細胞周期遺伝子および関連した使用方法
【課題】新規植物多糖体合成遺伝子およびこのような遺伝子によってコードされるポリペプチドが提供される。
【解決手段】遺伝子およびポリヌクレオチド配列は、多糖体合成および植物表現型の制御に有用である。そのうえ、これらの遺伝子は、植物多糖体合成遺伝子の発現プロファイリングのために有用である。特に、ユーカリ属およびマツ属から単離された細胞周期ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列であり、作成されたトランスジェニック植物の表現型が、リグニン品質、リグニン構造、木材組成物、木材の外観、木材密度、木材強度、木材硬度、その他から選択される特性を示す。
【解決手段】遺伝子およびポリヌクレオチド配列は、多糖体合成および植物表現型の制御に有用である。そのうえ、これらの遺伝子は、植物多糖体合成遺伝子の発現プロファイリングのために有用である。特に、ユーカリ属およびマツ属から単離された細胞周期ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列であり、作成されたトランスジェニック植物の表現型が、リグニン品質、リグニン構造、木材組成物、木材の外観、木材密度、木材強度、木材硬度、その他から選択される特性を示す。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
SEQ ID NO:1〜12、14〜58、60〜62、64〜70、72〜75、77〜83、85〜86、88〜91、93〜119、121〜130、132〜148、150〜156、158〜191、193〜207、209〜218、220〜221、223〜231、233〜237、およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３】
SEQ ID NO:1〜12、14、16〜26、30〜37、40〜41、43〜76、78〜103、106、108〜113、116〜121、124〜125、128〜147、150〜152、154〜155、161〜162、164〜172、174、177〜183、185〜191、193〜197、200〜204、208〜213、および215〜234、ならびにこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】
SEQ ID NO:1〜12、14、16〜26、30〜37、40〜41、43〜58、60〜62、64〜70、72〜75、78〜83、85〜86、88〜91、93〜103、106、108〜113、116〜119、121、124〜125、128〜130、132〜147、150〜152、154〜155、161〜162、164〜172、174、177〜183、185〜191、193〜197、200〜204、209〜213、215〜218、220〜221、223〜231、および233〜234、ならびにこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５】
ポリヌクレオチドが、ユーカリ属（Eucalyptus）またはマツ属（Pinus）の種の野生型植物において発現される遺伝子に含まれる配列を有する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】
変異体が、SEQ ID NO:1〜237のいずれか1つに対して99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%、80%、79%、78%、77%、76%、75%、74%、73%、72%、71%、70%、69%、68%、67%、66%、65%、64%、63%、62%、61%、または60%以上の配列同一性を有する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７】
サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質からなる群より選択されるタンパク質をコードする、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項８】
変異体が、SEQ ID NO:261〜497のいずれか1つに対して60%、65%、70%、75%、80%、85%または90%より高い配列同一性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質をコードし、かつ、ポリヌクレオチドによってコードされるタンパク質が、SEQ ID NO:1〜237のいずれか1つによってコードされるタンパク質の活性を有する、請求項7記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】
SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体のいずれか1つの配列を有する少なくとも1つのポリヌクレオチドを含むDNA構築物。
【請求項１０】
プロモーターをさらに含み、プロモーターとポリヌクレオチドとは作動可能に連結されている、請求項9記載のDNA構築物。
【請求項１１】
プロモーターが、構成的プロモーター、強力なプロモーター、誘導性プロモーター、調節可能なプロモーター、時間的に調節される（temporally regulated）プロモーター、および組織指向性（tissue-preferred）プロモーターからなる群より選択される、請求項10記載のDNA構築物。
【請求項１２】
ポリヌクレオチドが、RNA転写物をコードする、請求項9記載のDNA構築物。
【請求項１３】
ポリヌクレオチドが、プロモーターに対してセンスまたはアンチセンスの配向である、請求項12記載のDNA構築物。
【請求項１４】
RNA転写物が、1〜237からなる群より選択される核酸配列を有するポリヌクレオチドのRNA干渉を誘導する、請求項12記載のDNA構築物。
【請求項１５】
請求項9記載のDNA構築物で形質転換された植物細胞。
【請求項１６】
請求項15記載の植物細胞を含むトランスジェニック植物。
【請求項１７】
植物の表現型が、DNA構築物で形質転換されなかった同じ種の植物の表現型とは異なる、請求項16記載のトランスジェニック植物。
【請求項１８】
トランスジェニック植物において異なる表現型が、以下からなる群より選択される、請求項17記載のトランスジェニック植物：リグニン品質、リグニン構造、木材組成物、木材の外観、木材密度、木材強度、木材硬度（wood stiffness）、セルロース重合、線維寸法、内腔サイズ、その他の植物成分、植物細胞分裂、植物細胞発生、単位領域あたりの細胞数、細胞サイズ、細胞形態、細胞壁組成物、木材形成率、木材の美的外観、幹の欠陥の形成、平均ミクロフィブリル角度、S2細胞壁層の幅、成長率、枝の栄養発生に対する根の根形成比の割合、葉面積指数、および葉形。
【請求項１９】
植物が木本植物である、請求項16記載のトランスジェニック植物。
【請求項２０】
植物が樹木である、請求項19記載のトランスジェニック植物。
【請求項２１】
植物がユーカリ属またはマツ属の種である、請求項20記載のトランスジェニック植物。
【請求項２２】
植物が、DNA構築物で形質転換されなかった同一種の植物と比較して、以下からなる群より選択される1つまたは複数の特徴を示す、請求項16記載のトランスジェニック植物：増大された乾燥耐性、除草剤耐性、減少または増大された丈、減少または増加した枝分かれ、増強された寒冷および凍結耐性、改善された生長力、増強された色、増強された健康および栄養的な特徴、改善された貯蔵、増強された収率、増強された耐塩性、腐食に対する増強された木材の耐性、真菌病に対する増強された耐性、害虫に対する改変された誘引性、増強された重金属耐性、増大された耐病性、増大された昆虫耐性、増大された水ストレス耐性、増強された甘味、改善された肌目、減少されたリン酸含量、増大された発芽、増大された微量栄養素の取り込み、改善されたデンプン組成、改善された花の寿命、新規樹脂の産生、および新規タンパク質またはペプチドの産生。
【請求項２３】
