非対称二本鎖RNAによる特異的阻害のための、方法および組成物
本発明は、非対称末端構造を有するダイサー基質siRNA(DsiRNA)剤の使用によって、KRAS標的RNAおよびタンパク質レベルを減少させるのに有用な、化合物、組成物、および方法に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
第1および第2の核酸鎖ならびに少なくとも25個の塩基対の二重鎖領域を含む単離された二本鎖リボ核酸(dsRNA)であって、前記dsRNAの前記第2の鎖は、その3’末端に1〜5個の一本鎖ヌクレオチドを含み、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖長の少なくとも19個のヌクレオチドかつ多くとも35個のヌクレオチドに沿って、配列番号141〜186から成る群から選択される標的KRAS cDNA配列と十分に相補的であり、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、KRAS標的遺伝子発現を減少させる、単離されたdsRNA。
【請求項2】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の3’末端の最初のヌクレオチド(1位)から始めて、1、2、および/または3位が、修飾ヌクレオチドで置換される、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項3】
前記第1の鎖の前記3’末端および前記第2の鎖の前記5’末端は、平滑末端を形成する、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項4】
前記第1の鎖は、25ヌクレオチド長であり、かつ前記第2の鎖は、27ヌクレオチド長である、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項5】
前記第2の鎖は、配列番号11〜50および135〜140から成る群から選択される配列を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項6】
前記第1の鎖は、配列番号5、8、および91〜134から成る群から選択される配列を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項7】
配列番号5/配列番号14、配列番号8/配列番号43、配列番号132/配列番号138、配列番号91/配列番号11、配列番号129/配列番号135、配列番号92/配列番号12、配列番号130/配列番号136、配列番号93/配列番号13、配列番号131/配列番号137、配列番号94/配列番号15、配列番号133/配列番号139、配列番号95/配列番号16、配列番号96/配列番号17、配列番号97/配列番号18、配列番号98/配列番号19、配列番号99/配列番号20、配列番号100/配列番号21、配列番号101/配列番号22、配列番号102/配列番号23、配列番号103/配列番号24、配列番号104/配列番号25、配列番号105/配列番号26、配列番号106/配列番号27、配列番号107/配列番号28、配列番号108/配列番号29、配列番号109/配列番号30、配列番号110/配列番号31、配列番号111/配列番号32、配列番号112/配列番号33、配列番号113/配列番号34、配列番号114/配列番号35、配列番号115/配列番号36、配列番号116/配列番号37、配列番号117/配列番号38、配列番号118/配列番号39、配列番号119/配列番号40、配列番号134/配列番号140、配列番号120/配列番号41、配列番号121/配列番号42、配列番号122/配列番号44、配列番号123/配列番号45、配列番号124/配列番号46、配列番号125/配列番号47、配列番号126/配列番号48、配列番号127/配列番号49、および配列番号128/配列番号50から成る群から選択される1対の第1の鎖/第2の鎖の配列を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項8】
前記第1の鎖および前記第2の鎖のそれぞれは、少なくとも26ヌクレオチドの長さを有する、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項9】
前記第1の鎖の前記3’末端の前記修飾ヌクレオチド残基は、デオキシリボヌクレオチド、アシクロヌクレオチド、および蛍光分子から成る群から選択される、請求項2に記載の単離されたdsRNA。
【請求項10】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の前記3’末端の1位は、デオキシリボヌクレオチドである、請求項2に記載の単離されたdsRNA。
【請求項11】
前記3’オーバーハングの前記ヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドを含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項12】
前記3’オーバーハングの前記修飾ヌクレオチドは、2’−O−メチルリボヌクレオチドである、請求項11に記載の単離されたdsRNA。
【請求項13】
前記3’オーバーハングの全てのヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドである、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項14】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖および第2のオリゴヌクレオチド鎖のうちの一方または両方が、5’リン酸塩を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項15】
前記修飾ヌクレオチド残基は、2’−O−メチル、2’−メトキシエトキシ、2’−フルオロ、2’−アリル、2’−O−[2−(メチルアミノ)−2−オキソエチル]、4’−チオ、4’−CH2−O−2’−架橋、4’−(CH2)2−O−2’−架橋、2’−LNA、2−アミノ、および2’−O−(N−メチルカルバメート)から成る群から選択される、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項16】
前記3’オーバーハングは、1〜3ヌクレオチド長である、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項17】
前記3’オーバーハングは、1〜2ヌクレオチド長である、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項18】
前記3’オーバーハングは、2ヌクレオチド長であり、前記3’オーバーハングの前記修飾ヌクレオチドは、2’−O−メチル修飾リボヌクレオチドである、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項19】
前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の前記5’末端ヌクレオチド残基と相補的な前記第2の鎖の前記ヌクレオチド残基から始めて、交互の修飾および非修飾ヌクレオチド残基を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項20】
前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の5’末端ヌクレオチド残基と相補的な前記第2の鎖のヌクレオチド残基から始めて、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖の18位から5’末端までの全ての位置において、非修飾ヌクレオチド残基を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項21】
前記第1の鎖および前記第2の鎖のそれぞれは、少なくとも26かつ多くとも30ヌクレオチド長を有する、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項22】
前記dsRNAは、前記細胞においてダイサーによって内因的に切断される、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項23】
