癌における新規な組成物および方法
本発明は、癌、特にリンパ腫の検出、診断および治療に使用するための新規配列に関する。本発明は、発現が、癌組織において調節不全である癌関連（ＣＡ）ポリヌクレオチド配列を提供する。本発明は、癌に関連したＣＡポリペプチド類を提供し、癌の診断用組成物および検出方法を提供する。本発明は、ＣＡポリペプチド類に特異的なモノクローナル抗体およびポリクローナル抗体を提供する。本発明はまた、癌の診断手段および治療用組成物ならびにスクリーニング、予防および治療方法を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列、またはその補体からなる群から選択される配列の少なくとも１０個連続するヌクレオチドを含む、単離された核酸。
【請求項２】
請求項１に記載の組換え核酸を含む、宿主細胞。
【請求項３】
請求項１に記載の単離された核酸を含む、発現ベクター。
【請求項４】
請求項３に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項５】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が、検出可能な標識をさらに含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が、固体支持体に付加されている、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が、化学合成により少なくとも部分的に調製される、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項８】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が、アンチセンス断片である、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項９】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が一本鎖である、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が二重鎖である、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１１】
少なくとも１５個連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１２】
少なくとも２０個連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１３】
表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列、またはその補体からなる群から選択される配列の少なくとも１０個連続するヌクレオチドを含む、少なくとも１つのプローブ、
を含む、癌関連（ＣＡ）核酸を検出するマイクロアレイ。
【請求項１４】
少なくとも１５個連続するヌクレオチドを含む、請求項１３に記載のマイクロアレイ。
【請求項１５】
少なくとも２０個連続するヌクレオチドを含む、請求項１３に記載のマイクロアレイ。
【請求項１６】
表１〜１３に示されたｈＤ Ｕ−００１からｈＤ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列、またはその補体からなる群から選択されるＣＡ配列のオープンリーディングフレーム内にコードされる、単離されたポリペプチド。
【請求項１７】
前記ポリペプチドが、表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３からなる群から選択されるポリヌクレオチドによりコードされたアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
前記ポリペプチドが、表１〜１３に示されたｈＰ Ｕ−００１からｈＰ Ｕ−０１３からなる群から選択されるポリペプチドによりコードされたアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１９】
前記ポリペプチドが、表１〜１３に示されたｈＰ Ｕ−００１からｈＰ Ｕ−０１３からなる群から選択されるＣＡポリペプチドのアミノ酸配列エピトープのアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項２０】
前記ポリペプチドまたはその断片が、固体支持体に付加されている請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項２１】
請求項１６〜２０のいずれか一項に記載のポリペプチドに結合する、単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２２】
前記抗体またはその断片が、固体支持体に付加している、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２３】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２４】
前記抗体が、ポリクローナル抗体である、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２５】
前記抗体またはその断片が、検出可能な標識をさらに含む、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２６】
以下のステップ：（ｉ）前記ポリペプチド、またはその抗原結合断片を含む、組成物により宿主動物を免疫化すること、およびｉｉ）前記抗原またはその抗原結合断片に対する抗体を発現している前記宿主から細胞を採取すること、を含む方法によって調製され、請求項１６〜２０のいずれかに記載されたポリペプチドに結合する、単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２７】
試験サンプルにおける癌の存在を診断するキットであって、表１〜１３に示されたｈＤ Ｕ−００１からｈＤ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列、その断片、またはそれらの補体からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも１種のポリヌクレオチドを含む、キット。
