺伝子の1042-1062領域及び1149-1130領域、プローブ;1064-1089領域
(16)プライマー対;SLC1A2遺伝子の691-710領域及び770-752領域、プローブ;714-743領域
(17)プライマー対;SLC1A3遺伝子の967-987領域及び1052-1032領域、プローブ;990-1019領域
(18)プライマー対;SLC1A4遺伝子の574-597領域及び705-683領域、プローブ;603-630領域
(19)プライマー対;SLC1A5遺伝子の532-552領域及び615-595領域、プローブ;563-594領域
(20)プライマー対;SLC2A1遺伝子の246-265領域及び345-325領域、プローブ;273-296領域
(21)プライマー対;SLC2A2遺伝子の982-1001領域及び1110-1090領域、プローブ;1011-1038領域
(22)プライマー対;SLC2A3/SLC2A14遺伝子の855-881領域及び948-929領域、プローブ;883-911領域
(23)プライマー対;SLC2A4遺伝子の1168-1186領域及び1282-1263領域、プローブ;1189-1211領域
(24)プライマー対;SLC2A5遺伝子の1325-1344領域及び1409-1389領域、プローブ;1348-1381領域
(25)プライマー対;SLC2A7遺伝子の220-238領域及び289-269領域、プローブ;242-267領域
(26)プライマー対;SLC2A8遺伝子の1333-1353領域及び1427-1407領域、プローブ;1371-1405領域
(27)プライマー対;SLC2A9遺伝子の1265-1284領域及び1372-1354領域、プローブ;1289-1312領域
(28)プライマー対;SLC2A10遺伝子の1335-1353領域及び1461-1442領域、プローブ;1355-1377領域
(29)プライマー対;SLC2A11遺伝子の1330-1352領域及び1416-1397領域、プローブ;1367-1396領域
(30)プライマー対;SLC2A12遺伝子の1021-1039領域及び1097-1077領域、プローブ;1051-1076領域
(31)プライマー対;SLC2A13遺伝子の718-736領域及び799-775領域、プローブ;744-771領域
(32)プライマー対;SLC3A1遺伝子の1014-1034領域及び1153-1133領域、プローブ;1036-1061領域
(33)プライマー対;SLC3A2遺伝子の994-1014領域及び1075-1054領域、プローブ;1018-1043領域
(34)プライマー対;SLC4A1遺伝子の2414-2434領域及び2507-2489領域、プローブ;2448-2476領域
(35)プライマー対;SLC4A2遺伝子の858-877領域及び1008-988領域、プローブ;880-906領域
(36)プライマー対;SLC4A3遺伝子の1374-1394領域及び1442-1424領域、プローブ;1398-1422領域
(37)プライマー対;SLC4A4遺伝子の2095-2114領域及び2181-2163領域、プローブ;2124-2157領域
(38)プライマー対;SLC4A7遺伝子の1292-1310領域及び1401-1382領域、プローブ;1315-1346領域
(39)プライマー対;SLC4A8遺伝子の1683-1703領域及び1779-1756領域、プローブ;1713-1741領域
(40)プライマー対;SLC4A9遺伝子の1094-1112領域及び1190-1170領域、プローブ;1131-1160領域
(41)プライマー対;SLC4A10遺伝子の1671-1699領域及び1785-1761領域、プローブ;1716-1752領域
(42)プライマー対;SLC4A11遺伝子の1388-1408領域及び1504-1484領域、プローブ;1410-1435領域
(43)プライマー対;SLC5A1遺伝子の312-330領域及び398-376領域、プローブ;334-361領域
(44)プライマー対;SLC5A2遺伝子の100-118領域及び227-208領域、プローブ;120-145領域
(45)プライマー対;SLC5A3遺伝子の1437-1456領域及び1518-1498領域、プローブ;1465-1488領域
(46)プライマー対;SLC5A4遺伝子の1047-1067領域及び1157-1139領域、プローブ;1070-1098領域
(47)プライマー対;SLC5A5遺伝子の520-541領域及び602-581領域、プローブ;549-578領域
(48)プライマー対;SLC5A6遺伝子の1458-1478領域及び1577-1557領域、プローブ;1480-1503領域
(49)プライマー対;SLC5A7遺伝子の1070-1089領域及び1201-1183領域、プローブ;1093-1122領域
(50)プライマー対;SLC5A8遺伝子の1109-1132領域及び1198-1178領域、プローブ;1134-1166領域
(51)プライマー対;SLC5A10遺伝子の1570-1590領域及び1653-1635領域、プローブ;1602-1625領域
(52)プライマー対;SLC5A11遺伝子の1785-1806領域及び1862-1843領域、プローブ;1817-1841領域
(53)プライマー対;SLC5A12遺伝子の108-128領域及び186-166領域、プローブ;135-159領域
(54)プライマー対;SLC6A2遺伝子の1373-1393領域及び1520-1502領域、プローブ;1403-1428領域
(55)プライマー対;SLC6A3遺伝子の1352-1370領域及び1458-1440領域、プローブ;1385-1409領域
(56)プライマー対;SLC6A4遺伝子の1155-1175領域及び1249-1230領域、プローブ;1178-1203領域
(57)プライマー対;SLC6A5遺伝子の1530-1548領域及び1624-1604領域、プローブ;1551-1580領域
(58)プライマー対;SLC6A6遺伝子の339-359領域及び411-388領域、プローブ;361-386領域
(59)プライマー対;SLC6A7遺伝子の1173-1195領域及び1268-1248領域、プローブ;1197-1226領域
(60)プライマー対;SLC6A9遺伝子の415-434領域及び563-544領域、プローブ;437-460領域
(61)プライマー対;SLC7A1遺伝子の1219-1239領域及び1317-1298領域、プローブ;1242-1267領域
(62)プライマー対;SLC7A2遺伝子の1238-1257領域及び1334-1315領域、プローブ;1260-1290領域
(63)プライマー対;SLC7A3遺伝子の1137-1155領域及び1247-1229領域、プローブ;1159-1187領域
(64)プライマー対;SLC7A4遺伝子の1596-1616領域及び1686-1666領域、プローブ;1618-1644領域
(65)プライマー対;SLC7A5遺伝子の331-347領域及び440-421領域、プローブ;349-376領域
(66)プライマー対;SLC7A6遺伝子の578-598領域及び682-664領域、プローブ;600-624領域
(67)プライマー対;SLC7A7遺伝子の1238-1256領域及び1310-1290領域、プローブ;1261-1286領域
(68)プライマー対;SLC7A8遺伝子の952-970領域及び1084-1066領域、プローブ;987-1017領域
(69)プライマー対;SLC7A9遺伝子の106-124領域及び177-157領域、プローブ;126-153領域
(70)プライマー対;SLC7A10遺伝子の1250-1268領域及び1324-1304領域、プローブ;1270-1294領域
(71)プライマー対;SLC7A11遺伝子の473-493領域及び602-582領域、プローブ;506-535領域
(72)プライマー対;SLC7A13遺伝子の222-242領域及び317-297領域、プローブ;251-278領域
(73)プライマー対;SLC10A1遺伝子の643-663領域及び715-696領域、プローブ;667-694領域
(74)プライマー対;SLC10A2遺伝子の789-809領域及び885-865領域、プローブ;811-838領域
(75)プライマー対;SLC10A3遺伝子の555-573領域及び639-620領域、プローブ;575-605領域
(76)プライマー対;SLC10A4遺伝子の824-844領域及び900-880領域、プローブ;847-876領域
(77)プライマー対;SLC10A5遺伝子の1138-1158領域及び1229-1209領域、プローブ;1163-1190領域
(78)プライマー対;SLC15A1遺伝子の998-1016領域及び1148-1129領域、プローブ;1018-1045領域
(79)プライマー対;SLC15A2遺伝子の283-303領域及び377-357領域、プローブ;309-336領域
(80)プライマー対;SLC15A3遺伝子の1166-1184領域及び1255-1236領域、プローブ;1187-1212領域
(81)プライマー対;SLC15A4遺伝子の675-695領域及び749-729領域、プローブ;698-724領域
(82)プライマー対;SLC21A3遺伝子の709-729領域及び813-794領域、プローブ;739-770領域
(83)プライマー対;SLC21A6遺伝子の1049-1075領域及び1141-1117領域、プローブ;1084-1115領域
(84)プライマー対;SLC21A9遺伝子の1454-1473領域及び1598-1579領域、プローブ;1481-1504領域
(85)プライマー対;SLC21A11遺伝子の657-677領域及び745-726領域、プローブ;693-723領域
(86)プライマー対;SLC21A12遺伝子の2048-2071領域及び2151-2130領域、プローブ;2074-2101領域
(87)プライマー対;SLC21A14遺伝子の1100-1120領域及び1202-1183領域、プローブ;1128-1160領域
(88)プライマー対;SLC21A15遺伝子の2115-2134領域及び2209-2190領域、プローブ;2136-2161領域
(89)プライマー対;SLC22A4遺伝子の623-646領域及び725-705領域、プローブ;649-681領域
(90)プライマー対;SLC22A7遺伝子の563-583領域及び638-618領域、プローブ;592-615領域
(91)プライマー対;SLC22A8遺伝子の290-310領域及び393-373領域、プローブ;322-352領域
(92)プライマー対;SLC22A9遺伝子の1287-1305領域及び1359-1338領域、プローブ;1310-1336領域
(93)プライマー対;SLC22A11遺伝子の842-862領域及び920-900領域、プローブ;864-894領域
(94)プライマー対;SLC22A12遺伝子の521-541領域及び649-631領域、プローブ;543-566領域
(95)プライマー対;SLC22A13遺伝子の298-316領域及び377-357領域、プローブ;322-351領域
(96)プライマー対;SLC22A14遺伝子の1104-1127領域及び1183-1161領域、プローブ;1129-1156領域
(97)プライマー対;SLC22A15遺伝子の1401-1421領域及び1476-1456領域、プローブ;1426-1454領域
(98)プライマー対;SLC22A16遺伝子の405-423領域及び473-455領域、プローブ;427-453領域
