生合成的に製造したピロリン−カルボキシ−リシンならびにピロリン−カルボキシ−リシンおよびピロリシン基の化学誘導体化を介する部位特異的タンパク質修飾
ここに開示されるのは、天然の、生合成的に製造したアミノ酸であるピロリシン類似体であるピロリン−カルボキシ−リシン(PCL)、およびPCLを生合成的に生成する方法である。またここに開示されるのは、取り込まれたPCLを有するタンパク質、ポリペプチドおよびペプチドおよびPCLをかかるタンパク質、ポリペプチドおよびペプチドに挿入する方法である。また開示されるのは、取り込まれたPCLまたはピロリシンを有するタンパク質、ポリペプチドおよびペプチドの部位特異的誘導体化である。またここに開示されるのは、取り込まれたPCLまたはピロリシンを有するタンパク質、ポリペプチドおよびペプチドの架橋である。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
式(I)または(II):
【化1】
{式中:
R1はHまたはアミノ末端修飾基であり;
R2はOHまたはカルボキシ末端修飾基であり;
nは1〜5000の整数であり;
各AAは独立してアミノ酸基、式(A−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(B−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基から選択され;
各BBは独立してアミノ酸基、式(A−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(B−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(D−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(E−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(F−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(G−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(H−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(I−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(J−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(K−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(L−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基から選択され;
【化2】
【化3】
〔式中:
R3、R5および各R4は独立してH、−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
R6はHまたはC1アルキルであり;
AはC3−C8シクロアルキル、C3−C8ヘテロシクロアルキル、5−6員単環式アリール、5−6員単環式ヘテロアリール、9−10員縮合二環式環または13−14員縮合三環式環であり、ここで、Aは、場合により−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から独立して選択される1〜5個の置換基により置換されていてよく;
Lは結合、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレン、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキレン、C2−8アルケニレン、ハロ−置換−C2−8アルケニレン、ヒドロキシ−置換−C2−8アルケニレン,−O(CR11R12)k−、−S(CR11R12)k−、−S(O)k(CR11R12)k−、−O(CR11R12)k−NR11C(O)−、−O(CR11R12)kC(O)NR11−、−C(O)−、−C(O)(CR11R12)k−、−C(S)−、−C(S)(CR11R12)k−、−C(O)NR11−、−NR11C(O)−、−NR11(CR11R12)k−、−CONR11(CR11R12)k−、−N(R11)CO(CR11R12)k−、−C(O)NR11(CR11R12)k−、−NR11C(O)(CR11R12)k−から選択され、ここで、各R11およびR12は独立してH、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、またはヒドロキシ−置換−C1−8アルキルであり、そしてkは1〜12の整数であり、そして
X1は標識、色素、ポリマー、水溶性ポリマー、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)の誘導体、糖、脂質、光クロスリンカー、細胞毒性化合物、医薬、親和性標識、光親和性標識、反応性化合物;樹脂、ペプチド、第二タンパク質またはポリペプチドまたはポリペプチド類似体、抗体または抗体フラグメント、金属キレート剤、補因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、DNA、RNA、PCRプローブ、アンチセンスポリヌクレオチド、リボ−オリゴヌクレオチド、デオキシリボ−オリゴヌクレオチド、ホスホロチオエート修飾DNA、修飾DNAおよびRNA、ペプチド核酸、糖類、二糖類、オリゴ糖類、多糖類、水溶性デントリマー、シクロデキストリン、生体材料、ナノ粒子、スピン標識、フルオロフォア、金属含有部分、放射活性部分、新規官能基、他の分子と共有結合的にまたは非共有結合的に相互作用する基、フォトケージド部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体、重原子包含部分、化学的開裂可能基、光開裂可能基、伸長側鎖、炭素架橋糖、酸化還元活性剤、アミノチオ酸、毒性部分、同位体標識部分、生物物理学的プローブ、リン光基、発色団基、化学発光基、蛍光部分、高電子密度基、磁性基、挿入基、キレート化基、発色団基、エネルギー移動剤、生物学的活性剤、検出可能標識、小分子、阻害性リボ核酸、siRNA、放射性ヌクレオチド、中性子捕獲剤、ビオチンの誘導体、量子ドット(群)、ナノトランスミッター、ラジオトランスミッター、アブザイム、酵素、活性錯体アクティベーター、ウイルス、毒素、アジュバント、TLR2アゴニスト、TLR4アゴニスト、TLR7アゴニスト、TLR9アゴニスト、TLR8アゴニスト、T細胞エピトープ、リン脂質、LPS様分子、キーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、免疫原性ハプテン、アグリカン、アレルゲン、アンジオスタチン、抗ホルモン、抗酸化剤、アプタマー、ガイドRNA、サポニン、シャトルベクター、高分子、ミモトープ、受容体、逆ミセル、界面活性剤、免疫応答増強剤、蛍光色素、FRET試薬、ラジオ・イメージングプローブ、他の分光学プローブ、プロドラッグ、免疫療法用毒素、固体支持体、−CH2CH2−(OCH2CH2O)p−OX2、−O−(CH2CH2O)pCH2CH2−X2、およびそれらの任意の組合せ(ここで、pは1〜10,000であり、そしてX2はH、C1−8アルキル、保護基または末端官能基である)から選択される。〕;そして
ここで、少なくとも1個のAAが式(A−2)または式(B−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基であるか、または少なくとも1個のBBが式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基または式(D−1)または式(E−1)または式(F−1)または式(G−1)または式(H−1)または式(I−1)または式(J−1)または式(K−1)または式(L−1)である。}
の構造を有する化合物。
【請求項2】
環Aがフラン、チオフェン、ピロール、ピロリン、ピロリジン、ジオキソラン、オキサゾール、チアゾール、イミダゾール、イミダゾリン、イミダゾリジン、ピラゾール、ピラゾリン、ピラゾリジン、イソオキサゾール、イソチアゾール、オキサジアゾール、トリアゾール、チアジアゾール、ピラン、ピリジン、ピペリジン、ジオキサン、モルホリン、ジチアン、チオモルホリン、ピリダジン、ピリミジン、ピラジン、ピペラジン、トリアジン、トリチアン、インドリジン、インドール、イソインドール、インドリン、ベンゾフラン、ベンゾチオフェン、インダゾール、ベンゾイミダゾール、ベンゾチアゾール、プリン、キノリジン、キノリン、イソキノリン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、ナフチリジン、プテリジン、キヌクリジン、カルバゾール、アクリジン、フェナジン、フェンチアジン、フェノキサジン、フェニル、インデン、ナフタレン、アズレン、フルオレン、アントラセン、フェンアントラセン、ノルボランおよびアダマンチンから選択される、請求項1に記載の化合物。
【請求項3】
環Aがフェニル、ナフタレンおよびピリジンから選択される、請求項1に記載の化合物。
【請求項4】
各BBが独立してアミノ酸基、式(A−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(B−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(D−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(E−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(F−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(G−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(H−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(I−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(J−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(K−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(L−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基から選択される、請求項1に記載の化合物;
【化4】
〔式中、
R3、R5および各R4は独立してH、−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
R6はHまたはC1アルキルであり;
存在するとき各R7は独立して−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