【請求項２８】
試験サンプルにおける癌の存在を診断するキットであって、表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列、その断片、またはそれらの補体からなる群から選択されるポリヌクレオチド配列の配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも１種のポリヌクレオチドを含む、キット。
【請求項２９】
表１〜１３に示されたｈＤ Ｕ−００１からｈＤ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド、またはその断片を含む、電子ライブラリ。
【請求項３０】
表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド、またはその断片を含む、電子ライブラリ。
【請求項３１】
表１〜１３に示されたｈＰ Ｕ−００１からｈＰ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド、またはその断片を含む、電子ライブラリ。
【請求項３２】
（ａ）表１〜１３に示されたｈＤ Ｕ−００１からｈＤ Ｕ−０１３の配列またはその断片からなる群から選択される核酸配列によりコードされた癌関連（ＣＡ）遺伝子を発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）癌細胞から誘導された組織サンプルを候補抗癌剤と接触させる工程；および
（ｃ）該組織サンプルにおける該ＣＡポリヌクレオチドの発現について該候補抗癌剤の効果をモニターする工程、
を包含する、候補薬剤の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３３】
前記ＣＡ遺伝子が、ｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３の配列からなる群から選択される少なくとも１種の核酸配列を含む、請求項３２に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３４】
（ｄ）前記候補薬剤の不在下の発現レベルを、該候補薬剤の存在下での発現レベルと比較する工程、
をさらに包含する、請求項３２に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３５】
前記候補薬剤の不在下の発現レベルが、該候補薬剤の存在下の発現レベルよりも高い、請求項３４に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３６】
前記候補薬剤が、転写阻害剤であり、さらに前記核酸配列がｈＲ Ｕ−００４、ｈＲ Ｕ−００８、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される、請求項３３に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３７】
前記候補薬剤が、増殖因子アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００２である請求項３３に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３８】
前記候補薬剤が、シグナル伝達蛋白質アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００１、ｈＲ Ｕ−００７、ｈＲ Ｕ−００７．１、ｈＲ Ｕ−００７．２、ｈＲ Ｕ−００９、ｈＲ Ｕ−００９．１、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される、請求項３３に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３９】
前記候補薬剤が、細胞接着アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００３およびｈＲ Ｕ−０１０からなる群から選択される、請求項３３に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項４０】
（ｉ）表１〜１３によるｈＰ Ｕ−００１からｈＰ Ｕ−０１３、またはその断片からなる群から選択される少なくとも１種のポリペプチドの発現レベルを検出する工程；
（ｉｉ）試験サンプルにおける該ポリペプチドの発現レベルと、正常細胞サンプルにおけるポリペプチド発現レベルとを比較する工程であって、ここで該正常細胞サンプルにおけるポリペプチド発現レベルに対する該試験細胞サンプルにおけるポリペプチドの変化した発現レベルが、該試験細胞サンプルにおける癌の存在を示す、工程、
を包含する、試験細胞サンプルにおけるポリペプチドの発現に関連する癌を検出する方法。
【請求項４１】
前記正常細胞サンプルにおけるポリペプチド発現レベルに対する前記試験細胞サンプルにおけるポリペプチドの高発現レベルが、該試験細胞サンプルにおける癌の存在を示す、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
（ｉ）表１〜１３によるｈＰ−７−００１からｈＰ Ｕ−０１３またはその断片からなる群から選択される少なくとも１種のポリペプチドの活性レベルを検出する工程であって、ここで該活性が、表１５に掲げられたポリペプチドに関する少なくとも１つの活性に対応する、工程；
（ｉｉ）試験サンプルにおけるポリペプチドの活性レベルと正常細胞サンプルにおけるポリペプチド活性レベルとを比較する工程であって、ここで該正常細胞サンプルにおけるポリペプチド活性レベルに対する該試験細胞サンプルにおける該ポリペプチドの変化した活性レベルが、該試験細胞サンプルにおける癌の存在を示す、工程、
を包含する、試験細胞サンプルにおけるポリペプチドの発現に関連する癌を検出する方法。
【請求項４３】
（ｉ）表１〜１３によるｈＰ Ｕ−００１からｈＰ Ｕ−０１３またはその抗原断片からなる群から選択される抗原ポリペプチドに対する抗体レベルを検出する工程；
（ｉｉ）試験サンプルにおける該抗体レベルと対照サンプルにおける該抗体レベルとを比較する工程であって、ここで該対照サンプルにおける該抗体レベルに対する該試験サンプルにおける変化した該抗体レベルが、該試験血清サンプルにおける癌の存在を示す、工程、
