標識試薬および標識化分析物の混合物を含む、標識試薬、標識化分析物、およびそれらに由来するフラグメントイオン、ならびにそれらの分析方法
本発明は、標識試薬、標識された分析物（その混合物を含む）、およびそれから誘導されるフラグメントイオンに関する。本発明はまた、標識試薬（Ｎ−置換ピペラジン酢酸ベースの標識試薬を含む）、標識された分析物（その混合物を含む）およびそれから誘導されるフラグメントイオンの生成方法、ならびにその標識された分析物の分析方法に関する。本発明の方法によれば、定量されるべき分析物は、標識化される。標識化された分析物、分析物それ自体、その分析物の１種以上のフラグメントおよび／またはその標識のフラグメントは、質量分析により定量され得る。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
式：
【化１】
の同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物、もしくはその塩形態および／もしくは水和物形態であって、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物は、１つ以上の重原子同位体を含み、ここで
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；
ここで、該Ｎ−置換ピペラジンは、１３Ｃおよび／または１５Ｎのいずれかのみで同位体富化されている、同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物、もしくはその塩形態および／もしくは水和物形態。
【請求項２】
前記Ｎ−置換ピペラジンが、２つ以上の重原子同位体で同位体富化されている、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
前記Ｎ−置換ピペラジンが、３つ以上の重原子同位体で同位体富化されている、請求項１に記載の化合物。
【請求項４】
前記Ｎ−置換ピペラジンが、４つ以上の重原子同位体で同位体富化されている、請求項１に記載の化合物。
【請求項５】
各Ｚが、独立に水素、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素である、請求項１に記載の化合物。
【請求項６】
各Ｚが、独立に水素、メチルまたはメトキシである、請求項１に記載の化合物。
【請求項７】
Ｙが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項１に記載の化合物。
【請求項８】
式：
【化２】
の請求項１に記載の化合物であって、該化合物は、その塩形態および／もしくは水和物形態を含む、化合物。
【請求項９】
前記化合物が、モノＴＦＡ塩、モノＨＣｌ塩、ビスＴＦＡ塩またはビスＨＣｌ塩である、請求項１または８のいずれかに記載の化合物。
【請求項１０】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも８０％の同位体純度で存在する、請求項１または８のいずれかに記載の化合物。
【請求項１１】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９３％の同位体純度で存在する、請求項１または８のいずれかに記載の化合物。
【請求項１２】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９６％の同位体純度で存在する、請求項１または８のいずれかに記載の化合物。
【請求項１３】
方法であって、以下：
（ｉ）部分的に保護されたアミノ酸をＮ−置換アミノ酸エステルと縮合し、それによりＮ−保護ペプチド二量体エステルを形成する工程であって、該２つのアミノ酸のうちの少なくとも一方が同位体富化されている、工程；
（ｉｉ）該Ｎ−保護ペプチド二量体エステルを６員環状ジアミドに環化する工程；および
（ｉｉｉ）該環状ジアミドのカルボニル基を還元して同位体富化されたＮ−置換ピペラジンを形成する工程、
を包含する、方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法であって、前記部分的に保護されたアミノ酸が、式：
【化３】
を有し、ここで
Ｐｇは、アミン保護基であり；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、
方法。
【請求項１５】
請求項１３に記載の方法であって、前記Ｎ−置換アミノ酸エステルが、式：
【化４】
を有し、ここで
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；そして
Ｒは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基または置換もしくは非置換のフェニル基であって、ここで該アルキル基またはフェニル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む、方法。
【請求項１６】
請求項１３に記載の方法であって、前記Ｎ−保護ペプチド二量体エステルが、式：
【化５】
を有し、ここで
Ｐｇは、アミン保護基であり；そして
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；そして
Ｒは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基または置換もしくは非置換のフェニル基であって、ここで該アルキル基またはフェニル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む、方法。
【請求項１７】
請求項１３に記載の方法であって、前記環状ジアミドが、式：
【化６】
を有し、該環状ジアミドは、その塩形態および／もしくは水和物形態を含み、
ここで、
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；そして
Ｒは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基または置換もしくは非置換のフェニル基であって、ここで該アルキル基またはフェニル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む、方法。
【請求項１８】
請求項１３に記載の方法であって、前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジンが、式：
【化７】
またはその塩形態および／もしくは水和物形態を有し、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジンは、１つ以上の重原子同位体を含み、
ここで、
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項１９】
前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物が、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体または６つより多い重原子同位体を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物が、式：
【化８】
を有し、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物は、その塩形態および／もしくは水和物形態を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２１】
Ｐｇが酸に不安定なペプチド合成保護基または塩基に不安定なペプチド合成保護基である、請求項１４または１６のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
Ｙが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項１５、１６、１７または１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
Ｒが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項１５および１６のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
式：
【化９】
の同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸化合物、またはその塩形態および／もしくは水和物形態であって、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸化合物は、１つ以上の重原子同位体を含み、ここで
各Ｘは、独立にＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸化合物、もしくはその塩形態および／もしくは水和物形態。
【請求項２５】
前記Ｎ−置換ピペラジン酢酸が、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体、または６つより多い重原子同位体を含む、請求項２４に記載の化合物。
【請求項２６】
前記重原子同位体が、各々、独立に１８Ｏ、１５Ｎまたは１３Ｃである、請求項２５に記載の化合物。
【請求項２７】
各Ｚが、独立に水素、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素である、請求項２４に記載の化合物。
【請求項２８】
各Ｚが、独立に水素、メチルまたはメトキシである、請求項２４に記載の化合物。