Lは結合、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレン、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキレン、C2−8アルケニレン、ハロ−置換−C2−8アルケニレン、ヒドロキシ−置換−C2−8アルケニレン、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、−O(CR11R12)k−、−S(CR11R12)k−、−S(O)k(CR11R12)k−、−O(CR11R12)k−NR11C(O)−、−O(CR11R12)kC(O)NR11−、−C(O)−、−C(O)(CR11R12)k−、−C(S)−、−C(S)(CR11R12)k−、−C(O)NR11−、−NR11C(O)−、−NR11(CR11R12)k−、−CONR11(CR11R12)k−、−N(R11)CO(CR11R12)k−、−C(O)NR11(CR11R12)k−、−NR11C(O)(CR11R12)k−から選択され、ここで、各R11およびR12は独立してH、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、またはヒドロキシ−置換−C1−8アルキルであり、そしてkは1〜12の整数であり、そして
X1は標識、色素、ポリマー、水溶性ポリマー、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)の誘導体、糖、脂質、光クロスリンカー、細胞毒性化合物、医薬、親和性標識、光親和性標識、反応性化合物;樹脂、ペプチド、第二タンパク質またはポリペプチドまたはポリペプチド類似体、抗体または抗体フラグメント、金属キレート剤、補因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、DNA、RNA、PCRプローブ、アンチセンスポリヌクレオチド、リボ−オリゴヌクレオチド、デオキシリボ−オリゴヌクレオチド、ホスホロチオエート修飾DNA、修飾DNAおよびRNA、ペプチド核酸、糖類、二糖類、オリゴ糖類、多糖類、水溶性デントリマー、シクロデキストリン、生体材料、ナノ粒子、スピン標識、フルオロフォア、金属含有部分、放射活性部分、新規官能基、他の分子と共有結合的にまたは非共有結合的に相互作用する基、フォトケージド部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体、重原子包含部分、化学的開裂可能基、光開裂可能基、伸長側鎖、炭素架橋糖、酸化還元活性剤、アミノチオ酸、毒性部分、同位体標識部分、生物物理学的プローブ、リン光基、発色団基、化学発光基、蛍光部分、高電子密度基、磁性基、挿入基、キレート化基、発色団基、エネルギー移動剤、生物学的活性剤、検出可能標識、小分子、阻害性リボ核酸、siRNA、放射性ヌクレオチド、中性子捕獲剤、ビオチンの誘導体、量子ドット(群)、ナノトランスミッター、ラジオトランスミッター、アブザイム、酵素、活性錯体アクティベーター、ウイルス、毒素、アジュバント、TLR2アゴニスト、TLR4アゴニスト、TLR7アゴニスト、TLR9アゴニスト、TLR8アゴニスト、T細胞エピトープ、リン脂質、LPS様分子、キーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、免疫原性ハプテン、アグリカン、アレルゲン、アンジオスタチン、抗ホルモン、抗酸化剤、アプタマー、ガイドRNA、サポニン、シャトルベクター、高分子、ミモトープ、受容体、逆ミセル、界面活性剤、免疫応答増強剤、蛍光色素、FRET試薬、ラジオ・イメージングプローブ、他の分光学プローブ、プロドラッグ、免疫療法用毒素、固体支持体、−CH2CH2−(OCH2CH2O)p−OX2、−O−(CH2CH2O)pCH2CH2−X2、およびそれらの任意の組合せ(ここで、pは1〜10,000であり、そしてX2はH、C1−8アルキル、保護基または末端官能基である)から選択される。〕。
【請求項5】
R6がHである、請求項1〜4のいずれかに記載の化合物。
【請求項6】
R6がC1アルキルである、請求項1〜4のいずれかに記載の化合物。
【請求項7】
R7が−LX1である、請求項1〜6のいずれかに記載の化合物。
【請求項8】
X1が糖、ポリエチレングリコール、蛍光部分、免疫調節剤、リボ核酸、デオキシリボ核酸、タンパク質、ペプチド、ビオチン、リン脂質、TLR7アゴニスト、免疫原性ハプテンまたは固体支持体である、請求項7に記載の化合物。
【請求項9】
Lがポリ(アルキレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレンまたはヒドロキシ−置換−C1−8アルキレンである、請求項8に記載の化合物。
【請求項10】
タンパク質を誘導体化する方法であって、ここで、該タンパク質は式(I)の構造を有し、該方法は、該タンパク質と式(III)または式(IV)の反応材を反応させることを含み;ここで式(I)は:
【化5】
{式中:
R1はHまたはアミノ末端修飾基であり;
R2はOHまたはカルボキシ末端修飾基であり;
nは1〜5000の整数であり;
各AAは独立して選択されるアミノ酸基、ピロリシンアミノ酸基、式(A−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(B−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基であり;
【化6】
(式中、R6はHまたはC1アルキルである)、そして
少なくとも1個のAAはピロリシンアミノ酸基または式(A−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基または式(B−1)であり;
そして、ここで、式(III)および式(IV)は:
【化7】
〔式中:
R3、R5および各R4は独立してH、−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
AはC3−C8シクロアルキル、C3−C8ヘテロシクロアルキル、5−6員単環式アリール、5−6員単環式ヘテロアリール、9−10員縮合二環式環または13−14員縮合三環式環であり、ここで、Aは、場合により−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から独立して選択される1〜5個の置換基により置換されていてよく;
Lは結合、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレン、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキレン、C2−8アルケニレン、ハロ−置換−C2−8アルケニレン、ヒドロキシ−置換−C2−8アルケニレン、ポリ(アルキレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)、−O(CR11R12)k−、−S(CR11R12)k−、−S(O)k(CR11R12)k−、−O(CR11R12)k−NR11C(O)−、−O(CR11R12)kC(O)NR11−、−C(O)−、−C(O)(CR11R12)k−、−C(S)−、−C(S)(CR11R12)k−、−C(O)NR11−、−NR11C(O)−、−NR11(CR11R12)k−、−CONR11(CR11R12)k−、−N(R11)CO(CR11R12)k−、−C(O)NR11(CR11R12)k−、−NR11C(O)(CR11R12)k−から選択され、ここで、各R11およびR12は独立してH、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、またはヒドロキシ−置換−C1−8アルキルであり、そしてkは1〜12の整数であり、そして
X1は標識、色素、ポリマー、水溶性ポリマー、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)の誘導体、糖、脂質、光クロスリンカー、細胞毒性化合物、医薬、親和性標識、光親和性標識、反応性化合物;樹脂、ペプチド、第二タンパク質またはポリペプチドまたはポリペプチド類似体、抗体または抗体フラグメント、金属キレート剤、補因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、DNA、RNA、PCRプローブ、アンチセンスポリヌクレオチド、リボ−オリゴヌクレオチド、デオキシリボ−オリゴヌクレオチド、ホスホロチオエート修飾DNA、修飾DNAおよびRNA、ペプチド核酸、糖類、二糖類、オリゴ糖類、多糖類、水溶性デントリマー、シクロデキストリン、生体材料、ナノ粒子、スピン標識、フルオロフォア、金属含有部分、放射活性部分、新規官能基、他の分子と共有結合的にまたは非共有結合的に相互作用する基、フォトケージド部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体、重原子包含部分、化学的開裂可能基、光開裂可能基、伸長側鎖、炭素架橋糖、酸化還元活性剤、アミノチオ酸、毒性部分、同位体標識部分、生物物理学的プローブ、リン光基、発色団基、化学発光基、蛍光部分、高電子密度基、磁性基、挿入基、キレート化基、発色団基、エネルギー移動剤、生物学的活性剤、検出可能標識、小分子、阻害性リボ核酸、siRNA、放射性ヌクレオチド、中性子捕獲剤、ビオチンの誘導体、量子ドット(群)、ナノトランスミッター、ラジオトランスミッター、アブザイム、酵素、活性錯体アクティベーター、ウイルス、毒素、アジュバント、TLR2アゴニスト、TLR4アゴニスト、TLR7アゴニスト、TLR9アゴニスト、TLR8アゴニスト、T細胞エピトープ、リン脂質、LPS様分子、キーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、免疫原性ハプテン、アグリカン、アレルゲン、アンジオスタチン、抗ホルモン、抗酸化剤、アプタマー、ガイドRNA、サポニン、シャトルベクター、高分子、ミモトープ、受容体、逆ミセル、界面活性剤、免疫応答増強剤、蛍光色素、FRET試薬、ラジオ・イメージングプローブ、他の分光学プローブ、プロドラッグ、免疫療法用毒素、固体支持体、−CH2CH2−(OCH2CH2O)p−OX2、−O−(CH2CH2O)pCH2CH2−X2、およびそれらの任意の組合せ(ここで、pは1〜10,000であり、そしてX2はH、C1−8アルキル、保護基または末端官能基である)から選択される。〕
に対応する。}
に対応する、方法。
【請求項11】
式(A−1)のアミノ酸がアミノ酸基式(A−2)または式(A−3):
【化8】
の構造を有する、請求項10に記載の方法。
【請求項12】
式(B−1)のアミノ酸基がアミノ酸基式(B−2)または式(B−3):
【化9】
の構造を有する、請求項11に記載の方法。
【請求項13】
式(A−1)のアミノ酸が式(V)のアミノ酸基であり、そして式(B−1)のアミノ酸基が式(VI)のアミノ酸基である:
【化10】
〔式中、R6はHまたはC1アルキルである。〕
請求項12に記載の方法。
【請求項14】
式(V)または式(VI)のアミノ酸をpylC遺伝子およびpylD遺伝子を含む細胞内で生合成的に製造し、そして細胞は前駆体を含む増殖培地と接触している、請求項13に記載の方法。
【請求項15】
式(V)または式(VI)のアミノ酸をpylB遺伝子、pylC遺伝子およびpylD遺伝子を含む細胞内で生合成的に製造し、そして細胞は前駆体を含む増殖培地と接触している、請求項13に記載の方法。
【請求項16】
式(V)のアミノ酸が式(VII)
【化11】
の構造を有するアミノ酸であり、そして前駆体がD−オルニチン、D−アルギニン、(2S)−2−アミノ−6−(2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸または(2S)−2−アミノ−6−((R)−2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸である、請求項14または15に記載の方法。
