説明

新規なグリコシルヒドロラーゼ酵素及びその用途

本開示は、概して、グリコシルヒドロラーゼ酵素、そのような酵素を含む組成物、及び、例えば、セルロース材料及びヘミセルロース材料を糖に糖化するために前記酵素及び前記組成物を使用する方法に関する。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
(a)α−キシロシダーゼ活性、L−α−アラビノフラノシダーゼ活性、又は、α−キシロシダーゼ活性とL−α−アラビノフラノシダーゼ活性との両方を有する第1のポリペプチド又はその変異体と、
(b)キシラナーゼ活性を有する第2のポリペプチド又はその変異体と、
を含むことを特徴とする非天然組成物。
【請求項2】
請求項1の組成物であって、前記第1のポリペプチド又は変異体が、Fv43D、Fv3A、Pf43A、Fv43E、Fv39A、Fv43A、Fv43B、Pa51A、Fo43A、Gz43A、トリコデルマリーゼイBxl1、Fv51A、Af43A又はPf51Aポリペプチドであることを特徴とする組成物。
【請求項3】
請求項1又は2の組成物であって、前記第1のポリペプチド又はその変異体がα−キシロシダーゼ活性を有することを特徴とする組成物。
【請求項4】
請求項3の組成物であって、前記α−キシロシダーゼ活性を有する第1のポリペプチド又は変異体が、Fv43D、Fv3A、Pf43A、Fv43E、Fv39A、Fv43A、Fv43B、Pa51A、Fo43A、Gz43A又はトリコデルマリーゼイBxl1ポリペプチドであることを特徴とする組成物。
【請求項5】
請求項1〜4のいずれか1項の組成物であって、L−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有する第3のポリペプチド又はその変異体をさらに含むことを特徴とする組成物。
【請求項6】
請求項5の組成物であって、前記第3のポリペプチド又は変異体が、Fv51A、Af43A、Fv43B、Pa51A又はPf51Aのポリペプチドであることを特徴とする組成物。
【請求項7】
請求項1〜4のいずれか1項の組成物であって、α−キシロシダーゼ活性を有する第3のポリペプチドをさらにを含むことを特徴とする組成物。
【請求項8】
請求項7の組成物であって、前記第1のポリペプチドが、Fv3Aポリペプチド又はFv43Aポリペプチドであり、
前記第3のポリペプチドが、Fv43D、Pa51A、Gz43A、トリコデルマリーゼイBxl1、Pf43A、Fv43E、Fv39A、Fo43A又はFv43Bのポリペプチドであることを特徴とする組成物。
【請求項9】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv43Dポリペプチドが、存在する場合には、配列番号28に対して、又は、配列番号28の(i)20−341、(ii)21−350、(iii)107−341、若しくは、(iv)107−350の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項10】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv3Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号2のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号2の(i)24−766、(ii)73−321、(iii)73−394、(iv)395−622、(v)24−622、若しくは、(vi)73−622の残基に対して、少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項11】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Pf43Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号4のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号4の(i)21−445、(ii)21−301、(iii)21−323、(iv)21−444、(v)302−444、(vi)302−445、(vii)324−444、若しくは、(viii)324−445の残基に対して、少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項12】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv43Eポリペプチドが、存在する場合には、配列番号6のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号6の(i)19−530、(ii)29−530、(iii)19−300、若しくは、(iv)29−300の残基に対して少なくとも90%の配列同一性有することを特徴とする組成物。
【請求項13】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv39Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号8のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号8の(i)20−439、(ii)20−291、(iii)145−291、若しくは、(iv)145−439の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項14】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv43Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号10のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号10の(i)23−449、(ii)23−302、(iii)23−320、(iv)23−448、(v)303−448、若しくは、(vi)321−449の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項15】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv43Bポリペプチドが、存在する場合には、配列番号12のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号12の(i)17−574、(ii)27−574、(iii)17−303、若しくは、(iv)27−303に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項16】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Pa51Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号14のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号14の(i)21−676、(ii)21−652、(iii)469−652、若しくは、(iv)469−676の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項17】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fo43Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号18のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号18の(i)21−341、(ii)107−341、(iii)21−348、若しくは、(iv)107−348の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項18】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Gz43Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号16のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号16の(i)19−340、(ii)53−340、(iii)19−383、若しくは、(iv)53−383の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項19】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記トリコデルマリーゼイBxl1ポリペプチドが、存在する