本発明は、結核菌群の１以上のマイコバクテリアの存在を特異的に検出する方法であって、試料中の結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出しない条件下で検出することを含む方法を提供する。本発明はまた、結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸の特異的検出を用いて、対象の結核を診断および治療する方法を提供する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
結核菌群の１以上のマイコバクテリアの存在を特異的に検出する方法であって、試料中の前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出しない条件下で検出することを含む、方法。
【請求項２】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を検出することが、１以上のｉｌｖＣ核酸を増幅し、それにより、増幅されたｉｌｖＣ核酸を生成させることと、前記増幅された核酸を検出することとを含み、ここで、増幅されたｉｌｖＣ核酸の検出が、前記試料中の前記結核菌群の１以上の該マイコバクテリアの存在を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記検出されたｉｌｖＣ核酸が、結核菌ｉｌｖＣのＤＮＡまたはＲＮＡの配列を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記結核菌群の生物が、結核菌、ウシ型結核菌、Ｍ．アフリカヌム、Ｍ．カネッティおよびネズミ型結核菌またはそれらの組合せから選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項５】
前記結核菌群の生物が、結核菌およびウシ型結核菌またはそれらの組合せから選択される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記結核菌群の生物が結核菌である、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記結核菌が結核菌の臨床株または臨床分離株である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記結核菌群の生物がウシ型結核菌である、請求項４に記載の方法。
【請求項９】
Ｍ．アウィウム群のマイコバクテリアがＭ．アウィウムである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
Ｍ．アウィウム群のマイコバクテリアがＭ．イントラセルラーレである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を検出することが、温度サイクリングを伴う増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を検出することが、温度サイクリングを伴わない増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記増幅反応が、ＲＮＡの逆転写により生成された一本鎖もしくは二本鎖のｃＤＮＡ鋳型またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド分子を用いて行なわれる、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、配列番号２の長さが少なくとも２０の連続するヌクレオチドの配列またはそれに相同な前記結核菌群の１以上のマイコバクテリア由来の配列のｉｌｖＣ核酸を検出することを含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
配列番号２の長さが少なくとも４０の連続するヌクレオチドの配列またはそれに相同な前記結核菌群の１以上のマイコバクテリア由来の配列のｉｌｖＣ核酸を検出することを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
配列番号２の長さが少なくとも５０の連続するヌクレオチドの配列またはそれに相同な前記結核菌群の１以上のマイコバクテリア由来の配列のｉｌｖＣ核酸を検出することを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を検出することが、１以上のｉｌｖＣ核酸を増幅し、それにより、増幅されたｉｌｖＣ核酸を生成させることと、前記増幅された核酸を検出することとを含み、ここで、該増幅することが、配列番号２の長さが少なくとも５０の連続するヌクレオチドのアンプリコンまたはそれに相同な前記結核菌群の１以上のマイコバクテリア由来の配列を生成させる、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記アンプリコンが、配列番号２の長さが少なくとも８０の連続するヌクレオチドまたはそれに相同な前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアの配列を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、各々配列番号２のその位置４２０から位置６００までの少なくとも約１８の連続するヌクレオチドの配列、または配列番号２に相補的なその位置４２０から位置６００までの配列を含む１つまたは複数のプライマーを用いて増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、各々配列番号２のその位置４０から位置１８０までの少なくとも約１８の連続するヌクレオチドの配列、または配列番号２に相補的なその位置４０から位置１８０までの配列を含む１つまたは複数のプライマーを用いて増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、各々配列番号２のその位置８８０から位置１０００までの少なくとも約１８の連続するヌクレオチドの配列、または配列番号２に相補的なその位置８８０から位置１０００までの配列を含む１つまたは複数のプライマーを用いて増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、３０回未満の増幅サイクルで増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、約１２回の増幅サイクルから約２７回の増幅サイクルで増幅反応を行なうことを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、約１４回の増幅サイクルから約２０回の増幅サイクルで増幅反応を行なうことを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、約２ｎｇ／ｍｌ未満のインプットの原核生物核酸に対して増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、１つまたは複数の増幅プライマーと、前記増幅プライマーの核酸産物にハイブリダイズし、それにより検出可能なシグナルを生じさせることができる配列を含む標識プローブとを用いて増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、１つまたは複数の増幅プライマーと、前