植物が、DNA構築物で形質転換されなかった同一種の植物と比較して、以下からなる群より選択される1つまたは複数の特徴を示す、請求項16記載のトランスジェニック植物：減少された未成熟期間、増大された未成熟期間、あて材（reaction wood）を形成する傾向、自己離層形成する枝、促進された生殖発生、または遅延された生殖発生。
【請求項２４】
SEQ ID NO:261〜497のいずれか1つから選択されるポリペプチドの触媒ドメインまたは基質結合ドメインをコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチドであって、SEQ ID NO:261〜497のいずれか1つから選択される該ポリペプチドの活性を有するポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項２５】
SEQ ID NO:1〜237のいずれかの配列を有する少なくとも1つのポリヌクレオチドを含むDNA構築物により植物細胞を形質転換する段階；および、植物の成長を促進する条件下で形質転換された植物細胞を培養する段階を含む、形質転換された植物を作製する方法。
【請求項２６】
DNA構築物がプロモーターをさらに含み、ポリヌクレオチドおよびプロモーターが作動可能に連結されている、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
少なくとも1つのポリヌクレオチドが、以下からなる群より選択されるタンパク質をコードする、請求項25記載の方法：サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質。
【請求項２８】
植物細胞が、植物外植片組織内に位置する、請求項25記載の方法。
【請求項２９】
トランスジェニック植物が、DNA構築物で形質転換されなかった同一種の植物とは異なる表現型を呈する、請求項25記載の方法。
【請求項３０】
トランスジェニック植物において異なる表現型が、以下からなる群より選択される、請求項25記載の方法：リグニン品質、リグニン構造、木材組成物、木材の外観、木材密度、木材強度、木材硬度、セルロース重合、線維寸法、内腔サイズ、その他の植物成分、植物細胞分裂、植物細胞発生、単位領域あたりの細胞数、細胞サイズ、細胞形態、細胞壁組成物、木材形成率、木材の美的外観、幹の欠陥の形成、平均ミクロフィブリル角度、S2細胞壁層の幅、成長率、枝の栄養発生に対する根の根形成比の割合、葉面積指数、および葉形。
【請求項３１】
トランスジェニック植物が、DNA構築物で形質転換されなかった同一種の植物と比較して、以下からなる群より選択される1つまたは複数の特徴を示す、請求項25記載の方法：増大された乾燥耐性、除草剤耐性、減少または増大された丈、減少または増大した枝分かれ、増強された寒冷および凍結耐性、改善された生長力、増強された色、増強された健康および栄養的な特徴、改善された貯蔵、増強された収率、増強された耐塩性、腐食に対する増強された木材の耐性、真菌病に対する増強された耐性、害虫に対する改変された誘引性、増強された重金属耐性、増大された耐病性、増大された昆虫耐性、増大された水ストレス耐性、増強された甘味、改善された肌目、減少されたリン酸含量、増大された発芽、増大された微量栄養素の取り込み、改善されたデンプン組成、改善された花の寿命、新規樹脂の産生、および新規タンパク質またはペプチドの産生。
【請求項３２】
請求項9記載のDNA構築物で形質転換されたトランスジェニック樹木から得られる木材。
【請求項３３】
請求項9記載のDNA構築物で形質転換されたトランスジェニック樹木から得られる木材パルプ。
【請求項３４】
DNA構築物が、SEQ ID NO:261〜497のいずれか1つのアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、請求項33記載の木材パルプ。
【請求項３５】
SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を有するポリヌクレオチドを含むDNA構築物により植物を形質転換する段階；植物の増殖を促進する条件下で形質転換された植物を培養する段階；ならびに、植物から木材を得る段階を含む、木材を作製する方法。
【請求項３６】
SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を有するポリヌクレオチドを含むDNA構築物により植物を形質転換する段階；植物の増殖を促進する条件下で形質転換された植物を培養する段階；および、植物から木材パルプを得る段階を含む、木材パルプを作製する方法。
【請求項３７】
請求項1記載の単離されたポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項３８】
SEQ ID NO:261〜497からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項３９】
SEQ ID NO:1〜237のいずれか1つによってコードされるポリペプチドの、植物における発現を改変する段階を含む、植物の植物表現型を改変する方法。
【請求項４０】
発現が、アップレギュレーションされるか、ダウンレギュレーションされるか、サイレンシングされるか、または発生的に調節される、請求項39記載の方法。
【請求項４１】
植物表現型が以下からなる群より選択される、請求項39記載の方法：リグニン品質、リグニン品質、リグニン構造、木材組成物、木材の外観、木材密度、木材強度、木材硬度、セルロース重合、線維寸法、内腔サイズ、その他の植物成分、植物細胞分裂、植物細胞発生、単位領域あたりの細胞数、細胞サイズ、細胞形態、細胞壁組成物、木材形成率、木材の美的外観、幹の欠陥の形成、平均ミクロフィブリル角度、S2細胞壁層の幅、成長率、枝の栄養発生に対する根の根形成比の割合、葉面積指数、および葉形。
【請求項４２】
植物が、DNA構築物で形質転換されなかった同一種の植物と比較して、以下からなる群より選択される1つまたは複数の特徴を示す、請求項39記載の方法：増大された乾燥耐性、除草剤耐性、減少または増大された丈、減少または増大した枝分かれ、増強された寒冷および凍結耐性、改善された生長力、増強された色、増強された健康および栄養的な特徴、改善された貯蔵、増強された収率、増強された耐塩性、腐食に対する増強された木材の耐性、真菌病に対する増強された耐性、害虫に対する改変された誘引性、増強された重金属耐性、増大された耐病性、増大された昆虫耐性、増大された水ストレス耐性、増強された甘味、改善された肌目、減少されたリン酸含量、増大された発芽、増大された微量栄養素の取り込み、改善されたデンプン組成、改善された花の寿命、新規樹脂の産生、および新規タンパク質またはペプチドの産生。
【請求項４３】
SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含むポリヌクレオチド。
【請求項４４】
約100未満のヌクレオチド塩基からなる、請求項43記載のポリヌクレオチド。
【請求項４５】
以下の段階を含む、2つの異なる試料中の遺伝子発現を相関させる方法：第1の試料においてSEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列によってコードされる産物をコードする1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；第2の試料において1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；第1の試料における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを、第2の試料における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルと比較する段階；ならびに、第1の試料と第2の試料との間の1つまたは複数の遺伝子の発現レベルの相違を相関させる段階。
【請求項４６】
第1の試料および第2の試料が、それぞれ異なるタイプの植物組織に由来する、請求項45記載の方法。
【請求項４７】
第1の試料および第2の試料が同一の組織に由来し、かつ第1の試料および第2の試料が、それぞれ同一年の異なる季節の間に収穫される、請求項45記載の方法。
【請求項４８】
第1の試料および第2の試料が、発生の異なる段階の植物から得られる、請求項45記載の方法。