場合には、配列番号44のアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項20】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv51Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号32のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号32の(i)21−660、(ii)21−645、(iii)450−645、若しくは、(iv)450−660の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項21】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Af43Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号20に対して、又は、配列番号20の(i)15−558若しくは(ii)15−295の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項22】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Pf51Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号22のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号22の(i)21−632、(ii)461−632、(iii)21−642、若しくは、(iv)461−642の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項23】
請求項2、4、6、又は8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv43Dポリペプチドが、存在する場合には、配列番号27に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号27に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項24】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv3Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号1に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号1に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項25】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Pf43Aポリペプチドが、配列番号3に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号3に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項26】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv43Eポリペプチドが、存在する場合には、配列番号5に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号5に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項27】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv39Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号7に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号7に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項28】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv43Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号9に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号9に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項29】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv43Bポリペプチドが、存在する場合には、配列番号11に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号11に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項30】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Pa51Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号13に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号13に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項31】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fo43Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号17に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号17に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項32】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Gz43Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号15に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号15に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項33】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Fv51Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号31に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号31に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項34】
請求項2、4、6及び8のいずれか1項の組成物であって、前記Af43Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号19に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号19に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項35】
請求項2、4、6及び8のいずれか1つの組成物であって、前記Pf51Aポリペプチドが、存在する場合には、配列番号21に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号21に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項36】
請求項1−36のいずれか1項の組成物であって、前記第2のポリペプチドがトリコデルマのキシラナーゼ又はアスペルギルスのキシラナーゼであることを特徴とする組成物。
【請求項37】
請求項37の組成物であって、前記トリコデルマのキシラナーゼが、トリコデルマリーゼイXyn3ポリペプチド又はトリコデルマリーゼイXyn2ポリペプチドであることを特徴とする組成物。
【請求項38】
請求項38の組成物であって、前記トリコデルマリーゼイXyn3ポリペプチドが、存在する場合には、配列番号42に対して又は配列番号42の17−347の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項39】
