ＩＧＦ２の対立遺伝子特異的な発現を判定するための多型の組み合わせ
SNPの組み合わせおよびそのようなSNPを検出するための試薬、ならびにIGFのインプリンティングの消失を検出する方法が提供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体のインスリン増殖因子-2 (IGF2)遺伝子におけるインプリンティングの消失を判定する方法であって、以下の段階を含む方法：
個体におけるIGF2遺伝子のSNP遺伝子型を検出する段階であって、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択される少なくとも三種のSNPの遺伝子型が判定され、それによって個体が該少なくとも三種のSNPの各々においてヘテロ接合性またはホモ接合性であるかどうかを判定する、段階;
少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの二つの多型選択肢(polymorphic option)を含むRNAの量を個体由来の試料において定量化する段階;
少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの二つの多型選択肢を含む該RNAの量の比率を判定する段階; ならびに
該RNAの比率をIGF2遺伝子のインプリンティングの消失と関連付ける段階。
【請求項２】
検出する段階における少なくとも一種のSNPが、配列番号：1、2、3、4、5および6からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項３】
関連付ける段階がさらに、少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの多型選択肢を含むRNAの相対量を、がんのリスクの増大、がんの診断もしくは予後、またはがんを改善、処置もしくは予防するための薬物の効力の予測と関連付ける段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
検出されるSNPの少なくとも二種がヘテロ接合性であり、かつ定量化する段階が、少なくとも二種のヘテロ接合性SNPにおける二つの多型選択肢を含むRNAの量を定量化する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
試料が血液、大便、細胞切屑または組織試料である、請求項1記載の方法。
【請求項６】
RNAをcDNAに逆転写し、各多型選択肢を含むcDNAの量を用いて、二つの多型選択肢を含むRNAの量を判定する、請求項1記載の方法。
【請求項７】
対立遺伝子特異的なcDNAの量が、少なくとも一つの対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドとcDNAとを接触させる段階を含む方法で定量化される、請求項6記載の方法。
【請求項８】
前記群由来の各ヘテロ接合性SNPに関して多型選択肢が判定されるように、十分な数の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドとcDNAとを接触させる段階を含む、請求項6記載の方法。
【請求項９】
ある数の異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドとcDNAとを接触させる段階を含む方法であって、各異なるヘテロ接合性SNPを検出するために少なくとも一つの該異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドが用いられるように、該数が前記群中のヘテロ接合性SNPの数に等しいまたはその数よりも大きい、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも一つの対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドがcDNAとハイブリダイズし、cDNA中のSNPの多型位置を通過して鋳型依存的に伸長する、請求項7記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも一つの対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドが、対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドの3'末端に少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15)個の連続したヌクレオチドを含み、該少なくとも8個の連続したヌクレオチドが以下：
前記配列番号に記載されるSNP領域の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15)個のヌクレオチドと100%相補的; あるいは
前記配列番号に記載されるSNP領域の多型位置のすぐ5'側の(または2もしくは3ヌクレオチド5'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15)個のヌクレオチドと100%同一
のいずれかである、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも一つの対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドが、少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と100%同一の配列を含み、かつ該配列がSNPの、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体からなり、該配列の位置のうちの一つがSNPの可変位置に対応する、請求項7記載の方法。
【請求項１３】
検出する段階が、以下の各々の各多型選択肢のSNP遺伝子型を検出する段階を含む、請求項1記載の方法：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16。
【請求項１４】
検出する段階が、前記群より選択される少なくとも4 (例えば、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15)種のSNPを検出する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
検出する段階が、請求項17〜19または27のいずれか一項記載の第一、第二および第三のポリヌクレオチドと試料とを接触させる段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１６】
関連付ける段階に基づいてがんのリスク分類、がんの診断もしくは予後を提供する段階、および/または関連付ける段階に基づいて個体を疾患スクリーニング手順(例えば、結腸鏡検査)に供する段階、および/または関連付ける段階に基づいて個体由来の試料をさらなる診断もしくは予後アッセイ法に供する段階、および/または関連付ける段階に基づいて個体の薬物もしくは他の処置計画を変更する段階をさらに含む、請求項3記載の方法。
【請求項１７】
第一のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と、第一のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第一のポリヌクレオチド；
第二のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と、第二のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第二のポリヌクレオチド；ならびに
第三のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と、第三のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第三のポリヌクレオチド
を含む反応混合物であって、
該第一および第二および第三のSNPが、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択され、少なくとも一種のSNPが1、2、3、4、5または6のものである、反応混合物。
【請求項１８】
第一、第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つ、少なくとも二つまたは三つが、それぞれ、第一および第二および第三のSNPに対応する前記配列番号の、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と100%同一の配列を含む、請求項17記載の反応混合物。
【請求項１９】
配列が、SNPの、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体からなり、該配列の位置のうちの一つがSNPの可変位置に対応する、請求項18記載の反応混合物。
