微生物学的サンプルに存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の検出及び同定のためのヌクレオチド配列のアレイ、及び、該アレイを用いる方法
【課題】微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の存在を迅速且つ同時に同定する方法を提供する。
【解決手段】ヌクレオチドの配列のアレイ、及び、前記遺伝子の同定における該アレイの使用方法。特に、バイオフィルム形成、CO2固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化／還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子。該ヌクレオチド配列のアレイは、微生物学的なコミュニティの特質の評価を必要とする全ての場合において、バイオテクノロジーにおける有用なツールとして提供される。
【解決手段】ヌクレオチドの配列のアレイ、及び、前記遺伝子の同定における該アレイの使用方法。特に、バイオフィルム形成、CO2固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化／還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子。該ヌクレオチド配列のアレイは、微生物学的なコミュニティの特質の評価を必要とする全ての場合において、バイオテクノロジーにおける有用なツールとして提供される。
【発明の詳細な説明】
【本発明の範囲】
【０００１】
本発明は、微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジーにおける活性に関するタンパク質をコードする特定の遺伝子の存在を迅速且つ同時に同定するための、ヌクレオチド配列のアレイ、並びに、上記遺伝子の同定において該アレイを使用する方法に関する。特には、バイオフィルム形成、CO2 固定、エネルギー代謝、走化性（chemiotaxis）及び運動性（mobility）、鉄の酸化、窒素代謝、硫黄同化（sulphur assimilation）、及び硫化化合物の酸化/還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子が同定される。該ヌクレオチド配列のアレイは、微生物学的なコミュニティの特質（quality）を評価することが必要である場合はいつでもバイオテクノロジーにおいて有用なツールとして提供される。
【本発明の背景情報】
【０００２】
バイオテクノロジーは、一般に、特定の使用のための産物又はプロセスの創造又は改変において、生物学的システム（複雑な微生物学的なコミュニティのような）、生物（微生物、動物又は植物）又はそれらの派生物（代謝産物、タンパク質、核酸）を使用する任意の技術的適用である。本発明では、微生物を用いるバイオテクノロジーに焦点を合わせ、特にバイオマイニング及び微生物学的なバイオレメディエーションに焦点を合わせる。
【０００３】
微生物学的なバイオテクノロジーの多くのプロセスは、例えば、バイオマイニングの場合に鉱石に存在するコミュニティ、又は、バイオレメディエーションの場合に汚染土壌又は汚染水に存在するコミュニティのような、処理されるベース中に本来存在する微生物学的なコミュニティの発達を補強することを行う。それらの場合、存在するコミュニティの代謝的な特質を評価することを可能にするツールを有することは、例えば、我々が関心を持っているプロセスが、その存在するコミュニティにより実行可能であるかどうか、或いは、他の適切な菌株を播種すべきであるかどうかを判断するのに非常に有用である。
【０００４】
現在まで、微生物学的なコミュニティーを評価するために用いられる最も一般的なアプローチは、選択的培養、蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（FISH）、検出プローブ、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）及びマクロ及びマイクロＤＮＡアレイのような特異的マーカーを用いた結合のような種々の技術による、存在する種の同定である。上記の技術のうち、分子生物学に属するもの、即ち、FISH、検出プローブ、PCR、及びマクロ及びマイクロＤＮＡアレイは全て、未知のサンプルのＤＮＡと、検出又は同定されることが求められる微生物又は微生物群、例えばある種や属に特異的な既知の配列とのハイブリダイズに基づく。
【０００５】
上記のアプローチが有する問題は、それらの微生物学的なコミュニティに存在し得る微生物には多くの異なるタイプがあり、そのため、それらの組成を確立するために多くの試験を実行し、次いで、それらの取得されたデータと、それぞれ同定された分類群の特徴とを相関させ、最終的に、関心のある機能が該サンプル中に存在するかどうかを確証しなければならない。以前に記述されていない微生物が存在した場合、その代謝活性が知れたとしても、そしてそのプロセスにとって重要であったとしても、相関を行うことはできない。それ故、微生物学的コミュニティの代謝的な特徴を直接、評価及び制御し、且つ、それを構成する微生物を同定しない方法の必要性が生じる。
【０００６】
この技術的な問題は、微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子を検出及び同定するための、ヌクレオチド配列のアレイを創造すること及び該アレイを用いる方法による本発明の方法によって解決される。
【０００７】
調査されるコミュニティの分類学から、該コミュニティに存在する活性に関連するタンパク質の同定にアプローチの焦点を変更する際、我々は、バイオテクノロジーのプロセスの本質−それらのプロセスを根本的に実行する代謝機能−に直接焦点をあわせた。例えば、バイオリーチングプロセスのためにレプトスピリウム種（Leptospirillum spp.）の存在が探索される時はいつでも、実際に探索されるものは鉄酸化であり、それは、あるバイオテクノロジー的プロセスに関連する微生物のそれぞれについても同様である。
【０００８】
我々が設計した新しいアプローチは、バイオテクノロジー的プロセスのオペレーターが要求すること：このコミュニティは鉄を酸化するか？、硫黄を酸化するか？、CO2を固定するか？、窒素を固定するか？；に正確に応答することを可能にする。該技術に現在存在するアプローチによれば、オペレーターは最初に、何れの種が存在するかを知り、次いで、彼又は彼女は同じ質問に回答するために、この情報とそれらの種のそれぞれの特徴とを関連させなければならない。
【０００９】
それぞれの場合において、基本的な条件に応じるバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子を同定するためのＤＮＡ断片を設計した：上記断片の特異性は、標的遺伝子にのみ対応するものでなければならない。一方、それが可能であるときはいつでも、各標的遺伝子に特異的であり、また、オルソロガスに保存されている領域が探索される。これは、配列決定されている遺伝子のみでなく、記述されていない各標的遺伝子のオルソロガスな遺伝子をも検出するアイデアによる。この探索の結果は、特異的な領域における特異的な分類群内の、ある遺伝子又は機能に特異的である断片に対応する。
【００１０】
設計されたそれらのＤＮＡ断片により、我々は、微生物学的サンプル中に存在する、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードするそれらの遺伝子の存在の同定を実行することを可能にする、ＤＮＡ断片アレイを開発した。
【００１１】
ＤＮＡアレイのよい定義は、Schenaとその同僚によって提案されたものである：「複雑なＤＮＡサンプルの同時分析を可能にする、核酸の微視的及び系統的な配置」（Schena M., Heller, R.A., Theriault, P., Konrad, K., Lachenmeier, E.及びDavis, R.W. Trends Biotechnol. 16, 301-306, 1998）。
【００１２】
プリントされたＤＮＡのドットの直径によって、マクロアレイ（300ミクロン以上）及びマイクロアレイ（100ミクロン未満）の２つのタイプのアレイがある。前者は研究室において手動で作製でき、そのドットは特別な装置の助けがなくても可視化できる。後者は自動化されたプリントシステム（通常、ロボットのプリントプラットフォーム）及び特殊化された取得及びイメージプロセシング装置が必要である。
【００１３】
本発明において、ＤＮＡ断片アレイは、ガラス、シリコン又はナイロンのシートのような平らな表面にプリントされたドットの整列された系を含み、それぞれのドットは、既知であり、また、バイオテクノロジーにおいて関心のある遺伝子に特異的な、ＤＮＡ断片の大量のコピーを含む。
【００１４】
ＤＮＡ断片アレイを用いる検出方法は、該アレイの「ドット」のセットと、研究中のサンプルからの標識されたＤＮＡの抽出物との同時のハイブリダイゼーションを含む。通常、標識化され、またある場合には断片化されたサンプルのＤＮＡは、例えば熱による、ＤＮＡ二重鎖を分離する変性段階に供される。温度が低いとき、ＤＮＡは、その物理化学的な特徴のために、その最も正確な相補鎖とハイブリダイズする傾向がある。このＤＮＡがアレイと接触したとき、サンプル中のＤＮＡとドット中に含まれるＤＮＡ断片との間に一致がある場合、そのサンプルの標識されたＤＮＡのコピーは、そのドットに特異的に結合して残存する可能性が高い。これは、該アレイのドットに含まれる相補的なＤＮＡのコピー数が多いために生じる。ハイブリダイズしたアレイのイメージ取得及び処理段階において、この標識は、調査下のサンプル中に存在する微生物の検出を可能にする。
【００１５】
ＤＮＡの標識化は、任意の既知の標識化技術によって行うことができ、最も通常のものは、蛍光性又は放射性の標識である。
【００１６】
アレイ及びそれらの使用は既知であり、当該分野の状態において、我々は、サンプル中の微生物の存在を検出するアレイの例を見出すが、しかし、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の検出に焦点を合わせたものはない。
【００１７】
ＤＮＡ断片のアレイを製造することについては、現在、公開された種々のプロトコールがあり、また、この種のアレイの製造をサービスする製造所がある。製造は、アレイの製造を委託された会社、又は、それを行う製造所で用いられるプロトコールに依存して、担体、ＤＮＡの断片を担体に結合する方法、該担体上のドットの空間的な分布などに関して変動し得るために、結果として、遺伝子の選択及び用いるＤＮＡ断片の設計のみが、アレイの特異性及び有用性を定義するものである (Ye et al JouＲＮＡl of Microbiological Methods 47(2001) 257-272)。
【発明の概要】
【００１８】
本発明は、微生物学的サンプル中に存在する、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の存在を迅速且つ同時に同定するためのアレイ、及び前記遺伝子の同定における、該アレイの使用方法を開示する。
【００１９】
バイオフィルム形成、CO2 固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化-還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子の存在を同定することを可能にする、100未満の窒素化（nitrogenated）塩基長のＤＮＡ断片を設計した。設計された断片は全て、関心のある機能に関連する特定のタンパク質をコードする遺伝子に特異的であり、それ故、それらはある代謝機能に特異的であると言える。ある場合には、オリゴヌクレオチドがそれに基づいて設計された遺伝子は唯一つの種に特異的であり、結果的に、該オリゴヌクレオチドは、該機能及び該種の両方に特異的である。その他の場合には、関心のある遺伝子はオルソロガス（orthologically）に保存されていることが見出される。それらの場合、該オリゴヌクレオチドは、記載されたオルソロガスの間で一致する領域の中で設計され、よって、該機能及び論じられる分類群に特異的である。
【００２０】
アレイ中にそれらのＤＮＡ断片の少なくとも一つがある場合、微生物学的なコミュニティの代謝的な特徴を評価することが可能である。好ましくは、バイオフィルム形成、CO2 固定、エネルギー代謝、走化性、窒素代謝、硫黄同化及び硫化化合物の酸化-還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子の幾つか又は全ての存在を、同時に且つ唯一つのプロセスで同定することを可能にする、設計されたＤＮＡ断片のいくつかを含むアレイが提供される。
【００２１】
本方法は、バイオテクノロジーにおいて有用であるツールとして、その特異的な代謝機能に関する微生物学的なコミュニティの特質の評価又は制御が要求されるときはいつでも提供される。
【発明の詳細な説明】
【００２２】
微生物学的サンプル中に存在する、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の存在の、迅速且つ同時の検出を可能にするアレイ、及び該アレイの使用方法の提供は、工業的事業の種々の分野において適用されるであろう。例えば、バイオマイニングプロセスのためのミネラル；バイオレメディエーションプロセスのための汚染された土壌又は水、又は他の任意のバイオテクノロジー的な適用のような、バイオテクノロジー的なプロセスのベースに存在する野生の微生物学的なコミュニティの評価である。第２の側面は、バイオテクノロジー的なプロセスに既に関与している微生物学的なコミュニティを制御することを可能にするということである。
【００２３】
それらのバイオテクノロジー工業事業の要求を満たすために、我々は、100未満の水素付加した塩基長のＤＮＡ断片を設計し、これは、バイオフィルム形成、CO2固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化-還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子に特異的なものである。それらの断片は、ＤＮＡアレイに分布され、野生か又はすでにバイオテクノロジー的プロセスに関与しているかによらず、微生物学的なコミュニティから得られたサンプル中のそれらの遺伝子の存在を同定することを可能にする。
【００２４】
設計された全ての断片は、関心のある機能に関連する特異的なタンパク質をコードする遺伝子に特異的であり、それ故、それらは、以下の機能に特異的なある代謝機能に特異的であると言える：バイオフィルム形成、CO2固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化還元。
【００２５】
オリゴヌクレオチドがそれに基づいて設計される遺伝子が唯一つの種に特異的である場合、結果的に、該オリゴヌクレオチドは、該機能及び該種の両方に特異的である。その他の場合、関心のある遺伝子は、特異的な属のうちの異なる種にオルソロガス（orthologically）に保存されている。それらの場合、該オリゴヌクレオチドは、記載されたオルソロガスの間で一致する領域の中で設計され、よって、該機能及び論じられる分類群に特異的である。
【００２６】
我々がこの方法をどのように開発したかの理解を助けるために、用いたストラテジーを簡単に記載する。
・第一に、検出したい、バイオテクノロジーにおいて関心のある機能及びそれらの各機能の鍵となる遺伝子を確立した。
・第二に、二つの基本的な条件に従う、関心のある機能に関連する遺伝子を有する微生物を選択した：一つには該関心のある任意の機能を所有すること、もう一つには完全に又は部分的に配列決定されていること。
・第三に、例えば大腸菌のような周知の微生物において関心のあるタンパク質又は機能についてコードする参照配列のリストが作成され、前記既知の遺伝子と関心のあるゲノムの間の相同性が検査される。相同性が発見された場合、それは、関心のある微生物において関心のある遺伝子に一致する「相同的な」ゾーンと定義される。
【００２７】
・関心のある微生物のそれぞれにおける、関心のある遺伝子のそれぞれの配列を含むスタートアップデータベースをこの方法で得た。関心のある遺伝子の全てが、関心のある微生物（これは、既知の微生物／配列決定されたゲノムである）の全てのなかに存在しないことは明らかである。
【００２８】
・関心のある遺伝子に特異的である領域のみを選択して、換言すれば、他の機能を有する遺伝子と相同性を示さない領域のみを選択して、該スタートアップデータベースに含まれる遺伝子の配列を関心のある微生物の遺伝子の全てと比較した。この選択は、それらの制限が入れられた探索アルゴリズムによって行われる。
【００２９】
・このように選択された特異的な領域は、ありうるコンセンサス領域を検出する目的で、設計されたオリゴヌクレオチドの最終的な長さの約80％の一致として理解される高い類似性によってグループ化される、
・それらの特異的領域は、オリゴヌクレオチドの物理化学的な変量（GC組成レベル、ハイブリダイゼーション温度、起こり得る二次構造）を考慮に入れて、検出のために有用な領域として確認される。それらの条件に従う領域が、オリゴヌクレオチド候補であると見なされる。
【００３０】
・該オリゴヌクレオチド候補は、相同性によって既知の遺伝子配列の全てと比較されるが、この比較から、明らかに相同である、それに基づいてオリゴヌクレオチドが設計された関心のある遺伝子は除外される。
【００３１】
・特異的であるとして用いられた該オリゴヌクレオチドが関心のある機能を検出するために我々が用いるものである。
【００３２】
先に示したように、第一の工程は、関心のある機能を選択するためのものである。我々は、微生物学的なコミュニティに存在し、また、我々のＤＮＡアレイに含まれるバイオテクノロジーに有用な、８つの代謝機能：バイオフィルム形成、CO2 固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化還元；を選択した。それらのそれぞれの重要性は、当該技術の知識を完全に有する任意の人間には明らかである。
【００３３】
それらの機能の中には、任意の微生物学的なコミュニティにおける一般的及び関連性のある情報、例えば、エネルギー代謝及び該コミュニティがCO2又は窒素を固定できるか度かの両方を我々に提供するものもあり、コミュニティが要求する栄養を確立するのに関係する。
【００３４】
該コミュニティのバイオフィルム形成能力又は該コミュニティ内の移動能力のある微生物の存在を知ることは、我々が実行することを望むバイオテクノロジー的なプロセスの培養条件を確立するために同じように必須である。他の方面において、鉄酸化、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化／還元プロセスは、バイオマイニング（biomining）及びバイオレメディエーションのような非常に重要な、特異的なバイオテクノロジー的プロセスにおいて重要なプロセスである。
【００３５】
第二に、該マイクロアレイに含まれるオリゴヌクレオチドがそれに基づいて設計される関心のある微生物が決定される。該選択は、意図する二つの関連する側面を維持して実行した：第一は、該微生物が関心のある機能を少なくとも一つ有すること、第二は、それらのゲノムが全て又は部分的に配列決定されていること。それらの要因を考慮して、「Biosigma: Wenelen (DSM 16786)」及び「Licanantay (DSM 17318)」の性質であり、上記の代謝機能を一以上有しており、及び、ゲノムが配列決定されている株が選択された。鉄及び硫化化合物の酸化機能を有するアシジチオバチルス・フェロオキシダンス（Acidithiobacillus ferrooxidans）ATCC 23270種もまた含まれた。二つの配列が公開されているバークホルデリア・シュードマレイ（Burkholderia pseudomallei）種が用いられる：Burkholderia pseudomallei 1710b及びBurkholderia pseudomallei K96243。デサルフォビブリオ・デサルフリカンス（Desulfovibrio desulfuricans）は硫黄酸化活性について選択され、その公開されたDesulfovibrio desulfuricans G20種が用いられる；その機能が硫化化合物の酸化であるチオバチルス・デニトリフィカンス（Thiobacillus denitrificans）ATCC 25259も含まれた。公開された配列が以下の微生物に対応する、バイオマイニング微生物のフェロプラスマ（Ferroplasma）、レプトスピリウム（Leptospirillum）、スルフォロブス（Sulfolobus）及びサーモプラスマ（Thermoplasma）もまた含まれた；フェロプラスマ・アシダルマヌス（Ferroplasma acidarmanus）、フェロプラスマ種（Ferroplasma sp.）(II)、レプトスピリウム種（Leptospirillum sp.）(II)、レプトスピリウム種（Leptospirillum sp.）(III)、スルフォロブス・アシドカルダリウス（Sulfolobus acidocaldarius）DSM 639、スルフォロブス・ソルファタリカス（Sulfolobus solfataricus）、スルフォロブス・トコダイ（Sulfolobus tokodaii）、サーモプラスマ・アシドフィラム（Thermoplasma acidophilum）及びサーモプラスマ・ボルカニウム（Thermoplasma volcanium）。
【００３６】
一旦、関心のある機能及び研究する微生物が明らかになれば、前記機能の存在を同定するために用いる遺伝子は決定される。関心のある機能及びそれらを表すために選択された遺伝子のそれぞれの簡単な記載を以下に提供する。
【００３７】
関心のある機能の説明。
鉄酸化。Fe+2からFe+3への鉄の酸化は、生成された鉄（III）が非常な酸化剤であり、これは存在する硫化物又は酸化を必要とする任意の化合物を酸化することができ、これによって、該溶液中の関心のある金属を放出することができるために、バイオリーチングの開発のために必要である。
【００３８】
「鉄酸化」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子は、A. ferrooxidanに基づいて選択された：
rus、cyc1、cyc2、cycA y cycA2
関心のある微生物（既知の微生物／配列決定されたゲノム）内のそれらの全ての遺伝子の配列の定義が利用可能であるために、参照配列を用いる必要がない。
【００３９】
バイオフィルム形成。バイオフィルム又はシルト（silt）を形成する能力は、それが担体に結合されたバイオマスの耐久性を保証するために、任意の微生物のコミュニティの発展にとって重要である。
【００４０】
「バイオフィルム形成」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子が選択された。
galE, galU, rfbA, rfbB, rfbC, rfbD, epsD, gdh, manB, manC, pgm, uppS, wza, wzc
関心のある微生物中のそれらの遺伝子について利用できる情報がなかったため、研究は参照遺伝子を用いて行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、前記遺伝子と前記関心のある微生物のゲノムの間の相同性を探索した。乳酸菌（Lactobacillus lactis）の遺伝子が参照として用いられたepsDを除いて、ほとんどの場合、大腸菌の遺伝子が参照として用いられた。
【００４１】
CO2固定。CO2固定は、コミュニティが、コミュニティに炭素基質を添加する必要がないためにそのプロセスに経済的な利点を与える、独立栄養生物であるかどうか調べることを可能にするために、微生物学的なバイオテクノロジー的プロセスにおいて重要である。
【００４２】
「CO2-固定」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
cbbL1, cbbL2, cbbM, cbbS1, cbbS2, cbbArchea, ppc, prk
関心のある微生物におけるそれらの幾つかの遺伝子、cbbL1、cbbL2、cbbM、cbbS1 y cbbS2の情報は利用できた。その他は、参照遺伝子を用いて研究を行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、それらの参照遺伝子と前記関心のある微生物のゲノムの間の相同性を探索した。Archaeasの遺伝子cbbについてはメタノサルシーナ・アセチボランス（Methanosarcina acetivorans）が参照として用いられ、遺伝子ppcについては大腸菌の遺伝子が参照として用いられ、遺伝子prkについてはシネココッカス（Synechococcus）の遺伝子が用いられた。
【００４３】
走化性及び運動性。微生物の運動性は鞭毛の存在によって与えられる；ある場合に、運動は培地中の代謝産物の濃度に対する反応として発達し、これは走化性として知られる。微生物学的なコミュニティが走化性及び運動性の特徴を有しているかどうかを知ることは、開発されるバイオテクノロジー的なプロセスについての培養条件をよりよい方向に確立することを可能にする。
【００４４】
「走化性及び運動性」機能の存在の同定のために、該プロセスに関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
flhA, flhB, fliF, fliG, fliM, fliN, motA, motB
関心のある微生物中のそれらの遺伝子について利用できる情報がなかったため、研究は参照遺伝子遺伝子を用いて行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、それらの参照遺伝子と前記関心のある微生物のゲノムの間の相同性を探索した。全ての場合において、大腸菌の遺伝子が参照として用いられた。
【００４５】
窒素代謝。窒素化化合物の代謝に関して、重要であると考えられる二つのプロセスがある。その一つは、その必須成分が酵素ニトロゲナーゼである窒素固定である。もう一つは、硝酸レダクターゼが関与する窒素化化合物の分解である。
【００４６】
「窒素代謝」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
nifK, narH, nirA
関心のある微生物中のそれらの遺伝子について利用できる情報がなかったため、研究は参照遺伝子遺伝子を用いて行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、前記遺伝子と前記関心のある微生物のゲノムの間の相同性を探索した。narHの場合には大腸菌の遺伝子が参照として用いられた；nifKの場合にはアゾトバクタ・ビネランディー（Azotobacter vinelandii）が参照として用いられ、nirAの場合には参照はシネココッカスであった。
【００４７】
硫黄同化。硫黄同化は、環境性の硫黄が細胞代謝で使用するための有機性の硫黄として固定されるプロセスである。このプロセスの二つの主要な最終産物は、必須アミノ酸のシステイン及びメチオニンである。
【００４８】
「硫黄同化」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
cysI, cysJ
関心のある微生物中のそれらの遺伝子について利用できる情報がなかったため、研究はそれらの参照遺伝子を用いて行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、前記遺伝子と前記関心のある微生物のゲノムの間の相同性を探索した。遺伝子cysI、及びcysJについては大腸菌の遺伝子が参照として用いられた。
【００４９】
硫化化合物の酸化/還元。バイオリーチングに高度に関連するプロセスは、硫黄化合物の酸化である。例えば、アシジチオバチルス（Acidithiobacillus）属の微生物は、酸素を電子受容体として用いて還元型の硫黄化合物（硫化物、元素硫黄、チオン酸塩などのような）の酸化を触媒でき、そして硫酸を最終産物として産生し、そして、亜硫酸及びチオ硫酸のような化学種を、鉱石中に存在し得る硫化物に付随する金属を可溶化させる中間産物に還元する。
【００５０】
「硫黄酸化」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
doxA, doxD, doxDA1, doxDA2, dsrA, dsrB, dsrC, dsrE, dsrF, dsrK, dsrL, dsrM, dsrN, dsrO, dsrP, dsrS, soxB
関心のある微生物におけるdoxDA1、doxDA2遺伝子についてのみ情報が利用可能であった。その他は、参照遺伝子を用いて研究を行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、それらの参照遺伝子と関心のある微生物のゲノムとの相同性を探索した。
【００５１】
遺伝子doxA、doxDについてはアシドアルマヌス・アンビバレンス（Acidarmanus Ambivalens）が参照として用いられ、遺伝子soxBについてはパラコッカス・デニトリフィカンス（Paracoccus denitrificans）の遺伝子が参照として用いられ、全てのdsr遺伝子については、アロクロマティウム・ビノサム（Allochromatium vinosum）の遺伝子が用いられた。
【００５２】
エネルギー代謝
「エネルギー代謝」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
pfk, korA, korB, idh, pdhA, pdhB, pdhC, gltA, accA, accB, aaC, accD
関心のある微生物におけるpdhC 遺伝子についての情報のみ利用可能であった。その他は、参照遺伝子を用いて研究を行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、それらの参照遺伝子と関心のある微生物のゲノムとの相同性を探索した。遺伝子pfk、idh、gltA、accA、accB、aaC及びaccDについては大腸菌の遺伝子を参照として用いた。遺伝子korA及びkorBについてはメタノカルドコックス・ジャナスチー（Methanocaldococcus jannaschii）が参照として用いられ、遺伝子pdhA及びpdhBについてはミコバクテリウム・ツベルクロシス（Mycobacterium tuberculosis）の遺伝子が用いられた。
【００５３】
微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジー関連する活性を有する、上記で定義されたタンパク質をコードする遺伝子を検出及び同定するためのヌクレオチド配列の開示されたアレイは、以下のＤＮＡ断片の一つ、幾つか又は全ての代表をその表面に付着されて含む：
ａ．バイオフィルム形成に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｂ．CO2固定に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｃ．エネルギー代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｄ．走化性及び運動性に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｅ．鉄酸化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｆ．窒素代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｇ．硫黄同化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｈ．硫化化合物の酸化／還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ここにおいて、各ＤＮＡ断片は数百コピー存在し、均質な組成のドットを形成し、担体の表面に空間的に分布される。
【００５４】
それらの上記遺伝子のそれぞれについて、我々は、80〜100の特異的な窒素化塩基、好ましくは100の特異的な窒素化塩基の断片を設計した。それらは配列表に記載した。
【００５５】
全体において、我々は、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の同定のためのＤＮＡ断片を合計で232設計し、それらは全て100ヌクレオチド長である。設計した232のＤＮＡ断片の配列は配列表に含まれる。
【００５６】
設計された232の配列の外の配列番号1〜86はバイオフィルム形成機能に特異的である。
配列87〜101は、CO2-固定機能に特異的である。
配列102〜156は、エネルギー代謝機能に特異的である。
配列157〜192は、走化性及び運動性機能に特異的である。
配列番号193〜197は、鉄酸化機能に特異的である。
配列番号198〜203は、窒素代謝機能に特異的である。
配列番号204〜210は、硫黄同化機能に特異的である。
そして、配列211〜232は、硫化化合物の酸化還元機能に特異的である。
【００５７】
設計された断片は、完全であるか、又はそれを含むより大きな断片であるか、又は該断片を含む任意の細断片のような部分的なものであるか、又は上記の選択肢の全ての逆相補配列として、アレイにインプリントされることができる。50〜70のヌクレオチドの細断片が都合よくインプリントされる。
【００５８】
本発明に含まれるアレイは、完全に；ちょうどＰＣＲ産物のように、前記断片がその領域の２０％超を代表するより大きい領域；又は、部分的に、ここで開示された断片のそれぞれに含まれる細断片の一つとして、又は、上記選択肢の全ての逆相補配列としてのいずれかで、配列番号1〜232に含まれるＤＮＡ断片の少なくとも一つを含むものであることは留意される必要がある。
【００５９】
ヌクレオチド配列の特異性はその逆相補配列のものと同じであるため、上記の側面は極めて重要である。この特徴、特異性が、ＤＮＡ断片の設計を達成するために最も困難なことである。その技術の知識に通じた人間が、該技術に存在する一連のツールを用いて、熱力学的に安定及び不安定なオリゴヌクレオチドを識別できるにも関わらず、相補配列の安定性がアレイにおける使用に適性でないことが起こり得る。本発明の断片の配列番号1〜232の逆相補配列は全て、完全であるか、又はPCR産物のようなそれを含むより大きな断片であるか；又は部分的な、ここで開示した断片のそれぞれを含む細断片の一つとしての何れかによらず、本発明の範囲内であると見なされる。
【００６０】
該アレイは優先的に、少なくとも一つの断片又は関心のある断片のそれぞれの細断片を含む。開示されたＤＮＡの断片又は細断片の全てを含むアレイを調製することが可能であり、又はある場合には、それらの一つのみを含むアレイを調製することも可能である。それらの選択肢の全て、並びに、有り得る中間の組合せの全ては、本発明の範囲内に含まれる。
【００６１】
本発明のアレイの有効性は、インプリントされる断片の特異性及び安定性によって与えられる。それらの特徴は、設計された断片に含まれる細断片のそれぞれに存続する。これは、ヌクレオチド1〜100、又は42〜92又は15〜65又は任意の他の有り得る選択が用いられた場合でも、特異性が同じに維持されることを意味する。全ての選択は細断片に対応し、また、本発明の範囲に含まれる。
【００６２】
合成を通して又はPCRの産物として、他のオリゴヌクレオチドによって隣接された本発明の断片又は細断片を含むＤＮＡ断片を得ることも可能である。その特異性が、本発明において開示されたように設計された断片又は細断片によって与えられる、本発明の断片を含むより大きな領域もまた、本発明の範囲内に含まれることが見出される。
【００６３】
本発明に従ったアレイを実行するために、選択された各断片又は細断片は数百コピーで合成され、ガラス、シリコン、ナイロン、又は該技術に存在する任意の他のもののようなアレイに適用される担体上に均質なドットのようにインプリントされなければならない。
【００６４】
本発明のための背景情報を考察するときに示されることは、ＤＮＡ断片合成及びアレイ作製技術が既知であること、及び、任意のそれらが、本発明のアレイの作製に用いることが可能であるということのみである。
【００６５】
バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子に特異的なそれらのＤＮＡ断片に加えて、各アレイはネガティブコントロール及びポジティブコントロールを含むことが都合よい。ネガティブコントロールは、バイオテクノロジー的な状況において決して見出されないヌクレオチド配列に対応する。ポジティブコントロールは、問題のサンプル中に常に存在するヌクレオチド配列に対応する。
【００６６】
該技術の精通者には、本発明のために設計された232のＤＮＡ断片が、アレイを用いた場合のみでなく、未知のＤＮＡと特異的断片とのハイブリダイゼーションに基づく他の分子生物学的技術によっても、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の同定を可能にすることは明らかである。それらの分子生物学的技術には、例えば、検出プローブ、FISH、PCR及び配列決定を挙げることができる。
【００６７】
任意の分子生物学的技術において、完全に；ちょうどＰＣＲ産物のように、前記断片がその領域の２０％超を代表するより大きい領域；又は、部分的に、ここで開示された断片のそれぞれに含まれる細断片の一つとして；又は、上記選択肢の全ての逆相補配列としてのいずれかで、本発明で既知となった232のＤＮＡ断片を用いることは、本発明の開示の明らかな適用であり、本発明の範囲内であるとみなされる。
【００６８】
アレイの使用
本発明のアレイを用いて、微生物学的サンプルに存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードするある遺伝子の存在を検出及び同定するために、第一に、評価する関心のあるサンプルのＤＮＡを単離することが必要である。これはｃＤＮＡを用いた研究をも可能にし、その場合は、該サンプルのＲＮＡが第一工程で単離されるということが唯一の相違である。該技術において、ＤＮＡ及びＲＮＡを環境サンプルから又は培養物から抽出する異なる方法が知られており、該サンプルの特定の性質のそれぞれの場合を考慮してそれらの任意の方法を用いることができる。
【００６９】
第２の工程の間、該サンプルの全てのＤＮＡ又はＲＮＡは、該アレイのドットにインプリントされた断片とのハイブリダイズに適用される、短い断片の標識されたＤＮＡに転換される必要がある。該サンプルのＤＮＡが既に単離されている場合、それは断片化され標識化される必要がある。該サンプルのＲＮＡを用いて研究しない場合は断片化の必要はなく、その作製段階は標識ｃＤＮＡを得るためにのみ実行される。該技術は、ＤＮＡの断片化及び作製の両方がＤＮＡの６ヌクレオチドのアレアトリースプリッター（aleatory splitters）を用いて作製されることを可能にする。マーキングは、放射能、ビオチン、蛍光その他のような当該分野に存在する技術の何れかによって標識されたか又は標識されるのに感受性の高いヌクレオチドを用いて行われることができる。マクロアレイが用いられる場合は、マーキングは好ましくは放射能32Pで行われ、マイクロアレイが用いられる場合は、蛍光、例えば、Cy5又はCy3によって行われる。
【００７０】
本発明はアレイのためのＤＮＡ又はcＤＮＡの調製について記載された方法に限定されず、ＤＮＡ又はｃＤＮＡの調製のために当該分野の状態に存在する任意の方法を用いることができ、これは、アレイの使用が本発明の範囲から分離できることを意味しない。
【００７１】
一旦、ＤＮＡが調製されたら、それはＤＮＡ変性段階に供される。この変性されたＤＮＡは、次いで、アレイ上の一定量のＤＮＡ混合物に配置されてアレイ上でインキュベートされる。該アレイは、40〜70℃の範囲内の温度で、少なくとも１時間及び好ましくは一晩、ハイブリダイズされる。
【００７２】
ハイブリダイゼーション後、該アレイを注意深く洗浄する。洗浄は、通常、適度の温度、例えば、35〜50℃、好ましくは40〜45℃の軟化（softening）溶液で行われる。
【００７３】
一旦、該アレイが洗浄されると、それは優先的に乾燥され、都合よくは、例えばファルコンチューブ中又は同様の何らかのもので、短時間、適度なスピードで（200-3000 x g per 1〜5分）遠心分離によって乾燥される。
【００７４】
最後に、ドットが示すマーキングを可視化することが必要である。各標識されたドットの位置は、該ＤＮＡ断片がそれに基づいて設計された、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の存在を示す。
【００７５】
ネガティブコントロールに対応するドットが未標識のままであることをチェックする必要がある。というのも、もし、それらのＤＮＡ断片とハイブリダイゼーションしていた場合、それは、該反応が非特異的であったことを示し、また、それらが偽陽性を含み得るために、得られた結果は放棄しなければならないことを示すためである。
【００７６】
ポジティブコントロールに対応するドットは同様に標識される。というのも、このＤＮＡ断片とのハイブリダイゼーションが起こらなかった場合、それは、該反応中に干渉があったことを示し、また、それ故、信号の無いドットは、偽陰性に相当し得ることが示される。
【００７７】
