ユーカリ・グロブラス由来の新規ＤＮＡおよびそれらを利用したユーカリ・グロブラスの個体識別方法
【課題】 ユーカリ・グロブラスを確実に識別する方法を提供する。
【解決手段】 以下の（ａ）及び（ｂ）のＤＮＡから選択される少なくとも１種のＤＮＡを検出することにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法：（ａ）特定の塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、（ｂ）特定の塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡ。
【解決手段】 以下の（ａ）及び（ｂ）のＤＮＡから選択される少なくとも１種のＤＮＡを検出することにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法：（ａ）特定の塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、（ｂ）特定の塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ユーカリ・グロブラスにおける新規ＤＮＡおよび、それを利用したユーカリ・グロブラスの個体識別方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
ユーカリは世界的に有用な産業造林樹種であり、成長量および材質の優れた品種開発のための育種が各国で進められている。特にユーカリ・グロブラス（Ｅｕｃａｌｙｐｔｕｓ ｇｌｏｂｕｌｕｓ）はパルプ特性が極めて優れていることから、オーストラリアの温帯地域等で広く植林されており、この樹種を対象とした育種計画がいくつか進められている。
【０００３】
近年、早成樹林業では、世界的にクローン林業が指向されている。また、ＤＮＡ分子マーカーによる家系／クローン管理技術を組込んだ新育種システムが提唱されており、育種事業を効率に進めるためには、確実で簡便な個体鑑定技術が不可欠となっている。
【０００４】
これまで個体の識別法としてはアイソザイム分析やＲＡＰＤ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ＤＮＡ）分析を利用することが多かった（特許文献１及び２参照）。アイソザイム分析はタンパク質を扱うために、個体の生育条件や分析過程におけるプロテアーゼによる分解などの不確定要因や、識別能力が高くないことなどにより、必ずしも正確な個体識別が可能とは言えない。ＲＡＰＤ法は手順が簡便で、少量のＤＮＡでも分析できるという利点をもつ。しかし、再現性が悪く実験室間で結果が異なる場合があるという致命的欠点があり、必ずしも正確で確実な個体識別法とは言い難い。
【０００５】
【特許文献１】特開平１０−２２９８９８号公報
【特許文献２】特開２００２−２９１４７５号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明の課題は、ユーカリ・グロブラスの個体を確実に識別する方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明者らは前記状況にかんがみ、より優れたユーカリ・グロブラスの個体識別方法を見いだすべく鋭意研究を重ねた結果、ユーカリ・グロブラスから新規ＤＮＡを取得することに成功し、さらに該新規ＤＮＡを利用することによりユーカリ・グロブラスの個体を識別できることを見いだし、本発明を完成するに至った。
【０００８】
すなわち、本発明は、以下の発明を包含する。
（１）以下の（ａ）及び（ｂ）のＤＮＡから選択される少なくとも１種のＤＮＡを検出することにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法：
（ａ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、
（ｂ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡ。
（２）検出しようとするＤＮＡの全部又は一部を増幅しうるように設計されたオリゴヌクレオチドのセットをプライマーとして用いることによりＤＮＡを検出する（１）記載の方法。
（３）配列番号４２〜１２３のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列又は該塩基配列に対し相補的な塩基配列からなるプライマーから選択される少なくとも１種のプライマーを用い、ユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡを鋳型として増幅反応を行うことにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法。
（４）以下の（ａ）又は（ｂ）のＤＮＡ：
（ａ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、
（ｂ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡ。
（５）配列番号４２〜１２３のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列又は該塩基配列に対し相補的な塩基配列からなるプライマー。
（６）（５）記載のプライマーを含むユーカリ・グロブラス個体識別用キット。
【発明の効果】
【０００９】
本発明により、ＤＮＡを用いたより確実なユーカリ・グロブラスの個体識別方法が提供される。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１０】
以下、本発明を具体的に説明する。
【００１１】
本発明者らは、試料となるユーカリ・グロブラスからＣＴＡＢ（臭化セチルトリメチルアンモニウム）法を用いてＤＮＡを抽出し、次ぎに該ゲノムＤＮＡに、例えばＧＧＡＣＣＣＡＡＣＣＣＡＧ（配列番号１２４）、ＧＧＡＣＣＣＡＡＣＣＧＡＣ（配列番号１２５）、ＧＧＡＣＣＣＡＡＣＣＧＴＧ（配列番号１２６）、ＧＧＡＣＣＣＡＡＣＣＴＧＡ（配列番号１２７）、ＧＡＧＡＧＣＣＡＡＣＣＣＴ（配列番号１２８）、ＧＡＧＡＧＣＣＡＡＣＧＧＴ（配列番号１２９）、ＧＡＧＡＧＣＣＡＡＣＴＣＧ（配列番号１３０）、ＡＡＣＧＧＴＧＡＣＣＡＧＡ（配列番号１３１）、ＡＡＣＧＧＴＧＡＣＣＣＴＣ（配列番号１３２）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＡＣＴ（配列番号１３３）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＡＧＡ（配列番号１３４）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＡＧＣ（配列番号１３５）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＣＡＧ（配列番号１３６）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＧＴＡ（配列番号１３７）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＧＴＣ（配列番号１３８）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＴＡＧ（配列番号１３９）、ＧＧＡＧＧＡＧＡＧＧＡＧＴ（配列番号１４０）、ＧＧＡＧＧＡＧＡＧＧＴＣＴ（配列番号１４１）、ＡＧＴＣＧＧＧＴＧＧＡＡＧ（配列番号１４２）、ＡＧＴＣＧＧＧＴＧＧＧＡＧ（配列番号１４３）、ＡＧＴＣＧＧＧＴＧＧＧＣＴ（配列番号１４４）、ＧＧＴＣＴＧＧＴＴＧＡＧＧ（配列番号１４５）、ＧＧＴＣＴＧＧＴＴＧＡＧＴ（配列番号１４６）、ＧＧＴＣＴＧＧＴＴＧＣＣＴ（配列番号１４７）、ＧＧＴＣＴＧＧＴＴＧＣＧＴ（配列番号１４８）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＡＡＧ（配列番号１４９）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＡＧＴ（配列番号１５０）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＴＣＡ（配列番号１５１）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＴＣＣ（配列番号１５２）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＴＧＡ（配列番号１５３）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＴＧＧ（配列番号１５４）、ＧＧＧＣＣＡＡＴＧＴＡＣＧ（配列番号１５５）、ＧＧＧＣＣＡＡＴＧＴＡＧＡ（配列番号１５６）、ＧＧＧＣＣＡＡＴＧＴＴＧＧ（配列番号１５７）、ＣＧＡＣＡＡＧＣＴＣＡＧＡ（配列番号１５８）、ＣＧＡＣＡＡＧＣＴＣＡＧＴ（配列番号１５９）、ＣＧＡＣＡＡＧＣＴＣＣＡＡ（配列番号１６０）、又はＣＧＡＣＡＡＧＣＴＣＴＧＧ（配列番号１６１）で表されるオリゴヌクレオチドをプライマーとして作用させて、ＤＮＡを増幅させた。ＤＮＡの増幅はＲＡＰＤ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ＤＮＡ）法により行った（Ｗｉｌｌｉａｍｓ， Ｊ．Ｇ．， Ｋｕｂｅｌｉｋ， Ａ．Ｒ．， Ｌｉｖａｋ， Ｋ．Ｊ．， Ｒａｆａｌｓｋｉ， Ｊ．Ａ．， ａｎｄ Ｔｉｎｇｅｙ， Ｓ．Ｖ．， （１９９０） ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｂｙ ａｒｂｉｔａｒｙ ｐｒｉｍｅｒｓ ａｒｅ ｕｓｅｆｕｌ ａｓ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｒｋｅｒ． Ｎｕｃｌ． Ａｓｉｄｓ Ｒｅｓ． １８：６５３１−６５３５）。そして、このようにして得られた増幅ＤＮＡについて、アガロースゲル電気泳動を用い増幅ＤＮＡを分離し、その後、ユーカリ・グロブラス種内で多型性を有する増幅ＤＮＡに対してクローニングを行い、該ＤＮＡの塩基配列を決定した。
【００１２】
その結果、ユーカリ・グロブラス種内で多型性を有するＤＮＡとして、配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列を含む４１種のＤＮＡを特定した。従って、本発明は、配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、ならびに配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスの個体間で多型性を有するＤＮＡから選択される少なくとも１種のＤＮＡを検出することにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法に関する。
【００１３】
識別に使用するＤＮＡ種の数は識別しようとする個体数に基づいて、設定することができる。例えば５種類のＤＮＡ種を使用することにより、最大２５＝３２個体の識別が可能となる。植林用苗木のように千本以上の個体を対象とする場合、使用する本発明のＤＮＡ種の数は、５以上、好ましくは１０以上、最も好ましくは２０以上である。すなわち対象とするユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて、上記の多型性を有するＤＮＡを検出することにより、個体を識別することができる。
