核酸増幅
目的の核酸配列の増幅のための組成物および方法が開示される。本方法はプライマーによる核酸配列の鎖置換複製を基礎とする。本開示の方法は、ゲノム核酸試料および他の高度に複雑な核酸試料を増幅するために有用な、複数置換増幅（ＭＤＡ）の一形式である。本開示の方法は、１または限られた数のプライマーだけを用いてそのような高度に複雑な核酸試料を増幅するのに用いることができる。１または少数のプライマーが、全ゲノムおよび他の高度な配列複雑性を有する核酸試料を効果的に増幅することができることが見出されている。そのプライマーは、プライマー中に発現されるプライマー配列の限られた量にもかかわらず、高度に複雑な核酸試料中に存在する幅広い範囲の配列のプライマーとなりおよび効率的に増幅することができるように特別に選択または設計されている。等温増幅手順における高分子量アーティファクトの生成は、反応をより高い温度にて、および随意的に、一種類以上の添加剤の存在下で実施することによって、なお目的のインプットＤＮＡの増幅を可能にする一方で相当に低減または消失させることができることが見出されている。増幅反応は、閾量のまたはそれを上回る量の核酸について、および／または、閾濃度のまたはそれを下回る濃度の核酸について実施するならば、低い増幅偏りといった高品質の増幅産物を生じることができることもまた見出されている。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項２】
ゲノムが真核ゲノムであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３】
ゲノムが植物ゲノムであることを特徴とする請求項２の方法。
【請求項４】
ゲノムが動物ゲノムであることを特徴とする請求項２の方法。
【請求項５】
ゲノムが脊椎動物ゲノムであることを特徴とする請求項４の方法。
【請求項６】
ゲノムが魚類ゲノムであることを特徴とする請求項５の方法。
【請求項７】
ゲノムが哺乳類ゲノムであることを特徴とする請求項５の方法。
【請求項８】
ゲノムがヒトゲノムであることを特徴とする請求項７の方法。
【請求項９】
ゲノムが微生物ゲノムまたはウイルスゲノムであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０】
ゲノム核酸試料中の少なくとも１０の核酸配列について増幅偏りが２０倍未満であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１１】
ゲノム核酸試料中の少なくとも１０の核酸配列について増幅偏りが１０倍未満であることを特徴とする請求項１０の方法。
【請求項１２】
プライマーが３ヌクレオチド、４ヌクレオチド、５ヌクレオチド、６ヌクレオチド、７ヌクレオチド、８ヌクレオチド、９ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、１１ヌクレオチド、１２ヌクレオチド、１３ヌクレオチド、１４ヌクレオチド、１５ヌクレオチド、１６ヌクレオチド、１７ヌクレオチド、１８ヌクレオチド、１９ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、２１ヌクレオチド、２２ヌクレオチド、２３ヌクレオチド、２４ヌクレオチド、２５ヌクレオチド、２６ヌクレオチド、２７ヌクレオチド、２８ヌクレオチド、２９ヌクレオチド、または３０ヌクレオチドの長さを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１３】
プライマーが４ヌクレオチド未満、５ヌクレオチド未満、６ヌクレオチド未満、７ヌクレオチド未満、８ヌクレオチド未満、９ヌクレオチド未満、１０ヌクレオチド未満、１１ヌクレオチド未満、１２ヌクレオチド未満、１３ヌクレオチド未満、１４ヌクレオチド未満、１５ヌクレオチド未満、１６ヌクレオチド未満、１７ヌクレオチド未満、１８ヌクレオチド未満、１９ヌクレオチド未満、２０ヌクレオチド未満、２１ヌクレオチド未満、２２ヌクレオチド未満、２３ヌクレオチド未満、２４ヌクレオチド未満、２５ヌクレオチド未満、２６ヌクレオチド未満、２７ヌクレオチド未満、２８ヌクレオチド未満、２９ヌクレオチド未満、３０ヌクレオチド未満、または３１ヌクレオチド未満の長さを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１４】
ゲノム核酸試料を、２０℃、２１℃、２２℃、２３℃、２４℃、２５℃、２６℃、２７℃、２８℃、２９℃、３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、３４℃、３５℃、３６℃、３７℃、３８℃、３９℃、４０℃、４１℃、４２℃、４３℃、４４℃、４５℃、４６℃、４７℃、４８℃、４９℃、５０℃、５１℃、５２℃、５３℃、５４℃、５５℃、５６℃、５７℃、５８℃、５９℃、６０℃、６１℃、６２℃、６３℃、６４℃、６５℃、６６℃、６７℃、６８℃、６９℃、７０℃、７１℃、７２℃、７３℃、７４℃、７５℃、７６℃、７７℃、７８℃、７９℃、または８０℃にてインキュベートすることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１５】
ゲノム核酸試料を、２１℃未満、２２℃未満、２３℃未満、２４℃未満、２５℃未満、２６℃未満、２７℃未満、２８℃未満、２９℃未満、３０℃未満、３１℃未満、３２℃未満、３３℃未満、３４℃未満、３５℃未満、３６℃未満、３７℃未満、３８℃未満、３９℃未満、４０℃未満、４１℃未満、４２℃未満、４３℃未満、４４℃未満、４５℃未満、４６℃未満、４７℃未満、４８℃未満、４９℃未満、５０℃未満、５１℃未満、５２℃未満、５３℃未満、５４℃未満、５５℃未満、５６℃未満、５７℃未満、５８℃未満、５９℃未満、６０℃未満、６１℃未満、６２℃未満、６３℃未満、６４℃未満、６５℃未満、６６℃未満、６７℃未満、６８℃未満、６９℃未満、７０℃未満、７１℃未満、７２℃未満、７３℃未満、７４℃未満、７５℃未満、７６℃未満、７７℃未満、７８℃未満、７９℃未満、または８０℃未満にてインキュベートすることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１６】
ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０３ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０４ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０５ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０６ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０７ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、またはゲノム核酸試料が少なくとも１×１０９ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１７】
プライマー、ＤＮＡポリメラーゼおよびゲノム核酸試料が、１種類の追加のプライマーと、２種類の追加のプライマーと、３種類の追加のプライマーと、４種類の追加のプライマーと、５種類の追加のプライマーと、６種類の追加のプライマーと、７種類の追加のプライマーと、８種類の追加のプライマーと、９種類の追加のプライマーと、１０種類の追加のプライマーと、１１種類の追加のプライマーと、１２種類の追加のプライマーと、１３種類の追加のプライマーと、１４種類の追加のプライマーと、１５種類の追加のプライマーと、１６種類の追加のプライマーと、１７種類の追加のプライマーと、１８種類の追加のプライマーと、１９種類の追加のプライマーと、２０種類の追加のプライマーと、２１種類の追加のプライマーと、２２種類の追加のプライマーと、２３種類の追加のプライマーと、２４種類の追加のプライマーと、２５種類の追加のプライマーと、２６種類の追加のプライマーと、２７種類の追加のプライマーと、２８種類の追加のプライマーと、２９種類の追加のプライマーと、３０種類の追加のプライマーと、３１種類の追加のプライマーと、３２種類の追加のプライマーと、３３種類の追加のプライマーと、３４種類の追加のプライマーと、３５種類の追加のプライマーと、３６種類の追加のプライマーと、３７種類の追加のプライマーと、３８種類の追加のプライマーと、３９種類の追加のプライマーと、４０種類の追加のプライマーと、４１種類の追加のプライマーと、４２種類の追加のプライマーと、４３種類の追加のプライマーと、４４種類の追加のプライマーと、４５種類の追加のプライマーと、４６種類の追加のプライマーと、４７種類の追加のプライマーと、４８種類の追加のプライマーと、４９種類の追加のプライマーと、５０種類の追加のプライマーと、５１種類の追加のプライマーと、５２種類の追加のプライマーと、５３種類の追加のプライマーと、５４種類の追加のプライマーと、５５種類の追加のプライマーと、５６種類の追加のプライマーと、５７種類の追加のプライマーと、５８種類の追加のプライマーと、５９種類の追加のプライマーと、６０種類の追加のプライマーと、６１種類の追加のプライマーと、６２種類の追加のプライマーと、６３種類の追加のプライマーと、７５種類の追加のプライマーと、１００種類の追加のプライマーと、１５０種類の追加のプライマーと、２００種類の追加のプライマーと、３００種類の追加のプライマーと、４００種類の追加のプライマーと、５００種類の追加のプライマーと、７５０種類の追加のプライマーと、または１，０００種類の追加のプライマーと接触させられ、各プライマーが異なる特異的ヌクレオチド配列を有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１８】
プライマーがすべて同一の長さであることを特徴とする請求項１７の方法。
【請求項１９】
プライマー、ＤＮＡポリメラーゼおよびゲノム核酸試料が、２種類未満の追加のプライマーと、３種類未満の追加のプライマーと、４種類未満の追加のプライマーと、５種類未満の追加のプライマーと、６種類未満の追加のプライマーと、７種類未満の追加のプライマーと、８種類未満の追加のプライマーと、９種類未満の追加のプライマーと、１０種類未満の追加のプライマーと、１１種類未満の追加のプライマーと、１２種類未満の追加のプライマーと、１３種類未満の追加のプライマーと、１４種類未満の追加のプライマーと、１５種類未満の追加のプライマーと、１６種類未満の追加のプライマーと、１７種類未満の追加のプライマーと、１８種類未満の追加のプライマーと、１９種類未満の追加のプライマーと、２０種類未満の追加のプライマーと、２１種類未満の追加のプライマーと、２２種類未満の追加のプライマーと、２３種類未満の追加のプライマーと、２４種類未満の追加のプライマーと、２５種類未満の追加のプライマーと、２６種類未満の追加のプライマーと、２７種類未満の追加のプライマーと、２８種類未満の追加のプライマーと、２９種類未満の追加のプライマーと、３０種類未満の追加のプライマーと、３１種類未満の追加のプライマーと、３２種類未満の追加のプライマーと、３３種類未満の追加のプライマーと、３４種類未満の追加のプライマーと、３５種類未満の追加のプライマーと、３６種類未満の追加のプライマーと、３７種類未満の追加のプライマーと、３８種類未満の追加のプライマーと、３９種類未満の追加のプライマーと、４０種類未満の追加のプライマーと、４１種類未満の追加のプライマーと、４２種類未満の追加のプライマーと、４３種類未満の追加のプライマーと、４４種類未満の追加のプライマーと、４５種類未満の追加のプライマーと、４６種類未満の追加のプライマーと、４７種類未満の追加のプライマーと、４８種類未満の追加のプライマーと、４９種類未満の追加のプライマーと、５０種類未満の追加のプライマーと、５１種類未満の追加のプライマーと、５２種類未満の追加のプライマーと、５３種類未満の追加のプライマーと、５４種類未満の追加のプライマーと、５５種類未満の追加のプライマーと、５６種類未満の追加のプライマーと、５７種類未満の追加のプライマーと、５８種類未満の追加のプライマーと、５９種類未満の追加のプライマーと、６０種類未満の追加のプライマーと、６１種類未満の追加のプライマーと、６２種類未満の追加のプライマーと、６３種類未満の追加のプライマーと、６４種類未満の追加のプライマーと、７５種類未満の追加のプライマーと、１００種類未満の追加のプライマーと、１５０種類未満の追加のプライマーと、２００種類未満の追加のプライマーと、３００種類未満の追加のプライマーと、４００種類未満の追加のプライマーと、５００種類未満の追加のプライマーと、７５０種類未満の追加のプライマーと、または１，０００種類未満の追加のプライマーと接触させられ、各プライマーが異なる特異的ヌクレオチド配列を有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項２０】
各プライマーが配列ＡＧＴＧＧＧまたはＡＧＡＧＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２１】
各プライマーが配列ＡＧＣＣＧＧ、ＡＧＴＡＧＧ、またはＡＧＴＴＧＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２２】
各プライマーが配列ＡＧＧＣＧＧ、ＡＧＴＧＧＧ、ＡＧＧＧＡＧ、またはＡＧＴＧＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２３】
各プライマーが配列ＡＧＴＧＧＧ、ＡＧＣＣＡＧ、ＡＧＴＴＡＧ、ＡＧＴＣＡＧ、またはＡＧＡＣＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２４】
各プライマーが配列ＡＧＡＧＧＧ、ＡＧＧＣＡＧ、ＡＧＣＣＡＧ、ＡＧＴＣＡＧ、またはＡＧＡＣＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２５】
各プライマーが配列ＡＧＴＡＧＧ、ＡＧＧＴＧＧ、ＡＧＧＣＡＧ、ＡＧＡＣＡＧ、またはＡＧＴＧＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２６】
各プライマーが配列ＡＧＧＡＧＧ、ＡＧＡＧＧＧ、ＡＧＧＧＡＧ、ＡＧＴＣＡＧ、またはＡＧＣＧＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２７】
各プライマーが配列ＣＧＧＴＧＧ、ＴＣＡＣＧＣ、ＣＧＡＧＣＧ、ＧＣＧＴＧＧ、ＡＣＴＣＧＧ、ＡＡＴＣＧＣ、ＣＧＧＡＧＧ、ＣＣＧＡＧＡ、ＧＡＴＣＧＣ、ＡＧＡＧＣＧ、ＡＧＣＧＡＧ、またはＡＣＴＣＣＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２８】
プライマーが配列ＡＧＴＧＧＧまたはＡＧＡＧＡＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項２９】
プライマーが配列ＡＧＣＣＧＧ、ＡＧＴＡＧＧ、またはＡＧＴＴＧＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３０】
プライマーが配列ＡＧＧＣＧＧ、ＡＧＴＧＧＧ、ＡＧＧＧＡＧ、またはＡＧＴＧＡＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３１】
プライマーが配列ＡＧＴＧＧＧ、ＡＧＣＣＡＧ、ＡＧＴＴＡＧ、ＡＧＴＣＡＧ、またはＡＧＡＣＡＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３２】
プライマーが配列ＡＧＡＧＧＧ、ＡＧＧＣＡＧ、ＡＧＣＣＡＧ、ＡＧＴＣＡＧ、またはＡＧＡＣＡＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３３】
プライマーが配列ＣＧＧＴＧＧ、ＴＣＡＣＧＣ、ＣＧＡＧＣＧ、ＧＣＧＴＧＧ、ＡＣＴＣＧＧ、ＡＡＴＣＧＣ、ＣＧＧＡＧＧ、ＣＣＧＡＧＡ、ＧＡＴＣＧＣ、ＡＧＡＧＣＧ、ＡＧＣＧＡＧ、またはＡＣＴＣＣＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３４】
プライマーが反復配列中の配列と相補的であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３５】
反復配列がマイクロサテライト配列、ミニサテライト配列、サテライト配列、トランスポゾン配列、リボソームＲＮＡ配列、短い核散在配列（ｓｈｏｒｔ ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ ｎｕｃｌｅａｒ ｅｌｅｍｅｎｔ （ＳＩＮＥ））、または長い核散在配列（ｌｏｎｇ ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ ｎｕｃｌｅａｒ ｅｌｅｍｅｎｔ）（ＬＩＮＥ）であることを特徴とする請求項３４の方法。
【請求項３６】
プライマーが機能共通配列中の配列と相補的であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３７】
機能共通配列がプロモーター配列、エンハンサー配列、サイレンサー配列、上流調節配列、転写終止部位配列、トランスポゾン調節配列、リボソームＲＮＡ調節配列、またはポリアデニル化部位配列であることを特徴とする請求項３６の方法。
【請求項３８】
機能共通配列が微生物プロモーター配列、微生物エンハンサー配列、微生物サイレンサー配列、微生物上流調節配列、微生物転写終止部位配列、微生物トランスポゾン調節配列、微生物リボソームＲＮＡ調節配列、または微生物ポリアデニル化部位配列であることを特徴とする請求項３７の方法。
【請求項３９】
プライマーが広カバー率プライマーであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項４０】
プライマーが、平均して、５，０００ヌクレオチド以下毎、４，０００ヌクレオチド以下毎、３，０００ヌクレオチド以下毎、２，５００ヌクレオチド以下毎、２，０００ヌクレオチド以下毎、１，５００ヌクレオチド以下毎、１，０００ヌクレオチド以下毎、９００ヌクレオチド以下毎、８００ヌクレオチド以下毎、７００ヌクレオチド以下毎、６００ヌクレオチド以下毎、５００ヌクレオチド以下毎、４００ヌクレオチド以下毎、３００ヌクレオチド以下毎、２００ヌクレオチド以下毎、１００ヌクレオチド以下毎、または５０ヌクレオチド以下毎に、ゲノム核酸試料の核酸分子中に存在する配列と相補的であることを特徴とする請求項３９の方法。
【請求項４１】
プライマーが、ゲノム核酸試料のＧ＋Ｃ比率の２０％以内、１５％以内、１０％以内、９％以内、８％以内、７％以内、６％以内、５％以内、４％以内、３％以内、２％、または１％以内のＧ＋Ｃ比率を有することを特徴とする請求項３９の方法。
【請求項４２】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも１０％の遺伝子座発現量を生じることを特徴とする請求項３９の方法。
【請求項４３】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも１００％の遺伝子座発現量を生じることを特徴とする請求項４２の方法。
【請求項４４】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、少なくとも１０％の遺伝子座発現量を、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする請求項４２の方法。
【請求項４５】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、５０倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項４６】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、４５倍未満、４０倍未満、３５倍未満、３０倍未満、２５倍未満、２０倍未満、１９倍未満、１８倍未満、１７倍未満、１６倍未満、１５倍未満、１４倍未満、１３倍未満、１２倍未満、１１倍未満、１０倍未満、９倍未満、８倍未満、７倍未満、６倍未満、５倍未満、または４倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項４５の方法。
【請求項４７】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、５０倍未満の増幅偏りを、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする請求項４５の方法。
【請求項４８】
プライマーが内部相補的３'末端を有しないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項４９】
プライマーが核酸試料の非存在下で顕著な複製産物を生じないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５０】
ＤＮＡポリメラーゼがφ２９ＤＮＡポリメラーゼであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５１】
ゲノム核酸試料が変性条件に供されないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５２】
ゲノム核酸試料が熱変性条件に供されないことを特徴とする請求項５１の方法。
【請求項５３】
ゲノム核酸試料がアルカリ性変性条件に供されないことを特徴とする請求項５１の方法。
【請求項５４】
ゲノム核酸試料が変性条件に供されることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５５】
ゲノム核酸試料が熱変性条件に供されることを特徴とする請求項５４の方法。
【請求項５６】
ゲノム核酸試料がアルカリ性変性条件に供されることを特徴とする請求項５４の方法。
【請求項５７】
ゲノム核酸試料中の核酸がゲノム核酸試料中の他の物質から分離されないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５８】
ゲノム核酸試料が粗細胞溶解物であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５９】
ゲノム核酸試料が、細胞をアルカリ性条件に曝露して細胞溶解物を生じ、細胞溶解物が全ゲノムを含み、および細胞溶解物のｐＨを低下させて安定化した細胞溶解物を生じることによって調製されることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項６０】
細胞を溶解溶液と混合することによって細胞がアルカリ性条件に曝露されることを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６１】
溶解溶液が塩基を含むことを特徴とする請求項６０の方法。
【請求項６２】
細胞溶解物を安定化溶液と混合することによって細胞溶解物のｐＨを低下させることを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６３】
安定化溶液が緩衝剤を含むことを特徴とする請求項６２の方法。
【請求項６４】
安定化溶液が酸を含むことを特徴とする請求項６２の方法。
【請求項６５】
細胞溶解物および安定化された細胞溶解物中の核酸が細胞溶解物中の他の物質から分離されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６６】
細胞溶解物および安定化された細胞溶解物が、インキュベート前に精製に供されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６７】