【請求項２０】
ヒト由来の核酸を含んだ試料をさらに含む、請求項17記載の反応混合物。
【請求項２１】
ポリメラーゼをさらに含む、請求項17記載の反応混合物。
【請求項２２】
ポリメラーゼが耐熱性ポリメラーゼである、請求項20記載の反応混合物。
【請求項２３】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つが検出可能に標識される、請求項17記載の反応混合物。
【請求項２４】
検出可能な標識が蛍光標識である、請求項20記載の反応混合物。
【請求項２５】
第一および第二のポリヌクレオチドが、標識の蛍光の異なる波長または標識の異なる質量に基づいて示差的に検出できるような異なる標識で検出可能に標識される、請求項20記載の反応混合物。
【請求項２６】
8〜100ヌクレオチドの複数の異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドを含む反応混合物であって、
該複数のポリヌクレオチドのうち少なくとも一つのポリヌクレオチドが以下：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々に対しハイブリダイゼーション反応においてSNPの一方の対立遺伝子(またはその相補体)とSNPの他方の対立遺伝子(またはその相補体)とを識別するような、請求項17記載の反応混合物。
【請求項２７】
8〜100ヌクレオチドの第一の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド；
8〜100ヌクレオチドの第二の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド；
8〜100ヌクレオチドの第三の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド
を含む反応混合物であって、
該第一、第二および第三のポリヌクレオチドの各々が対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドの3'末端に少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチドを含み、該少なくとも8個の連続したヌクレオチドが以下：
SNP領域の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%相補的; あるいは
SNP領域の多型位置のすぐ5'側の(または2もしくは3ヌクレオチド5'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一、[または、例えば、SNP領域の相補体の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一]
のいずれかであり、
該第一、第二および第三のポリヌクレオチドの各々に対応する該SNP領域が異なり、かつ該SNP領域が、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択され、少なくとも一種のSNP領域が配列番号：1、2、3、4、5または6である、
反応混合物。
【請求項２８】
ヒト由来の核酸を含んだ試料をさらに含む、請求項27記載の反応混合物。
【請求項２９】
ポリメラーゼをさらに含む、請求項27記載の反応混合物。
【請求項３０】
ポリメラーゼが耐熱性ポリメラーゼである、請求項29記載の反応混合物。
【請求項３１】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つが検出可能に標識される、請求項27記載の反応混合物。
【請求項３２】
検出可能な標識が蛍光標識である、請求項31記載の反応混合物。
【請求項３３】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドが、標識の蛍光の異なる波長または標識の異なる質量に基づいて示差的に検出できるような異なる標識で検出可能に標識される、請求項27記載の反応混合物。
【請求項３４】
複数の異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドを含む反応混合物であって、
該複数のポリヌクレオチドの各々がその3'末端に少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチドを含み、該少なくとも8個の連続したヌクレオチドが以下：
SNP領域の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%相補的; あるいは
SNP領域の多型位置のすぐ5'側の(または2もしくは3ヌクレオチド5'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一
のいずれかであり、
該複数のポリヌクレオチドには、少なくとも一つのポリヌクレオチドが以下のSNP領域：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々に対応するような十分な数のポリヌクレオチドが含まれる、請求項27記載の反応混合物。
【請求項３５】
第一のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と第一のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第一のポリヌクレオチド；
第二のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と第二のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第二のポリヌクレオチド；
第三のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と第三のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第三のポリヌクレオチド、
を含むキットであって、
該第一および第二および第三のSNPが配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択され、少なくとも一種のSNPが配列番号：1、2、3、4、5または6より選択される、
キット。
【請求項３６】
第一、第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つ、少なくとも二つまたは三つが、それぞれ、第一および第二および第三のSNPに対応する前記配列番号の、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と100%同一の配列を含む、請求項35記載のキット。
【請求項３７】
配列が、SNPの、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体からなり、該配列の位置のうちの一つがSNPの可変位置に対応する、請求項36記載のキット。
【請求項３８】
ポリメラーゼをさらに含む、請求項記載のキット。
【請求項３９】
ポリメラーゼが耐熱性ポリメラーゼである、請求項38記載のキット。
【請求項４０】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つが検出可能に標識される、請求項35記載のキット。
【請求項４１】
検出可能な標識が蛍光標識である、請求項40記載のキット。
【請求項４２】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドが、標識の蛍光の異なる波長または標識の異なる質量に基づいて示差的に検出できるような異なる標識で検出可能に標識される、請求項40記載のキット。
【請求項４３】
8〜100ヌクレオチドの複数の異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドを含むキットであって、
該複数のポリヌクレオチドのうち少なくとも一つのポリヌクレオチドが以下：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々に対しハイブリダイゼーション反応においてSNPの一方の対立遺伝子(またはその相補体)とSNPの他方の対立遺伝子(またはその相補体)とを識別するような、請求項35記載のキット。
【請求項４４】
8〜100ヌクレオチドの第一の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド；
8〜100ヌクレオチドの第二の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド；
8〜100ヌクレオチドの第三の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド
を含むキットであって、
