本出願人は、結腸直腸癌に対する生物指標である、ＩＢＡＢＰ−Ｌと呼ばれる回腸胆汁酸結合タンパク質（ＩＢＡＢＰ）の新規変異体を同定した。ＩＢＡＢＰ−Ｌに対する転写物は、選択的開始部位から生じ、ＩＢＡＢＰには存在しない３つのエクソンを含む。ＩＢＡＢＰ−Ｌはまた、ＩＢＡＢＰと第４エクソンの部分を共有する。ＩＢＡＢＰ−Ｌによってコードされるタンパク質は、ＩＢＡＢＰタンパク質には見られない推定される４９残基のＮ末端配列を含む。本発明は、結腸直腸癌を診断するための方法、この発見に基づく他の組成物及び方法を提供する。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
政府の権利に関する陳述
本発明は、少なくとも部分的には、アメリカ合衆国の政府からの助成金によって支援されている（国立衛生研究所の認可番号Ｒ２１ ＣＡ １１６３２９）。政府は、本発明に関するある種の権利を有するものである。
【０００２】
関連案件への相互参照
この出願は、参照により本明細書中に援用される、２００５年９月２１日出願の米国仮特許出願シリアル第６０／７１９，７４７号の優先権を主張する。
【０００３】
技術分野
本発明は、結腸直腸癌の検出、特に、診断目的に有用な結腸直腸癌に対する生物指標に関する。
【背景技術】
【０００４】
背景情報
結腸直腸癌は、米国において３番目に多い流行性の悪性腫瘍であり、２００５年には、約１４，５００人が新規に診断され、５６，０００人が死亡している［Ｃａｎｃｅｒ Ｆａｃｔｓ ａｎｄ Ｆｉｇｕｒｅｓ ２００５，Ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，ＤＣ：Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｏｃｉｅｔｙ，Ｉｎｃ．），２００５］。結腸直腸癌に対して最も共通した非侵襲的試験は、糞便潜血検査（ＦＯＢＴ）であり、それは、３０年を超えて使用されている。不幸なことに、ＦＯＢＴの感度は、依然として約５０％であり、全ての癌腫が出血するわけではないため、初期の悪性腫瘍は検出されない場合がある（Ａｇｒａｗａｌ ａｎｄ Ｓｙｎｇａｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．２１：５９−６３，２００５）。ＦＯＢＴに関連した非常に多くの偽陽性のために、依然として、、結腸鏡検査及びＳ状結腸鏡検査が結腸癌の検出の判断基準となっている（Ｓｍｉｔｈら，ＣＡ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ．Ｃｌｉｎ．５５：３１−４４，２００５）。これらの侵襲的試験は、費用がかかり、スタッフの非常な訓練を必要とし、不快であり、腸せん孔及び可能性のある志望の危険性を上昇させる（Ｄａｖｉｅｓら，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ ５：１９９−２０９，２００５）。結論として、結腸直腸癌に対する新規な分子指標及び診断試験に対する多大な必要性が未だに残されている。
【０００５】
１９４０年と同じ位の初期に発癌物質として認められた胆汁酸（Ｃｏｏｋら，Ｎａｔｕｒｅ １４５：６２７，１９４０）のような結腸癌に対する既知の危険因子と関連したタンパク質の発現における変更を見出すことが期待され、それ以来、結腸癌の発生率と強く結びついていた（Ｗｕｎｄｅｒ ａｎｄ Ｒｅｄｄｙ，Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．５０：１０９９−１１０６，１９７３；Ｃｒｏｗｔｈｅｒら，Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ３４：１９１−１９８，１９７６；Ｒｅｄｄｙら，Ｃａｎｃｅｒ ４２：２８３２−２８３８，１９７８；Ｊｅｎｓｅｎら，Ｎｕｔｒ．Ｃａｎｃｅｒ ４：５−１９，１９８２；Ｈｉｌｌら，Ｎｕｔｒ．Ｃａｎｃｅｒ ４：６７−７３，１９８２；Ｄｏｍｅｌｌｏｆら，Ｎｕｔｒ．Ｃａｎｃｅｒ ４：１２０−１２７，１９８２）。ほんの僅かな試験が、結腸直腸癌における潜在的な生物指標として胆汁酸応答経路におけるタンパク質について試験している（ＤｅＧｏｔｔａｒｄｉら，Ｄｉｇ．Ｄｉｓ．Ｓｃｉ．４９：９８２−９８９，２００４）。
【０００６】
胆汁酸の恒常性に関与するタンパク質の１つは、回腸胆汁酸結合タンパク質（ＩＢＡＢＰ）であり、脂肪酸結合タンパク質（ＦＡＢＰ）ファミリーの一部である１４ｋＤａの細胞質タンパク質である。ＩＢＡＢＰは、第５染色体上のｆａｂｐ６遺伝子によってコードされている（Ｆｕｊｉｔａら，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２３３：４０６−４２３，１９９５）；ＩＢＡＢＰは、脂肪酸の代わりに胆汁酸に結合するため、このタンパク質ファミリーのうちで独特である（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１９２：９−１６，１９９９）。さらに、胆汁酸は、腸においてフェルネソイド−Ｘ受容体（ＦＸＲ）に結合する（Ｍａｋｉｓｈｉｍａら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８４：１３６２−１３６５，１９９９；Ｗａｎｇら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ ３：５４３−５５３，１９９９；Ｐａｒｋｓら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８４：１３６５−１３６８，１９９９）ことによって，ＩＢＡＢＰの発現を誘導し（Ｋａｎｄａら，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３３０（Ｐｔ．１）：２６１−２６５，１９９８）、それにより、ＩＢＡＢＰプロモーターにおける胆汁酸応答エレメントを活性化する（Ｇｒｏｂｅｒら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４：２９７４９−２９７５４，１９９９）。これらの特性、及び腸上皮におけるその局在に基づいて、ＩＢＡＢＰは、コレステロール恒常性の調節の中心となる胆汁酸輸送及びバッファリング活性に関与してもよい（Ｆｕｃｈｓ，Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ．Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌ．２８４：Ｇ５５１−Ｇ５５７，２００３）。
【０００７】
患者における結腸癌を同定するための精確であり、感度のよい診断が必要となる。本発明は、この必要性及び他の必要性を満たす。
【発明の開示】
【０００８】
発明の概要
ＩＢＡＢＰの遺伝子構造の本出願人の分析は、驚くべきことに、ＩＢＡＢＰ−Ｌと呼んでいるＩＢＡＢＰの新規な変形体を示している。ＩＢＡＢＰ−Ｌは、ＩＢＡＢＰ中の代わりの開始部位から生じ、結果として、そのＮ末端で唯一４９個のアミノ酸の長さである配列を有するタンパク質をコードする。最も顕著には、ＩＢＡＢＰ−Ｌは、結腸直腸癌のあらゆる段階で、そして、悪性結腸ポリープで情報制御される。対照的に、１４ｋＤａのＩＢＡＢＰをコードするより短い転写物の発現は、結腸直腸癌において顕著に変化していない。
【０００９】
本発明の一態様によれば、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに対して少なくとも９０％、９５％、９９％または１００％核酸配列同一性を有する配列を含み、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的にハイブリダイズする単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【００１０】
本発明の別の態様によれば、下記に定義されるような天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドに対して少なくとも９０％、又は９５％、又は９９％核酸配列同一性を有する少なくとも１００個のヌクレオチドの長さである配列を含む単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【００１１】
本発明の別の態様によれば、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドの少なくとも１５、２０、若しくは３０個の近接したヌクレオチド、又は天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドの全体、又は天然のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ若しくはｃＤＮＡの全長タンパク質をコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチドが提供され、ここで、単離されたポリヌクレオチドは、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドと選択的にハイブリダイズする。
【００１２】
本発明の別の態様によれば、（ａ）天然のＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端ポリペプチドの少なくとも４個の隣接するアミノ酸を含む少なくとも１１個のアミノ酸のポリペプチドをコードし、そして、（ｂ）哺乳動物に導入した場合、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する抗体を誘発する単離されたポリヌクレオチドが提供される。一例の態様では、前記ポリペプチドは、ＩＢＡＢＰ−ＬのＮ末端ポリペプチドの少なくとも５、６、７、８、９、又は１０個の隣接するアミノ酸を含む。
【００１３】
本発明の別の態様によれば、上述の単離されたポリヌクレオチドのいずれかは、胆汁酸に結合するポリペプチドをコードする。
【００１４】
上述したポリヌクレオチドのいずれかを含む細胞、ベクター（発現ベクターを含む）、プローブ及びプライマー、並びにこのようなベクターを含む細胞もまた提供される。
【００１５】
本発明の別の態様によれば、（ａ）天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドの少なくとも１５個の隣接するヌクレオチドを含む第１プライマー；（ｂ）天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接するヌクレオチドを含む第２プライマー；そして、（ｃ）第１プライマー、第２プライマー、及びＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを含む試料を用いて実行される増幅反応が、該試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡの存在を指示する増幅産物を生成する第１プライマー及び第２プライマーを同封している適したパッケージを含むキットが提供される。このようなキットの一態様によれば、第２プライマーは、ＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする。
【００１６】
このようなキットはまた、天然のＩＢＡＢＰポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接するヌクレオチドを含む第３プライマーを含む；第１、第２及び第３、並びに試料を用いて実行さえる増幅反応は、該試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡの存在を指示する第１増幅産物、及び該試料中のＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡの存在を指示する第２増幅産物を生成する。このようなキットにある第３プライマーは、天然のＩＢＡＢＰエクソン４ａポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接するヌクレオチドを場合により含む。
【００１７】
このようなキットはまた、場合により、第４プライマーを含む。一態様によれば、第３プライマーは、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接するヌクレオチドを含み、第４プライマーは、天然のＩＢＡＢＰポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接するヌクレオチドを含む。第１、第２、第３及び第４プライマー、並びに該試料を用いて実行するポリメラーゼ連鎖反応は、該試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡの存在を指示する第１増幅産物、及び該試料中のＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡの存在を指示する第２増幅産物を生成する。場合により、第３プライマー又は第４プライマーは、天然のＩＢＡＢＰエクソン４ａポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接するヌクレオチドを含む。
【００１８】
本発明の別の態様によれば、天然のＩＢＡＢＰ Ｎ末端ポリペプチドに対して少なくとも９０％、９５％、９９％、又は１００％のアミノ酸配列同一性を有する配列（場合により、１５、２０、３０、若しくは４０、またはそれを超えるアミノ酸残基を有する）を含む単離されたポリペプチドが提供され、ここで、哺乳動物への単離されたポリペプチドの導入は、ＩＢＡＢＰ−Ｌに選択的に結合する抗体の産生を誘発する。
【００１９】
本発明の別の態様によれば、ＩＢＡＢＰ−ＬのＮ末端ポリペプチド由来の少なくとも１１、１２、１３、１５、２０、３０個の隣接するアミノ酸の配列、又はＩＢＡＢＰ−ＬのＮ末端ポリペプチド、又は天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む単離されたポリペプチドが提供され、ここで、哺乳動物への該単離されたポリペプチドの導入は、ＩＢＡＢＰ−Ｌに選択的に結合する抗体の産生を誘発する。本発明の一例の態様によれば、単離されたポリペプチドは胆汁酸に結合する。
【００２０】
本発明の別の態様によれば、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端ポリペプチドの少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１２、又は１５個の隣接するアミノ酸を含む、長さにして少なくとも１１個のアミノ酸残基の単離されたポリペプチドが提供され、ここで、哺乳動物への単離されたポリペプチドの導入は、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する抗体の産生を誘発する。
【００２１】
本発明の別の態様によれば、結腸直腸癌を治療又は予防するのに効果的であるＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの量、及び医薬として許容される担体を含む医薬組成物が提供される。
【００２２】
本発明の別の態様によれば、結腸直腸癌を有する患者または結腸直腸癌を発症する危険性のある患者を治療するための製剤を製造するための方法が提供され、このような方法は、医薬として有効量のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを用いて該製剤を調合することを含む。
【００２３】
本発明の別の態様によれば、有効量のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む組成物をそれを必要とする患者に投与することを含む、結腸直腸癌を治療又は予防するための方法が提供される。
【００２４】
本発明の別の態様によれば、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合するポリクローナル、モノクローナル、キメラ、ヒト化、一本鎖、及び断片抗体が提供される。
【００２５】
本発明の別の態様によれば、（ａ）上述した単離されたポリヌクレオチドのいずれかを含む発現ベクター、又は（ｂ）上述した単離されたポリペプチドのいずれかを哺乳動物に導入し、それにより、抗体の酸性を誘発することを含む、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する抗体を製造するための方法が提供される。
【００２６】
試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド又はポリヌクレオチドの存在を同定し、又は測定するため；ＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドの比を決定するため；試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ）とＩＢＡＢＰポリヌクレオチドの比を決定するための種々の方法がまた、本発明によって提供される。このような方法は、多様な目的のために有用であり、限定されないが、個体における結腸直腸癌の存在を検出すること；結腸直腸癌を患っている患者の治療経過の進行を評価すること；結腸直腸癌を発症する危険性が増加している個体を同定すること；結腸直腸癌に対する特定の治療に応答する可能性のある個体を同定することなどが含まれる。試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド若しくはポリペプチド、又は試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ／ＩＢＡＢＰポリヌクレオチド若しくはポリペプチド比の測定において実行される方法において、その測定は、参照、例えば、個体由来の対照試料からの類似の測定、１以上の異なる時間点で採取した個体からの測定（例えば、治療開始前の基準測定、または治療中および／または治療経過後の１以上の時間点での測定）；健常である、種々の段階の結腸直腸癌を患っている、結腸直腸癌を発症する危険性が増大しているなどの一群の個体から採取した測定由来の値；及び、他のこのような参照値と比較することができる。
【００２７】
したがって、本発明の別の態様によれば、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの存在を検出する方法が提供され、このような方法は、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する本発明に係る抗体と試料とを接触させ、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに対する抗体の結合を検出することを含む。このような方法を体現するアッセイの例には、限定されないが、ＥＬＩＳＡ及びバイオ−バーコードアッセイが含まれる。一例の態様によれば、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドは、例えば、該試料中のポリペプチドへの抗体の結合を測定することによって測定される（即ち、定量的に実行される）。
【００２８】
本発明の別の態様によれば、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド及びＩＢＡＢＰポリペプチドを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドの比を決定する方法が提供される。一例の態様には、（ａ）ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する第１抗体と試料とを接触させ、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに対する第１抗体の結合を測定すること；（ｂ）ＩＢＡＢＰポリペプチド及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する第二抗体と試料とを接触させ、該試料中のＩＢＡＢＰポリペプチド及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに対する第２抗体の結合の結合を測定すること；そして、（ｃ）該試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドの比を計算することを含む。工程（ａ）及び（ｂ）は、場合により、単一反応において実行される。このような方法の例には、ＥＬＩＳＡ又はバイオ−バーコードアッセイがある。
【００２９】
本発明の別の態様によれば、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む試料中にＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ）の存在を検出するための方法が提供され、このような方法は、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的に結合するポリヌクレオチドを含むプローブ又はプライマーと該試料とを接触させ、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに対してプローブ又はプライマーの結合を検出することを含む。一例の態様では、前記試料は、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を含む第１プライマー、及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を含む第２プライマーと接触させられ、増幅反応（例えば、ＰＣＲ反応、例えば、定量的ＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲ反応）を実行し、そして、該試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドの存在を指示する増幅産物が検出される。別の態様として、このような方法は、バイオ−バーコードアッセイを実行することを含む。一例の態様によれば、該試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドは、例えば、該試料中のポリペプチドに対するプローブ又はプライマーの結合を測定することによって測定される（例えば、定量的に実行される）。
【００３０】
本発明の別の態様によれば、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド及びＩＢＡＢＰポリヌクレオチドを含む試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡとＩＢＡＢＰポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ）の比を決定する方法が提供される。一例の態様は、（ａ）ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする第１プローブと試料とを接触させること；（ｂ）該試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに対する第１プローブのハイブリダイゼーションを測定すること；（ｃ）ＩＢＡＢＰポリヌクレオチド及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする第２プローブと該試料とを接触させること；（ｄ）該試料中のＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに対する第２プローブのハイブリダイゼーションを測定すること；（ｅ）該試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリヌクレオチドとＩＢＡＢＰポリヌクレオチドの比を計算することを含む。別のこのような態様では、（１）ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする少なくとも１つのプライマーと試料とを接触させ、第１増幅反応（例えば、ＰＣＲ、限定されないが、ＲＴ−ＰＣＲを含む）を実行して、該試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドの存在を指示する第１増幅産物を生成すること；（ｂ）ＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする少なくとも１つのプライマーと試料とを接触させ、第２増幅反応を実行して、該試料中のＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドの存在を指示する第２増幅産物を生成すること；（ｃ）第１増幅産物及び第２増幅産物を測定すること；（ｄ）該試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリヌクレオチドとＩＢＡＢＰポリヌクレオチドの比を計算することを含む。このような方法において、接触工程及び増幅反応を実行する工程は、場合により、単一反応で実行される。別のこのような態様では、バイオ−バーコードアッセイが採用される。
【００３１】
本発明の別の態様によれば、個体における結腸直腸癌を検出するか、又は結腸直腸癌を発症する危険性が増加している個体を同定するか、又は結腸直腸癌に対する特定の治療に応答する可能性のある個体を同定する方法が提供される。このような方法には、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む、個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを測定することが含まれる。１つのこのような態様には、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド及びＩＢＡＢＰポリペプチドを含む、個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドの比を測定することが含まれる。別のこのような態様には、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを含む、個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを測定することが含まれる。別のこのような態様には、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡおよび／または帯びＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡを含む、個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＡＮとＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡの比を測定することが含まれる。
【００３２】
本発明の別の態様によれば、結腸直腸癌を患っている患者に対する治療経過の進行を評価する方法が提供される。このような方法は、治療経過中の異なる時間点で患者から採取した試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ、ＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドの比、又はＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡとＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡの比を測定すること、種々の時間点からの試料由来の測定を比較することを含む。