細胞溶解物、安定化された細胞溶解物、または両方が、インキュベート前に部分精製に供されることを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６８】
細胞溶解物および安定化された細胞溶解物が、インキュベート前に相当な精製に供されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６９】
インキュベートが実質的に等温であることを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項７０】
細胞溶解物も安定化された細胞溶解物もインキュベートの温度を実質的に上回って加熱されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７１】
細胞溶解物も安定化された細胞溶解物もインキュベートの温度を上回る実質的な加熱に供されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７２】
細胞がインキュベートの温度を実質的に上回って加熱されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７３】
細胞がインキュベートの温度を上回る実質的な加熱に供されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７４】
細胞が、その細胞が増殖する温度を実質的に上回って加熱されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７５】
細胞が、その細胞が増殖する温度を上回る実質的な加熱に供されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７６】
細胞溶解物も安定化された細胞溶解物も、ゲノムの明らかな変性を引き起こしうる温度を上回っておよびそのような時間にわたって加熱されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項７７】
細胞溶解物も安定化された細胞溶解物も、ゲノムの明らかな変性を引き起こしうる温度を上回るおよびそのような時間にわたる加熱に供されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項７８】
細胞が熱によって溶解されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項７９】
アルカリ性条件の非存在下で相当な細胞溶解を引き起こす温度を上回っておよびそのような時間にわたって細胞が加熱されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項８０】
アルカリ性条件の非存在下で相当な細胞溶解を引き起こす温度を上回るおよびそのような時間にわたる加熱に細胞が供されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項８１】
プライマー、ゲノム核酸試料およびＤＮＡポリメラーゼを接触させる前に、
ゲノム核酸試料中の核酸分子の相当な変性を促進する条件にゲノム核酸試料を曝露し、それによって変性したゲノム核酸試料を生じ、および条件をゲノム核酸試料中の核酸分子の相当な変性を促進しない条件に変えて変性したゲノム核酸試料を生じることをさらに含む請求項１の方法。
【請求項８２】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、増幅された核酸分子について、ゲノム核酸試料における平均断片長よりも長い平均断片長を結果として生じることを特徴とする請求項８１の方法。
【請求項８３】
ゲノム核酸試料、変性したゲノム核酸試料、または両方がイオン条件に曝露されることを特徴とする請求項８１の方法。
【請求項８４】
ゲノム核酸試料を変性溶液と混合することによっておよびゲノム核酸試料中の核酸分子を相当に変性させる温度におよびそのような時間ゲノム核酸試料を加熱することによって、ゲノム核酸試料が相当な変性を促進する条件に曝露されることを特徴とする請求項８１の方法。
【請求項８５】
プライマーが３'−５'エキソヌクレアーゼに耐性となるようにプライマーが少なくとも１個の修飾ヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項８６】
プライマーが長さ６ヌクレオチドであって、プライマーがヌクレアーゼ耐性となるようにプライマーが少なくとも１個の修飾ヌクレオチドを含み、およびＤＮＡポリメラーゼがφ２９ＤＮＡポリメラーゼであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項８７】
核酸分子の複製を促進する条件が実質的に等温であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項８８】
核酸分子の複製を促進する条件が熱サイクル反応に関係しないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項８９】
核酸分子の複製を促進する条件が熱サイクル反応を含まないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項９０】
プライマーがヌクレオチドを含み、そのヌクレオチドの１種類以上がリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項９１】
ヌクレオチドの約１０％ないし約５０％がリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９０の方法。
【請求項９２】
ヌクレオチドの約５０％ 以上がリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９０の方法。
【請求項９３】
ヌクレオチドの全部がリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９０の方法。
【請求項９４】
プライマーがヌクレオチドを含み、そのヌクレオチドの１種類以上が２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項９５】
ヌクレオチドの約１０％ないし約５０％が２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９４の方法。
【請求項９６】
ヌクレオチドの約５０％ 以上が２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９４の方法。
【請求項９７】
ヌクレオチドの全部が２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９４の方法。
【請求項９８】
プライマーがヌクレオチドを含み、そのヌクレオチドがリボヌクレオチドおよび２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドの混合物であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項９９】
プライマーがヌクレオチドを含み、そのヌクレオチドがデオキシリボヌクレオチドおよび２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドの混合物であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１００】
ゲノム核酸試料が血液試料、尿試料、精液試料、リンパ液試料、脳脊髄液試料、羊水試料、生検試料、針吸引生検試料、がん試料、腫瘍試料、組織試料、細胞試料、細胞溶解物試料、粗細胞溶解物試料、法医学試料、考古学的試料、感染試料、院内感染試料、製品試料、医薬調製物試料、生物学的分子製品試料、タンパク質調製物試料、脂質調製物試料、糖質調製物試料、またはその組み合わせであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０１】
ゲノム核酸試料が粗細胞溶解物であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０２】
ゲノム核酸試料が細胞溶解を超えて処理されないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０３】
増幅された核酸分子が分析されることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０４】
増幅された核酸分子が１種類以上のＤＮＡチップを用いて分析されることを特徴とする請求項１０３の方法。
【請求項１０５】
増幅された核酸分子がハイブリダイゼーションによって分析されることを特徴とする請求項１０３の方法。
【請求項１０６】
増幅された核酸分子が核酸配列決定によって分析されることを特徴とする請求項１０３の方法。
【請求項１０７】
増幅された核酸分子がその分析の前、後、または前および後の両方に保存されることを特徴とする請求項１０３の方法。
【請求項１０８】
プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および第２のゲノム核酸試料を接触させ、および第２のゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で第２のゲノム核酸試料をインキュベートすることをさらに含み、
第２のゲノム核酸試料はゲノムの全部または相当な部分を含み、第２のゲノム核酸試料中の核酸分子の複製は鎖置換複製によって進行し、第２のゲノム核酸試料中の核酸分子の複製の結果として第２のゲノム核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製が生じることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０９】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料と同一の種類の生物に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１０】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料と同一の種類の組織に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１１】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料と同一の生物に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１２】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる時に得られることを特徴とする請求項１１１の方法。
【請求項１１３】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる生物に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１４】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる種類の組織に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１５】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる種の生物に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１６】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる系統の生物に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１７】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる細胞区画に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１８】
ゲノムを増幅する方法であって、１，０００種類未満のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
各プライマーが異なる特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１１９】
ＤＮＡポリメラーゼおよびゲノム核酸試料が、２種類未満のプライマーと、３種類未満のプライマーと、４種類未満のプライマーと、５種類未満のプライマーと、６種類未満のプライマーと、７種類未満のプライマーと、８種類未満のプライマーと、９種類未満のプライマーと、１０種類未満のプライマーと、１１種類未満のプライマーと、１２種類未満のプライマーと、１３種類未満のプライマーと、１４種類未満のプライマーと、１５種類未満のプライマーと、１６種類未満のプライマーと、１７種類未満のプライマーと、１８種類未満のプライマーと、１９種類未満のプライマーと、２０種類未満のプライマーと、２１種類未満のプライマーと、２２種類未満のプライマーと、２３種類未満のプライマーと、２４種類未満のプライマーと、２５種類未満のプライマーと、２６種類未満のプライマーと、２７種類未満のプライマーと、２８種類未満のプライマーと、２９種類未満のプライマーと、３０種類未満のプライマーと、３１種類未満のプライマーと、３２種類未満のプライマーと、３３種類未満のプライマーと、３４種類未満のプライマーと、３５種類未満のプライマーと、３６種類未満のプライマーと、３７種類未満のプライマーと、３８種類未満のプライマーと、３９種類未満のプライマーと、４０種類未満のプライマーと、４１種類未満のプライマーと、４２種類未満のプライマーと、４３種類未満のプライマーと、４４種類未満のプライマーと、４５種類未満のプライマーと、４６種類未満のプライマーと、４７種類未満のプライマーと、４８種類未満のプライマーと、４９種類未満のプライマーと、５０種類未満のプライマーと、５１種類未満のプライマーと、５２種類未満のプライマーと、５３種類未満のプライマーと、５４種類未満のプライマーと、５５種類未満のプライマーと、５６種類未満のプライマーと、５７種類未満のプライマーと、５８種類未満のプライマーと、５９種類未満のプライマーと、６０種類未満のプライマーと、６１種類未満のプライマーと、６２種類未満のプライマーと、６３種類未満のプライマーと、６４種類未満のプライマーと、７５種類未満のプライマーと、１００種類未満のプライマーと、１５０種類未満のプライマーと、２００種類未満のプライマーと、３００種類未満のプライマーと、４００種類未満のプライマーと、５００種類未満のプライマーと、７５０種類未満のプライマーと、または１，０００種類未満のプライマーと接触させられることを特徴とする請求項１１８の方法。
【請求項１２０】
明らかな配列複雑性を有する核酸試料を増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および核酸試料を接触させ、および核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、核酸試料が少なくとも１×１０４ヌクレオチドの配列複雑性を有し、核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、核酸試料中の核酸分子の複製が結果として核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１２１】
核酸試料が少なくとも１×１０５ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、核酸試料が少なくとも１×１０６ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、核酸試料が少なくとも１×１０７ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、または核酸試料が少なくとも１×１０９ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする請求項１２０の方法。
【請求項１２２】
核酸試料がゲノム、染色体、染色体断片、人工染色体、酵母人工染色体、細菌人工染色体、コスミド、または組み合わせであるかまたはそれに由来することを特徴とする請求項１２０の方法。
【請求項１２３】
核酸試料が血液試料、尿試料、精液試料、リンパ液試料、脳脊髄液試料、羊水試料、生検試料、針吸引生検試料、がん試料、腫瘍試料、組織試料、細胞試料、細胞溶解物試料、粗細胞溶解物試料、法医学試料、考古学的試料、感染試料、院内感染試料、製品試料、医薬調製物試料、生物学的分子製品試料、タンパク質調製物試料、脂質調製物試料、糖質調製物試料、またはその組み合わせであるかまたはそれに由来することを特徴とする請求項１２０の方法。
【請求項１２４】
核酸試料が真核生物、植物、および動物、海産動物、脊椎動物、哺乳類、またはヒトであるかまたはそれに由来することを特徴とする請求項１２０の方法。
【請求項１２５】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０９ヌクレオチドの配列複雑性を有し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも０．０１％の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１２６】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも０．１％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも２０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも３０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも４０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも６０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも７０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９６％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９７％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９８％、またはゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９９％の複製を生じることを特徴とする請求項１２５の方法。
【請求項１２７】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも０．１％の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１２８】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも２０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも３０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも４０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも６０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも７０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９６％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９７％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９８％、またはゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９９％の複製を生じることを特徴とする請求項１２７の方法。
【請求項１２９】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０７ヌクレオチドの配列複雑性を有し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１％の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１３０】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも２０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも３０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも４０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも６０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも７０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９６％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９７％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９８％、またはゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９９％の複製を生じることを特徴とする請求項１２９の方法。
【請求項１３１】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０６ヌクレオチドの配列複雑性を有し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１０％の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１３２】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも２０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも３０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも４０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも６０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも７０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９６％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９７％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９８％、またはゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９９％の複製を生じることを特徴とする請求項１３１の方法。