前記標的遺伝子の発現を減少させるのに十分である前記単離された二本鎖核酸の量は、前記細胞の環境において、1ナノモル以下、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項24】
前記単離されたdsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項25】
前記単離されたdsRNAは、前記細胞の環境において、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項26】
前記単離されたdsRNAは、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80〜90%、少なくとも95%、少なくとも98%、および少なくとも99%から成る群から選択される(%によって表現される)量、KRAS標的遺伝子発現を減少させるように、前記標的KRAS cDNA配列と十分に相補的である、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項27】
前記第1の鎖および第2の鎖は、化学的リンカーによって結合される、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項28】
前記第1の鎖の前記3’末端および前記第2の鎖の前記5’末端は、化学的リンカーによって結合される、請求項1に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項29】
前記第2の鎖または第1の鎖のヌクレオチドは、ダイサー切断の配向を導く修飾ヌクレオチドで置換される、請求項1に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項30】
デオキシリボヌクレオチド、ジデオキシリボヌクレオチド、アシクロヌクレオチド、3’−デオキシアデノシン(コルジセピン)、3’−アジド−3’−デオキシミジン(AZT)、2’,3’−ジデオキシイノシン(ddI)、2’,3’−ジデオキシ−3’−チアシチジン(3TC)、2’,3’−ジデヒドロ−2’,3’−ジデオキシミジン(d4T)、3’−アジド−3’−デオキシミジン(AZT)および2’,3’−ジデオキシ−3’−チアシチジン(3TC)の一リン酸ヌクレオチド、2’,3’−ジデヒドロ−2’,3’−ジデオキシミジン(d4T)の一リン酸ヌクレオチド、4−チオウラシル、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、5−(3−アミノアリル)−ウラシル、2’−O−アルキルリボヌクレオチド、2’−O−メチルリボヌクレオチド、2’−アミノリボヌクレオチド、2’−フルオロリボヌクレオチド、ならびにロックされた核酸から成る群から選択される修飾ヌクレオチドを含む、請求項1に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項31】
ホスホネート、ホスホロチオアート、およびホスホトリエステルから成る群から選択されるリン酸骨格修飾を含む、請求項1に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項32】
哺乳動物細胞において、標的KRAS遺伝子の発現を減少させるための方法であって、哺乳動物細胞を、前記細胞内の標的KRAS遺伝子の発現を減少させるのに十分な量の請求項1に記載の単離されたdsRNAと、インビトロで接触させることを含む、方法。
【請求項33】
標的KRAS遺伝子発現は、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量減少する、請求項32に記載の方法。
【請求項34】
KRAS mRNAレベルは、前記細胞を前記dsRNAと接触させてから少なくとも8日後、少なくとも90%(%によって表現される)の量減少する、請求項32に記載の方法。
【請求項35】
KRAS mRNAレベルは、前記細胞を前記dsRNAと接触させてから少なくとも10日後、少なくとも70%(%によって表現される)の量減少する、請求項32に記載の方法。
【請求項36】
哺乳動物において、標的KRAS遺伝子の発現を減少させるための方法であって、前記哺乳動物内の標的KRAS遺伝子の発現を減少させるのに十分な量で、請求項1に記載の単離されたdsRNAを哺乳動物に投与することを含む、方法。
【請求項37】
前記単離されたdsRNAは、1日当たり前記哺乳動物のキログラム当たり1マイクログラム〜5ミリグラム、キログラム当たり100マイクログラム〜0.5ミリグラム、キログラム当たり0.001〜0.25ミリグラム、キログラム当たり0.01〜20マイクログラム、キログラム当たり0.01〜10マイクログラム、キログラム当たり0.10〜5マイクログラム、およびキログラム当たり0.1〜2.5マイクログラム、から成る群から選択される用量で投与される、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
前記単離されたdsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項36に記載の方法。
【請求項39】
前記投与ステップは、静脈注射、筋肉注射、腹腔内注射、点滴、皮下注射、経皮、エアロゾル、直腸、膣内、局所、経口、および吸入送達から成る群から選択される様式を含む、請求項36に記載の方法。
【請求項40】
細胞の増殖を選択的に阻害するための方法であって、前記細胞の増殖を阻害するのに十分な量の請求項1に記載の単離されたdsRNAと、細胞を接触させることを含む、方法。
【請求項41】
前記細胞は、対象の腫瘍細胞である、請求項40に記載の方法。
【請求項42】
前記細胞は、インビトロの腫瘍細胞である、請求項40に記載の方法。
【請求項43】
前記細胞は、ヒト細胞である、請求項40に記載の方法。
【請求項44】
前記dsRNAは、前記dsRNAが哺乳動物細胞にインビトロで導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量、標的KRAS RNAレベルを減少させるのに有効な量で存在し、前記dsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS RNAレベルの減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項1に記載の単離されたdsRNAを含む製剤。
【請求項45】
前記有効量は、前記細胞の環境において、1ナノモル以下、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される、請求項44に記載の製剤。
【請求項46】
前記dsRNAは、前記dsRNAが哺乳動物対象の細胞に導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量、標的RNAレベルを減少させるのに有効な量で存在し、前記dsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS RNAレベルの減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項1に記載の単離されたdsRNAを含む製剤。
【請求項47】
前記有効量は、1日当たり前記対象のキログラム当たり1マイクログラム〜5ミリグラム、キログラム当たり100マイクログラム〜0.5ミリグラム、キログラム当たり0.001〜0.25ミリグラム、キログラム当たり0.01〜20マイクログラム、キログラム当たり0.01〜10マイクログラム、キログラム当たり0.10〜5マイクログラム、およびキログラム当たり0.1〜2.5マイクログラム、から成る群から選択される用量である、請求項46に記載の製剤。
【請求項48】
請求項1に記載の単離されたdsRNAを含む、哺乳動物細胞。
【請求項49】
請求項1に記載の単離されたdsRNAおよび薬学的に許容される担体を含む、薬学的組成物。
【請求項50】
請求項1に記載の単離されたdsRNAおよびその使用のための取扱説明書を含む、キット。
【請求項51】
