装置および循環腫瘍細胞および他の粒子の濃縮および変更のための方法
本発明は、循環腫瘍細胞および他の粒子を検出、富化および分析するための装置および方法を特徴とする。本発明は、さらに、被験体由来の細胞サンプルを分析することによって、被験体の状態（例えば、癌）を診断するための方法を特徴とする。本発明の方法は、以下の工程を包含する：ａ）第１の方向に癌細胞が濃縮される第１出力のサンプルを生成するように癌細胞を導き、そして第２の方向に第２の細胞が濃縮される第２出力のサンプルを生じるように一つ以上の第２の細胞を導く構造を有するチャネルを含んでいる装置に、細胞サンプルを導入する工程；ならびに、ｂ）第１出力のサンプルにおいて癌細胞の有無を検出する工程。
Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞サンプルにおいて癌細胞を検出する方法であって、該方法は、
（ａ）該癌細胞を第１の方向に方向付けて該癌細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該細胞サンプルを導入する工程；および
（ｂ）該第１の出力サンプルにおいて該癌細胞の存在または非存在を検出する工程；
を包含する、方法。
【請求項２】
前記構造物は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備える、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記障害物は、前記癌細胞を選択的に捕捉し得る、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記細胞サンプルは、血液サンプルである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルを前記癌細胞についてのマーカーに対する抗体と反応させる工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記マーカーは、表１から選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいて細胞の数を決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記決定する工程は、前記第１の出力サンプルにおいてＤＮＡの総量を決定する工程を包含する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいて前記癌細胞の数を決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法であって、該方法は、前記細胞サンプルにおいて内皮細胞の数を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項１１】
前記内皮細胞に対する前記癌細胞の比を決定する工程をさらに包含する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいてＤＮＡ中の変異またはＲＮＡ中の変異を検出する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記変異は、表１に列挙されるポリペプチドをコードする遺伝子に存在する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいてタンパク質のリン酸化、タンパク質のグリコシル化、ＤＮＡのメチル化、マイクロＲＮＡのレベル、または細胞の形態を分析する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいてミトコンドリアＤＮＡ、テロメラーゼ、または核マトリックスタンパク質を検出する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいて１種以上のミトコンドリア異常を検出する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルの細胞において核周囲部の区画の存在または非存在を検出する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルの遺伝子発現分析、インセルＰＣＲ、または蛍光インサイチュハイブリダイゼーションを行う工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記遺伝子発現分析は、前記癌細胞の起源の組織を決定するために使用される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記遺伝子発現分析は、単一の癌細胞に対して行われる、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
前記細胞サンプルは、１種以上の前駆内皮細胞を含み、そして該前駆内皮細胞の少なくとも１種は、前記第１の出力サンプルに存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
請求項１に記載の方法であって、前記デバイスは、第１の入口と、第１の出口と、第２の出口とを備える連続フローデバイスを備え、前記細胞サンプルは、該第１の入口に適用され、前記第１の出力サンプルは、該第１の出口から流出し、そして前記第２の出力サンプルは、該第２の出口から流出する、方法。
【請求項２３】
前記第２の細胞は、非癌細胞を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記デバイスは、第２の入口を備え、そして第２の流体が、該第２の入口に適用される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記第２の流体は、緩衝液、溶解試薬、核酸増幅試薬、容量オスモル濃度調節試薬、標識試薬、保存剤、または固定試薬を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
細胞サンプルにおいて癌細胞を検出する方法であって、該方法は、
（ａ）磁性粒子を使用せずに該細胞サンプルから該癌細胞の１種以上を濃縮する工程であって、該濃縮する工程が、細胞のサイズ、細胞の形状、または細胞の変形能に基づく、工程；および
（ｂ）該濃縮された癌細胞の数を決定する工程；
を包含する、方法。
【請求項２７】
細胞サンプルにおいて癌細胞を検出する方法であって、該方法は、
（ａ）抗体またはそのフラグメントを使用せずに該細胞サンプルから該癌細胞の１種以上を濃縮する工程であって、該濃縮する工程が、細胞のサイズ、細胞の形状、または細胞の変形能に基づく、工程；および
（ｂ）該濃縮された癌細胞の数を決定する工程；
を包含する、方法。
【請求項２８】
請求項２６または２７に記載の方法であって、該方法は、
（ｉ）前記細胞サンプルから１種以上の内皮細胞を濃縮する工程；および
（ｉｉ）該濃縮された内皮細胞の数を決定する工程；
を包含する、方法。
【請求項２９】
請求項２８に記載の方法であって、該方法は、前記内皮細胞に対する前記癌細胞の比を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項３０】
工程（ｂ）は、前記濃縮された癌細胞を計測する工程を包含する、請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項３１】
工程（ｂ）は、前記濃縮された癌細胞においてＤＮＡの総量を決定する工程を包含する、請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項３２】
第２の細胞サンプルを用いて工程（ａ）および工程（ｂ）を繰り返す工程をさらに包含する、請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項３３】
前記細胞サンプルおよび前記第２の細胞サンプルは、単一の被験体から採取される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記検出する工程は、前記第１の出力サンプルのハイパースペクトルイメージングを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
前記細胞サンプルは、工程（ａ）の前または工程（ａ）と同時に、前記癌細胞を優先的に標識する標識試薬に接触される、請求項１に記載の方法。
【請求項３６】
請求項３５に記載の方法であって、前記標識試薬は、ビーズを含み、標識された癌細胞の流体力学的サイズは、該標識の非存在下での該癌細胞の流体力学的サイズよりも少なくとも１０％大きい、方法。
【請求項３７】
被験体において病態を診断するための方法であって、該方法は、
（ａ）１種以上の癌細胞を第１の方向に方向付けて該癌細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該被験体由来の細胞サンプルを導入する工程；
（ｂ）該第１の出力サンプルにおいて該癌細胞の存在または非存在を検出する工程；および
（ｃ）工程（ｂ）の結果に基づいて該病態の存在または非存在を診断する工程；
を包含する、方法。
【請求項３８】
前記診断の前に前記被験体の一部を画像化する工程をさらに包含し、該診断が、さらに、該画像化する工程の結果に基づく、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記画像化する工程は、コンピュータ連動断層撮影、陽電子断層撮影法、または磁気共鳴画像法を包含する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
請求項３７に記載の方法であって、該方法は、
（ｉ）前記細胞サンプルにおいて内皮細胞の数を決定する工程；および
（ｉｉ）該内皮細胞に対する前記癌細胞の比を決定する工程であって、前記診断が、さらに、該比に基づく、工程；
をさらに包含する、方法。
【請求項４１】
前記内皮細胞は、前駆内皮細胞を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記病態は、血液学的な病態、炎症性の病態、虚血性の病態、腫瘍性の病態、感染、外傷、子宮内膜症、または腎不全である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
前記チャンネルは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備え、そして流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れる、請求項１に記載の方法。
【請求項４４】
被験体において病態を診断するための方法であって、
（ａ）１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該被験体由来の細胞サンプルを導入する工程；
（ｂ）該第１の出力サンプルを分析する工程；および
（ｃ）工程（ｂ）の結果に基づいて該病態の存在または非存在を診断する工程；
を包含する、方法。
【請求項４５】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
請求項４４に記載の方法。前記デバイスは、１４ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１４ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
前記デバイスは、５ミクロン以上かつ１０ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１０ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４８】
前記デバイスは、４ミクロン以上かつ８ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ８ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４９】
前記第１の出力サンプルは、前記細胞サンプル中の前記第１の細胞の少なくとも９０％を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項５０】
工程（ａ）〜工程（ｃ）を前記被験体由来のさらなる細胞サンプルを用いて１回以上繰り返す工程をさらに包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項５１】
前記細胞サンプルは、一定間隔にて得られる、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記一定間隔は、１日間、２日間、３日間、１週間、２週間、１ヶ月間、２ヶ月間、３ヶ月間、６ヶ月間、または１年間である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記第１の出力サンプルは、前記細胞サンプルと比較して前記第１の細胞について少なくとも１，０００倍濃縮される、請求項４４に記載の方法。
【請求項５４】
前記病態は、血液学的な病態、炎症性の病態、虚血性の病態、腫瘍性の病態、感染、外傷、子宮内膜症、または腎不全である、請求項４４に記載の方法。
【請求項５５】
前記腫瘍性の病態は、急性リンパ芽球性白血病、急性または慢性のリンパ球性腫瘍または顆粒球性腫瘍、急性骨髄性白血病、急性前骨髄球性白血病、腺癌、腺腫、副腎癌、基底細胞癌、骨の癌、脳の癌、乳癌、気管支の癌、子宮頚部形成異常、慢性骨髄性白血病、結腸癌、類表皮癌、ユーイング肉腫、胆嚢癌、胆石性腫瘍、骨巨細胞腫、多形性神経膠芽腫、ヘアリーセル腫瘍、頭の癌、過形成、増殖性の角膜神経腫瘍、上皮内癌、腸の神経節細胞腫、ランゲルハンス島細胞腫瘍、カポジ肉腫、腎臓癌、喉頭癌、平滑筋の腫瘍、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、悪性カルチノイド、悪性高カルシウム血症、悪性黒色腫、マルファン様体型の腫瘍、髄様癌、転移性皮膚癌、粘膜神経腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄腫、首の癌、神経組織の癌、神経芽腫、骨原性肉腫、骨肉腫、卵巣腫瘍、膵臓癌、副甲状腺癌、褐色細胞腫、真性赤血球増加症、原発性脳腫瘍、前立腺癌、直腸癌、腎細胞腫瘍、網膜芽腫、横紋筋肉腫、精上皮腫、皮膚癌、小細胞肺腫瘍、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、胃癌、甲状腺癌、局所的な皮膚病変、細網肉腫、およびウィルムス腫瘍からなる群より選択される、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記細胞サンプルは、容量が５０ｍＬ未満である、請求項４４に記載の方法。
【請求項５７】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいて癌生物マーカーの存在または非存在を検出する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項５８】
前記癌生物マーカーは、表１から選択されるポリペプチド、または該ポリペプチドをコードする核酸である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
工程（ｂ）は、癌に関連する核酸の存在または非存在を同定する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項６０】
前記核酸は、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、またはマイクロＲＮＡを含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
工程（ｂ）は、癌に関連する核酸の発現パターンを分析する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項６２】
前記核酸は、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、またはマイクロＲＮＡを含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記核酸は、変異を含み、そして該核酸は、表１から選択されるポリペプチドをコードする、請求項５９に記載の方法。
【請求項６４】
工程（ｂ）は、癌に関連する細胞表面マーカーを有する細胞の存在または非存在を同定する工程を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項６５】
前記細胞表面マーカーは、ＥｐＣＡＭ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチン８、ＥＧＦＲ、および白血球関連レセプター（ＬＡＲ）からなる群より選択される、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルと、該第１の出力サンプル由来の１種以上の細胞を選択的に結合する１種以上の結合部分を有する表面を備えるデバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項６７】
前記第１の出力サンプル由来の前記細胞は、上皮細胞または腫瘍性細胞を含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記腫瘍性細胞の型は、急性リンパ芽球性白血病、急性または慢性のリンパ球性腫瘍または顆粒球性腫瘍、急性骨髄性白血病、前骨髄球性白血病、腺癌、腺腫、副腎癌、基底細胞癌、骨の癌、脳の癌、乳癌、気管支の癌、子宮頚部形成異常、慢性骨髄性白血病、結腸癌、類表皮癌、ユーイング肉腫、胆嚢癌、胆石性腫瘍、骨巨細胞腫、多形性神経膠芽腫、ヘアリーセル腫瘍、頭の癌、過形成、増殖性の角膜神経腫瘍、上皮内癌、腸の神経節細胞腫、ランゲルハンス島細胞腫瘍、カポジ肉腫、腎臓癌、喉頭癌、平滑筋の腫瘍、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、悪性カルチノイド、悪性高カルシウム血症、悪性黒色腫、マルファン様体型の腫瘍、髄様癌、転移性皮膚癌、粘膜神経腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄腫、首の癌、神経組織の癌、神経芽腫、骨原性肉腫、骨肉腫、卵巣腫瘍、膵臓癌、副甲状腺癌、褐色細胞腫、真性赤血球増加症、原発性脳腫瘍、前立腺癌、直腸癌、腎細胞腫瘍、網膜芽腫、横紋筋肉腫、精上皮腫、皮膚癌、小細胞肺腫瘍、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、胃癌、甲状腺癌、局所的な皮膚病変、細網肉腫、およびウィルムス腫瘍からなる群より選択される癌に関連する、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記癌は、甲状腺癌ではない、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
前記結合部分は、ポリペプチドを含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項７１】
前記ポリペプチドは、抗体またはそのフラグメントを含む、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記抗体またはそのフラグメントは、モノクローナル性である、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記モノクローナル抗体またはそのフラグメントは、ＥｐＣＡＭに結合する、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
前記構造は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項７５】
前記障害物は、前記第１の細胞を選択的に捕捉し得る、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記障害物の間のギャップは、１５ミクロンより大きいか、２０ミクロンより大きいか、または６０ミクロン未満である、請求項７４に記載の方法。
