乳房細胞増殖性疾患を検出するためのエピジェネティックな方法および核酸
本出願は、乳房細胞増殖性疾患を検出し区別するための方法および核酸を提供する。これは、遺伝子パネルまたはそのサブセットのメチル化を分析することによって実現される。本発明は、乳癌および良性乳房疾患ならびに他の癌および組織型を含む、様々な組織型の検出および／または区別に使用しうる。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象中の乳房細胞増殖性疾患の検出方法、またはその疾患間で検出区別する方法であって、SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR5A2 (ALPHA-1-FETOPROTEIN TRANSCRIPTION FACTOR) (HEPATOCYTIC TRANSCRIPTION FACTOR) (B1-BINDING FACTOR) (HB1F) (CYP7A PROMOTER BINDING FACTOR), LIM DOMAIN KINASE 1, MSF, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, PRDM6, RAP2B, NR2E1, PCDH7, DKK3, RTTN, SEQ ID NO: 26, GIRK2, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, SNAP25, HOXB13, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, MGC10561, LMX1A, SENP3, GS1, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, Q8NAN2, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, O60279, SEQ ID NO: 48, KOX7, BCL11B, SEQ ID NO: 51, MGC34831, COL5A1, SEQ ID NO: 54, PDLIM1, BRCA2, CDKN2A, EYA4, GSTP1, SYK, AR, PLAU, LEF1, ALX4, APC, BRCA1, CDKN1A, SERPINB5, SFN, CDH13, CASP8, PRSS8, SNCG, IGSF4, ESR1, FHIT, FABP3, HOXA5, CDH1, TP53, THBS1, APAF1, PGR, TMS1/ASC, HIC1, TP73, CLDN7, RARB, MLH1, RASSF1A, ESR2, TERT, TGFBR2, IGFBP7, LOT1, S100A7, ARH1/NOEY2, DAPK1, IL6, TWIST, MCT1, SASH1, TIMP3, CCND2, SOD2, THRB, NME1, RARA, STAT1, TPM1, GJB2, SLIT2, HS3ST2, PRDM2, SCGB3A1, SLC19A1, SEQ ID NO: 117, GPC3からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の発現を定量すること、および乳房細胞増殖性疾患の有無、またはサブクラスからの判定を含む方法。
【請求項２】
乳癌の有無を判定する方法であって、遺伝子または配列が、APC, ARH1/NOEY2, BRCA2, CCND2, CDKN1A, CDKN2A, SEQ ID NO: 9, DAPK1, SEQ ID NO: 2, EYA4, FHIT, GSTP1, HIC1, IGFBP7, MLH1, PGR, SERPINB5, RARB, SFN, SOD2, TGFBR2, THRB, TIMP3, TP73, NME1, CDH13, THBS1, TMS1/ASC, ESR1, IL6, APAF1, CASP8, SYK, HOXA5, FABP3, RASSF1A, SEQ ID NO: 3, RARA, TWIST, ESR2, PLAU, STAT1, SEQ ID NO: 4, BRCA1, LOT1, PRSS8, SNCG, TPM1, GPC3, CLDN7, SLC19A1, GJB2, SLIT2, IGSF4, MCT1, HS3ST2, PRDM2, ALX4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SCGB3A1, SEQ ID NO: 1, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR5A2 (ALPHA-1-FETOPROTEIN TRANSCRIPTION FACTOR) (HEPATOCYTIC TRANSCRIPTION FACTOR) (B1-BINDING FACTOR) (HB1F) (CYP7A PROMOTER BINDING FACTOR), LIM DOMAIN KINASE 1, SASH1, S100A7, BCL11B, SEQ ID NO: 51, MGC34831, SEQ ID NO: 54, PDLIM1, MSF, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, PRDM6, RAP2B, NR2E1, PCDH7, DKK3, RTTN, SNAP25, SEQ ID NO: 26, GIRK2, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, HOXB13, SEQ ID NO: 35, MGC10561, LMX1A, SENP3, GS1, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, SEQ ID NO: 117 , SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, O60279, SEQ ID NO: 48からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子または配列が、PRDM2, PLAU, GSTP1, SLIT2, CCND2, HOXA5, RASSF1A, HS3ST2, ARH1/NOEY2, SCGB3A1, LIMK-1, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 31からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記乳房細胞増殖性疾患が他の癌と区別される乳癌であり、かつ前記遺伝子または配列が、ARH1/NOEY2, CCND2, CDKN1A, CDKN2A, DAPK1, SEQ ID NO: 2, EYA4, FHIT, GSTP1, HIC1, IGFBP7, SERPINB5, TERT, TGFBR2, THRB, TIMP3, TP73, NME1, CDH13, THBS1, TMS1/ASC, IL6, APAF1, SYK, HOXA5, FABP3, RASSF1A, SEQ ID NO: 3, TWIST, ESR2, PLAU, STAT1, SEQ ID NO: 4, LOT1, GPC3, CLDN7, GJB2, SLIT2, IGSF4, MCT1, PRDM2, ALX4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, SCGB3A1, SEQ ID NO: 1, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), LIM DOMAIN KINASE 1, MGC34831, SEQ ID NO: 54, MSF, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, PRDM6, NR2E1, PCDH7, RTTN, SNAP25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 28, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, HOXB13, SEQ ID NO: 35, MGC10561, LMX1A, SENP3, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, SEQ ID NO: 45, O60279, SEQ ID NO: 48からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記遺伝子または配列が、PRDM2, GSTP1, ALX4, HOXA5, PLAU, RASSF1A, IGSF4, SLIT2, DAPK1, CDKN1A, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 35, LIMK-1, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 47からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
乳癌の有無を血液または血液成分のバックグラウンドで判定する方法であって、前記遺伝子または配列が、APC, ARH1/NOEY2, CCND2, CDH1, CDKN1A, CDKN2A, SEQ ID NO: 9, DAPK1, SEQ ID NO: 2, EYA4, FHIT, GSTP1, HIC1, IGFBP7, PGR, SERPINB5, RARB, SFN, SOD2, TERT, TGFBR2, THRB, TIMP3, NME1, CDH13, THBS1, TMS1/ASC, ESR1, IL6, APAF1, CASP8, SYK, HOXA5, FABP3, RASSF1A, SEQ ID NO: 3, TWIST, ESR2, PLAU, STAT1, SEQ ID NO: 4, BRCA1, LOT1, PRSS8, SNCG, GPC3, CLDN7, SLC19A1, GJB2, SLIT2, IGSF4, MCT1, HS3ST2, PRDM2, ALX4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SCGB3A1, SEQ ID NO: 1, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR5A2 (ALPHA-1-FETOPROTEIN TRANSCRIPTION FACTOR) (HEPATOCYTIC TRANSCRIPTION FACTOR) (B1-BINDING FACTOR) (HB1F) (CYP7A PROMOTER BINDING FACTOR), LIM DOMAIN KINASE 1, SASH1, S100A7, BCL11B, SEQ ID NO: 51, MGC34831, SEQ ID NO: 54, PDLIM1, MSF, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, PRDM6, RAP2B, NR2E1, PCDH7, DKK3, RTTN, SNAP25, SEQ ID NO: 26, GIRK2, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, HOXB13, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, MGC10561, LMX1A, SENP3, GS1, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, SEQ ID NO: 117 , SEQ ID NO: 46, O60279, SEQ ID NO: 48からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記遺伝子または配列が、FABP3, RASSF1A, MSF, PRDM6, LMX1A, SEQ ID NO: 4 , SCGB3A1, SLIT2, NR2E1, EYA4, PRDM2, SERPINB5, TWIST, STAT1, ALX4, IGFBP7, DAPK1, THBS1, PLAU, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 6, LIMK-1, SEQ ID NO: 46からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
非浸潤性乳管癌が健康な乳房組織または良性乳房細胞増殖性疾患と区別され、かつ前記遺伝子または配列が、APC, ARH1/NOEY2, CCND2, CDKN1A, CDKN2A, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 2, EYA4, FHIT, GSTP1, HIC1, IGFBP7, MLH1, PGR, SERPINB5, RARB, SOD2, TERT, TGFBR2, THRB, TIMP3, TP73, CDH13, THBS1, TMS1/ASC, ESR1, APAF1, CASP8, SYK, HOXA5, FABP3, RASSF1A, SEQ ID NO: 3, RARA, TWIST, ESR2, PLAU, SEQ ID NO: 4, SNCG, SLC19A1, GJB2, SLIT2, IGSF4, MCT1, HS3ST2, PRDM2, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SCGB3A1, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR5A2 (ALPHA-1-FETOPROTEIN TRANSCRIPTION FACTOR) (HEPATOCYTIC TRANSCRIPTION FACTOR) (B1-BINDING FACTOR) (HB1F) (CYP7A