血液癌プロファイリングシステム
血液癌をプロファイリングするシステムが提供されている。当該システムは、遺伝子セット群の同定に基づき、これらの遺伝子セット群は、一つの遺伝子セット内のそれぞれの遺伝子の発現における変化が、ある特定の血液癌の一つあるいはそれ以上の特徴と相関関係を示し得るという点において特徴付けられる。当該の血液癌プロファイリングシステムは、「血液癌プロファイリング」遺伝子のセット群を提供し、さらに、一つあるいはそれ以上の血液癌プロファイリングセット群に由来するポリヌクレオチドプローブの組み合わせを提供する。これらのポリヌクレオチドプローブの組み合わせは、溶液に形態で、あるいはアレイの形態で提供され得る。プローブの組み合わせおよびアレイは、疾患の予後予測、診断、病期あるいはグレードの判断、治療管理、疾患進行のモニター、疾患のアウトカムあるいは合併症の予測などに利用することができる。本発明のシステムは、悪性リンパ腫および白血病から成る群から選択された血液癌をプロファイルするために使用することができる。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブから成る、血液癌をプロファイリングするシステムで、前記プローブのそれぞれが15ヌクレオチドから500ヌクレオチドの長さを有し且つ表1に示した遺伝子群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれと相補的な1個の配列から成り、当該配列では前記遺伝子の発現レベルが前記血液癌の一つあるいはそれ以上の特徴を示すことを特徴とする前記システム。
【請求項２】
前記の一つあるいはそれ以上の特徴が、存在、欠如、種、亜種、病期、進行、グレード、攻撃性、アウトカム、生存率および薬剤反応性から成る群から選択された、請求項1に記載のシステム。
【請求項３】
前記プローブのそれぞれが、表2から表19に記載された遺伝子の群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、請求項1および2に記載のシステム。
【請求項４】
前記の少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブが、
表2に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表3に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表4に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表5に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表6に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表7に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表8に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表9に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表10に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表11に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表12に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表13に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表14に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表15に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表16に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表17に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表18に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ； および
表19に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ
から成る群から選択されている、請求項1および2に記載のシステム。
【請求項５】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列の少なくとも15個のヌクレオチドから成る、 請求項1、２、３、あるいは4のいずれかに記載のシステム。
【請求項６】
前記プローブのぞれぞれが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、請求項1、２、３、あるいは4のいずれかに記載のシステム。
【請求項７】
前記システムが、少なくとも50個のポリヌクレオチドプローブから成る、請求項1、2、3、4、5、あるいは6のいずれかに記載のシステム。
【請求項８】
前記システムが、少なくとも100個のポリヌクレオチドプローブから成る、請求項1、2、3、4、5、あるいは6のいずれかに記載のシステム。
【請求項９】
前記血液癌が、悪性リンパ腫および白血病から成る群から選択されている、請求項1、2、3、4、5、6、7あるいは8のいずれかに記載のシステム。
【請求項１０】
前記血液癌が、B細胞性慢性リンパ性白血病/小リンパ球性リンパ腫(CLL/SLL)、B細胞前リンパ球性白血、リンパ形質細胞性リンパ腫、脾辺縁帯B細胞リンパ腫、節性辺縁帯B細胞リンパ腫、有毛細胞白血病、形質細胞性骨髄腫/形質細胞腫、濾胞性リンパ腫(FL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、バーキットリンパ腫、およびびまん性Ｂ大細胞型リンパ腫(DLBCL)ホジキンリンパ腫、リンパ芽球型リンパ腫、未分化大細胞型リンパ腫(ALCL)、皮下T細胞リンパ腫、菌状息肉腫／セザリー症候群、末梢性T細胞リンパ腫、血管免疫芽球型リンパ腫、血管中心性リンパ腫(鼻型T細胞リンパ腫)、消化管のＴ細胞リンパ腫、および成人Ｔ細胞リンパ腫／白血病から成る群から選択された悪性リンパ腫である、 請求項1、2、3、4、5、6、7あるいは8のいずれかに記載のシステム。
【請求項１１】
前記血液癌が、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、および慢性リンパ性白血病から成る群から選択された白血病である、請求項1、2、3、4、5、6、7あるいは8のいずれかに記載のシステム*16。
【請求項１２】
核酸アレイを調製するために、請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9、10 あるいは11のいずれかに記載のシステムを使用すること。
【請求項１３】
(a) 一つあるいはそれ以上の遺伝子セット群を提供する段階で、それぞれの遺伝子セットが表1に記載された遺伝子群から選択された少なくとも5個の遺伝子から成り、当該の一つあるいはそれ以上の遺伝子セット群内のそれぞれの遺伝子の発現レベルが一つの血液癌の一つの特徴を表すことを特徴とする前記段階と；
(b) 発現パターンプロファイルを提供することを目的として、前記被験者から採取した被験検体における前記の一つあるいはそれ以上の遺伝子セット群内のそれぞれの遺伝子の発現レベルを定量する段階と；および