第1のおよび第2の核酸鎖ならびに少なくとも25個の塩基対の二重鎖領域を含む単離された二本鎖リボ核酸(dsRNA)から本質的に成るKRAS阻害活性を有する組成物であって、前記dsRNAの前記第2の鎖は、その3’末端に1〜5個の一本鎖ヌクレオチドを含み、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖長の少なくとも19個のヌクレオチドかつ多くとも35個のヌクレオチドに沿って、配列番号141〜186から成る群から選択される標的KRAS cDNA配列と十分に相補的であり、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、KRAS標的遺伝子発現を減少させる、組成物。
【請求項52】
第1のおよび第2の核酸鎖ならびに少なくとも25個の塩基対の二重鎖領域を含む単離された二本鎖リボ核酸(dsRNA)であって、前記dsRNAの前記第2の鎖は、その3’末端に1〜5個の一本鎖ヌクレオチドを含み、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖長の少なくとも19個のヌクレオチドかつ多くとも35個のヌクレオチドに沿って、配列番号1595〜2297および3704〜4406から成る群から選択される標的KRAS cDNA配列と十分に相補的であり、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、KRAS標的遺伝子発現を減少させる、単離されたdsRNA。
【請求項53】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の3’末端の最初のヌクレオチド(1位)から始めて、1、2、および/または3位が、修飾ヌクレオチドで置換される、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項54】
前記第1の鎖の前記3’末端および前記第2の鎖の前記5’末端は、平滑末端を形成する、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項55】
前記第1の鎖は、25ヌクレオチド長であり、かつ前記第2の鎖は、27ヌクレオチド長である、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項56】
前記第2の鎖は、配列番号189〜891および2298〜3000から成る群から選択される配列を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項57】
前記第1の鎖は、配列番号892〜1594および3001〜3703から成る群から選択される配列を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項58】
表4〜5に示されるDsiRNA剤から成る群から選択される1対の第1の鎖/第2の鎖の配列を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項59】
前記第1の鎖および前記第2の鎖のそれぞれは、少なくとも26ヌクレオチドの長さを有する、請求項52に記載の単離dsRNA。
【請求項60】
前記第1の鎖の前記3’末端の前記修飾ヌクレオチド残基は、デオキシリボヌクレオチド、アシクロヌクレオチド、および蛍光分子から成る群から選択される、請求項53に記載の単離されたdsRNA。
【請求項61】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の前記3’末端の1位は、デオキシリボヌクレオチドである、請求項53に記載の単離されたdsRNA。
【請求項62】
前記3’オーバーハングの前記ヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドを含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項63】
前記3’オーバーハングの前記修飾ヌクレオチドは、2’−O−メチルリボヌクレオチドである、請求項62に記載の単離されたdsRNA。
【請求項64】
前記3’オーバーハングの全てのヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドである、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項65】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖および第2のオリゴヌクレオチド鎖のうちの一方または両方が、5’リン酸塩を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項66】
前記修飾ヌクレオチド残基は、2’−O−メチル、2’−メトキシエトキシ、2’−フルオロ、2’−アリル、2’−O−[2−(メチルアミノ)−2−オキソエチル]、4’−チオ、4’−CH2−O−2’−架橋、4’−(CH2)2−O−2’−架橋、2’−LNA、2−アミノ、および2’−O−(N−メチルカルバメート)から成る群から選択される、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項67】
前記3’オーバーハングは、1〜3ヌクレオチド長である、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項68】
前記3’オーバーハングは、1〜2ヌクレオチド長である、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項69】
前記3’オーバーハングは、2ヌクレオチド長であり、前記3’オーバーハングの前記修飾ヌクレオチドは、2’−O−メチル修飾リボヌクレオチドである、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項70】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の前記5’末端ヌクレオチド残基と相補的な前記第2の鎖の前記ヌクレオチド残基から始めて、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖が、交互の修飾および非修飾ヌクレオチド残基を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項71】
前記第2のオリゴヌクレオチド鎖が、前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の5’末端ヌクレオチド残基と相補的な前記第2の鎖のヌクレオチド残基から始めて、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖の18位から5’末端までの全ての位置において、非修飾ヌクレオチド残基を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項72】
前記第1の鎖および前記第2の鎖のそれぞれは、少なくとも26かつ多くとも30ヌクレオチド長を有する、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項73】
前記dsRNAは、前記細胞においてダイサーによって内因的に切断される、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項74】
前記単離された二本鎖核酸の量は、前記細胞の環境において、1ナノモル以下、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される、前記標的遺伝子の発現を減少させるのに十分である、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項75】
前記単離されたdsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項76】
前記単離されたdsRNAは、前記細胞の環境において、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項77】
前記単離されたdsRNAは、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80〜90%、少なくとも95%、少なくとも98%、および少なくとも99%から成る群から選択される(%によって表現される)量、KRAS標的遺伝子発現を減少させるように、前記標的KRAS cDNA配列と十分に相補的である、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項78】
