本発明は、高速複製及び高ひと死亡率に関係するペプチドの新規なクラス、並びに新興ウイルス疾患のワクチン及び治療を含んで成る疾患の診断、予防及び治療におけるこれらの使用、並びにペプチドの新規なクラス及び関連構造を同定するための方法を提供する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
ウイルス又は生物体中のレプリキン骨格を同定する方法であって、
（１）末端リジン及び該末端リジンに直接隣接するリジン；
（２）末端ヒスチジン及び該末端ヒスチジンに直接隣接するヒスチジン、
（３）ほかのリジンから約６〜約１０個のアミノ酸残基におけるリジン；及び
（４）少なくとも６％のリジン、
を含む約１６〜約３０個のアミノ酸を含んで成る、一連のレプリキン骨格ペプチドを同定する工程を含む、方法。
【請求項２】
前記一連のレプリキン骨格ペプチドの個々のメンバー又は複数のメンバーを同定する工程を更に含んで成る、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
更に、エクソスケルトン骨格（Exoskeleton Scaffold)を同定することを含んで成り、ここで前記一連のレプリキン骨格ペプチドが第一系列のウイルス、ウイルス株又は生物体中で同定され、そして該第一系列のウイルス、ウイルス株又は生物体との比較として、前記エクソスケルトン骨格が後発ウイルス、ウイルス株又は生物体中で同定され、ここで該エクソスケルトン骨格が、該レプリキン骨格と約同数のアミノ酸を含有するアミノ酸配列を含んで成り、そして更に（１）末端リジン及び該末端リジンに直接隣接するリジン、（２）末端ヒスチジン及び該末端ヒスチジンに直接隣接するヒスチジンを含んで成り、そして（３）ほかのリジンから約６〜約１０個のアミノ酸残基中にリジンを含まない、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
更に、請求項１に記載の第二レプリキン骨格ペプチドを同定する工程、レプリキン骨格ペプチドと第二レプリキン骨格ペプチドを比較する工程、及び該第二レプリキン骨格ペプチドが該第二レプリキン骨格ペプチドから変化しない場合、ワクチンとしていずれかのレプリキン骨格ペプチドを選択する工程を含んで成る、請求項１に記載のレプリキン骨格ペプチドを同定する方法。
【請求項５】
（１）少なくとも１つのリジン残基が末端リジン残基である第二リジン残基から６〜１０個の残基に位置する少なくとも１つのリジン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；及び（３）少なくとも６％のリジン残基を含んで成る７〜約５０個のアミノ酸を含有する、単離又は合成されたインフルエンザウイルスペプチド。
【請求項６】
前記単離又は合成されたインフルエンザウイルスペプチドがインフルエンザウイルスの新興株中に存在する、請求項５に記載の単離又は合成されたインフルエンザウイルスペプチド。
【請求項７】
（１）第二リジン残基から６〜１０個の残基に位置する少なくとも１つのリジン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；（３）少なくとも６％のリジン残基を含んで成る７〜約５０個のアミノ酸を含有する、単離又は合成されたインフルエンザウイルスペプチドであって、ここで該単離又は合成されたインフルエンザウイルスペプチドがインフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株中に存在する、インフルエンザウイルスペプチド。
【請求項８】
末端リジンを更に含んで成る、請求項７に記載の単離又は合成されたインフルエンザウイルスペプチド。
【請求項９】
アミノ酸配列、ＫＫＮＳＴＹＰＴＩＫＲＳＹＮＮＴＮＱＥＤＬＬＶＬＷＧＩＨＨを含んで成る、請求項７に記載の単離又は合成されたインフルエンザウイルスペプチド。
【請求項１０】
約１６〜約３０個のアミノ酸、並びに
（１）末端リジン及び該末端リジンに直接隣接するリジン；
（２）末端ヒスチジン及び該末端ヒスチジンに直接隣接するヒスチジン、
（３）ほかのリジンから約６〜約１０個のアミノ酸残基におけるリジン；及び
（４）少なくとも６％のリジン、
を含んで成る、請求項５に記載の単離又は合成されたインフルエンザウイルスペプチドであって、ここで該ペプチドの相同体が、複数のウイルスの異種検体、ウイルス株又は生物体に存在し、ここで該相同体が約１６〜約３０個のアミノ酸、並びに
（５）末端リジン及び該末端リジンに直接隣接するリジン；
（６）末端ヒスチジン及び該末端ヒスチジンに直接隣接するヒスチジン、
（７）ほかのリジンから約６〜約１０個のアミノ酸残基におけるリジン；及び
（８）少なくとも６％のリジン、
を含んで成る、インフルエンザウイルスペプチド。
【請求項１１】
（１）第二リジン残基から約６〜約１０個の残基に位置する少なくとも１つのリジン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；（３）少なくとも６％のリジン残基を含んで成る、インフルエンザウイルスの少なくとも１つの単離又は合成されたペプチドを含んで成る、予防的又は治療的ウイルスワクチン。
【請求項１２】
前記単離又は合成されたペプチドが、インフルエンザウイルスの新興株中に存在する、請求項１１に記載の予防的又は治療的ウイルスワクチン。
【請求項１３】
前記単離又は合成されたペプチドが、インフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株中に存在する、請求項１１に記載の予防的又は治療的ウイルスワクチン。
【請求項１４】
ＫＫＮＳＴＹＰＴＩＫＲＳＹＮＮＴＮＱＥＤＬＬＶＬＷＧＩＨＨを含んで成るアミノ酸配列を含むペプチドを含んで成る、請求項１１に記載の予防的又は治療的ウイルスワクチン。
【請求項１５】
