肝線維症に関連する遺伝的多型、その検出方法および使用
本発明は、肝線維症および関連する病理に関係する遺伝子多型の発見に基づく。特に、本発明は、多型を含む核酸分子、このような核酸分子によってコードされる改変体タンパク質、多型核酸分子およびタンパク質を検出するための試薬、ならびに核酸分子およびタンパク質を用いる方法、ならびにこれらの検出のための試薬の使用方法に関する。１実施形態として、本発明は、肝線維症に関係する新規のＳＮＰ、このようなＳＮＰの固有の組み合わせ、ならびにＳＮＰのハプロタイプの同定に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
肝線維症を発症する危険性の変化を有する個体を識別するための方法であって、該方法が、該個体の核酸における配列番号１〜２６１および配列番号５２３〜３４２５６のヌクレオチド配列のいずれか一つにおいて一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する工程を包含し、ここで、該ＳＮＰの存在が、該個体における肝線維症の危険性の変化と関連する、方法。
【請求項２】
前記危険性の変化が、危険性の上昇である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記危険性の変化が、危険性の減少である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ＳＮＰが、表６および表７に記載のＳＮＰからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法であって：対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖立体配座多型からなる群より選択されるプロセスにより検出が実施される、方法。
【請求項６】
少なくとも８個の連続したヌクレオチドを含む単離された核酸分子であって、ここで、該ヌクレオチドの一つが、配列番号１〜２６１および配列番号５２３〜３４２５６のヌクレオチド配列、またはその相補体のいずれか一つより選択される一塩基多型（ＳＮＰ）である、核酸分子。
【請求項７】
前記ＳＮＰが表３および４に記載のＳＮＰからなる群より選択される、請求項６に記載の単離された核酸分子。
【請求項８】
配列番号２６２〜５２２のアミノ酸配列のいずれか一つをコードする、単離された核酸分子。
れた核酸分子。
【請求項９】
配列番号２６２〜５２２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項１０】
請求項９に記載のポリペプチド、もしくはその抗原結合フラグメントに特異的に結合する、抗体。
【請求項１１】
増幅されたポリヌクレオチドであって、該増幅されたポリヌクレオチドが、配列番号１〜２６１および配列番号５２３〜３４２５６のヌクレオチド配列またはその相補体のいずれか一つより選択される一塩基多型（ＳＮＰ）を含み、ここで、該増幅されたポリヌクレオチドが、約１６ヌクレオチドと約１，０００ヌクレオチドとの間の長さである、ポリヌクレオチド。
【請求項１２】
配列番号１〜２６１および配列番号５２３〜３４２５６のヌクレオチド配列のいずれか一つにおいて一塩基多型（ＳＮＰ）を含む核酸分子に、特異的にハイブリダイズする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１３】
対立遺伝子特異的プローブである、請求項１２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１４】
対立遺伝子特異的プライマーである、請求項１２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１５】
請求項１２に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドが、表５（配列番号３４２５７〜３４４５８）に記載のプライマー配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項１６】
核酸中の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するためのキットであって、該キットが、請求項１２のポリヌクレオチド、緩衝剤、および酵素を備える、キット。
【請求項１７】
肝線維症を治療的もしくは予防的に処置するのに有用な薬剤を同定するための方法であって、該方法が、候補薬剤に請求項９に記載のポリペプチドを、該ポリペプチドと該候補薬剤との間に結合複合体を形成させるために適切な条件下で接触させる工程、ならびに該結合複合体の形成を検出する工程を包含し、ここで、該複合体の存在が、該薬剤を同定する、方法。
【請求項１８】
軽微な線維症から架橋状線維症／肝硬変への急速な進行の危険性を有する個体を識別するための方法であって、該方法は、該個体の核酸中の配列番号１〜２６１および配列番号５２３〜３４２５６のヌクレオチド配列のいずれか一つにおいてＳＮＰを検出する工程を包含し、ここで、該ＳＮＰの存在が、該個体における架橋状線維症／肝硬変への進行の急速な速度と相関する、方法。
【請求項１】
肝線維症を発症する危険性の変化を有する個体を識別するための方法であって、該方法が、該個体の核酸における配列番号１〜２６１および配列番号５２３〜３４２５６のヌクレオチド配列のいずれか一つにおいて一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する工程を包含し、ここで、該ＳＮＰの存在が、該個体における肝線維症の危険性の変化と関連する、方法。
