一塩基多型（ＳＮＰ）および免疫寛容の誘導に対する耐性との関連
本出願は、集団内の一定の核酸配列の存在または非存在とその同じ集団における免疫寛容を生じさせる能力とを関連づけるための方法、システムおよびキットを開示する。静脈内投与または舌下投与される可溶性抗原を含めて、抗原の単回または反復投与により寛容を誘導することができる。本出願は、バリアントを検出するための方法も開示する。加えて、本出願は、療法における非ステロイド系抗炎症薬の使用または回避を扱う。本発明はまた、集団内の一定の核酸配列の存在または非存在とその同じ集団における免疫寛容を生じさせる能力とを関連づけることに関する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、免疫系および療法の分野に存する。詳細には、本発明は、ヒトゲノムにおける特異的核酸配列、ならびに疾患および病状ならびに免疫寛容誘導とそれらの関連性に関する。正常個体を基準にした患者集団における対立遺伝子頻度の差に基づいて、本明細書に開示する自然に発生する核酸配列を、診断試薬の設計および治療薬の開発のためのならびに疾患関連性および連鎖情報のためのターゲットとして用いることができる。詳細には、本発明の核酸配列は、疾患または病状の発現のリスクが増加または低減している個体（例えば、患者）を同定するために、ならびに疾患または病状の早期検出のために、疾患または病状の予防および／または治療のための臨床的に重要な情報を提供するために、ならびに治療薬をスクリーニングおよび選択するために有用である。さらに、１つまたは複数の核酸配列の存在または非存在を利用して、免疫寛容を誘導するための所定の抗原のタイプおよび用量を決定することができる。特定の核酸配列を有するまたは有さない患者に、患者において免疫寛容を誘導することができる抗原である１つまたは複数の抗原を投与することができる。本明細書に開示する核酸配列は、人物同定用途にも有用である。これらの多型およびそれらをコードする産物の存在を検出するための方法、アッセイ、キットおよび試薬も提供する。加えて、本発明は、療法における非ステロイド系抗炎症薬の使用または非存在を扱う。
【背景技術】
【０００２】
すべての生物のゲノムは、それらの継続進化の過程で自然変異を受けて、前駆遺伝子配列のバリアント形態を生じさせる。バリアント形態は、先祖形態に比べて進化的利益をもたらすことがあり、または進化的不利益をもたらすことがあり、または中間的であることがある。場合により、バリアント形態は、進化的利益を種にもたらし、最終的には種の多くのまたは大部分の構成員のＤＮＡに組み込まれ、有効に先祖形態になる。加えて、バリアント形態の効果は、環境に依存して、有益であることもあり、有害であることもある。例えば、ヘテロ接合鎌状赤血球変異は、マラリアに対して耐性であるが、ホモ接合鎌状赤血球変異は、通常は致死性である。多くの場合、先祖形態とバリアント形態の両方が生き残り、種集団の中で共存する。遺伝子配列の多数の形の共存が、一塩基多型、別様には「ＳＮＰ」としての公知、をはじめとする遺伝子多型を生じさせる。ＳＮＰは、明白な機能を有さないゲノムの領域において発生する場合もあるが、ＳＮＰは、ゲノム内のバリアント配列に遺伝連鎖される場合がある。従って、ＳＮＰは、その遺伝連鎖がどれだけ近いかに依存して、ゲノムのバリアント配列と密接に相関し得る。
【０００３】
ヒトゲノムにおけるすべての多型のおおよそ９０％がＳＮＰである。ＳＮＰは、集団内の異なる対立遺伝子、または代替ヌクレオチド、が存在するＤＮＡの中の単一塩基位置である。ＳＮＰ位置（本明細書では、同義でＳＮＰ、ＳＮＰ部位、またはＳＮＰ遺伝子座と呼ぶ）は、通常、対立遺伝子の高保存配列（例えば、集団の１／１００または１／１０００未満の構成員でしか異ならない配列）の前および後にある。個体は、それぞれのＳＮＰ位置における対立遺伝子について、ホモ接合体であることがあり、またはヘテロ接合体であることがある。
【０００４】
医薬での治療に対する患者の応答が、多くの場合、不均一であることが多いことは、臨床試験によって証明されている。患者の応答は、改変された受容体、酵素、または細胞生理の何らかの変化を生じさせる結果となる彼らの遺伝子構成に起因すると考える者もいる。例えば、遺伝子構成の差が、結果として集団内の他の者とは異なる応答を生じさせる。従って、研究者は、薬品開発および選択プロセスを助長するために患者の核酸配列を医薬研究に用いることができる期待を口にしてきた。現在のところ、製薬における患者の核酸配列の使用は、免疫寛容には適用されていないと本発明者らは考えている。
【０００５】
免疫または免疫学的寛容は、免疫系が、他の状況では免疫原性の抗原に対して免疫応答を開始しない、またはその免疫応答を抑制方向に向け直させるプロセスである。獲得または誘導寛容は、他の環境では細胞媒介または液性免疫を誘導する可能性が高い所定の抗原に対するリンパ組織の特異的非反応性を特徴とする、外部抗原に対する免疫系の順応を指す。最も重要な自然な種類の獲得寛容の一つは、胎児および胎盤が母体免疫系によって許容されなければならない、妊娠中に発生する。真獣類胎児胚性防御系の使用をはじめとする非常に多数の寛容誘導モデルが存在し、寛容の誘導には調節Ｔ細胞の関与が主として必要とされる。
【０００６】
免疫寛容の１つの具体的なタイプ、経口寛容、は、食物タンパク質に対するおよび粘膜フローラに存在する細菌抗原に対する超過敏反応を防止するためにおそらく発生する、経口経路による抗原の以前の投与による抗原に対する細胞および／または液性免疫反応の特異的抑制である。それは、外部抗原によって誘導される継続的な自然免疫事象であるので、非常に免疫学的に重要なものである。内部環境へのそれらの特権的到達のため、粘膜に絶えず接触している抗原は、外来成分と自己成分との境界を表す。経口寛容は、危険シグナルを伴わずに自然経路によって身体に入る外部物質を処理するために発生したものであり、後にこれは自己の一部になる。経口寛容の不全は、免疫性腸疾患（クローン病および潰瘍性大腸炎）をはじめとする、免疫に基づく幾つかの疾患の発現および病理に起因する。本発明において考えられる他の一般的な寛容誘導形態としては、ｉｎｔｅｒｎａｓｅｌおよびＩＶ寛容誘導が挙げられる。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
今日、ゲノムおよびＳＮＰに向けての大量の研究にもかかわらず、ゲノミクスは、我々の医療管理を洗練するために今は未だ用いられていない。従って、遺伝した感受性、遺伝子発現、および予測される薬理ゲノム応答を見つけるために個体のゲノムを検査する、信頼できる大規模アッセイ、キットおよび方法は殆どない。より具体的には、免疫寛容の分野においてゲノミクスは用いられていない。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
ゲノミクスと免疫寛容を併合する方法、試薬、キットおよびアッセイの提供が、本発明者らの功績である。従って、本発明者らは、核酸配列を検出することができ、および核酸配列の存在および／または非存在に基づいて、免疫寛容の誘導を望む患者に合わせてケア方法を作ることができる。一つの特定の実施形態において、興味のある核酸配列は、ＳＮＰである。
【０００９】
本発明は、集団内の一定の核酸配列の存在または非存在とその同じ集団における免疫寛容を生じさせる能力とを関連づけることに関する。この相関関係は、免疫寛容の誘導を助長するために用いることができる。一部の実施形態において、本発明は、超大用量の抗原の反復投与、または免疫応答の刺激に必要な閾値より下である小用量の反復投与によって誘導される寛容に関する。一部の実施形態において、寛容は、静脈内投与または舌下投与される可溶性抗原によって、最も容易に誘導される。さらに、免疫抑制も寛容の誘導を助長すると考えられる。特定の疾患または障害に関連した一定の核酸配列の存在または非存在の相関関係に基づいて、本発明は、バリアントの検出方法も提供する。一つの特定の実施形態において、興味のある核酸は、ＳＮＰである。本発明の追加の実施形態において、療法における非ステロイド系抗炎症薬の使用または回避を扱う。
【００１０】
本発明は、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法を含み、この方法は、少なくとも１つのＳＮＰについてのスクリーニングを含む。前記スクリーニング方法は、ＦＩＳＨ、ＤＮＡアレイの使用、および／またはポリヌクレオチドプローブのハイブリダイゼーションを含む場合がある。
【００１１】
本発明は、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法を含み、この方法は、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、塩基配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および／または一本鎖高次構造多型の使用を含む。
【００１２】
本発明は、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法を含み、この方法は、少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在と宿主への１つまたは複数の抗原または治療薬の投与の結果として免疫寛容を発現する宿主の能力とを関連づける工程を含む。前記抗原は、Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、ＩＸ、Ｘ、ＸＩ、ＸＩＩ、ＸＩＩＩ、ＸＩＶ、ＸＶ、ＸＶＩ、ＸＶＩＩ、ＸＶＩＩＩ、ＸＩＸ、ＸＸ、ＸＸＩ、ＸＸＩＩ、ＸＸＩＩＩ、ＸＸＩＶ、ＸＸＶ、ＸＸＶＩ、ＸＸＶＩＩおよびＸＸＶＩＩＩから成る群の型より選択されるコラーゲンをはじめとする、コラーゲンを含む。
【００１３】
本発明は、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法を含み、この方法は、核酸を含む前記宿主からのサンプルを得る工程；前記サンプルから核酸を単離する工程；少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在について前記サンプルをアッセイする工程を含み、この場合、少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在が、免疫寛容の発現に対する感受性の増大の指標となる。前記サンプルは、全血、血漿、尿、涙、精液、唾液、頬粘膜、間質液、リンパ液、髄膜液、羊水、腺液、痰、糞便、汗、粘液、膣分泌物、脳脊髄液、毛髪、皮膚、排泄物、創傷滲出物、創傷ホモジネート、および創傷液であり得る。さらに、前記方法は、宿主への少なくとも１つの抗原の投与による免疫寛容の誘導を含む工程があり、この場合の抗原は、コラーゲンの１種であり得る。
【００１４】
前記免疫寛容は、任意の自己免疫疾患、例えば、全身性硬化症のような硬化性疾患に対するものであり得る。
【００１５】
本発明は、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法を含み、この方法は、少なくとも１つのコンピュータシステムと共に使用するための１つまたは複数のコンピュータプログラムの使用を含み、この場合のコンピュータプログラムは、前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在の識別を支援するための少なくとも１つの指示；前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在と少なくとも１つの疾病状態とを関係づけるための少なくとも１つの指示；および前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在と、宿主の免疫寛容の発現に対する感受性を示す評点とを関連づけるための少なくとも１つの指示をはじめとする、複数の指示を含む。前記コンピュータは、多数の支持の結果を含むレポートを生成することもでき、この場合、前記レポートを、ネットワーク、オン・ライン・ポータルを通して、紙またはｅ−メールによって、安全保護様式または非安全保護様式で送信することができる。
【００１６】
本発明は、少なくとも１つの治療薬を投与する方法を含み、この方法は、宿主の核酸における１つまたは複数のＳＮＰの遺伝子型を判定する工程、前記１つまたは複数のＳＮＰと１つまたは複数の疾患または障害とを関連づける工程、数学アルゴリズムを用いて、前記宿主が、少なくとも１つの治療薬の投与に対して陽性にまたは陰性に応答する確率を決定する工程、および前記数学アルゴリズムの結果に基づいて宿主に治療薬を投与するまたは投与しない工程を含む。
【００１７】
本発明は、１つまたは複数の抗原を評価する臨床試験を行うための方法を含み、この方法は、１つまたは複数の疾患または障害に関連する１つまたは複数のＳＮＰの遺伝子型を判定する工程；遺伝子型判定結果を分析する工程；前記遺伝子型判定結果に基づいて行動方針を決定する工程を含み、この場合、前記行動方針は、個体を、該個体が前記１つまたは複数の抗原に応答する可能性が高いことを示した前記遺伝子型判定の結果に基づいて、臨床試験に組み入れる工程、および／または個体を、該個体が前記１つまたは複数の抗原に応答する可能性が低いことを示した前記遺伝子型判定結果に基づいて、臨床試験への参加から除外する工程を含む。
【００１８】
本発明は、自己免疫疾患を発現するリスクの改変を有する個体を同定するための方法を含み、この方法は、前記個体の核酸中の配列番号：１の一塩基多型（ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ：ＳＮＰ）を検出する工程を含み、この場合、前記ＳＮＰの存在は、自己免疫疾患についてのリスクの改変と関連する。
【図面の簡単な説明】
【００１９】
【図１】図１は、１つまたは複数の核酸が免疫寛容の誘導と関連するかどうかを判定するプロセスを説明する、本発明の一部の実施形態によるフローチャートを示す図である。
【図２】図２は、１つまたは複数の核酸の存在または非存在によって個体の治療レジメント（ｒｅｇｉｍｅｎｔ）を決定するプロセスを説明する、本発明の一部の実施形態によるフローチャートを示す図である。
【図３】図３は、１つまたは複数の核酸の存在または非存在によって個体の治療レジメントを決定するプロセスを説明する、本発明の一部の実施形態によるフローチャートを示す図である。
【図４】図４は、１つまたは複数の核酸の存在または非存在によって個体の治療レジメントを決定するプロセスを説明する、本発明の一部の実施形態によるフローチャートを示す図である。
【図５】図５は、１つまたは複数のポリペプチドの存在または非存在によって個体の治療レジメントを決定するプロセスを説明する、本発明の一部の実施形態によるフローチャートを示す図である。
【図６】図６は、マウスにゾンデ栄養法によって与えたコラーゲンＩＩの量と関連する関節炎罹患関節のパーセントを示すチャートである。
【図７】図７は、ピロキシカムによる経口寛容の一定の形態に対する廃止を示すチャートである。
【図８】図８は、α１（ＩＩ）刺激脾臓細胞によるＩＦＮ−γ生産を示すチャートである。
【図９】図９は、ＣＯＸ−２阻害剤ＳＣ’２３６が経口寛容誘導を廃止することを示すチャートである。
【図１０】図１０は、ピロキシカムによる経口寛容の持続的廃止を示すチャートである。
【図１１】図１１は、パイエル板脾臓共培養に対するピロキシカムまたはＣＩＩの効果を示すチャートである。
【図１２】図１２は、腸間膜リンパ節細胞増殖に対するピロキシカムまたはＣＩＩの効果を示すチャートである。
【図１３】図１３は、関節リウマチ患者の経口コラーゲンＩＩ治療の効果、およびそれがＰＢＭＣによるＰＢＭＣ ＩＦＮ生産をどの程度調節するかを示すチャートである。
【図１４】図１４は、関節リウマチを有する人の遺伝子型および免疫寛容を誘導する彼らの能力のチャートである。
【図１５】図１５は、マーカーおよび遺伝子が、興味のある、可能性のあるＳＮＰを含有することを示すチャートである。
【図１６】図１６は、プラセボ患者に対して１２ヶ月の時点でのＭＲＳＳの有意な低下を示すチャートである。
【発明を実施するための形態】
【００２０】
定義
以下の論述の中で、一定の物品および方法を背景技術および序論のために説明する。本明細書に含めるものを先行技術の「承認」と解釈すべきではない。本出願人は、準拠する法律条項のもと、本明細書において言及する物品および方法が先行技術を構成しないことを、適宜、論証する権利を明白に有する。本発明の説明を補助するために、以下の定義を提供する。
【００２１】
用語「核酸」は、一本鎖形態または二本鎖形態のデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドを指す。１本の鎖の上の特定の部位への言及が、相補鎖上の対応する部位も指すことは、当業者には容易に理解されるであろう。特に限定しない限り、この用語は、参照核酸と類似した結合特性を有する、および自然に発生するヌクレオチドに類似した様式で代謝される、天然ヌクレオチドの公知類似体を含有する核酸を包含する。別に指示しない限り、特定核酸配列は、明確に示す配列ばかりでなく、その保存修飾バリアント（例えば、縮重コドン置換）、対立遺伝子、オーソログ、ＳＮＰおよび相補配列も暗黙のうちに包含する。具体的には、縮重コドン置換は、１つまたは複数の選択された（またはすべての）コドンの第三の位置が混合塩基および／またはデオキシイノシン残基で置換されている配列を生じさせることによって達成することができる。用語核酸は、遺伝子によってコードされた「核酸配列」、「遺伝子」、「ｃＤＮＡ」および「ｍＲＮＡ」と同義で用いる。
【００２２】
用語「アミノ酸」は、自然に発生するアミノ酸および合成アミノ酸、ならびに自然に発生するアミノ酸に類似した様式で機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸ミメティックを指す。自然に発生するアミノ酸は、遺伝子コードによってコードされたもの、ならびに後に修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、α−カルボキシグルタミン酸塩、およびＯ−ホスホセリンである。アミノ酸類似体は、自然に発生するアミノ酸と同じ基礎化学構造、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基およびＲ基に結合しているα炭素、を有する化合物、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのような類似体は、修飾Ｒ基（例えば、ノルロイシン）または修飾ペプチド主鎖を有するが、自然に発生するアミノ酸と同じ基礎化学構造を保持する。「アミノ酸ミメティック」は、アミノ酸の一般化学構造とは異なる構造を有するが、自然に発生するアミノ酸に類似した様式で機能する化合物を指す。本明細書では、アミノ酸を、一般に知られている三文字記号によって紹介する場合があり、またはＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ生化学物質命名委員会（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ）によって推奨されている１文字記号によって紹介する場合がある。同様に、ヌクレオチドを、それらの一般に認められている１文字コードによって紹介する場合がある。
【００２３】
本明細書において用いる場合の用語「遺伝子型」は、例えば、複相生物が、興味のある１つまたは複数の変異対立遺伝子についてヘテロ接合であるか、ホモ接合であるかを含めて、生物の遺伝子組成を広く指す。
【００２４】
本明細書において用いる場合、「ＳＮＰ」および「ＳＮＰ遺伝子型」への言及は、個々のＳＮＰおよび／またはハプロタイプ（これは、一般に一緒に遺伝されるＳＮＰ群である）を含む。ハプロタイプは、個々のＳＮＰと比較して、疾患または他の表現型効果とより強い相関関係を有し、従って、場合によっては診断精度向上をもたらすことがある。
【００２５】
本発明のＳＮＰは、多型部位における１つまたは複数のヌクレオチドでの別のものの置換から生ずる場合がある。置換は、転位である場合もあり、または転換である場合もある。転位は、１つのプリンヌクレオチドの別のプリンヌクレオチドによる、または１つのピリミジンの別のピリミジンによる置き換わりである。転換は、プリンのピリミジンによる、またはピリミジンのプリンによる置き換わりである。ＳＮＰは、単一塩基挿入である場合もあり、または欠失バリアントである場合もある。
【００２６】
本発明のＳＮＰは、遺伝子コードの縮重に起因してアミノ酸変化をもたらす結果とならないものである、同義コドン変化、またはサイレント変異／ＳＮＰ（「ＳＮＰ」、「多型」、「変異」、「変異体」、「変異」、および「バリアント」などの用語を本明細書では同義で用いる）から生ずる場合がある。あるアミノ酸をコードするコドンを異なるアミノ酸をコードするコドンに変える置換（すなわち、非同義コドン変化）は、ミスセンス変異と呼ばれる。ナンセンス変異は、停止コドンを形成し、それによってポリペプチド鎖およびトランケート型タンパク質の時期尚早の停止をもたらすタイプの非同義コドン変化を生じさせる結果となる。読み過ごし変異は、停止コドンの破壊を生じさせ、それによって伸長ポリペプチド産物を生じさせる結果となる、もう１つのタイプの非同義コドン変化である。ＳＮＰは、二、三、または四対立遺伝子性のものを含む、すべての対立遺伝子性のものを含み得る。
【００２７】
ＳＮＰ位置、ＳＮＰ対立遺伝子、またはヌクレオチド配列を定義する際、核酸分子の１本の鎖の上の特定部位におけるアデニン、チミン（ウリジン）、シトシンまたはグアニンへの言及は、その核酸分子の相補鎖上の対応する部位における（それぞれ）チミン（ウリジン）、アデニン、グアニン、またはシトシンも規定する。従って、特定のＳＮＰ位置、ＳＮＰ対立遺伝子、またはヌクレオチド配列を指すために、いずれか一方の鎖に言及する場合がある。プローブおよびプライマーをいずれの鎖にハイブリダイズするようにも設計することができ、ならびに本明細書に開示するＳＮＰ遺伝子型判定法は、一般に、いずれの鎖もターゲットにすることができる。
【００２８】
用語「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」は、アミノ酸残基のポリマーを指すために本明細書では同義で用いる。これらの用語は、自然に発生するアミノ酸ポリマーおよび自然に発生しないアミノ酸ポリマーにばかりでなく、１つまたは複数のアミノ酸残基が、対応する自然に発生するアミノ酸の人工的化学的ミメティックであるアミノ酸ポリマーにもあてはまる。本明細書において用いる場合、これらの用語は、アミノ酸残基が共有ペプチド結合によって連結されている、完全長タンパク質（すなわち抗原）を含めて、任意の長さのアミノ酸鎖を包含する。本発明の「ポリペプチド」、「ペプチド」または「タンパク質」への言及は、当該技術分野において公知のペプチド／ポリペプチド／タンパク質（このタンパク質を、同義で、「野生型」、「参照」または「正常」タンパク質と呼ぶことがある）の対応するアミノ酸配列とは異なるアミノ酸残基を少なくとも１つ含有する、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、またはそれらのフラグメントを含む。そのような変異ペプチド／ポリペプチド／タンパク質は、本発明が開示するタンパク質コード位置での非同義ヌクレオチド置換（すなわち、ミスセンス変異）によって引き起こされるコドン変化の結果として生ずることがある。本発明の変異ペプチド／ポリペプチド／タンパク質は、ナンセンス変異、すなわち、早期停止コドンを生じさせるＳＮＰ、停止コドンの完全破壊によって読み過ごし変異を生じさせるＳＮＰから生ずる場合もあり、またはタンパク質の構造、機能／活性、もしくは発現を別様に改変する本発明が開示する任意のＳＮＰ、例えば、調節領域におけるＳＮＰ（例えば、プロモーターもしくはエンハンサー）、または選択的もしくは不完全スプライシングをもたらすＳＮＰ、例えば、イントロンにおけるＳＮＰもしくはエキソン／イントロン境界におけるＳＮＰのために生ずる場合もある。本明細書において用いる場合、用語「ポリペプチド」、「ペプチド」、および「タンパク質」は、同義で用いる。
【００２９】
すべての実施形態について、用語「個体」および「宿主」は、同義で用いており、ヒトに限定されない。本発明の態様によると、「個体」は、霊長類などの哺乳動物を含む、ならびにヒト、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、ブタ、ヒツジおよびサルを含む、任意の脊椎動物であり得る。従って、開示する本発明は、例えば、動物の水、動物の餌、動物用製剤およびこれらに類するものによって動物の治療に適用可能であり得る。本発明の態様によると、個体は、健常である場合もあり、または疾患に罹患している場合もある。しかし、一般に、本発明の方法は、自己免疫疾患、または病原性微生物および個体内の一定の核酸配列のタイプによって引き起こされる疾患に罹患しているヒトに適用する場合、有効に用いることができる。
【００３０】
用語「改変された」は、増加されたまたは減少されたリスク／尤度をいずれも包含するように本明細書では用いることができる。
【００３１】
本明細書において用いる用語「特定の疾患」、「疾患」または「障害」は、自己抗体疾患、ならびに例えばウイルス、細菌、酵母またはマイコプラズマなどの病原性微生物に関連した疾患、ならびに腫瘍学的疾患を包含する。しかし、疾患は、特に限定されない。
【００３２】
本明細書において用いる用語「従事者」または「医療従事者」は、医療業界、バイオテクノロジー業界または製薬業界をはじめとする、医薬または関連医療分野に専門職として従事している任意の人を含む。
【００３３】
発明の詳細な説明
本発明は、個体が、免疫寛容を発現する可能性が高いかどうかを判定する方法を提供し、これらの方法は、その個体における遺伝子配列ばかりでなく核酸配列の改変された発現（より高いもしくはより低い発現のいずれも）または独特な発現を、それらが発現されてないまたは一過的にしか発現されない場合でさえ、検出することによる。従って、一部の実施形態は、免疫寛容を発現する能力を有する個体が、免疫寛容を発現する能力を有さない個体からの既知および未知核酸配列の特異なまたは独特な発現を有するかどうかを判定する方法を提供する。一部の実施形態において、前記核酸配列は、ＳＮＰである。
【００３４】
本発明は、核酸配列、核酸配列を検出するための方法および試薬、免疫寛容を誘導する前に使用するためのキットまたはアッセイにおける核酸配列の使用も提供する。
【００３５】
本発明は、免疫寛容を有するもしくは発現するリスク増加または免疫寛容を有するもしくは発現するリスク低下のいずれかに関係づけられる核酸配列の使用を考えている。一定の核酸配列（またはそれらのｍＲＮＡもしくはタンパク質コード産物）の存在をアッセイして、個体が、免疫寛容を有するもしくは発現するリスク増加または免疫寛容を有するもしくは発現するリスク低下を示す核酸配列を有するかどうかを判定することができる。
【００３６】
類似して、特定の治療もしくは抗原に応答する尤度増加もしくは低下、または特定の治療もしくは抗原に対して免疫寛容を発現する尤度増加もしくは低下のいずれかに本発明の核酸配列を関連づけることができる。
【００３７】
一部の実施形態において、前記核酸配列は、ＳＮＰである。ＰＣＲ、ＲＦＬＰ、ハイブリダイゼーションおよびダイレクト塩基配列決定をはじめとする、当業者に周知である多数の異なる方法で、そのような核酸変異をアッセイすることができる。
【００３８】
免疫寛容になりやすい個体における核酸の存在／非存在の判定
一つの実施形態は、図１に示すような、少なくとも１つの核酸配列についてスクリーニングすることを含む、免疫寛容を発現しやすい個体に存在するまたは非存在である核酸配列を判定する方法である。この方法では、医療従事者が、先ず、経口抗原を患者に投与して免疫寛容を誘導する（１０１）。
【００３９】
本発明での使用に適する抗原としては、合成または天然由来のタンパク質およびペプチド、ならびに特に、経口寛容を誘導するために高い用量を自ら必要とするもの；多糖類およびリポ多糖類を含む（しかし、これらに限定されない）炭水化物；ならびに例えば自己免疫疾患、臨床的（アレルギー性）過敏症および同種移植拒絶に関連したものまたはそれらの誘導の原因となるものなどの、生物源から単離された抗原およびそれらのサブユニットまたは抽出物；またはそれらの任意の組み合わせが挙げられるが、それらに限定されない。
【００４０】
さらに、前記抗原は、自己免疫疾患、臨床的（アレルギー性）過敏症および同種移植拒絶の誘導と関係づけられるまたは誘導の原因となる任意のもの、およびそれらのサブユニットもしくは抽出物；または組換え生産全タンパク質、それらのサブユニットもしくはフラグメント；またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
【００４１】
前記関連疾患を治療するために投与される抗原としては、表１の抗原のすべてを挙げることができるが、これらに限定されない。表１に列挙する関連疾患または障害は、例であるつもりであり、いかなる点においても包括的なものでない。一つの特定の実施形態において、少なくとも１つの抗原は、Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、ＩＸ、Ｘ、ＸＩ、ＸＩＩ、ＸＩＩＩ、ＸＩＶ、ＸＶ、ＸＶＩ、ＸＶＩＩ、ＸＶＩＩＩ、ＸＩＸ、ＸＸ、ＸＸＩ、ＸＸＩＩ、ＸＸＩＩＩ、ＸＸＩＶ、ＸＸＶ、ＸＸＶＩ、ＸＸＶＩＩおよびＸＸＶＩＩＩから成る群より選択されるコラーゲン、およびそれらの混合物である。前記コラーゲンは、そのフラグメントである場合もある。例えば、前記コラーゲンは、８つのＣＢフラグメント：ＣＢ０、ＣＢ１、ＣＢ２、ＣＢ４、ＣＢ５、ＣＢ８、ＣＢ３、ＣＢ７およびＣＢ６を生じさせる、α１（Ｉ）のＣＮＢｒ切断によって生成される１つまたは複数のフラグメントである場合がある。前記コラーゲンは、６つのＣＢフラグメント：ＣＢ１、ＣＢ０、ＣＢ４、ＣＢ２、ＣＢ３およびＣＢ５を生じさせる、α２（Ｉ）のｃＣＮＢｒ切断によって生成される１つまたは複数のフラグメントである場合がある。
【００４２】
さらに一つの実施形態において、前記疾患は、硬化性疾患である。もう一つの実施形態において、前記疾患は、多発性硬化症である。
【００４３】
表１は、本発明の多数の実施形態を示すものである。例えば、一つの実施形態において、コラーゲンは、疾患特発性肺線維症に対する免疫寛容を誘導するために使用した抗原である。もう一つの実施形態において、α−エノラーゼは、疾患喘息に対する免疫寛容を誘導するために使用した抗原である。
【００４４】
さらに、個々の用量サイズ、用量の数、用量投薬頻度、および投与方式は、様々であり得る。当業者は、そのようなプロトコルの決定を果たすことができる。適する単回用量は、適する期間に１回以上の回数（例えば、数週間のあいだに数分から数日）投与したとき、動物における生体応答を改変することができる用量である。好ましくは、用量は、体重のキログラムあたり抗原約１ｎｇ（ｎｇ／ｋｇ）から、体重のキログラムあたり抗原約１グラム（ｇｍ／ｋｇ）、さらに好ましくは、１００ｎｇ／ｋｇから約１００ミリグラム／キログラム（ｍｇ／ｋｇ）、およびさらにいっそう好ましくは、体重キログラムあたり抗原約１０マイクログラム（μｇ／ｋｇ）から約１０ｍｇ／ｋｇを含む。
【００４５】
あるいは、患者の体重に基づいて抗原の用量を決定しない場合がある。この実施形態において、用量は、抗原少なくとも１ｎｇ／１日である場合がある。好ましくは、前記用量は、抗原１０μｇ／日から５０００μｇ／日にわたる。もう一つの実施形態において、前記用量は、抗原１０μｇ／日から５００μｇ／日にわたる。もう一つの実施形態において、前記用量は、抗原３０μｇ／日から２００μｇ／日にわたる。
【００４６】
一つの代替実施形態において、抗原の用量は、免疫応答の刺激に必要とされる閾値より低い。もう一つの実施形態において、抗原の用量は、前記閾値より高く、その結果、免疫応答を刺激する。
【００４７】
投与方式としては、エーロゾル投与経路、皮下経路、直腸内経路、皮内経路、静脈内経路、鼻経路、経口経路、経皮経路および筋肉内経路を挙げることができるが、これらに限定されない。一つの好ましい実施形態では、抗原を経口投与する。もう一つの好ましい実施形態では、抗原を静脈内または舌下投与する。
【００４８】
さらに、個体に投与する前に、抗原を他の成分、例えば、医薬的に許容される賦形剤および／または担体と併せることができる。他の成分は、投与方式、保管の必要、およびこれらに類するものに依存するであろう。
【００４９】
そのような賦形剤の例としては、水、食塩水、リンガー溶液、デキストロース溶液、ハンクス溶液、および他の生理的平衡塩類水溶液が挙げられる。非水性ビヒクル、例えば、固定油、ゴマ油、オレイン酸エチル、またはトリグリセリドを使用してもよい。他の有用な調合物としては、増粘剤、例えばカルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトールまたはデキストラン、を含有する懸濁液が挙げられる。賦形剤は、少量の添加剤、例えば、等張性および化学的安定性を向上させる物質も含有することがある。緩衝液の例としては、リン酸緩衝液、重炭酸緩衝液およびＴｒｉｓ緩衝液が挙げられるが、これらに限定されず、一方、保存薬の例としては、チメロサール、ｍ−またはｏ−クレゾール、ホルマリン、およびベンジルアルコールが挙げられるが、これらに限定されない。
【００５０】
標準的な調合物は、注射液である場合もあり、または注射用の懸濁液もしくは溶液などの適する液体に溶かすことができる固体である場合もある。一般に、担体は、治療する個体において抗原の半減期を増加させる化合物である。適する担体としては、高分子制御放出ビヒクル、生体分解性インプラント、リポソーム、細菌、ウイルス、油、エステル、およびグリコールが挙げられるが、これらに限定されない。好ましい制御放出調合物は、本発明の抗原を個体にゆっくりと放出することができる。適する制御放出ビヒクルとしては、生体適合性ポリマー、他のポリマーマトリックス、カプセル、マイクロカプセル、微粒子、ボーラス製剤、浸透圧ポンプ、拡散装置、リポソーム、リポスフェア、および経皮送達システムが挙げられるが、これらに限定されない。本発明の他の制御放出ビヒクルとしては、個体に投与するとインサイチューで固体またはゲルを形成する液体が挙げられる。好ましい制御放出ビヒクルは、生体分解性（すなわち、生体浸食性）である。
【００５１】
「サンプル」とも呼ぶ、生体サンプルを、固体の免疫応答の判定に使用するために固体から採取する（１０２）。そのようなサンプル調製成分は、任意の体液（例えば、血液、血清、血漿、尿、唾液、痰、胃液、精液、涙、汗など）、皮膚、毛髪、細胞（特に、有核細胞）、生検材料、口内スワブまたは組織標本から核酸抽出物（ＤＮＡおよび／もしくはＲＮＡを含む）、タンパク質または膜抽出物を作製するために使用することができる。サンプルを採取する頻度、およびその使用は、採点法、アッセイ形式、検出法の性質、およびアッセイする試験サンプルとして使用する具体的な組織、細胞または抽出物などの要因に基づいて変わるであろう。生体サンプルから核酸、タンパク質、細胞抽出物を調製する方法は、当該技術分野において周知であり、利用するシステムに適合性であるサンプルが得られるように変えることが容易にできる。
【００５２】
前記生体サンプルから、抗原に応答する個体免疫系を決定し、それらの応答に基づいて個体を採点する（１０３）。採点方法は、従事者に依存し、および抗原に対するそれらの免疫応答に基づいて患者を分ける任意の方法を含む。例えば、抗原特異的アッセイに基づいて患者を採点してもよいし、抗原非特異的アッセイに基づいて患者を採点してもよい。抗原特異的アッセイは、特定の抗原に対するＴおよびＢ細胞の応答を測定し、これに対して抗原非特異的アッセイは、特定の臨床状態と関係づけられるパターンについて表面マーカーの表現型または細胞の機能状態を判定する。
【００５３】
具体的には、従事者は、酵素標識免疫定量法（ｅｎｚｙｍｅ−ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏａｂｓｏｒｂｅｎｔ ａｓｓａｙ：ＥＬＩＳＡ）、ＥＬＩＳＡ／ＡＣＴ（登録商標）リンパ球応答アッセイ（Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ａｓｓａｙ：ＬＲＡ）、抗体生産のインビトロ測定、混合白血球反応、細胞傷害性Ｔリンパ球アッセイ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、限界希釈アッセイ、質量分析法、免疫沈降法および免疫蛍光法の使用をはじめとするがそれらに限定されない、免疫系応答の判定に適便な任意の手段を用いることができる。
【００５４】
