ニトリラーゼ
【課題】新規なニトリラーゼおよび前記ニトリラーゼをコードする核酸を提供する。さらに、新規なニトリラーゼをデザインする方法および前記を使用する方法を提供する。
【解決手段】アルカリゲネス・フェカリス等の細菌由来の特定な塩基配列を有する核酸またはニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをスクリーニングし、その核酸変種を作製する。そのニトリラーゼ活性を有するポリペプチドを使用して光学活性なマンデル酸、フェニル乳酸などを製造する。
【解決手段】アルカリゲネス・フェカリス等の細菌由来の特定な塩基配列を有する核酸またはニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをスクリーニングし、その核酸変種を作製する。そのニトリラーゼ活性を有するポリペプチドを使用して光学活性なマンデル酸、フェニル乳酸などを製造する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下のいずれかを含む、単離核酸または組換え核酸：
ａ）以下のいずれかの配列と少なくとも70％の配列同一性を有する核酸を含み、ニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸：配列番号 1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、または383、
ｂ）配列番号33記載の配列と少なくとも79％、85％、90％、95％、96％または100％の配列同一性を有する核酸を含み、ニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸、
ｃ）ａ）またはｂ）に記載の核酸の配列と相補的な配列を含む核酸、
ｄ）以下のいずれかの配列と少なくとも70％の配列同一性を有するポリペプチドであってニトリラーゼ活性を有する前記ポリペプチドをコードする配列を含む核酸：配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384、
ｅ）ａ）、ｂ）、ｃ）またはｄ）に記載の核酸にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸、または
ｆ）ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）またはｅ）に記載の核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む核酸。
【請求項２】
請求項１記載の核酸を含むベクター。
【請求項３】
請求項１記載の核酸または請求項２記載のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項４】
請求項３記載の宿主細胞または請求項２記載のベクターを含む、宿主生物
【請求項５】
以下のいずれかを含む単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチド：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ニトリラーゼ活性を有するポリペプチド：、または
ｂ）以下の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列の連続する少なくとも20個のアミノ酸を含み、ニトリラーゼ活性を有するかまたはニトリラーゼに特異的に結合する抗体を生成し得るポリペプチド：配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384。
【請求項６】
ａ）以下のいずれかの配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ニトリラーゼ活性を有するペプチド模倣体：配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384、または
ｂ）以下のいずれかの配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列の連続する少なくとも20個の連続するアミノ酸を含み、ニトリラーゼ活性を有するかまたはニトリラーゼに特異的に結合する抗体を生成し得るペプチド模倣体：配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384。
【請求項７】
ニトリラーゼ活性を有するコドン最適化ポリペプチドであって、コドン頻度が特定の生物又は細胞に最適化されており、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む前記ポリペプチド：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項８】
以下のいずれかのアミノ酸配列を含むポリペプチドに特異的に結合する、精製若しくは組換えニトリラーゼ−結合抗体または精製若しくは組換えニトリラーゼ結合抗体断片：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項９】
以下のいずれかを含む組成物：
ａ）請求項１記載の核酸の少なくとも一つ、
ｂ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ニトリラーゼ活性を有する、ポリペプチド若しくはペプチド模倣体の少なくとも１つ、
ｃ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列を含み、ニトリラーゼ活性を有するまたはニトリラーゼに特異的に結合する抗体を生成し得るポリペプチド若しくはペプチド模倣体の少なくとも１つ。
【請求項１０】
少なくとも１つのポリペプチドまたはペプチド模倣体とニトリルとをニトリラーゼ活性に適した条件下で接触させることを含む、ニトリルをカルボン酸に加水分解する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体がニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項１１】