【請求項２９】
Ｙが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項２４に記載の方法。
【請求項３０】
Ｘが１６Ｏまたは１８Ｏである、請求項２４に記載の方法。
【請求項３１】
前記ピペラジン環の各窒素原子が、独立に１４Ｎまたは１５Ｎである、請求項２４に記載の化合物。
【請求項３２】
式：
【化１０】
の請求項２４の化合物であって、該化合物はその塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで
各Ｃ＊は、独立に１２Ｃまたは１３Ｃであり；
各Ｎ＊は、独立に１４Ｎまたは１５Ｎであり；
各Ｘは、独立にＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、化合物。
【請求項３３】
式：
【化１１】
の請求項２４に記載の化合物であって、該化合物は、その塩形態および／もしくは水和物形態を含む、化合物。
【請求項３４】
前記化合物が、双性イオン、モノＴＦＡ塩、モノＨＣｌ塩、ビスＴＦＡ塩またはビスＨＣｌ塩である、請求項２４または３３のいずれかに記載の化合物。
【請求項３５】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも８０％の同位体純度で存在する、請求項３４に記載の化合物。
【請求項３６】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９３％の同位体純度で存在する、請求項３４に記載の化合物。
【請求項３７】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９６％の同位体純度で存在する、請求項３４に記載の化合物。
【請求項３８】
前記化合物が、カルボキシレートアニオンである、請求項２４に記載の化合物。
【請求項３９】
Ｎ−置換ピペラジンとハロ酢酸とを反応させる工程を包含する方法であって、該Ｎ−置換ピペラジンおよびハロ酢酸のうちの一方または両方が、同位体富化されており、それによって同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸を生成する、方法。
【請求項４０】
方法であって、以下：
（ｉ）Ｎ−置換ピペラジンとハロ酢酸エステルとを反応させる工程であって、該Ｎ−置換ピペラジンおよびハロ酢酸エステルのうちの一方または両方が、同位体富化されており、それによって同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸エステルを生成する、工程；ならびに
（ｉｉ）該エステル基を加水分解し、それによって同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸を生成する、工程、
を包含する、方法。
【請求項４１】
請求項３９または４０のいずれかに記載の方法であって、前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸が、一般式：
【化１２】
またはその塩形態および／もしくは水和物形態を含み、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸は、１つ以上の重原子同位体を含み、ここで
各Ｘは、独立にＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項４２】
前記Ｎ−置換ピペラジンが、請求項９に従う式を有する、請求項３９または４０のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
請求項３９に記載の方法であって、前記ハロ酢酸が、式：
【化１３】
を有し、ここで
Ｈａｌは、塩素、臭素またはヨウ素であり；
各Ｘは、ＯまたはＳであり；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項４４】
請求項４０に記載の方法であって、前記ハロ酢酸エステルが、式：
【化１４】
を有し、ここで
Ｈａｌは、塩素、臭素またはヨウ素であり；
Ｒは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基または置換もしくは非置換のフェニル基であって、ここで該アルキル基またはフェニル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｘは、ＯまたはＳであり；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項４５】
請求項４０に記載の方法であって、前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸エステルが、一般式：
【化１５】
またはその塩形態および／もしくは水和物形態を有し、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸エステルは、１つ以上の重原子同位体を含み、ここで
Ｒは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基または置換もしくは非置換のフェニル基であって、ここで該アルキル基またはフェニル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｘは、ＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項４６】
前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸が、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体または６つより多い重原子同位体を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４７】
前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸エステルが、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体または６つより多い重原子同位体を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
式：
【化１６】
のＮ−置換ピペラジン酢酸活性エステル化合物またはその塩形態および／もしくは水和物形態であって、ここで
ＬＧは、活性エステルの脱離基であり；
Ｘは、ＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；そして
必要に応じて該Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが同位体富化されている、化合物。
【請求項４９】
前記Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが、同位体富化されている、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５０】
前記Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体または６つより多い重原子同位体を含む、請求項４９に記載の化合物。
【請求項５１】
ＬＧが、以下：
【化１７】
であり、ここで、ＸがＯまたはＳである、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５２】
ＬＧが、以下：
【化１８】
であり、ここで、ＸがＯまたはＳである、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５３】
ＬＧがＮ−ヒドロキシスクシンイミドである、請求項５１に記載の化合物。
【請求項５４】
各Ｚが、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素である、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５５】
各Ｚが、独立に水素、メチルまたはメトキシである、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５６】
Ｙが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５７】
Ｘが１６Ｏまたは１８Ｏである、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５８】
式：
【化１９】
の請求項４８に記載の化合物であって、ここで
各Ｃ＊は、独立に１２Ｃまたは１３Ｃであり；
各Ｎ＊は、独立に１４Ｎまたは１５Ｎであり；
ＬＧは、活性エステルの脱離基であり；
Ｘは、ＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、化合物。
【請求項５９】
式：
【化２０】
の請求項５８に記載の化合物であって、ここで、ＬＧが活性エステルの脱離基である、化合物。
【請求項６０】
前記化合物が、モノＴＦＡ塩、モノＨＣｌ塩、ビスＴＦＡ塩またはビスＨＣｌ塩である、請求項４８〜５９のいずれかに記載の化合物。
【請求項６１】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも８０％の同位体純度で存在する、請求項４８〜５９のいずれかに記載の化合物。
【請求項６２】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９３％の同位体純度で存在する、請求項４８〜５９のいずれかに記載の化合物。
