説明

変異体微生物プロテアーゼを含む組成物及び方法

本発明は、タンパク質工学に用いられる方法を提供する。特に、本発明は、二以上のタンパク質の特性を最適化するライブラリーを設計するため、部位評価ライブラリーを利用する方法を提供する。本発明はさらに、様々な用途に適する変異体ズブチリシンを提供する。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
バチルス・ズブチリシンの単離ズブチリシン変異体であって、前記ズブチリシン変異体がタンパク質分解活性を有し、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、33、35、36、37、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、64、65、66、67、71、72、73、76、77、78、79、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、101、102、103、104、105、106、107、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、122、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、139、141、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、194、195、196、197、198、199、200、201、203、204、206、207、209、210、212、213、214、215、216、217、218、219、220、222、223、224、225、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、267、268、269、270、271、272、273及び274から選ばれる一以上の位置での置換を含む成熟形であり、前記位置が配列番号2で示すB.アミロリケファシエンス・ズブチリシンBPN’のアミノ酸配列の位置に対応
する、前記単離ズブチリシン変異体。
【請求項2】
前記一以上の位置が、1、2、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、21、22、23、24、25、26、28、29、30、31、33、35、36、37、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、64、65、66、67、71、72、73、77、78、79、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、101、102、103、104、105、106、107、109、110、111、112、113、114、115、116、118、119、122、124、125、126、127、128、129、131、133、134、135、136、137、139、141、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、194、195、196、197、198、199、200、201、203、204、206、207、212、213、214、215、216、217、218、219、220、222、223、224、225、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、267、268、269、270、271、272、273及び274から選ばれ、前記位置が配列番号2で示すB.アミロリケファシエンス・ズブチリシンBPN’のアミノ酸配列の位置に対応する、請求項1に記載の単離ズブチリシン変異体。
【請求項3】
前記一以上の位置が、2、3、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、19、20、21、21、22、23、25、26、28、29、30、31、33、35、36、37、39、40、41、42、44、46、47、48、49、50、51、53、54、55、56、57、58、59、60、64、65、66、67、71、73、77、78、79、81、82、83、84、85、86、88、89、90、91、92、93、94、95、96、102、105、106、110、111、112、113、114、115、116、122、124、125、128、129、131、133、134、135、136、137、139、141、143、145、146、147、148、149、150、151、152、153、156、157、158、159、160、162、165、166、167、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、186、187、189、190、191、192、194、195、196、197、198、199、200、201、203、204、206、207、212、214、216、217、218、219、220、222、223、224、225、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、249、250、251、253、254、255、257、258、259、260、261、262、263、264、265、267、268、269、270、271、272、273及び274から選ばれ、前記位置が配列番号2で示すB.アミロリケファシエンス・ズブチリシンBPN’のアミノ酸配列の位置に対応する、請求項1に記載の単離ズブチリシン変異体。
