説明

痩せの表現型に関連する遺伝子発現プロファイルおよびその使用

改善もしくは維持された除脂肪体重または減少させた体脂肪に関連する遺伝子発現プロファイルを開示する。この遺伝子発現プロファイルは、例えば高タンパク質食の消費、共役リノレン酸の摂取、運動の増加などの、痩せ促進レジメンを受けた動物の脂肪、肝臓、および筋肉組織において決定されたものである。動物において所望の表現型を調節するかそれに寄与する医薬物質、機能性食品物質、食餌性物質または処理レジメンの同定のためにそのようなプロファイルを用いる方法についても開示する。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
(1)共役リノール酸(CLA)の投与、(2)高タンパク質食の消費、および(3)運動の増加、を含む1種類以上の痩せ表現型促進処理の結果、痩せの表現型を示す動物において差次的に発現する複数のポリヌクレオチドを含む組み合わせであって、前記ポリヌクレオチドが、表6または表10に記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子から選択される組み合わせ。
【請求項2】
前記ポリヌクレオチドが、(1)CLAの投与、(2)高タンパク質食の消費、および(3)運動の増加、を含む前記痩せ表現型促進処理の各々において差次的に発現し、かつ、前記ポリヌクレオチドが、表6に記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子から選択される、請求項1に記載の組み合わせ。
【請求項3】
前記ポリヌクレオチドが、表6A、表6B、表6C、表6D、表6E、表6Fおよび表6Gから選択される表6の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子から選択される、請求項2に記載の組み合わせ。
【請求項4】
前記ポリヌクレオチドが、脂肪組織において差次的に発現し、かつ、コレステロール生合成経路、スタチン経路、脂肪生成、アポトーシス、細胞運動性、ミトコンドリア脂肪酸ベータ酸化、脂肪酸生合成、脂肪酸代謝、解糖、細胞増殖の制御、炎症、免疫およびストレス応答、多細胞生物の発生、およびアポトーシスの制御、から選択される機能に関与するタンパク質をコードする、請求項2に記載の組み合わせ。
【請求項5】
前記ポリヌクレオチドが、肝臓において差次的に発現し、かつ、PPARシグナル伝達経路および脂肪酸代謝から選択される機能に関与するタンパク質をコードする、請求項2に記載の組み合わせ。
【請求項6】
前記ポリヌクレオチドが、筋肉において差次的に発現し、かつ、脂質代謝に関与するタンパク質をコードする、請求項2に記載の組み合わせ。
【請求項7】
前記ポリヌクレオチドが、高タンパク質食の消費を含む前記痩せ表現型促進処理において差次的に発現し、かつ、前記ポリヌクレオチドが、表10に記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子から選択される、請求項1に記載の組み合わせ。
【請求項8】
前記ポリヌクレオチドが、表10A、表10B、表10C、表10D、表10E、表10Fおよび表10Gから選択される表10の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子から選択される、請求項7に記載の組み合わせ。
【請求項9】
前記ポリヌクレオチドが、脂肪組織において差次的に発現し、かつ、免疫応答、炎症反応、ストレスへの応答、走化性、折り畳まれていないタンパク質に対する応答、防御応答、細胞活性化、リンパ球活性化、運動挙動、脂質代謝過程、脂質生合成過程、ステロイド生合成過程、コレステロール代謝過程、ステロイド代謝過程、解糖、グルコース代謝過程、臓器発生、筋発生、細胞増殖の正の制御、血管新生、血管形態形成、抗アポトーシス、筋収縮、リン酸輸送、タンパク質複合体群、カルシウム介在性シグナル伝達、GTPアーゼ活性の制御、タンパク質アミノ酸グリコシル化、細胞形状の制御、ドブネズミ(Rattus norvegicus:Rn)B細胞受容体 NetPath 12、Rn T細胞受容体 NetPath 11、Rn IL−4 NetPath 16、Rn IL−7 NetPath 19、Rnエイコサノイド合成、Rnインスリンシグナル伝達、Rnコレステロール生合成、Rn脂肪酸合成BiGCaT、Rn Krebs−TCA回路、Rnミトコンドリア脂肪酸ベータ酸化、Rn横紋筋収縮、白血球経内皮遊走、T細胞受容体シグナル伝達経路、タイトジャンクション、B細胞受容体シグナル伝達経路、補体および凝固カスケード、FcイプシロンRIシグナル伝達経路、toll様受容体シグナル伝達経路、PPARシグナル伝達経路、ステロイドの生合成、解糖/糖新生、アラキドン酸代謝、ピルビン酸代謝、およびリボフラビン代謝、から選択される機能に関与するタンパク質をコードする、請求項7に記載の組み合わせ。
【請求項10】