前記第1の鎖および第2の鎖は、化学的リンカーによって結合される、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項79】
前記第1の鎖の前記3’末端および前記第2の鎖の前記5’末端は、化学的リンカーによって結合される、請求項52に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項80】
前記第2の鎖または第1の鎖のヌクレオチドは、ダイサー切断の配向を導く修飾ヌクレオチドで置換される、請求項52に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項81】
デオキシリボヌクレオチド、ジデオキシリボヌクレオチド、アシクロヌクレオチド、3’−デオキシアデノシン(コルジセピン)、3’−アジド−3’−デオキシミジン(AZT)、2’,3’−ジデオキシイノシン(ddI)、2’,3’−ジデオキシ−3’−チアシチジン(3TC)、2’,3’−ジデヒドロ−2’,3’−ジデオキシミジン(d4T)、3’−アジド−3’−デオキシミジン(AZT)および2’,3’−ジデオキシ−3’−チアシチジン(3TC)の一リン酸ヌクレオチド、2’,3’−ジデヒドロ−2’,3’−ジデオキシミジン(d4T)の一リン酸ヌクレオチド、4−チオウラシル、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、5−(3−アミノアリル)−ウラシル、2’−O−アルキルリボヌクレオチド、2’−O−メチルリボヌクレオチド、2’−アミノリボヌクレオチド、2’−フルオロリボヌクレオチド、ならびにロックされた核酸から成る群から選択される修飾ヌクレオチドを含む、請求項52に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項82】
ホスホネート、ホスホロチオアート、およびホスホトリエステルから成る群から選択されるリン酸骨格修飾を含む、請求項52に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項83】
哺乳動物細胞において、標的KRAS遺伝子の発現を減少させるための方法であって、哺乳動物細胞を、前記細胞内の標的KRAS遺伝子の発現を減少させるのに十分な量の請求項1に記載の単離されたdsRNAと、インビトロで接触させることを含む、方法。
【請求項84】
標的KRAS遺伝子発現は、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量減少する、請求項83に記載の方法。
【請求項85】
KRAS mRNAレベルは、前記細胞を前記dsRNAと接触させてから少なくとも8日後、少なくとも90%の(%によって表現される)量減少する、請求項83に記載の方法。
【請求項86】
KRAS mRNAレベルは、前記細胞を前記dsRNAと接触させてから少なくとも10日後、少なくとも70%の(%によって表現される)量減少する、請求項83に記載の方法。
【請求項87】
哺乳動物において、標的KRAS遺伝子の発現を減少させるための方法であって、前記哺乳動物内の標的KRAS遺伝子の発現を減少させるのに十分な量で、請求項52に記載の単離されたdsRNAを哺乳動物に投与することを含む、方法。
【請求項88】
前記単離されたdsRNAは、1日当たり前記哺乳動物のキログラム当たり1マイクログラム〜5ミリグラム、キログラム当たり100マイクログラム〜0.5ミリグラム、キログラム当たり0.001〜0.25ミリグラム、キログラム当たり0.01〜20マイクログラム、キログラム当たり0.01〜10マイクログラム、キログラム当たり0.10〜5マイクログラム、およびキログラム当たり0.1〜2.5マイクログラム、から成る群から選択される用量で投与される、請求項87に記載の方法。
【請求項89】
前記単離されたdsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項87に記載の方法。
【請求項90】
前記投与ステップは、静脈注射、筋肉注射、腹腔内注射、点滴、皮下注射、経皮、エアロゾル、直腸、膣内、局所、経口、および吸入送達から成る群から選択される様式を含む、請求項87に記載の方法。
【請求項91】
細胞の増殖を選択的に阻害するための方法であって、前記細胞の増殖を阻害するのに十分な量の請求項52に記載の単離されたdsRNAと、細胞を接触させることを含む、方法。
【請求項92】
前記細胞は、対象の腫瘍細胞である、請求項91に記載の方法。
【請求項93】
前記細胞は、インビトロの腫瘍細胞である、請求項91に記載の方法。
【請求項94】
前記細胞は、ヒト細胞である、請求項91に記載の方法。
【請求項95】
前記dsRNAは、前記dsRNAが哺乳動物細胞にインビトロで導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量、標的KRAS RNAレベルを減少させるのに有効な量で存在し、前記dsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS RNAレベルの減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項52に記載の単離されたdsRNAを含む製剤。
【請求項96】
前記有効量は、前記細胞の環境において、1ナノモル以下、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される、請求項95に記載の製剤。
【請求項97】
前記dsRNAは、前記dsRNAが哺乳動物対象の細胞に導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量、標的RNAレベルを減少させるのに有効な量で存在し、前記dsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS RNAレベルの減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項52に記載の単離されたdsRNAを含む製剤。
【請求項98】
前記有効量は、1日当たり前記対象のキログラム当たり1マイクログラム〜5ミリグラム、キログラム当たり100マイクログラム〜0.5ミリグラム、キログラム当たり0.001〜0.25ミリグラム、キログラム当たり0.01〜20マイクログラム、キログラム当たり0.01〜10マイクログラム、キログラム当たり0.10〜5マイクログラム、およびキログラム当たり0.1〜2.5マイクログラム、から成る群から選択される用量である、請求項97に記載の製剤。
【請求項99】
請求項52に記載の単離されたdsRNAを含む、哺乳動物細胞。
【請求項100】
請求項52に記載の単離されたdsRNAおよび薬学的に許容される担体を含む、薬学的組成物。
【請求項101】
請求項52に記載の単離されたdsRNAおよびその使用のための取扱説明書を含む、キット。
【請求項102】
第1のおよび第2の核酸鎖ならびに少なくとも25個の塩基対の二重鎖領域を含む単離された二本鎖リボ核酸(dsRNA)から本質的に成るKRAS阻害活性を有する組成物であって、前記dsRNAの前記第2の鎖は、その3’末端に1〜5の一本鎖ヌクレオチドを含み、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖長の少なくとも19個のヌクレオチドかつ多くとも35個のヌクレオチドに沿って、配列番号1595〜2297および3704〜4406から成る群から選択される標的KRAS cDNA配列と十分に相補的であり、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、KRAS標的遺伝子発現を減少させる、組成物。
【請求項1】
第1および第2の核酸鎖ならびに少なくとも25個の塩基対の二重鎖領域を含む単離された二本鎖リボ核酸(dsRNA)であって、前記dsRNAの前記第2の鎖は、その3’末端に1〜5個の一本鎖ヌクレオチドを含み、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖長の少なくとも19個のヌクレオチドかつ多くとも35個のヌクレオチドに沿って、配列番号141〜186から成る群から選択される標的KRAS cDNA配列と十分に相補的であり、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、KRAS標的遺伝子発現を減少させる、単離されたdsRNA。