【請求項４９】
以下の段階を含む、1つまたは複数の遺伝子の植物における遺伝子発現レベルに対して植物表現型の所有を相関させる方法：表現型を有する第1の植物において、SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列によってコードされる産物をコードする1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；表現型を欠いている第2の植物において、1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；第1の植物における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを、第2の植物における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルと比較する段階；ならびに、第1の植物と第2の植物との間における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルの相違を、表現型の所有と相関させる段階。
【請求項５０】
細胞周期の第1の段階の第1の植物細胞において、SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列によってコードされる産物をコードする1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；細胞周期の第2の異なる段階の第2の植物細胞において、1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；第1の植物細胞における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを、第2の植物細胞における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルと比較する段階；ならびに、第1または第2の細胞周期の段階に対して、第1と第2の試料間の1つまたは複数の遺伝子の発現レベルにおける相違を相関させる段階、を含む遺伝子発現を細胞周期の段階に相関させる方法。
【請求項５１】
第1および第2の試料の両方が、維管束組織、頂端分裂組織、維管束形成層、木部、師部、根、花、球果、果実、および種子からなる群より選択される植物組織から得られる、請求項45記載の方法。
【請求項５２】
第1の試料および第2の試料の植物組織が、それぞれ異なるタイプの組織から得られる、請求項51記載の方法。
【請求項５３】
第1および第2の試料が、それぞれ発育の異なる段階の植物組織から得られる、請求項51記載の方法。
【請求項５４】
第1および第2の試料が、それぞれ細胞周期の異なる段階の植物細胞から得られる、請求項45記載の方法。
【請求項５５】
第1および第2の植物または植物細胞の両方が、ユーカリ属およびマツ属種から選択される同じ種のものである、請求項49または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項５６】
第1および第2の植物または植物細胞が、ユーカリプタス・グランディス（Eucalyptus grandis）またはラジアータマツ（Pinus radiata）から選択される種のものである、請求項49または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項５７】
検出する段階が、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列に対して、標準的なハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることができる1つまたは複数のポリヌクレオチドを使用して行われる、請求項45、49、または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項５８】
検出する段階が、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列によってコードされる遺伝子産物に対して、標準的なハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることができる1つまたは複数のポリヌクレオチドを使用して行われる、請求項45、49、または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項５９】
検出する段階が、標識された核酸に対するハイブリダイゼーションによって行われる、請求項45、49、または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項６０】
1つまたは複数ポリヌクレオチドが、検出可能な標識で標識されている、請求項56記載の方法。
【請求項６１】
1つまたは複数のポリヌクレオチドの少なくとも1つが、1つまたは複数の遺伝子のうちの1つの3'非翻訳領域にハイブリダイズされる、請求項57記載の方法。
【請求項６２】
1つまたは複数のポリヌクレオチドの少なくとも1つが、1つまたは複数の遺伝子のうちの1つの3'非翻訳領域にハイブリダイズされる、請求項58記載の方法。
【請求項６３】
1つまたは複数ポリヌクレオチドが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６４】
1つまたは複数ポリヌクレオチドが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項58記載の方法。
【請求項６５】
1つまたは複数のポリヌクレオチドが、DNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項57記載の方法。
【請求項６６】
1つまたは複数のポリヌクレオチドが、DNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項58記載の方法。
【請求項６７】
検出する段階の前に、第1および第2の植物または植物細胞の1つもしくは複数の遺伝子を増幅する段階をさらに含む、請求項45、49、または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項６８】
検出する段階の前に、第1および第2の植物または植物細胞の1つもしくは複数の遺伝子を検出可能な標識で標識する段階をさらに含む、請求項45、49、または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項６９】
2つ以上のオリゴヌクレオチドを含む、1つまたは複数の遺伝子の発現を検出するための組み合わせであって、それぞれのオリゴヌクレオチドは、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列にハイブリダイズすることができる組み合わせ。
【請求項７０】
2つ以上のオリゴヌクレオチドを含む、1つまたは複数の遺伝子の発現を検出するための組み合わせであって、それぞれのオリゴヌクレオチドは、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列によってコードされる遺伝子産物にハイブリダイズすることができる組み合わせ。
【請求項７１】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の異なる1つにハイブリダイズする、請求項69記載の組み合わせ。
【請求項７２】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の異なる1つによってコードされるヌクレオチド配列にハイブリダイズする、請求項70記載の組み合わせ。
【請求項７３】
2つ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の3'非翻訳領域にハイブリダイズする、請求項69記載の組み合わせ。
【請求項７４】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも1つが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の3'非翻訳領域に対して相補的である核酸配列にハイブリダイズする、請求項70記載の組み合わせ。