【請求項６３】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９６％の同位体純度で存在する、請求項４８〜５９のいずれかに記載の化合物。
【請求項６４】
方法であって、以下：
式：
【化２１】
のＮ−置換ピペラジン酢酸化合物もしくはその塩と、
１）式：
【化２２】
の化合物、および該ピペラジン化合物が塩である場合は、必要に応じて
２）該ピペラジン環の塩基性窒素原子を脱プロトン化するに十分な強塩基と、
を反応させて、それにより、式：
【化２３】
のＮ−置換ピペラジン酢酸活性エステルまたはその塩形態もしくは水和物形態を形成する工程であって、ここで
Ｈａｌは、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素であり；
ＬＧは、活性エステルの脱離基であり；
Ｘは、ＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；そして
必要に応じて、該Ｎ−置換ピペラジン酢酸部分が１つ以上の重原子同位体を含む、工程；ならびに
必要に応じて該Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルを酸で処理する工程、
を包含する、方法。
【請求項６５】
前記Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが同位体富化されている、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体または６つより多い重原子同位体を含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記酸が、ＨＣｌまたはＴＦＡである、請求項６４に記載の方法。
【請求項６８】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも８０％の同位体純度で存在する、請求項６６に記載の方法。
【請求項６９】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９３％の同位体純度で存在する、請求項６６に記載の方法。
【請求項７０】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９６％の同位体純度で存在する、請求項６６に記載の方法。
【請求項７１】
ＬＧが、
【化２４】
であり、ここで、ＸがＯまたはＳである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７２】
ＬＧが、
【化２５】
であり、ここで、ＸがＯまたはＳである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７３】
ＬＧがＮ−ヒドロキシスクシンイミドである、請求項７１に記載の方法。
【請求項７４】
各Ｚが、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素である、請求項６４に記載の方法。
【請求項７５】
各Ｚが、独立に水素、メチルまたはメトキシである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７６】
Ｙが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７７】
Ｘが１６Ｏまたは１８Ｏである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７８】
請求項６４に記載の方法であって、反応するべき前記化合物が、式；
【化２６】
を有し、ここで
各Ｃ＊は、独立に１２Ｃまたは１３Ｃであり；
各Ｎ＊は、独立に１４Ｎまたは１５Ｎであり；
ＬＧは、活性エステルの脱離基であり；
各Ｘは、独立にＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項７９】
請求項７８に記載の方法であって、前記反応の生成物が、式：
【化２７】
のＮ−メチルピペラジン酢酸活性エステルであり、ここでＬＧは、活性エステルの脱離基である、方法。
【請求項８０】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも８０％の同位体純度で存在する、請求項６４〜７９のいずれかに記載の方法。
【請求項８１】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９３％の同位体純度で存在する、請求項６４〜７９のいずれかに記載の方法。
【請求項８２】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９６％の同位体純度で存在する、請求項６４〜７９のいずれかに記載の方法。
【請求項８３】
前記Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが、モノＴＦＡ塩、モノＨＣｌ塩、ビスＨＣｌ塩またはビスＴＦＡ塩である、請求項６４〜７９のいずれかに記載の方法。
【請求項８４】
２種以上の異なる同重体標識で標識化された同じ分析物を含む混合物であって、ここで該標識化分析物のうちの少なくとも２つが、以下：
【化２８】
からなる群より選択される式の化合物、またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態である、混合物。
【請求項８５】
前記分析物がペプチドである、請求項８４に記載の混合物。
【請求項８６】
前記分析物がタンパク質である、請求項８４に記載の混合物。
【請求項８７】
前記分析物が核酸である、請求項８４に記載の混合物。
【請求項８８】
前記分析物が、炭水化物、脂質またはステロイドである、請求項８４に記載の混合物。
【請求項８９】
前記分析物が、１５００ダルトン未満の分子量を有する低分子である、請求項８４に記載の混合物。
【請求項９０】
タンデム質量分析計におけるフラグメンテーションおよびさらなる分析のために選択される２種以上の異なる同重体標識で標識化された同じ分析物のフラグメントイオンの混合物であって、ここで該標識化分析物のうちの少なくとも２つが、以下：
【化２９】
からなる群より選択される式の化合物であり、ここで観察されるフラグメントイオンが、正電荷を帯びているかまたは負電荷を帯びているかのいずれかである、混合物。
【請求項９１】
前記分析物がペプチドである、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９２】
前記分析物がタンパク質である、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９３】
前記分析物が核酸である、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９４】
前記分析物が、炭水化物、脂質またはステロイドである、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９５】
前記分析物が、１５００ダルトン未満の分子量を有する低分子である、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９６】
前記フラグメンテーションおよびさらなる分析が、以下：
【化３０】
からなる群より選択される式の、少なくとも２種の特徴イオンを生成する、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９７】
前記フラグメンテーションおよびさらなる分析が、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋および１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋からなる群より選択される分子式の、少なくとも２種の特徴イオンを生成する、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９８】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項９９】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここでＲＰは、
ｉ）２５０ダルトン未満の総質量を有し；そして／または
ｉｉ）質量分析計の中で標識化された分析物の結合ＸおよびＹの両方の少なくとも一部のフラグメンテーションを引き起こすために適用される解離エネルギーの条件下で、実質的に二次フラグメント化せず；そして／または
ｉｉｉ）ポリマーでもなく、生物学的ポリマーでもない、工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項１００】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで該リンカーＬＫは、適用された解離エネルギーの条件下で、中性損失を受ける工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０１】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合ＸまたはＹのうちの一方のフラグメンテーションが、結合ＸまたはＹの他方のフラグメンテーションをもたらす、工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０２】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで、