を包含する、試験血清サンプルにおける抗体の存在に関連する癌を検出する方法。
【請求項４４】
ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）の活性を変調できる生物活性剤をスクリーニング方法であって、ここで該ＣＡＰが、表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列からなる群から選択される核酸配列を含む、核酸によってコードされ、該方法は、
ａ）該ＣＡＰと候補生物活性剤とを組合わせる工程；および
ｂ）該ＣＡＰの生物活性に対する該候補薬剤の効果を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４５】
前記生物活性剤が、前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）の発現に影響を及ぼす、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項４６】
前記生物活性剤が、前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）の活性に影響を及ぼし、このような活性が、表１５に掲げた活性から選択される、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項４７】
前記生物活性剤が、転写阻害剤であり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００４、ｈＲ Ｕ−００８、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項４８】
前記生物活性剤が、シグナル伝達アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００１、ｈＲ Ｕ−００７、ｈＲ Ｕ−００７．１、ｈＲ Ｕ−００７．２、ｈＲ Ｕ−００９、ｈＲ Ｕ−００９．１、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項４９】
前記生物活性剤が増殖因子アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００２である、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項５０】
前記生物活性剤が、細胞接着アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００３およびｈＲ Ｕ−０１０からなる群から選択される、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項５１】
前記生物活性剤が、前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）の発現に影響を及ぼす、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項５２】
ａ）第１の個体の第１の組織タイプにおいて、表１〜１３に略記された配列からなる群から選択される核酸配列を含む１つ以上の遺伝子の発現を決定する工程；および
ｂ）該第１の個体の第２の正常組織タイプ、または第２の無影響個体に由来する該遺伝子（単数または複数）の該発現を比較する工程、
を包含し、
ここで該発現における差異は、該第１の個体が癌を有することを示す、
癌を診断する方法。
【請求項５３】
表１〜１３に略記された配列からなる群から選択される核酸配列を含む１つ以上の遺伝子の発現が、正常組織よりも癌組織において高い、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
癌を治療する方法であって、該方法は、ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤を患者に投与する工程を包含し、ここで該ＣＡＰは、表１〜１３に略記された配列からなる群から選択される核酸配列を含む核酸によりコードされる、方法。
【請求項５５】
前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤が、ＣＡ蛋白質に結合する、請求項５３に記載の癌を治療する方法。
【請求項５６】
前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤が、転写阻害剤であり、さらに該ＣＡＰは、ｈＲ Ｕ−００４、ｈＲ Ｕ−００８、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される核酸によりコードされる、請求項５３に記載の癌を治療する方法。
【請求項５７】
前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤が、増殖因子アンタゴニストであり、さらに前記ＣＡＰ配列が、核酸ｈＲ Ｕ−００２によりコードされる、請求項５３に記載の癌を治療する方法。
【請求項５８】
前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤が、シグナル伝達蛋白質アンタゴニストであり、さらに前記ＣＡＰ配列が、ｈＲ Ｕ−００１、ｈＲ Ｕ−００７、ｈＲ Ｕ−００７．１、ｈＲ Ｕ−００７．２、ｈＲ Ｕ−００９、ｈＲ Ｕ−００９．１、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される核酸によりコードされる、請求項５３に記載の癌を治療する方法。
【請求項５９】
前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤が、細胞接着アンタゴニストであり、さらに前記ＣＡＰ配列が、ｈＲ Ｕ−００３およびｈＲ Ｕ−０１０からなる群から選択される核酸によりコードされる、請求項５３に記載の癌を治療する方法。
【請求項６０】
細胞表面に発現されるＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）に優先的に結合する抗体であって、ここで該ＣＡ蛋白質は、ｈＰ Ｕ−０１１である、抗体。
