核酸ライブラリーの作製方法
（ａ）オイル中の液滴内で核酸フラグメントを平滑末端化し、平滑末端化された核酸フラグメントを生成する工程；（ｂ）オイル中の液滴内で前記平滑末端化された核酸フラグメントをリン酸化し、リン酸化された核酸フラグメントを生成する工程；（ｃ）オイル中の液滴内でＡ−ｔａｉｌを前記リン酸化された核酸フラグメントに結合させ、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを生成する工程；および（ｄ）オイル中の液滴内で核酸アダプターを前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントに結合させ、アダプター結合核酸フラグメントを含む核酸ライブラリーを生成する工程、を含む、オイルと接触した液滴内での核酸ライブラリーの作製方法。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）オイル中の液滴内で核酸フラグメントを平滑末端化し、平滑末端化された核酸フラグメントを生成する工程；
（ｂ）オイル中の液滴内で平滑末端化された核酸フラグメントをリン酸化し、リン酸化された核酸フラグメントを生成する工程；
（ｃ）オイル中の液滴内でＡ−ｔａｉｌをリン酸化された核酸フラグメントに結合させ、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを生成する工程；および
（ｄ）オイル中の液滴内で核酸アダプターをＡ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントに結合させ、アダプター結合核酸フラグメントを含む核酸ライブラリーを生成する工程、
を含む、オイルと接触した液滴内の核酸ライブラリーの作製方法。
【請求項２】
（ａ）オイル中の液滴内で核酸フラグメントを平滑末端化し、平滑末端化された核酸フラグメントを生成する工程；
（ｂ）オイル中の液滴内で平滑末端化された核酸フラグメントをリン酸化し、リン酸化された核酸フラグメントを生成する工程；および
（ｃ）オイル中の液滴内で核酸アダプターを平滑末端化された核酸フラグメントに結合させ、アダプター結合核酸フラグメントを含む核酸ライブラリーを生成する工程、
を含む、オイルと接触した液滴内での核酸ライブラリーの作製方法。
【請求項３】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも５％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも１０％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも１５％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも２０％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも５０％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも７５％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも９０％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも９５％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも９９％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
単一の液滴内で、工程１（ａ）および工程１（ｂ）が共に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
単一の液滴内で、工程１（ｂ）および工程１（ｃ）が共に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
単一の液滴内で、工程１（ａ）、工程１（ｂ）および工程１（ｃ）が共に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
工程１（ｂ）の開始前に、平滑末端化された核酸フラグメントを精製する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
工程１（ｃ）の開始前に、リン酸化された核酸フラグメントを精製する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
工程１（ｄ）の開始前に、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを精製する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記精製工程が、オイル中の液滴内でビーズ上に核酸を捕捉する工程およびオイル中で前記ビーズを洗浄する工程を含む、請求項１５以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記ビーズが、電荷スイッチビーズまたは固相可逆固定ビーズを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記精製工程が、以下の工程を含む、請求項１８以降のいずれかに記載の方法。
（ａ）洗浄液滴と、前記ビーズを含む液滴とを混合し、混合された液滴を生成する工程；および
（ｂ）前記ビーズを拘束している間に前記混合された液滴を分割し、前記ビーズを含む娘液滴と、前記ビーズを実質的に含まない娘液滴とを生成する工程。
【請求項２１】
工程２０（ｂ）でのいかなるビーズ損失も、核酸ライブラリーをその意図された目的に不適当とするのに十分なものではない、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記核酸フラグメントが、５’−突出および／または３’−突出を有する核酸フラグメントを含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
平滑末端化工程が、オイル中で、前記核酸フラグメントを含む液滴と、平滑末端化試薬を含む液滴とを混合する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
リン酸化工程が、オイル中で、前記核酸フラグメントを含む液滴と、リン酸化試薬を含む液滴とを混合する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
Ａ−ｔａｉｌを結合させる工程が、オイル中で、前記核酸フラグメントを含む液滴と、Ａ−ｔａｉｌ化試薬を含む液滴とを混合する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
核酸アダプターを結合させる工程が、オイル中で、前記核酸フラグメントを含む液滴と、アダプター結合試薬を含む液滴とを混合する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
（ａ）オイル中の液滴内で核酸フラグメントを平滑末端化およびリン酸化し、平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを生成する工程；
（ｂ）結合バッファー中の固相可逆固定ビーズを用いて、オイル中の液滴内で前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを捕捉する工程；
（ｃ）水性バッファーを用いて、オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズを洗浄する工程；
（ｄ）オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズから前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを溶離する工程；
（ｅ）オイル中の液滴内で前記リン酸化された核酸フラグメントの両末端にＡ−ｔａｉｌを結合させ、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを生成する工程；
（ｆ）結合バッファー中の固相可逆固定ビーズを用いて、オイル中の液滴内で前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを捕捉する工程；
（ｇ）水性バッファーを用いて、オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズを洗浄する工程；
（ｈ）オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズから前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを溶離する工程；
（ｉ）オイル中の液滴内で核酸アダプターを前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントに結合させ、アダプター結合核酸フラグメントを生成する工程；
（ｊ）結合バッファー中の固相可逆固定ビーズを用いて、オイル中の液滴内で前記アダプター結合核酸フラグメントを捕捉する工程；
（ｋ）水性バッファーを用いて、オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズを洗浄する工程；
（ｌ）オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズから前記アダプター結合核酸フラグメントを溶離する工程；および
（ｍ）オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズから前記アダプター結合核酸フラグメントを分離する工程、
を含む、オイルと接触した液滴内での核酸ライブラリー構築を行う方法。
【請求項２８】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも５％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも１０％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも１５％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも２０％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３２】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも５０％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３３】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも７５％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３４】
工程２７（ｍ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも９０％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３５】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも９５％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも９９％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３７】
