新規の細胞株および方法
本発明は、新規の細胞および細胞株、ならびにそれらを作製および使用するための方法に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
甘味受容体T1R2サブユニットおよび/または甘味受容体T1R3サブユニットを内在的に発現する細胞を単離する方法であって、
a.細胞の集団を提供する工程;
b.T1R2の発現を検出する分子ビーコンを細胞へと導入し、および/またはT1R3の発現を検出する分子ビーコンを細胞へと導入する工程;ならびに
c.甘味受容体T1R2サブユニットおよび/または甘味受容体T1R3サブユニットを発現する細胞を単離する工程
を含む、前記方法。
【請求項2】
甘味受容体T1R2サブユニットおよび甘味受容体T1R3サブユニットを内在的に発現する細胞を単離する方法であって、
a.細胞の集団を提供する工程;
b.T1R2の発現を検出する分子ビーコンを細胞へと導入し、およびT1R3の発現を検出する分子ビーコンを細胞へと導入する工程;ならびに
c.甘味受容体T1R2サブユニットおよび甘味受容体T1R3サブユニットを発現する細胞を単離する工程
を含む、前記方法。
【請求項3】
細胞の前記集団がT1R2またはT1R3を発現することが公知ではない、請求項1または2に記載の方法。
【請求項4】
前記単離された細胞におけるT1R2またはT1R3の任意の発現レベルが、細胞の前記集団の平均細胞におけるよりも少なくとも10倍、50倍、100倍、250倍、500倍、750倍、1000倍、2500倍、5000倍、7500倍、10000倍、50000倍、または少なくとも100000倍高い、請求項1または2に記載の方法。
【請求項5】
細胞の前記集団における遺伝的変動が、該単離する工程に先立って増大した、請求項1または2に記載の方法。
【請求項6】
請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法に従って作製した単離された細胞。
【請求項7】
甘味受容体T1R2サブユニットおよび/または甘味受容体T1R3サブユニットを内在的に発現する単離された細胞であって、ここで、前記単離された細胞は、細胞の集団に由来し、かつ前記単離された細胞における甘味受容体T1R2サブユニットおよび/または甘味受容体T1R3サブユニットの発現は、細胞の前記集団の平均細胞におけるよりも少なくとも10倍、50倍、100倍、250倍、500倍、750倍、1000倍、2500倍、5000倍、7500倍、10000倍、50000倍、または100000倍高い、前記単離された細胞。
【請求項8】
細胞の前記集団が、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、確立されたニューロン細胞株、褐色細胞腫、神経芽腫線維芽細胞(neuroblastomas fibroblast)、横紋筋肉腫、後根神経節細胞、NS0細胞、CV‐1(ATCC CCL 70)、COS‐1(ATCC CRL 1650)、COS‐7(ATCC CRL 1651)、CHO‐K1(ATCC CCL 61)、3T3(ATCC CCL 92)、NIH/3T3(ATCC CRL 1658)、HeLa(ATCC CCL 2)、C127I(ATCC CRL 1616)、BS‐C‐1(ATCC CCL 26)、MRC‐5(ATCC CCL 171)、L細胞、HEK‐293(ATCC CRL 1573)およびPC12(ATCC CRL‐1721)、HEK293T(ATCC CRL‐11268)、RBL(ATCC CRL‐1378)、SH‐SY5Y(ATCC CRL‐2266)、MDCK(ATCC CCL‐34)、SJ‐RH30(ATCC CRL‐2061)、HepG2(ATCC HB‐8065)、ND7/23(ECACC 92090903)、CHO(ECACC 85050302)、ベロ(ATCC CCL 81)、Caco‐2(ATCC HTB 37)、K562(ATCC CCL 243)、ジャーカット(ATCC TIB‐152)、Per.C6(Crucell、 ライデン、オランダ)、Huvec(ATCCヒト初代PCS 100‐010、マウスCRL2514、CRL2515、CRL2516)、HuH‐7D12(ECACC 01042712)、293(ATCC CRL 10852)、A549(ATCC CCL 185)、IMR‐90(ATCC CCL 186)、MCF‐7(ATC HTB‐22)、U‐2 OS(ATCC HTB‐96)、T84(ATCC CCL 248)、初代細胞、または不死化細胞の集団である、請求項7に記載の細胞。
【請求項9】
請求項7に記載の細胞の培養物。
【請求項10】
甘味受容体T1R2サブユニットおよび甘味受容体T1R3サブ不ニットを含む甘味受容体を安定して発現する細胞または細胞株であって、前記サブユニットの少なくとも1つの発現は、前記サブユニットをコードする核酸の宿主細胞への導入、あるいは宿主細胞および前記宿主細胞に由来する細胞または細胞株に既に存在するサブユニットをコードする核酸の遺伝子活性化から結果として生じる、前記細胞または細胞株。
【請求項11】
甘味受容体T1R2サブユニット、甘味受容体T1R3サブユニット、およびGタンパク質を含む、甘味受容体を安定して発現する細胞または細胞株であって、前記サブユニットおよびGタンパク質のうちの少なくとも1つの発現が、前記サブユニットまたはGタンパク質をコードする核酸の宿主細胞への導入、あるいは宿主細胞および前記宿主細胞に由来する細胞または細胞株に既に存在する前記サブユニットまたはGタンパク質をコードする核酸の遺伝子活性化から結果として生じる、前記細胞または細胞株。
【請求項12】
少なくとも1つの甘味受容体サブユニットが、前記宿主細胞へと導入される該サブユニットをコードする核酸から発現する、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項13】
少なくとも1つの甘味受容体サブユニットが、前記宿主細胞に存在する核酸から遺伝子活性化によって発現する、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項14】
前記宿主細胞は:
a.真核細胞であり;
b.哺乳類細胞であり;
c.甘味受容体の少なくとも1つのサブユニットもしくはGタンパク質を内在的に発現せず;または
d.(a)、(b)および(c)の任意の組み合わせ
である、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項15】
前記宿主細胞が、HEK‐293細胞である、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項16】
前記甘味受容体は
a.哺乳類であり;
b.ヒトであり;
c.異なる種に由来するサブユニットを含み;
d.キメラである1つ以上のサブユニットを含み;
e.(a)〜(d)の任意の組み合わせ
である、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項17】
前記甘味受容体が機能的である、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項18】
アッセイにおいて少なくとも0.3のZ’値を有する、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項19】
アッセイにおいて少なくとも0.7のZ’値を有する、請求項17に記載の細胞または細胞株。
【請求項20】
選択的圧力の不在下で培地において甘味受容体を安定して発現する、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項21】
前記甘味T1R2受容体サブユニットが、下記からなる群から選択される、請求項10または11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号34のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含む、甘味受容体サブユニット;
b.配列番号34のアミノ酸配列と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含む、甘味受容体サブユニット;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号31、または配列番号34のアミノ酸をコードする核酸とハイブリッド形成する核酸によってコードされるアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含む、甘味受容体サブユニット;および
d.配列番号31と少なくとも85%同一である核酸、もしくは配列番号34のアミノ酸をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列、または別の種の対応物のアミノ酸配列を含む、甘味受容体サブユニット。
【請求項22】
前記甘味受容体サブユニットT1R2が、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項10または11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号31を含む核酸:
b.配列番号34のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.ストリンジェントな条件下でa)またはb)の核酸とハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸;および
d.配列番号31と少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列を含む核酸、または配列番号34のアミノ酸もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸。
【請求項23】
前記甘味受容体サブユニットT1R3が、下記からなる群から選択される、請求項10または11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号35のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含む甘味受容体サブユニット;
b.配列番号35のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列を含む甘味受容体サブユニット;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号32または配列番号35のアミノ酸配列もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む甘味受容体サブユニット;および
d.配列番号32と少なくとも85%同一である核酸または配列番号35のアミノ酸配列もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む甘味受容体サブユニット。
【請求項24】
前記甘味受容体T1R3サブユニットが、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項10または11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号32を含む核酸;
b.配列番号35のアミノ酸もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.ストリンジェントな条件下でa)またはb)の核酸とハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸;および
d.配列番号32と少なくとも85%同一であるヌクレオチド配列を含む核酸、または配列番号35のアミノ酸もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸。
【請求項25】
前記Gタンパク質が、下記からなる群から選択される、請求項11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号36もしくは37のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むGタンパク質;
b.配列番号36もしくは37と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むGタンパク質;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号33とハイブリッド形成する核酸あるいは配列番号36もしくは37のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むGタンパク質;および
d.配列番号33と少なくとも85%同一である核酸配列あるいは配列番号36もしくは37のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むGタンパク質。
【請求項26】
前記Gタンパク質が、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号33を含む核酸;
b.配列番号36もしくは37のポリペプチドまたは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.a)またはb)の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸および;
d.配列番号33と少なくとも95%同一のヌクレオチド配列、あるいは配列番号36もしくは37のアミノ酸、または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む核酸。
【請求項27】
a.甘味受容体T1R2サブユニットをコードする核酸を含む第一のベクター、甘味受容体T1R3サブユニットをコードする核酸を含む第二のベクター、および任意に、Gタンパク質をコードする核酸を含む第三のベクターを宿主細胞へと導入する工程;
b.前記甘味受容体T1R2サブユニットの発現を検出する第一の分子ビーコン、前記甘味受容体T1R3サブユニットの発現を検出する第二の分子ビーコン、および任意に、前記Gタンパク質の発現を検出する第三の分子ビーコンを、工程a)において作製される宿主細胞へと導入する工程;ならびに
c.前記T1R2サブユニット、前記T1R3サブユニット、および任意に前記Gタンパク質を発現する細胞を単離する工程
を含む、請求項10または11に記載の細胞または細胞株を作製するための方法。
【請求項28】
工程c)において単離された細胞から細胞株を作製する工程をさらに含む、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
前記宿主細胞が:
a.真核細胞であり;
b.哺乳類細胞であり;
c.甘味受容体の少なくとも1つのサブユニットもしくはGタンパク質を内在的に発現せず;または
d.a)、b)およびc)の任意の組み合わせ
である、請求項27に記載の方法。
【請求項30】
a.細胞を1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間培養する工程;
b.前記甘味受容体またはそのサブユニットの発現を該時間にわたって周期的にアッセイし、前記発現がRNAレベルまたはタンパク質レベルでアッセイされる工程;および
c.前記甘味受容体またはそのサブユニットの実質的に安定した発現を特徴とする細胞または細胞株を、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたって選択する工程
をさらに含む、請求項27に記載の方法。
【請求項31】
a.細胞を1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間培養する工程;
b.前記甘味受容体またはそのサブユニットの発現レベルを該時間にわたって測定し、前記発現がRNAレベルまたはタンパク質レベルでアッセイされる工程;および
c.前記甘味受容体またはそのサブユニットの発現の実質的に同じレベルを特徴とする細胞または細胞株を、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたって選択する工程
をさらに含む、請求項27に記載の方法。
【請求項32】
前記甘味受容体のタンパク質発現レベルの測定が、機能的アッセイを用いて実施される、請求項31に記載の方法。
【請求項33】
前記T1R2サブユニットが、請求項12のa)〜d)のサブユニットからなる群から選択され、前記T1R3サブユニットが、請求項14のa)〜d)のサブユニットからなる群から選択され、かつ前記Gタンパク質が、請求項16のa)〜d)のタンパク質からなる群から選択される、請求項27に記載の方法。
【請求項34】
前記T1R2サブユニットが、請求項13のa)〜d)に記載の核酸によってコードされるサブユニットからなる群から選択される核酸によってコードされ、前記T1R3サブユニットが、請求項15のa)〜d)に記載の核酸によってコードされるサブユニットからなる群から選択され、かつ前記Gタンパク質が、請求項17のa)〜d)に記載の核酸によってコードされるタンパク質からなる群から選択される、請求項27に記載の方法。
【請求項35】
前記単離する工程が、蛍光励起セルソーターを利用する、請求項27に記載の方法。
【請求項36】
請求項6、10、または11に記載の少なくとも1つの細胞または細胞株を、少なくとも1つの試験化合物に曝露し、かつ甘味受容体機能における変化を検出する工程を含む、甘味受容体機能の修飾因子を同定するための方法。
【請求項37】
前記修飾因子が、甘味受容体阻害薬、甘味受容体アンタゴニスト、甘味受容体遮断薬、甘味受容体活性化因子、甘味受容体アゴニスト、または甘味受容体増強薬からなる群から選択される、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
前記甘味受容体がヒト甘味受容体である、請求項36に記載の方法。
【請求項39】
前記試験化合物が、小分子、化学部分、ポリペプチド、または抗体である、請求項36に記載の方法。
【請求項40】
前記試験化合物が、化合物のライブラリである、請求項36に記載の方法。
【請求項41】
前記ライブラリが、低分子ライブラリ、組み合わせライブラリ(combinatorial library)、ペプチドライブラリ、または抗体ライブラリである、請求項40に記載の方法。
【請求項42】
前記修飾因子が、甘味受容体の酵素的に修飾された形態に対して選択的である、請求項36に記載の方法。
【請求項43】
請求項36に記載の方法によって同定される修飾因子。
【請求項44】
前記細胞または細胞株が、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたる、甘味受容体の実質的に安定した発現を特徴とする、請求項6、10、または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項45】
前記細胞または細胞株が、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたる前記甘味受容体の発現の実質的に同じレベルを特徴とする、請求項6、10、または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項46】
前記発現レベルが、機能的アッセイを用いて測定される、請求項45に記載の細胞または細胞株。
【請求項47】
請求項27〜35のいずれか一項記載の方法によって作製される、請求項6、10、または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項48】
前記細胞が、経時的に一貫して少なくとも1つの望ましい特性を有し、下記を含む、請求項10または11に記載の細胞または細胞株を作製するための方法:
a.前記甘味受容体のサブユニットまたは任意にGタンパク質をコードするmRNAを発現する複数の細胞を提供する工程;
b.細胞を個々の培養容器に分散させ、それにより複数の個別の細胞培養物を提供する工程;
c.1セットの所望の培養条件が、前記個別の細胞培養物の各々と実質的に同一であることを特徴とする自動細胞培養方法を用いて前記条件下で細胞を培養し、該培養の間、各個別の細胞培養物におけるウェルあたりの細胞数が標準化され、かつ前記個別の培養物が、同じスケジュールで継代される工程;
d.前記個別の細胞培養物を前記甘味受容体のまたは該受容体を産生する細胞の少なくとも1つの所望の特徴について少なくとも2回アッセイする工程;および
e.前記所望の特徴を有する個別の細胞培養物を両アッセイにおいて同定する工程。
【請求項49】
甘味受容体を産生し、かつ経時的に一貫した少なくとも1つの所望の特性を有し、請求項48に記載の方法によって作製される細胞または細胞株。
【請求項50】
旨味受容体T1R1サブユニットと旨味受容体T1R3サブユニットとを含む旨味受容体を安定して発現する細胞または細胞株であって、前記サブユニットの少なくとも1つの発現が、宿主細胞への前記サブユニットをコードする核酸の導入、または宿主細胞において既に存在するサブユニットをコードする核酸の遺伝子活性化から結果として生じ、かつ前記細胞または細胞株が前記宿主細胞から誘導される、前記細胞または細胞株。
【請求項51】
旨味受容体T1R1サブユニット、旨味受容体T1R3サブユニット、およびGタンパク質を含む旨味受容体を安定して発現する細胞または細胞株であって、前記サブユニットの少なくとも1つおよびGタンパク質の発現が、前記サブユニットまたはGタンパク質をコードする核酸の導入または宿主細胞に既に存在する前記サブユニットまたはGタンパク質をコードする核酸の遺伝子活性化から結果として生じ、かつ前記細胞または細胞株が前記宿主細胞から誘導される、前記細胞または細胞株。
【請求項52】
少なくとも1つの旨味受容体サブユニットが、前記宿主細胞へと導入される該サブユニットをコードする核酸から発現する、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項53】
少なくとも1つの旨味受容体サブユニットが、遺伝子活性化によって宿主細胞に存在する核酸から発現する、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項54】
前記宿主細胞が:
a.真核細胞であり;
b.哺乳類細胞であり;
c.旨味受容体のうちの少なくとも1つのサブユニットまたはGタンパク質を内在的に発現せず;あるいは
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ
である、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項55】
前記宿主細胞が、HEK‐293細胞である、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項56】
前記旨味受容体が、
a.哺乳類であり;
b.ヒトであり;
c.異なる種由来のサブユニットを含み;
d.キメラである1つ以上のサブユニットを含み;
e.(a)〜(d)の任意の組み合わせ
である、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項57】
前記旨味受容体が機能的である、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項58】
アッセイにおいて少なくとも0.3のZ’値を有する、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項59】
アッセイにおいて少なくとも0.7のZ’値を有する、請求項58に記載の細胞または細胞株。
【請求項60】
選択的圧力の不在下で培地において旨味受容体を安定して発現する、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項61】
前記旨味T1R1受容体サブユニットが、下記からなる群から選択される、請求項50または51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列と、別の種の対応物のアミノ酸配列とを含む旨味受容体サブユニット;
b.配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも85%同一のアミノ酸配列と、別の種の対応物のアミノ酸配列とを含む旨味受容体サブユニット;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号41とハイブリッド形成する核酸、または配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列および別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む旨味受容体サブユニット;ならびに
d.配列番号41と少なくとも85%同一である核酸、または配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列および別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む旨味受容体サブユニット。
【請求項62】
前記旨味受容体サブユニットT1R1が、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項50または51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号41を含む核酸;
b.配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列と、別の種の対応物のアミノ酸配列とを含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.a)またはb)の核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸;および
d.配列番号41と少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列を含む核酸、または配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列および別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸。
【請求項63】
前記旨味受容体サブユニットT1R3が、下記からなる群から選択される、請求項50または51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号35のアミノ酸配列と、別の種の対応物のアミノ酸配列とを含む旨味受容体サブユニット;
b.配列番号35のアミノ酸配列と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列と、別の種の対応物のアミノ酸配列とを含む旨味受容体サブユニット;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号32とハイブリッド形成する核酸、または配列番号35のアミノ酸配列もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む旨味受容体サブユニット;および
d.配列番号32と少なくとも85%同一である核酸または配列番号35のアミノ酸配列もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む旨味受容体サブユニット。
【請求項64】
前記旨味受容体T1R3サブユニットが、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項50または51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号32を含む核酸;
b.配列番号35のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.ストリンジェントな条件下でa)またはb)の核酸とハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸;および
d.配列番号32と少なくとも85%同一であるヌクレオチド配列を含む核酸、または配列番号35のアミノ酸もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸。
【請求項65】
前記Gタンパク質が、下記からなる群から選択される、請求項51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号36もしくは37のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むGタンパク質;
b.配列番号36もしくは37と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むGタンパク質;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号33とハイブリッド形成する核酸、あるいは配列番号36もしくは37のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むGタンパク質;および
d.配列番号33と少なくとも85%同一である核酸配列、あるいは、配列番号36もしくは37のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むGタンパク質。
【請求項66】
前記Gタンパク質が、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号33を含む核酸、または別の種の対応物のアミノ酸配列;
b.配列番号36もしくは37のポリペプチドまたは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.a)またはb)の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸および;
d.配列番号33と少なくとも95%配列同一であるヌクレオチド配列、あるいは配列番号36もしくは37のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む核酸。
【請求項67】
請求項50または51に記載の細胞または細胞株を作製するための方法であって、下記の工程を含む方法:
a.旨味受容体T1R1サブユニットをコードする核酸を含む第一のベクター、旨味受容体T1R3サブユニットをコードする核酸を含む第二のベクター、および任意に、Gタンパク質をコードする核酸を含む第酸のベクターを宿主細胞へと導入する工程;
b.旨味受容体T1R1サブユニットの発現を検出する第一の分子ビーコン、旨味受容体T1R3サブユニットの発現を検出する第二の分子ビーコン、および任意に、前記Gタンパク質の発現を検出する第三の分子ビーコンを、工程a)において作製された宿主細胞へと導入する工程;ならびに
c.前記T1R1サブユニット、前記T1R3サブユニット、および任意に前記Gタンパク質を発現する細胞を単離する工程。
