説明

BCL−2ファミリーポリペプチドを調節する方法及び組成物

本発明は、少なくともその一部分が、BAXのようなBCL−2ファミリーポリペプチド上の新規な活性部位の同定に基づいていて、これは化合物が結合するとBCL−2ファミリーポリペプチドの活性を調節する。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
方法が、
a)BCL−2ファミリーポリペプチドを、当該BCL−2ファミリーポリペプチドの活性を調節するのに適している条件下で化合物と接触させること;及び
b)化合物による当該BCL−2ファミリーポリペプチドの活性の調節を検出すること(ここにおいて、化合物は当該BCL−2ファミリーポリペプチド中の活性部位と相互作用する):
を含有してなる、BCL−2ファミリーポリペプチドの活性を調節する化合物を同定する方法。
【請求項2】
当該化合物が有機化合物である、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
当該化合物がポリペプチドである、請求項1に記載の方法。
【請求項4】
当該化合物が、有機化合物、ポリペプチド、核酸又はこれらの組合わせである、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
当該BCL−2ファミリーポリペプチドがプロアポトーシスポリペプチドである、請求項1〜4の何れか一項に記載の方法。
【請求項6】
当該プロアポトーシスポリペプチドがBAXである、請求項5に記載の方法。
【請求項7】
当該プロアポトーシスポリペプチドがBOK又はBAKである、請求項5に記載の方法。
【請求項8】
当該BCL−2ファミリーポリペプチドがアンチアポトーシスポリペプチドである、請求項1〜4の何れか一項に記載の方法。
【請求項9】
当該アンチアポトーシスポリペプチドが、BCL−2、Bcl−X1、Bcl−w、BCL−B、A1/BFL−1、MCL−1、BOO/DIVA、Nr−13又はCED−9、及びウィルス類縁体よりなる群から選ばれる、請求項8に記載の方法。
【請求項10】
当該活性がプロアポトーシス活性である、請求項1に記載の方法。
【請求項11】
当該活性がアンチアポトーシス活性である、請求項1に記載の方法。
【請求項12】
当該調節が、当該プロアポトーシス活性の活性化である、請求項10に記載の方法。
【請求項13】
当該調節が、当該プロアポトーシス活性の阻害である、請求項10に記載の方法。
【請求項14】
当該調節が、当該アンチアポトーシス活性の活性化である、請求項11に記載の方法。
【請求項15】
当該調節が、当該アンチアポトーシス活性の阻害である、請求項11に記載の方法。
【請求項16】
工程(b)の検出が、二量化、オリゴマー化又は立体構造状態の変化、及び/又は1つの細胞内コンパートメントから別のコンパートメントへの転座の検出、ミトコンドリアチトクロームcの放出、リポソームの放出、細胞死、ミトコンドリアの形態、ミトコンドリアのカルシウム摂取、ミトコンドリアの膜透過性定量、及びカスパーゼ3活性又はアネキシンV結合の定量よりなる群から選ばれるアッセイを用いて実施される、請求項1〜15のいずれか一項に記載の方法。
【請求項17】
当該活性部位が、BAXのアルファ螺旋1及びアルファ螺旋6を含有してなる、請求項1〜16の何れか一項に記載の方法。
【請求項18】
活性部位が、BAXのα1−α2ループ及び螺旋4由来のアミノ酸残基を更に含有してなる、請求項17に記載の方法。
【請求項19】
当該化合物が配列番号1に記載の配列のLys21に対応するアミノ酸残基に結合する、請求項1〜18の何れか一項に記載の方法。
【請求項20】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のGlu17、Met20、Lys21、Thr22、Ala24、Leu25、Leu27、Gln28、Gly29、Ile31、Gln32、Asp33、Leu47、Asp48、Pro49、Val50、Pro51、Gln52、Asp53、Thr56、Arg89、Phe92、Phe93、Pro130、Glu131、Ile133、Arg134、Thr135、Met137、Gly138、Trp139、Leu141、Asp142、Phe143、Arg145、Glu146、Arg147に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基に結合する、請求項1〜18の何れか一項に記載の方法。
【請求項21】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のMet20、Lys21、Ala24、Gln28、Gln32、Glu131、Arg134、Met137、Leu141、Asp142に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基に結合する、請求項1〜18の何れか一項に記載の方法。
【請求項22】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のMet20、Lys21、Ala24、Gln28、Gln32、Glu131、Arg134、Met137、Leu141、Asp142に対応するアミノ酸残基に結合する、請求項1〜18の何れか一項に記載の方法。
【請求項23】
当該化合物が、配列番号3に記載の配列と40%又はそれ以上同一のアミノ酸配列、又は図8、9、10又は16aに記載のアミノ酸配列を含有していて、そして配列番号9に記載の配列のLeu152及びAsp157に対応するアミノ酸残基、又はそれらの同類置換を含有してなる、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項24】
当該化合物が、配列番号9に記載の配列のIle148、Ala149、Leu152、Arg153、Arg154、Ile155、Gly156、Asp157、Glu158、Asn160、Ala161、Tyr163に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基又はそれらの同類置換を包含している、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項25】
