結晶化肝臓Ｘ受容体ベータタンパク質
本発明は、生物工学、タンパク質の精製および結晶化、Ｘ線回折分析、コンピュータによる三次元分子モデリング、ならびに論理的薬物設計の分野のものである。本発明は、肝臓Ｘ受容体およびこの受容体のリガンド、特に結晶化肝臓Ｘ受容体β（ＬＸＲβ）に関し、また、ＬＸＲβを利用したリガンド同定法、ならびにＬＸＲβ調節活性もしくは結合活性を有する治療剤または診断剤を選択、作成、および使用するための、化合物、組成物、および方法に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＬＸＲβのリガンド結合ドメインのうちの少なくとも１５０個のアミノ酸残基を含む結晶。
【請求項２】
図５に示されるヒトＬＸＲβのＬｅｕ−２２０からＧｌｕ−４６１のアミノ酸配列、または該配列と少なくとも９５％の相同性を有し、かつＬＸＲβリガンド結合ドメインをコードするアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の結晶。
【請求項３】
完全なＬＸＲβのリガンド結合ドメインを含む、請求項１または２に記載の結晶。
【請求項４】
ＬＸＲβのへリックス１２を含む配列を用いて形成された、前記いずれかの請求項に記載の結晶。
【請求項５】
Ｘ線結晶構造解析に使用可能である、請求項１から４のいずれか１項に記載の結晶。
【請求項６】
ＬＸＲβまたはその一部分に結合したリガンドを含む、請求項１から５のいずれか１項に記載の結晶。
【請求項７】
前記リガンドは、Ｔ０９０１３１７、ＧＷ３９６５、または適度な親和性（内部ＬＸＲβ結合空孔に対してＩＣ５０＜１，０００ｎＭ）で結合する任意の他のリガンドである、請求項６に記載の結晶。
【請求項８】
空間群Ｐ２１２１２１に属し、かつａ＝５９＋／−３Å、ｂ＝１００＋／−５Å、ｃ＝１７６＋／−３Å、α＝β＝γ＝９０°の単位格子寸法を有するＬＸＲβ ＬＢＤの結晶。
【請求項９】
空間群Ｐ６１２２に属し、かつａ＝５９＋／−３Å、ｂ＝５９＋／−３Å、ｃ＝２９４＋／−３Å、α＝β＝９０°、γ＝１２０°の単位格子寸法を有するＬＸＲβ ＬＢＤの結晶。
【請求項１０】
空間群Ｐ２１２１２に属し、かつａ＝８９＋／−３、ｂ＝９１＋／−３、ｃ＝１３１＋／−３、α＝β＝γ＝９０°の単位格子寸法を有する、コアクチベータのペプチド（ＴＩＦ２ ＮＲ−ｂｏｘ１）と複合体を形成したＬＸＲβ ＬＢＤの結晶。
【請求項１１】
Ｘ線結晶構造解析により決定される、３．６Åより良好な分解能を有する、請求項１から１０のいずれか１項に記載の結晶。
【請求項１２】
Ｘ線結晶構造解析により決定される、２．９Åより良好な分解能を有する、請求項１１に記載の結晶。
【請求項１３】
薬物スクリーニングアッセイにおいて、請求項１から１２のいずれか１項に記載の結晶を使用する方法であって、
（ａ）コンピュータモデリングを用い、前記結晶について決定された三次元構造を用いて論理的薬物設計を行うことにより、潜在的リガンドを選択すること、
（ｂ）前記潜在的リガンドをＬＸＲβのリガンド結合ドメインと接触（すなわちドッキング）させること、および
（ｃ）前記潜在的リガンドのリガンド結合ドメインに対する結合を検出すること、
を含む方法。
【請求項１４】
潜在的薬物は、ＬＸＲβのリガンドドメインに対して、標準リガンドがＬＸＲβのリガンド結合ドメインに対して有するよりも高い親和性を有することに基づいて選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
工程（ｃ）の標準リガンドは、Ｔ０９０１３１７、ＧＷ３９６５、または２４（Ｓ），２５−エポキシコレステロールである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