【請求項17】
式(VI)のアミノ酸が式(VIII):
【化12】
の構造を有するアミノ酸であり、そして前駆体がD−オルニチン、D−アルギニン、(2S)−2−アミノ−6−(2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸または(2S)−2−アミノ−6−((R)−2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸である、請求項14または15に記載の方法。
【請求項18】
式(V)のアミノ酸が式(IX)
【化13】
の構造を有するアミノ酸であり、そして前駆体がD−オルニチン、D−アルギニン、2,5−ジアミノ−3−メチルペンタン酸、(2S)−2−アミノ−6−(2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸または(2S)−2−アミノ−6−((R)−2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸である、請求項14または15に記載の方法。
【請求項19】
式(V)のアミノ酸が式(X)
【化14】
の構造を有するアミノ酸であり、そして前駆体がD−オルニチン、D−アルギニン、2,5−ジアミノ−3−メチルペンタン酸、(2R,3S)−2,5−ジアミノ−3−メチルペンタン酸、(2R,3R)−2,5−ジアミノ−3−メチルペンタン酸、(2S)−2−アミノ−6−(2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸または(2S)−2−アミノ−6−((R)−2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸である、請求項14または15に記載の方法。
【請求項20】
式(V)、式(VI)、式(VII)、式(VII)、式(IX)または式(X)のアミノ酸が直交性tRNA(O−tRNA)および直交性アミノアシルtRNAシンセターゼ(O−RS)により細胞内のタンパク質に取り込まれ、ここで、該O−RSが式(V)または式(VI)のアミノ酸を有するO−tRNAをアミノアシル化し、そしてO−tRNA細胞内のmRNAの少なくとも1個のセレクター・コドンを認識する、請求項14〜19のいずれかに記載の方法。
【請求項21】
細胞がさらにpylS遺伝子およびpylT遺伝子を含み、そして式(V)、式(VI)、式(VII)、式(VII)、式(IX)または式(X)のアミノ酸がアミノアシルtRNAシンテターゼおよびtRNAにより細胞内のタンパク質に取り込まれ、これは細胞内のmRNAの少なくとも1個のセレクター・コドンを認識し、ここで、該アミノアシルtRNAシンセターゼがpylS遺伝子の遺伝子産物であり、そしてtRNAがpylT遺伝子の遺伝子産物である、請求項14〜20のいずれかに記載の方法。
【請求項22】
セレクター・コドンがTAGアンバーコドンである、請求項20または21に記載の方法。
【請求項23】
細胞が原核細胞である、請求項14〜22のいずれかに記載の方法。
【請求項24】
細胞が真核細胞である、請求項14〜22のいずれかに記載の方法。
【請求項25】
細胞が大腸菌細胞である、請求項23に記載の方法。
【請求項26】
細胞が哺乳動物細胞、酵母細胞または昆虫細胞である、請求項24に記載の方法。
【請求項27】
哺乳動物細胞がCHO細胞、HeLa細胞またはHEK293F細胞である、請求項26に記載の方法。
【請求項28】
昆虫細胞がsf9細胞である、請求項26に記載の方法。
【請求項29】
誘導体化タンパク質が式(II):
【化15】
〔式中:
R1はHまたはアミノ末端修飾基であり;
R2はOHまたはカルボキシ末端修飾基であり;
nは1〜5000の整数であり;
各BBは独立してアミノ酸基、式(A−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(B−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(D−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(E−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(F−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(G−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(H−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(I−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(J−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(K−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(L−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基から選択され;
【化16】
【化17】
ここで、少なくとも1個のBBが式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基または式(D−1)または式(E−1)または式(F−1)または式(G−1)または式(H−1)または式(I−1)または式(J−1)または式(K−1)または式(I−L)である。〕
に従う構造を有する、請求項10〜28のいずれかに記載の方法。
【請求項30】
環Aがフラン、チオフェン、ピロール、ピロリン、ピロリジン、ジオキソラン、オキサゾール、チアゾール、イミダゾール、イミダゾリン、イミダゾリジン、ピラゾール、ピラゾリン、ピラゾリジン、イソオキサゾール、イソチアゾール、オキサジアゾール、トリアゾール、チアジアゾール、ピラン、ピリジン、ピペリジン、ジオキサン、モルホリン、ジチアン、チオモルホリン、ピリダジン、ピリミジン、ピラジン、ピペラジン、トリアジン、トリチアン、インドリジン、インドール、イソインドール、インドリン、ベンゾフラン、ベンゾチオフェン、インダゾール、ベンゾイミダゾール、ベンゾチアゾール、プリン、キノリジン、キノリン、イソキノリン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、ナフチリジン、プテリジン、キヌクリジン、カルバゾール、アクリジン、フェナジン、フェンチアジン、フェノキサジン、フェニル、インデン、ナフタレン、アズレン、フルオレン、アントラセン、フェンアントラセン、ノルボランおよびアダマンチンから選択される、請求項29に記載の方法。
【請求項31】
環Aがフェニル、ナフタリルおよびピリジルから選択される、請求項29に記載の方法。
【請求項32】
各BBが独立してアミノ酸基、式(A−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(B−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(D−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(E−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(F−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(G−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(H−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(I−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(J−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(K−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(L−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基から選択される、請求項29に記載の方法;
【化18】
〔式中、
R3、R5および各R4は独立してH、−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
R6はHまたはC1アルキルであり;
存在するとき各R7は独立して−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
Lは結合、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレン、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキレン、C2−8アルケニレン、ハロ−置換−C2−8アルケニレン、ヒドロキシ−置換−C2−8アルケニレン、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、−O(CR11R12)k−、−S(CR11R12)k−、−S(O)k(CR11R12)k−、−O(CR11R12)k−NR11C(O)−、−O(CR11R12)kC(O)NR11−、−C(O)−、−C(O)(CR11R12)k−、−C(S)−、−C(S)(CR11R12)k−、−C(O)NR11−、−NR11C(O)−、−NR11(CR11R12)k−、−CONR11(CR11R12)k−、−N(R11)CO(CR11R12)k−、−C(O)NR11(CR11R12)k−、−NR11C(O)(CR11R12)k−から選択され、ここで、各R11およびR12は独立してH、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、またはヒドロキシ−置換−C1−8アルキルであり、そしてkは1〜12の整数であり、そして
X1は標識、色素、ポリマー、水溶性ポリマー、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)の誘導体、糖、脂質、光クロスリンカー、細胞毒性化合物、医薬、親和性標識、光親和性標識、反応性化合物;樹脂、ペプチド、第二タンパク質またはポリペプチドまたはポリペプチド類似体、抗体または抗体フラグメント、金属キレート剤、補因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、DNA、RNA、PCRプローブ、アンチセンスポリヌクレオチド、リボ−オリゴヌクレオチド、デオキシリボ−オリゴヌクレオチド、ホスホロチオエート修飾DNA、修飾DNAおよびRNA、ペプチド核酸、糖類、二糖類、オリゴ糖類、多糖類、水溶性デントリマー、シクロデキストリン、生体材料、ナノ粒子、スピン標識、フルオロフォア、金属含有部分、放射活性部分、新規官能基、他の分子と共有結合的にまたは非共有結合的に相互作用する基、フォトケージド部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体、重原子包含部分、化学的開裂可能基、光開裂可能基、伸長側鎖、炭素架橋糖、酸化還元活性剤、アミノチオ酸、毒性部分、同位体標識部分、生物物理学的プローブ、リン光基、発色団基、化学発光基、蛍光部分、高電子密度基、磁性基、挿入基、キレート化基、発色団基、エネルギー移動剤、生物学的活性剤、検出可能標識、小分子、阻害性リボ核酸、siRNA、放射性ヌクレオチド、中性子捕獲剤、ビオチンの誘導体、量子ドット(群)、ナノトランスミッター、ラジオトランスミッター、アブザイム、酵素、活性錯体アクティベーター、ウイルス、毒素、アジュバント、TLR2アゴニスト、TLR4アゴニスト、TLR7アゴニスト、TLR9アゴニスト、TLR8アゴニスト、T細胞エピトープ、リン脂質、LPS様分子、キーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、免疫原性ハプテン、アグリカン、アレルゲン、アンジオスタチン、抗ホルモン、抗酸化剤、アプタマー、ガイドRNA、サポニン、シャトルベクター、高分子、ミモトープ、受容体、逆ミセル、界面活性剤、免疫応答増強剤、蛍光色素、FRET試薬、ラジオ・イメージングプローブ、他の分光学プローブ、プロドラッグ、免疫療法用毒素、固体支持体、−CH2CH2−(OCH2CH2O)p−OX2、−O−(CH2CH2O)pCH2CH2−X2、およびそれらの任意の組合せ(ここで、pは1〜10,000であり、そしてX2はH、C1−8アルキル、保護基または末端官能基である)から選択される。〕。