配列番号７３２、配列番号７３３、配列番号７３４、配列番号７３５、配列番号７３６、配列番号７３７、配列番号７３８、配列番号７３９、配列番号７４０、配列番号７４１、配列番号７４２のいずれかを更に含んで成る、請求項１１に記載の予防的又は治療的ウイルスワクチン。
【請求項１６】
更に、配列番号７３２を含んで成る、請求項１４に記載の予防的又は治療的ウイルスワクチン。
【請求項１７】
更に、医薬的に許容される担体及び／又はアジュバントを含んで成る、請求項１１に記載の予防的又は治療的ウイルスワクチン。
【請求項１８】
更に、ワクチンＶ１２０３０４Ｕ２を含んで成る、請求項１４に記載の予防的又は治療的ウイルスワクチン。
【請求項１９】
インフルエンザウイルスに対する抗体を産生するために対象の免疫系を刺激する方法であって、（１）第二リジン残基から６〜１０個の残基中に位置する少なくとも１つのリジン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基、及び（３）少なくとも６％のリジン残基を含んで成る７〜約５０個のアミノ酸を含んで成る、少なくとも１つの単離又は合成したインフルエンザウイルスレプリキンペプチドの有効量を投与する工程を含んで成る方法。
【請求項２０】
更に、医薬的に許容される担体及び／又はアジュバントを含んで成り、そして更にインフルエンザ感染を予防又は治療する工程を含んで成る、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記単離又は合成されたインフルエンザウイルスペプチドが新興ウイルス中に存在する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記単離又は合成されたインフルエンザウイルスペプチドがインフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株中に存在する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
前記単離又は合成されたインフルエンザウイルスペプチドが、ＫＫＮＳＴＹＰＴＩＫＲＳＹＮＮＴＮＱＥＤＬＬＶＬＷＧＩＨＨを含むアミノ酸配列を含んで成る、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
予防的又は治療的ウイルスワクチンを製造する方法であって、約１６〜約３０個のアミノ酸を含んで成る複数のレプリキン骨格ペプチドを含んで成るレプリキン骨格を同定する工程、及び予防又は治療的ウイルスワクチンとして少なくとも１つの該レプリキン骨格ペプチドを単離又は合成する工程を含んで成り、ここで該レプリキン骨格ペプチドが：
（１）末端リジン及び該末端リジンに直接隣接するリジン；
（２）末端ヒスチジン及び該末端ヒスチジンに直接隣接するヒスチジン、
（３）ほかのリジンから約６〜約１０個のアミノ酸残基におけるリジン；及び
（４）少なくとも６％のリジン、
を含んで成る、方法。
【請求項２５】
前記レプリキン骨格ペプチドがインフルエンザウイルス中に存在する、請求項２４
に記載の方法。
【請求項２６】
複数の基準をタンパク質配列を表すデータに対して適用する工程；
該基準に基づき、該タンパク質配列中の任意のサブシーケンスを同定する工程；及び
該同定したサブシーケンスをデータファイルに出力する工程を含んで成る方法であって、
該基準が：
該サブシーケンス中に含まれるアミノ酸のセット｛ａ｝；
該サブシーケンスから除外されるアミノ酸のセット｛ｂ｝；及び
セット｛ａ｝及び｛ｂ｝のメンバー間の最小及び最大許容ギャップ、
を含んで成る、方法。
【請求項２７】
前記タンパク質配列がネットワークを介して得られる、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
請求項２６に記載の方法を実行するための、コンピュータ実行可能命令を記憶する機械可読媒体。
【請求項２９】
複数の基準をタンパク質配列を表すデータに対して適用する工程；
該基準に基づき、該タンパク質配列中のサブシーケンスを同定する工程、ここで該同定されたサブシーケンスは、そのリジンアミノ酸間の距離の所定の許容範囲、及びそのヒスチジンアミノ酸と最も遠いリジンの間の距離の所定の許容範囲を有し；そして
該同定したサブシーケンスをデータファイルに出力する工程、
を含んで成る方法。
【請求項３０】
前記タンパク質配列がネットワークを介して得られる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
請求項２９に記載の方法を実行するための、コンピュータ実行可能命令を記憶する機械可読媒体。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４Ａ】

【図４Ｂ】

【図４Ｃ】

【図４Ｄ】

【図４Ｅ】

【図４Ｆ】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０Ａ】

【図１０Ｂ】

【図１０Ｃ】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【公表番号】特表２００８−５３９１６４（Ｐ２００８−５３９１６４Ａ）
【公表日】平成２０年１１月１３日（２００８．１１．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５５５３７１（Ｐ２００７−５５５３７１）
【出願日】平成１８年２月１６日（２００６．２．１６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／００５３４３
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０８８９６２
【国際公開日】平成１８年８月２４日（２００６．８．２４）
【出願人】（５０１１４１７８１）
【出願人】（５０１１４１７９２）
【出願人】（５０７２７３７９２）
【出願人】（５０７２７３８０６）
【Ｆターム（参考）】