本発明は、遺伝因子を決定することにより、ＴＮＦα抗体などのＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対する対象の応答性を決定または予測する方法を提供する。

【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
関節リウマチ（ＲＡ）は、慢性の炎症性自己免疫障害と考えられている。ＲＡは、疼痛および関節破壊による実質的な移動性の喪失を導き得る身体障害性で有痛性の炎症性の状態である。ＲＡは、関節の軟部組織腫脹を導く。
【０００２】
ＲＡのための従来の処置は、ＲＡ患者集団全体について開発された方法に基づく。結果として、既知の処置により、いくらかの患者は、有効な療法を同定する前に有効でない処置を循環することがある。つまり、ＲＡをよりよく処置し、所定の患者に有効な処置オプションを同定するための個別化医療に対する必要性が存在する。治療剤に対するＲＡ患者の応答を適切に予測できることは、処置を容易にする。所定の治療剤に対して応答する可能性が高い患者を予め同定することも、例えば不可逆性の関節損傷およびその結果としての身体障害を妨げるために十分に早期にＲＡ患者が処置されることを可能にする。
【０００３】
ＲＡについての種々のバイオマーカーが、ＲＡ疾患状態に関連するとして同定されている（例えばＰｏｏｌｅおよびＤｉｅｐｐｅ（１９９４）Ｓｅｍｉｎａｒｓ ｉｎ Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ａｎｄ Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ ２３：１７頁；Ｎａｋａｍｕｒａ（２０００）Ｊ Ｃｌｉｎ Ｌａｂ Ａｎａｌｙｓｉｓ １４：３０５頁；ならびにＹｏｕｎｇら（２００１）Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｕｅｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ６０：５４５頁；Ｒｉｏｊａら（２００８）Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ＆Ｒｈｅｕｍ ５８（８）：２２５７頁を参照されたい。）。いくつかの場合では、バイオマーカーが、ある治療用抗体の臨床上の効力に影響するとして同定されている。例えば、ＦＣＧＲ２ＡおよびＦＣＧＲ３Ａ多型は、ＲＡ患者における抗体インフリキシマブの臨床上の効力に影響することが見出されている（Ｃａｎｅｔｅら（２００９）Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ ６８：１５４７頁；Ｔｓｕｋａｈａｒａら（２００８）Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ ６７：１７９１頁）。これらの知見にもかかわらず、ＲＡを有する患者のいずれが様々な処置オプションに対して応答するかを決定するためのより有効な手段に対する必要性が依然として残っている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】ＰｏｏｌｅおよびＤｉｅｐｐｅ（１９９４）Ｓｅｍｉｎａｒｓ ｉｎ Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ａｎｄ Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ ２３：１７頁
【非特許文献２】Ｎａｋａｍｕｒａ（２０００）Ｊ Ｃｌｉｎ Ｌａｂ Ａｎａｌｙｓｉｓ １４：３０５頁
【非特許文献３】Ｙｏｕｎｇら（２００１）Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｕｅｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ６０：５４５頁
【非特許文献４】Ｒｉｏｊａら（２００８）Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ＆Ｒｈｅｕｍ ５８（８）：２２５７頁
【非特許文献５】Ｃａｎｅｔｅら（２００９）Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ ６８：１５４７頁
【非特許文献６】Ｔｓｕｋａｈａｒａら（２００８）Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ ６７：１７９１頁
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
（発明の要旨）
ＲＡのための所定の処置の有効性を予測または評価することを助ける遺伝子マーカーの同定は、依然として難題である。本発明は、少なくとも部分的に、単独または互いに組み合わせて、関節リウマチを有する対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であるかを予測するために用いることができる３つのバイオマーカーを同定する。本発明は、少なくとも部分的に、処置に対する対象の応答性を、例えば処置（複数可）、例えばヒトＴＮＦａ抗体もしくはその抗原結合部分の投与の前または投与と同時に評価するために用いることができる分子マーカーの同定に基づく。具体的に、本発明は、関節リウマチ（ＲＡ）のような自己免疫疾患を有する対象が、ＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であるかを決定するために用いることができる方法および組成物を提供する。本発明は、少なくとも部分的に、対象における特定の対立遺伝子、例えばＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ多型および／もしくはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ多型の存在またはコピー数が、ＴＮＦα阻害剤および／もしくはメトトレキセート（ＭＴＸ）を用いる処置に対する応答性の増加または減少と関連するという観察結果に基づく。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
よって、一態様では、本発明は、対象の遺伝子型を決定することを含み、前記遺伝子型は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、自己免疫障害、例えば関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象におけるＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対する応答性を決定、予測または評価するための方法および自己免疫障害、例えばＲＡを有する対象を処置するための方法を提供する。
【０００７】
一態様では、本発明は、対象からの試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子の存在または例えばコピー数を決定することを含み、１または２コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、ＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対する自己免疫障害、例えば関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象の応答性を予測する方法を提供する。
【０００８】
一態様では、本発明は、少なくとも１コピー、例えば１または２コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子が対象からの試料中に存在することを条件として、ＴＮＦα阻害剤を対象に関節リウマチ（ＲＡ）の処置のために投与することを含む、ＲＡのような自己免疫疾患を有する対象を処置するための方法を提供する。
【０００９】
関連する態様では、本発明は、対象からの試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子のコピー数を決定することおよび対象が１または２コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子を有する場合、治療有効量のＴＮＦα阻害剤を対象に投与することを含む、関節リウマチ（ＲＡ）のような自己免疫疾患を有する対象を処置するための方法を提供する。
【００１０】
一態様では、本発明は、対象からの試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子のコピー数およびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を決定することならびに対象がＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子を有さず、対象が少なくとも１（好ましくは２）のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子を試料中に有する場合、治療有効量のＴＮＦα阻害剤を対象に投与することを含む、自己免疫疾患、例えば関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象を処置するための方法を提供する。
【００１１】
別の態様では、本発明は、対象からの試料中の少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子の存在を検出することを含み、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在は、ＴＮＦα阻害剤が対象における自己免疫疾患、例えば関節リウマチ（ＲＡ）の処置のために有効であることを示す、ＴＮＦα阻害剤が自己免疫疾患、例えばＲＡを有する対象の処置のために有効であるかを決定する方法を提供する。
【００１２】
一実施形態では、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子のコピー数は、試料中の核酸、例えばＤＮＡまたはタンパク質をアッセイすることにより決定される。別の実施形態では、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子のコピー数は、マイクロアレイ分析、ＤＮＡ配列決定またはそれに限定されないが対立遺伝子特異的ＰＣＲを含むＰＣＲ技術からなる群より選択されるアッセイ方法を用いて決定される。
【００１３】
本発明のある実施形態では、方法は、対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子のコピー数を決定することをさらに含み、試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（ＡＡまたはＡＧ）の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す。
【００１４】
他の実施形態では、本発明の方法は、対象からの試料中の２つのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在を決定することをさらに含み、試料中の２つのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す。
【００１５】
他の実施形態では、本発明の方法は、対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子のコピー数を決定することおよび対象からの試料中の２つのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在を決定することをさらに含み、試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（ＡＡまたはＡＧ）の存在および試料中の２つのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す。
【００１６】
一態様では、本発明は、対象からの試料中のＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子のコピー数を決定することを含み、２コピーのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、ＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対する自己免疫疾患、例えばＲＡを有する対象の応答性を予測する方法を提供する。
【００１７】
別の態様では、本発明は、２コピーのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）が対象からの試料中に存在することを条件として、ＴＮＦα阻害剤を対象に自己免疫疾患、例えば関節リウマチ（ＲＡ）の処置のために投与することを含む、自己免疫疾患、例えばＲＡを有する対象を処置するための方法を提供する。
【００１８】
なお別の態様では、本発明は、対象からの試料中のＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子のコピー数を決定することを含み、２コピーのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在は、ＴＮＦα阻害剤が対象における自己免疫疾患、例えば関節リウマチ（ＲＡ）の処置のために有効であることを示す、ＴＮＦα阻害剤が自己免疫疾患、例えばＲＡを有する対象の処置のために有効であるかを決定する方法を提供する。
【００１９】
一実施形態では、ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在は、試料中の核酸、例えばＤＮＡまたはタンパク質をアッセイすることにより決定される。別の実施形態では、ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在は、マイクロアレイ分析、ＤＮＡ配列決定またはそれに限定されないが対立遺伝子特異的ＰＣＲを含むＰＣＲ技術からなる群より選択されるアッセイ方法を用いて決定される。
【００２０】
一態様では、本発明は、対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子のコピー数を決定することを含み、試料中の２コピーのＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子（ＧＧ）の存在は、対象が少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子も有さない限り、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性でないことを示す、ＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対する自己免疫疾患、例えば関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象の応答性を予測する方法を提供する。
【００２１】
一実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子のコピー数は、試料中の核酸、例えばＤＮＡまたはタンパク質をアッセイすることにより決定される。別の実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子のコピー数は、マイクロアレイ分析、ＤＮＡ配列決定またはそれに限定されないが対立遺伝子特異的ＰＣＲを含むＰＣＲ技術からなる群より選択されるアッセイ方法を用いて決定される。
【００２２】
本発明は、対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を決定することを含み、試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（好ましくは２コピーのＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子、例えばＡＡの遺伝子型）の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、関節リウマチ（ＲＡ）のような自己免疫疾患を有する対象におけるＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対する応答性を決定または予測するための方法も含む。
【００２３】
一実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在は、試料中の核酸、例えばＤＮＡまたはタンパク質をアッセイすることにより決定される。別の実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在は、マイクロアレイ分析、ＤＮＡ配列決定またはそれに限定されないが対立遺伝子特異的ＰＣＲのようなＰＣＲ技術からなる群より選択されるアッセイ方法を用いて決定される。
【００２４】
本発明は、対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を決定することおよび対象が少なくとも１つのＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（例えば遺伝子型はＡＡまたはＡＧである。）を有する場合、対象に治療有効量のＴＮＦα阻害剤を投与することを含む、関節リウマチ（ＲＡ）のような自己免疫疾患を有する対象を処置するための方法も含む。
【００２５】
一実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在は、試料中の核酸、例えばＤＮＡまたはタンパク質をアッセイすることにより決定される。別の実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在は、マイクロアレイ分析、ＤＮＡ配列決定またはそれに限定されないが対立遺伝子特異的ＰＣＲのようなＰＣＲ技術からなる群より選択されるアッセイ方法を用いて決定される。
【００２６】
本発明は、対象からの試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子のコピー数および対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子のコピー数を決定することを含み、試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在およびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（ＡＡまたはＡＧ）の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、ＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対する自己免疫疾患、例えば関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象の応答性を予測する方法も提供する。
【００２７】
一態様では、本発明は、１または２コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子および１または２コピーのＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（ＡＡまたはＡＧ）が対象からの試料中に存在することを条件として、ＴＮＦα阻害剤を対象に関節リウマチ（ＲＡ）の処置のために投与することを含む、自己免疫疾患、例えばＲＡを有する対象を処置するための方法を提供する。
【００２８】
別の態様では、本発明は、対象からの試料中の少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子の存在および対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子のコピー数を検出することを含み、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在および１または２コピーのＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（ＡＡまたはＡＧ）の存在は、ＴＮＦα阻害剤が対象における関節リウマチ（ＲＡ）の処置のために有効であることを示す、ＴＮＦα阻害剤が自己免疫疾患、例えばＲＡを有する対象の処置のために有効であるかを決定する方法を提供する。
【００２９】
一実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在は、試料中の核酸、例えばＤＮＡまたはタンパク質をアッセイすることにより決定される。別の実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在は、マイクロアレイ分析、ＤＮＡ配列決定またはそれに限定されないが対立遺伝子特異的ＰＣＲのようなＰＣＲ技術からなる群より選択されるアッセイ方法を用いて決定される。
【００３０】
本発明の一実施形態では、対象は、ヒトである。
【００３１】
本発明の別の実施形態では、ＲＡは、初期関節リウマチである。
【００３２】
まだ別の実施形態では、方法は、対象における臨床上の応答性を決定または予測する。
【００３３】
別の実施形態では、対象は、１年未満の疾患持続期間のＲＡと診断されている。
【００３４】
別の実施形態では、対象は、＞３．２のＤＡＳ２８を有する。
【００３５】
別の実施形態では、対象は、全身性抗ＴＮＦα療法、ＭＴＸもしくは＞２のＤＭＡＲＤによる処置に以前に曝露されておらずおよび／またはその他の急性炎症性関節疾患を有さない。
【００３６】
別の実施形態では、対象は、さらに、例えば同時に、ＭＴＸを投与される。
【００３７】
別の実施形態では、対象は、ＭＴＸを週１回およびアダリムマブを２週間ごとに１回投与される。
【００３８】
一実施形態では、本発明の方法は、試料（または対象からの複数の試料）を、例えばＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子（例えばそのコピー数）およびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の両方を含む複数の遺伝子マーカーについてアッセイすることを含む。代わりに、本発明は、試料を、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子（例えばそのコピー数）およびＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子について（例えば対象が対立遺伝子についてホモ接合性であるかを決定するために）アッセイすることを含む。さらに、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ一塩基多型（ＳＮＰ）の使用は、単独またはＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子のコピー数および／もしくはＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在および／もしくは対象がＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子についてホモ接合性であるかを含む本明細書に記載する任意の方法と組み合わせて用いることができる。
【００３９】
一実施形態では、ＴＮＦα阻害剤は、抗ＴＮＦα抗体もしくはその抗原結合部分または融合タンパク質、例えばエタネルセプトである。
【００４０】
一実施形態では、抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、ヒト抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体および多価抗体からなる群より選択される。
【００４１】
一実施形態では、キメラ抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、インフリキシマブである。
【００４２】
一実施形態では、ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、アダリムマブまたはゴリムマブである。
【００４３】
一実施形態では、ヒト化抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、セルトリズマブペゴールである。
【００４４】
一実施形態では、ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、ともに表面プラズモン共鳴により決定される１×１０^−８Ｍ以下のＫ_ｄおよび１×１０^−３ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆ速度定数でヒトＴＮＦαから解離し、標準的なインビトロＬ９２９アッセイにおいて１×１０^−７Ｍ以下のＩＣ_５０でヒトＴＮＦα細胞毒性を中和する単離ヒト抗体である。
【００４５】
一実施形態では、ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、以下の特徴を有する単離ヒト抗体である：表面プラズモン共鳴により決定される１×１０^−３ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆ速度定数でヒトＴＮＦαから解離する；配列番号３のアミノ酸配列または（１位、４位、５位、７位もしくは８位にて単一アラニン置換によりまたは１位、３位、４位、６位、７位、８位および／もしくは９位にて１から５の保存的アミノ酸置換により）配列番号３から改変されたアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３ドメインを有する；ならびに配列番号４のアミノ酸配列または（２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位もしくは１１位にて単一アラニン置換によりまたは２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位、１１位および／もしくは１２位にて１から５の保存的アミノ酸置換により）配列番号４から改変されたアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３ドメインを有する。
【００４６】
一実施形態では、ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）および配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）を有する単離ヒト抗体である。
【００４７】
本発明は、対象からの試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在を決定するための手段およびＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子のコピー数に基づき対象に推奨される処置についての指示書を含み、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、関節リウマチ（ＲＡ）のような自己免疫疾患の処置用のＴＮＦα阻害剤に対する対象の応答性を予測または評価するためのキットも特徴とする。
【００４８】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在は、当該技術において既知の標準的な方法に従って決定できる。一実施形態では、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子のコピー数を決定するための手段は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥとハイブリダイズする核酸を含む。別の実施形態では、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子のコピー数を決定するための手段は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥに相当するタンパク質と結合する抗体を含む。
【００４９】
一実施形態では、リットは、対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を検出するための手段およびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書をさらに含み、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の組合せの存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いるＲＡの処置に対して応答性であることを示す。
【００５０】
一態様では、本発明は、対象からの試料中のＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在を決定するための手段および２つのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書を含み、２つのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、関節リウマチ（ＲＡ）のような自己免疫疾患の処置用のＴＮＦα阻害剤に対する対象の応答性を予測または評価するためのキットを提供する。
【００５１】
一実施形態では、ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在を決定するための手段は、ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２をコードする核酸分子またはＩ２３２Ｔ ＳＮＰを含有するその部分とハイブリダイズする核酸を含む。別の実施形態では、ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在を決定するための手段は、ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２タンパク質に相当するタンパク質と特異的に結合する抗体を含む。
【００５２】
一実施形態では、キットは、対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を検出するための手段およびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書をさらに含み、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子およびＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ対立遺伝子の組合せの存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いるＲＡの処置に対して応答性であることを示す。場合によって、キットは、対象からの試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在を検出するための手段およびＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書をさらに含み、ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の組合せの存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いるＲＡの処置に対して応答性であることを示す。
【００５３】
なお別の実施形態では、キットは、対象からの試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在を検出するための手段およびＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書をさらに含み、ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の組合せの存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いるＲＡの処置に対して応答性であることを示す。
【００５４】
一実施形態では、キットは、対象から試料を得るための手段をさらに含む。
【００５５】
本発明は、対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を決定するための手段およびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書を含み、試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（好ましくは２コピーのＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子）の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、関節リウマチ（ＲＡ）のような自己免疫疾患の処置用のＴＮＦα阻害剤に対する対象の応答性を予測または評価するためのキットも提供する。
【００５６】
一実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を決定するための手段は、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０とハイブリダイズする核酸を含む。別の実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を決定するための手段は、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０タンパク質に相当するタンパク質と結合する抗体を含む。
【００５７】
本発明は、対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子のコピー数を決定するための手段およびＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書を含み、試料中の２コピーのＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子は、対象が少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子も有さない限り、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性でないことを示す、関節リウマチ（ＲＡ）のような自己免疫疾患の処置用のＴＮＦα阻害剤に対する対象の応答性を予測または評価するためのキットをさらに特徴とする。
【００５８】
一実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子の存在を決定するための手段は、ＩＬ−４Ｒ Ｖ５０とハイブリダイズする核酸を含む。一実施形態では、ＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子の存在を決定するための手段は、ＩＬ−４Ｒ Ｖ５０タンパク質に相当するタンパク質と結合する抗体を含む。
【００５９】
一実施形態では、本発明のキットは、例えばＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子（例えばそのコピー数）およびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の両方を含む複数の遺伝子マーカーについての試料（または対象からの複数の試料）中の存在および／またはコピー数を決定するための手段を含む。代わりに、キットは、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子（例えばそのコピー数）およびＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子の存在および／またはコピー数を決定するための手段を含む。さらに、本発明のキットは、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ一塩基多型（ＳＮＰ）単独の存在および／またはコピー数を決定するための手段またはＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在および／もしくはコピー数ならびに／またはＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在ならびに／または対象がＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子についてホモ接合性であるかを決定するための手段を含むキットを含む本明細書に記載するキットのいずれかとの組合せを含んでよい。
【００６０】
一実施形態では、ＴＮＦα阻害剤は、抗ＴＮＦα抗体もしくはその抗原結合部分または融合タンパク質、例えばエタネルセプトである。
【００６１】
一実施形態では、抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、ヒト抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体および多価抗体からなる群より選択される。
【００６２】
一実施形態では、キメラ抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、インフリキシマブである。
【００６３】
一実施形態では、ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、アダリムマブまたはゴリムマブである。
【００６４】
一実施形態では、ヒト化抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、セルトリズマブペゴールである。
【００６５】
一実施形態では、ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、ともに表面プラズモン共鳴により決定される１×１０^−８Ｍ以下のＫ_ｄおよび１×１０^−３ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆ速度定数でヒトＴＮＦαから解離し、標準的なインビトロＬ９２９アッセイにおいて１×１０^−７Ｍ以下のＩＣ_５０でヒトＴＮＦα細胞毒性を中和する単離ヒト抗体である。
【００６６】
一実施形態では、ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、以下の特徴を有する単離ヒト抗体である：表面プラズモン共鳴により決定される１×１０^−３ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆ速度定数でヒトＴＮＦαから解離する；配列番号３のアミノ酸配列または（１位、４位、５位、７位もしくは８位にて単一アラニン置換によりまたは１位、３位、４位、６位、７位、８位および／もしくは９位にて１から５の保存的アミノ酸置換により）配列番号３から改変されたアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３ドメインを有する；ならびに配列番号４のアミノ酸配列または（２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位もしくは１１位にて単一アラニン置換によりまたは２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位、１１位および／もしくは１２位にて１から５の保存的アミノ酸置換により）配列番号４から改変されたアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３ドメインを有する。
【００６７】
一実施形態では、ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分は、配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）および配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）を有する単離ヒト抗体である。
【００６８】
本発明の異なる態様の下で記載するものを含む、本明細書に記載する本発明の全ての実施形態は、不適当または明示的に放棄しない限り、任意のその他の実施形態と組み合わせることができることが企図される。
【図面の簡単な説明】
【００６９】
