ＧＯＬＰＨ３を使用する癌の診断、予後およびモニタリングのための組成物、キットおよび方法
本発明は、肺癌、卵巣癌、膵癌、肝癌、乳癌、前立腺癌および結腸癌、ならびに黒色腫および多発性骨髄腫を含む癌においてＧＯＬＰＨ３が役割を果たすという発見に部分的に基づく。したがって、本発明は、癌、例えば、肺癌、卵巣癌、膵癌、肝癌、乳癌、前立腺癌および結腸癌、ならびに黒色腫および多発性骨髄腫を診断、予知およびモニタリングするための組成物、キットおよび方法に関する。一局面において、被験体が癌に罹患しているか否か、または癌を発生するリスクがあるか否かを評価する方法が提供され、この方法は、対象試料中のマーカーのコピー数を上記マーカーの正常なコピー数と比較することを含み、上記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３またはその断片を含み、上記試料中の上記マーカーの変更されたコピー数が、上記被験体が癌に罹患していること、または癌を発生するリスクがあることを示す。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体が癌に罹患しているか否か、または癌を発生するリスクがあるか否かを評価する方法であって、前記方法が、対象試料中のマーカーのコピー数を前記マーカーの正常なコピー数と比較することを含み、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３またはその断片を含み、前記試料中の前記マーカーの変更されたコピー数が、前記被験体が癌に罹患していること、または癌を発生するリスクがあることを示す、方法。
【請求項２】
前記コピー数を、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって評価する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記コピー数を、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）または単一分子シーケンシングによって評価する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記正常なコピー数を、対照試料から得る、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
被験体が癌に罹患しているか否か、または癌を発生するリスクがあるか否かを評価する方法であって、前記方法が、
ａ）対象試料中の、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性と、
ｂ）前記マーカーの正常な量、構造、細胞内局在および／または活性と
を比較することを含み、
前記試料中の前記マーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性と、前記正常な量、構造、細胞内局在および／または活性との有意差が、前記被験体が癌に罹患していること、または癌を発生するリスクがあることの指標である、方法。
【請求項６】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項６に記載の方法。
【請求項１２】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項６に記載の方法。
【請求項１３】
マーカーの量を比較する、請求項５に記載の方法。
【請求項１４】
マーカーの構造を比較する、請求項５に記載の方法。
【請求項１５】
マーカーの細胞内局在を比較する、請求項５に記載の方法。
【請求項１６】
マーカーの活性を比較する、請求項５に記載の方法。
【請求項１７】
前記マーカーの量が、前記マーカーの発現レベルを決定することによって決定される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
前記マーカーの量が、前記マーカーの生殖系列および／または体細胞のコピー数を決定することによって決定される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
前記正常な量、細胞内局在、構造および／または活性が、対照試料から得られる、請求項５に記載の方法。
【請求項２０】
前記試料が、組織、全血、血清、血漿、頬側掻爬物、唾液、脳脊髄液、尿、糞便および骨髄から成る群から選択される、請求項１または５に記載の方法。
【請求項２１】
前記コピー数を、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）または単一分子シーケンシングによって評価する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
前記コピー数を、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）によって評価する、請求項１または１８に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＣＧＨを、アレイ上において実施する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の前記マーカーに対応するタンパク質の存在を検出することによって評価する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２５】
前記タンパク質の存在を、前記タンパク質に特異的に結合する試薬を使用して検出する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記試薬が、抗体、抗体誘導体および抗体断片から成る群から選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の転写されたポリヌクレオチドまたはその一部の存在を検出することによって評価し、前記転写されたポリヌクレオチドが前記マーカーを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２８】
前記転写されたポリヌクレオチドがｍＲＮＡである、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記転写されたポリヌクレオチドがｃＤＮＡである、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記検出ステップが、前記転写されたポリヌクレオチドを増幅することを更に含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で前記マーカーにアニーリングするまたは前記マーカーを含むポリヌクレオチドの部分にアニーリングする転写されたポリヌクレオチドの存在を検出することによって評価する、請求項１７に記載の方法。
【請求項３２】
被験体におけるｍＴＯＲ経路阻害剤の有効性の可能性を評価する方法であって、前記方法が、
ａ）対象試料中の、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性と、
ｂ）前記マーカーの正常な量、構造、細胞内局在および／または活性と
を比較することを含み、