【請求項4】
前記ズブチリシン変異体が、18、52、72、117、119、127、144、185、209及び213から成る群より選ばれる一以上の位置での置換をさらに含み、前記位置が配列番号2で示すB.アミロリケファシエンス・ズブチリシンBPN’のアミノ酸配列の位置に対応する、請求項1に記載の単離ズブチリシン変異体。
【請求項5】
前記置換が、A001C、A001D、A001E、A001F、A001G、A001H、A001I、A001K、A001L、A001M、A001N、A001Q、A001R、A001S、A001V、A001W、Q002A、Q002D、Q002E、Q002G、Q002S、S003A、S003D、S003F、S003G、S003I、S003K、S003L、S003M、S003N、S003P、S003Q、S003R、S003T、S003V、S003W、S003Y、P005C、P005E、P005G、P005Q、P005T、Y006A、Y006C、Y006E、Y006F、Y006G、Y006K、Y006M、Y006N、Y006P、Y006Q、Y006R、Y006T、Y006V、Y006W、S009A、S009C、S009E、S009F、S009G、S009H、S009K、S009L、S009M、S009P、S009Q、S009R、S009T、S009V、S009W、Q010A、Q010C、Q010E、Q010F、Q010G、Q010H、Q010I、Q010K、Q010L、Q010R、Q010S、Q010T、Q010V、Q010W、I011C、I011L、I011T、I011V、I011Y、K012A、K012C、K012D、K012E、K012F、K012G、K012H、K012I、K012N、K012Q、K012S、K012T、K012V、K012W、K012Y、A013C、A013F、A013G、A013H、A013L、A013R、A013S、A013T、A013V、P014A、P014C、P014D、P014E、P014F、P014G、P014K、P014L、P014M、P014N、P014Q、P014R、P014S、P014T、P014V、P014W、P014Y、A015C、A015D、A015E、A015F、A015G、A015H、A015I、A015K、A015L、A015M、A015P、A015Q、A015R、A015T、A015V、A015Y、L016A、L016C、L016I、L016M、L016Q、L016S、L016T、H017F、H017I、H017L、H017M、H017V、H017W、S018A、S018E、S018F、S018G、S018H、S018
I、S018K、S018L、S018M、S018N、S018P、S018Q、S018R、S018T、S018V、S018W、S018Y、Q019A、Q019C、Q019D、Q019E、Q019G、Q019I、Q019K、Q019M、Q019R、Q019T、Q019V、G020A、G020C、G020D、G020E、G020F、G020H、G020K、G020M、G020N、G020P、G020Q、G020R、G020W、Y021A、Y021C、Y021D、Y021E、Y021F、Y021G、Y021H、Y021K、Y021M、Y021R、Y021S、Y021T、Y021V、Y021W、T022A、T022C、T022E、T022F、T022G、T022H、T022I、T022K、T022L、T022M、T022N、T022Q、T022S、T022V、T022W、T022Y、S024C、S024F、S024G、S024H、S024I、S024K、S024L、S024M、S024N、S024R、S024T、S024W、S024Y、N025C、N025E、N025F、N025G、N025H、N025I、N025K、N025L、N025M、N025P、N025R、N025S、N025T、N025V、N025W、K027A、K027D、K027E、K027F、K027G、K027H、K027L、K027M、K027P、K027R、K027S、K027W、K027Y、D032A、D032C、D032E、D032G、D032I、D032K、D032L、D032M、D032R、D032S、D032T、D032V、D032Y、S033A、S033F、S033G、S033H、S033P、S033T、S033W、I035A、I035C、I035D、I035R、I035S、I035T、I035V、D036A、D036C、D036E、D036Q、D036S、D036W、S037A、S037C、S037E、S037F、S037G、S037H、S037K、S037L、S037M、S037P、S037Q、S037R、S037T、S037W、H039C、H039T、H039V、P040A、P040C、P040E、P040F、P040G、P040G、P040H、P040I、P040K、P040L、P0