上記に従って、微生物学的なコミュニティ中のバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードするある遺伝子の存在の決定は、本発明のアレイ中の標識化されたドットのリーディングに変えられる。
【実施例】
【００７８】
実施例１：バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする、ある遺伝子の存在を検出及び同定するためのマイクロアレイ。
【００７９】
バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子を同定する、本発明の２３の異なるＤＮＡ断片を備えたマイクロアレイを調製した。それらの活性は以下の機能に関連するものである：硫黄同化、CO2固定、鉄酸化、窒素代謝、エネルギー代謝、走化性及び運動性、及びバイオフィルム形成。
【００８０】
二つのポジティブコントロール及び二つのネガティブコントロールも該マイクロアレイに含まれた。マイクロアレイ中のそれぞれの位置の内容を下記表１に詳述した。
【表１】
【００８１】
インプリントされた断片は全て、60ヌクレオチド長であった。選択された本発明のＤＮＡ断片は、配列表で定義される表２に示された断片の、60オリゴヌクレオチドの細断片に対応する。
【表２】
【００８２】
マイクロアレイの調製は該サービスに専門にする会社に委託した。
【００８３】
実施例２：バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子を検出及び同定するためのマイクロアレンジメント（microarrangemt）の使用。
【００８４】
実施例１で得られたマイクロアレイを、バイオリーチング堆積流出物（bioleaching heap effluents）の二つのサンプル、サンプル１（S1）及びサンプル２（S2）における微生物学的なコミュニティの組成を決定するために用いた。
【００８５】
S1及びS２に存在するトータルＤＮＡを伝統的なＤＮＡ抽出方法で抽出した。
2μLのＤＮＡを該サンプルからとり、エッペンドルフチューブにいれた。以下の方法をそれぞれの場合に行った：
36μLのddH2O及び3,3 mLの市販のアレアトリー・スプリッター（aleatory splitters）の6ヌクレオチド（六量体）を添加した。５分間ボイルし、次いで氷中で作業した。
【００８６】
2μLのヌクレオチド混合物（ここでヌクレオチドdUTPはフルオロフォル（fluorphor）Cyで標識される）を添加した。赤い蛍光を呈するCy5をS1に用い、一方、緑の蛍光を呈するCy3をS2に用いた。この後、4μLのクレノータイプ（Klenow-type）のポリメラーゼ及び該ポリメラーゼに適する5μLの緩衝溶液を（配給者に従って）添加し；それを３７℃で４時間インキュベートした。
【００８７】
該反応を、5μLのAEDT 0,5 M pH 8で停止した。標識されたＤＮＡを、イオン交換カラムを用いて回収した。ＤＮＡを含有する流出液を減圧乾燥した。
【００８８】
さらに100μLのTris緩衝溶液 pH 7を塩基性成分として加えて前記ＤＮＡを再懸濁し、100℃、１分半のＤＮＡ変性に供した。ハイブリダイズをマイクロアレイ上で、55℃で一晩、動かしながら行った。
【００８９】
翌朝、２×SSC、0.1% SDS（ドデシル硫酸ナトリウム）、45℃で２回；0.2×SSC 0,1% SDS、42℃で１回、及び0.2×SSC、42℃で１回、各マイクロアレイを洗浄した。（500のSSC 20×、87.6 gのNaCl、50 gのクエン酸ナトリウム（2H2O）及びpH 7.0に調整された）。
【００９０】
各マイクロアレイを１５分間ミリＱ水と共に箱に入れ、その後、ファルコンチューブ或いは同様のもので、1.100 rpmで１分間の遠心分離して乾燥した。
【００９１】
最後に、マイクロアレイの結果の観察が可能になり、これは、S1についての図1及びS2についての図２に示した。
【００９２】
表３において、該マイクロアレイにおける異なる断片の位置が示され、F1において示した、S1から得られたＤＮＡとのハイブリダイゼーションの結果が要約してある。？？全てのポジティブコントロールはハイブリダイゼーションを示しており、ネガティブコントロールは未標識のままであった。
【表３】
【００９３】
この結果は、硫黄同化、CO2-固定、鉄酸化、及び窒素固定の機能、及びエネルギー代謝において鍵となるタンパク質に関連するタンパク質をコードする遺伝子の存在を示している。該サンプルは、走化性及びバイオフィルム形成について調べられる遺伝子を有していないように思われた。
【００９４】
表４にマイクロアレイ上の異なる断片の位置を再び示す。Ｆ２に示されたS2から得られたＤＮＡとのハイブリダイゼーションの結果をまとめた。全てのポジティブコントロールはハイブリダイゼーションを示し、ネガティブコントロールは未標識のままであった。
【表４】
【００９５】
その結果は、調べられた全ての機能に関連するタンパク質をコードする遺伝子の存在を示している。これは混合性培養物の場合であることは明らかである。上記のサンプルとは異なり、細胞性の運動及び走化性について、及び、バイオフィルム形成について、細胞の高い提示が観察された。
【００９６】
本実施例は、本発明の特徴を説明するものであり、請求の範囲によって定義された本発明の範囲を限定するものと見なされるものではない。
【００９７】
［図面の説明］
図１は、バイオマイニング（biomining）サンプル１と本発明のマイクロアレイとのハイブリダイゼーションの結果に対応する。本発明の断片は、表２に記載した断片の細断片に対応する。表１に、マイクロアレイの位置のそれぞれの内容を記載した。表３は、ハイブリダイゼーションの陽性又は陰性の結果を概要する。
【００９８】
その結果は、以下の機能に関連するタンパク質をコードする遺伝子の存在を示す：硫化化合物の代謝、CO2固定、鉄の酸化、窒素固定、及びエネルギー代謝の鍵となる酵素。該サンプルは、走化性及びバイオフィルム形成について評価される遺伝子を有していないようである。ポジティブコントロールはハイブリダイゼーションの信号を示し、ネガティブコントロールは未標識のままであった。
【００９９】
図２は、第２のバイオマイニングサンプルと本発明のマイクロアレイとのハイブリダイゼーションの結果に対応する。用いられたマイクロアレイは、サンプル１について用いられたものと同じである。その内容は表１に明示した。本実施例で用いられた断片は、表２に記載した配列に含まれ、表４はハイブリダイゼーションの陽性又は陰性の結果を概要する。
【０１００】
その結果は、全ての評価された機能に関連するタンパク質をコードする遺伝子の存在を示し、これは混合性の培養の場合と思われる。上記のサンプルと異なり、細胞性の運動及び走化性、及びバイオフィルム形成についての遺伝子の高い発現（representation）が観察される。ポジティブコントロールは、ハイブリダイゼーションの信号を示し、ネガティブコントロールは未標識のままであった。
【０１０１】
［配列表］
配列番号1
Function: Biofilm formation
Code: BMS92
Gene: epsD
Sequence: GGG AAG TCA TCC AGG TCA TCT CCG TCC TGG CTG TCC TCA ATG CGG CTT TCG CCT TTT CCG GCA GGC TGC CAT TGT CGC GGC TGT GGC TGT TCA GTA CCT G
配列番号2
Function: Biofilm formation
Code: BMS196
Gene: epsD
Sequence: ATG GCC ACC ATA AGA ACC AGT ATG CGC ACA CAC TCT ACC TTC CAA TGG TCT AGC TGG ACG CCT TTT ATT ATG GCG CTG GGA GAT ATT TTA GCC TTT CTT G
配列番号3
Function: Biofilm formation
Code: BMS229
Gene: epsD
Sequence: GGG TGC TTT ATC CCG TCG CCA TGG CGG CAG GTG ATC TGG TTG CGT TCT ATT CGG CGT TGC TGG CAG CGT ATT TCC TCA GGG TCC ATC TTT TGG GGC ACT G
配列番号4
Function: Biofilm formation
Code: BMS10308
Gene: epsD
Sequence: CTC GCC GCG AAG CCC GGC ATG ACG GGG CTT TGG CAA GTG AGC GGG CGC AAC GAT ACC AGC TAC GCG ACA CGG GTG TCG CTC GAC GTG TCG TAC GTG AAG G
配列番号5
Function: Biofilm formation
Code: BMS598
Gene: epsD
Sequence: ATG AAT GAG GGA TGT ACG CTG CAG GGC GGT TGC CGG CTG ATG ACT TCC GGC ATG CGT ATG ACG CTG CTG ATG CTG GCA TCG GAT ATC TTT GCA CTG GTC T
配列番号6
Function: Biofilm formation
Code : BMS678
Gene: epsD
Sequence: GGG GAT TTG TCT GCG TTC TAT CTG GCT CTG TGG ATC TCT TAC ATT TTG AGA GTG GAC CTT CTC AGT CGG TGG ATT CCA GTT CCC TTT ACC CGA AGC TTC G
配列番号7
Function: Biofilm formation
Code : BMS10025
Gene: galE
Sequence: TTA CCC AAC GCC CGA TGG CAC CTG CRT TCG GGA TTA CAT TCA TGT CTG GGA TCT GTG CAG CGC CCA CTT GCT GGC TTT AGA GCA TTT GCT GGC YGA TGG G
配列番号8
Function: Biofilm formation
Code : BMS607
Gene: galE
Sequence: CGG CAT AGG TGA GGC GCA TTC GCC CGA AAC CCA TCT GCT GCC CAA CGT ACT GCT GGC GGC ATT GGG CAG AAA CGA CGG CCT GAA GAT ATT CGG CGA TGA T
配列番号9
Function: Biofilm formation
Code : BMS10080
Gene: galE
Sequence: GAT CGA GGC GGT CAT CCA TTT TGC GGC CGC GAT CGA AGT CGG GGA ATC CGT CCA GGA TCC YCT CAA ATA CTG GGA CAA CAA CCT GAA CGG CAC GCT CCG G
配列番号10
Function: Biofilm formation
Code : BMS673
Gene: galE
Sequence: GGT GCG GAT CGA GCT ACA GCA TCC TCG ACC TCG TCA AGG CCC TCT CTG AGA TCC TGA AGG TCA CGC CGG AGA TCC GCC ACA ACC CTC CCC GGG CCG GGG A
配列番号11
Function: Biofilm formation
Code : BMS920
Gene: galE
Sequence: ACG ATG GCC GAG GTC GGG CTG AAG ACA ATC GTG TTC TCG TCG TCG GCG ACG GTC TAC GGC GAC CCG GTC CGG GTG CCG ATC ACC GAA GAT TTT CCG CTG T
配列番号12
Function: Biofilm formation
Code : BMS65
Gene: galU
Sequence: TGA TGG CCC GTC CGG TGG TGG GTG ACG AAC CCT TTG CGG TCT TGC TGG CGG ACG ATC TTA TGC TGA GCG AGT CTC CTG TGC TTG CGC AAA TGG TGG AAC A
配列番号13
Function: Biofilm formation
Code : BMS155
Gene: galU
Sequence: GGG GTA AAC GTG CTA TTG CCG ACC ATT TTG ATG TCG CCT ATG AGC TGG AAA CAG AAC TTG AAA AGC GCG GTA AAA CAG CTC TAC TGA AGG AAA TTC AGA A
配列番号14
Function: Biofilm formation
Code : BMS247
Gene: galU
Sequence: TTG TCG ACG GAC CCG CAC CGG CCC TGC GCC AGC TGG TGG AGG TGT TCA GAA AAG TCA AGG GAC CTG TGA TTG GAG TCC AGA AAG TTC CGC AGC AGG ATG T
配列番号15
Function: Biofilm formation
Code : BMS540
Gene: galU
Sequence: CCC CGG TAT TTT CAG AGT GCA CGA TCT TGT GGA AAA GCC CGC CGT CAG CGA AGC TCC GTC GCG TCT TGC CAT TGT GGG ACG TTA CAT TCT GAC TCC TGA T
配列番号16
Function: Biofilm formation
Code : BMS717
Gene: galU
Sequence: GGG GAA GCG CGC GAT CGA GGA TCA CTT TGA TAT CTC CTA CGA ACT CGA AGA CGT CCT CCG TCA GAA AGG CAA GAT GGC CCT CCT GGA AGA GGT CCG CAA G
配列番号17
Function: Biofilm formation
Code : BMS703
Gene: galU
Sequence: CGC TTT GCC CTC AAG CGG CCG GAT CTT GCG GAG GAG TTC CGG CAC TTC CTG GCC GCG ACC CTC GGG AAG GAG GGC TCT TCG TCC CTG GGA GAC GGA CAC G
配列番号18
Function: Biofilm formation
Code : BMS1012
Gene: galU
Sequence: GAC GGC GCG ACG TCG GTC ATG AAG CAG ATG GTC GAC CAG TAC AGC TAT TAC CAG TGC TCG GTC CTC GGC GTA CAG CAG GTC GCG CCG GAA GAC ACG GCA T
配列番号19
Function: Biofilm formation
Code : BMS10249
Gene: gdh
Sequence: TAG CCG ACG CCG TGG GCC GAC ATC TRC AGC GCC CGG CYA TCG TCA TCA ACA AAT CCA CCG TYC CAG TGG GCA CGG CGC AAA AAG TGC GGG AAC GCA TCG C
配列番号20
Function: Biofilm formation
Code : BMS171
Gene: gdh
Sequence: ATG AAA GTA ACG GTT GTC GGA ACC GGA TAT GTG GGT CTG GTC ACT GGA GCC TGC CTT GCC CAG GTC GGT AAT CAG GTG CTT TGC GTG GAT ATT GAT GCG G
配列番号21
Function: Biofilm formation
Code : BMS10146
Gene: gdh
Sequence: GCT CGG CAT CGA GTA CTA CCC GAT CGG GCG GCC CGG CGC GGC GCC GCG CAC GGC GGC GGG CGA GTC CGA CGC CGC TCG CGC CGC GCG CGC CGG CGC GTG A
配列番号22
Function: Biofilm formation
Code : BMS584
Gene: gdh
Sequence: ATG AAC GTT TGT ATT GTC GGT ACT GGC TAT GTA GGA CTT GTC AGC GCC GCC TGC TTT GCT GAA ATG GGT AAT ACC GTC CGT TGC GTG GAC GTG AAT CCC G
配列番号23
Function: Biofilm formation
Code : BMS766
Gene: gdh
Sequence: TAG ATT TCT CTT CAC CAC AGA TTA CTC CGC GTT AAA AGA CGT GGA TAT TGT CTT TAT TAC AGT CGC TAC ACC TAC CGT AGA AGG GAA GAA CTA TAT AGG C
配列番号24
Function: Biofilm formation
Code : BMS1077
Gene: gdh
Sequence: GCG TTT CCG CCT ACG ACC CGG CGG CGA TGG ACG AGA CCC GCC GTA TCT ACG GCG AGC GGG CTG ACC TGC AAC TCG TCG ACA GCC CGA TGG ACG CCT TGA A
配列番号25
Function: Biofilm formation
Code : BMS322
Gene: manB
Sequence: GGG ATC TCT ACA GCT CCC TGG GAA TTG ACG CCA AAT TTC TGT ACG AGG AAC CGG ACG GAC ATT TTC CCC ACC ACC ACC CGG ACC CGA CCG TTC CCG AAA A
配列番号26
Function: Biofilm formation
Code : BMS591
Gene: manB
Sequence: TAA AAT TTT TTG ATA AAG ACG GAT TCA AGC TGC CGG ATT CGC AGG AAG ATG CCA TAA CTG AAA TGG TTC TGA ACC AGA ACC ACC GCT GGG ACT ACC CGG A
配列番号27
Function: Biofilm formation
Code : BMS656
Gene: manB
Sequence: GAA TCG GTT AAT AGT GAA GCC ATC AGA GAA AGG CAT TTG AAT GTG GCA ATT GAT ACA GGA AAT GGT GCA TCA TAT TAC ACA AGC CCG GCA ATA TTG TCA G
配列番号28
Function: Biofilm formation
Code : BMS798
Gene: manB
Sequence: GTT AAA AAT CCT AAA GCT ATA AAG AAG ATT GTT ACT GCT GTT TCA AGC TCA AGC TTA GTA GAA GAG TAT TTA AGT AAA TAT AAT ATT CAA GTT GAT TGG A
配列番号29
Function: Biofilm formation
Code : BMS827
Gene: manB
Sequence: GGG TTG GGA AGA GCA TAG GCA TGT TCG TAT CTG GCG ACG TTG CCG TCG GAA GGG ATA CAC GGA TCA GCG GCG ATA TGA TAG CCT CTT CCG TTC TGG CTG G
配列番号30
Function: Biofilm formation
Code : BMS847
Gene: manB
Sequence: GTA CTT GCT GAT GCA GGA AAT GGT GCG GCA TAC TAT TCA ACT CCT AAA TTG CTT GAA AAA CTT GGA TGC TCA ATC ACT ACG TTA AAT GCA AAT CCG GAT G
配列番号31
Function: Biofilm formation
Code : BMS969
Gene: manB
Sequence: GAC CTT CAC GCC TGA AAT CGT CGA GGC CAT CGG TCA TGC CAT CGG CTC GGA AGC CGC CGC CCG CGG CCA GAA GGA AAT CTG CAT CGG CCG CGA CGG CCG T
配列番号32
Function: Biofilm formation
Code : BMS10015
Gene: manC
Sequence: TAT YCA CRC CAC CGT CCA YCG YCC CTG GGG CAC CTA CAC CAC GCT GGA AGA RGG CGA CCR YTT CAA GAT CAA GCG GAT TGT CGT CAA GCC CGG TGA AAA G
配列番号33
Function: Biofilm formation
Code : BMS301
Gene: manC
Sequence: GGG CCG AAG CAT GAA TCG GAA ACC CGC CGC ATT CTT CGT CTC GCG GAA AAG GAA GGT CTT CCG GCG AAG GTA TTT GTC GAA CCC CAG TCC CGG AAC ACC C
配列番号34
Function: Biofilm formation
Code : BMS10130
Gene: manC
Sequence: GGG TAC TAC TGG AAT AGC GGC ATG TTC ATG CTG AAA GCC GCC ACG TAC ATG GAA GAA CTG CAT CGC CAT GCA CCG GAA ATT GCC CGC CAG GCC GAA TTC G
配列番号35
Function: Biofilm formation
Code : BMS535
Gene: manC
Sequence: AGC GTG CCG TGC AGG CAG GGG CGG AAC TGG CCG CAC AGA ACC ACT TTG TGA CGT TCG GCA TAC CTC CGG CAC ATC CGG AAA CTG GTT ACG GAT ACA TTC A
配列番号36
Function: Biofilm formation
Code : BMS927
Gene: manC
Sequence: ACG AGG TTA TGC TCC TGG CCG AAA ACC AGT CGA CCT ACA TAC CGC TCG GCA CCA CCC ACC GGC TCG AGA ACC CCG GCA AGG TCG ATC TTC ACA TGA TCG A
配列番号37
Function: Biofilm formation
Code : BMS227
Gene: pgm
Sequence: TCT TCC TGG GGT TCG ATA CCC ATG CCC TTT CCT GGC CCG CTT TTG TCT CGG CCG TGG AAG TCC TGG CGG CAA ACG ATG TGG ATG TCC GGA TCG CCG AAA A
配列番号38
Function: Biofilm formation
Code : BMS567
Gene: pgm
Sequence: ATG ACT ACT GCC GCC AAA GCC GGC CAG TTG CCT GCT CAC GAC GAG CTT ATA AAC ATA GCA CGG CTT GTA AGC GAC TTT TAC ACC GTC AGC CCG GAC CGC C
配列番号39
Function: Biofilm formation
Code : BMS11
Gene: rfbA
Sequence: CGA CCA CCA GGC CGT CGG TCT CGA AGA AAA ACC GGA CGT TCC GCG CTC GTG CTA CGC GGT AAC CGG GCT GTA TTT CTA TGA CGG AAG TGG CAG TCG GAT G
配列番号40
Function: Biofilm formation
Code : BMS166
Gene: rfbA
Sequence: GGG GCA ACG ATT TTT GCC TAC CAC GTT GCC AAT CCC AAG GCT TAT GGC GTG GTG GAG TTT GAC CGT CAG GGG ATT GCC ATT GGA CTG GAA GAA AAA CCT G
配列番号41
Function: Biofilm formation
Code : BMS253
Gene: rfbA
Sequence: TCT TCG GCC ACG GAC TTC TGG AGA GTC TCC GCC GGG GAA CAA ACC TCC GCA AGG GTG CAC TGA TTT TCG GCT ATC CGG TCC GGG ACC CGG AGC GAT ATG G
配列番号42
Function: Biofilm formation
Code : BMS10265
Gene: rfbA
Sequence: CCG ATC ACG CAT GCG GTG TCG AAG CAG CTG YTG CCG RTY TAC GAC AAG CCG ATG ATC TAT TAC CCG CTG TCG ACG CTG ATG GTG GCG GAC ATT CGC GAT G
配列番号43
Function: Biofilm formation
Code : BMS600
Gene: rfbA
Sequence: CCG GTA TAT GAC AAG CCC ATG ATA TAT TAT CCG CTT TCC GTG CTG ATG CTG GCA GGC ATC CGC GAG GTG TGC ATC ATC TCC ACG CCT GCC GAC CTG CCG C
配列番号44
Function: Biofilm formation
Code : BMS671
Gene: rfbA
Sequence: GGG GTA GCC TGG TTC GAC ACC GGA TTT TTC TGT TTT CCC GTT GTT TGC CCG CGC CCT TTC CTC TCC TTG CTT TTT GAG GAT ATC ATT GTC ATG TTT TCG T
配列番号45
Function: Biofilm formation
Code : BMS744
Gene: rfbA
Sequence: ACA CAC AGG ACC AAA GCA ACT CAT CAA GAT CGC CGG CAA ACC CAT ATC CTT ATG GGG CGT TTT ATC ACT GAG GGA TAT AGG CAT AAG AGA CTT TGG GAT T
配列番号46
Function: Biofilm formation
Code : BMS10237
Gene: rfbA
Sequence: ATG GAG GCA GTA ATC TTA CAC GGA GGA CAA GGA ACT CGT TTA AGA CCA TTA ACT CAY ACT GGY CCT AAR CAR TTA ATA AAA GTT GCA GGA AAG CCA ATA T
配列番号47
Function: Biofilm formation
Code : BMS843
Gene: rfbA
Sequence: CTC TAA TCT ATA TGA AGA TTT TAC AAA TGC TGG ATC GGA TGG CCA TCT AGG TTT AGT TCC AGT TGA TAA TCC TTC CCA ATT CGG TAT AGC TGA GGT CGA C
配列番号48
Function: Biofilm formation
Code : BMS10049
Gene: rfbB
Sequence: ATC ATC GTC AAT ATT CTT CAC AAT AAA GCC CTG CCC ATY TAT GGY GAT GGY CRG CAG ATC CGT GAC TGG CTC TAT GTG GAA GAY CAY TGC CGG GGG ATC G
配列番号49
Function: Biofilm formation
Code : BMS296
Gene: rfbB
Sequence: CTG TCG ATC CTG GAC GCA AGG CGG CCG CGT CCG TCG GGG GCT TCC TAC CGG GAT CTG ATC CGC TTT GTT CCG GAC CGC CCC GGC CAC GAC AGA CGA TAC G
配列番号50
Function: Biofilm formation
Code : BMS10312
Gene: rfbB
Sequence: AAG CCG GCC GAG ACG TTC GAG ACC GGA CTT GCG AAG ACC GTG CGC TGG TAT CTC GAC CAT CAG GAG TGG GTC GAC GAA GTG GTG TCG GGC GAT TAC CGC A
配列番号51
Function: Biofilm formation
Code : BMS617
Gene: rfbB
Sequence: ATA AAG CGT TTT GTC CAC ATA TCC ACG GAC GAG GTG TAC GGT TCG CTG CTG CCC CAC GAG GCA CCC TTC ACG GAA AGC AAC CCT CTG CTG CCC AAC AGC C
配列番号52
Function: Biofilm formation
Code : BMS682
Gene: rfbB
Sequence: TCC GGG GGA GAC CTA CGC CAT TGG CGC GGG GAA CCC CCG CAC CAA TAA AGA GCT GGT CCT GAC CCT CTG CGA GAT CCT CGA CCG GCT GGC TCC ACG TCC C
配列番号53
Function: Biofilm formation
Code : BMS729
Gene: rfbB
Sequence: TGG AGT AGT AAA CTT GTT AGA AAT ATG CAG AAG GTA TGA TAC CCG CCT AGT TCA AAT CTC AAC TGA CGA AGT TTA CGG AGA ACA GGA GAA TGC TAC AGA G
配列番号54
Function: Biofilm formation
Code : BMS10334
Gene: rfbB
Sequence: GGA AAT TCA ATT TCA AAT ACG TCC ACA TCT CTA CAG ATG AGG TTT AYG GTG AGG AGT GYG GGG ATG AGR AYT CAC CTT TAA AAC CCT CTT CTC CTT ATA G
配列番号55
Function: Biofilm formation
Code : BMS862
Gene: rfbB
Sequence: CAA TTT TAG AAT ACC TAT TTA CGG AAG TGG AAG GCA AAT TAG AGA CTG GAT ACA TGT ACT GGA TCA CTG TAG TGC GAT CGA AGC TAT ACT GGA AAG AGG C
配列番号56
Function: Biofilm formation
Code : BMS1094
Gene: rfbB
Sequence: ACA CCT ACG GGC TGC CGG TGC TGA CGA CCA ACT GCT CCA ACA ACT ACG GTC CCT ACC AAT TCC CCG AAA AAC TCA TTC CGC TGA TCG TGC TCA ATG CCG T
配列番号57
Function: Biofilm formation
Code : BMS30
Gene: rfbC
Sequence: CTC CTG GTT TCG CCC ACG GCT TTT ACG TGC TCA GCG AGT CGG CGG ACT TTC TCT ACA AAA CCA CGG AGT TTT ATG CCC CGG AAG CGG AGC GCT GCG TGA T
配列番号58
Function: Biofilm formation
Code : BMS181
Gene: rfbC
Sequence: CTT TGC GCA TGG CTT TTA TGT ATT AAG TAA TTC CGC TGA CTT CCT CTA TAA AAC AAC CGA ATT TTA CGC CCC GGA AGC CGA GCG CTG CAT AGT CTG GAA T
配列番号59
Function: Biofilm formation
Code : BMS250
Gene: rfbC
Sequence: CAC ATT CGG CCA GTG GTT CGG ACT CGT TCT CAC GGC CCG TGA TCC GGA GTT CCT GTA TGT TCC GGA GGG ATT GGC CCA CGG CTT TCT GTC GCT CGA AGA A
配列番号60
Function: Biofilm formation
Code : BMS470
Gene: rfbC
Sequence: GGG CAT CGA ATT CGT TCA GGA CAA TCA CTC CCG ATC CGC CCG TGG CGT GCT TCG CGG CCT GCA CTA TCA AAT TCA GCA CGC GCA AGG GAA ACT CGT GCG T
配列番号61
Function: Biofilm formation
Code : BMS531
Gene: rfbC
Sequence: GTA AAG CCT ACA CAG CGG TGC TCA GTG CCG CAA ACT TTC TGC GCC TGT TCA TTC CCC GGG GCT TCG CGC ACG GCT ACA TGA CAC TGG AAC CCC ACA CCG A
配列番号62
Function: Biofilm formation
Code : BMS837
Gene: rfbC
Sequence: TAT TGT GTG CAA TAG ATA TGA AGA TAA CAG AGG GTA TTT TGA AGA GCG TTA CAA AGC TTC AGA ATT TGA TCG AAT ACT ACA TGT TAG ATT TGT TCA GGA T
配列番号63
Function: Biofilm formation
Code : BMS980
Gene: rfbC
Sequence: TCG CCG AAT TTC GGC CGC TGG GTG GGT TAC GAG CTG TCG GCC GAA AAT CAG AGA ATG CTG TGG ATT CCG CCC GGC TTC GCC CAT GGC TTT CTG GTG TTG T
配列番号64
Function: Biofilm formation
Code : BMS5
Gene: rfbD
Sequence: ACG GTG AGC GGC AGG TAC AGG CCA TTC TCG GTG ATA CCG CAC TCA TCC TGC GTA CCG CCT GGG TCT ATA GCG CCC ACG GCA GCA ACT TCG TCA AAA CCA T
配列番号65
Function: Biofilm formation
Code : BMS168
Gene: rfbD
Sequence: GGG ATG GTG CCG TTC ATT GTG CAG AGG CTG CCC GTA AAC ATT CTG CCC GGC TCA TCC ATA TTT CCA CGG ATT TTG TAT TTG ATG GGA GTC AGG CGA CCC C
配列番号66
Function: Biofilm formation
Code : BMS10142
Gene: rfbD
Sequence: TGG CGG TTG CGG AGA CCG GCG GCG ACT GGC TGA CGT TTC GCA CCA CGT GGG TGT TCG CCG CAC GCG GCA AGA ACT TCC TGC GAA CGA TGC TTC GTC TTG C
配列番号67
Function: Biofilm formation
Code : BMS622
Gene: rfbD
Sequence: GGC AAC ATG CAT CTT GTC CAC TAC AGC ACC GAC TTC GTC TTT AAC GGA CGC AAG GAA ACG CCG TAT ACA GAA GAT GAC GAA ACC GCC CCG CAG AGC ATC T
配列番号68
Function: Biofilm formation
Code : BMS940
Gene: rfbD
Sequence: GCG CGA GGC AGC AAC TTC CTG CTG ACG ATG ACG CGC CTC ATG CGC GAA CGG CCG GAA CTC AAG ATC GTC GCC GAT CAG ATG GGC GCC CCG ACC TGG TGT C
配列番号69
Function: Biofilm formation
Code : BMS10060
Gene: uppS
Sequence: GGG AGA TGG TGC AGT CCT GCG CGG ATC TCG GTA TTC CCT ACC TGA CGC TTT TCG CTT TCA GCA CCG AGA ACT GGC GAC GTC CAG CCA TTG AAG TTC GTT T
配列番号70
Function: Biofilm formation
Code : BMS186
Gene: uppS
Sequence: GGG AGA TGG TTC AGT CGT GTG TAG ACT TGA ATA TTC CCC ATC TTA CTC TCT TTG CGT TTA GCA CTG AAA ATT GGC GGC GGC CTC CTT TGG AGG TGC GTC T
配列番号71
Function: Biofilm formation
Code : BMS10109
Gene: uppS
Sequence: CGG GCG TCG AAT ATC TGA CGC TCT TCG CGT TCA GCT CCG AGA ACT GGC GCC GGC CGA ACG ACG AAG TGT CGT TCC TGA TGC GCC TGT TCA TCA CCG CGC T
配列番号72
Function: Biofilm formation
Code : BMS595
Gene: uppS
Sequence: GAC TCT TTA CGC GTT TTC GCA GGA AAA CTG GGG ACG GCC CAA AAA AGA AGT GGG GTT CCT CTT TGA TCT GCT GGT CAG CTT TCT GCG TGA TGA ACT GCC C
配列番号73
Function: Biofilm formation
Code : BMS642
Gene: uppS
Sequence: ATG AGT ATA GCC CAT AAG ATA GGA GAT ATC GCC TCA GGC GTT TAC GAA CAG GCT TTA ATG GAA GAG ATA AGG AAA GCC GAT GTC CCA CTT CAT CTA GGG A
配列番号74
Function: Biofilm formation
Code : BMS659
Gene: uppS
Sequence: GGG TTA TCT ACA AAT GAG GGG CAT GTG AGG GGA AAA GAT AAA TTA GAA GAG GTC CTT GAC TGG GCT ATG GAG GTT GGA ATC AAA ATA GTT ACA GTA TAC G
配列番号75
Function: Biofilm formation
Code : BMS10074
Gene: uppS
Sequence: TGG CCT AYA CCG AAA TGT ACT TTA CRC CGA CCY TGT GGC CGG ATT TCA GAG AAG AGG ATT TTC GGC AGG CGA TCG AAG ATT TCC AGG AGA GAA GAC GCC G
配列番号76
Function: Biofilm formation
Code : BMS733
Gene: uppS
Sequence: CGA TTT GTT ATG GAG GCA GGC AAG AAA TAT TGG ATG CTA TAA GGA AAA TCA TGA ATG ATT ATA AAT TAG GTA TAA TAG ATT CAA AAT CCA TAG ATG AGT C