【請求項７７】
、請求項４４に記載の方法。前記細胞サンプルは、血液、汗、涙、耳の流出物、痰、リンパ、骨髄懸濁物、尿、唾液、精液、経血、脳脊髄液、脳の流体、腹水、乳汁、呼吸器の分泌物、腸もしくは尿生殖器の管、羊水、または水サンプル．
【請求項７８】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルのサイズ分布を分析する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項７９】
工程（ｂ）は、前記第１の細胞の数を決定する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項８０】
目的とする病態に関連する細胞パターンを同定するための方法であって、該方法は、
（ａ）複数のコントロール被験体の各々および該目的とする病態を有する複数の症例被験体の各々から細胞サンプルを得る工程；
（ｂ）１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞をそれぞれの該細胞サンプルからサイズによって濃縮する工程；
（ｃ）工程（ｂ）で濃縮された細胞を分析する工程；ならびに
（ｄ）工程（ｃ）で得られた結果を使用して関連研究を行なう工程；
を包含する、方法。
【請求項８１】
被験体において病態を診断するための方法であって、該方法は、
（ａ）該病態に関連する細胞パターンを提供する工程；
（ｂ）該被験体から細胞サンプルを得る工程；
（ｃ）１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞をそれぞれの該細胞サンプルからサイズによって濃縮する工程；
（ｄ）工程（ｃ）で濃縮された細胞を分析する工程；および
（ｅ）工程（ａ）の該細胞パターンと工程（ｄ）の該分析とに基づいて該被験体における該病態の存在または非存在を診断する工程；
を包含する、方法。
【請求項８２】
工程（ｃ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞においてＲＮＡレベルを検出する工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８３】
前記ＲＮＡは、ｍＲＮＡまたはマイクロＲＮＡを含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記複数の症例被験体は、少なくとも５０の症例被験体を含み、そして前記複数のコントロール被験体は、少なくとも５０のコントロール被験体を含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８５】
工程（ｃ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞の数を決定する工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８６】
工程（ｃ）は、インピーダンス、光吸収、光散乱、および静電容量からなる群より選択される細胞の特徴を利用する、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
工程（ｃ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞のサイズ分布を分析する工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８８】
工程（ｃ）は、前記サイズ分布を決定するために顕微鏡、細胞計数器、磁石、生体腔レーザー、質量分析器、ＰＣＲデバイス、ＲＴ−ＰＣＲデバイス、マトリックス、マイクロアレイ、またはハイパースペクトルイメージングシステムを使用する工程を包含する、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記細胞サンプルは、血液、汗、涙、耳の流出物、痰、リンパ、骨髄懸濁物、尿、唾液、精液、経血、脳脊髄液、脳の流体、腹水、乳汁、呼吸器の分泌物、腸もしくは尿生殖器の管、羊水、または水サンプルを含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項９０】
工程（ｃ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記の起源の組織を決定する工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項９１】
工程（ｃ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞から、１種以上の上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を同定する工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項９２】
工程（ｅ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞と、前記第１の細胞を選択的に結合する１種以上の結合部分とを接触させる工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項９３】
前記結合部分は、ポリペプチドを含む、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
前記ポリペプチドは、抗体またはそのフラグメントを含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記抗体またはそのフラグメントは、モノクローナル性である、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記モノクローナル抗体またはそのフラグメントは、ＥｐＣＡＭに結合する、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
前記抗体またはそのフラグメントは、抗Ｂｅｒ−Ｅｐ４、抗ＥｐＣＡＭ、抗Ｅ−カドヘリン、抗ムチン−１、抗サイトケラチン８、および抗ＣＤ３４＋からなる群より選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９８】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する前記細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項８０に記載の方法。
【請求項９９】
前記デバイスは、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞を選択的に捕捉する、請求項８０に記載の方法。
【請求項１００】
被験体に適用された薬物処置の効力を決定するための方法であって、該方法は、
（ａ）該処置の前に該被験体から第１の細胞サンプルを得る工程；
（ｂ）１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該第１の細胞サンプルを導入する工程；
（ｃ）該第１の出力サンプルを分析する工程；
（ｄ）該薬物処置と同時または該薬物処置の後に該被験体から第２の細胞サンプルを得る工程；
（ｅ）該第２の細胞サンプルに対して工程（ｂ）および工程（ｃ）を繰り返す工程；ならびに
（ｆ）該第１の細胞サンプルに対する工程（ｃ）の結果と該第２の細胞サンプルに対する工程（ｃ）の結果とを比較する工程であって、該比較する工程が、該薬物処置の効力を決定する、工程；
を包含する、方法。
【請求項１０１】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記デバイスは、６ミクロン以上かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ６ミクロン未満の流体力学的サイズを有する細胞または１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
工程（ｃ）は、前記第１の細胞サンプル由来の第１の細胞または前記第２の細胞サンプル由来の第１の細胞においてＲＮＡレベルを検出する工程を包含する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０４】
前記ＲＮＡは、ｍＲＮＡまたはマイクロＲＮＡを含む、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
工程（ｃ）は、前記第１の細胞サンプル由来の第１の細胞または前記第２の細胞サンプル由来の第１の細胞の数を決定する工程を包含する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０６】
工程（ｄ）は、前記第１の細胞サンプル由来の第１の細胞または前記第２の細胞サンプル由来の第１の細胞から、１種以上の上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を同定する工程を包含する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０７】
前記チャンネルは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備え、そして流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れる、請求項４４に記載の方法。
【請求項１０８】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、
（ａ）１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルであって、ここで該デバイスが、（ｉ）１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるか、あるいは（ｉｉ）６ミクロン以上かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ６ミクロン未満の流体力学的サイズを有する細胞または１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるかのいずれかであるように構成される、チャネル；および
（ｂ）該第１の出力サンプルまたは該第２の出力サンプルを分析するための検出モジュールであって、該検出モジュールが、流動工学的に該チャンネルに対して連結される、検出モジュール；
を備える、デバイス。
【請求項１０９】
前記デバイスは、６ミクロン以上かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ６ミクロン未満の流体力学的サイズを有する細胞または１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１０】
前記デバイスは、８ミクロン以上かつ１０ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ８ミクロン未満の流体力学的サイズを有する細胞または１０ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１１】
前記検出モジュールは、前記第１の細胞において癌に関連するマーカーを同定するように適合される、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１２】
前記検出モジュールは、前記第１の細胞を特異的に結合する抗体を含む、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１３】
前記抗体は、表１から選択される１種以上のマーカーを特異的に結合する、請求項１１２に記載のデバイス。
【請求項１１４】
前記検出モジュールは、１種以上の上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を検出するように構成される、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１５】
前記検出モジュールは、顕微鏡、細胞計数器、磁石、生体腔レーザー、質量分析器、ＰＣＲデバイス、ＲＴ−ＰＣＲデバイス、マトリックス、マイクロアレイ、またはハイパースペクトルイメージングシステムを含む、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１６】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、
（ａ）１種以上の第１の癌細胞を第１の方向に方向付けて該癌細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネル；および
（ｂ）該癌細胞または該第２の細胞を捕捉するための捕捉モジュールであって、該捕捉モジュールが、流動工学的に該チャンネルに対して連結され、そして該捕捉モジュールが、該癌細胞または該第２の細胞を選択的に結合する１種以上の結合部分を備える、捕捉モジュール；
を備える、デバイス。
【請求項１１７】
前記構造は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備える、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１１８】
前記１種以上の結合部分は、１種以上の上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を特異的に結合する、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１１９】
前記障害物は、前記結合部分を含む、請求項１１７に記載のデバイス。
【請求項１２０】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１２１】
前記デバイスは、１４ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１２２】
前記デバイスは、１６ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１２３】
流体工学的に前記捕捉モジュールに対して連結された細胞計数モジュールをさらに備える、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１２４】
前記１種以上の結合部分は、ポリペプチドを含む、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１２５】
前記ポリペプチドは、抗体またはそのフラグメントを含む、請求項１２４に記載のデバイス。
【請求項１２６】
前記抗体またはそのフラグメントは、モノクローナル性である、請求項１２５に記載のデバイス。
【請求項１２７】
前記モノクローナル抗体またはそのフラグメントは、ＥｐＣＡＭに結合する、請求項１２６に記載のデバイス。
【請求項１２８】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備え、該構造は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備え、そして該障害物のうちの少なくともいくつかは、該第１の細胞または該第２の細胞を選択的に結合するモノクローナル抗ＥｐＣＡＭ抗体またはそのフラグメントを含む、デバイス。
【請求項１２９】
細胞サンプルを処理するためのデバイス、該デバイスは、
（ａ）該細胞サンプルにおいて細胞をサイズに基づいて濃縮し得る濃縮モジュール；および
（ｂ）該濃縮モジュールによって濃縮された細胞の数を決定するための細胞計数モジュールであって、該細胞計数モジュールが、流体工学的に該濃縮モジュールに対して連結される、濃縮モジュール；
を備える、デバイス
【請求項１３０】
前記濃縮モジュールは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備える、請求項１２９に記載のデバイス。
【請求項１３１】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１３０に記載のデバイス。
【請求項１３２】
前記デバイスは、６ミクロン以上かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ６ミクロン未満の流体力学的サイズを有する細胞または１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１３０に記載のデバイス。
【請求項１３３】
前記第１の細胞は、癌細胞を含む、請求項１３０に記載のデバイス。
【請求項１３４】
前記構造は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備える、請求項１３０に記載のデバイス。
【請求項１３５】
前記細胞計数モジュールは、前記第１の出力サンプルまたは前記第２の出力サンプルにおいて細胞の数を決定するためにインピーダンス、光学、または静電容量を利用する、請求項１２９に記載のデバイス。
【請求項１３６】
前記デバイスは、前記第１の出力サンプルまたは前記第２の出力サンプルを可視化するように適合された検出器をさらに備え、該検出器は、流体工学的に前記捕捉モジュールに対して連結される、請求項１１６、１２８、または１２９に記載のデバイス。
【請求項１３７】
前記チャンネルは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備え、そして流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れる、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１３８】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備え、該デバイスは、１時間あたり少なくとも２０ｍＬの流体を処理し得る、デバイス。
【請求項１３９】
前記構造は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備える、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４０】
前記ギャップは、サイズが２０ミクロンと１００ミクロンとの間である、請求項１３９に記載のデバイス。
【請求項１４１】
前記障害物のアレイは、障害物の互い違いに配置された二次元アレイを含む、請求項１３９に記載のデバイス。
【請求項１４２】
前記障害物のアレイは、複数の列を含み、それぞれの連続した列は、先の列の半分未満の周期でずらされる、請求項１３９に記載のデバイス。
【請求項１４３】
第１の障害物のアレイと直列または並列で障害物の１種以上のさらなるアレイをさらに備える、請求項１３９に記載のデバイス。
【請求項１４４】
前記第１の細胞は、前記第２の細胞よりも大きい平均流体力学的サイズを有する、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４５】
前記デバイスは、１時間あたり少なくとも５０ｍＬの流体を処理し得る、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４６】
前記細胞サンプルは、血液またはその分画を含む、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４７】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４８】
前記デバイスは、１４ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４９】
前記デバイスは、１６ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１５０】