(99)プライマー対;SLC22A17遺伝子の903-922領域及び974-956領域、プローブ;925-953領域
(100)プライマー対;SLC22A18遺伝子の1036-1054領域及び1123-1103領域、プローブ;1057-1082領域
(101)プライマー対;SLC28A1遺伝子の863-883領域及び986-966領域、プローブ;887-910領域
(102)プライマー対;SLC28A2遺伝子の533-553領域及び621-601領域、プローブ;555-581領域
(103)プライマー対;SLC28A3遺伝子の1689-1707領域及び1766-1746領域、プローブ;1710-1733領域
(104)プライマー対;SLC29A1遺伝子の612-633領域及び758-736領域、プローブ;652-679領域
(105)プライマー対;SLC29A2遺伝子の581-604領域及び694-676領域、プローブ;606-633領域
(106)プライマー対;SLC29A3遺伝子の764-787領域及び882-861領域、プローブ;789-813領域
(107)プライマー対;SLC29A4遺伝子の365-385領域及び465-445領域、プローブ;418-445領域
(108)プライマー対;SLC36A1遺伝子の506-524領域及び646-626領域、プローブ;526-555領域
(109)プライマー対;SLC36A2遺伝子の900-919領域及び1001-981領域、プローブ;921-946領域
(110)プライマー対;SLC36A3遺伝子の159-177領域及び297-275領域、プローブ;188-211領域
(111)プライマー対;SLC36A4遺伝子の1205-1223領域及び1289-1271領域、プローブ;1239-1266領域
(112)プライマー対;SLC38A1遺伝子の1179-1202領域及び1281-1255領域、プローブ;1214-1246領域
(113)プライマー対;SLC38A2遺伝子の411-435領域及び510-485領域、プローブ;439-468領域
(114)プライマー対;SLC38A3遺伝子の1378-1396領域及び1444-1424領域、プローブ;1398-1421領域
(115)プライマー対;SLC38A4遺伝子の1296-1318領域及び1423-1401領域、プローブ;1321-1349領域
(116)プライマー対;SLC38A5遺伝子の715-733領域及び822-803領域、プローブ;738-764領域
(117)プライマー対;SLC38A6遺伝子の530-550領域及び656-637領域、プローブ;553-582領域
【0014】
上記キットを構成するプライマー対とプローブとの組合せ(セット)の好ましいものとしては、下記(1)から(117)から選ばれる各配列番号で示される配列を含むもの、より好ましくは各配列番号で示される配列のものを挙げることができる。
(1)プライマー対;配列番号118及び119、プローブ;配列番号1
(2)プライマー対;配列番号120及び121、プローブ;配列番号2
(3)プライマー対;配列番号122及び123、プローブ;配列番号3
(4)プライマー対;配列番号124及び125、プローブ;配列番号4
(5)プライマー対;配列番号126及び127、プローブ;配列番号5
(6)プライマー対;配列番号128及び129、プローブ;配列番号6
(7)プライマー対;配列番号130及び131、プローブ;配列番号7
(8)プライマー対;配列番号132及び133、プローブ;配列番号8
(9)プライマー対;配列番号134及び135、プローブ;配列番号9
(10)プライマー対;配列番号136及び137、プローブ;配列番号10
(11)プライマー対;配列番号138及び139、プローブ;配列番号11
(12)プライマー対;配列番号140及び141、プローブ;配列番号12
(13)プライマー対;配列番号142及び143、プローブ;配列番号13
(14)プライマー対;配列番号144及び145、プローブ;配列番号14
(15)プライマー対;配列番号146及び147、プローブ;配列番号15
(16)プライマー対;配列番号148及び149、プローブ;配列番号16
(17)プライマー対;配列番号150及び151、プローブ;配列番号17
(18)プライマー対;配列番号152及び153、プローブ;配列番号18
(19)プライマー対;配列番号154及び155、プローブ;配列番号19
(20)プライマー対;配列番号156及び157、プローブ;配列番号20
(21)プライマー対;配列番号158及び159、プローブ;配列番号21
(22)プライマー対;配列番号160及び161、プローブ;配列番号22
(23)プライマー対;配列番号162及び163、プローブ;配列番号23
(24)プライマー対;配列番号164及び165、プローブ;配列番号24
(25)プライマー対;配列番号166及び167、プローブ;配列番号25
(26)プライマー対;配列番号168及び169、プローブ;配列番号26
(27)プライマー対;配列番号170及び171、プローブ;配列番号27
(28)プライマー対;配列番号172及び173、プローブ;配列番号28
(29)プライマー対;配列番号174及び175、プローブ;配列番号29
(30)プライマー対;配列番号176及び177、プローブ;配列番号30
(31)プライマー対;配列番号178及び179、プローブ;配列番号31
(32)プライマー対;配列番号180及び181、プローブ;配列番号32
(33)プライマー対;配列番号182及び183、プローブ;配列番号33
(34)プライマー対;配列番号184及び185、プローブ;配列番号34
(35)プライマー対;配列番号186及び187、プローブ;配列番号35
(36)プライマー対;配列番号188及び189、プローブ;配列番号36
(37)プライマー対;配列番号190及び191、プローブ;配列番号37
(38)プライマー対;配列番号192及び193、プローブ;配列番号38
(39)プライマー対;配列番号194及び195、プローブ;配列番号39
(40)プライマー対;配列番号196及び197、プローブ;配列番号40
(41)プライマー対;配列番号198及び199、プローブ;配列番号41
(42)プライマー対;配列番号200及び201、プローブ;配列番号42
(43)プライマー対;配列番号202及び203、プローブ;配列番号43
(44)プライマー対;配列番号204及び205、プローブ;配列番号44
(45)プライマー対;配列番号206及び207、プローブ;配列番号45
(46)プライマー対;配列番号208及び209、プローブ;配列番号46
(47)プライマー対;配列番号210及び211、プローブ;配列番号47
(48)プライマー対;配列番号212及び213、プローブ;配列番号48
(49)プライマー対;配列番号214及び215、プローブ;配列番号49
(50)プライマー対;配列番号216及び217、プローブ;配列番号50
(51)プライマー対;配列番号218及び219、プローブ;配列番号51
(52)プライマー対;配列番号220及び221、プローブ;配列番号52
(53)プライマー対;配列番号222及び223、プローブ;配列番号53
(54)プライマー対;配列番号224及び225、プローブ;配列番号54
(55)プライマー対;配列番号226及び227、プローブ;配列番号55
(56)プライマー対;配列番号228及び229、プローブ;配列番号56
(57)プライマー対;配列番号230及び231、プローブ;配列番号57
(58)プライマー対;配列番号232及び233、プローブ;配列番号58
(59)プライマー対;配列番号234及び235、プローブ;配列番号59
(60)プライマー対;配列番号236及び237、プローブ;配列番号60
(61)プライマー対;配列番号238及び239、プローブ;配列番号61
(62)プライマー対;配列番号240及び241、プローブ;配列番号62
(63)プライマー対;配列番号242及び243、プローブ;配列番号63
(64)プライマー対;配列番号244及び245、プローブ;配列番号64
(65)プライマー対;配列番号246及び247、プローブ;配列番号65
(66)プライマー対;配列番号248及び249、プローブ;配列番号66
(67)プライマー対;配列番号250及び251、プローブ;配列番号67
(68)プライマー対;配列番号252及び253、プローブ;配列番号68
(69)プライマー対;配列番号254及び255、プローブ;配列番号69
(70)プライマー対;配列番号256及び257、プローブ;配列番号70
(71)プライマー対;配列番号258及び259、プローブ;配列番号71
(72)プライマー対;配列番号260及び261、プローブ;配列番号72
(73)プライマー対;配列番号262及び263、プローブ;配列番号73
(74)プライマー対;配列番号264及び265、プローブ;配列番号74
(75)プライマー対;配列番号266及び267、プローブ;配列番号75
(76)プライマー対;配列番号268及び269、プローブ;配列番号76
(77)プライマー対;配列番号270及び271、プローブ;配列番号77
(78)プライマー対;配列番号272及び273、プローブ;配列番号78
(79)プライマー対;配列番号274及び275、プローブ;配列番号79
(80)プライマー対;配列番号276及び277、プローブ;配列番号80
(81)プライマー対;配列番号278及び279、プローブ;配列番号81
(82)プライマー対;配列番号280及び281、プローブ;配列番号82
(83)プライマー対;配列番号282及び283、プローブ;配列番号83
(84)プライマー対;配列番号284及び285、プローブ;配列番号84
(85)プライマー対;配列番号286及び287、プローブ;配列番号85
(86)プライマー対;配列番号288及び289、プローブ;配列番号86
(87)プライマー対;配列番号290及び291、プローブ;配列番号87
(88)プライマー対;配列番号292及び293、プローブ;配列番号88
(89)プライマー対;配列番号294及び295、プローブ;配列番号89
(90)プライマー対;配列番号296及び297、プローブ;配列番号90
(91)プライマー対;配列番号298及び299、プローブ;配列番号91
(92)プライマー対;配列番号300及び301、プローブ;配列番号92
(93)プライマー対;配列番号302及び303、プローブ;配列番号93
(94)プライマー対;配列番号304及び305、プローブ;配列番号94
(95)プライマー対;配列番号306及び307、プローブ;配列番号95
(96)プライマー対;配列番号308及び309、プローブ;配列番号96
(97)プライマー対;配列番号310及び311、プローブ;配列番号97
(98)プライマー対;配列番号312及び313、プローブ;配列番号98
(99)プライマー対;配列番号314及び315、プローブ;配列番号99
(100)プライマー対;配列番号316及び317、プローブ;配列番号100
(101)プライマー対;配列番号318及び319、プローブ;配列番号101
(102)プライマー対;配列番号320及び321、プローブ;配列番号102
(103)プライマー対;配列番号322及び323、プローブ;配列番号103
(104)プライマー対;配列番号324及び325、プローブ;配列番号104
(105)プライマー対;配列番号326及び327、プローブ;配列番号105
(106)プライマー対;配列番号328及び329、プローブ;配列番号106
(107)プライマー対;配列番号330及び331、プローブ;配列番号107
(108)プライマー対;配列番号332及び333、プローブ;配列番号108