配列番号77
Function: Biofilm formation
Code : BMS775
Gene: uppS
Sequence: GCT ATC AAT AAT AAC AAC ATA TAT TAA GAG AGG TAT ACA AGA TTT ACT AGA AGA TCC CAT CGT AGA TAA GTA TGA AGT TAA AGT AAG TGC AAT AGG TAA A
配列番号78
Function: Biofilm formation
Code : BMS810
Gene: uppS
Sequence: ATA CGA ATA AGT AAT TTC CTT TTA TGG CAT ATA GCG TAT TCA GAA CTC TTT TTT GTA GAC ACA TAT TGG CCA GAC TTT AGA AAG ATA GAC TTA TGG AGA G
配列番号79
Function: Biofilm formation
Code : BMS822
Gene: uppS
Sequence: TTG TTG ACT GGT GCA TGG AAC TAG ACA TAA GAA TCG TAA CGT TTT ATG CAT TCT CGA CAG AGA ACT TTC GTA GGA GTC CCG AAG AGG TCG ATT TCC TCT T
配列番号80
Function: Biofilm formation
Code : BMS857
Gene: uppS
Sequence: TCA ATG CTC CCA GAG TAT CTA AGA GAG ACC ATT AAG ATA ACA GAG GAA ACG ACT AAA AAC TTC TCT AAT TAC CAT ATG AAC CTC GCC ATA GGG TAC GGA G
配列番号81
Function: Biofilm formation
Code : BMS1044
Gene: uppS
Sequence: GAC AAC AGC CGC CTC ACG TTC ACG GTC GCC GCG AAT TAC GGC GGA CGC TGG GAC GTC GTG CAG GCC GTC AAG AAA CTC GTC GCG TCG GGC GAA CCG GTG A
配列番号82
Function: Biofilm formation
Code : BMS2
Gene: wza
Sequence: GGG AGA TAT CGT CTA CGT GCC GCA AAC GAC CGT CAG CAG CTG GAA TCA AGC CAT ACT GCT CCT GTT GCC GTC CCT GCA GGC CAT CAA CCA GTT GCT CAA C
配列番号83
Function: Biofilm formation
Code : BMS208
Gene: wza
Sequence: TTT GGG TGG CAC AGT GAA TCT ACC AGA GGC CGA TTT GCG TGG GGC TTA TAT CGT ACA AAA CGG TAA GAA ATT GCC GGT CAA CTT CCA TCA GCT ACT CAG A
配列番号84
Function: Biofilm formation
Code : BMS10190
Gene: wza
Sequence: CGC GCT CAC GGC GGG AGG CGG CAT TCT CGA TAC CGA TGC GAA TCC GCG TCA GGT GTA CGT GTT GCG CGA TCT GCA GGA CAA GCC GAA CAC ACC GGA CAT C
配列番号85
Function: Biofilm formation
Code : BMS10037
Gene: wzc
Sequence: CAG TAT CAG ATT CTC CAT CAC GGC CAA GCC TTG CTC ACC GGC AAG ATC GAY CAG CCY GCC GTT GGA CCC GAG TTG CGG CTG ATG CTG ACT GCG GTG AAG T
配列番号86
Function: Biofilm formation
Code : BMS209
Gene: wzc
Sequence: GTG ACT GAT CAC ACT GAA AAT ATG CAT CCG TCC GAG AAC GTC GAT CTG CAA CGG CGG CCA TCA ATT GCC AAC AAC TCT GAA CGT ATG GGA GAT GAA GGA G
配列番号87
Function: CO2 fixation
Code : BMS10077
Gene: cbbArchea
Sequence: TGG AGG AAC TGG CCC GCC TTG AAA AGG CGC CGA TCA TGG CCC AYA TGG CCA TGT CCG GYT GGC TCT GGC ACA AGG ACG GGA TGT CGG TGC GTT CCT GGA C
配列番号88
Function: Fixation of CO2
Code : BMS692
Gene: cbbArchea
Sequence: AGT CCT GGG ACG CCT GGT CCC AGA AGA TCC CTC TTG AAA AAT ACC GAA AGG GCC ACA AGG CTC TGG ATC GGG CAC TCA CAG CCT TTG CTA CCT ATG TGT G
配列番号89
Function: Fixation of CO2
Code : BMS10344
Gene: cbbL1
Sequence: AAG GCA AGG CTG TTC TCA CTG AGG CGG CCA AGC ACT CCC CCG AAC TCA AGA TYG CCA TGG AAA CGT GGA AAG AGA TCA AGT TCG ART TCG ATA CGG TCG A
配列番号90
Function: Fixation of CO2
Code : BMS10053
Gene: cbbL2
Sequence: CCC CGA GTA CGT GCC TTT GGA CTC TGA TAT CTT AGC CTG TTT CAA AAT TAC GCC ACA ACC AGG GGT GGA TCG TGA AGA AGC CGC CGC CGC GGT AGC CGC C
配列番号91
Function: Fixation of CO2
Code : BMS10069
Gene: cbbM
Sequence: ATG GAC CAG TCC TCA CGT TAT GCC GAT CTC TCT CTG CGC GAA GAA GAT CTG ATC GCC GGT GGC AAG CAC ATA CTG GTT GCC TAC AAA ATG AAA CCC AAA G
配列番号92
Function: Fixation of CO2
Code : BMS10325
Gene: cbbM
Sequence: GGT CAG GCC AAG CTG TTC TCG ATG AAC ATC ACC GCY GAC GAC CAY TAC GAR ATG TGC GCC CGC GCC GAC TAC GCG CTC GAA GTC TTC GGC CCC GAC GCC G
配列番号93
Function: Fixation of CO2
Code : BMS64
Gene: cbbS1
Sequence: GGC AAC TAC TGG TAT ATG TGG AAG TTG CCC ATG TTC GGC GAA ACG GAC GTG GAC ACC ATT CTG AAA GAA GCG GAA GCC TGC CAT AAG GCG AAT CCC CAT A
配列番号94
Function: Fijacion de CO2
Code : BMS10030
Gene: cbbS2
Sequence: CGC ATC AAC ATA CTA CTG GTA CAT GTG GAA ACT GCC CAT GTT CGG CGA GCA GTC AGT GGA CAC CGT TAT TGC CGA ACT GGA GGC ATG CCA TCG CGC CCA C
配列番号95
Function: Fixation of CO2
Code : BMS203
Gene: cbbS2
Sequence: GGG CTC AGA TTC AGT ACA TTG TCG CTC AGG GTT GGA ACC CTG CAG TAG AGC ATG TCG AGC CCA GTC GCT CGT TCA CGC ATT ACT GGT ACA TGT GGA AGC T
配列番号96
Function: Fijacion de CO2
Code : BMS1037
Gene: cbbS2
Sequence: GCG GAC ATC CGC AAG CAG GTC GAG TAC CTG GTC TCC AAG GGC TGG AAC CCG GCC ATC GAG CAC ACC GAG CCC GAG CAC CTG ATG GAC TCG TAC TGG TAC A
配列番号97
Function: Fixation of CO2
Code : BMS10006
Gene: ppc
Sequence: GGG ACT YTA CAG YGA RAT YGC CGT YAC CCC RCT GTT TGA RAC CAT TCA CGA TCT GGA GCG TAT GGA TRC TGT CAT GTC CAC GCT GCT CGA TAA CCC GGT T
配列番号98
Function: Fijacion de CO2
Code : BMS10137
Gene: ppc
Sequence: AGG AAG TGA TGC TCG GCT ATT CGG ACA GCA ACA AGG ACG GCG GCT TCC TCA CGT CGA ACT GGG AGC TCT ATC GCG CGG AAC TGG CGC TCG TCG ATC TGT T
配列番号99
Function: Fixation of CO2
Code : BMS1032
Gene: ppc
Sequence: CAG GAG GTC ATG CTC GGC TAT TCC GAC TCG TGC AAG GAC GGC GGC ATC CTC GCG TCG AAC TGG AAC CTC TAT CAG GCG CAG CTT TCG ATC ATC GCA CTG A
配列番号100
Function: Fixation of CO2
Code : BMS9
Gene: prk
Sequence: GGG CGC TGT CGA TGT AAC CAA TTA CGT CGA TCT GCT GGT GGG TGT GGT GCC GGT GGT CAA CTT GGA GTG GAT TCA GAA GAT TCA CCG TGA CAA TGC CCA G
配列番号101
Function: Fixation of CO2
Code : BMS1098
Gene: prk
Sequence: GCC GAA GCC GAA GGC AAT TTC TCG TTC AGC CAC TTC GGC CCG CAG GCC AAC CAT TTC GAC AAG CTC GCG GAA CTG TTC AAG ACC TAT GGC GAG ACC GGC G
配列番号102
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10009
Gene: aaC
Sequence: GTC GAC AGT CAT ATT TAT GCG GGT TAT CGG GTA CCR CCT TTC TAT GAY TCC ATG ATC GGY AAA ATC ATC GCC TTC GGG GGT GAC CGC GAG GAA GCC AAC A
配列番号103
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10000
Gene: aaC
Sequence: GGG GCA TGC GGA TCG TCC ATC AGG AAA GTG AAT TCG AAA ACG CTC TCC ATG CAG CCC AGA CGG AAG CTT TTC AGG CCT TCG GAT CGA AAG AGG TTT ACA T
配列番号104
Function: Energetic metabolism
Code : BMS564
Gene: aaC
Sequence: GGT GGC CGA AAT TTC GGC CAA GGG ATA TAA CCC GCA TGT GAA GCT TGA CGA GTA CCG CAC CCG CGA GAC TCC GCG CAT GCC TGA TTT CAG GCC TGT GCT G
配列番号105
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10001
Gene: aaC
Sequence: CTG TCG TTC CCG GAA GTC AGG GAG CGA TCT CGT CTG AAG AGG AAG CCA TCA CGC TCT CCC GAG AAA TCG GCT ATC CCC TGA TCA TCA AGG CTT CCG CAG G
配列番号106
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10235
Gene: aaC
Sequence: CGA GAC AGT GTT CTC CGA TGT AAG CAG AGA RTT YTA YTT CCT TGA RTT AAA YAA RAG RYT ACA AGT TGA ACA TCC AAT AAC AGA GAC CAT ATT CAG AAT A
配列番号107
Function: Energetic metabolism
Code : BMS748
Gene: aaC
Sequence: GGG AGG TGG AGC AGG AGT GGG TAT TAT AAA GGT TGA TAA TCC TAG TGA ACT AGC TGA GGC TTT TGA AAG AAG CAA AAG ATT AGC GTA CTC TGC CTT TGG C
配列番号108
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10331
Gene: aaC
Sequence: CGT CGG GYT TCA CGT TCA TCG GCC CGC GCC CCG ACA ACA TCC GCC TGA TGG GCG ACA AAG TCG CGG CCA AGC AGG CCA TGA TCG ACG CCA AGG TGC CCT G
配列番号109
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10034
Gene: accA
Sequence: TAT TAT CGG CGG TCT GGC GCG CTT CAA TGG ACA GCC GAT CGT CTG GAT GGG ACA TCA GAA GGG CCG YGA CAC YAA GGA AAA RAT YCA GCG YAA YTT TGG G
配列番号110
Function: Energetic metabolism
Code : BMS271
Gene: accA
Sequence: GGG CCC AGG AAA GGC CGA CGG CTC TCG ACT ATA TCC AGC GGC TCT GCA CCC AGT TCA TCG AAA TTC ACG GTG ACC GTT CCT TCA GGG ATG ACC CTT CCA T
配列番号111
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10087
Gene: accA
Sequence: GGC GAC CGC GCG TTC GCG GAC GAC CAG TCG ATC GTC GGC GGC CTT GCT CGC TTC AAC GGC CAT GCG TGC ATG GTG ATC GGC CAT CAG AAG GGC CGC GAT A
配列番号112
Function: Energetic metabolism
Code : BMS897
Gene: accA
Sequence: CGA TCC TGA CCT TCA TCG ACA CCC CGG GCG CCT ATC CCG GGA TCG GTG CAG AGG AGC GCG GCC AGT CGG AAG CGA TCG CCC GCA ACC TCT ATG TCA TGG C
配列番号113
Function: Energetic metabolism
Code : BMS99
Gene: accB
Sequence: CCA GGG CTA TAT GAT CAA ATC CCC CAT GGT CGG GAC TTT TTA TCG CGC ATC CTC TCC GGA ATC TCC ACC CTT CGT GGA AGA AGG CAG CAT GGT GAA GGC C
配列番号114
Function: Energetic metabolism
Code : BMS204
Gene: accB
Sequence: ATG GAT ATC CAA TTC ATT CGT CGC CTT GCC GAA TTA CTT GAA AAA AGC GCT ATT GAC GAA ATT GAA GTT GTG GAA GGT GAA AGT AAG GTG CGT ATT ACC C
配列番号115
Function: Energetic metabolism
Code : BMS342
Gene: accB
Sequence: GAA TCC GGC ATC TCC GAA CTG GAA GTC ACC GAA GGC GAA GGT AAG GTG CGC ATC GTC AAG AAC GCG CCG CCG GTC TAT GTG CAG CCG TCG GCC GGC TTC G
配列番号116
Function: Energetic metabolism
Code : BMS458
Gene: accB
Sequence: CAT CTC CGA ACT GGA AGT CAC CGA AGG CGA AGG TAA GGT GCG CAT CGT CAA GAA CGC GCC GCC GGT CTA TGT GCA GCC GTC GGC CGG CTT CGC GCC GCA G
配列番号117
Function: Energetic metabolism
Code : BMS986
Gene: accB
Sequence: ATG GAT CTC AGA AAA CTG AAA AAG CTC ATT GAT CTG GTC GAG GCC TCC GGC ATC GCC GAA CTC GAA ATC ACC GAA GGC GAG GAA AAG GTC CGC ATC GCC A
配列番号118
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10039
Gene: accD
Sequence: CTG GAT TTT TTC CTG GAT GCA GAA CCG CGC CTG GAA ATT GCC AAG GAA TAT GTC CCC GTT GAT CCC CTG CGY TTC AAR GAT CAG AAG CGC TAY AAG GAG C
配列番号119
Function: Energetic metabolism
Code : BMS217
Gene: accD
Sequence: GGG TTC CTG AGG GAT TGT GGA TCA AGT GTT CCC TCT GTC GAC AAA TTG TCT ACC GGA AAG AAG TCG AAA AAG CAG GAA AAG TCT GTC CGA AAT GCA ATT A
配列番号120
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10215
Gene: accD
Sequence: CCC GAG GGC CTG TGG GTC AAG TGC CCG TCG TGC GAG GCC GTG CTG TAC CGC AAC GAC GTC GAT GCG AAT CAG CAC GTG TGC CCG AAG TGC GAT CAC CAC A
配列番号121
Function: Energetic metabolism
Code : BMS694
Gene: accD
Sequence: GGG TCT CGA AGA TGC CGT CAA GGT CGG AGA GTG TCG GAT CGA GGG AAT CCC GAC CGT TCT TGG TCT CTT CTC CTT TCA TTT CAT GGG AGG ATC TAT GGG G
配列番号122
Function: Energetic metabolism
Code : BMS928
Gene: accD
Sequence: CCC AGT TGT CGC GCA ACC GGC TGC CCT TCG TTT CGG TGC TGA CCG ACC CGA CGA TGG GTG GCG TTT CCG CCA GCT TCG CGA TGC TCG GCG ACC TGA TCG T
配列番号123
Function: Energetic metabolism
Code : BMS101
Gene: gltA
Sequence: GGA ACC GAA CTT TGC GCC AGG TCT GGA GGG TGT GGC TGC AAC CCA GTC CAG CAT TTC CAA CAT CGA TGG CGC TGC CGG CCT GCT GAG TTA CCG TGG TTT T
配列番号124
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10147
Gene: gltA
Sequence: ATG ACC CCG TCT GAT GTT AAA GCC ACG CTA TCG TTC AGC GAT AAT TCG CCG AGC GTC GAA CTG CCG ATC TAC AAG GGT ACG ATG GGC CCC GAC GTG ATC G
配列番号125
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10229
Gene: gltA
Sequence: CTC TTT GAA ATT GCA GTR AAA CTY GAG GAA CTT GGT GTA AAR GAR TTC GGT GGC AAA GGG AAT ATA TCC AAT ACA GAT TAT TAT TCC GGC ATA GTT TTC A
配列番号126
Function: Energetic metabolism
Code : BMS723
Gene: gltA
Sequence: TAA GAA GTA TCT TGA CAT TGC TGA AAG ACT TGA AAA GTT AGG AGT AGA AAC ATT CTC AGG TAA AGG AGT CTA TCC AAA TAC AGA CTT CTA CTC AGG GAT T
配列番号127
Function: Energetic metabolism
Code : BMS755
Gene: gltA
Sequence: TAT AGA AGA AAG GAG GGT AAT AAG CCA AGA ATT CCA GAG CCC TCA GAT AGT TTT GCA AAA AGC TTT CTT TTA GCG AGT TTC GCT AGG GAA CCT ACT ACA G
配列番号128
Function: Energetic metabolism
Code : BMS804
Gene: gltA
Sequence: ACG CAT CAA CCT TTG CCT CAT TAG TTG TAG CCT CTA CTT TTT CAG ATT TAT ATT CTT CTA TAG TAG CTG GGA TAT CAG CAT TGA AAG GGC CTT TGC ACG G
配列番号129
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10243
Gene: gltA
Sequence: CAT CGG ARA YAA AGT TCA AGT GGA AYA AGG ATA CGG ACA GRG AYG TTG CAG CAG AAA TGA TCG GCA GGA TGT CAG CGA TAA CCG TGA ACG TGT ACA GGC A
配列番号130
Function: Energetic metabolism
Code : BMS1014
Gene: gltA
Sequence: ACG AAG GCC TGC TGT ACT ACC GGG GCT ACC CGA TCG ACC AAC TCG CCT ACC AGT CGG ACT TCA TGG AAG TCA GCT ACC TGC TGC TGC ACG GCG AAC TGC C
配列番号131
Function: Energetic metabolism
Code : BMS50
Gene: idh
Sequence: GTG ACC ATG GCG CAT GTT CAG ATT CCG GCT CAG GGG AAG CCC ATC ACC CAG GTG GAC GGG GTG CTG CGG GTG CCC GAT CAA CCG ATT ATT CCC TTC ATC G
配列番号132
Function: Energetic metabolism
Code : BMS275
Gene: idh
Sequence: GGG TCA GGA TAT CTG GAA CGC CTC CGT GCG CGT GTT CGA TGC CGC TGT CGA AAA AGC TTA CAA GGG CAA GAA AAA AGT GGT CTG GTT CGA AGT GTA TGC C
配列番号133
Function: Energetic metabolism
Code : BMS542
Gene: idh
Sequence: CCC GTG GGC AAG GGG TTC CGC AGT CTC AAC GTG ACC ATG CGC CAG ACT CTC GAC CTG TAT GCC TGC ATC CGG CCC ATA CGG TAT TTC GAA GGC ATC GAA T
配列番号134
Function: Energetic metabolism
Code : BMS646
Gene: idh
Sequence: AGA GTG GAA AGA AAT TCT TGT AGG GGA CAA AGC ACT GAA AGA GAA AAA TGA TCG TTT CCC GGA AGA ATC ACA GGA GGC AAT AAA ACA ATA CCG TGT ACT G
配列番号135
Function: Energetic metabolism
Code : BMS669
Gene: idh
Sequence: GGG AGT GAT GAT GCT CCG CTG GAT CGG TGA AAA TGC CGC CGC GGA CAA GAT CGA GAA GGG CAT GAA CAA GGT TCT GGC CGA GGC CAA GAC CCT GAC CTA C
配列番号136
Function: Energetic metabolism
Code : BMS742
Gene: idh
Sequence: ACA AAA GAA AGT CAC CCA GGA TAT AGC GAG ATA CCT AGG TAT CAC ACC TCT AGG AAC AAA GGA ATA TAC TGA CAC ACT TGT GCA AAT AAT GGA CTC CTT C
配列番号137
Function: Energetic metabolism
Code : BMS778
Gene: idh
Sequence: GTG GGT AGA AGT TCT AGC AGG AGA TAA GGC AGA AAA GCT AAC CGG AAA TAG ATT TCC TAA AGA GTC AGA GGA ATT GAT AGA GAA GTA TAG AGT CTT ATT A
配列番号138
Function: Energetic metabolism
Code : BMS823
Gene: idh
Sequence: GGC ATA TAT TCA AGT GAA GGA GGA TGG AAC CCT TCA GGT TCC AGA TAG AGT AAC TAT AGG ATA TAT AGA GGG CGA TGG AAT AGG ACC TGA TAT ATC AAA G
配列番号139
Function: Energetic metabolism
Code : BMS858
Gene: idh
Sequence: GGG GAT GGT ATA GGC CCC GAT ATC ACG AAG ACC ACG ATA AAT GTA ATA AAT GCT GCC CTT GAG GTC GCC TAT GGT GGA AAG AGA TCA ATA GAA TGG CAC A
配列番号140
Function: Energetic metabolism
Code : BMS916
Gene: idh
Sequence: CTG GAT GGA GGT CTT TGC CGG CGA GAA AGC CGT CAA GGT CTA CGG CGG CGA CCA GTG GTT GCC CGA AGA AAC CGT TTC CGC CGT CAG GGA CTA CGT GAT T
配列番号141
Function: Energetic metabolism
Code : BMS57
Gene: pdhA
Sequence: CAA CGG TCG AGC GTA TGC GCC AAG AGG TTC AGG AAG AAG TGG CAG ATG CGG TCA CTT TTG CCG AAC AGA GCG CCG CAC CGG ATA TGG AGG ATG CCT GGA A
配列番号142
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10222
Gene: pdhA
Sequence: GTC CGG GAT GCA AGA CCG ATT TTT CTT ACC TGC GCC TGT CGC CAG CCG GCA AGG TGC GCA AAC CCC CCA TCG ACG TCG CCC CCG CCG ACA CGA GCG ACT T
配列番号143
Function: Energetic metabolism
Code : BMS758
Gene: pdhA
Sequence: GGG ATT TGT GCA TCT CTA TGT AGG TGA AGA GGC TGT AGC TGT AGG GGT TAT GAG TAC GCT AAG AGA TGA TGA CTA TAT AAC TAG TAC GCA TAG AGG ACA T
配列番号144
Function: Energetic metabolism
Code : BMS819
Gene: pdhA
Sequence: CAG ATC TGG AAA TCC GAT TCT GGT GGA GGC GAG AAG CTA CAG GAT GGG GCC GCA TTC AAC ATC GGA CGA TCC CAG CAA GTA CCG CAA GAA CGA GGT GCA G
配列番号145
Function: Energetic metabolism
Code : BMS854
Gene: pdhA
Sequence: GTG TTT ACG TTG ATG GAA ACG ACT TCA TAA AAA CTT ACA ATG CCG TAA AGG AGG CTG TTG AAT ACG CAA GAT CAG GAA ATC CGA TAC TTG TCG AGG CCA G
配列番号146
Function: Energetic metabolism
Code : BMS115
Gene: pdhB
Sequence: GTG GTT CCC GCT ACT CCG CAG GAT GCC TAC TGG CAG TTG CGC CAA GCC ATC CGC AGC GAT GAT CCC GTG ATA GTT CTC GAG CAT GAG TTG CTC TAT TTC G
配列番号147
Function: Energetic metabolism
Code : BMS138
Gene: pdhB
Sequence: CGG CGA TGC TGG GTC TGC GCC CGG TGG TCG AAA TCA TGA CCA TCA ATT TTG CTT TGT TTG CCA TTG ACG CCA TCA TCA ACA TGG CCG CCA AGA TCC CGT T
配列番号148
Function: Energetic metabolism
Code : BMS225
Gene: pdhB
Sequence: AGA TGC AAA GGG ACT GAT GCT TTC CTC CAT CGA GGA CAA CAA TCC TGT CCT GAT CTT TGA ACA CCG CTG GCT CAT GAA AAG GAA AGG GGC CGT TCC GGA A
配列番号149
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10180
Gene: pdhB
Sequence: GCG GCT CTA CAA CGG CCC GTT CGA CGG CCA CCA CGA ACG GCC GGT GAC GCC GTG GAG CAA GCA TCC GGC GAG CCT CGT GCC CGA CGG CTA CTA CAC GGT G
配列番号150
Function: Energetic metabolism
Code : BMS637
Gene: pdhB
Sequence: TAT TTT TGA TAA AAA GGT TAA TTT CGC CTG TGC CGG AAT TGT AGG TTC ATC TTT TCC CTC TGC ACT TGG AGC AGC CCT GGC ATC GAA ACT CGA TGG TAA A
配列番号151
Function: Energetic metabolism
Code : BMS653
Gene: pdhB
Sequence: ATG ACT CAG ATG ACA ATG GTA AAA GCA CTG AAC AGC GGT TTA AAT AAT GCC ATG GAG AGA GAT GAT TCC ATC ATA CTT CTG GGA GAA GAT GTT GGT ACC G
配列番号152
Function: Energetic metabolism
Code : BMS704
Gene: pdhB
Sequence: ACC ACG GAG GGT CTT CTG GCA ACG TAC GGA GAT TGG CGG GTC CGG GAC ACG CCC ATC TCC GAG AAC AGC TTT ACC GGC CTC GGC GTG GGA GCG GCC ATG G
配列番号153
Function: Energetic metabolism
Code : BMS750
Gene: pdhB
Sequence: ATA CAC CCA TTA CTG AAC AAA CAT TTA TGG GCA TTA GCG TTG GCG CTG CTT CCT CTG GCT TAC ACC CAG TTG TTT CAT TAA TGT TCG TAG ACT TTC TAG G
配列番号154
Function: Energetic metabolism
Code : BMS814
Gene: pdhB
Sequence: ATG AAC ATG GTT CAG GCA CTG AAC AGT GCA ATG GAT CTC AAG ATG TCC GAG GAT GAC AGC GTA ATA ATA CTC GGA GAG GAC GTA GGC AGG GAT GGA GGT G
配列番号155
Function: Energetic metabolism
Code : BMS865
Gene: pdhB
Sequence: CAT TTA CAC CGC AAT GGA TCA AAT AAT AAA TCA GAT GGC AAA GAT AAG GTA CAG ATC TGG TGG AGA TTA CAC AGT GCC GCT TGT CCT TAG GAC TCC TGT T
配列番号156
Function: Energetic metabolism
Code : BMS1041
Gene: pdhB
Sequence: CTT CGG CTA TAA CAT TTC TGT GCA CTG GTG CCT GAA AGC CGC CGA AAT CCT CGA CAA GCA GTA CGG CAT CTC GGC CGA GGT CGT CGA CCT TTA TTC GCT C
配列番号157
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS149
Gene: flhA
Sequence: GAT AAA AGC GTG GCT TTG GGG TAT ACC GTA GTG GAC CCG GCC ACC GTC ATT GCC ACC CAG TTG CAC CAG ATT CTC CAA AGC CAT GGT GCG GAC TTA CTG G
配列番号158
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS264
Gene: flhA
Sequence: GGG AAA AAC AGG AGT TTG CCG ATC ATC AGT TTT GAC CGG AGA TGG GAA GAT GTG TTT CTC AAG CAG GCC GCA CAG ACA CCG CAG GGA TCG CCC CTC GCC C
配列番号159
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10328
Gene: flhA
Sequence: GGG ATG GCT CAG CAC GAC ATG AGC TTC GCC GCG GCG GGC AAG AAC TAC ACG CTG CTC ACG ATC GGC GAC GGC CTC GTC GCG CAG ATC CCG TCG CTC GTG A
配列番号160
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS612
Gene: flhA
Sequence: TGT GAC TTC CAT GTT CAT GCT TTC CCC GCT TGA ATT TTC CAT TTT TCC TTC GCT TCT GCT GGT TAC CAC GCT GCT GCG TCT TGC TCT TAA CGT GGC AAG T
配列番号161
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS144
Gene: flhB
Sequence: GGG AAA TGG CGC GCC GGC GGA TGA TGG CAG CCA TTC CTA AAG CCG ATG TCA TTG TGA CCA ACC CAA CCC ACT ATG CCG TTG CCC TGC GTT ATA AAG AAG G
配列番号162
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS265
Gene: flhB
Sequence: AGC CGC GAG GTC GGT TCG CTG TTT TTT CTG ATC TCG GCC CTT CTC CTG TTC GGC GCG ACC GGA CAC GGC ATC ATG GTC AGT CTT GAA GAC CAG ATG GCC A
配列番号163
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10113
Gene: flhB
Sequence: GCA CCA TGC TGC ACA CCG CAT TCT CGT TCG ACC GCG CAG CCG CGT TCG ATA CGA ACC GGA TGC TGT CGC ACG CGG GCA CGC TGA GCC TCG AAG GGC TCT A
配列番号164
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS631
Gene: flhB
Sequence: CAA GCT GGC GCT CAT GCT GCT GCC CAT CAT GCT GTT TCT CGC GCT TGT GGC GTA TGT GGT CAT CCG TCT GCA GGT GGG CAA ACT GTG GGC GCC CAA AGT T
配列番号165
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS983