【請求項2】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の3’末端の最初のヌクレオチド(1位)から始めて、1、2、および/または3位が、修飾ヌクレオチドで置換される、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項3】
前記第1の鎖の前記3’末端および前記第2の鎖の前記5’末端は、平滑末端を形成する、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項4】
前記第1の鎖は、25ヌクレオチド長であり、かつ前記第2の鎖は、27ヌクレオチド長である、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項5】
前記第2の鎖は、配列番号11〜50および135〜140から成る群から選択される配列を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項6】
前記第1の鎖は、配列番号5、8、および91〜134から成る群から選択される配列を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項7】
配列番号5/配列番号14、配列番号8/配列番号43、配列番号132/配列番号138、配列番号91/配列番号11、配列番号129/配列番号135、配列番号92/配列番号12、配列番号130/配列番号136、配列番号93/配列番号13、配列番号131/配列番号137、配列番号94/配列番号15、配列番号133/配列番号139、配列番号95/配列番号16、配列番号96/配列番号17、配列番号97/配列番号18、配列番号98/配列番号19、配列番号99/配列番号20、配列番号100/配列番号21、配列番号101/配列番号22、配列番号102/配列番号23、配列番号103/配列番号24、配列番号104/配列番号25、配列番号105/配列番号26、配列番号106/配列番号27、配列番号107/配列番号28、配列番号108/配列番号29、配列番号109/配列番号30、配列番号110/配列番号31、配列番号111/配列番号32、配列番号112/配列番号33、配列番号113/配列番号34、配列番号114/配列番号35、配列番号115/配列番号36、配列番号116/配列番号37、配列番号117/配列番号38、配列番号118/配列番号39、配列番号119/配列番号40、配列番号134/配列番号140、配列番号120/配列番号41、配列番号121/配列番号42、配列番号122/配列番号44、配列番号123/配列番号45、配列番号124/配列番号46、配列番号125/配列番号47、配列番号126/配列番号48、配列番号127/配列番号49、および配列番号128/配列番号50から成る群から選択される1対の第1の鎖/第2の鎖の配列を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項8】
前記第1の鎖および前記第2の鎖のそれぞれは、少なくとも26ヌクレオチドの長さを有する、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項9】
前記第1の鎖の前記3’末端の前記修飾ヌクレオチド残基は、デオキシリボヌクレオチド、アシクロヌクレオチド、および蛍光分子から成る群から選択される、請求項2に記載の単離されたdsRNA。
【請求項10】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の前記3’末端の1位は、デオキシリボヌクレオチドである、請求項2に記載の単離されたdsRNA。
【請求項11】
前記3’オーバーハングの前記ヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドを含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項12】
前記3’オーバーハングの前記修飾ヌクレオチドは、2’−O−メチルリボヌクレオチドである、請求項11に記載の単離されたdsRNA。
【請求項13】
前記3’オーバーハングの全てのヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドである、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項14】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖および第2のオリゴヌクレオチド鎖のうちの一方または両方が、5’リン酸塩を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項15】
前記修飾ヌクレオチド残基は、2’−O−メチル、2’−メトキシエトキシ、2’−フルオロ、2’−アリル、2’−O−[2−(メチルアミノ)−2−オキソエチル]、4’−チオ、4’−CH2−O−2’−架橋、4’−(CH2)2−O−2’−架橋、2’−LNA、2−アミノ、および2’−O−(N−メチルカルバメート)から成る群から選択される、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項16】
前記3’オーバーハングは、1〜3ヌクレオチド長である、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項17】
前記3’オーバーハングは、1〜2ヌクレオチド長である、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項18】
前記3’オーバーハングは、2ヌクレオチド長であり、前記3’オーバーハングの前記修飾ヌクレオチドは、2’−O−メチル修飾リボヌクレオチドである、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項19】
前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の前記5’末端ヌクレオチド残基と相補的な前記第2の鎖の前記ヌクレオチド残基から始めて、交互の修飾および非修飾ヌクレオチド残基を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項20】
前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の5’末端ヌクレオチド残基と相補的な前記第2の鎖のヌクレオチド残基から始めて、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖の18位から5’末端までの全ての位置において、非修飾ヌクレオチド残基を含む、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項21】
前記第1の鎖および前記第2の鎖のそれぞれは、少なくとも26かつ多くとも30ヌクレオチド長を有する、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項22】
前記dsRNAは、前記細胞においてダイサーによって内因的に切断される、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項23】
前記標的遺伝子の発現を減少させるのに十分である前記単離された二本鎖核酸の量は、前記細胞の環境において、1ナノモル以下、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項24】
前記単離されたdsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項25】
前記単離されたdsRNAは、前記細胞の環境において、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項26】
前記単離されたdsRNAは、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80〜90%、少なくとも95%、少なくとも98%、および少なくとも99%から成る群から選択される(%によって表現される)量、KRAS標的遺伝子発現を減少させるように、前記標的KRAS cDNA配列と十分に相補的である、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項27】