請求項１３から１５のいずれか１項に記載の方法であって、
（ｄ）前記タンパク質−リガンド複合体の原子座標を決定するため、５．０Åより大きい分解能でＸ線を有効に回折する程度に、Ｎ末端が切断されたＬＸＲβと前記潜在的薬物との間に形成されたタンパク質リガンド複合体を含む補足結晶を成長させること、
（ｅ）分子置換解析により前記補足結晶の三次元構造を決定すること、
（ｆ）コンピュータモデリングを用い、前記補足結晶について決定された三次元構造を用いて論理的薬物設計を行うことにより、候補薬物を選択すること、
（ｇ）ＬＸＲβを発現する細胞を接触させること、および
（ｈ）前記細胞でのタンパク質合成の程度を検出することにより、前記細胞内でのタンパク質合成の発現を阻害または向上させる薬物を候補薬物として同定すること、
をさらに含む方法。
【請求項１７】
請求項１６に記載の方法であって、工程（ａ）に先行する初期工程をさらに含み、初期工程は、Ｎ末端が切断されたＬＸＲβとＴ０９０１３１７、ＧＷ３９６５、または２４（Ｓ），２５−エポキシコレステロールとの間に形成されたタンパク質リガンド複合体を含む結晶の三次元構造を決定することからなり、前記結晶は、前記タンパク質−リガンド複合体の原子座標を決定するために、５．０Åより大きい分解能でＸ線を有効に回折するものであることを特徴とする方法。
【請求項１８】
薬物スクリーニングアッセイにおいて請求項１から１２のいずれか１項に記載の結晶を使用する方法であって、
（ａ）コンピュータモデリングを用い、前記結晶について決定された三次元構造を用いて論理的薬物設計を行うことにより、潜在的リガンドを選択すること、
（ｂ）該潜在的リガンドをＬＸＲβにより調節されるｃＤＮＡまたはタンパク質発現アッセイ系に添加すること、および
（ｃ）ｃＤＮＡまたはタンパク質発現の程度を検出することにより、タンパク質の発現を調節する潜在的リガンドを潜在的薬物として選択すること、
を含む方法。
【請求項１９】
前記タンパク質発現は、ｉｎ ｖｉｔｒｏタンパク質発現分析である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
機械可読データをコード化するデータ記憶材料を含む機械可読データ記憶媒体であって、該データを使用する命令がプログラミングされた機械を用いる場合、請求項１から１２のいずれか１項に記載の結晶構造または該結晶構造のホモログを三次元画像表示で描画することができる、機械可読データ記憶媒体。
【請求項２１】
天然のＬＸＲβリガンドにより調節される疾患を治療するために潜在的ＬＸＲβリガンドを設計する方法であって、
（ａ）コンピュータ手段を用いて、化学物質と、請求項２０に記載の機械可読記憶媒体から同定されるＬＸＲβ受容体の結合部位との間でフィッティング操作を行う工程、および（ｂ）前記フィッティング操作の結果を分析して前記潜在的ＬＸＲβリガンドと前記結合部位との間の会合を予測する工程
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項２１に記載の方法であって、
（ｃ）前記受容体の結晶構造に基づき前記潜在的ＬＸＲβリガンドを合成する工程、および
（ｄ）該ＬＸＲβリガンドがＬＸＲβにより調節される疾患の治療に用いられ得ることを示す、リポタンパク質プロフィールの変化、血清または組織トリグリセリドレベルの変化、血清または組織コレステロールレベルの変化、血清グルコースレベルの変化、アテローム性動脈硬化部の大きさの変化を含むがこれらに限定されない、１種または複数のｉｎ ｖｉｖｏ効果を測定することにより、ＬＸＲβ動物モデル細胞株での前記ＬＸＲβリガンド結合応答を分析する工程、
を付加的に提供する方法。
【請求項２３】
請求項２１に記載の方法であって、
（ｅ）前記受容体の結晶構造に基づき前記潜在的ＬＸＲβリガンドを合成する工程、および
（ｆ）以下に限定されないが、アルカリホスファターゼ、緑色蛍光タンパク質、またはルシフェラーゼなどのＬＸＲ応答エレメントに制御されるレポータ遺伝子の活性の変化であって、前記ＬＸＲβリガンドがＬＸＲβにより調節される疾患の治療に用いられ得ることを示す変化を含む、１種または複数のｉｎ ｖｉｔｒｏ効果を測定することにより、ＬＸＲβレポータ細胞株でのＬＸＲβリガンド結合応答を分析する工程、
を付加的に提供する方法。
【請求項２４】
前記請求項２１から２３のいずれか１項に記載の方法であって、
（ａ）へリックス−１２を立体的に置換する、または
（ｂ）二量体化表面を破壊する
ように、前記潜在的ＬＸＲβリガンドを修飾する工程を付加的に含む方法。
【請求項２５】
前記潜在的ＬＸＲβリガンドは、ＬＸＲβアンタゴニストである、請求項２１から２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
前記潜在的ＬＸＲβリガンドは、アゴニストである、請求項２１から２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記潜在的ＬＸＲβリガンドは、選択的調節物質である、請求項２１から２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
ＬＸＲβと結合するリガンドを設計する方法であって、化合物の形を、請求項１から１２のいずれか１項に記載の結晶から得られるＬＸＲβのリガンド結合空孔の形と比較すること、および前記リガンド結合ドメインのどの単数または複数のアミノ酸が前記化合物と相互作用するかを決定すること、を含む方法。
【請求項２９】
座標表の、ヒトＬＸＲβのリガンド結合ドメインのアミノ酸残基Ｓｅｒ２４２、Ｐｈｅ２６８、Ｐｈｅ２７１、Ｔｈｒ２７２、Ｌｅｕ２７４、Ａｌａ２７５、Ｓｅｒ２７８、Ｉｌｅ３０９、Ｍｅｔ３１２、Ｌｅｕ３１３、Ｇｌｕ３１５、Ｔｈｒ３１６、Ａｒｇ３１９、Ｉｌｅ３２７、Ｐｈｅ３２９、Ｌｅｕ３３０、Ｔｙｒ３３５、Ｐｈｅ３４０、Ｌｅｕ３４５、Ｐｈｅ３４９、Ｉｌｅ３５０、Ｉｌｅ３５３、Ｐｈｅ３５４、Ｈｉｓ４３５、Ｇｌｎ４３８、Ｖａｌ４３９、Ｌｅｕ４４２、Ｌｅｕ４４９、Ｌｅｕ４５３、Ｔｒｐ４５７の構造座標により規定される結合ポケットを含む結晶化分子もしくは結晶化分子複合体、または前記分子もしくは分子複合体のホモログであって、前記アミノ酸の主鎖原子に対し、
１．５Å以下の二乗平均平方根偏差を有するホモログ。
【請求項３０】
前記ＬＸＲβのリガンド結合ドメインのうちの少なくとも１５０個のアミノ酸残基を含む、結晶化可能な組成物。
【請求項３１】
実質的に、図５ａの２２０番目のアミノ酸から４６１番目のアミノ酸で示されるアミノ酸配列または図５ｂに示される配列からなる単離されたタンパク質。
【請求項３２】
ｈｉｓ−タグなどのタグを付加的に含む、請求項３１に記載の単離されたタンパク質。
【請求項３３】
図５に示されるアミノ酸配列の２２０番目から４６１番目、または図５ｂに示される配列からなるタンパク質をコードする核酸分子を含む、プラスミドなどのベクター。
【請求項３４】
請求項３３に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項３５】
請求項１または２に記載の結晶に用いられるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項３６】
（ａ）座標表の、ＬＸＲβのアミノ酸残基Ｓｅｒ２４２、Ｐｈｅ２６８、Ｐｈｅ２７１、Ｔｈｒ２７２、Ｌｅｕ２７４、Ａｌａ２７５、Ｓｅｒ２７８、Ｉｌｅ３０９、Ｍｅｔ３１２、Ｌｅｕ３１３、Ｇｌｕ３１５、Ｔｈｒ３１６、Ａｒｇ３１９、Ｉｌｅ３２７、Ｐｈｅ３２９、Ｌｅｕ３３０、Ｔｙｒ３３５、Ｐｈｅ３４０、Ｌｅｕ３４５、Ｐｈｅ３４９、Ｉｌｅ３５０、Ｉｌｅ３５３、Ｐｈｅ３５４、Ｈｉｓ４３５、Ｇｌｎ４３８、Ｖａｌ４３９、Ｌｅｕ４４２、Ｌｅｕ４４９、Ｌｅｕ４５３、Ｔｒｐ４５７の構造座標により規定される結合ポケットを含む、分子もしくは分子複合体、または