【請求項７５】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、約100ヌクレオチド未満の塩基を含む、請求項69または70のいずれか1項記載の組み合わせ。
【請求項７６】
2つ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項69記載の組み合わせ。
【請求項７７】
2つ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項70記載の組み合わせ。
【請求項７８】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にハイブリダイズする、請求項69記載の組み合わせ。
【請求項７９】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項70記載の組み合わせ。
【請求項８０】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、タンパク質の異なる1つをコードする遺伝子にハイブリダイズする、請求項78記載の組み合わせ。
【請求項８１】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、タンパク質の異なる1つをコードする遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項79記載の組み合わせ。
【請求項８２】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、異なる遺伝子にハイブリダイズする、請求項78記載の組み合わせ。
【請求項８３】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、異なる遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項79記載の組み合わせ。
【請求項８４】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのうちの約2〜約5000から構成される、請求項69または70のいずれか1項記載の組み合わせ。
【請求項８５】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、検出可能な標識で標識されている、請求項69または70いずれか1項記載の組み合わせ。
【請求項８６】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、固体支持体上の独特の位置を占有する、該固体支持体上に提供された請求項69〜85のいずれか1項記載の組み合わせを含むマイクロアレイ。
【請求項８７】
それぞれのオリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子に対して、標準的なハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることができる2つ以上のオリゴヌクレオチドと試料を接触させる段階；および、1つまたは複数のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする関心対象の1つまたは複数の遺伝子を検出する段階、を含む、試料中の1つまたは複数の遺伝子を検出するための方法。
【請求項８８】
それぞれのオリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子によってコードされる核酸配列に対して、標準的なハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることができる2つ以上のオリゴヌクレオチドと試料を接触させる段階；および、1つまたは複数のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする1つまたは複数の核酸配列を検出する段階、を含む、試料中の1つまたは複数の遺伝子によってコードされる1つまたは複数の核酸配列を検出するための方法。
【請求項８９】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の異なる1つを含む遺伝子にハイブリダイズする、請求項87記載の方法。
【請求項９０】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の異なる1つを含む遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項88記載の方法。
【請求項９１】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも1つが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子の3'非翻訳の領域にハイブリダイズする、請求項87記載の方法。
【請求項９２】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも1つが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子の3'非翻訳の領域に対する相補的である核酸配列にハイブリダイズする、請求項88記載の方法。
【請求項９３】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、約100ヌクレオチド未満の塩基を含む、請求項87または88のいずれか1項記載の方法。
【請求項９４】
2つ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項87記載の方法。
【請求項９５】
2つ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項88記載の方法。
【請求項９６】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にハイブリダイズする、請求項87記載の方法。
【請求項９７】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項88記載の方法。
【請求項９８】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、タンパク質の異なる1つをコードする遺伝子にハイブリダイズする、請求項96記載の方法。
【請求項９９】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、タンパク質の異なる1つをコードする遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項97記載の方法。
【請求項１００】
2つ以上のオリゴヌクレオチドが固体支持体上に提供され、2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、固体支持体上の独特の位置を占有する、請求項87または88のいずれか1項記載の方法。
【請求項１０１】
固体支持体が、2つ以上のオリゴヌクレオチドのうちの約2〜約5000から構成される、請求項100記載の方法。
【請求項１０２】
接触段階の前に、試料中の1つもしくは複数の遺伝子または核酸配列を増幅する段階をさらに含む、請求項87または88のいずれか1項記載の方法。
【請求項１０３】
接触段階の前に、検出可能な標識と試料中の1つもしくは複数の遺伝子または核酸配列を標識する段階をさらに含む、請求項87または88のいずれか1項記載の方法。
【請求項１０４】
ヌクレオチド・ハイブリダイゼーション反応のための1つもしくは複数の緩衝液または試薬と共に、請求項86記載のマイクロアレイを含む、遺伝子発現を検出するためのキット。
【請求項１】
SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