当該化合物が、配列番号13に記載の配列のコンセンサスアミノ酸配列、又はそれらの同類置換を含有してなる、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項26】
当該化合物が、BIMポリペプチドのBH3領域である、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項27】
当該化合物が、BIM BH3 SAHBポリペプチドである、請求項26に記載の方法。
【請求項28】
当該化合物が、BIDポリペプチドのBH3領域である、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項29】
当該化合物が、BID BH3 SAHBポリペプチドである、請求項28に記載の方法。
【請求項30】
当該化合物が、PUMAポリペプチドのBH3領域である、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項31】
当該化合物が、PUMA BH3 SAHBポリペプチドである、請求項30に記載の方法。
【請求項32】
当該化合物が、BAXポリペプチドのBH3領域である、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項33】
当該化合物が、BAX BH3 SAHBポリペプチドである、請求項32に記載の方法。
【請求項34】
当該化合物が、配列番号3に記載の配列と40%同一であって、配列番号9に記載の配列のLeu92、Gly96及びAsp97に対応するアミノ酸残基又はその同類置換を含有してなる、BH3領域ポリペプチドである、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項35】
当該化合物が、配列番号4に記載の配列と40%同一であって、配列番号6に記載の配列のLeu90、Gly94及びAsp95に対応するアミノ酸残基又はその同類置換を含有してなる、BH3領域ポリペプチドである、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項36】
当該化合物が、配列番号5に記載の配列と40%同一であって、配列番号7に記載の配列のLeu141、Ala145及びAsp146に対応するアミノ酸残基又はその同類置換を含有してなる、BH3領域ポリペプチドである、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項37】
当該化合物が、配列番号12に記載の配列と40%同一であって、配列番号1に記載の配列のLeu63、Gly67及びAsp68に対応するアミノ酸残基又はその同類置換を含有してなる、BH3領域ポリペプチドである、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項38】
当該化合物が、<1mMの親和性で当該活性部位に結合する、請求項1〜37の何れか一項に記載の方法。
【請求項39】
当該化合物が、配列番号3に記載のアミノ酸配列又は図8、9、10又は16aに記載のアミノ酸配列を含有してなる、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項40】
当該化合物が、Bid、Bad、Bik/Nbk、Blk、Hrk、Bim/Bod、Bnip3、Nix、Noxa、Puma、Bmf及びEgl−1よりなる群から選ばれるポリペプチド又はそれらのBIM領域を含有してなる、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項41】
当該化合物が、BCL−2、Bcl−X1、Bcl−w、Mcl−1、BCL−B、A1/BFL−1、BOO/DIVA、Nr−13又はCED−9、及びウィルス類縁体よりなる群から選ばれるポリペプチドを含有してなる、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項42】
当該化合物が、BAX、BAK及びBOKよりなる群から選ばれるポリペプチドを含有してなる、請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項43】
当該方法が、当該BCL−2ファミリーポリペプチドをコードする核酸でトランスフェクトされた細胞を使用する、請求項1〜42の何れか一項に記載の方法。
【請求項44】
方法が、
a)BAXポリペプチドを、当該BAXポリペプチドのプロアポトーシス活性を活性化するのに適している条件下で化合物と接触させること;及び
b)当該化合物による当該BAXポリペプチドの活性化を検出すること(ここにおいて、当該化合物は配列番号1に記載の配列のGlu17、Met20、Lys21、Thr22、Ala24、Leu25、Leu27、Gln28、Gly29、Ile31、Gln32、Asp33、Leu47、Asp48、Pro49、Val50、Pro51、Gln52、Asp53、Thr56、Arg89、Phe92、Phe93、Pro130、Glu131、Ile133、Arg134、Thr135、Met137、Gly138、Trp139、Leu141、Asp142、Phe143、Arg145、Glu146、Arg147に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基に結合する):
を含有してなる、BAXポリペプチドのプロアポトーシス活性を活性化する化合物を同定する方法。
【請求項45】
a.当該BCL−2ファミリーポリペプチドの活性部位の三次元構造を用いて、BCL−2ファミリーポリペプチド相互作用テンプレートを形成すること;及び
b.当該BCL−2ファミリーポリペプチド相互作用テンプレートを使用して、当該BCL−2ファミリーポリペプチド候補化合物を選択すること(ここにおいて、当該候補化合物は当該活性部位に結合する):
を含有してなる、BCL−2ファミリーポリペプチドの候補化合物を同定する方法。
【請求項46】
方法が、
a.BAXポリペプチドの活性部位の三次元構造を提供すること;
b.当該活性部位と化合物の間の結合相互作用をシミュレートすること;及び
