本発明は、標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する方法に関する。ポリヌクレオチド、標的核酸類似体および色素を組み合わせ、混合物を形成する。色素の光学特性を、既知量の標的ポリヌクレオチド／核酸類似体ハイブリッドを含む、類似の混合物における色素の光学特性における変化率の基準値指標と比較し、光学特性における変化の相対比率を決定する。混合物中の色素の光学特性における変化の相対比率は、サンプル中の特定の標的ポリヌクレオチドの存在または量と相関関係がある。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプル中の標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する方法であって、
ａ）サンプルと、該標的ポリヌクレオチドの標的核酸配列に相補的である核酸類似体と、光学特性における変化率が標的ポリヌクレオチド／核酸類似体ハイブリッドの存在、非存在によって異なる色素とを組み合わせ、混合物を生成する工程；
ｂ）該混合物中の該色素の光学特性における変化率を、既知量のポリヌクレオチド／核酸類似体ハイブリッドを含む類似の混合物中の色素の光学特性における変化率の基準値指標と比較し、光学特性における相対比率の変化を決定する工程；および
ｃ）サンプル中の特定の標的ポリヌクレオチドの存在または量と、該混合物中の色素の光学特性における変化の相対比率とを相互に関連付ける工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記核酸類似体がペプチド核酸（ＰＮＡ）である請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記核酸類似体がロックされた核酸（ＬＮＡ）である請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記核酸類似体がトレオース核酸（ＴＮＡ）である請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記核酸類似体が金属に結合した核酸である請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記サンプルが、組織、細胞の収集物、細胞溶解物、精製ポリヌクレオチドまたは単離ポリヌクレオチド、ウィルス、環境サンプル、工業サンプル、医療サンプル、食物サンプル、農業サンプル、獣医学的サンプル、家畜サンプル、水サンプル、土壌サンプル、空気サンプル、生物戦争の薬品に関与するサンプル、または農業関連の薬品に関与するサンプルを含む請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記混合物が、光刺激に曝露されている請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記標的ポリヌクレオチドがＤＮＡである請求項１に記載の方法。

【請求項９】
前記標的ポリヌクレオチドが、全細胞ＤＮＡ、核ＤＮＡ、ミトコンドリアＤＮＡ、リボソームＤＮＡ、葉緑体ＤＮＡ、ウィルスＤＮＡ、プラスミドＤＮＡ、人工ＤＮＡ、エピゲノムＤＮＡ、後成的ＤＮＡ、インビトロ増幅ＤＮＡまたはキメラＤＮＡである請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記標的ポリヌクレオチドがＲＮＡである請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＲＮＡが、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、ａｒｍｏｒｅｄ ＲＮＡ、ウィルスＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、人工ＲＮＡまたはキメラＲＮＡである請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記標的ポリヌクレオチドが生物から得られる請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記生物がヒトである請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記サンプルが、環境サンプルである請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記生物が病原体である請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記病原体がウィルスである請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記病原体が細菌である請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記生物が菌類である請求項１２に記載の方法。
【請求項１９】
前記病原体が、炭疽菌、ボツリヌス菌、ブルセラ菌、コレラ菌、クロストリジウム−パーフリンジェンス、エボラウィルス、ペスト菌、コクシエラ・バーネッティ、天然痘ウィルス、Ｂ型肝炎ウィルス、Ｃ型肝炎ウィルスおよびヒト免疫不全ウィルスからなる群より選ばれる請求項１５に記載の方法。
【請求項２０】
前記核酸類似体が、前記標的核酸配列に対し相補的である請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記核酸類似体が、前記標的ヌクレオチドに対し完全に相補的である請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記核酸類似体の前記相補的領域が、約４を超える核酸塩基の長さで、約２４未満の核酸塩基の長さである請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記核酸類似体が、約１２の核酸塩基の長さである請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前期核酸類似体が、固体基質上に固定化されている請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記核酸類似体が、非共有相互作用を介して固体基質上に固定化されている請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記非共有相互作用が、ビオチンと、アビジンまたはストレプトアビジンとの間の相互作用である請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記非共有相互作用が、抗原／抗体相互作用である請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
前記標的ポリヌクレオチドが、固体基質上に固定化されている請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記核酸類似体が固体基質に共有結合により結合している請求項２４に記載の方法。
【請求項３０】
前記色素が、核酸類似体／標的ポリヌクレオチドハイブリッドが存在しない場合より、核酸類似体／標的ポリヌクレオチドハイブリッドが存在する場合のほうが、光学特性におけるより高い変化率を示す請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
前記色素が、核酸類似体／標的ポリヌクレオチドハイブリッドが存在しない場合より、核酸類似体／標的ポリヌクレオチドハイブリッドが存在する場合のほうが、光学特性におけるより低い変化率を示す請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
前記色素がシアニン色素である請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
前記シアニン色素が、３，３’−ジエチルチアカルボシアニンヨウ化物、３，３’−ジエチルチアジカルボシアニンヨウ化物および３，３’−ジエチルチアトリカルボシアニンヨウ化物からなる群より選ばれる請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記光学特性が、吸光度、蛍光発光、反射率および化学発光からなる群より選ばれる請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