Gene: flhB
Sequence: CTG GCC AAG GTC GGT CTG CTC GGC GGC GTT GCC GCA TGG CTC GTC TGG TCG AAC GTC GAG GCG ATC GTG AGC CTG AGC CTC GAA GCA CCC ACG GCC GCG A
配列番号166
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS202
Gene: fliF
Sequence: ATG CCA AAC GTA TTT ACA CGT TCA GGA GAC CTG CGC AAG AAA GCT ATG CAA TGG TGG TCT GAT AAA AGT CAG CAA CAC AAG TTA TTT ATT CTC ATA GGC G
配列番号167
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS238
Gene: fliF
Sequence: GGG AAA GTG GCT TCT CCG CCG CTG GGG CCG AAC AAT ACC TCG GAA ACG CGC TAC TCC AAG AAA AAA CAG ATC GCC CAT TAT CAT GTC AGC CGG ACG GAC C
配列番号168
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10124
Gene: fliF
Sequence: AAC AGC GCG TTC TCG GCC GCG GCC GAT CCG TTC GCG AAC CTG CCG TGG TGG CGC CAG CCG GAC ATG ATC GAA CTC GGC AAG GAC ATC GCG AAA TGG CTG G
配列番号169
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS582
Gene: fliF
Sequence: GGG CAA GAT TCT GTA CTA CCC CAA AGA CGA ACA GTC GCT TGA CGG CAT GAC CTC CAC CCA GCT GGA ACA CAA GCT GAC CAT GCA GCA GAA TTT CGA ACG C
配列番号170
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS687
Gene: fliF
Sequence: CCC CTT GGG CCC CAA GGA TGG AAC GCA GAC GAA ATA TTC GAA GAA GAA GGA TAT CGA ACA CTA CGA CGT GAG CCA TAC CAT GAG CCA CAT CGT TCT CCC C
配列番号171
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS933
Gene: fliF
Sequence: TCA CCG TCG TCG ACC AGA ACG GCA ATC TGC TGT CCG ACG CCG GCA AGG CCC CGC GCG TCA ACG GCA TGG ATC CGA GCC AGA TCA AAT ACG TGC AAG AGC T
配列番号172
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS179
Gene: fliG
Sequence: ATG GCT GAT CTG ACA GGC CGT ACA GGC ACG TTG AAT AGT GGG TTG GAT TAT GCC GCA GTC TTT CTC CTG GGC GTC GGC CCA GAT GAT GCT TCT TTG ATT A
配列番号173
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS288
Gene: fliG
Sequence: GGG AAG GAG CAG GCG GAC AAG ATT CTC GAG ATG ATG AAC GAT CAG GAA GGG AGC AGT CTC CAG TCG CTG AAG TGG ATG GAT CCC AAA TCC ATC GCC AAC C
配列番号174
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10110
Gene: fliG
Sequence: CTG AAG GCT TGA ACA AGA GCG CGC TCC TGC TGA TGT CGA TCG GCG AGG AAG AGG CCG CGC AGG TAT TCA AAT TCC TCG CGC CGC GCG AAG TGC AGA AGA T
配列番号175
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS528
Gene: fliG
Sequence: CTT ATC AGC AAC CTG CCG GCA GGT GTG CGC CCC GAA GTG CTG ATG CGC CTT GCC AAA CTG GAA GCA GTG CCC GAA GAC ATG CTG ATG GAA GTG GAC AAG G
配列番号176
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS675
Gene: fliG
Sequence: TCA CGA GTC TCG GCG TCA GCC GGA TCG AGA AGA CGG CGA ACC TTT TGA ACG AGA TGG ACC GCT CCA CCT CGG AGG GGA TCC TCG ACT TCA TCA GCC AGA A
配列番号177
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS961
Gene: fliG
Sequence: CAA CTT CAT GAG CGG CGA AAA CGA GGC AAT CGC GAT GGA GTA CCT GAA AAG CTA CGA CCC CGA CAT GGC GCA GAA GAT CAT GGA CGA GAT GTT CGT GTT C
配列番号178
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS150
Gene: fliM
Sequence: ATG GTA CAG GAT ATT CTT TCT CAG GAT GAA GTG GAT GCC CTA TTT AAG GGC ATG TCA GAT GGT GAT GTC GAA ATG CAC GCT GAA CCT GAG CCT GAT CCG G
配列番号179
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS316
Gene: fliM
Sequence: TGG AAA ACC GGA GAT GTC TTT TCC CTG GAC CGG TAT GTC AGC GAG CCT GTG GAG GTT CGC GTG GAG GGC ATC CTC CGC TTT CTG GGG AGG CCC GGA ATT T
配列番号180
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10091
Gene: fliM
Sequence: GCC TCG AAA TCA TCA ACG ATC GCT TCG CGC GCC TCT TGC GGA TCG GCA TCT TCA ACT TCA TGC GGC GCA CGG CGG AAA TCT CCG TGA GCC AGG TGA AGG T
配列番号181
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS628
Gene: fliM
Sequence: CTG CCA TTG TGC CGC CCA GTG ACG TTG TTG TGG TCA TCA CCT TTG AGG TGG AAC TGG AAT CGG CCA TCG GTT CGC TGG TTA TGT GTC TGC CGT ATG CCA C
配列番号182
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS665
Gene: fliM
Sequence: CCC CGT CTC CAC GGA GAT GAT CAA GTT TGG GGA GTT CAT CAA GAA AAT CCC TCT CCC GTC GAA CAT CAA CAT TCT TCG CCT CGA ACC GAT GAA ACG CAA C
配列番号183
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS1011
Gene: fliM
Sequence: ATG CGC ATA CGG AAA ATT CAA CGG CCA GTA CAC CCT GCG CGT CGA AAA GCT GTT GTC GAC CAG CGC GGT CGA ACC GAA AAC AGG AGA GCA GCA TGT CTG A
配列番号184
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS332
Gene: fliN
Sequence: GAT CGC GCA GGG CGA AGT GGT GGT CGT CAA CGA CAA GTT CGG CAT CCG GCT CAC CGA CAT CAT CAC GCC GTC CGA ACG CAT CCG GAA GCT GAA CCG ATG A
配列番号185
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS472
Gene: fliN
Sequence: GAT CGC GCA GGG CGA AGT GGT GGT CGT CAA CGA CAA GTT CGG CAT CCG GCT CAC CGA CAT CAT CAC GCC GTC CGA ACG CAT CCG GAA GCT GAA CCG ATG A
配列番号186
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS1079
Gene: fliN
Sequence: GAA GAC ACC ACG CAA ACG ATC GCC GAG GAC GAT TGG GCC GCG GCC ATG GCC GAG CAG GCC GCG CCG GCC GCC GCC CCC GCC CCC GAG ATC TTC AAG GAA T
配列番号187
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS216
Gene: motA
Sequence: GGG AGA TGG AAA TTC CCA TTC ATG CCC TGG TTC GTA CCG CCG ACG GAA TGC CTG CCT TCG GTA TTG TTG CTG CGG TAA TGG GCG TGG TAA ATA CCA TGG G
配列番号188
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10097
Gene: motA
Sequence: CAT CAT CGG CAA CGG CAT CAA GAC GAT CAA GGC GAC GCT GCG CGT GCT GCC CAC GCT GTT CAA GGG CTC GAA GTA CAA CAA GGA CAT CTA CAT GGA GCT G
配列番号189
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS1082
Gene: motA
Sequence: CCT TTC TCG TCG GCA ACA ACA ACA AGG TGA TCA AGG CGA CGC TGA AGG CCT TGC CGA CCG TGC TCA AAG GCT CGA AGT ACA CGC GCG CGC TTT ACA TGG A
配列番号190
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS195
Gene: motB
Sequence: GGG ACG TGC CAA CGC TGT TCG CCA GGT GCT GGT TCA GAA TGG TCT GGA TGA AAG TAA AAT ACT GAG AGT AGT CGG CAT GGG ATC GGC GGT GTT GTA CGT G
配列番号191
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10108
Gene: motB
Sequence: AGG TGA AGC TGA TGG CRG CCA TCG AGG CGA ATC CGA CGC TGC GCC AGT TCA AGC AGC AGA TCC GCA TCG ATT CGA CGC TGA TGG GGC TGC GCA TCG AAA T
配列番号192
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS912
Gene: motB
Sequence: GGC CAA TGT TCA ACC TCG CGA GCG CCG AGT TGC AGC CCT ATA CCA AGG TCA TCC TGC ACG AGA TCG CAC AGG TCC TCA ACG ACG TCG AAA ACC GCA TCA G
配列番号193
Function: Iron oxidization
Code : BMS10031
Gene: cyc1
Sequence: ATG ATG GAA ACC GGG TGA ATC CCA TCA TGC AGC CCG TGG CGG AAA AGC TGA CCA ACC GGC AAA TGC GGG AGG TGG CGG CTT ATC TGT CCG GTC TGC ATT G
配列番号194
Function: Iron oxidization
Code : BMS10057
Gene: cyc2
Sequence: GGG TAT CGG CAC TTA CGA AGC CTA TAT TTT TGG GCA GGA TAA GGC CAA CTG GCT CTA CTT CGA GGC GGA CGG ATA CAC CAA CGC GGA CGG TAT TGG TGT A
配列番号195
Function: Iron oxidization
Code : BMS124
Gene: cycA
Sequence: AAG ATG GTG GCC ATG GTA TCT GTC GTG TTT ATT GGT ATG GGT GCG ATG CCT TTT GAC ACA ATT GCT TAT GGA GCG GCA AGC GCA CCG AAC AGC AAG ATT G
配列番号196
Function: Iron oxidization
Code : BMS10013
Gene: cycA2
Sequence: GGG ACA CGT TTA CGA TCC CAA ACT CGT GGC CGA AGG GAA AAA GCT GTA CTT CGG TGG TCT GCC CGA CAA ACA CAT GCC GGC CTG CAT GGC CTG CCA TGG C
配列番号197
Function: Iron oxidization
Code : BMS10042
Gene: rus
Sequence: GCC CAA CAT CAA ACC CAT CGT CGC GGG TAC CGG ATT CAG TCC TGT TCC CAA GGG TGG AAA GTT CGG RTA YAC GGA YTT YAC CTG GCA TCC GAC RGC CGG C
配列番号198
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS10066
Gene: narH
Sequence: ATG AAA GTA CGT GCA CAA TTT GCT CTC GTT TTT AAT CTA GAT AAG TGC ATC GGT TGT CAT ACA TGC TCG GTG ACC TGC AAA AAT ACC TGG ACC AAC CGT C
配列番号199
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS10100
Gene: narH
Sequence: AAC TGG GAA GAC GAC CTC GGC GGC GAG TTC AAG TCG CGC AGC CGC GAC AAG CTG TTC GAG GCC GTG CAA AAG GAG ATG TAC TCG ACG TTC GAG AAC ACC T
配列番号200
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS999
Gene: narH
Sequence: ATG AAA GTC AGA GCG CAA TTC GCC TTC GTC TTC AAC CTG GAC AAG TGC ATC GGA TGT CAC ACC TGC TCG GTG ACC TGC AAG AAC GTC TGG ACC AAC CGC A
配列番号201
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS10064
Gene: nifK
Sequence: GCG GAA GTG ATC GGT GAC GAC CTG AAC GCC TTC ATC AAA ACC TCC AAG GAA AAG GGC AGC GTA CCA GAA GAA TAT GAT GTG CCT TTC GCC CAT ACT CCG G
配列番号202
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS698
Gene: nifK
Sequence: AAA AAG GAT CGG TTC CCC AGG AAT ACG ATG TTC CCT TTG CCC ATA CCC CGG CCT TCG TGG GGT CGC ACA TCA CCG GCT ACG ACA ATG CGC TGA AGG GAA T
配列番号203
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS284
Gene: nirA
Sequence: GGG GCC TGC GGA GAC GAT ACG AGA AAC ATC ACC ACC TGC CCG ATG AGC GGT CTG GAT CCC CAT CCC GAA AAC AAT TTT TCG GAT CTG GTC GAA GAA GCG A
配列番号204
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS76
Gene: cysI
Sequence: CAG GTG TTG GCC ATA GCC GAA GCC GTG CTC ATT ACC CAG CGT GAC CAC GGA GAC CGA AGC AAT CGA AGC CAC GCC CGC CTC AAA TAC ACG GTA GAC CGT A
配列番号205
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS737
Gene: cysI
Sequence: TAG AGA AAT ATC AGT TGT ATG TTG GTG GAG GAA TGG GCG AGA ATA ATG GTT ATC CGA CAT TTT CTG CTT TAG CAC TTC CTT TGG GTA CAG TAA GTG AGG A
配列番号206
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS772
Gene: cysI
Sequence: CTG GAT ATC CCT CAC CAT CTC TAA AAC TGA CTA CGA GAC AAG CTA TTC AAT TTC ACC ACG TAA AGA AAA GGG ATT TAC CTA ACC TTA TAA GAG AGG TCG C
配列番号207
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS800
Gene: cysI
Sequence: TAG ATG CTA TAG TTA GGA TAC AAC AAG AAT GGG GTG ATA GAA AGA ATC GTC ATT GGG CTA GGT TGA AAT ATT TAG TAT ATA AAA TGG GAG TAG AAT GGA T
配列番号208
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS46
Gene: cysJ
Sequence: GGG GTT GCC TCG ACA TTT CTG GCG GAT CGT GTC GCC ATC GGC CGG CCT GTA CCC ATA TTT ATC GAA CCC AAT GCC GAA TTC CGG CTA CCC GAA GAT TCC G
配列番号209
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS300
Gene: cysJ
Sequence: AAC GGC GTG CAC GGG GTG ACA AGG GCC GCA ACT GGT TGT TCT TTG GCG AGC ACA CGC AGC CAC CGA TTT CTA CTA TCG CGA CGA ACT TGC TAG CTA GCT A
配列番号210
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS10168
Gene: cysJ
Sequence: TCG CGG CTC GTC GCG AAC CTG CGG CTC AAC GAG CCG GGT GCG GCG AAG GAC ACG CGC TGC GTG TCG CTG TCG RCG GAC GGC GCG GCG ATC GAA TAC GAA A
配列番号211
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS789
Gene: doxA
Sequence: AGG TAC TGG GCA GTG GGC ATA TGG AAA CGT TGT AGG ACC TCT ATT TAA TAA CTC TAA GCT TCC AAA ACT TGA AAT AAC ATA CAT AAG TGC ATC CCC AGA G
配列番号212
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS809
Gene: doxA
Sequence: CTC CGC AAG GCT TAT GCT TGA TCA TGA ATA TCA CTG ATA TTG ATG GTC CAG ATG CAT ATC CAG CAT CTG CTC CCT TAA TGG AAA TAT CTA ATG GAA CAT G
配列番号213
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS760
Gene: doxD
Sequence: GTG GGA AAG ATG GCA AAT AAA CAA GTC GTA GAT AAC CTA ACT AGA AAG GAA TAC TTG TTC CCT ATA AGG TTC GCA GTA GGT TGG ATG TTC TTC GAT GGA G
配列番号214
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS793
Gene: doxD
Sequence: TAT TCT TAG TTA TAG GAC TTT TGA CAA GAT TAG CTG CCT TTG GTG CAG CTG TAA TGG CTA TTG GTA TGG CTC CAG CTT ACT GGT TAG GTT CAA CGT GCG A
配列番号215
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS10027
Gene: doxDA1
Sequence: CCC CGG ATC ATC AGG AGA AAG ATC ATG GGT AGT GCA ACG AGC GTA AAC GGC AGT ACA TTT TCA GTG GAC AGA GGA TGG CGC CTG GCG GCG ATA GGG CTG C
配列番号216
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS620
Gene: dsrA
Sequence: ATA TCT GGG ACC TGC GCG GTT CCG GCC TGA CCA ACA TGC ACG GCT CCA CCG GTG ACA TCG TTC TGC TGG GTA CCA CCA CTC CCC AGC TGG AAG AGA TTT T
配列番号217
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS10336
Gene: dsrA
Sequence: GGC CCT TCG CTG CGG ACC TCG ATG TCC TGC GTC GGC GCC GCA CGC TGC GAG CAT TCC TGT TAT GAC GAG GCC CAT GCG CTG CGC ACT GTC ATC AAC AAC A
配列番号218
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS575
Gene: dsrB
Sequence: TGT GCG AAA TCC CGC TGG CCG TTG CTT CCT GCC CCA CCG CCG CTG TTC GTC CCA CCA AGG TTG AAC TGG ACG GCA AAA AGG TGA ACA GCA TCG CCA TCA A
配列番号219
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS955
Gene: dsrB
Sequence: TCA AGC TGT CGA CCT CCT GCT GCG AAA TCA ACT GCG GCG GCC AGG CTG ACA TCG CCA TCA TCG TCC AGC ACA CCA AGC CGC CGA AGA TCA ACC ACG ATC T
配列番号220
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS978
Gene: dsrC
Sequence: AGG CTA TCT GGT CGA CCT GTC GCA GTG GAA CGA AGA CAT CGC CAA GTA CAT GGC CGT CGA AGA AAA AGT CGA ACT GAC CGA CAG CCA CTG GGA AGT CGT C
配列番号221
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS998
Gene: dsrE
Sequence: TCA AGG ACG AAC TCC TTG CCC CCG GAT TCC GGA TCT CCG GAC TGG GTC AGT TGG TCG AGA TGG GCA TTC AGT ACG ATC GTC TCG TGA CGT TCG GTG ATT A
配列番号222
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS908
Gene: dsrF
Sequence: TTC ACC GAC GAC GGG ATC TAC CAG TTG ATG AAG GGC ATC GAC ACC AAG GGC ATC GAG GTC AAG GAC TTC TCG AAG ACC TAT CGT GCG CTG GAA GGC TAC G
配列番号223
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS579
Gene: dsrK
Sequence: GGG TAT TTA CAC CTT CAT GGG ATA TCT GAT GCT CTT CCA CGA GAT AGG GCT GGA CTA TAC CCT GTC CAC CTA CGC ATC AGA AGG CGG CAA CTT CGG TCT G
配列番号224
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS963
Gene: dsrK
Sequence: GTG GCG GCT GCT GAA TTT GAC GTT CCG GAA CTG AAG GAC GAC ATC GAA GTT CCC AAG ATA AGG GAA GGC TCG ATG GCG CAC GCC AAG TCG TTC CTC GCG C
配列番号225
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS867
Gene: dsrL
Sequence: ATG GCT GTC ACG ACG AAC AAA GCA GCA AAG ACC GAA GGC ATG ACG TGG CGT CGC TAC AAG GAT GGC GAG TCG GAA GCG AAC ATC CGT TCG GCT CAG GAC C
配列番号226
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS547
Gene: dsrM
Sequence: GGG ATT CGT GTA CAG AAT CAT GGA TTG GGC AAA ATC GCC CGT TCC TTT CCG CAT CCC GAC AAC GAG TGG ACA GCA GAA ATC TTT GCC CTG GAT CAA GCC C
配列番号227
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS900
Gene: dsrM
Sequence: CCA GAA GGG CGT CAT CTA CCG GAT GGC CAA GGA AGT CGT GCT GTT CGA ATC CCT GTT CAA GTC CAA CAA GTG GAT CTG GGT GTT CGG CTG GCT CTT CCA T
配列番号228
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS893
Gene: dsrN
Sequence: TTC TCG CGG GCT ACG TGC ATC GCC GCG GCG CGG GGG CGC GCG GCT GGA TCG TCC CGT TTC TGA ATC AGG TAC GCG CGC ACA AGG CGC GCG TTT CCG CTT A
配列番号229
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS952
Gene: dsrO
Sequence: CCC CGA TAG CGA GAT CTC GAA GCG TTT GCG CGA ACT GCC CAC CAA GCA GGT GCG TGC CGA CCT CAA GCT CAA TAC CGG CGT TCG CTA TCA CGG AAT CTA A
配列番号230
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS1090
Gene: dsrP
Sequence: AAC TCT ACG GCA GCG CGA TGC TGG CGC CGA TGT TCA TCA TCA TGT CCT TCG CCT ACG GTC TCG CGA TCT ACC TGA TGG TGC TGG TTG CTG CCT ACG CCT G
配列番号231
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS882
Gene: dsrS
Sequence: ACG ACG CGC TGT CCC CGG AAG ACG AGC TCC GCC TGC ACG TAC TCT TCA ACA CCG AGC TGC GGG CGG TTC GCA TCG ACG AGT CGA GCA TGA CCC TAT GGG C
配列番号232
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS993
Gene: soxB
Sequence: ACC ACG CTC ACC GAG ATG ACG GGC GAA ACG ATC AAG ACG ATC ATG GAA GAC GTC GCC GAC AAT CTG TTC AAC GCC GAC CCG TAC TAC CAG CAG GGC GGC G
【図面の簡単な説明】
【０１０２】
【図１】バイオマイニングサンプル１と本発明のマイクロアレイとのハイブリダイゼーションの結果を示す。
【図２】第２のバイオマイニングサンプルと本発明のマイクロアレイとのハイブリダイゼーションの結果を示す。
【本発明の範囲】
【０００１】
本発明は、微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジーにおける活性に関するタンパク質をコードする特定の遺伝子の存在を迅速且つ同時に同定するための、ヌクレオチド配列のアレイ、並びに、上記遺伝子の同定において該アレイを使用する方法に関する。特には、バイオフィルム形成、CO2 固定、エネルギー代謝、走化性（chemiotaxis）及び運動性（mobility）、鉄の酸化、窒素代謝、硫黄同化（sulphur assimilation）、及び硫化化合物の酸化/還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子が同定される。該ヌクレオチド配列のアレイは、微生物学的なコミュニティの特質（quality）を評価することが必要である場合はいつでもバイオテクノロジーにおいて有用なツールとして提供される。
【本発明の背景情報】
【０００２】
バイオテクノロジーは、一般に、特定の使用のための産物又はプロセスの創造又は改変において、生物学的システム（複雑な微生物学的なコミュニティのような）、生物（微生物、動物又は植物）又はそれらの派生物（代謝産物、タンパク質、核酸）を使用する任意の技術的適用である。本発明では、微生物を用いるバイオテクノロジーに焦点を合わせ、特にバイオマイニング及び微生物学的なバイオレメディエーションに焦点を合わせる。
【０００３】
微生物学的なバイオテクノロジーの多くのプロセスは、例えば、バイオマイニングの場合に鉱石に存在するコミュニティ、又は、バイオレメディエーションの場合に汚染土壌又は汚染水に存在するコミュニティのような、処理されるベース中に本来存在する微生物学的なコミュニティの発達を補強することを行う。それらの場合、存在するコミュニティの代謝的な特質を評価することを可能にするツールを有することは、例えば、我々が関心を持っているプロセスが、その存在するコミュニティにより実行可能であるかどうか、或いは、他の適切な菌株を播種すべきであるかどうかを判断するのに非常に有用である。
【０００４】
現在まで、微生物学的なコミュニティーを評価するために用いられる最も一般的なアプローチは、選択的培養、蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（FISH）、検出プローブ、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）及びマクロ及びマイクロＤＮＡアレイのような特異的マーカーを用いた結合のような種々の技術による、存在する種の同定である。上記の技術のうち、分子生物学に属するもの、即ち、FISH、検出プローブ、PCR、及びマクロ及びマイクロＤＮＡアレイは全て、未知のサンプルのＤＮＡと、検出又は同定されることが求められる微生物又は微生物群、例えばある種や属に特異的な既知の配列とのハイブリダイズに基づく。
【０００５】
上記のアプローチが有する問題は、それらの微生物学的なコミュニティに存在し得る微生物には多くの異なるタイプがあり、そのため、それらの組成を確立するために多くの試験を実行し、次いで、それらの取得されたデータと、それぞれ同定された分類群の特徴とを相関させ、最終的に、関心のある機能が該サンプル中に存在するかどうかを確証しなければならない。以前に記述されていない微生物が存在した場合、その代謝活性が知れたとしても、そしてそのプロセスにとって重要であったとしても、相関を行うことはできない。それ故、微生物学的コミュニティの代謝的な特徴を直接、評価及び制御し、且つ、それを構成する微生物を同定しない方法の必要性が生じる。
【０００６】
この技術的な問題は、微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子を検出及び同定するための、ヌクレオチド配列のアレイを創造すること及び該アレイを用いる方法による本発明の方法によって解決される。
【０００７】
調査されるコミュニティの分類学から、該コミュニティに存在する活性に関連するタンパク質の同定にアプローチの焦点を変更する際、我々は、バイオテクノロジーのプロセスの本質−それらのプロセスを根本的に実行する代謝機能−に直接焦点をあわせた。例えば、バイオリーチングプロセスのためにレプトスピリウム種（Leptospirillum spp.）の存在が探索される時はいつでも、実際に探索されるものは鉄酸化であり、それは、あるバイオテクノロジー的プロセスに関連する微生物のそれぞれについても同様である。
【０００８】
我々が設計した新しいアプローチは、バイオテクノロジー的プロセスのオペレーターが要求すること：このコミュニティは鉄を酸化するか？、硫黄を酸化するか？、CO2を固定するか？、窒素を固定するか？；に正確に応答することを可能にする。該技術に現在存在するアプローチによれば、オペレーターは最初に、何れの種が存在するかを知り、次いで、彼又は彼女は同じ質問に回答するために、この情報とそれらの種のそれぞれの特徴とを関連させなければならない。
【０００９】
それぞれの場合において、基本的な条件に応じるバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子を同定するためのＤＮＡ断片を設計した：上記断片の特異性は、標的遺伝子にのみ対応するものでなければならない。一方、それが可能であるときはいつでも、各標的遺伝子に特異的であり、また、オルソロガスに保存されている領域が探索される。これは、配列決定されている遺伝子のみでなく、記述されていない各標的遺伝子のオルソロガスな遺伝子をも検出するアイデアによる。この探索の結果は、特異的な領域における特異的な分類群内の、ある遺伝子又は機能に特異的である断片に対応する。
【００１０】
設計されたそれらのＤＮＡ断片により、我々は、微生物学的サンプル中に存在する、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードするそれらの遺伝子の存在の同定を実行することを可能にする、ＤＮＡ断片アレイを開発した。
【００１１】
ＤＮＡアレイのよい定義は、Schenaとその同僚によって提案されたものである：「複雑なＤＮＡサンプルの同時分析を可能にする、核酸の微視的及び系統的な配置」（Schena M., Heller, R.A., Theriault, P., Konrad, K., Lachenmeier, E.及びDavis, R.W. Trends Biotechnol. 16, 301-306, 1998）。
【００１２】
プリントされたＤＮＡのドットの直径によって、マクロアレイ（300ミクロン以上）及びマイクロアレイ（100ミクロン未満）の２つのタイプのアレイがある。前者は研究室において手動で作製でき、そのドットは特別な装置の助けがなくても可視化できる。後者は自動化されたプリントシステム（通常、ロボットのプリントプラットフォーム）及び特殊化された取得及びイメージプロセシング装置が必要である。
【００１３】
本発明において、ＤＮＡ断片アレイは、ガラス、シリコン又はナイロンのシートのような平らな表面にプリントされたドットの整列された系を含み、それぞれのドットは、既知であり、また、バイオテクノロジーにおいて関心のある遺伝子に特異的な、ＤＮＡ断片の大量のコピーを含む。
【００１４】
ＤＮＡ断片アレイを用いる検出方法は、該アレイの「ドット」のセットと、研究中のサンプルからの標識されたＤＮＡの抽出物との同時のハイブリダイゼーションを含む。通常、標識化され、またある場合には断片化されたサンプルのＤＮＡは、例えば熱による、ＤＮＡ二重鎖を分離する変性段階に供される。温度が低いとき、ＤＮＡは、その物理化学的な特徴のために、その最も正確な相補鎖とハイブリダイズする傾向がある。このＤＮＡがアレイと接触したとき、サンプル中のＤＮＡとドット中に含まれるＤＮＡ断片との間に一致がある場合、そのサンプルの標識されたＤＮＡのコピーは、そのドットに特異的に結合して残存する可能性が高い。これは、該アレイのドットに含まれる相補的なＤＮＡのコピー数が多いために生じる。ハイブリダイズしたアレイのイメージ取得及び処理段階において、この標識は、調査下のサンプル中に存在する微生物の検出を可能にする。