例えば、一つの実施形態では、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを用いて個体の免疫応答を判定する。一般に、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイは、興味のあるサイトカインに対する捕獲抗体をコーティングしたプレートにおける免疫細胞のインキュベーションを含む。その後、細胞膜によって放出されたサイトカインは、そのインキュベーション期間中に捕獲抗体によって捕獲される。細胞を除去し、例えば同じサイトカインの異なるエピトープに対する標識二次抗体などの標識系を使用して、結合したサイトカインを検出する。このアッセイにより、結果として単個細胞のサイトカインフットプリントが得られる。
【００５５】
もう一つの実施形態では、トランスビボＤＴＨアッセイを用いて、個体の免疫応答を判定する。このアッセイでは、個体からの細胞を、抗原と共に、免疫不全マウスの足蹠に注射する。その後、結果として生じた足蹠腫脹によってその抗原に対するＴ細胞の反応性指数を測定する。
【００５６】
もう一つの実施形態では、四量体アッセイを用いる。この場合は、フローサイトメトリーを用いて、Ｔ細胞の頻度を特定のペプチド−ＭＨＣ複合体へのそれらの結合によって測定する。
【００５７】
代替実施形態でのＣＦＳＥアッセイは、分裂細胞におけるＣＦＳＥ色素の希釈によって、Ｔ細胞の増殖を測定する。このアッセイは、フローサイトメトリーの使用を含む。
【００５８】
さらにもう一つの実施形態では、Ｔ細胞の細胞内染色を用いて、例えばフローサイトメトリーにより、サイトカイン生産性Ｔ細胞の頻度を判定することができる。
【００５９】
さらにもう一つの実施形態では、抗原の摂取前、中および／または後のＩＦＮ−γ生産のそれぞれのレベルおよび／または変化に基づいて、患者を採点する。あるいは、他のサイトカインを測定して、個体の評点を決定することができる。例えば、α１（Ｉ）およびα２（Ｉ）刺激ＰＢＭＣ培養上清中のＩＬ−１０ならびに／またはｓＩＬ−２Ｒのレベルを用いて患者を採点することができる。
【００６０】
免疫系応答を判定するための他の手段としては、ＴＣＲレパートリーの特性付けが挙げられる。このアッセイは、Ｖβ遺伝子産物に沿ってＣＦＲ３長分布を決定するためにＶβ鎖を使用するＴ細胞の比率（ｐｒｏｐｏｒａｔｉｏｎ）を決定するための定量的ＰＣＲ、ゲル電気泳動およびＤＮＡ塩基配列決定の使用を含む場合がある。
【００６１】
免疫系応答を判定するためのもう一つの手段は、ポリクローナル、非抗原特異的刺激に応答するＴ細胞を含む。この場合は、全血を、一定期間、フィトヘムアグルチニンで刺激し、その後、ＣＤ４＋ Ｔ細胞を単離し、細胞溶解後に測定される細胞内ＡＴＰの合成および蓄積によって早期ＣＤ４＋ Ｔ細胞活性化の程度を測定する。
【００６２】
免疫系応答を判定する他の手段としては、核酸の存在の検出が挙げられるが、これに限定されない。ＰＣＲ、ＬＣＲおよびハイブリダイゼーション技術を含めて、幾つかの核酸検出方法を利用することができる。ハイブリダイゼーション技術は、２つ以上の核酸分子のハイブリダイゼーションの検出を含み、この場合の検出は、核酸分子の標識付けおよびそのような標識から生ずるシグナルの観察を含む、様々な方法で達成される。ハイブリダイゼーション技術としては、次のうちのいずれかを挙げることができる：ノーザンおよびサザンブロッティング、サイクリングプローブ反応、分岐ＤＮＡ、Ｉｎｖａｄｅｒ（商標）アッセイ、ならびにハイブリッドキャプチャー。ハイブリダイゼーション技術は、公知核酸配列のマイクロアレイ（または「バイオアレイ」）を使用してサンプルをプローブすることによりサンプル中に存在する核酸の特定の配列を同定するために用いることもできる。バイオアレイ技術は、一般に、公知一本鎖核酸を使用するものであり、この場合、特定の既知位置にそれぞれに特有の短鎖を取り付け、その後、サンプル核酸を添加し、サンプル中に存在する配列をその固定された鎖にハイブリダイズさせる。その後、ハイブリダイゼーション前に検出すべきサンプルのフラグメントを標識すること、一般には末端標識、によって、このハイブリダイゼーションの検出を行う。さらに、蛍光インサイチューハイブリダイゼーション技術の使用により、ハイブリダイゼーションを判定することができる。
【００６３】
さらに、一つの実施形態では、プロテオミクスアプローチを用いる場合がある。この場合は、タンパク質マイクロアレイまたは質量分析を用いて、個体のサンプル中に存在するタンパク質フラグメントの存在および定量化を判定する。加えて、１つより多くのタンパク質を分析することにより、従事者は、個体におけるタンパク質発現の独特なパターンによって免疫応答を判定することができる。
【００６４】
免疫系応答に基づいて患者を採点するために、従事者は、抗原の摂取前、中および／または後の免疫応答を測定して比較することができる。いつ免疫応答を測定するか、およびいかなる方法を用いるかの決定は、従事者の要求に基づく。さらに、従事者は、患者の免疫応答の採点を助長するために、個体の他の生理的要因、例えば、他のサイトカイン、Ｔ細胞の百分率、ＮＫ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞、単球、亜集団、酸化ラジカル、結合組織成長因子、酸化窒素、撮像技術によって判定される胸腺の形態、患者の身長、栄養状態、体重、健康状態、免疫学的アッセイによって判定される胸腺の機能、食事、性、年齢、ビタミンＡレベル、亜鉛レベル、および環境問題をさらに考慮することができると考えられる。患者のゲノム的背景、例えば、他の遺伝子またはゲノム領域における変異、人種および性の相違も考慮することができる。
【００６５】
抗原応答に基づいて個体を採点すると、従事者は、個体の遺伝子型を分析して、個体が１つまたは複数の核酸配列を有するのか、欠くのか（それによって、遺伝子発現のレベルまたはパターンが改変される）を判定することができる（１０４）。その後、その遺伝子型を用いて、１つまたは複数の核酸の存在または非存在と段階（１０３）の免疫応答評点とを関連づける。
【００６６】
従事者は、興味のある特定の公知核酸を検査して、または全ゲノムの一部もしくは全体を検査して、特異なまたは独特な核酸または核酸パターンの存在または非存在を捜し、１つまたは複数の核酸の存在／非存在と個体の免疫応答評点とを関連づけることができる。特に興味深い核酸としては、サンプル中のｍＲＮＡまたはタンパク質の濃度に影響を及ぼすことが知られているもの、核酸および／またはタンパク質発現の動態に影響を及ぼすことが知られている核酸、核酸および／またはタンパク質分解の速度に影響を及ぼす核酸、ならびにタンパク質安定性プロフィール、ＫｍまたはＶｍａｘに影響を及ぼす核酸が挙げられる。
【００６７】
さらに、従事者は、段階（１０２）の生体サンプルの一部を使用して核酸について分析することができ、または従事者は、分析のためにその個体から別の生体サンプルを採取することができる。従事者にとって適便な任意の手段によってサンプルから核酸を精製または単離することができるが、一定の検出形態では、そのような単離が必要とされない場合がある。
【００６８】
一つの好ましい実施形態において、従事者は、当該技術分野において周知の方法によって個体の遺伝子型を分析して、どの対立遺伝子（単数／複数）が興味のある任意の所定の遺伝子領域に存在するかを決定することとなる。隣接配列を使用して、オレゴヌクレオチドプローブなどの核酸検出試薬を設計することができ、場合によってはそれをキット形式で実現することができる。
【００６９】
一般的な遺伝子型判定方法としては、ＴａｑＭａｎアッセイ、分子ビーコンアッセイ、核酸アレイ、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、プライマー伸長整列（ａｒｒａｙｅｄ ｐｒｉｍｅｒ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）、相同プライマー伸長アッセイ、質量分析法による検出を伴うプライマー伸長、パイロシーケンシング、遺伝子アレイで選別される多重プライマー伸長、ローリングサークル増幅でのライゲーション、相同性ライゲーション、ＯＬＡ、遺伝子アレイで選別される多重ライゲーション反応、制限フラグメント長多型、一塩基伸長タグアッセイ、およびＩｎｖａｄｅｒアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。そのような方法を、例えば発光または化学発光検出、蛍光検出、時間分解蛍光検出、蛍光共鳴エネルギー移動、蛍光偏光法、質量分析法、および電気的検出などの検出メカニズムと併用することができる。
【００７０】
多型を検出するための様々な方法としては、開裂剤からの保護を用いてＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡにおけるミスマッチ塩基を検出する方法、変異核酸分子と野生型核酸節の電気泳動移動度の比較、および変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法を用いる変性剤の濃度勾配を有するポリアクリルアミドゲル中の多型または野生型フラグメントの移動についてのアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。ＲＮアーゼおよびＳＩ保護などのヌクレアーゼ保護アッセイまたは化学的開裂法により、特定の位置での配列変異も評価することができる。
【００７１】
一つの実施形態では、５’ヌクレアーゼアッセイとしても公知であるＴａｑＭａｎアッセイを用いて、遺伝子型判定を行う。ＴａｑＭａｎアッセイは、ＰＣＲ中の特定の増幅産物の蓄積を検出するものである。ＴａｑＭａｎアッセイは、蛍光レポーター色素およびクエンチャー色素で標識されたオレゴヌクレオチドプローブを利用する。レポーター色素は、適切な波長での照射によって励起され、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）と呼ばれるプロセスによって同じプローブ内のクエンチャー色素にエネルギーを移動させる。プローブに取り付けたとき、励起したレポーター色素はシグナルを出さない。無損傷プローブ内でのクエンチャー色素のレポーター色素への近接により、そのレポーターについての低減された蛍光が維持される。レポーター色素およびクエンチャー色素は、それぞれ、５’最末端および３’最末端に存在する場合もあり、または３’最末端および５’最末端に存在する場合もある。あるいは、レポーター色素は、５’もしくは３’最末端に存在してよいが、クエンチャー色素を内部ヌクレオチドに取り付け、またはクエンチャー色素は、５’もしくは３’最末端に存在してよいが、レポーター色素を内部ヌクレオチドに取り付ける。さらにもう一つの実施形態では、レポーターとクエンチャーの両方を、レポーターの蛍光が減少されるようなお互いの距離で、内部ヌクレオチドに取り付けることができる。
【００７２】
ＰＣＲ中に、ＤＮＡポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性がプローブを切断し、それによってレポーター色素およびクエンチャー色素が分離し、結果としてレポーターの蛍光増加が生ずる。レポーター色素の蛍光の増加をモニターすることによって、ＰＣＲ産物の蓄積を直接検出する。ＤＮＡポリメラーゼは、ＰＣＲ中に増幅されるターゲットＳＮＰ含有テンプレートにプローブがハイブリダイズした場合のみ、レポーター色素とクエンチャー色素の間でプローブを切断し、およびこのプローブは、特定のＳＮＰ対立遺伝子が存在する場合にのみターゲットＳＮＰ部位にハイブリダイズするように設計される。
【００７３】
好ましいＴａｑＭａｎプライマーおよびプローブ配列は、本明細書に提供するＳＮＰおよび関連核酸配列情報を用いて、容易に決定することができる。Ｐｒｉｍｅｒ Ｅｘｐｒｅｓｓ（カリフォルニア州、フォスター・シティーのＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）などの多数のコンピュータプログラムを用いて、最適なプライマー／プローブセットを迅速に得ることができる。本発明の核酸を検出するためのそのようなプライマーおよびプローブが、狭窄および関連病状についての診断アッセイに有用であること、ならびにキット形式に容易に組み込むことができることは、当業者にはわかるであろう。本発明は、当該技術分野において周知のＴａｑｍａｎアッセイの変形、例えば、分子ビーコンプローブおよび他の様々な形式の使用も含む。
【００７４】
本発明の核酸のもう一つの遺伝子型判別方法は、ＯＬＡにおける２つのオレゴヌクレオチドプローブの使用である。この方法では、１つのプローブをターゲット核酸のセグメントにハイブリダイズして、その３’最末端をその核酸部位に合わせる。第二のプローブは、ターゲット核酸分子の、第一のプローブの３’にすぐ隣接するセグメントにハイブリダイズする。並置された２つのプローブは、ターゲット核酸分子にハイブリダイズし、第一プローブの最も３’側のヌクレオチドと核酸部位との間に完全な相補性があれば、リガーゼなどの連結剤の存在下でライゲートされる。ミスマッチがあれば、効率的なライゲーションは発生しない。反応後、ライゲートしたプローブをターゲット核酸分子から分離し、核酸配列の存在の指標として検出する。ユニバーサルアレイを使用して核酸検出を行い（この場合、ジップコード配列をハイブリダイゼーションプローブの１つに導入することができる）、結果として生じた産物、すなわち増幅産物、をユニバーサルジップコードアレイにハイブリダイズするために、ＯＬＡを用いることもできる。あるいは、ジップコードをＯＬＡプローブに導入し、増幅ＰＣＲ産物を電気泳動またはユニバーサルジップコードアレイ読み取りによって決定する、ＯＬＡを用いることができる。
【００７５】
あるいは、ＯＬＡを用い、その後ＰＣＲを用いる、多重ＳＮＰ検出のためのＳＮＰｌｅｘ法およびソフトウェアを用いることができ、この場合、ジップコードをＯＬＡプローブに組み込み、増幅ＰＣＲ産物をｚｉｐｃｈｕｔｅ試薬とハイブリダイズし、ＳＮＰの同一性をそのｚｉｐｃｈｕｔｅの電気泳動の読み取り値から決定する。一部の実施形態において、ＯＬＡをＰＣＲ（または別の核酸増幅法）の前に行う。他の実施形態では、ＰＣＲ（または別の核酸増幅法）をＯＬＡの前に行う。
【００７６】
もう一つの遺伝子型判定法は、質量分析に基づく。質量分析は、ＤＮＡの４つのヌクレオチドのそれぞれの固有質量を利用する。代替核酸対立遺伝子を有する核酸の質量の差を測定することによる質量分析によって、核酸の遺伝子型を明確に判定することができる。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ（Ｍａｔｒｉｘ Ａｓｓｉｓｔｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ Ｉｏｎｉｚａｉｏｎ −− Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ：マトリックス支援レーザー脱離イオン化−−飛行時間型）質量分析技術は、ＳＮＰなどについての、分子量の極めて正確な決定に好ましい。遺伝子型分析への非常に多数のアプローチが質量分析に基づいて開発されている。質量分析に基づく好ましい核酸遺伝子型判定法は、プライマー伸長アッセイであり、これは、従来のゲルに基づく形式およびマイクロアレイなどの、他のアプローチと併用することもできる。
【００７７】
一般に、プライマー伸長アッセイは、プライマーを設計し、ターゲット核酸位置から上流（５’）のテンプレートＰＣＲアンプリコンにアニールすることを含む。ジデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄｄＮＴＰ）および／またはデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）の混合物を、テンプレートを含有する反応混合物に添加する。例えば、一部の実施形態において、これは、ＰＣＲなどによって一般に増幅されたＳＮＰ含有核酸分子である。プライマーおよびＤＮＡポリメラーゼをさらに添加することができる。その混合物中のｄｄＮＴＰの１つに相補的なヌクレオチドが存在するそのテンプレート内の最初の位置で、プライマーの伸長は停止する。プライマーは、その核酸位置にすぐ隣接する（すなわち、プライマーの３’末端のヌクレオチドが、ターゲットＳＮＰ部位の隣のヌクレオチドにハイブリダイズする）場合もあり、またはその核酸位置から２ヌクレオチド以上隔たっている場合もある。プライマーが、ターゲット核酸位置から数ヌクレオチド隔たっている場合、唯一の制限は、プライマーの３’末端と核酸位置の間のテンプレート配列が、検出すべきものと同じタイプのヌクレオチドを含有できないことであり、そうでないと、これは、伸長プライマーの早期停止を生じさせるであろう。
【００７８】
あるいは、ｄＮＴＰを伴わない、４つすべてｄｄＮＴＰのみのものを反応混合物に添加すると、プライマーは、ターゲットＳＮＰ位置に対応する１つだけの核酸によって必ず伸長されることとなる。この場合、プライマーを、ＳＮＰ位置の１ヌクレオチド上流に結合する（すなわち、プライマーの３’末端のヌクレオチドが、ターゲットＳＮＰ部位の５’側のターゲットＳＮＰ部位にすぐ隣接するヌクレオチドにハイブリダイズする）ように設計する。１ヌクレオチドだけの伸長が望ましい。それによって伸長プライマーの全質量が最小になり、その結果、代替ＳＮＰヌクレオチド間の質量差の分解能が増すからである。さらに、プライマー伸長反応において未修飾ｄｄＮＴＰの代わりに質量タグ付きｄｄＮＴＰを用いることができる。これは、これらのｄｄＮＴＰで伸長されたプライマー間の質量差を増加させ、その結果、感度および精度上昇をもたらし、ならびにヘテロ接合塩基位置のタイプ分けに特に有用である。質量のタグ付けにより、集約的なサンプル調製手順の必要も軽減され、および質量分析計の必要分解能も減少される。
【００７９】
その後、伸長プライマーをＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって精製および分析して、ターゲットＳＮＰ位置に存在するヌクレオチドの同一性を決定することができる。１つの分析方法では、プライマー伸長反応からの産物を、マトリックスを構成する吸光結晶と併用する。その後、レーザーなどのエネルギー源をマトリクスにあてて核酸分子をイオン化し、気相に脱離させる。その後、それらのイオン化した分子は飛行管に放出され、その管を下って検出器に向かって加速する。レーザーパルスなどのイオン化事象と検出器での分子の衝突との間の時間が、その分子の飛行時間である。飛行時間は、イオン化された分子の質量対電荷比（ｍ／ｚ）と正確な相関関係がある。小さいｍ／ｚを有するイオンのほうが、大きいｍ／ｚを有するイオンより速くその管を移動し、従って、軽いイオンのほうが、重いイオンより前に検出器に到達する。その後、その飛行時間を、対応する、および非常に正確な、ｍ／ｚに変換する。このように、単一塩基位置に異なるヌクレオチドを有する核酸分子に固有の、質量のわずかな差、および対応する飛行時間の相違に基づいて、ＳＮＰを同定することができる。
【００８０】
核酸を直接ＤＮＡ塩基配列決定によって採点することもできる。質量分析による塩基配列決定をはじめとする、様々な自動塩基配列決定手順を用いることができる。本発明の核酸配列は、通常の当業者が、そのような自動塩基配列決定手順のための塩基配列決定用プライマーを容易に設計できるようにする。市販の機器装備、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ３７７、３１００、３７００、３７３０、および３７３０ｘ１ ＤＮＡ Ａｎａｌｙｚｅｒｓ（カリフォルニア州、フォスター・シティー）が、自動塩基配列決定のための分野において一般に用いられている。ＳｐｅｃｔｒｕＭｅｄｉｘシステムなどのハイスループット変異スクリーニングシステムを利用することによって、核酸配列を決定することもできる。
【００８１】
本発明の核酸の遺伝子型判定に用いることができる他の方法としては、一本鎖高次構造多形（ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔｒａｎｄ ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ：ＳＳＣＰ）、および変性濃度勾配ゲル電気泳動法（ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ ｇｒａｄｉｅｎｔ ｇｅｌ ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ：ＤＧＧＥ）が挙げられる。ＳＳＣＰは、一本鎖ＰＣＲ産物の電気泳動移動の変化によって塩基の相違を同定する。一本鎖ＰＣＲ産物は、二本鎖ＰＣＲ産物を加熱するまたは別様に変性させることによって生じさせることができる。一本鎖核酸は、二次構造をリフォールディングまたは形成することがあり、これは、その塩基配列に一部分依存する。一本鎖増幅産物の異なる電気泳動移動度は、核酸位置での塩基配列の相違に関係づけられる。ＤＧＧＥは、多型ＤＮＡに固有の異なる配列依存性安定性および融解特性、ならびに変性勾配ゲルにおける電気泳動移動パターンの対応する相違に基づいて、核酸対立遺伝子を区別する。
【００８２】
配列特異的リボザイムを使用して、リボザイム切断部位の発生または喪失に基づき核酸、特にＳＮＰ、を採点することもできる。ヌクレアーゼ切断消化アッセイによって、または融解温度の差によって、完全マッチ配列をミスマッチ配列と区別することができる。従って、例えば、ＳＮＰが制限酵素切断部位に影響を及ぼす場合、制限酵素消化パターンの変化、およびゲル電気泳動法によって決定される核酸フラグメント長の対応する変化によってそのＳＮＰを同定することができる。
【００８３】
遺伝子型判定は、例えば、ヒト被験者から生体サンプル（例えば、組織、細胞、流体、分泌物などのサンプル）を採取する段階、そのサンプルの細胞から核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたは両方）を単離する段階、その核酸と、興味のあるターゲット核酸領域を含有する単離された核酸の領域に、そのターゲット核酸領域のハイブリダイゼーションおよび増幅が発生するような条件下で、特異的にハイブリダイズする１つまたは複数のプライマーとを接触させる段階、ならびに興味のある核酸位置に存在するヌクレオチドを決定する段階、または一部のアッセイでは、増幅産物の存在または非存在を検出する段階（特定の核酸配列対立遺伝子が存在するまたは非存在である場合にのみ、ハイブリダイゼーションおよび／または増幅が発生するようにアッセイを設計することができる）を含む場合がある。一部のアッセイでは、増幅産物のサイズを検出し、対照サンプルの長さと比較する；例えば、正常遺伝子型と比較した増幅産物のサイズの変化によって欠失および挿入を検出することができる。
【００８４】
さらに、その後、見つかった核酸、または特にＳＮＰの核酸を、免疫応答を誘導するために抗原も摂取した他の個体の核酸と比較することができる。２つ以上の配列の同一性を比較する方法は、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ ｖｅｒｓｉｏｎ ９．１（米国、ウィスコンシン州、マディソンのＧｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ）において入手できるプログラムをはじめとする任意の妥当な手段によって行うことができる。ＢＥＳＴＦＩＴなどの他のプログラムは、スミスおよびウォーターマンの「局所的相同性」アルゴリズムを見つけるために用いることができ、および二配列間の類似性の最高の単一領域を見つける。さらに、「最大類似性」を見つけて２つの配列をアラインする、ＧＡＰなどのプログラムを用いることができる。好ましくは、比較する２つの配列を最適にアラインして同一性および類似性％を決定する。配列間の同一性および／または類似性を決定するための他のプログラム、例えば、米国、メリーランド州、ベセズダの米国国立生物工学情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ：ＮＣＢ）から入手できるプログラムのＢＬＡＳＴファミリー、およびＷｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅの一部として入手できるＦＡＳＴＡも当該技術分野において公知である。
【００８５】
個体内に存在する核酸の存在または非存在またはパターンを決定すると、その免疫応答評点を核酸結果と関係づけることができる。その後、従事者は、１つまたは複数の核酸、好ましくはＳＮＰ、が、免疫寛容が改変されて抗原に対して応答する個体と関係づけられるのか、または応答しない個体と関係づけられるのかを決定することができる。
【００８６】
免疫寛容の誘導のメカニズムは、疾患および障害が異なれば変わるだろうと考えられる。例えば、全身性エリテマトーデスの誘導に関与するＳＮＰは、自己免疫脳症などの他の疾患に関与するＳＮＰとは異なるだろう。従って、従事者は、従事者が免疫寛容の誘導を望むそれぞれの疾患および障害について、図１のプロセスを反復することができる。
【００８７】
個体の遺伝子型判定に基づく治療の決定
図１の方法は、それにより、従事者が、どのような核酸配列（ＳＮＰを含む）が免疫寛容の誘導に関与し得るかを決定できるので、特に有益である。さらに重要なことに、図１の方法を完了すると、図２において概説するように、従事者は、新たな個体を興味のある核酸配列またはＳＮＰについて簡単に検査することができる。
【００８８】
先ず、従事者は、患者を疾患または障害を有するとおりにカテゴリー分けまたは診断する（２０１）。このカテゴリー分けまたは診断は、現在または過去の症状、病歴、家族歴、検査、例えばアッセイまたは医学的スキャン、およびこれらに類するものに基づくだろう。
【００８９】
従事者は、患者を診断したら、その患者から生体サンプルを採取する（２０２）。このサンプルは、全血、血漿、尿、涙、精液、唾液、頬粘膜、間質液、リンパ液、髄膜液、羊水、腺液、痰、糞便、汗、粘液、膣分泌物、脳脊髄液、毛髪、皮膚、排泄物、創傷滲出物、創傷ホモジネート、および創傷液をはじめとする（しかし、これらに限定されない）、従事者および患者にとって適便な任意の形態のものであってよい。
【００９０】
その後、その個体の核酸をそのサンプルから単離する（２０３）。単離は、従事者にとって適便な任意の手段によって行うことができる。例えば、単離は、先ず、洗剤、酵素的消化または物理的破壊を用いて細胞を溶解するによって、行うことができる。その後、例えば、酵素的消化、有機溶媒抽出、またはクロマトグラフ法の使用により、汚染物質を核酸から除去する。アルコールでの沈殿、遠心分離および／または透析をはじめとする任意の手段によって、個体の核酸を精製および／または濃縮することができる。
【００９１】
その後、その個体の核酸を、興味のある１つまたは複数の所定の核酸の存在または非存在についてアッセイする（２０４）。興味のある１つまたは複数の所定の核酸は、従事者が、いずれかの疾患または障害に対する免疫寛容に関係づけることができると考える、いずれの核酸であってもよい。適切な疾患または障害の典型的な例を表１に列挙する。
【００９２】
興味のある１つまたは複数の所定の核酸が存在するか、非存在であるかの判定を、任意の手段によって行うことができる（２０５）。
【００９３】
一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、６６，６０３，７９１と６６，６０３，９９１ｂｐｓの間の染色体１２の近位末端から約５５．５Ｍｂｐに位置する、染色体１２上のおおよそ５０ＫＢの非遺伝子領域であり、この場合、興味のある核酸は、
【００９４】
【化１】
のいずれかである。
【００９５】
【化２】
は、多型性部位である。従って、ＡＡは、ＡＡホモ接合を表し、その一方で、ＡＢは、Ａ／Ｇヘテロ接合を表し、およびＢＢは、ＧＧ遺伝子型を表し、Ａ→Ｇは、多型部位を表す。
【００９６】
あるいは、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７の５’側のおおよそ２６５１４３ｂｐの部分を含む場合がある。あるいは、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ−１５１５７３７の３’側のおおよそ２３１５１３ｂｐの部分を含む場合がある。あるいは、興味のある所定の核酸は、配列番号３または４のすべての部分を含む。
【００９７】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、マーカーＤ１２Ｓ１５０３の近位内の、染色体１２上の６６５０７１５５−６６５０７４６４の間に位置する。
【００９８】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１６７６の近位内に位置し、すなわち、興味のある所定の核酸の一部またはすべてが、染色体１２上の６６４９９２９８−６６４９９４２３の間に位置する。
【００９９】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ３３５の近位内に位置し、すなわち興味のある所定の核酸の一部またはすべてが、染色体１２上の６６４１５８０２−６６４１６０５６の間に位置する。
【０１００】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１０２の近位内に位置し、すなわち興味のある所定の核酸の一部またはすべてが、染色体１２上の６６７８１０４６−６６７８１２９８の間に位置する。
【０１０１】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１５０６の近位内に位置し、すなわち興味のある所定の核酸の一部またはすべてが、染色体１２上の６６７８５３８０−６６７８５６１４の間に位置する。
【０１０２】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５０８４９８（ＴＳＣ５１９７７）であり、ＣまたはＴが多型である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１２６４５（ＴＳＣ１７２０８６０）であり、ＣまたはＴが多型である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１２７１９（ＴＳＣ１７２０８６１）であり、ＣまたはＴが多型である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１５３３０（ＴＳＣ１２４４７３３）であり、ＣまたはＴが多型である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１８８２９（ＴＳＣ５１５８３）であり、ＡまたはＧが多型である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１８８７８（ＴＳＣ５１５８４）であり、ＣまたはＧが多型である。さらに、一つの特定の実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１５７３７の３０ｋｂｐ内に位置する。これらの他のマーカーおよび転写物も、寛容、特に経口寛容、を誘導させる患者の能力を判定するために用いることができる。
【０１０３】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１５０３（配列番号５）である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１６７６（配列番号６）である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ３３５（配列番号７）である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１０２（配列番号８）である。
【０１０４】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５０８４９８であり、ＣまたはＴが多型である。（配列番号９および１０）。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１２６４５であり、ＣまたはＴが多型である。（配列番号１１または１２）。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１２７１９であり、ＣまたはＴが多型である。（配列番号１３または１４）。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１５３３０であり、ＣまたはＴが多型である。（配列番号１５または１６）。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１８８２９であり、ＡまたはＧが多型である。（配列番号１７または１８）。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１８８７８であり、ＣまたはＧが多型である。（配列番号１９または２０）。興味のある所定の核酸は、ヒト染色体１２上の６３．３ｍｂｐと６９．４ｍｂｐの間の任意のマーカーまたは遺伝子である場合もある。例えば、図１５参照。
【０１０５】
一つの実施形態において、従事者は、核酸の特定のバリアントの存在または非存在の視覚的確認を用いる。
【０１０６】
もう一つの実施形態において、前記方法は、興味のある１つまたは複数の所定の核酸の存在および／または非存在を判定するための１つまたは複数のアルゴリズムをコンピュータベースのシステムに備えさせ、存在する場合には、個体の核酸中に存在する興味のある１つまたは複数の所定の核酸の量を定量する。
【０１０７】
一つの好ましい実施形態において、興味のある所定の核酸は、１つまたは複数のＳＮＰである。さらに、前記コンピュータベースのシステムは、観察されたＳＮＰ対立遺伝子、代替コドン、集団、対立遺伝子頻度、ＳＮＰタイプ、および／または影響を受けたタンパク質ならびにこれらに類するものについての情報を含む場合がある。
【０１０８】
前記コンピュータベースのシステムは、本発明の任意の情報を分析するために使用することができる次のもののうちの少なくとも１つを含む：ハードウェア手段、ソフトウェア手段、およびデータ記憶手段。本発明のコンピュータベースのシステムの最小のハードウェア手段は、一般に、中央演算処理装置（ｃｅｎｔｒａｌ ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ｕｎｉｔ：ＣＰＵ）、インプット手段、アウトプット手段、およびデータ記憶手段を含む。現在利用できるコンピュータベースのシステムのいずれのものも本発明での使用に適することは、当業者には容易に理解されるはずである。そのようなシステムを、一切実験せずに、ＣＤ−Ｒに備えられた情報またはそのサブセットを利用することにより本発明のシステムに変えることができる。
【０１０９】
上で述べたように、本発明のコンピュータベースのシステムは、情報が記憶されたデータ記憶手段と、検索手段を支援および実装するために必要なハードウェア手段およびソフトウェア手段とを含む。前記コンピュータベースのシステムの検索手段は、データ記憶手段の中に記憶された核酸情報に基づいて、ターゲット配列中のＳＮＰを含めて、核酸配列を同定または分析するためにそのコンピュータベースのシステムに実装される１つまたは複数のソフトウェアプログラムまたはアルゴリズムを含む。核酸配列の存在もしくは非存在、および／またはどのヌクレオチドが核酸配列の特定のＳＮＰ位置に存在するのかを判定するために、検索手段を用いることができる。
【０１１０】
この実施形態の一つの応用例では、従事者は、コンピュータベースのシステムに、コンピュータ可読媒体上の興味のある核酸に関する情報を備えさせることができる。コンピュータ可読媒体は、磁気記憶媒体、例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスク記憶媒体、および磁気テープ；光学記憶媒体、例えば、ＣＤ−ＲＯＭ；電気的記憶媒体、例えば、ＲＡＭおよびＲＯＭ；ならびにこれらのカテゴリーのハイブリッド、例えば、磁気／光学記憶媒体をはじめとする（しかし、これらに限定されない）、コンピュータによって直接読むことおよびアクセスすることができる任意の媒体である。
【０１１１】
本発明のヌクレオチドまたはアミノ酸配列を記録したコンピュータ可読媒体を作るために、当業者は、様々なデータ記憶構造を利用することができる。データ記憶構造の選択は、一般に、記憶される情報にアクセスするために選択される手段に基づく。加えて、本発明の核酸配列情報をコンピュータ可読媒体に記憶するために、様々なデータプロセッサープログラムおよび形式を用いることができる。例えば、配列情報を、市販のソフトウェア、例えばＷｏｒｄＰｅｒｆｅｃｔおよびＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｗｏｒｄ、でフォーマットした、ワード・プロセッシング・テキスト・ファイルで表現することができ、ＡＳＣＩＩファイルの形式で表現することができ、またはデータベースアプリケーション、例えばＯＢ２、Ｓｙｂａｓｅ、Ｏｒａｃｌｅまたはこれらに類するもの、に記憶することができる。当業者は、本発明の核酸配列情報を記録したコンピュータ可読媒体を得るために、任意の数のデータプロセッサー構成フォーマット（例えば、テキストファイルまたはデータベース）を容易に適応させることができる。
