転写因子
本発明は、転写因子をコードする植物より単離されたポリヌクレオチド配列を提供する。ポリヌクレオチドによってコードされているポリペプチドも提供する。産物および使用方法を開示する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
植物において (i) 核酸分子に結合する段階、または (ii) 遺伝子の発現を制御する段階、の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
植物細胞の中で機能する転写因子である、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群から選択される核酸配列を含む、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】
ユーカリ（Eucalyptus）またはマツ（Pinus）の種で正常に発現する、請求項3記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５】
グランディスユーカリ（Eucalyptus grandis）で正常に発現する、請求項4記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】
ラジアータマツ（Pinus radiata）で正常に発現する、請求項4記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７】
針葉樹の種で正常に発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項８】
針葉樹が、ストローブマツ（Eastern white pine）、ウエスタンホワイト（Western white）、ゴヨウマツ（Sugar pine）、アカマツ（Red pine）、リギダマツ（Pitch pine）、バンクスマツ（Jack pine）、ダイオウショウマツ（Longleaf pine）、ショートリーフパイン（Shortleaf pine）、テーダマツ（Loblolly pine）、スラッシュパイン（Slash pine）、バージニアパイン（Virginia pine）、ポンデローサパイン（Ponderosa pine）、ジェフリーパイン（Jeffrey pine）、ならびにロッジポールパイン（Lodgepole pine）、ラジアータパイン（Radiata pine）、およびそれらの交配雑種からなる群より選択される、請求項7記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】
針葉樹が、モミノキ（Abies firma）、ヒマラヤスギ（Cedrus deodara）、ヒマラヤスギ「アルボスピカ（Albospica）」、ヒマラヤスギ「オーレア（Aurea）」、ヒマラヤスギ「カシミール（Kashmir）」、ヒマラヤスギ「シャリマル（Shalimar）」、ヒマラヤスギ「シルバーミスト（Silver Mist）」、ヒマラヤスギ「ホワイトインプ（White Imp）」、レバノンスギ（Cedrus libani）（亜種アトランティカ（atlantica））グラウカ（glauca）、レバノンスギ（亜種アトランティカ）グラウカペンデュラ（glauca pendula）、レバノンスギ「ナナ（Nana）」、レバノンスギペンデュラ（Cedrus libani pendula）、レバノンスギブレヴィフォリア（Cedrus libani brevifolia）、レバノンスギ変種 stenacoma、ローソンヒノキ（Chamaecyparis lawsoniana）、アラスカヒノキ（Chamaecyparis nootkatensis）「ペンデュラ（Pendula）」、ヒノキ（Chamaecyparis obtusa）「クリプシー（Crippsii）」、サワラ（Chamaecyparis pisifera）「ブルーヴァード（Boulevard）」、サワラ「フィリフェラオーレア（Filifera Aurea）」、ヌマヒノキ（Chamaecyparis thyoides）「ブルースポート（Blue Sport）」、スギ（Cryptomeria japonica）「セッカンスギ（Sekkan Sugi）」、スギ「ヴィルモリニアーナ（Vilmoriniana）」、コウヨウザン（Cunninghamia lanceolata）「グラウカ」、ウスカワアリゾナイトスギ（Cuppressus arizonica）変種 グラブラ「ブルーアイス」、ウスカワアリゾナイトスギ「ブルーサファイア（Blue Sapphire）」、イチョウ（Ginkgo biloba）、イチョウ「オータムゴールド（Autumn Gold）」、スイショウ（Glyptostrobus pensilis）、ビャクシン（Juniperus chinensis）「トルローサ（Torulosa）」、コロラドビャクシン（Juniperus scopulorum）「トルソンズ（Tollesons）」、エンピツビャクシン（Juniperus virginiana）、カラマツ（Larix kaempferi）、メタセコイア（Metasequoia glyptostroboides）、ヨーロッパトウヒ（Picea abies）、ヨーロッパトウヒペンデュラ（Picea abies Pendula）、ヨーロッパトウヒ「レモンティー（Remontii）」、カナダトウヒ（Picea glauca）「サンダースブルー（Sanders Blue）」、ハッコウダゴヨウ（Pinus x hakkodensis）、ヨーロッパクロマツ（Pinus nigra）変種ニグラ（nigra）、オモリカトウヒ（Picea omorika）、アカマツ（Pinus densiflora）「アンブラキュリフェラ（Umbraculifera）」、バンクスマツ（Pinus elliottii）、フレキシマツ（Pinus flexilis）「ヴァンデルウォルフスピラミド（Vanderwolf Pyramid）」、イタリアカサマツ（Pinus pinea）、タイワンアカマツ（Pinus massoniana）、ストローブマツ（Pinus strobus）、ストローブマツ「ペンデュラ」、ヨーロッパアカマツ（Pinus sylvestris）「フレンチブルー（French Blue）」、ヨーロッパアカマツ「ミッチウィーピング（Mitsch Weeping）」、テーダマツ（Pinus taeda）、ラジアータマツ（Pinus radiata）、カイガンマツ（Pinus Pinascer)、クロマツ(Pinus thunbergiana）、バージニアマツ（Pinus virginiana）、ダグラスファー（Pseudotsuga menziesii）、イヌカラマツ（Pseudolarix amabilis）、セコイア（Sequoia sempervirens）、タチラクウショウ（Taxodium ascendens）、ラクウショウ（Taxodium distichum）、ニオイヒバ（Thuja occidentalis）「フィリフォルミス（Filiformis）」、カナダツガ（Tsuga Canadensis）「ゴールデンスプレンダー（Golden Splendor）」、x レイランディー（Cuppressocyparis leylandii）、x レイランディー「Post Sentinal」、x レイランディー「キャッスルウェラン（Caslewellan）」、x レイランディー「ネイラーズブルー（Naylors Blue）」およびそれらの交配雑種からなる群より選択される、請求項7記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１０】
針葉樹が、サザンイエローパインの木である、請求項7記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１１】
サザンイエローパインが、テーダマツ、Pinus serotina、ダイオウショウ（Pinus palustris）およびバンクスマツならびに雑種からなる群より選択される、請求項10記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１２】
クリ、トネリコ、ブナ、シナノキ、カバノキ、ブラックチェリー、ブラックグルミ／バターグルミ、チンカピングリ、ハコヤナギ、ニレ、ユーカリノキ、エノキ、ヒッコリー、ホリー、ニセアカシア、モクレン、カエデ、オーク、ポプラ、アカシア、ハコヤナギ、チーク、レッドアルダー、キリ、サッサフラス、モミジバフウ、エジプトイチジク、ヌマミズキ、ヤナギおよびユリノキ、ならびにそれらの種内および種間交配雑種からなる群より選択される樹木で正常に発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１３】
。
【請求項１４】
裸子植物または被子植物で正常に発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１５】
単子葉植物において (i) 核酸分子に結合する段階、または (ii) 遺伝子の発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドを発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１６】
単子葉植物が、シバ、コムギ、トウモロコシ、コメ、カラスムギ、オオムギ、ラン、アイリス、ユリ、タマネギ、サトウキビおよびモロコシからなる群より選択される、請求項1５記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１７】
シバが、コヌカグサ属（Agrostis spp.）、ナガハグサ（Poa pratensis）、ドクムギ属（Lolium spp.）、ナガハグサ（Kentucky Bluegrass）とホソムギ（Perennial Ryegrass）混合; オニウシノケグサ（Festuca arundinacea）、イトウシノケグサ（Festuca rubra commutata）、ギョウギシバ（Cynodon dactylon）、キクユグラス（Pennisetum clandestinum）、イヌシバ（Stenotaphrum secundatum）、シバ（Zoysia japonica）、ならびにアオイゴケ（Dichondra micrantha）からなる群より選択される、請求項16記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１８】
双子葉植物において (i) 核酸分子に結合する段階、または (ii) 遺伝子発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドを発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１９】
双子葉植物が、ワタ、タバコ、アラビドプシス（ナズナ）、トマト、ジャガイモ、ハコヤナギ、ユーカリノキ、モミジバフウ、アカシア、ポプラ、ヤナギ、チーク、マホガニー、クリ、ニレ、テンサイ、ブロッコリ、タピオカノキ、サツマイモ、コショウ、ポインセチア、マメ科植物、アルファルファ、ダイズ、ニンジン、イチゴ、レタス、オーク、カエデ、クルミ、バラ、ミント、カボチャ、ヒナギク、ゼラニウムおよびサボテンからなる群より選択される、請求項18記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２０】
ポリペプチドが、植物における遺伝子の発現をアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションできる、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２１】
遺伝子が、植物ゲノムに対し内因性である、請求項20記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２２】
少なくとも一つの細胞において単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、その細胞のいずれにおいても、単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物の表現形と異なっている、請求項21記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２３】
単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物と比べてリグニン質の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２４】
リグニン質の差違が、リグニン分子の構造の変化を特徴とする、該請求項23記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２５】
単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて木部組成の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２６】
単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて繊維組成の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２７】