【００１５】
ＤＮＡの標識化は、任意の既知の標識化技術によって行うことができ、最も通常のものは、蛍光性又は放射性の標識である。
【００１６】
アレイ及びそれらの使用は既知であり、当該分野の状態において、我々は、サンプル中の微生物の存在を検出するアレイの例を見出すが、しかし、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の検出に焦点を合わせたものはない。
【００１７】
ＤＮＡ断片のアレイを製造することについては、現在、公開された種々のプロトコールがあり、また、この種のアレイの製造をサービスする製造所がある。製造は、アレイの製造を委託された会社、又は、それを行う製造所で用いられるプロトコールに依存して、担体、ＤＮＡの断片を担体に結合する方法、該担体上のドットの空間的な分布などに関して変動し得るために、結果として、遺伝子の選択及び用いるＤＮＡ断片の設計のみが、アレイの特異性及び有用性を定義するものである (Ye et al JouＲＮＡl of Microbiological Methods 47(2001) 257-272)。
【発明の概要】
【００１８】
本発明は、微生物学的サンプル中に存在する、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の存在を迅速且つ同時に同定するためのアレイ、及び前記遺伝子の同定における、該アレイの使用方法を開示する。
【００１９】
バイオフィルム形成、CO2 固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化-還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子の存在を同定することを可能にする、100未満の窒素化（nitrogenated）塩基長のＤＮＡ断片を設計した。設計された断片は全て、関心のある機能に関連する特定のタンパク質をコードする遺伝子に特異的であり、それ故、それらはある代謝機能に特異的であると言える。ある場合には、オリゴヌクレオチドがそれに基づいて設計された遺伝子は唯一つの種に特異的であり、結果的に、該オリゴヌクレオチドは、該機能及び該種の両方に特異的である。その他の場合には、関心のある遺伝子はオルソロガス（orthologically）に保存されていることが見出される。それらの場合、該オリゴヌクレオチドは、記載されたオルソロガスの間で一致する領域の中で設計され、よって、該機能及び論じられる分類群に特異的である。
【００２０】
アレイ中にそれらのＤＮＡ断片の少なくとも一つがある場合、微生物学的なコミュニティの代謝的な特徴を評価することが可能である。好ましくは、バイオフィルム形成、CO2 固定、エネルギー代謝、走化性、窒素代謝、硫黄同化及び硫化化合物の酸化-還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子の幾つか又は全ての存在を、同時に且つ唯一つのプロセスで同定することを可能にする、設計されたＤＮＡ断片のいくつかを含むアレイが提供される。
【００２１】
本方法は、バイオテクノロジーにおいて有用であるツールとして、その特異的な代謝機能に関する微生物学的なコミュニティの特質の評価又は制御が要求されるときはいつでも提供される。
【発明の詳細な説明】
【００２２】
微生物学的サンプル中に存在する、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の存在の、迅速且つ同時の検出を可能にするアレイ、及び該アレイの使用方法の提供は、工業的事業の種々の分野において適用されるであろう。例えば、バイオマイニングプロセスのためのミネラル；バイオレメディエーションプロセスのための汚染された土壌又は水、又は他の任意のバイオテクノロジー的な適用のような、バイオテクノロジー的なプロセスのベースに存在する野生の微生物学的なコミュニティの評価である。第２の側面は、バイオテクノロジー的なプロセスに既に関与している微生物学的なコミュニティを制御することを可能にするということである。
【００２３】
それらのバイオテクノロジー工業事業の要求を満たすために、我々は、100未満の水素付加した塩基長のＤＮＡ断片を設計し、これは、バイオフィルム形成、CO2固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化-還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子に特異的なものである。それらの断片は、ＤＮＡアレイに分布され、野生か又はすでにバイオテクノロジー的プロセスに関与しているかによらず、微生物学的なコミュニティから得られたサンプル中のそれらの遺伝子の存在を同定することを可能にする。
【００２４】
設計された全ての断片は、関心のある機能に関連する特異的なタンパク質をコードする遺伝子に特異的であり、それ故、それらは、以下の機能に特異的なある代謝機能に特異的であると言える：バイオフィルム形成、CO2固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化還元。
【００２５】
オリゴヌクレオチドがそれに基づいて設計される遺伝子が唯一つの種に特異的である場合、結果的に、該オリゴヌクレオチドは、該機能及び該種の両方に特異的である。その他の場合、関心のある遺伝子は、特異的な属のうちの異なる種にオルソロガス（orthologically）に保存されている。それらの場合、該オリゴヌクレオチドは、記載されたオルソロガスの間で一致する領域の中で設計され、よって、該機能及び論じられる分類群に特異的である。
【００２６】
我々がこの方法をどのように開発したかの理解を助けるために、用いたストラテジーを簡単に記載する。
・第一に、検出したい、バイオテクノロジーにおいて関心のある機能及びそれらの各機能の鍵となる遺伝子を確立した。
・第二に、二つの基本的な条件に従う、関心のある機能に関連する遺伝子を有する微生物を選択した：一つには該関心のある任意の機能を所有すること、もう一つには完全に又は部分的に配列決定されていること。
・第三に、例えば大腸菌のような周知の微生物において関心のあるタンパク質又は機能についてコードする参照配列のリストが作成され、前記既知の遺伝子と関心のあるゲノムの間の相同性が検査される。相同性が発見された場合、それは、関心のある微生物において関心のある遺伝子に一致する「相同的な」ゾーンと定義される。
【００２７】
・関心のある微生物のそれぞれにおける、関心のある遺伝子のそれぞれの配列を含むスタートアップデータベースをこの方法で得た。関心のある遺伝子の全てが、関心のある微生物（これは、既知の微生物／配列決定されたゲノムである）の全てのなかに存在しないことは明らかである。
【００２８】
・関心のある遺伝子に特異的である領域のみを選択して、換言すれば、他の機能を有する遺伝子と相同性を示さない領域のみを選択して、該スタートアップデータベースに含まれる遺伝子の配列を関心のある微生物の遺伝子の全てと比較した。この選択は、それらの制限が入れられた探索アルゴリズムによって行われる。
【００２９】
・このように選択された特異的な領域は、ありうるコンセンサス領域を検出する目的で、設計されたオリゴヌクレオチドの最終的な長さの約80％の一致として理解される高い類似性によってグループ化される、
・それらの特異的領域は、オリゴヌクレオチドの物理化学的な変量（GC組成レベル、ハイブリダイゼーション温度、起こり得る二次構造）を考慮に入れて、検出のために有用な領域として確認される。それらの条件に従う領域が、オリゴヌクレオチド候補であると見なされる。
【００３０】
・該オリゴヌクレオチド候補は、相同性によって既知の遺伝子配列の全てと比較されるが、この比較から、明らかに相同である、それに基づいてオリゴヌクレオチドが設計された関心のある遺伝子は除外される。
【００３１】
・特異的であるとして用いられた該オリゴヌクレオチドが関心のある機能を検出するために我々が用いるものである。
【００３２】
先に示したように、第一の工程は、関心のある機能を選択するためのものである。我々は、微生物学的なコミュニティに存在し、また、我々のＤＮＡアレイに含まれるバイオテクノロジーに有用な、８つの代謝機能：バイオフィルム形成、CO2 固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化還元；を選択した。それらのそれぞれの重要性は、当該技術の知識を完全に有する任意の人間には明らかである。
【００３３】
それらの機能の中には、任意の微生物学的なコミュニティにおける一般的及び関連性のある情報、例えば、エネルギー代謝及び該コミュニティがCO2又は窒素を固定できるか度かの両方を我々に提供するものもあり、コミュニティが要求する栄養を確立するのに関係する。
【００３４】
該コミュニティのバイオフィルム形成能力又は該コミュニティ内の移動能力のある微生物の存在を知ることは、我々が実行することを望むバイオテクノロジー的なプロセスの培養条件を確立するために同じように必須である。他の方面において、鉄酸化、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化／還元プロセスは、バイオマイニング（biomining）及びバイオレメディエーションのような非常に重要な、特異的なバイオテクノロジー的プロセスにおいて重要なプロセスである。
【００３５】
第二に、該マイクロアレイに含まれるオリゴヌクレオチドがそれに基づいて設計される関心のある微生物が決定される。該選択は、意図する二つの関連する側面を維持して実行した：第一は、該微生物が関心のある機能を少なくとも一つ有すること、第二は、それらのゲノムが全て又は部分的に配列決定されていること。それらの要因を考慮して、「Biosigma: Wenelen (DSM 16786)」及び「Licanantay (DSM 17318)」の性質であり、上記の代謝機能を一以上有しており、及び、ゲノムが配列決定されている株が選択された。鉄及び硫化化合物の酸化機能を有するアシジチオバチルス・フェロオキシダンス（Acidithiobacillus ferrooxidans）ATCC 23270種もまた含まれた。二つの配列が公開されているバークホルデリア・シュードマレイ（Burkholderia pseudomallei）種が用いられる：Burkholderia pseudomallei 1710b及びBurkholderia pseudomallei K96243。デサルフォビブリオ・デサルフリカンス（Desulfovibrio desulfuricans）は硫黄酸化活性について選択され、その公開されたDesulfovibrio desulfuricans G20種が用いられる；その機能が硫化化合物の酸化であるチオバチルス・デニトリフィカンス（Thiobacillus denitrificans）ATCC 25259も含まれた。公開された配列が以下の微生物に対応する、バイオマイニング微生物のフェロプラスマ（Ferroplasma）、レプトスピリウム（Leptospirillum）、スルフォロブス（Sulfolobus）及びサーモプラスマ（Thermoplasma）もまた含まれた；フェロプラスマ・アシダルマヌス（Ferroplasma acidarmanus）、フェロプラスマ種（Ferroplasma sp.）(II)、レプトスピリウム種（Leptospirillum sp.）(II)、レプトスピリウム種（Leptospirillum sp.）(III)、スルフォロブス・アシドカルダリウス（Sulfolobus acidocaldarius）DSM 639、スルフォロブス・ソルファタリカス（Sulfolobus solfataricus）、スルフォロブス・トコダイ（Sulfolobus tokodaii）、サーモプラスマ・アシドフィラム（Thermoplasma acidophilum）及びサーモプラスマ・ボルカニウム（Thermoplasma volcanium）。
【００３６】
一旦、関心のある機能及び研究する微生物が明らかになれば、前記機能の存在を同定するために用いる遺伝子は決定される。関心のある機能及びそれらを表すために選択された遺伝子のそれぞれの簡単な記載を以下に提供する。
【００３７】
関心のある機能の説明。
鉄酸化。Fe+2からFe+3への鉄の酸化は、生成された鉄（III）が非常な酸化剤であり、これは存在する硫化物又は酸化を必要とする任意の化合物を酸化することができ、これによって、該溶液中の関心のある金属を放出することができるために、バイオリーチングの開発のために必要である。
【００３８】
「鉄酸化」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子は、A. ferrooxidanに基づいて選択された：
rus、cyc1、cyc2、cycA y cycA2
関心のある微生物（既知の微生物／配列決定されたゲノム）内のそれらの全ての遺伝子の配列の定義が利用可能であるために、参照配列を用いる必要がない。
【００３９】
バイオフィルム形成。バイオフィルム又はシルト（silt）を形成する能力は、それが担体に結合されたバイオマスの耐久性を保証するために、任意の微生物のコミュニティの発展にとって重要である。
【００４０】
「バイオフィルム形成」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子が選択された。
galE, galU, rfbA, rfbB, rfbC, rfbD, epsD, gdh, manB, manC, pgm, uppS, wza, wzc
関心のある微生物中のそれらの遺伝子について利用できる情報がなかったため、研究は参照遺伝子を用いて行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、前記遺伝子と前記関心のある微生物のゲノムの間の相同性を探索した。乳酸菌（Lactobacillus lactis）の遺伝子が参照として用いられたepsDを除いて、ほとんどの場合、大腸菌の遺伝子が参照として用いられた。
【００４１】
CO2固定。CO2固定は、コミュニティが、コミュニティに炭素基質を添加する必要がないためにそのプロセスに経済的な利点を与える、独立栄養生物であるかどうか調べることを可能にするために、微生物学的なバイオテクノロジー的プロセスにおいて重要である。
【００４２】
「CO2-固定」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
cbbL1, cbbL2, cbbM, cbbS1, cbbS2, cbbArchea, ppc, prk
関心のある微生物におけるそれらの幾つかの遺伝子、cbbL1、cbbL2、cbbM、cbbS1 y cbbS2の情報は利用できた。その他は、参照遺伝子を用いて研究を行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、それらの参照遺伝子と前記関心のある微生物のゲノムの間の相同性を探索した。Archaeasの遺伝子cbbについてはメタノサルシーナ・アセチボランス（Methanosarcina acetivorans）が参照として用いられ、遺伝子ppcについては大腸菌の遺伝子が参照として用いられ、遺伝子prkについてはシネココッカス（Synechococcus）の遺伝子が用いられた。
【００４３】
走化性及び運動性。微生物の運動性は鞭毛の存在によって与えられる；ある場合に、運動は培地中の代謝産物の濃度に対する反応として発達し、これは走化性として知られる。微生物学的なコミュニティが走化性及び運動性の特徴を有しているかどうかを知ることは、開発されるバイオテクノロジー的なプロセスについての培養条件をよりよい方向に確立することを可能にする。
【００４４】
「走化性及び運動性」機能の存在の同定のために、該プロセスに関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
flhA, flhB, fliF, fliG, fliM, fliN, motA, motB
関心のある微生物中のそれらの遺伝子について利用できる情報がなかったため、研究は参照遺伝子遺伝子を用いて行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、それらの参照遺伝子と前記関心のある微生物のゲノムの間の相同性を探索した。全ての場合において、大腸菌の遺伝子が参照として用いられた。
【００４５】
窒素代謝。窒素化化合物の代謝に関して、重要であると考えられる二つのプロセスがある。その一つは、その必須成分が酵素ニトロゲナーゼである窒素固定である。もう一つは、硝酸レダクターゼが関与する窒素化化合物の分解である。
【００４６】
「窒素代謝」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
nifK, narH, nirA
関心のある微生物中のそれらの遺伝子について利用できる情報がなかったため、研究は参照遺伝子遺伝子を用いて行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、前記遺伝子と前記関心のある微生物のゲノムの間の相同性を探索した。narHの場合には大腸菌の遺伝子が参照として用いられた；nifKの場合にはアゾトバクタ・ビネランディー（Azotobacter vinelandii）が参照として用いられ、nirAの場合には参照はシネココッカスであった。
【００４７】
硫黄同化。硫黄同化は、環境性の硫黄が細胞代謝で使用するための有機性の硫黄として固定されるプロセスである。このプロセスの二つの主要な最終産物は、必須アミノ酸のシステイン及びメチオニンである。
【００４８】
「硫黄同化」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
cysI, cysJ
関心のある微生物中のそれらの遺伝子について利用できる情報がなかったため、研究はそれらの参照遺伝子を用いて行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、前記遺伝子と前記関心のある微生物のゲノムの間の相同性を探索した。遺伝子cysI、及びcysJについては大腸菌の遺伝子が参照として用いられた。
【００４９】
硫化化合物の酸化/還元。バイオリーチングに高度に関連するプロセスは、硫黄化合物の酸化である。例えば、アシジチオバチルス（Acidithiobacillus）属の微生物は、酸素を電子受容体として用いて還元型の硫黄化合物（硫化物、元素硫黄、チオン酸塩などのような）の酸化を触媒でき、そして硫酸を最終産物として産生し、そして、亜硫酸及びチオ硫酸のような化学種を、鉱石中に存在し得る硫化物に付随する金属を可溶化させる中間産物に還元する。
【００５０】
「硫黄酸化」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
doxA, doxD, doxDA1, doxDA2, dsrA, dsrB, dsrC, dsrE, dsrF, dsrK, dsrL, dsrM, dsrN, dsrO, dsrP, dsrS, soxB
関心のある微生物におけるdoxDA1、doxDA2遺伝子についてのみ情報が利用可能であった。その他は、参照遺伝子を用いて研究を行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、それらの参照遺伝子と関心のある微生物のゲノムとの相同性を探索した。
【００５１】
遺伝子doxA、doxDについてはアシドアルマヌス・アンビバレンス（Acidarmanus Ambivalens）が参照として用いられ、遺伝子soxBについてはパラコッカス・デニトリフィカンス（Paracoccus denitrificans）の遺伝子が参照として用いられ、全てのdsr遺伝子については、アロクロマティウム・ビノサム（Allochromatium vinosum）の遺伝子が用いられた。
【００５２】
エネルギー代謝
「エネルギー代謝」機能の存在を同定するために、該プロセス内に関連するタンパク質をコードする以下の遺伝子を選択した：
pfk, korA, korB, idh, pdhA, pdhB, pdhC, gltA, accA, accB, aaC, accD
関心のある微生物におけるpdhC 遺伝子についての情報のみ利用可能であった。その他は、参照遺伝子を用いて研究を行い、それらの遺伝子の「蓋然的」存在を決定するために、それらの参照遺伝子と関心のある微生物のゲノムとの相同性を探索した。遺伝子pfk、idh、gltA、accA、accB、aaC及びaccDについては大腸菌の遺伝子を参照として用いた。遺伝子korA及びkorBについてはメタノカルドコックス・ジャナスチー（Methanocaldococcus jannaschii）が参照として用いられ、遺伝子pdhA及びpdhBについてはミコバクテリウム・ツベルクロシス（Mycobacterium tuberculosis）の遺伝子が用いられた。
【００５３】
微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジー関連する活性を有する、上記で定義されたタンパク質をコードする遺伝子を検出及び同定するためのヌクレオチド配列の開示されたアレイは、以下のＤＮＡ断片の一つ、幾つか又は全ての代表をその表面に付着されて含む：
ａ．バイオフィルム形成に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｂ．CO2固定に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｃ．エネルギー代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｄ．走化性及び運動性に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｅ．鉄酸化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｆ．窒素代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｇ．硫黄同化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｈ．硫化化合物の酸化／還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ここにおいて、各ＤＮＡ断片は数百コピー存在し、均質な組成のドットを形成し、担体の表面に空間的に分布される。
【００５４】
それらの上記遺伝子のそれぞれについて、我々は、80〜100の特異的な窒素化塩基、好ましくは100の特異的な窒素化塩基の断片を設計した。それらは配列表に記載した。
【００５５】
全体において、我々は、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の同定のためのＤＮＡ断片を合計で232設計し、それらは全て100ヌクレオチド長である。設計した232のＤＮＡ断片の配列は配列表に含まれる。
【００５６】
設計された232の配列の外の配列番号1〜86はバイオフィルム形成機能に特異的である。
配列87〜101は、CO2-固定機能に特異的である。
配列102〜156は、エネルギー代謝機能に特異的である。
配列157〜192は、走化性及び運動性機能に特異的である。
配列番号193〜197は、鉄酸化機能に特異的である。
配列番号198〜203は、窒素代謝機能に特異的である。
配列番号204〜210は、硫黄同化機能に特異的である。
そして、配列211〜232は、硫化化合物の酸化還元機能に特異的である。
【００５７】
設計された断片は、完全であるか、又はそれを含むより大きな断片であるか、又は該断片を含む任意の細断片のような部分的なものであるか、又は上記の選択肢の全ての逆相補配列として、アレイにインプリントされることができる。50〜70のヌクレオチドの細断片が都合よくインプリントされる。
【００５８】
本発明に含まれるアレイは、完全に；ちょうどＰＣＲ産物のように、前記断片がその領域の２０％超を代表するより大きい領域；又は、部分的に、ここで開示された断片のそれぞれに含まれる細断片の一つとして、又は、上記選択肢の全ての逆相補配列としてのいずれかで、配列番号1〜232に含まれるＤＮＡ断片の少なくとも一つを含むものであることは留意される必要がある。
【００５９】
ヌクレオチド配列の特異性はその逆相補配列のものと同じであるため、上記の側面は極めて重要である。この特徴、特異性が、ＤＮＡ断片の設計を達成するために最も困難なことである。その技術の知識に通じた人間が、該技術に存在する一連のツールを用いて、熱力学的に安定及び不安定なオリゴヌクレオチドを識別できるにも関わらず、相補配列の安定性がアレイにおける使用に適性でないことが起こり得る。本発明の断片の配列番号1〜232の逆相補配列は全て、完全であるか、又はPCR産物のようなそれを含むより大きな断片であるか；又は部分的な、ここで開示した断片のそれぞれを含む細断片の一つとしての何れかによらず、本発明の範囲内であると見なされる。
【００６０】
該アレイは優先的に、少なくとも一つの断片又は関心のある断片のそれぞれの細断片を含む。開示されたＤＮＡの断片又は細断片の全てを含むアレイを調製することが可能であり、又はある場合には、それらの一つのみを含むアレイを調製することも可能である。それらの選択肢の全て、並びに、有り得る中間の組合せの全ては、本発明の範囲内に含まれる。
【００６１】
本発明のアレイの有効性は、インプリントされる断片の特異性及び安定性によって与えられる。それらの特徴は、設計された断片に含まれる細断片のそれぞれに存続する。これは、ヌクレオチド1〜100、又は42〜92又は15〜65又は任意の他の有り得る選択が用いられた場合でも、特異性が同じに維持されることを意味する。全ての選択は細断片に対応し、また、本発明の範囲に含まれる。
【００６２】
合成を通して又はPCRの産物として、他のオリゴヌクレオチドによって隣接された本発明の断片又は細断片を含むＤＮＡ断片を得ることも可能である。その特異性が、本発明において開示されたように設計された断片又は細断片によって与えられる、本発明の断片を含むより大きな領域もまた、本発明の範囲内に含まれることが見出される。
【００６３】
本発明に従ったアレイを実行するために、選択された各断片又は細断片は数百コピーで合成され、ガラス、シリコン、ナイロン、又は該技術に存在する任意の他のもののようなアレイに適用される担体上に均質なドットのようにインプリントされなければならない。
【００６４】
本発明のための背景情報を考察するときに示されることは、ＤＮＡ断片合成及びアレイ作製技術が既知であること、及び、任意のそれらが、本発明のアレイの作製に用いることが可能であるということのみである。
【００６５】
バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子に特異的なそれらのＤＮＡ断片に加えて、各アレイはネガティブコントロール及びポジティブコントロールを含むことが都合よい。ネガティブコントロールは、バイオテクノロジー的な状況において決して見出されないヌクレオチド配列に対応する。ポジティブコントロールは、問題のサンプル中に常に存在するヌクレオチド配列に対応する。
【００６６】
該技術の精通者には、本発明のために設計された232のＤＮＡ断片が、アレイを用いた場合のみでなく、未知のＤＮＡと特異的断片とのハイブリダイゼーションに基づく他の分子生物学的技術によっても、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の同定を可能にすることは明らかである。それらの分子生物学的技術には、例えば、検出プローブ、FISH、PCR及び配列決定を挙げることができる。
【００６７】
任意の分子生物学的技術において、完全に；ちょうどＰＣＲ産物のように、前記断片がその領域の２０％超を代表するより大きい領域；又は、部分的に、ここで開示された断片のそれぞれに含まれる細断片の一つとして；又は、上記選択肢の全ての逆相補配列としてのいずれかで、本発明で既知となった232のＤＮＡ断片を用いることは、本発明の開示の明らかな適用であり、本発明の範囲内であるとみなされる。
【００６８】
アレイの使用
本発明のアレイを用いて、微生物学的サンプルに存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードするある遺伝子の存在を検出及び同定するために、第一に、評価する関心のあるサンプルのＤＮＡを単離することが必要である。これはｃＤＮＡを用いた研究をも可能にし、その場合は、該サンプルのＲＮＡが第一工程で単離されるということが唯一の相違である。該技術において、ＤＮＡ及びＲＮＡを環境サンプルから又は培養物から抽出する異なる方法が知られており、該サンプルの特定の性質のそれぞれの場合を考慮してそれらの任意の方法を用いることができる。
【００６９】
第２の工程の間、該サンプルの全てのＤＮＡ又はＲＮＡは、該アレイのドットにインプリントされた断片とのハイブリダイズに適用される、短い断片の標識されたＤＮＡに転換される必要がある。該サンプルのＤＮＡが既に単離されている場合、それは断片化され標識化される必要がある。該サンプルのＲＮＡを用いて研究しない場合は断片化の必要はなく、その作製段階は標識ｃＤＮＡを得るためにのみ実行される。該技術は、ＤＮＡの断片化及び作製の両方がＤＮＡの６ヌクレオチドのアレアトリースプリッター（aleatory splitters）を用いて作製されることを可能にする。マーキングは、放射能、ビオチン、蛍光その他のような当該分野に存在する技術の何れかによって標識されたか又は標識されるのに感受性の高いヌクレオチドを用いて行われることができる。マクロアレイが用いられる場合は、マーキングは好ましくは放射能32Pで行われ、マイクロアレイが用いられる場合は、蛍光、例えば、Cy5又はCy3によって行われる。
【００７０】
本発明はアレイのためのＤＮＡ又はcＤＮＡの調製について記載された方法に限定されず、ＤＮＡ又はｃＤＮＡの調製のために当該分野の状態に存在する任意の方法を用いることができ、これは、アレイの使用が本発明の範囲から分離できることを意味しない。
【００７１】
一旦、ＤＮＡが調製されたら、それはＤＮＡ変性段階に供される。この変性されたＤＮＡは、次いで、アレイ上の一定量のＤＮＡ混合物に配置されてアレイ上でインキュベートされる。該アレイは、40〜70℃の範囲内の温度で、少なくとも１時間及び好ましくは一晩、ハイブリダイズされる。
【００７２】
ハイブリダイゼーション後、該アレイを注意深く洗浄する。洗浄は、通常、適度の温度、例えば、35〜50℃、好ましくは40〜45℃の軟化（softening）溶液で行われる。
【００７３】
一旦、該アレイが洗浄されると、それは優先的に乾燥され、都合よくは、例えばファルコンチューブ中又は同様の何らかのもので、短時間、適度なスピードで（200-3000 x g per 1〜5分）遠心分離によって乾燥される。
【００７４】
最後に、ドットが示すマーキングを可視化することが必要である。各標識されたドットの位置は、該ＤＮＡ断片がそれに基づいて設計された、バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の存在を示す。
【００７５】
ネガティブコントロールに対応するドットが未標識のままであることをチェックする必要がある。というのも、もし、それらのＤＮＡ断片とハイブリダイゼーションしていた場合、それは、該反応が非特異的であったことを示し、また、それらが偽陽性を含み得るために、得られた結果は放棄しなければならないことを示すためである。
【００７６】
ポジティブコントロールに対応するドットは同様に標識される。というのも、このＤＮＡ断片とのハイブリダイゼーションが起こらなかった場合、それは、該反応中に干渉があったことを示し、また、それ故、信号の無いドットは、偽陰性に相当し得ることが示される。
【００７７】
上記に従って、微生物学的なコミュニティ中のバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードするある遺伝子の存在の決定は、本発明のアレイ中の標識化されたドットのリーディングに変えられる。
【実施例】
【００７８】
実施例１：バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする、ある遺伝子の存在を検出及び同定するためのマイクロアレイ。
【００７９】
バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子を同定する、本発明の２３の異なるＤＮＡ断片を備えたマイクロアレイを調製した。それらの活性は以下の機能に関連するものである：硫黄同化、CO2固定、鉄酸化、窒素代謝、エネルギー代謝、走化性及び運動性、及びバイオフィルム形成。
【００８０】
二つのポジティブコントロール及び二つのネガティブコントロールも該マイクロアレイに含まれた。マイクロアレイ中のそれぞれの位置の内容を下記表１に詳述した。
【表１】
【００８１】
インプリントされた断片は全て、60ヌクレオチド長であった。選択された本発明のＤＮＡ断片は、配列表で定義される表２に示された断片の、60オリゴヌクレオチドの細断片に対応する。
【表２】
【００８２】
マイクロアレイの調製は該サービスに専門にする会社に委託した。
【００８３】
実施例２：バイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子を検出及び同定するためのマイクロアレンジメント（microarrangemt）の使用。
【００８４】
実施例１で得られたマイクロアレイを、バイオリーチング堆積流出物（bioleaching heap effluents）の二つのサンプル、サンプル１（S1）及びサンプル２（S2）における微生物学的なコミュニティの組成を決定するために用いた。
【００８５】
S1及びS２に存在するトータルＤＮＡを伝統的なＤＮＡ抽出方法で抽出した。
2μLのＤＮＡを該サンプルからとり、エッペンドルフチューブにいれた。以下の方法をそれぞれの場合に行った：
36μLのddH2O及び3,3 mLの市販のアレアトリー・スプリッター（aleatory splitters）の6ヌクレオチド（六量体）を添加した。５分間ボイルし、次いで氷中で作業した。
【００８６】
2μLのヌクレオチド混合物（ここでヌクレオチドdUTPはフルオロフォル（fluorphor）Cyで標識される）を添加した。赤い蛍光を呈するCy5をS1に用い、一方、緑の蛍光を呈するCy3をS2に用いた。この後、4μLのクレノータイプ（Klenow-type）のポリメラーゼ及び該ポリメラーゼに適する5μLの緩衝溶液を（配給者に従って）添加し；それを３７℃で４時間インキュベートした。
【００８７】
該反応を、5μLのAEDT 0,5 M pH 8で停止した。標識されたＤＮＡを、イオン交換カラムを用いて回収した。ＤＮＡを含有する流出液を減圧乾燥した。
【００８８】
さらに100μLのTris緩衝溶液 pH 7を塩基性成分として加えて前記ＤＮＡを再懸濁し、100℃、１分半のＤＮＡ変性に供した。ハイブリダイズをマイクロアレイ上で、55℃で一晩、動かしながら行った。
【００８９】
翌朝、２×SSC、0.1% SDS（ドデシル硫酸ナトリウム）、45℃で２回；0.2×SSC 0,1% SDS、42℃で１回、及び0.2×SSC、42℃で１回、各マイクロアレイを洗浄した。（500のSSC 20×、87.6 gのNaCl、50 gのクエン酸ナトリウム（2H2O）及びpH 7.0に調整された）。
【００９０】
各マイクロアレイを１５分間ミリＱ水と共に箱に入れ、その後、ファルコンチューブ或いは同様のもので、1.100 rpmで１分間の遠心分離して乾燥した。
【００９１】
最後に、マイクロアレイの結果の観察が可能になり、これは、S1についての図1及びS2についての図２に示した。
【００９２】
表３において、該マイクロアレイにおける異なる断片の位置が示され、F1において示した、S1から得られたＤＮＡとのハイブリダイゼーションの結果が要約してある。？？全てのポジティブコントロールはハイブリダイゼーションを示しており、ネガティブコントロールは未標識のままであった。
【表３】
【００９３】
この結果は、硫黄同化、CO2-固定、鉄酸化、及び窒素固定の機能、及びエネルギー代謝において鍵となるタンパク質に関連するタンパク質をコードする遺伝子の存在を示している。該サンプルは、走化性及びバイオフィルム形成について調べられる遺伝子を有していないように思われた。
【００９４】
表４にマイクロアレイ上の異なる断片の位置を再び示す。Ｆ２に示されたS2から得られたＤＮＡとのハイブリダイゼーションの結果をまとめた。全てのポジティブコントロールはハイブリダイゼーションを示し、ネガティブコントロールは未標識のままであった。
【表４】
【００９５】
その結果は、調べられた全ての機能に関連するタンパク質をコードする遺伝子の存在を示している。これは混合性培養物の場合であることは明らかである。上記のサンプルとは異なり、細胞性の運動及び走化性について、及び、バイオフィルム形成について、細胞の高い提示が観察された。
【００９６】
本実施例は、本発明の特徴を説明するものであり、請求の範囲によって定義された本発明の範囲を限定するものと見なされるものではない。
【００９７】
［図面の説明］
図１は、バイオマイニング（biomining）サンプル１と本発明のマイクロアレイとのハイブリダイゼーションの結果に対応する。本発明の断片は、表２に記載した断片の細断片に対応する。表１に、マイクロアレイの位置のそれぞれの内容を記載した。表３は、ハイブリダイゼーションの陽性又は陰性の結果を概要する。
【００９８】
その結果は、以下の機能に関連するタンパク質をコードする遺伝子の存在を示す：硫化化合物の代謝、CO2固定、鉄の酸化、窒素固定、及びエネルギー代謝の鍵となる酵素。該サンプルは、走化性及びバイオフィルム形成について評価される遺伝子を有していないようである。ポジティブコントロールはハイブリダイゼーションの信号を示し、ネガティブコントロールは未標識のままであった。
【００９９】
図２は、第２のバイオマイニングサンプルと本発明のマイクロアレイとのハイブリダイゼーションの結果に対応する。用いられたマイクロアレイは、サンプル１について用いられたものと同じである。その内容は表１に明示した。本実施例で用いられた断片は、表２に記載した配列に含まれ、表４はハイブリダイゼーションの陽性又は陰性の結果を概要する。
【０１００】
その結果は、全ての評価された機能に関連するタンパク質をコードする遺伝子の存在を示し、これは混合性の培養の場合と思われる。上記のサンプルと異なり、細胞性の運動及び走化性、及びバイオフィルム形成についての遺伝子の高い発現（representation）が観察される。ポジティブコントロールは、ハイブリダイゼーションの信号を示し、ネガティブコントロールは未標識のままであった。
【０１０１】
［配列表］
配列番号1
Function: Biofilm formation
Code: BMS92
Gene: epsD
Sequence: GGG AAG TCA TCC AGG TCA TCT CCG TCC TGG CTG TCC TCA ATG CGG CTT TCG CCT TTT CCG GCA GGC TGC CAT TGT CGC GGC TGT GGC TGT TCA GTA CCT G
配列番号2
Function: Biofilm formation
Code: BMS196
Gene: epsD
Sequence: ATG GCC ACC ATA AGA ACC AGT ATG CGC ACA CAC TCT ACC TTC CAA TGG TCT AGC TGG ACG CCT TTT ATT ATG GCG CTG GGA GAT ATT TTA GCC TTT CTT G
配列番号3
Function: Biofilm formation
Code: BMS229
Gene: epsD
Sequence: GGG TGC TTT ATC CCG TCG CCA TGG CGG CAG GTG ATC TGG TTG CGT TCT ATT CGG CGT TGC TGG CAG CGT ATT TCC TCA GGG TCC ATC TTT TGG GGC ACT G
配列番号4
Function: Biofilm formation
Code: BMS10308
Gene: epsD
Sequence: CTC GCC GCG AAG CCC GGC ATG ACG GGG CTT TGG CAA GTG AGC GGG CGC AAC GAT ACC AGC TAC GCG ACA CGG GTG TCG CTC GAC GTG TCG TAC GTG AAG G
配列番号5
Function: Biofilm formation
Code: BMS598
Gene: epsD
Sequence: ATG AAT GAG GGA TGT ACG CTG CAG GGC GGT TGC CGG CTG ATG ACT TCC GGC ATG CGT ATG ACG CTG CTG ATG CTG GCA TCG GAT ATC TTT GCA CTG GTC T
配列番号6
Function: Biofilm formation
Code : BMS678
Gene: epsD
Sequence: GGG GAT TTG TCT GCG TTC TAT CTG GCT CTG TGG ATC TCT TAC ATT TTG AGA GTG GAC CTT CTC AGT CGG TGG ATT CCA GTT CCC TTT ACC CGA AGC TTC G