前記第1の鎖および第2の鎖は、化学的リンカーによって結合される、請求項1に記載の単離されたdsRNA。
【請求項28】
前記第1の鎖の前記3’末端および前記第2の鎖の前記5’末端は、化学的リンカーによって結合される、請求項1に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項29】
前記第2の鎖または第1の鎖のヌクレオチドは、ダイサー切断の配向を導く修飾ヌクレオチドで置換される、請求項1に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項30】
デオキシリボヌクレオチド、ジデオキシリボヌクレオチド、アシクロヌクレオチド、3’−デオキシアデノシン(コルジセピン)、3’−アジド−3’−デオキシミジン(AZT)、2’,3’−ジデオキシイノシン(ddI)、2’,3’−ジデオキシ−3’−チアシチジン(3TC)、2’,3’−ジデヒドロ−2’,3’−ジデオキシミジン(d4T)、3’−アジド−3’−デオキシミジン(AZT)および2’,3’−ジデオキシ−3’−チアシチジン(3TC)の一リン酸ヌクレオチド、2’,3’−ジデヒドロ−2’,3’−ジデオキシミジン(d4T)の一リン酸ヌクレオチド、4−チオウラシル、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、5−(3−アミノアリル)−ウラシル、2’−O−アルキルリボヌクレオチド、2’−O−メチルリボヌクレオチド、2’−アミノリボヌクレオチド、2’−フルオロリボヌクレオチド、ならびにロックされた核酸から成る群から選択される修飾ヌクレオチドを含む、請求項1に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項31】
ホスホネート、ホスホロチオアート、およびホスホトリエステルから成る群から選択されるリン酸骨格修飾を含む、請求項1に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項32】
哺乳動物細胞において、標的KRAS遺伝子の発現を減少させるための方法であって、哺乳動物細胞を、前記細胞内の標的KRAS遺伝子の発現を減少させるのに十分な量の請求項1に記載の単離されたdsRNAと、インビトロで接触させることを含む、方法。
【請求項33】
標的KRAS遺伝子発現は、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量減少する、請求項32に記載の方法。
【請求項34】
KRAS mRNAレベルは、前記細胞を前記dsRNAと接触させてから少なくとも8日後、少なくとも90%(%によって表現される)の量減少する、請求項32に記載の方法。
【請求項35】
KRAS mRNAレベルは、前記細胞を前記dsRNAと接触させてから少なくとも10日後、少なくとも70%(%によって表現される)の量減少する、請求項32に記載の方法。
【請求項36】
哺乳動物において、標的KRAS遺伝子の発現を減少させるための方法であって、前記哺乳動物内の標的KRAS遺伝子の発現を減少させるのに十分な量で、請求項1に記載の単離されたdsRNAを哺乳動物に投与することを含む、方法。
【請求項37】
前記単離されたdsRNAは、1日当たり前記哺乳動物のキログラム当たり1マイクログラム〜5ミリグラム、キログラム当たり100マイクログラム〜0.5ミリグラム、キログラム当たり0.001〜0.25ミリグラム、キログラム当たり0.01〜20マイクログラム、キログラム当たり0.01〜10マイクログラム、キログラム当たり0.10〜5マイクログラム、およびキログラム当たり0.1〜2.5マイクログラム、から成る群から選択される用量で投与される、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
前記単離されたdsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項36に記載の方法。
【請求項39】
前記投与ステップは、静脈注射、筋肉注射、腹腔内注射、点滴、皮下注射、経皮、エアロゾル、直腸、膣内、局所、経口、および吸入送達から成る群から選択される様式を含む、請求項36に記載の方法。
【請求項40】
細胞の増殖を選択的に阻害するための方法であって、前記細胞の増殖を阻害するのに十分な量の請求項1に記載の単離されたdsRNAと、細胞を接触させることを含む、方法。
【請求項41】
前記細胞は、対象の腫瘍細胞である、請求項40に記載の方法。
【請求項42】
前記細胞は、インビトロの腫瘍細胞である、請求項40に記載の方法。
【請求項43】
前記細胞は、ヒト細胞である、請求項40に記載の方法。
【請求項44】
前記dsRNAは、前記dsRNAが哺乳動物細胞にインビトロで導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量、標的KRAS RNAレベルを減少させるのに有効な量で存在し、前記dsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS RNAレベルの減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項1に記載の単離されたdsRNAを含む製剤。
【請求項45】
前記有効量は、前記細胞の環境において、1ナノモル以下、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される、請求項44に記載の製剤。
【請求項46】
前記dsRNAは、前記dsRNAが哺乳動物対象の細胞に導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量、標的RNAレベルを減少させるのに有効な量で存在し、前記dsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS RNAレベルの減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項1に記載の単離されたdsRNAを含む製剤。
【請求項47】
前記有効量は、1日当たり前記対象のキログラム当たり1マイクログラム〜5ミリグラム、キログラム当たり100マイクログラム〜0.5ミリグラム、キログラム当たり0.001〜0.25ミリグラム、キログラム当たり0.01〜20マイクログラム、キログラム当たり0.01〜10マイクログラム、キログラム当たり0.10〜5マイクログラム、およびキログラム当たり0.1〜2.5マイクログラム、から成る群から選択される用量である、請求項46に記載の製剤。
【請求項48】
請求項1に記載の単離されたdsRNAを含む、哺乳動物細胞。
【請求項49】
請求項1に記載の単離されたdsRNAおよび薬学的に許容される担体を含む、薬学的組成物。
【請求項50】
請求項1に記載の単離されたdsRNAおよびその使用のための取扱説明書を含む、キット。
【請求項51】
第1のおよび第2の核酸鎖ならびに少なくとも25個の塩基対の二重鎖領域を含む単離された二本鎖リボ核酸(dsRNA)から本質的に成るKRAS阻害活性を有する組成物であって、前記dsRNAの前記第2の鎖は、その3’末端に1〜5個の一本鎖ヌクレオチドを含み、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖長の少なくとも19個のヌクレオチドかつ多くとも35個のヌクレオチドに沿って、配列番号141〜186から成る群から選択される標的KRAS cDNA配列と十分に相補的であり、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、KRAS標的遺伝子発現を減少させる、組成物。
【請求項52】
第1のおよび第2の核酸鎖ならびに少なくとも25個の塩基対の二重鎖領域を含む単離された二本鎖リボ核酸(dsRNA)であって、前記dsRNAの前記第2の鎖は、その3’末端に1〜5個の一本鎖ヌクレオチドを含み、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖長の少なくとも19個のヌクレオチドかつ多くとも35個のヌクレオチドに沿って、配列番号1595〜2297および3704〜4406から成る群から選択される標的KRAS cDNA配列と十分に相補的であり、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、KRAS標的遺伝子発現を減少させる、単離されたdsRNA。