前記核酸ライブラリーを増幅する工程をさらに含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
液滴アクチュエーター上で前記核酸ライブラリーを増幅する工程をさらに含む、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
核酸増幅工程の介在なく、自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項４１】
核酸増幅工程を行わずに、自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項４２】
核酸フラグメントを含むサンプル液滴と、平滑末端化試薬およびリン酸化試薬を含む１つ以上の試薬液滴とを混合し、平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを含むプロダクト液滴を生成する工程を含む、オイルと接触した液滴内での平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを作製する方法。
【請求項４３】
前記プロダクト液滴と、固相可逆固定ビーズを含むビーズ液滴とを混合し、捕捉液滴中で、前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを捕捉する工程をさらに含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
洗浄バッファー液滴を用いた液滴系混合および分割洗浄手順を用いて、前記固相可逆固定ビーズを洗浄し、前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを含む洗浄されたビーズを含む液滴を生成する工程をさらに含み、前記洗浄バッファー液滴が実質的に水性バッファーからなる、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
洗浄されたビーズを含む液滴と、溶離バッファー液滴とを混合し、溶離された平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを含む溶離液滴を生成する工程をさらに含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを前記固相可逆固定ビーズから分離し、オイル中に前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを含む液滴を生成する工程をさらに含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
平滑末端化された核酸フラグメントを含むサンプル液滴と、核酸および結合試薬を含む１つ以上の試薬液滴とを混合し、結合核酸フラグメントを含むプロダクト液滴を生成する工程を含む、オイルと接触した液滴内での平滑末端化された核酸フラグメントに核酸を結合する方法。
【請求項４８】
前記プロダクト液滴と、固相可逆固定ビーズを含むビーズ液滴とを混合し、前記結合核酸フラグメントを捕捉する工程をさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
洗浄バッファー液滴を用いた液滴系混合および分割洗浄手順を用いて、前記固相可逆固定ビーズを洗浄し、前記結合核酸フラグメントを含む洗浄されたビーズを含む液滴を生成する工程をさらに含み、前記洗浄バッファー液滴が実質的に水性バッファーからなる、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
洗浄されたビーズを含む液滴と、溶離バッファー液滴とを混合し、溶離された結合核酸フラグメントを含む溶離液滴を生成する工程をさらに含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを前記固相可逆固定ビーズから分離し、オイル中に前記結合核酸フラグメントを含む液滴を生成する工程をさらに含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
核酸フラグメントを含むサンプル液滴と、Ａ−ｔａｉｌ化試薬を含む１つ以上の試薬液滴とをオイル中で混合し、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを含むプロダクト液滴を生成する工程を含む、オイルと接触した液滴内でＡ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを作製する方法。
【請求項５３】
前記プロダクト液滴と、固相可逆固定ビーズを含むビーズ液滴とを混合し、前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを捕捉する工程をさらに含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
洗浄バッファー液滴を用いた液滴系混合および分割洗浄手順を用いて、前記固相可逆固定ビーズを洗浄し、前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを含む洗浄されたビーズを含む液滴を生成する工程をさらに含み、前記洗浄バッファー液滴が実質的に水性バッファーからなる、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
洗浄されたビーズを含む液滴と、溶離バッファー液滴とを混合し、溶離されたＡ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを含む溶離液滴を生成する工程をさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを前記固相可逆固定ビーズから分離し、オイル中に前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを含む液滴を生成する工程をさらに含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
核酸フラグメントを含むサンプル液滴と、Ａ−ｔａｉｌ化試薬を含む１つ以上の試薬液滴とをオイルと接触させて混合し、アダプター結合核酸フラグメントを含むプロダクト液滴を生成する工程を含む、オイルと接触した液滴内でアダプター結合核酸フラグメントを作製する方法。
【請求項５８】
前記プロダクト液滴と、固相可逆固定ビーズを含むビーズ液滴とを混合し、前記アダプター結合核酸フラグメントを捕捉する工程をさらに含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
洗浄バッファー液滴を用いた液滴系混合および分割洗浄手順を用いて、前記固相可逆固定ビーズを洗浄し、前記アダプター結合核酸フラグメントを含む洗浄されたビーズを含む液滴を生成する工程をさらに含み、前記洗浄バッファー液滴が実質的に水性バッファーからなる、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
洗浄されたビーズを含む液滴と、溶離バッファー液滴とを混合し、溶離されたアダプター結合核酸フラグメントを含む溶離液滴を生成する工程をさらに含む、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
前記アダプター結合核酸フラグメントを前記固相可逆固定ビーズから分離し、オイル中に前記アダプター結合核酸フラグメントを含む液滴を生成する工程をさらに含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６２】
オイルと接触させて以下の工程の実行を含む、オイルと接触した液滴内で核酸フラグメントを精製する方法：
（ａ）前記核酸フラグメントを含む液滴と、固相可逆固定ビーズを含むビーズ液滴とを混合し、前記核酸フラグメントを捕捉する工程；
（ｂ）洗浄バッファー液滴を用いた液滴系混合および分割洗浄手順を用いて、前記固相可逆固定ビーズを洗浄し、前記核酸フラグメントを含む洗浄されたビーズを含む液滴を生成する工程；
（ｃ）洗浄されたビーズを含む液滴と、溶離バッファー液滴とを混合し、溶離された平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを含む溶離液滴を生成する工程；および
（ｄ）前記核酸フラグメントを前記固相可逆固定ビーズから分離し、前記精製された核酸フラグメントを含む液滴をオイル中に生成する工程。
【請求項６３】
前記洗浄バッファー液滴が、実質的に水性バッファーからなる液滴を含む、請求項６２以降のいずれかに記載の方法。
【請求項６４】
前記水性バッファーが、実質的に結合バッファーからなる、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記水性バッファーが、実質的に有機溶媒を含まない、請求項６３に記載の方法。
【請求項６６】
前記水性バッファーが、約１０％以下の有機溶媒を含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６７】
前記水性バッファーが、実質的にエタノールを含まない、請求項６３に記載の方法。
【請求項６８】
前記水性バッファーが、約１０％以下のエタノールを含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６９】
前記洗浄バッファー液滴が、少なくとも約２５％の有機溶媒を含む液滴を含む、請求項６２以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７０】
前記洗浄バッファー液滴が、少なくとも約５０％の有機溶媒を含む液滴を含む、請求項６２以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７１】
前記洗浄バッファー液滴が、少なくとも約７５％の有機溶媒を含む液滴を含む、請求項６２以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７２】
前記有機溶媒が、アルコールを含む、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７３】
前記有機溶媒が、エタノールを含む、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７４】
前記有機溶媒が、実質的にエタノールからなる、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７５】
前記洗浄バッファー液滴が、塩と混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７６】
前記洗浄バッファー液滴が、ＮａＣｌと混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７７】
前記洗浄バッファー液滴が、約０．０１〜約１００ｍＭの量の塩を含む、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７８】
前記洗浄バッファー液滴が、約０．１〜約１０ｍＭの量の塩を含む、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７９】
前記洗浄バッファー液滴が、洗浄バッファーに可溶な約０．０１〜約１００ｍＭの量の正塩と、混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８０】
