多重配列変異体解析を用いる遺伝子診断
本発明は、核酸に基づく遺伝的解析の分野に関する。さらに特定すると、本発明は、あらゆる生物種における遺伝子変異の全体構造への新規な洞察を開示する。前記構造は、特定の遺伝子座からの遺伝子変異のデータセットを用いることにより明らかにされる。本発明は、特定の表現型形質との相関を検索するための遺伝的マーカーとして最もふさわしい変異のサブセットを定めるのに有用である。さらに、前記洞察は、遺伝子型データを成分ハプロタイプ（実験的方法で導き出すには労力とコストがかかる）に変換するアルゴリズムおよびコンピュータプログラムを開発するのに有用である。本発明は、(i)ゲノムワイド関連性研究、(ii)臨床in vitro診断、(iii)植物および動物の育種、(iv)微生物の同定のような分野において有用である。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
1以上の配列多型クラスタ（SPC）を含んでなる、対象のゲノム領域のSPCマップであって、各SPCが該ゲノム領域からの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型が該サブセットのそれぞれ他の多型と同時発生していることを特徴とするSPCマップ。
【請求項２】
該サブセットの各多型が、該サブセットのそれぞれ他の多型と、該多型のマイナー対立遺伝子の同時発生率75％〜100％で同時発生している、請求項1記載のSPCマップ。
【請求項３】
該サブセットの各多型の、該サブセットのそれぞれ他の多型との同時発生を、ペアワイズC値、C*値、r2連鎖不平衡値、Δ連鎖不平衡値、δ連鎖不平衡値およびd連鎖不平衡値よりなる群から選ばれるパラメーターにより計算する、請求項1記載のSPCマップ。
【請求項４】
該パラメーターが0.75〜1のペアワイズC値である、請求項3記載のSPCマップ。
【請求項５】
a．複数の被験体から対象のゲノム領域の核酸配列を得、
b．該核酸配列における複数の多型を同定し、
c．1以上のSPCを同定する、
ステップを含んでなり、各SPCが該核酸配列からの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型が該サブセットのそれぞれ他の多型と同時発生していることを特徴とする、対象のゲノム領域のSPCマップの作成方法。
【請求項６】
a．複数の被験体から対象のゲノム領域の相が特定できない（unphased）二倍体遺伝子型を得、
b．該相が特定できない二倍体遺伝子型において見出されるメジャーおよびマイナーメタタイプを決定し、
c．1以上のSPCを同定する、
ステップを含んでなり、各SPCが該メタタイプからの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型が該サブセットのそれぞれ他の多型と同時発生していることを特徴とする、相が特定できない二倍体遺伝子型からの対象のゲノム領域のSPCマップの作成方法。
【請求項７】
1以上のSPCの同定が、該サブセットのそれぞれ他の多型と該多型のマイナー対立遺伝子の同時発生率75％〜100％で同時発生している該サブセットの各多型を同定することを含む、請求項5または6記載の方法。
【請求項８】
1以上のSPCの同定が、複数ラウンドの同時発生解析（coincidence analysis）を含む、請求項5または6記載の方法。
【請求項９】
同時発生解析の各連続ラウンドを、同時発生率100％から同時発生率75％へと減少する同時発生率で行う、請求項5または6記載の方法。
【請求項１０】
該サブセットの各多型の、該サブセットのそれぞれ他の多型との同時発生を、ペアワイズC値、C*値、r2連鎖不平衡値、Δ連鎖不平衡値、δ連鎖不平衡値およびd連鎖不平衡値よりなる群から選ばれるパラメーターにより計算する、請求項5または6記載の方法。
【請求項１１】
該パラメーターが0.75〜1のペアワイズC値である、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
標的核酸配列における複数の多型の同定を、直接的配列解析、示差的核酸解析、配列に基づく遺伝子型判定、DNAチップ解析およびポリメラーゼ連鎖反応解析よりなる群から選ばれるアッセイにより決定する、請求項5または6記載の方法。
【請求項１３】
a．請求項5または6に従ってSPCマップを得、
b．該SPCマップにおいてユニークSPCを同定する少なくとも1つのクラスタタグ多型を選択し、
c．対象のゲノム領域の遺伝子型判定研究において使用するための十分な数のクラスタタグ多型を選択する、
ステップを含んでなる、遺伝子型判定において使用するための対象のゲノム領域から1以上の多型を選択する方法。
【請求項１４】
該クラスタタグ多型が、一塩基多型（SNP）、欠失多型、挿入多型および短いタンデムリピート多型（STR）よりなる群から選ばれる、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
該クラスタタグ多型が、遺伝形質に関連した既知SNPである、請求項13記載の方法。
【請求項１６】
a．請求項13に従って十分な数のクラスタタグ多型を得、
b．該クラスタタグ多型を評価して、形質または表現型と少なくとも1つのクラスタタグ多型との間の関連性を同定する、
ことを含んでなり、該関連性の同定が、該形質または表現型のマーカーとして該クラスタタグ多型を同定することを特徴とする、形質または表現型に関するマーカーを同定する方法。
【請求項１７】