SEQ ID NO:1〜12、14〜58、60〜62、64〜70、72〜75、77〜83、85〜86、88〜91、93〜119、121〜130、132〜148、150〜156、158〜191、193〜207、209〜218、220〜221、223〜231、233〜237、およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３】
SEQ ID NO:1〜12、14、16〜26、30〜37、40〜41、43〜76、78〜103、106、108〜113、116〜121、124〜125、128〜147、150〜152、154〜155、161〜162、164〜172、174、177〜183、185〜191、193〜197、200〜204、208〜213、および215〜234、ならびにこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】
SEQ ID NO:1〜12、14、16〜26、30〜37、40〜41、43〜58、60〜62、64〜70、72〜75、78〜83、85〜86、88〜91、93〜103、106、108〜113、116〜119、121、124〜125、128〜130、132〜147、150〜152、154〜155、161〜162、164〜172、174、177〜183、185〜191、193〜197、200〜204、209〜213、215〜218、220〜221、223〜231、および233〜234、ならびにこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５】
ポリヌクレオチドが、ユーカリ属（Eucalyptus）またはマツ属（Pinus）の種の野生型植物において発現される遺伝子に含まれる配列を有する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】
変異体が、SEQ ID NO:1〜237のいずれか1つに対して99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%、80%、79%、78%、77%、76%、75%、74%、73%、72%、71%、70%、69%、68%、67%、66%、65%、64%、63%、62%、61%、または60%以上の配列同一性を有する、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７】
サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質からなる群より選択されるタンパク質をコードする、請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項８】
変異体が、SEQ ID NO:261〜497のいずれか1つに対して60%、65%、70%、75%、80%、85%または90%より高い配列同一性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質をコードし、かつ、ポリヌクレオチドによってコードされるタンパク質が、SEQ ID NO:1〜237のいずれか1つによってコードされるタンパク質の活性を有する、請求項7記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】
SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体のいずれか1つの配列を有する少なくとも1つのポリヌクレオチドを含むDNA構築物。
【請求項１０】
プロモーターをさらに含み、プロモーターとポリヌクレオチドとは作動可能に連結されている、請求項9記載のDNA構築物。
【請求項１１】
プロモーターが、構成的プロモーター、強力なプロモーター、誘導性プロモーター、調節可能なプロモーター、時間的に調節される（temporally regulated）プロモーター、および組織指向性（tissue-preferred）プロモーターからなる群より選択される、請求項10記載のDNA構築物。
【請求項１２】
ポリヌクレオチドが、RNA転写物をコードする、請求項9記載のDNA構築物。
【請求項１３】
ポリヌクレオチドが、プロモーターに対してセンスまたはアンチセンスの配向である、請求項12記載のDNA構築物。
【請求項１４】
RNA転写物が、1〜237からなる群より選択される核酸配列を有するポリヌクレオチドのRNA干渉を誘導する、請求項12記載のDNA構築物。
【請求項１５】
請求項9記載のDNA構築物で形質転換された植物細胞。
【請求項１６】
請求項15記載の植物細胞を含むトランスジェニック植物。
【請求項１７】
植物の表現型が、DNA構築物で形質転換されなかった同じ種の植物の表現型とは異なる、請求項16記載のトランスジェニック植物。
【請求項１８】
トランスジェニック植物において異なる表現型が、以下からなる群より選択される、請求項17記載のトランスジェニック植物：リグニン品質、リグニン構造、木材組成物、木材の外観、木材密度、木材強度、木材硬度（wood stiffness）、セルロース重合、線維寸法、内腔サイズ、その他の植物成分、植物細胞分裂、植物細胞発生、単位領域あたりの細胞数、細胞サイズ、細胞形態、細胞壁組成物、木材形成率、木材の美的外観、幹の欠陥の形成、平均ミクロフィブリル角度、S2細胞壁層の幅、成長率、枝の栄養発生に対する根の根形成比の割合、葉面積指数、および葉形。
【請求項１９】
植物が木本植物である、請求項16記載のトランスジェニック植物。
【請求項２０】
植物が樹木である、請求項19記載のトランスジェニック植物。
【請求項２１】
植物がユーカリ属またはマツ属の種である、請求項20記載のトランスジェニック植物。
【請求項２２】
植物が、DNA構築物で形質転換されなかった同一種の植物と比較して、以下からなる群より選択される1つまたは複数の特徴を示す、請求項16記載のトランスジェニック植物：増大された乾燥耐性、除草剤耐性、減少または増大された丈、減少または増加した枝分かれ、増強された寒冷および凍結耐性、改善された生長力、増強された色、増強された健康および栄養的な特徴、改善された貯蔵、増強された収率、増強された耐塩性、腐食に対する増強された木材の耐性、真菌病に対する増強された耐性、害虫に対する改変された誘引性、増強された重金属耐性、増大された耐病性、増大された昆虫耐性、増大された水ストレス耐性、増強された甘味、改善された肌目、減少されたリン酸含量、増大された発芽、増大された微量栄養素の取り込み、改善されたデンプン組成、改善された花の寿命、新規樹脂の産生、および新規タンパク質またはペプチドの産生。
【請求項２３】
植物が、DNA構築物で形質転換されなかった同一種の植物と比較して、以下からなる群より選択される1つまたは複数の特徴を示す、請求項16記載のトランスジェニック植物：減少された未成熟期間、増大された未成熟期間、あて材（reaction wood）を形成する傾向、自己離層形成する枝、促進された生殖発生、または遅延された生殖発生。
【請求項２４】
SEQ ID NO:261〜497のいずれか1つから選択されるポリペプチドの触媒ドメインまたは基質結合ドメインをコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチドであって、SEQ ID NO:261〜497のいずれか1つから選択される該ポリペプチドの活性を有するポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項２５】
SEQ ID NO:1〜237のいずれかの配列を有する少なくとも1つのポリヌクレオチドを含むDNA構築物により植物細胞を形質転換する段階；および、植物の成長を促進する条件下で形質転換された植物細胞を培養する段階を含む、形質転換された植物を作製する方法。
【請求項２６】
DNA構築物がプロモーターをさらに含み、ポリヌクレオチドおよびプロモーターが作動可能に連結されている、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
少なくとも1つのポリヌクレオチドが、以下からなる群より選択されるタンパク質をコードする、請求項25記載の方法：サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質。