ｉ）質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合Ｘは、結合Ｙに比べてフラグメンテーションをより受けにくく；そして／または
ｉｉ）質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合Ｘは、Ｚ−ｐｒｏアミノ酸二量体またはＺ−ａｓｐアミノ酸二量体のペプチド結合に比べてフラグメンテーションをより受けにくく、ここでＺは、任意の天然アミノ酸であり、ｐｒｏはプロリンであり、ａｓｐはアスパラギン酸である、工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０３】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、ここで
ａ）該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；そして
ｂ）該リンカーは、少なくとも１つの重原子同位体を含み、そして以下：
【化３１】
の式を有し、ここでＲ１は、同じかまたは異なり、かつ必要に応じて１個のヘテロ原子を含んでいてもよい１〜８個の炭素原子を含むアルキル基、または置換もしくは非置換のアリール基であり、ここで該アルキル基およびアリール基の炭素原子は、独立に連結水素原子、重水素原子および／またはフッ素原子を含み；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；そして
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０４】
前記標識化されるべき分析物がタンパク質である、請求項９８〜１０３のいずれかに記載の方法。
【請求項１０５】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程；ならびに
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０６】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここでＲＰは、
ｉ）２５０ダルトン未満の総質量を有し；そして／または
ｉｉ）質量分析計の中で標識化された分析物の結合ＸおよびＹの両方の少なくとも一部のフラグメンテーションを引き起こすために適用される解離エネルギーの条件下で、実質的に二次フラグメント化せず；そして／または
ｉｉｉ）ポリマーでもなく、生物学的ポリマーでもない、工程；
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０７】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；ならびに
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで該リンカーＬＫは、適用された解離エネルギーの条件下で、中性損失を受ける工程；ならびに
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０８】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合ＸまたはＹのうちの一方のフラグメンテーションが、結合ＸまたはＹの他方のフラグメンテーションをもたらす、工程；ならびに
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０９】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで、
ｉ）質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合Ｘは、結合Ｙに比べてフラグメンテーションをより受けにくく；そして／または
ｉｉ）質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合Ｘは、Ｚ−ｐｒｏアミノ酸二量体またはＺ−ａｓｐアミノ酸二量体のペプチド結合に比べてフラグメンテーションをより受けにくく、ここでＺは、任意の天然アミノ酸であり、ｐｒｏはプロリンであり、ａｓｐはアスパラギン酸である、工程；
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１１０】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、ここで
ａ）該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；そして
ｂ）該リンカーは、少なくとも１つの重原子同位体を含み、そして以下：
【化３２】
の式を有し、ここでＲ１は、同じかまたは異なり、かつ必要に応じて１個のヘテロ原子を含んでいてもよい１〜８個の炭素原子を含むアルキル基、または置換もしくは非置換のアリール基であり、ここで該アルキル基およびアリール基の炭素原子は、独立に連結水素原子、重水素原子および／またはフッ素原子を含み；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程；ならびに
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１１１】
前記工程（ｃ）が前記工程（ａ）の前に実施される、請求項１０５〜１１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１２】
前記工程（ａ）が前記工程（ｃ）の前に実施される、請求項１０５〜１１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１３】
工程（ａ）を実施する前または実施した後のいずれかに、各サンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、前記サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程をさらに包含する、請求項１１１または１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１４】
前記サンプル混合物が、２種以上の異なる同重体標識で標識化された同じ分析物を含み、ここで該標識化分析物のうちの少なくとも２つが、以下：
【化３３】
からなる群より選択される式の化合物、またはそれらの塩形態および／または水和物形態である、請求項９８〜１１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１１５】
前記分析物がタンパク質である、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１１６】
前記フラグメンテーションおよびさらなる分析が、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋および１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋からなる群より選択される分子式の、少なくとも２種の特徴イオンを生成する、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１】
式：
【化１】
の同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物、もしくはその塩形態および／もしくは水和物形態であって、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物は、１つ以上の重原子同位体を含み、ここで
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；
ここで、該Ｎ−置換ピペラジンは、１３Ｃおよび／または１５Ｎのいずれかのみで同位体富化されている、同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物、もしくはその塩形態および／もしくは水和物形態。
【請求項２】
前記Ｎ−置換ピペラジンが、２つ以上の重原子同位体で同位体富化されている、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
前記Ｎ−置換ピペラジンが、３つ以上の重原子同位体で同位体富化されている、請求項１に記載の化合物。
【請求項４】
前記Ｎ−置換ピペラジンが、４つ以上の重原子同位体で同位体富化されている、請求項１に記載の化合物。
【請求項５】
各Ｚが、独立に水素、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素である、請求項１に記載の化合物。
【請求項６】
各Ｚが、独立に水素、メチルまたはメトキシである、請求項１に記載の化合物。
【請求項７】
Ｙが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項１に記載の化合物。
【請求項８】
式：
【化２】
の請求項１に記載の化合物であって、該化合物は、その塩形態および／もしくは水和物形態を含む、化合物。
【請求項９】
前記化合物が、モノＴＦＡ塩、モノＨＣｌ塩、ビスＴＦＡ塩またはビスＨＣｌ塩である、請求項１または８のいずれかに記載の化合物。
【請求項１０】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも８０％の同位体純度で存在する、請求項１または８のいずれかに記載の化合物。
【請求項１１】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９３％の同位体純度で存在する、請求項１または８のいずれかに記載の化合物。