単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて植物細胞分裂の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２８】
単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて植物細胞発生の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２９】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列、またはその変種を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３０】
変種が、植物において (i) 核酸分子に結合する段階、または (ii) 遺伝子の発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードする、請求項29記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３１】
SEQ ID NO：821〜1640、1973〜2304のいずれか一つのアミノ酸配列、またはその変種を含む植物転写因子であって、植物において (i) 核酸分子に結合する段階、または (ii) 遺伝子の発現を制御する段階の少なくとも一つが可能である転写因子。
【請求項３２】
変種が、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つに対し、配列に99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%、80%、79%、78%、77%、76%、75%、74%、73%、72%、71%、70%、69%、68%、67%、66%、65%、64%、63%、62%、61%、または60%以上の配列同一性を有する、請求項29記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３３】
変種が、SEQ ID NO：821〜1640、1973〜2304のいずれか一つに対し、配列に99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%、80%、79%、78%、77%、76%、75%、74%、73%、72%、71%、70%、69%、68%、67%、66%、65%、64%、63%、62%、61%、または60%以上の配列同一性を有する、請求項31記載の植物転写因子。
【請求項３４】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) プロモーター、および(iii) 所望の核酸を含むDNA構築体であって、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しているDNA構築体。
【請求項３５】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) 第1プロモーター、(iii) 第2プロモーター、および (iv) 所望の核酸を含むDNA構築体であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、該第2プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、(b) 該第2プロモーターおよび該所望の核酸が作動可能に連結しており、そして (c) 該ポリヌクレオチドが該第1プロモーターと作動可能に連結し、該第1プロモーターによって発現するDNA構築体。
【請求項３６】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、および (ii) プロモーターを含む含むDNA構築体であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、植物細胞にとって内因性であるプロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、そして (b) 該プロモーターおよび該ポリヌクレオチドが作動可能に連結しているDNA構築体。
【請求項３７】
プロモーターが、構成的プロモーター、強力プロモーター、または誘導性プロモーターからなる群より選択される、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項３８】
プロモーターが、制御可能なプロモーターである、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項３９】
制御可能なプロモーターが、温度に感受性である、請求項38記載のDNA構築体。
【請求項４０】
制御可能なプロモーターが、オーキシン、エチレン、アブシジン酸、創傷、メチルジャスモナイトまたはジベレリン酸のいずれか一つにより制御される、請求項38記載のDNA構築体。
【請求項４１】
プロモーターが、時間制御を受ける、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４２】
プロモーターが、組織特異的プロモーターである、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４３】
プロモーターが、維管束優先プロモーターである、請求項42記載のDNA構築体。
【請求項４４】
プロモーターが、SEQ ID NO：1642〜1643のいずれか一つで同定される核酸配列からなる群より選択される、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４５】
所望の核酸が、遺伝子である、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４６】
所望の核酸が、遺伝子である、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４７】
所望の核酸が、RNA転写体を生ずる、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４８】
RNA転写体が、植物細胞にとって内因性である遺伝子のアンチセンス配列を有する、請求項47記載のDNA構築体。
【請求項４９】
RNA転写体が、植物細胞で正常に発現する遺伝子のRNA干渉を誘導する、請求項47記載のDNA構築体。
【請求項５０】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) プロモーター、および (iii) 所望の核酸を含むDNA構築体を含む植物細胞であって、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結している植物細胞。
【請求項５１】
請求項50記載の植物細胞を含むトランスジェニック植物。
【請求項５２】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) 第1プロモーター、(iii) 第2プロモーター、および (iv) 所望の核酸を含むDNA構築体を含む植物細胞であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、該第2プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、(b) 該第2プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しており、そして (c) 該ポリヌクレオチドが該第1プロモーターと作動可能に連結し、該第1プロモーターによって発現する植物細胞。
【請求項５３】
請求項52の植物細胞を含むトランスジェニック植物。
【請求項５４】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、および (ii) プロモーターを含むDNA構築体を含む植物細胞であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、植物細胞にとって内因性であるプロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、そして (b) 該プロモーターおよび該ポリヌクレオチドが作動可能に連結している植物細胞。
【請求項５５】
請求項54記載の植物細胞を含むトランスジェニック植物。
【請求項５６】
SEQ ID NO：821〜1640、1973〜2304のいずれか一つの触媒ドメインをコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチドであって、植物において (i) 核酸分子と結合する段階、または (ii) 遺伝子発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項５７】
トランスジェニック植物を産生するための方法であって、
(a) (i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) プロモーター、および (iii) 所望の核酸を含み、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しているDNA構築体を用いて植物細胞を形質転換する工程; (b) 該ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチドおよび該所望の核酸の産生物の両方が植物細胞内に発現し、そして該植物が、該DNA構築体を含有しない同種の植物とは異なる表現形を示すトランスジェニック植物である該形質転換植物細胞を、植物の成長を促進する条件下に培養する工程を含む方法。
【請求項５８】
植物細胞が植物外植体組織内に置かれる、請求項57記載の方法。
【請求項５９】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べてリグニン質の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６０】
リグニン質の差違が、リグニン分子の構造の変化を特徴とする、請求項59記載の方法。
【請求項６１】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて木部組成の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６２】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて繊維収量の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６３】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞分裂の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６４】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞発生の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６５】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて花の色、花弁の形状、花弁の大きさ、芳香、葉の形状、葉の大きさ、または植物の高さのいずれか一つの差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６６】
所望の核酸が、遺伝子である、請求項57記載の方法。
【請求項６７】
トランスジェニック植物を産生するための方法であって、
(a) (i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、および (ii) プロモーターを含み、該ポリヌクレオチドおよび該プロモーターが作動可能に連結しているDNA構築体を用いて植物細胞を形質転換する工程; ならびに (b) ポリヌクレオチドが、植物細胞のゲノムの一部に結合する段階、または植物細胞ゲノムの遺伝子発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードし、そして該植物が、該DNA構築体を含有しない同種植物とは異なる表現形を示すトランスジェニック植物である該形質転換植物細胞を、植物の成長を促進する条件下に培養する工程を含む方法。
【請求項６８】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べてリグニン質の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項６９】
リグニン質の差違が、リグニン分子の構造の変化を特徴とする、請求項68記載の方法。
【請求項７０】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて木部組成の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項７１】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて繊維収量の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項７２】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞分裂の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項７３】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞発生の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項７４】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて花の色、花弁の形状、花弁の大きさ、芳香、葉の形状、葉の大きさ、または植物の高さのいずれか一つの差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項７５】