【００３３】
前述の方法にいずれかにおいて、採用される試料には、細胞、組織（例えば、胃腸組織試料）、糞尿（排泄物）試料、体液（例えば、血液）又は任意の他の適した試料が含まれる。上述したように、前述の方法のいずれかにおいて、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド若しくはポリヌクレオチド又はＩＢＡＢＰ−Ｌ／ＩＢＡＢＰポリペプチド若しくはポリヌクレオチドの比の採取した任意の測定は、場合により、適切な参照と比較され得る。前述の方法のいずれかは、場合により、自動化されてもよい。
【００３４】
本発明の前述の局面及び他の局面は、下記の詳細な説明、添付の図面、及び請求の範囲からより明確となる。
【００３５】
他に定義されなければ、本明細書中で使用される全ての技術的及び科学的用語は、本発明が関係する当業者により共通して理解されるもの同じ意味を有する。本明細書中に開示されたものと同じか又は均等な方法及び材料は本発明の実施又は試験に用いることができるが、適切した方法及び材料が下記に記載されている。本明細書中に言及されているあらゆる刊行物、特許出願、特許、及び他の参考文献は、全体として参照により援用される。不一致の場合には、定義を含む本明細書が調整する。さらに、材料、方法、及び実施例は、単に例示であり、限定されることは意図してない。
【００３６】
発明の詳細な説明
本出願人は、ＩＢＡＢＰの新規な変異体を同定し、ＩＢＡＢＰ−Ｌと命名した。ＩＢＡＢＰ−Ｌに対する転写は、代替の開始部位から商事、ＩＢＡＢＰにはない３つのエクソンを含む。ＩＢＡＢＰ−Ｌはまた、ＩＢＡＢＰと第４のエクソンの部分を共有する。ＩＢＡＢＰ−Ｌによってコードされるタンパク質は、ＩＢＡＢＰポリペプチドによって共有されない独特の４９個のアミノ酸の長さであるＮ末端配列を含む。
【００３７】
ＩＢＡＢＰ−Ｌ転写物は、正常なヒトの腸全体で同レベルで発現される。これは、ＩＢＡＢＰをコードする転写物とは対照的であり、空腸から上方結腸に伸びている腸の部分においてより数桁高いレベルで発現される。腸のこれらの領域では、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現は、ＩＢＡＢＰ−Ｌより少なくとも一桁低い。２つの転写物はまた、胆汁酸に対するそれらの応答において異なる。胆汁は、ＦＸＲ転写経路の部分としてＩＢＡＢＰ−Ｌの発現を刺激するが（Ｇｒｏｂｅｒら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４：２９７４９−２９７５４，１９９９）、それらはＩＢＡＢＰ−Ｌの発現に対して効果がない。
【００３８】
本出願人は、６８人の患者由来の結腸直腸癌腫試料におけるＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌの発現を比較した。ＩＢＡＢＰは、結腸直腸癌において本質的には変化しないが、ＩＢＡＢＰ−Ｌは上方制御される。大部分の場合、上方制御は多大であり、相対的なｍＲＮＡのコピー数における平均増加は３０倍を超える。ＩＢＡＢＰ−Ｌは、初期の悪性ポリープにおいて上方制御され、その高発現は、腫瘍分化の全てのその後の臨床分類において明らかである。結腸直腸癌における上方制御への傾向は、２つの転写物間を区別できないＰＣＲプライマーで明らかであるが、ＩＢＡＢＰ−Ｌの特定の測定は、かなり高い感受性である。
【００３９】
３つの他の因子は、潜在的なバイオマーカーとしてＩＢＡＢＰ−Ｌの使用において考慮すべき重要なものである。第１に、結腸直腸癌におけるＩＢＡＢＰ−Ｌ発現の増加は、患者の年齢又は性別から独立している。第２に、結腸癌細胞株の研究に基づいて、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現は、ｐ５３、ＡＰＣ、又はＫ−ｒａｓのようなタンパク質に共通する発癌突然変異から独立しているようである。それにもかかわらず、ＩＢＡＢＰ−Ｌが大部分の主要において上方制御されるという事実と連動して、細胞株の研究は、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現が単一の癌遺伝子における病変に依存している可能性はほとんどないことを示す。第３に、ＩＢＡＢＰとは異なって、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現は、胆汁酸によって影響を受けない。したがって、ＩＢＡＢＰ−Ｌレベルが、食生活の変化または全体的な健康状態に起因する胆汁酸の変化に関係しているとは誰も思わない。性格には、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現は、結腸直腸癌のための幅広く適用可能な試験として使用に十分に適合させる多くの特性を有する。
【００４０】
本出願人は、試料中のＩＢＡＢＰ−ＬとＩＢＡＢＰとの間の発現比（ＲＣ／ＲＮ）がＩＢＡＢＰ−Ｌ単独の相対レベルよりも結腸直腸癌の僅かに良好な予測因子であることを見出した。
【００４１】
ＩＢＡＢＰ及びコレステロール代謝
コレステロールは、膜生物発生、カベオラ形成、及び胚情報伝達分子の分配を含む広範囲の生理学的過程に本質的である多機能性分子である。それは、ステロイドホルモン及びオキシステロールを含む転写活性脂質の合成における本質的な前駆体でもある（Ｂｒｏｗｎ及びＧｏｌｄｓｔｅｉｎ，Ｃｅｌｌ ８９：３３１−３４０，１９９７）。本質的ではあるが、コレステロールは非常に不溶性であり、胆石及び心疾患を含む多様な疾患に貢献する堆積物を形成し得る（Ｄｏｗｌｉｎｇ，Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ．１４ Ｓｕｐｐｌ．２：３９−４７，２０００；Ｊｏｎｅｓ，Ａｍ．Ｊ．Ｍａｎａｇ．Ｃａｒｅ．７：Ｓ２８９−Ｓ２９８，２００１）。
【００４２】
コレステロールレベルは、腸吸収、内因性生合成、輸送、及び排出を含む多様なレベルで制御される。コレステロール排出の主要な経路は、コレステロールを水溶性の胆汁酸にする肝臓による変換を介して（Ｃｈｉａｎｇ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．３：Ｄ１７６−Ｄ１９３，１９９８）、その後、胃腸管にそれらを分泌する。およそ９５％の分泌された胆汁酸は、腸吸収を介してリサイクルされ、門脈血を通して肝臓に戻される。残りの５％の胆汁酸は、腸から排出され、それにより、肝臓は、毎日、０．５ｇ程度のコレステロールを胆汁酸に変換することによって、これらの喪失を補給するように強いられている（Ｒｕｓｓｅｌｌ，Ｃｅｌｌ ９７：５３９−５４２，１９９９）。したがって、肝臓は、コレステロールを代謝する甚大な能力を有し、このプロセスを標的にする治療は、食事、合成、及びアテローム性動脈硬化症（逆コレステロール輸送経路を介する）を含む様々な供給源から誘導されるコレステロールを排除する可能性を有する。
【００４３】
コレステロールを胆汁酸に変換する２つの代謝経路が同定されている（Ｃｈｉａｎｇ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．３：Ｄ１７６−Ｄ１９３，１９９８）。ヒトでは、古典的経路は、全ての胆汁酸合成の少なくとも９０％に関与している。この経路の第１であって、律速段階は、ＣＹＰ７Ａ１、１ 肝臓特異的コレステロール７α−ヒドロキシラーゼによって触媒される。ＣＹＰ７Ａ１転写は、その胆汁酸及び産物によって強力に抑制される（Ｍｙａｎｔら，Ｊ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ．１８：１３５−１５３，１９７７）。不明な受容体スーパーファミリーのメンバー（ＦＸＲ、ＮＲ１Ｈ４、以下、ＢＡＲと呼ぶ）は、内因性の胆汁酸に応答してＣＹＰ７Ａ１転写を抑制する（Ｗａｎｇら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ ３：５４３−５５３，１９９９；Ｍａｋｉｓｈｉｍａら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８４：１３６２−１３６５，１９９９；Ｐａｒｋｓら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８４：１３６５−１３６８，１９９９；Ｓｉｎａｌら，Ｃｅｌｌ １０２：７３２−７４４，２０００）。２つの胆汁酸応答エレメント（ＢＡＲＥ）は、ＣＹＰ７Ａ１プロモーターで同定されている。しかしながら、ＢＡＲは、いずれからのエレメントに直接的に結合することはできず、これは、ＣＹＰ７Ａ１の制御におけるＢＡＲの間接的な役割を示唆する（Ｃｈｉａｎｇら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７５：１０９１８−１０９２４，２０００）。メカニズムが提案されており、それにより、ＢＡＲは、ネガティブな転写調節因子ＳＨＰ（小へテロ二量体パートナー）を誘導し、続いて、ＣＹＰ７Ａ１ ＢＡＲＥに結合する転写因子を抑制する（Ｌｕら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ ６：５０７−５１５，２０００）；Ｇｏｏｄｗｉｎら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ ６：５１７−５２６，２０００）。ＣＹＰ７Ａ１抑制に対するこのメカニズムは、一過性の過剰発現したＳＨＰを用いた実験に基づいて示唆される。ＳＨＰが、これらの条件下で無数の不明な受容体を抑制（Ｌｅｅら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．２０：１８７−１９５，２０００；Ｓｅｏｌら，Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．１２：１５５１−１５５７，１９９８）及び／又は活性化（Ｎｉｓｈｉｚａｗａら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７７：１５８６−１５９２，２００２）し得るため、ＳＨＰ誘導モデルは、胆汁酸が遺伝子転写を制御する特異性を説明していない。
【００４４】
ＢＡＲによる転写抑制を構成するメカニズムは不明であるが、ＢＡＲが、核受容体ＲＸＲとのヘテロ二量体として、特定の応答エレメントに結合することによって転写を活性化することは良く知られている（Ｆｏｒｍａｎら，Ｃｅｌｌ ８１，６８７−６９３，１９９５；Ｌａｆｆｉｔｔｅら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７５：１０６３８−１０６４７，２０００）。ＳＨＰ、回腸胆汁酸結合タンパク質（ＩＢＡＢＰ）、及び肝内胆汁塩輸出ポンプ（ＢＳＥＰ、ＡＢＣＢ１１）を含むＢＡＲによって、転写が活性化されるいくつかの遺伝子が同定されている（Ｅｄｗａｒｄｓら，Ｊ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ．４３：２−１２，２００２）。これらの遺伝子は、胆汁酸恒常性に重要である。ＩＢＡＢＰは、大部分の胆汁酸が再吸収される回腸末端部に発現される細胞内タンパク質である。ＩＢＡＢＰ−Ｌは、この組織を通過する高い、その他には毒性のある毒性レベルの胆汁酸の細胞間シャトル及び／又は緩衝に役割を果たすことが提案されている。ＢＳＥＰは、胆汁酸の胆汁分泌に関与する細管状ＡＴＰ結合カセットトランスポーターである。実際には、この遺伝子の突然変異を不活性化することは、進行性家族性肝内胆汁うっ滞（２型）及び肝硬変をもたらす（Ｓｔｒａｕｔｎｉｅｋｓら，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．２０：２３３−２３８，１９９８）。したがって、コレステロール分解を制御することに加えて、ＢＡＲは、胆汁酸の生理学を協調的に制御する点においてより一般的な役割を果たす。
【００４５】
ＢＡＲはまた、脂質恒常性の他の側面を制御する。例えば、ＢＡＲアゴニストは、トリグリセリドレベルを減少させ（Ｉｓｅｒ及びＳａｌｉ，Ｄｒｕｇｓ ２１：９０−１１９，１９８１；Ｍａｌｏｎｅｙら，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４３，２９７１−２９７４，２０００）、そして、ＢＡＲ−ヌルマウスは、トリグリセリドを上昇させる（Ｓｉｎａｌら，Ｃｅｌｌ １０２：７３１−７４４，２０００）。これは、ＢＡＲを媒介にしたアポリポタンパク質ＣＩＩの制御及び／又はリン脂質輸送タンパク質に潜在的に関係している（Ｅｄｗａｒｄｓら、Ｊ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ．４３：３−１２，２００２に概説される）。メカニズムにかかわらず、ＢＡＲ活性化は、コレステロール及びトリグリセリドレベルに相互的な影響を促進するようである。ＢＡＲ調節因子の２つの分類が同定されている（Ｄｕｓｓａｕｌｔら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７８：７０２７−７０３３，２００３）。第１の分類は、天然に存在している胆汁酸より約２５倍強力であるアゴニストを含む。これらの化合物は、ＢＡＲを活性化し、内因性の標的遺伝子に期待される制御パターンを生じさせる。ＡＧＮ３４は、遺伝子選択的ＢＡＲ調節因子（ＢＡＲＭ）として同定されている：それは、ＩＢＡＢＰに対するアンタゴニストであるＣＹＰ７Ａ１に対するアゴニストとして作用し、ＳＨＰには中性である（Ｄｕｓｓａｕｌｔら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７８：７０２７−７０３３）。
【００４６】
定義及び方法
下記の定義及び方法は、本発明をより良く定義し、本発明の実施において当業者を案内するために提供される。他に指摘がなければ、用語は、関連する技術分野において当業者による慣用的な使用に従って理解されるべきである。分子生物学における共通用語の定義はまた、Ｒｉｅｇｅｒら，Ｇｌｏｓｓａｒｙ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ：Ｃｌａｓｓｉｃａｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ，５ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１；及び、Ｌｅｗｉｎ，Ｇｅｎｅｓ Ｖ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９４に見出すことができる。３７ＣＦＲ１．８２２で記載されるＤＮＡ塩基の命名法が使用される。アミノ酸残基に関しては、標準的な１文字及び３文字命名法が使用される。
【００４７】
ポリヌクレオチド
ＩＢＡＢＰ−Ｌに対する転写物（ｍＲＮＡ）は、ＩＢＡＢＰに対する転写物の開始部位から代わった開始部位から生じる。ＩＢＡＢＰ−Ｌ転写物は、ＩＢＡＢＰ転写物には存在せず、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドのアミノ（Ｎ）末端で４９個のアミノ酸配列をコードする３つのエクソン（ＩＢＡＢＰ遺伝子のエクソン１−３）に対応する配列を含む。このようにして、エクソン１−３の配列は、ＩＢＡＢＰ−Ｌに独特であり、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドを同定及び定量するためのプローブ及びプライマーを製造するために、そして、他の目的のために有用である。
【００４８】
本明細書中で使用するとき、用語「ＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチド（又はプローブ若しくはプライマー）は、ＩＢＡＢＰ遺伝子のエクソン１、２及び３に対応する配列からなり、ＩＢＡＢＰ転写物には存在しないポリヌクレオチド（又はプローブ若しくはプライマー）、即ち、４９個のアミノ酸ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端ポリペプチドのコード領域を意味する（下記に定義される）。
【００４９】
本明細書中で使用するとき、用語「ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド」は、このＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ及び対応するｃＤＮＡを意味し、限定されないが、そのタンパク質コード領域を含む。用語「ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド」によって包含されるのはまた、例えば、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡの断片又は部分であり、限定されないが、ＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチド；ＩＢＡＢＰ−Ｌの抗原決定基をコードする断片（例えば、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する抗体を誘発するもの）；ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズするプローブ及びプライマーなどである。含まれるものはまた、野生型ＩＢＡＢＰ−Ｌ配列に１以上のヌクレオチドの挿入、欠失、又は置換を含むが、例えば：ＩＢＡＢＰ−Ｌに選択的に結合する能力を保持し；ＩＢＡＢＰ−Ｌ抗原決定基を含むポリペプチドをコードし；ＩＢＡＢＰ−Ｌ活性を有するポリペプチドをコードする突然変異したか又は変異ポリヌクレオチドである。
【００５０】
本明細書中で使用するとき、用語「選択的にハイブリダイズする」とは、他のポリヌクレオチドよりも実質的には高い程度で、天然若しくは野生型のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡなどの標的ポリヌクレオチドに、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でのプローブ、プライマー又は他のポリヌクレオチドの結合を意味する。ＩＢＡＢＰ−Ｌに選択的にハイブリダイズするプローブ及びプライマーは、ＩＢＡＢＰ−Ｌ、即ち、エクソン１−３に独特である配列を含む。特に、ＩＢＡＢＰ−Ｌに「選択的にハイブリダイズする」プローブは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でＩＢＡＢＰに選択的にハイブリダイズせず、したがって、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド（例えば、ＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡ）とＩＢＡＢＰポリヌクレオチドとを区別するために使用することができる。同様に、ＩＢＡＢＰ−Ｌに「選択的にハイブリダイズする」プライマーは、ＰＣＲなどの増幅反応に用いられる場合、適切な増幅条件下でＩＢＡＢＰの実質的な増幅をもたらすことなしに、ＩＢＡＢＰ−Ｌの増幅をもたらす。このようにして、全ての又は実質的に全てのＩＢＡＢＰ−Ｌ選択的プローブ又はプライマーは、適切な条件下で標的ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドにハイブリダイズし、測定されるように、特定の手法の感受性を与える。同様に、本明細書中で使用するとき、ポリヌクレオチドに関して用語「に選択的」とは、ポリヌクレオチドが標的ポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズすることを指す。
【００５１】
同様に、ＩＢＡＢＰに独特である配列を含むプローブ又はプライマー、例えば、エクソン４ａの配列（図４を参照されたい）は、ＩＢＡＢＰに選択的にハイブリダイズする。特に、ＩＢＡＢＰに選択的にハイブリダイズするプローブは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でＩＢＡＢＰ−Ｌに実質的にハイブリダイズせず、したがって、ＩＢＡＢＰポリヌクレオチド（例えば、ＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡ）とＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドとを区別するために用いることができる。同様に、ＩＢＡＢＰポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズするプライマーは、ＰＣＲなどの増幅反応に用いられる場合、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドの実質的な増幅をもたらすことなしに、ＩＢＡＢＰポリヌクレオチドの増幅をもたらす。このようにして、全ての又は実質的に全てのＩＢＡＢＰ選択的プローブ又はプライマーは、標的ＩＢＡＢＰポリヌクレオチドにハイブリダイズし、測定されるように、特定の手法の感受性を与える。
【００５２】
本明細書中に使用するとき、用語「ＩＢＡＢＰエクソン４ａポリヌクレオチド（又はプローブ若しくはプライマー）」は、ＩＢＡＢＰ遺伝子のエクソン４ａに対応する配列からなり、ＩＢＡＢＰ−Ｌ転写物には存在しないポリヌクレオチド（又はプローブ若しくはプライマー）をいう。
【００５３】
ＩＢＡＢＰ−ＬのｍＲＮＡの配列はまた、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡに存在するため、このような共通した配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列はまた、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドの配列に選択的にハイブリダイズすることができる。したがって、ＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドによって共有される十分な長さの配列を含むプローブ又はプライマーは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌにハイブリダイズするが、このような配列は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、試料中の他のポリヌクレオチド配列にハイブリダイズせず、したがって、ＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに「選択的に」結合すると考えられる。
【００５４】
本明細書中で使用するとき、ポリヌクレオチドに関して用語「野生型」又は「天然」は、交換可能に用いることができ、細胞又は生物に見出すことができる参照ポリヌクレオチドと１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチド、又はその断片をいう。
【００５５】
ポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡ）配列は、自動化ＤＮＡシークエンサーを用いてポリヌクレオチド分子を配列決定することによって決定することができる。この自動化アプローチによって決定したポリヌクレオチド配列は、いくつかのエラーを含み得る。実際の配列は、自動化手段によるか又は当該技術分野において周知であるマニュアルの配列決定法によって再度配列決定することによって検証可能である。
【００５６】
他に指示がなければ、本明細書中に記載される各「ヌクレオチド配列」は、デオキシリボヌクレオチド（Ａ、Ｇ、Ｃ及びＴと省略される）の配列と表される。しかしながら、本明細書中に使用するとき、ＤＮＡ分子の用語「ヌクレオチド配列」は、デオキシリボヌクレオチドの配列を意味し、ＲＮＡ分子については、リボヌクレオチド（Ａ、Ｇ、Ｃ及びＵ）の対応する配列であり、特定されたデオキシヌクレオチド配列中の各チミジンデオキシヌクレオチド（Ｔ）は、リボヌクレオチドウリジン（Ｕ）に置換される。
【００５７】
「単離された」ポリヌクレオチドとは、天然の環境から取り出されたポリヌクレオチドが意図される。例えば、ベクターに含まれた組換えポリヌクレオチドは、本発明の目的のために単離されることが考えられる。単離されたポリヌクレオチドの更なる例には、異種の宿主細胞において維持された組換えポリヌクレオチド、又は溶液中の精製した（部分的若しくは実質的に）ポリヌクレオチドを含む。単離されたＲＮＡ分子は、本発明のＤＮＡ分子のインビボ又はインビトロでのＲＮＡ転写物を含む。本発明に従って単離されたポリヌクレオチドは、さらに合成的に生産したこのような分子を含む。
【００５８】
ポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡなどのＲＮＡの形態であるか、又は、例えば、ｃＤＮＡ及びゲノムＤＮＡを含むＤＮＡの形態であり得る。ＤＮＡは、二本鎖又は一本鎖であり得る。一本鎖ＤＮＡ又はＲＮＡは、センス鎖としても知られるコード鎖であり得るか、あるいはアンチセンス鎖とも呼ばれる非コード鎖であり得る。ポリヌクレオチドは、非天然に存在するヌクレオチド又はリボヌクレオチド類似体を含むことができる。
【００５９】
用語「断片」（ポリヌクレオチドの）は、本明細書中で使用するとき、例えば、プローブ及びプライマーとして有用である、長さにして少なくとも約１５、２０、２５、３０、３５、又は４０ヌクレオチド（ｎｔ）の長さを有するより長いポリヌクレオチドの部分であるポリヌクレオチドを意味する。ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｃＤＮＡのエクソン１−３（即ち、ＩＢＡＢＰ−Ｌの４９個のアミノ酸のＮ末端ポリペプチドをコードする配列）の全部又は部分を含む配列、あるいはその部分からなるポリヌクレオチドは、例えば、全長ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｃＤＮＡの断片であると考えられる。このようにして、例えば、少なくとも２０ヌクレオチドの長さのＩＢＡＢＰ−Ｌの断片は、ＩＢＡＢＰ−Ｌの全長ｃＤＮＡのヌクレオチド配列の２０以上の隣接する塩基を含む。このようなＤＮＡ断片は、自動化したＤＮＡシンセサイザーの使用によって、又は制限エンドヌクレアーゼ切断若しくは例えば全長のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｃＤＮＡを（例えば、超音波処理による）せん断によって発生させてもよい。
【００６０】
例えば、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、ＩＢＡＢＰ−Ｌ転写物（即ち、ｍＲＮＡ）などのＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドにハイブリダイズする単離されたポリヌクレオチドもまた本発明によって包含される。「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」とは、５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（７５０ｍＭ ＮａＣｌ、７５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハルト溶液、１０％硫酸デキストラン、及び２０μｇ／ｍｌ変性したせん断したサケ精子ＤＮＡを含む溶液中で４２度で一晩のインキュベーション、続く約６５℃で０．１×ＳＳＣ中でフィルターを洗浄することが意図される。あるいは、ストリンジェントな条件は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）の実施に用いられる条件である。このようなハイブリダイズしているポリヌクレオチドは、伝統的なＤＮＡハイブリダイゼーション技術によるプローブとして、又はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって標的配列の増幅のためのプライマーとして診断的に有用である。