請求項１３８に記載のデバイスであって、前記デバイスは、第１の入口と、第１の出口と、第２の出口とを備える連続フローデバイスを備え、前記細胞サンプルは、該第１の入口に適用され、前記第１の出力サンプルは、該第１の出口から流出し、そして前記第２の出力サンプルは、該第２の出口から流出する、デバイス。
【請求項１５１】
前記デバイスは、前記第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し得、該第１の出力サンプルの容量は、前記細胞サンプルの容量よりも小さい、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１５２】
前記第１の出力サンプルは、前記細胞サンプル中の前記第１の細胞の少なくとも８０％を含む、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１５３】
前記第２の出力サンプルは、前記細胞サンプル中の前記第１の細胞の２０％未満を含む、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１５４】
前記デバイスは、第２の入口を備え、そして第２の流体が、該第２の入口に適用される、請求項１５０に記載のデバイス。
【請求項１５５】
前記第１の細胞は、上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を含む、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１５６】
請求項１３８に記載のデバイスであって、該デバイスは、流体工学的に前記チャンネルに対して連結された検出器モジュールをさらに備える、デバイス。
【請求項１５７】
前記検出器モジュールは、顕微鏡、細胞計数器、磁石、生体腔レーザー、質量分析器、ＰＣＲデバイス、ＲＴ−ＰＣＲデバイス、マトリックス、マイクロアレイ、またはハイパースペクトルイメージングシステムを備える、請求項１５６に記載のデバイス。
【請求項１５８】
前記検出器モジュールは、前記第１の細胞を選択的に結合する標識を検出する、請求項１５７に記載のデバイス。
【請求項１５９】
前記デバイスは、被験体における移植に適合される、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１６０】
前記デバイスは、被験体の循環系または循環系の近傍における配置に適合される、請求項１５９に記載のデバイス。
【請求項１６１】
流体工学的に被験体の循環系に対して連結され得るシステムであって、該システムは、細胞サンプルを処理するためのデバイスを備え、該デバイスは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備える、システム。
【請求項１６２】
前記システムは、チュービングまたは動静脈シャントによって流体工学的に前記循環系に対して連結される、請求項１６１に記載のシステム。
【請求項１６３】
前記システムは、１種以上の被検体を前記循環系から取り出し得る、請求項１６１に記載のシステム。
【請求項１６４】
前記システムは、前記デバイスを通る連続的な血流に適合される、請求項１６１に記載のシステム。
【請求項１６５】
前記デバイスは、使い捨て可能である、請求項１６１に記載のシステム。
【請求項１６６】
被検体を細胞サンプルから枯渇させるための方法であって、該方法は、細胞サンプルを処理するためのデバイスに該細胞サンプルを導入する工程を包含し、該デバイスは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備え、該第１の出力サンプルまたは該第２の出力サンプルは、該細胞サンプルと比較して該被検体について枯渇している、方法。
【請求項１６７】
前記細胞サンプルは、血液、汗、涙、耳の流出物、痰、リンパ、骨髄懸濁物、尿、唾液、精液、経血、脳脊髄液、脳の流体、腹水、乳汁、呼吸器の分泌物、腸もしくは尿生殖器の管、羊水、または水サンプルを含む、請求項１６６に記載の方法。
【請求項１６８】
前記細胞サンプルは、血液学的な病態、炎症性の病態、虚血性の病態、腫瘍性の病態、感染、外傷、子宮内膜症、または腎不全を患う被験体から採取される、請求項１６６に記載の方法。
【請求項１６９】
前記腫瘍性の病態は、急性リンパ芽球性白血病、急性または慢性のリンパ球性腫瘍または顆粒球性腫瘍、急性骨髄性白血病、急性前骨髄球性白血病、腺癌、腺腫、副腎癌、基底細胞癌、骨の癌、脳の癌、乳癌、気管支の癌、子宮頚部形成異常、慢性骨髄性白血病、結腸癌、類表皮癌、ユーイング肉腫、胆嚢癌、胆石性腫瘍、骨巨細胞腫、多形性神経膠芽腫、ヘアリーセル腫瘍、頭の癌、過形成、増殖性の角膜神経腫瘍、上皮内癌、腸の神経節細胞腫、ランゲルハンス島細胞腫瘍、カポジ肉腫、腎臓癌、喉頭癌、平滑筋の腫瘍、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、悪性カルチノイド、悪性高カルシウム血症、悪性黒色腫、マルファン様体型の腫瘍、髄様癌、転移性皮膚癌、粘膜神経腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄腫、首の癌、神経組織の癌、神経芽腫、骨原性肉腫、骨肉腫、卵巣腫瘍、膵臓癌、副甲状腺癌、褐色細胞腫、真性赤血球増加症、原発性脳腫瘍、前立腺癌、直腸癌、腎細胞腫瘍、網膜芽腫、横紋筋肉腫、精上皮腫、皮膚癌、小細胞肺腫瘍、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、胃癌、甲状腺癌、局所的な皮膚病変、細網肉腫、およびウィルムス腫瘍からなる群より選択される、請求項１６６に記載の方法。
【請求項１７０】
被験体において病態を診断するための方法であって、該方法は、
（ａ）細胞サンプルを処理するためのデバイスに該被験体由来の細胞サンプルを導入する工程であって、該デバイスは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備え、該デバイスは、１時間あたり少なくとも２０ｍＬの流体を処理し得る、工程；
（ｂ）該第１の出力サンプルを分析する工程；および
（ｃ）工程（ｂ）の結果に基づいて該病態の存在または非存在を診断する工程；
を包含する、方法。
【請求項１７１】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルの細胞を、接着、移動、結合、形態、分裂、遺伝子発現のレベル、および体細胞変異の存在からなる群より選択される１種以上の特徴について分析する工程を包含する、請求項１７０に記載の方法。
【請求項１７２】
工程（ｂ）は、表１から選択される１種以上のマーカーの存在または非存在を検出する工程、表１から選択される１種以上のマーカーをコードする核酸において変異の存在または非存在を検出する工程、表１から選択される１種以上のマーカーをコードする核酸において欠失の存在または非存在を検出する工程、表１から選択される１種以上のマーカーの発現のレベルを検出する工程、または前記第１の出力サンプルにおいてマイクロＲＮＡのレベルを検出する工程を包含する、請求項１７０に記載の方法。
【請求項１７３】
前記病態は、血液学的な病態、炎症性の病態、虚血性の病態、腫瘍性の病態、感染、外傷、子宮内膜症、または腎不全である、請求項１７０に記載の方法。
【請求項１７４】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいて前記第１の細胞の数を決定する工程を包含する、請求項１７０に記載の方法。
【請求項１７５】
前記チャンネルは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備え、そして流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れる、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１７６】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備えるチャンネルを備え、流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れ、そして該アレイは、上皮細胞を、該アレイにおける流れの平均した方向に平行ではない方向に方向付けるように構成される、デバイス。
【請求項１７７】
前記デバイスは、２個の入口をさらに備える、請求項１７６に記載のデバイス。
【請求項１７８】
前記デバイスは、２個の出口をさらに備える、請求項１７６に記載のデバイス。
【請求項１７９】
請求項１７６に記載の第２のデバイスをさらに備え、該デバイスは、流体工学的に連結される、請求項１７６に記載のデバイス。
【請求項１８０】
前記ギャップは、上皮細胞を前記出口のうちの１個へと方向付けるようにサイジングされる、請求項１７８に記載のデバイス。
【請求項１８１】
前記ギャップは、上皮細胞を、１つの前記入口に流入する流体から、別の前記入口に流入する流体へと方向付けるようにサイジングされる、請求項１７７に記載のデバイス。
【請求項１８２】
前記障害物は、ポリマー、ケイ素、ガラス、または融合したシリカを含む、請求項１７６に記載のデバイス。
【請求項１８３】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、
ａ．ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備えるチャンネルであって、ここで流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れ、その結果、臨界サイズよりも大きい細胞の動きの平均した方向が、流体の流れの平均した方向に平行ではない、チャンネル；
ｂ．正常血球よりも大きい細胞を収集するように配置された出口；および
ｃ．細胞を計測する細胞検出器；
を備える、デバイス。
【請求項１８４】
上皮細胞の濃縮されたサンプルを産生する方法であって、該方法は、請求項１７６に記載のデバイスに細胞サンプルを導入する工程を包含し、ここで、該細胞サンプルが、該デバイスを通って流れる場合、該細胞サンプル中に存在する上皮細胞は、該細胞サンプルの平均した流れの方向に平行ではない方向に方向付けられ、そして該細胞サンプルの別の成分は、該平均した流れの方向に沿って方向付けられ、それによって該他の成分と比較して上皮細胞について濃縮されたサンプルが、産生される、方法。
【請求項１８５】
前記他の成分は、赤血球、血小板、白血球、または内皮細胞を含む、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８６】
前記上皮細胞は、直径が８μｍ〜３０μｍの範囲である、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８７】
前記細胞は、ＤＮＡ分析、ＲＮＡ分析、タンパク質分析、またはメタボローム分析を受け得る、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８８】
前記細胞は、インセルＰＣＲを使用して分析される、請求項１８７に記載の方法。
【請求項１８９】
前記細胞は、存在するサイトケラチンｍＲＮＡのレベルを決定することによって分析される、請求項１８７に記載の方法。
【請求項１９０】
前記上皮細胞は、癌細胞である、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９１】
前記癌細胞は、癌幹細胞である、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９２】
前記濃縮されたサンプルの容量が、前記細胞サンプルの容量よりも実質的に小さく、前記上皮細胞の濃縮を生じる、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９３】
溶解緩衝液が、前記デバイスに同時導入され、そして前記濃縮されたサンプルは、上皮細胞の成分を含む、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９４】
交換緩衝液は、前記デバイスに同時導入され、そして前記濃縮されたサンプルは、交換緩衝液を含む、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９５】
前記濃縮されたサンプルと、上皮細胞を優先的に標識する標識試薬とを接触させる工程をさらに包含する、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９６】
前記濃縮されたサンプルにおいて細胞の数を定量する工程をさらに包含する、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９７】
前記デバイスは、前記濃縮されたサンプルにおいて５００ｆＬよりも大きい細胞容量の細胞の数を決定する、請求項１９６に記載の方法。
【請求項１９８】
前記デバイスは、前記濃縮されたサンプルにおいて１４μｍよりも大きい直径の細胞の数を決定する、請求項１９６に記載の方法。
【請求項１９９】
前記デバイス内部の前記細胞の各々に対するずれ応力は、全ての時間において１０ダイン／ｃｍ２未満である、請求項１８４に記載の方法。
【請求項２００】
前記細胞サンプルは、上皮細胞を優先的に標識する標識試薬に接触され、ここで該標識試薬は、最初に、前記デバイスに対する該細胞サンプルの導入前または該デバイスに対する該細胞サンプルの導入後のいずれかにおいて該細胞サンプルと合わせられる、請求項１８４に記載の方法。
【請求項２０１】
前記標識試薬は、粒状標識試薬である、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０２】
請求項２００に記載の方法であって、該方法は、前記標識された細胞を定量する工程をさらに包含する、方法。
【請求項２０３】
前記標識試薬は、量子ドットを含み、そして前記標識された細胞は、２−光子励起を使用して分析される、請求項２０２に記載の方法。
【請求項２０４】
請求項２０３に記載の方法であって、該方法は、前記濃縮されたサンプルの容積測定を行なう工程をさらに包含する、方法。
【請求項２０５】
前記細胞に結合された標識試薬は、該細胞に結合されていないままの標識試薬から分離される、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０６】
前記標識試薬は、前記デバイスに同時導入され、該デバイス内において前記細胞の標識化をもたらす、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０７】
前記標識試薬は、量子ドット、抗体、ファージ、アプタマー、フルオロフォア、酵素、またはビーズを含む、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０８】
前記ビーズは、アフィニティー試薬を含む、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２０９】
前記ビーズは、ポリスチレンを含む、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２１０】
前記ビーズは、天然に浮遊する、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２１１】
前記ビーズは、抗体を含む、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２１２】
前記標識試薬は、前記細胞のサイズを増加させる、請求項２００に記載の方法。
【請求項２１３】
前記サイズが、少なくとも１０％増加する、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１４】
前記サイズが、少なくとも１００％増加する、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１５】
前記サイズが、少なくとも１０００％増加する、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１６】
上皮細胞を定量する方法であって、該方法は、
ａ．細胞サンプルを提供する工程；
ｂ．請求項１７６に記載のデバイスに該細胞サンプルを導入して、上皮細胞について濃縮されたサンプルを産生する工程；および
ｃ．該上皮細胞を定量する工程；
を包含する、方法。
【請求項２１７】
ａ．請求項１７６に記載のデバイスに患者由来の細胞サンプルを導入して、正常血球よりも大きい細胞について濃縮されたサンプルを産生する工程；および
ｂ．該サンプルに存在する正常血球よりも大きい細胞の数を決定して、疾患状態を決定する工程；
を包含する、診断方法。
【請求項２１８】
ａ．請求項１７６に記載のデバイスに患者由来の細胞サンプルを導入して、正常血球よりも大きい細胞について濃縮されたサンプルを産生する工程；および
ｂ．疾患状態を決定するために、ＤＮＡ分析、ＲＮＡ分析、プロテオーム分析、またはメタボローム分析を該濃縮されたサンプルに対して行なう工程；
を包含する、診断方法。
【請求項２１９】
前記ＤＮＡ分析は、上皮増殖因子レセプター遺伝子において１種以上の変異の存在、および同一性、すなわち非存在を決定する工程を包含する、請求項２１８に記載の方法。
【請求項２２０】
前記ＤＮＡ分析は、
ｉ．前記濃縮されたサンプルからゲノムＤＮＡを単離する工程；ならびに
ｉｉ．前記上皮増殖因子レセプター遺伝子のエキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、およびエキソン２１のうちの１種以上を増幅する工程；
を包含する、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２１】
ｉｉｉ．公知の上皮増殖因子レセプター変異に対応する前記増幅産物の下位領域を増幅し、さらなる増幅産物を生じる工程；
ｉｖ．該さらなる増幅産物を配列決定する工程；および
ｖ．該生じた配列を、該上皮増殖因子レセプター遺伝子の野生型配列および該上皮増殖因子レセプター遺伝子の公知の変異の一覧と比較する工程；
をさらに包含する、請求項２２０に記載の方法。
【請求項２２２】
前記正常血球よりも大きい細胞は、上皮細胞を含む、請求項２１７または２１８に記載の方法。
【請求項２２３】
前記疾患状態は、癌を含む、請求項２１７または２１８に記載の方法。
【請求項２２４】
前記正常血球よりも大きい細胞は、上皮細胞を含む、請求項１８３に記載のデバイス。
【請求項２２５】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、前記デバイスは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイ上に位置決めされたシーリングを備えるチャンネルを備え、該デバイスは、臨界サイズ以下の直径を有する細胞を該ギャップのネットワークを通して流させ、かつ該シーリングと該障害物との間の該臨界サイズよりも大きい直径を有する細胞を捕捉するように構成される、デバイス。
【請求項２２６】
前記臨界サイズは、５ミクロンと２０ミクロンとの間である、請求項２２５に記載のデバイス。
【請求項２２７】
前記臨界サイズは、１２ミクロンである、請求項２２５に記載のデバイス。
【請求項２２８】
前記臨界サイズは、１４ミクロンである、請求項２２５に記載のデバイス。
【請求項２２９】
前記臨界サイズよりも大きい直径を有する細胞は、１種以上の稀な細胞を含む、請求項２２５に記載のデバイス。
【請求項２３０】
前記稀な細胞は、１種以上の上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を含む、請求項２２９に記載のデバイス。
【請求項２３１】
前記シーリングは、透明である、請求項２２５に記載のデバイス。
【請求項２３２】
細胞サンプルにおいて臨界サイズよりも大きい直径を有する細胞を処理する方法であって、該方法は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイ上に位置決めされたシーリングを備えるチャンネルを備えるデバイスに、該細胞サンプルを導入する工程を包含し、該デバイスは、該臨界サイズ以下の直径を有する細胞を該ギャップのネットワークを通して流し得、かつ該シーリングと該障害物との間の該臨界サイズよりも大きい直径を有する細胞を捕捉し得るように構成される、方法。