（ｂ）前記アミノ酸の主鎖原子に対して１．５Å以下の二乗平均平方根偏差を有する結合ポケットを含む、前記分子もしくは分子複合体のホモログ、
の三次元表示を作成するコンピュータであって、
（ｉ）前記座標表の、ＬＸＲβのアミノ酸残基Ｓｅｒ２４２、Ｐｈｅ２６８、Ｐｈｅ２７１、Ｔｈｒ２７２、Ｌｅｕ２７４、Ａｌａ２７５、Ｓｅｒ２７８、Ｉｌｅ３０９、Ｍｅｔ３１２、Ｌｅｕ３１３、Ｇｌｕ３１５、Ｔｈｒ３１６、Ａｒｇ３１９、Ｉｌｅ３２７、Ｐｈｅ３２９、Ｌｅｕ３３０、Ｔｙｒ３３５、Ｐｈｅ３４０、Ｌｅｕ３４５、Ｐｈｅ３４９、Ｉｌｅ３５０、Ｉｌｅ３５３、Ｐｈｅ３５４、Ｈｉｓ４３５、Ｇｌｎ４３８、Ｖａｌ４３９、Ｌｅｕ４４２、Ｌｅｕ４４９、Ｌｅｕ４５３、Ｔｒｐ４５７の構造を含むコンピュータ可読データをコード化するデータ記憶材料を含む、コンピュータ可読データ記憶媒体、
（ｉｉ）前記コンピュータ可読データを処理する命令を記憶する作業メモリ、
（ｉｉｉ）コンピュータ可読データを処理して前記三次元表示にするための、前記作業メモリと、前記コンピュータ可読データ記憶媒体とに連結した中央演算処理装置、および
（ｉｖ）前記三次元表示を表示するための、前記中央演算処理装置と連結したディスプレイ、
を含むことを特徴とするコンピュータ。
【請求項３７】
請求項３６に記載のコンピュータであって、
（ａ）前記座標表に記載されるＬＸＲβリガンド結合ドメインのアミノ酸残基の全ての構造座標により規定される分子もしくは分子複合体、または
（ｂ）前記アミノ酸の主鎖原子から１．５Å以下の二乗平均平方根偏差を有する結合ポケットを含む該分子もしくは該分子複合体のホモログ、
の三次元表示を作成し、かつ前記コンピュータ可読データは前記座標表に記載されるＬＸＲβリガンド結合ドメインのアミノ酸残基の全ての座標を含むことを特徴とするコンピュ
ータ。
【請求項３８】
ＬＸＲβとそれに対するリガンドとの間の複合体の三次元構造を決定する方法であって、
（ａ）請求項１から１２のいずれか１項に定義される複合体の結晶についてＸ線回折データを得ること、および
（ｂ）前記複合体の三次元構造を定めるために、請求項２９に定義される、保存されているタンパク質主鎖原子に関して１．５Å以下の二乗平均平方根偏差を有する原子座標のセットまたはその一部を利用すること、
を含む方法。
【請求項３９】
ＬＸＲβを含むタンパク質、または該タンパク質とリガンドの複合体のモデル化構造を決定する方法であって、
（ａ）請求項２９に定義される、保存されているタンパク質主鎖原子に関して１．５Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標のセットまたはその一部により定められる三次元構造を提供すること、
（ｂ）相同性モデル化法および工程（ａ）の構造をテンプレートとして用いて、ＬＸＲβを含む前記タンパク質の三次元構造モデルを作り出すこと、および
（ｃ）得られるモデルについて分子力学的エネルギー最小化を行うこと
を含む方法。
【請求項１】
ＬＸＲβのリガンド結合ドメインのうちの少なくとも１５０個のアミノ酸残基を含む結晶。
【請求項２】
図５に示されるヒトＬＸＲβのＬｅｕ−２２０からＧｌｕ−４６１のアミノ酸配列、または該配列と少なくとも９５％の相同性を有し、かつＬＸＲβリガンド結合ドメインをコードするアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の結晶。
【請求項３】
完全なＬＸＲβのリガンド結合ドメインを含む、請求項１または２に記載の結晶。
【請求項４】