【０１１２】
本発明の、ＳＮＰを含めて、核酸配列をコンピュータ可読形式で提供することにより、従者は、様々な目的のための核酸配列情報に常例的にアクセスすることができる。当業者がコンピュータ可読媒体において提供される配列情報にアクセスすることができるようにするコンピュータソフトウェアは、一般入手可能である。一般入手可能なコンピュータソフトウェアの例としては、ＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＺＥ検索アルゴリズムが挙げられる。
【０１１３】
本発明は、本明細書に記載する核酸配列情報を含有するシステム、特に、コンピュータベースのシステムをさらに提供する。そのようなシステムを、例えば多数のＳＮＰ位置に関する情報、または多数の個体からの、ＳＮＰ遺伝子型を含めて、遺伝子型に関する情報を記憶および／または分析するように設計することができる。本発明の核酸配列情報は、利用可能な情報源の代表である。コンピュータベースのシステムで記憶／分析される本発明の核酸配列情報は、集団内の核酸対立遺伝子頻度の判定もしくは分析、疾病遺伝子のマッピング、遺伝子型−表現型関連性研究、ＳＮＰのハプロタイプへのグループ分け、ＳＮＰハプロタイプと特定の薬物への応答との相関関係の証明のようなコンピュータ集約型用途に、または様々な他の生命情報科学的、薬理ゲノム科学的、薬物開発、もしくは人物の同定／法医学的用途に用いることができる。
【０１１４】
その後、興味のある１つまたは複数の所定の核酸の存在および／または非存在に基づいてその個体のための治療を処方する（２０６）。治療は、誘導することができる免疫寛容を誘導する尤度の決定、そのような場合には抗原のタイプ、用量、投与方法、治療レジメント、およびこれらに類するものをはじめとする、従事者の手段のうちのいずれのものも含むことができる。
【０１１５】
本発明者らは、非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）が免疫寛容の発生に干渉する場合があることも発見した。従って、一つの代替実施形態において、従事者は、治療を望む個体にＮＳＡＩＤＳの使用を停止してもらうこと、または例えばミソプロストールなどの免疫寛容のＮＳＡＩＤ阻害を逆行させる医薬を投与することによって、免疫寛容の生成を調節することができる。
【０１１６】
さらに、一つの好ましい実施形態において、本発明の方法は、特発性肺線維症（「ＩＰＦ」）を治療するために用いることができる。ＩＰＦは、正常肺組織が線維化組織によって徐々に置き換えられる、または異常な過剰量の線維化組織が肺間質内に沈着する、致死的、慢性、進行性、間質性肺疾患である。これは、肺の瘢痕化として説明することができる。ＩＰＦ患者の約６０％は、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応を有する。特定のメカニズムまたは理論に拘束されることを望まないが、そのような患者の免疫系が肺のＶ型コラーゲンを攻撃し、それによって線維症を引き起こすと考えられる。
【０１１７】
肺のＶ型コラーゲンを攻撃する免疫応答を停止または減少させることができると、Ｖ型コラーゲンに対する自己免疫反応を有するＩＰＦ患者にとって有益であろう。本発明の方法を用いてＶ型コラーゲンに対する免疫寛容を誘導することにより、この免疫応答を停止または減少させることができるだろう。本発明の方法に従ってコラーゲン、好ましくはＶ型コラーゲン抗原、を反復投与することによって、寛容を誘導することができるだろう。
【０１１８】
コラーゲンまたはコラーゲン抗原、好ましくはＶ型コラーゲンまたはその抗原、の投与は、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応を有するＩＰＦ患者の治療に最も有効であろう。従って、そのような患者を同定するための検査が望ましい。
【０１１９】
本発明の方法を用いて、関連性研究を行って、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応を有するＩＰＦ患者が、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応を有さないＩＰＦ患者において見つけられないＳＮＰ−−またはＳＮＰに何らかの様式で関連している他の核酸配列−−を１つまたは複数有するかどうかを判定することができる。その後、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応に関係づけられる１つまたは複数のＳＮＰまたは関連核酸配列の存在を用いて、コラーゲンまたはコラーゲン抗原、好ましくはＶ型コラーゲンまたはその抗原、の投与の恩恵を受ける可能性が最も高い患者を同定することができる。Ｖ型コラーゲンに対する自己免疫反応は、肺移植に対する拒絶反応の一因になることも考えられる。従って、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応と関係づけられることが判明したＳＮＰ（単数もしくは複数）および／または関連核酸配列を用いて、肺または他の移植をうまく受けられる患者の傾向を評価することもできる。
【０１２０】
免疫寛容を誘導するかどうかを判定するための個体遺伝子型の使用
従事者は、本発明を用いて、個体のための治療のレジメントを決定することもできる。すなわち、個体特異的情報に基づいて、本発明は、治療レジメント、例えば、免疫寛容を誘導するかどうか、抗原のタイプ、用量、投与方法、治療のレジメント、およびこれらに類するものを従事者に推奨することができる。治療レジメントの推奨は、個体が有する疾患または障害に依存するものであるばかりでなく、個体の特徴に依存するものである場合がある。
【０１２１】
この実施形態、図３にある方法、では、先ず、個体の特徴を１つまたは複数のデータベースに入れる（３０１）。１人以上の従事者での総合診察、個体が記入した質問票、電子データベース、診断用または専門調査会測定ツール、クライアント概要レポート、および転帰測定レポートの使用をはじめとする任意の手段によって、個体の特徴の情報を受け取ることができる。さらに、ネットワーク、口頭での伝達、視覚的伝達、書面での伝達、物理的データ記憶媒体、および／またはデータを伝えることができる任意の他の手段のうちの１つまたは複数によって、個体の特徴の情報を受け取ることができる。
【０１２２】
個体の特徴としては、年齢、性別、身長、体重、個体の病歴、家族の病歴、民族、アレルギー情報、生活様式情報、およびこれらに類するものを挙げることができるが、それらに限定されない。
【０１２３】
その後、個体の核酸を採取して分析する（３０２）。個体の核酸の採取方法は、本明細書の中で述べるものをはじめとする、従事者によって考えられるいずれの方法であってもよい。
【０１２４】
その後、興味にある１つまたは複数の所定の核酸の存在または非存在を判定する（３０３）。この場合は、どの核酸を検査するか、すなわち興味にある所定の核酸、の決定は、従事者が個々に決定することができる。あるいは、その決定は、個体の現在の疾患もしくは診断とまたは従事者が現在の疾患もしくは診断であると考えるものとその疾患または診断に関係づけられる興味のある核酸との関係を反映する情報を含むデータベースにアクセスすることを含む。
【０１２５】
一部の実施形態において、本発明の１つまたは複数のデータベースは、従事者の居場所に局在する。他の実施形態において、前記１つまたは複数のデータベースは、遠隔、動的データベースである。一般に、動的データベースは、中のデータを容易に変更またはアップデートできるものである。例えば、ソフトウェアシステムを使用して、ネットワーク経由で動的データベースからの情報にアクセスすること、およびそのデータベースから情報をソフトウェアシステムにアップロードすることができる。データベースに記憶されている情報が変わると、そのデータベースに接続しているソフトウェアシステムも、人的介入なしに、相応じて自動的に変わるであろう。前記ソフトウェアシステムは、限定されないが、イベントドリブン方式で、分単位で、１時間ごとに、毎日または週１回を含めて、随時、前記動的データベース内の個体の情報をアップデートすることができる。
【０１２６】
段階（３０３）の結果、すなわち興味のある１つまたは複数の所定の核酸の存在または非存在、に基づいて、個体の治療を決定することができる。一つの実施形態において、従事者は、医療分野における彼のノウハウに基づいて治療レジメントを決定する。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のデータベースに記憶されたソフトウェアシステムが治療レジメントを推奨する。推奨される治療レジメントとしては、免疫寛容を誘導するかどうか、抗原の型、用量、投与方法、治療のレジメント、市販薬または処方薬、生活様式変化、およびこれらに類するものが挙げられるが、それらに限定されない。
【０１２７】
治療レジメントの推奨は、個体が有する疾患または障害に依存するものであるばかりでなく、個体の特徴に依存するものでもある場合がある。従って、１つまたは複数のデータベースに、個体についてのより多くの情報、治療すべき疾患または障害、治療の転帰、および他の互換性のある情報をソフトウェアによってインプットできるようにすることができる。多数の個体についての情報を共にプールすることができると考えられ、従って、１つまたは複数のパラメータについてのデータの量が増すにつれて、ソフトウェアシステム内のアルゴリズムは、どのような治療／手順が個体の基準セットに最もよく適するかを計算する点で、より強くおよびより正確になる。さらに、前記データベースは、「ベストプラクティス」、すなわち、医療専門家の一団によって最適と判断された特定の治療プロトコル、のウェアハウスをさらに含む場合がある。
【０１２８】
これらの実施形態によって、従事者は、個体の治療をより良く調整することができ、ならびに不必要な費用および不必要な治療の時間を回避することができる。
【０１２９】
免疫寛容に関係づけられる核酸の決定
どの核酸が興味のある所定の核酸であるかの決定は、図４の方法によって決定することができる。先ず、疾患または障害を有する多数の個体に関する情報を収集し、１つまたは複数のデータベースに保管する（４０１）。この情報は、少なくとも、個体の疾患または障害、抗原投与後に免疫寛容を発現する個体の能力、および個体の核酸情報を含む。好ましくは、前記核酸情報は、１つまたは複数のＳＮＰの存在または非存在である。
【０１３０】
１つまたは複数のＳＮＰの存在または非存在と免疫寛容を発現する個体の能力を比較して、特定の疾患または障害状態でのその核酸の存在増加（または減少）を判定する（４０２）。ＳＮＰと免疫寛容を発現する能力の比較は、数学的アルゴリズムを用いることによって遂行することができる。
【０１３１】
統計的に有意な関連性が、１つまたは複数のＳＮＰと免疫寛容を誘導する能力の間に確立されたら、そのＳＮＰの周辺の領域を場合によっては徹底的にスクリーニングして、免疫寛容を誘導する能力に影響を及ぼす原因遺伝子座／配列（単数または複数）（例えば、原因ＳＮＰ／変異、遺伝子、調節、領域など）を同定することができる。
【０１３２】
加えて、ＳＮＰと特定の疾患または障害についての関連性研究を行って、興味のある疾患または疾病を有する個体からの生体サンプルにおけるＳＮＰ対立遺伝子の存在または頻度を決定することができ、ならびにその情報を、好ましくは同様の年齢および人種である対照（すなわち、その障害を有さない個体；対照を「健常」または「正常」個体と呼ぶこともある）の情報と比較することができる。前記患者および対照は、身体的特徴ができる限り似通っているほうがよく、十分に特性付けされている個体のプールが極めて望ましい。さらに、関連性研究は、一般集団内で行うこともでき、罹患家族内の関連個体に対して行う研究（連鎖研究）に限定されない。
【０１３３】
その後、１つまたは複数のＳＮＰに関する情報を、免疫寛容を誘導する能力を有する個体におけるその存在または非存在に関する情報と共に、１つまたは複数のデータベースに記憶させる（４０３）。
【０１３４】
その後、疾患または障害についての治療を望む個体の核酸を採取し、分析して、その個体が、免疫寛容を誘導する他の個体の能力と統計学的に有意に関係づけられる１つまたは複数のＳＮＰを有するかどうかを見出す（４０４）。その後、医療従事者は、独力で、または１つまたは複数のデータベースを含むソフトウェアの支援によって、どのような医療レジメントが実行可能であるのか、およびそれらの治療のパラメータを決定することができる。
【０１３５】
免疫寛容になりやすい個体における改変されたポリペプチド提示の判定
もう一つの実施形態では、先ず、図５に示すような少なくとも１つのポリペプチドについてスクリーニングする工程を含む方法を用いて、免疫寛容を発現しやすい個体に存在するまたは非存在であるポリペプチドを決定する。この方法では、先ず、医療従事者が経口抗原を患者に投与して、免疫寛容を誘導する（５０１）。
【０１３６】
本発明での使用に適する抗原としては、前に論じたものが挙げられ、ならびに自己免疫疾患、臨床的（アレルギー性）過敏症、および同種移植拒絶の誘導に関係づけられるもしくは該誘導の原因となる任意のもの、ならびにそれらからのサブユニットもしくは抽出物；または組換え生産された全タンパク質、それらのサブユニットもしくはフラグメント；またはそれらの任意の組み合わせを挙げることができる。さらに、前記抗原としては、関連疾患を治療するための、表１の抗原のすべてを挙げることができるが、それらに限定されない。個体に投与する前に、前記抗原を他の成分、例えば、医薬的に許容される賦形剤および／または担体、とさらに併せることができる。
【０１３７】
個々の用量のサイズ、用量の数、用量投与の頻度、および投与方式は、様々であり得、当業者がそれを決定できる。抗原の適する用量は、前に論じたものである。さらに、投与方式としては、エーロゾル投与経路、皮下経路、直腸内経路、皮内経路、静脈内経路、鼻経路、経口経路、経皮経路および筋肉内経路を挙げることができるが、これらに限定されない。
【０１３８】
個体の免疫応答の判定に使用するために個体から生体サンプルを採取し（５０２）、それによって、抗原に対する個体の免疫系応答を、それらの応答に基づいて採点する（５０３）。
【０１３９】
個体の免疫応答を判定する方法としては、酵素標識免疫定量法（ＥＬＩＳＡ）、ＥＬＩＳＡ／ＡＣＴ（登録商標）リンパ球応答アッセイ（ＬＲＡ）、抗体生産のインビトロ測定、混合白血球反応、細胞傷害性Ｔリンパ球アッセイ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、限界希釈アッセイ、質量分析法、免疫沈降法、免疫蛍光法、ＥＬＩＳＰＯＴ、トランスビボＤＴＨアッセイ、四量体アッセイ、ＣＦＳＥアッセイ、ＴＣＲレパートリーの特性付け、ポリクローナル、非抗原特異的刺激に対するＴ細胞応答の測定、ＰＣＲ、ＬＣＲ、ハイブリダイゼーション技術およびプロテオミクスを含む核酸の存在の検出の使用を含む（しかし、これらに限定されない）、前に論じた任意の方法を挙げることができる。加えて、一つの特定の実施形態では、抗原の摂取前、中および／または後の、ＩＬ−１７、ＩＬ−２またはＩＦＮ−γ生産をはじめとする、サイトカイン生産のそれぞれのレベルおよび／または変化に基づいて、患者を採点する。さらに、Ｔｒ１細胞などのＴ調節細胞またはＣＤ４＋、ＣＤ２５＋、ＦｏｘＰ３＋細胞のレベルを用いて、患者応答を採点することができる。あるいは、他のサイトカインを測定して、個体の評点を決定することができる。例えば、α１（Ｉ）およびα２（Ｉ）刺激ＰＢＭＣ培養上清中のＩＬ−１０、ＩＬ−４、ＩＬ−５またはＴＧＦ−β１、２もしくは３、ならびに／あるいはｓＩＬ−２Ｒのレベルを用いて、患者を採点することができる。
【０１４０】
採点方法は、従事者に依存し、および抗原に対するそれらの免疫応答に基づいて患者を分ける任意の方法を含む。免疫系応答に基づいて患者を採点するために、従事者は、抗原の摂取の前、中および／または後の免疫応答を測定して比較することができる。いつ免疫応答を測定するのか、およびどのような方法を用いるのかの決定は、従事者の要求に基づく。さらに、従事者は、患者の免疫応答の採点を助長するために、個体の他の生理的要因、例えば、他のサイトカイン、酸化ラジカル、結合組織成長因子、酸化窒素、患者の身長、体重、食事、および環境問題をさらに考慮することができると考えられる。
【０１４１】
個体を抗原応答に基づいて採点したら、従事者は、個体のポリペプチドを分析して、個体が１つまたは複数のポリペプチドまたは変異ポリペプチドを有するかどうかを判定する（５０４）。
【０１４２】
従事者は、興味のある特定の公知ポリペプチドを検査してまたはサンプル中に存在するタンパク質の一部またはすべてを検査して、特異なもしくは独特なポリペプチドまたはポリペプチドパターンの存在または非存在を捜し、そのポリペプチドの存在／非存在と個体の免疫応答評点とを関連づけることができる。
【０１４３】
当業者に公知の様々な方法によって、ポリペプチドを検出することができる。ポリペプチド検出前に、硫酸アンモニウムなどの物質での選択的沈殿、冷エタノール沈殿、限界濾過、カラムクロマトグラフィー、免疫精製法、およびこれらに類するものをはじめとする（しかし、これらに限定されない）標準的な技術によって、個体の生体サンプル中のポリペプチドを実質の純度に精製することができる。
【０１４４】
サンドイッチアッセイおよび競合または置換アッセイをはじめとする（しかし、これらに限定されない）、従事者にとって適便な任意の方法を使用することによって、ポリペプチドを検出することができる。一般に、サンドイッチまたは競合／置換アッセイは、分析物（この場合はサンプル中の１つまたは複数のポリペプチド）に特異的に結合するおよび多くの場合、該分析物を固定する「捕捉剤」を含む。捕捉剤は、分析物に特異的に結合する部分である。
【０１４５】
ポリペプチドの存在または非存在は、電気化学的手段または標識の使用をはじめとする、従事者にとって適便な任意の手段によって判定することができる。標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電気的、光学的または化学的手段によって検出可能な任意の組成物である。本発明において有用な標識としては、磁気ビーズ、蛍光色素（例えば、フルオレセインイソチオシアネート、テキサスレッド、ローダミン、およびこれらに類するもの）、放射性標識（例えば、３Ｈ、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３２Ｐ）、酵素（例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、およびＥＬＩＳＡにおいて一般に使用されている他の酵素）、ならびに比色標識、例えば、コロイド金または着色ガラスもしくはプラスチック（例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックスなど）ビーズが挙げられる。当該技術分野において周知の方法によるアッセイの所望の成分に前記標識を直接または間接的にカップリングさせることができる。抗体は、当業者に周知のおよび上で説明したような多数の手段のいずれかによって生産することができる。さらに、標識は、捕捉剤／分析物複合体に結合するまたは捕捉剤／分析物複合体についてはっきりと識別できる部分に二次的に結合する第三の部分上に存在する場合がある。
【０１４６】
前記ポリペプチドを検出および／または定量するために用いることができる他の技術としては、ウエスタンブロット（免疫ブロット）分析、リポソームイムノアッセイ（ｌｉｐｏｓｏｍｅ ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ：ＬＩＡ）、プロテオミクス、例えば、タンパク質マイクロアレイまたは質量分析法が挙げられる。
【０１４７】
個体のサンプル中で見つけられる興味のあるポリペプチドのアミノ酸配列を決定し、免疫寛容を誘導する他の個体の能力と統計学的に有意に関係づけられるポリペプチドアミノ酸配列を有する１つまたは複数のデータベースと比較する（４０４）。医療従事者は、独力で、または１つまたは複数のデータベースを含むソフトウェアシステムの支援によって、どのような医療レジメントが実行可能であるのか、およびそれらの治療のパラメータを決定することができる。
【０１４８】
本明細書に記載する実施形態のいずれにおいても、疾患または障害を人種、民族、または性別に関連づけることができることは理解される。例えば、ある研究により、診断された自己免疫疾患の７８％を女性が構成することが判明した。さらに、全身性硬化症は、性および人種特異的罹患率を有し、この場合、女性のほうが、男性より障害を有する可能性が高く、アフリカ系アメリカ人のほうが、白人より障害を有する可能性が高い。従って、興味のある核酸の存在または非存在を、ホルモン、Ｘ染色体に、または酵素、受容体に、または性およびまたは人種間で異なるレベルを有する他の化合物に結びづけることができる。
【０１４９】
ＳＮＰ検出キットおよびシステム
本明細書に開示するＳＮＰおよび関連配列情報に基づいて、検出試薬を開発し、個々に使用して、または併用して、本発明の任意のＳＮＰをアッセイするために使用することができ、ならびに当該技術分野において周知である確立されたキットまたはシステム形式の１つにそのような検出試薬を容易に組み込むことができる。ＳＮＰ検出試薬の文脈で用いるキットは、多数のＳＮＰ検出試薬の組み合わせのような物を指す、または１つまたは複数の他のタイプの要素または成分（例えば、他のタイプの生化学的試薬、容器、パッケージ、例えば商業販売向けの包装、ＳＮＰ検出試薬が付いている物質、電子機器部品など）との組み合わせでの１つまたは複数のＳＮＰ検出試薬を指すと解釈する。従って、本発明は、包装されたプローブとプライマーのセット（例えば、ＴａｑＭａｎプローブ／プライマーセット）、核酸分子のアレイ／マイクロアレイ、および本発明の１つまたは複数のＳＮＰを検出するための１つまたは複数のプローブ、プライマーまたは他の検出試薬を含有するビーズをはじめとする（しかし、これらに限定されない）、ＳＮＰ検出キットおよびシステムをさらに提供する。前記キット／システムは、様々な電子機器部品を場合によっては含むことがあり；例えば、様々な製造業者によって供給されているアレイ（「ＤＮＡチップ」）およびマイクロ流体システム（「ラブ・オン・チップ（ｌａｂ−ｏｎ−ａ−ｃｈｉｐ）」システム）は、一般に機器部品を含む。
【０１５０】
他のキット／システム（例えば、プローブ／プライマーセット）は、電子機器部品を含まない場合があり、例えば、（場合によっては他の生化学的試薬と共に）１つまたは複数の容器内に包装された１つまたは複数のＳＮＰ検出試薬から成る場合がある。
【０１５１】
一部の実施形態において、ＳＮＰ検出キットは、ＳＮＰ含有核酸分子の増幅および／または検出などの、アッセイまたは反応を行うために必要な１つまたは複数の検出試薬および他の成分（例えば、緩衝液、酵素、例えばＤＮＡポリメラーゼまたはリガーゼ、連鎖伸長ヌクレオチド、例えばデオキシヌクレオチド三リン酸、およびＳａｎｇｅｒ型ＤＮＡ塩基配列決定反応の場合には、連鎖停止ヌクレオチド、陽性対照配列、陰性対照配列、およびこれらに類するもの）を一般に含有する。キットは、ターゲット核酸の量を決定するための手段、およびその量を標準と比較するための手段をさらに含む場合があり、ならびに興味のあるＳＮＰ含有核酸分子を検出するためにそのキットを使用するための指示書を含む場合がある。本発明の一つの実施形態では、本明細書において開示する１つまたは複数のＳＮＰを検出するために１つまたは複数のアッセイを行うための必要試薬を含むキットを提供する。本発明の好ましい実施形態において、ＳＮＰ検出キット／システムは、核酸アレイの形態であり、またはマイクロ流体／ラブ・オン・チップシステムをはじめとするコンパートメントキット（ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔａｌｉｚｅｄ ｋｉｔ）の形態である。
【０１５２】
ＳＮＰ検出キット／システムは、例えば、核酸分子のそれぞれのターゲットＳＮＰ位置にまたは付近にハイブリダイズする１つまたは複数のプローブ、またはプローブのペアを含む場合がある。対立遺伝子特異的プローブの多数のペアをこのキット／システムに含めて、多数のＳＮＰ（これらのうちの少なくとも１つは、本発明のＳＮＰである）を同時にアッセイすることができる。一部のキット／システムの場合、対立遺伝子特異的プローブを基材、例えばアレイまたはビーズ、に固定する。例えば、同じ基材が、表１および／または表２に示すＳＮＰの少なくとも１つ、１０、１００、１０００、１０，０００、１００，０００（またはこの間の任意の他の数）または実質的にすべてを検出するための対立遺伝子特異的プローブを含む場合がある。
【０１５３】
用語「アレイ」、「マイクロアレイ」および「ＤＮＡチップ」は、基材、例えばガラス、プラスチック、紙、ナイロンもしくは他のタイプの膜、フィルター、チップ、または他の任意の固体支持体に付けられた異なるポリヌクレオチドのアレイを指すために、本明細書では同義で用いる。ポリヌクレオチドをその基材上で直接合成することができ、または基材から離れて合成し、その後、その基材に付けることができる。マイクロアレイは、固体支持体に固定された多数の特有の一本鎖ポリヌクレオチド、通常はｃＤＮＡの合成アンチセンスポリヌクレオチドまたはフラグメント、から成り得る。
【０１５４】
ポリヌクレオチドアレイに基づくハイブリダイゼーションアッセイは、完全マッチおよびミスマッチターゲット配列バリアントへのプローブのハイブリダイゼーション安定性の差に依存する。ＳＮＰ遺伝子型判定のために、ハイブリダイゼーションアッセイにおいて用いるストリンジェンシー条件は、たった１つＳＮＰ位置ほどしか互いに異ならない核酸分子を区別できるほどに高いことが、一般には好ましい（例えば、典型的なＳＮＰハイブリダイゼーションアッセイは、１つの特定のヌクレオチドがＳＮＰ位置に存在する場合にしかハイブリダイゼーションが発生せず、代替ヌクレオチドがそのＳＮＰ位置に存在する場合には発生しないように設計される）。そのような高いストリンジェンシー条件は、例えば、ＳＮＰ検出のために対立遺伝子特異的プローブの核酸アレイを使用するとき、好ましいだろう。
【０１５５】
他の実施形態では、前記アレイを化学発光検出技術と併用する。
【０１５６】
本発明のＳＮＰ検出キット／システムは、ＳＮＰ含有核酸分子の後の増幅および／または検出のために、試験サンプルから核酸を調製するために使用される成分を含む場合がある。そのようなサンプル調製成分は、体液（例えば、血液、血清、血漿、尿、唾液、痰、胃液、精液、涙、汗など）、皮膚、毛髪、細胞（特に、有核細胞）、生検材料、口内スワブまたは組織標本から核酸抽出物（ＤＮＡおよび／もしくはＲＮＡを含む）、タンパク質または膜抽出物を製造するために使用することができる。上で説明した方法において使用される試験サンプルは、アッセイ形式、検出方法の性質、およびアッセイすべき試験サンプルとして使用される具体的な組織、細胞または抽出物などの要因に基づいて変わるであろう。核酸、タンパク質および細胞抽出物の調製方法は、当該技術分野において周知であり、利用するシステムに適合性であるサンプルが得られるように変えることが容易にできる。
【０１５７】
本発明によって考えられるキットのもう一つの形態は、コンパートメントキットである。コンパートメントキットは、試薬が別々の容器内に収容されている任意のキットを包含する。そのような容器としては、例えば、小型ガラス容器、プラスチック容器、プラスチック、ガラスもしくは紙のストリップ、またはシリカなどの配列性材料が挙げられる。そのような容器によって、試験サンプルおよび試薬が交差汚染されないように１つのコンパートメントから別のコンパートメントに、または１つの容器からそのキットに含まれていない別の容器に、試薬を効率的に移すことができ、およびそれぞれの容器の薬剤または溶液を１つのコンパートメントから別のコンパートメントにもしくは別の容器に定量的に添加することができる。そのような容器としては、例えば、試験サンプルを受け入れる１つまたは複数の容器、本発明の１つまたは複数のＳＮＰを検出するための少なくとも１つのプローブまたは他のＳＮＰ検出試薬を収容する１つまたは複数の容器、洗浄試薬（例えば、リン酸緩衝食塩水、Ｔｒｉｓ緩衝液など）を収容する１つまたは複数の容器、および結合したプローブまたは他のＳＮＰ検出試薬の存在を明らかにするために使用される試薬を収容する１つまたは複数の容器が挙げられる。前記キットは、例えば、核酸増幅、または他の酵素的反応、例えばプライマー伸長反応、ハイブリダイゼーション、ライゲーション、電気泳動（好ましくは、キャピラリー電気泳動）、質量分析、および／もしくはレーザー誘起蛍光検出のための、コンパートメントおよび／または試薬を場合によってはさらに含むことがある。
【０１５８】
マイクロ流体装置は、「ラブ・オン・チップ」システム、生物医学的微小電気機械システム（ｂｉｏmedical ｍｉｃｒｏ−ｅｌｅｃｔｒｏ−ｍｅｃｈａｎｉｃａｌ ｓｙｓｔｅｍ：ｂｉｏＭＥＭ）またはマルチコンポーネント統合システムと呼ばれることもあり、ＳＮＰを分析するための本発明の例示的キット／システムである。そのようなシステムは、プローブ／ターゲットハイブリダイゼーション、核酸増幅およびキャピラリー電気泳動反応などのプロセスを単一機能装置に小型化し、コンパートメント化する。そのようなマイクロ流体装置は、このシステムの少なくとも１つの態様では検出試薬を一般に利用し、そのような検出試薬を用いて、本発明の１つまたは複数のＳＮＰを検出することができる。
【０１５９】
さらに、前記キットは、上で説明したような１つまたは複数の抗原を含む場合もある。従って、医療専門家は、先ず、ＳＮＰが患者に存在するのか、非存在であるのかを判定することができる。その後、医療専門家は、レジメントを調製するか、その代わりに所定のレジメントを用いて、どの抗原、どのような用量、どのような投与方法を患者に施すのかを見つける。１つまたは複数の抗原をキットと共に販売することができ、またはキットとは別に販売することができる。
【０１６０】
当業者に周知の情報と共に本出願における開示を考えれば、免疫寛容を生じさせる能力または困難と関連する多くのＳＮＰを決定することができる。レプリコンがこれらのＳＮＰを含有する場合、またはレプリコンがゲノムに基づきそれらに密接に関連づけられる場合、サンプルに対してＰＣＲを行うことができる。そのような技術は、特定の個体において寛容を誘導する能力の尤度を判定するための迅速なアッセイをもたらすことができる。
【０１６１】
有意な利点を有する本発明を提供したことは、上述から明らかであろう。本発明をその形態のうちのほんの少数で示すが、本発明はそれらに限定されず、本発明の精神を逸脱することなく様々な変更および変形が可能である。
【０１６２】
本開示を通して、本発明の様々な態様を範囲形式で提示する場合がある。範囲形式での記載は、単に便宜および簡潔のためと理解すべきであり、本発明の範囲の確固たる限定と解釈すべきでない。従って、範囲の記載は、可能なサブ範囲ならびにその範囲内の個々の数値すべてが具体的に開示されていると解釈すべきである。例えば、１から６などの範囲の記載は、１から３、１から４、１から５、２から４、２から６などのようなサブ範囲、ならびにその範囲内の個々の数、例えば１、２、３、４、５および６が具体的に開示されていると解釈すべきである。これは、範囲の幅に関係なく適用される。
【実施例】
【０１６３】
実施例１：関節リウマチ（Ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ：ＲＡ）患者
彼らのＲＡについて従来の療法で管理されている１２０人のＲＡ患者を、自己抗原と共に５０μｇ／ｕのコラーゲンＩＩ（ＣＩＩ）またはα１（ＩＩ）の精製ウシα１鎖を６日間培養したときのＩＦＮγを生産する彼らの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の能力について試験した。培養上清を回収し、ＩＦＮγレベルをＥＬＩＳＡによって決定した。
【０１６４】
【数１】
下の（表Ｉ）に示すように、７６人の患者は、彼らの非刺激もしくは（ＰＢＳ）培養ＰＢＭＣに対して２倍増加し、またはＣＩＩに対して免疫応答するＲＡ患者（「応答者」と呼ぶ）６３％の普及率を有した。ＣＩＩ自己免疫を有するＲＡ患者の普及率は高いが、これは、この疾患中に明らかになる幾つかの可能性のある抗原の１つである。
【０１６５】
【表１−１】
実施例２：低用量コラーゲンＩＩは、ＤＢＡ／１ Ｌａｃマウスにおいて寛容を誘導する
１２匹のマウスの群に２週間にわたって８回、指示した用量で経口ＣＩＩを給餌し、ＣＦＡ中の１００μｇウシＣＩＩで免疫した。４日の休息後、完全フロイント・アジュバントで乳化させた１００μｇのＣＩＩでマウスの尾の基部に免疫した。８週間、盲検観察者（ｂｌｉｎｄｅｄ ｏｂｓｅｒｖｅｒ）が関節炎の程度を評価した。
【０１６６】
図６でわかるように、ＣＩＩの１０μｇ／日の経口用量は、関節炎の発生の減少に最も有効であり、それよりは劣るが、５００μｇ／日も有効であった。グレード３または４関節炎を有するマウスのパーセントをＹ軸に示す。２相応答は、高用量ＣＩＩに対して低用量による異なる寛容メカニズムの誘導に起因する。低用量ＣＩＩ（１０μｇ）は、調節Ｔ細胞を誘導するが、高用量（５００μｇ）は、アネルギーまたはクローン除去を誘導する。
【０１６７】
実施例３：ＤＢＡ／１マウスにおけるコラーゲンＩＩに対する免疫寛容の誘導のＮＳＡＩＤ阻害
ＤＢＡ／１マウスにおける経口給餌ウシＣＩＩに対する寛容誘導が、経口給餌ＮＳＡＩＤによって阻止されるかどうかを判定するために、２０〜２２匹のＤＢＡ／１マウスの３つの群に以下のものの８用量（２週間のあいだ月曜日、火曜日、木曜日および金曜日）を（ゾンデ栄養法により）給餌した：午前中にプラセボ（食塩水）および午後にプラセボ（０．１ＭのＨＡｃ）；午前中にプラセボ（食塩水）および午後に１０μｇの天然ウシＣＩＩ；または午前中にピロキシカム（２．４μｇ／ｇｍ）および午後に天然ウシＣＩＩ（１０μｇ）。１週間後、完全フロイント・アジュバントで乳化させた１００μｇのウシＣＩＩですべてのマウスを（尾の基部における皮内に）免疫した。動物をコード付きケージに入れ、それらを週に２回、関節炎罹患関節（腫脹した、赤い、および／または変形した関節）の数について盲検観察者が採点した。
【０１６８】
図７に示すように、プラセボ＋プラセボ給餌対照と比較すると、プラセボ＋ＣＩＩを給餌したマウスの群におけるほうが観察期間にわたって関節炎罹患関節のパーセントが低かった（Ｃｏｃｈｒａｎ−Ｍａｎｔｅｌ−Ｈａｅｎｓｚｅｌ分析によりｐ＜０．０３）。対照してみると、ピロキシカム＋ＣＩＩを給餌したマウスにおけるほうが、同じ観察期間で、関節炎関節が有意に多かった。類似の研究において、本発明者らは、ナブメトン（ｎａｂｕｍａｔｏｎｅ（レリフェン（Ｒｅｌａｆｅｎ））もＤＢＡ／１マウスにおいてＯＴ誘導を阻止することを確認した（データは示さない）。
【０１６９】
実施例４：脾臓細胞によるＩＦＮγ生産
図７における実験と類似した仕方で、脾臓細胞ＩＦＮγ生産に対するプラセボまたはＣＩＩを給餌した別のマウス群へのピロキシカムの経口給餌の効果を評価するために、４つのマウス群（１群につきマウス４匹）に２週間にわたって８日間、以下のものをゾンデで給餌した：ピロキシカム（午前）−ＣＩＩ（午後）；ピロキシカム（午前中）−ＨＡｃ（午後）；食塩水（午前）−ＣＩＩ（午後）；または食塩水（午前）−ＨＡｃ（午後）。１週間の休息後、すべてのマウスの尾の基部をＣＩＩ−完全フロイント・アジュバント・エマルジョンで免疫した。１４日後、マウスを犠牲にし、脾臓細胞を単離し、ＰＢＳまたはα１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物を用いて培養を始めた。７２時間培養した後、回収した上清をＥＬＩＳＡによりＩＦＮγレベルについて分析した。
【０１７０】
ＣＩＩ＋プラセボまたはピロキシカム＋プラセボを給餌したマウスは、α１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物を用いてそれらの脾臓細胞をインビトロで培養したとき、低減されたＩＦＮγ生産を有した。図８参照。しかし、経口ＣＩＩを給餌したマウスにピロキシカムを経口給餌したとき、インビトロでα１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物で刺激した脾臓細胞によるＩＦＮγ生産レベルは、劇的に増加した。他の実験において、脾臓細胞によるＩＦＮγ生産によって評価したところ、ＣＯＸ−２阻害剤ＳＣ２３６もＤＢＡ／１マウスにおけるＣＩＩに対する経口寛容誘導を阻止することが判明した（データは示さない）。