【図１】ＯＰＴＩＭＡ研究の設計を示す図である。
【図２】２６週目にＡＣＲ２０、ＡＣＲ５０およびＡＣＲ７０応答を達成した対象についての処置群間（アダリムマブ＋メトトレキセート対プラセボ＋メトトレキセート）の、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在による、百分率点の違いを示すグラフである。
【図３】２６週目にＬＤＡおよび寛解についてのＤＡＳ２８基準を満たした対象についての処置群間（アダリムマブ＋メトトレキセート対プラセボ＋メトトレキセート）の、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在による、百分率点の違いを示すグラフである。
【図４】２６週目にＡＣＲ２０、ＡＣＲ５０およびＡＣＲ７０応答を達成した対象についての処置群間（アダリムマブ＋メトトレキセート対プラセボ＋メトトレキセート）の、ＩＬ−４対立遺伝子（ＡＡ、ＡＧまたはＧＧ）の存在による、百分率点の違いを示すグラフである。
【図５】２６週目にＬＤＡおよび寛解についてのＤＡＳ２８基準を満たした対象についての処置群間（アダリムマブ＋メトトレキセート対プラセボ＋メトトレキセート）の、ＩＬ−４対立遺伝子（ＡＡ、ＡＧまたはＧＧ）の存在による、百分率点の違いを示すグラフである。
【図６】ＳＥコピー数による、２６週目にＡＣＲ５０およびＤＡＳ２８を達成したＩＬ−４Ｒ−ＡＡを有するアダリムマブ処置患者の百分率を示す棒グラフである。
【図７】ＳＥコピー数による、２６週目にＡＣＲ５０およびＤＡＳ２８を達成したＩＬ−４Ｒ−ＡＧを有するアダリムマブ処置患者の百分率を示す棒グラフである。
【図８】ＳＥコピー数による、２６週目にＡＣＲ５０およびＤＡＳ２８を達成したＩＬ−４Ｒ−ＧＧを有するアダリムマブ処置患者の百分率を示すグラフである。
【図９】遺伝子型による、ＤＡＳ２８低疾患活動性を有する患者の百分率を示す棒グラフである。
【発明を実施するための形態】
【００７０】
定義
本発明がより容易に理解されるために、あるいくつかの用語をまず定義する。
【００７１】
「ヒトＴＮＦα」（本明細書でｈＴＮＦαまたは単純にｈＴＮＦと省略する。）という用語は、本明細書で用いる場合、１７ｋＤの分泌形および２６ｋＤの膜結合形として存在するヒトサイトカイン（その生物活性形は、非共有的に結合した１７ｋＤ分子のトリマーで構成される。）を指すことを意図する。ｈＴＮＦαの構造は、例えばＰｅｎｎｉｃａ，Ｄ．ら（１９８４）Ｎａｔｕｒｅ ３１２：７２４−７２９頁；Ｄａｖｉｓ，Ｊ．Ｍ．ら（１９８７）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２６：１３２２−１３２６頁；およびＪｏｎｅｓ，Ｅ．Ｙ．ら（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３３８：２２５−２２８頁にさらに記載されている。ヒトＴＮＦαという用語は、一実施形態では、標準的組換え発現方法により調製できるまたは商業的に購入できる（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号２１０−ＴＡ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）組換えヒトＴＮＦα（ｒｈＴＮＦα）を含むことを意図する。ＴＮＦαは、ＴＮＦまたはＴＮＦａともいう。
【００７２】
「ＴＮＦα阻害剤」という用語は、ＴＮＦα活性に干渉する薬剤を含む。この用語は、本明細書に記載する抗ＴＮＦαヒト抗体および抗体部分ならびに米国特許第６，０９０，３８２号；第６，２５８，５６２号；第６，５０９，０１５号および米国特許出願公開第０９／８０１１８５号および第１０／３０２３５６号に記載されるもののそれぞれも含む。一実施形態では、本発明で用いるＴＮＦα阻害剤は、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）、Ｊｏｈｎｓｏｎ ａｎｄ Ｊｏｈｎｓｏｎ；参照により本明細書に組み込む米国特許第５，６５６，２７２号に記載される。）、ＣＤＰ５７１（ヒト化モノクローナル抗ＴＮＦ−アルファＩｇＧ４抗体）、ＣＤＰ８７０（ヒト化モノクローナル抗ＴＮＦ−アルファ抗体断片；セルトリズマブペゴールまたはＣＩＭＺＩＡ（登録商標）；ＵＣＢ Ｇｒｏｕｐ）、抗ＴＮＦ ｄＡｂ（Ｐｅｐｔｅｃｈ）、ＣＮＴＯ１４８（ゴリムマブ；ＭｅｄａｒｅｘおよびＣｅｎｔｏｃｏｒ、ＷＯ０２／１２５０２を参照されたい。）およびアダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）、Ａｂｂｏｔｔ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、ヒト抗ＴＮＦ ｍＡｂ、ＵＳ６，０９０，３８２にＤ２Ｅ７として記載される。）を含む抗ＴＮＦα抗体またはその断片である。本発明で用い得る追加のＴＮＦ抗体は、それぞれを参照により本明細書に組み込む米国特許第６，５９３，４５８号；第６，４９８，２３７号；第６，４５１，９８３号；および第６，４４８，３８０号に記載される。別の実施形態では、ＴＮＦα阻害剤は、ＴＮＦ融合タンパク質、例えばエタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）、Ａｍｇｅｎ；参照により本明細書に組み込むＷＯ９１／０３５５３およびＷＯ０９／４０６４７６に記載される。）である。別の実施形態では、ＴＮＦα阻害剤は、組換えＴＮＦ結合タンパク質（ｒ−ＴＢＰ−Ｉ）（Ｓｅｒｏｎｏ）である。
【００７３】
「抗体」という用語は、本明細書で用いる場合、４つのポリペプチド鎖、すなわちジスルフィド結合により相互に連結された２つの重鎖（Ｈ）および２つの軽鎖（Ｌ）を含む免疫グロブリン分子を指すことを意図する。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書でＨＣＶＲまたはＶＨと省略する。）および重鎖定常領域を含む。重鎖定常領域は、３つのドメイン、すなわちＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書でＬＣＶＲまたはＶＬと省略する。）および軽鎖定常領域を含む。軽鎖定常領域は、１つのドメイン、すなわちＣＬを含む。ＶＨおよびＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と称するより保存された領域が散在する相補性決定領域（ＣＤＲ）と称する超可変性の領域にさらに細分化できる。各ＶＨおよびＶＬは、以下の順序：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４でアミノ末端からカルボキシル末端まで配置された３つのＣＤＲおよび４つのＦＲを含む。本発明の抗体は、それぞれの全体を参照により本明細書に組み込む米国特許第６，０９０，３８２号；第６，２５８，５６２号；および第６，５０９，０１５号にさらに詳細に記載されている。
【００７４】
抗体の「抗原結合部分」または「抗原結合断片」（または単純に「抗体部分」）という用語は、本明細書で用いる場合、抗原（例えばｈＴＮＦα）と特異的に結合する能力を保持する抗体の１つ以上の断片を指す。抗体の抗原結合機能は、全長抗体の断片により行うことができることが示されている。結合断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆａｂｃ、Ｆｖ、単鎖および単鎖抗体を含む。抗体の「抗原結合部分」という用語に包含される結合断片の例は、（ｉ）Ｆａｂ断片、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる１価断片；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）_２断片、ヒンジ領域にてジスルフィド結合により連結されている２つのＦａｂ断片を含む２価断片；（ｉｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；（ｉｖ）抗体の単一の腕のＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片、（ｖ）ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Ｗａｒｄら（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３４１：５４４−５４６頁）；ならびに（ｖｉ）単離相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。さらに、Ｆｖ断片の２つのドメインであるＶＬおよびＶＨは別々の遺伝子によりコードされるが、これらは、組換え法を用いて、これらのドメインをＶＬおよびＶＨ領域が対形成して１価分子を形成している単一タンパク質鎖にすることを可能にする合成リンカーにより連結することができる（単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として既知；例えばＢｉｒｄら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３−４２６頁；およびＨｕｓｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：５８７９−５８８３頁を参照されたい。）。このような単鎖抗体も、抗体の「抗原結合部分」という用語内に包含することを意図する。ダイアボディのような単鎖抗体のその他の形態も包含する。ダイアボディは、ＶＨおよびＶＬドメインが単一ポリペプチド鎖上で、しかし同じ鎖上の２つのドメイン間の対形成を可能にするには短すぎるリンカーを用いて、そのことによりドメインが別の鎖の相補ドメインと対形成するように仕向け、２つの抗原結合部位を創出するように発現される２価の２重特異性抗体である（例えばＨｏｌｌｉｇｅｒら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４−６４４８頁；Ｐｏｌｊａｋら（１９９４）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ２：１１２１−１１２３頁を参照されたい。）。本発明の抗体部分は、それぞれの全体を参照により本明細書に組み込む米国特許第６，０９０，３８２号、第６，２５８，５６２号、第６，５０９，０１５号にさらに詳細に記載されている。
【００７５】
またさらに、抗体またはその抗原結合部分は、１もしくは複数のその他のタンパク質またはペプチドとの抗体または抗体部分の共有的または非共有的会合により形成された、より大きい免疫付着性分子の部分であり得る。このような免疫付着性分子の例は、テトラマーｓｃＦｖ分子を作製するためのストレプトアビジンコア領域の使用（Ｋｉｐｒｉｙａｎｏｖ，Ｓ．Ｍ．ら（１９９５）Ｈｕｍａｎ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ６：９３−１０１頁）ならびに２価でビオチン化されたｓｃＦｖ分子を作製するためのシステイン残基、マーカーペプチドおよびＣ末端ポリヒスチジンタグの使用（Ｋｉｐｒｉｙａｎｏｖ，Ｓ．Ｍ．ら（１９９４）Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３１：１０４７−１０５８頁）を含む。ＦａｂおよびＦ（ａｂ’）_２断片のような抗体部分は、抗体全体のそれぞれパパインまたはペプシン消化のような従来の技術を用いて抗体全体から調製できる。さらに、抗体、抗体部分および免疫付着性分子は、本明細書に記載する標準的な組換えＤＮＡ技術を用いて得ることができる。
【００７６】
「保存的アミノ酸置換」は、本明細書で用いる場合、あるアミノ酸残基が、類似の側鎖を有する別のアミノ酸残基で置き換えられることである。塩基性側鎖（例えばリシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えばアスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えばグリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えばアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ分岐側鎖（例えばトレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えばチロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を含む、類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該技術で定義されている。
【００７７】
「キメラ抗体」は、重鎖および軽鎖のアミノ酸配列のそれぞれの一部分が、特定の種に由来するまたは特定のクラスに属する抗体中の対応する配列と相同であるが、この鎖の残りのセグメントは、別の種からの対応する配列と相同である抗体を指す。一実施形態では、本発明は、軽鎖および重鎖の両方の可変領域が、哺乳動物のある種に由来する抗体の可変領域を模倣するが、定常部分は、別の種に由来する抗体中の配列と相同であるキメラ抗体または抗原結合断片を特徴とする。本発明の好ましい実施形態では、キメラ抗体は、マウス抗体からのＣＤＲをヒト抗体のフレームワーク領域上に移植することにより作製される。
【００７８】
「ヒト化抗体」は、実質的にヒト抗体鎖（アクセプター免疫グロブリンまたは抗体という。）からの可変領域フレームワーク残基を含む少なくとも１つの鎖および実質的に非ヒト抗体（例えばマウス）からの少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む抗体を指す。ＣＤＲの移植に加えて、ヒト化抗体は、親和性および／または免疫原性を改善するためにさらなる変化を典型的に受ける。
【００７９】
「多価抗体」という用語は、１より多い抗原認識部位を含む抗体を指す。例えば、「２価」抗体は、２つの抗原認識部位を有し、「４価」抗体は、４つの抗原認識部位を有する。「単一特異性」、「２重特異性」、「３重特異性」、「４重特異性」などの用語は、多価抗体中に存在する異なる抗原認識部位特異性（抗原認識部位の数に対向して）の数を指す。例えば、「単一特異性」抗体の抗原認識部位は、全て同じエピトープと結合する。「２重特異性（ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ）」または「２重特異性（ｄｕａｌ ｓｐｅｃｉｆｉｃ）」抗体は、第１エピトープと結合する少なくとも１つの抗原認識部位および第１エピトープから異なる第２エピトープと結合する少なくとも１つの抗原認識部位を有する。「多価単一特異性」抗体は、全て同じエピトープと結合する複数の抗原認識部位を有する。「多価２重特異性」抗体は、そのいくつかの数のものは第１エピトープと結合し、そのいくつかの数のものは第１エピトープから異なる第２エピトープと結合する複数の抗原認識部位を有する。
【００８０】
「ヒト抗体」という用語は、本明細書で用いる場合、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域および定常領域を有する抗体を含むことを意図する。本発明のヒト抗体は、例えばＣＤＲ中、特にＣＤＲ３中に、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列によりコードされないアミノ酸残基（例えばランダムもしくは部位特異的突然変異誘発によりインビトロでまたは体細胞変異によりインビボで導入された変異）を含むことがある。しかし、「ヒト抗体」という用語は、本明細書で用いる場合、マウスのような別の哺乳類の種の生殖系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列上に移植された抗体を含むことを意図しない。
【００８１】
「組換えヒト抗体」という用語は、本明細書で用いる場合、宿主細胞にトランスフェクトされた組換え発現ベクターを用いて発現された抗体（以下にさらに記載する）、組換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリーから単離された抗体（以下にさらに記載する）、ヒト免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニックである動物（例えばマウス）から単離された抗体（例えばＴａｙｌｏｒら（１９９２）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０：６２８７頁を参照されたい。）またはヒト免疫グロブリン遺伝子配列を他のＤＮＡ配列にスプライシングすることを含む任意のその他の手段により調製、発現、創出もしくは単離された抗体のような組換え手段により調製、発現、創出または単離された全てのヒト抗体を含むことを意図する。このような組換えヒト抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域および定常領域を有する。ある実施形態では、しかし、このような組換えヒト抗体は、インビトロ突然変異誘発（またはヒトＩｇ配列についてトランスジェニックな動物を用いる場合、インビボ体細胞突然変異誘発）に供され、よって組換え抗体のＶＨおよびＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖系列ＶＨおよびＶＬ配列に由来し関連する一方で、ヒト抗体生殖系列レパートリー中にインビボで天然に存在しないことがある配列である。
【００８２】
このようなキメラ、ヒト化、ヒトおよび２重特異性抗体は、例えばＰＣＴ国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ８６／０２２６９号；欧州特許出願第１８４，１８７号；欧州特許出願第１７１，４９６号；欧州特許出願第１７３，４９４号；ＰＣＴ国際公開ＷＯ８６／０１５３３；米国特許第４，８１６，５６７号；欧州特許出願第１２５，０２３号；Ｂｅｔｔｅｒら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４０：１０４１−１０４３頁；Ｌｉｕら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：３４３９−３４４３頁；Ｌｉｕら（１９８７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３９：３５２１−３５２６頁；Ｓｕｎら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：２１４−２１８頁；Ｎｉｓｈｉｍｕｒａら（１９８７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．４７：９９９−１００５頁；Ｗｏｏｄら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１４：４４６−４４９頁；Ｓｈａｗら（１９８８）Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．８０：１５５３−１５５９頁）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２９：１２０２−１２０７頁；Ｏｉら（１９８６）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ４：２１４頁；米国特許第５，２２５，５３９号；Ｊｏｎｅｓら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５５２−５２５頁；Ｖｅｒｈｏｅｙａｎら（１９８８年）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：１５３４頁；およびＢｅｉｄｌｅｒら（１９８８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４１：４０５３−４０６０頁、Ｑｕｅｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１００２９−１００３３頁（１９８９）、ＵＳ５，５３０，１０１、ＵＳ５，５８５，０８９、ＵＳ５，６９３，７６１、ＵＳ５，６９３，７６２、Ｓｅｌｉｃｋら、ＷＯ９０／０７８６１ならびにＷｉｎｔｅｒ、ＵＳ５，２２５，５３９に記載される方法を用いて、当該技術で既知の組換えＤＮＡ技術により生成できる。
【００８３】
「単離抗体」は、本明細書で用いる場合、異なる抗原特異性を有するその他の抗体を実質的に含まない抗体を指すことを意図する（例えばｈＴＮＦαと特異的に結合する単離抗体は、ｈＴＮＦα以外の抗原と特異的に結合する抗体を実質的に含まない。）。ｈＴＮＦαと特異的に結合する単離抗体は、しかし、他の種からのＴＮＦα分子のようなその他の抗原に対する交差反応性を有することがある。さらに、単離抗体は、他の細胞性物質および／または化学物質を実質的に含まないことがある。
【００８４】
「中和抗体」（または「ｈＴＮＦα活性を中和する抗体」）は、本明細書で用いる場合、ｈＴＮＦαとの結合がｈＴＮＦαの生物活性の阻害をもたらす抗体を指すことを意図する。ｈＴＮＦαの生物活性のこの阻害は、ｈＴＮＦαにより誘導される細胞毒性（インビトロまたはインビボのいずれかで）、ｈＴＮＦαにより誘導される細胞活性化およびｈＴＮＦα受容体とのｈＴＮＦαの結合のようなｈＴＮＦα生物活性の１つ以上の指標を測定することにより評価できる。ｈＴＮＦα生物活性のこれらの指標は、当該技術において既知のいくつかの標準的なインビトロもしくはインビボアッセイの１つ以上により評価できる（米国特許第６，０９０，３８２号を参照されたい。）。好ましくは、ｈＴＮＦα活性を中和する抗体の能力は、Ｌ９２９細胞のｈＴＮＦαにより誘導される細胞毒性の阻害により評価される。ｈＴＮＦα活性の追加または代替のパラメータとして、ＨＵＶＥＣ上のＥＬＡＭ−１のｈＴＮＦαにより誘導される発現を阻害する抗体の能力を、ｈＴＮＦαにより誘導される細胞活性化の指標として評価できる。
【００８５】
「表面プラズモン共鳴」という用語は、本明細書で用いる場合、例えばＢＩＡｃｏｒｅシステム（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ ＡＢ、Ｕｐｐｓａｌａ、ＳｗｅｄｅｎおよびＰｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）を用いるバイオセンサマトリックス内のタンパク質濃度の変化の検出によりリアルタイム生体分子特異的相互作用の分析を可能にする光学的現象を指す。さらなる説明のために、米国特許第６，２５８，５６２号の実施例１ならびにＪｏｎｓｓｏｎら（１９９３）Ａｎｎ．Ｂｉｏｌ．Ｃｌｉｎ．５１：１９頁；Ｊｏｎｓｓｏｎら（１９９１）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １１：６２０−６２７頁；Ｊｏｈｎｓｓｏｎら（１９９５）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．８：１２５頁；およびＪｏｈｎｎｓｏｎら（１９９１）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１９８：２６８頁を参照されたい。
【００８６】
「ｋ_ｏｆｆ」という用語は、本明細書で用いる場合、抗体／抗原複合体からの抗体の解離についての脱離速度定数を指すことを意図する。
【００８７】
「Ｋ_ｄ」という用語は、本明細書で用いる場合、特定の抗体−抗原相互作用の解離定数を指すことを意図する。
【００８８】
「ＩＣ_５０」という用語は、本明細書で用いる場合、対象の生物学的終点を阻害する、例えば細胞毒性活性を中和するために要求される阻害剤の濃度を指すことを意図する。
【００８９】
「用量」という用語は、本明細書で用いる場合、対象に投与されるＴＮＦα阻害剤の量を指す。
【００９０】
「投薬」という用語は、本明細書で用いる場合、治療上の目的（例えば関節リウマチの処置）を達成するための物質（例えば抗ＴＮＦα抗体）の投与を指す。
【００９１】
「投薬計画」は、ＴＮＦα阻害剤についての処置予定、例えば長期間にわたるおよび／または処置の経過を通しての、例えば第１用量のＴＮＦα阻害剤を第０週に、その後、第２用量のＴＮＦα阻害剤を隔週投薬計画で投与する処置予定を記載する。
【００９２】
「隔週投薬計画」、「隔週投薬」および「隔週投与」という用語は、本明細書で用いる場合、治療上の目的を達成するために、例えば処置の経過を通じて物質（例えば抗ＴＮＦα抗体）を対象に投与する時間経過を指す。隔週投薬計画は、毎週投薬計画を含むことを意図しない。一実施形態では、物質は、９−１９日毎、１１−１７日毎、１３−１５日毎および１４日毎に投与される。一実施形態では、隔週投薬計画は、処置の第０週に対象において開始される。別の実施形態では、維持用量が隔週投薬計画で投与される。一実施形態では、負荷用量および維持用量が隔週投薬計画に従って投与される。一実施形態では、隔週投薬は、ＴＮＦα阻害剤の用量が対象に第０週に始まって１週間おきに投与される投薬計画を含む。一実施形態では、隔週投薬は、ＴＮＦα阻害剤の用量が対象に例えば４週間、８週間、１６週間、２４週間、２６週間、３２週間、３６週間、４２週間、４８週間、５２週間、５６週間などの所定の期間連続して１週間おきに投与される投薬計画を含む。隔週投薬方法は、参照により本明細書に組み込むＵＳ２００３０２３５５８５にも記載される。
【００９３】
「第２薬剤と組み合わせた第１薬剤」との句で用いられるような「組合せ」という用語は、例えば同じ薬学的に許容される担体中に溶解もしくは混ぜられていることがある第１薬剤および第２薬剤の同時投与または第１薬剤およびその後の第２薬剤の投与または第２薬剤およびその後の第１薬剤の投与を含む。本発明は、よって、組合せの治療上の処置の方法および組合せ医薬組成物を含む。
【００９４】
「随伴性の治療上の処置」との句で用いられるような「随伴性」という用語は、ある薬剤を第２薬剤の存在下で投与することを含む。随伴性の治療上の処置の方法は、第１、第２、第３またはさらなる薬剤が同時投与される方法を含む。随伴性の治療上の処置の方法は、第１またはさらなる薬剤が第２またはさらなる薬剤の存在下で投与され、第２またはさらなる薬剤が、例えば以前に投与され得る方法も含む。随伴性の治療上の処置の方法は、異なる行為者により段階様式で行われることがある。例えば、ある行為者は第１薬剤を対象に投与し、第２行為者は第２薬剤を対象に投与してよく、投与ステップは、第１薬剤（およびさらなる薬剤）が第２薬剤（およびさらなる薬剤）の存在下で後投与される限り、同時、ほぼ同時または離れた時間で行われることがある。行為者および対象は、同じ実体（例えばヒト）であってよい。
【００９５】
「併用療法」という用語は、本明細書で用いる場合、２つ以上の治療用物質、例えば抗ＴＮＦα抗体および別の薬物の投与を指す。他の薬剤（複数可）は、抗ＴＮＦα抗体の投与に随伴して、その前にまたはその後に投与されることがある。
【００９６】
用語「処置」は、本発明の状況内で用いる場合、関節リウマチの処置のための治療上の処置および予防的または抑制的措置を含むことを意味する。例えば、処置という用語は、関節リウマチの発症の前または後のＴＮＦα阻害剤の投与により、疾患または障害の徴候を妨げるまたは除去することを含み得る。別の例として、関節リウマチの臨床上の出現の後の、関節リウマチに伴う症状ならびに／または合併症および障害と闘うためのＴＮＦα阻害剤の投与は、疾患の「処置」を含む。さらに、投与が疾患または障害の臨床パラメータおよびおそらく疾患の改善に影響する、発症後で臨床上の症状および／または合併症が発展した後の薬剤の投与は、関節リウマチの「処置」を含む。一実施形態では、対象における関節リウマチの処置は、徴候および症状を低減することを含む。別の実施形態では、対象における関節リウマチの処置は、関節リウマチの主な臨床応答を誘導することを含む。別の実施形態では、対象における関節リウマチの処置は、構造的損傷の進行を阻害することを含む。一実施形態では、関節リウマチの処置は、中等度から重度に活動的な疾患を有する成人患者における生理的機能を改善することを含む。
【００９７】
「処置を必要とする」ものは、疾患または障害を妨げようとするものを含む関節リウマチを既に有するヒトのような哺乳動物を含む。
【００９８】
本発明の方法および組成物で用いるＴＮＦα阻害剤は、ＴＮＦα活性に干渉する任意の薬剤を含む。好ましい実施形態では、ＴＮＦα阻害剤は、ＴＮＦα活性、特に関節リウマチおよび関連する合併症および症状に伴う有害なＴＮＦα活性を中和できる。
【００９９】
一実施形態では、本発明で用いるＴＮＦα阻害剤は、キメラ、ヒト化およびヒト抗体を含むＴＮＦα抗体（本明細書でＴＮＦα抗体ともいう。）またはその抗原結合断片である。本発明で用い得るＴＮＦα抗体の例は、それらに限定されないが、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）、Ｊｏｈｎｓｏｎ ａｎｄ Ｊｏｈｎｓｏｎ；参照により本明細書に組み込む米国特許第５，６５６，２７２号に記載される。）、ＣＤＰ５７１（ヒト化モノクローナル抗ＴＮＦ−アルファＩｇＧ４抗体）、ＣＤＰ８７０（ヒト化モノクローナル抗ＴＮＦ−アルファ抗体断片）、抗ＴＮＦ ｄＡｂ（Ｐｅｐｔｅｃｈ）、ＣＮＴＯ１４８（ゴリムマブ；ＭｅｄａｒｅｘおよびＣｅｎｔｏｃｏｒ、ＷＯ０２／１２５０２を参照されたい。）およびアダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）、Ａｂｂｏｔｔ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、ヒト抗ＴＮＦ ｍＡｂ、ＵＳ６，０９０，３８２にＤ２Ｅ７として記載される。）を含む。本発明で用い得るさらなるＴＮＦ抗体は、それぞれを参照により本明細書に組み込む米国特許第６，５９３，４５８号；第６，４９８，２３７号；第６，４５１，９８３号；および第６，４４８，３８０号に記載される。
【０１００】
本発明の方法および組成物で用い得るＴＮＦα阻害剤のその他の例は、エタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ、ＷＯ９１／０３５５３およびＷＯ０９／４０６４７６に記載される。）、可溶性ＴＮＦ受容体Ｉ型、ｐｅｇ化可溶性ＴＮＦ受容体Ｉ型（ＰＥＧｓ ＴＮＦ−Ｒ１）、ｐ５５ ＴＮＦＲ ＩｇＧ（Ｌｅｎｅｒｃｅｐｔ）および組換えＴＮＦ結合タンパク質（ｒ−ＴＢＰ−Ｉ）（Ｓｅｒｏｎｏ）を含む。
【０１０１】
一実施形態では、「ＴＮＦα阻害剤」という用語は、インフリキシマブを除外する。一実施形態では、「ＴＮＦα阻害剤」という用語は、アダリムマブを除外する。別の実施形態では、「ＴＮＦα阻害剤」という用語は、アダリムマブおよびインフリキシマブを除外する。
【０１０２】
一実施形態では、「ＴＮＦα阻害剤」という用語は、エタネルセプトならびに場合によってアダリムマブ、インフリキシマブならびにアダリムマブおよびインフリキシマブを除外する。
【０１０３】
一実施形態では、「ＴＮＦα抗体」という用語は、インフリキシマブを除外する。一実施形態では、「ＴＮＦα抗体」という用語は、アダリムマブを除外する。別の実施形態では、「ＴＮＦα抗体」という用語は、アダリムマブおよびインフリキシマブを除外する。
【０１０４】
本明細書で用いる場合、「患者」という用語は、それに対する処置が所望される任意の単一の動物、より好ましくは哺乳動物（ヒトならびに例えばイヌ、ネコ、ウマ、ウサギ、動物園動物、ウシ、ブタ、ヒツジおよび非ヒト霊長類のような非ヒト動物を含む。）を指す。最も好ましくは、本明細書における患者はヒトである。
【０１０５】
本明細書で用いる場合、「対象」は、例えば新しく診断されたもしくは以前に診断され、再発もしくは再燃を現在経験しているまたは原因に関係なくＲＡについての危険性があるいずれかでの、ＲＡの１つ以上の徴候、症状もしくはその他の指標を経験しているかまたは経験したことがある、処置されるのに適格な患者を含む任意の単一のヒト対象である。対象として含むことを意図するものは、いずれの疾患の臨床徴候も示さない臨床研究試験に参加した任意の対象または疫学調査に参加した対象または対照として一旦用いられた対象である。対象は、ＴＮＦａ阻害剤を含むＲＡ用の医薬品を用いて以前に処置されたことがあるかまたはそのように処置されたことがない。
【０１０６】
「キット」は、少なくとも１つの試薬、例えばＲＡの処置用の医薬品または本発明のバイオマーカー遺伝子もしくはタンパク質を特異的に検出するためのプローブを含む任意の製造物品（例えば包装または容器）である。製造物品は、好ましくは、本発明の方法を行うための単位として販売促進、流通または販売される。
【０１０７】
「試料」という用語は、全般的に、個体、体液、体組織、株化細胞、組織培養またはその他の供給源から得られた任意の生体試料を意味する。体液は、例えばリンパ液、血清、新鮮全血、末梢血単核細胞、凍結全血、血漿（新鮮または凍結を含む。）、尿、唾液、精液、滑液および髄液である。試料は、滑膜組織、皮膚、毛包および骨髄も含む。組織生検および体液を哺乳動物から得るための方法は、当該技術において公知である。「試料」という用語が単独で用いられる場合、これは、「試料」が「生体試料」であることをまだ意味し、すなわちこれらの用語は交換可能に用いられる。「遺伝子試料」は、核酸、特にＤＮＡのような遺伝子材料を含有する試料である。典型的に、遺伝子材料は、従来の手段により試料から抽出し、多型および対立遺伝子について分析して、バイオマーカーの存在または発現を決定できる。遺伝子試料は、血液およびその他の体液ならびに組織および細胞を含む。
【０１０８】
「決定する」および「評価する」との動詞は、同じ意味を有し、本出願を通じて交換可能に用いられる。
【０１０９】
本発明の実施形態で用いる遺伝子マーカー
本発明は、関節リウマチを有する対象が例えばアダリムマブのようなヒト抗ＴＮＦａ抗体を含むＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であるかを評価するための３つの遺伝子マーカー、すなわちＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ一塩基多型（ＳＮＰ）および／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰ（単独または互いの組合せで用いられる。）を提供する。
【０１１０】
本明細書で用いる場合、配列中の個別のアミノ酸は、ＡＮまたはＮＡまたはＡＮＡ（ここで、Ａは配列中のアミノ酸であり、Ｎは配列中の位置である。）として表される。例えば、Ｉ５０Ｖは、アミノ酸５０位での一アミノ酸多型を表し、ここで、イソロイシン（Ｉ）が集団中のより頻度が高いタンパク質バリアント中に存在し、バリン（Ｖ）がより頻度が低いバリアント中に存在する。別の例では、Ｉ５０は、５０位でのイソロイシンを表す。
【０１１１】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＳＥ）
ＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子は、ＲＡ易罹患性の１／３を担うとしておよび疾患活動性の調節に関連付けられている遺伝因子である（Ｃａｌｉｎ Ａら、Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．３２：１２２１−５頁（１９８９）を参照されたい。）。ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１対立遺伝子の第３超可変領域内の７０−７４位での配列類似性のために、集合的に、「共有エピトープ」（ＳＥ）対立遺伝子という（Ｇｒｅｇｅｒｓｅｎら、Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．、３０：１２０５−１２１３頁（１９８７））。ＨＬＡ−ＤＲＢ１のヌクレオチドおよびアミノ酸配列は既知であり、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００２１２４．２およびＮＰ＿００２１１５（これらの内容全体を参照により本明細書に組み込む。）で見出すことができる。ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子内で最もよく保存されたアミノ酸配列は、７２−７４位の「ＲＡＡ」である。一実施形態では、本発明の方法および組成物で用いるために適切なＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１^＊０１０１（ＱＲＲＡＡ）（配列番号４３）、^＊０１０２（ＱＲＲＡＡ）（配列番号４４）、^＊０１０３（ＤＥＲＡＡ）（配列番号４５）、^＊０３（ＱＫＲＧＲ）（配列番号４６）、^＊０４０１（ＱＫＲＡＡ）（配列番号４７）、^＊０４０２（ＤＥＲＡＡ）（配列番号４８）、^＊０４０３（ＱＲＲＡＥ）（配列番号４９）、^＊０４０４（ＱＲＲＡＡ）（配列番号５０）、^＊０４０５（ＱＲＲＡＡ）（配列番号５１）、^＊０４０７（ＱＲＲＡＥ）（配列番号５２）、^＊０４０８（ＱＲＲＡＡ）（配列番号５３）、^＊０４１１（ＱＲＲＡＥ）（配列番号５４）、^＊０７（ＤＲＲＧＱ）（配列番号５５）、^＊０８（ＤＲＲＡＬ）（配列番号５６）、^＊０９０１（ＲＲＲＡＥ）（配列番号５７）、^＊１００１（ＲＲＲＡＡ）（配列番号５８）、^＊１１０１（ＤＲＲＡＡ）（配列番号５９）、^＊１１０２（ＤＥＲＡＡ）（配列番号６０）、^＊１１０３（ＤＥＲＡＡ）（配列番号６１）、^＊１１０４（ＤＲＲＡＡ）（配列番号６２）、^＊１２（ＤＲＲＡＡ）（配列番号６３）、^＊１３０１（ＤＥＲＡＡ）（配列番号６４）；^＊１３０２（ＤＥＲＡＡ）（配列番号６５）；^＊１３０３（ＤＫＲＡＡ）（配列番号６６）、^＊１３２３（ＤＥＲＡＡ）（配列番号６７）、^＊１４０１（ＲＲＲＡＡ）（配列番号６８）、^＊１４０２（ＱＲＲＡＡ）（配列番号６９）、^＊１４０４（ＲＲＲＡＥ）（配列番号７０）、^＊１５（ＱＡＲＡＡ）（配列番号７１）および^＊１６（ＤＲＲＡＡ）（配列番号７２）の１つ以上である（例えば Ｅｓｓｅｎｔｉａｌｓ ｏｆ Ｇｅｎｏｍｉｃ ａｎｄ Ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、Ｇ．ＧｉｎｓｂｅｒｇおよびＨ．Ｗｉｌｌａｒｄ編（２０１０）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ、５５３頁（この内容を参照により本明細書に明示的に組み込む。）を参照されたい；ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の後の括弧内に示すアミノ酸残基は、ＮＰ＿００２１１５の残基７０−７４に相当する。）。別の実施形態では、本発明の方法で用いるために適切なＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子は、^＊０１、例えば^＊０１０１、^＊０１０２および^＊０１０３、^＊０４、例えば^＊０４０１、^＊０４０２、^＊０４０３、^＊０４０４、^＊０４０５、^＊０４０７、^＊０４０８および^＊０４１１、^＊１００１ならびに^＊１４、例えば^＊１４０１、^＊１４０２および^＊１４０４の１つ以上である。
【０１１２】
ＩＬ−４Ｒ
インターロイキン４受容体（ＩＬ−４Ｒ）は、免疫応答の調節において役割を演じる多機能性サイトカインである（Ｎｅｌｍｓら（１９９９）Ａｎｎ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ １７：７０１頁）。ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ（Ａ→Ｇ［Ｉ５０Ｖ］）一塩基多型（ＳＮＰ）は、初期の関節糜爛と関連する遺伝子マーカーである（Ｐｒｏｔｓ Ｉ．ら、Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．５４：１４９１−５００頁（２００６）を参照されたい。）。「ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ一塩基多型」または「ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰ」は、本明細書で用いる場合、ＩＬ−４Ｒのアミノ酸配列の５０位での変動を指す。この対立遺伝子変動は、イソロイシンをバリンに変化させ、これは、対応するポリヌクレオチドのＡからＧへの対応するコードされる遺伝子中の変動により引き起こされる。ＩＬ−４Ｒのヌクレオチドおよびアミノ酸配列は既知であり、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００４１８．２、ＮＭ＿００１００８６９９、ＮＰ＿０００４０９．１およびＮＰ＿００１００８６９９．１（これらの内容全体を参照により本明細書に組み込む。）で見出すことができる。ＩＬ−４Ｒの核酸およびアミノ酸配列も、参照により本明細書に組み込む米国特許第７２０５１０６号で見出すことができる。成熟ＩＬ−４Ｒタンパク質のアミノ酸および核酸配列も、以下に配列番号３８および３９として示す。
【０１１３】
【化１】