40M、P040N、P040Q、P040R、P040S、P040T、P040V、P040W、D041E、L042I、L042M、L042V、K043A、K043C、K043D、K043E、K043F、K043G、K043I、K043L、K043M、K043N、K043R、K043S、K043T、K043V、K043W、K043Y、V044C、V044I、V044L、V044M、V044P、V044S、V044T、A045C、A045E、A045F、A045H、A045I、A045K、A045L、A045M、A045N、A045P、A045Q、A045S、A045T、A045V、A045Y、G046A、G046C、G046E、G046H、G046K、G046M、G046N、G046Q、G046T、G046W、G046Y、A048C、A048D、A048E、A048F、A048H、A048I、A048K、A048M、A048Q、A048R、A048S、A048T、A048V、A048W、A048Y、M050A、M050C、M050F、M050H、M050I、M050K、M050L、M050Q、M050R、M050S、M050T、M050V、M050W、M050Y、V051A、V051C、V051D、V051E、V051H、V051I、V051L、V051P、V051Q、P052C、P052D、P052E、P052F、P052H、P052I、P052K、P052L、P052Q、P052S、P052T、P052V、P052W、P052Y、S053E、S053F、S053G、S053H、S053I、S053K、S053L、S053M、S053N、S053Q、S053R、S053T、S053V、S053W、E054A、E054N、E054Q、E054S、T055A、T055C、T055D、T055F、T055G、T055H、T055I、T055K、T055M、T055P、T055Q、T055R、T055S、T055V、T055W、T055Y、N056D、N056P、N056Q、N056S、N056T、N056V、P057N、P057Q、P057T、P057V、P057W、F058C、F058E、F058G、F058H、F058L、F058M、F058N、F058Q、F058S、
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G、T244H、T244K、T244L、T244M、T244N、T244P、T244Q、T244R、T244S、T244V、T244W、T244Y、Q245A、Q245C、Q245E、Q245H、Q245I、Q245K、Q245L、Q245M、Q245R、Q245T、Q245V、Q245Y、R247W、S248A、S248E、S248F、S248G、S248H、S248I、S248L、S248M、S248N、S248Q、S248R、S248T、S248V、S248W、S248Y、S249C、S249D、S249H、S249I、S249K、S249L、S249M、S249N、S249Q、S249R、S249T、S249V、S249W、S249Y、L250F、L250H、L250I、L250M、L250T、L250V、E251A、E251T、E251W、N252A、N252C、N252E、N252G、N252H、N252I、N252L、N252M、N252Q、N252R、N252S、N252T、N252V、N252Y、T253A、T253C、T253E、T253G、T253H、T253K、T253M、T253S、T253V、T254A、T254C、T254L、T254M、T254R、T254S、T254V、T255A、T255D、T255E、T255F、T255G、T255H、T255I、T255K、T255L、T255M、T255R、T255S、T255V、K256A、K256C、K256D、K256E、K256F、K256H、K256I、K256L、K256M、K256N、K256P、K256Q、K256R、K256S、K256T、K256V、K256W、K256Y、L257A、L257C、L257F、L257G、L257H、L257I、L257K、L257M、L257N、L257R、L257T、L257V、L257W、L257Y、G258Q、D259A、D259E、D259F、D259G、D259L、D259N、D259P、D259Q、D259R、D259S、D259T、D259V、D259W、D259Y、S260A、S260C、S260D、S260E、S260F、S260G、S260H、S260L、S260M、S260N、S260P、S260R、S260V、S2