(c) 前記発現パターンプロファイルを参照発現パターンプロファイルと比較する段階と
から成る、被験者における血液癌をプロファイリングする方法。
【請求項１４】
前記特徴が、存在、欠如、種、亜種、病期、進行、グレード、攻撃性、アウトカム、生存率および薬剤反応性から成る群から選択された、請求項13 に記載の方法。
【請求項１５】
それぞれの遺伝子の発現レベルが段階(b)で被験検体を複数のポリヌクレオチドプローブに接触させることにより定量され、前記プローブのそれぞれが15ヌクレオチドから500ヌクレオチドの長さを有し且つ前記の一つあるいはそれ以上の遺伝子セット群由来の1個の遺伝子に対応するかあるいはそれと相補的な1個の配列から成る、請求項13 あるいは14に記載の方法。
【請求項１６】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列の少なくとも15個のヌクレオチドから成る、 請求項15に記載の方法。
【請求項１７】
前記血液癌が悪性リンパ腫および白血病から成る群から選択されている、請求項13、14、15あるいは16のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記血液癌が、B細胞性慢性リンパ性白血病/小リンパ球性リンパ腫(CLL/SLL)、B細胞前リンパ球性白血、リンパ形質細胞性リンパ腫、脾辺縁帯B細胞リンパ腫、節性辺縁帯B細胞リンパ腫、有毛細胞白血病、形質細胞性骨髄腫/形質細胞腫、濾胞性リンパ腫(FL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、バーキットリンパ腫、およびびまん性Ｂ大細胞型リンパ腫(DLBCL)ホジキンリンパ腫、リンパ芽球型リンパ腫、未分化大細胞型リンパ腫(ALCL)、皮下T細胞リンパ腫、菌状息肉腫／セザリー症候群、末梢性T細胞リンパ腫、血管免疫芽球型リンパ腫、血管中心性リンパ腫(鼻型T細胞リンパ腫)、消化管のＴ細胞リンパ腫、および成人Ｔ細胞リンパ腫／白血病から成る群から選択された悪性リンパ腫である、請求項13、14、15あるいは16のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記血液癌が、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、および慢性リンパ性白血病から成る群から選択された白血病である、請求項13、14、15あるいは16のいずれかに記載の方法。*17。
【請求項２０】
前記遺伝子セット群が少なくとも10個の遺伝子から成り、前記の一つあるいはそれ以上の遺伝子セット群が、
表32に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表33に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表34に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表35に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表36に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表37に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表38に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表39に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表40に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；および
表41に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
から成る群から選択されている、請求項13に記載の方法。
【請求項２１】
固相支持体の固定された少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブから成る、核酸アレイで、前記プローブのそれぞれが15ヌクレオチドから500ヌクレオチドの長さを有し且つ表1に示した遺伝子群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれと相補的な1個の配列から成り、当該配列では前記遺伝子の発現レベルが前記血液癌の一つあるいはそれ以上の特徴を示すことを特徴とする前記核酸アレイ。
【請求項２２】
前記の一つあるいはそれ以上の特徴が、存在、欠如、種、亜種、病期、進行、グレード、攻撃性、アウトカム、生存率および薬剤反応性から成る群から選択された、 請求項21に記載の核酸アレイ。
【請求項２３】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列の少なくとも15個のヌクレオチドから成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２４】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２５】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1-1153のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２６】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1154-2299のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２７】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 2300-3426のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２８】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 3427-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２９】
前記システムが少なくとも50個のポリヌクレオチドプローブから成る、請求項21、22、23、24、25、26、27あるいは28のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３０】
前記システムが少なくとも100個のポリヌクレオチドプローブから成る、請求項21、22、23、24、25、26、27あるいは28のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３１】
前記プローブのそれぞれが、表2に記載された遺伝子の群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、請求項21、22、23、24、25、26、27、28、29あるいは30のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３２】
前記プローブのそれぞれが、表3に記載された遺伝子の群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、請求項21、22、23、24、25、26、27、28、29あるいは30のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３３】