【０１１４】
【化２】

【０１１５】
ＦｃγＲＩＩｂ
Ｆｃγ受容体ＩＩｂ（ＦｃγＲＩＩｂ；ＣＤ３２またはＦＣＧＲ２Ｂともいう）は、免疫複合体の食作用およびＢ細胞による抗体生成の調節に関与する。ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ（Ｔ→Ｃ［Ｉ２３２Ｔ］）ＳＮＰは、限局的なびらん性疾患およびループスのようなその他の疾患の患者における急速な放射線学的関節損傷と関連する（ＲａｄｓｔａｋｅらＡｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．５４：３８２８−３７頁（２００６）；Ｋｏｎｏら（２００５）Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔｉｃ １４：２８８１頁を参照されたい。）。「ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ一塩基多型」または「ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰ」は、本明細書で用いる場合、ＦｃγＲＩＩｂのアミノ酸配列の２３２位での変動を指す。この対立遺伝子変動は、イソロイシンをトレオニンに変化させ、これは、対応するポリヌクレオチドのＴからＣへの対応するコード化遺伝子中の変動により引き起こされる。ＦｃγＲＩＩｂのヌクレオチドおよびアミノ酸配列は既知であり、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００１００２２７３．２、ＮＭ＿００１００２２７４．２、ＮＭ＿００１００２２７５．２、ＮＭ＿００１１９０８２８．１、ＮＭ＿００４００１．４、ＮＰ＿００１００２２７３．１、ＮＰ＿００１００２２７４．１、ＮＰ＿００１００２２７５．１、ＮＰ＿００１１７７７５７．１、ＮＰ＿００３９９２．３（これらの内容全体を参照により本明細書に組み込む。）で見出すことができる。ＦｃγＲＩＩｂの例示的なアミノ酸およびヌクレオチド配列は、以下にそれぞれ配列番号４０および４１として示す。
【０１１６】
【化３】