該第一、第二および第三のポリヌクレオチドの各々が対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドの3'末端に少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチドを含み、該少なくとも8個の連続したヌクレオチドが以下：
SNP領域の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%相補的; あるいは
SNP領域の多型位置のすぐ5'側の(または2もしくは3ヌクレオチド5'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一、[または、例えば、SNP領域の相補体の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一]
のいずれかであり、
該第一、第二および第三のポリヌクレオチドの各々に対応する該SNP領域が異なり、かつ該SNP領域が、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択され、少なくとも一種のSNP領域が配列番号：1、2、3、4、5または6である、
キット。
【請求項４５】
ヒト由来の核酸を含んだ試料をさらに含む、請求項44記載のキット。
【請求項４６】
ポリメラーゼをさらに含む、請求項44記載のキット。
【請求項４７】
ポリメラーゼが耐熱性ポリメラーゼである、請求項46記載のキット。
【請求項４８】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つが検出可能に標識される、請求項44記載のキット。
【請求項４９】
検出可能な標識が蛍光標識である、請求項48記載のキット。
【請求項５０】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドが、標識の蛍光の異なる波長または標識の異なる質量に基づいて示差的に検出できるような異なる標識で検出可能に標識される、請求項44記載のキット。
【請求項５１】
複数の異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドを含むキットであって、
該複数のポリヌクレオチドの各々がその3'末端に少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチドを含み、該少なくとも8個の連続したヌクレオチドが以下：
SNP領域の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%相補的; あるいは
SNP領域の多型位置のすぐ5'側の(または2もしくは3ヌクレオチド5'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一、[または、例えば、SNP領域の相補体の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一]
のいずれかであり、
該複数のポリヌクレオチドには、少なくとも一つのポリヌクレオチドが以下のSNP領域：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々に対応するような十分な数のポリヌクレオチドが含まれる、請求項44記載のキット。
【請求項５２】
以下の段階を含む、インスリン増殖因子-2 (IGF2)遺伝子におけるインプリンティングの消失を判定するためにコンピュータで実行する方法：
(a) 配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択される少なくとも三種のSNPに関する遺伝子型の値をホストコンピュータで受信する段階であって、該遺伝子型が個体由来の試料から判定される、段階；ならびに
(b) 配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択される少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの各多型選択肢を含むRNAの量を表す値をホストコンピュータで受信する段階であって、該RNAが個体由来の試料に由来する、段階; ならびに
(c) 少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの二つの多型選択肢を含む該RNAの量の比率を、ホストコンピュータで判定する段階; ならびに
(d) 該RNAの比率をヒトに出力する段階、またはホストコンピュータにおいて、該RNAの比率をIGF2遺伝子のインプリンティングの消失と関連付ける段階、および任意で関連付ける段階の結果をヒトに出力する段階。
【請求項５３】
少なくとも一種のSNPが、配列番号：1、2、3、4、5または6より選択される、請求項52記載のコンピュータで実行する方法。
【請求項５４】
関連付ける段階がさらに、少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの多型選択肢を含むRNAの相対量を、がんのリスクの増大、がんの診断もしくは予後、またはがんを改善、処置もしくは予防するための薬物の効力の予測と関連付ける段階を含む、請求項52記載のコンピュータで実行する方法。
【請求項５５】
受信する段階(a)が、
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々の各多型選択肢を有するRNAの量を表す値を受信する段階を含む、請求項52記載のコンピュータで実行する方法。
【請求項５６】
受信する段階(a)が、前記群より選択される少なくとも4 (例えば、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15)種のSNPの各々の各多型選択肢を有するRNAの量を表す値を受信する段階を含む、請求項52記載のコンピュータで実行する方法。
【請求項５７】
インスリン増殖因子-2 (IGF2)遺伝子におけるインプリンティングの消失を判定するためのコンピュータプログラム製品であって、
コンピュータ読み取り可能な製品がプログラムコードでコード化されているコンピュータ読み取り可能な媒体を含み、
該プログラムコードが以下：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択される少なくとも三種のSNPに関する遺伝子型の値を受信するためのプログラムコードであって、該遺伝子型が個体由来の試料から判定される、プログラムコード;
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択される少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの各多型選択肢を含むRNAの量を表す値を受信するためのプログラムコードであって、該RNAが個体由来の試料に由来する、プログラムコード;
少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの二つの多型選択肢を含む該RNAの量の比率を判定するためのプログラムコード; ならびに
任意で、ホストコンピュータにおいて、該RNAの比率をIGF2遺伝子のインプリンティングの消失と関連付けるためのプログラムコード
を含む、コンピュータプログラム製品。
【請求項５８】
少なくとも一種のSNPが、配列番号：1、2、3、4、5または6より選択される、請求項57記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５９】
がんのリスクの増大、がんの診断もしくは予後、またはがんを改善、処置もしくは予防するための薬物の効力の予測と少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの多型選択肢を含むRNAの相対量を関連付けるためのプログラムコードを含む、請求項57記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６０】
試料中のゲノムDNAにおける少なくとも三種のSNPの各多型選択肢の有無を表す情報を受信するためのプログラムコード; および個体が少なくとも二種のSNPについてヘテロ接合性であるかどうかを判定するためのプログラムコードを含む、請求項57記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６１】
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々の各多型選択肢を有するRNAの量を表す値を受信するためのプログラムコードを含む、請求項57記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６２】
前記群より選択される少なくとも4 (例えば、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15)種のSNPの各々を表す遺伝子型の値を受信するためのプログラムコードを含む、請求項57記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６３】