【請求項68】
工程c)において単離された細胞から細胞株を作製する工程をさらに含む、請求項67に記載の方法。
【請求項69】
前記宿主細胞が、
a.真核細胞であり;
b.哺乳類細胞であり;
c.旨味受容体の少なくとも1つのサブユニットまたはGタンパク質を内在的に発現せず;あるいは
d.a)、b)、およびc)の任意の組み合わせ
である、請求項67に記載の方法:
【請求項70】
下記の工程をさらに含む、請求項67に記載の方法:
a.細胞を1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間から選択される期間培養する工程;
b.前記旨味受容体またはそのサブユニットの発現を該時間にわたって周期的にアッセイし、前記発現はRNAレベルまたはタンパク質レベルでアッセイされる工程;および
c.1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたる、前記旨味受容体またはそのサブユニットの実質的に安定した発現を特徴とする細胞または細胞株を選択する工程。
【請求項71】
下記の工程をさらに含む、請求項67に記載の方法:
a.細胞を1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間培養する工程;
b.前記旨味受容体またはそのサブユニットの発現レベルを該時間にわたって周期的に測定し、前記発現が前記RNAレベルまたはタンパク質レベルにおいてアッセイされる工程;および
c.前記旨味受容体またはそのサブユニットの発現の実質的に同じレベルをとk長とする細胞または細胞株を、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたって選択する工程。
【請求項72】
前記旨味受容体のタンパク質発現レベルの測定が、機能的アッセイを用いて実施される、請求項71に記載の方法。
【請求項73】
前記T1R1サブユニットが、請求項12のa)からd)に記載のサブユニットからなる群から選択され、前記T1R3サブユニットが、請求項14のa)からd)に記載のサブユニットからなる群から選択され、かつ前記Gタンパク質が、請求項16のa)からd)に記載のタンパク質からなる群から選択される、請求項67に記載の方法。
【請求項74】
前記T1R1サブユニットが、請求項13のa)からd)に帰しあの核酸によってコードされるサブユニットからなる群から選択され、前記T1R3サブユニットが、請求項15のa)からd)に記載の核酸によってコードされるサブユニットからなる群から選択され、かつ前記Gタンパク質が、請求項17のa)からd)に記載の核酸によってコードされるタンパク質からなる群から選択される、請求項67に記載の方法。
【請求項75】
前記単離する工程が、蛍光励起セルソーターを利用する、請求項67に記載の方法。
【請求項76】
請求項50または51に記載の少なくとも1つの細胞または細胞株を少なくとも1つの試験化合物に暴露し、かつ旨味受容体機能における変化を検出する工程を含む、旨味受容体機能の修飾因子を同定するための方法。
【請求項77】
前記修飾因子が、旨味受容体阻害薬、旨味受容体アンタゴニスト、旨味受容体遮断薬、旨味受容体活性化因子、旨味受容体アゴニスト、または旨味受容体増強薬からなる群から選択される、請求項76に記載の方法。
【請求項78】
前記旨味受容体がヒト旨味受容体である、請求項76に記載の方法。
【請求項79】
前記試験化合物が、低分子、化学部分、ポリペプチド、または抗体である、請求項76に記載の方法。
【請求項80】
前記試験化合物が化合物のライブラリである、請求項76に記載の方法。
【請求項81】
前記ライブラリが、低分子ライブラリ、組み合わせライブラリ、ペプチドライブラリ、または抗体ライブラリである、請求項80に記載の方法。
【請求項82】
前記修飾因子が、旨味受容体の酵素的に修飾された形態に対して選択的である、請求項76に記載の方法。
【請求項83】
請求項76に記載の方法によって同定される修飾因子。
【請求項84】
前記細胞または細胞株が、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたる旨味受容体の実質的に安定した発現を特徴とする、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項85】
前記細胞または細胞株が、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたる旨味受容体の発現の実質的に同じレベルを特徴とする、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項86】
前記発現レベルが、機能的アッセイを用いて測定される、請求項85に記載の細胞または細胞株。
【請求項87】
請求項18〜26のいずれか一項に記載の方法によって作製される、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項88】
請求項50または51に記載の細胞または細胞株を作製するための方法であって、この中で、前記細胞が、経時的に一貫して少なくとも1つの所望の特性を有し、下記の工程を含む前記方法:
a.旨味受容体の前記サブユニットおよび任意にGタンパク質をコードするmRNAを発現する複数の細胞を提供する工程;
b.細胞を個々の培養容器に個々に分散させ、それにより複数の個別の細胞培養物を提供する工程;
c.前記個別の細胞培養物の各々について、1セットの所望の培養条件が実質的に同一であることを特徴とする自動細胞培養方法を用いて、前記細胞を前記条件下で培養し、その間、各個別の細胞培養物におけるウェルあたりの細胞数を培養することが標準化され、かつ前記個別の培養物が同じスケジュールで経代される工程;
d.旨味受容体のまたは該受容体を産生する細胞の少なくとも1つの所望の特徴について前記個別の細胞培養物を少なくとも2回アッセイする工程;および
e.前記消耗の特徴を有する個別の細胞培養物を両アッセイにおいて同定する工程。
【請求項89】
旨味受容体を産生し、かつ経時的に一貫して少なくとも1つの所望の特性を有する細胞または細胞株であって、請求項88に記載の方法によって作製される前記細胞または細胞株。
【請求項90】
苦味受容体を安定して発現するよう操作された細胞または細胞株。
【請求項91】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体が前記細胞または細胞株へと導入された核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項92】
前記苦味受容体が、操作された遺伝子活性化によって内在性核酸から発現する、請求項90に記載の細胞または細胞株。
【請求項93】
少なくとも1つの他の苦味受容体を安定して発現する、請求項90に記載の細胞または細胞株。
【請求項94】
前記少なくとも1つの他の苦味受容体が内在的に発現する、請求項93に記載の細胞または細胞株。
【請求項95】
請求項93に記載の細胞または細胞株であって、前記少なくとも1つの他の苦味受容体が、前記細胞または細胞株へと導入された核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項96】
請求項95に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体および前記少なくとも1つの他の苦味受容体が、前記細胞または細胞株へと導入された個別の核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項97】
請求項95に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体および前記少なくとも1つの他の苦味受容体が両方とも、前記細胞または細胞株へと導入された単一の核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項98】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が安定して下記を発現する前記細胞または細胞株:
a.内在性Gタンパク質;
b.異種性Gタンパク質または
c.その両方。
【請求項99】
請求項98に記載の細胞または細胞株であって、前記Gタンパク質が、3つの異なるサブユニットを含むヘテロ多量体Gタンパク質であり、かつ少なくとも2つの異なるサブユニットが、前記細胞または細胞株へと導入された異なる核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項100】
請求項98に記載の細胞または細胞株であって、前記Gタンパク質が、3つの異なるサブユニットを含むヘテロ多量体Gタンパク質であり、かつ前記3つの異なるサブユニットがすべて、前記細胞または細胞株へと導入された同じ核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項101】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または前記細胞株における細胞が下記である前記細胞または細胞株:
a.真核細胞;
b.哺乳類細胞;
c.内在性の苦味受容体を発現しない細胞;または
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ。
【請求項102】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または前記細胞株における細胞が、ヒト肺性腎293T細胞である前記細胞または細胞株。
【請求項103】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体が:
a.哺乳類であり;
b.ヒトであり;
c.該苦味受容体のアミノ末端またはカルボキシル末端でポリペプチドタグを有しない;
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ
である前記細胞または細胞株。
【請求項104】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、細胞ベースのアッセイ、蛍光細胞ベースのアッセイ、ハイスループットスクリーニングアッセイ、リポーター細胞ベースのアッセイ、Gタンパク質仲介性細胞ベースのアッセイ、およびカルシウムフラックス細胞ベースのアッセイからなる群から選択されるアッセイにおいて、少なくとも0.45のZ’値を生じる前記細胞または細胞株。
【請求項105】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、細胞ベースのアッセイ、蛍光細胞ベースのアッセイ、ハイスループットスクリーニングアッセイ、リポーター細胞ベースのアッセイ、Gタンパク質仲介性細胞ベースのアッセイ、およびカルシウムフラックス細胞ベースのアッセイからなる群から選択されるアッセイにおいて、少なくとも0.5のZ’値を生じる前記細胞または細胞株。
【請求項106】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、細胞ベースのアッセイ、蛍光細胞ベースのアッセイ、ハイスループットスクリーニングアッセイ、リポーター細胞ベースのアッセイ、Gタンパク質仲介性細胞ベースのアッセイ、およびカルシウムフラックス細胞ベースのアッセイからなる群から選択されるアッセイにおいて、少なくとも0.6のZ’値を生じる前記細胞または細胞株。
【請求項107】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、少なくとも2週間、少なくとも4週間、少なくとも6週間、少なくとも3ヶ月間、少なくとも6ヶ月間、および少なくとも9ヶ月間からなる群から選択される期間、抗生物質を有さない培地において前記苦味受容体を安定して発現する前記細胞または細胞株。
【請求項108】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む前記細胞または細胞株:
a.配列番号77〜101のうちの任意の1つ;
b.配列番号77〜101のうちの任意の1つのアミノ酸配列と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列;
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸によってコードされるアミノ酸配列;および
d.配列番号51〜75のうちの任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸によってコードされるアミノ酸配列。
【請求項109】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、前記細胞または細胞株:
a.配列番号51〜75のうちの任意の1つ;
b.配列番号51〜75のうちの任意の1つと少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列;および
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸の配列;および
d.配列番号51〜75のうちの任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸の配列。
【請求項110】
前記苦味受容体が機能的苦味受容体である、請求項90に記載の細胞または細胞株。
【請求項111】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、イソプロテレノールト接触したときに細胞内遊離カルシウム濃度における変化を有する、前記細胞または細胞株。
【請求項112】
請求項111に記載の細胞または細胞株であって、前記イソプロテレノールが、前記細胞または細胞株を用いて導いた用量反応曲線において約1nM〜約20nMのEC50値を有する、前記細胞または細胞株。
【請求項113】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、1より大きな信号対ノイズ比を有する、前記細胞または細胞株。
【請求項114】
請求項90に記載の細胞または細胞株の回収物であって、前記回収物が、2つ以上の細胞または細胞株を含み、各細胞または細胞株が、異なる苦味受容体またはその対立遺伝子変異体を安定して発現する、前記回収物。
【請求項115】
公知のリガンドを用いて苦味受容体を安定して発現するよう操作された細胞または細胞株を追加的に含む、請求項114に記載の回収物。
【請求項116】
前記その対立遺伝子変異体がSNPである、請求項114に記載の回収物。
【請求項117】
前記細胞または細胞株が、イソプロテレノールと接触したときに細胞内遊離カルシウム濃度における変化を有する、請求項114に記載の回収物。
【請求項118】
前記イソプロテレノールが、各細胞または細胞株を用いて導いた用量反応曲線において1nM〜20nMのEC50値を有する、請求項117に記載の回収物。
【請求項119】
前記細胞または細胞株が、並行処理を可能にするために同じ生理学的特性を共有するよう対応している、請求項114に記載の回収物。
【請求項120】
前記生理学的特性が増殖速度である、請求項119に記載の回収物。
【請求項121】
前記生理学的特性が、組織培養表面に対する接着である、請求項119に記載の回収物。
【請求項122】
前記生理学的特性がZ’因子である、請求項119に記載の回収物。
【請求項123】
前記生理学的特性が、前記苦味受容体の発現レベルである、請求項119に記載の回収物。
【請求項124】
2つ以上の細胞または細胞株を含み、各細胞または細胞株が、同じ苦味受容体またはその対立遺伝子変異体を安定して発現する、請求項90に記載の細胞または細胞株の回収物。
【請求項125】
前記回収物が、公知のリガンドを有する苦味受容体を安定して発現するよう操作された細胞または細胞株を追加的に含む、請求項124に記載の回収物。
【請求項126】
前記その対立遺伝子変異体がSNPである、請求項124に記載の回収物。
【請求項127】
前記細胞または細胞株の各々が、イソプロテレノールト接触したときに細胞内遊離カルシウム濃度における変化を有する、請求項124に記載の回収物。
【請求項128】
前記イソプロテレノールが、各細胞または細胞株を用いて導いた用量反応曲線において1nM〜20nMのEC50値を有する、請求項127に記載の回収物。
【請求項129】
前記細胞または細胞株が、並行処理を可能にするよう同じ生理学的特性を共有するよう対応している、請求項124に記載の回収物。
【請求項130】
前記生理学的特性が増殖速度である、請求項129に記載の回収物。
【請求項131】
前記生理学的特性が組織培養表面に対する接着である、請求項129に記載の回収物。
【請求項132】
前記生理学的特性がZ’因子である、請求項129に記載の回収物。
【請求項133】
前記生理学的特性が前記苦味受容体の発現レベルである、請求項129に記載の回収物。
【請求項134】
苦味受容体を安定して発現する細胞を作製する方法であって:
a.前記苦味受容体をコードする核酸を複数の細胞へと導入すること;
b.前記苦味受容体の発現を検出する分子ビーコンを、工程(a)において提供された複数の細胞へと導入すること;および
c.前記苦味受容体を発現する細胞を単離すること
を含む、前記方法。
【請求項135】
工程(c)において単離された細胞から細胞株を作製する工程をさらに含む、請求項134に記載の方法。
【請求項136】
作製された前記細胞株が、少なくとも2週間、少なくとも4週間、少なくとも6週間、少なくとも3ヶ月間、少なくとも6ヶ月間、および少なくとも9ヶ月間からなる群から選択される期間、抗生物質を有さない培地において前記苦味受容体を安定して発現する、請求項135に記載の方法。
【請求項137】
前記細胞が下記である、請求項134に記載の方法:
a.真核細胞;
b.哺乳類細胞;
c.内在性苦味受容体を発現しない細胞;または
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ。
【請求項138】
前記細胞が、ヒト胚性腎293T細胞である、請求項134に記載の方法。
【請求項139】
前記苦味受容体が:
a.哺乳類であり;
b.ヒトであり;
c.前記苦味受容体のアミノ末端またはカルボキシル末端においてポリペプチドタグを有さない;
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ
である、請求項134に記載の方法。
【請求項140】
前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項134に記載の方法:
a.配列番号77〜101のうちの任意の1つ;
b.配列番号77〜101のうちの任意の1つのアミノ酸配列と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列;
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸によってコードされるアミノ酸配列;および
d.配列番号51〜75のうちの任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸によってコードされるアミノ酸配列。
【請求項141】
前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるヌクレオチドはウィ列によってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項134に記載の方法:
a.配列番号51〜75のうちの任意の1つ;
b.配列番号51〜75のうちの任意の1つと少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列;および
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸の配列;および
d.配列番号51〜75農地の任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸の配列。
【請求項142】
前記苦味受容体が機能的苦味受容体である、請求項134に記載の方法・
【請求項143】
工程(c)において単離された前記細胞が、イソプロテレノールト接触したときに細胞内遊離カルシウム濃度における変化を有する、請求項134に記載の方法。
【請求項144】
前記イソプロテレノールが、前記細胞を用いて導いた用量反応曲線において、1nM〜20nMのEC50値を有する、請求項143に記載の方法。
【請求項145】
前記単離することが、蛍光励起セルソーターを利用する、請求項134に記載の方法。
【請求項146】
前記細胞が、内在性Gタンパク質、異種性Gタンパク質、またはその両方を安定して発現する、請求項134に記載の方法。
【請求項147】
a.前記苦味受容体をコードする核酸を導入する前;
b.前記苦味受容体をコードする核酸を導入した後;または
c.前記苦味受容体をコードする核酸を導入することと同時に
前記細胞へとGタンパク質をコードする核酸を導入することをさらに含む、請求項134に記載の方法。
【請求項148】
前記苦味受容体をコードする核酸および前記Gタンパク質をコードする核酸が単一のベクター上にある、請求項134に記載の方法。
【請求項149】
a.前記苦味受容体の発現を検出する分子ビーコンを導入する前;
b.前記苦味受容体の発現を検出する分子ビーコンを導入した後;または
c.前記苦味受容体の発現を検出する分子ビーコンを導入することと同時に
前記Gタンパク質の発現を検出する分子ビーコンを前記細胞へと導入することをさらに含む、請求項58に記載の方法。
【請求項150】
前記苦味受容体の発現を検出する分子ビーコンおよび前記Gタンパク質の発現を検出する分子ビーコンが異なる分子ビーコンである、請求項149に記載の方法。
【請求項151】
a.前記苦味受容体を発現する細胞を単離する前;
b.前記苦味受容体を発現する細胞を単離した後;または
c.前記苦味受容体を発現する細胞を単離することと同時に
前記Gタンパク質を発現する細胞を単離し;それにより前記苦味受容体および前記Gタンパク質の両方を発現する細胞を単離することをさらに含む、請求項58に記載の方法。
【請求項152】
a.苦味受容体を安定して発現する細胞または細胞株を試験化合物に曝露すること;および
b.前記苦味受容体の機能における変化を検出すること
を含む、苦味受容体機能の修飾因子を同定する方法。
【請求項153】
前記検出することが、細胞内遊離カルシウムを測定するアッセイを利用する、請求項152に記載の方法。
【請求項154】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素、蛍光顕微鏡、および任意に蛍光プレートリーダーを用いて測定され、かつ少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項153に記載の方法。
【請求項155】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素を用いてリアルタイム撮像によってモニターされ、かつ少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項153に記載の方法。
【請求項156】
前記細胞または前記細胞株における細胞が:
a.真核細胞;
b.哺乳類細胞;
c.内在性苦味受容体をまったく発現しない細胞;または
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ
である、請求項152に記載の方法。
【請求項157】
前記細胞または前記細胞株における細胞が、ヒト胚性腎293T細胞である、請求項152に記載の方法。
【請求項158】
前記苦味受容体が:
a.哺乳類であり;
b.ヒトであり;
c.前記苦味受容体のアミノ末端またはカルボキシル末端においてポリペプチドタグを有さない;あるいは
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ
である、請求項152に記載の方法。
【請求項159】
前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項152に記載の方法:
a.配列番号77〜101のうちの任意の1つ;
b.配列番号77〜101のうちの任意の1つのアミノ酸配列と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列;
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸によってコードされるアミノ酸配列;および
d.配列番号51〜75のうちの任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸によってコードされるアミノ酸配列。
【請求項160】
前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項152に記載の方法:
a.配列番号51〜75のうちの任意の1つ;
b.配列番号51〜75のうちの任意の1つと少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列;および
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸の配列;および
d.配列番号51〜75農地の任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸の配列。
【請求項161】
前記細胞または細胞株が、イソプロテレノールと接触したときに細胞内遊離カルシウムの濃度における変化を有する、請求項152に記載の方法。
【請求項162】
前記イソプロテレノールが、前記細胞または細胞株を用いて導いた用量反応曲線において1nM〜20nMのEC50値を有する、請求項161に記載の方法。
【請求項163】
前記試験化合物が苦味受容体阻害薬である、請求項152に記載の方法。
【請求項164】
前記細胞または細胞株を前記試験化合物に曝露する工程の前にまたは同時に、前記細胞または細胞株を前記苦味受容体の公知のアゴニストに曝露することをさらに含む、請求項163に記載の方法。
【請求項165】
前記試験化合物が苦味受容体アゴニストである、請求項152に記載の方法。
【請求項166】
前記細胞または細胞株を前記試験化合物に曝露する工程の前にまたは同時に、前記細胞または細胞株を前記苦味受容体の公知の阻害薬に曝露することをさらに含む、請求項165に記載の方法。
【請求項167】
前記試験化合物が、低分子、化学部分、ポリペプチド、抗体、または食品抽出物である、請求項152に記載の方法。
【請求項168】
苦味受容体機能の調節因子を同定する方法であって:
a.細胞株の回収物を異なる試験化合物のライブラリに曝露し、この中で、前記細胞株の回収物は2つ以上の細胞株を含み、各細胞株は同じ苦味受容体またはその対立遺伝子変異体を安定して発現し、かつこの中で各細胞株が前記ライブラリにおける1つ以上の試験化合物に曝露されること;および
b.核細胞株によって安定して発現される前記苦味受容体またはその対立遺伝子変異体の機能における変化を検出すること
を含む、前記方法。
【請求項169】
前記検出することが、細胞内遊離カルシウムを測定しまたはモニターするアッセイを利用する、請求項168に記載の方法。
【請求項170】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素、蛍光顕微鏡、および任意に蛍光プレートリーダーを用いて測定され、かつ少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項169に記載の方法。
【請求項171】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素を用いたリアルタイム撮像によってモニターされ、かつ少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項169に記載の方法。
【請求項172】
前記ライブラリが、低分子ライブラリ、組み合わせライブラリ、ペプチドライブラリ、または抗体ライブラリである、請求項168に記載の方法。
【請求項173】
前記試験化合物が、低分子、化学部分、ポリペプチド、抗体、および食品抽出物からなる群から選択される、請求項168に記載の方法。
【請求項174】
工程(a)の前にまたは同時に細胞株の前記回収bつを公知の苦味受容体アゴニストまたは阻害薬に曝露することをさらに含む、請求項168に記載の方法。
【請求項175】
a.細胞株の回収物を試験化合物に曝露し、この中で細胞株の前記回収物が2つ以上の細胞株を含み、各細胞株が異なる苦味受容体またはその対立遺伝子変異体を安定して発現すること;および
b.各細胞株によって安定して発現した苦味受容体の機能における変化を検出すること
を含む、苦味受容体機能の修飾因子を同定する方法。
【請求項176】
前記検出することが、細胞内遊離カルシウムを測定しまたはモニターするアッセイを利用する、請求項175に記載の方法。
【請求項177】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素、蛍光顕微鏡、および任意に蛍光プレートリーダーを用いて測定され、かつこの中で少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項176に記載の方法。
【請求項178】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素を用いたりあるタイム撮像によってモニターされ、この中で、少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項176に記載の方法。
【請求項179】
前記試験化合物が、低分子、化学部分、ポリペプチド、抗体、および食品抽出物からなる群から選択される、請求項175に記載の方法。
【請求項180】
工程(a)の前にまたは同時に細胞株の前記回収物を公知の苦味受容体アゴニストまたは阻害薬に曝露することをさらに含む、請求項175に記載の方法。
【請求項181】
経時的に一貫したレベルで苦味受容体を安定して発現するよう操作された細胞であって、下記の工程を含む方法によって作製される前記細胞:
a.前記苦味受容体をコードするmRNAを発現する複数の細胞を提供する工程;
b.前記細胞を個々の培養容器へと個々に分散させ、それにより複数の個別の細胞培養物を提供する工程;
c.1セットの所望の培養条件が、前記個別の細胞培養物の各々と実質的に同一であることを特徴とする自動細胞培養方法を用いて、前記細胞を前記条件下で培養し、その培養することの間に、個別の細胞培養物あたりの細胞数を標準化し、かつこの中で、前記個別の培養物を同じスケジュールで経代する工程;
d.前記個別の細胞培養物をアッセイして、前記苦味受容体の発現を少なくとも2回測定する工程;および
e.両アッセイにおいて一貫したレベルで前記苦味受容体を発現する個別の細胞培養物を同定し、それにより該細胞を得る工程。
【請求項182】
クローン細胞株の組み合わせ対応したパネルであって、前記クローン細胞株が同じ種類であり、かつ前記パネルにおける細胞株のうちの少なくとも2つが関心対象のマルチサブユニットタンパク質のサブユニットの異なる組み合わせを発現し;かつ前記パネルのクローン細胞株が、同じ細胞培養条件下で並行して増殖するように対応している、前記パネル。