少なくとも１つのポリペプチドまたはペプチド模倣体と分子とを、ニトリラーゼ活性に適した条件下で接触させることを含む、前記分子のシアノヒドリン部分またはアミノニトリル部分を加水分解する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体がニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項１２】
鏡像選択性ニトリラーゼ活性を有する少なくとも１つのポリペプチドまたはペプチド模倣体と、シアノヒドリン部分またはアミノニトリル部分を有する分子とを混合することを含む、キラルα−ヒドロキシ酸分子またはキラルアミノ酸分子を製造する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項１３】
組成物またはその中間体を製造する方法であって、シアノヒドリン部分若しくはアミノニトリル部分を含む組成物の前駆体またはシアノヒドリン部分若しくはアミノニトリル部分を含む中間体の前駆体を、ニトリラーゼ活性を有する、少なくとも１つのポリペプチドまたはペプチド模倣体と混合し、前記前駆体のシアノヒドリンまたはアミノニトリル部分を加水分解することを含み、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体がニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項１４】
（ａ）配列番号43、195、207、209または237記載の配列を有する核酸によってコードされる少なくとも１つのポリペプチドまたはニトリラーゼ活性を有するそのフラグメント、または
（ｂ）請求項１に示した配列を有するニトリラーゼ活性を有するポリペプチドとコードする核酸によってコードされる少なくとも１つのポリペプチド、
とヒドロキシグルタリルニトリルとを接触させることを含む(R)-エチル4-シアノ-3-ヒドロキシ酪酸を製造する方法であって、前記ポリペプチドが(R)-鏡像体を選択的に生成して(R)-エチル4-シアノ-3-ヒドロキシ酪酸が製造される、前記方法。
【請求項１５】
ニトリラーゼ活性を有し、(S)-鏡像異性体を選択的に生成する少なくとも一つのポリペプチドまたはペプチド模倣体とヒドロキシグルタリルニトリルとを接触させ、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が(S)-鏡像異性体を選択的に生成して(S)-エチル4-シアノ-3-ヒドロキシ酪酸を生成させることを含む、(S)-エチル4-シアノ-3-ヒドロキシ酪酸を製造する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項１６】
マンデロニトリルとニトリラーゼ活性を有する少なくとも１つの一つのポリペプチドまたはペプチド模倣体とを混合することを含む、(R)-マンデル酸を製造する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項１７】
ニトリラーゼ活性を有する少なくとも１つの一つのポリペプチドまたはペプチド模倣体とマンデロニトリルとを混合することを含む、(S)-マンデル酸を製造する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項１８】
ニトリラーゼ活性を有し、選択的に(S)-鏡像体または(R)-鏡像体を生成する少なくとも１つの一つのポリペプチドまたはペプチド模倣体とフェニルラクトシアノニトリルとを混合し、選択的に(S)-鏡像体または(R)-鏡像体を生成させることを含む、(S)-フェニル乳酸誘導体または(R)-フェニル乳酸誘導体を製造する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項１９】
ｉ）ポリペプチドをコードする核酸を宿主細胞へ、前記宿主細胞が前記ポリペプチドを産生することができる条件下で導入すること、および、
ii）産生された前記ポリペプチドを回収すること、
を含む、ポリペプチドを製造する方法であって、前記ポリペプチドがニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項２０】
以下を含む、ニトリラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸変種であって、天然に存在する生物学的活性から変化した活性を有する前記核酸変種の作製方法：
i）１つまたは２つ以上のヌクレオチドを天然または非天然ヌクレオチドを含む異なるヌクレオチドに置換すること；または、
ii）１つまたは２つ以上のヌクレオチドを欠失させること；または、
iii）１つまたは２つ以上のヌクレオチドを付加すること；または
iv）前記のいずれかを組み合わせること、
によって請求項１記載の核酸を改変すること。
【請求項２１】
以下を含む、ニトリラーゼを同定するためのスクリーニングアッセイ方法：
ｉ）請求項１記載の核酸の少なくとも１つまたは以下のいずれかのアミノ酸配列を含む少なくとも一つのポリペプチド、を含む複数の核酸又はポリペプチドを提供すること：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ、
ii）前記複数の核酸またはポリペプチドからニトリラーゼ活性についてテストするポリペプチド候補物質を入手すること；
iii）ニトリラーゼ活性について前記候補物質をテストすること；および、
iv）ニトリラーゼであるポリペプチド候補物質を同定すること。
【請求項２２】
ニトリラーゼ活性を有する、請求項１記載の核酸もしくはそのフラグメントまたはそれらのペプチド模倣体の、遺伝子の特性または遺伝子によってコードされるポリペプチドの特性を最適化させるためにデザインされた方法における使用。
【請求項２３】
請求項１に示した核酸配列によってコードされるポリペプチドであってニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかの配列を含む前記ポリペプチドの使用：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項２４】