【０１１７】
【化４】

【０１１８】
診断法
一態様では、本発明は、抗ＴＮＦα阻害剤に対する関節リウマチを有するまたは有する傾向がある対象の応答性を予測または評価するための方法を提供する。これらの方法は、対象から得られた生体試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰの存在もしくは不在（例えばコピー数）を決定することを全般的に含み、試料中の特定の対立遺伝子（複数可）の存在は、対象がＴＮＦａ阻害剤を用いる処置に対して応答することを示す。
【０１１９】
一実施形態では、本明細書に記載するおよび当該技術で既知の方法を用いて、対象からの試料は、ＳＮＰに関連する一方または両方の対立遺伝子の存在について試験できる。例えば、対象の試料は、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（または代わりにＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子）の存在について試験して、対象がＡＡ（Ｉ５０Ｉ）、ＡＧ（Ｉ５０Ｖ）またはＧＧ（Ｖ５０Ｖ）遺伝子型を有するかおよびそれにより対象がＴＮＦａ阻害剤を用いる処置に対して応答性であるかを決定できる。同様に、対象の試料は、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２対立遺伝子（または代わりにＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子）の存在について試験して、対象がＴＴ（Ｉ２３２Ｉ）、ＴＣ（Ｉ２３２Ｔ）またはＣＣ（Ｔ２３２Ｔ）遺伝子型を有するかおよびそれにより対象がＴＮＦａ阻害剤を用いる処置に対して応答性であるかを決定できる。以下に記載するようにＳＮＰの検出とは、対象がどの対立遺伝子（複数可）を有するかを決定することを指す。
【０１２０】
一実施形態では、本明細書に記載するおよび当該技術で既知の方法を用いて、対象からの試料は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在について試験できる。例えば、対象からの試料は、例えばＤＮＡまたはタンパク質中のＨＬＡ−ＤＲＢ１のＳＥ領域の存在について試験できる。試料は、０のＳＥ対立遺伝子カウントに等しいＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の不在についても試験できることに注意すべきである。
【０１２１】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰの検出は、本明細書に記載する方法を用いてならびに／または商業的に入手可能なキットおよび／もしくは当該技術において公知の技術のいずれかを用いて達成できる。例えば、添付の実施例に記載するように、Ｐｒｏｔｒａｎｓ Ｓ４配列決定キット（Ｍｅｄｉｐｒｏ）を用いる高解像度タイピングは、患者がＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥホモ接合性またはヘテロ接合性のいずれを有するかを決定するために用いてよく、Ａｓｓａｙ−ｏｎ−Ｄｅｍａｎｄ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いる対立遺伝子特異的ＰＣＲは、ＩＬ−４Ｒ（ＡからＧ［Ｉ５０Ｖ］）ＳＮＰを決定するために用い、Ａｓｓａｙ−ｂｙ−Ｄｅｓｉｇｎ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いる対立遺伝子特異的ＰＣＲは、ＦｃγＲＩＩｂ（ＴからＣ［Ｉ２３２Ｔ］）バリアントを決定するために用いた。
【０１２２】
遺伝子マーカー（ＳＥおよび／または多型）を検出するための方法は、対象からの試料中のＳＮＰもしくはＳＥの存在および／または発現を調べるプロトコールを含む。生体試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子（つまりＩ５０Ｖ多型を区別する。）ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２対立遺伝子および／もしくはＴ２３２対立遺伝子（つまりＩ２３２Ｔ多型を区別する。）の存在または不在を決定することも、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅反応、逆転写酵素ＰＣＲ分析、１本鎖高次構造多型分析（ＳＳＣＰ）、ミスマッチ切断検出、ヘテロ２重鎖分析、サザンブロット分析、ウェスタンブロット分析、デオキシリボ核酸配列決定、制限断片長多型分析、ハプロタイプ分析、血清型検査およびそれらの組合せもしくは部分的組合せのような任意のその他の公知の技術を用いて達成できる。
【０１２３】
例えば、組織または細胞試料を含むこのような試料は、例えば遺伝子マーカーｍＲＮＡまたはＤＮＡについて、例えばノザンブロット法、サザンブロット法、ドットブロット、ＰＣＲ分析、アレイハイブリダイゼーション、ＲＮアーゼプロテクションアッセイ、ＦＩＳＨ法、ＣＧＨ法、ＲＮＡチップ法またはＤＮＡ ＳＮＰチップマイクロアレイ（例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのマイクロアレイシステムまたはＩｌｌｕｍｉｎａのＢｅａｄＡｒｒａｙ技術）のようなＤＮＡチップ法を用いて簡便にアッセイできる。ＤＮＡマイクロアレイスナップショットを含むＤＮＡ ＳＮＰチップマイクロアレイは、商業的に利用可能である。一実施形態では、本発明の方法およびキットは、マイクロアレイ分析を用いて実施される。一実施形態では、本発明の方法は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰおよび／もしくはＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰについて特異的な核酸プローブを含む遺伝子チップまたはＤＮＡマイクロアレイを用いて行う。
【０１２４】
例えば、ｍＲＮＡ試料は、対象から得て（例えば標準的な方法により末梢血単核細胞から単離する。）、ｍＲＮＡ試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子をコードするｍＲＮＡ（複数可）の発現は、ＰＣＲ分析のような標準的な分子生物学技術を用いて検出できる。ＰＣＲ分析の好ましい方法は、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）である。ｍＲＮＡ試料分析のためのその他の適切な系は、マイクロアレイ分析を含む（例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘのマイクロアレイシステムまたはＩｌｌｕｍｉｎａのＢｅａｄＡｒｒａｙ技術を用いて）。
【０１２５】
例えば、定量ＰＣＲアッセイのようなリアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）アッセイは、本明細書に記載するバイオマーカーの存在または不在を検出するために用いてもよく、このような方法は、当該技術において公知である。本発明の例証となる実施形態では、生体試料中のＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰ ｍＲＮＡを検出するための方法は、少なくとも１つのプライマーを用いる逆転写により試料からｃＤＮＡを生成すること、このようにして生成されたｃＤＮＡを、センスおよびアンチセンスプライマーとしてＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰポリヌクレオチドを用いて増幅して、その中のＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰ ｃＤＮＡを増幅することおよび増幅されたＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰ ｃＤＮＡの存在を検出することを含む。さらに、このような方法は、生体試料中のＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰ ｍＲＮＡのレベルを決定することを可能にする１つ以上のステップを含むことができる（例えばアクチンファミリーメンバーのような「ハウスキーピング」遺伝子の比較対照ｍＲＮＡ配列のレベルを同時に調べることにより）。場合によって、増幅されたＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰ ｃＤＮＡの配列を決定できる。
【０１２６】
具体的な一実施形態では、ＩＬ−４ＲＩ５０ＶまたはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ多型の遺伝子型決定は、ＲＴ−ＰＣＲ技術により、ＴＡＱＭＡＮ（商標）５’−対立遺伝子弁別アッセイ、制限断片長多型のＰＣＲに基づく分析またはＰＹＲＯＳＥＱＵＥＮＣＥＲ（商標）装置を用いて行うことができる。さらに、参照により組み込む米国特許第７，１７５，９８５号に示される遺伝子変動または多型を検出する方法を用いてよい。この方法では、核酸は、次の回の相補鎖合成のための起源と同じ鎖のヌクレオチド配列として存在する標的ヌクレオチド配列の特定の領域上のハイブリダイズした３’端（これは、相補鎖合成により合成される。）を利用して合成される。
【０１２７】
ＰＣＲのために用いるプローブは、例えば放射性同位体、蛍光化合物、生物発光化合物、化学発光化合物、金属キレート化剤または酵素のような検出可能マーカーで標識されることがある。このようなプローブおよびプライマーは、試料中のＳＮＰまたはＳＥポリヌクレオチドの存在を検出するためおよびＳＥまたはＳＮＰタンパク質を発現する細胞を検出するための手段として用いることができる。当業者により理解されるように、非常に多くの異なるプライマーおよびプローブを、本明細書に示す配列に基づいて調製し、ＳＮＰもしくはＳＥ ｍＲＮＡを増幅する、クローニングするならびに／またはその存在および／もしくはレベルを決定するために効果的に用いることができる。
【０１２８】
本発明の遺伝子マーカーまたはその部分のいずれも、試料中のＳＮＰもしくはＳＥの存在または不在を決定するために配列決定してよい。例えば米国特許第５，０７５，２１６号、Ｅｎｇｅｌｋｅら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５、５４４−５４８頁およびＷｏｎｇら（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ ３３０、３８４−３８６頁；ＭａｘｉｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７４：５６０頁；またはＳａｎｇｅｒ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７４：５４６３頁に記載される方法のようなＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子の一方または両方の鎖を配列決定するための公知の方法のいずれも、本発明の方法において用いてよい。さらに、多様な自動化配列決定手順のいずれも利用できる。例えば、質量分析による配列決定を含むＮａｅｖｅ，Ｃ．Ｗ．ら（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １９：４４８頁を参照されたい（例えばＰＣＴ国際公開ＷＯ９４／１６１０１；Ｃｏｈｅｎら（１９９６）Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．３６：１２７−１６２頁；およびＧｒｉｆｆｉｎら（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８：１４７−１５９頁を参照されたい。）。一実施形態では、対象の試料からのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子は、直接配列決定して、対象が少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子を有するかを決定する。
【０１２９】
上記のように、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子および／もしくはＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２もしくはＴ２３２対立遺伝子の存在または不在を決定することは、例えば制限断片長多型分析を含んでよい。制限断片長多型分析（ＲＦＬＰＳ）は、制限酵素部位での変化に基づく。さらに、配列特異的リボザイムの使用（例えば米国特許第５，４９８，５３１号を参照されたい。）は、特異的リボザイム切断部位の存在について評点するために用いてよい。
【０１３０】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子、Ｖ５０対立遺伝子および／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２対立遺伝子もしくはＴ２３２対立遺伝子の存在または不在を決定するための別の技術は、例えばＷａｌｌａｃｅら（１９８１）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．９、８７９−８９４頁に記載されるように、分析されるＤＮＡセグメント（標的ＤＮＡ）を、標識された相補オリゴヌクレオチドプローブとハイブリダイズさせることを含む。単一の塩基対ミスマッチを含有するＤＮＡ２重鎖さえ高い熱的不安定性を示すので、示差融解温度は、プローブと完全に相補的な標的ＤＮＡを、単一ヌクレオチドだけが異なる標的ＤＮＡから区別するために用いることができる。この方法は、例えば米国特許第４，６８３，１９４号に記載されるように、特定の制限部位の存在または不在を検出するように適応されている。この方法は、標的ＤＮＡとハイブリダイズする制限部位にまたがる端標識オリゴヌクレオチドプローブを用いることを含む。ＤＮＡのハイブリダイズした２重鎖は、次いで、その部位について適当な制限酵素とインキュベートされる。再形成された制限部位は、制限エンドヌクレアーゼを用いることによるプローブと標的との間の２重鎖の対における消化により切断される。特定の制限部位は、短くされたプローブ分子が検出される場合、標的ＤＮＡ中に存在する。
【０１３１】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２対立遺伝子および／もしくはＴ２３２対立遺伝子の存在または不在を決定するためのその他の方法は、切断剤からの保護を用いてＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ２重鎖中のミスマッチ塩基を検出する方法を含む（例えばＭｙｅｒｓら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：１２４２頁に記載されるように）。全般的に、「ミスマッチ切断」の当該技術における技術は、多型配列を含有する（標識）ＲＮＡまたはＤＮＡを試料から得られた多型である可能性があるＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズさせることにより形成されたヘテロ２重鎖を提供することにより開始される。２本鎖形成した２重鎖は、対照鎖および試料鎖の間の塩基対ミスマッチにより存在するもののような２重鎖の１本鎖領域を切断する薬剤を用いて処理される。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ２重鎖はＲＮアーゼで処理し、ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドはＳ１ヌクレアーゼで処理して、ミスマッチ領域を酵素により消化できる。他の実施形態では、ＤＮＡ／ＤＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡ２重鎖のいずれも、ミスマッチ領域を消化するために、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウムおよびピペリジンを用いて処理できる。ミスマッチ領域の消化の後に、得られた物質は、次いで、変性ポリアクリルアミドゲル上のサイズにより分離される。例えばＣｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ８５：４３９７頁；Ｓａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５頁を参照されたい。好ましい実施形態では、対照ＤＮＡまたはＲＮＡは、検出のために標識できる。
【０１３２】
別の実施形態では、電気泳動移動度における変化は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子の存在または不在を決定するために用いてよい。例えば、１本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）は、様々なＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ対立遺伝子間の電気泳動移動度の差を検出するために用いてよい（例えばＯｒｉｔａら（１９８９）Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ：８６：２７６頁；Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ Ｒｅｓ ２８５：１２５−１４４頁；およびＨａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ Ａｎａｌ Ｔｅｃｈ Ａｐｐｌ ９：７３−７９頁に記載されるように）。試料および対照核酸の１本鎖ＤＮＡ断片は、変性して、復元させることができる。１本鎖核酸の２次構造は、配列によって変動し、それによる電気泳動移動度の変化は、単一塩基変化の検出さえ可能にする。ＤＮＡ断片は、標識できるまたは標識プローブを用いて検出できる。アッセイの感度は、２次構造が配列における変化に対してより感受性であるＲＮＡを用いる（ＤＮＡよりもむしろ）ことにより増強できる。好ましい実施形態では、主題の方法は、ヘテロ２重鎖分析を利用して、電気泳動移動度の変化に基づいて２本鎖ヘテロ２重鎖分子を分離する（Ｋｅｅｎら（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．７：５頁）。
【０１３３】
なお別の実施形態では、変性剤の勾配を含有するポリアクリルアミドゲル中の核酸分子の移動は、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を用いてアッセイされる（例えばＭｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５頁に記載されるように）。ＤＧＧＥが分析の方法として用いられる場合、ＤＮＡは、それが完全に変性しないことを確実にするために、高融解温度ＧＣリッチＤＮＡの例えばおよそ４０ｂｐのＧＣクランプをＰＣＲにより付加することにより改変できる。さらなる実施形態では、対照および試料ＤＮＡの移動度の差を同定するために、温度勾配が変性剤勾配の代わりに用いられる（ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｃｈｅｍ ２６５：１２７５３頁）。
【０１３４】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰの存在または不在を決定するためのその他の技術の例は、それらに限定されないが、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅または選択的プライマー伸長を含む。例えば、多型領域が中央にあるオリゴヌクレオチドプライマーを調製し、次いで完全なマッチが見出される場合にのみハイブリダイゼーションを許容する条件下で標的ＤＮＡとハイブリダイゼーションさせることができる（Ｓａｉｋｉら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２４：１６３頁；Ｓａｉｋｉら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：６２３０頁）。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、ＰＣＲにより増幅された標的ＤＮＡまたはいくつかの異なる多型と、オリゴヌクレオチドがハイブリダイズメンブレンに付着し、標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズする場合にハイブリダイズする。
【０１３５】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰの存在または不在を決定するための別のプロセスは、標識オリゴヌクレオチドプライマーを鋳型ＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズさせ、次いでＤＮＡポリメラーゼおよびデオキシヌクレオシド三リン酸を用いてプライマーを鋳型の５’端まで伸長することからなるプライマー伸長プロセスである。標識プライマー伸長生成物の分割は、次いで、例えば変性ポリアクリルアミドゲルによる電気泳動によりサイズに基づいて分画することにより行われる。このプロセスは、相同ＤＮＡセグメントを比較し、ヌクレオチド挿入または欠失による差を検出するためにしばしば用いられる。ヌクレオチド置換による差は、サイズがプライマー伸長生成物を特徴づけるために用いられる唯一の基準であるので、検出されない。
【０１３６】
さらに、このようなＳＮＰの遺伝子型決定のための公知の方法（例えばＤＮＡ配列決定、ハイブリダイゼーション技術、ＰＣＲに基づくアッセイ、蛍光色素および消光剤に基づくＰＣＲアッセイ（Ｔａｑｍａｎ ＰＣＲ検出システム）、ＲＦＬＰに基づく技術、１本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、化学的ミスマッチ切断（ＣＭＣ）、ヘテロ２重鎖分析に基づくシステム、質量分析に基づく技術、侵入型切断アッセイ、多型比率配列決定（ＰＲＳ）、マイクロアレイ、ローリングサークル伸長アッセイ、ＨＰＬＣに基づく技術、ＤＨＰＬＣに基づく技術、オリゴヌクレオチド伸長アッセイ（ＯＬＡ）、伸長に基づくアッセイ（ＡＲＭＳ（増幅抵抗性変異システム）、ＡＬＥＸ（増幅抵抗性変異直鎖状伸長）、ＳＢＣＥ（一塩基鎖伸長）、分子ビーコンアッセイ、インベーダ（Ｔｈｉｒｄ ｗａｖｅ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、リガーゼ鎖反応アッセイ、５’−ヌクレアーゼアッセイに基づく技術、ハイブリダイゼーションキャピラリーアレイ電気泳動（ＣＡＥ）、ピロシーケンス、短縮タンパク質アッセイ（ＰＴＴ）、イムノアッセイ、ハプロタイプ分析および固相ハイブリダイゼーション（ドットブロット、リバースドットブロット、チップ）のいずれも当該技術において非常によく知られており、例えばＳｉｉｔａｒｉ、Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ ｍａｒｋｅｔ、Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｒｅｖｉｅｗ １２５／２００２、ＩＳＤＮ１２３９−７５８；Ｃａｐｌｉｎ（１９９９）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａ １：５−８頁；Ｎｅｖｉｌｌｅ（２００２）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ３２：３４−４３頁；Ｕｎｄｅｒｈｉｌｌ（１９７）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ ７：９９６−１００５頁；Ｏｅｆｎｅｒ（２０００）Ｊ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ Ｂ Ｂｉｏｍｅｄ Ｓｃｉ Ａｐｐｌ ７３９：３４５−５５頁および米国特許出願公開第２００１００４９５８６号に記載され、本発明の方法において用いてよい。
【０１３７】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰの存在または不在を決定するためのなお別の適切な方法は、例えばＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰについての商業的に入手可能な抗体をＥＬＩＳＡアッセイにおいて用いる、対象からの生体試料の血清型検査である。
【０１３８】
ある状況では、試料は、タンパク質レベルにてＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子の発現について、マーカーのｍＲＮＡによりコードされるタンパク質生成物を検出する検出試薬を用いてアッセイしてよい。例えば、検出されるＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子もしくはＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子および／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２もしくはＴ２３２対立遺伝子のタンパク質生成物と特異的に結合し、他のタンパク質と結合しない抗体試薬が入手可能である場合、このような抗体試薬は、対象からの試料または試料に由来する調製物中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子もしくはＶ５０対立遺伝子および／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２もしくはＴ２３２対立遺伝子の発現を、ＦＡＣＳ分析、ＥＬＩＳＡなどのような当該技術において既知の標準的な抗体に基づく技術を用いて検出するために用いることができる。一実施形態では、抗体は、Ｉ５０ ＩＬ−４Ｒ対立遺伝子およびＶ５０ ＩＬ−４Ｒ対立遺伝子の２つのタンパク質生成物を区別できる。別の実施形態では、抗体は、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２対立遺伝子およびＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の２つのタンパク質生成物を区別できる。一実施形態では、検出方法において用いられる抗体は、ＨＬＡ−ＤＢ１タンパク質のアミノ酸７０−７４を同定でき、さらなる実施形態では、ＳＥに特異的である。
【０１３９】
関節リウマチを有するまたは有する傾向がある対象から得られたいずれの試料も、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰの存在または不在を決定するために用いてよい。例えば、試料は、対象から得られた任意の流体またはその部分的な成分、例えば血液流体、嘔吐物、関節内流体、唾液、リンパ液、嚢胞液、尿、気管支洗浄により回収された流体、腹腔リンスにより回収された流体または婦人科の流体であってよい。典型的な状況では、流体は、対象から得られた血液試料またはその成分であってよい。試料は、対象から得られた任意の組織またはその断片もしくは部分的な成分、例えば骨、結合組織、軟骨、肺、肝臓、腎臓、筋肉組織、心臓、膵臓および皮膚であってもよい。
【０１４０】
対象から試料を得るための技術または方法は当該技術において公知であり、例えば、口腔スワブもしくは洗口；採血；または生検採取により試料を得ることを含む。流体または組織試料の部分的な成分（例えば細胞またはＲＮＡまたはＤＮＡ）を単離することは、当該技術において公知の技術および以下の実施例部分に記載するものを用いて遂行できる。
【０１４１】
別の態様では、本発明は、対象に由来する生体試料を、試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰの存在または不在を検出できる薬剤と接触させることによりＴＮＦα阻害剤に対する関節リウマチを有するまたは有する傾向がある対象の応答性を予測または評価するための方法に関係し、試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子および／またはＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子および／またはＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ対立遺伝子（Ｔ２３２Ｔ）の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤に対して応答することを示し、それによりＴＮＦα阻害剤に対する対象の応答性が予測または評価される。対象に由来する生体試料を、試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰの存在または不在を検出できる薬剤と接触させることにより、試料は、その元来の形態から、試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰの存在または不在の検出が達成できるように、ある様式で必然的に変形または変化される。生体試料と接触させる薬剤は、例えばＰＣＲ／配列決定プライマー（複数可）、試料中に存在するＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０もしくはＶ５０対立遺伝子および／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２もしくはＴ２３２対立遺伝子を増幅および／または配列決定および／または標識するために適切なヌクレオチドならびに酵素（例えばＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子（例えばアミノ酸７０−７４に対応する核酸配列）、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０もしくはＶ５０対立遺伝子（すなわちＳＮＰを区別する領域）および／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２もしくはＴ２３２対立遺伝子内の独特の領域）、試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子を検出できる、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰを区別できるおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ ＳＮＰを区別できる抗体、制限酵素ならびに／またはマイクロアレイであってよい。
【０１４２】
バイオマーカー発現レベルまたは存在の測定は、適切なプロセッサにより実行されるソフトウェアプログラムを用いることにより行ってよい。適切なソフトウェアおよびプロセッサは、当該技術において公知であり、商業的に入手可能である。プログラムは、ＣＤ−ＲＯＭ、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードドライブ、ＤＶＤまたはプロセッサに付随するメモリのような有形媒体上に保存されたソフトウェアに組み入れられることがあるが、当業者は、プログラム全体またはその一部が、代わりに、プロセッサ以外のデバイスにより実行されるおよび／またはファームウェアに組み入れられるおよび／または公知の様式でハードウェアに割り当てられることができることを容易に認識する。
【０１４３】
本明細書で同定される遺伝子またはそれらの発現生成物の発現レベルまたは存在の測定および対象がＴＮＦａ阻害剤を用いる処置に対して応答する可能性が高いまたは応答する可能性が高くないことの決定の後に、アッセイの結果、知見、診断、予測および／または推奨される処置は、記録して、例えば技術者、医師および／または患者に伝達してよい。ある実施形態では、コンピュータが、患者および／または担当医のような対象の関係者にこのような情報を伝達するために用いられる。いくつかの実施形態では、結果または診断を伝達する国または管轄区とは異なる国または管轄区でアッセイが行われるまたはアッセイ結果が分析される。
【０１４４】
好ましい実施形態では、本明細書での１つ以上の遺伝子マーカーの試験対象における遺伝子マーカーの発現レベルもしくは存在に基づき診断、予測および／または推奨される処置は、アッセイが完了し、診断および／または予測が行われた後できるだけすぐに対象に伝達される。結果および／または関連する情報は、対象を処置する医師により対象に伝達されることがある。代わりに、結果は、書面、電子メールのような電子的伝達の形態または電話を含む任意の伝達手段により試験対象に直接伝達してよい。伝達は、電子メール伝達の場合のようにコンピュータの使用により容易になることがある。ある実施形態では、診断試験の結果および／または試験から得られた結論および／または試験に基づき推奨される処置を含む伝達は、電気通信学の当業者に知られるコンピュータハードウェアおよびソフトウェアの組合せを用いて行われ、対象に自動的に送達されることがある。健康管理主導の伝達システムの一例は、米国特許第６，２８３，７６１号に記載される。しかし、本発明は、この特定の伝達システムを利用する方法に限定されない。本発明の方法のある実施形態では、試料のアッセイ、疾患の診断およびアッセイの結果もしくは診断の伝達を含む方法ステップの全てまたはいくつかは、多様な（例えば外国の）管轄区において行われることがある。
【０１４５】
ＴＮＦα阻害剤を用いる処置計画の選択および使用
関節リウマチ（ＲＡ）を有するまたは有する傾向がある対象におけるＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子の存在または不在がＴＮＦα阻害剤、例えばヒトＴＮＦａ抗体またはそれに限定されないがアダリムマブのようなその抗原結合部分を用いる処置に対する対象の応答性に影響するという観察結果に鑑みて、対象におけるＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子の存在または不在に基づいて対象に適当な処置計画を選択できる。したがって、一実施形態では、本発明は、対象におけるＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子の存在または不在に基づいてＴＮＦα阻害剤を用いる処置計画を選択するための方法を提供する。別の態様では、方法は、対象における関節リウマチが処置されるように処置計画に従ってＴＮＦα阻害剤を対象に投与することをさらに含む。別の態様では、方法は、対象における関節リウマチが処置されるように処置計画に従ってＭＴＸおよびＴＮＦα阻害剤の両方を対象に投与することをまださらに含む。
【０１４６】
一態様では、本発明は、関節リウマチを有するまたは有する傾向がある対象におけるＴＮＦα阻害剤、例えばヒトＴＮＦａ抗体またはそれに限定されないがアダリムマブのようなその抗原結合部分を用いる療法のための処置計画を選択するための方法を提供する。方法は、対象におけるＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子の存在または不在（またはコピー数）を決定することおよび対象におけるＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子の存在または不在（またはコピー数）に基づいて、ＴＮＦα阻害剤を用いる処置計画を選択することを含む。
【０１４７】
一態様では、本発明は、対象がＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子を有するかを決定することにより、ＴＮＦα阻害剤、例えばヒトＴＮＦａ抗体またはそれに限定されないがアダリムマブのようなその抗原結合部分を用いる処置に対する関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象の応答性を予測する方法を提供する。一態様では、試料は、対象から得られ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在（または不在／またはコピー数）について評価される。別の態様では、本発明は、少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子が対象からの試料中に存在することを条件として、ＴＮＦａ阻害剤を投与することにより、ＲＡを有する対象を処置する方法を提供する。一実施形態では、対象からの試料は、少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子の存在について試験される。以下の実施例に記載するように、少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す。
【０１４８】
一態様では、本発明は、対象がＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子を有するか（または代わりに対象がＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２対立遺伝子を有するか）を決定することにより、ＴＮＦα阻害剤、例えばヒトＴＮＦａ抗体またはそれに限定されないがアダリムマブのようなその抗原結合部分を用いる処置に対する関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象の応答性を予測する方法を提供する。一態様では、試料は、対象から得られ、ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在（または不在／またはコピー数）（または代わりに対象がＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２対立遺伝子を有するか）について評価される。別の態様では、本発明は、２コピーのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子が対象からの試料中に存在することを条件として、ＴＮＦａ阻害剤を投与することにより、ＲＡを有する対象を処置する方法を提供する。以下の実施例に記載するように、ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ対立遺伝子の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す。
【０１４９】
本発明の一実施形態では、ＲＡを有する対象がＴＮＦａ阻害剤、例えばヒトＴＮＦａ抗体またはそれに限定されないがアダリムマブのようなその抗原結合部分を用いる処置に対して応答性であるかを決定するために、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在（または不在／またはコピー数）は、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在と組み合わせて試験される。本発明の一実施形態では、ＲＡを有する対象がＴＮＦａ阻害剤を用いる処置に対して応答性であるかを決定するために、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在は、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／またはＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子の存在と組み合わせて試験される。本発明の一実施形態では、ＲＡを有する対象がＴＮＦａ阻害剤を用いる処置に対して応答性であるかを決定するために、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在は、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／またはＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子ならびにＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在と組み合わせて試験される。一実施形態では、ＲＡを有する対象がＴＮＦａ阻害剤を用いる処置に対して応答性であるかを決定するために、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在は、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／またはＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子の存在と組み合わせて試験される。
【０１５０】
一実施形態では、本明細書に記載する遺伝子マーカーは、ＴＮＦａ阻害剤、例えばヒトＴＮＦａ抗体またはそれに限定されないがアダリムマブのようなその抗原結合部分を用いる処置に対して応答性であるＲＡを有する患者を選択する方法において用いてよい。
【０１５１】
一実施形態では、対立遺伝子の存在を決定することにおいて、方法は、対立遺伝子のコピー数を決定することを含んでよい。代わりに、アッセイ方法は、遺伝子マーカーの存在または不在を決定するだけでよい。
【０１５２】
別の実施形態では、本発明は、ＴＮＦα阻害剤を用いて関節リウマチを有する対象を処置する方法も提供する。方法は、対象におけるＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子の存在または不在を決定すること、対象におけるＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＩｌ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子の存在または不在に基づいて、ＴＮＦα阻害剤を用いる処置計画を選択することならびに対象が関節リウマチについて処置されるように処置計画に従ってＴＮＦα阻害剤を投与することを含む。
【０１５３】
選択される処置計画は、以下のパラメータの少なくとも１つを典型的に含み、以下のパラメータの多くまたは全てを含んでよい：投与のために選ばれる薬剤の型、投与量、処方、投与経路および／または投与頻度。
【０１５４】
例えば少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子またはＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ対立遺伝子を有する対象を含む以下の実施例に記載するように、アダリムマブおよびメトトレキセートを用いる併用療法は、メトトレキセート単剤療法と比較して著しく改善された臨床応答を伴った。さらに、著しく増強された臨床応答は、アダリムマブおよびメトトレキセートについて、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（ＡＡまたはＡＧ）についてホモ接合性またはヘテロ接合性のいずれかである患者について観察されたが、２つのＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子（ＧＧ）を有する患者において観察されなかった。ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣは、臨床応答を達成することと著しく関連した。さらに、組合せで、ＳＥコピー数の影響は、ＩＬ−４Ｒ−ＡＡおよびＦｃγＲＩＩｂ−ＴＴ野生型背景で弱められたが、少なくとも１コピーのＩＬ−４Ｒ（ＡＧまたはＧＧ）またはＦｃγＲＩＩｂ（ＴＣまたはＣＣ）遺伝子バリアントのいずれかが存在した場合に明確であった。
【０１５５】
本明細書に記載する処置の方法は、治療目標、例えばあるＡＣＲ応答、例えばＡＣＲ２０、ＡＣＲ５０、ＡＣＲ７０を達成することおよび／または例えばＤＡＳ２８低疾患活動性（ＤＡＳ２８ ＬＤＡ）もしくはＤＡＳ２８寛解を含んでＤＡＳ２８スコアを改善することを達成するためにＴＮＦα阻害剤を対象に投与することを含んでよい。
【０１５６】
ＤＡＳ２８（疾患活動性スコア）は、罹患した対象における関節リウマチの活動性の容認された指標として当該技術において既知である。以下のパラメータは、計算に含まれる：圧痛関節数（ＴＥＮ）；腫脹関節数（ＳＷ）；赤血球沈降速度（ＥＳＲ）；疾患活動性の患者評価（ＶＡＳ；ｍｍ）（Ｖａｎ ｄｅｒ ＨｅｉｊｄｅらＡｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ １９９０；４９：９１６−２０頁を参照されたい。）。改訂ＤＡＳ（ＤＡＳ２８）では、２８の関節が評価される（Ｐｒｅｖｏｏ ＭＬＬらＡｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ １９９５；３８：４４−８頁を参照されたい。）。
【０１５７】
関節リウマチの改善についてのＡｍｅｒｉｃａｎ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙの予備的基準（ＡＣＲ２０、５０、７０応答）は、関節リウマチ（ＲＡ）処置のための効力指標を提供するために開発された。ＡＣＲ２０、ＡＣＲ５０およびＡＣＲ７０は、それぞれ２０％、５０％および７０％を超える改善を要求する。応答基準は、参照により本明細書に組み込むＦｅｌｓｏｎ ＤＴ、Ａｎｄｅｒｓｏｎ ＪＪ、Ｂｏｅｒｓ Ｍ、Ｂｏｍｂａｒｄｉｅｒ Ｃ、Ｆｕｒｓｔ Ｄ、Ｇｏｌｄｓｍｉｔｈ ＣらＡｍｅｒｉｃａｎ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ ｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ ｉｎ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ １９９５；３８：７２７−３５頁に詳述される。全般的に、患者は、スクリーニング、ベースラインおよび処置中に頻繁に、臨床的に検査される。徴候および症状についての１次効力は、第１２週に改善についてのＡｍｅｒｉｃａｎ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙの予備的基準（ＡＣＲ２０）により測定される。追加の１次終点は、構造損傷の変化を評価するための６から１２カ月にわたる放射線学的変化の評価を含む。
【０１５８】
一実施形態では、対象は、隔週投薬計画に従ってＴＮＦａ阻害剤を用いて処置される。隔週投薬計画は、参照により本明細書に組み込む米国特許出願第１０／１６３６５７号（ＵＳ２００３０２３５５８５）にさらに記載されている。
【０１５９】
本発明の一態様では、ＴＮＦａ阻害剤は、ＲＡを有する対象に、固定用量（ｍｇ／ｋｇ用量とは対照的に）として投与される。一実施形態では、固定用量は、約２０−８０ｍｇ、約２０−６０ｍｇ、約３０−５０ｍｇまたは約４０ｍｇである。さらなる実施形態では、固定用量は、約５０ｍｇである。
【０１６０】
一実施形態では、対象は、４０ｍｇのヒトＴＮＦａ抗体またはその抗原結合部分を、ＲＡの処置のために１週間おきに皮下投与される。
【０１６１】
本発明の別の態様では、対象は、毎月投薬計画に従ってＴＮＦａ阻害剤を用いて処置される。一実施形態では、対象は、５０ｍｇのヒトＴＮＦａ抗体またはその抗原結合部分を、ＲＡの処置のために月１回皮下投与される。
【０１６２】
さらなる実施形態では、ＴＮＦａ阻害剤は、対象に、ＲＡの処置のためにメトトレキセートと組み合わせて投与される。
【０１６３】
本発明のＴＮＦα阻害剤
特に好ましいＴＮＦα阻害剤は、関節リウマチの処置においてヒト用にＦＤＡにより承認されたまたは関節リウマチの処置のために臨床試験を受けている生物学的薬剤である。
【０１６４】
一実施形態では、本発明は、ＴＮＦα抗体が、高い親和性および低い脱離速度でヒトＴＮＦαと結合し、高い中和能力も有する単離ヒト抗体またはその抗原結合部分である、関節リウマチの処置のためのＴＮＦα阻害剤の効力を予測または決定するための使用および組成物を特徴とする。好ましくは、本発明で用いるヒト抗体は、組換え中和ヒト抗ｈＴＮＦα抗体である。本発明の最も好ましい組換え中和抗体は、本明細書にてＤ２Ｅ７といい、ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）またはアダリムマブともいう（Ｄ２Ｅ７ ＶＬ領域のアミノ酸配列は配列番号１に示す；Ｄ２Ｅ７ ＶＨ領域のアミノ酸配列は配列番号２に示す；ＶＬおよびＶＨドメインの核酸配列はそれぞれ配列番号３６および３７に記載する。）。Ｄ２Ｅ７（アダリムマブ／ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））の特性は、Ｓａｌｆｅｌｄら、米国特許第６，０９０，３８２号、第６，２５８，５６２号および第６，５０９，０１５号（これらは参照により本明細書に組み込む。）に記載されている。
【０１６５】
一実施形態では、ＴＮＦａ阻害剤は、アダリムマブのバイオ後続品である完全ヒトＴＮＦａ抗体である。一実施形態では、ＴＮＦａ阻害剤は、アダリムマブに非常に類似し、例えば、臨床的に不活性な成分のわずかな差を含むことがある。一実施形態では、ＴＮＦａ阻害剤は、アダリムマブと交換可能であり、例えば、いずれの所定の患者においてもアダリムマブと同じ臨床結果を生じることができる。
【０１６６】
一実施形態では、本発明の方法は、関節リウマチの処置について、低い解離速度論および高い中和能力でのｈＴＮＦαとの高い親和性結合のような、Ｄ２Ｅ７抗体および抗体部分、Ｄ２Ｅ７関連抗体および抗体部分またはＤ２Ｅ７と等価な特性を有するその他のヒト抗体および抗体部分の効力を決定することを含む。一実施形態では、本発明は、ともに表面プラズモン共鳴により決定される１×１０^−８Ｍ以下のＫ_ｄおよび１×１０^−３ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆ速度定数でヒトＴＮＦαから解離し、標準的なインビトロＬ９２９アッセイにおいて１×１０^−７Ｍ以下のＩＣ_５０でヒトＴＮＦα細胞毒性を中和する単離ヒト抗体またはその抗原結合部分を用いる処置を提供する。より好ましくは、単離ヒト抗体またはその抗原結合部分は、５×１０^−４ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆ、さらにより好ましくは１×１０^−４ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆでヒトＴＮＦαから解離する。より好ましくは、単離ヒト抗体またはその抗原結合部分は、標準的なインビトロＬ９２９アッセイにおいて１×１０^−８Ｍ以下のＩＣ_５０、さらにより好ましくは１×１０^−９Ｍ以下のＩＣ_５０、まだより好ましくは１×１０^−１０Ｍ以下のＩＣ_５０でヒトＴＮＦα細胞毒性を中和する。好ましい実施形態では、抗体は、単離ヒト組換え抗体またはその抗原結合部分である。
【０１６７】
抗体重鎖および軽鎖ＣＤＲ３ドメインは、抗原についての抗体の結合特異性／親和性において重要な役割を演じることが当該技術において公知である。したがって、別の態様では、本発明は、ｈＴＮＦαとの会合について緩慢な解離速度論を有し、Ｄ２Ｅ７のものと構造的に同一または関連する軽鎖および重鎖ＣＤＲ３ドメインを有するヒト抗体を投与することによりクローン病を処置することに関係する。Ｄ２Ｅ７ ＶＬ ＣＤＲ３の９位は、ｋ_ｏｆｆに実質的に影響することなくＡｌａまたはＴｈｒにより占有され得る。したがって、Ｄ２Ｅ７ ＶＬ ＣＤＲ３のコンセンサスモチーフは、アミノ酸配列：Ｑ−Ｒ−Ｙ−Ｎ−Ｒ−Ａ−Ｐ−Ｙ−（Ｔ／Ａ）（配列番号３）を含む。さらに、Ｄ２Ｅ７ ＶＨ ＣＤＲ３の１２位は、ｋ_ｏｆｆに実質的に影響することなくＴｙｒまたはＡｓｎにより占有され得る。したがって、Ｄ２Ｅ７ ＶＨ ＣＤＲ３のコンセンサスモチーフは、アミノ酸配列：Ｖ−Ｓ−Ｙ−Ｌ−Ｓ−Ｔ−Ａ−Ｓ−Ｓ−Ｌ−Ｄ−（Ｙ／Ｎ）（配列番号４）を含む。さらに、米国特許第６，０９０，３８２号の実施例２において証明されるように、Ｄ２Ｅ７重鎖および軽鎖のＣＤＲ３ドメインは、ｋ_ｏｆｆに実質的に影響することなく、単一アラニン残基で置換できる（ＶＬ ＣＤＲ３内の１位、４位、５位、７位もしくは８位またはＶＨ ＣＤＲ３内の２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位もしくは１１位にて）。まださらに、当業者は、Ｄ２Ｅ７ ＶＬおよびＶＨ ＣＤＲ３ドメインがアラニンにより置換できることに鑑みて、抗体の低い脱離速度定数をまだ保持しながら、ＣＤＲ３ドメイン内の他のアミノ酸の置換、特に保存的アミノ酸での置換も可能であることを認識する。好ましくは、１から５を超えない保存的アミノ酸置換が、Ｄ２Ｅ７ ＶＬおよび／またはＶＨ ＣＤＲ３ドメイン内で作製される。より好ましくは、１から３を超えない保存的アミノ酸置換が、Ｄ２Ｅ７ ＶＬおよび／またはＶＨ ＣＤＲ３ドメイン内で作製される。さらに、保存的アミノ酸置換は、ｈＴＮＦαとの結合にとって重要なアミノ酸位置で作製されるべきでない。Ｄ２Ｅ７ ＶＬ ＣＤＲ３の２位および５位ならびにＤ２Ｅ７ ＶＨ ＣＤＲ３の１位および７位は、ｈＴＮＦαとの相互作用にとって重要であり、よって、保存的アミノ酸置換は、好ましくは、これらの位置で作製されない（しかし、Ｄ２Ｅ７ ＶＬ ＣＤＲ３の５位でのアラニン置換は、上記のように許容できる。）（米国特許第６，０９０，３８２号を参照されたい。）。
【０１６８】
したがって、別の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、好ましくは、以下の特徴を有する：
ａ）表面プラズモン共鳴により決定される１×１０^−３ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆ速度定数でヒトＴＮＦαから解離する；
ｂ）配列番号３のアミノ酸配列または（１位、４位、５位、７位もしくは８位にて単一アラニン置換によりまたは１位、３位、４位、６位、７位、８位および／もしくは９位にて１から５の保存的アミノ酸置換により）配列番号３から改変されたアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３ドメインを有する；

