本発明は、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）に結合する単一ドメインタンパク質に関する。本発明はまた、診断、研究および治療用途に使用するための単一ドメインタンパク質に関する。本発明は、さらに、そのようなタンパク質、そのようなタンパク質をコードするポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを含む細胞、および革新的タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むベクターに関する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
フィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）ドメインを含むポリペプチドであって、ここで、Ｆｎ３ドメインは、（ｉ）ループ、ＡＢ；ループ、ＢＣ；ループ、ＣＤ；ループ、ＤＥ；ループＥＦ；およびループＦＧを含み；（ｉｉ）ヒトＦｎ３ドメインの対応するループの配列と比べて変更されたアミノ酸配列を伴うループＢＣ、ＤＥ、およびＦＧから選択される少なくとも１つのループを有し、そして（ｉｉｉ）１０^−４Ｍ未満の解離定数でヒト上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）に結合する、ポリペプチド。
【請求項２】
Ｆｎ３ドメインは、１０^−６Ｍ未満の解離定数でヒトＥＧＦＲに結合する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
ループＢＣおよびループＦＧは、ヒトＦｎ３ドメインの対応するループの配列と比べて変更されたアミノ酸配列を有する、請求項１または２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
Ｆｎ３ドメインは、１０番目のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン（^１０Ｆｎ３）である、請求項１〜３のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項５】
^１０Ｆｎ３ドメインは：
（ｉ）配列番号２０７〜２３１のいずれか１つのアミノ酸配列を含むポリペプチド；および
（ｉｉ）配列番号２０７〜２３１のいずれか１つに少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチド
から選択されるポリペプチドを含む、請求項４に記載のポリペプチド。
【請求項６】
ポリオキシアルキレン部分、ヒト血清アルブミン結合タンパク質、シアル酸、ヒト血清アルブミン、ＩｇＧ、ＩｇＧ結合タンパク質、トランスフェリン、およびＦｃフラグメントから選択される１つ以上の薬物動態（ＰＫ）部分をさらに含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項７】
ＰＫ部分はポリオキシアルキレン部分であり、そして前記ポリオキシアルキレン部分はポリエチレングリコールである、請求項６に記載のポリペプチド。
【請求項８】
ＰＫ部分およびＦｎ３ドメインは、少なくとも１つのジスルフィド結合、ペプチド結合、ポリペプチド、ポリマー糖、またはポリエチレングリコール部分を介して作動可能に連結されている、請求項６に記載のポリペプチド。
【請求項９】
ＰＫ部分およびＦｎ３ドメインは、配列番号２３２〜２３５のアミノ酸配列を含むポリペプチドを介して作動可能に連結されている、請求項８のポリペプチド。
【請求項１０】
抗体部分；リポカリンの誘導体；テトラネクチンの誘導体；アビマー；アンキリンの誘導体；および２番目のフィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）ドメインから選択される第２のドメインをさらに含み、ここで、２番目のドメインは、ヒトタンパク質に結合し、ならびにここで、２番目のＦｎ３ドメインは、（ｉ）ループ、ＡＢ；ループ、ＢＣ；ループ、ＣＤ；ループ、ＤＥ；およびループＦＧを含み；（ｉｉ）ヒトＦｎ３ドメインの対応するループの配列と比べてランダム化されたアミノ酸配列を伴うループＢＣ、ＤＥ、およびＦＧから選択される少なくとも１つのループを有し、そして（ｉｉｉ）ヒトＦｎ３ドメインとは結合しないヒトタンパク質に結合する、請求項１〜９のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
２番目のドメインは、２番目のＦｎ３ドメインであり、そして２番目のＦｎ３ドメインは、１０^−４Ｍ未満の解離定数でヒトタンパク質に結合する、請求項１０に記載のポリペプチド。
【請求項１２】
２番目のドメインは、２番目のＦｎ３ドメインであり、そして２番目のＦｎ３ドメインは、１０番目のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン（^１０Ｆｎ３）である、請求項１０または１１に記載のポリペプチド。
【請求項１３】