クラスタタグ多型を、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、作物または家畜の性能形質、産物の品質形質を含む群から選ばれる形質または表現型と相関させる、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
該マーカーが遺伝的障害のマーカーであり、該SPCマップが請求項5または請求項6記載のとおりに作成され、複数の被験体のそれぞれが同一の遺伝的障害を示す、請求項16記載の方法。
【請求項１９】
標的核酸配列における複数の多型の同定を、直接的配列解析、示差的核酸解析、配列に基づく遺伝子型判定、DNAチップ解析およびポリメラーゼ連鎖反応解析よりなる群から選ばれるアッセイにより決定する、請求項16記載の方法。
【請求項２０】
a．形質または表現型に関連した所与のゲノム領域における複数のSPCを同定し、ここで、各SPCは該ゲノム領域からの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型は該サブセットのそれぞれ他の多型に関連しており、
b．クラスタタグ多型のセットを同定し、ここで、クラスタタグ多型のセットの各メンバーは、前記の複数のSPCにおけるユニークSPCを同定し、
c．クラスタタグ多型のセットを評価して、形質または表現型と少なくとも1つのクラスタタグ多型との間の関連性を同定する、
ことを含んでなり、該クラスタタグ多型と該形質または表現型との間の関連性の同定が該遺伝子の位置を示すことを特徴とする、形質または表現型に関連した遺伝子の位置を同定する方法。
【請求項２１】
該形質または表現型が、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、作物または家畜の性能形質、産物の品質形質を含む群から選ばれる、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
a．請求項16に従って形質または表現型に関するマーカーを得、
b．被験体から標的核酸サンプルを得、
c．該標的核酸サンプルにおける該形質または表現型に関するマーカーの存在を判定する、
ことを含んでなり、該標的核酸における該マーカーの存在が、該被験体が該形質または表現型を有することを示すことを特徴とする、被験体における形質または表現型のin vitro診断のための方法。
【請求項２３】
該形質または表現型が、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、作物または家畜の性能形質、および産物の品質形質を含む群から選ばれる、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
a．複数の被験体から1以上のゲノム領域の基準SPCマップを得、
b．請求項13記載の方法により、該ゲノム領域に関する十分な数のクラスタタグ多型を選択し、
c．同定すべき被験体からのゲノム領域の標的核酸を得、
d．同定すべき被験体のゲノム領域のクラスタタグ多型の遺伝子型を判定し、
e．該クラスタタグ多型の遺伝子型を該基準SPCマップと比較して、対象の被験体の遺伝的同一性を決定する、
ことを含んでなる、被験体の遺伝的同一性を決定するための方法。
【請求項２５】
該基準SPCマップを請求項5記載の方法により作成する、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
該基準SPCマップを請求項6記載の方法により作成する、請求項24記載の方法。
【請求項２７】
a．請求項6記載の方法によりSPCマップを得、
b．該SPCマップからSPC-ハプロタイプを決定し、ここで、各SPC-ハプロタイプはゲノム領域からのSPCのサブセットを含み、該サブセットのSPC群は同時発生しており、
c．試験被験体のSPCを、該SPCマップから決定したSPC-ハプロタイプと比較することにより、該被験体のSPC-ハプロタイプを同定する、
ことを含んでなる、被験体の対象のゲノム領域の相が特定できない二倍体遺伝子型からのSPC-ハプロタイプを決定するための方法。
【請求項２８】
対象の被験体から遺伝子型データを得、該遺伝子型データを、複数の個体から作成した基準SPCマップと比較することを含んでなり、該被験体の遺伝子型と該SPCマップとの間の差異が該被験体の遺伝子型における過誤を示すことを特徴とする、遺伝子型における過誤を同定するための方法。
【請求項２９】
対象のゲノム領域が、動物（ヒトを含む）、植物または微生物よりなる群から選ばれる種に由来する、請求項1、5、6、14、25、21記載の方法。
【請求項３０】
マシンで実行するとき、
複数の被験体から対象のゲノム領域の核酸配列を得ること、
該核酸配列における複数の多型を同定すること、
1以上のSPCを同定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなり、各SPCが該核酸配列からの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型が該サブセットのそれぞれ他の多型と同時発生していることを特徴とする、物品。
【請求項３１】
該マシンで実行するとき、該サブセットのそれぞれ他の多型と該多型のマイナー対立遺伝子の同時発生率75％〜100％で同時発生している該サブセットの各多型を同定することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項30記載の物品。
【請求項３２】