【００１４】
本発明において個体を識別するとは、遺伝的に異なる２個体以上の植物体を区別することを意味する。
【００１５】
配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、及び配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスの個体間で多型性を有するＤＮＡの塩基長は、個体間の多型を識別できる長さであれば特に制限されないが、通常、５０〜２０００塩基、好ましくは１００〜１０００塩基、より好ましくは２００〜７００塩基である。
【００１６】
本明細書において、ストリンジェントな条件とは、特異的なハイブリッドが形成され、非特異的なハイブリッドが形成されない条件をいい、すなわち、各遺伝子に対し高い相同性（相同性が８０％以上、好ましくは９０％以上、より好ましくは９５％以上）を有するＤＮＡがハイブリダイズする条件をいう。より具体的には、このような条件は、０．５〜１ＭのＮａＣｌ存在下４２〜６８℃で、又は５０％ホルムアミド存在下４２℃で、又は水溶液中６５〜６８℃で、ハイブリダイゼーションを行った後、０．１〜２倍濃度のＳＳＣ（ｓａｌｉｎｅ ｓｏｄｉｕｍ ｃｉｔｒａｔｅ）溶液を用いて室温〜６８℃でフィルターを洗浄することにより達成できる。
【００１７】
ここで、塩基配列の一部とは、各塩基配列の一部分の塩基配列であって、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズさせるのに十分な塩基配列の長さを有するものであり、例えば、少なくとも５０塩基、好ましくは少なくとも１００塩基、より好ましくは少なくとも２００塩基の配列である。好ましくは各塩基配列において連続する少なくとも５０塩基、好ましくは少なくとも１００塩基、より好ましくは少なくとも２００塩基の配列である。
【００１８】
各塩基配列の一部としては、例えば、配列番号１で表される塩基配列の２５５〜４００位の配列、配列番号２で表される塩基配列の１２９〜３２７位の配列、配列番号３で表される塩基配列の１３４〜４０６位の配列、配列番号４で表される塩基配列の１０２〜６１９位の配列、配列番号５で表される塩基配列の９７〜５１０位の配列、配列番号６で表される塩基配列の４〜２３４位の配列、配列番号７で表される塩基配列の１８５〜６８２位の配列、配列番号８で表される塩基配列の５〜４２１位の配列、配列番号９で表される塩基配列の１４９〜５０１位の配列、配列番号１０で表される塩基配列の６〜１８６位の配列、配列番号１１で表される塩基配列の９４〜５９６位の配列、配列番号１２で表される塩基配列の９〜２３２位の配列、配列番号１３で表される塩基配列の８７〜２８６位の配列、配列番号１４で表される塩基配列の１８〜５３６位の配列、配列番号１５で表される塩基配列の２７〜３１９位の配列、配列番号１６で表される塩基配列の７０〜４４５位の配列、配列番号１７で表される塩基配列の１９８〜５６７位の配列、配列番号１８で表される塩基配列の８８〜４９９位の配列、配列番号１９で表される塩基配列の５５０〜９８６位の配列、配列番号２０で表される塩基配列の３８３〜８３３位の配列、配列番号２１で表される塩基配列の７〜３４８位の配列、配列番号２２で表される塩基配列の１５９〜４３０位の配列、配列番号２３で表される塩基配列の２７５〜４２３位の配列、配列番号２４で表される塩基配列の２７１〜６７１位の配列、配列番号２５で表される塩基配列の１８４〜４７３位の配列、配列番号２６で表される塩基配列の１０４〜３２７位の配列、配列番号２７で表される塩基配列の８５〜４７１位の配列、配列番号２８で表される塩基配列の５２〜４９８位の配列、配列番号２９で表される塩基配列の１５〜３５２位の配列、配列番号３０で表される塩基配列の３２〜４８０位の配列、配列番号３１で表される塩基配列の６〜２８９位の配列、配列番号３２で表される塩基配列の１２３〜３６３位の配列、配列番号３３で表される塩基配列の２５５〜４９１位の配列、配列番号３４で表される塩基配列の４０５〜５９９位の配列、配列番号３５で表される塩基配列の５２９〜７５１位の配列、配列番号３６で表される塩基配列の１５１〜３５０位の配列、配列番号３７で表される塩基配列の１３３〜３６２位の配列、配列番号３８で表される塩基配列の１０４〜４２８位の配列、配列番号３９で表される塩基配列の８６〜４３６位の配列、配列番号４０で表される塩基配列の３４０〜６８５位の配列、配列番号４１で表される塩基配列の７８〜３４８位の配列が挙げられる。
【００１９】
対象とするユーカリ・グロブラス由来の試料における本発明のＤＮＡの検出は、当技術分野で通常用いられる方法によって実施できる。本発明においては、上記の配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、ならびに配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡのうち、検出しようとするＤＮＡの全部又は一部を増幅しうるように設計されたオリゴヌクレオチドのセットをプライマーとして用いることにより検出を行うのが好ましい。
【００２０】
特定のＤＮＡの全部又は一部を増幅しうるプライマーの設計は、当技術分野において通常用いられる方法によって実施できる。プライマーの長さは、通常１０塩基以上、好ましくは１１〜４５塩基、より好ましくは２０〜３０塩基である。また、プライマーの設計の際には、プライマーの融解温度（Ｔｍ）を確認することが好ましい。Ｔｍとは、任意の核酸鎖の５０％がその相補鎖とハイブリッドを形成する温度を意味し、鋳型ＤＮＡ又はＲＮＡとプライマーとが二本鎖を形成してアニーリングするためには、アニーリングの温度を最適化する必要がある。一方、この温度を下げすぎると非特異的な反応が起こるため、温度は可能な限り高いことが望ましい。従って、設計しようとするプライマーのＴｍは、増幅反応を行う上で重要な因子である。Ｔｍの確認には、公知のプライマー設計用ソフトウエアを利用することができ、本発明で利用可能なソフトウエアとしては、例えばＡｍｐｌｉｆｙなどが挙げられる。またＴｍの確認は、ソフトウエアを使わず、自ら計算することによっても行うことができる。その場合には、最近接塩基対法（Ｎｅａｒｅｓｔ Ｎｅｉｇｈｂｏｒ Ｍｅｔｈｏｄ）、Ｗａｌｌａｎｃｅ法、ＧＣ％法等に基づく計算式を利用することができる。本発明では、平均Ｔｍが約４５〜５５℃であることが好ましい。
【００２１】
プライマーとして特異的なアニーリング又はハイブリダイズが可能な条件としては、その他にもＧＣ含量などがあり、そのような条件は当業者に周知である。また、プライマーは、設計時に鋳型として使用する配列に対し相同的な場合と相補的な場合があり、一般にフォワードプライマーの場合は鋳型配列に対し相同配列となり、リバースプライマーの場合は鋳型配列に対し相補配列となることに留意してプライマーを設計する必要がある。このようなプライマーの設計は当業者には周知である。
【００２２】
本発明においては、ＳＣＡＲ（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｒｅｇｉｏｎ）プライマーを用いるのが好ましい。ＳＣＡＲプライマーの設計方法は当業者に周知であり、例えば、Ｐａｒａｎ， Ｉ． ａｎｄ Ｒ．Ｗ．Ｍｉｃｈｅｌｍｏｒｅ． （１９９３） Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｒｅｌｉａｂｌｅ ＰＣＲ−ｍａｒｋｅｒｓ ｌｉｎｋｅｄ ｔｏ ｄｏｗｎｙ ｍｉｌｄｅｗ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｌｅｔｔｕｃｅ． Ｔｈｅｏｒ． Ａｐｐｌ． Ｇｅｎｅｔ．８５ｆ：９８５−９９３に記載されている。
【００２３】
本発明においては、さらに以下のプライマーセット１〜４１からなる群から選択される少なくとも１種のプライマーセットを用いるのが好ましい。
【００２４】
配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ又は配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡを増幅しうるプライマーセットとして、それぞれ、以下のプライマーセット１〜４１が挙げられる。
プライマーセット１：配列番号４２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号４３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２：配列番号４４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号４５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３：配列番号４６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号４７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット４：配列番号４８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号４９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット５：配列番号５０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号５１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット６：配列番号５２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号５３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット７：配列番号５４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号５５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット８：配列番号５６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号５７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット９：配列番号５８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号５９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１０：配列番号６０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号６１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１１：配列番号６２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号６３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１２：配列番号６４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号６５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１３：配列番号６６