【請求項53】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の3’末端の最初のヌクレオチド(1位)から始めて、1、2、および/または3位が、修飾ヌクレオチドで置換される、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項54】
前記第1の鎖の前記3’末端および前記第2の鎖の前記5’末端は、平滑末端を形成する、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項55】
前記第1の鎖は、25ヌクレオチド長であり、かつ前記第2の鎖は、27ヌクレオチド長である、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項56】
前記第2の鎖は、配列番号189〜891および2298〜3000から成る群から選択される配列を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項57】
前記第1の鎖は、配列番号892〜1594および3001〜3703から成る群から選択される配列を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項58】
表4〜5に示されるDsiRNA剤から成る群から選択される1対の第1の鎖/第2の鎖の配列を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項59】
前記第1の鎖および前記第2の鎖のそれぞれは、少なくとも26ヌクレオチドの長さを有する、請求項52に記載の単離dsRNA。
【請求項60】
前記第1の鎖の前記3’末端の前記修飾ヌクレオチド残基は、デオキシリボヌクレオチド、アシクロヌクレオチド、および蛍光分子から成る群から選択される、請求項53に記載の単離されたdsRNA。
【請求項61】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の前記3’末端の1位は、デオキシリボヌクレオチドである、請求項53に記載の単離されたdsRNA。
【請求項62】
前記3’オーバーハングの前記ヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドを含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項63】
前記3’オーバーハングの前記修飾ヌクレオチドは、2’−O−メチルリボヌクレオチドである、請求項62に記載の単離されたdsRNA。
【請求項64】
前記3’オーバーハングの全てのヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドである、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項65】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖および第2のオリゴヌクレオチド鎖のうちの一方または両方が、5’リン酸塩を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項66】
前記修飾ヌクレオチド残基は、2’−O−メチル、2’−メトキシエトキシ、2’−フルオロ、2’−アリル、2’−O−[2−(メチルアミノ)−2−オキソエチル]、4’−チオ、4’−CH2−O−2’−架橋、4’−(CH2)2−O−2’−架橋、2’−LNA、2−アミノ、および2’−O−(N−メチルカルバメート)から成る群から選択される、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項67】
前記3’オーバーハングは、1〜3ヌクレオチド長である、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項68】
前記3’オーバーハングは、1〜2ヌクレオチド長である、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項69】
前記3’オーバーハングは、2ヌクレオチド長であり、前記3’オーバーハングの前記修飾ヌクレオチドは、2’−O−メチル修飾リボヌクレオチドである、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項70】
前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の前記5’末端ヌクレオチド残基と相補的な前記第2の鎖の前記ヌクレオチド残基から始めて、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖が、交互の修飾および非修飾ヌクレオチド残基を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項71】
前記第2のオリゴヌクレオチド鎖が、前記第1のオリゴヌクレオチド鎖の5’末端ヌクレオチド残基と相補的な前記第2の鎖のヌクレオチド残基から始めて、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖の18位から5’末端までの全ての位置において、非修飾ヌクレオチド残基を含む、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項72】
前記第1の鎖および前記第2の鎖のそれぞれは、少なくとも26かつ多くとも30ヌクレオチド長を有する、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項73】
前記dsRNAは、前記細胞においてダイサーによって内因的に切断される、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項74】
前記単離された二本鎖核酸の量は、前記細胞の環境において、1ナノモル以下、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される、前記標的遺伝子の発現を減少させるのに十分である、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項75】
前記単離されたdsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項76】
前記単離されたdsRNAは、前記細胞の環境において、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項77】
前記単離されたdsRNAは、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80〜90%、少なくとも95%、少なくとも98%、および少なくとも99%から成る群から選択される(%によって表現される)量、KRAS標的遺伝子発現を減少させるように、前記標的KRAS cDNA配列と十分に相補的である、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項78】
前記第1の鎖および第2の鎖は、化学的リンカーによって結合される、請求項52に記載の単離されたdsRNA。
【請求項79】
前記第1の鎖の前記3’末端および前記第2の鎖の前記5’末端は、化学的リンカーによって結合される、請求項52に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項80】
前記第2の鎖または第1の鎖のヌクレオチドは、ダイサー切断の配向を導く修飾ヌクレオチドで置換される、請求項52に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項81】
デオキシリボヌクレオチド、ジデオキシリボヌクレオチド、アシクロヌクレオチド、3’−デオキシアデノシン(コルジセピン)、3’−アジド−3’−デオキシミジン(AZT)、2’,3’−ジデオキシイノシン(ddI)、2’,3’−ジデオキシ−3’−チアシチジン(3TC)、2’,3’−ジデヒドロ−2’,3’−ジデオキシミジン(d4T)、3’−アジド−3’−デオキシミジン(AZT)および2’,3’−ジデオキシ−3’−チアシチジン(3TC)の一リン酸ヌクレオチド、2’,3’−ジデヒドロ−2’,3’−ジデオキシミジン(d4T)の一リン酸ヌクレオチド、4−チオウラシル、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、5−(3−アミノアリル)−ウラシル、2’−O−アルキルリボヌクレオチド、2’−O−メチルリボヌクレオチド、2’−アミノリボヌクレオチド、2’−フルオロリボヌクレオチド、ならびにロックされた核酸から成る群から選択される修飾ヌクレオチドを含む、請求項52に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項82】