該マシンで実行するとき、同時発生解析の各連続ラウンドを、同時発生率100％から同時発生率75％へと減少する同時発生率で行うことを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項30記載の物品。
【請求項３３】
該マシンで実行するとき、該サブセットの各多型の、該サブセットのそれぞれ他の多型との同時発生を、ペアワイズC値、C*値、r2連鎖不平衡値、Δ連鎖不平衡値、δ連鎖不平衡値およびd連鎖不平衡値よりなる群から選ばれるパラメーターにより計算することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項30記載の物品。
【請求項３４】
マシンで実行するとき、
複数の被験体から対象のゲノム領域の相が特定できない（unphased）二倍体遺伝子型のセットを得ること、
該相が特定できない二倍体遺伝子型のセットにおいて見出されるメジャーおよびマイナーメタタイプを決定すること、
1以上のSPCを同定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなり、各SPCが該メタタイプからの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型が該サブセットのそれぞれ他の多型と同時発生していることを特徴とする、物品。
【請求項３５】
該マシンで実行するとき、該サブセットのそれぞれ他の多型と該多型のマイナー対立遺伝子の同時発生率85％〜100％で同時発生している該サブセットの各多型を同定することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項34記載の物品。
【請求項３６】
該マシンで実行するとき、該サブセットのそれぞれ他の多型と該多型のマイナー対立遺伝子の同時発生率75％〜100％で同時発生している該サブセットの各多型を同定することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項34記載の物品。
【請求項３７】
該マシンで実行するとき、標的核酸配列における複数の多型を、直接的配列解析、示差的核酸解析、配列に基づく遺伝子型判定、DNAチップ解析およびポリメラーゼ連鎖反応解析よりなる群から選ばれるアッセイに基づいて同定することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項30記載の物品。
【請求項３８】
マシンで実行するとき、
対象のゲノム領域のSPCマップを得ること、
該SPCマップにおいてユニークSPCを同定する少なくとも1つのクラスタタグ多型を選択すること、
対象のゲノム領域の遺伝子型判定研究において使用するための十分な数のクラスタタグ多型を選択すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなる物品。
【請求項３９】
該マシンで実行するとき、一塩基多型（SNP）、欠失多型、挿入多型および短いタンデムリピート多型（STR）よりなる群から該クラスタタグ多型を選択することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項38記載の物品。
【請求項４０】
マシンで実行するとき、
遺伝子型判定において使用するための対象のゲノム領域からの十分な数のクラスタタグ多型を得ること、
該クラスタタグ多型を評価して、形質または表現型と少なくとも1つのクラスタタグ多型との間の関連性を同定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなり、該関連性の同定が、該形質または表現型に関するマーカーとしてクラスタタグ多型を同定することを特徴とする、物品。
【請求項４１】
該マシンで実行するとき、クラスタタグ多型を、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、作物または家畜の性能形質、産物の品質形質よりなる群から選ばれる形質または表現型と相関させることを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項40記載の物品。
【請求項４２】
該マシンで実行するとき、標的核酸配列における複数の多型を、直接的配列解析、示差的核酸解析、配列に基づく遺伝子型判定、DNAチップ解析およびポリメラーゼ連鎖反応解析よりなる群から選ばれるアッセイに基づいて同定することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項40記載の物品。
【請求項４３】
マシンで実行するとき、
形質または表現型に関連した所与のゲノム領域において同定された複数のSPCを同定すること、ここで、各SPCは該ゲノム領域からの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型は該サブセットのそれぞれ他の多型に関連していること、
クラスタタグ多型のセットを同定すること、ここで、クラスタタグ多型のセットの各メンバーは、前記の複数のSPCにおけるユニークSPCを同定すること、
クラスタタグ多型のセットを評価して、形質または表現型と少なくとも1つのクラスタタグ多型との間の関連性を同定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなり、該クラスタタグ多型と該形質または表現型との間の関連性の同定が該遺伝子の位置を示すことを特徴とする、物品。
【請求項４４】