請求項38の組成物であって、前記トリコデルマリーゼイXyn2ポリペプチドが、存在する場合には、配列番号43に対して又は配列番号43の33−222の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項40】
請求項38の組成物であって、前記トリコデルマリーゼイXyn3ポリペプチドが、存在する場合には、配列番号41に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号41に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項41】
請求項37の組成物であって、前記アスペルギルスのキシラナーゼが、AfuXyn2ポリペプチド又はAfuXyn5ポリペプチドであることを特徴とする組成物。
【請求項42】
請求項42の組成物であって、前記AfuXyn2ポリペプチドが、存在する場合には、配列番号24に対して又は配列番号24の19−228の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項43】
請求項42の組成物であって、前記AfuXyn5ポリペプチドが、存在する場合には、配列番号26に対して又は配列番号26の20−313の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項44】
請求項42の組成物であって、前記AfuXyn2ポリペプチドが、存在する場合には、配列番号23に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号23若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項45】
請求項42の組成物であって、前記AfuXyn5ポリペプチドが、存在する場合には、配列番号25に対して少なくとも90%の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号25の相補体に対して若しくはその断片に対して厳格性条件でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項46】
請求項1−46のいずれか1項の組成物であって、セルラーゼ活性を有する1つ又はそれ以上のポリペプチドをさらに含むことを特徴とする組成物。
【請求項47】
請求項47の組成物であって、前記セルラーゼ活性を有する1つ又はそれ以上のポリペプチドが、独立して全セルラーゼの成分であることを特徴とする組成物。
【請求項48】
請求項48の組成物であって、前記全セルラーゼが、α−グルコシダーゼ・リッチであることを特徴とする組成物。
【請求項49】
請求項48又は49の組成物であって、前記全セルラーゼは、糸状菌の全セルラーゼあることを特徴とする組成物。
【請求項50】
請求項48−50のいずれか1項の組成物であって、前記糸状菌の全セルラーゼが、アクレモニウム(Acremonium)、アスペルギルス(Aspergillus)、エメリセラ(Emericella)、フザリウム(Fusarium)、フミコラ(Humicola)、ムコール(Mucor)、ミセリオフトラ(Myceliophthora)、ニューロスポラ(Neurospora)、ペニシリウム(Penicillium)、スキタリジウム(Scytalidium)、チエラビア(Thielavia)、クリソスポリウム(Chrysosporium)、ファネロカエテ(Phanerochaete)、トリポクラディウム(Tolypocladium)又はトリコデルマ(Trichoderma )の種から調製されたものであることを特徴とする組成物。
【請求項51】
請求項48−50のいずれか1項の組成物であって、前記全セルラーゼが、クリソスポリウム・ルクノウェンス(Chrysosporium lucknowense)、ファネロキーテ・クリソスポリウム(Phanerochaete chrysosporium)、トリコデル・マリーゼイ(Trichoderma reesei)、トリコデルマ・ハルジアナム(Trichoderma harzianum)、トリコデルマ・コニンギイ(Trichoderma koningii)、トリコデルマ・ロンジブラキアタム(Trichoderma longibrachiatum)、トリコデルマ・ビリデ(Trichoderma viride)又はペニシリウム・フニクロスム(Pencillium funiculosum)の全セルラーゼであることを特徴とする組成物。
【請求項52】
請求項47の組成物であって、前記1つ又はそれ以上のセルラーゼ活性を有するポリペプチドが、α−グルコシダーゼ、エンドグルカナーゼ及びセロビオヒドロラーゼから選択されることを特徴とする組成物。
【請求項53】
請求項49又は53の組成物であって、前記α−グルコシダーゼが、トリコデルマリーゼイBgl1ポリペプチドであることを特徴とする組成物。
【請求項54】
請求項54の組成物であって、前記トリコデルマリーゼイBgl1ポリペプチドが、配列番号45に対して又は配列番号45の32−744の残基に対して少なくとも90%の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項55】
請求項49及び請求項53−55のいずれか1項の組成物であって、前記α−グルコシダーゼポリペプチドが、前記組成物中のセルラーゼ酵素の全重量の最大50重量%を構成することを特徴とする組成物。
【請求項56】
請求項49及び請求項53−56のいずれか1項の組成物であって、前記α−グルコシダーゼポリペプチドが、前記組成物中のタンパクの全重量の2重量%から50重量%を構成することを特徴とする組成物。
【請求項57】
請求項47−57のいずれか1項の組成物であって、前記1つ又はそれ以上のセルラーゼ活性を有するポリペプチドが、前記組成物中のタンパクの全重量の30重量%から80重量%を構成することを特徴とする組成物。
【請求項58】
請求項58の組成物であって、前記1つ又はそれ以上のセルラーゼ活性を有するポリペプチドが、カルコフロール分析によって決定したときに、リン酸膨潤セルロース(PASC)1g当たり1mgのタンパク量において、少なくとも0.00005の生成率(fraction product)を達成することができることを特徴とする組成物。
【請求項59】
請求項1−59のいずれか1項の組成物であって、1つ又はそれ以上のアクセサリタンパクをさらに含むことを特徴とする組成物。
【請求項60】
請求項60の組成物であって、前記1つ又はそれ以上のアクセサリタンパクが、マンナナーゼ、ガラクタナーゼ、アラビナーゼ、リグニナーゼ、アミラーゼ、グルクロニダーゼ、プロテアーゼ、エステラーゼ、リパーゼ、キシログルカナーゼ、グリコシドヒドロラーゼ・ファミリー61ポリペプチド、CIP1、CIP2、スオレニン、及び、エクスパンシンからなる群より選択されることを特徴とする組成物。
【請求項61】
請求項60の組成物であって、前記1つ又はそれ以上のアクセサリタンパクが、CIP1様タンパク、CIP2様タンパク、セロビオースデヒドロゲナーゼ、及び、マンガンペルオキシダーゼからなる群より選択されることを特徴とする組成物。
【請求項62】
請求項60−62のいずれか1項の組成物であって、前記1つ又はそれ以上のアクセサリタンパクが、前記組成物中のタンパクの全重量の1重量%から50重量%を構成することを特徴とする組成物。
【請求項63】
請求項1−63のいずれか1項の組成物であって、バイオマスから得たヘミセルロースキシランの60%以上をキシロースに変換することができることを特徴とする組成物。
【請求項64】
請求項64の組成物であって、バイオマスから得たヘミセルロースキシランの70%以上をキシロースに変換することができることを特徴とする組成物。
【請求項65】
請求項65の組成物であって、バイオマスから得たヘミセルロースキシランの80%以上をキシロースに変換することができることを特徴とする組成物。
【請求項67】
請求項66−66のいずれか1項の組成物であって、前記バイオマスが、トウモロコシ穂軸、トウモロコシ茎葉、コーンファイバ、スイッチグラス、モロコシ、紙、パルプ、又は、サトウキビバガスであることを特徴とする組成物。
【請求項67】
請求項64−66のいずれか1項の組成物であって、前記バイオマスがススキであることを特徴とする組成物。
【請求項68】
請求項1−68のいずれか1項の組成物であって、バイオマスをさらに含むことを特徴とする組成物。
【請求項69】
請求項69の組成物であって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース1kg当たり1g〜40gであることを特徴とする組成物。
【請求項70】
請求項69の組成物であって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース1kg当たり0.5gから40gであることを特徴とする組成物。
【請求項71】