前記試料中の前記マーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性と、前記正常な量、構造、細胞内局在および／または活性との有意差が、ｍＴＯＲ経路阻害剤が前記被験体において有意な有効性を有する可能性があることの指標である、方法。
【請求項３３】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項３３に記載の方法。
【請求項３９】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項３３に記載の方法。
【請求項４０】
前記ｍＴＯＲ経路阻害剤がラパマイシンである、請求項３２に記載の方法。
【請求項４１】
マーカーの量を比較する、請求項３２に記載の方法。
【請求項４２】
マーカーの構造を比較する、請求項３２に記載の方法。
【請求項４３】
マーカーの細胞内局在を比較する、請求項３２に記載の方法。
【請求項４４】
マーカーの活性を比較する、請求項３２に記載の方法。
【請求項４５】
前記マーカーの量が、前記マーカーの発現レベルを決定することによって決定される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４６】
前記マーカーの量が、前記マーカーの生殖系列および／または体細胞のコピー数を決定することによって決定される、請求項３２に記載の方法。
【請求項４７】
前記正常な量、細胞内局在、構造および／または活性が、対照試料から得られる、請求項３２に記載の方法。
【請求項４８】
前記試料が、組織、全血、血清、血漿、頬側掻爬物、唾液、脳脊髄液、尿、糞便および骨髄から成る群から選択される、請求項３２に記載の方法。
【請求項４９】
前記コピー数を、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）または単一分子シーケンシングによって評価する、請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
前記コピー数を、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）によって評価する、請求項４６に記載の方法。
【請求項５１】
前記ＣＧＨを、アレイ上において実施する、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の前記マーカーに対応するタンパク質の存在を検出することによって評価する、請求項４５に記載の方法。
【請求項５３】
前記タンパク質の存在を、前記タンパク質に特異的に結合する試薬を使用して検出する、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記試薬が、抗体、抗体誘導体および抗体断片から成る群から選択される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の転写されたポリヌクレオチドまたはその一部の存在を検出することによって評価し、前記転写されたポリヌクレオチドが前記マーカーを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項５６】
前記転写されたポリヌクレオチドがｍＲＮＡである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記転写されたポリヌクレオチドがｃＤＮＡである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
前記検出ステップが、前記転写されたポリヌクレオチドを増幅することを更に含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５９】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で前記マーカーにアニーリングするまたは前記マーカーを含むポリヌクレオチドの部分にアニーリングする転写されたポリヌクレオチドの存在を検出することによって評価する、請求項４５に記載の方法。
【請求項６０】
被験体における癌の進行をモニタリングするための方法であって、
ａ）第１の時点において、対象試料中の、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択される、マーカーの量、細胞内局在および／または活性を検出すること、
ｂ）後続時点においてステップａ）を繰り返すこと、ならびに
ｃ）ステップａ）およびｂ）において検出された量、細胞内局在および／または活性を比較し、それによって前記被験体における癌の進行をモニタリングすること
を含む方法。
【請求項６１】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項６２に記載の方法。
【請求項６５】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項６１に記載の方法。
【請求項６６】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項６１に記載の方法。
【請求項６７】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項６１に記載の方法。
【請求項６８】
前記試料が、組織、全血、血清、血漿、頬側掻爬物、唾液、脳脊髄液、尿、糞便および骨髄から成る群から選択される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６９】
マーカーの活性を決定する、請求項６０に記載の方法。
【請求項７０】
マーカーの細胞内局在を決定する、請求項６０に記載の方法。
【請求項７１】
マーカーの量を決定する、請求項６０に記載の方法。
【請求項７２】
前記マーカーの量が、前記マーカーの発現レベルを決定することによって決定される、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の前記マーカーに対応するタンパク質の存在を検出することによって評価する、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
前記タンパク質の存在を、前記タンパク質に特異的に結合する試薬を使用して検出する、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記試薬が、抗体、抗体誘導体および抗体断片から成る群から選択される、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の転写されたポリヌクレオチドまたはその一部の存在を検出することによって評価し、前記転写されたポリヌクレオチドが前記マーカーを含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７７】
前記転写されたポリヌクレオチドがｍＲＮＡである、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記転写されたポリヌクレオチドがｃＤＮＡである、請求項７６に記載の方法。
【請求項７９】
前記検出ステップが、前記転写されたポリヌクレオチドを増幅することを更に含む、請求項７６に記載の方法。