ｃ）配列番号４のアミノ酸配列または（２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位もしくは１１位にて単一アラニン置換によりまたは２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位、１１位および／もしくは１２位にて１から５の保存的アミノ酸置換により）配列番号４から改変されたアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３ドメインを有する。
【０１６９】
より好ましくは、抗体またはその抗原結合部分は、５×１０^−４ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆでヒトＴＮＦαから解離する。さらにより好ましくは、抗体またはその抗原結合部分は、１×１０^−４ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆでヒトＴＮＦαから解離する。
【０１７０】
なお別の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、好ましくは、配列番号３のアミノ酸配列または１位、４位、５位、７位もしくは８位にて単一アラニン置換により配列番号３から改変されたアミノ酸配列を含むＣＤＲ３ドメインを有する軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）および配列番号４のアミノ酸配列または２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位もしくは１１位にて単一アラニン置換により配列番号４から改変されたアミノ酸配列を含むＣＤＲ３ドメインを有する重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）を含有する。一実施形態では、ＬＣＶＲは、配列番号５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２ドメイン（すなわちＤ２Ｅ７ ＶＬ ＣＤＲ２）をさらに有し、ＨＣＶＲは、配列番号６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２ドメイン（すなわちＤ２Ｅ７ ＶＨ ＣＤＲ２）をさらに有する。一実施形態では、ＬＣＶＲは、配列番号７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１ドメイン（すなわちＤ２Ｅ７ ＶＬ ＣＤＲ１）をさらに有し、ＨＣＶＲは、配列番号８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１ドメイン（すなわちＤ２Ｅ７ ＶＨ ＣＤＲ１）を有する。ＶＬのフレームワーク領域は、好ましくはＶ_κＩヒト生殖系列ファミリーから、より好ましくはＡ２０ヒト生殖系列Ｖｋ遺伝子から、最も好ましくは米国特許第６，０９０，３８２号の図１Ａおよび１Ｂに示すＤ２Ｅ７ ＶＬフレームワーク配列からである。ＶＨのフレームワーク領域は、好ましくはＶ_Ｈ３ヒト生殖系列ファミリーから、より好ましくはＤＰ−３１ヒト生殖系列ＶＨ遺伝子から、最も好ましくは米国特許第６，０９０，３８２号の図２Ａおよび２Ｂに示すＤ２Ｅ７ ＶＨフレームワーク配列からである。
【０１７１】
したがって、別の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分は、好ましくは、配列番号１のアミノ酸配列（すなわちＤ２Ｅ７ ＶＬ）を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）および配列番号２のアミノ酸配列（すなわちＤ２Ｅ７ ＶＨ）を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）を含有する。ある実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭまたはＩｇＤ定常領域のような重鎖定常領域を含む。好ましくは、重鎖定常領域は、ＩｇＧ１重鎖定常領域またはＩｇＧ４重鎖定常領域である。さらに、抗体は、カッパ軽鎖定常領域またはラムダ軽鎖定常領域のいずれかの軽鎖定常領域を含むことができる。好ましくは、抗体は、カッパ軽鎖定常領域を含む。代わりに、抗体部分は、例えばＦａｂ断片または単鎖Ｆｖ断片であることができる。
【０１７２】
まだ他の実施形態では、本発明は、Ｄ２Ｅ７関連ＶＬおよびＶＨ ＣＤＲ３ドメインを含有する単離ヒト抗体またはその抗原結合部分の使用を含む。例えば、配列番号３、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５および配列番号２６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３ドメインを有する軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）または配列番号４、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４および配列番号３５からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３ドメインを有する重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）を有する抗体またはその抗原結合部分。
【０１７３】
本発明の方法は、関節リウマチの処置のための臨床試験を受けたキメラおよびヒト化マウス抗ｈＴＮＦα抗体を用いて行ってもよい（例えばＥｌｌｉｏｔｔ，Ｍ．Ｊ．ら（１９９４）Ｌａｎｃｅｔ ３４４：１１２５−１１２７頁；Ｅｌｌｉｏｔ，Ｍ．Ｊ．ら（１９９４）Ｌａｎｃｅｔ ３４４：１１０５−１１１０頁；Ｒａｎｋｉｎ，Ｅ．Ｃ．ら（１９９５）Ｂｒ．Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．３４：３３４−３４２頁を参照されたい。）。Ｉ
【０１７４】
本発明の方法および組成物で用いられるＴＮＦα抗体は、関節リウマチの改善された処置のために改変されてよい。いくつかの実施形態では、ＴＮＦα抗体またはその抗原結合断片は、所望の効果を提供するために化学改変される。例えば、本発明の抗体および抗体断片のｐｅｇ化は、例えば以下の参考文献：Ｆｏｃｕｓ ｏｎ Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒｓ ３：４−１０頁（１９９２）；ＥＰ０１５４３１６；およびＥＰ０４０１３８４（これらのそれぞれの全体を参照により本明細書に組み込む）に記載されるような当該技術において既知のｐｅｇ化反応のいずれにより行ってもよい。好ましくは、ｐｅｇ化は、反応性ポリエチレングリコール分子（または類似の反応性水溶性ポリマー）を用いるアシル化反応またはアルキル化反応により行われる。本発明の抗体および抗体断片のｐｅｇ化のための好ましい水溶性ポリマーは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）である。本明細書で用いる場合、「ポリエチレングリコール」は、モノ（Ｃｌ−ＣｌＯ）アルコキシ−またはアリールオキシ−ポリエチレングリコールのような他のタンパク質を誘導体化するために用いられている任意の形態のＰＥＧを包含することを意味する。
【０１７５】
本発明のｐｅｇ化抗体および抗体断片を調製するための方法は、全般的に、（ａ）抗体または抗体断片を、ＰＥＧの反応性エステルまたはアルデヒド誘導体のようなポリエチレングリコールと、それにより抗体または抗体断片が１つ以上のＰＥＧ基に付着するような条件下で反応させるステップおよび（ｂ）反応生成物を得るステップを含む。既知のパラメータおよび所望の結果に基づいて最適な反応条件またはアシル化反応を選択することは、当業者に明確である。
【０１７６】
ｐｅｇ化抗体および抗体断片は、全般的に、本明細書に記載するＴＮＦα抗体および抗体断片の投与により関節リウマチを処置するために用いてよい。全般的に、ｐｅｇ化抗体および抗体断片は、非ｐｅｇ化抗体および抗体断片と比較して半減期が増加されている。ｐｅｇ化抗体および抗体断片は、単独、一緒にまたはその他の医薬組成物と組み合わせて採用してよい。
【０１７７】
本発明のなお別の実施形態では、ＴＮＦα抗体またはその断片は、抗体の定常領域が改変されて、未改変抗体と比べて少なくとも１つの定常領域媒介生物学的エフェクター機能が低減されるように変更できる。抗体がＦｃ受容体との低減された結合を示すように本発明の抗体を改変するために、抗体の免疫グロブリン定常領域セグメントは、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）相互作用のために必要な特定の領域にて変異できる（例えばＣａｎｆｉｅｌｄ，Ｓ．Ｍ．およびＳ．Ｌ．Ｍｏｒｒｉｓｏｎ（１９９１）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７３：１４８３−１４９１頁；ならびにＬｕｎｄ，Ｊ．ら（１９９１）Ｊ．ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：２６５７−２６６２頁を参照されたい。）。抗体のＦｃＲ結合能力の低減も、オプソニン作用および食作用ならびに抗原依存性細胞性細胞毒性のようなＦｃＲ相互作用に依存する他のエフェクター機能を低減できる。
【０１７８】
本発明の方法で用いる抗体または抗体部分は、別の機能的分子（例えば別のペプチドまたはタンパク質）に誘導体化または連結させることができる。したがって、本発明の抗体および抗体部分は、免疫付着性分子を含む本明細書で記載するヒト抗ｈＴＮＦα抗体の誘導体化およびそうでなければ改変された形態を含むことを意図する。例えば、本発明の抗体または抗体部分は、別の抗体（例えば２重特異性抗体またはダイアボディ）、検出可能薬剤、細胞傷害性薬剤、医薬剤および／または抗体もしくは抗体部分と別の分子の会合を媒介できるタンパク質またはペプチド（例えばストレプトアビジンコア領域またはポリヒスチジンタグ）のような１つ以上の別の分子実体と機能的に連結（化学カップリング、遺伝子融合、非共有的会合またはその他により）できる。
【０１７９】
誘導体化抗体のある型は、２つ以上の抗体（例えば２重特異性抗体を創出するために同じ型または異なる型のもの）を架橋することにより生成される。適切な架橋剤は、適当なスペーサ（例えばｍ−マレイミドベンゾイル−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル）により分けられた２つの異なる反応性の基を有するヘテロ２重機能性またはホモ２重機能性（例えばジスクシンイミジルスベレート）であるものを含む。このようなリンカーは、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬから入手可能である。
【０１８０】
本発明の抗体または抗体部分を誘導体化できる有用な検出可能薬剤は、蛍光化合物を含む。例示的な蛍光検出可能薬剤は、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、５−ジメチルアミン−１−ナフタレンスルホニルクロリド、フィコエリスリンなどを含む。抗体は、アルカリホスファターゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼなどのような検出可能酵素を用いて誘導体化してもよい。検出可能酵素を用いて抗体が誘導体化される場合、これは、酵素が検出可能反応生成物を生成するために用いる追加の試薬を加えることにより検出される。例えば、検出可能薬剤であるセイヨウワサビペルオキシダーゼが存在する場合、過酸化水素およびジアミノベンジジンの添加は、検出可能な着色反応生成物を導く。抗体は、ビオチンを用いて誘導体化してもよく、アビジンまたはストレプトアビジン結合の間接的測定により検出される。
【０１８１】
本発明の方法および組成物で用いる抗体または抗体部分は、宿主細胞中での免疫グロブリン軽鎖および重鎖遺伝子の組換え発現により調製できる。抗体を組換え発現させるために、宿主細胞は、抗体の免疫グロブリン軽鎖および重鎖をコードするＤＮＡ断片を有する１つ以上の組換え発現ベクターで、軽鎖および重鎖が宿主細胞で発現され、好ましくは宿主細胞が培養されている培地中に分泌されるようにトランスフェクトされ、この培地から抗体が回収できる。標準的な組換えＤＮＡ法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ、ＦｒｉｔｓｃｈおよびＭａｎｉａｔｉｓ（編）、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．、（１９８９）、Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ．ら（編）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ、（１９８９）ならびにＢｏｓｓらによる米国特許第４，８１６，３９７号に記載されるもののように、抗体の重鎖および軽鎖遺伝子を得て、これらの遺伝子を組換え発現ベクターに組み込み、ベクターを宿主細胞に導入するために用いられる。
【０１８２】
アダリムマブ（Ｄ２Ｅ７）またはアダリムマブ（Ｄ２Ｅ７）関連抗体を発現させるために、軽鎖および重鎖可変領域をコードするＤＮＡ断片をまず得る。これらのＤＮＡは、生殖系列軽鎖および重鎖可変配列を、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて増幅および改変することにより得ることができる。ヒト重鎖および軽鎖可変領域遺伝子についての生殖系列ＤＮＡ配列は、当該技術において既知である（例えば「Ｖｂａｓｅ」ヒト生殖系列配列データベースを参照されたい；Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．ら（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版、Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ、ＮＩＨ出版物第９１−３２４２号；Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎ，Ｉ．Ｍ．ら（１９９２）「Ｔｈｅ Ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｒｍｌｉｎｅ Ｖ_Ｈ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ Ｒｅｖｅａｌｓ ａｂｏｕｔ Ｆｉｆｔｙ Ｇｒｏｕｐｓ ｏｆ Ｖ_Ｈ Ｓｅｇｍｅｎｔｓ ｗｉｔｈ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ Ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅ Ｌｏｏｐｓ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２７：７７６−７９８頁；およびＣｏｘ，Ｊ．Ｐ．Ｌ．ら（１９９４）「Ａ Ｄｉｒｅｃｔｏｒｙ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｒｍ−ｌｉｎｅ Ｖ_７８ Ｓｅｇｍｅｎｔｓ Ｒｅｖｅａｌｓ ａ Ｓｔｒｏｎｇ Ｂｉａｓ ｉｎ ｔｈｅｉｒ Ｕｓａｇｅ」Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：８２７−８３６頁も参照されたい；これらのそれぞれの内容を参照により本明細書に明示的に組み込む）。Ｄ２Ｅ７またはＤ２Ｅ７関連抗体の重鎖可変領域をコードするＤＮＡ断片を得るために、ヒト生殖系列ＶＨ遺伝子のＶ_Ｈ３ファミリーのメンバーを、標準的なＰＣＲにより増幅する。最も好ましくは、ＤＰ−３１ ＶＨ生殖系列配列を増幅する。Ｄ２Ｅ７またはＤ２Ｅ７関連抗体の軽鎖可変領域をコードするＤＮＡ断片を得るために、ヒト生殖系列ＶＬ遺伝子のＶ_κＩファミリーのメンバーを、標準的なＰＣＲにより増幅する。最も好ましくは、Ａ２０ ＶＬ生殖系列配列を増幅する。ＤＰ−３１生殖系列ＶＨおよびＡ２０生殖系列ＶＬ配列の増幅において用いるために適切なＰＣＲプライマーは、上で引用した参考文献に開示されるヌクレオチド配列に基づいて、標準的な方法を用いて設計できる。
【０１８３】
生殖系列ＶＨおよびＶＬ断片を一旦得ると、これらの配列は、本明細書に開示するＤ２Ｅ７またはＤ２Ｅ７関連アミノ酸配列をコードするように変異できる。生殖系列ＶＨおよびＶＬ ＤＮＡ配列によりコードされるアミノ酸配列は、まず、Ｄ２Ｅ７またはＤ２Ｅ７関連ＶＨおよびＶＬアミノ酸配列と比較して、Ｄ２Ｅ７またはＤ２Ｅ７関連配列中で生殖系列と異なるアミノ酸残基を同定する。次いで、生殖系列ＤＮＡ配列の適当なヌクレオチドを、変異生殖系列配列がＤ２Ｅ７またはＤ２Ｅ７関連アミノ酸配列をコードするように、遺伝子コードを用いて変異させて、どのヌクレオチドの変化を作製すべきかを決定する。生殖系列配列の突然変異誘発は、ＰＣＲ媒介突然変異誘発（ここでは、ＰＣＲ生成物が変異を含有するように変異ヌクレオチドがＰＣＲプライマーに組み込まれている。）または部位特異的突然変異誘発のような標準的な方法により行われる。
【０１８４】
さらに、ＰＣＲ増幅により得られた「生殖系列」配列が、真の生殖系列構造からのフレームワーク領域におけるアミノ酸の違い（すなわち、例えば体細胞変異の結果としての、真の生殖系列配列と比較しての増幅された配列中の違い）をコードする場合、これらのアミノ酸の違いを、真の生殖系列配列に変えて戻すことが望ましい（すなわち生殖系列構造へのフレームワーク残基の「逆突然変異」）。
【０１８５】
Ｄ２Ｅ７またはＤ２Ｅ７関連ＶＨおよびＶＬセグメントをコードするＤＮＡ断片が一旦得られると（上記のように生殖系列ＶＨおよびＶＬ遺伝子の増幅ならびに突然変異誘発により）、これらのＤＮＡ断片は、標準的な組換えＤＮＡ技術によりさらに操作して、例えば可変領域遺伝子を全長抗体鎖遺伝子、Ｆａｂ断片遺伝子またはｓｃＦｖ遺伝子に変換できる。これらの操作において、ＶＬまたはＶＨをコードするＤＮＡ断片は、抗体定常領域またはフレキシブルリンカーのような別のタンパク質をコードする別のＤＮＡ断片に作動可能に連結される。「作動可能に連結される」という用語は、この文脈で用いる場合、２つのＤＮＡ断片によりコードされるアミノ酸配列がインフレームのままであるように２つのＤＮＡ断片がつながれることを意味する。
【０１８６】
ＶＨ領域をコードする単離ＤＮＡは、ＶＨをコードするＤＮＡを、重鎖定常領域（ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３）をコードする別のＤＮＡ分子に作動可能に連結させることにより、全長重鎖遺伝子に変換できる。ヒト重鎖定常領域遺伝子の配列は、当該技術において既知であり（例えばＫａｂａｔ，Ｅ．Ａ．ら（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版、Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ、ＮＩＨ出版物第９１−３２４２号を参照されたい。）、これらの領域を包含するＤＮＡ断片は、標準的なＰＣＲ増幅により得ることができる。重鎖定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭまたはＩｇＤ定常領域であり得るが、最も好ましくは、ＩｇＧ１またはＩｇＧ４定常領域である。Ｆａｂ断片重鎖遺伝子について、ＶＨをコードするＤＮＡは、重鎖ＣＨ１定常領域だけをコードする別のＤＮＡ分子に作動可能に連結できる。
【０１８７】
ＶＬ領域をコードする単離ＤＮＡは、ＶＬをコードするＤＮＡを、軽鎖定常領域ＣＬをコードする別のＤＮＡ分子に作動可能に連結させることにより、全長軽鎖遺伝子（およびＦａｂ軽鎖遺伝子）に変換できる。ヒト軽鎖定常領域遺伝子の配列は、当該技術において既知であり（例えばＫａｂａｔ，Ｅ．Ａ．ら（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版、Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ、ＮＩＨ出版物第９１−３２４２号を参照されたい。）、これらの領域を包含するＤＮＡ断片は、標準的なＰＣＲ増幅により得ることができる。軽鎖定常領域は、カッパまたはラムダ定常領域であり得るが、最も好ましくは、カッパ定常領域である。
【０１８８】
ｓｃＦｖ遺伝子を創出するために、ＶＨおよびＶＬをコードするＤＮＡ断片は、フレキシブルリンカーをコードする、例えばアミノ酸配列（Ｇｌｙ_４−Ｓｅｒ）_３（配列番号４２）を、フレキシブルリンカーによりつながれたＶＬおよびＶＨ領域を有するＶＨおよびＶＬ配列が連続する単一鎖タンパク質として発現できるようにコードする別の断片に作動可能に連結される（例えばＢｉｒｄら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３−４２６頁；Ｈｕｓｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：５８７９−５８８３頁；ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ（１９９０）３４８：５５２−５５４頁を参照されたい。）。
【０１８９】
本発明で用いられる抗体または抗体部分を発現するために、上記のようにして得られた部分または全長軽鎖および重鎖をコードするＤＮＡは、遺伝子が転写および翻訳制御配列に作動可能に連結されるように発現ベクターに挿入される。この文脈において、「作動可能に連結される」という用語は、ベクター内の転写および翻訳制御配列が、抗体遺伝子の転写および翻訳を調節する意図した機能のために働くように抗体遺伝子がベクター内にライゲーションされることを意味することを意図する。発現ベクターおよび発現制御配列は、用いられる発現宿主細胞に適合するように選ばれる。抗体軽鎖遺伝子および抗体重鎖遺伝子は、別々のベクターに挿入できるまたはより典型的に、両方の遺伝子は同じ発現ベクターに挿入される。抗体遺伝子は、標準的な方法により発現ベクターに挿入される（例えば抗体遺伝子断片およびベクター上の相補制限部位のライゲーションまたは制限部位が存在しない場合は平滑末端ライゲーション）。Ｄ２Ｅ７もしくはＤ２Ｅ７関連軽鎖または重鎖配列の挿入の前に、発現ベクターは、抗体定常領域配列を既に有することがある。例えば、Ｄ２Ｅ７またはＤ２Ｅ７関連ＶＨおよびＶＬ配列を全長抗体遺伝子に変換するためのあるアプローチは、それらを、重鎖定常および軽鎖定常領域をそれぞれ既にコードする発現ベクターに挿入して、ＶＨセグメントがベクター内のＣＨセグメント（複数可）に作動可能に連結され、ＶＬセグメントがベクター内のＣＬセグメントに作動可能に連結されるようにすることである。さらにまたは代わりに、組換え発現ベクターは、宿主細胞からの抗体鎖の分泌を容易にするシグナルペプチドをコードできる。抗体鎖遺伝子は、シグナルペプチドが抗体鎖遺伝子のアミノ末端にインフレームで連結されるようにベクターにクローニングできる。シグナルペプチドは、免疫グロブリンシグナルペプチドまたは異種シグナルペプチド（すなわち非免疫グロブリンタンパク質からのシグナルペプチド）であり得る。
【０１９０】
抗体鎖遺伝子に加えて、本発明の組換え発現ベクターは、宿主細胞における抗体鎖遺伝子の発現を制御する調節配列を有する。「調節配列」という用語は、プロモーター、エンハンサーおよび抗体鎖遺伝子の転写または翻訳を制御するその他の発現制御エレメント（例えばポリアデニル化シグナル）を含むことを意図する。このような調節配列は、例えばＧｏｅｄｄｅｌ；Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ（１９９０）に記載される。調節配列の選択を含む発現ベクターの設計は、形質転換される宿主細胞の選択肢、所望のタンパク質発現レベルなどのような因子に依存し得ることが当業者により認識される。哺乳類宿主細胞発現のための好ましい調節配列は、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）（例えばＣＭＶプロモーター／エンハンサー）、サルウイルス４０（ＳＶ４０）（例えばＳＶ４０プロモーター／エンハンサー）、アデノウイルス（例えばアデノウイルス主要後期プロモーター（ＡｄＭＬＰ））およびポリオーマに由来するプロモーターおよび／またはエンハンサーのような哺乳類細胞における高レベルのタンパク質発現を駆動するウイルスエレメントを含む。ウイルス調節エレメントおよびその配列についてのさらなる説明について、例えばＳｔｉｎｓｋｉによる米国特許第５，１６８，０６２号、Ｂｅｌｌらによる米国特許第４，５１０，２４５号およびＳｃｈａｆｆｎｅｒらによる米国特許第４，９６８，６１５号を参照されたい。
【０１９１】
抗体鎖遺伝子および調節配列に加えて、本発明で用いる組換え発現ベクターは、宿主細胞におけるベクターの複製を調節する配列（例えば複製起点）および選択可能マーカー遺伝子のような追加の配列を有してよい。選択可能マーカー遺伝子は、ベクターが導入された宿主細胞の選択を容易にする（例えば全てＡｘｅｌらによる米国特許第４，３９９，２１６号、第４，６３４，６６５号および第５，１７９，０１７号を参照されたい。）。例えば、典型的に、選択可能マーカー遺伝子は、Ｇ４１８、ハイグロマイシンまたはメトトレキセートのような薬物に対する耐性を、ベクターが導入された宿主細胞に付与する。好ましい選択可能マーカー遺伝子は、ジヒドロ葉酸還元酵素（ＤＨＦＲ）遺伝子（ｄｈｆｒ⁻宿主細胞においてメトトレキセート選択／増幅とともに用いるため）およびｎｅｏ遺伝子（Ｇ４１８選択のため）を含む。
【０１９２】
軽鎖および重鎖の発現のために、重鎖および軽鎖をコードする発現ベクター（複数可）は、標準的な技術により宿主細胞にトランスフェクトされる。「トランスフェクション」という用語の様々な形態は、外因性ＤＮＡを原核または真核宿主細胞に導入するために一般的に用いられる広く多様な技術、例えばエレクトロポレーション、リン酸カルシウム沈殿、ＤＥＡＥ−デキストラントランスフェクションなどを包含することを意図する。本発明の抗体を原核または真核宿主細胞のいずれかで発現させることが理論的に可能であるが、真核細胞、最も好ましくは哺乳類宿主細胞での抗体の発現が最も好ましい。なぜなら、このような真核細胞、特に哺乳類細胞は、原核細胞よりも、正しく折り畳まれ免疫学的に活性な抗体を組み立てて分泌する可能性が高いからである。抗体遺伝子の原核生物での発現は、活性な抗体を高収率で生成するために効率的でないことが報告されている（Ｂｏｓｓ，Ｍ．Ａ．およびＷｏｏｄ，Ｃ．Ｒ．（１９８５）Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｔｏｄａｙ ６：１２−１３頁）。
【０１９３】
本発明の組換え抗体の発現のために好ましい哺乳類宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ細胞）（ＵｒｌａｕｂおよびＣｈａｓｉｎ、（１９８０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７７：４２１６−４２２０頁に記載され、例えばＲ．Ｊ．ＫａｕｆｍａｎおよびＰ．Ａ．Ｓｈａｒｐ（１９８２）Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５９：６０１−６２１頁に記載されるようにＤＨＦＲ選択可能マーカーとともに用いられるｄｈｆｒ⁻ＣＨＯ細胞を含む）、ＮＳ０骨髄腫細胞、ＣＯＳ細胞およびＳＰ２細胞を含む。抗体遺伝子をコードする組換え発現ベクターが哺乳類宿主細胞に導入される場合、抗体は、宿主細胞における抗体の発現またはより好ましくは宿主細胞が成長している培養培地中への抗体の分泌を可能にするのに十分な期間宿主細胞を培養することにより生成される。抗体は、培養培地から、標準的なタンパク質精製方法を用いて回収できる。
【０１９４】
宿主細胞は、Ｆａｂ断片またはｓｃＦｖ分子のようなインタクトな抗体の部分を生成するためにも用いることができる。上記の手順に対する変動が本発明の範囲内であることが理解される。例えば、本発明の抗体の軽鎖または重鎖のいずれか（しかし両方でない。）をコードするＤＮＡを宿主細胞にトランスフェクトすることが望ましいことがある。組換えＤＮＡ技術は、ｈＴＮＦαとの結合にとって必要でない軽鎖および重鎖のいずれかまたは両方をコードするＤＮＡのいくらかまたは全部を除去するために用いてもよい。このような短縮ＤＮＡ分子から発現される分子も、本発明の抗体に包含される。さらに、標準的な化学架橋法により本発明の抗体を第２抗体に架橋させることにより、一方の重鎖および一方の軽鎖が本発明の抗体であり、他方の重鎖および軽鎖が、ｈＴＮＦα以外の抗原に特異的である２重機能性抗体を生成できる。
【０１９５】
本発明の抗体またはその抗原結合部分の組換え発現のための好ましい系では、抗体重鎖および抗体軽鎖の両方をコードする組換え発現ベクターは、ｄｈｆｒ−ＣＨＯ細胞にリン酸カルシウム媒介トランスフェクションにより導入される。組換え発現ベクター内で、抗体重鎖および軽鎖遺伝子は、それぞれ、ＣＭＶエンハンサー／ＡｄＭＬＰプロモーター調節エレメントに作動可能に連結されて、遺伝子の高レベルの転写を駆動する。組換え発現ベクターは、ＤＨＦＲ遺伝子も有し、これは、ベクターをトランスフェクトされたＣＨＯ細胞を、メトトレキセート選択／増幅を用いて選択することを可能にする。選択された形質転換体宿主細胞は、抗体重鎖および軽鎖の発現を可能にするように培養され、インタクトな抗体が培養培地から回収される。標準的な分子生物学の技術は、組換え発現ベクターを調製し、宿主細胞をトランスフェクトし、形質転換体を選択し、宿主細胞を培養し、培養培地から抗体を回収するために用いられる。
【０１９６】
上記の観点で、本発明で用いる抗体および抗体部分の組換え発現のために用いることができる核酸、ベクターおよび宿主細胞の組成物は、ヒトＴＮＦα抗体アダリムマブ（Ｄ２Ｅ７）を含む核酸および上記の核酸を含むベクターを含む。Ｄ２Ｅ７軽鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列は、配列番号３６に示す。ＬＣＶＲのＣＤＲ１ドメインは、ヌクレオチド７０−１０２を包含し、ＣＤＲ２ドメインは、ヌクレオチド１４８−１６８を包含し、ＣＤＲ３ドメインは、ヌクレオチド２６５−２９１を包含する。Ｄ２Ｅ７重鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列は、配列番号３７に示す。ＨＣＶＲのＣＤＲ１ドメインは、ヌクレオチド９１−１０５を包含し、ＣＤＲ２ドメインは、ヌクレオチド１４８−１９８を包含し、ＣＤＲ３ドメインは、ヌクレオチド２９５−３３０を包含する。Ｄ２Ｅ７関連抗体またはその部分（例えばＣＤＲ３ドメインのようなＣＤＲドメイン）をコードするヌクレオチド配列は、遺伝子コードおよび標準的な分子生物学の技術を用いてＤ２Ｅ７ ＬＣＶＲおよびＨＣＶＲをコードするヌクレオチド配列から導くことができることが、当業者により認識される。
【０１９７】
本明細書に開示されるＤ２Ｅ７もしくはこの抗原結合部分またはＤ２Ｅ７関連抗体に加えて、本発明の組換えヒト抗体は、ヒトリンパ球由来のｍＲＮＡから調製されたＶＬおよびＶＨ ｃＤＮＡを使用して調製される組換えコンビナトリアル抗体ライブラリー、好ましくはｓｃＦｖファージディスプレイライブラリーをスクリーニングすることにより単離することができる。そのようなライブラリーを調製しスクリーニングするための方法論は当技術分野では公知である。ファージディスプレイライブラリーを作製するための市販のキットに加えて（例えば、ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ Ｐｈａｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｓｙｓｔｅｍ、カタログ番号２７−９４００−０１；およびＳｔｒａｔａｇｅｎｅ ＳｕｒｆＺＡＰ（商標）ファージディスプレイキット、カタログ番号２４０６１２）、抗体ディスプレイライブラリーを作製しスクリーニングするのに使用するための特に受け入れられる方法および試薬の例は、例えば、Ｌａｄｎｅｒら米国特許第５，２２３，４０９号；ＫａｎｇらＰＣＴ公開第ＷＯ９２／１８６１９号；ＤｏｗｅｒらＰＣＴ公開第ＷＯ９１／１７２７１号；ＷｉｎｔｅｒらＰＣＴ公開第ＷＯ９２／２０７９１号；ＭａｒｋｌａｎｄらＰＣＴ公開ＷＯ９２／１５６７９号；ＢｒｅｉｔｌｉｎｇらＰＣＴ公開第ＷＯ９３／０１２８８号；ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙらＰＣＴ公開第ＷＯ９２／０１０４７号；ＧａｒｒａｒｄらＰＣＴ公開第ＷＯ９２／０９６９０号；Ｆｕｃｈｓら（１９９１）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ９：１３７０−１３７２；Ｈａｙら（１９９２）Ｈｕｍ Ａｎｔｉｂｏｄ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ３：８１−６５；Ｈｕｓｅら（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４６：１２７５−１２８１；ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ（１９９０）３４８：５５２−５５４；Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓら（１９９３）ＥＭＢＯ Ｊ １２：７２５−７３４；Ｈａｗｋｉｎｓら（１９９２） Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２２６：８８９−８９６；Ｃｌａｃｋｓｏｎら（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４−６２８；Ｇｒａｍら（１９９２）ＰＮＡＳ ８９：３５７６−３５８０；Ｇａｒｒａｒｄら（１９９１）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ９：１３７３−１３７７；Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍら（１９９１）Ｎｕｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ １９：４１３３−４１３７；およびＢａｒｂａｓら（１９９１）ＰＮＡＳ ８８：７９７８−７９８２に見ることが可能である。
