本発明は、炎症性腸疾患発病学に対する遺伝子発現プロファイリングの方法に関し、哺乳類被験体からの試験試料における一又は複数のＩＢＤマーカーの、コントロールに対する異なる発現が決定され、試験試料における異なる発現は試験試料が得られた哺乳類被験体おけるＩＢＤを示す。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
哺乳類被験体における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の存在を診断する方法であって、被験体から得られた試験試料における配列番号：５、６、８、１１、１２、２、１４、１６、１８、２０及び２２の何れか一つに示されるポリペチドをコードする核酸の、コントロールの発現レベルに対する異なる発現レベルを決定することを含んでなり、前記異なる発現レベルは試験試料が得られた被験体におけるＩＢＤの存在を示す方法。
【請求項２】
異なる発現レベルが、配列番号：５、６、８、１１、１２、２、１４及び１６の何れか一つに示されるポリペチドをコードする核酸のより低いレベルの発現であり、より低いレベルの発現は試験試料が得られた被験体におけるＩＢＤの存在を示す請求項１に記載の方法。
【請求項３】
異なる発現レベルが、配列番号：１８、２０、及び２２の何れか一つに示されるポリペチドをコードする核酸のより高いレベルの発現であり、より高いレベルの発現は試験試料が得られた被験体におけるＩＢＤの存在を示す請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記哺乳類被験体がヒト患者である請求項１、２、又は３に記載の方法。
【請求項５】
前記発現レベルのエビデンスが、遺伝子発現プロファイリングの方法によって得られる請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記方法が、ＰＣＲに基づいた方法である請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記発現レベルが、一又は複数の参照遺伝子、又はそれらの発現産物の発現レベルに対して正規化される請求項５に記載の方法。
【請求項８】
少なくとも２つの前記遺伝子、又はそれらの発現産物の発現レベルのエビデンスを決定することを含んで成る請求項１、２又は３に記載の方法。
【請求項９】
少なくとも３つの前記遺伝子、又はそれらの発現産物の発現レベルのエビデンスを決定することを含んで成る請求項１、２又は３に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも４つの前記遺伝子、又はそれらの発現産物の発現レベルのエビデンスを決定することを含んで成る成る請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも５つの前記遺伝子、又はそれらの発現産物の発現レベルのエビデンスを決定することを含んで成る成る請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＩＢＤ検出をまとめたレポートを作成する工程を更に含んで成る請求項１、２又は３に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＩＢＤが、クローン病である請求項１、２又は３に記載の方法。
【請求項１４】
前記試験試料が、結腸組織生検からである請求項１、２、又は３に記載の方法。
【請求項１５】
前記生検が、回腸結腸、上行結腸、下行結腸、及びＳ状結腸からなる群から選択される組織からである請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記生検が、炎症性結腸領域由来である請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記生検が、非炎症性結腸領域由来である請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記決定工程は前記哺乳類被験体におけるＩＢＤの再発を示し、且つ前記哺乳類被験体は以前にＩＢＤと診断され、以前に診断された前記ＩＢＤに対して治療を受けている請求項１、２又は３に記載の方法。
【請求項１９】
前記治療が手術を含む請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記決定工程が、前記哺乳類被験体における前記ＩＢＤの再発を示す請求項１、２又は３に記載の方法。
【請求項２１】
治療を必要とする哺乳類被験体の炎症性腸疾患ＩＢＤを治療する方法であって、
（ａ）被験体から得られた試験試料における配列番号：５、６、８、１１、１２、２、１４、１６、及び１８の何れか一つに示されるポリペチドをコードする核酸の、コントロールの発現レベルに対する異なる発現レベルを決定する工程；及び
（ｂ）前記被験体に有効量のＩＢＤ治療薬を投与する工程
を含んでなる方法。
【請求項２２】
異なる発現レベルが、配列番号：５、６、８、１１、１２、２、１４及び１６の何れか一つに示されるポリペチドをコードする核酸のより低いレベルの発現であり、より低いレベルの発現は試験試料が得られた被験体におけるＩＢＤの存在を示す請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
異なる発現レベルが、配列番号：１８、２０、及び２２の何れか一つに示されるポリペチドをコードする核酸のより高いレベルの発現であり、より高いレベルの発現は試験試料が得られた被験体におけるＩＢＤの存在を示す請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記哺乳類被験体がヒト患者である請求項２１、２２又は２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記発現レベルのエビデンスが、遺伝子発現プロファイリングの方法によって得られる請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記方法がＰＣＲに基づいた方法である請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記発現レベルが、一又は複数の参照遺伝子、又はそれらの発現産物の発現レベルに対して正規化される請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
少なくとも２つの前記遺伝子、又はそれらの発現産物の発現レベルのエビデンスを決定することを含んで成る請求項２１、２２又は２３に記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも３つの前記遺伝子、又はそれらの発現産物の発現レベルのエビデンスを決定することを含んで成る請求項２１、２２又は２３に記載の方法。
【請求項３０】
少なくとも４つの前記遺伝子、又はそれらの発現産物の発現レベルのエビデンスを決定することを含んで成る請求項２１、又は２２に記載の方法。
【請求項３１】
少なくとも５つの前記遺伝子、又はそれらの発現産物の発現レベルのエビデンスを決定することを含んで成る請求項２１、又は２２に記載の方法。
【請求項３２】
前記ＩＢＤ検出をまとめたレポートを作成する工程を更に含んで成る請求項２１、２２又は２３に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＩＢＤがクローン病である請求項２１、２２、又は２３に記載の方法。
【請求項３４】
前記試験試料が、結腸組織生検からである請求項２１、２２又は２３に記載の方法。
【請求項３５】
前記生検が、回腸結腸、上行結腸、下行結腸、及びＳ状結腸からなる群から選択される組織からである請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記生検が、炎症性結腸領域からである請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記生検が、非炎症性結腸領域からである請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
前記決定工程は前記哺乳類被験体におけるＩＢＤの再発を示し、且つ前記哺乳類被験体は以前にＩＢＤと診断され、以前に診断された前記ＩＢＤに対して治療を受けている請求項２１、２２又は２３に記載の方法。
【請求項３９】
前記治療が手術を含む請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記決定工程が、前記哺乳類被験体における前記ＩＢＤの再発を示す請求項２１、２２又は２３に記載の方法。
【請求項４１】
前記ＩＢＤ治療薬が、アミノサリチル酸である請求項２１、２２、又は２３に記載の方法。
【請求項４２】
前記ＩＢＤ治療薬がコルチコステロイドである請求項２１、２２又は２３に記載の方法。
【請求項４３】
前記ＩＢＤ治療薬が、免疫抑制剤である請求項２１、２２又は２３に記載の方法。