ＬＸＲβのへリックス１２を含む配列を用いて形成された、前記いずれかの請求項に記載の結晶。
【請求項５】
Ｘ線結晶構造解析に使用可能である、請求項１から４のいずれか１項に記載の結晶。
【請求項６】
ＬＸＲβまたはその一部分に結合したリガンドを含む、請求項１から５のいずれか１項に記載の結晶。
【請求項７】
前記リガンドは、Ｔ０９０１３１７、ＧＷ３９６５、または適度な親和性（内部ＬＸＲβ結合空孔に対してＩＣ５０＜１，０００ｎＭ）で結合する任意の他のリガンドである、請求項６に記載の結晶。
【請求項８】
空間群Ｐ２１２１２１に属し、かつａ＝５９＋／−３Å、ｂ＝１００＋／−５Å、ｃ＝１７６＋／−３Å、α＝β＝γ＝９０°の単位格子寸法を有するＬＸＲβ ＬＢＤの結晶。
【請求項９】
空間群Ｐ６１２２に属し、かつａ＝５９＋／−３Å、ｂ＝５９＋／−３Å、ｃ＝２９４＋／−３Å、α＝β＝９０°、γ＝１２０°の単位格子寸法を有するＬＸＲβ ＬＢＤの結晶。
【請求項１０】
空間群Ｐ２１２１２に属し、かつａ＝８９＋／−３、ｂ＝９１＋／−３、ｃ＝１３１＋／−３、α＝β＝γ＝９０°の単位格子寸法を有する、コアクチベータのペプチド（ＴＩＦ２ ＮＲ−ｂｏｘ１）と複合体を形成したＬＸＲβ ＬＢＤの結晶。
【請求項１１】
Ｘ線結晶構造解析により決定される、３．６Åより良好な分解能を有する、請求項１から１０のいずれか１項に記載の結晶。
【請求項１２】
Ｘ線結晶構造解析により決定される、２．９Åより良好な分解能を有する、請求項１１に記載の結晶。
【請求項１３】
薬物スクリーニングアッセイにおいて、請求項１から１２のいずれか１項に記載の結晶を使用する方法であって、
（ａ）コンピュータモデリングを用い、前記結晶について決定された三次元構造を用いて論理的薬物設計を行うことにより、潜在的リガンドを選択すること、
（ｂ）前記潜在的リガンドをＬＸＲβのリガンド結合ドメインと接触（すなわちドッキング）させること、および
（ｃ）前記潜在的リガンドのリガンド結合ドメインに対する結合を検出すること、
を含む方法。
【請求項１４】
潜在的薬物は、ＬＸＲβのリガンドドメインに対して、標準リガンドがＬＸＲβのリガンド結合ドメインに対して有するよりも高い親和性を有することに基づいて選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
工程（ｃ）の標準リガンドは、Ｔ０９０１３１７、ＧＷ３９６５、または２４（Ｓ），２５−エポキシコレステロールである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
請求項１３から１５のいずれか１項に記載の方法であって、
（ｄ）前記タンパク質−リガンド複合体の原子座標を決定するため、５．０Åより大きい分解能でＸ線を有効に回折する程度に、Ｎ末端が切断されたＬＸＲβと前記潜在的薬物との間に形成されたタンパク質リガンド複合体を含む補足結晶を成長させること、
（ｅ）分子置換解析により前記補足結晶の三次元構造を決定すること、
（ｆ）コンピュータモデリングを用い、前記補足結晶について決定された三次元構造を用いて論理的薬物設計を行うことにより、候補薬物を選択すること、
（ｇ）ＬＸＲβを発現する細胞を接触させること、および
（ｈ）前記細胞でのタンパク質合成の程度を検出することにより、前記細胞内でのタンパク質合成の発現を阻害または向上させる薬物を候補薬物として同定すること、
をさらに含む方法。
【請求項１７】
請求項１６に記載の方法であって、工程（ａ）に先行する初期工程をさらに含み、初期工程は、Ｎ末端が切断されたＬＸＲβとＴ０９０１３１７、ＧＷ３９６５、または２４（Ｓ），２５−エポキシコレステロールとの間に形成されたタンパク質リガンド複合体を含む結晶の三次元構造を決定することからなり、前記結晶は、前記タンパク質−リガンド複合体の原子座標を決定するために、５．０Åより大きい分解能でＸ線を有効に回折するものであることを特徴とする方法。