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号６７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１４：配列番号６８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号６９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１５：配列番号７０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号７１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１６：配列番号７２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号７３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１７：配列番号７４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号７５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１８：配列番号７６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号７７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１９：配列番号７８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号７９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２０：配列番号８０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号８１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２１：配列番号８２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号８３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２２：配列番号８４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号８５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２３：配列番号８６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号８７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２４：配列番号８８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号８９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２５：配列番号９０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号９１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２６：配列番号９２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号９３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２７：配列番号９４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号９５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２８：配列番号９６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号９７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２９：配列番号９８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号９９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３０：配列番号１００で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１０１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３１：配列番号１０２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１０３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３２：配列番号１０４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１０５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３３：配列番号１０６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１０７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３４：配列番号１０８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１０９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３５：配列番号１１０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１１１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３６：配列番号１１２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１１３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３７：配列番号１１４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１１５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３８：配列番号１１６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１１７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３９：配列番号１１８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１１９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット４０：配列番号１２０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１２１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット４１：配列番号１２２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１２３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
【００２５】
上記プライマーセットにおいて、各塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列又は該塩基配列に対し相補的な塩基配列からなるプライマーもまた上記プライマーセットに包含される。
【００２６】
ここで「一部」とは、各塩基配列のうち、通常１０塩基以上、好ましくは１５〜４５塩基、より好ましくは２０〜３０塩基、さらに好ましくは２２〜２５塩基の連続する塩基配列を意味する。上述したプライマーに付加配列が付加されたものも本発明の範囲内に包含される。各塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列は、通常５０〜２０００塩基、好ましくは１００〜１０００塩基、より好ましくは２００〜７００塩基である。
【００２７】
本発明はまた、本発明のプライマーを含むユーカリ・グロブラス個体識別用キットに関する。本識別用キットは、さらに、反応液を構成するバッファー、ｄＮＴＰ混合物、酵素類（逆転写酵素、ＲＮａｓｅＨなど）、校正用の標準試料などを含んでもよい。
【００２８】
次にユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて多型性を有するＤＮＡを検出する方法について以下に述べる。試料は、ユーカリ・グロブラスに由来するものであれば特に限定されず、例えば、葉、茎、根、樹皮、木材などが挙げられ、新鮮な葉を使用するのが好ましい。
【００２９】
通常、これらの試料から、被検核酸を調製する。被検核酸は、核酸であればＤＮＡ又はＲＮＡのいずれでもよい。ＤＮＡ又はＲＮＡは、当技術分野で周知の方法を適宜使用して抽出することができる。例えば、ＤＮＡを抽出する場合には、フェノール抽出及びエタノール沈殿を行う方法、臭化セチルトリメチルアンモニウムを用いる方法、ガラスビーズを用いる方法などを利用することができる。またＲＮＡを抽出する場合には、グアニジン−塩化セシウム超遠心法、ホットフェノール法、又はチオシアン酸グアジニウム−フェノール−クロロホルム（ＡＧＰＣ）法などを利用することができる。以上のように調製した試料又は被検核酸を用いて、以下に示す増幅反応を行う。
【００３０】
本発明の識別方法は、上記プライマーを用いて被検核酸を鋳型とした増幅反応を行い、その個体間で特異的な増幅反応を検出することにより実施できる。
【００３１】
増幅手法としては、特に限定されないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法の原理を利用した公知の方法を挙げることができる。例えば、ＰＣＲ法、ＬＡＭＰ（Ｌｏｏｐ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ ＡＭＰｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＩＣＡＮ（Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ ａｎｄ Ｃｈｉｍｅｒｉｃ ｐｒｉｍｅｒ−ｉｎｉｔｉａｔｅｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ）法、ＲＣＡ（Ｒｏｌｌｉｎｇ Ｃｉｒｃｌｅ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＬＣＲ（Ｌｉｇａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ）法、ＳＤＡ（Ｓｔｒａｎｄ Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法等を挙げることができる。増幅は、増幅産物が検出可能なレベルになるまで行う。
【００３２】
