ジュベール症候群に関連するＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子変異及びその同定診断法
本発明は、精神遅滞の常染色体劣性型であるジュベール症候群に関連するＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子における変異について、対象をスクリーニングする方法を提供するものである。また、本発明は、ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で終結するアミノ酸配列を含む蛋白質などの、ジュベール症候群に関連する蛋白質を提供するものである。また、前記蛋白質をコードするヌクレオチド配列、及び、ジュベール症候群に関連するヌクレオチド配列もしくは蛋白質を同定するために対象をスクリーニングする方法が提供される。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、遺伝子変異に関する。特に、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子変異に関する。
【背景技術】
【０００２】
精神遅滞（ＭＲ）は、約６００万人のアメリカ人、及び５０万人を超えるカナダ人の１４歳未満の子供が罹患している疾患である（Ｓｈｅａ、２００６）。ＭＲは、認知発達障害及び適応性の発達障害によって定義される混成した疾患群に対する一般用語である。その他よく使用される用語としては、「一般的学習障害（ｇｅｎｅｒａｌ ｌｅａｒｎｉｎｇ ｄｉｓｏｒｄｅｒ）」、「精神障害（ｍｅｎｔａｌ ｈａｎｄｉｃａｐ）」、「学習能力障害（ｌｅａｒｎｉｎｇ ｄｉｓａｂｉｌｉｔｙ）」、「知的障害（ｉｎｔｅｌｌｅｃｔｕａｌ ｈａｎｄｉｃａｐ）」、及び「知的能力障害（ｉｎｔｅｌｌｅｃｔｕａｌ ｄｉｓａｂｉｌｉｔｙ）」（Ｌｅｏｎａｒｄ＆Ｗｅｎ、２００２）、また、「知的障害（ｍｅｎｔａｌｌｙ ｃｈａｌｌｅｎｇｅｄ）」及び「発育遅延（ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌ ｄｅｌａｙ）」（Ｓｈｅａ、２００６）などが挙げられる。ＭＲ有病率は、通常、人口の約１％とされ（Ｓｚｙｍａｎｓｋｉ＆Ｋｉｎｇ、１９９９）、女性罹患者に比べ男性罹患者の割合が高い（１．４：１；Ｍｕｒｐｈｙ等、１９９８）。
【０００３】
ＭＲは、通常、知能指数（ＩＱ）に従って分類される。「精神障害診断及び統計マニュアル（Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ＆ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｍｅｎｔａｌ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ）」（第４版；ＤＳＭ−ＩＶ、１９９４）では、軽度ＭＲはＩＱ範囲５０−５５から７０、中度ＭＲは３５−４０から５０−５５、重度ＭＤは２０−２５から３５−４０、及び最重度ＭＲは２０−２５未満とされている。ＭＲ症例の病因的根拠を解明しようとする試みは重要である。なぜなら、その試みにより、関連共存症（例えば、ウィリアムズ症候群における大動脈弁狭窄症）の診断に役立つ可能性、出産前診断及び／又は遺伝カウンセリング（例えば、脆弱性Ｘ症候群）に役立つ可能性、もしくはフェニルケトン尿症のような治療可能な疾患が同定される可能性が生じるからである（Ｓｈｅａ、２００６）。さらに、ＭＲの原因を解明することで、ＭＲ児を持つ家族が問題に対処する際、及び、支援基盤を利用する際の助けとなり得る。
【０００４】
これまで、ＭＲに対する遺伝学的貢献が行われてきた。従来より、ＭＲの遺伝型は、２つの大範疇に細分される。一つ目の症候性ＭＲは、認知障害及びそれに伴うその他臨床学的及び生物学的特徴によって特徴付けられる。二つ目の非症候群型のＭＲは、認識機能障害が唯一の症状発現である。遺伝因子は、精神遅滞症例の約３分の２の病因に関与している（Ｃｕｒｒｙ、２００２）。罹患者が出産することは稀であるため、精神遅滞の遺伝型においては、Ｘ連鎖性もしくは常染色体劣性遺伝形式がもっとも妥当と考えられる。Ｘ連鎖性精神遅滞について、これまでに、６０を超える遺伝子が報告されている（Ｃｈｅｌｌｙ等、２００６）。しかし、常染色体劣性精神遅滞の分子基盤は、まだほとんど解明されていない。常染色体劣性遺伝は、非症候性精神遅滞（ＮＳＭＲ）全罹患者のおおよそ４分の１において関与していると推定される（Ｂａｓｅｌ−Ｖａｎａｇａｉｔｅ等７にて検討）が、常染色体劣性ＮＳＭＲを引き起こすものとしては、４つの常染色体遺伝子しかこれまでに報告されていない７−１０。その４つの常染色体とは次の通りである：４ｑ２６染色体上ＰＲＳＳ１２遺伝子（ニューロトリプシン［ＭＩＭ ＃６０６７０９］）、１９ｐ１３．１２染色体上ＣＣ２Ｄ１Ａ遺伝子［ＭＩＭ ＃６１００５５］、３ｐ２６染色体上ＣＲＢＮ遺伝子（セレブロン［ＭＩＭ ＃６０９２６２］）、及びごく最近発見された６ｑ１６．１−ｑ２１上ＧＲＩＫ２（イオンチャネル型グルタミン酸受容体６［ＭＩＭ ＃１３８２４４］）。しかし、これらの遺伝子のそれぞれは、ごく少数のＡＲＭＲ家系員もしくは血縁のないＡＲＭＲ罹患者でしか確認されていない（ＰＲＳＳ１２、Ｎ＝１；ＣＲＢＮ、Ｎ＝１；ＣＣ２Ｄ１Ａ、Ｎ＝９；ＧＲＩＫ２、Ｎ＝１）。これら遺伝子のうちごく最近発見されたＧＲＩＫ２は、７８の血縁イラン家系におけるホモ接合性マッピングによって最近位置付けされた常染色体劣性非症候性精神遅滞（ＮＳＭＲ）についての８つの新規遺伝子座のうちの１つにおいて発見された。しかし、その他７つの遺伝子座については、疾病遺伝子もしくは変異はいまだ報告されていない（Ｎａｊｍａｂａｄｉ等、２００７）。ニューロトリプシン（ＰＲＳＳ１２）は、常染色体劣性非症候性精神遅滞の病因において最初に報告された遺伝子であった。この疾患遺伝子座は、ゲノムにおいて所定の４００マイクロサテライトマーカーを用いたホモ接合性マッピングにより、４ｑ２４−ｑ２５染色体上に位置付けされた。この区間には、ＤＫＫ２、ＰＬ３４、ＣＡＳＰ６、ＡＮＫ２、ＣＡＭＫ２Ｄ、ＴＲＰＣ３、及びＰＲＳＳ１２遺伝子などの、約２９の既知機能遺伝子が含まれる。全罹患者において、ＰＲＳＳ１２遺伝子のエクソン７におけるホモ接合性４ｂｐ欠失が共分離しているのが発見され、それにより、前記欠失の１４７ｂｐ下流において未成熟終止コドンが生じていた（Ｍｏｌｉｎａｒｉ等、２００２）。軽度の常染色体劣性非症候性精神遅滞を有する別の家系では、未成熟終止コドンを生じさせるナンセンス変異が、ＡＴＰ依存性のＬｏｎプロテアーゼをコードするＣＲＢＮ遺伝子において同定された。ＣからＴへの置換により、前記遺伝子のアルギニン残基が、エクソン１１の終止コドン（Ｒ４１９Ｘ）に変換されていた（Ｈｉｇｇｉｎｓ等、２００４）。これまで、ＰＲＳＳ１２及びＣＲＢＮ遺伝子における変異は、それぞれ一家系でしか報告されていない。最近、重度の常染色体劣性ＮＳＭＲを有する９つの血縁家系において、蛋白質短縮型変異がＣＣ２Ｄ１Ａ遺伝子で同定された。ＣＣ２Ｄ１Ａ蛋白質は、カルシウム依存性リン脂質結合に関与している（Ｂａｓｅｌ−Ｖａｎａｇａｉｔｅ等、２００６）。
【０００５】
最近の研究では、７８の血縁イラン家系におけるホモ接合性マッピングにより、常染色体劣性非症候性精神遅滞（ＮＳＭＲ）について８つの新規遺伝子座が位置付けされている。しかし、疾患遺伝子もしくは変異はいまだ報告されていない（Ｎａｊｍａｂａｄｉ等、２００７）。最近公表された別の研究では、常染色体劣性非症候性精神遅滞についての新規遺伝子座が、１ｐ２１．１−ｐ１３．３に位置付けされている（Ｕｙｇｕｎｅｒ、２００７）。
【０００６】
当該分野では、精神遅滞に関連する遺伝子マーカーの同定が必要とされている。さらに、当該分野では、精神遅滞に関連するヌクレオチド配列の同定が必要とされている。また、当該分野では、精神遅滞に対する新規診断分析が必要とされている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
本発明は、遺伝子変異に関する。特に、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子変異に関する。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明によれば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７の断片を含む蛋白質が提供される。好適な実施形態において、前記蛋白質は、７７９もしくはそれより手前のアミノ酸において短縮される。別の実施形態において、前記蛋白質は、Ｃ２ドメインの全てもしくは一部が消失している。他の蛋白質もまた、本願記載の通り意図される。
【０００９】
本発明によれば、ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で終結するアミノ酸配列を含む蛋白質が提供される。
【００１０】
また、本発明によれば、前記アミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３、もしくはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４を含む、上記蛋白質が提供される。
【００１１】
また、本発明によれば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３との同一性が約８０％から１００％である上記蛋白質が提供される。
【００１２】
また、本発明は、上記蛋白質をコードする核酸を提供する。
【００１３】
また、本発明は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３もしくは４で定義される蛋白質をコードする上記核酸を提供する。
【００１４】
また、本発明は、上記核酸の相補体を含む核酸を提供する。さらに別の実施形態（限定するものではない）において、前記核酸は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、上記核酸もしくはその相補体とハイブリッド形成することができる。
【００１５】
また、本発明は、７から１００個のヌクレオチドを含む上記核酸を提供する。さらに、前記核酸を、１以上の部位で標識してもよい。
【００１６】
また、本発明は、上記ヌクレオチド配列であって、前記配列が、１つ以上の調節エレメントを含むヌクレオチド構造物中に存在することを特徴とするヌクレオチド配列を提供する。
【００１７】
また、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法を提供するものであって、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端にＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質をコードする核酸について、前記サンプルを分析し、前記核酸の存在により、前記対象が、精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００１８】
前記方法において、前記の分析段階は、ハイブリダイゼーションアッセイ、ヌクレオチドシーケンシング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、もしくはそれらの組み合わせの１種以上からなり得る。
【００１９】
また、本発明は、上記スクリーニング方法であって、分析される前記サンプルが血液サンプルであることを特徴とするスクリーニング方法を提供する。
【００２０】
さらに、本発明は、精神遅滞に関連する変異蛋白質について対象をスクリーニングする方法を提供するものであって、前記方法は、
ａ）前記対象から生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端にＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質について、前記サンプルを試験し、前記蛋白質の存在により、前記対象が精神遅滞に関連する変異蛋白質を発現する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００２１】
また、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法を提供するものであって、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義されるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質、アイソフォーム、もしくは自然発生したその対立遺伝子多型をコードするヌクレオチド配列における１つ以上の変異について、前記サンプルを分析し、前記１つ以上の変異の存在により、前記蛋白質の１個以上のアミノ酸の欠失、もしくは前記蛋白質の未成熟短縮が生じる結果となり、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００２２】
また、本発明は、上記方法であって、前記の１つ以上の変異が、欠失、逆位、転座、重複、スプライスドナー部位変異、点変異、もしくはその類であることを特徴とする方法を提供する。
【００２３】
また、本発明は、上記方法であって、前記の１つ以上の変異がエクソン１９で生じることを特徴とする方法を提供する。
【００２４】
また、本発明は、上記方法であって、前記の１つ以上の変異が、Ｃ２ドメインの全てもしくは一部を消失させることを特徴とする方法を提供する。
【００２５】
また、本発明は、上記方法であって、前記の１つ以上の変異により、７７９もしくはそれより手前のアミノ酸におけるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質の短縮が生じることを特徴とする方法を提供する。
【００２６】
また、本発明は、上記方法であって、前記の１以上の変異により、前記蛋白質に、１個以上のナンセンスアミノ酸（ｎｏｎｓｅｎｓｅ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ）が付加されることを特徴とする方法を提供する。
【００２７】
また、本発明は、
ａ）ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で終結し、且つ精神遅滞に関連するアミノ酸配列を含む蛋白質、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義される蛋白質の短縮型、もしくはＣ２ドメインの全てもしくは一部が欠失した蛋白質、
ｃ）好適には精神遅滞に関連しない類似ＣＣ２Ｄ２Ａ野生型蛋白質でなく、上記ａ）、ｂ）、もしくはａ）及びｂ）の蛋白質に選択的に結合する抗体、
ｄ）本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列を増幅するための１つ以上の核酸プライマー、
ｅ）本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列とハイブリッド形成する、約９から１００個のヌクレオチドを含む１つ以上の核酸プローブ、
ｆ）バッファ、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ＤＮＡポリメラーゼ、もしくはそれらの組み合わせを含む１以上の試薬、
ｇ）対象において、精神遅滞に関連するヌクレオチド配列もしくは蛋白質の存在を分析、診断、もしくは決定するための指示事項、
ｈ）本願記載の成分を使用する、もしくは本願記載の方法を行うための指示事項、もしくは、それらの組み合わせ、もしくはそれらの下位組み合わせ（ｓｕｂ−ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）を含むキットを意図するものである。
【００２８】
本発明のこの概要は、必ずしも、本発明の全特徴を記載したものではない。
【００２９】
本発明の上記及びその他の特徴は、添付図面を参照する下記説明によって一層明確になるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００３０】
【図１】本願記載の代表的な蛋白質及びヌクレオチド配列を示したものである。Ａ）網膜色素変性症を伴う精神遅滞に関連する、第一のＣＣ２Ｄ２Ａ短縮蛋白質、Ｂ）網膜色素変性症を伴う精神遅滞に関連する、第二のＣＣ２Ｄ２Ａ短縮蛋白質、Ｃ）ＣＣ２Ｄ２Ａ短縮蛋白質をコードする代表的なヌクレオチド配列、Ｄ）非短縮蛋白質をコードする代表的な野生型ＣＣ２Ｄ２Ａヌクレオチド配列、及びＥ）代表的な野生型ＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質。
【図２】ミアンワリ地区出身家系の家系図を図示したものである。
【図３】前記ミアンワリ家系における二点及び多点連鎖解析を図示したものである。
【図４】前記ミアンワリ家系におけるハプロタイプ解析を示したものである。
【図５】ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子における変異領域のイデオグラム的な表現である。
【図６】ＣＣ２Ｄ２Ａ ｃＤＮＡ及びコードされた蛋白質のイデオグラム的な表現である。
【図７】複数の組織におけるＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子の発現を示したものである。
【図８】ウサギ抗血清が組み換えＣＣ２Ｄ２Ａを認識した結果を示したものである。Ｃｏｓ−７細胞を、空のベクター（１）、ＣＣ２ＤＡＨｉｓＭｙｃ（２）、もしくはＰＴＣＨＤ１ＨｉｓＭｙｃ（３）でトランスフェクトした。レーン２の１５０から２５０Ｋｄａの間で強いバンドがみられるが、対照レーン１及び３では検知されない。理論的サイズは、１９１ｋＤａ（１８６ｋＤａのＣＣ２Ｄ２Ａと、６ｋＤａのＨｉｓＭｙｃタグとの加算）である。抗血清を、０．１％ＴＢＳ−Ｔ含有５％ミルク溶液で、１：５００に希釈した。二次抗体は、１：２００００に希釈した抗ウサギＩｇＧ ＨＲＰ（Ｊａｃｋｓｏｎ ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）であった。
【発明を実施するための形態】
【００３１】
下記に好適な実施形態を記載する。
【００３２】
本発明者等は、ホモ接合性マッピング及びそれに続く変異スクリーニングにより、網膜色素変性症を伴う常染色体劣性精神遅滞に関与する新規遺伝子を同定した。前記遺伝子ＣＣ２Ｄ２Ａ（ＫＩＡＡ１３４５とも呼ばれる。；ＮＣＢＩ ＭＩＭ ｅｎｔｒｙ ６１２０１３；（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｔｒｅｚ／ｄｉｓｐｏｍｉｍ．ｃｇｉ？ｉｄ＝６１２０１３））は、コイルドコイル領域に加え、蛋白質のＣ末端領域付近にＣ２ドメインを含んでいる。Ｃ２モチーフは、カルシウム依存性リン脂質結合に関与すると考えられる。これまでに同定されている３つのＡＲＭＲ遺伝子の１つであるＣＣ２Ｄ１Ａもまた、コイルドコイル領域に加え、蛋白質のＣ末端に向かって単一のＣ２ドメインを含んでいる。いかなる場合においても理論に拘束されたり、限定することを望むものではないが、これら２つの蛋白質は類似機能を有し、且つ神経発達（阻害されることにより発達遅延が生じる）にとって重要な同一もしくは並行経路の構成要素である可能性がある。
【００３３】
蛋白質及びアミノ酸
本発明によれば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７の断片を含む蛋白質が提供される。好適な実施形態において、前記蛋白質は、７７９もしくはそれより手前のアミノ酸において短縮される。別の実施形態において、前記蛋白質は、Ｃ２ドメインの全てもしくは一部が消失している。他の蛋白質もまた、本願記載の通り意図される。
【００３４】
本発明によれば、ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で定義されるアミノ酸配列、より好適には、ＴＬＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）で定義されるアミノ酸配列で終結する蛋白質が提供される。ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１にて提供される前記配列は、より大きな蛋白質、例えば、これに限るものでないが、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３もしくはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４で定義される蛋白質のＣ末端を構成してもよい。
【００３５】
また、本発明では、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３の断片を含む蛋白質も意図され、前記断片は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１で定義されるアミノ酸配列で終結する断片であり、例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２を含むアミノ酸Ｘ−７８３（Ｘは、例えば、２、５、１０、２０、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７７２、もしくはその間の任意の値であるが、これに限るものでない。）が挙げられる。
【００３６】
