初代ラット肝細胞毒性モデリング
本発明は、遺伝子発現の全体的な変化の解明と既知の毒に曝された組織又は細胞中の毒性マーカーの同定に基づいている。遺伝子とそれらがコードするタンパク質は、医薬スクリーニング及び毒性アッセイにおいて、毒性マーカーとして使われる。本発明は、毒に誘導された差次的な発現によって特徴づけられる遺伝子及び／又はタンパク質のデータベースを含む。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
化合物が組織又は細胞に対して少なくとも一つの毒作用を誘導するか否かを決定する方法であって、
（ａ）当該化合物に曝された組織又は細胞試料の遺伝子発現プロファイルを作成すること、及び
（ｂ）当該遺伝子発現プロファイルを表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭのデータ又は情報を充分な量含むデータベースと比較し、当該化合物が組織又は細胞に対して少なくとも一つの毒作用を誘導するか否かを決定すること
を含む方法。
【請求項２】
前記組織又は細胞試料から作成された前記遺伝子発現プロファイルが少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを含んでいる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子の発現レベルが表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの毒性平均及び／又は非毒性平均の値と比較される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記発現レベルが比較の前に規格化される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記発現プロファイルが遺伝子発現プロファイルである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記発現プロファイルがタンパク質発現プロファイルである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記データベースが表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭのデータ又は情報を実質的にすべて含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
化合物の少なくとも１つの毒作用を予測する方法であって、
（ａ）当該化合物に曝された組織又は細胞試料において、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の２個又はそれ以上の遺伝子の発現レベルを検出することを含み、
ここで、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子の差次的発現が少なくとも１つの毒作用を示唆している、方法。
【請求項９】
ある化合物の毒作用の進行を予測する方法であって、
（ａ）当該化合物に曝された組織又は細胞試料において、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の２個以上の遺伝子の発現レベルを検出するステップを含み、
表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の当該遺伝子の差次的発現が毒性の進行を示唆している、方法。
【請求項１０】
ある化合物の肝毒性を予測する方法であって、
（ａ）当該化合物に曝された組織又は細胞試料において、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の２個以上の遺伝子の発現レベルを検出するステップを含み、
表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の当該遺伝子の差次的発現が肝毒性を示唆している、方法。
【請求項１１】
毒性反応の発症又は進行を調節する薬剤を同定する方法であって、
（ａ）細胞を当該薬剤及び既知の毒に曝すこと、及び
（ｂ）表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の２個又はそれ以上の遺伝子の発現レベルを検出することを含み、
ここで、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子の差次的発現が毒性を示唆している、方法。
【請求項１２】
細胞中で化合物が調節する細胞経路を予測する方法であって、
（ａ）当該化合物に曝された組織又は細胞において、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の２個又はそれ以上の遺伝子の発現レベルを検出することを含み、
ここで、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子の差次的発現が少なくとも１つの細胞経路の調節と関連している、方法。
【請求項１３】
少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
少なくとも５０個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも１００個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも５００個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の実質的にすべての遺伝子が検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの少なくとも１つの表中のすべての遺伝子が検出される、請求項８〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
化合物への曝露がインビトロである、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記細胞サンプルがラット肝臓細胞を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記発現レベルを検出するステップが、２個以上の前記遺伝子によってコードされているタンパク質のレベルを検出することを含む、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記発現レベルを検出するステップが、２個以上の前記遺伝子に付随するタンパク質活性のレベルを検出することを含む、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記発現レベルが、核酸増幅、ヌクレアーゼ保護、又はハイブリダイゼーションの各アッセイによって検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