【請求項２８】
植物細胞が、植物外植片組織内に位置する、請求項25記載の方法。
【請求項２９】
トランスジェニック植物が、DNA構築物で形質転換されなかった同一種の植物とは異なる表現型を呈する、請求項25記載の方法。
【請求項３０】
トランスジェニック植物において異なる表現型が、以下からなる群より選択される、請求項25記載の方法：リグニン品質、リグニン構造、木材組成物、木材の外観、木材密度、木材強度、木材硬度、セルロース重合、線維寸法、内腔サイズ、その他の植物成分、植物細胞分裂、植物細胞発生、単位領域あたりの細胞数、細胞サイズ、細胞形態、細胞壁組成物、木材形成率、木材の美的外観、幹の欠陥の形成、平均ミクロフィブリル角度、S2細胞壁層の幅、成長率、枝の栄養発生に対する根の根形成比の割合、葉面積指数、および葉形。
【請求項３１】
トランスジェニック植物が、DNA構築物で形質転換されなかった同一種の植物と比較して、以下からなる群より選択される1つまたは複数の特徴を示す、請求項25記載の方法：増大された乾燥耐性、除草剤耐性、減少または増大された丈、減少または増大した枝分かれ、増強された寒冷および凍結耐性、改善された生長力、増強された色、増強された健康および栄養的な特徴、改善された貯蔵、増強された収率、増強された耐塩性、腐食に対する増強された木材の耐性、真菌病に対する増強された耐性、害虫に対する改変された誘引性、増強された重金属耐性、増大された耐病性、増大された昆虫耐性、増大された水ストレス耐性、増強された甘味、改善された肌目、減少されたリン酸含量、増大された発芽、増大された微量栄養素の取り込み、改善されたデンプン組成、改善された花の寿命、新規樹脂の産生、および新規タンパク質またはペプチドの産生。
【請求項３２】
請求項9記載のDNA構築物で形質転換されたトランスジェニック樹木から得られる木材。
【請求項３３】
請求項9記載のDNA構築物で形質転換されたトランスジェニック樹木から得られる木材パルプ。
【請求項３４】
DNA構築物が、SEQ ID NO:261〜497のいずれか1つのアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、請求項33記載の木材パルプ。
【請求項３５】
SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を有するポリヌクレオチドを含むDNA構築物により植物を形質転換する段階；植物の増殖を促進する条件下で形質転換された植物を培養する段階；ならびに、植物から木材を得る段階を含む、木材を作製する方法。
【請求項３６】
SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列を有するポリヌクレオチドを含むDNA構築物により植物を形質転換する段階；植物の増殖を促進する条件下で形質転換された植物を培養する段階；および、植物から木材パルプを得る段階を含む、木材パルプを作製する方法。
【請求項３７】
請求項1記載の単離されたポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項３８】
SEQ ID NO:261〜497からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項３９】
SEQ ID NO:1〜237のいずれか1つによってコードされるポリペプチドの、植物における発現を改変する段階を含む、植物の植物表現型を改変する方法。
【請求項４０】
発現が、アップレギュレーションされるか、ダウンレギュレーションされるか、サイレンシングされるか、または発生的に調節される、請求項39記載の方法。
【請求項４１】
植物表現型が以下からなる群より選択される、請求項39記載の方法：リグニン品質、リグニン品質、リグニン構造、木材組成物、木材の外観、木材密度、木材強度、木材硬度、セルロース重合、線維寸法、内腔サイズ、その他の植物成分、植物細胞分裂、植物細胞発生、単位領域あたりの細胞数、細胞サイズ、細胞形態、細胞壁組成物、木材形成率、木材の美的外観、幹の欠陥の形成、平均ミクロフィブリル角度、S2細胞壁層の幅、成長率、枝の栄養発生に対する根の根形成比の割合、葉面積指数、および葉形。
【請求項４２】
植物が、DNA構築物で形質転換されなかった同一種の植物と比較して、以下からなる群より選択される1つまたは複数の特徴を示す、請求項39記載の方法：増大された乾燥耐性、除草剤耐性、減少または増大された丈、減少または増大した枝分かれ、増強された寒冷および凍結耐性、改善された生長力、増強された色、増強された健康および栄養的な特徴、改善された貯蔵、増強された収率、増強された耐塩性、腐食に対する増強された木材の耐性、真菌病に対する増強された耐性、害虫に対する改変された誘引性、増強された重金属耐性、増大された耐病性、増大された昆虫耐性、増大された水ストレス耐性、増強された甘味、改善された肌目、減少されたリン酸含量、増大された発芽、増大された微量栄養素の取り込み、改善されたデンプン組成、改善された花の寿命、新規樹脂の産生、および新規タンパク質またはペプチドの産生。
【請求項４３】
SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含むポリヌクレオチド。
【請求項４４】
約100未満のヌクレオチド塩基からなる、請求項43記載のポリヌクレオチド。
【請求項４５】
以下の段階を含む、2つの異なる試料中の遺伝子発現を相関させる方法：第1の試料においてSEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列によってコードされる産物をコードする1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；第2の試料において1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；第1の試料における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを、第2の試料における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルと比較する段階；ならびに、第1の試料と第2の試料との間の1つまたは複数の遺伝子の発現レベルの相違を相関させる段階。
【請求項４６】
第1の試料および第2の試料が、それぞれ異なるタイプの植物組織に由来する、請求項45記載の方法。
【請求項４７】
第1の試料および第2の試料が同一の組織に由来し、かつ第1の試料および第2の試料が、それぞれ同一年の異なる季節の間に収穫される、請求項45記載の方法。
【請求項４８】
第1の試料および第2の試料が、発生の異なる段階の植物から得られる、請求項45記載の方法。
【請求項４９】
以下の段階を含む、1つまたは複数の遺伝子の植物における遺伝子発現レベルに対して植物表現型の所有を相関させる方法：表現型を有する第1の植物において、SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列によってコードされる産物をコードする1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；表現型を欠いている第2の植物において、1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；第1の植物における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを、第2の植物における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルと比較する段階；ならびに、第1の植物と第2の植物との間における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルの相違を、表現型の所有と相関させる段階。
【請求項５０】