【請求項33】
R6がHである、請求項10〜33のいずれかに記載の方法。
【請求項34】
R6がC1アルキルである、請求項10〜33のいずれかに記載の方法。
【請求項35】
R7が−LX1である、請求項10〜34のいずれかに記載の方法。
【請求項36】
Xが糖、ポリエチレングリコール、蛍光部分、リボ核酸、デオキシリボ核酸、タンパク質、リン脂質、TLR7アゴニスト、免疫原性ハプテンまたは固体支持体である、請求項35に記載の方法。
【請求項37】
Lがポリ(アルキレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレンまたはヒドロキシ−置換−C1−8アルキレンである、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
式(IV)の反応材が
【化19】
〔式中:
Lは結合、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレン、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキレン、C2−8アルケニレン、ハロ−置換−C2−8アルケニレン、ヒドロキシ−置換−C2−8アルケニレン、ポリ(アルキレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)、−O(CR11R12)k−、−(CR11R12)kC(O)−、−S(CR11R12)k−、−S(O)k(CR11R12)k−、−O(CR11R12)k−NR11C(O)−、−O(CR11R12)kC(O)NR11−、−C(O)−、−C(O)(CR11R12)k−、−C(S)−、−C(S)(CR11R12)k−、−C(O)NR11−、−NR11C(O)−、−NR11(CR11R12)k−、−CONR11(CR11R12)k−、−N(R11)CO(CR11R12)k−、−C(O)NR11(CR11R12)k−、−NR11C(O)(CR11R12)k−から選択され、ここで、各R11およびR12は独立してH、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、またはヒドロキシ−置換−C1−8アルキルであり、そしてkは1〜12の整数であり、そして
X1は標識、色素、ポリマー、水溶性ポリマー、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)の誘導体、糖、脂質、光クロスリンカー、細胞毒性化合物、医薬、親和性標識、光親和性標識、反応性化合物;樹脂、ペプチド、第二タンパク質またはポリペプチドまたはポリペプチド類似体、抗体または抗体フラグメント、金属キレート剤、補因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、DNA、RNA、PCRプローブ、アンチセンスポリヌクレオチド、リボ−オリゴヌクレオチド、デオキシリボ−オリゴヌクレオチド、ホスホロチオエート修飾DNA、修飾DNAおよびRNA、ペプチド核酸、糖類、二糖類、オリゴ糖類、多糖類、水溶性デントリマー、シクロデキストリン、生体材料、ナノ粒子、スピン標識、フルオロフォア、金属含有部分、放射活性部分、新規官能基、他の分子と共有結合的にまたは非共有結合的に相互作用する基、フォトケージド部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体、重原子包含部分、化学的開裂可能基、光開裂可能基、伸長側鎖、炭素架橋糖、酸化還元活性剤、アミノチオ酸、毒性部分、同位体標識部分、生物物理学的プローブ、リン光基、発色団基、化学発光基、蛍光部分、高電子密度基、磁性基、挿入基、キレート化基、発色団基、エネルギー移動剤、生物学的活性剤、検出可能標識、小分子、阻害性リボ核酸、siRNA、放射性ヌクレオチド、中性子捕獲剤、ビオチンの誘導体、量子ドット(群)、ナノトランスミッター、ラジオトランスミッター、アブザイム、酵素、活性錯体アクティベーター、ウイルス、毒素、アジュバント、TLR2アゴニスト、TLR4アゴニスト、TLR7アゴニスト、TLR9アゴニスト、TLR8アゴニスト、T細胞エピトープ、リン脂質、LPS様分子、キーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、免疫原性ハプテン、アグリカン、アレルゲン、アンジオスタチン、抗ホルモン、抗酸化剤、アプタマー、ガイドRNA、サポニン、シャトルベクター、高分子、ミモトープ、受容体、逆ミセル、界面活性剤、免疫応答増強剤、蛍光色素、FRET試薬、ラジオ・イメージングプローブ、他の分光学プローブ、プロドラッグ、免疫療法用毒素、固体支持体、−CH2CH2−(OCH2CH2O)p−OX2、−O−(CH2CH2O)pCH2CH2−X2、およびそれらの任意の組合せ(ここで、pは1〜10,000であり、そしてX2はH、C1−8アルキル、保護基または末端官能基である)から選択される。〕
である、請求項10〜37のいずれかに記載の方法。
【請求項39】
Lが結合であり、そしてX1がポリエチレングリコールである、請求項38に記載の方法。
【請求項40】
式(IV)の反応材が
【化20】
【化21】
【化22】
〔式中:
exPADREは配列番号28のペプチドであり;
PADREは配列番号29のペプチドであり;
BG1は配列番号30のポリヌクレオチドであり、そして
BG2は配列番号31のポリヌクレオチドである。〕
から選択される、請求項10〜39のいずれかに記載の方法。
【請求項41】
式(VII)または式(VIII):
【化23】
〔ここで、該式(VII)または式(VIII)の化合物をpylC遺伝子およびpylD遺伝子を含む細胞内で生合成的に製造し、そして細胞は前駆体を含む増殖培地と接触している。〕
の構造を有する、化合物。
【請求項42】
細胞がpylB遺伝子、pylC遺伝子およびpylD遺伝子を含む、請求項41に記載の化合物。
【請求項43】
前駆体がD−オルニチン、D−アルギニン、(2S)−2−アミノ−6−(2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸または(2S)−2−アミノ−6−((R)−2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸である、請求項41または42に記載の化合物。
【請求項44】
前駆体がD−オルニチンまたはD−アルギニンである、請求項41または42に記載の化合物。
【請求項45】
式(VII)または式(VIII)の化合物が直交性tRNA(O−tRNA)および直交性アミノアシルtRNAシンセターゼ(O−RS)により細胞内のタンパク質に取り込まれ、ここで、該O−RSが式(V)または式(VI)の化合物を有するO−tRNAをアミノアシル化し、そして該O−tRNAが細胞内のmRNAの少なくとも1個のセレクター・コドンを認識する、請求項41〜44のいずれかに記載の化合物。
【請求項46】
細胞がさらにpylS遺伝子およびpylT遺伝子を含み、そして式(V)または式(VI)の化合物がアミノアシルtRNAシンテターゼおよびtRNAにより細胞内のタンパク質に取り込まれ、これは細胞内のmRNAの少なくとも1個のセレクター・コドンを認識し、ここで、該アミノアシルtRNAシンセターゼがpylS遺伝子の遺伝子産物であり、そしてtRNAがpylT遺伝子の遺伝子産物である、請求項41〜44のいずれかに記載の化合物。
【請求項47】
セレクター・コドンがTAGアンバーコドンである、請求項45または46に記載の化合物。
【請求項48】
細胞が原核細胞である、請求項41〜47のいずれかに記載の化合物。
【請求項49】
細胞が真核細胞である、請求項41〜47のいずれかに記載の化合物。
【請求項50】
細胞が大腸菌細胞である、請求項48に記載の化合物。
【請求項51】
細胞が哺乳動物細胞、酵母細胞または昆虫細胞である、請求項49に記載の化合物。
【請求項52】
哺乳動物細胞がCHO細胞、HeLa細胞またはHEK293F細胞である、請求項51に記載の化合物。
【請求項53】
昆虫細胞がsf9細胞である、請求項51に記載の化合物。
【請求項1】
式(I)または(II):
【化1】
{式中:
R1はHまたはアミノ末端修飾基であり;
R2はOHまたはカルボキシ末端修飾基であり;
nは1〜5000の整数であり;
各AAは独立してアミノ酸基、式(A−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(B−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基から選択され;
各BBは独立してアミノ酸基、式(A−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(B−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(D−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(E−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(F−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(G−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(H−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(I−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(J−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(K−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(L−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基から選択され;
【化2】
【化3】
〔式中:
R3、R5および各R4は独立してH、−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