【請求項８０】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で前記マーカーにアニーリングするまたは前記マーカーを含むポリヌクレオチドの部分にアニーリングする転写されたポリヌクレオチドの存在を検出することによって評価する、請求項７２に記載の方法。
【請求項８１】
前記試料が、前記被験体から得た細胞を含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項８２】
前記第１の時点および前記後続時点の間に、前記被験体が、癌の治療を受けた、癌の治療を完了した、および／または寛解にある、請求項６０に記載の方法。
【請求項８３】
被験体において癌を抑制するための試験化合物の有効性を評価する方法であって、前記方法が、
ａ）前記被験体から得られ、かつ前記試験化合物の存在下で維持される第１の試料中の、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーの量、細胞内局在および／または活性と、
ｂ）前記被験体から得られ、かつ前記試験化合物の非存在下で維持される第２の試料中の前記マーカーの量、細胞内局在および／または活性と
を比較することを含み、
前記第２の試料に対する前記第１の試料中のマーカーの量、細胞内局在および／または活性の有意差が、前記試験化合物が前記被験体において癌を抑制するために有効であることの指標である、方法。
【請求項８４】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項８５に記載の方法。
【請求項８８】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項８４に記載の方法。
【請求項８９】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項８４に記載の方法。
【請求項９０】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項８４に記載の方法。
【請求項９１】
前記第１の試料および第２の試料が、前記被験体から得た単一試料の部分である、請求項８３に記載の方法。
【請求項９２】
前記第１の試料および第２の試料が、前記被験体から得たプールされた試料の部分である、請求項８３に記載の方法。
【請求項９３】
被験体における癌を抑制するための療法の有効性を評価する方法であって、前記方法が、
ａ）前記療法の少なくとも一部を前記被験体に提供する前に前記被験体から得た第１の試料中の、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーの量、細胞内局在および／または活性と、
ｂ）前記療法の前記一部の提供の後に前記被験体から得た第２の試料中の前記マーカーの量、細胞内局在および／または活性と
を比較することを含み、
前記第２の試料に対する前記第１の試料中のマーカーの量、細胞内局在および／または活性の有意差が、前記療法が前記被験体において癌を抑制するために有効であることの指標である、方法。
【請求項９４】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項９５に記載の方法。
【請求項９８】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９９】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項９４に記載の方法。
【請求項１００】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０１】
癌を調節し得る組成物を選択する方法であって、
ａ）癌細胞を含む試料を得ること、
ｂ）前記細胞を試験化合物と接触させること、および
ｃ）ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーの量、細胞内局在および／または活性を調節する前記試験化合物の能力を決定し、それによって癌のモジュレータを同定すること
を含む方法。
【請求項１０２】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０６】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０７】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０８】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０９】
前記細胞を、癌の動物モデルから単離する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１１０】
前記細胞が、癌細胞株からのものである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１１１】
前記細胞が、癌を患う被験体からのものである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１１２】
前記細胞が、肺癌細胞株、卵巣癌細胞株、黒色腫細胞株、乳癌細胞株、結腸癌細胞株、多発性骨髄腫細胞株、前立腺癌細胞株、膵癌細胞株および肝癌細胞株から成る群から選択される細胞株からのものである、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１３】
癌を調節し得る組成物を選択する方法であって、
ａ）ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーを試験化合物と接触させること、および
ｂ）前記ＭＣＲ中にあるマーカーの量、細胞内局在および／または活性を調節する前記試験化合物の能力を決定し、それによって癌を調節し得る組成物を同定すること
を含む方法。
【請求項１１４】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１５】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１６】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１８】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１９】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１２０】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１２１】
前記試験化合物を癌の動物モデルに投与することを更に含む、請求項１０１または１１３に記載の方法。
【請求項１２２】
前記モジュレータが、ＧＯＬＰＨ３に対応する遺伝子またはタンパク質の細胞内局在を変化させるか、あるいはその量および／または活性を阻害する、請求項１０１または１１３に記載の方法。
【請求項１２３】
癌に罹患した被験体を治療する方法であって、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質の細胞内局在を変化させるか、あるいはその量および／または活性を調節する化合物を前記被験体に投与することを含む、方法。