【請求項183】
前記細胞株細胞が、初代細胞および不死化細胞からなる群から選択される、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項184】
前記クローン細胞株細胞が真核細胞であり、かつ真菌細胞、昆虫細胞、哺乳類細胞、酵母細胞、藻類、甲殻類細胞、節足動物、鳥類細胞、爬虫類細胞、両生類細胞、植物細胞、ヒト、非ヒト霊長類、ウシ、ブタ、ネコ、ラット、有袋類、マウス、イヌ、ヒツジ、ヤギ、ウサギ、モルモットハムスターからなる群から選択される、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項185】
前記細胞株における細胞が、関心対象のタンパク質を発現するよう操作されている、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項186】
前記細胞株における細胞が、関心対象のタンパク質を、前記タンパク質をコードする導入された核酸から、または多量体タンパク質の場合に前記タンパク質のサブユニットをコードする発現する、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項187】
前記細胞が、内在性核酸から関心対象のタンパク質を発現し、かつ前記細胞が、前記内在性タンパク質の転写を活性化するよう操作され、または多量体タンパク質の場合、前記タンパク質のサブユニットの転写を活性化する、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項188】
前記パネルが、少なくとも4の、少なくとも6の、少なくとも20のクローン細胞株を含む、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項189】
前記マルチサブユニットタンパク質が、イオンチャネル、イオンチャネル、Gタンパク質共役受容体(GPCR)、チロシン受容体キナーゼ、サイトカイン受容体、核ステロイドホルモン受容体、抗体、生物学的および免疫学的受容体からなる群から選択される、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項190】
関心対象の少なくとも1つのRNAを発現する細胞であって、この中で、関心対象の該RNAが、導入された核酸によってコードされ、前記細胞が、生物学的に活性となるまたはなることのできる形態で関心対象のRNAを産生することを特徴とし、この中で、前記細胞が、選択的圧力の不在下で培養され、かつこの中で、前記RNAの発現が3ヶ月間にわたって30%超変動しない、前記細胞。
【請求項191】
前記RNAの発現が、6ヶ月間にわたって30%超変動しない、請求項190に記載の細胞。
【請求項192】
関心対象の少なくとも1つのタンパク質を発現する細胞であって、関心対象の該タンパク質が、導入された核酸によってコードされ、前記細胞が、生物学的に活性となるまたはなることのできる形態で関心対象のタンパク質を産生することを特徴とし、前記細胞が選択的圧力の不在下で培養され、かつ前記タンパク質の発現が3ヶ月間にわたって30%超変動しない、前記細胞。
【請求項193】
前記タンパク質の発現が6ヶ月間にわたって30%超変動しない、請求項192に記載の細胞。
【請求項194】
関心対象の少なくとも1つのタンパク質を発現する細胞であって、関心対象の前記タンパク質が公知のリガンドを有さず、または関心対象の該タンパク質の機能的発現を検出するための公知のアッセイがなく;かつ関心対象の該タンパク質がタンパク質タグを含まない、前記細胞。
【請求項195】
関心対象の少なくとも1つのタンパク質を、関心対象の前記少なくとも1つのタンパク質をコードする導入された核酸から発現する細胞であって、この中で、関心対象の前記少なくとも1つのタンパク質が、細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で前記細胞の生理学的特性が、一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動しない、前記細胞。
【請求項196】
関心対象のタンパク質を発現する細胞であって、この中で、前記細胞が、関心対象の前記タンパク質をコードする内在性核酸の転写を活性化するよう操作され、この中で、関心対象の前記タンパク質が前記細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で、前記細胞の生理学的特性が一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動しない、前記細胞。
【請求項197】
関心対象のRNAを発現する細胞であって、この中で、関心対象の前記RNAが、導入された核酸によってコードされ、この中で、関心対象の前記少なくとも1つのRNAが前記細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で前記細胞の生理学的特性が、一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動しない、前記細胞。
【請求項198】
関心対象の少なくとも1つのタンパク質を関心対象の前記少なくとも1つのタンパク質をコードする導入された核酸から発現する細胞であって、該細胞が、生物学的に活性となるまたはなることのできる形態で関心対象のタンパク質を産生することを特徴とし、かつこの中で、前記細胞が1個あたり1日あたり少なくとも500、2、500、5、000、または100、000ピコグラムのタンパク質を一貫してかつ再生可能に発現する、前記細胞。
【請求項199】
関心対象のタンパク質を発現する細胞であって、前記細胞が関心対象のタンパク質をコードする内在性核酸の転写を活性化するよう操作され、該細胞が、生物学的に活性となるまたはなることのできる形態で、関心対象のタンパク質を産生することを特徴とし、かつこの中で、前記細胞が、1個あたり1日あたり少なくとも500、2、500、5、000、または100、000ピコグラムのタンパク質を一貫してかつ再生可能に発現する、前記細胞。
【請求項200】
1週間未満、2週間未満、3週間未満、4週間未満、1ヶ月未満、2ヶ月未満、3ヶ月未満、4ヶ月未満、5ヶ月未満、6ヶ月未満、7ヶ月未満、8ヶ月未満、または9ヶ月未満から選択される期間で作製される、請求項195〜199のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項201】
関心対象の少なくとも1つのタンパク質を、関心対象の前記少なくとも1つのタンパク質をコードする導入された核酸から発現する細胞であって、生物学的に活性となるまたはなることのできる関心対象の該タンパク質を産生することを特徴とし、7ヶ月未満、8ヶ月未満、または9ヶ月未満から選択される期間で作製され、かつ少なくとも0.5、1.0、5.0、または10g/Lのタンパク質を一貫しかつ再生可能に発現する、前記細胞。
【請求項202】
関心対象のタンパク質を発現する細胞であって、関心対象の前記タンパク質をコードする内在性核酸の転写を活性化するよう操作され、生物学的に活性となるまたはなることのできる形態で関心対象の前記タンパク質を産生することを特徴とし、7ヶ月未満、8ヶ月未満、または9ヶ月未満から選択される期間で作製され、かつ少なくとも0.5、1.0、5.0、または10g/Lのタンパク質を一貫しかつ再生可能に発現する、前記細胞。
【請求項203】
3ヶ月未満、4ヶ月未満、または6ヶ月未満から選択される期間で作製される、請求項201または202に記載の細胞。
【請求項204】
前記タンパク質が単量体タンパク質である、請求項195〜203のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項205】
前記タンパク質が多量体タンパク質である、請求項195〜203のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項206】
請求項195〜203のいずれか一項に記載の細胞であって、関心対象の前記タンパク質がタンパク質タグを含まず、または該細胞が選択的圧力の不在下で培養され、またはそれらの組み合わせである、前記細胞。
【請求項207】
関心対象の前記多量体タンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項205に記載の細胞。
【請求項208】
関心対象の前記多量体タンパク質が、イオンチャネル、Gタンパク質共役受容体(GPCR)、チロシン受容体キナーゼ、サイトカイン受容体、核ステロイドホルモン受容体、抗体、生物学的および免疫学的受容体からなる群から選択される、請求項205に記載の細胞。
【請求項209】
関心対象の前記多量体タンパク質がイオンチャネルであり、かつ前記細胞の生物学的特性が、膜電位、小胞体ストレス応答、細胞生存率、改善されたタンパク質産生についての能力、産生量、折りたたみアセンブリ、分泌、細胞膜への組み込み、翻訳後修飾、グリコシル化、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項208に記載の細胞。
【請求項210】
請求項195〜209のいずれか一項に記載の細胞から作製される細胞株。
【請求項211】
下記の工程を含む関心対象のタンパク質の修飾因子を同定するための方法:
a.請求項195〜210のいずれか一項に記載の細胞を試験化合物と接触させる工程;および
b.試験化合物によって接触されていない細胞における前記タンパク質の活性と比較して、試験化合物と接触された前記細胞における関心対象の前記タンパク質の活性における変化を検出し;この中で、不在下と比較して存在下での活性における差異を生じる化合物が、関心対象の前記タンパク質の修飾因子である工程。
【請求項212】
請求項195〜209に記載の少なくとも2つの細胞または請求項210に記載の2つのクローン細胞株を含む細胞またはクローン細胞株の対応したパネルであって、この中で、前記少なくとも2つの細胞または前記少なくとも2つのクローン細胞株が、並行して同じ細胞培養条件下で増殖するよう対応している、前記パネル。
【請求項213】
請求項212に記載の対応したパネルであって、前記対応したパネルが、請求項195〜209に記載の少なくとも10個の細胞または請求項210に記載の10個のクローン細胞株を含み、かつ前記少なくとも10個の細胞または10個のクローン細胞株が、並行して同じ細胞培養条件下で増殖するよう対応している、前記パネル。
【請求項214】
請求項213に記載の対応したパネルであって、前記パネルが、請求項195〜209に記載の少なくとも100個の細胞または請求項210に記載の少なくとも100個の細胞を含み、かつ前記少なくとも100個の細胞または前記少なくとも100個のクローン細胞株が並行して同じ細胞培養条件下で増殖する、前記パネル。
【請求項215】
クローン細胞株の対応したパネルであって、この中で、前記クローン細胞株が同じ種類であり、かつ関心対象の第一および第二のタンパク質を含み;この中で、関心対象の前記第一のタンパク質が核クローン細胞株において同じであり;この中で、関心対象の前記第二のタンパク質が機能的生物学的経路の構成要素であり;かつこの中で:
a.前記パネルが少なくとも5つの細胞株を含み;
b.前記パネルが、6ヶ月未満で作製され;
c.関心対象の前記第一および第二のタンパク質が、タンパク質タグを有さず;
d.前記クローン細胞株が、選択的圧力の不在下で培養され;または
e.a)〜d)の任意の組み合わせ
である、前記パネル。
【請求項216】
請求項215に記載の対応したパネルであって、関心対象の前記第一のタンパク質が抗体であり、かつ前記機能的生物学的経路がグリコシル化経路である、前記パネル。
【請求項217】
インビボでの生物学的特性に対してインビトロでの相関物を生じるための方法であって、下記を含む方法:
a.前記生物学的特性を有する化合物または複数の化合物を、関心対象の第一のタンパク質を発現する第一の細胞と接触させること;
b.機能的アッセイにおいて第一のタンパク質に影響を及ぼす化合物または複数の化合物の効果をアッセイすること;
c.化合物または複数の化合物を関心対象の第二のタンパク質を発現する第二の細胞と接触させること;
d.機能的アッセイにおいて第二のタンパク質に及ぼす前記化合物または複数の化合物の効果をアッセイすること;
この中で、前記第一および第二のタンパク質は独立して、i)タンパク質タグを含まず、ii)前記細胞が前記機能的アッセイにおいて少なくとも0.4のZ’因子を有するよう機能的アッセイにおいて使用するのに適した形態で一貫してかつ再生可能に産生され、iii)選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、iv)前記細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で、前記細胞の生物学的特性が一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動せず;v)選択的圧力の不在下で培養した細胞において安定して発現し、かつこの中で、前記タンパク質の発現が3ヶ月間にわたって30%超変動せず、vi)別のタンパク質をさらに発現する細胞において発現し、かつ該細胞が選択的圧力の不在下で培養され、またはvii)それらの任意の組み合わせであり;かつ
この中で、工程a)〜d)において得られた特性が、前記インビボでの生理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供する。
【請求項218】
請求項217に記載の方法であって、関心対象の前記第一および第二のタンパク質が、単量体タンパク質または多量体タンパク質から独立して選択される、前記方法。
【請求項219】
前記多量体タンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項218に記載の方法。
【請求項220】
前記多量体タンパク質がヘテロ多量体タンパク質である、請求項219に記載の方法。
【請求項221】
請求項217〜219のいずれか一項に記載の方法であって、この中で:
a.前記第一の細胞および前記第二の細胞が、少なくとも1つの他の細胞をさらに含む細胞のパネル内の細胞であり;
b.細胞の前記パネルにおける各細胞が異なるタンパク質を発現するよう操作され、かつ化合物または複数の化合物によって接触し;
c.細胞の前記パネルにおける各細胞において発現した各タンパク質に及ぼす前記化合物または複数の化合物の効果が、機能的アッセイにおいてアッセイされ;かつ
d.各細胞における前記化合物または複数の化合物の活性特性を用いて、前記生理学的特性に対して前記インビトロでの相関物を生じる、前記方法。
【請求項222】
各タンパク質が、単量体タンパク質または多量体タンパク質から独立して選択される、請求項221に記載の方法。
【請求項223】
前記多量体タンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項222に記載の方法。
【請求項224】
前記多量体タンパク質がヘテロ多量体タンパク質である、請求項223に記載の方法。
【請求項225】
下記を含む試験化合物の生理学的特性を推定するための方法:
a.前記試験化合物または複数の試験化合物を請求項217〜220に記載の関心対象の第一のタンパク質を発現する第一の細胞と接触させること;
b.機能的アッセイにおいて前記第一のタンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果をアッセイすること;
c.前記試験化合物または複数の試験化合物を請求項217〜220に記載の関心対象の第二のタンパク質を発現する第二の細胞と接触させること;
d.機能的アッセイにおいて前記第二のタンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果をアッセイすること;
e.工程a)〜d)において得られた前記化合物の活性特性を、請求項217に記載の方法によって生じたインビトロでの相関物と比較すること、
この中で、前記第一および第二のタンパク質は独立して、i)タンパク質タグを含まず、ii)前記細胞が、前記機能的アッセイにおいて少なくとも0.4のZ’因子を有するよう機能的アッセイにおいて使用するのに適した形態で一貫しかつ再生可能に産生され、iii)選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、iv)前記細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で、前記細胞の生理学的特性が、一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動せず;v)選択的圧力の不在下で培養された細胞において安定して発現し、かつこの中で、前記タンパク質の発現が、3ヶ月間にわたって30%超変動せず、vi)別のタンパク質をさらに発現する細胞において発現しかつ該細胞が選択的圧力の不在下で培養され、またはvii)それらの任意の組み合わせであり;かつ
この中で、前記試験化合物(compound)または化合物(compounds)の活性特性および前記インビトロでの相関物の活性特性が少なくとも90%同一である場合、前記試験化合物または複数の試験化合物が、前記インビトロでの相関物の生理学的特性を有すると推定される。
【請求項226】
下記を含む、試験化合物または複数の試験化合物の生理学的特性を確認するための方法:
a.前記試験化合物または複数の試験化合物を、請求項217に記載の関心対象の第一のタンパク質を発現する第一の細胞と接触させること;
b.前記第一のタンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果を機能的アッセイにおいてアッセイすること;
c.前記試験化合物または複数の試験化合物を請求項217に記載の関心対象の第二のタンパク質を発現する第二の細胞と接触させること;
d.前記第二のタンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果を機能的アッセイにおいてアッセイすること;
e.工程a)〜d)において得られた前記試験化合物または複数の試験化合物の活性特性を、請求項217に記載の方法によって生じた生理学的特性に対するインビトロでの相関物と比較すること、
この中で、前記第一および第二のタンパク質が独立して、i)タンパク質タグを含まず、ii)前記細胞が機能的アッセイにおいて少なくとも0.4のZ’因子を有するよう、前記機能的アッセイにおいて使用するのに適した形態で一貫しかつ再生可能に産生され、iii)選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、iv)前記細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で、前記細胞の生理学的特性が、一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動せず;v)選択的圧力の不在下で培養された細胞において安定して発現し、かつこの中で、前記タンパク質の発現が3ヶ月間にわたって30%超変動せず、vi)別のタンパク質をさらに発現する細胞において発現し、かつ該細胞が選択的圧力の不在下で培養され、またはvii)それらの任意の組み合わせであり;かつ
この中で、前記化合物または複数の試験化合物の活性特性および前記インビトロでの相関物の活性特性が少なくとも90%同一である場合、前記化合物が前記生理学的特性を有すると確認される。
【請求項227】
該第一および第二のタンパク質が、単量体タンパク質または多量体タンパク質から独立して選択される、請求項225〜226のいずれか一項に記載の方法。
【請求項228】
前記多量体タンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項227に記載の方法。
【請求項229】
前記多量体タンパク質がヘテロ多量体タンパク質である、請求項228に記載の方法。
【請求項230】
a.前記第一の細胞および前記第二の細胞が、少なくとも1つの他の細胞をさらに含む細胞のパネル内の細胞であり;
b.細胞の前記パネルにおける各細胞が操作されて異なるタンパク質を発現し、かつ前記試験化合物または複数の試験化合物によって接触され;
c.細胞の前記パネルにおける各細胞において発現した関心対象の各タンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果が機能的アッセイにおいてアッセイされ;かつ
d.各細胞における前記試験化合物または複数の試験化合物の活性特性を用いて、前記インビトロでの相関物の特性と比較する、
請求項225〜229のいずれか一項に記載の方法。
【請求項231】
各タンパク質が独立して、単量体タンパク質または多量体タンパク質から選択される、請求項230に記載の方法。
【請求項232】
前記多量体タンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項231に記載の方法。
【請求項233】
前記多量体タンパク質がヘテロ多量体タンパク質である、請求項232に記載の方法。
【請求項234】
関心対象の前記第一の多量体タンパク質および関心対象の前記第二の多量体タンパク質のうちの少なくとも1つが、ヘテロマータンパク質である、請求項217、221、225、226または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項235】
関心対象の前記第一のタンパク質および関心対象の前記第二のタンパク質のうちの少なくとも1つが二量体タンパク質である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項236】
関心対象の前記第一のタンパク質および関心対象の前記第二のタンパク質のうちの少なくとも1つが三量体タンパク質である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項237】
関心対象の前記第一のタンパク質および関心対象の前記第二のタンパク質が、異なる形態の多量体タンパク質である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項238】
前記多量体タンパク質がGABA A受容体である、請求項237に記載の方法。
【請求項239】
関心対象の該第一または第二のタンパク質のうちの少なくとも1つが、機能的生物学的経路の一部である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項240】
前記機能的生物学的経路が、グリコシル化、タンパク質合成、小胞体ストレス応答、小胞体、リボソーム、ミトコンドリア活性、RNA合成、翻訳後修飾、細胞シグナル伝達、細胞増殖、および細胞死からなる群から選択される、請求項239のいずれか一項に記載の方法。
【請求項241】
前記生理学的特性が治療効果である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項242】
前記生理学的特性が有害な効果である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項243】
前記生理学的特性に及ぼす前記化合物または複数の化合物の効果がハイスループットスクリーニングによってアッセイされる、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項244】
工程e)が、コンピュータシステムにおいて実行される、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項245】
下記を含む、試験化合物または複数の試験化合物の生理学的特性を決定するためのコンピュータにより実行される方法:
a.該試験化合物または複数の試験化合物の第一の活性特性を受信し、この中で、該第一の活性特性が、請求項217または221に記載の方法によって生じ、かつこの中で、該第一の活性特性が、該試験化合物または複数の試験化合物の生理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供すること;
b.該第一の活性特性を、データベースに保存された複数の目印活性特性と比較して、該複数の目印活性特性における該第一の活性特性および各該目印活性特性の間の類似性の測定結果を決定し、この中で、各該目印活性特性が、個々の公知の化合物または複数の公知の化合物の公知の生理学的特性に対してインビトロの相関物を提供すること;
c.工程(b)において決定された類似性の測定結果に基づいた該第一の活性特性と最も類似の1つ以上の目印活性特性を決定すること;および
d.該試験化合物または複数の試験化合物の生理学的特性として、工程(c)における該第一の活性特性と最も類似していると決定された1つ以上の目印活性特性と関連した前記公知の生理学的特性を同定すること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項246】
類似性の該測定結果が、あらかじめ決めておいた閾値を上回る場合、該1つ以上の目印活性特性が、該第一の活性特性と最も類似している、請求項245に記載の方法。
【請求項247】
試験化合物または複数の試験化合物が特定の生理学的特性と関連していることを特徴づけるための、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む方法:
a.該試験化合物または複数の試験化合物の第一の活性特性を受信し、この中で、該第一の活性特性が請求項217または221に記載の方法によって生じ、かつこの中で、該第一の活性特性が、該試験化合物または複数の化合物の生理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供すること;
b.複数が、該第一の活性特性および複数の目印活性特性を含む複数の活性特性をクラスター化し、この中で、各該目印活性特性が、個々の公知の化合物または複数の公知の化合物に関する公知の生理学的特性についてのインビトロでの相関物を提供すること;
c.該第一の活性特性を用いてクラスター化する該複数の目印活性特性における1つ以上の目印活性特性を同定すること;および
d.工程(c)における該第一の活性特性を用いてクラスター化されたものとして同定される1つ以上の目印活性特性に対応する前記個々の公知の化合物または複数の公知の化合物の外公知の生理学的特性と関連しているものとして前記試験化合物または複数の試験化合物を特徴づけること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)が、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項248】
試験化合物または複数の試験化合物を、分類指標を用いて生理学的特性に分類するコンピュータにより実行される方法であって、下記を含む方法;
a.データベースに保存された複数の目印活性特性を用いて、試験化合物または複数の試験化合物を薬理学的特性に分類するために分類指標をトレーニングし、この中で、各該目印活性特性が、個々の公知の化合物または複数の公知の化合物に関する公知の生理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供すること;および
b.請求項217または221に記載の方法によって生じた第一の活性特性を、該分類指標を用いて処理し、該試験化合物または複数の試験化合物を生理学的特性に分類すること;
この中で、工程(a)および(b)が、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項249】
試験化合物または複数の試験化合物を生理学的特性に分類指標を用いて分類するコンピュータにより実行される方法であって、下記を含む方法:
a.データベースに保存された複数の目印活性特性を用いて、前記化合物または複数の化合物を薬理学的特性に分類するために分類指標をトレーニングし、この中で、各該目印活性特性は、個々の化合物の公知のインビボでの薬理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供すること;および
b.該分類指標を用いて、請求項217または221に記載の方法によって生じた第一の活性特性を処理して、該試験化合物または複数の試験化合物を前記生理学的特性に分類し、この中で、該分類指標は下記を含む方法に従ってトレーニングされ:
この中で、工程(a)および(b)は適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項250】
細胞における関心対象の多量体タンパク質の活性のあるサブユニットの組み合わせを特徴づけるための方法であって、下記を含む前記方法:
a.関心対象の前記多量体タンパク質の第一のサブユニットを発現する第一の細胞を、試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
b.関心対象の前記多量体タンパク質の第二のサブユニットを発現する第二の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
c.関心対象の前記多量体タンパク質の第一のサブユニットおよび第二のサブユニットを発現する第三の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
d.前記多量体タンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果を、機能的アッセイにおいて前記多量体タンパク質が前記第一の細胞、前記第二の細胞、および前記第三の細胞において発現するであろう場合にアッセイすること;
e.前記第一および/または第二のサブユニットが、前記生物学的に活性のある多量体タンパク質の一部であるかどうかを推定すること、ならびに
この中で、工程a)〜d)において得られた特性が、前記インビボでの生理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供し、
およびこの中で、前記多量体タンパク質の前記第一および第二のサブユニットが独立して、タンパク質タグを含まず、選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、またはそれらの任意の組み合わせである。
【請求項251】
関心対象の前記多量体タンパク質がヘテロ二量体である、請求項250に記載の方法。
【請求項252】
関心対象の前記多量体タンパク質がヘテロ三量体である、請求項250に記載の方法。
【請求項253】
細胞における関心対象の多量体タンパク質の活性のあるサブユニットの組み合わせを特徴づけるための方法であって、下記を含む前記方法:
a.関心対象の前記多量体タンパク質の第一のサブユニットを発現する第一の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
b.関心対象の前記多量体タンパク質の第二のサブユニットを発現する第二の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