前記洗浄バッファー液滴が、洗浄バッファーに可溶な約０．１〜約１０ｍＭの量の正塩と、混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８１】
前記洗浄バッファー液滴が、洗浄バッファーに可溶な約０．０１〜約１００ｍＭの量の単塩と、混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８２】
前記洗浄バッファー液滴が、洗浄バッファーに可溶な約０．１〜約１０ｍＭの量の単塩と、混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８３】
前記洗浄バッファー液滴が、ＮａＣｌと、約０．０１〜約１００ｍＭの量で混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８４】
前記洗浄バッファー液滴が、ＮａＣｌと、約０．１〜約１０ｍＭの量で混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８５】
前記塩の存在しない前記有機溶媒を含む前記洗浄バッファー液滴に比べて、前記塩が、１つ以上の電気濡れ液滴操作の再現性を向上させる、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８６】
前記１つ以上の電気濡れ液滴操作が、液滴輸送、液滴分割、および液滴分配からなる群より選択される、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記オイルが、シリコーンオイルを含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８８】
前記オイルが、フルオロシリコーンオイルを含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８９】
自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９０】
核酸増幅工程の介在なく、自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９１】
核酸増幅工程を行わずに、自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９２】
前記液滴が、液滴アクチュエーターで制御される、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９３】
前記液滴アクチュエーターが、電極媒介液滴操作を含む液滴操作を用いて前記工程を制御する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
電極媒介液滴操作が、電気濡れ媒介液滴操作を含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
電極媒介液滴操作が、光電濡れ媒介液滴操作を含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９６】
電極媒介液滴操作が、誘電泳動媒介液滴操作を含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９７】
前記工程が、オペレーターの干渉なしに、単一の液滴アクチュエーター上で一体的に実行される、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９８】
オイルと接触した前記液滴が、実質的に前記オイルに囲まれている、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９９】
オイルと接触した前記液滴が、前記オイルに浮いている、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１００】
オイルと接触した前記液滴が、前記オイルに沈んでいる、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１０１】
オイルと接触した前記液滴が、分離した２つの基板の間に挟み込まれて、前記オイルを含む液滴操作間隙を形成している、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１０２】
オイルと接触した前記液滴が、分離した２つの基板の間に挟み込まれて、前記オイルで実質的に充填された液滴操作間隙を形成している、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１０３】
核酸フラグメントを含む液滴と、平滑末端化試薬を含む液滴とを、オイルに接触させて混合し、平滑末端化反応を行い、平滑末端化された核酸フラグメントを生成する工程を含む、核酸フラグメントを平滑末端化する方法。
【請求項１０４】
平滑末端化された核酸フラグメントを含む液滴と、リン酸化試薬を含む液滴とを、オイルに接触させて混合し、リン酸化反応を行い、リン酸化された核酸フラグメントを生成する工程を含む、核酸フラグメントをリン酸化する方法。
【請求項１０５】
平滑末端化された核酸フラグメントを含む液滴と、平滑末端化およびリン酸化試薬を含む液滴とを、オイルに接触させて混合し、平滑末端化およびリン酸化反応を行い、平滑末端化され、リン酸化された核酸フラグメントを生成する工程を含む、核酸フラグメントを改質する方法。
【請求項１０６】
リン酸化された核酸フラグメントを含む液滴と、Ａ−ｔａｉｌ化試薬を含む液滴とを、オイルに接触させて混合し、Ａ−ｔａｉｌ化反応を行い、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを生成する工程を含む、核酸フラグメントをＡ−ｔａｉｌ化する方法。
【請求項１０７】
第１の核酸を含む液滴と、第２の核酸および結合試薬を含む１つ以上の液滴とを、オイルに接触させて混合する工程を含む、核酸フラグメントを結合する方法。
【請求項１０８】
前記第１の核酸が、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸を含み、前記第２の核酸が、アダプターを含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
オイル中の液滴内で前記アダプターを結合し、環状核酸を形成する工程をさらに含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１１０】
オイル中の液滴内で前記環状核酸をフラグメント化する工程をさらに含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
液滴アクチュエーターと、請求項１以降の方法のいずれかを実行するようプログラムされたコントローラーとを含む、システム。
【請求項１１２】
請求項１以降の方法のいずれかを実行するようプログラムされたエンコードされたソフトウェアを含む、ストレージ媒体。
【請求項１１３】
請求項１１２のストレージ媒体が装着された液滴アクチュエーター。
【請求項１１４】
以下を備える液滴アクチュエーター：
（ａ）頂部基板および底部基板、当該２つの基板は、高さｈ１を有する液滴操作間隙を形成するように構成されている；
（ｂ）前記底部基板と前記頂部基板との一方または両方と結合した電極を含み、かつ、高さｈ１を有する前記液滴操作間隙で液滴操作を実行するために構成された電極通路；および
（ｃ）前記２つの基板の間に高さｈ２を有する空隙を形成するように構成された前記頂部基板または前記底部基板の一方に形成された陥凹エリア、ここでｈ２はｈ１よりも大きい。
【請求項１１５】
液滴が存在するとき電極を非活性化すると液滴が前記電極から前記陥凹エリアに流れるような液滴操作を実行するために構成された電極に、前記空隙が隣接している、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１１６】
液滴のよりエネルギー的に安定なコンホメーションへの変形により引き起こされる移動の結果として、液滴が前記空隙に入る、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１１７】
前記空隙が、前記電極通路の電極の再活性化時に高さｈ１を有する前記間隙領域に、前記液滴が再突入するのを防止するように選択された寸法を有する、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１１８】
前記陥凹エリアの形状が、ｈ１からｈ２への階段形状を含む、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１１９】
前記陥凹エリアの形状が、ｈ１からｈ２へのスロープを含む、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１２０】
前記陥凹エリアが、前記頂部基板、前記底部基板、または両方の基板に形成されている、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１２１】
前記陥凹エリアが、その頂部で開放されている、請求項１２０以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１２２】
液滴を液滴アクチュエーター内の電極頂部から移動する方法であって、当該方法は、電極を非活性化して、前記液滴を前記液滴アクチュエーターの隣接領域に移動させ、前記液滴が前記電極頂部でのコンホメーションと比べてよりエネルギー的に安定なコンホメーションをとる工程を含む。
【請求項１２３】
液滴アクチュエーター内の初期位置の液滴を移動する方法であって、当該方法は、電極を非活性化して、前記液滴を前記液滴アクチュエーターの隣接領域に移動させ、前記液滴が初期位置でのコンホメーションと比べてよりエネルギー的に安定なコンホメーションをとる工程を含む。
【請求項１２４】
（ａ）前記液滴アクチュエーターが、以下を備え：
頂部基板および底部基板、当該２つの基板は、高さｈ１を有する液滴操作間隙を形成するように構成されている；
電極を含む電極通路、前記間隙が前記電極の領域で高さｈ１を有する；および
前記２つの基板の間に高さｈ２を有する空隙を形成するように構成された前記頂部基板または前記底部基板の一方に形成された電極に隣接する陥凹エリア、ここでｈ２はｈ１よりも大きい；ならびに
（ｂ）前記移動が、高さｈ１を有する前記間隙領域から、高さｈ２を有する前記間隙領域までである、
請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
前記移動が、前記電極の再活性化で前記液滴を前記電極頂部のそれ以前の位置に戻すことができないような永久的なものである、請求項１２３以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１２６】
前記移動が、前記電極の再活性化で前記液滴が前記電極頂部のそれ以前の位置に戻るような一時的なものである、請求項１２３以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１２７】
移動した前記液滴が、第３電極の活性化で前記液滴が第３電極頂部の位置に移動するような第３電極に隣接する位置にある、請求項１２３以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１２８】
前記陥凹エリアの形状が、ｈ１からｈ２への階段形状を含む、請求項１２４以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１２９】
前記陥凹エリアの形状が、ｈ１からｈ２へのスロープを含む、請求項１２４以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１３０】