【００６１】
本明細書中で使用するとき、用語「特異的にハイブリダイズする（結合する）」は、大部分又は実質的に全てのプローブ又はプライマーのハイブリダイゼーションがストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で試料中の特定のポリヌクレオチドに対するものであることを意味する用語「選択的にハイブリダイズする（結合する）」と交換可能に用いられる。
【００６２】
本発明はまた、ポリペプチド、例えば全長のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド又はその部分の全部又は部分をコードするポリヌクレオチドを提供する。このようなタンパク質をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、特定のポリペプチド又はその断片のアミノ酸配列をコードする配列を含んでもよく、そして、例えば、限定されないが、転写、ｍＲＮＡプロセッシング−−スプライシング及びポリアデニル化シグナル、例えば、リボソーム結合及びｍＲＮＡ安定性を含む、に役割を果たす転写された、非翻訳配列などのイントロン及び非コード５’及び３’配列を含む追加の非コード配列とともに、追加の機能を提供するものなどの追加のアミノ酸をコードするコード配列を含んでもよい。さらに、ポリペプチドをコードする配列は、例えば、融合したポリペプチドの精製を促進するマーカー配列などの異種のポリペプチド又はペプチド配列に融合することが可能である。このようなマーカー配列の一例は、ｐＱＥベクター（Ｑｉａｇｅｎ，Ｉｎｃ．）に提供されるタグなどのヘキサ−ヒスチジンペプチドである。例えば、Ｇｅｎｔｚら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｉｃ．ＵＳＡ ８６：８２１−８２４（１９８９）に記載されるように、ヘキサ−ヒスチジンは、融合タンパク質の便利な精製を提供する。「ＨＡ」タグは、インフルエンザウイルスの血球凝集素（ＨＡ）タンパク質由来のエピトープに対応する、精製に有用な別のペプチドであり、Ｗｉｌｓｏｎら，Ｃｅｌｌ ３７：７６７（１９８４）によって記載されている。
【００６３】
さらに、本発明は、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの部分、類似体又は誘導体をコードする、本発明の天然又は野生型のポリヌクレオチドの変異体に関する。天然の対立遺伝子変異体、即ち、生物の染色体上の所定の遺伝子座を占有する遺伝子のいくつかの代替の形態の一つ、などの変異体は自然に存在し得る。天然に存在しない変異体は、例えば、既知の突然変異誘発技術を用いて、又はＤＮＡ合成によって生成され得る。このような変異体は、ヌクレオチドの置換、欠失又は付加によって生成されるものを含む。置換、欠失又は付加は、１以上のヌクレオチドを伴うことが可能である。変異体は、コード領域若しくは非コード領域又はその両方において改変可能である。コード領域における改変は、保存的又は非保存的アミノ酸の置換、欠失又は付加を生成することが可能である。ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド又はその部分の特性及び活性を改変しないサイレントな置換、付加及び欠失も含まれる。
【００６４】
本発明の更なる態様は、天然又は野生型のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドと高程度の配列同一性、例えば、それに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である配列を有する又は含む単離されたポリヌクレオチド分子を含む。
【００６５】
ポリヌクレオチドは、参照ヌクレオチド配列の各１００ヌクレオチド当り最大５個の突然変異（付加、欠失、又は置換）を含むことを除いて、参照配列と同一である場合、参照ヌクレオチド配列に対して、少なくとも、例えば９５％「同一」であるヌクレオチドは配列を有すると考えられる。参照配列のこれらの突然変異は、参照ヌクレオチド配列の５’及び３’末端位置、又はそれらの末端位置の間のいずれかで生じ、参照配列のヌクレオチド間で単独であるか又は参照配列内で１以上の隣接するグループで分散され得る。ヌクレオチド配列の同一性は、慣習的には、既知のコンピュータプログラム、例えば、ＢＥＳＴＦＩＴプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ（登録商標），Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒｉｖｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．５３７１１）を用いて測定してもよい。ＢＥＳＴＦＩＴは、Ｓｍｉｔｈ及びＷａｔｅｒｍａｎの局所ホモロジーアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２−４８９（１９８１）を用いて、２つの配列間のホモロジーの最大セグメントを見つける。ＢＥＳＴＦＩＴ又は任意の他の配列整列プログラムを用いて、特定の配列が、本発明に従って、例えば、参照配列と９５％同一であるかどうかを測定する場合、パラメータは、当然、同一性パーセントが参照ヌクレオチド配列の全長全体を計算されるように、そして、参照配列のヌクレオチドの総数の最大５％のホモロジーにおけるギャップが許容されるように設定される。
【００６６】
組換え構築体；ベクター及び宿主細胞
本発明はまた、限定されないが、ベクターを含む、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドを含む組換えポリヌクレオチド構築体を提供する。本発明はまた、このようなベクター、及び組換え技術又は合成技術によってＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド若しくはその断片の生成物を含む宿主細胞を提供する。
【００６７】
「操作可能に連結された」。第１核酸配列が機能的関連で第２核酸配列とともに配置される場合、該第１核酸配列は、該第２核酸配列と「操作可能に連結される」。例えば、プロモータがコード配列の転写又は発現に影響を与える場合、該プロモータは該コード配列に操作可能に連結される。一般的に、操作可能に連結されたＤＮＡ配列は隣接していて、そこでは、リーディングフレームにおいて、２つのタンパク質コード領域を接続させる必要がある。
【００６８】
「組換え」。「組換え」ポリヌクレオチドは、２つの別々に分離した配列のセグメントの人工的な組合せによって、例えば、化学合成によって、又は遺伝子工学技術によるポリヌクレオチドの単離されたセグメントの操作によって作製される。核酸操作の技術は周知である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９、及びＡｕｓｕｂｅｌら、１９９２年）。ポリヌクレオチドの化学合成の方法は、例えば、Ｂｅａｕｃａｇｅ及びＣａｒｒｕｔｈｅｒｓ，Ｔｅｔｒａ．Ｌｅｔｔｓ．２２：１８５９−１８６２，１９８１、及びＭａｔｔｅｕｃｃｉら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０３：３１８５，１９８１において検討されている。ポリヌクレオチドの化学合成は、例えば、商業的な自動化オリゴヌクレオチドシンセサイザーで実行可能である。
【００６９】
組換えベクターは、標準的な組換え技術によって生成され、感染、形質導入、トランスフェクション、トランスベクション、エレクトロポレーション及び形質転換などの周知な技術を用いて宿主細胞に導入することができる。ベクターは、例えば、ファージ、プラスミド、ウイルス又はレトロウイルスベクターであってもよい。レトロウイルスベクターは、複製可能であるか又は複製欠損であってもよい。後者の場合、ウイルス増殖は、一般的に、宿主細胞の補足にだけ生じる。
【００７０】
発現ベクターは、適切な宿主細胞における対象とするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの発現を許容する配列を含む。このような発現は、構成的又は非構成的であり、例えば、特定の細胞又は組織タイプに特異的である環境因子又は化学誘導物質によって誘導可能である。発現ベクターは、染色体、エピソーム及びウイルス−由来ベクター、例えば、細菌プラスミド、バクテリオファージ、酵母エピソーム、酵母染色体エレメント、バキュロウイルス、パポバウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルス及びレトロウイルスなどのウイルス由来のベクター、それらの組合せ由来のベクター、例えばコスミド及びファゲミドを含む。
【００７１】
発現ベクターにおいて、ポリヌクレオチドインサートは、適切なプロモータに操作可能に連結される。プロモータは、同種のプロモータ、即ち、天然に存在するポリヌクレオチドインサートと関連するプロモータ又はその機能的部分、例えば、ＩＢＡＢＰ又はＩＢＡＢＰ−Ｌタンパク質コード領域を有するＩＢＡＢＰプロモータであってもよい。あるいは、プロモータは、異種プロモータ、即ち、天然に存在するポリヌクレオチドインサートと関連しないプロモータ又はその機能的部分、例えば、ＩＢＡＢＰ−Ｌタンパク質コード領域に操作可能に連結した細菌細胞における高レベルのタンパク質発現のために用いられる細菌プロモータ（又は、そのことについて言えば、ＩＢＡＢＰプロモータ以外の任意のプロモータ）であってもよい。発現構築体は、転写開始、終止のための部位、転写された領域では、翻訳に関するリボソーム結合部位をさらに含む。構築体によって発現される成熟転写物のコード部分は、開始時にＡＵＧを開始する翻訳、翻訳されるべきポリペプチドの末端に適切に位置される終止コドンを含む。
【００７２】
ベクターは、このようなベクターが導入された宿主細胞の選択に適した１以上の選択可能なマーカーを含んでもよい。このようなマーカーは、真核細胞のためのジヒドロ葉酸還元酵素又はネオマイシン耐性、大腸菌及び他の細菌の培養のためのテトラサイクリン又はアンピシリン耐性遺伝子を含む。適切な宿主の代表例は、細菌細胞、例えば、大腸菌、ストレプトミセス及びネズミチフス菌細胞；真菌細胞、例えば、酵母細胞；昆虫細胞、例えば、ショウジョウバエＳ２及びスポドプテラＳｆ９細胞；動物細胞、例えば、ＣＨＯ、ＣＯＳ及びボウズメラノーマ細胞；及び、植物細胞を含む。上述した宿主細胞用の適切な培養培地及び条件は、当該技術分野において知られる。
【００７３】
適した細菌プロモータは、大腸菌ｌａｃＩ及びｌａｃＺプロモータ、Ｔ３及びＴ７プロモータ、ｇｐｔプロモータ、ラムダＰＲ及びＰＬプロモータ、およびｔｒｐプロモータを含む。真核プロモータは、ＣＭＶ前初期プロモータ、ＨＳＶチミジンキナーゼプロモータ、初期及び後期ＳＶ４０プロモータ、レトロウイルスＬＴＲのプロモータ、例えば、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）のもの、メタロチオネインプロモータ、例えば、マウスメタロチオネイン−Ｉプロモータを含む。
【００７４】
小胞体の内腔内、ペリプラスム空間内、又は細胞外環境への翻訳されたタンパク質の分泌に関して、適切な分泌シグナルは、発現したポリペプチドに組み込まれてもよい。シグナルは、ポリペプチドに内因性であってもよく、あるいは、それらは異種シグナルであってもよい。
【００７５】
対象とするポリペプチドは、融合タンパク質などの修飾した形態で発現可能であり、分泌シグナルだけでなく、追加の異種機能性領域も含んでもよい。例えば、追加のアミノ酸の領域は、特に荷電アミノ酸の良識は、ポリペプチドのＮ末端に付加されて、精製中又はその後の処置及び保存中、宿主細胞における安定性及び持続性を改善することが可能である。また、ペプチド部分は、ポリペプチドに付加されて、精製を促進することが可能である。このような領域は、ポリペプチドの最終精製前に除去可能である。分泌又は排出を引き起こすために、安定性を改善するために、及び精製を促進するために、ペプチド部分をポリペプチドに付加することは、特に、当該技術分野において親しく、日常的な技術である。
【００７６】
対象とする発現したポリペプチドは、硫酸アンモニア又はエタノール沈殿、酸抽出、陰イオン又は陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー及びレクチンクロマトグラフィーを含む周知な方法によって、組換え細胞培養物から回収され、精製することができる。
【００７７】
本発明のポリペプチドは、自然に精製された生成物、化学合成手法の生成物、例えば、細菌、酵母、高等植物、昆虫及び哺乳動物細胞を含む原核又は真核宿主から組換え技術によって生成される生成物を含む。組換え生成手法に採用される宿主に依存して、本発明のポリペプチドは、グリコシル化されてもよく、又はグリコシル化されていなくてもよい。さらに、本発明のポリペプチドはまた、宿主を媒介としたプロセスの結果としてある場合において、初期修飾されたメチオニン残基を含むことが可能である。
【００７８】
ポリペプチド
本明細書中で使用するとき、句「ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド」は、少なくとも１０、１１、１２、１２、１４、１５、２０、３０、４０、４９、５０、１００個以上のアミノ酸残基の長さのポリペプチドを意味し、全長の天然又は野生型のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド又はその断片と高度の配列同一性を有する。天然のＩＢＡＢＰポリペプチド配列における１以上のアミノ酸残基の欠失、挿入又は置換を含むＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの変異体が含まれ、限定されないが、関連する生物学的アッセイにおいて測定されるように、全長の天然又は野生型のＩＢＡＢＰ−Ｌ又はその断片に活性類似性を示すが、必ずしも同一ではないポリペプチドが含まれる。
【００７９】
本明細書中で使用するとき、ペプチド又はポリペプチドに関して、用語「野生型の」又は「天然の」は、細胞又は生物に見出される参照ポリペプチドとの１００％配列同一性を有するポリペプチド、又はその断片を意味するように相互交換可能的に用いられる。
【００８０】
本明細書中で使用するとき、用語「ＩＢＡＢＰ−ＬのＮ末端ポリペプチド」、又は「ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端ポリペプチド」、又は単に「Ｎ末端ポリペプチド」とは、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの部分ではない、ＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドのＮ末端の独特の４９個のアミノ酸配列を意味する。
【００８１】
本明細書中で使用するとき、用語「ペプチド」及び「オリゴペプチド」は、同義であると考えられ、そして、本明細書中で使用するとき、各用語は、ペプチド性連結によって結合された少なくとも２個のアミノ酸の鎖を意味する。本明細書中で使用するとき、用語「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、同義であると考えられ、そして、各用語は、約１０個を超えるアミノ酸残基の鎖を意味する。本明細書中の全てのオリゴペプチド及びポリペプチド式又は配列は、左から右、そしてアミノ末端からカルボキシ末端方向で記載される。
【００８２】
本明細書中で使用するとき、用語「単離された」ポリペプチド又はタンパク質は、その天然の環境から取り出されたポリペプチド又はタンパク質を意味する。例えば、宿主細胞で発現された組換え的に生成されたポリペプチド及びタンパク質は、任意の適切な手法によって実質的に精製された天然又は組換えポリペプチド及びタンパク質であるように、本発明の目的のために単離されると考えられる。
【００８３】
本明細書中で使用されるとき、用語「選択的に結合する」は、用語「特異的に結合する」と相互交換可能であり、ＩＢＡＢＰポリペプチドに関して使用される場合、例えば、ＩＢＡＢＰなどの他のポリペプチドに対するよりも実質的に高い程度で標的のＩＢＡＢＰポリペプチドに対する抗体、リガンド、受容体、基質、又は他の結合剤の結合を意味する。いくつかの態様によれば、抗体又は他の結合剤の全ての又は実質的に全ての結合は、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに対するものであり、測定されて、特定の手法の感度を与えることができる。抗体、リガンド、受容体、基質又は他の結合剤は、標的分子に選択的に結合する場合、ＩＢＡＢＰ−Ｌなどのポリペプチド又は他の標的分子「に選択的である」又は「に特異的である」と言われる。
【００８４】
ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド又はペプチドのアミノ酸配列は、タンパク質の構造又は機能に対して有意な影響を与えずに改変され得る。一般的に、同じ機能を発揮する残基が使用されるという条件で、ポリペプチド又はペプチドの三次構造に貢献する残基を置換することが可能である。他の例では、残基のタイプは、変更がタンパク質の重要でない領域で生じる場合は、全てが重要でなくてもよい。
【００８５】
このようにして、本発明は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ又は実質的なＩＢＡＢＰ−Ｌ活性を示すペプチドの変異を含む。このような突然変異体は、欠失、挿入、倒置、繰り返し、及びタイプ置換（例えば、１つの親水性残基を別のものと置き換えるが、概して、強い親水性を強い疎水性には置き換えない）を含む。僅かな変化又はこのような「天然の」アミノ酸置換は、一般的に、活性にあまり影響を与えない。
【００８６】
典型的には、脂肪族アミノ酸Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ及びＩｌｅの中で互いに置き換えること；ヒドロキシル残基Ｓｅｒ及びＴｈｒの交換（ｉｎｔｅｒｃｈａｎｇｅ）、酸性残基Ａｓｐ及びＧｌｕの交換（ｅｘｃｈａｎｇｅ）、アミノ酸残基ＡｓｎとＧｌｎとの間での置換、塩基性残基Ｌｙｓ及びＡｒｇの交換（ｅｘｃｈａｎｇｅ）、そして、芳香族残基Ｐｈｅ、Ｔｙｒの中での置換が、保存的置換として見られる。アミノ酸変更が表現型のサイレントである可能性があること（即ち、機能として有意な有害効果を有する可能性がないこと）に関する指針は、例えば、Ｂｏｗｉｅら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４７：１３０６−１３１０，１９９０に見ることができる。
【００８７】
このようにして、天然の又は野生型のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの断片、誘導体又は類似体は、（ｉ）１以上のアミノ酸残基が保存された又は保存されていないアミノ酸残基で置換され、このような置換されたアミノ酸残基が遺伝コードによってコードされたものであってもよく又はそうでなくてもよいもの、又は（ｉｉ）１以上のアミノ酸残基が置換基を含むもの、又は（ｉｉｉ）成熟ポリペプチドが別の化合物、例えば、ポリペプチドの半減期を増加させる化合物（例えば、ポリエチレングリコール）と融合されるもの；又は（ｉｖ）追加のアミノ酸が成熟ポリペプチド、例えば、ＩｇＧ Ｆｃ融合領域ペプチド、又はリーダー若しくは分泌配列又は成熟ポリペプチドを精製するために採用される配列又はプロタンパク質配列に融合されるものであってもよい。
【００８８】
荷電アミノ酸は、別の荷電アミノ酸と置換することができる。荷電したアミノ酸はまた、中性又は負に帯電したアミノ酸と置換することができ、結果として、正電荷が減少したタンパク質をもたらす。凝集の阻害は、活性の喪失及び免疫原性の増加を避けるために非常に望まれる（Ｐｉｎｃｋａｒｄら，Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：３３１−３４０，１９６７；Ｒｏｂｂｉｎｓら，Ｄｉａｂｅｔｅｓ ３６：８３８−８４５，１９８７；Ｃｌｅｌａｎｄら，Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ １０：３０７−３７７，１９９３）。
【００８９】
アミノ酸の置換はまた、細胞表面の受容体へのタンパク質結合の選択性を変更することができる。Ｏｓｔａｄｅら，Ｎａｔｕｒｅ ３６１：２６６−２６８（１９９３）は、既知の２種のＴＮＦ受容体のうち１つだけにＴＮＦ−αが選択的に結合するようになるある種の突然変異を記載する。
【００９０】
天然の配列における１以上のアミノ酸は、電荷及び極性が天然のアミノ酸のものと類似している別のアミノ酸（単数又は複数）、即ち、保存的アミノ酸置換で置換することが可能であり、結果としてサイレントな変化をもたらすことは、当該技術分野において周知である。天然のポリペプチド配列中のアミノ酸の保存的置換は、アミノ酸が属する部類の他のメンバーから選択可能である。アミノ酸は、次の４つのグループ：（１）酸性アミノ酸、（２）塩基性アミノ酸、（３）中性極性アミノ酸、及び（４）中性、非極性アミノ酸に分割することができる。これらの種々のグループ内の代表的なアミノ酸は、限定されないが、（１）酸性（負に帯電した）アミノ酸、例えば、アルパラギン酸及びグルタミン酸；（２）塩基性（正に帯電した）アミノ酸、例えば、アルギニン、ヒスチジン、及びリジン；（３）中性極性アミノ酸、例えば、グリシン、セリン、スレオニン、システイン、シスチン、チロシン、アスパラギン、及びグルタミン；そして、（４）中性非極性（疎水性）アミノ酸、例えば、アラニン、ロイシン、イソロイシン、バリン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、及びメチオニンを含む。天然のポリペプチド配列中の保存的アミノ酸置換は、これらのグループの１つに含まれる１つのアミノ酸を同じグループに含まれる別のアミノ酸と置換することによって行うことができる。一つの局面では、本発明のタンパク質又はその断片の生物学的に機能的同等物は、１０個以下、７個以下、５個以下、４個以下、３個以下、２個、又は１個の保存的アミノ酸変化を有することができる。つまり、コードしているヌクレオチド配列は、対応する塩基置換を有し、本発明のペプチド又は断片の生物学的に機能的同等形態をコードすることを可能にする。
【００９１】
ある種のアミノ酸は、例えば、抗体の抗原結合領域又は基質分子上の結合部位などの構造を含むタンパク質構造において、相互作用的な結合能力の相当な喪失なしに他のアミノ酸と置換されてもよいことは理解される。そのタンパク質の生物学的機能活性を定義するのはタンパク質の相互作用的能力及びタンパク質の性質であるため、ある種のアミノ酸配列置換は、タンパク質配列、当然にその基礎をなすＤＮＡコード配列において実行され得て、それにもかかわらず、類似の性質を有するタンパク質がなお得られる。このようにして、本発明のタンパク質若しくは断片のペプチド配列、又は該ペプチドをコードする対応するＤＮＡ配列において、それらの生物学的有用性又は活性の相当な喪失なしに、様々な変化を行うことができることは発明者らによって意図される。このようなアミノ酸変化をコードすることができるコドンは当該技術分野において知られていることは理解される。
【００９２】
このような変更を加えるには、アミノ酸のハイドロパシック・インデックス（ｈｙｄｒｏｐａｔｈｉｃ ｉｎｄｅｘ）を考慮してもよい。相互作用的な生物学的機能の付与におけるハイドロパシック・アミノ酸インデックスの重要性は、一般的に、当該技術分野において理解されている（Ｋｙｔｅ及びＤｏｏｌｉｔｔｌｅ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５−１３２，１９８２）。アミノ酸の相対的なハイドロパシックな特徴は得られるタンパク質の二次構造に寄与し、次に、他の分子、例えば、酵素、基質、受容体、ＤＮＡ、抗体、抗原等とタンパク質の相互作用を定義する。各アミノ酸は、その疎水性及び電化特性に基づいたハイドロパシック・インデックスが与えられた（Ｋｙｔｅ及びＤｏｏｌｉｔｔｌｅ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５−１３２，１９８２）；これらは、イソロイシン（＋４．５）、バリン（＋４．２）、ロイシン（＋３．８）、フェニルアラニン（＋２．８）、システイン／シスチン（＋２．５）、メチオニン（＋１．９）、アラニン（＋１．８）、グリシン（−０．４）、スレオニン（−０．７）、セリン（−０．８）、トリプトファン（−０．９）、チロシン（−１．３）、プロリン（−１．６）、ヒスチジン（−３．２）、グルタミン酸塩（−３．５）、グルタミン（−３．５）、アスパラギン酸塩（−３．５）、アスパラギン（−３．５）、リジン（−３．９）、及びアルギニン（４．５）である。このような変更を加えるには、ハイドロパシック・インデックスが±２以内、又は±１以内、又は±０．５以内であってもよいアミノ酸の置換である。
【００９３】
同様のアミノ酸の置換は、親水性に基づいて効果的になされ得ることも当該技術分野において理解される。米国特許第４，５５４，１０１は、タンパク質の最大の局所的平均親水性は、その隣接するアミノ酸の親水性によって支配され、タンパク質の生物学的特性と相関すると述べている。
【００９４】
米国特許第４，５５４，１０１号に詳述されるように、下記の親水性値は、アミノ酸残基に与えられた：アルギニン（＋３．０）、リジン（＋３．０）、アスパラギン酸塩（＋３．０±．１）、グルタミン酸塩（＋３．０±．１）、セリン（＋０．３）、アスパラギン（＋０．２）、グルタミン（＋０．２）、グリシン（０）、スレオニン（−０．４）、プロリン（−０．５±．１）、アラニン（−０．５）、ヒスチジン（−０．５）、システイン（−１．０）、メチオニン（−１．３）、バリン（−１．５）、ロイシン（−１．８）、イソロイシン（−１．８）、チロシン（−２．３）、フェニルアラニン（−２．５）、及びトリプトファン（−３．４）。天然のポリペプチド又はペプチド配列に変更を加えるには、親水性値が±２以内、又は±１以内、又は±０．５以内であってもよいアミノ酸の置換である。
【００９５】
当然、当業者が行うアミノ酸置換の数は、上述したものを含む多くの因子に依存する。一般的に言えば、任意の所定のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの置換数は、５０、４０、３０、２０、１０、５、３、又は２以内である。
【００９６】
機能に本質的である、本発明のＩＢＡＢＰ−Ｌタンパク質におけるアミノ酸は、部位特異的突然変異誘発又はアラニン走査突然変異誘発（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ及びＷｅｌｌｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：１０８１−１０８５，１９８９）によって同定することができる。後者の手法は、分子中のいずれの残基でも１個のアラニン突然変異を誘導する。次に、得られる突然変異分子は、インビトロにおける受容体結合などの生物学的活性、又はインビトロ増殖活性について試験される。リガンド−受容体結合に重要である部位はまた、結晶化、核磁気共鳴又は光親和性標識（Ｓｍｉｔｈら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２４：８９９−９０４，１９９２；ｄｅ Ｖｏｓら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５５：３０６−３１２，１９９２）などの構造解析によって決定することができる。
【００９７】
本発明のポリペプチド及びペプチドは、天然又は野生型のポリペプチド及びペプチド、並びに天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド及びその断片に少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である（あるいは、とそのような程度の同一性を有する）ポリペプチド又はペプチド変異体を含む。