c.関心対象の前記多量体タンパク質の第三のサブユニットを発現する第三の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
d.関心対象の前記多量体タンパク質の第一のサブユニット、第二および第三のサブユニットを発現する第四の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
e.前記多量体タンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果を、前記多量体タンパク質が機能的アッセイにおいて前記第一の細胞、前記第二の細胞、前記第三の細胞、および第四の細胞において発現するであろう場合に、前記多量体タンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果をアッセイすること;
f.前記第一、第二、および/または第三のサブユニットが、生物学的に活性のある多量体タンパク質の一部であるかどうかを推定すること;
この中で、前記多量体タンパク質の前記第一、第二、および第三のサブユニットが独立して、タンパク質タグを含まず、選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、またはそれらの任意の組み合わせである。
【請求項254】
前記多量体タンパク質がヘテロ三量体である、請求項253に記載の方法。
【請求項255】
前記多量体タンパク質がGABA A受容体である、請求項250に記載の方法。
【請求項256】
細胞のパネルであって、この中で前記パネルが、第一の細胞および第二の細胞を含み、この中で前記第一の細胞および前記第二の細胞が、関心対象の多量体タンパク質の同じサブユニットを発現するよう操作されており、この中で、前記第一の細胞における関心対象の前記多量体タンパク質の生理学的特性が、前記第二の細胞における前記多量体タンパク質の生理学的特性とは異なっており、かつこの中で、前記第一の細胞および前記第二の細胞が、同じ宿主細胞株から生じ;
この中で、関心対象の前記多量体タンパク質のサブユニットが、タンパク質タグを含まず、選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、またはそれらの任意の組み合わせである、前記パネル。
【請求項257】
クローン細胞株のパネルであって、この中で、各細胞株が関心対象の多量体タンパク質の同じサブユニットを発現するよう操作されており、かつこの中で、各細胞株における前記多量体タンパク質の生理学的特性が、前記パネルの他の細胞株における関心対象の前記多量体タンパク質の生理学的特性とは異なっており、かつこの中で、細胞株の前記パネルにおける前記細胞株が、同じ宿主細胞株から生じ;
この中で、関心対象の前記多量体タンパク質の前記サブユニットが、タンパク質タグを含まず、選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、またはそれらの任意の組み合わせである、前記パネル。
【請求項258】
前記パネルが2個の細胞株を含む、請求項257に記載のパネル。
【請求項259】
前記パネルが5個の細胞株を含む、請求項257に記載のパネル。
【請求項260】
前記パネルが10個の細胞株を含む、請求項257に記載のパネル。
【請求項261】
関心対象の前記多量体タンパク質がNaVである、請求項257に記載のパネル。
【請求項262】
機能的生物学的経路のすべての構成要素タンパク質を発現するよう操作された細胞。
【請求項263】
前記経路が、少なくとも5個のタンパク質構成要素を有する、請求項262に記載の細胞。
【請求項264】
前記細胞が、選択的圧力の不在下で培養された、請求項262に記載の細胞。
【請求項265】
前記生物学的経路の構成要素タンパク質が、タンパク質タグを含まない、請求項262に記載の細胞。
【請求項266】
複数のクローン細胞株を含むクローン細胞株のパネルであって、前記複数のクローン細胞株の各クローン細胞株が、異なる嗅覚受容体を発現するよう操作されており;この中で、前記嗅覚受容体がタンパク質タグを含まず、または前記嗅覚受容体が、前記細胞が機能的アッセイにおいて少なくとも0.4のZ’因子を有するよう前記機能的アッセイにおいて使用するのに適した形態で一貫しかつ再生可能に作製され、または前記クローン細胞が、選択的圧力の不在下で培養され、またはそれらの任意の組み合わせである、前記パネル。
【請求項267】
前記複数のクローン細胞株が少なくとも10個の細胞株を含む、請求項266に記載のパネル。
【請求項268】
前記異なる嗅覚受容体が、ヒト嗅覚受容体または昆虫嗅覚受容体である、請求項266に記載のパネル。
【請求項269】
前記異なるヒト嗅覚受容体が、OR10A1、OR10A3、OR10A4、OR10A5、OR10A6、OR10A7、OR10C1、OR10C2、OR10D4、OR10G2、OR10G3、OR10G4、OR10G7、OR10G8、OR10G9、OR10H1、OR10H2、OR10H3、OR10H4、OR10H5、OR10J1、OR10J3、OR10J5、OR10J6、OR10K1、OR10K2、OR10Q1、OR10R2、OR10S1、OR10T2、OR10V1、OR10Z1、OR11A1、OR11G2、OR11H1、OR11H4、OR11H6、OR11H7P、OR11L1、OR12D3、OR13A1、OR13C2、OR13C3、OR13C4、OR13C5、OR13C7、OR13C8、OR13C9、OR13D1、OR13E2、OR13F1、OR13G1、OR13H1、OR13J1、OR14A16、OR14A2、OR14C36、OR14J1、OR1A1、OR1A2、OR1A2、OR1B1、OR1C1、OR1D2、OR1D4、OR1D5、OR1E1、OR1E2、OR1E2、OR1E5、OR1E5、OR1E6、OR1E7、OR1F1、OR1F10、OR1F11、OR1F12、OR1F2、OR1G1、OR111、OR1J1、OR1J2、OR1J2、OR1J4、OR1J5、OR1K1、OR1L1、OR1L3、OR1L4、OR1L6、OR1L8、OR1M1、OR1M1、OR1N1、OR1N2、OR1N3、OR1Q1、OR1S1、OR1S2、OR2A1、OR2A10、OR2A19、OR2A20、OR2A21、OR2A4、OR2A42、OR2A5、OR2A6、OR2A7、OR2AE1、OR2AJ1、OR2AK2、OR2B1、OR2B2、OR2B3、OR2B6、OR2B9、OR2C1、OR2D1、OR2D2、OR2D3、OR2F1、OR2F2、OR2F3、OR2G2、OR2G3、OR2H1、OR2H2、OR2H3、OR2J2、OR2J3、OR2K1、OR2K2、OR2L1、OR2L2、OR2L3、OR2L5、OR2L8、OR2M1、OR2M2、OR2M4、OR2S2、OR2T1、OR2T3、OR2T4、OR2T5、OR2T6、OR2T7、OR2T8、OR2V1、OR2V2、OR2V3、OR2W1、OR2W3、OR2Y1、OR2Z1、OR3A1、OR3A2、OR3A3、OR3A4、OR4A15、OR4A16、OR4A4、OR4A5、OR4B1、OR4C12、OR4C13、OR4C15、OR4C16、OR4C3、OR4C6、OR4D1、OR4D2、OR4D5、OR4D6、OR4D9、OR4E2、OR4F10、OR4F15、OR4F16、OR4F16、OR4F17、OR4F18、OR4F19、OR4F3、OR4F6、OR4K1、OR4K13、OR4K14、OR4K15、OR4K17、OR4K2、OR4K3、OR4K5、OR4L1、OR4M1、OR4M2、OR4N2、OR4N4、OR4N5、OR4P4、OR4Q3、OR4S1、OR4X1、OR4X2、OR51A2、OR51A4、OR51A7、OR51B2、OR51B4、OR51D1、OR51E1、OR51E2、OR51F2、OR51G1、OR51G2、OR51H1、OR5111、OR5112、OR51L1、OR51M1、OR51Q1、OR51S1、OR51T1、OR52A1、OR52A2、OR52B2、OR52B4、OR52B4、OR52B4、OR52B6、OR52D1、OR52E2、OR52E4、OR52E5、OR52E6、OR52E8、OR52H1、OR52I1、OR52I2、OR52J3、OR52K1、OR52K2、OR52L1、OR52L2、OR52N1、OR52N2、OR52N4、OR52N5、OR52P1、OR52R1、OR56A4、OR56A6、OR56B2、OR56B4、OR5A1、OR5A2、OR5AC2、OR5AK2、OR5AK3、OR5AN1、OR5AP2、OR5AR1、OR5AS1、OR5AU1、OR5AU1、OR5B13、
OR5B16、OR5B17、OR5B2、OR5B3、OR5C1、OR5D13、OR5D14、OR5D16、OR5D18、OR5F1、OR5G3、OR5H1、OR5H2、OR5H6、OR5I1、OR5K1、OR5K2、OR5L1、OR5L2、OR5M1、OR5M10、OR5M11、OR5M11、OR5M3、OR5M3、OR5M8、OR5M9、OR5P2、OR5P3、OR5T2、OR5T3、OR5V1、OR6A1、OR6B1、OR6B2、OR6C1、OR6C2、OR6C3、OR6F1、OR6J2、OR6K3、OR6K6、OR6M1、OR6N1、OR6N2、OR6P1、OR6Q1、OR6S1、OR6T1、OR6V1、OR6X1、OR6Y1、OR7A10、OR7A17、OR7A2、OR7A5、OR7C1、OR7C2、OR7D2、OR7D2、OR7D4P、OR7E102、OR7E120、OR7G1、OR7G2、OR7G3、OR8A1、OR8B12、OR8B2、OR8B3、OR8B4、OR8B8、OR8D1、OR8D2、OR8D4、OR8G1、OR8G2、OR8H1、OR8H2、OR8H3、OR8I2、OR8J1、OR8J3、OR8K1、OR8K3、OR8K5、OR9A2、OR9A4、OR9G1、OR9G4、OR9G5、OR9I1、OR9K2、OR9Q1からなる群から選択される、請求項266に記載のパネル。
【請求項270】
前記異なる昆虫嗅覚受容体が、IOR100、IOR101、IOR102、IOR103、IOR104、IOR105、IOR106、IOR107、IOR108、IOR109、IOR110、IOR111、IOR112、IOR113、IOR114、IOR115、IOR116、IOR117、IOR118、IOR119、IOR120、IOR121、IOR122、IOR123、IOR124、IOR125、IOR126、IOR127、IOR49、IOR50、IOR51、IOR52、IOR53、IOR54、IOR55、IOR56、IOR57、IOR58、IOR59、IOR60、IOR61、IOR62、IOR63、IOR64、IOR65、IOR66、IOR67、IOR68、IOR69、IOR70、IOR71、IOR72、IOR73、IOR74、IOR75、IOR76、IOR77、IOR78、IOR79、IOR80、IOR81、IOR82、IOR83、IOR84、IOR85、IOR86、IOR87、IOR88、IOR89、IOR90、IOR91、IOR92、IOR93、IOR94、IOR95、IOR96、IOR97、IOR98、IOR99、ORL7077、ORL7078、ORL7079、ORL7080、ORL7081、ORL7082、ORL7083、ORL7084、ORL7085、ORL7086、ORL7087、ORL7088、ORL7089、ORL7090、ORL7091、ORL7092、ORL7093、ORL7094、ORL7095、ORL7096、ORL7097、ORL7098、ORL7099、ORL7100、ORL7101、ORL7102、ORL7103、ORL7104、ORL7105、ORL7106、ORL7107、ORL7108、ORL7109、ORL7110、ORL7111、ORL7112、ORL7113、ORL7114、ORL7115、ORL7116、ORL7117、ORL7118、ORL7119、ORL7120、ORL7121、ORL7122、ORL7123、ORL7124、ORL7125、TPR2307、TPR2308、TPR2309、TPR2310、TPR2312、TPR2314、TPR2315、TPR2316、TPR2317、TPR2318、TPR2319、TPR2320、TPR2321、TPR2321、TPR698、TPR699、TPR700、TPR701、TPR702、TPR703、TPR704、TPR705、TPR706、TPR707、TPR708、TPR709、TPR710、TPR711、TPR712、TPR713、TPR714、TPR715、TPR716、TPR717、TPR718、TPR719、TPR720、TPR721、TPR722、TPR723、TPR724、TPR725、TPR725、TPR726、TPR727、TPR728、TPR729、TPR730、TPR731、TPR732、TPR733、TPR734、TPR735、TPR736、TPR737、TPR738、TPR739、TPR740、TPR741、TPR742、TPR743、TPR744、TPR745、TPR746、TPR747、TPR748、TPR749、TPR750、TPR751、TPR752、TPR753、TPR754、TPR755、TPR756、TPR757、TPR758、TPR759、TPR760、TPR761、TPR762、TPR763、TPR764、TPR765、TPR766、TPR767、TPR768、TPR769、TPR770、TPR771、TPR772からなる群から選択される蚊嗅覚受容体である、請求項266に記載のパネル。
【請求項271】
試験化合物または組成物の嗅覚活性特性を生じるための方法であって、下記を含む前記方法:
a.請求項266に記載のパネルを前記試験化合物または組成物と接触させること;および
b.前記パネルにおける少なくとも2つの異なる嗅覚受容体に関する機能的アッセイにおける前記活性に及ぼす前記試験化合物または組成物の効果を測定すること、
この中で、工程(b)において測定された活性は、前記試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性を提供する。
【請求項272】
第一の試験化合物または組成物の匂いを模倣する第二の試験化合物を同定するための方法であって、下記を含む前記方法:
a.請求項266に記載のパネルを前記第二の試験化合物と接触させること;
b.前記パネルにおける少なくとも2つの嗅覚受容体に関する機能的アッセイにおける前記活性に及ぼす前記第二の試験化合物の効果を試験すること;
c.工程(b)において得られた前記第二の試験化合物の前記嗅覚活性特性を、前記第一の試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性と比較し;この中で、前記第二の試験化合物の前記嗅覚活性特性が、前記第一の試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性と類似している場合、前記第一の試験化合物または組成物の前記匂いを模倣すること。
【請求項273】
第一の試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性を修飾する第二の試験化合物を同定する方法であって、下記を含む前記方法:
a.請求項271に記載の方法に従って、前記第一の試験化合物または組成物の存在下で、第二の試験化合物の前記嗅覚活性特性を生じること;
b.工程(a)で得られた前記嗅覚活性特性を、前記第二の試験化合物の不在下で前記第一の試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性と比較し;前記第一の試験化合物または組成物単独の前記嗅覚活性特性が、前記第一の試験化合物または組成物の存在下で、前記第二の試験化合物の前記嗅覚活性特性とは異なる場合、前記第二の試験化合物が、前記第一の試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性を修飾すること。
【請求項274】
試験化合物と関連した匂いを同定するためのコンピュータにより実行される方法であって、下記を含む前記方法:
a.前記試験化合物の第一の嗅覚活性特性を受信し、この中で、該第一の嗅覚活性特性が請求項271に記載の方法によって生じること;
b.該第一の嗅覚活性特性をデータベースに保存された複数の目印嗅覚活性と比較して、該第一の嗅覚活性特性と該複数の目印嗅覚活性特性における各該目印嗅覚活性特性の間の類似性の測定結果を決定し、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、公知の匂いを有する個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;
c.工程(b)において決定された類似性の測定結果に基づいて該第一の嗅覚活性特性と最も類似した1つ以上の目印嗅覚活性特性を決定すること;および
d.工程(c)における該第一の嗅覚活性特性と最も類似していると決定された1つ以上の目印嗅覚活性特性と関連した匂いを、該公知の化合物と関連した匂いとして同定すること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項275】
類似性の該測定結果が、あらかじめ決めておいた閾値を上回る場合、該1つ以上の目印嗅覚活性特性が、該第一の嗅覚活性特性と最も類似している、請求項274に記載の方法。
【請求項276】
特定の匂いと関連しているものとして化合物を特徴づけるための、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む前記方法:
a.該化合物の第一の嗅覚活性特性を受信し、この中で、該第一の嗅覚活性特性を請求項271に記載の方法によって生じること;
b.複数が該第一の嗅覚活性特性および複数の目印嗅覚活性特性を含む、複数の嗅覚活性特性をクラスター化し、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、公知の匂いを有する個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;
c.前記第一の嗅覚活性特性を用いてクラスター化する該複数の目印嗅覚活性特性における1つ以上の目印嗅覚活性特性を同定すること;および
d.工程(c)における該第一の嗅覚活性特性を用いてクラスター化されるものとして同定される1つ以上の目印嗅覚活性特性に対応する個々の化合物と関連した該公知の匂いと関連しているものとして、前記化合物を特徴づけること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項277】
分類指標を用いて試験化合物を、匂いを有するものとして分類する、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む方法:
a.データベースに保存された複数の目印嗅覚活性特性を用いて、試験化合物を匂いに分類するための分類指標をトレーニングし、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、公知の匂いを有する個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;および
b.該分類指標を用いて、請求項271に記載の方法によって生じた該化合物の第一の嗅覚活性特性を処理して、該化合物を公知の匂いに分類すること;
この中で、工程(a)および(b)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項278】
分類指標を用いて匂いを有するものとして試験化合物を分類する、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む方法:
a.該分類指標を用いて、請求項271に記載の方法によって生じた該化合物の第一の嗅覚活性特性を処理して、該試験化合物を公知の匂いに分類し、この中で、該分類指標が下記を含む方法に従ってトレーニングされること:
b.データベースに保存された複数の目印嗅覚活性特性を用いて、試験化合物を匂いに分類するために該分類指標をトレーニングし、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、公知の匂いを有する個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じ;
この中で、前記処理が、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項279】
1つ以上の試験化合物を匂いと関連付けるための、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む前記方法:
a.第一の試験化合物の第一の嗅覚活性特性を受信し、この中で、該第一の嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じ、かつこの中で、該第一の試験化合物が公知の匂いを有すること;
b.該第一の嗅覚活性特性を、データベースに保存された複数の目印嗅覚活性特性と比較して、該第一の嗅覚活性特性と、該複数の目印嗅覚活性特性における該目印嗅覚活性特性の各々の間の類似性の測定結果を決定し、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;
c.工程(b)において決定された類似性に関する前記測定結果に基づいた該第一嗅覚活性特性に最も類似している1つ以上の目印嗅覚活性特性を決定すること;および
d.工程(c)における該第一の嗅覚活性特性に最も類似していると決定された前記1つ以上の目印嗅覚活性特性に対応する前記個々の試験化合物を該公知の匂いと関連しているものとして特徴づけること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項280】
類似性に関する該測定結果が、あらかじめ決めておいた閾値を上回る場合、該1つ以上の目印嗅覚活性特性が該第一の嗅覚活性特性と最も類似している、請求項279に記載の方法。
【請求項281】
1つ以上の試験化合物を特定の匂いと関連しているものとして特徴づけるための、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む前記方法:
a.第一の試験化合物の第一の嗅覚活性特性を受信し、この中で、該第一の嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じ、かつこの中で、該第一の試験化合物が、公知の匂いを有すること;
b.複数の嗅覚活性特性をクラスター化し、該複数が、該第一の嗅覚活性特性および複数の目印嗅覚活性特性を含み、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;
c.第一の嗅覚活性特性を用いてクラスター化する該複数の目印嗅覚活性特性において1つ以上の目印嗅覚活性特性を同定すること;および
d.工程(c)において該第一の嗅覚活性特性を用いてクラスター化されるものとして同定された前記1つ以上の目印嗅覚活性特性に対応する前記個々の化合物を、該公知の匂いと関連しているものとして特徴づけること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項282】
分類指標を用いて匂いを有するものとして1つ以上の試験化合物を分類する、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む前記方法:
a.該分類指標を用いて、請求項271に記載の方法によって生じた第一の嗅覚活性特性を処理して(この中で、該第一の嗅覚活性特性が、公知の匂いを有する第一の試験化合物に対応する。)、データベースに保存された複数の目印嗅覚活性特性の1つ以上の目印嗅覚活性特性を、該公知の匂いを有するものとして分類し、この中で、該分類指標は、下記を含む方法に従ってトレーニングされること:
b.匂いを有するものとして該1つ以上の目印嗅覚活性特性を分類するために、該複数の目印嗅覚活性特性を用いて該分類指標をトレーニングし、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、個々の公知の化合物に対応し、かつ各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;
この中で、前記処理は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項283】
関心対象のインビボでのタンパク質または関心対象の複数のタンパク質に対して、インビトロでの相関物であるタンパク質または複数のタンパク質であって、この中で、前記インビトロでの相関物が、インビボで発現した前記対応するタンパク質または関心対象の複数のタンパク質の機能または活性を予測し;この中で、前記インビトロでの相関物が、インビトロで非生理学的条件下で発現する生物学的に活性のあるタンパク質または複数のタンパク質であり;この中で、前記インビトロでの相関物が、関心対象の前記インビボでのタンパク質または複数のタンパク質に対応する少なくとも1つの機能的または薬理学的または生理学的特性を含み;かつこの中で、該インビトロでの相関物を用いたハイスループットスクリーニングにおいて同定された化合物の少なくとも10%が、インビボでの治療効果を有することができる、前記タンパク質または複数のタンパク質。
【請求項284】
前記インビトロでの相関物が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項283に記載のタンパク質。
【請求項285】
前記インビトロでの相関物のうちの少なくとも1つのタンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項283に記載の複数のタンパク質。
【請求項286】
前記インビトロでの相関物が、ヘテロ多量体において含む、請求項283に記載のタンパク質。
【請求項287】
前記インビトロでの相関物のうちの少なくとも1つのタンパク質が、ヘテロ多量体を含む、請求項283に記載の複数のタンパク質。
【請求項288】
前記インビトロでの相関物のタンパク質または複数のタンパク質が、タンパク質タグを含まない、請求項283〜287のいずれか一項に記載のタンパク質または複数のタンパク質。
【請求項289】
前記インビトロでの相関物が、選択的圧力の不在下で培養された細胞において安定して発現する、請求項283〜288のいずれか一項に記載のタンパク質または複数のタンパク質。
【請求項290】
前記インビトロでの相関物が、細胞毒性を生じることなく細胞株において発現する、請求項283〜289のいずれか一項に記載のタンパク質または複数のタンパク質。
【請求項291】
前記インビトロでの相関物が、前記タンパク質または複数のタンパク質を内在的に発現しない細胞において発現する、請求項283〜290のいずれか一項に記載のタンパク質または複数のタンパク質。
【請求項292】
請求項283〜291のいずれか一項に記載のタンパク質または複数のタンパク質を発現する細胞。
【請求項293】
請求項292に記載の細胞から作製される細胞株。
【請求項294】
関心対象のインビボのタンパク質の修飾因子を同定するための方法であって、
a.任意の請求項292に記載の細胞を試験化合物と接触させる工程;および
b.前記試験化合物によって接触されていない細胞における前記インビトロでの相関物のタンパク質または複数のタンパク質の活性と比較して、前記試験化合物と接触された細胞における前記インビトロでの相関物のタンパク質または複数のタンパク質の活性における変化を検出する工程;
を含み、ここで、不在下と比較して存在下での活性における差異を生じる化合物が、関心対象の前記インビボでのタンパク質の修飾因子である、前記方法。
【請求項295】
請求項294に記載の方法によって同定される修飾因子。
【請求項296】
前記細胞が、分化した細胞である、請求項190、192、194、195〜199、201〜202、262、および292のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項297】
前記細胞が脱分化した細胞である、請求項190、192、194、195〜199、201〜202、262、および292のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項298】
前記脱分化した細胞が、多能性幹細胞(multipotent stem cell)、多能性幹細胞(pluripotent stem cell)、全能性幹細胞(omnipotent stem cell)、人工多能性幹細胞、胚性幹細胞、癌幹細胞、臓器特異的幹細胞、および組織特異的幹細胞からなる群から選択される幹細胞である、請求項297に記載の細胞。
【請求項299】
分化した細胞を環細胞へと脱分化させる工程を含み、前記分化した細胞が請求項296に記載の細胞である、幹細胞を作製するための方法。
【請求項300】
再分化した細胞を作製するための方法であって、下記の工程を含む前記方法:
a.請求項296に記載の細胞を脱分化させて、幹細胞を作製する工程;および
b.前記幹細胞を再分化させて、前記再分化した細胞を作製する工程。
【請求項301】
前記幹細胞が、多能性幹細胞(multipotent stem cell)、多能性幹細胞(pluripotent stem cell)、全能性幹細胞、人工多能性幹細胞、胚性幹細胞、癌幹細胞、臓器特異的幹細胞、および組織特異的幹細胞からなる群から選択される幹細胞である、請求項299または請求項300に記載の方法。
【請求項302】
前記再分化した細胞が、請求項296に記載の細胞とは異なる種類である、請求項300に記載の方法。
【請求項303】
下記の工程を含む、非ヒト生物を作製するための方法:
a.請求項296に記載の細胞を脱分化させて、幹細胞を作製し、この中で、前記幹細胞が、胚性幹細胞または人工多能性幹細胞である工程;および
b.前記幹細胞を再分化させて、非ヒト生物を作製する工程。
【請求項304】
前記生物が哺乳類である、請求項303に記載の方法。
【請求項305】
前記哺乳類がマウスである、請求項304に記載の方法。
【請求項306】
請求項300に記載の方法によって作製された再分化した細胞。
【請求項307】
請求項303に記載の方法によって作製された非ヒト生物。
【請求項308】
前記生物が哺乳類である、請求項307に記載の非ヒト生物。
【請求項309】
前記哺乳類がマウスである、請求項308に記載の非ヒト生物。
【請求項310】
関心対象の該第一および第二のタンパク質が、ENaC、NaV、GABAA、甘味受容体、旨味受容体、苦味受容体、CFTR、およびGCCからなる群から独立して選択される、請求項218または請求項227に記載の方法。
【請求項311】
各タンパク質が、ENaC、NaV、GABAA、甘味受容体、旨味受容体、苦味受容体、CFTR、およびGCCからなる群から独立して選択される、請求項231に記載の方法。
【請求項1】
甘味受容体T1R2サブユニットおよび/または甘味受容体T1R3サブユニットを内在的に発現する細胞を単離する方法であって、
a.細胞の集団を提供する工程;
b.T1R2の発現を検出する分子ビーコンを細胞へと導入し、および/またはT1R3の発現を検出する分子ビーコンを細胞へと導入する工程;ならびに
c.甘味受容体T1R2サブユニットおよび/または甘味受容体T1R3サブユニットを発現する細胞を単離する工程