該マシンで実行するとき、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、または作物または家畜の性能形質、産物の品質形質よりなる群から形質または表現型を選択することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項43記載の物品。
【請求項４５】
マシンで実行するとき、
被験体における形質または表現型に関するマーカーを得ること、
該被験体から標的核酸サンプルを得ること、
該標的核酸サンプルにおける該形質または表現型に関するマーカーの存在を判定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなり、該標的核酸における該マーカーの存在が、該被験体が該形質または表現型を有することを示すことを特徴とする、物品。
【請求項４６】
該マシンで実行するとき、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、作物または家畜の性能形質、または産物の品質形質よりなる群から形質または表現型を選択することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項45記載の物品。
【請求項４７】
マシンで実行するとき、
複数の被験体から1以上のゲノム領域の基準SPCマップを得ること、
該ゲノム領域に関する十分な数のクラスタタグ多型を選択すること、
同定すべき被験体からのゲノム領域の標的核酸を得ること、
同定すべき被験体のゲノム領域のクラスタタグ多型の遺伝子型を判定すること、
該クラスタタグ多型の遺伝子型を該基準SPCマップと比較して、対象の被験体の遺伝的同一性を決定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなる物品。
【請求項４８】
マシンで実行するとき、
対象のゲノム領域のSPCマップを得ること、
該SPCマップからSPC-ハプロタイプを決定すること、ここで、各SPC-ハプロタイプはゲノム領域からのSPCのサブセットを含み、該サブセットのSPC群は同時発生していること、
試験対象のSPCを、該SPCマップから決定したSPC-ハプロタイプと比較することにより、該対象のSPC-ハプロタイプを同定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなる物品。
【請求項１】
1以上の配列多型クラスタ（SPC）を含んでなる、対象のゲノム領域のSPCマップであって、各SPCが該ゲノム領域からの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型が該サブセットのそれぞれ他の多型と同時発生していることを特徴とするSPCマップ。
【請求項２】
該サブセットの各多型が、該サブセットのそれぞれ他の多型と、該多型のマイナー対立遺伝子の同時発生率75％〜100％で同時発生している、請求項1記載のSPCマップ。
【請求項３】
該サブセットの各多型の、該サブセットのそれぞれ他の多型との同時発生を、ペアワイズC値、C*値、r2連鎖不平衡値、Δ連鎖不平衡値、δ連鎖不平衡値およびd連鎖不平衡値よりなる群から選ばれるパラメーターにより計算する、請求項1記載のSPCマップ。
【請求項４】
該パラメーターが0.75〜1のペアワイズC値である、請求項3記載のSPCマップ。
【請求項５】
a．複数の被験体から対象のゲノム領域の核酸配列を得、
b．該核酸配列における複数の多型を同定し、
c．1以上のSPCを同定する、
ステップを含んでなり、各SPCが該核酸配列からの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型が該サブセットのそれぞれ他の多型と同時発生していることを特徴とする、対象のゲノム領域のSPCマップの作成方法。
【請求項６】
a．複数の被験体から対象のゲノム領域の相が特定できない（unphased）二倍体遺伝子型を得、
b．該相が特定できない二倍体遺伝子型において見出されるメジャーおよびマイナーメタタイプを決定し、
c．1以上のSPCを同定する、
ステップを含んでなり、各SPCが該メタタイプからの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型が該サブセットのそれぞれ他の多型と同時発生していることを特徴とする、相が特定できない二倍体遺伝子型からの対象のゲノム領域のSPCマップの作成方法。
【請求項７】
1以上のSPCの同定が、該サブセットのそれぞれ他の多型と該多型のマイナー対立遺伝子の同時発生率75％〜100％で同時発生している該サブセットの各多型を同定することを含む、請求項5または6記載の方法。
【請求項８】
1以上のSPCの同定が、複数ラウンドの同時発生解析（coincidence analysis）を含む、請求項5または6記載の方法。
【請求項９】
同時発生解析の各連続ラウンドを、同時発生率100％から同時発生率75％へと減少する同時発生率で行う、請求項5または6記載の方法。
【請求項１０】
該サブセットの各多型の、該サブセットのそれぞれ他の多型との同時発生を、ペアワイズC値、C*値、r2連鎖不平衡値、Δ連鎖不平衡値、δ連鎖不平衡値およびd連鎖不平衡値よりなる群から選ばれるパラメーターにより計算する、請求項5または6記載の方法。
【請求項１１】
該パラメーターが0.75〜1のペアワイズC値である、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