請求項１記載の核酸またはそのフラグメントであってニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする前記フラグメントの、トランスジェニック生物の作製における使用。
【請求項２５】
以下のＡ）およびＢ）を含むキット：
Ａ）ｉ）請求項１記載の核酸またはそのフラグメントであってニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする前記フラグメント、または、
ii）ニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、ポリペプチドまたはペプチド模倣体：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ、
またはこれらの組合せ；および、
Ｂ）バッファー。
【請求項２６】
以下を含む、分子を改変する方法：
ｉ）ニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはペプチド模倣体を出発分子と混合して反応混合物を作製すること：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ；および、
ii）前記出発分子を前記ポリペプチドと反応させて改変分子を生成すること。
【請求項２７】
以下を含む改変化合物を同定する方法：
ｉ）ニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはペプチド模倣体を出発化合物と混合し、反応混合物を作製し、改変出発化合物のライブラリーを作製すること；
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ；および、
ii）前記ライブラリーをテストして、所望の活性を示す改変出発化合物が前記ライブラリー内に存在するか否かを決定すること；
iii）所望の活性を示す前記改変化合物を同定すること。
【請求項２８】
請求項１記載の核酸の少なくとも一つのヌクレオチド配列、または、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む少なくとも一つのポリペプチドの配列が保存されたコンピュータ読出し可能媒体またはデータ保存装置：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項２９】
ニトリラーゼ活性を有する単離ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが３つのコンセンサスサブ配列を含み、第一のコンセンサスサブ配列がFPETFであり、第二のコンセンサスサブ配列がRRKLXPTであり、さらに第三のコンセンサスサブ配列がLXCWEHXXPである前記単離ポリペプチド。
【請求項３０】
ニトリラーゼ活性を示す単離ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが３つのコンセンサスサブ配列を含み、第一のコンセンサスサブ配列がFPEXXであり、第二のコンセンサスサブ配列がXRKLXPTであり、さらに第三のコンセンサスサブ配列がLXCWEXXXPである前記単離ポリペプチド。
【請求項３１】
配列同一性が、80％、85％、90％、95％、96％または100％である、請求項１記載の単離核酸または組換え核酸。
【請求項３２】
配列同一性が、80％、85％、90％、95％、96％または100％である、請求項１記載の単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチド。
【請求項３３】
下記のいずれか核酸の連続する少なくとも15個のヌクレオチドを含むプローブ：
ａ）以下の配列と少なくとも70％の配列同一性を有する核酸であって、ニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする前記核酸：配列番号 1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、または383に記載の配列、
ｂ）以下の配列を有する核酸：配列番号 1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、または383に記載の配列、
ｃ）配列番号33記載の配列と少なくとも79％、85％、90％、95％、96％または100％の配列同一性を有する核酸であって、ニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする前記核酸、
ｄ）以下の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するポリペプチドをコードする核酸を含み、前記ポリペプチドがニトリラーゼ活性を有する前記核酸：配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384、
ｅ）ａ）、ｂ）、ｃ）またはｄ）に記載の核酸にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸、または
ｆ）ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）またはｅ）に記載の核酸の配列と相補的な配列を有する核酸。
【請求項１】
以下のいずれかを含む、単離核酸または組換え核酸：
ａ）以下のいずれかの配列と少なくとも70％の配列同一性を有する核酸を含み、ニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸：配列番号 1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、または383、
ｂ）配列番号33記載の配列と少なくとも79％、85％、90％、95％、96％または100％の配列同一性を有する核酸を含み、ニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸、
ｃ）ａ）またはｂ）に記載の核酸の配列と相補的な配列を含む核酸、