【０１７１】
実施例５：ＣＯＸ−２阻害剤ＳＣ’２３６は経口寛容誘導を阻害する
マウス各８匹の群に、月火木金（ＭＴＴＨＦ）×２週間、午前中に、ＰＢＳまたはＳＣ’２３６（１００μＬ ＰＢＳ中、５μｇ／ｇｍ）をゾンデで給餌した。ＳＣ’２３６（Ｓｅａｒｌｅ）は、ＣＯＸ−１に対してよりも約２０００倍高くＣＯＸ−２に対して阻害性である。
【０１７２】
午前中にＰＢＳを与えたマウス４匹および午前中にＳＣ’２３６を与えた４匹に、午後、１０μｇのウシＩＩ型コラーゲン（ＣＩＩ）をゾンデで給餌した。午前ＰＢＳおよび午前ＳＣ’２３６群の中の他の４匹のマウスには、ＣＩＩを溶解したビヒクル中の０．１Ｍ酢酸（ＨＡｃ）を午後にゾンデで給餌した。これらの８日の給餌後、すべてのマウスを１週間休息させ、その後、完全フロイント・アジュバント中のＣＩＩ １００μｇで免疫した。１０日後、すべてのマウスを犠牲にし、脾臓細胞（２×１０６／ｍｌ）を単離し、ＰＢＳおよびウシα１（ＩＩ）（５０μｇ／ｍｌ）ＣＢ混合物を用いて培養を始めた。４日培養した後、上清を回収し、ＩＦＮγレベルをＥＬＩＳＡ（Ｅｎｄｏｇｅｎ）によって決定した。α１（ＩＩ）データのみをプロットするが、ＰＢＳ＋すべてのマウスからの脾臓細胞培養物は、１〜１２ｐｇ／ｍｌの間のＩＦＮγを生産した。すべての群をスチューデント２サンプルｔ検定によってプラセボ対照群と比較した。
【０１７３】
図９に示すように、ＤＢＡ／１マウスへのＣＩＩの給餌は、経口寛容を誘導し、これは、α１（ＩＩ）ＣＢ消化によって刺激された脾臓細胞によるＩＦＮγ生産の有意な減少によって証明された（ｐ＜０．０２５）。対照的に、マウスへのＳＣ’２３６の給餌は、α１（ＩＩ）ＣＢ消化によってより低いＩＦＮγ生産をもたらす結果となったが、ＳＣ’２３６＋ＣＩＩをマウスに給餌すると、α１（ＩＩ）ＣＢ消化を伴う培養脾臓細胞によるＩＦＮγ生産の有意な増加（Ｐ＜０．０１）があった。ＳＣ’２３６も、ＣＯＸ−２を阻害するより〜２０００倍小さい程度でではあるが、ＣＯＸ−１を阻害し得るという補足説明を考慮にいれると、これらのデータは、低用量の経口抗原に対する最適な寛容誘導にＣＯＸ−２が必須であるだろうことを示唆している。
【０１７４】
実施例６：経口寛容に対する持続的ＮＳＡＩＤ効果
ピロキシカムとＣＩＩの慢性給餌が、ＤＢＡ／１マウスにおいてＣＩＩに対する寛容誘導に対して持続的効果を有するかどうかを判定するために、１０〜１１匹のＤＢＡ／１マウスの３つの群に、２週間のあいだに（上記のように）８用量のＣＩＩの給餌を６ヶ月離して２回行った：ピロキシカム（２．４μｇ／ｇｍ）午前およびプラセボ（０．１Ｍ ＨＡｃ、１００μｌ）午後；プラセボ（食塩水）午前および天然ウシＣＩＩ（１０μｇ）午後；またはピロキシカム（２．４μｇ／ｇｍ）午前および天然ウシＣＩＩ（１０μｇ）午後。第二の８用量給餌の３ヶ月後、完全フロイント・アジュバント中で乳化させた１００μｇの天然ウシＣＩＩでそれぞれのマウスを（尾の基部において皮内に）免疫した。マウスをコード付きケージに入れ、盲検観察者がそれらを関節炎罹患関節の数について週２回採点した。図１０に示すように、ＣＩＩでの免疫後、第７および８週の時点で、９および３ヶ月前にピロキシカムとＣＩＩを給餌したマウスの群は、プラセボとＣＩＩを給餌したマウス群と比較して、有意に多い関節炎罹患関節を有した（カイ二乗分析により第８週の時点でｐ＜０．０４）。
【０１７５】
実施例７：ピロキシカムとＣＩＩを給餌したマウスのＧＡＬＴ
マウスのこれら３群におけるＧＡＬＴの状態を評価するために、パイエル板細胞をそれぞれの動物から単離し、組換えマウスＩＬ２（１０Ｕ／ｍｌ）を添加した正常ＤＢＡ／１脾臓細胞（２×１０６／ｍｌ）を用いて四重反復試験で共培養を始めた（２．５×１０５／ｍｌ）。ＰＢＳ（対照として）または５０μｇ／ｍｌウシα１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物を９６丸底ウエルプレートの四重反復試験ウエルに添加した。３日後、培養物を３Ｈチミジンでパルス標識し、２４時間後に濾紙に回収した。それぞれのマウスについてα１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物培養物のｃｐｍをＰＢＳ対照培養物のｃｐｍで割ることによって、それぞれのマウスについて「刺激係数」を計算した。図１１に示すように、ＣＩＩのみまたはピロキシカムのみを給餌したマウスからのパイエル板細胞の共培養と比較して、ピロキシカムとＣＩＩを給餌したマウスからの細胞は、α１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物によって顕著に刺激された（ｐ＜０．０３）。さらに、マウスＩＬ−２で刺激したとき、正常同系脾臓細胞（２×１０６／ｍｌ）との共培養でのＤＢＡ／１マウスまたはＢａｌｂ／ｃマウスからのパイエル板細胞（２．５×１０５／ｍｌ）は、バックグラウンドｃｐｍを超える脾臓細胞の刺激を生じさせないことを本発明者らは一貫して確認した。従って、α１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物の存在下でのＤＢＡ／１脾臓細胞でのパイエル板細胞の刺激指数の顕著な増加は、全く異例であり、予想外である。α１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物とそれぞれのマウスからの腸間膜リンパ節細胞（２×１０６／ｍｌ）の培養は、類似したパターンを示した（図１２）。ＣＩＩまたはピロキシカムのいずれかを給餌したマウスからの腸間膜リンパ節細胞は、α１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物に応答して増殖しなかった。対照的に、ピロキシカム（ｐｉｒｏｘｉｃａｎ）とＣＩＩを給餌したマウスからの腸間膜リンパ節細胞はα１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物によって顕著に刺激された（図１２）。
【０１７６】
さらに、ＢＡＬＢ／ｃマウスにおいて経口ＯＶＡ（１ｍｇ／日×５日）、およびＤＢＡ／１ ｌａｃ Ｊマウスにおいて経口ウシＣＩＩ（１４日のあいだに１０μｇ×８用量）を使用して、一般に使用されている免疫修飾薬の免疫誘導に対する効果を試験する研究を行った（プレドニゾン≦７．５ｍｇ／日、ヒドロキシクロロキン ４００ｍｇ／日、メトトレキサート １７．５ｍｇ／週、１００ｍｇ／日×３の負荷用量後にレフルノミド ２０ｍｇ／日、スルファサラジン ２．５ｇｍ／日、Ｄ−ペニシラミン ７５０ｍｇ／日、ＩＭ−ゴールド、およびエタネルセプト ２５ｍｇ 週２回）。これらの免疫修飾薬は、寛容を完全には抑制しなかったが、これらの免疫修飾薬を尚、使用してＲＡ患者においてＣＩＩに対する寛容を誘導することは実行可能であり得る。ＤＢＡ／１ ｌａｃ Ｊマウスでのプレドニゾン≧１０ｍｇ／日当量およびオーラノフィンは、ＣＩＩに対するＯＴ誘導を阻止した。
【０１７７】
実施例９：ＲＡを有する患者において経口コラーゲンＩＩの投与は自己免疫を低下させる
ＩＩ型コラーゲンのα１（ＩＩ）を用いて培養したＰＢＭＣによるＩＦＮ−γ生産の≧３０％低下と定義される免疫学的寛容を、患者において検査した。疾患修飾性抗リウマチ薬、抗−ＴＮＦ剤および／または非ステロイド系抗炎症薬を使用している患者にミソプロストール １００μｇを１日２回投与して、経口寛容の非ステロイド系抗炎症性阻害を逆転した。「低」または「高」用量のＣＩＩの摂取に患者を無作為に割り付けた。低用量群（ｎ＝３８）は、１０週間、１日１回、３０μｇ／日のウシＣＩＩ、その後、１０週間、５０μｇ／日、そしてその後、１０週間、７０μｇ／日を摂取した。高用量群（ｎ＝４１）は、１０週間、９０μｇ／日、１０週間、１１０μｇ／日、そしてその後、１０週間、１３０μｇ／日を摂取した。
【０１７８】
ベースラインでのおよびそれぞれの１０週治療期間の後のヘパリン加血を得た。血液は、採血後１〜４時間以内に、ペニシリン（１００ｕ／ｍｌ）およびストレプトマイシン（１００μｇ／ｍｌ）を含有するＲＰＭＩ １６４０で１：３希釈され、紙で覆われ、「保冷剤」が入っているスタイロフォームボックスの中に入れられ、一晩、輸送された。それらの血液サンプルからＰＢＭＣを単離し、ウシα１（ＩＩ）２５μｇ／ｍｌ、ＰＨＡ １０μｇ／ｍｌを用いてまたは５０ｕｌ ＰＢＳを用いて培養を始めた。培養中、６日後、無細胞上清を回収し、−７０度で７ヶ月以下の間、保管し、その時点で所与の患者からのすべてのサンプルを市販ＥＬＩＳＡ（Ｒ ＆ Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）によってＩＦＮγについてアッセイした。結果を図１３に示す。
【０１７９】
ＩＦＮγ刺激係数（ＳＩ）を
【０１８０】
【数２】
として計算した。それぞれの低用量（３０μｇ、５０μｇおよび７０μｇ／日）を摂取した患者についてのＳＩを、それぞれの１０週治療の前のベースラインでの彼らのＳＩと比較し、高用量ＣＩＩ群（９０μｇ、１１０μｇおよび１３０μｇ／日）に関しても同様に、それぞれの１０週治療の前のベースラインでの彼らのＳＩと比較した。
【０１８１】
ＩＦＮγ ＳＩの顕著な抑制があった。３０μｇ、５０μｇ、１１０μｇおよび１３０μｇ／日の経口ＣＩＩでの１０週間治療の後、患者の≧６２から６９％は、α１（ＩＩ）ＩＦＮγ ＳＩの≧５０％減少を示した。７０μｇおよび９０μｇ／日の用量は、ＩＦＮγ ＳＩを減少させず、７０μｇ／日の用量は、ベースライン値と比較してＩＦＮγ ＳＩを有意に増加させた。
【０１８２】
さらに、これらのデータは、低用量のミソプロストールを与えると、患者がＤＭＡＲＤ、抗−ＴＮＦ剤およびＮＳＡＩＤＳを摂取している間に、給餌抗原（ＣＩＩ）に対する免疫応答低下として定義されるＣＩＩに対する経口寛容が誘導され得ることを示した。３０および５０μｇ／日の用量は、より多くのカテゴリーで、より大きな低下を有した。
【０１８３】
用量応答は、３０μｇ、５０μｇおよび１１０μｇ／日の経口ＣＩＩでＩＦＮγ生産の最大抑制を示した。α１（ＩＩ）刺激ＰＢＭＣによるＩＦＮγの≧５０％減少を有した患者のパーセントについては、大部分の患者がこれらの用量で寛容化されるだろう（６９％は、経口投与したＣＩＩに対してα１（ＩＩ）刺激ＩＦＮγ生産の≧５０％減少を有した）。
【０１８４】
患者のさらなる分析は、３０〜５０μｇ／日の用量のＣＩＩに対する経口ＣＩＩ非応答者３０％がおり、および１１０〜１３０μｇ／日の用量に対する非応答者２８％がいることを明らかにした（図１３）。
【０１８５】
実施例１０：経口ＣＩＩ寛容は応答および非応答と関係づけられる
任意の特定の遺伝子型をこのコホートにおいて経口ＣＩＩに対する応答または非応答と関係づけられるかどうかを調査するために、実施例９から２４人の患者を選択した。
【０１８６】
患者から血液を採取し、その後、ＰＢＳ対照ＰＢＭＣ培養物と比較してα１（ＩＩ）刺激により≧２倍のＩＦＮγ増加を生じさせたＲＡ患者にウシＣＩＩを経口投与した。単離したもの（１０μｇ／ｍＬ）、ウシα１（ＩＩ）（５０μｇ／ｍＬ）、ウシα１（ＩＩ）ＣＢ１１（５０μｇ／ｍＬ）をまたは２５μｌのＰＢＳと共に添加して、ペニシリン（１００μｇ／ｍＬ）、ストレプトマイシン（１００μｇ／ｍＬ）および９％ウシ胎仔血清を補足したダルベッコＭＥＭの５００μｌ ４８ウエル組織培養プレートあたり２×１０６で培養した。６日後、上清を回収し、２０００×Ｇで５分間、遠心分離し、ＩＦＮγのレベルを市販のＥＬＩＳＡ（Ｒ ＆ Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）によって定量した。応答者と非応答者の間のＩＦＮγレベルの差ならびにＰＨＡ、α１（ＩＩ）およびα１（ＩＩ）ＣＢ１１についてのＳＩの差を、マン・ホイットニー順位和検定を用いて有意性について分析した。
【０１８７】
２４人の患者のうち、１６人の患者は、経口ＣＩＩに対して応答して、ＰＢＭＣ培養物によるα１（ＩＩ）およびα１（ＩＩ）ＣＢ１１刺激ＩＦＮγ生産が減少し、８人の患者は、これらの抗原を用いるＰＢＭＣ培養によってＩＦＮγを減少させなかった。６日ＰＢＭＣ培養物中のＰＢＳ、α１（ＩＩ）５０μｇ／ｍｌ、α１（ＩＩ）ＣＢ１１ ５０μｇ／ｍｌおよびＰＨＡ １０μｇ／ｍｌに対する１６人の応答者および８人の非応答者のベースラインＩＦＮγレベルを表Ｉに与える。
【０１８８】
ＩＦＮγ刺激係数（Ｓ．Ｉ．）は、ＰＨＡについては次のように：
【０１８９】
【数３】
；α１（ＩＩ）については次のように：
【０１９０】
【数４】
；およびα１（ＩＩ）ＣＢ１１については次のように：
【０１９１】
【数５】
計算した。
【０１９２】
表ＩＩに示すように、ＣＩＩ経口寛容非応答者は、ＣＩＩ経口寛容応答者より低い平均ベースラインＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．を有した（１９０±４０対１８００±５２０、ｐ＝０．００２）。ＣＩＩ経口寛容非応答者は、ＣＩＩ経口寛容応答者より低い平均ベースラインＩＦＮγ α１（ＩＩ）ＣＢ１１ Ｓ．Ｉ．を有した（１０６０±１９７対２１０±９０、ｐ＝０．００３）。ベースラインでのＩＦＮγ ＰＨＡ Ｓ．Ｉ．は、ＣＩＩ経口寛容応答者と非応答者とで差が無かった。
【０１９３】
【表２】
実施例１１：マイクロアレイ評価はＲＡ患者の遺伝子型の分析について正確なデータを生じさせた
経口寛容誘導に重要であることが公知の幾つかのサイトカインおよびケモカインの次に最も密接に関連したＳＮＰの染色体上での頻度を見つけるために、経口ＣＩＩに対する１６人の応答者および８人の非応答者のＳＮＰ分析を行った。１６人の患者は、３０μｇ／日、５０μｇ／日、１１０μｇ／日または１３０μｇ／日のいずれかの用量のＣＩＩに対してベースラインからＩＦＮγ α１刺激係数の≧５０％減少を有する者であった（「ＯＴ応答者」）。３０μｇ／日、５０μｇ／日、１１０μｇ／日または１３０μｇ／日の用量の経口ＣＩＩでＩＦＮγ α１ Ｓ．Ｉ．が増加した８人の患者を選択した（「ＯＴ非応答者」）。
【０１９４】
市販の全ゲノム・マッピング・チップを使用して、時宜を得た経済的な様式で、可能性のある遺伝子座をマッピングした。市販のＤＮＡ抽出キット、Ｑｉａｇｅｎキット（カリフォルニア州、アラミダのＱｉａｇｅｎ Ｉｎｃ．）を製造業者の指示書に従って使用して、実施例２の２つの群のゲノムをＤＮＡ抽出によって分析した。エッペンドルフ光度計（ニューヨーク州、ウェストベリーのＥｐｐｅｎｄｏｒｆ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｉｎｃ．）においておよび電気泳動によってＤＮＡの質および量を決定した後、比率＞１のＯＤ２６０／２８０比および高い完全性を有するＤＮＡを遺伝子型判定に用いた。それぞれのサンプルについて、Ａｆｆｙ ＧｅｎｅＧｈｉｐ（登録商標）Ｍａｐｐｉｎｇ １０Ｋ ２．０ Ａｒｒａｙ、ＳＮＰベースの遺伝子マッピングツール、を使用する遺伝子型判定のために、２５０ｎｇのＤＮＡを使用した。この１０Ｋ ２．０アレイは、単一アレイ上に１０，０００より多くのヒト一塩基多型（ＳＮＰ）の遺伝子型を含有する。このツールは、特定の形質または表現型、本発明者らの場合はＣＩＩ経口寛容耐性、に結びつけられるまたは関係づけられるゲノムの領域を特定するために使用することができる。
【０１９５】
このプロトコルは、４つの主要手順を含む：インシリコ分画、マイクロアレイ上での予測フラグメントの合成、生化学的分画、ならびに対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーションおよび遺伝子型コール。１０，０００の単一ヌクレオチドの２つの多型のそれぞれを表す２つの異なるシグナルを生成した。ソフトウェアが、単一ヌクレオチド１０，０００ごとに多型または遺伝子型を作り出す。すべてのサンプルの１０，０００ＳＮＰのそれぞれについての多型の遺伝子型が、表ＩＩＩに示すように、３つの型：ホモ接合Ｉ型、ＡＡ；ホモ接合ＩＩ型、ＢＢ；およびヘテロ接合、ＡＢ、にコールされた。
【０１９６】
【表３】
表ＩＩＩは、１５人の患者（男性９人、女性６人）の遺伝子型判定である。ＳＮＰの検出可能シグナル（ｓｉｎｇｌｅ）は、大部分のサンプルにおいて９９％より多く、これは、高い検出の質を示している。ＳＮＰコールは、１０，０００中の、認識することができたおよびデータをもたらしたＳＮＰの百分率を示す。これらのサンプルにおけるＳＮＰの９０％より多くをこの実験によって検出した。これらの遺伝子型、ＡＡ、ＡＢおよびＢＢ、の配分は、それらのそれぞれについて約三分の一（３３％）であった。
【０１９７】
実施例１２：ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７と経口ＣＩＩ応答者および非応答者との関連性
ＣＩＩ治療に対する非寛容原性応答に結びつく可能性のある多型を見つけるために、実施例３の患者の遺伝子型を経口ＣＩＩ応答者および非応答者群に分類した。それぞれの群について、３つの遺伝子型、ＡＡ、ＡＢおよびＢＢ、の総数を前記チップでそれぞれのＳＮＰについて計算した。表ＩＶは、これらの候補遺伝子のそれぞれにおけるＳＮＰの遺伝子型比を示すものである。
【０１９８】
【表４】
表ＩＶに示したように、８の候補遺伝子の２０のＳＮＰにおいて、大部分の遺伝子型パターンは、応答者と非応答者の間で同じであるか類似している。グルタミン酸デカルボキシラーゼ（ｄｅｃａｒｂｏｘｙｌｓｅ）の第一のＳＮＰのパターンは、１４−０−０（ＡＡ−ＡＢ−ＢＢについて）および１０−０−０であり、第二のＳＮＰは、２−８−４および１−６−３である。しかし、応答者群と非応答者群の間のＳＮＰ＿Ａ−１５１５７３７の遺伝子型配分には大きな差があり、応答者および非応答者についてそれぞれ１−９−６および６−１−１である。応答患者の大部分は、ヘテロ接合（従って、ＡＧ）またはＢＢのホモ接合（従って、ＧＧ遺伝子型）のいずれかの遺伝子型を有するが、非応答群における患者の大部分は、ＡＡ遺伝子型を有した。さらなる分析は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１５７３７に焦点を合わせた。
【０１９９】
ＳＮＰ＿Ａ−１５１５７３７の配列は、次のとおりである：
【０２００】
【化３】
。
【０２０１】
【化４】
は、多型部位である。従って、ＡＡは、ＡＡホモ接合を表し、その一方でＡＢは、Ａ／Ｇヘテロ接合を表し、およびＢＢは、ＧＧ遺伝子型を表し、Ａ→Ｇは、多型部位を表す。
【０２０２】
実施例１３：ＣＩＩ経口寛容応答者および非応答者患者の中でのＳＮＰ＿Ａ−１５１５７３７配分
応答者の遺伝子型パターンと非応答者の遺伝子型パターンを比較し、遺伝子型配分の有意差を見つけた。図１４参照。Ｐ値を計算するために、３つの遺伝子型に数字を割り当てた。ＡＡ遺伝子型に１を割り当て、ＡＢ（従って、ＡＧ）に２を割り当て、およびＢＢ（従って、ＧＧ遺伝子型）に３を割り当てた。これら仮定条件によると、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７のＰ値は、０．０５２に達した。
【０２０３】
２４人の患者を、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７のＡＡ遺伝子型（またはＡ→Ｇ）を有する者とＡＡ遺伝子型を有さない（すなわち、ＡＢまたはＢＢである）者とに群分けした。表ＶおよびＶＩは、２つの群に基づくデータをまとめたものである。表Ｖは、ＰＨＡ、α１（ＩＩ）、α１（ＩＩ）ＣＢ１１または無添加（ＰＢＳ）で６日間刺激した６日上清ＰＢＭＣにおけるベースラインＩＦＮγを列挙するものである。ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡを有する患者は、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡを有さない患者のもの（平均１６７４±５０５、マン・ホイットニー順位和検定によりｐ＝０．０２８）と比較して、有意に低いＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．値を有した(平均２７０±９０)。ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡを有した７人の患者のうち、１人だけがＣＩＩ経口寛容応答を有し、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＧＧを有した１７人の患者のうちのさらに２人だけが非ＣＩＩ経口寛容応答者であった。
【０２０４】
【表５−１】
【０２０５】
【表５−２】
表ＶＩに同じ患者を配置し、ベースラインおよび経口ＣＩＩ投与（１０週間、３０μｇ、５０μｇまたは１１０μｇ／日）後の彼らのＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．を比較した。表ＶＩに示すように、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡ（ＲＯＴ１ ＡＡ）遺伝子型を有さなかった患者は、ベースライン値と比較して経口ＣＩＩ投与後にＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．の有意な減少を有した（ウィルコキソン（Ｗｉｌｘｏｃｏｎ）順位和検定によりｐ＜０．００１）。対照的に、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡを有した患者は、経口ＣＩＩ治療後にＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．の有意な変化を有さなかった（ウィルコキソン順位和検定によりｐ＝０．２３０）。これは、経口ＣＩＩ後のＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．／ベースライン比としてデータを表すときにも反映された（ｐ＝０．０１１）。
【０２０６】
【表６−１】
【０２０７】
【表６−２】
【０２０８】
データをカイ二乗とフィッシャーの正確確率検定の使用によりデータを分析した。ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡ遺伝子型を有する患者およびこの遺伝子型を有さない患者における経口ＣＩＩ応答者と非応答者の間には非常に有意な差（ｐ＝０．００１７）がある（表ＶＩＩ）。
【０２０９】
【表７−１】
実施例１４：応答者ＳＮＰと非応答者ＳＮＰとの差
Ａ−１５１５７３７の近距離内の他のＳＮＰの遺伝子型パターンも検査した。Ａ−１５１５７３７に加えて、他に６つのＳＮＰが同じゲノム領域内にある。それらのいずれもが、ＣＩＩ治療に対する応答または非応答との有意な関連性を有さない。例えば、ＤＹＲＫ２の５’側で１４６０６８ｂｐおよび３’側：ＩＦＮγで３５０５８８ｂｐであるＳＮＰ Ａ−１５０８４９８は、ＤＹＲＫ２の５’側で２６５１４３ｂｐおよびＩＦＮγの３’側で２３１５１３ｂｐであるＡ−１５１５７３７の非常に近くに位置する。応答者および非応答者の遺伝子パターンは、類似しており、それぞれ、８−−５――１および８−−２――０のＡＡ、ＡＢおよびＢＢを有する。
【０２１０】
それぞれの染色体に沿って平均１０のＳＮＰ分離パターンを検査したが、いずれの分離パターンもＣＩＩ応答との関連性の証拠はなかった。
【０２１１】
非応答組織適合性複合体（ＨＬＡクラスＩＩ組織適合性）に関連した８つのＳＮＰ事象を検査したが、分離バンドとＣＩＩ応答の関連性の証拠はなかった。
【０２１２】
実施例１５：他の自己免疫疾患におけるＳＮＰ Ａ−１５１５７３７および経口寛容耐性とのつながり
５００μｇ／日のＣＩを１２か月間摂取した広汎性全身性硬化症（ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ：ＳＳｃ）を有する患者における経口Ｉ型コラーゲン（ＣＩ）の試験から２６人の患者のサンプルを採取した。２６のうち６は、Ａ−１５１５７３７ ＡＡ遺伝子型を有した（表ＶＩＩ）。ＤＭＡＲＤ、生物製剤、ＮＳＡＩＤまたはプレドニゾンを用いている患者はいなかった。
【０２１３】
ＰＢＭＣを患者から採取し、天然ウシＣＩおよびα２（Ｉ）ＣＢ混合物を用いて培養し、α１（Ｉ）ＣＢ混合物を用いるとＩＬ−１０生産不良に向かう傾向のＰＢＭＣが培養された。
【０２１４】
経口ＣＩによって寛容化された患者は、ＣＩ、またはα１（Ｉ）もしくはα２（Ｉ）で刺激したＰＢＭＣによるＴｈ２サイトカイン、ＩＬ−１０のアップレギュレーションを有した。表ＶＩＩに示すように、ＳＳｃ患者の中で、ＲＯＴ１ＡＡ遺伝子型を有するＳＳｃ患者は、経口ＣＩでの１２ヶ月の治療後、ＳＳｃ患者におけるα２（Ｉ）またはＣＩ刺激ＰＢＭＣによってＩＬ−１０生産をアップレギュレートしなかった。ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７を５３人のさらなるＳＳｃ患者においても検査し、ＡＡの全普及率が３２％であり、３５％がＧＧであり、および３０％がＧＡであることが判明した。ＲＡ患者のように、ＡＡを有するＳＳｃ患者は、α２（Ｉ）刺激ＰＢＭＣによるＩＦＮγ生産のアップレギュレーションをあまり示さなかった（表ＶＩＩおよびＶＩＩＩ）。
【０２１５】
【表７−２】
【０２１６】
【表８】
実施例１６：ＲＯＴ１ ＡＡを有するまたは有さないＳＳｃ患者についての１２か月の経口ＣＩおよび１２か月後のＩＬ−１０生産
ＲＯＴ１ ＡＡ、ＧＧまたはＧＡ遺伝子型を有する患者において、１２か月間、経口ＣＩを摂取した後のα１（Ｉ）ＣＢ混合物、α２（Ｉ）ＣＢ混合物または天然ＣＩによって刺激したＩＬ−ＰＢＭＣ培養物のＩＬ−１０を測定し、経口ＣＩをＳＳｃ患者に投与する前のベースラインでの同じ抗原で刺激したＰＢＭＣ培養物の上清中のＩＬ−１０の値を引いた。
【０２１７】
１２か月間、経口ウシＣＩを５００ｕｇ／日を摂取したＲＯＴ１ ＡＡ遺伝子型を有する患者は、天然ウシＣＩおよびα２（Ｉ）ＣＢ混合物を用いて培養したときには彼らのＰＢＭＣによるＩＬ−１０生産の不十分なアップレギュレーション、およびα１（Ｉ）ＣＢ混合物を用いて培養するとＰＢＭＣのＩＬ−１０生産不良に向かう傾向を有した。これは、ＲＯＴ１ ＡＡがタンパク質抗原に対する経口寛容減損と関係づけられることを明示している。表ＩＸ参照。
【０２１８】
【表９】
実施例１７：クローン病を有する患者および家族構成員におけるＲＯＴ１遺伝子型
クローン病および／または潰瘍性大腸炎を有する患者および／または家族構成員ならびにＩＢＤおよび他の公知自己免疫疾患を有さない健常対照においてＳＮＰ Ａ−１５１５７３７（ＲＯＴ１）遺伝子型を評価した。表Ｘは、口内スワブからのＤＮＡを使用してクローン病における前記遺伝子型結果をまとめたものであり、クローン病を有する患者についてのＲＯＴ１ ＡＡの配分が９１．６７％であることを示している。
【０２１９】
【表１０】
遺伝子型判定をしたすべてのクローン病患者および彼らの一親等親族のうち、９１．６７％がＲＯＴ１ＡＡを有する。これは、ＲＯＴ１ＡＡがクローン病における経口寛容性耐性に関係づけられることを明示している。
【０２２０】
１２人のクローン病および一親等親族におけるＲＯＴ１ＡＡの普及率（９１．６％）は、ＳＳｃを有する患者７９人（３１．６％）、ＲＡを有する患者５４人（３８．９％）および健常対照におけるもの（３５．７％）より高かった（表ＸＩ参照）。
【０２２１】
【表１１】
実施例１８：広汎性ＳＳｃを有する患者の３１％にＲＯＴ１遺伝子型が存在する
広汎性ＳＳｃを有するすべての患者についての貯託（ｂａｎｋｅｄ）ＰＢＭＣ細胞ペレットを鑑定し、３２％がＲＯＴ１ ＡＡについてホモ接合であることが判明し、３５％がＲＯＴ１ ＧＧについてホモ接合であり、および３０％がヘテロ接合ＲＯＴ１ ＧＡであった。
ＲＯＴ１ ＡＡを有するＳＳｃ患者は、α１（Ｉ）刺激ＰＢＭＣによるＩＦＮγ生産のアップレギュレーションをあまり示さなかった。１２ヶ月でのＩＩ相経口ＣＩ寛容性臨床試験において、この臨床試験に登録した１６８人のうち７９人のＳＳｃ患者を遺伝子型判定した。２３のＲＯＴ１ＡＡ遺伝子型のうち７つは、遅発相カテゴリーに入り、結果から削除した。完了者の再分析は、ウィルコキソン順位和検定を用いてプラセボ治療患者と比較したとき、ＣＩ治療患者におけるベースライン値からの１２ヶ月の時点でのＭＲＳＳの変化に関して有意な差を示す（図１６参照）。
【０２２２】
【表１−２】
【０２２３】
【表１−３】
【０２２４】
【表１−４】
【０２２５】
【表１−５】
【０２２６】
【表１２】
【０２２７】
【表１３】
【０２２８】
【表１４】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、免疫系および療法の分野に存する。詳細には、本発明は、ヒトゲノムにおける特異的核酸配列、ならびに疾患および病状ならびに免疫寛容誘導とそれらの関連性に関する。正常個体を基準にした患者集団における対立遺伝子頻度の差に基づいて、本明細書に開示する自然に発生する核酸配列を、診断試薬の設計および治療薬の開発のためのならびに疾患関連性および連鎖情報のためのターゲットとして用いることができる。詳細には、本発明の核酸配列は、疾患または病状の発現のリスクが増加または低減している個体（例えば、患者）を同定するために、ならびに疾患または病状の早期検出のために、疾患または病状の予防および／または治療のための臨床的に重要な情報を提供するために、ならびに治療薬をスクリーニングおよび選択するために有用である。さらに、１つまたは複数の核酸配列の存在または非存在を利用して、免疫寛容を誘導するための所定の抗原のタイプおよび用量を決定することができる。特定の核酸配列を有するまたは有さない患者に、患者において免疫寛容を誘導することができる抗原である１つまたは複数の抗原を投与することができる。本明細書に開示する核酸配列は、人物同定用途にも有用である。これらの多型およびそれらをコードする産物の存在を検出するための方法、アッセイ、キットおよび試薬も提供する。加えて、本発明は、療法における非ステロイド系抗炎症薬の使用または非存在を扱う。
【背景技術】
【０００２】
すべての生物のゲノムは、それらの継続進化の過程で自然変異を受けて、前駆遺伝子配列のバリアント形態を生じさせる。バリアント形態は、先祖形態に比べて進化的利益をもたらすことがあり、または進化的不利益をもたらすことがあり、または中間的であることがある。場合により、バリアント形態は、進化的利益を種にもたらし、最終的には種の多くのまたは大部分の構成員のＤＮＡに組み込まれ、有効に先祖形態になる。加えて、バリアント形態の効果は、環境に依存して、有益であることもあり、有害であることもある。例えば、ヘテロ接合鎌状赤血球変異は、マラリアに対して耐性であるが、ホモ接合鎌状赤血球変異は、通常は致死性である。多くの場合、先祖形態とバリアント形態の両方が生き残り、種集団の中で共存する。遺伝子配列の多数の形の共存が、一塩基多型、別様には「ＳＮＰ」としての公知、をはじめとする遺伝子多型を生じさせる。ＳＮＰは、明白な機能を有さないゲノムの領域において発生する場合もあるが、ＳＮＰは、ゲノム内のバリアント配列に遺伝連鎖される場合がある。従って、ＳＮＰは、その遺伝連鎖がどれだけ近いかに依存して、ゲノムのバリアント配列と密接に相関し得る。
【０００３】
ヒトゲノムにおけるすべての多型のおおよそ９０％がＳＮＰである。ＳＮＰは、集団内の異なる対立遺伝子、または代替ヌクレオチド、が存在するＤＮＡの中の単一塩基位置である。ＳＮＰ位置（本明細書では、同義でＳＮＰ、ＳＮＰ部位、またはＳＮＰ遺伝子座と呼ぶ）は、通常、対立遺伝子の高保存配列（例えば、集団の１／１００または１／１０００未満の構成員でしか異ならない配列）の前および後にある。個体は、それぞれのＳＮＰ位置における対立遺伝子について、ホモ接合体であることがあり、またはヘテロ接合体であることがある。
【０００４】
医薬での治療に対する患者の応答が、多くの場合、不均一であることが多いことは、臨床試験によって証明されている。患者の応答は、改変された受容体、酵素、または細胞生理の何らかの変化を生じさせる結果となる彼らの遺伝子構成に起因すると考える者もいる。例えば、遺伝子構成の差が、結果として集団内の他の者とは異なる応答を生じさせる。従って、研究者は、薬品開発および選択プロセスを助長するために患者の核酸配列を医薬研究に用いることができる期待を口にしてきた。現在のところ、製薬における患者の核酸配列の使用は、免疫寛容には適用されていないと本発明者らは考えている。
【０００５】
免疫または免疫学的寛容は、免疫系が、他の状況では免疫原性の抗原に対して免疫応答を開始しない、またはその免疫応答を抑制方向に向け直させるプロセスである。獲得または誘導寛容は、他の環境では細胞媒介または液性免疫を誘導する可能性が高い所定の抗原に対するリンパ組織の特異的非反応性を特徴とする、外部抗原に対する免疫系の順応を指す。最も重要な自然な種類の獲得寛容の一つは、胎児および胎盤が母体免疫系によって許容されなければならない、妊娠中に発生する。真獣類胎児胚性防御系の使用をはじめとする非常に多数の寛容誘導モデルが存在し、寛容の誘導には調節Ｔ細胞の関与が主として必要とされる。
【０００６】
免疫寛容の１つの具体的なタイプ、経口寛容、は、食物タンパク質に対するおよび粘膜フローラに存在する細菌抗原に対する超過敏反応を防止するためにおそらく発生する、経口経路による抗原の以前の投与による抗原に対する細胞および／または液性免疫反応の特異的抑制である。それは、外部抗原によって誘導される継続的な自然免疫事象であるので、非常に免疫学的に重要なものである。内部環境へのそれらの特権的到達のため、粘膜に絶えず接触している抗原は、外来成分と自己成分との境界を表す。経口寛容は、危険シグナルを伴わずに自然経路によって身体に入る外部物質を処理するために発生したものであり、後にこれは自己の一部になる。経口寛容の不全は、免疫性腸疾患（クローン病および潰瘍性大腸炎）をはじめとする、免疫に基づく幾つかの疾患の発現および病理に起因する。本発明において考えられる他の一般的な寛容誘導形態としては、ｉｎｔｅｒｎａｓｅｌおよびＩＶ寛容誘導が挙げられる。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
今日、ゲノムおよびＳＮＰに向けての大量の研究にもかかわらず、ゲノミクスは、我々の医療管理を洗練するために今は未だ用いられていない。従って、遺伝した感受性、遺伝子発現、および予測される薬理ゲノム応答を見つけるために個体のゲノムを検査する、信頼できる大規模アッセイ、キットおよび方法は殆どない。より具体的には、免疫寛容の分野においてゲノミクスは用いられていない。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
ゲノミクスと免疫寛容を併合する方法、試薬、キットおよびアッセイの提供が、本発明者らの功績である。従って、本発明者らは、核酸配列を検出することができ、および核酸配列の存在および／または非存在に基づいて、免疫寛容の誘導を望む患者に合わせてケア方法を作ることができる。一つの特定の実施形態において、興味のある核酸配列は、ＳＮＰである。
【０００９】
本発明は、集団内の一定の核酸配列の存在または非存在とその同じ集団における免疫寛容を生じさせる能力とを関連づけることに関する。この相関関係は、免疫寛容の誘導を助長するために用いることができる。一部の実施形態において、本発明は、超大用量の抗原の反復投与、または免疫応答の刺激に必要な閾値より下である小用量の反復投与によって誘導される寛容に関する。一部の実施形態において、寛容は、静脈内投与または舌下投与される可溶性抗原によって、最も容易に誘導される。さらに、免疫抑制も寛容の誘導を助長すると考えられる。特定の疾患または障害に関連した一定の核酸配列の存在または非存在の相関関係に基づいて、本発明は、バリアントの検出方法も提供する。一つの特定の実施形態において、興味のある核酸は、ＳＮＰである。本発明の追加の実施形態において、療法における非ステロイド系抗炎症薬の使用または回避を扱う。
【００１０】
本発明は、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法を含み、この方法は、少なくとも１つのＳＮＰについてのスクリーニングを含む。前記スクリーニング方法は、ＦＩＳＨ、ＤＮＡアレイの使用、および／またはポリヌクレオチドプローブのハイブリダイゼーションを含む場合がある。
【００１１】
本発明は、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法を含み、この方法は、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、塩基配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および／または一本鎖高次構造多型の使用を含む。
【００１２】