当該化合物が、当該活性部位の配列番号1に記載の配列のGlu17、Met20、Lys21、Thr22、Ala24、Leu25、Leu27、Gln28、Gly29、Ile31、Gln32、Asp33、Leu47、Asp48、Pro49、Val50、Pro51、Gln52、Asp53、Thr56、Arg89、Phe92、Phe93、Pro130、Glu131、Ile133、Arg134、Thr135、Met137、Gly138、Trp139、Leu141、Asp142、Phe143、Arg145、Glu146、Arg147よりなる群から選ばれるアミン酸残基と結合するか否かを確認すること(ここにおいて、活性部位の当該アミノ酸残基に結合する当該化合物は当該候補化合物である):
を含有してなる、BAXポリペプチドのプロアポトーシス活性を活性化する候補化合物を同定する方法。
【請求項47】
当該候補化合物が有機化合物である、請求項45又は46に記載の方法。
【請求項48】
当該候補化合物がポリペプチドである、請求項45又は46に記載の方法。
【請求項49】
当該化合物が有機化合物、ポリペプチド、核酸又はそれらの組合わせである、請求項45又は46に記載の方法。
【請求項50】
当該BCL−2ファミリーポリペプチドがプロアポトーシスポリペプチドである、請求項45に記載の方法。
【請求項51】
当該プロアポトーシスポリペプチドがBAXである、請求区50に記載の方法。
【請求項52】
当該プロアポトーシスポリペプチドがBOK又はBAKである、請求項50に記載の方法。
【請求項53】
当該BCL−2ファミリーポリペプチドがアンチアポトーシスポリペプチドである、請求項45に記載の方法。
【請求項54】
当該アンチアポトーシスポリペプチドが、BCL−2、Bcl−X1、Bcl−w、Mcl−1、BCL−B、A1/BFL−1、BOO/DIVA、Nr−13又はCED−9、及びウィルス類縁体よりなる群から選ばれる、請求項53に記載の方法。
【請求項55】
当該候補化合物が、プロアポトーシス活性の活性化因子である、請求項45に記載の方法。
【請求項56】
当該候補化合物が、プロアポトーシス活性の阻害因子である、請求項45に記載の方法。
【請求項57】
当該候補化合物が、アンチアポトーシス活性の活性化因子である、請求項45に記載の方法。
【請求項58】
当該候補化合物が、アンチアポトーシス活性の阻害因子である、請求項45に記載の方法。
【請求項59】
当該候補調節因子を生物学的アッセイで試験することを更に含有してなる、請求項45〜58の何れか一項に記載の方法。
【請求項60】
当該生物学的アッセイが、二量化、オリゴマー化又は立体構造状態の変化、及び/又は1つの細胞コンパートメントから別のコンパートメントへの転座の検出、ミトコンドリアのチトクロームc放出、リポソーム放出、細胞死、ミトコンドリアの形態、ミトコンドリアのカルシウム摂取、ミトコンドリアの膜透過性定量、カスパーゼ3活性又はアネキシン結合性の定量よりなる群から選ばれる、請求項59に記載の方法。
【請求項61】
当該活性部位が、BAXのアルファ螺旋1及びアルファ螺旋6を含有してなる、請求項45〜60の何れか一項に記載の方法。
【請求項62】
活性部位が、BAXのα1−α2ループ及び螺旋4由来のアミノ酸残基を更に含有している、請求項61に記載の方法。
【請求項63】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のLys21に対応するアミノ酸残基に結合する、請求項45〜62の何れか一項に記載の方法。
【請求項64】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のGlu17、Met20、Lys21、Thr22、Ala24、Leu25、Leu27、Gln28、Gly29、Ile31、Gln32、Asp33、Leu47、Asp48、Pro49、Val50、Pro51、Gln52、Asp53、Thr56、Arg89、Phe92、Phe93、Pro130、Glu131、Ile133、Arg134、Thr135、Met137、Gly138、Trp139、Leu141、Asp142、Phe143、Arg145、Glu146、Arg147に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基に結合する、請求項45〜62の何れか一項に記載の方法。
【請求項65】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のMet20、Lys21、Ala24、Gln28、Gln32、Glu131、Arg134、Met137、Leu141、Asp142に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基に結合する、請求項45〜62の何れか一項に記載の方法。
【請求項66】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のMet20、Lys21、Ala24、Gln28、Gln32、Glu131、Arg134、Met137、Leu141、Asp142に対応するアミノ酸残基に結合する、請求項45〜62の何れか一項に記載の方法。
【請求項67】
当該化合物が、配列番号3に記載の配列と40%又はそれ以上同一のアミノ酸配列、又は図8、9、10又は16aに記載のアミノ酸配列を含有していて、そして配列番号9に記載の配列のLeu152及びAsp157に対応するアミノ酸残基、又はそれらの同類置換を含有してなる、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項68】
当該化合物が、配列番号9に記載の配列のIle148、Ala149、Leu152、Arg153、Arg154、Ile155、Gly156、Asp157、Glu158、Asn160、Ala161、Tyr163に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなる、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項69】
当該化合物が、配列番号13に記載のコンセンサスアミノ酸配列又はそれらの同類置換を含有してなる、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項70】