PROMOTER BINDING FACTOR), LIM DOMAIN KINASE 1, SASH1, S100A7, BCL11B, SEQ ID NO: 51, MGC34831, SEQ ID NO: 54, PDLIM1, MSF, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, NR2E1, PCDH7, DKK3, RTTN, SNAP25, GIRK2, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, HOXB13, SEQ ID NO: 36, LMX1A, SENP3, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, SEQ ID NO: 117 , SEQ ID NO: 46, O60279, SEQ ID NO: 48からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記遺伝子または配列が、HS3ST2, SLIT2, RASSF1A, GSTP1, GJB2, IGFBP7, CDH13, ARH1/NOEY2, SCGB3A1, FHIT, SEQ ID NO: 27, LIMK-1, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 24からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
乳癌が健康な乳房組織または良性乳房細胞増殖性疾患と区別され、かつ前記遺伝子または配列が、ARH1/NOEY2, CCND2, CDKN1A, CDKN2A, SEQ ID NO: 9, DAPK1, SEQ ID NO: 2, EYA4, FHIT, GSTP1, HIC1, IGFBP7, SERPINB5, TERT, TGFBR2, THRB, TIMP3, TP73, NME1, CDH13, THBS1, TMS1/ASC, IL6, APAF1, SYK, HOXA5, FABP3, RASSF1A, SEQ ID NO: 3, TWIST, ESR2, PLAU, STAT1, SEQ ID NO: 4, LOT1, GPC3, CLDN7, GJB2, SLIT2, IGSF4, MCT1, PRDM2, ALX4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SCGB3A1, SEQ ID NO: 1, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR5A2 (ALPHA-1-FETOPROTEIN TRANSCRIPTION FACTOR) (HEPATOCYTIC TRANSCRIPTION FACTOR) (B1-BINDING FACTOR) (HB1F) (CYP7A PROMOTER BINDING FACTOR), LIM DOMAIN KINASE 1, BCL11B, SEQ ID NO: 51, MGC34831, SEQ ID NO: 54, PDLIM1, MSF, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, PRDM6, NR2E1, PCDH7, DKK3, RTTN, SNAP25, SEQ ID NO: 26, GIRK2, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, HOXB13, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, MGC10561, LMX1A, SENP3, GS1, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, SEQ ID NO: 117 , SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, O60279, SEQ ID NO: 48からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記遺伝子または配列が、SLIT2, HS3ST2, HOXA5, ARH1/NOEY2, IGFBP7, PLAU, CDH13, TIMP3, CCND2, GSTP1, SEQ ID NO: 117, LIMK-1, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 41,SEQ ID NO: 27,SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 4からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記発現が、ＣｐＧのメチル化を分析することによって定量される、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
対象から得た生物試料から単離したゲノムＤＮＡと、該標的核酸の一つまたは複数の中のメチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドを区別する少なくとも一種の試薬または一連の試薬を接触させることを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ｉ）対象から対象のゲノムＤＮＡを有する生物試料を得ること
ｉｉ）該ゲノムＤＮＡまたはそのフラグメントと、メチル化ＣｐＧジヌクレオチド配列と非メチル化ＣｐＧジヌクレオチド配列を区別するための一試薬または複数の試薬とを接触させること
ｉｉｉ）その配列が、配列番号４９３〜配列番号９６４およびそれらに相補的な配列からなる群から選択される塩基配列の少なくとも１６塩基対長のセグメントと逆相補的であるか、同一であるか、または該配列とストリンジェントまたは高度にストリンジェント条件下でハイブリッド形成する少なくとも一個のプライマー対によって、該ＤＮＡの少なくとも一個の標的配列を増幅すること
ｉｖ）少なくとも部分的に前記区別に基づいて、少なくとも一個の標的ＣｐＧジヌクレオチド配列のメチル化状態、あるいは複数の標的ＣｐＧジヌクレオチド配列の平均的メチル化状態を反映する平均または値を定量し、乳房細胞増殖性疾患を検出し、またはその疾患間で検出区別することによって少なくとも部分的に与えられる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
ｉｉ）において、重亜硫酸塩、亜硫酸水素塩、二亜硫酸塩、およびそれらの組合せからなる群から選択される試薬の使用を含む、請求項１４の方法。
【請求項１６】
前記生物試料が、乳頭吸引液、リンパ液、乳管洗浄液、極細針吸引物、血漿、血清、全血、単離した血液細胞、血液から単離した細胞からなる群から選択される、請求項１４または１５のいずれかの方法。
【請求項１７】