細胞核酸を実質的に含まない、単離された対照核酸メンバーの対であって、
対の両メンバーが少なくとも二種のインスリン増殖因子-2 (IGF2)一塩基多型(SNP)配列を含み、
(a) 該対の一つのメンバーが、少なくとも二種のIGF2 SNPの一つの対立遺伝子を含むポリヌクレオチドを含み、第一のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一であり、かつ第二のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一であり; および
(b) 対のもう一つのメンバーが、少なくとも二種のIGF2 SNPの別の対立遺伝子を含むポリヌクレオチドを含み; 第一のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一であり; かつ第二のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一である、
対。
【請求項６４】
SNPの少なくとも一つが、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16に示されるSNPからなる群より選択される、請求項63記載の対。
【請求項６５】
SNPの少なくとも二つが、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16に示されるSNPからなる群より選択される、請求項63記載の対。
【請求項６６】
SNPの少なくとも一つが、配列番号：1、2、3、4、5およびに示されるSNPからなる群より選択される、請求項63記載の対。
【請求項６７】
少なくとも二種のIGF2 SNPが3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15または16種のIGF2 SNPを含む、請求項63記載の対。
【請求項６８】
SNPが以下に示すSNPを含む、請求項67記載の対：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16;
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16;
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16。
【請求項６９】
対の第一のメンバーが、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15もしくは16の一つの対立遺伝子の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体を有するポリヌクレオチドを含み; かつ対の第二のメンバーが、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15もしくは16の別の対立遺伝子の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体を有するポリヌクレオチドを含む、請求項63記載の対。
【請求項７０】
対のメンバーの一つが少なくとも二つの少ない方のSNP対立遺伝子を含む、請求項63記載の対。
【請求項７１】
単離された核酸メンバーの対がRNAである、請求項63記載の対。
【請求項７２】
単離された核酸メンバーの対がDNAである、請求項63記載の対。
【請求項７３】
(a)のポリヌクレオチドがプロモーターに機能的に連結され、かつ(b)のポリヌクレオチドがプロモーターに機能的に連結される、請求項63記載の対。
【請求項７４】
対のメンバーが、配列番号：22に記載される配列の500ヌクレオチド未満を含む、請求項63記載の対。
【請求項７５】
対のメンバーが分離されている、請求項63記載の対。
【請求項７６】
対のメンバーがともに混合物中に存在する、請求項63記載の対。
【請求項７７】
前記請求項のいずれか一項記載の単離された核酸メンバーの対を含む、混合物。
【請求項７８】
対のメンバーが等モル量で存在する、請求項77記載の混合物。
【請求項７９】
細胞核酸を実質的に含まない、単離された核酸の第二の対をさらに含む混合物であって、
該第二の対の両メンバーが少なくとも一種のIGF2 SNP配列を含み、かつ該第二の対における該少なくとも一種のIGF2 SNP配列が前記第一の対におけるIGF2 SNPとは異なり; および
(c) 該第二の対の一方のメンバーが少なくとも一種のIGF2 SNPの一つの対立遺伝子を含み、該一種のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一であり; および
(d) 第二の対の他方のメンバーが少なくとも一種のIG2F SNPの別の対立遺伝子を含み; 該少なくとも一種のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一である、
請求項77記載の混合物。
【請求項８０】
請求項63〜76のいずれか一項記載の単離された核酸メンバーの対を含む、キット。
【請求項８１】
対の一つのメンバーが、該対のもう一つのメンバーのない別個の容器中にある、請求項80記載のキット。
【請求項８２】
請求項77〜79のいずれか一項記載の混合物を含む、キット。
【請求項８３】
細胞核酸を実質的に含まない、単離された核酸の第二の対をさらに含むキットであって、
該第二の対の両メンバーが少なくとも一種のIGF2 SNP配列を含み、かつ該第二の対における少なくとも一種のIGF2 SNP配列が前記第一の対におけるIGF2 SNPとは異なり; および
(c) 該第二の対の一方のメンバーが少なくとも一種のIGF2 SNPの一つの対立遺伝子を含み、該少なくとも一種のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一であり; および
(d) 該第二の対の他方のメンバーが少なくとも一種のIGF2 SNPの別の対立遺伝子を含み; 該少なくとも一種のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21または23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一である、
請求項80記載のキット。
【請求項８４】
単離された核酸の第二の対が核酸の第一の対とは別個の容器にある、請求項83記載のキット。
【請求項８５】
個体由来のIGF2遺伝子におけるインプリンティングの消失(LOI)を判定する方法であって、以下の段階を含む方法：
(a) 試料RNAまたはその試料cDNAを、第一および第二のコピーにおける、それぞれ、可能性のある第一のSNP対立遺伝子と可能性のある第二のSNP対立遺伝子とを識別する一つまたは複数のオリゴヌクレオチドと接触させる段階を含む、個体由来の試料においてIGF2 RNAの母方(第一)および父方(第二)のコピーの量を定量化する段階; ならびに
(b) 段階(a)における、可能性のある第一のSNP対立遺伝子および可能性のある第二のSNP対立遺伝子を有するポリヌクレオチドを含む請求項63〜76のいずれか一項記載の核酸の対の既知の比率のものを含む対照混合物を提供する段階;
(c) 対照混合物において核酸の対の各メンバーの量を定量化する段階;
(d) 段階(c)で測定された対照混合物中に存在する核酸の対の比率を、段階(a)で測定されたIGF2 RNAまたはその試料cDNAの第一および第二のコピーの量と比較し、それによってIGF2 LOIの有無を判定する段階。
【請求項８６】
IGF2インプリンティングの消失(LOI)アッセイ法において対照の標準物質を提供して反応条件の実行可能性を確認する方法であって、
請求項63〜76のいずれか一項記載の核酸の対の既知の比率のものを含んだ対照混合物を提供する段階; および
対照混合物において核酸の対の各メンバーの測定比率を定量化し、それによってアッセイ法の反応条件の実行可能性を確認する段階
を含む、方法。
【請求項１】
個体のインスリン増殖因子-2 (IGF2)遺伝子におけるインプリンティングの消失を判定する方法であって、以下の段階を含む方法：
個体におけるIGF2遺伝子のSNP遺伝子型を検出する段階であって、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択される少なくとも三種のSNPの遺伝子型が判定され、それによって個体が該少なくとも三種のSNPの各々においてヘテロ接合性またはホモ接合性であるかどうかを判定する、段階;
少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの二つの多型選択肢(polymorphic option)を含むRNAの量を個体由来の試料において定量化する段階;
少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの二つの多型選択肢を含む該RNAの量の比率を判定する段階; ならびに