を含む、前記方法。
【請求項2】
甘味受容体T1R2サブユニットおよび甘味受容体T1R3サブユニットを内在的に発現する細胞を単離する方法であって、
a.細胞の集団を提供する工程;
b.T1R2の発現を検出する分子ビーコンを細胞へと導入し、およびT1R3の発現を検出する分子ビーコンを細胞へと導入する工程;ならびに
c.甘味受容体T1R2サブユニットおよび甘味受容体T1R3サブユニットを発現する細胞を単離する工程
を含む、前記方法。
【請求項3】
細胞の前記集団がT1R2またはT1R3を発現することが公知ではない、請求項1または2に記載の方法。
【請求項4】
前記単離された細胞におけるT1R2またはT1R3の任意の発現レベルが、細胞の前記集団の平均細胞におけるよりも少なくとも10倍、50倍、100倍、250倍、500倍、750倍、1000倍、2500倍、5000倍、7500倍、10000倍、50000倍、または少なくとも100000倍高い、請求項1または2に記載の方法。
【請求項5】
細胞の前記集団における遺伝的変動が、該単離する工程に先立って増大した、請求項1または2に記載の方法。
【請求項6】
請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法に従って作製した単離された細胞。
【請求項7】
甘味受容体T1R2サブユニットおよび/または甘味受容体T1R3サブユニットを内在的に発現する単離された細胞であって、ここで、前記単離された細胞は、細胞の集団に由来し、かつ前記単離された細胞における甘味受容体T1R2サブユニットおよび/または甘味受容体T1R3サブユニットの発現は、細胞の前記集団の平均細胞におけるよりも少なくとも10倍、50倍、100倍、250倍、500倍、750倍、1000倍、2500倍、5000倍、7500倍、10000倍、50000倍、または100000倍高い、前記単離された細胞。
【請求項8】
細胞の前記集団が、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、確立されたニューロン細胞株、褐色細胞腫、神経芽腫線維芽細胞(neuroblastomas fibroblast)、横紋筋肉腫、後根神経節細胞、NS0細胞、CV‐1(ATCC CCL 70)、COS‐1(ATCC CRL 1650)、COS‐7(ATCC CRL 1651)、CHO‐K1(ATCC CCL 61)、3T3(ATCC CCL 92)、NIH/3T3(ATCC CRL 1658)、HeLa(ATCC CCL 2)、C127I(ATCC CRL 1616)、BS‐C‐1(ATCC CCL 26)、MRC‐5(ATCC CCL 171)、L細胞、HEK‐293(ATCC CRL 1573)およびPC12(ATCC CRL‐1721)、HEK293T(ATCC CRL‐11268)、RBL(ATCC CRL‐1378)、SH‐SY5Y(ATCC CRL‐2266)、MDCK(ATCC CCL‐34)、SJ‐RH30(ATCC CRL‐2061)、HepG2(ATCC HB‐8065)、ND7/23(ECACC 92090903)、CHO(ECACC 85050302)、ベロ(ATCC CCL 81)、Caco‐2(ATCC HTB 37)、K562(ATCC CCL 243)、ジャーカット(ATCC TIB‐152)、Per.C6(Crucell、 ライデン、オランダ)、Huvec(ATCCヒト初代PCS 100‐010、マウスCRL2514、CRL2515、CRL2516)、HuH‐7D12(ECACC 01042712)、293(ATCC CRL 10852)、A549(ATCC CCL 185)、IMR‐90(ATCC CCL 186)、MCF‐7(ATC HTB‐22)、U‐2 OS(ATCC HTB‐96)、T84(ATCC CCL 248)、初代細胞、または不死化細胞の集団である、請求項7に記載の細胞。
【請求項9】
請求項7に記載の細胞の培養物。
【請求項10】
甘味受容体T1R2サブユニットおよび甘味受容体T1R3サブ不ニットを含む甘味受容体を安定して発現する細胞または細胞株であって、前記サブユニットの少なくとも1つの発現は、前記サブユニットをコードする核酸の宿主細胞への導入、あるいは宿主細胞および前記宿主細胞に由来する細胞または細胞株に既に存在するサブユニットをコードする核酸の遺伝子活性化から結果として生じる、前記細胞または細胞株。
【請求項11】
甘味受容体T1R2サブユニット、甘味受容体T1R3サブユニット、およびGタンパク質を含む、甘味受容体を安定して発現する細胞または細胞株であって、前記サブユニットおよびGタンパク質のうちの少なくとも1つの発現が、前記サブユニットまたはGタンパク質をコードする核酸の宿主細胞への導入、あるいは宿主細胞および前記宿主細胞に由来する細胞または細胞株に既に存在する前記サブユニットまたはGタンパク質をコードする核酸の遺伝子活性化から結果として生じる、前記細胞または細胞株。
【請求項12】
少なくとも1つの甘味受容体サブユニットが、前記宿主細胞へと導入される該サブユニットをコードする核酸から発現する、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項13】
少なくとも1つの甘味受容体サブユニットが、前記宿主細胞に存在する核酸から遺伝子活性化によって発現する、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項14】
前記宿主細胞は:
a.真核細胞であり;
b.哺乳類細胞であり;
c.甘味受容体の少なくとも1つのサブユニットもしくはGタンパク質を内在的に発現せず;または
d.(a)、(b)および(c)の任意の組み合わせ
である、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項15】
前記宿主細胞が、HEK‐293細胞である、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項16】
前記甘味受容体は
a.哺乳類であり;
b.ヒトであり;
c.異なる種に由来するサブユニットを含み;
d.キメラである1つ以上のサブユニットを含み;
e.(a)〜(d)の任意の組み合わせ
である、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項17】
前記甘味受容体が機能的である、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項18】
アッセイにおいて少なくとも0.3のZ’値を有する、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項19】
アッセイにおいて少なくとも0.7のZ’値を有する、請求項17に記載の細胞または細胞株。
【請求項20】
選択的圧力の不在下で培地において甘味受容体を安定して発現する、請求項10または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項21】
前記甘味T1R2受容体サブユニットが、下記からなる群から選択される、請求項10または11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号34のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含む、甘味受容体サブユニット;
b.配列番号34のアミノ酸配列と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含む、甘味受容体サブユニット;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号31、または配列番号34のアミノ酸をコードする核酸とハイブリッド形成する核酸によってコードされるアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含む、甘味受容体サブユニット;および
d.配列番号31と少なくとも85%同一である核酸、もしくは配列番号34のアミノ酸をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列、または別の種の対応物のアミノ酸配列を含む、甘味受容体サブユニット。
【請求項22】
前記甘味受容体サブユニットT1R2が、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項10または11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号31を含む核酸:
b.配列番号34のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.ストリンジェントな条件下でa)またはb)の核酸とハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸;および
d.配列番号31と少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列を含む核酸、または配列番号34のアミノ酸もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸。
【請求項23】
前記甘味受容体サブユニットT1R3が、下記からなる群から選択される、請求項10または11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号35のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含む甘味受容体サブユニット;
b.配列番号35のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列を含む甘味受容体サブユニット;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号32または配列番号35のアミノ酸配列もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む甘味受容体サブユニット;および
d.配列番号32と少なくとも85%同一である核酸または配列番号35のアミノ酸配列もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む甘味受容体サブユニット。
【請求項24】
前記甘味受容体T1R3サブユニットが、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項10または11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号32を含む核酸;
b.配列番号35のアミノ酸もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.ストリンジェントな条件下でa)またはb)の核酸とハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸;および
d.配列番号32と少なくとも85%同一であるヌクレオチド配列を含む核酸、または配列番号35のアミノ酸もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸。
【請求項25】
前記Gタンパク質が、下記からなる群から選択される、請求項11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号36もしくは37のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むGタンパク質;
b.配列番号36もしくは37と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むGタンパク質;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号33とハイブリッド形成する核酸あるいは配列番号36もしくは37のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むGタンパク質;および
d.配列番号33と少なくとも85%同一である核酸配列あるいは配列番号36もしくは37のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むGタンパク質。
【請求項26】
前記Gタンパク質が、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項11に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号33を含む核酸;
b.配列番号36もしくは37のポリペプチドまたは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.a)またはb)の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸および;
d.配列番号33と少なくとも95%同一のヌクレオチド配列、あるいは配列番号36もしくは37のアミノ酸、または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む核酸。
【請求項27】
a.甘味受容体T1R2サブユニットをコードする核酸を含む第一のベクター、甘味受容体T1R3サブユニットをコードする核酸を含む第二のベクター、および任意に、Gタンパク質をコードする核酸を含む第三のベクターを宿主細胞へと導入する工程;
b.前記甘味受容体T1R2サブユニットの発現を検出する第一の分子ビーコン、前記甘味受容体T1R3サブユニットの発現を検出する第二の分子ビーコン、および任意に、前記Gタンパク質の発現を検出する第三の分子ビーコンを、工程a)において作製される宿主細胞へと導入する工程;ならびに
c.前記T1R2サブユニット、前記T1R3サブユニット、および任意に前記Gタンパク質を発現する細胞を単離する工程
を含む、請求項10または11に記載の細胞または細胞株を作製するための方法。
【請求項28】
工程c)において単離された細胞から細胞株を作製する工程をさらに含む、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
前記宿主細胞が:
a.真核細胞であり;
b.哺乳類細胞であり;
c.甘味受容体の少なくとも1つのサブユニットもしくはGタンパク質を内在的に発現せず;または
d.a)、b)およびc)の任意の組み合わせ
である、請求項27に記載の方法。
【請求項30】
a.細胞を1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間培養する工程;
b.前記甘味受容体またはそのサブユニットの発現を該時間にわたって周期的にアッセイし、前記発現がRNAレベルまたはタンパク質レベルでアッセイされる工程;および
c.前記甘味受容体またはそのサブユニットの実質的に安定した発現を特徴とする細胞または細胞株を、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたって選択する工程
をさらに含む、請求項27に記載の方法。
【請求項31】
a.細胞を1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間培養する工程;
b.前記甘味受容体またはそのサブユニットの発現レベルを該時間にわたって測定し、前記発現がRNAレベルまたはタンパク質レベルでアッセイされる工程;および
c.前記甘味受容体またはそのサブユニットの発現の実質的に同じレベルを特徴とする細胞または細胞株を、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたって選択する工程
をさらに含む、請求項27に記載の方法。
【請求項32】
前記甘味受容体のタンパク質発現レベルの測定が、機能的アッセイを用いて実施される、請求項31に記載の方法。
【請求項33】
前記T1R2サブユニットが、請求項12のa)〜d)のサブユニットからなる群から選択され、前記T1R3サブユニットが、請求項14のa)〜d)のサブユニットからなる群から選択され、かつ前記Gタンパク質が、請求項16のa)〜d)のタンパク質からなる群から選択される、請求項27に記載の方法。
【請求項34】
前記T1R2サブユニットが、請求項13のa)〜d)に記載の核酸によってコードされるサブユニットからなる群から選択される核酸によってコードされ、前記T1R3サブユニットが、請求項15のa)〜d)に記載の核酸によってコードされるサブユニットからなる群から選択され、かつ前記Gタンパク質が、請求項17のa)〜d)に記載の核酸によってコードされるタンパク質からなる群から選択される、請求項27に記載の方法。
【請求項35】
前記単離する工程が、蛍光励起セルソーターを利用する、請求項27に記載の方法。
【請求項36】
請求項6、10、または11に記載の少なくとも1つの細胞または細胞株を、少なくとも1つの試験化合物に曝露し、かつ甘味受容体機能における変化を検出する工程を含む、甘味受容体機能の修飾因子を同定するための方法。
【請求項37】
前記修飾因子が、甘味受容体阻害薬、甘味受容体アンタゴニスト、甘味受容体遮断薬、甘味受容体活性化因子、甘味受容体アゴニスト、または甘味受容体増強薬からなる群から選択される、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
前記甘味受容体がヒト甘味受容体である、請求項36に記載の方法。
【請求項39】
前記試験化合物が、小分子、化学部分、ポリペプチド、または抗体である、請求項36に記載の方法。
【請求項40】
前記試験化合物が、化合物のライブラリである、請求項36に記載の方法。
【請求項41】
前記ライブラリが、低分子ライブラリ、組み合わせライブラリ(combinatorial library)、ペプチドライブラリ、または抗体ライブラリである、請求項40に記載の方法。
【請求項42】
前記修飾因子が、甘味受容体の酵素的に修飾された形態に対して選択的である、請求項36に記載の方法。
【請求項43】
請求項36に記載の方法によって同定される修飾因子。
【請求項44】
前記細胞または細胞株が、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたる、甘味受容体の実質的に安定した発現を特徴とする、請求項6、10、または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項45】
前記細胞または細胞株が、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたる前記甘味受容体の発現の実質的に同じレベルを特徴とする、請求項6、10、または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項46】
前記発現レベルが、機能的アッセイを用いて測定される、請求項45に記載の細胞または細胞株。
【請求項47】
請求項27〜35のいずれか一項記載の方法によって作製される、請求項6、10、または11に記載の細胞または細胞株。
【請求項48】
前記細胞が、経時的に一貫して少なくとも1つの望ましい特性を有し、下記を含む、請求項10または11に記載の細胞または細胞株を作製するための方法:
a.前記甘味受容体のサブユニットまたは任意にGタンパク質をコードするmRNAを発現する複数の細胞を提供する工程;
b.細胞を個々の培養容器に分散させ、それにより複数の個別の細胞培養物を提供する工程;
c.1セットの所望の培養条件が、前記個別の細胞培養物の各々と実質的に同一であることを特徴とする自動細胞培養方法を用いて前記条件下で細胞を培養し、該培養の間、各個別の細胞培養物におけるウェルあたりの細胞数が標準化され、かつ前記個別の培養物が、同じスケジュールで継代される工程;
d.前記個別の細胞培養物を前記甘味受容体のまたは該受容体を産生する細胞の少なくとも1つの所望の特徴について少なくとも2回アッセイする工程;および
e.前記所望の特徴を有する個別の細胞培養物を両アッセイにおいて同定する工程。
【請求項49】
甘味受容体を産生し、かつ経時的に一貫した少なくとも1つの所望の特性を有し、請求項48に記載の方法によって作製される細胞または細胞株。
【請求項50】
旨味受容体T1R1サブユニットと旨味受容体T1R3サブユニットとを含む旨味受容体を安定して発現する細胞または細胞株であって、前記サブユニットの少なくとも1つの発現が、宿主細胞への前記サブユニットをコードする核酸の導入、または宿主細胞において既に存在するサブユニットをコードする核酸の遺伝子活性化から結果として生じ、かつ前記細胞または細胞株が前記宿主細胞から誘導される、前記細胞または細胞株。
【請求項51】
旨味受容体T1R1サブユニット、旨味受容体T1R3サブユニット、およびGタンパク質を含む旨味受容体を安定して発現する細胞または細胞株であって、前記サブユニットの少なくとも1つおよびGタンパク質の発現が、前記サブユニットまたはGタンパク質をコードする核酸の導入または宿主細胞に既に存在する前記サブユニットまたはGタンパク質をコードする核酸の遺伝子活性化から結果として生じ、かつ前記細胞または細胞株が前記宿主細胞から誘導される、前記細胞または細胞株。
【請求項52】
少なくとも1つの旨味受容体サブユニットが、前記宿主細胞へと導入される該サブユニットをコードする核酸から発現する、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項53】
少なくとも1つの旨味受容体サブユニットが、遺伝子活性化によって宿主細胞に存在する核酸から発現する、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項54】
前記宿主細胞が:
a.真核細胞であり;
b.哺乳類細胞であり;
c.旨味受容体のうちの少なくとも1つのサブユニットまたはGタンパク質を内在的に発現せず;あるいは
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ
である、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項55】
前記宿主細胞が、HEK‐293細胞である、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項56】
前記旨味受容体が、
a.哺乳類であり;
b.ヒトであり;
c.異なる種由来のサブユニットを含み;
d.キメラである1つ以上のサブユニットを含み;
e.(a)〜(d)の任意の組み合わせ
である、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項57】
前記旨味受容体が機能的である、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項58】
アッセイにおいて少なくとも0.3のZ’値を有する、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項59】
アッセイにおいて少なくとも0.7のZ’値を有する、請求項58に記載の細胞または細胞株。
【請求項60】
選択的圧力の不在下で培地において旨味受容体を安定して発現する、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項61】
前記旨味T1R1受容体サブユニットが、下記からなる群から選択される、請求項50または51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列と、別の種の対応物のアミノ酸配列とを含む旨味受容体サブユニット;
b.配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも85%同一のアミノ酸配列と、別の種の対応物のアミノ酸配列とを含む旨味受容体サブユニット;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号41とハイブリッド形成する核酸、または配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列および別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む旨味受容体サブユニット;ならびに
d.配列番号41と少なくとも85%同一である核酸、または配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列および別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む旨味受容体サブユニット。
【請求項62】
前記旨味受容体サブユニットT1R1が、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項50または51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号41を含む核酸;
b.配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列と、別の種の対応物のアミノ酸配列とを含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.a)またはb)の核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸;および
d.配列番号41と少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列を含む核酸、または配列番号42〜45からなる群から選択されるアミノ酸配列および別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸。
【請求項63】
前記旨味受容体サブユニットT1R3が、下記からなる群から選択される、請求項50または51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号35のアミノ酸配列と、別の種の対応物のアミノ酸配列とを含む旨味受容体サブユニット;
b.配列番号35のアミノ酸配列と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列と、別の種の対応物のアミノ酸配列とを含む旨味受容体サブユニット;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号32とハイブリッド形成する核酸、または配列番号35のアミノ酸配列もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む旨味受容体サブユニット;および
d.配列番号32と少なくとも85%同一である核酸または配列番号35のアミノ酸配列もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む旨味受容体サブユニット。
【請求項64】
前記旨味受容体T1R3サブユニットが、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項50または51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号32を含む核酸;
b.配列番号35のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.ストリンジェントな条件下でa)またはb)の核酸とハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸;および
d.配列番号32と少なくとも85%同一であるヌクレオチド配列を含む核酸、または配列番号35のアミノ酸もしくは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸。
【請求項65】
前記Gタンパク質が、下記からなる群から選択される、請求項51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号36もしくは37のアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むGタンパク質;
b.配列番号36もしくは37と少なくとも85%同一であるアミノ酸配列または別の種の対応物のアミノ酸配列を含むGタンパク質;
c.ストリンジェントな条件下で配列番号33とハイブリッド形成する核酸、あるいは配列番号36もしくは37のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むGタンパク質;および
d.配列番号33と少なくとも85%同一である核酸配列、あるいは、配列番号36もしくは37のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むGタンパク質。
【請求項66】
前記Gタンパク質が、下記からなる群から選択される核酸によってコードされる、請求項51に記載の細胞または細胞株:
a.配列番号33を含む核酸、または別の種の対応物のアミノ酸配列;
b.配列番号36もしくは37のポリペプチドまたは別の種の対応物のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む核酸;
c.a)またはb)の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含む核酸および;
d.配列番号33と少なくとも95%配列同一であるヌクレオチド配列、あるいは配列番号36もしくは37のアミノ酸または別の種の対応物のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む核酸。
【請求項67】
請求項50または51に記載の細胞または細胞株を作製するための方法であって、下記の工程を含む方法:
a.旨味受容体T1R1サブユニットをコードする核酸を含む第一のベクター、旨味受容体T1R3サブユニットをコードする核酸を含む第二のベクター、および任意に、Gタンパク質をコードする核酸を含む第酸のベクターを宿主細胞へと導入する工程;
b.旨味受容体T1R1サブユニットの発現を検出する第一の分子ビーコン、旨味受容体T1R3サブユニットの発現を検出する第二の分子ビーコン、および任意に、前記Gタンパク質の発現を検出する第三の分子ビーコンを、工程a)において作製された宿主細胞へと導入する工程;ならびに
c.前記T1R1サブユニット、前記T1R3サブユニット、および任意に前記Gタンパク質を発現する細胞を単離する工程。
【請求項68】
工程c)において単離された細胞から細胞株を作製する工程をさらに含む、請求項67に記載の方法。
【請求項69】
前記宿主細胞が、
a.真核細胞であり;
b.哺乳類細胞であり;
c.旨味受容体の少なくとも1つのサブユニットまたはGタンパク質を内在的に発現せず;あるいは
d.a)、b)、およびc)の任意の組み合わせ
である、請求項67に記載の方法:
【請求項70】
下記の工程をさらに含む、請求項67に記載の方法:
a.細胞を1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間から選択される期間培養する工程;