請求項71の組成物であって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース1kg当たり0.5gから20gであることを特徴とする組成物。
【請求項72】
請求項70−72のいずれか1項の組成物であって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース1kg当たり2gから20gであることを特徴とする組成物。
【請求項73】
請求項69−73のいずれか1項の組成物であって、前記α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース1kg当たり1gから50gであることを特徴とする組成物。
【請求項74】
請求項69−73のいずれか1項の組成物であって、前記α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース1kg当たり0.5gから50gであることを特徴とする組成物。
【請求項75】
請求項75の組成物であって、前記α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース1kg当たり0.5gから40gであることを特徴とする組成物。
【請求項76】
請求項74−76のいずれか1項の組成物であって、前記α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース1kg当たり2gから40gであることを特徴とする組成物。
【請求項77】
請求項69−77のいずれか1項の組成物であって、前記L−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、存在する場合には、バイオマス中のヘミセルロース1kg当たり0.5gから20gであることを特徴とする組成物。
【請求項78】
請求項69−77のいずれか1項の組成物であって、前記L−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、存在する場合には、バイオマス中のヘミセルロース1kg当たり0.2gから20gであることを特徴とする組成物。
【請求項79】
請求項69−79のいずれか1項の組成物であって、前記セルラーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、存在する場合には、バイオマス中のセルロース1kg当たり1gから100gであることを特徴とする組成物。
【請求項80】
請求項1−80のいずれか1項の組成物を含むことを特徴とする培養液。
【請求項81】
請求項81の培養液であって、糸状菌の培養液であることを特徴とする培養液。
【請求項82】
請求項82の培養液であって、前記糸状菌が、トリコデルマ(Trichoderma)、フミコラ(Humicola)、フザリウム(Fusarium)、アスペルギルス(Aspergillus)、ニューロスポラ(Neurospora)、ペニシリウム(Penicillium)、セファロスポリウム(Cephalosporium)、アクリャ(Achlya)、ポドスポラ(Podospora)、エンドチア(Endothia)、ムコール(Mucor)、コクリオボルス(cochliobolus)、ピリキュラリア(Pyricularia)、ファネロカエテ(Phanerochaete)、又は、クリソスポリウム(Chrysosporium)であることを特徴とする培養液。
【請求項83】
請求項82の培養液であって、前記糸状菌が、アスペルギルス・アワモリ(Aspergillus awamori)、アスペルギルス・フミガーツス(Aspergillus fumigatus)、アスペルギルス・フォエティダス(Aspergillus foetidus)、アスペルギルス・ジャポニカス(Aspergillus japonicus)、アスペルギルス・ニデュランス(Aspergillus nidulans)、アスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)、アスペルギルス・オリゼー(Aspergillus oryzae)、クリソスポリウム・ルクノウェンス(Chrysosporium lucknowense)、フザリウム・バクトリディオイデス(Fusarium bactridioides)、フザリウム・セレアリス(Fusarium cerealis)、フザリウム・クロックウェレンス(Fusarium crookwellense)、フザリウム・カルモラム(Fusarium culmorum)、フザリウム・グラミネアラム(Fusarium graminearum)、フザリウム・グラミヌム(Fusarium graminum)、フザリウム・ヘテロスポルム(Fusarium heterosporum)、フザリウム・ネグンジ(Fusarium negundi)、フザリウム・オキシスポルム(Fusarium oxysporum)、フザリウム・レティキュラツム(Fusarium reticulatum)、フザリウム・ロゼウム(Fusarium roseum)、フザリウム・サンブシヌム(Fusarium sambucinum)、フザリウム・サルコクロウム(Fusarium sarcochroum)、フザリウム・スポロトリキオイデス(Fusarium sporotrichioides)、フザリウム・スルフレウム(Fusarium sulphureum)、フザリウム・トルロスム(Fusarium torulosum)、フザリウム・トリコセシオイデス(Fusarium trichothecioides)、フザリウム・ヴェネナツム(Fusarium venenatum)、ブジェルカンデラ・アダスタ(Bjerkandera adusta)、セリポリオプシス・アネイリナ(Ceriporiopsis aneirina)、セリポリオプシス・アネイリナ(Ceriporiopsis aneirina)、セリポリオプシス・カレギエア(Ceriporiopsis caregiea)、セリポリオプシス・ギルベセンス(Ceriporiopsis gilvescens)、セリポリオプシス・パノシンタ(Ceriporiopsis pannocinta)、セリポリオプシス・リブロサ(Ceriporiopsis rivulosa)、セリポリオプシス・スブルファ(Ceriporiopsis subrufa)、セリポリオプシス・サバーミスポラ(Ceriporiopsis subvermispora)、コプリヌス・シネレウス(Coprinus cinereus)、コリオラス・ヒルスタス(Coriolus hirsutus)、フミコラ・インソレンス(Humicola insolens)、フミコラ・ラヌギノサ(Humicola lanuginosa)、ムコール・ミエヘイ(Mucor miehei)、ミセリオフトラ・サーモフィリア(Myceliophthora thermophila)、ニューロスポラ・クラッサ(Neurospora crassa)、ニューロスポラ・インターメディア(Neurospora intermedia)、ペニシリウム・パルロゼラム(Penicillium purpurogenum)、ペニシリウム・カネスセンス(Penicillium canescens)、ペニシリウム・ソリツム(Penicillium solitum)、ペニシリウム・フニクロスム(Penicillium funiculosum)、ファネロキーテ・クリソスポリウム(Phanerochaete chrysosporium)、フレビア・ラジアータ(Phlebia radiate)、プロレタス・エリンギ(Pleurotus eryngii)、タラロミセス・フラバス(Talaromyces flavus)、チエラビア・テレストリス(Thielavia terrestris)、トラメテス・ビローサ(Trametes villosa)、トラメテス・バーシカラー(Trametes versicolor)、トリコデルマ・ハルジアナム(Trichoderma harzianum)、トリコデルマ・コニンギイ(Trichoderma koningii)、トリコデルマ・ロンジブラキアタム(Trichoderma longibrachiatum)、トリコデルマリーゼイ(Trichoderma reesei)、又は、トリコデルマ・ビリデ(Trichoderma viride)であることを特徴とする培養液。
【請求項84】
請求項82の培養液であって、前記糸状菌がアスペルギルス(Aspergillus)又はフザリウム(Fusarium)であることを特徴とする培養液。
【請求項85】
請求項82の培養液であって、前記糸状菌がトリコデルマリーゼイ(Trichoderma reesei)であることを特徴とする培養液。
【請求項86】
請求項82の培養液であって、前記糸状菌がペニシリウム・フニクロスム(Penicillium funiculosum)であることを特徴とする培養液。
【請求項87】