60W、S260Y、F261H、F261W、Y262A、Y262C、Y262E、Y262F、Y262L、Y262M、Y262N、Y263F、Y263M、Y263T、G264F、G264I、G264L、K265A、K265C、K265E、K265G、K265H、K265L、K265M、K265N、K265Q、K265R、K265S、K265W、K265Y、G266C、G266F、G266L、G266M、G266P、G266R、G266V、G266W、G266Y、L267A、L267C、L267E、L267G、L267H、L267I、L267M、L267N、L267Q、L267T、L267V、I268A、I268C、I268K、I268L、I268M、I268P、I268R、I268V、N269D、N269E、N269K、N269L、N269P、N269Q、N269S、Q271A、Q271C、Q271D、Q271E、Q271F、Q271G、Q271H、Q271I、Q271K、Q271L、Q271M、Q271N、Q271P、Q271R、Q271S、Q271T、Q271V、Q271W、Q271Y、A272E、A272F、A272G、A272H、A272L、A272M、A272N、A272Q、A272R、A272S、A272T、A272V、A272W、A272Y、A274C、A274D、A274F、A274G、A274H、A274I、A274K、A274L、A274Q、A274S、A274T及びA274Vの一以上を含み、前記位置が配列番号2で示すB.アミロリケファシエンス・ズブチリシンBPN’のアミノ酸配列の位置に対応する、請求項1に記載の単離ズブチリシン変異体。
【請求項6】
前記置換が、Y021H−Y217E、Y021H−Y217Q、S101E−Y217L、Y021H−Y217L、K213I−Y217Q、A045I−Y217Q、M119F−Y217Q、A045V−Y217L、Y021H−Y217L、K213I−Y217E、A092G−A114G、Y021W−S101E、V26Q−K213I及びY021H−S101Nから選ばれる置換の組み合わせを含み、前記位置が配列番号2で示すB.アミロリケファシエンス・ズブチリシンBPN’のアミノ酸配列の位置に対応する、請求項1に記載の単離ズブチリシン変異体。
【請求項7】
前記置換が、S101N−K213I、S101N−M119H、K213L、M119N−K213N、K213N、K213I−Y217E、M119N−K213I、K213N−Y217Q、M119H−K213N、S101P−K213N、M119H−Y217Q、K213I−Y217Q、M119F−K213L、Y217Q、M119F−Y217Q、A048E−K213L、A048H−K213L、K213N、V026N−K213L、V026N−K213L、V026Y−K213N、A048D−K213N、A048H−K213N、A048H−K213L、K213L、K213N、V147D−K213L、K213I、A048E−K213L、A048D−K213N、K213I、A048H−K213N、V147D−K213N、Y021H−Y217L、Y021H−Y217Q、A045V−Y217L、S101E−Y217L、Y021H−Y217E、A045I−Y217Q、Y021H−Y217L及びY021H−Y217Eから選ばれる組み合わせを含み、前記位置が配列番号2で示すB.アミロリケファシエンス・ズブチリシンBPN’のアミノ酸配列の位置に対応する、請求項1に記載の単離ズブチリシン変異体。
【請求項8】
前記置換が、S101N−M119H、Y217L、M119N−K213N、S101E−Y217L及びA045I−Y217Qから選ばれる組み合わせを含み、前記位置が配列番号2で示すB.アミロリケファシエンス・ズブチリシンBPN’のアミノ酸配列の位置に対応する、請求項1に記載の単離ズブチリシン変異体。
【請求項9】
請求項1に記載の単離ズブチリシン変異体をコードする単離核酸。
【請求項10】
請求項9に記載の核酸を含む発現ベクター。
【請求項11】
請求項10に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項12】
請求項1に記載の単離ズブチリシン変異体を含む洗浄組成物。
【請求項13】
前記洗浄組成物が洗濯用洗剤である、請求項12に記載の洗浄組成物。
【請求項14】
前記洗濯用洗剤が、冷水用洗剤、低pH用洗剤または小型洗剤である、請求項13に記載の洗濯用洗剤。
【請求項15】
バチルス・ズブチリシンのズブチリシン変異体を生産する方法であって、
a)請求項1のズブチリシン変異体をコードする核酸を含む発現ベクターで宿主細胞を形質転換する工程、及び
b)ズブチリシン変異体の生産に適した条件下で、前記形質転換された宿主細胞を培養し、ズブチリシン変異体を生産する工程
を含む、前記方法。
【請求項16】
生産されたズブチリシン変異体を採取する工程をさらに含む、請求項15に記載の方法。
【請求項17】
前記宿主細胞がバチルス種である、請求項15に記載の方法。
【請求項18】
前記バチルス種がB.ズブチリスである、請求項17に記載の方法。
【請求項19】
繊維を含む表面及び/または物を、請求項1−8のいずれかに記載の単離ズブチリシン変異体を含む洗浄組成物と接触させる工程を含む、洗浄方法。
【請求項20】
プロテアーゼ工学に用いられる方法であって、
a)前記プロテアーゼの同一のアミノ酸位置で、別個の置換を有する複数のプロテアーゼ変異体を各々含む、複数の部位評価ライブラリー(SEL)を提供する工程、
b)目的の特性試験で、前記SELの前記プロテアーゼ変異体及び標準プロテアーゼを試験する工程、
c)前記試験のために前記プロテアーゼ変異体の各々の性能指数(PI)を測定する工程、
d)非制限的な位置としての二以上の前記アミノ酸位置を同定する工程であって、二の前記SELの各々の少なくとも一の前記複数のプロテアーゼ変異体が、0.5より高いPIを有する工程、及び
