2ミクロン系プラスミドおよびその使用
本発明によれば、REP2遺伝子またはFLP遺伝子の少なくともいずれか一方の最後の機能的コドンの1つ後の塩基と、該遺伝子に隣接する逆方向反復内のFRT部位の1つ前の塩基との間に、ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を含んでなる、2μm系プラスミドが提供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
REP2遺伝子またはFLP遺伝子の少なくともいずれか一方の最後の機能的コドンの1つ後の塩基と、該遺伝子に隣接する逆方向反復内のFRT部位の1つ前の塩基との間に、ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を含んでなる、2μm系プラスミド。
【請求項2】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を除き、FLP遺伝子および/またはREP2遺伝子が、天然2μm系プラスミド由来のFLP遺伝子および/またはREP2遺伝子の配列をそれぞれ有するものである、請求項1に記載の2μm系プラスミド。
【請求項3】
天然2μm系プラスミドが、チゴサッカロミセス・ルクシーから得られるようなpSR1、pSB3またはpSB4、双方ともチゴサッカロミセス・バイリーから得られるようなpSB1またはpSB2、チゴサッカロミセス・フェルメンタチから得られるようなpSM1、クルイベロミセス・ドロソフィラルムから得られるようなpKD1、ピキア・メンブラネファシエンスから得られるようなpPM1、およびサッカロミセス・セレビシエから得られるような2μmプラスミドから選択される、請求項1に記載の2μm系プラスミド。
【請求項4】
前記FLPおよび/またはREP2遺伝子に隣接する逆方向反復の配列が、その遺伝子が由来する配列と同じ天然2μm系プラスミドの対応する逆方向反復の配列に由来するものである、請求項2または3に記載の2μm系プラスミド。
【請求項5】
天然2μm系プラスミドがサッカロミセス・セレビシエから得られるような2μmプラスミドである、請求項2〜4のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項6】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、REP2遺伝子のコドン59の最初の塩基と、隣接する逆方向反復内のFRT部位の1つ前の塩基の間の位置に存在する、請求項5に記載の2μm系プラスミド。
【請求項7】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を除き、REP2遺伝子および隣接する逆方向反復の配列が、配列番号1で定義されたものまたはその変異体である、請求項5または6に記載の2μm系プラスミド。
【請求項8】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、逆方向反復の最初の塩基とFRT部位の1つ前の塩基の間の位置に存在する、請求項1〜7のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項9】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、REP2コード配列の終末端の1つ後の塩基とFRT部位の1つ前の塩基の間、例えば、REP2コード配列の終末端の1つ後の塩基に存在する、請求項1〜7のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項10】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を除き、REP2コード配列の後に続く逆方向反復が、サッカロミセス・セレビシエから得られるような2μmプラスミドの対応する領域に由来する配列を有し、好ましくは、そのポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が逆方向反復内のXcmI部位またはFspI部位に存在する、請求項1〜7のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項11】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、FLP遺伝子のコドン344の最初の塩基と、隣接する逆方向反復内のFRT部位の1つ前の塩基の間の位置に存在する、請求項5に記載の2μm系プラスミド。
【請求項12】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を除き、FLPコード配列および隣接する逆方向反復の配列が、配列番号2で定義されたもの、またはその変異体である、請求項5または11に記載の2μm系プラスミド。
【請求項13】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、逆方向反復の最初の塩基とFRT部位の1つ前の塩基の間の位置に存在する、請求項11または12に記載の2μm系プラスミド。
【請求項14】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、FLPコード配列の終末端の1つ後の塩基と、FRT部位の1つ前の塩基の間の位置に存在する、請求項13に記載の2μm系プラスミド。
【請求項15】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、FLPコード配列の終末端の1つ後の塩基に存在する、請求項14に記載の2μm系プラスミド。