【請求項２３３】
前記シーリングと前記障害物との間の前記臨界サイズよりも大きい直径を有する前記細胞の存在または非存在を検出する工程をさらに包含する、請求項２３２に記載の方法。
【請求項２３４】
前記シーリングは、透明であり、そして前記検出する工程は、顕微鏡を使用する工程を包含する、請求項２３３に記載の方法。
【請求項２３５】
前記デバイスに、緩衝液、溶解試薬、核酸増幅試薬、容量オスモル濃度調節試薬、標識試薬、保存剤、または固定試薬を導入する工程を、前記細胞サンプルを導入する工程の後にさらに包含する、請求項２３２に記載の方法。
【請求項２３６】
前記容量オスモル濃度調節試薬は、高浸透圧溶液を含む、請求項２３５に記載の方法。
【請求項２３７】
前記高浸透圧溶液は、前記シーリングと前記障害物との間の前記臨界サイズよりも大きい直径を有する前記細胞を放出させる、請求項２３６に記載の方法。
【請求項２３８】
癌に罹患したかまたは癌を発症する危険性があるヒト患者における上皮増殖因子レセプター（ＥＧＦＲ）を標的する処置の効力の可能性を決定するための方法であって、該方法は、
１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該患者由来の細胞サンプルを適用する工程；および
該第１の出力の細胞または該第２の出力の細胞において、ＥＧＦＲ遺伝子における少なくとも１種の所定の核酸改変体の存在または非存在を検出する工程であって、該少なくとも１種の核酸改変体の存在は、ＥＧＦＲを標的する処置が有効である可能性が高いことを示す、工程；
を包含する、方法。
【請求項２３９】
前記改変体は、前記第１の出力の細胞のｅｒｂＢ１遺伝子のキナーゼドメインに位置し、該改変体は、野生型ｅｒｂＢ１遺伝子である、請求項２３８に記載の方法。
【請求項２４０】
前記核酸改変体は、キナーゼ活性を上昇させる、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２４１】
前記第１の細胞は、癌細胞である、請求項２３８に記載の方法。
【請求項２４２】
前記癌は、胃腸癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、頭および首の癌、肺癌、非小細胞肺癌、神経系の癌、腎臓癌、網膜の癌、皮膚癌、肝臓癌、膵癌、生殖器−泌尿器の癌、および膀胱癌からなる群より選択される、請求項２４０に記載の方法。
【請求項２４３】
前記癌は、非小細胞肺癌である、請求項２４１に記載の方法。
【請求項２４４】
前記ｅｒｂＢ１遺伝子のキナーゼドメインにおける改変体は、ＡＴＰ結合ポケットの立体配座構造に影響を及ぼす、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２４５】
ｅｒｂＢ １の前記キナーゼドメインにおける前記改変体は、エキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、およびエキソン２１からなる群より選択される前記ｅｒｂＢ１遺伝子のエキソンに存在する、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２４６】
前記改変体は、エキソン１８、エキソン１９またはエキソン２１に存在する、請求項２４５に記載の方法。
【請求項２４７】
前記ｅｒｂＢ１遺伝子のキナーゼドメインにおける改変体は、インフレームの欠失、置換、または挿入である、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２４８】
前記少なくとも１種の改変体の存在または非存在の検出は、核酸のセグメントを増幅する工程を包含する、請求項２３８に記載の方法。
【請求項２４９】
前記少なくとも１種の改変体の存在または非存在の検出は、前記ｅｒｂＢ１核酸と少なくとも１種の核酸プローブとを接触させる工程を包含し、該少なくとも１種のプローブは、該改変体を含む核酸配列と、選択的ハイブリダイゼーション条件下で優先的にハイブリダイズする、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２５０】
少なくとも１種の改変体の存在または非存在の検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行って前記ｅｒｂＢ１コード配列を含む核酸を増幅する工程、および該増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程を包含する、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２５１】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２３８に記載の方法。
【請求項２５２】
前記第１の出力と、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備えるデバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項２５１に記載の方法。
【請求項２５３】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２５２に記載の方法。
【請求項２５４】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチンまたはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２５３に記載の方法。
【請求項２５５】
患者におけるＥＧＦＲを標的する処置の効力の可能性を決定するための方法であって、該方法は、
１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該患者由来の細胞サンプルを適用する工程；
該細胞をＥＧＦＲリガンドによって刺激する工程；および
該第１の細胞においてｅｒｂＢ１遺伝子にコードされるキナーゼのキナーゼ活性を決定する工程であって、コントロールと比較したキナーゼ活性の上昇は、ＥＧＦＲを標的する処置が有効である可能性が高いことを示す、工程；
を包含する、方法。
【請求項２５６】
前記第１の細胞は、癌細胞である、請求項２５５に記載の方法。
【請求項２５７】
前記癌は、胃腸癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、頭および首の癌、肺癌、非小細胞肺癌、神経系の癌、腎臓癌、網膜の癌、皮膚癌、肝臓癌、膵癌、生殖器−泌尿器の癌、および膀胱癌からなる群より選択される、請求項２５６に記載の方法。
【請求項２５８】
前記癌は、非小細胞肺癌である、請求項２５６に記載の方法。
【請求項２５９】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２５５に記載の方法。
【請求項２６０】
前記第１の出力と、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備える前記デバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項２５９に記載の方法。
【請求項２６１】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２６０に記載の方法。
【請求項２６２】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチンまたはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２６１に記載の方法。
【請求項２６３】
前記ＥＧＦＲを標的する処置は、チロシンキナーゼインヒビターである、請求項２５５に記載の方法。
【請求項２６４】
前記チロシンキナーゼインヒビターは、アニリノキナゾリンである、請求項２６３に記載の方法。
【請求項２６５】
前記アニリノキナゾリンは、合成アニリノキナゾリンである、請求項２６４に記載の方法。
【請求項２６６】
前記合成アニリノキナゾリンは、ゲフィチニブおよびエルロチニブからなる群より選択される、請求項２６５に記載の方法。
【請求項２６７】
癌に罹患したかまたは癌を発症する危険性があるヒト患者における上皮増殖因子レセプター（ＥＧＦＲ）を標的する処置の効力の可能性を決定するための方法であって、該方法は、
１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該患者由来の細胞サンプルを適用する工程；
エキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、またはエキソン２１の一部を増幅するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行うことによってエキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、またはエキソン２１において少なくとも１種の核酸改変体の存在または非存在を検出する工程；および
該増幅されたエキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、またはエキソン２１の少なくとも一部を配列決定することによって、該増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程であって、野生型ｅｒｂＢ１コントロールと比較してエキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、またはエキソン２１における少なくとも１種のヌクレオチド改変体の存在は、ＥＧＦＲを標的する処置が有効である可能性が高いことを示す、工程；
を包含する、方法。
【請求項２６８】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２５５に記載の方法。
【請求項２６９】
前記第１の出力と、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備えるデバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２７０】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２６９に記載の方法。
【請求項２７１】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチンまたはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２７０に記載の方法。
【請求項２７２】
１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイス；および
ＥＧＦＲ遺伝子において少なくとも１種の核酸変異の存在または非存在を検出するための試薬；
を備える、キット。
【請求項２７３】
前記試薬は、核酸および生成物にアニーリングするように設計された少なくとも１つの縮重プライマー対ならびにＰＣＲ増幅を行うのに必要とされる試薬を含む、請求項２７２に記載のキット。
【請求項２７４】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２７２に記載のキット。
【請求項２７５】
前記第１の出力を受容するように適合されたデバイスをさらに備える請求項２７４に記載のキットであって、該デバイスは、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備える、キット。
【請求項２７６】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２７５に記載のキット。
【請求項２７７】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチンまたはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２７６に記載のキット。
【請求項２７８】
前記試薬は、前記ＥＧＦＲキナーゼドメインタンパク質のＡＴＰ結合ポケットに結合し得る少なくとも１種のプローブを含む、請求項２７２に記載のキット。
【請求項２７９】
前記試薬は、抗体、抗体フラグメントまたはキメラ抗体を含む、請求項２７２または２７８記載のキット。
【請求項２８０】
前記試薬は、検出可能な標識をさらに含む、請求項２７９に記載のキット。
【請求項２８１】
患者由来の癌細胞のＥＧＦＲ遺伝子における二次変異の獲得を予測するための方法であって、該方法は、
該患者由来の細胞サンプルと、１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスとを接触させる工程；
該第１の細胞と、致死量以下の用量のチロシンキナーゼインヒビターとを接触させる工程；
該チロシンインヒビターの効果に抵抗性である細胞を選択する工程；および
該抵抗性の細胞由来の核酸を二次変異の存在について分析する工程；
を包含する、方法。
【請求項２８２】
前記第１の細胞は、ｅｒｂＢ１遺伝子の改変体を有する、請求項２８１に記載の方法。
【請求項２８３】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２８１に記載の方法。
【請求項２８４】
前記第１の出力と、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備えるデバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項２７３に記載の方法。
【請求項２８５】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２８４に記載の方法。
【請求項２８６】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチンまたはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２８５に記載の方法。
【請求項２８７】
前記細胞は、腫瘍生検から得られる、請求項２８１に記載の方法。
【請求項２８８】
最初に前記第１の細胞と有効量の変異誘発因子とを接触させる工程をさらに包含する、請求項２８１に記載の方法。
【請求項２８９】
前記変異誘発因子は、エチルメタンスルホネート（ＥＭＳ）、Ｎ−エチル−Ｎ−ニトロソ尿素（ＥＮＵ）、Ｎ−メチル−Ｎ−ニトロソ尿素（ＭＮＵ）、塩酸ホカルバキシン（Ｐｒｃ）、メチルメタンスルホネート（ＭｅＭＳ）、クロラムブシル（Ｃｈｉ）、メルファラン、塩酸ポルカルバジン、シクロホスファミド（Ｃｐ）、ジエチル硫酸 （Ｅｔ２ＳＯ４）、アクリルアミドモノマー（ＡＡ）、メチレンメラミン（ＴＥＭ）、ナイトロジェンマスタード、ビンクリスチン、ジメチルニトロソアミン、Ｎ−メチル−Ｎ’−ニトロ−ニトロソグアニジン（ＭＮＮＧ）、７，１２ ジメチルベンズアントラセン（ＤＭＢＡ）、酸化エチレン、ヘキサメチルホスホラミド、ビスルファン、およびエチルメタンスルホレート（ＥｔＭｓ）からなる群より選択される、請求項２８８に記載の方法。
【請求項２９０】
癌に罹患したかまたは癌を発症する危険性がある患者における上皮増殖因子レセプター（ＥＧＦＲ）を標的する処置の効力の可能性を決定するための方法であって、該方法は、
患者由来の生物学的サンプルと、１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスとを接触させる工程であって、該第１の細胞は、上皮細胞または腫瘍性細胞である、工程；および
Ａｋｔ、ＳＴＡＴ５、またはＳＴＡＴ３が該第１の出力由来の該第１の細胞において活性化されているか否かを決定する工程であって、活性化されたＡｋｔ、ＳＴＡＴＳ、またはＳＴＡＴＳは、該ＥＧＦＲを標的する処置が有効である可能性が高いことを示す、工程
【請求項２９１】
前記生物学的サンプルは、生検または吸引物である、請求項２９０に記載の方法。
【請求項２９２】
活性化されたＡｋｔ、ＳＴＡＴ３、またはＳＴＡＴＳは、リン酸化されている、請求項２９０に記載の方法。
【請求項２９３】
前記活性化されたＡｋｔ、ＳＴＡＴ３、またはＳＴＡＴＳは、免疫学的に決定される、請求項２９０に記載の方法。
【請求項２９４】
前記免疫学的検出方法は、免疫組織化学、免疫細胞学、ＦＡＣＳスキャニング、免疫ブロッティング、ラジオイムノアッセイ、ウェスタンブロッティング、免疫沈降、または酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）からなる群より選択される、請求項２９３に記載の方法。
【請求項２９５】
前記免疫学的検出方法は、抗ホスホＡｋｔ抗体、抗ホスホＳＴＡＴＳ抗体または抗ホスホＳＴＡＴＳ抗体を使用した免疫組織化学または免疫細胞化学である、請求項２９４に記載の方法。
【請求項２９６】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２９０に記載の方法。
【請求項２９７】
前記第１の出力と、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備えるデバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項２９６に記載の方法。
【請求項２９８】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２９７に記載の方法。
【請求項２９９】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチン、またはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２９８に記載の方法。
【請求項３００】
前記ＥＧＦＲ遺伝子は、配列番号５１１の野生型配列を含む、請求項２３８に記載の方法。
【請求項３０１】
前記改変体は、１個以上のヌクレオチド位置において配列番号５１１と異なる、請求項２３８に記載の方法。
【請求項３０２】
前記ＥＧＦＲ遺伝子によってコードされるポリペプチドは、配列番号５１２の野生型配列を含む、請求項２３８に記載の方法。
【請求項３０３】
前記改変体によってコードされるポリペプチドは、１個以上のアミノ酸位置において配列番号５１２と異なる、請求項２３８に記載の方法。
【請求項３０４】
前記改変体は、表３から選択される、請求項２３８に記載の方法。
【請求項１】
細胞サンプルにおいて癌細胞を検出する方法であって、該方法は、
（ａ）該癌細胞を第１の方向に方向付けて該癌細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該細胞サンプルを導入する工程；および
（ｂ）該第１の出力サンプルにおいて該癌細胞の存在または非存在を検出する工程；
を包含する、方法。
【請求項２】
前記構造物は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備える、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記障害物は、前記癌細胞を選択的に捕捉し得る、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記細胞サンプルは、血液サンプルである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルを前記癌細胞についてのマーカーに対する抗体と反応させる工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記マーカーは、表１から選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいて細胞の数を決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記決定する工程は、前記第１の出力サンプルにおいてＤＮＡの総量を決定する工程を包含する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいて前記癌細胞の数を決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法であって、該方法は、前記細胞サンプルにおいて内皮細胞の数を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項１１】