当該化合物が、BIMポリペプチドのBH3領域である、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項71】
当該化合物が、BIM BH3 SAHBポリペプチドである、請求項70に記載の方法。
【請求項72】
当該化合物が、BIDポリペプチドのBH3領域である、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項73】
当該化合物が、BID BH3 SAHBポリペプチドである、請求項72に記載の方法。
【請求項74】
当該化合物が、PUMAポリペプチドのBH3領域である、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項75】
当該化合物が、PUMA BH3 SAHBポリペプチドである、請求項74に記載の方法。
【請求項76】
当該化合物が、BAXポリペプチドのBH3領域である、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項77】
当該化合物が、BAX BH3 SAHBポリペプチドである、請求項76に記載の方法。
【請求項78】
当該化合物が、配列番号3に記載の配列と40%同一で、配列番号2に記載の配列のLeu92、Gly96及びAsp97に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなるBH3領域ポリペプチドである、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項79】
当該化合物が、配列番号4に記載の配列と40%同一で、配列番号6に記載の配列のLeu90、Gly94及びAsp95に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有していなBH3領域ポリペプチドである、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項80】
当該化合物が、配列番号5に記載の配列と40%同一で、配列番号7に記載の配列のLeu141、Ala145及びAsp146に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなるBH3領域ポリペプチドである、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項81】
当該化合物が、配列番号12に記載の配列と40%同一で、配列番号1に記載の配列のLeu63、Gly67及びAsp68に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなるBH3領域ポリペプチドである、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項82】
当該化合物が、<1mMの親和性で当該活性部位に結合する、請求項45〜81の何れか一項に記載の方法。
【請求項83】
当該化合物が、配列番号3に記載のアミノ酸配列、又は図8、9、10又は16aに記載のアミノ酸配列を含有してなる、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項84】
当該化合物が、Bid、Bad、Bik/Nbk、Blk、Hrk、Bim/Bod、Bnip3、Nix、Noxa、Puma、Bmf及びEgl−1よりなる群から選ばれるポリペプチド又はそれらのBIM領域を含有してなる、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項85】
当該化合物が、BCL−2、Bcl−X1、Bcl−w、Mcl−1、BCL−B、A1/BFL−1、BOO/DIVA、Nr−13又はCED−9、及びウィルス類縁体よりなる群から選ばれるポリペプチドを含有してなる、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項86】
当該化合物が、BAX、BAK及びBOKよりなる群から選ばれるポリペプチドを含有してなる、請求項45〜66の何れか一項に記載の方法。
【請求項87】
当該方法が、当該BCL−2ファミリーポリペプチドをコードする核酸でトランスフェクトされた細胞を使用する、請求項45〜86の何れか一項に記載の方法。
【請求項88】
a.当該標的ポリペプチドを、共有結合架橋可能部分を含有しているBH3 SAHBポリペプチドと培養すること;
b.当該BH3 SAHBポリペプチドを当該標的ポリペプチドに架橋すること;及び
c.当該BH3 SAHBポリペプチドの当該標的ポリペプチドに対する相互作用部位を同定すること:
を含有してなる、標的ポリペプチド上の活性部位を同定する方法。
【請求項89】
a.MTSL誘導体化BH3 SAHBポリペプチドをBAXに接触させること;及び
b.NMR分析を実施し、それによってBH3 SAHBポリペプチドとBAXの間の結合相互作用を確認すること:
を含有してなる、BAX−BH3結合相互作用を確認する方法。
【請求項90】
治療を必要としている当該対象に、請求項1〜87の何れか一項に記載の方法で同定された化合物の有効量を投与することを含有してなる、対象における疾患を治療する方法。
【請求項91】
当該疾患が、異常細胞増殖又はアポトーシス阻害の疾患である、請求項90に記載の方法。
【請求項92】
当該異常細胞増殖性又はアポトーシス阻害性疾患が癌又は自己免疫疾患である、請求項92に記載の方法。
【請求項93】
当該癌が、固形腫瘍、白血病、及びリンパ腫よりなる群から選ばれる、請求項92に記載の方法。
【請求項94】
当該癌が、化学療法抵抗性の癌である、請求項92に記載の方法。
【請求項95】
当該化学療法抵抗性の癌が、ABT−737又はABT−263に耐性である、請求項94に記載の方法。
【請求項96】
BCL−2ファミリーポリペプチドを、当該BCL−2ファミリーポリペプチドの活性部位に結合する化合物で調節することによって、疾患を治療する方法。
【請求項97】
当該疾患が、異常細胞増殖又はアポトーシス阻害の疾患である、請求項96に記載の方法。
【請求項98】
当該異常細胞増殖性又はアポトーシス阻害性疾患が癌又は自己免疫疾患である、請求項97に記載の方法。
【請求項99】
当該癌が、固形腫瘍、白血病、及びリンパ腫よりなる群から選ばれる、請求項98に記載の方法。
【請求項100】