【請求項１２４】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項１２５に記載の方法。
【請求項１２７】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項１２５に記載の方法。
【請求項１２８】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２９】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３０】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３１】
前記化合物が、薬学的に受容可能な製剤中で投与される、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３２】
前記化合物が、前記マーカーに対応するタンパク質に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３３】
前記抗体が毒素に結合体化する、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
前記抗体が化学療法剤に結合体化する、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３５】
前記化合物が、前記マーカーに対応する遺伝子の発現を阻害するＲＮＡ干渉剤である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３６】
前記ＲＮＡ干渉剤がｓｉＲＮＡ分子またはｓｈＲＮＡ分子である、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１３７】
前記化合物が、前記マーカーに対応する遺伝子に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３８】
前記化合物がペプチドまたはペプチド模倣体である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３９】
前記化合物が、前記マーカーの活性を阻害する小分子である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１４０】
前記小分子が、マーカーと標的タンパク質との間のタンパク質−タンパク質相互作用を阻害する、請求項１３９に記載の方法。
【請求項１４１】
前記化合物が、前記マーカーの発現または活性を阻害するアプタマーである、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１４２】
被験体が癌に罹患しているかを評価するためのキットであって、前記キットが、マーカーのコピー数を評価するための試薬を含み、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３またはその断片を含む、キット。
【請求項１４３】
癌を抑制する化合物の能力を評価するためのキットであって、前記キットが、マーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性を評価するための試薬を含み、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択される、キット。
【請求項１４４】
被験体が癌に罹患しているかを評価するためのキットであって、前記キットが、マーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性を評価するための試薬を含み、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択される、キット。
【請求項１４５】
ヒト癌細胞の存在を評価するためのキットであって、前記キットが、抗体またはその断片を含み、前記抗体またはその断片が、マーカーに対応するタンパク質に特異的に結合し、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択される、キット。
【請求項１４６】
癌細胞の存在を評価するためのキットであって、前記キットが核酸プローブを含み、前記プローブが、マーカーに対応する転写されたポリヌクレオチドに特異的に結合し、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択される、キット。
【請求項１４７】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１４８】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３であり、かつＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１４９】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項１４８に記載のキット。
【請求項１５０】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３であり、かつＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５１】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３であり、かつＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５２】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３であり、かつ前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５３】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３であり、かつ前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１】
被験体が癌に罹患しているか否か、または癌を発生するリスクがあるか否かを評価する方法であって、前記方法が、対象試料中のマーカーのコピー数を前記マーカーの正常なコピー数と比較することを含み、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３またはその断片を含み、前記試料中の前記マーカーの変更されたコピー数が、前記被験体が癌に罹患していること、または癌を発生するリスクがあることを示す、方法。
【請求項２】
前記コピー数を、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって評価する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記コピー数を、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）または単一分子シーケンシングによって評価する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記正常なコピー数を、対照試料から得る、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