配列番号４９３〜配列番号９６４からなる群から選択される配列に相補的であり、または中程度にストリンジェントまたはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する少なくとも９ヌクレオチド長の隣接配列をいずれの場合にも含む、少なくとも一個の核酸分子またはペプチド核酸（ＰＮＡ）分子の使用を含む、請求項１４〜１６のいずれかの方法。
【請求項１８】
前記隣接配列が、少なくとも一個のＣｐＧ、ＴｐＧ、またはＣｐＡジヌクレオチド配列を含む、請求項１７の方法。
【請求項１９】
少なくとも２個のそのような核酸分子またはペプチド核酸（ＰＮＡ）分子の使用が含まれる、請求項１８の方法。
【請求項２０】
ｉｉｉ）において、その増幅酵素として耐熱性ＤＮＡポリメラーゼの使用、５'‐３'エクソヌクレアーゼ活性を欠損しているポリメラーゼの使用、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）の使用、検出可能な標識を有する増幅核酸分子の生成、およびそれらの組合せからなる群から選択される少なくとも一つの方法の使用を含む、請求項１４〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
前記プライマーが、メチル化特異的プライマーである、請求項１４〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
ｉｉｉ）において、配列番号４９３〜配列番号９６４からなる群から選択される配列およびその相補鎖に相補的であり、または中程度にストリンジェントまたはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する少なくとも９ヌクレオチド長の隣接配列をいずれの場合にも含む、少なくとも一個の核酸分子またはペプチド核酸分子の使用がさらに含まれる方法であって、該核酸分子またはペプチド核酸分子が、それとハイブリッド形成する核酸の増幅を抑制する、請求項１４〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
ｉｖ）において、配列番号４９３〜配列番号９６４からなる群から選択される配列およびその相補鎖に相補的であり、または中程度にストリンジェントまたはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する少なくとも９ヌクレオチド長の隣接配列をいずれの場合にも含む少なくとも一個の核酸分子またはペプチド核酸分子のハイブリッド形成を含む、請求項１４〜２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
少なくとも一個のそのようなハイブリッド形成する核酸分子またはペプチド核酸分子が固相に結合されている、請求項２３の方法。
【請求項２５】
少なくとも一個のヌクレオチド塩基によって、少なくとも一個のそのようなハイブリッド形成した核酸分子を伸長することをさらに含む、請求項２４の方法。
【請求項２６】
ｉｖ）の定量において、増幅物の配列決定を含む、請求項１４の方法。
【請求項２７】
配列番号１〜配列番号１１８に由来する処理した核酸であって、該処理が、そのゲノムＤＮＡ配列の少なくとも一個の非メチル化シトシン塩基を、ウラシルまたはハイブリッド形成の点でシトシンと検出可能に異なる別の塩基に転換するのに適している核酸。
【請求項２８】
配列番号４９３〜配列番号９６４およびそれらに相補的な配列からなる群から選択される処理したゲノムＤＮＡ配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドを含む核酸であって、該処理が、そのゲノムＤＮＡ配列の少なくとも一個の非メチル化シトシン塩基を、ウラシルまたはハイブリッド形成の点でシトシンと検出可能に異なる別の塩基に転換するのに適している核酸。
【請求項２９】
前記近接する塩基配列が、少なくとも一個のＣｐＧ、ＴｐＧ、またはＣｐＡジヌクレオチド配列を含む、請求項２７および２８の核酸。
【請求項３０】
その処理が、重亜硫酸塩、亜硫酸水素塩、二亜硫酸塩、およびそれらの組合せからなる群から選択される試薬の使用を含む、請求項２７〜２９のいずれかの核酸。
【請求項３１】
配列番号４９３〜配列番号９６４からなる群から選択される処理したゲノムＤＮＡ配列に相補的であり、または中程度にストリンジェントまたはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する少なくとも９個の近接するヌクレオチド配列を含むオリゴマー。
【請求項３２】
少なくとも一個のＣｐＧ、ＣｐＡ、またはＴｐＧジヌクレオチドを含む、請求項３１のオリゴマー。
【請求項３３】
いずれの場合にも、請求項３１または３２のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドを少なくとも２つ含むオリゴマーのセット。
【請求項３４】
対象の乳房細胞増殖性疾患を検出し、またはその疾患間で検出区別するのに有用なキットであって、
‐ 重亜硫酸塩試薬またはメチル化感受性制限酵素の少なくとも一種、および
‐ 配列番号４９３〜配列番号９６４からなる群から選択される配列およびその相補鎖に相補的であり、または中程度にストリンジェントまたはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する少なくとも９個のヌクレオチドの隣接配列をいずれの場合にも含む少なくとも一個の核酸分子またはペプチド核酸分子
を含むキット。
【請求項３５】
ＭＳ‐ＳＮｕＰＥ法、ＭＳＰ、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ法、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ法、核酸の配列決定、およびそれらの組合せからなる群から選択されるメチル化アッセイを実施するための標準試薬をさらに含む、請求項３４のキット。
【請求項１】
対象中の乳房細胞増殖性疾患の検出方法、またはその疾患間で検出区別する方法であって、SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR5A2 (ALPHA-1-FETOPROTEIN TRANSCRIPTION FACTOR) (HEPATOCYTIC TRANSCRIPTION FACTOR) (B1-BINDING FACTOR) (HB1F) (CYP7A PROMOTER BINDING FACTOR), LIM DOMAIN KINASE 1, MSF, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, PRDM6, RAP2B, NR2E1, PCDH7, DKK3, RTTN, SEQ ID NO: 26, GIRK2, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, SNAP25, HOXB13, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, MGC10561, LMX1A, SENP3, GS1, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, Q8NAN2, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, O60279, SEQ ID NO: 48, KOX7, BCL11B, SEQ ID NO: 51, MGC34831, COL5A1, SEQ ID NO: 54, PDLIM1, BRCA2, CDKN2A, EYA4, GSTP1, SYK, AR, PLAU, LEF1, ALX4, APC, BRCA1, CDKN1A, SERPINB5, SFN, CDH13, CASP8, PRSS8, SNCG, IGSF4, ESR1, FHIT, FABP3, HOXA5, CDH1, TP53, THBS1, APAF1, PGR, TMS1/ASC, HIC1, TP73, CLDN7, RARB, MLH1, RASSF1A, ESR2, TERT, TGFBR2, IGFBP7, LOT1, S100A7, ARH1/NOEY2, DAPK1, IL6, TWIST, MCT1, SASH1, TIMP3, CCND2, SOD2, THRB, NME1, RARA, STAT1, TPM1, GJB2, SLIT2, HS3ST2, PRDM2, SCGB3A1, SLC19A1, SEQ ID NO: 117, GPC3からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の発現を定量すること、および乳房細胞増殖性疾患の有無、またはサブクラスからの判定を含む方法。
【請求項２】
乳癌の有無を判定する方法であって、遺伝子または配列が、APC, ARH1/NOEY2, BRCA2, CCND2, CDKN1A, CDKN2A, SEQ ID NO: 9, DAPK1, SEQ ID NO: 2, EYA4, FHIT, GSTP1, HIC1, IGFBP7, MLH1, PGR, SERPINB5, RARB, SFN, SOD2, TGFBR2, THRB, TIMP3, TP73, NME1, CDH13, THBS1, TMS1/ASC, ESR1, IL6, APAF1, CASP8, SYK, HOXA5, FABP3, RASSF1A, SEQ ID NO: 3, RARA, TWIST, ESR2, PLAU, STAT1, SEQ ID NO: 4, BRCA1, LOT1, PRSS8, SNCG, TPM1, GPC3, CLDN7, SLC19A1, GJB2, SLIT2, IGSF4, MCT1, HS3ST2, PRDM2, ALX4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SCGB3A1, SEQ ID NO: 1, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR5A2 (ALPHA-1-FETOPROTEIN TRANSCRIPTION FACTOR) (HEPATOCYTIC TRANSCRIPTION FACTOR) (B1-BINDING FACTOR) (HB1F) (CYP7A PROMOTER BINDING FACTOR), LIM DOMAIN KINASE 1, SASH1, S100A7, BCL11B, SEQ ID NO: 51, MGC34831, SEQ ID NO: 54, PDLIM1, MSF, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, PRDM6, RAP2B, NR2E1, PCDH7, DKK3, RTTN, SNAP25, SEQ ID NO: 26, GIRK2, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, HOXB13, SEQ ID NO: 35, MGC10561, LMX1A, SENP3, GS1, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, SEQ ID NO: 117 , SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, O60279, SEQ ID NO: 48からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子または配列が、PRDM2, PLAU, GSTP1, SLIT2, CCND2, HOXA5, RASSF1A, HS3ST2, ARH1/NOEY2, SCGB3A1, LIMK-1, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 31からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記乳房細胞増殖性疾患が他の癌と区別される乳癌であり、かつ前記遺伝子または配列が、ARH1/NOEY2, CCND2, CDKN1A, CDKN2A, DAPK1, SEQ ID NO: 2, EYA4, FHIT, GSTP1, HIC1, IGFBP7, SERPINB5, TERT, TGFBR2, THRB, TIMP3, TP73, NME1, CDH13, THBS1, TMS1/ASC, IL6, APAF1, SYK, HOXA5, FABP3, RASSF1A, SEQ ID NO: 3, TWIST, ESR2, PLAU, STAT1, SEQ ID NO: 4, LOT1, GPC3, CLDN7, GJB2, SLIT2, IGSF4, MCT1, PRDM2, ALX4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, SCGB3A1, SEQ ID NO: 1, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), LIM DOMAIN KINASE 1, MGC34831, SEQ ID NO: 54, MSF, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, PRDM6, NR2E1, PCDH7, RTTN, SNAP25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 28, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, HOXB13, SEQ ID NO: 35, MGC10561, LMX1A, SENP3, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, SEQ ID NO: 45, O60279, SEQ ID NO: 48からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記遺伝子または配列が、PRDM2, GSTP1, ALX4, HOXA5, PLAU, RASSF1A, IGSF4, SLIT2, DAPK1, CDKN1A, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 35, LIMK-1, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 47からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