該RNAの比率をIGF2遺伝子のインプリンティングの消失と関連付ける段階。
【請求項２】
検出する段階における少なくとも一種のSNPが、配列番号：1、2、3、4、5および6からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項３】
関連付ける段階がさらに、少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの多型選択肢を含むRNAの相対量を、がんのリスクの増大、がんの診断もしくは予後、またはがんを改善、処置もしくは予防するための薬物の効力の予測と関連付ける段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
検出されるSNPの少なくとも二種がヘテロ接合性であり、かつ定量化する段階が、少なくとも二種のヘテロ接合性SNPにおける二つの多型選択肢を含むRNAの量を定量化する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
試料が血液、大便、細胞切屑または組織試料である、請求項1記載の方法。
【請求項６】
RNAをcDNAに逆転写し、各多型選択肢を含むcDNAの量を用いて、二つの多型選択肢を含むRNAの量を判定する、請求項1記載の方法。
【請求項７】
対立遺伝子特異的なcDNAの量が、少なくとも一つの対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドとcDNAとを接触させる段階を含む方法で定量化される、請求項6記載の方法。
【請求項８】
前記群由来の各ヘテロ接合性SNPに関して多型選択肢が判定されるように、十分な数の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドとcDNAとを接触させる段階を含む、請求項6記載の方法。
【請求項９】
ある数の異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドとcDNAとを接触させる段階を含む方法であって、各異なるヘテロ接合性SNPを検出するために少なくとも一つの該異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドが用いられるように、該数が前記群中のヘテロ接合性SNPの数に等しいまたはその数よりも大きい、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも一つの対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドがcDNAとハイブリダイズし、cDNA中のSNPの多型位置を通過して鋳型依存的に伸長する、請求項7記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも一つの対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドが、対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドの3'末端に少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15)個の連続したヌクレオチドを含み、該少なくとも8個の連続したヌクレオチドが以下：
前記配列番号に記載されるSNP領域の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15)個のヌクレオチドと100%相補的; あるいは
前記配列番号に記載されるSNP領域の多型位置のすぐ5'側の(または2もしくは3ヌクレオチド5'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15)個のヌクレオチドと100%同一
のいずれかである、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも一つの対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドが、少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と100%同一の配列を含み、かつ該配列がSNPの、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体からなり、該配列の位置のうちの一つがSNPの可変位置に対応する、請求項7記載の方法。
【請求項１３】
検出する段階が、以下の各々の各多型選択肢のSNP遺伝子型を検出する段階を含む、請求項1記載の方法：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16。
【請求項１４】
検出する段階が、前記群より選択される少なくとも4 (例えば、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15)種のSNPを検出する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
検出する段階が、請求項17〜19または27のいずれか一項記載の第一、第二および第三のポリヌクレオチドと試料とを接触させる段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１６】
関連付ける段階に基づいてがんのリスク分類、がんの診断もしくは予後を提供する段階、および/または関連付ける段階に基づいて個体を疾患スクリーニング手順(例えば、結腸鏡検査)に供する段階、および/または関連付ける段階に基づいて個体由来の試料をさらなる診断もしくは予後アッセイ法に供する段階、および/または関連付ける段階に基づいて個体の薬物もしくは他の処置計画を変更する段階をさらに含む、請求項3記載の方法。
【請求項１７】
第一のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と、第一のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第一のポリヌクレオチド；
第二のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と、第二のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第二のポリヌクレオチド；ならびに
第三のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と、第三のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第三のポリヌクレオチド
を含む反応混合物であって、
該第一および第二および第三のSNPが、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択され、少なくとも一種のSNPが1、2、3、4、5または6のものである、反応混合物。
【請求項１８】
第一、第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つ、少なくとも二つまたは三つが、それぞれ、第一および第二および第三のSNPに対応する前記配列番号の、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と100%同一の配列を含む、請求項17記載の反応混合物。
【請求項１９】
配列が、SNPの、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体からなり、該配列の位置のうちの一つがSNPの可変位置に対応する、請求項18記載の反応混合物。
【請求項２０】
ヒト由来の核酸を含んだ試料をさらに含む、請求項17記載の反応混合物。
【請求項２１】
ポリメラーゼをさらに含む、請求項17記載の反応混合物。
【請求項２２】
ポリメラーゼが耐熱性ポリメラーゼである、請求項20記載の反応混合物。
【請求項２３】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つが検出可能に標識される、請求項17記載の反応混合物。
【請求項２４】
検出可能な標識が蛍光標識である、請求項20記載の反応混合物。
【請求項２５】
第一および第二のポリヌクレオチドが、標識の蛍光の異なる波長または標識の異なる質量に基づいて示差的に検出できるような異なる標識で検出可能に標識される、請求項20記載の反応混合物。
【請求項２６】
8〜100ヌクレオチドの複数の異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドを含む反応混合物であって、
該複数のポリヌクレオチドのうち少なくとも一つのポリヌクレオチドが以下：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々に対しハイブリダイゼーション反応においてSNPの一方の対立遺伝子(またはその相補体)とSNPの他方の対立遺伝子(またはその相補体)とを識別するような、請求項17記載の反応混合物。