前記の少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブが、
表32に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表33に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表34に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表35に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表36に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表37に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表38に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表39に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表40に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；および
表41に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ
から成る群から選択されている、請求項21、22、23、24、25、26、27、28、29あるいは30のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３４】
さらに一つあるいはそれ以上のコントロールプローブから成る、請求項21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31あるいは32のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３５】
約15ヌクレオチドから約500ヌクレオチドの長さを有し、且つ表1に示した遺伝子群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれと相補的な1個の配列から成る、ポリヌクレオチドプローブで、前記プローブが、SEQ ID NOs: 1-4530のいずれかに記載されている配列の少なくとも15個の連続したヌクレオチドから成ることを特徴とする、前記ポリヌクレオチドプローブ。
【請求項３６】
前記ポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NOs: 1-4530に記載されているような1個の配列から成る、請求項35に記載のポリヌクレオチドプローブ *18。
【請求項３７】
前記ポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、請求項35に記載のポリヌクレオチドプローブ。
【請求項３８】
ある血液癌の一つあるいはそれ以上の特徴を表し、
表32に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表33に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表34に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表35に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表36に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表37に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表38に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表39に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表40に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；および
表41に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子
から選択された少なくとも10個の遺伝子から成る、発現パターン一つの遺伝子セット。
【請求項３９】
前記の一つあるいはそれ以上の特徴が、存在、欠如、種、亜種、病期、進行、グレード、攻撃性、アウトカム、生存率および薬剤反応性から成る群から選択された、請求項38に記載の遺伝子セット。
【請求項４０】
前記血液癌が悪性リンパ腫であり、前記の少なくとも10個の遺伝子が
表32に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表33に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表34に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表35に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表36に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表37に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；および
表38に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子
から選択されている、請求項38あるいは39に記載の遺伝子セット。
【請求項４１】
前記血液癌が白血病であり、前記の少なくとも10個の遺伝子が
表39に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表40に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；および
表41に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子
から選択されている、請求項38あるいは39に記載の遺伝子セット。
【請求項４２】
表1に記載した遺伝子群から成る、血液癌をプロファイリングする遺伝子のライブラリー。
【請求項４３】
請求項38から41のいずれかに記載の遺伝子セットを表す、一つあるいはそれ以上のデジタルコード化した発現パターンプロファイルから成る、コンピューター読み出し可能な媒体で、前記の一つあるいはそれ以上のデジタルコード化した発現パターンプロファイルが一つあるいはそれ以上の値と関連し、前記の一つあるいはそれ以上の値がそれぞれ血液癌の一つあるいはそれ以上の特徴の一つと相関関係を示すことを特徴とする、前記のコンピューター読み出し可能な媒体。
【請求項１】
少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブから成る、血液癌をプロファイリングするシステムで、前記プローブのそれぞれが15ヌクレオチドから500ヌクレオチドの長さを有し且つ表1に示した遺伝子群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれと相補的な1個の配列から成り、当該配列では前記遺伝子の発現レベルが前記血液癌の一つあるいはそれ以上の特徴を示すことを特徴とする前記システム。