【００９８】
参照アミノ酸配列と少なくとも、例えば９５％の「同一である」アミノ酸配列を有するポリペプチドとは、ポリペプチドのアミノ酸配列は、該ポリペプチド配列が参照ポリペプチドの参照アミノ酸配列の各１００個のアミノ酸当り最大５個のアミノ酸の変更を含むことを除いて、参照配列と同一であることが意図される。換言すれば、参照アミノ酸配列と少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るために、参照配列中の最大５％のアミノ酸残基は、欠失されるか若しくは別のアミノ酸で置換されてもよく、あるいは、参照配列において全アミノ酸残基のうち最大５％のアミノ酸数が参照配列に挿入されてもよい。これらの参照配列の変更は、参照アミノ酸配列のアミノ末端又はカルボキシ末端で、又はそれらの末端位置の間のどこかで生じてもよく、参照配列における残基の中で個別的であるか又は参照配列内の１以上の隣接するグループにおいて分散される。
【００９９】
実際には、任意の特定のポリペプチが、参照配列と比較した場合に、特定の程度のアミノ酸配列の同一性を有するかどうかは、Ｂｅｓｔｆｉｔプログラム（Ｗｉｓｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ（登録商標），Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒｉｖｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．５３７１１）などの既知のコンピュータプログラムを用いて慣用的に決定することができる。特定の配列が、例えば、本発明による参照配列と９５％同一であるかどうかを決定するために、Ｂｅｓｔｆｉｔ又は任意の他の配列整列プログラムを用いると、パラメータは、当然、同一性パーセントが参照アミノ酸配列の全長全体で計算され、参照配列においてアミノ酸残基の総数の最大５％のホモロジーにおけるギャップが許容されるように設定される。
【０１００】
本発明の別の態様では、本明細書中に記載されるポリペプチドの断片が提供される。このような断片には、ＩＢＡＢＰ−Ｌの４９個のアミノ酸のＮ末端配列を含むポリペプチド；ＩＢＡＢＰ−Ｌの１以上の抗原決定基を含む断片、タンパク質、ＩＢＡＢＰ−Ｌに選択的に結合する抗体を発生させるもの；そして、胆汁酸を結合するＩＢＡＢＰ−Ｌの断片が含まれる。ＩＢＡＢＰ−Ｌに特有であり、ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰに共有される両配列を含む断片も含まれる。例えば、１つのこのような断片は、ＩＢＡＢＰ−Ｌの４９個のアミノ酸Ｎ末端配列との間の接合にかかるポリペプチドであり、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドにおける隣接している配列（ＩＢＡＢＰにも存在する）は、ＩＢＡＢＰ−ＬのＮ末端配列由来の僅か４〜６個のアミノ酸残基を含むとしても、接合断片に特異的に結合する抗体を生じさせるために用いることができる。このような接合断片のみが存在し、ＩＢＡＢＰ−Ｌに固有の配列、特に４９個のアミノ酸Ｎ末端ポリペプチド由来の配列が存在するかどうかを検出され得るので、このような接合断片によって誘発される交代は、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合することが考えられる。本発明のポリペプチド断片は、数々の目的、例えば、哺乳動物における抗体産生を誘発するために、ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル上又は当業者に周知である方法を用いる分子篩ゲルろ過カラム上の分子量マーカーとして使用することができる。
【０１０１】
本発明のポリペプチドは、ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体を生じるために使用することができ、ＩＢＡＢＰ−Ｌ発現を検出するための診断アッセイで、又は他の目的で有用である。さらん、このようなポリペプチドは、酵母ツーハイブリッドシステムで用いて、結合タンパク質を「捕捉する」ことができる（Ｆｉｅｌｄｓ及びＳｏｎｇ，Ｎａｔｕｒｅ ３４０：２４５−２４６，１９８９）。
【０１０２】
別の側面では、本発明は、本発明のポリペプチドのエピトープ担持部分を含むペプチド又はポリペプチドを提供する。このポリペプチド部分のエピトープは、本発明のポリペプチドの免疫原性又は抗原性エピトープである。「免疫原性エピトープ」は、全タンパク質が免疫原である場合、抗体応答を発揮するタンパク質の一部として定義される。これらの免疫原性エピトープは、分子上のいくつかの遺伝子座に限定されると考えられる。他方、抗体が結合することができるタンパク質分子の領域は、「抗原エピトープ」として定義される。タンパク質の免疫原性エピトープの数は、一般的に、抗原性エピトープの数よりも少ない。例えば、Ｇｅｙｓｅｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８１：３９９８−４００２，１９８４）を参照されたい。
【０１０３】
抗原性エピトープを担持する（即ち、抗体が結合可能なタンパク質部分の領域を含む）ペプチド又はタンパク質の選択に関して、タンパク質配列の部分を模倣する比較的短い合成ペプチドは、部分的に模倣したタンパク質と反応する抗血清を日常的に誘発することができることは当該技術分野において周知である。例えば、Ｓｕｔｃｌｉｆｆｅら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２１９：６６０−６６６，１９８３）を参照されたい。タンパク質反応性血清を誘発することができるペプチドは、多くの場合、タンパク質の一次配列に示され、一連の単一の化学的規則によって特徴付けられ、そのままのタンパク質の免疫優勢領域（即ち、免疫原性エピトープ）及びアミノ末端若しくはカルボキシル末端のいずれにも限定されない。非常に疎水性であるペプチド、及び６個以下の残基のペプチドは、一般的に、模倣したタンパク質に結合する抗体を誘導するには効果的ではない；より長い、可溶性ペプチド、特にプロリン残基を含むものは、通常、効果的である（Ｓｕｔｃｌｉｆｆｅら，上述，６６１）。
【０１０４】
したがって、本発明の抗原性エピトープを担持するペプチド及びポリペプチドは、本発明のポリペプチドに選択的に結合する、モノクローナル抗体を含む抗体を生じさせるのに有用である。このようにして、抗原性エピトープを担持するペプチドを用いて免疫したドナー由来の脾臓細胞の融合によって得られる高比率のハイブリドーマは、一般的に、天然のタンパク質と反応する抗体を分泌する（Ｓｕｔｃｌｉｆｆｅら，上述，６６３）。抗原性エピトープを担持するペプチド又はポリペプチドによって生じた抗体は、模倣したタンパク質を検出するために有用であり、異なるペプチドに対する抗体は、転写後のプロセッシングを受けるタンパク質前駆体の手術の領域の運命を追跡するのに用いてもよい。ペプチド及び抗ペプチド抗体は、例えば、競合アッセイにおいて模倣したタンパク質に対して手術の定性的及び定量的アッセイで用いることができ、これは、短いペプチド（例えば、約９個のアミノ酸）でさえも免疫沈降アッセイにおいて、より大きなペプチドを結合し、動かすことができるためである。例えば、Ｗｉｌｓｏｎら，Ｃｅｌｌ ３７：７６７−７７８，１９８４を参照されたい。本発明の抗ペプチド抗体はまた、例えば、既知の方法を用いる吸着クロマトグラフィーによって、タンパク質精製に有用である。
【０１０５】
上記ガイダンスに従って設計された本発明の抗原性エピトープを担持しているペプチド及びポリペプチドは、本発明のポリペプチドのアミノ酸配列内に含有される７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０又は３０個以上のアミノ酸の配列を含んでもよい。しかしながら、本発明のポリペプチドのアミノ酸配列の大部分を含むペプチド又はポリペプチドは、約３０〜５０個のアミノ酸、又は本発明のポリペプチドの最大にして全長アミノ酸の任意の長さ及びそれを含み、本発明のエピトープを担持しているペプチド又はポリペプチドであるとも考えられ、模倣したタンパク質と反応する抗体を誘導するために使用されもする。
【０１０６】
本発明の一態様に従って、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの４９個のアミノ酸Ｎ末端ポリペプチドとその残り部分との間の接合を橋渡しする、即ち、ＩＢＡＢＰ−Ｌ由来の独特の配列（例えば、ＩＢＡＢＰ−Ｌの４９個のアミノ酸Ｎ末端ポリペプチド由来の４、５、６、７，８、９、１０個以上の隣接するアミノ酸残基）、及びＩＢＡＢＰ−ＬとＩＢＡＢＰポリペプチドの両方に含まれる配列の両方を含むペプチド及びポリペプチドが提供される。このような接合を橋渡ししているペプチド及びポリペプチドは、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する哺乳動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヒト等）において抗体の酸性を誘発するために用いることができる。
【０１０７】
エピトープを担持しているペプチドのアミノ酸配列は、水溶液中の実質的な可溶性を提供するように選択されてもよい（即ち、相対的に親水性残基及び非常に疎水的な配列を含む配列は回避され得る）。
【０１０８】
本発明のエピトープを担持しているペプチド及びポリペプチドは、本発明の核酸分子を用いた組換え手法を含む、ペプチド又はポリペプチドを作製する任意の慣用的な手法によって提供され得る。例えば、短いエピトープを担持しているアミノ酸配列は、組換え体を作成及び精製中に、並びに抗ペプチド抗体を生成する免疫中に、担体として作用するより大きなポリペプチドに融合することが可能である。エピトープを担持しているペプチドはまた、化学合成の既知の方法を用いて合成することもできる。例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎは、４週未満で（酵素免疫吸着アッセイ［ＥＬＩＳＡ］を採用する結合試験によって）作製され、特徴付けられたＨＡ１ポリペプチドのセグメントの単一のアミノ酸変異体を示す１０〜２０ｍｇの２４８個の異なる１３残基ペプチドなどの大多数のペプチドを合成する簡便な方法を記載している（Ｈｏｕｇｈｔｅｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：５１３１−５１３５，１９８５；及び、米国特許第４，６３１，２１１号）。この手法では、種々のペプチドの固相合成のための個々のレジンは、別個の溶媒透過性パケットに含まれ、固相合成に関与する多くの同一の反復工程の最適使用を可能にする。完全なマニュアル手法により、５００〜１０００以上の合成が同時に実行され得る。
【０１０９】
本発明のエピトープを担持しているペプチド及びポリペプチドは、当該技術分野において周知な方法に従って、抗体を誘導するために使用される。例えば、Ｓｕｔｃｌｉｆｆｅら，上述；Ｗｉｌｓｏｎら，上述；Ｃｈｏｗら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：９１０−９１４；及び、Ｂｉｔｔｌｅら，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．６６：２３４７−２３５４，１９８５を参照されたい。一般的に、動物は、遊離ペプチドで免疫され得る；しかしながら、抗ペプチド抗体の力価は、キーホール・リンペット・ヘマシアニン（ＫＬＨ）又は破傷風トキソイドなどの巨大分子担体へのペプチドのカップリングによってブーストされてもよい。例えば、システインを含有するペプチドは、ｍ−マレイミドベンゾイル−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル（ＭＢＳ）などのリンカーを用いて担体に結合させてもよく、他のペプチドは、グルタールアルデヒドなどのより一般的な連結試薬を用いて担体に結合させてもよい。ウサギ、ラット及びマウスなどの動物は、例えば、約１００μｇのペプチド又は担体タンパク質及びフロインゴアジュバントを含有するエマルジョンの腹腔内及び／又は皮内注入によって、遊離又は単体結合ペプチドで免疫される。いくつかのブースター注入は、例えば、約２週間の間隔で必要とされ、例えば、固体表面に吸着した遊離ペプチドを用いたＥＬＩＳＡアッセイによって検出することができる抗ペプチド抗体の有用な力価を提供されてもよい。免疫動物由来の血清中の抗ペプチド抗体の力価は、抗ペプチド抗体の選択によって、例えば、当該技術分野において周知な方法に従って、固体支持体上のペプチドへの吸着及び選択された抗体の溶出によって、増加させることができる。
【０１１０】
本発明の免疫原性エピトープを担持しているペプチド、即ち、全タンパク質が免疫原である場合に、抗体応答において誘発するタンパク質の部分は、当該技術分野において知られる方法に従って同定される。例えば、Ｇｅｙｓｅｎら（１９８４）（上述）は、酵素免疫吸着アッセイにおいて反応するのに十分な純度の数百のペプチドの固体支持体上での急速な同時合成のための手法を開示している。次に、合成されたペプチドと抗体との相互作用は、支持体からそれらを取り出すことなしに容易に検出される。このようにして、所望のタンパク質の免疫原性エピトープを担持しているペプチドは、当業者によって日常的に同定されてもよい。例えば、口蹄疫ウイルスの被覆タンパク質における免疫学的に重要なエピトープは、Ｇｅｙｓｅｎらによって特定され、タンパク質の全２１３個のアミノ酸配列を覆う全ての２０８個の可能なヘキサペプチドの重複しているセットを合成することによって７個のアミノ酸を分析した。次に、全２０個のアミノ酸がエピトープ内の全ての位置で順番に置換されたペプチドの一連の完全な置換体を合成し、抗体との反応に対する特異性を与える特定のアミノ酸を決定した。このようにして、本発明のエピトープを担持しているペプチドのペプチド類似体は、この方法によって日常的に作製することができる。Ｇｅｙｓｅｎによる米国特許第４，７０８，７８１号（１９８７）は、さらに、所望のタンパク質の免疫原性エピトープを担持しているペプチドを同定する本方法を記載する。
【０１１１】
Ｇｅｙｓｅｎによる米国特許第５，１９４，３９２号（１９９０）は、対象とする抗体の特定のパラトープ（抗原結合部位）に相補的である位相的に同等なエピトープ（即ち、「ミモトープ」）であるモノマー（アミノ酸又は他の化合物）の配列を検出又は決定するための一般的な方法を記載する。より一般的には、Ｇｅｙｓｅｎによる米国特許第４，４３３，０９２号（１９８９）は、対象とする特定の受容体のリガンド結合部位に相補的である位相的に同等なリガンドであるモノマーの配列を検出又は決定するための方法を記載する。同様に、米国特許第５，４８０，９７１号は、直鎖状Ｃ１−７−アルキル完全アルキル化オリゴペプチド、このようなペプチドのセット及びライブラリー、並びに、対象とするアクセプター分子に優先的に結合する完全アルキル化オリゴペプチドの配列を決定するうためのこのようなオリゴペプチドセット及びライブラリーを用いる方法を開示する。このようにして、本発明のエピトープを担持しているペプチドの非ペプチド性類似体はまた、これらの方法によって日常的に作製可能である。
【０１１２】
当業者に承認されるように、上記した本発明のポリペプチド及びそのエピトープを担持している断片は、免疫グロブリン（ＩｇＧ）の定常領域の部分と合わせることができ、キメラポリペプチドが得られる。これらの融合タンパク質は、精製を促進し、インビボでの半減期の増加を示す。これは、例えば、ヒトＣＤ４−ポリペプチドの最初の２つのドメイン、及び哺乳動物の免疫グロブリンの重鎖及び軽鎖の定常領域の種々のドメインからなるキメラタンパク質に対して示されている（欧州特許出願第３９４，８２７号；Ｔｒａｕｎｅｃｋｅｒら，Ｎａｔｕｒｅ ３３１：８４−８６（１９８８））。ＩｇＧ部分に起因するジスルフィド連結二量体構造を有する融合タンパク質は、単量体ＩＢＡＢＰ−Ｌタンパク質又はタンパク質断片のみよりも他の分子と結合し、中和するのにより効果的でもあり得る（Ｆｏｕｎｔｏｕｌａｋｉｓら，Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２７０：３９５８−３９６４（１９９５））。
【０１１３】
診断方法
本発明は、個体由来の生物試料などの試料ちゅうのＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド（例えば、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ）又はポリペプチドの存在を検出するための方法；試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド又はポリペプチドを定量する方法；試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ／ＩＢＡＢＰポリヌクレオチド又はポリペプチド比を決定する方法などを提供する。
【０１１４】
本発明の方法では、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド若しくはポリヌクレオチド又はＩＢＡＢＰ−Ｌ／ＩＢＡＢＰ比の測定は、「参照」と比較される。本発明の態様に依存して、このような参照は、対照試料中の測定又は比；個体群の測定によって得られる標準値；初期の時間点、例えば、処置経過の開始前に、同じ個体について測定した基底値；又は、および／または同じ方法に用いられる任意の他の適切な参照を含むことができる。
【０１１５】
本明細書中で使用するとき、用語「個体」又は「患者」は、限定されないが、マウス、ラット、ウサギ、ネコ、イヌ、サル、類人猿、ヒト、又は他の動物を含む哺乳動物を意味する。
【０１１６】
「生物試料」とは、個体から得られる任意の生物学的試料が意図され、限定されないが、糞便（排泄物）試料、体液（例えば、血液）、細胞、組織、組織培養物、又はＩＢＡＢＰ−Ｌタンパク質若しくはｍＲＮＡを含む他の供給源が含まれる。哺乳動物から排泄物、組織生検、及び他の生物試料を得るための方法は、当該技術分野において周知である。
【０１１７】
ｍＲＮＡの検出。全細胞性ＲＮＡは、Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ及びＳａｃｃｈｉ（Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１６２：１５６−１５９（１９８７）に記載される一段階のグアニジニウム−チオシアネート−フェノール−クロロホルム法などの任意の適切な技術を用いて生物試料から単離することができる。次に、ＩＢＡＢＰ−ＬをコードするｍＲＮＡのレベルは、任意の適切な方法を用いてアッセイされる。これらには、ノーザンブロット分析、Ｓ１ヌクレアーゼマッピング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ポリメラーゼ連鎖反応を併用した逆転写（ＲＴ−ＰＣＲ）、及びリガーゼ連鎖反応を併用した逆転写（ＲＴ−ＬＣＲ）が含まれる。
【０１１８】
ノーザンブロット分析は、Ｈａｒａｄａら（Ｃｅｌｌ ６３：３０３−３１２，１９９０）に記載されるように実行可能である。簡便に言うと、全ＲＮＡは、上述したように生物試料から調製される。ノーザンブロットに関しては、ＲＮＡは、適切なバッファー（例えば、グリオキサル／ジメチルスルホキシド／リン酸ナトリウムバッファー）中で変性され、アガロースゲル電気泳動に供され、ニトロセルロースフィルターに転写される。ＲＮＡは、ＵＶリンカーによってフィルターに連結された後、ホルムアミド、ＳＳＣ、デンハルト溶液、変性したサケ精子、ＳＤＳ、及びリン酸ナトリウムバッファーを含む溶液中でプレハイブリダイズされる。任意の適切な方法（例えば、³²Ｐ−マルチプライムＤＮＡラベリングシステム）に従って標識したＩＢＡＢＰ−Ｌ ｃＤＮＡをプローブとして用いられる。一晩のハイブリダイゼーション後、フィルターを洗浄し、Ｘ線フィルムに晒す。本発明に従ってプローブとして使用されるｃＤＮＡは、上記セクションで記載される。
【０１１９】
Ｓ１マッピングは、Ｆｕｊｉｔａら（Ｃｅｌｌ ４９：３５７−３６７，１９８７）に記載されるように実行し得る。Ｓ１マッピングに用いられるプローブＤＮＡを調製するために、上述したｃＤＮＡのセンス鎖を一時的に用いて、標識したアンチセンスＤＮＡを合成する。次に、アンチセンスＤＮＡは、適切な制限エンドヌクレアーゼを用いて消化し、所望の長さの更なるＤＮＡプローブを生じさせることができる。このようなアンチセンスプローブは、標的ｍＲＮＡ（即ち、ＩＢＡＢＰ−ＬをコードするｍＲＮＡ）に対応する保護されたバンドを資格化するために有用である。ノーザンブロット分析は、上述したように実行可能である。
【０１２０】
一態様に従って、ＩＢＡＢＰ−ＬをコードするｍＲＮＡレベルは、限定されないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を含むポリヌクレオチド増幅法を用いてアッセイされる。本発明の実施に有用である１つのＰＣＲ法は、例えば、Ｍａｋｉｎｏら（Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ ２：２９５−３０１，１９９０）に記載されるＲＴ−ＰＣＲ法である。この方法によって、ポリアクリルアミドゲルバンド中の増幅のＤＮＡ産物、即ち、「増幅産物」又は「アンプリコン」の放射活性は、標的ｍＲＮＡの初期濃度に直線的に関連する。簡便に言うと、この方法は、ＲＴプライマー及び適切なバッファーを含む反応混合物中の生物試料から単離した全ＲＮＡを添加することを伴う。プライマーアニーリングのためのインキュベーション後、混合物に、ＲＴバッファー、ｄＮＴＰ、ＤＴＴ、ＲＮａｓｅインヒビター、逆転写酵素を補足可能である。ＲＮＡの逆転写を達成するためのインキュベーション後、次に、ＲＴ産物を標識プライマーを用いたＰＣＲに供する。あるいは、プライマーを標識するというよりは、標識したｄＮＴＰをＰＣＲ反応混合物中でインキュベートすることができる。ＰＣＲ増幅は、慣用的な技術に従って、ＤＮＡサーマルサイクラーにおいて実行可能である。増幅を達成するための適当な回数後、ＰＣＲ反応混合物をポリアクリルアミドゲル上で電気泳動する。ゲルを乾燥後、適切な番バンド（ＩＢＡＢＰ−ＬをコードするｍＲＮＡに対応する）の放射活性をイメージングアナライザーを用いて定量する。ＲＴ及びＰＣＲ反応成分及び条件、試薬及びゲル濃度、及び標識法は、当該技術分野において周知である。
【０１２１】
本発明の増幅法の一態様によれば、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドを選択的に増幅するプライマー、例えば、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡに選択的にハイブリダイズする（例えば、ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端ポリペプチドをコードするＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡの領域由来の配列を含む）少なくとも１つのプライマーを含むプライマー対が採用される。第２プライマーは、標的ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド由来の任意の配列を含むことができ、このような配列はＩＢＡＢＰ−Ｌに特有であるか、又はＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰに共有される。この態様は、例えば、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ転写物（ｍＲＮＡ）のみを増幅するのに有用である。
【０１２２】
本発明の別の態様によれば、ＩＢＡＢＰポリヌクレオチドを選択的に増幅するプライマー、例えば、ＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡに選択的にハイブリダイズする少なくとも１つのプライマーを含む（例えば、エキソン４ａ由来の配列を含む）プライマー対が採用される。第２プライマーは、標的ＩＢＡＢＰポリヌクレオチド由来の任意の配列を含むことができ、このような配列はＩＢＡＢＰ−Ｌに特有であるか、又はＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰに共有される。この態様は、例えば、試料中のＩＢＡＢＰ転写物（ｍＲＮＡ）のみを増幅するのに有用である。
【０１２３】
本発明の別の態様によれば、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド及びＩＢＡＢＰポリヌクレオチドの両方を増幅するプライマーが採用される。例えば、２つのプライマー対（即ち、４個のプライマー）を使用することができ、１つの対はＩＢＡＢＰ−Ｌを選択的に増幅し、そして、第２の対は、例えば、長さによって、互いに区別され得る増幅産物を生成するように、ＩＢＡＢＰを選択的に増幅する。例示的な目的のための一例として、４つのプライマー増幅システムは下記を含むことができる：（１）ＩＢＡＢＰ−Ｌの４９個のアミノ酸Ｎ末端ポリペプチドをコードするＩＢＡＢＰ−Ｌ ｃＤＮＡの領域由来の配列を含む５’プライマー、及び（２）３’から５’プライマーであるＩＢＡＢＰ−Ｌ ｃＤＮＡ由来の配列を含む３’プライマーを含むＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを増幅するためのプライマー対、そして、（３）エクソン４ａ由来の配列を含む（ＩＢＡＢＰ ｃＤＮＡに特有である）５’プライマー、及び（４）ＩＢＡＢＰ ｃＤＮＡ上に存在する３’からエクソン４ａの配列を含む３’プライマーを含むプライマー対。あるいは、３つのプライマーシステムが使用可能であり、１つは、ＩＢＡＢＰ−Ｌに選択的にハイブリダイズし、１つは、ＩＢＡＢＰに選択的にハイブリダイズし、３つ目は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰの両方に選択的にハイブリダイズする（即ち、ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰの両方によって共有される配列を含む）。例示的な目的のための一例として、３つのプライマー増幅システムは、下記を含むことができる：（１）（ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｃＤＮＡに特有である）ＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドのＮ末端の４９個のアミノ酸をコードするＩＢＡＢＰ−Ｌ ｃＤＮＡの領域由来の配列を含む５’プライマー；（２）（ＩＢＡＢＰ ｃＤＮＡに特有である）エクソン４ａ由来の配列を含む５’プライマー；及び、（３）ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰ−Ｌ ｃＤＮＡの両方に存在する３’からエクソン４ａの配列を含む３’プライマー。この態様は、例えば、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡとＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡとの比を決定するために有用である。
【０１２４】
当業者は、本明細書中で教示した配列に基づいて、ＰＣＲ及び他の増幅法のための追加のプライマー、プライマー対、プライマーセットを生成することができる。
【０１２５】
本発明の一態様は、本発明に従う増幅方法に有用なプライマーを含むキットである。このようなキットはまた、適切なパッケージング、使用のための取扱説明書、又はその両方を含む。