【請求項１２】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９６％の同位体純度で存在する、請求項１または８のいずれかに記載の化合物。
【請求項１３】
方法であって、以下：
（ｉ）部分的に保護されたアミノ酸をＮ−置換アミノ酸エステルと縮合し、それによりＮ−保護ペプチド二量体エステルを形成する工程であって、該２つのアミノ酸のうちの少なくとも一方が同位体富化されている、工程；
（ｉｉ）該Ｎ−保護ペプチド二量体エステルを６員環状ジアミドに環化する工程；および
（ｉｉｉ）該環状ジアミドのカルボニル基を還元して同位体富化されたＮ−置換ピペラジンを形成する工程、
を包含する、方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法であって、前記部分的に保護されたアミノ酸が、式：
【化３】
を有し、ここで
Ｐｇは、アミン保護基であり；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、
方法。
【請求項１５】
請求項１３に記載の方法であって、前記Ｎ−置換アミノ酸エステルが、式：
【化４】
を有し、ここで
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；そして
Ｒは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基または置換もしくは非置換のフェニル基であって、ここで該アルキル基またはフェニル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む、方法。
【請求項１６】
請求項１３に記載の方法であって、前記Ｎ−保護ペプチド二量体エステルが、式：
【化５】
を有し、ここで
Ｐｇは、アミン保護基であり；そして
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；そして
Ｒは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基または置換もしくは非置換のフェニル基であって、ここで該アルキル基またはフェニル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む、方法。
【請求項１７】
請求項１３に記載の方法であって、前記環状ジアミドが、式：
【化６】
を有し、該環状ジアミドは、その塩形態および／もしくは水和物形態を含み、
ここで、
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；そして
Ｒは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基または置換もしくは非置換のフェニル基であって、ここで該アルキル基またはフェニル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む、方法。
【請求項１８】
請求項１３に記載の方法であって、前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジンが、式：
【化７】
またはその塩形態および／もしくは水和物形態を有し、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジンは、１つ以上の重原子同位体を含み、
ここで、
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項１９】
前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物が、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体または６つより多い重原子同位体を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物が、式：
【化８】
を有し、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジン化合物は、その塩形態および／もしくは水和物形態を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２１】
Ｐｇが酸に不安定なペプチド合成保護基または塩基に不安定なペプチド合成保護基である、請求項１４または１６のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
Ｙが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項１５、１６、１７または１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
Ｒが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項１５および１６のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
式：
【化９】
の同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸化合物、またはその塩形態および／もしくは水和物形態であって、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸化合物は、１つ以上の重原子同位体を含み、ここで
各Ｘは、独立にＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸化合物、もしくはその塩形態および／もしくは水和物形態。
【請求項２５】
前記Ｎ−置換ピペラジン酢酸が、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体、または６つより多い重原子同位体を含む、請求項２４に記載の化合物。
【請求項２６】
前記重原子同位体が、各々、独立に１８Ｏ、１５Ｎまたは１３Ｃである、請求項２５に記載の化合物。
【請求項２７】
各Ｚが、独立に水素、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素である、請求項２４に記載の化合物。
【請求項２８】
各Ｚが、独立に水素、メチルまたはメトキシである、請求項２４に記載の化合物。
【請求項２９】
Ｙが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項２４に記載の方法。
【請求項３０】
Ｘが１６Ｏまたは１８Ｏである、請求項２４に記載の方法。
【請求項３１】
前記ピペラジン環の各窒素原子が、独立に１４Ｎまたは１５Ｎである、請求項２４に記載の化合物。
【請求項３２】
式：
【化１０】
の請求項２４の化合物であって、該化合物はその塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで
各Ｃ＊は、独立に１２Ｃまたは１３Ｃであり；
各Ｎ＊は、独立に１４Ｎまたは１５Ｎであり；
各Ｘは、独立にＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、化合物。
【請求項３３】
式：
【化１１】
の請求項２４に記載の化合物であって、該化合物は、その塩形態および／もしくは水和物形態を含む、化合物。
【請求項３４】
前記化合物が、双性イオン、モノＴＦＡ塩、モノＨＣｌ塩、ビスＴＦＡ塩またはビスＨＣｌ塩である、請求項２４または３３のいずれかに記載の化合物。
【請求項３５】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも８０％の同位体純度で存在する、請求項３４に記載の化合物。
【請求項３６】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９３％の同位体純度で存在する、請求項３４に記載の化合物。
【請求項３７】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９６％の同位体純度で存在する、請求項３４に記載の化合物。
【請求項３８】
前記化合物が、カルボキシレートアニオンである、請求項２４に記載の化合物。
【請求項３９】
Ｎ−置換ピペラジンとハロ酢酸とを反応させる工程を包含する方法であって、該Ｎ−置換ピペラジンおよびハロ酢酸のうちの一方または両方が、同位体富化されており、それによって同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸を生成する、方法。
【請求項４０】
方法であって、以下：
（ｉ）Ｎ−置換ピペラジンとハロ酢酸エステルとを反応させる工程であって、該Ｎ−置換ピペラジンおよびハロ酢酸エステルのうちの一方または両方が、同位体富化されており、それによって同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸エステルを生成する、工程；ならびに
（ｉｉ）該エステル基を加水分解し、それによって同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸を生成する、工程、
を包含する、方法。
【請求項４１】
請求項３９または４０のいずれかに記載の方法であって、前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸が、一般式：
【化１２】
