ＤＮＡマクロアレイプロテオミクスプラットフォームに基づく前立腺癌関連組成物、方法およびキット
【課題】哺乳類前立腺癌抗原診断マーカー１（ＰＣＡＤＭ−１）もしくはそのフラグメントをコードする単離された核酸の提供。及び、ＰＣＡＤＭ−１のフラグメントを検出することを含んでなる前立腺癌を検出して処置する方法の提供。
【解決手段】哺乳類白血病細胞切断点クラスター領域結合タンパク質と特異的に結合する単離された核酸。特定な配列からなるアミノ酸配列の哺乳類前立腺癌診断マーカー１を含んでなる単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが、特定な配列からなる核酸の少なくとも一つと特異的に結合する上記ポリペプチド。
【解決手段】哺乳類白血病細胞切断点クラスター領域結合タンパク質と特異的に結合する単離された核酸。特定な配列からなるアミノ酸配列の哺乳類前立腺癌診断マーカー１を含んでなる単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドが、特定な配列からなる核酸の少なくとも一つと特異的に結合する上記ポリペプチド。
Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298
【特許請求の範囲】
【請求項１】
哺乳類白血病細胞切断点クラスター領域結合タンパク質と特異的に結合する単離された核酸。
【請求項２】
該白血病切断点クラスター領域結合タンパク質が、Ｒａｇ１タンパク質およびＲａｇ２タンパク質よりなる群から選択される請求項１の核酸。
【請求項３】
該単離された核酸が二本鎖ＤＮＡを含んでなり、該ＤＮＡが核酸配列ＣＡＣＧＧＡＴＧ（配列番号：５）および核酸配列ＣＡＣＡＡＴＧＡ（配列番号：６）よりなる群から選択される核酸配列を含んでなる請求項２の単離された核酸。
【請求項４】
原核生物の切断点クラスター領域結合タンパク質と特異的に結合する単離された核酸。
【請求項５】
該原核生物の切断点クラスター領域結合タンパク質が、ＲｅｃＡタンパク質およびＲｅｃＢタンパク質よりなる群から選択される請求項４の核酸。
【請求項６】
哺乳類前立腺癌抗原診断マーカー１を含んでなり、該哺乳類前立腺癌抗原診断マーカー１が、配列番号：２のアミノ酸と少なくとも９９％の配列同一性を共有する、単離されたポリペプチドであって、
該ポリペプチドが、配列ＣＡＣＧＧＡＴＧ（配列番号：５）からなる核酸、配列ＣＡＣＡＡＴＧＡ（配列番号：６）からなる核酸、配列ＣＡＣＡＡＴＧ（配列番号：７）からなる核酸および配列ＣＡＣＡＡＴＧＴＴＴＴＴＧＴ（配列番号：８）からなる核酸よりなる群から選択される核酸の少なくとも一つと特異的に結合する、上記ポリペプチド。
【請求項７】
（ａ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも２塩基対を含んでなる既知の配列が側面に位置するランダムコアヌクレオチド配列を含んでなる）；および
（ｂ）ＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する該組のオリゴヌクレオチドメンバーを検出し、それによりＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する二本鎖オリゴヌクレオチドを同定すること
を含んでなるＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの同定のためのモンテカルロ様スクリーニングアッセイ。
【請求項８】
（ｂ）の該検出が、電気泳動移動度シフトアッセイおよびポリペプチドと結合している二本鎖オリゴヌクレオチドを検出する方法よりなる群から選択される方法を含んでなる請求項７のアッセイ。
【請求項９】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、約３〜１２塩基対を含んでなる請求項７のアッセイ。
【請求項１０】
該二本鎖オリゴヌクレオチドが、約７〜１６塩基対の長さの間である請求項７のアッセイ。
【請求項１１】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、７塩基対、８塩基対および９塩基対よりなる群から選択される長さを含んでなる請求項９のアッセイ。
【請求項１２】
該アッセイが
（ｃ）ＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの配列を同定すること；
（ｄ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、（ｃ）において同定される既知の側面に位置する配列からなり、該オリゴヌクレオチドは、未知のランダムコア配列が（ｃ）において同定される配列より１個少ない未知の塩基対からなるように追加の既知の塩基対をさらに含んでなる）、および二本鎖オリゴヌクレオチドの配列を検出しそして同定するアッセイ段階を繰り返すこと
をさらに含んでなる請求項７のアッセイ。
【請求項１３】
該アッセイが、ＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの全配列が同定されるまで（ａ）〜（ｄ）を繰り返すことをさらに含んでなる請求項１２のアッセイ。
【請求項１４】
請求項７のアッセイにより同定されるＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する単離された二本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１５】
（ａ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも２塩基対を含んでなる既知の配列が側面に位置するランダムコアヌクレオチド配列を含んでなる）；