【０１２６】
糞便（例えば、排泄物）試料などの生物試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ及びタンパク質の存在を検出するために、及び／又は定量するために有用な別のＰＣＲ法は、「バイオ−バーコード」ナノ粒子の使用を介する。タンパク質の検出及び／又は定量に関しては、例えば、２種の捕捉粒子が使用され、１つは、標的タンパク質に選択的である抗体を担持するミクロサイズの磁気粒子であり、他は、同タンパク質に選択的である結合抗体を有するナノ粒子である。ナノ粒子はまた、大多数（例えば、約１００）の特有の共有結合したオリゴヌクレオチドを担持し、それらは、相補的なオリゴヌクレオチドにハイブリダイゼーションすることによって結合される。後者は、選択されたタンパク質のためのマーカーとして機能する「バイオ−バーコード」である。ナノ粒子プローブは、結合したタンパク質当り多くのオリゴヌクレオチドを担持するため、タンパク質と比較して実質的な増幅である。銀増加工程では、シグナルの第２増幅がある。結果は、数十から数百の分子を検出することによって、ＥＬＩＳＡベースのアッセイよりも５〜６オーダー規模大きいタンパク質に対する感受性である。例えば、米国特許第６，９７４，６６９号を参照されたい。また、例えば、Ｓｔｏｅｖａら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１２８：８３７８−８３７９，２００６、バイオ−バーコードナノ粒子プローブを用いたタンパク質癌マーカーの検出の一例について参照されたい。バイオ−バーコードはまた、試料中のｍＲＮＡ及び他のポリヌクレオチドを検出及び／又は定量するために用いることができる（Ｈｕｂｅｒら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．３２：ｅ１３７，２００４；Ｃｈｅｎｇら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．１０：１１−１９，２００６；Ｔｈａｘｔｏｎら，Ｃｌｉｎ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ ３６３：１２０−１２６，２００６；米国特許第６，９７４，６６９号）。
【０１２７】
ポリペプチドの検出。生物試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの存在をアッセイすること、又はそれを定量することは、任意の技術的に知られている方法を用いて行うことができる。
【０１２８】
抗体を基礎とした技術は、生物試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌの存在を検出するために、及び／又はそれを定量するために有用である。例えば、組織におけるＩＢＡＢＰ−Ｌ発現は、古典的な免疫組織学的方法を用いて試験することができる。これらにおいて、特定の認識は、一次抗体（ポリクローナル又はモノクローナル）によって提供されるが、二次抗体は、蛍光、酵素、又は他の結合した二次抗体を利用することができる。結果として、病理学的試験用の組織切片の免疫組織学的染色が得られる。組織はまた、ウェスタンブロット又はドット／スロットアッセイ（Ｊａｌｋａｎｅｎら，Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１０５：３０８７−３０９６，１９８７）のためのＩＢＡＢＰ−Ｌを単体分離するために、例えば、尿素および中性界面活性剤を用いて抽出され得る。この技術では、陽イオン性固相に基づいていて、ＩＢＡＢＰ−Ｌの定量は、標準として単離したＩＢＡＢＰ−Ｌを用いて達成される。この技術はまた、体液に当てはめることが可能である。これらの試料を用いて、ＩＢＡＢＰ−Ｌのモル濃度は、異なる組織、糞便、体液（血清、血漿、尿、唾液、脊髄液）などのＩＢＡＢＰ−Ｌ含量の標準値を設定する手助けとなる。次に、ＩＢＡＢＰ−Ｌ量の正常な出現は、健常人由来の値を用いて設定することができ、試験した被験者から得たものと比較することができる。
【０１２９】
ＩＢＡＢＰ−Ｌレベルを検出するために有用な他の抗体を基礎とした方法は、免疫アッセイ、例えば、酵素免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、及び上述した「バイオ−バーコード」アッセイを含む。例えば、ＩＢＡＢＰ−Ｌ選択的モノクローナル抗体は、ＩＢＡＢＰ−Ｌを検出及び定量するために、免疫吸着として、及び酵素標識プローブとして使用することができる。試料中に存在するＩＢＡＢＰ−Ｌの量は、線形回帰コンピュータアルゴリズムを用いて標準的な調製物に存在する量を参照して計算され得る。腫瘍抗原を検出するためのこのようなＥＬＩＳＡは、Ｉａｃｏｂｅｌｌｉら，Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ １１：１９−３０，１９８８に記載される。別のＥＬＩＳＡアッセイでは、２つの異なる選択的モノクローナル抗体は、体液中のＩＢＡＢＰ−Ｌを検出するために使用可能である。このアッセイでは、抗体の１つは、免疫吸着として用いられ、他は、酵素標識プローブとして用いられる。
【０１３０】
上記の技術は、「１工程」又は「２工程」アッセイとして本質的に実行されてもよい。「１工程」アッセイは、固相化した抗体にＩＢＡＢＰ−Ｌを接触させ、洗浄せずに、混合物と標識抗体とを接触させることを伴う。「２工程」アッセイは、混合物と標識抗体とを接触させる前に洗浄することをふくむ。別の慣用的な方法はまた、適切であるように用いることができる。通常、支持体上にアッセイシステムの１成分を固相化することが望ましく、それにより、システムの他の成分が該成分と接触するようになり、試料から容易に取り出されることを可能にする。
【０１３１】
適切な酵素標識は、例えば、基質との反応によって、過酸化水素の生成を触媒するオキシダーゼ群由来のものを含む。グルコースオキシダーゼは、例えば、良好な安定性を有し、その基質（グルコース）は容易に利用可能である。オキシダーゼ標識の活性は、酵素標識した抗体／基質反応によって形成される過酸化水素の濃度を測定することによってアッセイされてもよい。酵素の他に、他の適切な標識は、放射性同位元素、例えば、ヨード（¹²⁵Ｉ、¹²¹Ｉ）、炭素（¹⁴Ｃ）、硫黄（³⁵Ｓ）、トリチウム（³Ｈ）、インジウム（¹¹²Ｉｎ）、及びテクネチウム（⁹⁹Ｔｃ）、並びに蛍光標識、例えば、フルオレセイン及びローダミン、及びビオチンを含む。
【０１３２】
個体から得られた生物試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌレベルをアッセイすることに加えて、ＩＢＡＢＰ−Ｌはまた、画像によってインビボで検出することが可能である。ＩＢＡＢＰ−Ｌのインビボ画像のための抗体標識又はマーカーは、Ｘ線写真、ＮＭＲ又はＥＳＲによって検出可能なものを含む。Ｘ線写真については、適切な標識は、バリウム又はセシウムなどの放射性同位元素を含み、検出可能な放射線を放射するが、被験者に明らかに害はない。ＮＭＲ及びＥＳＲに適したマーカーは、デューテリウムなどの検出可能な特徴的スピンを有するものを含み、関連するハイブリドーマ用の栄養物の標識によって抗体に導入され得る。
【０１３３】
放射性同位元素（例えば、¹³¹Ｉ、¹¹²Ｉｎ、⁹⁹ｍＴｃ）、放射線不透明体基質、又は核磁気共鳴によって検出可能な材料などの適切な検出可能な画像部分を用いて標識したＩＢＡＢＰ−Ｌ選択抗体又は抗体断片は、障害について試験される哺乳動物に（例えば、非経口的に、皮下に又は腹腔内に）導入される。被験者の大きさ及び使用される画像システムは、診断画像を生じるのに必要とされる画像部分の量を決定することは、当該技術分野において理解される。放射性同位元素の場合では、ヒトの被験者に対して、注入された放射活性の量は、通常、約５〜２０ミリキューリーの⁹⁹ｍＴｃの範囲である。次に、標識した抗体又は抗体断片は、ＩＢＡＢＰ−Ｌを含む細胞の位置で優先的に蓄積される。インビボでの腫瘍画像は、Ｂｕｒｃｈｉｅｌら，”Ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ｏｆ Ｒａｄｉｏｌａｂｅｌｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｔｈｅｉｒ Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ”（Ｔｕｍｏｒ Ｉｍａｇｉｎｇの第１３章：Ｔｈｅ Ｒａｄｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ，Ｂｕｒｃｈｉｅｌ ａｎｄ Ｒｈｏｄｅｓ編集，Ｍａｓｓｏｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｉｎｃ．，１９８２）に記載されている。
【０１３４】
本発明における使用のためのＩＢＡＢＰ−Ｌ選択抗体は、無傷のＩＢＡＢＰ−Ｌ又はその抗原性ポリペプチド断片に対して発生し得て、動物システム（例えば、ウサギ若しくはマウス）にアルブミンなどの担体タンパク質とともに提示され、又は、十分な長さ（少なくとも約２５個のアミノ酸）であれば、担体は不要である。
【０１３５】
本明細書中で使用するとき、用語「担体」（Ａｂ）又は「モノクローナル抗体」（Ｍａｂ）は、無傷な分子、並びにＩＢＡＢＰ−Ｌに選択的に結合し得る抗体断片（又は、「断片抗体」）（例えば、Ｆａｂ及びＦ（ａｂ’）₂断片）を含むことが意味される。Ｆａｂ及びＦ（ａｂ’）₂断片は、無傷な抗体のＦｃ部分を欠損し、血液循環からより迅速に浄化され、無傷な九対の非特異的な組織結合がより少なくてもよい（Ｗａｈｌら，Ｊ．Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．２４：３１６−３２４，１９８３）。
【０１３６】
本発明の抗体は、種々の方法にいずれかによって提示されてもよい。例えば、ＩＢＡＢＰ−Ｌ又はその抗原性断片を発現する細胞は、ポリクローナル抗体を含む血清の生成を含むために動物に投与することができる。一つの方法では、ＩＢＡＢＰ−Ｌタンパク質の調製物は、天然の汚染が実質的にないようにするために、上述したように調製及び精製される。次に、このような調製物は、より大きな特異活性のポリクローナル抗血清を生成するために動物に導入される。
【０１３７】
本発明の抗体は、モノクローナル抗体（又はそのＩＢＡＢＰ−Ｌ結合断片）を含む。このようなモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ技術を用いて調製可能である（Ｃｏｌｌｉｇａｎ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９０−１９９６）；Ｈａｒｌｏｗ ＆ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９８８），Ｃｈａｐｔｅｒｓ ６−９，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ａｕｓｕｂｅｌ，ｉｎｆｒａ，Ｃｈａｐｔｅｒ １１）。一般的に、このような手法は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ抗原又はＩＢＡＢＰ−Ｌ発現細胞を用いて動物（例えば、マウス又はウサギ）を免疫することを伴う。適切な細胞は、抗ＩＢＡＢＰ−Ｌ抗体に結合する能力によって認識され得る。このような細胞は、任意の適切な組織培養培地、例えば、１０％ウシ胎児血清（約５６℃で不活性化した）を添加し、約１０μｇ／ｌの非エッセンシャルアミノ酸、約１，０００Ｕ／ｍｌのペニシリン、及び約１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを添加したイーグル変法イーグル培地中で培養してもよい。このようなマウスの脾細胞を抽出し、適切なミエローマ細胞株と融合する。任意の適切なミエローマ細胞株は、本発明に従って採用されてもよい。融合後、得られたハイブリドーマ細胞は、ＨＡＴ培地で選択的に維持され、次に、Ｗａｎｄｓら（Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ８０：２２５−２３２，１９８１）；Ｈａｒｌｏｗ ＆ Ｌａｎｅ（上述）、第７章によって記載されるように限界希釈によってクローニングされる。次に、このような選択を通して得られるハイブリドーマ細胞は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ抗原を結合することができる抗体を分泌するクローンを同定するためにアッセイされる。
【０１３８】
あるいは、ＩＢＡＢＰ−Ｌ抗体に結合可能な追加の抗体は、抗イディオタイプ抗体の使用を通じて２工程手法で生成することができる。このような方法は、抗体がそれ自体で抗原となるという事実を利用し、したがって、二次抗体に結合する抗体を得ることが可能である。この方法に従って、ＩＢＡＢＰ−Ｌ選択性抗体を用いて、マウスなどの動物を免疫する。次に、このような動物の脾細胞を用いて、ハイブリドーマ細胞を生成し、このハイブリドーマ細胞をスクリーニングして、ＩＢＡＢＰ−Ｌ選択性抗体に結合する能力がＩＢＡＢＰ−Ｌ抗原によってブロックされ得る抗体を生成するクローンを同定する。このような抗体は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ選択性抗体に結合する抗イディオタイプ抗体を含み、更なるＩＢＡＢＰ−Ｌ選択性抗体の形成を誘導するように動物を免疫するために使用可能である。
【０１３９】
本発明の抗体のＦａｂ及びＦ（ａｂ’）₂並びに他の断片は、典型的には、本明細書中に開示された方法に従って用いることができることは承認される。このような断片は、典型的には、パパイン（Ｆａｂ断片を生成するため）又はペプシン（Ｆ（ａｂ’）₂断片を生成するため）などの酵素を用いて、タンパク質分解的な切断によって生成される。あるいは、ＩＢＡＢＰ−Ｌ結合断片は、組換えＤＮＡ技術又はタンパク質合成を通じて生成可能である。
【０１４０】
インビボ画像を用いて、ヒトにおける診断用のＩＢＡＢＰ−Ｌのレベル増加を検出する場合、「ヒト化した」キメラモノクローナル抗体を用いてもよい。このような抗体は、上述したモノクローナル抗体を生成するハイブリドーマ細胞由来の遺伝子構築物を用いて生成することができる。キメラ抗体を生成する方法は、当該技術分野において知られている。概要として、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２９：１２０２，１９８５；Ｏｉら，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ４：２１４，１９８６；Ｃａｂｉｌｌｙら，米国特許第４，８１６，５６７号；Ｔａｎｉｇｕｃｈｉら，ＥＰ１７１４９６；Ｍｏｒｒｉｓｏｎら，ＥＰ１７３４９４；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒら，ＷＯ８６０１５３３；Ｒｏｂｉｎｓｏｎら，ＷＯ８７０２６７１；Ｂｏｕｌｉａｎｎｅら；Ｎａｔｕｒｅ ３１２：６４３，１９８４；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒら，Ｎａｔｕｒｅ ３２４：２６８，１９８５を参照されたい。
【０１４１】
本発明のＩＢＡＢＰ−Ｌ選択性抗体に対してさらに適した標識は、下記に提供される。適した酵素標識の例には、リンゴ酸脱水素酵素、ブドウ球菌のヌクレアーゼ、デルタ−５−ステロイドイソメラーゼ、酵母−アルコールデヒドロゲナーゼ、アルファ−グリセロールホスフェートデヒドロゲナーゼ、トリオースホスフェートイソメラーゼ、ペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、アスパラギナーゼ、グルコースオキシダーゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ、リボヌクレアーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコース−６−ホスフェートデヒドロゲナーゼ、グルコアミラーゼ、及びアセチルコリンエステラーゼが含まれる。
【０１４２】
適切な放射線同位体標識の例には、³Ｈ、¹¹¹Ｉｎ、¹²⁵Ｉ、¹³¹Ｉ、³²Ｐ、³⁵Ｓ、¹⁴Ｃ、⁵¹Ｃｒ、⁵⁷Ｔｏ、⁵⁸Ｃｏ、⁵⁹Ｆｅ、⁷⁵Ｓｅ、¹⁵²Ｅｕ、⁹⁰Ｙ、⁶⁷Ｃｕ、²¹⁷Ｃｉ、²¹¹Ａｔ、²¹²Ｐｂ、⁴⁷Ｓｃ、⁰⁹Ｐｄなどが含まれる。¹¹¹Ｉｎは、インビボでの画像が用いられる場合、肝臓による¹²⁵Ｉ−又は¹³¹Ｉ−標識したモノクローナル抗体の脱ハロゲン化の問題を回避するため利点を有する。さらに、この放射性ヌクレオチドは、画像のあめにより好ましいガンマ発光エネルギーを有する（Ｐｅｒｋｉｎｓら，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．１０：２９６−３０１，１９８５；Ｃａｒａｓｑｕｉｌｌｏら，Ｊ．Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．２８：２８１−２８７，１９８７）。例えば、１−（Ｐ−イソチオシアナトベンジル）−ＤＰＴＡでモノクローナル抗体に結合した１１１Ｉｎは、非腫瘍性組織、特に肝臓にほんの僅かの取り込みが示され、したがって、腫瘍局在の特異性を増大する（Ｅｓｔｅｂａｎら，Ｊ．Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．２８：８６１−８７０，１９８７）。
【０１４３】
適切な非放射性同位体標識の例には、¹⁵⁷Ｇｄ、⁵⁵Ｍｎ、¹⁶²Ｄｙ、⁵²Ｔｒ、及び⁵⁶Ｆｅが含まれる。
【０１４４】
適切な蛍光標識の例には、１５２Ｅｕ標識、フルオレセイン、イソチオシアネート、ローダミン、フィコエリトリン、フィコシアニン、アロフィコシアニン、ｏ−フタルデヒド、及びフルオレスカミンが含まれる。
【０１４５】
適したトキシン標識の例には、ジフテリアトキシン、リシン、及びコレラトキシンが含まれる。ケミルミネッセント標識の例には、ルミナール、イソルミナール、芳香族アクリジニウムエステル、イミダゾール、アクリジニウム塩、シュウ酸エステル、ルシフェリン、ルシフェラーゼ、及びエクオリンが含まれる。
【０１４６】
薬剤を造影する核磁気共鳴の例には、重金属核、例えば、Ｇｄ、Ｍｎ、及びＦｅが含まれる。
【０１４７】
上記した標識を抗体に結合させる典型的な技術は、Ｋｅｎｎｅｄｙら（Ｃｌｉｎ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ ７０：１−３１，１９７６）、及びＳｃｈｕｒｓら（Ｃｌｉｎ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ ８１：１−４０，１９７７）によって提供される。後者の場合に言及されるカップリング技術は、グルタールアルデヒド法、過ヨウ素酸塩法、ｍ−マレイミドベンジル−Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミドエステル法である。
【０１４８】
本発明の診断組成物及び方法の１つの使用は、患者における結腸直腸癌（あるいは、ＩＢＡＢＰ−Ｌの上方制御及び／又は発現上昇によって特徴付けられる別の状態）の存在の検出のためであり、又は結腸直腸癌の危険性の増加にある個体を同定するためである。別の使用は、療法に寄与するより可能性のある患者を同定するため、又は結腸直腸癌に向けられた両方の有効性をモニターするためである。このような療法は、イチノテカン及びオキサリプラチンを併用した５−ＦＵ／ＦＡを用いた現場での療法又は他の療法を含む。本発明の診断組成物及び方法はまた、限定されないが、キナーゼを阻害する薬剤、増殖因子阻害剤、ＮＦ−κＢ阻害剤、胆汁酸置換療法、抗体療法、放射線療法、及びそれらの組合せを含む、結腸直腸癌の治療及び予防のための治療薬の有効性を決定するために有用である。例えば、研究及び臨床設定における種々の他の使用は、専門家に明確である。
【０１４９】
試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド若しくはポリペプチド、又は試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ／ＩＢＡＢＰポリヌクレオチド若しくはポリペプチド比を測定する方法では、この方法は、参照、例えば、個体由来の対照試料からの類似測定、１以上の異なる時間点で採取した個体由来の測定（例えば、療法開始前の基底の測定、又は療法中及び／又は療法後の１以上時間点での測定）；健康である個体群、結腸直腸癌の種々の段階に苦しんでいる個体群、及び結腸直腸癌を発症する危険性が増加している個体群など由来の値；及び他のこのような参照値と比較することができる。
【０１５０】
ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの治療的及び予防的投与
本発明のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドは、結腸直腸癌又は他の癌の危険性のある、あるいはそれを患っている患者の治療に有用であってもよい。実施例１で示されるように、ＩＢＡＢＰ−Ｌは、二次的な胆汁酸媒介のアポトーシスに対する防御メカニズムとして機能し得る。ＩＢＡＢＰ−Ｌのレベル上昇は、胆汁酸の結合、胆汁酸の細胞外への融離、細胞内胆汁酸濃度の減少、したがって、発癌物質との接触の減少、及び胆汁酸損傷に対する保護バッファーの提供を可能にする。結果として、限定されないが、結腸直腸癌への遺伝的傾向を有する患者、又は結腸直腸癌に対して治療される患者及び再発の恐れのある患者を含む患者は、結腸直腸癌の可能性（又はその再発）を減少させるために、ＩＢＡＢＰ−Ｌを用いて治療することができる。したがって、ＩＢＡＢＰ−Ｌは、外因的に、個体の細胞、組織、又は生体に添加して、治療効果を生じることができる。
【０１５１】
当業者は、有効量のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドが、このようなポリペプチドの投与が指示される各状態に対して実験的に測定可能であることは承認される。ＩＢＡＢＰ−Ｌ活性を有するポリペプチドは、１以上の医薬として許容される担体、希釈剤及び／又は賦形剤とともに医薬組成物に投与することができる。例示的な目的のためだけの一例として、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドは、下部胃腸管での放出のための腸溶被覆を有するカプセル又は丸薬で投与することができる。ヒト患者に投与される場合、本発明の医薬組成物の毎日の全使用量は、正常な医学的判断の範囲内で医師によって決定される。任意の特定の患者に対する特定の治療的に有効な投薬レベルは、達成されるべき応答のタイプ及び程度；もしあれば、採用される他の薬剤を含む特定の組成物；患者の年齢、体重、一般的な健康状態、性別及び食事；投与時間、投与経路、及び組成物の排出速度；治療期間；特定の組成物と組み合わせて又は同時に使用される薬物（例えば、化学療法剤）；及び、医療分野において周知な類似因子に依存する。
【０１５２】
治療に用いられるべきＩＢＡＢＰ−Ｌ組成物はまた、個体患者の臨床状態（特に、ＩＢＡＢＰ−Ｌのみでの治療の副作用）、ＩＢＡＢＰ−Ｌ組成物の送達部位、投与法、投与スケジュール、及び医師に既知の他の因子を考慮して、良好な医療行為と調和するように調合及び投薬される。
【０１５３】
したがって、本明細書中の目的のための有効量のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド（又はＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む組成物）は、このような考察によって決定される。本明細書中で使用するとき、「有効量」は、限定されないが、このような効果における統計学的に有意に差を含む、観測可能な生物学的効果における検出可能な差を引き起こす組成物の量を意味する。検出可能な差は、組成物中の単一の物質、組成物中の物質の組合せ、又は１を超える組成物の投与の組み合わさった効果に起因してもよい。例えば、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む組成物の「有効量」は、個体において、癌細胞を殺傷し、癌又は別の疾患若しくは障害を治療又は予防し、あるいは癌又は別の疾患若しくは障害の症状を治療する組成物の量を意味し得る。所定の組成物又は治療における、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド及び別の物質、例えば、抗癌剤、又は他の有効成分の組み合わせは、相乗効果的な組合せであり得る。例えば、Ｃｈｏｕ及びＴａｌａｌａｙ，Ａｄｖ．Ｅｎｚｙｍｅ Ｒｅｇｕｌ．２２：２７−５５（１９８４）によって記載されるように、相乗効果は、組み合わせて投与した場合、化合物の効果が単一の薬物としてのみ投与された場合の化合物の付加的効果よりも大きい場合に生じる。一般的に、相乗効果は、化合物の次善最適濃度で最も明確に示される。相乗効果は、個別の成分と比較して、組成物の低毒性、活性増加、又はいくつかの他の薬効の観点であり得る。
【０１５４】
本明細書中で使用するとき、「治療すること」又は「治療する」は、（ｉ）発症から病態を妨げ又は遅延させること（例えば、予防）；（ｉｉ）病態を阻害し又はその発症若しくは進行を止めること；（ｉｉｉ）病態を軽減すること；及び／又は、病態と関連した１以上の症状の重症度又は継続期間を減少させることを意味し、任意の他の臨床的に関連した有効性の測定を意味する。
【０１５５】
変化を観察するために必要とされる治療の長さ、及び応答が生じる治療後の間隔は、所望の効果に依存して変化するようである。
【０１５６】
本発明の医薬組成物の一態様は、限定されないが、結腸又は直腸を含む患者の消化管にいポリペプチドの送達に適した丸薬又はカプセルである。
【０１５７】
ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドは、持続放出システムによって投与することができる。持続放出組成物の適切な例には、造形品、例えば、フィルム、又はマイクロカプセルの形態における半透過性ポリマーマトリックスを含む。持続放出マトリックスは、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，９１９号、ＥＰ５８，４８１）、Ｌ−グルタミン酸及びガンマ−エチル−Ｌ−グルタミン酸塩（Ｕ．Ｓｉｄｍａｎら，Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ ２２：５４７−５５６（１９８３））、ポリ（２−ヒドロキシエチルメタクリレート）（Ｒ．Ｌａｎｇｅｒら，Ｊ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｍａｔｅｒ．Ｒｅｓ．１５：１６７−２７７（１９８１）、及びＲ．Ｌａｎｇｅｒ，Ｃｈｅｍ．Ｔｅｃｈ．１２：９８−１０５（１９８２））、エチレン酢酸ビニル（Ｒ．Ｌａｎｇｅｒら，Ｉｄ．）又はポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸（ＥＰ１３３，９８８）を含む。持続放出ＩＢＡＢＰ−Ｌ組成物はまた、リポソームに取り込まれたＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む。ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含むリポソームは、それ自体既知の方法によって調製される：ＤＥ３，２１８，１２１；Ｅｐｓｔｅｉｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：３６８８−３６９２（１９８５）；Ｈｗａｎｇら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７７：４０３０−４０３４（１９８０）；ＥＰ５２，３２２；ＥＰ３６，６７６；ＥＰ８８，０４６；ＥＰ１４３，９４９；ＥＰ１４２，６４１；特願８３−１１８００８；米国特許第４，４８５，０４５号及び第４，５４４，５４５号；及び、ＥＰ１０２，３２４。通常、リポソームは、小さな（約２００〜８００オングストローム）の単層型のものであり、その中には、脂質成分が約３０ｍｏｌパーセントを超えるコレステロールであり、選択された比率は最適なＩＢＡＢＰ−Ｌ療法用に調整されている。