請求項81−87のいずれか1項の培養液であって、無細胞培養液であることを特徴とする培養液。
【請求項88】
バイオマスを糖に変換する方法であって、請求項1−80のいずれか1項の組成物又は請求項81−88のいずれか1項の培養液にバイオマスを接触させるステップを含むことを特徴とする方法。
【請求項89】
請求項1−80のいずれか1項の組成物又は請求項81−89のいずれか1項の培養液を用いてヘミセルロース含有材料を処理するステップを含むことを特徴とする糖化プロセス。
【請求項90】
請求項90の糖化プロセスであって、前記ヘミセルロース含有材料が、トウモロコシ穂軸、トウモロコシ茎葉、コーンファイバ、スイッチグラス、モロコシ、紙、パルプ又はサトウキビバガスであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項91】
請求項90の糖化プロセスであって、前記ヘミセルロース含有材料がススキであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項92】
請求項90−92のいずれか1項の糖化プロセスであって、前記ヘミセルロース含有材料のヘミセルロースキシランから少なくとも60%のキシロースを生成することを特徴とする糖化プロセス。
【請求項93】
請求項90−93のいずれか1項の糖化プロセスであって、モノマー糖を回収するステップをさらに含むことを特徴とするプロセス。
【請求項94】
配列番号28のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号28の(i)20−341、(ii)21−350、(iii)107−341若しくは(iv)107−350の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項95】
配列番号4のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号4の(i)21−445、(ii)21−301、(iii)21−323、(iv)21−444、(v)302−444、(vi)302−445、(vii)324−444、若しくは、(viii)324−445の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項96】
配列番号6のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号6の(i)19−530、(ii)29−530、(iii)19−300、若しくは、(iv)29−300の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項97】
配列番号8のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号8の(i)20−439、(ii)20−291、(iii)145−291、若しくは、(iv)145−439の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項98】
配列番号10のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号10の(i)23−449、(ii)23−302、(iii)23−320、(iv)23−448、(v)303−448、(vi)303−449、(vii)321−448、若しくは、(viii)321−449の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項99】
配列番号12のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号12の(i)17−574、(ii)27−574、(iii)17−303、若しくは、(iv)27−303の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性及び/又はL−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項100】
配列番号14のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号14の(i)21−676、(ii)21−652、(iii)469−652、若しくは、(iv)469−676の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性及び/又はL−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項101】
配列番号16のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号16の(i)19−340、(ii)53−340、(iii)19−383、若しくは、(iv)53−383の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項102】
配列番号18のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号18の(i)21−341、(ii)107−341、(iii)21−348、若しくは、(iv)107−348の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項103】
配列番号20のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号20の(i)15−558又は(ii)15−295の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、L−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するするポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項104】
配列番号22のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号22の(i)21−632、(ii)461−632、(iii)21−642、若しくは、(iv)461−642の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、L−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するするポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項105】
配列番号2のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号2の(i)24−766、(ii)73−321、(iii)73−394、(iv)395−622、(v)24−622、若しくは、(iv)73−622の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項106】
配列番号32のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号32の(i)21−660、(ii)21−645、(iii)450−645、若しくは、(iv)450−660の残基に対応するアミノ酸配列に対して、少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、L−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離された、合成された又は組み換えた核酸。
【請求項107】
配列番号28のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号28の(i)20−341、(ii)21−350、(iii)107−341、若しくは、(iv)107−350の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項108】
配列番号4のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号4の(i)21−445、(ii)21−301、(iii)21−323、(iv)21−444、(v)302−444、(vi)302−445、(vii)324−444、若しくは、(viii)324−445の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項109】
配列番号6のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号6の(i)19−530、(ii)29−530、(iii)19−300、若しくは、(iv)29−300の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項110】