f)二以上の前記非制限的な位置での置換を各々含む複数の多置換プロテアーゼ変異体を含む多重変異ライブラリーを提供する工程
を含む、前記方法。
【請求項21】
前記試験が、染み抜きアッセイ(微小布見本)、LAS安定性、EDTA安定性、洗剤安定性アッセイ及び比活性度アッセイから成る群より選ばれる二以上の異なるアッセイを含む、請求項20に記載の前記方法。
【請求項22】
前記プロテアーゼが細菌性ズブチリシンである、請求項20及び21のいずれかに記載の方法。
【請求項23】
バチルス・ズブチリシンの多置換ズブチリシン変異体を生産する方法であって、
a)第1特性の第1試験及び第2特性の第2試験で複数の単置換ズブチリシン変異体を試験する工程であって、親ズブチリシンの前記特性に各試験で1.0の値が与えられ、好ましい第1または第2特性が1.0より高い値を有し、過度に好ましくない第1または第2特性が約0.80未満の値を有するか、またはいくつかの好ましい実施態様において、約0.60未満の値を有する前記工程、
b)好ましい第1特性に関連し、過度に好ましくない第2特性に関連しない、少なくとも一の単置換ズブチリシン変異体での置換を同定する工程、
c)好ましい第2特性に関連し、過度に好ましくない第1特性に関連しない、少なくとも一の単置換ズブチリシン変異体での置換を同定する工程、
d)前の工程の前記置換をズブチリシン内に導入し、多置換ズブチリシン変異体を得る工程
を含む、前記方法。
【請求項24】
第1試験及び第2試験で多置換ズブチリシン変異体を試験する工程であって、改良されたズブチリシン変異体が、前記第1試験及び第2試験の両方で1.0より高い値に達するか、または第1試験で1.0より高い値であって、第2試験で0.80〜1.0の値に達する前記工程をさらに含む、請求項23に記載の前記方法。
【請求項25】
前記改良されたズブチリシン変異体を生産する工程をさらに含む、請求項24に記載の方法。
【請求項26】
前記第1特性及び第2特性が負に相関する、請求項25に記載の方法。
【請求項27】
好ましい第1特性または第2特性が約1.2より高い値を有する、請求項26に記載の方法。
【請求項28】
過度に好ましくない第1特性または第2特性が、約0.40未満の値を有する、請求項24に記載の方法。
【請求項29】
前記第1特性が安定性であり、前記第2特性が洗浄性能である、請求項24に記載の方法。
【請求項30】
前記安定性が洗剤中の安定性を含み、前記洗浄性能が洗剤中の血液/ミルク/インク(BMI)洗浄性能を含む、請求項29に記載の方法。
【請求項31】
5〜12.0のpHを有する粉末洗剤組成物または液体洗剤組成物内で洗浄性能が試験される、請求項24に記載の方法。
【請求項32】
前記親細菌性ズブチリシンが、配列番号2で示すアミノ酸配列を有するB.アミロリケファシエンス・ズブチリシンBPN’の野生型成熟形である、請求項24に記載の方法。
【請求項33】
前記位置が、約50%より高い溶媒接触可能表面(SAS)を有する親ズブチリシン内である、請求項24に記載の方法。
【請求項34】
一以上の前記親ズブチリシン内の位置が、約65%より高い溶媒接触可能表面(SAS)を有する位置である、請求項33に記載の方法。

【図1A】
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【図1B】
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【図2A】
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【図2B】
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【図3A】
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【図3B】
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【図4A】
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【図4B】
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【図5A】
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【図5B】
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【図6】
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【公表番号】特表2011−522539(P2011−522539A)
【公表日】平成23年8月4日(2011.8.4)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2011−512621(P2011−512621)
【出願日】平成21年6月3日(2009.6.3)
【国際出願番号】PCT/US2009/046156
【国際公開番号】WO2009/149200
【国際公開日】平成21年12月10日(2009.12.10)
【出願人】(509240479)ダニスコ・ユーエス・インク (81)
【Fターム(参考)】