【０１９８】
好ましい実施形態では、ｈＴＮＦαに対する親和性が高く脱離速度定数が低いヒト抗体を単離するために、ｈＴＮＦαに対して高親和性および低い脱離速度定数を有するマウス抗ｈＴＮＦα抗体（例えば、ＭＡＫ１９５、寄託番号ＥＣＡＣＣ８７ ０５０８０１を有するハイブリドーマ）をまず使用して、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍら、ＰＣＴ公開第ＷＯ９３／０６２１３号に記載されているエピトープインプリンティング法を使用して、ｈＴＮＦαに対する類似の結合活性を有するヒト重鎖および軽鎖配列を選択する。この方法において使用される抗体ライブラリーは、好ましくは、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙらＰＣＴ公開第ＷＯ９２／０１０４７号、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ（１９９０）３４８：５５２−５５４およびＧｒｉｆｆｉｔｈｓら、（１９９３）ＥＭＢＯ Ｊ １２：７２５−７３４に記載される通りに調製されスクリーニングされたｓｃＦｖライブラリーである。ｓｃＦｖ抗体ライブラリーは、好ましくは、抗原として組換えヒトＴＮＦαを使用してスクリーニングされる。
【０１９９】
最初のヒトＶＬおよびＶＨセグメントが選択されると、最初に選択されたＶＬおよびＶＨセグメントの異なる対がｈＴＮＦα結合についてスクリーニングされる「ミックスアンドマッチ」実験が実施されて、好ましいＶＬ／ＶＨ対の組合せが選択される。さらに、ｈＴＮＦα結合に対する親和性をさらに改善しおよび／または低い脱離速度定数をさらに下げるために、好ましいＶＬ／ＶＨ対（複数可）のＶＬおよびＶＨセグメントは、自然免疫応答中の抗体の親和性成熟の原因であるインビボ体細胞変異プロセスと類似しているプロセスにおいて、好ましくはＶＨおよび／またはＶＬのＣＤＲ３領域内で無作為に変異させることが可能である。このインビトロ親和性成熟は、それぞれＶＨ ＣＤＲ３またはＶＬ ＣＤＲ３に相補的であるＰＣＲプライマーを使用してＶＨおよびＶＬ領域を増幅することにより実現することが可能であり、このプライマーは、こうして得られたＰＣＲ産物が、ランダム変異がＶＨおよび／またはＶＬ ＣＤＲ３領域に導入されているＶＨおよびＶＬセグメントをコードするように、ある種の位置で４つのヌクレオチド塩基の無作為な混合物で「スパイク」されている。これらのランダム変異されたＶＨおよびＶＬセグメントは、ｈＴＮＦαへの結合について再スクリーニングすることができ、ｈＴＮＦα結合に対する高親和性および低脱離速度を示す配列を選択することができる。
【０２００】
組換え免疫グロブリンディスプレイライブラリーからの本発明の抗ｈＴＮＦα抗体のスクリーニングおよび単離に続いて、選択された抗体をコードする核酸は、ディスプレイパッケージから（例えば、ファージゲノムから）回収し、標準的な組換えＤＮＡ技術により他の発現ベクターにサブクローニングすることができる。必要であれば、核酸をさらに操作して（例えば、追加の定常領域などの追加の免疫グロブリンドメインをコードする核酸に連結させる）、本発明の他の抗体形態を創出することが可能である。コンビナトリアルライブラリーのスクリーニングにより単離された組換えヒト抗体を発現させるためには、上でさらに詳細に記載されている通りに、抗体をコードするＤＮＡは組換え発現ベクターにクローニングされ、哺乳動物宿主細胞に導入される。
【０２０１】
ｈＴＮＦαに対する親和性が高く脱離速度定数が低いヒト中和抗体を単離する方法は、米国特許第６，０９０，３８２号、米国特許第６，２５８，５６２号および米国特許第６，５０９，０１５号に記載されており、これら特許文献はそれぞれ参照により本明細書に組み込まれる。
【０２０２】
本発明の方法において使用するための抗体、抗体部分および他のＴＮＦα阻害剤は、対象への投与に適した医薬組成物に取り込むことが可能である。典型的には、医薬組成物は、抗体、抗体部分または他のＴＮＦα阻害剤および医薬的に許容される担体を含む。本明細書で使用されるように、「医薬的に許容される担体」には、ありとあらゆる溶媒、分散媒、コーティング剤、抗菌剤および抗真菌剤、等張および吸収遅延剤ならびに生理学的に適合性の同類の物が含まれる。医薬的に許容される担体の例には、水、生理食塩水、リン酸緩衝食塩水、ブドウ糖、グリセロール、エタノールなどのうちの１つまたは複数の他にもこれらの組合せが含まれる。多くの場合に、組成物中に、等張剤、例えば、糖、マンニトール、ソルビトールなどのポリアルコールまたは塩化ナトリウムを含むのが好ましい。医薬的に許容される担体は、湿潤剤または乳化剤、保存剤または緩衝剤などの少量の補助物質をさらに含んでよく、これらの物質は抗体、抗体部分または他のＴＮＦα阻害剤の有効期間または有効性を増強する。
【０２０３】
本発明の方法および組成物において使用するための組成物は、種々の形態であってもよい。これらの組成物には、例えば、液体溶液（例えば、注射可能なおよび不溶解性溶液）、分散液または懸濁液、錠剤、ピル、粉末、リポソームおよび坐薬などの液体、半流動体および固体製剤形態が含まれる。好ましい形態は、目的とする投与様式および治療適用に依拠する。典型的な好ましい組成物は、他の抗体または他のＴＮＦα阻害剤と一緒にヒトの受動免疫のために使用される組成物に類似する組成物などの注射可能なまたは不溶解性溶液の形態である。好ましい投与様式は非経口（例えば、静脈内、皮下、腹腔内、筋肉内）である。好ましい実施形態では、抗体または他のＴＮＦα阻害剤は、静脈注入または注射により投与される。別の好ましい実施形態では、抗体または他のＴＮＦα阻害剤は、筋肉内または皮下注射により投与される。
【０２０４】
治療組成物は、典型的には、製造および貯蔵条件下で、無菌で安定していなければならない。組成物は、溶液、マイクロエマルジョン、分散液、リポソームまたは高薬物濃度まで適している他の秩序構造として処方することが可能である。無菌注射可能溶液は、上に列挙されている成分のうちの１つまたは組合せと一緒に、適切な溶媒中に活性化合物（すなわち、抗体、抗体部分または他のＴＮＦα阻害剤）を必要な量で取り込み、必要に応じ、続いて濾過滅菌により調製することが可能である。一般に、分散液は、基本的分散媒および上に列挙されている成分由来の必要な他の成分を含有する無菌媒体に活性化合物を取り込むことにより調製される。無菌注射可能の調製のための無菌粉末の場合は、好ましい調製法は、活性成分プラスその既に無菌濾過された溶液由来の任意の追加の所望の成分の粉末を生じる真空乾燥および凍結乾燥である。溶液の適切な流動度は、例えば、レシチンなどの被膜の使用により、分散液の場合は必要な粒子サイズの維持によりおよび界面活性剤の使用により維持することが可能である。注射可能な組成物の長期の吸収は、組成物中に吸収を遅延させる作用薬、例えば、モノステアリン酸塩およびゼラチンを含むことによりもたらすことが可能である。
【０２０５】
一実施形態では、本発明は、関節リウマチを処置するのに使用し得る効果的なＴＮＦα阻害剤を含む医薬組成物および医薬的に許容される担体を含む。
【０２０６】
一実施形態では、本発明の方法において使用するための抗体または抗体部分は、ＰＣＴ／ＩＢ０３／０４５０２および米国特許出願公開第２００４００３３２２８号に記載されている医薬製剤に組み込まれ、これら特許文献は参照により本明細書に組み込まれる。この製剤は、濃度５０ｍｇ／ｍｌの抗体Ｄ２Ｅ７（アダリムマブ）を含み、１つの前充填されたシリンジは皮下注射のための抗体を４０ｍｇ含有している。高濃度のアダリムマブを含有する代わりの製剤は、ＵＳ２００９０２９１０６２とＵＳ２０１００２７８８２の両方に記載されており、各特許文献の内容は参照により本明細書に組み込まれる。
【０２０７】
本発明の抗体、抗体部分および他のＴＮＦα阻害剤は、当技術分野で公知の種々の方法により投与することが可能であるが、多くの治療適用では、投与の好ましい経路／様式は、非経口、例えば、皮下注射である。別の実施形態では、投与は静脈注射または注入を介してである。
【０２０８】
当業者であれば認識するように、投与の経路／様式は、所望の結果に応じて変わる。ある種の実施形態では、活性化合物は、インプラント、経皮パッチおよびマイクロカプセル送達システムを含む徐放製剤などの、化合物を急速放出に対して保護する担体と一緒に調製し得る。エチレン酢酸ビニル、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステルおよびポリ乳酸などの、生分解性、生体適合性ポリマーを使用することが可能である。そのような製剤の調製のための多くの方法は特許権を有するまたは一般に当業者には公知である。例えば、Ｓｕｓｔａｉｎｅｄ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｒｏｂｉｎｓｏｎ、ｅｄ．、Ｄｅｋｋｅｒ、Ｉｎｃ．、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９７８を参照されたい。
【０２０９】
一実施形態では、本発明において使用されるＴＮＦα抗体および阻害剤は対象の皮下に送達される。一実施形態では、対象は、ＴＮＦα抗体またはこの抗原結合部分を含むが、これらに限定されないＴＮＦα阻害剤を自分に投与する。
【０２１０】
本発明において使用されるＴＮＦα抗体および阻害剤は、ポリマー担体内に被包されて被膜粒子を形成するタンパク質結晶の組合せを含むタンパク質結晶製剤の形態で投与してもよい。タンパク質結晶製剤の被膜粒子は球状形態を有し、径が５００マイクロメータまでのミクロスフェアでもよく、またはなにか他の形態を有していて微粒子でもよい。タンパク質結晶の濃度を高めると、本発明の抗体は皮下に送達されることが可能になる。一実施形態では、本発明のＴＮＦα抗体はタンパク質送達システムを介して投与され、タンパク質結晶製剤または組成物のうちの１つまたは複数がＴＮＦα関連障害を有する対象に投与される。全抗体結晶または抗体断片結晶の安定化された製剤を調製する組成物および方法も、ＷＯ０２／０７２６３６に記載されており、この特許文献は参照により本明細書に組み込まれる。一実施形態では、ＰＣＴ／ＩＢ０３／０４５０２および米国特許出願公開第２００４００３３２２８号（これらの特許文献は参照により本明細書に組み込まれる。）に記載されている結晶化された抗体断片を含む製剤を使用して、本発明の処置法を使用して関節リウマチを処置する。
【０２１１】
ある種の実施形態では、本発明の抗体、抗体部分または他のＴＮＦα阻害剤は、例えば、不活性希釈剤または同化できる食用担体と一緒に経口投与してもよい。化合物（および必要であれば、他の成分）は、硬いもしくは柔らかいシェルゼラチンカプセルに封入される、錠剤中に加圧注入される、または対象の食餌に直接組み込まれてもよい。経口治療投与では、化合物は、賦形剤と一緒に組み込まれ、経口摂取可能な錠剤、バッカル錠、トローチ、カプセル、エリキシル剤、懸濁剤、シロップ、ウエハなどの形態で使用し得る。本発明の化合物を非経口投与以外により投与するためには、化合物をその不活化を防ぐ物質で被膜するまたは化合物を前記物質と同時投与することが必要なこともある。
【０２１２】
補充性活性化合物も組成物中に組み込むことが可能である。ある種の実施形態では、本発明の方法において使用するための抗体または抗体部分は、関節リウマチ阻害剤もしくはアンタゴニストを含む１つもしくは複数の追加の治療薬と同時に処方されるおよび／または同時投与される。例えば、本発明の抗ｈＴＮＦα抗体または抗体部分は、ＴＮＦα関連障害に関連する他の標的に結合する１つもしくは複数の追加の抗体（例えば、他のサイトカインに結合するもしくは細胞表面分子に結合する抗体）、１つもしくは複数のサイトカイン、可溶性ＴＮＦα受容体（例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ９４／０６４７６号参照）および／またはｈＴＮＦα産生もしくは活性を阻害する１つもしくは複数の化学剤（例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ９３／１９７５１号に記載されているシクロヘキサンイリデン誘導体）またはこれらの任意の組合せと同時に処方されるおよび／または同時投与されてもよい。さらに、本発明の１つまたは複数の抗体は、前述の治療薬のうちの２つまたはそれよりも多い治療薬と組み合わせて使用し得る。そのような併用療法は、もっと低用量の投与される治療薬を有利に利用し、したがって、考えられる副作用、合併症または様々な単独療法に関連する患者による低レベルの応答を回避し得る。
【０２１３】
本発明の医薬組成物は、本発明の抗体または抗体部分の「治療有効量」または「予防有効量」を含み得る。「治療有効量」とは、所望の治療結果を達成するのに必要な用量で必要な期間効果的である量のことである。抗体、抗体部分または他のＴＮＦα阻害剤の治療有効量は、個人の病状、年齢、性別および体重などの要因ならびに個人において所望の応答を誘発する抗体、抗体部分、他のＴＮＦα阻害剤の能力に従って変化し得る。治療有効量は、抗体、抗体部分または他のＴＮＦα阻害剤のどんな毒性または有害効果よりも治療的に有益な効果のほうが勝る量でもある。「予防有効量」とは、所望の予防結果を達成するのに必要な用量で必要な期間効果的である量のことである。典型的には、予防用量は疾病の初期段階に先立ってまたは初期段階で対象において使用されるために、予防有効量は治療有効量よりも少ない。
【０２１４】
本発明のキット
本発明は、関節リウマチ（ＲＡ）の処置のためのＴＮＦα阻害剤に対する対象の応答性を評価するためのキットならびに関節リウマチ（ＲＡ）に罹っている対象を処置するためのキットも提供する。これらのキットには、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０および／もしくはＶ５０対立遺伝子ならびに／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２および／もしくはＴ２３２対立遺伝子のコピー数（または存在もしくは不在）を決定するための手段と前記キットを使用するための指示書が含まれる。
【０２１５】
本発明のキットは、本発明の方法を実施するのに有用な追加の成分を場合によって含んでよい。例を挙げると、キットは、対象から生体試料、対照試料、例えば、対象由来の試料、１つまたは複数の試料区画を得るための手段、本発明の方法の実施を説明する教材および特定の対照／標準物質を含んでよい。
【０２１６】
指示書は、例えば、結果を評価するためのアッセイを実施するための印刷された指示書であることも可能である。
【０２１７】
対象から生体試料を単離するための手段は、対象から体液または組織を得るのに使用することができる１つまたは複数の試薬を含むことが可能である。対象から生体試料を得るための手段は、例えば、単球のポジティブ選択によりまたは単球以外の他の細胞型全てが除去されるネガティブ選択により、血液試料から末梢血単核球を単離するための手段も含んでよい。
【０２１８】
本発明のキットは、ＴＮＦα阻害剤をさらに含んでよい。
【０２１９】
好ましくは、キットはヒト対象に関して使用するために設計されている。
【０２２０】
本発明のキットを使用すれば、ＲＡに罹っている対象がＴＮＦα阻害剤に有効に応答性であるかどうかを判定することが可能である。これらのキットは、バイアル、チューブ等などの１つまたは複数の容器手段を厳重に封じ込めて受け入れるよう区画化されている担体手段を含んでよく、容器手段はそれぞれ本方法において使用される別々の要素のうちの１つを含む。例えば、容器手段のうちの１つは、検出可能な程度に標識されているまたは標識することができるプローブを含んでよい。そのようなプローブは、それぞれタンパク質またはバイオマーカー（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／もしくはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２ ＳＮＰ）遺伝子もしくはメッセージに特異的な抗体またはポリヌクレオチドでもよい。キットが標的核酸を検出するために核酸ハイブリダイゼーションを利用する場合、キットは、標的核酸配列の増幅のためのヌクレオチド（複数可）を含有する容器および／またはビオチン結合タンパク質、例えば、酵素標識、蛍光標識もしくは放射性同位体標識などのリポーター分子に結合している、アビジンもしくはストレプトアビジンなどのリポーター手段を含む容器を有していてもよい。
【０２２１】
そのようなキットは、典型的には、上記の容器ならびに緩衝剤、希釈剤、フィルター、針、シリンジおよび使用指示書付きの添付文書を含む商業上の観点および使用者の観点から望ましい材料を含む１つまたは複数の他の容器を含む。組成物が特定用途に使用されることを示すラベルが容器上に存在していてもよく、ラベルは上記の指示などのインビボ使用またはインビトロ使用のための指示を示していてもよい。
【０２２２】
本発明のキットはいくつかの実施形態を有する。典型的な実施形態は、容器、容器上のラベルおよび容器内に含有される組成物を含むキットであり、前記組成物には、厳密な条件下でＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／もしくはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２ ＳＮＰの相補体ならびに／またはＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥの相補体にハイブリダイズする１つまたは複数のポリヌクレオチドが含まれ、容器上のラベルは前記組成物を使用して試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／もしくはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２ ＳＮＰの存在ならびに／またはＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥの存在を評価することが可能であることを示しており、前記キットは特定の試料型におけるＳＮＰおよび／またはＳＥ ＲＮＡもしくはＤＮＡの存在を評価するためのポリヌクレオチド（複数可）を使用するための指示書を含む。
【０２２３】
別の態様は、容器、容器上のラベルおよび容器内に含有される組成物を含むキットであり、前記組成物はタンパク質または自己抗体バイオマーカーに結合する一次抗体を含み、容器上のラベルは前記組成物を使用して試料中のそのようなタンパク質または抗体の存在を評価することが可能であることを示しており、前記キットは特定の試料型におけるバイオマーカータンパク質の存在を評価するための抗体を使用するための指示書を含む。前記キットは、試料を調製し抗体を試料に適用するための一組の指示書および材料をさらに含むことが可能である。前記キットは、一次抗体と二次抗体の両方を含んでよく、二次抗体は標識、例えば、酵素標識にコンジュゲートされている。
【０２２４】
キットの他の場合による成分には、１つまたは複数の緩衝液（例えば、ブロック緩衝液、洗浄緩衝液、基質緩衝液等）、酵素標識により化学的に改変される基質（例えば、色素原）などの他の試薬、エピトープ回収溶液、対照試料（正および／または負の対照）、対照スライド（複数可）等が含まれる。キットは、キットを使用して得られる結果を解釈するための指示書も含むことが可能である。
【０２２５】
追加の特定の実施形態では、抗体ベースのキットでは、キットは、例えば、（１）バイオマーカータンパク質に結合する第１の抗体（例えば、固形支持体に付着している）、および場合によって（２）前記タンパク質または第１の抗体のどちらかに結合し検出可能な標識にコンジュゲートされている第２の異なる抗体を含むことが可能である。
【０２２６】
オリゴヌクレオチドベースのキットでは、キットは、例えば、（１）バイオマーカータンパク質をコードする核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、例えば、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチドまたは（２）バイオマーカー核酸分子を増幅するのに有用な１対のプライマーを含むことが可能である。キットは、例えば、緩衝剤、保存剤またはタンパク質安定化剤も含むことが可能である。キットは、検出可能な標識（例えば、酵素または基質）を検出するのに必要な成分をさらに含むことが可能である。キットは、アッセイして試験試料と比較することができる対照試料または一連の対照試料も含有することが可能である。キットの各成分は、個々の容器内に封入することが可能であり、様々な容器全てが、キットを使用して実施されるアッセイの結果を解釈するための指示書と一緒に単一包装内に含むことが可能である。
【０２２７】
ＲＡの処置に有用な材料を含有する製造物品も本発明により提供される。製造物品は、容器および容器上のまたは容器に付随するラベルまたは添付文書を含む。本態様では、添付文書は容器上にあるまたは容器に付随している。適切な容器には、例えば、ビン、バイアル、シリンジ等が含まれる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの種々の材料から形成してもよい。容器は、ＲＡの処置に有効なアンタゴニストを保持または含有し、無菌のアクセスポートを有し得る（例えば、容器は、静脈注射液バッグでもまたは皮下注射針により突き通すことが可能な栓を有するバイアルでもよい）。組成物中の少なくとも１つの活性薬剤はＢ細胞アンタゴニストである。ラベルまたは添付文書は、組成物が、提供されているアンタゴニストおよび他の任意の薬物の投与量および間隔に関する特定の指針を用いて処置に適格な対象においてＲＡを処置するために使用されることを示している。
【０２２８】
本明細書のキットおよび製造物品は、例えば、添付文書またはラベルの形態で、前記組成物が、本明細書において多型および／またはＳＥを示す遺伝子型（複数可）がＲＡに罹っている患者由来の遺伝子試料において検出されるＲＡを処置するために使用されることを示す情報も含む。添付文書またはラベルは、紙または電子メディア、例えば、磁気的に記録されるメディア（例えば、フロッピーディスク）もしくはＣＤ−ＲＯＭなどのいかなる形態でもとり得る。ラベルまたは添付文書は、キットまたは製造物品における医薬組成物および剤形に関する他の情報を含んでよい。
【０２２９】
一般に、そのような情報は封入されている医薬組成物および剤形を有効に安全に使用するうえで患者および医師の助けになる。例えば、アンタゴニストに関する以下の情報、薬理動態学、薬物動力学、臨床研究、有効性パラメータ、指示書および用途、禁忌症、警告、注意、有害反応、過量、適切な用量および投与、供給方法、適切な貯蔵条件、参考文献ならびに患者情報を添付文書において供給してもよい。
【０２３０】
本発明の特定の実施形態では、ＴＮＦα阻害剤を含む医薬組成物ならびに医薬的に許容される担体ならびに前記阻害剤または医薬組成物がＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２ ＳＮＰおよび／またはＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在を示す遺伝子試料が得られているＲＡに罹っている患者を処置するために指示されていることを述べるラベルを一緒に梱包して含む製造物品が提供される。これは、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２ ＳＮＰおよび／またはＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子のバイオマーカーとしての遺伝子発現を評価することにより示すことが可能である。
【０２３１】
その上、本発明は、パッケージにおいて、ＴＮＦα阻害剤または医薬組成物ならびにＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２ ＳＮＰおよび／またはＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰの存在を示す遺伝子試料が得られているＲＡに罹っている患者を処置するために指示されていることを述べるラベルを組み合わせることを含む、ＴＮＦα阻害剤またはこの医薬組成物を製造するための方法を提供する。代わりに、応答に相関する各ＳＮＰに関連する特定の対立遺伝子を個々に列挙してもよい。ラベルは、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰおよび／またはＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２ ＳＮＰおよび／またはＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥのバイオマーカーとしての遺伝子発現を評価することによりこのことを示すことが可能であることをさらに述べてもよい。注目すべきは、本発明において同定される遺伝子マーカーはそれぞれ個々にまたは互いに組み合わせて記載してもよいことである。
【０２３２】
本出願全体で引用されている参考文献、特許および公開された特許出願全ての内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０２３３】
本発明は以下の実施例によりさらに例証されるが、この実施例を限定するものと解釈するべきではない。
【実施例】
【０２３４】
［実施例１］
アダリムマブプラスメトトレキセート対メトトレキセート単独を用いた処置に対する初期関節リウマチの応答：遺伝子マーカー解析による臨床応答を予測する
以下の研究および実施例２−４は、ＴＮＦα阻害剤、アダリムマブプラスメトトレキセート対メトトレキセート単独を用いた関節リウマチ（ＲＡ）の処置への遺伝因子の寄与を調べた。
【０２３５】
本研究の目的は、ＯＰＴＩＭＡ（初期関節リウマチに罹った患者におけるメトトレキセートとアダリムマブ併用療法を用いた処置開始の最適プロトコールを決定するための多施設無作為二重期間二重盲検研究）のサブ研究におけるアダリムマブ（ＡＤＡ）とメトトレキセート（ＭＴＸ）を用いた併用療法またはＭＴＸ単独療法の２６週間後の臨床疾患活性を有する重症ＲＡに対する３つの遺伝リスク因子（ＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＳＥ）、ＦｃγＲＩＩｂおよびＩＬ−４Ｒ）の関連を予期的に解析することであった。
【０２３６】
ＯＰＴＩＭＡは、２６週および５２週期間を有する７８週の継続研究である。適格患者はＲＡ＜１年（１９８７年改定ＡＣＲ分類）、２８関節疾患活性スコア（ＤＡＳ２８）＞３．２、≧６腫れた関節（ＴＪＣ≧６）および≧８圧痛のある関節（ＳＳＪＣ６６≧８）を有していた。患者は、上昇した赤血球沈降速度（ＥＳＲ）≧２８ｍｍ／ｈまたはＣ−反応性タンパク質（ＣＲＰ）≧１．５ｍｇ／ｄＬおよびまたは以下の≧１：＞１糜爛、リウマトイド因子陽性（ＲＦ＋）または抗サイクリックシトルリン化されたペプチド抗体陽性（抗ＣＣＰ＋）を有していた。排除基準は、全身抗ＴＮＦ療法への先行曝露、ＭＴＸもしくは＞２疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）を用いた処置、他の急性炎症関節疾患またはそれぞれ４週間もしくは２カ月以内のステロイド処置もしくは外科処置を含んでいた。
【０２３７】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ（ホモまたはヘテロ接合性）、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）（アッセイオンデマンド（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用する対立遺伝子特異的ＰＣＲによって）およびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰ（アッセイオンデマンド（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用する対立遺伝子特異的ＰＣＲによって）の存在について対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）ならびに必要であれば直接塩基配列決定により患者の遺伝子型を同定した。
【０２３８】
図１に示されるように、ＭＴＸ未処置患者は無作為化され、最初の２６週間の処置（期間１）で、毎週経口ＭＴＸ（２０ｍｇまで増加される）プラス隔週ごとにアダリムマブ（ＡＤＡ）４０ｍｇまたは皮下注射によるブラセボ（ＰＢＯ）を受けることに最初１対１で無作為化された。期間２では、例えば、ＤＡＳ２８低疾患活動性（ＬＤＡ）基準（ＤＡＳ２８＜３．２）を満たす併用療法応答者らは、１対１で再無作為化され、２６−７８週間ＡＤＡ＋ＭＴＸのままであるまたはＰＢＯ＋ＭＴＸまで「ステップダウン」された。最初のＰＢＯ＋ＭＴＸ単独療法群では、期間１後にＤＡＳ２８ ＬＤＡを達成した対象は期間２ではＰＢＯ＋ＭＴＸに盲検されたままであった。２２週目および／または２６週目にＤＡＳ２８ ＬＤＡ基準を満たすことができなかったどんな対象も２６週をすぎて非盲検ＡＤＡ＋ＭＴＸを受けた。遺伝子データは２６週臨床応答に関連していた。
【０２３９】
臨床評価では、ベースラインＡＣＲスコアから２０％、５０％および７０％改善を達成した対象の百分率は、ノンレスポンダー帰属アプローチを使用して２６週目の後に決定された。ＤＡＳ２８（ＣＲＰ）^１スコアは２６週目に評価された。ＬＤＡ（ＤＡＳ２８＜３．２）および寛解基準（ＤＡＳ２８＜２．６）を達成した対象の割合は、ノンレスポンダー帰属アプローチを使用して決定された。
【０２４０】
統計解析では、処置群間の対立遺伝子分布は、カイ二乗検定またはデータがまばらである場合にはフィッシャーの正確検定を使用して評価された。カイ二乗検定を使用して、処置群内および処置群間でＡＣＲ２０／５０／７０およびＤＡＳ２８ ＬＤＡ（＜３．２）または寛解（＜２．６）を達成した対象の割合を比較した。
【０２４１】
調査集団は、最初の２６週間ＰＢＯ＋ＭＴＸ（Ｎ＝５１７）またはＡＤＡ＋ＭＴＸ（Ｎ＝５１５）に無作為化された１０３２患者を含んでいた。期間１の間、１０６の対象（１０％）は早期に停止した（ＰＢＯ＋ＭＴＸ：Ｎ＝５７、１１％；およびＡＤＡ＋ＭＴＸ：Ｎ＝４９、１０％）。登録された１０３２の対象にうち８９４対象（８７％）はこのサブ解析に利用することができる遺伝子データを有していた（ＰＢＯ＋ＭＴＸ：Ｎ＝４５１、８７％；およびＡＤＡ＋ＭＴＸ：Ｎ＝４４３、８６％）。
【０２４２】
下の表１に見られるように、３つの遺伝因子全てが、両処置群ともハーディワインベルグ平衡であった。ＭＴＸおよびＡＤＡ＋ＭＴＸ群は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ（それぞれ６３％対６７％）を担持している患者の百分率にもまたは０、１または２コピーのＳＥ（ＭＴＸ：３７％、４８％、１５％；ＡＤＡ＋ＭＴＸ：３３％、４９％、１９％）を担持している患者の百分率にも有意差はなかった。同様に、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ対立遺伝子を有する患者の百分率は、ＭＴＸとＡＤＡ＋ＭＴＸ群間で有意差はなかった（Ａ対立遺伝子ホモ接合性：２９％対３３％；Ｇ対立遺伝子ホモ接合性：２０％対２０％；ヘテロ接合性：５２％対４７％）。これとは対照的におよび偶然に、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ対立遺伝子の分布は群間で有意差があり、さらなる解析からこの対立遺伝子を排除した。ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ対立遺伝子の解析は実施例４に提供されている。
【０２４３】
【表１】