当該癌が、化学療法抵抗性の癌である、請求項98に記載の方法。
【請求項101】
当該化学療法抵抗性の癌が、ABT−737又はABT−263に耐性である、請求項100に記載の方法。
【請求項102】
当該化合物が有機化合物である、請求項96〜101の何れか一項に記載の方法。
【請求項103】
当該化合物がポリペプチドである、請求項96〜101の何れか一項に記載の方法。
【請求項104】
当該化合物が、有機化合物、ポリペプチド、核酸又はこれらの組合わせである、請求項96〜101の何れか一項に記載の方法。
【請求項105】
当該BCL−2ファミリーポリペプチドが、プロアポトーシスポリペプチドである、請求項96〜104の何れか一項に記載の方法。
【請求項106】
当該プロアポトーシスポリペプチドが、BAXである、請求項105に記載の方法。
【請求項107】
当該プロアポトーシスポリペプチドが、BOK又はBAKである、請求項105に記載の方法。
【請求項108】
当該BCL−2ファミリーポリペプチドが、アンチアポトーシスポリペプチドである、請求項96〜104の何れか一項に記載の方法。
【請求項109】
当該アンチアポトーシスポリペプチドが、BCL−2、Bcl−X1、Bcl−w、Mcl−1、BCL−B、A1/BFL−1、BOO/DIVA、Nr−13又はCED−9、及びウィルス類縁体よりなる群から選ばれる、請求項108に記載の方法。
【請求項110】
当該化合物が、プロアポトーシス活性を活性化する、請求項96〜104の何れか一項に記載の方法。
【請求項111】
当該化合物が、プロアポトーシス活性を阻害する、請求項96〜104の何れか一項に記載の方法。
【請求項112】
当該化合物が、アンチアポトーシス活性を活性化する、請求項96〜104の何れか一項に記載の方法。
【請求項113】
当該化合物が、アンチアポトーシス活性を阻害する、請求項96〜104の何れか一項に記載の方法。
【請求項114】
当該活性化部位が、BAXのアルファ螺旋1及びアルファ螺旋6を含有してなる、請求項96〜113の何れか一項に記載の方法。
【請求項115】
活性化部位が、BAXのα1−α2ループ及び螺旋4由来のアミノ酸残基を更に包含している、請求項114に記載の方法。
【請求項116】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のLys21に対応するアミノ酸残基に結合する、請求項96〜115の何れか一項に記載の方法。
【請求項117】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のGlu17、Met20、Lys21、Thr22、Ala24、Leu25、Leu27、Gln28、Gly29、Ile31、Gln32、Asp33、Leu47、Asp48、Pro49、Val50、Pro51、Gln52、Asp53、Thr56、Arg89、Phe92、Phe93、Pro130、Glu131、Ile133、Arg134、Thr135、Met137、Gly138、Trp139、Leu141、Asp142、Phe143、Arg145、Glu146、Arg147に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基に結合する、請求項96〜115の何れか一項に記載の方法。
【請求項118】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のMet20、Lys21、Ala24、Gln28、Gln32、Glu131、Arg134、Met137、Leu141、Asp142に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基に結合する、請求項96〜115の何れか一項に記載の方法。
【請求項119】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のMet20、Lys21、Ala24、Gln28、Gln32、Glu131、Arg134、Met137、Leu141、Asp142に対応するアミノ酸残基に結合する、請求項96〜115の何れか一項に記載の方法。
【請求項120】
当該化合物が、配列番号3に記載の配列と40%又はそれ以上同一のアミノ酸配列、又は図8、9、10又は16aに記載のアミノ酸配列を含有していて、そして配列番号9に記載の配列のLeu152及びAsp157に対応するアミノ酸残基、又はそれらの同類置換を含有してなる、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項121】
当該化合物が、配列番号3に記載の配列のIle148、Ala149、Leu152、Arg153、Arg154、Ile155、Gly156、Asp157、Glu158、Asn160、Ala161、Tyr163に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなる、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項122】
当該化合物が、配列番号13に記載のコンセンサスアミノ酸配列又はそれらの同類置換を含有してなる、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項123】
当該化合物が、BIMポリペプチドのBH3領域である、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項124】
当該化合物が、BIM BH3 SAHBポリペプチドである、請求項123に記載の方法。
【請求項125】
当該化合物が、BIDポリペプチドのBH3領域である、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項126】
当該化合物が、BID BH3 SAHBポリペプチドである、請求項125に記載の方法。
【請求項127】
当該化合物が、PUMAポリペプチドのBH3領域である、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項128】
当該化合物が、PUMA BH3 SAHBポリペプチドである、請求項127に記載の方法。
【請求項129】