R6はHまたはC1アルキルであり;
AはC3−C8シクロアルキル、C3−C8ヘテロシクロアルキル、5−6員単環式アリール、5−6員単環式ヘテロアリール、9−10員縮合二環式環または13−14員縮合三環式環であり、ここで、Aは、場合により−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から独立して選択される1〜5個の置換基により置換されていてよく;
Lは結合、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレン、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキレン、C2−8アルケニレン、ハロ−置換−C2−8アルケニレン、ヒドロキシ−置換−C2−8アルケニレン,−O(CR11R12)k−、−S(CR11R12)k−、−S(O)k(CR11R12)k−、−O(CR11R12)k−NR11C(O)−、−O(CR11R12)kC(O)NR11−、−C(O)−、−C(O)(CR11R12)k−、−C(S)−、−C(S)(CR11R12)k−、−C(O)NR11−、−NR11C(O)−、−NR11(CR11R12)k−、−CONR11(CR11R12)k−、−N(R11)CO(CR11R12)k−、−C(O)NR11(CR11R12)k−、−NR11C(O)(CR11R12)k−から選択され、ここで、各R11およびR12は独立してH、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、またはヒドロキシ−置換−C1−8アルキルであり、そしてkは1〜12の整数であり、そして
X1は標識、色素、ポリマー、水溶性ポリマー、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)の誘導体、糖、脂質、光クロスリンカー、細胞毒性化合物、医薬、親和性標識、光親和性標識、反応性化合物;樹脂、ペプチド、第二タンパク質またはポリペプチドまたはポリペプチド類似体、抗体または抗体フラグメント、金属キレート剤、補因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、DNA、RNA、PCRプローブ、アンチセンスポリヌクレオチド、リボ−オリゴヌクレオチド、デオキシリボ−オリゴヌクレオチド、ホスホロチオエート修飾DNA、修飾DNAおよびRNA、ペプチド核酸、糖類、二糖類、オリゴ糖類、多糖類、水溶性デントリマー、シクロデキストリン、生体材料、ナノ粒子、スピン標識、フルオロフォア、金属含有部分、放射活性部分、新規官能基、他の分子と共有結合的にまたは非共有結合的に相互作用する基、フォトケージド部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体、重原子包含部分、化学的開裂可能基、光開裂可能基、伸長側鎖、炭素架橋糖、酸化還元活性剤、アミノチオ酸、毒性部分、同位体標識部分、生物物理学的プローブ、リン光基、発色団基、化学発光基、蛍光部分、高電子密度基、磁性基、挿入基、キレート化基、発色団基、エネルギー移動剤、生物学的活性剤、検出可能標識、小分子、阻害性リボ核酸、siRNA、放射性ヌクレオチド、中性子捕獲剤、ビオチンの誘導体、量子ドット(群)、ナノトランスミッター、ラジオトランスミッター、アブザイム、酵素、活性錯体アクティベーター、ウイルス、毒素、アジュバント、TLR2アゴニスト、TLR4アゴニスト、TLR7アゴニスト、TLR9アゴニスト、TLR8アゴニスト、T細胞エピトープ、リン脂質、LPS様分子、キーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、免疫原性ハプテン、アグリカン、アレルゲン、アンジオスタチン、抗ホルモン、抗酸化剤、アプタマー、ガイドRNA、サポニン、シャトルベクター、高分子、ミモトープ、受容体、逆ミセル、界面活性剤、免疫応答増強剤、蛍光色素、FRET試薬、ラジオ・イメージングプローブ、他の分光学プローブ、プロドラッグ、免疫療法用毒素、固体支持体、−CH2CH2−(OCH2CH2O)p−OX2、−O−(CH2CH2O)pCH2CH2−X2、およびそれらの任意の組合せ(ここで、pは1〜10,000であり、そしてX2はH、C1−8アルキル、保護基または末端官能基である)から選択される。〕;そして
ここで、少なくとも1個のAAが式(A−2)または式(B−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基であるか、または少なくとも1個のBBが式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基または式(D−1)または式(E−1)または式(F−1)または式(G−1)または式(H−1)または式(I−1)または式(J−1)または式(K−1)または式(L−1)である。}
の構造を有する化合物。
【請求項2】
環Aがフラン、チオフェン、ピロール、ピロリン、ピロリジン、ジオキソラン、オキサゾール、チアゾール、イミダゾール、イミダゾリン、イミダゾリジン、ピラゾール、ピラゾリン、ピラゾリジン、イソオキサゾール、イソチアゾール、オキサジアゾール、トリアゾール、チアジアゾール、ピラン、ピリジン、ピペリジン、ジオキサン、モルホリン、ジチアン、チオモルホリン、ピリダジン、ピリミジン、ピラジン、ピペラジン、トリアジン、トリチアン、インドリジン、インドール、イソインドール、インドリン、ベンゾフラン、ベンゾチオフェン、インダゾール、ベンゾイミダゾール、ベンゾチアゾール、プリン、キノリジン、キノリン、イソキノリン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、ナフチリジン、プテリジン、キヌクリジン、カルバゾール、アクリジン、フェナジン、フェンチアジン、フェノキサジン、フェニル、インデン、ナフタレン、アズレン、フルオレン、アントラセン、フェンアントラセン、ノルボランおよびアダマンチンから選択される、請求項1に記載の化合物。
【請求項3】
環Aがフェニル、ナフタレンおよびピリジンから選択される、請求項1に記載の化合物。
【請求項4】
各BBが独立してアミノ酸基、式(A−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(B−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(D−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(E−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(F−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(G−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(H−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(I−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(J−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(K−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(L−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基から選択される、請求項1に記載の化合物;
【化4】
〔式中、
R3、R5および各R4は独立してH、−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
R6はHまたはC1アルキルであり;
存在するとき各R7は独立して−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
Lは結合、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレン、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキレン、C2−8アルケニレン、ハロ−置換−C2−8アルケニレン、ヒドロキシ−置換−C2−8アルケニレン、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、−O(CR11R12)k−、−S(CR11R12)k−、−S(O)k(CR11R12)k−、−O(CR11R12)k−NR11C(O)−、−O(CR11R12)kC(O)NR11−、−C(O)−、−C(O)(CR11R12)k−、−C(S)−、−C(S)(CR11R12)k−、−C(O)NR11−、−NR11C(O)−、−NR11(CR11R12)k−、−CONR11(CR11R12)k−、−N(R11)CO(CR11R12)k−、−C(O)NR11(CR11R12)k−、−NR11C(O)(CR11R12)k−から選択され、ここで、各R11およびR12は独立してH、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、またはヒドロキシ−置換−C1−8アルキルであり、そしてkは1〜12の整数であり、そして
X1は標識、色素、ポリマー、水溶性ポリマー、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)の誘導体、糖、脂質、光クロスリンカー、細胞毒性化合物、医薬、親和性標識、光親和性標識、反応性化合物;樹脂、ペプチド、第二タンパク質またはポリペプチドまたはポリペプチド類似体、抗体または抗体フラグメント、金属キレート剤、補因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、DNA、RNA、PCRプローブ、アンチセンスポリヌクレオチド、リボ−オリゴヌクレオチド、デオキシリボ−オリゴヌクレオチド、ホスホロチオエート修飾DNA、修飾DNAおよびRNA、ペプチド核酸、糖類、二糖類、オリゴ糖類、多糖類、水溶性デントリマー、シクロデキストリン、生体材料、ナノ粒子、スピン標識、フルオロフォア、金属含有部分、放射活性部分、新規官能基、他の分子と共有結合的にまたは非共有結合的に相互作用する基、フォトケージド部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体、重原子包含部分、化学的開裂可能基、光開裂可能基、伸長側鎖、炭素架橋糖、酸化還元活性剤、アミノチオ酸、毒性部分、同位体標識部分、生物物理学的プローブ、リン光基、発色団基、化学発光基、蛍光部分、高電子密度基、磁性基、挿入基、キレート化基、発色団基、エネルギー移動剤、生物学的活性剤、検出可能標識、小分子、阻害性リボ核酸、siRNA、放射性ヌクレオチド、中性子捕獲剤、ビオチンの誘導体、量子ドット(群)、ナノトランスミッター、ラジオトランスミッター、アブザイム、酵素、活性錯体アクティベーター、ウイルス、毒素、アジュバント、TLR2アゴニスト、TLR4アゴニスト、TLR7アゴニスト、TLR9アゴニスト、TLR8アゴニスト、T細胞エピトープ、リン脂質、LPS様分子、キーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、免疫原性ハプテン、アグリカン、アレルゲン、アンジオスタチン、抗ホルモン、抗酸化剤、アプタマー、ガイドRNA、サポニン、シャトルベクター、高分子、ミモトープ、受容体、逆ミセル、界面活性剤、免疫応答増強剤、蛍光色素、FRET試薬、ラジオ・イメージングプローブ、他の分光学プローブ、プロドラッグ、免疫療法用毒素、固体支持体、−CH2CH2−(OCH2CH2O)p−OX2、−O−(CH2CH2O)pCH2CH2−X2、およびそれらの任意の組合せ(ここで、pは1〜10,000であり、そしてX2はH、C1−8アルキル、保護基または末端官能基である)から選択される。〕。