【請求項１８】
薬物スクリーニングアッセイにおいて請求項１から１２のいずれか１項に記載の結晶を使用する方法であって、
（ａ）コンピュータモデリングを用い、前記結晶について決定された三次元構造を用いて論理的薬物設計を行うことにより、潜在的リガンドを選択すること、
（ｂ）該潜在的リガンドをＬＸＲβにより調節されるｃＤＮＡまたはタンパク質発現アッセイ系に添加すること、および
（ｃ）ｃＤＮＡまたはタンパク質発現の程度を検出することにより、タンパク質の発現を調節する潜在的リガンドを潜在的薬物として選択すること、
を含む方法。
【請求項１９】
前記タンパク質発現は、ｉｎ ｖｉｔｒｏタンパク質発現分析である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
機械可読データをコード化するデータ記憶材料を含む機械可読データ記憶媒体であって、該データを使用する命令がプログラミングされた機械を用いる場合、請求項１から１２のいずれか１項に記載の結晶構造または該結晶構造のホモログを三次元画像表示で描画することができる、機械可読データ記憶媒体。
【請求項２１】
天然のＬＸＲβリガンドにより調節される疾患を治療するために潜在的ＬＸＲβリガンドを設計する方法であって、
（ａ）コンピュータ手段を用いて、化学物質と、請求項２０に記載の機械可読記憶媒体から同定されるＬＸＲβ受容体の結合部位との間でフィッティング操作を行う工程、および（ｂ）前記フィッティング操作の結果を分析して前記潜在的ＬＸＲβリガンドと前記結合部位との間の会合を予測する工程
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項２１に記載の方法であって、
（ｃ）前記受容体の結晶構造に基づき前記潜在的ＬＸＲβリガンドを合成する工程、および
（ｄ）該ＬＸＲβリガンドがＬＸＲβにより調節される疾患の治療に用いられ得ることを示す、リポタンパク質プロフィールの変化、血清または組織トリグリセリドレベルの変化、血清または組織コレステロールレベルの変化、血清グルコースレベルの変化、アテローム性動脈硬化部の大きさの変化を含むがこれらに限定されない、１種または複数のｉｎ ｖｉｖｏ効果を測定することにより、ＬＸＲβ動物モデル細胞株での前記ＬＸＲβリガンド結合応答を分析する工程、
を付加的に提供する方法。
【請求項２３】
請求項２１に記載の方法であって、
（ｅ）前記受容体の結晶構造に基づき前記潜在的ＬＸＲβリガンドを合成する工程、および
（ｆ）以下に限定されないが、アルカリホスファターゼ、緑色蛍光タンパク質、またはルシフェラーゼなどのＬＸＲ応答エレメントに制御されるレポータ遺伝子の活性の変化であって、前記ＬＸＲβリガンドがＬＸＲβにより調節される疾患の治療に用いられ得ることを示す変化を含む、１種または複数のｉｎ ｖｉｔｒｏ効果を測定することにより、ＬＸＲβレポータ細胞株でのＬＸＲβリガンド結合応答を分析する工程、
を付加的に提供する方法。
【請求項２４】
前記請求項２１から２３のいずれか１項に記載の方法であって、
（ａ）へリックス−１２を立体的に置換する、または
（ｂ）二量体化表面を破壊する
ように、前記潜在的ＬＸＲβリガンドを修飾する工程を付加的に含む方法。
【請求項２５】
前記潜在的ＬＸＲβリガンドは、ＬＸＲβアンタゴニストである、請求項２１から２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
前記潜在的ＬＸＲβリガンドは、アゴニストである、請求項２１から２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記潜在的ＬＸＲβリガンドは、選択的調節物質である、請求項２１から２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