２番目のドメインと結合するヒトタンパク質は、ＩＧＦ−ＩＲ、ＥＧＦＲ、またはＶＥＧＦＲ２から選択される、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１４】
２番目の^１０Ｆｎ３ドメインは：
（ｉ）配列番号２〜２３１および２３６のいずれか１つのアミノ酸配列を含むポリペプチド；ならびに
（ｉｉ）配列番号２〜２３１および２３６のいずれか１つに少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチド
から選択されるポリペプチドを含む、請求項１２に記載のポリペプチド。
【請求項１５】
Ｆｎ３ドメインおよび２番目のドメインは、少なくとも１つのジスルフィド結合、ペプチド結合、ポリペプチド、ポリマー糖、またはポリエチレングリコール部分を介して作動可能に連結される、請求項１０〜１４のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１６】
前記ポリペプチドは、トランスフォーミング増殖因子α（ＴＧＦ−α）または上皮増殖因子（ＥＧＦ）のＥＧＦＲへの結合を阻害し、そして細胞ベースアッセイのサブＩＣ_５０濃度においてヒトＥＧＦＲを活性化しない、請求項１０〜１５のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１７】
前記ポリペプチドは、ＥＧＦＲへの結合について抗ＥＧＦＲ抗体と競合する、請求項１０〜１６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
前記ポリペプチドは、１０μＭ未満のＩＣ_５０でＥＧＦＲのすべてのＥＧＦ刺激性ホスホチロシン活性化を阻害する、請求項１０〜１７のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１９】
前記ポリペプチドは、１０μＭ未満のＩＣ_５０でＥＲＫリン酸化を阻害する、請求項１０〜１８のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２０】
前記ポリペプチドは、１０μＭ未満のＩＣ_５０でＡＫＴリン酸化を阻害する、請求項１０〜１９のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２１】
前記ポリペプチドは、脱免疫化されて、１つ以上のＴ細胞エピトープが除去される、請求項１０〜２０のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２２】
前記Ｆｎ３ドメインは下記工程ａ）〜ｄ）を含む方法によって選択される、請求項１〜２１のいずれか一項に記載のポリペプチド：ａ）それぞれ、ヒトＦｎ３ドメインコード配列とは異なる候補の１０番目のフィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）ドメイン配列を含む候補ＲＮＡ分子の集団を生成する工程であって、前記ＲＮＡ分子は、それぞれ、翻訳開始配列、および前記候補Ｆｎ３ドメインコード配列に作動可能に連結された開始コドンを含み、そしてそれぞれ、３’末端において核酸−ピューロマイシンリンカーに作動可能に連結されている工程；ｂ）前記候補Ｆｎ３ドメインコード配列をインビトロで翻訳して、候補ＲＮＡ−Ｆｎ３融合物の集団を生成する工程；ｃ）候補ＲＮＡ−Ｆｎ３融合物の前記集団とＥＧＦＲとを接触させる工程；ならびにｄ）ＲＮＡ−Ｆｎ３融合物、ＥＧＦＲに対する前記ヒトＦｎ３の結合親和性または特異性と比べて変更されたＥＧＦＲに対する結合親和性または特異性を有するそのタンパク質部分を選択する工程。
【請求項２３】
本質的にエンドトキシンを含まない、請求項１〜２２のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む、薬学的に許容できる組成物。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５Ａ】

【図５Ｂ】

【図５Ｃ】

【図６Ａ】

【図６Ｂ】

【図６Ｃ】

【図６Ｄ】

【図６Ｅ】

【図６Ｆ】

【図６Ｇ】

【図６Ｈ】

【公表番号】特表２０１１−５１７３１４（Ｐ２０１１−５１７３１４Ａ）
【公表日】平成２３年６月２日（２０１１．６．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−５４６７７０（Ｐ２０１０−５４６７７０）
【出願日】平成２１年２月１０日（２００９．２．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０００８３０
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１０２４２１
【国際公開日】平成２１年８月２０日（２００９．８．２０）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＵＮＩＸ
【出願人】（３９１０１５７０８）ブリストル−マイヤーズ　スクイブ　カンパニー (494)
【氏名又は名称原語表記】ＢＲＩＳＴＯＬ−ＭＹＥＲＳ　ＳＱＵＩＢＢ　ＣＯＭＰＡＮＹ
【Ｆターム（参考）】