【請求項２】
前記の一つあるいはそれ以上の特徴が、存在、欠如、種、亜種、病期、進行、グレード、攻撃性、アウトカム、生存率および薬剤反応性から成る群から選択された、請求項1に記載のシステム。
【請求項３】
前記プローブのそれぞれが、表2から表19に記載された遺伝子の群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、請求項1および2に記載のシステム。
【請求項４】
前記の少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブが、
表2に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表3に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表4に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表5に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表6に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表7に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表8に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表9に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表10に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表11に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表12に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表13に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表14に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表15に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表16に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表17に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表18に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ； および
表19に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ
から成る群から選択されている、請求項1および2に記載のシステム。
【請求項５】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列の少なくとも15個のヌクレオチドから成る、 請求項1、２、３、あるいは4のいずれかに記載のシステム。
【請求項６】
前記プローブのぞれぞれが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、請求項1、２、３、あるいは4のいずれかに記載のシステム。
【請求項７】
前記システムが、少なくとも50個のポリヌクレオチドプローブから成る、請求項1、2、3、4、5、あるいは6のいずれかに記載のシステム。
【請求項８】
前記システムが、少なくとも100個のポリヌクレオチドプローブから成る、請求項1、2、3、4、5、あるいは6のいずれかに記載のシステム。
【請求項９】
前記血液癌が、悪性リンパ腫および白血病から成る群から選択されている、請求項1、2、3、4、5、6、7あるいは8のいずれかに記載のシステム。
【請求項１０】
前記血液癌が、B細胞性慢性リンパ性白血病/小リンパ球性リンパ腫(CLL/SLL)、B細胞前リンパ球性白血、リンパ形質細胞性リンパ腫、脾辺縁帯B細胞リンパ腫、節性辺縁帯B細胞リンパ腫、有毛細胞白血病、形質細胞性骨髄腫/形質細胞腫、濾胞性リンパ腫(FL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、バーキットリンパ腫、およびびまん性Ｂ大細胞型リンパ腫(DLBCL)ホジキンリンパ腫、リンパ芽球型リンパ腫、未分化大細胞型リンパ腫(ALCL)、皮下T細胞リンパ腫、菌状息肉腫／セザリー症候群、末梢性T細胞リンパ腫、血管免疫芽球型リンパ腫、血管中心性リンパ腫(鼻型T細胞リンパ腫)、消化管のＴ細胞リンパ腫、および成人Ｔ細胞リンパ腫／白血病から成る群から選択された悪性リンパ腫である、 請求項1、2、3、4、5、6、7あるいは8のいずれかに記載のシステム。
【請求項１１】
前記血液癌が、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、および慢性リンパ性白血病から成る群から選択された白血病である、請求項1、2、3、4、5、6、7あるいは8のいずれかに記載のシステム*16。
【請求項１２】
核酸アレイを調製するために、請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9、10 あるいは11のいずれかに記載のシステムを使用すること。
【請求項１３】
(a) 一つあるいはそれ以上の遺伝子セット群を提供する段階で、それぞれの遺伝子セットが表1に記載された遺伝子群から選択された少なくとも5個の遺伝子から成り、当該の一つあるいはそれ以上の遺伝子セット群内のそれぞれの遺伝子の発現レベルが一つの血液癌の一つの特徴を表すことを特徴とする前記段階と；
(b) 発現パターンプロファイルを提供することを目的として、前記被験者から採取した被験検体における前記の一つあるいはそれ以上の遺伝子セット群内のそれぞれの遺伝子の発現レベルを定量する段階と；および
(c) 前記発現パターンプロファイルを参照発現パターンプロファイルと比較する段階と
から成る、被験者における血液癌をプロファイリングする方法。
【請求項１４】
前記特徴が、存在、欠如、種、亜種、病期、進行、グレード、攻撃性、アウトカム、生存率および薬剤反応性から成る群から選択された、請求項13 に記載の方法。
【請求項１５】
それぞれの遺伝子の発現レベルが段階(b)で被験検体を複数のポリヌクレオチドプローブに接触させることにより定量され、前記プローブのそれぞれが15ヌクレオチドから500ヌクレオチドの長さを有し且つ前記の一つあるいはそれ以上の遺伝子セット群由来の1個の遺伝子に対応するかあるいはそれと相補的な1個の配列から成る、請求項13 あるいは14に記載の方法。
【請求項１６】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列の少なくとも15個のヌクレオチドから成る、 請求項15に記載の方法。
【請求項１７】