当該化合物が、BAXポリペプチドのBH3領域である、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項130】
当該化合物が、BAX BH3 SAHBポリペプチドである、請求項129に記載の方法。
【請求項131】
当該化合物が、配列番号3に記載の配列と40%同一で、配列番号9に記載の配列のLeu92、Gly96及びAsp97に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなるBH3領域ポリペプチドである、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項132】
当該化合物が、配列番号4に記載の配列と40%同一で、配列番号6に記載の配列のLeu90、Gly94及びAsp95に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなるBH3領域ポリペプチドである、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項133】
当該化合物が、配列番号5に記載の配列と40%同一で、配列番号7に記載の配列のLeu141、Ala145及びAsp146に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなるBH3領域ポリペプチドである、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項134】
当該化合物が、配列番号12に記載の配列と40%同一で、配列番号1に記載の配列のLeu63、Gly67及びAsp68に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなるBH3領域ポリペプチドである、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項135】
当該化合物が、<1mMの親和性で当該活性部位に結合する、請求項96〜134の何れか一項に記載の方法。
【請求項136】
当該化合物が、配列番号3に記載のアミノ酸配列、又は図8、9、10又は16aに記載のアミノ酸配列を含有してなる、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項137】
当該化合物が、Bid、Bad、Bik/Nbk、Blk、Hrk、Bim/Bod、Bnip3、Nix、Noxa、Puma、Bmf及びEgl−1よりなる群から選ばれるポリペプチド又はそれらのBIM領域を含有してなる、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項138】
当該化合物が、BCL−2、Bcl−X1、Bcl−w、Mcl−1、BCL−B、A1/BFL−1、BOO/DIVA、Nr−13又はCED−9、及びウィルス類縁体よりなる群から選ばれるポリペプチドを含有してなる、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項139】
当該化合物が、BAX、BAK及びBOKよりなる群から選ばれるポリペプチドを含有してなる、請求項96〜119の何れか一項に記載の方法。
【請求項140】
治療を必要としている患者に、BAXポリペプチドのプロアポトーシス活性を活性化する化合物を投与することを含有してなる腫瘍を治療する方法(ここにおいて、当該化合物は配列番号1に記載の配列のGlu17、Met20、Lys21、Thr22、Ala24、Leu25、Leu27、Gln28、Gly29、Ile31、Gln32、Asp33、Leu47、Asp48、Pro49、Val50、Pro51、Gln52、Asp53、Thr56、Arg89、Phe92、Phe93、Pro130、Glu131、Ile133、Arg134、Thr135、Met137、Gly138、Trp139、Leu141、Asp142、Phe143、Arg145、Glu146、Arg147の1つ又はそれ以上のアミノ酸残基に結合し、当該化合物はBH3ポリペプチド又はその模倣薬である)。
【請求項141】
BCL−2に関連する疾患を治療する化合物であって、当該化合物はBCL−2ファミリーポリペプチドの活性を調節して、当該BCL−2ファミリーポリペプチドの活性部位に結合する、化合物。
【請求項142】
当該疾患が、異常細胞増殖又はアポトーシス阻害の疾患である、請求項141に記載の化合物。
【請求項143】
当該異常細胞増殖性又はアポトーシス阻害性疾患が癌又は自己免疫疾患である、請求項142に記載の化合物。
【請求項144】
当該癌が、固形腫瘍、白血病、及びリンパ腫よりなる群から選ばれる、請求項143に記載の化合物。
【請求項145】
当該癌が、化学療法抵抗性の癌である、請求項143に記載の化合物。
【請求項146】
当該化合物が有機化合物である、請求項141〜145の何れか一項に記載の化合物。
【請求項147】
当該化合物がポリペプチドである、請求項141〜145の何れか一項に記載の化合物。
【請求項148】
当該化合物が有機化合物、ポリペプチド、核酸又はこれらの組合わせである、請求項141〜145の何れか一項に記載の化合物。
【請求項149】
当該活性部位が、BAXのアルファ螺旋1及びアルファ螺旋6を含有してなる、請求項141〜148の何れか一項に記載の化合物。
【請求項150】
当該活性部位が、BAXのα1−α2ループ及び螺旋4由来のアミノ酸残基を更に包含してなる、請求項149に記載の化合物。
【請求項151】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のLys21に対応するアミノ酸残基に結合する、請求項141〜150の何れか一項に記載の化合物。
【請求項152】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のGlu17、Met20、Lys21、Thr22、Ala24、Leu25、Leu27、Gln28、Gly29、Ile31、Gln32、Asp33、Leu47、Asp48、Pro49、Val50、Pro51、Gln52、Asp53、Thr56、Arg89、Phe92、Phe93、Pro130、Glu131、Ile133、Arg134、Thr135、Met137、Gly138、Trp139、Leu141、Asp142、Phe143、Arg145、Glu146、Arg147に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基に結合する、請求項141〜150の何れか一項に記載の化合物。