配列番号8のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号8の(i)20−439、(ii)20−291、(iii)145−291、若しくは、(iv)145−439の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項111】
配列番号10のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号10の(i)23−449、(ii)23−302、(iii)23−320、(iv)23−448、(v)303−448、(vi)303−449、(vii)321−448、若しくは、(viii)321−449の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項112】
配列番号12のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号12の(i)17−574、(ii)27−574、(iii)17−303、若しくは、(iv)27−303の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ及び/又はL−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項113】
配列番号14のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号14の(i)21−676、(ii)21−652、(iii)469−652、若しくは、(iv)469−676の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ及び/又はL−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項114】
配列番号16のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号16の(i)19−340、(ii)53−340、(iii)19−383、若しくは、(iv)53−383の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項115】
配列番号18のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号18の(i)21−341、(ii)107−341、(iii)21−348、若しくは、(iv)107−348の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項116】
配列番号20のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号20の(i)15−558若しくは(ii)15−295の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、L−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項117】
配列番号22のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号22の(i)21−632、(ii)461−632、(iii)21−642、若しくは、(iv)461−642の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、L−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項118】
配列番号2のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号2の(i)24−766、(ii)73−321、(iii)73−394、(iv)395−622、(v)24−622、若しくは、(iv)73−622の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、α−キシロシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項119】
配列番号32のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号32の(i)21−660、(ii)21−645、(iii)450−645、若しくは、(iv)450−660の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、かつ、L−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項120】
請求項108〜120のいずれか1項のポリペプチドを発現するように組み換えた宿主細胞。
【請求項121】
糸状菌の細胞であることを特徴とする請求項121の宿主細胞。
【請求項122】
請求項122の宿主細胞であって、トリコデルマ(Trichoderma)、フミコラ(Humicola)、フザリウム(Fusarium)、アスペルギルス(Aspergillus)、ニューロスポラ(Neurospora)、ペニシリウム(Penicillium)、セファロスポリウム(Cephalosporium)、アクリャ(Achlya)、ポドスポラ(Podospora)、エンドチア(Endothia)、ムコール(Mucor)、コクリオボルス(cochliobolus)、ピリキュラリア(Pyricularia)、ファネロカエテ(Phanerochaete)又はクリソスポリウム(Chrysosporium)の細胞であることを特徴とする宿主細胞。
【請求項123】
請求項122の宿主細胞であって、アスペルギルス・アワモリ(Aspergillus awamori)、アスペルギルス・フミガーツス(Aspergillus fumigatus)、アスペルギルス・フォエティダス(Aspergillus foetidus)、アスペルギルス・ジャポニカス(Aspergillus japonicus)、アスペルギルス・ニデュランス(Aspergillus nidulans)、アスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)、アスペルギルス・オリゼー(Aspergillus oryzae)、クリソスポリウム・ルクノウェンス(Chrysosporium lucknowense)、フザリウム・バクトリディオイデス(Fusarium bactridioides)、フザリウム・セレアリス(Fusarium cerealis)、フザリウム・クロックウェレンス(Fusarium crookwellense)、フザリウム・カルモラム(Fusarium culmorum)、フザリウム・グラミネアラム(Fusarium graminearum)、フザリウム・グラミヌム(Fusarium graminum)、フザリウム・ヘテロスポルム(Fusarium heterosporum)、フザリウム・ネグンジ(Fusarium negundi)、フザリウム・オキシスポルム(Fusarium oxysporum)、フザリウム・レティキュラツム(Fusarium reticulatum)、フザリウム・ロゼウム(Fusarium roseum)、フザリウム・サンブシヌム(Fusarium sambucinum)、フザリウム・サルコクロウム(Fusarium sarcochroum)、フザリウム・スポロトリキオイデス(Fusarium sporotrichioides)、フザリウム・スルフレウム(Fusarium sulphureum)、フザリウム・トルロスム(Fusarium torulosum)、フザリウム・トリコセシオイデス(Fusarium trichothecioides)、フザリウム・ヴェネナツム(Fusarium venenatum)、ブジェルカンデラ・アダスタ(Bjerkandera adusta)、セリポリオプシス・アネイリナ(Ceriporiopsis aneirina)、セリポリオプシス・アネイリナ(Ceriporiopsis aneirina)、セリポリオプシス・カレギエア(Ceriporiopsis caregiea)、セリポリオプシス・ギルベセンス(Ceriporiopsis gilvescens)、セリポリオプシス・パノシンタ(Ceriporiopsis pannocinta)、セリポリオプシス・リブロサ(Ceriporiopsis rivulosa)、セリポリオプシス・スブルファ(Ceriporiopsis subrufa)、セリポリオプシス・サバーミスポラ(Ceriporiopsis subvermispora)、コプリヌス・シネレウス(Coprinus cinereus)、コリオラス・ヒルスタス(Coriolus