ホスホネート、ホスホロチオアート、およびホスホトリエステルから成る群から選択されるリン酸骨格修飾を含む、請求項52に記載の単離された二本鎖核酸。
【請求項83】
哺乳動物細胞において、標的KRAS遺伝子の発現を減少させるための方法であって、哺乳動物細胞を、前記細胞内の標的KRAS遺伝子の発現を減少させるのに十分な量の請求項1に記載の単離されたdsRNAと、インビトロで接触させることを含む、方法。
【請求項84】
標的KRAS遺伝子発現は、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量減少する、請求項83に記載の方法。
【請求項85】
KRAS mRNAレベルは、前記細胞を前記dsRNAと接触させてから少なくとも8日後、少なくとも90%の(%によって表現される)量減少する、請求項83に記載の方法。
【請求項86】
KRAS mRNAレベルは、前記細胞を前記dsRNAと接触させてから少なくとも10日後、少なくとも70%の(%によって表現される)量減少する、請求項83に記載の方法。
【請求項87】
哺乳動物において、標的KRAS遺伝子の発現を減少させるための方法であって、前記哺乳動物内の標的KRAS遺伝子の発現を減少させるのに十分な量で、請求項52に記載の単離されたdsRNAを哺乳動物に投与することを含む、方法。
【請求項88】
前記単離されたdsRNAは、1日当たり前記哺乳動物のキログラム当たり1マイクログラム〜5ミリグラム、キログラム当たり100マイクログラム〜0.5ミリグラム、キログラム当たり0.001〜0.25ミリグラム、キログラム当たり0.01〜20マイクログラム、キログラム当たり0.01〜10マイクログラム、キログラム当たり0.10〜5マイクログラム、およびキログラム当たり0.1〜2.5マイクログラム、から成る群から選択される用量で投与される、請求項87に記載の方法。
【請求項89】
前記単離されたdsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS遺伝子発現の減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項87に記載の方法。
【請求項90】
前記投与ステップは、静脈注射、筋肉注射、腹腔内注射、点滴、皮下注射、経皮、エアロゾル、直腸、膣内、局所、経口、および吸入送達から成る群から選択される様式を含む、請求項87に記載の方法。
【請求項91】
細胞の増殖を選択的に阻害するための方法であって、前記細胞の増殖を阻害するのに十分な量の請求項52に記載の単離されたdsRNAと、細胞を接触させることを含む、方法。
【請求項92】
前記細胞は、対象の腫瘍細胞である、請求項91に記載の方法。
【請求項93】
前記細胞は、インビトロの腫瘍細胞である、請求項91に記載の方法。
【請求項94】
前記細胞は、ヒト細胞である、請求項91に記載の方法。
【請求項95】
前記dsRNAは、前記dsRNAが哺乳動物細胞にインビトロで導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量、標的KRAS RNAレベルを減少させるのに有効な量で存在し、前記dsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS RNAレベルの減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項52に記載の単離されたdsRNAを含む製剤。
【請求項96】
前記有効量は、前記細胞の環境において、1ナノモル以下、200ピコモル以下、100ピコモル以下、50ピコモル以下、20ピコモル以下、10ピコモル以下、5ピコモル以下、2ピコモル以下、および1ピコモル以下から成る群から選択される、請求項95に記載の製剤。
【請求項97】
前記dsRNAは、前記dsRNAが哺乳動物対象の細胞に導入される場合、少なくとも10%、少なくとも50%、および少なくとも80〜90%から成る群から選択される(%によって表現される)量、標的RNAレベルを減少させるのに有効な量で存在し、前記dsRNAは、1ナノモル以下の細胞環境内有効濃度で、哺乳動物細胞においてインビトロでアッセイされる場合、標的KRAS RNAレベルの減少において、前記標的KRAS cDNAの同一の少なくとも19個のヌクレオチドを対象とする単離された21merのsiRNAよりも高い効力を有する、請求項52に記載の単離されたdsRNAを含む製剤。
【請求項98】
前記有効量は、1日当たり前記対象のキログラム当たり1マイクログラム〜5ミリグラム、キログラム当たり100マイクログラム〜0.5ミリグラム、キログラム当たり0.001〜0.25ミリグラム、キログラム当たり0.01〜20マイクログラム、キログラム当たり0.01〜10マイクログラム、キログラム当たり0.10〜5マイクログラム、およびキログラム当たり0.1〜2.5マイクログラム、から成る群から選択される用量である、請求項97に記載の製剤。
【請求項99】
請求項52に記載の単離されたdsRNAを含む、哺乳動物細胞。
【請求項100】
請求項52に記載の単離されたdsRNAおよび薬学的に許容される担体を含む、薬学的組成物。
【請求項101】
請求項52に記載の単離されたdsRNAおよびその使用のための取扱説明書を含む、キット。
【請求項102】
第1のおよび第2の核酸鎖ならびに少なくとも25個の塩基対の二重鎖領域を含む単離された二本鎖リボ核酸(dsRNA)から本質的に成るKRAS阻害活性を有する組成物であって、前記dsRNAの前記第2の鎖は、その3’末端に1〜5の一本鎖ヌクレオチドを含み、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖は、前記第2のオリゴヌクレオチド鎖長の少なくとも19個のヌクレオチドかつ多くとも35個のヌクレオチドに沿って、配列番号1595〜2297および3704〜4406から成る群から選択される標的KRAS cDNA配列と十分に相補的であり、前記二本鎖核酸が哺乳動物細胞に導入される場合、KRAS標的遺伝子発現を減少させる、組成物。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図10】
【図11】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図10】
【図11】
【公表番号】特表2012−531888(P2012−531888A)
【公表日】平成24年12月13日(2012.12.13)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2012−503773(P2012−503773)
【出願日】平成22年4月5日(2010.4.5)
【国際出願番号】PCT/US2010/029992
【国際公開番号】WO2010/115206
【国際公開日】平成22年10月7日(2010.10.7)
【出願人】(511072747)ダイセルナ ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド (6)
【氏名又は名称原語表記】DICERNA PHARMACEUTICALS, INC.
【Fターム(参考)】
【公表日】平成24年12月13日(2012.12.13)
【国際特許分類】
【出願日】平成22年4月5日(2010.4.5)
【国際出願番号】PCT/US2010/029992
【国際公開番号】WO2010/115206
【国際公開日】平成22年10月7日(2010.10.7)
【出願人】(511072747)ダイセルナ ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド (6)
【氏名又は名称原語表記】DICERNA PHARMACEUTICALS, INC.
【Fターム(参考)】
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