またはその塩形態および／もしくは水和物形態を含み、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸は、１つ以上の重原子同位体を含み、ここで
各Ｘは、独立にＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項４２】
前記Ｎ−置換ピペラジンが、請求項９に従う式を有する、請求項３９または４０のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
請求項３９に記載の方法であって、前記ハロ酢酸が、式：
【化１３】
を有し、ここで
Ｈａｌは、塩素、臭素またはヨウ素であり；
各Ｘは、ＯまたはＳであり；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項４４】
請求項４０に記載の方法であって、前記ハロ酢酸エステルが、式：
【化１４】
を有し、ここで
Ｈａｌは、塩素、臭素またはヨウ素であり；
Ｒは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基または置換もしくは非置換のフェニル基であって、ここで該アルキル基またはフェニル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｘは、ＯまたはＳであり；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項４５】
請求項４０に記載の方法であって、前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸エステルが、一般式：
【化１５】
またはその塩形態および／もしくは水和物形態を有し、該同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸エステルは、１つ以上の重原子同位体を含み、ここで
Ｒは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基または置換もしくは非置換のフェニル基であって、ここで該アルキル基またはフェニル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｘは、ＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項４６】
前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸が、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体または６つより多い重原子同位体を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４７】
前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸エステルが、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体または６つより多い重原子同位体を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
式：
【化１６】
のＮ−置換ピペラジン酢酸活性エステル化合物またはその塩形態および／もしくは水和物形態であって、ここで
ＬＧは、活性エステルの脱離基であり；
Ｘは、ＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；そして
必要に応じて該Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが同位体富化されている、化合物。
【請求項４９】
前記Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが、同位体富化されている、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５０】
前記Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体または６つより多い重原子同位体を含む、請求項４９に記載の化合物。
【請求項５１】
ＬＧが、以下：
【化１７】
であり、ここで、ＸがＯまたはＳである、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５２】
ＬＧが、以下：
【化１８】
であり、ここで、ＸがＯまたはＳである、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５３】
ＬＧがＮ−ヒドロキシスクシンイミドである、請求項５１に記載の化合物。
【請求項５４】
各Ｚが、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素である、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５５】
各Ｚが、独立に水素、メチルまたはメトキシである、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５６】
Ｙが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５７】
Ｘが１６Ｏまたは１８Ｏである、請求項４８に記載の化合物。
【請求項５８】
式：
【化１９】
の請求項４８に記載の化合物であって、ここで
各Ｃ＊は、独立に１２Ｃまたは１３Ｃであり；
各Ｎ＊は、独立に１４Ｎまたは１５Ｎであり；
ＬＧは、活性エステルの脱離基であり；
Ｘは、ＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；そして
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、化合物。
【請求項５９】
式：
【化２０】
の請求項５８に記載の化合物であって、ここで、ＬＧが活性エステルの脱離基である、化合物。
【請求項６０】
前記化合物が、モノＴＦＡ塩、モノＨＣｌ塩、ビスＴＦＡ塩またはビスＨＣｌ塩である、請求項４８〜５９のいずれかに記載の化合物。
【請求項６１】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも８０％の同位体純度で存在する、請求項４８〜５９のいずれかに記載の化合物。
【請求項６２】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９３％の同位体純度で存在する、請求項４８〜５９のいずれかに記載の化合物。
【請求項６３】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９６％の同位体純度で存在する、請求項４８〜５９のいずれかに記載の化合物。
【請求項６４】
方法であって、以下：
式：
【化２１】
のＮ−置換ピペラジン酢酸化合物もしくはその塩と、
１）式：
【化２２】
の化合物、および該ピペラジン化合物が塩である場合は、必要に応じて
２）該ピペラジン環の塩基性窒素原子を脱プロトン化するに十分な強塩基と、
を反応させて、それにより、式：
【化２３】
のＮ−置換ピペラジン酢酸活性エステルまたはその塩形態もしくは水和物形態を形成する工程であって、ここで
Ｈａｌは、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素であり；
ＬＧは、活性エステルの脱離基であり；
Ｘは、ＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であり；そして
必要に応じて、該Ｎ−置換ピペラジン酢酸部分が１つ以上の重原子同位体を含む、工程；ならびに
必要に応じて該Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルを酸で処理する工程、
を包含する、方法。
【請求項６５】
前記Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが同位体富化されている、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記同位体富化されたＮ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが、１つ以上の重原子同位体、２つ以上の重原子同位体、３つ以上の重原子同位体、４つ以上の重原子同位体、５つ以上の重原子同位体、６つ以上の重原子同位体または６つより多い重原子同位体を含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記酸が、ＨＣｌまたはＴＦＡである、請求項６４に記載の方法。
【請求項６８】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも８０％の同位体純度で存在する、請求項６６に記載の方法。
【請求項６９】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９３％の同位体純度で存在する、請求項６６に記載の方法。
【請求項７０】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９６％の同位体純度で存在する、請求項６６に記載の方法。
【請求項７１】
ＬＧが、
【化２４】
であり、ここで、ＸがＯまたはＳである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７２】
ＬＧが、
【化２５】
であり、ここで、ＸがＯまたはＳである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７３】