【請求項２７】
8〜100ヌクレオチドの第一の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド；
8〜100ヌクレオチドの第二の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド；
8〜100ヌクレオチドの第三の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド
を含む反応混合物であって、
該第一、第二および第三のポリヌクレオチドの各々が対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドの3'末端に少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチドを含み、該少なくとも8個の連続したヌクレオチドが以下：
SNP領域の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%相補的; あるいは
SNP領域の多型位置のすぐ5'側の(または2もしくは3ヌクレオチド5'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一、[または、例えば、SNP領域の相補体の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一]
のいずれかであり、
該第一、第二および第三のポリヌクレオチドの各々に対応する該SNP領域が異なり、かつ該SNP領域が、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択され、少なくとも一種のSNP領域が配列番号：1、2、3、4、5または6である、
反応混合物。
【請求項２８】
ヒト由来の核酸を含んだ試料をさらに含む、請求項27記載の反応混合物。
【請求項２９】
ポリメラーゼをさらに含む、請求項27記載の反応混合物。
【請求項３０】
ポリメラーゼが耐熱性ポリメラーゼである、請求項29記載の反応混合物。
【請求項３１】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つが検出可能に標識される、請求項27記載の反応混合物。
【請求項３２】
検出可能な標識が蛍光標識である、請求項31記載の反応混合物。
【請求項３３】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドが、標識の蛍光の異なる波長または標識の異なる質量に基づいて示差的に検出できるような異なる標識で検出可能に標識される、請求項27記載の反応混合物。
【請求項３４】
複数の異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドを含む反応混合物であって、
該複数のポリヌクレオチドの各々がその3'末端に少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチドを含み、該少なくとも8個の連続したヌクレオチドが以下：
SNP領域の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%相補的; あるいは
SNP領域の多型位置のすぐ5'側の(または2もしくは3ヌクレオチド5'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一
のいずれかであり、
該複数のポリヌクレオチドには、少なくとも一つのポリヌクレオチドが以下のSNP領域：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々に対応するような十分な数のポリヌクレオチドが含まれる、請求項27記載の反応混合物。
【請求項３５】
第一のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と第一のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第一のポリヌクレオチド；
第二のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と第二のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第二のポリヌクレオチド；
第三のSNPの一方の多型選択肢(またはその相補体)と第三のSNPの他方の多型選択肢(またはその相補体)とをハイブリダイゼーション反応において識別する、8〜100ヌクレオチドの第三のポリヌクレオチド、
を含むキットであって、
該第一および第二および第三のSNPが配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択され、少なくとも一種のSNPが配列番号：1、2、3、4、5または6より選択される、
キット。
【請求項３６】
第一、第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つ、少なくとも二つまたは三つが、それぞれ、第一および第二および第三のSNPに対応する前記配列番号の、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と100%同一の配列を含む、請求項35記載のキット。
【請求項３７】
配列が、SNPの、少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチド、またはその相補体からなり、該配列の位置のうちの一つがSNPの可変位置に対応する、請求項36記載のキット。
【請求項３８】
ポリメラーゼをさらに含む、請求項記載のキット。
【請求項３９】
ポリメラーゼが耐熱性ポリメラーゼである、請求項38記載のキット。
【請求項４０】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つが検出可能に標識される、請求項35記載のキット。
【請求項４１】
検出可能な標識が蛍光標識である、請求項40記載のキット。
【請求項４２】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドが、標識の蛍光の異なる波長または標識の異なる質量に基づいて示差的に検出できるような異なる標識で検出可能に標識される、請求項40記載のキット。
【請求項４３】
8〜100ヌクレオチドの複数の異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドを含むキットであって、
該複数のポリヌクレオチドのうち少なくとも一つのポリヌクレオチドが以下：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々に対しハイブリダイゼーション反応においてSNPの一方の対立遺伝子(またはその相補体)とSNPの他方の対立遺伝子(またはその相補体)とを識別するような、請求項35記載のキット。
【請求項４４】
8〜100ヌクレオチドの第一の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド；
8〜100ヌクレオチドの第二の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド；
8〜100ヌクレオチドの第三の対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチド
を含むキットであって、
該第一、第二および第三のポリヌクレオチドの各々が対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドの3'末端に少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチドを含み、該少なくとも8個の連続したヌクレオチドが以下：
SNP領域の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%相補的; あるいは
SNP領域の多型位置のすぐ5'側の(または2もしくは3ヌクレオチド5'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一、[または、例えば、SNP領域の相補体の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一]
のいずれかであり、
該第一、第二および第三のポリヌクレオチドの各々に対応する該SNP領域が異なり、かつ該SNP領域が、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択され、少なくとも一種のSNP領域が配列番号：1、2、3、4、5または6である、
キット。
【請求項４５】
ヒト由来の核酸を含んだ試料をさらに含む、請求項44記載のキット。
【請求項４６】
ポリメラーゼをさらに含む、請求項44記載のキット。