【０２４４】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥおよびＩＬ−４Ｒ対立遺伝子により層別された対象のベースライン人口統計ならびに疾患特性は、それぞれ表２および３に表示されている。
【０２４５】
【表２】

【０２４６】
【表３】

【０２４７】
全体として、ＡＤＡ＋ＭＴＸ併用療法を受けた対象は、ＰＢＯ＋ＭＴＸ処置群の対象と比べて、２６週の処置に有意に良好な応答をした。
【０２４８】
下の図２および表４ａ−４ｃに示されるように、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥコピーの数は、臨床応答に関連していた。しかし、コピー数の増加は、アメリカリウマチ学会評価尺度改善度（ＡＣＲ２０、ＡＣＲ５０およびＡＣＲ７０）ならびにＭＴＸ群に対する２８関節疾患活性スコア寛解基準の達成度が減少したことと関連していたが、コピー数の増加はＡＤＡ＋ＭＴＸ群とのほうがより良好な臨床応答と著しく直接的に相関していた（例えば、０、１および２コピーではＡＣＲ５０：ＭＴＸ群についての４０％、３３％および２９％対ＡＤＡ−ＭＴＸ群についての４２％、５３％および６５％）。これらのデータは、少なくとも１コピーのＳＥを有する対象においては、ＡＤＡ＋ＭＴＸとの併用療法は、ＭＴＸ単独療法と比べて著しく改善されたＡＣＲ２０／５０／７０応答率と関連していたことおよびＡＤＡ＋ＭＴＸへのＡＣＲ応答の累積的増加が１または２コピーのＳＥ対立遺伝子を有する対象において観察されたことを示している。
【０２４９】
【表４】

【０２５０】
【表５】

【０２５１】
【表６】

【０２５２】
さらに、図３および下の表５に示されるように、少なくとも１コピーのＳＥを有する対象においては、ＡＤＡ−ＭＴＸとの併用療法は、ＭＴＸ単独療法と比べて著しく改善されたＤＡＳ２８応答と関連していた。ＤＡＳ２８ ＬＤＡ基準を満たすＡＤＡ＋ＭＴＸ対象の割合の累積的増加が、１または２コピーのＳＥ対立遺伝子を有する対象において観察された。ＳＥの存在はＭＴＸ単独療法へのＤＡＳ２８応答とは関連していなかった。
【０２５３】
【表７】

【０２５４】
下の図４および表６ａ−６ｃに見られるように、著しく増強された臨床応答が、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子についてホモ接合性またはヘテロ接合性であったＡＤＡ＋ＭＴＸの患者では観察されたが、２つのＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子を有する患者では観察されなかった。少なくとも１つのＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（ＡＡまたはＡＧ）を担持する対象は、ＭＴＸ単独療法と比べてＡＤＡ＋ＭＴＸとの併用療法へのＡＣＲ応答の著しい改善を示した。ＡＤＡ＋ＭＴＸを用いて処置されＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子についてホモ接合性（ＡＡ）またはヘテロ接合性（ＡＧ）であった対象は、ＩＬ−４Ｒ Ｖ５０Ｖ対立遺伝子（ＧＧ）を有するＡＤＡ＋ＭＴＸ対象と比べてＡＣＲ２０応答が著しく増強されていた。ＩＬ−４Ｒ対立遺伝子は、ＡＣＲ２０／５０／７０応答率により評価される場合、ＰＢＯ＋ＭＴＸへの差示的応答とは関連していなかった。
【０２５５】
【表８】

【０２５６】
【表９】

【０２５７】
【表１０】

【０２５８】
下の図５および表７に見られるように、ＡＣＲ応答では、少なくとも１つのＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（ＡＡまたはＡＧ）を担持する対象は、ＭＴＸ単独療法と比べてＡＤＡ＋ＭＴＸとの併用療法へのＤＡＳ２８応答の著しい改善を示した。ＩＬ−４Ｒ Ｖ５０Ｖ対立遺伝子（ＧＧ）を有するＡＤＡ＋ＭＴＸ対象と比べて、ＡＤＡ＋ＭＴＸを用いて処置されＩ５０対立遺伝子についてホモ接合性（ＡＡ）またはヘテロ接合性（ＡＧ）であった対象の比較的高い割合がＤＡＳ２８ ＬＤＡを達成した。逆に、Ｉ５０対立遺伝子の存在は、ＭＴＸ単独療法を用いて処置されＤＡＳ２８ ＬＤＡおよび寛解基準を満たした対象の割合が減少する傾向と関連していた。
【０２５９】
【表１１】

【０２６０】
結論として、ＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープおよびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ多型は、初期ＲＡに罹った患者の差示的処置応答と独立して関連していた。ＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープまたはＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在は、アダリムマブプラスメトトレキセートを用いて処置された患者において臨床応答を増加させた。ＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープおよびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子は、メトトレキセート単独療法と比べて、アダリムマブプラスメトトレキセートを用いた２６週の処置に続いて臨床応答の増強と独立して関連していた。したがって、本研究の結果により、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥおよびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖが、ＡＤＡ＋ＭＴＸ治療への臨床応答に寄与したことが示されている。したがって、遺伝子マーカー解析は、初期ＲＡに罹った患者において個別医療を促進することが可能であり、この解析を使用して、対象がＴＮＦα阻害剤を用いたＲＡの処置に応答性かどうかを予測し得る。
【０２６１】
［実施例２］
アダリムマブプラスメトトレキセート対メトトレキセート単独への応答に対する遺伝子相互作用の影響：ＯＰＴＩＭＡ試験の６カ月の結果
関節リウマチ（ＲＡ）疾患重症度および処置への応答に影響を与える遺伝因子の同定は、個別療法アプローチを導くことが可能である。疾患活性の変化に対する候補遺伝因子の影響を探求するため、以下の研究はアダリムマブプラスメトトレキセート対メトトレキセート単独を用いた関節リウマチ（ＲＡ）の処置への遺伝因子の寄与を調べた。
【０２６２】
ＯＰＴＩＭＡは、２６週期間および５２週期間を有する進行中の７８週研究である。研究設計および患者適格性／排除基準の詳細は上の実施例１に記載されている。手短に言えば、適格患者は、ＲＡ＜１年、ＤＡＳ２８＞３．２、≧６ＳＪＣ、≧８ＴＪＣ、ＥＳＲ≧２８ｍｍ／ｈまたはＣＲＰ≧１．５、および以下の≧１：＞１糜爛、ＲＦ＋または抗ＣＣＰ＋を有していた（上参照）。ＭＴＸ無処置患者はＡＤＡ４０ｍｇ隔週＋ＭＴＸまたはプラセボ（ＰＢＯ）＋ＭＴＸ（上参照）に無作為化された。ＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＳＥ）、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）およびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰの存在について対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）および必要であれば、直接塩基配列決定により、患者の遺伝子型が調べられた。２６週の処置への臨床応答は、遺伝子バックグラウンドにより対立遺伝子ごとに独立して、ＳＥおよびＩＬ−４Ｒでは対立遺伝子組合せにおいて調べられた。
【０２６３】
処置群の対象は、０、１または２コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ（それぞれＰＢＯ＋ＭＴＸ：３７％、４８％、１５％；ＡＤＡ＋ＭＴＸ：３３％、４９％、１９％、Ｐ＝０．２８、上の表１参照）の比較分布を示した。同様に、ＩＬ−４Ｒ対立遺伝子、ＡＡ、ＡＧおよびＧＧは処置群間で類似の分布をしていた（それぞれＰＢＯ＋ＭＴＸ：２９％、５２％、２０％；ＡＤＡ＋ＭＴＸ：３３％、４７％、２０％、Ｐ＝０．３８、上の表１参照）。しかし、ＦｃγＲＩＩｂ対立遺伝子は、処置群間に非類似的に割り当てられ（上の表１参照）、本実施例では追加の解析はこのＳＮＰに関しては行われなかったが、実施例４に提供されている。
【０２６４】
ＳＥの存在は、ＭＴＸ単独への処置応答に影響を与えなかった（例えば、０、１または２コピーでは４０％、３３％および２９％のＡＣＲ５０、Ｐ＝０．２３、上の表４参照）。逆に、処置応答率は、ＡＤＡ＋ＭＴＸを受けた対象においてＳＥのコピーが増加するのに対応して増強された（０、１または２ＳＥでは４２％、５３％および６５％のＡＣＲ５０、Ｐ＝０．００４、上の表４参照）。したがって、１コピーのＳＥの存在は、ＰＢＯ＋ＭＴＸ群と比べてＡＤＡ＋ＭＴＸ対象についてのＡＣＲ５０の２０％増加を与え（Ｐ＜０．００１）、２コピーのＳＥはＡＤＡ＋ＭＴＸにおけるＡＣＲ５０をＰＢＯ＋ＭＴＸよりも３６％増加させた（Ｐ＜０．００１）。上の表４を参照されたい。
【０２６５】
同様に、ＭＴＸへの臨床応答はＩＬ−４Ｒ対立遺伝子による影響を受けず、ＡＤＡ＋ＭＴＸを用いた処置成績はＡＡまたはＡＧ ＩＬ−４Ｒ対立遺伝子を有する対象では増強されていた。上の表６を参照されたい。
【０２６６】
ＰＢＯ＋ＭＴＸ群におけるＳＥとＩＬ−４Ｒ対立遺伝子組合せについての処置応答の試験は、遺伝子型による応答の変化はまったく示しておらず、個々の対立遺伝子の解析からの結果を支持している。しかし、ＳＥの非存在下では、ＩＬ−４Ｒ遺伝子型はＡＤＡ＋ＭＴＸへの処置応答に影響を与え、ＳＥの存在はＩＬ−４Ｒ対立遺伝子の効果を遮蔽している（表８参照）。
【０２６７】
【表１２】

【０２６８】
本明細書に報告される結果は、アダリムマブプラスメトトレキセートへの臨床応答は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープとＩＬ−４Ｒ対立遺伝子の両方により独立して影響され、メトトレキセート単独療法への応答に対する遺伝子型の影響はなかった。さらに、アダリムマブプラスメトトレキセートを用いた処置への応答にはＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープとＩＬ−４Ｒ対立遺伝子間の相互作用がある。
【０２６９】
［実施例３］
アダリムマブプラスメトトレキセート対メトトレキセート単独への応答に対する遺伝子相互作用の影響：ＯＰＴＩＭＡ試験の６カ月の結果
背景
関節リウマチ（ＲＡ）疾患重症度および処置への応答に影響を与える遺伝因子が同定されると、個別療法アプローチを導くことが可能である。特定の遺伝因子は関節リウマチ（ＲＡ）への感受性および関節リウマチ（ＲＡ）の重症度に関連付けられてきたが、生物学的ＲＡ処置への応答に対する遺伝子成分の効果は広く探求されてはこなかった。
【０２７０】
目的
本研究の目的は、アダリムマブ（ＡＤＡ）プラスメトトレキセート（ＭＴＸ）またはＭＴＸ単独を用いた処置に続く疾患活性の変化に対する候補遺伝因子の影響を探求することであった。さらに、アダリムマブ（ＡＤＡ）プラスメトトレキセート（ＭＴＸ）またはＭＴＸ単独を用いた処置に続いて初期ＲＡに罹っている患者における疾患活性の変化に対する候補遺伝因子の影響も探求された。
【０２７１】
方法
研究設計（図１）
ＯＰＴＩＭＡは、初期ＲＡに罹っている患者におけるメトトレキセートとアダリムマブの併用療法を用いた処置開始のための最適なプロトコールを決定するための第４相多施設２期間二重盲検プラセボ対照無作為化臨床試験であった。適格患者のキーとなる組み入れ基準は、
１）年齢１８歳
２）ＲＡ（１９８７ ＡＣＲ分類基準）＜診断から１年
３）ＤＡＳ２８＞３．２
４）ＴＪＣ６８≧８およびＳＪＣ６６≧６
５）ＥＳＲ≧２８ｍｍ／ｈまたはＣＲＰ≧１．５ｍｇ／ｄＬ
この遺伝子サブ研究における対象は、追加の自発的書面での告知に基づく参加への同意を与えた。
【０２７２】
ＭＴＸ無処置患者は、最初の２６週間ＡＤＡ（４０ｍｇ ｅｏｗ）＋ＭＴＸ（８週までに２０ｍｇ／ｗｋまで滴定される）またはプラセボ（ＰＢＯ）＋ＭＴＸに１対１で無作為化された。
【０２７３】
２２週目および／または２６週目にＬＤＡ（ＤＡＳ２８＜３．２）を満たせないどんな対象も、非盲検ＡＤＡ＋ＭＴＸを用いた処置を続ける選択肢を与えられた。
【０２７４】
最初にＡＤＡ＋ＭＴＸを用いて処置され２２週目および２６週目にＬＤＡを達成した応答者対象は、連続する併用療法対７８週を通じたＡＤＡ休止を比較するために再無作為化された。２２週目および２６週目にＬＤＡを有するＰＢＯ＋ＭＴＸ対象は、ＭＴＸ単独療法には盲検のままであった。
【０２７５】
要約すると、ＯＰＴＩＭＡは、２６週および５２周期間を有する進行中の７８週研究である。適格患者は、ＲＡ＜１年、ＤＡＳ２８＞３．２、≧６ ＳＪＣ、≧８ ＴＪＣ．ＥＳＲ≧２８ｍｍ／ｈまたはＣＲＰ≧１．５ｍｇ／ｄＬおよび以下の≧１：＞１糜爛、ＲＦ＋または抗ＣＣＰ＋を有していた。ＭＴＸ無処置患者はＡＤＡ ４０ｍｇ隔週＋ＭＴＸまたはプラセボ（ＰＢＯ）＋ＭＴＸに無作為化された。ＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＳＥ）、ＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）およびＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ ＳＮＰの存在について対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）および必要であれば、直接塩基配列決定により、患者は遺伝子型を調べられた。２６週の処置への臨床応答は、遺伝子バックグラウンドにより対立遺伝子ごとに独立して、ＳＥおよびＩＬ−４Ｒでは対立遺伝子組合せにおいて調べられた。
【０２７６】
遺伝子解析
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥホモ接合性またはヘテロ接合性を決定するために、ＨＬＡ−ＤＲＢ１分類が２ステップ法において実施された。第一に、全ての患者が、ＬＡＢＴｙｐｅ ＳＳＯアッセイ（Ｏｎｅ Ｌａｍｂｄａ Ｉｎｃ．）を使用して低解像度で分類された。ＤＲＢ１^＊０１、^＊０４、^＊１０および^＊１４陽性患者は続いて配列ベースの分類（ＡｌｌｅｌｅＳＥＱＲ、Ａｂｂｏｔｔ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）を使用して高解像度で分類された。多義性の場合は、Ｂｉｏｔｅｓｔ製のＤＲＢ高解像ＳＳＯキットをさらに使用した。
【０２７７】
ある種の例では、Ｐｒｏｔｒａｎｓ Ｓ４ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｋｉｔｓ（Ｍｅｄｉｐｒｏ）を用いた高解像分類を使用して、患者がＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥホモ接合性を有するのかヘテロ接合性を有するのかを決定した。
【０２７８】
Ａｓｓａｙ−ｏｎ−Ｄｅｍａｎｄ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用する対立遺伝子特異的ＰＣＲを使用してＩＬ−４Ｒ（ＡからＧ［Ｉ５０Ｖ］）ＳＮＰを決定した。
【０２７９】
Ａｓｓａｙ−ｂｙ−Ｄｅｓｉｇｎ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用する対立遺伝子特異的ＰＣＲを使用してＦｃγＲＩＩｂ（ＴからＣ［Ｉ２３２Ｔ］）バリアントを決定した。
【０２８０】
臨床評価
ベースラインからＡＣＲスコアの５０％改善を達成する対象の百分率は、ノンレスポンダー帰属アプローチを使用して２６週目に決定された。ＤＡＳ２８（ＣＲＰ）寛解（ＤＡＳ２８＜２．６）を達成する対象の百分率は、ノンレスポンダー帰属アプローチを使用して２６週目に決定された。
【０２８１】
統計的解析
処置群間の対立遺伝子分布は、カイ二乗検定、データが希薄な場合はフィッシャーの正確検定を使用して評価された。多変量ロジスティック回帰を使用して、２６週目の臨床応答に対する処置、個々の対立遺伝子、処置と遺伝子成分間の相互作用ならびにベースライン人口統計および疾患特性の効果を評価した。
【０２８２】
結果
研究対象集団
対象の配置
ＯＰＴＩＭＡ試験無作為化された１０３２患者：ＰＢＯ＋ＭＴＸ：Ｎ＝５１７およびＡＤＡ＋ＭＴＸ：Ｎ＝５１５
【０２８３】
最初の２６週期間中に、１０６対象（１０％）は早期に休止した：ＰＢＯ＋ＭＴＸ：Ｎ＝５７、１１％およびＡＤＡ＋ＭＴＸ：Ｎ＝４９、１０％
【０２８４】
本遺伝子サブ研究では、１０３２対象のうちの８９４（８７％）が本解析に利用することができる遺伝子型データを有していた：
ＰＢＯ＋ＭＴＸ：Ｎ＝４５１、８７％
ＡＤＡ＋ＭＴＸ：Ｎ＝４４３、８６％
【０２８５】
ベースライン特性
無作為化は、対立遺伝子型に基づいて層別されなかった：
各処置群の対象は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥおよびＩＬ−４Ｒ対立遺伝子バリアントの類似する分布を示した。しかし、ＦｃγＲＩＩｂ ＳＮＰは不均等に分布しており追加の解析からは排除された（下の表９参照）が、実施例４に記載される個別解析では解析された。
【０２８６】
【表１３】

【０２８７】
ベースライン人口統計および疾患特性は、処置群全体にわたり対立遺伝子バリアント間で類似していた（表１０および１１）。
【０２８８】
抗ＣＣＰ＋患者の百分率の増加は、ＳＥのコピーの増加と共に注目された。
【０２８９】
１つのＳＥ対立遺伝子を有するＡＤＡ＋ＭＴＸ患者と比べて、１コピーのＳＥを有する患者ではＰＢＯ＋ＭＴＸ群において多くの喫煙者が同定された。
【０２９０】
【表１４】