【０１５８】
非経口投与に関して、一態様では、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドは、一般的に、単位投薬注射可能形態（溶液、懸濁液、又はエマルジョン）で、医薬として許容される担体、即ち、採用される投薬量及び濃度でレシピエントに対して非毒性であり、製剤の他の成分と適合可能であるものとともに、所望の純度でそれを混合することによって調合される。例えば、本発明の一態様によれば、製剤は、ポリペプチドに有害であることが知られている酸化剤及び他の化合物を含まない。
【０１５９】
製剤は、均一及び緊密にＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを液体担体若しくは微細に分けた固体担体又はその両方と折衝させることによって調製することができる。次に、必要に応じて、生成物は、所望の製剤に成形される。担体が非経口担体である場合、レシピエントの血液と等張である溶液である。このような例は、水、生理食塩水、リンガー溶液、及びデキストロース溶液を含む。固定油及びオレイン酸エチルなどの非水性ベヒクルはまた、リポソームと同様に、本明細書中において有用である。
【０１６０】
担体は、適切には、等張性及び化学的安定性を増す物質などの少量の添加物を含有する。このような材料は、採用される投薬量及び濃度でレシピエントに対して非毒性であり、リン酸塩、クエン酸塩、コハク酸塩、酢酸、及び他の有機酸又はそれらの塩などのバッファー；アスコルビン酸などの抗酸化剤；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド、例えば、ポリアルギニン又はトリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン；疎水性高分子、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン酸、アスパラギン酸、又はアルギニン；単糖、二糖、及びセルロース又はその誘導体を含む他の糖質、グルコース、マンノース、又はデキストロース；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖アルコール、例えば、マンニトール又はソルビトール；対イオン、例えば、ナトリウム；及び／又は非イオン性界面活性剤、例えば、ポリソルベート、ポロキサマー、又はＰＥＧを含む。
【０１６１】
ある種の前述の賦形剤、担体、又は安定化剤の使用は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ塩の形成をもたらすことが理解される。
【０１６２】
治療用投与に使用されるべきＩＢＡＢＰ−Ｌは、無菌でなければならない。無菌性は、無菌のろ過メンブレン（例えば、０．２マイクロのメンブレン）を通したろ過によって容易に達成される。治療用ＩＢＡＢＰ−Ｌ組成物は、一般的に、無菌のアクセスポートを有する容器、例えば、皮下注射用針によって貫通可能なストッパーを有する静脈注射用溶液バッグ又はバイアルに配置される。
【０１６３】
ＩＢＡＢＰ−Ｌは、単回又は複数回の投薬容器、例えば、密封したアンプル又はバイアルに、水溶液又は再構成するための凍結乾燥した製剤として保存可能である。凍結乾燥させた製剤の一例として、１０ｍｌバイアルは、５ｍｌの滅菌ろ過した１％（ｗ／ｖ）水性ＩＢＡＢＰ−Ｌ溶液で満たされ、得られた混合物を凍結乾燥する。注射溶液は、静菌性の注射用水を用いて凍結乾燥させたＩＢＡＢＰ−Ｌを再構成することによって調製させる。
【０１６４】
本発明は、本発明の実施に対して現在知られているベストモードを単に例証することが意図される下記の実施例を参照することによってより良く理解される。本発明の範囲は、それに限定されるべきではない。
【実施例】
【０１６５】
実施例１
本出願人は、ＩＢＡＢＰ−Ｌが結腸直腸癌のバイオマーカーとして有用であることを発見した。最近の研究では、結腸直腸腫瘍におけるＩＢＡＢＰ発現の上方制御が指示された（ＤｅＧｏｔｔａｒｄｉら，Ｄｉｇ．Ｄｉｓ．Ｓｃｉ．４９：９８２−９８９，２００４）。しかしながら、ＩＢＡＢＰの遺伝子構造の詳細な分析は、驚くべきことに、ＩＢＡＢＰ−Ｌと呼んでいる新規なＩＢＡＢＰ変異体を示す。ＩＢＡＢＰ−Ｌは、ＩＢＡＢＰ遺伝子の代替の開始部位から生じ、ＩＢＡＢＰ−Ｌの４９残基のＮ末端配列をコードする。最も驚くべきことに、ＩＢＡＢＰ−Ｌは、結腸直腸癌の全ての段階において、そして、悪性結腸ポリープにおいて上方制御される。本出願人はまた、従来の研究（ＤｅＧｏｔｔａｒｄｉら，Ｄｉｇ．Ｄｉｓ．Ｓｃｉ．４９：９８２−９８９，２００４）で報告されたＩＢＡＢＰの上方制御がＩＢＡＢＰ−Ｌの上方制御に完全に寄与し得て；１４ｋＤａのＩＢＡＢＰをコードするより短い転写物の発癌は結腸直腸癌において有意に変化しないことを示す。
【０１６６】
材料及び方法
細胞株及び組織試料。ヒト結腸直腸癌細胞株（Ｃａｃｏ−２，ＳＷ４８０，ＨＣＴ１１６，ＬＳ１７４Ｔ，ＬｏＶｏ，ＳＷ４０３，ＷｉＤｒ，及びＨＴ−２９、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から入手）は、１ｍＭピルビン酸ナトリウム、４．５ｇ／Ｌ Ｄ−グルコース、４ｍＭ Ｌ−グルタミンを含み、１０％ウシ胎児血清（Ｉｒｖｉｎｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、及び１００Ｕ／ｍｌペニシリン、１００μｇ／ｍｌストレプトマイシン及び０．２５μｇ／ｍｌアンフォテリシンＢ（Ｏｍｅｇａ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｔａｒｚａｎａ，ＣＡ）を補足したダルベッコ変法イーグル培地（ＤＭＥＭ；Ｉｒｖｉｎｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｓａｎｔａ Ａｎａ，ＣＡ）中で増殖させた。１００ｍｍの標準的な細胞培養ディッシュ（Ｆａｌｃｏｎ，ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｓａｎ Ｊｏｓｅ，ＣＡ）に細胞を維持し、３７℃、５％ＣＯ₂で増殖させた。
【０１６７】
対等のヒト結腸直腸癌腫及び隣接の正常粘膜ｈＡｓｔｅｒａｎｄ，Ｉｎｃ（Ｄｅｔｒｏｉｔ，ＭＩ）から購入し、又はそのＣｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｈｕｍａｎ Ｔｉｓｓｕｅ Ｎｅｔｗｏｒｋ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅのサービス、Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ）から入手した；患者は、科学的目的のために組織の使用に関して承諾書を与えた。全体で、６８の対等のヒト結腸直腸癌腫試料を試験した（５２．９％は男性ドナーであり、８６．８％が白人であった）。患者の年齢は、２１〜８９歳（７６．５％が５０歳を超える）の範囲である。結腸直腸癌腫は、下記の通り腸領域に分布していた：十分に分化したもの、２７．１％；中程度に分化したもの、６１．０％；及び僅かに分化したもの、１１．９％；そして、臨床段階：ステージＩ、１１；ステージＩＩ、２０；ステージＩＩＩ、１７；ステージＩＶ、１５；分類できないもの、５（提出された病理学的レポートで特定されていない）。１１個のポリープ試料も試験し、そのうち５個は、局所的に高いグレードの異形成であり、１ケースは、家族性腺腫様ポリープ（ＦＡＰ）ファミリーであり、１ケースは、遺伝性若年性ポリープ症候群である。
【０１６８】
ＰＣＲによるＩＢＡＢＰの発現アッセイ。消化管に沿ったＩＢＡＢＰ−Ｌ（Ｇｅｎｂａｎｋ受入れ番号ＤＱ１３２７８６）及びＩＢＡＢＰ（Ｇｅｎｂａｎｋ受入れ番号ＮＭ ００１４５）をコードするｍＲＮＡの発現は、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ及びＢｉｏｃｈａｉｎ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃ．（Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）から購入した正常なヒトの腸及び肝臓由来のＲＮＡを用いて、定量的ＲＴ−ＰＣＲによって測定した。ＡＲＰＰ０の発現は対照として使用した。ヒト腫瘍及び隣接する正常組織におけるＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌの発現は、上述したように、Ａｓｔｅｒａｎｄ，Ｉｎｃ．（Ｄｅｔｒｏｉｔ，ＭＩ）、及びそのＣｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｈｕｍａｎ Ｔｉｓｓｕｅ Ｎｅｔｗｏｒｋから購入した組織を用いて測定した。
【０１６９】
全ＲＮＡは、ＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ Ｉｎｃ．，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）と組み合わせたプロトコールいおいて、ＴＲＩＺＯＬ試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を用いて組織から単離した。各試料について、凍結試料（約０．１ｇ）を切断し、予め冷凍したＲＮＡｌａｔｅｒ−ＩＣＥ安定化溶液（１．０ｍｌ；Ａｍｂｉｏｎ Ｉｎｃ．，Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）に２４時間、−２０℃で浸した。外科用メスを用いて組織を細分化し、ＴＲＩＺＯｌ（１．０ｍｌ）に浸し、Ｔｉｓｓｕｅ−Ｔｅａｒｏｒ（ＢｉｏＳｐｅｃ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｉｎｃ．，Ｂａｒｔｌｅｓｖｉｌｌｅ，ＯＫ）を用いてホモジナイズした。ホモジナイズした組織にクロロホルム（２００μｌ）を添加し、３０秒間、ボルテックスによって試料を混合した。試料を遠心分離（１２，０００×ｇ、１０分、４℃）して、相を分離した。水相を除去し、等量の７０％エタノールを添加し、ピペッティングによって混合し、ＲＮｅａｓｙカラムに流した。ＲＮＡ結合後、ＲＮａｓｅ−Ｆｒｅｅ ＤＮａｓｅ Ｓｅｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて、カラム上でのＤＮａｓｅ消化プロトコールを製造業者の使用説明書に従って実行した。
【０１７０】
ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰの相対的発現レベルを測定するために、２工程の定量的ＲＴ−ＰＣＲ手法を用いた。第１工程では、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を総ＲＮＡから合成した。各試料については、１０ｍＭ ｄＮＴＰｍｉｘ（１．０μｌ）、０．５μｇ／ｍｌオリゴ（ｄＴ）１２−１８（１．０μｌ）、０．１Ｍ ＤＴＴ（２．０μｌ）、２５ｍＭ ＭｇＣｌ２（４．０μｌ）、１０×ＲＴバッファー（２．０μｌ）、ＲＮａｓｅＯＵＴ組換えＲＮａｓｅインヒビター（１．０μｌ）、及びＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩ逆転写酵素（１．０μｌ）を含む、２０μｌの最終反応体積中で、ＲＴ−ＰＣＲ用のＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ Ｆｉｒｓｔ−Ｓｔｒａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて、ＲＮＡ（２．０μｇ）を逆転写した。逆転写は、４２℃で５０分間実行し、７０℃に１５分間加熱することによって停止させ、次に、試料を氷上で冷却した。鋳型ＲＮＡは、ＲＮａｓｅ Ｈ（１．０μｌ）とともに２０分間、３７℃でインキュベートすることによって切断した。第２工程では、定量的ＰＣＲ（ＱＰＣＲ）は、Ｍｘ３０００ＰリアルタイムＰＣＲシステム （Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）で行い、希釈したｃＤＮＡ（1：20；2.0μｌ）、１×ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）、及びＩＢＡＢＰ−Ｌ、ＩＢＡＢＰ、又はＡＲＰＰ０（０．２５μＭ）に対するプライマーを含む溶液を使用した。プライマーセットは、ＩＢＡＢＰ：５’ＣＣＡＣＣＣＡＴＴＣＴＣＣＴＣＡＴＣＣＣＴＣＴＧＣＴＣ３’（エクソン４ａ）、５’ＡＣＣＡＡＧＴＧＡＡＧＴＣＣＴＧＣＣＡＴＣＣＴＧ３’（エクソン５）；ＩＢＡＢＰ−Ｌ：５’ＡＣＡＴＧＧＧＴＧＡＧＣＣＧＧＡＡＡＧＧＡＧＡＣ３’（エクソン３）、５’ＣＣＧＧＡＧＴＡＧＴＧＣＴＧＧＧＡＣＣＡＡＧＴＧＡＡＧＴ３’（エクソン５）；ＡＲＰＰ０：５’ＣＡＡＧＡＣＴＧＧＡＧＡＣＡＡＡＧＴＧＧ３’、５’ＡＡＴＣＴＧＣＡＧＡＣＡＧＡＣＡＣＴＧＧ３’である。全てのプライマーは、ＰｒｉｍｅｒＳｅｌｅｃｔ（商標）（ＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を用いて消化し、Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｃｏｒａｌｖｉｌｌｅ，ＩＡ）によって合成した。下記のサイクルパラメータを用いた：変性、９５℃で１５秒；アニーリング、５６℃で２０秒；伸長、７２℃で３０秒；及び、検出、７８℃で５秒。４０サイクル後、ＰＣＲ産物は解離曲線分析に供し、ＰＣＲ特異性をチェックした。ＱＰＣＲから得た値は、ＡＲＰＰ０の発現に標準化した。
【０１７１】
Ｃａｃｏ−２細胞におけるＩＢＡＢＰ変異体の発現制御。Ｃａｃｏ−２細胞を６ウェルプレート（Ｆａｌｃｏｎ）に２×１０⁵細胞／ウェルで播種した。細胞が１００％コンフルエントになるまで、２日毎に培地を交換し、自然分化を開始した。遊離酸としてのＣＤＣＡ及びＤＣＡ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ Ｃｏ．，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）の保存溶液を無水アルコール（１００ｍＭ）中に調製し、−２０℃で保存した。９−ｃｉｓ−レチノイン酸（９ｃＲＡ；Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）の保存溶液をジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ；１００μＭ）に溶解させ、−２０℃で保存した。コンフルエントのＣａｃｏ−２細胞を３７℃で２４時間、ＣＤＣＡ又はＤＣＡ（１００μＭ）、９ｃＲＡ（１００ｎＭ）、又はＤＭＥＭのみ（０．１％溶媒濃度）中でインキュベートした。細胞を回収し、製造業者の使用説明書に従って、ＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて細胞ＲＮＡを単離し、上述した通り、ＩＢＡＢＰ変異体の発現をＱＰＣＲによって測定した。
【０１７２】
ＩＢＡＢＰ−Ｌに対する抗体の生成及び免疫組織化学的試験。ＩＢＡＢＰ−Ｌの４９残基のＮ末端配列に存在する配列ＣＴＷＮＳＲＫＧＤＬＱＲＭＫＱＴＨＫＧＫＰＰＳＳを有するペプチドを分析し、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）に結合させ、ウサギを免疫するための抗原として用いた。免疫した動物由来の抗血清は、ウェスタンブロットによって組換えＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰに対する反応性について試験した。組換えＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰを発現させ、ｐＧＥＸシステムを用いて精製した。組換えタンパク質は、トロンビンによる消化によって除去されるヒスチジン−タグを有する融合タンパク質として発現させ、ニッケルレジンにタンパク質を結合させた。消化後、トロンビンをベンズアミジン−セファロースを用いて除去した。
【０１７３】
パラフィン包埋したスライドをＩＢＡＢＰ−Ｌ抗血清（１：２０００）を用いて染色し、その後、セイヨウワサビ・ペルオキシダーゼシステムを採用するジアミノベンジンを基礎とした検出方法を行った。次に、スライドをヘマトキシリンで対比染色した。
【０１７４】
データ分析及び統計。病気の結腸組織と対等の隣接した正常粘膜との間のＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰのＲＮＡ発現における変化は、２つの戦略を用いて分析した。第１に、癌又はポリープ組織中の変異体の発現レベルは、その隣接する正常粘膜に対して、各変異体の変化値の倍数に帰着した。２倍の切断制限を用いて、２．０以上の値は、上方制御を示し、０．５未満の値は、下方制御を示した。第２の方法では、本出願人は、癌又はポリープ組織（Ｒ_C及びＲ_P）及び隣接する正常粘膜（Ｒ_N）におけるＩＢＡＢＰ−ＬとＩＢＡＢＰの比を算出した。再度、２倍の切断制限を用いて、２．０以上の比は、癌又はポリープにおけるＩＢＡＢＰ−Ｌの上方制御を示し；０．５未満の比は、下方制御を示す。両方の戦略からの値は、臨床標本のパラメータ（性別、年齢、人種、腫瘍サイズ、腫瘍場所、分化レベル、及び臨床ステージ）に従って分類し、発現レベルと臨床パラメータとの相関をｔ−検定及び１方向ＡＮＯＶＡによって分析した。
結果
ＩＢＡＢＰ−Ｌをコードする遺伝子の特徴付け。ＮＭ ００１４４５を用いたＮＣＢＩ人発現配列タグ（ＥＳＴ）データベース（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）のＢＬＡＳＴＮサーチによって、２つのＥＳＴ（ＢＭ９７４２１９及びＢＵ６８３５６０）が示され、大部分がＩＢＡＢＰと同一であったが、新規に発見された転写物は、ＩＢＡＢＰには存在しないＮ末端の４９個のアミノ酸配列を有するタンパク質をコードすることは除かれる。この変異体の転写物は、ＩＢＡＢＰよりも長いので、ＩＢＡＢＰ−Ｌと呼んでいる。ＩＢＡＢＰ−Ｌ（染色体５ｑ３３．３−ｑ３４；コンティグＮＴ ０２３１３３）に対する遺伝子は、既知の形態、ＩＢＡＢＰと同一である。しかしながら、ＩＢＡＢＰ−ＬをコードするｍＲＮＡは、７個のエクソンを含み、そのうち３個は、特有であり、該遺伝子の５’端に存在する。より短いタンパク質ＩＢＡＢＰは、４個のエクソンのみを含み、その転写物は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ（ｆａｂｐ６）遺伝子の第３エクソン内で開始する。図１は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ（ｆａｂｐ６とも呼ばれる）の構造を示す。
【０１７５】
したがって、ＩＢＡＢＰ−Ｌの２つの変異体は、エクソン５〜７を共有する。両者の変異体をコードする転写物は、ヒトの腸で検出される。ＩＢＡＢＰ−Ｌに特有のエクソンの存在は、ＩＢＡＢＰ−ＬとＩＢＡＢＰの発現を区別するための変異体特異的なプライマーの設計を可能にした。後述するように、これらのプライマーを用いて、正常なヒトの腸から抽出したｍＲＮＡにおける各変異体の発現をＲＴ−ＰＣＲによって検出した。
【０１７６】
ＩＢＡＢＰ−Ｌ転写物の完全なヌクレオチド配列は、Ｇｅｎｅｂａｎｋ受入れ番号ＤＱ１３２７８６で寄託された。
【０１７７】
図２は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ遺伝子（即ち、ゲノム配列）のオープン・リーディング・フレームを示し、ＩＢＡＢＰ−ＬとＩＢＡＢＰの両方をコードする。図２では、ＩＢＡＢＰのオープン・リーディング・フレーム（１４ｋＤａ形態）に下線を施し、ＩＢＡＢＰ−Ｌに対する追加のオープン・リーディング・フレーム配列を強調した（灰色）。このようにして、ＩＢＡＢＰ−Ｌに対するオープン・リーディング・フレームは、ＩＢＡＢＰに対するＯＲＦの大部分を含むが、該遺伝子の５’端に追加の６２７ヌクレオチドを含む。図３は、ＩＢＡＢＰ−Ｌに特有のＩＢＡＢＰ遺伝子由来のＤＮＡ配列を示す（図２では灰色に強調されている）。
【０１７８】
図４は、ＩＢＡＢＰ−ＬとＩＢＡＢＰのｃＤＮＡ配列の整列を示す。ＩＢＡＢＰ−Ｌに対するｃＤＮＡ配列（上段）を示し、ＡＴＧ開始部位をボールドで示す。ＩＢＡＢＰに対するｃＤＮＡ配列（下段）は、灰色で強調される。エクソン１、２及び３は、ＩＢＡＢＰ−Ｌに特有である（ＩＢＡＢＰに対する任意の相同なエクソンの欠損を示す破線に留意されたい）。エクソン４ａ（下線）は、ＩＢＡＢＰに対するｃＤＮＡにのみ存在する。エクソン４ｂ〜７は、ＩＢＡＢＰ−ＬとＩＢＡＢＰの両方に対するｃＤＮＡによって共有される。
【０１７９】
図５は、ＩＢＡＢＰ−ＬをコードするｃＤＮＡ配列を示し、図６は、ＩＢＡＢＰ−ＬのｃＤＮＡ由来のＮ末端の４９個のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を示す。
【０１８０】
図７は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ（上段）及びＩＢＡＢＰ（下段、灰色で強調される）に対するポリペプチド配列の整列を示す。ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドは、ＩＢＡＢＰポリペプチドには存在しないＮ末端に４９個のアミノ酸配列を含む。図８は、推測されたＩＢＡＢＰ−Ｌのポリペプチド配列を示す。ＩＢＡＢＰポリペプチドには見出されないＩＢＡＢＰ−Ｌの４９個のアミノ酸配列を灰色で強調する。
【０１８１】
胃腸組織におけるＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌの発現パターン。ＩＢＡＢＰ遺伝子は、主に、腸で発現する。したがって、本出願人は、胃腸管、特に、腸肝胆汁酸サイクルと関連した組織（ヒト肝臓、胆嚢及び腸切片）におけるＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌをコードする転写物の発現を比較した。各変異体の増幅を選択的にプライミングすることができるオリゴヌクレオチドを用いて、リアルタイムＱ−ＰＣＲ反応を開始させた。ｍＲＮＡ転写物のコピー数は、前立腺及び結腸癌研究において内因性の対照としてしばしば用いられる、リボソームタンパク質ラージＰ０（ＲＰＬＰ０）としても知られる、ハウスキーピング遺伝子の酸性リポソームリンタンパク質（ＡＲＰＰ０）（Ｃｈｅｎｅら，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ １１１：７９８−８０４，２００４；Ｃａｃｅｖら，Ｇｕｔ ５４：１１２９−１１３５，２００５）の発現に標準化した。図９は、胃腸管のＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌの発現を示す。ＩＢＡＢＰ−Ｌをコードする転写物は、より低いレベルで発現する直腸を除いて、試験した全ての組織において同レベルで見られた（図９）。対照的に、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現は、空腸から上行結腸から伸長している腸の部分に局在化する。これらの部分では、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現は、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現の１０〜１０００倍高かった。
【０１８２】
胆汁酸はＩＢＡＢＰの変異体を別々に制御する。胆汁酸の恒常性に関与する多くの遺伝子は、胆汁酸に直接結合する（Ｍａｋｉｓｈｉｍａら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３８２：１３６２−１３６５，１９９９；Ｐａｒｋｓら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８４：１３６５−１３６８，１９９９）、ＦＸＲ核ホルモン受容体（Ｆｏｒｍａｎら，Ｃｅｌｌ ８１：６８７−６９３，１９９５）を通じて制御される。実際に、ＩＢＡＢＰの発現はまた、ＦＸＲによって制御される（Ｋａｎｄａら，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３３０（Ｐｔ．１）：２６１−２６５，１９９８；Ｇｒｏｂｅｒら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４：２９７４９−２９７５４，１９９９）。ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰにおける胆汁酸及び９−ｃｉｓ−レチノイン酸、ＲＸＲに対するリガンド（ＦＸＲのパラメータ）の効果を試験した。Ｃａｃｏ−２細胞は、ケノデオキシコール酸（ＣＤＣＡ）、デオキシコール酸（ＤＣＡ）、又は９ｃＲＡのいずれかで処置し、ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰをコードする転写物の相対的発現を定量的ＲＴ−ＰＣＲによって測定した（図１０）。期待された通り、ＣＤＣＡ及びＤＣＡは、ＩＢＡＢＰ発現を最大１３倍増加させたが、期待に反して、これらの試薬は、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現には効果的ではなかった。同様に、９ｃＲＡはまた、ＩＢＡＢＰの上方制御を誘発したが、ＩＢＡＢＰ−Ｌにおいて効果はなかった。これらの結果は、ＩＢＡＢＰの２つの変異体が別々の転写物開始部位から生じるという概念と一致する。
【０１８３】
ＩＢＡＢＰ−ＬをコードすうｍＲＮＡは結腸直腸癌において上方制御される。各ＩＢＡＢＰの変異体の発現は、ＩＢＡＢＰ又はＩＢＡＢＰ−Ｌ選択的プライマーセットを用いて、定量的ＲＴ−ＰＣＲによって結腸癌の種々の段階で測定した。全ての場合において、癌腫における転写物のレベルは、隣接する正常な組織のレベルと比較した。ＩＢＡＢＰ−Ｌをコードする転写物は、結腸癌腫において実質的に上方制御される；ある場合には、正常組織よりも１００倍を超える高いレベルで発現した（図１１Ａ）。ＩＢＡＢＰ−Ｌは、２倍の切断を用いて、結腸直腸癌の７６％（５２／６８）に上方制御された（Ｐ＜．０００１）。対照的に、癌腫組織におけるＩＢＡＢＰの発現に有意な変化はなかった。
【０１８４】
ＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌの発現レベルにおける患者の変動に患者を標準化する追加の戦略として、本出願人は、結腸癌におけるそれらの発現比を比較した。この場合、結腸癌におけるＩＢＡＢＰ−Ｌ／ＩＢＡＢＰ比（Ｒ_C）は、隣接する正常組織における発現比（Ｒ_N）と比較した（図１１Ｂ）。結腸直腸癌において、Ｒ_Cは、隣接する正常組織Ｒ_Nと有意に相違していた（Ｐ＜．０００１）。２倍のカットオフを用いて、Ｒ_C／Ｒ_N比は、結腸直腸癌の７８％（５３／６８）に増加し、この測定は、悪性組織を同定する良好な予測ツールであることを示す。
【０１８５】