記増幅プライマーの少なくとも１つに結合することができる標識プローブとを用いて増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記試料が培養結核菌細胞を含む、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記試料が喀痰を含む、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記試料が気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）を含む、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記試料がリンパ節生検を含む、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記試料が、血液、血清、血漿、血液画分、血清画分または血漿画分を含む、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記試料が尿を含む、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、少なくとも約１０^４コピーのｉｌｖＣ核酸を約６０分未満で検出するのに十分な条件下で増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、少なくとも約１０^３コピーのｉｌｖＣ核酸を約６０分未満で検出するのに十分な条件下で増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出することなく検出することが、少なくとも約１０^４ＣＦＵ／ｍｌの前記結核菌群のマイコバクテリアを検出するのに十分な条件下で増幅反応を行なうことを含む、請求項１〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
試料中の前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアの１以上の核酸を検出することをさらに含み、ここで、前記１以上の核酸がｉｌｖＣ核酸以外のものである、請求項１〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記ｉｌｖＣ核酸以外の１以上の核酸が１６ｓ ｒＲＮＡである、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記ｉｌｖＣ核酸以外の１以上の核酸が、ＢＳＸ、Ｓ９、Ｒｖ１２６５、ＥＦ−Ｔｕ、Ｐ５ＣＲ、ＴｅｔＲ様タンパク質およびグルタミン合成酵素からなる群から選択されるタンパク質をコードする核酸、またそれらに相補的な核酸である、請求項３７に記載の方法
【請求項４０】
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行ない、それにより、配列番号４、６、８、１０、１２、１４および１６からなる群から選択される配列の長さが少なくとも２０の連続するヌクレオチドの配列を含む核酸を検出することを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
増幅反応を行ない、それにより、該核酸が前記試料中に存在するときに、前記ｉｌｖＣ核酸以外の１以上の核酸の、長さが少なくとも５０の連続するヌクレオチドのアンプリコンを生成させることを含む、請求項３７〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
対象における前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアによる感染を診断するためのプロセスであって、対象由来の生物学的試料に対して請求項１〜４１のいずれか一項に記載の方法を行ない、それにより、試料中の前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出しない条件下で検出することを含み、ここで、前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアの１以上のｉｌｖＣ核酸の検出が感染を示す、プロセス。
【請求項４３】
前記感染が活動性感染である、請求項４２に記載のプロセス。
【請求項４４】
前記感染が潜伏感染である、請求項４２に記載のプロセス。
【請求項４５】
対象における結核を診断するためのプロセスであって、対象由来の生物学的試料に対して請求項１〜４１のいずれか一項に記載の方法を行ない、それにより、試料中の前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアのｉｌｖＣ核酸を、前記Ｍ．アウィウム群のｉｌｖＣ核酸を検出しない条件下で検出することを含み、ここで、前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアの１以上のｉｌｖＣ核酸の検出が結核を示す、プロセス。
【請求項４６】
前記結核が肺結核である、請求項４５に記載のプロセス。
【請求項４７】
前記結核が肺外結核である、請求項４５に記載のプロセス。
【請求項４８】
前記対象における結核の１以上の臨床症状を診断することをさらに含む、請求項４５〜４７のいずれか一項に記載のプロセス。
【請求項４９】
前記対象における免疫抑制の１以上の臨床症状を診断することをさらに含む、請求項４５〜４８のいずれか一項に記載のプロセス。
【請求項５０】
前記対象におけるＨＩＶ感染を診断することをさらに含む、請求項４５〜４９のいずれか一項に記載のプロセス。
【請求項５１】
結核または前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアによる感染を治療するためのプロセスであって、
（ｉ）対象由来の生物学的試料に対して請求項１〜４１のいずれか一項に記載の方法を行ない、それにより、前記試料中の前記結核菌群の１以上のマイコバクテリアを検出することと、
（ｉｉ）治療有効量の薬学的組成物を前記対象に投与し、それにより、前記対象の肺、血液またはリンパ系における病原菌の数を減少させることと、を含むプロセス。

【図１】


【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【公表番号】特表２０１２−５１８４２２（Ｐ２０１２−５１８４２２Ａ）
【公表日】平成２４年８月１６日（２０１２．８．１６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５５１３７６（Ｐ２０１１−５５１３７６）
【出願日】平成２２年２月２６日（２０１０．２．２６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＡＵ２０１０／０００２３１
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０９６８８２
【国際公開日】平成２２年９月２日（２０１０．９．２）
【出願人】（５１１２０８７５９）トリアン　ディアグノスティクス　リミテッド (1)
【氏名又は名称原語表記】ＴＹＲＩＡＮ　ＤＩＡＧＮＯＳＴＩＣＳ　ＬＩＭＩＴＥＤ
【住所又は居所原語表記】３５−４１　Ｗａｔｅｒｌｏｏ　Ｒｏａｄ，Ｎｏｒｔｈ　Ｒｙｄｅ，Ｓｙｄｎｅｙ，Ｎｅｗ　Ｓｏｕｔｈ　Ｗａｌｅｓ　２１１３　Ａｕｓｔｒａｌｉａ
【Ｆターム（参考）】