【課題】十分に使い勝手のよいバイオマーカー検出技術を提供すること。
【解決手段】少なくとも２つのサンプルについて、症例対照研究を利用してバイオマーカーの推定を行なうための情報処理装置であって、サンプル、各サンプルの属性および各サンプルにおける少なくとも２種類のバイオマーカー候補の発現率を含むデータを入力し、サンプルおよびその属性をリスト表示するための表示制御手段と、表示されたサンプル中において、症例とすべきサンプルと対照とすべきサンプルを識別可能にマーキングするマーキング手段と、マーキング手段でマーキングされたサンプルの識別情報を保持する保持手段と、症例としてマーキングされたサンプルと、対照としてマーキングされたサンプルとにおける、バイオマーカー候補毎の発現率の相違を解析する解析手段と、を備える。 （もっと読む）

【課題】個体間における塩基配列情報の相違を有効に利用して各個体にとって有益な意味情報及び/又は当該意味情報に関連する情報を提供する。
【解決手段】物品及び/又はサービスの要求情報を受け取るステップａと、塩基配列における位置を意味する位置情報が記憶されている記憶手段から、前記要求情報に応じた位置情報を取得するステップｂと、前記ステップｂで取得した位置情報に対応する塩基配列関連情報を取得するとともに、当該塩基配列関連情報を意味づける意味情報及び/又は当該意味情報に関連する情報を取得するステップｃとを有する。 （もっと読む）

【課題】本発明は、生物情報学(Bioinformatics)技術に関するものであり、より詳細には配列変異が遺伝子機能に及ぼす毒性分析に基づきにより高信頼性のバイオマーカーを抽出する装置および方法に関するものである。
【解決手段】配列変異が遺伝子機能にいかなる変化を与えるかを分解し、特定疾患の原因になるバイオマーカーを抽出するバイオマーカー抽出装置は、遺伝子サンプルの配列を分解して遺伝子にマッピングされた変異データを抽出する前処理部と、前記変異データに基づき前記遺伝子の機能に発生する障害を定量化した毒性スコアを求める毒性予測器、および前記毒性スコアが所定の臨界値以上の遺伝子が、遺伝子ネットワークに密集している遺伝子ネットワークのサブモジュールを探索するモジュール化部を含み構成することができる。 （もっと読む）

【課題】皮膚関連遺伝子を、被験者の遺伝子多型、年齢、性別及び肌の部位別の症状または各部位の症状の平均の相関関係を共分散構造分析により分析することにより検出する方法の提供。
【解決手段】被験者の遺伝子多型、年齢、性別及び肌の部位別の症状または各部位の症状の平均の相関関係を、相関係数ｒを下記式１により計算し、（式１）ｒ＝Σ（Ｘｉ−＜Ｘ＞）（Ｙｉ−＜Ｙ＞）／ｓｘ／ｓｙ（式中、Ｘｉ、Ｙｉは各々各サンプルの値を表し、＜Ｘ＞、＜Ｙ＞は各々平均値を表し、ｓｘ、ｓｙは各々標準偏差を表す）、ＸとＹに対するＺの影響を下記式２の一次回帰式（式２）Ｘ＝ａＺ＋ｅｘ、Ｙ＝ｂＺ＋ｅｙで捉え、ｅｘとｅｙの相関係数を求めることによりＸとＹの偏相関係数を計算して、共分散構造分析により分析する。 （もっと読む）

【課題】個々の実験の遺伝子パターンを分析し機能特異的な遺伝子を特定するのではなく、過去の発現実験データをもとに、化合物や疾患に代表される表現型等を予測する発現データ予測システムを提供する。
【解決手段】Ｓ１１〜Ｓ１４のステップが、参照データを作成するフローに相当する。一方、Ｓ１〜Ｓ４は、新しい実験の遺伝子発現データ（予測したい発現データ）を利用して実際に予測処理を行うフローに相当する。このように、化合物又は疾患に代表される表現型等の予測対象を予測するには、遺伝子発現の特徴又は遺伝子発現のパターンが類似しているかどうかを評価する基準となる参照データをあらかじめ作成しておく必要がある。これは、蓄積された既存の遺伝子発現データを用いて作成される。 （もっと読む）

本発明は、バイオマーカーを評価する方法に関する。特に本発明は、生物系に対する決定可能である少なくとも1つの影響を有する少なくとも1つの所定のエフェクターに関する少なくとも1つのパターンを確立する方法、所定の影響又は影響の群に関するエフェクターのクラスを確立する方法、所定のエフェクターの少なくとも1つの影響を特定する方法、並びにこれらの方法の実施に適合されたコンピュータプログラム及びコンピュータに関する。 （もっと読む）

核酸の解離挙動の分析、およびある遺伝子型が生体試料中に存在するかどうかを判定する同定のための方法およびシステム。未知の遺伝子型の動的プロファイルを生成することによって、ある遺伝子型が生体試料中に存在するかどうかを判定すること、動的プロファイルを、既知の遺伝子型のアベレージプロファイルと相関させることによって、相関値を生成すること、および相関値が、許容できる閾値内に入るかどうかを判定することによって、未知の遺伝子型が既知の遺伝子型であるかどうかを判定すること。既知の遺伝子型の動的プロファイルを生成することによって、既知の遺伝子型のクラス内から、ある既知の遺伝子型を装置に認識させるためのトレーニングセットを生成すること、動的プロファイルをアベレージすることによって、この遺伝子型のアベレージプロファイルを生成すること、およびこの遺伝子型の動的プロファイルを遺伝子型のクラス内の各既知の遺伝子型のアベレージプロファイルと相関させることによって、相関ベクトル生成すること。
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本発明は、遺伝子工学の分野に関連し、特に断片アセンブリングスキャフォールドの構築方法及びシステム、並びにゲノムシークエンシング装置に関する。該方法は、配列決定を通して得られたダブルバレルデータをコンティグにマッピングすること、前記コンティグにマッピングした前記ダブルバレルデータに基づき、コンティグ間のギャップサイズとされる、コンティグ間の長さの平均値又は中間値を計算すること、コンティグ間のギャップサイズ及び、コンティグ間のダブルバレル関係に基づき、スキャフォールドを構築すること、そして完全なスキャフォールドのグラフを得ることを含む。コンティグ間の平均長さは、コンティグにマッピングされた多数の組のダブルバレルデータより計算され、そしてコンティグ間のギャップサイズとされる。したがって、コンティグ間のギャップサイズの推定の精度が、劇的に改善される。これは、短い配列の読み込みを含むゲノム配列決定方法に用いて、配列決定断片のアセンブリングのタスクを終了することができる。
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検査配列を分類するための技術が開示される。例示的な技術は、隣接する位置の従属性を考慮する位置特異的スコアマトリックスを規定および活用することを含む。ある実施例は、特異性および感度の向上によりＨＩＶウイルスの指向性を予測することを含む。別の実施例は、訓練データ集合をデータ部分集合の集合に細分することと、データ部分集合に基づき複数の分類器を訓練することと、複数の分類器の採決をとることとを含む。さらに別の実施例は、訓練集合を作成する際に、指定されるデータポイントから複数の基準データポイントの平均までの距離に基づき、指定されるデータポイントを重み付けすることに関する。 （もっと読む）

本開示は、複数の環境及び遺伝子リスクファクターを個体のゲノムプロファイルに組み込む方法及びシステムを提供する。その方法は、複数の遺伝的リスク因子、環境リスク因子、又はその両方の組み合わせを組み込むことによって、個体の遺伝子型と少なくとも１つの疾患又は症状との関連を評価することを含んでなる。 （もっと読む）