(109)プライマー対;配列番号334及び335、プローブ;配列番号109
(110)プライマー対;配列番号336及び337、プローブ;配列番号110
(111)プライマー対;配列番号338及び339、プローブ;配列番号111
(112)プライマー対;配列番号340及び341、プローブ;配列番号112
(113)プライマー対;配列番号342及び343、プローブ;配列番号113
(114)プライマー対;配列番号344及び345、プローブ;配列番号114
(115)プライマー対;配列番号346及び347、プローブ;配列番号115
(116)プライマー対;配列番号348及び349、プローブ;配列番号116
(117)プライマー対;配列番号350及び351、プローブ;配列番号117
【0015】
また、上記各セットはそれぞれ以下のヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの測定用であることができる。
(1)のセット;ABCA5測定用
(2)のセット;ABCA6測定用
(3)のセット;ABCA9測定用
(4)のセット;ABCA10測定用
(5)のセット;ABCA12測定用
(6)のセット;ABCB5測定用
(7)のセット;ABCB9測定用
(8)のセット;ABCC10測定用
(9)のセット;ABCC11測定用
(10)のセット;ABCC12測定用
(11)のセット;ABCD2測定用
(12)のセット;ABCG4測定用
(13)のセット;ABCG5測定用
(14)のセット;ABCG8測定用
(15)のセット;SLC1A1測定用
(16)のセット;SLC1A2測定用
(17)のセット;SLC1A3測定用
(18)のセット;SLC1A4測定用
(19)のセット;SLC1A5測定用
(20)のセット;SLC2A1測定用
(21)のセット;SLC2A2測定用
(22)のセット;SLC2A3/SLC2A14測定用
(23)のセット;SLC2A4測定用
(24)のセット;SLC2A5測定用
(25)のセット;SLC2A7測定用
(26)のセット;SLC2A8測定用
(27)のセット;SLC2A9測定用
(28)のセット;SLC2A10測定用
(29)のセット;SLC2A11測定用
(30)のセット;SLC2A12測定用
(31)のセット;SLC2A13測定用
(32)のセット;SLC3A1測定用
(33)のセット;SLC3A2測定用
(34)のセット;SLC4A1測定用
(35)のセット;SLC4A2測定用
(36)のセット;SLC4A3測定用
(37)のセット;SLC4A4測定用
(38)のセット;SLC4A7測定用
(39)のセット;SLC4A8測定用
(40)のセット;SLC4A9測定用
(41)のセット;SLC4A10測定用
(42)のセット;SLC4A11測定用
(43)のセット;SLC5A1測定用
(44)のセット;SLC5A2測定用
(45)のセット;SLC5A3測定用
(46)のセット;SLC5A4測定用
(47)のセット;SLC5A5測定用
(48)のセット;SLC5A6測定用
(49)のセット;SLC5A7測定用
(50)のセット;SLC5A8測定用
(51)のセット;SLC5A10測定用
(52)のセット;SLC5A11測定用
(53)のセット;SLC5A12測定用
(54)のセット;SLC6A2測定用
(55)のセット;SLC6A3測定用
(56)のセット;SLC6A4測定用
(57)のセット;SLC6A5測定用
(58)のセット;SLC6A6測定用
(59)のセット;SLC6A7測定用
(60)のセット;SLC6A9測定用
(61)のセット;SLC7A1測定用
(62)のセット;SLC7A2測定用
(63)のセット;SLC7A3測定用
(64)のセット;SLC7A4測定用
(65)のセット;SLC7A5測定用
(66)のセット;SLC7A6測定用
(67)のセット;SLC7A7測定用
(68)のセット;SLC7A8測定用
(69)のセット;SLC7A9測定用
(70)のセット;SLC7A10測定用
(71)のセット;SLC7A11測定用
(72)のセット;SLC7A13測定用
(73)のセット;SLC10A1測定用
(74)のセット;SLC10A2測定用
(75)のセット;SLC10A3測定用
(76)のセット;SLC10A4測定用
(77)のセット;SLC10A5測定用
(78)のセット;SLC15A1測定用
(79)のセット;SLC15A2測定用
(80)のセット;SLC15A3測定用
(81)のセット;SLC15A4測定用
(82)のセット;SLC21A3測定用
(83)のセット;SLC21A6測定用
(84)のセット;SLC21A9測定用
(85)のセット;SLC21A11測定用
(86)のセット;SLC21A12測定用
(87)のセット;SLC21A14測定用
(88)のセット;SLC21A15測定用
(89)のセット;SLC22A4測定用
(90)のセット;SLC22A7測定用
(91)のセット;SLC22A8測定用
(92)のセット;SLC22A9測定用
(93)のセット;SLC22A11測定用
(94)のセット;SLC22A12測定用
(95)のセット;SLC22A13測定用
(96)のセット;SLC22A14測定用
(97)のセット;SLC22A15測定用
(98)のセット;SLC22A16測定用
(99)のセット;SLC22A17測定用
(100)のセット;SLC22A18測定用
(101)のセット;SLC28A1測定用
(102)のセット;SLC28A2測定用
(103)のセット;SLC28A3測定用
(104)のセット;SLC29A1測定用
(105)のセット;SLC29A2測定用
(106)のセット;SLC29A3測定用
(107)のセット;SLC29A4測定用
(108)のセット;SLC36A1測定用
(109)のセット;SLC36A2測定用
(110)のセット;SLC36A3測定用
(111)のセット;SLC36A4測定用
(112)のセット;SLC38A1測定用
(113)のセット;SLC38A2測定用
(114)のセット;SLC38A3測定用
(115)のセット;SLC38A4測定用
(116)のセット;SLC38A5測定用
(117)のセット;SLC38A6測定用
本発明によれば、更にヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAを含む検体について、上記いずれかに記載の測定キットを用いてポリメラーゼ連鎖反応(PCR、RT−PCRを含む)を行い、用いたプローブの加水分解の有無を測定することを特徴とするヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの測定方法、特に上記加水分解の有無が、励起光照射による蛍光の発色の有無によりなされる上記測定方法が提供される。
【0016】
より詳しくは、フォワードプライマー及びリバースプライマーのプライマー対並びにレポーター色素とクエンチャー色素を有し上記両プライマーに挟まれた領域内で鋳型核酸とハイブリダイズするプローブを用いて、5′−3′エキソヌクレアーゼ活性を有するDNAポリメラーゼによりポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を行うことによって、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードする遺伝子を測定するリアルタイム検出方法が提供される。
【0017】
本発明に係わるヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAのリアルタイム検出方法は、同一PCR乃至RT−PCR反応条件下にリアルタイムで簡便かつ迅速に、各種ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAを定量できるものであり、その確立は、臨床分野において非常に有益である。
【0018】
また、手術で摘出した組織やバイオプシーにより摘出した組織中のヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNA発現を見る上で、迅速かつ多種の試料を処理でき、また、僅かな組織片から抽出した全RNAで検出可能である。
【0019】
更に、特定のヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAにおいては、肝臓、腎臓等での発現量の変化が血液中(血液に含まれる核を有する細胞)の値の変化と相関する可能性が考えられるが、この血液中の発現量は小さく、測定には多くの血液を必要とする。しかし、本発明者の設計したプライマーとプローブを用いれば少ないサンプルで測定が可能である機器での測定が可能であり、血液中の発現量を測定することに有用である。また、特定のヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAにおいては、肝臓、腎臓等での発現量の変化が唾液中など分泌液中に含まれる核を有する細胞の値の変化と相関する可能性が考えられるが、この唾液中など分泌液中に含まれる核を有する細胞中の発現量は小さく、測定には多くの唾液などの分泌液を必要とする。しかし、本発明者の設計したプライマーとプローブを用いれば少ないサンプルで測定が可能である機器での測定が可能であり、唾液中などの発現量を測定することに有用である。
【0020】
以下、本発明方法に利用するプローブ及びプライマー対につき詳述すれば、これら各プローブ及びプライマーは、上述した通り、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードする遺伝子の特定領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドから選択される。
【0021】
ここで「ハイブリダイズする」とは、後述するPCR(RT−PCR)の条件でハイブリダイズすることをいう。
【0022】
本発明に係わるプローブ及びプライマーに共通する要件としては、増幅生成物が50〜400塩基対の長さであること、プライマーとプローブができる限り近接していること、配列に含まれるG(グアニン)及びC(シトシン)の割合がなるべく50%前後であること、G(グアニン)が4つ以上連続していないことを挙げることができる。また、その他の本発明プローブにみられる要件としてはTm値が70℃前後であることを挙げることができ、同様にプライマーにはTm値が60℃前後であることを挙げることができる。
【0023】
それぞれのmRNA配列は公知であり、それぞれジーンバンク(GenBank)に以下の登録番号で登録されている。
(1)ABCA5遺伝子;NM_018672
(2)ABCA6遺伝子;NM_080284
(3)ABCA9遺伝子;NM_080283
(4)ABCA10遺伝子;NM_080282
(5)ABCA12遺伝子;NM_173076
(6)ABCB5遺伝子;NM_178559
(7)ABCB9遺伝子;NM_019625
(8)ABCC10遺伝子;NM_033450
(9)ABCC11遺伝子;NM_032583
(10)ABCC12遺伝子;NM_145187
(11)ABCD2遺伝子;NM_005164
(12)ABCG4遺伝子;NM_022169
(13)ABCG5遺伝子;NM_022436
(14)ABCG8遺伝子;NM_022437
(15)SLC1A1遺伝子;NM_004170
(16)SLC1A2遺伝子;NM_004171
(17)SLC1A3遺伝子;NM_004172
(18)SLC1A4遺伝子;NM_003038
(19)SLC1A5遺伝子;NM_005628