（ｂ）該組における該二本鎖オリゴヌクレオチドの１つもしくはそれ以上がＤＮＡ結合タンパク質に特異的に結合する条件下で、該組の二本鎖オリゴヌクレオチドメンバーを腫瘍細胞もしくは組織から調製されたＤＮＡ結合タンパク質を含んでなる混合物を含有するサンプルと混合すること；
（ｃ）該組における該二本鎖オリゴヌクレオチドの１つもしくはそれ以上がＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する条件下で、該組の同一の二本鎖オリゴヌクレオチドメンバーを腫瘍を含んでならないそのほかの点では同一の細胞もしくは組織から調製されたＤＮＡ結合タンパク質を含んでなる混合物を含有するそのほかの点では同一のサンプルと混合すること；
（ｄ）（ａ）および（ｂ）において特異的オリゴヌクレオチド−タンパク質結合を検出すること；および
（ｅ）（ｂ）においてＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合するが（ｃ）においてＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合しない二本鎖オリゴヌクレオチドを同定し、それにより腫瘍と関連するＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する二本鎖オリゴヌクレオチドを同定すること
を含んでなる腫瘍と関連するＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する二本鎖オリゴヌクレオチドを同定する方法。
【請求項１６】
請求項１５の方法により同定される単離された二本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１７】
（ｄ）の該検出が、電気泳動移動度シフトアッセイおよびポリペプチドと結合している標識した二本鎖オリゴヌクレオチドを検出する方法よりなる群から選択される方法を含んでなる請求項１５の方法。
【請求項１８】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、約３〜１２塩基対を含んでなる請求項１５の方法。
【請求項１９】
該二本鎖オリゴヌクレオチドが、約７〜１６塩基対の長さの間である請求項１５の方法。
【請求項２０】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、７塩基対、８塩基対および９塩基対よりなる群から選択される長さを含んでなる請求項１８の方法。
【請求項２１】
該方法が
（ｆ）（ｅ）においてＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの配列を同定すること；
（ｇ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、（ｆ）において同定される既知の側面に位置する配列からなり、該オリゴヌクレオチドは、該未知のランダムコア配列が（ｆ）において同定される配列より１個少ない未知の塩基対からなるように該未知のランダムコア配列に隣接する追加の既知の塩基対をさらに含んでなる）；ならびに
（ｈ）（ｂ）および（ｅ）を繰り返すこと
をさらに含んでなる請求項１５の方法。
【請求項２２】
該方法が、ＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの全配列が同定されるまで（ｂ）〜（ｈ）を繰り返すことをさらに含んでなる請求項２１の方法。
【請求項２３】
（ａ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも２塩基対を含んでなる既知の配列が側面に位置するランダムコアヌクレオチド配列を含んでなる）；および
（ｂ）該組のオリゴヌクレオチドメンバーと特異的に結合するＤＮＡ結合タンパク質を検出し、それにより二本鎖ＤＮＡ結合タンパク質を同定すること
を含んでなる二本鎖ＤＮＡ結合タンパク質の同定のためのモンテカルロ様スクリーニングアッセイ。
【請求項２４】
（ｂ）の該検出が、電気泳動移動度シフトアッセイおよびポリペプチドと結合している二本鎖オリゴヌクレオチドを検出する方法よりなる群から選択される方法を含んでなる請求項２２のアッセイ。
【請求項２５】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、約３〜１２塩基対を含んでなる請求項２３のアッセイ。
【請求項２６】
該二本鎖オリゴヌクレオチドが、約７〜１６塩基対の長さの間である請求項２３のアッセイ。
【請求項２７】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、７塩基対、８塩基対および９塩基対よりなる群から選択される長さを含んでなる請求項２６のアッセイ。
【請求項２８】
該アッセイが
（ｃ）ＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの配列を同定すること；
（ｄ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、（ｃ）において同定される該既知の側面に位置する配列からなり、該オリゴヌクレオチドは、未知のランダムコア配列が（ｃ）において同定される配列より１個少ない未知の塩基対からなるように追加の既知の塩基対をさらに含んでなる）、および二本鎖オリゴヌクレオチドの配列を検出しそして同定するアッセイ段階を繰り返すことをさらに含んでなる請求項２３のアッセイ。
【請求項２９】
該アッセイが、ＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの全配列が同定されるまでアッセイの段階を繰り返すことをさらに含んでなる請求項２８のアッセイ。