b.前記旨味受容体またはそのサブユニットの発現を該時間にわたって周期的にアッセイし、前記発現はRNAレベルまたはタンパク質レベルでアッセイされる工程;および
c.1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたる、前記旨味受容体またはそのサブユニットの実質的に安定した発現を特徴とする細胞または細胞株を選択する工程。
【請求項71】
下記の工程をさらに含む、請求項67に記載の方法:
a.細胞を1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間培養する工程;
b.前記旨味受容体またはそのサブユニットの発現レベルを該時間にわたって周期的に測定し、前記発現が前記RNAレベルまたはタンパク質レベルにおいてアッセイされる工程;および
c.前記旨味受容体またはそのサブユニットの発現の実質的に同じレベルをとk長とする細胞または細胞株を、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたって選択する工程。
【請求項72】
前記旨味受容体のタンパク質発現レベルの測定が、機能的アッセイを用いて実施される、請求項71に記載の方法。
【請求項73】
前記T1R1サブユニットが、請求項12のa)からd)に記載のサブユニットからなる群から選択され、前記T1R3サブユニットが、請求項14のa)からd)に記載のサブユニットからなる群から選択され、かつ前記Gタンパク質が、請求項16のa)からd)に記載のタンパク質からなる群から選択される、請求項67に記載の方法。
【請求項74】
前記T1R1サブユニットが、請求項13のa)からd)に帰しあの核酸によってコードされるサブユニットからなる群から選択され、前記T1R3サブユニットが、請求項15のa)からd)に記載の核酸によってコードされるサブユニットからなる群から選択され、かつ前記Gタンパク質が、請求項17のa)からd)に記載の核酸によってコードされるタンパク質からなる群から選択される、請求項67に記載の方法。
【請求項75】
前記単離する工程が、蛍光励起セルソーターを利用する、請求項67に記載の方法。
【請求項76】
請求項50または51に記載の少なくとも1つの細胞または細胞株を少なくとも1つの試験化合物に暴露し、かつ旨味受容体機能における変化を検出する工程を含む、旨味受容体機能の修飾因子を同定するための方法。
【請求項77】
前記修飾因子が、旨味受容体阻害薬、旨味受容体アンタゴニスト、旨味受容体遮断薬、旨味受容体活性化因子、旨味受容体アゴニスト、または旨味受容体増強薬からなる群から選択される、請求項76に記載の方法。
【請求項78】
前記旨味受容体がヒト旨味受容体である、請求項76に記載の方法。
【請求項79】
前記試験化合物が、低分子、化学部分、ポリペプチド、または抗体である、請求項76に記載の方法。
【請求項80】
前記試験化合物が化合物のライブラリである、請求項76に記載の方法。
【請求項81】
前記ライブラリが、低分子ライブラリ、組み合わせライブラリ、ペプチドライブラリ、または抗体ライブラリである、請求項80に記載の方法。
【請求項82】
前記修飾因子が、旨味受容体の酵素的に修飾された形態に対して選択的である、請求項76に記載の方法。
【請求項83】
請求項76に記載の方法によって同定される修飾因子。
【請求項84】
前記細胞または細胞株が、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたる旨味受容体の実質的に安定した発現を特徴とする、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項85】
前記細胞または細胞株が、1〜4週間、1〜9ヶ月間、またはその間の任意の時間の群から選択される期間にわたる旨味受容体の発現の実質的に同じレベルを特徴とする、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項86】
前記発現レベルが、機能的アッセイを用いて測定される、請求項85に記載の細胞または細胞株。
【請求項87】
請求項18〜26のいずれか一項に記載の方法によって作製される、請求項50または51に記載の細胞または細胞株。
【請求項88】
請求項50または51に記載の細胞または細胞株を作製するための方法であって、この中で、前記細胞が、経時的に一貫して少なくとも1つの所望の特性を有し、下記の工程を含む前記方法:
a.旨味受容体の前記サブユニットおよび任意にGタンパク質をコードするmRNAを発現する複数の細胞を提供する工程;
b.細胞を個々の培養容器に個々に分散させ、それにより複数の個別の細胞培養物を提供する工程;
c.前記個別の細胞培養物の各々について、1セットの所望の培養条件が実質的に同一であることを特徴とする自動細胞培養方法を用いて、前記細胞を前記条件下で培養し、その間、各個別の細胞培養物におけるウェルあたりの細胞数を培養することが標準化され、かつ前記個別の培養物が同じスケジュールで経代される工程;
d.旨味受容体のまたは該受容体を産生する細胞の少なくとも1つの所望の特徴について前記個別の細胞培養物を少なくとも2回アッセイする工程;および
e.前記消耗の特徴を有する個別の細胞培養物を両アッセイにおいて同定する工程。
【請求項89】
旨味受容体を産生し、かつ経時的に一貫して少なくとも1つの所望の特性を有する細胞または細胞株であって、請求項88に記載の方法によって作製される前記細胞または細胞株。
【請求項90】
苦味受容体を安定して発現するよう操作された細胞または細胞株。
【請求項91】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体が前記細胞または細胞株へと導入された核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項92】
前記苦味受容体が、操作された遺伝子活性化によって内在性核酸から発現する、請求項90に記載の細胞または細胞株。
【請求項93】
少なくとも1つの他の苦味受容体を安定して発現する、請求項90に記載の細胞または細胞株。
【請求項94】
前記少なくとも1つの他の苦味受容体が内在的に発現する、請求項93に記載の細胞または細胞株。
【請求項95】
請求項93に記載の細胞または細胞株であって、前記少なくとも1つの他の苦味受容体が、前記細胞または細胞株へと導入された核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項96】
請求項95に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体および前記少なくとも1つの他の苦味受容体が、前記細胞または細胞株へと導入された個別の核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項97】
請求項95に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体および前記少なくとも1つの他の苦味受容体が両方とも、前記細胞または細胞株へと導入された単一の核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項98】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が安定して下記を発現する前記細胞または細胞株:
a.内在性Gタンパク質;
b.異種性Gタンパク質または
c.その両方。
【請求項99】
請求項98に記載の細胞または細胞株であって、前記Gタンパク質が、3つの異なるサブユニットを含むヘテロ多量体Gタンパク質であり、かつ少なくとも2つの異なるサブユニットが、前記細胞または細胞株へと導入された異なる核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項100】
請求項98に記載の細胞または細胞株であって、前記Gタンパク質が、3つの異なるサブユニットを含むヘテロ多量体Gタンパク質であり、かつ前記3つの異なるサブユニットがすべて、前記細胞または細胞株へと導入された同じ核酸から発現する前記細胞または細胞株。
【請求項101】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または前記細胞株における細胞が下記である前記細胞または細胞株:
a.真核細胞;
b.哺乳類細胞;
c.内在性の苦味受容体を発現しない細胞;または
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ。
【請求項102】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または前記細胞株における細胞が、ヒト肺性腎293T細胞である前記細胞または細胞株。
【請求項103】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体が:
a.哺乳類であり;
b.ヒトであり;
c.該苦味受容体のアミノ末端またはカルボキシル末端でポリペプチドタグを有しない;
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ
である前記細胞または細胞株。
【請求項104】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、細胞ベースのアッセイ、蛍光細胞ベースのアッセイ、ハイスループットスクリーニングアッセイ、リポーター細胞ベースのアッセイ、Gタンパク質仲介性細胞ベースのアッセイ、およびカルシウムフラックス細胞ベースのアッセイからなる群から選択されるアッセイにおいて、少なくとも0.45のZ’値を生じる前記細胞または細胞株。
【請求項105】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、細胞ベースのアッセイ、蛍光細胞ベースのアッセイ、ハイスループットスクリーニングアッセイ、リポーター細胞ベースのアッセイ、Gタンパク質仲介性細胞ベースのアッセイ、およびカルシウムフラックス細胞ベースのアッセイからなる群から選択されるアッセイにおいて、少なくとも0.5のZ’値を生じる前記細胞または細胞株。
【請求項106】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、細胞ベースのアッセイ、蛍光細胞ベースのアッセイ、ハイスループットスクリーニングアッセイ、リポーター細胞ベースのアッセイ、Gタンパク質仲介性細胞ベースのアッセイ、およびカルシウムフラックス細胞ベースのアッセイからなる群から選択されるアッセイにおいて、少なくとも0.6のZ’値を生じる前記細胞または細胞株。
【請求項107】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、少なくとも2週間、少なくとも4週間、少なくとも6週間、少なくとも3ヶ月間、少なくとも6ヶ月間、および少なくとも9ヶ月間からなる群から選択される期間、抗生物質を有さない培地において前記苦味受容体を安定して発現する前記細胞または細胞株。
【請求項108】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む前記細胞または細胞株:
a.配列番号77〜101のうちの任意の1つ;
b.配列番号77〜101のうちの任意の1つのアミノ酸配列と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列;
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸によってコードされるアミノ酸配列;および
d.配列番号51〜75のうちの任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸によってコードされるアミノ酸配列。
【請求項109】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、前記細胞または細胞株:
a.配列番号51〜75のうちの任意の1つ;
b.配列番号51〜75のうちの任意の1つと少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列;および
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸の配列;および
d.配列番号51〜75のうちの任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸の配列。
【請求項110】
前記苦味受容体が機能的苦味受容体である、請求項90に記載の細胞または細胞株。
【請求項111】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、イソプロテレノールト接触したときに細胞内遊離カルシウム濃度における変化を有する、前記細胞または細胞株。
【請求項112】
請求項111に記載の細胞または細胞株であって、前記イソプロテレノールが、前記細胞または細胞株を用いて導いた用量反応曲線において約1nM〜約20nMのEC50値を有する、前記細胞または細胞株。
【請求項113】
請求項90に記載の細胞または細胞株であって、前記細胞または細胞株が、1より大きな信号対ノイズ比を有する、前記細胞または細胞株。
【請求項114】
請求項90に記載の細胞または細胞株の回収物であって、前記回収物が、2つ以上の細胞または細胞株を含み、各細胞または細胞株が、異なる苦味受容体またはその対立遺伝子変異体を安定して発現する、前記回収物。
【請求項115】
公知のリガンドを用いて苦味受容体を安定して発現するよう操作された細胞または細胞株を追加的に含む、請求項114に記載の回収物。
【請求項116】
前記その対立遺伝子変異体がSNPである、請求項114に記載の回収物。
【請求項117】
前記細胞または細胞株が、イソプロテレノールと接触したときに細胞内遊離カルシウム濃度における変化を有する、請求項114に記載の回収物。
【請求項118】
前記イソプロテレノールが、各細胞または細胞株を用いて導いた用量反応曲線において1nM〜20nMのEC50値を有する、請求項117に記載の回収物。
【請求項119】
前記細胞または細胞株が、並行処理を可能にするために同じ生理学的特性を共有するよう対応している、請求項114に記載の回収物。
【請求項120】
前記生理学的特性が増殖速度である、請求項119に記載の回収物。
【請求項121】
前記生理学的特性が、組織培養表面に対する接着である、請求項119に記載の回収物。
【請求項122】
前記生理学的特性がZ’因子である、請求項119に記載の回収物。
【請求項123】
前記生理学的特性が、前記苦味受容体の発現レベルである、請求項119に記載の回収物。
【請求項124】
2つ以上の細胞または細胞株を含み、各細胞または細胞株が、同じ苦味受容体またはその対立遺伝子変異体を安定して発現する、請求項90に記載の細胞または細胞株の回収物。
【請求項125】
前記回収物が、公知のリガンドを有する苦味受容体を安定して発現するよう操作された細胞または細胞株を追加的に含む、請求項124に記載の回収物。
【請求項126】
前記その対立遺伝子変異体がSNPである、請求項124に記載の回収物。
【請求項127】
前記細胞または細胞株の各々が、イソプロテレノールト接触したときに細胞内遊離カルシウム濃度における変化を有する、請求項124に記載の回収物。
【請求項128】
前記イソプロテレノールが、各細胞または細胞株を用いて導いた用量反応曲線において1nM〜20nMのEC50値を有する、請求項127に記載の回収物。
【請求項129】
前記細胞または細胞株が、並行処理を可能にするよう同じ生理学的特性を共有するよう対応している、請求項124に記載の回収物。
【請求項130】
前記生理学的特性が増殖速度である、請求項129に記載の回収物。
【請求項131】
前記生理学的特性が組織培養表面に対する接着である、請求項129に記載の回収物。
【請求項132】
前記生理学的特性がZ’因子である、請求項129に記載の回収物。
【請求項133】
前記生理学的特性が前記苦味受容体の発現レベルである、請求項129に記載の回収物。
【請求項134】
苦味受容体を安定して発現する細胞を作製する方法であって:
a.前記苦味受容体をコードする核酸を複数の細胞へと導入すること;
b.前記苦味受容体の発現を検出する分子ビーコンを、工程(a)において提供された複数の細胞へと導入すること;および
c.前記苦味受容体を発現する細胞を単離すること
を含む、前記方法。
【請求項135】
工程(c)において単離された細胞から細胞株を作製する工程をさらに含む、請求項134に記載の方法。
【請求項136】
作製された前記細胞株が、少なくとも2週間、少なくとも4週間、少なくとも6週間、少なくとも3ヶ月間、少なくとも6ヶ月間、および少なくとも9ヶ月間からなる群から選択される期間、抗生物質を有さない培地において前記苦味受容体を安定して発現する、請求項135に記載の方法。
【請求項137】
前記細胞が下記である、請求項134に記載の方法:
a.真核細胞;
b.哺乳類細胞;
c.内在性苦味受容体を発現しない細胞;または
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ。
【請求項138】
前記細胞が、ヒト胚性腎293T細胞である、請求項134に記載の方法。
【請求項139】
前記苦味受容体が:
a.哺乳類であり;
b.ヒトであり;
c.前記苦味受容体のアミノ末端またはカルボキシル末端においてポリペプチドタグを有さない;
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ
である、請求項134に記載の方法。
【請求項140】
前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項134に記載の方法:
a.配列番号77〜101のうちの任意の1つ;
b.配列番号77〜101のうちの任意の1つのアミノ酸配列と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列;
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸によってコードされるアミノ酸配列;および
d.配列番号51〜75のうちの任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸によってコードされるアミノ酸配列。
【請求項141】
前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるヌクレオチドはウィ列によってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項134に記載の方法:
a.配列番号51〜75のうちの任意の1つ;
b.配列番号51〜75のうちの任意の1つと少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列;および
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸の配列;および
d.配列番号51〜75農地の任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸の配列。
【請求項142】
前記苦味受容体が機能的苦味受容体である、請求項134に記載の方法・
【請求項143】
工程(c)において単離された前記細胞が、イソプロテレノールト接触したときに細胞内遊離カルシウム濃度における変化を有する、請求項134に記載の方法。
【請求項144】
前記イソプロテレノールが、前記細胞を用いて導いた用量反応曲線において、1nM〜20nMのEC50値を有する、請求項143に記載の方法。
【請求項145】
前記単離することが、蛍光励起セルソーターを利用する、請求項134に記載の方法。
【請求項146】
前記細胞が、内在性Gタンパク質、異種性Gタンパク質、またはその両方を安定して発現する、請求項134に記載の方法。
【請求項147】
a.前記苦味受容体をコードする核酸を導入する前;
b.前記苦味受容体をコードする核酸を導入した後;または
c.前記苦味受容体をコードする核酸を導入することと同時に
前記細胞へとGタンパク質をコードする核酸を導入することをさらに含む、請求項134に記載の方法。
【請求項148】
前記苦味受容体をコードする核酸および前記Gタンパク質をコードする核酸が単一のベクター上にある、請求項134に記載の方法。
【請求項149】
a.前記苦味受容体の発現を検出する分子ビーコンを導入する前;
b.前記苦味受容体の発現を検出する分子ビーコンを導入した後;または
c.前記苦味受容体の発現を検出する分子ビーコンを導入することと同時に
前記Gタンパク質の発現を検出する分子ビーコンを前記細胞へと導入することをさらに含む、請求項58に記載の方法。
【請求項150】
前記苦味受容体の発現を検出する分子ビーコンおよび前記Gタンパク質の発現を検出する分子ビーコンが異なる分子ビーコンである、請求項149に記載の方法。
【請求項151】
a.前記苦味受容体を発現する細胞を単離する前;
b.前記苦味受容体を発現する細胞を単離した後;または
c.前記苦味受容体を発現する細胞を単離することと同時に
前記Gタンパク質を発現する細胞を単離し;それにより前記苦味受容体および前記Gタンパク質の両方を発現する細胞を単離することをさらに含む、請求項58に記載の方法。
【請求項152】
a.苦味受容体を安定して発現する細胞または細胞株を試験化合物に曝露すること;および
b.前記苦味受容体の機能における変化を検出すること
を含む、苦味受容体機能の修飾因子を同定する方法。
【請求項153】
前記検出することが、細胞内遊離カルシウムを測定するアッセイを利用する、請求項152に記載の方法。
【請求項154】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素、蛍光顕微鏡、および任意に蛍光プレートリーダーを用いて測定され、かつ少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項153に記載の方法。
【請求項155】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素を用いてリアルタイム撮像によってモニターされ、かつ少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項153に記載の方法。
【請求項156】
前記細胞または前記細胞株における細胞が:
a.真核細胞;
b.哺乳類細胞;
c.内在性苦味受容体をまったく発現しない細胞;または
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ
である、請求項152に記載の方法。
【請求項157】
前記細胞または前記細胞株における細胞が、ヒト胚性腎293T細胞である、請求項152に記載の方法。
【請求項158】
前記苦味受容体が:
a.哺乳類であり;
b.ヒトであり;
c.前記苦味受容体のアミノ末端またはカルボキシル末端においてポリペプチドタグを有さない;あるいは
d.(a)、(b)、および(c)の任意の組み合わせ
である、請求項152に記載の方法。
【請求項159】
前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項152に記載の方法:
a.配列番号77〜101のうちの任意の1つ;
b.配列番号77〜101のうちの任意の1つのアミノ酸配列と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列;
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸によってコードされるアミノ酸配列;および
d.配列番号51〜75のうちの任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸によってコードされるアミノ酸配列。
【請求項160】
前記苦味受容体が、下記からなる群から選択されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項152に記載の方法:
a.配列番号51〜75のうちの任意の1つ;
b.配列番号51〜75のうちの任意の1つと少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列;および
c.配列番号51〜75のうちの任意の1つの逆向きの相補性配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成する核酸の配列;および
d.配列番号51〜75農地の任意の1つの対立遺伝子変異体である核酸の配列。
【請求項161】
前記細胞または細胞株が、イソプロテレノールと接触したときに細胞内遊離カルシウムの濃度における変化を有する、請求項152に記載の方法。
【請求項162】
前記イソプロテレノールが、前記細胞または細胞株を用いて導いた用量反応曲線において1nM〜20nMのEC50値を有する、請求項161に記載の方法。
【請求項163】
前記試験化合物が苦味受容体阻害薬である、請求項152に記載の方法。
【請求項164】
前記細胞または細胞株を前記試験化合物に曝露する工程の前にまたは同時に、前記細胞または細胞株を前記苦味受容体の公知のアゴニストに曝露することをさらに含む、請求項163に記載の方法。
【請求項165】
前記試験化合物が苦味受容体アゴニストである、請求項152に記載の方法。
【請求項166】
前記細胞または細胞株を前記試験化合物に曝露する工程の前にまたは同時に、前記細胞または細胞株を前記苦味受容体の公知の阻害薬に曝露することをさらに含む、請求項165に記載の方法。
【請求項167】
前記試験化合物が、低分子、化学部分、ポリペプチド、抗体、または食品抽出物である、請求項152に記載の方法。
【請求項168】
苦味受容体機能の調節因子を同定する方法であって:
a.細胞株の回収物を異なる試験化合物のライブラリに曝露し、この中で、前記細胞株の回収物は2つ以上の細胞株を含み、各細胞株は同じ苦味受容体またはその対立遺伝子変異体を安定して発現し、かつこの中で各細胞株が前記ライブラリにおける1つ以上の試験化合物に曝露されること;および
b.核細胞株によって安定して発現される前記苦味受容体またはその対立遺伝子変異体の機能における変化を検出すること
を含む、前記方法。
【請求項169】
前記検出することが、細胞内遊離カルシウムを測定しまたはモニターするアッセイを利用する、請求項168に記載の方法。
【請求項170】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素、蛍光顕微鏡、および任意に蛍光プレートリーダーを用いて測定され、かつ少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項169に記載の方法。
【請求項171】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素を用いたリアルタイム撮像によってモニターされ、かつ少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項169に記載の方法。
【請求項172】
前記ライブラリが、低分子ライブラリ、組み合わせライブラリ、ペプチドライブラリ、または抗体ライブラリである、請求項168に記載の方法。
【請求項173】
前記試験化合物が、低分子、化学部分、ポリペプチド、抗体、および食品抽出物からなる群から選択される、請求項168に記載の方法。
【請求項174】
工程(a)の前にまたは同時に細胞株の前記回収bつを公知の苦味受容体アゴニストまたは阻害薬に曝露することをさらに含む、請求項168に記載の方法。
【請求項175】
a.細胞株の回収物を試験化合物に曝露し、この中で細胞株の前記回収物が2つ以上の細胞株を含み、各細胞株が異なる苦味受容体またはその対立遺伝子変異体を安定して発現すること;および
b.各細胞株によって安定して発現した苦味受容体の機能における変化を検出すること
を含む、苦味受容体機能の修飾因子を同定する方法。
【請求項176】
前記検出することが、細胞内遊離カルシウムを測定しまたはモニターするアッセイを利用する、請求項175に記載の方法。
【請求項177】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素、蛍光顕微鏡、および任意に蛍光プレートリーダーを用いて測定され、かつこの中で少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項176に記載の方法。
【請求項178】
前記細胞内遊離カルシウムが、1つ以上のカルシウム感受性蛍光色素を用いたりあるタイム撮像によってモニターされ、この中で、少なくとも1つの蛍光色素が遊離カルシウムを結合する、請求項176に記載の方法。
【請求項179】
前記試験化合物が、低分子、化学部分、ポリペプチド、抗体、および食品抽出物からなる群から選択される、請求項175に記載の方法。
【請求項180】
工程(a)の前にまたは同時に細胞株の前記回収物を公知の苦味受容体アゴニストまたは阻害薬に曝露することをさらに含む、請求項175に記載の方法。
【請求項181】
経時的に一貫したレベルで苦味受容体を安定して発現するよう操作された細胞であって、下記の工程を含む方法によって作製される前記細胞:
a.前記苦味受容体をコードするmRNAを発現する複数の細胞を提供する工程;
b.前記細胞を個々の培養容器へと個々に分散させ、それにより複数の個別の細胞培養物を提供する工程;
c.1セットの所望の培養条件が、前記個別の細胞培養物の各々と実質的に同一であることを特徴とする自動細胞培養方法を用いて、前記細胞を前記条件下で培養し、その培養することの間に、個別の細胞培養物あたりの細胞数を標準化し、かつこの中で、前記個別の培養物を同じスケジュールで経代する工程;
d.前記個別の細胞培養物をアッセイして、前記苦味受容体の発現を少なくとも2回測定する工程;および
e.両アッセイにおいて一貫したレベルで前記苦味受容体を発現する個別の細胞培養物を同定し、それにより該細胞を得る工程。
【請求項182】
クローン細胞株の組み合わせ対応したパネルであって、前記クローン細胞株が同じ種類であり、かつ前記パネルにおける細胞株のうちの少なくとも2つが関心対象のマルチサブユニットタンパク質のサブユニットの異なる組み合わせを発現し;かつ前記パネルのクローン細胞株が、同じ細胞培養条件下で並行して増殖するように対応している、前記パネル。
【請求項183】
前記細胞株細胞が、初代細胞および不死化細胞からなる群から選択される、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項184】
前記クローン細胞株細胞が真核細胞であり、かつ真菌細胞、昆虫細胞、哺乳類細胞、酵母細胞、藻類、甲殻類細胞、節足動物、鳥類細胞、爬虫類細胞、両生類細胞、植物細胞、ヒト、非ヒト霊長類、ウシ、ブタ、ネコ、ラット、有袋類、マウス、イヌ、ヒツジ、ヤギ、ウサギ、モルモットハムスターからなる群から選択される、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項185】
前記細胞株における細胞が、関心対象のタンパク質を発現するよう操作されている、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項186】