ｄ）以下のいずれかの配列と少なくとも70％の配列同一性を有するポリペプチドであってニトリラーゼ活性を有する前記ポリペプチドをコードする配列を含む核酸：配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384、
ｅ）ａ）、ｂ）、ｃ）またはｄ）に記載の核酸にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸、または
ｆ）ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）またはｅ）に記載の核酸の少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む核酸。
【請求項２】
請求項１記載の核酸を含むベクター。
【請求項３】
請求項１記載の核酸または請求項２記載のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項４】
請求項３記載の宿主細胞または請求項２記載のベクターを含む、宿主生物
【請求項５】
以下のいずれかを含む単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチド：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ニトリラーゼ活性を有するポリペプチド：、または
ｂ）以下の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列の連続する少なくとも20個のアミノ酸を含み、ニトリラーゼ活性を有するかまたはニトリラーゼに特異的に結合する抗体を生成し得るポリペプチド：配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384。
【請求項６】
ａ）以下のいずれかの配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ニトリラーゼ活性を有するペプチド模倣体：配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384、または
ｂ）以下のいずれかの配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列の連続する少なくとも20個の連続するアミノ酸を含み、ニトリラーゼ活性を有するかまたはニトリラーゼに特異的に結合する抗体を生成し得るペプチド模倣体：配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384。
【請求項７】
ニトリラーゼ活性を有するコドン最適化ポリペプチドであって、コドン頻度が特定の生物又は細胞に最適化されており、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む前記ポリペプチド：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項８】
以下のいずれかのアミノ酸配列を含むポリペプチドに特異的に結合する、精製若しくは組換えニトリラーゼ−結合抗体または精製若しくは組換えニトリラーゼ結合抗体断片：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項９】
以下のいずれかを含む組成物：
ａ）請求項１記載の核酸の少なくとも一つ、
ｂ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ニトリラーゼ活性を有する、ポリペプチド若しくはペプチド模倣体の少なくとも１つ、
ｃ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列を含み、ニトリラーゼ活性を有するまたはニトリラーゼに特異的に結合する抗体を生成し得るポリペプチド若しくはペプチド模倣体の少なくとも１つ。
【請求項１０】
少なくとも１つのポリペプチドまたはペプチド模倣体とニトリルとをニトリラーゼ活性に適した条件下で接触させることを含む、ニトリルをカルボン酸に加水分解する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体がニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項１１】
少なくとも１つのポリペプチドまたはペプチド模倣体と分子とを、ニトリラーゼ活性に適した条件下で接触させることを含む、前記分子のシアノヒドリン部分またはアミノニトリル部分を加水分解する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体がニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項１２】
鏡像選択性ニトリラーゼ活性を有する少なくとも１つのポリペプチドまたはペプチド模倣体と、シアノヒドリン部分またはアミノニトリル部分を有する分子とを混合することを含む、キラルα−ヒドロキシ酸分子またはキラルアミノ酸分子を製造する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項１３】
組成物またはその中間体を製造する方法であって、シアノヒドリン部分若しくはアミノニトリル部分を含む組成物の前駆体またはシアノヒドリン部分若しくはアミノニトリル部分を含む中間体の前駆体を、ニトリラーゼ活性を有する、少なくとも１つのポリペプチドまたはペプチド模倣体と混合し、前記前駆体のシアノヒドリンまたはアミノニトリル部分を加水分解することを含み、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体がニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、または、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列。
【請求項１４】
（ａ）配列番号43、195、207、209または237記載の配列を有する核酸によってコードされる少なくとも１つのポリペプチドまたはニトリラーゼ活性を有するそのフラグメント、または
（ｂ）請求項１に示した配列を有するニトリラーゼ活性を有するポリペプチドとコードする核酸によってコードされる少なくとも１つのポリペプチド、
とヒドロキシグルタリルニトリルとを接触させることを含む(R)-エチル4-シアノ-3-ヒドロキシ酪酸を製造する方法であって、前記ポリペプチドが(R)-鏡像体を選択的に生成して(R)-エチル4-シアノ-3-ヒドロキシ酪酸が製造される、前記方法。
【請求項１５】
ニトリラーゼ活性を有し、(S)-鏡像異性体を選択的に生成する少なくとも一つのポリペプチドまたはペプチド模倣体とヒドロキシグルタリルニトリルとを接触させ、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が(S)-鏡像異性体を選択的に生成して(S)-エチル4-シアノ-3-ヒドロキシ酪酸を生成させることを含む、(S)-エチル4-シアノ-3-ヒドロキシ酪酸を製造する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項１６】
マンデロニトリルとニトリラーゼ活性を有する少なくとも１つの一つのポリペプチドまたはペプチド模倣体とを混合することを含む、(R)-マンデル酸を製造する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項１７】
ニトリラーゼ活性を有する少なくとも１つの一つのポリペプチドまたはペプチド模倣体とマンデロニトリルとを混合することを含む、(S)-マンデル酸を製造する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項１８】
ニトリラーゼ活性を有し、選択的に(S)-鏡像体または(R)-鏡像体を生成する少なくとも１つの一つのポリペプチドまたはペプチド模倣体とフェニルラクトシアノニトリルとを混合し、選択的に(S)-鏡像体または(R)-鏡像体を生成させることを含む、(S)-フェニル乳酸誘導体または(R)-フェニル乳酸誘導体を製造する方法であって、前記ポリペプチドまたはペプチド模倣体が以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項１９】
ｉ）ポリペプチドをコードする核酸を宿主細胞へ、前記宿主細胞が前記ポリペプチドを産生することができる条件下で導入すること、および、
ii）産生された前記ポリペプチドを回収すること、
を含む、ポリペプチドを製造する方法であって、前記ポリペプチドがニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、前記方法：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項２０】
以下を含む、ニトリラーゼ活性をもつポリペプチドをコードする核酸変種であって、天然に存在する生物学的活性から変化した活性を有する前記核酸変種の作製方法：
i）１つまたは２つ以上のヌクレオチドを天然または非天然ヌクレオチドを含む異なるヌクレオチドに置換すること；または、
ii）１つまたは２つ以上のヌクレオチドを欠失させること；または、
iii）１つまたは２つ以上のヌクレオチドを付加すること；または
iv）前記のいずれかを組み合わせること、
によって請求項１記載の核酸を改変すること。
【請求項２１】
以下を含む、ニトリラーゼを同定するためのスクリーニングアッセイ方法：
ｉ）請求項１記載の核酸の少なくとも１つまたは以下のいずれかのアミノ酸配列を含む少なくとも一つのポリペプチド、を含む複数の核酸又はポリペプチドを提供すること：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ、
ii）前記複数の核酸またはポリペプチドからニトリラーゼ活性についてテストするポリペプチド候補物質を入手すること；
iii）ニトリラーゼ活性について前記候補物質をテストすること；および、
iv）ニトリラーゼであるポリペプチド候補物質を同定すること。
【請求項２２】
ニトリラーゼ活性を有する、請求項１記載の核酸もしくはそのフラグメントまたはそれらのペプチド模倣体の、遺伝子の特性または遺伝子によってコードされるポリペプチドの特性を最適化させるためにデザインされた方法における使用。
【請求項２３】
請求項１に示した核酸配列によってコードされるポリペプチドであってニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかの配列を含む前記ポリペプチドの使用：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項２４】
請求項１記載の核酸またはそのフラグメントであってニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする前記フラグメントの、トランスジェニック生物の作製における使用。
【請求項２５】
以下のＡ）およびＢ）を含むキット：
Ａ）ｉ）請求項１記載の核酸またはそのフラグメントであってニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする前記フラグメント、または、
ii）ニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む、ポリペプチドまたはペプチド模倣体：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ、
またはこれらの組合せ；および、
Ｂ）バッファー。
【請求項２６】
以下を含む、分子を改変する方法：
ｉ）ニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはペプチド模倣体を出発分子と混合して反応混合物を作製すること：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ；および、
ii）前記出発分子を前記ポリペプチドと反応させて改変分子を生成すること。
【請求項２７】
以下を含む改変化合物を同定する方法：
ｉ）ニトリラーゼ活性を有し、以下のいずれかのアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはペプチド模倣体を出発化合物と混合し、反応混合物を作製し、改変出発化合物のライブラリーを作製すること；