被験体が癌に罹患しているか否か、または癌を発生するリスクがあるか否かを評価する方法であって、前記方法が、
ａ）対象試料中の、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性と、
ｂ）前記マーカーの正常な量、構造、細胞内局在および／または活性と
を比較することを含み、
前記試料中の前記マーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性と、前記正常な量、構造、細胞内局在および／または活性との有意差が、前記被験体が癌に罹患していること、または癌を発生するリスクがあることの指標である、方法。
【請求項６】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項６に記載の方法。
【請求項１２】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項６に記載の方法。
【請求項１３】
マーカーの量を比較する、請求項５に記載の方法。
【請求項１４】
マーカーの構造を比較する、請求項５に記載の方法。
【請求項１５】
マーカーの細胞内局在を比較する、請求項５に記載の方法。
【請求項１６】
マーカーの活性を比較する、請求項５に記載の方法。
【請求項１７】
前記マーカーの量が、前記マーカーの発現レベルを決定することによって決定される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
前記マーカーの量が、前記マーカーの生殖系列および／または体細胞のコピー数を決定することによって決定される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
前記正常な量、細胞内局在、構造および／または活性が、対照試料から得られる、請求項５に記載の方法。
【請求項２０】
前記試料が、組織、全血、血清、血漿、頬側掻爬物、唾液、脳脊髄液、尿、糞便および骨髄から成る群から選択される、請求項１または５に記載の方法。
【請求項２１】
前記コピー数を、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）または単一分子シーケンシングによって評価する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
前記コピー数を、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）によって評価する、請求項１または１８に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＣＧＨを、アレイ上において実施する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の前記マーカーに対応するタンパク質の存在を検出することによって評価する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２５】
前記タンパク質の存在を、前記タンパク質に特異的に結合する試薬を使用して検出する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記試薬が、抗体、抗体誘導体および抗体断片から成る群から選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の転写されたポリヌクレオチドまたはその一部の存在を検出することによって評価し、前記転写されたポリヌクレオチドが前記マーカーを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２８】
前記転写されたポリヌクレオチドがｍＲＮＡである、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記転写されたポリヌクレオチドがｃＤＮＡである、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記検出ステップが、前記転写されたポリヌクレオチドを増幅することを更に含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で前記マーカーにアニーリングするまたは前記マーカーを含むポリヌクレオチドの部分にアニーリングする転写されたポリヌクレオチドの存在を検出することによって評価する、請求項１７に記載の方法。
【請求項３２】
被験体におけるｍＴＯＲ経路阻害剤の有効性の可能性を評価する方法であって、前記方法が、
ａ）対象試料中の、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性と、
ｂ）前記マーカーの正常な量、構造、細胞内局在および／または活性と
を比較することを含み、
前記試料中の前記マーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性と、前記正常な量、構造、細胞内局在および／または活性との有意差が、ｍＴＯＲ経路阻害剤が前記被験体において有意な有効性を有する可能性があることの指標である、方法。
【請求項３３】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項３３に記載の方法。
【請求項３９】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項３３に記載の方法。
【請求項４０】
前記ｍＴＯＲ経路阻害剤がラパマイシンである、請求項３２に記載の方法。
【請求項４１】
マーカーの量を比較する、請求項３２に記載の方法。
【請求項４２】
マーカーの構造を比較する、請求項３２に記載の方法。
【請求項４３】
マーカーの細胞内局在を比較する、請求項３２に記載の方法。
【請求項４４】
マーカーの活性を比較する、請求項３２に記載の方法。
【請求項４５】
前記マーカーの量が、前記マーカーの発現レベルを決定することによって決定される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４６】
前記マーカーの量が、前記マーカーの生殖系列および／または体細胞のコピー数を決定することによって決定される、請求項３２に記載の方法。
【請求項４７】
前記正常な量、細胞内局在、構造および／または活性が、対照試料から得られる、請求項３２に記載の方法。
【請求項４８】
前記試料が、組織、全血、血清、血漿、頬側掻爬物、唾液、脳脊髄液、尿、糞便および骨髄から成る群から選択される、請求項３２に記載の方法。
【請求項４９】
前記コピー数を、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）または単一分子シーケンシングによって評価する、請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
前記コピー数を、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）によって評価する、請求項４６に記載の方法。