標的核酸配列における複数の多型の同定を、直接的配列解析、示差的核酸解析、配列に基づく遺伝子型判定、DNAチップ解析およびポリメラーゼ連鎖反応解析よりなる群から選ばれるアッセイにより決定する、請求項5または6記載の方法。
【請求項１３】
a．請求項5または6に従ってSPCマップを得、
b．該SPCマップにおいてユニークSPCを同定する少なくとも1つのクラスタタグ多型を選択し、
c．対象のゲノム領域の遺伝子型判定研究において使用するための十分な数のクラスタタグ多型を選択する、
ステップを含んでなる、遺伝子型判定において使用するための対象のゲノム領域から1以上の多型を選択する方法。
【請求項１４】
該クラスタタグ多型が、一塩基多型（SNP）、欠失多型、挿入多型および短いタンデムリピート多型（STR）よりなる群から選ばれる、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
該クラスタタグ多型が、遺伝形質に関連した既知SNPである、請求項13記載の方法。
【請求項１６】
a．請求項13に従って十分な数のクラスタタグ多型を得、
b．該クラスタタグ多型を評価して、形質または表現型と少なくとも1つのクラスタタグ多型との間の関連性を同定する、
ことを含んでなり、該関連性の同定が、該形質または表現型のマーカーとして該クラスタタグ多型を同定することを特徴とする、形質または表現型に関するマーカーを同定する方法。
【請求項１７】
クラスタタグ多型を、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、作物または家畜の性能形質、産物の品質形質を含む群から選ばれる形質または表現型と相関させる、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
該マーカーが遺伝的障害のマーカーであり、該SPCマップが請求項5または請求項6記載のとおりに作成され、複数の被験体のそれぞれが同一の遺伝的障害を示す、請求項16記載の方法。
【請求項１９】
標的核酸配列における複数の多型の同定を、直接的配列解析、示差的核酸解析、配列に基づく遺伝子型判定、DNAチップ解析およびポリメラーゼ連鎖反応解析よりなる群から選ばれるアッセイにより決定する、請求項16記載の方法。
【請求項２０】
a．形質または表現型に関連した所与のゲノム領域における複数のSPCを同定し、ここで、各SPCは該ゲノム領域からの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型は該サブセットのそれぞれ他の多型に関連しており、
b．クラスタタグ多型のセットを同定し、ここで、クラスタタグ多型のセットの各メンバーは、前記の複数のSPCにおけるユニークSPCを同定し、
c．クラスタタグ多型のセットを評価して、形質または表現型と少なくとも1つのクラスタタグ多型との間の関連性を同定する、
ことを含んでなり、該クラスタタグ多型と該形質または表現型との間の関連性の同定が該遺伝子の位置を示すことを特徴とする、形質または表現型に関連した遺伝子の位置を同定する方法。
【請求項２１】
該形質または表現型が、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、作物または家畜の性能形質、産物の品質形質を含む群から選ばれる、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
a．請求項16に従って形質または表現型に関するマーカーを得、
b．被験体から標的核酸サンプルを得、
c．該標的核酸サンプルにおける該形質または表現型に関するマーカーの存在を判定する、
ことを含んでなり、該標的核酸における該マーカーの存在が、該被験体が該形質または表現型を有することを示すことを特徴とする、被験体における形質または表現型のin vitro診断のための方法。
【請求項２３】
該形質または表現型が、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、作物または家畜の性能形質、および産物の品質形質を含む群から選ばれる、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
a．複数の被験体から1以上のゲノム領域の基準SPCマップを得、
b．請求項13記載の方法により、該ゲノム領域に関する十分な数のクラスタタグ多型を選択し、
c．同定すべき被験体からのゲノム領域の標的核酸を得、
d．同定すべき被験体のゲノム領域のクラスタタグ多型の遺伝子型を判定し、
e．該クラスタタグ多型の遺伝子型を該基準SPCマップと比較して、対象の被験体の遺伝的同一性を決定する、
ことを含んでなる、被験体の遺伝的同一性を決定するための方法。
【請求項２５】
該基準SPCマップを請求項5記載の方法により作成する、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
該基準SPCマップを請求項6記載の方法により作成する、請求項24記載の方法。
【請求項２７】
a．請求項6記載の方法によりSPCマップを得、
b．該SPCマップからSPC-ハプロタイプを決定し、ここで、各SPC-ハプロタイプはゲノム領域からのSPCのサブセットを含み、該サブセットのSPC群は同時発生しており、
c．試験被験体のSPCを、該SPCマップから決定したSPC-ハプロタイプと比較することにより、該被験体のSPC-ハプロタイプを同定する、
ことを含んでなる、被験体の対象のゲノム領域の相が特定できない二倍体遺伝子型からのSPC-ハプロタイプを決定するための方法。
【請求項２８】