本発明は、さらに、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３で定義される少なくとも１１の連続アミノ酸を含んでなる８０％〜１００％の同一性を有し、且つ、ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で定義されるアミノ酸配列で終結する蛋白質を意図する。例えば、前記蛋白質は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３との同一性が、８０％、８２％、８４％、８６％、８８％、９０％、９２％、９４％、９６％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、もしくは１００％であっても良く、そのＣ末端はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１で終結している。さらに、前記蛋白質は、上記値のうちの任意の２つの値、もしくは上記値の間の任意の値で定義される特定パーセントの同一性もしくは幅のある同一性を有していてもよい。
【００３７】
ポリペプチド配列間の同一性の程度の決定には、当該分野で周知のあらゆる方法を用いることができる。密接に関連した配列を検索するために、例えば、Ｔａｔｉａｎａ等（ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｌｅｔｔ．１７４：２４７ ２５０(１９９９)）や、全米バイオテクノロジー情報センターのウェブページ（ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／）に記載されているようなデフォルトパラメータに従い、ＢＬＡＳＴ（Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ；Ａｌｔｓｃｈｕｌ Ｓ Ｆ、Ｇｉｓｈ Ｗ、Ｍｉｌｌｅｒ Ｗ、Ｍｙｅｒｓ Ｅ Ｗ、Ｌｉｐｍａｎ Ｄ Ｊ（１９９０）、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２１５、４０３ ４１０）などの配列検索方法を用いることができるが、これらに限られることを望むものではない。ＢＬＡＳＴは、所定の配列アラインメントにおいて幅広く使用されており、アラインメントにおけるずれ（ｇａｐｓ）（挿入もしくは欠失）の導入を可能にするギャップドＢＬＡＳＴ（Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴ）や、配列相同性について高精度な検索を行えるＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９ ３４０２（１９９７））のような改良されたＢＬＡＳＴアルゴリズム；もしくは、ＥｘＰＡＳｙ（ＥＭＢＬ−欧州バイオインフォマティクス研究所）のウェブサイトで入手可能なＦＡＳＴＡなどが挙げられる。ＤＮＡもしくはＲＮＡ配列を比較して配列同一性の程度を決定するために、当該分野で周知の同様の方法を用いてもよい。
【００３８】
核酸
また本発明は、核酸を意図するものであり、前記核酸は、
ａ）上記蛋白質もしくはその断片をコードする配列、
ｂ）上記蛋白質もしくはその断片をコードする配列の相補体である配列、
ｃ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、上記蛋白質もしくはその断片をコードする核酸とハイブリッド形成することができる配列、もしくは、
ｄ）５’もしくは３’非翻訳領域、イントロン配列、又は、上流プロモーターもしくはその他調節配列内に含まれる核酸とハイブリッド形成することができる配列を含むことを特徴とする。
【００３９】
一実施形態において、前記核酸は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１、より好適にはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２で定義されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。さらなる実施形態において、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４、又は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含むＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３もしくはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４の断片をコードするヌクレオチド配列を含む核酸が提供される。例えば、いかなる場合においても限定することを望むものではないが、前記核酸は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３をコードする配列を含んでもよい。上記の代表的な配列は例示であって、いかなる場合においても、包括的であること、もしくは限定すること意図したものではない。
【００４０】
本発明のさらなる実施形態において核酸が提供されるが、前記核酸は、上記アミノ酸配列（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む蛋白質をコードする突然変異型ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子に結合する少なくとも約７個のヌクレオチドの核酸であることを特徴とし、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１以外の配列で終結する蛋白質をコードする野生型ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子には結合しない。例えば、いかなる場合においても限定するものではないが、突然変異型ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５を含み、野生型ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６を含む。前記核酸は、精神遅滞に関連する遺伝子変異の保因者もしくは前記遺伝子変異を有する対象を特定するスクリーニング方法におけるプローブとして用いてもよい。
【００４１】
本発明では、少なくとも約７個のヌクレオチドのヌクレオチド配列を含むプローブが意図され、前記プローブは、好適には、７個を超えるヌクレオチド（例えば、これに限られないが、９、１１、１５、１７、２１、２５、２７、３０、４０、５０、１００、もしくはそれ以上の数のヌクレオチド）を含む。さらに、前記プローブの大きさは、上記値のうちの任意の２つの値、もしくは上記値の間の任意の値で定義され得る。また、ハイブリダイゼーションアッセイ及びその他の分析もしくは試験での同定を容易にするため、前記プローブは、当該分野で周知とされる適切な構成物（例えば、これらに限られないが、蛍光色素分子、放射活性基、化学置換基、酵素、抗体、もしくはその類の１つ以上）で標識されてもよい。
【００４２】
本願記載の核酸は、精神遅滞に関連する蛋白質を産生する際の、精神遅滞を有する対象を特定もしくは診断するプローブ、対象もしくはその子孫において精神遅滞を生じさせるもしくは生じやすくさせる変異を保因する対象を特定もしくは診断するプローブ、精神遅滞に関連する遺伝子からの蛋白質産生を調節するために使用され得るアンチセンスもしくは短鎖抑制性ＲＮＡ（ｓｈｏｒｔ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ ＲＮＡ）、もしくはその組み合わせとして使用してもよい。
【００４３】
本発明は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、本願記載の蛋白質をコードするヌクレオチド配列とハイブリッド形成する核酸を意図するものである。上記のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件として、例えば、これに限るものではないが、６５℃にて４×ＳＳＣで一晩（約１６〜２０時間）ハイブリダイゼーションした後、６５℃にて０．１×ＳＳＣで１時間洗浄、もしくは、６５℃にて０．１×ＳＳＣで２０もしくは３０分間の洗浄を２回行うものが挙げられる。また、典型的なストリンジェントなハイブリダイゼーション条件として、４２℃にて４×ＳＳＣ、５０％ホルムアミド中で一晩（１６〜２０時間）ハイブリダイゼーションした後、６５℃にて０．１×ＳＳＣで１時間洗浄、もしくは、６５℃にて０．１×ＳＳＣで２０もしくは３０分間、もしくは一晩（１６〜２０時間）の洗浄を２回；もしくは、６５℃でチャーチリン酸緩衝溶液（７％ＳＤＳ；０．５Ｍ ＮａＰＯ４バッファ ｐＨ７．２；１０ｍＭ ＥＤＴＡ）にてハイブリッド形成し、５０℃にて０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳで２０もしくは３０分間の洗浄を２回、もしくは、ユニーク配列領域に対し、６５℃にて２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳで２０もしくは３０分間の洗浄を２回行うものが挙げられる。
【００４４】
本発明はさらに、１つ以上の調節エレメントもしくは調節領域へ有効に結合（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ ｌｉｎｋｅｄ）する上記核酸を含むヌクレオチド構造物に関する。「調節エレメント」もしくは「調節領域」という用語は、必ずしもではないが通常は、遺伝子の上流にある核酸の一部を意味し、ＤＮＡもしくはＲＮＡのいずれか、もしくはＤＮＡ及びＲＮＡの両方を含み得る。調節エレメントとしては、器官特異性を媒介できるもの、もしくは発生遺伝子もしくは時間的な遺伝子活性化を調整できるものが挙げられる。さらに、「調節エレメント」には、プロモーターエレメント、コアプロモーターエレメント、外的刺激に反応して誘導されるエレメント、構成的に活性化されたエレメント、もしくは陰性調節エレメントもしくは転写エンハンサーなどのプロモーター活性を増減させるエレメントが含まれ得る。調節エレメント活性を示すヌクレオチド配列とは、プロモーター、コアプロモーター、構成的調節エレメント、陰性エレメントもしくはサイレンサー（すなわち、プロモーター活性を減少させるエレメント）、もしくは転写もしくは翻訳エンハンサーなどの対象となる機能のコード配列と有効に結合する際のヌクレオチド配列を意味している。
【００４５】
「有効に結合（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ ｌｉｎｋｅｄ）」とは、特定の配列同士（例えば、調節エレメント及び対象となるコード領域）が、直接的もしくは間接的に相互作用し、遺伝子発現の媒介もしくは調節といった目的とする機能を果たすことを意味する。有効に結合する配列の相互作用は、例えば、有効に結合する配列と相互作用する蛋白質によって媒介され得る。
【００４６】
本願で用いられる調節エレメントには、転写開始もしくは転写の後に活性化されるエレメント、例えば、翻訳及び転写エンハンサー、翻訳及び転写リプレッサー、及びｍＲＮＡ安定性もしくは不安定性デターミナントなどの、遺伝子発現を調節する調節エレメントも含まれる。本開示において、「調節エレメント」という用語は、必ずしもではないが通常は、構造遺伝子のコード配列の上流（５’）側のＤＮＡ配列も意味し、その配列には、ある特定の部位で転写を開始するのに必要なＲＮＡポリメラーゼ及び／又はその他因子に対する認識を備えることによってコード領域の発現を調整する配列が含まれる。ある特定の部位で確実に転写を開始させるＲＮＡポリメラーゼもしくはその他転写因子に対する認識を備えた調節エレメントの例として、プロモーターエレメントが挙げられる。プロモーターエレメントは、転写開始に関与するコアプロモーターエレメント、及び、遺伝子発現を修正するその他調節エレメントを含む。当然のことながら、イントロン内に位置するヌクレオチド配列、もしくは、コード領域配列の３’もまた、対象となるコード領域の発現調節に寄与し得る。また、調節エレメントには、転写開始部位の下流（３’）、もしくは転写領域内、もしくはその両方に位置するエレメントも含まれる。本発明においては、転写後調節エレメントとして、例えば、翻訳及び転写エンハンサー、翻訳及び転写リプレッサー、及びｍＲＮＡ安定性デターミナントなどの、転写開始後に活性化されるエレメントが挙げられる。
【００４７】
上記調節エレメントもしくはその断片は、異種の調節エレメントの活性を調節するために、その異種の調節エレメントもしくはプロモーターと効果的に付随（有効に結合）していてもよい。そのような調節としては、異種の調節エレメントの転写活性の増強もしくは抑制、転写後事象の調節、もしくは異種の調節エレメントの転写活性の増強／抑制及び転写後事象の調節の両方が挙げられる。例えば、１つ以上の調節エレメントもしくはその断片は、構成的、誘導性の組織特異性プロモーターもしくはその断片、もしくは調節エレメントの断片と効果的に付随し得る。例えば、これに限るものではないが、植物、昆虫、菌類、細菌、酵母、もしくは動物細胞内にある前記プロモーターの活性を調節するために、ＴＡＴＡもしくはＧＣ配列を本発明の調節エレメントと効果的に付随させてもよい。
【００４８】
調節エレメントには複数の種類があり、発生的に調節され、誘導性で且つ構成的なものが挙げられる。発生的に調節された調節エレメント、もしくはその制御下で遺伝子の発現差異を調整する調節エレメントは、特定の器官もしくは器官の組織内において、その器官もしくは組織が発達する間の特定の時期に活性化される。しかし、発生的に調節された調節エレメントには、ある器官もしくは組織内において、特定の発達段階で優先的に活性化されるものもあり、それらはまた、発生的に調節された方法で活性化されるか、もしくは植物内のその他の器官もしくは組織においても基礎レベルで活性化され得る。
【００４９】
「プロモーター」とは、コード領域の５’末端におけるヌクレオチド配列、もしくは転写開始及び転写速度調節に不可欠なシグナル全てを含む前記ヌクレオチド配列の断片を意味する。通常、誘導性プロモーターと構成的プロモーターの２種類のプロモーターがある。
【００５０】
誘導性プロモーターは、誘導因子に反応して、１つ以上のＤＮＡ配列もしくは遺伝子の転写を直接的もしくは間接的に活性化できるプロモーターである。誘導因子が存在しなければ、ＤＮＡ配列もしくは遺伝子は転写されない。通常、転写を活性化する誘導性プロモーターへ特異的に結合する蛋白質因子は不活性化状態で存在し、前記蛋白質因子はその後、誘導因子によって、直接的もしくは間接的に活性化状態へ変換される。上記誘導因子は、例えば、蛋白質、代謝物、成長調節物質、又は、熱、低温、もしくは有毒物質によって直接的に課せられるか、もしくは、ウィルスなどの病原体や病因物質の作用によって間接的に課せられる生理的ストレス、などの化学的因子であり得る。
【００５１】
構成的プロモーターは、生物の様々な部分を通じ、及び／又は連続的に生物の発生を通じ、遺伝子の発現を指示する。本願記載の蛋白質もしくはその断片の発現を促進するために、任意の適当な構成的プロモーターを使用することができる。周知の構成的プロモーターの例としては、これに限られないが、ＣａＭＶ ３５Ｓ転写物（Ｏｄｅｌｌ等、１９８５、Ｎａｔｕｒｅ、３１３：８１０−８１２）に関連するものが挙げられる。
【００５２】
本願で用いられる「構成的」という用語は、遺伝子が全ての細胞型において同じレベルで発現されることを必ずしも意味するとは限らず、多数の変異が頻繁に認められながらも、遺伝子が幅広い細胞型において発現されることを意味する。
【００５３】
本発明の遺伝子構造物は、さらに、３’非翻訳領域を含むものである。３’非翻訳領域とは、ポリアデニル化シグナルと、ｍＲＮＡプロセッシングもしくは遺伝子発現をもたらし得るその他の調節シグナルとからなるＤＮＡセグメントを含む遺伝子部分を意味している。ポリアデニル化シグナルは、通常、ｍＲＮＡ前駆体の３’末端へポリアデニル酸トラック（ｔｒａｃｋ）を付加するという特徴を有する。
【００５４】
また、本発明の遺伝子構造物は、必要な場合は、追加的なエンハンサー（翻訳もしくは転写エンハンサーのいずれか）を含んでもよい。これらのエンハンサー領域は、当業者に周知であり、ＡＴＧ開始コドンおよび隣接配列を含み得る。配列全体を確実に翻訳するため、前記開始コドンは、コード配列のリーディングフレームと一致しなければならない。翻訳制御シグナルおよび開始コドンは、天然および合成の両方を含む、様々な起源に由来するものであり得る。翻訳開始領域は、転写開始領域源、もしくは構造遺伝子から提供され得る。この配列はまた、遺伝子を発現させるために選択される調節エレメントに由来してもよく、ｍＲＮＡの翻訳を強化させるために特異的に修飾されてもよい。
【００５５】
本発明は、さらに、上記核酸を含むベクターを含む。本発明の核酸配列での使用に適した発現ベクターとしては、これらに限られないが、プラスミド、ファージミド、ウイルス粒子及びベクター、ファージ等が挙げられる。昆虫細胞においては、バキュロウイルス発現ベクターが適している。植物細胞においては、カリフラワーモザイクウイルスやタバコモザイクウイルスなどのウィルス発現ベクター、及び、Ｔｉプラスミドのようなプラスミド発現ベクターが適している。発現ベクター全体もしくはその一部は、宿主細胞ゲノムに組み込むことができる。
【００５６】
本願記載の蛋白質もしくはその断片を産生するために、様々な発現系が使用できることは当業者に理解されるであろう。体外産生に関し、使用される明確な宿主細胞は、本発明において重要ではない。蛋白質もしくはその断片は、原核宿主（例えば、大腸菌もしくは枯草菌）もしくは、真核宿主（例えば、サッカロミセスもしくはピキア（Ｐｉｃｈｉａ）；ＣＯＳ、ＮＩＨ ３Ｔ３、ＣＨＯ、ＢＨＫ、２９３、もしくはＨｅＬａ細胞のような哺乳類細胞；昆虫細胞；もしくは植物細胞）において産生することができる。形質転換もしくは形質移入の方法、及び、発現ベクターの選択は、選択される宿主系に依存し、当業者によって容易に決定可能である。形質転換及び形質移入の方法は、例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ等（１９９４）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋに記載されており、また、様々な発現ベクターは、例えば、Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｖｅｃｔｏｒｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｐｏｕｗｅｌｓ等、１９８５、Ｓｕｐｐ．１９８７）にて提供されているもの、及び様々な商業供給業者によって提供されているものから選択できる。さらに、宿主細胞は、挿入配列の発現を調節するもの、もしくは特定の望ましい方法で遺伝子産物を修飾／処理するものを選べばよい。蛋白質産物のそのような修飾（例えば、グリコシル化）、及びプロセッシング（例えば、切断）は、蛋白質活性において重要である。種々の宿主細胞が、蛋白質及び遺伝子産物の翻訳後プロセッシング及び修飾に対し、特徴的且つ特異的なメカニズムをもつ。発現した蛋白質の正確な修飾及びプロセッシングを確実に行うための適切な細胞株もしくは宿主系は、当業者が選択することができる。
【００５７】
スクリーニング方法
また、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法を提供するものであって、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義されるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質、アイソフォーム、もしくは自然発生したその対立遺伝子多型をコードするヌクレオチド配列における１つ以上の変異について、前記サンプルを分析し、前記１つ以上の変異の存在により、前記蛋白質の１個以上のアミノ酸の欠失、もしくは前記蛋白質の未成熟短縮が生じる結果となり、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００５８】
上記方法において、前記の１つ以上の変異には、これらに限定するものでないが、欠失、逆位、転座、重複、スプライスドナー部位変異、点変異、もしくはその類が含まれる。前記の１つ以上の変異は、例えば、エクソン１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくはそれ以上の蛋白質のいかなる領域でも生じ得る。好適な実施形態において、前記の１つ以上の変異は、エクソン１９で生じる。別の実施形態において、前記の１つ以上の変異は、Ｃ２ドメインの全てもしくは一部、例えば、（１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、もしくは１００％といった）５％〜１００％のＣ２ドメインを消失させる。さらなる実施形態において、前記の１つ以上の変異により、Ｃ２ドメイン（例えば、これに限るものでないが、７７９もしくはそれより手前のアミノ酸）のＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義されるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質の短縮が生じる。しかし、いかなる場合においても限定することを望むものではないが、本発明では、配列中のそれより手前、もしくはそれより後の任意のアミノ酸における未成熟短縮が意図される。