(20)SLC2A1遺伝子;NM_006516
(21)SLC2A2遺伝子;NM_000340
(22)SLC2A3/SLC2A14遺伝子;NM_006931、NM_153449
(23)SLC2A4遺伝子;NM_001042
(24)SLC2A5遺伝子;NM_003039
(25)SLC2A7遺伝子;NM_207420
(26)SLC2A8遺伝子;NM_014580
(27)SLC2A9遺伝子;NM_020041
(28)SLC2A10遺伝子;NM_030777
(29)SLC2A11遺伝子;NM_030807
(30)SLC2A12遺伝子;NM_145176
(31)SLC2A13遺伝子;NM_052885
(32)SLC3A1遺伝子;NM_000341
(33)SLC3A2遺伝子;NM_002394
(34)SLC4A1遺伝子;NM_000342
(35)SLC4A2遺伝子;NM_003040
(36)SLC4A3遺伝子;NM_201574
(37)SLC4A4遺伝子;NM_003759
(38)SLC4A7遺伝子;NM_003615
(39)SLC4A8遺伝子;NM_004858
(40)SLC4A9遺伝子;NM_031467
(41)SLC4A10遺伝子;NM_022058
(42)SLC4A11遺伝子;NM_032034
(43)SLC5A1遺伝子;NM_000343
(44)SLC5A2遺伝子;NM_003041
(45)SLC5A3遺伝子;NM_006933
(46)SLC5A4遺伝子;NM_014227
(47)SLC5A5遺伝子;NM_000453
(48)SLC5A6遺伝子;NM_021095
(49)SLC5A7遺伝子;NM_021815
(50)SLC5A8遺伝子;NM_145913
(51)SLC5A10遺伝子;NM_152351
(52)SLC5A11遺伝子;NM_052944
(53)SLC5A12遺伝子;NM_178498
(54)SLC6A2遺伝子;NM_001043
(55)SLC6A3遺伝子;NM_001044
(56)SLC6A4遺伝子;NM_001045
(57)SLC6A5遺伝子;NM_004211
(58)SLC6A6遺伝子;NM_003043
(59)SLC6A7遺伝子;NM_014228
(60)SLC6A9遺伝子;NM_006934
(61)SLC7A1遺伝子;NM_003045
(62)SLC7A2遺伝子;NM_003046
(63)SLC7A3遺伝子;NM_032803
(64)SLC7A4遺伝子;NM_004173
(65)SLC7A5遺伝子;NM_003486
(66)SLC7A6遺伝子;NM_003983
(67)SLC7A7遺伝子;NM_003982
(68)SLC7A8遺伝子;NM_012244
(69)SLC7A9遺伝子;NM_014270
(70)SLC7A10遺伝子;NM_019849
(71)SLC7A11遺伝子;NM_014331
(72)SLC7A13遺伝子;NM_138817
(73)SLC10A1遺伝子;NM_003049
(74)SLC10A2遺伝子;NM_000452
(75)SLC10A3遺伝子;NM_019848
(76)SLC10A4遺伝子;NM_152679
(77)SLC10A5遺伝子;NM_001010893
(78)SLC15A1遺伝子;NM_005073
(79)SLC15A2遺伝子;NM_021082
(80)SLC15A3遺伝子;NM_016582
(81)SLC15A4遺伝子;NM_145648
(82)SLC21A3遺伝子;NM_134431
(83)SLC21A6遺伝子;NM_006446
(84)SLC21A9遺伝子;NM_007256
(85)SLC21A11遺伝子;NM_013272
(86)SLC21A12遺伝子;NM_016354
(87)SLC21A14遺伝子;NM_017435
(88)SLC21A15遺伝子;NM_030958
(89)SLC22A4遺伝子;NM_003059
(90)SLC22A7遺伝子;NM_006672
(91)SLC22A8遺伝子;NM_004254
(92)SLC22A9遺伝子;NM_080866
(93)SLC22A11遺伝子;NM_018484
(94)SLC22A12遺伝子;NM_144585
(95)SLC22A13遺伝子;NM_004256
(96)SLC22A14遺伝子;NM_004803
(97)SLC22A15遺伝子;NM_018420
(98)SLC22A16遺伝子;NM_033125
(99)SLC22A17遺伝子;NM_020372
(100)SLC22A18遺伝子;NM_002555
(101)SLC28A1遺伝子;NM_004213
(102)SLC28A2遺伝子;NM_004212
(103)SLC28A3遺伝子;NM_022127
(104)SLC29A1遺伝子;NM_004955
(105)SLC29A2遺伝子;NM_001532
(106)SLC29A3遺伝子;NM_018344
(107)SLC29A4遺伝子;NM_153247
(108)SLC36A1遺伝子;NM_078483
(109)SLC36A2遺伝子;NM_181776
(110)SLC36A3遺伝子;NM_181774
(111)SLC36A4遺伝子;NM_152313
(112)SLC38A1遺伝子;NM_030674
(113)SLC38A2遺伝子;NM_018976
(114)SLC38A3遺伝子;NM_006841
(115)SLC38A4遺伝子;NM_018018
(116)SLC38A5遺伝子;NM_033518
(117)SLC38A6遺伝子;NM_153811
【0024】
本明細書において、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの特定領域の表示は、いずれも上記各登録番号で登録された遺伝子の開始コドンからの配列に従うものである。
【0025】
これら各プライマー及びプローブ用のオリゴヌクレオチドのヌクレオチド数は、少なくとも15個、通常15〜50個、好ましくは20〜45個の範囲にあるのがよい。これらプライマー及びプローブのヌクレオチド数が上記よりあまりに多くなりすぎると、1本鎖DNAにハイブリダイズしにくくなり、逆にあまりに小さすぎると、ハイブリダイゼーションの特異性が低下する。
【0026】
プライマー及びプローブの特定のヌクレオチド配列の好ましい具体的配列の例は、前述したとおり、各分子種に応じてそれぞれ、配列番号1から117(プローブの場合)並びに配列番号118〜351(プライマーの場合)に示されるとおりである。
【0027】
尚、例えば20ヌクレオチドからなるプライマー又はプローブは、鋳型鎖との間に少数のミスマッチが存在してもハイブリダイズし、PCRのプライマーとして又は検出用プローブとして機能し得ることが知られている。従って本発明プライマー及びプローブもまた、上記の特定のヌクレオチド配列を有するものに限定されず、これをその一部として含むものや、この配列中の例えば2個以下のヌクレオチドの置換、欠失及び/又は付加による修飾のなされた配列を包含することができる。
【0028】
上記本発明プローブ及びプライマーとしての各オリゴヌクレオチドは、常法に従い、自動合成機、例えばDNAシンセサイザー(パーキンエルマー社)等を用いて容易に合成することができ、得られるオリゴヌクレオチドは更に必要に応じて、市販の精製用カートリッジ等を用いて精製することもできる。
【0029】
本発明のリアルタイム検出用プローブは、その一端、例えば5′−末端にレポーター色素を結合しており、そして他端、例えば3′−末端にクエンチャー色素を結合している。レポーター色素は、例えば励起光の照射によって蛍光を発する物質であり、クエンチャー色素は、該レポーター色素に距離的に接近して存在する場合レポーター色素に作用してその蛍光の発生を消去する作用を有するものであることができる。該レポーター色素の例としては、例えば6−カルボキシ−フルオレッセイン(FAM)、テトラクロロ−6−カルボキシフルオレッセイン(TET)、2,7−ジメトキシ−4,5−ジクロロ−6−カルボキシフルオレッセイン(JOE)、ヘキソクロロ−6−カルボキシフルオレッセイン(HEX)等が挙げられる。クエンチャー色素の例としては、例えば6−カルボキシ−テトラメチル−ローダミン(TAMRA)等が挙げられる。
【0030】
本発明プローブは、前記特定配列のプローブ用オリゴヌクレオチドにレポーター色素及びクエンチャー色素を結合させることにより調製できる。例えばプローブの5′側は、通常数個のメチレン鎖をリンカーとし、末端のリン酸基にFAM分子をリン酸エステルの形で結合させることができる。また、3′側には、下に示す構造単位を介してアミド結合によりTAMRA分子を結合させ得る。
【0031】
【化1】

【0032】
以下、本発明プライマー対及びプローブを利用したPCRによるリアルタイム検出法につき詳述する。
【0033】
本発明方法は、前述した本発明プライマー対及びプローブを利用することを必須として、他は公知のPCR法(例えば、Science, 230, 1350 (1985)参照)、RT−PCR(Genome Res., 6(10), 986 (1996)参照)等、特にリアルタイム検出法(例えばTaqMan PCR, ABI PRISMTM 7700 SEQUENCE DETECTION SYSTEM, Applied Biosystems, Ver1, June 1996参照)に従い実施することができる。
【0034】
該方法は、特に本発明が対象とするヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの発現量の測定方法として、mRNAを測定する場合に有用である。この場合、特定のヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAを発現している生体組織を採取し、常法に従って全RNAを抽出し、次にそれに対して相補性のcDNAを常法に従って合成した後、本発明プライマー対とプローブとを用いて、PCRを行えばよい。また、常法に従って全RNAを抽出後、本発明プライマーとプローブとを用いて、直接RT−PCRを行なうこともできる。
【0035】
PCR反応、RT−PCR反応は、基本的には公知の方法に従うことができる。それらの反応条件も公知の方法に準じて適宜決定することができ、特に異なるものではない。具体的には、後記実施例に示す条件を好ましく採用できる。
【0036】
検出も、基本的には常法に従って、例えば、アルゴンレーザ光をPCR反応液に照射し、放射される蛍光をCCDカメラを用いて検出することにより行なうことができる。
【0037】
かくして、本発明方法の実施によって、所期のヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAを容易かつ迅速に、しかも各ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNA毎に測定、検出することができる。
【0038】
本発明は更に、上記方法の実施のためのキットをも提供する。このキットは上記プライマー対及びプローブを含んでなる。本発明キットには、対照として使用することのできる既知の核酸や、該核酸を測定するためのプライマー対及びプローブを更に含んでいてもよい。
【0039】
本発明方法によれば、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAをそのヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNA毎に測定、検出できるため、これによって、ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの定量が迅速に、精度よく行なうことができる。