【請求項153】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のMet20、Lys21、Ala24、Gln28、Gln32、Glu131、Arg134、Met137、Leu141、Asp142に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基に結合する、請求項141〜150の何れか一項に記載の化合物。
【請求項154】
当該化合物が、配列番号1に記載の配列のMet20、Lys21、Ala24、Gln28、Gln32、Glu131、Arg134、Met137、Leu141、Asp142に対応するアミノ酸残基に結合する、請求項141〜150の何れか一項に記載の化合物。
【請求項155】
当該化合物が、図8、9、10又は16aに記載のアミノ酸配列と40%又はそれ以上同一であり、そして配列番号9に記載の配列のLeu152及びAsp157に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなる、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項156】
当該化合物が、配列番号9に記載の配列のIle148、Ala149、Leu152、Arg153、Arg154、Ile155、Gly156、Asp157、Glu158、Asn160、Ala161、Tyr163に対応する1つ又はそれ以上のアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなる、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項157】
当該化合物が、配列番号13に記載のコンセンサスアミノ酸配列又はそれらの同類置換を含有してなる、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項158】
当該化合物が、BIMポリペプチドのBH3領域である、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項159】
当該化合物が、BIM BH3 SAHBポリペプチドである、請求項158に記載の化合物。
【請求項160】
当該化合物が、BIDポリペプチドのBH3領域である、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項161】
当該化合物が、BID BH3 SAHBポリペプチドである、請求項160に記載の化合物。
【請求項162】
当該化合物が、PUMAポリペプチドのBH3領域である、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項163】
当該化合物が、PUMA BH3 SAHBポリペプチドである、請求項162に記載の化合物。
【請求項164】
当該化合物が、BAXポリペプチドのBH3領域である、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項165】
当該化合物が、BAX BH3 SAHBポリペプチドである、請求項164に記載の化合物。
【請求項166】
当該化合物が、配列番号3に記載の配列と40%同一で、配列番号2に記載の配列のLeu92、Gly96及びAsp97に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなるBH3領域ポリペプチドである、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項167】
当該化合物が、配列番号4に記載の配列と40%同一で、配列番号6に記載の配列のLeu90、Gly94及びAsp95に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなるBH3領域ポリペプチドである、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項168】
当該化合物が、配列番号5に記載の配列と40%同一で、配列番号7に記載の配列のLeu141、Ala145及びAsp146に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなるBH3領域ポリペプチドである、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項169】
当該化合物が、配列番号12に記載の配列と40%同一で、配列番号1に記載の配列のLeu63、Gly67及びAsp68に対応するアミノ酸残基又はそれらの同類置換を含有してなるBH3領域ポリペプチドである、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項170】
当該化合物が、<1mMの親和性で当該活性部位に結合する、請求項141〜169の何れか一項に記載の化合物。
【請求項171】
当該化合物が、配列番号3に記載のアミノ酸配列、又は図8、9、10又は16aに記載のアミノ酸配列を含有してなる、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項172】
当該化合物が、Bid、Bad、Bik/Nbk、Blk、Hrk、Bim/Bod、Bnip3、Nix、Noxa、Puma、Bmf及びEgl−1よりなる群から選ばれるポリペプチド又はそれらのBIM領域を含有してなる、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項173】
当該化合物が、BCL−2、Bcl−X1、Bcl−w、Mcl−1、BCL−B、A1/BFL−1、BOO/DIVA、Nr−13又はCED−9、及びウィルス類縁体よりなる群から選ばれるポリペプチドを含有してなる、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項174】