検出される発現レベルが既知の毒に曝された細胞で見出される発現レベルと比較される、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記毒が、アミオダロン、α−ナフチルイソチオシアネート（ＡＮＩＴ）、アセトアミノフェン（ＡＰＡＰ）、ＡＹ−２５３２９、ブロモベンゼン、カプトプリル、カルバマゼピン、四塩化炭素、クロロホルム、クロルプロマジン、ＣＩ−１０００、クロフィブラート、ＣＰＡ、デキサメタゾン、ジクロフェナク、ジエチルニトロサミン、ジフルニサル、ジメチルニトロサミン（ＤＭＮ）、１７α−エチニルエストラジオール、ゲムフィブロジル（Ｌｏｐｉｄ（登録商標））、ヒドラジン、イミプラミン（Ｊａｎｉｍｉｎｅ）、インドメタシン、リポ多糖、ロバスタチン（Ｍｅｖａｃｏｒ（登録商標））、メトトレキセート、フェナセチン、フェノバルビタール、タクリン、タモキシフェン、テトラサイクリン、チオアセトアミド、バルプロ酸及びＷｙ−１４６４３からなる群から選択される毒である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記発現レベルが表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭで見出される発現レベルと比較される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記細胞が初代肝細胞である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記細胞がラット初代肝細胞である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記作用が、遺伝毒性発癌、非遺伝毒性発癌、胆汁鬱帯、直接作用毒性、肝炎、肝肥大、炎症、壊死、脂肪肝を伴う壊死、ペルオキシソーム増殖、脂肪肝、肝炎を伴う脂肪肝からなる群から選択される、請求項６又は７に記載の方法。
【請求項３０】
前記肝毒性が、遺伝毒性発癌、非遺伝毒性発癌、胆汁鬱帯、直接作用毒性、肝炎、肝肥大、炎症、壊死、脂肪肝を伴う壊死、ペルオキシソーム増殖、脂肪肝、肝炎を伴う脂肪肝からなる群から選択される少なくとも１つの肝臓疾患の病理と関連している、請求項８に記載の方法。
【請求項３１】
前記細胞経路が、アミオダロン、α−ナフチルイソチオシアネート（ＡＮＩＴ）、アセトアミノフェン（ＡＰＡＰ）、ＡＹ−２５３２９、ブロモベンゼン、カプトプリル、カルバマゼピン、四塩化炭素、クロロホルムクロルプロマジン、ＣＩ−１０００、クロフィブラート、ＣＰＡ、デキサメタゾン、ジクロフェナク、ジエチルニトロサミン、ジフルニサル、ジメチルニトロサミン（ＤＭＮ）、１７α−エチニルエストラジオール、ゲムフィブロジル（Ｌｏｐｉｄ（登録商標））、ヒドラジン、イミプラミン（Ｊａｎｉｍｉｎｅ）、インドメタシン、リポ多糖、ロバスタチン（Ｍｅｖａｃｏｒ（登録商標））、メトトレキセート、フェナセチン、フェノバルビタール、タクリン、タモキシフェン、テトラサイクリン、チオアセトアミド、バルプロ酸及びＷｙ−１４６４３からなる群から選択される毒によって調節される、請求項１０に記載の方法。
【請求項３２】
各プローブが表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子に特異的にハイブリダイズする配列を含む、少なくとも２個のプローブのセット
【請求項３３】
前記セットが少なくとも３個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項３２に記載のプローブのセット。
【請求項３４】
前記セットが少なくとも１０個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項３２に記載のプローブのセット。
【請求項３５】
前記セットが少なくとも１００個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項３２に記載のプローブのセット。
【請求項３６】
前記セットが少なくとも５００個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項３２に記載のプローブのセット。
【請求項３７】
前記プローブが少なくとも１つの固体支持体に取り付けられている、請求項３２〜３６のいずれか１項に記載のプローブのセット。
【請求項３８】
前記少なくとも１つの固体支持体が、膜、ガラス支持体、ビーズのセット及びシリコン支持体からなる群から選択される、請求項３７に記載のプローブのセット。
【請求項３９】
各プローブが表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子に特異的にハイブリダイズする配列を含む、少なくとも２個のプローブを含む固体支持体。
【請求項４０】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも１０個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項３９記載の固体支持体。
【請求項４１】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも約１００個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項３９記載の固体支持体。
【請求項４２】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも約１，０００個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項３９記載の固体支持体。
【請求項４３】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも約１０，０００個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項３９記載の固体支持体。
【請求項４４】
（ａ）肝臓毒に曝された組織又は細胞試料において、表１〜５ＭＭＭＭＭの中の少なくとも２個の遺伝子を含む遺伝子セットの発現レベルを同定する情報を含むデータベース、及び
（ｂ）前記情報を見るためのユーザーインターフェース
を含むコンピューターシステム。
【請求項４５】
前記細胞試料がラット初代肝細胞である、請求項４４に記載のコンピューターシステム。
【請求項４６】
前記データベースが前記遺伝子の配列情報をさらに含む、請求項４４に記載のコンピューターシステム。
【請求項４７】
前記データベースが肝臓毒に曝される前の組織又は細胞試料における前記遺伝子セットの発現レベルを同定する情報をさらに含む、請求項４４に記載のコンピューターシステム。
【請求項４８】
前記データベースが少なくとも第二の肝臓毒に曝された組織又は細胞試料における前記遺伝子セットの発現レベルを同定する情報をさらに含む、請求項４４に記載のコンピューターシステム。
【請求項４９】