ＬＸＲβと結合するリガンドを設計する方法であって、化合物の形を、請求項１から１２のいずれか１項に記載の結晶から得られるＬＸＲβのリガンド結合空孔の形と比較すること、および前記リガンド結合ドメインのどの単数または複数のアミノ酸が前記化合物と相互作用するかを決定すること、を含む方法。
【請求項２９】
座標表の、ヒトＬＸＲβのリガンド結合ドメインのアミノ酸残基Ｓｅｒ２４２、Ｐｈｅ２６８、Ｐｈｅ２７１、Ｔｈｒ２７２、Ｌｅｕ２７４、Ａｌａ２７５、Ｓｅｒ２７８、Ｉｌｅ３０９、Ｍｅｔ３１２、Ｌｅｕ３１３、Ｇｌｕ３１５、Ｔｈｒ３１６、Ａｒｇ３１９、Ｉｌｅ３２７、Ｐｈｅ３２９、Ｌｅｕ３３０、Ｔｙｒ３３５、Ｐｈｅ３４０、Ｌｅｕ３４５、Ｐｈｅ３４９、Ｉｌｅ３５０、Ｉｌｅ３５３、Ｐｈｅ３５４、Ｈｉｓ４３５、Ｇｌｎ４３８、Ｖａｌ４３９、Ｌｅｕ４４２、Ｌｅｕ４４９、Ｌｅｕ４５３、Ｔｒｐ４５７の構造座標により規定される結合ポケットを含む結晶化分子もしくは結晶化分子複合体、または前記分子もしくは分子複合体のホモログであって、前記アミノ酸の主鎖原子に対し、
１．５Å以下の二乗平均平方根偏差を有するホモログ。
【請求項３０】
前記ＬＸＲβのリガンド結合ドメインのうちの少なくとも１５０個のアミノ酸残基を含む、結晶化可能な組成物。
【請求項３１】
実質的に、図５ａの２２０番目のアミノ酸から４６１番目のアミノ酸で示されるアミノ酸配列または図５ｂに示される配列からなる単離されたタンパク質。
【請求項３２】
ｈｉｓ−タグなどのタグを付加的に含む、請求項３１に記載の単離されたタンパク質。
【請求項３３】
図５に示されるアミノ酸配列の２２０番目から４６１番目、または図５ｂに示される配列からなるタンパク質をコードする核酸分子を含む、プラスミドなどのベクター。
【請求項３４】
請求項３３に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項３５】
請求項１または２に記載の結晶に用いられるアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項３６】
（ａ）座標表の、ＬＸＲβのアミノ酸残基Ｓｅｒ２４２、Ｐｈｅ２６８、Ｐｈｅ２７１、Ｔｈｒ２７２、Ｌｅｕ２７４、Ａｌａ２７５、Ｓｅｒ２７８、Ｉｌｅ３０９、Ｍｅｔ３１２、Ｌｅｕ３１３、Ｇｌｕ３１５、Ｔｈｒ３１６、Ａｒｇ３１９、Ｉｌｅ３２７、Ｐｈｅ３２９、Ｌｅｕ３３０、Ｔｙｒ３３５、Ｐｈｅ３４０、Ｌｅｕ３４５、Ｐｈｅ３４９、Ｉｌｅ３５０、Ｉｌｅ３５３、Ｐｈｅ３５４、Ｈｉｓ４３５、Ｇｌｎ４３８、Ｖａｌ４３９、Ｌｅｕ４４２、Ｌｅｕ４４９、Ｌｅｕ４５３、Ｔｒｐ４５７の構造座標により規定される結合ポケットを含む、分子もしくは分子複合体、または
（ｂ）前記アミノ酸の主鎖原子に対して１．５Å以下の二乗平均平方根偏差を有する結合ポケットを含む、前記分子もしくは分子複合体のホモログ、
の三次元表示を作成するコンピュータであって、
（ｉ）前記座標表の、ＬＸＲβのアミノ酸残基Ｓｅｒ２４２、Ｐｈｅ２６８、Ｐｈｅ２７１、Ｔｈｒ２７２、Ｌｅｕ２７４、Ａｌａ２７５、Ｓｅｒ２７８、Ｉｌｅ３０９、Ｍｅｔ３１２、Ｌｅｕ３１３、Ｇｌｕ３１５、Ｔｈｒ３１６、Ａｒｇ３１９、Ｉｌｅ３２７、Ｐｈｅ３２９、Ｌｅｕ３３０、Ｔｙｒ３３５、Ｐｈｅ３４０、Ｌｅｕ３４５、Ｐｈｅ３４９、Ｉｌｅ３５０、Ｉｌｅ３５３、Ｐｈｅ３５４、Ｈｉｓ４３５、Ｇｌｎ４３８、Ｖａｌ４３９、Ｌｅｕ４４２、Ｌｅｕ４４９、Ｌｅｕ４５３、Ｔｒｐ４５７の構造を含むコンピュータ可読データをコード化するデータ記憶材料を含む、コンピュータ可読データ記憶媒体、
（ｉｉ）前記コンピュータ可読データを処理する命令を記憶する作業メモリ、