前記ポリヌクレオチドが、肝臓において差次的に発現し、かつ、脂質代謝過程、脂肪酸代謝過程、脂質生合成過程、脂肪酸生合成過程、ステロイド代謝過程、タンパク質分解、炭水化物代謝過程、グルコース代謝過程、糖新生、アミノ酸代謝過程、アミン代謝過程、窒素化合物代謝過程、一炭素化合物代謝過程、異物代謝過程、ナトリウムイオン輸送、多細胞生物の発生、細胞増殖の制御、髄鞘形成、細胞周期を通じての進行の制御、抗原プロセシングおよび抗原提示、Rn脂肪生成、Rn脂肪酸合成BiGCaT、Rn解糖および糖新生、脂質代謝および毒性におけるRn核受容体、Rn脂肪酸ベータ酸化1 BiGCaT、Rn脂肪酸オメガ酸化BiGCaT、PPARシグナル伝達経路、シトクロムP450による異物の代謝、脂肪酸代謝、アラニンおよびアスパラギン酸代謝、アルギニンおよびプロリン代謝、ピルビン酸代謝、グルタミン酸代謝、窒素代謝、システイン代謝、およびチロシン代謝、から選択される機能に関与するタンパク質をコードする、請求項7に記載の組み合わせ。
【請求項11】
前記ポリヌクレオチドが、筋肉において差次的に発現し、かつ、免疫応答、防御応答、炎症反応およびRn概日運動から選択される機能に関与するタンパク質をコードする、請求項7に記載の組み合わせ。
【請求項12】
前記痩せ表現型促進処理が少なくとも1週間にわたって施される、請求項1に記載の組み合わせ。
【請求項13】
前記痩せ表現型促進処理が少なくとも4週間にわたって施される、請求項1に記載の組み合わせ。
【請求項14】
前記痩せ表現型促進処理が少なくとも8週間にわたって施される、請求項1に記載の組み合わせ。
【請求項15】
前記ポリヌクレオチドがイヌまたはネコのポリヌクレオチドである、請求項1に記載の組み合わせ。
【請求項16】
(1)CLAの投与、(2)高タンパク質食の消費、および(3)運動の増加、を含む1種類以上の痩せ表現型促進処理によって生じる、痩せの表現型を示す動物における差次的遺伝子発現を検出するための2種類以上のプローブを含む組成物であって、前記プローブが、
a)表6または表10に記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする2つ以上の遺伝子に特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチド、または
b)表6または表10に記載されているタンパク質またはそのフラグメントから選択される2つ以上のポリペプチドに特異的に結合するポリペプチド結合物質、
を含む組成物。
【請求項17】
前記ポリペプチド結合物質が抗体である、請求項16に記載の組成物。
【請求項18】
前記プローブが、表6A、表6B、表6C、表6D、表6E、表6Fおよび表6Gから選択される表6の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子に特異的にハイブリダイズするか、あるいは表6A、表6B、表6C、表6D、表6E、表6Fおよび表6Gから選択される表6の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントを含むポリペプチドに特異的に結合する、請求項16に記載の組成物。
【請求項19】
前記プローブが、表7、表8または表9に記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそのようなタンパク質を含むポリペプチド、に特異的にハイブリダイズするか特異的に結合する、請求項16に記載の組成物。
【請求項20】
前記プローブが、表10A、表10B、表10C、表10D、表10E、表10Fおよび表10Gから選択される表10の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子に特異的にハイブリダイズするか、あるいは表10A、表10B、表10C、表10D、表10E、表10Fおよび表10Gから選択される表10の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントを含むポリペプチドに特異的に結合する、請求項16に記載の組成物。
【請求項21】
前記プローブが、表11、表12または表13に記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそのようなタンパク質を含むポリペプチド、に特異的にハイブリダイズするか特異的に結合する、請求項16に記載の組成物。
【請求項22】
前記プローブが、イヌまたはネコのポリヌクレオチドまたはポリペプチドに特異的にハイブリダイズするか結合する、請求項16に記載の組成物。
【請求項23】
(1)CLAの投与、(2)高タンパク質食の消費、および(3)運動の増加、を含む1種類以上の痩せ表現型促進処理によって生じる、痩せの表現型を示す動物における差次的遺伝子発現を検出するための複数のプローブを含むアレイが貼付された固体支持体を含むデバイスであって、前記プローブが、
a)表6または表10に記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする2つ以上の遺伝子に特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチド、または
b)表6または表10に記載されているタンパク質またはそのフラグメントから選択される2つ以上のポリペプチドに特異的に結合するポリペプチド結合物質、
を含むデバイス。
【請求項24】
前記ポリペプチド結合物質が抗体である、請求項23に記載のデバイス。
【請求項25】