【００５９】
また、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法を提供するものであり、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６で定義されるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質、アイソフォーム、もしくは自然発生したその対立遺伝子多型をコードする遺伝子配列における１つ以上の変異について、前記サンプルを分析し、前記の１つ以上の変異の存在により、前記蛋白質の１個以上のアミノ酸の欠失、もしくは前記蛋白質の未成熟短縮が生じる結果となり、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００６０】
また、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法を提供するものであり、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端においてＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質をコードする核酸について、前記サンプルを分析し、前記核酸の存在により、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００６１】
前記方法において、段階ｂ）は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４、もしくはその断片を含む蛋白質をコードする核酸について分析する段階を含み得ると理解される。
【００６２】
「サンプルを分析」という用語は、上記定義の蛋白質をコードする核酸について、前記対象から得られたサンプルの特性を明らかにすることを意味し、且つ、これらに限定されないが、ハイブリダイゼーションアッセイ、ヌクレオチドシーケンシング、ＲＴ−ＰＣＲ（ただし、これに限定されない）等を含むヌクレオチドＰＣＲ、もしくはそれらの組み合わせを含むことを意味している。
【００６３】
対象から得られたサンプルは、ＤＮＡもしくはＲＮＡが得られる任意の組織サンプルもしくは生体液サンプルを含む。例えば、これらに限られないが、ＤＮＡは、血液、毛包細胞、皮膚細胞、頬の細胞、唾液細胞、組織生検、もしくはその類から得られる。好適な実施形態において、前記サンプルは、血液である。
【００６４】
また、本発明は、複数の対象からの生体サンプル内において、前記蛋白質を同定する及び／又はその特性を明らかにするスクリーニング方法も意図している。そのようなサンプルは、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含んでもよいし、含まなくてもよい。例えば、前記スクリーニングもしくは試験方法では、サンプル中の上記蛋白質を同定するため、これらに限るものではないが、ＥＬＩＳＡｓもしくはその類の抗体結合アッセイ、蛋白質シーケンシング、電気泳動分離といった、免疫学的方法を用いてもよい。当業者には自明であるが、前記スクリーニング方法によって、本願定義の蛋白質と、当該分野で周知の野生型蛋白質との区別が可能となる。
【００６５】
また、さらなる実施形態において、本発明は、精神遅滞に関連する変異蛋白質について対象をスクリーニングする方法を提供するものであり、前記方法は、
ａ）前記対象から生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端においてＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質について前記サンプルを試験し、前記蛋白質の存在により、前記対象が、精神遅滞に関連する変異蛋白質を発現する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００６６】
前記方法において、段階ｂ）は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４、もしくはその断片を含む蛋白質について試験する段階を含み得ると理解される。
【００６７】
キット
また、本発明は、キットを提供するものであり、該キットは、本願記載の蛋白質（例えば、これに限定するものでないが、Ｃ末端においてＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含み、且つ精神遅滞に関連する蛋白質）；精神遅滞に関連しない類似野生型蛋白質よりも、本願記載の蛋白質（例えば、これに限定するものでないが、Ｃ末端においてＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質）と選択的に結合し、且つ精神遅滞に関連する抗体；本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列を増幅するための１つ以上の核酸プライマー；本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列とハイブリッド形成する約９から１００個のヌクレオチドを含む１つ以上の核酸プローブ；バッファ、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ＤＮＡポリメラーゼ（ただし、これらに限られない）などの１以上の試薬；対象において、精神遅滞に関連するヌクレオチド配列もしくは蛋白質の存在を分析、診断、もしくは決定するための指示事項；本願記載の成分を使用するため、もしくは本願記載の方法を行うための指示事項、もしくはそれらの組み合わせを含むことを特徴とする。
【００６８】
次の実施例において、本発明をさらに詳述する。
【実施例１】
【００６９】
実施例１：材料及び方法
【００７０】
罹患者
本研究で究明を行った家系は、パキスタンのパンジャブ州出身である。本研究の全参加者から適切なインフォームドコンセントを得た。罹患者の臨床検査より、初期の運動発達遅延、正常範囲内の前後径周囲（ＯＦＣ）、及び正常な顔面外観が明らかとなった。異形症特徴（ｄｙｓｍｏｒｐｈｉｃ ｆｅａｔｕｒｅ）、肝脾腫大症、心雑音、及び皮膚異常はみられなかった。罹患者２人について脳の構造ＭＲＩを行い、その結果は概して正常であったが、うち１人において軽度の小脳萎縮の兆候がみられた。ジュベール症候群の顕著な兆候である大臼歯徴候（Ｍｏｌａｒ−ｔｏｏｔｈ ｓｉｇｎ：ＭＴＳ）も確認された。
【００７１】
サンプル採集及びＤＮＡ抽出
罹患者５人及び前記家系の非罹患家系員１２人から血液サンプルを採集した。標準方法によって、末梢血白血球からゲノムＤＮＡを抽出した。家系員１人においてのみ、リンパ芽球細胞株の樹立に成功した。
【００７２】
ＳＮＰホモ接合性もしくは自己接合性マッピング
Ａｆｆｙｍｅｒｔｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｍａｐｐｉｎｇ ５００Ｋアレイを用い、罹患者５人及び非罹患１人からのＤＮＡサンプルを分析した。前記アレイでは、ＳＮＰ間の物理的距離の中央値２．５Ｋｂ、物理的距離の平均値５．８Ｋｂの〜５００，０００個のＳＮＰの分析が可能である。前記ＳＮＰの平均ヘテロ接合度は０．３０である。しかし、本試験では、ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｍａｐｐｉｎｇ ５００ＫアレイセットのＮｓｐＩチップだけを用い、前記サンプルにおいて〜２６０，０００個のＳＮＰの遺伝子型決定が行われた。メーカーの使用説明書（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｍａｐｐｉｎｇ ５００Ｋ Ａｓｓａｙ Ｍａｎｕａｌ）に従って、サンプルプロセッシング、標識化、及びハイブリダイゼーションを行った。ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｓｃａｎｎｅｒでアレイをスキャンし、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＧＣＯＳ）及びＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＧＴＹＰＥ）（ｖｅｒ．３．０．２）でデータを処理し、ＳＮＰアレルコール（ａｌｌｅｌｅ ｃａｌｌ）を生成した。
【００７３】
コピー数分析
ｄＣｈｉｐ分析装置を用いたハイブリダイゼーション強度の比較分析より、欠失及び重複事象を含むコピー数多型（ＣＮＶ）を推定した（Ｌｉ及びＷｏｎｇ、２００３；Ｚｈａｏ、２００４；Ｚｈａｏ、２００５）。正規化後、隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）を用いて、生信号データからＤＮＡコピー数を推定した。
【００７４】
マイクロサテライトマーカーを用いたＤＮＡ解析及び連鎖解析
標準的プロトコルを用い、４ｐ領域における１２蛍光標識マイクロサテライトマーカーをＰＣＲ増幅し、ＡＢＩ ３７３０ｘｌ ＤＮＡ分析装置にて電気泳動した。Ｇｅｎｅｍａｐｐｅｒソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて遺伝子型をコールし、ＭＬＩＮＫソフトウェアを用いて連鎖解析を行った。
【００７５】
細胞遺伝学的解析
標準的な細胞遺伝学的手順によりリンパ芽球細胞株を培養し、染色体分析を行った。Ｔｈｅｒｍｏｔｒｏｎにて固定細胞からスライドを作成し、熟成させて、ＧＴＧ分染を行った。
【００７６】
ＤＮＡシーケンシング及び変異スクリーニング
Ｐｒｉｍｅｒ３（ｖ．０．３．０）を用いてＰＣＲプライマーを設計し、臨界領域内の既知遺伝子の全エクソン及びイントロン−エクソン境界を増幅させた。標準的な条件を用いてＰＣＲを行い、その産物を精製し、さらに、ＢｉｇＤｙｅ Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ ｖ３．１ Ｃｙｃｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｒｅａｄｙ Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて直接シーケンスを行った。
【００７７】
発現解析
前記ミアンワリ家系においてスプライス変異が含まれるエクソン１９に及ぶ、エクソン１８からの順方向プライマー（５’−ＡＣＡＧＴＣＡＧＴＣＧＧＣＣＡＣＴＡＧＧ）（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）及びエクソン２５からの逆方向プライマー（５’−ＧＴＴＣＴＧＣＣＡＧＣＴＴＧＡＡＡＡＧＧ）（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）を用い、ＲＴ−ＰＣＲによって、ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子についての発現解析を行った。
【００７８】
ＣＣ２Ｄ２Ａのバイオインフォマティクス解析
Ｇｅｎｏｍａｔｉｘ社のＰｒｏｍｏｔｅｒＩｎｓｐｅｃｔｏｒを用い、ＣＣ２Ｄ２Ａについてプロモーター解析を行った。全米バイオテクノロジー情報センターのＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等、１９９７）、及びＵＣＳＣ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ Ｗｏｒｋｉｎｇ Ｄｒａｆｔを用い、ホモロジー検索を行った。ヨーロッパ分子生物学研究所（ＥＭＢＬ）のＳＭＡＲＴ（Ｓｉｍｐｌｅ Ｍｏｄｕｌａｒ Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ）プログラム、東京大学のＰＳＯＲＴ ＩＩスイートプログラム、ＳＯＳＵＩアルゴリズム、及びＳｗｉｓｓ ＥＭＢＮｅｔのＣＯＩＬＳ Ｐｒｏｇｒａｍを用い、蛋白質のドメイン予測を行った。進化を通じて高度に保存された蛋白質の領域を同定し、さらなる潜在的な機能的関連モチーフがＣＣ２Ｄ２Ａにおいて同定されるよう、ＣＬＵＳＴＡＬ−Ｗを用い、様々な種にわたる、（既知の、及びゲノム配列もしくはｃＤＮＡ配列から予測される）ＣＣ２Ｄ２Ａ相同分子種について比較配列分析を行った。
【００７９】
結果
本願記載の精神遅滞及び網膜色素変性症についての遺伝子座が、ＮＣＢＩにおいて、ＭＩＭ ｅｎｔｒｙ ６１２２８５の番号を付与された（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｔｒｅｚ／ｄｉｓｐｏｍｉｍ．ｃｇｉ？ｉｄ＝６１２２８５）。
【００８０】
ホモ接合性マッピング／自己接合性マッピング
ホモ接合性マッピング（自己接合性マッピング）により、罹患者４人において、染色体４の短腕（４ｐ１５．２−ｐ１５．３３）上における〜１１．２Ｍｂのホモ接合性及びハプロタイプ一致（ｈａｐｌｏｉｄｅｎｔｉｃａｌ）領域が共通に確認されたが、健常者や第５の罹患者では確認されなかった。これは、罹患者５人中４人において存在する唯一の大きな（５Ｍｂを超える）ホモ接合性及びハプロタイプ一致領域であり、５人全員に存在するものではなかった。隣接ＳＮＰ（ｒｓ２１９１６８５及びｒｓ７６６４１０４（それぞれｐテロメアから１４．００１及び２５．２０３Ｍｂに存在））のシーケンシングにより、〜３９個の遺伝子を含む１１．２Ｍｂの臨界領域（ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ）が詳細に位置付けされた（ＵＣＳＣ Ｍａｒｃｈ ２００６）。
【００８１】
コピー数多型（ＣＮＶ）解析
ホモ接合性マッピング（自己接合性マッピング）では、全罹患者に共通する領域が確認されなかったため、本発明者等は、さらに、表現型で分離する大きな染色体欠失もしくは重複が存在するのではないかという仮説をたてた。興味深いことに、コピー数解析より、前記家系の他４人の罹患者とは疾患ハプロタイプを共有していない第５の罹患者において、Ｘ染色体全体の重複が示された。続いて行われた細胞遺伝学的解析では、核型４８，ＸＸＸＸが示された。この稀なテトラソミーは、精神遅滞に大抵付随するため、この女性は表現型模写であることが示された。
【００８２】
連鎖解析
４ｐ領域における１２マイクロサテライトマーカーを用いた、家系員１７人の遺伝子型決定により、染色体４ｐ１５．３３−ｐ１５．２上の遺伝子座への連鎖が確認された。ＭＬＩＮＫソフトウェアを用いて連鎖を計算したところ、マーカーＤ４Ｓ４１９において、二点間の最大対数尤度（ＬＯＤ）スコア３．５９（シータ＝０．０）が得られた。
【００８３】
変異スクリーニング
１１．２Ｍｂの臨界領域は、約３９個の注釈付き遺伝子を含んでいる（ＵＣＳＣ ２００４）。フェニルケトン尿症２型についての遺伝子（ＰＫＵ２；ＭＩＭ ＋２６２６３０）であるキノイドジヒドロプテリジン還元酵素（ＱＤＰＲ）が前記臨界領域内に位置するため、本発明者等は、まず、上記遺伝子が候補遺伝子である可能性があると考え、ＱＤＰＲの全コード配列及びスプライス部位をスクリーニングした。上流のホモ接合性塩基置換が同定されたが、これも、非罹患である親の１人におけるホモ接合型であり、疾患で分離していなかった。さらに、患者の血液サンプルの生化学分析によっても、この遺伝子は排除された。前記領域におけるその他全ての既知遺伝子配列分析により、ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子のエクソン１９におけるスプライスドナー部位変異（ＩＶＳ１９＋１：ＧからＣ）が同定された。この変異は、表現型で分離しており、３つのナンセンスアミノ酸（Ｍ、Ｅ、Ｓ）の付加、及びそれに続く蛋白質の未成熟短縮を生じさせると予測される。ＣＣ２Ｄ２Ａ（ＮＭ＿００１０８０５２２）遺伝子は、長さ〜５ＫｂのｍＲＮＡを生じ、また、少なくとも１３個の異なるアイソフォームから構成されるが、前記アイソフォームは、４ｐ１５．３３上において、ゲノムＤＮＡ〜１３１．５Ｋｂ（１５，０８０，７６０−１５，２１２，２７８ｂｐ；ＵＣＳＣ Ｍａｒｃｈ ２００６）におよぶ最大３７個のエクソンを有する。ＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質は、（エクソンの利用方法によるが、）最大１６２０個のアミノ酸を含み、Ｃ２ドメインは、この遺伝子の１０４２−１２０２にあると予測される。ＲＴ−ＰＣＲ、及びそれに続いて行った罹患者のリンパ芽球由来ｃＤＮＡを用いた配列分析により、本発明者等は、前記スプライス変異によりエクソン１９のスキッピングが生じていると断定した。エクソン１８のエクソン２０へのスプライシングによるフレームシフトが生じ、未成熟終止コドンが７４０番のアミノ酸で蛋白質を短縮する前に、１３個のナンセンスアミノ酸（ＥＣＰＳＨＬＫＬＭＡＶＴＳ＊）がエクソン１８を越えて付加される。したがって、Ｃ２ドメインが消失することとなる。本発明者等は、同じパキスタン人である健常な対照からの４６０本の染色体をスクリーニングしたが、前記のような変異は同定できなかった。
【００８４】
ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子及びコードされた蛋白質のバイオインフォマティクス解析
４ｐ１５．３３上のＣＣ２Ｄ２Ａのゲノム構成を図５に示す。Ｇｅｎｏｍａｔｉｘ社のＥｌＤｏｒａｄｏ及びＰｒｏｍｏｔｅｒＩｎｓｐｅｃｔｏｒプログラムを用いた、ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子における配列及びその周辺の配列の解析により、１５，０８０，０８８−１５，０８０，８６０ｂｐ（４ｐテロメア；ＵＣＳＣ Ｍａｒｃｈ ２００６）に、７７３ｂｐの推定プロモーター配列の存在が示された。Ｓｉｍｐｌｅ Ｍｏｄｕｌａｒ Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＳＭＡＲＴ：ｈｔｔｐ：//ｓｍａｒｔ．ｅｍｂｌ．ｄｅ）を用いた蛋白質配列分析により、１０４２から１２０２の残基（１６２０個のアミノ酸アイソフォーム中）からＣ２ドメインの存在が示された。蛋白質キナーゼＣ保存領域２（ＣａｌＢ）としても知られるＣ２ドメインは、Ｃａ２＋依存性の膜標的モジュールであり、膜輸送もしくはシグナル変換に関与する多くの蛋白質に存在する。ＴＭｐｒｅｄを用いた膜透過（ＴＭ）予測により、１つの強いＴＭへリックス（残基１２７８から１２９７）が存在する、もしくははっきりとしたＴＭドメインが存在しないという２つの可能性が示唆された。ＣＯＩＬＳ ｖ．２１を用いたコイルドコイル解析により、９０％を超える確立でコイルドコイル構造を有する蛋白質の３つの伸張、すなわち、アミノ酸残基４４２−４６３、４７２−４９２、及び５３３−５８０が予測された（２１残基ウィンドウを使用）。ＳＯＳＵＩにより、前記蛋白質は、平均疎水性が−０．６５５で可溶性であると予測されている。シグナルペプチドは同定されなかったが、ｋ−ＮＮ予測より、細胞内の核局在化が示唆される（核９１．３％、細胞骨格４．３％、細胞膜４．３％）。二次構造は、主に、伸長鎖を有する、αへリックス及びランダムコイルであると予測される（Ｎｅｔｗｏｒｋ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ解析；ｈｔｔｐ：／／ｎｐｓａ−ｐｂｉｌ．ｉｂｃｐ．ｆｒ）。シグナルペプチドは見つからなかった。さらに、初期解析より、ＣＣ２Ｄ２Ａは、多数の潜在ＣａＭＫＩＩ認識部位（９ＲＸＸＳ／Ｔ及び３Ｓ／ＴＸＤ部位）及び多くの推定ＰＫＣリン酸化部位を有しているであろうことが示された。ＰｒｅｄｉｃｔＰｒｏｔｅｉｎスイートを用い、２つの推定核局在化シグナルも確認された（残基５８７のＱＲＡＫＫＫＫＲＫ、及び残基１０２１のＲＰＲＲＫ）。並列解析により、ＣＣ２Ｄ１Ａ及び１Ｂとの相同性は示されていない。ＣＣ２Ｄ２Ｂとの相同性は３４％であるが、ＣＣ２Ｄ２ＡのＣ末端終端（残基１２５０−１６２０）方向のみである。ＣＣ２Ｄ２Ｂは、コイルドコイルもＣ２ドメインも有していない。
【００８５】
ＣＣ２Ｄ２Ａの比較配列分析
本発明者等は、完全長コード配列、もしくは１８種のゲノムＤＮＡ及び発現配列タグ（ＥＳＴ）から予測される相同分子種を用い、異種間配列分析を行った。ＣＬＵＳＴＡＬＷを用いた比較分析により、蛋白質配列は脊椎動物の進化を通じて高度に保存されていることが判る（図５）。ヒト配列は、チンパンジーとの配列同一性が９９．４％、アカゲザルとは９６．９％、ウマとは８８．８％、マウス及びラットとは８４．８％、フクロネズミとは７５．７％、ニワトリとは７０．７％、ゼノパスとは６０％、ゼブラフィッシュとは５９．６％、ウニとは４４．７％である。ヒト蛋白質は、線虫蛋白質（Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ ｐｒｏｔｅｉｎ）Ｋ０７Ｇ５．３（ＮＰ＿４９２０２６）との同一性が２１．６％、ショウジョウバエ蛋白質ＣＧ１８６３１（ＮＰ＿６１１２３０）との同一性が２９．９％で、Ｃ末端終端（ヒトではアミノ酸１３０１番から、線虫ではアミノ酸８９４番から、及びショウジョウバエではアミノ酸２００番からカルボキシル末端まで）に向かって生じる最も強力な重複及び相同性を有しており、以上のことから、Ｃ２ドメインに加え、この領域に対する保存された機能性が示唆される。この蛋白質についてのＷｏｒｍＢａｓｅ情報より、幼生期及び成虫期の間に、頭部及び尾部ニューロン（また、頭部及び尾部のその他未同定細胞）を含む神経系に、前記蛋白質が発現していることが示されている。Ｋ０７Ｇ５．３遺伝子のＲＮＡｉを介したノックダウンは、非致死的であった。
【００８６】