前記血液癌が悪性リンパ腫および白血病から成る群から選択されている、請求項13、14、15あるいは16のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記血液癌が、B細胞性慢性リンパ性白血病/小リンパ球性リンパ腫(CLL/SLL)、B細胞前リンパ球性白血、リンパ形質細胞性リンパ腫、脾辺縁帯B細胞リンパ腫、節性辺縁帯B細胞リンパ腫、有毛細胞白血病、形質細胞性骨髄腫/形質細胞腫、濾胞性リンパ腫(FL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、バーキットリンパ腫、およびびまん性Ｂ大細胞型リンパ腫(DLBCL)ホジキンリンパ腫、リンパ芽球型リンパ腫、未分化大細胞型リンパ腫(ALCL)、皮下T細胞リンパ腫、菌状息肉腫／セザリー症候群、末梢性T細胞リンパ腫、血管免疫芽球型リンパ腫、血管中心性リンパ腫(鼻型T細胞リンパ腫)、消化管のＴ細胞リンパ腫、および成人Ｔ細胞リンパ腫／白血病から成る群から選択された悪性リンパ腫である、請求項13、14、15あるいは16のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記血液癌が、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、および慢性リンパ性白血病から成る群から選択された白血病である、請求項13、14、15あるいは16のいずれかに記載の方法。*17。
【請求項２０】
前記遺伝子セット群が少なくとも10個の遺伝子から成り、前記の一つあるいはそれ以上の遺伝子セット群が、
表32に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表33に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表34に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表35に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表36に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表37に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表38に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表39に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
表40に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；および
表41に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子群から成る一つの遺伝子セット；
から成る群から選択されている、請求項13に記載の方法。
【請求項２１】
固相支持体の固定された少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブから成る、核酸アレイで、前記プローブのそれぞれが15ヌクレオチドから500ヌクレオチドの長さを有し且つ表1に示した遺伝子群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれと相補的な1個の配列から成り、当該配列では前記遺伝子の発現レベルが前記血液癌の一つあるいはそれ以上の特徴を示すことを特徴とする前記核酸アレイ。
【請求項２２】
前記の一つあるいはそれ以上の特徴が、存在、欠如、種、亜種、病期、進行、グレード、攻撃性、アウトカム、生存率および薬剤反応性から成る群から選択された、 請求項21に記載の核酸アレイ。
【請求項２３】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列の少なくとも15個のヌクレオチドから成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２４】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２５】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1-1153のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２６】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 1154-2299のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２７】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 2300-3426のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２８】
前記プローブのそれぞれが、SEQ ID NOs: 3427-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、 請求項21あるいは22に記載の核酸アレイ。
【請求項２９】
前記システムが少なくとも50個のポリヌクレオチドプローブから成る、請求項21、22、23、24、25、26、27あるいは28のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３０】
前記システムが少なくとも100個のポリヌクレオチドプローブから成る、請求項21、22、23、24、25、26、27あるいは28のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３１】
前記プローブのそれぞれが、表2に記載された遺伝子の群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、請求項21、22、23、24、25、26、27、28、29あるいは30のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３２】
前記プローブのそれぞれが、表3に記載された遺伝子の群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、請求項21、22、23、24、25、26、27、28、29あるいは30のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３３】
前記の少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブが、
表32に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表33に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表34に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表35に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表36に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表37に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表38に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表39に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；
表40に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ；および