【請求項６１】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項６０に記載の抗体。
【請求項６２】
前記モノクローナル抗体が、ＣＡ蛋白質の細胞外ドメインに結合する、請求項６１に記載のモノクローナル抗体。
【請求項６３】
前記モノクローナル抗体が、少なくとも１つのヒト癌細胞株に結合する、請求項６１に記載のモノクローナル抗体。
【請求項６４】
前記モノクローナル抗体が、
（ａ）該モノクローナル抗体を産生できるハイブリドーマを提供する工程；および
（ｂ）該ハイブリドーマによる該モノクローナル抗体の産生を提供する条件下で、該ハイブリドーマを培養する工程、
を包含するプロセスにより調製される、請求項６１に記載のモノクローナル抗体。
【請求項６５】
請求項６１に記載のモノクローナル抗体を産生する、ハイブリドーマ。
【請求項６６】
前記抗体が、ヒト化抗体である、請求項６０に記載の抗体。
【請求項６７】
前記ＣＡＰが、正常細胞表面ではなく、癌細胞表面に発現される、請求項６０に記載の抗体。
【請求項６８】
前記ＣＡＰが、正常細胞表面に較べて癌細胞表面に差異的に発現される、請求項６０に記載の抗体。
【請求項６９】
前記抗体が、治療剤に結合する、請求項６０に記載の抗体。
【請求項７０】
前記抗体が、治療剤に結合する、請求項６１に記載の抗体。
【請求項７１】
請求項６０に記載の抗体および製薬的に許容できる賦形剤を含む、製薬組成物。
【請求項７２】
請求項６９に記載の抗体および製薬的に許容できる賦形剤を含む、製薬組成物。
【請求項７３】
請求項７０に記載の抗体および製薬的に許容できる賦形剤を含む、製薬組成物。
【請求項７４】
請求項６０に記載の抗体を含む、、癌細胞を検出するキット。
【請求項７５】
請求項６１に記載のモノクローナル抗体を含む、癌細胞を検出するキット。
【請求項７６】
個体における癌細胞の有無を検出する方法であって、
該個体に由来する細胞と、請求項６０または６１のいずれかに記載の抗体とを接触させる工程；および
該癌細胞に由来するＣＡＰと該抗体との複合体を検出する工程、
を包含し、
ここで該複合体の検出は、該個体における癌細胞の存在と関係がある、方法。
【請求項７７】
個体における癌細胞の増殖を阻害する方法であって、請求項７１、７２または７３のいずれかに記載の製薬組成物の有効量を該個体に投与する工程、を包含する、方法。
【請求項７８】
個体における癌細胞に治療剤を送達する方法であって、請求項７１、７２または７３のいずれかに記載の製薬組成物の有効量を該個体に投与する工程、を包含する、方法。
【請求項１】
表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列、またはその補体からなる群から選択される配列の少なくとも１０個連続するヌクレオチドを含む、単離された核酸。
【請求項２】
請求項１に記載の組換え核酸を含む、宿主細胞。
【請求項３】
請求項１に記載の単離された核酸を含む、発現ベクター。
【請求項４】
請求項３に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項５】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が、検出可能な標識をさらに含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が、固体支持体に付加されている、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が、化学合成により少なくとも部分的に調製される、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項８】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が、アンチセンス断片である、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項９】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が一本鎖である、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
前記ポリヌクレオチド、もしくはその補体またはその断片が二重鎖である、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１１】
少なくとも１５個連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１２】
少なくとも２０個連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１３】
表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列、またはその補体からなる群から選択される配列の少なくとも１０個連続するヌクレオチドを含む、少なくとも１つのプローブ、
を含む、癌関連（ＣＡ）核酸を検出するマイクロアレイ。
【請求項１４】
少なくとも１５個連続するヌクレオチドを含む、請求項１３に記載のマイクロアレイ。
【請求項１５】
少なくとも２０個連続するヌクレオチドを含む、請求項１３に記載のマイクロアレイ。
【請求項１６】
表１〜１３に示されたｈＤ Ｕ−００１からｈＤ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列、またはその補体からなる群から選択されるＣＡ配列のオープンリーディングフレーム内にコードされる、単離されたポリペプチド。
【請求項１７】
前記ポリペプチドが、表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３からなる群から選択されるポリヌクレオチドによりコードされたアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
前記ポリペプチドが、表１〜１３に示されたｈＰ Ｕ−００１からｈＰ Ｕ−０１３からなる群から選択されるポリペプチドによりコードされたアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１９】