【請求項４７】
ポリメラーゼが耐熱性ポリメラーゼである、請求項46記載のキット。
【請求項４８】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドの少なくとも一つが検出可能に標識される、請求項44記載のキット。
【請求項４９】
検出可能な標識が蛍光標識である、請求項48記載のキット。
【請求項５０】
第一および第二および第三のポリヌクレオチドが、標識の蛍光の異なる波長または標識の異なる質量に基づいて示差的に検出できるような異なる標識で検出可能に標識される、請求項44記載のキット。
【請求項５１】
複数の異なる対立遺伝子特異的な検出ポリヌクレオチドを含むキットであって、
該複数のポリヌクレオチドの各々がその3'末端に少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個の連続したヌクレオチドを含み、該少なくとも8個の連続したヌクレオチドが以下：
SNP領域の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%相補的; あるいは
SNP領域の多型位置のすぐ5'側の(または2もしくは3ヌクレオチド5'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一、[または、例えば、SNP領域の相補体の多型位置のすぐ3'側の(または2もしくは3ヌクレオチド3'側にある)少なくとも8 (例えば、少なくとも10、12、15、20)個のヌクレオチドと100%同一]
のいずれかであり、
該複数のポリヌクレオチドには、少なくとも一つのポリヌクレオチドが以下のSNP領域：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々に対応するような十分な数のポリヌクレオチドが含まれる、請求項44記載のキット。
【請求項５２】
以下の段階を含む、インスリン増殖因子-2 (IGF2)遺伝子におけるインプリンティングの消失を判定するためにコンピュータで実行する方法：
(a) 配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択される少なくとも三種のSNPに関する遺伝子型の値をホストコンピュータで受信する段階であって、該遺伝子型が個体由来の試料から判定される、段階；ならびに
(b) 配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択される少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの各多型選択肢を含むRNAの量を表す値をホストコンピュータで受信する段階であって、該RNAが個体由来の試料に由来する、段階; ならびに
(c) 少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの二つの多型選択肢を含む該RNAの量の比率を、ホストコンピュータで判定する段階; ならびに
(d) 該RNAの比率をヒトに出力する段階、またはホストコンピュータにおいて、該RNAの比率をIGF2遺伝子のインプリンティングの消失と関連付ける段階、および任意で関連付ける段階の結果をヒトに出力する段階。
【請求項５３】
少なくとも一種のSNPが、配列番号：1、2、3、4、5または6より選択される、請求項52記載のコンピュータで実行する方法。
【請求項５４】
関連付ける段階がさらに、少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの多型選択肢を含むRNAの相対量を、がんのリスクの増大、がんの診断もしくは予後、またはがんを改善、処置もしくは予防するための薬物の効力の予測と関連付ける段階を含む、請求項52記載のコンピュータで実行する方法。
【請求項５５】
受信する段階(a)が、
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々の各多型選択肢を有するRNAの量を表す値を受信する段階を含む、請求項52記載のコンピュータで実行する方法。
【請求項５６】
受信する段階(a)が、前記群より選択される少なくとも4 (例えば、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15)種のSNPの各々の各多型選択肢を有するRNAの量を表す値を受信する段階を含む、請求項52記載のコンピュータで実行する方法。
【請求項５７】
インスリン増殖因子-2 (IGF2)遺伝子におけるインプリンティングの消失を判定するためのコンピュータプログラム製品であって、
コンピュータ読み取り可能な製品がプログラムコードでコード化されているコンピュータ読み取り可能な媒体を含み、
該プログラムコードが以下：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択される少なくとも三種のSNPに関する遺伝子型の値を受信するためのプログラムコードであって、該遺伝子型が個体由来の試料から判定される、プログラムコード;
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16からなる群より選択される少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの各多型選択肢を含むRNAの量を表す値を受信するためのプログラムコードであって、該RNAが個体由来の試料に由来する、プログラムコード;
少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの二つの多型選択肢を含む該RNAの量の比率を判定するためのプログラムコード; ならびに
任意で、ホストコンピュータにおいて、該RNAの比率をIGF2遺伝子のインプリンティングの消失と関連付けるためのプログラムコード
を含む、コンピュータプログラム製品。
【請求項５８】
少なくとも一種のSNPが、配列番号：1、2、3、4、5または6より選択される、請求項57記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５９】
がんのリスクの増大、がんの診断もしくは予後、またはがんを改善、処置もしくは予防するための薬物の効力の予測と少なくとも一種のヘテロ接合性SNPの多型選択肢を含むRNAの相対量を関連付けるためのプログラムコードを含む、請求項57記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６０】
試料中のゲノムDNAにおける少なくとも三種のSNPの各多型選択肢の有無を表す情報を受信するためのプログラムコード; および個体が少なくとも二種のSNPについてヘテロ接合性であるかどうかを判定するためのプログラムコードを含む、請求項57記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６１】
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16; または
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16
の各々の各多型選択肢を有するRNAの量を表す値を受信するためのプログラムコードを含む、請求項57記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６２】
前記群より選択される少なくとも4 (例えば、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15)種のSNPの各々を表す遺伝子型の値を受信するためのプログラムコードを含む、請求項57記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６３】
細胞核酸を実質的に含まない、単離された対照核酸メンバーの対であって、
対の両メンバーが少なくとも二種のインスリン増殖因子-2 (IGF2)一塩基多型(SNP)配列を含み、
(a) 該対の一つのメンバーが、少なくとも二種のIGF2 SNPの一つの対立遺伝子を含むポリヌクレオチドを含み、第一のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一であり、かつ第二のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一であり; および
(b) 対のもう一つのメンバーが、少なくとも二種のIGF2 SNPの別の対立遺伝子を含むポリヌクレオチドを含み; 第一のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一であり; かつ第二のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一である、
対。
【請求項６４】
SNPの少なくとも一つが、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16に示されるSNPからなる群より選択される、請求項63記載の対。