【請求項１３３】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０５ヌクレオチドの配列複雑性を有し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１３４】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９６％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９７％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９８％、またはゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９９％の複製を生じることを特徴とする請求項１３３の方法。
【請求項１３５】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果として少なくとも１０％の遺伝子座発現量を、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする方法。
【請求項１３６】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも１００％の遺伝子座発現量を、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする請求項１３５の方法。
【請求項１３７】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として少なくとも１０％の遺伝子座発現量を、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする請求項１３５の方法。
【請求項１３８】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として５０倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項１３５の方法。
【請求項１３９】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として４５倍未満、４０倍未満、３５倍未満、３０倍未満、２５倍未満、２０倍未満、１９倍未満、１８倍未満、１７倍未満、１６倍未満、１５倍未満、１４倍未満、１３倍未満、１２倍未満、１１倍未満、１０倍未満、９倍未満、８倍未満、７倍未満、６倍未満、５倍未満、または４倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項１３８の方法。
【請求項１４０】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として５０倍未満の増幅偏りを、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする請求項１３８の方法。
【請求項１４１】
高い配列複雑性の核酸試料を増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および核酸試料を接触させ、および核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、核酸試料が少なくとも１×１０３ヌクレオチドの配列複雑性を有し、核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、核酸試料中の核酸分子の複製が結果として少なくとも１０％の配列発現量を、少なくとも５個の異なる標的配列に関して生じることを特徴とする方法。
【請求項１４２】
核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも１００％の配列発現量を、少なくとも５個の異なる標的配列に関して生じることを特徴とする請求項１４１の方法。
【請求項１４３】
核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として少なくとも１０％の配列発現量を、少なくとも６個の異なる標的配列、少なくとも７個の異なる標的配列、少なくとも８個の異なる標的配列、少なくとも９個の異なる標的配列、少なくとも１０個の異なる標的配列、少なくとも１１個の異なる標的配列、少なくとも１２個の異なる標的配列、少なくとも１３個の異なる標的配列、少なくとも１４個の異なる標的配列、少なくとも１５個の異なる標的配列、少なくとも１６個の異なる標的配列、少なくとも１７個の異なる標的配列、少なくとも１８個の異なる標的配列、少なくとも１９個の異なる標的配列、少なくとも２０個の異なる標的配列、少なくとも２５個の異なる標的配列、少なくとも３０個の異なる標的配列、少なくとも４０個の異なる標的配列、少なくとも５０個の異なる標的配列、少なくとも７５個の異なる標的配列、または少なくとも１００個の異なる標的配列に関して生じることを特徴とする請求項１４１の方法。
【請求項１４４】
核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として５０倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項１４１の方法。
【請求項１４５】
核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として４５倍未満、４０倍未満、３５倍未満、３０倍未満、２５倍未満、２０倍未満、１９倍未満、１８倍未満、１７倍未満、１６倍未満、１５倍未満、１４倍未満、１３倍未満、１２倍未満、１１倍未満、１０倍未満、９倍未満、８倍未満、７倍未満、６倍未満、５倍未満、または４倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項１４４の方法。
【請求項１４６】
核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として５０倍未満の増幅偏りを、少なくとも５個の異なる標的配列に関して、少なくとも６個の異なる標的配列、少なくとも７個の異なる標的配列、少なくとも８個の異なる標的配列、少なくとも９個の異なる標的配列、少なくとも１０個の異なる標的配列、少なくとも１１個の異なる標的配列、少なくとも１２個の異なる標的配列、少なくとも１３個の異なる標的配列、少なくとも１４個の異なる標的配列、少なくとも１５個の異なる標的配列、少なくとも１６個の異なる標的配列、少なくとも１７個の異なる標的配列、少なくとも１８個の異なる標的配列、少なくとも１９個の異なる標的配列、少なくとも２０個の異なる標的配列、少なくとも２５個の異なる標的配列、少なくとも３０個の異なる標的配列、少なくとも４０個の異なる標的配列、少なくとも５０個の異なる標的配列、少なくとも７５個の異なる標的配列、または少なくとも１００個の異なる標的配列に関して生じることを特徴とする請求項１４４の方法。
【請求項１４７】
ゲノムを増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に選択核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％の複製を生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１４８】
プライマーの組がさらに少なくとも１種類の追加のプライマーを含むことを特徴とする請求項１４７の方法。
【請求項１４９】
プライマーの組が少なくとも１種類の非選択プライマーをさらに含み、その非選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に選択核酸試料中の核酸配列の８０％未満の複製を生じることを特徴とする請求項１４７の方法。
【請求項１５０】
ゲノムを増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に、２０倍未満の増幅偏りを、選択核酸試料中の少なくとも１０個の核酸配列に関して生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１５１】
ゲノムを増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に、少なくとも１０％の配列発現量を、選択核酸試料中の少なくとも１０個の核酸配列に関して生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１５２】
核酸を増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および核酸試料を接触させ、および核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、核酸試料中の核酸分子の複製が結果として核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に、選択核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％の複製を生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１５３】
プライマーの組がさらに少なくとも１種類の追加のプライマーを含むことを特徴とする請求項１５２の方法。
【請求項１５４】
プライマーの組が少なくとも１種類の非選択プライマーをさらに含み、その非選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に選択核酸試料中の核酸配列の８０％未満の複製を生じることを特徴とする請求項１５２の方法。
【請求項１５５】
核酸試料が少なくとも１×１０３ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする請求項１５２の方法。
【請求項１５６】
核酸を増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および核酸試料を接触させ、および核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、核酸試料中の核酸分子の複製が結果として核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に、２０倍未満の増幅偏りを、選択核酸試料中の少なくとも１０個の核酸配列に関して生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１５７】
核酸を増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および核酸試料を接触させ、および核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、核酸試料中の核酸分子の複製が結果として核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に、少なくとも１０％の配列発現量を、選択核酸試料中の少なくとも１０個の核酸配列に関して生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１５８】
核酸を増幅する方法であって、標的配列を含む核酸を高温にて、鎖置換活性を有する熱不安定性核酸ポリメラーゼ、添加剤、および一組のプライマーの存在下で、核酸の複製を促進する条件下でインキュベートすることを含み、核酸の複製が、複製された鎖を結果として生じ、複製中に、複製された核酸鎖のうち少なくとも１つが、別の複製された鎖の鎖置換複製によって置換され、標的配列からの複製された鎖の形成が、非標的配列からの複製された鎖の形成よりも有利であることを特徴とする方法。
【請求項１５９】
高温が、核酸ポリメラーゼが添加剤の非存在下で実質的にテンプレート依存性重合を行うことができない温度であることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６０】
高温が摂氏３０度より高い温度であることを特徴とする請求項１５９の方法。
【請求項１６１】
高温が摂氏３２度より高い温度であることを特徴とする請求項１５９の方法。
【請求項１６２】
高温が摂氏３５度より高い温度であることを特徴とする請求項１５９の方法。
【請求項１６３】
高温が摂氏３７度より高い温度であることを特徴とする請求項１５９の方法。
【請求項１６４】
熱不安定性核酸ポリメラーゼがファイ２９ＤＮＡポリメラーゼであることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６５】
熱不安定性核酸ポリメラーゼがファイ２９ＤＮＡポリメラーゼ、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｓｔ大断片ＤＮＡポリメラーゼ、ＢｃａＤＮＡポリメラーゼ、ファージＭ２ＤＮＡポリメラーゼ、ファージφＰＲＤ１ＤＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡポリメラーゼＩのクレノー断片、Ｔ５ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼホロ酵素、または組み合わせであることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６６】
プライマーの組が少なくとも２種類のプライマーを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６７】
プライマーの組が少なくとも１０種類のプライマーを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６８】
プライマーの組が少なくとも５０種類のプライマーを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６９】
プライマーの組が少なくとも２００種類のプライマーを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７０】
プライマーの組が１０２３種類より多いプライマーを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７１】
プライマーの組に含まれるプライマーがそれぞれ長さ６ヌクレオチドであることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７２】
プライマーの組に含まれるプライマーがそれぞれ長さ８ヌクレオチドであることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７３】
プライマーの組に含まれるプライマーがそれぞれ８ヌクレオチドより長いことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７４】
プライマーの組に含まれるプライマーのうち２種類以上が異なる長さであることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７５】
添加剤が糖または糖の組み合わせを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７６】
添加剤がトレハロース、グルコース、スクロース、または組み合わせを含むことを特徴とする請求項１７５の方法。
【請求項１７７】
添加剤が糖、シャペロン、タンパク質、または組み合わせを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７８】
鎖置換複製が添加剤の存在下で行われることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７９】
添加剤がトレハロースを含むことを特徴とする請求項１７８の方法。
【請求項１８０】
核酸、核酸ポリメラーゼ、添加剤、およびプライマーの組のインキュベートがデオキシリボヌクレオチド三リン酸の存在下であることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１８１】
標的配列から複製された鎖の非標的配列から複製された鎖に対する比率が、核酸が同一の核酸ポリメラーゼおよびプライマーの組の存在下でおよび高温以外は同一の条件下でインキュベートされる場合、標的配列から複製された鎖の非標的配列から複製された鎖に対する比率より小さいことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１８２】
高温が、添加剤、ｄＮＴＰ、およびテンプレート核酸の非存在下で核酸ポリメラーゼがそれ以上の温度で明らかに不活性化される温度であることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１８３】
高温が、添加剤、ｄＮＴＰ、およびテンプレート核酸の非存在下で核酸ポリメラーゼがそれ以上の温度で相当に不活性化される温度であることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１８４】
高温が、添加剤、ｄＮＴＰ、およびテンプレート核酸の非存在下で核酸ポリメラーゼがそれ以上の温度で顕著に不活性化される温度であることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１８５】
全ゲノムを増幅する方法であって、
細胞をアルカリ性条件に曝露して細胞溶解物を生じ、細胞溶解物は全ゲノムを含み、
細胞溶解物のｐＨを低下させて安定化した細胞溶解物を生じ、
および安定化した細胞溶解物を高温にて、鎖置換活性を有する熱不安定性核酸ポリメラーゼ、添加剤、および一組のプライマーの存在下で、核酸の複製を促進する条件下でインキュベートすることを含み、核酸の複製は、複製された鎖を結果として生じ、複製中に、複製された核酸鎖のうち少なくとも１つが、別の複製された鎖の鎖置換複製によって置換され、
標的配列からの複製された鎖の形成が、非標的配列からの複製された鎖の形成よりも有利であることを特徴とする方法。
【請求項１８６】
鎖置換核酸合成を高温にて実施する方法であって、
鎖置換活性を有する熱不安定性核酸ポリメラーゼ、標的配列を含む核酸、一組のプライマー、および添加剤を混合し、
および高温にておよび標的配列へのプライマーのハイブリダイゼーションおよびテンプレート依存的方法でのプライマーの３’末端への連続的なヌクレオチドの付加によるプライマーの伸長に有利になる条件下でインキュベートすることを含み、その伸長の結果として標的配列の複製が生じることを特徴とする方法。
【請求項１８７】
核酸を増幅するためのキットであって、
鎖置換活性を有する熱不安定性核酸ポリメラーゼ、
添加剤、および
一組のプライマーを含み、
標的配列を含む核酸を高温にて、熱不安定性核酸ポリメラーゼ、添加剤、および一組のプライマーの存在下で、核酸の複製を促進する条件下でインキュベートする結果として、複製された鎖が生じおよび非標的配列からの複製された鎖の形成を優先して標的配列からの複製された鎖の形成を生じるキット。
【請求項１８８】
高温が、核酸ポリメラーゼが添加剤の非存在下で実質的にテンプレート依存性重合を行うことができない温度であることを特徴とする請求項１８７のキット。
【請求項１８９】
標的配列を含む核酸を高温にて、熱不安定性核酸ポリメラーゼ、添加剤、および一組のプライマーの存在下で、核酸の複製を促進する条件下でインキュベートする結果として、複製された鎖が生じおよび非標的配列からの複製された鎖の形成を優先して標的配列からの複製された鎖の形成を生じるように、熱不安定性核酸ポリメラーゼ、添加剤、および一組のプライマーが選択されることを特徴とする請求項１８７のキット。
【請求項１９０】
核酸ポリメラーゼがファイ２９ＤＮＡポリメラーゼであることを特徴とする請求項１８７のキット。
【請求項１９１】
添加剤が糖、シャペロン、タンパク質、トレハロース、グルコース、スクロース、または組み合わせであることを特徴とする請求項１８７のキット。
【請求項１９２】
添加剤がトレハロースを含み、プライマーの組がエキソヌクレアーゼ耐性ランダム六量体プライマーを含み、および核酸ポリメラーゼがファイ２９ＤＮＡポリメラーゼを含み、キットがさらに適当な量で混合した際に、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、３７．５ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ７、５０ｍＭ ＫＣｌ、２０ｍＭ硫酸アンモニウム、および１ｍＭ ｄＮＴＰの終濃度を有する反応混合物を生じる１種類以上の 成分を含むことを特徴とする請求項１８７のキット。
【請求項１９３】
さらに、安定化溶液、溶解溶液、プライマーの組、ジチオスレイトール、リン酸緩衝生理食塩水、および対照ＤＮＡテンプレートを含む反応混合物のうち任意の１つまたは組み合わせを含む請求項１８７のキット。
【請求項１９４】
安定化溶液が８００ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ４を含み；溶解溶液が４００ ｍＭ ＫＯＨ、１００ ｍＭ ジチオスレイトール、および１０ ｍＭ ＥＤＴＡを含み；反応混合物が１５０ ｍＭトリス−ＨＣｌ、２００ ｍＭ ＫＣｌ、４０ ｍＭ ＭｇＣｌ２、２０ ｍＭ （ＮＨ４）２ＳＯ４、４ｍＭデオキシヌクレオチド三リン酸、および０．２ｍＭランダム六量体プライマーを含み；ジチオスレイトールが１Ｍジチオスレイトールであり；およびリン酸緩衝生理食塩水が１Ｘリン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．５であることを特徴とする請求項１９３のキット。
【請求項１９５】
核酸を増幅する方法であって、
核酸を含むと見られる試料をアルカリ性条件に曝露し、
試料の全部または一部のｐＨを低下させて安定化された試料を生じ、および
試料からの核酸の複製を促進する条件下で増幅混合物をインキュベートすることを含み、増幅混合物は安定化された試料の全てまたは一部を含み、
核酸の複製の結果として複製された鎖が生じ、複製中に、複製された鎖のうち少なくとも１つが、別の複製された鎖の鎖置換複製によって試料中の核酸から置換され、複製された鎖が低い増幅偏りを有することを特徴とする方法。
【請求項１９６】
増幅混合物中の核酸の濃度が、プライマーのハイブリダイゼーションを核酸の再会合よりも有利にすることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項１９７】
増幅混合物中の核酸の濃度が１０ｎｇ／μｌ以下であることを特徴とする請求項１９６の方法。
【請求項１９８】
増幅混合物中の核酸の濃度が８ｎｇ／μｌ以下、６ｎｇ／μｌ以下、５ｎｇ／μｌ以下、４ｎｇ／μｌ以下、３ｎｇ／μｌ以下、２ｎｇ／μｌ以下、１ｎｇ／μｌ以下、または０．５ｎｇ／μｌ以下であることを特徴とする請求項１９６の方法。
【請求項１９９】
増幅混合物中の核酸の濃度が１００ｎｇ／μｌ以下であることを特徴とする請求項１９６の方法。
【請求項２００】
増幅混合物中の核酸の量が、複製された鎖における低い増幅偏りを結果として生じうる閾値以上であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２０１】
増幅混合物が少なくとも１００ｎｇの核酸を含むことを特徴とする請求項２００の方法。
【請求項２０２】
増幅試料が少なくとも１５０ｎｇ、少なくとも２００ｎｇ、少なくとも３００ｎｇ、少なくとも４００ｎｇ、少なくとも５００ｎｇ、少なくとも１ｍｇ、少なくとも２ｍｇ、または少なくとも３ｍｇの核酸を含むことを特徴とする請求項２０１の方法。
【請求項２０３】
増幅混合物が少なくとも１０ｎｇの核酸を含むことを特徴とする請求項２００の方法。
【請求項２０４】
複製された鎖の増幅偏りが、試料中の少なくとも１０個の標的配列に関して、２０倍未満であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２０５】