前記内皮細胞に対する前記癌細胞の比を決定する工程をさらに包含する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいてＤＮＡ中の変異またはＲＮＡ中の変異を検出する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記変異は、表１に列挙されるポリペプチドをコードする遺伝子に存在する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいてタンパク質のリン酸化、タンパク質のグリコシル化、ＤＮＡのメチル化、マイクロＲＮＡのレベル、または細胞の形態を分析する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいてミトコンドリアＤＮＡ、テロメラーゼ、または核マトリックスタンパク質を検出する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいて１種以上のミトコンドリア異常を検出する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルの細胞において核周囲部の区画の存在または非存在を検出する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルの遺伝子発現分析、インセルＰＣＲ、または蛍光インサイチュハイブリダイゼーションを行う工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記遺伝子発現分析は、前記癌細胞の起源の組織を決定するために使用される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記遺伝子発現分析は、単一の癌細胞に対して行われる、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
前記細胞サンプルは、１種以上の前駆内皮細胞を含み、そして該前駆内皮細胞の少なくとも１種は、前記第１の出力サンプルに存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
請求項１に記載の方法であって、前記デバイスは、第１の入口と、第１の出口と、第２の出口とを備える連続フローデバイスを備え、前記細胞サンプルは、該第１の入口に適用され、前記第１の出力サンプルは、該第１の出口から流出し、そして前記第２の出力サンプルは、該第２の出口から流出する、方法。
【請求項２３】
前記第２の細胞は、非癌細胞を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記デバイスは、第２の入口を備え、そして第２の流体が、該第２の入口に適用される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記第２の流体は、緩衝液、溶解試薬、核酸増幅試薬、容量オスモル濃度調節試薬、標識試薬、保存剤、または固定試薬を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
細胞サンプルにおいて癌細胞を検出する方法であって、該方法は、
（ａ）磁性粒子を使用せずに該細胞サンプルから該癌細胞の１種以上を濃縮する工程であって、該濃縮する工程が、細胞のサイズ、細胞の形状、または細胞の変形能に基づく、工程；および
（ｂ）該濃縮された癌細胞の数を決定する工程；
を包含する、方法。
【請求項２７】
細胞サンプルにおいて癌細胞を検出する方法であって、該方法は、
（ａ）抗体またはそのフラグメントを使用せずに該細胞サンプルから該癌細胞の１種以上を濃縮する工程であって、該濃縮する工程が、細胞のサイズ、細胞の形状、または細胞の変形能に基づく、工程；および
（ｂ）該濃縮された癌細胞の数を決定する工程；
を包含する、方法。
【請求項２８】
請求項２６または２７に記載の方法であって、該方法は、
（ｉ）前記細胞サンプルから１種以上の内皮細胞を濃縮する工程；および
（ｉｉ）該濃縮された内皮細胞の数を決定する工程；
を包含する、方法。
【請求項２９】
請求項２８に記載の方法であって、該方法は、前記内皮細胞に対する前記癌細胞の比を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項３０】
工程（ｂ）は、前記濃縮された癌細胞を計測する工程を包含する、請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項３１】
工程（ｂ）は、前記濃縮された癌細胞においてＤＮＡの総量を決定する工程を包含する、請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項３２】
第２の細胞サンプルを用いて工程（ａ）および工程（ｂ）を繰り返す工程をさらに包含する、請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項３３】
前記細胞サンプルおよび前記第２の細胞サンプルは、単一の被験体から採取される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記検出する工程は、前記第１の出力サンプルのハイパースペクトルイメージングを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
前記細胞サンプルは、工程（ａ）の前または工程（ａ）と同時に、前記癌細胞を優先的に標識する標識試薬に接触される、請求項１に記載の方法。
【請求項３６】
請求項３５に記載の方法であって、前記標識試薬は、ビーズを含み、標識された癌細胞の流体力学的サイズは、該標識の非存在下での該癌細胞の流体力学的サイズよりも少なくとも１０％大きい、方法。
【請求項３７】
被験体において病態を診断するための方法であって、該方法は、
（ａ）１種以上の癌細胞を第１の方向に方向付けて該癌細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該被験体由来の細胞サンプルを導入する工程；
（ｂ）該第１の出力サンプルにおいて該癌細胞の存在または非存在を検出する工程；および
（ｃ）工程（ｂ）の結果に基づいて該病態の存在または非存在を診断する工程；
を包含する、方法。
【請求項３８】
前記診断の前に前記被験体の一部を画像化する工程をさらに包含し、該診断が、さらに、該画像化する工程の結果に基づく、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記画像化する工程は、コンピュータ連動断層撮影、陽電子断層撮影法、または磁気共鳴画像法を包含する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
請求項３７に記載の方法であって、該方法は、
（ｉ）前記細胞サンプルにおいて内皮細胞の数を決定する工程；および
（ｉｉ）該内皮細胞に対する前記癌細胞の比を決定する工程であって、前記診断が、さらに、該比に基づく、工程；
をさらに包含する、方法。
【請求項４１】
前記内皮細胞は、前駆内皮細胞を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記病態は、血液学的な病態、炎症性の病態、虚血性の病態、腫瘍性の病態、感染、外傷、子宮内膜症、または腎不全である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
前記チャンネルは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備え、そして流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れる、請求項１に記載の方法。
【請求項４４】
被験体において病態を診断するための方法であって、
（ａ）１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該被験体由来の細胞サンプルを導入する工程；
（ｂ）該第１の出力サンプルを分析する工程；および
（ｃ）工程（ｂ）の結果に基づいて該病態の存在または非存在を診断する工程；
を包含する、方法。
【請求項４５】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
請求項４４に記載の方法。前記デバイスは、１４ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１４ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
前記デバイスは、５ミクロン以上かつ１０ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１０ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４８】
前記デバイスは、４ミクロン以上かつ８ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ８ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４９】
前記第１の出力サンプルは、前記細胞サンプル中の前記第１の細胞の少なくとも９０％を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項５０】
工程（ａ）〜工程（ｃ）を前記被験体由来のさらなる細胞サンプルを用いて１回以上繰り返す工程をさらに包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項５１】
前記細胞サンプルは、一定間隔にて得られる、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記一定間隔は、１日間、２日間、３日間、１週間、２週間、１ヶ月間、２ヶ月間、３ヶ月間、６ヶ月間、または１年間である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記第１の出力サンプルは、前記細胞サンプルと比較して前記第１の細胞について少なくとも１，０００倍濃縮される、請求項４４に記載の方法。
【請求項５４】
前記病態は、血液学的な病態、炎症性の病態、虚血性の病態、腫瘍性の病態、感染、外傷、子宮内膜症、または腎不全である、請求項４４に記載の方法。
【請求項５５】
前記腫瘍性の病態は、急性リンパ芽球性白血病、急性または慢性のリンパ球性腫瘍または顆粒球性腫瘍、急性骨髄性白血病、急性前骨髄球性白血病、腺癌、腺腫、副腎癌、基底細胞癌、骨の癌、脳の癌、乳癌、気管支の癌、子宮頚部形成異常、慢性骨髄性白血病、結腸癌、類表皮癌、ユーイング肉腫、胆嚢癌、胆石性腫瘍、骨巨細胞腫、多形性神経膠芽腫、ヘアリーセル腫瘍、頭の癌、過形成、増殖性の角膜神経腫瘍、上皮内癌、腸の神経節細胞腫、ランゲルハンス島細胞腫瘍、カポジ肉腫、腎臓癌、喉頭癌、平滑筋の腫瘍、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、悪性カルチノイド、悪性高カルシウム血症、悪性黒色腫、マルファン様体型の腫瘍、髄様癌、転移性皮膚癌、粘膜神経腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄腫、首の癌、神経組織の癌、神経芽腫、骨原性肉腫、骨肉腫、卵巣腫瘍、膵臓癌、副甲状腺癌、褐色細胞腫、真性赤血球増加症、原発性脳腫瘍、前立腺癌、直腸癌、腎細胞腫瘍、網膜芽腫、横紋筋肉腫、精上皮腫、皮膚癌、小細胞肺腫瘍、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、胃癌、甲状腺癌、局所的な皮膚病変、細網肉腫、およびウィルムス腫瘍からなる群より選択される、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記細胞サンプルは、容量が５０ｍＬ未満である、請求項４４に記載の方法。
【請求項５７】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいて癌生物マーカーの存在または非存在を検出する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項５８】
前記癌生物マーカーは、表１から選択されるポリペプチド、または該ポリペプチドをコードする核酸である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
工程（ｂ）は、癌に関連する核酸の存在または非存在を同定する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項６０】
前記核酸は、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、またはマイクロＲＮＡを含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
工程（ｂ）は、癌に関連する核酸の発現パターンを分析する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項６２】
前記核酸は、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、またはマイクロＲＮＡを含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記核酸は、変異を含み、そして該核酸は、表１から選択されるポリペプチドをコードする、請求項５９に記載の方法。
【請求項６４】
工程（ｂ）は、癌に関連する細胞表面マーカーを有する細胞の存在または非存在を同定する工程を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項６５】
前記細胞表面マーカーは、ＥｐＣＡＭ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチン８、ＥＧＦＲ、および白血球関連レセプター（ＬＡＲ）からなる群より選択される、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルと、該第１の出力サンプル由来の１種以上の細胞を選択的に結合する１種以上の結合部分を有する表面を備えるデバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項６７】
前記第１の出力サンプル由来の前記細胞は、上皮細胞または腫瘍性細胞を含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記腫瘍性細胞の型は、急性リンパ芽球性白血病、急性または慢性のリンパ球性腫瘍または顆粒球性腫瘍、急性骨髄性白血病、前骨髄球性白血病、腺癌、腺腫、副腎癌、基底細胞癌、骨の癌、脳の癌、乳癌、気管支の癌、子宮頚部形成異常、慢性骨髄性白血病、結腸癌、類表皮癌、ユーイング肉腫、胆嚢癌、胆石性腫瘍、骨巨細胞腫、多形性神経膠芽腫、ヘアリーセル腫瘍、頭の癌、過形成、増殖性の角膜神経腫瘍、上皮内癌、腸の神経節細胞腫、ランゲルハンス島細胞腫瘍、カポジ肉腫、腎臓癌、喉頭癌、平滑筋の腫瘍、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、悪性カルチノイド、悪性高カルシウム血症、悪性黒色腫、マルファン様体型の腫瘍、髄様癌、転移性皮膚癌、粘膜神経腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄腫、首の癌、神経組織の癌、神経芽腫、骨原性肉腫、骨肉腫、卵巣腫瘍、膵臓癌、副甲状腺癌、褐色細胞腫、真性赤血球増加症、原発性脳腫瘍、前立腺癌、直腸癌、腎細胞腫瘍、網膜芽腫、横紋筋肉腫、精上皮腫、皮膚癌、小細胞肺腫瘍、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、胃癌、甲状腺癌、局所的な皮膚病変、細網肉腫、およびウィルムス腫瘍からなる群より選択される癌に関連する、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記癌は、甲状腺癌ではない、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
前記結合部分は、ポリペプチドを含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項７１】
前記ポリペプチドは、抗体またはそのフラグメントを含む、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記抗体またはそのフラグメントは、モノクローナル性である、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記モノクローナル抗体またはそのフラグメントは、ＥｐＣＡＭに結合する、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
前記構造は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項７５】
前記障害物は、前記第１の細胞を選択的に捕捉し得る、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記障害物の間のギャップは、１５ミクロンより大きいか、２０ミクロンより大きいか、または６０ミクロン未満である、請求項７４に記載の方法。
【請求項７７】
、請求項４４に記載の方法。前記細胞サンプルは、血液、汗、涙、耳の流出物、痰、リンパ、骨髄懸濁物、尿、唾液、精液、経血、脳脊髄液、脳の流体、腹水、乳汁、呼吸器の分泌物、腸もしくは尿生殖器の管、羊水、または水サンプル．
【請求項７８】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルのサイズ分布を分析する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項７９】
工程（ｂ）は、前記第１の細胞の数を決定する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項８０】
目的とする病態に関連する細胞パターンを同定するための方法であって、該方法は、
（ａ）複数のコントロール被験体の各々および該目的とする病態を有する複数の症例被験体の各々から細胞サンプルを得る工程；
（ｂ）１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞をそれぞれの該細胞サンプルからサイズによって濃縮する工程；
（ｃ）工程（ｂ）で濃縮された細胞を分析する工程；ならびに
（ｄ）工程（ｃ）で得られた結果を使用して関連研究を行なう工程；
を包含する、方法。
【請求項８１】
被験体において病態を診断するための方法であって、該方法は、
（ａ）該病態に関連する細胞パターンを提供する工程；
（ｂ）該被験体から細胞サンプルを得る工程；
（ｃ）１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞をそれぞれの該細胞サンプルからサイズによって濃縮する工程；
（ｄ）工程（ｃ）で濃縮された細胞を分析する工程；および
（ｅ）工程（ａ）の該細胞パターンと工程（ｄ）の該分析とに基づいて該被験体における該病態の存在または非存在を診断する工程；
を包含する、方法。
【請求項８２】
工程（ｃ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞においてＲＮＡレベルを検出する工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８３】
前記ＲＮＡは、ｍＲＮＡまたはマイクロＲＮＡを含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記複数の症例被験体は、少なくとも５０の症例被験体を含み、そして前記複数のコントロール被験体は、少なくとも５０のコントロール被験体を含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８５】
