【課題】調節配列の体系的な説明及び識別に関連し、他のスクリーニングの間に且つ調節配列が識別されうるところの検出方法を提供する。
【解決手段】遺伝子転写を調節する特性を有するDNA配列を検出し、任意的に選択するための方法であって、転写システムに様々なフラグメント含有ベクターを備えることを含み、前記ベクターは、ｉ）遺伝子転写を抑制する特性を有するエレメント、及びｉｉ）レポーター遺伝子の転写を指示するプロモーターを含む。また、前記方法による、様々な分野たとえば制限されるものではないがタンパク質生産、診断、形質転換植物及び動物、並びに治療分野におけるそれらの使用方法。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝子転写を調節する特性を有するDNA配列を選択するための方法であって、転写システムに様々なフラグメント含有ベクターを備えることを含み、前記ベクターは、ｉ）遺伝子転写を抑制する特性を有するエレメント、及びｉｉ）レポーター遺伝子の転写を指示するプロモーターをさらに含み、前記方法は前記遺伝子転写を調節する特性を有する前記DNA配列を含むフラグメントを識別するために前記転写システムにおいて選択ステップを実行することをさらに含む、前記方法。
【請求項２】
前記DNA配列は安定な遺伝子転写調節特性を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記DNA配列は遺伝子転写を助長する特性を含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記転写システムは、宿主細胞を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記プロモーターは前記転写システムにおいて活性であってもよく、しかし前記ベクターにおける遺伝子転写抑制は遺伝子転写を抑制するクロマチンをもたらす、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
遺伝子転写抑制に関係するDNA配列がタンパク質複合体によって認識されるDNA配列であり、かつ前記転写システムが前記複合体を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記複合体は、ヘテロクロマチン結合性タンパク質HP1、ポリコーム−グループ（Pc-G）タンパク質、ヒストン脱アセチル化酵素活性又はMeCP２（メチル−CpG−結合性タンパク質）を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記ベクターがエピソーム的に複製するベクターである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記ベクターが、イプシュタイン−バール（Epstein-Barr）ウィルス（EBV）、OriP、及び核抗原（EBNA-1）からの複製起源を含むことを特徴とする、請求項１〜８のいずれかに一項に記載の方法。
【請求項１０】
ｉ）植物若しくは脊椎動物から単離されたDNA配列又はそれらの誘導体、又はｉｉ）合成DNA配列すなわち遺伝子エンジニアリングの手段によって構築されたDNA配列を含むDNA配列であって、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法の手段によって検出され、選択され及び任意的にクローニングされ得る、抑制を阻害する配列であるところの前記DNA配列。
【請求項１１】
ｉ）植物若しくは脊椎動物から単離されたDNA配列又はそれらの誘導体、又はｉｉ）合成DNA配列すなわち遺伝子エンジニアリングの手段によって構築されたDNA配列を含むDNA配列であって、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法の手段によって検出され、選択され及び任意的にクローニングされるところの前記DNA配列。
【請求項１２】
遺伝子転写抑制特性を有するDNA配列を識別するための方法であって、
テスト核酸の集合を用意すること、
プロモーターの転写制御下にあるテスト核酸及び第１のレポーター遺伝子を含む発現ベクターの集合を生成すること、
細胞に発現ベクターの前記集合を備えること、
それらの後代を含む細胞又はベクターを選択すること、ここで前記第１のレポーター遺伝子の転写は抑制されている、及び
前記細胞中の前記テスト核酸を識別すること、
を含む、前記方法。
【請求項１３】
前記DNA配列は遺伝子転写を抑制するクロマチン特性を有する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記DNA配列はポリコーム−グループ様応答エレメントを含む、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記ベクターが第２のレポーター遺伝子をさらに含む、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記転写システムが細胞を含む、請求項１２〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記第２のレポーター遺伝子がベクター含有細胞の選択を行うために使用される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
ベクターが、遺伝子転写を調節する特性を有するDNA配列をさらに含む、請求項１２〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記DNA配列は安定な遺伝子転写調節特性を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記DNA配列は、請求項１０又は１１に記載の配列を含む、請求項１８又は１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記DNA配列が、前記ベクターにおける前記DNA配列の一つの側に存在する、遺伝子転写を抑制する特性を有するDNA配列の転写を抑制する効果の拡散を少なくとも一部分ブロックする、請求項１８〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記DNA配列が、前記第２のレポーター遺伝子の転写に対する遺伝子転写を抑制する効果を少なくとも一部分阻害する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記第１のレポーター遺伝子が自殺遺伝子を含む、請求項１２〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記第２のレポーター遺伝子が優勢な選択可能なレポーター遺伝子を含む、請求項１２〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記プロモーターが誘導性プロモーターを含む、請求項１〜９又は１２〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
請求項１２〜２５のいずれか一項に記載の方法によって取得可能な遺伝子転写を抑制する特性を有するDNA配列。
【請求項２７】
表４Ｂに従う配列又はそれらの機能的相同物を含む、請求項２６に記載のDNA配列。
【請求項２８】
遺伝子転写を抑制する特性を有する前記DNA配列が請求項１２〜２５のいずれか一項に記載の方法によって取得可能なDNA配列を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
約50〜5000塩基対の核酸配列内のSTAR配列の存在を検出するための方法であって、前記配列における少なくとも１つの配列パターンの出現の頻度を決定し、そして出現の頻度がSTAR配列を含む少なくとも１つの配列における前記少なくとも１つの配列パターンの出現の頻度を表わすことを決定することを含む、前記方法。
【請求項３０】
出現の頻度が、STAR配列を含む少なくとも１つの配列における前記少なくとも１つの配列パターンの出現の頻度を表わすことを決定する前記ステップが、前記少なくとも１つの配列パターンの出現の頻度が、前記少なくとも１つのSTAR配列及び少なくとも１つの制御配列の間で有意に異なることを決定することを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記少なくとも１つの配列パターンの出現の頻度が、前記少なくとも１つの制御配列と比較して、STAR配列を含む前記少なくとも１つの配列において有意に高い、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記パターンの少なくとも１つが、STAR配列を含む前記少なくとも１つの配列と制御配列との間で所望の及び好ましくは最適の判別に基づいて選択される、請求項２９〜３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記制御配列が、STAR配列を含む前記少なくとも１つの配列と類似のAT/CG含量を有するランダム配列を含む、請求項３０〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
