【課題】読取りデータの再アセンブリはアセンブリにおける配列誤りを含み得る。なぜならセグメントを正確な元の順序に戻すことは難しいことがあるからである。
【解決手段】遺伝子配列アセンブリの誤りを検出するための方法は、遺伝子データの配列のアセンブリ（Ａ）を規定するステップと、読取りデータを読取りのライブラリ（Ｌ）に集めるステップと、読取りのサイズ対サイズ当りの読取り数のヒストグラムをプロットするステップと、分布（Ｄ）を被覆度Ｃで正規化することによって、平均（μ）および標準偏差（σ）を有するＤ’を得て、Ｄ’を得るために用いられない位置（ｉ）を保留するステップと、ＡおよびＤ’を用いて読取りの部分集合（Ｓ_ｉ⊂Ｌ）を集めるステップと、Ｓ_ｉを用いて平均（μ_ｉ）および標準偏差（√ｃ_ｉ・σ_ｉ）を計算するステップと、ユーザに対してディスプレイ上に結果を出力するステップとを含む。 （もっと読む）

【課題】ＤＮＡマイクロアレイに相当する再使用が容易なプローブセットを容易に設計・変更可能とする核酸情報の処理技術を提供する。
【解決手段】核酸情報処理装置であって、複数の塩基配列の情報を記憶する記憶部１３０と、類似度の閾値を特定する情報を受け付ける入力処理部１１１と、入力処理部１１１等で指定を受け付けたクラスタリングの対象となるターゲットフラグメントの塩基配列データ全てを、ＢＬＡＳＴソフトウェアにて取り扱い可能な形式のデータへ変換するクラスター制御部１１８等、とを備える。 （もっと読む）

【課題】 タンパク質の可溶性をコントロールするタグを設計する方法を提案する。
【解決手段】
可溶性タンパク質および不溶性タンパク質のアミノ酸配列を記憶したデータベースから読み出したデータに基づいて、可溶性制御タグを設計する。この装置は、可溶性タンパク質と不溶性タンパク質のそれぞれのＮ末端における各アミノ酸類似群配列の出現回数をカウントし、可溶化タグを設計する場合には可溶性タンパク質のＮ末端における各アミノ酸類似群配列の出現頻度に基づいて頻出アミノ酸類似群配列として求め、可溶性タンパク質のＮ末端から読み出したアミノ酸配列の中から頻出アミノ酸類似群配列に対応するアミノ酸配列を求め、アミノ酸配列中の各場所におけるアミノ酸の種類ごとの出現回数をカウントアップする処理を順次行い、各場所において出現回数が最多のアミノ酸の組み合わせからなるアミノ酸配列を可溶化タグとして求める。 （もっと読む）

【課題】協業基盤の塩基配列データの管理、表示およびアップデート方法を提供する。
【解決手段】協業基盤の塩基配列データの管理方法は塩基配列の少なくとも１つのベースに対応するアンカー（ａｎｃｈｏｒ）に対する注釈データを入力受けるステップおよび前記サービスサーバが注釈データに対する１つ以上のカラム（ｃｏｌｕｍｎ）を含む注釈データテーブルに、前記受信した注釈データを格納するステップを含む。 （もっと読む）

【課題】解読された大量の断片配列からゲノム全体の塩基配列を復元できるようにすることを目的とする。
【解決手段】リファレンスマッピング部１１０は、リファレンス配列データ１９２を用いて断片配列データ１９１をリファレンスマッピングしてゲノム暫定配列データ１０１を生成し、残った断片配列データ１９１をレフトオーバー配列データ１０２として特定する。ギャップ近傍配列抽出部１２０は、リファレンスマッピングで特定できなかった部分（ギャップ）の前後に設定した断片配列データ１９１をゲノム暫定配列データ１０１から抽出する。デノボアセンブル部１３０は、ギャップ近傍配列データ１０３とレフトオーバー配列データ１０２とをデノボアセンブルしてアセンブル部分配列データ１０４を生成する。完全ゲノム復元部１４０は、ゲノム暫定配列データ１０１にアセンブル部分配列データ１０４を設定してゲノム配列データ１０５を生成する。 （もっと読む）