【実施例1】
【0040】
以下、本発明を更に詳しく説明するため試験例及び実施例を挙げる。
【0041】
[リアルタイム検出法による検量線の作成]
(1)試験方法
本試験で採用したリアルタイムワンステップRT−PCR法は、96ウエルを用いて、最大96の異なった反応を同時に実施して、一度に最大96の検体を測定できるものである。また、1チューブ内でRT反応とPCR反応とを行なうことができる。さらに、384ウエルでの測定も可能である。
【0042】
本定量の原理は、隣接した2種類の蛍光色素を用いて、一方の色素(リポーター色素)の蛍光波長と他方の色素(クエンチャー色素)の励起光波長との間で、波長領域が重なる場合に生じるFRETを利用したものである。FRETを生じる2種の蛍光色素を両末端に結合させたプローブ(TaqMan probe)がPCRで増幅した特定のヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNA種由来のcDNAにハイブリダイゼーションし、この状態でPCRの伸長反応が始まり、Taq DNAポリメラーゼの有する5’−3’エンドヌクレアーゼ活性によってTaqManプローブが加水分解され、リポーター色素が脱離し、クエンチャー色素との間の物理的距離が生じ、FRETによって抑制されていたリポーター色素の蛍光強度が増加し、この蛍光強度の増加はPCRの増幅産物の増加量に比例するため、これをPCR反応毎に測定することによって、所望の定量が可能となる。
【0043】
本試験では、プローブの5’末端側にはリポーター色素としてFAMを、3’末端側にはクエンチャー色素としてTAMRAを使用した。これら各色素の結合及びこれによるTaqManプローブの作成は、文献記載の方法(Genome Res., 6(10), 986 (1996))に従って行なった。
【0044】
また、各プライマー及びプローブとしてのオリゴヌクレオチドは、自動シンセサイザーとしてABI社製のDNA/RNA合成機を利用して、基質(dNTP)及び規定の試薬を用いて合成した。
【0045】
検体RNAとしては、成人の組織プールより精製された全RNAを用いた。尚、これらの全RNAはクローンテック社(Clontech Laboratories, Inc.)より購入した。
【0046】
成人の組織プールより精製された全RNAは、RNaseフリーの水で希釈し、20μg/mLとし、検量線作成用とした。以後は、50μg/mLのイーストtRNA(Yeast tRNA, GIBCO社製)を用いて、5倍公比で256pg/mLまで希釈した。測定には5μLを使用した。
【0047】
RT−PCR反応は、300nMフォワードプライマー、900nMリバースプライマー及び200nM TaqManプローブを含むTaqMan One-Step RT-PCR Master Mix Reagents Kit (PE Applied Biosystems)を用いて、50μL/チューブの系で、ABI PRISMTM7700 Sequence Detection System(PE Applied Biosystems)にて行なった。
【0048】
温度条件は、48℃で30分間、95℃で10分間で保温した後、95℃で15秒間、60℃で1分間のサイクルを50回行い、各サイクルごとに蛍光強度を測定した。
【0049】
下記表1〜3に示す各ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAに対して各配列番号に示される配列のプライマー対及びプローブを用いて行った上記試験の結果(検量線)を表4〜6に示す。
【0050】
【表1】

【0051】
【表2】

【0052】
【表3】

【0053】
【表4】

【0054】
【表5】

【0055】
【表6】

【0056】
上記表4〜6より、100000pg全RNA/50μL反応液量から5倍公比で希釈された検量線を作成したところ、定量下限は1.28pg全RNA/50μL反応液量から4000pg全RNA/50μL反応液量の範囲であり、検量線の相関係数(r)は全てにおいて0.98以上であった。

【特許請求の範囲】
【請求項1】
ヒトにおける薬物トランスポーターのmRNAの測定に用いられるプローブであって、下記(1)から(117)の各領域のそれぞれにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドから選ばれることを特徴とするプローブ。
(1)ABCA5遺伝子の4484-4511の領域
(2)ABCA6遺伝子の4099-4121の領域
(3)ABCA9遺伝子の3159-3185の領域
(4)ABCA10遺伝子の2846-2870の領域
(5)ABCA12遺伝子の4263-4293の領域
(6)ABCB5遺伝子の2256-2281の領域
(7)ABCB9遺伝子の922-946の領域
(8)ABCC10遺伝子の2522-2549の領域
(9)ABCC11遺伝子の2396-2425の領域
(10)ABCC12遺伝子の1274-1304の領域
(11)ABCD2遺伝子の398-425の領域
(12)ABCG4遺伝子の1355-1387の領域
(13)ABCG5遺伝子の850-876の領域
(14)ABCG8遺伝子の1421-1453の領域
(15)SLC1A1遺伝子の1064-1089の領域
(16)SLC1A2遺伝子の714-743の領域
(17)SLC1A3遺伝子の990-1019の領域
(18)SLC1A4遺伝子の603-630の領域
(19)SLC1A5遺伝子の563-594の領域
(20)SLC2A1遺伝子の273-296の領域
(21)SLC2A2遺伝子の1011-1038の領域
(22)SLC2A3/SLC2A14遺伝子の883-911の領域
(23)SLC2A4遺伝子の1189-1211の領域
(24)SLC2A5遺伝子の1348-1381の領域
(25)SLC2A7遺伝子の242-267の領域
(26)SLC2A8遺伝子の1371-1405の領域
(27)SLC2A9遺伝子の1289-1312の領域
(28)SLC2A10遺伝子の1355-1377の領域
(29)SLC2A11遺伝子の1367-1396の領域
(30)SLC2A12遺伝子の1051-1076の領域
(31)SLC2A13遺伝子の744-771の領域
(32)SLC3A1遺伝子の1036-1061の領域
(33)SLC3A2遺伝子の1018-1043の領域
(34)SLC4A1遺伝子の2448-2476の領域
(35)SLC4A2遺伝子の880-906の領域
(36)SLC4A3遺伝子の1398-1422の領域
(37)SLC4A4遺伝子の2124-2157の領域
(38)SLC4A7遺伝子の1315-1346の領域
(39)SLC4A8遺伝子の1713-1741の領域
(40)SLC4A9遺伝子の1131-1160の領域
(41)SLC4A10遺伝子の1716-1752の領域
(42)SLC4A11遺伝子の1410-1435の領域
(43)SLC5A1遺伝子の334-361の領域
(44)SLC5A2遺伝子の120-145の領域
(45)SLC5A3遺伝子の1465-1488の領域
(46)SLC5A4遺伝子の1070-1098の領域
(47)SLC5A5遺伝子の549-578の領域
(48)SLC5A6遺伝子の1480-1503の領域
(49)SLC5A7遺伝子の1093-1122の領域
(50)SLC5A8遺伝子の1134-1166の領域
(51)SLC5A10遺伝子の1602-1625の領域
(52)SLC5A11遺伝子の1817-1841の領域
(53)SLC5A12遺伝子の135-159の領域
(54)SLC6A2遺伝子の1403-1428の領域
(55)SLC6A3遺伝子の1385-1409の領域
(56)SLC6A4遺伝子の1178-1203の領域
(57)SLC6A5遺伝子の1551-1580の領域
(58)SLC6A6遺伝子の361-386の領域
(59)SLC6A7遺伝子の1197-1226の領域
(60)SLC6A9遺伝子の437-460の領域
(61)SLC7A1遺伝子の1242-1267の領域
(62)SLC7A2遺伝子の1260-1290の領域
(63)SLC7A3遺伝子の1159-1187の領域
(64)SLC7A4遺伝子の1618-1644の領域
(65)SLC7A5遺伝子の349-376の領域
(66)SLC7A6遺伝子の600-624の領域
(67)SLC7A7遺伝子の1261-1286の領域
(68)SLC7A8遺伝子の987-1017の領域
(69)SLC7A9遺伝子の126-153の領域
(70)SLC7A10遺伝子の1270-1294の領域
(71)SLC7A11遺伝子の506-535の領域
(72)SLC7A13遺伝子の251-278の領域
(73)SLC10A1遺伝子の667-694の領域
(74)SLC10A2遺伝子の811-838の領域
(75)SLC10A3遺伝子の575-605の領域
(76)SLC10A4遺伝子の847-876の領域
(77)SLC10A5遺伝子の1163-1190の領域
(78)SLC15A1遺伝子の1018-1045の領域
(79)SLC15A2遺伝子の309-336の領域
(80)SLC15A3遺伝子の1187-1212の領域
(81)SLC15A4遺伝子の698-724の領域
(82)SLC21A3遺伝子の739-770の領域
(83)SLC21A6遺伝子の1084-1115の領域
(84)SLC21A9遺伝子の1481-1504の領域
(85)SLC21A11遺伝子の693-723の領域
(86)SLC21A12遺伝子の2074-2101の領域
(87)SLC21A14遺伝子の1128-1160の領域
(88)SLC21A15遺伝子の2136-2161の領域
(89)SLC22A4遺伝子の649-681の領域
(90)SLC22A7遺伝子の592-615の領域
(91)SLC22A8遺伝子の322-352の領域
(92)SLC22A9遺伝子の1310-1336の領域
(93)SLC22A11遺伝子の864-894の領域
(94)SLC22A12遺伝子の543-566の領域
(95)SLC22A13遺伝子の322-351の領域
(96)SLC22A14遺伝子の1129-1156の領域
(97)SLC22A15遺伝子の1426-1454の領域
(98)SLC22A16遺伝子の427-453の領域
(99)SLC22A17遺伝子の925-953の領域
(100)SLC22A18遺伝子の1057-1082の領域
(101)SLC28A1遺伝子の887-910の領域
(102)SLC28A2遺伝子の555-581の領域
(103)SLC28A3遺伝子の1710-1733の領域
(104)SLC29A1遺伝子の652-679の領域
(105)SLC29A2遺伝子の606-633の領域
(106)SLC29A3遺伝子の789-813の領域
(107)SLC29A4遺伝子の418-445の領域
(108)SLC36A1遺伝子の526-555の領域
(109)SLC36A2遺伝子の921-946の領域
(110)SLC36A3遺伝子の188-211の領域
(111)SLC36A4遺伝子の1239-1266の領域
(112)SLC38A1遺伝子の1214-1246の領域
(113)SLC38A2遺伝子の439-468の領域
(114)SLC38A3遺伝子の1398-1421の領域
(115)SLC38A4遺伝子の1321-1349の領域
(116)SLC38A5遺伝子の738-764の領域
(117)SLC38A6遺伝子の553-582の領域