所望の核酸が、遺伝子である、請求項67記載の方法。
【請求項７６】
植物転写因子により制御できるプロモーターに関するスクリーニングをするための方法であって、
(a) (i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) 構成的プロモーター、(iii) 候補プロモーター、および (iv) レポーター遺伝子を含み、該ポリヌクレオチドが植物転写因子をコードし、該候補プロモーターおよび該レポーター遺伝子が作動可能に連結しており、そして該ポリヌクレオチドが該構成的プロモーターと作動可能に連結し、該構成的プロモーターによって発現するDNA構築体を植物細胞内で発現させる工程; (b) 該レポーター遺伝子の発現レベルを検出する工程; ならびに (c) 該レポーーター遺伝子の発現レベルを、該第2レポーター遺伝子と作動可能に連結した該候補プロモーターを含むDNA構築体を含有する植物細胞からの第2レポーター遺伝子の発現レベルと比較する工程を含む方法。
【請求項７７】
SEQ ID NO：822〜1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現する、トランスジェニック木から得た木材パルプ。
【請求項７８】
SEQ ID NO：822〜1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物であって、転写因子が、干ばつ耐性の増加、背丈の低下もしくは増加、分枝の低下もしくは増加、耐寒・耐凍性の上昇、活力向上、色彩の強化、健康および栄養特性の増強、保存性の向上、生産量の増加、耐塩性の向上、耐重金属性の向上、耐病性の上昇、耐昆虫性の上昇、耐水ストレス性の上昇、甘さの向上、味覚の改善、質感の改善、リン含有量の低下、発芽率の上昇、微量元素取込みの上昇、デンプン組成の改善、花寿命の改善、および新規タンパク質もしくはペプチドの産生からなる群より選択される特質を植物に付与するトランスジェニック植物。
【請求項７９】
同種野生型植物に比べて幼若期が短い、または長い、SEQ ID NO：822〜1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物。
【請求項８０】
自己離脱枝を有する、SEQ ID NO：822〜1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物。
【請求項８１】
同種野生型植物に比べて生殖発達が早いか、または遅い、SEQ ID NO：822〜1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物。
【請求項８２】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のヌクレオチド配列と60%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNAと結合する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８３】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のヌクレオチド配列のいずれかと65%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ転写に関係する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８４】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のヌクレオチド配列のいずれかと70%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物における遺伝子発現を制御する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８５】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のヌクレオチド配列のいずれかと75%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNA結合性タンパク質をコードする、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８６】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかと80%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物の遺伝子転写を媒介する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８７】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかと85%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNAと結合する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８８】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかと90%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物における遺伝子発現を制御する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８９】
SEQ ID NO：181〜188のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：181〜188のいずれかと79%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ遺伝子転写に関係する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項９０】
2種類のサンプル中のポリヌクレオチドの発現を関連付ける方法であって、
第1サンプル中のSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972およびその保存的変種からなる群より選択される核酸配列によりコードされている産物をコードする一つまたは複数のポリヌクレチドの発現レベルを検出する工程；
第2サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベル検出する工程；
第1サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルと、第2サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルとを比較する工程; および
第1および第2サンプル間で一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルの差違を相関させる工程を含む方法。
【請求項９１】
第1サンプルおよび第2サンプルが、それぞれ異なるタイプの植物組織に由来する、請求項90記載の方法。
【請求項９２】
第1サンプルおよび第2サンプルが、同一組織に由来し、第1サンプルおよび第2サンプルがそれぞれ、ある年の異なる季節に収穫されたものである、請求項90記載の方法。
【請求項９３】
第1サンプルおよび第2サンプルが、異なる発生段階の植物から得られたものである、請求項90記載の方法。
【請求項９４】
植物の表現形の獲得と一つまたは複数のポリヌクレオチドの植物におけるポリヌクレオチド発現レベルとを相関させる方法であって、
ある表現形を有する第1植物における、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972およびその保存的変種からなる群より選択される核酸配列によりコードされている産物をコードする一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルを検出する工程；
表現形を欠く第2植物における、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルを検出する工程；
第1植物における一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルと、第2植物における一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルとを比較する工程; および
第1および第2植物間で一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルの差違と表現形の獲得とを相関させる工程を含む方法。
【請求項９５】
第1および第2サンプルが共に、維管束組織、頂端分裂組織、維管束形成層、木質部、篩部、根、花、球花、果実および種子からなる群より選択される植物組織から得られたものである、請求項90記載の方法。
【請求項９６】
第1サンプルおよび第2サンプルの植物組織が、それぞれ異なるタイプの組織から得られたものである、請求項95記載の方法。
【請求項９７】
第1および第2サンプルがそれぞれ、異なる発生段階の植物組織から得られたものである、請求項95記載の方法。
【請求項９８】
第1および第2植物または植物細胞が共に、ユーカリおよびマツ種から選択される同一種のものである、請求項94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項９９】
第1および第2植物または植物細胞が、グランディスユーカリまたはラジアータマツから選択される種のものである、請求項94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項１００】
検出の工程が、標準的なハイブリダイゼーション条件下にて、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列にハイブリダイゼーションできる一つまたは複数のポリヌクレオチドを用いて実施される、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０１】
検出の工程が、標準的なハイブリダイゼーション条件下にて、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列によりコードされているポリヌクレオチド発現産物にハイブリダイゼーションできる一つまたは複数のポリヌクレオチドを用いて実施される、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０２】
検出の工程が、標識された核酸へのハイブリダイゼーションによって実施される、請求項90、94または95のいずれか記載の方法。
【請求項１０３】
一つまたは複数のポリヌクレオチドが、検出可能な標識で標識されている、請求項99記載の方法。
【請求項１０４】
一つまたは複数のポリヌクレオチドの少なくとも一つが、一つまたは複数のポリヌクレオチドの一つの3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする、請求項100記載の方法。
【請求項１０５】
一つまたは複数のポリヌクレオチドの少なくとも一つが、一つまたは複数のポリヌクレオチドの一つの3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする、請求項101記載の方法。
【請求項１０６】
一つまたは複数のポリヌクレオチドが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項100記載の方法。
【請求項１０７】
一つまたは複数のポリヌクレオチドが、SEQ ID NO：2742〜3587からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項101記載の方法。
【請求項１０８】
一つまたは複数のポリヌクレオチドが、DNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項100記載の方法。
【請求項１０９】
一つまたは複数のポリヌクレオチドが、DNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項101記載の方法。
【請求項１１０】
検出工程の前に、第1および第2植物または植物細胞の一つまたは複数のポリヌクレオチドを増幅する工程をさらに含む、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１１】
検出工程の前に、第1および第2植物または植物細胞の一つまたは複数のポリヌクレオチドを検出可能な標識で標識する工程をさらに含む、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１２】