工程（ｃ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞の数を決定する工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８６】
工程（ｃ）は、インピーダンス、光吸収、光散乱、および静電容量からなる群より選択される細胞の特徴を利用する、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
工程（ｃ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞のサイズ分布を分析する工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８８】
工程（ｃ）は、前記サイズ分布を決定するために顕微鏡、細胞計数器、磁石、生体腔レーザー、質量分析器、ＰＣＲデバイス、ＲＴ−ＰＣＲデバイス、マトリックス、マイクロアレイ、またはハイパースペクトルイメージングシステムを使用する工程を包含する、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記細胞サンプルは、血液、汗、涙、耳の流出物、痰、リンパ、骨髄懸濁物、尿、唾液、精液、経血、脳脊髄液、脳の流体、腹水、乳汁、呼吸器の分泌物、腸もしくは尿生殖器の管、羊水、または水サンプルを含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項９０】
工程（ｃ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記の起源の組織を決定する工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項９１】
工程（ｃ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞から、１種以上の上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を同定する工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項９２】
工程（ｅ）は、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞と、前記第１の細胞を選択的に結合する１種以上の結合部分とを接触させる工程を包含する、請求項８０に記載の方法。
【請求項９３】
前記結合部分は、ポリペプチドを含む、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
前記ポリペプチドは、抗体またはそのフラグメントを含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記抗体またはそのフラグメントは、モノクローナル性である、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記モノクローナル抗体またはそのフラグメントは、ＥｐＣＡＭに結合する、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
前記抗体またはそのフラグメントは、抗Ｂｅｒ−Ｅｐ４、抗ＥｐＣＡＭ、抗Ｅ−カドヘリン、抗ムチン−１、抗サイトケラチン８、および抗ＣＤ３４＋からなる群より選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９８】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する前記細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項８０に記載の方法。
【請求項９９】
前記デバイスは、工程（ｂ）で濃縮された前記細胞を選択的に捕捉する、請求項８０に記載の方法。
【請求項１００】
被験体に適用された薬物処置の効力を決定するための方法であって、該方法は、
（ａ）該処置の前に該被験体から第１の細胞サンプルを得る工程；
（ｂ）１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該第１の細胞サンプルを導入する工程；
（ｃ）該第１の出力サンプルを分析する工程；
（ｄ）該薬物処置と同時または該薬物処置の後に該被験体から第２の細胞サンプルを得る工程；
（ｅ）該第２の細胞サンプルに対して工程（ｂ）および工程（ｃ）を繰り返す工程；ならびに
（ｆ）該第１の細胞サンプルに対する工程（ｃ）の結果と該第２の細胞サンプルに対する工程（ｃ）の結果とを比較する工程であって、該比較する工程が、該薬物処置の効力を決定する、工程；
を包含する、方法。
【請求項１０１】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記デバイスは、６ミクロン以上かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ６ミクロン未満の流体力学的サイズを有する細胞または１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
工程（ｃ）は、前記第１の細胞サンプル由来の第１の細胞または前記第２の細胞サンプル由来の第１の細胞においてＲＮＡレベルを検出する工程を包含する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０４】
前記ＲＮＡは、ｍＲＮＡまたはマイクロＲＮＡを含む、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
工程（ｃ）は、前記第１の細胞サンプル由来の第１の細胞または前記第２の細胞サンプル由来の第１の細胞の数を決定する工程を包含する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０６】
工程（ｄ）は、前記第１の細胞サンプル由来の第１の細胞または前記第２の細胞サンプル由来の第１の細胞から、１種以上の上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を同定する工程を包含する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０７】
前記チャンネルは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備え、そして流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れる、請求項４４に記載の方法。
【請求項１０８】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、
（ａ）１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルであって、ここで該デバイスが、（ｉ）１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるか、あるいは（ｉｉ）６ミクロン以上かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ６ミクロン未満の流体力学的サイズを有する細胞または１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるかのいずれかであるように構成される、チャネル；および
（ｂ）該第１の出力サンプルまたは該第２の出力サンプルを分析するための検出モジュールであって、該検出モジュールが、流動工学的に該チャンネルに対して連結される、検出モジュール；
を備える、デバイス。
【請求項１０９】
前記デバイスは、６ミクロン以上かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ６ミクロン未満の流体力学的サイズを有する細胞または１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１０】
前記デバイスは、８ミクロン以上かつ１０ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ８ミクロン未満の流体力学的サイズを有する細胞または１０ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１１】
前記検出モジュールは、前記第１の細胞において癌に関連するマーカーを同定するように適合される、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１２】
前記検出モジュールは、前記第１の細胞を特異的に結合する抗体を含む、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１３】
前記抗体は、表１から選択される１種以上のマーカーを特異的に結合する、請求項１１２に記載のデバイス。
【請求項１１４】
前記検出モジュールは、１種以上の上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を検出するように構成される、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１５】
前記検出モジュールは、顕微鏡、細胞計数器、磁石、生体腔レーザー、質量分析器、ＰＣＲデバイス、ＲＴ−ＰＣＲデバイス、マトリックス、マイクロアレイ、またはハイパースペクトルイメージングシステムを含む、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１１６】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、
（ａ）１種以上の第１の癌細胞を第１の方向に方向付けて該癌細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネル；および
（ｂ）該癌細胞または該第２の細胞を捕捉するための捕捉モジュールであって、該捕捉モジュールが、流動工学的に該チャンネルに対して連結され、そして該捕捉モジュールが、該癌細胞または該第２の細胞を選択的に結合する１種以上の結合部分を備える、捕捉モジュール；
を備える、デバイス。
【請求項１１７】
前記構造は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備える、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１１８】
前記１種以上の結合部分は、１種以上の上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を特異的に結合する、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１１９】
前記障害物は、前記結合部分を含む、請求項１１７に記載のデバイス。
【請求項１２０】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１２１】
前記デバイスは、１４ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１２２】
前記デバイスは、１６ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１２３】
流体工学的に前記捕捉モジュールに対して連結された細胞計数モジュールをさらに備える、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１２４】
前記１種以上の結合部分は、ポリペプチドを含む、請求項１１６に記載のデバイス。
【請求項１２５】
前記ポリペプチドは、抗体またはそのフラグメントを含む、請求項１２４に記載のデバイス。
【請求項１２６】
前記抗体またはそのフラグメントは、モノクローナル性である、請求項１２５に記載のデバイス。
【請求項１２７】
前記モノクローナル抗体またはそのフラグメントは、ＥｐＣＡＭに結合する、請求項１２６に記載のデバイス。
【請求項１２８】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備え、該構造は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備え、そして該障害物のうちの少なくともいくつかは、該第１の細胞または該第２の細胞を選択的に結合するモノクローナル抗ＥｐＣＡＭ抗体またはそのフラグメントを含む、デバイス。
【請求項１２９】
細胞サンプルを処理するためのデバイス、該デバイスは、
（ａ）該細胞サンプルにおいて細胞をサイズに基づいて濃縮し得る濃縮モジュール；および
（ｂ）該濃縮モジュールによって濃縮された細胞の数を決定するための細胞計数モジュールであって、該細胞計数モジュールが、流体工学的に該濃縮モジュールに対して連結される、濃縮モジュール；
を備える、デバイス
【請求項１３０】
前記濃縮モジュールは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備える、請求項１２９に記載のデバイス。
【請求項１３１】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１３０に記載のデバイス。
【請求項１３２】
前記デバイスは、６ミクロン以上かつ１２ミクロン以下の流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付け、かつ６ミクロン未満の流体力学的サイズを有する細胞または１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第２の方向に方向付けるように構成される、請求項１３０に記載のデバイス。
【請求項１３３】
前記第１の細胞は、癌細胞を含む、請求項１３０に記載のデバイス。
【請求項１３４】
前記構造は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備える、請求項１３０に記載のデバイス。
【請求項１３５】
前記細胞計数モジュールは、前記第１の出力サンプルまたは前記第２の出力サンプルにおいて細胞の数を決定するためにインピーダンス、光学、または静電容量を利用する、請求項１２９に記載のデバイス。
【請求項１３６】
前記デバイスは、前記第１の出力サンプルまたは前記第２の出力サンプルを可視化するように適合された検出器をさらに備え、該検出器は、流体工学的に前記捕捉モジュールに対して連結される、請求項１１６、１２８、または１２９に記載のデバイス。
【請求項１３７】
前記チャンネルは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備え、そして流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れる、請求項１０８に記載のデバイス。
【請求項１３８】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備え、該デバイスは、１時間あたり少なくとも２０ｍＬの流体を処理し得る、デバイス。
【請求項１３９】
前記構造は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備える、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４０】
前記ギャップは、サイズが２０ミクロンと１００ミクロンとの間である、請求項１３９に記載のデバイス。
【請求項１４１】
前記障害物のアレイは、障害物の互い違いに配置された二次元アレイを含む、請求項１３９に記載のデバイス。
【請求項１４２】
前記障害物のアレイは、複数の列を含み、それぞれの連続した列は、先の列の半分未満の周期でずらされる、請求項１３９に記載のデバイス。
【請求項１４３】
第１の障害物のアレイと直列または並列で障害物の１種以上のさらなるアレイをさらに備える、請求項１３９に記載のデバイス。
【請求項１４４】
前記第１の細胞は、前記第２の細胞よりも大きい平均流体力学的サイズを有する、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４５】
前記デバイスは、１時間あたり少なくとも５０ｍＬの流体を処理し得る、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４６】
前記細胞サンプルは、血液またはその分画を含む、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４７】
前記デバイスは、１２ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４８】
前記デバイスは、１４ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１４９】
前記デバイスは、１６ミクロンより大きい流体力学的サイズを有する細胞を前記第１の方向に方向付けるように構成される、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１５０】
請求項１３８に記載のデバイスであって、前記デバイスは、第１の入口と、第１の出口と、第２の出口とを備える連続フローデバイスを備え、前記細胞サンプルは、該第１の入口に適用され、前記第１の出力サンプルは、該第１の出口から流出し、そして前記第２の出力サンプルは、該第２の出口から流出する、デバイス。
【請求項１５１】
前記デバイスは、前記第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し得、該第１の出力サンプルの容量は、前記細胞サンプルの容量よりも小さい、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１５２】
前記第１の出力サンプルは、前記細胞サンプル中の前記第１の細胞の少なくとも８０％を含む、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１５３】
前記第２の出力サンプルは、前記細胞サンプル中の前記第１の細胞の２０％未満を含む、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１５４】
前記デバイスは、第２の入口を備え、そして第２の流体が、該第２の入口に適用される、請求項１５０に記載のデバイス。
【請求項１５５】
前記第１の細胞は、上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を含む、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１５６】
請求項１３８に記載のデバイスであって、該デバイスは、流体工学的に前記チャンネルに対して連結された検出器モジュールをさらに備える、デバイス。
【請求項１５７】
前記検出器モジュールは、顕微鏡、細胞計数器、磁石、生体腔レーザー、質量分析器、ＰＣＲデバイス、ＲＴ−ＰＣＲデバイス、マトリックス、マイクロアレイ、またはハイパースペクトルイメージングシステムを備える、請求項１５６に記載のデバイス。
【請求項１５８】
前記検出器モジュールは、前記第１の細胞を選択的に結合する標識を検出する、請求項１５７に記載のデバイス。
【請求項１５９】
前記デバイスは、被験体における移植に適合される、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１６０】
前記デバイスは、被験体の循環系または循環系の近傍における配置に適合される、請求項１５９に記載のデバイス。
【請求項１６１】
流体工学的に被験体の循環系に対して連結され得るシステムであって、該システムは、細胞サンプルを処理するためのデバイスを備え、該デバイスは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備える、システム。
【請求項１６２】