ＬＧがＮ−ヒドロキシスクシンイミドである、請求項７１に記載の方法。
【請求項７４】
各Ｚが、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素である、請求項６４に記載の方法。
【請求項７５】
各Ｚが、独立に水素、メチルまたはメトキシである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７６】
Ｙが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチルまたはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７７】
Ｘが１６Ｏまたは１８Ｏである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７８】
請求項６４に記載の方法であって、反応するべき前記化合物が、式；
【化２６】
を有し、ここで
各Ｃ＊は、独立に１２Ｃまたは１３Ｃであり；
各Ｎ＊は、独立に１４Ｎまたは１５Ｎであり；
ＬＧは、活性エステルの脱離基であり；
各Ｘは、独立にＯまたはＳであり；
Ｙは、直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または直鎖もしくは分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキルエーテル基であって、ここで該アルキル基またはアルキルエーテル基の炭素原子は、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含み；
各Ｚは、独立に水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、アミノ酸側鎖、必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルキル基、または必要に応じて置換もしくは非置換のアリール基を含んでいてもよい直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基であって、該アルキル基およびアリール基の炭素原子が、各々、独立に連結水素原子、重水素原子またはフッ素原子を含む直鎖または分枝鎖のＣ１〜Ｃ６アルコキシ基である、方法。
【請求項７９】
請求項７８に記載の方法であって、前記反応の生成物が、式：
【化２７】
のＮ−メチルピペラジン酢酸活性エステルであり、ここでＬＧは、活性エステルの脱離基である、方法。
【請求項８０】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも８０％の同位体純度で存在する、請求項６４〜７９のいずれかに記載の方法。
【請求項８１】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９３％の同位体純度で存在する、請求項６４〜７９のいずれかに記載の方法。
【請求項８２】
各組込まれた重原子同位体が、少なくとも９６％の同位体純度で存在する、請求項６４〜７９のいずれかに記載の方法。
【請求項８３】
前記Ｎ−置換ピペラジン酢酸活性エステルが、モノＴＦＡ塩、モノＨＣｌ塩、ビスＨＣｌ塩またはビスＴＦＡ塩である、請求項６４〜７９のいずれかに記載の方法。
【請求項８４】
２種以上の異なる同重体標識で標識化された同じ分析物を含む混合物であって、ここで該標識化分析物のうちの少なくとも２つが、以下：
【化２８】
からなる群より選択される式の化合物、またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態である、混合物。
【請求項８５】
前記分析物がペプチドである、請求項８４に記載の混合物。
【請求項８６】
前記分析物がタンパク質である、請求項８４に記載の混合物。
【請求項８７】
前記分析物が核酸である、請求項８４に記載の混合物。
【請求項８８】
前記分析物が、炭水化物、脂質またはステロイドである、請求項８４に記載の混合物。
【請求項８９】
前記分析物が、１５００ダルトン未満の分子量を有する低分子である、請求項８４に記載の混合物。
【請求項９０】
タンデム質量分析計におけるフラグメンテーションおよびさらなる分析のために選択される２種以上の異なる同重体標識で標識化された同じ分析物のフラグメントイオンの混合物であって、ここで該標識化分析物のうちの少なくとも２つが、以下：
【化２９】
からなる群より選択される式の化合物であり、ここで観察されるフラグメントイオンが、正電荷を帯びているかまたは負電荷を帯びているかのいずれかである、混合物。
【請求項９１】
前記分析物がペプチドである、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９２】
前記分析物がタンパク質である、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９３】
前記分析物が核酸である、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９４】
前記分析物が、炭水化物、脂質またはステロイドである、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９５】
前記分析物が、１５００ダルトン未満の分子量を有する低分子である、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９６】
前記フラグメンテーションおよびさらなる分析が、以下：
【化３０】
からなる群より選択される式の、少なくとも２種の特徴イオンを生成する、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９７】
前記フラグメンテーションおよびさらなる分析が、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋および１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋からなる群より選択される分子式の、少なくとも２種の特徴イオンを生成する、請求項９０に記載の混合物。
【請求項９８】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項９９】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここでＲＰは、
ｉ）２５０ダルトン未満の総質量を有し；そして／または
ｉｉ）質量分析計の中で標識化された分析物の結合ＸおよびＹの両方の少なくとも一部のフラグメンテーションを引き起こすために適用される解離エネルギーの条件下で、実質的に二次フラグメント化せず；そして／または
ｉｉｉ）ポリマーでもなく、生物学的ポリマーでもない、工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項１００】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで該リンカーＬＫは、適用された解離エネルギーの条件下で、中性損失を受ける工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０１】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合ＸまたはＹのうちの一方のフラグメンテーションが、結合ＸまたはＹの他方のフラグメンテーションをもたらす、工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０２】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで、
ｉ）質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合Ｘは、結合Ｙに比べてフラグメンテーションをより受けにくく；そして／または
ｉｉ）質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合Ｘは、Ｚ−ｐｒｏアミノ酸二量体またはＺ−ａｓｐアミノ酸二量体のペプチド結合に比べてフラグメンテーションをより受けにくく、ここでＺは、任意の天然アミノ酸であり、ｐｒｏはプロリンであり、ａｓｐはアスパラギン酸である、工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０３】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、ここで
ａ）該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；そして
ｂ）該リンカーは、少なくとも１つの重原子同位体を含み、そして以下：
【化３１】
の式を有し、ここでＲ１は、同じかまたは異なり、かつ必要に応じて１個のヘテロ原子を含んでいてもよい１〜８個の炭素原子を含むアルキル基、または置換もしくは非置換のアリール基であり、ここで該アルキル基およびアリール基の炭素原子は、独立に連結水素原子、重水素原子および／またはフッ素原子を含み；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；そして
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程；ならびに
ｃ）工程（ａ）を実施した後に、各差次的に標識化されたサンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、該サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０４】