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９Ａ】

【図９Ｂ】

【図１０Ａ】

【図１０Ｂ】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４−１】

【図２４−２】

【図２４−３】

【図２４−４】

【図２４−５】

【図２４−６】

【図２４−７】

【図２５−１】

【図２５−２】

【図２５−３】

【図２５−４】

【図２５−５】

【図２５−６】

【図２５−７】

【図２５−８】

【図２５−９】

【図２５−１０】

【図２５−１１】

【図２５−１２】

【図２５−１３】

【図２５−１４】

【図２５−１５】

【図２５−１６】

【図２５−１７】

【図２５−１８】

【図２５−１９】

【図２５−２０】

【図２５−２１】

【図２５−２２】

【図２５−２３】

【図２５−２４】

【図２５−２５】

【図２５−２６】

【図２５−２７】

【図２５−２８】

【図２５−２９】

【図２５−３０】

【図２５−３１】

【図２５−３２】

【図２５−３３】

【図２５−３４】

【図２５−３５】

【図２５−３６】

【図２５−３７】

【図２５−３８】

【図２５−３９】

【図２５−４０】

【図２５−４１】

【図２５−４２】

【図２６−１】

【図２６−２】

【図２６−３】

【図２６−４】

【図２６−５】

【図２６−６】

【図２６−７】

【図２６−８】

【図２６−９】

【図２６−１０】

【図２６−１１】

【図２６−１２】

【図２６−１３】

【図２７−１】

【図２７−２】

【図２７−３】

【図２７−４】

【図２７−５】

【図２７−６】

【図２７−７】

【図２７−８】

【図２７−９】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【公表番号】特表２０１２−５３３３２２（Ｐ２０１２−５３３３２２Ａ）
【公表日】平成２４年１２月２７日（２０１２．１２．２７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５２１７１０（Ｐ２０１２−５２１７１０）
【出願日】平成２２年７月１９日（２０１０．７．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０４２４８７
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０１１３３９
【国際公開日】平成２３年１月２７日（２０１１．１．２７）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
【出願人】（５０９０１２６２５）ジェネンテック，　インコーポレイテッド (357)
【Ｆターム（参考）】