前記システムは、チュービングまたは動静脈シャントによって流体工学的に前記循環系に対して連結される、請求項１６１に記載のシステム。
【請求項１６３】
前記システムは、１種以上の被検体を前記循環系から取り出し得る、請求項１６１に記載のシステム。
【請求項１６４】
前記システムは、前記デバイスを通る連続的な血流に適合される、請求項１６１に記載のシステム。
【請求項１６５】
前記デバイスは、使い捨て可能である、請求項１６１に記載のシステム。
【請求項１６６】
被検体を細胞サンプルから枯渇させるための方法であって、該方法は、細胞サンプルを処理するためのデバイスに該細胞サンプルを導入する工程を包含し、該デバイスは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備え、該第１の出力サンプルまたは該第２の出力サンプルは、該細胞サンプルと比較して該被検体について枯渇している、方法。
【請求項１６７】
前記細胞サンプルは、血液、汗、涙、耳の流出物、痰、リンパ、骨髄懸濁物、尿、唾液、精液、経血、脳脊髄液、脳の流体、腹水、乳汁、呼吸器の分泌物、腸もしくは尿生殖器の管、羊水、または水サンプルを含む、請求項１６６に記載の方法。
【請求項１６８】
前記細胞サンプルは、血液学的な病態、炎症性の病態、虚血性の病態、腫瘍性の病態、感染、外傷、子宮内膜症、または腎不全を患う被験体から採取される、請求項１６６に記載の方法。
【請求項１６９】
前記腫瘍性の病態は、急性リンパ芽球性白血病、急性または慢性のリンパ球性腫瘍または顆粒球性腫瘍、急性骨髄性白血病、急性前骨髄球性白血病、腺癌、腺腫、副腎癌、基底細胞癌、骨の癌、脳の癌、乳癌、気管支の癌、子宮頚部形成異常、慢性骨髄性白血病、結腸癌、類表皮癌、ユーイング肉腫、胆嚢癌、胆石性腫瘍、骨巨細胞腫、多形性神経膠芽腫、ヘアリーセル腫瘍、頭の癌、過形成、増殖性の角膜神経腫瘍、上皮内癌、腸の神経節細胞腫、ランゲルハンス島細胞腫瘍、カポジ肉腫、腎臓癌、喉頭癌、平滑筋の腫瘍、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、悪性カルチノイド、悪性高カルシウム血症、悪性黒色腫、マルファン様体型の腫瘍、髄様癌、転移性皮膚癌、粘膜神経腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄腫、首の癌、神経組織の癌、神経芽腫、骨原性肉腫、骨肉腫、卵巣腫瘍、膵臓癌、副甲状腺癌、褐色細胞腫、真性赤血球増加症、原発性脳腫瘍、前立腺癌、直腸癌、腎細胞腫瘍、網膜芽腫、横紋筋肉腫、精上皮腫、皮膚癌、小細胞肺腫瘍、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、胃癌、甲状腺癌、局所的な皮膚病変、細網肉腫、およびウィルムス腫瘍からなる群より選択される、請求項１６６に記載の方法。
【請求項１７０】
被験体において病態を診断するための方法であって、該方法は、
（ａ）細胞サンプルを処理するためのデバイスに該被験体由来の細胞サンプルを導入する工程であって、該デバイスは、１種以上の第１の細胞を第１の方向に方向付けて該第１の細胞について濃縮された第１の出力サンプルを産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて該第２の細胞について濃縮された第２の出力サンプルを産生する構造を備えるチャンネルを備え、該デバイスは、１時間あたり少なくとも２０ｍＬの流体を処理し得る、工程；
（ｂ）該第１の出力サンプルを分析する工程；および
（ｃ）工程（ｂ）の結果に基づいて該病態の存在または非存在を診断する工程；
を包含する、方法。
【請求項１７１】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルの細胞を、接着、移動、結合、形態、分裂、遺伝子発現のレベル、および体細胞変異の存在からなる群より選択される１種以上の特徴について分析する工程を包含する、請求項１７０に記載の方法。
【請求項１７２】
工程（ｂ）は、表１から選択される１種以上のマーカーの存在または非存在を検出する工程、表１から選択される１種以上のマーカーをコードする核酸において変異の存在または非存在を検出する工程、表１から選択される１種以上のマーカーをコードする核酸において欠失の存在または非存在を検出する工程、表１から選択される１種以上のマーカーの発現のレベルを検出する工程、または前記第１の出力サンプルにおいてマイクロＲＮＡのレベルを検出する工程を包含する、請求項１７０に記載の方法。
【請求項１７３】
前記病態は、血液学的な病態、炎症性の病態、虚血性の病態、腫瘍性の病態、感染、外傷、子宮内膜症、または腎不全である、請求項１７０に記載の方法。
【請求項１７４】
工程（ｂ）は、前記第１の出力サンプルにおいて前記第１の細胞の数を決定する工程を包含する、請求項１７０に記載の方法。
【請求項１７５】
前記チャンネルは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備え、そして流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れる、請求項１３８に記載のデバイス。
【請求項１７６】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備えるチャンネルを備え、流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れ、そして該アレイは、上皮細胞を、該アレイにおける流れの平均した方向に平行ではない方向に方向付けるように構成される、デバイス。
【請求項１７７】
前記デバイスは、２個の入口をさらに備える、請求項１７６に記載のデバイス。
【請求項１７８】
前記デバイスは、２個の出口をさらに備える、請求項１７６に記載のデバイス。
【請求項１７９】
請求項１７６に記載の第２のデバイスをさらに備え、該デバイスは、流体工学的に連結される、請求項１７６に記載のデバイス。
【請求項１８０】
前記ギャップは、上皮細胞を前記出口のうちの１個へと方向付けるようにサイジングされる、請求項１７８に記載のデバイス。
【請求項１８１】
前記ギャップは、上皮細胞を、１つの前記入口に流入する流体から、別の前記入口に流入する流体へと方向付けるようにサイジングされる、請求項１７７に記載のデバイス。
【請求項１８２】
前記障害物は、ポリマー、ケイ素、ガラス、または融合したシリカを含む、請求項１７６に記載のデバイス。
【請求項１８３】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、該デバイスは、
ａ．ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイを備えるチャンネルであって、ここで流体が、該流体が大きい流束および小さい流束へと不等に分けられるように該ギャップを通って流れ、その結果、臨界サイズよりも大きい細胞の動きの平均した方向が、流体の流れの平均した方向に平行ではない、チャンネル；
ｂ．正常血球よりも大きい細胞を収集するように配置された出口；および
ｃ．細胞を計測する細胞検出器；
を備える、デバイス。
【請求項１８４】
上皮細胞の濃縮されたサンプルを産生する方法であって、該方法は、請求項１７６に記載のデバイスに細胞サンプルを導入する工程を包含し、ここで、該細胞サンプルが、該デバイスを通って流れる場合、該細胞サンプル中に存在する上皮細胞は、該細胞サンプルの平均した流れの方向に平行ではない方向に方向付けられ、そして該細胞サンプルの別の成分は、該平均した流れの方向に沿って方向付けられ、それによって該他の成分と比較して上皮細胞について濃縮されたサンプルが、産生される、方法。
【請求項１８５】
前記他の成分は、赤血球、血小板、白血球、または内皮細胞を含む、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８６】
前記上皮細胞は、直径が８μｍ〜３０μｍの範囲である、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８７】
前記細胞は、ＤＮＡ分析、ＲＮＡ分析、タンパク質分析、またはメタボローム分析を受け得る、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８８】
前記細胞は、インセルＰＣＲを使用して分析される、請求項１８７に記載の方法。
【請求項１８９】
前記細胞は、存在するサイトケラチンｍＲＮＡのレベルを決定することによって分析される、請求項１８７に記載の方法。
【請求項１９０】
前記上皮細胞は、癌細胞である、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９１】
前記癌細胞は、癌幹細胞である、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９２】
前記濃縮されたサンプルの容量が、前記細胞サンプルの容量よりも実質的に小さく、前記上皮細胞の濃縮を生じる、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９３】
溶解緩衝液が、前記デバイスに同時導入され、そして前記濃縮されたサンプルは、上皮細胞の成分を含む、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９４】
交換緩衝液は、前記デバイスに同時導入され、そして前記濃縮されたサンプルは、交換緩衝液を含む、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９５】
前記濃縮されたサンプルと、上皮細胞を優先的に標識する標識試薬とを接触させる工程をさらに包含する、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９６】
前記濃縮されたサンプルにおいて細胞の数を定量する工程をさらに包含する、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１９７】
前記デバイスは、前記濃縮されたサンプルにおいて５００ｆＬよりも大きい細胞容量の細胞の数を決定する、請求項１９６に記載の方法。
【請求項１９８】
前記デバイスは、前記濃縮されたサンプルにおいて１４μｍよりも大きい直径の細胞の数を決定する、請求項１９６に記載の方法。
【請求項１９９】
前記デバイス内部の前記細胞の各々に対するずれ応力は、全ての時間において１０ダイン／ｃｍ２未満である、請求項１８４に記載の方法。
【請求項２００】
前記細胞サンプルは、上皮細胞を優先的に標識する標識試薬に接触され、ここで該標識試薬は、最初に、前記デバイスに対する該細胞サンプルの導入前または該デバイスに対する該細胞サンプルの導入後のいずれかにおいて該細胞サンプルと合わせられる、請求項１８４に記載の方法。
【請求項２０１】
前記標識試薬は、粒状標識試薬である、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０２】
請求項２００に記載の方法であって、該方法は、前記標識された細胞を定量する工程をさらに包含する、方法。
【請求項２０３】
前記標識試薬は、量子ドットを含み、そして前記標識された細胞は、２−光子励起を使用して分析される、請求項２０２に記載の方法。
【請求項２０４】
請求項２０３に記載の方法であって、該方法は、前記濃縮されたサンプルの容積測定を行なう工程をさらに包含する、方法。
【請求項２０５】
前記細胞に結合された標識試薬は、該細胞に結合されていないままの標識試薬から分離される、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０６】
前記標識試薬は、前記デバイスに同時導入され、該デバイス内において前記細胞の標識化をもたらす、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０７】
前記標識試薬は、量子ドット、抗体、ファージ、アプタマー、フルオロフォア、酵素、またはビーズを含む、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０８】
前記ビーズは、アフィニティー試薬を含む、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２０９】
前記ビーズは、ポリスチレンを含む、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２１０】
前記ビーズは、天然に浮遊する、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２１１】
前記ビーズは、抗体を含む、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２１２】
前記標識試薬は、前記細胞のサイズを増加させる、請求項２００に記載の方法。
【請求項２１３】
前記サイズが、少なくとも１０％増加する、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１４】
前記サイズが、少なくとも１００％増加する、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１５】
前記サイズが、少なくとも１０００％増加する、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１６】
上皮細胞を定量する方法であって、該方法は、
ａ．細胞サンプルを提供する工程；
ｂ．請求項１７６に記載のデバイスに該細胞サンプルを導入して、上皮細胞について濃縮されたサンプルを産生する工程；および
ｃ．該上皮細胞を定量する工程；
を包含する、方法。
【請求項２１７】
ａ．請求項１７６に記載のデバイスに患者由来の細胞サンプルを導入して、正常血球よりも大きい細胞について濃縮されたサンプルを産生する工程；および
ｂ．該サンプルに存在する正常血球よりも大きい細胞の数を決定して、疾患状態を決定する工程；
を包含する、診断方法。
【請求項２１８】
ａ．請求項１７６に記載のデバイスに患者由来の細胞サンプルを導入して、正常血球よりも大きい細胞について濃縮されたサンプルを産生する工程；および
ｂ．疾患状態を決定するために、ＤＮＡ分析、ＲＮＡ分析、プロテオーム分析、またはメタボローム分析を該濃縮されたサンプルに対して行なう工程；
を包含する、診断方法。
【請求項２１９】
前記ＤＮＡ分析は、上皮増殖因子レセプター遺伝子において１種以上の変異の存在、および同一性、すなわち非存在を決定する工程を包含する、請求項２１８に記載の方法。
【請求項２２０】
前記ＤＮＡ分析は、
ｉ．前記濃縮されたサンプルからゲノムＤＮＡを単離する工程；ならびに
ｉｉ．前記上皮増殖因子レセプター遺伝子のエキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、およびエキソン２１のうちの１種以上を増幅する工程；
を包含する、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２１】
ｉｉｉ．公知の上皮増殖因子レセプター変異に対応する前記増幅産物の下位領域を増幅し、さらなる増幅産物を生じる工程；
ｉｖ．該さらなる増幅産物を配列決定する工程；および
ｖ．該生じた配列を、該上皮増殖因子レセプター遺伝子の野生型配列および該上皮増殖因子レセプター遺伝子の公知の変異の一覧と比較する工程；
をさらに包含する、請求項２２０に記載の方法。
【請求項２２２】
前記正常血球よりも大きい細胞は、上皮細胞を含む、請求項２１７または２１８に記載の方法。
【請求項２２３】
前記疾患状態は、癌を含む、請求項２１７または２１８に記載の方法。
【請求項２２４】
前記正常血球よりも大きい細胞は、上皮細胞を含む、請求項１８３に記載のデバイス。
【請求項２２５】
細胞サンプルを処理するためのデバイスであって、前記デバイスは、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイ上に位置決めされたシーリングを備えるチャンネルを備え、該デバイスは、臨界サイズ以下の直径を有する細胞を該ギャップのネットワークを通して流させ、かつ該シーリングと該障害物との間の該臨界サイズよりも大きい直径を有する細胞を捕捉するように構成される、デバイス。
【請求項２２６】
前記臨界サイズは、５ミクロンと２０ミクロンとの間である、請求項２２５に記載のデバイス。
【請求項２２７】
前記臨界サイズは、１２ミクロンである、請求項２２５に記載のデバイス。
【請求項２２８】
前記臨界サイズは、１４ミクロンである、請求項２２５に記載のデバイス。
【請求項２２９】
前記臨界サイズよりも大きい直径を有する細胞は、１種以上の稀な細胞を含む、請求項２２５に記載のデバイス。
【請求項２３０】
前記稀な細胞は、１種以上の上皮細胞、癌細胞、骨髄細胞、胎児細胞、前駆細胞、幹細胞、泡沫細胞、間葉細胞、免疫系細胞、内皮細胞、子宮内膜細胞、結合組織細胞、栄養膜、細菌、真菌、または病原体を含む、請求項２２９に記載のデバイス。
【請求項２３１】
前記シーリングは、透明である、請求項２２５に記載のデバイス。
【請求項２３２】
細胞サンプルにおいて臨界サイズよりも大きい直径を有する細胞を処理する方法であって、該方法は、ギャップのネットワークを形成する障害物のアレイ上に位置決めされたシーリングを備えるチャンネルを備えるデバイスに、該細胞サンプルを導入する工程を包含し、該デバイスは、該臨界サイズ以下の直径を有する細胞を該ギャップのネットワークを通して流し得、かつ該シーリングと該障害物との間の該臨界サイズよりも大きい直径を有する細胞を捕捉し得るように構成される、方法。
【請求項２３３】
前記シーリングと前記障害物との間の前記臨界サイズよりも大きい直径を有する前記細胞の存在または非存在を検出する工程をさらに包含する、請求項２３２に記載の方法。
【請求項２３４】
前記シーリングは、透明であり、そして前記検出する工程は、顕微鏡を使用する工程を包含する、請求項２３３に記載の方法。
【請求項２３５】
前記デバイスに、緩衝液、溶解試薬、核酸増幅試薬、容量オスモル濃度調節試薬、標識試薬、保存剤、または固定試薬を導入する工程を、前記細胞サンプルを導入する工程の後にさらに包含する、請求項２３２に記載の方法。
【請求項２３６】
前記容量オスモル濃度調節試薬は、高浸透圧溶液を含む、請求項２３５に記載の方法。
【請求項２３７】
前記高浸透圧溶液は、前記シーリングと前記障害物との間の前記臨界サイズよりも大きい直径を有する前記細胞を放出させる、請求項２３６に記載の方法。
【請求項２３８】
癌に罹患したかまたは癌を発症する危険性があるヒト患者における上皮増殖因子レセプター（ＥＧＦＲ）を標的する処置の効力の可能性を決定するための方法であって、該方法は、
１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該患者由来の細胞サンプルを適用する工程；および
該第１の出力の細胞または該第２の出力の細胞において、ＥＧＦＲ遺伝子における少なくとも１種の所定の核酸改変体の存在または非存在を検出する工程であって、該少なくとも１種の核酸改変体の存在は、ＥＧＦＲを標的する処置が有効である可能性が高いことを示す、工程；
を包含する、方法。
【請求項２３９】
前記改変体は、前記第１の出力の細胞のｅｒｂＢ１遺伝子のキナーゼドメインに位置し、該改変体は、野生型ｅｒｂＢ１遺伝子である、請求項２３８に記載の方法。
【請求項２４０】
前記核酸改変体は、キナーゼ活性を上昇させる、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２４１】
前記第１の細胞は、癌細胞である、請求項２３８に記載の方法。
【請求項２４２】
前記癌は、胃腸癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、頭および首の癌、肺癌、非小細胞肺癌、神経系の癌、腎臓癌、網膜の癌、皮膚癌、肝臓癌、膵癌、生殖器−泌尿器の癌、および膀胱癌からなる群より選択される、請求項２４０に記載の方法。
【請求項２４３】
前記癌は、非小細胞肺癌である、請求項２４１に記載の方法。
【請求項２４４】
前記ｅｒｂＢ１遺伝子のキナーゼドメインにおける改変体は、ＡＴＰ結合ポケットの立体配座構造に影響を及ぼす、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２４５】