【請求項16】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を除き、FLP遺伝子の後に続く逆方向反復が、サッカロミセス・セレビシエから得られるような2μmプラスミドの対応する領域に由来する配列を有し、好ましくは、前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が逆方向反復内のHgaI部位またはFspI部位に存在する、請求項11〜15のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項17】
REP2遺伝子およびFLP遺伝子の双方の最後の機能的コドンの1つ後の塩基と、該遺伝子の各々に隣接する逆方向反復内のFRT部位の1つ前の塩基との間に、ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を含んでなり、これらのポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が同じであっても異なっていてもよい、請求項1〜16のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項18】
請求項1〜17のいずれか一項で定義された位置にはない、ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換をさらに含んでなる、請求項1〜17のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項19】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、ARS配列の前後の非転写領域内に存在する、請求項18に記載の2μm系プラスミド。
【請求項20】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換、またはその少なくとも一つがポリヌクレオチド配列の挿入である、請求項1〜19のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項21】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入がオープンリーディングフレームをコードするものである、請求項20に記載の2μm系プラスミド。
【請求項22】
前記オープンリーディングフレームが非2μm系プラスミドタンパク質をコードするものである、請求項21に記載の2μm系プラスミド。
【請求項23】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、タンパク質フォールディングに関与する、またはシャペロン活性を有するか、もしくは折り畳み異常タンパク質応答に関与するタンパク質、アルブミン、モノクローナル抗体、エトポシド、血清タンパク質(例えば、血液凝固因子)、アンチスタシン、tick抗凝固ペプチド、トランスフェリン、ラクトフェリン、エンドスタチン、アンギオスタチン、コラーゲン、免疫グロブリンまたは免疫グロブリンに基づく分子またはいずれかの断片(例えば、dAb、Fab’断片、F(ab’)2、scAb、scFvまたはscFv断片)、Kunitzドメインタンパク質、インターフェロン、インターロイキン、IL10、IL11、IL2、インターフェロンα種および亜種、インターフェロンβ種および亜種、インターフェロンγ種および亜種、レプチン、CNTF、CNTFAX15、IL1−受容体アンタゴニスト、エリスロポエチン(EPO)およびEPO模倣体、トロンボポエチン(TPO)およびTPO模倣体、プロサプチド、シアノビリン−N,5−ヘリックス、T20ペプチド、T1249ペプチド、HIVgp41、HIV gp120、ウロキナーゼ、プロウロキナーゼ、tPA、ヒルディン、血小板由来増殖因子、副甲状腺ホルモン、プロインスリン、インスリン、グルカゴン、グルカゴン様ペプチド、インスリン様増殖因子、カルシトニン、成長ホルモン、トランスフォーミング増殖因子β、腫瘍壊死因子、G−CSF、GM−CSF、M−CSF、FGF、プレ型および活性型双方の凝固因子(限定されるものではないが、プラスミノーゲン、フィブリノーゲン、トロンビン、プレトロンビン、プロトロンビン、フォン・ウィルブランド因子、α1アンチトリプシン、プラスミノーゲンアクチベーター、因子VII、因子VIII、因子IX、因子Xおよび因子XIIIを含む)、神経増殖因子、LACI、血小板由来内皮細胞増殖因子(PD−ECGF)、グルコースオキシダーゼ、血清コリンエステラーゼ、アプロチニン、アミロイド前駆体タンパク質、インターαトリプシン阻害剤、抗トロンビンIII、アポリポタンパク質種、Cタンパク質、Sタンパク質、または前記のいずれかの変異体もしくは断片の配列を含むものである、請求項22に記載の2μm系プラスミド。
【請求項24】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、アルブミン、その変異体もしくは断片、またはこれらのいずれかの配列を含む融合タンパク質の配列を含むものである、請求項23に記載の2μm系プラスミド。
【請求項25】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、トランスフェリン、その変異体もしくは断片、またはこれらのいずれかの配列を含む融合タンパク質の配列を含むものである、請求項23に記載の2μm系プラスミド。
【請求項26】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、ラクトフェリン、その変異体もしくは断片、またはこれらのいずれかの配列を含む融合タンパク質の配列を含むものである、請求項23に記載の2μm系プラスミド。
【請求項27】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、Fc、その変異体もしくはその断片、またはこれらのいずれかの配列を含む融合タンパク質の配列を含むものである、請求項23に記載の2μm系プラスミド。