前記陥凹エリアが、前記頂部基板、前記底部基板、または両方の基板に形成される、請求項１２４以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１３１】
前記陥凹エリアが、その頂部で開放されている、請求項１２４以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１３２】
（ａ）リザーバ電極の区分けされた通路の端で液滴源を収集する工程；
（ｂ）通路電極と通路側面電極とのセットに沿って液滴源を延伸する工程；
（ｃ）前記通路側面電極を非活性化する工程；および
（ｄ）１つ以上の前記通路電極を非活性化し、分配された液滴と、前記液滴源の残余部分とを生成する工程、
を含む、液滴を分配する方法。
【請求項１３３】
（ａ）前記液滴源が、磁気応答性ビーズを含み；
（ｂ）磁場が、前記磁気応答性ビーズを前記通路電極頂部の液滴領域に引き付ける場所に供給され；
（ｃ）前記非活性化工程が、前記液滴源から多量の磁気応答性ビーズを有する分配された液滴を生成する、
請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも２５％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３５】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも５０％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３６】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも７５％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３７】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも９０％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３８】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも９５％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３９】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも９９％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１４０】
前記非活性化工程が、前記液滴源から実質的に全ての磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１４１】
前記液滴源が、数千の磁気応答性ビーズを含む、請求項１３３以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１４２】
前記液滴源が、数百万の磁気応答性ビーズを含む、請求項１３３以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１４３】
以下を備える液滴アクチュエーターアセンブリ：
（ａ）１つ以上の基板；
（ｂ）前記１つ以上の基板上の一連の反応レーン、各反応レーンは、電極の通路を有する；
（ｃ）前記１つ以上の基板上の液滴分配電極アセンブリの第１セット、当該第１セットの各アセンブリは、他のいずれの前記反応レーンも横切ることなく１の前記反応レーン上にサンプル液滴を分配するように配置されている；
（ｄ）前記１つ以上の基板上の液滴分配電極アセンブリの第２セット、当該第２セットの各アセンブリは、１の前記反応レーン上に試薬液滴を分配するように配置されている。
【請求項１４４】
（ａ）前記１つ以上の基板が配置され、液滴操作間隙を形成し；および
（ｂ）前記反応レーンが、前記液滴操作間隙内に位置している、
請求項１４３に記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１４５】
流体通路を含み、当該流体通路は、前記液滴操作間隙の外側から前記液滴操作間隙まで延び、かつ、１つ以上の液滴分配電極の前記第１セット近傍に液体を供給するように配置されている、請求項１４４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１４６】
流体通路を含み、当該流体通路は、前記液滴操作間隙の外側から前記液滴操作間隙まで延び、かつ、１つ以上の液滴分配電極の前記第２セット近傍に液体を供給するように配置されている、請求項１４４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１４７】
液滴分配電極アセンブリの前記第１セットの各々が、サンプル流体を含むリザーバと結合している、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１４８】
少なくとも２つの反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１４９】
少なくとも８つの反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５０】
少なくとも１６の反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５１】
少なくとも２４の反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５２】
少なくとも４８の反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５３】
少なくとも９６の反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５４】
液滴分配電極アセンブリの前記第２セットの各々が、ライブラリー構築試薬を含むリザーバに位置している、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５５】
液滴分配電極アセンブリの前記第２セットが、サブセットに分割されていて、各サブセットが、他のいずれの前記反応レーンも横切ることなく同一の一の前記反応レーン上にサンプル液滴を分配するように配置されている２つ以上の液滴分配電極アセンブリを含む、請求項１５４に記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５６】
液滴分配電極アセンブリの各サブセット内で、斯かるサブセット内の各アセンブリは、異なるライブラリー構築試薬を含むリザーバに結合している、請求項１５５に記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５７】
前記試薬が、平滑末端化試薬、リン酸化試薬、Ａ−ｔａｉｌ化試薬、およびアダプター結合試薬から選択される、請求項１５６に記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５８】
前記反応レーン周辺の磁場が、前記反応レーンの１つ以上の領域で液滴中の磁気応答性ビーズを固定するのに十分な強さを有するように、前記反応レーンに対して配置された磁石配列をさらに含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５９】
前記反応レーン周辺の磁場が、前記反応レーンの前記電極により制御された液滴分割反応の間、液滴中の磁気応答性ビーズを拘束するのに十分な強さを有するように前記反応レーンに対して配置された磁石配列をさらに含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１６０】
前記磁石配列が、前記磁場の強化された領域を作り出すように配置された磁石を含み、当該強化された領域が、前記反応レーンにそろって、前記反応レーンで磁気応答性ビーズを固定する、請求項１５８に記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１６１】
以下の工程を含む、電極媒介液滴操作を用いた液滴系検査を実行する方法：
（ａ）２つ以上のサンプル液滴を分配し、いずれのサンプル液滴も他の液滴の反応レーンを横切ることなく、各サンプル液滴を独立した反応レーン上に輸送する工程；および
（ｂ）試薬液滴の第１セットを分配し、試薬液滴の前記第１セットのいずれの液滴もサンプル液滴が以前に横切った他の反応レーンのいずれの領域も横切ることなく、試薬液滴の前記第１セットの各液滴を反応レーン上に輸送する工程。
【請求項１６２】
各サンプル液滴と、試薬液滴の前記第１セットの１つとを混合する工程をさらに含む、請求項１６１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１６３】
各サンプル液滴をその独立した反応レーンに沿って進める工程をさらに含む、請求項１６１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１６４】
試薬液滴の第２セットを分配し、試薬液滴の前記第２セットのいずれの液滴もサンプル液滴が以前に横切った他の反応レーンのいずれの領域も横切ることなく、試薬液滴の前記第２セットの各液滴を反応レーン上に輸送する工程をさらに含む、請求項１６１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１６５】
各サンプル液滴と、試薬液滴の前記第２セットの１つとを混合する工程をさらに含む、請求項１６１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１６６】
各サンプル液滴をその独立した反応レーンに沿って進める工程をさらに含む、請求項１６１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１】
（ａ）オイル中の液滴内で核酸フラグメントを平滑末端化し、平滑末端化された核酸フラグメントを生成する工程；
（ｂ）オイル中の液滴内で平滑末端化された核酸フラグメントをリン酸化し、リン酸化された核酸フラグメントを生成する工程；
（ｃ）オイル中の液滴内でＡ−ｔａｉｌをリン酸化された核酸フラグメントに結合させ、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを生成する工程；および
（ｄ）オイル中の液滴内で核酸アダプターをＡ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントに結合させ、アダプター結合核酸フラグメントを含む核酸ライブラリーを生成する工程、
を含む、オイルと接触した液滴内の核酸ライブラリーの作製方法。
【請求項２】
（ａ）オイル中の液滴内で核酸フラグメントを平滑末端化し、平滑末端化された核酸フラグメントを生成する工程；
（ｂ）オイル中の液滴内で平滑末端化された核酸フラグメントをリン酸化し、リン酸化された核酸フラグメントを生成する工程；および
（ｃ）オイル中の液滴内で核酸アダプターを平滑末端化された核酸フラグメントに結合させ、アダプター結合核酸フラグメントを含む核酸ライブラリーを生成する工程、
を含む、オイルと接触した液滴内での核酸ライブラリーの作製方法。