生物種間の完全長ｃＤＮＡ配列の対比較から算出したＫａ／Ｋｓ比より、ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子配列が全体的に保存されていることが明らかとなった。近縁の種の種間比較でも、高水準の全体的な保存が確認された。霊長類におけるＣ２ドメインの対比較から算出されたＫａ及びＫｓ値は、完全長の霊長類配列比較におけるＫａ及びＫｓより高かった。対して、マウス−ラットＣ２ドメイン比較におけるＫａ値は、完全長マウス−ラット比較におけるＫａより低かった。しかし、げっ歯類Ｃ２ドメインのＫｓ値は、げっ歯類完全長配列のものより若干高かった。さらに、Ｃ２ドメインが、その隣接配列とは異なる進化的プロファイルを有しているか否かを調べるため、この領域の上流及び下流５００塩基対（隣接領域１および２、以降ＦＲ１及びＦＲ２と称す）を対比較で分析した。ヒト、チンパンジー、及びアカゲザルの霊長類族では、Ｋａ及びＫｓ値とも、ＦＲ１もしくはＦＲ２よりＣ２ドメインのほうが高かった。マウス−ラット比較では、Ｃ２ドメインのＫａは、ＦＲ１及びＦＲ２のＫａより低く、Ｃ２ドメインのＫｓは、ＦＲ１のＫｓよりは高いものの、ＦＲ２と同程度であった。
【００８７】
保存されたＣ末端での進化速度を調べるため、次に、Ｃ末端ドメイン（ヒトにおけるコード配列の最後の１１１３個のヌクレオチドを含む）を、Ｎ末端ドメインの最初の１１１５個のヌクレオチドと比較した。全ての対比較において、Ｃ末端のＫａ／Ｋｓ比は、Ｎ末端のものより著しく低く、Ｃ末端が生物種間でよく保存されていることのさらなる証拠が得られた。
【００８８】
発現解析
ＲＴ−ＰＣＲ分析より、ＣＣ２Ｄ２Ａが多くの組織で発現していることが示されている（図７）。１２の組織からのｃＤＮＡパネルでは、様々な度合いではあるが、各組織において発現が確認され、前立腺、膵臓、腎臓、肺、及び肝臓では最大となる発現が、また、脾臓、小腸、結腸、骨格筋、卵巣、胸腺、及び心臓ではより低い発現がみられた。脳での発現もまた強力であった。さらに、Ｃｏｓ−７細胞におけるＣＣ２Ｄ２Ａ−ＧＦＰ融合蛋白質の発現は、潜在的な核局在化シグナルの存在が予測されたにもかかわらず、ほぼ例外なく細胞質性のようであった。
【００８９】
ＣＣ２Ｄ２Ａ抗体
ＯＰＥＮ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（アラバマ州ハンツビル）の実施により、２つのエピトープをウサギに注射し、それらエピトープに対する抗ＣＣ２Ｄ２Ａ抗体を得た。予測ＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質の全体の大きさが〜１８６ｋＤａであることから、２つのエピトープを用いた。使用された配列は、ヒトのＣＣ２Ｄ２Ａ配列（ＮＰ＿００１０７３９９１）であった。第一のエピトープは、中央ではあるがＮ末端からコイルドコイル及びＣ２ドメイン（ＲＳＫＲＦＲＬＬＨＬＲＳＱＥＶＰＥＦＲＮＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０））、及びミアンワリ家系における変異部分に存在し、一方、第二のエピトープは、Ｃ末端尾部上（ＥＤＤＨＲＡＥＬＬＫＱＬＧＤＹＲＦＳＧＦＰＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１））に存在している。また、これらのエピトープは、マウスのＣＣＤ２Ａ相同分子種（ＮＰ＿７５８４７８）において１００％保存されており、これによって、前記抗体が、ヒト及びマウスＣＣ２Ｄ２Ａについて潜在的に交差反応性を示すものとなっている。ウサギ抗血清は、親和性精製により精製した。
【実施例２】
【００９０】
実施例２：ジュベール症候群に関連するＣＣ２Ｄ２Ａ
【００９１】
本発明者等は、精神遅滞及び網膜色素変性症を有するパキスタン家系における、ホモ接合性／自己接合性マッピング及びそれに続く遺伝子シーケンシングによる、遺伝子ＣＣ２Ｄ２Ａ内の短縮変異の同定について報告してきた。理論により限定もしくは拘束されることを望むものではないが、前記家系の症状は、ジュベール症候群（ＭＩＭ ２１３３００）と部分的に一致しているとも考えられる。
【００９２】
Ｊｏｕｂｅｒｔ−Ｂｏｌｔｓｈａｕｓｅｒ症候群としても知られるジュベール症候群（ＪＳ）は、フランス系カナダ家系において最初に報告された、稀な常染色体劣性疾患である（Ｊｏｕｂｅｒｔ等、１９６９）。ＪＳは、臨床的及び遺伝的に混成した疾患群であり、神経放射線学的兆候である「大臼歯徴候（ＭＴＳ）」を有する小脳虫部の低形成及びそれに伴う神経学的症状（異常呼吸パターン及び発育遅延を含む）によって特徴付けられる。その他様々な特徴としては、眼振、網膜ジストロフィー、顔面異形症特徴（ｄｙｓｍｏｒｐｈｉｃ ｆａｃｉａｌ ｆｅａｔｕｒｅｓ）、低血圧症、運動失調、後頭部脳瘤（ｏｃｃｉｐｉｔａｌ ｅｎｃｅｐｈａｌｏｃｅｌｅ）、腎疾患、眼球欠損（ｏｃｕｌｏ ｃｏｌｏｂｏｍａｓ）、肝異常、及び多指症が挙げられる。よくみられる特有な顔面異形症特徴としては、大きな頭部、前額突出、高い位置にある曲線的な眉、内眼角贅皮、下垂症（稀に）、顕著な鼻孔を有する上向きの鼻、開いた口（初期段階では卵型の口の傾向があるが、後になるにつれ偏菱形となり、最終的には口角が下がった三角形となる）、舌突出及び舌の律動的運動、及びまれにみられる低位及び傾斜耳介が挙げられる（Ｍａｒｉａ等、１９９９）。神経眼科的検査では、眼球運動失行がみられる。
【００９３】
現在ジュベール症候群関連疾患（ＪＳＲＤ）と呼ばれる一群の症候群では、ＭＴＳが確認されている。ＪＳＲＤには、
１．古典的ＪＳ（ＭＩＭ２１３３００）
２．ＪＳ及びレーバー先天性黒内障（ＬＣＡ）
３．ＪＳ及びネフロン癆（ＮＰＨＰ［ＭＩＭ ２５６７００］）
４．ＪＳ及びＬＣＡ及びＮＰＨＰ（小脳・眼・腎症候群（ｃｅｒｅｂｅｌｌｏ−ｏｃｕｌｏ−ｒｅｎａｌ ｓｙｎｄｒｏｍｅ；ＣＯＲＳとも呼ばれる。ＭＩＭ ６０８０９１）
５．小脳虫部機能低下／形成不全（ｃｅｒｅｂｅｌｌａｒ ｖｅｒｍｉｓ ｈｙｐｏ／ａｐｌａｓｉａ）、精神遅滞（ｏｌｉｇｏｐｈｒｅｎｉａ）、先天性運動失調（ｃｏｎｇｅｎｉｔａｌ ａｔａｘｉａ）、眼球欠損、肝線維症（ＣＯＡＣＨ［ＭＩＭ ２１６３６０］）症候群
６．口・顔・指症候群ＶＩ型（ＭＩＭ ２７７１７０）
が含まれ、また、多指症や脳ヘルニアなどのその他特徴も前記の６つの下位群にそれぞれ含まれる。
【００９４】
ＪＳＲＤについて同定されている多くの遺伝子は、繊毛に限局しており、したがって、ＪＳＲＤは、繊毛機能障害もしくは繊毛症（ｃｉｌｉｏｐａｔｈｙ）であると考えられる。ＪＳＲＤ変異は、ＡＨＩ１、ＣＥＰ２９０、ＮＰＨＰ１、ＲＰＧＲＩＰ１Ｌ、ＴＭＥＭ６７、及びＡＲＬ１３Ｂで発見されている。
【００９５】
さらに、別の症候群であるメッケル症候群（メッケル−グルーバー症候群としても知られる；ＭＫＳ；ＭＩＭ ２４９０００）は、ＪＳＲＤの臨床的特徴のうちのいくつかを共有している。ＭＫＳを引き起こす変異は、ＴＭＥＭ６７、ＲＰＧＲＩＰＬ１で発見されていたが、現在は、ＣＣ２Ｄ２Ａでも発見されている（Ｔａｌｌｉｌａ等、２００８）。ＭＫＳは、通常、致死的である。
【００９６】
ＪＳの有病率において、米国では、おおよそ１：１００，０００（Ｐａｒｉｓｉ等、１９９９−２００６）と推定されていたが、特に、軽度の罹患者において、臨床的兆候もしくはＭＲＩ所見が十分に認識及び診断されていないため、前記値は低く見積もられたものである可能性がある（Ｐａｒｉｓｉ等、２００７）。
【００９７】
パキスタン家系の罹患者４人中２人（年長者（男性、２７歳）及び年少者（女性、１８ヶ月））について、全面的な神経学的検査及びＭＲＩを１人の開業医が行った。ＪＳＲＤ特徴の多くはみられなかったが、医者により、女児のＭＲＩにおいてＭＴＳの存在が報告され、診断としてジュベール症候群が示されたが、その他の特徴がみられないことから排除された。続いて、１人の眼科医により、前記家系の全罹患者４人の検査が行われ、最年長の男性は、明らかに、夜盲症を含む視力障害を有していた。４人全員に眼振がみられた。年長の３人は、夜盲症及び進行性網膜色素変性症を有していた。最年少者（検査時、わずか３歳）は、乱視を有していた。
【００９８】
この家系における障害は、特徴的ＭＴＳ、精神遅滞、眼振、及び網膜症（及び少なくとも検査した年長の罹患者においては、運動失調及び小脳萎縮）を有し、ジュベール症候群に関連しているとみられる。したがって、本発明の実施形態では、本願記載の核酸もしくは蛋白質を分析することにより、ジュベール症候群もしくはジュベール症候群に関連するヌクレオチド配列について、対象をスクリーニングする方法が提供される。ジュベール症候群に関連する症状の多くが、治療的介入によって治療可能及び／又は抑制可能であるため、ジュベール症候群の早期診断もしくはそのリスクを有する対象の特定が望ましい。
【００９９】
全ての参考文献は、参照により本願に組み込まれる。
【０１００】
本発明は、１つ以上の実施形態について述べられている。しかしながら、請求項に記載された発明の範囲を逸脱することなく多くの変形及び改良が可能であることは、当業者なら言うまでもない。
【０１０１】
参考文献：
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ＵＲＬｓ
ＰｒｏｍｏｔｅｒＩｎｓｐｅｃｔｏｒ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｏｍａｔｉｘ．ｄｅ
ＢＬＡＳＴ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ
ＵＣＳＣ：ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ
ＳＭＡＲＴ：ｈｔｔｐ：／／ｓｍａｒｔ．ｅｍｂｌ−ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ．ｄｅ
ＰＳＯＲＴ：ｈｔｔｐ：／／ｐｓｏｒｔ．ｉｍｓ．ｕ−ｔｏｋｙｏ．ａｃ．ｊｐ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｒｕｎｐｓｏｒｔ．ｐｌ
ＳＯＳＵＩ：ｈｔｔｐ：／／ｓｏｓｕｉ．ｐｒｏｔｅｏｍｅ．ｂｉｏ．ｔｕａｔ．ａｃ．ｊｐ／ｓｏｓｕｉｆｒａｍｅ０．ｈｔｍｌ
ＣＯＩＬＳ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｈ．ｅｍｂｎｅｔ．ｏｒｇ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／ＣＯＩＬＳ＿ｆｏｒm．ｈｔｍｌ
【０１０２】
【表１】
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ−１】
【図１Ｃ−２】
【図１Ｄ−１】
【図１Ｄ−２】
【図１Ｄ−３】
【図１Ｄ−４】
【図１Ｅ】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、遺伝子変異に関する。特に、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子変異に関する。
【背景技術】
【０００２】
精神遅滞（ＭＲ）は、約６００万人のアメリカ人、及び５０万人を超えるカナダ人の１４歳未満の子供が罹患している疾患である（Ｓｈｅａ、２００６）。ＭＲは、認知発達障害及び適応性の発達障害によって定義される混成した疾患群に対する一般用語である。その他よく使用される用語としては、「一般的学習障害（ｇｅｎｅｒａｌ ｌｅａｒｎｉｎｇ ｄｉｓｏｒｄｅｒ）」、「精神障害（ｍｅｎｔａｌ ｈａｎｄｉｃａｐ）」、「学習能力障害（ｌｅａｒｎｉｎｇ ｄｉｓａｂｉｌｉｔｙ）」、「知的障害（ｉｎｔｅｌｌｅｃｔｕａｌ ｈａｎｄｉｃａｐ）」、及び「知的能力障害（ｉｎｔｅｌｌｅｃｔｕａｌ ｄｉｓａｂｉｌｉｔｙ）」（Ｌｅｏｎａｒｄ＆Ｗｅｎ、２００２）、また、「知的障害（ｍｅｎｔａｌｌｙ ｃｈａｌｌｅｎｇｅｄ）」及び「発育遅延（ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌ ｄｅｌａｙ）」（Ｓｈｅａ、２００６）などが挙げられる。ＭＲ有病率は、通常、人口の約１％とされ（Ｓｚｙｍａｎｓｋｉ＆Ｋｉｎｇ、１９９９）、女性罹患者に比べ男性罹患者の割合が高い（１．４：１；Ｍｕｒｐｈｙ等、１９９８）。
【０００３】
ＭＲは、通常、知能指数（ＩＱ）に従って分類される。「精神障害診断及び統計マニュアル（Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ＆ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｍｅｎｔａｌ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ）」（第４版；ＤＳＭ−ＩＶ、１９９４）では、軽度ＭＲはＩＱ範囲５０−５５から７０、中度ＭＲは３５−４０から５０−５５、重度ＭＤは２０−２５から３５−４０、及び最重度ＭＲは２０−２５未満とされている。ＭＲ症例の病因的根拠を解明しようとする試みは重要である。なぜなら、その試みにより、関連共存症（例えば、ウィリアムズ症候群における大動脈弁狭窄症）の診断に役立つ可能性、出産前診断及び／又は遺伝カウンセリング（例えば、脆弱性Ｘ症候群）に役立つ可能性、もしくはフェニルケトン尿症のような治療可能な疾患が同定される可能性が生じるからである（Ｓｈｅａ、２００６）。さらに、ＭＲの原因を解明することで、ＭＲ児を持つ家族が問題に対処する際、及び、支援基盤を利用する際の助けとなり得る。
【０００４】
これまで、ＭＲに対する遺伝学的貢献が行われてきた。従来より、ＭＲの遺伝型は、２つの大範疇に細分される。一つ目の症候性ＭＲは、認知障害及びそれに伴うその他臨床学的及び生物学的特徴によって特徴付けられる。二つ目の非症候群型のＭＲは、認識機能障害が唯一の症状発現である。遺伝因子は、精神遅滞症例の約３分の２の病因に関与している（Ｃｕｒｒｙ、２００２）。罹患者が出産することは稀であるため、精神遅滞の遺伝型においては、Ｘ連鎖性もしくは常染色体劣性遺伝形式がもっとも妥当と考えられる。Ｘ連鎖性精神遅滞について、これまでに、６０を超える遺伝子が報告されている（Ｃｈｅｌｌｙ等、２００６）。しかし、常染色体劣性精神遅滞の分子基盤は、まだほとんど解明されていない。常染色体劣性遺伝は、非症候性精神遅滞（ＮＳＭＲ）全罹患者のおおよそ４分の１において関与していると推定される（Ｂａｓｅｌ−Ｖａｎａｇａｉｔｅ等７にて検討）が、常染色体劣性ＮＳＭＲを引き起こすものとしては、４つの常染色体遺伝子しかこれまでに報告されていない７−１０。その４つの常染色体とは次の通りである：４ｑ２６染色体上ＰＲＳＳ１２遺伝子（ニューロトリプシン［ＭＩＭ ＃６０６７０９］）、１９ｐ１３．１２染色体上ＣＣ２Ｄ１Ａ遺伝子［ＭＩＭ ＃６１００５５］、３ｐ２６染色体上ＣＲＢＮ遺伝子（セレブロン［ＭＩＭ ＃６０９２６２］）、及びごく最近発見された６ｑ１６．１−ｑ２１上ＧＲＩＫ２（イオンチャネル型グルタミン酸受容体６［ＭＩＭ ＃１３８２４４］）。しかし、これらの遺伝子のそれぞれは、ごく少数のＡＲＭＲ家系員もしくは血縁のないＡＲＭＲ罹患者でしか確認されていない（ＰＲＳＳ１２、Ｎ＝１；ＣＲＢＮ、Ｎ＝１；ＣＣ２Ｄ１Ａ、Ｎ＝９；ＧＲＩＫ２、Ｎ＝１）。これら遺伝子のうちごく最近発見されたＧＲＩＫ２は、７８の血縁イラン家系におけるホモ接合性マッピングによって最近位置付けされた常染色体劣性非症候性精神遅滞（ＮＳＭＲ）についての８つの新規遺伝子座のうちの１つにおいて発見された。しかし、その他７つの遺伝子座については、疾病遺伝子もしくは変異はいまだ報告されていない（Ｎａｊｍａｂａｄｉ等、２００７）。ニューロトリプシン（ＰＲＳＳ１２）は、常染色体劣性非症候性精神遅滞の病因において最初に報告された遺伝子であった。この疾患遺伝子座は、ゲノムにおいて所定の４００マイクロサテライトマーカーを用いたホモ接合性マッピングにより、４ｑ２４−ｑ２５染色体上に位置付けされた。この区間には、ＤＫＫ２、ＰＬ３４、ＣＡＳＰ６、ＡＮＫ２、ＣＡＭＫ２Ｄ、ＴＲＰＣ３、及びＰＲＳＳ１２遺伝子などの、約２９の既知機能遺伝子が含まれる。全罹患者において、ＰＲＳＳ１２遺伝子のエクソン７におけるホモ接合性４ｂｐ欠失が共分離しているのが発見され、それにより、前記欠失の１４７ｂｐ下流において未成熟終止コドンが生じていた（Ｍｏｌｉｎａｒｉ等、２００２）。軽度の常染色体劣性非症候性精神遅滞を有する別の家系では、未成熟終止コドンを生じさせるナンセンス変異が、ＡＴＰ依存性のＬｏｎプロテアーゼをコードするＣＲＢＮ遺伝子において同定された。ＣからＴへの置換により、前記遺伝子のアルギニン残基が、エクソン１１の終止コドン（Ｒ４１９Ｘ）に変換されていた（Ｈｉｇｇｉｎｓ等、２００４）。これまで、ＰＲＳＳ１２及びＣＲＢＮ遺伝子における変異は、それぞれ一家系でしか報告されていない。最近、重度の常染色体劣性ＮＳＭＲを有する９つの血縁家系において、蛋白質短縮型変異がＣＣ２Ｄ１Ａ遺伝子で同定された。ＣＣ２Ｄ１Ａ蛋白質は、カルシウム依存性リン脂質結合に関与している（Ｂａｓｅｌ−Ｖａｎａｇａｉｔｅ等、２００６）。
【０００５】
最近の研究では、７８の血縁イラン家系におけるホモ接合性マッピングにより、常染色体劣性非症候性精神遅滞（ＮＳＭＲ）について８つの新規遺伝子座が位置付けされている。しかし、疾患遺伝子もしくは変異はいまだ報告されていない（Ｎａｊｍａｂａｄｉ等、２００７）。最近公表された別の研究では、常染色体劣性非症候性精神遅滞についての新規遺伝子座が、１ｐ２１．１−ｐ１３．３に位置付けされている（Ｕｙｇｕｎｅｒ、２００７）。
【０００６】
当該分野では、精神遅滞に関連する遺伝子マーカーの同定が必要とされている。さらに、当該分野では、精神遅滞に関連するヌクレオチド配列の同定が必要とされている。また、当該分野では、精神遅滞に対する新規診断分析が必要とされている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
本発明は、遺伝子変異に関する。特に、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子変異に関する。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明によれば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７の断片を含む蛋白質が提供される。好適な実施形態において、前記蛋白質は、７７９もしくはそれより手前のアミノ酸において短縮される。別の実施形態において、前記蛋白質は、Ｃ２ドメインの全てもしくは一部が消失している。他の蛋白質もまた、本願記載の通り意図される。
【０００９】
本発明によれば、ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で終結するアミノ酸配列を含む蛋白質が提供される。
【００１０】
また、本発明によれば、前記アミノ酸配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３、もしくはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４を含む、上記蛋白質が提供される。
【００１１】
また、本発明によれば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３との同一性が約８０％から１００％である上記蛋白質が提供される。
【００１２】
また、本発明は、上記蛋白質をコードする核酸を提供する。
【００１３】
また、本発明は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３もしくは４で定義される蛋白質をコードする上記核酸を提供する。
【００１４】
また、本発明は、上記核酸の相補体を含む核酸を提供する。さらに別の実施形態（限定するものではない）において、前記核酸は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、上記核酸もしくはその相補体とハイブリッド形成することができる。
【００１５】
また、本発明は、７から１００個のヌクレオチドを含む上記核酸を提供する。さらに、前記核酸を、１以上の部位で標識してもよい。
【００１６】
また、本発明は、上記ヌクレオチド配列であって、前記配列が、１つ以上の調節エレメントを含むヌクレオチド構造物中に存在することを特徴とするヌクレオチド配列を提供する。
【００１７】
また、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法を提供するものであって、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端にＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質をコードする核酸について、前記サンプルを分析し、前記核酸の存在により、前記対象が、精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００１８】
前記方法において、前記の分析段階は、ハイブリダイゼーションアッセイ、ヌクレオチドシーケンシング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、もしくはそれらの組み合わせの１種以上からなり得る。
【００１９】
また、本発明は、上記スクリーニング方法であって、分析される前記サンプルが血液サンプルであることを特徴とするスクリーニング方法を提供する。
【００２０】
さらに、本発明は、精神遅滞に関連する変異蛋白質について対象をスクリーニングする方法を提供するものであって、前記方法は、