前記プローブが、表6A、表6B、表6C、表6D、表6E、表6Fおよび表6Gから選択される表6の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子に特異的にハイブリダイズするか、あるいは表6A、表6B、表6C、表6D、表6E、表6Fおよび表6Gから選択される表6の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントを含むポリペプチドに特異的に結合する、請求項23に記載のデバイス。
【請求項26】
前記プローブが、表7、表8または表9に記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそのようなタンパク質を含むポリペプチド、に特異的にハイブリダイズするか特異的に結合する、請求項23に記載のデバイス。
【請求項27】
前記プローブが、表10A、表10B、表10C、表10D、表10E、表10Fおよび表10Gから選択される表10の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子に特異的にハイブリダイズするか、あるいは表10A、表10B、表10C、表10D、表10E、表10Fおよび表10Gから選択される表10の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントを含むポリペプチドに特異的に結合する、請求項23に記載のデバイス。
【請求項28】
前記プローブが、表11、表12または表13に記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそのようなタンパク質を含むポリペプチド、に特異的にハイブリダイズするか特異的に結合する、請求項23に記載のデバイス。
【請求項29】
(1)CLAの投与、(2)高タンパク質食の消費、および(3)運動の増加、を含む1種類以上の痩せ表現型促進処理の結果、正常動物に比べて、痩せの表現型を示す動物において差次的に発現する1つ以上の遺伝子の差次的発現を検出するための方法であって、
a)(i)表6または表10に記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする2つ以上の遺伝子に特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチド、または(ii)表6または表10に記載されているタンパク質またはそのフラグメントから選択される2つ以上のポリペプチドに特異的に結合するポリペプチド結合物質、を含むプローブを提供すること、
b)前記プローブを、前記痩せの表現型を示す動物由来のmRNAまたはタンパク質を含む試料へ、当該試料中の前記mRNAまたはタンパク質への前記プローブのハイブリダイゼーションまたは結合が可能となる様式で添加し、それにより当該試料中にハイブリダイゼーション複合体または結合複合体を形成すること、
c)所望により、前記プローブを、正常動物由来のmRNAまたはタンパク質を含む他の試料へ、当該第二試料中の前記mRNAまたはタンパク質への前記プローブのハイブリダイゼーションまたは結合が可能となる様式で添加し、それにより当該他の試料中にハイブリダイゼーション複合体または結合複合体を形成すること、
d)前記試料(1つまたは複数)中に前記ハイブリダイゼーション複合体を検出すること、および
e)前記第一試料由来のハイブリダイゼーション複合体または結合複合体を、標準試料由来または所望により前記他の試料由来のハイブリダイゼーション複合体または結合複合体と比較すること、
を含み、
前記試料と標準試料または前記所望により選択される他の試料との間に、ハイブリダイゼーションまたは結合の量において少なくとも1つの差がある場合に、当該少なくとも1つの差が、前記痩せの表現型を示す動物において差次的に発現する前記1つ以上の遺伝子の差次的発現を示す、方法。
【請求項30】
前記プローブが、表6A、表6B、表6C、表6D、表6E、表6Fおよび表6Gから選択される表6の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子に特異的にハイブリダイズするか、あるいは表6A、表6B、表6C、表6D、表6E、表6Fおよび表6Gから選択される表6の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントを含むポリペプチドに特異的に結合する、請求項29に記載の方法。
【請求項31】
前記プローブが、表7、表8または表9に記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそのようなタンパク質を含むポリペプチド、に特異的にハイブリダイズするか特異的に結合する、請求項29に記載の方法。
【請求項32】
前記プローブが、表10A、表10B、表10C、表10D、表10E、表10Fおよび表10Gから選択される表10の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子に特異的にハイブリダイズするか、あるいは表10A、表10B、表10C、表10D、表10E、表10Fおよび表10Gから選択される表10の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントを含むポリペプチドに特異的に結合する、請求項29に記載の方法。
【請求項33】