【請求項５１】
前記ＣＧＨを、アレイ上において実施する、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の前記マーカーに対応するタンパク質の存在を検出することによって評価する、請求項４５に記載の方法。
【請求項５３】
前記タンパク質の存在を、前記タンパク質に特異的に結合する試薬を使用して検出する、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記試薬が、抗体、抗体誘導体および抗体断片から成る群から選択される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の転写されたポリヌクレオチドまたはその一部の存在を検出することによって評価し、前記転写されたポリヌクレオチドが前記マーカーを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項５６】
前記転写されたポリヌクレオチドがｍＲＮＡである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記転写されたポリヌクレオチドがｃＤＮＡである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
前記検出ステップが、前記転写されたポリヌクレオチドを増幅することを更に含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５９】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で前記マーカーにアニーリングするまたは前記マーカーを含むポリヌクレオチドの部分にアニーリングする転写されたポリヌクレオチドの存在を検出することによって評価する、請求項４５に記載の方法。
【請求項６０】
被験体における癌の進行をモニタリングするための方法であって、
ａ）第１の時点において、対象試料中の、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択される、マーカーの量、細胞内局在および／または活性を検出すること、
ｂ）後続時点においてステップａ）を繰り返すこと、ならびに
ｃ）ステップａ）およびｂ）において検出された量、細胞内局在および／または活性を比較し、それによって前記被験体における癌の進行をモニタリングすること
を含む方法。
【請求項６１】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項６２に記載の方法。
【請求項６５】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項６１に記載の方法。
【請求項６６】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項６１に記載の方法。
【請求項６７】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項６１に記載の方法。
【請求項６８】
前記試料が、組織、全血、血清、血漿、頬側掻爬物、唾液、脳脊髄液、尿、糞便および骨髄から成る群から選択される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６９】
マーカーの活性を決定する、請求項６０に記載の方法。
【請求項７０】
マーカーの細胞内局在を決定する、請求項６０に記載の方法。
【請求項７１】
マーカーの量を決定する、請求項６０に記載の方法。
【請求項７２】
前記マーカーの量が、前記マーカーの発現レベルを決定することによって決定される、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の前記マーカーに対応するタンパク質の存在を検出することによって評価する、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
前記タンパク質の存在を、前記タンパク質に特異的に結合する試薬を使用して検出する、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記試薬が、抗体、抗体誘導体および抗体断片から成る群から選択される、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の転写されたポリヌクレオチドまたはその一部の存在を検出することによって評価し、前記転写されたポリヌクレオチドが前記マーカーを含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７７】
前記転写されたポリヌクレオチドがｍＲＮＡである、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記転写されたポリヌクレオチドがｃＤＮＡである、請求項７６に記載の方法。
【請求項７９】
前記検出ステップが、前記転写されたポリヌクレオチドを増幅することを更に含む、請求項７６に記載の方法。
【請求項８０】
前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記試料中の、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で前記マーカーにアニーリングするまたは前記マーカーを含むポリヌクレオチドの部分にアニーリングする転写されたポリヌクレオチドの存在を検出することによって評価する、請求項７２に記載の方法。
【請求項８１】
前記試料が、前記被験体から得た細胞を含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項８２】
前記第１の時点および前記後続時点の間に、前記被験体が、癌の治療を受けた、癌の治療を完了した、および／または寛解にある、請求項６０に記載の方法。
【請求項８３】
被験体において癌を抑制するための試験化合物の有効性を評価する方法であって、前記方法が、
ａ）前記被験体から得られ、かつ前記試験化合物の存在下で維持される第１の試料中の、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーの量、細胞内局在および／または活性と、
ｂ）前記被験体から得られ、かつ前記試験化合物の非存在下で維持される第２の試料中の前記マーカーの量、細胞内局在および／または活性と
を比較することを含み、
前記第２の試料に対する前記第１の試料中のマーカーの量、細胞内局在および／または活性の有意差が、前記試験化合物が前記被験体において癌を抑制するために有効であることの指標である、方法。
【請求項８４】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項８５に記載の方法。
【請求項８８】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項８４に記載の方法。
【請求項８９】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項８４に記載の方法。
【請求項９０】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項８４に記載の方法。