例えば、ＰＣＲ法は、被検核酸であるＤＮＡを鋳型として、ＤＮＡポリメラーゼにより、一対のプライマー間の塩基配列を合成するものである。ＰＣＲ法によれば、変性、アニーリング及び合成からなるサイクルを繰り返すことによって、増幅断片を指数関数的に増幅させることができる。ＰＣＲの最適条件は、当業者であれば容易に決定することができる。
【００３３】
またＲＴ−ＰＣＲ法では、まず、被検核酸であるＲＮＡを鋳型として、逆転写酵素反応によりｃＤＮＡを作製し、その後、作製したｃＤＮＡを鋳型として一対のプライマーを用いてＰＣＲ法を行うものである。
【００３４】
なお、増幅手法として競合ＰＣＲ法やリアルタイムＰＣＲ法等の定量的ＰＣＲ法などを採用することにより、定量的な検出が可能となる。例えば競合ＰＣＲ法は、同じプライマーを用いて、定量の内部標準となる競合的鋳型から得られる増幅産物と被検核酸から得られる増幅産物との量を比較することにより、被検核酸に含まれる検出対象を定量することができる。また、検出の特異性を高めるために、２組以上のプライマーを用いて２回以上増幅反応を行ってもよく、そのような増幅手法はｎｅｓｔｅｄ ＰＣＲ法として当技術分野で公知である。
【００３５】
本発明の識別方法においては、上記プライマーを用いて特異的な増幅反応が起こる条件下で増幅反応を行う限り、その増幅手法は特に限定されない。また、特異的な増幅反応が起こるような条件は、当業者であれば適宜設定することができる。
【００３６】
上記増幅反応後に特異的な増幅反応が起こったか否かを検出するには、増幅反応により得られる増幅産物を特異的に認識することができる公知の手段を用いることができる。例えば、アガロースゲル電気泳動法等を利用して、特定のサイズの増幅断片が増幅されているか否かを確認することにより、特異的な増幅反応を検出することができる。
【００３７】
増幅産物のサイズは設計したプライマー間の塩基配列に基づいて推測することが可能である。あるいは、増幅反応の過程で取り込まれるｄＮＴＰに、放射性同位体、蛍光物質、発光物質などの標識体を作用させ、この標識体を検出することができる。放射性同位体としては、３２Ｐ、１２５Ｉ、３５Ｓなどを用いることができる。また蛍光物質としては、例えば、フルオレセン（ＦＩＴＣ）、スルホローダミン（ＴＲ）、テトラメチルローダミン（ＴＲＩＴＣ）などを用いることができる。また発光物質としてはルシフェリンなどを用いることができる。
【００３８】
これら標識体の種類や標識体の導入方法等に関しては、特に制限されることはなく、従来公知の各種手段を用いることができる。例えば標識体の導入方法としては、放射性同位体を用いるランダムプライム法が挙げられる。
【００３９】
標識したｄＮＴＰを取り込んだ増幅産物を観察する方法としては、上述した標識体を検出するための当技術分野で公知の方法であればいずれの方法でもよい。例えば、標識体として放射性同位体を用いた場合には、放射活性を、例えば液体シンチレーションカウンター、γ−カウンターなどにより計測することができる。また標識体として蛍光を用いた場合には、その蛍光を蛍光顕微鏡、蛍光プレートリーダーなどを用いて検出することができる。
【実施例】
【００４０】
以下に実施例を挙げて本発明をより詳細に説明するが、本発明は以下の実施例によってなんら制限されるものではない。
【００４１】
＜材料＞
ユーカリ・グロブラス４８個体を使用した。
＜ユーカリ・グロブラスの全ＤＮＡの単離＞
全ＤＮＡは白石らの方法（白石 進・渡辺敦史（１９９５）ｒｂｃ Ｌ遺伝子多型を利用したアカマツとクロマツの葉緑体ゲノム識別．日林誌 ７７：４２９−４３６）に従って抽出を行った。得られたＤＮＡはＴＥ緩衝液に溶解した。
＜ユーカリ・グロブラス多型的ＤＮＡの取得＞
得られたユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡを鋳型としてＲＡＰＤ分析を行った。ＲＡＰＤ分析はゲノムＤＮＡ１０ｎｇ、プライマー５’−ＧＧＡＣＣＣＡＡＣＣＣＡＧ−３’（配列番号１２４）終濃度１μＭ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ社製）０．１ユニット、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ各２００μＭを加えた増幅用緩衝液２０μｌ中で行った。ＰＣＲサイクルはサーマルサイクラー（ＭＰ、宝酒造社製）中で、鋳型ＤＮＡを９５℃で５分間変性させ、変性：９５℃で１分間、アニーリング：３７℃で９０秒間、伸長反応：７２℃で２分間を１サイクルとして４５回繰り返した後、さらに７２℃で５分間伸長反応を行った。
【００４２】
次に、該ＰＣＲ反応液からＰＣＲ産物を分離させるために、１．５％アガロースゲルによる電気泳動を行った。ＰＣＲ反応液９μｌとローディングバッファー１μｌを混合した後、１．５％アガロースゲルで、１００Ｖにて１時間電気泳動を行った。泳動終了後、該アガロースゲルを０．５μｇ／ｍｌのエチジウムブロマイドを含むＴＡＥバッファー溶液に約３０分浸積し、アガロースゲル内のＤＮＡを染色した。その後、暗所で紫外線を照射し、ゲル中のＤＮＡバンドを検出した。
【００４３】
複数増幅されるＤＮＡバンドの内、ユーカリ・グロブラス種内で多型的なバンドが６０８ｂｐに観察された。このバンドをゲルごとカッターで切りだし、市販の精製キット（ＱＩＡＧＥＮ社製）を用いて、使用法に従い、ＤＮＡを回収、精製した。次にＴＯＰＯ ＴＡクローニングキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）を用いて、使用法に従い、該ＰＣＲ産物をクローニングし、ＬＩ−ＣＯＲ社製のシーケンサーを用いて目的のＤＮＡ配列を決定し、配列番号１で表されるＤＮＡを得た。
【００４４】
同様にＲＡＰＤ分析において配列番号１２５〜１６１のプライマーを用いることによって、４０本の多型的なＤＮＡバンドを検出した。さらに同様に該ＤＮＡバンドの塩基配列を決定し、配列番号２〜４１で表されるＤＮＡを得た。
【００４５】
得られたＤＮＡ（配列番号１〜４１）を基に、該ＤＮＡの一部をＰＣＲ増幅可能なプライマーを設計し、配列番号４２〜１２３で表されるオリゴヌクレオチドプライマーを得た。
【００４６】
＜配列番号１で表されるＤＮＡを利用したユーカリ・グロブラスの個体識別＞
配列番号１で表される塩基配列からなるＤＮＡの一部を増幅するようなオリゴヌクレオチドＡＣＣＡＡＧＡＧＣＡＡＧＡＧＣＡＧＧＡＡＣＣ（配列番号４２）とＧＣＡＡＴＡＣＣＡＡＣＴＡＣＡＣＴＧＣＧＣＣ（配列番号４３）（プライマーセット１）をプライマーとして用いるＰＣＲ法により、ユーカリ・グロブラス４８個体の個体識別を行った。
【００４７】
＜ＤＮＡ増幅＞
ＰＣＲ反応は全ＤＮＡ１０ｎｇ、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ各２００μＭ（最終濃度）、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ各２００μＭ、Ｔａｑ ＤＮＡ ポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ社製）０．５ユニットおよび添付の増幅反応用緩衝液２０μｌ中で行った。ＰＣＲサイクルは９５℃で２分間変性させた後、変性：９５℃で３０秒間、アニーリング：６５℃で３０秒間、伸長反応：７２℃で９０秒間のサイクルを３０回行った後、７２℃で５分間伸長反応を行った。
【００４８】
次に該ＰＣＲ反応液からＰＣＲ産物を分離させるために、１．５％アガロースゲルによる電気泳動を行った。ＰＣＲ反応液９μｌとローディングバッファー１μｌを混合した後、１．５％アガロースゲルで、１００Ｖにて１時間電気泳動を行った。泳動終了後、該アガロースゲルを０．５μｇ／ｍｌのエチジウムブロマイドを含むＴＡＥバッファー溶液に約３０分浸積し、アガロースゲル内のＤＮＡを染色した。その後、暗所で紫外線を照射し、ゲル中のＤＮＡバンドを検出した。結果を図１に示す。
【００４９】
図１に示すように、ＤＮＡバンドが検出される個体と検出されない個体を識別することができた。
【００５０】
図１はオリゴヌクレオチドセット番号１をプライマーとしてＰＣＲを行った後のアガロース電気泳動パターンの一部である。図中、Ｍは電気泳動マーカーを示す。各段に３２個体（左右各１６個体）ずつを４段で泳動した。
【００５１】
同様に配列番号２〜４１で表される塩基配列からなるＤＮＡの一部を増幅するようなオリゴヌクレオチド（配列番号４４〜１２３、プライマーセット２〜４１）をプライマーとして用いるＰＣＲ法により、ユーカリ・グロブラス４８個体の個体識別を行った。
【００５２】
以下の表１に、供試した４８個体についてプライマーセット１〜４１で表されるオリゴヌクレオチドのセット（配列番号４２〜１２３）をプライマーとして用いるＰＣＲにおけるＤＮＡ増幅の有無を記した。供試した４８個体はそれぞれ異なるＤＮＡ増幅のパターンを示した。
【００５３】
【表１】
【００５４】
これらの結果より、配列番号１〜４１で表される塩基配列からなるＤＮＡの一部を増幅するようなオリゴヌクレオチド（配列番号４２〜１２３、プライマーセット１〜４１）をプライマーとして用いたＰＣＲによる分析結果を複数比較して用いることによって、ユーカリ・グロブラスの個体識別が可能であることが示された。
【図面の簡単な説明】
【００５５】
【図１】プライマーセット１をプライマーとして用い、ＰＣＲを行った後のアガロース電気泳動のパターンの一部である。
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ユーカリ・グロブラスにおける新規ＤＮＡおよび、それを利用したユーカリ・グロブラスの個体識別方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
ユーカリは世界的に有用な産業造林樹種であり、成長量および材質の優れた品種開発のための育種が各国で進められている。特にユーカリ・グロブラス（Ｅｕｃａｌｙｐｔｕｓ ｇｌｏｂｕｌｕｓ）はパルプ特性が極めて優れていることから、オーストラリアの温帯地域等で広く植林されており、この樹種を対象とした育種計画がいくつか進められている。
【０００３】
近年、早成樹林業では、世界的にクローン林業が指向されている。また、ＤＮＡ分子マーカーによる家系／クローン管理技術を組込んだ新育種システムが提唱されており、育種事業を効率に進めるためには、確実で簡便な個体鑑定技術が不可欠となっている。
【０００４】
これまで個体の識別法としてはアイソザイム分析やＲＡＰＤ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ＤＮＡ）分析を利用することが多かった（特許文献１及び２参照）。アイソザイム分析はタンパク質を扱うために、個体の生育条件や分析過程におけるプロテアーゼによる分解などの不確定要因や、識別能力が高くないことなどにより、必ずしも正確な個体識別が可能とは言えない。ＲＡＰＤ法は手順が簡便で、少量のＤＮＡでも分析できるという利点をもつ。しかし、再現性が悪く実験室間で結果が異なる場合があるという致命的欠点があり、必ずしも正確で確実な個体識別法とは言い難い。
【０００５】
【特許文献１】特開平１０−２２９８９８号公報
【特許文献２】特開２００２−２９１４７５号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明の課題は、ユーカリ・グロブラスの個体を確実に識別する方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明者らは前記状況にかんがみ、より優れたユーカリ・グロブラスの個体識別方法を見いだすべく鋭意研究を重ねた結果、ユーカリ・グロブラスから新規ＤＮＡを取得することに成功し、さらに該新規ＤＮＡを利用することによりユーカリ・グロブラスの個体を識別できることを見いだし、本発明を完成するに至った。