細胞周期の第1の段階の第1の植物細胞において、SEQ ID NO:1〜237およびこれらの保存的変異体からなる群より選択される核酸配列によってコードされる産物をコードする1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；細胞周期の第2の異なる段階の第2の植物細胞において、1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを検出する段階；第1の植物細胞における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを、第2の植物細胞における1つまたは複数の遺伝子の発現レベルと比較する段階；ならびに、第1または第2の細胞周期の段階に対して、第1と第2の試料間の1つまたは複数の遺伝子の発現レベルにおける相違を相関させる段階、を含む遺伝子発現を細胞周期の段階に相関させる方法。
【請求項５１】
第1および第2の試料の両方が、維管束組織、頂端分裂組織、維管束形成層、木部、師部、根、花、球果、果実、および種子からなる群より選択される植物組織から得られる、請求項45記載の方法。
【請求項５２】
第1の試料および第2の試料の植物組織が、それぞれ異なるタイプの組織から得られる、請求項51記載の方法。
【請求項５３】
第1および第2の試料が、それぞれ発育の異なる段階の植物組織から得られる、請求項51記載の方法。
【請求項５４】
第1および第2の試料が、それぞれ細胞周期の異なる段階の植物細胞から得られる、請求項45記載の方法。
【請求項５５】
第1および第2の植物または植物細胞の両方が、ユーカリ属およびマツ属種から選択される同じ種のものである、請求項49または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項５６】
第1および第2の植物または植物細胞が、ユーカリプタス・グランディス（Eucalyptus grandis）またはラジアータマツ（Pinus radiata）から選択される種のものである、請求項49または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項５７】
検出する段階が、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列に対して、標準的なハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることができる1つまたは複数のポリヌクレオチドを使用して行われる、請求項45、49、または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項５８】
検出する段階が、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列によってコードされる遺伝子産物に対して、標準的なハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることができる1つまたは複数のポリヌクレオチドを使用して行われる、請求項45、49、または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項５９】
検出する段階が、標識された核酸に対するハイブリダイゼーションによって行われる、請求項45、49、または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項６０】
1つまたは複数ポリヌクレオチドが、検出可能な標識で標識されている、請求項56記載の方法。
【請求項６１】
1つまたは複数のポリヌクレオチドの少なくとも1つが、1つまたは複数の遺伝子のうちの1つの3'非翻訳領域にハイブリダイズされる、請求項57記載の方法。
【請求項６２】
1つまたは複数のポリヌクレオチドの少なくとも1つが、1つまたは複数の遺伝子のうちの1つの3'非翻訳領域にハイブリダイズされる、請求項58記載の方法。
【請求項６３】
1つまたは複数ポリヌクレオチドが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項57記載の方法。
【請求項６４】
1つまたは複数ポリヌクレオチドが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項58記載の方法。
【請求項６５】
1つまたは複数のポリヌクレオチドが、DNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項57記載の方法。
【請求項６６】
1つまたは複数のポリヌクレオチドが、DNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項58記載の方法。
【請求項６７】
検出する段階の前に、第1および第2の植物または植物細胞の1つもしくは複数の遺伝子を増幅する段階をさらに含む、請求項45、49、または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項６８】
検出する段階の前に、第1および第2の植物または植物細胞の1つもしくは複数の遺伝子を検出可能な標識で標識する段階をさらに含む、請求項45、49、または50のいずれか1項記載の方法。
【請求項６９】
2つ以上のオリゴヌクレオチドを含む、1つまたは複数の遺伝子の発現を検出するための組み合わせであって、それぞれのオリゴヌクレオチドは、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列にハイブリダイズすることができる組み合わせ。
【請求項７０】
2つ以上のオリゴヌクレオチドを含む、1つまたは複数の遺伝子の発現を検出するための組み合わせであって、それぞれのオリゴヌクレオチドは、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列によってコードされる遺伝子産物にハイブリダイズすることができる組み合わせ。
【請求項７１】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の異なる1つにハイブリダイズする、請求項69記載の組み合わせ。
【請求項７２】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の異なる1つによってコードされるヌクレオチド配列にハイブリダイズする、請求項70記載の組み合わせ。
【請求項７３】
2つ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の3'非翻訳領域にハイブリダイズする、請求項69記載の組み合わせ。
【請求項７４】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも1つが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の3'非翻訳領域に対して相補的である核酸配列にハイブリダイズする、請求項70記載の組み合わせ。
【請求項７５】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、約100ヌクレオチド未満の塩基を含む、請求項69または70のいずれか1項記載の組み合わせ。
【請求項７６】
2つ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項69記載の組み合わせ。
【請求項７７】
2つ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項70記載の組み合わせ。
【請求項７８】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にハイブリダイズする、請求項69記載の組み合わせ。
【請求項７９】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項70記載の組み合わせ。
【請求項８０】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、タンパク質の異なる1つをコードする遺伝子にハイブリダイズする、請求項78記載の組み合わせ。
【請求項８１】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、タンパク質の異なる1つをコードする遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項79記載の組み合わせ。