【請求項28】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、AHA1、CCT2、CCT3、CCT4、CCT5、CCT6、CCT7、CCT8、CNS1、CPR3、CPR6、EPS1、ERO1、EUG1、FMO1、HCH1、HSP10、HSP12、HSP104、HSP26、HSP30、HSP42、HSP60、HSP78、HSP82、JEM1、MDJ1、MDJ2、MPD1、MPD2、PDI1、PFD1、ABC1、APJ1、ATP11、ATP12、BTT1、CDC37、CPR7、HSC82、KAR2、LHS1、MGE1、MRS11、NOB1、ECM10、SSA1、SSA2、SSA3、SSA4、SSC1、SSE2、SIL1、SLS1、UBI4、ORM1、ORM2、PER1、PTC2、PSE1およびHAC1または末端切断型イントロンレスHAC1のいずれか一つによりコードされているような、タンパク質フォールディングに関与する、またはシャペロン活性を有するか、もしくは折り畳み異常タンパク質応答に関与するタンパク質の配列を含むものである、請求項23に記載の2μm系プラスミド。
【請求項29】
前記シャペロンが、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ(PDI)であるか、またはORM2、SSA1もしくはPSE1によりコードされるタンパク質である、請求項23または28に記載の2μm系プラスミド。
【請求項30】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が分泌リーダー配列を含むものである、請求項22〜29のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項31】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が細菌選択マーカーおよび/または酵母選択マーカーの配列を含むものである、請求項22に記載の2μm系プラスミド。
【請求項32】
前記細菌選択マーカーがβ−ラクタマーゼ遺伝子であり、かつ/または前記酵母選択マーカーがLEU2選択マーカーである、請求項31に記載の2μm系プラスミド。
【請求項33】
(i)非2μm系プラスミドタンパク質をコードする異種配列;(ii)タンパク質フォールディングに関与するタンパク質、シャペロン、または折り畳み異常タンパク質応答に関与するタンパク質、好ましくはタンパク質ジスルフィドイソメラーゼの配列を含むタンパク質をコードする異種配列;および(iii)選択マーカーの配列を含むタンパク質をコードする異種配列、を含んでなり、これらの異種配列のうち少なくとも一つが請求項1〜16のいずれか一項で定義された位置に存在する、請求項1〜32のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項34】
請求項1〜33のいずれか一項で定義されたプラスミドを作製する方法であって、
(a)REP2遺伝子とREP2遺伝子の後に続く逆方向反復、またはFLP遺伝子とFLP遺伝子の後に続く逆方向反復の配列を含んでなり、それぞれの場合において、その逆方向反復がFRT部位を含むものである、プラスミドを準備すること、
(b)ポリヌクレオチド配列を準備し、そのポリヌクレオチド配列を、プラスミドの請求項1〜16のいずれか一項で定義された位置に挿入すること、および/または
(c)請求項1〜16のいずれか一項で定義された位置のヌクレオチド塩基の一部または総てを欠失させること、および/または
(d)請求項1〜16のいずれか一項で定義された位置のヌクレオチド塩基の一部または総てを別のヌクレオチド塩基で置換すること
を含んでなる、方法。
【請求項35】
請求項34に記載の方法によって得られる、プラスミド。
【請求項36】
請求項1〜33および35のいずれか一項で定義されたプラスミドを含んでなる、宿主細胞。
【請求項37】
酵母細胞である、請求項36に記載の宿主細胞。
【請求項38】
プラスミドがマルチコピープラスミドとして安定である、請求項36または37に記載の宿主細胞。
【請求項39】
プラスミドがpSR1、pSB3もしくはpSB4に基づくものであって、酵母細胞がチゴサッカロミセス・ルクシーであるか、プラスミドがpSB1もしくはpSB2に基づくものであって、酵母細胞がチゴサッカロミセス・バイリーであるか、プラスミドがpSM1に基づくものであって、酵母細胞がチゴサッカロミセス・フェルメンタチであるか、プラスミドがpKD1に基づくものであって、酵母細胞がクルイベロミセス・ドロソフィラルムであるか、プラスミドがpPM1に基づくものであって、酵母細胞がピキア・メンブラネファシエンスであるか、またはプラスミドが2μmプラスミドに基づくものであって、酵母細胞がサッカロミセス・セレビシエもしくはサッカロミセス・カルルスベルゲネシスである、請求項38に記載の宿主細胞。
【請求項40】
プラスミドが選択マーカーを含むか、または含むように改変されている場合に、マーカーの欠損によって測定される安定性が、5世代後に、少なくとも1%、2%、3%、4%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%または実質的に100%である、請求項38または39に記載の宿主細胞。
【請求項41】
タンパク質を製造する方法であって、
(a)請求項1〜33または35のいずれか一項で定義されたプラスミドを準備する工程、
(b)好適な宿主細胞を準備する工程、
(c)宿主細胞をそのプラスミドで形質転換する工程、および
(d)その形質転換宿主細胞を培養培地中で培養する工程、
(e)これによりタンパク質を生産する工程
を含んでなる、方法。
【請求項42】