【０００８】
すなわち、本発明は、以下の発明を包含する。
（１）以下の（ａ）及び（ｂ）のＤＮＡから選択される少なくとも１種のＤＮＡを検出することにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法：
（ａ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、
（ｂ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡ。
（２）検出しようとするＤＮＡの全部又は一部を増幅しうるように設計されたオリゴヌクレオチドのセットをプライマーとして用いることによりＤＮＡを検出する（１）記載の方法。
（３）配列番号４２〜１２３のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列又は該塩基配列に対し相補的な塩基配列からなるプライマーから選択される少なくとも１種のプライマーを用い、ユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡを鋳型として増幅反応を行うことにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法。
（４）以下の（ａ）又は（ｂ）のＤＮＡ：
（ａ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、
（ｂ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡ。
（５）配列番号４２〜１２３のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列又は該塩基配列に対し相補的な塩基配列からなるプライマー。
（６）（５）記載のプライマーを含むユーカリ・グロブラス個体識別用キット。
【発明の効果】
【０００９】
本発明により、ＤＮＡを用いたより確実なユーカリ・グロブラスの個体識別方法が提供される。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１０】
以下、本発明を具体的に説明する。
【００１１】
本発明者らは、試料となるユーカリ・グロブラスからＣＴＡＢ（臭化セチルトリメチルアンモニウム）法を用いてＤＮＡを抽出し、次ぎに該ゲノムＤＮＡに、例えばＧＧＡＣＣＣＡＡＣＣＣＡＧ（配列番号１２４）、ＧＧＡＣＣＣＡＡＣＣＧＡＣ（配列番号１２５）、ＧＧＡＣＣＣＡＡＣＣＧＴＧ（配列番号１２６）、ＧＧＡＣＣＣＡＡＣＣＴＧＡ（配列番号１２７）、ＧＡＧＡＧＣＣＡＡＣＣＣＴ（配列番号１２８）、ＧＡＧＡＧＣＣＡＡＣＧＧＴ（配列番号１２９）、ＧＡＧＡＧＣＣＡＡＣＴＣＧ（配列番号１３０）、ＡＡＣＧＧＴＧＡＣＣＡＧＡ（配列番号１３１）、ＡＡＣＧＧＴＧＡＣＣＣＴＣ（配列番号１３２）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＡＣＴ（配列番号１３３）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＡＧＡ（配列番号１３４）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＡＧＣ（配列番号１３５）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＣＡＧ（配列番号１３６）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＧＴＡ（配列番号１３７）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＧＴＣ（配列番号１３８）、ＧＡＧＧＡＴＣＣＣＴＴＡＧ（配列番号１３９）、ＧＧＡＧＧＡＧＡＧＧＡＧＴ（配列番号１４０）、ＧＧＡＧＧＡＧＡＧＧＴＣＴ（配列番号１４１）、ＡＧＴＣＧＧＧＴＧＧＡＡＧ（配列番号１４２）、ＡＧＴＣＧＧＧＴＧＧＧＡＧ（配列番号１４３）、ＡＧＴＣＧＧＧＴＧＧＧＣＴ（配列番号１４４）、ＧＧＴＣＴＧＧＴＴＧＡＧＧ（配列番号１４５）、ＧＧＴＣＴＧＧＴＴＧＡＧＴ（配列番号１４６）、ＧＧＴＣＴＧＧＴＴＧＣＣＴ（配列番号１４７）、ＧＧＴＣＴＧＧＴＴＧＣＧＴ（配列番号１４８）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＡＡＧ（配列番号１４９）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＡＧＴ（配列番号１５０）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＴＣＡ（配列番号１５１）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＴＣＣ（配列番号１５２）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＴＧＡ（配列番号１５３）、ＡＧＧＣＡＧＡＧＣＡＴＧＧ（配列番号１５４）、ＧＧＧＣＣＡＡＴＧＴＡＣＧ（配列番号１５５）、ＧＧＧＣＣＡＡＴＧＴＡＧＡ（配列番号１５６）、ＧＧＧＣＣＡＡＴＧＴＴＧＧ（配列番号１５７）、ＣＧＡＣＡＡＧＣＴＣＡＧＡ（配列番号１５８）、ＣＧＡＣＡＡＧＣＴＣＡＧＴ（配列番号１５９）、ＣＧＡＣＡＡＧＣＴＣＣＡＡ（配列番号１６０）、又はＣＧＡＣＡＡＧＣＴＣＴＧＧ（配列番号１６１）で表されるオリゴヌクレオチドをプライマーとして作用させて、ＤＮＡを増幅させた。ＤＮＡの増幅はＲＡＰＤ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ＤＮＡ）法により行った（Ｗｉｌｌｉａｍｓ， Ｊ．Ｇ．， Ｋｕｂｅｌｉｋ， Ａ．Ｒ．， Ｌｉｖａｋ， Ｋ．Ｊ．， Ｒａｆａｌｓｋｉ， Ｊ．Ａ．， ａｎｄ Ｔｉｎｇｅｙ， Ｓ．Ｖ．， （１９９０） ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｂｙ ａｒｂｉｔａｒｙ ｐｒｉｍｅｒｓ ａｒｅ ｕｓｅｆｕｌ ａｓ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｒｋｅｒ． Ｎｕｃｌ． Ａｓｉｄｓ Ｒｅｓ． １８：６５３１−６５３５）。そして、このようにして得られた増幅ＤＮＡについて、アガロースゲル電気泳動を用い増幅ＤＮＡを分離し、その後、ユーカリ・グロブラス種内で多型性を有する増幅ＤＮＡに対してクローニングを行い、該ＤＮＡの塩基配列を決定した。
【００１２】
その結果、ユーカリ・グロブラス種内で多型性を有するＤＮＡとして、配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列を含む４１種のＤＮＡを特定した。従って、本発明は、配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、ならびに配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスの個体間で多型性を有するＤＮＡから選択される少なくとも１種のＤＮＡを検出することにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法に関する。
【００１３】
識別に使用するＤＮＡ種の数は識別しようとする個体数に基づいて、設定することができる。例えば５種類のＤＮＡ種を使用することにより、最大２５＝３２個体の識別が可能となる。植林用苗木のように千本以上の個体を対象とする場合、使用する本発明のＤＮＡ種の数は、５以上、好ましくは１０以上、最も好ましくは２０以上である。すなわち対象とするユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて、上記の多型性を有するＤＮＡを検出することにより、個体を識別することができる。
【００１４】
本発明において個体を識別するとは、遺伝的に異なる２個体以上の植物体を区別することを意味する。
【００１５】
配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、及び配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスの個体間で多型性を有するＤＮＡの塩基長は、個体間の多型を識別できる長さであれば特に制限されないが、通常、５０〜２０００塩基、好ましくは１００〜１０００塩基、より好ましくは２００〜７００塩基である。
【００１６】
本明細書において、ストリンジェントな条件とは、特異的なハイブリッドが形成され、非特異的なハイブリッドが形成されない条件をいい、すなわち、各遺伝子に対し高い相同性（相同性が８０％以上、好ましくは９０％以上、より好ましくは９５％以上）を有するＤＮＡがハイブリダイズする条件をいう。より具体的には、このような条件は、０．５〜１ＭのＮａＣｌ存在下４２〜６８℃で、又は５０％ホルムアミド存在下４２℃で、又は水溶液中６５〜６８℃で、ハイブリダイゼーションを行った後、０．１〜２倍濃度のＳＳＣ（ｓａｌｉｎｅ ｓｏｄｉｕｍ ｃｉｔｒａｔｅ）溶液を用いて室温〜６８℃でフィルターを洗浄することにより達成できる。
【００１７】
ここで、塩基配列の一部とは、各塩基配列の一部分の塩基配列であって、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズさせるのに十分な塩基配列の長さを有するものであり、例えば、少なくとも５０塩基、好ましくは少なくとも１００塩基、より好ましくは少なくとも２００塩基の配列である。好ましくは各塩基配列において連続する少なくとも５０塩基、好ましくは少なくとも１００塩基、より好ましくは少なくとも２００塩基の配列である。
【００１８】
各塩基配列の一部としては、例えば、配列番号１で表される塩基配列の２５５〜４００位の配列、配列番号２で表される塩基配列の１２９〜３２７位の配列、配列番号３で表される塩基配列の１３４〜４０６位の配列、配列番号４で表される塩基配列の１０２〜６１９位の配列、配列番号５で表される塩基配列の９７〜５１０位の配列、配列番号６で表される塩基配列の４〜２３４位の配列、配列番号７で表される塩基配列の１８５〜６８２位の配列、配列番号８で表される塩基配列の５〜４２１位の配列、配列番号９で表される塩基配列の１４９〜５０１位の配列、配列番号１０で表される塩基配列の６〜１８６位の配列、配列番号１１で表される塩基配列の９４〜５９６位の配列、配列番号１２で表される塩基配列の９〜２３２位の配列、配列番号１３で表される塩基配列の８７〜２８６位の配列、配列番号１４で表される塩基配列の１８〜５３６位の配列、配列番号１５で表される塩基配列の２７〜３１９位の配列、配列番号１６で表される塩基配列の７０〜４４５位の配列、配列番号１７で表される塩基配列の１９８〜５６７位の配列、配列番号１８で表される塩基配列の８８〜４９９位の配列、配列番号１９で表される塩基配列の５５０〜９８６位の配列、配列番号２０で表される塩基配列の３８３〜８３３位の配列、配列番号２１で表される塩基配列の７〜３４８位の配列、配列番号２２で表される塩基配列の１５９〜４３０位の配列、配列番号２３で表される塩基配列の２７５〜４２３位の配列、配列番号２４で表される塩基配列の２７１〜６７１位の配列、配列番号２５で表される塩基配列の１８４〜４７３位の配列、配列番号２６で表される塩基配列の１０４〜３２７位の配列、配列番号２７で表される塩基配列の８５〜４７１位の配列、配列番号２８で表される塩基配列の５２〜４９８位の配列、配列番号２９で表される塩基配列の１５〜３５２位の配列、配列番号３０で表される塩基配列の３２〜４８０位の配列、配列番号３１で表される塩基配列の６〜２８９位の配列、配列番号３２で表される塩基配列の１２３〜３６３位の配列、配列番号３３で表される塩基配列の２５５〜４９１位の配列、配列番号３４で表される塩基配列の４０５〜５９９位の配列、配列番号３５で表される塩基配列の５２９〜７５１位の配列、配列番号３６で表される塩基配列の１５１〜３５０位の配列、配列番号３７で表される塩基配列の１３３〜３６２位の配列、配列番号３８で表される塩基配列の１０４〜４２８位の配列、配列番号３９で表される塩基配列の８６〜４３６位の配列、配列番号４０で表される塩基配列の３４０〜６８５位の配列、配列番号４１で表される塩基配列の７８〜３４８位の配列が挙げられる。