前記ポリペプチドが、表１〜１３に示されたｈＰ Ｕ−００１からｈＰ Ｕ−０１３からなる群から選択されるＣＡポリペプチドのアミノ酸配列エピトープのアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項２０】
前記ポリペプチドまたはその断片が、固体支持体に付加されている請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項２１】
請求項１６〜２０のいずれか一項に記載のポリペプチドに結合する、単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２２】
前記抗体またはその断片が、固体支持体に付加している、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２３】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２４】
前記抗体が、ポリクローナル抗体である、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２５】
前記抗体またはその断片が、検出可能な標識をさらに含む、請求項２１に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２６】
以下のステップ：（ｉ）前記ポリペプチド、またはその抗原結合断片を含む、組成物により宿主動物を免疫化すること、およびｉｉ）前記抗原またはその抗原結合断片に対する抗体を発現している前記宿主から細胞を採取すること、を含む方法によって調製され、請求項１６〜２０のいずれかに記載されたポリペプチドに結合する、単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２７】
試験サンプルにおける癌の存在を診断するキットであって、表１〜１３に示されたｈＤ Ｕ−００１からｈＤ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列、その断片、またはそれらの補体からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも１種のポリヌクレオチドを含む、キット。
【請求項２８】
試験サンプルにおける癌の存在を診断するキットであって、表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列、その断片、またはそれらの補体からなる群から選択されるポリヌクレオチド配列の配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも１種のポリヌクレオチドを含む、キット。
【請求項２９】
表１〜１３に示されたｈＤ Ｕ−００１からｈＤ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド、またはその断片を含む、電子ライブラリ。
【請求項３０】
表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド、またはその断片を含む、電子ライブラリ。
【請求項３１】
表１〜１３に示されたｈＰ Ｕ−００１からｈＰ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列からなる群から選択されるＣＡポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド、またはその断片を含む、電子ライブラリ。
【請求項３２】
（ａ）表１〜１３に示されたｈＤ Ｕ−００１からｈＤ Ｕ−０１３の配列またはその断片からなる群から選択される核酸配列によりコードされた癌関連（ＣＡ）遺伝子を発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）癌細胞から誘導された組織サンプルを候補抗癌剤と接触させる工程；および
（ｃ）該組織サンプルにおける該ＣＡポリヌクレオチドの発現について該候補抗癌剤の効果をモニターする工程、
を包含する、候補薬剤の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３３】
前記ＣＡ遺伝子が、ｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３の配列からなる群から選択される少なくとも１種の核酸配列を含む、請求項３２に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３４】
（ｄ）前記候補薬剤の不在下の発現レベルを、該候補薬剤の存在下での発現レベルと比較する工程、
をさらに包含する、請求項３２に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３５】
前記候補薬剤の不在下の発現レベルが、該候補薬剤の存在下の発現レベルよりも高い、請求項３４に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３６】
前記候補薬剤が、転写阻害剤であり、さらに前記核酸配列がｈＲ Ｕ−００４、ｈＲ Ｕ−００８、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される、請求項３３に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３７】
前記候補薬剤が、増殖因子アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００２である請求項３３に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３８】
前記候補薬剤が、シグナル伝達蛋白質アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００１、ｈＲ Ｕ−００７、ｈＲ Ｕ−００７．１、ｈＲ Ｕ−００７．２、ｈＲ Ｕ−００９、ｈＲ Ｕ−００９．１、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される、請求項３３に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項３９】