【請求項３０】
請求項２３のアッセイにより同定される単離された二本鎖ＤＮＡ結合タンパク質。
【請求項１】
哺乳類白血病細胞切断点クラスター領域結合タンパク質と特異的に結合する単離された核酸。
【請求項２】
該白血病切断点クラスター領域結合タンパク質が、Ｒａｇ１タンパク質およびＲａｇ２タンパク質よりなる群から選択される請求項１の核酸。
【請求項３】
該単離された核酸が二本鎖ＤＮＡを含んでなり、該ＤＮＡが核酸配列ＣＡＣＧＧＡＴＧ（配列番号：５）および核酸配列ＣＡＣＡＡＴＧＡ（配列番号：６）よりなる群から選択される核酸配列を含んでなる請求項２の単離された核酸。
【請求項４】
原核生物の切断点クラスター領域結合タンパク質と特異的に結合する単離された核酸。
【請求項５】
該原核生物の切断点クラスター領域結合タンパク質が、ＲｅｃＡタンパク質およびＲｅｃＢタンパク質よりなる群から選択される請求項４の核酸。
【請求項６】
哺乳類前立腺癌抗原診断マーカー１を含んでなり、該哺乳類前立腺癌抗原診断マーカー１が、配列番号：２のアミノ酸と少なくとも９９％の配列同一性を共有する、単離されたポリペプチドであって、
該ポリペプチドが、配列ＣＡＣＧＧＡＴＧ（配列番号：５）からなる核酸、配列ＣＡＣＡＡＴＧＡ（配列番号：６）からなる核酸、配列ＣＡＣＡＡＴＧ（配列番号：７）からなる核酸および配列ＣＡＣＡＡＴＧＴＴＴＴＴＧＴ（配列番号：８）からなる核酸よりなる群から選択される核酸の少なくとも一つと特異的に結合する、上記ポリペプチド。
【請求項７】
（ａ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも２塩基対を含んでなる既知の配列が側面に位置するランダムコアヌクレオチド配列を含んでなる）；および
（ｂ）ＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する該組のオリゴヌクレオチドメンバーを検出し、それによりＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する二本鎖オリゴヌクレオチドを同定すること
を含んでなるＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの同定のためのモンテカルロ様スクリーニングアッセイ。
【請求項８】
（ｂ）の該検出が、電気泳動移動度シフトアッセイおよびポリペプチドと結合している二本鎖オリゴヌクレオチドを検出する方法よりなる群から選択される方法を含んでなる請求項７のアッセイ。
【請求項９】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、約３〜１２塩基対を含んでなる請求項７のアッセイ。
【請求項１０】
該二本鎖オリゴヌクレオチドが、約７〜１６塩基対の長さの間である請求項７のアッセイ。
【請求項１１】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、７塩基対、８塩基対および９塩基対よりなる群から選択される長さを含んでなる請求項９のアッセイ。
【請求項１２】
該アッセイが
（ｃ）ＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの配列を同定すること；
（ｄ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、（ｃ）において同定される既知の側面に位置する配列からなり、該オリゴヌクレオチドは、未知のランダムコア配列が（ｃ）において同定される配列より１個少ない未知の塩基対からなるように追加の既知の塩基対をさらに含んでなる）、および二本鎖オリゴヌクレオチドの配列を検出しそして同定するアッセイ段階を繰り返すこと
をさらに含んでなる請求項７のアッセイ。
【請求項１３】
該アッセイが、ＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの全配列が同定されるまで（ａ）〜（ｄ）を繰り返すことをさらに含んでなる請求項１２のアッセイ。
【請求項１４】
請求項７のアッセイにより同定されるＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する単離された二本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１５】
（ａ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも２塩基対を含んでなる既知の配列が側面に位置するランダムコアヌクレオチド配列を含んでなる）；
（ｂ）該組における該二本鎖オリゴヌクレオチドの１つもしくはそれ以上がＤＮＡ結合タンパク質に特異的に結合する条件下で、該組の二本鎖オリゴヌクレオチドメンバーを腫瘍細胞もしくは組織から調製されたＤＮＡ結合タンパク質を含んでなる混合物を含有するサンプルと混合すること；
（ｃ）該組における該二本鎖オリゴヌクレオチドの１つもしくはそれ以上がＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する条件下で、該組の同一の二本鎖オリゴヌクレオチドメンバーを腫瘍を含んでならないそのほかの点では同一の細胞もしくは組織から調製されたＤＮＡ結合タンパク質を含んでなる混合物を含有するそのほかの点では同一のサンプルと混合すること；
（ｄ）（ａ）および（ｂ）において特異的オリゴヌクレオチド−タンパク質結合を検出すること；および
（ｅ）（ｂ）においてＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合するが（ｃ）においてＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合しない二本鎖オリゴヌクレオチドを同定し、それにより腫瘍と関連するＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する二本鎖オリゴヌクレオチドを同定すること