ｅｒｂＢ １の前記キナーゼドメインにおける前記改変体は、エキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、およびエキソン２１からなる群より選択される前記ｅｒｂＢ１遺伝子のエキソンに存在する、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２４６】
前記改変体は、エキソン１８、エキソン１９またはエキソン２１に存在する、請求項２４５に記載の方法。
【請求項２４７】
前記ｅｒｂＢ１遺伝子のキナーゼドメインにおける改変体は、インフレームの欠失、置換、または挿入である、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２４８】
前記少なくとも１種の改変体の存在または非存在の検出は、核酸のセグメントを増幅する工程を包含する、請求項２３８に記載の方法。
【請求項２４９】
前記少なくとも１種の改変体の存在または非存在の検出は、前記ｅｒｂＢ１核酸と少なくとも１種の核酸プローブとを接触させる工程を包含し、該少なくとも１種のプローブは、該改変体を含む核酸配列と、選択的ハイブリダイゼーション条件下で優先的にハイブリダイズする、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２５０】
少なくとも１種の改変体の存在または非存在の検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行って前記ｅｒｂＢ１コード配列を含む核酸を増幅する工程、および該増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程を包含する、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２５１】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２３８に記載の方法。
【請求項２５２】
前記第１の出力と、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備えるデバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項２５１に記載の方法。
【請求項２５３】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２５２に記載の方法。
【請求項２５４】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチンまたはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２５３に記載の方法。
【請求項２５５】
患者におけるＥＧＦＲを標的する処置の効力の可能性を決定するための方法であって、該方法は、
１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該患者由来の細胞サンプルを適用する工程；
該細胞をＥＧＦＲリガンドによって刺激する工程；および
該第１の細胞においてｅｒｂＢ１遺伝子にコードされるキナーゼのキナーゼ活性を決定する工程であって、コントロールと比較したキナーゼ活性の上昇は、ＥＧＦＲを標的する処置が有効である可能性が高いことを示す、工程；
を包含する、方法。
【請求項２５６】
前記第１の細胞は、癌細胞である、請求項２５５に記載の方法。
【請求項２５７】
前記癌は、胃腸癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、頭および首の癌、肺癌、非小細胞肺癌、神経系の癌、腎臓癌、網膜の癌、皮膚癌、肝臓癌、膵癌、生殖器−泌尿器の癌、および膀胱癌からなる群より選択される、請求項２５６に記載の方法。
【請求項２５８】
前記癌は、非小細胞肺癌である、請求項２５６に記載の方法。
【請求項２５９】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２５５に記載の方法。
【請求項２６０】
前記第１の出力と、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備える前記デバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項２５９に記載の方法。
【請求項２６１】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２６０に記載の方法。
【請求項２６２】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチンまたはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２６１に記載の方法。
【請求項２６３】
前記ＥＧＦＲを標的する処置は、チロシンキナーゼインヒビターである、請求項２５５に記載の方法。
【請求項２６４】
前記チロシンキナーゼインヒビターは、アニリノキナゾリンである、請求項２６３に記載の方法。
【請求項２６５】
前記アニリノキナゾリンは、合成アニリノキナゾリンである、請求項２６４に記載の方法。
【請求項２６６】
前記合成アニリノキナゾリンは、ゲフィチニブおよびエルロチニブからなる群より選択される、請求項２６５に記載の方法。
【請求項２６７】
癌に罹患したかまたは癌を発症する危険性があるヒト患者における上皮増殖因子レセプター（ＥＧＦＲ）を標的する処置の効力の可能性を決定するための方法であって、該方法は、
１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスに、該患者由来の細胞サンプルを適用する工程；
エキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、またはエキソン２１の一部を増幅するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行うことによってエキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、またはエキソン２１において少なくとも１種の核酸改変体の存在または非存在を検出する工程；および
該増幅されたエキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、またはエキソン２１の少なくとも一部を配列決定することによって、該増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程であって、野生型ｅｒｂＢ１コントロールと比較してエキソン１８、エキソン１９、エキソン２０、またはエキソン２１における少なくとも１種のヌクレオチド改変体の存在は、ＥＧＦＲを標的する処置が有効である可能性が高いことを示す、工程；
を包含する、方法。
【請求項２６８】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２５５に記載の方法。
【請求項２６９】
前記第１の出力と、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備えるデバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２７０】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２６９に記載の方法。
【請求項２７１】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチンまたはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２７０に記載の方法。
【請求項２７２】
１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイス；および
ＥＧＦＲ遺伝子において少なくとも１種の核酸変異の存在または非存在を検出するための試薬；
を備える、キット。
【請求項２７３】
前記試薬は、核酸および生成物にアニーリングするように設計された少なくとも１つの縮重プライマー対ならびにＰＣＲ増幅を行うのに必要とされる試薬を含む、請求項２７２に記載のキット。
【請求項２７４】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２７２に記載のキット。
【請求項２７５】
前記第１の出力を受容するように適合されたデバイスをさらに備える請求項２７４に記載のキットであって、該デバイスは、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備える、キット。
【請求項２７６】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２７５に記載のキット。
【請求項２７７】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチンまたはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２７６に記載のキット。
【請求項２７８】
前記試薬は、前記ＥＧＦＲキナーゼドメインタンパク質のＡＴＰ結合ポケットに結合し得る少なくとも１種のプローブを含む、請求項２７２に記載のキット。
【請求項２７９】
前記試薬は、抗体、抗体フラグメントまたはキメラ抗体を含む、請求項２７２または２７８記載のキット。
【請求項２８０】
前記試薬は、検出可能な標識をさらに含む、請求項２７９に記載のキット。
【請求項２８１】
患者由来の癌細胞のＥＧＦＲ遺伝子における二次変異の獲得を予測するための方法であって、該方法は、
該患者由来の細胞サンプルと、１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスとを接触させる工程；
該第１の細胞と、致死量以下の用量のチロシンキナーゼインヒビターとを接触させる工程；
該チロシンインヒビターの効果に抵抗性である細胞を選択する工程；および
該抵抗性の細胞由来の核酸を二次変異の存在について分析する工程；
を包含する、方法。
【請求項２８２】
前記第１の細胞は、ｅｒｂＢ１遺伝子の改変体を有する、請求項２８１に記載の方法。
【請求項２８３】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２８１に記載の方法。
【請求項２８４】
前記第１の出力と、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備えるデバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項２７３に記載の方法。
【請求項２８５】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２８４に記載の方法。
【請求項２８６】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチンまたはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２８５に記載の方法。
【請求項２８７】
前記細胞は、腫瘍生検から得られる、請求項２８１に記載の方法。
【請求項２８８】
最初に前記第１の細胞と有効量の変異誘発因子とを接触させる工程をさらに包含する、請求項２８１に記載の方法。
【請求項２８９】
前記変異誘発因子は、エチルメタンスルホネート（ＥＭＳ）、Ｎ−エチル−Ｎ−ニトロソ尿素（ＥＮＵ）、Ｎ−メチル−Ｎ−ニトロソ尿素（ＭＮＵ）、塩酸ホカルバキシン（Ｐｒｃ）、メチルメタンスルホネート（ＭｅＭＳ）、クロラムブシル（Ｃｈｉ）、メルファラン、塩酸ポルカルバジン、シクロホスファミド（Ｃｐ）、ジエチル硫酸 （Ｅｔ２ＳＯ４）、アクリルアミドモノマー（ＡＡ）、メチレンメラミン（ＴＥＭ）、ナイトロジェンマスタード、ビンクリスチン、ジメチルニトロソアミン、Ｎ−メチル−Ｎ’−ニトロ−ニトロソグアニジン（ＭＮＮＧ）、７，１２ ジメチルベンズアントラセン（ＤＭＢＡ）、酸化エチレン、ヘキサメチルホスホラミド、ビスルファン、およびエチルメタンスルホレート（ＥｔＭｓ）からなる群より選択される、請求項２８８に記載の方法。
【請求項２９０】
癌に罹患したかまたは癌を発症する危険性がある患者における上皮増殖因子レセプター（ＥＧＦＲ）を標的する処置の効力の可能性を決定するための方法であって、該方法は、
患者由来の生物学的サンプルと、１つの流体力学的サイズの第１の細胞を１つの方向に方向付けて第１の細胞について濃縮された第１の出力を産生し、かつ１種以上の第２の細胞を第２の方向に方向付けて第２の出力を産生する構造を備えるチャンネルを備えるデバイスとを接触させる工程であって、該第１の細胞は、上皮細胞または腫瘍性細胞である、工程；および
Ａｋｔ、ＳＴＡＴ５、またはＳＴＡＴ３が該第１の出力由来の該第１の細胞において活性化されているか否かを決定する工程であって、活性化されたＡｋｔ、ＳＴＡＴＳ、またはＳＴＡＴＳは、該ＥＧＦＲを標的する処置が有効である可能性が高いことを示す、工程
【請求項２９１】
前記生物学的サンプルは、生検または吸引物である、請求項２９０に記載の方法。
【請求項２９２】
活性化されたＡｋｔ、ＳＴＡＴ３、またはＳＴＡＴＳは、リン酸化されている、請求項２９０に記載の方法。
【請求項２９３】
前記活性化されたＡｋｔ、ＳＴＡＴ３、またはＳＴＡＴＳは、免疫学的に決定される、請求項２９０に記載の方法。
【請求項２９４】
前記免疫学的検出方法は、免疫組織化学、免疫細胞学、ＦＡＣＳスキャニング、免疫ブロッティング、ラジオイムノアッセイ、ウェスタンブロッティング、免疫沈降、または酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）からなる群より選択される、請求項２９３に記載の方法。
【請求項２９５】
前記免疫学的検出方法は、抗ホスホＡｋｔ抗体、抗ホスホＳＴＡＴＳ抗体または抗ホスホＳＴＡＴＳ抗体を使用した免疫組織化学または免疫細胞化学である、請求項２９４に記載の方法。
【請求項２９６】
前記構造は、前記細胞を分離するギャップのネットワークを形成する障害物の二次元アレイを含む、請求項２９０に記載の方法。
【請求項２９７】
前記第１の出力と、上皮細胞または腫瘍性細胞を選択的に結合する特異的結合部分を備えるデバイスとを接触させる工程をさらに包含する、請求項２９６に記載の方法。
【請求項２９８】
前記特異的結合部分は、抗体またはそのフラグメントである、請求項２９７に記載の方法。
【請求項２９９】
前記抗体は、Ｂｅｒ−Ｅｐ４、ＥｐＣａｍ、Ｅ−カドヘリン、ムチン−１、サイトケラチン、またはＣＤ−３４を特異的に結合する、請求項２９８に記載の方法。
【請求項３００】
前記ＥＧＦＲ遺伝子は、配列番号５１１の野生型配列を含む、請求項２３８に記載の方法。
【請求項３０１】
前記改変体は、１個以上のヌクレオチド位置において配列番号５１１と異なる、請求項２３８に記載の方法。
【請求項３０２】
前記ＥＧＦＲ遺伝子によってコードされるポリペプチドは、配列番号５１２の野生型配列を含む、請求項２３８に記載の方法。
【請求項３０３】
前記改変体によってコードされるポリペプチドは、１個以上のアミノ酸位置において配列番号５１２と異なる、請求項２３８に記載の方法。
【請求項３０４】
前記改変体は、表３から選択される、請求項２３８に記載の方法。
【図１Ｄ】
【図１Ｅ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０Ａ】
【図３０Ｂ】
【図３１】
【図３２】
【図３３Ａ】
【図３３Ｂ】
【図３３Ｃ】
【図３３Ｄ】
【図３４Ａ】
【図３４Ｂ】
【図３４Ｃ】
【図３４Ｄ】
【図３５Ａ】
【図３５Ｂ】
【図３５Ｃ】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９Ａ】
【図３９Ｂ】
【図４０】
【図４１】
【図４２Ａ】
【図４２Ｂ】
【図４３Ａ】
【図４３Ｂ】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７Ａ】
【図５７Ｂ】
【図５７Ｃ】
【図５８】
【図５９】
【図６０】
【図６１】
【図６２Ａ】
【図６２Ｂ】
【図６３】
【図６４Ａ】
【図６４Ｂ】
【図６５】
【図６６Ａ】
【図６６Ｂ】
【図６６Ｃ】
【図６６Ｄ】
【図６６Ｅ】
【図６６Ｆ】
【図６６Ｇ】
【図６７Ａ】
【図６７Ｂ】
【図６７Ｃ】
【図６８Ａ】
【図６８Ｂ】
【図６８Ｃ】
【図６８Ｄ】
【図６８Ｅ】
【図６９Ａ】
【図６９Ｂ】
【図６９Ｃ】
【図６９Ｄ】
【図６９Ｅ】
【図６９Ｆ】
【図６９Ｇ】
【図７０Ａ】
【図７０Ｂ】
【図７０Ｃ】
【図７１】
【図７１】
【図７１】
【図７１】
【図７２Ａ−７２Ｅ】
【図１Ｅ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０Ａ】
【図３０Ｂ】
【図３１】
【図３２】
【図３３Ａ】
【図３３Ｂ】
【図３３Ｃ】
【図３３Ｄ】
【図３４Ａ】
【図３４Ｂ】
【図３４Ｃ】
【図３４Ｄ】
【図３５Ａ】
【図３５Ｂ】
【図３５Ｃ】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９Ａ】
【図３９Ｂ】
【図４０】
【図４１】
【図４２Ａ】
【図４２Ｂ】
【図４３Ａ】
【図４３Ｂ】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７Ａ】
【図５７Ｂ】
【図５７Ｃ】
【図５８】
【図５９】
【図６０】
【図６１】
【図６２Ａ】
【図６２Ｂ】
【図６３】
【図６４Ａ】
【図６４Ｂ】
【図６５】
【図６６Ａ】
【図６６Ｂ】
【図６６Ｃ】
【図６６Ｄ】
【図６６Ｅ】
【図６６Ｆ】
【図６６Ｇ】
【図６７Ａ】
【図６７Ｂ】
【図６７Ｃ】
【図６８Ａ】
【図６８Ｂ】
【図６８Ｃ】
【図６８Ｄ】
【図６８Ｅ】
【図６９Ａ】
【図６９Ｂ】
【図６９Ｃ】
【図６９Ｄ】
【図６９Ｅ】
【図６９Ｆ】
【図６９Ｇ】
【図７０Ａ】
【図７０Ｂ】
【図７０Ｃ】
【図７１】
【図７１】
【図７１】
【図７１】
【図７２Ａ−７２Ｅ】
【公表番号】特表２００８−５３８２８２（Ｐ２００８−５３８２８２Ａ）
【公表日】平成２０年１０月２３日（２００８．１０．２３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５０５５０８（Ｐ２００８−５０５５０８）
【出願日】平成１８年４月５日（２００６．４．５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０１２７７８
【国際公開番号】ＷＯ２００６／１０８０８７
【国際公開日】平成１８年１０月１２日（２００６．１０．１２）
【出願人】（５０７３３２４８０）セルポイント ダイアグノスティクス， インコーポレイテッド (1)
【出願人】（５０７３３２４９１）リビング マイクロシステムズ， インコーポレイテッド (1)
【出願人】（５９２０１７６３３）ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション (177)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年１０月２３日（２００８．１０．２３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年４月５日（２００６．４．５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０１２７７８
【国際公開番号】ＷＯ２００６／１０８０８７
【国際公開日】平成１８年１０月１２日（２００６．１０．１２）
【出願人】（５０７３３２４８０）セルポイント ダイアグノスティクス， インコーポレイテッド (1)
【出願人】（５０７３３２４９１）リビング マイクロシステムズ， インコーポレイテッド (1)
【出願人】（５９２０１７６３３）ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション (177)
【Ｆターム（参考）】
[ Back to top ]