（ｉｉｉ）コンピュータ可読データを処理して前記三次元表示にするための、前記作業メモリと、前記コンピュータ可読データ記憶媒体とに連結した中央演算処理装置、および
（ｉｖ）前記三次元表示を表示するための、前記中央演算処理装置と連結したディスプレイ、
を含むことを特徴とするコンピュータ。
【請求項３７】
請求項３６に記載のコンピュータであって、
（ａ）前記座標表に記載されるＬＸＲβリガンド結合ドメインのアミノ酸残基の全ての構造座標により規定される分子もしくは分子複合体、または
（ｂ）前記アミノ酸の主鎖原子から１．５Å以下の二乗平均平方根偏差を有する結合ポケットを含む該分子もしくは該分子複合体のホモログ、
の三次元表示を作成し、かつ前記コンピュータ可読データは前記座標表に記載されるＬＸＲβリガンド結合ドメインのアミノ酸残基の全ての座標を含むことを特徴とするコンピュ
ータ。
【請求項３８】
ＬＸＲβとそれに対するリガンドとの間の複合体の三次元構造を決定する方法であって、
（ａ）請求項１から１２のいずれか１項に定義される複合体の結晶についてＸ線回折データを得ること、および
（ｂ）前記複合体の三次元構造を定めるために、請求項２９に定義される、保存されているタンパク質主鎖原子に関して１．５Å以下の二乗平均平方根偏差を有する原子座標のセットまたはその一部を利用すること、
を含む方法。
【請求項３９】
ＬＸＲβを含むタンパク質、または該タンパク質とリガンドの複合体のモデル化構造を決定する方法であって、
（ａ）請求項２９に定義される、保存されているタンパク質主鎖原子に関して１．５Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標のセットまたはその一部により定められる三次元構造を提供すること、
（ｂ）相同性モデル化法および工程（ａ）の構造をテンプレートとして用いて、ＬＸＲβを含む前記タンパク質の三次元構造モデルを作り出すこと、および
（ｃ）得られるモデルについて分子力学的エネルギー最小化を行うこと
を含む方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【公表番号】特表２００７−５２７６９１（Ｐ２００７−５２７６９１Ａ）
【公表日】平成１９年１０月４日（２００７．１０．４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−５６３５２４（Ｐ２００４−５６３５２４）
【出願日】平成１５年１２月２４日（２００３．１２．２４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＩＢ２００３／００６４１２
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０５８８１９
【国際公開日】平成１６年７月１５日（２００４．７．１５）
【出願人】（５００５６１６１０）カロ バイオ アクチェブラーグ (17)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年１０月４日（２００７．１０．４）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年１２月２４日（２００３．１２．２４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＩＢ２００３／００６４１２
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０５８８１９
【国際公開日】平成１６年７月１５日（２００４．７．１５）
【出願人】（５００５６１６１０）カロ バイオ アクチェブラーグ (17)
【Ｆターム（参考）】
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