を含んでなる腫瘍と関連するＤＮＡ結合タンパク質と特異的に結合する二本鎖オリゴヌクレオチドを同定する方法。
【請求項１６】
請求項１５の方法により同定される単離された二本鎖オリゴヌクレオチド。
【請求項１７】
（ｄ）の該検出が、電気泳動移動度シフトアッセイおよびポリペプチドと結合している標識した二本鎖オリゴヌクレオチドを検出する方法よりなる群から選択される方法を含んでなる請求項１５の方法。
【請求項１８】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、約３〜１２塩基対を含んでなる請求項１５の方法。
【請求項１９】
該二本鎖オリゴヌクレオチドが、約７〜１６塩基対の長さの間である請求項１５の方法。
【請求項２０】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、７塩基対、８塩基対および９塩基対よりなる群から選択される長さを含んでなる請求項１８の方法。
【請求項２１】
該方法が
（ｆ）（ｅ）においてＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの配列を同定すること；
（ｇ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、（ｆ）において同定される既知の側面に位置する配列からなり、該オリゴヌクレオチドは、該未知のランダムコア配列が（ｆ）において同定される配列より１個少ない未知の塩基対からなるように該未知のランダムコア配列に隣接する追加の既知の塩基対をさらに含んでなる）；ならびに
（ｈ）（ｂ）および（ｅ）を繰り返すこと
をさらに含んでなる請求項１５の方法。
【請求項２２】
該方法が、ＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの全配列が同定されるまで（ｂ）〜（ｈ）を繰り返すことをさらに含んでなる請求項２１の方法。
【請求項２３】
（ａ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも２塩基対を含んでなる既知の配列が側面に位置するランダムコアヌクレオチド配列を含んでなる）；および
（ｂ）該組のオリゴヌクレオチドメンバーと特異的に結合するＤＮＡ結合タンパク質を検出し、それにより二本鎖ＤＮＡ結合タンパク質を同定すること
を含んでなる二本鎖ＤＮＡ結合タンパク質の同定のためのモンテカルロ様スクリーニングアッセイ。
【請求項２４】
（ｂ）の該検出が、電気泳動移動度シフトアッセイおよびポリペプチドと結合している二本鎖オリゴヌクレオチドを検出する方法よりなる群から選択される方法を含んでなる請求項２２のアッセイ。
【請求項２５】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、約３〜１２塩基対を含んでなる請求項２３のアッセイ。
【請求項２６】
該二本鎖オリゴヌクレオチドが、約７〜１６塩基対の長さの間である請求項２３のアッセイ。
【請求項２７】
該ランダムコアヌクレオチド配列が、７塩基対、８塩基対および９塩基対よりなる群から選択される長さを含んでなる請求項２６のアッセイ。
【請求項２８】
該アッセイが
（ｃ）ＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの配列を同定すること；
（ｄ）半ランダム二本鎖オリゴヌクレオチド組を作製すること（ここで、各二本鎖オリゴヌクレオチドは、（ｃ）において同定される該既知の側面に位置する配列からなり、該オリゴヌクレオチドは、未知のランダムコア配列が（ｃ）において同定される配列より１個少ない未知の塩基対からなるように追加の既知の塩基対をさらに含んでなる）、および二本鎖オリゴヌクレオチドの配列を検出しそして同定するアッセイ段階を繰り返すことをさらに含んでなる請求項２３のアッセイ。
【請求項２９】
該アッセイが、ＤＮＡ結合タンパク質と最大の親和性で結合する二本鎖オリゴヌクレオチドの全配列が同定されるまでアッセイの段階を繰り返すことをさらに含んでなる請求項２８のアッセイ。
【請求項３０】
請求項２３のアッセイにより同定される単離された二本鎖ＤＮＡ結合タンパク質。
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図１Ｂ】
【図２】
【図３】
【図４】
【公開番号】特開２０１０−１３１０２２（Ｐ２０１０−１３１０２２Ａ）
【公開日】平成２２年６月１７日（２０１０．６．１７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−１９６２（Ｐ２０１０−１９６２）
【出願日】平成２２年１月７日（２０１０．１．７）
【分割の表示】特願２００４−５０２９３２（Ｐ２００４−５０２９３２）の分割
【原出願日】平成１５年５月７日（２００３．５．７）
【出願人】（５０２１０１９７３）フイラデルフイア・ヘルス・アンド・エデユケーシヨン・コーポレーシヨン (2)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２２年６月１７日（２０１０．６．１７）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年１月７日（２０１０．１．７）
【分割の表示】特願２００４−５０２９３２（Ｐ２００４−５０２９３２）の分割
【原出願日】平成１５年５月７日（２００３．５．７）
【出願人】（５０２１０１９７３）フイラデルフイア・ヘルス・アンド・エデユケーシヨン・コーポレーシヨン (2)
【Ｆターム（参考）】
[ Back to top ]