【課題】癌感受性、欠陥のあるＤＮＡ修復機構の診断方法および組成物、ならびにそれらを治療するための方法および組成物の提供。
【解決手段】ＦＡＮＣＤ２遺伝子、該遺伝子に基づく試験において患者をスクリーニングするためのプローブおよびプライマー、ならびにファンコニ貧血および癌について診断するためのプローブおよびプライマー。ＦＡＮＣＤ２遺伝子を、欠陥のあるＤＮＡ修復に関連する病態を治療するための新規治療薬のスクリーニングにおいて実験マウスモデルを調製するためにインビボで標的とする。２つのアイソフォームを識別するポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を調製し、対象が無傷ファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路を有するかどうかを決定するための診断学的検査において使用する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者が癌を有するかどうか、もしくは患者の発癌リスクが増加しているかどうかを診断または決定する方法であって、前記方法が癌関連性欠陥の存在についてファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路遺伝子を検査するステップを含み、このとき１以上の前記癌関連性欠陥の存在が前記患者における癌または癌のリスクの増加を示す方法。
【請求項２】
前記癌が乳癌、卵巣癌、または前立腺癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記癌関連性欠陥が、ファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路遺伝子内の１以上の癌関連性欠陥を有していない患者における比率に比較してＦＡＮＣＤ２−Ｓに対するＦＡＮＣＤ２−Ｌの比率の低下を生じさせる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
患者が癌を有するかどうか、もしくは患者の発癌リスクが増加しているかどうかを診断または決定する方法であって、前記方法が癌関連性欠陥の存在についてファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路タンパク質を検査するステップを含み、ここで、前記癌関連性欠陥の存在が前記患者における癌または癌のリスクの増加を示す方法。
【請求項５】
前記癌が乳癌、卵巣癌、または前立腺癌である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
患者の発癌リスクが増加しているかどうかを診断または決定する方法であって：
（ａ）前記患者由来の組織サンプルを提供するステップと；
（ｂ）前記組織サンプルの細胞内でＤＮＡ損傷を誘発するステップと；
（ｃ）前記細胞内のＦＡＮＣＤ２−ＳおよびＦＡＮＣＤ２−Ｌタンパク質の存在についてアッセイするステップと；
を含み、ここで、ＦＡＮＣＤ２−Ｌ対ＦＡＮＣＤ２−Ｓの比率の低下が前記患者の発癌リスクの増加を示す方法。
【請求項７】
前記癌が乳癌、卵巣癌、または前立腺癌である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記患者が、ＢＲＣＡ−１またはＢＲＣＡ−２遺伝子内に既知の癌関連性欠陥を有していない、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記患者が、ＢＲＣＡ−１またはＢＲＣＡ−２遺伝子内に１以上の癌関連性欠陥を有している、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
複数の前記組織サンプルがアレイに分配されている、請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
患者が癌を有するかどうか、または患者の発癌リスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、ここで、前記患者がＢＲＣＡ−１またはＢＲＣＡ−２遺伝子内に既知の癌を誘発する欠陥を有しておらず、前記方法が：
（ａ）前記患者からＤＮＡサンプルを提供するステップと；
（ｂ）前記患者由来のＦＡＮＣＤ２遺伝子を、配列番号１１５〜１８６のＦＡＮＣＤ２遺伝子特異的ポリヌクレオチドプライマーを用いて増幅させるステップと；
（ｃ）増幅したＦＡＮＣＤ２遺伝子を配列決定するステップと；
（ｄ）前記患者由来のＦＡＮＣＤ２遺伝子配列を対照標準ＦＡＮＣＤ２遺伝子配列と比較し、ここで、２つの遺伝子配列間の不一致が癌関連性欠陥の存在を示すステップと、
を含み、ここで１以上の癌関連性欠陥の存在が、前記患者が癌であること、または患者の発癌リスクが増加していることを示す方法。
【請求項１２】
前記癌が乳癌、卵巣癌、または前立腺癌である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記患者が、ＢＲＣＡ−１またはＦＡＮＣ−Ｄ１／ＢＲＣＡ−２遺伝子内に既知の癌関連性欠陥を有していない、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記患者が、ＢＲＣＡ−１またはＦＡＮＣ−Ｄ１／ＢＲＣＡ−２遺伝子内に１以上の癌関連性欠陥を有している、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
複数の前記ＤＮＡサンプルがマイクロアレイに分配されている、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
化学感作剤をスクリーニングする方法であって、前記方法が：
（ａ）ファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路の潜在的阻害剤を提供するステップと；
（ｂ）１以上の抗腫瘍剤に耐性である腫瘍細胞系を提供するステップと；
（ｃ）前記腫瘍細胞系およびファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路の前記潜在的阻害剤および前記１以上の抗腫瘍剤を接触させるステップと；および
（ｄ）ファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路の前記阻害剤および前記抗腫瘍剤の存在下で前記腫瘍細胞系の増殖率を測定するステップと；
を含み、このとき前記抗腫瘍剤の存在下およびファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路の前記阻害剤の不存在下における腫瘍細胞系の細胞に比較した前記腫瘍細胞系の増殖率の低下が、前記潜在的阻害剤が化学増感剤であることを示す方法。
【請求項１７】
ファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路の前記潜在的阻害剤がマイクロアレイでスクリーニングすることができ、このとき前記マイクロアレイが、１以上の抗腫瘍剤に耐性である１以上の細胞を含有するアドレスを含有する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
ファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路の前記潜在的阻害剤が、ＦＡＮＣＤ２タンパク質のユビキチン化の阻害剤である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記抗腫瘍剤がシスプラチンである、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記腫瘍細胞系が卵巣癌細胞系である、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
癌を有する患者を治療する方法であって、前記癌が抗腫瘍剤に耐性であり、前記方法が治療的有効量のファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路阻害剤を前記抗腫瘍剤と一緒に投与するステップを含む方法。
【請求項２２】
前記抗腫瘍剤がシスプラチンである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路の前記潜在的阻害剤がＦＡＮＣＤ２タンパク質のユビキチン化の阻害剤である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記腫瘍細胞系が卵巣癌細胞系である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
癌治療薬をスクリーニングする方法であって、前記方法が：
（ａ）１以上の癌関連性欠陥を有するファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路遺伝子を含有する１以上の細胞を提供するステップと；
（ｂ）潜在的癌治療薬の存在下で前記細胞を増殖させるステップと；
（ｃ）前記潜在的癌治療薬の不存在下で増殖した同等の細胞の増殖率に比較した、前記潜在的癌治療薬の存在下における前記細胞の増殖率を決定するステップと；
を含み、このとき前記潜在的癌治療薬の不存在下で増殖した同等の細胞の増殖率に比較した前記潜在的癌治療薬の存在下における前記細胞の増殖率の低下が、前記潜在的癌治療薬が癌治療薬であることを示す方法。
【請求項２６】
１以上の癌関連性欠陥を有するファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路遺伝子を含有している前記細胞がアレイにおいて分配されている、請求項２６に記載の方法。
【請求項２７】
癌患者における治療薬の有効性を予測する方法であって、前記方法が：
（ａ）前記治療薬を用いて治療されている前記癌患者由来の組織サンプルを提供するステップと；
（ｂ）前記組織サンプルの細胞内でＤＮＡ損傷を誘発するステップと；
（ｃ）前記細胞内のＦＡＮＣＤ２−Ｌタンパク質の存在を検出するステップと；
を含み、ここで、ＦＡＮＣＤ２−Ｌの存在が前記癌患者における前記治療薬の有効性の低下を表す方法。
【請求項２８】
前記治療薬がシスプラチンである、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
抗腫瘍剤に対する腫瘍細胞の耐性を決定する方法であって：
（ａ）抗腫瘍剤を用いて治療されている患者由来の組織サンプルを提供するステップと；
（ｂ）前記組織サンプルの細胞内でＤＮＡ損傷を誘発するステップと；
（ｃ）ファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路遺伝子のメチル化状態を測定するステップと；
を含み、このときファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路遺伝子のメチル化が抗腫瘍剤に対する腫瘍細胞の耐性を示す方法。
【請求項３０】
前記ファンコニ貧血／ＢＲＣＡ遺伝子がＦＡＮＣＦ遺伝子である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記抗腫瘍剤がシスプラチンである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
ＦＡＮＣＤ２遺伝子における欠陥を検出するためのキットであって、ＦＡＮＣＤ２遺伝子に対して特異的なポリヌクレオチドプライマー対、対照標準ＦＡＮＣＤ２遺伝子配列およびそのためのパッケージング材料を含むキット。
【請求項３３】
ＦＡＮＣＤ２−Ｌの存在を検出するためのキットであって、ＦＡＮＣＤ２−Ｌ特異的抗体およびそのためのパッケージング材料を含むキット。
【請求項３４】
ファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路遺伝子のメチル化状態を測定するためのキットであって、ＦＡＮＣＤ２ポリヌクレオチドプライマー対およびプローブ、対照非メチル化標準ＦＡＮＣＤ２遺伝子配列およびそのためのパッケージング材料を含むキット。
【請求項３５】
化学感作剤についてスクリーニングするためのキットであって、１以上の抗腫瘍剤に耐性である腫瘍細胞系およびそのためのパッケージング材料を含むキット。
【請求項３６】
前記腫瘍細胞系が卵巣癌細胞系である、請求項３５に記載のキット。
【請求項３７】
前記卵巣癌細胞系がシスプラチン耐性卵巣癌細胞系である、請求項３６に記載のキット。
【請求項３８】
前記抗腫瘍剤がシスプラチンである、請求項３６に記載のキット。
【請求項３９】
１以上のファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路遺伝子からの１以上の核酸配列を含有するマイクロアレイ。
【請求項４０】
前記遺伝子が、ＡＴＭ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ１、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦおよびＦＡＮＣＧからなる群より選択される、請求項３９に記載のマイクロアレイ。
【請求項４１】
患者が癌を有するかどうか、または患者の発癌リスクが増加しているかどうかを決定する方法であって、前記方法が：
（ａ）請求項３９のマイクロアレイを提供するステップと；
（ｂ）前記患者から核酸サンプルを提供するステップと；
（ｃ）前記核酸サンプルを前記マイクロアレイにおけるファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路からの前記核酸配列にハイブリダイズさせるステップと；
（ｄ）前記患者由来の核酸サンプルにおけるファンコニ貧血／ＢＲＣＡ経路遺伝子内の突然変異の存在を検出するステップと；
を含み、ここで、突然変異の存在についての前記検出が、癌を有する患者であるか、または発癌リスクが増加している患者を示す方法。