少なくとも１つの配列パターンが少なくとも5塩基を含む、請求項２９〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
少なくとも１つの配列パターンが少なくとも6塩基を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記少なくとも１つの配列パターンが表９及び／又は表１０にリストされたパターンを含む、請求項２９〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記パターンが少なくとも8塩基を含む、請求項２９〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記出現が、STAR配列を含む少なくとも2配列における前記少なくとも１つの配列パターンの出現の頻度を表わす、請求項２９〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
前記出現が、STAR配列を含む少なくとも5配列における前記少なくとも１つの配列パターンの出現の頻度を表わす、請求項２９〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
前記出現が、STAR配列を含む少なくとも10配列における前記少なくとも１つの配列パターンの出現の頻度を表わす、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記出現が、STAR配列を含む少なくとも50配列における前記少なくとも１つの配列パターンの出現の頻度を表わす、請求項２９〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
STAR配列を含む前記配列が、図２６に示された配列の少なくとも１つを含む、請求項２９〜４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
STAR配列を含む前記配列が図２６に示された配列を含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記少なくとも１つの配列パターンが、配列パターンGGACCC、CCCTGC、AAGCCC、CCCCCA及び／又はAGCACCを含む、請求項２９〜４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記少なくとも１つの配列パターンが、配列パターンCCCN{16}AGC、GGCN{9}GAC、CACN{13}AGG及び／又はCTGN{4}GCCを含む、請求項２９〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
約50〜5000塩基対の核酸配列内のSTAR配列の存在を検出するための方法であって、一つの種（species）の細胞の染色体の一部分におけるSTAR配列を含む配列を識別すること、そして前記配列及び異なる種の染色体の配列との間の有意な相同性を検出することを含む、前記方法。
【請求項４７】
前記種が植物種又は脊椎動物種、好ましくは哺乳動物種を含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
脊椎動物種又は植物種の約50〜5000塩基対の核酸配列内のSTARエレメントの存在を検出するための方法であって、前記核酸配列の隣接（flanking）配列が少なくとも１つの他の種に保存されているかどうかを識別することを含む、前記方法。
【請求項４９】
請求項１〜９、２９〜４８のいずれか一項に記載の方法によって取得可能なSTAR配列。
【請求項５０】
STAR配列を含む前記少なくとも１つの配列が請求項４９に記載のSTAR配列である、請求項２９〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
請求項４９に記載のSTAR配列の集合。
【請求項５２】
約50〜5000塩基対の核酸配列がSTAR配列を含むかどうかを決定するための方法であって、請求項５１に記載されたSTAR配列の集合における前記パターンの出現の頻度を含む配列パターンの第１のテーブルを生成すること、少なくとも１つの参照配列における前記パターンの出現の頻度を含む前記パターンの第２のテーブルを生成すること、出現の頻度が前記２つのテーブル間で異なるところの少なくとも１つのパターンを選択すること、約50〜5000塩基対の核酸配列内で前記選択されたパターンの少なくとも１つの出現の頻度を決定すること、及び前記テスト核酸における出現の頻度がSTAR配列の前記集合物における前記選択されたパターンの出現の頻度を表わすかどうかを決定することを含む、前記方法。
【請求項５３】
約50〜5000塩基の前記核酸配列が遺伝子転写を調節する特性を含むかどうかを決定することをさらに含む、請求項２９〜４８、５０及び５２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
前記遺伝子転写を調節する特性が請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法を使用して決定される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
STARの前記集合物が図２６に記載されている配列を含む、請求項５２又は５３に記載の方法。
【請求項５６】
請求項５２〜５５のいずれか一項に記載の方法によって取得可能なSTAR配列を含む、単離された及び／又は組換えられた核酸配列。
【請求項５７】
請求項１０、１１、２６、２７、４９及び５６のいずれか一項に記載のDNA配列を備えられたDNA構築物。
【請求項５８】
請求項１０、１１、２６、２７、４９及び５６のいずれか一項に記載されたDNA配列が修飾されているところのDNA構築物。
【請求項５９】
目的の核酸に動作可能にリンクされたプロモーターを含む、請求項５７又は５８に記載のDNA構築物。
【請求項６０】
遺伝子転写を調節する及び／又は抑制する特性を有する前記DNA配列の特性の活性の量が、前記プロモーターと比較して前記構築物内での前記DNA配列の方向に依存する、請求項５９に記載のDNA構築物。
【請求項６１】
遺伝子転写を調節する及び／又は抑制する特性がシグナルの存在に依存する、請求項５７〜６０のいずれか一項に記載されたDNA構築物又は請求項１０、１１、２６、２７、４９又は５６に記載されたDNA配列。
【請求項６２】
前記シグナルがDNA結合性タンパク質を含む、請求項６１に記載のDNA構築物又はDNA配列。
【請求項６３】
前記シグナルがヒト免疫不全ウィルスTATタンパク質を含む、請求項６１又は請求項６２に記載のDNA構築物又はDNA配列。
【請求項６４】
目的の核酸の転写を調節するために、請求項１０、１１、２６、２７、４９、５６〜６３のいずれか一項に記載のDNA構築物又はDNA配列を使用する方法。
【請求項６５】
細胞内で遺伝子生成物を生産するための方法であって、目的の遺伝子及び請求項１０、１１、２６、２７、４９、５６〜６３のいずれか一項に記載のDNA配列又はDNA構築物を含む発現カセットを生成すること、及び細胞内で前記発現カセットの転写をさせることを含む、前記方法。
【請求項６６】
前記遺伝子生産物の生産が誘発可能である、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
遺伝子転写を調節する特性及び／又は遺伝子転写を抑制する特性を含む、単離された及び／又は組換えられた核酸のライブラリー。
【請求項６８】
前記核酸が同一のコンセンサス配列を含む、請求項６７に記載のライブラリー。
【請求項６９】
前記遺伝子転写を抑制する特性が、遺伝子転写を抑制するクロマチンの形成を誘発する特性を含む、請求項６７又は６８に記載のライブラリー。
【請求項７０】
前記遺伝子転写を調節する特性が安定な転写特性を有する、請求項６７〜６９のいずれか一項に記載のライブラリー。
【請求項７１】
前記遺伝子転写を調節する特性が、遺伝子転写を抑制するクロマチンの形成を妨げる特性を含む、請求項７０に記載のライブラリー。
【請求項７２】
前記遺伝子転写を調節する特性が転写を助長する特性を含む、請求項６７〜７１のいずれか一項に記載のライブラリー。
【請求項７３】
染色体の遺伝子転写を調節する特性を有する全てのDNA配列を本質的に含む、請求項６７〜７２のいずれか一項に記載のライブラリー。
【請求項７４】
前記染色体が哺乳動物又は植物の染色体である、請求項７３に記載のライブラリー。
【請求項７５】
前記染色体がヒトの染色体を含む、請求項７４に記載のライブラリー。
【請求項７６】
細胞の核DNAの遺伝子転写を調節する特性を有する全てのDNA配列を本質的に含む、請求項７３〜７５のいずれか一項に記載のライブラリー。
【請求項７７】
遺伝子転写を調節する特性を有するDNA配列を選択するための方法であって、転写システムに様々なフラグメント含有ベクターを備えることを含み、前記ベクターは、ｉ）遺伝子転写を調節する特性を有するエレメント、及びｉｉ）レポーター遺伝子の転写を指示するプロモーターを含み、前記方法は前記遺伝子転写を調節する特性を有する前記DNA配列を含むフラグメントを識別するために前記転写システムにおいて選択ステップを実行することをさらに含む、前記方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６−１】