前記細胞株における細胞が、関心対象のタンパク質を、前記タンパク質をコードする導入された核酸から、または多量体タンパク質の場合に前記タンパク質のサブユニットをコードする発現する、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項187】
前記細胞が、内在性核酸から関心対象のタンパク質を発現し、かつ前記細胞が、前記内在性タンパク質の転写を活性化するよう操作され、または多量体タンパク質の場合、前記タンパク質のサブユニットの転写を活性化する、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項188】
前記パネルが、少なくとも4の、少なくとも6の、少なくとも20のクローン細胞株を含む、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項189】
前記マルチサブユニットタンパク質が、イオンチャネル、イオンチャネル、Gタンパク質共役受容体(GPCR)、チロシン受容体キナーゼ、サイトカイン受容体、核ステロイドホルモン受容体、抗体、生物学的および免疫学的受容体からなる群から選択される、請求項182に記載のクローン細胞株の対応したパネル。
【請求項190】
関心対象の少なくとも1つのRNAを発現する細胞であって、この中で、関心対象の該RNAが、導入された核酸によってコードされ、前記細胞が、生物学的に活性となるまたはなることのできる形態で関心対象のRNAを産生することを特徴とし、この中で、前記細胞が、選択的圧力の不在下で培養され、かつこの中で、前記RNAの発現が3ヶ月間にわたって30%超変動しない、前記細胞。
【請求項191】
前記RNAの発現が、6ヶ月間にわたって30%超変動しない、請求項190に記載の細胞。
【請求項192】
関心対象の少なくとも1つのタンパク質を発現する細胞であって、関心対象の該タンパク質が、導入された核酸によってコードされ、前記細胞が、生物学的に活性となるまたはなることのできる形態で関心対象のタンパク質を産生することを特徴とし、前記細胞が選択的圧力の不在下で培養され、かつ前記タンパク質の発現が3ヶ月間にわたって30%超変動しない、前記細胞。
【請求項193】
前記タンパク質の発現が6ヶ月間にわたって30%超変動しない、請求項192に記載の細胞。
【請求項194】
関心対象の少なくとも1つのタンパク質を発現する細胞であって、関心対象の前記タンパク質が公知のリガンドを有さず、または関心対象の該タンパク質の機能的発現を検出するための公知のアッセイがなく;かつ関心対象の該タンパク質がタンパク質タグを含まない、前記細胞。
【請求項195】
関心対象の少なくとも1つのタンパク質を、関心対象の前記少なくとも1つのタンパク質をコードする導入された核酸から発現する細胞であって、この中で、関心対象の前記少なくとも1つのタンパク質が、細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で前記細胞の生理学的特性が、一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動しない、前記細胞。
【請求項196】
関心対象のタンパク質を発現する細胞であって、この中で、前記細胞が、関心対象の前記タンパク質をコードする内在性核酸の転写を活性化するよう操作され、この中で、関心対象の前記タンパク質が前記細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で、前記細胞の生理学的特性が一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動しない、前記細胞。
【請求項197】
関心対象のRNAを発現する細胞であって、この中で、関心対象の前記RNAが、導入された核酸によってコードされ、この中で、関心対象の前記少なくとも1つのRNAが前記細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で前記細胞の生理学的特性が、一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動しない、前記細胞。
【請求項198】
関心対象の少なくとも1つのタンパク質を関心対象の前記少なくとも1つのタンパク質をコードする導入された核酸から発現する細胞であって、該細胞が、生物学的に活性となるまたはなることのできる形態で関心対象のタンパク質を産生することを特徴とし、かつこの中で、前記細胞が1個あたり1日あたり少なくとも500、2、500、5、000、または100、000ピコグラムのタンパク質を一貫してかつ再生可能に発現する、前記細胞。
【請求項199】
関心対象のタンパク質を発現する細胞であって、前記細胞が関心対象のタンパク質をコードする内在性核酸の転写を活性化するよう操作され、該細胞が、生物学的に活性となるまたはなることのできる形態で、関心対象のタンパク質を産生することを特徴とし、かつこの中で、前記細胞が、1個あたり1日あたり少なくとも500、2、500、5、000、または100、000ピコグラムのタンパク質を一貫してかつ再生可能に発現する、前記細胞。
【請求項200】
1週間未満、2週間未満、3週間未満、4週間未満、1ヶ月未満、2ヶ月未満、3ヶ月未満、4ヶ月未満、5ヶ月未満、6ヶ月未満、7ヶ月未満、8ヶ月未満、または9ヶ月未満から選択される期間で作製される、請求項195〜199のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項201】
関心対象の少なくとも1つのタンパク質を、関心対象の前記少なくとも1つのタンパク質をコードする導入された核酸から発現する細胞であって、生物学的に活性となるまたはなることのできる関心対象の該タンパク質を産生することを特徴とし、7ヶ月未満、8ヶ月未満、または9ヶ月未満から選択される期間で作製され、かつ少なくとも0.5、1.0、5.0、または10g/Lのタンパク質を一貫しかつ再生可能に発現する、前記細胞。
【請求項202】
関心対象のタンパク質を発現する細胞であって、関心対象の前記タンパク質をコードする内在性核酸の転写を活性化するよう操作され、生物学的に活性となるまたはなることのできる形態で関心対象の前記タンパク質を産生することを特徴とし、7ヶ月未満、8ヶ月未満、または9ヶ月未満から選択される期間で作製され、かつ少なくとも0.5、1.0、5.0、または10g/Lのタンパク質を一貫しかつ再生可能に発現する、前記細胞。
【請求項203】
3ヶ月未満、4ヶ月未満、または6ヶ月未満から選択される期間で作製される、請求項201または202に記載の細胞。
【請求項204】
前記タンパク質が単量体タンパク質である、請求項195〜203のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項205】
前記タンパク質が多量体タンパク質である、請求項195〜203のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項206】
請求項195〜203のいずれか一項に記載の細胞であって、関心対象の前記タンパク質がタンパク質タグを含まず、または該細胞が選択的圧力の不在下で培養され、またはそれらの組み合わせである、前記細胞。
【請求項207】
関心対象の前記多量体タンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項205に記載の細胞。
【請求項208】
関心対象の前記多量体タンパク質が、イオンチャネル、Gタンパク質共役受容体(GPCR)、チロシン受容体キナーゼ、サイトカイン受容体、核ステロイドホルモン受容体、抗体、生物学的および免疫学的受容体からなる群から選択される、請求項205に記載の細胞。
【請求項209】
関心対象の前記多量体タンパク質がイオンチャネルであり、かつ前記細胞の生物学的特性が、膜電位、小胞体ストレス応答、細胞生存率、改善されたタンパク質産生についての能力、産生量、折りたたみアセンブリ、分泌、細胞膜への組み込み、翻訳後修飾、グリコシル化、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項208に記載の細胞。
【請求項210】
請求項195〜209のいずれか一項に記載の細胞から作製される細胞株。
【請求項211】
下記の工程を含む関心対象のタンパク質の修飾因子を同定するための方法:
a.請求項195〜210のいずれか一項に記載の細胞を試験化合物と接触させる工程;および
b.試験化合物によって接触されていない細胞における前記タンパク質の活性と比較して、試験化合物と接触された前記細胞における関心対象の前記タンパク質の活性における変化を検出し;この中で、不在下と比較して存在下での活性における差異を生じる化合物が、関心対象の前記タンパク質の修飾因子である工程。
【請求項212】
請求項195〜209に記載の少なくとも2つの細胞または請求項210に記載の2つのクローン細胞株を含む細胞またはクローン細胞株の対応したパネルであって、この中で、前記少なくとも2つの細胞または前記少なくとも2つのクローン細胞株が、並行して同じ細胞培養条件下で増殖するよう対応している、前記パネル。
【請求項213】
請求項212に記載の対応したパネルであって、前記対応したパネルが、請求項195〜209に記載の少なくとも10個の細胞または請求項210に記載の10個のクローン細胞株を含み、かつ前記少なくとも10個の細胞または10個のクローン細胞株が、並行して同じ細胞培養条件下で増殖するよう対応している、前記パネル。
【請求項214】
請求項213に記載の対応したパネルであって、前記パネルが、請求項195〜209に記載の少なくとも100個の細胞または請求項210に記載の少なくとも100個の細胞を含み、かつ前記少なくとも100個の細胞または前記少なくとも100個のクローン細胞株が並行して同じ細胞培養条件下で増殖する、前記パネル。
【請求項215】
クローン細胞株の対応したパネルであって、この中で、前記クローン細胞株が同じ種類であり、かつ関心対象の第一および第二のタンパク質を含み;この中で、関心対象の前記第一のタンパク質が核クローン細胞株において同じであり;この中で、関心対象の前記第二のタンパク質が機能的生物学的経路の構成要素であり;かつこの中で:
a.前記パネルが少なくとも5つの細胞株を含み;
b.前記パネルが、6ヶ月未満で作製され;
c.関心対象の前記第一および第二のタンパク質が、タンパク質タグを有さず;
d.前記クローン細胞株が、選択的圧力の不在下で培養され;または
e.a)〜d)の任意の組み合わせ
である、前記パネル。
【請求項216】
請求項215に記載の対応したパネルであって、関心対象の前記第一のタンパク質が抗体であり、かつ前記機能的生物学的経路がグリコシル化経路である、前記パネル。
【請求項217】
インビボでの生物学的特性に対してインビトロでの相関物を生じるための方法であって、下記を含む方法:
a.前記生物学的特性を有する化合物または複数の化合物を、関心対象の第一のタンパク質を発現する第一の細胞と接触させること;
b.機能的アッセイにおいて第一のタンパク質に影響を及ぼす化合物または複数の化合物の効果をアッセイすること;
c.化合物または複数の化合物を関心対象の第二のタンパク質を発現する第二の細胞と接触させること;
d.機能的アッセイにおいて第二のタンパク質に及ぼす前記化合物または複数の化合物の効果をアッセイすること;
この中で、前記第一および第二のタンパク質は独立して、i)タンパク質タグを含まず、ii)前記細胞が前記機能的アッセイにおいて少なくとも0.4のZ’因子を有するよう機能的アッセイにおいて使用するのに適した形態で一貫してかつ再生可能に産生され、iii)選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、iv)前記細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で、前記細胞の生物学的特性が一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動せず;v)選択的圧力の不在下で培養した細胞において安定して発現し、かつこの中で、前記タンパク質の発現が3ヶ月間にわたって30%超変動せず、vi)別のタンパク質をさらに発現する細胞において発現し、かつ該細胞が選択的圧力の不在下で培養され、またはvii)それらの任意の組み合わせであり;かつ
この中で、工程a)〜d)において得られた特性が、前記インビボでの生理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供する。
【請求項218】
請求項217に記載の方法であって、関心対象の前記第一および第二のタンパク質が、単量体タンパク質または多量体タンパク質から独立して選択される、前記方法。
【請求項219】
前記多量体タンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項218に記載の方法。
【請求項220】
前記多量体タンパク質がヘテロ多量体タンパク質である、請求項219に記載の方法。
【請求項221】
請求項217〜219のいずれか一項に記載の方法であって、この中で:
a.前記第一の細胞および前記第二の細胞が、少なくとも1つの他の細胞をさらに含む細胞のパネル内の細胞であり;
b.細胞の前記パネルにおける各細胞が異なるタンパク質を発現するよう操作され、かつ化合物または複数の化合物によって接触し;
c.細胞の前記パネルにおける各細胞において発現した各タンパク質に及ぼす前記化合物または複数の化合物の効果が、機能的アッセイにおいてアッセイされ;かつ
d.各細胞における前記化合物または複数の化合物の活性特性を用いて、前記生理学的特性に対して前記インビトロでの相関物を生じる、前記方法。
【請求項222】
各タンパク質が、単量体タンパク質または多量体タンパク質から独立して選択される、請求項221に記載の方法。
【請求項223】
前記多量体タンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項222に記載の方法。
【請求項224】
前記多量体タンパク質がヘテロ多量体タンパク質である、請求項223に記載の方法。
【請求項225】
下記を含む試験化合物の生理学的特性を推定するための方法:
a.前記試験化合物または複数の試験化合物を請求項217〜220に記載の関心対象の第一のタンパク質を発現する第一の細胞と接触させること;
b.機能的アッセイにおいて前記第一のタンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果をアッセイすること;
c.前記試験化合物または複数の試験化合物を請求項217〜220に記載の関心対象の第二のタンパク質を発現する第二の細胞と接触させること;
d.機能的アッセイにおいて前記第二のタンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果をアッセイすること;
e.工程a)〜d)において得られた前記化合物の活性特性を、請求項217に記載の方法によって生じたインビトロでの相関物と比較すること、
この中で、前記第一および第二のタンパク質は独立して、i)タンパク質タグを含まず、ii)前記細胞が、前記機能的アッセイにおいて少なくとも0.4のZ’因子を有するよう機能的アッセイにおいて使用するのに適した形態で一貫しかつ再生可能に産生され、iii)選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、iv)前記細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で、前記細胞の生理学的特性が、一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動せず;v)選択的圧力の不在下で培養された細胞において安定して発現し、かつこの中で、前記タンパク質の発現が、3ヶ月間にわたって30%超変動せず、vi)別のタンパク質をさらに発現する細胞において発現しかつ該細胞が選択的圧力の不在下で培養され、またはvii)それらの任意の組み合わせであり;かつ
この中で、前記試験化合物(compound)または化合物(compounds)の活性特性および前記インビトロでの相関物の活性特性が少なくとも90%同一である場合、前記試験化合物または複数の試験化合物が、前記インビトロでの相関物の生理学的特性を有すると推定される。
【請求項226】
下記を含む、試験化合物または複数の試験化合物の生理学的特性を確認するための方法:
a.前記試験化合物または複数の試験化合物を、請求項217に記載の関心対象の第一のタンパク質を発現する第一の細胞と接触させること;
b.前記第一のタンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果を機能的アッセイにおいてアッセイすること;
c.前記試験化合物または複数の試験化合物を請求項217に記載の関心対象の第二のタンパク質を発現する第二の細胞と接触させること;
d.前記第二のタンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果を機能的アッセイにおいてアッセイすること;
e.工程a)〜d)において得られた前記試験化合物または複数の試験化合物の活性特性を、請求項217に記載の方法によって生じた生理学的特性に対するインビトロでの相関物と比較すること、
この中で、前記第一および第二のタンパク質が独立して、i)タンパク質タグを含まず、ii)前記細胞が機能的アッセイにおいて少なくとも0.4のZ’因子を有するよう、前記機能的アッセイにおいて使用するのに適した形態で一貫しかつ再生可能に産生され、iii)選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、iv)前記細胞の生理学的特性を変化させ、かつこの中で、前記細胞の生理学的特性が、一定の細胞培養条件下で3ヶ月間にわたって25%超変動せず;v)選択的圧力の不在下で培養された細胞において安定して発現し、かつこの中で、前記タンパク質の発現が3ヶ月間にわたって30%超変動せず、vi)別のタンパク質をさらに発現する細胞において発現し、かつ該細胞が選択的圧力の不在下で培養され、またはvii)それらの任意の組み合わせであり;かつ
この中で、前記化合物または複数の試験化合物の活性特性および前記インビトロでの相関物の活性特性が少なくとも90%同一である場合、前記化合物が前記生理学的特性を有すると確認される。
【請求項227】
該第一および第二のタンパク質が、単量体タンパク質または多量体タンパク質から独立して選択される、請求項225〜226のいずれか一項に記載の方法。
【請求項228】
前記多量体タンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項227に記載の方法。
【請求項229】
前記多量体タンパク質がヘテロ多量体タンパク質である、請求項228に記載の方法。
【請求項230】
a.前記第一の細胞および前記第二の細胞が、少なくとも1つの他の細胞をさらに含む細胞のパネル内の細胞であり;
b.細胞の前記パネルにおける各細胞が操作されて異なるタンパク質を発現し、かつ前記試験化合物または複数の試験化合物によって接触され;
c.細胞の前記パネルにおける各細胞において発現した関心対象の各タンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果が機能的アッセイにおいてアッセイされ;かつ
d.各細胞における前記試験化合物または複数の試験化合物の活性特性を用いて、前記インビトロでの相関物の特性と比較する、
請求項225〜229のいずれか一項に記載の方法。
【請求項231】
各タンパク質が独立して、単量体タンパク質または多量体タンパク質から選択される、請求項230に記載の方法。
【請求項232】
前記多量体タンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項231に記載の方法。
【請求項233】
前記多量体タンパク質がヘテロ多量体タンパク質である、請求項232に記載の方法。
【請求項234】
関心対象の前記第一の多量体タンパク質および関心対象の前記第二の多量体タンパク質のうちの少なくとも1つが、ヘテロマータンパク質である、請求項217、221、225、226または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項235】
関心対象の前記第一のタンパク質および関心対象の前記第二のタンパク質のうちの少なくとも1つが二量体タンパク質である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項236】
関心対象の前記第一のタンパク質および関心対象の前記第二のタンパク質のうちの少なくとも1つが三量体タンパク質である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項237】
関心対象の前記第一のタンパク質および関心対象の前記第二のタンパク質が、異なる形態の多量体タンパク質である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項238】
前記多量体タンパク質がGABA A受容体である、請求項237に記載の方法。
【請求項239】
関心対象の該第一または第二のタンパク質のうちの少なくとも1つが、機能的生物学的経路の一部である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項240】
前記機能的生物学的経路が、グリコシル化、タンパク質合成、小胞体ストレス応答、小胞体、リボソーム、ミトコンドリア活性、RNA合成、翻訳後修飾、細胞シグナル伝達、細胞増殖、および細胞死からなる群から選択される、請求項239のいずれか一項に記載の方法。
【請求項241】
前記生理学的特性が治療効果である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項242】
前記生理学的特性が有害な効果である、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項243】
前記生理学的特性に及ぼす前記化合物または複数の化合物の効果がハイスループットスクリーニングによってアッセイされる、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項244】
工程e)が、コンピュータシステムにおいて実行される、請求項217、221、225、226、または230のいずれか一項に記載の方法。
【請求項245】
下記を含む、試験化合物または複数の試験化合物の生理学的特性を決定するためのコンピュータにより実行される方法:
a.該試験化合物または複数の試験化合物の第一の活性特性を受信し、この中で、該第一の活性特性が、請求項217または221に記載の方法によって生じ、かつこの中で、該第一の活性特性が、該試験化合物または複数の試験化合物の生理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供すること;
b.該第一の活性特性を、データベースに保存された複数の目印活性特性と比較して、該複数の目印活性特性における該第一の活性特性および各該目印活性特性の間の類似性の測定結果を決定し、この中で、各該目印活性特性が、個々の公知の化合物または複数の公知の化合物の公知の生理学的特性に対してインビトロの相関物を提供すること;
c.工程(b)において決定された類似性の測定結果に基づいた該第一の活性特性と最も類似の1つ以上の目印活性特性を決定すること;および
d.該試験化合物または複数の試験化合物の生理学的特性として、工程(c)における該第一の活性特性と最も類似していると決定された1つ以上の目印活性特性と関連した前記公知の生理学的特性を同定すること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項246】
類似性の該測定結果が、あらかじめ決めておいた閾値を上回る場合、該1つ以上の目印活性特性が、該第一の活性特性と最も類似している、請求項245に記載の方法。
【請求項247】
試験化合物または複数の試験化合物が特定の生理学的特性と関連していることを特徴づけるための、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む方法:
a.該試験化合物または複数の試験化合物の第一の活性特性を受信し、この中で、該第一の活性特性が請求項217または221に記載の方法によって生じ、かつこの中で、該第一の活性特性が、該試験化合物または複数の化合物の生理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供すること;
b.複数が、該第一の活性特性および複数の目印活性特性を含む複数の活性特性をクラスター化し、この中で、各該目印活性特性が、個々の公知の化合物または複数の公知の化合物に関する公知の生理学的特性についてのインビトロでの相関物を提供すること;
c.該第一の活性特性を用いてクラスター化する該複数の目印活性特性における1つ以上の目印活性特性を同定すること;および
d.工程(c)における該第一の活性特性を用いてクラスター化されたものとして同定される1つ以上の目印活性特性に対応する前記個々の公知の化合物または複数の公知の化合物の外公知の生理学的特性と関連しているものとして前記試験化合物または複数の試験化合物を特徴づけること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)が、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項248】
試験化合物または複数の試験化合物を、分類指標を用いて生理学的特性に分類するコンピュータにより実行される方法であって、下記を含む方法;
a.データベースに保存された複数の目印活性特性を用いて、試験化合物または複数の試験化合物を薬理学的特性に分類するために分類指標をトレーニングし、この中で、各該目印活性特性が、個々の公知の化合物または複数の公知の化合物に関する公知の生理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供すること;および
b.請求項217または221に記載の方法によって生じた第一の活性特性を、該分類指標を用いて処理し、該試験化合物または複数の試験化合物を生理学的特性に分類すること;
この中で、工程(a)および(b)が、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項249】
試験化合物または複数の試験化合物を生理学的特性に分類指標を用いて分類するコンピュータにより実行される方法であって、下記を含む方法:
a.データベースに保存された複数の目印活性特性を用いて、前記化合物または複数の化合物を薬理学的特性に分類するために分類指標をトレーニングし、この中で、各該目印活性特性は、個々の化合物の公知のインビボでの薬理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供すること;および
b.該分類指標を用いて、請求項217または221に記載の方法によって生じた第一の活性特性を処理して、該試験化合物または複数の試験化合物を前記生理学的特性に分類し、この中で、該分類指標は下記を含む方法に従ってトレーニングされ:
この中で、工程(a)および(b)は適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項250】
細胞における関心対象の多量体タンパク質の活性のあるサブユニットの組み合わせを特徴づけるための方法であって、下記を含む前記方法:
a.関心対象の前記多量体タンパク質の第一のサブユニットを発現する第一の細胞を、試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
b.関心対象の前記多量体タンパク質の第二のサブユニットを発現する第二の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
c.関心対象の前記多量体タンパク質の第一のサブユニットおよび第二のサブユニットを発現する第三の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
d.前記多量体タンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果を、機能的アッセイにおいて前記多量体タンパク質が前記第一の細胞、前記第二の細胞、および前記第三の細胞において発現するであろう場合にアッセイすること;
e.前記第一および/または第二のサブユニットが、前記生物学的に活性のある多量体タンパク質の一部であるかどうかを推定すること、ならびに
この中で、工程a)〜d)において得られた特性が、前記インビボでの生理学的特性に対してインビトロでの相関物を提供し、
およびこの中で、前記多量体タンパク質の前記第一および第二のサブユニットが独立して、タンパク質タグを含まず、選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、またはそれらの任意の組み合わせである。
【請求項251】
関心対象の前記多量体タンパク質がヘテロ二量体である、請求項250に記載の方法。
【請求項252】
関心対象の前記多量体タンパク質がヘテロ三量体である、請求項250に記載の方法。
【請求項253】
細胞における関心対象の多量体タンパク質の活性のあるサブユニットの組み合わせを特徴づけるための方法であって、下記を含む前記方法:
a.関心対象の前記多量体タンパク質の第一のサブユニットを発現する第一の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
b.関心対象の前記多量体タンパク質の第二のサブユニットを発現する第二の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
c.関心対象の前記多量体タンパク質の第三のサブユニットを発現する第三の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
d.関心対象の前記多量体タンパク質の第一のサブユニット、第二および第三のサブユニットを発現する第四の細胞を、前記試験化合物または複数の試験化合物と接触させること;
e.前記多量体タンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果を、前記多量体タンパク質が機能的アッセイにおいて前記第一の細胞、前記第二の細胞、前記第三の細胞、および第四の細胞において発現するであろう場合に、前記多量体タンパク質に及ぼす前記試験化合物または複数の試験化合物の効果をアッセイすること;
f.前記第一、第二、および/または第三のサブユニットが、生物学的に活性のある多量体タンパク質の一部であるかどうかを推定すること;
この中で、前記多量体タンパク質の前記第一、第二、および第三のサブユニットが独立して、タンパク質タグを含まず、選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、またはそれらの任意の組み合わせである。
【請求項254】
前記多量体タンパク質がヘテロ三量体である、請求項253に記載の方法。
【請求項255】
前記多量体タンパク質がGABA A受容体である、請求項250に記載の方法。