【００１９】
対象とするユーカリ・グロブラス由来の試料における本発明のＤＮＡの検出は、当技術分野で通常用いられる方法によって実施できる。本発明においては、上記の配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、ならびに配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡのうち、検出しようとするＤＮＡの全部又は一部を増幅しうるように設計されたオリゴヌクレオチドのセットをプライマーとして用いることにより検出を行うのが好ましい。
【００２０】
特定のＤＮＡの全部又は一部を増幅しうるプライマーの設計は、当技術分野において通常用いられる方法によって実施できる。プライマーの長さは、通常１０塩基以上、好ましくは１１〜４５塩基、より好ましくは２０〜３０塩基である。また、プライマーの設計の際には、プライマーの融解温度（Ｔｍ）を確認することが好ましい。Ｔｍとは、任意の核酸鎖の５０％がその相補鎖とハイブリッドを形成する温度を意味し、鋳型ＤＮＡ又はＲＮＡとプライマーとが二本鎖を形成してアニーリングするためには、アニーリングの温度を最適化する必要がある。一方、この温度を下げすぎると非特異的な反応が起こるため、温度は可能な限り高いことが望ましい。従って、設計しようとするプライマーのＴｍは、増幅反応を行う上で重要な因子である。Ｔｍの確認には、公知のプライマー設計用ソフトウエアを利用することができ、本発明で利用可能なソフトウエアとしては、例えばＡｍｐｌｉｆｙなどが挙げられる。またＴｍの確認は、ソフトウエアを使わず、自ら計算することによっても行うことができる。その場合には、最近接塩基対法（Ｎｅａｒｅｓｔ Ｎｅｉｇｈｂｏｒ Ｍｅｔｈｏｄ）、Ｗａｌｌａｎｃｅ法、ＧＣ％法等に基づく計算式を利用することができる。本発明では、平均Ｔｍが約４５〜５５℃であることが好ましい。
【００２１】
プライマーとして特異的なアニーリング又はハイブリダイズが可能な条件としては、その他にもＧＣ含量などがあり、そのような条件は当業者に周知である。また、プライマーは、設計時に鋳型として使用する配列に対し相同的な場合と相補的な場合があり、一般にフォワードプライマーの場合は鋳型配列に対し相同配列となり、リバースプライマーの場合は鋳型配列に対し相補配列となることに留意してプライマーを設計する必要がある。このようなプライマーの設計は当業者には周知である。
【００２２】
本発明においては、ＳＣＡＲ（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｒｅｇｉｏｎ）プライマーを用いるのが好ましい。ＳＣＡＲプライマーの設計方法は当業者に周知であり、例えば、Ｐａｒａｎ， Ｉ． ａｎｄ Ｒ．Ｗ．Ｍｉｃｈｅｌｍｏｒｅ． （１９９３） Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｒｅｌｉａｂｌｅ ＰＣＲ−ｍａｒｋｅｒｓ ｌｉｎｋｅｄ ｔｏ ｄｏｗｎｙ ｍｉｌｄｅｗ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｌｅｔｔｕｃｅ． Ｔｈｅｏｒ． Ａｐｐｌ． Ｇｅｎｅｔ．８５ｆ：９８５−９９３に記載されている。
【００２３】
本発明においては、さらに以下のプライマーセット１〜４１からなる群から選択される少なくとも１種のプライマーセットを用いるのが好ましい。
【００２４】
配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ又は配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡを増幅しうるプライマーセットとして、それぞれ、以下のプライマーセット１〜４１が挙げられる。
プライマーセット１：配列番号４２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号４３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２：配列番号４４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号４５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３：配列番号４６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号４７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット４：配列番号４８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号４９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット５：配列番号５０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号５１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット６：配列番号５２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号５３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット７：配列番号５４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号５５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット８：配列番号５６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号５７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット９：配列番号５８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号５９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１０：配列番号６０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号６１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１１：配列番号６２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号６３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１２：配列番号６４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号６５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１３：配列番号６６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号６７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１４：配列番号６８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号６９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１５：配列番号７０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号７１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１６：配列番号７２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号７３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１７：配列番号７４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号７５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１８：配列番号７６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号７７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット１９：配列番号７８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号７９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２０：配列番号８０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号８１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２１：配列番号８２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号８３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２２：配列番号８４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号８５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２３：配列番号８６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号８７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２４：配列番号８８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号８９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２５：配列番号９０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号９１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