hirsutus)、フミコラ・インソレンス(Humicola insolens)、フミコラ・ラヌギノサ(Humicola lanuginosa)、ムコール・ミエヘイ(Mucor miehei)、ミセリオフトラ・サーモフィリア(Myceliophthora thermophila)、ニューロスポラ・クラッサ(Neurospora crassa)、ニューロスポラ・インターメディア(Neurospora intermedia)、ペニシリウム・パルロゼラム(Penicillium purpurogenum)、ペニシリウム・カネスセンス(Penicillium canescens)、ペニシリウム・ソリツム(Penicillium solitum)、ペニシリウム・フニクロスム(Penicillium funiculosum)、ファネロキーテ・クリソスポリウム(Phanerochaete chrysosporium)、フレビア・ラジアータ(Phlebia radiate)、プロレタス・エリンギ(Pleurotus eryngii)、タラロミセス・フラバス(Talaromyces flavus)、チエラビア・テレストリス(Thielavia terrestris)、トラメテス・ビローサ(Trametes villosa)、トラメテス・バーシカラー(Trametes versicolor)、トリコデルマ・ハルジアナム(Trichoderma harzianum)、トリコデルマ・コニンギイ(Trichoderma koningii)、トリコデルマ・ロンジブラキアタム(Trichoderma longibrachiatum)、トリコデルマリーゼイ(Trichoderma reesei)、又は、トリコデルマ・ビリデ(Trichoderma viride)であることを特徴とする宿主細胞。
【請求項124】
請求項122又は123の宿主細胞であって、トリコデルマ(Trichoderma)種、ペニシリウム(Penicillium)、アスペルギルス(Aspergillus)、又は、フザリウム(Fusarium)の細胞であることを特徴とする宿主細胞。
【請求項125】
請求項125の宿主細胞であって、
(a)前記トリコデルマ種が、トリコデルマリーゼイ(Trichoderma reesei)であり、又は、
(b)前記ペニシリウムが、ペニシリウム・フニクロスム(Pencillium funiculosum)であり、又は、
(c)前記アスペルギルスが、アスペルギルス・オリゼー(Aspergillus oryzae)若しくはアスペルギルス・ニデュランス(Aspergillus nidulans)であり、又は、
(d)前記フザリウムが、フザリウム・バーティシリオイデス(Fusarium verticillioides)若しくはフザリウム・オキシスポルム(Fusarium oxysporum)であることを特徴とする宿主細胞。
【請求項126】
請求項121の宿主細胞であって、細菌の細胞であることを特徴とする宿主細胞。
【請求項127】
請求項127の宿主細胞であって、前記細菌が、ストレプトミセス(Streptomyces)、サーモモノスポラ(Thermomonospora)、バチルス(Bacillus)、又は、セルロモナス(Cellulomonas)である。
【請求項128】
請求項1−80のいずれか1項の組成物又は請求項81−88のいずれか1項の培養液を製造する方法。
【請求項129】
請求項1−80のいずれか1項の組成物又は請求項81−88のいずれか1項の培養液を用いてヘミセルロースを含むバイオマス材料を処理するステップを含むことを特徴とする糖化プロセス。
【請求項130】
請求項130の糖化プロセスであって、前記バイオマス材料がセルロースをさらに含むことを特徴とする糖化プロセス。
【請求項131】
請求項130又は131の糖化プロセスであって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの量が、バイオマス材料中のヘミセルロース1kg当たり1gから40gであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項132】
請求項130又は131の糖化プロセスであって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの量が、バイオマス材料中のヘミセルロース1kg当たり0.5gから40gであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項133】
請求項130−133のいずれか1項の糖化プロセスであって、前記α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの量が、バイオマス材料中のヘミセルロース1kg当たり1gから50gであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項134】
請求項130−133のいずれか1項の糖化プロセスであって、前記α−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの量が、バイオマス材料中のヘミセルロース1kg当たり0.5gから50gであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項135】
請求項130−136のいずれか1項の糖化プロセスであって、前記L−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドの量が、バイオマス材料中のヘミセルロース1kg当たり0.5gから20gであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項136】
請求項130−136のいずれか1項のプロセスであって、前記L−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドの量が、バイオマス材料中のヘミセルロース1kg当たり0.2gから20gであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項137】
請求項130−138のいずれか1項の糖化プロセスであって、前記セルラーゼ活性を有するポリペプチドの量が、バイオマス材料中のセルロース1kg当たり1gから100gであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項138】
請求項130−139のいずれか1項の糖化プロセスであって、前記α−グルコシダーゼ活性を有するポリペプチドの量が、セルラーゼ活性を有するポリペプチドの全重量の50%以下であることを特徴とする糖化プロセス。

【図1−1】
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【図1−2】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【図12】
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【図13】
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【図14】
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【図15】
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【図16】
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【図17】
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【図18】
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【図19】
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【図20】
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【図21】
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【図22】
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【図23】
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【図24】
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【図25】
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【図26】