SEQ ID NO：cからなる群より選択される核酸配列にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現を検出するための組合せ。
【請求項１１３】
SEQ ID NO：〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列によりコードされているポリヌクレオチド発現産物にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現を検出するための組合せ。
【請求項１１４】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の別の一つにハイブリダイゼーションする、請求項112記載の組合せ。
【請求項１１５】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の別の一つによりコードされているヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションする、請求項113記載の組合せ。
【請求項１１６】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする、請求項112記載の組合せ。
【請求項１１７】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の3'非翻訳領域に相補的である核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項113記載の組合せ。
【請求項１１８】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、約100より少ないヌクレオチド塩基を含む、請求項112または113のいずれか一項記載の組合せ。
【請求項１１９】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1973〜2304からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項112記載の組合せ。
【請求項１２０】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1973〜2304からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項113記載の組合せ。
【請求項１２１】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、ABI3/VP1、アルフィン様（Alfin-like）、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2 (Zn) 、C2C2 (Co様)、C2C2(Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックス（HOMEO BOX）、HSF、ジュモンジ（jumonji）、LIM、MADSボックス、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリへリックス、TUBBY、およびWRKYからなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項112記載の組合せ。
【請求項１２２】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、ABI3/VP1、アルフィン様、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2 (Zn)、C2C2 (Co様)、C2C2 (Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMB-ボックス、ホメオボックス、HSF、ジュモンジ、LIM、MADSボックス、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリへリックス、TUBBY、およびWRKYからなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項113記載の組合せ。
【請求項１２３】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項121記載の組合せ。
【請求項１２４】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項122記載の組合せ。
【請求項１２５】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なる遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項121記載の組合せ。
【請求項１２６】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なる遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項122記載の組合せ。
【請求項１２７】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドのうちの約2〜約5000を含む、請求項112または113のいずれか一項記載の組合せ。
【請求項１２８】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、検出可能な標識で標識されている、請求項112または113のいずれか記載の組合せ。
【請求項１２９】
該固体支持体上に提供された請求項112の組合せを含み、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、該固体支持体上の固有の位置を占有しているマイクロアレイ。
【請求項１３０】
サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドを検出するための方法であって、
サンプルを、標準的なハイブリダイゼーション条件下において、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドに接触させる工程；および
一つまたは複数のオリゴヌクレオチドにハイブリダイゼーションしている、一つまたは複数の対象のポリヌクレオチドを検出する工程を含む方法。
【請求項１３１】
サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドによりコードされている一つまたは複数の核酸配列を検出するための方法であって、
サンプルを、標準的なハイブリダイゼーション条件下で、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子によりコードされている核酸配列にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドと接触させる工程；および
一つまたは複数のオリゴヌクレオチドにハイブリダイゼーションしている一つまたは複数の核酸配列を検出する工程を含む方法。
【請求項１３２】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の異なる一つを含む遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項130記載の方法。
【請求項１３３】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の異なる一つを含む遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項131記載の方法。
【請求項１３４】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子の3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする、請求項130記載の方法。
【請求項１３５】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子の3'非翻訳領域に相補的である核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項131記載の方法。
【請求項１３６】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、約100より少ないヌクレオチド塩基を含む、請求項130または131のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３７】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1973〜2304からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項130記載の方法。
【請求項１３８】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1973〜2304からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項131記載の方法。
【請求項１３９】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、ABI3/VP1、アルフィン様、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2 (Zn)、C2C2 (Co様)、C2C2 (Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックス、HSF、ジュモンジ、LIM、MADSボックス、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリへリックス、TUBBY、およびWRKYからなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項130記載の方法。
【請求項１４０】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、ABI3/VP1、アルフィン様、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2 (Zn)、C2C2 (Co様)、C2C2 (Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックス、HSF、ジュモンジ、LIM、MADSボックス、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリへリックス、TUBBY、およびWRKY からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項131記載の方法。
【請求項１４１】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項139記載の方法。
【請求項１４２】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項140記載の方法。
【請求項１４３】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドが、固体支持体上に提供され、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、固体支持体上に固有の場所を占有する、請求項130または131のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４４】
固体支持体が、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドのうちの約2〜約5000を含む、請求項143記載の方法。
【請求項１４５】
接触工程の前に、サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドまたは核酸配列を増幅する段階をさらに含む、請求項130または131のいずれかに一項記載の方法。
【請求項１４６】
接触工程の前に、サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドまたは核酸配列を検出可能な標識で標識する工程をさらに含む、請求項130または131のいずれかに一項記載の方法。
【請求項１４７】
請求項129記載のマイクロアレイを、ヌクレオチドハイブリダイゼーション反応のための一つまたは複数のバッファーまたは試薬と一緒に含む、遺伝子発現を検出するためのキット。
【請求項１】
植物において (i) 核酸分子に結合する段階、または (ii) 遺伝子の発現を制御する段階、の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
植物細胞の中で機能する転写因子である、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群から選択される核酸配列を含む、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】
ユーカリ（Eucalyptus）またはマツ（Pinus）の種で正常に発現する、請求項3記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５】