【０２９１】
【表１５】

【０２９２】
処置応答
考えられる交絡変数について制御するために、多変量回帰分析を用いてベースライン人口統計および疾患状態変数を用いて遺伝因子の影響を探求した。多変量回帰では、ＡＤＡ＋ＭＴＸについての処置効果は、２６週目にＡＣＲ５０とＤＡＳ２８寛解の両方を達成したので著しかった（Ｐ＜０．００１）。
【０２９３】
ＳＥコピー数
ＡＣＲ５０
２つの処置群において応答率の逆パターンが観察された。つまり、ＰＢＯ＋ＭＴＸ群におけるＡＣＲ５０応答は、ＳＥ多重度と共に減少傾向を示した（表４）が、ＡＤＡ＋ＭＴＸへのＡＣＲ５０応答率は、ＳＥの存在が増加すると共に対象において増加した（表４）。
【０２９４】
２つの処置群におけるＳＥコピー数と処置応答間の逆の関係のせいで、各処置群内において追加の多変量モデルが行われた。性別、喫煙者、ＲＦ＋、抗ＣＣＰ＋、ＴＪＣ６８およびＤＡＳ２８というベースライン変数を説明する際に、ＰＢＯ＋ＭＴＸ群内にＳＥコピー数の著しい効果があることが発見された（ＯＲ［９５％信頼区間、ＣＩ］：２_×対０_×ＳＥについて０．４６９［０．２４７、０．８９３］）。さらに、ＡＤＡ＋ＭＴＸ群では、ＳＥコピー数の効果も著しいことが発見された（ＯＲ［９５％ＣＩ］：２_×対０_×ＳＥについて２．０４８［１．１２７、３．７２２］）。
【０２９５】
ＤＡＳ２８寛解
ＰＢＯ＋ＭＴＸ対象間には、ＤＡＳ２８寛解に対するＳＥコピー数の効果はなかった（表５）。しかし、ＡＤＡ＋ＭＴＸ対象において、増加するＤＡＳ２８応答率のパターンがＳＥのコピーの増加と共に観察された（表５）。さらに、ＰＢＯ＋ＭＴＸまたはＡＤＡ＋ＭＴＸ群のどちらかの中に、多変量回帰によるＤＡＳ２８寛解に対するＳＥコピー数の著しい効果は見られなかった。
【０２９６】
ＩＬ−４Ｒ対立遺伝子
ＡＣＲ５０
ＡＤＡ＋ＭＴＸまたはＰＢＯ＋ＭＴＸのどちらかを受ける対象では、２６週目のＡＣＲ５０はＩＬ−４Ｒ対立遺伝子により意味のある影響は受けなかった（表６）。
【０２９７】
ＤＡＳ２８寛解
ＰＢＯ＋ＭＴＸまたはＡＤＡ＋ＭＴＸ処置群のどちらかの中の対象では、ＩＬ−４Ｒ対立遺伝子は２６週目のＤＡＳ２８寛解応答率に影響を与えなかった（表７）。これらの所見は多変量回帰により支持されており、どちらの処置応答変数に対してもＩＬ−４Ｒ対立遺伝子の著しい効果はなかった。
【０２９８】
組み合わされた対立遺伝子効果
個々の成分分析からの所見と一致して、ＡＤＡ＋ＭＴＸを用いて処置された患者におけるＡＣＲ５０およびＤＡＳ２８応答率は、ＩＬ−４Ｒ ＡＡ対立遺伝子ではホモ接合性の対象を除いて、少なくとも１コピーのＳＥの存在下で増強された（図６、７および８）。ＰＢＯ＋ＭＴＸへの応答率に対するＳＥおよびＩＬ−４Ｒ対立遺伝子組合せの影響には一貫したパターンはなかった（データは示されず）。
【０２９９】
要約して言えば、処置群の対象は、０、１または２コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥの比較可能な分布を示した（それぞれＰＢＯ＋ＭＴＸ：３７％、４８％、１５％；ＡＤＡ＋ＭＴＸ：３３％、４９％、１９％、Ｐ＝０．２８）。同様に、ＩＬ−４Ｒ対立遺伝子、ＡＡ、ＡＧおよびＧＧは処置群間で類似の分布をしていた（それぞれＰＢＯ＋ＭＴＸ：２９％、５２％、２０％；ＡＤＡ＋ＭＴＸ：３３％、４７％、２０％、Ｐ＝０．３８）。しかし、ＦｃγＲＩＩｂ対立遺伝子は処置群間で類似せずに割り当てられ、このＳＮＰに関しては追加の解析は行われなかった（追加の解析は下の実施例４に表示されている。）。ＳＥの存在はＭＴＸ単独への処置応答に影響を与えなかった（例えば、０、１または２コピーについて４０％、３３％および２９％のＡＣＲ５０、Ｐ＝０．２３）。逆に、処置応答率はＡＤＡ＋ＭＴＸを受けた対象においてＳＥのコピーが増加するのに対応して増強された（０、１、２ＳＥについて４２％、５３％および６５％のＡＣＲ５０、Ｐ＝０．００４）。したがって、１コピーのＳＥが存在すると、ＰＢＯ＋ＭＴＸ群と比べてＡＤＡ＋ＭＴＸ対象ではＡＣＲ５０の２０％増加を与え（Ｐ＜０．００１）、２コピーのＳＥではＰＢＯ＋ＭＴＸよりも、ＡＤＡ＋ＭＴＸではＡＣＲ５０を３６％増加させた（Ｐ＜０．００１）。同様に、ＭＴＸへの臨床応答はＩＬ−４Ｒ対立遺伝子によって影響されず、ＡＤＡ＋ＭＴＸを用いた処置成果はＡＡまたはＡＧ ＩＬ−４Ｒ対立遺伝子を有する対象においては増強された。ＰＢＯ＋ＭＴＸ群におけるＳＥとＩＬ−４Ｒ対立遺伝子の組合せについての処置応答の試験では、遺伝子型による応答の変化は示されず、個々の対立遺伝子の解析から得られた結果を支持していた。ＳＥの非存在下では、ＩＬ−４Ｒ遺伝子型はＡＤＡ＋ＭＴＸへの処置応答に影響を与えたが、ＳＥの存在がＩＬ−４Ｒ対立遺伝子の効果を遮断した（上の表８参照）。
【０３００】
結論
ＡＤＡ＋ＭＴＸを用いた処置は、ＰＢＯ＋ＭＴＸと比べて、処置の２６週目にＡＣＲ５０またはＤＡＳ２８を達成するのに著しい利点を与えることが発見された。ＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープは、ベースライン人口統計および疾患状態変数を説明する時でさえ、処置応答（ＡＣＲ５０）に対する著しい効果を示した。さらに、ＩＬ−４Ｒは、多変量回帰においてＡＣＲ５０またはＤＡＳ２８寛解応答に認識できるほどの効果を示さなかった。したがって、ＴＮＦアンタゴニストへの処置応答に寄与する遺伝子成分を理解すれば、治療決定を導くのに役立つことが可能である。
【０３０１】
要約すると、アダリムマブプラスメトトレキセートへの臨床応答は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープとＩＬ−４Ｒ対立遺伝子の両方により独立して影響を受けたが、メトトレキセート単独療法への応答に対する遺伝子型の影響はなかった。したがって、アダリムマブプラスメトトレキセートを用いる処置への応答において、ＨＬＡ−ＤＲＢ１１共有エピトープとＩＬ−４Ｒ対立遺伝子間には相互作用があった。
【０３０２】
［実施例４］
初期関節リウマチに罹った患者においてアダリムマブプラスメトトレキセートへの処置応答に対するＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＩＬ−４ＲおよびＦｃγＲＩＩｂの遺伝子影響：ＯＰＴＩＭＡの２６週の結果
【０３０３】
遺伝因子は関節リウマチの発現、重症度およびＸ線検査進行に影響を与えることが知られている。抗ＴＮＦ薬を用いた処置への応答に対するその効果ははっきりしていない。
【０３０４】
本研究の目的は、３つの候補遺伝子座、すなわちＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＳＥ）、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０ＶバリアントおよびＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ多型に従った２６週の処置に続いてアダリムマブプラスメトトレキセート（ＡＤＡ＋ＭＴＸ）またはプラセボ（ＰＢＯ）＋ＭＴＸへの応答を調べることであった。
【０３０５】
方法
ＲＡ＜１年および活性疾患（ＤＡＳ２８＞３．２、ＥＳＲ≧２８ｍｍ／ｈまたはＣＲＰ≧１．５ｍｇ／ｄＬ）および＞１糜爛、ＲＦ＋または抗ＣＣＰ＋のいずれかを有するＭＴＸ無処置患者≧１８歳は、２６週間ＡＤＡ＋ＭＴＸ（Ｎ＝５１５）またはＰＢＯ＋ＭＴＸ（Ｎ＝５１７）に無作為化された。この解析は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥコピー数（０_×、１_×または２_×）、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０Ｖ（ＡＡ、ＡＧまたはＧＧ）およびＦｃγＲＩＩｂ Ｉ２３２Ｔ（ＴＴ、ＴＣ、ＣＣ）対立遺伝子による２６週目の臨床成果を提示する。ノンレスポンダー帰属を使用して、ＡＣＲ２０／５０／７０およびＤＡＳ２８低疾患活動性（ＬＤＡ、ＤＡＳ２８＜３．２）および寛解（ＤＡＳ２８＜２．６）を達成する患者の百分率を計算した。多重ロジスティック回帰を使用して、潜在的交絡ベースライン変数の影響を評価した。カテゴリーベースライン説明変数には、性別、喫煙者、ＲＦ（＞５０または≦５０ＩＵ）、抗ＣＣＰ（≧３_×または＜３_× ＵＬＮ）、ＣＲＰ（≧１．５または＜１．５ｍｇ／ｄｌ）および糜爛の存在（０または＞０）が含まれる。ベースラインＴＪＣ６８、ＳＪＣ６６およびＤＡＳ２８の連続値も含まれた。
【０３０６】
結果
本研究では、遺伝子データは、それぞれＰＢＯ＋ＭＴＸまたはＡＤＡ＋ＭＴＸに無作為化された４５１および４４３患者について入手可能であった。対立遺伝子の分布は、ＳＥおよびＩＬ−４Ｒでは処置群間で類似していた。ＰＢＯ＋ＭＴＸ群はより多くのＴＣおよびより少ないＣＣ ＦｃγＲＩＩｂ患者を有していたので、ＦｃγＲＩＩｂ対立遺伝子は両処置アーム（ＰＢＯ＋ＭＴＸ）対（ＡＤＡ＋ＭＴＸ）において患者間で不均等に分布していた。ＦｃγＲＩＩｂについての両処置アーム間の比較は実施されなかったが、そのそれぞれの処置への応答に対する１アーム単独内での３つのＦｃγＲＩＩｂ遺伝子型全ての影響を解析することは可能であった。
【０３０７】
遺伝子座ごとに、ベースライン人口統計は対立遺伝子全体にわたり類似していた。抗ＣＣＰ＋患者のより高い割合は、ＳＥのコピーが増加する患者間で注目された。
【０３０８】
ＡＤＡ＋ＭＴＸへの応答はＳＥコピー数の増加と共に増加し、ＩＬ−４Ｒ−ＧＧと共に減少し、ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣと共に増加した。ＰＢＯ＋ＭＴＸ群の患者では逆パターンが検出された（例えば、ＤＡＳ２８＜３．２、図９）。
【０３０９】
この違いのために、各処置群内で多重ロジスティック回帰が実施された。ＰＢＯ＋ＭＴＸを用いた処置への応答では、ＳＥコピー数はＡＣＲ２０およびＡＣＲ５０に対して著しい負の効果を示した。ＩＬ−４ＲおよびＦｃγＲＩＩｂは、ＰＢＯ＋ＭＴＸへの２６週応答との著しい関連を示せなかった。
【０３１０】
ＡＤＡ＋ＭＴＸ応答のモデルでは、ＳＥコピー数は、ＡＣＲ２０／５０／７０およびＤＡＳ２８ ＬＤＡを達成することと顕著に関連していた。オッズ比は、２コピーのＳＥを有する患者は、ＳＥ対立遺伝子のない患者のほぼ２倍これらの標的に到達する可能性が高いことを示した。ＩＬ−４Ｒ単独ではＡＤＡ＋ＭＴＸへの２６週処置応答に対して影響を与えなかった。ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣはＡＣＲ７０およびＤＡＳ２８寛解を達成することと顕著に関連しており、オッズ比はＦｃγＲＩＩｂ−ＴＣの１０倍より大きかった。組み合わせると、ＳＥコピー数の効果は、ＩＬ−４Ｒ−ＡＡおよびＦｃγＲＩＩｂ−ＴＴ野生型バックグラウンドにおいては弱められていたが、ＩＬ−４ＲまたはＦｃγＲＩＩｂ遺伝子バリアントのどちらかの少なくとも１コピーが存在した場合には明らかであった。
【０３１１】
結論として、遺伝子バックグラウンドとは無関係に、処置応答率は、ＰＢＯ＋ＭＴＸと比べると、ＡＤＡ＋ＭＴＸ群の患者では高かった。多重ロジスティック回帰モデルに基づくと、ＩＬ−４Ｒ単独は処置成果とは関連していなかった。ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥおよびＦｃγＲＩＩｂは、ＡＤＡ＋ＭＴＸ処置への応答の独立した顕著な陽性予測因子であった。これらの遺伝子座間の潜在的相互作用は、抗ＴＮＦ薬への応答におけるこれらの遺伝子成分の役割のさらなる探求を正当化するが、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥおよびＦｃγＲＩＩｂ単独または組合せ（および／またはＩＬ−４Ｒとのさらに組み合わせて）は、それぞれＴＮＦ阻害剤を用いた処置への患者応答の予測因子であることは、本明細書に提示されるデータから明らかである。
【０３１２】
均等物
当業者であれば日常の実験法のみを使用して、本明細書に記載される本発明の特定の実施形態の均等物を数多く認識するまたは確認することができる。そのような均等物は以下の特許請求の範囲により包含されることが意図されている。
【０３１３】
参考文献
１．Ｄｉｓｅａｓｅ Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｓｃｏｒｅ（ＤＡＳ） ｉｎ Ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．［ｗｅｂｓｉｔｅ］ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｄａｓ−ｓｃｏｒｅ．ｎｌ／ｗｗｗ．ｄａｓ−ｓｃｏｒｅ．ｎｌ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ．Ａｃｃｅｓｓｅｄ Ａｕｇｕｓｔ ２１，２００６．
２．Ｊｏｈｎ Ｍ．Ｄａｖｉｓ ＩＩＩｙ Ｅｒｉｃ Ｌ．Ｍａｔｔｅｓｏｎ．Ｒｅｕｍａｔｏｌ Ｃｌｉｎ．２００９；５（４）：１４３−１４６

【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対する関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象の応答性を予測する方法であって、対象からの試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子の存在を決定することを含み、少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、方法。
【請求項２】
関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象を処置するための方法であって、少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子が対象からの試料中に存在することを条件として、ＲＡの処置のためにＴＮＦα阻害剤を対象に投与することを含む、方法。
【請求項３】
ＴＮＦα阻害剤が関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象の処置のために有効であるかを決定する方法であって、対象からの試料中の少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１共有エピトープ（ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ）対立遺伝子の存在を検出することを含み、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在は、ＴＮＦα阻害剤が対象におけるＲＡの処置のために有効であることを示す、方法。
【請求項４】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在が、試料中の核酸またはタンパク質をアッセイすることにより決定される、請求項１、２または３のいずれか一項の方法。
【請求項５】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在が、マイクロアレイ分析、ＤＮＡ配列決定またはＰＣＲ技術からなる群より選択されるアッセイ方法を用いて決定される、請求項１、２または３のいずれか一項の方法。
【請求項６】
対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を決定することをさらに含み、試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（ＡＡまたはＡＧ）の存在が、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、請求項１、２または３のいずれか一項の方法。
【請求項７】
対象からの試料中の２つのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在を決定することをさらに含み、試料中の２つのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在が、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、請求項１、２または３のいずれか一項の方法。
【請求項８】
対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を決定することをさらに含み、試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子（ＡＡまたはＡＧ）の存在が、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、請求項７の方法。
【請求項９】
ＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対するＲＡを有する対象の応答性を予測する方法であって、対象からの試料中のＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子のコピー数を決定することを含み、２コピーのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性であることを示す、方法。
【請求項１０】
関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象を処置するための方法であって、２コピーのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）が対象からの試料中に存在することを条件として、ＲＡの処置のためにＴＮＦα阻害剤を対象に投与することを含む、方法。
【請求項１１】
ＴＮＦα阻害剤が関節リウマチ（ＲＡ）を有する対象の処置のために有効であるかを決定する方法であって、対象からの試料中のＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子のコピー数を決定することを含み、２コピーのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在は、ＴＮＦα阻害剤が対象におけるＲＡの処置のために有効であることを示す、方法。
【請求項１２】
ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在が、試料中の核酸またはタンパク質をアッセイすることにより決定される、請求項９から１１のいずれか一項の方法。
【請求項１３】
ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在が、マイクロアレイ分析、ＤＮＡ配列決定またはＰＣＲ技術からなる群より選択されるアッセイ方法を用いて決定される、請求項９から１１のいずれか一項の方法。
【請求項１４】
ＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対するＲＡを有する対象の応答性を予測する方法であって、対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子のコピー数を決定することを含み、試料中の２コピーのＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子（ＧＧ）の存在は、対象が少なくとも１コピーのＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子も有さない限り、対象がＴＮＦα阻害剤を用いる処置に対して応答性でないことを示す、方法。
【請求項１５】
ＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子のコピー数が、試料中の核酸またはタンパク質をアッセイすることにより決定される、請求項１４の方法。
【請求項１６】
ＩＬ−４Ｒ Ｖ５０対立遺伝子のコピー数が、マイクロアレイ分析、ＤＮＡ配列決定またはＰＣＲ技術からなる群より選択されるアッセイ方法を用いて決定される、請求項１４の方法。
【請求項１７】
ＴＮＦα阻害剤が、抗ＴＮＦα抗体もしくはその抗原結合部分または融合タンパク質である、請求項１から１６のいずれか一項の方法。
【請求項１８】
融合タンパク質が、エタネルセプトである、請求項１７の方法。
【請求項１９】
抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、ヒト抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体および多価抗体からなる群より選択される、請求項１７の方法。
【請求項２０】
キメラ抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、インフリキシマブである、請求項１９の方法。
【請求項２１】
ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、アダリムマブまたはゴリムマブである、請求項１９の方法。
【請求項２２】
ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、ともに表面プラズモン共鳴により決定される１×１０^−８Ｍ以下のＫ_ｄおよび１×１０^−３ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆ速度定数でヒトＴＮＦαから解離し、ならびに標準的なインビトロＬ９２９アッセイにおいて１×１０^−７Ｍ以下のＩＣ_５０でヒトＴＮＦα細胞毒性を中和する単離ヒト抗体である、請求項１９の方法。
【請求項２３】
ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、以下の：
ａ）表面プラズモン共鳴により決定される１×１０^−３ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆ速度定数でヒトＴＮＦαから解離する；
ｂ）配列番号３のアミノ酸配列または（１位、４位、５位、７位もしくは８位にて単一アラニン置換によりまたは１位、３位、４位、６位、７位、８位および／もしくは９位にて１から５の保存的アミノ酸置換により）配列番号３から改変されたアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３ドメインを有する；ならびに
ｃ）配列番号４のアミノ酸配列または（２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位もしくは１１位にて単一アラニン置換によりまたは２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位、１１位および／もしくは１２位にて１から５の保存的アミノ酸置換により）配列番号４から改変されたアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３ドメインを有する
という特徴を有する単離ヒト抗体である、請求項１９の方法。
【請求項２４】
ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）および配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）を有する単離ヒト抗体である、請求項１９の方法。
【請求項２５】
対象が、１年未満の疾患持続期間のＲＡと診断されている、請求項１から２４のいずれか一項の方法。
【請求項２６】
対象が、＞３．２のＤＡＳ２８を有する、請求項１から２５のいずれか一項の方法。
【請求項２７】
対象が、ＭＴＸをさらに投与される、請求項１から２６のいずれか一項の方法。
【請求項２８】
対象における臨床上の応答性を決定または予測する、請求項１、３、９および１１のいずれか一項の方法。
【請求項２９】
関節リウマチ（ＲＡ）の処置用のＴＮＦα阻害剤に対する対象の応答性を予測するためのキットであって、
対象からの試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在を決定するための手段および
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書であり、ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いるＲＡの処置に対して応答性であることを示す指示書
を含む、キット。
【請求項３０】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在を決定するための手段が、
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥをコードする核酸分子もしくはＳＥ領域を含有するその部分とハイブリダイズする核酸または
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥに相当するタンパク質と特異的に結合する抗体
のいずれかを含む、請求項２９のキット。
【請求項３１】
対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を検出するための手段および
ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書であり、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の組合せの存在が、対象がＴＮＦα阻害剤を用いるＲＡの処置に対して応答性であることを示す指示書
をさらに含む、請求項２９または３０のキット。
【請求項３２】
関節リウマチ（ＲＡ）の処置用のＴＮＦα阻害剤に対する対象の応答性を予測または評価するためのキットであって、
ａ）対象からの試料中のＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在を決定するための手段および
ｂ）２つのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子（ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ）の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書であり、２つのＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在は、対象がＴＮＦα阻害剤を用いるＲＡの処置に対して応答性であることを示す指示書
を含む、キット。
【請求項３３】
ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２対立遺伝子の存在を決定するための手段が、
ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２をコードする核酸分子もしくはＩ２３２Ｔ ＳＮＰを含有するその部分とハイブリダイズする核酸または
ＦｃγＲＩＩｂ Ｔ２３２タンパク質に相当するタンパク質と特異的に結合する抗体
のいずれかを含む、請求項３２のキット。
【請求項３４】
対象からの試料中のＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在を検出するための手段および
ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書であり、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子およびＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ対立遺伝子の組合せの存在が、対象がＴＮＦα阻害剤を用いるＲＡの処置に対して応答性であることを示す指示書
をさらに含む、請求項３２または３３のキット。
【請求項３５】
対象からの試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在を検出するための手段および
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書であり、ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ対立遺伝子、ＩＬ−４Ｒ Ｉ５０対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の組合せの存在が、対象がＴＮＦα阻害剤を用いるＲＡの処置に対して応答性であることを示す指示書
をさらに含む、請求項３４のキット。
【請求項３６】
対象からの試料中のＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在を検出するための手段および
ＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の存在に基づき対象に推奨される処置についての指示書であり、ＦｃγＲＩＩｂ−ＣＣ対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１ ＳＥ対立遺伝子の組合せの存在が、対象がＴＮＦα阻害剤を用いるＲＡの処置に対して応答性であることを示す指示書
をさらに含む、請求項３２または３３のキット。
【請求項３７】
対象から試料を得るための手段をさらに含む、請求項２９から３６のいずれか一項のキット。
【請求項３８】
ＴＮＦα阻害剤が、抗ＴＮＦα抗体もしくはその抗原結合部分または融合タンパク質である、請求項２９から３７のいずれか一項のキット。
【請求項３９】
融合タンパク質が、エタネルセプトである、請求項３８のキット。
【請求項４０】
抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、ヒト抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体および多価抗体からなる群より選択される、請求項３８のキット。
【請求項４１】
キメラ抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、インフリキシマブである、請求項４０のキット。
【請求項４２】
ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、アダリムマブまたはゴリムマブである、請求項４０のキット。
【請求項４３】
ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、ともに表面プラズモン共鳴により決定される１×１０^−８Ｍ以下のＫ_ｄおよび１×１０^−３ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆ速度定数でヒトＴＮＦαから解離し、ならびに標準的なインビトロＬ９２９アッセイにおいて１×１０^−７Ｍ以下のＩＣ_５０でヒトＴＮＦα細胞毒性を中和する単離ヒト抗体である、請求項４０のキット。
【請求項４４】
ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、以下の：
ａ）表面プラズモン共鳴により決定される１×１０^−３ｓ^−１以下のｋ_ｏｆｆ速度定数でヒトＴＮＦαから解離する；
ｂ）配列番号３のアミノ酸配列または（１位、４位、５位、７位もしくは８位にて単一アラニン置換によりまたは１位、３位、４位、６位、７位、８位および／もしくは９位にて１から５の保存的アミノ酸置換により）配列番号３から改変されたアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３ドメインを有する；ならびに
ｃ）配列番号４のアミノ酸配列または（２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位もしくは１１位にて単一アラニン置換によりまたは２位、３位、４位、５位、６位、８位、９位、１０位、１１位および／もしくは１２位にて１から５の保存的アミノ酸置換により）配列番号４から改変されたアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３ドメインを有する
という特徴を有する単離ヒト抗体である、請求項４０のキット。
【請求項４５】
ヒト抗ＴＮＦα抗体またはその抗原結合部分が、配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）および配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）を有する単離ヒト抗体である、請求項４０のキット。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【公表番号】特表２０１３−５１８５９０（Ｐ２０１３−５１８５９０Ａ）
【公表日】平成２５年５月２３日（２０１３．５．２３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５５２０５６（Ｐ２０１２−５５２０５６）
【出願日】平成２３年２月２日（２０１１．２．２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２３４８４
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０９７３０１
【国際公開日】平成２３年８月１１日（２０１１．８．１１）
【出願人】（５０３４４８５７２）アボツト・バイオテクノロジー・リミテツド (30)
【Ｆターム（参考）】