配列番号7
Function: Biofilm formation
Code : BMS10025
Gene: galE
Sequence: TTA CCC AAC GCC CGA TGG CAC CTG CRT TCG GGA TTA CAT TCA TGT CTG GGA TCT GTG CAG CGC CCA CTT GCT GGC TTT AGA GCA TTT GCT GGC YGA TGG G
配列番号8
Function: Biofilm formation
Code : BMS607
Gene: galE
Sequence: CGG CAT AGG TGA GGC GCA TTC GCC CGA AAC CCA TCT GCT GCC CAA CGT ACT GCT GGC GGC ATT GGG CAG AAA CGA CGG CCT GAA GAT ATT CGG CGA TGA T
配列番号9
Function: Biofilm formation
Code : BMS10080
Gene: galE
Sequence: GAT CGA GGC GGT CAT CCA TTT TGC GGC CGC GAT CGA AGT CGG GGA ATC CGT CCA GGA TCC YCT CAA ATA CTG GGA CAA CAA CCT GAA CGG CAC GCT CCG G
配列番号10
Function: Biofilm formation
Code : BMS673
Gene: galE
Sequence: GGT GCG GAT CGA GCT ACA GCA TCC TCG ACC TCG TCA AGG CCC TCT CTG AGA TCC TGA AGG TCA CGC CGG AGA TCC GCC ACA ACC CTC CCC GGG CCG GGG A
配列番号11
Function: Biofilm formation
Code : BMS920
Gene: galE
Sequence: ACG ATG GCC GAG GTC GGG CTG AAG ACA ATC GTG TTC TCG TCG TCG GCG ACG GTC TAC GGC GAC CCG GTC CGG GTG CCG ATC ACC GAA GAT TTT CCG CTG T
配列番号12
Function: Biofilm formation
Code : BMS65
Gene: galU
Sequence: TGA TGG CCC GTC CGG TGG TGG GTG ACG AAC CCT TTG CGG TCT TGC TGG CGG ACG ATC TTA TGC TGA GCG AGT CTC CTG TGC TTG CGC AAA TGG TGG AAC A
配列番号13
Function: Biofilm formation
Code : BMS155
Gene: galU
Sequence: GGG GTA AAC GTG CTA TTG CCG ACC ATT TTG ATG TCG CCT ATG AGC TGG AAA CAG AAC TTG AAA AGC GCG GTA AAA CAG CTC TAC TGA AGG AAA TTC AGA A
配列番号14
Function: Biofilm formation
Code : BMS247
Gene: galU
Sequence: TTG TCG ACG GAC CCG CAC CGG CCC TGC GCC AGC TGG TGG AGG TGT TCA GAA AAG TCA AGG GAC CTG TGA TTG GAG TCC AGA AAG TTC CGC AGC AGG ATG T
配列番号15
Function: Biofilm formation
Code : BMS540
Gene: galU
Sequence: CCC CGG TAT TTT CAG AGT GCA CGA TCT TGT GGA AAA GCC CGC CGT CAG CGA AGC TCC GTC GCG TCT TGC CAT TGT GGG ACG TTA CAT TCT GAC TCC TGA T
配列番号16
Function: Biofilm formation
Code : BMS717
Gene: galU
Sequence: GGG GAA GCG CGC GAT CGA GGA TCA CTT TGA TAT CTC CTA CGA ACT CGA AGA CGT CCT CCG TCA GAA AGG CAA GAT GGC CCT CCT GGA AGA GGT CCG CAA G
配列番号17
Function: Biofilm formation
Code : BMS703
Gene: galU
Sequence: CGC TTT GCC CTC AAG CGG CCG GAT CTT GCG GAG GAG TTC CGG CAC TTC CTG GCC GCG ACC CTC GGG AAG GAG GGC TCT TCG TCC CTG GGA GAC GGA CAC G
配列番号18
Function: Biofilm formation
Code : BMS1012
Gene: galU
Sequence: GAC GGC GCG ACG TCG GTC ATG AAG CAG ATG GTC GAC CAG TAC AGC TAT TAC CAG TGC TCG GTC CTC GGC GTA CAG CAG GTC GCG CCG GAA GAC ACG GCA T
配列番号19
Function: Biofilm formation
Code : BMS10249
Gene: gdh
Sequence: TAG CCG ACG CCG TGG GCC GAC ATC TRC AGC GCC CGG CYA TCG TCA TCA ACA AAT CCA CCG TYC CAG TGG GCA CGG CGC AAA AAG TGC GGG AAC GCA TCG C
配列番号20
Function: Biofilm formation
Code : BMS171
Gene: gdh
Sequence: ATG AAA GTA ACG GTT GTC GGA ACC GGA TAT GTG GGT CTG GTC ACT GGA GCC TGC CTT GCC CAG GTC GGT AAT CAG GTG CTT TGC GTG GAT ATT GAT GCG G
配列番号21
Function: Biofilm formation
Code : BMS10146
Gene: gdh
Sequence: GCT CGG CAT CGA GTA CTA CCC GAT CGG GCG GCC CGG CGC GGC GCC GCG CAC GGC GGC GGG CGA GTC CGA CGC CGC TCG CGC CGC GCG CGC CGG CGC GTG A
配列番号22
Function: Biofilm formation
Code : BMS584
Gene: gdh
Sequence: ATG AAC GTT TGT ATT GTC GGT ACT GGC TAT GTA GGA CTT GTC AGC GCC GCC TGC TTT GCT GAA ATG GGT AAT ACC GTC CGT TGC GTG GAC GTG AAT CCC G
配列番号23
Function: Biofilm formation
Code : BMS766
Gene: gdh
Sequence: TAG ATT TCT CTT CAC CAC AGA TTA CTC CGC GTT AAA AGA CGT GGA TAT TGT CTT TAT TAC AGT CGC TAC ACC TAC CGT AGA AGG GAA GAA CTA TAT AGG C
配列番号24
Function: Biofilm formation
Code : BMS1077
Gene: gdh
Sequence: GCG TTT CCG CCT ACG ACC CGG CGG CGA TGG ACG AGA CCC GCC GTA TCT ACG GCG AGC GGG CTG ACC TGC AAC TCG TCG ACA GCC CGA TGG ACG CCT TGA A
配列番号25
Function: Biofilm formation
Code : BMS322
Gene: manB
Sequence: GGG ATC TCT ACA GCT CCC TGG GAA TTG ACG CCA AAT TTC TGT ACG AGG AAC CGG ACG GAC ATT TTC CCC ACC ACC ACC CGG ACC CGA CCG TTC CCG AAA A
配列番号26
Function: Biofilm formation
Code : BMS591
Gene: manB
Sequence: TAA AAT TTT TTG ATA AAG ACG GAT TCA AGC TGC CGG ATT CGC AGG AAG ATG CCA TAA CTG AAA TGG TTC TGA ACC AGA ACC ACC GCT GGG ACT ACC CGG A
配列番号27
Function: Biofilm formation
Code : BMS656
Gene: manB
Sequence: GAA TCG GTT AAT AGT GAA GCC ATC AGA GAA AGG CAT TTG AAT GTG GCA ATT GAT ACA GGA AAT GGT GCA TCA TAT TAC ACA AGC CCG GCA ATA TTG TCA G
配列番号28
Function: Biofilm formation
Code : BMS798
Gene: manB
Sequence: GTT AAA AAT CCT AAA GCT ATA AAG AAG ATT GTT ACT GCT GTT TCA AGC TCA AGC TTA GTA GAA GAG TAT TTA AGT AAA TAT AAT ATT CAA GTT GAT TGG A
配列番号29
Function: Biofilm formation
Code : BMS827
Gene: manB
Sequence: GGG TTG GGA AGA GCA TAG GCA TGT TCG TAT CTG GCG ACG TTG CCG TCG GAA GGG ATA CAC GGA TCA GCG GCG ATA TGA TAG CCT CTT CCG TTC TGG CTG G
配列番号30
Function: Biofilm formation
Code : BMS847
Gene: manB
Sequence: GTA CTT GCT GAT GCA GGA AAT GGT GCG GCA TAC TAT TCA ACT CCT AAA TTG CTT GAA AAA CTT GGA TGC TCA ATC ACT ACG TTA AAT GCA AAT CCG GAT G
配列番号31
Function: Biofilm formation
Code : BMS969
Gene: manB
Sequence: GAC CTT CAC GCC TGA AAT CGT CGA GGC CAT CGG TCA TGC CAT CGG CTC GGA AGC CGC CGC CCG CGG CCA GAA GGA AAT CTG CAT CGG CCG CGA CGG CCG T
配列番号32
Function: Biofilm formation
Code : BMS10015
Gene: manC
Sequence: TAT YCA CRC CAC CGT CCA YCG YCC CTG GGG CAC CTA CAC CAC GCT GGA AGA RGG CGA CCR YTT CAA GAT CAA GCG GAT TGT CGT CAA GCC CGG TGA AAA G
配列番号33
Function: Biofilm formation
Code : BMS301
Gene: manC
Sequence: GGG CCG AAG CAT GAA TCG GAA ACC CGC CGC ATT CTT CGT CTC GCG GAA AAG GAA GGT CTT CCG GCG AAG GTA TTT GTC GAA CCC CAG TCC CGG AAC ACC C
配列番号34
Function: Biofilm formation
Code : BMS10130
Gene: manC
Sequence: GGG TAC TAC TGG AAT AGC GGC ATG TTC ATG CTG AAA GCC GCC ACG TAC ATG GAA GAA CTG CAT CGC CAT GCA CCG GAA ATT GCC CGC CAG GCC GAA TTC G
配列番号35
Function: Biofilm formation
Code : BMS535
Gene: manC
Sequence: AGC GTG CCG TGC AGG CAG GGG CGG AAC TGG CCG CAC AGA ACC ACT TTG TGA CGT TCG GCA TAC CTC CGG CAC ATC CGG AAA CTG GTT ACG GAT ACA TTC A
配列番号36
Function: Biofilm formation
Code : BMS927
Gene: manC
Sequence: ACG AGG TTA TGC TCC TGG CCG AAA ACC AGT CGA CCT ACA TAC CGC TCG GCA CCA CCC ACC GGC TCG AGA ACC CCG GCA AGG TCG ATC TTC ACA TGA TCG A
配列番号37
Function: Biofilm formation
Code : BMS227
Gene: pgm
Sequence: TCT TCC TGG GGT TCG ATA CCC ATG CCC TTT CCT GGC CCG CTT TTG TCT CGG CCG TGG AAG TCC TGG CGG CAA ACG ATG TGG ATG TCC GGA TCG CCG AAA A
配列番号38
Function: Biofilm formation
Code : BMS567
Gene: pgm
Sequence: ATG ACT ACT GCC GCC AAA GCC GGC CAG TTG CCT GCT CAC GAC GAG CTT ATA AAC ATA GCA CGG CTT GTA AGC GAC TTT TAC ACC GTC AGC CCG GAC CGC C
配列番号39
Function: Biofilm formation
Code : BMS11
Gene: rfbA
Sequence: CGA CCA CCA GGC CGT CGG TCT CGA AGA AAA ACC GGA CGT TCC GCG CTC GTG CTA CGC GGT AAC CGG GCT GTA TTT CTA TGA CGG AAG TGG CAG TCG GAT G
配列番号40
Function: Biofilm formation
Code : BMS166
Gene: rfbA
Sequence: GGG GCA ACG ATT TTT GCC TAC CAC GTT GCC AAT CCC AAG GCT TAT GGC GTG GTG GAG TTT GAC CGT CAG GGG ATT GCC ATT GGA CTG GAA GAA AAA CCT G
配列番号41
Function: Biofilm formation
Code : BMS253
Gene: rfbA
Sequence: TCT TCG GCC ACG GAC TTC TGG AGA GTC TCC GCC GGG GAA CAA ACC TCC GCA AGG GTG CAC TGA TTT TCG GCT ATC CGG TCC GGG ACC CGG AGC GAT ATG G
配列番号42
Function: Biofilm formation
Code : BMS10265
Gene: rfbA
Sequence: CCG ATC ACG CAT GCG GTG TCG AAG CAG CTG YTG CCG RTY TAC GAC AAG CCG ATG ATC TAT TAC CCG CTG TCG ACG CTG ATG GTG GCG GAC ATT CGC GAT G
配列番号43
Function: Biofilm formation
Code : BMS600
Gene: rfbA
Sequence: CCG GTA TAT GAC AAG CCC ATG ATA TAT TAT CCG CTT TCC GTG CTG ATG CTG GCA GGC ATC CGC GAG GTG TGC ATC ATC TCC ACG CCT GCC GAC CTG CCG C
配列番号44
Function: Biofilm formation
Code : BMS671
Gene: rfbA
Sequence: GGG GTA GCC TGG TTC GAC ACC GGA TTT TTC TGT TTT CCC GTT GTT TGC CCG CGC CCT TTC CTC TCC TTG CTT TTT GAG GAT ATC ATT GTC ATG TTT TCG T
配列番号45
Function: Biofilm formation
Code : BMS744
Gene: rfbA
Sequence: ACA CAC AGG ACC AAA GCA ACT CAT CAA GAT CGC CGG CAA ACC CAT ATC CTT ATG GGG CGT TTT ATC ACT GAG GGA TAT AGG CAT AAG AGA CTT TGG GAT T
配列番号46
Function: Biofilm formation
Code : BMS10237
Gene: rfbA
Sequence: ATG GAG GCA GTA ATC TTA CAC GGA GGA CAA GGA ACT CGT TTA AGA CCA TTA ACT CAY ACT GGY CCT AAR CAR TTA ATA AAA GTT GCA GGA AAG CCA ATA T
配列番号47
Function: Biofilm formation
Code : BMS843
Gene: rfbA
Sequence: CTC TAA TCT ATA TGA AGA TTT TAC AAA TGC TGG ATC GGA TGG CCA TCT AGG TTT AGT TCC AGT TGA TAA TCC TTC CCA ATT CGG TAT AGC TGA GGT CGA C
配列番号48
Function: Biofilm formation
Code : BMS10049
Gene: rfbB
Sequence: ATC ATC GTC AAT ATT CTT CAC AAT AAA GCC CTG CCC ATY TAT GGY GAT GGY CRG CAG ATC CGT GAC TGG CTC TAT GTG GAA GAY CAY TGC CGG GGG ATC G
配列番号49
Function: Biofilm formation
Code : BMS296
Gene: rfbB
Sequence: CTG TCG ATC CTG GAC GCA AGG CGG CCG CGT CCG TCG GGG GCT TCC TAC CGG GAT CTG ATC CGC TTT GTT CCG GAC CGC CCC GGC CAC GAC AGA CGA TAC G
配列番号50
Function: Biofilm formation
Code : BMS10312
Gene: rfbB
Sequence: AAG CCG GCC GAG ACG TTC GAG ACC GGA CTT GCG AAG ACC GTG CGC TGG TAT CTC GAC CAT CAG GAG TGG GTC GAC GAA GTG GTG TCG GGC GAT TAC CGC A
配列番号51
Function: Biofilm formation
Code : BMS617
Gene: rfbB
Sequence: ATA AAG CGT TTT GTC CAC ATA TCC ACG GAC GAG GTG TAC GGT TCG CTG CTG CCC CAC GAG GCA CCC TTC ACG GAA AGC AAC CCT CTG CTG CCC AAC AGC C
配列番号52
Function: Biofilm formation
Code : BMS682
Gene: rfbB
Sequence: TCC GGG GGA GAC CTA CGC CAT TGG CGC GGG GAA CCC CCG CAC CAA TAA AGA GCT GGT CCT GAC CCT CTG CGA GAT CCT CGA CCG GCT GGC TCC ACG TCC C
配列番号53
Function: Biofilm formation
Code : BMS729
Gene: rfbB
Sequence: TGG AGT AGT AAA CTT GTT AGA AAT ATG CAG AAG GTA TGA TAC CCG CCT AGT TCA AAT CTC AAC TGA CGA AGT TTA CGG AGA ACA GGA GAA TGC TAC AGA G
配列番号54
Function: Biofilm formation
Code : BMS10334
Gene: rfbB
Sequence: GGA AAT TCA ATT TCA AAT ACG TCC ACA TCT CTA CAG ATG AGG TTT AYG GTG AGG AGT GYG GGG ATG AGR AYT CAC CTT TAA AAC CCT CTT CTC CTT ATA G
配列番号55
Function: Biofilm formation
Code : BMS862
Gene: rfbB
Sequence: CAA TTT TAG AAT ACC TAT TTA CGG AAG TGG AAG GCA AAT TAG AGA CTG GAT ACA TGT ACT GGA TCA CTG TAG TGC GAT CGA AGC TAT ACT GGA AAG AGG C
配列番号56
Function: Biofilm formation
Code : BMS1094
Gene: rfbB
Sequence: ACA CCT ACG GGC TGC CGG TGC TGA CGA CCA ACT GCT CCA ACA ACT ACG GTC CCT ACC AAT TCC CCG AAA AAC TCA TTC CGC TGA TCG TGC TCA ATG CCG T
配列番号57
Function: Biofilm formation
Code : BMS30
Gene: rfbC
Sequence: CTC CTG GTT TCG CCC ACG GCT TTT ACG TGC TCA GCG AGT CGG CGG ACT TTC TCT ACA AAA CCA CGG AGT TTT ATG CCC CGG AAG CGG AGC GCT GCG TGA T
配列番号58
Function: Biofilm formation
Code : BMS181
Gene: rfbC
Sequence: CTT TGC GCA TGG CTT TTA TGT ATT AAG TAA TTC CGC TGA CTT CCT CTA TAA AAC AAC CGA ATT TTA CGC CCC GGA AGC CGA GCG CTG CAT AGT CTG GAA T
配列番号59
Function: Biofilm formation
Code : BMS250
Gene: rfbC
Sequence: CAC ATT CGG CCA GTG GTT CGG ACT CGT TCT CAC GGC CCG TGA TCC GGA GTT CCT GTA TGT TCC GGA GGG ATT GGC CCA CGG CTT TCT GTC GCT CGA AGA A
配列番号60
Function: Biofilm formation
Code : BMS470
Gene: rfbC
Sequence: GGG CAT CGA ATT CGT TCA GGA CAA TCA CTC CCG ATC CGC CCG TGG CGT GCT TCG CGG CCT GCA CTA TCA AAT TCA GCA CGC GCA AGG GAA ACT CGT GCG T
配列番号61
Function: Biofilm formation
Code : BMS531
Gene: rfbC
Sequence: GTA AAG CCT ACA CAG CGG TGC TCA GTG CCG CAA ACT TTC TGC GCC TGT TCA TTC CCC GGG GCT TCG CGC ACG GCT ACA TGA CAC TGG AAC CCC ACA CCG A
配列番号62
Function: Biofilm formation
Code : BMS837
Gene: rfbC
Sequence: TAT TGT GTG CAA TAG ATA TGA AGA TAA CAG AGG GTA TTT TGA AGA GCG TTA CAA AGC TTC AGA ATT TGA TCG AAT ACT ACA TGT TAG ATT TGT TCA GGA T
配列番号63
Function: Biofilm formation
Code : BMS980
Gene: rfbC
Sequence: TCG CCG AAT TTC GGC CGC TGG GTG GGT TAC GAG CTG TCG GCC GAA AAT CAG AGA ATG CTG TGG ATT CCG CCC GGC TTC GCC CAT GGC TTT CTG GTG TTG T
配列番号64
Function: Biofilm formation
Code : BMS5
Gene: rfbD
Sequence: ACG GTG AGC GGC AGG TAC AGG CCA TTC TCG GTG ATA CCG CAC TCA TCC TGC GTA CCG CCT GGG TCT ATA GCG CCC ACG GCA GCA ACT TCG TCA AAA CCA T
配列番号65
Function: Biofilm formation
Code : BMS168
Gene: rfbD
Sequence: GGG ATG GTG CCG TTC ATT GTG CAG AGG CTG CCC GTA AAC ATT CTG CCC GGC TCA TCC ATA TTT CCA CGG ATT TTG TAT TTG ATG GGA GTC AGG CGA CCC C
配列番号66
Function: Biofilm formation
Code : BMS10142
Gene: rfbD
Sequence: TGG CGG TTG CGG AGA CCG GCG GCG ACT GGC TGA CGT TTC GCA CCA CGT GGG TGT TCG CCG CAC GCG GCA AGA ACT TCC TGC GAA CGA TGC TTC GTC TTG C
配列番号67
Function: Biofilm formation
Code : BMS622
Gene: rfbD
Sequence: GGC AAC ATG CAT CTT GTC CAC TAC AGC ACC GAC TTC GTC TTT AAC GGA CGC AAG GAA ACG CCG TAT ACA GAA GAT GAC GAA ACC GCC CCG CAG AGC ATC T
配列番号68
Function: Biofilm formation
Code : BMS940
Gene: rfbD
Sequence: GCG CGA GGC AGC AAC TTC CTG CTG ACG ATG ACG CGC CTC ATG CGC GAA CGG CCG GAA CTC AAG ATC GTC GCC GAT CAG ATG GGC GCC CCG ACC TGG TGT C
配列番号69
Function: Biofilm formation
Code : BMS10060
Gene: uppS
Sequence: GGG AGA TGG TGC AGT CCT GCG CGG ATC TCG GTA TTC CCT ACC TGA CGC TTT TCG CTT TCA GCA CCG AGA ACT GGC GAC GTC CAG CCA TTG AAG TTC GTT T
配列番号70
Function: Biofilm formation
Code : BMS186
Gene: uppS
Sequence: GGG AGA TGG TTC AGT CGT GTG TAG ACT TGA ATA TTC CCC ATC TTA CTC TCT TTG CGT TTA GCA CTG AAA ATT GGC GGC GGC CTC CTT TGG AGG TGC GTC T
配列番号71
Function: Biofilm formation
Code : BMS10109
Gene: uppS
Sequence: CGG GCG TCG AAT ATC TGA CGC TCT TCG CGT TCA GCT CCG AGA ACT GGC GCC GGC CGA ACG ACG AAG TGT CGT TCC TGA TGC GCC TGT TCA TCA CCG CGC T
配列番号72
Function: Biofilm formation
Code : BMS595
Gene: uppS
Sequence: GAC TCT TTA CGC GTT TTC GCA GGA AAA CTG GGG ACG GCC CAA AAA AGA AGT GGG GTT CCT CTT TGA TCT GCT GGT CAG CTT TCT GCG TGA TGA ACT GCC C
配列番号73
Function: Biofilm formation
Code : BMS642
Gene: uppS
Sequence: ATG AGT ATA GCC CAT AAG ATA GGA GAT ATC GCC TCA GGC GTT TAC GAA CAG GCT TTA ATG GAA GAG ATA AGG AAA GCC GAT GTC CCA CTT CAT CTA GGG A
配列番号74
Function: Biofilm formation
Code : BMS659
Gene: uppS
Sequence: GGG TTA TCT ACA AAT GAG GGG CAT GTG AGG GGA AAA GAT AAA TTA GAA GAG GTC CTT GAC TGG GCT ATG GAG GTT GGA ATC AAA ATA GTT ACA GTA TAC G
配列番号75
Function: Biofilm formation
Code : BMS10074
Gene: uppS
Sequence: TGG CCT AYA CCG AAA TGT ACT TTA CRC CGA CCY TGT GGC CGG ATT TCA GAG AAG AGG ATT TTC GGC AGG CGA TCG AAG ATT TCC AGG AGA GAA GAC GCC G
配列番号76
Function: Biofilm formation
Code : BMS733
Gene: uppS
Sequence: CGA TTT GTT ATG GAG GCA GGC AAG AAA TAT TGG ATG CTA TAA GGA AAA TCA TGA ATG ATT ATA AAT TAG GTA TAA TAG ATT CAA AAT CCA TAG ATG AGT C
配列番号77
Function: Biofilm formation
Code : BMS775
Gene: uppS
Sequence: GCT ATC AAT AAT AAC AAC ATA TAT TAA GAG AGG TAT ACA AGA TTT ACT AGA AGA TCC CAT CGT AGA TAA GTA TGA AGT TAA AGT AAG TGC AAT AGG TAA A
配列番号78
Function: Biofilm formation
Code : BMS810
Gene: uppS
Sequence: ATA CGA ATA AGT AAT TTC CTT TTA TGG CAT ATA GCG TAT TCA GAA CTC TTT TTT GTA GAC ACA TAT TGG CCA GAC TTT AGA AAG ATA GAC TTA TGG AGA G
配列番号79
Function: Biofilm formation
Code : BMS822
Gene: uppS
Sequence: TTG TTG ACT GGT GCA TGG AAC TAG ACA TAA GAA TCG TAA CGT TTT ATG CAT TCT CGA CAG AGA ACT TTC GTA GGA GTC CCG AAG AGG TCG ATT TCC TCT T
配列番号80
Function: Biofilm formation
Code : BMS857
Gene: uppS
Sequence: TCA ATG CTC CCA GAG TAT CTA AGA GAG ACC ATT AAG ATA ACA GAG GAA ACG ACT AAA AAC TTC TCT AAT TAC CAT ATG AAC CTC GCC ATA GGG TAC GGA G
配列番号81
Function: Biofilm formation
Code : BMS1044
Gene: uppS
Sequence: GAC AAC AGC CGC CTC ACG TTC ACG GTC GCC GCG AAT TAC GGC GGA CGC TGG GAC GTC GTG CAG GCC GTC AAG AAA CTC GTC GCG TCG GGC GAA CCG GTG A
配列番号82
Function: Biofilm formation
Code : BMS2
Gene: wza
Sequence: GGG AGA TAT CGT CTA CGT GCC GCA AAC GAC CGT CAG CAG CTG GAA TCA AGC CAT ACT GCT CCT GTT GCC GTC CCT GCA GGC CAT CAA CCA GTT GCT CAA C
配列番号83
Function: Biofilm formation
Code : BMS208
Gene: wza
Sequence: TTT GGG TGG CAC AGT GAA TCT ACC AGA GGC CGA TTT GCG TGG GGC TTA TAT CGT ACA AAA CGG TAA GAA ATT GCC GGT CAA CTT CCA TCA GCT ACT CAG A
配列番号84
Function: Biofilm formation
Code : BMS10190
Gene: wza
Sequence: CGC GCT CAC GGC GGG AGG CGG CAT TCT CGA TAC CGA TGC GAA TCC GCG TCA GGT GTA CGT GTT GCG CGA TCT GCA GGA CAA GCC GAA CAC ACC GGA CAT C
配列番号85
Function: Biofilm formation
Code : BMS10037
Gene: wzc
Sequence: CAG TAT CAG ATT CTC CAT CAC GGC CAA GCC TTG CTC ACC GGC AAG ATC GAY CAG CCY GCC GTT GGA CCC GAG TTG CGG CTG ATG CTG ACT GCG GTG AAG T
配列番号86
Function: Biofilm formation
Code : BMS209
Gene: wzc
Sequence: GTG ACT GAT CAC ACT GAA AAT ATG CAT CCG TCC GAG AAC GTC GAT CTG CAA CGG CGG CCA TCA ATT GCC AAC AAC TCT GAA CGT ATG GGA GAT GAA GGA G
配列番号87
Function: CO2 fixation
Code : BMS10077
Gene: cbbArchea
Sequence: TGG AGG AAC TGG CCC GCC TTG AAA AGG CGC CGA TCA TGG CCC AYA TGG CCA TGT CCG GYT GGC TCT GGC ACA AGG ACG GGA TGT CGG TGC GTT CCT GGA C
配列番号88
Function: Fixation of CO2
Code : BMS692
Gene: cbbArchea
Sequence: AGT CCT GGG ACG CCT GGT CCC AGA AGA TCC CTC TTG AAA AAT ACC GAA AGG GCC ACA AGG CTC TGG ATC GGG CAC TCA CAG CCT TTG CTA CCT ATG TGT G
配列番号89
Function: Fixation of CO2
Code : BMS10344
Gene: cbbL1
Sequence: AAG GCA AGG CTG TTC TCA CTG AGG CGG CCA AGC ACT CCC CCG AAC TCA AGA TYG CCA TGG AAA CGT GGA AAG AGA TCA AGT TCG ART TCG ATA CGG TCG A
配列番号90
Function: Fixation of CO2
Code : BMS10053
Gene: cbbL2
Sequence: CCC CGA GTA CGT GCC TTT GGA CTC TGA TAT CTT AGC CTG TTT CAA AAT TAC GCC ACA ACC AGG GGT GGA TCG TGA AGA AGC CGC CGC CGC GGT AGC CGC C
配列番号91
Function: Fixation of CO2
Code : BMS10069
Gene: cbbM
Sequence: ATG GAC CAG TCC TCA CGT TAT GCC GAT CTC TCT CTG CGC GAA GAA GAT CTG ATC GCC GGT GGC AAG CAC ATA CTG GTT GCC TAC AAA ATG AAA CCC AAA G
配列番号92
Function: Fixation of CO2
Code : BMS10325
Gene: cbbM
Sequence: GGT CAG GCC AAG CTG TTC TCG ATG AAC ATC ACC GCY GAC GAC CAY TAC GAR ATG TGC GCC CGC GCC GAC TAC GCG CTC GAA GTC TTC GGC CCC GAC GCC G
配列番号93
Function: Fixation of CO2
Code : BMS64
Gene: cbbS1
Sequence: GGC AAC TAC TGG TAT ATG TGG AAG TTG CCC ATG TTC GGC GAA ACG GAC GTG GAC ACC ATT CTG AAA GAA GCG GAA GCC TGC CAT AAG GCG AAT CCC CAT A
配列番号94
Function: Fijacion de CO2
Code : BMS10030
Gene: cbbS2
Sequence: CGC ATC AAC ATA CTA CTG GTA CAT GTG GAA ACT GCC CAT GTT CGG CGA GCA GTC AGT GGA CAC CGT TAT TGC CGA ACT GGA GGC ATG CCA TCG CGC CCA C
配列番号95
Function: Fixation of CO2
Code : BMS203
Gene: cbbS2
Sequence: GGG CTC AGA TTC AGT ACA TTG TCG CTC AGG GTT GGA ACC CTG CAG TAG AGC ATG TCG AGC CCA GTC GCT CGT TCA CGC ATT ACT GGT ACA TGT GGA AGC T
配列番号96
Function: Fijacion de CO2
Code : BMS1037
Gene: cbbS2
Sequence: GCG GAC ATC CGC AAG CAG GTC GAG TAC CTG GTC TCC AAG GGC TGG AAC CCG GCC ATC GAG CAC ACC GAG CCC GAG CAC CTG ATG GAC TCG TAC TGG TAC A
配列番号97
Function: Fixation of CO2
Code : BMS10006
Gene: ppc
Sequence: GGG ACT YTA CAG YGA RAT YGC CGT YAC CCC RCT GTT TGA RAC CAT TCA CGA TCT GGA GCG TAT GGA TRC TGT CAT GTC CAC GCT GCT CGA TAA CCC GGT T