乳癌の有無を血液または血液成分のバックグラウンドで判定する方法であって、前記遺伝子または配列が、APC, ARH1/NOEY2, CCND2, CDH1, CDKN1A, CDKN2A, SEQ ID NO: 9, DAPK1, SEQ ID NO: 2, EYA4, FHIT, GSTP1, HIC1, IGFBP7, PGR, SERPINB5, RARB, SFN, SOD2, TERT, TGFBR2, THRB, TIMP3, NME1, CDH13, THBS1, TMS1/ASC, ESR1, IL6, APAF1, CASP8, SYK, HOXA5, FABP3, RASSF1A, SEQ ID NO: 3, TWIST, ESR2, PLAU, STAT1, SEQ ID NO: 4, BRCA1, LOT1, PRSS8, SNCG, GPC3, CLDN7, SLC19A1, GJB2, SLIT2, IGSF4, MCT1, HS3ST2, PRDM2, ALX4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SCGB3A1, SEQ ID NO: 1, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR5A2 (ALPHA-1-FETOPROTEIN TRANSCRIPTION FACTOR) (HEPATOCYTIC TRANSCRIPTION FACTOR) (B1-BINDING FACTOR) (HB1F) (CYP7A PROMOTER BINDING FACTOR), LIM DOMAIN KINASE 1, SASH1, S100A7, BCL11B, SEQ ID NO: 51, MGC34831, SEQ ID NO: 54, PDLIM1, MSF, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, PRDM6, RAP2B, NR2E1, PCDH7, DKK3, RTTN, SNAP25, SEQ ID NO: 26, GIRK2, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, HOXB13, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, MGC10561, LMX1A, SENP3, GS1, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, SEQ ID NO: 117 , SEQ ID NO: 46, O60279, SEQ ID NO: 48からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記遺伝子または配列が、FABP3, RASSF1A, MSF, PRDM6, LMX1A, SEQ ID NO: 4 , SCGB3A1, SLIT2, NR2E1, EYA4, PRDM2, SERPINB5, TWIST, STAT1, ALX4, IGFBP7, DAPK1, THBS1, PLAU, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 6, LIMK-1, SEQ ID NO: 46からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
非浸潤性乳管癌が健康な乳房組織または良性乳房細胞増殖性疾患と区別され、かつ前記遺伝子または配列が、APC, ARH1/NOEY2, CCND2, CDKN1A, CDKN2A, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 2, EYA4, FHIT, GSTP1, HIC1, IGFBP7, MLH1, PGR, SERPINB5, RARB, SOD2, TERT, TGFBR2, THRB, TIMP3, TP73, CDH13, THBS1, TMS1/ASC, ESR1, APAF1, CASP8, SYK, HOXA5, FABP3, RASSF1A, SEQ ID NO: 3, RARA, TWIST, ESR2, PLAU, SEQ ID NO: 4, SNCG, SLC19A1, GJB2, SLIT2, IGSF4, MCT1, HS3ST2, PRDM2, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SCGB3A1, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR5A2 (ALPHA-1-FETOPROTEIN TRANSCRIPTION FACTOR) (HEPATOCYTIC TRANSCRIPTION FACTOR) (B1-BINDING FACTOR) (HB1F) (CYP7A PROMOTER BINDING FACTOR), LIM DOMAIN KINASE 1, SASH1, S100A7, BCL11B, SEQ ID NO: 51, MGC34831, SEQ ID NO: 54, PDLIM1, MSF, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, NR2E1, PCDH7, DKK3, RTTN, SNAP25, GIRK2, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, HOXB13, SEQ ID NO: 36, LMX1A, SENP3, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, SEQ ID NO: 117 , SEQ ID NO: 46, O60279, SEQ ID NO: 48からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記遺伝子または配列が、HS3ST2, SLIT2, RASSF1A, GSTP1, GJB2, IGFBP7, CDH13, ARH1/NOEY2, SCGB3A1, FHIT, SEQ ID NO: 27, LIMK-1, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 24からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