【請求項5】
R6がHである、請求項1〜4のいずれかに記載の化合物。
【請求項6】
R6がC1アルキルである、請求項1〜4のいずれかに記載の化合物。
【請求項7】
R7が−LX1である、請求項1〜6のいずれかに記載の化合物。
【請求項8】
X1が糖、ポリエチレングリコール、蛍光部分、免疫調節剤、リボ核酸、デオキシリボ核酸、タンパク質、ペプチド、ビオチン、リン脂質、TLR7アゴニスト、免疫原性ハプテンまたは固体支持体である、請求項7に記載の化合物。
【請求項9】
Lがポリ(アルキレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレンまたはヒドロキシ−置換−C1−8アルキレンである、請求項8に記載の化合物。
【請求項10】
タンパク質を誘導体化する方法であって、ここで、該タンパク質は式(I)の構造を有し、該方法は、該タンパク質と式(III)または式(IV)の反応材を反応させることを含み;ここで式(I)は:
【化5】
{式中:
R1はHまたはアミノ末端修飾基であり;
R2はOHまたはカルボキシ末端修飾基であり;
nは1〜5000の整数であり;
各AAは独立して選択されるアミノ酸基、ピロリシンアミノ酸基、式(A−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(B−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基であり;
【化6】
(式中、R6はHまたはC1アルキルである)、そして
少なくとも1個のAAはピロリシンアミノ酸基または式(A−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基または式(B−1)であり;
そして、ここで、式(III)および式(IV)は:
【化7】
〔式中:
R3、R5および各R4は独立してH、−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
AはC3−C8シクロアルキル、C3−C8ヘテロシクロアルキル、5−6員単環式アリール、5−6員単環式ヘテロアリール、9−10員縮合二環式環または13−14員縮合三環式環であり、ここで、Aは、場合により−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から独立して選択される1〜5個の置換基により置換されていてよく;
Lは結合、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレン、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキレン、C2−8アルケニレン、ハロ−置換−C2−8アルケニレン、ヒドロキシ−置換−C2−8アルケニレン、ポリ(アルキレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)、−O(CR11R12)k−、−S(CR11R12)k−、−S(O)k(CR11R12)k−、−O(CR11R12)k−NR11C(O)−、−O(CR11R12)kC(O)NR11−、−C(O)−、−C(O)(CR11R12)k−、−C(S)−、−C(S)(CR11R12)k−、−C(O)NR11−、−NR11C(O)−、−NR11(CR11R12)k−、−CONR11(CR11R12)k−、−N(R11)CO(CR11R12)k−、−C(O)NR11(CR11R12)k−、−NR11C(O)(CR11R12)k−から選択され、ここで、各R11およびR12は独立してH、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、またはヒドロキシ−置換−C1−8アルキルであり、そしてkは1〜12の整数であり、そして
X1は標識、色素、ポリマー、水溶性ポリマー、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)の誘導体、糖、脂質、光クロスリンカー、細胞毒性化合物、医薬、親和性標識、光親和性標識、反応性化合物;樹脂、ペプチド、第二タンパク質またはポリペプチドまたはポリペプチド類似体、抗体または抗体フラグメント、金属キレート剤、補因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、DNA、RNA、PCRプローブ、アンチセンスポリヌクレオチド、リボ−オリゴヌクレオチド、デオキシリボ−オリゴヌクレオチド、ホスホロチオエート修飾DNA、修飾DNAおよびRNA、ペプチド核酸、糖類、二糖類、オリゴ糖類、多糖類、水溶性デントリマー、シクロデキストリン、生体材料、ナノ粒子、スピン標識、フルオロフォア、金属含有部分、放射活性部分、新規官能基、他の分子と共有結合的にまたは非共有結合的に相互作用する基、フォトケージド部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体、重原子包含部分、化学的開裂可能基、光開裂可能基、伸長側鎖、炭素架橋糖、酸化還元活性剤、アミノチオ酸、毒性部分、同位体標識部分、生物物理学的プローブ、リン光基、発色団基、化学発光基、蛍光部分、高電子密度基、磁性基、挿入基、キレート化基、発色団基、エネルギー移動剤、生物学的活性剤、検出可能標識、小分子、阻害性リボ核酸、siRNA、放射性ヌクレオチド、中性子捕獲剤、ビオチンの誘導体、量子ドット(群)、ナノトランスミッター、ラジオトランスミッター、アブザイム、酵素、活性錯体アクティベーター、ウイルス、毒素、アジュバント、TLR2アゴニスト、TLR4アゴニスト、TLR7アゴニスト、TLR9アゴニスト、TLR8アゴニスト、T細胞エピトープ、リン脂質、LPS様分子、キーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、免疫原性ハプテン、アグリカン、アレルゲン、アンジオスタチン、抗ホルモン、抗酸化剤、アプタマー、ガイドRNA、サポニン、シャトルベクター、高分子、ミモトープ、受容体、逆ミセル、界面活性剤、免疫応答増強剤、蛍光色素、FRET試薬、ラジオ・イメージングプローブ、他の分光学プローブ、プロドラッグ、免疫療法用毒素、固体支持体、−CH2CH2−(OCH2CH2O)p−OX2、−O−(CH2CH2O)pCH2CH2−X2、およびそれらの任意の組合せ(ここで、pは1〜10,000であり、そしてX2はH、C1−8アルキル、保護基または末端官能基である)から選択される。〕
に対応する。}
に対応する、方法。
【請求項11】
式(A−1)のアミノ酸がアミノ酸基式(A−2)または式(A−3):
【化8】
の構造を有する、請求項10に記載の方法。
【請求項12】
式(B−1)のアミノ酸基がアミノ酸基式(B−2)または式(B−3):
【化9】
の構造を有する、請求項11に記載の方法。
【請求項13】
式(A−1)のアミノ酸が式(V)のアミノ酸基であり、そして式(B−1)のアミノ酸基が式(VI)のアミノ酸基である:
【化10】
〔式中、R6はHまたはC1アルキルである。〕
請求項12に記載の方法。
【請求項14】
式(V)または式(VI)のアミノ酸をpylC遺伝子およびpylD遺伝子を含む細胞内で生合成的に製造し、そして細胞は前駆体を含む増殖培地と接触している、請求項13に記載の方法。
【請求項15】
式(V)または式(VI)のアミノ酸をpylB遺伝子、pylC遺伝子およびpylD遺伝子を含む細胞内で生合成的に製造し、そして細胞は前駆体を含む増殖培地と接触している、請求項13に記載の方法。
【請求項16】
式(V)のアミノ酸が式(VII)
【化11】
の構造を有するアミノ酸であり、そして前駆体がD−オルニチン、D−アルギニン、(2S)−2−アミノ−6−(2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸または(2S)−2−アミノ−6−((R)−2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸である、請求項14または15に記載の方法。
【請求項17】
式(VI)のアミノ酸が式(VIII):
【化12】
の構造を有するアミノ酸であり、そして前駆体がD−オルニチン、D−アルギニン、(2S)−2−アミノ−6−(2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸または(2S)−2−アミノ−6−((R)−2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸である、請求項14または15に記載の方法。
【請求項18】
式(V)のアミノ酸が式(IX)
【化13】
の構造を有するアミノ酸であり、そして前駆体がD−オルニチン、D−アルギニン、2,5−ジアミノ−3−メチルペンタン酸、(2S)−2−アミノ−6−(2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸または(2S)−2−アミノ−6−((R)−2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸である、請求項14または15に記載の方法。
【請求項19】
式(V)のアミノ酸が式(X)
【化14】
の構造を有するアミノ酸であり、そして前駆体がD−オルニチン、D−アルギニン、2,5−ジアミノ−3−メチルペンタン酸、(2R,3S)−2,5−ジアミノ−3−メチルペンタン酸、(2R,3R)−2,5−ジアミノ−3−メチルペンタン酸、(2S)−2−アミノ−6−(2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸または(2S)−2−アミノ−6−((R)−2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸である、請求項14または15に記載の方法。
【請求項20】
式(V)、式(VI)、式(VII)、式(VII)、式(IX)または式(X)のアミノ酸が直交性tRNA(O−tRNA)および直交性アミノアシルtRNAシンセターゼ(O−RS)により細胞内のタンパク質に取り込まれ、ここで、該O−RSが式(V)または式(VI)のアミノ酸を有するO−tRNAをアミノアシル化し、そしてO−tRNA細胞内のmRNAの少なくとも1個のセレクター・コドンを認識する、請求項14〜19のいずれかに記載の方法。
【請求項21】
細胞がさらにpylS遺伝子およびpylT遺伝子を含み、そして式(V)、式(VI)、式(VII)、式(VII)、式(IX)または式(X)のアミノ酸がアミノアシルtRNAシンテターゼおよびtRNAにより細胞内のタンパク質に取り込まれ、これは細胞内のmRNAの少なくとも1個のセレクター・コドンを認識し、ここで、該アミノアシルtRNAシンセターゼがpylS遺伝子の遺伝子産物であり、そしてtRNAがpylT遺伝子の遺伝子産物である、請求項14〜20のいずれかに記載の方法。
【請求項22】
セレクター・コドンがTAGアンバーコドンである、請求項20または21に記載の方法。
【請求項23】