複製された鎖の増幅偏りが、試料中の少なくとも１０個の標的配列に関して、１０倍未満であることを特徴とする請求項２０４の方法。
【請求項２０６】
複製された鎖の遺伝子座発現量が、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも１０％であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２０７】
複製された鎖の遺伝子座発現量が、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも１００％であることを特徴とする請求項２０６の方法。
【請求項２０８】
複製された鎖の遺伝子座発現量が、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも１０％であることを特徴とする請求項２０６の方法。
【請求項２０９】
複製された鎖の増幅偏りが５０倍未満であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２１０】
複製された鎖の増幅偏りが４５倍未満、４０倍未満、３５倍未満、３０倍未満、２５倍未満、２０倍未満、１９倍未満、１８倍未満、１７倍未満、１６倍未満、１５倍未満、１４倍未満、１３倍未満、１２倍未満、１１倍未満、１０倍未満、９倍未満、８倍未満、７倍未満、６倍未満、５倍未満、または４倍未満であることを特徴とする請求項２０９の方法。
【請求項２１１】
複製された鎖の増幅偏りが、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して、５０倍未満であることを特徴とする請求項２０９の方法。
【請求項２１２】
試料が細胞を含み、アルカリ性条件が細胞の溶解を促進し、アルカリ性条件が結果として細胞溶解物を生じることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２１３】
試料が、アルカリ性条件の非存在下で相当な細胞溶解を生じる温度を上回ってまたはそのような時間、加熱に供されないことを特徴とする請求項２１２の方法。
【請求項２１４】
試料が核酸を含み、核酸がゲノムを含み、核酸の複製が結果としてゲノムの複製を生じることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２１５】
試料中の核酸の複製が結果としてゲノムの全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とする請求項２１４の方法。
【請求項２１６】
ゲノムが真核ゲノム、植物ゲノム、動物ゲノム、脊椎動物ゲノム、魚類ゲノム、哺乳類ゲノム、ヒトゲノム、細菌ゲノム、微生物ゲノム、またはウイルスゲノムであることを特徴とする請求項２１５の方法。
【請求項２１７】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも５０％を構成することを特徴とする請求項２１４の方法。
【請求項２１８】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも９０％を構成することを特徴とする請求項２１７の方法。
【請求項２１９】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を構成することを特徴とする請求項２１７の方法。
【請求項２２０】
核酸が複数のゲノムを含み、核酸の複製が結果として複数のゲノムの複製を生じることを特徴とする請求項２１４の方法。
【請求項２２１】
ゲノムのうち少なくとも２つが異なる生物のゲノムであることを特徴とする請求項２２０の方法。
【請求項２２２】
少なくとも１つのゲノムがヒトゲノムでありおよび少なくとも１つのゲノムが細菌ゲノム、ウイルスゲノム、微生物ゲノム、または病原体ゲノムであることを特徴とする請求項２２１の方法。
【請求項２２３】
少なくとも１つのゲノムが真核ゲノム、植物ゲノム、動物ゲノム、脊椎動物ゲノム、魚類ゲノム、哺乳類ゲノム、ヒトゲノム、細菌ゲノム、微生物ゲノム、またはウイルスゲノムであり、および少なくとも１つのゲノムが真核ゲノム、植物ゲノム、動物ゲノム、脊椎動物ゲノム、魚類ゲノム、哺乳類ゲノム、ヒトゲノム、細菌ゲノム、微生物ゲノム、またはウイルスゲノムあることを特徴とする請求項２２１の方法。
【請求項２２４】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも５０％を構成することを特徴とする請求項２２０の方法。
【請求項２２５】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも９０％を構成することを特徴とする請求項２２４の方法。
【請求項２２６】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を構成することを特徴とする請求項２２４の方法。
【請求項２２７】
試料が真核試料、植物試料、動物試料、脊椎動物試料、魚類試料、哺乳類試料、ヒト試料、非ヒト試料、細菌試料、微生物試料、ウイルス試料、生物学的試料、血清試料、血漿試料、血液試料、尿試料、精液試料、リンパ液試料、脳脊髄液試料、羊水試料、生検試料、針吸引生検試料、がん試料、腫瘍試料、組織試料、細胞試料、細胞溶解物試料、粗細胞溶解物試料、組織溶解物試料、組織培養細胞試料、口腔塗抹試料、口腔洗浄液試料、糞便試料、ミイラ化組織試料、法医学試料、検死試料、考古学的試料、感染試料、院内感染試料、製品試料、医薬調製物試料、生物学的分子製品試料、タンパク質調製物試料、脂質調製物試料、糖質調製物試料、無生物試料、空気試料、土壌試料、樹液試料、金属試料、化石試料、土砂試料、地球上試料、地球外試料、またはその組み合わせであることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２２８】
試料が血清試料または血漿試料であることを特徴とする請求項２２７の方法。
【請求項２２９】
試料を溶解溶液と混合することによって試料がアルカリ性条件に曝露されることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２３０】
溶解溶液が塩基、緩衝剤、または組み合わせを含むことを特徴とする請求項２２９の方法。
【請求項２３１】
溶解 溶液が塩基を含み、塩基 が水酸化カリウムであることを特徴とする請求項２３０の方法。
【請求項２３２】
溶解溶液が４００ｍＭ ＫＯＨを含むことを特徴とする請求項２３１の方法。
【請求項２３３】
溶解溶液が４００ｍＭ ＫＯＨおよび１０ｍＭ ＥＤＴＡを含むことを特徴とする請求項２３２の方法。
【請求項２３４】
溶解溶液が１００ｍＭ ＫＯＨを含むことを特徴とする請求項２３１の方法。
【請求項２３５】
溶解溶液が１００ｍＭ ＫＯＨおよび２．５ｍＭ ＥＤＴＡを含むことを特徴とする請求項２３４の方法。
【請求項２３６】
試料が等しい容量の溶解溶液と混合されることを特徴とする請求項２２９の方法。
【請求項２３７】
試料のｐＨを約 ｐＨ７．０ ないし約ｐＨ６．８の範囲に低下させることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２３８】
試料を安定化溶液と混合することによって試料のｐＨを低下させることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２３９】
安定化溶液が緩衝剤、酸、または組み合わせを含むことを特徴とする請求項２３８の方法。
【請求項２４０】
安定化溶液が緩衝剤を含み、緩衝剤がトリス−ＨＣｌであることを特徴とする請求項２３９の方法。
【請求項２４１】
安定化溶液が８００ｍＭトリス−ＨＣｌを含むことを特徴とする請求項２４０の方法。
【請求項２４２】
安定化溶液が２００ｍＭトリス−ＨＣｌを含むことを特徴とする請求項２４０の方法。
【請求項２４３】
安定化溶液が２０ｍＭトリス−ＨＣｌを含むことを特徴とする請求項２４０の方法。
【請求項２４４】
試料が等しい容量の安定化溶液と混合されることを特徴とする請求項２３８の方法。
【請求項２４５】
アルカリ性条件への試料の曝露、試料のｐＨの低下、および安定化された試料のインキュベートが、同一の反応チャンバー内で実施されることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２４６】
反応チャンバーが、チューブ、試験管、エッペンドルフチューブ、ベッセル、マイクロベッセル、プレート、ウェル、マイクロウェルプレートのウェル、マイクロタイタープレートのウェル、チャンバー、マイクロ流体チャンバー、マイクロマシンチャンバー、密閉チャンバー、ホール、凹部、小窪、シャーレ、表面、膜、マイクロアレイ、ファイバー、グラスファイバー、光ファイバー、ファイバー織物、フィルム、ビーズ、瓶、チップ、コンパクトディスク、成型ポリマー、粒子および微粒子を含むことを特徴とする請求項２４５の方法。
【請求項２４７】
表面が密閉可能であることを特徴とする請求項２４６の方法。
【請求項２４８】
反応チャンバーが、アクリルアミド、セルロース、ニトロセルロース、ガラス、金、ポリスチレン、ポリエチレンビニルアセテート、ポリプロピレン、ポリメタクリレート、ポリエチレン、ポリエチレンオキサイド、ガラス、ポリシリケート、ポリカーボネート、テフロン、フルオロカーボン、ナイロン、シリコンゴム、ポリ無水物、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリオルトエステル、官能基化シラン、ポリプロピルフマラート、コラーゲン、グリコサミノグリカン、ポリアミノ酸、または組み合わせを含むことを特徴とする請求項２４５の方法。
【請求項２４９】
増幅混合物のインキュベート前に核酸が精製または抽出されないことを特徴とする請求項２４５の方法。
【請求項２５０】
試料中の核酸が試料中の他の物質から分離されないことを特徴とする請求項２４５の方法。
【請求項２５１】
安定化された試料中の核酸が安定化された試料中の他の物質から分離されないことを特徴とする請求項２４５の方法。
【請求項２５２】
安定化された試料中の核酸が、水を除く重量で、純度０．０１％未満、純度０．１％未満、純度０．５％未満、純度１％未満、純度５％未満、純度１０％未満、または純度２０％未満であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２５３】
試料がインキュベート前に相当な精製に供されないことを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２５４】
試料がインキュベート前に遠心分離、抽出、クロマトグラフィー、沈澱、濾過、または透析に供されることを特徴とする請求項２５３の方法。
【請求項２５５】
複製された鎖を検出することをさらに含む、請求項１９５の方法。
【請求項２５６】
複製された鎖を検出することが、複製された鎖の存在、量、または存在および量を検出することを含むことを特徴とする請求項２５５の方法。
【請求項２５７】
複製された鎖の存在、量、または存在および量が、１種類以上の標的配列の存在、量、または存在および量を検出することによって達成されることを特徴とする請求項２５６の方法。
【請求項２５８】
複数の対立遺伝子、遺伝子座、または両方の量が検出されることを特徴とする請求項２５７の方法。
【請求項２５９】
複製された鎖の検出が、試料が核酸を含むことを示すことを特徴とする請求項２５５の方法。
【請求項２６０】
複製された鎖を対立遺伝子欠落について分析し、５００以上の遺伝子座、４００以上の遺伝子座、３００以上の遺伝子座、２００以上の遺伝子座、１００以上の遺伝子座、５０以上の遺伝子座、４０以上の遺伝子座、３０以上の遺伝子座、２０以上の遺伝子座、１５以上の遺伝子座、１０以上の遺伝子座、８以上の遺伝子座、６以上の遺伝子座、５以上の遺伝子座、４以上の遺伝子座、３以上の遺伝子座、２以上の遺伝子座、または１以上の遺伝子座に関して対立遺伝子欠落が無いことを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２６１】
複製された鎖を対立遺伝子欠落について分析し、５００以上の遺伝子座、４００以上の遺伝子座、３００以上の遺伝子座、２００以上の遺伝子座、１００以上の遺伝子座、５０以上の遺伝子座、４０以上の遺伝子座、３０以上の遺伝子座、２０以上の遺伝子座、１５以上の遺伝子座、１０以上の遺伝子座、８以上の遺伝子座、６以上の遺伝子座、５以上の遺伝子座、４以上の遺伝子座、３以上の遺伝子座、２以上の遺伝子座、または１以上の遺伝子座に関して対立遺伝子欠落が５％未満であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２６２】
試料中の核酸の存在を検出する方法であって、
アルカリ性条件に試料を曝露し、
試料のｐＨを低下させて安定化された試料を生じ、および
試料からの核酸の複製を促進する条件下で増幅混合物をインキュベートすることを含み、増幅混合物が安定化された試料の全部または一部を含み、
核酸の複製が結果として複製された鎖を生じ、
複製された鎖を検出し、複製された鎖の検出が、試料が核酸を含むことを示すことを特徴とする方法。
【請求項２６３】
複製された鎖を定量することをさらに含む、請求項２６２の方法。
【請求項２６４】
複製された鎖の量が、試料中に存在する核酸の量の指標であることを特徴とする請求項２６３の方法。
【請求項２６５】
試料が３以上の生物に由来する核酸を含み、複製された鎖が少なくとも１の生物を検出することを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２６６】
試料が全生態系に由来する核酸を含み、複製された鎖が少なくとも１の生物を検出することを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２６７】
試料が実質的に無細胞試料であることを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２６８】
試料が血清試料または血漿試料であることを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２６９】
試料が水試料であることを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２７０】
複製中に、複製された鎖のうち少なくとも１つが、別の複製された鎖の鎖置換複製によって、試料中の核酸から置換されることを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２７１】
核酸が、指数ローリング・サークル増幅（ＥＲＣＡ）、およびローリング・サークル増幅（ＲＣＡ）、複数置換増幅（ＭＤＡ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、核酸配列準拠増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、自己維持的配列複製（３ＳＲ）、Ｑβ−レプリカーゼを用いる増幅、およびサイクルシークエンシング、を用いる複製であることを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２７２】
試料中の生物の存在を検出する方法であって、
アルカリ性条件に試料を曝露し、
試料のｐＨを低下させて安定化された試料を生じ、および
試料からの核酸の複製を促進する条件下で増幅混合物をインキュベートすることを含み、増幅混合物が安定化された試料の全部または一部を含み、核酸の複製が結果として複製された鎖を生じ、および
複製された鎖の配列の１種類以上を含む１種類以上の生物を同定し、それによって試料中の生物の存在を検出する方法。
【請求項２７３】
複製された鎖の１種類以上の配列を得るために、複製された鎖の少なくとも一部を配列決定し、複製された鎖の１種類以上の配列を文字列として用いて核酸配列のデータベースを連続的に検索し、および試料中に存在する可能性が高いおよび試料中に存在する可能性が低い生物の配列として検索の結果を同定し、それによって試料中の生物の存在を検出することにより、複製された鎖の配列の１種類以上を含む１種類以上の生物が同定されることを特徴とする請求項２７２の方法。
【請求項２７４】
試料が全生態系に由来する核酸を含み、試料中の少なくとも１の生物が変異生物であり、その変異生物はデータベース中に存在する同一の種類の生物の配列から変異した配列を含み、複製された鎖の１種類以上の配列を含む生物の種類を同定することによって少なくとも１の生物が同定されることを特徴とする請求項２７３の方法。
【請求項２７５】
複製された鎖の少なくとも一部を配列決定することが、複数の核酸プローブのうち少なくとも１種類へのハイブリダイゼーションによって達成されることを特徴とする請求項２７３の方法。
【請求項２７６】
核酸プローブがマイクロアレイ上に固定化されていることを特徴とする請求項２７５の方法。
【請求項２７７】
２の生物に由来する核酸を試料が含み、複製された鎖の１種類以上の配列を含む生物の種類を同定することによって、両方の生物が同定されることを特徴とする請求項２７２の方法。
【請求項２７８】
２の生物に由来する核酸を試料が含み、複製された鎖の１種類以上の配列を含む生物の種類を同定することによって、少なくとも一方の生物が同定されることを特徴とする請求項２７２の方法。
【請求項２７９】
核酸を増幅する方法であって、
試料をアルカリ性条件に曝露し、
試料の全部または一部のｐＨを低下させて安定化された試料を生じ、および
試料からの核酸の複製を促進する条件下で増幅混合物をインキュベートすることを含み、増幅混合物が安定化された試料の全部または一部を含み、
核酸の複製の結果として複製された鎖が生じ、複製された鎖が低い増幅偏りを有し、増幅混合物中の核酸の濃度が、プライマーのハイブリダイゼーションを核酸の再会合よりも有利にし、増幅混合物中の核酸の量が、複製された鎖における低い増幅偏りを結果として生じうる閾値以上であることを特徴とする方法。
【請求項２８０】
核酸が、指数ローリング・サークル増幅（ＥＲＣＡ）、およびローリング・サークル増幅（ＲＣＡ）、複数置換増幅（ＭＤＡ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、核酸配列準拠増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、自己維持的配列複製（３ＳＲ）、Ｑβ−レプリカーゼを用いる増幅、およびサイクルシークエンシングを用いて複製されることを特徴とする請求項２７９の方法。
【請求項２８１】
核酸増幅のための反応条件を特定する方法であって、
被験試料を試験条件下で増幅して、増幅された核酸を作製し、
増幅された核酸における増幅偏りを測定することを含み、
増幅偏りが目的の閾値未満であれば、その試験条件が核酸増幅のための条件として特定されることを特徴とする方法。
【請求項２８２】
核酸が、指数ローリング・サークル増幅（ＥＲＣＡ）、およびローリング・サークル増幅（ＲＣＡ）、複数置換増幅（ＭＤＡ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、核酸配列準拠増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、自己維持的配列複製（３ＳＲ）、Ｑβ−レプリカーゼを用いる増幅、およびサイクルシークエンシングを用いて複製されることを特徴とする請求項２８１の方法。
【請求項２８３】
核酸増幅のための反応条件を特定する方法であって、
被験試料をアルカリ性条件に曝露し、
被験試料の全部または一部のｐＨを低下させて安定化された被験試料を生じ、および
増幅された核酸を生じる条件下で被験増幅混合物をインキュベートすることを含み、被験増幅混合物が安定化された被験試料の全部または一部を含み、
試験条件が核酸の複製を促進し、被験増幅混合物中の核酸の濃度が被験核酸濃度であり、被験増幅混合物中の核酸の量が核酸の試験量であり、
増幅された核酸における増幅偏りを測定し、増幅偏りが目的の閾値未満であれば、その核酸の試験濃度が核酸増幅のために用いるべき濃度でありおよび核酸のその試験量が核酸増幅に用いるべき閾量であることを特徴とする方法。
【請求項２８４】
核酸を増幅する方法であって、
核酸を含みうる試料をアルカリ性条件に曝露し、
試料の全部または一部のｐＨを低下させて安定化された試料を生じ、および
試料からの核酸の複製を促進する条件下で増幅混合物をインキュベートすることを含み、増幅混合物が安定化された試料の全部または一部を含み、
核酸の複製が結果として複製された鎖を生じ、複製中に、複製された鎖のうち少なくとも１つが、別の複製された鎖の鎖置換複製によって、試料中の核酸から置換され、複製された鎖が目的の閾値未満の増幅偏りを有し、
増幅混合物中の核酸の濃度が所定の濃度以上であり、増幅混合物中の核酸の量が閾量以上であり、所定の濃度および閾量が、
被験試料をアルカリ性条件に曝露し、
被験試料の全部または一部のｐＨを低下させて安定化された被験試料を生じ、および
核酸の複製を促進する条件下で被験増幅混合物をインキュベートして増幅された核酸を生じることを含み、増幅混合物が安定化された試料の全部または一部を含み、
被験増幅混合物中の核酸の濃度が被験核酸濃度であり、被験増幅混合物中の核酸の量が核酸の試験量であり、
増幅された核酸における増幅偏りを測定し、
増幅偏りが目的の閾値未満であれば、その核酸の試験濃度が所定の濃度でありおよび核酸のその試験量が閾量であることによって決定されることを特徴とする方法。
【請求項２８５】
全ゲノムを増幅するためのキットであって、
安定化溶液、
一組のプライマーを含む反応混合物、および
ＤＮＡポリメラーゼを含むＤＮＡポリメラーゼ混合物を含むキット。
【請求項２８６】
１Ｍジチオスレイトール
１Ｘリン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．５、および
対照ＤＮＡテンプレートをさらに含み、
安定化溶液が８００ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ４を含み、
反応混合物が１５０ｍＭトリス−ＨＣｌ、２００ｍＭ ＫＣｌ、４０ｍＭ ＭｇＣｌ２、２０ｍＭ（ＮＨ４）２ＳＯ４、４ｍＭデオキシヌクレオチド三リン酸、および０．２ｍＭランダム六量体プライマーを含み、
ＤＮＡポリメラーゼがφ２９ＤＮＡポリメラーゼである請求項２８５のキット。
【請求項１】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項２】
ゲノムが真核ゲノムであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３】
ゲノムが植物ゲノムであることを特徴とする請求項２の方法。
【請求項４】
ゲノムが動物ゲノムであることを特徴とする請求項２の方法。
【請求項５】
ゲノムが脊椎動物ゲノムであることを特徴とする請求項４の方法。
【請求項６】
ゲノムが魚類ゲノムであることを特徴とする請求項５の方法。
【請求項７】
ゲノムが哺乳類ゲノムであることを特徴とする請求項５の方法。
【請求項８】
ゲノムがヒトゲノムであることを特徴とする請求項７の方法。
【請求項９】
ゲノムが微生物ゲノムまたはウイルスゲノムであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０】
ゲノム核酸試料中の少なくとも１０の核酸配列について増幅偏りが２０倍未満であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１１】
ゲノム核酸試料中の少なくとも１０の核酸配列について増幅偏りが１０倍未満であることを特徴とする請求項１０の方法。
【請求項１２】