前記プローブが、表11、表12または表13に記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそのようなタンパク質を含むポリペプチド、に特異的にハイブリダイズするか特異的に結合する、請求項29に記載の方法。
【請求項34】
前記プローブが、イヌまたはネコのポリヌクレオチドまたはポリペプチドに特異的にハイブリダイズするか結合する、請求項29に記載の方法。
【請求項35】
前記プローブが基板に結合している、請求項29に記載の方法。
【請求項36】
前記プローブがアレイ中にある、請求項35に記載の方法。
【請求項37】
前記動物において前記痩せの表現型を促進することを試みる場合に、前記検出を、間隔をあけて行い、かつこれを用いて動物の発達(progress)をモニターする、請求項29に記載の方法。
【請求項38】
動物に投与する場合に、試験物質が痩せの表現型の促進において有用でありそうかどうかを決定する方法であって、
a)表6または表10に記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子から選択される2つ以上のポリヌクレオチドの転写産物または翻訳産物を、前記試験物質の非存在下の試験系において測定することにより第一遺伝子発現プロファイルを決定すること、
b)表6または表10に記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子から選択される2つ以上のポリヌクレオチドの転写産物または翻訳産物を、前記試験物質の存在下の試験系において測定することにより第二遺伝子発現プロファイルを決定すること、および
c)前記第一遺伝子発現プロファイルを前記第二遺伝子発現プロファイルと比較すること、
を含み、
前記第一遺伝子発現プロファイルと比較して前記第二遺伝子発現プロファイルに変化がある場合に、当該変化が、動物に投与する場合に前記試験物質が痩せの表現型の促進に有用でありそうであることを示す、方法。
【請求項39】
少なくとも前記第二遺伝子発現プロファイルを、表6または表10に記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子から選択される2つ以上のポリヌクレオチドの転写産物または翻訳産物を、動物に投与する場合に痩せの表現型を促進することが知られている参照物質の存在下の試験系において測定することによって得た参照遺伝子発現プロファイルと比較することをさらに含む、請求項38に記載の方法。
【請求項40】
前記試験系に培養細胞集団が含まれる方法。
【請求項41】
前記試験系に動物が含まれる、請求項38に記載の方法。
【請求項42】
前記プローブが、表6A、表6B、表6C、表6D、表6E、表6Fおよび表6Gから選択される表6の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子に特異的にハイブリダイズするか、あるいは表6A、表6B、表6C、表6D、表6E、表6Fおよび表6Gから選択される表6の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントを含むポリペプチドに特異的に結合する、請求項38に記載の方法。
【請求項43】
前記プローブが、表7、表8または表9に記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそのようなタンパク質を含むポリペプチド、に特異的にハイブリダイズするか特異的に結合する、請求項38に記載の方法。
【請求項44】
前記プローブが、表10A、表10B、表10C、表10D、表10E、表10Fおよび表10Gから選択される表10の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子に特異的にハイブリダイズするか、あるいは表10A、表10B、表10C、表10D、表10E、表10Fおよび表10Gから選択される表10の組織特異的なサブセットにおいて記載されているタンパク質またはそのフラグメントを含むポリペプチドに特異的に結合する、請求項38に記載の方法。
【請求項45】
前記プローブが、表11、表12または表13に記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそのようなタンパク質を含むポリペプチド、に特異的にハイブリダイズするか特異的に結合する、請求項38に記載の方法。
【請求項46】
前記プローブが基板に結合している、請求項38に記載の方法。
【請求項47】
前記プローブがアレイ中にある、請求項46に記載の方法。
【請求項48】
前記試料が、イヌまたはネコ由来のmRNAまたはタンパク質を含有する、請求項38に記載の方法。
【請求項49】
請求項38に記載の方法によって、動物に投与する場合に痩せの表現型を促進しそうであるとして同定される物質。
【請求項50】
(1)CLAの投与、(2)高タンパク質食の消費、および(3)運動の増加、を含む1種類以上の痩せ表現型促進処理の結果、痩せの表現型を示す動物において差次的に発現する1つ以上のポリヌクレオチドの発現レベルを同定する情報を含有するデータベースを含むコンピュータシステムであって、前記ポリヌクレオチドが、表6〜13のいずれかに記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子から選択されるコンピュータシステム、ならびにユーザーが前記データベース中の情報にアクセスするか、前記データベース中の情報を扱うことを可能にするユーザーインターフェース。