配列番号98
Function: Fijacion de CO2
Code : BMS10137
Gene: ppc
Sequence: AGG AAG TGA TGC TCG GCT ATT CGG ACA GCA ACA AGG ACG GCG GCT TCC TCA CGT CGA ACT GGG AGC TCT ATC GCG CGG AAC TGG CGC TCG TCG ATC TGT T
配列番号99
Function: Fixation of CO2
Code : BMS1032
Gene: ppc
Sequence: CAG GAG GTC ATG CTC GGC TAT TCC GAC TCG TGC AAG GAC GGC GGC ATC CTC GCG TCG AAC TGG AAC CTC TAT CAG GCG CAG CTT TCG ATC ATC GCA CTG A
配列番号100
Function: Fixation of CO2
Code : BMS9
Gene: prk
Sequence: GGG CGC TGT CGA TGT AAC CAA TTA CGT CGA TCT GCT GGT GGG TGT GGT GCC GGT GGT CAA CTT GGA GTG GAT TCA GAA GAT TCA CCG TGA CAA TGC CCA G
配列番号101
Function: Fixation of CO2
Code : BMS1098
Gene: prk
Sequence: GCC GAA GCC GAA GGC AAT TTC TCG TTC AGC CAC TTC GGC CCG CAG GCC AAC CAT TTC GAC AAG CTC GCG GAA CTG TTC AAG ACC TAT GGC GAG ACC GGC G
配列番号102
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10009
Gene: aaC
Sequence: GTC GAC AGT CAT ATT TAT GCG GGT TAT CGG GTA CCR CCT TTC TAT GAY TCC ATG ATC GGY AAA ATC ATC GCC TTC GGG GGT GAC CGC GAG GAA GCC AAC A
配列番号103
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10000
Gene: aaC
Sequence: GGG GCA TGC GGA TCG TCC ATC AGG AAA GTG AAT TCG AAA ACG CTC TCC ATG CAG CCC AGA CGG AAG CTT TTC AGG CCT TCG GAT CGA AAG AGG TTT ACA T
配列番号104
Function: Energetic metabolism
Code : BMS564
Gene: aaC
Sequence: GGT GGC CGA AAT TTC GGC CAA GGG ATA TAA CCC GCA TGT GAA GCT TGA CGA GTA CCG CAC CCG CGA GAC TCC GCG CAT GCC TGA TTT CAG GCC TGT GCT G
配列番号105
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10001
Gene: aaC
Sequence: CTG TCG TTC CCG GAA GTC AGG GAG CGA TCT CGT CTG AAG AGG AAG CCA TCA CGC TCT CCC GAG AAA TCG GCT ATC CCC TGA TCA TCA AGG CTT CCG CAG G
配列番号106
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10235
Gene: aaC
Sequence: CGA GAC AGT GTT CTC CGA TGT AAG CAG AGA RTT YTA YTT CCT TGA RTT AAA YAA RAG RYT ACA AGT TGA ACA TCC AAT AAC AGA GAC CAT ATT CAG AAT A
配列番号107
Function: Energetic metabolism
Code : BMS748
Gene: aaC
Sequence: GGG AGG TGG AGC AGG AGT GGG TAT TAT AAA GGT TGA TAA TCC TAG TGA ACT AGC TGA GGC TTT TGA AAG AAG CAA AAG ATT AGC GTA CTC TGC CTT TGG C
配列番号108
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10331
Gene: aaC
Sequence: CGT CGG GYT TCA CGT TCA TCG GCC CGC GCC CCG ACA ACA TCC GCC TGA TGG GCG ACA AAG TCG CGG CCA AGC AGG CCA TGA TCG ACG CCA AGG TGC CCT G
配列番号109
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10034
Gene: accA
Sequence: TAT TAT CGG CGG TCT GGC GCG CTT CAA TGG ACA GCC GAT CGT CTG GAT GGG ACA TCA GAA GGG CCG YGA CAC YAA GGA AAA RAT YCA GCG YAA YTT TGG G
配列番号110
Function: Energetic metabolism
Code : BMS271
Gene: accA
Sequence: GGG CCC AGG AAA GGC CGA CGG CTC TCG ACT ATA TCC AGC GGC TCT GCA CCC AGT TCA TCG AAA TTC ACG GTG ACC GTT CCT TCA GGG ATG ACC CTT CCA T
配列番号111
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10087
Gene: accA
Sequence: GGC GAC CGC GCG TTC GCG GAC GAC CAG TCG ATC GTC GGC GGC CTT GCT CGC TTC AAC GGC CAT GCG TGC ATG GTG ATC GGC CAT CAG AAG GGC CGC GAT A
配列番号112
Function: Energetic metabolism
Code : BMS897
Gene: accA
Sequence: CGA TCC TGA CCT TCA TCG ACA CCC CGG GCG CCT ATC CCG GGA TCG GTG CAG AGG AGC GCG GCC AGT CGG AAG CGA TCG CCC GCA ACC TCT ATG TCA TGG C
配列番号113
Function: Energetic metabolism
Code : BMS99
Gene: accB
Sequence: CCA GGG CTA TAT GAT CAA ATC CCC CAT GGT CGG GAC TTT TTA TCG CGC ATC CTC TCC GGA ATC TCC ACC CTT CGT GGA AGA AGG CAG CAT GGT GAA GGC C
配列番号114
Function: Energetic metabolism
Code : BMS204
Gene: accB
Sequence: ATG GAT ATC CAA TTC ATT CGT CGC CTT GCC GAA TTA CTT GAA AAA AGC GCT ATT GAC GAA ATT GAA GTT GTG GAA GGT GAA AGT AAG GTG CGT ATT ACC C
配列番号115
Function: Energetic metabolism
Code : BMS342
Gene: accB
Sequence: GAA TCC GGC ATC TCC GAA CTG GAA GTC ACC GAA GGC GAA GGT AAG GTG CGC ATC GTC AAG AAC GCG CCG CCG GTC TAT GTG CAG CCG TCG GCC GGC TTC G
配列番号116
Function: Energetic metabolism
Code : BMS458
Gene: accB
Sequence: CAT CTC CGA ACT GGA AGT CAC CGA AGG CGA AGG TAA GGT GCG CAT CGT CAA GAA CGC GCC GCC GGT CTA TGT GCA GCC GTC GGC CGG CTT CGC GCC GCA G
配列番号117
Function: Energetic metabolism
Code : BMS986
Gene: accB
Sequence: ATG GAT CTC AGA AAA CTG AAA AAG CTC ATT GAT CTG GTC GAG GCC TCC GGC ATC GCC GAA CTC GAA ATC ACC GAA GGC GAG GAA AAG GTC CGC ATC GCC A
配列番号118
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10039
Gene: accD
Sequence: CTG GAT TTT TTC CTG GAT GCA GAA CCG CGC CTG GAA ATT GCC AAG GAA TAT GTC CCC GTT GAT CCC CTG CGY TTC AAR GAT CAG AAG CGC TAY AAG GAG C
配列番号119
Function: Energetic metabolism
Code : BMS217
Gene: accD
Sequence: GGG TTC CTG AGG GAT TGT GGA TCA AGT GTT CCC TCT GTC GAC AAA TTG TCT ACC GGA AAG AAG TCG AAA AAG CAG GAA AAG TCT GTC CGA AAT GCA ATT A
配列番号120
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10215
Gene: accD
Sequence: CCC GAG GGC CTG TGG GTC AAG TGC CCG TCG TGC GAG GCC GTG CTG TAC CGC AAC GAC GTC GAT GCG AAT CAG CAC GTG TGC CCG AAG TGC GAT CAC CAC A
配列番号121
Function: Energetic metabolism
Code : BMS694
Gene: accD
Sequence: GGG TCT CGA AGA TGC CGT CAA GGT CGG AGA GTG TCG GAT CGA GGG AAT CCC GAC CGT TCT TGG TCT CTT CTC CTT TCA TTT CAT GGG AGG ATC TAT GGG G
配列番号122
Function: Energetic metabolism
Code : BMS928
Gene: accD
Sequence: CCC AGT TGT CGC GCA ACC GGC TGC CCT TCG TTT CGG TGC TGA CCG ACC CGA CGA TGG GTG GCG TTT CCG CCA GCT TCG CGA TGC TCG GCG ACC TGA TCG T
配列番号123
Function: Energetic metabolism
Code : BMS101
Gene: gltA
Sequence: GGA ACC GAA CTT TGC GCC AGG TCT GGA GGG TGT GGC TGC AAC CCA GTC CAG CAT TTC CAA CAT CGA TGG CGC TGC CGG CCT GCT GAG TTA CCG TGG TTT T
配列番号124
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10147
Gene: gltA
Sequence: ATG ACC CCG TCT GAT GTT AAA GCC ACG CTA TCG TTC AGC GAT AAT TCG CCG AGC GTC GAA CTG CCG ATC TAC AAG GGT ACG ATG GGC CCC GAC GTG ATC G
配列番号125
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10229
Gene: gltA
Sequence: CTC TTT GAA ATT GCA GTR AAA CTY GAG GAA CTT GGT GTA AAR GAR TTC GGT GGC AAA GGG AAT ATA TCC AAT ACA GAT TAT TAT TCC GGC ATA GTT TTC A
配列番号126
Function: Energetic metabolism
Code : BMS723
Gene: gltA
Sequence: TAA GAA GTA TCT TGA CAT TGC TGA AAG ACT TGA AAA GTT AGG AGT AGA AAC ATT CTC AGG TAA AGG AGT CTA TCC AAA TAC AGA CTT CTA CTC AGG GAT T
配列番号127
Function: Energetic metabolism
Code : BMS755
Gene: gltA
Sequence: TAT AGA AGA AAG GAG GGT AAT AAG CCA AGA ATT CCA GAG CCC TCA GAT AGT TTT GCA AAA AGC TTT CTT TTA GCG AGT TTC GCT AGG GAA CCT ACT ACA G
配列番号128
Function: Energetic metabolism
Code : BMS804
Gene: gltA
Sequence: ACG CAT CAA CCT TTG CCT CAT TAG TTG TAG CCT CTA CTT TTT CAG ATT TAT ATT CTT CTA TAG TAG CTG GGA TAT CAG CAT TGA AAG GGC CTT TGC ACG G
配列番号129
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10243
Gene: gltA
Sequence: CAT CGG ARA YAA AGT TCA AGT GGA AYA AGG ATA CGG ACA GRG AYG TTG CAG CAG AAA TGA TCG GCA GGA TGT CAG CGA TAA CCG TGA ACG TGT ACA GGC A
配列番号130
Function: Energetic metabolism
Code : BMS1014
Gene: gltA
Sequence: ACG AAG GCC TGC TGT ACT ACC GGG GCT ACC CGA TCG ACC AAC TCG CCT ACC AGT CGG ACT TCA TGG AAG TCA GCT ACC TGC TGC TGC ACG GCG AAC TGC C
配列番号131
Function: Energetic metabolism
Code : BMS50
Gene: idh
Sequence: GTG ACC ATG GCG CAT GTT CAG ATT CCG GCT CAG GGG AAG CCC ATC ACC CAG GTG GAC GGG GTG CTG CGG GTG CCC GAT CAA CCG ATT ATT CCC TTC ATC G
配列番号132
Function: Energetic metabolism
Code : BMS275
Gene: idh
Sequence: GGG TCA GGA TAT CTG GAA CGC CTC CGT GCG CGT GTT CGA TGC CGC TGT CGA AAA AGC TTA CAA GGG CAA GAA AAA AGT GGT CTG GTT CGA AGT GTA TGC C
配列番号133
Function: Energetic metabolism
Code : BMS542
Gene: idh
Sequence: CCC GTG GGC AAG GGG TTC CGC AGT CTC AAC GTG ACC ATG CGC CAG ACT CTC GAC CTG TAT GCC TGC ATC CGG CCC ATA CGG TAT TTC GAA GGC ATC GAA T
配列番号134
Function: Energetic metabolism
Code : BMS646
Gene: idh
Sequence: AGA GTG GAA AGA AAT TCT TGT AGG GGA CAA AGC ACT GAA AGA GAA AAA TGA TCG TTT CCC GGA AGA ATC ACA GGA GGC AAT AAA ACA ATA CCG TGT ACT G
配列番号135
Function: Energetic metabolism
Code : BMS669
Gene: idh
Sequence: GGG AGT GAT GAT GCT CCG CTG GAT CGG TGA AAA TGC CGC CGC GGA CAA GAT CGA GAA GGG CAT GAA CAA GGT TCT GGC CGA GGC CAA GAC CCT GAC CTA C
配列番号136
Function: Energetic metabolism
Code : BMS742
Gene: idh
Sequence: ACA AAA GAA AGT CAC CCA GGA TAT AGC GAG ATA CCT AGG TAT CAC ACC TCT AGG AAC AAA GGA ATA TAC TGA CAC ACT TGT GCA AAT AAT GGA CTC CTT C
配列番号137
Function: Energetic metabolism
Code : BMS778
Gene: idh
Sequence: GTG GGT AGA AGT TCT AGC AGG AGA TAA GGC AGA AAA GCT AAC CGG AAA TAG ATT TCC TAA AGA GTC AGA GGA ATT GAT AGA GAA GTA TAG AGT CTT ATT A
配列番号138
Function: Energetic metabolism
Code : BMS823
Gene: idh
Sequence: GGC ATA TAT TCA AGT GAA GGA GGA TGG AAC CCT TCA GGT TCC AGA TAG AGT AAC TAT AGG ATA TAT AGA GGG CGA TGG AAT AGG ACC TGA TAT ATC AAA G
配列番号139
Function: Energetic metabolism
Code : BMS858
Gene: idh
Sequence: GGG GAT GGT ATA GGC CCC GAT ATC ACG AAG ACC ACG ATA AAT GTA ATA AAT GCT GCC CTT GAG GTC GCC TAT GGT GGA AAG AGA TCA ATA GAA TGG CAC A
配列番号140
Function: Energetic metabolism
Code : BMS916
Gene: idh
Sequence: CTG GAT GGA GGT CTT TGC CGG CGA GAA AGC CGT CAA GGT CTA CGG CGG CGA CCA GTG GTT GCC CGA AGA AAC CGT TTC CGC CGT CAG GGA CTA CGT GAT T
配列番号141
Function: Energetic metabolism
Code : BMS57
Gene: pdhA
Sequence: CAA CGG TCG AGC GTA TGC GCC AAG AGG TTC AGG AAG AAG TGG CAG ATG CGG TCA CTT TTG CCG AAC AGA GCG CCG CAC CGG ATA TGG AGG ATG CCT GGA A
配列番号142
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10222
Gene: pdhA
Sequence: GTC CGG GAT GCA AGA CCG ATT TTT CTT ACC TGC GCC TGT CGC CAG CCG GCA AGG TGC GCA AAC CCC CCA TCG ACG TCG CCC CCG CCG ACA CGA GCG ACT T
配列番号143
Function: Energetic metabolism
Code : BMS758
Gene: pdhA
Sequence: GGG ATT TGT GCA TCT CTA TGT AGG TGA AGA GGC TGT AGC TGT AGG GGT TAT GAG TAC GCT AAG AGA TGA TGA CTA TAT AAC TAG TAC GCA TAG AGG ACA T
配列番号144
Function: Energetic metabolism
Code : BMS819
Gene: pdhA
Sequence: CAG ATC TGG AAA TCC GAT TCT GGT GGA GGC GAG AAG CTA CAG GAT GGG GCC GCA TTC AAC ATC GGA CGA TCC CAG CAA GTA CCG CAA GAA CGA GGT GCA G
配列番号145
Function: Energetic metabolism
Code : BMS854
Gene: pdhA
Sequence: GTG TTT ACG TTG ATG GAA ACG ACT TCA TAA AAA CTT ACA ATG CCG TAA AGG AGG CTG TTG AAT ACG CAA GAT CAG GAA ATC CGA TAC TTG TCG AGG CCA G
配列番号146
Function: Energetic metabolism
Code : BMS115
Gene: pdhB
Sequence: GTG GTT CCC GCT ACT CCG CAG GAT GCC TAC TGG CAG TTG CGC CAA GCC ATC CGC AGC GAT GAT CCC GTG ATA GTT CTC GAG CAT GAG TTG CTC TAT TTC G
配列番号147
Function: Energetic metabolism
Code : BMS138
Gene: pdhB
Sequence: CGG CGA TGC TGG GTC TGC GCC CGG TGG TCG AAA TCA TGA CCA TCA ATT TTG CTT TGT TTG CCA TTG ACG CCA TCA TCA ACA TGG CCG CCA AGA TCC CGT T
配列番号148
Function: Energetic metabolism
Code : BMS225
Gene: pdhB
Sequence: AGA TGC AAA GGG ACT GAT GCT TTC CTC CAT CGA GGA CAA CAA TCC TGT CCT GAT CTT TGA ACA CCG CTG GCT CAT GAA AAG GAA AGG GGC CGT TCC GGA A
配列番号149
Function: Energetic metabolism
Code : BMS10180
Gene: pdhB
Sequence: GCG GCT CTA CAA CGG CCC GTT CGA CGG CCA CCA CGA ACG GCC GGT GAC GCC GTG GAG CAA GCA TCC GGC GAG CCT CGT GCC CGA CGG CTA CTA CAC GGT G
配列番号150
Function: Energetic metabolism
Code : BMS637
Gene: pdhB
Sequence: TAT TTT TGA TAA AAA GGT TAA TTT CGC CTG TGC CGG AAT TGT AGG TTC ATC TTT TCC CTC TGC ACT TGG AGC AGC CCT GGC ATC GAA ACT CGA TGG TAA A
配列番号151
Function: Energetic metabolism
Code : BMS653
Gene: pdhB
Sequence: ATG ACT CAG ATG ACA ATG GTA AAA GCA CTG AAC AGC GGT TTA AAT AAT GCC ATG GAG AGA GAT GAT TCC ATC ATA CTT CTG GGA GAA GAT GTT GGT ACC G
配列番号152
Function: Energetic metabolism
Code : BMS704
Gene: pdhB
Sequence: ACC ACG GAG GGT CTT CTG GCA ACG TAC GGA GAT TGG CGG GTC CGG GAC ACG CCC ATC TCC GAG AAC AGC TTT ACC GGC CTC GGC GTG GGA GCG GCC ATG G
配列番号153
Function: Energetic metabolism
Code : BMS750
Gene: pdhB
Sequence: ATA CAC CCA TTA CTG AAC AAA CAT TTA TGG GCA TTA GCG TTG GCG CTG CTT CCT CTG GCT TAC ACC CAG TTG TTT CAT TAA TGT TCG TAG ACT TTC TAG G
配列番号154
Function: Energetic metabolism
Code : BMS814
Gene: pdhB
Sequence: ATG AAC ATG GTT CAG GCA CTG AAC AGT GCA ATG GAT CTC AAG ATG TCC GAG GAT GAC AGC GTA ATA ATA CTC GGA GAG GAC GTA GGC AGG GAT GGA GGT G
配列番号155
Function: Energetic metabolism
Code : BMS865
Gene: pdhB
Sequence: CAT TTA CAC CGC AAT GGA TCA AAT AAT AAA TCA GAT GGC AAA GAT AAG GTA CAG ATC TGG TGG AGA TTA CAC AGT GCC GCT TGT CCT TAG GAC TCC TGT T
配列番号156
Function: Energetic metabolism
Code : BMS1041
Gene: pdhB
Sequence: CTT CGG CTA TAA CAT TTC TGT GCA CTG GTG CCT GAA AGC CGC CGA AAT CCT CGA CAA GCA GTA CGG CAT CTC GGC CGA GGT CGT CGA CCT TTA TTC GCT C
配列番号157
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS149
Gene: flhA
Sequence: GAT AAA AGC GTG GCT TTG GGG TAT ACC GTA GTG GAC CCG GCC ACC GTC ATT GCC ACC CAG TTG CAC CAG ATT CTC CAA AGC CAT GGT GCG GAC TTA CTG G
配列番号158
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS264
Gene: flhA
Sequence: GGG AAA AAC AGG AGT TTG CCG ATC ATC AGT TTT GAC CGG AGA TGG GAA GAT GTG TTT CTC AAG CAG GCC GCA CAG ACA CCG CAG GGA TCG CCC CTC GCC C
配列番号159
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10328
Gene: flhA
Sequence: GGG ATG GCT CAG CAC GAC ATG AGC TTC GCC GCG GCG GGC AAG AAC TAC ACG CTG CTC ACG ATC GGC GAC GGC CTC GTC GCG CAG ATC CCG TCG CTC GTG A
配列番号160
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS612
Gene: flhA
Sequence: TGT GAC TTC CAT GTT CAT GCT TTC CCC GCT TGA ATT TTC CAT TTT TCC TTC GCT TCT GCT GGT TAC CAC GCT GCT GCG TCT TGC TCT TAA CGT GGC AAG T
配列番号161
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS144
Gene: flhB
Sequence: GGG AAA TGG CGC GCC GGC GGA TGA TGG CAG CCA TTC CTA AAG CCG ATG TCA TTG TGA CCA ACC CAA CCC ACT ATG CCG TTG CCC TGC GTT ATA AAG AAG G
配列番号162
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS265
Gene: flhB
Sequence: AGC CGC GAG GTC GGT TCG CTG TTT TTT CTG ATC TCG GCC CTT CTC CTG TTC GGC GCG ACC GGA CAC GGC ATC ATG GTC AGT CTT GAA GAC CAG ATG GCC A
配列番号163
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10113
Gene: flhB
Sequence: GCA CCA TGC TGC ACA CCG CAT TCT CGT TCG ACC GCG CAG CCG CGT TCG ATA CGA ACC GGA TGC TGT CGC ACG CGG GCA CGC TGA GCC TCG AAG GGC TCT A
配列番号164
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS631
Gene: flhB
Sequence: CAA GCT GGC GCT CAT GCT GCT GCC CAT CAT GCT GTT TCT CGC GCT TGT GGC GTA TGT GGT CAT CCG TCT GCA GGT GGG CAA ACT GTG GGC GCC CAA AGT T
配列番号165
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS983
Gene: flhB
Sequence: CTG GCC AAG GTC GGT CTG CTC GGC GGC GTT GCC GCA TGG CTC GTC TGG TCG AAC GTC GAG GCG ATC GTG AGC CTG AGC CTC GAA GCA CCC ACG GCC GCG A
配列番号166
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS202
Gene: fliF
Sequence: ATG CCA AAC GTA TTT ACA CGT TCA GGA GAC CTG CGC AAG AAA GCT ATG CAA TGG TGG TCT GAT AAA AGT CAG CAA CAC AAG TTA TTT ATT CTC ATA GGC G
配列番号167
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS238
Gene: fliF
Sequence: GGG AAA GTG GCT TCT CCG CCG CTG GGG CCG AAC AAT ACC TCG GAA ACG CGC TAC TCC AAG AAA AAA CAG ATC GCC CAT TAT CAT GTC AGC CGG ACG GAC C
配列番号168
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10124
Gene: fliF
Sequence: AAC AGC GCG TTC TCG GCC GCG GCC GAT CCG TTC GCG AAC CTG CCG TGG TGG CGC CAG CCG GAC ATG ATC GAA CTC GGC AAG GAC ATC GCG AAA TGG CTG G
配列番号169
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS582
Gene: fliF
Sequence: GGG CAA GAT TCT GTA CTA CCC CAA AGA CGA ACA GTC GCT TGA CGG CAT GAC CTC CAC CCA GCT GGA ACA CAA GCT GAC CAT GCA GCA GAA TTT CGA ACG C
配列番号170
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS687
Gene: fliF
Sequence: CCC CTT GGG CCC CAA GGA TGG AAC GCA GAC GAA ATA TTC GAA GAA GAA GGA TAT CGA ACA CTA CGA CGT GAG CCA TAC CAT GAG CCA CAT CGT TCT CCC C
配列番号171
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS933
Gene: fliF
Sequence: TCA CCG TCG TCG ACC AGA ACG GCA ATC TGC TGT CCG ACG CCG GCA AGG CCC CGC GCG TCA ACG GCA TGG ATC CGA GCC AGA TCA AAT ACG TGC AAG AGC T
配列番号172
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS179
Gene: fliG
Sequence: ATG GCT GAT CTG ACA GGC CGT ACA GGC ACG TTG AAT AGT GGG TTG GAT TAT GCC GCA GTC TTT CTC CTG GGC GTC GGC CCA GAT GAT GCT TCT TTG ATT A
配列番号173
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS288
Gene: fliG
Sequence: GGG AAG GAG CAG GCG GAC AAG ATT CTC GAG ATG ATG AAC GAT CAG GAA GGG AGC AGT CTC CAG TCG CTG AAG TGG ATG GAT CCC AAA TCC ATC GCC AAC C
配列番号174
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10110
Gene: fliG
Sequence: CTG AAG GCT TGA ACA AGA GCG CGC TCC TGC TGA TGT CGA TCG GCG AGG AAG AGG CCG CGC AGG TAT TCA AAT TCC TCG CGC CGC GCG AAG TGC AGA AGA T
配列番号175
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS528
Gene: fliG
Sequence: CTT ATC AGC AAC CTG CCG GCA GGT GTG CGC CCC GAA GTG CTG ATG CGC CTT GCC AAA CTG GAA GCA GTG CCC GAA GAC ATG CTG ATG GAA GTG GAC AAG G
配列番号176
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS675
Gene: fliG
Sequence: TCA CGA GTC TCG GCG TCA GCC GGA TCG AGA AGA CGG CGA ACC TTT TGA ACG AGA TGG ACC GCT CCA CCT CGG AGG GGA TCC TCG ACT TCA TCA GCC AGA A
配列番号177
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS961
Gene: fliG
Sequence: CAA CTT CAT GAG CGG CGA AAA CGA GGC AAT CGC GAT GGA GTA CCT GAA AAG CTA CGA CCC CGA CAT GGC GCA GAA GAT CAT GGA CGA GAT GTT CGT GTT C
配列番号178
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS150
Gene: fliM
Sequence: ATG GTA CAG GAT ATT CTT TCT CAG GAT GAA GTG GAT GCC CTA TTT AAG GGC ATG TCA GAT GGT GAT GTC GAA ATG CAC GCT GAA CCT GAG CCT GAT CCG G
配列番号179
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS316
Gene: fliM
Sequence: TGG AAA ACC GGA GAT GTC TTT TCC CTG GAC CGG TAT GTC AGC GAG CCT GTG GAG GTT CGC GTG GAG GGC ATC CTC CGC TTT CTG GGG AGG CCC GGA ATT T
配列番号180
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10091
Gene: fliM
Sequence: GCC TCG AAA TCA TCA ACG ATC GCT TCG CGC GCC TCT TGC GGA TCG GCA TCT TCA ACT TCA TGC GGC GCA CGG CGG AAA TCT CCG TGA GCC AGG TGA AGG T
配列番号181
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS628
Gene: fliM
Sequence: CTG CCA TTG TGC CGC CCA GTG ACG TTG TTG TGG TCA TCA CCT TTG AGG TGG AAC TGG AAT CGG CCA TCG GTT CGC TGG TTA TGT GTC TGC CGT ATG CCA C
配列番号182
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS665
Gene: fliM
Sequence: CCC CGT CTC CAC GGA GAT GAT CAA GTT TGG GGA GTT CAT CAA GAA AAT CCC TCT CCC GTC GAA CAT CAA CAT TCT TCG CCT CGA ACC GAT GAA ACG CAA C
配列番号183
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS1011
Gene: fliM
Sequence: ATG CGC ATA CGG AAA ATT CAA CGG CCA GTA CAC CCT GCG CGT CGA AAA GCT GTT GTC GAC CAG CGC GGT CGA ACC GAA AAC AGG AGA GCA GCA TGT CTG A
配列番号184
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS332
Gene: fliN