タンパク質を製造する方法であって、請求項1〜33または35のいずれか一項で定義されたプラスミドを含む、請求項36〜40のいずれか一項で定義された宿主細胞を準備する工程、およびその宿主細胞を培養培地中で培養することによってタンパク質を生産する工程を含んでなる、方法。
【請求項43】
生産されたタンパク質を培養宿主細胞または培養培地から単離する工程をさらに含んでなる、請求項41または42に記載の方法。
【請求項44】
単離されたタンパク質を商業上許容されるレベルの純度にまで精製する工程をさらに含んでなる、請求項43に記載の方法。
【請求項45】
精製されたタンパク質を担体または希釈剤とともに製剤化する工程、および、所望により、このようにして製剤化されたタンパク質を単位形で提供する工程をさらに含んでなる、請求項44に記載の方法。
【請求項46】
単離されたタンパク質を医薬上許容されるレベルの純度にまで精製する工程をさらに含んでなる、請求項43に記載の方法。
【請求項47】
精製されたタンパク質を医薬上許容される担体または希釈剤とともに製剤化する工程、および、所望により、このようにして製剤化されたタンパク質を単位投与形で提供する工程をさらに含んでなる、請求項44に記載の方法。
【請求項48】
宿主酵母細胞においてその必須タンパク質をコードする遺伝子が欠失または不活性化された場合に、その宿主細胞は培養系では生存できず、かつ、その欠陥が培養培地に対する付加または改変によっては補償できないという意味で、宿主酵母細胞の生存力に必須のタンパク質をコードする遺伝子を単独の酵母選択マーカーとして含んでなる、プラスミド。
【請求項49】
前記必須タンパク質をコードする遺伝子が、プラスミドによりコードされる単独の選択マーカーである、請求項48に記載のプラスミド。
【請求項50】
前記必須タンパク質がシャペロンである、請求項48または49に記載のプラスミド。
【請求項51】
前記シャペロンがタンパク質ジスルフィドイソメラーゼまたはPse1pである、請求項51に記載のプラスミド。
【請求項52】
請求項23〜27のいずれか一項で定義されたタンパク質のような、非2μm系プラスミドタンパク質をコードする遺伝子をさらに含んでなる、請求項48〜51のいずれか一項に記載のプラスミド。
【請求項53】
2μm系プラスミドである、請求項48〜52のいずれか一項に記載のプラスミド。
【請求項54】
請求項1〜33のいずれか一項で定義されたプラスミドである、請求項53に記載のプラスミド。
【請求項55】
その宿主細胞の生存力に必須のタンパク質をコードする遺伝子を含むプラスミドを含んでなる宿主細胞であって、該プラスミドの不在下では宿主細胞は必須タンパク質が生産できず、かつ、培養培地に対する付加または改変によっては生存力が得られない、宿主細胞。
【請求項56】
前記プラスミドが請求項1〜33または48〜54のいずれか一項に記載のプラスミドである、請求項55に記載の宿主細胞。
【請求項57】
前記プラスミドの不在下では生存できない、請求項55または56に記載の宿主細胞。
【請求項58】
請求項23〜27のいずれか一項で定義されたタンパク質のような、目的のタンパク質をコードする組換え遺伝子をさらに含んでなる、請求項55〜57のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項59】
目的のタンパク質が請求項23〜27のいずれか一項で定義された非2μm系プラスミドタンパク質である、請求項58に記載の宿主細胞。
【請求項60】
前記必須タンパク質が、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼまたはPSE1などのシャペロンである、請求項59に記載の宿主細胞。
【請求項61】
前記組換え遺伝子が、前記必須タンパク質をコードする遺伝子と同じプラスミド上に存在している、請求項59または60に記載の宿主細胞。
【請求項62】
目的の組換えタンパク質を製造する方法であって、請求項59〜61のいずれか一項で定義された宿主細胞を準備する工程、該宿主細胞を、培養培地中、必須タンパク質および目的のタンパク質の発現を可能とする条件下で培養する工程、ならびに、所望により、このようにして発現した目的のタンパク質を培養宿主細胞または培養培地から単離する工程、ならびに、所望により、このようにして単離された目的のタンパク質を商業上許容されるレベルの純度にまで精製する工程、さらには、所望により、このようにして精製されたタンパク質を凍結乾燥するか、または精製された目的のタンパク質を担体または希釈剤(例えば、医薬上許容される担体または希釈剤)とともに製剤化する工程、ならびに、所望により、このようにして製剤化された目的のタンパク質を単位投与形で提供する工程を含んでなる、方法。
【請求項63】
宿主細胞を培養する工程が、宿主細胞を複合培地または富栄養培地などの非選択培地で培養することを含む、請求項62に記載の方法。
【請求項1】
REP2遺伝子またはFLP遺伝子の少なくともいずれか一方の最後の機能的コドンの1つ後の塩基と、該遺伝子に隣接する逆方向反復内のFRT部位の1つ前の塩基との間に、ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を含んでなる、2μm系プラスミド。
【請求項2】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を除き、FLP遺伝子および/またはREP2遺伝子が、天然2μm系プラスミド由来のFLP遺伝子および/またはREP2遺伝子の配列をそれぞれ有するものである、請求項1に記載の2μm系プラスミド。
【請求項3】
天然2μm系プラスミドが、チゴサッカロミセス・ルクシーから得られるようなpSR1、pSB3またはpSB4、双方ともチゴサッカロミセス・バイリーから得られるようなpSB1またはpSB2、チゴサッカロミセス・フェルメンタチから得られるようなpSM1、クルイベロミセス・ドロソフィラルムから得られるようなpKD1、ピキア・メンブラネファシエンスから得られるようなpPM1、およびサッカロミセス・セレビシエから得られるような2μmプラスミドから選択される、請求項1に記載の2μm系プラスミド。