請求項４４〜４８のいずれか１項に記載のコンピューターシステムであって、外部データベースからの記述的な情報、タンパク質の活性、タンパク質の発現レベルを含む記録をさらに含み、当該情報は前記遺伝子を当該外部データベースの記録に関連する、コンピューターシステム。
【請求項５０】
前記外部データベースがＧｅｎＢａｎｋである、請求項４９に記載のコンピューターシステム。
【請求項５１】
組織又は細胞試料における表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の少なくとも１個の遺伝子の発現レベルを同定する情報を提示するために、請求項４４〜４９のいずれか１項に記載のコンピューターシステムを用いる方法であって、
（ａ）試験薬剤に曝された組織又は細胞試料における、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の少なくとも１個の遺伝子の発現レベルを、データベース中の遺伝子の発現レベルと比較すること
を含む方法。
【請求項５２】
少なくとも２個の遺伝子の発現レベルが比較される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルが比較される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
少なくとも１００個の遺伝子の発現レベルが比較される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５５】
組織又は細胞試料における少なくとも１個の遺伝子の発現レベルを、毒に曝されたときの発現レベルと比較して表示するステップを更に含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５６】
前記遺伝子の遺伝子発現情報と共にパッケージされた、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の少なくとも１個の固体支持体を含むキット。
【請求項５７】
前記遺伝子発現情報が、肝臓毒に曝された組織又は細胞試料における遺伝子発現情報を含む、請求項５６に記載のキット。
【請求項５８】
前記遺伝子発現情報が電子フォーマットである、請求項５７のキット。
【請求項５９】
表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子によってコードされるタンパク質の少なくとも１つの活性を調節する薬剤を同定する方法であって、
（ａ）当該タンパク質を当該薬剤に曝すこと、及び
（ｂ）当該タンパク質の少なくとも１つの活性をアッセイすること
を含む方法。
【請求項６０】
前記薬剤が前記タンパク質を発現している細胞に曝される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記細胞が既知の毒に曝される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記毒が前記タンパク質の発現を調節する、請求項６１に記載の方法。
【請求項１】
化合物が組織又は細胞に対して少なくとも一つの毒作用を誘導するか否かを決定する方法であって、
（ａ）当該化合物に曝された組織又は細胞試料の遺伝子発現プロファイルを作成すること、及び
（ｂ）当該遺伝子発現プロファイルを表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭのデータ又は情報を充分な量含むデータベースと比較し、当該化合物が組織又は細胞に対して少なくとも一つの毒作用を誘導するか否かを決定すること
を含む方法。
【請求項２】
前記組織又は細胞試料から作成された前記遺伝子発現プロファイルが少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを含んでいる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子の発現レベルが表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの毒性平均及び／又は非毒性平均の値と比較される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記発現レベルが比較の前に規格化される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記発現プロファイルが遺伝子発現プロファイルである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記発現プロファイルがタンパク質発現プロファイルである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記データベースが表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭのデータ又は情報を実質的にすべて含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
化合物の少なくとも１つの毒作用を予測する方法であって、
（ａ）当該化合物に曝された組織又は細胞試料において、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の２個又はそれ以上の遺伝子の発現レベルを検出することを含み、
ここで、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子の差次的発現が少なくとも１つの毒作用を示唆している、方法。
【請求項９】
ある化合物の毒作用の進行を予測する方法であって、
（ａ）当該化合物に曝された組織又は細胞試料において、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の２個以上の遺伝子の発現レベルを検出するステップを含み、
表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の当該遺伝子の差次的発現が毒性の進行を示唆している、方法。
【請求項１０】
ある化合物の肝毒性を予測する方法であって、
（ａ）当該化合物に曝された組織又は細胞試料において、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の２個以上の遺伝子の発現レベルを検出するステップを含み、
表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の当該遺伝子の差次的発現が肝毒性を示唆している、方法。
【請求項１１】
毒性反応の発症又は進行を調節する薬剤を同定する方法であって、
（ａ）細胞を当該薬剤及び既知の毒に曝すこと、及び
（ｂ）表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の２個又はそれ以上の遺伝子の発現レベルを検出することを含み、
ここで、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子の差次的発現が毒性を示唆している、方法。