光学特性を複数回測定する工程をさらに包含する請求項１に記載の方法。
【請求項３６】
１回で光学特性を測定する工程をさらに包含する請求項１に記載の方法。
【請求項３７】
サンプル中の生物を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従ってサンプル中の標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する工程を包含し、該標的核酸配列は生物に対し配列特異的であり、該標的ポリヌクレオチドの存在または量で該生物の存在または量を同定する、方法。
【請求項３８】
サンプル中の特定の綱の生物を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従ってサンプル中の標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する工程を包含し、該標的核酸配列が該特定の生物に対して特異的な配列であり、該標的ポリヌクレオチドの存在または量で該特定の綱の生物の存在または量を同定する、方法。
【請求項３９】
サンプル内の生物の菌株を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従ってサンプル内の標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する工程を包含し、該標的核酸配列は、生物の菌株に対し特異的な配列であり、該標的ポリヌクレオチドの存在または量で該生物の菌株の存在または量を同定する、方法。
【請求項４０】
サンプル中の遺伝子組み換え生物（ＧＭＯ）を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従ってサンプル中の標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する工程を包含し、標的核酸配列は遺伝子組み換え生物に対し特異的な配列であり、該標的ポリヌクレオチドの存在または量で該遺伝子組み換え生物の存在または量を同定する、方法。
【請求項４１】
被験体における疾患状態の存在を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従って標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する工程を包含し、該標的核酸配列は疾患状態に対し特異的な配列であり、該標的ポリヌクレオチドの存在または量で該疾患状態を同定する、方法。
【請求項４２】
被験体の遺伝的変異を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従って標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する工程を包含し、該標的核酸配列は遺伝的変異に対し特異的な配列であり、該標的ポリヌクレオチドの存在または量で該遺伝的変異を同定する、方法。
【請求項４３】
一塩基変異多型（ＳＮＰ）を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従って標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する工程を包含し、該標的核酸配列はＳＮＰに対し特異的配列なであり、該標的ポリヌクレオチドの存在または量で該ＳＮＰを同定する、方法。
【請求項４４】
サンプル中の遺伝子配列を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従って前記サンプル中の標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する工程を包含し、該標的核酸配列は生物に対し特異的な配列であり、該標的ポリヌクレオチドの存在または量で該生物の存在または量を同定する、方法。
【請求項４５】
インビトロ増幅配列を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従って該サンプル中の標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する工程を包含し、該標的核酸配列は生物に対し特異的な配列であり、該標的ポリヌクレオチドで該生物の存在または量を同定する、方法。
【請求項４６】
塩基対変化を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従って標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する工程を包含し、該標的核酸配列はＳＮＰに対し特異的な配列であり、該標的ポリヌクレオチドの存在または量で該ＳＮＰを同定する方法。
【請求項４７】
病原体による宿主の感染を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従って標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する工程を包含し、該標的核酸は、該病原体に対し特異的なリボ核酸（ＲＮＡ）であり、該標的ポリヌクレオチドの存在または量で該病原体による宿主の感染を同定する、方法。
【請求項４８】
２つ以上のサンプル中の標的ポリヌクレオチドを検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従って、第一核酸類似体分子を使用して多重部位装置の第一部位で第一サンプル中の標的ポリヌクレオチドを検出する工程と、
請求項１に記載の方法に従って、第二核酸類似体分子を使用して多重部位装置の第二部位で第二サンプル中の標的ポリヌクレオチドを検出する工程と
を含む方法。
【請求項４９】
核酸類似体分子が固体基質上に固定化されている請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
サンプル中の２つ以上の標的ポリヌクレオチドの存在または量を検出する方法であって、
請求項１に記載の方法に従ってサンプル中の第一標的ポリヌクレオチドを検出する工程と、
請求項１に記載の方法に従ってサンプル中の第二標的ポリヌクレオチド配列を検出する工程と、
を含む方法。
【請求項５１】
前記２つ以上の配列が固体基質上に固定化されている請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
標的ポリヌクレオチドを検出するキットであって、
該キットは、ａ）標的ポリヌクレオチドの標的核酸配列に対して少なくとも部分的に相補的な１つ以上の核酸類似体と、ｂ）１つ以上の色素とを含むキット。
【請求項５３】
さらに刺激源を含む請求項５２に記載のキット。
【請求項５４】
色素が、３，３’−ジエチルチアカルボシアニンヨウ化物、３，３’−ジエチルチアジカルボシアニンヨウ化物および３，３’−ジエチルチアトリカルボシアニンヨウ化物からなる群より選ばれる請求項５２に記載のキット。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８−１】

【図１８−２】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【公表番号】特表２００７−５２５９４８（Ｐ２００７−５２５９４８Ａ）
【公表日】平成１９年９月１３日（２００７．９．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５１４９２７（Ｐ２００６−５１４９２７）
【出願日】平成１６年５月２０日（２００４．５．２０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１６１１８
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０１７１８１
【国際公開日】平成１７年２月２４日（２００５．２．２４）
【出願人】（５０５４３０２８５）インベスチゲン，　インコーポレイテッド (2)
【Ｆターム（参考）】