【請求項4】
前記FLPおよび/またはREP2遺伝子に隣接する逆方向反復の配列が、その遺伝子が由来する配列と同じ天然2μm系プラスミドの対応する逆方向反復の配列に由来するものである、請求項2または3に記載の2μm系プラスミド。
【請求項5】
天然2μm系プラスミドがサッカロミセス・セレビシエから得られるような2μmプラスミドである、請求項2〜4のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項6】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、REP2遺伝子のコドン59の最初の塩基と、隣接する逆方向反復内のFRT部位の1つ前の塩基の間の位置に存在する、請求項5に記載の2μm系プラスミド。
【請求項7】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を除き、REP2遺伝子および隣接する逆方向反復の配列が、配列番号1で定義されたものまたはその変異体である、請求項5または6に記載の2μm系プラスミド。
【請求項8】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、逆方向反復の最初の塩基とFRT部位の1つ前の塩基の間の位置に存在する、請求項1〜7のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項9】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、REP2コード配列の終末端の1つ後の塩基とFRT部位の1つ前の塩基の間、例えば、REP2コード配列の終末端の1つ後の塩基に存在する、請求項1〜7のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項10】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を除き、REP2コード配列の後に続く逆方向反復が、サッカロミセス・セレビシエから得られるような2μmプラスミドの対応する領域に由来する配列を有し、好ましくは、そのポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が逆方向反復内のXcmI部位またはFspI部位に存在する、請求項1〜7のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項11】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、FLP遺伝子のコドン344の最初の塩基と、隣接する逆方向反復内のFRT部位の1つ前の塩基の間の位置に存在する、請求項5に記載の2μm系プラスミド。
【請求項12】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を除き、FLPコード配列および隣接する逆方向反復の配列が、配列番号2で定義されたもの、またはその変異体である、請求項5または11に記載の2μm系プラスミド。
【請求項13】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、逆方向反復の最初の塩基とFRT部位の1つ前の塩基の間の位置に存在する、請求項11または12に記載の2μm系プラスミド。
【請求項14】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、FLPコード配列の終末端の1つ後の塩基と、FRT部位の1つ前の塩基の間の位置に存在する、請求項13に記載の2μm系プラスミド。
【請求項15】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、FLPコード配列の終末端の1つ後の塩基に存在する、請求項14に記載の2μm系プラスミド。
【請求項16】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を除き、FLP遺伝子の後に続く逆方向反復が、サッカロミセス・セレビシエから得られるような2μmプラスミドの対応する領域に由来する配列を有し、好ましくは、前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が逆方向反復内のHgaI部位またはFspI部位に存在する、請求項11〜15のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項17】
REP2遺伝子およびFLP遺伝子の双方の最後の機能的コドンの1つ後の塩基と、該遺伝子の各々に隣接する逆方向反復内のFRT部位の1つ前の塩基との間に、ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換を含んでなり、これらのポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が同じであっても異なっていてもよい、請求項1〜16のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項18】
請求項1〜17のいずれか一項で定義された位置にはない、ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換をさらに含んでなる、請求項1〜17のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項19】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換が、ARS配列の前後の非転写領域内に存在する、請求項18に記載の2μm系プラスミド。