【請求項１２】
細胞中で化合物が調節する細胞経路を予測する方法であって、
（ａ）当該化合物に曝された組織又は細胞において、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の２個又はそれ以上の遺伝子の発現レベルを検出することを含み、
ここで、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子の差次的発現が少なくとも１つの細胞経路の調節と関連している、方法。
【請求項１３】
少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
少なくとも５０個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも１００個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも５００個の遺伝子の発現レベルが検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の実質的にすべての遺伝子が検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの少なくとも１つの表中のすべての遺伝子が検出される、請求項８〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
化合物への曝露がインビトロである、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記細胞サンプルがラット肝臓細胞を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記発現レベルを検出するステップが、２個以上の前記遺伝子によってコードされているタンパク質のレベルを検出することを含む、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記発現レベルを検出するステップが、２個以上の前記遺伝子に付随するタンパク質活性のレベルを検出することを含む、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記発現レベルが、核酸増幅、ヌクレアーゼ保護、又はハイブリダイゼーションの各アッセイによって検出される、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
検出される発現レベルが既知の毒に曝された細胞で見出される発現レベルと比較される、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記毒が、アミオダロン、α−ナフチルイソチオシアネート（ＡＮＩＴ）、アセトアミノフェン（ＡＰＡＰ）、ＡＹ−２５３２９、ブロモベンゼン、カプトプリル、カルバマゼピン、四塩化炭素、クロロホルム、クロルプロマジン、ＣＩ−１０００、クロフィブラート、ＣＰＡ、デキサメタゾン、ジクロフェナク、ジエチルニトロサミン、ジフルニサル、ジメチルニトロサミン（ＤＭＮ）、１７α−エチニルエストラジオール、ゲムフィブロジル（Ｌｏｐｉｄ（登録商標））、ヒドラジン、イミプラミン（Ｊａｎｉｍｉｎｅ）、インドメタシン、リポ多糖、ロバスタチン（Ｍｅｖａｃｏｒ（登録商標））、メトトレキセート、フェナセチン、フェノバルビタール、タクリン、タモキシフェン、テトラサイクリン、チオアセトアミド、バルプロ酸及びＷｙ−１４６４３からなる群から選択される毒である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記発現レベルが表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭで見出される発現レベルと比較される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記細胞が初代肝細胞である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記細胞がラット初代肝細胞である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記作用が、遺伝毒性発癌、非遺伝毒性発癌、胆汁鬱帯、直接作用毒性、肝炎、肝肥大、炎症、壊死、脂肪肝を伴う壊死、ペルオキシソーム増殖、脂肪肝、肝炎を伴う脂肪肝からなる群から選択される、請求項６又は７に記載の方法。
【請求項３０】
前記肝毒性が、遺伝毒性発癌、非遺伝毒性発癌、胆汁鬱帯、直接作用毒性、肝炎、肝肥大、炎症、壊死、脂肪肝を伴う壊死、ペルオキシソーム増殖、脂肪肝、肝炎を伴う脂肪肝からなる群から選択される少なくとも１つの肝臓疾患の病理と関連している、請求項８に記載の方法。
【請求項３１】
前記細胞経路が、アミオダロン、α−ナフチルイソチオシアネート（ＡＮＩＴ）、アセトアミノフェン（ＡＰＡＰ）、ＡＹ−２５３２９、ブロモベンゼン、カプトプリル、カルバマゼピン、四塩化炭素、クロロホルムクロルプロマジン、ＣＩ−１０００、クロフィブラート、ＣＰＡ、デキサメタゾン、ジクロフェナク、ジエチルニトロサミン、ジフルニサル、ジメチルニトロサミン（ＤＭＮ）、１７α−エチニルエストラジオール、ゲムフィブロジル（Ｌｏｐｉｄ（登録商標））、ヒドラジン、イミプラミン（Ｊａｎｉｍｉｎｅ）、インドメタシン、リポ多糖、ロバスタチン（Ｍｅｖａｃｏｒ（登録商標））、メトトレキセート、フェナセチン、フェノバルビタール、タクリン、タモキシフェン、テトラサイクリン、チオアセトアミド、バルプロ酸及びＷｙ−１４６４３からなる群から選択される毒によって調節される、請求項１０に記載の方法。
【請求項３２】
各プローブが表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子に特異的にハイブリダイズする配列を含む、少なくとも２個のプローブのセット
【請求項３３】
前記セットが少なくとも３個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項３２に記載のプローブのセット。
【請求項３４】
前記セットが少なくとも１０個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項３２に記載のプローブのセット。
【請求項３５】
前記セットが少なくとも１００個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項３２に記載のプローブのセット。
【請求項３６】
前記セットが少なくとも５００個の遺伝子にハイブリダイズするプローブを含む、請求項３２に記載のプローブのセット。
【請求項３７】
前記プローブが少なくとも１つの固体支持体に取り付けられている、請求項３２〜３６のいずれか１項に記載のプローブのセット。
【請求項３８】
前記少なくとも１つの固体支持体が、膜、ガラス支持体、ビーズのセット及びシリコン支持体からなる群から選択される、請求項３７に記載のプローブのセット。