【図２６−２】

【図２６−３】

【図２６−４】

【図２６−５】

【図２６−６】

【図２６−７】

【図２６−８】

【図２６−９】

【図２６−１０】

【図２６−１１】

【図２６−１２】

【図２６−１３】

【図２６−１４】

【図２６−１５】

【図２６−１６】

【図２６−１７】

【図２６−１８】

【図２６−１９】

【図２６−２０】

【図２６−２１】

【図２６−２２】

【図２６−２３】

【図２６−２４】

【図２６−２５】

【図２６−２６】

【図２６−２７】

【図２６−２８】

【図２６−２９】

【図２６−３０】

【図２６−３１】

【図２６−３２】

【図２６−３３】

【図２６−３４】

【図２６−３５】

【図２６−３６】

【図２６−３７】

【公開番号】特開２０１０−１３１０２４（Ｐ２０１０−１３１０２４Ａ）
【公開日】平成２２年６月１７日（２０１０．６．１７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−８５９１（Ｐ２０１０−８５９１）
【出願日】平成２２年１月１８日（２０１０．１．１８）
【分割の表示】特願２００３−５１０４６１（Ｐ２００３−５１０４６１）の分割
【原出願日】平成１４年６月１４日（２００２．６．１４）
【出願人】（５０４００６３０８）クロマジェニックス　ビー．ブイ． (2)
【Ｆターム（参考）】