グランディスユーカリ（Eucalyptus grandis）で正常に発現する、請求項4記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】
ラジアータマツ（Pinus radiata）で正常に発現する、請求項4記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７】
針葉樹の種で正常に発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項８】
針葉樹が、ストローブマツ（Eastern white pine）、ウエスタンホワイト（Western white）、ゴヨウマツ（Sugar pine）、アカマツ（Red pine）、リギダマツ（Pitch pine）、バンクスマツ（Jack pine）、ダイオウショウマツ（Longleaf pine）、ショートリーフパイン（Shortleaf pine）、テーダマツ（Loblolly pine）、スラッシュパイン（Slash pine）、バージニアパイン（Virginia pine）、ポンデローサパイン（Ponderosa pine）、ジェフリーパイン（Jeffrey pine）、ならびにロッジポールパイン（Lodgepole pine）、ラジアータパイン（Radiata pine）、およびそれらの交配雑種からなる群より選択される、請求項7記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】
針葉樹が、モミノキ（Abies firma）、ヒマラヤスギ（Cedrus deodara）、ヒマラヤスギ「アルボスピカ（Albospica）」、ヒマラヤスギ「オーレア（Aurea）」、ヒマラヤスギ「カシミール（Kashmir）」、ヒマラヤスギ「シャリマル（Shalimar）」、ヒマラヤスギ「シルバーミスト（Silver Mist）」、ヒマラヤスギ「ホワイトインプ（White Imp）」、レバノンスギ（Cedrus libani）（亜種アトランティカ（atlantica））グラウカ（glauca）、レバノンスギ（亜種アトランティカ）グラウカペンデュラ（glauca pendula）、レバノンスギ「ナナ（Nana）」、レバノンスギペンデュラ（Cedrus libani pendula）、レバノンスギブレヴィフォリア（Cedrus libani brevifolia）、レバノンスギ変種 stenacoma、ローソンヒノキ（Chamaecyparis lawsoniana）、アラスカヒノキ（Chamaecyparis nootkatensis）「ペンデュラ（Pendula）」、ヒノキ（Chamaecyparis obtusa）「クリプシー（Crippsii）」、サワラ（Chamaecyparis pisifera）「ブルーヴァード（Boulevard）」、サワラ「フィリフェラオーレア（Filifera Aurea）」、ヌマヒノキ（Chamaecyparis thyoides）「ブルースポート（Blue Sport）」、スギ（Cryptomeria japonica）「セッカンスギ（Sekkan Sugi）」、スギ「ヴィルモリニアーナ（Vilmoriniana）」、コウヨウザン（Cunninghamia lanceolata）「グラウカ」、ウスカワアリゾナイトスギ（Cuppressus arizonica）変種 グラブラ「ブルーアイス」、ウスカワアリゾナイトスギ「ブルーサファイア（Blue Sapphire）」、イチョウ（Ginkgo biloba）、イチョウ「オータムゴールド（Autumn Gold）」、スイショウ（Glyptostrobus pensilis）、ビャクシン（Juniperus chinensis）「トルローサ（Torulosa）」、コロラドビャクシン（Juniperus scopulorum）「トルソンズ（Tollesons）」、エンピツビャクシン（Juniperus virginiana）、カラマツ（Larix kaempferi）、メタセコイア（Metasequoia glyptostroboides）、ヨーロッパトウヒ（Picea abies）、ヨーロッパトウヒペンデュラ（Picea abies Pendula）、ヨーロッパトウヒ「レモンティー（Remontii）」、カナダトウヒ（Picea glauca）「サンダースブルー（Sanders Blue）」、ハッコウダゴヨウ（Pinus x hakkodensis）、ヨーロッパクロマツ（Pinus nigra）変種ニグラ（nigra）、オモリカトウヒ（Picea omorika）、アカマツ（Pinus densiflora）「アンブラキュリフェラ（Umbraculifera）」、バンクスマツ（Pinus elliottii）、フレキシマツ（Pinus flexilis）「ヴァンデルウォルフスピラミド（Vanderwolf Pyramid）」、イタリアカサマツ（Pinus pinea）、タイワンアカマツ（Pinus massoniana）、ストローブマツ（Pinus strobus）、ストローブマツ「ペンデュラ」、ヨーロッパアカマツ（Pinus sylvestris）「フレンチブルー（French Blue）」、ヨーロッパアカマツ「ミッチウィーピング（Mitsch Weeping）」、テーダマツ（Pinus taeda）、ラジアータマツ（Pinus radiata）、カイガンマツ（Pinus Pinascer)、クロマツ(Pinus thunbergiana）、バージニアマツ（Pinus virginiana）、ダグラスファー（Pseudotsuga menziesii）、イヌカラマツ（Pseudolarix amabilis）、セコイア（Sequoia sempervirens）、タチラクウショウ（Taxodium ascendens）、ラクウショウ（Taxodium distichum）、ニオイヒバ（Thuja occidentalis）「フィリフォルミス（Filiformis）」、カナダツガ（Tsuga Canadensis）「ゴールデンスプレンダー（Golden Splendor）」、x レイランディー（Cuppressocyparis leylandii）、x レイランディー「Post Sentinal」、x レイランディー「キャッスルウェラン（Caslewellan）」、x レイランディー「ネイラーズブルー（Naylors Blue）」およびそれらの交配雑種からなる群より選択される、請求項7記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１０】
針葉樹が、サザンイエローパインの木である、請求項7記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１１】
サザンイエローパインが、テーダマツ、Pinus serotina、ダイオウショウ（Pinus palustris）およびバンクスマツならびに雑種からなる群より選択される、請求項10記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１２】
クリ、トネリコ、ブナ、シナノキ、カバノキ、ブラックチェリー、ブラックグルミ／バターグルミ、チンカピングリ、ハコヤナギ、ニレ、ユーカリノキ、エノキ、ヒッコリー、ホリー、ニセアカシア、モクレン、カエデ、オーク、ポプラ、アカシア、ハコヤナギ、チーク、レッドアルダー、キリ、サッサフラス、モミジバフウ、エジプトイチジク、ヌマミズキ、ヤナギおよびユリノキ、ならびにそれらの種内および種間交配雑種からなる群より選択される樹木で正常に発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１３】
。
【請求項１４】
裸子植物または被子植物で正常に発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１５】
単子葉植物において (i) 核酸分子に結合する段階、または (ii) 遺伝子の発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドを発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１６】
単子葉植物が、シバ、コムギ、トウモロコシ、コメ、カラスムギ、オオムギ、ラン、アイリス、ユリ、タマネギ、サトウキビおよびモロコシからなる群より選択される、請求項1５記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１７】
シバが、コヌカグサ属（Agrostis spp.）、ナガハグサ（Poa pratensis）、ドクムギ属（Lolium spp.）、ナガハグサ（Kentucky Bluegrass）とホソムギ（Perennial Ryegrass）混合; オニウシノケグサ（Festuca arundinacea）、イトウシノケグサ（Festuca rubra commutata）、ギョウギシバ（Cynodon dactylon）、キクユグラス（Pennisetum clandestinum）、イヌシバ（Stenotaphrum secundatum）、シバ（Zoysia japonica）、ならびにアオイゴケ（Dichondra micrantha）からなる群より選択される、請求項16記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１８】
双子葉植物において (i) 核酸分子に結合する段階、または (ii) 遺伝子発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドを発現する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１９】
双子葉植物が、ワタ、タバコ、アラビドプシス（ナズナ）、トマト、ジャガイモ、ハコヤナギ、ユーカリノキ、モミジバフウ、アカシア、ポプラ、ヤナギ、チーク、マホガニー、クリ、ニレ、テンサイ、ブロッコリ、タピオカノキ、サツマイモ、コショウ、ポインセチア、マメ科植物、アルファルファ、ダイズ、ニンジン、イチゴ、レタス、オーク、カエデ、クルミ、バラ、ミント、カボチャ、ヒナギク、ゼラニウムおよびサボテンからなる群より選択される、請求項18記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２０】
ポリペプチドが、植物における遺伝子の発現をアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションできる、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２１】
遺伝子が、植物ゲノムに対し内因性である、請求項20記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２２】
少なくとも一つの細胞において単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、その細胞のいずれにおいても、単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物の表現形と異なっている、請求項21記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２３】
単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物と比べてリグニン質の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２４】
リグニン質の差違が、リグニン分子の構造の変化を特徴とする、該請求項23記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２５】
単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて木部組成の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２６】
単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて繊維組成の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２７】
単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて植物細胞分裂の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２８】
単離されたポリヌクレオチドを発現する植物の表現形が、該単離されたポリヌクレオチドを発現しない同種植物に比べて植物細胞発生の差違を含む、請求項22記載の該単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２９】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列、またはその変種を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３０】
変種が、植物において (i) 核酸分子に結合する段階、または (ii) 遺伝子の発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードする、請求項29記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３１】