プライマーが３ヌクレオチド、４ヌクレオチド、５ヌクレオチド、６ヌクレオチド、７ヌクレオチド、８ヌクレオチド、９ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、１１ヌクレオチド、１２ヌクレオチド、１３ヌクレオチド、１４ヌクレオチド、１５ヌクレオチド、１６ヌクレオチド、１７ヌクレオチド、１８ヌクレオチド、１９ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、２１ヌクレオチド、２２ヌクレオチド、２３ヌクレオチド、２４ヌクレオチド、２５ヌクレオチド、２６ヌクレオチド、２７ヌクレオチド、２８ヌクレオチド、２９ヌクレオチド、または３０ヌクレオチドの長さを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１３】
プライマーが４ヌクレオチド未満、５ヌクレオチド未満、６ヌクレオチド未満、７ヌクレオチド未満、８ヌクレオチド未満、９ヌクレオチド未満、１０ヌクレオチド未満、１１ヌクレオチド未満、１２ヌクレオチド未満、１３ヌクレオチド未満、１４ヌクレオチド未満、１５ヌクレオチド未満、１６ヌクレオチド未満、１７ヌクレオチド未満、１８ヌクレオチド未満、１９ヌクレオチド未満、２０ヌクレオチド未満、２１ヌクレオチド未満、２２ヌクレオチド未満、２３ヌクレオチド未満、２４ヌクレオチド未満、２５ヌクレオチド未満、２６ヌクレオチド未満、２７ヌクレオチド未満、２８ヌクレオチド未満、２９ヌクレオチド未満、３０ヌクレオチド未満、または３１ヌクレオチド未満の長さを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１４】
ゲノム核酸試料を、２０℃、２１℃、２２℃、２３℃、２４℃、２５℃、２６℃、２７℃、２８℃、２９℃、３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、３４℃、３５℃、３６℃、３７℃、３８℃、３９℃、４０℃、４１℃、４２℃、４３℃、４４℃、４５℃、４６℃、４７℃、４８℃、４９℃、５０℃、５１℃、５２℃、５３℃、５４℃、５５℃、５６℃、５７℃、５８℃、５９℃、６０℃、６１℃、６２℃、６３℃、６４℃、６５℃、６６℃、６７℃、６８℃、６９℃、７０℃、７１℃、７２℃、７３℃、７４℃、７５℃、７６℃、７７℃、７８℃、７９℃、または８０℃にてインキュベートすることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１５】
ゲノム核酸試料を、２１℃未満、２２℃未満、２３℃未満、２４℃未満、２５℃未満、２６℃未満、２７℃未満、２８℃未満、２９℃未満、３０℃未満、３１℃未満、３２℃未満、３３℃未満、３４℃未満、３５℃未満、３６℃未満、３７℃未満、３８℃未満、３９℃未満、４０℃未満、４１℃未満、４２℃未満、４３℃未満、４４℃未満、４５℃未満、４６℃未満、４７℃未満、４８℃未満、４９℃未満、５０℃未満、５１℃未満、５２℃未満、５３℃未満、５４℃未満、５５℃未満、５６℃未満、５７℃未満、５８℃未満、５９℃未満、６０℃未満、６１℃未満、６２℃未満、６３℃未満、６４℃未満、６５℃未満、６６℃未満、６７℃未満、６８℃未満、６９℃未満、７０℃未満、７１℃未満、７２℃未満、７３℃未満、７４℃未満、７５℃未満、７６℃未満、７７℃未満、７８℃未満、７９℃未満、または８０℃未満にてインキュベートすることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１６】
ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０３ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０４ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０５ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０６ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０７ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、またはゲノム核酸試料が少なくとも１×１０９ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１７】
プライマー、ＤＮＡポリメラーゼおよびゲノム核酸試料が、１種類の追加のプライマーと、２種類の追加のプライマーと、３種類の追加のプライマーと、４種類の追加のプライマーと、５種類の追加のプライマーと、６種類の追加のプライマーと、７種類の追加のプライマーと、８種類の追加のプライマーと、９種類の追加のプライマーと、１０種類の追加のプライマーと、１１種類の追加のプライマーと、１２種類の追加のプライマーと、１３種類の追加のプライマーと、１４種類の追加のプライマーと、１５種類の追加のプライマーと、１６種類の追加のプライマーと、１７種類の追加のプライマーと、１８種類の追加のプライマーと、１９種類の追加のプライマーと、２０種類の追加のプライマーと、２１種類の追加のプライマーと、２２種類の追加のプライマーと、２３種類の追加のプライマーと、２４種類の追加のプライマーと、２５種類の追加のプライマーと、２６種類の追加のプライマーと、２７種類の追加のプライマーと、２８種類の追加のプライマーと、２９種類の追加のプライマーと、３０種類の追加のプライマーと、３１種類の追加のプライマーと、３２種類の追加のプライマーと、３３種類の追加のプライマーと、３４種類の追加のプライマーと、３５種類の追加のプライマーと、３６種類の追加のプライマーと、３７種類の追加のプライマーと、３８種類の追加のプライマーと、３９種類の追加のプライマーと、４０種類の追加のプライマーと、４１種類の追加のプライマーと、４２種類の追加のプライマーと、４３種類の追加のプライマーと、４４種類の追加のプライマーと、４５種類の追加のプライマーと、４６種類の追加のプライマーと、４７種類の追加のプライマーと、４８種類の追加のプライマーと、４９種類の追加のプライマーと、５０種類の追加のプライマーと、５１種類の追加のプライマーと、５２種類の追加のプライマーと、５３種類の追加のプライマーと、５４種類の追加のプライマーと、５５種類の追加のプライマーと、５６種類の追加のプライマーと、５７種類の追加のプライマーと、５８種類の追加のプライマーと、５９種類の追加のプライマーと、６０種類の追加のプライマーと、６１種類の追加のプライマーと、６２種類の追加のプライマーと、６３種類の追加のプライマーと、７５種類の追加のプライマーと、１００種類の追加のプライマーと、１５０種類の追加のプライマーと、２００種類の追加のプライマーと、３００種類の追加のプライマーと、４００種類の追加のプライマーと、５００種類の追加のプライマーと、７５０種類の追加のプライマーと、または１，０００種類の追加のプライマーと接触させられ、各プライマーが異なる特異的ヌクレオチド配列を有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１８】
プライマーがすべて同一の長さであることを特徴とする請求項１７の方法。
【請求項１９】
プライマー、ＤＮＡポリメラーゼおよびゲノム核酸試料が、２種類未満の追加のプライマーと、３種類未満の追加のプライマーと、４種類未満の追加のプライマーと、５種類未満の追加のプライマーと、６種類未満の追加のプライマーと、７種類未満の追加のプライマーと、８種類未満の追加のプライマーと、９種類未満の追加のプライマーと、１０種類未満の追加のプライマーと、１１種類未満の追加のプライマーと、１２種類未満の追加のプライマーと、１３種類未満の追加のプライマーと、１４種類未満の追加のプライマーと、１５種類未満の追加のプライマーと、１６種類未満の追加のプライマーと、１７種類未満の追加のプライマーと、１８種類未満の追加のプライマーと、１９種類未満の追加のプライマーと、２０種類未満の追加のプライマーと、２１種類未満の追加のプライマーと、２２種類未満の追加のプライマーと、２３種類未満の追加のプライマーと、２４種類未満の追加のプライマーと、２５種類未満の追加のプライマーと、２６種類未満の追加のプライマーと、２７種類未満の追加のプライマーと、２８種類未満の追加のプライマーと、２９種類未満の追加のプライマーと、３０種類未満の追加のプライマーと、３１種類未満の追加のプライマーと、３２種類未満の追加のプライマーと、３３種類未満の追加のプライマーと、３４種類未満の追加のプライマーと、３５種類未満の追加のプライマーと、３６種類未満の追加のプライマーと、３７種類未満の追加のプライマーと、３８種類未満の追加のプライマーと、３９種類未満の追加のプライマーと、４０種類未満の追加のプライマーと、４１種類未満の追加のプライマーと、４２種類未満の追加のプライマーと、４３種類未満の追加のプライマーと、４４種類未満の追加のプライマーと、４５種類未満の追加のプライマーと、４６種類未満の追加のプライマーと、４７種類未満の追加のプライマーと、４８種類未満の追加のプライマーと、４９種類未満の追加のプライマーと、５０種類未満の追加のプライマーと、５１種類未満の追加のプライマーと、５２種類未満の追加のプライマーと、５３種類未満の追加のプライマーと、５４種類未満の追加のプライマーと、５５種類未満の追加のプライマーと、５６種類未満の追加のプライマーと、５７種類未満の追加のプライマーと、５８種類未満の追加のプライマーと、５９種類未満の追加のプライマーと、６０種類未満の追加のプライマーと、６１種類未満の追加のプライマーと、６２種類未満の追加のプライマーと、６３種類未満の追加のプライマーと、６４種類未満の追加のプライマーと、７５種類未満の追加のプライマーと、１００種類未満の追加のプライマーと、１５０種類未満の追加のプライマーと、２００種類未満の追加のプライマーと、３００種類未満の追加のプライマーと、４００種類未満の追加のプライマーと、５００種類未満の追加のプライマーと、７５０種類未満の追加のプライマーと、または１，０００種類未満の追加のプライマーと接触させられ、各プライマーが異なる特異的ヌクレオチド配列を有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項２０】
各プライマーが配列ＡＧＴＧＧＧまたはＡＧＡＧＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２１】
各プライマーが配列ＡＧＣＣＧＧ、ＡＧＴＡＧＧ、またはＡＧＴＴＧＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２２】
各プライマーが配列ＡＧＧＣＧＧ、ＡＧＴＧＧＧ、ＡＧＧＧＡＧ、またはＡＧＴＧＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２３】
各プライマーが配列ＡＧＴＧＧＧ、ＡＧＣＣＡＧ、ＡＧＴＴＡＧ、ＡＧＴＣＡＧ、またはＡＧＡＣＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２４】
各プライマーが配列ＡＧＡＧＧＧ、ＡＧＧＣＡＧ、ＡＧＣＣＡＧ、ＡＧＴＣＡＧ、またはＡＧＡＣＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２５】
各プライマーが配列ＡＧＴＡＧＧ、ＡＧＧＴＧＧ、ＡＧＧＣＡＧ、ＡＧＡＣＡＧ、またはＡＧＴＧＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２６】
各プライマーが配列ＡＧＧＡＧＧ、ＡＧＡＧＧＧ、ＡＧＧＧＡＧ、ＡＧＴＣＡＧ、またはＡＧＣＧＡＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２７】
各プライマーが配列ＣＧＧＴＧＧ、ＴＣＡＣＧＣ、ＣＧＡＧＣＧ、ＧＣＧＴＧＧ、ＡＣＴＣＧＧ、ＡＡＴＣＧＣ、ＣＧＧＡＧＧ、ＣＣＧＡＧＡ、ＧＡＴＣＧＣ、ＡＧＡＧＣＧ、ＡＧＣＧＡＧ、またはＡＣＴＣＣＧのうち異なる１つを有することを特徴とする請求項１９の方法。
【請求項２８】
プライマーが配列ＡＧＴＧＧＧまたはＡＧＡＧＡＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項２９】
プライマーが配列ＡＧＣＣＧＧ、ＡＧＴＡＧＧ、またはＡＧＴＴＧＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３０】
プライマーが配列ＡＧＧＣＧＧ、ＡＧＴＧＧＧ、ＡＧＧＧＡＧ、またはＡＧＴＧＡＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３１】
プライマーが配列ＡＧＴＧＧＧ、ＡＧＣＣＡＧ、ＡＧＴＴＡＧ、ＡＧＴＣＡＧ、またはＡＧＡＣＡＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３２】
プライマーが配列ＡＧＡＧＧＧ、ＡＧＧＣＡＧ、ＡＧＣＣＡＧ、ＡＧＴＣＡＧ、またはＡＧＡＣＡＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３３】
プライマーが配列ＣＧＧＴＧＧ、ＴＣＡＣＧＣ、ＣＧＡＧＣＧ、ＧＣＧＴＧＧ、ＡＣＴＣＧＧ、ＡＡＴＣＧＣ、ＣＧＧＡＧＧ、ＣＣＧＡＧＡ、ＧＡＴＣＧＣ、ＡＧＡＧＣＧ、ＡＧＣＧＡＧ、またはＡＣＴＣＣＧのうち１つを有することを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３４】
プライマーが反復配列中の配列と相補的であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３５】
反復配列がマイクロサテライト配列、ミニサテライト配列、サテライト配列、トランスポゾン配列、リボソームＲＮＡ配列、短い核散在配列（ｓｈｏｒｔ ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ ｎｕｃｌｅａｒ ｅｌｅｍｅｎｔ （ＳＩＮＥ））、または長い核散在配列（ｌｏｎｇ ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ ｎｕｃｌｅａｒ ｅｌｅｍｅｎｔ）（ＬＩＮＥ）であることを特徴とする請求項３４の方法。
【請求項３６】
プライマーが機能共通配列中の配列と相補的であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項３７】
機能共通配列がプロモーター配列、エンハンサー配列、サイレンサー配列、上流調節配列、転写終止部位配列、トランスポゾン調節配列、リボソームＲＮＡ調節配列、またはポリアデニル化部位配列であることを特徴とする請求項３６の方法。
【請求項３８】
機能共通配列が微生物プロモーター配列、微生物エンハンサー配列、微生物サイレンサー配列、微生物上流調節配列、微生物転写終止部位配列、微生物トランスポゾン調節配列、微生物リボソームＲＮＡ調節配列、または微生物ポリアデニル化部位配列であることを特徴とする請求項３７の方法。
【請求項３９】
プライマーが広カバー率プライマーであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項４０】
プライマーが、平均して、５，０００ヌクレオチド以下毎、４，０００ヌクレオチド以下毎、３，０００ヌクレオチド以下毎、２，５００ヌクレオチド以下毎、２，０００ヌクレオチド以下毎、１，５００ヌクレオチド以下毎、１，０００ヌクレオチド以下毎、９００ヌクレオチド以下毎、８００ヌクレオチド以下毎、７００ヌクレオチド以下毎、６００ヌクレオチド以下毎、５００ヌクレオチド以下毎、４００ヌクレオチド以下毎、３００ヌクレオチド以下毎、２００ヌクレオチド以下毎、１００ヌクレオチド以下毎、または５０ヌクレオチド以下毎に、ゲノム核酸試料の核酸分子中に存在する配列と相補的であることを特徴とする請求項３９の方法。
【請求項４１】
プライマーが、ゲノム核酸試料のＧ＋Ｃ比率の２０％以内、１５％以内、１０％以内、９％以内、８％以内、７％以内、６％以内、５％以内、４％以内、３％以内、２％、または１％以内のＧ＋Ｃ比率を有することを特徴とする請求項３９の方法。
【請求項４２】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも１０％の遺伝子座発現量を生じることを特徴とする請求項３９の方法。
【請求項４３】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも１００％の遺伝子座発現量を生じることを特徴とする請求項４２の方法。
【請求項４４】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、少なくとも１０％の遺伝子座発現量を、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする請求項４２の方法。
【請求項４５】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、５０倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項４６】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、４５倍未満、４０倍未満、３５倍未満、３０倍未満、２５倍未満、２０倍未満、１９倍未満、１８倍未満、１７倍未満、１６倍未満、１５倍未満、１４倍未満、１３倍未満、１２倍未満、１１倍未満、１０倍未満、９倍未満、８倍未満、７倍未満、６倍未満、５倍未満、または４倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項４５の方法。
【請求項４７】
プライマーが、使用した種類のゲノム核酸試料について、５０倍未満の増幅偏りを、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする請求項４５の方法。
【請求項４８】
プライマーが内部相補的３'末端を有しないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項４９】
プライマーが核酸試料の非存在下で顕著な複製産物を生じないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５０】
ＤＮＡポリメラーゼがφ２９ＤＮＡポリメラーゼであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５１】
ゲノム核酸試料が変性条件に供されないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５２】
ゲノム核酸試料が熱変性条件に供されないことを特徴とする請求項５１の方法。
【請求項５３】
ゲノム核酸試料がアルカリ性変性条件に供されないことを特徴とする請求項５１の方法。
【請求項５４】
ゲノム核酸試料が変性条件に供されることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５５】
ゲノム核酸試料が熱変性条件に供されることを特徴とする請求項５４の方法。
【請求項５６】
ゲノム核酸試料がアルカリ性変性条件に供されることを特徴とする請求項５４の方法。
【請求項５７】
ゲノム核酸試料中の核酸がゲノム核酸試料中の他の物質から分離されないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５８】
ゲノム核酸試料が粗細胞溶解物であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項５９】
ゲノム核酸試料が、細胞をアルカリ性条件に曝露して細胞溶解物を生じ、細胞溶解物が全ゲノムを含み、および細胞溶解物のｐＨを低下させて安定化した細胞溶解物を生じることによって調製されることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項６０】
細胞を溶解溶液と混合することによって細胞がアルカリ性条件に曝露されることを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６１】
溶解溶液が塩基を含むことを特徴とする請求項６０の方法。
【請求項６２】
細胞溶解物を安定化溶液と混合することによって細胞溶解物のｐＨを低下させることを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６３】
安定化溶液が緩衝剤を含むことを特徴とする請求項６２の方法。
【請求項６４】
安定化溶液が酸を含むことを特徴とする請求項６２の方法。
【請求項６５】
細胞溶解物および安定化された細胞溶解物中の核酸が細胞溶解物中の他の物質から分離されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６６】
細胞溶解物および安定化された細胞溶解物が、インキュベート前に精製に供されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６７】
細胞溶解物、安定化された細胞溶解物、または両方が、インキュベート前に部分精製に供されることを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６８】
細胞溶解物および安定化された細胞溶解物が、インキュベート前に相当な精製に供されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項６９】
インキュベートが実質的に等温であることを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項７０】
細胞溶解物も安定化された細胞溶解物もインキュベートの温度を実質的に上回って加熱されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７１】
細胞溶解物も安定化された細胞溶解物もインキュベートの温度を上回る実質的な加熱に供されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７２】
細胞がインキュベートの温度を実質的に上回って加熱されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７３】
細胞がインキュベートの温度を上回る実質的な加熱に供されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７４】
細胞が、その細胞が増殖する温度を実質的に上回って加熱されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７５】
細胞が、その細胞が増殖する温度を上回る実質的な加熱に供されないことを特徴とする請求項６９の方法。
【請求項７６】
細胞溶解物も安定化された細胞溶解物も、ゲノムの明らかな変性を引き起こしうる温度を上回っておよびそのような時間にわたって加熱されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項７７】
細胞溶解物も安定化された細胞溶解物も、ゲノムの明らかな変性を引き起こしうる温度を上回るおよびそのような時間にわたる加熱に供されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項７８】
細胞が熱によって溶解されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項７９】
アルカリ性条件の非存在下で相当な細胞溶解を引き起こす温度を上回っておよびそのような時間にわたって細胞が加熱されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項８０】
アルカリ性条件の非存在下で相当な細胞溶解を引き起こす温度を上回るおよびそのような時間にわたる加熱に細胞が供されないことを特徴とする請求項５９の方法。