２６：配列番号９２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号９３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２７：配列番号９４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号９５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２８：配列番号９６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号９７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット２９：配列番号９８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号９９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３０：配列番号１００で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１０１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３１：配列番号１０２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１０３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３２：配列番号１０４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１０５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３３：配列番号１０６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１０７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３４：配列番号１０８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１０９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３５：配列番号１１０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１１１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３６：配列番号１１２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１１３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３７：配列番号１１４で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１１５で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３８：配列番号１１６で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１１７で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット３９：配列番号１１８で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１１９で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット４０：配列番号１２０で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１２１で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
プライマーセット４１：配列番号１２２で表される塩基配列からなるフォワードプライマーと配列番号１２３で表される塩基配列からなるリバースプライマーとのセット。
【００２５】
上記プライマーセットにおいて、各塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列又は該塩基配列に対し相補的な塩基配列からなるプライマーもまた上記プライマーセットに包含される。
【００２６】
ここで「一部」とは、各塩基配列のうち、通常１０塩基以上、好ましくは１５〜４５塩基、より好ましくは２０〜３０塩基、さらに好ましくは２２〜２５塩基の連続する塩基配列を意味する。上述したプライマーに付加配列が付加されたものも本発明の範囲内に包含される。各塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列は、通常５０〜２０００塩基、好ましくは１００〜１０００塩基、より好ましくは２００〜７００塩基である。
【００２７】
本発明はまた、本発明のプライマーを含むユーカリ・グロブラス個体識別用キットに関する。本識別用キットは、さらに、反応液を構成するバッファー、ｄＮＴＰ混合物、酵素類（逆転写酵素、ＲＮａｓｅＨなど）、校正用の標準試料などを含んでもよい。
【００２８】
次にユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて多型性を有するＤＮＡを検出する方法について以下に述べる。試料は、ユーカリ・グロブラスに由来するものであれば特に限定されず、例えば、葉、茎、根、樹皮、木材などが挙げられ、新鮮な葉を使用するのが好ましい。
【００２９】
通常、これらの試料から、被検核酸を調製する。被検核酸は、核酸であればＤＮＡ又はＲＮＡのいずれでもよい。ＤＮＡ又はＲＮＡは、当技術分野で周知の方法を適宜使用して抽出することができる。例えば、ＤＮＡを抽出する場合には、フェノール抽出及びエタノール沈殿を行う方法、臭化セチルトリメチルアンモニウムを用いる方法、ガラスビーズを用いる方法などを利用することができる。またＲＮＡを抽出する場合には、グアニジン−塩化セシウム超遠心法、ホットフェノール法、又はチオシアン酸グアジニウム−フェノール−クロロホルム（ＡＧＰＣ）法などを利用することができる。以上のように調製した試料又は被検核酸を用いて、以下に示す増幅反応を行う。
【００３０】
本発明の識別方法は、上記プライマーを用いて被検核酸を鋳型とした増幅反応を行い、その個体間で特異的な増幅反応を検出することにより実施できる。
【００３１】
増幅手法としては、特に限定されないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法の原理を利用した公知の方法を挙げることができる。例えば、ＰＣＲ法、ＬＡＭＰ（Ｌｏｏｐ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ ＡＭＰｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＩＣＡＮ（Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ ａｎｄ Ｃｈｉｍｅｒｉｃ ｐｒｉｍｅｒ−ｉｎｉｔｉａｔｅｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ）法、ＲＣＡ（Ｒｏｌｌｉｎｇ Ｃｉｒｃｌｅ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＬＣＲ（Ｌｉｇａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ）法、ＳＤＡ（Ｓｔｒａｎｄ Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法等を挙げることができる。増幅は、増幅産物が検出可能なレベルになるまで行う。
【００３２】
例えば、ＰＣＲ法は、被検核酸であるＤＮＡを鋳型として、ＤＮＡポリメラーゼにより、一対のプライマー間の塩基配列を合成するものである。ＰＣＲ法によれば、変性、アニーリング及び合成からなるサイクルを繰り返すことによって、増幅断片を指数関数的に増幅させることができる。ＰＣＲの最適条件は、当業者であれば容易に決定することができる。
【００３３】
またＲＴ−ＰＣＲ法では、まず、被検核酸であるＲＮＡを鋳型として、逆転写酵素反応によりｃＤＮＡを作製し、その後、作製したｃＤＮＡを鋳型として一対のプライマーを用いてＰＣＲ法を行うものである。
【００３４】
なお、増幅手法として競合ＰＣＲ法やリアルタイムＰＣＲ法等の定量的ＰＣＲ法などを採用することにより、定量的な検出が可能となる。例えば競合ＰＣＲ法は、同じプライマーを用いて、定量の内部標準となる競合的鋳型から得られる増幅産物と被検核酸から得られる増幅産物との量を比較することにより、被検核酸に含まれる検出対象を定量することができる。また、検出の特異性を高めるために、２組以上のプライマーを用いて２回以上増幅反応を行ってもよく、そのような増幅手法はｎｅｓｔｅｄ ＰＣＲ法として当技術分野で公知である。
【００３５】
本発明の識別方法においては、上記プライマーを用いて特異的な増幅反応が起こる条件下で増幅反応を行う限り、その増幅手法は特に限定されない。また、特異的な増幅反応が起こるような条件は、当業者であれば適宜設定することができる。
【００３６】
上記増幅反応後に特異的な増幅反応が起こったか否かを検出するには、増幅反応により得られる増幅産物を特異的に認識することができる公知の手段を用いることができる。例えば、アガロースゲル電気泳動法等を利用して、特定のサイズの増幅断片が増幅されているか否かを確認することにより、特異的な増幅反応を検出することができる。
【００３７】
増幅産物のサイズは設計したプライマー間の塩基配列に基づいて推測することが可能である。あるいは、増幅反応の過程で取り込まれるｄＮＴＰに、放射性同位体、蛍光物質、発光物質などの標識体を作用させ、この標識体を検出することができる。放射性同位体としては、３２Ｐ、１２５Ｉ、３５Ｓなどを用いることができる。また蛍光物質としては、例えば、フルオレセン（ＦＩＴＣ）、スルホローダミン（ＴＲ）、テトラメチルローダミン（ＴＲＩＴＣ）などを用いることができる。また発光物質としてはルシフェリンなどを用いることができる。
【００３８】
これら標識体の種類や標識体の導入方法等に関しては、特に制限されることはなく、従来公知の各種手段を用いることができる。例えば標識体の導入方法としては、放射性同位体を用いるランダムプライム法が挙げられる。
【００３９】
標識したｄＮＴＰを取り込んだ増幅産物を観察する方法としては、上述した標識体を検出するための当技術分野で公知の方法であればいずれの方法でもよい。例えば、標識体として放射性同位体を用いた場合には、放射活性を、例えば液体シンチレーションカウンター、γ−カウンターなどにより計測することができる。また標識体として蛍光を用いた場合には、その蛍光を蛍光顕微鏡、蛍光プレートリーダーなどを用いて検出することができる。
【実施例】
【００４０】
以下に実施例を挙げて本発明をより詳細に説明するが、本発明は以下の実施例によってなんら制限されるものではない。
【００４１】
＜材料＞
ユーカリ・グロブラス４８個体を使用した。
＜ユーカリ・グロブラスの全ＤＮＡの単離＞