【請求項６５】
SNPの少なくとも二つが、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16に示されるSNPからなる群より選択される、請求項63記載の対。
【請求項６６】
SNPの少なくとも一つが、配列番号：1、2、3、4、5およびに示されるSNPからなる群より選択される、請求項63記載の対。
【請求項６７】
少なくとも二種のIGF2 SNPが3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15または16種のIGF2 SNPを含む、請求項63記載の対。
【請求項６８】
SNPが以下に示すSNPを含む、請求項67記載の対：
配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15および16;
配列番号：1、5、8、9、10、11、14、15および16;
配列番号：1、5、8、9、10、11、12、14、15および16; または
配列番号：1、2、4、5、8、9、10、12、13、14、15および16。
【請求項６９】
対の第一のメンバーが、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15もしくは16の一つの対立遺伝子の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体を有するポリヌクレオチドを含み; かつ対の第二のメンバーが、配列番号：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15もしくは16の別の対立遺伝子の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体を有するポリヌクレオチドを含む、請求項63記載の対。
【請求項７０】
対のメンバーの一つが少なくとも二つの少ない方のSNP対立遺伝子を含む、請求項63記載の対。
【請求項７１】
単離された核酸メンバーの対がRNAである、請求項63記載の対。
【請求項７２】
単離された核酸メンバーの対がDNAである、請求項63記載の対。
【請求項７３】
(a)のポリヌクレオチドがプロモーターに機能的に連結され、かつ(b)のポリヌクレオチドがプロモーターに機能的に連結される、請求項63記載の対。
【請求項７４】
対のメンバーが、配列番号：22に記載される配列の500ヌクレオチド未満を含む、請求項63記載の対。
【請求項７５】
対のメンバーが分離されている、請求項63記載の対。
【請求項７６】
対のメンバーがともに混合物中に存在する、請求項63記載の対。
【請求項７７】
前記請求項のいずれか一項記載の単離された核酸メンバーの対を含む、混合物。
【請求項７８】
対のメンバーが等モル量で存在する、請求項77記載の混合物。
【請求項７９】
細胞核酸を実質的に含まない、単離された核酸の第二の対をさらに含む混合物であって、
該第二の対の両メンバーが少なくとも一種のIGF2 SNP配列を含み、かつ該第二の対における該少なくとも一種のIGF2 SNP配列が前記第一の対におけるIGF2 SNPとは異なり; および
(c) 該第二の対の一方のメンバーが少なくとも一種のIGF2 SNPの一つの対立遺伝子を含み、該一種のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一であり; および
(d) 第二の対の他方のメンバーが少なくとも一種のIG2F SNPの別の対立遺伝子を含み; 該少なくとも一種のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一である、
請求項77記載の混合物。
【請求項８０】
請求項63〜76のいずれか一項記載の単離された核酸メンバーの対を含む、キット。
【請求項８１】
対の一つのメンバーが、該対のもう一つのメンバーのない別個の容器中にある、請求項80記載のキット。
【請求項８２】
請求項77〜79のいずれか一項記載の混合物を含む、キット。
【請求項８３】
細胞核酸を実質的に含まない、単離された核酸の第二の対をさらに含むキットであって、
該第二の対の両メンバーが少なくとも一種のIGF2 SNP配列を含み、かつ該第二の対における少なくとも一種のIGF2 SNP配列が前記第一の対におけるIGF2 SNPとは異なり; および
(c) 該第二の対の一方のメンバーが少なくとも一種のIGF2 SNPの一つの対立遺伝子を含み、該少なくとも一種のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21もしくは23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一であり; および
(d) 該第二の対の他方のメンバーが少なくとも一種のIGF2 SNPの別の対立遺伝子を含み; 該少なくとも一種のSNPに隣接する核酸配列が配列番号：17、18、21または23の対応する領域の少なくとも15個の連続したヌクレオチド、またはその相補体と実質的に同一である、
請求項80記載のキット。
【請求項８４】
単離された核酸の第二の対が核酸の第一の対とは別個の容器にある、請求項83記載のキット。
【請求項８５】
個体由来のIGF2遺伝子におけるインプリンティングの消失(LOI)を判定する方法であって、以下の段階を含む方法：
(a) 試料RNAまたはその試料cDNAを、第一および第二のコピーにおける、それぞれ、可能性のある第一のSNP対立遺伝子と可能性のある第二のSNP対立遺伝子とを識別する一つまたは複数のオリゴヌクレオチドと接触させる段階を含む、個体由来の試料においてIGF2 RNAの母方(第一)および父方(第二)のコピーの量を定量化する段階; ならびに
(b) 段階(a)における、可能性のある第一のSNP対立遺伝子および可能性のある第二のSNP対立遺伝子を有するポリヌクレオチドを含む請求項63〜76のいずれか一項記載の核酸の対の既知の比率のものを含む対照混合物を提供する段階;
(c) 対照混合物において核酸の対の各メンバーの量を定量化する段階;
(d) 段階(c)で測定された対照混合物中に存在する核酸の対の比率を、段階(a)で測定されたIGF2 RNAまたはその試料cDNAの第一および第二のコピーの量と比較し、それによってIGF2 LOIの有無を判定する段階。
【請求項８６】
IGF2インプリンティングの消失(LOI)アッセイ法において対照の標準物質を提供して反応条件の実行可能性を確認する方法であって、
請求項63〜76のいずれか一項記載の核酸の対の既知の比率のものを含んだ対照混合物を提供する段階; および
対照混合物において核酸の対の各メンバーの測定比率を定量化し、それによってアッセイ法の反応条件の実行可能性を確認する段階
を含む、方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【公表番号】特表２０１２−５１７２４２（Ｐ２０１２−５１７２４２Ａ）
【公表日】平成２４年８月２日（２０１２．８．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５５０２３７（Ｐ２０１１−５５０２３７）
【出願日】平成２２年２月１１日（２０１０．２．１１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０２３９３９
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０９３８２０
【国際公開日】平成２２年８月１９日（２０１０．８．１９）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．イーサネット
２．ＵＮＩＸ
３．Ｌｉｎｕｘ
４．ＷＩＮＤＯＷＳ
５．ＪＡＶＡ
６．ＪＡＶＡＳＣＲＩＰＴ
【出願人】（５０６１３７４６８）オリオン ゲノミクス エルエルシー (5)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２４年８月２日（２０１２．８．２）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年２月１１日（２０１０．２．１１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０２３９３９
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０９３８２０
【国際公開日】平成２２年８月１９日（２０１０．８．１９）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．イーサネット
２．ＵＮＩＸ
３．Ｌｉｎｕｘ
４．ＷＩＮＤＯＷＳ
５．ＪＡＶＡ
６．ＪＡＶＡＳＣＲＩＰＴ
【出願人】（５０６１３７４６８）オリオン ゲノミクス エルエルシー (5)
【Ｆターム（参考）】
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