前記候補薬剤が、細胞接着アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００３およびｈＲ Ｕ−０１０からなる群から選択される、請求項３３に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項４０】
（ｉ）表１〜１３によるｈＰ Ｕ−００１からｈＰ Ｕ−０１３、またはその断片からなる群から選択される少なくとも１種のポリペプチドの発現レベルを検出する工程；
（ｉｉ）試験サンプルにおける該ポリペプチドの発現レベルと、正常細胞サンプルにおけるポリペプチド発現レベルとを比較する工程であって、ここで該正常細胞サンプルにおけるポリペプチド発現レベルに対する該試験細胞サンプルにおけるポリペプチドの変化した発現レベルが、該試験細胞サンプルにおける癌の存在を示す、工程、
を包含する、試験細胞サンプルにおけるポリペプチドの発現に関連する癌を検出する方法。
【請求項４１】
前記正常細胞サンプルにおけるポリペプチド発現レベルに対する前記試験細胞サンプルにおけるポリペプチドの高発現レベルが、該試験細胞サンプルにおける癌の存在を示す、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
（ｉ）表１〜１３によるｈＰ−７−００１からｈＰ Ｕ−０１３またはその断片からなる群から選択される少なくとも１種のポリペプチドの活性レベルを検出する工程であって、ここで該活性が、表１５に掲げられたポリペプチドに関する少なくとも１つの活性に対応する、工程；
（ｉｉ）試験サンプルにおけるポリペプチドの活性レベルと正常細胞サンプルにおけるポリペプチド活性レベルとを比較する工程であって、ここで該正常細胞サンプルにおけるポリペプチド活性レベルに対する該試験細胞サンプルにおける該ポリペプチドの変化した活性レベルが、該試験細胞サンプルにおける癌の存在を示す、工程、
を包含する、試験細胞サンプルにおけるポリペプチドの発現に関連する癌を検出する方法。
【請求項４３】
（ｉ）表１〜１３によるｈＰ Ｕ−００１からｈＰ Ｕ−０１３またはその抗原断片からなる群から選択される抗原ポリペプチドに対する抗体レベルを検出する工程；
（ｉｉ）試験サンプルにおける該抗体レベルと対照サンプルにおける該抗体レベルとを比較する工程であって、ここで該対照サンプルにおける該抗体レベルに対する該試験サンプルにおける変化した該抗体レベルが、該試験血清サンプルにおける癌の存在を示す、工程、
を包含する、試験血清サンプルにおける抗体の存在に関連する癌を検出する方法。
【請求項４４】
ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）の活性を変調できる生物活性剤をスクリーニング方法であって、ここで該ＣＡＰが、表１〜１３に示されたｈＲ Ｕ−００１からｈＲ Ｕ−０１３のポリヌクレオチド配列からなる群から選択される核酸配列を含む、核酸によってコードされ、該方法は、
ａ）該ＣＡＰと候補生物活性剤とを組合わせる工程；および
ｂ）該ＣＡＰの生物活性に対する該候補薬剤の効果を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４５】
前記生物活性剤が、前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）の発現に影響を及ぼす、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項４６】
前記生物活性剤が、前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）の活性に影響を及ぼし、このような活性が、表１５に掲げた活性から選択される、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項４７】
前記生物活性剤が、転写阻害剤であり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００４、ｈＲ Ｕ−００８、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項４８】
前記生物活性剤が、シグナル伝達アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００１、ｈＲ Ｕ−００７、ｈＲ Ｕ−００７．１、ｈＲ Ｕ−００７．２、ｈＲ Ｕ−００９、ｈＲ Ｕ−００９．１、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項４９】
前記生物活性剤が増殖因子アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００２である、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項５０】
前記生物活性剤が、細胞接着アンタゴニストであり、さらに前記核酸配列が、ｈＲ Ｕ−００３およびｈＲ Ｕ−０１０からなる群から選択される、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項５１】
前記生物活性剤が、前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）の発現に影響を及ぼす、請求項４４に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項５２】
ａ）第１の個体の第１の組織タイプにおいて、表１〜１３に略記された配列からなる群から選択される核酸配列を含む１つ以上の遺伝子の発現を決定する工程；および
ｂ）該第１の個体の第２の正常組織タイプ、または第２の無影響個体に由来する該遺伝子（単数または複数）の該発現を比較する工程、
を包含し、
ここで該発現における差異は、該第１の個体が癌を有することを示す、
癌を診断する方法。
【請求項５３】
表１〜１３に略記された配列からなる群から選択される核酸配列を含む１つ以上の遺伝子の発現が、正常組織よりも癌組織において高い、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
癌を治療する方法であって、該方法は、ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤を患者に投与する工程を包含し、ここで該ＣＡＰは、表１〜１３に略記された配列からなる群から選択される核酸配列を含む核酸によりコードされる、方法。