対象の被験体から遺伝子型データを得、該遺伝子型データを、複数の個体から作成した基準SPCマップと比較することを含んでなり、該被験体の遺伝子型と該SPCマップとの間の差異が該被験体の遺伝子型における過誤を示すことを特徴とする、遺伝子型における過誤を同定するための方法。
【請求項２９】
対象のゲノム領域が、動物（ヒトを含む）、植物または微生物よりなる群から選ばれる種に由来する、請求項1、5、6、14、25、21記載の方法。
【請求項３０】
マシンで実行するとき、
複数の被験体から対象のゲノム領域の核酸配列を得ること、
該核酸配列における複数の多型を同定すること、
1以上のSPCを同定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなり、各SPCが該核酸配列からの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型が該サブセットのそれぞれ他の多型と同時発生していることを特徴とする、物品。
【請求項３１】
該マシンで実行するとき、該サブセットのそれぞれ他の多型と該多型のマイナー対立遺伝子の同時発生率75％〜100％で同時発生している該サブセットの各多型を同定することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項30記載の物品。
【請求項３２】
該マシンで実行するとき、同時発生解析の各連続ラウンドを、同時発生率100％から同時発生率75％へと減少する同時発生率で行うことを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項30記載の物品。
【請求項３３】
該マシンで実行するとき、該サブセットの各多型の、該サブセットのそれぞれ他の多型との同時発生を、ペアワイズC値、C*値、r2連鎖不平衡値、Δ連鎖不平衡値、δ連鎖不平衡値およびd連鎖不平衡値よりなる群から選ばれるパラメーターにより計算することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項30記載の物品。
【請求項３４】
マシンで実行するとき、
複数の被験体から対象のゲノム領域の相が特定できない（unphased）二倍体遺伝子型のセットを得ること、
該相が特定できない二倍体遺伝子型のセットにおいて見出されるメジャーおよびマイナーメタタイプを決定すること、
1以上のSPCを同定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなり、各SPCが該メタタイプからの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型が該サブセットのそれぞれ他の多型と同時発生していることを特徴とする、物品。
【請求項３５】
該マシンで実行するとき、該サブセットのそれぞれ他の多型と該多型のマイナー対立遺伝子の同時発生率85％〜100％で同時発生している該サブセットの各多型を同定することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項34記載の物品。
【請求項３６】
該マシンで実行するとき、該サブセットのそれぞれ他の多型と該多型のマイナー対立遺伝子の同時発生率75％〜100％で同時発生している該サブセットの各多型を同定することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項34記載の物品。
【請求項３７】
該マシンで実行するとき、標的核酸配列における複数の多型を、直接的配列解析、示差的核酸解析、配列に基づく遺伝子型判定、DNAチップ解析およびポリメラーゼ連鎖反応解析よりなる群から選ばれるアッセイに基づいて同定することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項30記載の物品。
【請求項３８】
マシンで実行するとき、
対象のゲノム領域のSPCマップを得ること、
該SPCマップにおいてユニークSPCを同定する少なくとも1つのクラスタタグ多型を選択すること、
対象のゲノム領域の遺伝子型判定研究において使用するための十分な数のクラスタタグ多型を選択すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなる物品。
【請求項３９】
該マシンで実行するとき、一塩基多型（SNP）、欠失多型、挿入多型および短いタンデムリピート多型（STR）よりなる群から該クラスタタグ多型を選択することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項38記載の物品。
【請求項４０】
マシンで実行するとき、
遺伝子型判定において使用するための対象のゲノム領域からの十分な数のクラスタタグ多型を得ること、
該クラスタタグ多型を評価して、形質または表現型と少なくとも1つのクラスタタグ多型との間の関連性を同定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなり、該関連性の同定が、該形質または表現型に関するマーカーとしてクラスタタグ多型を同定することを特徴とする、物品。
【請求項４１】
該マシンで実行するとき、クラスタタグ多型を、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、作物または家畜の性能形質、産物の品質形質よりなる群から選ばれる形質または表現型と相関させることを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項40記載の物品。