【請求項20】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入、欠失および/または置換、またはその少なくとも一つがポリヌクレオチド配列の挿入である、請求項1〜19のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項21】
前記ポリヌクレオチド配列の挿入がオープンリーディングフレームをコードするものである、請求項20に記載の2μm系プラスミド。
【請求項22】
前記オープンリーディングフレームが非2μm系プラスミドタンパク質をコードするものである、請求項21に記載の2μm系プラスミド。
【請求項23】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、タンパク質フォールディングに関与する、またはシャペロン活性を有するか、もしくは折り畳み異常タンパク質応答に関与するタンパク質、アルブミン、モノクローナル抗体、エトポシド、血清タンパク質(例えば、血液凝固因子)、アンチスタシン、tick抗凝固ペプチド、トランスフェリン、ラクトフェリン、エンドスタチン、アンギオスタチン、コラーゲン、免疫グロブリンまたは免疫グロブリンに基づく分子またはいずれかの断片(例えば、dAb、Fab’断片、F(ab’)2、scAb、scFvまたはscFv断片)、Kunitzドメインタンパク質、インターフェロン、インターロイキン、IL10、IL11、IL2、インターフェロンα種および亜種、インターフェロンβ種および亜種、インターフェロンγ種および亜種、レプチン、CNTF、CNTFAX15、IL1−受容体アンタゴニスト、エリスロポエチン(EPO)およびEPO模倣体、トロンボポエチン(TPO)およびTPO模倣体、プロサプチド、シアノビリン−N,5−ヘリックス、T20ペプチド、T1249ペプチド、HIVgp41、HIV gp120、ウロキナーゼ、プロウロキナーゼ、tPA、ヒルディン、血小板由来増殖因子、副甲状腺ホルモン、プロインスリン、インスリン、グルカゴン、グルカゴン様ペプチド、インスリン様増殖因子、カルシトニン、成長ホルモン、トランスフォーミング増殖因子β、腫瘍壊死因子、G−CSF、GM−CSF、M−CSF、FGF、プレ型および活性型双方の凝固因子(限定されるものではないが、プラスミノーゲン、フィブリノーゲン、トロンビン、プレトロンビン、プロトロンビン、フォン・ウィルブランド因子、α1アンチトリプシン、プラスミノーゲンアクチベーター、因子VII、因子VIII、因子IX、因子Xおよび因子XIIIを含む)、神経増殖因子、LACI、血小板由来内皮細胞増殖因子(PD−ECGF)、グルコースオキシダーゼ、血清コリンエステラーゼ、アプロチニン、アミロイド前駆体タンパク質、インターαトリプシン阻害剤、抗トロンビンIII、アポリポタンパク質種、Cタンパク質、Sタンパク質、または前記のいずれかの変異体もしくは断片の配列を含むものである、請求項22に記載の2μm系プラスミド。
【請求項24】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、アルブミン、その変異体もしくは断片、またはこれらのいずれかの配列を含む融合タンパク質の配列を含むものである、請求項23に記載の2μm系プラスミド。
【請求項25】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、トランスフェリン、その変異体もしくは断片、またはこれらのいずれかの配列を含む融合タンパク質の配列を含むものである、請求項23に記載の2μm系プラスミド。
【請求項26】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、ラクトフェリン、その変異体もしくは断片、またはこれらのいずれかの配列を含む融合タンパク質の配列を含むものである、請求項23に記載の2μm系プラスミド。
【請求項27】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、Fc、その変異体もしくはその断片、またはこれらのいずれかの配列を含む融合タンパク質の配列を含むものである、請求項23に記載の2μm系プラスミド。
【請求項28】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が、AHA1、CCT2、CCT3、CCT4、CCT5、CCT6、CCT7、CCT8、CNS1、CPR3、CPR6、EPS1、ERO1、EUG1、FMO1、HCH1、HSP10、HSP12、HSP104、HSP26、HSP30、HSP42、HSP60、HSP78、HSP82、JEM1、MDJ1、MDJ2、MPD1、MPD2、PDI1、PFD1、ABC1、APJ1、ATP11、ATP12、BTT1、CDC37、CPR7、HSC82、KAR2、LHS1、MGE1、MRS11、NOB1、ECM10、SSA1、SSA2、SSA3、SSA4、SSC1、SSE2、SIL1、SLS1、UBI4、ORM1、ORM2、PER1、PTC2、PSE1およびHAC1または末端切断型イントロンレスHAC1のいずれか一つによりコードされているような、タンパク質フォールディングに関与する、またはシャペロン活性を有するか、もしくは折り畳み異常タンパク質応答に関与するタンパク質の配列を含むものである、請求項23に記載の2μm系プラスミド。
【請求項29】
前記シャペロンが、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ(PDI)であるか、またはORM2、SSA1もしくはPSE1によりコードされるタンパク質である、請求項23または28に記載の2μm系プラスミド。