【請求項９１】
前記第１の試料および第２の試料が、前記被験体から得た単一試料の部分である、請求項８３に記載の方法。
【請求項９２】
前記第１の試料および第２の試料が、前記被験体から得たプールされた試料の部分である、請求項８３に記載の方法。
【請求項９３】
被験体における癌を抑制するための療法の有効性を評価する方法であって、前記方法が、
ａ）前記療法の少なくとも一部を前記被験体に提供する前に前記被験体から得た第１の試料中の、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーの量、細胞内局在および／または活性と、
ｂ）前記療法の前記一部の提供の後に前記被験体から得た第２の試料中の前記マーカーの量、細胞内局在および／または活性と
を比較することを含み、
前記第２の試料に対する前記第１の試料中のマーカーの量、細胞内局在および／または活性の有意差が、前記療法が前記被験体において癌を抑制するために有効であることの指標である、方法。
【請求項９４】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項９５に記載の方法。
【請求項９８】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９９】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項９４に記載の方法。
【請求項１００】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０１】
癌を調節し得る組成物を選択する方法であって、
ａ）癌細胞を含む試料を得ること、
ｂ）前記細胞を試験化合物と接触させること、および
ｃ）ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーの量、細胞内局在および／または活性を調節する前記試験化合物の能力を決定し、それによって癌のモジュレータを同定すること
を含む方法。
【請求項１０２】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０６】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０７】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０８】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０９】
前記細胞を、癌の動物モデルから単離する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１１０】
前記細胞が、癌細胞株からのものである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１１１】
前記細胞が、癌を患う被験体からのものである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１１２】
前記細胞が、肺癌細胞株、卵巣癌細胞株、黒色腫細胞株、乳癌細胞株、結腸癌細胞株、多発性骨髄腫細胞株、前立腺癌細胞株、膵癌細胞株および肝癌細胞株から成る群から選択される細胞株からのものである、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１３】
癌を調節し得る組成物を選択する方法であって、
ａ）ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーを試験化合物と接触させること、および
ｂ）前記ＭＣＲ中にあるマーカーの量、細胞内局在および／または活性を調節する前記試験化合物の能力を決定し、それによって癌を調節し得る組成物を同定すること
を含む方法。
【請求項１１４】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１５】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１６】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１８】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１９】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１２０】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１２１】
前記試験化合物を癌の動物モデルに投与することを更に含む、請求項１０１または１１３に記載の方法。
【請求項１２２】
前記モジュレータが、ＧＯＬＰＨ３に対応する遺伝子またはタンパク質の細胞内局在を変化させるか、あるいはその量および／または活性を阻害する、請求項１０１または１１３に記載の方法。
【請求項１２３】
癌に罹患した被験体を治療する方法であって、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択されるマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質の細胞内局在を変化させるか、あるいはその量および／または活性を調節する化合物を前記被験体に投与することを含む、方法。
【請求項１２４】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
ＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項１２５に記載の方法。
【請求項１２７】
ＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項１２５に記載の方法。
【請求項１２８】
ＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２９】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３０】
前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３１】
前記化合物が、薬学的に受容可能な製剤中で投与される、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３２】
前記化合物が、前記マーカーに対応するタンパク質に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３３】
前記抗体が毒素に結合体化する、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
前記抗体が化学療法剤に結合体化する、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３５】
前記化合物が、前記マーカーに対応する遺伝子の発現を阻害するＲＮＡ干渉剤である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３６】