【請求項２】
前記危険性の変化が、危険性の上昇である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記危険性の変化が、危険性の減少である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ＳＮＰが、表６および表７に記載のＳＮＰからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法であって：対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖立体配座多型からなる群より選択されるプロセスにより検出が実施される、方法。
【請求項６】
少なくとも８個の連続したヌクレオチドを含む単離された核酸分子であって、ここで、該ヌクレオチドの一つが、配列番号１〜２６１および配列番号５２３〜３４２５６のヌクレオチド配列、またはその相補体のいずれか一つより選択される一塩基多型（ＳＮＰ）である、核酸分子。
【請求項７】
前記ＳＮＰが表３および４に記載のＳＮＰからなる群より選択される、請求項６に記載の単離された核酸分子。
【請求項８】
配列番号２６２〜５２２のアミノ酸配列のいずれか一つをコードする、単離された核酸分子。
れた核酸分子。
【請求項９】
配列番号２６２〜５２２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項１０】
請求項９に記載のポリペプチド、もしくはその抗原結合フラグメントに特異的に結合する、抗体。
【請求項１１】
増幅されたポリヌクレオチドであって、該増幅されたポリヌクレオチドが、配列番号１〜２６１および配列番号５２３〜３４２５６のヌクレオチド配列またはその相補体のいずれか一つより選択される一塩基多型（ＳＮＰ）を含み、ここで、該増幅されたポリヌクレオチドが、約１６ヌクレオチドと約１，０００ヌクレオチドとの間の長さである、ポリヌクレオチド。
【請求項１２】
配列番号１〜２６１および配列番号５２３〜３４２５６のヌクレオチド配列のいずれか一つにおいて一塩基多型（ＳＮＰ）を含む核酸分子に、特異的にハイブリダイズする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１３】
対立遺伝子特異的プローブである、請求項１２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１４】
対立遺伝子特異的プライマーである、請求項１２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１５】
請求項１２に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドが、表５（配列番号３４２５７〜３４４５８）に記載のプライマー配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項１６】
核酸中の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するためのキットであって、該キットが、請求項１２のポリヌクレオチド、緩衝剤、および酵素を備える、キット。
【請求項１７】
肝線維症を治療的もしくは予防的に処置するのに有用な薬剤を同定するための方法であって、該方法が、候補薬剤に請求項９に記載のポリペプチドを、該ポリペプチドと該候補薬剤との間に結合複合体を形成させるために適切な条件下で接触させる工程、ならびに該結合複合体の形成を検出する工程を包含し、ここで、該複合体の存在が、該薬剤を同定する、方法。
【請求項１８】
軽微な線維症から架橋状線維症／肝硬変への急速な進行の危険性を有する個体を識別するための方法であって、該方法は、該個体の核酸中の配列番号１〜２６１および配列番号５２３〜３４２５６のヌクレオチド配列のいずれか一つにおいてＳＮＰを検出する工程を包含し、ここで、該ＳＮＰの存在が、該個体における架橋状線維症／肝硬変への進行の急速な速度と相関する、方法。
【図１】
【公表番号】特表２００９−５２３００５（Ｐ２００９−５２３００５Ａ）
【公表日】平成２１年６月１８日（２００９．６．１８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５１１６７５（Ｐ２００７−５１１６７５）
【出願日】平成１７年５月９日（２００５．５．９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１６０５１
【国際公開番号】ＷＯ２００５／１１１２４１
【国際公開日】平成１７年１１月２４日（２００５．１１．２４）
【出願人】（５０５２８７５４２）アプレラ コーポレイション (8)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年６月１８日（２００９．６．１８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年５月９日（２００５．５．９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１６０５１
【国際公開番号】ＷＯ２００５／１１１２４１
【国際公開日】平成１７年１１月２４日（２００５．１１．２４）
【出願人】（５０５２８７５４２）アプレラ コーポレイション (8)
【Ｆターム（参考）】
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