表41に記載された一つあるいはそれ以上の遺伝子から成る遺伝子のセットから選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれに相補的である配列から成る、少なくとも10個のポリヌクレオチドプローブ
から成る群から選択されている、請求項21、22、23、24、25、26、27、28、29あるいは30のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３４】
さらに一つあるいはそれ以上のコントロールプローブから成る、請求項21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31あるいは32のいずれかに記載の核酸アレイ。
【請求項３５】
約15ヌクレオチドから約500ヌクレオチドの長さを有し、且つ表1に示した遺伝子群から選択された1個の遺伝子から転写されたmRNAに対応するかあるいはそれと相補的な1個の配列から成る、ポリヌクレオチドプローブで、前記プローブが、SEQ ID NOs: 1-4530のいずれかに記載されている配列の少なくとも15個の連続したヌクレオチドから成ることを特徴とする、前記ポリヌクレオチドプローブ。
【請求項３６】
前記ポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NOs: 1-4530に記載されているような1個の配列から成る、請求項35に記載のポリヌクレオチドプローブ *18。
【請求項３７】
前記ポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NOs: 1-4530のどの配列にも記載されているような1個の配列から成る、請求項35に記載のポリヌクレオチドプローブ。
【請求項３８】
ある血液癌の一つあるいはそれ以上の特徴を表し、
表32に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表33に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表34に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表35に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表36に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表37に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表38に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表39に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表40に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；および
表41に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子
から選択された少なくとも10個の遺伝子から成る、発現パターン一つの遺伝子セット。
【請求項３９】
前記の一つあるいはそれ以上の特徴が、存在、欠如、種、亜種、病期、進行、グレード、攻撃性、アウトカム、生存率および薬剤反応性から成る群から選択された、請求項38に記載の遺伝子セット。
【請求項４０】
前記血液癌が悪性リンパ腫であり、前記の少なくとも10個の遺伝子が
表32に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表33に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表34に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表35に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表36に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表37に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；および
表38に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子
から選択されている、請求項38あるいは39に記載の遺伝子セット。
【請求項４１】
前記血液癌が白血病であり、前記の少なくとも10個の遺伝子が
表39に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；
表40に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子；および
表41に記載されている遺伝子群から選択された少なくとも10個の遺伝子
から選択されている、請求項38あるいは39に記載の遺伝子セット。
【請求項４２】
表1に記載した遺伝子群から成る、血液癌をプロファイリングする遺伝子のライブラリー。
【請求項４３】
請求項38から41のいずれかに記載の遺伝子セットを表す、一つあるいはそれ以上のデジタルコード化した発現パターンプロファイルから成る、コンピューター読み出し可能な媒体で、前記の一つあるいはそれ以上のデジタルコード化した発現パターンプロファイルが一つあるいはそれ以上の値と関連し、前記の一つあるいはそれ以上の値がそれぞれ血液癌の一つあるいはそれ以上の特徴の一つと相関関係を示すことを特徴とする、前記のコンピューター読み出し可能な媒体。
【公表番号】特表２００８−５１４１９０（Ｐ２００８−５１４１９０Ａ）
【公表日】平成２０年５月８日（２００８．５．８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５３２７３７（Ｐ２００７−５３２７３７）
【出願日】平成１７年９月２７日（２００５．９．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＣＡ２００５／００１４６４
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０３４５７３
【国際公開日】平成１８年４月６日（２００６．４．６）
【出願人】（５０７０９６４１２）メド バイオジーン インコーポレイテッド (1)
【住所又は居所原語表記】３０１，２３８６ イースト モール
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年５月８日（２００８．５．８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年９月２７日（２００５．９．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＣＡ２００５／００１４６４
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０３４５７３
【国際公開日】平成１８年４月６日（２００６．４．６）
【出願人】（５０７０９６４１２）メド バイオジーン インコーポレイテッド (1)
【住所又は居所原語表記】３０１，２３８６ イースト モール
【Ｆターム（参考）】
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