ａ）前記対象から生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端にＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質について、前記サンプルを試験し、前記蛋白質の存在により、前記対象が精神遅滞に関連する変異蛋白質を発現する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００２１】
また、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法を提供するものであって、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義されるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質、アイソフォーム、もしくは自然発生したその対立遺伝子多型をコードするヌクレオチド配列における１つ以上の変異について、前記サンプルを分析し、前記１つ以上の変異の存在により、前記蛋白質の１個以上のアミノ酸の欠失、もしくは前記蛋白質の未成熟短縮が生じる結果となり、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００２２】
また、本発明は、上記方法であって、前記の１つ以上の変異が、欠失、逆位、転座、重複、スプライスドナー部位変異、点変異、もしくはその類であることを特徴とする方法を提供する。
【００２３】
また、本発明は、上記方法であって、前記の１つ以上の変異がエクソン１９で生じることを特徴とする方法を提供する。
【００２４】
また、本発明は、上記方法であって、前記の１つ以上の変異が、Ｃ２ドメインの全てもしくは一部を消失させることを特徴とする方法を提供する。
【００２５】
また、本発明は、上記方法であって、前記の１つ以上の変異により、７７９もしくはそれより手前のアミノ酸におけるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質の短縮が生じることを特徴とする方法を提供する。
【００２６】
また、本発明は、上記方法であって、前記の１以上の変異により、前記蛋白質に、１個以上のナンセンスアミノ酸（ｎｏｎｓｅｎｓｅ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ）が付加されることを特徴とする方法を提供する。
【００２７】
また、本発明は、
ａ）ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で終結し、且つ精神遅滞に関連するアミノ酸配列を含む蛋白質、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義される蛋白質の短縮型、もしくはＣ２ドメインの全てもしくは一部が欠失した蛋白質、
ｃ）好適には精神遅滞に関連しない類似ＣＣ２Ｄ２Ａ野生型蛋白質でなく、上記ａ）、ｂ）、もしくはａ）及びｂ）の蛋白質に選択的に結合する抗体、
ｄ）本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列を増幅するための１つ以上の核酸プライマー、
ｅ）本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列とハイブリッド形成する、約９から１００個のヌクレオチドを含む１つ以上の核酸プローブ、
ｆ）バッファ、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ＤＮＡポリメラーゼ、もしくはそれらの組み合わせを含む１以上の試薬、
ｇ）対象において、精神遅滞に関連するヌクレオチド配列もしくは蛋白質の存在を分析、診断、もしくは決定するための指示事項、
ｈ）本願記載の成分を使用する、もしくは本願記載の方法を行うための指示事項、もしくは、それらの組み合わせ、もしくはそれらの下位組み合わせ（ｓｕｂ−ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）を含むキットを意図するものである。
【００２８】
本発明のこの概要は、必ずしも、本発明の全特徴を記載したものではない。
【００２９】
本発明の上記及びその他の特徴は、添付図面を参照する下記説明によって一層明確になるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００３０】
【図１】本願記載の代表的な蛋白質及びヌクレオチド配列を示したものである。Ａ）網膜色素変性症を伴う精神遅滞に関連する、第一のＣＣ２Ｄ２Ａ短縮蛋白質、Ｂ）網膜色素変性症を伴う精神遅滞に関連する、第二のＣＣ２Ｄ２Ａ短縮蛋白質、Ｃ）ＣＣ２Ｄ２Ａ短縮蛋白質をコードする代表的なヌクレオチド配列、Ｄ）非短縮蛋白質をコードする代表的な野生型ＣＣ２Ｄ２Ａヌクレオチド配列、及びＥ）代表的な野生型ＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質。
【図２】ミアンワリ地区出身家系の家系図を図示したものである。
【図３】前記ミアンワリ家系における二点及び多点連鎖解析を図示したものである。
【図４】前記ミアンワリ家系におけるハプロタイプ解析を示したものである。
【図５】ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子における変異領域のイデオグラム的な表現である。
【図６】ＣＣ２Ｄ２Ａ ｃＤＮＡ及びコードされた蛋白質のイデオグラム的な表現である。
【図７】複数の組織におけるＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子の発現を示したものである。
【図８】ウサギ抗血清が組み換えＣＣ２Ｄ２Ａを認識した結果を示したものである。Ｃｏｓ−７細胞を、空のベクター（１）、ＣＣ２ＤＡＨｉｓＭｙｃ（２）、もしくはＰＴＣＨＤ１ＨｉｓＭｙｃ（３）でトランスフェクトした。レーン２の１５０から２５０Ｋｄａの間で強いバンドがみられるが、対照レーン１及び３では検知されない。理論的サイズは、１９１ｋＤａ（１８６ｋＤａのＣＣ２Ｄ２Ａと、６ｋＤａのＨｉｓＭｙｃタグとの加算）である。抗血清を、０．１％ＴＢＳ−Ｔ含有５％ミルク溶液で、１：５００に希釈した。二次抗体は、１：２００００に希釈した抗ウサギＩｇＧ ＨＲＰ（Ｊａｃｋｓｏｎ ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）であった。
【発明を実施するための形態】
【００３１】
下記に好適な実施形態を記載する。
【００３２】
本発明者等は、ホモ接合性マッピング及びそれに続く変異スクリーニングにより、網膜色素変性症を伴う常染色体劣性精神遅滞に関与する新規遺伝子を同定した。前記遺伝子ＣＣ２Ｄ２Ａ（ＫＩＡＡ１３４５とも呼ばれる。；ＮＣＢＩ ＭＩＭ ｅｎｔｒｙ ６１２０１３；（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｔｒｅｚ／ｄｉｓｐｏｍｉｍ．ｃｇｉ？ｉｄ＝６１２０１３））は、コイルドコイル領域に加え、蛋白質のＣ末端領域付近にＣ２ドメインを含んでいる。Ｃ２モチーフは、カルシウム依存性リン脂質結合に関与すると考えられる。これまでに同定されている３つのＡＲＭＲ遺伝子の１つであるＣＣ２Ｄ１Ａもまた、コイルドコイル領域に加え、蛋白質のＣ末端に向かって単一のＣ２ドメインを含んでいる。いかなる場合においても理論に拘束されたり、限定することを望むものではないが、これら２つの蛋白質は類似機能を有し、且つ神経発達（阻害されることにより発達遅延が生じる）にとって重要な同一もしくは並行経路の構成要素である可能性がある。
【００３３】
蛋白質及びアミノ酸
本発明によれば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７の断片を含む蛋白質が提供される。好適な実施形態において、前記蛋白質は、７７９もしくはそれより手前のアミノ酸において短縮される。別の実施形態において、前記蛋白質は、Ｃ２ドメインの全てもしくは一部が消失している。他の蛋白質もまた、本願記載の通り意図される。
【００３４】
本発明によれば、ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で定義されるアミノ酸配列、より好適には、ＴＬＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）で定義されるアミノ酸配列で終結する蛋白質が提供される。ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１にて提供される前記配列は、より大きな蛋白質、例えば、これに限るものでないが、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３もしくはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４で定義される蛋白質のＣ末端を構成してもよい。
【００３５】
また、本発明では、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３の断片を含む蛋白質も意図され、前記断片は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１で定義されるアミノ酸配列で終結する断片であり、例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２を含むアミノ酸Ｘ−７８３（Ｘは、例えば、２、５、１０、２０、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７７２、もしくはその間の任意の値であるが、これに限るものでない。）が挙げられる。
【００３６】
本発明は、さらに、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３で定義される少なくとも１１の連続アミノ酸を含んでなる８０％〜１００％の同一性を有し、且つ、ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で定義されるアミノ酸配列で終結する蛋白質を意図する。例えば、前記蛋白質は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３との同一性が、８０％、８２％、８４％、８６％、８８％、９０％、９２％、９４％、９６％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、もしくは１００％であっても良く、そのＣ末端はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１で終結している。さらに、前記蛋白質は、上記値のうちの任意の２つの値、もしくは上記値の間の任意の値で定義される特定パーセントの同一性もしくは幅のある同一性を有していてもよい。
【００３７】
ポリペプチド配列間の同一性の程度の決定には、当該分野で周知のあらゆる方法を用いることができる。密接に関連した配列を検索するために、例えば、Ｔａｔｉａｎａ等（ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｌｅｔｔ．１７４：２４７ ２５０(１９９９)）や、全米バイオテクノロジー情報センターのウェブページ（ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／）に記載されているようなデフォルトパラメータに従い、ＢＬＡＳＴ（Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ；Ａｌｔｓｃｈｕｌ Ｓ Ｆ、Ｇｉｓｈ Ｗ、Ｍｉｌｌｅｒ Ｗ、Ｍｙｅｒｓ Ｅ Ｗ、Ｌｉｐｍａｎ Ｄ Ｊ（１９９０）、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２１５、４０３ ４１０）などの配列検索方法を用いることができるが、これらに限られることを望むものではない。ＢＬＡＳＴは、所定の配列アラインメントにおいて幅広く使用されており、アラインメントにおけるずれ（ｇａｐｓ）（挿入もしくは欠失）の導入を可能にするギャップドＢＬＡＳＴ（Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴ）や、配列相同性について高精度な検索を行えるＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９ ３４０２（１９９７））のような改良されたＢＬＡＳＴアルゴリズム；もしくは、ＥｘＰＡＳｙ（ＥＭＢＬ−欧州バイオインフォマティクス研究所）のウェブサイトで入手可能なＦＡＳＴＡなどが挙げられる。ＤＮＡもしくはＲＮＡ配列を比較して配列同一性の程度を決定するために、当該分野で周知の同様の方法を用いてもよい。
【００３８】
核酸
また本発明は、核酸を意図するものであり、前記核酸は、
ａ）上記蛋白質もしくはその断片をコードする配列、
ｂ）上記蛋白質もしくはその断片をコードする配列の相補体である配列、
ｃ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、上記蛋白質もしくはその断片をコードする核酸とハイブリッド形成することができる配列、もしくは、
ｄ）５’もしくは３’非翻訳領域、イントロン配列、又は、上流プロモーターもしくはその他調節配列内に含まれる核酸とハイブリッド形成することができる配列を含むことを特徴とする。
【００３９】
一実施形態において、前記核酸は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１、より好適にはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２で定義されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。さらなる実施形態において、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４、又は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含むＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３もしくはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４の断片をコードするヌクレオチド配列を含む核酸が提供される。例えば、いかなる場合においても限定することを望むものではないが、前記核酸は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３をコードする配列を含んでもよい。上記の代表的な配列は例示であって、いかなる場合においても、包括的であること、もしくは限定すること意図したものではない。
【００４０】
本発明のさらなる実施形態において核酸が提供されるが、前記核酸は、上記アミノ酸配列（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む蛋白質をコードする突然変異型ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子に結合する少なくとも約７個のヌクレオチドの核酸であることを特徴とし、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１以外の配列で終結する蛋白質をコードする野生型ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子には結合しない。例えば、いかなる場合においても限定するものではないが、突然変異型ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５を含み、野生型ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６を含む。前記核酸は、精神遅滞に関連する遺伝子変異の保因者もしくは前記遺伝子変異を有する対象を特定するスクリーニング方法におけるプローブとして用いてもよい。
【００４１】
本発明では、少なくとも約７個のヌクレオチドのヌクレオチド配列を含むプローブが意図され、前記プローブは、好適には、７個を超えるヌクレオチド（例えば、これに限られないが、９、１１、１５、１７、２１、２５、２７、３０、４０、５０、１００、もしくはそれ以上の数のヌクレオチド）を含む。さらに、前記プローブの大きさは、上記値のうちの任意の２つの値、もしくは上記値の間の任意の値で定義され得る。また、ハイブリダイゼーションアッセイ及びその他の分析もしくは試験での同定を容易にするため、前記プローブは、当該分野で周知とされる適切な構成物（例えば、これらに限られないが、蛍光色素分子、放射活性基、化学置換基、酵素、抗体、もしくはその類の１つ以上）で標識されてもよい。
【００４２】
本願記載の核酸は、精神遅滞に関連する蛋白質を産生する際の、精神遅滞を有する対象を特定もしくは診断するプローブ、対象もしくはその子孫において精神遅滞を生じさせるもしくは生じやすくさせる変異を保因する対象を特定もしくは診断するプローブ、精神遅滞に関連する遺伝子からの蛋白質産生を調節するために使用され得るアンチセンスもしくは短鎖抑制性ＲＮＡ（ｓｈｏｒｔ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ ＲＮＡ）、もしくはその組み合わせとして使用してもよい。
【００４３】
本発明は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、本願記載の蛋白質をコードするヌクレオチド配列とハイブリッド形成する核酸を意図するものである。上記のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件として、例えば、これに限るものではないが、６５℃にて４×ＳＳＣで一晩（約１６〜２０時間）ハイブリダイゼーションした後、６５℃にて０．１×ＳＳＣで１時間洗浄、もしくは、６５℃にて０．１×ＳＳＣで２０もしくは３０分間の洗浄を２回行うものが挙げられる。また、典型的なストリンジェントなハイブリダイゼーション条件として、４２℃にて４×ＳＳＣ、５０％ホルムアミド中で一晩（１６〜２０時間）ハイブリダイゼーションした後、６５℃にて０．１×ＳＳＣで１時間洗浄、もしくは、６５℃にて０．１×ＳＳＣで２０もしくは３０分間、もしくは一晩（１６〜２０時間）の洗浄を２回；もしくは、６５℃でチャーチリン酸緩衝溶液（７％ＳＤＳ；０．５Ｍ ＮａＰＯ４バッファ ｐＨ７．２；１０ｍＭ ＥＤＴＡ）にてハイブリッド形成し、５０℃にて０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳで２０もしくは３０分間の洗浄を２回、もしくは、ユニーク配列領域に対し、６５℃にて２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳで２０もしくは３０分間の洗浄を２回行うものが挙げられる。
【００４４】
本発明はさらに、１つ以上の調節エレメントもしくは調節領域へ有効に結合（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ ｌｉｎｋｅｄ）する上記核酸を含むヌクレオチド構造物に関する。「調節エレメント」もしくは「調節領域」という用語は、必ずしもではないが通常は、遺伝子の上流にある核酸の一部を意味し、ＤＮＡもしくはＲＮＡのいずれか、もしくはＤＮＡ及びＲＮＡの両方を含み得る。調節エレメントとしては、器官特異性を媒介できるもの、もしくは発生遺伝子もしくは時間的な遺伝子活性化を調整できるものが挙げられる。さらに、「調節エレメント」には、プロモーターエレメント、コアプロモーターエレメント、外的刺激に反応して誘導されるエレメント、構成的に活性化されたエレメント、もしくは陰性調節エレメントもしくは転写エンハンサーなどのプロモーター活性を増減させるエレメントが含まれ得る。調節エレメント活性を示すヌクレオチド配列とは、プロモーター、コアプロモーター、構成的調節エレメント、陰性エレメントもしくはサイレンサー（すなわち、プロモーター活性を減少させるエレメント）、もしくは転写もしくは翻訳エンハンサーなどの対象となる機能のコード配列と有効に結合する際のヌクレオチド配列を意味している。
【００４５】
「有効に結合（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ ｌｉｎｋｅｄ）」とは、特定の配列同士（例えば、調節エレメント及び対象となるコード領域）が、直接的もしくは間接的に相互作用し、遺伝子発現の媒介もしくは調節といった目的とする機能を果たすことを意味する。有効に結合する配列の相互作用は、例えば、有効に結合する配列と相互作用する蛋白質によって媒介され得る。
【００４６】
本願で用いられる調節エレメントには、転写開始もしくは転写の後に活性化されるエレメント、例えば、翻訳及び転写エンハンサー、翻訳及び転写リプレッサー、及びｍＲＮＡ安定性もしくは不安定性デターミナントなどの、遺伝子発現を調節する調節エレメントも含まれる。本開示において、「調節エレメント」という用語は、必ずしもではないが通常は、構造遺伝子のコード配列の上流（５’）側のＤＮＡ配列も意味し、その配列には、ある特定の部位で転写を開始するのに必要なＲＮＡポリメラーゼ及び／又はその他因子に対する認識を備えることによってコード領域の発現を調整する配列が含まれる。ある特定の部位で確実に転写を開始させるＲＮＡポリメラーゼもしくはその他転写因子に対する認識を備えた調節エレメントの例として、プロモーターエレメントが挙げられる。プロモーターエレメントは、転写開始に関与するコアプロモーターエレメント、及び、遺伝子発現を修正するその他調節エレメントを含む。当然のことながら、イントロン内に位置するヌクレオチド配列、もしくは、コード領域配列の３’もまた、対象となるコード領域の発現調節に寄与し得る。また、調節エレメントには、転写開始部位の下流（３’）、もしくは転写領域内、もしくはその両方に位置するエレメントも含まれる。本発明においては、転写後調節エレメントとして、例えば、翻訳及び転写エンハンサー、翻訳及び転写リプレッサー、及びｍＲＮＡ安定性デターミナントなどの、転写開始後に活性化されるエレメントが挙げられる。