前記標識化されるべき分析物がタンパク質である、請求項９８〜１０３のいずれかに記載の方法。
【請求項１０５】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程；ならびに
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０６】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここでＲＰは、
ｉ）２５０ダルトン未満の総質量を有し；そして／または
ｉｉ）質量分析計の中で標識化された分析物の結合ＸおよびＹの両方の少なくとも一部のフラグメンテーションを引き起こすために適用される解離エネルギーの条件下で、実質的に二次フラグメント化せず；そして／または
ｉｉｉ）ポリマーでもなく、生物学的ポリマーでもない、工程；
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０７】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；ならびに
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで該リンカーＬＫは、適用された解離エネルギーの条件下で、中性損失を受ける工程；ならびに
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０８】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合ＸまたはＹのうちの一方のフラグメンテーションが、結合ＸまたはＹの他方のフラグメンテーションをもたらす、工程；ならびに
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０９】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結し；そして
ｖｉ）結合ＸおよびＹは、解離エネルギーレベルに供された場合に、該標識化分析物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程であって、ここで、
ｉ）質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合Ｘは、結合Ｙに比べてフラグメンテーションをより受けにくく；そして／または
ｉｉ）質量分析計中に適用された解離エネルギーの条件下で、結合Ｘは、Ｚ−ｐｒｏアミノ酸二量体またはＺ−ａｓｐアミノ酸二量体のペプチド結合に比べてフラグメンテーションをより受けにくく、ここでＺは、任意の天然アミノ酸であり、ｐｒｏはプロリンであり、ａｓｐはアスパラギン酸である、工程；
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１１０】
方法であって、以下：
ａ）各々１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルを、一セットの標識試薬のうちの異なる標識試薬と反応させて、それにより各々１つ以上の標識化分析物を含む２つ以上の差次的に標識化されたサンプルを生成する工程であって、ここで該一セットの異なる標識試薬が、各々、式：
ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧ
またはそれらの塩形態および／もしくは水和物形態を含み、ここで、
ｉ）ＲＧは、求核剤であるかまたは求電子剤であり、かつ該サンプルの１つ以上の反応性分析物と反応し得る反応性基であり；
ｉｉ）ＲＰは、固定電荷を有するか、またはイオン化可能であるレポーター部分であって、各レポーターの総質量は、該セットの各試薬に対して異なり；
ｉｉｉ）ＬＫは、該反応性基と該レポーター基とを連結するリンカー部分であり、ここで
ａ）該リンカーの質量は、該レポーターとリンカーの組合せの凝集体総質量が、該セットの各試薬に対して同じであるように、該セットの異なる標識試薬に対するレポーター間の総質量の差を補い；そして
ｂ）該リンカーは、少なくとも１つの重原子同位体を含み、そして以下：
【化３２】
の式を有し、ここでＲ１は、同じかまたは異なり、かつ必要に応じて１個のヘテロ原子を含んでいてもよい１〜８個の炭素原子を含むアルキル基、または置換もしくは非置換のアリール基であり、ここで該アルキル基およびアリール基の炭素原子は、独立に連結水素原子、重水素原子および／またはフッ素原子を含み；
ｉｖ）Ｘは、該レポーターの原子と該リンカーの原子との間の結合であり；
ｖ）Ｙは、該リンカーの原子と該反応性基の原子との間の結合であり、いったん該標識試薬が該反応性分析物と反応すると、結合Ｙは該リンカーを該分析物に連結する、工程；
ｂ）該差次的に標識されたサンプルの２つ以上またはその一部と、必要に応じて１つ以上の較正用標準とを混合し、それによりサンプル混合物を生成する工程；ならびに
ｃ）該分析物の官能基と担体の官能基との反応により、該分析物を該担体に固定化する工程、
を包含する、方法。
【請求項１１１】
前記工程（ｃ）が前記工程（ａ）の前に実施される、請求項１０５〜１１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１２】
前記工程（ａ）が前記工程（ｃ）の前に実施される、請求項１０５〜１１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１３】
工程（ａ）を実施する前または実施した後のいずれかに、各サンプルを少なくとも１種の酵素で消化し、前記サンプルの成分を部分的または完全に分解する工程をさらに包含する、請求項１１１または１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１４】
前記サンプル混合物が、２種以上の異なる同重体標識で標識化された同じ分析物を含み、ここで該標識化分析物のうちの少なくとも２つが、以下：
【化３３】
からなる群より選択される式の化合物、またはそれらの塩形態および／または水和物形態である、請求項９８〜１１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１１５】
前記分析物がタンパク質である、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１１６】
前記フラグメンテーションおよびさらなる分析が、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋および１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋からなる群より選択される分子式の、少なくとも２種の特徴イオンを生成する、請求項１１７に記載の方法。
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４Ａ】
【図１４Ｂ】
【図１４Ｃ】
【図１５Ａ】
【図１５Ｂ】
【図１６Ａ】
【図１６Ｂ】
【図１６Ｃ】
【図１６Ｄ】
【図１７Ａ】
【図１７Ｂ】
【図１７Ｃ】
【図１８】
【図１９Ａ】
【図１９Ｂ】
【図１９Ｃ】
【図２０】
【図２１Ａ】
【図２１Ｂ】
【図２１Ｃ】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図１Ｂ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４Ａ】
【図１４Ｂ】
【図１４Ｃ】
【図１５Ａ】
【図１５Ｂ】
【図１６Ａ】
【図１６Ｂ】
【図１６Ｃ】
【図１６Ｄ】
【図１７Ａ】
【図１７Ｂ】
【図１７Ｃ】
【図１８】
【図１９Ａ】
【図１９Ｂ】
【図１９Ｃ】
【図２０】
【図２１Ａ】
【図２１Ｂ】
【図２１Ｃ】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【公表番号】特表２００７−５１７０７０（Ｐ２００７−５１７０７０Ａ）
【公表日】平成１９年６月２８日（２００７．６．２８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５４７６２３（Ｐ２００６−５４７６２３）
【出願日】平成１７年１月５日（２００５．１．５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０００２２３
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０６８４４６
【国際公開日】平成１７年７月２８日（２００５．７．２８）
【出願人】（５０５３１０５４１）アプレラ コーポレイション (12)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年６月２８日（２００７．６．２８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年１月５日（２００５．１．５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０００２２３
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０６８４４６
【国際公開日】平成１７年７月２８日（２００５．７．２８）
【出願人】（５０５３１０５４１）アプレラ コーポレイション (12)
【Ｆターム（参考）】
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