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ；および、
ii）前記ライブラリーをテストして、所望の活性を示す改変出発化合物が前記ライブラリー内に存在するか否かを決定すること；
iii）所望の活性を示す前記改変化合物を同定すること。
【請求項２８】
請求項１記載の核酸の少なくとも一つのヌクレオチド配列、または、以下のいずれかのアミノ酸配列を含む少なくとも一つのポリペプチドの配列が保存されたコンピュータ読出し可能媒体またはデータ保存装置：
ａ）配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
ｂ）ａ）に記載の配列の少なくとも20個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列、または、
ｃ）配列番号１〜384記載のアミノ酸配列のいずれか１つ。
【請求項２９】
ニトリラーゼ活性を有する単離ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが３つのコンセンサスサブ配列を含み、第一のコンセンサスサブ配列がFPETFであり、第二のコンセンサスサブ配列がRRKLXPTであり、さらに第三のコンセンサスサブ配列がLXCWEHXXPである前記単離ポリペプチド。
【請求項３０】
ニトリラーゼ活性を示す単離ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが３つのコンセンサスサブ配列を含み、第一のコンセンサスサブ配列がFPEXXであり、第二のコンセンサスサブ配列がXRKLXPTであり、さらに第三のコンセンサスサブ配列がLXCWEXXXPである前記単離ポリペプチド。
【請求項３１】
配列同一性が、80％、85％、90％、95％、96％または100％である、請求項１記載の単離核酸または組換え核酸。
【請求項３２】
配列同一性が、80％、85％、90％、95％、96％または100％である、請求項１記載の単離ポリペプチドまたは組換えポリペプチド。
【請求項３３】
下記のいずれか核酸の連続する少なくとも15個のヌクレオチドを含むプローブ：
ａ）以下の配列と少なくとも70％の配列同一性を有する核酸であって、ニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする前記核酸：配列番号 1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、または383に記載の配列、
ｂ）以下の配列を有する核酸：配列番号 1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、または383に記載の配列、
ｃ）配列番号33記載の配列と少なくとも79％、85％、90％、95％、96％または100％の配列同一性を有する核酸であって、ニトリラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする前記核酸、
ｄ）以下の配列と少なくとも70％の配列同一性を有するポリペプチドをコードする核酸を含み、前記ポリペプチドがニトリラーゼ活性を有する前記核酸：配列番号 2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、または384、
ｅ）ａ）、ｂ）、ｃ）またはｄ）に記載の核酸にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸、または
ｆ）ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）またはｅ）に記載の核酸の配列と相補的な配列を有する核酸。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図６Ｄ】
【図６Ｅ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図７Ｄ】
【図７Ｅ】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１０Ｃ】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１２Ｃ】
【図１２Ｄ】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図６Ｄ】
【図６Ｅ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図７Ｄ】
【図７Ｅ】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１０Ｃ】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１２Ｃ】
【図１２Ｄ】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【公開番号】特開２００７−２５２３８２（Ｐ２００７−２５２３８２Ａ）
【公開日】平成１９年１０月４日（２００７．１０．４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−１２１２２６（Ｐ２００７−１２１２２６）
【出願日】平成１９年５月１日（２００７．５．１）
【分割の表示】特願２００３−５０７２２７（Ｐ２００３−５０７２２７）の分割
【原出願日】平成１４年５月１５日（２００２．５．１５）
【出願人】（５０３０８９４８９）ダイヴァーサ コーポレイション (31)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成１９年１０月４日（２００７．１０．４）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年５月１日（２００７．５．１）
【分割の表示】特願２００３−５０７２２７（Ｐ２００３−５０７２２７）の分割
【原出願日】平成１４年５月１５日（２００２．５．１５）
【出願人】（５０３０８９４８９）ダイヴァーサ コーポレイション (31)
【Ｆターム（参考）】
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