本発明は、慢性関節リウマチに関連する遺伝子多型の発見に基づく。特に、本発明は、多型を含む核酸分子、このような核酸分子によってコードされる改変タンパク質、多型核酸分子およびタンパク質を検出するための試薬、ならびに核酸分子およびタンパク質を用いる方法、ならびにこれらの検出のための試薬の使用方法に関する。特に、本発明は、ヒトゲノムにおける特定の一塩基多型（ＳＮＰ）、ならびに慢性関節リウマチおよび関係する病理とのそれらの関連に関する。正常個体に対しての、慢性関節リウマチ患者集団における対立遺伝子頻度の違いに基づいて、本明細書において開示される天然に存在するＳＮＰは、診断試薬の設計および治療剤の開発のため、ならびに疾患関連分析および連鎖分析のための標的として、使用され得る。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
自己免疫疾患を発生させる変更された危険性を有する個体を同定するための方法であって、該方法が、該個体の核酸において、配列番号１〜８３および１６７〜６６０７のヌクレオチド配列のいずれか一つに一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する工程を包含し、ここで、該ＳＮＰの存在が、自己免疫疾患の変更された危険性と関連する、方法。
【請求項２】
前記変更された危険性が、上昇した危険性である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記個体が、現在自己免疫疾患を有する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記変更された危険性が、減少した危険性である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ＳＮＰが、表６に記載のＳＮＰからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
請求項１に記載の方法であって、以下：対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖立体配座多型からなる群より選択されるプロセスにより検出が実施される、方法。
【請求項７】
前記自己免疫疾患が慢性関節リウマチである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記自己免疫疾患が、Ｉ型糖尿病、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、乾癬、甲状腺炎、セリアック病、悪性貧血、ぜん息、白斑、糸球体腎炎、グレーヴス病、心筋炎、シェーグレン病、および原発性全身性脈管炎からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
少なくとも８個の連続するヌクレオチドを含む単離された核酸分子であって、該ヌクレオチドの一つが配列番号１〜８３および１６７〜６６０７のヌクレオチド配列のいずれか一つまたはこれらの相補体から選択される一塩基多型（ＳＮＰ）である、核酸分子。
【請求項１０】
前記ＳＮＰが、表３および４に示されるＳＮＰからなる群より選択される、請求項９に記載の単離された核酸分子。
【請求項１１】
配列番号８４〜１６６のアミノ酸配列のいずれか一つをコードする、単離された核酸分子。
【請求項１２】
配列番号８４〜１６６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項１３】
請求項１２に記載のポリペプチドまたはそれらの抗原結合フラグメントに特異的に結合する、抗体。
【請求項１４】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項１３に記載の抗体。
【請求項１５】
配列番号１〜配列番号８３および配列番号１６７〜配列番号６６０７のヌクレオチド配列のいずれか一つまたはこれらの相補体から選択される一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、増幅されたポリヌクレオチドであって、１６ヌクレオチド長と１，０００ヌクレオチド長との間の長さである、増幅されたポリヌクレオチド。
【請求項１６】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号１〜８３および配列番号１６７〜６６０７のヌクレオチド配列のいずれか一つを含む、請求項１５に記載の増幅されたポリヌクレオチド。
【請求項１７】
配列番号１〜８３および配列番号１６７〜６６０７のヌクレオチド配列のいずれか一つに一塩基多型（ＳＮＰ）を含む核酸分子に特異的にハイブリダイズする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１８】
８〜７０ヌクレオチド長である、請求項１７に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１９】
対立遺伝子特異的プローブである、請求項１７に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２０】
対立遺伝子特異的プライマーである、請求項１７に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２１】
前記ポリヌクレオチドが、表５に示されるプライマー配列セット（配列番号６６０８〜６６７６）からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項１７に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２２】
核酸における一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するためのキットであって、請求項１７に記載のポリヌクレオチド、緩衝液および酵素を備える、キット。
【請求項２３】
核酸分子における一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するための方法であって、該方法が、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１〜８３および配列番号１６７〜６６０７のヌクレオチド配列のいずれか一つにおけるＳＮＰに特異的にハイブリダイズする試薬と試験サンプルとを接触させる工程、および該試薬の該核酸分子との結合を検出する工程を包含する、方法。
【請求項２４】
請求項２３に記載の方法であって、以下：対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖立体配座多型からなる群より選択されるプロセスにより検出が実施される、方法。
【請求項２５】
改変ポリペプチドを検出する方法であって、該方法が、試験サンプル中の配列番号１〜８３および配列番号１６７〜６６０７のヌクレオチド配列のいずれか一つにおける一塩基多型（ＳＮＰ）によりコードされる改変ポリヌクレオチドと、試薬とを接触させる工程、および該試薬の該ポリペプチドとの結合を検出する工程を包含する、方法。
【請求項２６】
慢性関節リウマチを治療的もしくは予防的に処置するのに有用な薬剤を同定するための方法であって、該方法が、候補薬剤に請求項１２に記載のポリペプチドを、該ポリペプチドと該候補薬剤との間に結合複合体を形成させるために適切な条件下で接触させる工程、ならびに該結合複合体の形成を検出する工程を包含し、ここで、該複合体の存在が、該薬剤を同定する、方法。

【図１】

【公表番号】特表２００６−５２１８１２（Ｐ２００６−５２１８１２Ａ）
【公表日】平成１８年９月２８日（２００６．９．２８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５０７３７４（Ｐ２００６−５０７３７４）
【出願日】平成１６年３月１８日（２００４．３．１８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／００８４６１
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０８３４０３
【国際公開日】平成１６年９月３０日（２００４．９．３０）
【出願人】（５０５２８７５４２）アプレラ　コーポレイション (8)
【Ｆターム（参考）】