Sequence: GAT CGC GCA GGG CGA AGT GGT GGT CGT CAA CGA CAA GTT CGG CAT CCG GCT CAC CGA CAT CAT CAC GCC GTC CGA ACG CAT CCG GAA GCT GAA CCG ATG A
配列番号185
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS472
Gene: fliN
Sequence: GAT CGC GCA GGG CGA AGT GGT GGT CGT CAA CGA CAA GTT CGG CAT CCG GCT CAC CGA CAT CAT CAC GCC GTC CGA ACG CAT CCG GAA GCT GAA CCG ATG A
配列番号186
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS1079
Gene: fliN
Sequence: GAA GAC ACC ACG CAA ACG ATC GCC GAG GAC GAT TGG GCC GCG GCC ATG GCC GAG CAG GCC GCG CCG GCC GCC GCC CCC GCC CCC GAG ATC TTC AAG GAA T
配列番号187
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS216
Gene: motA
Sequence: GGG AGA TGG AAA TTC CCA TTC ATG CCC TGG TTC GTA CCG CCG ACG GAA TGC CTG CCT TCG GTA TTG TTG CTG CGG TAA TGG GCG TGG TAA ATA CCA TGG G
配列番号188
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10097
Gene: motA
Sequence: CAT CAT CGG CAA CGG CAT CAA GAC GAT CAA GGC GAC GCT GCG CGT GCT GCC CAC GCT GTT CAA GGG CTC GAA GTA CAA CAA GGA CAT CTA CAT GGA GCT G
配列番号189
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS1082
Gene: motA
Sequence: CCT TTC TCG TCG GCA ACA ACA ACA AGG TGA TCA AGG CGA CGC TGA AGG CCT TGC CGA CCG TGC TCA AAG GCT CGA AGT ACA CGC GCG CGC TTT ACA TGG A
配列番号190
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS195
Gene: motB
Sequence: GGG ACG TGC CAA CGC TGT TCG CCA GGT GCT GGT TCA GAA TGG TCT GGA TGA AAG TAA AAT ACT GAG AGT AGT CGG CAT GGG ATC GGC GGT GTT GTA CGT G
配列番号191
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS10108
Gene: motB
Sequence: AGG TGA AGC TGA TGG CRG CCA TCG AGG CGA ATC CGA CGC TGC GCC AGT TCA AGC AGC AGA TCC GCA TCG ATT CGA CGC TGA TGG GGC TGC GCA TCG AAA T
配列番号192
Function: Chemiotaxis and mobility
Code : BMS912
Gene: motB
Sequence: GGC CAA TGT TCA ACC TCG CGA GCG CCG AGT TGC AGC CCT ATA CCA AGG TCA TCC TGC ACG AGA TCG CAC AGG TCC TCA ACG ACG TCG AAA ACC GCA TCA G
配列番号193
Function: Iron oxidization
Code : BMS10031
Gene: cyc1
Sequence: ATG ATG GAA ACC GGG TGA ATC CCA TCA TGC AGC CCG TGG CGG AAA AGC TGA CCA ACC GGC AAA TGC GGG AGG TGG CGG CTT ATC TGT CCG GTC TGC ATT G
配列番号194
Function: Iron oxidization
Code : BMS10057
Gene: cyc2
Sequence: GGG TAT CGG CAC TTA CGA AGC CTA TAT TTT TGG GCA GGA TAA GGC CAA CTG GCT CTA CTT CGA GGC GGA CGG ATA CAC CAA CGC GGA CGG TAT TGG TGT A
配列番号195
Function: Iron oxidization
Code : BMS124
Gene: cycA
Sequence: AAG ATG GTG GCC ATG GTA TCT GTC GTG TTT ATT GGT ATG GGT GCG ATG CCT TTT GAC ACA ATT GCT TAT GGA GCG GCA AGC GCA CCG AAC AGC AAG ATT G
配列番号196
Function: Iron oxidization
Code : BMS10013
Gene: cycA2
Sequence: GGG ACA CGT TTA CGA TCC CAA ACT CGT GGC CGA AGG GAA AAA GCT GTA CTT CGG TGG TCT GCC CGA CAA ACA CAT GCC GGC CTG CAT GGC CTG CCA TGG C
配列番号197
Function: Iron oxidization
Code : BMS10042
Gene: rus
Sequence: GCC CAA CAT CAA ACC CAT CGT CGC GGG TAC CGG ATT CAG TCC TGT TCC CAA GGG TGG AAA GTT CGG RTA YAC GGA YTT YAC CTG GCA TCC GAC RGC CGG C
配列番号198
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS10066
Gene: narH
Sequence: ATG AAA GTA CGT GCA CAA TTT GCT CTC GTT TTT AAT CTA GAT AAG TGC ATC GGT TGT CAT ACA TGC TCG GTG ACC TGC AAA AAT ACC TGG ACC AAC CGT C
配列番号199
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS10100
Gene: narH
Sequence: AAC TGG GAA GAC GAC CTC GGC GGC GAG TTC AAG TCG CGC AGC CGC GAC AAG CTG TTC GAG GCC GTG CAA AAG GAG ATG TAC TCG ACG TTC GAG AAC ACC T
配列番号200
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS999
Gene: narH
Sequence: ATG AAA GTC AGA GCG CAA TTC GCC TTC GTC TTC AAC CTG GAC AAG TGC ATC GGA TGT CAC ACC TGC TCG GTG ACC TGC AAG AAC GTC TGG ACC AAC CGC A
配列番号201
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS10064
Gene: nifK
Sequence: GCG GAA GTG ATC GGT GAC GAC CTG AAC GCC TTC ATC AAA ACC TCC AAG GAA AAG GGC AGC GTA CCA GAA GAA TAT GAT GTG CCT TTC GCC CAT ACT CCG G
配列番号202
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS698
Gene: nifK
Sequence: AAA AAG GAT CGG TTC CCC AGG AAT ACG ATG TTC CCT TTG CCC ATA CCC CGG CCT TCG TGG GGT CGC ACA TCA CCG GCT ACG ACA ATG CGC TGA AGG GAA T
配列番号203
Function: Nitrogen metabolism
Code : BMS284
Gene: nirA
Sequence: GGG GCC TGC GGA GAC GAT ACG AGA AAC ATC ACC ACC TGC CCG ATG AGC GGT CTG GAT CCC CAT CCC GAA AAC AAT TTT TCG GAT CTG GTC GAA GAA GCG A
配列番号204
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS76
Gene: cysI
Sequence: CAG GTG TTG GCC ATA GCC GAA GCC GTG CTC ATT ACC CAG CGT GAC CAC GGA GAC CGA AGC AAT CGA AGC CAC GCC CGC CTC AAA TAC ACG GTA GAC CGT A
配列番号205
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS737
Gene: cysI
Sequence: TAG AGA AAT ATC AGT TGT ATG TTG GTG GAG GAA TGG GCG AGA ATA ATG GTT ATC CGA CAT TTT CTG CTT TAG CAC TTC CTT TGG GTA CAG TAA GTG AGG A
配列番号206
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS772
Gene: cysI
Sequence: CTG GAT ATC CCT CAC CAT CTC TAA AAC TGA CTA CGA GAC AAG CTA TTC AAT TTC ACC ACG TAA AGA AAA GGG ATT TAC CTA ACC TTA TAA GAG AGG TCG C
配列番号207
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS800
Gene: cysI
Sequence: TAG ATG CTA TAG TTA GGA TAC AAC AAG AAT GGG GTG ATA GAA AGA ATC GTC ATT GGG CTA GGT TGA AAT ATT TAG TAT ATA AAA TGG GAG TAG AAT GGA T
配列番号208
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS46
Gene: cysJ
Sequence: GGG GTT GCC TCG ACA TTT CTG GCG GAT CGT GTC GCC ATC GGC CGG CCT GTA CCC ATA TTT ATC GAA CCC AAT GCC GAA TTC CGG CTA CCC GAA GAT TCC G
配列番号209
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS300
Gene: cysJ
Sequence: AAC GGC GTG CAC GGG GTG ACA AGG GCC GCA ACT GGT TGT TCT TTG GCG AGC ACA CGC AGC CAC CGA TTT CTA CTA TCG CGA CGA ACT TGC TAG CTA GCT A
配列番号210
Function: Sulfur assimilation
Code : BMS10168
Gene: cysJ
Sequence: TCG CGG CTC GTC GCG AAC CTG CGG CTC AAC GAG CCG GGT GCG GCG AAG GAC ACG CGC TGC GTG TCG CTG TCG RCG GAC GGC GCG GCG ATC GAA TAC GAA A
配列番号211
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS789
Gene: doxA
Sequence: AGG TAC TGG GCA GTG GGC ATA TGG AAA CGT TGT AGG ACC TCT ATT TAA TAA CTC TAA GCT TCC AAA ACT TGA AAT AAC ATA CAT AAG TGC ATC CCC AGA G
配列番号212
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS809
Gene: doxA
Sequence: CTC CGC AAG GCT TAT GCT TGA TCA TGA ATA TCA CTG ATA TTG ATG GTC CAG ATG CAT ATC CAG CAT CTG CTC CCT TAA TGG AAA TAT CTA ATG GAA CAT G
配列番号213
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS760
Gene: doxD
Sequence: GTG GGA AAG ATG GCA AAT AAA CAA GTC GTA GAT AAC CTA ACT AGA AAG GAA TAC TTG TTC CCT ATA AGG TTC GCA GTA GGT TGG ATG TTC TTC GAT GGA G
配列番号214
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS793
Gene: doxD
Sequence: TAT TCT TAG TTA TAG GAC TTT TGA CAA GAT TAG CTG CCT TTG GTG CAG CTG TAA TGG CTA TTG GTA TGG CTC CAG CTT ACT GGT TAG GTT CAA CGT GCG A
配列番号215
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS10027
Gene: doxDA1
Sequence: CCC CGG ATC ATC AGG AGA AAG ATC ATG GGT AGT GCA ACG AGC GTA AAC GGC AGT ACA TTT TCA GTG GAC AGA GGA TGG CGC CTG GCG GCG ATA GGG CTG C
配列番号216
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS620
Gene: dsrA
Sequence: ATA TCT GGG ACC TGC GCG GTT CCG GCC TGA CCA ACA TGC ACG GCT CCA CCG GTG ACA TCG TTC TGC TGG GTA CCA CCA CTC CCC AGC TGG AAG AGA TTT T
配列番号217
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS10336
Gene: dsrA
Sequence: GGC CCT TCG CTG CGG ACC TCG ATG TCC TGC GTC GGC GCC GCA CGC TGC GAG CAT TCC TGT TAT GAC GAG GCC CAT GCG CTG CGC ACT GTC ATC AAC AAC A
配列番号218
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS575
Gene: dsrB
Sequence: TGT GCG AAA TCC CGC TGG CCG TTG CTT CCT GCC CCA CCG CCG CTG TTC GTC CCA CCA AGG TTG AAC TGG ACG GCA AAA AGG TGA ACA GCA TCG CCA TCA A
配列番号219
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS955
Gene: dsrB
Sequence: TCA AGC TGT CGA CCT CCT GCT GCG AAA TCA ACT GCG GCG GCC AGG CTG ACA TCG CCA TCA TCG TCC AGC ACA CCA AGC CGC CGA AGA TCA ACC ACG ATC T
配列番号220
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS978
Gene: dsrC
Sequence: AGG CTA TCT GGT CGA CCT GTC GCA GTG GAA CGA AGA CAT CGC CAA GTA CAT GGC CGT CGA AGA AAA AGT CGA ACT GAC CGA CAG CCA CTG GGA AGT CGT C
配列番号221
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS998
Gene: dsrE
Sequence: TCA AGG ACG AAC TCC TTG CCC CCG GAT TCC GGA TCT CCG GAC TGG GTC AGT TGG TCG AGA TGG GCA TTC AGT ACG ATC GTC TCG TGA CGT TCG GTG ATT A
配列番号222
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS908
Gene: dsrF
Sequence: TTC ACC GAC GAC GGG ATC TAC CAG TTG ATG AAG GGC ATC GAC ACC AAG GGC ATC GAG GTC AAG GAC TTC TCG AAG ACC TAT CGT GCG CTG GAA GGC TAC G
配列番号223
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS579
Gene: dsrK
Sequence: GGG TAT TTA CAC CTT CAT GGG ATA TCT GAT GCT CTT CCA CGA GAT AGG GCT GGA CTA TAC CCT GTC CAC CTA CGC ATC AGA AGG CGG CAA CTT CGG TCT G
配列番号224
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS963
Gene: dsrK
Sequence: GTG GCG GCT GCT GAA TTT GAC GTT CCG GAA CTG AAG GAC GAC ATC GAA GTT CCC AAG ATA AGG GAA GGC TCG ATG GCG CAC GCC AAG TCG TTC CTC GCG C
配列番号225
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS867
Gene: dsrL
Sequence: ATG GCT GTC ACG ACG AAC AAA GCA GCA AAG ACC GAA GGC ATG ACG TGG CGT CGC TAC AAG GAT GGC GAG TCG GAA GCG AAC ATC CGT TCG GCT CAG GAC C
配列番号226
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS547
Gene: dsrM
Sequence: GGG ATT CGT GTA CAG AAT CAT GGA TTG GGC AAA ATC GCC CGT TCC TTT CCG CAT CCC GAC AAC GAG TGG ACA GCA GAA ATC TTT GCC CTG GAT CAA GCC C
配列番号227
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS900
Gene: dsrM
Sequence: CCA GAA GGG CGT CAT CTA CCG GAT GGC CAA GGA AGT CGT GCT GTT CGA ATC CCT GTT CAA GTC CAA CAA GTG GAT CTG GGT GTT CGG CTG GCT CTT CCA T
配列番号228
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS893
Gene: dsrN
Sequence: TTC TCG CGG GCT ACG TGC ATC GCC GCG GCG CGG GGG CGC GCG GCT GGA TCG TCC CGT TTC TGA ATC AGG TAC GCG CGC ACA AGG CGC GCG TTT CCG CTT A
配列番号229
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS952
Gene: dsrO
Sequence: CCC CGA TAG CGA GAT CTC GAA GCG TTT GCG CGA ACT GCC CAC CAA GCA GGT GCG TGC CGA CCT CAA GCT CAA TAC CGG CGT TCG CTA TCA CGG AAT CTA A
配列番号230
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS1090
Gene: dsrP
Sequence: AAC TCT ACG GCA GCG CGA TGC TGG CGC CGA TGT TCA TCA TCA TGT CCT TCG CCT ACG GTC TCG CGA TCT ACC TGA TGG TGC TGG TTG CTG CCT ACG CCT G
配列番号231
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS882
Gene: dsrS
Sequence: ACG ACG CGC TGT CCC CGG AAG ACG AGC TCC GCC TGC ACG TAC TCT TCA ACA CCG AGC TGC GGG CGG TTC GCA TCG ACG AGT CGA GCA TGA CCC TAT GGG C
配列番号232
Function: Oxide reduction of sulfide compounds
Code : BMS993
Gene: soxB
Sequence: ACC ACG CTC ACC GAG ATG ACG GGC GAA ACG ATC AAG ACG ATC ATG GAA GAC GTC GCC GAC AAT CTG TTC AAC GCC GAC CCG TAC TAC CAG CAG GGC GGC G
【図面の簡単な説明】
【０１０２】
【図１】バイオマイニングサンプル１と本発明のマイクロアレイとのハイブリダイゼーションの結果を示す。
【図２】第２のバイオマイニングサンプルと本発明のマイクロアレイとのハイブリダイゼーションの結果を示す。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の検出及び同定のためのヌクレオチド配列のアレイであって、以下のＤＮＡ断片の一つ、幾つか又は全ての代表をその表面に付着されて含むことを特徴とするアレイ：
ａ．バイオフィルム形成に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｂ．CO2固定に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｃ．エネルギー代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｄ．走化性及び運動性に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｅ．鉄酸化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｆ．窒素代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｇ．硫黄同化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｈ．硫化化合物の酸化／還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ここにおいて、各ＤＮＡ断片は数百コピー存在し、均質な組成のドットを形成し、担体の表面に空間的に分布される。
【請求項２】
バイオフィルム形成に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号1〜86の配列及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする、請求項１に記載のアレイ。
【請求項３】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項２に記載のアレイ。
【請求項４】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする、請求項３に記載のアレイ。
【請求項５】
CO2-固定プロセスに関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号87〜101及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする、請求項１に記載のアレイ。
【請求項６】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項５に記載のアレイ。
【請求項７】
前記細断片が50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項６に記載のアレイ。
【請求項８】
エネルギー代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号102〜156及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択される、請求項１に記載のアレイ。
【請求項９】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項８に記載のアレイ。
【請求項１０】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする、請求項９に記載のアレイ。
【請求項１１】
走化性及び運動性に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号157〜192及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする請求項１に記載のアレイ。
【請求項１２】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項１１に記載のアレイ。
【請求項１３】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする、請求項１２に記載のアレイ。
【請求項１４】
鉄酸化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号193〜197及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする、請求項１に記載のアレイ。
【請求項１５】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項１４に記載のアレイ。
【請求項１６】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含む、請求項１５に記載のアレイ。
【請求項１７】
窒素代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号198〜203及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする請求項１に記載のアレイ。
【請求項１８】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項１７に記載のアレイ。
【請求項１９】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含む、請求項１８に記載のアレイ。
【請求項２０】
硫黄同化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号204〜210及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする、請求項１に記載のアレイ。
【請求項２１】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項２０に記載のアレイ。
【請求項２２】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項２１に記載のアレイ。
【請求項２３】
硫化化合物の酸化還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号211〜232及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする、請求項１に記載のアレイ。
【請求項２４】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項２３に記載のアレイ。
【請求項２５】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項２４に記載のアレイ。
【請求項２６】
微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の検出方法であって、以下を含むことを特徴とする方法：
ａ．微生物学的サンプルから得た、標識された核酸のサンプルを、請求項１に記載のアレイ上でインキュベーションすること、
ｂ．インキュベーション後、ハイブリダイズしていない標識されたＤＮＡ断片を除去するために前記アレイを洗浄すること、
ｃ．マークを示す前記アレイのドットを可視化すること
ｄ．以下の機能に関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子が、前記サンプル中に存在することを確証すること：バイオフィルム形成、CO2固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄の酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化還元。
【請求項２７】
微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の同定方法であって、請求項２６に従い、請求項１に記載のアレイ上で標識された核酸のサンプルをインキュベーションする前に、必要であれば、
ａ．微生物学的サンプルから前記核酸を抽出すること；及び／又は
ｂ．標識されたか又は標識化に感受性の高いヌクレオチドを用いて、核酸のサンプルを断片化及びマーキングすること、の先立つ工程を含むことを特徴とする方法。
【請求項１】
微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の検出及び同定のためのヌクレオチド配列のアレイであって、以下のＤＮＡ断片の一つ、幾つか又は全ての代表をその表面に付着されて含むことを特徴とするアレイ：
ａ．バイオフィルム形成に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｂ．CO2固定に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｃ．エネルギー代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｄ．走化性及び運動性に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｅ．鉄酸化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｆ．窒素代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｇ．硫黄同化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ｈ．硫化化合物の酸化／還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する少なくとも一つのＤＮＡ断片；
ここにおいて、各ＤＮＡ断片は数百コピー存在し、均質な組成のドットを形成し、担体の表面に空間的に分布される。
【請求項２】
バイオフィルム形成に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号1〜86の配列及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする、請求項１に記載のアレイ。
【請求項３】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項２に記載のアレイ。
【請求項４】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする、請求項３に記載のアレイ。
【請求項５】
CO2-固定プロセスに関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号87〜101及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする、請求項１に記載のアレイ。
【請求項６】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項５に記載のアレイ。
【請求項７】
前記細断片が50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項６に記載のアレイ。
【請求項８】
エネルギー代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号102〜156及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択される、請求項１に記載のアレイ。
【請求項９】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項８に記載のアレイ。
【請求項１０】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする、請求項９に記載のアレイ。
【請求項１１】
走化性及び運動性に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号157〜192及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする請求項１に記載のアレイ。
【請求項１２】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項１１に記載のアレイ。
【請求項１３】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする、請求項１２に記載のアレイ。
【請求項１４】
鉄酸化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号193〜197及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする、請求項１に記載のアレイ。
【請求項１５】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項１４に記載のアレイ。
【請求項１６】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含む、請求項１５に記載のアレイ。
【請求項１７】
窒素代謝に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号198〜203及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする請求項１に記載のアレイ。
【請求項１８】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項１７に記載のアレイ。
【請求項１９】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含む、請求項１８に記載のアレイ。
【請求項２０】
硫黄同化に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号204〜210及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする、請求項１に記載のアレイ。
【請求項２１】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項２０に記載のアレイ。
【請求項２２】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項２１に記載のアレイ。
【請求項２３】
硫化化合物の酸化還元に関連するタンパク質をコードする遺伝子を特異的に同定する前記ＤＮＡ断片が、配列番号211〜232及びそれらの逆相補配列によって定義されるＤＮＡ断片から選択されることを特徴とする、請求項１に記載のアレイ。
【請求項２４】
前記ＤＮＡ断片が、完全であるか、又は、特異性が前記断片によって与えられる大きな配列内にあるか、又は、それに含まれる任意の細断片であることを特徴とする、請求項２３に記載のアレイ。
【請求項２５】
前記細断片が優先的に50〜70のヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項２４に記載のアレイ。
【請求項２６】
微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の検出方法であって、以下を含むことを特徴とする方法：
ａ．微生物学的サンプルから得た、標識された核酸のサンプルを、請求項１に記載のアレイ上でインキュベーションすること、
ｂ．インキュベーション後、ハイブリダイズしていない標識されたＤＮＡ断片を除去するために前記アレイを洗浄すること、
ｃ．マークを示す前記アレイのドットを可視化すること
ｄ．以下の機能に関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子が、前記サンプル中に存在することを確証すること：バイオフィルム形成、CO2固定、エネルギー代謝、走化性及び運動性、鉄の酸化、窒素代謝、硫黄同化、及び硫化化合物の酸化還元。
【請求項２７】
微生物学的サンプル中に存在するバイオテクノロジーに関連する活性を有するタンパク質をコードする遺伝子の同定方法であって、請求項２６に従い、請求項１に記載のアレイ上で標識された核酸のサンプルをインキュベーションする前に、必要であれば、
ａ．微生物学的サンプルから前記核酸を抽出すること；及び／又は
ｂ．標識されたか又は標識化に感受性の高いヌクレオチドを用いて、核酸のサンプルを断片化及びマーキングすること、の先立つ工程を含むことを特徴とする方法。
【図１】
【図２】
【図２】
【公開番号】特開２００８−３０１８０７（Ｐ２００８−３０１８０７Ａ）
【公開日】平成２０年１２月１８日（２００８．１２．１８）
【国際特許分類】
【外国語出願】
【出願番号】特願２００８−６２４４８（Ｐ２００８−６２４４８）
【出願日】平成２０年３月１２日（２００８．３．１２）
【出願人】（５０５３９３４６３）バイオシグマ・エス・エー (5)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２０年１２月１８日（２００８．１２．１８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−６２４４８（Ｐ２００８−６２４４８）
【出願日】平成２０年３月１２日（２００８．３．１２）
【出願人】（５０５３９３４６３）バイオシグマ・エス・エー (5)
【Ｆターム（参考）】
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