本発明は、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法を含み、この方法は、少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在と宿主への１つまたは複数の抗原または治療薬の投与の結果として免疫寛容を発現する宿主の能力とを関連づける工程を含む。前記抗原は、Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、ＩＸ、Ｘ、ＸＩ、ＸＩＩ、ＸＩＩＩ、ＸＩＶ、ＸＶ、ＸＶＩ、ＸＶＩＩ、ＸＶＩＩＩ、ＸＩＸ、ＸＸ、ＸＸＩ、ＸＸＩＩ、ＸＸＩＩＩ、ＸＸＩＶ、ＸＸＶ、ＸＸＶＩ、ＸＸＶＩＩおよびＸＸＶＩＩＩから成る群の型より選択されるコラーゲンをはじめとする、コラーゲンを含む。
【００１３】
本発明は、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法を含み、この方法は、核酸を含む前記宿主からのサンプルを得る工程；前記サンプルから核酸を単離する工程；少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在について前記サンプルをアッセイする工程を含み、この場合、少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在が、免疫寛容の発現に対する感受性の増大の指標となる。前記サンプルは、全血、血漿、尿、涙、精液、唾液、頬粘膜、間質液、リンパ液、髄膜液、羊水、腺液、痰、糞便、汗、粘液、膣分泌物、脳脊髄液、毛髪、皮膚、排泄物、創傷滲出物、創傷ホモジネート、および創傷液であり得る。さらに、前記方法は、宿主への少なくとも１つの抗原の投与による免疫寛容の誘導を含む工程があり、この場合の抗原は、コラーゲンの１種であり得る。
【００１４】
前記免疫寛容は、任意の自己免疫疾患、例えば、全身性硬化症のような硬化性疾患に対するものであり得る。
【００１５】
本発明は、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法を含み、この方法は、少なくとも１つのコンピュータシステムと共に使用するための１つまたは複数のコンピュータプログラムの使用を含み、この場合のコンピュータプログラムは、前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在の識別を支援するための少なくとも１つの指示；前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在と少なくとも１つの疾病状態とを関係づけるための少なくとも１つの指示；および前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在と、宿主の免疫寛容の発現に対する感受性を示す評点とを関連づけるための少なくとも１つの指示をはじめとする、複数の指示を含む。前記コンピュータは、多数の支持の結果を含むレポートを生成することもでき、この場合、前記レポートを、ネットワーク、オン・ライン・ポータルを通して、紙またはｅ−メールによって、安全保護様式または非安全保護様式で送信することができる。
【００１６】
本発明は、少なくとも１つの治療薬を投与する方法を含み、この方法は、宿主の核酸における１つまたは複数のＳＮＰの遺伝子型を判定する工程、前記１つまたは複数のＳＮＰと１つまたは複数の疾患または障害とを関連づける工程、数学アルゴリズムを用いて、前記宿主が、少なくとも１つの治療薬の投与に対して陽性にまたは陰性に応答する確率を決定する工程、および前記数学アルゴリズムの結果に基づいて宿主に治療薬を投与するまたは投与しない工程を含む。
【００１７】
本発明は、１つまたは複数の抗原を評価する臨床試験を行うための方法を含み、この方法は、１つまたは複数の疾患または障害に関連する１つまたは複数のＳＮＰの遺伝子型を判定する工程；遺伝子型判定結果を分析する工程；前記遺伝子型判定結果に基づいて行動方針を決定する工程を含み、この場合、前記行動方針は、個体を、該個体が前記１つまたは複数の抗原に応答する可能性が高いことを示した前記遺伝子型判定の結果に基づいて、臨床試験に組み入れる工程、および／または個体を、該個体が前記１つまたは複数の抗原に応答する可能性が低いことを示した前記遺伝子型判定結果に基づいて、臨床試験への参加から除外する工程を含む。
【００１８】
本発明は、自己免疫疾患を発現するリスクの改変を有する個体を同定するための方法を含み、この方法は、前記個体の核酸中の配列番号：１の一塩基多型（ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ：ＳＮＰ）を検出する工程を含み、この場合、前記ＳＮＰの存在は、自己免疫疾患についてのリスクの改変と関連する。
【図面の簡単な説明】
【００１９】
【図１】図１は、１つまたは複数の核酸が免疫寛容の誘導と関連するかどうかを判定するプロセスを説明する、本発明の一部の実施形態によるフローチャートを示す図である。
【図２】図２は、１つまたは複数の核酸の存在または非存在によって個体の治療レジメント（ｒｅｇｉｍｅｎｔ）を決定するプロセスを説明する、本発明の一部の実施形態によるフローチャートを示す図である。
【図３】図３は、１つまたは複数の核酸の存在または非存在によって個体の治療レジメントを決定するプロセスを説明する、本発明の一部の実施形態によるフローチャートを示す図である。
【図４】図４は、１つまたは複数の核酸の存在または非存在によって個体の治療レジメントを決定するプロセスを説明する、本発明の一部の実施形態によるフローチャートを示す図である。
【図５】図５は、１つまたは複数のポリペプチドの存在または非存在によって個体の治療レジメントを決定するプロセスを説明する、本発明の一部の実施形態によるフローチャートを示す図である。
【図６】図６は、マウスにゾンデ栄養法によって与えたコラーゲンＩＩの量と関連する関節炎罹患関節のパーセントを示すチャートである。
【図７】図７は、ピロキシカムによる経口寛容の一定の形態に対する廃止を示すチャートである。
【図８】図８は、α１（ＩＩ）刺激脾臓細胞によるＩＦＮ−γ生産を示すチャートである。
【図９】図９は、ＣＯＸ−２阻害剤ＳＣ’２３６が経口寛容誘導を廃止することを示すチャートである。
【図１０】図１０は、ピロキシカムによる経口寛容の持続的廃止を示すチャートである。
【図１１】図１１は、パイエル板脾臓共培養に対するピロキシカムまたはＣＩＩの効果を示すチャートである。
【図１２】図１２は、腸間膜リンパ節細胞増殖に対するピロキシカムまたはＣＩＩの効果を示すチャートである。
【図１３】図１３は、関節リウマチ患者の経口コラーゲンＩＩ治療の効果、およびそれがＰＢＭＣによるＰＢＭＣ ＩＦＮ生産をどの程度調節するかを示すチャートである。
【図１４】図１４は、関節リウマチを有する人の遺伝子型および免疫寛容を誘導する彼らの能力のチャートである。
【図１５】図１５は、マーカーおよび遺伝子が、興味のある、可能性のあるＳＮＰを含有することを示すチャートである。
【図１６】図１６は、プラセボ患者に対して１２ヶ月の時点でのＭＲＳＳの有意な低下を示すチャートである。
【発明を実施するための形態】
【００２０】
定義
以下の論述の中で、一定の物品および方法を背景技術および序論のために説明する。本明細書に含めるものを先行技術の「承認」と解釈すべきではない。本出願人は、準拠する法律条項のもと、本明細書において言及する物品および方法が先行技術を構成しないことを、適宜、論証する権利を明白に有する。本発明の説明を補助するために、以下の定義を提供する。
【００２１】
用語「核酸」は、一本鎖形態または二本鎖形態のデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドを指す。１本の鎖の上の特定の部位への言及が、相補鎖上の対応する部位も指すことは、当業者には容易に理解されるであろう。特に限定しない限り、この用語は、参照核酸と類似した結合特性を有する、および自然に発生するヌクレオチドに類似した様式で代謝される、天然ヌクレオチドの公知類似体を含有する核酸を包含する。別に指示しない限り、特定核酸配列は、明確に示す配列ばかりでなく、その保存修飾バリアント（例えば、縮重コドン置換）、対立遺伝子、オーソログ、ＳＮＰおよび相補配列も暗黙のうちに包含する。具体的には、縮重コドン置換は、１つまたは複数の選択された（またはすべての）コドンの第三の位置が混合塩基および／またはデオキシイノシン残基で置換されている配列を生じさせることによって達成することができる。用語核酸は、遺伝子によってコードされた「核酸配列」、「遺伝子」、「ｃＤＮＡ」および「ｍＲＮＡ」と同義で用いる。
【００２２】
用語「アミノ酸」は、自然に発生するアミノ酸および合成アミノ酸、ならびに自然に発生するアミノ酸に類似した様式で機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸ミメティックを指す。自然に発生するアミノ酸は、遺伝子コードによってコードされたもの、ならびに後に修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、α−カルボキシグルタミン酸塩、およびＯ−ホスホセリンである。アミノ酸類似体は、自然に発生するアミノ酸と同じ基礎化学構造、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基およびＲ基に結合しているα炭素、を有する化合物、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのような類似体は、修飾Ｒ基（例えば、ノルロイシン）または修飾ペプチド主鎖を有するが、自然に発生するアミノ酸と同じ基礎化学構造を保持する。「アミノ酸ミメティック」は、アミノ酸の一般化学構造とは異なる構造を有するが、自然に発生するアミノ酸に類似した様式で機能する化合物を指す。本明細書では、アミノ酸を、一般に知られている三文字記号によって紹介する場合があり、またはＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ生化学物質命名委員会（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ）によって推奨されている１文字記号によって紹介する場合がある。同様に、ヌクレオチドを、それらの一般に認められている１文字コードによって紹介する場合がある。
【００２３】
本明細書において用いる場合の用語「遺伝子型」は、例えば、複相生物が、興味のある１つまたは複数の変異対立遺伝子についてヘテロ接合であるか、ホモ接合であるかを含めて、生物の遺伝子組成を広く指す。
【００２４】
本明細書において用いる場合、「ＳＮＰ」および「ＳＮＰ遺伝子型」への言及は、個々のＳＮＰおよび／またはハプロタイプ（これは、一般に一緒に遺伝されるＳＮＰ群である）を含む。ハプロタイプは、個々のＳＮＰと比較して、疾患または他の表現型効果とより強い相関関係を有し、従って、場合によっては診断精度向上をもたらすことがある。
【００２５】
本発明のＳＮＰは、多型部位における１つまたは複数のヌクレオチドでの別のものの置換から生ずる場合がある。置換は、転位である場合もあり、または転換である場合もある。転位は、１つのプリンヌクレオチドの別のプリンヌクレオチドによる、または１つのピリミジンの別のピリミジンによる置き換わりである。転換は、プリンのピリミジンによる、またはピリミジンのプリンによる置き換わりである。ＳＮＰは、単一塩基挿入である場合もあり、または欠失バリアントである場合もある。
【００２６】
本発明のＳＮＰは、遺伝子コードの縮重に起因してアミノ酸変化をもたらす結果とならないものである、同義コドン変化、またはサイレント変異／ＳＮＰ（「ＳＮＰ」、「多型」、「変異」、「変異体」、「変異」、および「バリアント」などの用語を本明細書では同義で用いる）から生ずる場合がある。あるアミノ酸をコードするコドンを異なるアミノ酸をコードするコドンに変える置換（すなわち、非同義コドン変化）は、ミスセンス変異と呼ばれる。ナンセンス変異は、停止コドンを形成し、それによってポリペプチド鎖およびトランケート型タンパク質の時期尚早の停止をもたらすタイプの非同義コドン変化を生じさせる結果となる。読み過ごし変異は、停止コドンの破壊を生じさせ、それによって伸長ポリペプチド産物を生じさせる結果となる、もう１つのタイプの非同義コドン変化である。ＳＮＰは、二、三、または四対立遺伝子性のものを含む、すべての対立遺伝子性のものを含み得る。
【００２７】
ＳＮＰ位置、ＳＮＰ対立遺伝子、またはヌクレオチド配列を定義する際、核酸分子の１本の鎖の上の特定部位におけるアデニン、チミン（ウリジン）、シトシンまたはグアニンへの言及は、その核酸分子の相補鎖上の対応する部位における（それぞれ）チミン（ウリジン）、アデニン、グアニン、またはシトシンも規定する。従って、特定のＳＮＰ位置、ＳＮＰ対立遺伝子、またはヌクレオチド配列を指すために、いずれか一方の鎖に言及する場合がある。プローブおよびプライマーをいずれの鎖にハイブリダイズするようにも設計することができ、ならびに本明細書に開示するＳＮＰ遺伝子型判定法は、一般に、いずれの鎖もターゲットにすることができる。
【００２８】
用語「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」は、アミノ酸残基のポリマーを指すために本明細書では同義で用いる。これらの用語は、自然に発生するアミノ酸ポリマーおよび自然に発生しないアミノ酸ポリマーにばかりでなく、１つまたは複数のアミノ酸残基が、対応する自然に発生するアミノ酸の人工的化学的ミメティックであるアミノ酸ポリマーにもあてはまる。本明細書において用いる場合、これらの用語は、アミノ酸残基が共有ペプチド結合によって連結されている、完全長タンパク質（すなわち抗原）を含めて、任意の長さのアミノ酸鎖を包含する。本発明の「ポリペプチド」、「ペプチド」または「タンパク質」への言及は、当該技術分野において公知のペプチド／ポリペプチド／タンパク質（このタンパク質を、同義で、「野生型」、「参照」または「正常」タンパク質と呼ぶことがある）の対応するアミノ酸配列とは異なるアミノ酸残基を少なくとも１つ含有する、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、またはそれらのフラグメントを含む。そのような変異ペプチド／ポリペプチド／タンパク質は、本発明が開示するタンパク質コード位置での非同義ヌクレオチド置換（すなわち、ミスセンス変異）によって引き起こされるコドン変化の結果として生ずることがある。本発明の変異ペプチド／ポリペプチド／タンパク質は、ナンセンス変異、すなわち、早期停止コドンを生じさせるＳＮＰ、停止コドンの完全破壊によって読み過ごし変異を生じさせるＳＮＰから生ずる場合もあり、またはタンパク質の構造、機能／活性、もしくは発現を別様に改変する本発明が開示する任意のＳＮＰ、例えば、調節領域におけるＳＮＰ（例えば、プロモーターもしくはエンハンサー）、または選択的もしくは不完全スプライシングをもたらすＳＮＰ、例えば、イントロンにおけるＳＮＰもしくはエキソン／イントロン境界におけるＳＮＰのために生ずる場合もある。本明細書において用いる場合、用語「ポリペプチド」、「ペプチド」、および「タンパク質」は、同義で用いる。
【００２９】
すべての実施形態について、用語「個体」および「宿主」は、同義で用いており、ヒトに限定されない。本発明の態様によると、「個体」は、霊長類などの哺乳動物を含む、ならびにヒト、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、ブタ、ヒツジおよびサルを含む、任意の脊椎動物であり得る。従って、開示する本発明は、例えば、動物の水、動物の餌、動物用製剤およびこれらに類するものによって動物の治療に適用可能であり得る。本発明の態様によると、個体は、健常である場合もあり、または疾患に罹患している場合もある。しかし、一般に、本発明の方法は、自己免疫疾患、または病原性微生物および個体内の一定の核酸配列のタイプによって引き起こされる疾患に罹患しているヒトに適用する場合、有効に用いることができる。
【００３０】
用語「改変された」は、増加されたまたは減少されたリスク／尤度をいずれも包含するように本明細書では用いることができる。
【００３１】
本明細書において用いる用語「特定の疾患」、「疾患」または「障害」は、自己抗体疾患、ならびに例えばウイルス、細菌、酵母またはマイコプラズマなどの病原性微生物に関連した疾患、ならびに腫瘍学的疾患を包含する。しかし、疾患は、特に限定されない。
【００３２】
本明細書において用いる用語「従事者」または「医療従事者」は、医療業界、バイオテクノロジー業界または製薬業界をはじめとする、医薬または関連医療分野に専門職として従事している任意の人を含む。
【００３３】
発明の詳細な説明
本発明は、個体が、免疫寛容を発現する可能性が高いかどうかを判定する方法を提供し、これらの方法は、その個体における遺伝子配列ばかりでなく核酸配列の改変された発現（より高いもしくはより低い発現のいずれも）または独特な発現を、それらが発現されてないまたは一過的にしか発現されない場合でさえ、検出することによる。従って、一部の実施形態は、免疫寛容を発現する能力を有する個体が、免疫寛容を発現する能力を有さない個体からの既知および未知核酸配列の特異なまたは独特な発現を有するかどうかを判定する方法を提供する。一部の実施形態において、前記核酸配列は、ＳＮＰである。
【００３４】
本発明は、核酸配列、核酸配列を検出するための方法および試薬、免疫寛容を誘導する前に使用するためのキットまたはアッセイにおける核酸配列の使用も提供する。
【００３５】
本発明は、免疫寛容を有するもしくは発現するリスク増加または免疫寛容を有するもしくは発現するリスク低下のいずれかに関係づけられる核酸配列の使用を考えている。一定の核酸配列（またはそれらのｍＲＮＡもしくはタンパク質コード産物）の存在をアッセイして、個体が、免疫寛容を有するもしくは発現するリスク増加または免疫寛容を有するもしくは発現するリスク低下を示す核酸配列を有するかどうかを判定することができる。
【００３６】
類似して、特定の治療もしくは抗原に応答する尤度増加もしくは低下、または特定の治療もしくは抗原に対して免疫寛容を発現する尤度増加もしくは低下のいずれかに本発明の核酸配列を関連づけることができる。
【００３７】
一部の実施形態において、前記核酸配列は、ＳＮＰである。ＰＣＲ、ＲＦＬＰ、ハイブリダイゼーションおよびダイレクト塩基配列決定をはじめとする、当業者に周知である多数の異なる方法で、そのような核酸変異をアッセイすることができる。
【００３８】
免疫寛容になりやすい個体における核酸の存在／非存在の判定
一つの実施形態は、図１に示すような、少なくとも１つの核酸配列についてスクリーニングすることを含む、免疫寛容を発現しやすい個体に存在するまたは非存在である核酸配列を判定する方法である。この方法では、医療従事者が、先ず、経口抗原を患者に投与して免疫寛容を誘導する（１０１）。
【００３９】
本発明での使用に適する抗原としては、合成または天然由来のタンパク質およびペプチド、ならびに特に、経口寛容を誘導するために高い用量を自ら必要とするもの；多糖類およびリポ多糖類を含む（しかし、これらに限定されない）炭水化物；ならびに例えば自己免疫疾患、臨床的（アレルギー性）過敏症および同種移植拒絶に関連したものまたはそれらの誘導の原因となるものなどの、生物源から単離された抗原およびそれらのサブユニットまたは抽出物；またはそれらの任意の組み合わせが挙げられるが、それらに限定されない。
【００４０】
さらに、前記抗原は、自己免疫疾患、臨床的（アレルギー性）過敏症および同種移植拒絶の誘導と関係づけられるまたは誘導の原因となる任意のもの、およびそれらのサブユニットもしくは抽出物；または組換え生産全タンパク質、それらのサブユニットもしくはフラグメント；またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
【００４１】
前記関連疾患を治療するために投与される抗原としては、表１の抗原のすべてを挙げることができるが、これらに限定されない。表１に列挙する関連疾患または障害は、例であるつもりであり、いかなる点においても包括的なものでない。一つの特定の実施形態において、少なくとも１つの抗原は、Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、ＩＸ、Ｘ、ＸＩ、ＸＩＩ、ＸＩＩＩ、ＸＩＶ、ＸＶ、ＸＶＩ、ＸＶＩＩ、ＸＶＩＩＩ、ＸＩＸ、ＸＸ、ＸＸＩ、ＸＸＩＩ、ＸＸＩＩＩ、ＸＸＩＶ、ＸＸＶ、ＸＸＶＩ、ＸＸＶＩＩおよびＸＸＶＩＩＩから成る群より選択されるコラーゲン、およびそれらの混合物である。前記コラーゲンは、そのフラグメントである場合もある。例えば、前記コラーゲンは、８つのＣＢフラグメント：ＣＢ０、ＣＢ１、ＣＢ２、ＣＢ４、ＣＢ５、ＣＢ８、ＣＢ３、ＣＢ７およびＣＢ６を生じさせる、α１（Ｉ）のＣＮＢｒ切断によって生成される１つまたは複数のフラグメントである場合がある。前記コラーゲンは、６つのＣＢフラグメント：ＣＢ１、ＣＢ０、ＣＢ４、ＣＢ２、ＣＢ３およびＣＢ５を生じさせる、α２（Ｉ）のｃＣＮＢｒ切断によって生成される１つまたは複数のフラグメントである場合がある。
【００４２】
さらに一つの実施形態において、前記疾患は、硬化性疾患である。もう一つの実施形態において、前記疾患は、多発性硬化症である。
【００４３】
表１は、本発明の多数の実施形態を示すものである。例えば、一つの実施形態において、コラーゲンは、疾患特発性肺線維症に対する免疫寛容を誘導するために使用した抗原である。もう一つの実施形態において、α−エノラーゼは、疾患喘息に対する免疫寛容を誘導するために使用した抗原である。
【００４４】
さらに、個々の用量サイズ、用量の数、用量投薬頻度、および投与方式は、様々であり得る。当業者は、そのようなプロトコルの決定を果たすことができる。適する単回用量は、適する期間に１回以上の回数（例えば、数週間のあいだに数分から数日）投与したとき、動物における生体応答を改変することができる用量である。好ましくは、用量は、体重のキログラムあたり抗原約１ｎｇ（ｎｇ／ｋｇ）から、体重のキログラムあたり抗原約１グラム（ｇｍ／ｋｇ）、さらに好ましくは、１００ｎｇ／ｋｇから約１００ミリグラム／キログラム（ｍｇ／ｋｇ）、およびさらにいっそう好ましくは、体重キログラムあたり抗原約１０マイクログラム（μｇ／ｋｇ）から約１０ｍｇ／ｋｇを含む。
【００４５】
あるいは、患者の体重に基づいて抗原の用量を決定しない場合がある。この実施形態において、用量は、抗原少なくとも１ｎｇ／１日である場合がある。好ましくは、前記用量は、抗原１０μｇ／日から５０００μｇ／日にわたる。もう一つの実施形態において、前記用量は、抗原１０μｇ／日から５００μｇ／日にわたる。もう一つの実施形態において、前記用量は、抗原３０μｇ／日から２００μｇ／日にわたる。
【００４６】
一つの代替実施形態において、抗原の用量は、免疫応答の刺激に必要とされる閾値より低い。もう一つの実施形態において、抗原の用量は、前記閾値より高く、その結果、免疫応答を刺激する。
【００４７】
投与方式としては、エーロゾル投与経路、皮下経路、直腸内経路、皮内経路、静脈内経路、鼻経路、経口経路、経皮経路および筋肉内経路を挙げることができるが、これらに限定されない。一つの好ましい実施形態では、抗原を経口投与する。もう一つの好ましい実施形態では、抗原を静脈内または舌下投与する。
【００４８】
さらに、個体に投与する前に、抗原を他の成分、例えば、医薬的に許容される賦形剤および／または担体と併せることができる。他の成分は、投与方式、保管の必要、およびこれらに類するものに依存するであろう。
【００４９】
そのような賦形剤の例としては、水、食塩水、リンガー溶液、デキストロース溶液、ハンクス溶液、および他の生理的平衡塩類水溶液が挙げられる。非水性ビヒクル、例えば、固定油、ゴマ油、オレイン酸エチル、またはトリグリセリドを使用してもよい。他の有用な調合物としては、増粘剤、例えばカルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトールまたはデキストラン、を含有する懸濁液が挙げられる。賦形剤は、少量の添加剤、例えば、等張性および化学的安定性を向上させる物質も含有することがある。緩衝液の例としては、リン酸緩衝液、重炭酸緩衝液およびＴｒｉｓ緩衝液が挙げられるが、これらに限定されず、一方、保存薬の例としては、チメロサール、ｍ−またはｏ−クレゾール、ホルマリン、およびベンジルアルコールが挙げられるが、これらに限定されない。
【００５０】
標準的な調合物は、注射液である場合もあり、または注射用の懸濁液もしくは溶液などの適する液体に溶かすことができる固体である場合もある。一般に、担体は、治療する個体において抗原の半減期を増加させる化合物である。適する担体としては、高分子制御放出ビヒクル、生体分解性インプラント、リポソーム、細菌、ウイルス、油、エステル、およびグリコールが挙げられるが、これらに限定されない。好ましい制御放出調合物は、本発明の抗原を個体にゆっくりと放出することができる。適する制御放出ビヒクルとしては、生体適合性ポリマー、他のポリマーマトリックス、カプセル、マイクロカプセル、微粒子、ボーラス製剤、浸透圧ポンプ、拡散装置、リポソーム、リポスフェア、および経皮送達システムが挙げられるが、これらに限定されない。本発明の他の制御放出ビヒクルとしては、個体に投与するとインサイチューで固体またはゲルを形成する液体が挙げられる。好ましい制御放出ビヒクルは、生体分解性（すなわち、生体浸食性）である。
【００５１】
「サンプル」とも呼ぶ、生体サンプルを、固体の免疫応答の判定に使用するために固体から採取する（１０２）。そのようなサンプル調製成分は、任意の体液（例えば、血液、血清、血漿、尿、唾液、痰、胃液、精液、涙、汗など）、皮膚、毛髪、細胞（特に、有核細胞）、生検材料、口内スワブまたは組織標本から核酸抽出物（ＤＮＡおよび／もしくはＲＮＡを含む）、タンパク質または膜抽出物を作製するために使用することができる。サンプルを採取する頻度、およびその使用は、採点法、アッセイ形式、検出法の性質、およびアッセイする試験サンプルとして使用する具体的な組織、細胞または抽出物などの要因に基づいて変わるであろう。生体サンプルから核酸、タンパク質、細胞抽出物を調製する方法は、当該技術分野において周知であり、利用するシステムに適合性であるサンプルが得られるように変えることが容易にできる。
【００５２】
前記生体サンプルから、抗原に応答する個体免疫系を決定し、それらの応答に基づいて個体を採点する（１０３）。採点方法は、従事者に依存し、および抗原に対するそれらの免疫応答に基づいて患者を分ける任意の方法を含む。例えば、抗原特異的アッセイに基づいて患者を採点してもよいし、抗原非特異的アッセイに基づいて患者を採点してもよい。抗原特異的アッセイは、特定の抗原に対するＴおよびＢ細胞の応答を測定し、これに対して抗原非特異的アッセイは、特定の臨床状態と関係づけられるパターンについて表面マーカーの表現型または細胞の機能状態を判定する。
【００５３】
具体的には、従事者は、酵素標識免疫定量法（ｅｎｚｙｍｅ−ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏａｂｓｏｒｂｅｎｔ ａｓｓａｙ：ＥＬＩＳＡ）、ＥＬＩＳＡ／ＡＣＴ（登録商標）リンパ球応答アッセイ（Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ａｓｓａｙ：ＬＲＡ）、抗体生産のインビトロ測定、混合白血球反応、細胞傷害性Ｔリンパ球アッセイ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、限界希釈アッセイ、質量分析法、免疫沈降法および免疫蛍光法の使用をはじめとするがそれらに限定されない、免疫系応答の判定に適便な任意の手段を用いることができる。
【００５４】
例えば、一つの実施形態では、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを用いて個体の免疫応答を判定する。一般に、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイは、興味のあるサイトカインに対する捕獲抗体をコーティングしたプレートにおける免疫細胞のインキュベーションを含む。その後、細胞膜によって放出されたサイトカインは、そのインキュベーション期間中に捕獲抗体によって捕獲される。細胞を除去し、例えば同じサイトカインの異なるエピトープに対する標識二次抗体などの標識系を使用して、結合したサイトカインを検出する。このアッセイにより、結果として単個細胞のサイトカインフットプリントが得られる。
【００５５】
もう一つの実施形態では、トランスビボＤＴＨアッセイを用いて、個体の免疫応答を判定する。このアッセイでは、個体からの細胞を、抗原と共に、免疫不全マウスの足蹠に注射する。その後、結果として生じた足蹠腫脹によってその抗原に対するＴ細胞の反応性指数を測定する。
【００５６】
もう一つの実施形態では、四量体アッセイを用いる。この場合は、フローサイトメトリーを用いて、Ｔ細胞の頻度を特定のペプチド−ＭＨＣ複合体へのそれらの結合によって測定する。
【００５７】
代替実施形態でのＣＦＳＥアッセイは、分裂細胞におけるＣＦＳＥ色素の希釈によって、Ｔ細胞の増殖を測定する。このアッセイは、フローサイトメトリーの使用を含む。
【００５８】
さらにもう一つの実施形態では、Ｔ細胞の細胞内染色を用いて、例えばフローサイトメトリーにより、サイトカイン生産性Ｔ細胞の頻度を判定することができる。
【００５９】
さらにもう一つの実施形態では、抗原の摂取前、中および／または後のＩＦＮ−γ生産のそれぞれのレベルおよび／または変化に基づいて、患者を採点する。あるいは、他のサイトカインを測定して、個体の評点を決定することができる。例えば、α１（Ｉ）およびα２（Ｉ）刺激ＰＢＭＣ培養上清中のＩＬ−１０ならびに／またはｓＩＬ−２Ｒのレベルを用いて患者を採点することができる。
【００６０】
免疫系応答を判定するための他の手段としては、ＴＣＲレパートリーの特性付けが挙げられる。このアッセイは、Ｖβ遺伝子産物に沿ってＣＦＲ３長分布を決定するためにＶβ鎖を使用するＴ細胞の比率（ｐｒｏｐｏｒａｔｉｏｎ）を決定するための定量的ＰＣＲ、ゲル電気泳動およびＤＮＡ塩基配列決定の使用を含む場合がある。
【００６１】
免疫系応答を判定するためのもう一つの手段は、ポリクローナル、非抗原特異的刺激に応答するＴ細胞を含む。この場合は、全血を、一定期間、フィトヘムアグルチニンで刺激し、その後、ＣＤ４＋ Ｔ細胞を単離し、細胞溶解後に測定される細胞内ＡＴＰの合成および蓄積によって早期ＣＤ４＋ Ｔ細胞活性化の程度を測定する。
【００６２】
免疫系応答を判定する他の手段としては、核酸の存在の検出が挙げられるが、これに限定されない。ＰＣＲ、ＬＣＲおよびハイブリダイゼーション技術を含めて、幾つかの核酸検出方法を利用することができる。ハイブリダイゼーション技術は、２つ以上の核酸分子のハイブリダイゼーションの検出を含み、この場合の検出は、核酸分子の標識付けおよびそのような標識から生ずるシグナルの観察を含む、様々な方法で達成される。ハイブリダイゼーション技術としては、次のうちのいずれかを挙げることができる：ノーザンおよびサザンブロッティング、サイクリングプローブ反応、分岐ＤＮＡ、Ｉｎｖａｄｅｒ（商標）アッセイ、ならびにハイブリッドキャプチャー。ハイブリダイゼーション技術は、公知核酸配列のマイクロアレイ（または「バイオアレイ」）を使用してサンプルをプローブすることによりサンプル中に存在する核酸の特定の配列を同定するために用いることもできる。バイオアレイ技術は、一般に、公知一本鎖核酸を使用するものであり、この場合、特定の既知位置にそれぞれに特有の短鎖を取り付け、その後、サンプル核酸を添加し、サンプル中に存在する配列をその固定された鎖にハイブリダイズさせる。その後、ハイブリダイゼーション前に検出すべきサンプルのフラグメントを標識すること、一般には末端標識、によって、このハイブリダイゼーションの検出を行う。さらに、蛍光インサイチューハイブリダイゼーション技術の使用により、ハイブリダイゼーションを判定することができる。
【００６３】
さらに、一つの実施形態では、プロテオミクスアプローチを用いる場合がある。この場合は、タンパク質マイクロアレイまたは質量分析を用いて、個体のサンプル中に存在するタンパク質フラグメントの存在および定量化を判定する。加えて、１つより多くのタンパク質を分析することにより、従事者は、個体におけるタンパク質発現の独特なパターンによって免疫応答を判定することができる。
【００６４】
免疫系応答に基づいて患者を採点するために、従事者は、抗原の摂取前、中および／または後の免疫応答を測定して比較することができる。いつ免疫応答を測定するか、およびいかなる方法を用いるかの決定は、従事者の要求に基づく。さらに、従事者は、患者の免疫応答の採点を助長するために、個体の他の生理的要因、例えば、他のサイトカイン、Ｔ細胞の百分率、ＮＫ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞、単球、亜集団、酸化ラジカル、結合組織成長因子、酸化窒素、撮像技術によって判定される胸腺の形態、患者の身長、栄養状態、体重、健康状態、免疫学的アッセイによって判定される胸腺の機能、食事、性、年齢、ビタミンＡレベル、亜鉛レベル、および環境問題をさらに考慮することができると考えられる。患者のゲノム的背景、例えば、他の遺伝子またはゲノム領域における変異、人種および性の相違も考慮することができる。
【００６５】
抗原応答に基づいて個体を採点すると、従事者は、個体の遺伝子型を分析して、個体が１つまたは複数の核酸配列を有するのか、欠くのか（それによって、遺伝子発現のレベルまたはパターンが改変される）を判定することができる（１０４）。その後、その遺伝子型を用いて、１つまたは複数の核酸の存在または非存在と段階（１０３）の免疫応答評点とを関連づける。
【００６６】
従事者は、興味のある特定の公知核酸を検査して、または全ゲノムの一部もしくは全体を検査して、特異なまたは独特な核酸または核酸パターンの存在または非存在を捜し、１つまたは複数の核酸の存在／非存在と個体の免疫応答評点とを関連づけることができる。特に興味深い核酸としては、サンプル中のｍＲＮＡまたはタンパク質の濃度に影響を及ぼすことが知られているもの、核酸および／またはタンパク質発現の動態に影響を及ぼすことが知られている核酸、核酸および／またはタンパク質分解の速度に影響を及ぼす核酸、ならびにタンパク質安定性プロフィール、ＫｍまたはＶｍａｘに影響を及ぼす核酸が挙げられる。
【００６７】
さらに、従事者は、段階（１０２）の生体サンプルの一部を使用して核酸について分析することができ、または従事者は、分析のためにその個体から別の生体サンプルを採取することができる。従事者にとって適便な任意の手段によってサンプルから核酸を精製または単離することができるが、一定の検出形態では、そのような単離が必要とされない場合がある。
【００６８】
一つの好ましい実施形態において、従事者は、当該技術分野において周知の方法によって個体の遺伝子型を分析して、どの対立遺伝子（単数／複数）が興味のある任意の所定の遺伝子領域に存在するかを決定することとなる。隣接配列を使用して、オレゴヌクレオチドプローブなどの核酸検出試薬を設計することができ、場合によってはそれをキット形式で実現することができる。
【００６９】
一般的な遺伝子型判定方法としては、ＴａｑＭａｎアッセイ、分子ビーコンアッセイ、核酸アレイ、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、プライマー伸長整列（ａｒｒａｙｅｄ ｐｒｉｍｅｒ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）、相同プライマー伸長アッセイ、質量分析法による検出を伴うプライマー伸長、パイロシーケンシング、遺伝子アレイで選別される多重プライマー伸長、ローリングサークル増幅でのライゲーション、相同性ライゲーション、ＯＬＡ、遺伝子アレイで選別される多重ライゲーション反応、制限フラグメント長多型、一塩基伸長タグアッセイ、およびＩｎｖａｄｅｒアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。そのような方法を、例えば発光または化学発光検出、蛍光検出、時間分解蛍光検出、蛍光共鳴エネルギー移動、蛍光偏光法、質量分析法、および電気的検出などの検出メカニズムと併用することができる。
【００７０】
多型を検出するための様々な方法としては、開裂剤からの保護を用いてＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡにおけるミスマッチ塩基を検出する方法、変異核酸分子と野生型核酸節の電気泳動移動度の比較、および変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法を用いる変性剤の濃度勾配を有するポリアクリルアミドゲル中の多型または野生型フラグメントの移動についてのアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。ＲＮアーゼおよびＳＩ保護などのヌクレアーゼ保護アッセイまたは化学的開裂法により、特定の位置での配列変異も評価することができる。
【００７１】