前記ＲＮＡ干渉剤がｓｉＲＮＡ分子またはｓｈＲＮＡ分子である、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１３７】
前記化合物が、前記マーカーに対応する遺伝子に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３８】
前記化合物がペプチドまたはペプチド模倣体である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３９】
前記化合物が、前記マーカーの活性を阻害する小分子である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１４０】
前記小分子が、マーカーと標的タンパク質との間のタンパク質−タンパク質相互作用を阻害する、請求項１３９に記載の方法。
【請求項１４１】
前記化合物が、前記マーカーの発現または活性を阻害するアプタマーである、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１４２】
被験体が癌に罹患しているかを評価するためのキットであって、前記キットが、マーカーのコピー数を評価するための試薬を含み、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３またはその断片を含む、キット。
【請求項１４３】
癌を抑制する化合物の能力を評価するためのキットであって、前記キットが、マーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性を評価するための試薬を含み、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択される、キット。
【請求項１４４】
被験体が癌に罹患しているかを評価するためのキットであって、前記キットが、マーカーの量、構造、細胞内局在および／または活性を評価するための試薬を含み、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択される、キット。
【請求項１４５】
ヒト癌細胞の存在を評価するためのキットであって、前記キットが、抗体またはその断片を含み、前記抗体またはその断片が、マーカーに対応するタンパク質に特異的に結合し、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択される、キット。
【請求項１４６】
癌細胞の存在を評価するためのキットであって、前記キットが核酸プローブを含み、前記プローブが、マーカーに対応する転写されたポリヌクレオチドに特異的に結合し、前記マーカーが、ヒト第５染色体の領域５ｐ１３の中にあるマーカーと、ヒト第５染色体の３２．０Ｍｂ〜３２．８Ｍｂから成るＭＣＲの中にあるマーカーと、表３に列挙されたマーカーとから成る群から選択される、キット。
【請求項１４７】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３である、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１４８】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３であり、かつＧＯＬＰＨ３が、細胞リン脂質を増加させ、レトロマーによる逆輸送を調節し、または受容体リサイクリングを調節する、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１４９】
前記細胞リン脂質が、ＰＩＰ２およびＰＡから成る群から選択される、請求項１４８に記載のキット。
【請求項１５０】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３であり、かつＧＯＬＰＨ３が、ＰＩ３Ｋ経路を調節する、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５１】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３であり、かつＧＯＬＰＨ３が、ＡＲＦ４によってリン酸化される、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５２】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３であり、かつ前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３のリン酸化レベルが低下する、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５３】
前記マーカーがＧＯＬＰＨ３であり、かつ前記対象試料をＥＧＦに曝露した後、ＧＯＬＰＨ３がゴルジ体から原形質膜に移行する、請求項１４３、１４４、１４５または１４６のいずれか一項に記載のキット。
【図１−１】
【図１−２】
【図２−１】
【図２−２】
【図３−１】
【図３−２】
【図４−１】
【図４−２】
【図５】
【図６】
【図７−１】
【図７−２】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２−１】
【図１２−２】
【図１−２】
【図２−１】
【図２−２】
【図３−１】
【図３−２】
【図４−１】
【図４−２】
【図５】
【図６】
【図７−１】
【図７−２】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２−１】
【図１２−２】
【公表番号】特表２０１２−５０４４２６（Ｐ２０１２−５０４４２６Ａ）
【公表日】平成２４年２月２３日（２０１２．２．２３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５３０２８８（Ｐ２０１１−５３０２８８）
【出願日】平成２１年１０月５日（２００９．１０．５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０５９５２６
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０４０１２４
【国際公開日】平成２２年４月８日（２０１０．４．８）
【出願人】（３９９０５２７９６）デイナ ファーバー キャンサー インスティチュート，インコーポレイテッド (36)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２４年２月２３日（２０１２．２．２３）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年１０月５日（２００９．１０．５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０５９５２６
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０４０１２４
【国際公開日】平成２２年４月８日（２０１０．４．８）
【出願人】（３９９０５２７９６）デイナ ファーバー キャンサー インスティチュート，インコーポレイテッド (36)
【Ｆターム（参考）】
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