細胞が原核細胞である、請求項14〜22のいずれかに記載の方法。
【請求項24】
細胞が真核細胞である、請求項14〜22のいずれかに記載の方法。
【請求項25】
細胞が大腸菌細胞である、請求項23に記載の方法。
【請求項26】
細胞が哺乳動物細胞、酵母細胞または昆虫細胞である、請求項24に記載の方法。
【請求項27】
哺乳動物細胞がCHO細胞、HeLa細胞またはHEK293F細胞である、請求項26に記載の方法。
【請求項28】
昆虫細胞がsf9細胞である、請求項26に記載の方法。
【請求項29】
誘導体化タンパク質が式(II):
【化15】
〔式中:
R1はHまたはアミノ末端修飾基であり;
R2はOHまたはカルボキシ末端修飾基であり;
nは1〜5000の整数であり;
各BBは独立してアミノ酸基、式(A−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(B−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(D−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(E−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(F−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(G−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(H−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(I−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(J−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(K−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(L−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基から選択され;
【化16】
【化17】
ここで、少なくとも1個のBBが式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基または式(D−1)または式(E−1)または式(F−1)または式(G−1)または式(H−1)または式(I−1)または式(J−1)または式(K−1)または式(I−L)である。〕
に従う構造を有する、請求項10〜28のいずれかに記載の方法。
【請求項30】
環Aがフラン、チオフェン、ピロール、ピロリン、ピロリジン、ジオキソラン、オキサゾール、チアゾール、イミダゾール、イミダゾリン、イミダゾリジン、ピラゾール、ピラゾリン、ピラゾリジン、イソオキサゾール、イソチアゾール、オキサジアゾール、トリアゾール、チアジアゾール、ピラン、ピリジン、ピペリジン、ジオキサン、モルホリン、ジチアン、チオモルホリン、ピリダジン、ピリミジン、ピラジン、ピペラジン、トリアジン、トリチアン、インドリジン、インドール、イソインドール、インドリン、ベンゾフラン、ベンゾチオフェン、インダゾール、ベンゾイミダゾール、ベンゾチアゾール、プリン、キノリジン、キノリン、イソキノリン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、ナフチリジン、プテリジン、キヌクリジン、カルバゾール、アクリジン、フェナジン、フェンチアジン、フェノキサジン、フェニル、インデン、ナフタレン、アズレン、フルオレン、アントラセン、フェンアントラセン、ノルボランおよびアダマンチンから選択される、請求項29に記載の方法。
【請求項31】
環Aがフェニル、ナフタリルおよびピリジルから選択される、請求項29に記載の方法。
【請求項32】
各BBが独立してアミノ酸基、式(A−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(B−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(C−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(D−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(E−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(F−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(G−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(H−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(I−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(J−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基、式(K−1)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基および式(L−2)の構造を有するピロリシン類似体アミノ酸基から選択される、請求項29に記載の方法;
【化18】
〔式中、
R3、R5および各R4は独立してH、−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
R6はHまたはC1アルキルであり;
存在するとき各R7は独立して−OH、−NO2、ハロ、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキル(alkly)またはシクロアルキルおよび−LX1から選択され;
Lは結合、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレン、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキレン、C2−8アルケニレン、ハロ−置換−C2−8アルケニレン、ヒドロキシ−置換−C2−8アルケニレン、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、−O(CR11R12)k−、−S(CR11R12)k−、−S(O)k(CR11R12)k−、−O(CR11R12)k−NR11C(O)−、−O(CR11R12)kC(O)NR11−、−C(O)−、−C(O)(CR11R12)k−、−C(S)−、−C(S)(CR11R12)k−、−C(O)NR11−、−NR11C(O)−、−NR11(CR11R12)k−、−CONR11(CR11R12)k−、−N(R11)CO(CR11R12)k−、−C(O)NR11(CR11R12)k−、−NR11C(O)(CR11R12)k−から選択され、ここで、各R11およびR12は独立してH、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、またはヒドロキシ−置換−C1−8アルキルであり、そしてkは1〜12の整数であり、そして
X1は標識、色素、ポリマー、水溶性ポリマー、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)の誘導体、糖、脂質、光クロスリンカー、細胞毒性化合物、医薬、親和性標識、光親和性標識、反応性化合物;樹脂、ペプチド、第二タンパク質またはポリペプチドまたはポリペプチド類似体、抗体または抗体フラグメント、金属キレート剤、補因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、DNA、RNA、PCRプローブ、アンチセンスポリヌクレオチド、リボ−オリゴヌクレオチド、デオキシリボ−オリゴヌクレオチド、ホスホロチオエート修飾DNA、修飾DNAおよびRNA、ペプチド核酸、糖類、二糖類、オリゴ糖類、多糖類、水溶性デントリマー、シクロデキストリン、生体材料、ナノ粒子、スピン標識、フルオロフォア、金属含有部分、放射活性部分、新規官能基、他の分子と共有結合的にまたは非共有結合的に相互作用する基、フォトケージド部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体、重原子包含部分、化学的開裂可能基、光開裂可能基、伸長側鎖、炭素架橋糖、酸化還元活性剤、アミノチオ酸、毒性部分、同位体標識部分、生物物理学的プローブ、リン光基、発色団基、化学発光基、蛍光部分、高電子密度基、磁性基、挿入基、キレート化基、発色団基、エネルギー移動剤、生物学的活性剤、検出可能標識、小分子、阻害性リボ核酸、siRNA、放射性ヌクレオチド、中性子捕獲剤、ビオチンの誘導体、量子ドット(群)、ナノトランスミッター、ラジオトランスミッター、アブザイム、酵素、活性錯体アクティベーター、ウイルス、毒素、アジュバント、TLR2アゴニスト、TLR4アゴニスト、TLR7アゴニスト、TLR9アゴニスト、TLR8アゴニスト、T細胞エピトープ、リン脂質、LPS様分子、キーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、免疫原性ハプテン、アグリカン、アレルゲン、アンジオスタチン、抗ホルモン、抗酸化剤、アプタマー、ガイドRNA、サポニン、シャトルベクター、高分子、ミモトープ、受容体、逆ミセル、界面活性剤、免疫応答増強剤、蛍光色素、FRET試薬、ラジオ・イメージングプローブ、他の分光学プローブ、プロドラッグ、免疫療法用毒素、固体支持体、−CH2CH2−(OCH2CH2O)p−OX2、−O−(CH2CH2O)pCH2CH2−X2、およびそれらの任意の組合せ(ここで、pは1〜10,000であり、そしてX2はH、C1−8アルキル、保護基または末端官能基である)から選択される。〕。
【請求項33】
R6がHである、請求項10〜33のいずれかに記載の方法。
【請求項34】
R6がC1アルキルである、請求項10〜33のいずれかに記載の方法。
【請求項35】
R7が−LX1である、請求項10〜34のいずれかに記載の方法。
【請求項36】
Xが糖、ポリエチレングリコール、蛍光部分、リボ核酸、デオキシリボ核酸、タンパク質、リン脂質、TLR7アゴニスト、免疫原性ハプテンまたは固体支持体である、請求項35に記載の方法。
【請求項37】
Lがポリ(アルキレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレンまたはヒドロキシ−置換−C1−8アルキレンである、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
式(IV)の反応材が
【化19】
〔式中:
Lは結合、C1−8アルキレン、ハロ−置換−C1−8アルキレン、ヒドロキシ−置換−C1−8アルキレン、C2−8アルケニレン、ハロ−置換−C2−8アルケニレン、ヒドロキシ−置換−C2−8アルケニレン、ポリ(アルキレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)、−O(CR11R12)k−、−(CR11R12)kC(O)−、−S(CR11R12)k−、−S(O)k(CR11R12)k−、−O(CR11R12)k−NR11C(O)−、−O(CR11R12)kC(O)NR11−、−C(O)−、−C(O)(CR11R12)k−、−C(S)−、−C(S)(CR11R12)k−、−C(O)NR11−、−NR11C(O)−、−NR11(CR11R12)k−、−CONR11(CR11R12)k−、−N(R11)CO(CR11R12)k−、−C(O)NR11(CR11R12)k−、−NR11C(O)(CR11R12)k−から選択され、ここで、各R11およびR12は独立してH、C1−8アルキル、ハロ−置換−C1−8アルキル、またはヒドロキシ−置換−C1−8アルキルであり、そしてkは1〜12の整数であり、そして