【請求項2】
リポーター色素とクエンチャー色素とが結合している請求項1に記載のプローブ。
【請求項3】
塩基配列の長さが20〜45である請求項1に記載のプローブ。
【請求項4】
配列番号1〜配列番号117に示される配列のいずれかを含むものである請求項1〜3のいずれかに記載のプローブ。
【請求項5】
配列番号1〜配列番号117に示される配列のいずれかである請求項1〜3のいずれかに記載のプローブ。
【請求項6】
ヒトにおける薬物トランスポーターをコードする遺伝子の下記各領域にそれぞれハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーとリバースプライマーとのプライマー対およびプローブのセットの少なくとも1つを含むヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの検出および定量キットであって、上記両プライマー対およびプローブが(1)から(117)に示される遺伝子の各領域にそれぞれハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドであるキット。
(1)プライマー対;ABCA5遺伝子の4452-4472領域及び4534-4514領域、プローブ;4484-4511領域
(2)プライマー対;ABCA6遺伝子の4075-4093領域及び4142-4124領域、プローブ;4099-4121領域
(3)プライマー対;ABCA9遺伝子の3122-3142領域及び3236-3214領域、プローブ;3159-3185領域
(4)プライマー対;ABCA10遺伝子の2823-2844領域及び2915-2893領域、プローブ;2846-2870領域
(5)プライマー対;ABCA12遺伝子の4231-4252領域及び4378-4357領域、プローブ;4263-4293領域
(6)プライマー対;ABCB5遺伝子の2232-2252領域及び2324-2304領域、プローブ;2256-2281領域
(7)プライマー対;ABCB9遺伝子の896-916領域及び997-978領域、プローブ;922-946領域
(8)プライマー対;ABCC10遺伝子の2487-2507領域及び2607-2587領域、プローブ;2522-2549領域
(9)プライマー対;ABCC11遺伝子の2372-2393領域及び2449-2431領域、プローブ;2396-2425領域
(10)プライマー対;ABCC12遺伝子の1252-1272領域及び1328-1309領域、プローブ;1274-1304領域
(11)プライマー対;ABCD2遺伝子の374-394領域及び475-455領域、プローブ;398-425領域
(12)プライマー対;ABCG4遺伝子の1328-1348領域及び1415-1395領域、プローブ;1355-1387領域
(13)プライマー対;ABCG5遺伝子の829-847領域及び933-913領域、プローブ;850-876領域
(14)プライマー対;ABCG8遺伝子の1391-1415領域及び1477-1455領域、プローブ;1421-1453領域
(15)プライマー対;SLC1A1遺伝子の1042-1062領域及び1149-1130領域、プローブ;1064-1089領域
(16)プライマー対;SLC1A2遺伝子の691-710領域及び770-752領域、プローブ;714-743領域
(17)プライマー対;SLC1A3遺伝子の967-987領域及び1052-1032領域、プローブ;990-1019領域
(18)プライマー対;SLC1A4遺伝子の574-597領域及び705-683領域、プローブ;603-630領域
(19)プライマー対;SLC1A5遺伝子の532-552領域及び615-595領域、プローブ;563-594領域
(20)プライマー対;SLC2A1遺伝子の246-265領域及び345-325領域、プローブ;273-296領域
(21)プライマー対;SLC2A2遺伝子の982-1001領域及び1110-1090領域、プローブ;1011-1038領域
(22)プライマー対;SLC2A3/SLC2A14遺伝子の855-881領域及び948-929領域、プローブ;883-911領域
(23)プライマー対;SLC2A4遺伝子の1168-1186領域及び1282-1263領域、プローブ;1189-1211領域
(24)プライマー対;SLC2A5遺伝子の1325-1344領域及び1409-1389領域、プローブ;1348-1381領域
(25)プライマー対;SLC2A7遺伝子の220-238領域及び289-269領域、プローブ;242-267領域
(26)プライマー対;SLC2A8遺伝子の1333-1353領域及び1427-1407領域、プローブ;1371-1405領域
(27)プライマー対;SLC2A9遺伝子の1265-1284領域及び1372-1354領域、プローブ;1289-1312領域
(28)プライマー対;SLC2A10遺伝子の1335-1353領域及び1461-1442領域、プローブ;1355-1377領域
(29)プライマー対;SLC2A11遺伝子の1330-1352領域及び1416-1397領域、プローブ;1367-1396領域
(30)プライマー対;SLC2A12遺伝子の1021-1039領域及び1097-1077領域、プローブ;1051-1076領域
(31)プライマー対;SLC2A13遺伝子の718-736領域及び799-775領域、プローブ;744-771領域
(32)プライマー対;SLC3A1遺伝子の1014-1034領域及び1153-1133領域、プローブ;1036-1061領域
(33)プライマー対;SLC3A2遺伝子の994-1014領域及び1075-1054領域、プローブ;1018-1043領域
(34)プライマー対;SLC4A1遺伝子の2414-2434領域及び2507-2489領域、プローブ;2448-2476領域
(35)プライマー対;SLC4A2遺伝子の858-877領域及び1008-988領域、プローブ;880-906領域
(36)プライマー対;SLC4A3遺伝子の1374-1394領域及び1442-1424領域、プローブ;1398-1422領域
(37)プライマー対;SLC4A4遺伝子の2095-2114領域及び2181-2163領域、プローブ;2124-2157領域
(38)プライマー対;SLC4A7遺伝子の1292-1310領域及び1401-1382領域、プローブ;1315-1346領域
(39)プライマー対;SLC4A8遺伝子の1683-1703領域及び1779-1756領域、プローブ;1713-1741領域
(40)プライマー対;SLC4A9遺伝子の1094-1112領域及び1190-1170領域、プローブ;1131-1160領域
(41)プライマー対;SLC4A10遺伝子の1671-1699領域及び1785-1761領域、プローブ;1716-1752領域
(42)プライマー対;SLC4A11遺伝子の1388-1408領域及び1504-1484領域、プローブ;1410-1435領域
(43)プライマー対;SLC5A1遺伝子の312-330領域及び398-376領域、プローブ;334-361領域
(44)プライマー対;SLC5A2遺伝子の100-118領域及び227-208領域、プローブ;120-145領域
(45)プライマー対;SLC5A3遺伝子の1437-1456領域及び1518-1498領域、プローブ;1465-1488領域
(46)プライマー対;SLC5A4遺伝子の1047-1067領域及び1157-1139領域、プローブ;1070-1098領域
(47)プライマー対;SLC5A5遺伝子の520-541領域及び602-581領域、プローブ;549-578領域
(48)プライマー対;SLC5A6遺伝子の1458-1478領域及び1577-1557領域、プローブ;1480-1503領域
(49)プライマー対;SLC5A7遺伝子の1070-1089領域及び1201-1183領域、プローブ;1093-1122領域
(50)プライマー対;SLC5A8遺伝子の1109-1132領域及び1198-1178領域、プローブ;1134-1166領域
(51)プライマー対;SLC5A10遺伝子の1570-1590領域及び1653-1635領域、プローブ;1602-1625領域
(52)プライマー対;SLC5A11遺伝子の1785-1806領域及び1862-1843領域、プローブ;1817-1841領域
(53)プライマー対;SLC5A12遺伝子の108-128領域及び186-166領域、プローブ;135-159領域
(54)プライマー対;SLC6A2遺伝子の1373-1393領域及び1520-1502領域、プローブ;1403-1428領域
(55)プライマー対;SLC6A3遺伝子の1352-1370領域及び1458-1440領域、プローブ;1385-1409領域
(56)プライマー対;SLC6A4遺伝子の1155-1175領域及び1249-1230領域、プローブ;1178-1203領域
(57)プライマー対;SLC6A5遺伝子の1530-1548領域及び1624-1604領域、プローブ;1551-1580領域
(58)プライマー対;SLC6A6遺伝子の339-359領域及び411-388領域、プローブ;361-386領域
(59)プライマー対;SLC6A7遺伝子の1173-1195領域及び1268-1248領域、プローブ;1197-1226領域
(60)プライマー対;SLC6A9遺伝子の415-434領域及び563-544領域、プローブ;437-460領域
(61)プライマー対;SLC7A1遺伝子の1219-1239領域及び1317-1298領域、プローブ;1242-1267領域
(62)プライマー対;SLC7A2遺伝子の1238-1257領域及び1334-1315領域、プローブ;1260-1290領域
(63)プライマー対;SLC7A3遺伝子の1137-1155領域及び1247-1229領域、プローブ;1159-1187領域
(64)プライマー対;SLC7A4遺伝子の1596-1616領域及び1686-1666領域、プローブ;1618-1644領域
(65)プライマー対;SLC7A5遺伝子の331-347領域及び440-421領域、プローブ;349-376領域
(66)プライマー対;SLC7A6遺伝子の578-598領域及び682-664領域、プローブ;600-624領域
(67)プライマー対;SLC7A7遺伝子の1238-1256領域及び1310-1290領域、プローブ;1261-1286領域
(68)プライマー対;SLC7A8遺伝子の952-970領域及び1084-1066領域、プローブ;987-1017領域
(69)プライマー対;SLC7A9遺伝子の106-124領域及び177-157領域、プローブ;126-153領域
(70)プライマー対;SLC7A10遺伝子の1250-1268領域及び1324-1304領域、プローブ;1270-1294領域
(71)プライマー対;SLC7A11遺伝子の473-493領域及び602-582領域、プローブ;506-535領域
(72)プライマー対;SLC7A13遺伝子の222-242領域及び317-297領域、プローブ;251-278領域
(73)プライマー対;SLC10A1遺伝子の643-663領域及び715-696領域、プローブ;667-694領域
(74)プライマー対;SLC10A2遺伝子の789-809領域及び885-865領域、プローブ;811-838領域
(75)プライマー対;SLC10A3遺伝子の555-573領域及び639-620領域、プローブ;575-605領域
(76)プライマー対;SLC10A4遺伝子の824-844領域及び900-880領域、プローブ;847-876領域