【課題】 ある特定の機能や関連性を持った候補遺伝子の中から、より可能性が高い遺伝子を絞り込むことができる遺伝子絞り込み装置、遺伝子絞り込み方法、及びプログラムを提供する。
【解決手段】 本発明の遺伝子絞り込み装置は、記憶手段と、入力手段と、処理手段とを備え、記憶手段は、複数の生物学的情報が格納され、一の遺伝子又はタンパク質に該情報から得られた複数のアノテーションが付与されたデータウェアハウスを記憶し、入力手段は、複数の候補遺伝子又は候補タンパク質が情報として入力され、処理手段は、（ａ）アノテーションを収集する収集処理と、（ｂ）付与の頻度又は数が閾値より高いアノテーションを選択する第１選択処理と、（ｃ）遺伝子を選択する第２選択処理と、を実行する。 （もっと読む）

【課題】リード長に制限を設けずに、計算機のワード演算のビット並列性を利用して、動的計画法（DP法）によるアラインメント処理を１プロセッサで並列化し高速化する。
【解決手段】DP行列を計算する範囲を、計算機のワード長に対応する幅をもつ対角線周辺領域に制限し、その領域内の情報を対角線と直行する方向のビットの並びに分割して表現し、それらの情報に対する計算をビット並列化する。 （もっと読む）

【課題】大量のショートリードの中から、高速に、編集距離が所定の範囲内にあるショートリードのペアを探索することができる配列解析装置を提供する。
【解決手段】配列解析装置１０は、複数の塩基配列を入力する配列入力部１１と、編集距離ｄとブロック分割数を決定する数値ｎまたは分割数（ｄ＋ｎ）を入力する条件入力部１２と、複数の塩基配列の各々を（ｄ＋ｎ）個に分割してブロックを生成し、その中から選んだｎ個のすべてのブロックについて、読み出した部分配列、または、前記編集距離ｄによって定まる最大オフセットの範囲内で、読出し範囲を特定する窓枠を当該ブロックからオフセットさせて読み出した部分配列が一致する条件を満たす塩基配列の集合を等価クラスとする等価クラス生成部１３と、等価クラス生成部から、塩基配列のペアについて、編集距離を計算し、編集距離ｄ以内であると計算されたペアを示すデータを出力する類似判定部１４とを備えた。 （もっと読む）

【課題】ＤＮＡリシークエンシングマイクロアレイの使用による病原体検出および同定に関し、生物学的サンプル中に存在する病原体の鑑別診断（differential diagnosis）および血清型決定のためのリシークエンシングマイクロアレイチップと、生物学的サンプル中に存在する病原体の存在およびアイデンティティーを検出する方法を提供する。
【解決手段】所定の生物学的配列の同定のためにクエリーへのインプットのための生物学的サブ配列を選択するためのコンピュータ実施方法で、メモリー中に記憶された生物学的配列データからサブ配列を、プロセッサ実行プロセスで選択するステップ、および該配列をクエリーへ供し、第１所定信頼水準で該所定の生物学的配列を同定するステップを含む、方法。 （もっと読む）

【課題】動的計画法を用いて塩基配列の最小自由エネルギーを算出して配列集合を設計するにあたり、評価計算を高速化することのできる技術を提供する。
【解決手段】塩基配列集合算出装置１００は、初期演算部２１、テーブル記憶部３３、近傍解生成部２２、近傍解演算部２３を備える。初期演算部２１は、一対の塩基配列の局所的な部分エネルギーを動的計画法により積算して最小自由エネルギーを算出する。テーブル記憶部３３は、初期演算部２１による積算の過程の部分エネルギーと塩基とを対応づけた評価テーブルＴＢを記憶しておく。近傍解生成部２２は、制約に違反する一対の塩基配列の一部の塩基を変更して近傍解ＮＳを生成する。近傍解演算部２３は、テーブル記憶部３３に記憶された評価テーブルＴＢと、変更された塩基に対応する一部領域の部分エネルギーとに基づいて、近傍解ＮＳにかかる最小自由エネルギーを動的計画法により算出する。 （もっと読む）