【請求項30】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が分泌リーダー配列を含むものである、請求項22〜29のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項31】
前記非2μm系プラスミドタンパク質が細菌選択マーカーおよび/または酵母選択マーカーの配列を含むものである、請求項22に記載の2μm系プラスミド。
【請求項32】
前記細菌選択マーカーがβ−ラクタマーゼ遺伝子であり、かつ/または前記酵母選択マーカーがLEU2選択マーカーである、請求項31に記載の2μm系プラスミド。
【請求項33】
(i)非2μm系プラスミドタンパク質をコードする異種配列;(ii)タンパク質フォールディングに関与するタンパク質、シャペロン、または折り畳み異常タンパク質応答に関与するタンパク質、好ましくはタンパク質ジスルフィドイソメラーゼの配列を含むタンパク質をコードする異種配列;および(iii)選択マーカーの配列を含むタンパク質をコードする異種配列、を含んでなり、これらの異種配列のうち少なくとも一つが請求項1〜16のいずれか一項で定義された位置に存在する、請求項1〜32のいずれか一項に記載の2μm系プラスミド。
【請求項34】
請求項1〜33のいずれか一項で定義されたプラスミドを作製する方法であって、
(a)REP2遺伝子とREP2遺伝子の後に続く逆方向反復、またはFLP遺伝子とFLP遺伝子の後に続く逆方向反復の配列を含んでなり、それぞれの場合において、その逆方向反復がFRT部位を含むものである、プラスミドを準備すること、
(b)ポリヌクレオチド配列を準備し、そのポリヌクレオチド配列を、プラスミドの請求項1〜16のいずれか一項で定義された位置に挿入すること、および/または
(c)請求項1〜16のいずれか一項で定義された位置のヌクレオチド塩基の一部または総てを欠失させること、および/または
(d)請求項1〜16のいずれか一項で定義された位置のヌクレオチド塩基の一部または総てを別のヌクレオチド塩基で置換すること
を含んでなる、方法。
【請求項35】
請求項34に記載の方法によって得られる、プラスミド。
【請求項36】
請求項1〜33および35のいずれか一項で定義されたプラスミドを含んでなる、宿主細胞。
【請求項37】
酵母細胞である、請求項36に記載の宿主細胞。
【請求項38】
プラスミドがマルチコピープラスミドとして安定である、請求項36または37に記載の宿主細胞。
【請求項39】
プラスミドがpSR1、pSB3もしくはpSB4に基づくものであって、酵母細胞がチゴサッカロミセス・ルクシーであるか、プラスミドがpSB1もしくはpSB2に基づくものであって、酵母細胞がチゴサッカロミセス・バイリーであるか、プラスミドがpSM1に基づくものであって、酵母細胞がチゴサッカロミセス・フェルメンタチであるか、プラスミドがpKD1に基づくものであって、酵母細胞がクルイベロミセス・ドロソフィラルムであるか、プラスミドがpPM1に基づくものであって、酵母細胞がピキア・メンブラネファシエンスであるか、またはプラスミドが2μmプラスミドに基づくものであって、酵母細胞がサッカロミセス・セレビシエもしくはサッカロミセス・カルルスベルゲネシスである、請求項38に記載の宿主細胞。
【請求項40】
プラスミドが選択マーカーを含むか、または含むように改変されている場合に、マーカーの欠損によって測定される安定性が、5世代後に、少なくとも1%、2%、3%、4%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%または実質的に100%である、請求項38または39に記載の宿主細胞。
【請求項41】
タンパク質を製造する方法であって、
(a)請求項1〜33または35のいずれか一項で定義されたプラスミドを準備する工程、
(b)好適な宿主細胞を準備する工程、
(c)宿主細胞をそのプラスミドで形質転換する工程、および
(d)その形質転換宿主細胞を培養培地中で培養する工程、
(e)これによりタンパク質を生産する工程
を含んでなる、方法。
【請求項42】
タンパク質を製造する方法であって、請求項1〜33または35のいずれか一項で定義されたプラスミドを含む、請求項36〜40のいずれか一項で定義された宿主細胞を準備する工程、およびその宿主細胞を培養培地中で培養することによってタンパク質を生産する工程を含んでなる、方法。
【請求項43】
生産されたタンパク質を培養宿主細胞または培養培地から単離する工程をさらに含んでなる、請求項41または42に記載の方法。
【請求項44】
単離されたタンパク質を商業上許容されるレベルの純度にまで精製する工程をさらに含んでなる、請求項43に記載の方法。
【請求項45】
精製されたタンパク質を担体または希釈剤とともに製剤化する工程、および、所望により、このようにして製剤化されたタンパク質を単位形で提供する工程をさらに含んでなる、請求項44に記載の方法。
【請求項46】
単離されたタンパク質を医薬上許容されるレベルの純度にまで精製する工程をさらに含んでなる、請求項43に記載の方法。
【請求項47】
精製されたタンパク質を医薬上許容される担体または希釈剤とともに製剤化する工程、および、所望により、このようにして製剤化されたタンパク質を単位投与形で提供する工程をさらに含んでなる、請求項44に記載の方法。
【請求項48】
宿主酵母細胞においてその必須タンパク質をコードする遺伝子が欠失または不活性化された場合に、その宿主細胞は培養系では生存できず、かつ、その欠陥が培養培地に対する付加または改変によっては補償できないという意味で、宿主酵母細胞の生存力に必須のタンパク質をコードする遺伝子を単独の酵母選択マーカーとして含んでなる、プラスミド。
【請求項49】
前記必須タンパク質をコードする遺伝子が、プラスミドによりコードされる単独の選択マーカーである、請求項48に記載のプラスミド。
【請求項50】