全ＤＮＡは白石らの方法（白石 進・渡辺敦史（１９９５）ｒｂｃ Ｌ遺伝子多型を利用したアカマツとクロマツの葉緑体ゲノム識別．日林誌 ７７：４２９−４３６）に従って抽出を行った。得られたＤＮＡはＴＥ緩衝液に溶解した。
＜ユーカリ・グロブラス多型的ＤＮＡの取得＞
得られたユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡを鋳型としてＲＡＰＤ分析を行った。ＲＡＰＤ分析はゲノムＤＮＡ１０ｎｇ、プライマー５’−ＧＧＡＣＣＣＡＡＣＣＣＡＧ−３’（配列番号１２４）終濃度１μＭ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ社製）０．１ユニット、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ各２００μＭを加えた増幅用緩衝液２０μｌ中で行った。ＰＣＲサイクルはサーマルサイクラー（ＭＰ、宝酒造社製）中で、鋳型ＤＮＡを９５℃で５分間変性させ、変性：９５℃で１分間、アニーリング：３７℃で９０秒間、伸長反応：７２℃で２分間を１サイクルとして４５回繰り返した後、さらに７２℃で５分間伸長反応を行った。
【００４２】
次に、該ＰＣＲ反応液からＰＣＲ産物を分離させるために、１．５％アガロースゲルによる電気泳動を行った。ＰＣＲ反応液９μｌとローディングバッファー１μｌを混合した後、１．５％アガロースゲルで、１００Ｖにて１時間電気泳動を行った。泳動終了後、該アガロースゲルを０．５μｇ／ｍｌのエチジウムブロマイドを含むＴＡＥバッファー溶液に約３０分浸積し、アガロースゲル内のＤＮＡを染色した。その後、暗所で紫外線を照射し、ゲル中のＤＮＡバンドを検出した。
【００４３】
複数増幅されるＤＮＡバンドの内、ユーカリ・グロブラス種内で多型的なバンドが６０８ｂｐに観察された。このバンドをゲルごとカッターで切りだし、市販の精製キット（ＱＩＡＧＥＮ社製）を用いて、使用法に従い、ＤＮＡを回収、精製した。次にＴＯＰＯ ＴＡクローニングキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）を用いて、使用法に従い、該ＰＣＲ産物をクローニングし、ＬＩ−ＣＯＲ社製のシーケンサーを用いて目的のＤＮＡ配列を決定し、配列番号１で表されるＤＮＡを得た。
【００４４】
同様にＲＡＰＤ分析において配列番号１２５〜１６１のプライマーを用いることによって、４０本の多型的なＤＮＡバンドを検出した。さらに同様に該ＤＮＡバンドの塩基配列を決定し、配列番号２〜４１で表されるＤＮＡを得た。
【００４５】
得られたＤＮＡ（配列番号１〜４１）を基に、該ＤＮＡの一部をＰＣＲ増幅可能なプライマーを設計し、配列番号４２〜１２３で表されるオリゴヌクレオチドプライマーを得た。
【００４６】
＜配列番号１で表されるＤＮＡを利用したユーカリ・グロブラスの個体識別＞
配列番号１で表される塩基配列からなるＤＮＡの一部を増幅するようなオリゴヌクレオチドＡＣＣＡＡＧＡＧＣＡＡＧＡＧＣＡＧＧＡＡＣＣ（配列番号４２）とＧＣＡＡＴＡＣＣＡＡＣＴＡＣＡＣＴＧＣＧＣＣ（配列番号４３）（プライマーセット１）をプライマーとして用いるＰＣＲ法により、ユーカリ・グロブラス４８個体の個体識別を行った。
【００４７】
＜ＤＮＡ増幅＞
ＰＣＲ反応は全ＤＮＡ１０ｎｇ、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ各２００μＭ（最終濃度）、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ各２００μＭ、Ｔａｑ ＤＮＡ ポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ社製）０．５ユニットおよび添付の増幅反応用緩衝液２０μｌ中で行った。ＰＣＲサイクルは９５℃で２分間変性させた後、変性：９５℃で３０秒間、アニーリング：６５℃で３０秒間、伸長反応：７２℃で９０秒間のサイクルを３０回行った後、７２℃で５分間伸長反応を行った。
【００４８】
次に該ＰＣＲ反応液からＰＣＲ産物を分離させるために、１．５％アガロースゲルによる電気泳動を行った。ＰＣＲ反応液９μｌとローディングバッファー１μｌを混合した後、１．５％アガロースゲルで、１００Ｖにて１時間電気泳動を行った。泳動終了後、該アガロースゲルを０．５μｇ／ｍｌのエチジウムブロマイドを含むＴＡＥバッファー溶液に約３０分浸積し、アガロースゲル内のＤＮＡを染色した。その後、暗所で紫外線を照射し、ゲル中のＤＮＡバンドを検出した。結果を図１に示す。
【００４９】
図１に示すように、ＤＮＡバンドが検出される個体と検出されない個体を識別することができた。
【００５０】
図１はオリゴヌクレオチドセット番号１をプライマーとしてＰＣＲを行った後のアガロース電気泳動パターンの一部である。図中、Ｍは電気泳動マーカーを示す。各段に３２個体（左右各１６個体）ずつを４段で泳動した。
【００５１】
同様に配列番号２〜４１で表される塩基配列からなるＤＮＡの一部を増幅するようなオリゴヌクレオチド（配列番号４４〜１２３、プライマーセット２〜４１）をプライマーとして用いるＰＣＲ法により、ユーカリ・グロブラス４８個体の個体識別を行った。
【００５２】
以下の表１に、供試した４８個体についてプライマーセット１〜４１で表されるオリゴヌクレオチドのセット（配列番号４２〜１２３）をプライマーとして用いるＰＣＲにおけるＤＮＡ増幅の有無を記した。供試した４８個体はそれぞれ異なるＤＮＡ増幅のパターンを示した。
【００５３】
【表１】
【００５４】
これらの結果より、配列番号１〜４１で表される塩基配列からなるＤＮＡの一部を増幅するようなオリゴヌクレオチド（配列番号４２〜１２３、プライマーセット１〜４１）をプライマーとして用いたＰＣＲによる分析結果を複数比較して用いることによって、ユーカリ・グロブラスの個体識別が可能であることが示された。
【図面の簡単な説明】
【００５５】
【図１】プライマーセット１をプライマーとして用い、ＰＣＲを行った後のアガロース電気泳動のパターンの一部である。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の（ａ）及び（ｂ）のＤＮＡから選択される少なくとも１種のＤＮＡを検出することにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法：
（ａ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、
（ｂ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡ。
【請求項２】
検出しようとするＤＮＡの全部又は一部を増幅しうるように設計されたオリゴヌクレオチドのセットをプライマーとして用いることによりＤＮＡを検出する請求項１記載の方法。
【請求項３】
配列番号４２〜１２３のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列又は該塩基配列に対し相補的な塩基配列からなるプライマーから選択される少なくとも１種のプライマーを用い、ユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡを鋳型として増幅反応を行うことにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法。
【請求項４】
以下の（ａ）又は（ｂ）のＤＮＡ：
（ａ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、
（ｂ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡ。
【請求項５】
配列番号４２〜１２３のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列又は該塩基配列に対し相補的な塩基配列からなるプライマー。
【請求項６】
請求項５記載のプライマーを含むユーカリ・グロブラス個体識別用キット。
【請求項１】
以下の（ａ）及び（ｂ）のＤＮＡから選択される少なくとも１種のＤＮＡを検出することにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法：
（ａ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、
（ｂ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡ。
【請求項２】
検出しようとするＤＮＡの全部又は一部を増幅しうるように設計されたオリゴヌクレオチドのセットをプライマーとして用いることによりＤＮＡを検出する請求項１記載の方法。
【請求項３】
配列番号４２〜１２３のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列又は該塩基配列に対し相補的な塩基配列からなるプライマーから選択される少なくとも１種のプライマーを用い、ユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡを鋳型として増幅反応を行うことにより、ユーカリ・グロブラスにおける個体を識別する方法。
【請求項４】
以下の（ａ）又は（ｂ）のＤＮＡ：
（ａ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含むＤＮＡ、
（ｂ）配列番号１〜４１のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部からなるＤＮＡに対し相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつユーカリ・グロブラスのゲノムＤＮＡにおいて個体間で多型性を有するＤＮＡ。
【請求項５】
配列番号４２〜１２３のいずれかで表される塩基配列の全部又は一部を含む塩基配列又は該塩基配列に対し相補的な塩基配列からなるプライマー。
【請求項６】
請求項５記載のプライマーを含むユーカリ・グロブラス個体識別用キット。
【図１】
【公開番号】特開２００６−５０９１２（Ｐ２００６−５０９１２Ａ）
【公開日】平成１８年２月２３日（２００６．２．２３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−２３３５５６（Ｐ２００４−２３３５５６）
【出願日】平成１６年８月１０日（２００４．８．１０）
【新規性喪失の例外の表示】特許法第３０条第１項適用申請有り 第１１５回日本林学会大会にて発表 発表年月日：平成１６年４月２日 発表場所：東京大学農学部１号館Ａ会場 学術講演集発行日：平成１６年３月２０日
【出願人】（０００１２２２９８）王子製紙株式会社 (2,055)
【出願人】（５０４１４５３４２）国立大学法人九州大学 (960)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成１８年２月２３日（２００６．２．２３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年８月１０日（２００４．８．１０）
【新規性喪失の例外の表示】特許法第３０条第１項適用申請有り 第１１５回日本林学会大会にて発表 発表年月日：平成１６年４月２日 発表場所：東京大学農学部１号館Ａ会場 学術講演集発行日：平成１６年３月２０日
【出願人】（０００１２２２９８）王子製紙株式会社 (2,055)
【出願人】（５０４１４５３４２）国立大学法人九州大学 (960)
【Ｆターム（参考）】
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