【請求項３】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも５％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも１０％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも１５％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも２０％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも５０％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも７５％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも９０％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも９５％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
工程１（ｄ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程１（ａ）に入力された核酸フラグメントのモル基準で少なくとも９９％である、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
単一の液滴内で、工程１（ａ）および工程１（ｂ）が共に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
単一の液滴内で、工程１（ｂ）および工程１（ｃ）が共に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
単一の液滴内で、工程１（ａ）、工程１（ｂ）および工程１（ｃ）が共に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
工程１（ｂ）の開始前に、平滑末端化された核酸フラグメントを精製する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
工程１（ｃ）の開始前に、リン酸化された核酸フラグメントを精製する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
工程１（ｄ）の開始前に、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを精製する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記精製工程が、オイル中の液滴内でビーズ上に核酸を捕捉する工程およびオイル中で前記ビーズを洗浄する工程を含む、請求項１５以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記ビーズが、電荷スイッチビーズまたは固相可逆固定ビーズを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記精製工程が、以下の工程を含む、請求項１８以降のいずれかに記載の方法。
（ａ）洗浄液滴と、前記ビーズを含む液滴とを混合し、混合された液滴を生成する工程；および
（ｂ）前記ビーズを拘束している間に前記混合された液滴を分割し、前記ビーズを含む娘液滴と、前記ビーズを実質的に含まない娘液滴とを生成する工程。
【請求項２１】
工程２０（ｂ）でのいかなるビーズ損失も、核酸ライブラリーをその意図された目的に不適当とするのに十分なものではない、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記核酸フラグメントが、５’−突出および／または３’−突出を有する核酸フラグメントを含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
平滑末端化工程が、オイル中で、前記核酸フラグメントを含む液滴と、平滑末端化試薬を含む液滴とを混合する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
リン酸化工程が、オイル中で、前記核酸フラグメントを含む液滴と、リン酸化試薬を含む液滴とを混合する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
Ａ−ｔａｉｌを結合させる工程が、オイル中で、前記核酸フラグメントを含む液滴と、Ａ−ｔａｉｌ化試薬を含む液滴とを混合する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
核酸アダプターを結合させる工程が、オイル中で、前記核酸フラグメントを含む液滴と、アダプター結合試薬を含む液滴とを混合する工程を含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
（ａ）オイル中の液滴内で核酸フラグメントを平滑末端化およびリン酸化し、平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを生成する工程；
（ｂ）結合バッファー中の固相可逆固定ビーズを用いて、オイル中の液滴内で前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを捕捉する工程；
（ｃ）水性バッファーを用いて、オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズを洗浄する工程；
（ｄ）オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズから前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを溶離する工程；
（ｅ）オイル中の液滴内で前記リン酸化された核酸フラグメントの両末端にＡ−ｔａｉｌを結合させ、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを生成する工程；
（ｆ）結合バッファー中の固相可逆固定ビーズを用いて、オイル中の液滴内で前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを捕捉する工程；
（ｇ）水性バッファーを用いて、オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズを洗浄する工程；
（ｈ）オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズから前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを溶離する工程；
（ｉ）オイル中の液滴内で核酸アダプターを前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントに結合させ、アダプター結合核酸フラグメントを生成する工程；
（ｊ）結合バッファー中の固相可逆固定ビーズを用いて、オイル中の液滴内で前記アダプター結合核酸フラグメントを捕捉する工程；
（ｋ）水性バッファーを用いて、オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズを洗浄する工程；
（ｌ）オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズから前記アダプター結合核酸フラグメントを溶離する工程；および
（ｍ）オイル中の液滴内で前記固相可逆固定ビーズから前記アダプター結合核酸フラグメントを分離する工程、
を含む、オイルと接触した液滴内での核酸ライブラリー構築を行う方法。
【請求項２８】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも５％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも１０％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも１５％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも２０％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３２】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも５０％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３３】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも７５％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３４】
工程２７（ｍ）からのアダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも９０％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３５】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも９５％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
工程２７（ｍ）からの前記アダプター結合核酸フラグメントの修復が、工程２７（ａ）に入力された核酸フラグメントの少なくとも９９％である、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３７】
前記核酸ライブラリーを増幅する工程をさらに含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
液滴アクチュエーター上で前記核酸ライブラリーを増幅する工程をさらに含む、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
核酸増幅工程の介在なく、自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項４１】
核酸増幅工程を行わずに、自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項２７以降のいずれかに記載の方法。
【請求項４２】
核酸フラグメントを含むサンプル液滴と、平滑末端化試薬およびリン酸化試薬を含む１つ以上の試薬液滴とを混合し、平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを含むプロダクト液滴を生成する工程を含む、オイルと接触した液滴内での平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを作製する方法。
【請求項４３】
前記プロダクト液滴と、固相可逆固定ビーズを含むビーズ液滴とを混合し、捕捉液滴中で、前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを捕捉する工程をさらに含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
洗浄バッファー液滴を用いた液滴系混合および分割洗浄手順を用いて、前記固相可逆固定ビーズを洗浄し、前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを含む洗浄されたビーズを含む液滴を生成する工程をさらに含み、前記洗浄バッファー液滴が実質的に水性バッファーからなる、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