一つの実施形態では、５’ヌクレアーゼアッセイとしても公知であるＴａｑＭａｎアッセイを用いて、遺伝子型判定を行う。ＴａｑＭａｎアッセイは、ＰＣＲ中の特定の増幅産物の蓄積を検出するものである。ＴａｑＭａｎアッセイは、蛍光レポーター色素およびクエンチャー色素で標識されたオレゴヌクレオチドプローブを利用する。レポーター色素は、適切な波長での照射によって励起され、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）と呼ばれるプロセスによって同じプローブ内のクエンチャー色素にエネルギーを移動させる。プローブに取り付けたとき、励起したレポーター色素はシグナルを出さない。無損傷プローブ内でのクエンチャー色素のレポーター色素への近接により、そのレポーターについての低減された蛍光が維持される。レポーター色素およびクエンチャー色素は、それぞれ、５’最末端および３’最末端に存在する場合もあり、または３’最末端および５’最末端に存在する場合もある。あるいは、レポーター色素は、５’もしくは３’最末端に存在してよいが、クエンチャー色素を内部ヌクレオチドに取り付け、またはクエンチャー色素は、５’もしくは３’最末端に存在してよいが、レポーター色素を内部ヌクレオチドに取り付ける。さらにもう一つの実施形態では、レポーターとクエンチャーの両方を、レポーターの蛍光が減少されるようなお互いの距離で、内部ヌクレオチドに取り付けることができる。
【００７２】
ＰＣＲ中に、ＤＮＡポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性がプローブを切断し、それによってレポーター色素およびクエンチャー色素が分離し、結果としてレポーターの蛍光増加が生ずる。レポーター色素の蛍光の増加をモニターすることによって、ＰＣＲ産物の蓄積を直接検出する。ＤＮＡポリメラーゼは、ＰＣＲ中に増幅されるターゲットＳＮＰ含有テンプレートにプローブがハイブリダイズした場合のみ、レポーター色素とクエンチャー色素の間でプローブを切断し、およびこのプローブは、特定のＳＮＰ対立遺伝子が存在する場合にのみターゲットＳＮＰ部位にハイブリダイズするように設計される。
【００７３】
好ましいＴａｑＭａｎプライマーおよびプローブ配列は、本明細書に提供するＳＮＰおよび関連核酸配列情報を用いて、容易に決定することができる。Ｐｒｉｍｅｒ Ｅｘｐｒｅｓｓ（カリフォルニア州、フォスター・シティーのＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）などの多数のコンピュータプログラムを用いて、最適なプライマー／プローブセットを迅速に得ることができる。本発明の核酸を検出するためのそのようなプライマーおよびプローブが、狭窄および関連病状についての診断アッセイに有用であること、ならびにキット形式に容易に組み込むことができることは、当業者にはわかるであろう。本発明は、当該技術分野において周知のＴａｑｍａｎアッセイの変形、例えば、分子ビーコンプローブおよび他の様々な形式の使用も含む。
【００７４】
本発明の核酸のもう一つの遺伝子型判別方法は、ＯＬＡにおける２つのオレゴヌクレオチドプローブの使用である。この方法では、１つのプローブをターゲット核酸のセグメントにハイブリダイズして、その３’最末端をその核酸部位に合わせる。第二のプローブは、ターゲット核酸分子の、第一のプローブの３’にすぐ隣接するセグメントにハイブリダイズする。並置された２つのプローブは、ターゲット核酸分子にハイブリダイズし、第一プローブの最も３’側のヌクレオチドと核酸部位との間に完全な相補性があれば、リガーゼなどの連結剤の存在下でライゲートされる。ミスマッチがあれば、効率的なライゲーションは発生しない。反応後、ライゲートしたプローブをターゲット核酸分子から分離し、核酸配列の存在の指標として検出する。ユニバーサルアレイを使用して核酸検出を行い（この場合、ジップコード配列をハイブリダイゼーションプローブの１つに導入することができる）、結果として生じた産物、すなわち増幅産物、をユニバーサルジップコードアレイにハイブリダイズするために、ＯＬＡを用いることもできる。あるいは、ジップコードをＯＬＡプローブに導入し、増幅ＰＣＲ産物を電気泳動またはユニバーサルジップコードアレイ読み取りによって決定する、ＯＬＡを用いることができる。
【００７５】
あるいは、ＯＬＡを用い、その後ＰＣＲを用いる、多重ＳＮＰ検出のためのＳＮＰｌｅｘ法およびソフトウェアを用いることができ、この場合、ジップコードをＯＬＡプローブに組み込み、増幅ＰＣＲ産物をｚｉｐｃｈｕｔｅ試薬とハイブリダイズし、ＳＮＰの同一性をそのｚｉｐｃｈｕｔｅの電気泳動の読み取り値から決定する。一部の実施形態において、ＯＬＡをＰＣＲ（または別の核酸増幅法）の前に行う。他の実施形態では、ＰＣＲ（または別の核酸増幅法）をＯＬＡの前に行う。
【００７６】
もう一つの遺伝子型判定法は、質量分析に基づく。質量分析は、ＤＮＡの４つのヌクレオチドのそれぞれの固有質量を利用する。代替核酸対立遺伝子を有する核酸の質量の差を測定することによる質量分析によって、核酸の遺伝子型を明確に判定することができる。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ（Ｍａｔｒｉｘ Ａｓｓｉｓｔｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ Ｉｏｎｉｚａｉｏｎ −− Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ：マトリックス支援レーザー脱離イオン化−−飛行時間型）質量分析技術は、ＳＮＰなどについての、分子量の極めて正確な決定に好ましい。遺伝子型分析への非常に多数のアプローチが質量分析に基づいて開発されている。質量分析に基づく好ましい核酸遺伝子型判定法は、プライマー伸長アッセイであり、これは、従来のゲルに基づく形式およびマイクロアレイなどの、他のアプローチと併用することもできる。
【００７７】
一般に、プライマー伸長アッセイは、プライマーを設計し、ターゲット核酸位置から上流（５’）のテンプレートＰＣＲアンプリコンにアニールすることを含む。ジデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄｄＮＴＰ）および／またはデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）の混合物を、テンプレートを含有する反応混合物に添加する。例えば、一部の実施形態において、これは、ＰＣＲなどによって一般に増幅されたＳＮＰ含有核酸分子である。プライマーおよびＤＮＡポリメラーゼをさらに添加することができる。その混合物中のｄｄＮＴＰの１つに相補的なヌクレオチドが存在するそのテンプレート内の最初の位置で、プライマーの伸長は停止する。プライマーは、その核酸位置にすぐ隣接する（すなわち、プライマーの３’末端のヌクレオチドが、ターゲットＳＮＰ部位の隣のヌクレオチドにハイブリダイズする）場合もあり、またはその核酸位置から２ヌクレオチド以上隔たっている場合もある。プライマーが、ターゲット核酸位置から数ヌクレオチド隔たっている場合、唯一の制限は、プライマーの３’末端と核酸位置の間のテンプレート配列が、検出すべきものと同じタイプのヌクレオチドを含有できないことであり、そうでないと、これは、伸長プライマーの早期停止を生じさせるであろう。
【００７８】
あるいは、ｄＮＴＰを伴わない、４つすべてｄｄＮＴＰのみのものを反応混合物に添加すると、プライマーは、ターゲットＳＮＰ位置に対応する１つだけの核酸によって必ず伸長されることとなる。この場合、プライマーを、ＳＮＰ位置の１ヌクレオチド上流に結合する（すなわち、プライマーの３’末端のヌクレオチドが、ターゲットＳＮＰ部位の５’側のターゲットＳＮＰ部位にすぐ隣接するヌクレオチドにハイブリダイズする）ように設計する。１ヌクレオチドだけの伸長が望ましい。それによって伸長プライマーの全質量が最小になり、その結果、代替ＳＮＰヌクレオチド間の質量差の分解能が増すからである。さらに、プライマー伸長反応において未修飾ｄｄＮＴＰの代わりに質量タグ付きｄｄＮＴＰを用いることができる。これは、これらのｄｄＮＴＰで伸長されたプライマー間の質量差を増加させ、その結果、感度および精度上昇をもたらし、ならびにヘテロ接合塩基位置のタイプ分けに特に有用である。質量のタグ付けにより、集約的なサンプル調製手順の必要も軽減され、および質量分析計の必要分解能も減少される。
【００７９】
その後、伸長プライマーをＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって精製および分析して、ターゲットＳＮＰ位置に存在するヌクレオチドの同一性を決定することができる。１つの分析方法では、プライマー伸長反応からの産物を、マトリックスを構成する吸光結晶と併用する。その後、レーザーなどのエネルギー源をマトリクスにあてて核酸分子をイオン化し、気相に脱離させる。その後、それらのイオン化した分子は飛行管に放出され、その管を下って検出器に向かって加速する。レーザーパルスなどのイオン化事象と検出器での分子の衝突との間の時間が、その分子の飛行時間である。飛行時間は、イオン化された分子の質量対電荷比（ｍ／ｚ）と正確な相関関係がある。小さいｍ／ｚを有するイオンのほうが、大きいｍ／ｚを有するイオンより速くその管を移動し、従って、軽いイオンのほうが、重いイオンより前に検出器に到達する。その後、その飛行時間を、対応する、および非常に正確な、ｍ／ｚに変換する。このように、単一塩基位置に異なるヌクレオチドを有する核酸分子に固有の、質量のわずかな差、および対応する飛行時間の相違に基づいて、ＳＮＰを同定することができる。
【００８０】
核酸を直接ＤＮＡ塩基配列決定によって採点することもできる。質量分析による塩基配列決定をはじめとする、様々な自動塩基配列決定手順を用いることができる。本発明の核酸配列は、通常の当業者が、そのような自動塩基配列決定手順のための塩基配列決定用プライマーを容易に設計できるようにする。市販の機器装備、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ３７７、３１００、３７００、３７３０、および３７３０ｘ１ ＤＮＡ Ａｎａｌｙｚｅｒｓ（カリフォルニア州、フォスター・シティー）が、自動塩基配列決定のための分野において一般に用いられている。ＳｐｅｃｔｒｕＭｅｄｉｘシステムなどのハイスループット変異スクリーニングシステムを利用することによって、核酸配列を決定することもできる。
【００８１】
本発明の核酸の遺伝子型判定に用いることができる他の方法としては、一本鎖高次構造多形（ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔｒａｎｄ ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ：ＳＳＣＰ）、および変性濃度勾配ゲル電気泳動法（ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ ｇｒａｄｉｅｎｔ ｇｅｌ ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ：ＤＧＧＥ）が挙げられる。ＳＳＣＰは、一本鎖ＰＣＲ産物の電気泳動移動の変化によって塩基の相違を同定する。一本鎖ＰＣＲ産物は、二本鎖ＰＣＲ産物を加熱するまたは別様に変性させることによって生じさせることができる。一本鎖核酸は、二次構造をリフォールディングまたは形成することがあり、これは、その塩基配列に一部分依存する。一本鎖増幅産物の異なる電気泳動移動度は、核酸位置での塩基配列の相違に関係づけられる。ＤＧＧＥは、多型ＤＮＡに固有の異なる配列依存性安定性および融解特性、ならびに変性勾配ゲルにおける電気泳動移動パターンの対応する相違に基づいて、核酸対立遺伝子を区別する。
【００８２】
配列特異的リボザイムを使用して、リボザイム切断部位の発生または喪失に基づき核酸、特にＳＮＰ、を採点することもできる。ヌクレアーゼ切断消化アッセイによって、または融解温度の差によって、完全マッチ配列をミスマッチ配列と区別することができる。従って、例えば、ＳＮＰが制限酵素切断部位に影響を及ぼす場合、制限酵素消化パターンの変化、およびゲル電気泳動法によって決定される核酸フラグメント長の対応する変化によってそのＳＮＰを同定することができる。
【００８３】
遺伝子型判定は、例えば、ヒト被験者から生体サンプル（例えば、組織、細胞、流体、分泌物などのサンプル）を採取する段階、そのサンプルの細胞から核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたは両方）を単離する段階、その核酸と、興味のあるターゲット核酸領域を含有する単離された核酸の領域に、そのターゲット核酸領域のハイブリダイゼーションおよび増幅が発生するような条件下で、特異的にハイブリダイズする１つまたは複数のプライマーとを接触させる段階、ならびに興味のある核酸位置に存在するヌクレオチドを決定する段階、または一部のアッセイでは、増幅産物の存在または非存在を検出する段階（特定の核酸配列対立遺伝子が存在するまたは非存在である場合にのみ、ハイブリダイゼーションおよび／または増幅が発生するようにアッセイを設計することができる）を含む場合がある。一部のアッセイでは、増幅産物のサイズを検出し、対照サンプルの長さと比較する；例えば、正常遺伝子型と比較した増幅産物のサイズの変化によって欠失および挿入を検出することができる。
【００８４】
さらに、その後、見つかった核酸、または特にＳＮＰの核酸を、免疫応答を誘導するために抗原も摂取した他の個体の核酸と比較することができる。２つ以上の配列の同一性を比較する方法は、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ ｖｅｒｓｉｏｎ ９．１（米国、ウィスコンシン州、マディソンのＧｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ）において入手できるプログラムをはじめとする任意の妥当な手段によって行うことができる。ＢＥＳＴＦＩＴなどの他のプログラムは、スミスおよびウォーターマンの「局所的相同性」アルゴリズムを見つけるために用いることができ、および二配列間の類似性の最高の単一領域を見つける。さらに、「最大類似性」を見つけて２つの配列をアラインする、ＧＡＰなどのプログラムを用いることができる。好ましくは、比較する２つの配列を最適にアラインして同一性および類似性％を決定する。配列間の同一性および／または類似性を決定するための他のプログラム、例えば、米国、メリーランド州、ベセズダの米国国立生物工学情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ：ＮＣＢ）から入手できるプログラムのＢＬＡＳＴファミリー、およびＷｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅの一部として入手できるＦＡＳＴＡも当該技術分野において公知である。
【００８５】
個体内に存在する核酸の存在または非存在またはパターンを決定すると、その免疫応答評点を核酸結果と関係づけることができる。その後、従事者は、１つまたは複数の核酸、好ましくはＳＮＰ、が、免疫寛容が改変されて抗原に対して応答する個体と関係づけられるのか、または応答しない個体と関係づけられるのかを決定することができる。
【００８６】
免疫寛容の誘導のメカニズムは、疾患および障害が異なれば変わるだろうと考えられる。例えば、全身性エリテマトーデスの誘導に関与するＳＮＰは、自己免疫脳症などの他の疾患に関与するＳＮＰとは異なるだろう。従って、従事者は、従事者が免疫寛容の誘導を望むそれぞれの疾患および障害について、図１のプロセスを反復することができる。
【００８７】
個体の遺伝子型判定に基づく治療の決定
図１の方法は、それにより、従事者が、どのような核酸配列（ＳＮＰを含む）が免疫寛容の誘導に関与し得るかを決定できるので、特に有益である。さらに重要なことに、図１の方法を完了すると、図２において概説するように、従事者は、新たな個体を興味のある核酸配列またはＳＮＰについて簡単に検査することができる。
【００８８】
先ず、従事者は、患者を疾患または障害を有するとおりにカテゴリー分けまたは診断する（２０１）。このカテゴリー分けまたは診断は、現在または過去の症状、病歴、家族歴、検査、例えばアッセイまたは医学的スキャン、およびこれらに類するものに基づくだろう。
【００８９】
従事者は、患者を診断したら、その患者から生体サンプルを採取する（２０２）。このサンプルは、全血、血漿、尿、涙、精液、唾液、頬粘膜、間質液、リンパ液、髄膜液、羊水、腺液、痰、糞便、汗、粘液、膣分泌物、脳脊髄液、毛髪、皮膚、排泄物、創傷滲出物、創傷ホモジネート、および創傷液をはじめとする（しかし、これらに限定されない）、従事者および患者にとって適便な任意の形態のものであってよい。
【００９０】
その後、その個体の核酸をそのサンプルから単離する（２０３）。単離は、従事者にとって適便な任意の手段によって行うことができる。例えば、単離は、先ず、洗剤、酵素的消化または物理的破壊を用いて細胞を溶解するによって、行うことができる。その後、例えば、酵素的消化、有機溶媒抽出、またはクロマトグラフ法の使用により、汚染物質を核酸から除去する。アルコールでの沈殿、遠心分離および／または透析をはじめとする任意の手段によって、個体の核酸を精製および／または濃縮することができる。
【００９１】
その後、その個体の核酸を、興味のある１つまたは複数の所定の核酸の存在または非存在についてアッセイする（２０４）。興味のある１つまたは複数の所定の核酸は、従事者が、いずれかの疾患または障害に対する免疫寛容に関係づけることができると考える、いずれの核酸であってもよい。適切な疾患または障害の典型的な例を表１に列挙する。
【００９２】
興味のある１つまたは複数の所定の核酸が存在するか、非存在であるかの判定を、任意の手段によって行うことができる（２０５）。
【００９３】
一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、６６，６０３，７９１と６６，６０３，９９１ｂｐｓの間の染色体１２の近位末端から約５５．５Ｍｂｐに位置する、染色体１２上のおおよそ５０ＫＢの非遺伝子領域であり、この場合、興味のある核酸は、
【００９４】
【化１】
のいずれかである。
【００９５】
【化２】
は、多型性部位である。従って、ＡＡは、ＡＡホモ接合を表し、その一方で、ＡＢは、Ａ／Ｇヘテロ接合を表し、およびＢＢは、ＧＧ遺伝子型を表し、Ａ→Ｇは、多型部位を表す。
【００９６】
あるいは、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７の５’側のおおよそ２６５１４３ｂｐの部分を含む場合がある。あるいは、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ−１５１５７３７の３’側のおおよそ２３１５１３ｂｐの部分を含む場合がある。あるいは、興味のある所定の核酸は、配列番号３または４のすべての部分を含む。
【００９７】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、マーカーＤ１２Ｓ１５０３の近位内の、染色体１２上の６６５０７１５５−６６５０７４６４の間に位置する。
【００９８】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１６７６の近位内に位置し、すなわち、興味のある所定の核酸の一部またはすべてが、染色体１２上の６６４９９２９８−６６４９９４２３の間に位置する。
【００９９】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ３３５の近位内に位置し、すなわち興味のある所定の核酸の一部またはすべてが、染色体１２上の６６４１５８０２−６６４１６０５６の間に位置する。
【０１００】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１０２の近位内に位置し、すなわち興味のある所定の核酸の一部またはすべてが、染色体１２上の６６７８１０４６−６６７８１２９８の間に位置する。
【０１０１】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１５０６の近位内に位置し、すなわち興味のある所定の核酸の一部またはすべてが、染色体１２上の６６７８５３８０−６６７８５６１４の間に位置する。
【０１０２】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５０８４９８（ＴＳＣ５１９７７）であり、ＣまたはＴが多型である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１２６４５（ＴＳＣ１７２０８６０）であり、ＣまたはＴが多型である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１２７１９（ＴＳＣ１７２０８６１）であり、ＣまたはＴが多型である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１５３３０（ＴＳＣ１２４４７３３）であり、ＣまたはＴが多型である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１８８２９（ＴＳＣ５１５８３）であり、ＡまたはＧが多型である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１８８７８（ＴＳＣ５１５８４）であり、ＣまたはＧが多型である。さらに、一つの特定の実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１５７３７の３０ｋｂｐ内に位置する。これらの他のマーカーおよび転写物も、寛容、特に経口寛容、を誘導させる患者の能力を判定するために用いることができる。
【０１０３】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１５０３（配列番号５）である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１６７６（配列番号６）である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ３３５（配列番号７）である。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、Ｄ１２Ｓ１０２（配列番号８）である。
【０１０４】
もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５０８４９８であり、ＣまたはＴが多型である。（配列番号９および１０）。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１２６４５であり、ＣまたはＴが多型である。（配列番号１１または１２）。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１２７１９であり、ＣまたはＴが多型である。（配列番号１３または１４）。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１５３３０であり、ＣまたはＴが多型である。（配列番号１５または１６）。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１８８２９であり、ＡまたはＧが多型である。（配列番号１７または１８）。もう一つの実施形態において、興味のある所定の核酸は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１８８７８であり、ＣまたはＧが多型である。（配列番号１９または２０）。興味のある所定の核酸は、ヒト染色体１２上の６３．３ｍｂｐと６９．４ｍｂｐの間の任意のマーカーまたは遺伝子である場合もある。例えば、図１５参照。
【０１０５】
一つの実施形態において、従事者は、核酸の特定のバリアントの存在または非存在の視覚的確認を用いる。
【０１０６】
もう一つの実施形態において、前記方法は、興味のある１つまたは複数の所定の核酸の存在および／または非存在を判定するための１つまたは複数のアルゴリズムをコンピュータベースのシステムに備えさせ、存在する場合には、個体の核酸中に存在する興味のある１つまたは複数の所定の核酸の量を定量する。
【０１０７】
一つの好ましい実施形態において、興味のある所定の核酸は、１つまたは複数のＳＮＰである。さらに、前記コンピュータベースのシステムは、観察されたＳＮＰ対立遺伝子、代替コドン、集団、対立遺伝子頻度、ＳＮＰタイプ、および／または影響を受けたタンパク質ならびにこれらに類するものについての情報を含む場合がある。
【０１０８】
前記コンピュータベースのシステムは、本発明の任意の情報を分析するために使用することができる次のもののうちの少なくとも１つを含む：ハードウェア手段、ソフトウェア手段、およびデータ記憶手段。本発明のコンピュータベースのシステムの最小のハードウェア手段は、一般に、中央演算処理装置（ｃｅｎｔｒａｌ ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ｕｎｉｔ：ＣＰＵ）、インプット手段、アウトプット手段、およびデータ記憶手段を含む。現在利用できるコンピュータベースのシステムのいずれのものも本発明での使用に適することは、当業者には容易に理解されるはずである。そのようなシステムを、一切実験せずに、ＣＤ−Ｒに備えられた情報またはそのサブセットを利用することにより本発明のシステムに変えることができる。
【０１０９】
上で述べたように、本発明のコンピュータベースのシステムは、情報が記憶されたデータ記憶手段と、検索手段を支援および実装するために必要なハードウェア手段およびソフトウェア手段とを含む。前記コンピュータベースのシステムの検索手段は、データ記憶手段の中に記憶された核酸情報に基づいて、ターゲット配列中のＳＮＰを含めて、核酸配列を同定または分析するためにそのコンピュータベースのシステムに実装される１つまたは複数のソフトウェアプログラムまたはアルゴリズムを含む。核酸配列の存在もしくは非存在、および／またはどのヌクレオチドが核酸配列の特定のＳＮＰ位置に存在するのかを判定するために、検索手段を用いることができる。
【０１１０】
この実施形態の一つの応用例では、従事者は、コンピュータベースのシステムに、コンピュータ可読媒体上の興味のある核酸に関する情報を備えさせることができる。コンピュータ可読媒体は、磁気記憶媒体、例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスク記憶媒体、および磁気テープ；光学記憶媒体、例えば、ＣＤ−ＲＯＭ；電気的記憶媒体、例えば、ＲＡＭおよびＲＯＭ；ならびにこれらのカテゴリーのハイブリッド、例えば、磁気／光学記憶媒体をはじめとする（しかし、これらに限定されない）、コンピュータによって直接読むことおよびアクセスすることができる任意の媒体である。
【０１１１】
本発明のヌクレオチドまたはアミノ酸配列を記録したコンピュータ可読媒体を作るために、当業者は、様々なデータ記憶構造を利用することができる。データ記憶構造の選択は、一般に、記憶される情報にアクセスするために選択される手段に基づく。加えて、本発明の核酸配列情報をコンピュータ可読媒体に記憶するために、様々なデータプロセッサープログラムおよび形式を用いることができる。例えば、配列情報を、市販のソフトウェア、例えばＷｏｒｄＰｅｒｆｅｃｔおよびＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｗｏｒｄ、でフォーマットした、ワード・プロセッシング・テキスト・ファイルで表現することができ、ＡＳＣＩＩファイルの形式で表現することができ、またはデータベースアプリケーション、例えばＯＢ２、Ｓｙｂａｓｅ、Ｏｒａｃｌｅまたはこれらに類するもの、に記憶することができる。当業者は、本発明の核酸配列情報を記録したコンピュータ可読媒体を得るために、任意の数のデータプロセッサー構成フォーマット（例えば、テキストファイルまたはデータベース）を容易に適応させることができる。
【０１１２】
本発明の、ＳＮＰを含めて、核酸配列をコンピュータ可読形式で提供することにより、従者は、様々な目的のための核酸配列情報に常例的にアクセスすることができる。当業者がコンピュータ可読媒体において提供される配列情報にアクセスすることができるようにするコンピュータソフトウェアは、一般入手可能である。一般入手可能なコンピュータソフトウェアの例としては、ＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＺＥ検索アルゴリズムが挙げられる。
【０１１３】
本発明は、本明細書に記載する核酸配列情報を含有するシステム、特に、コンピュータベースのシステムをさらに提供する。そのようなシステムを、例えば多数のＳＮＰ位置に関する情報、または多数の個体からの、ＳＮＰ遺伝子型を含めて、遺伝子型に関する情報を記憶および／または分析するように設計することができる。本発明の核酸配列情報は、利用可能な情報源の代表である。コンピュータベースのシステムで記憶／分析される本発明の核酸配列情報は、集団内の核酸対立遺伝子頻度の判定もしくは分析、疾病遺伝子のマッピング、遺伝子型−表現型関連性研究、ＳＮＰのハプロタイプへのグループ分け、ＳＮＰハプロタイプと特定の薬物への応答との相関関係の証明のようなコンピュータ集約型用途に、または様々な他の生命情報科学的、薬理ゲノム科学的、薬物開発、もしくは人物の同定／法医学的用途に用いることができる。
【０１１４】
その後、興味のある１つまたは複数の所定の核酸の存在および／または非存在に基づいてその個体のための治療を処方する（２０６）。治療は、誘導することができる免疫寛容を誘導する尤度の決定、そのような場合には抗原のタイプ、用量、投与方法、治療レジメント、およびこれらに類するものをはじめとする、従事者の手段のうちのいずれのものも含むことができる。
【０１１５】
本発明者らは、非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）が免疫寛容の発生に干渉する場合があることも発見した。従って、一つの代替実施形態において、従事者は、治療を望む個体にＮＳＡＩＤＳの使用を停止してもらうこと、または例えばミソプロストールなどの免疫寛容のＮＳＡＩＤ阻害を逆行させる医薬を投与することによって、免疫寛容の生成を調節することができる。
【０１１６】
さらに、一つの好ましい実施形態において、本発明の方法は、特発性肺線維症（「ＩＰＦ」）を治療するために用いることができる。ＩＰＦは、正常肺組織が線維化組織によって徐々に置き換えられる、または異常な過剰量の線維化組織が肺間質内に沈着する、致死的、慢性、進行性、間質性肺疾患である。これは、肺の瘢痕化として説明することができる。ＩＰＦ患者の約６０％は、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応を有する。特定のメカニズムまたは理論に拘束されることを望まないが、そのような患者の免疫系が肺のＶ型コラーゲンを攻撃し、それによって線維症を引き起こすと考えられる。
【０１１７】
肺のＶ型コラーゲンを攻撃する免疫応答を停止または減少させることができると、Ｖ型コラーゲンに対する自己免疫反応を有するＩＰＦ患者にとって有益であろう。本発明の方法を用いてＶ型コラーゲンに対する免疫寛容を誘導することにより、この免疫応答を停止または減少させることができるだろう。本発明の方法に従ってコラーゲン、好ましくはＶ型コラーゲン抗原、を反復投与することによって、寛容を誘導することができるだろう。
【０１１８】
コラーゲンまたはコラーゲン抗原、好ましくはＶ型コラーゲンまたはその抗原、の投与は、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応を有するＩＰＦ患者の治療に最も有効であろう。従って、そのような患者を同定するための検査が望ましい。
【０１１９】
本発明の方法を用いて、関連性研究を行って、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応を有するＩＰＦ患者が、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応を有さないＩＰＦ患者において見つけられないＳＮＰ−−またはＳＮＰに何らかの様式で関連している他の核酸配列−−を１つまたは複数有するかどうかを判定することができる。その後、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応に関係づけられる１つまたは複数のＳＮＰまたは関連核酸配列の存在を用いて、コラーゲンまたはコラーゲン抗原、好ましくはＶ型コラーゲンまたはその抗原、の投与の恩恵を受ける可能性が最も高い患者を同定することができる。Ｖ型コラーゲンに対する自己免疫反応は、肺移植に対する拒絶反応の一因になることも考えられる。従って、Ｖ型コラーゲンに対する抗原特異的自己免疫反応と関係づけられることが判明したＳＮＰ（単数もしくは複数）および／または関連核酸配列を用いて、肺または他の移植をうまく受けられる患者の傾向を評価することもできる。
【０１２０】
免疫寛容を誘導するかどうかを判定するための個体遺伝子型の使用
従事者は、本発明を用いて、個体のための治療のレジメントを決定することもできる。すなわち、個体特異的情報に基づいて、本発明は、治療レジメント、例えば、免疫寛容を誘導するかどうか、抗原のタイプ、用量、投与方法、治療のレジメント、およびこれらに類するものを従事者に推奨することができる。治療レジメントの推奨は、個体が有する疾患または障害に依存するものであるばかりでなく、個体の特徴に依存するものである場合がある。
【０１２１】
この実施形態、図３にある方法、では、先ず、個体の特徴を１つまたは複数のデータベースに入れる（３０１）。１人以上の従事者での総合診察、個体が記入した質問票、電子データベース、診断用または専門調査会測定ツール、クライアント概要レポート、および転帰測定レポートの使用をはじめとする任意の手段によって、個体の特徴の情報を受け取ることができる。さらに、ネットワーク、口頭での伝達、視覚的伝達、書面での伝達、物理的データ記憶媒体、および／またはデータを伝えることができる任意の他の手段のうちの１つまたは複数によって、個体の特徴の情報を受け取ることができる。
【０１２２】
個体の特徴としては、年齢、性別、身長、体重、個体の病歴、家族の病歴、民族、アレルギー情報、生活様式情報、およびこれらに類するものを挙げることができるが、それらに限定されない。
【０１２３】
その後、個体の核酸を採取して分析する（３０２）。個体の核酸の採取方法は、本明細書の中で述べるものをはじめとする、従事者によって考えられるいずれの方法であってもよい。
【０１２４】
その後、興味にある１つまたは複数の所定の核酸の存在または非存在を判定する（３０３）。この場合は、どの核酸を検査するか、すなわち興味にある所定の核酸、の決定は、従事者が個々に決定することができる。あるいは、その決定は、個体の現在の疾患もしくは診断とまたは従事者が現在の疾患もしくは診断であると考えるものとその疾患または診断に関係づけられる興味のある核酸との関係を反映する情報を含むデータベースにアクセスすることを含む。
【０１２５】
一部の実施形態において、本発明の１つまたは複数のデータベースは、従事者の居場所に局在する。他の実施形態において、前記１つまたは複数のデータベースは、遠隔、動的データベースである。一般に、動的データベースは、中のデータを容易に変更またはアップデートできるものである。例えば、ソフトウェアシステムを使用して、ネットワーク経由で動的データベースからの情報にアクセスすること、およびそのデータベースから情報をソフトウェアシステムにアップロードすることができる。データベースに記憶されている情報が変わると、そのデータベースに接続しているソフトウェアシステムも、人的介入なしに、相応じて自動的に変わるであろう。前記ソフトウェアシステムは、限定されないが、イベントドリブン方式で、分単位で、１時間ごとに、毎日または週１回を含めて、随時、前記動的データベース内の個体の情報をアップデートすることができる。
【０１２６】
段階（３０３）の結果、すなわち興味のある１つまたは複数の所定の核酸の存在または非存在、に基づいて、個体の治療を決定することができる。一つの実施形態において、従事者は、医療分野における彼のノウハウに基づいて治療レジメントを決定する。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のデータベースに記憶されたソフトウェアシステムが治療レジメントを推奨する。推奨される治療レジメントとしては、免疫寛容を誘導するかどうか、抗原の型、用量、投与方法、治療のレジメント、市販薬または処方薬、生活様式変化、およびこれらに類するものが挙げられるが、それらに限定されない。
【０１２７】