【図１Ａ】

【図１Ｂ】

【図１Ｃ】

【図１Ｄ】

【図１Ｅ】

【図２Ａ．Ｂ】

【図３Ａ】

【図３Ｂ．Ｃ】

【図３Ｄ．Ｅ】

【図４Ａ．Ｂ．Ｃ】

【図４Ｄ】

【図４Ｅ】

【図５Ａ．Ｂ】

【図６Ａ．Ｂ】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０Ａ．Ｂ．Ｃ】

【図１０Ｄ．Ｅ．Ｆ】

【図１１Ａ．Ｂ．Ｃ】

【図１２Ａ．Ｂ．Ｃ】

【図１３Ａ．Ｂ】

【図１４】

【図１５】

【図１５Ａ】

【図１５Ｂ】

【図１５Ｃ】

【図１５Ｄ】

【図１６】

【図１６Ａ】

【図１６Ｂ】

【図１６Ｃ】

【図１６Ｄ】

【図１６Ｅ】

【図１６Ｆ】

【図１６Ｇ】

【図１６Ｈ】

【図１６Ｉ】

【図１６Ｊ】

【図１７】

【図１７Ａ】

【図１７Ｂ】

【図１７Ｃ】

【図１７Ｄ】

【図１７Ｅ】

【図１７Ｆ】

【図１８】

【図１８Ａ】

【図１８Ｂ】

【図１９】

【図１９Ａ】

【図１９Ｂ】

【図２０】

【図２０Ａ】

【図２０Ｂ】

【図２１】

【図２２】

【公開番号】特開２００９−３９１００（Ｐ２００９−３９１００Ａ）
【公開日】平成２１年２月２６日（２００９．２．２６）
【国際特許分類】
【外国語出願】
【出願番号】特願２００８−１７７９４５（Ｐ２００８−１７７９４５）
【出願日】平成２０年７月８日（２００８．７．８）
【分割の表示】特願２００３−５４１４２５（Ｐ２００３−５４１４２５）の分割
【原出願日】平成１４年６月６日（２００２．６．６）
【出願人】（５９２０９０６９２）ダナ　ファーバー　キャンサー　インスティテュート (20)
【出願人】（５０３０６１８０９）オレゴン　ヘルス　アンド　サイエンス　ユニバーシティ (7)
【Ｆターム（参考）】