SEQ ID NO：821〜1640、1973〜2304のいずれか一つのアミノ酸配列、またはその変種を含む植物転写因子であって、植物において (i) 核酸分子に結合する段階、または (ii) 遺伝子の発現を制御する段階の少なくとも一つが可能である転写因子。
【請求項３２】
変種が、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つに対し、配列に99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%、80%、79%、78%、77%、76%、75%、74%、73%、72%、71%、70%、69%、68%、67%、66%、65%、64%、63%、62%、61%、または60%以上の配列同一性を有する、請求項29記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３３】
変種が、SEQ ID NO：821〜1640、1973〜2304のいずれか一つに対し、配列に99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%、80%、79%、78%、77%、76%、75%、74%、73%、72%、71%、70%、69%、68%、67%、66%、65%、64%、63%、62%、61%、または60%以上の配列同一性を有する、請求項31記載の植物転写因子。
【請求項３４】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) プロモーター、および(iii) 所望の核酸を含むDNA構築体であって、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しているDNA構築体。
【請求項３５】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) 第1プロモーター、(iii) 第2プロモーター、および (iv) 所望の核酸を含むDNA構築体であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、該第2プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、(b) 該第2プロモーターおよび該所望の核酸が作動可能に連結しており、そして (c) 該ポリヌクレオチドが該第1プロモーターと作動可能に連結し、該第1プロモーターによって発現するDNA構築体。
【請求項３６】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、および (ii) プロモーターを含む含むDNA構築体であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、植物細胞にとって内因性であるプロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、そして (b) 該プロモーターおよび該ポリヌクレオチドが作動可能に連結しているDNA構築体。
【請求項３７】
プロモーターが、構成的プロモーター、強力プロモーター、または誘導性プロモーターからなる群より選択される、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項３８】
プロモーターが、制御可能なプロモーターである、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項３９】
制御可能なプロモーターが、温度に感受性である、請求項38記載のDNA構築体。
【請求項４０】
制御可能なプロモーターが、オーキシン、エチレン、アブシジン酸、創傷、メチルジャスモナイトまたはジベレリン酸のいずれか一つにより制御される、請求項38記載のDNA構築体。
【請求項４１】
プロモーターが、時間制御を受ける、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４２】
プロモーターが、組織特異的プロモーターである、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４３】
プロモーターが、維管束優先プロモーターである、請求項42記載のDNA構築体。
【請求項４４】
プロモーターが、SEQ ID NO：1642〜1643のいずれか一つで同定される核酸配列からなる群より選択される、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４５】
所望の核酸が、遺伝子である、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４６】
所望の核酸が、遺伝子である、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４７】
所望の核酸が、RNA転写体を生ずる、請求項34記載のDNA構築体。
【請求項４８】
RNA転写体が、植物細胞にとって内因性である遺伝子のアンチセンス配列を有する、請求項47記載のDNA構築体。
【請求項４９】
RNA転写体が、植物細胞で正常に発現する遺伝子のRNA干渉を誘導する、請求項47記載のDNA構築体。
【請求項５０】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) プロモーター、および (iii) 所望の核酸を含むDNA構築体を含む植物細胞であって、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結している植物細胞。
【請求項５１】
請求項50記載の植物細胞を含むトランスジェニック植物。
【請求項５２】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) 第1プロモーター、(iii) 第2プロモーター、および (iv) 所望の核酸を含むDNA構築体を含む植物細胞であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、該第2プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、(b) 該第2プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しており、そして (c) 該ポリヌクレオチドが該第1プロモーターと作動可能に連結し、該第1プロモーターによって発現する植物細胞。
【請求項５３】
請求項52の植物細胞を含むトランスジェニック植物。
【請求項５４】
(i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、および (ii) プロモーターを含むDNA構築体を含む植物細胞であって、(a) 該ポリヌクレオチドが、植物細胞にとって内因性であるプロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、そして (b) 該プロモーターおよび該ポリヌクレオチドが作動可能に連結している植物細胞。
【請求項５５】
請求項54記載の植物細胞を含むトランスジェニック植物。
【請求項５６】
SEQ ID NO：821〜1640、1973〜2304のいずれか一つの触媒ドメインをコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチドであって、植物において (i) 核酸分子と結合する段階、または (ii) 遺伝子発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項５７】
トランスジェニック植物を産生するための方法であって、
(a) (i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) プロモーター、および (iii) 所望の核酸を含み、該ポリヌクレオチドが、該プロモーターの活性を制御する植物転写因子をコードし、該プロモーターおよび該所望の遺伝子が作動可能に連結しているDNA構築体を用いて植物細胞を形質転換する工程; (b) 該ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチドおよび該所望の核酸の産生物の両方が植物細胞内に発現し、そして該植物が、該DNA構築体を含有しない同種の植物とは異なる表現形を示すトランスジェニック植物である該形質転換植物細胞を、植物の成長を促進する条件下に培養する工程を含む方法。
【請求項５８】
植物細胞が植物外植体組織内に置かれる、請求項57記載の方法。
【請求項５９】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べてリグニン質の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６０】
リグニン質の差違が、リグニン分子の構造の変化を特徴とする、請求項59記載の方法。
【請求項６１】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて木部組成の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６２】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて繊維収量の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６３】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞分裂の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６４】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞発生の差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６５】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて花の色、花弁の形状、花弁の大きさ、芳香、葉の形状、葉の大きさ、または植物の高さのいずれか一つの差違を特徴とする、請求項57記載の方法。
【請求項６６】
所望の核酸が、遺伝子である、請求項57記載の方法。
【請求項６７】
トランスジェニック植物を産生するための方法であって、
(a) (i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、および (ii) プロモーターを含み、該ポリヌクレオチドおよび該プロモーターが作動可能に連結しているDNA構築体を用いて植物細胞を形質転換する工程; ならびに (b) ポリヌクレオチドが、植物細胞のゲノムの一部に結合する段階、または植物細胞ゲノムの遺伝子発現を制御する段階の少なくとも一つが可能であるポリペプチドをコードし、そして該植物が、該DNA構築体を含有しない同種植物とは異なる表現形を示すトランスジェニック植物である該形質転換植物細胞を、植物の成長を促進する条件下に培養する工程を含む方法。
【請求項６８】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べてリグニン質の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項６９】
リグニン質の差違が、リグニン分子の構造の変化を特徴とする、請求項68記載の方法。
【請求項７０】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて木部組成の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項７１】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて繊維収量の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項７２】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞分裂の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項７３】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて植物細胞発生の差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項７４】
ポリヌクレオチドおよび所望の核酸を発現する植物の表現形が、DNA構築体を含有しない同種植物と比べて花の色、花弁の形状、花弁の大きさ、芳香、葉の形状、葉の大きさ、または植物の高さのいずれか一つの差違を特徴とする、請求項67記載の方法。
【請求項７５】
所望の核酸が、遺伝子である、請求項67記載の方法。
【請求項７６】
植物転写因子により制御できるプロモーターに関するスクリーニングをするための方法であって、
(a) (i) SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれか一つの配列を有する少なくとも一つのポリヌクレオチド、(ii) 構成的プロモーター、(iii) 候補プロモーター、および (iv) レポーター遺伝子を含み、該ポリヌクレオチドが植物転写因子をコードし、該候補プロモーターおよび該レポーター遺伝子が作動可能に連結しており、そして該ポリヌクレオチドが該構成的プロモーターと作動可能に連結し、該構成的プロモーターによって発現するDNA構築体を植物細胞内で発現させる工程; (b) 該レポーター遺伝子の発現レベルを検出する工程; ならびに (c) 該レポーーター遺伝子の発現レベルを、該第2レポーター遺伝子と作動可能に連結した該候補プロモーターを含むDNA構築体を含有する植物細胞からの第2レポーター遺伝子の発現レベルと比較する工程を含む方法。
