１つ以上の遺伝子の発現差異に基づき、患者を、療法に対するレスポンダーまたはノンレスポンダーとして特徴付けるための方法が提供される。遺伝子発現プロファイル、遺伝子発現プロファイルを表す核酸配列を含むマイクロアレイ、ならびに新規診断キットおよび治療方法もまた提供される。キットおよび方法は、例えば、ＭＡＧＥ発現腫瘍を患う、遺伝子発現プロファイルにより特徴づけられる癌患者の特定の集団の治療に関する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者をある療法に対するレスポンダーまたはノンレスポンダーとして特徴付ける方法であって、
（ａ）患者由来のサンプルを、表１の１つ以上の遺伝子の遺伝子産物の発現差異について分析すること；および
（ｂ）工程（ａ）の結果に基づき、前記サンプルが由来する患者を、レスポンダーまたはノンレスポンダーとして特徴付けること
を含み、
前記特徴付け工程は、標準またはトレーニングセットを参照または比較することにより、あるいはパラメータが標準またはトレーニングセットから得られたアルゴリズムを使用することにより実施される、方法。
【請求項２】
（ａ）患者由来のサンプルの、表１の１つ以上の遺伝子の遺伝子産物の発現差異について分析を得る工程であって、結果は、患者を免疫療法薬に対するレスポンダーまたはノンレスポンダーとして特徴付け、前記特徴付け工程は、標準またはトレーニングセットを参照または比較することにより、あるいはパラメータが標準またはトレーニングセットから得られたアルゴリズムを使用することにより実施されること；および
（ｂ）前記患者が前記免疫療法薬に対するレスポンダーとして特徴付けられた場合、前記患者を、適切な免疫療法薬の少なくとも１つの投与のために選択すること、
を含む、患者を治療する方法。
【請求項３】
患者が免疫療法薬に対するレスポンダーであるか、またはノンレスポンダーであるかを決定する方法であって、
（ａ）患者由来のサンプルを入手すること；および
（ｂ）前記患者由来のサンプルを表１の１つ以上の遺伝子の遺伝子産物の発現差異について分析すること
を含み、結果は、前記患者が免疫療法薬に対するレスポンダーか、またはノンレスポンダーとして特徴付けられるかを決定し、前記特徴付け工程は、標準またはトレーニングセットを参照または比較することにより、あるいはパラメータが標準またはトレーニングセットから得られたアルゴリズムを使用することにより実施される、方法。
【請求項４】
前記表１の１つ以上の遺伝子は、表１で列挙される少なくとも６３の遺伝子または表２、５もしくは７で特定される実質的にすべての遺伝子である、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
患者由来のサンプル中で、標的配列が表３で示される、１つ以上の、表１に列挙されたプローブセットより認識される遺伝子産物を分析することを含む、患者を療法に対するレスポンダーまたはノンレスポンダーとして特徴付ける方法であって、
前記特徴付け工程は、標準またはトレーニングセットを参照または比較することにより、あるいはパラメータが標準またはトレーニングセットから得られたアルゴリズムを使用することにより実施される、方法。
【請求項６】
表１の前記１つ以上のプローブセットは、表１で列挙されるプローブセットの少なくとも７４または表２、５もしくは７における遺伝子のためのプローブセット全てである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
患者をレスポンダーとして同定し、前記患者を療法のために選択する工程をさらに含む、請求項１、または３〜６のいずれかで規定される方法。
【請求項８】
前記標準はそれぞれ、公知の臨床成績を有する１または複数の患者からの、１または複数の患者由来のサンプルである、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
前記療法または治療は癌免疫療法、好ましくはメラノーマおよび／または肺癌のための癌免疫療法である、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記癌免疫療法はＭＡＧＥである、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＭＡＧＥ免疫療法はＭＡＧＥ Ａ３免疫療法である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記表１の１つ以上の遺伝子は、少なくとも６３、少なくとも６８、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０または実質的にすべての、表１で列挙される遺伝子および／またはそれらの任意の組み合わせである、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記表１の１つ以上のプローブセットは、少なくとも７４、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０または全ての、表１で列挙されるプローブセットおよび／またはそれらの任意の組み合わせである、請求項５〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記１つ以上の遺伝子は、それらの正常発現に比べ上方制御される、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも８０％の遺伝子が、それらの正常発現に比べ上方制御される、請求項１〜１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