乳癌が健康な乳房組織または良性乳房細胞増殖性疾患と区別され、かつ前記遺伝子または配列が、ARH1/NOEY2, CCND2, CDKN1A, CDKN2A, SEQ ID NO: 9, DAPK1, SEQ ID NO: 2, EYA4, FHIT, GSTP1, HIC1, IGFBP7, SERPINB5, TERT, TGFBR2, THRB, TIMP3, TP73, NME1, CDH13, THBS1, TMS1/ASC, IL6, APAF1, SYK, HOXA5, FABP3, RASSF1A, SEQ ID NO: 3, TWIST, ESR2, PLAU, STAT1, SEQ ID NO: 4, LOT1, GPC3, CLDN7, GJB2, SLIT2, IGSF4, MCT1, PRDM2, ALX4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SCGB3A1, SEQ ID NO: 1, PROSTAGLANDIN E2 RECEPTOR, EP4 SUBTYPE (PROSTANOID EP4 RECEPTOR) (PGE RECEPTOR, EP4 SUBTYPE), ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR5A2 (ALPHA-1-FETOPROTEIN TRANSCRIPTION FACTOR) (HEPATOCYTIC TRANSCRIPTION FACTOR) (B1-BINDING FACTOR) (HB1F) (CYP7A PROMOTER BINDING FACTOR), LIM DOMAIN KINASE 1, BCL11B, SEQ ID NO: 51, MGC34831, SEQ ID NO: 54, PDLIM1, MSF, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, PRDM6, NR2E1, PCDH7, DKK3, RTTN, SNAP25, SEQ ID NO: 26, GIRK2, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, ARL7, SEQ ID NO: 31, THH, HOXB13, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, MGC10561, LMX1A, SENP3, GS1, TITF1, SEQ ID NO: 42, DDX51, SEQ ID NO: 117 , SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, O60279, SEQ ID NO: 48からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記遺伝子または配列が、SLIT2, HS3ST2, HOXA5, ARH1/NOEY2, IGFBP7, PLAU, CDH13, TIMP3, CCND2, GSTP1, SEQ ID NO: 117, LIMK-1, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 41,SEQ ID NO: 27,SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 4からなる群から選択される少なくとも一個の遺伝子または配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドの配列を含むか、またはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記発現が、ＣｐＧのメチル化を分析することによって定量される、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
対象から得た生物試料から単離したゲノムＤＮＡと、該標的核酸の一つまたは複数の中のメチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドを区別する少なくとも一種の試薬または一連の試薬を接触させることを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ｉ）対象から対象のゲノムＤＮＡを有する生物試料を得ること
ｉｉ）該ゲノムＤＮＡまたはそのフラグメントと、メチル化ＣｐＧジヌクレオチド配列と非メチル化ＣｐＧジヌクレオチド配列を区別するための一試薬または複数の試薬とを接触させること
ｉｉｉ）その配列が、配列番号４９３〜配列番号９６４およびそれらに相補的な配列からなる群から選択される塩基配列の少なくとも１６塩基対長のセグメントと逆相補的であるか、同一であるか、または該配列とストリンジェントまたは高度にストリンジェント条件下でハイブリッド形成する少なくとも一個のプライマー対によって、該ＤＮＡの少なくとも一個の標的配列を増幅すること
ｉｖ）少なくとも部分的に前記区別に基づいて、少なくとも一個の標的ＣｐＧジヌクレオチド配列のメチル化状態、あるいは複数の標的ＣｐＧジヌクレオチド配列の平均的メチル化状態を反映する平均または値を定量し、乳房細胞増殖性疾患を検出し、またはその疾患間で検出区別することによって少なくとも部分的に与えられる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
ｉｉ）において、重亜硫酸塩、亜硫酸水素塩、二亜硫酸塩、およびそれらの組合せからなる群から選択される試薬の使用を含む、請求項１４の方法。
【請求項１６】
前記生物試料が、乳頭吸引液、リンパ液、乳管洗浄液、極細針吸引物、血漿、血清、全血、単離した血液細胞、血液から単離した細胞からなる群から選択される、請求項１４または１５のいずれかの方法。
【請求項１７】
配列番号４９３〜配列番号９６４からなる群から選択される配列に相補的であり、または中程度にストリンジェントまたはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する少なくとも９ヌクレオチド長の隣接配列をいずれの場合にも含む、少なくとも一個の核酸分子またはペプチド核酸（ＰＮＡ）分子の使用を含む、請求項１４〜１６のいずれかの方法。
【請求項１８】
前記隣接配列が、少なくとも一個のＣｐＧ、ＴｐＧ、またはＣｐＡジヌクレオチド配列を含む、請求項１７の方法。
【請求項１９】
少なくとも２個のそのような核酸分子またはペプチド核酸（ＰＮＡ）分子の使用が含まれる、請求項１８の方法。
【請求項２０】
ｉｉｉ）において、その増幅酵素として耐熱性ＤＮＡポリメラーゼの使用、５'‐３'エクソヌクレアーゼ活性を欠損しているポリメラーゼの使用、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）の使用、検出可能な標識を有する増幅核酸分子の生成、およびそれらの組合せからなる群から選択される少なくとも一つの方法の使用を含む、請求項１４〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
前記プライマーが、メチル化特異的プライマーである、請求項１４〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