【請求項８１】
プライマー、ゲノム核酸試料およびＤＮＡポリメラーゼを接触させる前に、
ゲノム核酸試料中の核酸分子の相当な変性を促進する条件にゲノム核酸試料を曝露し、それによって変性したゲノム核酸試料を生じ、および条件をゲノム核酸試料中の核酸分子の相当な変性を促進しない条件に変えて変性したゲノム核酸試料を生じることをさらに含む請求項１の方法。
【請求項８２】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、増幅された核酸分子について、ゲノム核酸試料における平均断片長よりも長い平均断片長を結果として生じることを特徴とする請求項８１の方法。
【請求項８３】
ゲノム核酸試料、変性したゲノム核酸試料、または両方がイオン条件に曝露されることを特徴とする請求項８１の方法。
【請求項８４】
ゲノム核酸試料を変性溶液と混合することによっておよびゲノム核酸試料中の核酸分子を相当に変性させる温度におよびそのような時間ゲノム核酸試料を加熱することによって、ゲノム核酸試料が相当な変性を促進する条件に曝露されることを特徴とする請求項８１の方法。
【請求項８５】
プライマーが３'−５'エキソヌクレアーゼに耐性となるようにプライマーが少なくとも１個の修飾ヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項８６】
プライマーが長さ６ヌクレオチドであって、プライマーがヌクレアーゼ耐性となるようにプライマーが少なくとも１個の修飾ヌクレオチドを含み、およびＤＮＡポリメラーゼがφ２９ＤＮＡポリメラーゼであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項８７】
核酸分子の複製を促進する条件が実質的に等温であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項８８】
核酸分子の複製を促進する条件が熱サイクル反応に関係しないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項８９】
核酸分子の複製を促進する条件が熱サイクル反応を含まないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項９０】
プライマーがヌクレオチドを含み、そのヌクレオチドの１種類以上がリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項９１】
ヌクレオチドの約１０％ないし約５０％がリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９０の方法。
【請求項９２】
ヌクレオチドの約５０％ 以上がリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９０の方法。
【請求項９３】
ヌクレオチドの全部がリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９０の方法。
【請求項９４】
プライマーがヌクレオチドを含み、そのヌクレオチドの１種類以上が２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項９５】
ヌクレオチドの約１０％ないし約５０％が２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９４の方法。
【請求項９６】
ヌクレオチドの約５０％ 以上が２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９４の方法。
【請求項９７】
ヌクレオチドの全部が２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドであることを特徴とする請求項９４の方法。
【請求項９８】
プライマーがヌクレオチドを含み、そのヌクレオチドがリボヌクレオチドおよび２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドの混合物であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項９９】
プライマーがヌクレオチドを含み、そのヌクレオチドがデオキシリボヌクレオチドおよび２'−Ｏ−メチルリボヌクレオチドの混合物であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１００】
ゲノム核酸試料が血液試料、尿試料、精液試料、リンパ液試料、脳脊髄液試料、羊水試料、生検試料、針吸引生検試料、がん試料、腫瘍試料、組織試料、細胞試料、細胞溶解物試料、粗細胞溶解物試料、法医学試料、考古学的試料、感染試料、院内感染試料、製品試料、医薬調製物試料、生物学的分子製品試料、タンパク質調製物試料、脂質調製物試料、糖質調製物試料、またはその組み合わせであることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０１】
ゲノム核酸試料が粗細胞溶解物であることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０２】
ゲノム核酸試料が細胞溶解を超えて処理されないことを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０３】
増幅された核酸分子が分析されることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０４】
増幅された核酸分子が１種類以上のＤＮＡチップを用いて分析されることを特徴とする請求項１０３の方法。
【請求項１０５】
増幅された核酸分子がハイブリダイゼーションによって分析されることを特徴とする請求項１０３の方法。
【請求項１０６】
増幅された核酸分子が核酸配列決定によって分析されることを特徴とする請求項１０３の方法。
【請求項１０７】
増幅された核酸分子がその分析の前、後、または前および後の両方に保存されることを特徴とする請求項１０３の方法。
【請求項１０８】
プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および第２のゲノム核酸試料を接触させ、および第２のゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で第２のゲノム核酸試料をインキュベートすることをさらに含み、
第２のゲノム核酸試料はゲノムの全部または相当な部分を含み、第２のゲノム核酸試料中の核酸分子の複製は鎖置換複製によって進行し、第２のゲノム核酸試料中の核酸分子の複製の結果として第２のゲノム核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製が生じることを特徴とする請求項１の方法。
【請求項１０９】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料と同一の種類の生物に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１０】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料と同一の種類の組織に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１１】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料と同一の生物に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１２】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる時に得られることを特徴とする請求項１１１の方法。
【請求項１１３】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる生物に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１４】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる種類の組織に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１５】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる種の生物に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１６】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる系統の生物に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１７】
第２のゲノム核酸試料が第１のゲノム核酸試料とは異なる細胞区画に由来する試料であることを特徴とする請求項１０８の方法。
【請求項１１８】
ゲノムを増幅する方法であって、１，０００種類未満のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
各プライマーが異なる特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１１９】
ＤＮＡポリメラーゼおよびゲノム核酸試料が、２種類未満のプライマーと、３種類未満のプライマーと、４種類未満のプライマーと、５種類未満のプライマーと、６種類未満のプライマーと、７種類未満のプライマーと、８種類未満のプライマーと、９種類未満のプライマーと、１０種類未満のプライマーと、１１種類未満のプライマーと、１２種類未満のプライマーと、１３種類未満のプライマーと、１４種類未満のプライマーと、１５種類未満のプライマーと、１６種類未満のプライマーと、１７種類未満のプライマーと、１８種類未満のプライマーと、１９種類未満のプライマーと、２０種類未満のプライマーと、２１種類未満のプライマーと、２２種類未満のプライマーと、２３種類未満のプライマーと、２４種類未満のプライマーと、２５種類未満のプライマーと、２６種類未満のプライマーと、２７種類未満のプライマーと、２８種類未満のプライマーと、２９種類未満のプライマーと、３０種類未満のプライマーと、３１種類未満のプライマーと、３２種類未満のプライマーと、３３種類未満のプライマーと、３４種類未満のプライマーと、３５種類未満のプライマーと、３６種類未満のプライマーと、３７種類未満のプライマーと、３８種類未満のプライマーと、３９種類未満のプライマーと、４０種類未満のプライマーと、４１種類未満のプライマーと、４２種類未満のプライマーと、４３種類未満のプライマーと、４４種類未満のプライマーと、４５種類未満のプライマーと、４６種類未満のプライマーと、４７種類未満のプライマーと、４８種類未満のプライマーと、４９種類未満のプライマーと、５０種類未満のプライマーと、５１種類未満のプライマーと、５２種類未満のプライマーと、５３種類未満のプライマーと、５４種類未満のプライマーと、５５種類未満のプライマーと、５６種類未満のプライマーと、５７種類未満のプライマーと、５８種類未満のプライマーと、５９種類未満のプライマーと、６０種類未満のプライマーと、６１種類未満のプライマーと、６２種類未満のプライマーと、６３種類未満のプライマーと、６４種類未満のプライマーと、７５種類未満のプライマーと、１００種類未満のプライマーと、１５０種類未満のプライマーと、２００種類未満のプライマーと、３００種類未満のプライマーと、４００種類未満のプライマーと、５００種類未満のプライマーと、７５０種類未満のプライマーと、または１，０００種類未満のプライマーと接触させられることを特徴とする請求項１１８の方法。
【請求項１２０】
明らかな配列複雑性を有する核酸試料を増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および核酸試料を接触させ、および核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、核酸試料が少なくとも１×１０４ヌクレオチドの配列複雑性を有し、核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、核酸試料中の核酸分子の複製が結果として核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１２１】
核酸試料が少なくとも１×１０５ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、核酸試料が少なくとも１×１０６ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、核酸試料が少なくとも１×１０７ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有するか、または核酸試料が少なくとも１×１０９ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする請求項１２０の方法。
【請求項１２２】
核酸試料がゲノム、染色体、染色体断片、人工染色体、酵母人工染色体、細菌人工染色体、コスミド、または組み合わせであるかまたはそれに由来することを特徴とする請求項１２０の方法。
【請求項１２３】
核酸試料が血液試料、尿試料、精液試料、リンパ液試料、脳脊髄液試料、羊水試料、生検試料、針吸引生検試料、がん試料、腫瘍試料、組織試料、細胞試料、細胞溶解物試料、粗細胞溶解物試料、法医学試料、考古学的試料、感染試料、院内感染試料、製品試料、医薬調製物試料、生物学的分子製品試料、タンパク質調製物試料、脂質調製物試料、糖質調製物試料、またはその組み合わせであるかまたはそれに由来することを特徴とする請求項１２０の方法。
【請求項１２４】
核酸試料が真核生物、植物、および動物、海産動物、脊椎動物、哺乳類、またはヒトであるかまたはそれに由来することを特徴とする請求項１２０の方法。
【請求項１２５】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０９ヌクレオチドの配列複雑性を有し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも０．０１％の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１２６】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも０．１％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも２０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも３０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも４０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも６０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも７０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９６％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９７％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９８％、またはゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９９％の複製を生じることを特徴とする請求項１２５の方法。
【請求項１２７】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも０．１％の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１２８】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも２０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも３０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも４０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも６０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも７０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９６％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９７％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９８％、またはゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９９％の複製を生じることを特徴とする請求項１２７の方法。
【請求項１２９】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０７ヌクレオチドの配列複雑性を有し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１％の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１３０】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも２０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも３０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも４０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも６０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも７０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９６％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９７％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９８％、またはゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９９％の複製を生じることを特徴とする請求項１２９の方法。
【請求項１３１】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０６ヌクレオチドの配列複雑性を有し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも１０％の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１３２】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも２０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも３０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも４０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも５０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも６０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも７０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９６％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９７％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９８％、またはゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９９％の複製を生じることを特徴とする請求項１３１の方法。
【請求項１３３】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料が少なくとも１×１０５ヌクレオチドの配列複雑性を有し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％の複製を生じることを特徴とする方法。
【請求項１３４】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９０％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９５％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９６％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９７％、ゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９８％、またはゲノム核酸試料中の核酸配列の少なくとも９９％の複製を生じることを特徴とする請求項１３３の方法。
【請求項１３５】
ゲノムを増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果として少なくとも１０％の遺伝子座発現量を、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする方法。
【請求項１３６】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも１００％の遺伝子座発現量を、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする請求項１３５の方法。
【請求項１３７】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として少なくとも１０％の遺伝子座発現量を、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする請求項１３５の方法。
【請求項１３８】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として５０倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項１３５の方法。
【請求項１３９】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として４５倍未満、４０倍未満、３５倍未満、３０倍未満、２５倍未満、２０倍未満、１９倍未満、１８倍未満、１７倍未満、１６倍未満、１５倍未満、１４倍未満、１３倍未満、１２倍未満、１１倍未満、１０倍未満、９倍未満、８倍未満、７倍未満、６倍未満、５倍未満、または４倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項１３８の方法。
【請求項１４０】
ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として５０倍未満の増幅偏りを、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して生じることを特徴とする請求項１３８の方法。
【請求項１４１】
高い配列複雑性の核酸試料を増幅する方法であって、単一のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および核酸試料を接触させ、および核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で核酸試料をインキュベートすることを含み、
プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、核酸試料が少なくとも１×１０３ヌクレオチドの配列複雑性を有し、核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、核酸試料中の核酸分子の複製が結果として少なくとも１０％の配列発現量を、少なくとも５個の異なる標的配列に関して生じることを特徴とする方法。
【請求項１４２】
核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも１００％の配列発現量を、少なくとも５個の異なる標的配列に関して生じることを特徴とする請求項１４１の方法。
【請求項１４３】
核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として少なくとも１０％の配列発現量を、少なくとも６個の異なる標的配列、少なくとも７個の異なる標的配列、少なくとも８個の異なる標的配列、少なくとも９個の異なる標的配列、少なくとも１０個の異なる標的配列、少なくとも１１個の異なる標的配列、少なくとも１２個の異なる標的配列、少なくとも１３個の異なる標的配列、少なくとも１４個の異なる標的配列、少なくとも１５個の異なる標的配列、少なくとも１６個の異なる標的配列、少なくとも１７個の異なる標的配列、少なくとも１８個の異なる標的配列、少なくとも１９個の異なる標的配列、少なくとも２０個の異なる標的配列、少なくとも２５個の異なる標的配列、少なくとも３０個の異なる標的配列、少なくとも４０個の異なる標的配列、少なくとも５０個の異なる標的配列、少なくとも７５個の異なる標的配列、または少なくとも１００個の異なる標的配列に関して生じることを特徴とする請求項１４１の方法。
【請求項１４４】
核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として５０倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項１４１の方法。
【請求項１４５】
核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として４５倍未満、４０倍未満、３５倍未満、３０倍未満、２５倍未満、２０倍未満、１９倍未満、１８倍未満、１７倍未満、１６倍未満、１５倍未満、１４倍未満、１３倍未満、１２倍未満、１１倍未満、１０倍未満、９倍未満、８倍未満、７倍未満、６倍未満、５倍未満、または４倍未満の増幅偏りを生じることを特徴とする請求項１４４の方法。
【請求項１４６】
核酸試料中の核酸分子の複製が、結果として５０倍未満の増幅偏りを、少なくとも５個の異なる標的配列に関して、少なくとも６個の異なる標的配列、少なくとも７個の異なる標的配列、少なくとも８個の異なる標的配列、少なくとも９個の異なる標的配列、少なくとも１０個の異なる標的配列、少なくとも１１個の異なる標的配列、少なくとも１２個の異なる標的配列、少なくとも１３個の異なる標的配列、少なくとも１４個の異なる標的配列、少なくとも１５個の異なる標的配列、少なくとも１６個の異なる標的配列、少なくとも１７個の異なる標的配列、少なくとも１８個の異なる標的配列、少なくとも１９個の異なる標的配列、少なくとも２０個の異なる標的配列、少なくとも２５個の異なる標的配列、少なくとも３０個の異なる標的配列、少なくとも４０個の異なる標的配列、少なくとも５０個の異なる標的配列、少なくとも７５個の異なる標的配列、または少なくとも１００個の異なる標的配列に関して生じることを特徴とする請求項１４４の方法。
【請求項１４７】
ゲノムを増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸配列の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に選択核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％の複製を生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１４８】
プライマーの組がさらに少なくとも１種類の追加のプライマーを含むことを特徴とする請求項１４７の方法。
【請求項１４９】
プライマーの組が少なくとも１種類の非選択プライマーをさらに含み、その非選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に選択核酸試料中の核酸配列の８０％未満の複製を生じることを特徴とする請求項１４７の方法。
【請求項１５０】
ゲノムを増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に、２０倍未満の増幅偏りを、選択核酸試料中の少なくとも１０個の核酸配列に関して生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１５１】
ゲノムを増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、およびゲノム核酸試料を接触させ、およびゲノム核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でゲノム核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、ゲノム核酸試料がゲノムの全部または相当な部分を含み、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、ゲノム核酸試料中の核酸分子の複製が結果としてゲノム核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に、少なくとも１０％の配列発現量を、選択核酸試料中の少なくとも１０個の核酸配列に関して生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１５２】
核酸を増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および核酸試料を接触させ、および核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、核酸試料中の核酸分子の複製が結果として核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に、選択核酸試料中の核酸配列の少なくとも８０％の複製を生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１５３】
プライマーの組がさらに少なくとも１種類の追加のプライマーを含むことを特徴とする請求項１５２の方法。
【請求項１５４】
プライマーの組が少なくとも１種類の非選択プライマーをさらに含み、その非選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に選択核酸試料中の核酸配列の８０％未満の複製を生じることを特徴とする請求項１５２の方法。
【請求項１５５】
核酸試料が少なくとも１×１０３ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする請求項１５２の方法。
【請求項１５６】
核酸を増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および核酸試料を接触させ、および核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、核酸試料中の核酸分子の複製が結果として核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に、２０倍未満の増幅偏りを、選択核酸試料中の少なくとも１０個の核酸配列に関して生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１５７】
核酸を増幅する方法であって、一組のプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および核酸試料を接触させ、および核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下で核酸試料をインキュベートすることを含み、
そのプライマーの組が１種類以上の選択プライマーを含み、各選択プライマーが特異的ヌクレオチド配列を有し、核酸試料中の核酸分子の複製が鎖置換複製によって進行し、核酸試料中の核酸分子の複製が結果として核酸試料中の核酸分子の全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とし、
その組に含まれる各選択プライマーが、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、および選択核酸試料を接触させ選択核酸試料中の核酸分子の複製を促進する条件下でインキュベートする際に、少なくとも１０％の配列発現量を、選択核酸試料中の少なくとも１０個の核酸配列に関して生じることができ、選択核酸試料が少なくとも１×１０８ヌクレオチドの配列複雑性を有することを特徴とする方法。
【請求項１５８】
核酸を増幅する方法であって、標的配列を含む核酸を高温にて、鎖置換活性を有する熱不安定性核酸ポリメラーゼ、添加剤、および一組のプライマーの存在下で、核酸の複製を促進する条件下でインキュベートすることを含み、核酸の複製が、複製された鎖を結果として生じ、複製中に、複製された核酸鎖のうち少なくとも１つが、別の複製された鎖の鎖置換複製によって置換され、標的配列からの複製された鎖の形成が、非標的配列からの複製された鎖の形成よりも有利であることを特徴とする方法。
【請求項１５９】
高温が、核酸ポリメラーゼが添加剤の非存在下で実質的にテンプレート依存性重合を行うことができない温度であることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６０】
高温が摂氏３０度より高い温度であることを特徴とする請求項１５９の方法。
【請求項１６１】
高温が摂氏３２度より高い温度であることを特徴とする請求項１５９の方法。
【請求項１６２】
高温が摂氏３５度より高い温度であることを特徴とする請求項１５９の方法。
【請求項１６３】
高温が摂氏３７度より高い温度であることを特徴とする請求項１５９の方法。
【請求項１６４】
熱不安定性核酸ポリメラーゼがファイ２９ＤＮＡポリメラーゼであることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６５】
熱不安定性核酸ポリメラーゼがファイ２９ＤＮＡポリメラーゼ、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｓｔ大断片ＤＮＡポリメラーゼ、ＢｃａＤＮＡポリメラーゼ、ファージＭ２ＤＮＡポリメラーゼ、ファージφＰＲＤ１ＤＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡポリメラーゼＩのクレノー断片、Ｔ５ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼホロ酵素、または組み合わせであることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６６】
プライマーの組が少なくとも２種類のプライマーを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６７】
プライマーの組が少なくとも１０種類のプライマーを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６８】
プライマーの組が少なくとも５０種類のプライマーを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１６９】
プライマーの組が少なくとも２００種類のプライマーを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７０】
プライマーの組が１０２３種類より多いプライマーを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７１】
プライマーの組に含まれるプライマーがそれぞれ長さ６ヌクレオチドであることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７２】
プライマーの組に含まれるプライマーがそれぞれ長さ８ヌクレオチドであることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７３】
プライマーの組に含まれるプライマーがそれぞれ８ヌクレオチドより長いことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７４】
プライマーの組に含まれるプライマーのうち２種類以上が異なる長さであることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７５】
添加剤が糖または糖の組み合わせを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７６】
添加剤がトレハロース、グルコース、スクロース、または組み合わせを含むことを特徴とする請求項１７５の方法。
【請求項１７７】
添加剤が糖、シャペロン、タンパク質、または組み合わせを含むことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７８】
鎖置換複製が添加剤の存在下で行われることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１７９】
添加剤がトレハロースを含むことを特徴とする請求項１７８の方法。
【請求項１８０】
核酸、核酸ポリメラーゼ、添加剤、およびプライマーの組のインキュベートがデオキシリボヌクレオチド三リン酸の存在下であることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１８１】
標的配列から複製された鎖の非標的配列から複製された鎖に対する比率が、核酸が同一の核酸ポリメラーゼおよびプライマーの組の存在下でおよび高温以外は同一の条件下でインキュベートされる場合、標的配列から複製された鎖の非標的配列から複製された鎖に対する比率より小さいことを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１８２】
高温が、添加剤、ｄＮＴＰ、およびテンプレート核酸の非存在下で核酸ポリメラーゼがそれ以上の温度で明らかに不活性化される温度であることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１８３】
高温が、添加剤、ｄＮＴＰ、およびテンプレート核酸の非存在下で核酸ポリメラーゼがそれ以上の温度で相当に不活性化される温度であることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１８４】
高温が、添加剤、ｄＮＴＰ、およびテンプレート核酸の非存在下で核酸ポリメラーゼがそれ以上の温度で顕著に不活性化される温度であることを特徴とする請求項１５８の方法。
【請求項１８５】
全ゲノムを増幅する方法であって、
細胞をアルカリ性条件に曝露して細胞溶解物を生じ、細胞溶解物は全ゲノムを含み、
細胞溶解物のｐＨを低下させて安定化した細胞溶解物を生じ、
および安定化した細胞溶解物を高温にて、鎖置換活性を有する熱不安定性核酸ポリメラーゼ、添加剤、および一組のプライマーの存在下で、核酸の複製を促進する条件下でインキュベートすることを含み、核酸の複製は、複製された鎖を結果として生じ、複製中に、複製された核酸鎖のうち少なくとも１つが、別の複製された鎖の鎖置換複製によって置換され、
標的配列からの複製された鎖の形成が、非標的配列からの複製された鎖の形成よりも有利であることを特徴とする方法。
【請求項１８６】
鎖置換核酸合成を高温にて実施する方法であって、
鎖置換活性を有する熱不安定性核酸ポリメラーゼ、標的配列を含む核酸、一組のプライマー、および添加剤を混合し、
および高温にておよび標的配列へのプライマーのハイブリダイゼーションおよびテンプレート依存的方法でのプライマーの３’末端への連続的なヌクレオチドの付加によるプライマーの伸長に有利になる条件下でインキュベートすることを含み、その伸長の結果として標的配列の複製が生じることを特徴とする方法。
【請求項１８７】
核酸を増幅するためのキットであって、
鎖置換活性を有する熱不安定性核酸ポリメラーゼ、
添加剤、および
一組のプライマーを含み、
標的配列を含む核酸を高温にて、熱不安定性核酸ポリメラーゼ、添加剤、および一組のプライマーの存在下で、核酸の複製を促進する条件下でインキュベートする結果として、複製された鎖が生じおよび非標的配列からの複製された鎖の形成を優先して標的配列からの複製された鎖の形成を生じるキット。
【請求項１８８】
高温が、核酸ポリメラーゼが添加剤の非存在下で実質的にテンプレート依存性重合を行うことができない温度であることを特徴とする請求項１８７のキット。
【請求項１８９】
標的配列を含む核酸を高温にて、熱不安定性核酸ポリメラーゼ、添加剤、および一組のプライマーの存在下で、核酸の複製を促進する条件下でインキュベートする結果として、複製された鎖が生じおよび非標的配列からの複製された鎖の形成を優先して標的配列からの複製された鎖の形成を生じるように、熱不安定性核酸ポリメラーゼ、添加剤、および一組のプライマーが選択されることを特徴とする請求項１８７のキット。
【請求項１９０】
核酸ポリメラーゼがファイ２９ＤＮＡポリメラーゼであることを特徴とする請求項１８７のキット。
【請求項１９１】
添加剤が糖、シャペロン、タンパク質、トレハロース、グルコース、スクロース、または組み合わせであることを特徴とする請求項１８７のキット。
【請求項１９２】
添加剤がトレハロースを含み、プライマーの組がエキソヌクレアーゼ耐性ランダム六量体プライマーを含み、および核酸ポリメラーゼがファイ２９ＤＮＡポリメラーゼを含み、キットがさらに適当な量で混合した際に、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、３７．５ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ７、５０ｍＭ ＫＣｌ、２０ｍＭ硫酸アンモニウム、および１ｍＭ ｄＮＴＰの終濃度を有する反応混合物を生じる１種類以上の 成分を含むことを特徴とする請求項１８７のキット。
【請求項１９３】
さらに、安定化溶液、溶解溶液、プライマーの組、ジチオスレイトール、リン酸緩衝生理食塩水、および対照ＤＮＡテンプレートを含む反応混合物のうち任意の１つまたは組み合わせを含む請求項１８７のキット。
【請求項１９４】
安定化溶液が８００ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ４を含み；溶解溶液が４００ ｍＭ ＫＯＨ、１００ ｍＭ ジチオスレイトール、および１０ ｍＭ ＥＤＴＡを含み；反応混合物が１５０ ｍＭトリス−ＨＣｌ、２００ ｍＭ ＫＣｌ、４０ ｍＭ ＭｇＣｌ２、２０ ｍＭ （ＮＨ４）２ＳＯ４、４ｍＭデオキシヌクレオチド三リン酸、および０．２ｍＭランダム六量体プライマーを含み；ジチオスレイトールが１Ｍジチオスレイトールであり；およびリン酸緩衝生理食塩水が１Ｘリン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．５であることを特徴とする請求項１９３のキット。
【請求項１９５】
核酸を増幅する方法であって、
核酸を含むと見られる試料をアルカリ性条件に曝露し、
試料の全部または一部のｐＨを低下させて安定化された試料を生じ、および
試料からの核酸の複製を促進する条件下で増幅混合物をインキュベートすることを含み、増幅混合物は安定化された試料の全てまたは一部を含み、
核酸の複製の結果として複製された鎖が生じ、複製中に、複製された鎖のうち少なくとも１つが、別の複製された鎖の鎖置換複製によって試料中の核酸から置換され、複製された鎖が低い増幅偏りを有することを特徴とする方法。
【請求項１９６】
増幅混合物中の核酸の濃度が、プライマーのハイブリダイゼーションを核酸の再会合よりも有利にすることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項１９７】
増幅混合物中の核酸の濃度が１０ｎｇ／μｌ以下であることを特徴とする請求項１９６の方法。
【請求項１９８】
増幅混合物中の核酸の濃度が８ｎｇ／μｌ以下、６ｎｇ／μｌ以下、５ｎｇ／μｌ以下、４ｎｇ／μｌ以下、３ｎｇ／μｌ以下、２ｎｇ／μｌ以下、１ｎｇ／μｌ以下、または０．５ｎｇ／μｌ以下であることを特徴とする請求項１９６の方法。
【請求項１９９】
増幅混合物中の核酸の濃度が１００ｎｇ／μｌ以下であることを特徴とする請求項１９６の方法。
【請求項２００】
増幅混合物中の核酸の量が、複製された鎖における低い増幅偏りを結果として生じうる閾値以上であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２０１】
増幅混合物が少なくとも１００ｎｇの核酸を含むことを特徴とする請求項２００の方法。
【請求項２０２】
増幅試料が少なくとも１５０ｎｇ、少なくとも２００ｎｇ、少なくとも３００ｎｇ、少なくとも４００ｎｇ、少なくとも５００ｎｇ、少なくとも１ｍｇ、少なくとも２ｍｇ、または少なくとも３ｍｇの核酸を含むことを特徴とする請求項２０１の方法。
【請求項２０３】
増幅混合物が少なくとも１０ｎｇの核酸を含むことを特徴とする請求項２００の方法。
【請求項２０４】
複製された鎖の増幅偏りが、試料中の少なくとも１０個の標的配列に関して、２０倍未満であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２０５】
複製された鎖の増幅偏りが、試料中の少なくとも１０個の標的配列に関して、１０倍未満であることを特徴とする請求項２０４の方法。
【請求項２０６】
複製された鎖の遺伝子座発現量が、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも１０％であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２０７】
複製された鎖の遺伝子座発現量が、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも１００％であることを特徴とする請求項２０６の方法。
【請求項２０８】
複製された鎖の遺伝子座発現量が、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも１０％であることを特徴とする請求項２０６の方法。
【請求項２０９】
複製された鎖の増幅偏りが５０倍未満であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２１０】
複製された鎖の増幅偏りが４５倍未満、４０倍未満、３５倍未満、３０倍未満、２５倍未満、２０倍未満、１９倍未満、１８倍未満、１７倍未満、１６倍未満、１５倍未満、１４倍未満、１３倍未満、１２倍未満、１１倍未満、１０倍未満、９倍未満、８倍未満、７倍未満、６倍未満、５倍未満、または４倍未満であることを特徴とする請求項２０９の方法。