洗浄されたビーズを含む液滴と、溶離バッファー液滴とを混合し、溶離された平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを含む溶離液滴を生成する工程をさらに含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを前記固相可逆固定ビーズから分離し、オイル中に前記平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを含む液滴を生成する工程をさらに含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
平滑末端化された核酸フラグメントを含むサンプル液滴と、核酸および結合試薬を含む１つ以上の試薬液滴とを混合し、結合核酸フラグメントを含むプロダクト液滴を生成する工程を含む、オイルと接触した液滴内での平滑末端化された核酸フラグメントに核酸を結合する方法。
【請求項４８】
前記プロダクト液滴と、固相可逆固定ビーズを含むビーズ液滴とを混合し、前記結合核酸フラグメントを捕捉する工程をさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
洗浄バッファー液滴を用いた液滴系混合および分割洗浄手順を用いて、前記固相可逆固定ビーズを洗浄し、前記結合核酸フラグメントを含む洗浄されたビーズを含む液滴を生成する工程をさらに含み、前記洗浄バッファー液滴が実質的に水性バッファーからなる、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
洗浄されたビーズを含む液滴と、溶離バッファー液滴とを混合し、溶離された結合核酸フラグメントを含む溶離液滴を生成する工程をさらに含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを前記固相可逆固定ビーズから分離し、オイル中に前記結合核酸フラグメントを含む液滴を生成する工程をさらに含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
核酸フラグメントを含むサンプル液滴と、Ａ−ｔａｉｌ化試薬を含む１つ以上の試薬液滴とをオイル中で混合し、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを含むプロダクト液滴を生成する工程を含む、オイルと接触した液滴内でＡ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを作製する方法。
【請求項５３】
前記プロダクト液滴と、固相可逆固定ビーズを含むビーズ液滴とを混合し、前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを捕捉する工程をさらに含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
洗浄バッファー液滴を用いた液滴系混合および分割洗浄手順を用いて、前記固相可逆固定ビーズを洗浄し、前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを含む洗浄されたビーズを含む液滴を生成する工程をさらに含み、前記洗浄バッファー液滴が実質的に水性バッファーからなる、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
洗浄されたビーズを含む液滴と、溶離バッファー液滴とを混合し、溶離されたＡ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを含む溶離液滴を生成する工程をさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを前記固相可逆固定ビーズから分離し、オイル中に前記Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを含む液滴を生成する工程をさらに含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
核酸フラグメントを含むサンプル液滴と、Ａ−ｔａｉｌ化試薬を含む１つ以上の試薬液滴とをオイルと接触させて混合し、アダプター結合核酸フラグメントを含むプロダクト液滴を生成する工程を含む、オイルと接触した液滴内でアダプター結合核酸フラグメントを作製する方法。
【請求項５８】
前記プロダクト液滴と、固相可逆固定ビーズを含むビーズ液滴とを混合し、前記アダプター結合核酸フラグメントを捕捉する工程をさらに含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
洗浄バッファー液滴を用いた液滴系混合および分割洗浄手順を用いて、前記固相可逆固定ビーズを洗浄し、前記アダプター結合核酸フラグメントを含む洗浄されたビーズを含む液滴を生成する工程をさらに含み、前記洗浄バッファー液滴が実質的に水性バッファーからなる、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
洗浄されたビーズを含む液滴と、溶離バッファー液滴とを混合し、溶離されたアダプター結合核酸フラグメントを含む溶離液滴を生成する工程をさらに含む、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
前記アダプター結合核酸フラグメントを前記固相可逆固定ビーズから分離し、オイル中に前記アダプター結合核酸フラグメントを含む液滴を生成する工程をさらに含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６２】
オイルと接触させて以下の工程の実行を含む、オイルと接触した液滴内で核酸フラグメントを精製する方法：
（ａ）前記核酸フラグメントを含む液滴と、固相可逆固定ビーズを含むビーズ液滴とを混合し、前記核酸フラグメントを捕捉する工程；
（ｂ）洗浄バッファー液滴を用いた液滴系混合および分割洗浄手順を用いて、前記固相可逆固定ビーズを洗浄し、前記核酸フラグメントを含む洗浄されたビーズを含む液滴を生成する工程；
（ｃ）洗浄されたビーズを含む液滴と、溶離バッファー液滴とを混合し、溶離された平滑末端化／リン酸化された核酸フラグメントを含む溶離液滴を生成する工程；および
（ｄ）前記核酸フラグメントを前記固相可逆固定ビーズから分離し、前記精製された核酸フラグメントを含む液滴をオイル中に生成する工程。
【請求項６３】
前記洗浄バッファー液滴が、実質的に水性バッファーからなる液滴を含む、請求項６２以降のいずれかに記載の方法。
【請求項６４】
前記水性バッファーが、実質的に結合バッファーからなる、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記水性バッファーが、実質的に有機溶媒を含まない、請求項６３に記載の方法。
【請求項６６】
前記水性バッファーが、約１０％以下の有機溶媒を含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６７】
前記水性バッファーが、実質的にエタノールを含まない、請求項６３に記載の方法。
【請求項６８】
前記水性バッファーが、約１０％以下のエタノールを含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６９】
前記洗浄バッファー液滴が、少なくとも約２５％の有機溶媒を含む液滴を含む、請求項６２以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７０】
前記洗浄バッファー液滴が、少なくとも約５０％の有機溶媒を含む液滴を含む、請求項６２以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７１】
前記洗浄バッファー液滴が、少なくとも約７５％の有機溶媒を含む液滴を含む、請求項６２以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７２】
前記有機溶媒が、アルコールを含む、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７３】
前記有機溶媒が、エタノールを含む、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７４】
前記有機溶媒が、実質的にエタノールからなる、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７５】
前記洗浄バッファー液滴が、塩と混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７６】
前記洗浄バッファー液滴が、ＮａＣｌと混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７７】
前記洗浄バッファー液滴が、約０．０１〜約１００ｍＭの量の塩を含む、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７８】
前記洗浄バッファー液滴が、約０．１〜約１０ｍＭの量の塩を含む、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項７９】
前記洗浄バッファー液滴が、洗浄バッファーに可溶な約０．０１〜約１００ｍＭの量の正塩と、混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８０】
前記洗浄バッファー液滴が、洗浄バッファーに可溶な約０．１〜約１０ｍＭの量の正塩と、混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８１】
前記洗浄バッファー液滴が、洗浄バッファーに可溶な約０．０１〜約１００ｍＭの量の単塩と、混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８２】
前記洗浄バッファー液滴が、洗浄バッファーに可溶な約０．１〜約１０ｍＭの量の単塩と、混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８３】
前記洗浄バッファー液滴が、ＮａＣｌと、約０．０１〜約１００ｍＭの量で混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８４】
前記洗浄バッファー液滴が、ＮａＣｌと、約０．１〜約１０ｍＭの量で混合される、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８５】
前記塩の存在しない前記有機溶媒を含む前記洗浄バッファー液滴に比べて、前記塩が、１つ以上の電気濡れ液滴操作の再現性を向上させる、請求項６９以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８６】
前記１つ以上の電気濡れ液滴操作が、液滴輸送、液滴分割、および液滴分配からなる群より選択される、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記オイルが、シリコーンオイルを含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８８】
前記オイルが、フルオロシリコーンオイルを含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項８９】
自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９０】
核酸増幅工程の介在なく、自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９１】
核酸増幅工程を行わずに、自動化シークエンサー上で前記核酸ライブラリーを配列決定する工程をさらに含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９２】