前記遺伝子産物が上方制御および／または下方制御されたかを決定する工程をさらに含む、請求項１〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
前記遺伝子産物が上方制御および／または下方制御されたという決定は、レスポンダーを示す、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
遺伝子は免疫関連遺伝子である、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
１つ以上の遺伝子産物の同定のためのプローブの使用を含む、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
遺伝子発現を分析するためのマイクロアレイキットまたはＰＣＲの使用を含む、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
患者が療法、例えば癌免疫療法に対するレスポンダーまたはノンレスポンダーである可能性があるかどうかの分析を実施するための、少なくとも６３の、表１の遺伝子またはそれから作成されるデータ、あるいは少なくとも７４の、表１のプローブセットまたはそれから作成されるデータの遺伝子リストの使用。
【請求項２２】
前記遺伝子リストは、実質的にすべての、表１の遺伝子またはプローブセットを含む、またはそれらから構成される、請求項２０に記載の使用。
【請求項２３】
表１で列挙される遺伝子から選択される少なくとも１つの遺伝子の遺伝子産物の配列に相補的およびハイブリダイズ可能なポリヌクレオチドプローブを含み、前記表１の遺伝子に相補的およびハイブリダイズ可能なポリヌクレオチドプローブまたはプローブセットは、前記マイクロアレイ上の少なくとも５０％のプローブまたはプローブセットを構成する、マイクロアレイ。
【請求項２４】
表１で列挙される遺伝子から選択される少なくとも１つの遺伝子の遺伝子産物の配列に相補的およびハイブリダイズ可能なポリヌクレオチドプローブを含む、マイクロアレイ。
【請求項２５】
表２に列挙される遺伝子の遺伝子産物の配列に相補的およびハイブリダイズ可能なポリヌクレオチドプローブを含む、請求項２３または請求項２４に記載のマイクロアレイ。
【請求項２６】
発現を測定するための手段、例えば、請求項１〜２０のいずれか１つの方法を実施するための、表１で列挙される１つ以上の遺伝子の、または表１で列挙される遺伝子の遺伝子産物の、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ遺伝子産物にハイブリダイズするプローブを含む、診断キット。
【請求項２７】
腫瘍関連抗原を含む組成物を患者に投与することを含む、請求項１〜２０の方法に従いレスポンダーとして特徴付けられた患者を治療する方法または請求項２３〜２５のマイクロアレイもしくは請求項２６の診断キットの使用。
【請求項２８】
請求項１〜２０の方法または請求項２３〜２５のマイクロアレイもしくは請求項２６の診断キットの使用に従い、レスポンダーを有すると決定された、またはレスポンダーとして特徴付けられた患者の治療のための、腫瘍関連抗原を含む組成物。
【請求項２９】
請求項１〜２０の方法または請求項２３〜２５のマイクロアレイもしくは請求項２６の診断キットの使用に従い、レスポンダーを有すると決定された、またはレスポンダーとして特徴付けられた患者の治療のための、薬剤の調製における、腫瘍関連抗原を含む、組成物の使用。
【請求項３０】
前記腫瘍関連抗原はＭＡＧＥ抗原である、請求項２７〜２９のいずれか一項に記載の方法、組成物または使用。
【請求項３１】
前記組成物はアジュバントをさらに含む、請求項２７〜３０のいずれか一項に記載の方法、組成物または使用。
【請求項３２】
少なくとも６３の、表１で列挙される遺伝子の複数の検出試薬が結合された固体表面であって、その検出試薬は前記遺伝子の発現または前記遺伝子によりコードされるポリペプチドを検出することができる、固体表面。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【公表番号】特表２０１３−５０５００８（Ｐ２０１３−５０５００８Ａ）
【公表日】平成２５年２月１４日（２０１３．２．１４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５２９２９５（Ｐ２０１２−５２９２９５）
【出願日】平成２２年９月１７日（２０１０．９．１７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２０１０／０６３７５１
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０３３０９５
【国際公開日】平成２３年３月２４日（２０１１．３．２４）
【出願人】（３０５０６０２７９）グラクソスミスクライン　バイオロジカルズ　ソシエテ　アノニム (169)
【Ｆターム（参考）】