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【図27】
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【図28】
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【図29】
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【図30】
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【図31】
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【図32】
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【図33】
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【図34】
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【図35】
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【図36】
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【図37】
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【図38】
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【図39】
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【図40】
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【図41】
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【図42】
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【図43】
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【図44】
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【図45】
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【図46】
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【図47】
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【図48】
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【図49−1】
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【図49−2】
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【図50】
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【図51】
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【図52】
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【図53】
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【図54】
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【図55】
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【図56】
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【図57】
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【図58】
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【図59】
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【図60】
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【図61】
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【図62】
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【図63】
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【図64】
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【図65】
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【図66】
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【図67】
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【図68−1】
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【図68−2】
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【図69】
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【図70−1】
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【図70−2】
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【図71−1】
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【図71−2】
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【図72】
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【図73−1】
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【図73−2】
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【図74−1】
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【図74−2】
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【図75】
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【図76】
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【図77】
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【図78】
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【図79】
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【図80】
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【図81】
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【公表番号】特表2013−505722(P2013−505722A)
【公表日】平成25年2月21日(2013.2.21)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2012−530997(P2012−530997)
【出願日】平成22年9月22日(2010.9.22)
【国際出願番号】PCT/US2010/049849
【国際公開番号】WO2011/038019
【国際公開日】平成23年3月31日(2011.3.31)
【出願人】(509240479)ダニスコ・ユーエス・インク (81)
【Fターム(参考)】