前記液滴が、液滴アクチュエーターで制御される、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９３】
前記液滴アクチュエーターが、電極媒介液滴操作を含む液滴操作を用いて前記工程を制御する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
電極媒介液滴操作が、電気濡れ媒介液滴操作を含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
電極媒介液滴操作が、光電濡れ媒介液滴操作を含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９６】
電極媒介液滴操作が、誘電泳動媒介液滴操作を含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９７】
前記工程が、オペレーターの干渉なしに、単一の液滴アクチュエーター上で一体的に実行される、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９８】
オイルと接触した前記液滴が、実質的に前記オイルに囲まれている、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項９９】
オイルと接触した前記液滴が、前記オイルに浮いている、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１００】
オイルと接触した前記液滴が、前記オイルに沈んでいる、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１０１】
オイルと接触した前記液滴が、分離した２つの基板の間に挟み込まれて、前記オイルを含む液滴操作間隙を形成している、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１０２】
オイルと接触した前記液滴が、分離した２つの基板の間に挟み込まれて、前記オイルで実質的に充填された液滴操作間隙を形成している、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１０３】
核酸フラグメントを含む液滴と、平滑末端化試薬を含む液滴とを、オイルに接触させて混合し、平滑末端化反応を行い、平滑末端化された核酸フラグメントを生成する工程を含む、核酸フラグメントを平滑末端化する方法。
【請求項１０４】
平滑末端化された核酸フラグメントを含む液滴と、リン酸化試薬を含む液滴とを、オイルに接触させて混合し、リン酸化反応を行い、リン酸化された核酸フラグメントを生成する工程を含む、核酸フラグメントをリン酸化する方法。
【請求項１０５】
平滑末端化された核酸フラグメントを含む液滴と、平滑末端化およびリン酸化試薬を含む液滴とを、オイルに接触させて混合し、平滑末端化およびリン酸化反応を行い、平滑末端化され、リン酸化された核酸フラグメントを生成する工程を含む、核酸フラグメントを改質する方法。
【請求項１０６】
リン酸化された核酸フラグメントを含む液滴と、Ａ−ｔａｉｌ化試薬を含む液滴とを、オイルに接触させて混合し、Ａ−ｔａｉｌ化反応を行い、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸フラグメントを生成する工程を含む、核酸フラグメントをＡ−ｔａｉｌ化する方法。
【請求項１０７】
第１の核酸を含む液滴と、第２の核酸および結合試薬を含む１つ以上の液滴とを、オイルに接触させて混合する工程を含む、核酸フラグメントを結合する方法。
【請求項１０８】
前記第１の核酸が、Ａ−ｔａｉｌ化された核酸を含み、前記第２の核酸が、アダプターを含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
オイル中の液滴内で前記アダプターを結合し、環状核酸を形成する工程をさらに含む、請求項１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１１０】
オイル中の液滴内で前記環状核酸をフラグメント化する工程をさらに含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
液滴アクチュエーターと、請求項１以降の方法のいずれかを実行するようプログラムされたコントローラーとを含む、システム。
【請求項１１２】
請求項１以降の方法のいずれかを実行するようプログラムされたエンコードされたソフトウェアを含む、ストレージ媒体。
【請求項１１３】
請求項１１２のストレージ媒体が装着された液滴アクチュエーター。
【請求項１１４】
以下を備える液滴アクチュエーター：
（ａ）頂部基板および底部基板、当該２つの基板は、高さｈ１を有する液滴操作間隙を形成するように構成されている；
（ｂ）前記底部基板と前記頂部基板との一方または両方と結合した電極を含み、かつ、高さｈ１を有する前記液滴操作間隙で液滴操作を実行するために構成された電極通路；および
（ｃ）前記２つの基板の間に高さｈ２を有する空隙を形成するように構成された前記頂部基板または前記底部基板の一方に形成された陥凹エリア、ここでｈ２はｈ１よりも大きい。
【請求項１１５】
液滴が存在するとき電極を非活性化すると液滴が前記電極から前記陥凹エリアに流れるような液滴操作を実行するために構成された電極に、前記空隙が隣接している、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１１６】
液滴のよりエネルギー的に安定なコンホメーションへの変形により引き起こされる移動の結果として、液滴が前記空隙に入る、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１１７】
前記空隙が、前記電極通路の電極の再活性化時に高さｈ１を有する前記間隙領域に、前記液滴が再突入するのを防止するように選択された寸法を有する、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１１８】
前記陥凹エリアの形状が、ｈ１からｈ２への階段形状を含む、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１１９】
前記陥凹エリアの形状が、ｈ１からｈ２へのスロープを含む、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１２０】
前記陥凹エリアが、前記頂部基板、前記底部基板、または両方の基板に形成されている、請求項１１４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１２１】
前記陥凹エリアが、その頂部で開放されている、請求項１２０以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーター。
【請求項１２２】
液滴を液滴アクチュエーター内の電極頂部から移動する方法であって、当該方法は、電極を非活性化して、前記液滴を前記液滴アクチュエーターの隣接領域に移動させ、前記液滴が前記電極頂部でのコンホメーションと比べてよりエネルギー的に安定なコンホメーションをとる工程を含む。
【請求項１２３】
液滴アクチュエーター内の初期位置の液滴を移動する方法であって、当該方法は、電極を非活性化して、前記液滴を前記液滴アクチュエーターの隣接領域に移動させ、前記液滴が初期位置でのコンホメーションと比べてよりエネルギー的に安定なコンホメーションをとる工程を含む。
【請求項１２４】
（ａ）前記液滴アクチュエーターが、以下を備え：
頂部基板および底部基板、当該２つの基板は、高さｈ１を有する液滴操作間隙を形成するように構成されている；
電極を含む電極通路、前記間隙が前記電極の領域で高さｈ１を有する；および
前記２つの基板の間に高さｈ２を有する空隙を形成するように構成された前記頂部基板または前記底部基板の一方に形成された電極に隣接する陥凹エリア、ここでｈ２はｈ１よりも大きい；ならびに
（ｂ）前記移動が、高さｈ１を有する前記間隙領域から、高さｈ２を有する前記間隙領域までである、
請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
前記移動が、前記電極の再活性化で前記液滴を前記電極頂部のそれ以前の位置に戻すことができないような永久的なものである、請求項１２３以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１２６】
前記移動が、前記電極の再活性化で前記液滴が前記電極頂部のそれ以前の位置に戻るような一時的なものである、請求項１２３以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１２７】
移動した前記液滴が、第３電極の活性化で前記液滴が第３電極頂部の位置に移動するような第３電極に隣接する位置にある、請求項１２３以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１２８】
前記陥凹エリアの形状が、ｈ１からｈ２への階段形状を含む、請求項１２４以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１２９】
前記陥凹エリアの形状が、ｈ１からｈ２へのスロープを含む、請求項１２４以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１３０】
前記陥凹エリアが、前記頂部基板、前記底部基板、または両方の基板に形成される、請求項１２４以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１３１】
前記陥凹エリアが、その頂部で開放されている、請求項１２４以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１３２】
（ａ）リザーバ電極の区分けされた通路の端で液滴源を収集する工程；
（ｂ）通路電極と通路側面電極とのセットに沿って液滴源を延伸する工程；
（ｃ）前記通路側面電極を非活性化する工程；および
（ｄ）１つ以上の前記通路電極を非活性化し、分配された液滴と、前記液滴源の残余部分とを生成する工程、
を含む、液滴を分配する方法。
【請求項１３３】
（ａ）前記液滴源が、磁気応答性ビーズを含み；
（ｂ）磁場が、前記磁気応答性ビーズを前記通路電極頂部の液滴領域に引き付ける場所に供給され；
（ｃ）前記非活性化工程が、前記液滴源から多量の磁気応答性ビーズを有する分配された液滴を生成する、
請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも２５％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３５】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも５０％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３６】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも７５％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３７】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも９０％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３８】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも９５％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３９】