【００４７】
上記調節エレメントもしくはその断片は、異種の調節エレメントの活性を調節するために、その異種の調節エレメントもしくはプロモーターと効果的に付随（有効に結合）していてもよい。そのような調節としては、異種の調節エレメントの転写活性の増強もしくは抑制、転写後事象の調節、もしくは異種の調節エレメントの転写活性の増強／抑制及び転写後事象の調節の両方が挙げられる。例えば、１つ以上の調節エレメントもしくはその断片は、構成的、誘導性の組織特異性プロモーターもしくはその断片、もしくは調節エレメントの断片と効果的に付随し得る。例えば、これに限るものではないが、植物、昆虫、菌類、細菌、酵母、もしくは動物細胞内にある前記プロモーターの活性を調節するために、ＴＡＴＡもしくはＧＣ配列を本発明の調節エレメントと効果的に付随させてもよい。
【００４８】
調節エレメントには複数の種類があり、発生的に調節され、誘導性で且つ構成的なものが挙げられる。発生的に調節された調節エレメント、もしくはその制御下で遺伝子の発現差異を調整する調節エレメントは、特定の器官もしくは器官の組織内において、その器官もしくは組織が発達する間の特定の時期に活性化される。しかし、発生的に調節された調節エレメントには、ある器官もしくは組織内において、特定の発達段階で優先的に活性化されるものもあり、それらはまた、発生的に調節された方法で活性化されるか、もしくは植物内のその他の器官もしくは組織においても基礎レベルで活性化され得る。
【００４９】
「プロモーター」とは、コード領域の５’末端におけるヌクレオチド配列、もしくは転写開始及び転写速度調節に不可欠なシグナル全てを含む前記ヌクレオチド配列の断片を意味する。通常、誘導性プロモーターと構成的プロモーターの２種類のプロモーターがある。
【００５０】
誘導性プロモーターは、誘導因子に反応して、１つ以上のＤＮＡ配列もしくは遺伝子の転写を直接的もしくは間接的に活性化できるプロモーターである。誘導因子が存在しなければ、ＤＮＡ配列もしくは遺伝子は転写されない。通常、転写を活性化する誘導性プロモーターへ特異的に結合する蛋白質因子は不活性化状態で存在し、前記蛋白質因子はその後、誘導因子によって、直接的もしくは間接的に活性化状態へ変換される。上記誘導因子は、例えば、蛋白質、代謝物、成長調節物質、又は、熱、低温、もしくは有毒物質によって直接的に課せられるか、もしくは、ウィルスなどの病原体や病因物質の作用によって間接的に課せられる生理的ストレス、などの化学的因子であり得る。
【００５１】
構成的プロモーターは、生物の様々な部分を通じ、及び／又は連続的に生物の発生を通じ、遺伝子の発現を指示する。本願記載の蛋白質もしくはその断片の発現を促進するために、任意の適当な構成的プロモーターを使用することができる。周知の構成的プロモーターの例としては、これに限られないが、ＣａＭＶ ３５Ｓ転写物（Ｏｄｅｌｌ等、１９８５、Ｎａｔｕｒｅ、３１３：８１０−８１２）に関連するものが挙げられる。
【００５２】
本願で用いられる「構成的」という用語は、遺伝子が全ての細胞型において同じレベルで発現されることを必ずしも意味するとは限らず、多数の変異が頻繁に認められながらも、遺伝子が幅広い細胞型において発現されることを意味する。
【００５３】
本発明の遺伝子構造物は、さらに、３’非翻訳領域を含むものである。３’非翻訳領域とは、ポリアデニル化シグナルと、ｍＲＮＡプロセッシングもしくは遺伝子発現をもたらし得るその他の調節シグナルとからなるＤＮＡセグメントを含む遺伝子部分を意味している。ポリアデニル化シグナルは、通常、ｍＲＮＡ前駆体の３’末端へポリアデニル酸トラック（ｔｒａｃｋ）を付加するという特徴を有する。
【００５４】
また、本発明の遺伝子構造物は、必要な場合は、追加的なエンハンサー（翻訳もしくは転写エンハンサーのいずれか）を含んでもよい。これらのエンハンサー領域は、当業者に周知であり、ＡＴＧ開始コドンおよび隣接配列を含み得る。配列全体を確実に翻訳するため、前記開始コドンは、コード配列のリーディングフレームと一致しなければならない。翻訳制御シグナルおよび開始コドンは、天然および合成の両方を含む、様々な起源に由来するものであり得る。翻訳開始領域は、転写開始領域源、もしくは構造遺伝子から提供され得る。この配列はまた、遺伝子を発現させるために選択される調節エレメントに由来してもよく、ｍＲＮＡの翻訳を強化させるために特異的に修飾されてもよい。
【００５５】
本発明は、さらに、上記核酸を含むベクターを含む。本発明の核酸配列での使用に適した発現ベクターとしては、これらに限られないが、プラスミド、ファージミド、ウイルス粒子及びベクター、ファージ等が挙げられる。昆虫細胞においては、バキュロウイルス発現ベクターが適している。植物細胞においては、カリフラワーモザイクウイルスやタバコモザイクウイルスなどのウィルス発現ベクター、及び、Ｔｉプラスミドのようなプラスミド発現ベクターが適している。発現ベクター全体もしくはその一部は、宿主細胞ゲノムに組み込むことができる。
【００５６】
本願記載の蛋白質もしくはその断片を産生するために、様々な発現系が使用できることは当業者に理解されるであろう。体外産生に関し、使用される明確な宿主細胞は、本発明において重要ではない。蛋白質もしくはその断片は、原核宿主（例えば、大腸菌もしくは枯草菌）もしくは、真核宿主（例えば、サッカロミセスもしくはピキア（Ｐｉｃｈｉａ）；ＣＯＳ、ＮＩＨ ３Ｔ３、ＣＨＯ、ＢＨＫ、２９３、もしくはＨｅＬａ細胞のような哺乳類細胞；昆虫細胞；もしくは植物細胞）において産生することができる。形質転換もしくは形質移入の方法、及び、発現ベクターの選択は、選択される宿主系に依存し、当業者によって容易に決定可能である。形質転換及び形質移入の方法は、例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ等（１９９４）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋに記載されており、また、様々な発現ベクターは、例えば、Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｖｅｃｔｏｒｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｐｏｕｗｅｌｓ等、１９８５、Ｓｕｐｐ．１９８７）にて提供されているもの、及び様々な商業供給業者によって提供されているものから選択できる。さらに、宿主細胞は、挿入配列の発現を調節するもの、もしくは特定の望ましい方法で遺伝子産物を修飾／処理するものを選べばよい。蛋白質産物のそのような修飾（例えば、グリコシル化）、及びプロセッシング（例えば、切断）は、蛋白質活性において重要である。種々の宿主細胞が、蛋白質及び遺伝子産物の翻訳後プロセッシング及び修飾に対し、特徴的且つ特異的なメカニズムをもつ。発現した蛋白質の正確な修飾及びプロセッシングを確実に行うための適切な細胞株もしくは宿主系は、当業者が選択することができる。
【００５７】
スクリーニング方法
また、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法を提供するものであって、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義されるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質、アイソフォーム、もしくは自然発生したその対立遺伝子多型をコードするヌクレオチド配列における１つ以上の変異について、前記サンプルを分析し、前記１つ以上の変異の存在により、前記蛋白質の１個以上のアミノ酸の欠失、もしくは前記蛋白質の未成熟短縮が生じる結果となり、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００５８】
上記方法において、前記の１つ以上の変異には、これらに限定するものでないが、欠失、逆位、転座、重複、スプライスドナー部位変異、点変異、もしくはその類が含まれる。前記の１つ以上の変異は、例えば、エクソン１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくはそれ以上の蛋白質のいかなる領域でも生じ得る。好適な実施形態において、前記の１つ以上の変異は、エクソン１９で生じる。別の実施形態において、前記の１つ以上の変異は、Ｃ２ドメインの全てもしくは一部、例えば、（１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、もしくは１００％といった）５％〜１００％のＣ２ドメインを消失させる。さらなる実施形態において、前記の１つ以上の変異により、Ｃ２ドメイン（例えば、これに限るものでないが、７７９もしくはそれより手前のアミノ酸）のＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義されるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質の短縮が生じる。しかし、いかなる場合においても限定することを望むものではないが、本発明では、配列中のそれより手前、もしくはそれより後の任意のアミノ酸における未成熟短縮が意図される。
【００５９】
また、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法を提供するものであり、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６で定義されるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質、アイソフォーム、もしくは自然発生したその対立遺伝子多型をコードする遺伝子配列における１つ以上の変異について、前記サンプルを分析し、前記の１つ以上の変異の存在により、前記蛋白質の１個以上のアミノ酸の欠失、もしくは前記蛋白質の未成熟短縮が生じる結果となり、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００６０】
また、本発明は、精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法を提供するものであり、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端においてＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質をコードする核酸について、前記サンプルを分析し、前記核酸の存在により、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００６１】
前記方法において、段階ｂ）は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４、もしくはその断片を含む蛋白質をコードする核酸について分析する段階を含み得ると理解される。
【００６２】
「サンプルを分析」という用語は、上記定義の蛋白質をコードする核酸について、前記対象から得られたサンプルの特性を明らかにすることを意味し、且つ、これらに限定されないが、ハイブリダイゼーションアッセイ、ヌクレオチドシーケンシング、ＲＴ−ＰＣＲ（ただし、これに限定されない）等を含むヌクレオチドＰＣＲ、もしくはそれらの組み合わせを含むことを意味している。
【００６３】
対象から得られたサンプルは、ＤＮＡもしくはＲＮＡが得られる任意の組織サンプルもしくは生体液サンプルを含む。例えば、これらに限られないが、ＤＮＡは、血液、毛包細胞、皮膚細胞、頬の細胞、唾液細胞、組織生検、もしくはその類から得られる。好適な実施形態において、前記サンプルは、血液である。
【００６４】
また、本発明は、複数の対象からの生体サンプル内において、前記蛋白質を同定する及び／又はその特性を明らかにするスクリーニング方法も意図している。そのようなサンプルは、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含んでもよいし、含まなくてもよい。例えば、前記スクリーニングもしくは試験方法では、サンプル中の上記蛋白質を同定するため、これらに限るものではないが、ＥＬＩＳＡｓもしくはその類の抗体結合アッセイ、蛋白質シーケンシング、電気泳動分離といった、免疫学的方法を用いてもよい。当業者には自明であるが、前記スクリーニング方法によって、本願定義の蛋白質と、当該分野で周知の野生型蛋白質との区別が可能となる。
【００６５】
また、さらなる実施形態において、本発明は、精神遅滞に関連する変異蛋白質について対象をスクリーニングする方法を提供するものであり、前記方法は、
ａ）前記対象から生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端においてＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質について前記サンプルを試験し、前記蛋白質の存在により、前記対象が、精神遅滞に関連する変異蛋白質を発現する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【００６６】
前記方法において、段階ｂ）は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４、もしくはその断片を含む蛋白質について試験する段階を含み得ると理解される。
【００６７】
キット
また、本発明は、キットを提供するものであり、該キットは、本願記載の蛋白質（例えば、これに限定するものでないが、Ｃ末端においてＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含み、且つ精神遅滞に関連する蛋白質）；精神遅滞に関連しない類似野生型蛋白質よりも、本願記載の蛋白質（例えば、これに限定するものでないが、Ｃ末端においてＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質）と選択的に結合し、且つ精神遅滞に関連する抗体；本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列を増幅するための１つ以上の核酸プライマー；本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列とハイブリッド形成する約９から１００個のヌクレオチドを含む１つ以上の核酸プローブ；バッファ、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ＤＮＡポリメラーゼ（ただし、これらに限られない）などの１以上の試薬；対象において、精神遅滞に関連するヌクレオチド配列もしくは蛋白質の存在を分析、診断、もしくは決定するための指示事項；本願記載の成分を使用するため、もしくは本願記載の方法を行うための指示事項、もしくはそれらの組み合わせを含むことを特徴とする。
【００６８】
次の実施例において、本発明をさらに詳述する。
【実施例１】
【００６９】
実施例１：材料及び方法
【００７０】
罹患者
本研究で究明を行った家系は、パキスタンのパンジャブ州出身である。本研究の全参加者から適切なインフォームドコンセントを得た。罹患者の臨床検査より、初期の運動発達遅延、正常範囲内の前後径周囲（ＯＦＣ）、及び正常な顔面外観が明らかとなった。異形症特徴（ｄｙｓｍｏｒｐｈｉｃ ｆｅａｔｕｒｅ）、肝脾腫大症、心雑音、及び皮膚異常はみられなかった。罹患者２人について脳の構造ＭＲＩを行い、その結果は概して正常であったが、うち１人において軽度の小脳萎縮の兆候がみられた。ジュベール症候群の顕著な兆候である大臼歯徴候（Ｍｏｌａｒ−ｔｏｏｔｈ ｓｉｇｎ：ＭＴＳ）も確認された。
【００７１】
サンプル採集及びＤＮＡ抽出
罹患者５人及び前記家系の非罹患家系員１２人から血液サンプルを採集した。標準方法によって、末梢血白血球からゲノムＤＮＡを抽出した。家系員１人においてのみ、リンパ芽球細胞株の樹立に成功した。
【００７２】
ＳＮＰホモ接合性もしくは自己接合性マッピング
Ａｆｆｙｍｅｒｔｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｍａｐｐｉｎｇ ５００Ｋアレイを用い、罹患者５人及び非罹患１人からのＤＮＡサンプルを分析した。前記アレイでは、ＳＮＰ間の物理的距離の中央値２．５Ｋｂ、物理的距離の平均値５．８Ｋｂの〜５００，０００個のＳＮＰの分析が可能である。前記ＳＮＰの平均ヘテロ接合度は０．３０である。しかし、本試験では、ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｍａｐｐｉｎｇ ５００ＫアレイセットのＮｓｐＩチップだけを用い、前記サンプルにおいて〜２６０，０００個のＳＮＰの遺伝子型決定が行われた。メーカーの使用説明書（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｍａｐｐｉｎｇ ５００Ｋ Ａｓｓａｙ Ｍａｎｕａｌ）に従って、サンプルプロセッシング、標識化、及びハイブリダイゼーションを行った。ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｓｃａｎｎｅｒでアレイをスキャンし、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＧＣＯＳ）及びＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＧＴＹＰＥ）（ｖｅｒ．３．０．２）でデータを処理し、ＳＮＰアレルコール（ａｌｌｅｌｅ ｃａｌｌ）を生成した。
【００７３】
コピー数分析
ｄＣｈｉｐ分析装置を用いたハイブリダイゼーション強度の比較分析より、欠失及び重複事象を含むコピー数多型（ＣＮＶ）を推定した（Ｌｉ及びＷｏｎｇ、２００３；Ｚｈａｏ、２００４；Ｚｈａｏ、２００５）。正規化後、隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）を用いて、生信号データからＤＮＡコピー数を推定した。
【００７４】
マイクロサテライトマーカーを用いたＤＮＡ解析及び連鎖解析
標準的プロトコルを用い、４ｐ領域における１２蛍光標識マイクロサテライトマーカーをＰＣＲ増幅し、ＡＢＩ ３７３０ｘｌ ＤＮＡ分析装置にて電気泳動した。Ｇｅｎｅｍａｐｐｅｒソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて遺伝子型をコールし、ＭＬＩＮＫソフトウェアを用いて連鎖解析を行った。
【００７５】
細胞遺伝学的解析
標準的な細胞遺伝学的手順によりリンパ芽球細胞株を培養し、染色体分析を行った。Ｔｈｅｒｍｏｔｒｏｎにて固定細胞からスライドを作成し、熟成させて、ＧＴＧ分染を行った。
【００７６】
ＤＮＡシーケンシング及び変異スクリーニング
Ｐｒｉｍｅｒ３（ｖ．０．３．０）を用いてＰＣＲプライマーを設計し、臨界領域内の既知遺伝子の全エクソン及びイントロン−エクソン境界を増幅させた。標準的な条件を用いてＰＣＲを行い、その産物を精製し、さらに、ＢｉｇＤｙｅ Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ ｖ３．１ Ｃｙｃｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｒｅａｄｙ Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて直接シーケンスを行った。
【００７７】
発現解析
前記ミアンワリ家系においてスプライス変異が含まれるエクソン１９に及ぶ、エクソン１８からの順方向プライマー（５’−ＡＣＡＧＴＣＡＧＴＣＧＧＣＣＡＣＴＡＧＧ）（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）及びエクソン２５からの逆方向プライマー（５’−ＧＴＴＣＴＧＣＣＡＧＣＴＴＧＡＡＡＡＧＧ）（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）を用い、ＲＴ−ＰＣＲによって、ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子についての発現解析を行った。
【００７８】
ＣＣ２Ｄ２Ａのバイオインフォマティクス解析
Ｇｅｎｏｍａｔｉｘ社のＰｒｏｍｏｔｅｒＩｎｓｐｅｃｔｏｒを用い、ＣＣ２Ｄ２Ａについてプロモーター解析を行った。全米バイオテクノロジー情報センターのＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等、１９９７）、及びＵＣＳＣ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ Ｗｏｒｋｉｎｇ Ｄｒａｆｔを用い、ホモロジー検索を行った。ヨーロッパ分子生物学研究所（ＥＭＢＬ）のＳＭＡＲＴ（Ｓｉｍｐｌｅ Ｍｏｄｕｌａｒ Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ）プログラム、東京大学のＰＳＯＲＴ ＩＩスイートプログラム、ＳＯＳＵＩアルゴリズム、及びＳｗｉｓｓ ＥＭＢＮｅｔのＣＯＩＬＳ Ｐｒｏｇｒａｍを用い、蛋白質のドメイン予測を行った。進化を通じて高度に保存された蛋白質の領域を同定し、さらなる潜在的な機能的関連モチーフがＣＣ２Ｄ２Ａにおいて同定されるよう、ＣＬＵＳＴＡＬ−Ｗを用い、様々な種にわたる、（既知の、及びゲノム配列もしくはｃＤＮＡ配列から予測される）ＣＣ２Ｄ２Ａ相同分子種について比較配列分析を行った。