X1は標識、色素、ポリマー、水溶性ポリマー、ポリアルキレングリコール、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレングリコール)の誘導体、糖、脂質、光クロスリンカー、細胞毒性化合物、医薬、親和性標識、光親和性標識、反応性化合物;樹脂、ペプチド、第二タンパク質またはポリペプチドまたはポリペプチド類似体、抗体または抗体フラグメント、金属キレート剤、補因子、脂肪酸、炭水化物、ポリヌクレオチド、DNA、RNA、PCRプローブ、アンチセンスポリヌクレオチド、リボ−オリゴヌクレオチド、デオキシリボ−オリゴヌクレオチド、ホスホロチオエート修飾DNA、修飾DNAおよびRNA、ペプチド核酸、糖類、二糖類、オリゴ糖類、多糖類、水溶性デントリマー、シクロデキストリン、生体材料、ナノ粒子、スピン標識、フルオロフォア、金属含有部分、放射活性部分、新規官能基、他の分子と共有結合的にまたは非共有結合的に相互作用する基、フォトケージド部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体、重原子包含部分、化学的開裂可能基、光開裂可能基、伸長側鎖、炭素架橋糖、酸化還元活性剤、アミノチオ酸、毒性部分、同位体標識部分、生物物理学的プローブ、リン光基、発色団基、化学発光基、蛍光部分、高電子密度基、磁性基、挿入基、キレート化基、発色団基、エネルギー移動剤、生物学的活性剤、検出可能標識、小分子、阻害性リボ核酸、siRNA、放射性ヌクレオチド、中性子捕獲剤、ビオチンの誘導体、量子ドット(群)、ナノトランスミッター、ラジオトランスミッター、アブザイム、酵素、活性錯体アクティベーター、ウイルス、毒素、アジュバント、TLR2アゴニスト、TLR4アゴニスト、TLR7アゴニスト、TLR9アゴニスト、TLR8アゴニスト、T細胞エピトープ、リン脂質、LPS様分子、キーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、免疫原性ハプテン、アグリカン、アレルゲン、アンジオスタチン、抗ホルモン、抗酸化剤、アプタマー、ガイドRNA、サポニン、シャトルベクター、高分子、ミモトープ、受容体、逆ミセル、界面活性剤、免疫応答増強剤、蛍光色素、FRET試薬、ラジオ・イメージングプローブ、他の分光学プローブ、プロドラッグ、免疫療法用毒素、固体支持体、−CH2CH2−(OCH2CH2O)p−OX2、−O−(CH2CH2O)pCH2CH2−X2、およびそれらの任意の組合せ(ここで、pは1〜10,000であり、そしてX2はH、C1−8アルキル、保護基または末端官能基である)から選択される。〕
である、請求項10〜37のいずれかに記載の方法。
【請求項39】
Lが結合であり、そしてX1がポリエチレングリコールである、請求項38に記載の方法。
【請求項40】
式(IV)の反応材が
【化20】
【化21】
【化22】
〔式中:
exPADREは配列番号28のペプチドであり;
PADREは配列番号29のペプチドであり;
BG1は配列番号30のポリヌクレオチドであり、そして
BG2は配列番号31のポリヌクレオチドである。〕
から選択される、請求項10〜39のいずれかに記載の方法。
【請求項41】
式(VII)または式(VIII):
【化23】
〔ここで、該式(VII)または式(VIII)の化合物をpylC遺伝子およびpylD遺伝子を含む細胞内で生合成的に製造し、そして細胞は前駆体を含む増殖培地と接触している。〕
の構造を有する、化合物。
【請求項42】
細胞がpylB遺伝子、pylC遺伝子およびpylD遺伝子を含む、請求項41に記載の化合物。
【請求項43】
前駆体がD−オルニチン、D−アルギニン、(2S)−2−アミノ−6−(2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸または(2S)−2−アミノ−6−((R)−2,5−ジアミノペンタンアミド)ヘキサン酸である、請求項41または42に記載の化合物。
【請求項44】
前駆体がD−オルニチンまたはD−アルギニンである、請求項41または42に記載の化合物。
【請求項45】
式(VII)または式(VIII)の化合物が直交性tRNA(O−tRNA)および直交性アミノアシルtRNAシンセターゼ(O−RS)により細胞内のタンパク質に取り込まれ、ここで、該O−RSが式(V)または式(VI)の化合物を有するO−tRNAをアミノアシル化し、そして該O−tRNAが細胞内のmRNAの少なくとも1個のセレクター・コドンを認識する、請求項41〜44のいずれかに記載の化合物。
【請求項46】
細胞がさらにpylS遺伝子およびpylT遺伝子を含み、そして式(V)または式(VI)の化合物がアミノアシルtRNAシンテターゼおよびtRNAにより細胞内のタンパク質に取り込まれ、これは細胞内のmRNAの少なくとも1個のセレクター・コドンを認識し、ここで、該アミノアシルtRNAシンセターゼがpylS遺伝子の遺伝子産物であり、そしてtRNAがpylT遺伝子の遺伝子産物である、請求項41〜44のいずれかに記載の化合物。
【請求項47】
セレクター・コドンがTAGアンバーコドンである、請求項45または46に記載の化合物。
【請求項48】
細胞が原核細胞である、請求項41〜47のいずれかに記載の化合物。
【請求項49】
細胞が真核細胞である、請求項41〜47のいずれかに記載の化合物。
【請求項50】
細胞が大腸菌細胞である、請求項48に記載の化合物。
【請求項51】
細胞が哺乳動物細胞、酵母細胞または昆虫細胞である、請求項49に記載の化合物。
【請求項52】
哺乳動物細胞がCHO細胞、HeLa細胞またはHEK293F細胞である、請求項51に記載の化合物。
【請求項53】
昆虫細胞がsf9細胞である、請求項51に記載の化合物。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
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【図15A】
【図15B】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19A】
【図19B】
【図19C】
【図20】
【図21A】
【図21B】
【図21C】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26A】
【図26B】
【図26C】
【図26D】
【図26E】
【図26F】
【図27A】
【図27B】
【図27C】
【図28A】
【図28B】
【図29A】
【図29B】
【図29C】
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【図30】
【図31】
【図32A】
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【図32E】
【図32F】
【図33A】
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【図40】
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【図48A】
【図48B】
【図48C】
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【図49A】
【図49B】
【図50】
【図51】
【図52】
【図53】
【図54】
【図55】
【図56】
【図57A】
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【図57C】
【図58】
【図59A】
【図59B】
【図2】
【図3】
【図4】
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【図6】
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【図15A】
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【図25】
【図26A】
【図26B】
【図26C】
【図26D】
【図26E】
【図26F】
【図27A】
【図27B】
【図27C】
【図28A】
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【図29A】
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【図29D】
【図30】
【図31】
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【図32C】
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【図32F】
【図33A】
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【図34】
【図35A】
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【図38】
【図39】
【図40】
【図41】
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【図43】
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【図45】
【図46】
【図47A】
【図47B】
【図47C】
【図47D】
【図48A】
【図48B】
【図48C】
【図48D】
【図49A】
【図49B】
【図50】
【図51】
【図52】
【図53】
【図54】
【図55】
【図56】
【図57A】
【図57B】
【図57C】
【図58】
【図59A】
【図59B】
【公表番号】特表2012−506869(P2012−506869A)
【公表日】平成24年3月22日(2012.3.22)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2011−533389(P2011−533389)
【出願日】平成21年10月23日(2009.10.23)
【国際出願番号】PCT/US2009/061954
【国際公開番号】WO2010/048582
【国際公開日】平成22年4月29日(2010.4.29)
【出願人】(503261524)アイアールエム・リミテッド・ライアビリティ・カンパニー (158)
【氏名又は名称原語表記】IRM,LLC
【Fターム(参考)】
【公表日】平成24年3月22日(2012.3.22)
【国際特許分類】
【出願日】平成21年10月23日(2009.10.23)
【国際出願番号】PCT/US2009/061954
【国際公開番号】WO2010/048582
【国際公開日】平成22年4月29日(2010.4.29)
【出願人】(503261524)アイアールエム・リミテッド・ライアビリティ・カンパニー (158)
【氏名又は名称原語表記】IRM,LLC
【Fターム(参考)】
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