前記非活性化工程が、前記液滴源から少なくとも９９％の磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１４０】
前記非活性化工程が、前記液滴源から実質的に全ての磁気応答性ビーズを有する前記分配された液滴を生成する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１４１】
前記液滴源が、数千の磁気応答性ビーズを含む、請求項１３３以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１４２】
前記液滴源が、数百万の磁気応答性ビーズを含む、請求項１３３以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１４３】
以下を備える液滴アクチュエーターアセンブリ：
（ａ）１つ以上の基板；
（ｂ）前記１つ以上の基板上の一連の反応レーン、各反応レーンは、電極の通路を有する；
（ｃ）前記１つ以上の基板上の液滴分配電極アセンブリの第１セット、当該第１セットの各アセンブリは、他のいずれの前記反応レーンも横切ることなく１の前記反応レーン上にサンプル液滴を分配するように配置されている；
（ｄ）前記１つ以上の基板上の液滴分配電極アセンブリの第２セット、当該第２セットの各アセンブリは、１の前記反応レーン上に試薬液滴を分配するように配置されている。
【請求項１４４】
（ａ）前記１つ以上の基板が配置され、液滴操作間隙を形成し；および
（ｂ）前記反応レーンが、前記液滴操作間隙内に位置している、
請求項１４３に記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１４５】
流体通路を含み、当該流体通路は、前記液滴操作間隙の外側から前記液滴操作間隙まで延び、かつ、１つ以上の液滴分配電極の前記第１セット近傍に液体を供給するように配置されている、請求項１４４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１４６】
流体通路を含み、当該流体通路は、前記液滴操作間隙の外側から前記液滴操作間隙まで延び、かつ、１つ以上の液滴分配電極の前記第２セット近傍に液体を供給するように配置されている、請求項１４４以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１４７】
液滴分配電極アセンブリの前記第１セットの各々が、サンプル流体を含むリザーバと結合している、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１４８】
少なくとも２つの反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１４９】
少なくとも８つの反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５０】
少なくとも１６の反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５１】
少なくとも２４の反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５２】
少なくとも４８の反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５３】
少なくとも９６の反応レーンを含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５４】
液滴分配電極アセンブリの前記第２セットの各々が、ライブラリー構築試薬を含むリザーバに位置している、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５５】
液滴分配電極アセンブリの前記第２セットが、サブセットに分割されていて、各サブセットが、他のいずれの前記反応レーンも横切ることなく同一の一の前記反応レーン上にサンプル液滴を分配するように配置されている２つ以上の液滴分配電極アセンブリを含む、請求項１５４に記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５６】
液滴分配電極アセンブリの各サブセット内で、斯かるサブセット内の各アセンブリは、異なるライブラリー構築試薬を含むリザーバに結合している、請求項１５５に記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５７】
前記試薬が、平滑末端化試薬、リン酸化試薬、Ａ−ｔａｉｌ化試薬、およびアダプター結合試薬から選択される、請求項１５６に記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５８】
前記反応レーン周辺の磁場が、前記反応レーンの１つ以上の領域で液滴中の磁気応答性ビーズを固定するのに十分な強さを有するように、前記反応レーンに対して配置された磁石配列をさらに含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１５９】
前記反応レーン周辺の磁場が、前記反応レーンの前記電極により制御された液滴分割反応の間、液滴中の磁気応答性ビーズを拘束するのに十分な強さを有するように前記反応レーンに対して配置された磁石配列をさらに含む、請求項１４３以降のいずれかに記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１６０】
前記磁石配列が、前記磁場の強化された領域を作り出すように配置された磁石を含み、当該強化された領域が、前記反応レーンにそろって、前記反応レーンで磁気応答性ビーズを固定する、請求項１５８に記載の液滴アクチュエーターアセンブリ。
【請求項１６１】
以下の工程を含む、電極媒介液滴操作を用いた液滴系検査を実行する方法：
（ａ）２つ以上のサンプル液滴を分配し、いずれのサンプル液滴も他の液滴の反応レーンを横切ることなく、各サンプル液滴を独立した反応レーン上に輸送する工程；および
（ｂ）試薬液滴の第１セットを分配し、試薬液滴の前記第１セットのいずれの液滴もサンプル液滴が以前に横切った他の反応レーンのいずれの領域も横切ることなく、試薬液滴の前記第１セットの各液滴を反応レーン上に輸送する工程。
【請求項１６２】
各サンプル液滴と、試薬液滴の前記第１セットの１つとを混合する工程をさらに含む、請求項１６１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１６３】
各サンプル液滴をその独立した反応レーンに沿って進める工程をさらに含む、請求項１６１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１６４】
試薬液滴の第２セットを分配し、試薬液滴の前記第２セットのいずれの液滴もサンプル液滴が以前に横切った他の反応レーンのいずれの領域も横切ることなく、試薬液滴の前記第２セットの各液滴を反応レーン上に輸送する工程をさらに含む、請求項１６１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１６５】
各サンプル液滴と、試薬液滴の前記第２セットの１つとを混合する工程をさらに含む、請求項１６１以降のいずれかに記載の方法。
【請求項１６６】
各サンプル液滴をその独立した反応レーンに沿って進める工程をさらに含む、請求項１６１以降のいずれかに記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図５Ｃ】
【図５Ｄ】
【図５Ｅ】
【図５Ｆ】
【図５Ｇ】
【図５Ｈ】
【図５Ｉ】
【図５Ｊ】
【図５Ｋ】
【図５Ｌ】
【図５Ｍ】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図８Ｃ】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１３Ｃ】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２Ａ】
【図２２Ｂ】
【図２３】
【図２４Ａ】
【図２４Ｂ】
【図２５Ａ】
【図２５Ｂ】
【図２６Ａ】
【図２６Ｂ】
【図２７】
【図２８Ａ−２８Ｂ】
【図２８Ｃ】
【図２８Ｄ】
【図２９Ａ】
【図２９Ｂ】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４Ａ】
【図３４Ｂ】
【図３４Ｃ】
【図３４Ｄ】
【図３４Ｅ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図５Ｃ】
【図５Ｄ】
【図５Ｅ】
【図５Ｆ】
【図５Ｇ】
【図５Ｈ】
【図５Ｉ】
【図５Ｊ】
【図５Ｋ】
【図５Ｌ】
【図５Ｍ】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図８Ｃ】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１３Ｃ】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２Ａ】
【図２２Ｂ】
【図２３】
【図２４Ａ】
【図２４Ｂ】
【図２５Ａ】
【図２５Ｂ】
【図２６Ａ】
【図２６Ｂ】
【図２７】
【図２８Ａ−２８Ｂ】
【図２８Ｃ】
【図２８Ｄ】
【図２９Ａ】
【図２９Ｂ】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４Ａ】
【図３４Ｂ】
【図３４Ｃ】
【図３４Ｄ】
【図３４Ｅ】
【公表番号】特表２０１３−５２０２０２（Ｐ２０１３−５２０２０２Ａ）
【公表日】平成２５年６月６日（２０１３．６．６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５５５０７８（Ｐ２０１２−５５５０７８）
【出願日】平成２３年２月２２日（２０１１．２．２２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２５７１１
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／１０６３１４
【国際公開日】平成２３年９月１日（２０１１．９．１）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＪＡＶＡ
２．ＧＳＭ
【出願人】（５１２２２２２６４）アドバンスト リキッド ロジック インコーポレイテッド (1)
【氏名又は名称原語表記】ＡＤＶＡＮＣＥＤ ＬＩＱＵＩＤ ＬＯＧＩＣ， ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２５年６月６日（２０１３．６．６）
【国際特許分類】
【出願日】平成２３年２月２２日（２０１１．２．２２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２５７１１
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／１０６３１４
【国際公開日】平成２３年９月１日（２０１１．９．１）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＪＡＶＡ
２．ＧＳＭ
【出願人】（５１２２２２２６４）アドバンスト リキッド ロジック インコーポレイテッド (1)
【氏名又は名称原語表記】ＡＤＶＡＮＣＥＤ ＬＩＱＵＩＤ ＬＯＧＩＣ， ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
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