【請求項４２】
該マシンで実行するとき、標的核酸配列における複数の多型を、直接的配列解析、示差的核酸解析、配列に基づく遺伝子型判定、DNAチップ解析およびポリメラーゼ連鎖反応解析よりなる群から選ばれるアッセイに基づいて同定することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項40記載の物品。
【請求項４３】
マシンで実行するとき、
形質または表現型に関連した所与のゲノム領域において同定された複数のSPCを同定すること、ここで、各SPCは該ゲノム領域からの多型のサブセットを含み、該サブセットの多型は該サブセットのそれぞれ他の多型に関連していること、
クラスタタグ多型のセットを同定すること、ここで、クラスタタグ多型のセットの各メンバーは、前記の複数のSPCにおけるユニークSPCを同定すること、
クラスタタグ多型のセットを評価して、形質または表現型と少なくとも1つのクラスタタグ多型との間の関連性を同定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなり、該クラスタタグ多型と該形質または表現型との間の関連性の同定が該遺伝子の位置を示すことを特徴とする、物品。
【請求項４４】
該マシンで実行するとき、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、または作物または家畜の性能形質、産物の品質形質よりなる群から形質または表現型を選択することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項43記載の物品。
【請求項４５】
マシンで実行するとき、
被験体における形質または表現型に関するマーカーを得ること、
該被験体から標的核酸サンプルを得ること、
該標的核酸サンプルにおける該形質または表現型に関するマーカーの存在を判定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなり、該標的核酸における該マーカーの存在が、該被験体が該形質または表現型を有することを示すことを特徴とする、物品。
【請求項４６】
該マシンで実行するとき、遺伝的障害、遺伝的障害の素因、疾患に対する感受性、作物または家畜の性能形質、または産物の品質形質よりなる群から形質または表現型を選択することを、該マシンに行わせる更なるインストラクションを有する、請求項45記載の物品。
【請求項４７】
マシンで実行するとき、
複数の被験体から1以上のゲノム領域の基準SPCマップを得ること、
該ゲノム領域に関する十分な数のクラスタタグ多型を選択すること、
同定すべき被験体からのゲノム領域の標的核酸を得ること、
同定すべき被験体のゲノム領域のクラスタタグ多型の遺伝子型を判定すること、
該クラスタタグ多型の遺伝子型を該基準SPCマップと比較して、対象の被験体の遺伝的同一性を決定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなる物品。
【請求項４８】
マシンで実行するとき、
対象のゲノム領域のSPCマップを得ること、
該SPCマップからSPC-ハプロタイプを決定すること、ここで、各SPC-ハプロタイプはゲノム領域からのSPCのサブセットを含み、該サブセットのSPC群は同時発生していること、
試験対象のSPCを、該SPCマップから決定したSPC-ハプロタイプと比較することにより、該対象のSPC-ハプロタイプを同定すること、
を該マシンに行わせるインストラクションを記憶しているマシンアクセス可能媒体を含んでなる物品。
【図１０】
【図１４】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図１４】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【公表番号】特表２００７−５２３６００（Ｐ２００７−５２３６００Ａ）
【公表日】平成１９年８月２３日（２００７．８．２３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５０１３９０（Ｐ２００６−５０１３９０）
【出願日】平成１６年２月２７日（２００４．２．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＢＥ２００４／００００２７
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０７６６１１
【国際公開日】平成１６年９月１０日（２００４．９．１０）
【出願人】（５０５３２４３７５）メセクシス ゲノミクス エヌ．ヴイ． (1)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年８月２３日（２００７．８．２３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年２月２７日（２００４．２．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＢＥ２００４／００００２７
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０７６６１１
【国際公開日】平成１６年９月１０日（２００４．９．１０）
【出願人】（５０５３２４３７５）メセクシス ゲノミクス エヌ．ヴイ． (1)
【Ｆターム（参考）】
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