【００７９】
結果
本願記載の精神遅滞及び網膜色素変性症についての遺伝子座が、ＮＣＢＩにおいて、ＭＩＭ ｅｎｔｒｙ ６１２２８５の番号を付与された（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｔｒｅｚ／ｄｉｓｐｏｍｉｍ．ｃｇｉ？ｉｄ＝６１２２８５）。
【００８０】
ホモ接合性マッピング／自己接合性マッピング
ホモ接合性マッピング（自己接合性マッピング）により、罹患者４人において、染色体４の短腕（４ｐ１５．２−ｐ１５．３３）上における〜１１．２Ｍｂのホモ接合性及びハプロタイプ一致（ｈａｐｌｏｉｄｅｎｔｉｃａｌ）領域が共通に確認されたが、健常者や第５の罹患者では確認されなかった。これは、罹患者５人中４人において存在する唯一の大きな（５Ｍｂを超える）ホモ接合性及びハプロタイプ一致領域であり、５人全員に存在するものではなかった。隣接ＳＮＰ（ｒｓ２１９１６８５及びｒｓ７６６４１０４（それぞれｐテロメアから１４．００１及び２５．２０３Ｍｂに存在））のシーケンシングにより、〜３９個の遺伝子を含む１１．２Ｍｂの臨界領域（ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ）が詳細に位置付けされた（ＵＣＳＣ Ｍａｒｃｈ ２００６）。
【００８１】
コピー数多型（ＣＮＶ）解析
ホモ接合性マッピング（自己接合性マッピング）では、全罹患者に共通する領域が確認されなかったため、本発明者等は、さらに、表現型で分離する大きな染色体欠失もしくは重複が存在するのではないかという仮説をたてた。興味深いことに、コピー数解析より、前記家系の他４人の罹患者とは疾患ハプロタイプを共有していない第５の罹患者において、Ｘ染色体全体の重複が示された。続いて行われた細胞遺伝学的解析では、核型４８，ＸＸＸＸが示された。この稀なテトラソミーは、精神遅滞に大抵付随するため、この女性は表現型模写であることが示された。
【００８２】
連鎖解析
４ｐ領域における１２マイクロサテライトマーカーを用いた、家系員１７人の遺伝子型決定により、染色体４ｐ１５．３３−ｐ１５．２上の遺伝子座への連鎖が確認された。ＭＬＩＮＫソフトウェアを用いて連鎖を計算したところ、マーカーＤ４Ｓ４１９において、二点間の最大対数尤度（ＬＯＤ）スコア３．５９（シータ＝０．０）が得られた。
【００８３】
変異スクリーニング
１１．２Ｍｂの臨界領域は、約３９個の注釈付き遺伝子を含んでいる（ＵＣＳＣ ２００４）。フェニルケトン尿症２型についての遺伝子（ＰＫＵ２；ＭＩＭ ＋２６２６３０）であるキノイドジヒドロプテリジン還元酵素（ＱＤＰＲ）が前記臨界領域内に位置するため、本発明者等は、まず、上記遺伝子が候補遺伝子である可能性があると考え、ＱＤＰＲの全コード配列及びスプライス部位をスクリーニングした。上流のホモ接合性塩基置換が同定されたが、これも、非罹患である親の１人におけるホモ接合型であり、疾患で分離していなかった。さらに、患者の血液サンプルの生化学分析によっても、この遺伝子は排除された。前記領域におけるその他全ての既知遺伝子配列分析により、ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子のエクソン１９におけるスプライスドナー部位変異（ＩＶＳ１９＋１：ＧからＣ）が同定された。この変異は、表現型で分離しており、３つのナンセンスアミノ酸（Ｍ、Ｅ、Ｓ）の付加、及びそれに続く蛋白質の未成熟短縮を生じさせると予測される。ＣＣ２Ｄ２Ａ（ＮＭ＿００１０８０５２２）遺伝子は、長さ〜５ＫｂのｍＲＮＡを生じ、また、少なくとも１３個の異なるアイソフォームから構成されるが、前記アイソフォームは、４ｐ１５．３３上において、ゲノムＤＮＡ〜１３１．５Ｋｂ（１５，０８０，７６０−１５，２１２，２７８ｂｐ；ＵＣＳＣ Ｍａｒｃｈ ２００６）におよぶ最大３７個のエクソンを有する。ＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質は、（エクソンの利用方法によるが、）最大１６２０個のアミノ酸を含み、Ｃ２ドメインは、この遺伝子の１０４２−１２０２にあると予測される。ＲＴ−ＰＣＲ、及びそれに続いて行った罹患者のリンパ芽球由来ｃＤＮＡを用いた配列分析により、本発明者等は、前記スプライス変異によりエクソン１９のスキッピングが生じていると断定した。エクソン１８のエクソン２０へのスプライシングによるフレームシフトが生じ、未成熟終止コドンが７４０番のアミノ酸で蛋白質を短縮する前に、１３個のナンセンスアミノ酸（ＥＣＰＳＨＬＫＬＭＡＶＴＳ＊）がエクソン１８を越えて付加される。したがって、Ｃ２ドメインが消失することとなる。本発明者等は、同じパキスタン人である健常な対照からの４６０本の染色体をスクリーニングしたが、前記のような変異は同定できなかった。
【００８４】
ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子及びコードされた蛋白質のバイオインフォマティクス解析
４ｐ１５．３３上のＣＣ２Ｄ２Ａのゲノム構成を図５に示す。Ｇｅｎｏｍａｔｉｘ社のＥｌＤｏｒａｄｏ及びＰｒｏｍｏｔｅｒＩｎｓｐｅｃｔｏｒプログラムを用いた、ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子における配列及びその周辺の配列の解析により、１５，０８０，０８８−１５，０８０，８６０ｂｐ（４ｐテロメア；ＵＣＳＣ Ｍａｒｃｈ ２００６）に、７７３ｂｐの推定プロモーター配列の存在が示された。Ｓｉｍｐｌｅ Ｍｏｄｕｌａｒ Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＳＭＡＲＴ：ｈｔｔｐ：//ｓｍａｒｔ．ｅｍｂｌ．ｄｅ）を用いた蛋白質配列分析により、１０４２から１２０２の残基（１６２０個のアミノ酸アイソフォーム中）からＣ２ドメインの存在が示された。蛋白質キナーゼＣ保存領域２（ＣａｌＢ）としても知られるＣ２ドメインは、Ｃａ２＋依存性の膜標的モジュールであり、膜輸送もしくはシグナル変換に関与する多くの蛋白質に存在する。ＴＭｐｒｅｄを用いた膜透過（ＴＭ）予測により、１つの強いＴＭへリックス（残基１２７８から１２９７）が存在する、もしくははっきりとしたＴＭドメインが存在しないという２つの可能性が示唆された。ＣＯＩＬＳ ｖ．２１を用いたコイルドコイル解析により、９０％を超える確立でコイルドコイル構造を有する蛋白質の３つの伸張、すなわち、アミノ酸残基４４２−４６３、４７２−４９２、及び５３３−５８０が予測された（２１残基ウィンドウを使用）。ＳＯＳＵＩにより、前記蛋白質は、平均疎水性が−０．６５５で可溶性であると予測されている。シグナルペプチドは同定されなかったが、ｋ−ＮＮ予測より、細胞内の核局在化が示唆される（核９１．３％、細胞骨格４．３％、細胞膜４．３％）。二次構造は、主に、伸長鎖を有する、αへリックス及びランダムコイルであると予測される（Ｎｅｔｗｏｒｋ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ解析；ｈｔｔｐ：／／ｎｐｓａ−ｐｂｉｌ．ｉｂｃｐ．ｆｒ）。シグナルペプチドは見つからなかった。さらに、初期解析より、ＣＣ２Ｄ２Ａは、多数の潜在ＣａＭＫＩＩ認識部位（９ＲＸＸＳ／Ｔ及び３Ｓ／ＴＸＤ部位）及び多くの推定ＰＫＣリン酸化部位を有しているであろうことが示された。ＰｒｅｄｉｃｔＰｒｏｔｅｉｎスイートを用い、２つの推定核局在化シグナルも確認された（残基５８７のＱＲＡＫＫＫＫＲＫ、及び残基１０２１のＲＰＲＲＫ）。並列解析により、ＣＣ２Ｄ１Ａ及び１Ｂとの相同性は示されていない。ＣＣ２Ｄ２Ｂとの相同性は３４％であるが、ＣＣ２Ｄ２ＡのＣ末端終端（残基１２５０−１６２０）方向のみである。ＣＣ２Ｄ２Ｂは、コイルドコイルもＣ２ドメインも有していない。
【００８５】
ＣＣ２Ｄ２Ａの比較配列分析
本発明者等は、完全長コード配列、もしくは１８種のゲノムＤＮＡ及び発現配列タグ（ＥＳＴ）から予測される相同分子種を用い、異種間配列分析を行った。ＣＬＵＳＴＡＬＷを用いた比較分析により、蛋白質配列は脊椎動物の進化を通じて高度に保存されていることが判る（図５）。ヒト配列は、チンパンジーとの配列同一性が９９．４％、アカゲザルとは９６．９％、ウマとは８８．８％、マウス及びラットとは８４．８％、フクロネズミとは７５．７％、ニワトリとは７０．７％、ゼノパスとは６０％、ゼブラフィッシュとは５９．６％、ウニとは４４．７％である。ヒト蛋白質は、線虫蛋白質（Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ ｐｒｏｔｅｉｎ）Ｋ０７Ｇ５．３（ＮＰ＿４９２０２６）との同一性が２１．６％、ショウジョウバエ蛋白質ＣＧ１８６３１（ＮＰ＿６１１２３０）との同一性が２９．９％で、Ｃ末端終端（ヒトではアミノ酸１３０１番から、線虫ではアミノ酸８９４番から、及びショウジョウバエではアミノ酸２００番からカルボキシル末端まで）に向かって生じる最も強力な重複及び相同性を有しており、以上のことから、Ｃ２ドメインに加え、この領域に対する保存された機能性が示唆される。この蛋白質についてのＷｏｒｍＢａｓｅ情報より、幼生期及び成虫期の間に、頭部及び尾部ニューロン（また、頭部及び尾部のその他未同定細胞）を含む神経系に、前記蛋白質が発現していることが示されている。Ｋ０７Ｇ５．３遺伝子のＲＮＡｉを介したノックダウンは、非致死的であった。
【００８６】
生物種間の完全長ｃＤＮＡ配列の対比較から算出したＫａ／Ｋｓ比より、ＣＣ２Ｄ２Ａ遺伝子配列が全体的に保存されていることが明らかとなった。近縁の種の種間比較でも、高水準の全体的な保存が確認された。霊長類におけるＣ２ドメインの対比較から算出されたＫａ及びＫｓ値は、完全長の霊長類配列比較におけるＫａ及びＫｓより高かった。対して、マウス−ラットＣ２ドメイン比較におけるＫａ値は、完全長マウス−ラット比較におけるＫａより低かった。しかし、げっ歯類Ｃ２ドメインのＫｓ値は、げっ歯類完全長配列のものより若干高かった。さらに、Ｃ２ドメインが、その隣接配列とは異なる進化的プロファイルを有しているか否かを調べるため、この領域の上流及び下流５００塩基対（隣接領域１および２、以降ＦＲ１及びＦＲ２と称す）を対比較で分析した。ヒト、チンパンジー、及びアカゲザルの霊長類族では、Ｋａ及びＫｓ値とも、ＦＲ１もしくはＦＲ２よりＣ２ドメインのほうが高かった。マウス−ラット比較では、Ｃ２ドメインのＫａは、ＦＲ１及びＦＲ２のＫａより低く、Ｃ２ドメインのＫｓは、ＦＲ１のＫｓよりは高いものの、ＦＲ２と同程度であった。
【００８７】
保存されたＣ末端での進化速度を調べるため、次に、Ｃ末端ドメイン（ヒトにおけるコード配列の最後の１１１３個のヌクレオチドを含む）を、Ｎ末端ドメインの最初の１１１５個のヌクレオチドと比較した。全ての対比較において、Ｃ末端のＫａ／Ｋｓ比は、Ｎ末端のものより著しく低く、Ｃ末端が生物種間でよく保存されていることのさらなる証拠が得られた。
【００８８】
発現解析
ＲＴ−ＰＣＲ分析より、ＣＣ２Ｄ２Ａが多くの組織で発現していることが示されている（図７）。１２の組織からのｃＤＮＡパネルでは、様々な度合いではあるが、各組織において発現が確認され、前立腺、膵臓、腎臓、肺、及び肝臓では最大となる発現が、また、脾臓、小腸、結腸、骨格筋、卵巣、胸腺、及び心臓ではより低い発現がみられた。脳での発現もまた強力であった。さらに、Ｃｏｓ−７細胞におけるＣＣ２Ｄ２Ａ−ＧＦＰ融合蛋白質の発現は、潜在的な核局在化シグナルの存在が予測されたにもかかわらず、ほぼ例外なく細胞質性のようであった。
【００８９】
ＣＣ２Ｄ２Ａ抗体
ＯＰＥＮ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（アラバマ州ハンツビル）の実施により、２つのエピトープをウサギに注射し、それらエピトープに対する抗ＣＣ２Ｄ２Ａ抗体を得た。予測ＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質の全体の大きさが〜１８６ｋＤａであることから、２つのエピトープを用いた。使用された配列は、ヒトのＣＣ２Ｄ２Ａ配列（ＮＰ＿００１０７３９９１）であった。第一のエピトープは、中央ではあるがＮ末端からコイルドコイル及びＣ２ドメイン（ＲＳＫＲＦＲＬＬＨＬＲＳＱＥＶＰＥＦＲＮＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０））、及びミアンワリ家系における変異部分に存在し、一方、第二のエピトープは、Ｃ末端尾部上（ＥＤＤＨＲＡＥＬＬＫＱＬＧＤＹＲＦＳＧＦＰＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１））に存在している。また、これらのエピトープは、マウスのＣＣＤ２Ａ相同分子種（ＮＰ＿７５８４７８）において１００％保存されており、これによって、前記抗体が、ヒト及びマウスＣＣ２Ｄ２Ａについて潜在的に交差反応性を示すものとなっている。ウサギ抗血清は、親和性精製により精製した。
【実施例２】
【００９０】
実施例２：ジュベール症候群に関連するＣＣ２Ｄ２Ａ
【００９１】
本発明者等は、精神遅滞及び網膜色素変性症を有するパキスタン家系における、ホモ接合性／自己接合性マッピング及びそれに続く遺伝子シーケンシングによる、遺伝子ＣＣ２Ｄ２Ａ内の短縮変異の同定について報告してきた。理論により限定もしくは拘束されることを望むものではないが、前記家系の症状は、ジュベール症候群（ＭＩＭ ２１３３００）と部分的に一致しているとも考えられる。
【００９２】
Ｊｏｕｂｅｒｔ−Ｂｏｌｔｓｈａｕｓｅｒ症候群としても知られるジュベール症候群（ＪＳ）は、フランス系カナダ家系において最初に報告された、稀な常染色体劣性疾患である（Ｊｏｕｂｅｒｔ等、１９６９）。ＪＳは、臨床的及び遺伝的に混成した疾患群であり、神経放射線学的兆候である「大臼歯徴候（ＭＴＳ）」を有する小脳虫部の低形成及びそれに伴う神経学的症状（異常呼吸パターン及び発育遅延を含む）によって特徴付けられる。その他様々な特徴としては、眼振、網膜ジストロフィー、顔面異形症特徴（ｄｙｓｍｏｒｐｈｉｃ ｆａｃｉａｌ ｆｅａｔｕｒｅｓ）、低血圧症、運動失調、後頭部脳瘤（ｏｃｃｉｐｉｔａｌ ｅｎｃｅｐｈａｌｏｃｅｌｅ）、腎疾患、眼球欠損（ｏｃｕｌｏ ｃｏｌｏｂｏｍａｓ）、肝異常、及び多指症が挙げられる。よくみられる特有な顔面異形症特徴としては、大きな頭部、前額突出、高い位置にある曲線的な眉、内眼角贅皮、下垂症（稀に）、顕著な鼻孔を有する上向きの鼻、開いた口（初期段階では卵型の口の傾向があるが、後になるにつれ偏菱形となり、最終的には口角が下がった三角形となる）、舌突出及び舌の律動的運動、及びまれにみられる低位及び傾斜耳介が挙げられる（Ｍａｒｉａ等、１９９９）。神経眼科的検査では、眼球運動失行がみられる。
【００９３】
現在ジュベール症候群関連疾患（ＪＳＲＤ）と呼ばれる一群の症候群では、ＭＴＳが確認されている。ＪＳＲＤには、
１．古典的ＪＳ（ＭＩＭ２１３３００）
２．ＪＳ及びレーバー先天性黒内障（ＬＣＡ）
３．ＪＳ及びネフロン癆（ＮＰＨＰ［ＭＩＭ ２５６７００］）
４．ＪＳ及びＬＣＡ及びＮＰＨＰ（小脳・眼・腎症候群（ｃｅｒｅｂｅｌｌｏ−ｏｃｕｌｏ−ｒｅｎａｌ ｓｙｎｄｒｏｍｅ；ＣＯＲＳとも呼ばれる。ＭＩＭ ６０８０９１）
５．小脳虫部機能低下／形成不全（ｃｅｒｅｂｅｌｌａｒ ｖｅｒｍｉｓ ｈｙｐｏ／ａｐｌａｓｉａ）、精神遅滞（ｏｌｉｇｏｐｈｒｅｎｉａ）、先天性運動失調（ｃｏｎｇｅｎｉｔａｌ ａｔａｘｉａ）、眼球欠損、肝線維症（ＣＯＡＣＨ［ＭＩＭ ２１６３６０］）症候群
６．口・顔・指症候群ＶＩ型（ＭＩＭ ２７７１７０）
が含まれ、また、多指症や脳ヘルニアなどのその他特徴も前記の６つの下位群にそれぞれ含まれる。
【００９４】
ＪＳＲＤについて同定されている多くの遺伝子は、繊毛に限局しており、したがって、ＪＳＲＤは、繊毛機能障害もしくは繊毛症（ｃｉｌｉｏｐａｔｈｙ）であると考えられる。ＪＳＲＤ変異は、ＡＨＩ１、ＣＥＰ２９０、ＮＰＨＰ１、ＲＰＧＲＩＰ１Ｌ、ＴＭＥＭ６７、及びＡＲＬ１３Ｂで発見されている。
【００９５】
さらに、別の症候群であるメッケル症候群（メッケル−グルーバー症候群としても知られる；ＭＫＳ；ＭＩＭ ２４９０００）は、ＪＳＲＤの臨床的特徴のうちのいくつかを共有している。ＭＫＳを引き起こす変異は、ＴＭＥＭ６７、ＲＰＧＲＩＰＬ１で発見されていたが、現在は、ＣＣ２Ｄ２Ａでも発見されている（Ｔａｌｌｉｌａ等、２００８）。ＭＫＳは、通常、致死的である。
【００９６】
ＪＳの有病率において、米国では、おおよそ１：１００，０００（Ｐａｒｉｓｉ等、１９９９−２００６）と推定されていたが、特に、軽度の罹患者において、臨床的兆候もしくはＭＲＩ所見が十分に認識及び診断されていないため、前記値は低く見積もられたものである可能性がある（Ｐａｒｉｓｉ等、２００７）。
【００９７】
パキスタン家系の罹患者４人中２人（年長者（男性、２７歳）及び年少者（女性、１８ヶ月））について、全面的な神経学的検査及びＭＲＩを１人の開業医が行った。ＪＳＲＤ特徴の多くはみられなかったが、医者により、女児のＭＲＩにおいてＭＴＳの存在が報告され、診断としてジュベール症候群が示されたが、その他の特徴がみられないことから排除された。続いて、１人の眼科医により、前記家系の全罹患者４人の検査が行われ、最年長の男性は、明らかに、夜盲症を含む視力障害を有していた。４人全員に眼振がみられた。年長の３人は、夜盲症及び進行性網膜色素変性症を有していた。最年少者（検査時、わずか３歳）は、乱視を有していた。
【００９８】
この家系における障害は、特徴的ＭＴＳ、精神遅滞、眼振、及び網膜症（及び少なくとも検査した年長の罹患者においては、運動失調及び小脳萎縮）を有し、ジュベール症候群に関連しているとみられる。したがって、本発明の実施形態では、本願記載の核酸もしくは蛋白質を分析することにより、ジュベール症候群もしくはジュベール症候群に関連するヌクレオチド配列について、対象をスクリーニングする方法が提供される。ジュベール症候群に関連する症状の多くが、治療的介入によって治療可能及び／又は抑制可能であるため、ジュベール症候群の早期診断もしくはそのリスクを有する対象の特定が望ましい。
【００９９】
全ての参考文献は、参照により本願に組み込まれる。
【０１００】
本発明は、１つ以上の実施形態について述べられている。しかしながら、請求項に記載された発明の範囲を逸脱することなく多くの変形及び改良が可能であることは、当業者なら言うまでもない。
【０１０１】
参考文献：
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Ｍｕｒｐｈｙ ＣＣ Ｂｏｙｌｅ Ｃ，Ｓｃｈｅｎｄｅｌ Ｄ，Ｄｅｃｏｕｆｌｅ Ｐ，Ｙｅａｒｇｉｎ−Ａｌｌｓｏｐｐ Ｍ（１９９８）．Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｍｅｎｔａｌ ｒｅｔａｒｄａｔｉｏｎ ｉｎ ｃｈｉｌｄｒｅｎ．Ｍｅｎｔ．Ｒｅｔａｒｄ．Ｄｅｖ．Ｄｉａｂｉｌ．Ｒｅｓ．Ｒｅｖ．４：６−１３．
Ｎａｊｍａｂａｄｉ Ｈ，Ｍｏｔａｚａｃｋｅｒ ＭＭ，Ｇａｒｓｈａｓｂｉ Ｍ，Ｋａｈｒｉｚｉ Ｋ，Ｔｚｓｃｈａｃｈ Ａ，Ｃｈｅｎ Ｗ，Ｂｅｈｊａｔｉ Ｆ，Ｈａｄａｖｉ Ｖ，Ｎｉｅｈ ＳＥ，Ａｂｅｄｉｎｉ ＳＳ，Ｖａｚｉｆｅｈｍａｎｄ Ｒ，Ｆｉｒｏｕｚａｂａｄｉ ＳＧ，Ｊａｍａｌｉ Ｐ，Ｆａｌａｈ Ｍ，Ｓｅｉｆａｔｉ ＳＭ，Ｇｒｕｔｅｒｓ Ａ，Ｌｅｎｚｎｅｒ Ｓ，Ｊｅｎｓｅｎ ＬＲ，Ｒｕｓｃｈｅｎｄｏｒｆ Ｆ，Ｋｕｓｓ ＡＷ，Ｒｏｐｅｒｓ ＨＨ：Ｈｏｍｏｚｙｇｏｓｉｔｙ ｍａｐｐｉｎｇ ｉｎ ｃｏｎｓａｎｇｕｉｎｅｏｕｓ ｆａｍｉｌｉｅｓ ｒｅｖｅａｌｓ ｅｘｔｒｅｍｅ ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｉｔｙ ｏｆ ｎｏｎ−ｓｙｎｄｒｏｍｉｃ ａｕｔｏｓｏｍａｌ ｒｅｃｅｓｓｉｖｅ ｍｅｎｔａｌ ｒｅｔａｒｄａｔｉｏｎ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ８ ｎｏｖｅｌ ｇｅｎｅ ｌｏｃｉ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．２００７；１２１：４３−４８
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Ｐａｒｉｓｉ ＭＡ，Ｄｏｈｅｒｔｙ Ｄ，Ｃｈａｎｃｅ ＰＦ，Ｇｌａｓｓ ＩＡ．Ｊｏｕｂｅｒｔ ｓｙｎｄｒｏｍｅ（ａｎｄ ｒｅｌａｔｅｄ ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ）（ＯＭＩＭ ２１３３００）．Ｅｕｒ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．２００７ Ｍａｙ；１５（５）：５１１−２１．
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Ｓｚｙｍａｎｓｋｉ，Ｌ．，ａｎｄ Ｋｉｎｇ，Ｂ．Ｈ．（１９９９）．Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ａｎｄ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ｃｈｉｌｄｒｅｎ，ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｓ ａｎｄ ａｄｕｌｔｓ ｗｉｔｈ ｍｅｎｔａｌ ｒｅｔａｒｄａｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｏｍｏｒｂｉｄ ｍｅｎｔａｌ ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ．Ｊ．Ａｍ．Ａｃａｄ．Ｃｈｉｌｄ Ａｄｏｌｅｓｃ．Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ ３８：５Ｓ−３１Ｓ．