ＩＢＡＢＰ−Ｌタンパク質は結腸直腸癌において発現し、上方制御される。ＩＢＡＢＰ−Ｌタンパク質が結腸組織又は結腸癌において発現するかどうかを決定するために試験を行った。第１に、ＩＢＡＢＰ−Ｌに対する抗血清は、ＩＢＡＢＰ−Ｌに見られる４９残基のＮ末端配列内のペプチドである、ペプチドＣＴＷＶＳＲＫＧＤＬＱＲＭＫＱＴＨＫＧＫＰＰＳＳで免疫してウサギに発生させた。免疫した動物由来の抗血清は、ウェスタンブロットによって、組換えＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰに対する反応性について試験した。組換えＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰは、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ上で分離し、ニトロセルロースに転写し、抗血清（１：２０００希釈）によって探査した。ウェスタンブロットは、ＩＢＡＢＰ−Ｌペプチドに対する抗血清又は組換えＩＢＡＢＰに対して発生した抗血清を用いて探査した。ＩＢＡＢＰ−Ｌに対する抗血清の特異性は、可溶性ペプチド抗原と競合させることによって確かめた。この場合、２μＬの抗血清は、ウェスタンブロットに使用する前に、１又は１０μｇの抗原とともにインキュベートした。抗血清は、ＩＢＡＢＰ−Ｌに非常に特異的であり、ＩＢＡＢＰに結合しないことが見出された。さらに、ＩＢＡＢＰ−Ｌに対する抗血清の結合は、可溶性ペプチド抗原と競合させてブロックすることができた。
【０１８６】
ＩＢＡＢＰ−Ｌタンパク質の発現はまた、ＩＢＡＢＰ−Ｌ選択的抗血清を用いて、免疫組織化学によってヒト結腸直腸癌腫において測定した。ヒト結腸直腸癌腫及び隣接する正常組織のパラフィン包埋したスライドは、ＩＢＡＢＰ−Ｌ選択的ペプチドに対して発生させたウサギ抗血清によって染色し、その後、セイヨウワサビ・ペルオキシダーゼシステムを採用するジアミノベンジジンを基礎とした検出法に従った。ヒト胎児結腸スライド（Ｂｉｏｃｈａｉｎ）及び正常成人回腸（Ｂｉｏｓｐｒｉｎｇ）はまた、同じように染色した。ある場合において、絨毛の先端の上皮細胞は、ＩＢＡＢＰ−Ｌに対して弱い染色を示す。しかしながら、絨毛及び陰窩における非常に大部分の上皮細胞は染色しない。対照的に、ほぼ全ての細胞は陽性に染色された。この戦勝は、腫瘍の分化状態とは独立しているようであった。興味深いことに、胎児の回腸はまた、ＩＢＡＢＰ−Ｌに対する抗血清によって染色された。胎児の上皮細胞の全ては、ＩＢＡＢＰ−Ｌを発現したが、この発現は、大部分の成人の上皮細胞では欠落していた。重要なことに成人の回腸はＩＢＡＢＰ−Ｌの発現を欠損している。この見解は、ＩＢＡＢＰ−Ｌが回腸における高レベルに発現するという事実と対照的であった（Ｆｕｊｉｔａら，Ｅｕｒ．．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２３３：４０６−４１３，１９９５；Ｇｒｏｂｅｒら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４：２９７４９−２９７５４，１９９９）。
【０１８７】
ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現及びＩＢＡＢＰ−Ｌ／ＩＢＡＢＰの比における腫瘍段階の効果。腫瘍段階がＩＢＡＢＰ−Ｌの発現に影響を与えるかどうかを決定するために実験を行った。本出願人は、腫瘍段階の関数として、ＩＢＡＢＰ−ＬをコードするｍＲＮＡの発現増加に対する明確な傾向を見出したが、しかしながら、この傾向は、完全には統計学的に有意ではなかった。したがって、本出願人は、ＩＢＡＢＰ−Ｌにおける患者対患者の変動がＩＢＡＢＰ発言のレベルによって叙することによって標準化可能であるかどうかを探索した。ＩＢＡＢＰ−Ｌ／ＩＢＡＢＰの比は、腫瘍組織（Ｒ_T）及び正常な隣接する組織（Ｒ_N）について算出した。図１２に図示されるように、結腸癌の第１の４段階（ステージＩＩＩに対するポリープ）全体でＲ_T／Ｒ_Nが増加するという傾向である。この相違は、ポリープ及びステージＩ、及びステージＩＩからステージの間で有意ではないが、これらの２つのグループの間の差異は、統計学的には有意である。癌におけるＩＢＡＢＰ−Ｌ／ＩＢＡＢＰ比はまた、患者の年齢、性別、分化レベル、及び腫瘍位置から独立していた。
【０１８８】
ＩＢＡＢＰ−Ｌは別々の発癌性病変を含む結腸癌腫細胞において発現する。現在、結腸直腸癌は、腫瘍抑制遺伝子ＤＣＣ、ＡＰＣ及びｐ５３における変異及び欠損、並びに、腫瘍遺伝子Ｋ−ｒａｓにおける変異を含む多くの遺伝的病変によって開始し得ることは明らかである。発癌病変のタイプがＩＢＡＢＰ−ＬとＩＢＡＢＰとの間の発現比に影響するかどうかを決定するために、結腸癌細胞株を用いて実験を行った。これらの試験は、別々の病変を含む結腸癌細胞株において実行した（下記の表１）。７種の細胞株におけるＩＢＡＢＰ−Ｌ／ＩＢＡＢＰ比は２．０を超え（２．１７〜１９．６５）、ＳＷ８４０のみが２．０未満の比（１．４２）である。結論として、発癌病変のタイプは、ＩＢＡＢＰ−ＬとＩＢＡＢＰとの比にほとんど影響を与えない。これらの観察は、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現の評価は、幅広い発癌病変から生じる結腸癌の検出において適用できるようである。
【０１８９】
検討
本出願人は、ＩＢＡＢＰの新規な変異体を同定し、ＩＢＡＢＰ−Ｌと命名した。ＩＢＡＢＰ−Ｌに対する転写物は、代替の開始部位から生じ、及びＩＢＡＢＰには存在しない３つのエクソンを含む。ＩＢＡＢＰ−Ｌはまた、ＩＢＡＢＰと第４エクソンの部分を共有する。ＩＢＡＢＰ−Ｌによってコードされるタンパク質は、ＩＢＡＢＰには見出されない推定される４９残基のＮ末端配列を含む。ＩＢＡＢＰ−Ｌ転写物は、正常なヒトの腸を通じて同じレベルで発現される。これは、ＩＢＡＢＰをコードする転写物とは対照的であり、空腸から上行結腸まで伸長する腸の部分で、数オーダー高い頻度のレベルで発現される。本発明のこれらの領域では、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現は、ＩＢＡＢＰよりも少なくとも低い頻度である。２つの転写物はた、胆汁酸に対する応答に違いある。胆汁酸は、ＦＸＲ転写経路の部分としてＩＢＡＢＰの発言を刺激し（Ｇｒｏｂｅｒら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４：２９７４９−２９７５４，１９９９）、それらは、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現に影響がない。
【０１９０】
最近、ＩＢＡＢＰは、ＦＸＲの発現の減少と連動して、結腸直腸癌において上方制御されることが報告された（ＤｅＧｏｔｔａｒｄｉら，Ｄｉｇ．Ｄｉｓ．Ｓｃｉ．４９：９８２−９８９，２００４）。しかしながら、その試験は、本出願人のＩＢＡＢＰ−Ｌの発見前になされたものであり、ＩＢＡＢＰの２つの形態で区別されなかった。そこで、本出願人は、６８人の患者由来の結腸直腸癌試料におけるＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌの発現を比較した。本出願人は、ＩＢＡＢＰ−Ｌは結腸直腸癌に本質的には変化せずに維持されるが、その代替の転写物であるＩＢＡＢＰ−Ｌは上方制御されることを報告する。大部分の場合では、上方制御は実質的であり、相対的なｍＲＮＡのコピー数の平均的な増加は３０倍を超える。ＩＢＡＢＰ−Ｌは、初期の悪性ポリープにおいて上方制御され、その高い発現は、腫瘍の分化の全ての続く臨床的分類において明らかとなる。結腸直腸癌における上方制御に対する傾向は、２つの転写物の間を区別しないＰＣＲプライマーを用いて明らかであるが、ＩＢＡＢＰ−Ｌの特異的な測定は、さらにより感度がよい。
【０１９１】
他の３つの因子は、潜在的なバイオマーカーとしてＩＢＡＢＰ−Ｌの使用において香料するのに重要である。第１に、結腸直腸癌におけるＩＢＡＢＰ−Ｌ発現の増加は、患者の年齢又は性別から独立している。第２に、結腸癌細胞株における試験に基づいて、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現は、ｐ５３、ＡＰＣ、又はＫ−ｒａｓのようなタンパク質に共通する発癌性変異体とは独立しているようである。ＩＢＡＢＰ−Ｌとこれらの発癌性変異体との間の任意の僅かなリンクは、患者由来の腫瘍組織のより多くの総合的な分析において最も試験される。それにもかかわらず、ＩＢＡＢＰ−Ｌが大部分の腫瘍において上方制御されるという事実と連動して、細胞株からの試験は、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現が単一の腫瘍遺伝子における病変に依存する可能性が非常に低いことを示す。第３に、ＩＢＡＢＰとは異なり、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現は、胆汁酸によって影響されない。したがって、ＩＢＡＢＰ−Ｌのレベルが、食生活の変化又は全体的な健康状態に起因する胆汁酸の変化に関係するとは誰も期待しないであろう。結論として、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現は、幅広く適合可能な結腸直腸癌の試験としての使用に十分に適切であるようにする多くの特性を有する。
【０１９２】
患者の集団の全体を通じて比較する大部分の試験と同様に、本出願人は標準化手法を用いた。この試験では、本出願人は、標準化の基準として酸性リボソームリンタンパク質（ＡＲＰＰ０）を選択して使用し、それは、癌における遺伝子発現の試験での標準化にむしろ幅広く受け入れられるためであり（Ｃｈｅｎｅら，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ １１１：７９８−８０４，２００４；Ｃａｃｅｖら，Ｇｕｔ ５４：１１２９−１１３５，２００５）、本出願人の主要な分析は、この遺伝子が結腸直腸腫瘍における大部分一致した発現レベルを有することを指示したためである。しかしながら、ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現レベルを標準化するために用いることができる他の「ハウスキーピング」遺伝子がある。本出願人は、サイクロ（登録商標）フィリンＡ、ＧＡＤＰＨ、及びβ−アクチンのような他の標準化の基準の適用性を評価するために、腫瘍試料の小規模な調査を行った。興味深いことに、β−アクチンをＩＢＡＢＰ−Ｌの標準化のために用いた場合、このアッセイは、ＡＲＰＰ０を用いた場合には見られなかった腫瘍を検出した。実際に、ＡＲＰＰ０に対して標準化したＩＢＡＢＰ−Ｌにおける変化が２倍未満であった１６個の腫瘍において、β−アクチンに標準化した場合に、９個がＩＢＡＢＰ−Ｌの２倍を超える増加を示した。本出願人は、β−アクチンレベルが結腸癌において変化することが報告されているため（Ｋｈｉｍａｎｉら，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ３８：７３９−７４５，２００５）、６８全ての主要の分析では標準化の基準としてβ−アクチンを使用しないことにした。β−アクチンに対する標準化における観察はこのレポートの全体の結論にほとんど影響せず、ＩＢＡＢＰ−Ｌを用いた結腸直腸癌の検出の感度は、標準化のための他の遺伝子の探索を通じて潜在的に増加することを示唆している。このような比較は、バイオマーカーとしてＩＢＡＢＰ−Ｌに対するより大きな臨床的試行からの結果を待たせる。標準化の別のアプローチとして、本出願人はまた、試料中のＩＢＡＢＰ−ＬとＩＢＡＢＰの発現比（Ｒ_C／Ｒ_N）を算出し、この比が、ＩＢＡＢＰ−Ｌ単独の相対的レベルよりも僅かに良い結腸直腸癌の予測因子となることを見出した。
【０１９３】
ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現、結腸癌におけるその上方制御は、結腸癌の開始及び進行における二次胆汁酸の役割の本出願人の理解に影響しないようである。腫瘍形成のみを開始するには不十分であるが、二次胆汁酸は、腫瘍形成を強力に促進する（Ｂｅｒｎｓｔｅｉｎら，Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．５８９：４７−６５，２００５）。ＩＢＡＢＰ−Ｌは、二次胆汁酸媒介のアポトーシスに対する防御メカニズムとして初期には上方制御され得る。ＩＢＡＢＰ−Ｌのレベル上昇は、より多くの胆汁酸の結合、細胞胆汁酸濃度の減少、したがって発癌物質とのより少ない接触を可能にする。胆汁酸損傷からの保護バッファーは、第一に、細胞の増殖効果を生じさせることができる。しかしながら、制御されていない細胞増殖の発癌性プログラム：過形成から最終的な侵襲的な表現型への進行は、任意の本来の利点を後に取って代わってもよい。この作用メカニズムは不明確なままであるが、しかしながら、ＩＢＡＢＰ−Ｌの上方制御が、最終的には、未知の前発癌性経路でのシグナル分子としての関与を指示する可能性が生じる。
【０１９４】
要約すると、本出願人は、正常な結腸組織と結腸癌との間のＩＢＡＢＰ−Ｌの転写物の有意な相違を見出した。ＩＢＡＢＰ−Ｌの発現における統計学的な有意な差は、ポリープからステージＩＶの結腸直腸癌の範囲である結腸癌の全ての段階において明らかである。したがって、ＩＢＡＢＰ−Ｌは、結腸癌に対して特に興味深いバイオマーカーである。
【０１９５】
全ての刊行物、特許及び特許出願は、参照により本明細書中に援用される。前述の明細書において、本発明がある種のその態様と関連して記載され、多くの詳細が例示を目的として記載されているが、本発明は、更なる態様に許容され、本明細書におけるある種の詳細は本発明の基本原理から逸脱することなしに相当に変更してもよいことは当業者に明確となる。
【０１９６】
【表１】

【図面の簡単な説明】
【０１９７】
【図１】図１は、エクソン（Ｅ１〜Ｅ７）を有するＩＢＡＢＰ−Ｌ（ｆａｂｐ６）の構造、及び標識された提案されるプロモータの構造を示す（縮尺通りではない）。Ｐ１は、本明細書中で同定された新規な変異体であるＩＢＡＢＰ−Ｌ（実施例１）の発現を駆動し、それは、７個のエクソンを含み、最初の３つはＩＢＡＢＰ−Ｌに独特である。Ｐ２は、エクソン４ｂ〜エクソン７をＩＢＡＢＰ−Ｌと共有する既知のＩＢＡＢＰ−Ｌ形態であるＩＢＡＢＰの転写を促進する。
【図２】ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰの両方をコードするＩＢＡＢＰ遺伝子（即ち、ゲノム配列）のオープン・リーディング・フレームを示す。ＩＢＡＢＰ−Ｌに対するオープン・リーディング・フレーム（１４ｋＤａ形態）に下線が引かれ、ＩＢＡＢＰ−Ｌの追加のオープン・リーディング・フレーム配列は灰色で強調される。このように、ＩＢＡＢＰ−Ｌに対するオープン・リーディング・フレームは、ＩＢＡＢＰに対するＯＲＦの大部分を含み、さらに該遺伝子の５’端の６２７ヌクレオチドを含む。ポリ（Ａ）シグナルは、ボールドであり、下線が引かれる。
【図３】図３は、ＩＢＡＢＰ−Ｌに独特であるＩＢＡＢＰ遺伝子由来のＤＮＡ配列を示す（図２において灰色に強調される）。
【図４】図４は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰに対するｃＤＮＡ配列の整列を示す。ＩＢＡＢＰ−Ｌに対するｃＤＮＡ配列（上段ライン）が示され、ＡＴＧ開始部位はボールドで記される。ＩＢＡＢＰ（下段ライン）に対するｃＤＮＡは、灰色で強調される。エクソン１、２及び３は、ＩＢＡＢＰ−Ｌに独特である（ＩＢＡＢＰに対する任意のホモロガスなエクソンの欠損を示すダッシュを留意されたい）。エクソン４ａは（下線）は、ＩＢＡＢＰに対するｃＤＮＡにのみ存在する。エクソン４ｂ−７は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰの両方に対するｃＤＮＡによって共有される。
【図５】図５は、ＩＢＡＢＰ−ＬをコードするｃＤＮＡ配列を示す。
【図６】図６は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｃＤＮＡ由来のＮ末端の４９個のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を示す。
【図７】図７は、ＩＢＡＢＰ−Ｌ（上段ライン）及びＩＢＡＢＰ（下段ライン、灰色で強調される）に対するポリペプチド配列の整列を示す。ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドは、そのＮ末端に４９個のアミノ酸配列を含み、ＩＢＡＢＰポリペプチドには存在しない。
【図８】図８は、ＩＢＡＢＰ−Ｌの予測されるポリペプチドを示す。ＩＢＡＢＰポリペプチドでは見られないＩＢＡＢＰ−Ｌの４９個のアミノ酸のＮ末端配列が灰色で強調される。
【図９】図９は、胃腸管におけるＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌの発現を示す。ヒトの肝臓、胆嚢、及び胃腸管（十二指腸から直腸）の切片から抽出したＲＮＡは、ＩＢＡＢＰ及びＩＢＡＢＰ−Ｌを定量する目的で定量的ＲＴ−ＰＣＲにおいて鋳型として使用された。各変異体の発現は、ハウスキーピング遺伝子ＡＲＰＰ０を用いて標準化した。
【図１０】図１０は、ＦＸＲ及びＲＸＲのアゴニストは、ＩＢＡＢＰ−ＬではなくＩＢＡＢＰの発現を制御することを示す。ヒトＣａｃｏ−２（腸細胞様）細胞は、ＦＸＲアゴニストであるケノデオキシコール酸（ＣＤＣＡ）又はデオキシコール酸（ＤＣＡ）（１００μＭ）、又はＲＸＲアゴニストである９ｃＲＡ（１００ｎＭ）とともに２４時間インキュベートされた。ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰの発現は、定量的ＲＴ−ＰＣＲによって測定した。各変異体のｍＲＮＡのコピー数は、ハウスキーピング遺伝子ＡＲＰＰ０の発現に標準化さっる。図中の値は、二重で行った各複製を伴う３つの実験の平均を表示する。
【図１１】図１１は、結腸直腸癌腫におけるＩＢＡＢＰ−Ｌの情報制御を示す。全ＲＮＡは、適合した６８セットのヒト結腸直腸及び隣接した正常粘膜から単離し、２段階の定量的ＲＴ−ＰＣＲ手法において鋳型として用いた。変異体特異的プライマーは、ＩＢＡＢＰ−Ｌ及びＩＢＡＢＰをコードするｍＲＮＡを定量するために用いられた。値は、ＡＲＰＰ０の発現に対して標準化した。癌腫と正常な粘膜との発現差は、癌腫と正常粘膜との間のＩＢＡＢＰ変異体の倍数変化として（Ａ）、又は結腸直腸癌（Ｒ_c）対隣接している正常粘膜（Ｒ_N）におけるＩＢＡＢＰ−ＬとＩＢＡＢＰの比として（Ｂ）表現される。エラーバーは、平均±ＳＥＭを表す。
【図１２】図１２は、ＩＢＡＢＰ−Ｌの上方制御における臨床段階の効果を示す。ポリープから正常組織の変化（Ｒ_P／Ｒ_N）と腫瘍から正常組成物の変化（Ｒ_C／Ｒ_N）の比、まとめてＲ_T／Ｒ_Nは、臨床段階によって分離した。バーは、平均±ＳＥＭを表す。ＩＩ−ＩＶ段階の癌腫由来のＲ_P／Ｒ_NとＲ_C／Ｒ_Nとの間の差は有意である（Ｐ＜０．０２）。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに少なくとも９０％の核酸配列同一性を有し、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的にハイブリダイズする配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
前記配列が、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに少なくとも９５％の同一性を有する、請求項１に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３】
前記配列が、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに少なくとも９９％の核酸配列同一性を有する、請求項１に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】
前記配列が、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに１００％のヌクレオチド配列同一性を有する、請求項１に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドに少なくとも９０％の核酸配列同一性を有する、少なくとも１００ヌクレオチドの長さの配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】
前記配列が、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドに少なくとも９５％の核酸配列同一性を有する、請求項５に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７】
前記配列が、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドに少なくとも９９％の核酸配列同一性を有する、請求項５に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項８】
前記単離されたポリヌクレオチドが、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドの少なくとも１５個の隣接しているヌクレオチドを含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチド由来の少なくとも２０個の隣接しているヌクレオチドを含む、請求項８に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１０】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチド由来の少なくとも３０個の隣接しているヌクレオチドを含む、請求項８に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１１】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドを含む、請求項８に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１２】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡのタンパク質全長のコード配列を含む、請求項８に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１３】
（ａ）天然のＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチドの少なくとも４個の隣接しているアミノ酸を含む少なくとも１１個のアミノ酸のポリペプチドをコードし、及び（ｂ）哺乳動物に導入すると、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する抗体を誘発する、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１４】
前記ポリペプチドは、ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチドの少なくとも５個の隣接しているアミノ酸を含む、請求項１３に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１５】
前記ポリペプチドは、ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチドの少なくとも６個の隣接しているアミノ酸を含む、請求項１３に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１６】
前記ポリペプチドは、ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチドの少なくとも１０個の隣接しているアミノ酸を含む、請求項１３に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１７】
胆汁酸に結合するポリペプチドをコードする請求項１〜１６のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１８】
請求項１〜１６のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドを含む細胞。
【請求項１９】
請求項１〜１６のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項２０】
請求項１９に記載のベクターを含む細胞。
【請求項２１】
請求項１９に記載の発現ベクター。
【請求項２２】
請求項２１に記載の発現ベクターを含む細胞。
【請求項２３】
請求項１〜１６のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドを含むプローブ。
【請求項２４】
請求項１〜１６のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドを含むプライマー。
【請求項２５】
（ａ）天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドの少なくとも１５個の隣接しているヌクレオチドを含む第１プライマー；（ｂ）天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接しているヌクレオチドを含む第２プライマー；及び（ｃ）第１プライマー及び第２プライマーを同封している適切なパッケージを含むキットであって、ここで、第１プライマー、第２プライマー、及びＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを含む試料を用いて実行される増幅反応が、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡの存在を指示する増幅産物を生成する前記キット。
【請求項２６】
前記第２プライマーが、ＩＢＡＢＰ−Ｌエクソン１−３ポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする、請求項２５に記載のキット。
【請求項２７】
天然のＩＢＡＢＰポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接するヌクレオチドを含む第３プライマーをさらに含む請求項２５に記載のキットであって、前記試料がＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡをさらに含み、第１プライマー、第２プライマー、第３プライマー、及び試料を用いて実行される増幅反応は、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡの存在を指示する第１増幅産物、及び試料中のＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡの存在を指示する第２増幅産物を生成する前記キット。
【請求項２８】
前記第３プライマーが、天然のＩＢＡＢＰエクソン４ａポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接しているヌクレオチドを含む、請求項２７に記載のキット。
【請求項２９】
天然のＩＢＡＢＰポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接しているヌクレオチドを含む第３プライマー、及び天然のＩＢＡＢＰポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接しているヌクレオチドを含む第４プライマーをさらに含む請求項２５に記載のキットであって、前記試料がＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡをさらに含み、第１プライマー、第２プライマー、第３プライマー、第４プライマー、及び試料を用いて実行されるポリメラーゼ連鎖反応は、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡの存在を指示する第１増幅産物、及び試料中のＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡの存在を指示する第２増幅産物を生成する前記キット。