【請求項７７】
SEQ ID NO：822〜1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現する、トランスジェニック木から得た木材パルプ。
【請求項７８】
SEQ ID NO：822〜1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物であって、転写因子が、干ばつ耐性の増加、背丈の低下もしくは増加、分枝の低下もしくは増加、耐寒・耐凍性の上昇、活力向上、色彩の強化、健康および栄養特性の増強、保存性の向上、生産量の増加、耐塩性の向上、耐重金属性の向上、耐病性の上昇、耐昆虫性の上昇、耐水ストレス性の上昇、甘さの向上、味覚の改善、質感の改善、リン含有量の低下、発芽率の上昇、微量元素取込みの上昇、デンプン組成の改善、花寿命の改善、および新規タンパク質もしくはペプチドの産生からなる群より選択される特質を植物に付与するトランスジェニック植物。
【請求項７９】
同種野生型植物に比べて幼若期が短い、または長い、SEQ ID NO：822〜1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物。
【請求項８０】
自己離脱枝を有する、SEQ ID NO：822〜1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物。
【請求項８１】
同種野生型植物に比べて生殖発達が早いか、または遅い、SEQ ID NO：822〜1640のいずれか一つのアミノ酸配列を含む転写因子を発現するトランスジェニック植物。
【請求項８２】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のヌクレオチド配列と60%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNAと結合する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８３】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のヌクレオチド配列のいずれかと65%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ転写に関係する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８４】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のヌクレオチド配列のいずれかと70%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物における遺伝子発現を制御する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８５】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のヌクレオチド配列のいずれかと75%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNA結合性タンパク質をコードする、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８６】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかと80%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物の遺伝子転写を媒介する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８７】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかと85%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつDNAと結合する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８８】
SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972のいずれかと90%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ植物における遺伝子発現を制御する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項８９】
SEQ ID NO：181〜188のいずれかのヌクレオチド配列、およびSEQ ID NO：181〜188のいずれかと79%の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、かつ遺伝子転写に関係する、単離されたヌクレオチド配列。
【請求項９０】
2種類のサンプル中のポリヌクレオチドの発現を関連付ける方法であって、
第1サンプル中のSEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972およびその保存的変種からなる群より選択される核酸配列によりコードされている産物をコードする一つまたは複数のポリヌクレチドの発現レベルを検出する工程；
第2サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベル検出する工程；
第1サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルと、第2サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルとを比較する工程; および
第1および第2サンプル間で一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルの差違を相関させる工程を含む方法。
【請求項９１】
第1サンプルおよび第2サンプルが、それぞれ異なるタイプの植物組織に由来する、請求項90記載の方法。
【請求項９２】
第1サンプルおよび第2サンプルが、同一組織に由来し、第1サンプルおよび第2サンプルがそれぞれ、ある年の異なる季節に収穫されたものである、請求項90記載の方法。
【請求項９３】
第1サンプルおよび第2サンプルが、異なる発生段階の植物から得られたものである、請求項90記載の方法。
【請求項９４】
植物の表現形の獲得と一つまたは複数のポリヌクレオチドの植物におけるポリヌクレオチド発現レベルとを相関させる方法であって、
ある表現形を有する第1植物における、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972およびその保存的変種からなる群より選択される核酸配列によりコードされている産物をコードする一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルを検出する工程；
表現形を欠く第2植物における、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルを検出する工程；
第1植物における一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルと、第2植物における一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルとを比較する工程; および
第1および第2植物間で一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルの差違と表現形の獲得とを相関させる工程を含む方法。
【請求項９５】
第1および第2サンプルが共に、維管束組織、頂端分裂組織、維管束形成層、木質部、篩部、根、花、球花、果実および種子からなる群より選択される植物組織から得られたものである、請求項90記載の方法。
【請求項９６】
第1サンプルおよび第2サンプルの植物組織が、それぞれ異なるタイプの組織から得られたものである、請求項95記載の方法。
【請求項９７】
第1および第2サンプルがそれぞれ、異なる発生段階の植物組織から得られたものである、請求項95記載の方法。
【請求項９８】
第1および第2植物または植物細胞が共に、ユーカリおよびマツ種から選択される同一種のものである、請求項94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項９９】
第1および第2植物または植物細胞が、グランディスユーカリまたはラジアータマツから選択される種のものである、請求項94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項１００】
検出の工程が、標準的なハイブリダイゼーション条件下にて、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列にハイブリダイゼーションできる一つまたは複数のポリヌクレオチドを用いて実施される、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０１】
検出の工程が、標準的なハイブリダイゼーション条件下にて、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列によりコードされているポリヌクレオチド発現産物にハイブリダイゼーションできる一つまたは複数のポリヌクレオチドを用いて実施される、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０２】
検出の工程が、標識された核酸へのハイブリダイゼーションによって実施される、請求項90、94または95のいずれか記載の方法。
【請求項１０３】
一つまたは複数のポリヌクレオチドが、検出可能な標識で標識されている、請求項99記載の方法。
【請求項１０４】
一つまたは複数のポリヌクレオチドの少なくとも一つが、一つまたは複数のポリヌクレオチドの一つの3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする、請求項100記載の方法。
【請求項１０５】
一つまたは複数のポリヌクレオチドの少なくとも一つが、一つまたは複数のポリヌクレオチドの一つの3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする、請求項101記載の方法。
【請求項１０６】
一つまたは複数のポリヌクレオチドが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項100記載の方法。
【請求項１０７】
一つまたは複数のポリヌクレオチドが、SEQ ID NO：2742〜3587からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項101記載の方法。
【請求項１０８】
一つまたは複数のポリヌクレオチドが、DNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項100記載の方法。
【請求項１０９】
一つまたは複数のポリヌクレオチドが、DNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項101記載の方法。
【請求項１１０】
検出工程の前に、第1および第2植物または植物細胞の一つまたは複数のポリヌクレオチドを増幅する工程をさらに含む、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１１】
検出工程の前に、第1および第2植物または植物細胞の一つまたは複数のポリヌクレオチドを検出可能な標識で標識する工程をさらに含む、請求項90、94または95のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１２】
SEQ ID NO：cからなる群より選択される核酸配列にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現を検出するための組合せ。
【請求項１１３】
SEQ ID NO：〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列によりコードされているポリヌクレオチド発現産物にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む、一つまたは複数のポリヌクレオチドの発現を検出するための組合せ。
【請求項１１４】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の別の一つにハイブリダイゼーションする、請求項112記載の組合せ。
【請求項１１５】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の別の一つによりコードされているヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションする、請求項113記載の組合せ。
【請求項１１６】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする、請求項112記載の組合せ。