【請求項３９】
各プローブが表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子に特異的にハイブリダイズする配列を含む、少なくとも２個のプローブを含む固体支持体。
【請求項４０】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも１０個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項３９記載の固体支持体。
【請求項４１】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも約１００個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項３９記載の固体支持体。
【請求項４２】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも約１，０００個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項３９記載の固体支持体。
【請求項４３】
前記固体支持体が、１平方センチメートル当たり、少なくとも約１０，０００個の異なるオリゴヌクレオチドを分離した位置に含むアレイである、請求項３９記載の固体支持体。
【請求項４４】
（ａ）肝臓毒に曝された組織又は細胞試料において、表１〜５ＭＭＭＭＭの中の少なくとも２個の遺伝子を含む遺伝子セットの発現レベルを同定する情報を含むデータベース、及び
（ｂ）前記情報を見るためのユーザーインターフェース
を含むコンピューターシステム。
【請求項４５】
前記細胞試料がラット初代肝細胞である、請求項４４に記載のコンピューターシステム。
【請求項４６】
前記データベースが前記遺伝子の配列情報をさらに含む、請求項４４に記載のコンピューターシステム。
【請求項４７】
前記データベースが肝臓毒に曝される前の組織又は細胞試料における前記遺伝子セットの発現レベルを同定する情報をさらに含む、請求項４４に記載のコンピューターシステム。
【請求項４８】
前記データベースが少なくとも第二の肝臓毒に曝された組織又は細胞試料における前記遺伝子セットの発現レベルを同定する情報をさらに含む、請求項４４に記載のコンピューターシステム。
【請求項４９】
請求項４４〜４８のいずれか１項に記載のコンピューターシステムであって、外部データベースからの記述的な情報、タンパク質の活性、タンパク質の発現レベルを含む記録をさらに含み、当該情報は前記遺伝子を当該外部データベースの記録に関連する、コンピューターシステム。
【請求項５０】
前記外部データベースがＧｅｎＢａｎｋである、請求項４９に記載のコンピューターシステム。
【請求項５１】
組織又は細胞試料における表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の少なくとも１個の遺伝子の発現レベルを同定する情報を提示するために、請求項４４〜４９のいずれか１項に記載のコンピューターシステムを用いる方法であって、
（ａ）試験薬剤に曝された組織又は細胞試料における、表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の少なくとも１個の遺伝子の発現レベルを、データベース中の遺伝子の発現レベルと比較すること
を含む方法。
【請求項５２】
少なくとも２個の遺伝子の発現レベルが比較される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルが比較される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
少なくとも１００個の遺伝子の発現レベルが比較される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５５】
組織又は細胞試料における少なくとも１個の遺伝子の発現レベルを、毒に曝されたときの発現レベルと比較して表示するステップを更に含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５６】
前記遺伝子の遺伝子発現情報と共にパッケージされた、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の少なくとも１個の固体支持体を含むキット。
【請求項５７】
前記遺伝子発現情報が、肝臓毒に曝された組織又は細胞試料における遺伝子発現情報を含む、請求項５６に記載のキット。
【請求項５８】
前記遺伝子発現情報が電子フォーマットである、請求項５７のキット。
【請求項５９】
表５Ａ〜５ＭＭＭＭＭの中の遺伝子によってコードされるタンパク質の少なくとも１つの活性を調節する薬剤を同定する方法であって、
（ａ）当該タンパク質を当該薬剤に曝すこと、及び
（ｂ）当該タンパク質の少なくとも１つの活性をアッセイすること
を含む方法。
【請求項６０】
前記薬剤が前記タンパク質を発現している細胞に曝される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記細胞が既知の毒に曝される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記毒が前記タンパク質の発現を調節する、請求項６１に記載の方法。
【公表番号】特表２００７−５０１６１７（Ｐ２００７−５０１６１７Ａ）
【公表日】平成１９年２月１日（２００７．２．１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５２２７８４（Ｐ２００６−５２２７８４）
【出願日】平成１６年８月９日（２００４．８．９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０２５６４６
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０１４７９３
【国際公開日】平成１７年２月１７日（２００５．２．１７）
【出願人】（５０１１０５７５０）ジーン ロジック インコーポレイテッド (5)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年２月１日（２００７．２．１）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年８月９日（２００４．８．９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０２５６４６
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０１４７９３
【国際公開日】平成１７年２月１７日（２００５．２．１７）
【出願人】（５０１１０５７５０）ジーン ロジック インコーポレイテッド (5)
【Ｆターム（参考）】
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