治療レジメントの推奨は、個体が有する疾患または障害に依存するものであるばかりでなく、個体の特徴に依存するものでもある場合がある。従って、１つまたは複数のデータベースに、個体についてのより多くの情報、治療すべき疾患または障害、治療の転帰、および他の互換性のある情報をソフトウェアによってインプットできるようにすることができる。多数の個体についての情報を共にプールすることができると考えられ、従って、１つまたは複数のパラメータについてのデータの量が増すにつれて、ソフトウェアシステム内のアルゴリズムは、どのような治療／手順が個体の基準セットに最もよく適するかを計算する点で、より強くおよびより正確になる。さらに、前記データベースは、「ベストプラクティス」、すなわち、医療専門家の一団によって最適と判断された特定の治療プロトコル、のウェアハウスをさらに含む場合がある。
【０１２８】
これらの実施形態によって、従事者は、個体の治療をより良く調整することができ、ならびに不必要な費用および不必要な治療の時間を回避することができる。
【０１２９】
免疫寛容に関係づけられる核酸の決定
どの核酸が興味のある所定の核酸であるかの決定は、図４の方法によって決定することができる。先ず、疾患または障害を有する多数の個体に関する情報を収集し、１つまたは複数のデータベースに保管する（４０１）。この情報は、少なくとも、個体の疾患または障害、抗原投与後に免疫寛容を発現する個体の能力、および個体の核酸情報を含む。好ましくは、前記核酸情報は、１つまたは複数のＳＮＰの存在または非存在である。
【０１３０】
１つまたは複数のＳＮＰの存在または非存在と免疫寛容を発現する個体の能力を比較して、特定の疾患または障害状態でのその核酸の存在増加（または減少）を判定する（４０２）。ＳＮＰと免疫寛容を発現する能力の比較は、数学的アルゴリズムを用いることによって遂行することができる。
【０１３１】
統計的に有意な関連性が、１つまたは複数のＳＮＰと免疫寛容を誘導する能力の間に確立されたら、そのＳＮＰの周辺の領域を場合によっては徹底的にスクリーニングして、免疫寛容を誘導する能力に影響を及ぼす原因遺伝子座／配列（単数または複数）（例えば、原因ＳＮＰ／変異、遺伝子、調節、領域など）を同定することができる。
【０１３２】
加えて、ＳＮＰと特定の疾患または障害についての関連性研究を行って、興味のある疾患または疾病を有する個体からの生体サンプルにおけるＳＮＰ対立遺伝子の存在または頻度を決定することができ、ならびにその情報を、好ましくは同様の年齢および人種である対照（すなわち、その障害を有さない個体；対照を「健常」または「正常」個体と呼ぶこともある）の情報と比較することができる。前記患者および対照は、身体的特徴ができる限り似通っているほうがよく、十分に特性付けされている個体のプールが極めて望ましい。さらに、関連性研究は、一般集団内で行うこともでき、罹患家族内の関連個体に対して行う研究（連鎖研究）に限定されない。
【０１３３】
その後、１つまたは複数のＳＮＰに関する情報を、免疫寛容を誘導する能力を有する個体におけるその存在または非存在に関する情報と共に、１つまたは複数のデータベースに記憶させる（４０３）。
【０１３４】
その後、疾患または障害についての治療を望む個体の核酸を採取し、分析して、その個体が、免疫寛容を誘導する他の個体の能力と統計学的に有意に関係づけられる１つまたは複数のＳＮＰを有するかどうかを見出す（４０４）。その後、医療従事者は、独力で、または１つまたは複数のデータベースを含むソフトウェアの支援によって、どのような医療レジメントが実行可能であるのか、およびそれらの治療のパラメータを決定することができる。
【０１３５】
免疫寛容になりやすい個体における改変されたポリペプチド提示の判定
もう一つの実施形態では、先ず、図５に示すような少なくとも１つのポリペプチドについてスクリーニングする工程を含む方法を用いて、免疫寛容を発現しやすい個体に存在するまたは非存在であるポリペプチドを決定する。この方法では、先ず、医療従事者が経口抗原を患者に投与して、免疫寛容を誘導する（５０１）。
【０１３６】
本発明での使用に適する抗原としては、前に論じたものが挙げられ、ならびに自己免疫疾患、臨床的（アレルギー性）過敏症、および同種移植拒絶の誘導に関係づけられるもしくは該誘導の原因となる任意のもの、ならびにそれらからのサブユニットもしくは抽出物；または組換え生産された全タンパク質、それらのサブユニットもしくはフラグメント；またはそれらの任意の組み合わせを挙げることができる。さらに、前記抗原としては、関連疾患を治療するための、表１の抗原のすべてを挙げることができるが、それらに限定されない。個体に投与する前に、前記抗原を他の成分、例えば、医薬的に許容される賦形剤および／または担体、とさらに併せることができる。
【０１３７】
個々の用量のサイズ、用量の数、用量投与の頻度、および投与方式は、様々であり得、当業者がそれを決定できる。抗原の適する用量は、前に論じたものである。さらに、投与方式としては、エーロゾル投与経路、皮下経路、直腸内経路、皮内経路、静脈内経路、鼻経路、経口経路、経皮経路および筋肉内経路を挙げることができるが、これらに限定されない。
【０１３８】
個体の免疫応答の判定に使用するために個体から生体サンプルを採取し（５０２）、それによって、抗原に対する個体の免疫系応答を、それらの応答に基づいて採点する（５０３）。
【０１３９】
個体の免疫応答を判定する方法としては、酵素標識免疫定量法（ＥＬＩＳＡ）、ＥＬＩＳＡ／ＡＣＴ（登録商標）リンパ球応答アッセイ（ＬＲＡ）、抗体生産のインビトロ測定、混合白血球反応、細胞傷害性Ｔリンパ球アッセイ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、限界希釈アッセイ、質量分析法、免疫沈降法、免疫蛍光法、ＥＬＩＳＰＯＴ、トランスビボＤＴＨアッセイ、四量体アッセイ、ＣＦＳＥアッセイ、ＴＣＲレパートリーの特性付け、ポリクローナル、非抗原特異的刺激に対するＴ細胞応答の測定、ＰＣＲ、ＬＣＲ、ハイブリダイゼーション技術およびプロテオミクスを含む核酸の存在の検出の使用を含む（しかし、これらに限定されない）、前に論じた任意の方法を挙げることができる。加えて、一つの特定の実施形態では、抗原の摂取前、中および／または後の、ＩＬ−１７、ＩＬ−２またはＩＦＮ−γ生産をはじめとする、サイトカイン生産のそれぞれのレベルおよび／または変化に基づいて、患者を採点する。さらに、Ｔｒ１細胞などのＴ調節細胞またはＣＤ４＋、ＣＤ２５＋、ＦｏｘＰ３＋細胞のレベルを用いて、患者応答を採点することができる。あるいは、他のサイトカインを測定して、個体の評点を決定することができる。例えば、α１（Ｉ）およびα２（Ｉ）刺激ＰＢＭＣ培養上清中のＩＬ−１０、ＩＬ−４、ＩＬ−５またはＴＧＦ−β１、２もしくは３、ならびに／あるいはｓＩＬ−２Ｒのレベルを用いて、患者を採点することができる。
【０１４０】
採点方法は、従事者に依存し、および抗原に対するそれらの免疫応答に基づいて患者を分ける任意の方法を含む。免疫系応答に基づいて患者を採点するために、従事者は、抗原の摂取の前、中および／または後の免疫応答を測定して比較することができる。いつ免疫応答を測定するのか、およびどのような方法を用いるのかの決定は、従事者の要求に基づく。さらに、従事者は、患者の免疫応答の採点を助長するために、個体の他の生理的要因、例えば、他のサイトカイン、酸化ラジカル、結合組織成長因子、酸化窒素、患者の身長、体重、食事、および環境問題をさらに考慮することができると考えられる。
【０１４１】
個体を抗原応答に基づいて採点したら、従事者は、個体のポリペプチドを分析して、個体が１つまたは複数のポリペプチドまたは変異ポリペプチドを有するかどうかを判定する（５０４）。
【０１４２】
従事者は、興味のある特定の公知ポリペプチドを検査してまたはサンプル中に存在するタンパク質の一部またはすべてを検査して、特異なもしくは独特なポリペプチドまたはポリペプチドパターンの存在または非存在を捜し、そのポリペプチドの存在／非存在と個体の免疫応答評点とを関連づけることができる。
【０１４３】
当業者に公知の様々な方法によって、ポリペプチドを検出することができる。ポリペプチド検出前に、硫酸アンモニウムなどの物質での選択的沈殿、冷エタノール沈殿、限界濾過、カラムクロマトグラフィー、免疫精製法、およびこれらに類するものをはじめとする（しかし、これらに限定されない）標準的な技術によって、個体の生体サンプル中のポリペプチドを実質の純度に精製することができる。
【０１４４】
サンドイッチアッセイおよび競合または置換アッセイをはじめとする（しかし、これらに限定されない）、従事者にとって適便な任意の方法を使用することによって、ポリペプチドを検出することができる。一般に、サンドイッチまたは競合／置換アッセイは、分析物（この場合はサンプル中の１つまたは複数のポリペプチド）に特異的に結合するおよび多くの場合、該分析物を固定する「捕捉剤」を含む。捕捉剤は、分析物に特異的に結合する部分である。
【０１４５】
ポリペプチドの存在または非存在は、電気化学的手段または標識の使用をはじめとする、従事者にとって適便な任意の手段によって判定することができる。標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電気的、光学的または化学的手段によって検出可能な任意の組成物である。本発明において有用な標識としては、磁気ビーズ、蛍光色素（例えば、フルオレセインイソチオシアネート、テキサスレッド、ローダミン、およびこれらに類するもの）、放射性標識（例えば、３Ｈ、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３２Ｐ）、酵素（例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、およびＥＬＩＳＡにおいて一般に使用されている他の酵素）、ならびに比色標識、例えば、コロイド金または着色ガラスもしくはプラスチック（例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックスなど）ビーズが挙げられる。当該技術分野において周知の方法によるアッセイの所望の成分に前記標識を直接または間接的にカップリングさせることができる。抗体は、当業者に周知のおよび上で説明したような多数の手段のいずれかによって生産することができる。さらに、標識は、捕捉剤／分析物複合体に結合するまたは捕捉剤／分析物複合体についてはっきりと識別できる部分に二次的に結合する第三の部分上に存在する場合がある。
【０１４６】
前記ポリペプチドを検出および／または定量するために用いることができる他の技術としては、ウエスタンブロット（免疫ブロット）分析、リポソームイムノアッセイ（ｌｉｐｏｓｏｍｅ ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ：ＬＩＡ）、プロテオミクス、例えば、タンパク質マイクロアレイまたは質量分析法が挙げられる。
【０１４７】
個体のサンプル中で見つけられる興味のあるポリペプチドのアミノ酸配列を決定し、免疫寛容を誘導する他の個体の能力と統計学的に有意に関係づけられるポリペプチドアミノ酸配列を有する１つまたは複数のデータベースと比較する（４０４）。医療従事者は、独力で、または１つまたは複数のデータベースを含むソフトウェアシステムの支援によって、どのような医療レジメントが実行可能であるのか、およびそれらの治療のパラメータを決定することができる。
【０１４８】
本明細書に記載する実施形態のいずれにおいても、疾患または障害を人種、民族、または性別に関連づけることができることは理解される。例えば、ある研究により、診断された自己免疫疾患の７８％を女性が構成することが判明した。さらに、全身性硬化症は、性および人種特異的罹患率を有し、この場合、女性のほうが、男性より障害を有する可能性が高く、アフリカ系アメリカ人のほうが、白人より障害を有する可能性が高い。従って、興味のある核酸の存在または非存在を、ホルモン、Ｘ染色体に、または酵素、受容体に、または性およびまたは人種間で異なるレベルを有する他の化合物に結びづけることができる。
【０１４９】
ＳＮＰ検出キットおよびシステム
本明細書に開示するＳＮＰおよび関連配列情報に基づいて、検出試薬を開発し、個々に使用して、または併用して、本発明の任意のＳＮＰをアッセイするために使用することができ、ならびに当該技術分野において周知である確立されたキットまたはシステム形式の１つにそのような検出試薬を容易に組み込むことができる。ＳＮＰ検出試薬の文脈で用いるキットは、多数のＳＮＰ検出試薬の組み合わせのような物を指す、または１つまたは複数の他のタイプの要素または成分（例えば、他のタイプの生化学的試薬、容器、パッケージ、例えば商業販売向けの包装、ＳＮＰ検出試薬が付いている物質、電子機器部品など）との組み合わせでの１つまたは複数のＳＮＰ検出試薬を指すと解釈する。従って、本発明は、包装されたプローブとプライマーのセット（例えば、ＴａｑＭａｎプローブ／プライマーセット）、核酸分子のアレイ／マイクロアレイ、および本発明の１つまたは複数のＳＮＰを検出するための１つまたは複数のプローブ、プライマーまたは他の検出試薬を含有するビーズをはじめとする（しかし、これらに限定されない）、ＳＮＰ検出キットおよびシステムをさらに提供する。前記キット／システムは、様々な電子機器部品を場合によっては含むことがあり；例えば、様々な製造業者によって供給されているアレイ（「ＤＮＡチップ」）およびマイクロ流体システム（「ラブ・オン・チップ（ｌａｂ−ｏｎ−ａ−ｃｈｉｐ）」システム）は、一般に機器部品を含む。
【０１５０】
他のキット／システム（例えば、プローブ／プライマーセット）は、電子機器部品を含まない場合があり、例えば、（場合によっては他の生化学的試薬と共に）１つまたは複数の容器内に包装された１つまたは複数のＳＮＰ検出試薬から成る場合がある。
【０１５１】
一部の実施形態において、ＳＮＰ検出キットは、ＳＮＰ含有核酸分子の増幅および／または検出などの、アッセイまたは反応を行うために必要な１つまたは複数の検出試薬および他の成分（例えば、緩衝液、酵素、例えばＤＮＡポリメラーゼまたはリガーゼ、連鎖伸長ヌクレオチド、例えばデオキシヌクレオチド三リン酸、およびＳａｎｇｅｒ型ＤＮＡ塩基配列決定反応の場合には、連鎖停止ヌクレオチド、陽性対照配列、陰性対照配列、およびこれらに類するもの）を一般に含有する。キットは、ターゲット核酸の量を決定するための手段、およびその量を標準と比較するための手段をさらに含む場合があり、ならびに興味のあるＳＮＰ含有核酸分子を検出するためにそのキットを使用するための指示書を含む場合がある。本発明の一つの実施形態では、本明細書において開示する１つまたは複数のＳＮＰを検出するために１つまたは複数のアッセイを行うための必要試薬を含むキットを提供する。本発明の好ましい実施形態において、ＳＮＰ検出キット／システムは、核酸アレイの形態であり、またはマイクロ流体／ラブ・オン・チップシステムをはじめとするコンパートメントキット（ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔａｌｉｚｅｄ ｋｉｔ）の形態である。
【０１５２】
ＳＮＰ検出キット／システムは、例えば、核酸分子のそれぞれのターゲットＳＮＰ位置にまたは付近にハイブリダイズする１つまたは複数のプローブ、またはプローブのペアを含む場合がある。対立遺伝子特異的プローブの多数のペアをこのキット／システムに含めて、多数のＳＮＰ（これらのうちの少なくとも１つは、本発明のＳＮＰである）を同時にアッセイすることができる。一部のキット／システムの場合、対立遺伝子特異的プローブを基材、例えばアレイまたはビーズ、に固定する。例えば、同じ基材が、表１および／または表２に示すＳＮＰの少なくとも１つ、１０、１００、１０００、１０，０００、１００，０００（またはこの間の任意の他の数）または実質的にすべてを検出するための対立遺伝子特異的プローブを含む場合がある。
【０１５３】
用語「アレイ」、「マイクロアレイ」および「ＤＮＡチップ」は、基材、例えばガラス、プラスチック、紙、ナイロンもしくは他のタイプの膜、フィルター、チップ、または他の任意の固体支持体に付けられた異なるポリヌクレオチドのアレイを指すために、本明細書では同義で用いる。ポリヌクレオチドをその基材上で直接合成することができ、または基材から離れて合成し、その後、その基材に付けることができる。マイクロアレイは、固体支持体に固定された多数の特有の一本鎖ポリヌクレオチド、通常はｃＤＮＡの合成アンチセンスポリヌクレオチドまたはフラグメント、から成り得る。
【０１５４】
ポリヌクレオチドアレイに基づくハイブリダイゼーションアッセイは、完全マッチおよびミスマッチターゲット配列バリアントへのプローブのハイブリダイゼーション安定性の差に依存する。ＳＮＰ遺伝子型判定のために、ハイブリダイゼーションアッセイにおいて用いるストリンジェンシー条件は、たった１つＳＮＰ位置ほどしか互いに異ならない核酸分子を区別できるほどに高いことが、一般には好ましい（例えば、典型的なＳＮＰハイブリダイゼーションアッセイは、１つの特定のヌクレオチドがＳＮＰ位置に存在する場合にしかハイブリダイゼーションが発生せず、代替ヌクレオチドがそのＳＮＰ位置に存在する場合には発生しないように設計される）。そのような高いストリンジェンシー条件は、例えば、ＳＮＰ検出のために対立遺伝子特異的プローブの核酸アレイを使用するとき、好ましいだろう。
【０１５５】
他の実施形態では、前記アレイを化学発光検出技術と併用する。
【０１５６】
本発明のＳＮＰ検出キット／システムは、ＳＮＰ含有核酸分子の後の増幅および／または検出のために、試験サンプルから核酸を調製するために使用される成分を含む場合がある。そのようなサンプル調製成分は、体液（例えば、血液、血清、血漿、尿、唾液、痰、胃液、精液、涙、汗など）、皮膚、毛髪、細胞（特に、有核細胞）、生検材料、口内スワブまたは組織標本から核酸抽出物（ＤＮＡおよび／もしくはＲＮＡを含む）、タンパク質または膜抽出物を製造するために使用することができる。上で説明した方法において使用される試験サンプルは、アッセイ形式、検出方法の性質、およびアッセイすべき試験サンプルとして使用される具体的な組織、細胞または抽出物などの要因に基づいて変わるであろう。核酸、タンパク質および細胞抽出物の調製方法は、当該技術分野において周知であり、利用するシステムに適合性であるサンプルが得られるように変えることが容易にできる。
【０１５７】
本発明によって考えられるキットのもう一つの形態は、コンパートメントキットである。コンパートメントキットは、試薬が別々の容器内に収容されている任意のキットを包含する。そのような容器としては、例えば、小型ガラス容器、プラスチック容器、プラスチック、ガラスもしくは紙のストリップ、またはシリカなどの配列性材料が挙げられる。そのような容器によって、試験サンプルおよび試薬が交差汚染されないように１つのコンパートメントから別のコンパートメントに、または１つの容器からそのキットに含まれていない別の容器に、試薬を効率的に移すことができ、およびそれぞれの容器の薬剤または溶液を１つのコンパートメントから別のコンパートメントにもしくは別の容器に定量的に添加することができる。そのような容器としては、例えば、試験サンプルを受け入れる１つまたは複数の容器、本発明の１つまたは複数のＳＮＰを検出するための少なくとも１つのプローブまたは他のＳＮＰ検出試薬を収容する１つまたは複数の容器、洗浄試薬（例えば、リン酸緩衝食塩水、Ｔｒｉｓ緩衝液など）を収容する１つまたは複数の容器、および結合したプローブまたは他のＳＮＰ検出試薬の存在を明らかにするために使用される試薬を収容する１つまたは複数の容器が挙げられる。前記キットは、例えば、核酸増幅、または他の酵素的反応、例えばプライマー伸長反応、ハイブリダイゼーション、ライゲーション、電気泳動（好ましくは、キャピラリー電気泳動）、質量分析、および／もしくはレーザー誘起蛍光検出のための、コンパートメントおよび／または試薬を場合によってはさらに含むことがある。
【０１５８】
マイクロ流体装置は、「ラブ・オン・チップ」システム、生物医学的微小電気機械システム（ｂｉｏmedical ｍｉｃｒｏ−ｅｌｅｃｔｒｏ−ｍｅｃｈａｎｉｃａｌ ｓｙｓｔｅｍ：ｂｉｏＭＥＭ）またはマルチコンポーネント統合システムと呼ばれることもあり、ＳＮＰを分析するための本発明の例示的キット／システムである。そのようなシステムは、プローブ／ターゲットハイブリダイゼーション、核酸増幅およびキャピラリー電気泳動反応などのプロセスを単一機能装置に小型化し、コンパートメント化する。そのようなマイクロ流体装置は、このシステムの少なくとも１つの態様では検出試薬を一般に利用し、そのような検出試薬を用いて、本発明の１つまたは複数のＳＮＰを検出することができる。
【０１５９】
さらに、前記キットは、上で説明したような１つまたは複数の抗原を含む場合もある。従って、医療専門家は、先ず、ＳＮＰが患者に存在するのか、非存在であるのかを判定することができる。その後、医療専門家は、レジメントを調製するか、その代わりに所定のレジメントを用いて、どの抗原、どのような用量、どのような投与方法を患者に施すのかを見つける。１つまたは複数の抗原をキットと共に販売することができ、またはキットとは別に販売することができる。
【０１６０】
当業者に周知の情報と共に本出願における開示を考えれば、免疫寛容を生じさせる能力または困難と関連する多くのＳＮＰを決定することができる。レプリコンがこれらのＳＮＰを含有する場合、またはレプリコンがゲノムに基づきそれらに密接に関連づけられる場合、サンプルに対してＰＣＲを行うことができる。そのような技術は、特定の個体において寛容を誘導する能力の尤度を判定するための迅速なアッセイをもたらすことができる。
【０１６１】
有意な利点を有する本発明を提供したことは、上述から明らかであろう。本発明をその形態のうちのほんの少数で示すが、本発明はそれらに限定されず、本発明の精神を逸脱することなく様々な変更および変形が可能である。
【０１６２】
本開示を通して、本発明の様々な態様を範囲形式で提示する場合がある。範囲形式での記載は、単に便宜および簡潔のためと理解すべきであり、本発明の範囲の確固たる限定と解釈すべきでない。従って、範囲の記載は、可能なサブ範囲ならびにその範囲内の個々の数値すべてが具体的に開示されていると解釈すべきである。例えば、１から６などの範囲の記載は、１から３、１から４、１から５、２から４、２から６などのようなサブ範囲、ならびにその範囲内の個々の数、例えば１、２、３、４、５および６が具体的に開示されていると解釈すべきである。これは、範囲の幅に関係なく適用される。
【実施例】
【０１６３】
実施例１：関節リウマチ（Ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ：ＲＡ）患者
彼らのＲＡについて従来の療法で管理されている１２０人のＲＡ患者を、自己抗原と共に５０μｇ／ｕのコラーゲンＩＩ（ＣＩＩ）またはα１（ＩＩ）の精製ウシα１鎖を６日間培養したときのＩＦＮγを生産する彼らの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の能力について試験した。培養上清を回収し、ＩＦＮγレベルをＥＬＩＳＡによって決定した。
【０１６４】
【数１】
下の（表Ｉ）に示すように、７６人の患者は、彼らの非刺激もしくは（ＰＢＳ）培養ＰＢＭＣに対して２倍増加し、またはＣＩＩに対して免疫応答するＲＡ患者（「応答者」と呼ぶ）６３％の普及率を有した。ＣＩＩ自己免疫を有するＲＡ患者の普及率は高いが、これは、この疾患中に明らかになる幾つかの可能性のある抗原の１つである。
【０１６５】
【表１−１】
実施例２：低用量コラーゲンＩＩは、ＤＢＡ／１ Ｌａｃマウスにおいて寛容を誘導する
１２匹のマウスの群に２週間にわたって８回、指示した用量で経口ＣＩＩを給餌し、ＣＦＡ中の１００μｇウシＣＩＩで免疫した。４日の休息後、完全フロイント・アジュバントで乳化させた１００μｇのＣＩＩでマウスの尾の基部に免疫した。８週間、盲検観察者（ｂｌｉｎｄｅｄ ｏｂｓｅｒｖｅｒ）が関節炎の程度を評価した。
【０１６６】
図６でわかるように、ＣＩＩの１０μｇ／日の経口用量は、関節炎の発生の減少に最も有効であり、それよりは劣るが、５００μｇ／日も有効であった。グレード３または４関節炎を有するマウスのパーセントをＹ軸に示す。２相応答は、高用量ＣＩＩに対して低用量による異なる寛容メカニズムの誘導に起因する。低用量ＣＩＩ（１０μｇ）は、調節Ｔ細胞を誘導するが、高用量（５００μｇ）は、アネルギーまたはクローン除去を誘導する。
【０１６７】
実施例３：ＤＢＡ／１マウスにおけるコラーゲンＩＩに対する免疫寛容の誘導のＮＳＡＩＤ阻害
ＤＢＡ／１マウスにおける経口給餌ウシＣＩＩに対する寛容誘導が、経口給餌ＮＳＡＩＤによって阻止されるかどうかを判定するために、２０〜２２匹のＤＢＡ／１マウスの３つの群に以下のものの８用量（２週間のあいだ月曜日、火曜日、木曜日および金曜日）を（ゾンデ栄養法により）給餌した：午前中にプラセボ（食塩水）および午後にプラセボ（０．１ＭのＨＡｃ）；午前中にプラセボ（食塩水）および午後に１０μｇの天然ウシＣＩＩ；または午前中にピロキシカム（２．４μｇ／ｇｍ）および午後に天然ウシＣＩＩ（１０μｇ）。１週間後、完全フロイント・アジュバントで乳化させた１００μｇのウシＣＩＩですべてのマウスを（尾の基部における皮内に）免疫した。動物をコード付きケージに入れ、それらを週に２回、関節炎罹患関節（腫脹した、赤い、および／または変形した関節）の数について盲検観察者が採点した。
【０１６８】
図７に示すように、プラセボ＋プラセボ給餌対照と比較すると、プラセボ＋ＣＩＩを給餌したマウスの群におけるほうが観察期間にわたって関節炎罹患関節のパーセントが低かった（Ｃｏｃｈｒａｎ−Ｍａｎｔｅｌ−Ｈａｅｎｓｚｅｌ分析によりｐ＜０．０３）。対照してみると、ピロキシカム＋ＣＩＩを給餌したマウスにおけるほうが、同じ観察期間で、関節炎関節が有意に多かった。類似の研究において、本発明者らは、ナブメトン（ｎａｂｕｍａｔｏｎｅ（レリフェン（Ｒｅｌａｆｅｎ））もＤＢＡ／１マウスにおいてＯＴ誘導を阻止することを確認した（データは示さない）。
【０１６９】
実施例４：脾臓細胞によるＩＦＮγ生産
図７における実験と類似した仕方で、脾臓細胞ＩＦＮγ生産に対するプラセボまたはＣＩＩを給餌した別のマウス群へのピロキシカムの経口給餌の効果を評価するために、４つのマウス群（１群につきマウス４匹）に２週間にわたって８日間、以下のものをゾンデで給餌した：ピロキシカム（午前）−ＣＩＩ（午後）；ピロキシカム（午前中）−ＨＡｃ（午後）；食塩水（午前）−ＣＩＩ（午後）；または食塩水（午前）−ＨＡｃ（午後）。１週間の休息後、すべてのマウスの尾の基部をＣＩＩ−完全フロイント・アジュバント・エマルジョンで免疫した。１４日後、マウスを犠牲にし、脾臓細胞を単離し、ＰＢＳまたはα１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物を用いて培養を始めた。７２時間培養した後、回収した上清をＥＬＩＳＡによりＩＦＮγレベルについて分析した。
【０１７０】
ＣＩＩ＋プラセボまたはピロキシカム＋プラセボを給餌したマウスは、α１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物を用いてそれらの脾臓細胞をインビトロで培養したとき、低減されたＩＦＮγ生産を有した。図８参照。しかし、経口ＣＩＩを給餌したマウスにピロキシカムを経口給餌したとき、インビトロでα１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物で刺激した脾臓細胞によるＩＦＮγ生産レベルは、劇的に増加した。他の実験において、脾臓細胞によるＩＦＮγ生産によって評価したところ、ＣＯＸ−２阻害剤ＳＣ２３６もＤＢＡ／１マウスにおけるＣＩＩに対する経口寛容誘導を阻止することが判明した（データは示さない）。
【０１７１】
実施例５：ＣＯＸ−２阻害剤ＳＣ’２３６は経口寛容誘導を阻害する
マウス各８匹の群に、月火木金（ＭＴＴＨＦ）×２週間、午前中に、ＰＢＳまたはＳＣ’２３６（１００μＬ ＰＢＳ中、５μｇ／ｇｍ）をゾンデで給餌した。ＳＣ’２３６（Ｓｅａｒｌｅ）は、ＣＯＸ−１に対してよりも約２０００倍高くＣＯＸ−２に対して阻害性である。
【０１７２】
午前中にＰＢＳを与えたマウス４匹および午前中にＳＣ’２３６を与えた４匹に、午後、１０μｇのウシＩＩ型コラーゲン（ＣＩＩ）をゾンデで給餌した。午前ＰＢＳおよび午前ＳＣ’２３６群の中の他の４匹のマウスには、ＣＩＩを溶解したビヒクル中の０．１Ｍ酢酸（ＨＡｃ）を午後にゾンデで給餌した。これらの８日の給餌後、すべてのマウスを１週間休息させ、その後、完全フロイント・アジュバント中のＣＩＩ １００μｇで免疫した。１０日後、すべてのマウスを犠牲にし、脾臓細胞（２×１０６／ｍｌ）を単離し、ＰＢＳおよびウシα１（ＩＩ）（５０μｇ／ｍｌ）ＣＢ混合物を用いて培養を始めた。４日培養した後、上清を回収し、ＩＦＮγレベルをＥＬＩＳＡ（Ｅｎｄｏｇｅｎ）によって決定した。α１（ＩＩ）データのみをプロットするが、ＰＢＳ＋すべてのマウスからの脾臓細胞培養物は、１〜１２ｐｇ／ｍｌの間のＩＦＮγを生産した。すべての群をスチューデント２サンプルｔ検定によってプラセボ対照群と比較した。
【０１７３】
図９に示すように、ＤＢＡ／１マウスへのＣＩＩの給餌は、経口寛容を誘導し、これは、α１（ＩＩ）ＣＢ消化によって刺激された脾臓細胞によるＩＦＮγ生産の有意な減少によって証明された（ｐ＜０．０２５）。対照的に、マウスへのＳＣ’２３６の給餌は、α１（ＩＩ）ＣＢ消化によってより低いＩＦＮγ生産をもたらす結果となったが、ＳＣ’２３６＋ＣＩＩをマウスに給餌すると、α１（ＩＩ）ＣＢ消化を伴う培養脾臓細胞によるＩＦＮγ生産の有意な増加（Ｐ＜０．０１）があった。ＳＣ’２３６も、ＣＯＸ−２を阻害するより〜２０００倍小さい程度でではあるが、ＣＯＸ−１を阻害し得るという補足説明を考慮にいれると、これらのデータは、低用量の経口抗原に対する最適な寛容誘導にＣＯＸ−２が必須であるだろうことを示唆している。
【０１７４】
実施例６：経口寛容に対する持続的ＮＳＡＩＤ効果
ピロキシカムとＣＩＩの慢性給餌が、ＤＢＡ／１マウスにおいてＣＩＩに対する寛容誘導に対して持続的効果を有するかどうかを判定するために、１０〜１１匹のＤＢＡ／１マウスの３つの群に、２週間のあいだに（上記のように）８用量のＣＩＩの給餌を６ヶ月離して２回行った：ピロキシカム（２．４μｇ／ｇｍ）午前およびプラセボ（０．１Ｍ ＨＡｃ、１００μｌ）午後；プラセボ（食塩水）午前および天然ウシＣＩＩ（１０μｇ）午後；またはピロキシカム（２．４μｇ／ｇｍ）午前および天然ウシＣＩＩ（１０μｇ）午後。第二の８用量給餌の３ヶ月後、完全フロイント・アジュバント中で乳化させた１００μｇの天然ウシＣＩＩでそれぞれのマウスを（尾の基部において皮内に）免疫した。マウスをコード付きケージに入れ、盲検観察者がそれらを関節炎罹患関節の数について週２回採点した。図１０に示すように、ＣＩＩでの免疫後、第７および８週の時点で、９および３ヶ月前にピロキシカムとＣＩＩを給餌したマウスの群は、プラセボとＣＩＩを給餌したマウス群と比較して、有意に多い関節炎罹患関節を有した（カイ二乗分析により第８週の時点でｐ＜０．０４）。
【０１７５】
実施例７：ピロキシカムとＣＩＩを給餌したマウスのＧＡＬＴ
マウスのこれら３群におけるＧＡＬＴの状態を評価するために、パイエル板細胞をそれぞれの動物から単離し、組換えマウスＩＬ２（１０Ｕ／ｍｌ）を添加した正常ＤＢＡ／１脾臓細胞（２×１０６／ｍｌ）を用いて四重反復試験で共培養を始めた（２．５×１０５／ｍｌ）。ＰＢＳ（対照として）または５０μｇ／ｍｌウシα１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物を９６丸底ウエルプレートの四重反復試験ウエルに添加した。３日後、培養物を３Ｈチミジンでパルス標識し、２４時間後に濾紙に回収した。それぞれのマウスについてα１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物培養物のｃｐｍをＰＢＳ対照培養物のｃｐｍで割ることによって、それぞれのマウスについて「刺激係数」を計算した。図１１に示すように、ＣＩＩのみまたはピロキシカムのみを給餌したマウスからのパイエル板細胞の共培養と比較して、ピロキシカムとＣＩＩを給餌したマウスからの細胞は、α１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物によって顕著に刺激された（ｐ＜０．０３）。さらに、マウスＩＬ−２で刺激したとき、正常同系脾臓細胞（２×１０６／ｍｌ）との共培養でのＤＢＡ／１マウスまたはＢａｌｂ／ｃマウスからのパイエル板細胞（２．５×１０５／ｍｌ）は、バックグラウンドｃｐｍを超える脾臓細胞の刺激を生じさせないことを本発明者らは一貫して確認した。従って、α１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物の存在下でのＤＢＡ／１脾臓細胞でのパイエル板細胞の刺激指数の顕著な増加は、全く異例であり、予想外である。α１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物とそれぞれのマウスからの腸間膜リンパ節細胞（２×１０６／ｍｌ）の培養は、類似したパターンを示した（図１２）。ＣＩＩまたはピロキシカムのいずれかを給餌したマウスからの腸間膜リンパ節細胞は、α１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物に応答して増殖しなかった。対照的に、ピロキシカム（ｐｉｒｏｘｉｃａｎ）とＣＩＩを給餌したマウスからの腸間膜リンパ節細胞はα１（ＩＩ）ＣＢペプチド混合物によって顕著に刺激された（図１２）。
【０１７６】
さらに、ＢＡＬＢ／ｃマウスにおいて経口ＯＶＡ（１ｍｇ／日×５日）、およびＤＢＡ／１ ｌａｃ Ｊマウスにおいて経口ウシＣＩＩ（１４日のあいだに１０μｇ×８用量）を使用して、一般に使用されている免疫修飾薬の免疫誘導に対する効果を試験する研究を行った（プレドニゾン≦７．５ｍｇ／日、ヒドロキシクロロキン ４００ｍｇ／日、メトトレキサート １７．５ｍｇ／週、１００ｍｇ／日×３の負荷用量後にレフルノミド ２０ｍｇ／日、スルファサラジン ２．５ｇｍ／日、Ｄ−ペニシラミン ７５０ｍｇ／日、ＩＭ−ゴールド、およびエタネルセプト ２５ｍｇ 週２回）。これらの免疫修飾薬は、寛容を完全には抑制しなかったが、これらの免疫修飾薬を尚、使用してＲＡ患者においてＣＩＩに対する寛容を誘導することは実行可能であり得る。ＤＢＡ／１ ｌａｃ Ｊマウスでのプレドニゾン≧１０ｍｇ／日当量およびオーラノフィンは、ＣＩＩに対するＯＴ誘導を阻止した。
【０１７７】
実施例９：ＲＡを有する患者において経口コラーゲンＩＩの投与は自己免疫を低下させる
ＩＩ型コラーゲンのα１（ＩＩ）を用いて培養したＰＢＭＣによるＩＦＮ−γ生産の≧３０％低下と定義される免疫学的寛容を、患者において検査した。疾患修飾性抗リウマチ薬、抗−ＴＮＦ剤および／または非ステロイド系抗炎症薬を使用している患者にミソプロストール １００μｇを１日２回投与して、経口寛容の非ステロイド系抗炎症性阻害を逆転した。「低」または「高」用量のＣＩＩの摂取に患者を無作為に割り付けた。低用量群（ｎ＝３８）は、１０週間、１日１回、３０μｇ／日のウシＣＩＩ、その後、１０週間、５０μｇ／日、そしてその後、１０週間、７０μｇ／日を摂取した。高用量群（ｎ＝４１）は、１０週間、９０μｇ／日、１０週間、１１０μｇ／日、そしてその後、１０週間、１３０μｇ／日を摂取した。
【０１７８】
ベースラインでのおよびそれぞれの１０週治療期間の後のヘパリン加血を得た。血液は、採血後１〜４時間以内に、ペニシリン（１００ｕ／ｍｌ）およびストレプトマイシン（１００μｇ／ｍｌ）を含有するＲＰＭＩ １６４０で１：３希釈され、紙で覆われ、「保冷剤」が入っているスタイロフォームボックスの中に入れられ、一晩、輸送された。それらの血液サンプルからＰＢＭＣを単離し、ウシα１（ＩＩ）２５μｇ／ｍｌ、ＰＨＡ １０μｇ／ｍｌを用いてまたは５０ｕｌ ＰＢＳを用いて培養を始めた。培養中、６日後、無細胞上清を回収し、−７０度で７ヶ月以下の間、保管し、その時点で所与の患者からのすべてのサンプルを市販ＥＬＩＳＡ（Ｒ ＆ Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）によってＩＦＮγについてアッセイした。結果を図１３に示す。
【０１７９】
ＩＦＮγ刺激係数（ＳＩ）を
【０１８０】
【数２】
として計算した。それぞれの低用量（３０μｇ、５０μｇおよび７０μｇ／日）を摂取した患者についてのＳＩを、それぞれの１０週治療の前のベースラインでの彼らのＳＩと比較し、高用量ＣＩＩ群（９０μｇ、１１０μｇおよび１３０μｇ／日）に関しても同様に、それぞれの１０週治療の前のベースラインでの彼らのＳＩと比較した。
【０１８１】
ＩＦＮγ ＳＩの顕著な抑制があった。３０μｇ、５０μｇ、１１０μｇおよび１３０μｇ／日の経口ＣＩＩでの１０週間治療の後、患者の≧６２から６９％は、α１（ＩＩ）ＩＦＮγ ＳＩの≧５０％減少を示した。７０μｇおよび９０μｇ／日の用量は、ＩＦＮγ ＳＩを減少させず、７０μｇ／日の用量は、ベースライン値と比較してＩＦＮγ ＳＩを有意に増加させた。