当該化合物が、BAX、BAK及びBOKよりなる群から選ばれるポリペプチドである、請求項141〜154の何れか一項に記載の化合物。
【請求項175】
当該BH3 SAHBポリペプチドが共有結合架橋可能部分を含有してなる、BH3 SAHBポリペプチド
【請求項176】
当該共有結合架橋可能部分がベンゾフェノンである、請求項175に記載のBH3 SAHBポリペプチド。
【請求項177】
当該BH3 SAHBポリペプチドが、BIMポリペプチドのBH3領域である、請求項175又は176に記載のBH3 SAHBポリペプチド。
【請求項178】
当該BH3 SAHBポリペプチドが、BIDポリペプチドのBH3領域である、請求項175又は176に記載のBH3 SAHBポリペプチド。
【請求項179】
当該BH3 SAHBポリペプチドが、PUMAポリペプチドのBH3領域である、請求項175又は176に記載のBH3 SAHBポリペプチド。
【請求項180】
当該BH3 SAHBポリペプチドが、BAXポリペプチドのBH3領域である、請求項175又は176に記載のBH3 SAHBポリペプチド。
【請求項181】
当該BH3 SAHBポリペプチドが、図11に記載のポリペプチドからなる群から選ばれる、請求項175又は176に記載のBH3 SAHBポリペプチド。
【請求項182】
BH3ポリペプチドを含有してなる組成物であって、当該BH3ポリペプチドが、本質的に図7、9、10又は16aに記載のアミノ酸配列を包含している、組成物。
【請求項183】
BAXα−螺旋9SAHBポリペプチドを含有してなる組成物であって、当該ポリペプチドは図16bに記載のアミノ酸配列と40%又はそれ以上同一であるアミノ酸配列を含有しているか、又はその同類置換を含んでなる、組成物。
【請求項184】
常磁性標識を有するBH3 SAHBポリペプチドを含有してなる組成物。
【請求項185】
治療を必要としている対象に、当該対象が当該疾患を治療されるように、請求項1〜79の何れか一項に記載の方法で同定された化合物及びBAXα−螺旋9SAHBポリペプチド(配列番号14)の有効量を投与することを含有してなる、対象における疾患を治療する方法。
【請求項186】
当該BAXα−螺旋9SAHBポリペプチドが図16bに記載のアミノ酸配列と40%又はそれ以上同一であるアミノ酸配列を含有しているか、又はその同類置換を含んでなる、請求項185に記載の方法。
【請求項187】
BCL−2ファミリーポリペプチドの活性部位に結合する化合物及び使用説明書を含有してなる、キット。
【請求項188】
配列番号13に記載のコンセンサスアミノ酸配列又はその同類置換を含有してなる、単離したポリペプチド。
【請求項189】
当該ポリペプチドが炭化水素を連結している、請求項188に記載のポリペプチド。
【請求項190】
請求項189に記載のポリペプチドを含有してなる、組成物。

【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6A−D】
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【図6E】
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【図7】
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【図8−1】
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【図8−2】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【図12A−B】
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【図12C−D】
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【図13A−B】
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【図13C−D】
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【図14A−C】
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【図14D】
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【図15】
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【図16】
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【図17】
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【図18】
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【図19】
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【図20A−1】
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【図20A−2】
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【図20B】
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【公表番号】特表2010−539933(P2010−539933A)
【公表日】平成22年12月24日(2010.12.24)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2010−526974(P2010−526974)
【出願日】平成20年9月26日(2008.9.26)
【国際出願番号】PCT/US2008/011500
【国際公開番号】WO2009/042237
【国際公開日】平成21年4月2日(2009.4.2)
【出願人】(510084149)ダナ ファーバー キャンサー インスティテュート インコーポレイテッド (7)
【出願人】(508245253)ナショナル インスティテューツ オブ ヘルス (2)
【Fターム(参考)】