【請求項256】
細胞のパネルであって、この中で前記パネルが、第一の細胞および第二の細胞を含み、この中で前記第一の細胞および前記第二の細胞が、関心対象の多量体タンパク質の同じサブユニットを発現するよう操作されており、この中で、前記第一の細胞における関心対象の前記多量体タンパク質の生理学的特性が、前記第二の細胞における前記多量体タンパク質の生理学的特性とは異なっており、かつこの中で、前記第一の細胞および前記第二の細胞が、同じ宿主細胞株から生じ;
この中で、関心対象の前記多量体タンパク質のサブユニットが、タンパク質タグを含まず、選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、またはそれらの任意の組み合わせである、前記パネル。
【請求項257】
クローン細胞株のパネルであって、この中で、各細胞株が関心対象の多量体タンパク質の同じサブユニットを発現するよう操作されており、かつこの中で、各細胞株における前記多量体タンパク質の生理学的特性が、前記パネルの他の細胞株における関心対象の前記多量体タンパク質の生理学的特性とは異なっており、かつこの中で、細胞株の前記パネルにおける前記細胞株が、同じ宿主細胞株から生じ;
この中で、関心対象の前記多量体タンパク質の前記サブユニットが、タンパク質タグを含まず、選択的圧力の不在下で培養された細胞において発現し、またはそれらの任意の組み合わせである、前記パネル。
【請求項258】
前記パネルが2個の細胞株を含む、請求項257に記載のパネル。
【請求項259】
前記パネルが5個の細胞株を含む、請求項257に記載のパネル。
【請求項260】
前記パネルが10個の細胞株を含む、請求項257に記載のパネル。
【請求項261】
関心対象の前記多量体タンパク質がNaVである、請求項257に記載のパネル。
【請求項262】
機能的生物学的経路のすべての構成要素タンパク質を発現するよう操作された細胞。
【請求項263】
前記経路が、少なくとも5個のタンパク質構成要素を有する、請求項262に記載の細胞。
【請求項264】
前記細胞が、選択的圧力の不在下で培養された、請求項262に記載の細胞。
【請求項265】
前記生物学的経路の構成要素タンパク質が、タンパク質タグを含まない、請求項262に記載の細胞。
【請求項266】
複数のクローン細胞株を含むクローン細胞株のパネルであって、前記複数のクローン細胞株の各クローン細胞株が、異なる嗅覚受容体を発現するよう操作されており;この中で、前記嗅覚受容体がタンパク質タグを含まず、または前記嗅覚受容体が、前記細胞が機能的アッセイにおいて少なくとも0.4のZ’因子を有するよう前記機能的アッセイにおいて使用するのに適した形態で一貫しかつ再生可能に作製され、または前記クローン細胞が、選択的圧力の不在下で培養され、またはそれらの任意の組み合わせである、前記パネル。
【請求項267】
前記複数のクローン細胞株が少なくとも10個の細胞株を含む、請求項266に記載のパネル。
【請求項268】
前記異なる嗅覚受容体が、ヒト嗅覚受容体または昆虫嗅覚受容体である、請求項266に記載のパネル。
【請求項269】
前記異なるヒト嗅覚受容体が、OR10A1、OR10A3、OR10A4、OR10A5、OR10A6、OR10A7、OR10C1、OR10C2、OR10D4、OR10G2、OR10G3、OR10G4、OR10G7、OR10G8、OR10G9、OR10H1、OR10H2、OR10H3、OR10H4、OR10H5、OR10J1、OR10J3、OR10J5、OR10J6、OR10K1、OR10K2、OR10Q1、OR10R2、OR10S1、OR10T2、OR10V1、OR10Z1、OR11A1、OR11G2、OR11H1、OR11H4、OR11H6、OR11H7P、OR11L1、OR12D3、OR13A1、OR13C2、OR13C3、OR13C4、OR13C5、OR13C7、OR13C8、OR13C9、OR13D1、OR13E2、OR13F1、OR13G1、OR13H1、OR13J1、OR14A16、OR14A2、OR14C36、OR14J1、OR1A1、OR1A2、OR1A2、OR1B1、OR1C1、OR1D2、OR1D4、OR1D5、OR1E1、OR1E2、OR1E2、OR1E5、OR1E5、OR1E6、OR1E7、OR1F1、OR1F10、OR1F11、OR1F12、OR1F2、OR1G1、OR111、OR1J1、OR1J2、OR1J2、OR1J4、OR1J5、OR1K1、OR1L1、OR1L3、OR1L4、OR1L6、OR1L8、OR1M1、OR1M1、OR1N1、OR1N2、OR1N3、OR1Q1、OR1S1、OR1S2、OR2A1、OR2A10、OR2A19、OR2A20、OR2A21、OR2A4、OR2A42、OR2A5、OR2A6、OR2A7、OR2AE1、OR2AJ1、OR2AK2、OR2B1、OR2B2、OR2B3、OR2B6、OR2B9、OR2C1、OR2D1、OR2D2、OR2D3、OR2F1、OR2F2、OR2F3、OR2G2、OR2G3、OR2H1、OR2H2、OR2H3、OR2J2、OR2J3、OR2K1、OR2K2、OR2L1、OR2L2、OR2L3、OR2L5、OR2L8、OR2M1、OR2M2、OR2M4、OR2S2、OR2T1、OR2T3、OR2T4、OR2T5、OR2T6、OR2T7、OR2T8、OR2V1、OR2V2、OR2V3、OR2W1、OR2W3、OR2Y1、OR2Z1、OR3A1、OR3A2、OR3A3、OR3A4、OR4A15、OR4A16、OR4A4、OR4A5、OR4B1、OR4C12、OR4C13、OR4C15、OR4C16、OR4C3、OR4C6、OR4D1、OR4D2、OR4D5、OR4D6、OR4D9、OR4E2、OR4F10、OR4F15、OR4F16、OR4F16、OR4F17、OR4F18、OR4F19、OR4F3、OR4F6、OR4K1、OR4K13、OR4K14、OR4K15、OR4K17、OR4K2、OR4K3、OR4K5、OR4L1、OR4M1、OR4M2、OR4N2、OR4N4、OR4N5、OR4P4、OR4Q3、OR4S1、OR4X1、OR4X2、OR51A2、OR51A4、OR51A7、OR51B2、OR51B4、OR51D1、OR51E1、OR51E2、OR51F2、OR51G1、OR51G2、OR51H1、OR5111、OR5112、OR51L1、OR51M1、OR51Q1、OR51S1、OR51T1、OR52A1、OR52A2、OR52B2、OR52B4、OR52B4、OR52B4、OR52B6、OR52D1、OR52E2、OR52E4、OR52E5、OR52E6、OR52E8、OR52H1、OR52I1、OR52I2、OR52J3、OR52K1、OR52K2、OR52L1、OR52L2、OR52N1、OR52N2、OR52N4、OR52N5、OR52P1、OR52R1、OR56A4、OR56A6、OR56B2、OR56B4、OR5A1、OR5A2、OR5AC2、OR5AK2、OR5AK3、OR5AN1、OR5AP2、OR5AR1、OR5AS1、OR5AU1、OR5AU1、OR5B13、
OR5B16、OR5B17、OR5B2、OR5B3、OR5C1、OR5D13、OR5D14、OR5D16、OR5D18、OR5F1、OR5G3、OR5H1、OR5H2、OR5H6、OR5I1、OR5K1、OR5K2、OR5L1、OR5L2、OR5M1、OR5M10、OR5M11、OR5M11、OR5M3、OR5M3、OR5M8、OR5M9、OR5P2、OR5P3、OR5T2、OR5T3、OR5V1、OR6A1、OR6B1、OR6B2、OR6C1、OR6C2、OR6C3、OR6F1、OR6J2、OR6K3、OR6K6、OR6M1、OR6N1、OR6N2、OR6P1、OR6Q1、OR6S1、OR6T1、OR6V1、OR6X1、OR6Y1、OR7A10、OR7A17、OR7A2、OR7A5、OR7C1、OR7C2、OR7D2、OR7D2、OR7D4P、OR7E102、OR7E120、OR7G1、OR7G2、OR7G3、OR8A1、OR8B12、OR8B2、OR8B3、OR8B4、OR8B8、OR8D1、OR8D2、OR8D4、OR8G1、OR8G2、OR8H1、OR8H2、OR8H3、OR8I2、OR8J1、OR8J3、OR8K1、OR8K3、OR8K5、OR9A2、OR9A4、OR9G1、OR9G4、OR9G5、OR9I1、OR9K2、OR9Q1からなる群から選択される、請求項266に記載のパネル。
【請求項270】
前記異なる昆虫嗅覚受容体が、IOR100、IOR101、IOR102、IOR103、IOR104、IOR105、IOR106、IOR107、IOR108、IOR109、IOR110、IOR111、IOR112、IOR113、IOR114、IOR115、IOR116、IOR117、IOR118、IOR119、IOR120、IOR121、IOR122、IOR123、IOR124、IOR125、IOR126、IOR127、IOR49、IOR50、IOR51、IOR52、IOR53、IOR54、IOR55、IOR56、IOR57、IOR58、IOR59、IOR60、IOR61、IOR62、IOR63、IOR64、IOR65、IOR66、IOR67、IOR68、IOR69、IOR70、IOR71、IOR72、IOR73、IOR74、IOR75、IOR76、IOR77、IOR78、IOR79、IOR80、IOR81、IOR82、IOR83、IOR84、IOR85、IOR86、IOR87、IOR88、IOR89、IOR90、IOR91、IOR92、IOR93、IOR94、IOR95、IOR96、IOR97、IOR98、IOR99、ORL7077、ORL7078、ORL7079、ORL7080、ORL7081、ORL7082、ORL7083、ORL7084、ORL7085、ORL7086、ORL7087、ORL7088、ORL7089、ORL7090、ORL7091、ORL7092、ORL7093、ORL7094、ORL7095、ORL7096、ORL7097、ORL7098、ORL7099、ORL7100、ORL7101、ORL7102、ORL7103、ORL7104、ORL7105、ORL7106、ORL7107、ORL7108、ORL7109、ORL7110、ORL7111、ORL7112、ORL7113、ORL7114、ORL7115、ORL7116、ORL7117、ORL7118、ORL7119、ORL7120、ORL7121、ORL7122、ORL7123、ORL7124、ORL7125、TPR2307、TPR2308、TPR2309、TPR2310、TPR2312、TPR2314、TPR2315、TPR2316、TPR2317、TPR2318、TPR2319、TPR2320、TPR2321、TPR2321、TPR698、TPR699、TPR700、TPR701、TPR702、TPR703、TPR704、TPR705、TPR706、TPR707、TPR708、TPR709、TPR710、TPR711、TPR712、TPR713、TPR714、TPR715、TPR716、TPR717、TPR718、TPR719、TPR720、TPR721、TPR722、TPR723、TPR724、TPR725、TPR725、TPR726、TPR727、TPR728、TPR729、TPR730、TPR731、TPR732、TPR733、TPR734、TPR735、TPR736、TPR737、TPR738、TPR739、TPR740、TPR741、TPR742、TPR743、TPR744、TPR745、TPR746、TPR747、TPR748、TPR749、TPR750、TPR751、TPR752、TPR753、TPR754、TPR755、TPR756、TPR757、TPR758、TPR759、TPR760、TPR761、TPR762、TPR763、TPR764、TPR765、TPR766、TPR767、TPR768、TPR769、TPR770、TPR771、TPR772からなる群から選択される蚊嗅覚受容体である、請求項266に記載のパネル。
【請求項271】
試験化合物または組成物の嗅覚活性特性を生じるための方法であって、下記を含む前記方法:
a.請求項266に記載のパネルを前記試験化合物または組成物と接触させること;および
b.前記パネルにおける少なくとも2つの異なる嗅覚受容体に関する機能的アッセイにおける前記活性に及ぼす前記試験化合物または組成物の効果を測定すること、
この中で、工程(b)において測定された活性は、前記試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性を提供する。
【請求項272】
第一の試験化合物または組成物の匂いを模倣する第二の試験化合物を同定するための方法であって、下記を含む前記方法:
a.請求項266に記載のパネルを前記第二の試験化合物と接触させること;
b.前記パネルにおける少なくとも2つの嗅覚受容体に関する機能的アッセイにおける前記活性に及ぼす前記第二の試験化合物の効果を試験すること;
c.工程(b)において得られた前記第二の試験化合物の前記嗅覚活性特性を、前記第一の試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性と比較し;この中で、前記第二の試験化合物の前記嗅覚活性特性が、前記第一の試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性と類似している場合、前記第一の試験化合物または組成物の前記匂いを模倣すること。
【請求項273】
第一の試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性を修飾する第二の試験化合物を同定する方法であって、下記を含む前記方法:
a.請求項271に記載の方法に従って、前記第一の試験化合物または組成物の存在下で、第二の試験化合物の前記嗅覚活性特性を生じること;
b.工程(a)で得られた前記嗅覚活性特性を、前記第二の試験化合物の不在下で前記第一の試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性と比較し;前記第一の試験化合物または組成物単独の前記嗅覚活性特性が、前記第一の試験化合物または組成物の存在下で、前記第二の試験化合物の前記嗅覚活性特性とは異なる場合、前記第二の試験化合物が、前記第一の試験化合物または組成物の前記嗅覚活性特性を修飾すること。
【請求項274】
試験化合物と関連した匂いを同定するためのコンピュータにより実行される方法であって、下記を含む前記方法:
a.前記試験化合物の第一の嗅覚活性特性を受信し、この中で、該第一の嗅覚活性特性が請求項271に記載の方法によって生じること;
b.該第一の嗅覚活性特性をデータベースに保存された複数の目印嗅覚活性と比較して、該第一の嗅覚活性特性と該複数の目印嗅覚活性特性における各該目印嗅覚活性特性の間の類似性の測定結果を決定し、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、公知の匂いを有する個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;
c.工程(b)において決定された類似性の測定結果に基づいて該第一の嗅覚活性特性と最も類似した1つ以上の目印嗅覚活性特性を決定すること;および
d.工程(c)における該第一の嗅覚活性特性と最も類似していると決定された1つ以上の目印嗅覚活性特性と関連した匂いを、該公知の化合物と関連した匂いとして同定すること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項275】
類似性の該測定結果が、あらかじめ決めておいた閾値を上回る場合、該1つ以上の目印嗅覚活性特性が、該第一の嗅覚活性特性と最も類似している、請求項274に記載の方法。
【請求項276】
特定の匂いと関連しているものとして化合物を特徴づけるための、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む前記方法:
a.該化合物の第一の嗅覚活性特性を受信し、この中で、該第一の嗅覚活性特性を請求項271に記載の方法によって生じること;
b.複数が該第一の嗅覚活性特性および複数の目印嗅覚活性特性を含む、複数の嗅覚活性特性をクラスター化し、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、公知の匂いを有する個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;
c.前記第一の嗅覚活性特性を用いてクラスター化する該複数の目印嗅覚活性特性における1つ以上の目印嗅覚活性特性を同定すること;および
d.工程(c)における該第一の嗅覚活性特性を用いてクラスター化されるものとして同定される1つ以上の目印嗅覚活性特性に対応する個々の化合物と関連した該公知の匂いと関連しているものとして、前記化合物を特徴づけること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項277】
分類指標を用いて試験化合物を、匂いを有するものとして分類する、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む方法:
a.データベースに保存された複数の目印嗅覚活性特性を用いて、試験化合物を匂いに分類するための分類指標をトレーニングし、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、公知の匂いを有する個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;および
b.該分類指標を用いて、請求項271に記載の方法によって生じた該化合物の第一の嗅覚活性特性を処理して、該化合物を公知の匂いに分類すること;
この中で、工程(a)および(b)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項278】
分類指標を用いて匂いを有するものとして試験化合物を分類する、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む方法:
a.該分類指標を用いて、請求項271に記載の方法によって生じた該化合物の第一の嗅覚活性特性を処理して、該試験化合物を公知の匂いに分類し、この中で、該分類指標が下記を含む方法に従ってトレーニングされること:
b.データベースに保存された複数の目印嗅覚活性特性を用いて、試験化合物を匂いに分類するために該分類指標をトレーニングし、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、公知の匂いを有する個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じ;
この中で、前記処理が、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項279】
1つ以上の試験化合物を匂いと関連付けるための、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む前記方法:
a.第一の試験化合物の第一の嗅覚活性特性を受信し、この中で、該第一の嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じ、かつこの中で、該第一の試験化合物が公知の匂いを有すること;
b.該第一の嗅覚活性特性を、データベースに保存された複数の目印嗅覚活性特性と比較して、該第一の嗅覚活性特性と、該複数の目印嗅覚活性特性における該目印嗅覚活性特性の各々の間の類似性の測定結果を決定し、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;
c.工程(b)において決定された類似性に関する前記測定結果に基づいた該第一嗅覚活性特性に最も類似している1つ以上の目印嗅覚活性特性を決定すること;および
d.工程(c)における該第一の嗅覚活性特性に最も類似していると決定された前記1つ以上の目印嗅覚活性特性に対応する前記個々の試験化合物を該公知の匂いと関連しているものとして特徴づけること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項280】
類似性に関する該測定結果が、あらかじめ決めておいた閾値を上回る場合、該1つ以上の目印嗅覚活性特性が該第一の嗅覚活性特性と最も類似している、請求項279に記載の方法。
【請求項281】
1つ以上の試験化合物を特定の匂いと関連しているものとして特徴づけるための、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む前記方法:
a.第一の試験化合物の第一の嗅覚活性特性を受信し、この中で、該第一の嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じ、かつこの中で、該第一の試験化合物が、公知の匂いを有すること;
b.複数の嗅覚活性特性をクラスター化し、該複数が、該第一の嗅覚活性特性および複数の目印嗅覚活性特性を含み、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、個々の公知の化合物に対応し、かつこの中で、各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;
c.第一の嗅覚活性特性を用いてクラスター化する該複数の目印嗅覚活性特性において1つ以上の目印嗅覚活性特性を同定すること;および
d.工程(c)において該第一の嗅覚活性特性を用いてクラスター化されるものとして同定された前記1つ以上の目印嗅覚活性特性に対応する前記個々の化合物を、該公知の匂いと関連しているものとして特徴づけること;
この中で、工程(a)、(b)、(c)、および(d)は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項282】
分類指標を用いて匂いを有するものとして1つ以上の試験化合物を分類する、コンピュータにより実行される方法であって、下記を含む前記方法:
a.該分類指標を用いて、請求項271に記載の方法によって生じた第一の嗅覚活性特性を処理して(この中で、該第一の嗅覚活性特性が、公知の匂いを有する第一の試験化合物に対応する。)、データベースに保存された複数の目印嗅覚活性特性の1つ以上の目印嗅覚活性特性を、該公知の匂いを有するものとして分類し、この中で、該分類指標は、下記を含む方法に従ってトレーニングされること:
b.匂いを有するものとして該1つ以上の目印嗅覚活性特性を分類するために、該複数の目印嗅覚活性特性を用いて該分類指標をトレーニングし、この中で、各該目印嗅覚活性特性が、個々の公知の化合物に対応し、かつ各該目印嗅覚活性特性が、請求項271に記載の方法によって生じること;
この中で、前記処理は、適切にプログラムされたコンピュータにおいて実行される。
【請求項283】
関心対象のインビボでのタンパク質または関心対象の複数のタンパク質に対して、インビトロでの相関物であるタンパク質または複数のタンパク質であって、この中で、前記インビトロでの相関物が、インビボで発現した前記対応するタンパク質または関心対象の複数のタンパク質の機能または活性を予測し;この中で、前記インビトロでの相関物が、インビトロで非生理学的条件下で発現する生物学的に活性のあるタンパク質または複数のタンパク質であり;この中で、前記インビトロでの相関物が、関心対象の前記インビボでのタンパク質または複数のタンパク質に対応する少なくとも1つの機能的または薬理学的または生理学的特性を含み;かつこの中で、該インビトロでの相関物を用いたハイスループットスクリーニングにおいて同定された化合物の少なくとも10%が、インビボでの治療効果を有することができる、前記タンパク質または複数のタンパク質。
【請求項284】
前記インビトロでの相関物が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項283に記載のタンパク質。
【請求項285】
前記インビトロでの相関物のうちの少なくとも1つのタンパク質が、少なくとも2、3、4、5、または6個のサブユニットを含む、請求項283に記載の複数のタンパク質。
【請求項286】
前記インビトロでの相関物が、ヘテロ多量体において含む、請求項283に記載のタンパク質。
【請求項287】
前記インビトロでの相関物のうちの少なくとも1つのタンパク質が、ヘテロ多量体を含む、請求項283に記載の複数のタンパク質。
【請求項288】
前記インビトロでの相関物のタンパク質または複数のタンパク質が、タンパク質タグを含まない、請求項283〜287のいずれか一項に記載のタンパク質または複数のタンパク質。
【請求項289】
前記インビトロでの相関物が、選択的圧力の不在下で培養された細胞において安定して発現する、請求項283〜288のいずれか一項に記載のタンパク質または複数のタンパク質。
【請求項290】
前記インビトロでの相関物が、細胞毒性を生じることなく細胞株において発現する、請求項283〜289のいずれか一項に記載のタンパク質または複数のタンパク質。
【請求項291】
前記インビトロでの相関物が、前記タンパク質または複数のタンパク質を内在的に発現しない細胞において発現する、請求項283〜290のいずれか一項に記載のタンパク質または複数のタンパク質。
【請求項292】
請求項283〜291のいずれか一項に記載のタンパク質または複数のタンパク質を発現する細胞。
【請求項293】
請求項292に記載の細胞から作製される細胞株。
【請求項294】
関心対象のインビボのタンパク質の修飾因子を同定するための方法であって、
a.任意の請求項292に記載の細胞を試験化合物と接触させる工程;および
b.前記試験化合物によって接触されていない細胞における前記インビトロでの相関物のタンパク質または複数のタンパク質の活性と比較して、前記試験化合物と接触された細胞における前記インビトロでの相関物のタンパク質または複数のタンパク質の活性における変化を検出する工程;
を含み、ここで、不在下と比較して存在下での活性における差異を生じる化合物が、関心対象の前記インビボでのタンパク質の修飾因子である、前記方法。
【請求項295】
請求項294に記載の方法によって同定される修飾因子。
【請求項296】
前記細胞が、分化した細胞である、請求項190、192、194、195〜199、201〜202、262、および292のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項297】
前記細胞が脱分化した細胞である、請求項190、192、194、195〜199、201〜202、262、および292のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項298】
前記脱分化した細胞が、多能性幹細胞(multipotent stem cell)、多能性幹細胞(pluripotent stem cell)、全能性幹細胞(omnipotent stem cell)、人工多能性幹細胞、胚性幹細胞、癌幹細胞、臓器特異的幹細胞、および組織特異的幹細胞からなる群から選択される幹細胞である、請求項297に記載の細胞。
【請求項299】
分化した細胞を環細胞へと脱分化させる工程を含み、前記分化した細胞が請求項296に記載の細胞である、幹細胞を作製するための方法。
【請求項300】
再分化した細胞を作製するための方法であって、下記の工程を含む前記方法:
a.請求項296に記載の細胞を脱分化させて、幹細胞を作製する工程;および
b.前記幹細胞を再分化させて、前記再分化した細胞を作製する工程。
【請求項301】
前記幹細胞が、多能性幹細胞(multipotent stem cell)、多能性幹細胞(pluripotent stem cell)、全能性幹細胞、人工多能性幹細胞、胚性幹細胞、癌幹細胞、臓器特異的幹細胞、および組織特異的幹細胞からなる群から選択される幹細胞である、請求項299または請求項300に記載の方法。
【請求項302】
前記再分化した細胞が、請求項296に記載の細胞とは異なる種類である、請求項300に記載の方法。
【請求項303】
下記の工程を含む、非ヒト生物を作製するための方法:
a.請求項296に記載の細胞を脱分化させて、幹細胞を作製し、この中で、前記幹細胞が、胚性幹細胞または人工多能性幹細胞である工程;および
b.前記幹細胞を再分化させて、非ヒト生物を作製する工程。
【請求項304】
前記生物が哺乳類である、請求項303に記載の方法。
【請求項305】
前記哺乳類がマウスである、請求項304に記載の方法。
【請求項306】
請求項300に記載の方法によって作製された再分化した細胞。
【請求項307】
請求項303に記載の方法によって作製された非ヒト生物。
【請求項308】
前記生物が哺乳類である、請求項307に記載の非ヒト生物。
【請求項309】
前記哺乳類がマウスである、請求項308に記載の非ヒト生物。
【請求項310】
関心対象の該第一および第二のタンパク質が、ENaC、NaV、GABAA、甘味受容体、旨味受容体、苦味受容体、CFTR、およびGCCからなる群から独立して選択される、請求項218または請求項227に記載の方法。
【請求項311】
各タンパク質が、ENaC、NaV、GABAA、甘味受容体、旨味受容体、苦味受容体、CFTR、およびGCCからなる群から独立して選択される、請求項231に記載の方法。
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18A】
【図18B】
【図18C】
【図18D】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26A】
【図26B】
【図27A】
【図27B】
【図28A】
【図28B】
【図28C】
【図29A】
【図29B】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18A】
【図18B】
【図18C】
【図18D】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26A】
【図26B】
【図27A】
【図27B】
【図28A】
【図28B】
【図28C】
【図29A】
【図29B】
【公表番号】特表2012−516687(P2012−516687A)
【公表日】平成24年7月26日(2012.7.26)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2011−548379(P2011−548379)
【出願日】平成22年2月1日(2010.2.1)
【国際出願番号】PCT/US2010/022781
【国際公開番号】WO2010/088633
【国際公開日】平成22年8月5日(2010.8.5)
【出願人】(511181544)クロモセル コーポレーション (6)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成24年7月26日(2012.7.26)
【国際特許分類】
【出願日】平成22年2月1日(2010.2.1)
【国際出願番号】PCT/US2010/022781
【国際公開番号】WO2010/088633
【国際公開日】平成22年8月5日(2010.8.5)
【出願人】(511181544)クロモセル コーポレーション (6)
【Fターム(参考)】
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