【請求項５５】
前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤が、ＣＡ蛋白質に結合する、請求項５３に記載の癌を治療する方法。
【請求項５６】
前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤が、転写阻害剤であり、さらに該ＣＡＰは、ｈＲ Ｕ−００４、ｈＲ Ｕ−００８、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される核酸によりコードされる、請求項５３に記載の癌を治療する方法。
【請求項５７】
前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤が、増殖因子アンタゴニストであり、さらに前記ＣＡＰ配列が、核酸ｈＲ Ｕ−００２によりコードされる、請求項５３に記載の癌を治療する方法。
【請求項５８】
前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤が、シグナル伝達蛋白質アンタゴニストであり、さらに前記ＣＡＰ配列が、ｈＲ Ｕ−００１、ｈＲ Ｕ−００７、ｈＲ Ｕ−００７．１、ｈＲ Ｕ−００７．２、ｈＲ Ｕ−００９、ｈＲ Ｕ−００９．１、ｈＲ Ｕ−０１２、およびｈＲ Ｕ−０１２．１からなる群から選択される核酸によりコードされる、請求項５３に記載の癌を治療する方法。
【請求項５９】
前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）阻害剤が、細胞接着アンタゴニストであり、さらに前記ＣＡＰ配列が、ｈＲ Ｕ−００３およびｈＲ Ｕ−０１０からなる群から選択される核酸によりコードされる、請求項５３に記載の癌を治療する方法。
【請求項６０】
細胞表面に発現されるＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）に優先的に結合する抗体であって、ここで該ＣＡ蛋白質は、ｈＰ Ｕ−０１１である、抗体。
【請求項６１】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項６０に記載の抗体。
【請求項６２】
前記モノクローナル抗体が、ＣＡ蛋白質の細胞外ドメインに結合する、請求項６１に記載のモノクローナル抗体。
【請求項６３】
前記モノクローナル抗体が、少なくとも１つのヒト癌細胞株に結合する、請求項６１に記載のモノクローナル抗体。
【請求項６４】
前記モノクローナル抗体が、
（ａ）該モノクローナル抗体を産生できるハイブリドーマを提供する工程；および
（ｂ）該ハイブリドーマによる該モノクローナル抗体の産生を提供する条件下で、該ハイブリドーマを培養する工程、
を包含するプロセスにより調製される、請求項６１に記載のモノクローナル抗体。
【請求項６５】
請求項６１に記載のモノクローナル抗体を産生する、ハイブリドーマ。
【請求項６６】
前記抗体が、ヒト化抗体である、請求項６０に記載の抗体。
【請求項６７】
前記ＣＡＰが、正常細胞表面ではなく、癌細胞表面に発現される、請求項６０に記載の抗体。
【請求項６８】
前記ＣＡＰが、正常細胞表面に較べて癌細胞表面に差異的に発現される、請求項６０に記載の抗体。
【請求項６９】
前記抗体が、治療剤に結合する、請求項６０に記載の抗体。
【請求項７０】
前記抗体が、治療剤に結合する、請求項６１に記載の抗体。
【請求項７１】
請求項６０に記載の抗体および製薬的に許容できる賦形剤を含む、製薬組成物。
【請求項７２】
請求項６９に記載の抗体および製薬的に許容できる賦形剤を含む、製薬組成物。
【請求項７３】
請求項７０に記載の抗体および製薬的に許容できる賦形剤を含む、製薬組成物。
【請求項７４】
請求項６０に記載の抗体を含む、、癌細胞を検出するキット。
【請求項７５】
請求項６１に記載のモノクローナル抗体を含む、癌細胞を検出するキット。
【請求項７６】
個体における癌細胞の有無を検出する方法であって、
該個体に由来する細胞と、請求項６０または６１のいずれかに記載の抗体とを接触させる工程；および
該癌細胞に由来するＣＡＰと該抗体との複合体を検出する工程、
を包含し、
ここで該複合体の検出は、該個体における癌細胞の存在と関係がある、方法。
【請求項７７】
個体における癌細胞の増殖を阻害する方法であって、請求項７１、７２または７３のいずれかに記載の製薬組成物の有効量を該個体に投与する工程、を包含する、方法。
【請求項７８】
個体における癌細胞に治療剤を送達する方法であって、請求項７１、７２または７３のいずれかに記載の製薬組成物の有効量を該個体に投与する工程、を包含する、方法。
【図１】
【公表番号】特表２００６−５１９５８９（Ｐ２００６−５１９５８９Ａ）
【公表日】平成１８年８月３１日（２００６．８．３１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−５６５６９５（Ｐ２００４−５６５６９５）
【出願日】平成１５年１２月２２日（２００３．１２．２２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０４１２４２
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０６０３０１
【国際公開日】平成１６年７月２２日（２００４．７．２２）
【出願人】（５０４１７７２１７）サイグレス ディスカバリー， インコーポレイテッド (17)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１８年８月３１日（２００６．８．３１）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年１２月２２日（２００３．１２．２２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０４１２４２
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０６０３０１
【国際公開日】平成１６年７月２２日（２００４．７．２２）
【出願人】（５０４１７７２１７）サイグレス ディスカバリー， インコーポレイテッド (17)
【Ｆターム（参考）】
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