前記必須タンパク質がシャペロンである、請求項48または49に記載のプラスミド。
【請求項51】
前記シャペロンがタンパク質ジスルフィドイソメラーゼまたはPse1pである、請求項51に記載のプラスミド。
【請求項52】
請求項23〜27のいずれか一項で定義されたタンパク質のような、非2μm系プラスミドタンパク質をコードする遺伝子をさらに含んでなる、請求項48〜51のいずれか一項に記載のプラスミド。
【請求項53】
2μm系プラスミドである、請求項48〜52のいずれか一項に記載のプラスミド。
【請求項54】
請求項1〜33のいずれか一項で定義されたプラスミドである、請求項53に記載のプラスミド。
【請求項55】
その宿主細胞の生存力に必須のタンパク質をコードする遺伝子を含むプラスミドを含んでなる宿主細胞であって、該プラスミドの不在下では宿主細胞は必須タンパク質が生産できず、かつ、培養培地に対する付加または改変によっては生存力が得られない、宿主細胞。
【請求項56】
前記プラスミドが請求項1〜33または48〜54のいずれか一項に記載のプラスミドである、請求項55に記載の宿主細胞。
【請求項57】
前記プラスミドの不在下では生存できない、請求項55または56に記載の宿主細胞。
【請求項58】
請求項23〜27のいずれか一項で定義されたタンパク質のような、目的のタンパク質をコードする組換え遺伝子をさらに含んでなる、請求項55〜57のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項59】
目的のタンパク質が請求項23〜27のいずれか一項で定義された非2μm系プラスミドタンパク質である、請求項58に記載の宿主細胞。
【請求項60】
前記必須タンパク質が、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼまたはPSE1などのシャペロンである、請求項59に記載の宿主細胞。
【請求項61】
前記組換え遺伝子が、前記必須タンパク質をコードする遺伝子と同じプラスミド上に存在している、請求項59または60に記載の宿主細胞。
【請求項62】
目的の組換えタンパク質を製造する方法であって、請求項59〜61のいずれか一項で定義された宿主細胞を準備する工程、該宿主細胞を、培養培地中、必須タンパク質および目的のタンパク質の発現を可能とする条件下で培養する工程、ならびに、所望により、このようにして発現した目的のタンパク質を培養宿主細胞または培養培地から単離する工程、ならびに、所望により、このようにして単離された目的のタンパク質を商業上許容されるレベルの純度にまで精製する工程、さらには、所望により、このようにして精製されたタンパク質を凍結乾燥するか、または精製された目的のタンパク質を担体または希釈剤(例えば、医薬上許容される担体または希釈剤)とともに製剤化する工程、ならびに、所望により、このようにして製剤化された目的のタンパク質を単位投与形で提供する工程を含んでなる、方法。
【請求項63】
宿主細胞を培養する工程が、宿主細胞を複合培地または富栄養培地などの非選択培地で培養することを含む、請求項62に記載の方法。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33A】
【図33B】
【図33C】
【図33D】
【図34】
【図35】
【図36】
【図37】
【図38】
【図39】
【図40】
【図41】
【図42】
【図43】
【図44】
【図45】
【図46】
【図47】
【図48】
【図49】
【図50】
【図51】
【図52】
【図53】
【図54】
【図55】
【図56】
【図57】
【図58】
【図59】
【図60】
【図61】
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【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33A】
【図33B】
【図33C】
【図33D】
【図34】
【図35】
【図36】
【図37】
【図38】
【図39】
【図40】
【図41】
【図42】
【図43】
【図44】
【図45】
【図46】
【図47】
【図48】
【図49】
【図50】
【図51】
【図52】
【図53】
【図54】
【図55】
【図56】
【図57】
【図58】
【図59】
【図60】
【図61】
【図62】
【図63】
【図64】
【図65】
【図66】
【図67】
【図68】
【図69】
【図70】
【図71】
【図72】
【図73】
【図74】
【図75】
【図76】
【公表番号】特表2007−515961(P2007−515961A)
【公表日】平成19年6月21日(2007.6.21)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2006−546328(P2006−546328)
【出願日】平成16年12月23日(2004.12.23)
【国際出願番号】PCT/GB2004/005435
【国際公開番号】WO2005/061719
【国際公開日】平成17年7月7日(2005.7.7)
【出願人】(591131523)ノボザイムス、デルタ、リミテッド (9)
【氏名又は名称原語表記】NOVOZYMES DELTA LIMITED
【Fターム(参考)】
【公表日】平成19年6月21日(2007.6.21)
【国際特許分類】
【出願日】平成16年12月23日(2004.12.23)
【国際出願番号】PCT/GB2004/005435
【国際公開番号】WO2005/061719
【国際公開日】平成17年7月7日(2005.7.7)
【出願人】(591131523)ノボザイムス、デルタ、リミテッド (9)
【氏名又は名称原語表記】NOVOZYMES DELTA LIMITED
【Fターム(参考)】
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