【請求項８２】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、異なる遺伝子にハイブリダイズする、請求項78記載の組み合わせ。
【請求項８３】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、異なる遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項79記載の組み合わせ。
【請求項８４】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのうちの約2〜約5000から構成される、請求項69または70のいずれか1項記載の組み合わせ。
【請求項８５】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、検出可能な標識で標識されている、請求項69または70いずれか1項記載の組み合わせ。
【請求項８６】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、固体支持体上の独特の位置を占有する、該固体支持体上に提供された請求項69〜85のいずれか1項記載の組み合わせを含むマイクロアレイ。
【請求項８７】
それぞれのオリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子に対して、標準的なハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることができる2つ以上のオリゴヌクレオチドと試料を接触させる段階；および、1つまたは複数のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする関心対象の1つまたは複数の遺伝子を検出する段階、を含む、試料中の1つまたは複数の遺伝子を検出するための方法。
【請求項８８】
それぞれのオリゴヌクレオチドが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子によってコードされる核酸配列に対して、標準的なハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることができる2つ以上のオリゴヌクレオチドと試料を接触させる段階；および、1つまたは複数のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする1つまたは複数の核酸配列を検出する段階、を含む、試料中の1つまたは複数の遺伝子によってコードされる1つまたは複数の核酸配列を検出するための方法。
【請求項８９】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の異なる1つを含む遺伝子にハイブリダイズする、請求項87記載の方法。
【請求項９０】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列の異なる1つを含む遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項88記載の方法。
【請求項９１】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも1つが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子の3'非翻訳の領域にハイブリダイズする、請求項87記載の方法。
【請求項９２】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも1つが、SEQ ID NO:1〜237からなる群より選択される核酸配列を含む遺伝子の3'非翻訳の領域に対する相補的である核酸配列にハイブリダイズする、請求項88記載の方法。
【請求項９３】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、約100ヌクレオチド未満の塩基を含む、請求項87または88のいずれか1項記載の方法。
【請求項９４】
2つ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項87記載の方法。
【請求項９５】
2つ以上のオリゴヌクレオチドの少なくとも1つが、SEQ ID NO:471〜697からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項88記載の方法。
【請求項９６】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子にハイブリダイズする、請求項87記載の方法。
【請求項９７】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、サイクリン、サイクリン依存性キナーゼ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ、網膜芽細胞腫関連タンパク質、WEE1様タンパク質、およびWD40リピートタンパク質からなる群より選択されるタンパク質をコードする遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項88記載の方法。
【請求項９８】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、タンパク質の異なる1つをコードする遺伝子にハイブリダイズする、請求項96記載の方法。
【請求項９９】
2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、タンパク質の異なる1つをコードする遺伝子によってコードされる核酸配列にハイブリダイズする、請求項97記載の方法。
【請求項１００】
2つ以上のオリゴヌクレオチドが固体支持体上に提供され、2つ以上のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、固体支持体上の独特の位置を占有する、請求項87または88のいずれか1項記載の方法。
【請求項１０１】
固体支持体が、2つ以上のオリゴヌクレオチドのうちの約2〜約5000から構成される、請求項100記載の方法。
【請求項１０２】
接触段階の前に、試料中の1つもしくは複数の遺伝子または核酸配列を増幅する段階をさらに含む、請求項87または88のいずれか1項記載の方法。
【請求項１０３】
接触段階の前に、検出可能な標識と試料中の1つもしくは複数の遺伝子または核酸配列を標識する段階をさらに含む、請求項87または88のいずれか1項記載の方法。
【請求項１０４】
ヌクレオチド・ハイブリダイゼーション反応のための1つもしくは複数の緩衝液または試薬と共に、請求項86記載のマイクロアレイを含む、遺伝子発現を検出するためのキット。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【公開番号】特開２０１１−９７９４１（Ｐ２０１１−９７９４１Ａ）
【公開日】平成２３年５月１９日（２０１１．５．１９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−２５１５９９（Ｐ２０１０−２５１５９９）
【出願日】平成２２年１１月１０日（２０１０．１１．１０）
【分割の表示】特願２００６−５４７５２８（Ｐ２００６−５４７５２８）の分割
【原出願日】平成１６年１２月３０日（２００４．１２．３０）
【出願人】（５０５４５０７２２）アーバージェン インコーポレイテッド (19)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２３年５月１９日（２０１１．５．１９）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年１１月１０日（２０１０．１１．１０）
【分割の表示】特願２００６−５４７５２８（Ｐ２００６−５４７５２８）の分割
【原出願日】平成１６年１２月３０日（２００４．１２．３０）
【出願人】（５０５４５０７２２）アーバージェン インコーポレイテッド (19)
【Ｆターム（参考）】
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