Ｔａｌｌｉｌａ，Ｊ．；Ｊａｋｋｕｌａ，Ｅ．；Ｐｅｌｔｏｎｅｎ，Ｌ．；Ｓａｌｏｎｅｎ，Ｒ．；Ｋｅｓｔｉｌａ，Ｍ．：Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＣＣ２Ｄ２Ａ ａｓ ａ Ｍｅｃｋｅｌ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｇｅｎｅ ａｄｄｓ ａｎ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｐｉｅｃｅ ｔｏ ｔｈｅ ｃｉｌｉｏｐａｔｈｙ ｐｕｚｚｌｅ．Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．８２：１３６１−１３６７，２００８．
Ｕｙｇｕｎｅｒ Ｏ，Ｋａｙｓｅｒｉｌｉ Ｈ，Ｌｉ Ｙ，Ｋａｒａｍａｎ Ｂ，Ｎｕｒｎｂｅｒｇ Ｇ，Ｈｅｎｎｉｅｓ Ｈ，Ｂｅｃｋｅｒ Ｃ，Ｎｕｒｎｂｅｒｇ Ｐ，Ｂａｓａｒａｎ Ｓ，Ａｐａｋ ＭＹ，Ｗｏｌｌｎｉｋ Ｂ．２００７ Ａ ｎｅｗ ｌｏｃｕｓ ｆｏｒ ａｕｔｏｓｏｍａｌ ｒｅｃｅｓｓｉｖｅ ｎｏｎ−ｓｙｎｄｒｏｍｉｃ ｍｅｎｔａｌ ｒｅｔａｒｄａｔｉｏｎ ｍａｐｓ ｔｏ １ｐ２１．１−ｐ１３．３．Ｃｌｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．７１：２１２−２１９
ＵＲＬｓ
ＰｒｏｍｏｔｅｒＩｎｓｐｅｃｔｏｒ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｏｍａｔｉｘ．ｄｅ
ＢＬＡＳＴ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ
ＵＣＳＣ：ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ
ＳＭＡＲＴ：ｈｔｔｐ：／／ｓｍａｒｔ．ｅｍｂｌ−ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ．ｄｅ
ＰＳＯＲＴ：ｈｔｔｐ：／／ｐｓｏｒｔ．ｉｍｓ．ｕ−ｔｏｋｙｏ．ａｃ．ｊｐ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｒｕｎｐｓｏｒｔ．ｐｌ
ＳＯＳＵＩ：ｈｔｔｐ：／／ｓｏｓｕｉ．ｐｒｏｔｅｏｍｅ．ｂｉｏ．ｔｕａｔ．ａｃ．ｊｐ／ｓｏｓｕｉｆｒａｍｅ０．ｈｔｍｌ
ＣＯＩＬＳ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｈ．ｅｍｂｎｅｔ．ｏｒｇ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／ＣＯＩＬＳ＿ｆｏｒm．ｈｔｍｌ
【０１０２】
【表１】
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ−１】
【図１Ｃ−２】
【図１Ｄ−１】
【図１Ｄ−２】
【図１Ｄ−３】
【図１Ｄ−４】
【図１Ｅ】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７の断片を含む蛋白質。
【請求項２】
７７９もしくはその手前のアミノ酸で短縮された請求項１に記載の蛋白質。
【請求項３】
Ｃ２ドメインの全てもしくは一部が消失している請求項１に記載の蛋白質。
【請求項４】
ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で終結するアミノ酸配列を含む請求項１に記載の蛋白質。
【請求項５】
請求項１に記載の蛋白質であって、前記アミノ酸が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３、もしくはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４を含むことを特徴とする蛋白質。
【請求項６】
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３との同一性が約８０％から１００％である請求項１に記載の蛋白質。
【請求項７】
請求項１に記載の蛋白質をコードする核酸。
【請求項８】
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３もしくは４で定義される蛋白質をコードする請求項７に記載の核酸。
【請求項９】
請求項７で定義される核酸の相補体を含む核酸。
【請求項１０】
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、請求項７で定義される核酸もしくはその相補体とハイブリッド形成することができる核酸。
【請求項１１】
７から１００個のヌクレオチドを含む請求項１０に記載の核酸。
【請求項１２】
標識化されている請求項１１に記載の核酸。
【請求項１３】
１つ以上の調節エレメントを含むヌクレオチド構造物中に存在する請求項７に記載のヌクレオチド配列。
【請求項１４】
精神遅滞に関連するヌクレオチド配列について対象をスクリーニングする方法であって、前記方法は、
ａ）前記対象からＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端にＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質をコードする核酸について、前記サンプルを分析し、前記核酸の存在により、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【請求項１５】
請求項１４に記載の方法であって、分析段階に、ハイブリダイゼーションアッセイ、ヌクレオチドシーケンシング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、もしくはそれらの組み合わせのうちの１種以上を含むことを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項１４に記載の方法であって、前記サンプルが血液サンプルであることを特徴とする方法。
【請求項１７】
精神遅滞に関連する変異蛋白質について対象をスクリーニングする方法であって、前記方法は、
ａ）前記対象から生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端にＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質について、前記サンプルを試験し、前記蛋白質の存在により、前記対象が精神遅滞に関連する変異蛋白質を発現する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【請求項１８】
精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法であって、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義されるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質、アイソフォーム、もしくは自然発生したその対立遺伝子多型をコードするヌクレオチド配列における１つ以上の変異について、前記サンプルを分析し、前記１つ以上の変異の存在により、前記蛋白質の１個以上のアミノ酸の欠失、もしくは前記蛋白質の未成熟短縮が生じる結果となり、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法において、前記の１つ以上の変異が、欠失、逆位、転座、重複、スプライスドナー部位変異、点変異、もしくはその類であることを特徴とする方法。
【請求項２０】
請求項１８に記載の方法において、前記の１つ以上の変異が、エクソン１９で生じることを特徴とする方法。
【請求項２１】
請求項１８に記載の方法において、前記の１つ以上の変異が、Ｃ２ドメインの全てもしくは一部を消失させることを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項１８に記載の方法において、前記の１つ以上の変異により、７７９もしくはそれより手前のアミノ酸におけるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質の短縮が生じることを特徴とする方法。
【請求項２３】
請求項２２に記載の方法において、前記の１つ以上の変異により、前記蛋白質に、１個以上のナンセンスアミノ酸（ｎｏｎｓｅｎｓｅ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ）が付加されることを特徴とする方法。
【請求項２４】
ａ）ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で終結し、且つ精神遅滞に関連するアミノ酸配列を含む蛋白質、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義される蛋白質の短縮型、もしくはＣ２ドメインの全てもしくは一部が欠失した蛋白質、
ｃ）好適には、精神遅滞に関連しないＣＣ２Ｄ２Ａ型蛋白質でなく、上記ａ）もしくはｂ）の蛋白質に選択的に結合する抗体、
ｄ）上記ａ）、ｂ）、もしくはａ）及びｂ）の蛋白質をコードするヌクレオチド配列、
ｅ）本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列を増幅するための１つ以上の核酸プライマー、
ｆ）本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列とハイブリッド形成する、約９から１００個のヌクレオチドを含む１つ以上の核酸プローブ、
ｇ）バッファ、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ＤＮＡポリメラーゼ、もしくはそれらの組み合わせを含む１以上の試薬、
ｈ）対象において、精神遅滞に関連するヌクレオチド配列もしくは蛋白質の存在を分析、診断、もしくは決定するための指示事項、
ｉ）本願記載の成分を使用する、もしくは本願記載の方法を行うための指示事項、もしくはこれらの組み合わせ、もしくはこれらの下位組み合わせ（ｓｕｂ−ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）を含むキット。
【請求項２５】
ジュベール症候群に関連するヌクレオチド配列について対象をスクリーニングする方法であって、前記方法は、
ａ）前記対象からＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端にＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質をコードする核酸について、前記サンプルを分析し、前記核酸の存在により、前記対象がジュベール症候群に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなる。
【請求項２６】
ＣＣ２Ｄ２Ａによってコードされる蛋白質に対する抗体。
【請求項１】
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７の断片を含む蛋白質。
【請求項２】
７７９もしくはその手前のアミノ酸で短縮された請求項１に記載の蛋白質。
【請求項３】
Ｃ２ドメインの全てもしくは一部が消失している請求項１に記載の蛋白質。
【請求項４】
ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で終結するアミノ酸配列を含む請求項１に記載の蛋白質。
【請求項５】
請求項１に記載の蛋白質であって、前記アミノ酸が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３、もしくはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４を含むことを特徴とする蛋白質。
【請求項６】
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３との同一性が約８０％から１００％である請求項１に記載の蛋白質。
【請求項７】
請求項１に記載の蛋白質をコードする核酸。
【請求項８】
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３もしくは４で定義される蛋白質をコードする請求項７に記載の核酸。
【請求項９】
請求項７で定義される核酸の相補体を含む核酸。
【請求項１０】
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、請求項７で定義される核酸もしくはその相補体とハイブリッド形成することができる核酸。
【請求項１１】
７から１００個のヌクレオチドを含む請求項１０に記載の核酸。
【請求項１２】
標識化されている請求項１１に記載の核酸。
【請求項１３】
１つ以上の調節エレメントを含むヌクレオチド構造物中に存在する請求項７に記載のヌクレオチド配列。
【請求項１４】
精神遅滞に関連するヌクレオチド配列について対象をスクリーニングする方法であって、前記方法は、
ａ）前記対象からＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端にＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質をコードする核酸について、前記サンプルを分析し、前記核酸の存在により、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【請求項１５】
請求項１４に記載の方法であって、分析段階に、ハイブリダイゼーションアッセイ、ヌクレオチドシーケンシング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、もしくはそれらの組み合わせのうちの１種以上を含むことを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項１４に記載の方法であって、前記サンプルが血液サンプルであることを特徴とする方法。
【請求項１７】
精神遅滞に関連する変異蛋白質について対象をスクリーニングする方法であって、前記方法は、
ａ）前記対象から生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端にＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質について、前記サンプルを試験し、前記蛋白質の存在により、前記対象が精神遅滞に関連する変異蛋白質を発現する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【請求項１８】
精神遅滞に関連する遺伝子配列について対象をスクリーニングする方法であって、前記方法は、
ａ）前記対象から、ＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義されるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質、アイソフォーム、もしくは自然発生したその対立遺伝子多型をコードするヌクレオチド配列における１つ以上の変異について、前記サンプルを分析し、前記１つ以上の変異の存在により、前記蛋白質の１個以上のアミノ酸の欠失、もしくは前記蛋白質の未成熟短縮が生じる結果となり、前記対象が精神遅滞に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなることを特徴とする。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法において、前記の１つ以上の変異が、欠失、逆位、転座、重複、スプライスドナー部位変異、点変異、もしくはその類であることを特徴とする方法。
【請求項２０】
請求項１８に記載の方法において、前記の１つ以上の変異が、エクソン１９で生じることを特徴とする方法。
【請求項２１】
請求項１８に記載の方法において、前記の１つ以上の変異が、Ｃ２ドメインの全てもしくは一部を消失させることを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項１８に記載の方法において、前記の１つ以上の変異により、７７９もしくはそれより手前のアミノ酸におけるＣＣ２Ｄ２Ａ蛋白質の短縮が生じることを特徴とする方法。
【請求項２３】
請求項２２に記載の方法において、前記の１つ以上の変異により、前記蛋白質に、１個以上のナンセンスアミノ酸（ｎｏｎｓｅｎｓｅ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ）が付加されることを特徴とする方法。
【請求項２４】
ａ）ＤＨＥＧＧＳＧＭＥＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）で終結し、且つ精神遅滞に関連するアミノ酸配列を含む蛋白質、
ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７で定義される蛋白質の短縮型、もしくはＣ２ドメインの全てもしくは一部が欠失した蛋白質、
ｃ）好適には、精神遅滞に関連しないＣＣ２Ｄ２Ａ型蛋白質でなく、上記ａ）もしくはｂ）の蛋白質に選択的に結合する抗体、
ｄ）上記ａ）、ｂ）、もしくはａ）及びｂ）の蛋白質をコードするヌクレオチド配列、
ｅ）本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列を増幅するための１つ以上の核酸プライマー、
ｆ）本願記載の精神遅滞に関連する変異を含む蛋白質もしくはその断片をコードするヌクレオチド配列とハイブリッド形成する、約９から１００個のヌクレオチドを含む１つ以上の核酸プローブ、
ｇ）バッファ、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ＤＮＡポリメラーゼ、もしくはそれらの組み合わせを含む１以上の試薬、
ｈ）対象において、精神遅滞に関連するヌクレオチド配列もしくは蛋白質の存在を分析、診断、もしくは決定するための指示事項、
ｉ）本願記載の成分を使用する、もしくは本願記載の方法を行うための指示事項、もしくはこれらの組み合わせ、もしくはこれらの下位組み合わせ（ｓｕｂ−ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）を含むキット。
【請求項２５】
ジュベール症候群に関連するヌクレオチド配列について対象をスクリーニングする方法であって、前記方法は、
ａ）前記対象からＤＮＡもしくはＲＮＡを含む生体サンプルを取得する段階と、
ｂ）Ｃ末端にＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１を含む蛋白質をコードする核酸について、前記サンプルを分析し、前記核酸の存在により、前記対象がジュベール症候群に関連する遺伝子配列を有していることが示される段階とからなる。
【請求項２６】
ＣＣ２Ｄ２Ａによってコードされる蛋白質に対する抗体。
【図２】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【公表番号】特表２０１０−５３９９５７（Ｐ２０１０−５３９９５７Ａ）
【公表日】平成２２年１２月２４日（２０１０．１２．２４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−５２７３０７（Ｐ２０１０−５２７３０７）
【出願日】平成２０年１０月３日（２００８．１０．３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＣＡ２００８／００１７６０
【国際公開番号】ＷＯ２００９／０４３１７３
【国際公開日】平成２１年４月９日（２００９．４．９）
【出願人】（５１００９４１２６）
【氏名又は名称原語表記】ＣＥＮＴＲＥ ＦＯＲ ＡＤＤＩＣＴＩＯＮ ＡＮＤ ＭＥＮＴＡＬ ＨＥＡＬＴＨ
【住所又は居所原語表記】２５０ Ｃｏｌｌｅｇｅ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｔｏｒｏｎｔｏ，Ｏｎｔａｒｉｏ Ｍ５Ｔ １Ｒ８ Ｃａｎａｄａ
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年１２月２４日（２０１０．１２．２４）
【国際特許分類】
【出願日】平成２０年１０月３日（２００８．１０．３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＣＡ２００８／００１７６０
【国際公開番号】ＷＯ２００９／０４３１７３
【国際公開日】平成２１年４月９日（２００９．４．９）
【出願人】（５１００９４１２６）
【氏名又は名称原語表記】ＣＥＮＴＲＥ ＦＯＲ ＡＤＤＩＣＴＩＯＮ ＡＮＤ ＭＥＮＴＡＬ ＨＥＡＬＴＨ
【住所又は居所原語表記】２５０ Ｃｏｌｌｅｇｅ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｔｏｒｏｎｔｏ，Ｏｎｔａｒｉｏ Ｍ５Ｔ １Ｒ８ Ｃａｎａｄａ
【Ｆターム（参考）】
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