ｉｉｉ）において、配列番号４９３〜配列番号９６４からなる群から選択される配列およびその相補鎖に相補的であり、または中程度にストリンジェントまたはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する少なくとも９ヌクレオチド長の隣接配列をいずれの場合にも含む、少なくとも一個の核酸分子またはペプチド核酸分子の使用がさらに含まれる方法であって、該核酸分子またはペプチド核酸分子が、それとハイブリッド形成する核酸の増幅を抑制する、請求項１４〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
ｉｖ）において、配列番号４９３〜配列番号９６４からなる群から選択される配列およびその相補鎖に相補的であり、または中程度にストリンジェントまたはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する少なくとも９ヌクレオチド長の隣接配列をいずれの場合にも含む少なくとも一個の核酸分子またはペプチド核酸分子のハイブリッド形成を含む、請求項１４〜２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
少なくとも一個のそのようなハイブリッド形成する核酸分子またはペプチド核酸分子が固相に結合されている、請求項２３の方法。
【請求項２５】
少なくとも一個のヌクレオチド塩基によって、少なくとも一個のそのようなハイブリッド形成した核酸分子を伸長することをさらに含む、請求項２４の方法。
【請求項２６】
ｉｖ）の定量において、増幅物の配列決定を含む、請求項１４の方法。
【請求項２７】
配列番号１〜配列番号１１８に由来する処理した核酸であって、該処理が、そのゲノムＤＮＡ配列の少なくとも一個の非メチル化シトシン塩基を、ウラシルまたはハイブリッド形成の点でシトシンと検出可能に異なる別の塩基に転換するのに適している核酸。
【請求項２８】
配列番号４９３〜配列番号９６４およびそれらに相補的な配列からなる群から選択される処理したゲノムＤＮＡ配列の少なくとも１６個の近接するヌクレオチドを含む核酸であって、該処理が、そのゲノムＤＮＡ配列の少なくとも一個の非メチル化シトシン塩基を、ウラシルまたはハイブリッド形成の点でシトシンと検出可能に異なる別の塩基に転換するのに適している核酸。
【請求項２９】
前記近接する塩基配列が、少なくとも一個のＣｐＧ、ＴｐＧ、またはＣｐＡジヌクレオチド配列を含む、請求項２７および２８の核酸。
【請求項３０】
その処理が、重亜硫酸塩、亜硫酸水素塩、二亜硫酸塩、およびそれらの組合せからなる群から選択される試薬の使用を含む、請求項２７〜２９のいずれかの核酸。
【請求項３１】
配列番号４９３〜配列番号９６４からなる群から選択される処理したゲノムＤＮＡ配列に相補的であり、または中程度にストリンジェントまたはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する少なくとも９個の近接するヌクレオチド配列を含むオリゴマー。
【請求項３２】
少なくとも一個のＣｐＧ、ＣｐＡ、またはＴｐＧジヌクレオチドを含む、請求項３１のオリゴマー。
【請求項３３】
いずれの場合にも、請求項３１または３２のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドを少なくとも２つ含むオリゴマーのセット。
【請求項３４】
対象の乳房細胞増殖性疾患を検出し、またはその疾患間で検出区別するのに有用なキットであって、
‐ 重亜硫酸塩試薬またはメチル化感受性制限酵素の少なくとも一種、および
‐ 配列番号４９３〜配列番号９６４からなる群から選択される配列およびその相補鎖に相補的であり、または中程度にストリンジェントまたはストリンジェント条件下で該配列とハイブリッド形成する少なくとも９個のヌクレオチドの隣接配列をいずれの場合にも含む少なくとも一個の核酸分子またはペプチド核酸分子
を含むキット。
【請求項３５】
ＭＳ‐ＳＮｕＰＥ法、ＭＳＰ、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ法、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ法、核酸の配列決定、およびそれらの組合せからなる群から選択されるメチル化アッセイを実施するための標準試薬をさらに含む、請求項３４のキット。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
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【図６０】
【図６１】
【図６２】
【図６３】
【図６４】
【図６５】
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【図７０】
【図７１】
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【図７３】
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【図２４】
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【図３０】
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【図３２】
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【図７１】
【図７２】
【図７３】
【図７４】
【図７５】
【図７６】
【図７７】
【図７８】
【公表番号】特表２００８−５０６４０７（Ｐ２００８−５０６４０７Ａ）
【公表日】平成２０年３月６日（２００８．３．６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５２１８８１（Ｐ２００７−５２１８８１）
【出願日】平成１７年７月１８日（２００５．７．１８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００５／００７８３０
【国際公開番号】ＷＯ２００６／００８１２８
【国際公開日】平成１８年１月２６日（２００６．１．２６）
【出願人】（５００２４７１０５）エピゲノミクス アーゲー (15)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年３月６日（２００８．３．６）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年７月１８日（２００５．７．１８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００５／００７８３０
【国際公開番号】ＷＯ２００６／００８１２８
【国際公開日】平成１８年１月２６日（２００６．１．２６）
【出願人】（５００２４７１０５）エピゲノミクス アーゲー (15)
【Ｆターム（参考）】
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