【請求項51】
単一パッケージ内の別々の容器の中に、または仮想パッケージ内の別々の容器の中に、(1)CLAの投与、(2)高タンパク質食の消費、および(3)運動の増加、を含む1種類以上の痩せ表現型促進処理によって生じる、痩せの表現型を示す動物における差次的遺伝子発現を検出するための2つ以上のプローブを含むキットであって、前記プローブが、(a)表6〜13のいずれかに記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする2つ以上の遺伝子に特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチド、または(b)表6〜13のいずれかに記載されているタンパク質またはそのフラグメントから選択される2つ以上のポリペプチドに特異的に結合するポリペプチド結合物質、を含み、ここで、前記キットが、(1)(1)CLAの投与、(2)高タンパク質食の消費、および(3)運動の増加、を含む1種類以上の痩せ表現型促進処理によって生じる、痩せの表現型を示す動物における差次的遺伝子発現を検出するための、遺伝子発現アッセイにおける前記プローブの使い方についての指示、(2)前記プローブを使用するための試薬および機器、および(3)定期的な摂取により前記痩せの表現型が誘導されることが知られている組成物、の少なくとも1つをさらに含む、キット。
【請求項52】
前記プローブが、既知の位置で固体支持体に貼付されている、請求項51に記載のキット。
【請求項53】
前記ポリペプチド結合物質が抗体である、請求項51に記載のキット。
【請求項54】
前記痩せの表現型を誘導することが知られている物質がCLAである、請求項51に記載のキット。
【請求項55】
(1)表6〜13のいずれかに記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそれによってコードされている前記タンパク質、またはそのフラグメントを、痩せの表現型を示す動物において差次的に発現する遺伝子の発現を検出するために使用すること、(2)表6〜13のいずれかに記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそれによってコードされている前記タンパク質、またはそのフラグメントを、痩せの表現型を示す動物において差次的に発現する遺伝子の発現に対する試験物質の効果を測定するために使用すること、(3)表6〜13のいずれかに記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそれによってコードされている前記タンパク質、またはそのフラグメントを、試験物質をスクリーニングして、痩せの表現型を示す動物において差次的に発現する遺伝子の発現を調節しそうであるかどうかを決定するために使用すること、(4)表6〜13のいずれかに記載されているタンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはそれによってコードされている前記タンパク質、またはそのフラグメントを、痩せの表現型を示す動物において差次的に発現する1つ以上の遺伝子の発現を調節するために使用すること、(5)痩せの表現型を示す動物において差次的に発現する1つ以上のポリヌクレオチドの発現レベルを同定する情報を含有するデータベースを含むコンピュータシステムであって、前記ポリヌクレオチドが、表6〜13のいずれかに記載されているタンパク質またはそのフラグメントをコードする遺伝子から選択されるコンピュータシステムを使用すること、および(6)表6〜13のいずれかに記載されているタンパク質をコードする1つ以上の遺伝子の差次的発現を引き起こす能力を介して、動物に投与する場合に痩せの表現型の促進に有用でありそうな物質と同定された物質を投与すること、の1つ以上についての情報または指示を伝達するための手段であって、前記情報または指示を含有する文書、デジタル記憶媒体、光学記憶媒体、オーディオプレゼンテーションまたはビジュアルディスプレイの1つ以上を含む手段。
【請求項56】
表示されるウェブサイト、キオスク、小冊子、製品ラベル、添付文書、広告、チラシ、広報、オーディオテープ、ビデオテープ、DVD、CD、コンピュータ可読チップ、コンピュータ可読カード、コンピュータ可読ディスク、コンピュータメモリ、またはその組み合わせ、からなる群より選択される、請求項55に記載の手段。

【公表番号】特表2012−501175(P2012−501175A)
【公表日】平成24年1月19日(2012.1.19)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2011−524968(P2011−524968)
【出願日】平成21年8月10日(2009.8.10)
【国際出願番号】PCT/US2009/004582
【国際公開番号】WO2010/024852
【国際公開日】平成22年3月4日(2010.3.4)
【出願人】(599132904)ネステク ソシエテ アノニム (637)
【Fターム(参考)】