(77)プライマー対;SLC10A5遺伝子の1138-1158領域及び1229-1209領域、プローブ;1163-1190領域
(78)プライマー対;SLC15A1遺伝子の998-1016領域及び1148-1129領域、プローブ;1018-1045領域
(79)プライマー対;SLC15A2遺伝子の283-303領域及び377-357領域、プローブ;309-336領域
(80)プライマー対;SLC15A3遺伝子の1166-1184領域及び1255-1236領域、プローブ;1187-1212領域
(81)プライマー対;SLC15A4遺伝子の675-695領域及び749-729領域、プローブ;698-724領域
(82)プライマー対;SLC21A3遺伝子の709-729領域及び813-794領域、プローブ;739-770領域
(83)プライマー対;SLC21A6遺伝子の1049-1075領域及び1141-1117領域、プローブ;1084-1115領域
(84)プライマー対;SLC21A9遺伝子の1454-1473領域及び1598-1579領域、プローブ;1481-1504領域
(85)プライマー対;SLC21A11遺伝子の657-677領域及び745-726領域、プローブ;693-723領域
(86)プライマー対;SLC21A12遺伝子の2048-2071領域及び2151-2130領域、プローブ;2074-2101領域
(87)プライマー対;SLC21A14遺伝子の1100-1120領域及び1202-1183領域、プローブ;1128-1160領域
(88)プライマー対;SLC21A15遺伝子の2115-2134領域及び2209-2190領域、プローブ;2136-2161領域
(89)プライマー対;SLC22A4遺伝子の623-646領域及び725-705領域、プローブ;649-681領域
(90)プライマー対;SLC22A7遺伝子の563-583領域及び638-618領域、プローブ;592-615領域
(91)プライマー対;SLC22A8遺伝子の290-310領域及び393-373領域、プローブ;322-352領域
(92)プライマー対;SLC22A9遺伝子の1287-1305領域及び1359-1338領域、プローブ;1310-1336領域
(93)プライマー対;SLC22A11遺伝子の842-862領域及び920-900領域、プローブ;864-894領域
(94)プライマー対;SLC22A12遺伝子の521-541領域及び649-631領域、プローブ;543-566領域
(95)プライマー対;SLC22A13遺伝子の298-316領域及び377-357領域、プローブ;322-351領域
(96)プライマー対;SLC22A14遺伝子の1104-1127領域及び1183-1161領域、プローブ;1129-1156領域
(97)プライマー対;SLC22A15遺伝子の1401-1421領域及び1476-1456領域、プローブ;1426-1454領域
(98)プライマー対;SLC22A16遺伝子の405-423領域及び473-455領域、プローブ;427-453領域
(99)プライマー対;SLC22A17遺伝子の903-922領域及び974-956領域、プローブ;925-953領域
(100)プライマー対;SLC22A18遺伝子の1036-1054領域及び1123-1103領域、プローブ;1057-1082領域
(101)プライマー対;SLC28A1遺伝子の863-883領域及び986-966領域、プローブ;887-910領域
(102)プライマー対;SLC28A2遺伝子の533-553領域及び621-601領域、プローブ;555-581領域
(103)プライマー対;SLC28A3遺伝子の1689-1707領域及び1766-1746領域、プローブ;1710-1733領域
(104)プライマー対;SLC29A1遺伝子の612-633領域及び758-736領域、プローブ;652-679領域
(105)プライマー対;SLC29A2遺伝子の581-604領域及び694-676領域、プローブ;606-633領域
(106)プライマー対;SLC29A3遺伝子の764-787領域及び882-861領域、プローブ;789-813領域
(107)プライマー対;SLC29A4遺伝子の365-385領域及び465-445領域、プローブ;418-445領域
(108)プライマー対;SLC36A1遺伝子の506-524領域及び646-626領域、プローブ;526-555領域
(109)プライマー対;SLC36A2遺伝子の900-919領域及び1001-981領域、プローブ;921-946領域
(110)プライマー対;SLC36A3遺伝子の159-177領域及び297-275領域、プローブ;188-211領域
(111)プライマー対;SLC36A4遺伝子の1205-1223領域及び1289-1271領域、プローブ;1239-1266領域
(112)プライマー対;SLC38A1遺伝子の1179-1202領域及び1281-1255領域、プローブ;1214-1246領域
(113)プライマー対;SLC38A2遺伝子の411-435領域及び510-485領域、プローブ;439-468領域
(114)プライマー対;SLC38A3遺伝子の1378-1396領域及び1444-1424領域、プローブ;1398-1421領域
(115)プライマー対;SLC38A4遺伝子の1296-1318領域及び1423-1401領域、プローブ;1321-1349領域
(116)プライマー対;SLC38A5遺伝子の715-733領域及び822-803領域、プローブ;738-764領域
(117)プライマー対;SLC38A6遺伝子の530-550領域及び656-637領域、プローブ;553-582領域
【請求項7】
プローブが、更にリポーター色素とクエンチャー色素とを結合させたものである請求項6に記載の測定キット。
【請求項8】
下記(1)から(117)に示されるセットの、各配列番号で示される配列を含むオリゴヌクレオチドからなるプライマー対とプローブとの組合せから選ばれる、請求項7に記載の測定キット。
(1)プライマー対;配列番号118及び119、プローブ;配列番号1
(2)プライマー対;配列番号120及び121、プローブ;配列番号2
(3)プライマー対;配列番号122及び123、プローブ;配列番号3
(4)プライマー対;配列番号124及び125、プローブ;配列番号4
(5)プライマー対;配列番号126及び127、プローブ;配列番号5
(6)プライマー対;配列番号128及び129、プローブ;配列番号6
(7)プライマー対;配列番号130及び131、プローブ;配列番号7
(8)プライマー対;配列番号132及び133、プローブ;配列番号8
(9)プライマー対;配列番号134及び135、プローブ;配列番号9
(10)プライマー対;配列番号136及び137、プローブ;配列番号10
(11)プライマー対;配列番号138及び139、プローブ;配列番号11
(12)プライマー対;配列番号140及び141、プローブ;配列番号12
(13)プライマー対;配列番号142及び143、プローブ;配列番号13
(14)プライマー対;配列番号144及び145、プローブ;配列番号14
(15)プライマー対;配列番号146及び147、プローブ;配列番号15
(16)プライマー対;配列番号148及び149、プローブ;配列番号16
(17)プライマー対;配列番号150及び151、プローブ;配列番号17
(18)プライマー対;配列番号152及び153、プローブ;配列番号18
(19)プライマー対;配列番号154及び155、プローブ;配列番号19
(20)プライマー対;配列番号156及び157、プローブ;配列番号20
(21)プライマー対;配列番号158及び159、プローブ;配列番号21
(22)プライマー対;配列番号160及び161、プローブ;配列番号22
(23)プライマー対;配列番号162及び163、プローブ;配列番号23
(24)プライマー対;配列番号164及び165、プローブ;配列番号24
(25)プライマー対;配列番号166及び167、プローブ;配列番号25
(26)プライマー対;配列番号168及び169、プローブ;配列番号26
(27)プライマー対;配列番号170及び171、プローブ;配列番号27
(28)プライマー対;配列番号172及び173、プローブ;配列番号28
(29)プライマー対;配列番号174及び175、プローブ;配列番号29
(30)プライマー対;配列番号176及び177、プローブ;配列番号30
(31)プライマー対;配列番号178及び179、プローブ;配列番号31
(32)プライマー対;配列番号180及び181、プローブ;配列番号32
(33)プライマー対;配列番号182及び183、プローブ;配列番号33
(34)プライマー対;配列番号184及び185、プローブ;配列番号34
(35)プライマー対;配列番号186及び187、プローブ;配列番号35
(36)プライマー対;配列番号188及び189、プローブ;配列番号36
(37)プライマー対;配列番号190及び191、プローブ;配列番号37
(38)プライマー対;配列番号192及び193、プローブ;配列番号38
(39)プライマー対;配列番号194及び195、プローブ;配列番号39
(40)プライマー対;配列番号196及び197、プローブ;配列番号40
(41)プライマー対;配列番号198及び199、プローブ;配列番号41
(42)プライマー対;配列番号200及び201、プローブ;配列番号42
(43)プライマー対;配列番号202及び203、プローブ;配列番号43
(44)プライマー対;配列番号204及び205、プローブ;配列番号44
(45)プライマー対;配列番号206及び207、プローブ;配列番号45
(46)プライマー対;配列番号208及び209、プローブ;配列番号46
(47)プライマー対;配列番号210及び211、プローブ;配列番号47
(48)プライマー対;配列番号212及び213、プローブ;配列番号48
(49)プライマー対;配列番号214及び215、プローブ;配列番号49
(50)プライマー対;配列番号216及び217、プローブ;配列番号50
(51)プライマー対;配列番号218及び219、プローブ;配列番号51
(52)プライマー対;配列番号220及び221、プローブ;配列番号52
(53)プライマー対;配列番号222及び223、プローブ;配列番号53
(54)プライマー対;配列番号224及び225、プローブ;配列番号54
(55)プライマー対;配列番号226及び227、プローブ;配列番号55
(56)プライマー対;配列番号228及び229、プローブ;配列番号56
(57)プライマー対;配列番号230及び231、プローブ;配列番号57
(58)プライマー対;配列番号232及び233、プローブ;配列番号58
(59)プライマー対;配列番号234及び235、プローブ;配列番号59
(60)プライマー対;配列番号236及び237、プローブ;配列番号60
(61)プライマー対;配列番号238及び239、プローブ;配列番号61
(62)プライマー対;配列番号240及び241、プローブ;配列番号62
(63)プライマー対;配列番号242及び243、プローブ;配列番号63
(64)プライマー対;配列番号244及び245、プローブ;配列番号64
(65)プライマー対;配列番号246及び247、プローブ;配列番号65
(66)プライマー対;配列番号248及び249、プローブ;配列番号66
(67)プライマー対;配列番号250及び251、プローブ;配列番号67
(68)プライマー対;配列番号252及び253、プローブ;配列番号68
(69)プライマー対;配列番号254及び255、プローブ;配列番号69