【請求項２１１】
複製された鎖の増幅偏りが、少なくとも５個の異なる遺伝子座に関して、少なくとも６個の異なる遺伝子座、少なくとも７個の異なる遺伝子座、少なくとも８個の異なる遺伝子座、少なくとも９個の異なる遺伝子座、少なくとも１０個の異なる遺伝子座、少なくとも１１個の異なる遺伝子座、少なくとも１２個の異なる遺伝子座、少なくとも１３個の異なる遺伝子座、少なくとも１４個の異なる遺伝子座、少なくとも１５個の異なる遺伝子座、少なくとも１６個の異なる遺伝子座、少なくとも１７個の異なる遺伝子座、少なくとも１８個の異なる遺伝子座、少なくとも１９個の異なる遺伝子座、少なくとも２０個の異なる遺伝子座、少なくとも２５個の異なる遺伝子座、少なくとも３０個の異なる遺伝子座、少なくとも４０個の異なる遺伝子座、少なくとも５０個の異なる遺伝子座、少なくとも７５個の異なる遺伝子座、または少なくとも１００個の異なる遺伝子座に関して、５０倍未満であることを特徴とする請求項２０９の方法。
【請求項２１２】
試料が細胞を含み、アルカリ性条件が細胞の溶解を促進し、アルカリ性条件が結果として細胞溶解物を生じることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２１３】
試料が、アルカリ性条件の非存在下で相当な細胞溶解を生じる温度を上回ってまたはそのような時間、加熱に供されないことを特徴とする請求項２１２の方法。
【請求項２１４】
試料が核酸を含み、核酸がゲノムを含み、核酸の複製が結果としてゲノムの複製を生じることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２１５】
試料中の核酸の複製が結果としてゲノムの全部または相当な部分の複製を生じることを特徴とする請求項２１４の方法。
【請求項２１６】
ゲノムが真核ゲノム、植物ゲノム、動物ゲノム、脊椎動物ゲノム、魚類ゲノム、哺乳類ゲノム、ヒトゲノム、細菌ゲノム、微生物ゲノム、またはウイルスゲノムであることを特徴とする請求項２１５の方法。
【請求項２１７】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも５０％を構成することを特徴とする請求項２１４の方法。
【請求項２１８】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも９０％を構成することを特徴とする請求項２１７の方法。
【請求項２１９】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を構成することを特徴とする請求項２１７の方法。
【請求項２２０】
核酸が複数のゲノムを含み、核酸の複製が結果として複数のゲノムの複製を生じることを特徴とする請求項２１４の方法。
【請求項２２１】
ゲノムのうち少なくとも２つが異なる生物のゲノムであることを特徴とする請求項２２０の方法。
【請求項２２２】
少なくとも１つのゲノムがヒトゲノムでありおよび少なくとも１つのゲノムが細菌ゲノム、ウイルスゲノム、微生物ゲノム、または病原体ゲノムであることを特徴とする請求項２２１の方法。
【請求項２２３】
少なくとも１つのゲノムが真核ゲノム、植物ゲノム、動物ゲノム、脊椎動物ゲノム、魚類ゲノム、哺乳類ゲノム、ヒトゲノム、細菌ゲノム、微生物ゲノム、またはウイルスゲノムであり、および少なくとも１つのゲノムが真核ゲノム、植物ゲノム、動物ゲノム、脊椎動物ゲノム、魚類ゲノム、哺乳類ゲノム、ヒトゲノム、細菌ゲノム、微生物ゲノム、またはウイルスゲノムあることを特徴とする請求項２２１の方法。
【請求項２２４】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも５０％を構成することを特徴とする請求項２２０の方法。
【請求項２２５】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも９０％を構成することを特徴とする請求項２２４の方法。
【請求項２２６】
ゲノムが増幅混合物中の核酸の少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を構成することを特徴とする請求項２２４の方法。
【請求項２２７】
試料が真核試料、植物試料、動物試料、脊椎動物試料、魚類試料、哺乳類試料、ヒト試料、非ヒト試料、細菌試料、微生物試料、ウイルス試料、生物学的試料、血清試料、血漿試料、血液試料、尿試料、精液試料、リンパ液試料、脳脊髄液試料、羊水試料、生検試料、針吸引生検試料、がん試料、腫瘍試料、組織試料、細胞試料、細胞溶解物試料、粗細胞溶解物試料、組織溶解物試料、組織培養細胞試料、口腔塗抹試料、口腔洗浄液試料、糞便試料、ミイラ化組織試料、法医学試料、検死試料、考古学的試料、感染試料、院内感染試料、製品試料、医薬調製物試料、生物学的分子製品試料、タンパク質調製物試料、脂質調製物試料、糖質調製物試料、無生物試料、空気試料、土壌試料、樹液試料、金属試料、化石試料、土砂試料、地球上試料、地球外試料、またはその組み合わせであることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２２８】
試料が血清試料または血漿試料であることを特徴とする請求項２２７の方法。
【請求項２２９】
試料を溶解溶液と混合することによって試料がアルカリ性条件に曝露されることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２３０】
溶解溶液が塩基、緩衝剤、または組み合わせを含むことを特徴とする請求項２２９の方法。
【請求項２３１】
溶解 溶液が塩基を含み、塩基 が水酸化カリウムであることを特徴とする請求項２３０の方法。
【請求項２３２】
溶解溶液が４００ｍＭ ＫＯＨを含むことを特徴とする請求項２３１の方法。
【請求項２３３】
溶解溶液が４００ｍＭ ＫＯＨおよび１０ｍＭ ＥＤＴＡを含むことを特徴とする請求項２３２の方法。
【請求項２３４】
溶解溶液が１００ｍＭ ＫＯＨを含むことを特徴とする請求項２３１の方法。
【請求項２３５】
溶解溶液が１００ｍＭ ＫＯＨおよび２．５ｍＭ ＥＤＴＡを含むことを特徴とする請求項２３４の方法。
【請求項２３６】
試料が等しい容量の溶解溶液と混合されることを特徴とする請求項２２９の方法。
【請求項２３７】
試料のｐＨを約 ｐＨ７．０ ないし約ｐＨ６．８の範囲に低下させることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２３８】
試料を安定化溶液と混合することによって試料のｐＨを低下させることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２３９】
安定化溶液が緩衝剤、酸、または組み合わせを含むことを特徴とする請求項２３８の方法。
【請求項２４０】
安定化溶液が緩衝剤を含み、緩衝剤がトリス−ＨＣｌであることを特徴とする請求項２３９の方法。
【請求項２４１】
安定化溶液が８００ｍＭトリス−ＨＣｌを含むことを特徴とする請求項２４０の方法。
【請求項２４２】
安定化溶液が２００ｍＭトリス−ＨＣｌを含むことを特徴とする請求項２４０の方法。
【請求項２４３】
安定化溶液が２０ｍＭトリス−ＨＣｌを含むことを特徴とする請求項２４０の方法。
【請求項２４４】
試料が等しい容量の安定化溶液と混合されることを特徴とする請求項２３８の方法。
【請求項２４５】
アルカリ性条件への試料の曝露、試料のｐＨの低下、および安定化された試料のインキュベートが、同一の反応チャンバー内で実施されることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２４６】
反応チャンバーが、チューブ、試験管、エッペンドルフチューブ、ベッセル、マイクロベッセル、プレート、ウェル、マイクロウェルプレートのウェル、マイクロタイタープレートのウェル、チャンバー、マイクロ流体チャンバー、マイクロマシンチャンバー、密閉チャンバー、ホール、凹部、小窪、シャーレ、表面、膜、マイクロアレイ、ファイバー、グラスファイバー、光ファイバー、ファイバー織物、フィルム、ビーズ、瓶、チップ、コンパクトディスク、成型ポリマー、粒子および微粒子を含むことを特徴とする請求項２４５の方法。
【請求項２４７】
表面が密閉可能であることを特徴とする請求項２４６の方法。
【請求項２４８】
反応チャンバーが、アクリルアミド、セルロース、ニトロセルロース、ガラス、金、ポリスチレン、ポリエチレンビニルアセテート、ポリプロピレン、ポリメタクリレート、ポリエチレン、ポリエチレンオキサイド、ガラス、ポリシリケート、ポリカーボネート、テフロン、フルオロカーボン、ナイロン、シリコンゴム、ポリ無水物、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリオルトエステル、官能基化シラン、ポリプロピルフマラート、コラーゲン、グリコサミノグリカン、ポリアミノ酸、または組み合わせを含むことを特徴とする請求項２４５の方法。
【請求項２４９】
増幅混合物のインキュベート前に核酸が精製または抽出されないことを特徴とする請求項２４５の方法。
【請求項２５０】
試料中の核酸が試料中の他の物質から分離されないことを特徴とする請求項２４５の方法。
【請求項２５１】
安定化された試料中の核酸が安定化された試料中の他の物質から分離されないことを特徴とする請求項２４５の方法。
【請求項２５２】
安定化された試料中の核酸が、水を除く重量で、純度０．０１％未満、純度０．１％未満、純度０．５％未満、純度１％未満、純度５％未満、純度１０％未満、または純度２０％未満であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２５３】
試料がインキュベート前に相当な精製に供されないことを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２５４】
試料がインキュベート前に遠心分離、抽出、クロマトグラフィー、沈澱、濾過、または透析に供されることを特徴とする請求項２５３の方法。
【請求項２５５】
複製された鎖を検出することをさらに含む、請求項１９５の方法。
【請求項２５６】
複製された鎖を検出することが、複製された鎖の存在、量、または存在および量を検出することを含むことを特徴とする請求項２５５の方法。
【請求項２５７】
複製された鎖の存在、量、または存在および量が、１種類以上の標的配列の存在、量、または存在および量を検出することによって達成されることを特徴とする請求項２５６の方法。
【請求項２５８】
複数の対立遺伝子、遺伝子座、または両方の量が検出されることを特徴とする請求項２５７の方法。
【請求項２５９】
複製された鎖の検出が、試料が核酸を含むことを示すことを特徴とする請求項２５５の方法。
【請求項２６０】
複製された鎖を対立遺伝子欠落について分析し、５００以上の遺伝子座、４００以上の遺伝子座、３００以上の遺伝子座、２００以上の遺伝子座、１００以上の遺伝子座、５０以上の遺伝子座、４０以上の遺伝子座、３０以上の遺伝子座、２０以上の遺伝子座、１５以上の遺伝子座、１０以上の遺伝子座、８以上の遺伝子座、６以上の遺伝子座、５以上の遺伝子座、４以上の遺伝子座、３以上の遺伝子座、２以上の遺伝子座、または１以上の遺伝子座に関して対立遺伝子欠落が無いことを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２６１】
複製された鎖を対立遺伝子欠落について分析し、５００以上の遺伝子座、４００以上の遺伝子座、３００以上の遺伝子座、２００以上の遺伝子座、１００以上の遺伝子座、５０以上の遺伝子座、４０以上の遺伝子座、３０以上の遺伝子座、２０以上の遺伝子座、１５以上の遺伝子座、１０以上の遺伝子座、８以上の遺伝子座、６以上の遺伝子座、５以上の遺伝子座、４以上の遺伝子座、３以上の遺伝子座、２以上の遺伝子座、または１以上の遺伝子座に関して対立遺伝子欠落が５％未満であることを特徴とする請求項１９５の方法。
【請求項２６２】
試料中の核酸の存在を検出する方法であって、
アルカリ性条件に試料を曝露し、
試料のｐＨを低下させて安定化された試料を生じ、および
試料からの核酸の複製を促進する条件下で増幅混合物をインキュベートすることを含み、増幅混合物が安定化された試料の全部または一部を含み、
核酸の複製が結果として複製された鎖を生じ、
複製された鎖を検出し、複製された鎖の検出が、試料が核酸を含むことを示すことを特徴とする方法。
【請求項２６３】
複製された鎖を定量することをさらに含む、請求項２６２の方法。
【請求項２６４】
複製された鎖の量が、試料中に存在する核酸の量の指標であることを特徴とする請求項２６３の方法。
【請求項２６５】
試料が３以上の生物に由来する核酸を含み、複製された鎖が少なくとも１の生物を検出することを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２６６】
試料が全生態系に由来する核酸を含み、複製された鎖が少なくとも１の生物を検出することを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２６７】
試料が実質的に無細胞試料であることを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２６８】
試料が血清試料または血漿試料であることを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２６９】
試料が水試料であることを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２７０】
複製中に、複製された鎖のうち少なくとも１つが、別の複製された鎖の鎖置換複製によって、試料中の核酸から置換されることを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２７１】
核酸が、指数ローリング・サークル増幅（ＥＲＣＡ）、およびローリング・サークル増幅（ＲＣＡ）、複数置換増幅（ＭＤＡ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、核酸配列準拠増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、自己維持的配列複製（３ＳＲ）、Ｑβ−レプリカーゼを用いる増幅、およびサイクルシークエンシング、を用いる複製であることを特徴とする請求項２６２の方法。
【請求項２７２】
試料中の生物の存在を検出する方法であって、
アルカリ性条件に試料を曝露し、
試料のｐＨを低下させて安定化された試料を生じ、および
試料からの核酸の複製を促進する条件下で増幅混合物をインキュベートすることを含み、増幅混合物が安定化された試料の全部または一部を含み、核酸の複製が結果として複製された鎖を生じ、および
複製された鎖の配列の１種類以上を含む１種類以上の生物を同定し、それによって試料中の生物の存在を検出する方法。
【請求項２７３】
複製された鎖の１種類以上の配列を得るために、複製された鎖の少なくとも一部を配列決定し、複製された鎖の１種類以上の配列を文字列として用いて核酸配列のデータベースを連続的に検索し、および試料中に存在する可能性が高いおよび試料中に存在する可能性が低い生物の配列として検索の結果を同定し、それによって試料中の生物の存在を検出することにより、複製された鎖の配列の１種類以上を含む１種類以上の生物が同定されることを特徴とする請求項２７２の方法。
【請求項２７４】
試料が全生態系に由来する核酸を含み、試料中の少なくとも１の生物が変異生物であり、その変異生物はデータベース中に存在する同一の種類の生物の配列から変異した配列を含み、複製された鎖の１種類以上の配列を含む生物の種類を同定することによって少なくとも１の生物が同定されることを特徴とする請求項２７３の方法。
【請求項２７５】
複製された鎖の少なくとも一部を配列決定することが、複数の核酸プローブのうち少なくとも１種類へのハイブリダイゼーションによって達成されることを特徴とする請求項２７３の方法。
【請求項２７６】
核酸プローブがマイクロアレイ上に固定化されていることを特徴とする請求項２７５の方法。
【請求項２７７】
２の生物に由来する核酸を試料が含み、複製された鎖の１種類以上の配列を含む生物の種類を同定することによって、両方の生物が同定されることを特徴とする請求項２７２の方法。
【請求項２７８】
２の生物に由来する核酸を試料が含み、複製された鎖の１種類以上の配列を含む生物の種類を同定することによって、少なくとも一方の生物が同定されることを特徴とする請求項２７２の方法。
【請求項２７９】
核酸を増幅する方法であって、
試料をアルカリ性条件に曝露し、
試料の全部または一部のｐＨを低下させて安定化された試料を生じ、および
試料からの核酸の複製を促進する条件下で増幅混合物をインキュベートすることを含み、増幅混合物が安定化された試料の全部または一部を含み、
核酸の複製の結果として複製された鎖が生じ、複製された鎖が低い増幅偏りを有し、増幅混合物中の核酸の濃度が、プライマーのハイブリダイゼーションを核酸の再会合よりも有利にし、増幅混合物中の核酸の量が、複製された鎖における低い増幅偏りを結果として生じうる閾値以上であることを特徴とする方法。
【請求項２８０】
核酸が、指数ローリング・サークル増幅（ＥＲＣＡ）、およびローリング・サークル増幅（ＲＣＡ）、複数置換増幅（ＭＤＡ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、核酸配列準拠増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、自己維持的配列複製（３ＳＲ）、Ｑβ−レプリカーゼを用いる増幅、およびサイクルシークエンシングを用いて複製されることを特徴とする請求項２７９の方法。
【請求項２８１】
核酸増幅のための反応条件を特定する方法であって、
被験試料を試験条件下で増幅して、増幅された核酸を作製し、
増幅された核酸における増幅偏りを測定することを含み、
増幅偏りが目的の閾値未満であれば、その試験条件が核酸増幅のための条件として特定されることを特徴とする方法。
【請求項２８２】
核酸が、指数ローリング・サークル増幅（ＥＲＣＡ）、およびローリング・サークル増幅（ＲＣＡ）、複数置換増幅（ＭＤＡ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、核酸配列準拠増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、自己維持的配列複製（３ＳＲ）、Ｑβ−レプリカーゼを用いる増幅、およびサイクルシークエンシングを用いて複製されることを特徴とする請求項２８１の方法。
【請求項２８３】
核酸増幅のための反応条件を特定する方法であって、
被験試料をアルカリ性条件に曝露し、
被験試料の全部または一部のｐＨを低下させて安定化された被験試料を生じ、および
増幅された核酸を生じる条件下で被験増幅混合物をインキュベートすることを含み、被験増幅混合物が安定化された被験試料の全部または一部を含み、
試験条件が核酸の複製を促進し、被験増幅混合物中の核酸の濃度が被験核酸濃度であり、被験増幅混合物中の核酸の量が核酸の試験量であり、
増幅された核酸における増幅偏りを測定し、増幅偏りが目的の閾値未満であれば、その核酸の試験濃度が核酸増幅のために用いるべき濃度でありおよび核酸のその試験量が核酸増幅に用いるべき閾量であることを特徴とする方法。
【請求項２８４】
核酸を増幅する方法であって、
核酸を含みうる試料をアルカリ性条件に曝露し、
試料の全部または一部のｐＨを低下させて安定化された試料を生じ、および
試料からの核酸の複製を促進する条件下で増幅混合物をインキュベートすることを含み、増幅混合物が安定化された試料の全部または一部を含み、
核酸の複製が結果として複製された鎖を生じ、複製中に、複製された鎖のうち少なくとも１つが、別の複製された鎖の鎖置換複製によって、試料中の核酸から置換され、複製された鎖が目的の閾値未満の増幅偏りを有し、
増幅混合物中の核酸の濃度が所定の濃度以上であり、増幅混合物中の核酸の量が閾量以上であり、所定の濃度および閾量が、
被験試料をアルカリ性条件に曝露し、
被験試料の全部または一部のｐＨを低下させて安定化された被験試料を生じ、および
核酸の複製を促進する条件下で被験増幅混合物をインキュベートして増幅された核酸を生じることを含み、増幅混合物が安定化された試料の全部または一部を含み、
被験増幅混合物中の核酸の濃度が被験核酸濃度であり、被験増幅混合物中の核酸の量が核酸の試験量であり、
増幅された核酸における増幅偏りを測定し、
増幅偏りが目的の閾値未満であれば、その核酸の試験濃度が所定の濃度でありおよび核酸のその試験量が閾量であることによって決定されることを特徴とする方法。
【請求項２８５】
全ゲノムを増幅するためのキットであって、
安定化溶液、
一組のプライマーを含む反応混合物、および
ＤＮＡポリメラーゼを含むＤＮＡポリメラーゼ混合物を含むキット。
【請求項２８６】
１Ｍジチオスレイトール
１Ｘリン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．５、および
対照ＤＮＡテンプレートをさらに含み、
安定化溶液が８００ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ４を含み、
反応混合物が１５０ｍＭトリス−ＨＣｌ、２００ｍＭ ＫＣｌ、４０ｍＭ ＭｇＣｌ２、２０ｍＭ（ＮＨ４）２ＳＯ４、４ｍＭデオキシヌクレオチド三リン酸、および０．２ｍＭランダム六量体プライマーを含み、
ＤＮＡポリメラーゼがφ２９ＤＮＡポリメラーゼである請求項２８５のキット。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【公表番号】特表２００６−５１２０９４（Ｐ２００６−５１２０９４Ａ）
【公表日】平成１８年４月１３日（２００６．４．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００５−５１０００７（Ｐ２００５−５１０００７）
【出願日】平成１５年１２月１９日（２００３．１２．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０４０３６４
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０５８９８７
【国際公開日】平成１６年７月１５日（２００４．７．１５）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
テフロン
【出願人】（５９９０７２６１１）キアゲン ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング (83)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１８年４月１３日（２００６．４．１３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年１２月１９日（２００３．１２．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０４０３６４
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０５８９８７
【国際公開日】平成１６年７月１５日（２００４．７．１５）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
テフロン
【出願人】（５９９０７２６１１）キアゲン ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング (83)
【Ｆターム（参考）】
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