【０１８２】
さらに、これらのデータは、低用量のミソプロストールを与えると、患者がＤＭＡＲＤ、抗−ＴＮＦ剤およびＮＳＡＩＤＳを摂取している間に、給餌抗原（ＣＩＩ）に対する免疫応答低下として定義されるＣＩＩに対する経口寛容が誘導され得ることを示した。３０および５０μｇ／日の用量は、より多くのカテゴリーで、より大きな低下を有した。
【０１８３】
用量応答は、３０μｇ、５０μｇおよび１１０μｇ／日の経口ＣＩＩでＩＦＮγ生産の最大抑制を示した。α１（ＩＩ）刺激ＰＢＭＣによるＩＦＮγの≧５０％減少を有した患者のパーセントについては、大部分の患者がこれらの用量で寛容化されるだろう（６９％は、経口投与したＣＩＩに対してα１（ＩＩ）刺激ＩＦＮγ生産の≧５０％減少を有した）。
【０１８４】
患者のさらなる分析は、３０〜５０μｇ／日の用量のＣＩＩに対する経口ＣＩＩ非応答者３０％がおり、および１１０〜１３０μｇ／日の用量に対する非応答者２８％がいることを明らかにした（図１３）。
【０１８５】
実施例１０：経口ＣＩＩ寛容は応答および非応答と関係づけられる
任意の特定の遺伝子型をこのコホートにおいて経口ＣＩＩに対する応答または非応答と関係づけられるかどうかを調査するために、実施例９から２４人の患者を選択した。
【０１８６】
患者から血液を採取し、その後、ＰＢＳ対照ＰＢＭＣ培養物と比較してα１（ＩＩ）刺激により≧２倍のＩＦＮγ増加を生じさせたＲＡ患者にウシＣＩＩを経口投与した。単離したもの（１０μｇ／ｍＬ）、ウシα１（ＩＩ）（５０μｇ／ｍＬ）、ウシα１（ＩＩ）ＣＢ１１（５０μｇ／ｍＬ）をまたは２５μｌのＰＢＳと共に添加して、ペニシリン（１００μｇ／ｍＬ）、ストレプトマイシン（１００μｇ／ｍＬ）および９％ウシ胎仔血清を補足したダルベッコＭＥＭの５００μｌ ４８ウエル組織培養プレートあたり２×１０６で培養した。６日後、上清を回収し、２０００×Ｇで５分間、遠心分離し、ＩＦＮγのレベルを市販のＥＬＩＳＡ（Ｒ ＆ Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）によって定量した。応答者と非応答者の間のＩＦＮγレベルの差ならびにＰＨＡ、α１（ＩＩ）およびα１（ＩＩ）ＣＢ１１についてのＳＩの差を、マン・ホイットニー順位和検定を用いて有意性について分析した。
【０１８７】
２４人の患者のうち、１６人の患者は、経口ＣＩＩに対して応答して、ＰＢＭＣ培養物によるα１（ＩＩ）およびα１（ＩＩ）ＣＢ１１刺激ＩＦＮγ生産が減少し、８人の患者は、これらの抗原を用いるＰＢＭＣ培養によってＩＦＮγを減少させなかった。６日ＰＢＭＣ培養物中のＰＢＳ、α１（ＩＩ）５０μｇ／ｍｌ、α１（ＩＩ）ＣＢ１１ ５０μｇ／ｍｌおよびＰＨＡ １０μｇ／ｍｌに対する１６人の応答者および８人の非応答者のベースラインＩＦＮγレベルを表Ｉに与える。
【０１８８】
ＩＦＮγ刺激係数（Ｓ．Ｉ．）は、ＰＨＡについては次のように：
【０１８９】
【数３】
；α１（ＩＩ）については次のように：
【０１９０】
【数４】
；およびα１（ＩＩ）ＣＢ１１については次のように：
【０１９１】
【数５】
計算した。
【０１９２】
表ＩＩに示すように、ＣＩＩ経口寛容非応答者は、ＣＩＩ経口寛容応答者より低い平均ベースラインＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．を有した（１９０±４０対１８００±５２０、ｐ＝０．００２）。ＣＩＩ経口寛容非応答者は、ＣＩＩ経口寛容応答者より低い平均ベースラインＩＦＮγ α１（ＩＩ）ＣＢ１１ Ｓ．Ｉ．を有した（１０６０±１９７対２１０±９０、ｐ＝０．００３）。ベースラインでのＩＦＮγ ＰＨＡ Ｓ．Ｉ．は、ＣＩＩ経口寛容応答者と非応答者とで差が無かった。
【０１９３】
【表２】
実施例１１：マイクロアレイ評価はＲＡ患者の遺伝子型の分析について正確なデータを生じさせた
経口寛容誘導に重要であることが公知の幾つかのサイトカインおよびケモカインの次に最も密接に関連したＳＮＰの染色体上での頻度を見つけるために、経口ＣＩＩに対する１６人の応答者および８人の非応答者のＳＮＰ分析を行った。１６人の患者は、３０μｇ／日、５０μｇ／日、１１０μｇ／日または１３０μｇ／日のいずれかの用量のＣＩＩに対してベースラインからＩＦＮγ α１刺激係数の≧５０％減少を有する者であった（「ＯＴ応答者」）。３０μｇ／日、５０μｇ／日、１１０μｇ／日または１３０μｇ／日の用量の経口ＣＩＩでＩＦＮγ α１ Ｓ．Ｉ．が増加した８人の患者を選択した（「ＯＴ非応答者」）。
【０１９４】
市販の全ゲノム・マッピング・チップを使用して、時宜を得た経済的な様式で、可能性のある遺伝子座をマッピングした。市販のＤＮＡ抽出キット、Ｑｉａｇｅｎキット（カリフォルニア州、アラミダのＱｉａｇｅｎ Ｉｎｃ．）を製造業者の指示書に従って使用して、実施例２の２つの群のゲノムをＤＮＡ抽出によって分析した。エッペンドルフ光度計（ニューヨーク州、ウェストベリーのＥｐｐｅｎｄｏｒｆ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｉｎｃ．）においておよび電気泳動によってＤＮＡの質および量を決定した後、比率＞１のＯＤ２６０／２８０比および高い完全性を有するＤＮＡを遺伝子型判定に用いた。それぞれのサンプルについて、Ａｆｆｙ ＧｅｎｅＧｈｉｐ（登録商標）Ｍａｐｐｉｎｇ １０Ｋ ２．０ Ａｒｒａｙ、ＳＮＰベースの遺伝子マッピングツール、を使用する遺伝子型判定のために、２５０ｎｇのＤＮＡを使用した。この１０Ｋ ２．０アレイは、単一アレイ上に１０，０００より多くのヒト一塩基多型（ＳＮＰ）の遺伝子型を含有する。このツールは、特定の形質または表現型、本発明者らの場合はＣＩＩ経口寛容耐性、に結びつけられるまたは関係づけられるゲノムの領域を特定するために使用することができる。
【０１９５】
このプロトコルは、４つの主要手順を含む：インシリコ分画、マイクロアレイ上での予測フラグメントの合成、生化学的分画、ならびに対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーションおよび遺伝子型コール。１０，０００の単一ヌクレオチドの２つの多型のそれぞれを表す２つの異なるシグナルを生成した。ソフトウェアが、単一ヌクレオチド１０，０００ごとに多型または遺伝子型を作り出す。すべてのサンプルの１０，０００ＳＮＰのそれぞれについての多型の遺伝子型が、表ＩＩＩに示すように、３つの型：ホモ接合Ｉ型、ＡＡ；ホモ接合ＩＩ型、ＢＢ；およびヘテロ接合、ＡＢ、にコールされた。
【０１９６】
【表３】
表ＩＩＩは、１５人の患者（男性９人、女性６人）の遺伝子型判定である。ＳＮＰの検出可能シグナル（ｓｉｎｇｌｅ）は、大部分のサンプルにおいて９９％より多く、これは、高い検出の質を示している。ＳＮＰコールは、１０，０００中の、認識することができたおよびデータをもたらしたＳＮＰの百分率を示す。これらのサンプルにおけるＳＮＰの９０％より多くをこの実験によって検出した。これらの遺伝子型、ＡＡ、ＡＢおよびＢＢ、の配分は、それらのそれぞれについて約三分の一（３３％）であった。
【０１９７】
実施例１２：ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７と経口ＣＩＩ応答者および非応答者との関連性
ＣＩＩ治療に対する非寛容原性応答に結びつく可能性のある多型を見つけるために、実施例３の患者の遺伝子型を経口ＣＩＩ応答者および非応答者群に分類した。それぞれの群について、３つの遺伝子型、ＡＡ、ＡＢおよびＢＢ、の総数を前記チップでそれぞれのＳＮＰについて計算した。表ＩＶは、これらの候補遺伝子のそれぞれにおけるＳＮＰの遺伝子型比を示すものである。
【０１９８】
【表４】
表ＩＶに示したように、８の候補遺伝子の２０のＳＮＰにおいて、大部分の遺伝子型パターンは、応答者と非応答者の間で同じであるか類似している。グルタミン酸デカルボキシラーゼ（ｄｅｃａｒｂｏｘｙｌｓｅ）の第一のＳＮＰのパターンは、１４−０−０（ＡＡ−ＡＢ−ＢＢについて）および１０−０−０であり、第二のＳＮＰは、２−８−４および１−６−３である。しかし、応答者群と非応答者群の間のＳＮＰ＿Ａ−１５１５７３７の遺伝子型配分には大きな差があり、応答者および非応答者についてそれぞれ１−９−６および６−１−１である。応答患者の大部分は、ヘテロ接合（従って、ＡＧ）またはＢＢのホモ接合（従って、ＧＧ遺伝子型）のいずれかの遺伝子型を有するが、非応答群における患者の大部分は、ＡＡ遺伝子型を有した。さらなる分析は、ＳＮＰ＿Ａ−１５１５７３７に焦点を合わせた。
【０１９９】
ＳＮＰ＿Ａ−１５１５７３７の配列は、次のとおりである：
【０２００】
【化３】
。
【０２０１】
【化４】
は、多型部位である。従って、ＡＡは、ＡＡホモ接合を表し、その一方でＡＢは、Ａ／Ｇヘテロ接合を表し、およびＢＢは、ＧＧ遺伝子型を表し、Ａ→Ｇは、多型部位を表す。
【０２０２】
実施例１３：ＣＩＩ経口寛容応答者および非応答者患者の中でのＳＮＰ＿Ａ−１５１５７３７配分
応答者の遺伝子型パターンと非応答者の遺伝子型パターンを比較し、遺伝子型配分の有意差を見つけた。図１４参照。Ｐ値を計算するために、３つの遺伝子型に数字を割り当てた。ＡＡ遺伝子型に１を割り当て、ＡＢ（従って、ＡＧ）に２を割り当て、およびＢＢ（従って、ＧＧ遺伝子型）に３を割り当てた。これら仮定条件によると、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７のＰ値は、０．０５２に達した。
【０２０３】
２４人の患者を、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７のＡＡ遺伝子型（またはＡ→Ｇ）を有する者とＡＡ遺伝子型を有さない（すなわち、ＡＢまたはＢＢである）者とに群分けした。表ＶおよびＶＩは、２つの群に基づくデータをまとめたものである。表Ｖは、ＰＨＡ、α１（ＩＩ）、α１（ＩＩ）ＣＢ１１または無添加（ＰＢＳ）で６日間刺激した６日上清ＰＢＭＣにおけるベースラインＩＦＮγを列挙するものである。ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡを有する患者は、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡを有さない患者のもの（平均１６７４±５０５、マン・ホイットニー順位和検定によりｐ＝０．０２８）と比較して、有意に低いＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．値を有した(平均２７０±９０)。ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡを有した７人の患者のうち、１人だけがＣＩＩ経口寛容応答を有し、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＧＧを有した１７人の患者のうちのさらに２人だけが非ＣＩＩ経口寛容応答者であった。
【０２０４】
【表５−１】
【０２０５】
【表５−２】
表ＶＩに同じ患者を配置し、ベースラインおよび経口ＣＩＩ投与（１０週間、３０μｇ、５０μｇまたは１１０μｇ／日）後の彼らのＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．を比較した。表ＶＩに示すように、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡ（ＲＯＴ１ ＡＡ）遺伝子型を有さなかった患者は、ベースライン値と比較して経口ＣＩＩ投与後にＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．の有意な減少を有した（ウィルコキソン（Ｗｉｌｘｏｃｏｎ）順位和検定によりｐ＜０．００１）。対照的に、ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡを有した患者は、経口ＣＩＩ治療後にＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．の有意な変化を有さなかった（ウィルコキソン順位和検定によりｐ＝０．２３０）。これは、経口ＣＩＩ後のＩＦＮγ α１（ＩＩ）Ｓ．Ｉ．／ベースライン比としてデータを表すときにも反映された（ｐ＝０．０１１）。
【０２０６】
【表６−１】
【０２０７】
【表６−２】
【０２０８】
データをカイ二乗とフィッシャーの正確確率検定の使用によりデータを分析した。ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７ ＡＡ遺伝子型を有する患者およびこの遺伝子型を有さない患者における経口ＣＩＩ応答者と非応答者の間には非常に有意な差（ｐ＝０．００１７）がある（表ＶＩＩ）。
【０２０９】
【表７−１】
実施例１４：応答者ＳＮＰと非応答者ＳＮＰとの差
Ａ−１５１５７３７の近距離内の他のＳＮＰの遺伝子型パターンも検査した。Ａ−１５１５７３７に加えて、他に６つのＳＮＰが同じゲノム領域内にある。それらのいずれもが、ＣＩＩ治療に対する応答または非応答との有意な関連性を有さない。例えば、ＤＹＲＫ２の５’側で１４６０６８ｂｐおよび３’側：ＩＦＮγで３５０５８８ｂｐであるＳＮＰ Ａ−１５０８４９８は、ＤＹＲＫ２の５’側で２６５１４３ｂｐおよびＩＦＮγの３’側で２３１５１３ｂｐであるＡ−１５１５７３７の非常に近くに位置する。応答者および非応答者の遺伝子パターンは、類似しており、それぞれ、８−−５――１および８−−２――０のＡＡ、ＡＢおよびＢＢを有する。
【０２１０】
それぞれの染色体に沿って平均１０のＳＮＰ分離パターンを検査したが、いずれの分離パターンもＣＩＩ応答との関連性の証拠はなかった。
【０２１１】
非応答組織適合性複合体（ＨＬＡクラスＩＩ組織適合性）に関連した８つのＳＮＰ事象を検査したが、分離バンドとＣＩＩ応答の関連性の証拠はなかった。
【０２１２】
実施例１５：他の自己免疫疾患におけるＳＮＰ Ａ−１５１５７３７および経口寛容耐性とのつながり
５００μｇ／日のＣＩを１２か月間摂取した広汎性全身性硬化症（ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ：ＳＳｃ）を有する患者における経口Ｉ型コラーゲン（ＣＩ）の試験から２６人の患者のサンプルを採取した。２６のうち６は、Ａ−１５１５７３７ ＡＡ遺伝子型を有した（表ＶＩＩ）。ＤＭＡＲＤ、生物製剤、ＮＳＡＩＤまたはプレドニゾンを用いている患者はいなかった。
【０２１３】
ＰＢＭＣを患者から採取し、天然ウシＣＩおよびα２（Ｉ）ＣＢ混合物を用いて培養し、α１（Ｉ）ＣＢ混合物を用いるとＩＬ−１０生産不良に向かう傾向のＰＢＭＣが培養された。
【０２１４】
経口ＣＩによって寛容化された患者は、ＣＩ、またはα１（Ｉ）もしくはα２（Ｉ）で刺激したＰＢＭＣによるＴｈ２サイトカイン、ＩＬ−１０のアップレギュレーションを有した。表ＶＩＩに示すように、ＳＳｃ患者の中で、ＲＯＴ１ＡＡ遺伝子型を有するＳＳｃ患者は、経口ＣＩでの１２ヶ月の治療後、ＳＳｃ患者におけるα２（Ｉ）またはＣＩ刺激ＰＢＭＣによってＩＬ−１０生産をアップレギュレートしなかった。ＳＮＰ Ａ−１５１５７３７を５３人のさらなるＳＳｃ患者においても検査し、ＡＡの全普及率が３２％であり、３５％がＧＧであり、および３０％がＧＡであることが判明した。ＲＡ患者のように、ＡＡを有するＳＳｃ患者は、α２（Ｉ）刺激ＰＢＭＣによるＩＦＮγ生産のアップレギュレーションをあまり示さなかった（表ＶＩＩおよびＶＩＩＩ）。
【０２１５】
【表７−２】
【０２１６】
【表８】
実施例１６：ＲＯＴ１ ＡＡを有するまたは有さないＳＳｃ患者についての１２か月の経口ＣＩおよび１２か月後のＩＬ−１０生産
ＲＯＴ１ ＡＡ、ＧＧまたはＧＡ遺伝子型を有する患者において、１２か月間、経口ＣＩを摂取した後のα１（Ｉ）ＣＢ混合物、α２（Ｉ）ＣＢ混合物または天然ＣＩによって刺激したＩＬ−ＰＢＭＣ培養物のＩＬ−１０を測定し、経口ＣＩをＳＳｃ患者に投与する前のベースラインでの同じ抗原で刺激したＰＢＭＣ培養物の上清中のＩＬ−１０の値を引いた。
【０２１７】
１２か月間、経口ウシＣＩを５００ｕｇ／日を摂取したＲＯＴ１ ＡＡ遺伝子型を有する患者は、天然ウシＣＩおよびα２（Ｉ）ＣＢ混合物を用いて培養したときには彼らのＰＢＭＣによるＩＬ−１０生産の不十分なアップレギュレーション、およびα１（Ｉ）ＣＢ混合物を用いて培養するとＰＢＭＣのＩＬ−１０生産不良に向かう傾向を有した。これは、ＲＯＴ１ ＡＡがタンパク質抗原に対する経口寛容減損と関係づけられることを明示している。表ＩＸ参照。
【０２１８】
【表９】
実施例１７：クローン病を有する患者および家族構成員におけるＲＯＴ１遺伝子型
クローン病および／または潰瘍性大腸炎を有する患者および／または家族構成員ならびにＩＢＤおよび他の公知自己免疫疾患を有さない健常対照においてＳＮＰ Ａ−１５１５７３７（ＲＯＴ１）遺伝子型を評価した。表Ｘは、口内スワブからのＤＮＡを使用してクローン病における前記遺伝子型結果をまとめたものであり、クローン病を有する患者についてのＲＯＴ１ ＡＡの配分が９１．６７％であることを示している。
【０２１９】
【表１０】
遺伝子型判定をしたすべてのクローン病患者および彼らの一親等親族のうち、９１．６７％がＲＯＴ１ＡＡを有する。これは、ＲＯＴ１ＡＡがクローン病における経口寛容性耐性に関係づけられることを明示している。
【０２２０】
１２人のクローン病および一親等親族におけるＲＯＴ１ＡＡの普及率（９１．６％）は、ＳＳｃを有する患者７９人（３１．６％）、ＲＡを有する患者５４人（３８．９％）および健常対照におけるもの（３５．７％）より高かった（表ＸＩ参照）。
【０２２１】
【表１１】
実施例１８：広汎性ＳＳｃを有する患者の３１％にＲＯＴ１遺伝子型が存在する
広汎性ＳＳｃを有するすべての患者についての貯託（ｂａｎｋｅｄ）ＰＢＭＣ細胞ペレットを鑑定し、３２％がＲＯＴ１ ＡＡについてホモ接合であることが判明し、３５％がＲＯＴ１ ＧＧについてホモ接合であり、および３０％がヘテロ接合ＲＯＴ１ ＧＡであった。
ＲＯＴ１ ＡＡを有するＳＳｃ患者は、α１（Ｉ）刺激ＰＢＭＣによるＩＦＮγ生産のアップレギュレーションをあまり示さなかった。１２ヶ月でのＩＩ相経口ＣＩ寛容性臨床試験において、この臨床試験に登録した１６８人のうち７９人のＳＳｃ患者を遺伝子型判定した。２３のＲＯＴ１ＡＡ遺伝子型のうち７つは、遅発相カテゴリーに入り、結果から削除した。完了者の再分析は、ウィルコキソン順位和検定を用いてプラセボ治療患者と比較したとき、ＣＩ治療患者におけるベースライン値からの１２ヶ月の時点でのＭＲＳＳの変化に関して有意な差を示す（図１６参照）。
【０２２２】
【表１−２】
【０２２３】
【表１−３】
【０２２４】
【表１−４】
【０２２５】
【表１−５】
【０２２６】
【表１２】
【０２２７】
【表１３】
【０２２８】
【表１４】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１つのＳＮＰについてスクリーニングする工程を含む、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法。
【請求項２】
前記スクリーニング方法が、ＦＩＳＨを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記スクリーニング方法が、ＤＮＡアレイの使用を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記スクリーニング方法が、ポリヌクレオチドプローブをハイブリダイゼーションする工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、塩基配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オレゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖高次構造多型から成る群より選択される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在と宿主への１つまたは複数の抗原の投与の結果として免疫寛容を発現する該宿主の能力を関連させる工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記宿主がヒトである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも１つまたは複数の治療薬が、少なくとも１つの抗原を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも１つの抗原がコラーゲンである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記コラーゲンが、Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、ＩＸ、Ｘ、ＸＩ、ＸＩＩ、ＸＩＩＩ、ＸＩＶ、ＸＶ、ＸＶＩ、ＸＶＩＩ、ＸＶＩＩＩ、ＸＩＸ、ＸＸ、ＸＸＩ、ＸＸＩＩ、ＸＸＩＩＩ、ＸＸＩＶ、ＸＸＶ、ＸＸＶＩ、ＸＸＶＩＩおよびＸＸＶＩＩＩから成る群の型より選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
宿主の免疫寛容の発現に対する感受性についてのスクリーニング方法であって、
ａ．核酸を含む前記宿主からのサンプルを得る工程；
ｂ．前記サンプルから核酸を単離する工程；
ｃ．少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在について前記サンプルをアッセイする工程であって、該少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在が、免疫寛容の発現に対する感受性の増大の指標を示す工程、
を含む方法。
【請求項１２】
前記宿主がヒトである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記サンプルが、全血、血漿、尿、涙、精液、唾液、頬粘膜、間質液、リンパ液、髄膜液、羊水、腺液、痰、糞便、汗、粘液、膣分泌物、脳脊髄液、毛髪、皮膚、排泄物、創傷滲出物、創傷ホモジネート、および創傷液から成る群より選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記免疫寛容が、前記宿主への少なくとも１つの抗原の投与によって誘導される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも１つまたは複数の抗原がコラーゲンである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記コラーゲンが、Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、ＩＸ、Ｘ、ＸＩ、ＸＩＩ、ＸＩＩＩ、ＸＩＶ、ＸＶ、ＸＶＩ、ＸＶＩＩ、ＸＶＩＩＩ、ＸＩＸ、ＸＸ、ＸＸＩ、ＸＸＩＩ、ＸＸＩＩＩ、ＸＸＩＶ、ＸＸＶ、ＸＸＶＩ、ＸＸＶＩＩおよびＸＸＶＩＩＩから成る群の型より選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記発現される免疫寛容が、硬化性疾患に対するものである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１８】
前記硬化性疾患が、全身性硬化症である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも１つのコンピュータシステムと共に使用するための少なくとも１つのコンピュータプログラムをさらに含み、該コンピュータプログラムが、
ａ．前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在の識別を支援するための少なくとも１つの指示；
ｂ．前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在を少なくとも１つの疾病状態と関連づけるための少なくとも１つの指示；および
ｃ．前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在と、宿主の免疫寛容の発現に対する感受性を示す評点とを関連づけるための少なくとも１つの指示
を含む、複数の指示を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項２０】
前記コンピュータプログラムが、前記複数の指示の結果を含むレポートをさらに生成する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記レポートが、ネットワークを通じて送信される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記レポートが、オン・ライン・ポータルを通して送信される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記レポートが、紙またはｅ−メールによって送信される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
前記レポートが、安全保護様式で送信される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】
前記レポートが、データベースに記憶される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも１つの治療薬を投与する方法であって、
ａ．宿主の核酸における１つまたは複数のＳＮＰの遺伝子型を判定する工程、
ｂ．前記１つまたは複数のＳＮＰと１つまたは複数の疾患または障害とを関連づける工程、
ｃ．数学アルゴリズムを用いて、前記宿主が、少なくとも１つの治療薬の投与に対して陽性にまたは陰性に応答する確率を決定する工程、および
ｄ．前記数学アルゴリズムの結果に基づく前記宿主に治療薬を投与する工程かまたは投与しない工程、
を含む方法。
【請求項２７】
１つまたは複数の抗原を評価する臨床試験を行うための方法であって、
ａ．１つまたは複数の疾患または障害に関連する１つまたは複数のＳＮＰの遺伝子型を判定する工程；
ｂ．前記遺伝子型判定結果を分析する工程；
ｃ．前記遺伝子型判定結果に基づいて行動方針を決定する工程であって、前記行動方針は、
ｉ．個体を、該個体が前記１つまたは複数の抗原に応答する可能性が高い工程を示した前記遺伝子型判定結果に基づいて、前記臨床試験に組み入れる工程、および／または
ｉｉ．個体を、該個体が前記１つまたは複数の抗原に応答する可能性が低いことを示した前記遺伝子型判定結果に基づいて、前記臨床試験への参加から除外する工程
を含む工程、
を含む方法。
【請求項２８】
自己免疫疾患を発現するリスクの改変を有する個体を同定するための方法であって、前記個体の核酸において配列番号：１の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する工程を含み、前記ＳＮＰの存在は、自己免疫疾患についてのリスクの改変と関連する、方法。
【請求項１】
少なくとも１つのＳＮＰについてスクリーニングする工程を含む、免疫寛容の発現に対する感受性についてスクリーニングするための方法。
【請求項２】
前記スクリーニング方法が、ＦＩＳＨを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記スクリーニング方法が、ＤＮＡアレイの使用を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記スクリーニング方法が、ポリヌクレオチドプローブをハイブリダイゼーションする工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、塩基配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オレゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖高次構造多型から成る群より選択される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在と宿主への１つまたは複数の抗原の投与の結果として免疫寛容を発現する該宿主の能力を関連させる工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記宿主がヒトである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも１つまたは複数の治療薬が、少なくとも１つの抗原を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも１つの抗原がコラーゲンである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記コラーゲンが、Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、ＩＸ、Ｘ、ＸＩ、ＸＩＩ、ＸＩＩＩ、ＸＩＶ、ＸＶ、ＸＶＩ、ＸＶＩＩ、ＸＶＩＩＩ、ＸＩＸ、ＸＸ、ＸＸＩ、ＸＸＩＩ、ＸＸＩＩＩ、ＸＸＩＶ、ＸＸＶ、ＸＸＶＩ、ＸＸＶＩＩおよびＸＸＶＩＩＩから成る群の型より選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
宿主の免疫寛容の発現に対する感受性についてのスクリーニング方法であって、
ａ．核酸を含む前記宿主からのサンプルを得る工程；
ｂ．前記サンプルから核酸を単離する工程；
ｃ．少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在について前記サンプルをアッセイする工程であって、該少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在が、免疫寛容の発現に対する感受性の増大の指標を示す工程、
を含む方法。
【請求項１２】
前記宿主がヒトである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記サンプルが、全血、血漿、尿、涙、精液、唾液、頬粘膜、間質液、リンパ液、髄膜液、羊水、腺液、痰、糞便、汗、粘液、膣分泌物、脳脊髄液、毛髪、皮膚、排泄物、創傷滲出物、創傷ホモジネート、および創傷液から成る群より選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記免疫寛容が、前記宿主への少なくとも１つの抗原の投与によって誘導される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも１つまたは複数の抗原がコラーゲンである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記コラーゲンが、Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、ＩＸ、Ｘ、ＸＩ、ＸＩＩ、ＸＩＩＩ、ＸＩＶ、ＸＶ、ＸＶＩ、ＸＶＩＩ、ＸＶＩＩＩ、ＸＩＸ、ＸＸ、ＸＸＩ、ＸＸＩＩ、ＸＸＩＩＩ、ＸＸＩＶ、ＸＸＶ、ＸＸＶＩ、ＸＸＶＩＩおよびＸＸＶＩＩＩから成る群の型より選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記発現される免疫寛容が、硬化性疾患に対するものである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１８】
前記硬化性疾患が、全身性硬化症である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも１つのコンピュータシステムと共に使用するための少なくとも１つのコンピュータプログラムをさらに含み、該コンピュータプログラムが、
ａ．前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在の識別を支援するための少なくとも１つの指示；
ｂ．前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在を少なくとも１つの疾病状態と関連づけるための少なくとも１つの指示；および
ｃ．前記少なくとも１つのＳＮＰの存在または非存在と、宿主の免疫寛容の発現に対する感受性を示す評点とを関連づけるための少なくとも１つの指示
を含む、複数の指示を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項２０】
前記コンピュータプログラムが、前記複数の指示の結果を含むレポートをさらに生成する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記レポートが、ネットワークを通じて送信される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記レポートが、オン・ライン・ポータルを通して送信される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記レポートが、紙またはｅ−メールによって送信される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
前記レポートが、安全保護様式で送信される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】
前記レポートが、データベースに記憶される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも１つの治療薬を投与する方法であって、
ａ．宿主の核酸における１つまたは複数のＳＮＰの遺伝子型を判定する工程、
ｂ．前記１つまたは複数のＳＮＰと１つまたは複数の疾患または障害とを関連づける工程、
ｃ．数学アルゴリズムを用いて、前記宿主が、少なくとも１つの治療薬の投与に対して陽性にまたは陰性に応答する確率を決定する工程、および
ｄ．前記数学アルゴリズムの結果に基づく前記宿主に治療薬を投与する工程かまたは投与しない工程、
を含む方法。
【請求項２７】
１つまたは複数の抗原を評価する臨床試験を行うための方法であって、
ａ．１つまたは複数の疾患または障害に関連する１つまたは複数のＳＮＰの遺伝子型を判定する工程；
ｂ．前記遺伝子型判定結果を分析する工程；
ｃ．前記遺伝子型判定結果に基づいて行動方針を決定する工程であって、前記行動方針は、
ｉ．個体を、該個体が前記１つまたは複数の抗原に応答する可能性が高い工程を示した前記遺伝子型判定結果に基づいて、前記臨床試験に組み入れる工程、および／または
ｉｉ．個体を、該個体が前記１つまたは複数の抗原に応答する可能性が低いことを示した前記遺伝子型判定結果に基づいて、前記臨床試験への参加から除外する工程
を含む工程、
を含む方法。
【請求項２８】
自己免疫疾患を発現するリスクの改変を有する個体を同定するための方法であって、前記個体の核酸において配列番号：１の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する工程を含み、前記ＳＮＰの存在は、自己免疫疾患についてのリスクの改変と関連する、方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【公表番号】特表２０１１−５２０４２５（Ｐ２０１１−５２０４２５Ａ）
【公表日】平成２３年７月２１日（２０１１．７．２１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５０５２５４（Ｐ２０１１−５０５２５４）
【出願日】平成２１年４月２０日（２００９．４．２０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０４１１３４
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１４６２１３
【国際公開日】平成２１年１２月３日（２００９．１２．３）
【出願人】（５０７３０１１６５）ザ ユニバーシティー オブ テネシー リサーチ ファウンデーション (5)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２３年７月２１日（２０１１．７．２１）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年４月２０日（２００９．４．２０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０４１１３４
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１４６２１３
【国際公開日】平成２１年１２月３日（２００９．１２．３）
【出願人】（５０７３０１１６５）ザ ユニバーシティー オブ テネシー リサーチ ファウンデーション (5)
【Ｆターム（参考）】
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