(70)プライマー対;配列番号256及び257、プローブ;配列番号70
(71)プライマー対;配列番号258及び259、プローブ;配列番号71
(72)プライマー対;配列番号260及び261、プローブ;配列番号72
(73)プライマー対;配列番号262及び263、プローブ;配列番号73
(74)プライマー対;配列番号264及び265、プローブ;配列番号74
(75)プライマー対;配列番号266及び267、プローブ;配列番号75
(76)プライマー対;配列番号268及び269、プローブ;配列番号76
(77)プライマー対;配列番号270及び271、プローブ;配列番号77
(78)プライマー対;配列番号272及び273、プローブ;配列番号78
(79)プライマー対;配列番号274及び275、プローブ;配列番号79
(80)プライマー対;配列番号276及び277、プローブ;配列番号80
(81)プライマー対;配列番号278及び279、プローブ;配列番号81
(82)プライマー対;配列番号280及び281、プローブ;配列番号82
(83)プライマー対;配列番号282及び283、プローブ;配列番号83
(84)プライマー対;配列番号284及び285、プローブ;配列番号84
(85)プライマー対;配列番号286及び287、プローブ;配列番号85
(86)プライマー対;配列番号288及び289、プローブ;配列番号86
(87)プライマー対;配列番号290及び291、プローブ;配列番号87
(88)プライマー対;配列番号292及び293、プローブ;配列番号88
(89)プライマー対;配列番号294及び295、プローブ;配列番号89
(90)プライマー対;配列番号296及び297、プローブ;配列番号90
(91)プライマー対;配列番号298及び299、プローブ;配列番号91
(92)プライマー対;配列番号300及び301、プローブ;配列番号92
(93)プライマー対;配列番号302及び303、プローブ;配列番号93
(94)プライマー対;配列番号304及び305、プローブ;配列番号94
(95)プライマー対;配列番号306及び307、プローブ;配列番号95
(96)プライマー対;配列番号308及び309、プローブ;配列番号96
(97)プライマー対;配列番号310及び311、プローブ;配列番号97
(98)プライマー対;配列番号312及び313、プローブ;配列番号98
(99)プライマー対;配列番号314及び315、プローブ;配列番号99
(100)プライマー対;配列番号316及び317、プローブ;配列番号100
(101)プライマー対;配列番号318及び319、プローブ;配列番号101
(102)プライマー対;配列番号320及び321、プローブ;配列番号102
(103)プライマー対;配列番号322及び323、プローブ;配列番号103
(104)プライマー対;配列番号324及び325、プローブ;配列番号104
(105)プライマー対;配列番号326及び327、プローブ;配列番号105
(106)プライマー対;配列番号328及び329、プローブ;配列番号106
(107)プライマー対;配列番号330及び331、プローブ;配列番号107
(108)プライマー対;配列番号332及び333、プローブ;配列番号108
(109)プライマー対;配列番号334及び335、プローブ;配列番号109
(110)プライマー対;配列番号336及び337、プローブ;配列番号110
(111)プライマー対;配列番号338及び339、プローブ;配列番号111
(112)プライマー対;配列番号340及び341、プローブ;配列番号112
(113)プライマー対;配列番号342及び343、プローブ;配列番号113
(114)プライマー対;配列番号344及び345、プローブ;配列番号114
(115)プライマー対;配列番号346及び347、プローブ;配列番号115
(116)プライマー対;配列番号348及び349、プローブ;配列番号116
(117)プライマー対;配列番号350及び351、プローブ;配列番号117
【請求項9】
請求項8に記載の測定キットであって、(1)のセットがABCA5の測定用であって、(2)のセットがABCA6測定用であって、(3)のセットがABCA9測定用であって、(4)のセットがABCA10測定用であって、(5)のセットがABCA12測定用であって、(6)のセットがABCB5測定用であって、(7)のセットがABCB9測定用であって、(8)のセットがABCC10測定用であって、(9)のセットがABCC11測定用であって、(10)のセットがABCC12測定用であって、(11)のセットがABCD2測定用であって、(12)のセットがABCG4測定用であって、(13)のセットがABCG5測定用であって、(14)のセットがABCG8測定用であって、(15)のセットがSLC1A1測定用であって、(16)のセットがSLC1A2測定用であって、(17)のセットがSLC1A3測定用であって、(18)のセットがSLC1A4測定用であって、(19)のセットがSLC1A5測定用であって、(20)のセットがSLC2A1測定用であって、(21)のセットがSLC2A2測定用であって、(22)のセットがSLC2A3/SLC2A14測定用であって、(23)のセットがSLC2A4測定用であって、(24)のセットがSLC2A5測定用であって、(25)のセットがSLC2A7測定用であって、(26)のセットがSLC2A8測定用であって、(27)のセットがSLC2A9測定用であって、(28)のセットがSLC2A10測定用であって、(29)のセットがSLC2A11測定用であって、(30)のセットがSLC2A12測定用であって、(31)のセットがSLC2A13測定用であって、(32)のセットがSLC3A1測定用であって、(33)のセットがSLC3A2測定用であって、(34)のセットがSLC4A1測定用であって、(35)のセットがSLC4A2測定用であって、(36)のセットがSLC4A3測定用であって、(37)のセットがSLC4A4測定用であって、(38)のセットがSLC4A7測定用であって、(39)のセットがSLC4A8測定用であって、(40)のセットがSLC4A9測定用であって、(41)のセットがSLC4A10測定用であって、(42)のセットがSLC4A11測定用であって、(43)のセットがSLC5A1測定用であって、(44)のセットがSLC5A2測定用であって、(45)のセットがSLC5A3測定用であって、(46)のセットがSLC5A4測定用であって、(47)のセットがSLC5A5測定用であって、(48)のセットがSLC5A6測定用であって、(49)のセットがSLC5A7測定用であって、(50)のセットがSLC5A8測定用であって、(51)のセットがSLC5A10測定用であって、(52)のセットがSLC5A11測定用であって、(53)のセットがSLC5A12測定用であって、(54)のセットがSLC6A2測定用であって、(55)のセットがSLC6A3測定用であって、(56)のセットがSLC6A4測定用であって、(57)のセットがSLC6A5測定用であって、(58)のセットがSLC6A6測定用であって、(59)のセットがSLC6A7測定用であって、(60)のセットがSLC6A9測定用であって、(61)のセットがSLC7A1測定用であって、(62)のセットがSLC7A2測定用であって、(63)のセットがSLC7A3測定用であって、(64)のセットがSLC7A4測定用であって、(65)のセットがSLC7A5測定用であって、(66)のセットがSLC7A6測定用であって、(67)のセットがSLC7A7測定用であって、(68)のセットがSLC7A8測定用であって、(69)のセットがSLC7A9測定用であって、(70)のセットがSLC7A10測定用であって、(71)のセットがSLC7A11測定用であって、(72)のセットがSLC7A13測定用であって、(73)のセットがSLC10A1測定用であって、(74)のセットがSLC10A2測定用であって、(75)のセットがSLC10A3測定用であって、(76)のセットがSLC10A4測定用であって、(77)のセットがSLC10A5測定用であって、(78)のセットがSLC15A1測定用であって、(79)のセットがSLC15A2測定用であって、(80)のセットがSLC15A3測定用であって、(81)のセットがSLC15A4測定用であって、(82)のセットがSLC21A3測定用であって、(83)のセットがSLC21A6測定用であって、(84)のセットがSLC21A9測定用であって、(85)のセットがSLC21A11測定用であって、(86)のセットがSLC21A12測定用であって、(87)のセットがSLC21A14測定用であって、(88)のセットがSLC21A15測定用であって、(89)のセットがSLC22A4測定用であって、(90)のセットがSLC22A7測定用であって、(91)のセットがSLC22A8測定用であって、(92)のセットがSLC22A9測定用であって、(93)のセットがSLC22A11測定用であって、(94)のセットがSLC22A12測定用であって、(95)のセットがSLC22A13測定用であって、(96)のセットがSLC22A14測定用であって、(97)のセットがSLC22A15測定用であって、(98)のセットがSLC22A16測定用であって、(99)のセットがSLC22A17測定用であって、(100)のセットがSLC22A18測定用であって、(101)のセットがSLC28A1測定用であって、(102)のセットがSLC28A2測定用であって、(103)のセットがSLC28A3測定用であって、(104)のセットがSLC29A1測定用であって、(105)のセットがSLC29A2測定用であって、(106)のセットがSLC29A3測定用であって、(107)のセットがSLC29A4測定用であって、(108)のセットがSLC36A1測定用であって、(109)のセットがSLC36A2測定用であって、(110)のセットがSLC36A3測定用であって、(111)のセットがSLC36A4測定用であって、(112)のセットがSLC38A1測定用であって、(113)のセットがSLC38A2測定用であって、(114)のセットがSLC38A3測定用であって、(115)のセットがSLC38A4測定用であって、(116)のセットがSLC38A5測定用であって、(117)のセットがSLC38A6測定用である測定キット。
【請求項10】
請求項8に記載の(1)から(117)に示されるセットの各配列番号で示される配列を有するオリゴヌクレオチドからなるプライマー対とプローブとの組合せから選ばれる、請求項9に記載の測定キット。
【請求項11】
ヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAを含む検体について、請求項6〜10のいずれかに記載の測定キットを用いてポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を行い、用いたプローブの加水分解の有無を測定することを特徴とするヒトにおける薬物トランスポーターをコードするmRNAの測定方法。
【請求項12】
加水分解の有無が、励起光照射による蛍光の発色の有無によりなされる請求項11に記載の測定方法。


【公開番号】特開2007−28978(P2007−28978A)
【公開日】平成19年2月8日(2007.2.8)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2005−216056(P2005−216056)
【出願日】平成17年7月26日(2005.7.26)
【出願人】(000149435)株式会社大塚製薬工場 (154)
【Fターム(参考)】