【請求項３０】
第３プライマー又は第４プライマーは、天然のＩＢＡＢＰエクソン４ａポリヌクレオチド由来の少なくとも１５個の隣接しているヌクレオチドを含む、請求項２９に記載のキット。
【請求項３１】
天然のＩＢＡＢＰ Ｎ末端のポリペプチドに少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む単離されたポリペプチドであって、哺乳動物への単離されたポリペプチドの導入が、ＩＢＡＢＰ−Ｌに選択的に結合する抗体の産生を誘発する前記ポリペプチド。
【請求項３２】
前記配列が、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチドに少なくとも９５％の同一性を有する、請求項３１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３３】
前記配列が、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチドに少なくとも９９％の同一性を有する、請求項３１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３４】
前記配列が、長さにして少なくとも１５個のアミノ酸である、請求項３１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３５】
前記配列が、長さにして少なくとも２０個のアミノ酸である、請求項３１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３６】
前記配列が、長さにして少なくとも３０個のアミノ酸である、請求項３１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３７】
前記配列が、長さにして少なくとも４０個のアミノ酸である、請求項３１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３８】
ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチド由来の少なくとも１１個の隣接しているアミノ酸の配列を含む単離されたポリペプチドであって、哺乳動物への単離されたポリペプチドの導入は、ＩＢＡＢＰ−Ｌを選択的に結合する抗体の産生を誘発する前記ポリペプチド。
【請求項３９】
ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチド由来の少なくとも１２個の隣接しているアミノ酸の配列を含む、請求項３８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４０】
ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチド由来の少なくとも１３個の隣接しているアミノ酸の配列を含む、請求項３８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４１】
ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチド由来の少なくとも１５個の隣接しているアミノ酸の配列を含む、請求項３８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４２】
ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチド由来の少なくとも２０個の隣接しているアミノ酸残基の配列を含む、請求項３８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４３】
ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチド由来の少なくとも３０個の隣接しているアミノ酸残基の配列を含む、請求項３８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４４】
ＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端のポリペプチドを含む、請求項３８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４５】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む、請求項３８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４６】
胆汁酸に結合する、請求項３８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４７】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端ポリペプチドの少なくとも４個の隣接しているアミノ酸を含む、長さにして少なくとも１１個のアミノ酸である単離されたポリペプチドであって、哺乳動物への単離されたポリペプチドの導入が、天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する抗体の産生を誘発する前記ポリペプチド。
【請求項４８】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端ポリペプチドの少なくとも５個の隣接するアミノ酸を含む、請求項４７に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４９】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端ポリペプチドの少なくとも６個の隣接するアミノ酸を含む、請求項４７に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項５０】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌ Ｎ末端ポリペプチドの少なくとも１０個の隣接するアミノ酸を含む、請求項４７に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項５１】
長さにして少なくとも１２個のアミノ酸である、請求項４７に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項５２】
長さにして少なくとも１５個のアミノ酸である、請求項４７に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項５３】
結腸直腸癌を治療又は予防するのに有効な量のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド及び医薬として許容される担体を含む医薬組成物。
【請求項５４】
結腸直腸癌を有する患者又は結腸直腸癌を発症する危険性のある患者を治療するための薬剤を製造する方法であって、医薬として有効量のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを用いて該薬剤を調合することを含む前記方法。
【請求項５５】
結腸直腸癌を治療又は予防する必要がある患者に、有効量のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む組成物を投与することを含む、結腸直腸癌を治療又は予防する方法。
【請求項５６】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する抗体。
【請求項５７】
請求項５６に記載のモノクローナル抗体。
【請求項５８】
請求項５６に記載のポリクローナル抗体。
【請求項５９】
請求項５６に記載のキメラ抗体。
【請求項６０】
請求項５６に記載のヒト化抗体。
【請求項６１】
請求項５６に記載の一本鎖抗体。
【請求項６２】
請求項５６に記載の断片抗体。
【請求項６３】
天然のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する抗体を製造する方法であって、哺乳動物に、（ａ）請求項１〜１６のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター、又は（ｂ）請求項３１〜５２のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチドを導入し、それにより抗体の産生を誘発することを含む前記方法。
【請求項６４】
ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの存在を検出する方法であって、試料とＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する抗体とを接触させ、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドへの抗体の結合を検出することを含む前記方法。
【請求項６５】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
ＥＬＩＳＡアッセイを行うことを含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６７】
バイオ−バーコードアッセイを行うことを含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６８】
ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドへの抗体の結合を測定することによって、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを測定することを含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６９】
ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド及びＩＢＡＢＰポリペプチドを含む試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドとの比を測定する方法であって、（ａ）試料とＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する一次抗体とを接触させ、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドへの該一次抗体の結合を測定し；（ｂ）試料とＩＢＡＢＰポリペプチド及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドに選択的に結合する二次抗体とを接触させ、試料中のＩＢＡＢＰポリペプチド及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドへの該二次抗体の結合を測定し；及び（ｃ）試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドとの比を算出することを含む前記方法。
【請求項７０】
工程（ａ）及び（ｂ）が、単一反応において実行される、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記一次抗体及び二次抗体が、モノクローナル抗体である、請求項６９に記載の方法。
【請求項７２】
ＥＬＩＳＡアッセイを実行することを含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項７３】
バイオ−バーコードアッセイを実行することを含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項７４】
ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドを含む試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドの存在を検出する方法であって、試料と、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的に結合するポリヌクレオチド配列を含むプローブ又はプライマーとを接触させ、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドへの該プローブ又はプライマーの結合を検出することを含む前記方法。
【請求項７５】
前記ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドが、ｍＲＮＡである、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
試料と、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を含む第１プライマー、及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を含む第２プライマーとを接触させ、増幅反応を実行し、並びに試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドの存在を指示する増幅産物を検出することを含む、請求項７４に記載の方法。
【請求項７７】
前記増幅反応が、ＰＣＲ反応である、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記増幅反応が、定量的ＰＣＲ反応である、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記増幅反応が、ＲＴ−ＰＣＲ反応である、請求項７７に記載の方法。
【請求項８０】
バイオ−バーコードアッセイを実行することを含む、請求項７４に記載の方法。
【請求項８１】
ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡへのプローブ又はプライマーの結合を測定することによって、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドを測定することを含む、請求項７４に記載の方法。
【請求項８２】
ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド及びＩＢＡＢＰポリヌクレオチドを含む試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリヌクレオチドとＩＢＡＢＰポリヌクレオチドとの比を測定する方法であって、（ａ）試料とＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする第１プローブとを接触させ；（ｂ）試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドへの第１プローブのハイブリダイゼーションを測定し；（ｃ）試料とＩＢＡＢＰポリヌクレオチド及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする第２プローブとを接触させ；（ｄ）試料中のＩＢＡＢＰポリヌクレオチド及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドへの第２プローブのハイブリダイゼーションを測定し；及び（ｅ）試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリヌクレオチドとＩＢＡＢＰポリヌクレオチドとの比を算出することを含む前記方法。
【請求項８３】
前記ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチド及びＩＢＡＢＰポリヌクレオチドが、ｍＲＮＡである、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
（１）試料と、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする少なくとも１つのプライマーとを接触させ、第１増幅反応を実行して、試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドの存在を指示する第１増幅産物を生成し；（ｂ）試料と、ＩＢＡＢＰポリヌクレオチド及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズする少なくとも１つのプライマーとを接触させ、第２増幅反応を実行して、試料中のＩＢＡＢＰポリヌクレオチド及びＩＢＡＢＰ−Ｌポリヌクレオチドの存在を指示する第２増幅産物を生成し；（ｃ）第１増幅産物及び第２増幅産物を測定し；及び（ｄ）試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリヌクレオチドとＩＢＡＢＰポリヌクレオチドとの比を算出することを含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８５】
前記接触させる工程及び増幅反応を実行させる工程が、単一反応で行われる、請求項８３に記載の方法。
【請求項８６】
ＰＣＲを実行することを含む、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
ＲＴ−ＰＣＲを実行することを含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
バイオ−バーコードアッセイを実行することを含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８９】
個体における結腸直腸癌を検出する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを測定することを含む前記方法。
【請求項９０】
個体における結腸直腸癌を検出する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド及びＩＢＡＢＰポリペプチドを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドとの比を測定することを含む前記方法。
【請求項９１】
個体における結腸直腸癌を検出する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを測定することを含む前記方法。
【請求項９２】
個体における結腸直腸癌を検出する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ及びＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡとＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡとの比を測定することを含む前記方法。
【請求項９３】
結腸直腸癌を発症する危険性が増加している個体を同定する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを測定することを含む前記方法。
【請求項９４】
結腸直腸癌を発症する危険性が増加している個体を同定する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド及びＩＢＡＢＰポリペプチドを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドとの比を測定することを含む前記方法。
【請求項９５】
結腸直腸癌を発症する危険性が増加している個体を同定する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを測定することを含む前記方法。
【請求項９６】
結腸直腸癌を発症する危険性が増加している個体を同定する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ及びＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡとＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡとの比を測定することを含む前記方法。
【請求項９７】
結腸直腸癌に対する特定の治療に応答する可能性のある個体を同定する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを測定することを含む前記方法。
【請求項９８】
結腸直腸癌に対する特定の治療に応答する可能性のある個体を同定する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド及びＩＢＡＢＰポリペプチドを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドとの比を測定することを含む前記方法。
【請求項９９】
結腸直腸癌に対する特定の治療に応答しそうである個体を同定する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを測定することを含む前記方法。
【請求項１００】
結腸直腸癌に対する特定の治療に応答する可能性のある個体を同定する方法であって、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ及びＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡを含む個体由来の試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡとＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡとの比を測定することを含む前記方法。
【請求項１０１】
結腸直腸癌に苦しんでいる患者の治療の経過進行を評価する方法であって、（ａ）治療経過中の第１時間点で採取した、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む患者由来の第１試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを測定し；（ｂ）治療経過中の第２時間点で採取した、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを含む患者由来の第２試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドを測定し；及び（ｃ）第１試料と第２試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチドの測定を比較することを含む前記方法。
【請求項１０２】
結腸直腸癌に苦しんでいる患者の治療の経過進行を評価する方法であって、（ａ）治療経過中の第１時間点で採取した、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド及びＩＢＡＢＰポリペプチドを含む患者由来の第１試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドとの比を測定し；（ｂ）治療経過中の第２時間点で採取した、ＩＢＡＢＰ−Ｌポリペプチド及びＩＢＡＢＰポリペプチドを含む患者由来の第２試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドとの比を測定し；及び（ｃ）第１試料と第２試料中のＩＢＡＢＰ−ＬポリペプチドとＩＢＡＢＰポリペプチドとの比を比較することを含む前記方法。
【請求項１０３】
結腸直腸癌に苦しんでいる患者の治療の経過進行を評価する方法であって、（ａ）治療経過中の第１時間点で採取した、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを含む患者由来の第１試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを測定し；（ｂ）治療経過中の第２時間点で採取した、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを含む患者由来の第２試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡを測定し；及び（ｃ）第１試料と第２試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡの測定を比較することをを含む前記方法。
【請求項１０４】
結腸直腸癌に苦しんでいる患者の治療の経過進行を評価する方法であって、（ａ）治療経過中の第１時間点で採取した、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ及びＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡを含む患者由来の第１試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡとＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡの比を測定し；（ｂ）治療経過中の第２時間点で採取した、ＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡ及びＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡを含む患者由来の第２試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡとＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡとの比を測定し；及び（ｃ）第１試料と第２試料中のＩＢＡＢＰ−Ｌ ｍＲＮＡとＩＢＡＢＰ ｍＲＮＡとの比を比較することを含む前記方法。
【請求項１０５】
前記試料が細胞である、請求項６４〜１０４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０６】
前記試料が組織試料である、請求項６４〜１０４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０７】
前記試料が胃腸組織試料である、請求項６４〜１０４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０８】
前記試料が糞便試料である、請求項６４〜１０４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０９】
前記試料が血液試料である、請求項６４〜１０４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１０】
請求項６４〜１０４のいずれか１項に記載の自動化方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【公表番号】特表２００９−５２３００９（Ｐ２００９−５２３００９Ａ）
【公表日】平成２１年６月１８日（２００９．６．１８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５３２４４６（Ｐ２００８−５３２４４６）
【出願日】平成１８年９月２１日（２００６．９．２１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０３７１０３
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０５８７０４
【国際公開日】平成１９年５月２４日（２００７．５．２４）
【出願人】（５０８０８０２４１）バーンハム　インスティトゥート　フォー　メディカル　リサーチ (6)
【Ｆターム（参考）】