【請求項１１７】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の3'非翻訳領域に相補的である核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項113記載の組合せ。
【請求項１１８】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、約100より少ないヌクレオチド塩基を含む、請求項112または113のいずれか一項記載の組合せ。
【請求項１１９】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1973〜2304からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項112記載の組合せ。
【請求項１２０】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1973〜2304からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項113記載の組合せ。
【請求項１２１】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、ABI3/VP1、アルフィン様（Alfin-like）、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2 (Zn) 、C2C2 (Co様)、C2C2(Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックス（HOMEO BOX）、HSF、ジュモンジ（jumonji）、LIM、MADSボックス、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリへリックス、TUBBY、およびWRKYからなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項112記載の組合せ。
【請求項１２２】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、ABI3/VP1、アルフィン様、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2 (Zn)、C2C2 (Co様)、C2C2 (Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMB-ボックス、ホメオボックス、HSF、ジュモンジ、LIM、MADSボックス、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリへリックス、TUBBY、およびWRKYからなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項113記載の組合せ。
【請求項１２３】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項121記載の組合せ。
【請求項１２４】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項122記載の組合せ。
【請求項１２５】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なる遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項121記載の組合せ。
【請求項１２６】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なる遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項122記載の組合せ。
【請求項１２７】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドのうちの約2〜約5000を含む、請求項112または113のいずれか一項記載の組合せ。
【請求項１２８】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、検出可能な標識で標識されている、請求項112または113のいずれか記載の組合せ。
【請求項１２９】
該固体支持体上に提供された請求項112の組合せを含み、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、該固体支持体上の固有の位置を占有しているマイクロアレイ。
【請求項１３０】
サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドを検出するための方法であって、
サンプルを、標準的なハイブリダイゼーション条件下において、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドに接触させる工程；および
一つまたは複数のオリゴヌクレオチドにハイブリダイゼーションしている、一つまたは複数の対象のポリヌクレオチドを検出する工程を含む方法。
【請求項１３１】
サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドによりコードされている一つまたは複数の核酸配列を検出するための方法であって、
サンプルを、標準的なハイブリダイゼーション条件下で、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子によりコードされている核酸配列にそれぞれがハイブリダイゼーションできる二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドと接触させる工程；および
一つまたは複数のオリゴヌクレオチドにハイブリダイゼーションしている一つまたは複数の核酸配列を検出する工程を含む方法。
【請求項１３２】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の異なる一つを含む遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項130記載の方法。
【請求項１３３】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列の異なる一つを含む遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項131記載の方法。
【請求項１３４】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子の3'非翻訳領域にハイブリダイゼーションする、請求項130記載の方法。
【請求項１３５】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1〜494、496〜820、1641〜1972からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子の3'非翻訳領域に相補的である核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項131記載の方法。
【請求項１３６】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、約100より少ないヌクレオチド塩基を含む、請求項130または131のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３７】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1973〜2304からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項130記載の方法。
【請求項１３８】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも一つが、SEQ ID NO：1973〜2304からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項131記載の方法。
【請求項１３９】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、ABI3/VP1、アルフィン様、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2 (Zn)、C2C2 (Co様)、C2C2 (Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックス、HSF、ジュモンジ、LIM、MADSボックス、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリへリックス、TUBBY、およびWRKYからなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項130記載の方法。
【請求項１４０】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、ABI3/VP1、アルフィン様、AP2-EREBP、ARF、ARID、AUX/IAA、bHLH、bZIP、C2C2 (Zn)、C2C2 (Co様)、C2C2 (Dof)、C2C2 (GATA)、C2C2 (YABBY)、C2H2 (Zn)、C3Hタイプ、CCAAT、CCAAT DR1、CCAAT HAP2、CCAAT HAP3、CCP (Zn)、E2F/DP、EIL、GARP、GRAS、HMBボックス、ホメオボックス、HSF、ジュモンジ、LIM、MADSボックス、MYB、NAC、NIN様、RAV様、SBP、TCP、トリへリックス、TUBBY、およびWRKY からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項131記載の方法。
【請求項１４１】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子にハイブリダイゼーションする、請求項139記載の方法。
【請求項１４２】
二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、異なるタンパク質の一つをコードする遺伝子によりコードされている核酸配列にハイブリダイゼーションする、請求項140記載の方法。
【請求項１４３】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドが、固体支持体上に提供され、二つまたはそれ以上の各オリゴヌクレオチドが、固体支持体上に固有の場所を占有する、請求項130または131のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４４】
固体支持体が、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチドのうちの約2〜約5000を含む、請求項143記載の方法。
【請求項１４５】
接触工程の前に、サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドまたは核酸配列を増幅する段階をさらに含む、請求項130または131のいずれかに一項記載の方法。
【請求項１４６】
接触工程の前に、サンプル中の一つまたは複数のポリヌクレオチドまたは核酸配列を検出可能な標識で標識する工程をさらに含む、請求項130または131のいずれかに一項記載の方法。
【請求項１４７】
請求項129記載のマイクロアレイを、ヌクレオチドハイブリダイゼーション反応のための一つまたは複数のバッファーまたは試薬と一緒に含む、遺伝子発現を検出するためのキット。
【公表番号】特表２０１０−５１２１４１（Ｐ２０１０−５１２１４１Ａ）
【公表日】平成２２年４月２２日（２０１０．４．２２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５１５２４７（Ｐ２００６−５１５２４７）
【出願日】平成１６年６月７日（２００４．６．７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１７９６５
【国際公開番号】ＷＯ２００５／００１０５０
【国際公開日】平成１７年１月６日（２００５．１．６）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＵＮＩＸ
【出願人】（５０５４５０７２２）アーバージェン リミテッド ライアビリティ カンパニー (19)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年４月２２日（２０１０．４．２２）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年６月７日（２００４．６．７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１７９６５
【国際公開番号】ＷＯ２００５／００１０５０
【国際公開日】平成１７年１月６日（２００５．１．６）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＵＮＩＸ
【出願人】（５０５４５０７２２）アーバージェン リミテッド ライアビリティ カンパニー (19)
【Ｆターム（参考）】
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